CN110343767B - 凡纳滨对虾微卫星分子标记特异性引物及其在遗传多样性分析中的应用 - Google Patents

凡纳滨对虾微卫星分子标记特异性引物及其在遗传多样性分析中的应用 Download PDF

Info

Publication number
CN110343767B
CN110343767B CN201910552508.5A CN201910552508A CN110343767B CN 110343767 B CN110343767 B CN 110343767B CN 201910552508 A CN201910552508 A CN 201910552508A CN 110343767 B CN110343767 B CN 110343767B
Authority
CN
China
Prior art keywords
seq
nucleotide sequence
litopenaeus vannamei
microsatellite
specific primer
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN201910552508.5A
Other languages
English (en)
Other versions
CN110343767A (zh
Inventor
李春艳
刘克明
刘肖莲
马林
白晓慧
姜巨峰
蔡超
孟一耕
王娜
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Tianjin city aquatic product research institute
Original Assignee
Tianjin city aquatic product research institute
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Tianjin city aquatic product research institute filed Critical Tianjin city aquatic product research institute
Priority to CN201910552508.5A priority Critical patent/CN110343767B/zh
Publication of CN110343767A publication Critical patent/CN110343767A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN110343767B publication Critical patent/CN110343767B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A40/00—Adaptation technologies in agriculture, forestry, livestock or agroalimentary production
    • Y02A40/80—Adaptation technologies in agriculture, forestry, livestock or agroalimentary production in fisheries management
    • Y02A40/81—Aquaculture, e.g. of fish

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明涉及一种凡纳滨对虾微卫星分子标记，分别命名为LavTF001、LavTF003、LavTF005、LavTF006、LavTF007、LavTF015、LavTF018、LavTF022、LavTF025、LavTF028及LavTF029，包含22个特异性引物序列。本微卫星标记稳定可靠，可用于凡纳滨对虾种群的遗传多样性分析、种质鉴定与评估、功能基因定位及分子育种研究。

Description

凡纳滨对虾微卫星分子标记特异性引物及其在遗传多样性分 析中的应用
技术领域
本发明属于分子生物学DNA分子标记技术领域，尤其是一种凡纳滨对虾微卫星分子标 记特异性引物及其在遗传多样性分析中的应用。
背景技术
凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)，又名南美白对虾、万氏对虾、白对虾，隶属于对 虾科(Penaeidae)、对虾属(Penaeus)，原产于中、南美洲太平洋沿岸的温暖水域。因其具 有适应盐度范围广、生长速度快、抗病能力强、肉质鲜美等特点，目前已成为中国和世界上 最主要的养殖对虾种类。然而，随着高密度养殖及生态环境的恶化，对虾疾病的频繁暴发， 给越南、中国、马来西亚等诸多国家的对虾产业带来了巨大的经济损失，严重制约了对虾产 业的进一步发展。
微卫星标记(又称简单重复序列，Simple Sequence Repeats，SSR)，具有多态性高，稳 定性好，呈共显性遗传的特点，是一种理想的分子标记。微卫星标记技术已被广泛应用于遗 传图谱构建、家系鉴定、遗传多样性分析及分子标记育种等研究领域。目前，已发表的有效 的凡纳滨对虾微卫星标记远远不能满足上述研究的需求。因此，亟需加强凡纳滨对虾微卫星 标记的开发。
随着高通量测序技术的飞速发展，NCBI上凡纳滨对虾的测序数据显著增多，采用生物信 息学方法对已有测序数据进行微卫星标记挖掘，能够大大提高标记开发的效率，节省开发成 本。因此，利用NCBI数据库中SRA数据获得的微卫星标记特异性引物对于今后凡纳滨对虾 的遗传多样性、种质鉴定与评估、功能基因定位、分子标记育种研究具有重要意义。
通过检索，发现如下一篇与本发明专利申请相关的专利公开文献：
1、凡纳滨对虾EST微卫星标记的特异引物及其应用(CN101942437B)，其特异引物共 5对，核苷酸序列如SEQIDNO：1～10所示。本发明还公开了特异引物在筛选凡纳滨对虾EST 微卫星标记、凡纳滨对虾种质资源多样性分析、遗传多样性分析、家系鉴定、分子群体遗传 学研究、遗传图谱的构建、重要经济性状的定位、功能基因的研究、辅助凡纳滨对虾分子遗 传育种或养殖中的应用。与现有技术相比，本发明公开的微卫星标记的特异引物具有高效、 简便、快速筛选所需微卫星标记的特点。
(1)数据来源不同，专利CN101942437B利用NCBI数据库中的凡纳滨对虾EST数据进行微卫星标记筛选，本发明利用NCBI数据库中的凡纳滨对虾SRA数据进行微卫星筛选，
(2)标记的特异性引物序列不同。
(3)检测方法不同：专利CN101942437B利用聚丙烯酰胺凝胶电泳进行检测，本发明用 毛细管电泳进行检测，精确度更高。
2、一种用于凡纳滨对虾种质鉴定的分子标记组合及其应用(CN105861729A)，分子标 记组合为13对高多态性微卫星位点的引物；利用所述13对高多态性微卫星标记建立了种质 鉴定的方法，对现有国外进口种质包括但不限于正大品种、SIS品种、科拿湾品种(Kona Bay)、 莫洛凯品种(Molokai)等，以及国内人工选育种质包括但不限于“科海1号”、“桂海1号” 等品种进行微卫星分型，获得的分型数据构建不同种质资源的分子数据库，利用分子标记实 现不同种质的鉴定。对于未知来源的凡纳滨对虾可以使用该panel分型后与已建立的不同种 质资源的数据库进行比较，鉴定其种质来源。本专利提供了一种利用分子手段准确鉴定凡纳 滨对虾不同种质材料的方法，对于不同种质溯源、评价、保护和利用具有重要的意义。
(1)微卫星标记的特异性引物不同。
(2)专利CN105861729A根据13对微卫星标记对于凡纳滨对虾5个群体的分型数据建 立种质资源分子数据库，进行种质鉴定。本发明利用11对微卫星标记对5个凡纳滨对虾群体 进行遗传多样性分析，并根据遗传距离构建进化分析树。
(3)群体不同，专利CN105861729A的群体为：正大、SIS、科拿湾、科海1号及桂海 1号，本发明涉及的5个群体为日夜快、普利茂、科海1号、海兴农及天津本地土苗群体。
3、一种凡纳滨对虾LvE165微卫星DNA标记的检测方法(CN102146460A)，一种利用上述引物的PCR反应体系以及一种凡纳滨对虾LvE165微卫星DNA标记的检测方法，包括 先提取凡纳滨对虾基因组并稀释备用，再利用凡纳滨对虾LvE165微卫星DNA核心序列，在 其序列两端设计特异性引物，然后使用该引物对凡纳滨对虾不同群体或者群体内个体的基因组DNA进行PCR扩增，并对产物进行分析，确定每个个体的基因型，从而获得多态性遗传 变异图谱。本发明主要应用于凡纳滨对虾种质资源和遗传多样性分析，分子群体遗传学，遗传图谱的构建等。
(1)序列不同，CN102146460A利用NCBI数据库中的凡纳滨对虾EST数据进行微卫星标记筛选，本发明利用NCBI数据库中的凡纳滨对虾SRA数据进行微卫星筛选。
(2)标记的特异性引物序列不同。
(3)检测方法不同：专利CN102146460A利用聚丙烯酰胺凝胶电泳进行检测，本发明用 毛细管电泳进行检测，精确度更高。
4、一种凡纳滨对虾fx151微卫星DNA标记鉴定fx151遗传变异图谱的方法(CN101967519A)，包括以下步骤：先提取凡纳滨对虾基因组并稀释备用，再利用凡纳滨对虾fx151微卫星DNA核心序列，在其序列两端设计特异性引物，然后使用该引物对凡纳滨对虾不同群体或者群体内个体的基因组DNA进行PCR扩增，对PCR产物进行变性聚丙烯酰胺 凝胶检测；利用产物出现的条带银染显色后进行分析，确定每个个体的基因型，从而获得凡纳滨对虾在fx151遗传标记基因座位的多态性遗传变异图谱。本发明可快捷的获得凡纳滨对 虾fx151遗传标记基因座位呈现高度遗传变异的多态性图谱，方便简单，所得结果可直观检 测出凡纳滨对虾每个个体的基因型。
(1)标记的特异性引物序列不同。
(2)检测方法不同：专利CN101967519A利用聚丙烯酰胺凝胶电泳进行检测，本发明用 毛细管电泳进行检测，精确度更高。
5、一种凡纳滨对虾comp60701微卫星标记候选序列的筛选方法(CN108467893A)，包 括以下步骤：(1)筛选候选序列(2)筛选候选微卫星位点(3)设计特异性引物。本发明在没有已知的凡纳滨对虾全基因组DNA微卫星多态性位点的信息下，通过转录组混合样测序，构建转录序列，利用生物信息学分析筛选comp60701微卫星标记多态性位点；为凡纳滨对虾comp60701微卫星标记多态性筛选及检测打下基本，在此基本上可采用软件primer3设计特异 性引物，不仅可便捷的通过聚丙酰胺凝胶电泳完成凡纳滨对虾comp60701微卫星标记多态性 检测、验证及基因分型，而且筛选检测费用低、操作简便快速。
(1)序列来源不同，专利CN108467893A通过15个凡纳滨对虾混合样本测序获得转录 本，而本发明通过NCBI数据库中已经公开的SRA序列进行微卫星标记筛选，节约了时间和 试验成本。
(2)标记的特异性引物序列不同。
(3)检测方法不同：专利CN108467893A利用聚丙烯酰胺凝胶电泳进行检测，本发明用 毛细管点用进行检测，精确度更高。
通过对比，本发明专利申请与上述专利公开文献存在本质的不同。
发明内容
本发明目的在于克服现有技术中凡纳滨对虾选育过程中微卫星标记不足的不足之处，提 供一种凡纳滨对虾微卫星分子标记特异性引物及其在遗传多样性分析中的应用，该微卫星标 记稳定可靠，可用于凡纳滨对虾种群的遗传多样性分析、种质鉴定与评估、功能基因定位及 分子育种研究。
本发明解决其技术问题所采用的技术方案是：
一种凡纳滨对虾微卫星分子标记特异性引物，分别命名为LavTF001、LavTF003、LavTF005、LavTF006、LavTF007、LavTF015、LavTF018、LavTF022、LavTF025、LavTF028 及LavTF029，包含22个特异性引物序列，具体为：
LvaTF001：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：1，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：2；
LvaTF003：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：3，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：4；
LvaTF005：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：5，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：6；
LvaTF006：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：7，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：8；
LvaTF007：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：9，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：10；
LvaTF015：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：11，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：12；
LvaTF018：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：13，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：14；
LvaTF022：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：15，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：16；
LvaTF025：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：17，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：18；
LvaTF028：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：19，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：20；
LvaTF029：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：21，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：22。
一种如上所述的凡纳滨对虾微卫星分子标记特异性引物在遗传多样性分析中的应用方 法，步骤如下：
⑴从Genbank数据库搜索并下载凡纳滨对虾的转录组测序SRA数据；
⑵将步骤⑴中获得的原始序列数据由SRA格式先转化为FASTQ格式，然后去除接头及 低质量序列，利用Trinity软件对得到的高质量序列进行装配拼接，得到转录组Unigenes；
⑶利用MISA软件对转录组Unigenes进行检测，选择含有微卫星位点的序列，利用Primer3 软件针对微卫星侧翼序列进行引物设计；
⑷使用凡纳滨对虾肌肉组织提取基因组DNA，用步骤⑶设计的微卫星引物对不同凡纳滨 对虾个体的基因组DNA模板进行PCR扩增；
⑸对步骤⑷中的PCR产物进行毛细管电泳检测，筛选出具有多态性扩增位点的引物；
⑹利用步骤⑸中筛选的微卫星引物进行凡纳滨对虾群体遗传多样性分析：选取不同地区 的人工养殖凡纳滨对虾群体，计算各个微卫星位点的等位基因组成，基因杂合度、遗传距离 及多态信息含量PIC，并根据遗传距离对所鉴定的凡纳滨对虾群体进行聚类；
⑺根据SSR标记的多态性，选取PIC>0.25的位点，即得凡纳滨对虾微卫星分子标记。
而且，所述步骤⑴中Genbank数据库为http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank。
而且，所述步骤⑶中设计引物的原则为：①引物序列由18～25个碱基组成；②产物长度 在100～200bp之间；③3’端不应超过3个连续的G或C；④正反向引物之间不存在互补或互 补性低；⑤引物的GC含量为40％～60％。
而且，所述步骤⑷中PCR扩增的反应体系为：10×buffer 2μL，dNTPs 0.5μL，DMSO0.5μL， 5μM的正反引物分别0.5μL，Taq酶1U，50～100ng基因组DNA，加纯水至总体积为20μL；
PCR扩增的反应程序为：94℃预变性3min；94℃变性30s，58℃退火30s，72℃延伸30s， 35个循环；72℃延伸10min，最后4℃保存。
而且，所述步骤⑸中利用ABI3730Applied Biosystems基因分析仪进行毛细管电泳检 测，使用3730Data collection和GeneMapper v4.0软件收集数据。
而且，所述步骤⑹中遗传多样性分析方法为：利用PopGene32计算等位基因数、有效等 位基因数、观测杂合度、期望杂合度、等位基因频率及遗传距离；
其中，遗传距离利用MEGA软件构建UPGMA聚类树，利用等位基因频率计算多态信息含量。
如上所述的凡纳滨对虾微卫星分子标记特异性引物在凡纳滨对虾群体的遗传多样性分 析、种质鉴定与评估、功能基因定位、分子标记育种方面中的应用。
本发明取得的优点和积极效果为：
1、本发明的核心是11个微卫星DNA标记的特异性引物，在凡纳滨对虾种群中呈现出高 度遗传多样性。
2、本发明方法利用已有转录组测序SRA数据，采用生物信息学方法进行微卫星标记开 发，操作简单，稳定可靠，大大提高了标记开发的效率，降低了传统基因组微卫星标记的开 发成本。
3、本发明获得的微卫星标记稳定可靠，可用于今后凡纳滨对虾的种群的遗传多样性分析、 种质鉴定与评估、功能基因定位及分子育种研究。
附图说明
图1为本发明中UPGMA聚类树示意图，即基于Nei氏遗传距离构建的5个群体的聚类树。
具体实施方式
下面详细叙述本发明的实施例，需要说明的是，本实施例是叙述性的，不是限定性的， 不能以此限定本发明的保护范围。
本发明中所使用的原料，如无特殊说明，均为常规的市售产品；本发明中所使用的方法， 如无特殊说明，均为本领域的常规方法。
一种凡纳滨对虾微卫星分子标记特异性引物，分别命名为LavTF001、LavTF003、LavTF005、LavTF006、LavTF007、LavTF015、LavTF018、LavTF022、LavTF025、LavTF028 及LavTF029，包含22个特异性引物序列，具体为：
LvaTF001：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：1，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：2；
LvaTF003：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：3，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：4；
LvaTF005：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：5，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：6；
LvaTF006：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：7，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：8；
LvaTF007：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：9，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：10；
LvaTF015：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：11，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：12；
LvaTF018：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：13，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：14；
LvaTF022：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：15，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：16；
LvaTF025：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：17，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：18；
LvaTF028：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：19，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：20；
LvaTF029：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：21，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：22。
较优地，所述凡纳滨对虾微卫星分子标记特异性引物在遗传多样性分析中的应用方法， 步骤如下：
⑴从Genbank数据库搜索并下载凡纳滨对虾的转录组测序SRA数据；
⑵将步骤⑴中获得的原始序列数据由SRA格式先转化为FASTQ格式，然后去除接头及 低质量序列，利用Trinity软件对得到的高质量序列进行装配拼接，得到转录组Unigenes；
⑶利用MISA软件对转录组Unigenes进行检测，选择含有微卫星位点的序列，利用Primer3 软件针对微卫星侧翼序列进行引物设计；
⑷使用凡纳滨对虾肌肉组织提取基因组DNA，用步骤⑶设计的微卫星引物对不同凡纳滨 对虾个体的基因组DNA模板进行PCR扩增；
⑸对步骤⑷中的PCR产物进行毛细管电泳检测，筛选出具有多态性扩增位点的引物；
⑹利用步骤⑸中筛选的微卫星引物进行凡纳滨对虾群体遗传多样性分析：选取5个不同 地区的人工养殖凡纳滨对虾群体，计算各个微卫星位点的等位基因组成，基因杂合度、遗传 距离及多态信息含量PIC，并根据遗传距离对所鉴定的凡纳滨对虾群体进行聚类；
⑺根据SSR标记的多态性，选取PIC>0.25的位点，即得凡纳滨对虾微卫星分子标记。
较优地，所述步骤⑴中Genbank数据库为http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank。
较优地，所述步骤⑶中设计引物的原则为：①引物序列由18～25个碱基组成；②产物长 度在100～200bp之间；③3’端不应超过3个连续的G或C；④正反向引物之间不存在互补或 互补性低；⑤引物的GC含量为40％～60％。
较优地，所述步骤⑷中PCR扩增的反应体系为：10×buffer 2μL，dNTPs 0.5μL，DMSO 0.5μL，5μM的正反引物分别0.5μL，Taq酶1U，50～100ng基因组DNA，加纯水至总体积为20μL；
PCR扩增的反应程序为：94℃预变性3min；94℃变性30s，58℃退火30s，72℃延伸30s， 35个循环；72℃延伸10min，最后4℃保存。
较优地，所述步骤⑸中利用ABI3730Applied Biosystems基因分析仪进行毛细管电泳 检测，使用3730Data collection和GeneMapper v4.0软件收集数据。
较优地，所述步骤⑹中遗传多样性分析方法为：利用PopGene32计算等位基因数、有效 等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、等位基因频率及遗传距离；
其中，遗传距离利用MEGA软件构建UPGMA聚类树，利用等位基因频率计算多态信息含量。
如上所述的凡纳滨对虾微卫星分子标记特异性引物在凡纳滨对虾群体的遗传多样性分 析、种质鉴定与评估、功能基因定位、分子标记育种方面中的应用。
具体地，上述凡纳滨对虾微卫星分子标记特异性引物在遗传多样性中的应用方法，步骤 如下：
(1)从NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov)数据库搜索并下载凡纳滨对虾的转录组测 序SRA数据。
(2)获得的原始序列数据由SRA格式先转化为FASTQ格式，然后去除接头及低质量序 列，利用Trinity软件对得到的高质量序列进行装配拼接，得到转录组Unigenes。
(3)利用MISA(MIcroSAtellite identification tool)软件对转录组Unigenes进行检测， 选择含有微卫星位点的序列，利用Primer3软件针对微卫星侧翼序列进行引物设计。
(4)使用凡纳滨对虾肌肉组织提取基因组DNA，用设计的微卫星引物对不同凡纳滨对 虾个体的基因组DNA模板进行PCR扩增。
(5)对扩增的PCR产物进行毛细管电泳检测，筛选出具有多态性扩增位点的引物。
(6)利用多态性的微卫星引物对凡纳滨对虾5个群体进行遗传多样性分析。计算各个微 卫星位点的等位基因组成，基因杂合度、遗传距离及多态信息含量(PIC)。
所述遗传多样性分析方法为：利用PopGene32计算等位基因数(Na)、有效等位基因数 (Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、等位基因频率及遗传距离。根据遗传距离 利用MEGA软件构建UPGMA聚类树，利用等位基因频率计算多态信息含量(PIC)。
(7)根据SSR标记的多态性，选取PIC>0.25的位点用于后续凡纳滨对虾种群的遗传多 样性分析、种质鉴定与评估、功能基因定位及分子育种研究。
更具体地，上述凡纳滨对虾微卫星分子标记特异性引物在遗传多样性分析中的应用方法， 步骤如下：
1、转录组序列的获得
从NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov)数据库搜索并下载凡纳滨对虾的转录组测序SRA 数据。获得的原始序列数据由SRA格式先转化为FASTQ格式，然后去除接头及低质量序列， 利用Trinity软件对得到的高质量序列进行装配拼接，得到转录组Unigenes。
2、微卫星标记挖掘
利用MISA软件对转录组Unigenes进行检测，筛选重复单元碱基为2～6bp，重复次数大 于5次的微卫星位点，根据微卫星的侧翼序列进行引物设计。
3、微卫星标记的引物设计
利用Primer3软件针对选取位点的侧翼序列进行引物设计。设计引物的原则为：(1)引 物序列由18～25个碱基组成；(2)产物长度在100～200bp之间；(3)3’端不应超过3个连续的G或C；(4)正反向引物之间不存在互补或互补性低；(5)引物的GC含量为40％～60％，得到的微卫星序列如下表1：
表1所得11对引物的基本信息
Figure BDA0002105919960000081
Figure BDA0002105919960000091
Figure BDA0002105919960000101
4、凡纳滨对虾基因组DNA提取
使用海洋动物组织基因组DNA提取试剂盒提取凡纳滨对虾肌肉组织DNA，将其稀释到 50ng/μL使用。
5、引物筛选
(1)PCR扩增
以不同凡纳滨对虾个体的基因组DNA模板进行PCR扩增。PCR反应体系为：10×buffer 2μL，dNTPs 0.5μL，DMSO 0.5μL，5μM的正反引物分别0.5μL，Taq酶1U，50～100ng基因组DNA，加纯水至总体积为20μL。扩增程序为：94℃预变性3min；94℃变性30s，58℃ 退火30s，72℃延伸30s，35个循环；72℃延伸10min，最后4℃保存。
(2)毛细管电泳检测
加入毛细管电泳所用的GS500LZ内标，处理后用ABI3730(Applied Biosystems)基因分析 仪进行毛细管电泳检测，使用3730Data collection和GeneMapper v4.0软件收集数据。
6、群体遗传多样性分析
选取具有多态性的11个荧光引物对扩增的PCR产物进行群体遗传多样性分析。根据每个 位点扩增产物的等位基因大小确定基因型。将数据整理储存在Excel中，转换为txt文档，利 用数据格式转化软件Convert131转换为PopGene32的输入格式，之后利用PopGene32计算等 位基因数、有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、等位基因频率及遗传距离，根据等 位基因频率计算多态信息含量(PIC)。如表2所示，在5个群体样本中这11个微卫星标记 遗传多样性分析的结果表明：11个位点中，7个位点表现为高多态信息含量(PIC>0.5)，4 个位点为中度多态信息含量(0.25<PIC<0.5)。11个微卫星位点的平均等位基因数为3.909～ 5.273个，平均有效等位基因数为2.345～3.272个，平均观测杂合度在0.566～0.634，平均期 望杂合度在0.463～0.551。从而证明本发明筛选的微卫星标记具有多态性。根据群体之间的 遗传距离利用MEGA软件构建UPGMA聚类树。结果如图1所示：5个群体分为两支，KH、 RYK、HXN和PRM四个群体遗传关系较近，聚为一支，TM与上述四个群体遗传关系较远， 单独成一支。第一支中，KH和RYK遗传关系最近，首先聚在一起，然后再与HXN聚在一 起，最后与PRM聚到一起。本发明的11个微卫星标记能很好的应用于凡纳滨对虾群体的遗 传多样性分析、种质鉴定与评估、功能基因定位、分子标记育种等研究。
表2 5个群体在11个位点中的遗传多样性指数
Figure BDA0002105919960000111
Figure BDA0002105919960000121
尽管为说明目的公开了本发明的实施例，但是本领域的技术人员可以理解：在不脱离本 发明及所附权利要求的精神和范围内，各种替换、变化和修改都是可能的，因此，本发明的 范围不局限于实施例和附图所公开的内容。
Figure BDA0002105919960000131
序列表
<110> 天津市水产研究所
<120> 凡纳滨对虾微卫星分子标记特异性引物及其在遗传多样性分析中的应用
<160> 22
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 21
<212> DNA
<213> LvaTF001：F(Unknown)
<400> 1
acgttcctgt ctttctccca g 21
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> LvaTF001：R(Unknown)
<400> 2
ggggcgaatg taatgatggc 20
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> LvaTF003：F(Unknown)
<400> 3
ttcctccagc gccatcaaat 20
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> LvaTF003：R(Unknown)
<400> 4
tggtcttcga tcccctttgc 20
<210> 5
<211> 21
<212> DNA
<213> LvaTF005：F(Unknown)
<400> 5
acgttcctgt ctttctccca g 21
<210> 6
<211> 20
<212> DNA
<213> LvaTF005：R(Unknown)
<400> 6
ggggcgaatg taatgatggc 20
<210> 7
<211> 20
<212> DNA
<213> LvaTF006：F(Unknown)
<400> 7
tctgtagttg tgtgggcgtg 20
<210> 8
<211> 20
<212> DNA
<213> LvaTF006：R(Unknown)
<400> 8
gacggatggc tatggagtgg 20
<210> 9
<211> 20
<212> DNA
<213> LvaTF007：F(Unknown)
<400> 9
tgtccattcg aggcagttcc 20
<210> 10
<211> 20
<212> DNA
<213> LvaTF007：R(Unknown)
<400> 10
gaccactaag tccacgccaa 20
<210> 11
<211> 20
<212> DNA
<213> LvaTF015：F(Unknown)
<400> 11
tgtgcgtttc tggacttcct 20
<210> 12
<211> 20
<212> DNA
<213> LvaTF015：R(Unknown)
<400> 12
gttctcttct cactcgcggt 20
<210> 13
<211> 20
<212> DNA
<213> LvaTF018：F(Unknown)
<400> 13
acccttgtag cgttgttgca 20
<210> 14
<211> 22
<212> DNA
<213> LvaTF018：R(Unknown)
<400> 14
tggcttgatt ctcttaccag gg 22
<210> 15
<211> 20
<212> DNA
<213> LvaTF022：F(Unknown)
<400> 15
gccatgccac acaaaccaag 20
<210> 16
<211> 21
<212> DNA
<213> LvaTF022：R(Unknown)
<400> 16
gcctggacaa ctgacctaac a 21
<210> 17
<211> 20
<212> DNA
<213> LvaTF025：F(Unknown)
<400> 17
taccaacctc agcaacagca 20
<210> 18
<211> 20
<212> DNA
<213> LvaTF025：R(Unknown)
<400> 18
gggctccata ctgatcctgc 20
<210> 19
<211> 20
<212> DNA
<213> LvaTF028：F(Unknown)
<400> 19
acctgctgac tttccgtgac 20
<210> 20
<211> 23
<212> DNA
<213> LvaTF028：R(Unknown)
<400> 20
ccttacagat ggagctagat ggt 23
<210> 21
<211> 20
<212> DNA
<213> LvaTF029：F(Unknown)
<400> 21
gactggaagg cagcagaacc 20
<210> 22
<211> 22
<212> DNA
<213> LvaTF029：R(Unknown)
<400> 22
ggtgaaggtc ataccatttg cc 22

Claims (2)

1.一种凡纳滨对虾微卫星分子标记特异性引物，其特征在于：分别命名为LavTF001、LavTF003、LavTF005、LavTF006、LavTF007、LavTF015、LavTF018、LavTF022、LavTF025、LavTF028及LavTF029，包含22个特异性引物序列，具体为：
LvaTF001：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：1，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：2；
LvaTF003：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：3，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：4；
LvaTF005：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：5，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：6；
LvaTF006：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：7，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：8；
LvaTF007：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：9，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：10；
LvaTF015：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：11，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：12；
LvaTF018：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：13，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：14；
LvaTF022：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：15，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：16；
LvaTF025：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：17，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：18；
LvaTF028：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：19，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：20；
LvaTF029：F：其核苷酸序列为SEQ ID NO：21，R：其核苷酸序列为SEQ ID NO：22。
2.如权利要求1所述的凡纳滨对虾微卫星分子标记特异性引物在凡纳滨对虾群体的遗传多样性分析方面中的应用。
CN201910552508.5A 2019-06-25 2019-06-25 凡纳滨对虾微卫星分子标记特异性引物及其在遗传多样性分析中的应用 Active CN110343767B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201910552508.5A CN110343767B (zh) 2019-06-25 2019-06-25 凡纳滨对虾微卫星分子标记特异性引物及其在遗传多样性分析中的应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201910552508.5A CN110343767B (zh) 2019-06-25 2019-06-25 凡纳滨对虾微卫星分子标记特异性引物及其在遗传多样性分析中的应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN110343767A CN110343767A (zh) 2019-10-18
CN110343767B true CN110343767B (zh) 2023-01-13

Family

ID=68182905

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201910552508.5A Active CN110343767B (zh) 2019-06-25 2019-06-25 凡纳滨对虾微卫星分子标记特异性引物及其在遗传多样性分析中的应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN110343767B (zh)

Families Citing this family (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111218517A (zh) * 2020-03-25 2020-06-02 中国水产科学研究院黄海水产研究所 魁蚶群体遗传分析的est-ssr荧光标记引物及应用
CN112349347B (zh) * 2020-09-25 2023-11-10 江苏农林职业技术学院 一种草莓功能基因连锁ssr标记的开发方法
CN113151503A (zh) * 2021-05-18 2021-07-23 中国水产科学研究院黄海水产研究所 凡纳滨对虾微卫星标记的引物组合及应用
CN114752687B (zh) * 2022-04-26 2023-09-22 武汉霆科生物科技有限公司 一种胸窗萤ssr分子标记及其引物组合和应用

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101942437A (zh) * 2010-08-23 2011-01-12 中山大学 凡纳滨对虾est微卫星标记的特异引物及其应用
CN101967519A (zh) * 2010-08-20 2011-02-09 中山大学 一种凡纳滨对虾fx151微卫星DNA标记鉴定fx151遗传变异图谱的方法
CN102146460A (zh) * 2011-01-26 2011-08-10 中国科学院南海海洋研究所 一种凡纳滨对虾LvE165微卫星DNA标记的检测方法
CN105861729A (zh) * 2016-06-06 2016-08-17 中国科学院海洋研究所 一种用于凡纳滨对虾种质鉴定的分子标记组合及其应用

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104789690B (zh) * 2015-05-14 2017-03-08 中国科学院海洋研究所 一种用于凡纳滨对虾遗传性别鉴定的dna探针序列及获取方法

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101967519A (zh) * 2010-08-20 2011-02-09 中山大学 一种凡纳滨对虾fx151微卫星DNA标记鉴定fx151遗传变异图谱的方法
CN101942437A (zh) * 2010-08-23 2011-01-12 中山大学 凡纳滨对虾est微卫星标记的特异引物及其应用
CN102146460A (zh) * 2011-01-26 2011-08-10 中国科学院南海海洋研究所 一种凡纳滨对虾LvE165微卫星DNA标记的检测方法
CN105861729A (zh) * 2016-06-06 2016-08-17 中国科学院海洋研究所 一种用于凡纳滨对虾种质鉴定的分子标记组合及其应用

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
微卫星(Microsatellite)标记技术及其在水产动物遗传研究中的应用;李春艳等;《天津水产》;20100930(第03期);第22-26页 *

Also Published As

Publication number Publication date
CN110343767A (zh) 2019-10-18

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN110343767B (zh) 凡纳滨对虾微卫星分子标记特异性引物及其在遗传多样性分析中的应用
CN109055571B (zh) 黄鳍棘鲷微卫星标记的特异性引物及应用
CN100532573C (zh) 太平洋牡蛎est微卫星标记的筛选方法
CN114774570B (zh) 与小麦茎基腐病抗性qtl紧密连锁的分子标记及应用
KR20130045636A (ko) 작약에서 유래된 ｓｓｒ 프라이머 및 이의 용도
CN109457035B (zh) 卵形鲳鲹亲子鉴定的ssr荧光标记引物及应用
CN105821054B (zh) 一种四川华鳊dna条形码标准检测序列及其应用
CN105441567A (zh) 一种耗牛foxo1基因单核苷酸多态性的检测方法及其试剂盒
CN110129456A (zh) 一种对虾抗弧菌分子标记组合及其在育种中的应用
CN114921562A (zh) 一种用于棘头梅童鱼ssr多重pcr引物及其应用
CN107988385B (zh) 一种检测肉牛PLAG1基因Indel标记的方法及其专用试剂盒
CN107475414B (zh) 一种筛选长牡蛎高糖原含量亲贝的方法
CN101818195A (zh) 猪miR-27a前体侧翼序列SNP作为猪产仔数性状的遗传标记及应用
CN117144017B (zh) 与鸡生长性状相关的分子标记及其应用
CN103484459B (zh) 青虾est-ssr分子标记的引物组、标记方法及应用
CN110819720B (zh) 一种快速鉴定南北方花鲈群体的InDel分子标记方法
CN109234412B (zh) 快速检测生长速度快的翘嘴红鲌的方法及所用的分子标记
CN116426653A (zh) 一种脊尾白虾遗传性别鉴定的dna标记及其应用
CN116377082A (zh) 绵羊lcorl基因单核苷酸多态性标记在生长性状选择中的应用
KR20110067634A (ko) 미토콘드리아 ｄｎａ 다형성 분석에 의한 느타리버섯류의 품종 판별 특이 프라이머 및 이의 용도
KR102224472B1 (ko) 배의 과형 예측용 분자 마커 및 이의 용도
CN109136392B (zh) 多代减数分裂雌核发育团头鲂的遗传多样性鉴定方法及试剂
CN110438245B (zh) 文蛤的snp标记及其应用
CN106834521A (zh) 一种河川沙塘鳢生长性状相关基因的snp分子标记及其扩增引物与应用
KR101649589B1 (ko) 사과에서 유래된 ssr 프라이머 및 이의 용도

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant