CN101967519A - 一种凡纳滨对虾fx151微卫星DNA标记鉴定fx151遗传变异图谱的方法 - Google Patents

一种凡纳滨对虾fx151微卫星DNA标记鉴定fx151遗传变异图谱的方法 Download PDF

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李朝政
翁少萍
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Abstract

一种凡纳滨对虾fx151微卫星DNA标记鉴定fx151遗传变异图谱方法,其特征在于包括以下步骤:先提取凡纳滨对虾基因组并稀释备用,再利用凡纳滨对虾fx151微卫星DNA核心序列,在其序列两端设计特异性引物,然后使用该引物对凡纳滨对虾不同群体或者群体内个体的基因组DNA进行PCR扩增,对PCR产物进行变性聚丙烯酰胺凝胶检测;利用产物出现的条带银染显色后进行分析,确定每个个体的基因型,从而获得凡纳滨对虾在fx151遗传标记基因座位的多态性遗传变异图谱。本发明可快捷的获得凡纳滨对虾fx151遗传标记基因座位呈现高度遗传变异的多态性图谱,方便简单,所得结果可直观检测出凡纳滨对虾每个个体的基因型。

Description

一种凡纳滨对虾fx151微卫星DNA标记鉴定fx151遗传变异图谱的方法
技术领域
本发明属于分子生物学DNA标记技术与应用领域,具体涉及海洋经济动物对虾属凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)fx151微卫星DNA标记的鉴定遗传变异图谱的方法。
背景技术
凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei),俗称南美白对虾(Penaeus vannamei),属节肢动物门(Arthropoda)、甲壳纲(Crustacea)、十足目(Decapoda)、游泳亚目(Natantia)、对虾科(Penaeidae)、对虾属(Penaeus)、Lito-penaeus亚属,是广温广盐性热带虾类,是目前世界上三大养殖对虾(中国对虾、斑节对虾、凡纳滨对虾)中单产量最高的虾种,在对虾渔业及养殖业中占有重要地位。
1988年7月,凡纳滨对虾由中国科学院海洋研究所从美国夏威夷引进我国,1992年8月人工繁殖获得了初步的成功,1994年通过人工育苗获得了小批量的虾苗,1999年深圳天俊实业股份有限公司与美国三高海洋生物技术公司合作,引进美SPF凡纳滨对虾种虾和繁育技术,成功地培育出了SPF凡纳滨对虾苗。至此,凡纳滨对虾在我国被广泛养殖。
近年来,凡纳滨对虾(Penaeus vannamei)在我国不论是海水,还是低盐度海水及淡水中养殖都取得了一定的进展。目前,凡纳滨对虾已是我国养殖对虾的绝对优势品种。2007年,我国凡纳滨对虾养殖产量101万吨,占我国对虾养殖产量的80 % , 同年,我国对虾养殖产量126万吨,占世界对虾养殖总产量的 37 %。但病害和养殖使得凡纳滨对虾资源迅速衰减,尤其自90年代虾病爆发以来,凡纳滨对虾养殖业受到重挫,虾病的流行使抗病品系选育成为必要和需要解决的问题。
本发明做出之前,国内外有类似的研究报告,国内中科院海洋研究所徐鹏等(2001)发表的《中国对虾微卫星DNA的筛选》,张留所(2006)等发表的《凡纳滨对虾分子标记筛选、连锁图谱构建和QTL定位》国外Franklin Pérez等(2005)在凡纳滨对虾中找到了112对微卫星,目前,利用微卫星标记在凡纳滨对虾多态性图谱的构建、特异性遗传标记等方面的应用尚未报道。
发明内容
本发明的目的是为了简便快速的鉴定凡纳滨对虾fx151遗传标记基因座位的遗传变异图谱,丰富现有的凡纳滨对虾微卫星标记,寻找更多的多态性好、稳定性高的微卫星标记,提供了一种凡纳滨对虾fx151微卫星DNA标记鉴定fx151遗传变异图谱的方法。
本发明是通过以下方案实现的:一种凡纳滨对虾fx151微卫星DNA标记鉴定fx151遗传变异图谱的方法,其特征在于包括以下步骤:首先提取凡纳滨对虾基因组并稀释备用,再利用凡纳滨对虾fx151微卫星DNA核心序列,在其序列两端设计特异性引物;然后使用该引物对凡纳滨对虾不同群体或者群体内个体的基因组DNA进行PCR扩增,对PCR产物进行变性聚丙烯酰胺凝胶检测;利用产物出现的条带银染显色后进行分析,确定每个个体的基因型,从而获得凡纳滨对虾在fx151遗传标记基因座位的的多态性遗传变异图谱(如图1所示)。
提取凡纳滨对虾基因组DNA,将其稀释成50ng/ul,每个反应加入1ul,反应总体积为20ul。
fx151微卫星DNA序列的特异性引物核苷酸序列分别为:正链 5’- TGCCAATAAACAAGTTGAGCC -3’,负链 5’- GTTACTCATTACTTGCCTTCC -3’,退火温度为50℃。
其PCR反应加样参数为:正反向引物各为0.2 uM, 0.2 mM dNTP, 1*PCR Buffer, 2.0 mM Mg2+, 0.6 U Taq酶,50 ng DNA模板,用双蒸水补足到20ul。使用该引物的时设置PCR程序参数为:94℃预变性5min;然后94℃变性 30s,50℃退火1 min,72℃延伸 1 min,重复这个循环35次;之后延伸5 min,4 ℃保存。
PCR产物的检测:基因组DNA模板进行PCR扩增,其产物在聚丙烯酰胺凝胶上电泳,利用长度差异为50 bp的DNA ladder及PBR322 Marker(上海生工)作为分子量标记,扩增产物用6%-8%的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳-银染系统进行检测: PCR产物中加上变性Buffer 之后95℃变性5分钟,之后立刻置于冰上降温,使用微量进样器上样5ul,85 W 恒功率电泳至溴酚兰带至胶板的底端,约120 分钟, 1‰的硝酸银染色,显色液(30 g NaOH,0.5g四硼酸钠, 8 ml 37 % 的甲醛溶解至2 L超纯水)显色,超纯水终止显色,干燥放在UTA-2100XL 型号扫描仪中扫描保存图片,分析多态性,确定各个个体的基因型,并进一步得到凡纳滨对虾fx151遗传标记基因座位的多态性图谱。
本发明适用于凡纳滨对虾种质资源和遗传多样性分析,家系鉴定,分子群体遗传学,遗传图谱的构建,重要经济性状的定位,功能基因的研究,进一步用于辅助凡纳滨对虾分子遗传育种和养殖。
现有的凡纳滨对虾微卫星标记还不够丰富,建立凡纳滨对虾遗传连锁图谱,物理图谱,以及QTL定位需要更多的多态性好、稳定性高的微卫星标记。与现有技术相比,本发明具有以下优点:
(1)本发明可以简便快速的鉴定凡纳滨对虾fx151微卫星遗传标记基因座位的遗传变异图谱,方法简便,所得结果可直观的检测出凡纳滨对虾每个个体的基因型。
(2)本发明的核心是fx151微卫星DNA标记特异性引物,其核苷酸序列为:正链 5’- TGCCAATAAACAAGTTGAGCC -3’,负链 5’- GTTACTCATTACTTGCCTTCC -3’,可在凡纳滨对虾总群检测中呈现高度遗传变异的多态性。
     (3)本发明主要应用于凡纳滨对虾种质资源和遗传多样性分析,家系鉴定,分子群体遗传学,遗传图谱的构建,重要经济性状的定位,功能基因的研究。
附图说明
图1 本发明的fx151微卫星DNA标记在57尾凡纳滨对虾个体中的基因型图谱,编号1-57为凡纳滨对虾的57个个体,M为PBR322标准分子量。
具体实施方式
实施例
首先提取凡纳滨对虾基因组并稀释备用,再利用凡纳滨对虾fx151微卫星DNA核心序列,在其序列两端设计特异性引物;然后使用该引物对凡纳滨对虾不同群体或者群体内个体的基因组DNA进行PCR扩增,对PCR产物进行变性聚丙烯酰胺凝胶检测;利用产物出现的条带银染显色后进行分析,确定每个个体的基因型,从而获得凡纳滨对虾在fx151遗传标记基因座位的多态性图谱(如图1所示)。
1 提取凡纳滨对虾基因组
1)取凡纳滨对虾肌肉30 mg置于2.0 ml的离心管中,剪碎,加入600 ul STE裂解缓冲液(100 mmol/L NaCl,10 mmol/L Tris-Cl,pH 8.0;1 mmol/L EDTA,pH 8.0),50 μl SDS以及5 μl蛋白酶K(20mg/ml),混匀
2)56 ℃ 消化处理,直到裂解液澄清, 6000 rpm 离心3 min
3)取上清,加入等体积饱和酚(250 μl)、氯仿/异戊醇(24:1)(250 μl),轻轻上下颠倒混匀数分钟,抽提去除蛋白, 10000转离心10 min
4)取上清液,重复一次步骤3,直至水相和有机相之间无蛋白层为止
5)取上清液,加入等体积氯仿/异戊醇(500 μl),轻轻晃动20分钟,10000转离心10分钟
6)取上清液,加入十分之一体积的 NaAc(3 mol/L,PH 值为 5.2),缓慢摇匀,加2倍体积的预冷的无水乙醇,放置于-80℃冰箱中大约30分钟,10000转离心10 min。将核酸沉淀于管底
7)弃上清,加70 %乙醇(1 ml)洗涤沉淀,4℃ 离心5 min(8000 rpm)
8)弃酒精,将离心管放在真空干燥器中干燥沉淀,直到乙醇全部挥发
9)加入一定量(100 μl)无菌超纯水或1×TE缓冲液和5 μl RNaseA(10 mg/ml),37℃消化RNA 30 min,-20℃保存备用。
2 微卫星引物的设计
通过微卫星查找软件SSRHunter查找LV_HC_RA074D14f (GeneBank: FE121978.1)EST序列得到核心重复序列(TTGC)n, n=5-10,利用引物设计软件Primer Primer 5.0对上述EST序列上下游进行引物设计,得到LV_HC_RA074D14f微卫星引物,其序列为:
正链 5’- TGCCAATAAACAAGTTGAGCC -3’,负链5’- GTTACTCATTACTTGCCTTCC -3’,退火温度:50℃。
3 PCR扩增
PCR扩增的加样参数:正反向引物各为0.2 uM, 0.2 mM dNTP, 1*PCR Buffer, 2.0 mM Mg2+, 0.6 U Taq酶,50 ng DNA模板,用双蒸水补足到20ul。PCR反应程序:94℃预变性5min;然后94℃变性 30s,55℃退火1 min,72℃延伸 1 min,重复这个循环35次;之后延伸5 min,4 ℃保存。
4电泳检测
PCR扩增产物用6%-8%的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳-银染系统进行检测: PCR产物中加上变性Buffer 之后95℃变性5分钟,之后立刻置于冰上降温,使用微量进样器上样5ul,85 W 恒功率电泳至溴酚兰带至胶板的底端,约120 分钟, 质量比1‰的硝酸银染色,显色液(30 g NaOH,0.5g四硼酸钠, 8 ml 37 % 的甲醛溶解至2 L超纯水)显色5min,超纯水终止显色,干燥放在UTA-2100XL 型号扫描仪中扫描保存图片,分析多态性,得到凡纳滨对虾fx151遗传标记基因座位的多态性图谱(如图1所示)。

Claims (5)

1.一种凡纳滨对虾fx151微卫星DNA标记鉴定fx151遗传变异图谱的方法,其特征在于包括以下步骤:先提取凡纳滨对虾基因组并稀释备用,再利用凡纳滨对虾fx151微卫星DNA核心序列(TTGC)n, 其中n=5-10,在其序列两端设计特异性引物,其核苷酸序列如SEQ ID NO:1-2所示;然后使用该引物对凡纳滨对虾不同群体或者群体内个体的基因组DNA进行PCR扩增,对PCR产物进行变性聚丙烯酰胺凝胶检测;利用产物出现的条带银染显色后进行分析,确定每个个体的基因型,从而获得凡纳滨对虾在fx151遗传标记基因座位的多态性遗传变异图谱。
2.根据权利要求1所述的凡纳滨对虾fx151微卫星DNA标记鉴定fx151遗传变异图谱的方法,其特征在于其PCR反应加样参数为:正反向引物各为0.2 uM, 0.2 mM dNTP, 1*PCR Buffer, 2.0 mM Mg2+, 0.6 U Taq酶,50 ng DNA模板,用双蒸水补足到20ul;使用该引物的时设置PCR程序参数为:94℃预变性5分钟;然后94℃变性 30秒,50℃退火1 分钟,72℃延伸 1分钟,重复这个循环35次;之后延伸5 分钟。
3.根据权利要求1所述的凡纳滨对虾fx151微卫星DNA标记鉴定fx151遗传变异图谱的方法,其特征在于对PCR产物的检测:基因组DNA模板进行PCR扩增,其产物在6%-8%聚丙烯酰胺凝胶上电泳,干燥后在扫描保存图片,分析多态性,得到各个个体的基因型,并进一步确定fx151遗传标记基因座位的多态性遗传变异图谱。
4.根据权利要求3所述的凡纳滨对虾fx151微卫星DNA标记鉴定fx151遗传变异图谱的方法,其特征在于在PCR产物的检测中利用长度差异为50 bp的DNA ladder及PBR322 Marker作为电泳的分子量标记。
5.根据权利要求3所述的凡纳滨对虾fx151微卫星DNA标记鉴定fx151遗传变异图谱的方法,其特征在于PCR扩增产物用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳-银染系统进行检测: PCR产物中加上变性Buffer 之后95℃变性5分钟,之后立刻置于冰上降温,使用微量进样器上样5ul,85 W 恒功率电泳至溴酚兰带至胶板的底端,120 分钟后,用质量1‰的硝酸银染色,用30 g NaOH,0.5g四硼酸钠, 8 ml 体积37 % 的甲醛溶解至2 L超纯水的显色液显色,后用超纯水终止显色。
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