CN110894541A - 一种紫菜薹花青素合成调控基因的功能性分子标记及应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种紫菜薹花青素合成调控基因的功能性分子标记，包括：紫菜薹花青素合成调控基因Pur启动子和编码区InDels标记和InDels标记PCR引物序列，本发明涉及农业的植物分子标记辅助育种技术领域。该紫菜薹花青素合成调控基因的分子标记技术通过TA克隆和Sanger法测序等验证序列准确性，鉴定出一个与紫菜薹紫叶性状关联的调控基因，并根据其紫色和绿色菜薹的启动子及编码区序列差异，开发两对与紫色性状相关联的Indels标记，且两对引物通过多重PCR实现一步法鉴定筛选，可以简便快速地从大量菜薹种质资源中筛选鉴别带有花青素合成调控基因的材料，为快速创制紫菜薹新种质提供技术支持，也可加速育种进程，降低资源消耗，节约成本。
Description
技术领域
本发明涉及农业的植物分子标记辅助育种技术领域，具体为一种紫菜薹花青素合成调控基因的功能性分子标记及应用。
背景技术
紫菜薹“Brassica campestris L.ssp.chinensis var.purpurea Hort”又名红菜薹，与菜心一样，为十字花科芸薹属亚种变种之一，原产于中国，为长江流域中部地区的特色蔬菜，其肥嫩多汁，营养价值丰富的花薹为主要食用器官，近年来，因其富含营养价值极高的花青素等物质，在全国范围内引种栽培。
陈路格(2015)、李金萍(2015)等通过构建群体遗传分析发现，紫菜薹的紫色性状由多基因调控，表明紫菜薹内花青素合成调控机制复杂，由多个基因共同调控。在现有技术中，除钟玉娟等发明的“与菜薹花青素基因连锁的SNP分子标记及其应用[CN107475381A]”之外，却没有与紫色性状关联的InDels或SSR等类似简单高效且利用方便的分子标记。
发明内容
针对现有技术的不足，本发明提供了一种紫菜薹花青素合成调控基因的功能性分子标记，可实现简单快速地筛选鉴定。
为实现以上目的，本发明通过以下技术方案予以实现：一种紫菜薹花青素合成调控基因的功能性分子标记包括：紫菜薹花青素合成调控基因Pur及其启动子的InDels标记和InDels标记PCR引物序列；
位于紫菜薹花青素合成调控基因编码区，并与其紧密连锁的InDels标记；
位于紫菜薹花青素合成调控基因Pur启动子区域，并与其紧密连锁的InDels标记；
根据InDels标记所述的核苷酸序列而设计的PCR特异性扩增引物。
两对引物可通过一次多重PCR实现同步鉴定筛选。
位于紫菜薹花青素合成调控基因编码区标记后紫菜薹花青素合成调控基因Pur编码区序列MIndel1P大小为313bp，具体序列：
5-CGAACCGACGACGAAGTAAGGATCCATTGGGAAATTTACTTAGAGAAGAAACTCATGAAAATGGGAATCGATCCAACTTTGTTTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGAATCGATCCAACTAATCATCGTATCTACCATCACACCAACTACACTTCTAGACGATTCGTCAATGCCTCGTATAAGAAACATGAAACCGATATTATTAGTGATCAATCTTCTTCGGTATCTGAATCATGTGATATGAAACTATTACCCGTTTCAAGTACCAATAGCTCTGAGGCTAATGCTAGTTCTG-3。
绿菜心花青素合成调控基因pur编码区序列MIndel1G大小为253bp，具体序列：
5-CGAACCGACGACGAAGTAAGGATCCATTGGGAAAGTTACTTAGAGAAGAAACTCATGAAAATGGGAATCGATCCAACTAATCATCGTATCTACCATCACACCAACTACACTTCTAGACGATTCATCAATGCCTCGTATAAGAAAAATGAAACCGATATTATTAGTGATCAATCTTCTTCGGTATCTGAATCATGTGATATGAAACTATTACCCGTTTCAAGTACCAATTGCTCTGAGGCTAATGCTAGTTCTG-3。
位于紫菜薹花青素合成调控基因Pur启动子区域标记后紫菜薹花青素合成调控基因启动子序列MIndel2P大小为514bp，具体序列：
5-GGTTGCAGGAGTCAGGGAAAGAAGAGGATGGGATTAAGGTTGTGTCGATGGCTGTTAAGAGCGGGAAAGTTGATAGAGAATGTTGGGAGCTTTTCTTGAGGAAATTTGCTGGTGAGCTAGATAAAGGGGAGGTGATTCTTAAAGAATTGTTGCATGAAGTTTCTGTCTCTTGAAGAAGCAAGGTGGTTCTTAAAAAAATAATGTTATAAGGGCAATGGATTGGGGTCGATAATCTTGATTCAAGGGATTTGGTAGCACATAGCTTTATCAAAGGTTGGTTGGGTTCTGATCTGCTCCAAGGTAAGTACAACCCTTTGATCTCATAGCTCAGAGAAAAAGGAAGAAGATGGCGTTTGTGACCACTGCGGAAGTCTGTGAGCTATGAGATCAAAGGGTTGTACTTACCTTGGAGCAAGGAAGGACTTGGAGAGCAACGAGTTCCAGTTAATATTGCAGGGACTCGGATTTGTGATGGTGAATGGGTTTATGCTGATACTGATGGCATTCTCGTCTC-3。
绿菜心花青素合成调控基因pur启动子序列MIndel2G大小为729bp，具体序列：
5-GGTTGCAGGAGTCAGGGAAAGAAGAGGATGGGATTAAGGTTATTAGAGATATGTTGGGCCGTAAGATATGTATCTTACGGACCTAGATTGTGAAGCCCGTGAAACCTGGCTCTGATACCATGTTAGATTCGGGTTTATTATGGGCTTCCAACTCAAAATCAATTGGCAATTAGTGGATTGGCCCTAACCCTTTATATATTACTTAATGTCCCATTGATTTTCCAATGTGGGATATACATATCCCTTAATAAAGGTTGTGTCGATGGCTGTTAAGAGCGGGAAAGTTGATAGAGAATGTTGGGAGCTTTTCTTGAGGAAATTTGCTGGTGAGCTAGATAAAGGGGAGGTGATTCTTAAAGAATTGTTGCATGAAGTTTCTGTCTCTTGAAGAAGCAAGGTGGTTCTTAAAAAAATAATGTTATAAGGGCAATGGATTGGGGTCGATAATCTTGATTCAAGGGATTTGGTAGCACATAGCTTTATCAAAGGTTGGTTGGGTTCTGATCTGCTCCAAGGTAAGTACAACCCTTTGATCTCATAGCTCAGAGAAAAAGGAAGAAGATGGCGTTTGTGACCACTGCGGAAGTCTGTGAGCTATGAGATCAAAGGGTTGTACTTACCTTGGAGCAAGGAAGGACTTGGAGAGCAACGAGTTCCAGTTAATATTGCAGGGACTCGGATTTGTGATGGTGAATGGGTTTATGCTGATACTGATGGCATTCTCGTCTC-3。
InDels标记所述的核苷酸序列所设计的PCR特异性扩增引物序列如下：
MidF:5-CGAACCGACGACGAAGTAAG-3；
MidR:5-CAGAACTAGCATTAGCCTCAGAG-3；
MidF2:5-GGTTGCAGGAGTCAGGGAA-3；
MIdR2:5-GAGACGAGAATGCCATCAGTA-3。
一种紫菜薹花青素合成调控基因的功能性分子标记的应用，与紫菜薹花青素合成调控基因紧密连锁的InDels分子标记在辅助选择中的应用方法如下：
a.用CTAB法提取待测材料基因组DNA，具体参照李真真等2018年硕士论文的方法；
b.PCR扩增：其中反应体系：15ul体系，各组分物质的含量分别为：20ng模板DNA；7.5ul2xMixbuffer；1pmol/L引物/条：ddH2O补齐至15ul，混匀，离心；扩增程序：预变形94℃/5min，然后94℃/30s、54℃/30s、72℃/1min，35个循环后，72℃延伸5min；
c.电泳：取5ul PCR扩增产物，点入0.8％的琼脂糖凝胶中，200V电压下电泳30min，经EB染色后在凝胶成像仪中观察拍照；
d.判断：
在使用引物MidF/R扩增出313bp的目的条带，则该材料带有紫菜薹花青素合成调控基因的概率为99.23％；在使用引物MidF2/R2扩增出514bp的目的条带，则该材料带有紫菜薹花青素合成调控基因的概率为97.68％以上；如果两对引物分别同时扩增出目的条带，则待测材料具有紫菜薹花青素合成调控基因的概率为100％。
与现有技术相比，本发明的有益效果是：该紫菜薹花青素合成调控基因的功能性分子标记，本技术基于高通量基因组重测序数据，搜寻花青素合成调控转运相关基因在多种紫菜薹和绿菜心中潜在差异，并利用TA克隆和Sanger测序技术确认其存在序列差异，鉴定出一个与紫菜薹紫叶性状关联的关键基因，并根据启动子和编码区的序列差异，开发两对与紫色性状关联的Indels标记，为揭示紫菜薹花青素合成调控机制，创制紫菜薹新种质提供帮助。
附图说明
图1为本发明提供的MIndel1标记在自然群体的扩增结果；
图2为本发明提供的MIndel2标记在自然群体的扩增结果；
图3为本发明提供的MIndel1和MIndel2标记在自然群体的多重PCR扩增结果。
图中：G-绿色单株、P-紫色单株、M-D2000 DNA Marker。
具体实施方式
下面将结合本发明实施例中的附图，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
请参阅图1-3，本发明提供一种技术方案：一种紫菜薹花青素合成调控基因的功能性分子标记包括：紫菜薹花青素合成基因Pur编码区及其启动子的InDels标记和InDels标记PCR引物序列；位于紫菜薹花青素合成调控基因编码区，并与其紧密连锁的InDels标记；位于紫菜薹花青素合成调控基因Pur启动子区域，并与其紧密连锁的InDels标记；根据InDel标记所述的核苷酸序列而设计的PCR特异性扩增引物；两对引物可通过一次多重PCR实现同步鉴定筛选。
位于紫菜薹花青素合成调控基因编码区标记后紫菜薹花青素合成调控基因Pur编码区序列MIndel1P大小为313bp，具体序列：
5-CGAACCGACGACGAAGTAAGGATCCATTGGGAAATTTACTTAGAGAAGAAACTCATGAAAATGGGAATCGATCCAACTTTGTTTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGAATCGATCCAACTAATCATCGTATCTACCATCACACCAACTACACTTCTAGACGATTCGTCAATGCCTCGTATAAGAAACATGAAACCGATATTATTAGTGATCAATCTTCTTCGGTATCTGAATCATGTGATATGAAACTATTACCCGTTTCAAGTACCAATAGCTCTGAGGCTAATGCTAGTTCTG-3。
绿菜心花青素合成调控基因pur编码区序列MIndel1G大小为253bp，具体序列：
5-CGAACCGACGACGAAGTAAGGATCCATTGGGAAAGTTACTTAGAGAAGAAACTCATGAAAATGGGAATCGATCCAACTAATCATCGTATCTACCATCACACCAACTACACTTCTAGACGATTCATCAATGCCTCGTATAAGAAAAATGAAACCGATATTATTAGTGATCAATCTTCTTCGGTATCTGAATCATGTGATATGAAACTATTACCCGTTTCAAGTACCAATTGCTCTGAGGCTAATGCTAGTTCTG-3。
位于紫菜薹花青素合成调控基因Pur启动子区域标记后紫菜薹花青素合成调控基因启动子序列MIndel2P大小为514bp，具体序列：
5-GGTTGCAGGAGTCAGGGAAAGAAGAGGATGGGATTAAGGTTGTGTCGATGGCTGTTAAGAGCGGGAAAGTTGATAGAGAATGTTGGGAGCTTTTCTTGAGGAAATTTGCTGGTGAGCTAGATAAAGGGGAGGTGATTCTTAAAGAATTGTTGCATGAAGTTTCTGTCTCTTGAAGAAGCAAGGTGGTTCTTAAAAAAATAATGTTATAAGGGCAATGGATTGGGGTCGATAATCTTGATTCAAGGGATTTGGTAGCACATAGCTTTATCAAAGGTTGGTTGGGTTCTGATCTGCTCCAAGGTAAGTACAACCCTTTGATCTCATAGCTCAGAGAAAAAGGAAGAAGATGGCGTTTGTGACCACTGCGGAAGTCTGTGAGCTATGAGATCAAAGGGTTGTACTTACCTTGGAGCAAGGAAGGACTTGGAGAGCAACGAGTTCCAGTTAATATTGCAGGGACTCGGATTTGTGATGGTGAATGGGTTTATGCTGATACTGATGGCATTCTCGTCTC-3。
绿菜心花青素合成调控基因pur启动子序列MIndel2G大小为729bp，具体序列：
5-GGTTGCAGGAGTCAGGGAAAGAAGAGGATGGGATTAAGGTTATTAGAGATATGTTGGGCCGTAAGATATGTATCTTACGGACCTAGATTGTGAAGCCCGTGAAACCTGGCTCTGATACCATGTTAGATTCGGGTTTATTATGGGCTTCCAACTCAAAATCAATTGGCAATTAGTGGATTGGCCCTAACCCTTTATATATTACTTAATGTCCCATTGATTTTCCAATGTGGGATATACATATCCCTTAATAAAGGTTGTGTCGATGGCTGTTAAGAGCGGGAAAGTTGATAGAGAATGTTGGGAGCTTTTCTTGAGGAAATTTGCTGGTGAGCTAGATAAAGGGGAGGTGATTCTTAAAGAATTGTTGCATGAAGTTTCTGTCTCTTGAAGAAGCAAGGTGGTTCTTAAAAAAATAATGTTATAAGGGCAATGGATTGGGGTCGATAATCTTGATTCAAGGGATTTGGTAGCACATAGCTTTATCAAAGGTTGGTTGGGTTCTGATCTGCTCCAAGGTAAGTACAACCCTTTGATCTCATAGCTCAGAGAAAAAGGAAGAAGATGGCGTTTGTGACCACTGCGGAAGTCTGTGAGCTATGAGATCAAAGGGTTGTACTTACCTTGGAGCAAGGAAGGACTTGGAGAGCAACGAGTTCCAGTTAATATTGCAGGGACTCGGATTTGTGATGGTGAATGGGTTTATGCTGATACTGATGGCATTCTCGTCTC-3。
InDels标记所述的核苷酸序列所设计的PCR特异性扩增引物序列如下：
MidF:5-CGAACCGACGACGAAGTAAG-3；
MidR:5-CAGAACTAGCATTAGCCTCAGAG-3；
MidF2:5-GGTTGCAGGAGTCAGGGAA-3；
MIdR2:5-GAGACGAGAATGCCATCAGTA-3。
与紫菜薹花青素合成调控基因紧密连锁的InDels标记在辅助选择中的应用方法如下：
a.用CTAB法提取待测材料基因组DNA，具体参照李真真等2018年硕士论文的方法；
b.PCR扩增：其中反应体系：15ul体系，各组分物质的含量分别为：20ng模板DNA；7.5ul2xMixbuffer；1pmol/L引物/条：ddH2O补齐至15ul，混匀，离心；扩增程序：预变形94℃/5min，然后94℃/30s、54℃/30s、72℃/1min，35个循环后，72℃延伸5min；
c.电泳：取5ulPCR扩增产物，点入0.8％的琼脂糖凝胶中，200V电压下电泳30min，经EB染色后在凝胶成像仪中观察拍照；
d.判断：
在使用引物MidF/R扩增出313bp的目的条带，则该材料带有紫菜薹花青素合成调控基因的概率为99.23％；在使用引物MidF2/R2扩增出514bp的目的条带，则该材料带有紫菜薹花青素合成调控基因的概率为97.68％以上；如果两对引物分别同时扩增出目的条带，则待测材料具有紫菜薹花青素合成调控基因的概率为100％。
实施例一，与紫菜薹花青素合成调控基因Pur连锁的InDels标记发掘：
1.紫菜薹和绿菜心重测序数据的准备：
以大白菜基因组V1.5为参考基因组，对紫菜薹和绿菜心重测序数据进行拼接，获得BAM文件，以便实现IGV软件可视化识别。结果从20份材料中鉴定出与性状关联的花青素合成调控基因Pur的序列差异,鉴定出的Pur基因位于陈路格等(2015)通过群体遗传分析法发现的候选基因区域之一。
2.DNA提取、基因克隆及标记开发：
①用CTAB法提取紫菜薹和绿菜心基因组DNA，具体参照李真真等2018年硕士论文的方法；
②根据Pur基因编码区和启动子区域序列的差异设计引物，通过PCR扩增，采用TA克隆的方法，将紫菜薹和绿菜心Pur基因的编码区和启动子序列构建到T载体上，将构建好的载体导入大肠杆菌感受态中，送往生工生物工厂(上海)股份有限公司进行sanger法测序。
③测序结果表明相较于绿色材料，紫色材料Pur基因启动子区域存在一个InDels缺失，编码区存在一个InDels插入，其中MInDel1在紫色材料和绿色材料间的目的片段大小相差约60bp，MInDel2目的片段大小相差约215bp，采用普通的0.8％琼脂糖凝胶电泳完全可以分离，因此可直接用于花青素合成基因的分子标记，其中MInDel1和MInDel2所用引物序列如下：
M16164idF:5-CGAACCGACGACGAAGTAAG-3；
M16164idR:5-CAGAACTAGCATTAGCCTCAGAG-3；
M16164idF2:5-GGTTGCAGGAGTCAGGGAA-3；
M16164IdR2:5-GAGACGAGAATGCCATCAGTA-3。
实施例二、MInDel1和MInDel2两个标记在对紫菜薹的辅助选择中的应用
1.用CTAB法提取待测材料基因组DNA，具体方法同前；
2.PCR反应：
①PCR反应体系：25ul体系，各组分物质的含量分别为：20ng模板DNA；7.5ul2xMixbuffer；1pmol/L引物：ddH2O补齐至15ul，混匀，离心；
②PCR扩增程序：预变形94℃/5min，然后94℃/30s、54℃/30s、72℃/1min，35个循环后，72℃延伸5min；
③电泳：取5ulPCR扩增产物，点入0.8％的琼脂糖凝胶中，200V电压下电泳30min，经EB染色后在凝胶成像仪中观察拍照；
④结果分析：
通过使用引物MidF/R扩增出313bp的目的条带，则该材料带有紫菜薹花青素合成调控基因的概率为99.23％；在使用引物MidF2/R2扩增出514bp的目的条带，则该材料带有紫菜薹花青素合成调控基因的概率为97.68％以上；如果两对引物分别同时扩增出目的条带，则待测材料具有紫菜薹花青素合成调控基因的概率为100％。
本技术基于高通量重测序数据，搜寻花青素合成调控转运相关基因在多种紫菜薹和绿菜心中潜在差异，进一步克隆测序确认其序列存在差异，鉴定出一个与紫菜薹紫叶性状关联的关键基因，并根据启动子和编码区的序列差异，开发两对与紫色性状关联的InDels标记，工作时仅需要两对引物进行一次多重PCR，即可筛选出紫色单株，结果为揭示紫菜薹花青素合成调控机制，创制紫菜薹新种质提供有力帮助。
需要说明的是，在本文中，诸如第一和第二等之类的关系术语仅仅用来将一个实体或者操作与另一个实体或操作区分开来，而不一定要求或者暗示这些实体或操作之间存在任何这种实际的关系或者顺序。而且，术语“包括”、“包含”或者其任何其他变体意在涵盖非排他性的包含，从而使得包括一系列要素的过程、方法、物品或者设备不仅包括那些要素，而且还包括没有明确列出的其他要素，或者是还包括为这种过程、方法、物品或者设备所固有的要素。
以上所述仅为本发明的较佳实施例而已，并不用以限制本发明，凡在本发明的精神和原则之内，所作的任何修改、等同替换、改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。
Claims (7)
1.一种紫菜薹花青素合成调控基因的功能性分子标记，其特征在于，包括：
紫菜薹花青素合成调控基因Pur编码区及其启动子的InDels标记和InDels标记PCR引物序列；
位于紫菜薹花青素合成调控基因编码区，并与其紧密连锁的InDels标记；
位于紫菜薹花青素合成调控基因Pur启动子区域，并与其紧密连锁的InDels标记；
根据InDels标记所述的核苷酸序列而设计的PCR特异性引物；
两对引物可通过多重PCR实现一步法鉴定筛选。
2.根据权利要求1所述的一种紫菜薹花青素合成调控基因的功能性分子标记，其特征在于：位于紫菜薹花青素合成调控基因编码区标记后紫菜薹花青素合成调控基因Pur编码区序列MIndel1P大小为313bp，具体序列：
5-CGAACCGACGACGAAGTAAGGATCCATTGGGAAATTTACTTAGAGAAGAAACTCATGAAAATGGGAATCGATCCAACTTTGTTTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGAATCGATCCAACTAATCATCGTATCTACCATCACACCAACTACACTTCTAGACGATTCGTCAATGCCTCGTATAAGAAACATGAAACCGATATTATTAGTGATCAATCTTCTTCGGTATCTGAATCATGTGATATGAAACTATTACCCGTTTCAAGTACCAATAGCTCTGAGGCTAATGCTAGTTCTG-3。
3.根据权利要求2所述的一种紫菜薹花青素合成调控基因的功能性分子标记，其特征在于：绿菜心花青素合成调控基因pur编码区序列MIndel1G大小为253bp，具体序列：
5-CGAACCGACGACGAAGTAAGGATCCATTGGGAAAGTTACTTAGAGAAGAAACTCATGAAAATGGGAATCGATCCAACTAATCATCGTATCTACCATCACACCAACTACACTTCTAGACGATTCATCAATGCCTCGTATAAGAAAAATGAAACCGATATTATTAGTGATCAATCTTCTTCGGTATCTGAATCATGTGATATGAAACTATTACCCGTTTCAAGTACCAATTGCTCTGAGGCTAATGCTAGTTCTG-3。
4.根据权利要求1所述的一种紫菜薹花青素合成调控基因的功能性分子标记，其特征在于：位于紫菜薹花青素合成调控基因Pur启动子区域标记后紫菜薹花青素合成调控基因启动子序列MIndel2P大小为514bp，具体序列：
5-GGTTGCAGGAGTCAGGGAAAGAAGAGGATGGGATTAAGGTTGTGTCGATGGCTGTTAAGAGCGGGAAAGTTGATAGAGAATGTTGGGAGCTTTTCTTGAGGAAATTTGCTGGTGAGCTAGATAAAGGGGAGGTGATTCTTAAAGAATTGTTGCATGAAGTTTCTGTCTCTTGAAGAAGCAAGGTGGTTCTTAAAAAAATAATGTTATAAGGGCAATGGATTGGGGTCGATAATCTTGATTCAAGGGATTTGGTAGCACATAGCTTTATCAAAGGTTGGTTGGGTTCTGATCTGCTCCAAGGTAAGTACAACCCTTTGATCTCATAGCTCAGAGAAAAAGGAAGAAGATGGCGTTTGTGACCACTGCGGAAGTCTGTGAGCTATGAGATCAAAGGGTTGTACTTACCTTGGAGCAAGGAAGGACTTGGAGAGCAACGAGTTCCAGTTAATATTGCAGGGACTCGGATTTGTGATGGTGAATGGGTTTATGCTGATACTGATGGCATTCTCGTCTC-3。
5.根据权利要求4所述的一种紫菜薹花青素合成调控基因的功能性分子标记，其特征在于：绿菜心花青素合成调控基因pur启动子序列MIndel2G大小为729bp，具体序列：
5-GGTTGCAGGAGTCAGGGAAAGAAGAGGATGGGATTAAGGTTATTAGAGATATGTTGGGCCGTAAGATATGTATCTTACGGACCTAGATTGTGAAGCCCGTGAAACCTGGCTCTGATACCATGTTAGATTCGGGTTTATTATGGGCTTCCAACTCAAAATCAATTGGCAATTAGTGGATTGGCCCTAACCCTTTATATATTACTTAATGTCCCATTGATTTTCCAATGTGGGATATACATATCCCTTAATAAAGGTTGTGTCGATGGCTGTTAAGAGCGGGAAAGTTGATAGAGAATGTTGGGAGCTTTTCTTGAGGAAATTTGCTGGTGAGCTAGATAAAGGGGAGGTGATTCTTAAAGAATTGTTGCATGAAGTTTCTGTCTCTTGAAGAAGCAAGGTGGTTCTTAAAAAAATAATGTTATAAGGGCAATGGATTGGGGTCGATAATCTTGATTCAAGGGATTTGGTAGCACATAGCTTTATCAAAGGTTGGTTGGGTTCTGATCTGCTCCAAGGTAAGTACAACCCTTTGATCTCATAGCTCAGAGAAAAAGGAAGAAGATGGCGTTTGTGACCACTGCGGAAGTCTGTGAGCTATGAGATCAAAGGGTTGTACTTACCTTGGAGCAAGGAAGGACTTGGAGAGCAACGAGTTCCAGTTAATATTGCAGGGACTCGGATTTGTGATGGTGAATGGGTTTATGCTGATACTGATGGCATTCTCGTCTC-3。
6.根据权利要求1所述的一种紫菜薹花青素合成调控基因的功能性分子标记，其特征在于：InDels标记所述的核苷酸序列所设计的PCR特异性扩增引物序列如下：
MidF:5-CGAACCGACGACGAAGTAAG-3；
MidR:5-CAGAACTAGCATTAGCCTCAGAG-3；
MidF2:5-GGTTGCAGGAGTCAGGGAA-3；
MIdR2:5-GAGACGAGAATGCCATCAGTA-3。
7.一种紫菜薹花青素合成调控基因的功能性分子标记的应用，其特征在于：与紫菜薹花青素合成调控基因紧密连锁的InDels标记在辅助选择中的应用方法如下：
a.用CTAB法提取待测材料基因组DNA，具体参照李真真等2018年硕士论文的方法。
b.PCR扩增：其中反应体系：15ul体系，各组分物质的含量分别为：20ng模板DNA；7.5ul2xMixbuffer；1pmol/L引物/条；ddH2O补齐至15ul，混匀，离心；扩增程序：预变形94℃/5min，然后94℃/30s、54℃/30s、72℃/1min，35个循环后，72℃延伸5min；4-9℃保存。
c.电泳：取5ulPCR扩增产物，点入0.8％的琼脂糖凝胶中，200V电压下电泳30min，经EB染色后在凝胶成像仪中观察拍照。
d.判断：
在使用引物MidF/R扩增出313bp的目的条带，则该材料带有紫菜薹花青素合成调控基因的概率为99.23％；在使用引物MidF2/R2扩增出514bp的目的条带，则该材料带有紫菜薹花青素合成调控基因的概率为97.68％以上；如果两对引物分别同时扩增出目的条带，则待测材料具有紫菜薹花青素合成调控基因的概率为100％。
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