CN111020041B - 16种不同血清型沙门氏菌特异性新分子靶标及其快速检测方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开16种不同血清型沙门氏菌特异性新分子靶标及其快速检测方法，本发明方法提供了用于不同血清型沙门氏菌——肠炎沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌、德尔卑沙门氏菌、印第安纳沙门氏菌、阿贡纳沙门氏菌、婴儿沙门氏菌、里森沙门氏菌、布伦登卢普沙门氏菌、维尔肖沙门氏菌、奥尔巴尼沙门氏菌、哈达尔沙门氏菌、韦太夫雷登沙门氏菌、伦敦沙门氏菌、火鸡沙门氏菌、山夫登堡沙门氏菌和波莫纳沙门氏菌的共72个特异性分子检测靶标及对应的PCR引物组和快速检测方法。本发明方法具有检测时间短、成本低、操作简单、特异性强的优点；同时本发明的检测方法可用于检测某些抗原不表达的菌株，弥补免疫检测的缺陷，检测结果更准确，判定更简单，实用性更强。
Description
技术领域
本发明属于微生物检验技术领域，涉及一种鉴别沙门氏菌的方法，具体涉及16种不同血清型沙门氏菌特异性新分子靶标及其快速检测方法。
背景技术
沙门氏菌(Salmonella)是最常见的食源性致病菌之一，也是全球腹泻疾病的四个主要病原菌之一。人类感染沙门氏菌后初期症状为恶心、呕吐、腹泻、发烧等，若不及时治疗死亡率高达10％。通常情况下沙门氏菌食用量超过105CFU即可造成人类感染，而对于高度易感人群15-20CFU即可引起沙门氏菌感染(Kokkinos等,2014)。疾病的严重程度取决于宿主因素与沙门氏菌的血清型(WHO,2018)。
沙门氏菌血清型复杂，分布广泛，几乎大部分的血清型均可污染食品导致食源性疾病，与人类疾病有关的血清型主要集中于A-E群，其中A-D群的致病沙门氏菌占70％。肠炎沙门氏菌与鼠伤寒沙门氏菌是检出率最高的两种血清型(WHO,2018)；在欧盟国家，血清型检出率依次为肠炎沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌、婴儿沙门氏菌、德尔卑沙门氏菌(EFSA andECDC,2017)。十二五期间本研究团队首次系统完成了我国43个主要城市4300份食品中致病微生物风险调查，已分离保存了46种血清型1500多株沙门氏菌，为目前我国食品源沙门氏菌血清型最多的菌种资源库，其中肠炎沙门氏菌(17％)、德尔卑沙门氏菌(15％)、鼠伤寒沙门氏菌(12％)、印第安纳沙门氏菌(6％)为菌株数最多的血清型。
沙门氏菌的检测主要利用国标规定的传统培养方法(GB 4789.4-2016)，该方法结果较为准确，检测时间较长(5d以上)、操作复杂(预增菌、选择性培养、显色培养、生化鉴定和血清型鉴定)、成本高，且如果血清凝集反应迟缓或特异性差，将造成错误的判断结果。以PCR为主的分子生物学检测方法以其快速、准确、简便的特点，逐渐成为取代传统检测方法最具潜力的检测技术之一。
目前国内外PCR检测方法大部分是对沙门氏菌进行检测，针对血清型的PCR检测靶标及引物的研究报道仅有肠炎沙门氏菌特异性基因Prot6e、Sdf、sdfI、SEN1392、sefA；鼠伤寒沙门氏菌特异性基因MDH、fliC、spy、fliB-IS200、fliA-IS200、pefA、STM4495、STM4497、STM2；德尔卑沙门氏菌特异性基因RU61_00441、RU61_00445、RU61_00447、RU61_00448、RU61_RS23380、RU61_RS09205、RU61_RS06985、RU61_RS06990；婴儿沙门氏菌特异性基因ISR2-ISR3、Infspe、ISR2；印第安纳沙门氏菌特异性基因ISR2-ISR3 MG752992、NZ_CP015724.1；哈达尔沙门氏菌特异性基因HSR3、Heidspe；纽波特沙门氏菌特异性基因Newpspe；维尔肖沙门氏菌特异性基因Hypothetical protein。而针对其他血清型的PCR检测靶标及引物的研究报道几乎没有，因此，也没有有关其他血清型检测的PCR方法建立的报道。
经对现有技术的文献检索，尚未发现与本发明的16种不同血清型沙门氏菌特异性新分子靶标及相应的PCR检测方法报道。
发明内容
针对上述问题，本发明的目的是克服现有技术的不足，提供鉴别16种不同血清型沙门氏菌，即肠炎沙门氏菌(Salmonella enterica subsp.enterica serovarEnteritidis)、鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella enterica subsp.enterica serovarTyphimurium)、德尔卑沙门氏菌(Salmonella enterica subsp.enterica serovarDerby)、印第安纳沙门氏菌(Salmonella enterica subsp.enterica serovar Indiana)、阿贡纳沙门氏菌(Salmonella enterica subsp.enterica serovar Agona)、婴儿沙门氏菌(Salmonella enterica subsp.enterica serovar Infantis)、里森沙门氏菌(Salmonellaenterica subsp.enterica serovar Rissen)、布伦登卢普沙门氏菌(Salmonellaenterica subsp.enterica serovar Braenderup)、维尔肖沙门氏菌(Salmonellaenterica subsp.enterica serovar Virchow)、奥尔巴尼沙门氏菌(Salmonella entericasubsp.enterica serovar Albany)、哈达尔沙门氏菌(Salmonella entericasubsp.enterica serovar Hadar)、韦太夫雷登沙门氏菌(Salmonella entericasubsp.enterica serovar Weltevreden)、伦敦沙门氏菌(Salmonella entericasubsp.enterica serovar London)、火鸡沙门氏菌(Salmonella entericasubsp.enterica serovar Meleagridis)、山夫登堡沙门氏菌(Salmonella entericasubsp.enterica serovar Senftenberg)、波莫纳沙门氏菌(Salmonella entericasubsp.enterica serovar Pomona)的特异性新分子靶标及相应的检测方法。
为实现上述目的，本发明采取的技术方案为：本发明要求保护一组用于鉴别16种不同血清型沙门氏菌的核苷酸序列，所述核苷酸序列如SEQ ID NO：1～72所示。
通过生物信息学分析得到16种不同血清型沙门氏菌(肠炎沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌、德尔卑沙门氏菌、印第安纳沙门氏菌、阿贡纳沙门氏菌、婴儿沙门氏菌、里森沙门氏菌、布伦登卢普沙门氏菌、维尔肖沙门氏菌、奥尔巴尼沙门氏菌、哈达尔沙门氏菌、韦太夫雷登沙门氏菌、伦敦沙门氏菌、火鸡沙门氏菌、山夫登堡沙门氏菌和波莫纳沙门氏菌)基因组的特异性序列片段；所述片段可作为鉴别所述沙门氏菌的特异性新分子靶标，所述核苷酸序列如SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.72所示。通过检测待检测物是否含有相应的序列即可得到待检测物是否含有属于所述16种不同血清型沙门氏菌的菌株。
进一步地，所述序列SEQIDNO.1～4用于鉴别所述肠炎沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.5用于鉴别所述鼠伤寒沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.6～13用于鉴别所述德尔卑沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.14～18用于鉴别所述印第安纳沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.19～25用于鉴别所述阿贡纳沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.26～28用于鉴别所述婴儿沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.29～30用于鉴别所述里森沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.31～34用于鉴别所述布伦登卢普沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.35用于鉴别所述维尔肖沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.36～38用于鉴别所述奥尔巴尼沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.39～42用于鉴别所述哈达尔沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.43～53用于鉴别所述韦太夫雷登沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.54～57及SEQIDNO.72用于鉴别所述伦敦沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.58～62用于鉴别所述火鸡沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.63用于鉴别所述山夫登堡沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.64～71用于鉴别所述波莫纳沙门氏菌。
进一步地，本发明还要求保护用于鉴别所述16种不同血清型沙门氏菌的引物组，所述引物组为根据如SEQ ID NO：1～72所示核苷酸序列设计得到。
通过根据相应的核苷酸序列涉及对应的用于PCR的引物组，每一个引物组包括一条正向引物和一条反向引物，对应检测一个核苷酸序列。所述引物组扩增产物对应如SEQID NO：1～72所示核苷酸序列的全部或部分序列。
作为本发明的优选实施方式，所述引物组的核苷酸序列按5’到3’如SEQ ID NO.73～216所示；其中：其中，SEQIDNO.73、74对应SEQIDNO.1；SEQIDNO.75、76对应SEQIDNO.2；SEQIDNO.77、78对应SEQIDNO.3；……；SEQIDNO.185、186对应SEQIDNO.57；SEQIDNO.187、188对应SEQIDNO.72；SEQIDNO.189、190对应SEQIDNO.58；……；SEQIDNO.213、214对应SEQIDNO.70；SEQIDNO.215、216对应SEQIDNO.71。
进一步地，本发明还要求保护所述引物组在鉴别所述16种不同血清型沙门氏菌中的用途。
本发明还提供了用于鉴别所述16种不同血清型沙门氏菌的方法，包括如下步骤：
S1：使用所述的引物组中的其中一种对待测样品DNA进行PCR扩增；
S2：进行凝胶电泳检测扩增产物；
S3：观察扩增产物是否符合预期。
一般地，一个PCR体系中仅含有一组引物；可通过设置多个PCR体系，同时对单个菌的DNA使用不同引物进行扩增，提高检测效率。
作为本发明的优选实施方式，所述S1中的PCR扩增体系包括PCR反应缓冲液、MgCl2、dNTP、PCR聚合酶、模板DNA、引物组和灭菌双蒸水。
作为本发明的优选实施方式，所述PCR扩增体系为：增体系为：10×PCR反应缓冲液2.5μL，25mM MgCl2 2.0μL，2.5mM dNTP 1.0μL，模板DNA1～2μL，5μM引物各1μL，Taq酶1U，灭菌双蒸水补足体积至25μL。
作为本发明的优选实施方式，所述S1中的PCR扩增程序为：95℃预变性5min；95℃变性30s；50～62℃退火30s；72℃延伸30～90s；变性、退火、延伸共进行35个循环；最后72℃延伸10min。
本发明公开了用于鉴别所述16种不同血清型沙门氏菌(肠炎沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌、德尔卑沙门氏菌、印第安纳沙门氏菌、阿贡纳沙门氏菌、婴儿沙门氏菌、里森沙门氏菌、布伦登卢普沙门氏菌、维尔肖沙门氏菌、奥尔巴尼沙门氏菌、哈达尔沙门氏菌、韦太夫雷登沙门氏菌、伦敦沙门氏菌、火鸡沙门氏菌、山夫登堡沙门氏菌和波莫纳沙门氏菌)的，共72个特异性分子靶标，并提供了相关的引物组，以及对应的PCR检测方法。与现有技术相比，本发明无需沙门氏菌诊断血清即可检测目标血清型，具有检测时间短、成本低、操作简单、特异性强的优点；同时本发明的检测方法可用于检测某些抗原不表达的菌株，弥补免疫检测的缺陷，检测结果更准确，结果判定更简单，实用性更强。
附图说明
图1为实施例3中使用引物组1进行PCR检测的电泳结果。
图2为实施例3中使用引物组2进行PCR检测的电泳结果。
图3为实施例3中使用引物组3进行PCR检测的电泳结果
图4为实施例3中使用引物组4进行PCR检测的电泳结果。
图5为实施例4中鼠伤寒沙门氏菌PCR检测方法特异性评价电泳结果。
图6为实施例5中使用引物组6进行PCR检测的电泳结果。
图7为实施例5中使用引物组7进行PCR检测的电泳结果。
图8为实施例5中使用引物组8进行PCR检测的电泳结果。
图9为实施例5中使用引物组9进行PCR检测的电泳结果。
图10为实施例5中使用引物组10进行PCR检测的电泳结果。
图11为实施例5中使用引物组11进行PCR检测的电泳结果。
图12为实施例5中使用引物组12进行PCR检测的电泳结果。
图13为实施例5中使用引物组13进行PCR检测的电泳结果。
图14为实施例6中使用引物组14进行PCR检测的电泳结果。
图15为实施例6中使用引物组15进行PCR检测的电泳结果。
图16为实施例6中使用引物组16进行PCR检测的电泳结果。
图17为实施例6中使用引物组17进行PCR检测的电泳结果。
图18为实施例6中使用引物组18进行PCR检测的电泳结果。
图19为实施例7中阿贡纳沙门氏菌PCR检测方法特异性评价电泳结果。
图20为实施例8中婴儿沙门氏菌PCR检测方法特异性评价电泳结果。
图21为实施例9中里森沙门氏菌PCR检测方法特异性评价电泳结果。
图22为实施例10中布伦登卢普沙门氏菌PCR检测方法特异性评价电泳结果。
图23为实施例11中维尔肖沙门氏菌PCR检测方法特异性评价电泳结果。
图24为实施例12中奥尔巴尼沙门氏菌PCR检测方法特异性评价电泳结果。
图25为实施例13中哈达尔沙门氏菌PCR检测方法特异性评价电泳结果。
图26为实施例14中使用引物组43进行PCR检测的电泳结果。
图27为实施例14中使用引物组44、45进行PCR检测的电泳结果。
图28为实施例14中使用引物组46、47进行PCR检测的电泳结果。
图29为实施例14中使用引物组48进行PCR检测的电泳结果。
图30为实施例14中使用引物组49、50进行PCR检测的电泳结果。
图31为实施例14中使用引物组51、52进行PCR检测的电泳结果。
图32为实施例14中使用引物组53进行PCR检测的电泳结果。
图33为实施例15中伦敦沙门氏菌PCR检测方法特异性评价电泳结果。
图34为实施例16中火鸡沙门氏菌PCR检测方法特异性评价电泳结果。
图35为实施例17中山夫登堡沙门氏菌PCR检测方法特异性评价电泳结果。
图36为实施例18使用引物组65～68进行PCR检测的电泳结果。
图37为实施例18使用引物组69～72进行PCR检测的电泳结果。
具体实施方式
为更好的说明本发明的目的、技术方案和优点，下面将结合附图和具体实施例对本发明作进一步说明。
实施例1沙门氏菌不同种特异性新分子靶标的挖掘
根据GenBank数据库及本团队自测的不同血清型沙门氏菌全基因组DNA序列，进行生物信息学分析；筛选得到16种不同血清型沙门氏菌(肠炎沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌、德尔卑沙门氏菌、印第安纳沙门氏菌、阿贡纳沙门氏菌、婴儿沙门氏菌、里森沙门氏菌、布伦登卢普沙门氏菌、维尔肖沙门氏菌、奥尔巴尼沙门氏菌、哈达尔沙门氏菌、韦太夫雷登沙门氏菌、伦敦沙门氏菌、火鸡沙门氏菌、山夫登堡沙门氏菌和波莫纳沙门氏菌)的特异性基因片段，所述基因片段的核苷酸序列如SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.72所示。
其中，所述序列SEQIDNO.1～4用于鉴别所述肠炎沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.5用于鉴别所述鼠伤寒沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.6～13用于鉴别所述德尔卑沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.14～18用于鉴别所述印第安纳沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.19～25用于鉴别所述阿贡纳沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.26～28用于鉴别所述婴儿沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.29～30用于鉴别所述里森沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.31～34用于鉴别所述布伦登卢普沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.35用于鉴别所述维尔肖沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.36～38用于鉴别所述奥尔巴尼沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.39～42用于鉴别所述哈达尔沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.43～53用于鉴别所述韦太夫雷登沙门氏菌，所述序列序列SEQIDNO.54～57及SEQIDNO.72用于鉴别所述伦敦沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.58～62用于鉴别所述火鸡沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.63用于鉴别所述山夫登堡沙门氏菌，所述序列SEQIDNO.65～71用于鉴别所述波莫纳沙门氏菌。
实施例2引物有效性快速检测
1)引物设计
根据实施例1中的所述序列SEQIDNO.1～72设计特异性PCR扩增引物组(包括正向引物和反向引物)，引物组序列如下表1。
表1特异性PCR检测引物组
2)鉴别所述16种不同血清型沙门氏菌的方法，步骤如下：
S1DNA模板制备：使用商品化的细菌基因组DNA抽提试剂盒分别提取待测细菌基因组DNA，作为待检模板DNA；
S2PCR扩增：使用所述引物组1～72中的其中一种对待测样品DNA进行PCR扩增；
①PCR检测体系：
其中：
所述引物组1～4用于鉴别所述肠炎沙门氏菌，所述引物组5用于鉴别所述鼠伤寒沙门氏菌，所述引物组6～13用于鉴别所述德尔卑沙门氏菌，所述引物组14～18用于鉴别所述印第安纳沙门氏菌，所述引物组19～25用于鉴别所述阿贡纳沙门氏菌，引物组26～28用于鉴别所述婴儿沙门氏菌，引物组29～30用于鉴别所述里森沙门氏菌，所述引物组31～34用于鉴别所述布伦登卢普沙门氏菌，所述引物组35用于鉴别所述维尔肖沙门氏菌，所述引物组36～38用于鉴别所述奥尔巴尼沙门氏菌，所述引物组39～42用于鉴别所述哈达尔沙门氏菌，所述引物组43～53用于鉴别所述韦太夫雷登沙门氏菌，所述引物组54～58用于鉴别所述伦敦沙门氏菌，所述引物组59～63用于鉴别所述火鸡沙门氏菌，所述引物组64用于鉴别所述山夫登堡沙门氏菌，所述引物组65～72用于鉴别所述波莫纳沙门氏菌。
②PCR扩增程序：
其中，
使用引物组67时，退火温度为50℃；
使用引物组9、65、70时，退火温度为54℃；
使用引物组1～7、11、19～28、31～34、43～56、58、63、66、71～72时，退火温度为58℃；
使用引物组14～18、29～30、35～42、57、59～61、68～69时，退火温度为60℃；
使用引物组8、10、12～13、62、64时，退火温度为62℃。
使用引物组1～9、11～23、29、32～33、38、41～45、49、55、62、67～68、71时，延伸时间为30s。
使用引物组10、24～28、34～37、40、46～47、51、53～54、58～61、64～65、69～70、72时，延伸时间为60s。
使用引物组30～31、39、48、50～52、56～57、63、66时，延伸时间为90s。
S3：取PCR扩增产物进行凝胶电泳，观察各引物组对应产物大小的位置是否存在单一扩增条带。如果存在，说明样品中含有对应的沙门氏菌；如果没有出现相应的单一扩增条带，则说明样品中不含有对应的沙门氏菌。
实施例3肠炎沙门氏菌PCR检测方法的特异性评价
取91株肠炎沙门氏菌、41株非目标血清型的沙门氏菌，以及22株非沙门氏菌，按照实施例2的方法进行PCR检测。其中，S1 DNA模板制备为分别提取各细菌的基因组DNA；S2PCR扩增时，使用的引物为引物组1～4中任一组的引物。
PCR扩增产物凝胶结果如图1～4(肠炎沙门氏菌凝胶图中第一个和最后一个为DNAmarker，倒数第二个为阴性对照；其他血清型沙门氏菌和非沙门氏菌凝胶图中第一个和第二个分别为DNAmarker、阳性对照)。
各菌株及检测结果如下表2所示；表中，检测结果栏目中“+”表示阳性，“-”表示阴性。
表2本发明肠炎沙门氏菌检测特异性评价试验结果
由图1～4和表2可得，通过所述引物组的扩增结果中只有肠炎沙门氏菌显示出特异性扩增条带，其他血清型沙门氏菌及非沙门氏菌菌株均无特异性条带。
实施例4鼠伤寒沙门氏菌PCR检测方法的特异性评价
取91株鼠伤寒沙门氏菌、41株非目标血清型的沙门氏菌，以及22株非沙门氏菌，按照实施例2的方法进行PCR检测。其中，S1 DNA模板制备为分别提取各细菌的基因组DNA；S2PCR扩增时，使用的引物为引物组5的引物。
PCR扩增产物凝胶结果如图5(鼠伤寒沙门氏菌凝胶图中第一个和最后一个为DNAmarker，倒数第二个为阴性对照；其他血清型沙门氏菌和非沙门氏菌凝胶图中第一个和第二个分别为DNAmarker、阳性对照)。
各菌株及检测结果如下表3所示；表中，检测结果栏目中“+”表示阳性，“-”表示阴性。
表3本发明鼠伤寒沙门氏菌检测特异性评价试验结果
由图5和表3可得，通过所述引物组的扩增结果中只有鼠伤寒沙门氏菌显示出特异性扩增条带，其他血清型沙门氏菌及非沙门氏菌菌株均无特异性条带。
实施例5德尔卑沙门氏菌PCR检测方法的特异性评价
取84株德尔卑沙门氏菌、40株非目标血清型的沙门氏菌，以及22株非沙门氏菌，按照实施例2的方法进行PCR检测。其中，S1 DNA模板制备为分别提取各细菌的基因组DNA；S2PCR扩增时，使用的引物为引物组6～13中任一组的引物。
PCR扩增产物凝胶结果如图6～13(德尔卑沙门氏菌凝胶图中第一个和最后一个为DNA marker，倒数第二个为阴性对照；其他血清型沙门氏菌和非沙门氏菌凝胶图中第一个和第二个分别为DNA marker、阳性对照)。
各菌株及检测结果如下表4所示；表中，检测结果栏目中“+”表示阳性，“-”表示阴性。
表4本发明德尔卑沙门氏菌检测特异性评价试验结果
由图6～13和表4可得，通过所述引物组的扩增结果中只有德尔卑沙门氏菌显示出特异性扩增条带，其他血清型沙门氏菌及非沙门氏菌菌株均无特异性条带。
实施例6印第安纳沙门氏菌PCR检测方法的特异性评价
取67株印第安纳沙门氏菌、41株非目标血清型的沙门氏菌，以及22株非沙门氏菌，按照实施例2的方法进行PCR检测。其中，S1 DNA模板制备为分别提取各细菌的基因组DNA；S2PCR扩增时，使用的引物为引物组14～18中任一组的引物。
PCR扩增产物凝胶结果如图13～18(印第安纳沙门氏菌凝胶图中第一个和最后一个为DNA marker，倒数第二个为阴性对照；其他血清型沙门氏菌和非沙门氏菌凝胶图中第一个和第二个分别为DNA marker、阳性对照)。
各菌株及检测结果如下表5所示；表中，检测结果栏目中“+”表示阳性，“-”表示阴性。
表5本发明印第安纳沙门氏菌检测特异性评价试验结果
由图13～18和表5可得，通过所述引物组的扩增结果中只有印第安纳沙门氏菌显示出特异性扩增条带，其他血清型沙门氏菌及非沙门氏菌菌株均无特异性条带。
实施例7阿贡纳沙门氏菌PCR检测方法的特异性评价
取67株阿贡纳沙门氏菌、41株非目标血清型的沙门氏菌，以及22株非沙门氏菌，按照实施例2的方法进行PCR检测。其中，S1 DNA模板制备为分别提取各细菌的基因组DNA；S2PCR扩增时，使用的引物为引物组19～25中任一组的引物。
PCR扩增产物凝胶结果如图19(阿贡纳沙门氏菌凝胶图中第一个和最后一个为DNAmarker，倒数第二个为阴性对照；其他血清型沙门氏菌和非沙门氏菌凝胶图中第一个和第二个分别为DNA marker、阳性对照)。
各菌株及检测结果如下表6所示；表中，检测结果栏目中“+”表示阳性，“-”表示阴性。
表6本发明阿贡纳沙门氏菌检测特异性评价试验结果
由图19和表6可得，通过所述引物组的扩增结果中只有阿贡纳沙门氏菌显示出特异性扩增条带，其他血清型沙门氏菌及非沙门氏菌菌株均无特异性条带。
实施例8婴儿沙门氏菌PCR检测方法的特异性评价
取5株婴儿沙门氏菌、41株非目标血清型的沙门氏菌，以及22株非沙门氏菌，按照实施例2的方法进行PCR检测。其中，S1 DNA模板制备为分别提取各细菌的基因组DNA；S2PCR扩增时，使用的引物为引物组26～28中任一组的引物。
PCR扩增产物凝胶结果如图20(婴儿沙门氏菌凝胶图中第一个和最后一个为DNAmarker，倒数第二个为阴性对照；其他血清型沙门氏菌和非沙门氏菌凝胶图中第一个和第二个分别为DNA marker、阳性对照)。
各菌株及检测结果如下表7所示；表中，检测结果栏目中“+”表示阳性，“-”表示阴性。
表7本发明婴儿沙门氏菌检测特异性评价试验结果
由图20和表7可得，通过所述引物组的扩增结果中只有婴儿沙门氏菌显示出特异性扩增条带，其他血清型沙门氏菌及非沙门氏菌菌株均无特异性条带。
实施例9里森沙门氏菌PCR检测方法的特异性评价
取19株里森沙门氏菌、41株非目标血清型的沙门氏菌，以及22株非沙门氏菌，按照实施例2的方法进行PCR检测。其中，S1 DNA模板制备为分别提取各细菌的基因组DNA；S2PCR扩增时，使用的引物为引物组29～30中任一组的引物。
PCR扩增产物凝胶结果如图21(里森沙门氏菌凝胶图中第一个和最后一个为DNAmarker，倒数第二个为阴性对照；其他血清型沙门氏菌和非沙门氏菌凝胶图中第一个和第二个分别为DNA marker、阳性对照)。
各菌株及检测结果如下表8所示；表中，检测结果栏目中“+”表示阳性，“-”表示阴性。
表8本发明里森沙门氏菌检测特异性评价试验结果
由图21和表8可得，通过所述引物组的扩增结果中只有里森沙门氏菌显示出特异性扩增条带，其他血清型沙门氏菌及非沙门氏菌菌株均无特异性条带。
实施例10布伦登卢普沙门氏菌PCR检测方法的特异性评价
取9株布伦登卢普沙门氏菌、41株非目标血清型的沙门氏菌，以及22株非沙门氏菌，按照实施例2的方法进行PCR检测。其中，S1 DNA模板制备为分别提取各细菌的基因组DNA；S2PCR扩增时，使用的引物为引物组31～34中任一组的引物。
PCR扩增产物凝胶结果如图22(布伦登卢普沙门氏菌凝胶图中第一个和最后一个为DNA marker，倒数第二个为阴性对照；其他血清型沙门氏菌和非沙门氏菌凝胶图中第一个和第二个分别为DNA marker、阳性对照)。
各菌株及检测结果如下表9所示；表中，检测结果栏目中“+”表示阳性，“-”表示阴性。
表9本发明布伦登卢普沙门氏菌检测特异性评价试验结果
由图22和表9可得，通过所述引物组的扩增结果中只有布伦登卢普沙门氏菌显示出特异性扩增条带，其他血清型沙门氏菌及非沙门氏菌菌株均无特异性条带。
实施例11维尔肖沙门氏菌PCR检测方法的特异性评价
取3株维尔肖沙门氏菌、41株非目标血清型的沙门氏菌，以及22株非沙门氏菌，按照实施例2的方法进行PCR检测。其中，S1 DNA模板制备为分别提取各细菌的基因组DNA；S2PCR扩增时，使用的引物为引物组35中的引物。
PCR扩增产物凝胶结果如图23(维尔肖沙门氏菌凝胶图中第一个和最后一个为DNAmarker，倒数第二个为阴性对照；其他血清型沙门氏菌和非沙门氏菌凝胶图中第一个和第二个分别为DNA marker、阳性对照)。
各菌株及检测结果如下表10所示；表中，检测结果栏目中“+”表示阳性，“-”表示阴性。
表10本发明维尔肖沙门氏菌检测特异性评价试验结果
由图23和表10可得，通过所述引物组的扩增结果中只有维尔肖沙门氏菌显示出特异性扩增条带，其他血清型沙门氏菌及非沙门氏菌菌株均无特异性条带。
实施例12奥尔巴尼沙门氏菌PCR检测方法的特异性评价
取84株奥尔巴尼沙门氏菌、41株非目标血清型的沙门氏菌，以及22株非沙门氏菌，按照实施例2的方法进行PCR检测。其中，S1 DNA模板制备为分别提取各细菌的基因组DNA；S2PCR扩增时，使用的引物为引物组36～38中任一种的引物。
PCR扩增产物凝胶结果如图24(奥尔巴尼沙门氏菌凝胶图中第一个和最后一个为DNA marker，倒数第二个为阴性对照；其他血清型沙门氏菌和非沙门氏菌凝胶图中第一个和第二个分别为DNA marker、阳性对照)。
各菌株及检测结果如下表11所示；表中，检测结果栏目中“+”表示阳性，“-”表示阴性。
表11本发明奥尔巴尼沙门氏菌检测特异性评价试验结果
由图24和表11可得，通过所述引物组的扩增结果中只有奥尔巴尼沙门氏菌显示出特异性扩增条带，其他血清型沙门氏菌及非沙门氏菌菌株均无特异性条带。
实施例13哈达尔沙门氏菌PCR检测方法的特异性评价
取5株哈达尔沙门氏菌、41株非目标血清型的沙门氏菌，以及22株非沙门氏菌，按照实施例2的方法进行PCR检测。其中，S1 DNA模板制备为分别提取各细菌的基因组DNA；S2PCR扩增时，使用的引物为引物39～42中任一种的引物。
PCR扩增产物凝胶结果如图25(哈达尔沙门氏菌凝胶图中第一个和最后一个为DNAmarker，倒数第二个为阴性对照；其他血清型沙门氏菌和非沙门氏菌凝胶图中第一个和第二个分别为DNA marker、阳性对照)。
各菌株及检测结果如下表12所示；表中，检测结果栏目中“+”表示阳性，“-”表示阴性。
表12本发明哈达尔沙门氏菌检测特异性评价试验结果
由图25和表12可得，通过所述引物组的扩增结果中只有哈达尔沙门氏菌显示出特异性扩增条带，其他血清型沙门氏菌及非沙门氏菌菌株均无特异性条带。
实施例14韦太夫雷登沙门氏菌PCR检测方法的特异性评价
取30株韦太夫雷登沙门氏菌、41株非目标血清型的沙门氏菌，以及22株非沙门氏菌，按照实施例2的方法进行PCR检测。其中，S1 DNA模板制备为分别提取各细菌的基因组DNA；S2PCR扩增时，使用的引物为引物43～53中任一种的引物。
PCR扩增产物凝胶结果如图26～32(韦太夫雷登沙门氏菌凝胶图中第一个和最后一个为DNA marker，倒数第二个为阴性对照；其他血清型沙门氏菌和非沙门氏菌凝胶图中第一个和第二个分别为DNA marker、阳性对照)。
各菌株及检测结果如下表13所示；表中，检测结果栏目中“+”表示阳性，“-”表示阴性。
表13本发明韦太夫雷登沙门氏菌检测特异性评价试验结果
由图26～32和表13可得，通过所述引物组的扩增结果中只有韦太夫雷登沙门氏菌显示出特异性扩增条带，其他血清型沙门氏菌及非沙门氏菌菌株均无特异性条带。
实施例15伦敦沙门氏菌PCR检测方法的特异性评价
取17株伦敦沙门氏菌、41株非目标血清型的沙门氏菌，以及22株非沙门氏菌，按照实施例2的方法进行PCR检测。其中，S1 DNA模板制备为分别提取各细菌的基因组DNA；S2PCR扩增时，使用的引物为引物54～58中任一种的引物。
PCR扩增产物凝胶结果如图33(伦敦沙门氏菌凝胶图中第一个和最后一个为DNAmarker，倒数第二个为阴性对照；其他血清型沙门氏菌和非沙门氏菌凝胶图中第一个和第二个分别为DNA marker、阳性对照)。
各菌株及检测结果如下表14所示；表中，检测结果栏目中“+”表示阳性，“-”表示阴性。
表14本发明伦敦沙门氏菌检测特异性评价试验结果
由图33和表14可得，通过所述引物组的扩增结果中只有伦敦沙门氏菌显示出特异性扩增条带，其他血清型沙门氏菌及非沙门氏菌菌株均无特异性条带。
实施例16火鸡沙门氏菌PCR检测方法的特异性评价
取18株火鸡沙门氏菌、41株非目标血清型的沙门氏菌，以及22株非沙门氏菌，按照实施例2的方法进行PCR检测。其中，S1 DNA模板制备为分别提取各细菌的基因组DNA；S2PCR扩增时，使用的引物为引物59～63中任一种的引物。
PCR扩增产物凝胶结果如图34(火鸡沙门氏菌凝胶图中第一个和最后一个为DNAmarker，倒数第二个为阴性对照；其他血清型沙门氏菌和非沙门氏菌凝胶图中第一个和第二个分别为DNA marker、阳性对照)。
各菌株及检测结果如下表15所示；表中，检测结果栏目中“+”表示阳性，“-”表示阴性。
表15本发明火鸡沙门氏菌检测特异性评价试验结果
由图34和表15可得，通过所述引物组的扩增结果中只有火鸡沙门氏菌显示出特异性扩增条带，其他血清型沙门氏菌及非沙门氏菌菌株均无特异性条带。
实施例17山夫登堡沙门氏菌PCR检测方法的特异性评价
取9株山夫登堡沙门氏菌、41株非目标血清型的沙门氏菌，以及22株非沙门氏菌，按照实施例2的方法进行PCR检测。其中，S1 DNA模板制备为分别提取各细菌的基因组DNA；S2PCR扩增时，使用的引物为引物64中的引物。
PCR扩增产物凝胶结果如图35(山夫登堡沙门氏菌凝胶图中第一个和最后一个为DNA marker，倒数第二个为阴性对照；其他血清型沙门氏菌和非沙门氏菌凝胶图中第一个和第二个分别为DNA marker、阳性对照)。
各菌株及检测结果如下表16所示；表中，检测结果栏目中“+”表示阳性，“-”表示阴性。
表16本发明山夫登堡沙门氏菌检测特异性评价试验结果
由图35和表16可得，通过所述引物组的扩增结果中只有山夫登堡沙门氏菌显示出特异性扩增条带，其他血清型沙门氏菌及非沙门氏菌菌株均无特异性条带。
实施例18波莫纳沙门氏菌PCR检测方法的特异性评价
取12株波莫纳沙门氏菌、41株非目标血清型的沙门氏菌，以及22株非沙门氏菌，按照实施例2的方法进行PCR检测。其中，S1 DNA模板制备为分别提取各细菌的基因组DNA；S2PCR扩增时，使用的引物为引物65～72中任一种的引物。
PCR扩增产物凝胶结果如图36、37(波莫纳沙门氏菌凝胶图中第一个和最后一个为DNA marker，倒数第二个为阴性对照；其他血清型沙门氏菌和非沙门氏菌凝胶图中第一个和第二个分别为DNA marker、阳性对照)。
各菌株及检测结果如下表17所示；表中，检测结果栏目中“+”表示阳性，“-”表示阴性。
表17本发明波莫纳沙门氏菌检测特异性评价试验结果
由图36、37和表17可得，通过所述引物组的扩增结果中只有波莫纳沙门氏菌显示出特异性扩增条带，其他血清型沙门氏菌及非沙门氏菌菌株均无特异性条带。
实施例19沙门氏菌疑似菌株的检测
利用实施例2中的16种不同血清型沙门氏菌PCR检测方法以及血清凝集法分别对391株从食品样品中分离的沙门氏菌疑似菌株进行检测，食品样品采集于广东省的超市及集贸市场，样品处理及疑似菌株的分离参见国标法。检测结果如表18。
表18沙门氏菌疑似菌株检测结果
由表18可得，本发明方法对所述的16种不同血清型沙门氏菌检测结果与血清凝集法一致，说明本发明方法的可靠性高。
最后应当说明的是，以上实施例仅用以说明本发明的技术方案，而非对本发明保护范围的限制，尽管参照较佳实施例对本发明作了详细地说明，本领域的普通技术人员应当理解，可以对本发明的技术方案进行修改或者等同替换，而不脱离本发明技术方案的实质和范围。
SEQUENCE LISTING
<110> 广东省微生物研究所（广东省微生物分析检测中心）、广东环凯生物科技有限公司
<120> 16种不同血清型沙门氏菌特异性新分子靶标及其快速检测方法
<130> 2019
<160> 216
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 618
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis
<400> 1
atgagcgaca ataaaacaga atactcatat tatattaagg ttaaaaatga aagcgcccgg 60
aaacgtctcg gcttcccttt tgctttctgg tggaaaactg aaagcagcga agccgctgcc 120
acagcacgcc ttgccgtatc aatgcttgac gccggattcg aaccgacaga ttttgcaaaa 180
ccggttcgcg ttaattcccc cgctgttaac gaacttccgc cggagggaag ttttgatacc 240
accttctgtc agaaatatga gctgggcggc gaagatggca aaacatttat gctcatcccc 300
ggcacgcccg ctactgacgc ccacgacgaa aaaacggagg aatgcgccga cgacgctggc 360
accgaagaaa gcgggacaga caccagtgac aacgacgaat gtcaggactg cgaagtttcc 420
gtcgccaccc tgccgttccc ccagcgcgtg ttgcacattt ttacttacgc tgccacagac 480
aaaaaatatt tgcatcacgc cacccgcgct caacgcaggc atattaccgt tctcgaaatg 540
gaacaggaaa acagctatat ccagaacctg ttaatggtat tgcggaagtc tgaacaggtt 600
catgcccagg atgagtaa 618
<210> 2
<211> 522
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis
<400> 2
atgtcagaaa ccgctctggt tatcgtaaaa ttcctaattg gtaaatccgt cggacaattt 60
atgctcacag tggctttatt tttcttaatt atcatcttca ttcctagaga tattacggag 120
cttattgagg cgcgtagcga tttaccatat gccgttcaga tttttagttt tgctgtggct 180
taccttatag tgctgatcct caaagtcact ggttattttt tcgtgtcggc gctgccgttg 240
tgccagcgta ggggcagggc aaaacgcatg ttaaaaacgc ttaattcatt gagtactgaa 300
cagctgtttt tacttgaacc ctttcttaaa actcattctc ccactttccg ggcgtcctgg 360
gataaccctg atgcagatgc tctggttaag gcaggtatcg ttcgtccggc tggttcgtgt 420
atcgacggtg tttctgtgat gttcaaaatc gaacccgagt atgagtcgtt aatgctttcc 480
acctggaatc cctgcacaaa acggttcgat attagccgtt ag 522
<210> 3
<211> 600
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis
<400> 3
atggcgcatc tacaacttgt taaacaaacc tcatcagggc ttctgctccc ggcaacgccg 60
gagagtgagg acttcctgcg ctcagtaaaa atcggtgcgt ggatacacgc cgattttaag 120
cgagtacgta actacgcgtt ccacaaacgt tttttcaagc tccttcagct tggtttcgat 180
tactggactc cgatcggcgg ggcgatcctg cctcaggaac aggagctgat taccggcttt 240
gtcgatttcc tgtgtgagtc agcagcgcag ggccacagtc ccgcactcag tgacgcggcg 300
gaacagtacc tgcataaggt tgctgtcaac cgaacgctcg atgttgcgct gctcaagtcc 360
ttcgacgctt tccgcgagtg ggtaaccatt caggccgggt tttatactga gcattattat 420
ccggatggca gccgtgggcg ccgggcgaaa tccatcgctt ttgcgaatat ggacgaaacc 480
gagtttcagc aggtttataa ggccgtactg aacgtcctgt ggaactggat tctgtttcgt 540
aaattctcct ctccggaaga ggtcgaaaat gtcgcagcgc aactgctgga gtttgcgtaa 600
<210> 4
<211> 555
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis
<400> 4
atgaataaaa taaatgtgct gggtgtaata ataaaacact acaaaacaat gtcagatcag 60
cgtggaacaa tgttgatgag cgacattatc gtacatttta ttgttccgtt atctctttct 120
ttcgttctgt gctggacata cggaataatg aaaccggcaa ttgcttccgt ctttgttaac 180
ttcggggcta ttacaacagc actattaatg agtgcagtaa taatgattta tgaacaaaaa 240
caaaaaacca tcactaagat atcagacata attgaaggaa acaaatcccg agacaaattg 300
atatcattaa acactaacaa aaccatatat gagcagttat gccacaacgt cgcttatgca 360
atattaactt caatagtatt ggttatattt tcagtgataa tatatttcct gcctgacaat 420
gcagtggatt taatgaaatg gtattttcgc gcacctgcat atattgttag ctttttagcc 480
tatacatcct tttttatcac tgttataacg ttcttaatgg taataaaaag atttagcaca 540
attttagata attga 555
<210> 5
<211> 609
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
<400> 5
atgacgatga aaaacgacaa ggcatggatt ggagacctgc taggcgggcc gctgatgagc 60
agggaaagtc gaatcatcgc tgagctcatg cttaccgctc ccaatgaaca aacctggcaa 120
gagcagatcg tgggtcataa cattctccag gcttcctctg ccaatacggc gaagcgctat 180
gctacaacga taaaactacg cctgaatacg cttgataaag tggcgtggtc gcttattgct 240
gaagggagcg agcgcgagcg tcagcaattg ctgttcgtcg ctctgatcct ccattcaccg 300
gttgttaaag acttcctggc tgaagtggtg aacgacctgt gcagacaatt taaagaaaag 360
ctccctatgg atagctggga tgagtttgtg gctaaccatc ttcgtcagca gcccgtactc 420
accagttact cagattcatc catcaaaaaa atgggtaaca acttgatcaa agcactggct 480
gaagctggtt atctggatac acctcgtcgg cgtaatctcc agtcggtctt tcttttacca 540
gaaactcagg cgaccttgca gcgccttgga caacaagaat tagtttctat tctggaggga 600
caacggtga 609
<210> 6
<211> 519
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Derby
<400> 6
atgggcgtgc cgcaaacaaa atcagaatta ttaaatgcga tggataagga ttttagtaag 60
ttaatcggtt atctgaatgc tatcccttca gaactactct cagaaaaatc aatggaaggc 120
catgcgaaag atacgatgat gagtgtcaga gatcttatct cgtatctttt gggctggaat 180
atgttagtca taaagtggat aacaaatgat gaaaaagggg aatcagttga ttttcctgaa 240
accggttata aatggaatca gcttggcctt ctggcccaaa aattttacaa agattatgaa 300
ggtgttcaat acataacttt gattcaggat cttaagttag caaaagagaa tgtagttgcg 360
cttattaatg cccgtgatga caatgtactc tacggaaaac cgtggtatgg taaatggaca 420
atgggaagga tgatttcatt caatacatca tctccctatg ctaatgcctg tggacgttta 480
agaaaatggg caaaagagta taatgttaga ttgaaatag 519
<210> 7
<211> 588
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Derby
<400> 7
atgagttatg actatgaaaa attagaaaac aaaaaagatg agataattag tattgttcat 60
gaaatattta ctgagaatga taaggcagct atttccctag tagattcatt ctgtagatta 120
acgccgcctg aaaaagaaaa atttgtaatg gaatatatta cagtcaactc atcaggccga 180
cgtggcggaa aatcaagaaa attgggtaat tttgttctta attggagaaa attattcaat 240
gatcttcccg atttagtctt aacagcggca ggtgttgcag ctgaaccaaa attagtattc 300
tttgcagcat taagtatttg gaataagatt tggtgtcatt cttcaataga acttacgcca 360
gaacatgcta ctgttttgta cgccttatgg caaggaagag atgagtataa taaaataaag 420
agagatgatg cgtttgcaaa gagtggcata caattcaatt tttacggaat gcaagagtta 480
gtggatattt cattcgatga tatcattgat gatctaatta aaatgcgatg tatagaagtt 540
aatgataata taatatggct tcgcgagtgg gtcagcggag tatattaa 588
<210> 8
<211> 558
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Derby
<400> 8
atgaaaaaca aatctgagaa aaaaacgaag agaagaaaag gatggataaa aaatcttact 60
gaatatgaac aatcaatttt cgttaacatg ctgaatgaag cagcaatggt taaaagaaga 120
tgggtgacta aaaaagaaaa acgtgaagtt atatatagat ttcgtgatgt tgtccttgct 180
ataagagaag caaataaaac taacgaggat aaaggtaatg gtgtatcaga acaagaaata 240
gtcaatgaag ttgatggagc aacatctgat gttgttaaag ttaaaaaaga aagaaaacca 300
cgagtcagaa atatcgatga gtatggtcgt ttgagaagag tatcattatc agaaagaaag 360
ttcataaata atgcagtatc ggaatcaaca aaagcaaaag agtcaaagtt gacagatgaa 420
gaacgaagga aagtgttgtg tgttgcccgc gaacagattc gttctcaacg taaagcgaat 480
cagattaaaa gtgtaagaac taaagcaaga catgctgcag tgtttgaatg gaaacgccct 540
gattctcctc gtcgctaa 558
<210> 9
<211> 282
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Derby
<400> 9
atgtctagtt ataatattga agttaaggtt gaaacagatt ctgaaggttc ggaaatatcc 60
aagacgtgga atatttttag tctggatggt tcattagtga aaagtgggat actttctgaa 120
tctgaagcga agaattggat taaagctacc gaagataaag aatttttatt cgatgtatcc 180
aaagatatta aagccgatat atctcatcca aaaaaaataa atgaagcctt aaatcctgtg 240
gtacaaccca cagggtgtat ttattggact ctgaatttat ag 282
<210> 10
<211> 1251
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Derby
<400> 10
atgatgaata aacagattaa aataaaggga atgacagcta tatttacttt atgcttttca 60
acgctatatg taggtaatgt tttttctgca tatcctgtca caaactacac tcttgatcct 120
tacctgatgg ggagatcacc actgtcatta ggaaatggtt taatcgaaac attagtctca 180
atgaatgaca agttggctca ggcaaatata actgccaatg agaatcaaaa gaacactgtt 240
atgagtaatg ctaaccaagc tatacaagaa caacgcatga agaatgtctt gaagagaata 300
cctgatgcta acgcttgtgt ggaagcgact gcagcaggag gtcgtggttc tgctggttct 360
aacacaaatg ctgccaaagc tgctttagct gaaaacagcg taaaaatgtt tacaggagca 420
agcaccggca taaatgaggc caaaaataac gtgatggggc gagtctcgat tgatgtctgt 480
tctggcgaag acgtgaagta caacagaggt ggatgtagtg ccataggcca atatcctgac 540
agagataaat cagcttcatc actgacaacc ccgccactat ctgtatctga tgctcagggg 600
aataaagttt caaaccaatc ttatgacgtt aaacagatga aagtggctga cgctgctaag 660
cgaaatctga ttggtaattt accgctacag cagctaaatg acaggaacct tgaggacacg 720
aaagaagggc gcgaatacct gtcagcattc tcaagttttg ttgccagaag caccgcagga 780
accaatgctg ttgattctat tctggcaata aagaaatccg gggatgtatc agtaaactca 840
agaggggtaa atataggctc aggacttggt tctacagcag gagcaagtca ggcgtggacc 900
gatacgtctg tgaaaaccaa gtatgcgaca ttattccccg gagcagagtt cccgcctaag 960
ccatcggaat gggaaatgtt gaggtatgag atttattctc gttatgcgga taccactggc 1020
gctgacgcat ggcaggttaa aatcagtagc tcggatgaaa gagaaacagc tcatgggcag 1080
gcaagaatgc aggccatcga tctaagatta cagatgcttc aaatagaaag aacagaagac 1140
acaaatattt tattagccgc actattagga caacagctac aacctgttga taaagtgatg 1200
ctgaataacc tgaaaatcaa tgccacaaaa tcaacgcagg ccgctaagta a 1251
<210> 11
<211> 240
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Derby
<400> 11
atgaataaac tgagagggaa ttttattttt cttatcctga tttttatttt gtttgattca 60
tgtatcagaa acaagcatga gtacttagtt ctcgttcctt tgttttttat tagtgacatt 120
ttttcggtgt ggctctctaa gcattttgag aaaaataagg tcttggtaaa gatagcatca 180
ttcatgattt tctatgggtt aatggcagtg cttgtcatgg gctttataaa atcacgatga 240
<210> 12
<211> 576
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Derby
<400> 12
atggccttac cgaaagaatg tagagttgaa agatctaagt atttagaaga acaatataag 60
aagtatcaaa taacagaact tgaaaactta accactgaag attttagagt gttggggatg 120
tatatacaga catattgttt tattgagttg aatatacaga gaatatttca aaaacttaag 180
gaaaatggaa ttataaaaat aaagaaaggc actaaaatca atgttcctta tataatggat 240
atgttgaaaa agtcgattaa tcaggtgatc acagagccat cagagatttc tctttttatt 300
gagaatctag gagagataga gcttcgtaga agttatagaa atatttttgc gcattgggcg 360
gcgaagcgaa tacctaaaga agacgctatg gtttttatta ccagtaatgc gcaggattat 420
aaaaaagtga ttggtaaaga aatgaactca gattacattg cttatgctat tttagacatt 480
gctgatattc gtggtttaat agttcatttg ctcgaatatg ataaatggct agctgaattc 540
accgggcatc tctatagcaa gtttcaggat gaataa 576
<210> 13
<211> 546
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Derby
<400> 13
atgaatttta aaccgatatg ggatatctgg tatccatcgc cagataaact ctcctgccaa 60
acgtcttata cgcttgagga cgctcagcaa aaattggaac atgccctcga aaaaaatgaa 120
cagatgcatg gaacgataaa gccgttgcgc gtgacggtgc ggtatgactt cagacgttgc 180
gatggacgga aactcacagc gtcatttaac gggcgctggc atgaaacgcc agttggcgta 240
acgttggaag gtcaaacatc gccatcaacg tttggtcccc tgattattac catcgcactc 300
cttctggcgc tgggaatgga aatactcact ctcgctaacc ttgtcggacg ctttatcgga 360
gggatatttt tcccgctgga caacattgtt agtggacccg aaataaactg gccgctcatt 420
gttatcctgc tcggtttccc ccccattttt cttgccatcg caacaggtat tctcgcgttg 480
ctgaacgccg ttgaacgtga acaaaaacaa caactgcttc gttttatccg cgatgcgctg 540
aaatag 546
<210> 14
<211> 609
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Indiana
<400> 14
atgaatagga caataaagaa aaatatagaa aatataaaaa taattactga tgaaataaaa 60
cgatgtgcta ttgaggaaga tgaaggtaag atattaaaat tggtttccac ttttgaaaag 120
tttcctcgta aagaagttag ttctttttat aacgtttttt ttagggattt aaatctttgt 180
gaaaaattga ttagcatggc gaagtattat ataaataatg ataaaatact tatagaaata 240
atatcttcgc taggaaatat ggtcgttcga tatggtttac ctccatcaga cgatttgtat 300
gaactttttt ttagtttgag gaatagaaag aaagttaact attatatttc actgtttatt 360
ctccatttcc cacaatcgga gtcatgtgat tttagatggg attatatttt atctatccct 420
gatattgcac caaaagagaa atcaaagaaa aacttttact caatcattaa aaatatcaat 480
gcgtcaggag agaaaatccc ctttgaatat aaagccagaa tagtttatct attgggggtg 540
tttagtgata ataatatgta tggtgaagag ttcatgatgt taagagcgca acttcaatcc 600
gtagattga 609
<210> 15
<211> 681
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Indiana
<400> 15
atgaacgtaa tgcaggataa aattcaccca atgcttttgc cgttctatga agaagtccga 60
atggatgatt ctcttacggt ggttattgtg agctttccac aagggatttc taaaccttat 120
gttgtgcgcc atcaggggag ggaagaaatc ttcattcgtg tggggtcaac gtccagattg 180
gcaactcgcg agcagcaaat gcatttgttt gaaattagca gtatgttaca tactgaggta 240
atgcccgttc cgagaaccga tattacctgt ctggatgaag cccgtttatt gaattatctg 300
cgcaatattt tgcatgatcc cgatattccg gagacaccgg aacaatggca acaacggctg 360
ttgggattga gttttctgac gcaaacgggt gaaaacattt gttgtacgat tgctgggtta 420
gtgctttttg gtaaacatcc acgtcagtat ttacgtcaat cgggtatccg agtctttgcc 480
ttcgccagtg aatacaaaga atatcagccg ttgttggatg atatgctgga tggcccaatg 540
gtgggacgtt ttgatactga agaggctggg agagcgttga tcgatggagg attgattgag 600
cgtttgatgt caaccatcat gccatttatt acttctgagg cctctcaacc cgatatgaac 660
ttgcgtcggg aaaccaccta g 681
<210> 16
<211> 195
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Indiana
<400> 16
atgcttaaaa gcgagttact ggagatcatt gctaacggga aaagctccgg agtggagttc 60
aagcgagatg atgtccgccc ggaacaactg gcgaaagacg ttgttgcgat ggctaacttt 120
tggggaggat gtgttctgct gggtgttgag gatgatggca ccattaccgg aattcagcat 180
cagaacctgg aatag 195
<210> 17
<211> 684
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Indiana
<400> 17
atggttgcca ttttaccggc agggcctctg caaaaatgcc gggccgcaga tactgcggca 60
gaggttgaga gttatacacg ctacatcctt tcactgcgcc agttcgctgg ctatgtttcc 120
atccgcccgg aagtctcacg atttcccggt ttatctgtac ctgctgatta tcagcgcttt 180
ttatctgcgc cagatctctg gtcaatgctg tactgcgccg gaaacgatcc ggtaacccct 240
acacccgctg ccacatcagc tcctttgact ttacgggctg cggcctgcaa agacgttcgg 300
ctttgctgcc gcgtgaccgt aaacctgcac cagaacctgc aatctttcgc gcactgcacc 360
cgaccagtgc gtcactttcg tcgcgcaaag cgacaaagtg acacacaacc accacaccgc 420
gctatgcccc tgttttcggg gttccagcgc tcattcccga atctgacacg cctttttagg 480
gccgctgtca gcaagaaaaa ggagaaaaag atcgataccg aggggggcat gacgccccgg 540
agaattcctg ctcacacagg cagcctgtac cgcgtacagt ctgaaactcc ctatacctca 600
acaagctgcc actccggcgt gaaggtatcg ttctggcgca gcctaaaagc atacgccgga 660
gactgtttgt gttttcaaaa ttaa 684
<210> 18
<211> 162
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Indiana
<400> 18
atgcaaaacc ctcggccctt aagcaatata gaaatcaaaa atgcccgccc ttccgctaaa 60
ccacacgtac tttatgatgg tgatgggctg gaactaaaaa tcactccgca aggctcaaag 120
ttgtggctgt ttcgctacta ccatccccac tcgcacaaat ga 162
<210> 19
<211> 291
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona
<400> 19
atgtttgatc ccagcgcaac aatagagaat cttcatggca ttgtcagtca tgtggatatc 60
gttgcgaaaa aggttgtgct gcgaatgagt tcagagagga ctgtaacctt cactattgac 120
gaaaacacac tgtatattgg cgaatatggt ggggattttg acatggaaga tttggtttcg 180
ttcaaaggca aagaagcatg ggtttggtat aaaaactgtg atattaaaaa taagaatgaa 240
ccaatagtac tgattaattt tttattaggt ggtggagtac atggggagta a 291
<210> 20
<211> 438
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona
<400> 20
atgagtaaaa acctagtctc tttatcgaat gaagttgatg aaaaaatatt gaagatgaaa 60
gataaagtca aaaccacaaa gaggaaagca aatcccctta agctgcttgg tttatttttt 120
gcagctctga caactatttt agttggctta agtaatggtc gtgtcaattt atctacctat 180
tcattaataa caagcgcact tttaacctta gttgtcggtc ttgaatccca tttttcatat 240
caagagcaat gggcaagaca aaaatggaca ttattgaaac tttatcaaat acaaaataaa 300
atccggctgc tcaatgaaag tgatagaaca aatcaagata ttataaatat ctatatttca 360
gattacttgt caatatggga tatggatctt tctcggtggg aaaagattaa aacacaagaa 420
aaacacaagg cgtcttaa 438
<210> 21
<211> 375
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona
<400> 21
atgaaaataa atctattttt agccttttca cttatctctt tagcttcaat cacttgcgcc 60
gagaataaaa taaaggtcac aggaatatac tccgatctca aatttcatga tggcactggc 120
gatgttgtgg gaacggagat tattatcggt tactccagta aaggatattg ggtttccttc 180
cagtacagtg aaggtgagcc cacgttcccg gtaatcgttc tggcgagtat caataaaggt 240
aaaatcacct ttaaagtgcc ttctgagttc aatgaattta atggtgagat ttcatcagac 300
ggttggcttg ttggtgagtt tgatgggaat aagcagaaaa tcattttaca gagagggaaa 360
agctattggc agtaa 375
<210> 22
<211> 348
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona
<400> 22
atgaaggtag acctgagaaa actatctatt ggctggattg acaccataga aacgcgtaat 60
gatagcttga ttatgagcgt agtttcattt gcagacgagc taaaaataaa atgtgatggt 120
gtgattttct tgtcagtaca ctatcgtggt gatgatgagc ctggtactga atttggtact 180
gtggttgaag ttcggcatga atatcggagc gttagaagtg aagatattcc gttgcataat 240
tactattatc aatcaaatat accattgaat attgtaaggc tggaggggga cttcatagtt 300
aaccttgtct gcaaatccat ctctactata ggtcaggaga atgaataa 348
<210> 23
<211> 405
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona
<400> 23
atgaatatct actttaaata tattatactt ttttgtttta ttattccagg cacgaatacg 60
tttgccgtgg aagttccgtg gatcacgaaa aaagagagac aggaggtaac gacgtattat 120
ctctacgaga cctgttccgt tattggtgaa actcgaggtg ggatgatccc ctattttgat 180
tgtgagagct acgtatatgg cgtcctggat gcctaccttg ccgttcgtga tacgattccg 240
gtggctcagc gggcttgctt ccccaaaaat ctggcaccgt ggcaggtgct tgaactttcc 300
gcagattatg atgaaaatgt gatgcaacaa acaattattc agggttatcg gcctgcctcg 360
gaggttttaa ttgaacattt aagagagaaa tatccgtgtg agtga 405
<210> 24
<211> 795
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona
<400> 24
atgtcgagaa atattattac acctaaggaa gcagtaagta tttgcaggaa gataaggaat 60
tcgtgtgacc gggattttat taccaaagga ttccggtttt tgttaagcca actgcccatg 120
ggatttcatg atgttactga ggccactttg tggcgggcaa gaaaaacaga tgaagcccat 180
cctgaaggat ttgattatat caaggatgtt atctgccctc ctgcacaatc agccaaaacc 240
gggcgactca ataatgaagg catgcctgta ttgtacgcat ctatcagcaa tcatggttgt 300
cttgctgaga ttggtgccgt accgggagat aaggttcagg tatctgcatt tgacctaaaa 360
cctgagcaaa aattgcactg tggctttgtc ggtgacattg ttaaagcgca caaatggaat 420
agtgaagatt ttactctcgt ccagaaaaca ctggaaccat ttactgaaga gcaaaaaacc 480
agtattttct tgattgatag ttttatcgca gaaatactcg ccgataatta tgctaacata 540
aatgaatatc tgcacacgac aactcttgca gatgttataa ggaatggtaa gaataaactg 600
gatgcgattg tatatcctgg agttgaatct gtaggggcaa aaaattacgc tatacacgct 660
gattcgttga ttaaatttaa catccccgac atatatcttc ttgaaataaa aaacaagtat 720
ccttatggtt tttatgaatg gaccgtactt cggcaaagag accattatga tggtgacatg 780
attatttgga agtaa 795
<210> 25
<211> 929
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona
<400> 25
agtcatactt tcaaaatata cgaaaaatga aaacacttga ggaagcccat aatacactaa 60
tggggcactc tgttatcagt ccctatatga gagttcttta ccatcttttg aaacacatct 120
ttacgtattc aactaatcct gatatttata aaaaatatac atccccatta cgctcactta 180
ttcgtaatga tgttctttat cttgttgcac taaatacagc aattatctac aaagatggtt 240
cgttagatga taatggctat caagagtttc aggagtatct tcaaaagagt gatttctttg 300
aacatacaat attcactgct gatgagtata aaaattttaa tgctgttaaa agtgaagtag 360
aattcagttt tgatcaaaac tttaatatcc cgattaggaa ttatattttt aattatgtga 420
aaacattgag gttccaaaat gatgtgattg atttgcacaa ggatttaatg ctttgtgtta 480
tttttaaaaa tccgtttact cctcttgtta actcttatat tgacaatgtt tcactggttg 540
tcaaagaatc atataagtat cacttaggtc aggtttgtaa atccgaaaat agatacttgg 600
gtcttctgaa tgatttatgc gcatattatg aaaaggagaa taaagaaaag gaacttacat 660
tgataaataa tttctctact cttcgtgaaa ttgcgagtag taataaagat aagtatacat 720
tattcttcgt aagacgatct gatggattct cagataattg cgccaatgta gcaaactgga 780
ttgttgagtt tgatagatat agagaagtat tgcggcagca tgaaaataat aagttaaaag 840
tagaaaaaga tcttgacaat atatcaaaat tattttcgag tatgtttaat gaaagtatag 900
ctaaatataa attaaatggt ctattttag 929
<210> 26
<211> 1086
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Infantis
<400> 26
atgacaaaag cagatatccc attaaaaact gagcgactac ataccgtagc cccatacatt 60
gggaagatgc gccccgaaat tgcggggtgg gctattgata ctgtatccaa accaggcgaa 120
ttagtatacg acccattttg tggttctggt actgtgctcc tcgaagcttg gctcaaaggt 180
agggatacta ttggtaccga cctcaacccc tatgcctgcc tagtgtcacg cgcaaaacta 240
aatccatatg aacctaataa ttcagaaagg gtccatgtac tattagataa atactcagct 300
ttcgttgaaa agataaagcc gaccatcgat cttgatgaaa ttcctgtttg ggtaaaggac 360
ttctataatc cacaaacttt aatcgagttg ttagcatggg ttgcagtttt aaaaaataat 420
aatgatgagt ttgctctcgc ttgcttgctt tccatcgctc accatcagcg acctggtttt 480
ctttcatatc catcaagtca tacagtgccg tatctcagaa ctaaaaaatt tcctccacat 540
gattttcctg agctctacga atataggcaa gtacgccctc gactagaaaa gaaaattttc 600
cgggtgtata actcattgcc ttcaattgat tactcattaa gtagaactgt ttatcagcaa 660
gatgcttcta ctttagagtt gcctcgtaag gttgatgcaa taattaccag tcccccatac 720
atgggacaac ttgattatgc tcgtgataat agattacgac tttatcttat gggtgttgag 780
gattggtcat cgctcaataa gtccatttcc ccaagcgcaa caagatttgt tgagcaattt 840
agttcatgtc tcaattcatg gcgtaaaaat ttacgtcatg gaggcaaact tgcgattttt 900
gttggtacca caaccaatac tacaaaaaaa aggctagacg atattgtaat tgatttgata 960
aataatgaat ggcctgacta tgaattaacc gacaaaattt cgagtgaaat tcctgaagcc 1020
cgacgagcca ggaaaaattg taagggaagt gttgctgagt ctctattaat atttgaatat 1080
aagtaa 1086
<210> 27
<211> 873
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Infantis
<400> 27
atgattaact ggccggattc tttaattgat gagctagctg ctcgccgatg tgtaatattt 60
atcggctccg gtacatcggc tagtgcgaca aaaaaagggc ctaataatga gacaatcagc 120
cctccaacct gggatagatt acttgaaatc cttctggaaa aatgtcatga agatcaagat 180
ggttctaaag aaaaagcgaa tgagcttctt caaaatcaaa aatatcttga ttgtgctgaa 240
ttaatccgcc acaactgcat gcaaccagct gactataaca gaagcattga atcaattttt 300
tcgggatata acccaactga aatacataag gcagttttaa gtcttgacca gaaaatagtt 360
ttcacaacaa atttcgatag aatttatgag catctttgtt taagagatga aggtcgagat 420
gggtatgtag ctctaaatta ttatgacgat ggtcttattg caagaatgcg ttcacctaag 480
agaattattg taaaagttca tggttgcgca ggaactcctg aacatacaat tctcaccaaa 540
tctgattttt tcaaagccag gtcaaaatat ccaggttttt tcagtgcgtt agaaagtata 600
tttttgactc ataccattct ttttatcgga tacagtgtca atgatccgga aattcagttg 660
atacttgaaa ataatataat tacataccct agtgataatc ctcattatgc aaccatgtca 720
aaaggcatgc ataggacaat gatagcagca ttcaaaaaaa caaataatat atccgtgctg 780
gaatatgatt ctgctgacaa tcatatacag ctggtagaaa gtttgaaaga attatgtgtc 840
caagtcgaag atagaagaca ataccaaggt taa 873
<210> 28
<211> 1050
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Infantis
<400> 28
ttgaaatcag tagcaatgtt caataataaa ggtggtgtag gaaaaacaac cctaacctgc 60
aacctagcat cgtttattgc aacggagttc aataagcgag tgttaattgt tgattgcgat 120
ccgcaatgta attccacaca attaatcatg ggaattgagg agtctgctga gttttatact 180
aggtcaaata acaaaatcag cactataaaa gatgtcttgc aaccaattga agatggtgac 240
tcagatataa acactgatct aacgttccta aaatcttcag aaaatagatt tggtgtagat 300
ttactacctg gccaccctta tttagcaata attgaagata gattaggtgc tgcatggtca 360
caacttcgtg cgggagacag acctggttat aggcaaacaa actggaataa tcacctctgt 420
agattcttag aaaataaata tgatctcgtc atgtatgatc ttggccctag cttgggctca 480
ataaatcgct cggtactaat tggttgccaa cacttcctaa cccctttagg atctgatgtt 540
tttagtatca ttggtgttaa aaatatagcg acctggcttt caaaatggct aaaagactat 600
attaatctat ggaatctatt agaacctgag gagaaaacta tattaagaga ccgatttaat 660
atcattgata ctcctagtgt atataaaggt ttcatcggtt acactgttca actttatatt 720
acaaaatcct acggtaaaga aagacgtgct acaaaggcat acgaatctat tataggtaat 780
gttggtgtcg aaattaatac atatcttcgt aatttctatc ctcagcattt agaggctcat 840
ccagaacatg ccaaacttgg tgatatacaa cacctttata gtcttgtacc tctagctcaa 900
aaaaatgctg ttccaattca cggtttaacc agtactgatg gacttgtcgg atctcaatat 960
tctgcagtca aagaatttta caatacgata catccaattg cagagaacct cttacgtaat 1020
ttaaatatgt tgggggtaga tgctaaatga 1050
<210> 29
<211> 546
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Rissen
<400> 29
atgattaata aggttttatt tcaatcaatg ttaatagtta ttttcactac tatttcttgc 60
tcttcatcag ccaggctttc ccattcagaa aaaatgaatg tttttaatga taaggctctg 120
gtggcagaag ctaaatatag ctttattgat gttcgtgata ataatctatt tgttgatggt 180
aagtacaaca aatcttatgt tgataaaatg tatgatactt actccattgt ttatcaggaa 240
aatagtatta actattactt aatgttaaaa agtggcgggt tattgaaaaa acatatactc 300
aaaacaaaag aatatttaaa tgggaaggat tgtgaaaaag ctaagtatgt taaaaactgt 360
attttcatgg aaaaaaggat tgacgagatg tataaccttt cggtgatgat tgataatggt 420
atggatgcag atttaattag aaaaaattta tacaatgacg tatacaaaga cagttacaaa 480
gttatgctaa tgaataaata cattgaagct cataattttt tagaagaaag tcaataccga 540
gattga 546
<210> 30
<211> 1470
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Rissen
<400> 30
atgagtgtag ctaattgcat aaagatcaaa gggttaggat ctgaatcgac tgggtatctt 60
tttaaggcaa gttcctgcga tgcaagtttt gtgatctcat cgaagcatgg tctttgccat 120
cagaagacaa gttgtgagcc attcaaagca aagacagcag gatgttgtag gcaatgccca 180
gtccaactca gcttagatac tatttcatta gaaaactcta aaatgagcct caatgccata 240
aagatcttta gttttcctga tagagacttg gctataactc ttgtcgaggg atattctagt 300
caccctttac gcatcggtag tgaagctaat attagttcaa cacattatta cctcaatgct 360
tataaacaag atgatacgga accagggcgt attatgctca attttcctga taaatcaact 420
gatgggctta tatattataa tatagaatcg aactcaacac ctgatttggt cgaaaagtct 480
agagggtata aaggtgtttc tggtgcatta gtcttagaat atcctgcttc agatttccca 540
atagcacatg ctgttgttat agaaaatggt aaaaataatg atcttgttgc tgaatctcta 600
actgatattg accatgagca gcttaataat tttttcgact gtatcgtttt tcataaacca 660
gcttggacaa taaaattaga taattcaata ggtgattatg tccaagaaat tttcaggaaa 720
aaagttactg atgaatttga agttgttact tacataccgt cacataaagg atttcctcac 780
tttaacttaa atccaattgc aaaatttttg cttattgaat ttaatcatat gcttactaca 840
aataaacttt ctctttctca aggtatgtat agagccggta atttattagc taatgaggaa 900
aagcatgaac cagccaataa gttgctaaca ggaaggttgg tagaaacata tcttaatgca 960
cctcatcttt actctactgg gctgacggac aaatactatc atcacatgca ttatatgatt 1020
agtcccgatg gcaattatga attagcattt tcaaattatt gtggtcacaa taatataatt 1080
gaaggtttaa atgatgaaat agggaaagta atttctaatt tcaattttta tggttttaat 1140
caggaattat ttttagaacg ttcattttta aatcaaaaac ttcctgcatc agaatgtgaa 1200
actctattta aagttctttt ttctgaagat aaatgtatca gtacattttg tttagttttt 1260
actgtatccc tggaggaata taataaaaat gaattcgctt cggtaaatga ttatattatc 1320
tcgctggtta accaagcatg tgctggtatt gatgaagaaa tcctcaagag tctttccttt 1380
ggcttaaaat taaatttatt gatcatgcca agtaataaaa ttaatgaatt atcgctggca 1440
attgttaagg agttaattgg tgatgattag 1470
<210> 31
<211> 1488
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Braenderup
<400> 31
atgaaagaaa tagtaaaaca agatggcttt aatgaatctg aaaaatattt agcagattta 60
tgcagcaaga ctttcttaag cttatggagt taccctaatg tttatactga cgagggtaaa 120
aaaagtgata atagtgatgg gaaagaatta tgtgatttat tagttgtatt caatcagcat 180
gtcattatat tttctgataa agatattggt tttaaagata ctgggaacat cgaagttgat 240
tgggggagat gggttaaacg ggcagttttg aagtctgcga accaattgta cggagcagaa 300
aactggatca gggaaagatc aaacagaata tatctcgacc ctaaatgcaa gcacaaattc 360
ccactaaact tccctagcac ggaagttatt aaaatacata gaatcgctgt agctaagaat 420
gcaaccaagc gattttcctc gatagttcaa ggttcaggaa gcctgataat aaatccatta 480
ataaccggag atgaacacct aaaaaatcca tttatgattg gtatacctgt accaaacaaa 540
ccatacattc atatttttga tgatgtcgcg ttagatgtta tattaaatga actagataca 600
atatcagact ttattgatta cttagaaaaa aaagaagaat tcataacttc tgggaaatta 660
atctccgctg ctggagaaga agatttactt ggtcattact taatgagtgc aaaaaaagac 720
ctcgcccctg gattttatat tgaacatgat cacaaggcag taattttaga ggggcaatat 780
gagtctttaa taaaactacc gcaatatcac ctaggtaaag catacgatag aatatcttat 840
ttctgggatg acttcattga gcatttttcc agacatgcat taggagggac tttactatat 900
gagaacaaac atccattatc agatgcaact ttaggcctac aagtaatggc atcagagaag 960
agagtagccc gtcgagtttt atcaagctcg attttagaaa aaataacaaa aacgccacct 1020
caaaaaaaag ctgttcgtgt catggtttcg ccaaccaatc ctaatcatgg atacgtttgg 1080
cttatattac ccattccacc tcaagctcaa tcatatgaag attataggca ttacagaaag 1140
aagtatcttt atatttattg cacatccgta aaattattat atccagattt aaatatcatc 1200
attggggtag ccactgaacc gcgtgatggt ggaggtggag aggatatgat ctatcttgat 1260
actaatggtt gggaagcgag tgattttgag caagcggagc aagatcgaaa aacttatggg 1320
gtactactac ctgaaaatgt tcagcaattc tctggtgttg agtatcaata tcccataaat 1380
gatgacaaga aattaaactc agaaaaaaaa tcacgaaccg ctataattgc taagaaaaaa 1440
aagaaaagtc aaaagaaagc tagaaaacta aatcgcaaac ggaaatag 1488
<210> 32
<211> 570
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Braenderup
<400> 32
atggatcaag taagagccta ttacacagaa aattttatca gagtgtatca agcatattca 60
gatgaaattg ccgattccgt cttaaaaaat aaaacttttg tttccccgcc gtttaacatg 120
gcgcgtatga cctggattaa accatcattt ctctggatga tgtatagatc tcactggggt 180
acgaaagatc ctggtcaaaa aagaatccta gctattgaca tagctcgcac tgactttgat 240
actattttcg aaaagtcggt aattaacaac catgacaaaa atcacaattt atcatcaaat 300
agctggaaag aagcagtgaa aaaaagtgat attatcattc aatgggatcc agaacgagat 360
atttatttaa acaaacttaa ttaccggaca attcaaatag gtctacgaaa tgaagccgtc 420
ataaattata ctaataaatg gataaaaaac atccacgatg ttactaaatt agcatcaaaa 480
atacattcac ttgtactatc aggtaattta gaagaagcaa tgttattatt gccaatagaa 540
tctgaatacc ccactaacca tcaaaggtaa 570
<210> 33
<211> 549
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Braenderup
<400> 33
atgatggata gtagacagaa aaaattagtt ctttcggtta ttaataataa accaatccac 60
gagggaaaag tgtctgatga ggattttctt gccgaatttc catccggttg tgacaatgtc 120
agtgagtttg taactaaatt attgattgaa tcctgtgttt ctatggatgc gcaatgtgtt 180
gaattatctc tatatgtagg attccacttt ggtttttcag gtgctgatga gctcatttta 240
gataagcttc tggtatgtga ttttcattac agacatgatg aaattgtacg agctttagtt 300
ctaataggag catccacaga tgagactgtc gatgctcttt ccaaatgcgc tttaactgaa 360
tttgattatc tatcagatga cagagatgac ggcatatata ctttgtcatg gaattgtata 420
tatgcgctgg ctaaaatagc aacaccttat gcgattaata aattgaaatg gttatctgaa 480
tgtgatatcc aggaaattaa agataaagca gttgaagtaa taaaaaaata taaaataaat 540
attatgtga 549
<210> 34
<211> 1098
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Braenderup
<400> 34
atggataaat acttcagaat acgaccacag tggagcttag tagaagcatt tgaagaaaca 60
aataaacact atcaaccagg gagcatggta acaggtgccg cacgtaacgt tcaaatagag 120
aattgggggg tcttaatcgg tagaactaga gcattagctg aaataaaata cgccattaat 180
tcatttggtt caaaaagtaa actatgcaag cacatacaaa tatcaacaaa atactttaat 240
atgcttgagg atttctttca agaattgcca gatgataaaa aacccggaaa aatatatcaa 300
ggaatgacta tatcaggata ttttctttta aagaaaattg gtggcggtgg caatgctgta 360
gtttgggaag caagggatcc aaaaggcaaa gtacgcgctt tgaaaatcct aaaaaaacct 420
aacaccactt cagtacatcg ctttaatgac gaaattttaa cactgaaaaa aattgaaagc 480
ttgaatgata acaaaattaa tgtaatcaat attacagaca attatcaacc agatgaaaag 540
gatgtttttc catggtatgc aatgccaaaa gcagtctcat tagacaaata cattgaaaag 600
cactcaccat ctccattgac tatattaaaa ggaatgctgg aaatatgcat aactattgaa 660
ctacttcaca aacaaaaaat atttcacagg gacatcaaac ctgacaacat tcttatttac 720
aaaaataaat ggcatctatg tgattttggc attgctactt tcccgaacaa acaaagaatt 780
acaaaagaag gtgagaaatt aggctccttg cactttcatg ccccagaaat gctaatgact 840
tcggagcaaa gttcgggaga gagtgcggac atttatagct ttgctaaaac actatgggta 900
cttttgagtg ggcacaaata tccgattgca ggagaattgc gtatggaccg aagtgaggct 960
ttgttatcaa cttattgtca aatgaaaaat attcattatc tagatttagc tatatctgaa 1020
tgcacacgct ttaacccaag tgaaaggcca aaaatgaaat cggtgaggca ccacattgaa 1080
aaggtattag cggagtaa 1098
<210> 35
<211> 792
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Virchow
<400> 35
atgttaaaaa cacacatgaa tgcaaccgag aatcatttgg tttctatctc acagattcct 60
gctaatgctg gacatacatt acatagaggt acaccgagag aagcgtttat taaagagttt 120
ctttccgggc acttaagctc taatgtggca attggttcag gggaaattat agattctaac 180
tctcaaccaa gagtacaaag aaatcagtat gatattgtca tctataaaaa caattatcca 240
aaattagatt ttggcggtgg agttaatggt tttttaattg agtcagtaat tgctacaata 300
gaagtaaaat cattattaga ccaatctgca attgaccagt cggttaaggc agctcacaac 360
gcgaaagttt taaacccaag cataaataaa agtttcagca ctggatgggt gccacctaaa 420
attataaatt atgttgtggc atatgatggg ccagcacaaa tgaatactgt gtataactgg 480
atcttaaata gtcatcaaac gaataggatc ccgttgccat catggaatca gcaaacgaaa 540
tatcaaacac caggtacagc acttgatggt gtggttttat taaataaagg atttataaag 600
cttgataata caccattatc gttaaactct tctcagcaat caggaactca tatagttgtt 660
gacagtaatg atggtaatct attaatgatg tttttggctt tacaggaagc gtgtgacaat 720
atccaaggcg cttggttgaa tgcaggacca tatgtaagaa atgtcggatt taacaatgta 780
agaataatat aa 792
<210> 36
<211> 1032
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Albany
<400> 36
atgcgatatg gagttattat tccggctctg cttttacttg caggtaccag ccaggtttat 60
gcaaacgatg gcgcatgtct cagttaccag aaagaagtca ccctcagcgg ctatgtgcag 120
gtcgtcgtta attttggccc tccaggttac ggtgaaaccc cggaagacca gaaaatagac 180
agacgggacg ttgaggttaa cctcttactg gatcagccag tctgtaccat cggcacggat 240
agcgctgaag cagagaaaga cgatatggaa atcgcactga cgtcgaacga tggaacgaat 300
aacagtctgc gggcatttgc aggtgagcac attaccgtca ccggggggct tcagcactcc 360
gatgttgctg aaggggcaac gctcgttctg acatctacac aggtgctggg gcaaaccact 420
gacagtgata caaaccgaca gactacgctg aacgacggcc aaaagcgtga gatgctgact 480
caatttaagc agtttcagca ggcattaaaa aatcaggaca tttcaacagt agagtcattt 540
ttcactttcc cattatcctg ggagacagag gtcccctggc aaaaaggcga tcttcaggac 600
cttcctgtag ccagccttaa agtagataaa gaaacgtttg aacaacattt ctctgatata 660
gcaaagtttc tcaatccact ggtaaatatc gattctgatt tacaaacact taccacaatg 720
gaatatcggg aaaacagcct tactgctgaa gcacaaaagc gcaagtatta ttcaacggga 780
gatgatgata gtgaccagta tttgtattat taccaggaag gcgatcagaa acattatgtt 840
aaaggcgtat gcgataacgt cgtcagtacc gccgaatttt atgatagcga attatcggta 900
acggtaggat cggctccgaa taaacaaatt ccggggggat ctgaatattg tgaacaccag 960
cgggcaatac ttgattttgt actcatcaat aacaggcttc atctgaaaga cggtatcggg 1020
ggcgctgatt ga 1032
<210> 37
<211> 1257
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Albany
<400> 37
atgagtactc tgagttatct agataagttg ctggatggcg ttgaggttga gtggttgact 60
gcctctgaga ttttcaacat taaaaatggt tacacgccat ctaaagctaa aaaagaattt 120
tgggaagatg gaaatatccc ttggtttagg cttgaggata tacgaactaa tggcagagag 180
cttaatgatt ctattttgta cgtaaatcaa gcgggagtta aaggtaatct ctttcctaaa 240
gattcaatat ttatgtcaac aacggcaaca ataggagagt ttgctttggt caaaatacca 300
cacctgacca atcaacaaat caccaacttt tcattaaaga acgagtttga agaaattgta 360
gatataaagt atttattcta tagattccac cactttgggg agtggtgcaa ggaaaatgct 420
aacaaaagtg gcggcttatc tattatagga attaaaaaat tatcatcgta taaatttcca 480
atcccctgcc cggacaaccc ggaaaaatct ctcgctatcc agtctgaaat cgtgcggatt 540
ctggatacat ttaccgccct aaccgctgag ctaaccgctg agcttagcac acgcaaaaag 600
cagtacaact actatcgcga ccagttgctg agttttgaag acggcgaggt tgaatggagg 660
acgttggggg aacttggggt gcttatcaga ggtaaacgtt ttgtgaaaac cgatataatt 720
cccaaaggcg taccgtgtat tcactacggt gagatgtata cccattacag catctgggcg 780
gataaagcaa aatcgtatat ttctactgaa ttagcttcca agttaagaaa agcaacatac 840
ggagatgttg ttttcgtctc tgcgggcgaa acaattgcgg atattggtcg tggaacagca 900
tggctaggcg atgaagatgt tgttattcac gacgcatgct ttttctataa aagctcatta 960
aatcccaagt atgtggcata cttctcaaga acaaatttct tccacgacca gatcaaaaaa 1020
tcaatctcct cagggaaaat atctgccatc aatgccaaag gcttggaaaa agtgattatt 1080
ccggttccgt caccagaagc acaagcccgc atcgttgcca tcttggacaa attcgacacc 1140
ctgactagct caattaccga aggtctgccc cgcgaaattg cgctgcgcca gaagcagtac 1200
gaacactacc gtgatttgct gttcagcttc ccgaaaccag aagtcgctat agactaa 1257
<210> 38
<211> 324
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Albany
<400> 38
atggaacagc acaaaactat cctacaagct ttggcgaatg gttcatttgg taactttata 60
aatgaatcat cagatatgga tatcaacatc tttgaagagt tactttcttc cgggatggtg 120
acggccattg atgcttgtac ctttgatgga aaagaatatc ttgatcctaa gataactttg 180
agagggcggg agtttctgaa tcaactgaca gctaagccga aagaatcggc atggaaagtc 240
tggttcaaaa cttggtggaa agtaattgtg gctgttactg ctgtcttaag ttccgttgcc 300
acaattgcgg gatatttcaa ataa 324
<210> 39
<211> 1701
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Hadar
<400> 39
atgaaggttt taatctcaca atatattaga acgctgaaag aaagaaatga acttgatctg 60
ctgctgccta atttgttgct atcgatggat attgttcctc tttttactac gcaaacaggc 120
acccggcaat atggagtcga tattgctgca atcggtaaag atcctgaaga tggtgtaaga 180
aagatttttc tctttgtgat caaacagaaa aatctgggca tggccgaatg ggattcagga 240
agaaattcta tcagacaaag tttaaacgaa atttttgatg tttacataaa aaataatatt 300
ttaccaaaac ataaaaaatt accaaagaag ataatactat ctaccagcgg agatatgaaa 360
gaagagctaa gtcaaagctg ggccggttac attgatgagc accagcccca cgagtttgat 420
ttctggggag cagctcaact agcaacacgt atagaaaaat atatgctaaa cgagcatata 480
ttcactgaca gtgaccgaac tgatttgagg aaatcgttat cattaatttg tgaaaatgat 540
tattcaagag aagatttcca ccgcttatta cttcgtacac tacaactcaa taataaagga 600
gaaaaagtaa aacaggtcaa aaaatctgaa cttgagaaat caatccgtac agcctatctt 660
gccacaaata tactagccta ttgggcaata caagatggta atgcaaaaca agccctctat 720
gtatcggagc gttgcctgct atgggtatgg caccgtattc accttgaaaa aagtccacaa 780
caatacttct ctgccattaa tattatatgg caaaactata ttaatatctc cgcagaatac 840
ttttccaaac ttcaacccta ttttcacgaa aaatatcttc tgtcgtcata ctctgccgat 900
agcgcattaa ttaatcttac tatatttgaa caaataggta tactctctac tatcgggcta 960
aataatctcc tcacgggtct acgatgtaat ggtgatgagc agacagccag atttaataat 1020
gcaactatca ttgccgagag tttatgcgca cttatcagca ataacccagc atcaggctca 1080
cctcgttttg atgaaaatgc aatagatatt acactggctt ttatttttct ttctttaaca 1140
ggggaaaagg atcgtgctgg agaatggctc gaaacattga tcgtcaggct ggactttgta 1200
cttaaaattg gacgaaatca ccctatatcg acagattcca ttgatgatct tatctgtctg 1260
gattgcaata atgatgacac gtatctcaga gaaaaaacaa caagtacatc atggataatt 1320
cctactctga tgggatgggc tgtcattctg gagaaagaaa aggaatataa tattttactg 1380
agaggaataa aagaattcta tccaaaaatc tgctcccagc tatggcatcc aacgaacgat 1440
ctttatcatc atctctactt tcatcaggcg caatacgtca caggcgaaac agaagcgcca 1500
ataacatttc cggacaatat gaataattac caggccagga tgaatgagtt gaaagaaaag 1560
gatagatata atattttcac ggaatcaagt gcaagaaagg ccgatttaac cattctggat 1620
tttatagcct gcaggcattt caggacacca gttccacctg ccctttggta taatatgcag 1680
aaaaaacaga atgacagtta a 1701
<210> 40
<211> 1020
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Hadar
<400> 40
atggcttctt atgcattctg gaataacaaa ggtggtactg gaaaaacaag cttagcattt 60
caagtgatta ctcgttttgc tgaacttcat cctgaacaac gaattttagc aattgacctc 120
tgcccacaag ctaatttatc agagttattg ctaggtggga tgaataatag tggtagtgac 180
aaattattaa ttcgccaagg attaactccc cgttgtagta ttggtgggta ttttcaactt 240
cgtttacctg caccatactc ccctccagca tttagctcta cagattatat aactcaccca 300
tccggataca attctgatat ccccaataat attgatttaa tatgtggaga tccattgcta 360
gaattacaag caaatgcagt aaacactctt gctaaccaaa acataccagg aactaacgca 420
tggattgctg ttattgattg gttaaaggat ctgttagatc agttgagaga tacttacgac 480
actatttttt tagactgcaa tcctagtttt tcattttata ctcaaatcgc cttggcaaat 540
gcagaatgta tcgtccttcc tgttatggcg gatgattcat cacgcagagc aatattaaac 600
gcaatctcgt tggtatatgg tttaaagctc ccctcagaga tatatacagc ccatatgttt 660
tctacaaagt taaaggacgc cggacgtaac ttacctcagg tgcaccaaat tgtaaaaaac 720
cgcctcacac aatatatggg ggatgcctca gcttatgctg ctgtactcga tgcaatcaaa 780
tgtgatgtcg aagaactgtt gagaaatcat cctcatttat ttaccttttc aaatgtagat 840
gacggttttt caagcattcg tgacttccaa accacaggag tcatagctca tgctaaaggt 900
cagccattct ctaaggtcag ggctggtaag caaagcatta atggacatcg agttcaagtt 960
aaagctgatt atctcgaaaa ttgtagggat gcaatcaatt ctctagttgc aaaattctga 1020
<210> 41
<211> 156
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Hadar
<400> 41
atgcctgtga gttttaactc tatgctttat accagaaaaa tgagtctggc cagccttatc 60
aaatcaatat ctgtgatttt taccgtaagc atggatatgt tttgcgtact gtggaagagg 120
agtgatacca gttttaatga actggctgag acatag 156
<210> 42
<211> 699
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Hadar
<400> 42
atgttgtatc gagttgatga aatactggga tatttaaatc gttgtgagcg taccacatca 60
aatcagtcag atccgctaga gattctggct aagaggctct ccttacgcgg gctgatcgtg 120
agctttattt tgttgttgtt aatgctactt ccattcggga tttatgccca ttttcctgag 180
ggcgtgctta ttcgggtgag ccaaattttc ttcatattgc tgatgttgag ttgcatattc 240
acgttattgg ttgagccagc attgatgcta ttaggtttat ttaagtggaa aacgatgacg 300
ttaacccgat ttctgaaaga agtccgagag gatgaagggc atgtggcaac attagaacgc 360
tatgcagaaa aagagcttca gtatgcagaa tatcaattag tcaagaaaat cacggcgaat 420
gaaaatagaa tcaaattttt ctttggcgag aaaacagcaa tatttgcatt gctggcgttt 480
tcggttccgt ttatgaagga tctttttgga agggaactta atctgtcagc ttttcgttgg 540
gaggatggtt tttctggctc cgttgacatt ttattaggat ttgtttgggc attgattttt 600
ggcatgtctc tgggggctgt tgcattaaag ttagtgactg aacgatataa atatcagtta 660
tctttactaa aacagacact atggattaaa aaaatttaa 699
<210> 43
<211> 213
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden
<400> 43
atgaacaaaa acactgctaa tagtttaatg atggcattac ttaaattaaa tgaatcaacc 60
aacgatgttt tttttgaaat agaaaaaata gatgatgata aaattaaacg cttgttcaga 120
cggtcaattg caaatgtcat tgggatgatt tatttagaac tcatgtcacc aataattgaa 180
gaatatccgg acttagatcc ggataaaaaa taa 213
<210> 44
<211> 438
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden
<400> 44
atgaaaatcg ctatcgtagt tgcttcaaat ggactggttg caaaagagct gctgcatgtt 60
gctgaagata ctgtggggca tgtgggtaac atatctgcaa tagattttca caatggcgaa 120
agcctggatg aacttttagg gcgttataaa gcagctatcc tcagactcaa tgcacaacat 180
ggaattctgt ttctaatcgc aggggaaaat agttgtcatc aatttattgc cagtcagttt 240
cttcgtgaat acaacaacag ccagattatc atcggcgtta atctgactat gttagtttca 300
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tacggtaaaa atgcaattca tgctgtgaat gtaaaaacat atgaaggaga taacgaaatt 420
tttgatgata caatatag 438
<210> 45
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<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden
<400> 45
atgaagaaaa ttgaatgtaa agcagtttta ttcgatcttg atggtacgct ggttgattca 60
ggctcatgca ttgagcgctt atggacgtac tgggcagaaa aaaatcatat cgatgttaac 120
tatgttcttt cggttattca tggcagaacg gtaagcgaaa cactgaaact tatctcaccg 180
tatttttata atcagaaatg cattgatgaa attgaatttc tggcaatgga ggcgttgagc 240
catgtcagcc ccattcctgg cgttattgat gtactgaaaa aaataccgat gaataaggtt 300
gctattgtga cgtctggtgt aaaaaccgta tccatgcgta gccttatggg ggcaggaata 360
ccagtaccga atataatgat caccgcagag gatgtatccc gtggcaaacc ggatcctgag 420
ccatacctta aggcagccag ccgattaggg gttaatccag ataactgcct tgtttttgag 480
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acaacaggtc attcgttttc tgataatatt tcaactcatc ttgatgacta taaaaatatt 600
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<210> 46
<211> 759
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden
<400> 46
atggcaaggc ccgttgatat agaacgtcga aataaaatta ttaatattgt gctcgctaat 60
ggacgggcaa caataagtga acttgcgaaa atgtttaatg tttcaacaga gacgatccgt 120
aaggatgtcg cagatctgag cgagaaaaaa atactccaga agggacatgg aattgttctt 180
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gatactggaa ctactgtgct tcaattggca aatgttctta atatgtttga ggggctgact 360
atcatcacga attctatgat ggctgctaat gctctgtcag acagtaaaaa tgagcttctg 420
gttacaggcg gagagttacg ccccaggagt tactcctatg ttggtgcatg gacgctgcga 480
gccttacgcc agagtaaaat tgatattgca tttatgggat gtgatggttt tcatcgggac 540
gggccaactg tgggttcgta cagagaactt gaagcgaaag aaatcgttct tgagaatgct 600
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tgttcgttca gtgatctgga tagagttatt tttgaacgag atttaactgt ttcagaaaga 720
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<210> 47
<211> 873
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden
<400> 47
atgataaaca gtgagccgca atttcagacg caggaagaga accgtaaagc gctgggtgct 60
ttcctgcgta accgccgtga aagtcttgaa ccgcagcatc tggggctgcc tccggccgga 120
cgccgacgca cggccgggtt gcgacgagaa gaagtggcga tgctggcgga cattggtgtc 180
acctggtata catggctgga gcagggcaga gatatcaggc catcagccag aaccatcaat 240
gctattgctg acgtgttgca gtgttcgcct gccgaaaccc gtcatctttt tttattatcc 300
gggctggtgc cggaagagac agcggaggca aaggcctgtg aatcggtcag ccctgaggct 360
cgttgtctgc tggatgcact gatgccgcag ccagcctgtc tgcagatgcc aaattttgac 420
ctggtcggtt ataaccgcag cttttgccat ttagtgggcg tggatctgga tttgcttgcc 480
ccggaggatc gtaactgtat ttatctctgg ctgaccagta cgacatggcg tggtcgccac 540
gtatgcacag aggatattgt attgcagaat tttgtggcgt atttccgggc cgggatggtg 600
gagcatcggg gtgagtcacg ctgggaggct ctgcttaccc gcttttttgc cgcttcgccg 660
gagtttgaga tgctatggca ccagctccac gacgttggca cgattgagaa ccggcggaaa 720
acgtttgtcc atccgcggct ggggcaattt agtctgcaac aaatgtactg gtattccgcg 780
ccacgcaatg gggcccgact gctggtttat ttgccggtag atgaggcagg ggaacgtgcg 840
cttgccagtc tggcccagga aatagtgcta taa 873
<210> 48
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<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden
<400> 48
ctgaacgcca gcgtcacgca acttgaactt attgtggcac tgtacagtgt tgcgctggcc 60
atcttcctgg cacctagcag ccggctgggc gacaacgcag gtcgtcgtcg gttgtttctt 120
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cttgccacag tgcacatcac tctggaaggt gcggcgcatg tgcgcgccat cagcctggtt 300
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attgtgctgc tattcggccg ccgctatatc ccggaaacac gcagtgatac accctcacgg 480
attgactggc agggcgctgg attactggct ctggcactgg gttgcctgct gttttccatc 540
tcgctggggc cagagctcca ctggccgtgg gtaatgcaac taatgctgct ggccgtctta 600
ccgctgcttt atggcatgta ccgcaatgcc ctacgccagc agcttcagga aagacaacct 660
ctgctgccac cgcgactgct gcaacttccg ggggtgagtt tcagtattct ggccggactg 720
ttgtttttca gcgcctggtc aggattcctg ttttgcatgg cgctgatgat gcaaagcggc 780
ctcggtatgg tgccacagca ggctggcgac agctttattg cctcaggcgt ggcctatttt 840
atcgccgcgc tgtatgtccc caggctcaca acccgttatc aacaacggac aatcttgctg 900
gcagggttga gtattcaaat cacgggtctg ctcatactta tcattatgtt acatattctg 960
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gcgtttatcg taaacagctt ttatcgtatc ggtatacgca acattccggc aggtgacgca 1080
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<210> 49
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<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden
<400> 49
atgatgggat atgctcgcca gcacacgcct cagcgctcag ctccgttgaa cggatggcat 60
atatttgaaa aggtcgttca gaagatcaag atctttttct atatcggaaa gtttgccgat 120
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taa 243
<210> 50
<211> 2040
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden
<400> 50
atgttcattg gaaaagtgtt agcgttaacc gcgtccggcg ctttttttgt tacgccggtt 60
agtctgttaa ttgatggcaa cttacgagac ctcccagagg cattgggaaa agatctttac 120
cctcatggcg gtgaagccat tggttttgag aaccatttca gcaaaaaatt tgttcggggt 180
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actgactacc tgtcgcgcgt ttatcctgta gtcgcgttac cccatgcctc cgatgagcct 300
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tatgattttg atatgccgct ggagagttat cgtcaggttc ctcagacact acttgactct 480
catgccctca cggtgatcac tgaactccct aaggtaagtg aaaaatatga ttgcgcggaa 540
gccagcacgt ggattaaacg cctgcttaaa cgaactgatt cagcaaaata tttccctcaa 600
ttcagtaaag ggcagctaca aaatttaact cattttattg ctgaacatga gtctgataac 660
gaggcatctt atcttcgcgc agtatctcat ctggaacaga tagcagatat gagatccttt 720
cttaatgata cgactcaaca gttactggct ttacctgagg ttgagacgca aattaatatt 780
gagaaacagg aaatattggc tcgttacgaa gacgaacagc accagattaa acaatcgata 840
acggtattat ctgaaaagaa aatacagctt gaaaatgaaa tagccgatca gaagaaaaaa 900
ttgaagaaag aaactgatcg cattaataaa actctacgtc agcaagaaaa tgaactggaa 960
caacggataa aaaagacctt cgaagccgca tctcaagcgg gaatggaaac gctggcccag 1020
gcagcgttac tgcgggcaat aatcaaaaat gaaacagcac aggagcaacc tgcccaacaa 1080
cgaataacct cagaacctgt agccgaatca gcaaattcta atttcccatt agcagagaca 1140
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gctcaggaaa tgactatcgg cgaatcggca agcgtacttg agcacctttt ccagttataa 2040
<210> 51
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<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden
<400> 51
atgctgacca gtagtgattt tgatatgcat gggcgggccg acctcatata tcaggagcga 60
cctgatcggt taaacgtagt tgatttgaaa accggaaagg taacagacga acaaaaccag 120
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<400> 52
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ggtcgcatca gagcgatggg tgcagcagta aatcattttt ttgaacgtaa tgaaattaag 240
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aataacatcc tagaaataag gcgtaacgga ttaatgccgg aaatacgaaa tattttatca 1320
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ctagccaatt ataaaagaac agctacaggc ttgatgttta gaaaaaaata a 1671
<210> 53
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<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden
<400> 53
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ttaaacaaag caatcaagcc atcaatctgc gatttaacct atgatgcgat tgtctcacac 660
cctgaaatta atcaaataca cttgcaacaa gaatgttata cgccagtttc agagatattg 720
agtatggtca ggctgcaggc agaaaattgg cttgatgagg gggaaaatgg tactctgctg 780
taa 783
<210> 54
<211> 1359
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar London
<400> 54
atgacctgtt ttacatttcc atctaagtgg gaaaaagtag agcttagcga tattgcaatt 60
tttcagaatg gttatgcatt caaaagctca acatatattg attcaggaga ttttgttatc 120
cgtatcggta acgtacacga tacaggtata aatttgaata atcctgcata cgttaatgct 180
acagagctaa atgcagaaaa attcagatta agccaaggcg atattctcat gtcgctaact 240
gggaatgtag gtagaacggc atttataaaa gaagaacatc ttcctgcagt cttaaaccaa 300
cgcgtagcaa aagttgcttt ttcttcgttg atagaaaaaa aattcagctt ttatctattg 360
cgttcgaata ttgttcaatc agaactgtta aaatgtgcaa aaggtgcagc tcagttaaat 420
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ttgcgaatcc ctaacatcgg acctggttat ataattaaca gcaatcttaa atatgccgat 780
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tccaatggta gtgttgattt ggtcggcaag gtcgcagtaa tttcggaaaa tgatacagaa 900
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<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar London
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atgaatgcct ccggcgtcag cgtccgccac atcaacagcg aaacctgcat gaccgcctgt 60
tactcacaaa tccccagcca gcaccttaag ggcgactggc tggcagaagc gggatttgat 120
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<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar London
<400> 56
atggcacccc tatcaatttt agaacgttta caaaacgctg ctaacaggca agatttggct 60
agtatcttga atcttaaaac tgcttttctt acggatgtta tttatcgttt aaaagctgaa 120
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gcagaaattt ataaaaaata taatattaat ccagttttat ctcatgggtt tgaaaaagaa 300
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cttgaggatt attttgatag ttttaatttt ggacgtgtta gaggtttttt cttatcaaac 420
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gatgatctta cattttcaac taataaaaaa acatttccaa aagagattgc tgatgttggc 660
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ataaatgata aaaagacaag ggtttgttat aaaacatcac gacaagatgt aactgggttg 780
actgttaata aaaaagtgaa tgttggcaaa gaatatgcaa aagtaacgcg agccatggct 840
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aactacactg caaaattgaa ttcgagagaa aaagcctaca gttattttct atactataaa 1080
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<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar London
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gtgaacattg ttaaagaaaa aattgaagaa ctattggctg gttcatttac tcatgaatta 60
attgaggtga ctctcacaca acaaactaat gaaaatccaa aaatgtttac aggttctgga 120
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<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar London
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atgagcttta gtttctataa aacaaaaatt ggtgaacaag ttattttgca gagaggcttc 60
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<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Meleagridis
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atgcttaaca atatctgtct tgatatgacc cattcaccat tcaatacaca ctatattgtc 60
agaatgatat ccgttatcga taacgctctt gctcaatatc ccagaacaac agcaatacgg 120
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<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Meleagridis
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atggcagaaa aaaccaaaac atgttcattg agcatgcgaa gagaaacgcg tgaattgttg 60
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<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Meleagridis
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atgaatacta ttagaagaaa atcggcgatc attatttttg ctatatataa gatagcatta 60
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<210> 62
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<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Meleagridis
<400> 62
atggcgatat accggttacc tgagcagttg gatcaactct ctgacgaaca atcttccgag 60
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ctggagctcg tgaaacggag cctggcgtca gattatgctt ctcttttcaa tcagctctcc 1380
gggcattctg gcgacgcttt tgcactggat aaccttctga gccggttggt caatgcacat 1440
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attatgtttg gtaatcaata tgatttaccc gacactgtcg caacatgttt acttacttat 2940
tctgaacgca ggagcgcctg a 2961
<210> 63
<211> 822
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Meleagridis
<400> 63
gtgaagttta ttgagacaga gctatttgga accgtggttg ttccaaatga tatctcacaa 60
attttagaga ttatagatga acagcctgat aattcgattt ctcatggcat tttcatgtgg 120
agaggtcaag gtgatattgg ctgggctatt cacagtgctg cctacagacg tttagcaaat 180
tccattgcgg gtagattacc agatgagcag gatatgcgcg actatgagcg aactcttatt 240
agtgaagcgc ggcatcaggg gtatggtttc ggaggtggtc gcaaactgag cgacttcgag 300
ttgcttgcaa agctccaaca ccatggagca gcaacaagac taattgatgt atccagaaat 360
atgcttgtcg ccttgtggtt tgcatgtaca tctcggccag aaagtacagg gctgttgttt 420
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gtctggcaac ctcccgttgt tactaaaaga atagctgctc aaagtgctca gttcgtttat 600
agcgatgttt cgcatggacg tatggggagt ttggttcttg acagtgcggt ttgccacaat 660
ggggtactgg cactggcgat cacgtcagat atgaagaaaa aatttttgaa agttctggaa 720
cgctcttttg atatacgttc aataactctt tttcctgatt ttgacggatt ttgccgcgct 780
aactctgagg gcttcagtct cttaagtaat aaccgttggt ag 822
<210> 64
<211> 792
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Senftenberg
<400> 64
atgaaagagt ataacatttt ttatattcca ttctggtatt cacaacaaac tagatttagg 60
gcagttacaa gatttttttc atggattata atttatctaa ttcctgttct tctatctttt 120
atgtttctat ctccgatagt taattttatt tatttattga aatcatttct tggtatcctt 180
ttagtgtata atctttatga gattgggtat atatataatg atactgaaac gataaaaaat 240
gaagtatcgc caacattgcg gcttggatat tctcagttac aattttatga aagaaacaag 300
aaaactattt atttttttcg ttttactatc gcaatatctt taacaattat tatttttttt 360
tcatatgaga attctttgac ttttttgtta gcaagttggt tcataatacc tacatatgta 420
gtttataatt cagtcaggaa tagattaaat ataccactac atttcgtatt agtgacattg 480
cgatattgtt caccagtgtt attgttttct ggggttaata atgttagcgt tttttttata 540
atgattttat tatttcctct tatcaatacc tttgaaagat gtgccgagaa tagattcggg 600
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attaatgtgt ga 792
<210> 65
<211> 1662
<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Pomona
<400> 65
gtgaaacatc aaatatcaaa taaatacatt tatttttctg tatgcgtaat atttttctct 60
gtgatttacg tgttgaatta ttacacacca cttcagtcag atgattatgg gtatgcaatt 120
cttggatata atttagaagc gcatttacat cattacctta catggagtgg aagaattgtt 180
gcagatttta taagcccaac attgctactg ataaataaca agttccttat agcagcaatt 240
caaacacttg gtgtattgtt ggttctactt ttaatttcaa aatttgataa taaagcaaaa 300
agattatata tattatcagt aatttcaatt gtgtttttcc tttcacaccc aagctttgga 360
caatcaaact tatggattgt tggtagtgca aactatttat ggacttcagt tttatatgtt 420
tttgtagcta aagaggtaat tggttatgtg caaaataaaa aaattaatcc tattgcctac 480
ccagtatcat tattagcagg atgtacaaat gagaatgcaa gtctaacatt agtaggaatt 540
atcatattaa gtgttttata tttattaata aagacaaaaa aaattgactt taagctttta 600
tcgattttat ttttaacaat aataggcgcg atttttttat tggcaacacc aggcaatgag 660
tcacgaatga tggatccatc atttgcacag tggcgttcac tttctttaat agaaaaaatt 720
gacttgcaca ttttccatag agtgccagat gtctttaaat catctaaact agcttatatt 780
atagctatag cgttaattgt attatgtctg cgtattgaaa aatcaaaacc aatcacaaaa 840
gatggcgggc ctactgactt attaatatcc gcggtgcttt tatttgcctc aataggttgt 900
tctttggtca tggtgttttc tccagcgttt cctgataggg caaagacgcc atcatttata 960
ttctgcatta tgtccattgc atattcatta aacttcttaa ggtatgaaat tttaaataat 1020
tacataatta aaaccttgta ctttataata tctataactt ttatagctga gtcaatttcg 1080
gttatatctt catatcactc aattaattta caaaactcga tgcgtattaa actgatagca 1140
aaaagcaata atgaaaaaga aacattaata cctgagtttt atttcaaacc aatgcccagt 1200
tccacttata aatttgacac ttggacaaat tttgatgcca tgtcaaaata ttacaacaaa 1260
aaaaatattg ttgcatacgg tacaatattt gattattcag tcatagatga taataattat 1320
aaaatccatg atagtagcga catgcaaaca aaaaatggtt tgaagggtat ttatatatat 1380
tcagaaaaat atttattgaa tactgtgttt ttatttgaat taacgcatca agaaaggcta 1440
tccgttcaac ctaatcagcg tttctttttc catgttacag acataactgg taattatcac 1500
aatttcgact ttgacccaaa ctatacttac gtaaatgata gagtattcct ttacgcaaaa 1560
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tcaccagcta aaagatattc tcaattacac tttacacttt aa 1662
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<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Pomona
<400> 66
atgtatcacg tcagtagtct tttttattat aaaacctaca actattcgaa acatattatt 60
tataagcgtc ctgcaatcac ctcatacgca tttaatataa cgaaggtgga agttattacc 120
ttaccataa 129
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<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Pomona
<400> 67
atgtttatac atagactaag cgatgtccaa tcacaatcta taggtgaagg taccaatgta 60
tggcaatttg ttgttattct taaaaatgcc aaaattggta gaaattgcaa tatatgtacg 120
aactgcttta tagaaaatga tgttatcatt ggagattctg tgactataaa gtctggagtt 180
tatatttggg atggagtaag gatacataat aatgtcttca ttggtccttg tgttgccttt 240
acaaatgata aatatccacg ttccaagaat catgataccc aattttttga aactgtaatt 300
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<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Pomona
<400> 68
atgatccctt ttctagacct acagaagtcc aatgctcgtt ataaggatga attaatcaaa 60
gccgcaacca gagttattga aagtggatgg tacatttcag gttcggaatt gaatgctttt 120
gaggaaaatt ttgcaaaata ctgtaacgtg aaacatgcca taggtgtggc gaatggactt 180
gatgccttaa cgttaactct caaggcatgg caggagctag gtaaaataaa acagaatgat 240
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ttaaggccag tactaattga accaaacgag tttagttata atatatcgat tgacaatatc 360
aaatctaaag ttacagtcaa tacgcgcgtt atacttcccg tgcatctcta tggattaatt 420
tcaccaatgg atgaaattat gcactttgca aaagagcata atcttttagt attggaggat 480
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gctggattta gtttttatcc aggtaaaaac cttggtgcat taggtgacgc cggagcgatc 600
actactaatg atactaaatt agccgacgtt gtaagttact tgagaaatta tggttcaaaa 660
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gagaatcatg tgtggcatct ttttgttgtt agagtaaaaa atagagacat atttcaacgc 900
tatctggaag acaatgatat ccaaaccgta attcattatc caacaccacc acatcaacaa 960
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gtggtttcta taccaatgga tcccactctt acagaagagc aagttagtta tgtaattgat 1080
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<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Pomona
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atgtatcaaa gtgataaggt ttctataatt ataatatctt ataatcatgg tcaatttata 60
aaagatgcga ttgaaagtgt attgtgccaa acatataaaa atattgaact tgttattgta 120
gataacaact cttcggataa tacatcagac atacttaaaa actatcaaaa aattgataat 180
gtaaaattaa tttttctgaa aaataacgct ggtattacag gtggaattaa tgaaggacta 240
aaaaatatta gtggggagtt tgtaagtttc tttgctagtg atgacattat gatctcaaat 300
agaattgaac ttcaggttaa tgccttaaaa aatgcccctg aagctgctgc ttgttttggt 360
aatatgatca gaattaacga cgatggctca attaataaag gagggctatt acctaaggta 420
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actcaactgt accgagcaag tctttttatt aataacgcag ttatttttcc aaaagaaatt 540
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ataccttacc ttctgacaat gtatcgtatt catagtaata atacccatac gcattataag 660
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gatgctctgg gactccttcc aaaagttatg ctcagcatta aatctaagta tttatatatt 840
ggattagcta gacttttttt tgattggaga cagtaa 876
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<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Pomona
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<212> DNA
<213> Salmonella enterica subsp. enterica serovar Pomona
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gagaatgata aggcagctat 20
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taatatactc cgctgaccca 20
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actcaacaat ccagtttgct 20
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<400> 144
gaagcctgtt attgatgagt 20
<210> 145
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 145
gcgttgaggt tgagtggttg 20
<210> 146
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 146
gaacagcaaa tcacggtagt 20
<210> 147
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 147
tcctacaagc tttggcgaat 20
<210> 148
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 148
gtggcaacgg aacttaagac 20
<210> 149
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 149
ttgatctgct gctgcctaat 20
<210> 150
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 150
tggaactggt gtcctgaaat 20
<210> 151
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 151
ggaataacaa aggtggtact 20
<210> 152
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 152
cctgacctta gagaatggct 20
<210> 153
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 153
tgcctgtgag ttttaactct 20
<210> 154
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 154
ctatgtctca gccagttcat 20
<210> 155
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 155
gcgtaccaca tcaaatcagt 20
<210> 156
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 156
cccagagaca tgccaaaaat 20
<210> 157
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 157
aatgaatcaa ccaacgatgt 20
<210> 158
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 158
gatctaagtc cggatattct 20
<210> 159
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 159
aaatcgctat cgtagttgct 20
<210> 160
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 160
tttaccgtac tgctgagcct 20
<210> 161
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 161
ttcgatcttg atggtacgct 20
<210> 162
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 162
tcagaaaacg aatgacctgt 20
<210> 163
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 163
atggacgggc aacaataagt 20
<210> 164
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 164
ttgctttaac gggagcagat 20
<210> 165
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 165
gataaacagt gagccgcaat 20
<210> 166
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 166
ccggcaaata aaccagcagt 20
<210> 167
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 167
gcaggactca cgcttttact 20
<210> 168
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 168
accaccataa gcgtcagcat 20
<210> 169
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 169
gtcgttcaga agatcaagat 20
<210> 170
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 170
atcgtcaaca gcaccgtaat 20
<210> 171
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 171
cattggaaaa gtgttagcgt 20
<210> 172
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 172
ttcgccgata gtcatttcct 20
<210> 173
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 173
cctgatcggt taaacgtagt 20
<210> 174
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 174
tgaaacgccg atcttcttgt 20
<210> 175
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 175
acaatggtta cgatgaggat 20
<210> 176
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 176
acaatggtta cgatgaggat 20
<210> 177
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 177
ctagaacgca gcaacgctat 20
<210> 178
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 178
gcagcctgac catactcaat 20
<210> 179
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 179
caggagattt tgttatccgt 20
<210> 180
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 180
gtatttccag agaggccagt 20
<210> 181
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 181
ccacatcaac agcgaaacct 20
<210> 182
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 182
atatcccgac cttcattcct 20
<210> 183
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 183
tcatatcagc acctaccact 20
<210> 184
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 184
gtctttccat caagcaccgt 20
<210> 185
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 185
tggctggttc atttactcat 20
<210> 186
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 186
cgcacctgga agatgatgat 20
<210> 187
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 187
ggtgtgactc aagttcagat 20
<210> 188
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 188
aatcaccgtc ctctaaactc 20
<210> 189
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 189
ttgcagagag gcttcgacat 20
<210> 190
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 190
ttaccgcctg ctccacttct 20
<210> 191
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 191
tgatatgacc cattcaccat 20
<210> 192
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 192
gcaaccaaaa gagcgcgtat 20
<210> 193
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 193
tgttggataa gtatgctgct 20
<210> 194
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 194
ctcaggacta ttttcgctct 20
<210> 195
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 195
cggcgatcat tatttttgct 20
<210> 196
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 196
accttccatc atcttcccat 20
<210> 197
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 197
cggaactgga tgcactcaat 20
<210> 198
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 198
cgcttccttg gccttgatat 20
<210> 199
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 199
cagagctatt tggaaccgtg 20
<210> 200
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 200
actgaagccc tcagagttag 20
<210> 201
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 201
caaactagat ttagggcagt 20
<210> 202
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 202
ccaccaatca agagaatcat 20
<210> 203
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 203
tctctgtgat ttacgtgttg 20
<210> 204
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 204
tttagctggt gatgttgagt 20
<210> 205
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 205
atgtatcacg tcagtagtct 20
<210> 206
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 206
gtaataactt ccaccttcgt 20
<210> 207
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 207
gcgatgtcca atcacaatct 20
<210> 208
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 208
acctacaacc agagcattat 20
<210> 209
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 209
acctacagaa gtccaatgct 20
<210> 210
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 210
atgtggtggt gttggataat 20
<210> 211
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 211
agatgcgatt gaaagtgtat 20
<210> 212
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 212
aatgttccag atagatgaat 20
<210> 213
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 213
cgttcatgtt cttggattct 20
<210> 214
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 214
tttcaaagta gggacaccat 20
<210> 215
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 215
cagtttatct tgaagcgtgt 20
<210> 216
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 216
ttgacaataa tgggacaggt 20
Claims (7)
1.核苷酸序列组合作为被检测靶标在鉴别16种不同血清型沙门氏菌中的应用，其特征在于，所述核苷酸序列组合如SEQ ID NO.1 - SEQ ID NO.72所示；所述应用为非疾病诊断和治疗目的应用；
所述沙门氏菌为肠炎沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌、德尔卑沙门氏菌、印第安纳沙门氏菌、阿贡纳沙门氏菌、婴儿沙门氏菌、里森沙门氏菌、布伦登卢普沙门氏菌、维尔肖沙门氏菌、奥尔巴尼沙门氏菌、哈达尔沙门氏菌、韦太夫雷登沙门氏菌、伦敦沙门氏菌、火鸡沙门氏菌、山夫登堡沙门氏菌和波莫纳沙门氏菌；
所述序列SEQ ID NO.1~4用于鉴别所述肠炎沙门氏菌，所述序列SEQ ID NO.5用于鉴别所述鼠伤寒沙门氏菌，所述序列SEQ ID NO.6~13用于鉴别所述德尔卑沙门氏菌，所述序列SEQ ID NO.14~18用于鉴别所述印第安纳沙门氏菌，所述序列SEQ ID NO.19~25用于鉴别所述阿贡纳沙门氏菌，所述序列SEQ ID NO.26~28用于鉴别所述婴儿沙门氏菌，所述序列SEQID NO.29~30用于鉴别所述里森沙门氏菌，所述序列SEQ ID NO.31~34用于鉴别所述布伦登卢普沙门氏菌，所述序列SEQ ID NO.35用于鉴别所述维尔肖沙门氏菌，所述序列SEQ IDNO.36~38用于鉴别所述奥尔巴尼沙门氏菌，所述序列SEQ ID NO.39~42用于鉴别所述哈达尔沙门氏菌，所述序列SEQ ID NO.43~53用于鉴别所述韦太夫雷登沙门氏菌，所述序列SEQID NO.54~57及SEQ ID NO.72用于鉴别所述伦敦沙门氏菌，所述序列SEQ ID NO.58~62用于鉴别所述火鸡沙门氏菌，所述序列SEQ ID NO.63用于鉴别所述山夫登堡沙门氏菌，所述序列SEQ ID NO.65~71用于鉴别所述波莫纳沙门氏菌。
2.用于鉴别16种不同血清型沙门氏菌的引物组，其特征在于，所述引物组为根据如权利要求1所述核苷酸序列组合设计得到；
所述引物组的序列按5’到3’如SEQ ID NO.73~216所示；
其中，SEQ ID NO.73、74为对应SEQ ID NO.1序列的引物对；SEQ ID NO.75、76为对应SEQ ID NO.2序列的引物对；SEQ ID NO.77、78为对应SEQ ID NO.3序列的引物对；SEQ IDNO.79、80为对应SEQ ID NO.4序列的引物对；SEQ ID NO.81、82为对应SEQ ID NO.5序列的引物对；SEQ ID NO.83、84为对应SEQ ID NO.6序列的引物对；SEQ ID NO.85、86为对应SEQID NO.7序列的引物对；SEQ ID NO.87、88为对应SEQ ID NO.8序列的引物对；SEQ IDNO.89、90为对应SEQ ID NO.9序列的引物对；SEQ ID NO.91、92为对应SEQ ID NO.10序列的引物对；SEQ ID NO.93、94为对应SEQ ID NO.11序列的引物对；SEQ ID NO.95、96为对应SEQID NO.12序列的引物对；SEQ ID NO.97、98为对应SEQ ID NO.13序列的引物对；SEQ IDNO.99、100为对应SEQ ID NO.14序列的引物对；SEQ ID NO.101、102为对应SEQ ID NO.15序列的引物对；SEQ ID NO.103、104为对应SEQ ID NO.16序列的引物对；SEQ ID NO.105、106为对应SEQ ID NO.17序列的引物对；SEQ ID NO.107、108为对应SEQ ID NO.18序列的引物对；SEQ ID NO.109、110为对应SEQ ID NO.19序列的引物对；SEQ ID NO.111、112为对应SEQID NO.20序列的引物对；SEQ ID NO.113、114为对应SEQ ID NO.21序列的引物对；SEQ IDNO.115、116为对应SEQ ID NO.22序列的引物对；SEQ ID NO.117、118为对应SEQ ID NO.23序列的引物对；SEQ ID NO.119、120为对应SEQ ID NO.24序列的引物对；SEQ ID NO.121、122为对应SEQ ID NO.25序列的引物对；SEQ ID NO.123、124为对应SEQ ID NO.26序列的引物对；SEQ ID NO.125、126为对应SEQ ID NO.27序列的引物对；SEQ ID NO.127、128为对应SEQ ID NO.28序列的引物对；SEQ ID NO.129、130为对应SEQ ID NO.29序列的引物对；SEQID NO.131、132为对应SEQ ID NO.30序列的引物对；SEQ ID NO.133、134为对应SEQ IDNO.31序列的引物对；SEQ ID NO.135、136为对应SEQ ID NO.32序列的引物对；SEQ IDNO.137、138为对应SEQ ID NO.33序列的引物对；SEQ ID NO.139、140为对应SEQ ID NO.34序列的引物对；SEQ ID NO.141、142为对应SEQ ID NO.35序列的引物对；SEQ ID NO.143、144为对应SEQ ID NO.36序列的引物对；SEQ ID NO.145、146为对应SEQ ID NO.37序列的引物对；SEQ ID NO.147、148为对应SEQ ID NO.38序列的引物对；SEQ ID NO.149、150为对应SEQ ID NO.39序列的引物对；SEQ ID NO.151、152为对应SEQ ID NO.40序列的引物对；SEQID NO.153、154为对应SEQ ID NO.41序列的引物对；SEQ ID NO.155、156为对应SEQ IDNO.42序列的引物对；SEQ ID NO.157、158为对应SEQ ID NO.43序列的引物对；SEQ IDNO.159、160为对应SEQ ID NO.44序列的引物对；SEQ ID NO.161、162为对应SEQ ID NO.45序列的引物对；SEQ ID NO.163、164为对应SEQ ID NO.46序列的引物对；SEQ ID NO.165、166为对应SEQ ID NO.47序列的引物对；SEQ ID NO.167、168为对应SEQ ID NO.48序列的引物对；SEQ ID NO.169、170为对应SEQ ID NO.49序列的引物对；SEQ ID NO.171、172为对应SEQ ID NO.50序列的引物对；SEQ ID NO.173、174为对应SEQ ID NO.51序列的引物对；SEQID NO.175、176为对应SEQ ID NO.52序列的引物对；SEQ ID NO.177、178为对应SEQ IDNO.53序列的引物对；SEQ ID NO.179、180为对应SEQ ID NO.54序列的引物对；SEQ IDNO.181、182为对应SEQ ID NO.55序列的引物对；SEQ ID NO.183、184为对应SEQ ID NO.56序列的引物对；SEQ ID NO.185、186为对应SEQ ID NO.57序列的引物对；SEQ ID NO.187、188为对应SEQ ID NO.72序列的引物对；SEQ ID NO.189、190为对应SEQ ID NO.58序列的引物对；SEQ ID NO.191、192为对应SEQ ID NO.59序列的引物对；SEQ ID NO.193、194为对应SEQ ID NO.60序列的引物对；SEQ ID NO.195、196为对应SEQ ID NO.61序列的引物对；SEQID NO.197、198为对应SEQ ID NO.62序列的引物对；SEQ ID NO.199、200为对应SEQ IDNO.63序列的引物对；SEQ ID NO.201、202为对应SEQ ID NO.64序列的引物对；SEQ IDNO.203、204为对应SEQ ID NO.65序列的引物对；SEQ ID NO.205、206为对应SEQ ID NO.66序列的引物对；SEQ ID NO.207、208为对应SEQ ID NO.67序列的引物对；SEQ ID NO.209、210为对应SEQ ID NO.68序列的引物对；SEQ ID NO.211、212为对应SEQ ID NO.69序列的引物对；SEQ ID NO.213、214为对应SEQ ID NO.70序列的引物对；SEQ ID NO.215、216为对应SEQ ID NO.71序列的引物对；
所述沙门氏菌为肠炎沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌、德尔卑沙门氏菌、印第安纳沙门氏菌、阿贡纳沙门氏菌、婴儿沙门氏菌、里森沙门氏菌、布伦登卢普沙门氏菌、维尔肖沙门氏菌、奥尔巴尼沙门氏菌、哈达尔沙门氏菌、韦太夫雷登沙门氏菌、伦敦沙门氏菌、火鸡沙门氏菌、山夫登堡沙门氏菌和波莫纳沙门氏菌。
3.如权利要求2所述引物组在鉴别16种不同血清型沙门氏菌中的应用；其特征在于，所述应用为非疾病诊断和治疗目的应用；所述沙门氏菌为肠炎沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌、德尔卑沙门氏菌、印第安纳沙门氏菌、阿贡纳沙门氏菌、婴儿沙门氏菌、里森沙门氏菌、布伦登卢普沙门氏菌、维尔肖沙门氏菌、奥尔巴尼沙门氏菌、哈达尔沙门氏菌、韦太夫雷登沙门氏菌、伦敦沙门氏菌、火鸡沙门氏菌、山夫登堡沙门氏菌和波莫纳沙门氏菌。
4.一种用于非疾病诊断和治疗目的的检测16种不同血清型沙门氏菌的方法，其特征在于，包括如下步骤：
S1：使用如权利要求2所述引物组对待测样品DNA进行PCR扩增；
S2：进行凝胶电泳检测扩增产物；
S3：观察引物组中各引物对对应产物大小的位置是否存在单一扩增条带；如果存在，说明样品中含有对应的沙门氏菌；如果没有出现相应的单一扩增条带，则说明样品中不含有对应的沙门氏菌；
所述沙门氏菌为肠炎沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌、德尔卑沙门氏菌、印第安纳沙门氏菌、阿贡纳沙门氏菌、婴儿沙门氏菌、里森沙门氏菌、布伦登卢普沙门氏菌、维尔肖沙门氏菌、奥尔巴尼沙门氏菌、哈达尔沙门氏菌、韦太夫雷登沙门氏菌、伦敦沙门氏菌、火鸡沙门氏菌、山夫登堡沙门氏菌和波莫纳沙门氏菌。
5.如权利要求4所述的方法，其特征在于，所述S1中的PCR扩增体系包括PCR反应缓冲液、MgCl2、dNTP、PCR聚合酶、模板DNA、引物组和灭菌双蒸水。
6.如权利要求5所述的方法，其特征在于，所述PCR扩增体系为：10×PCR反应缓冲液2.5μL，25mM MgCl2 2.0 μL，2.5mM dNTP 1.0μL，模板DNA 1~2 μL，5 μM引物各1 μL，Taq酶 1U，灭菌双蒸水补足体积至25 μL。
7.如权利要求4所述的方法，其特征在于，所述S1中的PCR扩增程序为：95℃预变性5min；95℃变性30 s；50~62℃退火30 s；72℃延伸30~90 s；变性、退火、延伸共进行35个循环；最后72℃延伸10 min。
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