CN110799541A - 针对淋巴细胞活化基因-3(lag-3)的抗体药剂及其用途 - Google Patents

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Abstract

本发明提供结合淋巴细胞活化基因‑3(LAG‑3)蛋白的抗体药剂。明确提供了特定的免疫球蛋白重链多肽和免疫球蛋白轻链多肽序列。还提供了相关的核酸、载体、组合物和使用抗LAG‑3抗体药剂治疗对LAG‑3抑制有反应的病症或疾病的方法，如癌症或传染病。

Description

针对淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的抗体药剂及其用途
相关申请的交叉参考
本发明主张申请于2017年4月27日提交的美国临时申请号62/491,221、于2017年10月27日提交的美国临时申请号62/578,215、于2018年1月8日提交的美国临时申请号62/614,998、于2018年2月1日提交的美国临时申请号No.62/625,276以及于2018年4月13日提交的美国临时申请号62/657,384，所述申请中的每一个均以全文引用的方式并入。
序列表
本说明书参考名为“TSR-007WO_ST25.txt”的ASCII.txt文件，其为以电子形式提供的序列表，该文件生成于2018年4月23日，大小为39964字节。
研究领域
本发明涉及结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)多肽的抗体药剂。
背景技术
癌症是一个严重的公共卫生问题，根据American Cancer Society,CancerFacts&Figures 2017，仅在2017年，美国就有约600920人预计死于癌症(https://www.cancer.org/research/cancer-facts-statistics/all-cancer-facts-figures/cancer-facts-figures-2017.html)。因此，仍然需要有效的疗法来治疗癌症患者。
发明概述
本发明尤其提供了与淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)多肽的表位结合的抗体药剂，以及与其相关的各种组合物和方法，包括例如多肽、核酸、细胞和多种方法等。
在一些实施方案中，能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽包含一个、两个或三个选自以下的氨基酸序列：(a)SEQ ID NO:5的氨基酸序列；(b)SEQ ID NO:6的氨基酸序列；和(c)SEQ ID NO:7的氨基酸序列。
在一些实施方案中，多肽为重链可变结构域或包含重链可变结构域，所述重链可变结构域包含一个、两个或三个选自以下的CDR：(a)包含SEQ ID NO:5的氨基酸序列的CDR-H1、(b)包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列的CDR-H2和(c)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的CDR-H3。
在一些实施方案中，一种能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽，其中所述多肽包含重链可变区，所述重链可变区包含：由与SEQ ID NO:5具有至少80％、85％或90％同一性的氨基酸序列所定义的CDR-H1；和/或由与SEQ ID NO:6具有至少80％、85％或90％同一性的氨基酸序列所定义的CDR-H2；和/或由与SEQ ID NO:7具有至少80％、85％或90％同一性的氨基酸序列所定义的CDR-H3。在一些实施方案中，一种能够结合LAG-3的多肽，其中所述多肽包含重链可变区，所述重链可变区包含：由与SEQ ID NO:5具有至少80％、85％或90％同一性的氨基酸序列所定义的CDR-H1；由与SEQ ID NO:6具有至少80％、85％或90％同一性的氨基酸序列所定义的CDR-H2；和由与SEQ ID NO:7具有至少80％、85％或90％同一性的氨基酸序列所定义的CDR-H3。
在一些实施方案中，一种能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽包含选自以下的一个、两个或三个氨基酸序列：(a)SEQ ID NO:8的氨基酸序列、(b)SEQ ID NO:9的氨基酸序列和(c)SEQ ID NO:10的氨基酸序列。
在一些实施方案中，多肽为轻链可变区或包含轻链可变区，所述轻链可变区包含一个、两个或三个选自以下的CDR：(a)包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列的CDR-L1、(b)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的CDR-L2和(c)包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列的CDR-L3。
在一些实施方案中，能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽包括由与SEQID NO:8具有至少80％、85％或90％同一性的氨基酸序列所定义的CDR-L1；和/或由与SEQID NO:9具有至少80％、85％或90％同一性的氨基酸序列所定义的CDR-L2；和/或由与SEQID NO:10具有至少80％、85％或90％同一性的氨基酸序列所定义的CDR-L3。在一些实施方案中，能够结合LAG-3的多肽包括由与SEQ ID NO:8具有至少80％、85％或90％同一性的氨基酸序列所定义的CDR-L1；由与SEQ ID NO:9具有至少80％、85％或90％同一性的氨基酸序列所定义的CDR-L2；和由与SEQ ID NO:10具有至少80％、85％或90％同一性的氨基酸序列所定义的CDR-L3。
本发明尤其提供了能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽，其中所述多肽包含与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:21具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，多肽是含有SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:21的氨基酸序列的重链多肽或包含含有SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:3或SEQ IDNO:21的氨基酸序列的重链多肽。
在一些实施方案中，能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽(例如抗体药剂)，其中所述多肽包含与SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:22具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中是与SEQ ID NO:2、SEQ IDNO:4或SEQ ID NO:22具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的氨基酸序列的轻链多肽或包含含有与SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:22具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的氨基酸序列的轻链多肽。
在实施方案中，能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽包含与SEQ ID NO:3具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的重链可变区氨基酸序列。在实施方案中，能够结合LAG-3的多肽包含由SEQ ID NO:3定义的重链可变区氨基酸序列。
在实施方案中，能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽包含与SEQ ID NO:4具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的轻链可变区氨基酸序列。在实施方案中，能够结合LAG-3的多肽包含由SEQ ID NO:4定义的轻链可变区氨基酸序列。
在实施方案中，能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽包含与SEQ ID NO:1具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的重链多肽序列。在实施方案中，能够结合LAG-3的多肽包含由SEQ ID NO:1定义的重链多肽序列。
在实施方案中，能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽包含与SEQ ID NO:21具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的重链多肽序列。在实施方案中，能够结合LAG-3的多肽包含由SEQ ID NO:21定义的重链多肽序列。
在实施方案中，能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽包含与SEQ ID NO:2具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的轻链多肽序列。在实施方案中，能够结合LAG-3的多肽包含由SEQ ID NO:2定义的轻链多肽序列。
在实施方案中，能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽包含与SEQ ID NO:22具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的轻链多肽序列。在实施方案中，能够结合LAG-3的多肽包含由SEQ ID NO:22定义的轻链多肽序列。
在一些实施方案中，能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽包括(i)与SEQID NO:1、SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:21具有至少80％、85％、90％、95％、98％、99％或100％序列同一性的氨基酸；和(ii)与SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:22具有至少80％、85％、90％、95％、98％、99％或100％序列同一性的氨基酸。
在一些实施方案中，能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽包括：
i)一个、两个或三个选自以下的氨基酸序列：
(a)与SEQ ID NO:5相比序列相同或包含1-5个氨基酸取代的氨基酸序列；
(b)与SEQ ID NO:6相比序列相同或包含1-5个氨基酸取代的氨基酸序列；和
(c)与SEQ ID NO:7相比序列相同或包含1-5个氨基酸取代的氨基酸序列，
和
ii)一个、两个或三个选自以下的氨基酸序列：
(a)与SEQ ID NO:8相比序列相同或包含1-5个氨基酸取代的氨基酸序列；
(b)与SEQ ID NO:9相比序列相同或包含1-5个氨基酸取代的氨基酸序列；和
(c)与SEQ ID NO:10相比序列相同或包含1-5个氨基酸取代的氨基酸序列。
在一些实施方案中，能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽包含：(i)一个、两个或三个选自以下的氨基酸序列：(a)SEQ ID NO:5的氨基酸序列、(b)SEQ ID NO:6的氨基酸序列和(c)SEQ ID NO:7的氨基酸序列；和(ii)一个、两个或三个选自以下的氨基酸序列：(a)SEQ ID NO:8的氨基酸序列、(b)SEQ ID NO:9的氨基酸序列和(c)SEQ ID NO:10的氨基酸序列。
在一些实施方案中，分离能够结合LAG-3的多肽。在一些实施方案中，能够结合LAG-3的多肽可被纯化至超过95％或99％纯度。在一些实施方案中，分离抗LAG-3抗体药剂。在一些实施方案中，所述抗体药剂可被纯化至超过95％或99％纯度。
在一些实施方案中，能够结合LAG-3的多肽包含至少一个由第一半胱氨酸和第二半胱氨酸形成的二硫键；其中所述第一半胱氨酸选自SEQ ID NO:1的残基41、115、147、160、216、239、242、274、334、380和438，且所述第二半胱氨酸选自SEQ ID NO:1的残基41、115、147、160、216、239、242、274、334、380和438。在一些实施方案中，能够结合LAG-3的多肽包含至少一个由第一半胱氨酸和第二半胱氨酸形成的二硫键；其中所述第一半胱氨酸选自SEQID NO:1的残基41、115、147、160、216、239、242、274、334、380和438，且所述第二半胱氨酸选自SEQ ID NO:2的残基45、115、161、221和241。在一些实施方案中，能够结合LAG-3的多肽包含至少一个由第一半胱氨酸和第二半胱氨酸形成的二硫键；其中所述第一半胱氨酸选自SEQ ID NO:2的残基45、115、161、221和241，且所述第二半胱氨酸选自SEQ ID NO:2的残基45、115、161、221和241。
在一些实施方案中，多肽包含至少一个由第一半胱氨酸和第二半胱氨酸形成的二硫键；其中所述第一残基是SEQ ID NO:2的残基45，且所述第二残基是SEQ ID NO:2的残基115。在一些实施方案中，多肽包含至少一个由第一半胱氨酸和第二半胱氨酸形成的二硫键；其中所述第一残基为SEQ ID NO:2的残基161，且所述第二残基为SEQ ID NO:2的残基221。在一些实施方案中，多肽包含至少一个由第一半胱氨酸和第二半胱氨酸形成的二硫键；其中所述第一残基为SEQ ID NO:1的残基147，且所述第二残基为SEQ ID NO:2的残基241。在一些实施方案中，多肽包含至少一个由第一半胱氨酸和第二半胱氨酸形成的二硫键；其中所述第一残基为SEQ ID NO:1的残基41，且所述第二残基为SEQ ID NO:1的残基115。在一些实施方案中，多肽包含至少一个由第一半胱氨酸和第二半胱氨酸形成的二硫键；其中所述第一残基是SEQ ID NO:1的残基160，且所述第二残基是SEQ ID NO:1的残基216。在一些实施方案中，本发明的多肽包含至少一个由第一半胱氨酸和第二半胱氨酸形成的二硫键；其中所述第一残基是SEQ ID NO:1的残基239，而第二残基是SEQ ID NO:1的残基242。在一些实施方案中，多肽包含至少一个由第一半胱氨酸和第二半胱氨酸形成的二硫键；其中所述第一残基为SEQ ID NO:1的残基274，且所述第二残基为SEQ ID NO:1的残基334。在一些实施方案中，多肽包含至少一个由第一半胱氨酸和第二半胱氨酸形成的二硫键；其中所述第一残基为SEQ ID NO:1的残基380，且所述第二残基为SEQ ID NO:1的残基438。
在一些实施方案中，本发明的多肽包含至少一个糖基化的天冬酰胺。在一些实施方案中，能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽包含至少一个糖基化的天冬酰胺。
在一些实施方案中，能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽含有(i)重链可变区，其包含含有SEQ ID NO:5的氨基酸序列的CDR-H1、含有SEQ ID NO:6的氨基酸序列的CDR-H2和含有SEQ ID NO:7的氨基酸序列的CDR-H3；和(ii)轻链可变区，其包含含有SEQ IDNO:8的氨基酸序列的CDR-L1、含有SEQ ID NO:9的氨基酸序列的CDR-L2和含有SEQ ID NO:10的氨基酸序列的CDR-L3。在一些实施方案中，能够结合LAG-3的多肽包含至少一个由第一半胱氨酸和第二半胱氨酸形成的二硫键；其中所述第一半胱氨酸选自SEQ ID NO:1的残基41、115、147、160、216、239、242、274、334、380和438，且所述第二半胱氨酸选自SEQ ID NO:2的残基45、115、161、221和241。在一些实施方案中，能够结合LAG-3的多肽包含至少一个由第一半胱氨酸和第二半胱氨酸形成的二硫键；其中所述第一半胱氨酸选自SEQ ID NO:1的残基41、115、147、160、216、239、242、274、334、380和438，且所述第二半胱氨酸选自SEQ IDNO:2的残基45、115、161、221和241。在一些实施方案中，能够结合LAG-3的多肽包含至少一个由第一半胱氨酸和第二半胱氨酸形成的二硫键；其中所述第一半胱氨酸选自SEQ ID NO:2的残基45、115、161、221和241，且所述第二半胱氨酸选自SEQ ID NO:2的残基45、115、161、221和241。
在一些实施方案中，能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽包含与SEQ IDNO:3具有至少80％、85％、90％、95％、98％、99％或100％序列同一性的重链可变区氨基酸序列和/或与SEQ ID NO:4具有至少80％、85％、90％、95％、98％、99％或100％序列同一性的轻链可变区氨基酸序列。在一些实施方案中，能够结合LAG-3的多肽包含与SEQ ID NO:1具有至少80％、85％、90％、95％、98％、99％或100％序列同一性的重链和/或与SEQ ID NO:2具有至少80％、85％、90％、95％、98％、99％或100％序列同一性的轻链。在一些实施方案中，能够结合LAG-3的多肽包含至少一个由第一半胱氨酸和第二半胱氨酸形成的二硫键；其中所述第一半胱氨酸选自SEQ ID NO:1的残基41、115、147、160、216、239、242、274、334、380和438，且所述第二半胱氨酸选自SEQ ID NO:2的残基45、115、161、221和241。在一些实施方案中，能够结合LAG-3的多肽包含至少一个由第一半胱氨酸和第二半胱氨酸形成的二硫键；其中所述第一半胱氨酸选自SEQ ID NO:1的残基41、115、147、160、216、239、242、274、334、380和438，且所述第二半胱氨酸选自SEQ ID NO:2的残基45、115、161、221和241。在一些实施方案中，能够结合LAG-3的多肽包含至少一个由第一半胱氨酸和第二半胱氨酸形成的二硫键；其中所述第一半胱氨酸选自SEQ ID NO:2的残基45、115、161、221和241，且所述第二半胱氨酸选自SEQ ID NO:2的残基45、115、161、221和241。
在实施方案中，多肽在重链上包含糖基化的天冬酰胺。在实施方案中，糖基化的天冬酰胺是重链的N291。在实施方案中，总的N-连接型寡糖包含G0F。在实施方案中，总的N-连接型寡糖包含G1F。在实施方案中，总的N-连接型寡糖包含G2F。在实施方案中，总的N-连接型寡糖包含Man-5。在实施方案中，总的N-连接型寡糖包含G0F和G1F。在实施方案中，总的N-连接型寡糖包含G0F、G1F、G2F和Man-5。
在一些实施方案中，本发明的多肽结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)和/或抑制LAG-3与MHC II之间的相互作用。
在一些实施方案中，能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽是人多肽或人源化的多肽。在一些实施方案中，能够结合LAG-3的多肽是抗体药剂，其为人抗体可变结构域或包含人抗体可变结构域。在一些实施方案中，能够结合LAG-3的多肽是抗体药剂，其为人源化抗体可变结构域或包含人源化抗体可变结构域。
在一些实施方案中，氨基酸序列与参考氨基酸序列基本相同，是指其与所述参考序列序列相同或与所述参考序列相比包含1-5个氨基酸取代。在实施方案中，氨基酸序列与提供的参考序列(例如，SEQ ID NO:1-10和21-40中任一种)基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与提供的参考序列(例如，SEQ ID NO:1-10和21-40中任一种)相同。在实施方案中，与提供的参考序列相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代(例如，与SEQ ID NO:1-10和21-40中的任一个相比，具有1-5个氨基酸取代)。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:1基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:1相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:1相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:2基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:2相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:2相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:3基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:3相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:3相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:4基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:4相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:4相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:5基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:5相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:5相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:6基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:6相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:6相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:7基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:7相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:7相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:8基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:8相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:8相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:9基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:9相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:9相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:10基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:10相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:10相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:21基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:21相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:21相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:22基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:22相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:22相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:23基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:23相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:23相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:24基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:24相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:24相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:25基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:25相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:25相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:26基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:26相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:26相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:27基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:27相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:27相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:28基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:28相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:28相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:29基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:29相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:29相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:30基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:30相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:30相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:31基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:31相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:31相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:32基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:32相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:32相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:33基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:33相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:33相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:34基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:34相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:34相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:35基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:35相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:35相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:36基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:36相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:36相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:37基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:37相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:37相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:38基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:38相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:38相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:39基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:39相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:39相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:40基本相同。在实施方案中，氨基酸序列与SEQ ID NO:40相同。在实施方案中，与SEQ ID NO:40相比，氨基酸序列包含1-5个氨基酸取代。
还提供了编码能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽的分离的核酸序列。在一些实施方案中，编码能够结合LAG-3的多肽的分离的核酸包含SEQ ID NO:11、SEQ IDNO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:21或SEQ ID NO:22的核酸。在一些实施方案中，编码能够结合LAG-3的多肽的分离核酸包含一个、两个或三个选自以下的核酸序列：(a)SEQ ID NO:15的核酸序列、(b)SEQ ID NO:16的核酸序列和(c)SEQ ID NO:17的核酸序列。在一些实施方案中，编码能够结合LAG-3的多肽的分离核酸包含一个、两个或三个选自以下的核酸序列：(a)SEQ ID NO:18的核酸序列、(b)SEQ ID NO:19的核酸序列和(c)SEQ IDNO:20的核酸序列。
提供了包含编码能够结合LAG-3的多肽的分离的核酸序列的载体，和包含所述载体的分离的细胞。
在一些实施方案中，提供了包含能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽的组合物。在一些实施方案中，提供了包含编码能够结合LAG-3的多肽的分离的核酸和/或载体的组合物。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂(例如，多肽、核酸和/或载体药剂)是分离的。在一些实施方案中，抗体药剂(例如，多肽、核酸和/或载体药剂)可被纯化至超过95％或99％的纯度。在一些实施方案中，所述组合物还包含药学上可接受的载体。
在一些实施方案中，提供了包含编码能够结合LAG-3的多肽的核酸和/或载体的分离的细胞。在一些实施方案中，所述组合物还包含药学上可接受的载体。
还提供了包含能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽的抗体药剂。在一些实施方案中，抗体药剂与LAG-3结合的KD为约1皮摩尔(pM)至约100微摩尔(μM)之间。在一些实施方案中，抗体药剂与LAG-3结合的KD为约5pM至约5μM的范围内。在一些实施方案中，抗体药剂与LAG-3结合的KD为约10pM至约100纳摩尔(nM)的范围内。在一些实施方案中，抗体药剂与LAG-3结合的KD为约50pM至约50纳摩尔(nM)的范围内。在一些实施方案中，抗体药剂与LAG-3结合的KD为约100pM至约10纳摩尔(nM)的范围内。
还提供了在患有对淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)抑制有反应的病症的哺乳动物中诱导免疫应答的方法。在一些实施方案中，所述方法包括施用有效量的能够抑制淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)信号传导的药剂(LAG-3药剂)。在一些实施方案中，所述方法包括施用有效量的能够抑制淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)信号传导的药剂(LAG-3药剂)、有效量的能够抑制程序性死亡1蛋白(PD-1)信号传导的药剂(PD-1药剂)以及有效量的能够抑制T细胞免疫球蛋白和粘蛋白3(TIM-3)信号传导的药剂(TIM-3药剂)。在一些实施方案中，所述方法包括施用有效量的能够结合LAG-3的多肽。在一些实施方案中，所述方法包括施用有效量的编码能够结合LAG-3的多肽的分离的核酸。在一些实施方案中，所述方法包括施用有效量的编码能够结合LAG-3的多肽的载体。在一些实施方案中，所述方法包括施用有效量的包含编码能够结合LAG-3的多肽的核酸和/或载体的分离的细胞。在一些实施方案中，所述方法包括施用有效量的包含如上所述多肽、核酸、载体或细胞的组合物。在一些实施方案中，在施用本发明的多肽、核酸、载体、细胞或组合物后，在哺乳动物中诱导免疫应答。在实施方案中，PD-1药剂是TSR-042。在实施方案中，TIM-3药剂是TSR-033。在实施方案中，PD-1药剂是TSR-042，且TIM-3药剂是TSR-033。
还提供在患有对淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)抑制有反应的病症的哺乳动物中增强免疫应答或提高免疫细胞活性的方法。在一些实施方案中，所述方法包括施用有效量的能够抑制淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)信号传导的药剂(LAG-3药剂)。所述方法包括施用有效量的能够抑制淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)信号传导的药剂(LAG-3药剂)、有效量的能够抑制程序性死亡1蛋白(PD-1)信号传导的药剂(PD-1药剂)以及有效量的能够抑制T细胞免疫球蛋白和粘蛋白3(TIM-3)信号传导的药剂(TIM-3药剂)。在一些实施方案中，所述方法包括施用有效量的能够与LAG-3结合的多肽或编码所述多肽的分离的核酸或包含所述核酸的载体或包含所述载体的分离的细胞或包含前述任一项的组合物，从而在哺乳动物中诱导免疫应答。在一些实施方案中，所述免疫应答是体液或细胞介导的免疫应答。在一些实施方案中，所述免疫应答是CD4或CD8T细胞应答。在一些实施方案中，所述免疫应答是B细胞应答。在实施方案中，PD-1药剂是TSR-042。在实施方案中，TIM-3药剂是TSR-033。在实施方案中，PD-1药剂是TSR-042，且TIM-3药剂是TSR-033。
还提供了治疗哺乳动物中对淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)抑制有反应的病症的方法。在一些实施方案中，所述方法包括施用有效量的能够抑制淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)信号传导的药剂(LAG-3药剂)。在一些实施方案中，所述方法包括施用有效量的能够抑制淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)信号传导的药剂(LAG-3药剂)、有效量的能够抑制程序性死亡1蛋白(PD-1)信号传导的药剂(PD-1药剂)以及有效量的能够抑制T细胞免疫球蛋白和粘蛋白3(TIM-3)信号传导的药剂(TIM-3药剂)。在一些实施方案中，所述方法包括向患有对LAG-3抑制有反应的病症的哺乳动物施用有效量的能够与LAG-3结合的多肽或编码所述多肽的分离的核酸或包含所述核酸的载体或包含所述载体的分离的细胞或包含前述任一项的组合物，从而治疗哺乳动物中的所述病症。在实施方案中，PD-1药剂是TSR-042。在实施方案中，TIM-3药剂是TSR-033。在实施方案中，PD-1药剂是TSR-042，且TIM-3药剂是TSR-033。
在实施方案中，癌症是腺癌、子宫内膜癌、乳腺癌、卵巢癌、子宫颈癌、输卵管癌、睾丸癌、原发性腹膜癌、结肠癌、结肠直肠癌、小肠癌、肛门鳞状细胞癌、阴茎鳞状细胞癌、子宫颈鳞状细胞癌、阴道鳞状细胞癌、外阴鳞状细胞癌、软组织肉瘤、黑色素瘤、肾细胞癌、肺癌、非小细胞肺癌、肺腺癌、肺鳞状细胞癌、胃癌、膀胱癌、胆囊癌、肝癌、甲状腺癌、喉癌、唾液腺癌、食道癌、头颈癌、头颈部鳞状细胞癌、前列腺癌、胰腺癌、间皮瘤、默克尔细胞癌(Merkelcell carcinoma)、肉瘤、胶质母细胞瘤、血液癌、多发性骨髓瘤、B细胞淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤/原发性纵隔B细胞淋巴瘤、慢性髓性白血病、急性髓性白血病、急性淋巴母细胞性白血病、非霍奇金淋巴瘤、神经母细胞瘤、CNS肿瘤、扩散性内因性脑桥神经胶质瘤(DIPG)、尤因肉瘤(Ewing’s sarcoma)、胚胎性横纹肌肉瘤、骨肉瘤或维尔姆斯肿瘤(Wilmstumor)。在实施方案中，癌症：是MSS或MSI-L；表征为微卫星体不稳定性；为MSI-H，具有高TMB；具有高TMB且为MSS或MSI-L；具有高TMB且为MSI-H；具有有缺陷的DNA错配修复系统；DNA错配修复基因中有缺陷；为超突变癌症；为HRD或HRR癌症；包含聚合酶δ(POLD)中的突变；或包含聚合酶ε(POLE)中的突变。
在实施方案中，癌症是大B细胞淋巴瘤、胸腺瘤、急性髓性白血病、睾丸肿瘤、肺腺癌、非小细胞肺癌、肾透明细胞癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、非三阴性乳腺癌(非TNBC)、胃癌、肺鳞状细胞癌、间皮瘤、胰腺癌、子宫颈癌、头颈癌、黑色素瘤、肝细胞癌、鼻咽癌、食道癌、结肠腺癌、结肠直肠癌、直肠癌、胆管癌、子宫内膜癌、肉瘤、膀胱癌、甲状腺癌、肾乳头状癌、多形性胶质母细胞瘤、肝癌、子宫癌肉瘤、嗜铬细胞瘤(pheocromocytoma)、低级别神经胶质瘤、肾嫌色细胞(kidney chromophobe)、肾上腺皮质癌或葡萄膜黑色素瘤。在实施方案中，癌症：是MSS或MSI-L；表征为微卫星体不稳定性；为MSI-H；具有高TMB；具有高TMB且为MSS或MSI-L；具有高TMB且为MSI-H；具有有缺陷的DNA错配修复系统；DNA错配修复基因中有缺陷；为超突变癌症；为HRD或HRR癌症；包含聚合酶δ(POLD)中的突变；或包含聚合酶ε(POLE)中的突变。
在实施方案中，癌症是黑色素瘤、肾细胞癌、肺癌、膀胱癌、乳腺癌、子宫颈癌、结肠癌、胆囊癌、喉癌、肝癌、甲状腺癌、胃癌、唾液腺癌、前列腺癌、胰腺癌、子宫内膜癌、卵巢癌或默克尔细胞癌。
在实施方案中，癌症是非小细胞肺癌、子宫内膜癌、肾细胞癌、子宫颈癌、胃癌、结肠直肠癌或三阴性乳腺癌(TNBC)。
在实施方案中，癌症具有同源重组修复缺陷/同源修复缺陷(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。在实施方案中，癌症是子宫内膜癌，任选为MSI-H或MSS/MSI-L子宫内膜癌。在实施方案中，癌症是子宫内膜癌(例如，MSI-H或MSS/MSI-L子宫内膜癌)。在实施方案中，癌症是包含POLE或POLD中的突变的MSI-H癌症(例如，包含POLE或POLD中的突变的MSI-H非子宫内膜癌)。
在实施方案中，癌症是乳腺癌(例如，三阴性乳腺癌)。在实施方案中，癌症是卵巢癌(例如，卵巢上皮癌)。在实施方案中，癌症是肺癌(例如，非小细胞肺癌)。在实施方案中，癌症是黑色素瘤。在实施方案中，癌症是急性髓性白血病。在实施方案中，癌症是急性淋巴母细胞白血病。在实施方案中，癌症是非霍奇金淋巴瘤。在实施方案中，癌症是霍奇金淋巴瘤。在实施方案中，癌症是神经母细胞瘤。在实施方案中，癌症是CNS肿瘤。在实施方案中，癌症是扩散性内因性脑桥神经胶质瘤(DIPG)。在实施方案中，癌症是尤因肉瘤。在实施方案中，癌症是胚胎性横纹肌肉瘤。在实施方案中，癌症是骨肉瘤。在实施方案中，癌症是维尔姆斯肿瘤。在实施方案中，癌症是软组织肉瘤(例如，平滑肌肉瘤)。
在一些实施方案中，患者患有癌症，如：非小细胞肺癌(NSCLC)、肝细胞癌、肾癌、黑色素瘤、子宫颈癌、结肠直肠癌、肛门生殖器区域鳞状细胞癌、头颈癌、三阴性乳腺癌、卵巢癌或子宫内膜癌。在一些实施方案中，患者患有具有微卫星体不稳定性的癌症。在一些实施方案中，认为微卫星体不稳定性很高，其中所述不稳定性明显高于在对照细胞中观察到的不稳定性(例如，MSI-H状态)。在一些实施方案中，患者患有实体瘤。在一些实施方案中，患者患有晚期实体瘤。在一些实施方案中，患者患有晚期实体瘤，如非小细胞肺癌(NSCLC)、肝细胞癌、肾癌、黑色素瘤、子宫颈癌、结肠直肠癌、肛门生殖器区域鳞状细胞癌、头颈癌、三阴性乳腺癌、卵巢癌或子宫内膜癌。在一些实施方案中，患者患有具有微卫星体不稳定性的晚期实体瘤。
在一些实施方案中，患者患有血液癌症。在一些实施方案中，患者患有血液癌症如弥漫性大B细胞淋巴瘤(“DLBCL”)、霍奇金淋巴瘤(“HL”)、非霍奇金淋巴瘤(“NHL”)、滤泡性淋巴瘤(“FL”)、急性髓性白血病(“AML”)、急性淋巴母细胞白血病(“ALL”)或多发性骨髓瘤(“MM”)。在一些实施方案中，患者患有具有微卫星体不稳定性的血液癌症。
在一些实施方案中，患者患有特征为PD-1和/或PD-L1表达的癌症。在一些实施方案中，癌症具有高PD-1和/或PD-L1表达(例如，通过高PD-1和/或高PD-L1表达)。在一些实施方案中，特征为PD-1和/或PD-L1表达的癌症是头颈癌、肺癌(例如，非小细胞肺癌(NSCLC))、肾癌、膀胱癌、黑色素瘤、默克尔细胞癌、子宫颈癌、阴道癌、外阴癌、子宫癌、子宫内膜癌、卵巢癌、输卵管癌、乳腺癌、前列腺癌、唾液腺肿瘤、胸腺瘤、肾上腺皮质癌、食道癌、胃癌、结肠直肠癌、阑尾癌、尿道上皮细胞癌或鳞状细胞癌(例如，肺鳞状细胞癌；肛门生殖器区域鳞状细胞癌包括肛门、阴茎、子宫颈、阴道或外阴的鳞状细胞癌；或食道鳞状细胞癌)。在一些实施方案中，特征为PD-1和/或PD-L1表达的癌症为肛门癌、输卵管癌、卵巢癌或肺癌。
在一些实施方案中，患者患有头颈癌、肺癌(例如，非小细胞肺癌(NSCLC))、肾癌、膀胱癌、黑色素瘤、默克尔细胞癌、子宫颈癌、阴道癌、外阴癌、子宫癌、子宫内膜癌、卵巢癌、输卵管癌、乳腺癌、前列腺癌、唾液腺肿瘤、胸腺瘤、肾上腺皮质癌、食道癌、胃癌、结肠直肠癌、阑尾癌、尿道上皮细胞癌或鳞状细胞癌。
在实施方案中，癌症是晚期癌症。在实施方案中，癌症是转移性癌症。在实施方案中，癌症是MSI-H癌症。在实施方案中，癌症是MSS癌症。在实施方案中，癌症是POLE-突变癌症。在实施方案中，癌症是POLD-突变癌症。在实施方案中，癌症是高TMB癌症。在实施方案中，癌症与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)，或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。
在实施方案中，癌症是实体瘤。在实施方案中，实体瘤是晚期的。在实施方案中，实体瘤是转移性实体瘤。在实施方案中，实体瘤是MSI-H实体瘤。在实施方案中，实体瘤是MSS实体瘤。在实施方案中，实体瘤是POLE-突变实体瘤。在实施方案中，实体瘤是POLD-突变实体瘤。在实施方案中，实体瘤是高TMB实体瘤。在实施方案中，实体瘤与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)，或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。
在实施方案中，癌症是非子宫内膜癌(例如，非子宫内膜实体瘤)。在实施方案中，非子宫内膜癌是晚期癌症。在实施方案中，非子宫内膜癌是转移性癌症。在实施方案中，非子宫内膜癌是MSI-H癌症。在实施方案中，非子宫内膜癌是MSS癌症。在实施方案中，非子宫内膜癌是POLE-突变癌症。在实施方案中，非子宫内膜癌是实体瘤(例如，MSS实体瘤、MSI-H实体瘤、POLD突变实体瘤或POLE-突变实体瘤)。在实施方案中，非子宫内膜癌是高TMB癌症。在实施方案中，非子宫内膜癌与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)，或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。
在实施方案中，癌症是子宫内膜癌(例如，实体瘤)。在实施方案中，子宫内膜癌是晚期癌症。在实施方案中，子宫内膜癌是转移性癌症。在实施方案中，子宫内膜癌是MSI-H子宫内膜癌。在实施方案中，子宫内膜癌是MSS子宫内膜癌。在实施方案中，子宫内膜癌是POLE-突变子宫内膜癌。在实施方案中，子宫内膜癌是POLD-突变子宫内膜癌。在实施方案中，子宫内膜癌是高TMB子宫内膜癌。在实施方案中，子宫内膜癌与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。
在实施方案中，癌症是肺癌(例如，实体瘤)。在实施方案中，肺癌是晚期肺癌。在实施方案中，肺癌是转移性肺癌。在实施方案中，肺癌是肺鳞状细胞癌。在实施方案中，肺癌是小细胞肺癌(SCLC)。在实施方案中，肺癌是非小细胞肺癌(NSCLC)。在实施方案中，肺癌是ALK-易位肺癌(例如，具有已知ALK易位的肺癌)。在实施方案中，肺癌是EGFR-突变肺癌(例如，具有已知EGFR突变的肺癌)。在实施方案中，肺癌是MSI-H肺癌。在实施方案中，肺癌是MSS肺癌。在实施方案中，肺癌是POLE-突变肺癌。在实施方案中，肺癌是POLD-突变肺癌。在实施方案中，肺癌是高TMB肺癌。在实施方案中，肺癌与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。
在实施方案中，癌症是结肠直肠(CRC)癌(例如，实体瘤)。在实施方案中，结肠直肠癌是晚期结肠直肠癌。在实施方案中，结肠直肠癌是转移性结肠直肠癌。在实施方案中，结肠直肠癌是MSI-H结肠直肠癌。在实施方案中，结肠直肠癌是MSS结肠直肠癌。在实施方案中，结肠直肠癌是POLE-突变结肠直肠癌。在实施方案中，结肠直肠癌是POLD-突变结肠直肠癌。在实施方案中，结肠直肠癌是高TMB结肠直肠癌。在实施方案中，结肠直肠癌与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。
在实施方案中，癌症是黑色素瘤。在实施方案中，黑色素瘤是晚期黑色素瘤。在实施方案中，黑色素瘤是转移性黑色素瘤。在实施方案中，黑色素瘤是MSI-H黑色素瘤。在实施方案中，黑色素瘤是MSS黑色素瘤。在实施方案中，黑色素瘤是POLE-突变黑色素瘤。在实施方案中，黑色素瘤是POLD-突变黑色素瘤。在实施方案中，黑色素瘤是高TMB黑色素瘤。在实施方案中，黑色素瘤与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。
在实施方案中，癌症是肛门生殖器区域鳞状细胞癌(例如，肛门、阴茎、子宫颈、阴道或外阴的鳞状细胞癌)。在实施方案中，肛门生殖器区域鳞状细胞癌(例如，肛门、阴茎、子宫颈、阴道或外阴的鳞状细胞癌)为晚期癌症。在实施方案中，肛门生殖器区域鳞状细胞癌(例如，肛门、阴茎、子宫颈、阴道或外阴的鳞状细胞癌)是转移性癌症。在实施方案中，肛门生殖器区域鳞状细胞癌(例如，肛门、阴茎、子宫颈、阴道或外阴的鳞状细胞癌)是MSI-H。在实施方案中，肛门生殖器区域鳞状细胞癌(例如，肛门、阴茎、子宫颈、阴道或外阴的鳞状细胞癌)是MSS。在实施方案中，肺癌是POLE-突变癌症。在实施方案中，肛门生殖器区域鳞状细胞癌(例如，肛门、阴茎、子宫颈、阴道或外阴的鳞状细胞癌)与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。
在实施方案中，癌症是卵巢癌。在实施方案中，卵巢癌是晚期卵巢癌。在实施方案中，卵巢癌是转移性卵巢癌。在实施方案中，卵巢癌是MSI-H卵巢癌。在实施方案中，卵巢癌是MSS卵巢癌。在实施方案中，卵巢癌是POLE-突变卵巢癌。在实施方案中，卵巢癌是POLD-突变卵巢癌。在实施方案中，卵巢癌是高TMB卵巢癌。在实施方案中，卵巢癌与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。在实施方案中，卵巢癌是浆液性细胞卵巢癌。在实施方案中，卵巢癌是透明细胞卵巢癌。
在实施方案中，癌症是输卵管癌。在实施方案中，输卵管癌是晚期输卵管癌。在实施方案中，输卵管癌是转移性输卵管癌。在实施方案中，输卵管癌是MSI-H输卵管癌。在实施方案中，输卵管癌是MSS输卵管癌。在实施方案中，输卵管癌是POLE-突变输卵管癌。在实施方案中，输卵管癌是POLD-突变输卵管癌。在实施方案中，输卵管癌是高TMB输卵管癌。在实施方案中，输卵管癌与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。在实施方案中，输卵管癌是浆液性细胞输卵管癌。在实施方案中，输卵管癌是透明细胞输卵管癌。
在实施方案中，癌症是原发性腹膜癌。在实施方案中，原发性腹膜癌是晚期原发性腹膜癌。在实施方案中，原发性腹膜癌是转移性原发性腹膜癌。在实施方案中，原发性腹膜癌是MSI-H原发性腹膜癌。在实施方案中，原发性腹膜癌是MSS原发性腹膜癌。在实施方案中，原发性腹膜癌是POLE-突变原发性腹膜癌。在实施方案中，原发性腹膜癌是POLD-突变原发性腹膜癌。在实施方案中，原发性腹膜癌是高TMB原发性腹膜癌。在实施方案中，原发性腹膜癌与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。在实施方案中，原发性腹膜癌是浆液性细胞原发性腹膜癌。在实施方案中，原发性腹膜癌是透明细胞原发性腹膜癌。
在实施方案中，癌症是急性淋巴母细胞白血病(“ALL”)。在实施方案中，急性淋巴母细胞白血病是晚期急性淋巴母细胞白血病。在实施方案中，急性淋巴母细胞白血病是转移性急性淋巴母细胞白血病。在实施方案中，急性淋巴母细胞白血病是MSI-H急性淋巴母细胞白血病。在实施方案中，急性淋巴母细胞白血病是MSS急性淋巴母细胞白血病。在实施方案中，急性淋巴母细胞白血病是POLE-突变急性淋巴母细胞白血病。在实施方案中，急性淋巴母细胞白血病是POLD-突变急性淋巴母细胞白血病。在实施方案中，急性淋巴母细胞白血病与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。
在实施方案中，癌症是急性髓性白血病(“AML”)。在实施方案中，急性髓性白血病是晚期急性髓性白血病。在实施方案中，急性髓性白血病是转移性急性髓性白血病。在实施方案中，急性髓性白血病是MSI-H急性髓性白血病。在实施方案中，急性髓性白血病是MSS急性髓性白血病。在实施方案中，急性髓性白血病是POLE-突变急性髓性白血病。在实施方案中，急性髓性白血病是POLD-突变急性髓性白血病。在实施方案中，急性髓性白血病与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。
在实施方案中，癌症是非霍奇金淋巴瘤(NHL)。在实施方案中，非霍奇金淋巴瘤是晚期非霍奇金淋巴瘤。在实施方案中，非霍奇金淋巴瘤是转移性非霍奇金淋巴瘤。在实施方案中，非霍奇金淋巴瘤是MSI-H非霍奇金淋巴瘤。在实施方案中，非霍奇金淋巴瘤是MSS非霍奇金淋巴瘤。在实施方案中，非霍奇金淋巴瘤是POLE-突变非霍奇金淋巴瘤。在实施方案中，非霍奇金淋巴瘤是POLD-突变非霍奇金淋巴瘤。在实施方案中，非霍奇金淋巴瘤与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。
在实施方案中，癌症是霍奇金淋巴瘤(HL)。在实施方案中，霍奇金淋巴瘤是晚期霍奇金淋巴瘤。在实施方案中，霍奇金淋巴瘤是转移性霍奇金淋巴瘤。在实施方案中，霍奇金淋巴瘤是MSI-H霍奇金淋巴瘤。在实施方案中，霍奇金淋巴瘤是MSS霍奇金淋巴瘤。在实施方案中，霍奇金淋巴瘤是POLE-突变霍奇金淋巴瘤。在实施方案中，霍奇金淋巴瘤是POLD-突变霍奇金淋巴瘤。在实施方案中，霍奇金淋巴瘤与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。
在实施方案中，癌症是神经母细胞瘤(NB)。在实施方案中，神经母细胞瘤是晚期神经母细胞瘤。在实施方案中，神经母细胞瘤是转移性神经母细胞瘤。在实施方案中，神经母细胞瘤是MSI-H神经母细胞瘤。在实施方案中，神经母细胞瘤是MSS神经母细胞瘤。在实施方案中，神经母细胞瘤是POLE-突变神经母细胞瘤。在实施方案中，神经母细胞瘤是POLD-突变神经母细胞瘤。在实施方案中，神经母细胞瘤是高TMB神经母细胞瘤。在实施方案中，神经母细胞瘤与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。
在实施方案中，癌症是CNS肿瘤。在实施方案中，CNS肿瘤是晚期的。在实施方案中，CNS肿瘤是转移性CNS肿瘤。在实施方案中，CNS肿瘤是MSI-H CNS肿瘤。在实施方案中，CNS肿瘤是MSS CNS肿瘤。在实施方案中，CNS肿瘤是POLE-突变CNS肿瘤。在实施方案中，CNS肿瘤是POLD-突变CNS肿瘤。在实施方案中，CNS肿瘤是高TMB的CNS肿瘤。在实施方案中，CNS肿瘤与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。
在实施方案中，癌症是扩散性内因性脑桥神经胶质瘤(DIPG)。在实施方案中，DIPG是晚期DIPG。在实施方案中，DIPG是转移性DIPG。在实施方案中，DIPG是MSI-HDIPG。在实施方案中，DIPG是MSS DIPG。在实施方案中，DIPG是POLE-突变DIPG。在实施方案中，DIPG是POLD-突变DIPG。在实施方案中，DIPG是高TMB的DIPG。在实施方案中，DIPG与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。
在实施方案中，癌症是尤因肉瘤。在实施方案中，尤因肉瘤是晚期尤因肉瘤。在实施方案中，尤因肉瘤是转移性尤因肉瘤。在实施方案中，尤因肉瘤是MSI-H尤因肉瘤。在实施方案中，尤因肉瘤是MSS尤因肉瘤。在实施方案中，尤因肉瘤是POLE-突变尤因肉瘤。在实施方案中，尤因肉瘤是POLD-突变尤因肉瘤。在实施方案中，尤因肉瘤是高TMB尤因肉瘤。在实施方案中，尤因肉瘤与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。
在实施方案中，癌症是胚胎性横纹肌肉瘤(ERS)。在实施方案中，胚胎性横纹肌肉瘤是晚期胚胎性横纹肌肉瘤。在实施方案中，胚胎性横纹肌肉瘤是转移性胚胎性横纹肌肉瘤。在实施方案中，胚胎性横纹肌肉瘤是MSI-H胚胎性横纹肌肉瘤。在实施方案中，胚胎性横纹肌肉瘤是MSS胚胎性横纹肌肉瘤。在实施方案中，胚胎性横纹肌肉瘤是POLE-突变胚胎性横纹肌肉瘤。在实施方案中，胚胎性横纹肌肉瘤是POLD-突变胚胎性横纹肌肉瘤。在实施方案中，胚胎性横纹肌肉瘤是高TMB胚胎性横纹肌肉瘤。在实施方案中，胚胎性横纹肌肉瘤与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。
在实施方案中，癌症是骨肉瘤(OS)。在实施方案中，骨肉瘤是晚期骨肉瘤。在实施方案中，骨肉瘤是转移性骨肉瘤。在实施方案中，骨肉瘤是MSI-H骨肉瘤。在实施方案中，骨肉瘤是MSS骨肉瘤。在实施方案中，骨肉瘤是POLE-突变骨肉瘤。在实施方案中，骨肉瘤是POLD-突变骨肉瘤。在实施方案中，骨肉瘤是高TMB骨肉瘤。在实施方案中，骨肉瘤与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。
在实施方案中，癌症是软组织肉瘤。在实施方案中，软组织肉瘤是晚期软组织肉瘤。在实施方案中，软组织肉瘤是转移性软组织肉瘤。在实施方案中，软组织肉瘤是MSI-H软组织肉瘤。在实施方案中，软组织肉瘤是MSS软组织肉瘤。在实施方案中，软组织肉瘤是POLE-突变软组织肉瘤。在实施方案中，软组织肉瘤是POLD-突变软组织肉瘤。在实施方案中，软组织肉瘤是高TMB软组织肉瘤。在实施方案中，软组织肉瘤与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。在实施方案中，软组织肉瘤是平滑肌肉瘤。
在实施方案中，癌症是维尔姆斯肿瘤。在实施方案中，维尔姆斯肿瘤是晚期维尔姆斯肿瘤。在实施方案中，维尔姆斯肿瘤是转移性维尔姆斯肿瘤。在实施方案中，维尔姆斯肿瘤是MSI-H维尔姆斯肿瘤。在实施方案中，维尔姆斯肿瘤是MSS维尔姆斯肿瘤。在实施方案中，维尔姆斯肿瘤是POLE-突变维尔姆斯肿瘤。在实施方案中，维尔姆斯肿瘤是POLD-突变维尔姆斯肿瘤。在实施方案中，维尔姆斯肿瘤是高TMB维尔姆斯肿瘤。在实施方案中，维尔姆斯肿瘤与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。
在实施方案中，受试者先前已接受一种或多种不同的癌症治疗形式的治疗(例如，手术、放疗、化疗或免疫疗法中的一个或多个)。
在实施方案中，受试者先前已接受一种不同的癌症治疗形式的治疗(例如，手术、放疗、化疗或免疫疗法中的一个或多个)。在实施方案中，受试者先前已接受两种或更多种不同的癌症治疗形式的治疗(例如，手术、放疗、化疗或免疫疗法中的一个或多个)。在实施方案中，受试者先前已接受细胞毒素疗法的治疗。在实施方案中，受试者先前已接受化学疗法的治疗。在实施方案中，受试者先前已接受两种不同的癌症治疗形式的治疗(例如，手术、放疗、化疗或免疫疗法中的一个或多个)。在实施方案中，受试者先前已接受三种不同的癌症治疗形式的治疗(例如，手术、放疗、化疗或免疫疗法中的一个或多个)。
在本文描述的方法的实施方式中，方法进一步包括施用手术、放射疗法、化学疗法、免疫疗法、抗血管生成剂或抗炎剂中的一个或多个。在实施方案中，方法进一步包括施用化学疗法。
在一些实施方案中，癌症患者群体中的至少一些患者先前已接受过化学疗法的治疗(例如，基于铂的化学疗法)。例如，接受过两种路线的癌症治疗的患者可以被标识为2L癌症患者(例如，2L NSCLC患者)。在实施方案中，患者已接受两种或多种路线的癌症治疗(例如，2L+癌症患者如2L+子宫内膜癌患者)。在实施方案中，患者先前未接受过抗PD-1疗法的治疗。在实施方案中，患者先前已接受至少一种路线的癌症治疗(例如，患者先前已接受至少一种路线或至少两种路线的癌症治疗)。在实施方案中，患者先前已接受至少一种路线的转移性癌症的治疗(例如，患者先前已接受一种或两种路线的转移性癌症的治疗)。
在实施方案中，受试者对使用抑制PD-1的药剂的治疗有抗性。
在实施方案中，受试者对使用抑制PD-1的药剂的治疗无反应(refractory)。
在实施方案中，本文所述的方法使受试者对使用抑制PD-1的药剂的治疗敏感。
在实施方案中，受试者包含耗竭的免疫细胞(例如，耗竭的免疫细胞是耗竭的T细胞)。
在一些实施方案中，用本发明的方法治疗的疾病是传染病。在一些实施方案中，所述传染病是由病毒或细菌引起的。在一些实施方案中，所述病毒是人类免疫缺陷病毒(HIV)、呼吸道合胞病毒(RSV)、流感病毒、登革热病毒、爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)、人乳头瘤病毒(HPV)、乙型肝炎病毒(HBV)或丙型肝炎病毒(HCV)，任选地，其中所述癌症是病毒感染的头颈癌、子宫颈癌、肝细胞癌或鼻咽癌。
在一些实施方案中，用本发明的方法治疗的疾病是自身免疫疾病。在一些实施方案中，所述自身免疫性疾病为多发性硬化症、1型糖尿病、类风湿性关节炎、硬皮病、克罗恩病、银屑病、系统性红斑狼疮(SLE)或溃疡性结肠炎。
在实施方案中，如本文所述的施用LAG-3药剂的方法进一步包括施用另一种治疗剂或治疗。在实施方案中，方法进一步包括施用手术、放射疗法、化学疗法、免疫疗法、抗血管生成剂或抗炎剂中的一个或多个。
在实施方案中，受试者已被进一步施用或将被施用免疫检查点抑制剂，从而使所述哺乳动物接受LAG-3剂和免疫检查点抑制剂(例如，额外的一种、两种或三种免疫检查点抑制剂)。
在实施方案中，免疫检查点抑制剂是以下的抑制剂：PD-1、TIM-3、CTLA-4、TIGIT、CEACAM、VISTA、BTLA、LAIR1、CD160、2B4、CD80、CD86、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、HVEM、KIR、A2aR、MHC I类、MHC II类、GALS、腺苷、TGFR、B7-H1、B7-H4(VTCN1)、OX-40、CD137、CD40、IDO或CSF1R。
在实施方案中，免疫检查点抑制剂是抑制以下的药剂：程序性死亡1蛋白(PD-1)信号传导、T细胞免疫球蛋白和粘蛋白3(TIM-3)、细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA-4)、T细胞免疫球蛋白和ITIM结构域(TIGIT)、吲哚胺2,3-二氧化酶(IDO)或集落刺激因子1受体(CSF1R)。
本发明还尤其涵盖以下认识，即本发明所述的任一方法可进一步包括对哺乳动物施用抑制PD-1信号传导的药剂。抑制PD-1信号传导的药剂包括：那些结合并阻断T细胞上的PD-1受体而不触发抑制性信号传导的药剂，与PD-1配体结合以防止其与PD-1结合的药剂，两者兼有的药物和阻止编码PD-1或PD-1天然配体的基因表达的药剂。
在实施方案中，抑制PD-1的药剂是小分子、核酸、多肽(例如，抗体)、碳水化合物、脂质、金属、毒素或PD-1结合剂。在实施方案中，抑制PD-1的药剂是PD-1结合剂(例如，抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段)。在实施方案中，PD-1结合剂选自：BGB-A317、BI 754091、IBI308、INCSHR-1210、JNJ-63723283、JS-001、MEDI-0680、MGA-012、纳武单抗、PDR001、派姆单抗(Pembrolizumab)、PF-06801591、REGN-2810、TSR-042及其衍生物。
在一些实施方案中，抑制PD-1信号传导的药剂是抗体药剂。抗PD-1抗体药剂可以包括任何多肽或多肽复合物，其包含足以提供特异性结合的免疫球蛋白结构元件。示例抗体药剂包括但不限于单克隆抗体、多克隆抗体、抗体片段如Fab片段、Fab’片段、F(ab’)2片段、Fd’片段、Fd片段和分离的CDR或其集合；单链Fv；多肽-Fc融合物；单域抗体(例如，鲨鱼单域抗体，如IgNAR或其片段)；骆驼样抗体；掩蔽抗体(例如，
Figure BDA0002316778750000241
)；小模块免疫药物(“SMIPTM”)；单链或串联双功能抗体
Figure BDA0002316778750000242
VHH； 微型抗体；
Figure BDA0002316778750000245
锚蛋白重复蛋白或
Figure BDA0002316778750000246
DART；TCR-样抗体；
Figure BDA0002316778750000247
Trans-
Figure BDA0002316778750000248
微型蛋白质(MicroProteins)；
Figure BDA0002316778750000249
和
Figure BDA00023167787500002410
在一些实施方案中，抑制PD-1信号传导的抗体药剂是单克隆抗体或其衍生物。在一些实施方案中，抑制PD-1信号传导的抗体药剂是PD-1抗体、PD-L1抗体或其衍生物。PD-1和PD-L1抗体包括，例如，阿特珠单抗(atezolizumab)、阿维鲁单抗(avelumab)、BGB-A317、BI 754091、CX-072、德瓦鲁单抗(durvalumab)、FAZ053、IBI308、INCSHR-1210、JNJ-63723283、JS-001、LY3300054、MEDI-0680、MGA-012、纳武单抗、PD-L1millamolecule、PDR001、派姆单抗、PF-06801591、REGN-2810、TSR-042、WO2014/179664中公开的任何抗体、及其衍生物。在一些实施方案中，抑制PD-1信号传导的药剂是TSR-042。在一些实施方案中，药剂包括抑制PD-1信号传导的药剂的组合。
在实施方案中，抑制PD-1信号传导的药剂是抗PD-L1/L2药剂。在实施方案中，抗PD-L1/L2药剂是抗PD-L1抗体。在实施方案中，抗PD-L1抗体药剂是阿特珠单抗、阿维鲁单抗、CX-072、德瓦鲁单抗、FAZ053、LY3300054、PD-L1millamolecule或其衍生物。
在实施方案中，抑制PD-1的药剂以约500mg/患者至约1000mg/患者的剂量施用。在实施方案中，抑制PD-1的药剂以约500mg/患者的剂量施用。在实施方案中，抑制PD-1的药剂以约1000mg/患者的剂量施用。在实施方案中，抑制PD-1的药剂对患者每三周施用一次。在实施方案中，抑制PD-1的药剂施用多个周期。在实施方案中，抑制PD-1的药剂施用2个、3个、4个、5个、6个或更多周期。在实施方案中，抑制PD-1的药剂施用三个、四个或五个周期。在实施方案中，抑制PD-1的药剂施用四个周期。在实施方案中，在第三个、第四个或第五个周期后，抑制PD-1的药剂以更高剂量每6周或更长时间施用一次。在实施方案中，抑制PD-1的药剂以更高剂量每6周施用一次。在实施方案中，抑制PD-1的药剂以约500mg/患者的第一剂量施用。在实施方案中，抑制PD-1的药剂以约1000mg的更高剂量施用。在实施方案中，抑制PD-1的药剂以约500mg的第一剂量每3周施用一次，持续3个、4个或5个周期，接着以约1000mg的第二剂量每6周或更长时间施用一次。在实施方案中，抑制PD-1的药剂以约500mg的第一剂量每3周施用一次，持续3个周期，接着以约1000mg的第二剂量每6周或更长时间施用一次。在实施方案中，抑制PD-1的药剂以约500mg的第一剂量每3周施用一次，持续4个周期，接着以约1000mg的第二剂量每6周或更长时间施用一次。在实施方案中，抑制PD-1的药剂以约500mg的第一剂量每3周施用一次，持续5个周期，接着以约1000mg的第二剂量每6周或更长时间施用一次。在实施方案中，1000mg的第二剂量每6周施用一次。在一些实施方案中，抑制PD-1信号传导的药剂是通过静脉施用。
在一些实施方案中，对正在接受、已接受或将接受抗LAG-3抗体药剂的治疗的受试者施用抑制PD-1信号传导的药剂(例如，如本文所述)。在一些实施方案中，对正在接受、已接受或将接受抑制PD-1信号传导的药剂的治疗的受试者施用抗LAG-3抗体药剂。
在一些相关实施方案中，施用抗LAG-3抗体药剂提高了受试者对抑制PD-1信号传导的药剂的反应。在一些相关实施方案中，受试者对抑制PD-1信号传导的药剂有抗性。在一些相关实施方案中，受试者对抑制PD-1信号传导的药剂无反应。在一些相关实施方案中，在用抗LAG-3抗体药剂试剂治疗后，受试者克服了对抑制PD-1信号传导的药剂的抗性。在一些相关实施方案中，施用抗LAG-3抗体药剂使受试者对抑制PD-1信号传导的药剂敏感。
本发明还尤其涵盖以下认识，即上述任何方法可进一步包括对哺乳动物施用抑制TIM-3信号传导的药剂。
在实施方案中，抑制TIM-3的药剂是小分子、核酸、多肽(例如抗体)、碳水化合物、脂质、金属、毒素或TIM-3结合剂。
在一些实施方案中，抑制TIM-3信号传导的药剂是TIM-3结合剂(例如，抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段)。在一些实施方案中，TIM-3结合剂是抗体药剂。抗TIM-3抗体药剂可以包括任何多肽或多肽复合物，其包括足以提供特异性结合的免疫球蛋白结构元件。示例抗体药剂包括但不限于单克隆抗体、多克隆抗体、抗体片段如Fab片段、Fab’片段、F(ab’)2片段、Fd’片段、Fd片段和分离的CDR或其集合；单链Fv；多肽-Fc融合物；单域抗体(例如，鲨鱼单域抗体，如IgNAR或其片段)；骆驼样抗体；掩蔽抗体(例如，
Figure BDA0002316778750000261
)；小模块免疫药物(“SMIPsTM”)；单链或串联双功能抗体
Figure BDA0002316778750000262
VHH；微型抗体；
Figure BDA0002316778750000265
锚蛋白重复蛋白或
Figure BDA0002316778750000266
Figure BDA0002316778750000267
DART；TCR-样抗体；
Figure BDA0002316778750000268
Trans-
Figure BDA0002316778750000269
Figure BDA00023167787500002610
微型蛋白质；
Figure BDA00023167787500002611
和
Figure BDA00023167787500002612
在一些实施方案中，抑制TIM-3信号传导的抗体药剂是单克隆抗体或其衍生物。在一些实施方案中，抑制TIM-3信号传导的抗体药剂是TIM-3抗体或其衍生物。TIM-3抗体包括，例如，MBG453、LY3321367、Sym023、WO2016/161270中公开的任何抗体及其任何衍生物。在一些实施方案中，抑制TIM-3信号传导的抗体药剂是TSR-022。在一些具体实施方案中，药剂包括抑制TIM-3信号传导的抗体药剂的组合。
在实施方案中，抑制TIM-3信号传导的药剂以约1、3或10mg/kg的剂量施用。在实施方案中，抑制TIM-3信号传导的药剂以约100-1500mg的剂量施用。在实施方案中，抑制TIM-3信号传导的药剂以约100-500mg的剂量施用。在实施方案中，抑制TIM-3信号传导的药剂以约1000-1500mg的剂量施用。
在实施方案中，抑制TIM-3信号传导的药剂以如下剂量施用：约100mg剂量；约200mg均一剂量(flat dose)；约300mg均一剂量；约400mg均一剂量；约500mg均一剂量；约600mg均一剂量；约700mg均一剂量；约800mg均一剂量；约900mg均一剂量；约1000mg均一剂量；约1100mg均一剂量；约1200mg均一剂量；约1300mg均一剂量；约1400mg均一剂量或约1500mg均一剂量。在实施方案中，抑制TIM-3信号传导的药剂以约100mg的剂量施用。在实施方案中，抑制TIM-3信号传导的药剂以约200mg的剂量施用。在实施方案中，抑制TIM-3信号传导的药剂以约300mg的剂量施用。在实施方案中，抑制TIM-3信号传导的药剂以约400mg的剂量施用。在实施方案中，抑制TIM-3信号传导的药剂以约500mg的剂量施用。在实施方案中，抑制TIM-3信号传导的药剂以约600mg的剂量施用。在实施方案中，抑制TIM-3信号传导的药剂以约700mg的剂量施用。在实施方案中，抑制TIM-3信号传导的药剂以约800mg的剂量施用。在实施方案中，抑制TIM-3信号传导的药剂以约900mg的剂量施用。在实施方案中，抑制TIM-3信号传导的药剂以约1000mg的剂量施用。在实施方案中，抑制TIM-3信号传导的药剂以约1100mg的剂量施用。在实施方案中，抑制TIM-3信号传导的药剂以约1200mg的剂量施用。在实施方案中，抑制TIM-3信号传导的药剂以约1300mg的剂量施用。在实施方案中，抑制TIM-3信号传导的药剂以约1400mg的剂量施用。在实施方案中，抑制TIM-3信号传导的药剂以约1500mg的剂量施用。在实施方案中，抑制TIM-3的药剂以每周一次、每2周一次、每3周一次、每4周一次、每5周一次、或每6周一次的施用时间间隔施用。在实施方案中，抑制TIM-3的药剂以每2周一次的施用时间间隔施用。在实施方案中，抑制TIM-3的药剂以每3周一次的施用时间间隔施用。在实施方案中，抑制TIM-3的药剂的施用时期至少为2周、4周、6周、8周、10周、12周、14周、16周、18或20周。在实施方案中，抑制TIM-3的药剂通过静脉施用。
在一些实施方案中，对正在接受、已接受或将接受抗LAG-3抗体药剂的治疗的受试者施用抑制TIM-3信号传导的药剂(例如，如本文所述)。在一些实施方案中，对正在接受、已接受或将接受抑制TIM-3信号传导的药剂的治疗的受试者施用抗LAG-3抗体药剂。
在一些实施方案中，对正在接受、已接受或将接受抑制TIM-3信号传导的药剂的治疗和抑制PD-1信号传导的药剂的治疗的受试者施用抗LAG-3抗体药剂。在一些实施方案中，对正在接受、已接受或将接受抗LAG-3抗体药剂的治疗和抑制PD-1信号传导的药剂的治疗的受试者施用抑制TIM-3信号传导的药剂。在一些实施方案中，对正在接受、已接受或将接受抑制TIM-3信号传导的药剂的治疗和/或抗LAG-3抗体药剂的治疗的受试者施用抑制PD-1信号传导的药剂。在实施方案中，抑制PD-1的药剂和/或抑制TIM-3的药剂以减少的剂量施用。
在一些相关实施方案中，施用抗LAG-3抗体药剂和抑制TIM-3信号传导的药剂提高了受试者对抑制PD-1信号传导的药剂的反应。在一些相关实施方案中，受试者对抑制PD-1信号传导的药剂有抗性。在一些相关实施方案中，受试者对抑制PD-1信号传导的药剂无反应。在一些相关实施方案中，在接受了抗LAG-3抗体药剂和抑制TIM-3信号传导的药剂的治疗后，受试者克服了对抑制PD-1信号传导的药剂的抗性。在一些相关实施方案中，施用抗LAG-3抗体药剂和抑制TIM-3信号传导的药剂使受试者对抑制PD-1信号传导的药剂敏感。
在一些实施方案中，免疫检查点抑制剂是CTLA-4抑制剂。在一些实施方案中，CTLA-4抑制剂是小分子、核酸、多肽(例如，抗体)、碳水化合物、脂质、金属、毒素或CTLA-4结合剂。在一些实施方案中，CTLA-4结合剂是抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段。
在一些实施方案中，免疫检查点抑制剂是TIGIT抑制剂。在一些实施方案中，TIGIT抑制剂是小分子、核酸、多肽(例如，抗体)、碳水化合物、脂质、金属、毒素或TIGIT结合剂。在一些实施方案中，TIGIT结合剂是抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段。
在一些实施方案中，免疫检查点抑制剂是IDO抑制剂。在一些实施方案中，IDO抑制剂是小分子、核酸、多肽(例如，抗体)、碳水化合物、脂质、金属、毒素或IDO结合剂。在一些实施方案中，IDO结合剂是抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段。
在一些实施方案中，免疫检查点抑制剂是CSF1R抑制剂。在一些实施方案中，CSF1R抑制剂是小分子、核酸、多肽(例如，抗体)、碳水化合物、脂质、金属、毒素或CSF1R结合剂。在一些实施方案中，CSF1R结合剂是抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段。
在本文所述的方法的实施方案中，受试者已被进一步施用或将施用抑制聚(ADP-核糖)聚合酶(PARP)的药剂。在实施方案中，抑制PARP的药剂是小分子、核酸、多肽(例如，抗体)、碳水化合物、脂质、金属或毒素。在实施方案中，抑制PARP的药剂选自：ABT-767、AZD2461、BGB-290、BGP 15、CEP 8983、CEP 9722、DR 2313、E7016、E7449、氟唑帕利(fluzoparib)(SHR 3162)、IMP 4297、INO1001、JPI 289、JPI 547、单克隆抗体B3-LysPE40缀合物、MP 124、尼拉帕尼(niraparib)(ZEJULA)(MK-4827)、NU 1025、NU 1064、NU 1076、NU1085、奥拉帕尼(olaparib)(AZD2281)、ONO2231、PD 128763、R 503、R554、卢卡帕尼(rucaparib)(RUBRACA)(AG-014699、PF-01367338)、SBP 101、SC 101914、希明哌瑞(simmiparib)、他拉唑帕尼(talazoparib)(BMN-673)、维利帕尼(veliparib)(ABT-888)、WW46、2-(4-(三氟甲基)苯基)-7,8-二氢-5H-硫代吡喃[4,3-d]嘧啶-4-醇及其盐或其衍生物。
在实施方案中，抑制PARP的药剂是尼拉帕尼。在实施方案中，尼拉帕尼以等价于约100mg尼拉帕尼游离碱的剂量施用(例如，尼拉帕尼的药学上可接受的盐，如尼拉帕尼甲苯磺酸盐一水合物以等价于约100mg尼拉帕尼游离碱的剂量施用)。在实施方案中，尼拉帕尼以等价于约200mg尼拉帕尼游离碱的剂量施用(例如，尼拉帕尼的药学上可接受的盐，如尼拉帕尼甲苯磺酸盐一水合物以等价于约200mg尼拉帕尼游离碱的剂量施用)。在实施方案中，尼拉帕尼以等价于约300mg尼拉帕尼游离碱的剂量施用(例如，尼拉帕尼的药学上可接受的盐，如尼拉帕尼甲苯磺酸盐一水合物以等价于约300mg尼拉帕尼游离碱的剂量施用)。
在本文所述的方法的实施方案中，已对受试者(例如，哺乳动物)施用或将对其施用抑制TIM-3的药剂和抑制PD-1的药剂使得哺乳动物接受所有三种。
在实施方案中，抑制PD-1的药剂是BGB-A317、BI 754091、IBI308、INCSHR-1210、JNJ-63723283、JS-001、MEDI-0680、MGA-012、纳武单抗、PDR001、派姆单抗、PF-06801591、REGN-2810、TSR-042、阿特珠单抗、阿维鲁单抗、CX-072、德瓦鲁单抗、FAZ053、LY3300054、PD-L1millamolecule或其衍生物。
在实施方案中，抑制TIM-3的药剂是MBG453、LY3321367、Sym023、TSR-022或其衍生物。
在实施方案中，已对受试者(例如，哺乳动物)施用或将对其施用抑制TIM-3的药剂TSR-022和抑制PD-1的药剂TSR-042。
在实施方案中，抑制PD-1的药剂以约500mg/患者至约1000mg/患者的剂量施用。在实施方案中，抑制PD-1的药剂以约500mg/患者的剂量施用。在实施方案中，抑制PD-1的药剂以约1000mg/患者的剂量施用。在实施方案中，抑制PD-1的药剂对患者每三周施用一次。在实施方案中，抑制PD-1的药剂施用多个周期。在实施方案中，抑制PD-1的药剂施用2个、3个、4个、5个、6个或更多周期。在实施方案中，抑制PD-1的药剂施用三个、四个或五个周期。在实施方案中，在第三个、第四个或第五个周期后，抑制PD-1的药剂以更高剂量每6周或更长时间施用一次。在实施方案中，抑制PD-1的药剂以更高剂量每6周施用一次。在实施方案中，抑制PD-1的药剂以约500mg/患者的第一剂量施用。在实施方案中，抑制PD-1的药剂以约1000mg的更高剂量施用。在实施方案中，抑制PD-1的药剂以约500mg的第一剂量每3周施用一次，持续3个、4个或5个周期，接着以约1000mg的第二剂量每6周或更长时间施用一次。在实施方案中，抑制PD-1的药剂以约500mg的第一剂量每3周施用一次，持续3个周期，接着以约1000mg的第二剂量每6周或更长时间施用一次。在实施方案中，抑制PD-1的药剂以约500mg的第一剂量每3周施用一次，持续4个周期，接着以约1000mg的第二剂量每6周或更长时间施用一次。在实施方案中，抑制PD-1的药剂以约500mg的第一剂量每3周施用一次，持续5个周期，接着以约1000mg的第二剂量每6周或更长时间施用一次。在实施方案中，1000mg的第二剂量每6周施用一次。
在实施方案中，抑制TIM-3的药剂以约1、3或10mg/kg的剂量施用。在实施方案中，抑制TIM-3的药剂以约100-1500mg的剂量施用。在实施方案中，抑制TIM-3信号传导的药剂以如下剂量施用：约100mg均一剂量；约200mg均一剂量；约300mg均一剂量；约400mg均一剂量；约500mg均一剂量；约600mg均一剂量；约700mg均一剂量；约800mg均一剂量；约900mg均一剂量；约1000mg均一剂量；约1100mg均一剂量；约1200mg均一剂量；约1300mg均一剂量；约1400mg均一剂量或约1500mg均一剂量。在实施方案中，剂量为不多于约1200mg的均一剂量。在实施方案中，剂量为不超过约900mg的均一剂量。在实施方案中，剂量为约100-500mg之间的均一剂量。在实施方案中，剂量为约1000-1500mg之间的均一剂量。在实施方案中，抑制TIM-3的药剂以每周一次、每2周一次、每3周一次、每4周一次、每5周一次、或每6周一次的施用时间间隔施用。在实施方案中，抑制TIM-3的药剂以每2周一次的施用时间间隔施用。在实施方案中，抑制TIM-3的药剂以每3周一次的施用时间间隔施用。在实施方案中，抑制TIM-3的药剂施用时期至少为2周、4周、6周、8周、10周、12周、14周、16周、18或20周。
在实施方案中，抑制PD-1的药剂是TSR-042且每三周以约500mg的量施用；且抑制TIM-3的药剂是TSR-022且每三周以不超过约1200mg的量施用。在实施方案中，TSR-022以每三周不超过约900mg的量施用。
在实施方案中，抑制PD-1的药剂和/或抑制TIM-3的药剂为静脉内施用。
在实施方案中，抑制LAG-3的药剂、抑制PD-1的药剂和/或抑制TIM-3的药剂以减少的剂量施用。
在实施方案中，抗LAG-3抗体药剂的合适的剂量在约240mg/患者至约720mg/患者的范围内。在实施方案中，合适的剂量是约240mg/患者、约320mg/患者、约400mg/患者、约480mg/患者、约560mg/患者、约640mg/患者或约720mg/患者。在实施方案中，合适的剂量是约200mg/患者、约300mg/患者、约400mg/患者、约500mg/患者、约600mg/患者或约700mg/患者。在其它实施方案中，合适的剂量是约250mg/患者、约300mg/患者、约350mg/患者、约400mg/患者、约450mg/患者、约500mg/患者、约550mg/患者、约600mg/患者、约650mg/患者或约700mg/患者。
在一些实施方案中，本发明的方法包括以约1至约5000mg、约1mg、约2mg、约2.5mg、约3mg、约4mg、约5mg、约6mg、约7mg、约8mg、约9mg、约10mg、约50mg、约100mg、约200mg、约250mg、约300mg、约400mg、约500mg、约600mg、约700mg、约800mg、约900mg、约1000mg、约1100mg、约1200mg、约1300mg、约1400mg、约1500mg、约2000mg、约3000mg、约4000mg或约5000mg的剂量施用LAG-3药剂。在实施方案中，本发明的方法包括以约20mg、约80mg、约240mg、约500mg、约720mg、约900mg、约1000mg、约1200mg、约1500mg、约1800mg、约2100mg、约2200mg或约2500mg的剂量施用LAG-3药剂。
在一些实施方案中，本发明的方法包括以约0.01mg/kg至约100mg/kg、约0.1mg/kg、约0.5mg/kg、约1mg/kg、约2mg/kg、约2.5mg/kg、约3mg/kg、约4mg/kg、约5mg/kg、约6mg/kg、约7mg/kg、约8mg/kg、约9mg/kg、约10mg/kg、约12mg/kg、约15mg/kg、约20mg/kg、约25mg/kg、约30mg/kg、约35mg/kg、约40mg/kg、约45mg/kg、约50mg/kg、约55mg/kg、约60mg/kg、约65mg/kg、约70mg/kg、约75mg/kg、约80mg/kg、约85mg/kg、约90mg/kg、约95mg/kg或约100mg/kg哺乳动物的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，本发明的方法包括以约1mg/kg、约3mg/kg、约10mg/kg、约12mg/kg、约15mg/kg、约20mg/kg或约25mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。
在一些实施方案中，方法包括以约1mg/kg至约10mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，本发明的方法包括以约1mg/kg至约30mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，本发明的方法包括以约1mg/kg至约10mg/kg、约1mg/kg至约25mg/kg或约1mg/kg至约15mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。
在一些实施方案中本发明的方法包括以约20mg、约80mg、约240mg、约500mg、约720mg、约900mg或约1000mg、约240-720mg、约240-1000mg或不多于约1000mg的剂量施用LAG-3药剂。
在一些实施方案中，本发明的方法包括以约20mg/患者、约80mg/患者、约240mg/患者、约500mg或约720mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，所述方法包括以20mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，所述方法包括以约80mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，所述方法包括以约240mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，所述方法包括以约500mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，所述方法包括以约720mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。
在实施方案中，方法包括每周、每两周、每三周、每四周、每五周、每六周、每七周或每八周施用LAG-3药剂。在实施方案中，方法包括每两周施用LAG-3药剂。在实施方案中，方法包括每三周施用LAG-3药剂。
在实施方案中，方法包括每两周施用LAG-3药剂(例如，以每两周约20mg、约80mg、约240mg、约500mg、约720mg或约240-720mg的剂量)。在实施方案中，方法包括每三周施用LAG-3药剂(例如，以每三周约20mg、约80mg、约240mg、约500mg、约720mg施用或以约240-720mg的剂量施用)。
在实施方案中，方法包括以每两周约20mg、约80mg、约240mg、约500mg、约720mg、约900mg、约1000mg或约1500mg的剂量或每两周约240-720mg或约240-1500mg的剂量施用LAG-3药剂。
在实施方案中，方法包括以每两周约3mg/kg、约10mg/kg、约12mg/kg或约15mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。
在实施方案中，方法包括以每三周约20mg、约80mg、约240mg、约720mg、约500mg、约900mg、约1000mg、约1500mg、约1800mg、约2100mg、约2200mg或约2500mg的剂量或每三周约240-720mg或约240-2500mg的剂量施用LAG-3药剂。
在实施方案中，方法包括以每三周约10mg/kg、约12mg/kg、约15mg/kg、约20mg/kg或约25mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。
在实施方案中，方法包括以约240-720mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。在实施方案中，剂量每两周施用一次。在实施方案中，剂量每三周施用一次。
在实施方案中，方法包括以约20mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。在实施方案中，剂量每两周施用一次。在实施方案中，剂量每三周施用一次。
在实施方案中，方法包括以约80mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。在实施方案中，剂量每两周施用一次。在实施方案中，剂量每三周施用一次。
在实施方案中，方法包括以约240mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。在实施方案中，剂量每两周施用一次。在实施方案中，剂量每三周施用一次。
在实施方案中，方法包括以约500mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。在实施方案中，剂量每两周施用一次。在实施方案中，剂量每三周施用一次。
在实施方案中，方法包括以约720mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。在实施方案中，剂量每两周施用一次。在实施方案中，剂量每三周施用一次。
在实施方案中，方法包括以约900mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。在实施方案中，剂量每两周施用一次。在实施方案中，剂量每三周施用一次。
在实施方案中，方法包括以约1000mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。在实施方案中，剂量每两周施用一次。在实施方案中，剂量每三周施用一次。
在实施方案中，方法包括以约1500mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。在实施方案中，剂量每两周施用一次。在实施方案中，剂量每三周施用一次。
在实施方案中，方法包括以约1800mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。在实施方案中，剂量每两周施用一次。在实施方案中，剂量每三周施用一次。
在实施方案中，方法包括以约2100mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。在实施方案中，剂量每两周施用一次。在实施方案中，剂量每三周施用一次。
在实施方案中，方法包括以约2200mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。在实施方案中，剂量每两周施用一次。在实施方案中，剂量每三周施用一次。
在实施方案中，方法包括以约2500mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。在实施方案中，剂量每两周施用一次。在实施方案中，剂量每三周施用一次。
在实施方案中，方法包括以约3mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。在实施方案中，剂量每两周施用一次。在实施方案中，剂量每三周施用一次。
在实施方案中，方法包括以约10mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。在实施方案中，剂量每两周施用一次。在实施方案中，剂量每三周施用一次。
在实施方案中，方法包括以约12mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。在实施方案中，剂量每两周施用一次。在实施方案中，剂量每三周施用一次。
在实施方案中，方法包括以约15mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。在实施方案中，剂量每两周施用一次。在实施方案中，剂量每三周施用一次。
在实施方案中，方法包括以约20mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。在实施方案中，剂量每两周施用一次。在实施方案中，剂量每三周施用一次。
在实施方案中，方法包括以约25mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。在实施方案中，剂量每两周施用一次。在实施方案中，剂量每三周施用一次。
在实施方案中，LAG-3药剂可经眼、经口、肠胃外、局部、支气管、经颊、皮内、皮间、透皮、肠内、动脉内、皮内、胃内、髓内、肌内、鼻内、腹膜内、鞘内、静脉内、心室内、具体器官内(例如，肝内)、经粘膜、经鼻、经口腔、经直肠、皮下、舌下、局部、经气管、经阴道、经玻璃体或其任何组合施用。在实施方案中，抗LAG-3抗体药剂是静脉内施用(例如，通过静脉内输注)。
在实施方案中，LAG-3药剂是IMP321、relatlimab(BMS-986016)、BI754111、GSK2831781(IMP-731)、Novartis LAG525(IMP701)、REGN3767、MK-4280、MGD-013、GSK-2831781、FS-118、XmAb22841、INCAGN-2385、FS-18、ENUM-006、AVA-017、AM-0003、AvactaPD-L1/LAG-3双特异性affamer、iOnctura抗LAG-3抗体、Arcus抗LAG-3抗体或Sym022。
在实施方案中，LAG-3药剂是如本文所述的多肽；如本文所述的分离的多肽；如本文所述的载体；如本文所述的分离的细胞；如本文所述的任何组合物；或如本文所述的任何抗体药剂。
在实施方案中，LAG-3药剂是多肽，其包含：
由SEQ ID NO:5定义的CDR-H1，
由SEQ ID NO:6定义的CDR-H2，
由SEQ ID NO:7定义的CDR-H3；
由SEQ ID NO:8定义的CDR-L1；
由SEQ ID NO:9定义的CDR-L2；和
由SEQ ID NO:10定义的CDR-L3。
在实施方案中，LAG-3药剂是多肽，其包含：
与SEQ ID NO:3具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的重链可变区氨基酸序列；和
与SEQ ID NO:4具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的轻链可变区氨基酸序列。
在实施方案中，LAG-3药剂是多肽，其包含：
与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:21具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的重链多肽序列；和
与SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:22具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的轻链多肽序列；
在实施方案中，LAG-3药剂是TSR-033。
在本文所述的方法的实施方案中，受试者是动物(例如，哺乳动物)。在实施方案中，受试者是人类。在实施方案中，受试者是非人类哺乳动物(例如，小鼠、大鼠、兔或非人类灵长类动物)。因此，本文所述的方法可用于人类治疗和兽医学中。
在本文所述的方法的实施方案中，受试者(例如，哺乳动物)先前已接受一种或多种不同的癌症治疗形式的治疗(例如，手术、放疗、化疗或免疫疗法中的一个或多个)。在实施方案中，哺乳动物已经接受一种、二种、三种、四种、或五种路线的先前疗法的治疗。在实施方案中，先前疗法路线是细胞毒素疗法。
在一些实施方案中，方法向受试者提供临床获益。在实施方案中，临床获益为完全反应(“CR”)、部分反应(“PR”)或稳定疾病(“SD”)。在一些实施方案中，临床获益至少对应于SD。在一些实施方案中，临床获益至少对应于PR。在一些实施方案中，临床获益对应于CR。在一些实施方案中，至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的患者实现了临床获益。在一些实施方案中，至少5％的患者实现了临床获益。在一些实施方案中，至少5％的患者实现了SD。在一些实施方案中，至少5％的患者实现了PR。在一些实施方案中，至少5％的患者实现了CR。在一些实施方案中，至少20％的患者实现了临床获益。在一些实施方案中，至少20％的患者实现了SD。
在一些实施方案中，根据实体瘤疗效评价标准(RECIST)来确定临床获益(例如，SD、PR和/或CR)。在一些实施方案中，根据RECIST指南来确定临床获益(例如，SD、PR和/或CR)。在一些实施方案中，根据RECIST指南(第1.1版)来确定临床获益(例如，SD、PR和/或CR)。在一些实施方案中，根据免疫相关RECIST(irRECIST)指南来确定临床获益(例如，SD、PR和/或CR)。在一些实施方案中，可通过irRECIST或RECIST第1.1版来评估肿瘤反应。在一些实施方案中，可通过irRECIST和RECIST第1.1版二者一起来评估肿瘤反应。在本文中使用时，术语“RECIST指南”可互换地指RECIST 1.0、RECIST 1.1或irRECIST。
还提供了制造能够结合LAG-3的多肽的方法，所述方法通过在宿主细胞培养物中表达编码所述多肽的核酸。在一些实施方案中，分离抗LAG-3抗体药剂(例如，多肽药剂)。在一些实施方案中，抗体药剂(例如，多肽药剂)可纯化至超过95％或99％纯度。在一些实施方案中，制造方法为一种包含能够结合LAG-3的多肽的组合物，其通过将多肽(例如，分离的多肽)与药学上可接受的载体结合，并配制用于对受试者施用。在一些实施方案中，用于施用的配制步骤包括用于胃肠外递送的配制。
附图概述
本文中包括的附图，由下述图组成，只用于说明目的而非用于限制。
图1描绘了未按比例的免疫检查点信号传导和T细胞耗竭的示意图。
图2显示了描绘示例性抗LAG-3抗体药剂在人类PBMC上的受体占用率的图。
图3A显示了描绘示例性抗LAG-3抗体药剂的受体-配体竞争的图。示例性抗LAG-3抗体药剂可以阻断DyLight 650(DyL650)标记的LAG-3融合蛋白与Daudi细胞上的MHC II类的结合。菱形代表同型对照，圆圈代表示例性抗LAG-3抗体药剂。图3B是LAG-3报告基因测定示意图。图3C显示示例性抗LAG-3抗体药剂TSR-033是LAG-3/MHC-II结合的有效拮抗剂。
图4描绘了混合淋巴细胞反应(MLR)分析。将CD4+T细胞与示例性抗LAG-3抗体药剂一起温育，这剂量依赖性地增加了IL-2的产生，并且通过与示例性抗PD-1抗体药剂组合，增强了这种作用。空心菱形表示同型对照，实心圆圈表示用示例性的抗LAG-3抗体药剂处理，空心方框表示示例性抗LAG-3抗体药剂与2ng/mL的抗PD-1抗体药剂组合，空心六边形代表示例性抗LAG-3抗体药剂与20ng/mL的抗PD-1抗体药剂组合。
图5显示了用100ng/mL SEB刺激3天的人PBMC(来自5个供体)的IL-2产生的图。示例性抗LAG-3抗体药剂剂量依赖性地增加IL-2产生，并且通过与示例性抗PD-1抗体药剂组合使用增强了这种作用。小圆圈代表同型对照，正方形代表抗LAG-3抗体药剂，大圆圈代表抗PD-1抗体药剂，而三角形代表示例性抗LAG-3抗体药剂与抗PD-1抗体药剂的组合。
图6显示了来自小鼠异种移植研究的示例性肿瘤定量数据，其中Balb/c小鼠被植入A20淋巴瘤细胞并经同型对照、示例性抗PD-1抗体药剂、抗LAG-3抗体药剂以及抗PD-1抗体药剂和抗LAG-3抗体药剂的组合处理。用抗PD-1抗体药剂和抗LAG-3抗体药剂的组合处理的小鼠强烈抑制肿瘤的生长。
图7显示了来自小鼠异种移植研究的示例性脾脏T细胞活化数据，其中Balb/c小鼠被植入A20淋巴瘤细胞并经同型对照、示例性抗PD-1抗体药剂、抗LAG-3抗体药剂以及抗PD-1抗体药剂和抗LAG-3抗体药剂的组合处理。用抗PD-1抗体药剂和抗LAG-3抗体药剂的组合处理的小鼠的脾脏增殖T细胞和CD8T细胞均显著增加。
图8展示了来自用A20淋巴瘤细胞对未处理小鼠进行再激发获得的异种移植小鼠和用示例性抗PD-1抗体药剂以及抗PD-1抗体药剂和抗LAG-3抗体药剂的组合处理的小鼠的示例性肿瘤和脾脏T细胞定量数据。左图描绘了肿瘤体积图，右图描绘了T细胞定量(％CD4T细胞和％CD8T细胞，样品对应于：未处理小鼠，左栏；经抗PD-1处理的动物，中间栏；抗PD-1和抗LAG-3处理的动物，右栏)。
图9A-9B描绘了示例性体外T细胞耗竭模型的结果。(9A)PD-1和LAG-3在反应性细胞(刺激前)和耗竭(刺激后)细胞中的目标表达。(9B)用抗PD-1抗体药剂和抗LAG-3抗体药剂(黑条)的组合以及同型对照(灰条)处理的耗竭(刺激后)细胞中IFNγ产生的定量。
图10A描绘了将抗LAG-3作为单一疗法和与抗PD-1一起作为组合疗法的给药示意图。图10B描绘了受体占用率(RO)分析的示意图，所述分析可以检测患者外周血液中T细胞表面上结合的TSR-033和总的LAG-3。图10C图中描绘了使用患者T细胞测量的受体占用率(RO)，其中240mg剂量下的受体占用率接近饱和(顶部数据集)，80mg剂量下的受体占用率接近约50％饱和(中间数据集)。
图11描绘了抗LAG-3抗体药剂的十二(12)个链内二硫键和四(4)个链间二硫键。
图12A-12F描绘了在非小细胞肺癌(NSCLC)(图12A)、子宫内膜癌(图12B)、肾癌(RCC)(图12C)、子宫颈癌(图12D)、胃癌(图12E)以及结肠直肠癌(CRC)(图12F)中在肿瘤浸润性细胞、尤其是在CD8+T细胞上检测到的PD-1、TIM-3、和LAG-3的显著共表达。
图13A显示了使用来自NSCLC和RCC患者的肿瘤样品通过流式细胞术测定的肿瘤浸润性白细胞的免疫组成。从12'位置顺时针读取，图的各部分描绘了CD8+、Th、Treg、其它CD3+/NKT、NK、单核细胞、DC、粒细胞和其它CD45+细胞的量。图13B描述使用粒酶B作为来自NSCLC和RCC患者的T细胞和NK细胞的功能标记的研究。图13C描绘了对原发性EGFR+NSCLC的TIL的分析，发现如粒酶B状态评估，PD-1+TIM-3+LAG-3+细胞毒性T细胞功能高度异常：双重或三重检查点表达标记了功能异常的CD8+T细胞。
图14A-14G描绘了对人源化NOG-EXL小鼠的研究，所述小鼠首先被皮下接种A549非小细胞肺癌(NSCLC)，然后用测试抗体进行处理，每周腹膜内施用两次，剂量为10mg/kg。在用以下处理后0-40天测量肿瘤体积(mm3)：人类IgG4同型对照(图14A)；抗PD-1抗体TSR-042(图14B)；抗TIM-3抗体TSR-022(图14C)；TSR-042和TSR-022的组合(图14D)；抗LAG-3抗体TSR-033(图14E)；TSR-042和TSR-033的组合(图14F)；及TSR-042、TSR-022和TSR-033的组合(图14G)。
图15A-15C描绘了在实施例9中所述的研究终止后剩余的动物中的NSCLC肿瘤的研究。图15A显示肿瘤浸润性淋巴细胞(CD45)的倍数变化。图15B显示调节性T细胞(Treg)的倍数变化，其中Treg鉴定为CD4+FOXP3+。图15C显示了增殖Treg的倍数变化，Ki-67被用作增殖细胞的标记物。星号用于在未配对的Student’s T检验中标记p<0.05，所述T检验将抗PD-1单一疗法与双重或三重检查点组合进行比较。
图16A描述双重或三重检查点阻断后肿瘤相关巨噬细胞(TAM)的减少。图16B描述双重或三重检查点阻断后观察到的M1/M2比率的增加。图16C-D显示了使用TSR-033和TSR-042双重阻断LAG-3和PD-1在人源化NSCLC肿瘤小鼠模型中改善了治疗效果和免疫活化。图16C显示了TSR-033与TSR-042的组合对限制接种了A549细胞的HuNOG-EXL小鼠的肿瘤生长具有累加作用(药物相互作用系数，CDI＝1.001)。在肿瘤体积为80-120mm3时将小鼠随机化，然后施用指定的方案(方法)。括号中表明了每个治疗组在终止时的肿瘤生长抑制。图16D显示，相对于TSR-042单一疗法，组合组的肿瘤浸润淋巴细胞、肿瘤内增殖性T细胞、CD8/Treg比率增加且TAM减少(未配对Student’s T检验)。数据代表两个独立的实验(每个治疗组n＝10)，并已标准化为每个治疗组的同型对照倍数变化。图16E-16F显示，与单独的TSR-042相比，组合组的脾T细胞显示出增加的效应记忆T细胞和离体细胞因子产生。图16E显示与单独的TSR-042相比，组合组的效应记忆CD4和CD8T细胞增加。图16F显示在离体刺激小鼠脾细胞后，与单独的TSR-042相比，组合组中的CD4T细胞的IFNγ和TNFα产生显著增加。
图17A-17G描绘了对人源化NOG-EXL小鼠的研究，所述小鼠首先被皮下接种MDA-MB436三阴性乳腺癌(TNBC)，然后用测试抗体进行处理，每周腹膜内施用两次，剂量为10mg/kg。在用以下处理后0-40天测量肿瘤体积(mm3)：人类IgG4同型对照(图17A)；抗PD-1抗体TSR-042(图17B)；抗TIM-3抗体TSR-022(图17C)；TSR-042和TSR-022的组合(图17D)；抗LAG-3抗体TSR-033(图17E)；TSR-042和TSR-033的组合(图17F)；及TSR-042、TSR-022和TSR-033的组合(图17G)。
图18A-18G描绘了在同系肿瘤小鼠模型中的研究，其中先向BALB/c小鼠皮下接种EMT-6乳腺癌细胞系，然后用测试抗体处理，每周腹膜内施用两次，剂量为10mg/kg。在用以下处理后0-20天测量肿瘤体积(mm3)：人类IgG4同型对照(图18A)；抗PD-1抗体TSR-042(图18B)；抗TIM-3抗体TSR-022(图18C)；抗PD-1TSR-042和抗TIM-3TSR-022的组合(图18D)；抗LAG-3抗体TSR-033(图18E)；抗PD-1TSR-042和抗LAG-3TSR-033的组合(图18F)；和抗PD-1TSR-042、抗TIM-3抗体TSR-022和抗LAG-3TSR-033的组合(图18G)。
图19涉及用于识别可以从三重阻断疗法中受益的癌症的框架，并总结所使用的标识。
定义
除非另有定义，否则与本发明相关的科学和技术术语应具有本领域普通技术人员通常理解的含义。此外，除非上下文另有要求，否则单数术语应包括复数，复数术语应包括单数。通常，本文所述的与细胞和组织培养、分子生物学以及蛋白质和寡核苷酸或多核苷酸化学和杂交相关的命名法和技术是本领域众所周知的和常用的。标准技术用于重组DNA、寡核苷酸合成以及组织培养和转化(例如，电穿孔、脂质转染)。酶促反应和纯化技术是根据制造商的说明书或如本领域通常完成的或如本文所述来进行。前述技术和步骤通常根据本领域熟知的常规方法来进行，并且如在本说明书全文中引用和讨论的各种一般性和更具体的参考文献中所述来进行。参见例如，Sambrook等人Molecular Cloning:A LaboratoryManual(第2版.,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.(1989))，其通过引用并入本文。本文所述的与分析化学、合成有机化学以及医药和药物化学相关的术语以及实验室程序和技术是本领域众所周知的和常用的。标准技术用于化学合成、化学分析、药物制备、配制、输送和患者治疗。
约：当在本文中参照于数值使用时，术语“约”指与所参照的值相似的值。通常，熟悉上下文的本领域技术人员应理解在所述上下文中“约”所涵盖的相关变化程度。例如，在一些实施方案中，术语“约”可涵盖在所参照的值的25％、20％、19％、18％、17％、16％、15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％或更小百分比以内的数值范围。
施用：如本文所用，术语“施用”通常是指将组合物施用于受试者或系统以实现作为组合物的药剂或被包含在组合物中的药剂的递送。本领域普通技术人员将意识到，在适当情况下可使用多种途径向例如人的受试者施用。施用途径的实例包括肠胃外，例如，静脉内、皮内、皮下、经口(例如吸入)、透皮(即局部)、经粘膜和经直肠施用。例如，在一些实施方案中，施用可以是经眼、经口、肠胃外、局部等。在实施方案中，施用为肠胃外(例如，静脉内施用)。在实施方案中，静脉内施用是静脉输注。在一些特定的实施方案中，施用可以是经支气管(例如，通过支气管滴注)、颊内、经皮(其可以是或包括例如局部至真皮、真皮内、真皮间、透皮等的一种或多种)、肠内、动脉内、皮内、胃内、髓内、肌内、鼻内、腹膜内、鞘内、静脉内、心室内、特定器官内(例如肝内)、粘膜、经鼻、经口、经直肠、皮下、舌下、局部、经气管(例如，通过气管内滴注)、经阴道、经玻璃体(vitreal)等。在一些实施方案中，施用可只包括单次施用。在一些实施方案中，施用可包括固定次数剂量的应用。在一些实施方案中，施用可包括间歇性施用(例如，在时间上分开的复数次施用)和/或周期性施用(例如，由共同时间段分开的独立施用)。在一些实施方案中，施用可包括至少在选定的一段时间内的连续施用(例如，灌注)。
用于肠胃外、皮内或皮下应用的溶液或悬浮液可包括以下成分：无菌稀释剂，例如注射用水、生理盐水溶液、不挥发油、聚乙二醇、甘油、丙二醇或其它合成溶剂；抗菌剂，例如苯甲醇或对羟基苯甲酸甲酯；抗氧化剂，如抗坏血酸或亚硫酸氢钠；螯合剂，如乙二胺四乙酸(EDTA)；缓冲剂，例如乙酸盐、柠檬酸盐或磷酸盐，以及用于调节张力的试剂，例如氯化钠或右旋糖。可用酸或碱，例如盐酸或氢氧化钠调节pH。肠胃外制剂可以装入玻璃或塑料制成的安瓿瓶、一次性注射器或多剂量小瓶中。
对于通过吸入施用，将化合物以气溶胶喷雾的形式从包含合适的推进剂(例如气体，如二氧化碳)的加压的容器或分配器中或从喷雾器中递送。
全身施用也可以通过经粘膜或透皮方式进行。对于经粘膜或透皮施用，在制剂中使用适于待渗透的屏障的渗透剂。所述渗透剂在本领域中通常是已知的，并且包括，例如对于经粘膜施用，去污剂、胆汁盐和夫西地酸衍生物。经粘膜施用可以通过使用鼻喷雾剂或栓剂实现。对于透皮施用，如本领域通常已知的，将活性化合物配制成软膏、油膏、凝胶或乳膏。
这些化合物也可以制备成用于经直肠递送的栓剂的形式(例如，与常规栓剂基质(如可可脂和其它甘油酯)或保留灌肠剂(retention enemas)的形式。
亲和力：如本领域所知，“亲和力”是对特定配体与其伴侣结合的紧密度的量度。亲和力可以用不同的方法来测定。在一些实施方案中，亲和力通过定量测定法测量。在一些所述实施方案中，可以将结合伴侣的浓度固定为超过配体的浓度，以模仿生理条件。替代地或额外地，在一些实施方案中，结合伴侣浓度和/或配体浓度可以变化。在一些所述实施方案中，亲和力可以在相当的条件下(例如浓度)与参照物进行比较。
抗体：如本文所用，术语“抗体”是指包含足以带来与特定靶抗原的特异性结合的规范免疫球蛋白序列元件的多肽。如本领域中已知的，天然产生的完整抗体是约150kD的四聚体试剂，其由两个相同的重链多肽(每个约50kD)和两个相同的轻链多肽(每个约25kD)组成，它们彼此缔合形成通常称为“Y形”的结构。每条重链均包含至少四个结构域(每个域长约110个氨基酸)–氨基末端可变(VH)结构域(位于Y结构的顶端)，然后是三个恒定结构域：CH1、CH2和羧基末端的CH3(位于Y主干的基部)。一条称为“开关”的短链将重链可变区和恒定区相连。“铰链”将CH2和CH3结构域与抗体的其余部分相连。所述铰链区的两个二硫键将完整抗体中的两个重链多肽彼此连接。每条轻链由两个结构域组成–氨基末端可变(VL)结构域，然后是羧基末端恒定(CL)结构域，其被另一个“开关”彼此隔开。本领域技术人员非常熟悉抗体结构和序列元件，识别所提供序列中的“可变”和“恒定”区域，并理解这些结构域之间的“边界”的定义会有一定的灵活性，以致于相同抗体链序列的不同的展示方式(presentation)可以，例如，指示所述边界的位置相对于相同抗体链序列的不同的展示方式，移位了一个或几个残基。完整的抗体四聚体由两个重链-轻链二聚体组成，其中重链和轻链通过单个二硫键相互连接；另外两个二硫键将重链铰链区彼此连接，从而使二聚体彼此连接，并形成四聚体。天然产生的抗体也被糖基化，通常在CH2结构域被糖基化。天然抗体中的每个结构域的结构的特征在于：两个β片层(例如3、4或5股的片层)彼此堆叠在一起成为压缩反平行β桶(βbarrel)而形成的“免疫球蛋白折叠”。每个可变结构域都包含三个称为“互补决定区”(CDR1、CDR2和CDR3)的高可变环和四个某种程度上恒定的“骨架”区(FR1、FR2、FR3和FR4)。当天然抗体折叠时，FR区形成提供结构域结构框架的β片层，并且重链和轻链的CDR环区都在三维空间中聚集在一起，从而形成位于Y结构顶端的单个高变抗原结合位点。天然存在的抗体的Fc区与补体系统的元件结合，并且还与效应细胞(包括例如介导细胞毒性的效应细胞)上的受体结合。如本领域已知的，可以通过糖基化或其它修饰来调节Fc区对Fc受体的亲和力和/或其它结合属性。在一些实施方案中，根据本发明产生和/或使用的抗体包括糖基化的Fc结构域，包括具有经修饰或工程化的此类糖基化的Fc结构域。为了本发明的目的，在一些实施方案中，如在天然抗体中发现的一样包含足够的免疫球蛋白结构域序列的任何多肽或多肽复合物都可以被称为和/或用作“抗体”，无论这种多肽是天然产生的(例如，由生物体与抗原反应产生)或通过重组工程、化学合成或其它人工系统或方法学产生。在一些实施方案中，抗体是多克隆的；在一些实施方案中，抗体是单克隆的；在一些实施方案中，具有恒定区序列的抗体是具有小鼠、兔、灵长类或人类抗体特征的抗体。在一些实施方案中，抗体序列元件是人源化的、灵长类化的、嵌合的等，如本领域所熟知的。此外，本文所用的术语“抗体”在适当的实施方案中(除非另有说明或根据上下文明确)可指代在替代的展示方式中利用抗体的结构和功能特征的任何本领域已知的或开发的构建体或形式。例如，在实施方案中，根据本发明使用的抗体的形式选自但不限于完整的IgA、IgG、IgE或IgM抗体；和双或多特异性抗体(例如，等)；抗体片段如Fab片段、Fab’片段、F(ab’)2片段、Fd’片段、Fd片段和分离的CDR或其集合；单链Fv；多肽-Fc融合物；单域抗体(例如，鲨鱼单域抗体，如IgNAR或其片段)；骆驼样抗体；掩蔽抗体(例如，
Figure BDA0002316778750000432
)；小模块免疫药物(“SMIPTM”)；单链或串联双功能抗体
Figure BDA0002316778750000433
VHH；
Figure BDA00023167787500004313
微型抗体；
Figure BDA0002316778750000436
锚蛋白重复蛋白或
Figure BDA0002316778750000437
DART；TCR-样抗体；
Figure BDA0002316778750000438
Trans-微型蛋白质(MicroProteins)；
Figure BDA00023167787500004310
Figure BDA00023167787500004311
和
Figure BDA00023167787500004312
在一些实施方案中，抗体可缺乏在天然产生的抗体中存在的共价修饰(例如，聚糖的附着)。在一些实施方案中，抗体可以包含共价修饰(例如，聚糖的附着、有效负载物(例如，可检测部分、治疗部分、催化部分等)或其它侧基(例如，聚乙二醇等)。
抗体包括抗体片段。抗体还包括，但不限于，多克隆抗体、单克隆抗体、嵌合dAb(域抗体)、单链、Fab、Fab’、F(ab’)2片段、scFv、和Fab表达库。抗体可以是完整抗体或免疫球蛋白或抗体片段。
如上所述，完整抗体由两对“轻链”(LC)和“重链”(HC)组成(这种轻链(LC)/重链对在本文中缩写为LC/HC)。这种抗体的轻链和重链是由几个结构域组成的多肽。在完整抗体中，每条重链包含重链可变区(在本文中缩写为HCVR或VH)和重链恒定区。重链恒定区包含重链恒定结构域CH1、CH2和CH3(抗体类别IgA、IgD和IgG)和任选的重链恒定结构域CH4(抗体类别IgE和IgM)。每条轻链包含轻链可变结构域VL和轻链恒定结构域CL。可变结构域VH和VL可以进一步细分为高变区，称为互补决定区(CDR)，其间散布着称为骨架区(FR)的更保守的区域。每个VH和VL由三个CDR和四个FR组成，从氨基端到羧基端按以下顺序排列：FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4(Janeway,C.A.,Jr,等人,(2001).Immunobiology.,第5版,Garland Publishing；以及Woof,J.,Burton,D.,Nat Rev Immunol 4(2004)89-99)。两对重链和轻链(HC/LC)能够特异性结合同一抗原。因此，所述完整抗体是二价单特异性抗体。这些“抗体”包括，例如，小鼠抗体、人类抗体、嵌合抗体、人源化抗体和基因工程化抗体(变异或突变抗体)，只要它们的特征性质得以保留。在一些实施方案中，抗体或结合剂是人源化抗体，特别是重组的人抗体或人源化抗体。
在一些实施方案中，抗体或结合剂可以是“对称的”。“对称的”是指所述抗体或结合剂具有相同种类的Fv区(例如，抗体具有两个Fab区)。在一些实施方案中，抗体或结合剂可以是“不对称的”。“不对称的”是指抗体或结合剂具有至少两种不同类型的Fv区域(例如，抗体具有：Fab和scFv区域、Fab和scFv2区域或Fab-VHH区域)。各种不对称抗体或结合剂的结构是本领域已知的(Brinkman和Kontermann等人，2017Mabs(9)(2):182-212)。
抗体药剂:如本文所用，术语“抗体药剂”是指与特定抗原特异性结合的药剂。在一些实施方案中，所述术语涵盖包含足以赋予特异性结合的免疫球蛋白结构元件的任何多肽或多肽复合物。示例性抗体药剂包括但不限于单克隆抗体或多克隆抗体。在一些实施方案中，抗体药剂可以包括一个或多个小鼠、兔、灵长类或人类抗体的特征性恒定区序列。在一些实施方案中，抗体药剂可以包括一个或多个如本领域所知的人源化、灵长类化、嵌合等的序列元件。在很多实施方案中，术语“抗体药剂”用于指在替代的展示方式中利用抗体的结构和功能特征的任何本领域已知的或开发的构建体或形式。例如，在实施方案中，根据本发明使用的抗体药剂的形式选自但不限于：完整的IgA、IgG、IgE或IgM抗体；双或多特异性抗体(例如，
Figure BDA0002316778750000441
等)；抗体片段如Fab片段、Fab’片段、F(ab’)2片段、Fd’片段、Fd片段和分离的CDR或其集合；单链Fv；多肽-Fc融合物；单域抗体(例如，鲨鱼单域抗体，如IgNAR或其片段)；骆驼样抗体；掩蔽抗体(例如，)；小模块免疫药物(“SMIPTM”)；单链或串联双功能抗体
Figure BDA0002316778750000443
VHH；
Figure BDA0002316778750000444
Figure BDA0002316778750000445
微型抗体；
Figure BDA0002316778750000446
锚蛋白重复蛋白或
Figure BDA0002316778750000447
DART；TCR-样抗体；Trans-
Figure BDA0002316778750000449
微型蛋白质；
Figure BDA00023167787500004410
和
Figure BDA00023167787500004411
在一些实施方案中，抗体可缺乏在天然产生的抗体中存在的共价修饰(例如，聚糖的附着)。在一些实施方案中，抗体可以包含共价修饰(例如，聚糖的附着)、有效负载物[例如，可检测部分、治疗部分、催化部分等]或其它侧基[例如，聚乙二醇等]。在很多实施方案中，抗体药剂是或包括一种多肽，其氨基酸序列包括一个或多个被本领域技术人员识别为互补决定区(CDR)的结构元件；在一些实施方案中，抗体药剂是或包含一种多肽，其氨基酸序列包含至少一个与参考抗体中发现的相同的CDR(例如，至少一个重链CDR和/或至少一个轻链CDR)。在一些实施方案中，所包含的CDR与参考CDR基本相同，因为与参考CDR相比，其序列相同或包含1-5个氨基酸取代。在一些实施方案中，所包含的CDR与参考CDR基本相同，因为所包含的CDR表现出与参考CDR至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性。在一些实施方案中，所包含的CDR与参考CDR基本相同，因为所包含的CDR表现出与参考CDR至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性。在一些实施方案中，所包含的CDR与参考CDR基本相同，因为所包含的CDR表现出与参考CDR至少95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性。在一些实施方案中，所包含的CDR与参考CDR基本相同，因为与参考CDR相比，所包含的CDR中至少一个氨基酸被缺失、添加或被取代，但所包含的CDR的氨基酸序列在其它方面与参考CDR一致。在一些实施方案中，所包含的CDR与参考CDR基本相同，因为与参考CDR相比，所包含的CDR中1-5个氨基酸被缺失、添加或被取代，但所包含的CDR的氨基酸序列在其它方面与参考CDR一致。在一些实施方案中，所包含的CDR与参考CDR基本相同，因为与参考CDR相比，所包含的CDR中至少一个氨基酸被取代，但所包含的CDR的氨基酸序列在其它方面与参考CDR一致。在一些实施方案中，所包含的CDR与参考CDR基本相同，因为与参考CDR相比，所包含的CDR中1-5个氨基酸被缺失、添加或被取代，但所包含的CDR的氨基酸序列在其它方面与参考CDR一致。在一些实施方案中，抗体药剂是或包含多肽，所述多肽的氨基酸序列包含被本领域技术人员公认为免疫球蛋白可变结构域的结构元件。在一些实施方案中，抗体药剂是具有与免疫球蛋白结合结构域同源或很大程度上同源的结合结构域的多肽蛋白。
当在提及蛋白质或肽时使用“同源”时，已经认识到残基位置的不一致通常是因为保守的氨基酸取代。“保守的氨基酸取代”是指其中氨基酸残基被具有相似化学性质(例如，电荷或疏水性)的侧链(R基团)的另一个氨基酸残基取代。通常，保守的氨基酸取代不会实质上改变蛋白质的功能特性。在两个或更多个氨基酸序列由于保守取代而彼此不同的情况下，可以上调序列同一性或同源性百分比以校正取代的保守性质。进行这种调整的方法是本领域技术人员众所周知的。参见，例如，Pearson,1994,Methods Mol.Biol.24:307-31和25:365-89。
例如，在一些情况下，以下六个基团各自包含彼此为保守取代的氨基酸：1)丝氨酸、苏氨酸；2)天冬氨酸、谷氨酸；3)天冬酰胺、谷氨酰胺；4)精氨酸、赖氨酸；5)异亮氨酸、亮氨酸、蛋氨酸、丙氨酸、缬氨酸；以及6)苯丙氨酸、酪氨酸、色氨酸。除了本文所述的非限制性实施例外，其它适当的取代是本领域普通技术人员已知的。
结合：应理解，如本文所用，术语“结合”通常是指两个或多个实体之间或之中的非共价结合。“直接”结合包括实体或部分之间的物理接触；间接结合包括通过与一个或多个中间实体的物理接触进行的物理相互作用。两个或多个实体的结合通常可在多种情况中的任意一种情况下加以评定，包括在隔离的或在更复杂的系统的情况下研究相互作用的实体或部分(例如，与载体实体和/或在生物学系统或细胞中共价地或以其它形式相连)。在一些实施方案中“结合”是指在免疫球蛋白分子和对免疫球蛋白具有特异性的抗原之间发生的非共价相互作用类型。免疫结合相互作用的强度或亲和力可以相互作用的解离常数(Kd)表示，其中较小的Kd代表较大的亲和力。所选多肽的免疫结合特性可以使用本领域众所周知的方法进行定量。一种所述方法需要测量抗原结合位点/抗原复合物形成和解离的速率，其中所述速率取决于复合物伴侣的浓度、相互作用的亲和力以及在两个方向上均等地影响速率的几何参数。因此，可以通过计算浓度和实际的缔合和解离速率来确定“结合速率常数”(Kon)和“解离速率常数”(Koff)。(参见Nature 361:186-87(1993))。Koff/Kon的比值能够抵消与亲和力不相关的所有参数，且等于解离常数Kd。(一般参见Davies等人(1990)Annual RevBiochem 59:439-473)。
结合剂：通常，术语“结合剂”在本文中用于指如本文所述与所关注的靶标结合的任何实体。在很多实施方案中，所关注的结合剂是与其靶标特异性结合的结合剂，因为它在特定的相互作用环境中将靶标与其它潜在的结合伴侣区分开。通常，结合剂可以是任何化学类别的实体或包含任何化学类别的实体(例如，聚合物、非聚合物、小分子、多肽、碳水化合物、脂质、核酸等)。在一些实施方案中，结合剂是单个化学实体。在一些实施方案中，结合剂是在相关条件下通过非共价相互作用彼此结合的两个或多个离散的化学实体的复合体。例如，本领域技术人员将理解，在一些实施方案中，结合剂可以包含“通用”结合部分(例如，生物素/抗生物素蛋白/链霉亲和素和/或类别特异性抗体之一)和连接至所述通用结合部分的伴侣的“特异性”结合部分(例如，具有特定分子靶标的抗体或适体)。在一些实施方案中，这种方法可以通过不同特异性结合部分与相同的通用结合部分伴侣的连接而实现多种结合剂的模块化组装。在一些实施方案中，结合剂是多肽或包含多肽(包括例如抗体或抗体片段)。在一些实施方案中，结合剂是小分子或包含小分子。在一些实施方案中，结合剂是核酸或包含核酸。在一些实施方案中，结合剂是适体。在一些实施方案中，结合剂是聚合物；在一些实施方案中，结合剂不是聚合物。在一些实施方案中，结合剂是非聚合的，因为其缺乏聚合物部分。在一些实施方案中，结合剂是碳水化合物或包含碳水化合物。在一些实施方案中，结合剂是凝集素或包含凝集素。在一些实施方案中，结合剂是肽模拟物或包含肽模拟物。在一些实施方案中，结合剂是支架蛋白或包含支架蛋白。在一些实施方案中，结合剂是模拟表位(mimeotope)或包含模拟表位。在一些实施方案中，结合剂是核酸或包含核酸，例如DNA或RNA。在实施方案中，结合剂是本文所述的分离的多肽。在实施方案中，结合剂是抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段。在实施方案中，结合剂是抗体。
癌症：本文所用术语“癌症”、“恶性肿瘤”、“赘生物”、“肿瘤”和“癌”指表现出相对异常、不受控制的和/或自主生长的细胞，因而其表现出异常的生长表型，其特征在于对细胞增殖控制的明显丧失。在一些实施方案中，肿瘤可以是或包括癌前(例如良性)、恶性、转移前，转移性和/或非转移性的细胞。本发明鉴别了可与其教导相关的癌症。在一些实施方案中，相关癌症的特征可为实体瘤。在一些实施方案中、相关癌症的特征可为血液肿瘤。在实施方案中、癌症是腺癌、肺腺癌、急性髓性白血病(“AML”)、急性淋巴母细胞白血病(“ALL”)、肾上腺皮质癌、肛门癌(例如肛门鳞状细胞癌)、阑尾癌、B细胞衍生白血病、B细胞衍生淋巴瘤、膀胱癌、脑癌、乳腺癌(例如，三阴性乳腺癌(TNBC))、输卵管癌、睾丸癌、脑癌、子宫颈癌(例如，子宫颈鳞状细胞癌)、胆管癌、绒毛膜癌、慢性髓性白血病、CNS肿瘤、结肠癌或结肠直肠癌(例如，结肠腺癌)、扩散性内因性脑桥神经胶质瘤(DIPG)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(“DLBCL”)、胚胎性横纹肌肉瘤(ERMS)、子宫内膜癌、上皮癌、食道癌(例如，食道鳞状细胞癌)、尤因肉瘤、眼癌(例如，葡萄膜黑色素瘤)、滤泡性淋巴瘤(“FL”)、胆囊癌、胃癌、胃肠道癌、神经胶质瘤、头颈癌(例如，头颈部鳞状细胞癌(SCHNC))、血液癌症、肝细胞癌、霍奇金淋巴瘤(HL)/原发性纵隔B细胞淋巴瘤、肾癌、肾透明细胞癌、喉癌、白血病、肝癌、肺癌(例如，非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌、肺腺癌或肺鳞状细胞癌)、淋巴瘤、黑色素瘤、默克尔细胞癌、间皮瘤、单核细胞白血病、多发性骨髓瘤、骨髓瘤、神经母细胞衍生CNS肿瘤(例如，神经母细胞瘤(NB))、非霍奇金淋巴瘤(NHL)、口腔癌、骨肉瘤、卵巢癌症、卵巢癌、胰腺癌、腹膜癌、原发性腹膜癌、前列腺癌、复发或难治性典型霍奇金淋巴瘤(cHL)、肾癌(例如，肾细胞癌)、直肠癌、唾液腺癌(例如，唾液腺肿瘤)、肉瘤、皮肤癌、小肠癌、胃癌、鳞状细胞癌、阴茎鳞状细胞癌、胃癌、T细胞衍生白血病、T细胞衍生淋巴瘤、胸腺癌、胸腺瘤、甲状腺癌、葡萄膜黑色素瘤、尿道上皮细胞癌、子宫癌(例如，子宫内膜癌或子宫肉瘤)、阴道癌(例如，阴道鳞状细胞癌)、外阴癌(例如，外阴鳞状细胞癌)或维尔姆斯肿瘤。
载体：如本文所用，是指与组合物一起施用的稀释剂、佐剂、赋形剂或媒介物(vehicle)。在一些示例性实施方案中，载体可以包括无菌液体，例如水和油，包括石油、动物油、植物油或合成来源的油，例如花生油、大豆油、矿物油、芝麻油及其类似物。在一些实施方案中，载体是或包括一种或多种固体成分。在一些实施方案中，载体可以是溶剂或分散介质，其包含例如水、乙醇、多元醇(例如甘油、丙二醇和液态聚乙二醇及其类似物)及其合适的混合物。适当的流动性可以例如通过使用涂层(例如卵磷脂)、在分散的情况下通过维持所需的粒径以及通过使用表面活性剂来维持。可以通过各种抗菌剂和抗真菌剂来防止微生物的作用，例如对羟基苯甲酸酯、氯丁醇、苯酚、抗坏血酸、硫柳汞以及类似物。在一些情况下，可希望在组合物中包含等渗剂，例如糖、多元醇(如甘露醇、山梨糖醇)、氯化钠。可注射组合物的延长吸收可通过在组合物中包含延迟吸收的试剂(例如单硬脂酸铝和明胶)来实现。
CDR：如本文所用，术语“CDR”是指抗体可变区内的互补决定区。重链和轻链的每个可变区中都有三个CDR，对于各可变区，分别称为CDR1、CDR2和CDR3。“一组CDR”或“CDR组”指一组三个或六个CDR，其是出现在能够结合抗原的单个可变区的CDR或是能够结合抗原的同源重链和轻链可变区的CDR。CDR的边界的定义根据系统的不同而有所不同，其中有几种是本领域已知的(例如，Kabat、Chothia等)。
组合疗法：如本文所用，术语“组合疗法”是指一种临床干预，其中将受试者同时暴露于两种或更多种治疗方案中(例如两种或更多种治疗剂)。在一些实施方案中，两种或多种治疗方案可以同时施用。在一些实施方案中，两种或更多种治疗方案可以依次施用(例如，在施用任何剂量的第二方案之前先施用第一方案)。在一些实施方案中，两种或更多种治疗方案以重叠的剂量方案进行施用。在一些实施方案中，组合疗法的施用可包括对接受其它药剂或形式(modality)的受试者施用一种或多种治疗剂或治疗形式。在一些实施方案中，组合疗法不一定要求将单个药剂以单一组合物的形式一起施用(甚至不一定需要同时施用)。在一些实施方案中，将组合疗法的两种或多种治疗剂或治疗形式分别施用于受试者，例如，在不同的组合物中、通过不同的施用途径(例如，一种药剂口服，另一种药剂静脉内)和/或在不同的时间点。在一些实施方案中，两种或多种治疗剂可以组合组合物的形式一起施用，甚至可以组合化合物的形式一起施用(例如，作为单个化学复合物或共价实体的一部分)，通过同一施用途径和/或同一时间施用。
化合物和药剂：术语“化合物”和“药剂”在本文中可互换使用。它们是指任何天然或非天然生成的(即合成或重组)分子，例如生物大分子(例如，核酸、多肽或蛋白质)，有机或无机分子，或由例如细菌、植物、真菌或动物(例如，哺乳动物，包括人类)细胞或组织等生物材料制成的提取物。所述化合物可以是单分子或至少两种分子的混合物或复合物。
相当的:如本文所用，术语“相当的”是指描述两组(或更多组)条件或情况，它们彼此足够相似以允许比较从中获得的结果或观察到的现象。在一些实施方案中，相当的一组条件或情况的特征在于具有多个基本相同的特征和一个或少量的变化特征。本领域普通技术人员应理解，当多组条件的特征在于有足够数量和类型的基本一致的特征以得出下述合理结论时，所述多组状况彼此相当，所述合理结论为在不同组的条件或情况下获得的结论或观察到的现象之间的差异是所述不同的特征间的差异造成或指示的。
对照：如本文所用，术语“对照”具有本领域中理解的含义，其是与结果进行比较的标准。通常，对照用于通过分离变量以得出关于所述变量的结论，从而提高实验的完整性。在一些实施方案中，对照是与测试反应或分析同时进行以提供比较的反应或分析。在一个实验中，应用“测试”(即测试变量)。第二个实验中，“对照”，不应用测试的变量。在一些实施方案中，对照为历史对照(即先前进行的测试或分析或先前已知的量或结果)。在一些实施方案中，对照是或包含打印的或以其它方式保存的记录。对照可以是阳性对照或阴性对照。
表位：如本文所用，术语“表位”包括被免疫球蛋白(例如，抗体或受体)结合组分特异性识别的任何部分。在一些实施方案中，表位由抗原上的多个化学原子或基团组成。在一些实施方案中，当抗原采用相关的三维构象时，此类化学原子或基团会暴露于表面上。在一些实施方案中，当抗原采用所述构象时，这些化学原子或基团在空间中物理上彼此靠近。在一些实施方案中，当抗原采用另一种构象(例如，被线性化)时，至少有一些所述化学原子或基团物理上彼此分离。
骨架或骨架区：如本文所用，是指除了CDR的可变区的序列。由于CDR序列可以由不同的系统确定，类似地，骨架序列同样是对应于不同的解释。六个CDR将重链和轻链上的每条链上的骨架区分为四个子区域(FR1、FR2、FR3和FR4)，其中CDR1位于FR1和FR2之间，CDR2位于FR2和FR3之间，而CDR3位于FR3和FR4之间。在未指定特定子区域为FR1、FR2、FR3或FR4的情况下，骨架区(如他人所提及)表示单个天然存在的免疫球蛋白链可变区内的组合FR。如本文所用，FR代表四个子区域之一，例如FR1代表最靠近可变区的氨基末端的第一骨架区，并且相对于CDR1为5'，并且FR代表两个或多个构成骨架区域的子区域。
聚糖：如本文所用，“聚糖”是指糖聚合物(部分)组分(例如，糖蛋白的)。术语“聚糖”可以包括游离聚糖，包括已经从糖蛋白裂解或以其它方式释放出来的聚糖。本文使用的术语“糖型”可以指糖蛋白的特定形式。即，当糖蛋白包括具有与不同聚糖或聚糖组连接潜力的特定多肽时，则糖蛋白的每个不同版本(即，多肽与特定聚糖或聚糖组连接时)可以被称为“糖型”。
同源性：如本文所用，术语“同源性”是指聚合物分子之间的整体相关性，例如，核酸分子之间(例如，DNA分子和/或RNA分子)和/或多肽分子之间。在一些实施方案中，如果聚合物分子的序列之间至少25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％一致，则将所述聚合物分子视为彼此“同源”。在一些实施方案中，如果聚合物分子的序列之间至少25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％相似(例如，在相应位置包含具有相关化学特性的残基)，则将聚合物分子视为彼此“同源”。例如，如本领域普通技术人员所熟知的，一些氨基酸通常被归类为彼此相似的“疏水”或“亲水”氨基酸，和/或具有“极性”或“非极性”侧链。一个氨基酸替换为相同类型的另一个氨基酸通常被认为是“同源”取代。如本领域技术人员应理解的，可获得多种算法以比较序列从而确定所述序列的同源性程度，包括当考虑不同序列中哪些残基彼此“对应”时，允许一个序列相对于另一序列具有指定长度的空位。两个核酸序列间的同源性百分比的计算可通过，例如，对齐两个序列以达到最佳对比目的(例如，可以将空位引入第一和第二核酸序列中的一个或两个中以实现最佳对齐，并且为了比对目的可以忽略非对应序列)。在一些实施方案中，出于比对目的而对齐的序列的长度为参考序列长度的至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％、至少95％或基本上100％。然后比较相应核苷酸位置的核苷酸。当第一个序列中的一个位置被与第二个序列中相应位置上的相同的核苷酸占用时，则所述位置上的分子是相同的；当第一个序列中的一个位置被与第二个序列中相应位置上的相似的核苷酸占用时，则所述位置上的分子是相似的。两个序列的同源性百分比是两个序列共享的相同或相似位置的数量的函数，要将空位数量和每个空位长度考虑进去，所述空位是为了两个序列的最佳对齐而需要引入的。可用于确定两个核苷酸序列之间的同源性百分比的代表性算法和计算机程序包括：例如，Meyers和Miller的算法(CABIOS,1989,4:11-17)，其已并入ALIGN程序(2.0版)中，使用PAM120权重残基表，空位长度罚分12，空位罚分4。替代地，可以例如使用GCG软件包中的GAP程序，使用NWSgapdna.CMP矩阵，确定两个核苷酸序列之间的同源性百分比。
如本文所用，二十种常规氨基酸及其缩写遵循常规用法。参见Immunology—ASynthesis(第二版,E.S.Golub和D.R.Gren,Eds.,Sinauer Associates,Sunderland,Mass.(1991))，其通过引用并入本文。二十种常规氨基酸、非天然氨基酸(如α-,α-二取代氨基酸、N-烷基氨基酸、乳酸和其它非常规氨基酸)的立体异构体(例如D-氨基酸)也可为本发明的多肽的合适组分。非常规氨基酸的示例包括：4-羟基脯氨酸、γ-羧基谷氨酸、ε-N,N,N-三甲基赖氨酸、ε-N-乙酰赖氨酸、O-磷酸丝氨酸、N-乙酰丝氨酸、N-甲酰基甲硫氨酸、3-甲基组氨酸、5-羟基赖氨酸、σ-N-甲基精氨酸和其它类似的氨基酸和亚氨基酸(例如4-羟脯氨酸)。在本文使用的多肽符号中，根据标准用法和惯例，左手方向是氨基端方向，右手方向是羧基端方向。
人类抗体：如本文所用，旨在包括具有由人免疫球蛋白序列产生(或组装)的可变区和恒定区的抗体。在一些实施方案中，即使抗体(或抗体组分)的氨基酸序列(例如在一个或多个CDR中以及特别是在CDR3中)包含的残基或元件不是由人类种系免疫球蛋白序列编码的，也可以将其视为“人类的”(例如，包括序列变异，例如其可(最初)通过体外随机或位点特异性诱变或通过体内体细胞突变引入)。
人源化：如本领域已知的，术语“人源化”通常用于指这样的抗体(或抗体组分)：其氨基酸序列包含来自在非人类物种(例如，小鼠)中获得的参照抗体的VH和VL区序列，而且在所述序列中还包含相对于参考抗体的修饰，目的是使它们更“像人类”，即与人类种系序列更相似。在一些实施方案中，“人源化”抗体(或抗体组分)是与感兴趣的抗原免疫特异性结合的抗体，其骨架(FR)区的氨基酸序列与人类抗体的相应氨基酸序列基本相同，且互补决定区(CDR)氨基酸序列与非人类抗体的相应氨基酸序列基本相同。人源化抗体包含至少一个、并且通常两个可变结构域(Fab、Fab’、F(ab’)2、FabC、Fv)的基本上全部，在所述可变结构域中所有或基本上所有的CDR区对应于非人类免疫球蛋白(即供体免疫球蛋白)以及所有或基本上所有的骨架区都为人类免疫球蛋白共有序列的骨架区。在一些实施方案中，人源化抗体还包含至少一部分免疫球蛋白恒定区(Fc)，通常是人类免疫球蛋白恒定区的一部分。在一些实施方案中，人源化抗体包含轻链、以及至少重链的可变结构域。所述抗体还可包含CH1、铰链区、CH2、CH3以及可选地重链恒定区的CH4区。在一些实施方案中，人源化抗体只包含人源化VL区。在一些实施方案中，人源化抗体只包含人源化VH区。在一些实施方案中人源化抗体包含人源化VL和VH区。
同一性：如本文所用，术语“同一性”是指聚合物分子之间的整体相关性，例如，核酸分子之间(例如，DNA分子和/或RNA分子)和/或多肽分子之间。在一些实施方案中，如果聚合物分子的序列之间至少25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％一致或至少80％、85％、90％、95％或99％一致，则将所述聚合物分子视为彼此“基本一致”。在一些实施方案中，核酸序列或氨基酸序列与参考序列基本相同，因为与参考序列相比其序列相同或含有1-5个取代。例如，在一些实施方案中，氨基酸序列与参考氨基酸序列基本相同，因为与参考序列相比，其序列相同或包含1-5个氨基酸取代。两个核酸或多肽序列间的同一性百分比的计算可通过例如对齐两个序列以达到最佳对比目的(例如，可以将空位引入第一和第二核酸序列中的一个或两个中以实现最佳对齐，并且为了对比目的可以忽略非对应序列)。在一些实施方案中，出于对比目的而对齐的序列的长度为参考序列长度的至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％、至少95％或基本上100％。然后比较相应位置的核苷酸。当第一个序列中的一个位置被与第二个序列中相应位置上的相同的残基(例如，核酸或氨基酸)占用时，则所述位置上的分子是相同的。两个序列的同一性百分比是两个序列共享的相同位置的数量的函数，要将空位数量和每个空位长度考虑进去，所述空位是为了两个序列的最佳对齐而需要引入的。两个序列间的序列对比和同一性百分比的测定可通过使用数学算法完成。例如，两个核酸序列间的同一性百分比可使用例如，已并入ALIGN程序(2.0版)中的Meyers和Miller的算法(CABIOS,1989,4:11-17)来确定。在一些示例性实施方案中，通过ALIGN程序使用PAM120权重残基表、空位长度罚分12及空位罚分4来进行核酸序列对比。替代地，两个核酸序列间的同一性百分比可以使用GCG软件包中的GAP程序、使用NWSgapdna.CMP矩阵来确定。
提高、增加或减少：如本文所用，术语“提高”、“增加”或“减少”或语法上的等价物表示相对于基线测量的值，所述基线测量例如为在如本文所述治疗开始前在同一个体中的测量或在不存在本文所述治疗的对照个体(或多个对照个体)中的测量。“对照个体”是患有与接受治疗的个体相同类型的且严重程度近似相同的疾病、病症或病状的个体，其年龄与接受治疗的个体大约相同(确保接受治疗的个体和对照个体的疾病阶段相当)。
分离的：如本文所用，指：(1)与最初产生时(无论是在自然中和/或在实验背景下)相关联的至少一些组分分离的物质和/或实体(例如，核酸或多肽)；和/或(2)由人手工设计、产生、制备、和/或制造的物质和/或实体(例如，核酸或多肽)。分离的物质和/或实体可分离自约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或大于约99％的最初相关联的其它组分。在一些实施方案中，分离的药剂为约80％、约85％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或大于约99％的纯度。如本文所用，如果物质基本上不含有其它组分，则所述物质是“纯的”。在一些实施方案中，如将被本领域的技术人员所理解的，在与一些其它组分(例如，一种或多种载体或赋形剂(例如，缓冲液、溶剂、水等))结合后，物质仍然可以被认为是“分离的”或甚至是“纯的”；在所述实施方案中，计算物质的分离或纯度百分比时不包括所述载体或赋形剂。仅给出一个实例，在一些实施方案中，在以下情况中时，自然存在的生物聚合物如多肽或多核苷酸可被认为是“分离的”：a)由于其起源或衍生来源，所述生物聚合物不与自然中其天然状态下所伴随的一些或全部成分结合；b)所述生物聚合物基本不含与在自然中产生其的物种相同的物种的其它多肽或核酸；c)所述生物聚合物由来自不是在自然中产生其的物种的细胞或其它表达系统所表达或与来自所述细胞或其它表达系统的组分在其它方面相关联。因此，举例来说，在一些实施方案中，化学合成的多肽或在不同于在自然中生产所述多肽的细胞系统中合成的多肽被认为是“分离的”多肽。替代地或额外地，在一些实施方案中，如果已经用一种或多种纯化技术处理的多肽已经与其它组分分离，则可以被认为是“分离的”多肽，所述其它组分：a)与所述多肽在自然中结合；和/或b)最初生产时与所述多肽结合。
KD：如本文所用，是指结合剂(例如，抗体或其结合组分)和所述结合剂与其伴侣(例如，抗体或其结合组分结合的表位)形成的复合物的解离常数。
Koff：如本文所用，是指结合剂(例如，抗体或其结合组分)和所述结合剂与其伴侣(例如，抗体或其结合组分结合的表位)形成的复合物的解离的分离速率常数。
Kon：如本文所用，是指结合剂(例如，抗体或其结合组分)和所述结合剂的伴侣(例如，抗体或其结合组分结合的表位)结合的结合速率常数。
试剂盒：如本文所用，术语“试剂盒”是指用于递送材料的任何递送系统。这样的递送系统可以包括允许将各种诊断或治疗试剂(例如，在适当的容器中的寡核苷酸、酶等)和/或支持材料(例如，缓冲液、用于进行分析的书面说明等)从一个位置储存、运输或递送到另一个位置的系统。例如，试剂盒包括装有相关反应试剂和/或支持材料的一个或多个的外壳(例如，盒子、药筒、瓶子、安瓿瓶等)。如本文所用，术语“分段试剂盒”是指包含两个或更多个分开的容器的递送系统，每个容器包含全部试剂盒组分的一部分。可以将这些容器一起或分别递送给预期的接收者。例如，第一容器可包含用于测定的酶，而第二容器可包含寡核苷酸。“分段试剂盒”一词旨在涵盖含有联邦食品、药品及化妆品法案(Federal Food,Drug,and Cosmetic Act)第520(e)部分规定的分析特定试剂(ASR)的试剂盒，但不限于此。实际上，术语“分段试剂盒”中包括任何包含两个或更多个分开的容器的递送系统，其中每个容器包含全部试剂盒组分的一部分。相反，“组合试剂盒”是指将所有组分包含在单个容器中(例如，在容纳每种所需组分的单个盒子中)的递送系统。术语“试剂盒”包括分段试剂盒和组合试剂盒。
正常：如本文所用，术语“正常”在用于修饰术语“个体”或“受试者”时是指没有特定疾病或病症并且也不是所述疾病或病症的携带者的个体或一群个体。术语“正常”在本文中还用于指从正常或野生型个体或受试者分离的生物样本或样品，例如“正常生物样品”。
核酸：如本文所用，术语“核酸”是指至少三个核苷酸的聚合物。在一些实施方案中，核酸包含DNA。在一些实施方案中包含RNA。在一些实施方案中，核酸是单链的。在一些实施方案中，核酸是双链的。在一些实施方案中，核酸可以包含非天然或改变的核苷酸。本文所用的术语“核酸”和“多核苷酸”可以指任何长度的核苷酸(核糖核苷酸(RNA)或脱氧核糖核苷酸(DNA))的聚合形式。这些术语可以指分子的一级结构，因此包括双链和单链DNA以及双链和单链RNA。所述术语可以包括由核苷酸类似物和修饰的多核苷酸(例如但不限于甲基化和/或加帽的多核苷酸)制成的RNA或DNA的类似物作为等价物。核酸可以通过磷酸酯键连接形成核酸序列或多核苷酸，尽管许多其它连接是本领域已知的(例如硫代磷酸酯、硼烷磷酸酯等)。
患者或受试者：如本文所用，术语“患者”或“受试者”是指出于例如实验性、诊断性、预防性和/或治疗性目的根据本发明被施用所提供的化合物或本文所述的化合物的任何生物。典型的受试者包括动物。术语“动物”是指动物界的任何成员。在一些实施方案中，“动物”是指处于任何发育阶段的人类。在一些实施方案中，“动物”是指处于任何发育阶段的非人类动物。在一些实施方案中，非人类动物是哺乳动物(例如，啮齿动物、小鼠、大鼠、兔子、猴子、狗、猫、绵羊、牛、灵长类动物和/或猪)。在一些实施方案中，动物包括但不限于哺乳动物、鸟类、爬行动物、两栖动物、鱼类、昆虫和/或蠕虫。在一些实施方案中，动物可以是转基因动物、基因工程动物和/或克隆。在实施方案中，动物是哺乳动物，例如小鼠、大鼠、兔子、非人类灵长类动物和人类；昆虫；蠕虫等。在实施方案中，受试者是人类。在一些实施方案中，受试者可患有和/或易患某种疾病、病症和/或病状(例如，癌症)。如本文所使用的，“患者人群”或“受试者群体”是指多个患者或受试者。
药学组合物：如本文所用，术语“药物组合物”是指其中活性剂与一种或多种药学上可接受的载体一起配制的组合物。在一些实施方案中，所述活性剂以适合于在治疗方案中施用的单位剂量存在，当向相关群体施用时，所述治疗方案显示出达到预定治疗效果的统计学显著概率。在一些实施方案中，可以将药物组合物特别配制为以固体或液体形式施用，包括适于以下用途的那些：口服施用，例如，兽用灌剂(水性或非水性溶液或悬浮液)、片剂(例如，靶向颊内、舌下及全身吸收的片剂)、大丸剂、散剂、颗粒剂、应用于舌的糊剂；肠胃外施用，例如通过皮下、肌肉内、静脉内或硬膜外(例如以无菌溶液或混悬剂的形式注射)或缓释制剂；局部应用，例如以乳膏，软膏或控制释放贴剂或喷雾剂的形式应用于皮肤、肺或口腔；阴道内或直肠内，例如作为子宫托、乳膏或泡沫；舌下；经眼；透皮；或经鼻、经肺和其它粘膜表面。
药学上可接受的：如本文所用，应用于本文所公开的用于配制组合物的载体、稀释剂或赋形剂的术语“药学上可接受的”是指所述载体、稀释剂或赋形剂必须与组合物的其它成分相容并且对其接受者无害。
多肽：如本文所用，是指氨基酸的任何聚合链。在一些实施方案中，多肽具有天然存在的氨基酸序列。在一些实施方案中，多肽具有自然界中不存在的氨基酸序列。在一些实施方案中，多肽具有经过改造的氨基酸序列，因为是通过人工设计和/或生产的。在一些实施方案中，多肽可以包含天然氨基酸、非天然氨基酸或两者，或由天然氨基酸、非天然氨基酸或两者组成。在一些实施方案中，多肽可以仅包含天然氨基酸或仅包含非天然氨基酸或仅由天然氨基酸组成或仅由非天然氨基酸组成。在一些实施方案中，多肽可以包含D-氨基酸、L-氨基酸或两者。在一些实施方案中，多肽可以仅包含D-氨基酸。在一些实施方案中，多肽可以仅包含L-氨基酸。在一些实施方案中，多肽可以包含一个或多个侧基或其它修饰，例如在多肽的N端、多肽的C端或其任意组合中修饰或连接至一个或多个氨基酸侧链。在一些实施方案中，所述侧基或修饰可以选自乙酰化、酰胺化、脂质化、甲基化、聚乙二醇化等，包括它们的组合。在一些实施方案中，多肽可以是环状的，和/或可以包含环状部分。在一些实施方案中，多肽不是环状的和/或不包含任何环状部分。在一些实施方案中，多肽是线性的。在一些实施方案中，多肽可以是钉接多肽或包含钉接多肽。在一些实施方案中，术语“多肽”可以附加在参考多肽的名称、活性或结构上；在这种情况下，本文所用的多肽是指具有相关活性或结构、因此可以被认为是同一类多肽或同一多肽家族的成员的多肽。对于每个所述类别，本说明书提供和/或本领域技术人员将知道，类别内的示例性多肽，其氨基酸序列和/或功能是已知的；在一些实施方案中，所述示例性多肽是多肽类别或家族的参考多肽。在一些实施方案中，多肽类别或家族的成员与所述类别的参考序列显示出显著的序列同源性或同一性，共享共同的序列基序(例如，特征性序列元件)，和/或共享常见的活性(在一些实施方案中，水平相当或在指定范围内)；在一些实施方案中，是与类别内所有多肽相比。例如，在一些实施方案中，多肽成员表现出于参考序列至少约30-40％且常常大于约50％、60％、70％、80％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高的总序列同源性或同一性程度和/或包含至少一个表现出非常高的序列同一性的区域(例如，保守区域，其在一些实施方案中可为特征序列元件或包含特征序列元件)，经常大于90％或甚至95％、96％、97％、98％或99％。所述保守区域通常包含至少3-4个、通常多达20个或更多个氨基酸。在一些实施方案中，保守区域包含至少一个具有至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或更多个相邻氨基酸的延伸段。在一些实施方案中，有用的多肽可包含亲本多肽片段或由亲本多肽片段组成。在一些实施方案中，有用的多肽，其可以包含多个片段或由多个片段组成，所述片段在同一亲本多肽中发现，其相对于彼此的空间排列方式与在感兴趣的多肽中发现的不同(例如，在亲本多肽中片段直接相连而在感兴趣的多肽中可以是空间分离的，反之亦然，和/或片段在感兴趣的多肽中可以不同于在亲本中的顺序存在)，因此感兴趣的多肽是其亲本多肽的衍生物。
样品：如本文所用，术语“样品”涵盖从生物学来源获得的任何样品。术语“生物样品”和“样品”可以互换使用。作为非限制性实例，生物样品包括皮肤组织、肝组织、肾脏组织、肺组织、脑脊液(CSF)、血液、羊水、血清、尿液、粪便、表皮样品、皮肤样品、脸颊拭子、精子、羊水、培养细胞、骨髓样品和/或绒毛膜绒毛。任何生物样品的细胞培养物也可以用作生物样品。例如，生物样品也可以是例如从任何器官或组织(包括活检或剖检样本)中获得的样品，可以包含细胞(无论是原代细胞还是培养细胞)、受任何细胞、组织或器官调节的培养基、组织培养物。在一些实施方案中，适用于本发明的生物样品是经过处理或以其它方式释放出核酸以用于本文所述检测的样品。也可以使用固定或冷冻的组织。
实体瘤：如本文所用，术语“实体瘤”是指通常不包含囊肿或液体区域的异常组织块。在一些实施方案中，实体瘤可为良性的；在一些实施方案中，实体瘤可为恶性的。本领域技术人员将理解，不同类型的实体瘤通常根据形成它们的细胞类型来命名。实体瘤的例子有癌瘤、淋巴瘤和肉瘤。在一些实施方案中，实体瘤可为或包括肾上腺、胆管、膀胱、骨骼、大脑、乳房、子宫颈、结肠、子宫内膜、食道、眼睛、胆囊、胃肠道、肾脏、喉、肝、肺、鼻腔、鼻咽、口腔、卵巢、阴茎、垂体、前列腺、视网膜、唾液腺、皮肤、小肠、胃、睾丸、胸腺、甲状腺、子宫、阴道、和/或外阴的肿瘤。
患有：“患有”疾病、病症和/或病状(例如，本文所述的任何癌症)的个体已被诊断出或显示出所述疾病、病症和/或病状的一个或多个症状。
易患：“易患”疾病、病症和/或病状的个体尚未被诊断出和/或未表现出疾病、病症和/或病状的症状。在一些实施方案中，患疾病、病症和/或病状(例如癌症)的个体的特征可为以下的一个或多个：(1)与疾病、病症和/或病状发展有关的基因突变；(2)与疾病、病症和/或病状发展有关的遗传多态性；(3)与疾病、病症和/或病状有关的蛋白质的表达和/或活性的增加和/或减少；(4)与疾病、病症和/或病状发展相关的习惯和/或生活方式；(5)所述疾病、病症和/或病状的家族病史；(6)对一些细菌或病毒的反应；(7)暴露于一些化学物质。在一些实施方案中，易患疾病、病症和/或病状的个体会发展出所述疾病、病症和/或病状。在一些实施方案中，易患疾病、病症和/或病状的个体不会发展出所述疾病、病症和/或病状。
治疗有效量：如本文所用，“治疗有效量”或“有效量”是指对其施用对象产生期望作用的量。在一些实施方案中，所述术语是指当根据治疗剂量方案对患有或易患疾病、病症和/或病状的人群施用时足以治疗所述疾病、病症和/或病状的量。在一些实施方案中，治疗有效量是使疾病、病症和/或病状的一种或多种症状的发生率和/或严重程度降低，和/或延缓其发作，和/或延缓其进展的剂量。本领域普通技术人员应理解，术语“治疗有效量”实际上并不要求在特定个体中实现成功的治疗。相反，治疗有效量可以是当对需要这种治疗的患者施用时，在大量受试者中提供特定期望的药理学反应的量。在一些实施方案中，提及治疗有效量可以是指在一个或多个特定组织(例如，受疾病、病症或病状影响的组织)或流体(例如，血液、唾液、血清、汗液、泪液、尿液等)中测量到的量。本领域普通技术人员应理解，在一些实施方案中，可以将治疗有效量的特定药剂或疗法以单剂量配制或施用。在一些实施方案中，可以将治疗有效药剂以多剂量配制和/或施用，例如，作为剂量方案的一部分。
治疗：如本文所用，术语“治疗”指治疗分子的任何施用，所述治疗分子部分或完全地缓解、改善、减轻、抑制特定疾病、病症或病状(例如，癌症)的一种或多种症状或特征，延迟其发作、延迟其进展、降低其严重程度和/或降低其发生率。所述治疗可以是对未表现相关疾病、病症和/或病状迹象的受试者和/或对仅表现出所述疾病、病症和/或病状早期迹象的受试者的治疗。替代地或额外地，所述治疗可以是对表现出相关疾病、病症和/或病状的一种或多种确定迹象的受试者的治疗。在实施方案中，治疗包括施用本文所述的LAG-3药剂。
具体实施方案详述
淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)，也称为分化簇223(CD223)，是免疫球蛋白超基因家族的成员，在结构和遗传上与CD4相关。LAG-3在T细胞、B细胞、自然杀伤(NK)细胞和浆细胞样树突状细胞(pDC)中表达。像CD4一样，LAG-3胞外结构域由四个Ig样结构域(D1-D4)组成，并且LAG-3已显示与MHC II类分子相互作用(Baixeras等人,J.Exp.Med.,176:327-337(1992))，但在不同位点结合(Huard等人,Proc.Nail Acad.Sci.USA,94(11):5744-5749(1997))。例如，可溶性LAG-3免疫球蛋白融合蛋白(sLAG-3Ig)直接且特异性地通过LAG-3与细胞表面的MHC II类结合(Huard等人,Eur.J.Immunol.,26:1180-1186(1996))。
LAG-3在T细胞活化后被上调，并调节T细胞功能以及T细胞稳态Sierro等人,Expert Opin.Ther.Targets,15(1):91-101(2011))。LAG-3/MHC II类相互作用可在下调CD4+T淋巴细胞的抗原依赖性刺激中发挥作用，如对抗原特异性T细胞增殖的体外研究、活化抗原(如CD25)的更高表达和更高浓度的细胞因子如γ-干扰素和白介素4中所证明(Huard等人,Eur.J.Immunol.,24:3216-3221(1994))。还已显示CD4+CD25+调节性T细胞(Treg)活化后可表达LAG-3，LAG-3的抗体可在体内和体外抑制诱导的Treg细胞的抑制作用，表明LAG-3有助于Treg细胞的抑制活性(Huang等人,Immunity,21:503-513(2004))。此外，LAG-3已显示出通过调节性T细胞依赖性和非依赖性机制负调节T细胞稳态(Workman,C.J.和Vignali,D.A.,J.Immunol,174:688-695(2005))。
无活性或显示受损功能的常规T细胞亚群表达LAG-3，且LAG3+T细胞在肿瘤位点处以及在慢性病毒感染过程中富集。然而，虽然已显示LAG-3敲除小鼠可引起正常的病毒特异性CD4+和CD8T细胞反应，但与单独阻断PD-L1相比，PD-1/PD-L1途径的阻断与LAG-3阻断相结合可改善病毒控制(Blackburn等人,Nat.Immunol.,10:29-37(2009)；以及Riehter等人,Int.Immunol.,22:13-2(2010))。在体内使转基因CD8+T细胞无反应/无活性的自身耐受/肿瘤小鼠模型中，CD8+T细胞中的LAG-3阻断或缺陷增强了肿瘤位点的T细胞增殖、T细胞募集和效应子功能(Grosso等人,J.Clin.Invest.,117:3383-92(2007))。
此外，LAG-3及其主要配体MHC II类之间的相互作用可在调节树突状细胞功能中起作用(Andreae等人,J Immunol.,168:3874-3880,2002)。最近的临床前研究记录了LAG-3在CD8+T细胞衰竭中的作用(Blackburn等人,Nat Immunol.,10:29-37,2009)，并且使用LAG-3Ig融合蛋白阻断LAG-3/MHC II类相互作用可用于癌症治疗。
需要以高亲和力结合LAG-3和/或有效中和LAG-3活性的LAG-3拮抗剂(例如抗LAG-3抗体药剂)。本发明提供所述LAG-3结合剂。
LAG-3药剂
LAG-3抗体药剂
本发明尤其提供了抗LAG-3抗体药剂以及多种与之相关的组合物和方法，所述抗LAG-3抗体药剂与由淋巴细胞活化基因3(LAG-3)编码的蛋白质的表位结合。例如，本发明提供了抗LAG-3抗体药剂的氨基酸序列、编码所述氨基酸序列的相应核酸序列，以及所述抗LAG-3抗体药剂的变体。本发明还提供了相关载体、组合物和使用抗LAG-3抗体药剂来治疗对LAG-3抑制有反应的疾病或病症(例如癌症或传染病)的方法。
在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂(例如，抗LAG-3抗体或其片段)可与LAG-3的表位结合，从而阻断LAG-3与MHC II类分子的结合并抑制LAG-3介导的信号传导。例如，抗LAG-3抗体药剂可以与LAG-3蛋白的四个Ig样胞外结构域(D1-D4)中的一个或多个结合(参见，例如Triebel等人,J.Exp.Med.,171(5):1393-1405(1990)；以及Bruniquei等人,Immunogenetics,47:96-98(1997))。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可以与LAG-3蛋白的结构域1(D1)和/或结构域2(D2)结合。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可以结合LAG-3的表位，其阻断LAG-3与它的一个或多个推定配体的结合。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可以结合LAG-3的表位，其阻断LAG-3与其两个或多个推定配体的结合。
在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可以抑制或中和LAG-3的活性。针对抗体药剂的活性的术语“抑制”或“中和”，如本文中所用，可以是指基本上拮抗、阻止、预防、限制、减缓、干扰、改变、消除、停止或逆转例如，靶标的生物学活性或与靶标有关的疾病或病状的进展或严重程度的能力。在一些实施方案中，靶标是LAG-3。在一些实施方案中，疾病或病状与LAG-3相关。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可抑制或中和LAG-3的活性达约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％、约95％、约100％或由任意两个前述数值所定义的范围。(例如，20％至100％、40％至100％或60％至95％等)。
在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂是分离的。在一些实施方案中，抗体药剂可以被纯化至大于95％或99％的纯度，纯度通过例如，电泳(例如，SDS-PAGE、等电聚焦(IEF)、毛细管电泳)或色谱法测定(例如，离子交换或反相HPLC)(参见，例如，Flatman等人,J.Chromatogr.,B 848:79-87(2007))。
在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂包含Fc。Fc结构域可与细胞表面受体相互作用，从而使抗体活化免疫系统。在IgG、IgA和IgD抗体同种型中，Fc区由两个相同的蛋白片段组成，它们来自抗体两条重链的第二和第三恒定结构域；IgM和IgE Fc区在每个多肽链中包含三个重链恒定结构域(CH结构域2-4)。IgG的Fc区带有高度保守的N-糖基化位点(N297)。Fc片段的糖基化对于Fc受体介导的活性至关重要。附着在所述位点的N-聚糖主要是复合型的核心-岩藻糖基化双触角结构。
虽然轻链和重链的恒定区可以不直接参与抗体与抗原的结合，但恒定区会影响可变区的方向。恒定区还可以表现出各种效应子功能，例如通过与效应分子和细胞的相互作用而参与抗体依赖性补体介导的裂解或抗体依赖性细胞毒性。
公开的抗LAG-3抗体药剂可以是任何同种型的抗体，包括同种型IgA、同种型IgD、同种型IgE、同种型IgG或同种型IgM。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体包含IgGγ1、γ2、γ3或γ4恒定结构域。在示例性实施方案中，抗LAG-3抗体包含IgGγ4恒定结构域。
在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可以包含免疫球蛋白重链，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:1。在一些情况下，抗LAG-3抗体可包含与氨基酸序列SEQ ID NO:1具有至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的免疫球蛋白重链。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可以包含免疫球蛋白轻链，其包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列。在一些情况下，抗LAG-3抗体可包含与SEQ ID NO:2的氨基酸序列具有至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的免疫球蛋白轻链。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可以包含含有信号肽(在SEQ ID NO:1中下划线的部分)的免疫球蛋白重链。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可以包含不包含信号肽的免疫球蛋白重链(SEQ ID NO:21)。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可以包含含有信号肽(在SEQID NO:2中下划线的部分)的免疫球蛋白轻链。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可以包含不含有信号肽的免疫球蛋白轻链(SEQ ID NO:22)。
在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂(例如，抗LAG-3抗体)可包含与SEQ ID NO:3的氨基酸序列具有至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的VH序列。在一些实施方案中，具有至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的VH序列可以包含相对于参考序列的取代(例如，保守取代)、插入或缺失，但包含所述序列的抗LAG-3抗体保留与LAG-3结合的能力。在一些实施方案中，在SEQ ID NO:3的氨基酸序列中，总共有1至10个氨基酸被取代、插入和/或缺失。在一些实施方案中，取代、插入或缺失发生在CDR以外的区域(例如，在FR中)。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可以包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列的VH序列，包括所述序列的翻译后修饰。在一些实施方案中，VH可包含一个、两个或三个CDR，其选自：(a)包含SEQ ID NO:5的氨基酸序列的CDR-H1、(b)包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列的CDR-H2、和(c)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的CDR-H3。
在一些实施方案中，提供抗LAG-3抗体药剂(例如，抗LAG-3抗体)，其中所述抗体药剂包含轻链可变结构域(VL)，其与SEQ ID NO:4的氨基酸序列具有至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性。在一些实施方案中，具有至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的VL序列可以包含相对于参考序列的取代(例如，保守取代)、插入或缺失，但包含所述序列的抗LAG-3抗体保留与LAG-3结合的能力。在一些实施方案中，在SEQ ID NO:4的任一氨基酸序列中，总共有1至10个氨基酸被取代、插入和/或缺失。在一些实施方案中，取代、插入或缺失发生在CDR以外的区域(例如FR中)。任选地，抗LAG-3抗体药剂包含SEQ ID NO:4的VL序列，其包括所述序列的翻译后修饰。在实施方案中，VL包含一个、两个或三个CDR，其选自：(a)包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列的CDR-L1；(b)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的CDR-L2；和(c)包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列的CDR-L3。
在一些实施方案中，提供了抗LAG-3抗体药剂(例如，抗LAG-3抗体)，其中所述抗体药剂包含如以上提供的任何实施方案中的VH和如以上提供的任何实施方案中的VL。在一些实施方案中，所述抗体药剂包含含有SEQ ID NO:3的氨基酸序列的VH，以及SEQ ID NO:4中的VL序列，包括这些序列的翻译后修饰。
另外，本发明提供编码上述免疫球蛋白多肽的分离或纯化的核酸序列。公开的抗LAG-3抗体药剂可以包含由SEQ ID NO:11的核酸序列编码的免疫球蛋白重链。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可包含由与SEQ ID NO:11的核酸序列具有至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的核酸序列编码的免疫球蛋白重链。公开的抗LAG-3抗体药剂可以包含由SEQ ID NO:12的核酸序列编码的免疫球蛋白轻链。在一些情况中，抗LAG-3抗体药剂可包含由与SEQ IDNO:12的核酸序列具有至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的核酸序列编码的免疫球蛋白轻链。
在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂(例如，抗LAG-3抗体)包含由与SEQ ID NO:13的核酸序列具有至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的核酸序列编码的VH序列。在一些实施方案中，由与SEQ ID NO:13的核酸序列具有至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的核酸序列编码的VH序列可以包含相对于参考序列的核苷酸取代、插入或缺失，但是包含由所述序列编码的VH的抗LAG-3抗体药剂(例如，抗LAG-3抗体)保留了与LAG-3结合的能力。在一些实施方案中，在SEQ ID NO:13的核酸序列中，总共有1至10个核苷酸被取代、插入和/或缺失。在一些实施方案中，取代、插入或缺失发生在CDR以外的区域(例如，在FR中)。在一些实施方案中，VH可包含一个、两个或三个CDR，其选自：(a)由SEQ ID NO:15的核酸序列编码的CDR-H1、(b)由SEQ ID NO:16的核酸序列编码的CDR-H2和(c)由SEQ IDNO:17的核酸序列编码的CDR-H3。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂(例如，抗LAG-3抗体)包含由与SEQ ID NO:14的核酸序列具有至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的核酸序列编码的轻链可变结构域(VL)。在一些实施方案中，由与SEQ ID NO:14的核酸序列具有至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的核酸序列编码的VL序列可以包含相对于参考序列的核苷酸取代、插入或缺失，但是包含由所述序列编码的VL的抗LAG-3抗体药剂(例如，抗LAG-3抗体)保留了与LAG-3结合的能力。在一些实施方案中，在SEQ ID NO:14的核酸序列中，总共有1至10个核苷酸被取代、插入和/或缺失。在一些实施方案中，取代、插入或缺失发生在CDR以外的区域(例如，在FR中)。在一些实施方案中，VL包含一个、两个或三个CDR，其选自：(a)由SEQ ID NO:18的核酸序列编码的CDR-L1；(b)由SEQ ID NO:19的核酸序列编码的CDR-L2；和(c)由SEQ ID NO:20的核酸序列编码的CDR-L3。
在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可在轻链末端包含缺失。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可在轻链末端包含3个或更多个氨基酸的缺失。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可在轻链末端缺失7个或更少的氨基酸。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可在轻链末端包含3个、4个、5个、6个或7个氨基酸的缺失。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可以在轻链中包含插入。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可在轻链中包含1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个或更多个氨基酸的插入。
在一些实施方案中，提供的抗LAG-3抗体药剂具有包含一个或多个二硫键的结构。在一些实施方案中，所述一个或多个二硫键为或包括在IgG4免疫球蛋白的预期位置处的二硫键。在一些实施方案中，二硫键存在于对应于以下位置处的一个或多个残基处：选自SEQID NO:1的残基41、115、147、160、216、239、242、274、334、380和438(或SEQ ID NO:21的残基22、96、128、141、197、220、223、255、315、361和419)。在一些实施方案中，二硫键存在于对应于以下位置处的一个或多个残基处：选自SEQ ID NO:2的残基45、115、161、221和241(或SEQID NO:22的残基23、93、139、199和219)。轻链可变区可以与重链可变区对齐，轻链恒定区可以与重链第一恒定区对齐。重链的其余恒定区可以彼此对齐。
在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可以大于1微摩尔的KD与LAG-3蛋白结合。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可以小于或等于约1微摩尔的KD与LAG-3蛋白结合(例如约1μM、0.9μM、0.8μM、0.7μM、0.6μM、0.5μM、0.4μM、0.3μM、0.2μM、0.1μM、0.05μM、0.025μM、0.01μM、0.001μM或更小)。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可以小于或等于约100纳摩尔的KD与LAG-3蛋白结合(例如，约100nM、90nM、80nM、70nM、60nM、50nM、40nM、30nM、20nM、10nM、5nM、2.5nM、1nM、0.1nM或更小)。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可以小于或等于约10纳摩尔的KD与LAG-3蛋白结合(例如，约10nM、9nM、8nM、7nM、6nM、5nM、4nM、3nM、2nM、1nM、0.5nM、0.25nM、0.1nM、0.01nM或更小)。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可以小于或等于约100皮摩尔的KD与LAG-3蛋白结合(例如，约100pM、90pM、80pM、70pM、60pM、50pM、40pM、30pM、20pM、10pM、5pM、2.5pM、1pM、0.1pM或更小)。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可以小于或等于约10皮摩尔的KD与LAG-3蛋白结合(例如，约10pM、9pM、8pM、7pM、6pM、5pM、4pM、3pM、2pM、1pM、0.5pM、0.25pM、0.1pM、0.01pM或更小)。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可以小于或等于约1纳摩尔的KD与LAG-3蛋白结合(例如，约1nM、0.9nM、0.8nM、0.7nM、0.6nM、0.5nM、0.4nM、0.3nM、0.2nM、0.1nM、0.05nM、0.025nM、0.01nM、0.01nM或更小)。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可以小于或等于200pM的KD与LAG-3结合(例如，约200pM、190pM、175pM、150pM、125pM、110pM、100pM、90pM、80pM、75pM、60pM、50pM、40pM、30pM、25pM、20pM、15pM、10pM、5pM、1pM或更小)。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可以在由任两个上述数值界定的范围内的KD与LAG-3蛋白结合(例如，在1pM至1μM的范围内)。KD可通过任何适当的分析测量。例如，可以通过放射性标记的抗原结合测定法(RIA)测量KD(参见，例如，Chen等人,J.Mol.Biol.,293:865-881(1999)；Presta等人,Cancer Res.,57:4593-4599(1997))。例如，可以使用表面等离子体共振测定法测量KD(例如，使用-2000或-3000)。其它非限制性实例包括荧光激活细胞分选(FACS)、可分离珠(例如，磁珠)、溶液相竞争(KINEXATM)、抗原淘选和/或ELISA(参见，例如，Janeway等人(eds.),Immunobiology,第5版,Garland Publishing,New York,NY,2001).
在一些实施方案中，抗LAG-3抗体是单克隆抗LAG-3抗体或其片段或包含单克隆抗LAG-3抗体或其片段。抗体片段的实例包括但不限于：(1)Fab片段，它是由VL，VH，CL和CH1结构域组成的单价片段，(2)F(ab')2片段，它是二价片段，其包含两个通过铰链区的二硫键的Fab片段，(3)由抗体单臂的VL和VH结构域组成的Fv片段(例如，scFv)，(4)Fab'片段，其是通过使用温和的还原条件打破F(ab')2片段的二硫键而产生的，(5)经二硫化物稳定的Fv片段(dsFv)，以及(6)单结构域抗体(sdAb)，其是特异性结合抗原的抗体单可变区结构域(VH或VL)多肽。
其它LAG-3药剂
其它LAG-3药剂也适用于本文所述的任何方法(例如，治疗用途和剂量方案)。
在实施方案中，LAG-3药剂是抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段。在实施方案中，LAG-3药剂是小分子、核酸、多肽(例如抗体)、碳水化合物、脂质、金属或毒素。在实施方案中，LAG-3药剂是小分子。在实施方案中，LAG-3药剂是LAG-3结合剂。在实施方案中，LAG-3药剂是抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段。在实施方案中，LAG-3药剂是IMP321、relatlimab(BMS-986016)、BI 754111、GSK2831781(IMP-731)、Novartis LAG525(IMP701)、REGN3767、MK-4280、MGD-013、GSK-2831781、FS-118、XmAb22841、INCAGN-2385、FS-18、ENUM-006、AVA-017、AM-0003、Avacta PD-L1/LAG-3双特异性affamer、iOnctura抗LAG-3抗体、Arcus抗LAG-3抗体或Sym022或WO 2016/126858、WO 2017/019894或WO2015/138920中描述的LAG-3抑制剂，通过全文引用的方式将其各自并入本文。
突变频率
本发明的抗LAG-3抗体药剂可包含重链序列，其特征在于相对于种系序列的至少约5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％或20％或更高的突变频率。本发明的抗体药剂可以包含CDR3区，所述CDR3区是相对于种系序列的突变频率至少约5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％或20％或更高的轻链序列。本发明的抗体药剂可以包含具有相对于种系序列的至少约5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％或20％或更高的重链序列和轻链序列。本发明的抗体药剂可包含选自VH家族4-59中VH家族的VH区。
抗体片段
一方面，根据上述实施方案中任一项的抗LAG-3抗体药剂可以是抗体片段。抗体片段包含完整抗体的一部分，例如完整抗体的抗原结合或可变区。抗体片段包括但不限于Fab、Fab'、Fab'-SH、F(ab')2、Fv、双功能抗体、线性抗体、由抗体片段形成的多特异性抗体和scFv片段以及以下描述的其它片段。在一些实施方案中，所述抗体是全长抗体，例如，如本文所述的完整的IgG1抗体或其它抗体类型或同种型。(参见，例如，Hudson等人,Nat.Med.,9:129-134(2003)；Pluckthun,The Pharmacology of Monoclonal Antibodies,vol.113,pp.269-315(1994)；Hollinger等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90:6444-6448(1993)；WO93/01161；以及美国专利号5,571,894、5,869,046、6,248,516,和5,587,458)。全长抗体、完整抗体或全抗体是具有与天然抗体结构基本相似的结构或具有包含本文定义的Fc区的重链的抗体。抗体片段可以通过如本领域已知的各种技术制备，包括但不限于完整抗体的蛋白水解消化以及由重组宿主细胞(例如，大肠杆菌或噬菌体)生产。
Fv是包含完整的抗原识别和抗原结合位点的最小抗体片段。所述片段包含紧密且非共价结合的一个重链可变区结构域和一个轻链可变区结构域的二聚体。从所述两个结构域的折叠中产生六个高可变环(H链和L链各三个环)，这些环贡献了用于抗原结合的氨基酸残基，并赋予了抗体抗原结合特异性。然而，即使单个可变区(或仅包含三个对抗原特异的CDR的Fv的一半)也具有识别和结合抗原的能力，尽管亲和力低于整个结合位点。
单链Fv(sFv或scFv)是包含连接为单一多肽链的VH和VL抗体结构域的抗体片段。sFv多肽还可在VH和VL结构域之间包含多肽接头，从而使sFv能够形成抗原结合所需的结构(参见，例如，Pluckthun,The Pharmacology of Monoclonal Antibodies,vol.113,Rosenburg and Moore eds.,Springer-Verlag,New York,第269-315页(1994)；Borrebaeck 1995,infra)。
双功能抗体是通过在VH和VL结构域之间通过短接头(例如，约5-10个残基)构建sFv片段从而实现V结构域的链间配对而不是链内配对，产生二价片段而制备的小抗体片段。双特异性双功能抗体是两个交叉sFv片段的杂二聚体，其中两种抗体的VH和VL结构域位于不同的多肽链上(参见，例如，EP 404,097；WO 93/11161；以及Hollinger等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90:6444-6448(1993))。
结构域抗体(dAb)可以完全人源的形式产生，是已知最小的抗体的抗原结合片段，范围从约11kDa到约15kDa。dAb是免疫球蛋白重链和轻链的鲁棒的可变区(分别为VH和VL)。所述dAb在微生物细胞培养物中高度表达，显示出良好的生物物理特性，包括但不限于例如溶解度和温度稳定性，且非常适合通过体外选择系统(例如噬菌体展示)进行选择和亲和力成熟。dAb作为单体具有生物活性，由于其尺寸小和内在的稳定性，可以形成较大的分子，从而形成具有延长的血清半衰期或其它药理活性的药物。(参见，例如，W09425591和US20030130496)。
Fv和sFv是仅有的具有完整结合位点而不含恒定区域的物质。因此，其适合于在体内使用期间减少非特异性结合。可以构建通过sFv融合蛋白以在sFv的氨基或羧基末端融合效应蛋白。抗体片段也可以是“线性抗体”(参见，例如，美国专利号5,641,870)。所述线性抗体片段可以是单特异性或双特异性的。
嵌合和人源化抗体
在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂是或包含单克隆抗体，包括嵌合、人源化或人类抗体。
在一些实施方案中，本文提供的抗LAG-3抗体药剂可以是嵌合抗体(参见，例如，美国专利号4,816,567；以及Morrison等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,81:6851-6855(1984))。嵌合抗体可以是以下所述抗体，其中重链和/或轻链的一部分源自特定的来源或物种，而重链和/或轻链的其余部分源自不同的来源或物种。在一个实例中，嵌合抗体可包含非人类可变区(例如，源自小鼠、大鼠、仓鼠、兔或非人类灵长类动物例如猴子的可变区)和人类恒定区。在另一实例中，嵌合抗体可以是“类别转换”抗体，其中所述抗体类别或子类别已不同于其亲本抗体的类别或子类别。嵌合抗体包含其抗原结合片段。
在一些实施方案中，嵌合抗体可以是人源化抗体(参见，例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.,13:1619-1633(2008)；Riechmann等人,Nature,332:323-329(1988)；Queen等人,Proc.Nat'l Acad.Sci.USA86:10029-10033(1989)；美国专利号5,821,337、7,527,791、6,982,321和7,087,409；Kashmiri等人,Methods 36:25-34(2005)；Padlan,Mol.Immunol.,28:489-498(1991)；Dall'Acqua等人,Methods,36:43-60(2005)；Osbourn等人,Methods,36:61-68(2005)；以及Klimka等人,Br.J.Cancer,83:252-260(2000))。人源化抗体是一种嵌合抗体，其包含来自非人类高变区的氨基酸残基和来自人类FR的氨基酸残基。在一些实施方案中，人源化抗体将包含至少一个可变结构域(通常是两个可变结构域)的基本上全部，其中所有或基本上所有的高变区(例如，CDR)对应于非人抗体的高变区，而所有或基本上所有的FR对应于人类抗体的FR。人源化抗体可任选地包含源自人类抗体的抗体恒定区的至少一部分。
可以将非人类抗体人源化以降低其对人类的免疫原性，同时保留亲本非人类抗体的特异性和亲和力。人源化抗体可以包含一个或多个可变结构域，所述可变结构域包含一个或多个源自非人类抗体的CDR或其一部分。人源化抗体可以包含一个或多个可变结构域，所述可变结构域包含一个或多个源自人类抗体序列的FR或其一部分。人源化抗体可任选地包含人类恒定区的至少一部分。在一些实施方案中，人源化抗体中的一个或多个FR残基被非人抗体(例如，衍生CDR残基的抗体)的相应残基取代，以恢复或提高抗体的特异性或亲和力。
可用于人源化的人类骨架区包括但不限于：使用“最佳匹配”方法选择的骨架区；源自轻链或重链可变区的特定亚组的人类抗体的共有序列的骨架区；人类成熟的(体细胞突变的)骨架区或人类种系骨架区；和来自筛选FR库的骨架区(参见，例如Sims等人,J.Immunol.,151:2296(1993)；Carter等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89:4285(1992)；Presta等人,J.Immunol.,151:2623(1993)；Baca等人,J.Biol.Chem.,272:10678-10684(1997)；以及Rosok等人,J.Biol.Chem.,271:22611-22618(1996))。
人类抗体
在一些实施方案中，本文提供的抗LAG-3抗体药剂是人类抗体。可以使用本领域已知的各种技术来生产人类抗体(参见，例如van Dijk和van de Winkel,Curr.Opin.Pharmacol.,5:368-74(2001)；以及Lonberg,Curr.Opin.Immunol.,20:450-459(2008))。人类抗体可以为具有以下氨基酸序列的抗体，所述氨基酸序列对应于：由人类或人类细胞产生的抗体的氨基酸序列，或源自利用人类抗体库或其它人类抗体编码序列的非人类来源的抗体的氨基酸序列。人类抗体的定义特别排除了包含非人类抗原结合残基的人源化抗体。人类抗体可通过对转基因动物施用免疫原(例如，LAG-3蛋白)来制备，所述转基因动物经修饰可响应抗原激发，以产生完整的人类抗体或具有人类可变区的完整抗体(参见，例如Lonberg,Nat.Biotech.,23:1117-1125(2005)；美国专利号6,075,181、6,150,584、5,770,429和7,041,870；以及美国专利申请公开号US 2007/0061900)。来自所述动物产生的完整抗体的人类可变区可进一步地被修饰，例如，通过与不同的人类恒定区结合。
人类抗体也可以通过基于杂交瘤的方法制备。例如，人类抗体可以使用人类B细胞杂交瘤技术和其它方法从人类骨髓瘤和小鼠-人类异种骨髓瘤细胞系中产生(参见，例如Kozbor,J.Immunol.,133:3001(1984)；Brodeur等人,Monoclonal Antibody ProductionTechniques and Applications,pp.51-63(1987)；Boerner等人,J.Immunol.,147:86(1991)；Li等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,103:3557-3562(2006)；美国专利号7,189,826；Ni,Xiandai Mianyixue,26(4):265-268(2006)；Vollmers和Brandlein,Histology andHistopathology,20(3):927-937(2005)；以及Vollmers和Brandlein,Methods andFindings in Experimental and Clinical Pharmacology,27(3):185-91(2005))。人类抗体也可以通过分离Fv克隆可变结构域序列来产生，所述Fv克隆可变结构域序列选自人类衍生的噬菌体展示文库。然后可以将所述可变结构域序列与所需的人类恒定区组合。
库来源
在一些实施方案中，可以通过筛选组合库中具有所需的一种或多种活性的抗体来分离本文提供的抗LAG-3抗体药剂(参见，例如Hoogenboom等人,Methods in MolecularBiology 178:1-37(2001)；McCafferty等人,Nature,348:552-554；Clackson等人,Nature,352:624-628(1991)；Marks等人,J.Mol.Biol.,222:581-597(1992)；Marks和Bradbury,Methods in Molecular Biology,248:161-175(2003)；Sidhu等人,J.Mol.Biol.,338(2):299-310(2004)；Lee等人,J.Mol.Biol.,340(5):1073-1093(2004)；Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,101(34):12467-12472(2004)；以及Lee等人,J.Immunol.Methods,284(1-2):119-132(2004))。可以分开克隆VH和VL基因的抗体库(例如，通过PCR)，并在库(例如，噬菌体文库)中随机重组，并进行筛选(参见，例如Winter等人,Ann.Rev.Immunol.,12:433-455(1994))。可替代地，可以克隆天然的库(例如，来自人类)，以提供针对广泛的非自身抗原以及自身抗原的抗体的单一来源，而无需任何免疫(参见，例如Griffiths等人,EMBO J.,12:725-734(1993))。可替代地，可以通过克隆干细胞中未重排的V基因片段并使用随机引物编码CDR3区域或在体外重排V基因片段来合成天然文库(参见，例如Hoogenboom和Winter,J.Mol.Biol.,227:381-388(1992)；美国专利号5,750,373,和美国专利公开号US 2005/0079574、US 2005/0119455、US2005/0266000、US 2007/0117126、US 2007/0160598、US 2007/0237764、US2007/0292936,和US 2009/0002360)。从人类抗体文库分离的抗体或抗体片段可被视为本文的人类抗体或人类抗体片段。
氨基酸序列变体
在一些实施方案中，考虑了本文提供的抗LAG-3抗体药剂的氨基酸序列变体。变体与本文具体公开的多肽的区别通常可以在于一个或多个取代、缺失、添加和/或插入。所述变体可以是天然存在的或可以合成产生的，例如，通过修饰本发明的一个或多个上述多肽序列，并评估本文所述多肽的一种或多种生物学活性和/或使用本领域众所周知的多种方法中的任何一种。例如，可需要提高抗体的结合亲和力和/或其它生物学特性。可以通过在编码抗体的核苷酸序列中引入适当的修饰或通过肽合成来制备抗体的氨基酸序列变体。所述修饰包括，例如，抗体的氨基酸序列中残基的缺失和/或插入和/或取代。可以进行缺失、插入和取代的任何组合以得到最终的构建体，条件是最终的构建体具有所需的特征，例如，抗原结合。
在一些实施方案中，提供具有一个或多个氨基酸取代的抗体变体。通过取代而形成突变的感兴趣位点包括CDR和FR。可以将氨基酸取代引入目标抗体中，并根据所需活性筛选产物，例如，保留/改善的抗原结合、降低的免疫原性或改善的ADCC或CDC。
例如，上述重链和轻链可变区中可以缺失或插入一个或多个氨基酸。重链和轻链可变区的氨基酸序列中可以缺失或插入任意数量的任何合适的氨基酸。在这一方面，本文所述多肽(例如，本文所述的任何抗LAG-3、任何抗PD-1或任何抗TIM-3抗体药剂)的重链可变区和轻链可变区的氨基酸序列中可以缺失或插入至少一个氨基酸(例如，2个或更多、5个或更多或10个或更多氨基酸)，但不多于20个氨基酸(例如，18个或更少、15个或更少或12个或更少的氨基酸)。在一些实施方案中，重链可变区和/或轻链可变区的氨基酸序列中缺失或插入了1-10个氨基酸(例如，1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个氨基酸)。可以在任何一个上述重链可变区和/或轻链可变区中的任何合适位置上缺失或插入氨基酸。例如，可以在重链可变区和/或轻链可变区的CDR(例如，CDR1、CDR2或CDR3)上缺失或插入氨基酸。
在一些实施方案中，取代、插入或缺失可在一个或多个CDR中发生，其中，取代、插入或缺失不会实质上减少抗体与抗原的结合。例如，基本上不降低结合亲和力的保守取代可以在CDR中进行。所述改变可在CDR“热点”或SDR之外。在变体VH和VL序列的一些实施方案中，每个CDR是未改变的或包含不超过一个、两个或三个氨基酸取代。
改变(例如取代)可以在CDR中进行，以例如提高抗体的亲和力。所述改变可在编码在体细胞成熟过程中具有高突变率的密码子的CDR中进行(参见，例如Chowdhury,MethodsMol.Biol.,207:179-196(2008))，且可测试所得变体的结合亲和力。亲和力成熟(例如，使用易错PCR，链改组，CDR随机化或寡核苷酸定点诱变)可用于提高抗体亲和力(参见，例如Hoogenboom等人,Methods in Molecular Biology,178:1-37(2001))。可以使用例如丙氨酸扫描诱变或建模来特异性鉴定参与抗原结合的CDR残基(参见，例如Cunningham和Wells,Science,244:1081-1085(1989))。可经常靶向CDR-H3和CDR-L3。可替代地或另外地，抗原-抗体复合物的晶体结构被用于识别抗体和抗原之间的接触点。这样的接触残基和邻近残基可以作为取代的候选对象被靶向或消除。可以筛选变体以确定其是否含有所需特性。
氨基酸序列的插入和缺失包括长度从一个残基到含有一百个或更多残基的多肽的范围内的氨基和/或羧基末端融合，以及单个或多个氨基酸残基的序列内插入和缺失。末端插入的例子包括具有N末端甲硫氨酰基残基的抗体。抗体分子的其它插入变体包括抗体的N-或C-末端与酶(例如，用于抗体引导的酶前药治疗)或增加抗体的血清半衰期的多肽的融合。抗体分子的序列内插入变体的实例包括在轻链中插入3个氨基酸。末端缺失的实例包括在轻链末端缺失7个或更少个氨基酸的抗体。
Fc区变体
在一些实施方案中，可以将一个或多个氨基酸修饰引入本文提供的抗体药剂的Fc区，从而产生Fc区变体。此处的Fc区是包含至少恒定区的一部分的免疫球蛋白重链的C末端区。Fc区包括天然序列Fc区和变体Fc区。Fc区变体可包含人类Fc区序列(例如，人类IgG1、IgG2、IgG3或IgG4Fc区)，其在一个或多个氨基酸位置上包含氨基酸修饰(例如，取代)。
在一些实施方案中，本发明考虑具有一些但不是全部的效应子功能的抗体变体，这使所述抗体变体成为这样的应用的理想候选者，其中体内抗体半衰期很重要但一些效应子功能为非必要或有害的(例如补体和ADCC)。可以进行体外和/或体内细胞毒性测定，以确认CDC和/或ADCC活性的减少/消耗。例如，可以进行Fc受体(FcR)结合测定，以确保抗体缺乏FcγR结合(因此可缺乏ADCC活性)，但保留FcRn结合能力。评估感兴趣分子的ADCC活性的体外测定的非限制性实例描述于美国专利号5,500,362和5,821,337中。可替代地，可以采用非放射性测定(例如ACTITM和
Figure BDA0002316778750000741
非放射性细胞毒性测定)。用于所述测定的有用的效应细胞可包括外周血单核细胞(PBMC)和自然杀伤(NK)细胞。可替代地或另外地，目标分子的ADCC活性可以在体内评估，例如，在动物模型中(参见，例如Clynes等人,Proc.Nat'lAcad.Sci.USA,95:652-656(1998))。还可以进行C1q结合测定以确认抗体能够或不能结合C1q，因此含有或缺乏CDC活性(参见，例如WO06/029879,WO99/51642和WO05/100402；美国专利号6,194,551；以及Idusogie等人J.Immunol.164:4178-4184(2000))。为了评估补体活化，可以进行CDC测定(参见，例如Gazzano-Santoro等人,J.Immunol.Methods,202:163(1996)；Cragg,M.S.等人,Blood,101:1045-1052(2003)；以及Cragg等人,Blood,103:2738-2743(2004))。FcRn结合和体内清除率/半衰期测定也可以使用本领域已知的方法进行(参见，例如Petkova,S.B.等人,Int'l.Immunol.,18(12):1759-1769(2006))。具有降低的效应子功能的抗体可包含Fc区残基238、265、269、270、297、327和329中一个或多个被取代；或氨基酸位置265、269、270、297和327中或两个或多个被取代的抗体,如残基265和297取代为丙氨酸的Fc变体(参见，例如美国专利号6,737,056和7,332,581)。还可以包括具有改善或减弱的与FcR的结合的抗体变体(参见，例如美国专利号6,737,056；WO04/056312，以及Shields等人,J.Biol.Chem.,9(2):6591-6604(2001))。在一些实施方案中，抗体变体可包含具有一个或多个提高ADCC的氨基酸取代的Fc区，例如在Fc区的位置298、333和/或334的取代。
抗体可具有提高的半衰期及改善的与新生Fc受体(FcRn)的结合(参见，例如US2005/0014934)。这样的抗体可以包含其中具有一个或多个取代的Fc区，其改善了Fc区与FcRn的结合，且包括在以下Fc区残基处具有一个或多个取代的抗体：238、256、265、272、286、303、305、307、311、312、317、340、356、360、362、376、378、380、382、413、424或434(参见，例如美国专利号7,371,826)。还考虑了Fc区变体的其它实例(参见，例如Duncan&Winter,Nature,322:738-40(1988)；美国专利号5,648,260和5,624,821；以及WO94/29351)。
糖基化变体
本发明还提供糖基化抗体变体。在一些实施方案中，提供的重链、轻链和/或抗体可以在一个或多个位点被糖基化。在一些实施方案中，聚糖可以通过N-连接至Fc区。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体在Asn297(Kabat编号)处被糖基化。
在一些实施方案中，本发明提供了一种组合物，其包含本文所述的重链、轻链和/或抗体药剂的一个或多个糖型。在一些实施方案中，提供的组合物包含多个以特定的绝对和/或相对量存在的糖型。在一些实施方案中，本发明提供基本上不含本文所述的重链、轻链和/或抗体的一种或多种特定糖型的组合物。在一些实施方案中，糖型的量可以“百分比”的形式表示。对于任何给定参数，“百分比”是指相对于制剂中聚糖总摩尔数的特定聚糖(聚糖X)摩尔数。在一些实施方案中，“百分比”是指相对于检测到的PNGase F释放的Fc聚糖的总摩尔数的PNGase F释放的Fc聚糖X的摩尔数。
在一些实施方案中，改变抗体以增加或减少其糖基化(例如，通过改变氨基酸序列以产生或去除一个或多个糖基化位点)。附着在抗体Fc区的碳水化合物可被改变。来自哺乳动物细胞的天然抗体通常包含分支的双触角寡糖，其通过N连接与Fc区CH2结构域的Asn297附着(参见，例如Wright等人,TIBTECH,15:26-32(1997))。寡糖可以是各种碳水化合物，例如，在双触角寡糖结构的主干中附着于GlcNAc的甘露糖、N-乙酰基葡糖胺(GlcNAc)、半乳糖、唾液酸、岩藻糖。可以对抗体中的寡糖进行修饰，例如创建具有一些改进特性的抗体变体。抗体糖基化变体可以具有改善的ADCC和/或CDC功能。
在一些实施方案中，本文提供的抗体变体可以具有碳水化合物结构，该结构缺乏(直接或间接)附着于Fc区的岩藻糖。例如，此类抗体中的岩藻糖含量可以为1％至80％、1％至65％、5％至65％或20％至40％。岩藻糖的量可以通过相对于连接到Asn297的所有糖结构的总和，计算Asn297处糖链中岩藻糖的平均量来确定(参见，例如WO 08/077546)。Asn297是指位于Fc区中约位置297的天冬酰胺残基(Fc区残基的Eu编号)。然而，由于抗体的微小序列变化，Asn297也可位于位置297上游或下游的±3个氨基酸处，即位置294和300之间。在一些实施方案中，Asn297的等效残基也可以位于位置297上游或下游的±7个氨基酸处。这样的岩藻糖基化变体可以具有改善的ADCC功能(参见，例如专利公开号US 2003/0157108；US2004/0093621；US 2003/0157108；WO00/61739；WO01/29246；US 2003/0115614；US2002/0164328；2004/0093621；US 2004/0132140；US 2004/0110704；US2004/0110282；US 2004/0109865；WO03/085119；WO03/084570；WO05/035586；WO05/035778；WO05/053742；WO02/031140；Okazaki等人,J.Mol.Biol.,336:1239-1249(2004)；以及Yamane-Ohnuki等人,Biotech.Bioeng.,87:614(2004))。细胞系(例如，基因敲除细胞系)可用于产生去岩藻糖基化抗体，例如，缺乏蛋白质岩藻糖基化的Lec13CHO细胞和α-1,6-岩藻糖基转移酶基因(FUT8)敲除CHO细胞(参见，例如Ripka等人,Arch.Biochem.Biophys.,249:533-545(1986)；Yamane-Ohnuki等人,Biotech.Bioeng.,87:614(2004)；Kanda,Y.等人,Biotechnol.Bioeng.,94(4):680-688(2006)；WO03/085107；EP 1176195A1、WO04/056312；WO04/057002；WO03/084570；WO03/085119；WO03/05691；4WO04/024927；和美国专利公开号US2003/0157108；US 2003/0115614、US 2004/093621、US 2004/110282、US2004/110704和US 2004/132140)。也可以包括其它抗体糖基化变体(参见，例如美国专利号6,602,684；专利公开号US 2005/0123546；WO03/011878；WO97/30087；WO98/58964；以及WO99/22764)。
因此，本发明的抗LAG-3抗体药剂可由具有一个或多个外源性和/或高内源性糖基转移酶活性的宿主细胞产生。具有糖基转移酶活性的基因包括β(1,4)-N-乙酰氨基葡萄糖转移酶III(GnTII)、α-甘露糖苷酶II(ManII)、β(1,4)-半乳糖基转移酶(GalT)、β(1,2)-N-乙酰氨基葡萄糖转移酶I(GnTI)和β(1,2)-N-乙酰氨基葡萄糖转移酶II(GnTII)。糖基转移酶可包含含有高尔基体定位结构域的融合物(参见，例如Lifely等人,Glycobiology,318:813-22(1995)；Schachter,Biochem.Cell Biol.,64:163-81(1986)；美国临时专利申请号60/495,142和60/441,307；专利公开号US 2003/0175884和US 2004/0241817；以及WO04/065540)。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可以在包含破坏或失活的糖基转移酶基因的宿主细胞中表达。因此，在一些实施方案中，本发明可以针对包含以下的宿主细胞：(a)分离的核酸，其包含编码具有糖基转移酶活性的多肽的序列；(b)分离的编码结合人类LAG-3的本发明的抗LAG-3抗体药剂的多核苷酸。在一些实施方案中，由宿主细胞产生的修饰的抗LAG-3抗体药剂具有IgG恒定区或其包含Fc区的片段。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂可以是人源化抗体或其包含Fc区的片段。分离的核酸可以是已经从其自然环境的组分中分离出来的核酸分子。分离的核酸可以包括在通常包含核酸分子的细胞中包含的核酸分子，但是该核酸分子存在于染色体外或位于不同于其天然染色体位置的染色体位置。
一方面，本发明提供了宿主细胞表达系统，其用于产生具有修饰的糖基化模式的本发明的抗体。特别地，本发明提供了宿主细胞系统，用于产生具有改善的治疗价值的本发明的抗体的糖型。因此，本发明提供了被选择或工程化以表达具有糖基转移酶活性的多肽的宿主细胞表达系统。
通常，任何类型的培养细胞系，包括上面讨论的细胞系，都可以用作工程化本发明的宿主细胞系的背景。在一些实施方案中，使用CHO细胞、BHK细胞、NS0细胞、SP2/0细胞、YO骨髓瘤细胞、P3X63小鼠骨髓瘤细胞、PER细胞、PER.C6细胞或杂交瘤细胞、其它哺乳动物细胞、酵母细胞、昆虫细胞或植物细胞作为背景细胞系，以产生本发明的工程化宿主细胞。
包含本发明的抗体药剂的编码序列并表达生物活性基因产物的宿主细胞可以通过至少四种通用方法来鉴定；(a)DNA-DNA或DNA-RNA杂交；(b)是否存在“标记”基因功能；(c)通过测量在宿主细胞中相应的mRNA转录物的表达评估转录水平；(d)通过免疫测定或通过其生物学活性测定的基因产物的检测。
例如，具有占用的N-糖基化位点的抗LAG-3抗体药剂的N-聚糖分析可用于鉴定存在的聚糖种类。
在实施方案中，糖基化位点在抗LAG-3抗体药剂的重链上。在实施方案中，糖基化位点位于重链上的N291。
存在于糖基化抗LAG-3抗体药剂中的示例性低聚糖种类包括G0F、G1F、G2F、Man-5、G0-GN、G0F-GN、G0、G0F+GN和G1F+GN中任一个，以及其它低聚糖种类(例如，通常在哺乳动物细胞培养物中表达的IgG上观察到的其它低聚糖种类)。
在实施方案中，总的N-连接型寡糖包含G0F。
在实施方案中，总的N-连接型寡糖包含G1F。
在实施方案中，总的N-连接型寡糖包含G2F。
在实施方案中，总的N-连接型寡糖包含Man-5
在实施方案中，总的N-连接型寡糖包含G0F和G1F。在实施方案中，总的N-连接型寡糖进一步包含G0-GN、G0F-GN、G0、G0F+GN，和/或G1F+GN或其任何组合。
在实施方案中，总的N-连接型寡糖包含G0F和G2F。在实施方案中，总的N-连接型寡糖进一步包含G0-GN、G0F-GN、G0、G0F+GN，和/或G1F+GN或其任何组合。
在实施方案中，总的N-连接型寡糖包含G0F和Man-5。在实施方案中，总的N-连接型寡糖进一步包含G0-GN、G0F-GN、G0、G0F+GN和/或G1F+GN或其任何组合。
在实施方案中，总的N-连接型寡糖包含G1F和G2F。在实施方案中，总的N-连接型寡糖进一步包含G0-GN、G0F-GN、G0、G0F+GN和/或G1F+GN或其任何组合。
在实施方案中，总的N-连接型寡糖包含G1F和Man-5。在实施方案中，总的N-连接型寡糖进一步包含G0-GN、G0F-GN、G0、G0F+GN和/或G1F+GN或其任何组合。
在实施方案中，总的N-连接型寡糖包含G2F和Man-5。在实施方案中，总的N-连接型寡糖进一步包含G0-GN、G0F-GN、G0、G0F+GN和/或G1F+GN或其任何组合。
在实施方案中，总的N-连接型寡糖包含G0F、G1F和G2F。在实施方案中，总的N-连接型寡糖进一步包含G0-GN、G0F-GN、G0、G0F+GN和/或G1F+GN或其任何组合。
在实施方案中，总的N-连接型寡糖包含G0F、G1F和Man-5。在实施方案中，总的N-连接型寡糖进一步包含G0-GN、G0F-GN、G0、G0F+GN和/或G1F+GN或其任何组合。
在实施方案中，总的N-连接型寡糖包含G0F、G2F和Man-5。在实施方案中，总的N-连接型寡糖进一步包含G0-GN、G0F-GN、G0、G0F+GN和/或G1F+GN或其任何组合。
在实施方案中，总的N-连接型寡糖包含G1F、G2F和Man-5。在实施方案中，总的N-连接型寡糖进一步包含G0-GN、G0F-GN、G0、G0F+GN和/或G1F+GN或其任何组合。
在实施方案中，总的N-连接型寡糖包含G0F、G1F、G2F和Man-5。在实施方案中，总的N-连接型寡糖进一步包含G0-GN、G0F-GN、G0、G0F+GN和/或G1F+GN或其任何组合。
半胱氨酸工程化的抗体变体
在一些实施方案中，可需要生成半胱氨酸工程抗体，例如“thioMAb”，其中抗体的一个或多个残基可以被半胱氨酸残基取代。在一些实施方案中，取代的残基可以出现在所提供抗体的可及位置。反应性硫醇基团可位于与其它部分(例如药物部分或接头-药物部分)结合的位点，以形成免疫交联物。在一些实施方案中，以下一个或多个残基可以被半胱氨酸取代：轻链的V205或等价残基(Kabat编号)；重链的A118或等价残基(EU编号)；重链Fc区的S400或等价残基(EU编号)。半胱氨酸改造的抗体可以按照所述方法生成(参见，例如美国专利号7,521,541)。
抗体衍生物
在一些实施方案中，可以对本文提供的抗体药剂进行进一步修饰，以包含本领域已知且容易获得的额外非蛋白质部分。适用于抗体衍生的部分可以包括但不限于水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性实例可包括但不限于，聚乙二醇(PEG)、乙二醇/丙二醇共聚物、羧甲基纤维素、右旋糖、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚-1,3-二氧戊环、聚1,3,6-三噁烷、乙烯/马来酸酐共聚物、聚氨基酸(均聚物或无规共聚物)和右旋糖或聚(n-乙烯吡咯烷酮)聚乙二醇、聚丙二醇均聚物、聚环氧丙烷/环氧乙烷共聚物、聚氧乙基化多元醇(例如，甘油)、聚乙烯醇及其混合物。聚乙二醇丙醛由于其在水中的稳定性而可在制造中具有优势。
聚合物可以具有任何分子量，并且可以是具有支链或不含支链的。连接到抗体的聚合物的数量可以变化，并且如果连接两个或多个聚合物，则它们可以是相同或不同的分子。
在一些实施方案中，提供抗体和非蛋白质部分的缀合物，所述非蛋白质部分可以通过暴露于辐射中来选择性加热。在一些实施方案中，非蛋白质部分可以是碳纳米管(参见，例如Kam等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,102:11600-11605(2005))。辐射可以是任何波长，并且可以包括但不限于不损害普通细胞但将非蛋白质部分加热至杀死邻近抗体-非蛋白质部分的细胞的温度的波长。
重组方法和组合物
抗体药剂、抗体及其片段可以使用重组方法和组合物产生(参见，例如美国专利号4,816,567)。在一些实施方案中，可以提供编码本文所述的抗LAG-3抗体药剂的分离的核酸。所述核酸可以编码包含抗体的VL的氨基酸序列和/或包含抗体的VH的氨基酸序列。在另一实施方案中，可以提供包含所述核酸的一个或多个载体。载体可以是能够增殖其连接的另一核酸的核酸分子。该术语可以包括作为自我复制核酸结构的载体，也可以包括并入已引入所述载体的宿主细胞的基因组中的载体。一些载体能够引导与其可操作地连接的核酸的表达。
在另一实施方案中，可以提供包含所述核酸的宿主细胞。宿主细胞可以是已引入外源核酸的细胞，包括所述细胞的后代。宿主细胞可以包括“转化体”和“转化细胞”，它们可以包括原代转化细胞和自其衍生的后代，而不考虑传代次数。后代的核酸含量可与亲代细胞不完全相同，而是可含有突变。本文包括功能或生物活性与在原始转化细胞中筛选或选择的功能或生物活性相同的突变后代。在一个所述实施方案中，宿主细胞可包含(例如，已被其转化)载体，该载体包含编码包含抗体的VL的氨基酸序列和包含抗体的VH的氨基酸序列的核酸；或包含第一载体和第二载体，第一载体包含编码包含抗体的VL的氨基酸序列的核酸，第二载体包含编码包含抗体的VH的氨基酸序列的核酸。在一些实施方案中，宿主细胞可以是真核细胞，例如，中国仓鼠卵巢(CHO)细胞或淋巴样细胞(例如，Y0、NS0、Sp20细胞)。在一些实施方案中，可以提供一种制备抗LAG-3抗体的方法，其中该方法可以包括在适合于抗体表达的条件下培养如上所述的包含编码所述抗体的核酸的宿主细胞，并任选地从宿主细胞或宿主细胞培养基中回收抗体。
为了重组生产抗LAG-3抗体药剂，可将例如如上所述的编码抗体的分离的核酸插入到一个或多个载体中，以在宿主细胞中进一步克隆和/或表达。此类核酸可以使用常规操作容易地分离和测序。
用于克隆或表达编码抗体的载体的合适的宿主细胞可以包括本文所述的原核或真核细胞。例如，抗体药剂可以在细菌中产生，例如，当不需要糖基化和Fc效应子功能时(参见，例如美国专利号5,648,237,5,789,199和5,840,523；Charlton,Methods in MolecularBiology,Vol.248,pp.245-254(2003))。表达后，抗体药剂可以在可溶级分中从细菌细胞体中分离，并可以进一步纯化。
除原核生物外，真核微生物(如丝状真菌或酵母)可为编码抗体的载体的合适的克隆或表达宿主(参见，例如Gerngross,Nat.Biotech.,22:1409-1414(2004)，以及Li等人,Nat.Biotech.,24:210-215(2006))。用于表达糖基化抗体的合适宿主细胞也可源自多细胞生物，包括无脊椎动物和脊椎动物。无脊椎动物的实例可包括植物和昆虫细胞(参见，例如美国专利号5,959,177,6,040,498,6,420,548,7,125,978和6,417,429)。脊椎动物细胞的实例可以包括哺乳动物细胞系，经SV40(COS-7)转化的猴肾CV1系；人胚胎肾细胞系(例如在Graham等人,J.Gen Virol.,36:59(1977)中所述的293或293T细胞)；幼仓鼠肾细胞(BHK)；小鼠睾丸支持细胞(mouse sertoli cell)(TM4细胞)；猴肾细胞(CV1)；非洲绿猴肾细胞(VERO-76)；人子宫颈癌细胞(HELA)；犬肾细胞(MDCK；水牛大鼠肝细胞(buffalo rat livercell)(BRL3A)；人肺细胞(W138)；人肝细胞(Hep G2)；小鼠乳腺肿瘤(MMT 060562)；TR1细胞；MRC 5细胞；FS4细胞；中国仓鼠卵巢(CHO)细胞，包括DHFR-CHO细胞；以及骨髓瘤细胞系如Y0、NS0和Sp2/0(参见，例如Yazaki和Wu,Methods in Molecular Biology,第248卷,第255-268页(2003))。
分析
本文提供的抗LAG-3抗体药剂可以通过本领域已知的各种测定法鉴定、筛选或表征其物理/化学性质和/或生物活性。
一方面，可以例如通过ELISA、蛋白质印迹法等测定本发明的抗体的抗原结合活性。一方面，竞争分析可用于鉴定与本文所述的抗LAG-3抗体药剂竞争结合LAG-3的抗体。在一些实施方案中，这样的竞争性抗体与本文所述的抗LAG-3抗体药剂所结合的相同表位(例如，线性或构象表位)结合。已知示例性表位作图方法(参见，例如Morris“Epitope MappingProtocols”,Methods in Molecular Biology,vol.66(1996))。
在示例性竞争测定中，固定化的LAG-3可在溶液中温育，该溶液包含与LAG-3结合的第一标记抗体和测试其与第一抗体竞争结合LAG-3的能力的第二未标记抗体。第二抗体可存在于杂交瘤细胞上清液中。作为对照，固定化的LAG-3可以在包含第一标记抗体但不包含第二未标记抗体的溶液中温育。在允许第一抗体与LAG-3结合的条件下温育后，可以去除过量的未结合抗体，并可以测量与固定化的LAG-3结合的标记物的量。如果相对于对照样品，测试样品中与固定化LAG-3结合的标记物的数量大大减少，则可以表明第二抗体与第一抗体竞争结合lag-3(参见，例如Harlow和Lane,Antibodies:A Laboratory Manual,第14章(1996))。
一方面，可以提供用于鉴定具有生物活性的抗LAG-3抗体药剂的测定。在一些实施方案中，可以提供用于鉴定对LAG-3具有中和活性的抗LAG-3抗体药剂的测定。还可以提供在体内和/或体外具有这种生物活性的抗体药剂。在一些实施方案中，可以测试本发明的抗体的所述生物学活性。
抗LAG-3抗体或片段的“生物学活性”可指，例如，对特定LAG-3表位的结合亲和力、中和或抑制LAG-3与其受体的结合、中和或抑制LAG-3的体内活性(例如，IC50)、药代动力学和交叉反应性(例如，与LAG-3蛋白的非人类同源物或直系同源物或与其它蛋白质或组织)。本领域公认的抗原结合剂的其它生物学特性或特征可以包括，例如，亲和力、选择性、溶解度、折叠、免疫毒性、表达和制剂。上述特性或特征可以使用包括但不限于以下技术的标准技术来观察、测量和/或评估：ELISA、竞争性ELISA、表面等离子体共振分析(BIACORETM)或动力学排阻分析(KINEXATM)、体外或体内中和分析、受体-配体结合分析、细胞因子或生长因子产生和/或分泌分析以及信号传导和免疫组织化学分析。
免疫缀合物
本发明还提供了包含本文提供的抗LAG-3抗体药剂的免疫缀合物。免疫缀合物可以是与一个或多个异源分子缀合的抗体。例如，免疫缀合物可以包含与一种或多种细胞毒性剂缀合的抗LAG-3抗体，所述细胞毒性剂为如化学治疗剂或药物、生长抑制剂、毒素(例如蛋白质毒素，细菌、真菌、植物或动物来源的酶活性毒素，或其片段)或放射性同位素。
在一些实施方案中，免疫缀合物可以是抗体-药物缀合物(ADC)，其中抗体与一种或多种药物缀合，所述药物包括但不限于美登醇(maytansinoid)；澳瑞他汀(auristatin)如单甲基澳瑞他汀药物部分DE和DF(MMAE和MMAF)；多拉司他汀(dolastatin)；卡奇霉素(calicheamicin)或其衍生物；蒽环类抗生素(anthracycline)，如道诺霉素或多柔比星(doxorubicin)；甲氨蝶呤(methotrexate)、长春地辛(vindesine)、紫杉烷(taxane)例如多西紫杉醇(docetaxel)、紫杉醇(paclitaxel)、拉洛他赛(larotaxel)、替塞他赛(tesetaxel)和奥他赛(ortataxel)；单端孢霉烯(trichothecene)和CC1065(参见，例如美国专利号5,208,020、5,416,064、5,635,483、5,780,588、7,498,298、5,712,374、5,714,586、5,739,116、5,767,285、5,770,701、5,770,710、5,773,001、6,630,579和5,877,296；EP0425235B1；Hinman等人,Cancer Res.,53:3336-3342(1993)；Lode等人,Cancer Res.,58:2925-2928(1998)；Kratz等人,Current Med.Chem.,13:477-523(2006)；Jeffrey等人,Bioorganic&Med.Chem.Letters,16:358-362(2006)；Torgov等人,Bioconj.Chem.,16:717-721(2005)；Nagy等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,97:829-834(2000)；Dubowchik等人,Bioorg.&Med.Chem.Letters,12:1529-1532(2002)；以及King等人,J.Med.Chem.,45:4336-4343(2002))。
在一些实施方案中，免疫缀合物可以包含与酶活性毒素或其片段缀合的如本文所述的抗体，所述酶活性毒素或其片段包括但不限于白喉A链、白喉毒素的非结合活性片段、外毒素A链(来自铜绿假单胞菌)、蓖麻毒素A链、相思豆毒蛋白(abrin)A链、蒴莲根毒素(modeccin)A链、α-帚曲霉素(sarcin)、油桐(Aleurites fordii)蛋白、石竹素(dianthin)蛋白、美洲商陆(Phytolaca americana)蛋白(PAPI、PAPII、和PAP-S)、苦瓜(momordicacharantia)抑制物、麻风树毒蛋白(curcin)、巴豆毒蛋白(crotin)、肥皂草(sapaonariaofficinalis)抑制剂、白树毒素(gelonin)、mitogellin、局限曲菌素(restrictocin)、酚霉素(phenomycin)、依诺霉素(enomycin)和单端孢霉烯(tricothecenes)。
在一些实施方案中，免疫缀合物可以包含与放射性原子缀合以形成放射性缀合物的如本文所述的抗体。可用于生成放射性缀合物的示例性放射性同位素可包括At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212和镥的放射性同位素。放射性缀合物可包含用于闪烁显像检测的放射性原子(例如，tc99m或1123，或用于核磁共振(NMR)成像的自旋标记，例如再次使用碘-123、碘-131、铟111、氟-19、碳-13、氮-15、氧-17、钆、锰或铁)。
抗体和细胞毒性剂的缀合物可以使用双功能蛋白偶联剂制备，所述双功能蛋白偶联剂为，如N-琥珀酰亚胺基-3-(2-吡啶基二硫代)丙酸酯(SPDP)、琥珀酰亚胺基-4-(N-马来酰亚胺甲基)环己烷-1-甲酸酯(SMCC)、亚氨基硫烷(IT)、酰亚胺酯的双功能衍生物(如二甲基己二亚酰胺盐酸盐)、活性酯(例如，辛二酸二琥珀酰亚胺酯)、醛类(例如，戊二醛)、双叠氮基化合物(例如，双(对叠氮基苯甲酰基)己二胺)、双重氮衍生物(例如，双-(对重氮苯甲酰基)-乙二胺)、二异氰酸酯(如甲苯2,6-二异氰酸酯)和双活性氟化合物(例如，1,5-二氟-2,4-二硝基苯)。例如，可以制备蓖麻毒蛋白免疫毒素(参见，例如Vitetta等人,Science,238:1098(1987))。碳14标记的1-异硫氰酸基苯甲基-3-甲基二亚乙基三胺五乙酸(MX-DTPA)是用于缀合放射性核苷酸与抗体的示例性螯合剂(参见，例如WO94/11026)。接头可为可裂解的，从而促进细胞毒性药物在细胞中的释放。示例性的可裂解的接头可包括酸不稳定性接头、肽酶敏感性接头、光不稳定性接头、二甲基接头和含二硫键的接头(参见，例如Chari等人,Cancer Res.,52:127-131(1992)；美国专利号5,208,020)。
本文中的免疫缀合物或ADC明确考虑使用交联剂制备的缀合物。示例性的交联试剂可包括BMPS、EMCS、GMBS、HBVS、LC-SMCC、MBS、MPBH、SBAP、SIA、SIAB、SMCC、SMPB、SMPH、磺基-EMCS、磺基-GMBS、磺基-KMUS、磺基-MBS、磺基-SIAB、磺基-SMCC和磺基-SMPB，以及SVSB(琥珀酰亚胺基-(4-乙烯基砜)苯甲酸酯)。
用于诊断和检测的方法和组合物
在一些实施方案中，本文提供的任何抗LAG-3抗体药剂均可用于检测生物样品中LAG-3的存在。检测可以包括定量或定性检测。
本文公开的抗体药剂和组合物可用于多种目的，例如监测关于对LAG-3抑制有反应的疾病或病症进行测试的对象中的LAG-3蛋白水平。所述方法可包括将诊断为患有所述疾病或病症的受试者的样品与本文所述的抗体接触，并检测抗体与样品的结合。在一些实施方案中，该方法可以进一步包括使与LAG-3结合的第二抗体与样品接触，并检测所述第二抗体的结合。在一些实施方案中，该方法可以进一步包括使特异性识别抗LAG-3抗体药剂的第二抗体药剂与样品接触，并检测第二抗体药剂的结合。
根据另一实施方案，本发明提供诊断方法。诊断方法通常包括将从患者那里获得的生物样品(例如，血液、血清、唾液、尿液、痰、细胞拭子样品或组织活检)与抗LAG-3抗体药剂接触，并确定与对照样品或预定的临界值相比，抗体药剂是否优先结合样品，从而表明LAG-3的存在。在这方面，抗LAG-3抗体药剂可用于诊断疾病或病症的方法中，其中LAG-3的不当表达(例如，过表达)或活性增加引起或促成该疾病或病症的病理作用。以类似的方式，抗LAG-3抗体药剂可用于分析中，以监测关于对LAG-3抑制有反应的疾病或病症进行测定的对象中的LAG-3蛋白水平。研究应用包括，例如利用LAG-3结合剂和标记物来检测样品中LAG-3蛋白的方法，所述样品为，例如，血液、血清、唾液、尿液、痰、细胞拭子样品或组织活检。可以使用修饰的或未修饰(例如可检测部分的共价或非共价标记)的抗LAG-3抗体药剂。例如，可检测部分可以是放射性同位素(例如，3H、14C、32P、35S、125I或131I)、荧光或化学发光化合物(例如，异硫氰酸荧光素、罗丹明(rhodamine)或荧光素)、酶(例如，碱性磷酸酶、β-半乳糖苷酶或辣根过氧化物酶)或辅基。在本发明的情况下，可以采用本领域已知的将抗原结合剂(例如抗体)分别与可检测部分结合的任何方法(参见，例如，Hunter等人,Nature,194:495-496(1962)；David等人,Biochemistry,13:10144021(1974)；Pain等人,JImmunol.Metk,40:219-230(1981)；以及Nygren,J,Histochem.和Cytochem.,30:407-412(1982))。
可使用公开的抗LAG-3抗体药剂，通过本领域已知的任何合适的方法来测量LAG-3蛋白水平。所述方法可以包括例如放射免疫测定(RIA)和FACS。可以使用任何合适的技术来建立LAG-3的正常或标准表达值，例如，在适合形成抗原抗体药剂复合物的条件下，将包含或怀疑包含LAG-3的样品与LAG-3特异性抗体药剂结合。可用可检测物质直接或间接标记抗体药剂，以利于结合或未结合抗体的检测。合适的可检测物质可包括各种酶、辅基、荧光材料、发光材料和放射性材料(参见，例如，Zola.Monoclonal Antibodies:A Manual ofTechniques,CRC Press,inc.(1987))。然后将样品中表达的LAG-3多肽的量与标准值进行比较。
抗LAG-3抗体药剂可以以试剂盒的形式提供，即预定量的试剂与进行诊断测定的说明书的包装组合。如果抗LAG-3抗体药剂用酶标记，试剂盒最好包含酶所需的底物和辅因子(例如，提供可检测的发色团或荧光团的底物前体)。另外，试剂盒中还可以包括其它添加剂，例如稳定剂、缓冲剂(例如阻断缓冲剂或裂解缓冲剂)及其类似物。可以改变各种试剂的相对量，以提供使测定的灵敏度大大优化的试剂溶液中的浓度。试剂可以干粉(通常冻干)的形式提供，包括在溶解时可以提供具有适当浓度的试剂溶液的赋形剂。
药学制剂
本发明还提供药学制剂(例如，药学上可接受的组合物)，其包含一种或多种如本文所述的抗LAG-3抗体药剂。
在实施方案中，本发明包括如本文所述的任何药剂。这样的药物组合物可以任选地包含一种或多种其它治疗活性物质(例如，检查点抑制剂或抗癌药如尼拉帕尼)和/或与一种或多种其它治疗活性物质组合施用。在一些实施方案中，提供的药物组合物可用于医药。在一些实施方案中，提供的药物组合物可用作预防剂(即疫苗)，用于治疗或预防如本文所述的疾病和病症的疾病和病症。在一些实施方案中，提供的药物组合物可用于例如在患有或易患疾病和病症(如本文所述疾病和病症)的个体中的治疗应用。
在一些实施方案中，药物组合物配制用于对人类施用。在一些实施方案中，药物组合物配制用于对非人类哺乳动物施用(例如，适用于兽医学用途)。
如本文所述的抗LAG-3抗体药剂的药学制剂可以通过将具有所需纯度的抗体与一种或多种任选的药学上可接受的载体混合来制备(参见，例如Remington'sPharmaceutical Sciences第16版,Osol,A.Ed.(1980))，呈冻干制剂或水溶液的形式。
药学上可接受的载体通常在使用的剂量和浓度下对接受者无毒。示例性的药学上可接受的载体可以包括缓冲剂(例如，磷酸盐、柠檬酸盐和其它有机酸)；抗氧化剂(例如，抗坏血酸和蛋氨酸)；防腐剂(例如，十八烷基二甲基苄基氯化铵)；氯化六甲双铵；苯扎氯铵；苄索氯铵；苯酚，丁醇或苯甲醇；对羟基苯甲酸烷基酯(例如，对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸丙酯)；儿茶酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇以及间甲酚；低分子量(小于约10个残基)多肽；蛋白质(例如，血清白蛋白，明胶或免疫球蛋白)；亲水性聚合物(例如，聚乙烯吡咯烷酮)；氨基酸(例如，甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸)；单糖、二糖和其它碳水化合物(例如，葡萄糖，甘露糖或糊精)；螯合剂(例如，EDTA；糖(例如，蔗糖，甘露醇，海藻糖或山梨糖醇)；成盐抗衡离子(例如，钠)；金属配合物(例如，锌-蛋白质配合物)和/或非离子表面活性剂(例如，聚乙二醇(PEG))。本文的示例性药学上可接受的载体可进一步包括间质药物分散剂(例如，可溶性中性活性透明质酸酶糖蛋白(sHASEGP))(参见，例如美国专利公开号US 2005/0260186和US2006/0104968)。一方面，sHASEGP可以与一种或多种另外的葡糖胺聚糖酶(例如，软骨素酶)组合。
在一些实施方案中，提供的药物组合物包含一种或多种药学上可接受的赋形剂(例如，防腐剂、惰性稀释剂、分散剂、表面活性剂和/或乳化剂、缓冲剂等)。在一些实施方案中，药物组合物包含一种或多种防腐剂。在一些实施方案中，药物组合物不含防腐剂。Remington’s The Science and Practice of Pharmacy,第21版,A.R.Gennaro,(Lippincott,Williams&Wilkins,Baltimore,MD,2006)公开了用于配制药物组合物的各种赋形剂及用于制备其的已知技术。除非任何常规的赋形剂介质与某种物质或其衍生物不相容，例如因产生任何不需要的生物学作用或以有害的方式与药物组合物的任何其它成分相互作用，否则预期其用途落入在本发明的范围内。
在一些实施方案中，药物组合物以可冷藏和/或冷冻的形式提供。在一些实施方案中，药物组合物以不能冷藏和/或冷冻的形式提供。在一些实施方案中，抗体药剂制剂可以被冻干(参见，例如美国专利号6,267,958)。抗体药剂制剂可以是水性的(参见，例如美国专利号6,171,586和WO06/044908)。在一些实施方案中，重构的溶液和/或液体剂型可在重构后保存一段时间(例如，2小时、12小时、24小时、2天、5天、7天、10天、2周、一个月、两个月或更长)。在一些实施方案中，储存抗体组合物超过规定的时间会导致分子降解。
液体剂型和/或重构溶液在施用前可包含颗粒和/或变色。在一些实施方案中，如果变色或混浊和/或颗粒物在过滤后仍然存在，则不应使用溶液。
出于正在治疗的特定适应症(例如癌症)的需要，本文的制剂还可以包含多于一种的活性成分。
活性成分可以包裹在微胶囊中(例如，羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚(甲基丙烯酸甲酯))。活性成分可以包埋在胶体药物递送系统的微胶囊中(例如，脂质体、白蛋白微球、微乳剂、纳米颗粒和纳米胶囊)或在粗滴乳状液(macroemulsion)中。可以制备缓释制剂。缓释制剂的合适实例可以包括含有抗体的固体疏水性聚合物的半透性基质，所述基质为定型制品的形式(例如，薄膜或微胶囊)。用于体内施用的制剂通常可为无菌的(例如，通过无菌滤膜过滤)。
例如，本文提供的药物组合物可以无菌注射形式提供(例如，适合皮下注射或静脉输注的形式)。例如，在一些实施方案中，药物组合物以适合注射的液体剂型提供。在一些实施方案中，药物组合物可以粉末形式提供(例如，冻干和/或灭菌)，可选地以在真空中的粉末形式提供，并在注射前用水性稀释剂(例如，水、缓冲剂、盐溶液等)重构。在一些实施方案中，将药物组合物在水、氯化钠溶液、乙酸钠溶液、苯甲醇溶液、磷酸盐缓冲生理盐水等中稀释和/或重构。在一些实施方案中，粉末应与水性稀释剂轻轻混合(例如，不震荡)。
本文所述的药物组合物的组合物可以通过药理学领域已知的或以后开发的任何方法制备。在一些实施方案中，此类制备方法包括以下步骤：使活性成分与一种或多种赋形剂和/或一种或多种其它辅助成分结合，然后在必要和/或需要的情况下，将产品成形和/或包装成所需的单一或多剂量单位。
根据本发明的药物组合物可以作为单一单位剂量和/或作为多个单一单位剂量制备、包装、和/或散装出售。如本文所用，“单位剂量”是包含预定量的活性成分的药物组合物的离散量。活性成分的量通常等于施用于受试者的量和/或该剂量的适宜分数，例如该剂量的一半或三分之一。
根据本发明的药物组合物中的活性成分、药学上可接受的赋形剂和/或任何其它成分的相对量可以变化，所述相对量取决于所治疗的受试者的身份、体型和/或状况和/或取决于组合物的施用途径。借助实例而言，组合物可包含0.1％至100％(w/w)的活性成分。
可以使用标准的施用技术将药物组合物施用于哺乳动物，包括口服、静脉内、腹膜内、皮下、经肺、透皮、肌内、鼻内、经颊、舌下或栓剂施用。该组合物可以适合于肠胃外施用。如本文所用，术语“肠胃外”包括静脉内、肌肉内、皮下、经直肠、经阴道和腹膜内施用。在实施方案中，通过静脉内、腹膜内或皮下注射使用外周全身递送将组合物施用于哺乳动物。
治疗方法
本发明还提供了使用LAG-3药剂(例如，能够抑制LAG-3信号传导的药剂，如公开的抗体药剂)治疗疾病或病症的方法和组合物。本发明提供了一种组合物，其包含有效量的LAG-3药剂(例如，能够抑制LAG-3信号传导的药剂)。在实施方案中，LAG-3药剂是所公开的免疫球蛋白重链多肽、所公开的免疫球蛋白轻链多肽、所公开的抗LAG-3抗体药剂、编码上述任何一种的所公开的核酸序列或包含公开的核酸序列的所公开的载体。
如本文所述，所述组合物可以是药学上可接受的(例如，生理上可接受的)组合物，其包含载体，例如，药学上可接受的(例如，生理上可接受的)载体、以及所公开的氨基酸序列、抗原结合剂或载体。在本发明的情况下可以使用任何合适的载体，并且这种载体在本领域中是众所周知的。载体的选择可以部分地由施用组合物的特定部位和施用该组合物的特定方法来确定。该组合物可以任选地是无菌的。可以将组合物冷冻或冻干保存，并在使用前在合适的无菌载体中重构。组合物可根据例如，Remington；The Science and Practice ofPharmacy.第21版,Lippincott Williams&Wilkins,Philadelphia,PA(2001)中所述常规技术产生。
在实施方案中，施用本文所述的药剂可产生治疗作用(例如，所需的药理和/或生理作用)。治疗效果可以包括部分或完全治愈疾病、缓解一种或多种可归因于该疾病的不良症状和/或延缓疾病进展。为此，本发明的方法包括施用治疗有效量的抗LAG-3结合剂。治疗有效量可以是在必要的剂量和时间段有效达到所需治疗结果的量。治疗有效量可以根据例如个体的疾病状态、年龄、性别和体重以及结合剂在个体中引起期望的反应的能力等因素而变化。例如，本发明的结合剂的治疗有效量是降低人的LAG-3生物活性的量。
可替代地，药理和/或生理作用可以是预防性的，即完全或部分预防疾病或其症状(例如，延迟疾病或其症状的发作或减慢其发展)的作用。在这方面，本发明的方法包括施用“预防有效量”的结合剂。“预防有效量”是指在必要的剂量和时间段有效达到期望的预防效果的量。
因此，本发明进一步提供了一种治疗哺乳动物的对LAG-3抑制有反应的疾病的方法。该方法可包括对患有对LAG-3抑制有反应的疾病的哺乳动物施用上述组合物，然后在哺乳动物中治疗该疾病“对LAG-3抑制有反应”的疾病可以指在哺乳动物(例如人类中)LAG-3水平降低或活性降低有治疗益处或LAG-3表达不当(例如过表达)或活性增加引起或造成该疾病或病症的病理作用的任何疾病或病症。
在实施方案中，本发明提供了增强哺乳动物的免疫应答或治疗或预防哺乳动物中对LAG-3抑制或中和有反应的疾病或病症的方法，该方法包括向有此需要的哺乳动物施用本文所述的抗LAG-3结合剂或药物组合物，从而增强哺乳动物的免疫应答或治疗该哺乳动物的疾病或病症。例如，通过增强抗原特异性T效应子功能，可以增强免疫应答。抗原可以是病毒(例如，HIV)、细菌、寄生物或肿瘤抗原(例如，本文所述的任何抗原)。在实施方案中，免疫应答是自然免疫应答。自然免疫应答是指由于感染而引起的免疫应答。在实施方案中，感染是慢性感染。在实施方案中，感染是急性感染。
对抗原的免疫应答的提高或增强可以通过本领域已知的许多方法来测量。例如，可以通过测量以下任意一项来测量免疫应答：T细胞活性、T细胞增殖、T细胞活化、效应细胞因子的产生和T细胞转录特征。在实施方案中，免疫应答是由于接种疫苗引起的反应。因此，另一方面，本发明提供了通过向受试者与疫苗一起施用本发明的单克隆抗体或scFv抗体来提高疫苗效率的方法。抗体和疫苗依次或同时施用。该疫苗是肿瘤疫苗、细菌疫苗或病毒疫苗。
在实施方案中，本文所述的方法可用于提高受试者中的T细胞活化或T细胞效应子功能。
在实施方案中，本文所述的方法可用于在受试者中诱导免疫应答。
在实施方案中，本文所述的方法可用于增强受试者中的免疫应答或增加受试者中的免疫细胞的活性。
在实施方案中，本文所述方法可用于治疗T细胞功能异常疾病(例如，癌症)。
在实施方案中，本文所述的方法可用于在受试者中减小肿瘤或抑制肿瘤细胞的生长。
因此，本发明的方法可用于治疗任何类型的传染性疾病(即，由细菌、病毒、真菌或寄生虫引起的疾病或病症)。可以通过本发明方法治疗的传染病的实例包括但不限于：由人类免疫缺陷病毒(HIV)、呼吸道合胞病毒(RSV)、流感病毒、登革热病毒、B型肝炎病毒(HBV或C型肝炎病毒(HCV))引起的疾病。当本发明的方法治疗传染病时，抗体药剂可以与至少一种抗细菌剂或至少一种抗病毒剂组合施用。在这方面，抗菌剂可以是本领域已知的任何合适的抗生素。抗病毒剂可以是特异性靶向特定病毒的任何合适类型的任何疫苗(例如，减毒活疫苗、亚单位疫苗、重组载体疫苗和小分子抗病毒疗法(例如，病毒复制抑制剂和核苷类似物)。
在实施方案中，本发明方法可用于治疗任何类型的自身免疫疾病(即，免疫系统过度活跃所引起的疾病或病症，其中人体攻击并破坏其自身的组织)，如例如在MacKay I.R.和Rose N.R.编辑,The Autoimmune Diseases,第五版,Academic Press,Waltham,MA(2014)中所述的那些自身免疫疾病。可以通过本发明方法治疗的自身免疫疾病的实例包括但不限于：多发性硬化症、1型糖尿病、类风湿性关节炎、硬皮病、克罗恩病、牛皮癣、系统性红斑狼疮(SLE)和溃疡性结肠炎。当本发明的方法治疗自身免疫疾病时，本文所述的抗体药剂可与抗炎剂组合使用，所述抗炎剂包括：例如，皮质类固醇(例如，泼尼松(prednisone)和氟替卡松(fluticasone))和非甾体类抗炎药(NSAID)(例如，阿司匹林、布洛芬和萘普生)。
对LAG-3抑制有反应的其它示例性疾病可包括例如癌症。
因此，一方面，本发明提供了预防、治疗或减轻受试者(例如，患有癌症或细胞增殖性疾病或病症的受试者或有患癌症或细胞增殖性疾病或病症的风险的受试者)中的细胞增殖性疾病或病症或所述疾病或病症的症状的方法。具有细胞增殖相关疾病或疾病风险的受试者包括有癌症家族病史的患者或暴露于已知或疑似致癌因子中的受试者。预防剂的施用可以在疾病或病症的出现之前进行，从而可以预防或替代地延迟其发展。
本发明的方法可用于治疗本领域已知的任何类型的癌症。
在实施方案中，癌症是晚期癌症。在一些实施方案中，癌症是II期、III期或IV期癌症。在一些实施方案中，癌症是II期癌症。在一些实施方案中，癌症是III期癌症。在一些实施方案中，癌症是IV期癌症。
在实施方案中，癌症是转移性癌症。
在实施方案中，本文所述的方法可用于在受试者中减小肿瘤或抑制肿瘤细胞的生长。
在实施方案中，癌症是复发性癌症。
可以用本文所述方法治疗的癌症还包括与高肿瘤突变负荷(TMB)相关的癌症、微卫星体稳定(MSS)的癌症、特征为微卫星体不稳定性的癌症、具有高微卫星体不稳定状态(MSI-H)的癌症、具有低微卫星体不稳定性状态(MSI-L)的癌症、与高TMB和MSI-H相关的癌症、与高TMB和MSI-L或MSS相关的癌症、具有缺陷性DNA错配修复系统的癌症、DNA错配修复基因有缺陷的癌症、超突变的癌症、具有同源重组修复缺陷/同源修复缺陷(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失的癌症、包含聚合酶δ(POLD)突变的癌症以及包含聚合酶ε(POLE)突变的癌症。在实施方案中，癌症是特征在于同源重组修复(HRR)基因突变或缺失、DNA损伤修复(DDR)通路中的突变、BRCA缺陷、异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变和/或染色体易位的癌症。在实施方案中，癌症是超突变癌症、MSI-H癌症、MSI-L癌症或MSS癌症。在实施方案中，癌症的特征是这些特征中的一个或多个。
在一些实施方案中，要治疗的肿瘤的特征是微卫星体不稳定性。在一些实施方案中，肿瘤的特征是微卫星体不稳定性的高状态(MSI-H)。微卫星体不稳定性(“MSI”)是或包含一些细胞(例如肿瘤细胞)的DNA中的变化，所述细胞DNA中微卫星体的重复单位(DNA的短重复序列)的数目与其继承自的DNA中包含的重复单位数目不同。约有15％的散发性结肠直肠癌(CRC)包含微卫星体(MS)序列长度的广泛改变，被称为微卫星体不稳定性(MSI)(Boland和Goel,2010)。散发性MSI CRC肿瘤显示独特的临床病理特征，包括：近似二倍体核型、在中老年人群和女性中频率更高，并且预后较好(de la Chapelle和Hampel,2010；Popat等人,2005)。MSI也存在于其它肿瘤中，如在子宫的子宫内膜癌(EC)中，其为最常见的妇科恶性肿瘤(Duggan等人,1994)。相同的参考Bethesda小组最初开发用于筛选遗传性基因疾病(林奇综合征(Lynch syndrome))(Umar等人,2004)，其目前被显著应用于检测CRC和EC的MSI。然而，CRC基因组中MSI经常靶向的基因在EC基因组中很少包含DNA滑移(slippage)事件(Gurin等人,1999)。
微卫星体不稳定性是由对复制相关错误的修复失败引起的，所述失败是缺陷性DNA错配修复(MMR)系统导致的。这种失败使全部基因组中，特别是在重复DNA区域(称为微卫星体)中的错配突变得以持久存在，从而导致突变负荷增加。已经证明，至少一些以MSI-H为特征的肿瘤对一些PD-1药物具有改善的反应(Le等人,(2015)N.Engl.J.Med.372(26):2509-2520；Westdorp等人,(2016)Cancer Immunol.Immunother.65(10):1249-1259)。在一些实施方案中，癌症的微卫星体不稳定性是高微卫星体不稳定性(例如，MSI-H状态)。在一些实施方案中，癌症的微卫星体不稳定状态为低卫星体不稳定状态(例如，MSI-低)。在一些实施方案中，癌症的微卫星体不稳定状态是微卫星体稳定(例如，MSS状态)。在一些实施方案中，通过基于下一代测序(NGS)的分析、基于免疫组织化学(IHC)的分析和/或基于PCR的分析来评估微卫星体的不稳定性状态。在一些实施方案中，微卫星体不稳定性通过NGS检测。在一些实施方案中，微卫星体不稳定性通过IHC检测。在一些实施方案中，微卫星体不稳定性通过PCR检测
在实施方案中，患者患有MSI-L癌症。
在实施方案中，患者患有MSI-H癌症。在一些实施方案中，患者患有MSI-H实体瘤。在实施方案中，MSI-H癌症是MSI-H子宫内膜癌。在实施方案中，MSI-H癌症是实体瘤。在实施方案中，MSI-H癌症是转移性肿瘤。在实施方案中，MSI-H癌症是子宫内膜癌。在实施方案中，MSI-H癌症是非-子宫内膜癌。在实施方案中，MSI-H癌症是结肠直肠癌。
在实施方案中，患者患有MSS癌症。在实施方案中，MSS癌症是MSS子宫内膜癌。
在实施方案中，癌症是POLE(DNA聚合酶ε)突变相关的(即，癌症是POLE-突变癌症)。在实施方案中，POLE突变是核酸外切酶结构域中的突变。在实施方案中，POLE突变是种系突变。在实施方案中，POLE突变是自然突变。在实施方案中，MSI癌症也与POLE突变相关。在实施方案中，MSS癌症也与POLE突变相关。在实施方案中，POLE突变使用测序鉴定。在实施方案中，POLE-突变癌症是子宫内膜癌。在实施方案中，POLE-突变癌症是结肠癌。在实施方案中，POLE-突变癌症是胰腺癌、卵巢癌或小肠癌。
在实施方案中，癌症与POLD(DNA聚合酶δ)突变相关(即，癌症是POLD-突变癌症)。在实施方案中，POLD突变是核酸外切酶结构域中的突变。在实施方案中，POLD突变是体细胞突变。在实施方案中，POLD突变是种系突变。在实施方案中，POLD-突变癌症是通过测序鉴定的。在实施方案中，POLD-突变癌症是子宫内膜癌。在实施方案中，POLD-突变癌症是结肠直肠癌。在实施方案中，POLD-突变癌症是脑癌。
在实施方案中，癌症具有缺陷性DNA错配修复系统(例如，是错配修复缺陷(MMRd)癌症)。在实施方案中，癌症在DNA错配修复基因中有缺陷。在一些实施方案中，患者患有错配修复缺陷癌症。
在实施方案中，MMRd癌症是结肠直肠癌。
在实施方案中，癌症是超突变癌症。
在实施方案中，癌症具有同源重组修复缺陷/同源修复缺陷(“HRD”)或其特征在于同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。
在实施方案中，癌症(例如MMRd癌症)的特征在于高肿瘤突变负荷(即，癌症是高TMB癌症)。在一些实施方案中，癌症与高TMB和MSI-H有关。在一些实施方案中，癌症与高TMB和MSI-L或MSS有关。在一些实施方案中，癌症是与高TMB相关的子宫内膜癌。在一些相关实施方案中，子宫内膜癌与高TMB和MSI-H有关。在一些相关实施方案中，子宫内膜癌与高TMB和MSI-L或MSS有关。在实施方案中，高TMB癌症是结肠直肠癌。在实施方案中，高TMB癌症是肺癌(例如，小细胞肺癌(SCLC)或非小细胞肺癌(NSCLC)如鳞状NSCLC或非鳞状NSCLC)。在实施方案中，高TMB癌症是黑色素瘤。在实施方案中，高TMB癌症是尿道上皮癌。
在实施方案中，患者患有肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)表达升高的癌症，即，患者患有高TIL癌症。在实施方案中，高TIL癌症是乳腺癌(例如，三阴性乳腺癌(TNBC)或HER2-阳性乳腺癌)。在实施方案中，高TIL癌症是转移性癌症(例如，转移性乳腺癌)。
通过本发明的方法治疗的癌症的非限制性实例可包括黑色素瘤(例如，转移性恶性黑色素瘤)、肾癌(例如透明细胞癌)、前列腺癌(例如激素难治性前列腺癌)、胰脏腺癌、乳腺癌、结肠癌、肺癌(例如非小细胞肺癌)、食道癌,头颈癌、鳞状细胞癌、肝癌、卵巢癌、子宫颈癌、甲状腺癌、胶质母细胞瘤、神经胶质瘤、白血病、淋巴瘤、间皮瘤、肉瘤和其它赘生性恶性肿瘤。另外，本发明包括可使用本发明的方法抑制其生长的难治性或复发性恶性肿瘤。在一些实施方案中，用本发明的方法治疗的癌症包括，例如癌、鳞状癌(例如、子宫颈管、眼睑、结膜、阴道、肺、口腔、皮肤、膀胱、头颈、舌、喉和食道)和腺癌(例如，前列腺、小肠、子宫内膜、子宫颈管、大肠、肺、胰腺、食道、直肠、子宫、胃、乳腺和卵巢)。在一些实施方案中，用本发明的方法治疗的癌症还包括肉瘤(例如肌原性肉瘤)、白血病性增生、神经瘤、黑色素瘤以及淋巴瘤。在一些实施方案中，癌症是黑色素瘤、肾细胞癌、肺癌、膀胱癌、乳腺癌、子宫颈癌、结肠癌、胆囊癌、喉癌、肝癌、甲状腺癌、胃癌、唾液腺癌、前列腺癌、胰腺癌或默克尔细胞癌(参见，例如，Bhatia等人,Curr.Oncol.Rep.,13(6):488-497(2011))。
在实施方案中，癌症是急性髓性白血病(“AML”)、急性淋巴母细胞白血病(“ALL”)、腺癌、肺腺癌、肾上腺皮质癌、肛门癌(例如肛门鳞状细胞癌)、阑尾癌、B细胞衍生的白血病、B细胞衍生的淋巴瘤、膀胱癌、脑癌、乳腺癌(例如，三阴性乳腺癌(TNBC)或非三阴性乳腺癌)、输卵管癌、睾丸癌、脑癌、子宫颈癌(例如，子宫颈鳞状细胞癌)、胆管癌、绒毛膜癌、慢性髓性白血病、CNS肿瘤、结肠腺癌、结肠癌或结肠直肠癌(例如，结肠腺癌)、扩散性内因性脑桥神经胶质瘤(DIPG)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(“DLBCL”)、胚胎性横纹肌肉瘤(ERMS)、子宫内膜癌、上皮癌、食道癌(例如，食道鳞状细胞癌)、尤因肉瘤、眼癌(例如，葡萄膜黑色素瘤)、滤泡性淋巴瘤(“FL”)、胆囊癌、胃癌、胃肠道癌、多形性胶质母细胞瘤、神经胶质瘤(例如，低级别神经胶质瘤)、头颈癌(例如，头颈鳞状细胞癌(SCHNC))、血液癌症、肝细胞癌、霍奇金淋巴瘤(HL)/原发性纵隔B细胞淋巴瘤、肾癌(例如，肾透明细胞癌、肾乳头状癌或肾嫌色细胞癌)、大B细胞淋巴瘤、喉癌、白血病、肝癌、肺癌(例如，非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌、肺腺癌或肺鳞状细胞癌)、淋巴瘤、黑色素瘤、默克尔细胞癌、间皮瘤、单核细胞白血病、多发性骨髓瘤、骨髓瘤、神经母细胞衍生CNS肿瘤(例如，神经母细胞瘤(NB))、非霍奇金淋巴瘤(NHL)、非小细胞肺癌(NSCLC)、口腔癌、骨肉瘤、卵巢癌、卵巢癌、胰腺癌、腹膜癌、嗜铬细胞瘤、原发性腹膜癌、前列腺癌、复发性或难治性典型霍奇金淋巴瘤(cHL)、肾癌(例如，肾细胞癌)、直肠癌(直肠癌瘤)、唾液腺癌(例如，唾液腺肿瘤)、肉瘤、皮肤癌、小细胞肺癌、小肠癌、阴茎鳞状细胞癌、软组织肉瘤、食道鳞状细胞癌、头颈鳞状细胞癌(SCHNC)、肺鳞状细胞癌、胃癌、T细胞衍生的白血病、T细胞衍生的淋巴瘤、睾丸肿瘤、胸腺癌、胸腺瘤、甲状腺癌(甲状腺癌瘤)、葡萄膜黑色素瘤、尿道上皮细胞癌、子宫癌(例如，子宫内膜癌或子宫肉瘤如子宫癌肉瘤)、阴道癌(例如，阴道鳞状细胞癌)、外阴癌(例如，外阴鳞状细胞癌)或维尔姆斯肿瘤。
在实施方案中，癌症是腺癌、子宫内膜癌、乳腺癌、卵巢癌、子宫颈癌、输卵管癌、睾丸癌、原发性腹膜癌、结肠癌、结肠直肠癌、胃癌、小肠癌、肛门鳞状细胞癌、阴茎鳞状细胞癌、子宫颈鳞状细胞癌、阴道鳞状细胞癌、外阴鳞状细胞癌、软组织肉瘤、黑色素瘤、肾细胞癌、肺癌、非小细胞肺癌、肺腺癌、肺鳞状细胞癌、胃癌、膀胱癌、胆囊癌、肝癌、甲状腺癌、喉癌、唾液腺癌、食道癌、头颈癌、头颈鳞状细胞癌、前列腺癌、胰腺癌、间皮瘤、默克尔细胞癌、肉瘤、胶质母细胞瘤、血液癌症、多发性骨髓瘤、B细胞淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤/原发性纵隔B细胞淋巴瘤、慢性髓性白血病、急性髓性白血病、急性淋巴母细胞白血病、非霍奇金淋巴瘤、神经母细胞瘤、CNS肿瘤、扩散性内因性脑桥神经胶质瘤(DIPG)、尤因肉瘤、胚胎性横纹肌肉瘤、骨肉瘤或维尔姆斯肿瘤。在实施方案中，癌症是：MSS或MSI-L；特征是微卫星体不稳定性；是MSI-H；具有高TMB；具有高TMB且是MSS或MSI-L；具有高TMB且是MSI-H；具有缺陷性DNA错配修复系统；在DNA错配修复基因中有缺陷；是超突变性癌症；是HRD或HRR癌症；包含聚合酶δ的突变(POLD)；或包含聚合酶ε的突变(POLE)。
在实施方案中，癌症是大B细胞淋巴瘤、胸腺瘤、急性髓性白血病、睾丸肿瘤、肺腺癌、非小细胞肺癌、肾透明细胞癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、非三阴性乳腺癌(非TNBC)、胃癌、肺鳞状细胞癌、间皮瘤、胰腺癌、子宫颈癌、头颈癌、黑色素瘤、肝细胞癌、鼻咽癌、食道癌、结肠腺癌、结肠直肠癌、直肠癌、胆管癌、子宫内膜癌、肉瘤、膀胱癌、甲状腺癌、肾乳头状癌、多形性胶质母细胞瘤、肝癌、子宫癌肉瘤、嗜铬细胞瘤、低级别神经胶质瘤、肾嫌色细胞、肾上腺皮质癌或葡萄膜黑色素瘤。
在其它实施方案中，癌症是头颈癌、肺癌(例如，非小细胞肺癌(NSCLC))、肾癌、膀胱癌、黑色素瘤、默克尔细胞癌、子宫颈癌、阴道癌、外阴癌、子宫癌、子宫内膜癌、卵巢癌、输卵管癌、乳腺癌、前列腺癌、唾液腺肿瘤、胸腺瘤、肾上腺皮质癌、食道癌、胃癌、结肠直肠癌、阑尾癌、尿道上皮细胞癌或鳞状细胞癌(例如，肺鳞状细胞癌；肛门生殖器区鳞状细胞癌，包括肛门、阴茎、子宫颈、阴道或外阴的鳞状细胞癌；或食道鳞状细胞癌)。
在一些实施方案中，本发明情况下治疗的癌症是黑色素瘤、肾细胞癌、肺癌、膀胱癌、乳腺癌、子宫颈癌、结肠癌、胆囊癌、喉癌、肝癌、甲状腺癌、胃癌、唾液腺癌、前列腺癌、胰腺癌或默克尔细胞癌。
在实施方案中，癌症是淋巴瘤如霍奇金病、非霍奇金淋巴瘤、多发性骨髓瘤、沃尔登斯特伦巨球蛋白血症(Waldenstrom’s macroglobulinemia)、重链疾病和真性红细胞增多症。
在实施方案中，癌症是鳞状细胞癌。在实施方案中，癌症是肺鳞状细胞癌。在实施方案中，癌症是食道鳞状细胞癌。在实施方案中，癌症是肛门生殖器区域鳞状细胞癌(例如，肛门、阴茎、子宫颈、阴道或外阴的鳞状细胞癌)。在实施方案中，癌症是头颈鳞状细胞癌(HNSCC)。
在实施方案中，癌症是膀胱癌、乳腺癌(例如，三阴性乳腺癌(TNBC))、输卵管癌、胆管癌、结肠腺癌、子宫内膜癌、食道癌、尤因肉瘤、胃癌、肾透明细胞癌、肺癌(例如，肺腺癌或肺鳞状细胞癌)、间皮瘤、卵巢癌、胰腺癌、腹膜癌、前列腺癌、子宫内膜癌或葡萄膜黑色素瘤。在实施方案中，癌症是卵巢癌、输卵管癌或腹膜癌。在实施方案中，癌症是乳腺癌(例如，TNBC)。在实施方案中，癌症是肺癌(例如，非小细胞肺癌)。在实施方案中，癌症是前列腺癌。
在实施方案中，癌症是CNS或脑癌如神经母细胞瘤(NB)、神经胶质瘤、扩散性内因性脑桥神经胶质瘤(DIPG)、毛细胞型星形细胞瘤、星形细胞瘤、间变性星形细胞瘤、多形性胶质母细胞瘤、髓母细胞瘤、颅咽管瘤、室管膜瘤、松果体瘤、血管母细胞瘤、听神经瘤、少突神经胶质瘤、脑膜瘤、前庭神经鞘瘤、腺瘤、转移性脑瘤、脑膜瘤、脊髓肿瘤或髓母细胞瘤。在实施方案中，癌症是CNS肿瘤。
在其它实施方案中，癌症是黑色素瘤、肾细胞癌、肺癌、膀胱癌、乳腺癌、子宫颈癌、结肠癌、胆囊癌、喉癌、肝癌、甲状腺癌、胃癌、唾液腺癌、前列腺癌、胰腺癌或默克尔细胞癌(参见，例如，Bhatia等人,Curr.Oncol.Rep.,13(6):488-497(2011))。
在一些实施方案中，患者或患者群体患有血液癌症。在一些实施方案中，患者患有血液癌症、如弥漫性大B细胞淋巴瘤(“DLBCL”)、霍奇金淋巴瘤(“HL”)、非霍奇金淋巴瘤(“NHL”)、滤泡性淋巴瘤(“FL”)、急性髓性白血病(“AML”)、急性淋巴母细胞白血病(“ALL”)或多发性骨髓瘤(“MM”)。在实施方案中，癌症是血源性癌症、如急性淋巴母细胞白血病(“ALL”)、急性淋巴母细胞B细胞白血病、急性淋巴母细胞T细胞白血病、急性粒细胞白血病(“AML”)、急性淋巴母细胞白血病(“ALL”)、急性早幼粒细胞白血病(“APL”)、急性成单核细胞性白血病、急性红白血病性白血病(acute erythroleukemic leukemia)、急性巨核母细胞白血病、急性粒单核细胞白血病、急性非淋巴细胞白血病、急性未分化性白血病、慢性髓细胞白血病(“CML”)、慢性淋巴细胞白血病(“CLL”)、毛细胞白血病和多发性骨髓瘤；急性和慢性白血病、如淋巴母细胞、骨髓性、淋巴细胞和髓细胞白血病。在实施方案中，血液癌症是淋巴瘤(例如，霍奇金淋巴瘤(例如，复发性或难治性典型霍奇金淋巴瘤(cHL)、非霍奇金淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤或前体T-淋巴母细胞淋巴瘤)、淋巴上皮癌或恶性组织细胞增生症。
在一些实施方案中，患者或患者群体患有实体瘤。在实施方案中，癌症是实体瘤，如纤维肉瘤、粘液肉瘤、脂肪肉瘤、软骨肉瘤、成骨肉瘤、脊索瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤、滑膜瘤、间皮瘤、尤因肿瘤、平滑肌肉瘤、横纹肌肉瘤、骨肉瘤、结肠癌、结肠直肠癌、肾癌、胰腺癌、骨癌、乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌、食道癌、胃癌、口腔癌、鼻腔癌、咽喉癌、鳞状细胞癌、基底细胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳头状癌、乳头状腺癌、囊腺癌、髓性癌、支气管癌、肾细胞癌、肝瘤、胆管癌、绒毛膜癌、精原细胞瘤、胚胎癌、维尔姆斯肿瘤、子宫颈癌、子宫癌、睾丸癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌、膀胱癌、肺癌、上皮癌、皮肤癌、黑色素瘤、神经母细胞瘤(NB)或视网膜母细胞瘤。在一些实施方案中，肿瘤是晚期实体瘤。在一些实施方案中，肿瘤是转移性实体瘤。在一些实施方案中，患者患有MSI-H实体瘤。在实施方案中，实体瘤是MSS实体瘤。在实施方案中，实体瘤是POLE-突变实体瘤。在实施方案中，实体瘤是MSS实体瘤。在实施方案中，实体瘤是POLD-突变实体瘤。
在一些实施方案中，通过本发明的方法治疗的患者或患者群体患有或易患有癌症，如，头颈癌、肺癌(例如，非小细胞肺癌(NSCLC))、肾癌、膀胱癌、黑色素瘤、默克尔细胞癌、子宫颈癌、阴道癌、外阴癌、子宫癌、子宫内膜癌、卵巢癌、输卵管癌、乳腺癌、前列腺癌、唾液腺肿瘤、胸腺瘤、肾上腺皮质癌、食道癌、胃癌、结肠直肠癌、阑尾癌、尿道上皮细胞癌或鳞状细胞癌(例如，肺鳞状细胞癌；肛门生殖器区鳞状细胞癌、包括肛门、阴茎、子宫颈、阴道或外阴的鳞状细胞癌；或食道鳞状细胞癌)。在一些实施方案中，通过本发明的方法治疗的患者或患者群体患有或易患有肺癌(例如，NSCLC)、肾癌、黑色素瘤、子宫颈癌、结肠直肠癌或子宫内膜癌(例如，MSS子宫内膜癌或MSI-H子宫内膜癌)。
在一些实施方案中，通过本发明的方法治疗的患者或患者群体患有或易患有非小细胞肺癌(NSCLC)、肝细胞癌、肾癌、黑色素瘤、子宫颈癌、结肠直肠癌、肛门生殖器区域鳞状细胞癌(例如，肛门、阴茎、子宫颈、阴道或外阴的鳞状细胞癌)、头颈癌、三阴性乳腺癌、卵巢癌或子宫内膜癌。在一些实施方案中，患者患有晚期实体瘤、如非小细胞肺癌(NSCLC)、肝细胞癌、肾癌、黑色素瘤、子宫颈癌、结肠直肠癌、肛门生殖器区域鳞状细胞癌(例如，肛门、阴茎、子宫颈、阴道或外阴的鳞状细胞癌)、头颈癌、三阴性乳腺癌、卵巢癌或子宫内膜癌。在一些实施方案中，患者患有具有微卫星体不稳定性的晚期实体瘤。
在一些实施方案中，癌症是妇科癌症(即，女性生殖系统的癌症如卵巢癌、输卵管癌、子宫颈癌、阴道癌、外阴癌、子宫癌或原发性腹膜癌或乳腺癌)。在一些实施方案中，女性生殖系统的癌症包括但不限于，卵巢癌、输卵管癌、腹膜癌和乳腺癌。
在实施方案中，癌症是卵巢癌(例如，浆液性或透明细胞卵巢癌)。在实施方案中，癌症是输卵管癌(例如，浆液性或透明细胞输卵管癌)。在实施方案中，癌症是原发性腹膜癌(例如，浆液性或透明细胞原发性腹膜癌)。
在一些实施方案中，卵巢癌是上皮癌。上皮癌构成卵巢癌的85％至90％。尽管历史上认为，卵巢癌开始于卵巢表面，但新证据表明，至少有一些卵巢癌始于作为输卵管一部分的特殊细胞中。输卵管是将妇女的卵巢与子宫相连的小导管，其是妇女生殖系统的一部分。在正常的女性生殖系统中，有两个输卵管，各位于子宫的一侧。从输卵管开始的癌细胞会在早期进入卵巢表面。术语“卵巢癌”通常用于描述始于卵巢、输卵管和称为腹膜的腹腔内壁衬里的上皮癌。在一些实施方案中，癌症是生殖细胞肿瘤或包括生殖细胞肿瘤。生殖细胞肿瘤是在卵巢的产生卵子的细胞中发展的一种卵巢癌类型。在一些实施方案中，癌症是间质瘤或包括间质瘤。间质瘤在将卵巢固定在一起的结缔组织细胞中发展，该组织有时是制造称为雌激素的女性激素的组织。在一些实施方案中，癌症是颗粒细胞瘤或包括颗粒细胞瘤。颗粒细胞瘤可分泌雌激素，在诊断时会导致异常的阴道出血。在一些实施方案中，妇科癌症与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷(HRD)、同源重组修复(HRR)基因的突变或缺失和/或BRCA1/2突变相关。在一些实施方案中，妇科癌症是铂敏感的。在一些实施方案中，妇科癌症对基于铂的疗法有反应。在一些实施方案中，妇科癌症对基于铂的疗法已产生抗性。在一些实施方案中，妇科癌症一度显示出对基于铂的疗法的部分或完全反应(例如，对最后一次基于铂的疗法或对倒数第二次基于铂的疗法的部分或完全反应)。在一些实施方案中，妇科癌症现在对基于铂的疗法有抗性。
在实施方案中，癌症是乳腺癌。通常乳腺癌始于被称为小叶的产乳腺的细胞，或始于导管中。不太常见的是，乳腺癌可以始于间质组织。所述组织包括乳房的脂肪组织和纤维结缔组织。随着时间的流逝，乳腺癌细胞会以所谓的转移过程侵入附近的组织，例如腋下淋巴结或肺。乳腺癌的阶段、肿瘤的大小和它的生长速率都是决定所提供的治疗的类型的因素。治疗选择包括手术切除肿瘤、包括化学疗法和激素疗法的药物治疗、放射疗法和免疫疗法。预后和生存率差异很大。五年相对生存率在98％到23％之间变化，取决于发生的乳腺癌的类型。乳腺癌是全球第二大常见癌症，2012年新增病例约170万，也是第五大最常见的癌症死因，死亡人数约为521,000。在这些病例中，大约15％是三阴性，其不表达雌激素受体、孕激素受体(PR)或HER2。在一些实施方案中，三阴性乳腺癌(TNBC)表征为雌激素受体表达阴性(<1％的细胞)、孕激素受体表达阴性(<1％的细胞)和HER2-阴性的乳腺癌细胞。
在实施方案中，癌症是ER-阳性乳腺癌、ER-阴性乳腺癌、PR-阳性乳腺癌、PR-阴性乳腺癌、HER2-阳性乳腺癌、HER2-阴性乳腺癌、BRCA1/2-阳性乳腺癌、BRCA1/2-阴性癌症或三阴性乳腺癌(TNBC)。在实施方案中，癌症是三阴性乳腺癌(TNBC)。在一些实施方案中，乳腺癌是转移性乳腺癌。在一些实施方案中，乳腺癌是晚期乳腺癌。在一些实施方案中，癌症是II期、III期或IV期乳腺癌。在一些实施方案中，癌症是IV期乳腺癌。在一些实施方案中，乳腺癌是三阴性乳腺癌。在实施方案中，乳腺癌是转移性乳腺癌。在实施方案中，乳腺癌是MSI-H乳腺癌。在实施方案中，乳腺癌是MSS乳腺癌。在实施方案中，乳腺癌是POLE-突变乳腺癌。在实施方案中，乳腺癌是POLD-突变乳腺癌。在实施方案中，乳腺癌是高TMB乳腺癌。在实施方案中，乳腺癌与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。
在一些实施方案中，通过本发明的方法治疗的患者或患者群体患有或易患有子宫内膜癌。子宫内膜癌是最常见的女性生殖器癌症，每年占每100000人中的10–20人。全世界每年子宫内膜癌(EC)新病例数估计约为32.5万。此外，EC是绝经后妇女中最常见的癌症。约53％的子宫内膜癌病例发生在发达国家。2015年，在美国诊断出大约55,000例EC病例，且目前尚无批准用于EC的靶向疗法。需要改善在1L和2L设定下晚期和复发性EC的生存率的药剂和方案。预计2016年在美国将有10,170人死于EC。最常见的组织学形式是子宫内膜样腺癌，约占诊断病例的75-80％。其它组织学形式包括子宫乳头浆液性(少于10％)、透明细胞4％、粘液1％、鳞状少于1％以及混合型约10％。
从发病机理的观点来看，EC分为两种不同的类型，即I型和II型。I型肿瘤是低级别且与雌激素相关的子宫内膜样癌(EEC)，而II型肿瘤是非子宫内膜样(NEEC)(主要是浆液性和透明细胞)癌。世界卫生组织最近更新了EC的病理学分类，可识别9种不同的EC亚型，但是EEC和浆液性癌(SC)占绝大多数。EEC是与雌激素有关的癌，多发于围绝经期的患者中，并伴有前体病变(子宫内膜增生/子宫内膜样上皮内瘤形成)。在显微镜下，低级别EEC(EEC 1-2)包含管状腺体，有点类似于增生的子宫内膜，其结构复杂，具有腺体融合和筛状图案。高级别EEC表现出实心生长图案。相反，SC发生在绝经后且没有雌激素过多的患者中。在显微镜下，SC显示出较厚、纤维化或水肿的乳头，伴随有肿瘤细胞的明显分层、细胞出芽和具有大的嗜酸性粒细胞质的间变性细胞。EEC绝大多数为低级别肿瘤(1级和2级)，如果局限于子宫，则预后良好。3级EEC(EEC3)是一种侵袭性肿瘤，其淋巴结转移的频率增加。SC具有很强的侵袭性，与雌激素刺激无关，主要发生在老年妇女中。EEC 3和SC被认为是高级别肿瘤。已使用1988年至2001年的监视、流行病学和最终结果(surveillance,epidemiology and EndResults；SEER)计划的数据对SC和EEC3进行了比较。SC和EEC3分别占EC的10％和15％，但分别占癌症死亡的39％和27％。子宫内膜癌也可以分为四个分子亚组：(1)超级突变性/POLE-突变；(2)超突变MSI+(例如，MSI-H或MSI-L)；(3)复制数低/微卫星体稳定(MSS)；和(4)复制数高/浆液样。大约28％的病例是MSI-高(Murali,Lancet Oncol.(2014)。在一些实施方案中，患者患有2L子宫内膜癌的错配修复缺陷亚组。在实施方案中，子宫内膜癌是转移性子宫内膜癌。在实施方案中，患者患有MSS子宫内膜癌。在实施方案中，患者患有MSI-H子宫内膜癌。在实施方案中，子宫内膜癌是MSI-L子宫内膜癌。在实施方案中，子宫内膜癌是MSS子宫内膜癌。在实施方案中，子宫内膜癌是POLE-突变子宫内膜癌(例如，包含POLE突变的MSI-H子宫内膜癌)。在实施方案中，子宫内膜癌是POLD-突变子宫内膜癌(例如，包含POLD突变的MSI-H子宫内膜癌)。在实施方案中，子宫内膜癌是高TMB子宫内膜癌。在实施方案中，子宫内膜癌与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因的突变或缺失。
在实施方案中，癌症是性腺肿瘤。
在实施方案中，癌症是非子宫内膜癌(例如，非子宫内膜实体瘤)。在实施方案中，非子宫内膜癌是晚期癌症。在实施方案中，非子宫内膜癌是转移性癌症。在实施方案中，非子宫内膜癌是MSI-H癌症。在实施方案中，非子宫内膜癌是MSI-L子宫内膜癌。在实施方案中，非子宫内膜癌是MSS癌症。在实施方案中，非子宫内膜癌是POLE-突变癌症(例如，包含POLE突变的MSI-H非子宫内膜癌)。在实施方案中，非子宫内膜癌是POLD-突变癌症(例如，包含POLD突变的MSI-H非子宫内膜癌)。在实施方案中，非子宫内膜癌是实体瘤(例如，MSS实体瘤、MSI-H实体瘤、POLD突变实体瘤或POLE-突变实体瘤)。在实施方案中，非子宫内膜癌是高TMB癌症。在实施方案中，非子宫内膜癌与同源重组修复缺陷/同源修复缺陷相关(“HRD”)或其特征是同源重组修复(HRR)基因突变或缺失。
在实施方案中，癌症是肺癌。在实施方案中，肺癌是肺鳞状细胞癌。在实施方案中，肺癌是小细胞肺癌(SCLC)。在实施方案中，肺癌是非小细胞肺癌(NSCLC)如鳞状NSCLC。在实施方案中，肺癌是ALK易位肺癌(例如，ALK易位NSCLC)。在实施方案中，癌症是鉴定有ALK易位的NSCLC。在实施方案中，肺癌是EGFR-突变肺癌(例如，EGFR-突变NSCLC)。在实施方案中，癌症是鉴定有EGFR-突变的NSCLC。
在实施方案中，癌症是结肠直肠(CRC)癌(例如，实体瘤)。在实施方案中，结肠直肠癌是晚期结肠直肠癌。在实施方案中，结肠直肠癌是转移性结肠直肠癌。在实施方案中，结肠直肠癌是MSI-H结肠直肠癌。在实施方案中，结肠直肠癌是MSS结肠直肠癌。在实施方案中，结肠直肠癌是POLE-突变结肠直肠癌。在实施方案中，结肠直肠癌是POLD-突变结肠直肠癌。在实施方案中，结肠直肠癌是高TMB结肠直肠癌。
在实施方案中，癌症是黑色素瘤。在实施方案中，黑色素瘤是晚期黑色素瘤。在实施方案中，黑色素瘤是转移性黑色素瘤。在实施方案中，黑色素瘤是MSI-H黑色素瘤。在实施方案中，黑色素瘤是MSS黑色素瘤。在实施方案中，黑色素瘤是POLE-突变黑色素瘤。在实施方案中，黑色素瘤是POLD-突变黑色素瘤。在实施方案中，黑色素瘤是高TMB黑色素瘤。
在实施方案中，癌症是复发性癌症(例如，复发性妇科癌症，如复发性卵巢上皮癌、复发性输卵管癌、复发性原发性腹膜癌或复发性子宫内膜癌)。
在实施方案中，免疫相关的基因表达特征可以预测用于如本文所述癌症的抗PD-1疗法的反应。例如，包含与IFN-γ信号传导相关的基因的基因组可用于鉴定将从抗PD-1疗法中受益的癌症患者。示例性基因组描述于Ayers等人,J.Clin.Invest.,127(8):2930-2940,2017中。在实施方案中，癌症患者患有的癌症是乳腺癌(例如，TNBC)或卵巢癌。在实施方案中，癌症患者患有的癌症是膀胱癌、胃癌、胆管癌、食道癌或头颈鳞状细胞癌(HNSCC)。在实施方案中，癌症患者患有的癌症是肛门癌或结肠直肠癌。
在一些实施方案中，患者患有表达PD-L1的肿瘤。在一些实施方案中，在患者或患者群体中评估PD-L1状态。在一些实施方案中，在抗PD-1抗体药剂处理之前、期间和/或之后，评估档案中或新预处理的活检样本中的突变负荷和基线基因表达特征。在一些实施方案中，评估患者中TIM-3和/或LAG-3的状态和/或表达。
在一些实施方案中，患者以前曾接受过一种或多种不同的癌症治疗形式的治疗。在一些实施方案中，癌症患者群体中至少有一些患者先前曾接受过手术、放疗、化疗或免疫疗法中的一种或多种的治疗。在一些实施方案中，癌症患者群体中的至少一些患者先前已接受过化疗(例如，基于铂的化学疗法)。例如，接受过两种癌症治疗路线的患者可以被识别为2L癌症患者(例如，2L NSCLC患者)。在实施方案中，患者已接受了两种或更多癌症治疗路线(例如，2L+癌症患者，如2L+子宫内膜癌患者)。在实施方案中，患者之前未接受过抗PD-1治疗。在实施方案中，一名患者先前至少接受过一种癌症治疗路线(例如，先前接受过至少一种或至少两种的癌症治疗路线的患者)。在实施方案中，患者先前曾接受过至少一种转移癌的治疗路线(例如，先前接受过一种或两种转移癌治疗路线的患者)。
在实施方案中，病人先前未接受过免疫疗法的治疗(例如，患者先前未接受过抗PD-1、抗PD-L1、抗CTLA-4、抗TIM-3和/或抗LAG-3治疗)。在实施方案中，患者先前未接受过抗PD-1免疫疗法的治疗。在实施方案中，患者先前未接受过抗PD-L1免疫疗法的治疗。在实施方案中，患者先前未曾接受过抗CTLA-4免疫疗法的治疗。在实施方案中，患者先前未接受过抗TIM-3免疫疗法的治疗。在实施方案中，患者先前未接受过抗LAG-3免疫疗法的治疗。在实施方案中，之前未接受免疫疗法治疗的患者已接受了至少一种如本文所述的其它治疗路线(LOT)。在实施方案中，之前未接受免疫疗法治疗的患者已接受一种、二种、三种、四种或五种先前的LOT(例如，如本文所述的任何LOT)。
在实施方案中，患者先前已接受至少一种免疫疗法治疗(例如，患者先前曾接受过抗PD-1，抗PD-L1，抗CTLA-4，抗TIM-3和/或抗LAG-3疗法的治疗)。在实施方案中，患者曾经接受过抗PD-1免疫疗法的治疗。在实施方案中，患者曾经接受过抗PD-L1免疫疗法的治疗。在实施方案中，患者曾经接受过抗CTLA-4免疫疗法的治疗。在实施方案中，患者曾经接受过抗TIM-3免疫疗法的治疗。在实施方案中，患者曾经接受过抗LAG-3免疫疗法的治疗。在实施方案中，曾经接受免疫疗法治疗的患者已接受了至少一种如本文所述的其它治疗路线(LOT)。在实施方案中，之前未接受免疫疗法治疗的患者已接受一种、二种、三种、四种或五种先前的LOT(例如，如本文所述的任何LOT)。
在实施方案中，受试者对抑制PD-1的药剂的治疗有抗性。在实施方案中，受试者对抑制PD-1的药剂的治疗无反应。在实施方案中，本文所述的方法可使受试者对用抑制PD-1的药剂进行的治疗敏感。
在一些实施方案中，用本发明的方法治疗的疾病是传染病。在一些实施方案中，传染病是由病毒或细菌引起的。在一些实施方案中，该病毒是人类免疫缺陷病毒(HIV)、呼吸道合胞病毒(RSV)、流感病毒、登革热病毒、爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)、人乳头瘤病毒(HPV)、B型肝炎病毒(HBV)或C型肝炎病毒(HCV)，任选地，其中所述癌症是病毒感染的头颈癌、子宫颈癌、肝细胞癌或鼻咽癌。当本发明的方法治疗传染病时，抗LAG-3抗体药剂可与至少一种抗细菌剂或至少一种抗病毒剂组合施用。在这方面，抗菌剂可以是本领域已知的任何合适的抗生素。抗病毒剂可以是特异性靶向特定病毒的任何合适类型的疫苗(例如，减毒活疫苗、亚单位疫苗、重组载体疫苗和小分子抗病毒疗法(例如，病毒复制抑制剂和核苷类似物)。
公开的方法可用于治疗任何类型的自身免疫疾病(即，免疫系统过度活跃所引起的疾病或病症，其中人体攻击并破坏其自身的组织)，如例如在MacKay I.R.和Rose N.R.编辑,The Autoimmune Diseases,第五版,Academic Press,Waltham,MA(2014)中所述的那些自身免疫疾病。可以通过本发明公开的方法治疗的自身免疫疾病的实例包括但不限于，多发性硬化症、1型糖尿病、类风湿性关节炎、硬皮病、克罗恩病、牛皮癣、系统性红斑狼疮(SLE)和溃疡性结肠炎。当本发明的方法治疗自身免疫疾病时，抗LAG-3抗体药剂可与抗炎剂组合使用，所述抗炎剂包括，例如皮质类固醇(例如，泼尼松和氟替卡松)和非甾体类抗炎药(NSAID)(例如，阿司匹林、布洛芬和萘普生)。
施用包含以下成分的组合物在哺乳动物中诱导针对癌症或传染病的免疫应答：公开的免疫球蛋白重链多肽、公开的免疫球蛋白轻链多肽、公开的抗LAG-3抗体药剂、公开的编码前述任一者的核酸序列或包含公开的核酸序列的公开的载体。“免疫应答”可涉及例如抗体的产生和/或免疫效应细胞(例如，T细胞)的活化。
LAG-3药剂的示例性剂量和剂量方案
如本文所用，术语“治疗”等可以指获得期望的药理学和/或生理学效果。在一些实施方案中，该作用可以是治疗性的，即，该作用部分或完全地治愈疾病和/或归因于该疾病的不良症状。为此，所公开的方法可以包括施用“治疗有效量”的LAG-3药剂。“治疗有效量”可以指在必要的剂量和时间段有效达到期望的治疗效果的量。治疗有效量可根据个体的疾病状态、年龄、性别和体重以及抗LAG-3抗体药剂在个体中引起期望的反应的能力而变化。例如，LAG-3药剂的治疗有效量可以是降低人类中LAG-3生物活性的量。
或者，药理学和/或生理学作用可以是预防性的，即，该作用完全或部分预防疾病或症状。在这方面，所公开的方法可以包括施用“预防有效量”的LAG-3药剂。“预防有效量”可以指在必要的剂量和时间段有效达到期望的预防结果(例如，阻止疾病发作)的量。
典型剂量可以例如在1pg/kg至20mg/kg动物或人类体重的范围内；然而，低于或高于该示例性范围的剂量可在本发明的范围内。每日肠胃外剂量可以是约0.00001μg/kg至约20mg/kg总体重(例如，约0.001μg/kg、约0.1μg/kg、约1μg/kg、约5μg/kg、约10μg/kg、约100μg/kg、约500μg/kg、约1mg/kg、约5mg/kg、约10mg/kg或由前述数值中任意二者定义的范围)、约0.1μg/kg至约10mg/kg总体重(例如，约0.5μg/kg、约1μg/kg、约50μg/kg、约150μg/kg、约300μg/kg、约750μg/kg、约1.5mg/kg、约5mg/kg或由前述数值中任意二者定义的范围)、约1μg/kg至5mg/kg总体重(例如，约3μg/kg、约15μg/kg、约75μg/kg、约300μg/kg、约900μg/kg、约2mg/kg、约4mg/kg或由前述数值中任意二者定义的范围)或约0.5至15mg/kg体重每天(例如，约1mg/kg、约2.5mg/kg、约3mg/kg、约6mg/kg、约9mg/kg、约11mg/kg、约13mg/kg或由前述数值中任意二者定义的范围)。可以通过定期评估接受治疗的患者来监测治疗或预防效果。对于几天或更长时间的重复施用，根据病情的不同，可以重复治疗，直到出现期望的对疾病症状的抑制为止；或者可替代地，治疗可持续患者的一生。然而，可使用其它剂量方案，并且可落入本发明的范围内。可以通过单次推注施用组合物、多次推注施用组合物或连续输注施用组合物来递送所需剂量。
在一些实施方案中，LAG-3药剂作为单一疗法对受试者施用以诱导免疫应答。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂作为单一疗法对患有癌症的患者施用。患者可以患有任何类型的癌症。在一些实施方案中，该癌症包括以下任何一个或多个：上皮性卵巢癌(EOC)、三阴性乳腺癌(TNBC)、抗PD-1/PD-L1后的尿路上皮癌(UC)和无
Figure BDA0002316778750001061
抗PD-1/L1的UC。
在一些实施方案中，对患者施用一定剂量的LAG-3药剂。在一些实施方案中，适当的剂量包括10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790或800mg/患者。在一些实施方案中，剂量选自20、80、240和720mg/患者。在实施方案中，合适的剂量在约240mg/患者至约720mg/患者的范围内。在实施方案中，适当的剂量为约240mg/患者、约320mg/患者、约400mg/患者、约480mg/患者、约500mg、约560mg/患者、约640mg/患者或约720/mg患者。在实施方案中，适当的剂量为约200mg/患者、约300mg/患者、约400mg/患者、约500mg/患者、约600mg/患者或约700mg/患者。在其它实施方案中，适当的剂量为约250mg/患者、约300mg/患者、约350mg/患者、约400mg/患者、约450mg/患者、约500mg/患者、约550mg/患者、约600mg/患者、约650mg/患者或约700mg/患者。
在一些实施方案中，所述方法包括以20mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，所述方法包括以80mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，所述方法包括以240mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，所述方法包括以720mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。
在一些实施方案中，该方法包括以高达约3000mg或高达约2500mg的剂量施用LAG-3药剂。
在实施方案中，本发明的方法包括以约20mg、约80mg、约240mg、约500mg、约720mg、约900mg、约1000mg、约1200mg、约1500mg、约1800mg、约2100mg、约2200mg或约2500mg的剂量施用LAG-3药剂。在实施方案中，本发明的方法包括以约500mg、约900mg、约1000mg、约1200mg、约1500mg、约1800mg、约2100mg、约2200mg或约2500mg的剂量施用LAG-3药剂。在实施方案中，本发明的方法包括以约500mg的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，本发明的方法包括以约900mg的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，本发明的方法包括以约1000mg的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，本发明的方法包括以约1200mg的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，本发明的方法包括以约1500mg的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，本发明的方法包括以约1800mg的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，本发明的方法包括以约2100mg的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，本发明的方法包括以约2200mg的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，本发明的方法包括以约2500mg的剂量施用LAG-3药剂。
在一些实施方案中，本发明的方法包括以约1mg/kg、约3mg/kg、约10mg/kg、约12mg/kg、约15mg/kg、约20mg/kg或约25mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，本发明的方法包括以约1mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，本发明的方法包括以约3mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，本发明的方法包括以约10mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，本发明的方法包括以约12mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，本发明的方法包括以约15mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，本发明的方法包括以约20mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，本发明的方法包括以约25mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。
抗LAG-3抗体的施用时间间隔可以是任意时间间隔。例如，在一些实施方案中，施用时间间隔是每周一次(Q1W)、每两周一次(Q2W)、每三周一次(Q3W)、每四周一次(Q4W)、每五周一次(Q5W)、每六周一次(Q6W)、每七周一次(Q7W)、每八周一次(Q8W)、每九周一次(Q9W)或每十周一次(Q10W)。在一些实施方案中，施用时间间隔是每两周一次(Q2W)。
例如，在一些实施方案中，施用时间间隔是每两周一次(Q2W)。
在一些实施方案中，约240mg剂量的LAG-3药剂每两周施用一次(Q2W)。
在一些实施方案中，约500mg剂量的LAG-3药剂每两周施用一次(Q2W)。
在一些实施方案中，约720mg剂量的LAG-3药剂每两周施用一次(Q2W)。
在一些实施方案中，约900mg剂量的LAG-3药剂每两周施用一次(Q2W)。
在一些实施方案中，约1000mg剂量的LAG-3药剂每两周施用一次(Q2W)。
在一些实施方案中，约1500mg剂量的LAG-3药剂每两周施用一次(Q2W)。
在一些实施方案中，约3mg/kg剂量的LAG-3药剂每两周施用一次(Q2W).
在一些实施方案中，约10mg/kg剂量的LAG-3药剂每两周施用一次(Q2W)。
在一些实施方案中，约12mg/kg剂量的LAG-3药剂每两周施用一次(Q2W)。
在一些实施方案中，约15mg/kg剂量的LAG-3药剂每两周施用一次(Q2W)。
例如，在一些实施方案中，施用时间间隔是每三周一次(Q3W)。
在一些实施方案中，约500mg剂量的LAG-3药剂每三周施用一次(Q3W)。
在一些实施方案中，约720mg剂量的LAG-3药剂每三周施用一次(Q3W)。
在一些实施方案中，约900mg剂量的LAG-3药剂每三周施用一次(Q3W)。
在一些实施方案中，约1000mg剂量的LAG-3药剂每三周施用一次(Q3W)。
在一些实施方案中，约1500mg剂量的LAG-3药剂每三周施用一次(Q3W)。
在一些实施方案中，约1800mg剂量的LAG-3药剂每三周施用一次(Q3W)。
在一些实施方案中，约2100mg剂量的LAG-3药剂每三周施用一次(Q3W)。
在一些实施方案中，约2200mg剂量的LAG-3药剂每三周施用一次(Q3W)。
在一些实施方案中，约2500mg剂量的LAG-3药剂每三周施用一次(Q3W)。
在一些实施方案中，约10mg/kg剂量的LAG-3药剂每三周施用一次(Q3W)。
在一些实施方案中，约12mg/kg剂量的LAG-3药剂每三周施用一次(Q3W)。
在一些实施方案中，约15mg/kg剂量的LAG-3药剂每三周施用一次(Q3W)。
在一些实施方案中，约20mg/kg剂量的LAG-3药剂每三周施用一次(Q3W)。
在一些实施方案中，约25mg/kg剂量的LAG-3药剂每三周施用一次(Q3W)。
在实施方案中，LAG-3药剂为包含以下的多肽：由SEQ ID NO:5定义的CDR-H1；由SEQ ID NO:6定义的CDR-H2；由SEQ ID NO:7定义的CDR-H3；由SEQ ID NO:8定义的CDR-L1；由SEQ ID NO:9定义的CDR-L2；及由SEQ ID NO:10定义的CDR-L3。在实施方案中，LAG-3药剂是包含以下的多肽：与SEQ ID NO:3具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的重链可变区氨基酸序列及与SEQ ID NO:4具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的轻链可变区氨基酸序列。在实施方案中，LAG-3药剂是包含以下的多肽：与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:21具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的重链多肽序列及与SEQID NO:2或SEQ ID NO:22具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的轻链多肽序列。在实施方案中，LAG-3药剂是TSR-033。
在一些实施方案中，如本文进一步所述，将LAG-3药剂以组合疗法对受试者施用(例如，与抗PD-1抗体组合以诱导免疫应答)。在一些实施方案中，将抗LAG-3抗体药剂施用于患有癌症的患者。患者可患有任何一种癌症。在一些实施方案中，癌症包括以下任何一种或多种：上皮性卵巢癌(EOC)、三阴性乳腺癌(TNBC)、抗PD-1/PD-L1后的尿路上皮癌(UC)和无抗PD-1/L1的UC。在一些实施方案中，接受抗LAG-3抗体药剂和抗PD-1抗体药剂的患者首先接受抗LAG-3抗体药剂的输注，然后接受抗PD-1抗体药剂的输注。在一些实施方案中，接受抗LAG-3抗体药剂和抗PD-1抗体药剂的患者首先接受抗PD-1抗体药剂的输注，然后接受抗LAG-3抗体药剂的输注。在一些实施方案中，患者接受10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790或800mg/患者的抗LAG-3抗体的输注，然后接受100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600mg/患者的抗PD-1抗体的输注。在一些实施方案中，接受20、80、240或720mg/患者的抗LAG-3抗体的输注，然后接受500mg/患者的抗PD-1抗体的输注。在一些实施方案中，患者接受100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600mg/患者的抗PD-1抗体的输注，然后接受10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790或800mg/患者的抗LAG-3抗体的输注。在一些实施方案中，患者接受500mg/患者的抗PD-1抗体的输注，然后接受20、80、240或720mg/患者的输注。在一些实施方案中，组合疗法的施用时间间隔为每周一次(Q1W)、每两周一次(Q2W)、每三周一次(Q3W)、每四周一次(Q4W)、每五周一次(Q5W)、每六周一次(Q6W)、每七周一次(Q7W)、每八周一次(Q8W)、每九周一次(Q9W)或每十周一次(Q10W)。在一些实施方案中，组合疗法的施用时间间隔为每三周一次(Q3W)。
在一些实施方案中，患者首先接受如上所述的单一疗法治疗方案，然后接受组合疗法。例如，在一些实施方案中，患者首先可以每周一次(Q1W)、每两周一次(Q2W)、每三周一次(Q3W)、每四周一次(Q4W)、每五周一次(Q5W)、每六周一次(Q6W)、每七周一次(Q7W)、每八周一次(Q8W)、每九周一次(Q9W)或每十周一次(Q10W)的时间间隔接受20、80、240或720mg/患者的抗LAG-3抗体的单一疗法，然后接受如上所述抗LAG-3抗体和抗PD-1抗体的组合疗法。
在一些实施方案中，在组合疗法期间，对患者施用一定剂量的抗LAG-3抗体，然后再施用PD-1抑制剂。在一些实施方案中，PD-1抑制剂以约500mg的第一剂量每3周施用一次，持续多个周期，例如，3、4或5个周期，然后以约1000mg的第二剂量每6周施用一次。在一些实施方案中，PD-1抑制剂以约500mg的第一剂量每3周施用一次，持续3个周期，然后以约1000mg的第二剂量每6周或更长时间施用一次。在一些实施方案中，PD-1抑制剂以约500mg的第一剂量每3周施用一次，持续5个周期，然后以约1000mg的第二剂量每6周或更长时间施用一次。在一些实施方案中，第二PD-1抑制剂剂量每6周施用一次。
包含有效量的公开的免疫球蛋白重链多肽、公开的免疫球蛋白轻链多肽、公开的抗LAG-3抗体药剂、编码前述任何一种的公开的核酸序列或包含公开的核酸序列的公开的载体的组合物可使用标准施用技术对哺乳动物施用，所述标准施用技术包括口服、静脉内、腹膜内、皮下、经肺、透皮、肌内、鼻内、经颊、舌下或栓剂施用。该组合物可以适合于肠胃外施用。如本文所用，术语“肠胃外”可包括静脉内、肌肉内、皮下、经直肠、经阴道和腹膜内施用。可以通过静脉内、腹膜内或皮下注射通过外周全身递送将组合物对哺乳动物施用。
一旦施用于哺乳动物(例如人类)，抗LAG-3抗体药剂的生物学活性可以通过本领域已知的任何合适方法来测量。例如，可以通过测定特定的抗LAG-3抗体药剂的稳定性来评估其生物学活性。在一个实施方案中，抗LAG-3抗体药剂的体内半衰期为约30分钟至45天之间(例如，约30分钟、约45分钟、约1小时、约2小时、约4小时、约6小时、约10小时、约12小时、约1天、约5天、约10天、约15天、约25天、约35天、约40天、约45天或由前述数值中任意二者定义的范围)。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂的体内半衰期为约2小时至20天之间(例如，约5小时、约10小时、约15小时、约20小时、约2天、约3天、约7天、约12天、约14天、约17天、约19天或由前述数值中任意二者定义的范围)。在一些实施方案中，抗LAG-3抗体药剂的体内半衰期为约10天至约40天之间(例如，约10天、约13天、约16天、约18天、约20天、约23天、约26天、约29天、约30天、约33天、约37天、约38天、约39天、约40天或由前述数值中任意二者定义的范围)。
抗LAG-3抗体药剂的稳定性可以使用本领域已知的任何其它合适的测定方法进行测量，如，例如，测量血清半衰期、差示扫描量热法(DSC)、热位移测定和脉冲追踪测定。可以在本发明的情况下使用的测量体内和体外蛋白质稳定性的其它方法描述于，例如，ProteinStability and Folding,B.A.Shirley(编辑),Human Press,Totowa,New Jersey(1995)；“Protein Structure,Stability,and Interactions”,Methods in Molecular Biology,Shiver J.W.(编辑),Humana Press,New York,NY(2010)；以及Ignatova,Microb.CellFact.,4:23(2005)中。
抗LAG-3抗体药剂的稳定性可以根据转变中点值(transition mid-point value,Tm)来测量，所述转变中点值为50％的氨基酸序列处于其天然构型而另外50％变性的温度。通常，Tm越高，蛋白质越稳定。在一个实施方案中，公开的抗LAG-3抗体可包含约60-100℃的体外转变中点值(Tm)。例如，抗LAG-3抗体可包含约65-80℃的体外转变中点值(Tm)(例如，66℃、68℃、70℃、71℃、75℃或79℃)、约80-90℃(例如，约81℃、85℃或89℃)或约90-100℃(例如，约91℃、约95℃或约99℃)。
测量肿瘤反应
在实施方案中，本文所述的方法可以为受试者提供临床获益。
在一些实施方案中，临床获益是完全反应(“CR”)，部分反应(“PR”)或疾病稳定(“SD”)。在一些实施方案中，临床获益至少相当于SD。在一些实施方案中，临床获益至少相当于PR。在一些实施方案中，临床获益至少相当于CR。在一些实施方案中，至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的患者达到临床获益。在一些实施方案中，至少5％的患者达到临床获益。在一些实施方案中，至少5％的患者达到SD。在一些实施方案中，至少5％的患者达到PR。在一些实施方案中，至少5％的患者达到CR。在一些实施方案中，至少20％的患者达到临床获益。在一些实施方案中，至少20％的患者达到临床获益SD。
在一些实施方案中，临床获益(例如，SD、PR和/或CR)是根据实体瘤疗效评价标准(RECIST)来确定的。在一些实施方案中，临床获益(例如，SD、PR和/或CR)是RECIST指南来确定的。
在一些实施方案中，肿瘤反应可通过，例如，RECIST第1.1版指南来测量。指南由E.A.Eisenhauer,等人,“New response evaluation criteria in solid tumors:RevisedRECIST guideline(第1.1版),”Eur.J.of Cancer,45:228-247(2009)提供，所述指南以全文引用的方式引入。指南首先要求估算基线时的总体肿瘤负荷，以用作后续测量的比较。可以通过使用本领域已知的任何成像系统来测量肿瘤，例如通过CT扫描或X射线。可测量的疾病定义为至少存在一个可测量的病变。在主要终点为肿瘤进展的研究中(出现进展的时间或在固定日期的进展比例)，方案必须规定所招募的是否仅限于患有可测量的疾病的患者，或仅患有不可测量的疾病的患者是否也符合资格。
当在基线时存在超过一个可测量病变时，应将代表所有涉及的器官的所有病变(总共最多五个病变，最多每个器官两个病变)识别为目标病变且在基线时记录及测量(这意味着在患者只有一个或两个器官位点的情况下，分别记录最多两个和四个病变)。
目标病变应基于其尺寸选择(具有最长直径的病变)，该尺寸代表所有涉及的器官，但除此之外目标病变还应该是那些可重现重复测量值的病变。
淋巴结值得被特别提及，因为它们是正常的解剖结构，即使没有肿瘤也可以通过成像看到。被定义为可测量并可被识别为目标病变的病理性结节必须满足通过CT扫描测得的短轴为P15mm的标准。仅这些结节的短轴会贡献基线总和。淋巴结的短轴是放射科医师通常用来判断淋巴结是否与实体瘤有关的直径。通常将结节大小报告为在获取图像的平面中的二维的形式(对于CT扫描，这几乎总是轴向平面；对于MRI，采集平面可以是轴向面、矢状面或冠状面)。这些测量结果中较小的是短轴。
例如，据报导为20mm·30mm的腹部淋巴结的短轴为20mm，可以视为恶性的可测量淋巴结。在此实例中，应记录20mm作为结节测量结果。所有其它病理结节(短轴为P10mm但<15mm的结节)均应视为非目标病变。短轴<10mm的结点被认为是非病理性的，不应记录或跟踪。
将计算所有目标病变的直径(非淋巴结的最大直径，淋巴结的短轴)总和，并将其报告为基线直径总和。如果要在总和中包括淋巴结，则如上所述，仅将短轴添加到总和中。基线总直径将用作参考，以进一步表征疾病可测量范围内的任何客观肿瘤消退。
所有其它病变(或疾病位点)，包括病理性淋巴结，均应被识别为非目标病变，并应在基线记录。测量并非必要，这些病变应标记为“存在”，“不存在”或在极少数情况下为“明确进展”。另外，可以在病例记录表上将涉及同一器官的多个非目标病变记录为一个项目(例如，“多个肿大盆腔淋巴结”或“多个肝转移”)。
在一些实施方案中，肿瘤反应可通过，例如，免疫相关RECIST(irRECIST)指南测量，其包括免疫相关反应准则(irRC)。在irRC中，测量可测量病变，对于非结节性病变，其至少一个维度的最小尺寸为10mm(CT或MRI扫描获得的最长直径)，而对于结节病变为大于或等于15mm，或者对于胸部X射线获得最小尺寸为至少20mm。
在一些实施方案中，免疫相关反应准则包括CR(所有病变完全消失(可测量或不可测量，且无新病变))；PR(相对于基线，肿瘤负荷减少50％或更多)；SD(在没有PD的情况下不符合CR或PR的标准)；或PD(相对于最低点，肿瘤负荷增加25％或更多)。irRECIST的详细描述可见于Bohnsack等人,(2014)ESMO,摘要4958和Nishino等人,(2013)Clin.CancerRes.19(14):3936-43中。
在一些实施方案中，肿瘤反应可通过irRECIST或RECIST第1.1版评估。在一些实施方案中，肿瘤反应可通过irRECIST和RECIST第1.1版二者评估。
组合疗法
本文提供的方法包括将LAG-3药剂(例如，抗LAG-3抗体药剂)与一种或多种其它治疗剂组合施用。
例如，LAG-3药剂(例如，抗LAG-3抗体药剂)可以与其它药剂组合施用，用于治疗或预防本文所公开的疾病，所述其它药剂如对癌细胞有细胞毒性的药剂，调节癌细胞的免疫原性或促进对癌细胞的免疫应答的药剂。在这方面，例如，抗LAG-3抗体药剂可与至少一种其它抗癌剂组合使用，包括：例如，本领域已知的任何化学治疗剂、电离辐射、小分子抗癌剂、癌症疫苗、生物疗法(例如，其它单克隆抗体、杀癌病毒、基因疗法和过继性T细胞转移)和/或手术。当所公开的方法治疗传染病时，可将LAG-3药剂(例如，抗LAG-3抗体药剂)与至少一种抗菌剂或至少一种抗病毒剂组合施用。在这方面，抗菌剂可以是本领域已知的任何合适的抗生素。抗病毒剂可以是特异性靶向特定病毒的任何合适类型的疫苗(例如，减毒活疫苗、亚单位疫苗、重组载体疫苗和小分子抗病毒疗法(例如，病毒复制抑制剂和核苷类似物))。当所公开的方法治疗自身免疫疾病时，抗LAG-3抗体可以与抗炎剂组合使用，所述抗炎剂包括，例如皮质类固醇(例如，泼尼松和氟替卡松)和非甾体类抗炎药(NSAID)(例如，阿司匹林、布洛芬和萘普生)。
在一些实施方案中，当LAG-3药剂(例如，抗LAG-3抗体药剂)用于治疗癌症或传染病时，抗LAG-3抗体可与其它抑制免疫检查点途径的药剂组合施用。参见，例如图1。
检查点抑制剂
LAG-3药剂(例如，抗LAG-3抗体药剂)可与其它抑制免疫检查点途径的药剂组合施用。同时靶向两个或更多所述免疫检查点途径的组合治疗已显示出改善的和潜在的协同抗肿瘤活性(参见，例如，Sakuishi等人,J.Exp.Med.,207:2187-2194(2010)；Ngiow等人,Cancer Res.,71:3540-3551(2011)；以及Woo等人,Cancer Res.,72:917-927(2012))。
在实施方案中，检查点抑制剂是能够抑制以下任何一种的药剂：PD-1(例如，通过抗PD-1、抗PD-L1或抗PD-L2疗法抑制)、CTLA-4、TIM-3、TIGIT、LAG(例如，LAG-3)、CEACAM(例如，CEACAM-1、-3和/或-5)、VISTA、BTLA、LAIR1、CD160、2B4、CD80、CD86、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、HVEM(TNFRSF14或CD270)、KIR、A2aR、MHC I类、MHC II类、GALS、腺苷、TGFR(例如，TGFRβ)、B7-H1、B7-H4(VTCN1)、OX-40、CD137、CD40、IDO或CSF-1R。在实施方案中，检查点抑制剂是小分子、核酸、多肽(例如抗体)、碳水化合物、脂质、金属或毒素。在实施方案中，检查点抑制剂是抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段。
在实施方案中，免疫检查点抑制剂是抑制以下的的药剂：程序性死亡1蛋白(PD-1)信号传导、细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA-4)、T细胞免疫球蛋白结构域和粘蛋白结构域3(TIM-3)、T细胞免疫球蛋白、淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)、和ITIM结构域(TIGIT)、吲哚胺2,3-二氧化酶(IDO)或集落刺激因子1受体(CSF1R)。在一些实施方案中，提供了用于治疗或预防哺乳动物的癌症，传染病或自身免疫性疾病的方法，其包括施用：(i)与LAG-3蛋白结合的抗体药剂；和(ii)抑制PD-1信号传导的药剂和/或抑制含有T细胞免疫球蛋白和粘蛋白结构域3(TIM-3)的药剂。
抑制CTLA-4的药剂
在实施方案中，免疫检查点抑制剂是CTLA-4抑制剂(例如，抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段)。在实施方案中，CTLA-4抑制剂是小分子、核酸、多肽(例如，抗体)、碳水化合物、脂质、金属或毒素。在实施方案中，CTLA-4抑制剂是小分子。在实施方案中，CTLA-4抑制剂是CTLA-4结合剂。在实施方案中，CTLA-4抑制剂是抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段。在实施方案中，CTLA-4抑制剂是伊匹单抗(ipilimumab)(Yervoy)，AGEN1884或曲美单抗(tremelimumab)。
抑制LAG-3的其它药剂
在实施方案中，免疫检查点抑制剂还可以是LAG-3抑制剂(例如，抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段)。在实施方案中，LAG-3抑制剂是小分子、核酸、多肽(例如，抗体)、碳水化合物、脂质、金属或毒素。在实施方案中，LAG-3抑制剂是小分子。在实施方案中，LAG-3抑制剂是LAG-3结合剂。在实施方案中，LAG-3抑制剂是抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段。在实施方案中，LAG-3抑制剂是IMP321、relatlimab(BMS-986016)、BI 754111、GSK2831781(IMP-731)、Novartis LAG525(IMP701)、REGN3767、MK-4280、MGD-013、GSK-2831781、FS-118、XmAb22841、INCAGN-2385、FS-18、ENUM-006、AVA-017、AM-0003、Avacta PD-L1/LAG-3双特异性affamer、iOnctura抗LAG-3抗体、Arcus抗LAG-3抗体或Sym022或WO 2016/126858、WO2017/019894或WO 2015/138920中描述的LAG-3抑制剂，通过全文引用的方式将其各自并入本文。
抑制TIGIT的药剂
在实施方案中，免疫检查点抑制剂是TIGIT抑制剂(例如，抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段)。在实施方案中，TIGIT抑制剂是小分子、核酸、多肽(例如，抗体)、碳水化合物、脂质、金属或毒素。在实施方案中，TIGIT抑制剂是小分子。在实施方案中，TIGIT抑制剂是TIGIT结合剂。在实施方案中，TIGIT抑制剂是抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段。在实施方案中，TIGIT抑制剂是MTIG7192A，BMS-986207或OMP-31M32。
抑制IDO的药剂
在实施方案中，免疫检查点抑制剂是IDO抑制剂。在实施方案中，IDO抑制剂是小分子、核酸、多肽(例如，抗体)、碳水化合物、脂质、金属或毒素。在实施方案中，IDO抑制剂是小分子。在实施方案中，IDO抑制剂是IDO结合剂。在实施方案中，IDO抑制剂是抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段。
抑制CSF1R的药剂
在实施方案中，免疫检查点抑制剂是CSF1R抑制剂。在实施方案中，CSF1R抑制剂是小分子、核酸、多肽(例如，抗体)、碳水化合物、脂质、金属或毒素。在实施方案中，CSF1R抑制剂是小分子。在实施方案中，CSF1R抑制剂是CSF1R结合剂。在实施方案中，CSF1R抑制剂是抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段。
抑制PD-1信号传导的药剂
在一个实施方案中，公开的抗LAG-3抗体可与结合LAG-3的抗体和/或结合PD-1的抗体组合施用。在这方面，在哺乳动物中治疗对LAG-3抑制有反应的疾病(例如，癌症或传染病)的方法可以进一步包括向所述哺乳动物施用：包含(i)与LAG-3蛋白结合的抗体和(ii)药学上可接受的载体的组合物；或包含(i)与PD-1蛋白结合的抗体和(ii)药学上可接受的载体的组合物。
程序性死亡1(PD-1)(也称为程序性细胞死亡1)(由基因Pdcd1编码)是一种268个氨基酸的I型跨膜蛋白，最初是通过经历细胞凋亡的小鼠T细胞系的消减杂交而鉴定的(Ishida等人,Embo J.,11:3887-95(1992))。在健康条件下在活化的T细胞的细胞表面表达的PD-1的正常功能是下调不需要的或过度的免疫应答，包括自身免疫应答。
PD-1是T细胞调节因子的CD28/CTLA-4家族的成员，并在活化的T细胞、B细胞和髓系细胞上表达(Greenwald等人,Annu.Rev.Immunol.,23:515-548(2005)；以及Sharpe等人,Nat.Immunol.,8:239-245(2007))。PD-1是CD28受体家族的抑制成员，该受体家族还包括CD28、CTLA-4、ICOS和BTLA。PD-1在活化的B细胞、T细胞和髓样细胞上表达(Agata等人，见上文；Okazaki等人(2002)Curr.Opin.Immunol 14:391779-82；Bennett等人(2003)J.Immunol.170:711-8)。
已经确定了PD-1的两个配体，PD配体1(PD-L1)和PD配体2(PD-L2)，其均属于B7蛋白超家族(Greenwald等人，见上文)。已经显示PD-1在结合其配体(PD-L1和/或PD-L2)后负调节抗原受体信号传导。
已在临床中观察到一些PD-1/L1检查点抑制剂的应答率良好，然而，对于表现出原发性抗性或因获得性或适应性免疫抗性而遭受复发的患者，仍然存在对替代疗法的大量未满足的需求(Sharma等人,Cell,2017；168(4):707-723)。
在一些实施方案中，向正在接受、已接受或将接受抑制PD-1信号传导的药剂治疗的受试者施用抗LAG-3抗体药剂。在一些实施方案中，向正在接受、已接受或将接受抗LAG-3抗体药剂治疗的受试者施用抑制PD-1信号传导的药剂。
用于本发明的组合疗法的抑制PD-1信号传导的药剂包括那些结合并阻断T细胞上的PD-1受体而不触发抑制性信号转导的药剂、与PD-1配体结合以阻止其结合PD-1的药剂、兼具二者功能的药剂和防止编码PD-1或PD-1天然配体的基因的表达的药剂。与PD-1天然配体结合的化合物包括PD-1本身，以及PD-1的活性片段，且在B7-H1配体的情况下，包括B7.1蛋白和片段。此类拮抗剂包括蛋白质、抗体、反义分子和小有机物。
在一些实施方案中，抑制PD-1信号传导的药剂与人类PD-1结合。在一些实施方案中，抑制PD-1信号传导的药剂与人类PD-L1结合。
在一些实施方案中，用于本发明的组合疗法的抑制PD-1信号传导的药剂是抗体药剂。在一些实施方案中，PD-1抗体药剂结合PD-1的表位，阻止PD-1与其任何一个或多个推定配体的结合。在一些实施方案中，PD-1抗体药剂结合PD-1的表位，阻止PD-1与其两个或多个推定配体的结合。在优选实施方案中，PD-1抗体药剂结合PD-1蛋白的表位，阻断PD-1与PD-L1和/或PD-L2的结合。本发明的PD-1抗体药剂可包含任何合适类别的重链恒定区(Fc)。在一些实施方案中，PD-1抗体药剂包含基于野生型IgG1、IgG2或IgG4抗体或其变体的重链恒定区。
在一些实施方案中，抑制PD-1信号传导的药剂是单克隆抗体或其片段。在一些实施方案中，抑制PD-1信号传导的抗体药剂是PD-1抗体或其片段。靶向PD-1的单克隆抗体已在临床研究中进行了测试和/或者在美国获得上市许可。靶向PD-1信号的抗体药剂的实例包括，例如，以下表1所列的任何抗体药剂:
表1
Figure BDA0002316778750001191
Figure BDA0002316778750001201
在一些实施方案中，抑制PD-1信号传导的抗体药剂是阿特珠单抗、阿维鲁单抗、BGB-A317、BI 754091、CX-072、德瓦鲁单抗、FAZ053、IBI308、INCSHR-1210、JNJ-63723283、JS-001、MEDI-0680、MGA-012、纳武单抗、PDR001、派姆单抗、PF-06801591、REGN-2810、TSR-042、WO2014/179664中公开的任意抗体或其衍生物。在一些实施方案中，抑制PD-1信号传导的抗体药剂是选自以下的PD-1抗体：BGB-A317、BI 754091、CX-072、FAZ053、IBI308、INCSHR-1210、JNJ-63723283、JS-001、LY3300054、MEDI-0680、MGA-012、纳武单抗、PD-L1millamolecule、PDR001、派姆单抗、PF-06801591、REGN-2810和TSR-042。在一些实施方案中，抑制PD-1信号传导的抗体药剂是选自纳武单抗、派姆单抗和TSR-042的PD-1抗体。
在一些实施方案中，PD-1结合剂是TSR-042、纳武单抗、派姆单抗、阿特珠单抗、德瓦鲁单抗、阿维鲁单抗、PDR-001、替雷利珠单抗(tislelizumab)(BGB-A317)、cemiplimab(REGN2810)、LY-3300054、JNJ-63723283、MGA012、BI-754091、IBI-308、卡瑞利珠单抗(camrelizumab)(HR-301210)、BCD-100、JS-001、CX-072、BGB-A333、AMP-514(MEDI-0680)、AGEN-2034、CS1001、Sym-021、SHR-1316、PF-06801591、LZM009、KN-035、AB122、genolimzumab(CBT-501)、FAZ-053、CK-301、AK 104或GLS-010或WO2014/179664中公开的任意PD-1抗体。在实施方案中，免疫检查点抑制剂是PD-1抑制剂。在实施方案中，PD-1抑制剂是PD-1结合剂(例如，抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段)。在实施方案中，PD-1抑制剂是PD-L1或PD-L2结合剂，是德瓦鲁单抗、阿特珠单抗、阿维鲁单抗、BGB-A333、SHR-1316、FAZ-053、CK-301、或PD-L1millamolecule或其衍生物。
在一些实施方案中，PD-1抗体药剂如国际专利申请公开WO2014/179664中所公开,其全文并入本文中。在实施方案中，PD-1抗体药剂如国际专利申请号PCT/US18/13029中所公开，其全文并入本文中。在实施方案中，PD-1抗体药剂如国际专利申请号PCT/US17/59618中所公开，其全文并入本文中。
在一些实施方案中，PD-1抗体药剂包含与SEQ ID NO:23具有90％、95％、97％、98％、99％或100％同一性的重链可变结构域。在一些实施方案中，PD-1抗体药剂包含与SEQID NO:24具有90％、95％、97％、98％、99％或100％同一性的轻链可变结构域。在一些实施方案中，PD-1抗体药剂包含与SEQ ID NO:23具有90％、95％、97％、98％、99％或100％同一性的重链可变结构域以及与SEQ ID NO:24具有90％、95％、97％、98％、99％或100％同一性的轻链可变结构域。
在一些实施方案中，PD-1抗体药剂包含一个或多个如国际专利申请号WO2014/179664中所公开的CDR序列，其全文并入本文中。在一些实施方案中，PD-1抗体药剂包含一个或多个与SEQ ID NO:25-30具有90％、95％、97％、98％、99％或100％同一性的CDR序列。
在一些实施方案中，PD-1抗体药剂包含一个、两个或三个与SEQ ID NO:25-27具有90％、95％、97％、98％、99％或100％同一性的重链CDR序列。在一些实施方案中，PD-1抗体药剂包含一个、两个或三个与SEQ ID NO:28-30具有90％、95％、97％、98％、99％或100％同一性的轻链CDR序列。在一些实施方案中，PD-1抗体药剂包含一个、两个或三个与SEQ IDNO:25-27具有90％、95％、97％、98％、99％或100％同一性的重链CDR序列和一个、两个或三个与SEQ ID NO:28-30具有90％、95％、97％、98％、99％或100％同一性的轻链CDR序列。在一些实施方案中，PD-1抗体药剂包含SEQ ID NO:25-30的六个CDR序列。
在实施方案中，PD-1抑制剂是TSR-042。SEQ ID NO:39和40描述示例性人源化单克隆抗PD-1抗体(TSR-042)，其利用人类IGHG4*01重链基因和人类IGKC*01κ轻链基因作为骨架。IgG4重链的铰链区中存在单个Ser至Pro点突变。此突变位于典型的S228位置。不希望受到理论的束缚，可以设想该点突变用于稳定抗体重链的铰链。
抗PD-1抗体TSR-042重链多肽SEQ ID NO:39(CDR序列)
Figure BDA0002316778750001221
抗PD-1抗体TSR-042轻链多肽SEQ ID NO:40(CDR序列)
Figure BDA0002316778750001231
表2显示了具有SEQ ID NO:39所示氨基酸序列的示例性抗PD-1抗体药剂重链的二硫键中涉及的预期的残基。表3显示了具有SEQ ID NO:40所示氨基酸序列的示例性抗PD-1抗体药剂轻链的二硫键中涉及的预期的残基。
表2
表3
Figure BDA0002316778750001233
这种示例性的抗PD-1抗体在成熟蛋白序列(SEQ ID NO:39)的每条重链的CH2结构域中的天冬酰胺残基293处呈现被占用的N-糖基化位点。在此位点表达的N-糖基化是通常在哺乳动物细胞培养物中表达的IgG上观察到的寡糖种类的混合物，例如，下文所示为在中国仓鼠卵巢(CHO)细胞中培养的这种示例性抗PD-1抗体的制备物中聚糖种类的相对丰度(表1)。
表4-抗PD-1抗体结合剂TSR-042的聚糖分析
Figure BDA0002316778750001241
在一些实施方案中，PD-1结合剂(例如，抗PD-1抗体如TSR-042)以约1、3或10mg/kg的剂量施用。在一些实施方案中，PD-1结合剂(例如，抗PD-1抗体如TSR-042)根据包括每两周约1、3或10mg/kg的剂量的方案施用。在一些实施方案中，PD-1结合剂(例如，抗PD-1抗体如TSR-042)根据包括每三周约1、3或10mg/kg的剂量的方案施用。在一些实施方案中，PD-1结合剂(例如，抗PD-1抗体)根据包括每四周约1、3或10mg/kg的剂量的方案施用。在一些实施方案中，PD-1结合剂(例如，抗PD-1抗体如TSR-042)剂量为约500mg。在一些实施方案中，PD-1结合剂(例如，抗PD-1抗体如TSR-042)根据包括每两周约500mg的剂量的方案施用。在一些实施方案中，PD-1结合剂(例如，抗PD-1抗体如TSR-042)根据包括每三周约500mg的剂量的方案施用。在一些实施方案中，PD-1结合剂(例如，抗PD-1抗体如TSR-042)根据包括每四周约500mg的剂量的方案施用。在一些实施方案中，PD-1结合剂(例如，抗PD-1抗体如TSR-042)根据包括每六周约1000mg的剂量的方案施用。在一些实施方案中，PD-1结合剂(例如，抗PD-1抗体如TSR-042)根据以下方案施用：包括每三周(Q3W)约500mg的第一剂量，持续前2-6个给药周期(例如前2、3、4、5或6个)，以及每六周(Q6W)约1000mg的第二剂量持续直到治疗中断(例如，由于疾病进展、不良反应或由医生决定)。在一些实施方案中，PD-1结合剂(例如，抗PD-1抗体如TSR-042)根据以下方案施用：包括每三周(Q3W)约500mg的第一剂量持续前四个给药周期，以及每六周约1000mg的第二剂量持续直到治疗中断(例如，由于疾病进展、不良反应或由医生决定)。在实施方案中，PD-1结合剂是抗PD-1抗体。在实施方案中，PD-1结合剂是TSR-042。
在一些方法中，抗PD-1抗体药剂可在向有此需要的受试者施用LAG-3结合剂之前(例如，5分钟、15分钟、30分钟、45分钟、1小时、2小时、4小时、6小时、12小时、24小时、48小时、72小时、96小时、1周、2周、3周、4周、5周、6周、8周或12周之前)、同时或之后(例如，5分钟、15分钟、30分钟、45分钟、1小时、2小时、4小时、6小时、12小时、24小时、48小时、72小时、96小时、1周、2周、3周、4周、5周、6周、8周或12周后)施用。
抑制TIM-3信号传导的药剂
已提出TIM-3在T细胞衰竭和限制抗肿瘤免疫应答中发挥作用，并将其作为靶标以治疗癌症、传染病或自身免疫性疾病。
TIM-3是60kDa的1型跨膜蛋白，由三个结构域组成：N端Ig可变(IgV)样结构域、中央富含Ser/Thr的粘蛋白结构域和带有短的细胞内尾的跨膜结构域(参见，例如，Kane,L.P.,Journal of Immunology,184(6):2743-2749(2010))。TIM-3最初在终末分化的Th1细胞上被鉴别，并通过诱导T细胞凋亡来负调节T细胞应答(参见，例如，Hastings等人,Eur.J.Immunol.,39(9):2492-2501(2009))。TIM-3也可在活化的Th17和Tc1细胞上表达，而CD4+T细胞和CD8+T细胞上Tim-3表达的失调与多种自身免疫性疾病、病毒感染和癌症有关(参见，例如，Liberal等人,Hepatology,56(2):677-686(2012)；Wu等人,Eur.J.Immunol.,42(5):1180-1191(2012)；Anderson,A.C.,Curr.Opin.Immunol.,24(2):213-216(2012)；以及Han等人,Frontiers in Immunology,4:449(2013))。
TIM-3的推定配体包括磷脂酰丝氨酸(Nakayama等人,Blood,113:3821-3830(2009))、半乳凝素-9(Zhu等人,Nat.Immunol.,6:1245-1252(2005))、高迁移率族蛋白1(HMGB1)(Chiba等人,Nature Immunology,13:832-842(2012))和癌胚抗原细胞粘附分子1(CEACAM1)(Huang等人,Nature,517(7534):386-90(2015))。
TIM-3的功能是调节免疫应答的各个方面。TIM-3和半乳凝素9(Gal-9)的相互作用诱导细胞死亡，并且在体内阻断这种相互作用会加剧自身免疫并消除实验模型中的耐受性，这强烈表明TIM-3是一种负调控分子。与其对T细胞的作用相反，TIM-3-Gal-9相互作用通过促进细胞内病原体的巨噬细胞清除而表现出抗微生物作用(参见，例如，Sakuishi等人,Trends in Immunology,32(8):345-349(2011))。在体内，已显示抑制TIM-3可增强实验性自身免疫性脑脊髓炎的病理严重程度(Monney等人，见上文；以及Anderson,A.C.和Anderson,D.E.,Curr.Opin.Immunol.,18:665-669(2006))。研究还表明，TIM-3-半乳凝素-9通路的失调可在慢性自身免疫性疾病(例如多发性硬化症)中起作用(Anderson和Anderson，见上文)。TIM-3通过其独特的结合裂隙结合磷脂酰丝氨酸，从而促进凋亡细胞的清除(参见，例如，DeKruyff等人,J.Immunol.,184(4):1918-1930(2010))。
目前基于临床前研究正在研究作为肿瘤免疫疗法的抑制TIM-3活性(通过例如使用单克隆抗体)(参见，例如，Ngiow等人,Cancer Res.,71(21):1-5(2011)；Guo等人,Journal of Translational Medicine,11:215(2013)；以及Ngiow等人,Cancer Res.,71(21):6567-6571(2011))。
在一些实施方案中，将抗LAG-3抗体药剂对正在接受、已接受或将接受抑制TIM-3信号传导的药剂治疗的受试者施用。在一些实施方案中，将抑制TIM-3信号传导的药剂对正在接受、已接受或将接受抗LAG-3抗体药剂治疗的受试者施用。在一些相关实施方案中，该受试者正在接受、已接受或将接受抑制PD-1信号传导的药剂的治疗。
在一些实施方案中，用于本发明的组合疗法的抑制TIM-3信号传导的药剂是抗体药剂。在一些实施方案中，抗TIM-3抗体药剂结合TIM-3的表位，这阻断了TIM-3与其任何一个或多个推定配体的结合。本发明的TIM-3抗体药剂可包含任何合适类别的重链恒定区(Fc)。在一些实施方案中，TIM-3抗体药剂包含基于野生型IgG1、IgG2或IgG4抗体或其变体的重链恒定区。
在一些实施方案中，抑制TIM-3信号传导的药剂是单克隆抗体或其片段。在一些实施方案中，抑制TIM-3信号传导的抗体药剂是TIM-3抗体或其片段。靶向TIM-3的单克隆抗体已经在临床研究中进行了测试和/或者在美国获得了上市许可。
在一些实施方案中，TIM-3抗体药剂是MBG453、LY3321367、Sym023或其衍生物。在一些实施方案中，TIM-3抗体药剂如国际专利申请号WO2016/161270中所公开的，其全文并入本文中。在一些实施方案中，TIM-3抗体药剂包含与SEQ ID NO:31的可变结构域具有90％、95％、97％、98％、99％或100％同一性的重链可变结构域。在一些实施方案中，TIM-3抗体药剂包含与SEQ ID NO:32的可变结构域具有90％、95％、97％、98％、99％或100％同一性的轻链可变结构域。在一些实施方案中，TIM-3抗体药剂包含与SEQ ID NO:31的可变结构域具有90％、95％、97％、98％、99％或100％同一性的重链可变结构域和与SEQ ID NO:32的可变结构域具有90％、95％、97％、98％、99％或100％同一性的轻链可变结构域。
在一些实施方案中，TIM-3抗体药剂包含重链，所述重链是或包含与SEQ ID NO:31具有90％、95％、97％、98％、99％或100％同一性的序列。在一些实施方案中，TIM-3抗体药剂包含轻链，所述轻链是或包含与SEQ ID NO:32具有90％、95％、97％、98％、99％或100％同一性的序列。在一些实施方案中，TIM-3抗体药剂包含重链和轻链，所述重链是或包含与SEQ ID NO:31具有90％、95％、97％、98％、99％或100％同一性的序列，且所述轻链是或包含与SEQ ID NO:32具有90％、95％、97％、98％、99％或100％同一性的序列。
在一些实施方案中，TIM-3抗体药剂包含与SEQ ID NO:33-35的CDR序列具有90％、95％、97％、98％、99％或100％同一性的一个、两个或三个重链CDR序列。在一些实施方案中，TIM-3抗体药剂包含与SEQ ID NO:36-38的CDR序列具有90％、95％、97％、98％、99％或100％同一性的一个、两个或三个轻链CDR序列。在一些实施方案中，TIM-3抗体药剂包含与SEQ ID NO:33-35的CDR序列具有90％、95％、97％、98％、99％或100％同一性的一个、两个或三个重链CDR序列和与SEQ ID NO:36-38的CDR序列具有90％、95％、97％、98％、99％或100％同一性的一个、两个或三个轻链CDR序列。在一些实施方案中，TIM-3抗体药剂包含SEQID NO:33-38的六个CDR序列。
在实施方案中，TIM-3抗体药剂如WO 2016/161270中所描述，该专利以全文引用的方式并入本文中。在实施方案中，TIM-3抗体药剂如PCT/US17/59619中所描述，该专利以全文引用的方式并入本文中。在实施方案中，TIM-3抗体药剂如PCT/US18/13021中所描述，该专利以全文引用的方式并入本文中。
在实施方案中，TIM-3抑制剂是TSR-022。TSR-022包含人源化单克隆抗TIM-3抗体，其包含重链和轻链，所述重链的氨基酸序列包含SEQ ID NO:31，且所述轻链的氨基酸序列包含SEQ ID NO:32。该抗TIM-3抗体利用人类IGHG4*01重链基因和人类IGKC*01κ轻链基因作为骨架。另外，IgG4重链的铰链区中存在单个Ser至Pro点突变。此突变位于典型的S228位置。不希望受到理论的束缚，可以设想该点突变用于稳定抗体重链的铰链。
关于观察到的二硫键和糖基化，还提供了该示例性人源化单克隆抗TIM-3抗体的其它生物物理和生物化学表征。Lys-C和胰蛋白酶消化的肽被充分分离并通过在线LC-MS分析进行检测。通过比较非还原(NR)条件与还原条件下的总离子色谱图确认二硫键。二硫键与IgG4分子的预期二硫键模式一致。下表列出了预期的链间和链内二硫键所涉及的残基(表5、6和7)。
表5-在具有如SEQ ID NO:31中所述氨基酸序列的示例性抗TIM-3抗体药剂重链的二硫键中涉及的预期残基。
表6–在具有如SEQ ID NO:32中所述氨基酸序列的示例性抗TIM-3抗体药剂轻链的二硫键中涉及的预期残基。
Figure BDA0002316778750001292
表7.抗TIM-3抗体TSR-022的示例性二硫键分配
Figure BDA0002316778750001301
LC:轻链；HC:重链
这种示例性的抗TIM-3抗体在成熟蛋白序列(SEQ ID NO:31)的每条重链的CH2结构域中的天冬酰胺残基290处呈现出被占用的N-糖基化位点。在此位点表达的N-糖基化是通常在哺乳动物细胞培养物中表达的IgG上观察到的寡糖种类的混合物，例如，下文所示为在中国仓鼠卵巢(CHO)细胞中培养的这种示例性抗TIM-3抗体的制备物中聚糖种类的相对丰度(表8)。
表8-抗TIM-3抗体结合剂的聚糖分析
Figure BDA0002316778750001302
Figure BDA0002316778750001311
例如，TIM-3抑制剂(例如，TSR-022)可以约1、3或10mg/kg(例如，约1mg/kg；约3mg/kg；或约10mg/kg)的剂量或以约100-1500mg之间的均一剂量施用(例如，约100mg的均一剂量；约200mg的均一剂量；约300mg的均一剂量；约400mg的均一剂量；约500mg的均一剂量；约600mg的均一剂量；约700mg的均一剂量；约800mg的均一剂量；约900mg的均一剂量；约1000mg的均一剂量；约1100mg的均一剂量；约1200mg的均一剂量；约1300mg的均一剂量；约1400mg的均一剂量；或约1500mg的均一剂量)。
在一些实施方案中，抗TIM-3抗体药剂(例如抗TIM-3抗体)可以0.1、1、3或10mg/kg的剂量施用。在一些实施方案中，抗TIM-3抗体药剂根据包括每两周0.1、1、3或10mg/kg的剂量的方案施用。在一些实施方案中，抗TIM-3抗体药剂根据包括每三周1、3或10mg/kg的剂量的方案施用。
在一些实施方案中，抗TIM-3抗体药剂根据包括每四周1、3或10mg/kg的剂量的方案施用。在一些实施方案中，抗TIM-3抗体药剂为200mg至1,500mg范围内的固定剂量。在一些实施方案中，抗TIM-3抗体药剂为300mg至1,000mg范围内的固定剂量。在一些实施方案中，抗TIM-3抗体药剂根据包括每两周一次固定剂量的方案施用。在一些实施方案中，抗TIM-3抗体药剂根据包括每三周一次固定剂量的方案施用。在一些实施方案中，抗TIM-3抗体药剂根据包括每四周一次固定剂量的方案施用。
在一些方法中，抗TIM-3抗体药剂可在向对其有需要的受试者施用LAG-3结合剂之前(例如，5分钟、15分钟、30分钟、45分钟、1小时、2小时、4小时、6小时、12小时、24小时、48小时、72小时、96小时、1周、2周、3周、4周、5周、6周、8周或12周之前)、同时或之后(例如，5分钟、15分钟、30分钟、45分钟、1小时、2小时、4小时、6小时、12小时、24小时、48小时、72小时、96小时、1周、2周、3周、4周、5周、6周、8周或12周后)施用。
使用LAG-3、PD-1和TIM-3药剂的三重组合疗法
在实施方案中，组合疗法是包括对受试者施用LAG-3药剂、PD-1药剂和TIM-3药剂的三重阻断疗法。
尽管靶向免疫检查点分子的疗法取得了成功，但许多患者仍未从目前批准的针对PD-1和CTLA-4的抗体中受益。在这些患者中，其它免疫抑制机制会重合，以阻止有效的抗肿瘤免疫。因此，需要开发针对其它免疫学靶标的其它疗法。
T细胞反应性低下，称为T细胞衰竭，涉及T细胞表达的免疫抑制受体，包括细胞毒性T淋巴细胞相关抗原4(CTLA-4)、程序性死亡1(PD-1)、T细胞免疫球蛋白和含粘蛋白结构域-3(TIM-3)和淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)。此外，LAG-3普遍与T细胞衰竭或功能异常相关，并经常与PD-1和TIM-3共表达。
在另一方面，对正在接受、已接受或将接受抑制TIM-3信号传导的药剂的治疗和/或抑制PD-1信号传导的药剂的治疗的受试者施用抑制LAG-3信号传导的药剂(例如，抗LAG-3抗体药剂)。在一些实施方案中，对正在接受、已接受或将接受抗LAG-3抗体药剂的治疗和抑制PD-1信号传导的药剂的治疗的受试者施用抑制TIM-3信号传导的药剂。在一些实施方案中，对正在接受、已接受或将接受抑制TIM-3信号传导的药剂的治疗和抗LAG-3抗体药剂的治疗的受试者施用抑制PD-1信号传导的药剂。在实施方案中，除本文所述LAG-3、PD-1和TIM-3药剂外，对患者进一步施用一种或多种额外的治疗剂，和/或患者接受一种或多种额外的治疗形式。例如，可以将LAG-3、PD-1和TIM-3药剂的治疗与手术、放射性疗法、化学疗法、免疫疗法、抗血管生成剂或抗炎药中的一种或多种组合使用，或LAG-3、PD-1和TIM-3药剂的治疗可与本文所述的一种或多种额外治疗剂(例如PARP抑制剂如尼拉帕尼)组合使用。
特别地，本文所述的一些方法涉及三重组合疗法或三重阻断疗法，其中对受试者施用PD-1药剂、TIM-3药剂和LAG-3药剂。这种三重组合疗法可更有效，并为一些患者提供额外益处(例如，与使用PD-1药剂、TIM-3药剂和LAG-3药剂的单一疗法相比，或与使用PD-1药剂、TIM-3药剂和LAG-3药剂的任何组合的双重疗法相比，三重组合疗法可更有效，并为患者提供额外益处)。
合适的PD-1药剂包括如本文所述的抑制PD-1信号传导的任何药剂。在实施方案中，PD-1药剂是小分子、核酸、多肽(例如，抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段)、碳水化合物、脂质、金属或毒素。在实施方案中，PD-1药剂是PD-1结合剂。在实施方案中，PD-1药剂是PD-1结合剂(例如，抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段)。在实施方案中，PD-1药剂是抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段。在实施方案中，PD-1结合剂是TSR-042、纳武单抗、派姆单抗、阿特珠单抗、德瓦鲁单抗、阿维鲁单抗、PDR-001、替雷利珠单抗(BGB-A317)、cemiplimab(REGN2810)、LY-3300054、JNJ-63723283、MGA012、BI-754091、IBI-308、卡瑞利珠单抗(HR-301210)、BCD-100、JS-001、CX-072、BGB-A333、AMP-514(MEDI-0680)、AGEN-2034、CS1001、Sym-021、SHR-1316、PF-06801591、LZM009、KN-035、AB122、genolimzumab(CBT-501)、FAZ-053、CK-301、AK 104或GLS-010或WO2014/179664中公开的任一种PD-1抗体。在实施方案中，PD-1药剂是TSR-042。
合适的TIM-3药剂包括如本文所述的抑制TIM-3信号传导的任何药剂。在实施方案中，TIM-3药剂是小分子、核酸、多肽(例如，抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段)、碳水化合物、脂质、金属或毒素。在实施方案中，TIM-3药剂是TIM-3结合剂。在实施方案中，TIM-3药剂是TIM-3结合剂(例如，抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段)。在实施方案中，TIM-3药剂是抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段。在一些实施方案中，TIM-3药剂是MBG453、LY3321367、Sym023或其衍生物。在一些实施方案中，TIM-3药剂如国际专利申请公开WO2016/161270中所公开，其全文并入本文中。在实施方案中，TIM-3药剂是TSR-022。
合适的LAG-3药剂包括任何如本文所述的抑制LAG-3信号传导的药剂。在实施方案中，LAG-3药剂是小分子、核酸、多肽(例如，抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段)、碳水化合物、脂质、金属或毒素。在实施方案中，LAG-3药剂是LAG-3结合剂。在实施方案中，LAG-3药剂是LAG-3结合剂(例如，抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段)。在实施方案中，LAG-3药剂是抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段。在实施方案中，LAG-3药剂是IMP321、relatlimab(BMS-986016)、BI 754111、GSK2831781(IMP-731)、Novartis LAG525(IMP701)、REGN3767、MK-4280、MGD-013、GSK-2831781、FS-118、XmAb22841、INCAGN-2385、FS-18、ENUM-006、AVA-017、AM-0003、Avacta PD-L1/LAG-3双特异性affamer、iOnctura抗LAG-3抗体、Arcus抗LAG-3抗体或Sym022或WO 2016/126858、WO 2017/019894或WO2015/138920中描述的LAG-3抑制剂，其中各自以全文引用的形式并入本文中。在实施方案中，LAG-3药剂是一种多肽，其包含：由SEQ ID NO:5定义的CDR-H1；由SEQ ID NO:6定义的CDR-H2；由SEQ ID NO:7定义的CDR-H3；由SEQ ID NO:8定义的CDR-L1；由SEQ ID NO:9定义的CDR-L2；和由SEQ ID NO:10定义的CDR-L3。在实施方案中，LAG-3药剂是一种多肽，其包含：与SEQ ID NO:3具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的重链可变区氨基酸序列；和与SEQ ID NO:4具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的轻链可变区氨基酸序列。在实施方案中，LAG-3药剂是一种多肽，其包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:21具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的重链多肽序列；和与SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:22具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的轻链多肽序列。在实施方案中，LAG-3药剂是TSR-033。
在实施方案中，方法包括施用PD-1药剂TSR-042和TIM-3药剂TSR-022。在实施方案中，方法还包括施用LAG-3药剂，所述LAG-3药剂是多肽，其包含：由SEQ ID NO:5定义的CDR-H1；由SEQ ID NO:6定义的CDR-H2；由SEQ ID NO:7定义的CDR-H3；由SEQ ID NO:8定义的CDR-L1；由SEQ ID NO:9定义的CDR-L2；和由SEQ ID NO:10定义的CDR-L3。在实施方案中，方法还包含施用LAG-3药剂，所述LAG-3药剂是多肽，其包含与SEQ ID NO:3具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的重链可变区氨基酸序列；和与SEQ ID NO:4具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的轻链可变区氨基酸序列。在实施方案中，方法还包括施用LAG-3药剂，所述LAG-3药剂是多肽，其包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:21具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的重链多肽序列；和与SEQ ID NO:2或SEQ IDNO:22具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的轻链多肽序列。在实施方案中，包括施用LAG-3药剂TSR-033。
PD-1药剂、TIM-3药剂和LAG-3药剂的剂量可根据本文所述任何剂量方案独立施用。
在实施方案中，PD-1药剂(例如，PD-1结合剂如TSR-042)以约500mg的均一剂量施用。在实施方案中，PD-1药剂(例如，PD-1结合剂如TSR-042)以约1000mg的均一剂量施用。在实施方案中，PD-1药剂(例如，PD-1结合剂如TSR-042)对受试者施用每周一次(Q1W)、每两周一次(Q2W)、每三周一次(Q3W)、每四周一次(Q4W)、每五周一次(Q5W)、每六周一次(Q6W)、每七周一次(Q7W)或每八周一次(Q8W)。在实施方案中，PD-1药剂(例如，PD-1结合剂如TSR-042)对受试者施用每三周一次(Q3W)。在实施方案中，PD-1药剂(例如，PD-1结合剂如TSR-042)对受试者施用每六周一次(Q6W)。
在实施方案中，TIM-3药剂(例如，TIM-3结合剂如TSR-022)以不多于约1200mg的均一剂量或不多于约900mg的均一剂量施用。在实施方案中，TIM-3药剂(例如，TIM-3结合剂如TSR-022)以约300mg的均一剂量施用。在实施方案中，TIM-3药剂(例如，TIM-3结合剂如TSR-022)以约100mg的均一剂量施用。在实施方案中，TIM-3药剂(例如，TIM-3结合剂如TSR-022)以约900mg的均一剂量施用。在实施方案中，TIM-3药剂(例如，TIM-3结合剂如TSR-022)以约1200mg的均一剂量施用。在实施方案中，TIM-3药剂(例如，TIM-3结合剂如TSR-022)对受试者施用每周一次(Q1W)、每两周一次(Q2W)、每三周一次(Q3W)、每四周一次(Q4W)、每五周一次(Q5W)、每六周一次(Q6W)、每七周一次(Q7W)或每八周一次(Q8W)。在实施方案中，TIM-3药剂(例如，TIM-3结合剂如TSR-022)对受试者施用每三周一次(Q3W)。
LAG-3药剂可以本文所述的任何剂量或剂量方案施用。
在实施方案中，LAG-3药剂以不多于约2500mg、约2000mg或约1500mg的均一剂量施用。在实施方案中，本发明的方法包括以约20mg、约80mg、约240mg、约500mg、约720mg、约900mg、约1000mg、约1200mg、约1500mg、约1800mg、约2100mg、约2200mg或约2500mg的剂量施用LAG-3药剂。在一些实施方案中，本发明的方法包括以约1mg/kg、约3mg/kg、约10mg/kg、约12mg/kg、约15mg/kg、约20mg/kg或约25mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。
在实施方案中，LAG-3药剂以不多于约1000mg、约1200mg、约1500mg、约1800mg、约2100mg、约2200mg或约2500mg的均一剂量施用。在一些实施方案中，LAG-3药剂以不多于约1000mg、约1200mg、约1500mg的均一剂量施用。在实施方案中，LAG-3药剂以约20mg的均一剂量、约80mg的均一剂量、约240mg、约720mg、约900mg、约1000mg、约1500mg、约1800mg、约2100mg、约2200mg或约2500mg的均一剂量施用。在实施方案中，LAG-3药剂以约20mg的均一剂量施用。在实施方案中，LAG-3药剂以约80mg的均一剂量施用。在实施方案中，LAG-3药剂以约240mg的均一剂量施用。在实施方案中，LAG-3药剂以约720mg的均一剂量施用。在实施方案中，LAG-3药剂以约900mg的均一剂量施用。在实施方案中，LAG-3药剂以约1000mg的均一剂量施用。在实施方案中，LAG-3药剂以约1500mg的均一剂量施用。在实施方案中，LAG-3药剂以约1800mg的均一剂量施用。在实施方案中，LAG-3药剂以约2100mg的均一剂量施用。在实施方案中，LAG-3药剂以约2200mg的均一剂量施用。在实施方案中，LAG-3药剂以约2500mg的均一剂量施用。在实施方案中，LAG-3药剂约3mg/kg、约10mg/kg、约12mg/kg、约15mg/kg、约20mg/kg或约25mg/kg施用。在实施方案中，LAG-3药剂对受试者施用每周一次(Q1W)、每两周一次(Q2W)、每三周一次(Q3W)、每四周一次(Q4W)、每五周一次(Q5W)、每六周一次(Q6W)、每七周一次(Q7W)或每八周一次(Q8W)。在实施方案中，LAG-3药剂对受试者施用每两周一次(Q2W)。在实施方案中，LAG-3药剂以约240mg、约720mg、约900mg、约1000mg或约1500mg的均一剂量对受试者施用每两周一次(Q2W)。在实施方案中，LAG-3药剂以约3mg/kg、约10mg/kg、约12mg/kg、约15mg/kg对受试者施用每两周一次(Q2W)。在实施方案中，LAG-3药剂对受试者施用每三周一次(Q3W)。在一些实施方案中，LAG-3药剂以约720mg、约900mg、约1000mg、约1500mg、约1800mg、约2100mg、约2200mg或约2500mg的均一剂量对受试者施用每三周一次(Q3W)。在实施方案中，LAG-3药剂以约10mg/kg、约12mg/kg、约15mg/kg、约20mg/kg或约25mg/kg对受试者施用每三周一次(Q3W)。在实施方案中，抗LAG-3药剂是一种多肽，其包含：由SEQ ID NO:5定义的CDR-H1；由SEQ ID NO:6定义的CDR-H2；由SEQ ID NO:7定义的CDR-H3；由SEQ ID NO:8定义的CDR-L1；由SEQ ID NO:9定义的CDR-L2；和由SEQ ID NO:10定义的CDR-L3。在实施方案中，抗LAG-3药剂是一种多肽，其包含：与SEQ ID NO:3具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的重链可变区氨基酸序列；和与SEQ ID NO:4具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的轻链可变区氨基酸序列。在实施方案中，抗LAG-3药剂是一种多肽，其包含：与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:21具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的重链多肽序列；和与SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:22具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的轻链多肽序列。在实施方案中，抗LAG-3药剂是TSR-033。
在实施方案中，PD-1药剂(例如，PD-1结合剂如TSR-042)以约500mg的均一剂量施用且TIM-3药剂(例如，TIM-3结合剂如TSR-022)以约300mg的均一剂量施用。
在实施方案中，方法包括：PD-1药剂(例如，PD-1结合剂如TSR-042)以约500mg的初始均一剂量施用；TIM-3药剂(例如，TIM-3结合剂如TSR-022)以约300mg的初始均一剂量施用；且LAG-3药剂以约20mg、约80mg、约240mg、约500mg、约720mg、约900mg、约1000mg、约1200mg、约1500mg、约1800mg、约2100mg、约2200mg或约2500mg的均一剂量施用。在实施方案中，LAG-3药剂以约20mg的均一剂量、约80mg的均一剂量、约240mg的均一剂量或约720mg的均一剂量施用。在实施方案中，LAG-3药剂以约240mg、约500mg、约720mg、约900mg或约1000mg的均一剂量施用。在实施方案中，每三周一次(Q3W)施用PD-1药剂、TIM-3药剂和LAG-3药剂中的每一种。在实施方案中，抗LAG-3药剂是一种多肽，其包含：由SEQ ID NO:5定义的CDR-H1；由SEQ ID NO:6定义的CDR-H2；由SEQ ID NO:7定义的CDR-H3；由SEQ ID NO:8定义的CDR-L1；由SEQ ID NO:9定义的CDR-L2；和由SEQ ID NO:10定义的CDR-L3。在实施方案中，抗LAG-3药剂是一种多肽，其包含：与SEQ ID NO:3具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的重链可变区氨基酸序列；和与SEQ ID NO:4具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的轻链可变区氨基酸序列。抗LAG-3药剂是一种多肽，其包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:21具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的重链多肽序列；和与SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:22具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的轻链多肽序列。在实施方案中，抗LAG-3药剂是TSR-033。
此类三重组合疗法可用于治疗对LAG-3抑制有反应的任何疾病(例如，如本文所述)。例如，这些三重组合疗法可用于治疗患有以下癌症的患者，如大B细胞淋巴瘤、胸腺瘤、急性髓性白血病、睾丸肿瘤、肺腺癌、非小细胞肺癌、肾透明细胞癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、非三阴性乳腺癌(非-TNBC)、胃癌、肺鳞状细胞癌、间皮瘤、胰腺癌、子宫颈癌、头颈癌、黑色素瘤、肝细胞癌、鼻咽癌、食道癌、结肠腺癌、结肠直肠癌、直肠癌、胆管癌、子宫内膜癌、肉瘤、膀胱癌、甲状腺癌、肾乳头状癌、多形性胶质母细胞瘤、肝癌、子宫癌肉瘤、嗜铬细胞瘤、低级别神经胶质瘤、肾嫌色细胞癌、肾上腺皮质癌或葡萄膜黑色素瘤。
PARP抑制剂
在实施方案中，另一种疗法是聚(ADP-核糖)聚合酶(PARP)抑制剂。
在实施方案中，PARP抑制剂可抑制PARP-1和/或PARP-2。在一些实施方案中，药剂是小分子、核酸、多肽(例如抗体)、碳水化合物、脂质、金属或毒素。在相关实施方案中，药剂是ABT-767、AZD 2461、BGB-290、BGP15、CEP 8983、CEP 9722、DR 2313、E7016、E7449、氟唑帕利(fluzoparib)(SHR3162)、IMP 4297、INO1001、JPI 289、JPI 547、单克隆抗体B3-LysPE40缀合物、MP 124、尼拉帕尼(ZEJULA)(MK-4827)、NU 1025、NU 1064、NU 1076、NU1085、奥拉帕尼(olaparib)(AZD2281)、ONO2231、PD 128763、R 503、R554、鲁卡帕尼(rucaparib)(RUBRACA)(AG-014699、PF-01367338)、SBP 101、SC 101914、希明哌瑞(simmiparib)、他拉唑帕尼(talazoparib)(BMN-673)、维利帕尼(veliparib)(ABT-888)、WW 46、2-(4-(三氟甲基)苯基)-7,8-二氢-5H-硫吡喃[4,3-d]嘧啶-4-醇及其盐或衍生物。在一些相关实施方案中，药剂是尼拉帕尼、奥拉帕尼、鲁卡帕尼、他拉唑帕尼、维利帕尼或其盐或衍生物。在一些实施方案中，药剂是尼拉帕尼或其盐或衍生物。在一些实施方案中，药剂是奥拉帕尼或其盐或衍生物。在一些实施方案中，药剂是鲁卡帕尼或其盐或衍生物。在一些实施方案中，药剂是他拉唑帕尼或其盐或衍生物。在一些实施方案中，药剂是维利帕尼或其盐或衍生物。
尼拉帕尼，(3S)-3-[4-{7-(氨基羰基)-2H-吲唑-2-基}苯基]哌啶，是可口服的强效聚(二磷酸腺苷[ADP]-核糖)聚合酶(PARP)-1和-2抑制剂。参见WO2008/084261(2008年7月17日公开)、WO 2009/087381(2009年7月16日公开)和PCT/US17/40039(2017年6月29日提交)，所述专利中的每一个都以引用的方式并入本文中。尼拉帕尼可根据WO 2008/084261的方案1制备。
在一些实施方案中，尼拉帕尼可以制备为药学上可接受的盐。本领域技术人员将理解，这些盐形式可以溶剂合物或水合物的多晶型形式存在。在一些实施方案中，尼拉帕尼制备为水合物形式。
在一些实施方案中，尼拉帕尼制备为甲苯磺酸盐的形式。在一些实施方案中，尼拉帕尼制备为甲苯磺酸一水合物的形式。尼拉帕尼的甲苯磺酸盐一水合物的分子结构如下所示：
尼拉帕尼为高效且具有选择性的PARP-1和PARP-2抑制剂，其在50％控制时的抑制浓度(IC50)分别＝3.8和2.1nM，且选择性为：至少100倍优于其它PARP家族成员。尼拉帕尼在各细胞系中抑制PARP活性，所述活性是由于添加过氧化氢导致DNA损伤而刺激的，IC50和90％控制时的抑制浓度(IC90)分别约为4和50nM。
在实施方案中，尼拉帕尼以等价于约100mg尼拉帕尼游离碱的剂量施用(例如，尼拉帕尼的药学上可接受的盐如尼拉帕尼甲苯磺酸盐一水合物以等价于约100mg尼拉帕尼游离碱的剂量施用)。在实施方案中，尼拉帕尼以等价于约200mg尼拉帕尼游离碱的剂量施用(例如，尼拉帕尼的药学上可接受的盐如尼拉帕尼甲苯磺酸盐一水合物以等价于约200mg尼拉帕尼游离碱的剂量施用)。在实施方案中，尼拉帕尼以等价于约300mg尼拉帕尼游离碱的剂量施用(例如，尼拉帕尼的药学上可接受的盐如尼拉帕尼甲苯磺酸盐一水合物以等价于约300mg尼拉帕尼游离碱的剂量施用)。
制品
在本发明的一个方面中，提供了包含可用于治疗、预防和/或诊断上述疾病的物质的制品。制品可包含容器和在容器上或与容器相关联的标签或药品说明书。合适的容器可以包括，例如，瓶、小瓶、注射器、IV溶液袋等。容器可由多种材料形成(如玻璃或塑料)。该容器可以容纳组合物，该组合物单独或与另一种组合物组合可有效治疗、预防和/或诊断疾病，并且该容器可以具有无菌接口(例如，容器可以是具有可被皮下注射针刺穿的塞子的小瓶或静脉内溶液袋)。组合物中的至少一种活性剂可以是本发明的抗体。标签或药品说明书可以表明该组合物用于治疗所选病症。而且，该制品可以包括：(a)其中包含组合物的第一容器，其中所述组合物包含本发明的抗体；和(b)其中包含组合物的第二容器，其中所述组合物包含另一细胞毒性或其它治疗剂。在本发明的该实施方案中的制品还可以包含表示该组合物可以用于治疗特定病症的药品说明书。可替代地或另外地，该制品还可以包含第二(或第三)容器，所述容器包含药学上可接受的缓冲液、例如抑菌注射用水(BWFI)、磷酸盐缓冲盐水、林格氏溶液和右旋糖溶液。它还可包含从商业和用户的角度来说所需的其它材料，包括其它缓冲液、稀释剂、过滤器、针和注射器。
本发明还提供了分离的核酸序列，所述序列编码用于抗LAG-3抗体药剂及其组分的多肽。在一些实施方案中，核酸编码抗LAG-3抗体药剂或其组分。在一些实施方案中，核酸编码抗LAG-3抗体药剂的重链和/或轻链。在一些实施方案中，核酸编码SEQ ID NO:1或21的重链多肽。在一些实施方案中，核酸编码SEQ ID NO:2或22的轻链多肽。在一些实施方案中，核酸编码SEQ ID NO:3的重链可变结构域。在一些实施方案中，核酸编码SEQ ID NO:4的轻链可变结构域。在一些实施方案中，核酸编码包含1个、2个或3个选自SEQ ID NO:5-7的CDR序列的重链可变结构域。在一些实施方案中，核酸编码包含1个、2个或3个选自SEQ ID NO:8-10的CDR序列的重链可变结构域。
序列表
SEQ ID NO:1-带有信号序列的重链全长氨基酸序列。带下划线的非粗体序列标识信号序列，斜体序列标识IgG HCγ4恒定结构域，其中丝氨酸至脯氨酸的稳定化突变以粗体显示且没有下划线，阴影序列标识铰链区，糖基化位点(N291)以粗体和下划线显示。
Figure BDA0002316778750001411
SEQ ID NO:2–带有信号序列的轻链全长氨基酸序列。带下划线的非粗体序列标识信号序列，斜体序列标识IgG LC恒定结构域。
Figure BDA0002316778750001412
SEQ ID NO:3-重链可变区氨基酸序列
Figure BDA0002316778750001413
SEQ ID NO:4–轻链可变区氨基酸序列
Figure BDA0002316778750001414
SEQ ID NO:5-7-分别为重链CDR1、CDR2和CDR3氨基酸序列
Figure BDA0002316778750001415
SEQ ID NO:8-10–分别为轻链CDR1、CDR2和CDR3氨基酸序列
Figure BDA0002316778750001416
SEQ ID NO:11-具有信号序列的重链全长编码序列(5'至3')
SEQ ID NO:12–具有信号序列的轻链全长编码序列(5'至3')
Figure BDA0002316778750001422
Figure BDA0002316778750001431
SEQ ID NO:13–重链可变区编码序列(5’至3’)
Figure BDA0002316778750001432
SEQ ID NO:14–轻链可变区编码序列(5’至3’)
SEQ ID NO:15-17-分别为重链CDR1、CDR2和CDR3编码序列(5'至3')
Figure BDA0002316778750001434
SEQ ID NO:18-20–分别为轻链CDR1、CDR2和CDR3编码序列(5'至3')
SEQ ID NO:21-没有信号肽的重链序列
Figure BDA0002316778750001441
SEQ ID NO:22-没有信号肽的轻链序列
Figure BDA0002316778750001442
SEQ ID NO:23-抗PD-1抗体药剂重链可变结构域
Figure BDA0002316778750001443
SEQ ID NO:24-抗PD-1抗体药剂轻链可变结构域
Figure BDA0002316778750001444
抗PD-1抗体药剂CDR序列
HC-CDR1 GFTFSSYDMS SEQ ID NO:25
HC-CDR2 TISGGGSYTY SEQ ID NO:26
HC-CDR3 PYYAMDY SEQ ID NO:27
LC-CDR1 KASQDVGTAVA SEQ ID NO:28
LC-CDR2 WASTLHT SEQ ID NO:29
LC-CDR3 QHYSSYPWT SEQ ID NO:30
抗TIM-3抗体重链多肽(SEQ ID NO:31)
Figure BDA0002316778750001451
抗TIM-3抗体轻链多肽(SEQ ID NO:32)
Figure BDA0002316778750001452
抗TIM-3抗体药剂CDR序列
HC-CDR1 GFTFSSYDMS SEQ ID NO:33
HC-CDR2 TISGGGTYTYYQDSVKG SEQ ID NO:34
HC-CDR3 MDY SEQ ID NO:35
LC-CDR1 RASQSIRRYLN SEQ ID NO:36
LC-CDR2 GASTLQS SEQ ID NO:37
LC-CDR3 QQSHSAPLT SEQ ID NO:38
抗PD-1抗体重链多肽SEQ ID NO:39(CDR序列)
Figure BDA0002316778750001453
抗PD-1抗体轻链多肽SEQ ID NO:40(CDR序列)
实施例
实施例1–TSR-033的二硫键分析
本实施例描述包含SEQ ID NO:21的重链和SEQ ID NO:22的轻链的示例性抗LAG-3抗体药剂TSR-033的二硫键分析。每个实施例中提及的氨基酸残基根据SEQ ID NO:21和SEQID NO:22编号。
Lys-C和胰蛋白酶消化的肽被充分分离并通过在线LC-MS分析进行检测。通过比较非还原(NR)条件和还原条件下的总离子色谱图确认二硫键。Lys-C和胰蛋白酶的消化产生了八种含有二硫键(DS1-DS8)的肽。所有这些均通过在非还原条件下的精确质量得到证实，并通过还原将这些肽消耗掉而得到进一步证实。由于不完全消化，检测到了九种肽，其中DS5具有两种形式(DS5a和DS5b)，并且在单个肽中显示了具有两个链间二硫键(DS6)的独特铰链区。鉴别出链间二硫键和链内二硫键，表9中显示了示例性的二硫键分配。
表9.抗LAG-3抗体的示例性二硫键分配
Figure BDA0002316778750001471
LC：轻链；HC：重链
图11中展示了示例性抗LAG-3抗体的十二(12)个链内二硫键和四(4)个链间二硫键。
实施例2-TSR-033的N-聚糖分析
该实施例描述包含SEQ ID NO:21的重链和SEQ ID NO:22的轻链的示例性抗LAG-3抗体药剂TSR-033的N-聚糖分析表征。确定了在中国仓鼠卵巢(CHO)细胞中培养的这种示例性抗LAG-3抗体制剂中聚糖种类的相对丰度。该示例性抗LAG-3抗体呈现占用的N-糖基化位点，并且在该位点表达的N-糖基化是通常在哺乳动物细胞培养物中表达的IgG上观察到的寡糖种类的混合物。
例如，N-聚糖由PNGase F释放并用2-AB标记，然后进行HILIC分离和荧光检测(FLD)。
抗LAG-3抗体的糖基化位点在重链N291上。
表10显示两个示例性批次的抗LAG-3抗体药剂的示例性N-聚糖分析。如表3所示，检测到的聚糖包括G0F、G1F、G2F和Man-5，以及其它寡糖种类。
表10.示例性批次的抗LAG-3抗体药剂的N-聚糖分析
Figure BDA0002316778750001481
实施例3-使用TSR-033的结合研究
TSR-033与重组可溶性LAG-3或细胞表面表达的LAG-3结合
本实施例描述包含SEQ ID NO:21的重链和SEQ ID NO:22的轻链的示例性抗LAG-3抗体药剂TSR-033的结合亲和力表征。
表面等离振子共振(SPR)被用于评估示例性抗LAG-3抗体药剂与以下的结合：重组可溶性的或细胞表面表达的人和食蟹猴(cyno)LAG-3(表11)以及与SEB-刺激的人类供体外周血单核细胞(PBMC)(图2)。因此，所述示例性抗LAG-3抗体药剂能够与细胞表面表达的LAG-3和可溶性LAG-3牢固结合。
表11.示例性抗LAG-3抗体与重组LAG-3的结合
Figure BDA0002316778750001491
配体竞争研究
该实施例描述示例性抗LAG-3抗体药剂TSR-033与受体竞争配体结合的能力。具体而言，本实施例使用Daudi细胞，该细胞表达高水平的内源性MHC II类，并已广泛用于表征LAG-3：MHC II类结合(Huard等人Proc Natl Acad Sci.1997；94:5744-5749)。如图3A所示，示例性抗LAG-3抗体药剂是这种相互作用的强力拮抗剂，其通过流式细胞分析测定，该分析测量了示例性抗LAG-3抗体药剂破坏DyLight 650(DyL650)标记的LAG-3融合蛋白与这些细胞结合的能力。
如LAG-3报告基因分析所评估，TSR-033阻断LAG-3/MHC-II的结合
该实施例描述如通过LAG-3报道基因分析所评估的，示例性抗LAG-3抗体药剂TSR-033阻断LAG-3/MHC-II结合的能力(图3B)。特别地，本实施例使用Raji细胞，其表达高水平的内源性MHC II类。如图3C所示，且与上述实验一致，不同于同型对照(三角形)，示例性抗LAG-3抗体药剂是由报道基因分析测定的这种相互作用的强力拮抗剂，所述报道基因分析使用NFAT报道基因读数，测定示例性抗LAG-3抗体药剂(圆圈)破坏在Jurkat细胞上表达的LAG-3与表达MHC II类的Raji细胞的结合的能力。
实施例4-TSR-033在体外对原代人类T细胞的活化
本实施例描述示例性抗LAG-3抗体药剂在体外活化原代人类T细胞的能力。特别地，本实施例通过混合淋巴细胞反应(MLR)分析评估了示例性抗LAG-3抗体药剂TSR-033。在该MLR分析中，将原代人类CD4+T细胞与来自不同供体的单核细胞衍生的树突细胞混合。在这些研究中，将树突状细胞和同种异体CD4+T细胞在示例性抗LAG-3抗体药剂或同型对照存在下温育48小时，然后通过测量白介素2(IL-2)分泌测定T细胞的活化。如图4所示，示例性抗LAG-3抗体药剂剂量依赖性地增加了IL-2的产生。此外，通过与浓度为2或20ng/mL的抗PD-1抗体组合，可进一步增强该作用。这些数据表明，单独使用示例性抗LAG-3抗体药剂或与抗PD-1组合使用阻断LAG-3可有效增强T细胞活化(图4)。
实施例5-TSR-033对细胞因子释放的调节
本实施例描述示例性抗LAG-3抗体药剂TSR-033在体外调节SEB活化的T细胞释放细胞因子的能力。特别地，人类PBMC(来自5个供体)用100ng/mL SEB刺激3天然后评估IL-2诱导。在这些研究中，发现用示例性抗LAG-3抗体药剂的治疗剂量依赖性地增加IL-2的产生。此外，用示例性抗LAG-3抗体药剂和示例性抗PD-1抗体药剂TSR-042治疗产生的对LAG-3和PD-1的双重阻断导致比单独使用任一药剂更大地诱导IL-2产生(图5)。
实施例6-在体内异种移植肿瘤模型中，使用抗LAG-3抗体的单一疗法，以及使用抗PD-1和抗TIM-3抗体的组合疗法
该实施例描述在体内异种移植肿瘤模型中，单独的或与示例性的易获得的抗PD-1抗体药剂RMP1-14(抗小鼠PD-1)组合的示例性的易获得的抗LAG-3抗体药剂C9B7W(抗小鼠LAG-3)的表征。特别地，将A20淋巴瘤细胞(鼠类DLBCL细胞系；每只小鼠200,000细胞)皮下植入Balb/c小鼠中，且肿瘤生长至30–50mm，然后随机化(每组n＝10)进行治疗。用同型对照、示例性抗LAG-3抗体药剂、示例性抗PD-1抗体药剂或抗LAG-3和抗PD-1的组合进行治疗。各自剂量为10mg/kg，每周施用两次。
与抗PD-1单一疗法相比，PD-1和LAG-3的双重阻断具有进一步增强的抗肿瘤活性。如图6所示，LAG-3阻断与抗PD-1强烈协同抑制肿瘤生长(药物相互作用系数CDI＝0.25)。
在这些异种移植小鼠中，在第36天每组处死n＝4，并评估脾脏中免疫细胞的药效变化。相对于抗PD-1，在组合组中动物脾脏中的增殖性T细胞显著增加，与免疫刺激增强一致(**p<0.01；ANOVA)。参见，图7。
监测每组中存活的动物(抗PD-1为n＝4，抗PD1+抗LAG-3为n＝6)的无肿瘤存活期，持续40天，然后用A20淋巴瘤细胞再次激发(每只小鼠200,000个)。与免疫记忆的发展一致，在抗PD-1或组合治疗组中均未观察到肿瘤再生长(见图8)，尽管在组合组中观察到显著更高比例的脾细胞干扰素γ阳性(IFNγ+)CD8T细胞。
因此，这些实验表明，抗LAG-3治疗与抗PD-1治疗的组合可以强有力地抑制肿瘤的生长并诱导免疫刺激。此外，这种组合治疗在接受治疗的受试者中产生免疫记忆。
实施例7–在体外T细胞衰竭模型中，使用TSR-033的单一疗法和使用示例性的抗LAG-3和抗PD-1抗体的组合疗法
该实施例描述在小鼠体外T细胞衰竭模型中，单独的或与示例性抗PD-1抗体药剂RMP1-14(抗小鼠PD-1)组合使用的示例性抗LAG-3抗体药剂C9B7W(抗小鼠LAG-3)的表征。具体地，用超激动剂改变的肽配体体外刺激CD4T细胞受体转基因的T细胞，其导致衰竭的表型。这种衰竭的表型的特征在于PD-1和LAG-3的表达增加(图9A)。
此外，不同于单独试剂(数据未出示)或同型对照，PD-1和LAG-3阻断的组合可显著增强该系统中的IFNγ产生(图9B).
因此，已经描述本发明的至少几个方面和实施方案，应当理解，对于本领域技术人员而言，各种改变、修改和改进将是显而易见的。这样的改变、修改和改进旨在成为本发明的一部分，并且旨在落入本发明的精神和范围内。因此，前面的描述和附图仅作为示例，并且通过所附的权利要求更详细地描述本发明。
实施例8—使用TSR-033的抗LAG-3疗法、使用TSR-033和TSR-042的双重阻断以及使用TSR-033、TSR-042和TSR-022的三重阻断治疗的临床研究
TSR-033单一疗法和TSR-033/TSR-042组合疗法的临床研究
使用抗LAG-3抗体TSR-033作为单一疗法或使用抗LAG-3抗体TSR-033和抗PD-1抗体TSR-042的组合对人类患者进行临床研究。
这些研究的设计方案如图10A所示。考虑将患有以下一种或多种肿瘤类型的患者纳入研究：实体瘤、晚期实体瘤、卵巢上皮癌(EOC)、三阴性乳腺癌(TNBC)、抗PD-1/PD-L1后的尿道上皮癌(UC)以及无抗PD-1/L1的UC。
这项研究的主要目标包括：评估抗LAG-3作为单一疗法以及与抗PD-1的组合疗法对实体瘤患者的抗肿瘤活性、定义抗LAG-3作为单一疗法和与PD-1的组合疗法的推荐剂量和方案、以及评估抗LAG-3作为单一疗法以及与抗PD-1的组合疗法的安全性和耐受性。
TSR-033的受体占用率研究
用直接结合分析测定来自患者的样品中示例性抗LAG-3抗体药剂TSR-033的结合。受体占用率(RO)表示为结合的TSR-033与总LAG-3的比率，并相对于各患者的基线(施用前)标准化。
从来自患者的新鲜全血样品中分离出PBMC且用饱和浓度的同型对照或TSR-033处理(均为50μg/mL)，接着用检测抗体的混合物处理：(1)抗人类IgG4二抗(对结合的TSR-033)；(2)不与TSR-033交叉竞争的抗人类LAG-3抗体(对总LAG-3水平)；和(3)用于检测T细胞的抗体混合物。通过流式细胞术确定TSR-033与T细胞上的总LAG-3的比例。平行运行饱和结合等分试样作为对照，以评估分析范围。图10B中提供示意图。
图10C描绘了使用患者T细胞测量的受体占用率(RO)。从数据来看，随着剂量的增加，观察到的靶标结合增加。例如，在早期的时间点，在240mg剂量下(最高数据组)受体的占用接近饱和，而在80mg剂量下(中级数据组)则接近50％饱和度。此外，在迄今为止收集的数据中，TSR_033的血清浓度与LAG-3的受体占用率之间存在显著的相关性。
施用时间表
在这项人类临床研究中评估了一系列递增的抗LAG-3剂量(无论是作为单一疗法单独使用或是与抗PD-1组合使用)。单一疗法人类临床研究包括以下剂量递增：20mg/患者、80mg/患者、240mg/患者和720mg/患者。还评估了240mg/患者至720mg/患者之间的剂量。例如，TSR-033以20mg/患者、80mg/患者和240mg/患者的剂量对患者施用。接受抗LAG-3单一疗法的患者每14天±1天一次(Q2W)通过30(-5和+15)分钟静脉内(IV)输注施用抗LAG-3剂量。
对于包含抗LAG-3和抗PD-1的组合疗法，抗PD-1以500mg/患者的剂量与递增剂量的抗LAG-3组合，每21天±1天(Q3W)施用一次。这项研究中的递增剂量包括：20mg/患者、80mg/患者、240mg/患者、720mg/患者和240-720mg/患者之间的剂量。
表12还提供在示例性Q2W和Q3W时间表中施用的LAG-3药剂(例如，TSR-033)的示例性剂量。表12的示例性剂量也适用于组合疗法(例如，双重或三重阻断疗法)中的LAG-3药剂(例如，TSR-033)的剂量。
表12.示例性LAG-3药剂TSR-033的施用时间表
例如，LAG-3药剂(例如，TSR-033)可以以下剂量施用：约240mg的均一剂量每两周一次(Q2W)、约500mg的均一剂量每两周一次(Q2W)、约720mg的均一剂量每两周一次(Q2W)、约900mg的均一剂量每两周一次(Q2W)、约1000mg的均一剂量每两周一次(Q2W)、约1500mg的均一剂量每两周一次(Q2W)、约3mg/kg的基于重量的剂量每两周一次(Q2W)、约10mg/kg的基于重量的剂量每两周一次(Q2W)、约12mg/kg的基于重量的剂量每两周一次(Q2W)、约15mg/kg的基于重量的剂量每两周一次(Q2W)、约500mg的均一剂量每三周一次(Q3W)、约720mg的均一剂量每三周一次(Q3W)、约900mg的均一剂量每三周一次(Q3W)、约1000mg的均一剂量每三周一次(Q3W)、约1500mg的均一剂量每三周一次(Q3W)、约1800mg的均一剂量每三周一次(Q3W)、约2100mg的均一剂量每三周一次(Q3W)、约2200mg的均一剂量每三周一次(Q3W)、约2500mg的均一剂量每三周一次(Q3W)、约10mg/kg的基于重量的剂量每三周一次(Q3W)、约12mg/kg的基于重量的剂量每三周一次(Q3W)、约15mg/kg的基于重量的剂量每三周一次(Q3W)、约20mg/kg的基于重量的剂量每三周一次(Q3W)或约25mg/kg的基于重量的剂量每三周一次(Q3W)。
使用TSR-033、TSR-042和TSR-022的三重阻断疗法的临床研究
可通过对受试者施用LAG-3药剂TSR-033、PD-1药剂TSR-042和TIM-3药剂TSR-022来研究三重阻断疗法。一种或多种药剂可按照Q2W或Q3W时间表施用，而其它药剂按照Q6W时间表施用。一种或多种药剂可在最初按Q2W或Q3W时间表(以初始剂量)施用然后在2、3、4、5或6个周期后按照Q3W时间表施用(以初始剂量、以更低的剂量或以更高的剂量)。例如，PD-1药剂TSR-042可最初以500mg/患者的剂量按照Q23W时间表施用，然后在2、3、4、5或6个周期后以1000mg/患者的剂量按照Q6W时间表施用。三种药剂可按照Q2W时间表施用。三种药剂可按照Q3W时间表施用。可替代地，PD-1药剂TSR-042和TIM-3药剂TSR-022可按照Q3W时间表施用，且LAG-3药剂TSR-033可按照Q2W时间表施用。PD-1药剂TSR可按照Q6W时间表施用且LAG-3药剂TSR-033和042以及TIM-3药剂TSR-022可按照Q2W或Q3W时间表施用。
TSR-022和TSR-042可根据本文任何剂量方案施用，且TSRO-022和TSR-042可按照Q3W或Q6W时间表施用。
TSR-033可根据本文任何剂量方案施用，包括表12的示例性剂量方案。例如，TSR-033可以以下剂量施用：约240mg的均一剂量每两周一次(Q2W)、约500mg的均一剂量每三周一次(Q2W)、约720mg的均一剂量每两周一次(Q2W)、约900mg的均一剂量每两周一次(Q2W)、约1000mg的均一剂量每两周一次(Q2W)、约1500mg的均一剂量每两周一次(Q2W)、约3mg/kg的基于重量的剂量每两周一次(Q2W)、约10mg/kg的基于重量的剂量每两周一次(Q2W)、约12mg/kg的基于重量的剂量每两周一次(Q2W)、约15mg/kg的基于重量的剂量每两周一次(Q2W)、约500mg的均一剂量每三周一次(Q3W)、约720mg的均一剂量每三周一次(Q3W)、约900mg的均一剂量每三周一次(Q3W)、约1000mg的均一剂量每三周一次(Q3W)、约1500mg的均一剂量每三周一次(Q3W)、约1800mg的均一剂量每三周一次(Q3W)、约2100mg的均一剂量每三周一次(Q3W)、约2200mg的均一剂量每三周一次(Q3W)、约2500mg的均一剂量每三周一次(Q3W)、约10mg/kg的基于重量的剂量每三周一次(Q3W)、约12mg/kg的基于重量的剂量每三周一次(Q3W)、约15mg/kg的基于重量的剂量每三周一次(Q3W)、约20mg/kg的基于重量的剂量每三周一次(Q3W)或约25mg/kg的基于重量的剂量每三周一次(Q3W)。
TSR-033也可以以下剂量施用：20mg/患者、80mg/患者、240mg/患者、720mg/患者以及240-720mg/患者之间的中间剂量。TSR-033也可以高达约1000mg/患者的剂量施用(例如，约20、80、240、500、720、900或1000mg/患者的剂量)。TSR-033的剂量可低于TSR-033单一疗法中使用的剂量。该剂量可每两周施用一次(Q2W)或每三周施用一次(Q3W)。
还可研究TSR-022的剂量修改(例如，剂量递增)。例如，TSR-022可以100mg、300mg、900mg或1200mg的剂量施用。
TSR-042的剂量可固定在500mg或1000mg。
实施例9-与单一、双重和三重阻断疗法有关的其它研究
研究了PD-1、TIM-3和LAG-3在来自患者的肿瘤浸润白细胞(TIL)中的表达。使用人源化小鼠肿瘤模型进一步评估体内的PD-1、TIM-3和LAG-3双重或三重阻断的功能性作用。
流式细胞术被用于计数一组人类肿瘤样品中的免疫细胞群，所述肿瘤样品包括非小细胞肺癌(NSCLC)。在肿瘤达到80-120mm3后，向NOG-EXL人源化小鼠施用测试抗体。每周两次以10mg/kg的剂量腹膜内施用抗体。在终止时收集小鼠的肿瘤和脾脏，然后对T细胞和髓样细胞进行免疫表型分析。
PD-1、TIM-3和LAG-3在人类肿瘤中多个TIL亚群上的共表达
收集来自多个患有不同癌症的患者的原发切除肿瘤，并通过酶和机械破坏将其分解为单细胞悬液。立即用三组抗体对细胞进行染色，其中包括针对T细胞群和髓样细胞群的谱系标记，以及免疫检查点受体。参见图12A-12F。在非小细胞肺癌(NSCLC)(图12A)、子宫内膜癌(图12B)、肾癌(RCC)(图12C)、子宫颈癌(图12D)、胃癌(图12E)及结肠直肠癌(CRC)(图12F)的肿瘤浸润细胞(特别是CD8+T细胞)上检测到PD-1、TIM-3和LAG-3的显著共表达。
双重或三重检查点表达标记功能异常的CD8+T细胞
原发切除的肿瘤通过酶和机械破坏被分解成单细胞悬液。立即用三组抗体对细胞进行染色，其中包括针对T细胞群和髓样细胞群的谱系标记，以及免疫检查点受体。图13A显示使用来自NSCLC和RCC患者的肿瘤样品、用流式细胞术测定的肿瘤浸润白细胞的免疫组成。图13B描绘了使用粒酶B作为T细胞和NK细胞功能标记的研究。
为理解三重检查点表达的功能性后果，从原发性EGFR+NSCLC中分离并分析了TIL，通过粒酶B状态评估，发现PD-1+TIM-3+LAG-3+细胞毒性T细胞高度功能异常(图13C)。将来自NSCLC患者的原发切除肿瘤分解，并使用粒酶B(GrzB)对CD8+T细胞的检查点表达和功能状态进行表征(N＝6)。通过单因素ANOVA，使用Holm-Sidak的多重比较校正检测统计差异。*p<0.05；**p<0.01；****p<0.0001。如图13C所示，双重或三重检查点表达标记功能异常的CD8+T细胞。
NSCLC肿瘤
对人源化NOG-EXL小鼠(Taconic)皮下接种A549非小细胞肺癌(NSCLC)(图14A-14G)细胞系并监测肿瘤生长。当肿瘤体积达到80-120mm3时，将小鼠随机化，并每周两次用以下测试抗体进行腹膜内处理：人类IgG4同型对照或靶向人类PD-1(TSR-042)、TIM-3(TSR-022)和LAG-3(TSR-033)的人源化抗体。如图所示，免疫检查点抗体以10mg/kg单独或组合施用(每个治疗组n＝5-10只动物)。监测肿瘤生长30-35天。图14A涉及用人类IgG4同型对照的处理；图14B涉及用TSR-042的处理；图14C涉及用TSR-022的处理；图14D涉及用TSR-042和TSR-022组合的处理；图14E涉及用TSR-033的处理；图14F涉及用TSR-042和TSR-033组合的处理；以及图14G涉及用TSR-042、TSR-022和TSR-033的三重组合的处理。
在研究结束时(随机化后第37天)从研究中剩余的所有动物中收集NSCLC肿瘤，并立即进行处理。为了制备单细胞悬液，先消化肿瘤样品，然后使用T细胞和髓样细胞的标记物通过流式细胞术进行染色和免疫表型分型。将细胞门控在单峰(singlet)、活体群体上。
通过三重检查点阻断增加TIL并减少肿瘤内Treg
每个治疗组的免疫细胞群体已相对于同型对照标准化。图15A显示肿瘤浸润淋巴细胞(CD45)的倍数变化。图15B显示调节性T细胞(Treg)的倍数变化，其中Treg被识别为CD4+FOXP3+。图15C显示增殖Treg的倍数变化，Ki-67被用作增殖细胞的标志物。未配对Student’s T-检测中星号用于鉴别p<0.05，所述检测将α-PD-1单一疗法与双重或三重检查点组合进行比较。
双重或三重检查点阻断后，肿瘤相关巨噬细胞(TAM)减少，M1/M2比率增加
肿瘤相关巨噬细胞(TAM)识别为CD11b+CD68+；M2TAM识别为CD11b+CD68+CD209+HLA-DRlo/-；以及M1TAM识别为CD11b+CD68+CD209-HLA-DRhi。使用未配对Student’s T-检测*p<0.05，比较α-PD-1单一疗法与双重或三重治疗组。参见图16A(TAM)和16B(M1/M2)。
TSR-033和TSR-042的组合的体内抗肿瘤活性
本实施例描述示例性抗LAG-3抗体药剂与示例性PD-1试剂组合在体内显示抗肿瘤活性的能力。
在人源化NSCLC肿瘤小鼠模型中，LAG-3和PD-1的双重阻断可改善治疗效果和免疫激活。如图16C所示，在接种A549细胞的HuNOG-EXL小鼠中，抗LAG-3和抗PD-1(均以10mg/kgip每周施用两次)的组合对限制肿瘤生长有累加效应(药物相互作用系数，CDI＝1.001)。
当肿瘤体积为80-120mm3时将小鼠随机化，然后施用免疫治疗剂。括号中表示每个治疗组在终止时的肿瘤生长抑制。相对于抗PD-1单一疗法，组合治疗组的肿瘤浸润淋巴细胞、肿瘤内增殖性T细胞、CD8/Treg比率增加以及TAM减少(未配对Student’s T-检测)(图16D)。数据代表两个独立的实验(每个治疗组n＝10)且已相对于每个治疗组的同型对照的倍数变化标准化。
相对于抗PD-1单一疗法，组合治疗还导致脾脏T细胞增殖增加、CD4以及CD4效应记忆T细胞的增殖显著增加；组合组中CD8和CD8效应记忆T细胞的增殖也升高，但趋势未达到显著水平(图16E)。
另外，醋酸佛波肉豆蔻酸酯(PMA)/离子霉素对脾细胞的离体刺激(一种常见的T细胞刺激)，在施用了组合疗法的动物体内生成更高百分比的产生IFNγ和TNFγ的CD4T细胞(图16F)，这表明相对于单独的抗PD-1，组合组的T细胞的功能强化得到增加。
TNBC肿瘤
对人源化NOG-EXL小鼠(Taconic)皮下接种MDA-MB436三阴性乳腺癌(TNBC)(图17A-17G)细胞系并监测肿瘤生长。当肿瘤体积达到80-120mm3时，将小鼠随机化，并每周两次用以下测试抗体腹膜内处理：人类IgG4同型对照或靶向人类PD-1(TSR-042)、TIM-3(TSR-022)和LAG-3(TSR-033)的人源化抗体。免疫检查点抗体以10mg/kg单独或组合施用(每治疗组n＝5-10只动物)。监测肿瘤生长30-35天。图17A涉及用人类IgG4同型对照的处理；图17B涉及用TSR-042的处理；图17C涉及用TSR-022的处理；图17D涉及用TSR-042和TSR-022组合的处理；图17E涉及用TSR-033的处理；图17F涉及用TSR-042和TSR-033组合的处理；以及图17G涉及用TSR-042、TSR-022和TSR-033的三重组合的处理。
EMT-6乳腺癌细胞系
图18A至18G描述在同基因型肿瘤小鼠模型中的研究，其中首先对BALB/c小鼠皮下接种EMT-6乳腺癌细胞系且然后用替代测试抗体处理，每周两次腹膜内施用，剂量为10mg/kg。在使用以下处理后0-20天测量肿瘤体积(mm3)：同型对照(图18A)；抗PD-1抗体(图18B)；抗TIM-3抗体(图18C)；抗PD-1和抗TIM-3的组合(图18D)；抗LAG-3抗体(图18E)；抗PD-1和抗LAG-3的组合(图18F)；以及抗PD-1、抗TIM-3抗体和抗LAG-3的组合(图18G)。
用于鉴别用三重阻断疗法治疗的癌症的新框架
PD-1、TIM-3和LAG-3在各种癌症中均有不同程度的表达。在本实施例中，建立框架以鉴别可优先从PD-1、TIM-3和LAG-3的三重阻断获得治疗益处的癌症。
获得标记以定义肿瘤浸润淋巴细胞(淋巴指数)、肿瘤浸润髓样细胞(骨髓指数)、肿瘤干扰素(干扰素指数)、肿瘤细胞因子(细胞因子指数)的存在以及肿瘤突变负担(TMB)和同源重组缺陷(HRD或HRR基因突变)的存在。接着在癌症基因组图谱(TCGA)中比较这些标记以鉴别基于以上几个因素的同时存在而优先应答的肿瘤类型，且还用于定义基于标记情况优先应答的肿瘤类型。
为了获得标记，对组合的10,000个样本的泛癌症(pan-cancer)数据集在基因水平使用一系列不同的k(k＝20、21、…、200)进行K均值聚类。费舍尔精确检验(Fisher’s exacttest)用于对任何给定k，获得每个簇的典型途径的p值和基因本体项关联。对于每个k，计算出最高20个簇的组合p值。对于所有k中最小的组合p值，选择出的最佳k为62。每个簇中所有基因的平均表达被用作代表簇转录状态的指标。
根据TCGA的RNA-seq数据，已确定哺乳动物癌症基因组可以有效地由62个不重叠、功能相关的基因组(转录簇)代表，其基因组内转录水平在多种癌症类型之间得到协调调节。尽管通过无监督聚类分析确定了转录簇，但观察到具有已知相似功能的基因聚在一起。发现转录簇比任何单一基因都更稳固，并且比典型形途径更好，因为转录簇在没有现有知识的情况下已通过无监督性聚类进行转录组分析优化。该簇可提供比典型途径更多的了解。
确定了至少四个免疫簇，称为淋巴、骨髓、干扰素和细胞因子。淋巴簇富含与T细胞、B细胞和NK细胞相关的基因；骨髓簇富含与巨噬细胞、嗜中性粒细胞、单核细胞等有关的基因。淋巴指数和骨髓指数均与TCGA胃数据集中的白细胞百分比相关。所用标记的总结如图19所示。
以下癌症被鉴别为具有最高的淋巴指数：大B细胞淋巴瘤、胸腺瘤、急性髓性白血病、睾丸肿瘤、肺腺癌、肾透明细胞癌、三阴性乳腺癌、胃癌、肺鳞状癌和间皮瘤。
接下来鉴定出特征为高淋巴指数和骨髓指数的癌症。本分析的主要适应症为大B细胞淋巴瘤、急性髓性白血病、肾透明细胞癌、肺腺癌、胸腺瘤、睾丸肿瘤、乳房-TNBC、间皮瘤、胰腺癌和肺鳞状细胞癌。
另外，鉴定出以高的淋巴指数、骨髓指数、干扰素指数、细胞因子指数和肿瘤突变负担为特征的癌症。在本分析中，主要适应症为肺腺癌、大B细胞淋巴瘤、肺鳞状细胞癌、乳房-TNBC、肾透明细胞癌、头颈癌、胃癌、胰腺癌、子宫颈癌和间皮瘤。
基于PD-L1的检查点免疫疗法的另一个患者选择标记是DNA修复途径的缺陷(Teo等人,2018,J Clin.Oncology)。为了鉴定显示最高水平的淋巴指数、骨髓指数、干扰素指数/细胞因子指数同时具有TMB以及DNA修复途径缺陷的肿瘤类型，开发HRD和HRR基因缺陷的测量，并评估TCGA数据库。使用此分析时，主要适应症为肺腺癌、肺鳞状细胞癌、乳房-TNBC、胃癌、头颈癌、大B细胞淋巴瘤、食道癌、胰腺癌、子宫颈癌、肾透明细胞癌、间皮瘤、黑色素瘤、膀胱癌、结肠腺癌。
总体而言，这些分析表明，单个标记物含量高或多个标记物重叠的肿瘤更有可能对三重PD-1、LAG-3和TIM-3检查点阻断有反应。例如，即使在通常对高淋巴、骨髓、干扰素/细胞因子、TMB或DNA修复缺陷不呈阳性的癌症中，可通过确定哪些亚群患者对单独或组合使用的这些标志物呈阳性而增加成功治疗的可能性。实例包括子宫内膜癌、结肠直肠癌、非小细胞肺癌、胃癌和黑色素瘤的亚群(图19)。
调节T细胞衰竭的另一个重要因素是肿瘤相关病毒的存在，例如HPV、B型肝炎/C型肝炎、EBV。病毒感染与上述标记物重叠的主要肿瘤类型为病毒感染的头颈癌、子宫颈癌、肝细胞癌和鼻咽癌。
PD-1单一疗法的另一个患者选择标记是微卫星体不稳定性(MSI-H)或错配修复路径缺陷(dMMR)。如图12B所示，子宫内膜癌中有高水平的PD-1、TIM-3和LAG-3表达，其中约20％报告为MSI-H。这些肿瘤也预期具有高TMB，如图19所示。考虑到MSI-H肿瘤(包括对PD-1单一疗法(派姆单抗标签)以及TIM-3和LAG-3的表达有应答的子宫内膜癌)的易感性，三重组合可用于治疗MSI-H肿瘤。另外，考虑到PD-1、TIM-3和LAG-3表达的广度，非MSI-H子宫内膜肿瘤也可以用双重或三重PD-1、TIM-3和LAG-3阻断治疗。
总而言之，在两个非临床异种移植模型中，用TSR-042、TSR-022和TSR-033对PD-1、TIM-3和LAG-3进行三重阻断特别有效，这种作用与用三重组合处理的动物中CD45+TILs升高有关。这些研究表明，在人源化小鼠肿瘤模型中，PD-1与α-TIM-3或α-LAG-3的双重阻断的疗效优于单一疗法。此外，所有三种检查点抑制剂的三重组合还与进一步的抗肿瘤活性相关：相对于PD-1单一疗法，PD-1、TIM-3和LAG-3的三重阻断导致显著的药效学变化，TIL增加，肿瘤内Treg降低以及影响具有肿瘤微环境的TAM群体。因此，考虑到PD-1、TIM-3和LAG-3在T细胞功能异常中的潜在作用，这些观察结果表明，同时阻断所有3个检查点可引起相比单一或双重组合更强和更持久的抗肿瘤免疫应答，且可以是一种特别有效的治疗策略。
等效物
除非明确指示相反的含义，如本文在说明书与权利要求中所用冠词“一”应理解为包括复数指示物。除非明确指示相反的含义或在上下文中显而易见，否则如果一个、多于一个或所有的组成员存在于、用于或另外与给定的产物或方法相关联，则在该组的一个或多个成员间包括“或”的权利要求或描述被视为是确定的。本发明包括组中恰好一个成员存在于、用于或另外与给定的产物或方法相关联的实施方案。本发明包括其中多于一个或全部的组成员存在于、用于或另外与给定的产物或方法相关联的实施方案。另外，应理解除非另有指示或除非对本领域普通技术人员而言将显而易见地出现矛盾或不一致，否则本发明的涵盖所有变体、组合及排列，其中将来自一个或多个所列权利要求的一个或多个限制、要素、条款、描述性术语等引入从属于同一基础权利要求(或相关的任何其它权利要求)的另一权利要求。当要素以列表形式存在时(例如以马库什组或类似形式)，应理解要素的各个亚组也被公开，且可从该组中移除任何要素。应理解，一般而言，当本发明或本发明的方面包含特定要素、特征等时，本发明的一些实施方案或本发明的方面由或基本有所述要素、特征等组成。出于简化的目的，本文中这些实施方案并未在每种情况下均用过多篇幅具体说明。应理解任何实施方案或本发明的方面可明确地从权利要求中去除，无论特定排除是否在说明书中有描述。本文中涉及的用于描述本发明背景和提供关于其应用的额外细节的出版物、网站和其它参考材料以引用的方式并入本文中。
序列表
<110> 特沙诺有限公司
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<151> 2017-10-27
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<210> 1
<211> 460
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 1
Met Asp Trp Thr Trp Arg Ile Leu Phe Leu Val Ala Ala Ala Thr Gly
1 5 10 15
Ala His Ser Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys
20 25 30
Pro Gly Ala Thr Val Lys Ile Ser Cys Lys Ala Ser Gly Phe Ser Ile
35 40 45
Lys Asp Asp Tyr Ile His Trp Val Gln Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu
50 55 60
Glu Trp Met Gly Trp Ile Asp Ala Met Asn Asp Asp Ser Gln Tyr Ser
65 70 75 80
Ser Lys Phe Gln Gly Arg Val Thr Ile Thr Val Asp Thr Ser Thr Asn
85 90 95
Thr Ala Tyr Met Lys Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val
100 105 110
Tyr Tyr Cys Thr Tyr Ala Phe Gly Gly Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Thr
115 120 125
Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu
130 135 140
Ala Pro Cys Ser Arg Ser Thr Ser Glu Ser Thr Ala Ala Leu Gly Cys
145 150 155 160
Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser
165 170 175
Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser
180 185 190
Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser
195 200 205
Leu Gly Thr Lys Thr Tyr Thr Cys Asn Val Asp His Lys Pro Ser Asn
210 215 220
Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro
225 230 235 240
Pro Cys Pro Ala Pro Glu Phe Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe
245 250 255
Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val
260 265 270
Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe
275 280 285
Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro
290 295 300
Arg Glu Glu Gln Phe Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr
305 310 315 320
Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val
325 330 335
Ser Asn Lys Gly Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala
340 345 350
Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln
355 360 365
Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly
370 375 380
Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro
385 390 395 400
Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser
405 410 415
Phe Phe Leu Tyr Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu
420 425 430
Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His
435 440 445
Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly Lys
450 455 460
<210> 2
<211> 241
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 2
Met Asp Met Arg Val Pro Ala Gln Leu Leu Gly Leu Leu Leu Leu Trp
1 5 10 15
Leu Arg Gly Ala Arg Cys Asp Ile Val Met Thr Gln Thr Pro Leu Ser
20 25 30
Leu Ser Val Thr Pro Gly Gln Pro Ala Ser Ile Ser Cys Arg Ser Ser
35 40 45
Gln Ser Leu Val His Ser Asp Ser Asn Thr Tyr Leu His Trp Tyr Leu
50 55 60
Gln Lys Pro Gly Gln Ser Pro Gln Leu Leu Ile Tyr Leu Val Ser Asn
65 70 75 80
Arg Phe Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr
85 90 95
Asp Phe Thr Leu Lys Ile Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly Val
100 105 110
Tyr Phe Cys Gly Gln Ser Thr His Val Pro Tyr Ala Phe Gly Gly Gly
115 120 125
Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile
130 135 140
Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val
145 150 155 160
Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys
165 170 175
Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu
180 185 190
Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu
195 200 205
Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr
210 215 220
His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu
225 230 235 240
Cys
<210> 3
<211> 114
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 3
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Thr Val Lys Ile Ser Cys Lys Ala Ser Gly Phe Ser Ile Lys Asp Asp
20 25 30
Tyr Ile His Trp Val Gln Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Trp Ile Asp Ala Met Asn Asp Asp Ser Gln Tyr Ser Ser Lys Phe
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Ile Thr Val Asp Thr Ser Thr Asn Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Lys Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Thr Tyr Ala Phe Gly Gly Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val
100 105 110
Ser Ser
<210> 4
<211> 112
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 4
Asp Ile Val Met Thr Gln Thr Pro Leu Ser Leu Ser Val Thr Pro Gly
1 5 10 15
Gln Pro Ala Ser Ile Ser Cys Arg Ser Ser Gln Ser Leu Val His Ser
20 25 30
Asp Ser Asn Thr Tyr Leu His Trp Tyr Leu Gln Lys Pro Gly Gln Ser
35 40 45
Pro Gln Leu Leu Ile Tyr Leu Val Ser Asn Arg Phe Ser Gly Val Pro
50 55 60
Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile
65 70 75 80
Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly Val Tyr Phe Cys Gly Gln Ser
85 90 95
Thr His Val Pro Tyr Ala Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys
100 105 110
<210> 5
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡肽
<400> 5
Asp Asp Tyr Ile His
1 5
<210> 6
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡肽
<400> 6
Trp Ile Asp Ala Met Asn Asp Asp Ser Gln Tyr Ser Ser Lys Phe Gln
1 5 10 15
Gly
<210> 7
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡肽
<400> 7
Ala Phe Gly Gly Tyr
1 5
<210> 8
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡肽
<400> 8
Arg Ser Ser Gln Ser Leu Val His Ser Asp Ser Asn Thr Tyr Leu His
1 5 10 15
<210> 9
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡肽
<400> 9
Leu Val Ser Asn Arg Phe Ser
1 5
<210> 10
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡肽
<400> 10
Gly Gln Ser Thr His Val Pro Tyr Ala
1 5
<210> 11
<211> 1383
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多核苷酸
<400> 11
atggactgga cctggaggat cctcttcttg gtggcagcag ccacaggtgc ccactccgag 60
gtgcagctgg tgcagtccgg cgctgaggtg aagaagcctg gcgccaccgt gaagatctcc 120
tgcaaggcct ccggcttcag catcaaggac gactacatcc actgggtgca gcaggccccc 180
ggaaaaggcc tggagtggat gggctggatc gacgccatga acgacgactc ccagtactcc 240
agcaagttcc agggcagggt gacaatcacc gtggacacct ccaccaacac cgcctacatg 300
aagctgtcct ccctgcggtc cgaggatacc gccgtgtact actgcaccta cgccttcggc 360
ggatactggg gccagggcac cacagtgacc gtgtcctccg ctagcaccaa gggcccatcc 420
gtcttccccc tggcgccctg ctccaggagc acctccgaga gcacagccgc cctgggctgc 480
ctggtcaagg actacttccc cgaaccggtg acggtgtcgt ggaactcagg cgccctgacc 540
agcggcgtgc acaccttccc ggctgtccta cagtcctcag gactctactc cctcagcagc 600
gtggtgaccg tgccctccag cagcttgggc acgaagacct acacctgcaa cgtagatcac 660
aagcccagca acaccaaggt ggacaagaga gttgagtcca aatatggtcc cccatgccca 720
ccatgcccag cacctgagtt cctgggggga ccatcagtct tcctgttccc cccaaaaccc 780
aaggacactc tcatgatctc ccggacccct gaggtcacgt gcgtggtggt ggacgtgagc 840
caggaagacc ccgaggtcca gttcaactgg tacgtggatg gcgtggaggt gcataatgcc 900
aagacaaagc cgcgggagga gcagttcaac agcacgtacc gtgtggtcag cgtcctcacc 960
gtcctgcacc aggactggct gaacggcaag gagtacaagt gcaaggtctc caacaaaggc 1020
ctcccgtcct ccatcgagaa aaccatctcc aaagccaaag ggcagccccg agagccacag 1080
gtgtacaccc tgcccccatc ccaggaggag atgaccaaga accaggtcag cctgacctgc 1140
ctggtcaaag gcttctaccc cagcgacatc gccgtggagt gggagagcaa tgggcagccg 1200
gagaacaact acaagaccac gcctcccgtg ctggactccg acggctcctt cttcctctac 1260
agcaggctaa ccgtggacaa gagcaggtgg caggagggga atgtcttctc atgctccgtg 1320
atgcatgagg ctctgcacaa ccactacaca cagaagagcc tctccctgtc tctgggtaaa 1380
tga 1383
<210> 12
<211> 726
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多核苷酸
<400> 12
atggacatga gggtccccgc tcagctcctg gggctcctgc tactctggct ccgaggtgcc 60
agatgtgaca tcgtgatgac ccagacaccc ctgtccctgt ccgtgacacc tggacagccc 120
gcctccatct cctgcaggtc ctcccagtcc ctggtgcact ccgactccaa cacctacctc 180
cactggtacc tgcagaagcc tggccagtcc ccccagctgc tgatctacct ggtgtccaac 240
cggttcagcg gcgtgcctga caggttcagc ggaagcggct ccggcaccga cttcaccctg 300
aagatctcca gggtggaggc cgaggatgtg ggcgtgtact tctgcggcca gtccacccac 360
gtgccctatg ctttcggcgg cggcaccaag gtggagatca agcgtacggt ggctgcacca 420
tctgtcttca tcttcccgcc atctgatgag cagttgaaat ctggaactgc ctctgttgtg 480
tgcctgctga ataacttcta tcccagagag gccaaagtac agtggaaggt ggataacgcc 540
ctccaatcgg gtaactccca ggagagtgtc acagagcagg acagcaagga cagcacctac 600
agcctcagca gcaccctgac gctgagcaaa gcagactacg agaaacacaa agtctacgcc 660
tgcgaagtca cccatcaggg cctgagctcg cccgtcacaa agagcttcaa caggggagag 720
tgttga 726
<210> 13
<211> 342
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多核苷酸
<400> 13
Gly Ala Gly Gly Thr Gly Cys Ala Gly Cys Thr Gly Gly Thr Gly Cys
1 5 10 15
Ala Gly Thr Cys Cys Gly Gly Cys Gly Cys Thr Gly Ala Gly Gly Thr
20 25 30
Gly Ala Ala Gly Ala Ala Gly Cys Cys Thr Gly Gly Cys Gly Cys Cys
35 40 45
Ala Cys Cys Gly Thr Gly Ala Ala Gly Ala Thr Cys Thr Cys Cys Thr
50 55 60
Gly Cys Ala Ala Gly Gly Cys Cys Thr Cys Cys Gly Gly Cys Thr Thr
65 70 75 80
Cys Ala Gly Cys Ala Thr Cys Ala Ala Gly Gly Ala Cys Gly Ala Cys
85 90 95
Thr Ala Cys Ala Thr Cys Cys Ala Cys Thr Gly Gly Gly Thr Gly Cys
100 105 110
Ala Gly Cys Ala Gly Gly Cys Cys Cys Cys Cys Gly Gly Ala Ala Ala
115 120 125
Ala Gly Gly Cys Cys Thr Gly Gly Ala Gly Thr Gly Gly Ala Thr Gly
130 135 140
Gly Gly Cys Thr Gly Gly Ala Thr Cys Gly Ala Cys Gly Cys Cys Ala
145 150 155 160
Thr Gly Ala Ala Cys Gly Ala Cys Gly Ala Cys Thr Cys Cys Cys Ala
165 170 175
Gly Thr Ala Cys Thr Cys Cys Ala Gly Cys Ala Ala Gly Thr Thr Cys
180 185 190
Cys Ala Gly Gly Gly Cys Ala Gly Gly Gly Thr Gly Ala Cys Ala Ala
195 200 205
Thr Cys Ala Cys Cys Gly Thr Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Thr Cys
210 215 220
Cys Ala Cys Cys Ala Ala Cys Ala Cys Cys Gly Cys Cys Thr Ala Cys
225 230 235 240
Ala Thr Gly Ala Ala Gly Cys Thr Gly Thr Cys Cys Thr Cys Cys Cys
245 250 255
Thr Gly Cys Gly Gly Thr Cys Cys Gly Ala Gly Gly Ala Thr Ala Cys
260 265 270
Cys Gly Cys Cys Gly Thr Gly Thr Ala Cys Thr Ala Cys Thr Gly Cys
275 280 285
Ala Cys Cys Thr Ala Cys Gly Cys Cys Thr Thr Cys Gly Gly Cys Gly
290 295 300
Gly Ala Thr Ala Cys Thr Gly Gly Gly Gly Cys Cys Ala Gly Gly Gly
305 310 315 320
Cys Ala Cys Cys Ala Cys Ala Gly Thr Gly Ala Cys Cys Gly Thr Gly
325 330 335
Thr Cys Cys Thr Cys Cys
340
<210> 14
<211> 336
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多核苷酸
<400> 14
gacatcgtga tgacccagac acccctgtcc ctgtccgtga cacctggaca gcccgcctcc 60
atctcctgca ggtcctccca gtccctggtg cactccgact ccaacaccta cctccactgg 120
tacctgcaga agcctggcca gtccccccag ctgctgatct acctggtgtc caaccggttc 180
agcggcgtgc ctgacaggtt cagcggaagc ggctccggca ccgacttcac cctgaagatc 240
tccagggtgg aggccgagga tgtgggcgtg tacttctgcg gccagtccac ccacgtgccc 300
tatgctttcg gcggcggcac caaggtggag atcaag 336
<210> 15
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 15
gacgactaca tccac 15
<210> 16
<211> 51
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 16
tggatcgacg ccatgaacga cgactcccag tactccagca agttccaggg c 51
<210> 17
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 17
gccttcggcg gatac 15
<210> 18
<211> 48
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 18
aggtcctccc agtccctggt gcactccgac tccaacacct acctccac 48
<210> 19
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 19
ctggtgtcca accggttcag c 21
<210> 20
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 20
ggccagtcca cccacgtgcc ctatgct 27
<210> 21
<211> 441
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 21
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Thr Val Lys Ile Ser Cys Lys Ala Ser Gly Phe Ser Ile Lys Asp Asp
20 25 30
Tyr Ile His Trp Val Gln Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Trp Ile Asp Ala Met Asn Asp Asp Ser Gln Tyr Ser Ser Lys Phe
50 55 60
Gln Gly Arg Val Thr Ile Thr Val Asp Thr Ser Thr Asn Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Lys Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Thr Tyr Ala Phe Gly Gly Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val
100 105 110
Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Cys
115 120 125
Ser Arg Ser Thr Ser Glu Ser Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys
130 135 140
Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu
145 150 155 160
Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu
165 170 175
Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr
180 185 190
Lys Thr Tyr Thr Cys Asn Val Asp His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val
195 200 205
Asp Lys Arg Val Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro
210 215 220
Ala Pro Glu Phe Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys
225 230 235 240
Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val
245 250 255
Val Val Asp Val Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn Trp Tyr
260 265 270
Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu
275 280 285
Gln Phe Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His
290 295 300
Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys
305 310 315 320
Gly Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln
325 330 335
Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met
340 345 350
Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro
355 360 365
Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn
370 375 380
Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu
385 390 395 400
Tyr Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val
405 410 415
Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln
420 425 430
Lys Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly Lys
435 440
<210> 22
<211> 219
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 22
Asp Ile Val Met Thr Gln Thr Pro Leu Ser Leu Ser Val Thr Pro Gly
1 5 10 15
Gln Pro Ala Ser Ile Ser Cys Arg Ser Ser Gln Ser Leu Val His Ser
20 25 30
Asp Ser Asn Thr Tyr Leu His Trp Tyr Leu Gln Lys Pro Gly Gln Ser
35 40 45
Pro Gln Leu Leu Ile Tyr Leu Val Ser Asn Arg Phe Ser Gly Val Pro
50 55 60
Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile
65 70 75 80
Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly Val Tyr Phe Cys Gly Gln Ser
85 90 95
Thr His Val Pro Tyr Ala Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys
100 105 110
Arg Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu
115 120 125
Gln Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe
130 135 140
Tyr Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln
145 150 155 160
Ser Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser
165 170 175
Thr Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu
180 185 190
Lys His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser
195 200 205
Pro Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210 215
<210> 23
<211> 117
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 23
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Asp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Thr Ile Ser Gly Gly Gly Ser Tyr Thr Tyr Tyr Gln Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Ser Pro Tyr Tyr Ala Met Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val
100 105 110
Thr Val Ser Ser Ala
115
<210> 24
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 24
Asp Ile Gln Leu Thr Gln Ser Pro Ser Phe Leu Ser Ala Tyr Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Lys Ala Ser Gln Asp Val Gly Thr Ala
20 25 30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Trp Ala Ser Thr Leu His Thr Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Glu Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln His Tyr Ser Ser Tyr Pro Trp
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg
100 105
<210> 25
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡肽
<400> 25
Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr Asp Met Ser
1 5 10
<210> 26
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡肽
<400> 26
Thr Ile Ser Gly Gly Gly Ser Tyr Thr Tyr
1 5 10
<210> 27
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡肽
<400> 27
Pro Tyr Tyr Ala Met Asp Tyr
1 5
<210> 28
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡肽
<400> 28
Lys Ala Ser Gln Asp Val Gly Thr Ala Val Ala
1 5 10
<210> 29
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡肽
<400> 29
Trp Ala Ser Thr Leu His Thr
1 5
<210> 30
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡肽
<400> 30
Gln His Tyr Ser Ser Tyr Pro Trp Thr
1 5
<210> 31
<211> 440
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 31
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser
20 25 30
Tyr Asp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Asp Trp
35 40 45
Val Ser Thr Ile Ser Gly Gly Gly Thr Tyr Thr Tyr Tyr Gln Asp Ser
50 55 60
Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu
65 70 75 80
Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr
85 90 95
Cys Ala Ser Met Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser
100 105 110
Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Cys Ser
115 120 125
Arg Ser Thr Ser Glu Ser Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp
130 135 140
Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr
145 150 155 160
Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr
165 170 175
Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Lys
180 185 190
Thr Tyr Thr Cys Asn Val Asp His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp
195 200 205
Lys Arg Val Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro Ala
210 215 220
Pro Glu Phe Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro
225 230 235 240
Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val
245 250 255
Val Asp Val Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val
260 265 270
Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln
275 280 285
Phe Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln
290 295 300
Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Gly
305 310 315 320
Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro
325 330 335
Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr
340 345 350
Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser
355 360 365
Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr
370 375 380
Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr
385 390 395 400
Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe
405 410 415
Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys
420 425 430
Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly Lys
435 440
<210> 32
<211> 213
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 32
Asp Ile Gln Met Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly Asp
1 5 10 15
Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Ser Ile Arg Arg Tyr Leu
20 25 30
Asn Trp Tyr His Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr
35 40 45
Gly Ala Ser Thr Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly Ser
50 55 60
Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro Glu
65 70 75 80
Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser His Ser Ala Pro Leu Thr
85 90 95
Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala Pro
100 105 110
Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr
115 120 125
Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys
130 135 140
Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln Glu
145 150 155 160
Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Ser
165 170 175
Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr Ala
180 185 190
Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser Phe
195 200 205
Asn Arg Gly Glu Cys
210
<210> 33
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡肽
<400> 33
Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr Asp Met Ser
1 5 10
<210> 34
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡肽
<400> 34
Thr Ile Ser Gly Gly Gly Thr Tyr Thr Tyr Tyr Gln Asp Ser Val Lys
1 5 10 15
Gly
<210> 35
<211> 3
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡肽
<400> 35
Met Asp Tyr
1
<210> 36
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡肽
<400> 36
Arg Ala Ser Gln Ser Ile Arg Arg Tyr Leu Asn
1 5 10
<210> 37
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡肽
<400> 37
Gly Ala Ser Thr Leu Gln Ser
1 5
<210> 38
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡肽
<400> 38
Gln Gln Ser His Ser Ala Pro Leu Thr
1 5
<210> 39
<211> 443
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 39
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr
20 25 30
Asp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Thr Ile Ser Gly Gly Gly Ser Tyr Thr Tyr Tyr Gln Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Ser Pro Tyr Tyr Ala Met Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val
100 105 110
Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala
115 120 125
Pro Cys Ser Arg Ser Thr Ser Glu Ser Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu
130 135 140
Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly
145 150 155 160
Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser
165 170 175
Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu
180 185 190
Gly Thr Lys Thr Tyr Thr Cys Asn Val Asp His Lys Pro Ser Asn Thr
195 200 205
Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro
210 215 220
Cys Pro Ala Pro Glu Phe Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro
225 230 235 240
Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr
245 250 255
Cys Val Val Val Asp Val Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn
260 265 270
Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg
275 280 285
Glu Glu Gln Phe Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val
290 295 300
Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser
305 310 315 320
Asn Lys Gly Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys
325 330 335
Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu
340 345 350
Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe
355 360 365
Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu
370 375 380
Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe
385 390 395 400
Phe Leu Tyr Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly
405 410 415
Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr
420 425 430
Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly Lys
435 440
<210> 40
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成多肽
<400> 40
Asp Ile Gln Leu Thr Gln Ser Pro Ser Phe Leu Ser Ala Tyr Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Lys Ala Ser Gln Asp Val Gly Thr Ala
20 25 30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Trp Ala Ser Thr Leu His Thr Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Glu Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln His Tyr Ser Ser Tyr Pro Trp
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala
100 105 110
Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly
115 120 125
Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala
130 135 140
Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln
145 150 155 160
Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser
165 170 175
Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr
180 185 190
Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser
195 200 205
Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210

Claims (254)

1.一种能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽，其包含一个、两个或三个选自以下的氨基酸序列：(a)SEQ ID NO:5的氨基酸序列；(b)SEQ ID NO:6的氨基酸序列；和(c)SEQID NO:7的氨基酸序列。
2.一种包含重链可变区的多肽，所述重链可变区包含一个、两个或三个选自以下的CDR：(a)包含SEQ ID NO:5的氨基酸序列的CDR-H1；(b)包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列的CDR-H2；以及(c)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的CDR-H3。
3.一种能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽，其中所述多肽包含重链可变区，所述重链可变区包含：
由与SEQ ID NO:5具有至少80％、85％或90％同一性的氨基酸序列所定义的CDR-H1；和/或
由与SEQ ID NO:6具有至少80％、85％或90％同一性的氨基酸序列所定义的CDR-H2；和/或
由与SEQ ID NO:7具有至少80％、85％或90％同一性的氨基酸序列所定义的CDR-H3。
4.权利要求3的多肽，其中所述多肽包含：
由与SEQ ID NO:5具有至少80％、85％或90％同一性的氨基酸序列所定义的CDR-H1；
由与SEQ ID NO:6具有至少80％、85％或90％同一性的氨基酸序列所定义的CDR-H2；和
由与SEQ ID NO:7具有至少80％、85％或90％同一性的氨基酸序列所定义的CDR-H3。
5.一种能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽，其包含一个、两个或三个选自以下的氨基酸序列：(a)SEQ ID NO:8的氨基酸序列；(b)SEQ ID NO:9的氨基酸序列；和(c)SEQID NO:10的氨基酸序列。
6.一种包含轻链可变区的多肽，所述轻链可变区包含一个、两个或三个选自以下的CDR：(a)包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列的CDR-L1；(b)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的CDR-L2；和(c)包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列的CDR-L3。
7.一种能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽，其中所述多肽包含轻链可变区，所述轻链可变区包含：
由与SEQ ID NO:8具有至少80％、85％或90％同一性的氨基酸序列所定义的CDR-L1；和/或
由与SEQ ID NO:9具有至少80％、85％或90％同一性的氨基酸序列所定义的CDR-L2；和/或
由与SEQ ID NO:10具有至少80％、85％或90％同一性的氨基酸序列所定义的CDR-L3。
8.权利要求7的多肽，其包含：
由与SEQ ID NO:8具有至少80％、85％或90％同一性的氨基酸序列所定义的CDR-L1；
由与SEQ ID NO:9具有至少80％、85％或90％同一性的氨基酸序列所定义的CDR-L2；和
由与SEQ ID NO:10具有至少80％、85％或90％同一性的氨基酸序列所定义的CDR-L3。
9.一种能够结合LAG-3的多肽，其包含：
至少一个根据权利要求1的氨基酸序列或权利要求2-4中任一项的重链可变区；
和
至少一个根据权利要求5的氨基酸序列或权利要求6-8中任一项的轻链可变区。
10.权利要求1-9中任一项的多肽，其中所述多肽包含：
由SEQ ID NO:5定义的CDR-H1；
由SEQ ID NO:6定义的CDR-H2；
由SEQ ID NO:7定义的CDR-H3；
由SEQ ID NO:8定义的CDR-L1；
由SEQ ID NO:9定义的CDR-L2；和
由SEQ ID NO:10定义的CDR-L3。
11.一种能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽，其包含与SEQ ID NO:3具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的重链可变区氨基酸序列。
12.权利要求11的多肽，其包含由SEQ ID NO:3定义的重链可变区氨基酸序列。
13.一种能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽，其包含与SEQ ID NO:4具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的轻链可变区氨基酸序列。
14.权利要求13的多肽，其包含由SEQ ID NO:4定义的轻链可变区氨基酸序列。
15.一种能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽，其包含：
根据权利要求11或12的重链可变区；和
根据权利要求13或14的轻链可变区。
16.一种能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽，其包含与SEQ ID NO:1或SEQID NO:21具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的重链多肽序列。
17.权利要求16的多肽，其包含由SEQ ID NO:1定义的重链多肽序列。
18.权利要求16的多肽，其包含由SEQ ID NO:21定义的重链多肽序列。
19.一种能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽，其包含与SEQ ID NO:2或SEQID NO:22具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的轻链多肽序列。
20.权利要求19的多肽，其包含由SEQ ID NO:2定义的轻链多肽序列。
21.权利要求19的多肽，其包含由SEQ ID NO:22定义的轻链多肽序列。
22.一种能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽，其包含：
根据权利要求16-18中任一项的重链多肽序列；
和
根据权利要求19-21中任一项的轻链多肽序列。
23.一种能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽，其中所述多肽包含与SEQ IDNO:1、SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:21具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的氨基酸序列。
24.一种重链多肽，其包含与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:21具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的氨基酸序列。
25.一种能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽，其中所述多肽包含与SEQ IDNO:2、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:22具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的氨基酸序列。
26.一种轻链多肽，其包含与SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:22具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的氨基酸序列。
27.一种能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽，其包含：
i)与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:21具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的氨基酸；和
ii)与SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:22具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的氨基酸。
28.一种能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽，其包含：
i)一个、两个或三个选自以下的氨基酸序列：
(a)与SEQ ID NO:5相比序列相同或包含1-5个氨基酸取代的氨基酸序列；
(b)与SEQ ID NO:6相比序列相同或包含1-5个氨基酸取代的氨基酸序列；和
(c)与SEQ ID NO:7相比序列相同或包含1-5个氨基酸取代的氨基酸序列，
和
ii)一个、两个或三个选自以下的氨基酸序列：
(a)与SEQ ID NO:8相比序列相同或包含1-5个氨基酸取代的氨基酸序列；
(b)与SEQ ID NO:9相比序列相同或包含1-5个氨基酸取代的氨基酸序列；和
(c)与SEQ ID NO:10相比序列相同或包含1-5个氨基酸取代的氨基酸序列。
29.一种能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽，其包含：
i)一个、两个或三个选自以下的氨基酸序列：(a)SEQ ID NO:5的氨基酸序列；(b)SEQID NO:6的氨基酸序列；和(c)SEQ ID NO:7的氨基酸序列；和
ii)一个、两个或三个选自以下的氨基酸序列：(a)SEQ ID NO:8的氨基酸序列；(b)SEQID NO:9的氨基酸序列；和(c)SEQ ID NO:10的氨基酸序列。
30.权利要求1-29中任一项的多肽，其中所述多肽包含至少一个由第一半胱氨酸和第二半胱氨酸形成的二硫键；其中：
i)所述第一半胱氨酸选自SEQ ID NO:1的残基41、115、147、160、216、239、242、274、334、380和438，且所述第二半胱氨酸选自SEQ ID NO:1的残基41、115、147、160、216、239、242、274、334、380和438；
ii)所述第一半胱氨酸选自SEQ ID NO:1的残基41、115、147、160、216、239、242、274、334、380和438，且所述第二半胱氨酸选自SEQ ID NO:2的残基45、115、161、221和241；或
iii)所述第一半胱氨酸选自SEQ ID NO:2的残基45、115、161、221和241，且所述第二半胱氨酸选自SEQ ID NO:2的残基45、115、161、221和241。
31.权利要求1-30中任一项的多肽，其中所述多肽包含至少一个由第一半胱氨酸和第二半胱氨酸形成的二硫键；其中：
i)第一残基是SEQ ID NO:2的残基45，且第二残基是SEQ ID NO:2的残基115；
ii)第一残基为SEQ ID NO:2的残基161，且第二残基为SEQ ID NO:2的残基221；
iii)第一残基为SEQ ID NO:1的残基147，且第二残基为SEQ ID NO:2的残基241；
iv)第一残基为SEQ ID NO:1的残基41，且第二残基为SEQ ID NO:1的残基115；
v)第一残基是SEQ ID NO:1的残基160，且第二残基是SEQ ID NO:1的残基216；
vi)第一残基是SEQ ID NO:1的残基239，且第二残基是SEQ ID NO:1的残基242；
vii)第一残基为SEQ ID NO:1的残基274，且第二残基为SEQ ID NO:1的残基334；或
viii)第一残基为SEQ ID NO:1的残基380，且第二残基为SEQ ID NO:1的残基438。
32.权利要求1-31中任一项的多肽，其中所述多肽包含至少一个糖基化的天冬酰胺。
33.一种能够结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)的多肽，其包含至少一个糖基化的天冬酰胺；其中所述多肽包含：
i)重链可变区，所述重链可变区含有：包含SEQ ID NO:5的氨基酸序列的CDR-H1；包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列的CDR-H2；和包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的CDR-H3；以及
ii)轻链可变区，所述轻链可变区含有：包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列的CDR-L1；包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的CDR-L2；和包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列的CDR-L3。
34.权利要求33的多肽，其中所述多肽包含至少一个由第一半胱氨酸和第二半胱氨酸形成的二硫键；其中：
i)所述第一半胱氨酸选自SEQ ID NO:1的残基41、115、147、160、216、239、242、274、334、380和438，且所述第二半胱氨酸选自SEQ ID NO:2的残基45、115、161、221和241；
ii)所述第一半胱氨酸选自SEQ ID NO:1的残基41、115、147、160、216、239、242、274、334、380和438，且所述第二半胱氨酸选自SEQ ID NO:1的残基41、115、147、160、216、239、242、274、334、380和438；或
iii)所述第一半胱氨酸选自SEQ ID NO:2的残基45、115、161、221和241，且所述第二半胱氨酸选自SEQ ID NO:2的残基45、115、161、221和241。
35.权利要求33或34的多肽，其中所述多肽包含：与SEQ ID NO:3具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的重链；和/或与SEQ ID NO:4具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的轻链。
36.权利要求33-35中任一项的多肽，其中所述多肽包含：与SEQ ID NO:1具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的重链；和/或与SEQ ID NO:2具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的轻链。
37.权利要求33-36中任一项的多肽，所述多肽在重链上包含糖基化的天冬酰胺。
38.权利要求37的多肽，其中所述糖基化的天冬酰胺是重链的N291。
39.权利要求1-38中任一项的多肽，其中总的N-连接型寡糖包含G0F。
40.权利要求1-39中任一项的多肽，其中总的N-连接型寡糖包含G1F。
41.权利要求1-40中任一项的多肽，其中总的N-连接型寡糖包含G2F。
42.权利要求1-41中任一项的多肽，其中总的N-连接型寡糖包含Man-5。
43.权利要求1-42中任一项的多肽，其中总的N-连接型寡糖包含G0F和G1F。
44.权利要求1-43中任一项的多肽，其中总的N-连接型寡糖包含G0F、G1F、G2F和Man-5。
45.权利要求1-44中任一项的多肽，其中所述多肽结合淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)和/或抑制LAG-3和MHC II之间的相互作用。
46.权利要求1-45中任一项的多肽，其中所述多肽活化T细胞。
47.权利要求46的多肽，其中T细胞的活化通过IL-2产生的增加来评估。
48.权利要求1-47中任一项的多肽，其中所述多肽是人类的或人源化的。
49.一种分离的核酸序列，其编码权利要求1-48中任一项的多肽。
50.权利要求49的分离的核酸，其中所述分离的核酸包含SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:21或SEQ ID NO:22的核酸。
51.一种分离的核酸序列，其包含一个、两个或三个选自以下的核酸序列：(a)SEQ IDNO:15的核酸序列；(b)SEQ ID NO:16的核酸序列；以及(c)SEQ ID NO:17的核酸序列。
52.一种分离的核酸序列，其包含一个、两个或三个选自以下的核酸序列：(a)SEQ IDNO:18的核酸序列；(b)SEQ ID NO:19的核酸序列；以及(c)SEQ ID NO:20的核酸序列。
53.一种载体，其包含权利要求49-52中任一项的分离的核酸序列。
54.一种分离的细胞，其包含权利要求53的载体。
55.一种组合物，其包含权利要求1-48中任一项的多肽、权利要求49-52中任一项的分离的核酸、权利要求53的载体或权利要求54的分离的细胞。
56.权利要求55的组合物，其中所述组合物进一步包含药学上可接受的载体。
57.一种抗体药剂，其包含权利要求1-48中任一项的多肽。
58.权利要求57的抗体药剂，其中所述抗体药剂以约1皮摩尔(pM)至约100微摩尔(μM)的KD与LAG-3结合。
59.一种在患有对抑制淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)有反应的病症的哺乳动物中诱导免疫应答的方法，所述方法包括对所述哺乳动物施用有效量的能够抑制LAG-3信号传导的药剂(LAG-3药剂)，因此在哺乳动物中诱导免疫应答，任选地，其中所述LAG-3药剂选自：权利要求1-48中任一项的多肽、权利要求49-52中任一项的分离的核酸、权利要求53的载体、权利要求54的分离的细胞、权利要求55或56的组合物或权利要求57或58的抗体药剂。
60.一种在患有对抑制淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)有反应的病症的哺乳动物中诱导免疫应答的方法，所述方法包括对所述哺乳动物施用有效量的能够抑制LAG-3信号传导的药剂(LAG-3药剂)、有效量的能够抑制程序性死亡1蛋白(PD-1)信号传导的药剂(PD-1药剂)和有效量的能够抑制T细胞免疫球蛋白和粘蛋白3(TIM-3)信号传导的药剂(TIM-3药剂)，因此在哺乳动物中诱导免疫应答，任选地，其中LAG-3药剂选自：权利要求1-48中任一项的多肽、权利要求49-52中任一项的分离的核酸、权利要求53的载体、权利要求54的分离的细胞、权利要求55或56的组合物或权利要求57或58的抗体药剂。
61.一种在患有对抑制淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)有反应的病症的哺乳动物中增强免疫应答或提高免疫细胞活性的方法，所述方法包括对所述哺乳动物施用有效量的能够抑制LAG-3信号传导的药剂(LAG-3药剂)，因此在哺乳动物中诱导免疫应答，任选地，其中LAG-3药剂选自：权利要求1-48中任一项的多肽、权利要求49-52中任一项的分离的核酸、权利要求53的载体、权利要求54的分离的细胞、权利要求55或56的组合物或权利要求57或58的抗体药剂。
62.一种在患有对抑制淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)有反应的病症的哺乳动物中增强免疫应答或提高免疫细胞活性的方法，所述方法包括对所述哺乳动物施用有效量的能够抑制LAG-3信号传导的药剂(LAG-3药剂)、有效量的能够抑制程序性死亡1蛋白(PD-1)信号传导的药剂(PD-1药剂)和有效量的能够抑制T细胞免疫球蛋白和粘蛋白3(TIM-3)信号传导的药剂(TIM-3药剂)，因此在哺乳动物中诱导免疫应答，任选地，其中LAG-3药剂选自：权利要求1-48中任一项的多肽、权利要求49-52中任一项的分离的核酸、权利要求53的载体、权利要求54的分离的细胞、权利要求55或56的组合物或权利要求57或58的抗体药剂。
63.权利要求59-62中任一项的方法，其中所述免疫应答是体液或细胞介导的免疫应答。
64.权利要求63的方法，其中所述免疫应答是CD4或CD8 T细胞应答。
65.权利要求63的方法，其中所述免疫应答是B细胞应答。
66.一种治疗哺乳动物中对抑制淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)有反应的病症的方法，所述方法包括对患有对LAG-3抑制有反应的病症的哺乳动物施用有效量的能够抑制LAG-3信号传导的药剂(LAG-3药剂)，因此在哺乳动物中治疗所述病症，任选地，其中LAG-3药剂选自：权利要求1-48中任一项的多肽、权利要求49-52中任一项的分离的核酸、权利要求53的载体、权利要求54的分离的细胞、权利要求55或56的组合物或权利要求57或58的抗体药剂。
67.一种治疗哺乳动物中对抑制淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)有反应的病症的方法，所述方法包括对患有对LAG-3抑制有反应的病症的哺乳动物施用以下药剂：有效量的能够抑制LAG-3信号传导的药剂(LAG-3药剂)、有效量的能够抑制程序性死亡1蛋白(PD-1)信号传导的药剂(PD-1药剂)和有效量的能够抑制T细胞免疫球蛋白和粘蛋白3(TIM-3)信号传导的药剂(TIM-3药剂)，因此在哺乳动物中治疗所述病症，任选地，其中LAG-3药剂选自：权利要求1-48中任一项的多肽、权利要求49-52中任一项的分离的核酸、权利要求53的载体、权利要求54的分离的细胞、权利要求55或56的组合物或权利要求57或58的抗体药剂。
68.权利要求59-67中任一项的方法，其中所述病症是癌症。
69.权利要求68的方法，其中所述癌症为：
i)与高肿瘤突变负担(TMB)有关的癌症；
ii)微卫星体稳定(MSS)的癌症；
iii)特征为微卫星体不稳定性的癌症；
iv)具有高微卫星体不稳定状态(MSI-H)的癌症；
v)具有低微卫星体不稳定状态(MSI-L)的癌症；
vi)与高TMB和MSI-H有关的癌症；
vii)与高TMB和MSI-L或MSS有关的癌症；
viii)具有缺陷性DNA错配修复系统的癌症；
ix)DNA错配修复基因有缺陷的癌症；
x)超突变癌症；
xi)包含聚合酶δ(POLD)突变的癌症；
xii)包含聚合酶ε(POLE)突变的癌症；
xiii)具有同源重组修复缺陷/同源修复缺陷(“HRD”)或以同源重组修复(HRR)基因的突变或缺失为特征的癌症；
xiv)腺癌、子宫内膜癌、乳腺癌、卵巢癌、子宫颈癌、输卵管癌、睾丸癌、原发性腹膜癌、结肠癌、结肠直肠癌、小肠癌、肛门鳞状细胞癌、阴茎鳞状细胞癌、子宫颈鳞状细胞癌、阴道鳞状细胞癌、外阴鳞状细胞癌、软组织肉瘤、黑色素瘤、肾细胞癌、肺癌、非小细胞肺癌、肺腺癌、肺鳞状细胞癌、胃癌、膀胱癌、胆囊癌、肝癌、甲状腺癌、喉癌、唾液腺癌、食道癌、头颈癌、头颈鳞状细胞癌、前列腺癌、胰腺癌、间皮瘤、默克尔细胞癌、肉瘤、胶质母细胞瘤、血液癌症、多发性骨髓瘤、B-细胞淋巴瘤、T-细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤/原发性纵隔B细胞淋巴瘤、慢性髓细胞性白血病、急性髓性白血病、急性淋巴母细胞白血病、非霍奇金淋巴瘤、神经母细胞瘤、CNS肿瘤、扩散性内因性脑桥神经胶质瘤(DIPG)、尤因肉瘤、胚胎性横纹肌肉瘤、骨肉瘤或维尔姆斯肿瘤；或
xv)xiv)的癌症，其中所述癌症：是MSS或MSI-L；特征为微卫星体不稳定性；是MSI-H；具有高TMB；具有高TMB且是MSS或MSI-L；具有高TMB且是MSI-H；具有缺陷性DNA错配修复系统；DNA错配修复基因有缺陷；是超突变癌症；是HRD或HRR癌症；包含聚合酶δ(POLD)的突变；或包含聚合酶ε(POLE)的突变。
70.权利要求69的方法，其中所述癌症是黑色素瘤、肾细胞癌、肺癌、膀胱癌、乳腺癌、子宫颈癌、结肠癌、胆囊癌、喉癌、肝癌、甲状腺癌、胃癌、唾液腺癌、前列腺癌、胰腺癌、子宫内膜癌、卵巢癌或默克尔细胞癌。
71.权利要求69的方法，其中所述癌症是非小细胞肺癌、子宫内膜癌、肾细胞癌、子宫颈癌、胃癌、结肠直肠癌或三阴性乳腺癌(TNBC)。
72.权利要求69的方法，其中所述癌症是具有同源重组修复缺陷/同源修复缺陷(“HRD”)或特征在于同源重组修复(HRR)基因的突变或缺失的癌症。
73.权利要求69的方法，其中所述癌症是子宫内膜癌，任选地是MSI-H或MSS/MSI-L子宫内膜癌。
74.权利要求69的方法，其中所述癌症是包含POLE或POLD中的突变的MSI-H癌症，任选地是包含POLE或POLD中的突变的MSI-H非子宫内膜癌。
75.权利要求69的方法，其中所述癌症是乳腺癌，任选地是三阴性乳腺癌(TNBC)。
76.权利要求69的方法，其中所述癌症是卵巢癌，任选地是卵巢上皮癌。
77.权利要求69的方法，其中所述癌症是肺癌，任选地是非小细胞肺癌。
78.权利要求69的方法，其中所述癌症是黑色素瘤。
79.权利要求69的方法，其中所述癌症是结肠直肠癌。
80.权利要求69的方法，其中所述癌症是肛门鳞状细胞癌、阴茎鳞状细胞癌、子宫颈鳞状细胞癌、阴道鳞状细胞癌或外阴鳞状细胞癌。
81.权利要求69的方法，其中所述癌症是急性髓性白血病。
82.权利要求69的方法，其中所述癌症是急性淋巴母细胞白血病。
83.权利要求69的方法，其中所述癌症是非霍奇金淋巴瘤。
84.权利要求69的方法，其中所述癌症是霍奇金淋巴瘤。
85.权利要求69的方法，其中所述癌症是神经母细胞瘤。
86.权利要求69的方法，其中所述癌症是CNS肿瘤。
87.权利要求69的方法，其中所述癌症是扩散性内因性脑桥神经胶质瘤(DIPG)。
88.权利要求69的方法，其中所述癌症是尤因肉瘤。
89.权利要求69的方法，其中所述癌症是胚胎性横纹肌肉瘤。
90.权利要求69的方法，其中所述癌症是骨肉瘤。
91.权利要求69的方法，其中所述癌症是维尔姆斯肿瘤。
92.权利要求69的方法，其中所述癌症是软组织肉瘤。
93.权利要求69的方法，其中所述癌症是平滑肌肉瘤。
94.权利要求60、62-65和67-68中任一项的方法，其中所述癌症是大B细胞淋巴瘤、胸腺瘤、急性髓性白血病、睾丸肿瘤、肺腺癌、非小细胞肺癌、肾透明细胞癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)、非三阴性乳腺癌(非-TNBC)、胃癌、肺鳞状细胞癌、间皮瘤、胰腺癌、子宫颈癌、头颈癌、黑色素瘤、肝细胞癌、鼻咽癌、食道癌、结肠腺癌、结肠直肠癌、直肠癌、胆管癌、子宫内膜癌、肉瘤、膀胱癌、甲状腺癌、肾乳头状癌、多形性胶质母细胞瘤、肝癌、子宫癌肉瘤、嗜铬细胞瘤、低级别神经胶质瘤、肾嫌色细胞癌、肾上腺皮质癌或葡萄膜黑色素瘤。
95.权利要求59-67中任一项的方法，其中所述病症是传染病。
96.权利要求95的方法，其中所述传染病是由病毒或细菌引起的。
97.权利要求96的方法，其中所述病毒是人类免疫缺陷病毒(HIV)、呼吸道合胞病毒(RSV)、流感病毒、登革热病毒、爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)、人乳头瘤病毒(HPV)、乙型肝炎病毒(HBV)或丙型肝炎病毒(HCV)，任选地，其中所述癌症是病毒感染的头颈癌、子宫颈癌、肝细胞癌或鼻咽癌。
98.权利要求59-67中任一项的方法，其中所述病症是自身免疫疾病。
99.权利要求98的方法，其中所述自身免疫疾病是多发性硬化症、1型糖尿病、类风湿性关节炎、硬皮病、克罗恩病、银屑病、系统性红斑狼疮(SLE)或溃疡性结肠炎。
100.权利要求59-99中任一项的方法，其中所述方法进一步包括施用另一种治疗剂或治疗。
101.权利要求100的方法，其中所述方法进一步包括施用手术、放射疗法、化学疗法、免疫疗法、抗血管生成剂或抗炎剂中的一种或多种。
102.前述任一项权利要求中的方法，其中已对所述受试者进一步施用或将施用免疫检查点抑制剂，以使所述哺乳动物接受能够抑制LAG-3信号传导的药剂和所述免疫检查点抑制剂。
103.权利要求102的方法，所述方法包括进一步施用一种、两种或三种免疫检查点抑制剂。
104.权利要求102或103的方法，其中免疫检查点抑制剂是以下的抑制剂：PD-1、TIM-3、CTLA-4、TIGIT、CEACAM、VISTA、BTLA、LAIR1、CD160、2B4、CD80、CD86、B7-H3(CD276)、B7-H4(VTCN1)、HVEM、KIR、A2aR、MHC I类、MHC II类、GALS、腺苷、TGFR、B7-H1、B7-H4(VTCN1)、OX-40、CD137、CD40、IDO或CSF1R。
105.权利要求103或104的方法，其中免疫检查点抑制剂是抑制以下的药剂：程序性死亡1蛋白(PD-1)信号传导、T细胞免疫球蛋白和粘蛋白3(TIM-3)、细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA-4)、T细胞免疫球蛋白和ITIM结构域(TIGIT)、吲哚胺2,3-二氧化酶(IDO)或集落刺激因子1受体(CSF1R)。
106.权利要求105的方法，其中所述免疫检查点抑制剂是抑制TIM-3的药剂。
107.权利要求106的方法，其中所述抑制TIM-3的药剂是小分子、核酸、多肽(例如抗体)、碳水化合物、脂质、金属、毒素或TIM-3结合剂。
108.权利要求107的方法，其中所述抑制TIM-3的药剂是TIM-3结合剂。
109.权利要求108的方法，其中所述TIM-3结合剂是抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段。
110.权利要求109的方法，其中所述TIM-3结合剂是TSR-022。
111.权利要求105的方法，其中所述免疫检查点抑制剂是抑制PD-1的药剂。
112.权利要求111的方法，其中所述抑制PD-1的药剂是小分子、核酸、多肽(例如抗体)、碳水化合物、脂质、金属、毒素或PD-1结合剂。
113.权利要求112的方法，其中所述抑制PD-1的药剂是PD-1结合剂。
114.权利要求113的方法，其中所述PD-1结合剂是抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段。
115.权利要求114的方法，其中所述PD-1结合剂选自：BGB-A317、BI 754091、IBI308、INCSHR-1210、JNJ-63723283、JS-001、MEDI-0680、MGA-012、纳武单抗、PDR001、派姆单抗、PF-06801591、REGN-2810、TSR-042和其衍生物。
116.权利要求115的方法，其中所述PD-1结合剂是TSR-042。
117.权利要求111的方法，其中所述抑制PD-1的药剂是抗PD-L1/L2药剂。
118.权利要求117的方法，其中所述抗PD-L1/L2药剂是抗PD-L1抗体药剂。
119.权利要求118的方法，其中所述抗PD-L1抗体药剂是阿特珠单抗、阿维鲁单抗、CX-072、德瓦鲁单抗、FAZ053、LY3300054、PD-L1 millamolecule或其衍生物。
120.权利要求105的方法，其中所述免疫检查点抑制剂是CTLA-4抑制剂。
121.权利要求120的方法，其中所述CTLA-4抑制剂是小分子、核酸、多肽(例如抗体)、碳水化合物、脂质、金属、毒素或CTLA-4结合剂。
122.权利要求121的方法，其中CTLA-4是抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段。
123.权利要求105的方法，其中免疫检查点抑制剂是TIGIT抑制剂。
124.权利要求123的方法，其中所述TIGIT抑制剂是小分子、核酸、多肽(例如抗体)、碳水化合物、脂质、金属、毒素或TIGIT结合剂。
125.权利要求124的方法，其中所述TIGIT结合剂是抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段。
126.权利要求105的方法，其中免疫检查点抑制剂是IDO抑制剂。
127.权利要求126的方法，其中所述IDO抑制剂是小分子、核酸、多肽(例如抗体)、碳水化合物、脂质、金属、毒素或IDO结合剂。
128.权利要求127的方法，其中所述IDO结合剂是抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段。
129.权利要求105的方法，其中免疫检查点抑制剂是CSF1R抑制剂。
130.权利要求129的方法，其中所述CSF1R抑制剂是小分子、核酸、多肽(例如抗体)、碳水化合物、脂质、金属、毒素或CSF1R结合剂。
131.权利要求130的方法，其中所述CSF1R结合剂是抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段。
132.权利要求59-119中任一项的方法，其中所述哺乳动物已被施用或将被施用抑制TIM-3的药剂和抑制PD-1的药剂，使所述哺乳动物接受所有三种药剂。
133.权利要求59-105、111-117和132中任一项的方法，其中所述PD-1药剂或抑制PD-1的药剂是BGB-A317、BI 754091、IBI308、INCSHR-1210、JNJ-63723283、JS-001、MEDI-0680、MGA-012、纳武单抗、PDR001、派姆单抗、PF-06801591、REGN-2810、TSR-042、阿特珠单抗、阿维鲁单抗、CX-072、德瓦鲁单抗、FAZ053、LY3300054、PD-L1 millamolecule或其衍生物。
134.权利要求59-110、132和133中任一项的方法，其中所述TIM-3药剂和抑制TIM-3的药剂是MBG453、LY3321367、Sym023、TSR-022或其衍生物。
135.权利要求132的方法，其中所述哺乳动物已被施用或将被施用抑制TIM-3的药剂TSR-022和抑制PD-1的药剂TSR-042。
136.权利要求59-105、111-119和132-135中任一项的方法，其中所述PD-1药剂或抑制PD-1的药剂以约500mg/患者至约1000mg/患者的剂量施用。
137.权利要求136的方法，其中所述PD-1药剂或抑制PD-1的药剂以约500mg/患者的剂量施用。
138.权利要求136的方法，其中所述PD-1药剂或抑制PD-1的药剂以约1000mg/患者的剂量施用。
139.权利要求136-138中任一项的方法，其中所述PD-1药剂或抑制PD-1的药剂每三周对患者施用一次。
140.权利要求139的方法，其中所述PD-1药剂或抑制PD-1的药剂施用多个周期。
141.权利要求140的方法，其中所述PD-1药剂或抑制PD-1的药剂施用2个、3个、4个、5个、6个或更多个周期。
142.权利要求141的方法，其中所述PD-1药剂或抑制PD-1的药剂施用三个、四个或五个周期。
143.权利要求141的方法，其中所述PD-1药剂或抑制PD-1的药剂施用四个周期。
144.权利要求142的方法，其中在第三、第四或第五周期之后，抑制PD-1的药剂以更高剂量每6周或更长时间施用一次。
145.权利要求144的方法，其中所述PD-1药剂或抑制PD-1的药剂以更高剂量每6周施用一次。
146.权利要求144或145的方法，其中所述PD-1药剂或抑制PD-1的药剂以约500mg/患者的第一剂量施用。
147.权利要求144-146中任一项的方法，其中所述PD-1药剂或抑制PD-1的药剂以约1000mg的更高剂量施用。
148.权利要求144-147中任一项的方法，其中所述PD-1药剂或抑制PD-1的药剂以约500mg的第一剂量每3周施用一次，持续3、4或5个周期，接着以约1000mg的第二剂量每6周或更长时间施用一次。
149.权利要求144-147中任一项的方法，其中所述PD-1药剂或抑制PD-1的药剂以约500mg的第一剂量每3周施用一次，持续3个周期，接着以约1000mg的第二剂量每6周或更长时间施用一次。
150.权利要求144-147中任一项的方法，其中所述PD-1药剂或抑制PD-1的药剂以约500mg的第一剂量每3周施用一次，持续4个周期，接着以约1000mg的第二剂量每6周或更长时间施用一次。
151.权利要求144-147中任一项的方法，其中所述PD-1药剂或抑制PD-1的药剂以约500mg的第一剂量每3周施用一次，持续5个周期，接着以约1000mg的第二剂量每6周或更长时间施用一次。
152.权利要求151的方法，其中1000mg的所述第二剂量每6周施用一次。
153.权利要求59-110和132-152中任一项的方法，其中所述TIM-3药剂或抑制TIM-3的药剂以约1mg/kg、3mg/kg或10mg/kg的剂量施用。
154.权利要求59-110和132-152中任一项的方法，其中所述TIM-3药剂或抑制TIM-3的药剂以约100-1500mg的剂量施用。
155.权利要求154的方法，其中所述TIM-3药剂或抑制TIM-3的药剂以约100mg的均一剂量；约200mg的均一剂量；约300mg的均一剂量；约400mg的均一剂量；约500mg的均一剂量；约600mg的均一剂量；约700mg的均一剂量；约800mg的均一剂量；约900mg的均一剂量；约1000mg的均一剂量；约1100mg的均一剂量；约1200mg的均一剂量；约1300mg的均一剂量；约1400mg的均一剂量；或约1500mg的均一剂量施用。
156.权利要求154或155的方法，其中所述剂量是不多于约1200mg的均一剂量。
157.权利要求154或155的方法，其中所述剂量是不多于约900mg的均一剂量。
158.权利要求154或155的方法，其中所述剂量是约100-500mg之间的均一剂量。
159.权利要求154或155的方法，其中所述剂量是约1000-1500mg之间的均一剂量。
160.权利要求153-159中任一项的方法，其中所述TIM-3药剂或抑制TIM-3的药剂以每周一次、每2周一次、每3周一次、每4周一次、每5周一次或每6周一次的施用时间间隔进行施用。
161.权利要求160的方法，其中所述TIM-3药剂或抑制TIM-3的药剂以每2周一次的施用时间间隔施用。
162.权利要求160的方法，其中所述TIM-3药剂或抑制TIM-3的药剂以每3周一次的施用时间间隔施用。
163.权利要求153-162中任一项的方法，其中所述TIM-3药剂或抑制TIM-3的药剂的施用时期至少为2周、4周、6周、8周、10周、12周、14周、16周、18周或20周。
164.权利要求132-163中任一项的方法，其中所述PD-1药剂或抑制PD-1的药剂是TSR-042且每三周以约500mg的量施用；且所述TIM-3药剂或抑制TIM-3的药剂是TSR-022且每三周以不多于约1200mg的量施用。
165.权利要求164的方法，其中TSR-022每三周以不多于约900mg的量施用。
166.权利要求132-165中任一项的方法，其中所述PD-1药剂或抑制PD-1的药剂和/或所述TIM-3药剂或抑制TIM-3的药剂被静脉内施用。
167.权利要求132-166中任一项的方法，其中抑制LAG-3的药剂、抑制PD-1的药剂和/或抑制TIM-3的药剂以减少的剂量施用。
168.权利要求59-167中任一项的方法，其中所述哺乳动物对用抑制PD-1的药剂进行的治疗有抗性。
169.权利要求59-168中任一项的方法，其中所述哺乳动物对用抑制PD-1的药剂进行的治疗无反应。
170.权利要求59-169中任一项的方法，其中所述方法使所述哺乳动物对抑制PD-1的药剂的治疗敏感。
171.权利要求59-170中任一项的方法，其中所述哺乳动物已被施用或将被施用抑制PARP的药剂，使所述哺乳动物接受二者。
172.权利要求171的方法，其中所述抑制PARP的药剂以减少的剂量施用。
173.权利要求171或172的方法，其中所述抑制PARP的药剂是小分子、核酸、多肽(例如抗体)、碳水化合物、脂质、金属或毒素。
174.权利要求171-173的方法，其中所述抑制PARP的药剂选自：ABT-767、AZD 2461、BGB-290、BGP 15、CEP 8983、CEP 9722、DR 2313、E7016、E7449、氟唑帕利(SHR 3162)、IMP4297、INO1001、JPI 289、JPI 547、单克隆抗体B3-LysPE40缀合物、MP 124、尼拉帕尼(ZEJULA)(MK-4827)、NU 1025、NU 1064、NU 1076、NU1085、奥拉帕尼(AZD2281)、ONO2231、PD128763、R 503、R554、鲁卡帕尼(RUBRACA)(AG-014699、PF-01367338)、SBP 101、SC 101914、希明哌瑞、他拉唑帕尼(BMN-673)、维利帕尼(ABT-888)、WW 46、2-(4-(三氟甲基)苯基)-7,8-二氢-5H-硫代吡喃[4,3-d]嘧啶-4-醇及其盐或其衍生物。
175.权利要求174的方法，其中所述抑制PARP的药剂是尼拉帕尼。
176.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约1至约5000mg、约1mg、约2mg、约2.5mg、约3mg、约4mg、约5mg、约6mg、约7mg、约8mg、约9mg、约10mg、约50mg、约100mg、约200mg、约250mg、约300mg、约400mg、约500mg、约600mg、约700mg、约800mg、约900mg、约1000mg、约1100mg、约1200mg、约1300mg、约1400mg、约1500mg、约2000mg、约3000mg、约4000mg或约5000mg的剂量施用LAG-3药剂。
177.权利要求176的方法，其中所述方法包括以约20mg、约80mg、约240mg、约500mg、约720mg、约900mg、约1000mg、约1200mg、约1500mg、约1800mg、约2100mg、约2200mg或约2500mg的剂量施用LAG-3药剂。
178.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约0.01mg/kg至约100mg/kg、约0.1mg/kg、约0.5mg/kg、约1mg/kg、约2mg/kg、约2.5mg/kg、约3mg/kg、约4mg/kg、约5mg/kg、约6mg/kg、约7mg/kg、约8mg/kg、约9mg/kg、约10mg/kg、约12mg/kg、约15mg/kg、约20mg/kg、约25mg/kg、约30mg/kg、约35mg/kg、约40mg/kg、约45mg/kg、约50mg/kg、约55mg/kg、约60mg/kg、约65mg/kg、约70mg/kg、约75mg/kg、约80mg/kg、约85mg/kg、约90mg/kg、约95mg/kg或约100mg/kg的哺乳动物的剂量施用LAG-3药剂。
179.权利要求178的方法，其中所述方法包括以约1mg/kg、约3mg/kg、约10mg/kg、约12mg/kg、约15mg/kg、约20mg/kg或约25mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。
180.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约1mg/kg至约30mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。
181.权利要求180的方法，其中所述方法包括以约1mg/kg至约10mg/kg、约1mg/kg至约25mg/kg或约1mg/kg至约15mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。
182.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约20mg、约80mg、约240mg、约500mg、约720mg、约900mg或约1000mg、约240-720mg、约240-1000mg或不多于约1000mg的剂量施用LAG-3药剂。
183.权利要求59-182中任一项的方法，其中所述方法包括每周、每两周、每三周、每四周、每五周、每六周、每七周或每八周施用LAG-3药剂。
184.权利要求59-183中任一项的方法，其中所述方法包括每两周施用LAG-3药剂。
185.权利要求184的方法，其中所述方法包括以约20mg、约80mg、约240mg、约500mg、约720mg、约900mg、约1000mg或约1500mg的剂量每两周施用LAG-3药剂，或以约240-720mg或约240-1500mg的剂量每两周施用LAG-3药剂。
186.权利要求59-183中任一项的方法，其中所述方法包括每三周施用LAG-3药剂。
187.权利要求186的方法，其中所述方法包括以约20mg、约80mg、约240mg、约500mg、约720mg、约900mg、约1000mg、约1500mg、约1800mg、约2100mg、约2200mg或约2500mg的剂量每三周施用LAG-3药剂，或以约240-720mg或约240-2500mg的剂量每三周施用LAG-3药剂。
188.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约240-720mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。
189.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约20mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。
190.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约80mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。
191.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约240mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。
192.权利要求191的方法，其中所述方法包括每两周一次施用LAG-3药剂。
193.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约500mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。
194.权利要求193的方法，其中所述方法包括每两周一次施用LAG-3药剂。
195.权利要求193的方法，其中所述方法包括每三周一次施用LAG-3药剂。
196.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约720mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。
197.权利要求196的方法，其中所述方法包括每两周一次施用LAG-3药剂。
198.权利要求196的方法，其中所述方法包括每三周一次施用LAG-3药剂。
199.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约900mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。
200.权利要求199的方法，其中所述方法包括每两周一次施用LAG-3药剂。
201.权利要求199的方法，其中所述方法包括每三周一次施用LAG-3药剂。
202.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约1000mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。
203.权利要求202的方法，其中所述方法包括每两周一次施用LAG-3药剂。
204.权利要求202的方法，其中所述方法包括每三周一次施用LAG-3药剂。
205.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以不多于约1000mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。
206.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约1500mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。
207.权利要求206的方法，其中所述方法包括每两周一次施用LAG-3药剂。
208.权利要求206的方法，其中所述方法包括每三周一次施用LAG-3药剂。
209.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约1800mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。
210.权利要求209的方法，其中所述方法包括每三周一次施用LAG-3药剂。
211.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约2100mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。
212.权利要求211的方法，其中所述方法包括每三周一次施用LAG-3药剂。
213.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约2200mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。
214.权利要求213的方法，其中所述方法包括每三周一次施用LAG-3药剂。
215.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约2500mg/患者的剂量施用LAG-3药剂。
216.权利要求215的方法，其中所述方法包括每三周一次施用LAG-3药剂。
217.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约3mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。
218.权利要求217的方法，其中所述方法包括每两周一次施用LAG-3药剂。
219.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约10mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。
220.权利要求219的方法，其中所述方法包括每两周一次施用LAG-3药剂。
221.权利要求219的方法，其中所述方法包括每三周一次施用LAG-3药剂。
222.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约12mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。
223.权利要求222的方法，其中所述方法包括每两周一次施用LAG-3药剂。
224.权利要求222的方法，其中所述方法包括每三周一次施用LAG-3药剂。
225.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约15mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。
226.权利要求225的方法，其中所述方法包括每两周一次施用LAG-3药剂。
227.权利要求225的方法，其中所述方法包括每三周一次施用LAG-3药剂。
228.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约20mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。
229.权利要求228的方法，其中所述方法包括每三周一次施用LAG-3药剂。
230.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约25mg/kg的剂量施用LAG-3药剂。
231.权利要求230的方法，其中所述方法包括每三周一次施用LAG-3药剂。
232.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约3mg/kg、约10mg/kg、约12mg/kg或约15mg/kg的剂量每两周施用LAG-3药剂。
233.权利要求59-175中任一项的方法，其中所述方法包括以约10mg/kg、约12mg/kg、约15mg/kg、约20mg/kg或约25mg/kg的剂量每三周施用LAG-3药剂。
234.权利要求59-233中任一项的方法，其中LAG-3药剂以以下途径施用：经眼、经口、肠胃外、局部、支气管、经颊、皮内、皮间、透皮、经肠、动脉内、皮内、胃内、髓内、肌内、鼻内、腹膜内、鞘内、静脉内、心室内、具体器官内(例如，肝内)、经粘膜、经鼻、经口腔、经直肠、皮下、舌下、局部、经气管、经阴道、经玻璃体或其任何组合。
235.权利要求59-234中任一项的方法，其中LAG-3药剂被静脉内施用。
236.权利要求59-235中任一项的方法，其中所述哺乳动物是人类。
237.权利要求59-236中任一项的方法，其中所述哺乳动物先前已接受一种或多种不同的癌症治疗形式的治疗。
238.权利要求237的方法，其中所述哺乳动物先前已接受手术、放疗、化疗或免疫疗法中的一种或多种的治疗。
239.权利要求237或238的方法，其中所述哺乳动物已经接受一种、二种、三种、四种、或五种路线的先前疗法的治疗。
240.权利要求239的方法，其中所述先前疗法是细胞毒素疗法。
241.权利要求59-240中任一项的方法，其中LAG-3药剂是小分子、核酸、多肽、碳水化合物、脂质、金属或毒素。
242.权利要求241的方法，其中LAG-3药剂是LAG-3结合剂。
243.权利要求242的方法，其中所述LAG-3结合剂是抗体、抗体缀合物或其抗原结合片段。
244.权利要求59-240中任一项的方法，其中LAG-3药剂是IMP321、relatlimab(BMS-986016)、BI 754111、GSK2831781(IMP-731)、Novartis LAG525(IMP701)、REGN3767、MK-4280、MGD-013、GSK-2831781、FS-118、XmAb22841、INCAGN-2385、FS-18、ENUM-006、AVA-017、AM-0003、Avacta PD-L1/LAG-3双特异性affamer、iOnctura抗LAG-3抗体、Arcus抗LAG-3抗体或Sym022。
245.权利要求59-240中任一项的方法，其中LAG-3药剂选自：权利要求1-48中任一项的多肽、权利要求49-52中任一项的分离的核酸、权利要求53的载体、权利要求54的分离的细胞、权利要求55或56的组合物或权利要求57或58的抗体药剂。
246.权利要求245的方法，其中LAG-3药剂是多肽，所述多肽包含：
由SEQ ID NO:5定义的CDR-H1；
由SEQ ID NO:6定义的CDR-H2；
由SEQ ID NO:7定义的CDR-H3；
由SEQ ID NO:8定义的CDR-L1；
由SEQ ID NO:9定义的CDR-L2；和
由SEQ ID NO:10定义的CDR-L3。
247.权利要求245的方法，其中LAG-3药剂是多肽，所述多肽包含：
与SEQ ID NO:3具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的重链可变区氨基酸序列；和
与SEQ ID NO:4具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的轻链可变区氨基酸序列。
248.权利要求245的方法，其中LAG-3药剂是多肽，所述多肽包含：
与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:21具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的重链多肽序列；和
与SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:22具有至少80％、85％、90％、95％或98％序列同一性的轻链多肽序列。
249.一种制造权利要求1-48中任一项的多肽的方法，其通过在宿主细胞培养物中表达编码所述多肽的核酸来制造多肽。
250.一种制造权利要求55或56中任一项的组合物的方法，其通过将所述多肽与药学上可接受的载体结合并配制用于对受试者施用来制造所述组合物。
251.权利要求250的方法，其中配制用于施用的步骤包括配制用于胃肠外递送。
252.一种在患有对抑制淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)有反应的病症的哺乳动物中诱导免疫应答的方法，其包括对所述哺乳动物施用以下药剂：有效量的能够抑制LAG-3信号传导的药剂(LAG-3药剂)、有效量的能够抑制程序性死亡1蛋白(PD-1)信号传导的药剂(PD-1药剂)和有效量的能够抑制T细胞免疫球蛋白和粘蛋白3(TIM-3)信号传导的药剂(TIM-3药剂)，因此在所述哺乳动物中诱导免疫应答，其中所述LAG-3药剂选自：权利要求1-48中任一项的多肽、权利要求49-52中任一项的分离的核酸、权利要求53的载体、权利要求54的分离的细胞、权利要求55或56的组合物或权利要求57或58的抗体药剂，其中所述PD-1药剂是TSR-042，且其中所述TIM-3药剂是TSR-033。
253.一种在患有对抑制淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)有反应的病症的哺乳动物中增强免疫应答或提高免疫细胞活性的方法，所述方法包括对所述哺乳动物施用以下药剂：有效量的能够抑制LAG-3信号传导的药剂(LAG-3药剂)、有效量的能够抑制程序性死亡1蛋白(PD-1)信号传导的药剂(PD-1药剂)和有效量的能够抑制T细胞免疫球蛋白和粘蛋白3(TIM-3)信号传导的药剂(TIM-3药剂)，因此在哺乳动物中诱导免疫应答，其中所述LAG-3药剂选自：权利要求1-48中任一项的多肽、权利要求49-52中任一项的分离的核酸、权利要求53的载体、权利要求54的分离的细胞、权利要求55或56的组合物或权利要求57或58的抗体药剂，其中所述PD-1药剂是TSR-042，且其中所述TIM-3药剂是TSR-033。
254.一种治疗哺乳动物中对抑制淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)有反应的病症的方法，所述方法包括对患有对LAG-3抑制有反应的病症的哺乳动物施用以下药剂：有效量的能够抑制LAG-3信号传导的药剂(LAG-3药剂)、有效量的能够抑制程序性死亡1蛋白(PD-1)信号传导的药剂(PD-1药剂)和有效量的能够抑制T细胞免疫球蛋白和粘蛋白3(TIM-3)信号传导的药剂(TIM-3药剂)，因此在哺乳动物中治疗所述病症，其中所述LAG-3药剂选自：权利要求1-48中任一项的多肽、权利要求49-52中任一项的分离的核酸、权利要求53的载体、权利要求54的分离的细胞、权利要求55或56的组合物或权利要求57或58的抗体药剂，其中所述PD-1药剂是TSR-042，且其中所述TIM-3药剂是TSR-033。
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