CN110438245B

CN110438245B - 文蛤的snp标记及其应用

Info

Publication number: CN110438245B
Application number: CN201910881381.1A
Authority: CN
Inventors: 刘炳舰
Original assignee: Zhejiang Ocean University ZJOU
Current assignee: Zhejiang Ocean University ZJOU
Priority date: 2019-09-18
Filing date: 2019-09-18
Publication date: 2023-05-02
Anticipated expiration: 2039-09-18
Also published as: CN110438245A

Abstract

本发明关于基因标记技术领域，特别是关于一种与文蛤养殖肥满度相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记来源基因文蛤粪卟啉原Ⅲ氧化酶基因的部分基因组序列，具体为自5′端起该序列的第211位存在SNP:g.211G>C SNP位点，核苷酸为G或C。本申请发现位于MmCPOX基因的SNP位点SNP:g.211G>C与文蛤的生长性状显著相关，具体体现在该位点的GG型核苷酸个体的养殖肥满度显著高于CC核苷酸型个体，在以养殖肥满度为选育指标的文蛤遗传育种研究中，可以优选选择SNP:g.211G>C位点核苷酸为GG的个体为母本亲本，这对于文蛤优良新品系的选育具有积极的指导意义。

Description

文蛤的SNP标记及其应用

技术领域

本发明关于基因标记技术领域，特别是关于一种文蛤的SNP标记及其应用。

背景技术

文蛤的遗传育种已经开展了10年，它的生长性状，如体重和体尺等作为主要的育种目标，大都属于复杂的数量性状，所含加性遗传变异较高。这些性状在受多基因控制的同时，还受环境的影响。传统的选育需要经过多代才能获得显著的遗传进展，因此，对潜在的生长相关基因进行深入的研究将有助于做出更好的选择策略。性状相关的分子标记通常是位于基因组的中性位置并与性状控制基因紧密连锁，它的变异可以在一定程度上解释性状表型的变异。所以，开发生长性状相关的分子标记并用于标记辅助选育可以提高选育的效率，加快选育的进程。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是指在DNA序列上因单个核苷酸的变异而引起的多态性，是基因组中最丰富和最常见的可遗传变异。SNP在分子诊断、临床检验、病原检测、法医学、遗传疾病研究、指导个体化用药和新药研发等多方面具有极其重要应用价值。SNP检测是目前基因诊断的主要研究内容。同时，SNP检测所代表的基因诊断也逐渐成为新生儿或特定人群遗传病筛查的重要手段之一。因此，一种操作方便、成本低廉并且高通量的SNP检测技术是当前基因检测的关键所在。相比较其他高通量的基因检测技术，二代高通量测序技术更准确、灵敏、具有更高的通量。随着价格的不断降低，其应用范围不断扩大，已涉及生命科学研究以及医学研究的各个不同方面。基因分型测序技术(genotyping-by-sequencing,GBS)是一种低成本的简化基因组测序技术(reduced-representation sequencing)，能够在基因组范围内开发大量SNP标记用于基因分型。由于不依赖参考基因组、测序流程简单、测序成本低等特点，GBS技术已广泛应用于非模式生物分子标记开发、遗传图谱绘制、关联分析和群体基因组学等研究。利用高通量测序技术来进行高通量的SNP检测是目前的研究热点之一。

以上背景技术内容的公开仅用于辅助理解本发明的发明构思及技术方案，其并不必然属于本专利申请的现有技术，在没有明确的证据表明上述内容在本专利申请的申请日已经公开的情况下，上述背景技术不应当用于评价本申请的新颖性和创造性。

发明内容

本发明旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此本发明提出以下发明目的：

a)提供一种与文蛤的养殖肥满度有关的SNP分子标记，即利用文蛤粪卟啉原Ⅲ氧化酶基因上与养殖肥满度显著相关的一个SNP位点进行分子标记辅助养殖选育；

b)提供一对用于检测上述SNP分子标记的引物序列；

c)提供上述SNP分子标记在文蛤养殖选育中的应用。

所谓SNP(single nucleotide polymorphism,SNP，即单核苷酸多态性)是1996年由美国麻省理工学院的人类基因组研究中心学者Lander提出的一类分子遗传标记，主要是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP表现出的多态性仅涉及到单个碱基的变异，表现是有转换、颠换、插入和缺失等。

为达到上述发明目的及解决前述技术问题，本发明采用的技术方案如下述项[1]～[3]所列。

[1]一种与文蛤养殖肥满度相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记来源基因文蛤粪卟啉原Ⅲ氧化酶(coproporphyrinogen-III oxidase,CPOX)基因(下称MmCPOX)的部分基因组序列如SEQ ID NO:1所示，自5′端起，该序列的第211位存在SNP:g.211G>C SNP位点，核苷酸为G或C，特别地，该位点呈现GG型的个体肥满度显著地高于CC型个体。

SEQ ID NO:1:1490bp，DNA，文蛤粪卟啉原Ⅲ氧化酶基因MmCPOX(Meretrixmeretrix L.coproporphyrinogen-III oxidase,MmCPOX)，其核苷酸序列具体为：ACATGGGGGTACGTGATGATACGTCCATCACCGGCGATTTGACATTTAAGTTGAATCACAAGTTTTAGATGCATCTAATTGTATTTTGACATTATGACACATGTAAATAAACTTTTTAGTAGGTTGAGGTATTTCAGAACAATTTCAACGCTTGCATTATTCCAGACAAGACACAAAAAAGCAGGATGGAGAGTGGTGTTTGCAGCAGCTGGTCTATCTACTGCATGTGTTGCTACATGTTTCTGCAATAAAAATAAAGTGTTTGCAGCAACCATGCCGAAATACTGGATGGCAGAACCTATAACAGATATGGCTGAAATAGAGAAGAACTCTGACTCTATGAGAATAAAGATGGAGAAAATGATCATGGACATGCAGGCAGATTTTTGCCGAGCACTTGGAGAGGAAGAAGATCAAGAAGGAGATGGTAAGAAGTGGATTGTGGATAGATGGGAGCGAAAGGAGGGAGGAGGTGGGATATCTTGTGTGATACAGGATGGTAGAGTATTTGAGAAGGCAGGTGTGAACATCTCTGTTGTCACTGGTAAACTTCCATATGCAGCTATACAGGGAATGAGGTCCAGAGGGAAATGTATAGAAGGAGATAATCTGCCATTCTTTGCAGCTGGGATTAGTTCAGTAATTCATCCTAGAAATCCAAATGTCCCAACCATACACTTCAACTACAGATATTTTGAATTAACAGACAAAACTGGCAAGGAACACTGGTGGTTTGGAGGTGGAACTGATCTGACACCATACTTCCTTGATGAAGAGGATGTTGTTACTTTTCACAAGACACTGAAGACAGCATGTGACAAACATGACAAAAGTTACTACCCTAAGTTTAAGGCTTGGTGCGATCGTTACTTCTACATCAAACATAGAGGACAGACTCGTGGTGTTGGTGGTATTTTCTTTGATGATATGGATGACCGCTGACCAGAGGATATGTTCCAGTTTGTCAAAACTTGTGCAGCTGCCGTGAAACCATCATACATTCCATTAGTGAAGAAAAACAAGGATAAGGGATACTCTTACAGTGACAGGAGATGGCAGTTACTTAGGAGAGGGTACTATGCTGAGTTCAACCTGGTTTATGACCGTGGGACAAAGTTTGGTCTGAATACACCTGAGGCCAGAATTGAAAGACTTATGATGTCTCTGCCATTAAATGCTAGCTGGGAGTACTGCCATGAGATAAAGCCAGGGTCTCCAGAAAAGAAGCTTACAGATGTTCTCACTAATCCAAGGGAATGGGTCTGATGACAGCGCCATCAATGACAGCGGTTGTGCCTTCGAGAAACAAATCTGACAAAACAACTGTGTGTTCACAAACCTGACAAAACAACTATGTTCATTAAATGTGACAAAACAACTGTGTGTTCACAAACCTGACAAAAACATCTATGTGTTCATAAATGTGACAAAACAACTGTGTTCACAAACCTGACAAAACGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA。全长1490bp，分析可知其ORF长度为1173bp，编码390个氨基酸，与加州海兔CPOX基因编码390个氨基酸和太平洋牡蛎CPOX基因编码394个氨基酸差异不大。CPOX基因氨基酸序列比对和系统进化树分析结果表明，文蛤CPOX与同为贝类的加州海兔、太平洋牡蛎的亲缘关系较近，与其他脊椎动物和无脊椎动物的序列相似度也较高，这表明该蛋白在各物种间有较大差异，但是仍保留一个Coprogen-oxidas结构域，该结构域是粪卟啉原氧化酶超家族中的保守序列，这对其发挥重要的生物学功能起着重要作用。

具体本申请中，还提供项[2]用于检测项[1]所述SNP分子标记的特异性引物对，其上游正序引物序列为5′-TAATACAGTCGAAGCAACCCCAAC-3′(SEQ ID NO:2)；下游反向引物序列为5′-TCATTGTGGTCAAGTCTAAGGACAG-3′(SEQ ID NO:3)，另外地，用于检测项[1]所述SNP分子标记的试剂盒，应当包含本项所述特异性引物对。

本申请还提供项[3]：项[1]所述SNP分子标记、项[2]所述特异性引物对和所述试剂盒在文蛤养殖选育中的用途，其进一步可为在检测或辅助检测文蛤养殖肥满度性状中的应用。

具体地，所述应用包括一种检测文蛤养殖肥满度优劣的方法，包括以下步骤：提取待测文蛤基因组DNA，通过应用项[2]所述特异性引物对和所述试剂盒对文蛤基因组DNA进行PCR扩增以获得扩增产物，检测SNP分子标记，最后确定所述待测文蛤养殖肥满度的优劣。

更具体地，所述检测文蛤养殖肥满度优劣的方法具体包括以下步骤：

1)获取相同养殖条件下的文蛤群体样本；

2)获取文蛤群体样本的基因组DNA；

3)基于项[2]所述特异性引物对和所述试剂盒对文蛤基因组DNA进行PCR扩增以获得扩增产物；

4)对PCR扩增产物进行测序，并确定SNP分子标记的核苷酸型；

5)SNP:g.211G>C位点核苷酸型与文蛤肥满度性状的相关性分析。

通过对文蛤群体样本的基因组DNA提取、PCR扩增、扩增产物测序及测序结果分析，所述SNP:g.211G>C位点的GG核苷酸型个体的养殖肥满度显著高于CC核苷酸型个体。

本申请以文蛤MmCPOX基因的单核苷酸多态位点为研究切入点，发现位于MmCPOX基因的SNP位点SNP:g.211G>C与文蛤的生长性状显著相关，具体体现在该位点的GG型核苷酸个体的养殖肥满度显著高于CC核苷酸型个体，在以养殖肥满度为选育指标的文蛤遗传育种研究中，可以优选选择SNP:g.211G>C位点核苷酸为GG的个体为母本亲本，这对于文蛤优良新品系的选育具有积极的指导意义，同时还可用于研究文蛤的种群遗传结构，对阐明种群对本地环境的适应性机制，以及文蛤资源的合理开发利用和管理保护提供重要的科学指导。

本发明的有益效果为：

1)通过SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示的特异性引物对和含有所述特异性引物对的试剂盒，检测如SEQ ID NO:1所示核苷酸序列自5′端第211位SNP位点的方法，准确可靠，操作方便；

2)本申请公开的SNP位点可以进行分子标记辅助育种，不受文蛤的性别限制，可用于文蛤的早期选育及优良新品系的育种，可显著促进文蛤的育种进程；

3)本申请公开所述SNP位点还可用于研究文蛤的种群遗传结构，对阐明种群对本地环境的适应性机制，以及文蛤资源的合理开发利用和管理保护提供重要的科学指导。

本发明采用了上述技术方案提供范文，弥补了现有技术的不足，设计合理，操作方便。

具体实施方式

除非另有定义，本文所使用的技术和科学术语，具有本发明所属领域的普通技术人员通常所理解的相同的含义。本发明使用本文中所描述的方法和材料；但本领域中已知的其他合适的方法和材料也可以被使用。本文中所描述的材料、方法和实例仅是说明性的，并不是用来作为限制。所有出版物、专利申请案、专利案、临时申请案、数据库条目及本文中提及的其它参考文献等，其整体被并入本文中作为参考。若有冲突，以本说明书包括定义为准。

下面将通过具体实施例进一步说明，包括如下步骤：

1)获取相同养殖条件下的文蛤群体样本；

2)获取文蛤群体样本的基因组DNA；

3)基于所述特异性引物对和所述试剂盒对文蛤基因组DNA进行PCR扩增以获得扩增产物；

4)对PCR扩增产物进行测序，基于测序结果，确定SNP分子标记的核苷酸型；

5)所述SNP位点核苷酸型与文蛤养殖肥满度(K＝(软体部干重W_软体部/壳干重W_壳)×100％)的相关性分析；

6)SNP:g.211G>C位点应用于文蛤优良新品系分子标记辅助选育育种。

具体包括如下步骤：

1)获取相同养殖条件下的文蛤群体样本：

无差别购买某市售的相同养殖时间的暗纹文蛤130只，分离软体部和壳部并分别烘干称重，并取暗纹文蛤的内脏团、血液、闭壳肌、足、鳃和水管组织，所有样品经液氮速冻后存于-80℃冰箱备用。

2)获取文蛤群体样本的基因组DNA：

用Trizol法提取红壳文蛤外套膜中的总RNA，NanoVue超微量紫外分光光度计检测RNA的浓度和纯度，用1％的琼脂糖凝胶电泳检测RNA的完整性；利用试剂盒SMART RACE合成cDNA第一链。

3)基于所述特异性引物对和所述试剂盒对文蛤基因组DNA进行PCR扩增以获得扩增产物：

根据文蛤转录组文库的注释信息，检索到MmCPOX基因的EST片段，并以此为模板设计引物对，以文蛤外套膜组织的cDNA为模板进行PCR扩增，PCR产物扩增的引物为：

上游引物(SEQ ID NO:2)5′-TAATACAGTCGAAGCAACCCCAAC-3′；

下游引物(SEQ ID NO:3)5′-TCATTGTGGTCAAGTCTAAGGACAG-3′；

PCR反应体系为20μL，包括：SYBR Green Mix(Bio-rad)10μL，cDNA模板0.8μL，上下游引物(10mmol/L)各1μL，以DEPC-H₂O补足；

使用ABI7500 fast荧光定量PCR仪进行扩增，具体反应程序：95℃预变性20s，然后进行40个循环：95℃变性3s，60℃退火15s，72℃延伸10s；循环结束后于72℃延伸5min。扩增产物使用1％琼脂糖凝胶电泳进行检测，并使用胶回收试剂盒对较亮的电泳条带进行回收纯化，于-20℃保存以用于后续的测序反应。

4)对PCR扩增产物进行测序，基于测序结果，确定SNP分子标记的核苷酸型：

基于Illumina HiSeq4000测序平台，对上述130只个体的成簇扩增产物于ABI3730测序仪上进行双向测序与拼接。基于测序结果，将文蛤SNP位点分型。

5)所述SNP位点核苷酸型与文蛤养殖肥满度(K＝(软体部干重W_软体部/壳干重W_壳)×100％)的相关性分析：

暗纹文蛤130只个体的SNP位点核苷酸型与生长性状如表1所示：根据表1的数据，利用SPSS(25.0)GLM程序，根据性状及试验群体的特点，构建线性分析模型从而进行基因多态性与性状间的关联分析:Y_ij＝U+G_i+E_ij，式中，Y_ij为性状表型值，U为群体均值，G_i为标记为基因型效应，E_ij为随机残差效应。统计数据用平均值±标准偏差表示。SNP不同核苷酸型与肥满度相关性如表2所示。

表1、暗纹文蛤SNP位点基因型与软体部干重、壳干重和肥满度(K)的关系

注：K(％)＝W_软体部/W_壳×100％，K表示肥满度，W_软体部是文蛤个体软体部干重，W_壳是文蛤个体壳部干重。

表2、暗纹文蛤MmCPOX基因SNP位点与生长性状的相关性

注：表中表达方式为均值±标准偏差。

表明MmCPOX基因的SNP位点SNP:g.211G>C与文蛤的生长性状显著相关，具体体现在该位点的GG型核苷酸个体的养殖肥满度显著高于CC核苷酸型个体。

6)SNP:g.211G>C位点应用于文蛤优良新品系分子标记辅助选育育种：

由上述检测及分析可以看出文蛤MmCPOX基因的SNP:g.211G>C的GG型核苷酸个体养殖肥满度显著高于CC核苷酸型个体。因此可以优选SNP:g.211G>C位点核苷酸基因型为GG的个体作为母本亲本，具体可在选育前，先取小部分亲本组织进行PCR和测序，判断其肥满度遗传潜力。这对于文蛤优良新品系的选育具有积极的指导意义，同时还可用于研究文蛤的种群遗传结构，对阐明种群对本地环境的适应性机制，以及文蛤资源的合理开发利用和管理保护提供重要的科学指导。

上述实施例中的常规技术为本领域技术人员所知晓的现有技术，故在此不再详细赘述。

虽然上述具体实施方式已经显示、描述并指出应用于各种实施方案的新颖特征，但应理解，在不脱离本公开内容的精神的前提下，可对所说明的装置或方法的形式和细节进行各种省略、替换和改变。另外，上述各种特征和方法可彼此独立地使用，或可以各种方式组合。所有可能的组合和子组合均旨在落在本公开内容的范围内。上述许多实施方案包括类似的组分，并且因此，这些类似的组分在不同的实施方案中可互换。虽然已经在某些实施方案和实施例的上下文中公开了本发明，但本领域技术人员应理解，本发明可超出具体公开的实施方案延伸至其它的替代实施方案和/或应用以及其明显的修改和等同物。因此，本发明不旨在受本文优选实施方案的具体公开内容限制。

序列表

<120> 文蛤的SNP标记及其应用

<140> 2019108813811

<141> 2019-09-18

<160> 3

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 1490

<212> DNA

<213> 文蛤(Meretrix meretrix)

<400> 1

acatgggggt acgtgatgat acgtccatca ccggcgattt gacatttaag ttgaatcaca 60

agttttagat gcatctaatt gtattttgac attatgacac atgtaaataa actttttagt 120

aggttgaggt atttcagaac aatttcaacg cttgcattat tccagacaag acacaaaaaa 180

gcaggatgga gagtggtgtt tgcagcagct ggtctatcta ctgcatgtgt tgctacatgt 240

ttctgcaata aaaataaagt gtttgcagca accatgccga aatactggat ggcagaacct 300

ataacagata tggctgaaat agagaagaac tctgactcta tgagaataaa gatggagaaa 360

atgatcatgg acatgcaggc agatttttgc cgagcacttg gagaggaaga agatcaagaa 420

ggagatggta agaagtggat tgtggataga tgggagcgaa aggagggagg aggtgggata 480

tcttgtgtga tacaggatgg tagagtattt gagaaggcag gtgtgaacat ctctgttgtc 540

actggtaaac ttccatatgc agctatacag ggaatgaggt ccagagggaa atgtatagaa 600

ggagataatc tgccattctt tgcagctggg attagttcag taattcatcc tagaaatcca 660

aatgtcccaa ccatacactt caactacaga tattttgaat taacagacaa aactggcaag 720

gaacactggt ggtttggagg tggaactgat ctgacaccat acttccttga tgaagaggat 780

gttgttactt ttcacaagac actgaagaca gcatgtgaca aacatgacaa aagttactac 840

cctaagttta aggcttggtg cgatcgttac ttctacatca aacatagagg acagactcgt 900

ggtgttggtg gtattttctt tgatgatatg gatgaccgct gaccagagga tatgttccag 960

tttgtcaaaa cttgtgcagc tgccgtgaaa ccatcataca ttccattagt gaagaaaaac 1020

aaggataagg gatactctta cagtgacagg agatggcagt tacttaggag agggtactat 1080

gctgagttca acctggttta tgaccgtggg acaaagtttg gtctgaatac acctgaggcc 1140

agaattgaaa gacttatgat gtctctgcca ttaaatgcta gctgggagta ctgccatgag 1200

ataaagccag ggtctccaga aaagaagctt acagatgttc tcactaatcc aagggaatgg 1260

gtctgatgac agcgccatca atgacagcgg ttgtgccttc gagaaacaaa tctgacaaaa 1320

caactgtgtg ttcacaaacc tgacaaaaca actatgttca ttaaatgtga caaaacaact 1380

gtgtgttcac aaacctgaca aaaacatcta tgtgttcata aatgtgacaa aacaactgtg 1440

ttcacaaacc tgacaaaacg caaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 1490

<210> 2

<211> 24

<212> DNA

<213> 人工合成(synthetic construct)

<400> 2

taatacagtc gaagcaaccc caac 24

<210> 3

<211> 25

<212> DNA

<213> 人工合成(synthetic construct)

<400> 3

tcattgtggt caagtctaag gacag 25

Claims

1.一种与文蛤养殖肥满度相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记来源基因文蛤粪卟啉原Ⅲ氧化酶基因的部分基因组序列如SEQ ID NO:1所示，其特征在于：所述SEQ ID NO:1:1490bp，DNA，文蛤粪卟啉原Ⅲ氧化酶基因MmCPOX(MeretrixmeretrixL.coproporphyrinogen-III oxidase,MmCPOX)，其核苷酸序列具体为：ACATGGGGGTACGTGATGATACGTCCATCACCGGCGATTTGACATTTAAGTTGAATCACAAGTTTTAGATGCATCTAATTGTATTTTGACATTATGACACATGTAAATAAACTTTTTAGTAGGTTGAGGTATTTCAGAACAATTTCAACGCTTGCATTATTCCAGACAAGACACAAAAAAGCAGGATGGAGAGTGGTGTTTGCAGCAGCTGGTCTATCTACTGCATGTGTTGCTACATGTTTCTGCAATAAAAATAAAGTGTTTGCAGCAACCATGCCGAAATACTGGATGGCAGAACCTATAACAGATATGGCTGAAATAGAGAAGAACTCTGACTCTATGAGAATAAAGATGGAGAAAATGATCATGGACATGCAGGCAGATTTTTGCCGAGCACTTGGAGAGGAAGAAGATCAAGAAGGAGATGGTAAGAAGTGGATTGTGGATAGATGGGAGCGAAAGGAGGGAGGAGGTGGGATATCTTGTGTGATACAGGATGGTAGAGTATTTGAGAAGGCAGGTGTGAACATCTCTGTTGTCACTGGTAAACTTCCATATGCAGCTATACAGGGAATGAGGTCCAGAGGGAAATGTATAGAAGGAGATAATCTGCCATTCTTTGCAGCTGGGATTAGTTCAGTAATTCATCCTAGAAATCCAAATGTCCCAACCATACACTTCAACTACAGATATTTTGAATTAACAGACAAAACTGGCAAGGAACACTGGTGGTTTGGAGGTGGAACTGATCTGACACCATACTTCCTTGATGAAGAGGATGTTGTTACTTTTCACAAGACACTGAAGACAGCATGTGACAAACATGACAAAAGTTACTACCCTAAGTTTAAGGCTTGGTGCGATCGTTACTTCTACATCAAACATAGAGGACAGACTCGTGGTGTTGGTGGTATTTTCTTTGATGATATGGATGACCGCTGACCAGAGGATATGTTCCAGTTTGTCAAAACTTGTGCAGCTGCCGTGAAACCATCATACATTCCATTAGTGAAGAAAAACAAGGATAAGGGATACTCTTACAGTGACAGGAGATGGCAGTTACTTAGGAGAGGGTACTATGCTGAGTTCAACCTGGTTTATGACCGTGGGACAAAGTTTGGTCTGAATACACCTGAGGCCAGAATTGAAAGACTTATGATGTCTCTGCCATTAAATGCTAGCTGGGAGTACTGCCATGAGATAAAGCCAGGGTCTCCAGAAAAGAAGCTTACAGATGTTCTCACTAATCCAAGGGAATGGGTCTGATGACAGCGCCATCAATGACAGCGGTTGTGCCTTCGAGAAACAAATCTGACAAAACAACTGTGTGTTCACAAACCTGACAAAACAACTATGTTCATTAAATGTGACAAAACAACTGTGTGTTCACAAACCTGACAAAAACATCTATGTGTTCATAAATGTGACAAAACAACTGTGTTCACAAACCTGACAAAACGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA，自5′端起，该序列的第211位存在SNP:g.211G>C SNP位点，核苷酸为G或C。

2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于：所述位点GG型的个体肥满度显著地高于CC型个体。

3.权利要求1或2所述的SNP分子标记的应用，其特征在于所述SNP分子标记在以养殖肥满度性状为要求的文蛤优良新品系分子标记辅助选育育种中的用途。

4.一种检测文蛤养殖肥满度优劣的方法，其特征在于包括以下步骤：提取待测文蛤基因组DNA，通过应用特异性引物或试剂盒对文蛤基因组DNA进行PCR扩增以获得扩增产物，检测权利要求1所述SNP位点的基因型是GG、CG还是CC，最后确定所述待测文蛤养殖肥满度的优劣，所述特异性引物包括：

上游引物(SEQ ID NO:2):5′-TAATACAGTCGAAGCAACCCCAAC-3′；

下游引物(SEQ ID NO:3):5′-TCATTGTGGTCAAGTCTAAGGACAG-3′；

所述试剂盒包括该特异性引物。

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于：所述SNP位点的GG型个体的肥满度性状显著高于CC型个体。

6.根据权利要求4或5所述的方法，其特征在于包括：

1)获取相同养殖条件下的文蛤群体样本；

2)获取文蛤群体样本的基因组DNA；

3)基于所述特异性引物和所述试剂盒对文蛤基因组DNA进行PCR扩增以获得扩增产物；