CN110257542B - 检测转基因水稻科丰6号的dna标准品及其应用 - Google Patents
检测转基因水稻科丰6号的dna标准品及其应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN110257542B CN110257542B CN201910506918.6A CN201910506918A CN110257542B CN 110257542 B CN110257542 B CN 110257542B CN 201910506918 A CN201910506918 A CN 201910506918A CN 110257542 B CN110257542 B CN 110257542B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- seq
- transgenic
- standard
- sequence
- gene fragment
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/166—Oligonucleotides used as internal standards, controls or normalisation probes
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Botany (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明提供了一种检测转基因成分的DNA标准品,所述DNA标准品包括科丰6号转化体特异性序列Kefeng6的基因片段、水稻内源基因SPS的基因片段和水稻内源基因PLD的基因片段,所述Kefeng6的基因片段的序列如SEQ ID No.1第1‑155位所示,所述SPS的基因片段的序列如SEQ ID No.1第178‑258位所示,所述PLD的基因片段的序列如SEQ ID No.1第259‑326位所示。本发明所提供的标准质粒分子质量好,纯度符合要求,能够满足大批量制备,均匀性好,稳定性强,可以检测出靶标片段,为水稻的转基因成分鉴定工作提供了通用的阳性对照样品以及参考。
Description
技术领域
本发明涉及转基因技术领域,尤其涉及一种检测转基因水稻品系科丰6号的DNA标准品及其应用。
背景技术
转基因产品检测标准样品是具有一种或多种足够均匀和很好确定的特性值,在转基因产品检测中用以校准测量装置、评价测量方法或给材料赋值的一种材料或物质。标准样品在保证测试结果的可比性和溯源性、保障食品安全、解决贸易争端、促进经济发展等方面均具有重要的意义。
转基因水稻,是指通过转基因技术将不同品种水稻或近缘物种的抗虫基因、抗病基因等导入某种水稻基因组内培育出的水稻品种。科丰6号是中国自主研发的双价抗虫转基因水稻,其抗虫基因为苏云金芽孢杆菌(Bacillus thuringiensis)杀虫晶体蛋白Cry1Ac基因和豇豆胰蛋白酶抑制剂基因SCK基因,目前已通过生产性试验,正在申请生产应用安全证书,具有良好的商业化前景。
目前尚未有针对Cry1Ac/SCK双价抗虫转基因水稻科丰6号进行检测的质粒DNA标准品的相关报道。
发明内容
为了解决上述问题,一方面,本发明提供了一种检测转基因成分的DNA标准品,所述DNA标准品包括科丰6号转化体特异性序列Kefeng6的基因片段、水稻内源基因SPS的基因片段和水稻内源基因PLD的基因片段。
其中,所述Kefeng6的基因片段的序列如SEQ ID No.1第1-155位所示,所述SPS的基因片段的序列如SEQ ID No.1第178-258位所示,所述PLD的基因片段的序列如SEQ IDNo.1第259-326位所示。
进一步地,所述DNA标准品包括依次连接的Kefeng6的基因片段、SPS的基因片段和PLD的基因片段;优选的,所述DNA标准品还包括用于连接Kefeng6的基因片段、SPS的基因片段和PLD的基因片段的间隔序列。
更进一步地,所述DNA标准品包含SEQ ID No.1所示的序列。
另一方面,本发明还提供了包含上述DNA标准品的重组载体;优选的,所述骨架载体选自pUC18、pUC19、pUC57中的一种或多种,更优选,pUC57,更优选,将所述DNA标准品连接于pUC57平端酶EcoRV的酶切位点处。
另一方面,本发明还提供了上述DNA标准品或权利要求4所述的重组载体在检测转基因成分中的应用;优选的,所述转基因成分来源于转基因植物和/或其加工品;更优选的,所述转基因植物为转基因水稻;更优选的,所述转基因水稻为转基因水稻科丰6号。
另一方面,本发明还提供了一种检测转基因成分的PCR试剂盒,所述试剂盒包括上述DNA标准品或重组载体。
进一步地,所述试剂盒还包括引物对,所述引物对包括SEQ ID No.2和SEQ IDNo.3所示的引物对、SEQ ID No.5和SEQ ID No.6所示的引物对、SEQ ID No.8和SEQ IDNo.9所示的引物对。
进一步地,所述试剂盒还包括探针,所述探针包含SEQ ID No.4所示的探针、SEQID No.7所示的探针和SEQ ID No.10所示的探针。
另一方面,本发明还提供了上述试剂盒在在检测转基因成分中的应用;优选的,所述转基因成分来源于转基因植物和/或其加工品;更优选的,所述转基因植物为转基因水稻;更优选的,所述转基因水稻为转基因水稻科丰6号。
另一方面,本发明还提供了一种检测转基因成分的PCR方法,所述方法包括利用上述DNA标准品或重组载体为阳性对照进行PCR的步骤。
优选地,上述DNA标准品、重组载体以及试剂盒检测的转基因植物为Cry1Ac/SCK双价抗虫转基因水稻科丰6号;另如无特殊说明,以下所述标准分子,即为本发明提供的DNA标准品。
通过本发明提供的检测转基因水稻科丰6号的标准分子,能够带来如下有益效果:
本发明所提供的用于检测转基因水稻科丰6号的标准分子以科丰6号转化体特异性序列、水稻内源基因SPS和水稻内源基因PLD为靶标序列构建。实验表明,本发明所提供的标准质粒分子的质量、纯度均符合要求,能够满足大批量制备,均匀性好,稳定性强,可以检测出靶标片段,为水稻的转基因成分鉴定工作提供了通用的阳性对照样品以及参考,也为转基因产品检测相关标准的实施提供了物质基础,保障实验室间检测结果的可靠、可比和可溯源,对转基因水稻品系科丰6号的定性和定量检测具有重要意义。
附图说明
此处所说明的附图用来提供对本申请的进一步理解,构成本申请的一部分,本申请的示意性实施例及其说明用于解释本申请,并不构成对本申请的不当限定。在附图中:
图1为标准分子pUC57-KF6的质粒构建示意图;
图2为酶切线性化的标准分子pUC57-KF6质粒DNA电泳图谱。
具体实施方式
为了更清楚的阐释本申请的整体构思,下面以实施例的方式进行详细说明。在下文的描述中,给出了大量具体的细节以便提供对本申请更为彻底的理解。然而,对于本领域技术人员来说显而易见的是,本申请可以无需一个或多个这些细节而得以实施。在其他的例子中,为了避免与本申请发生混淆,对于本领域公知的一些技术特征未进行描述。
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明,均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。
其中,pUC57质粒载体由上海生工生物技术科技有限公司公司提供,产品目录号为B522201。
实施例1标准质粒分子pUC57-KF6的构建及制备
一、标准分子pUC57-KF6的构建
以科丰6号转化体特异性序列Kefeng6和内标基因SPS(蔗糖合成酶)和PLD(磷脂酶D家族基因)的检测靶标作为构建标准质粒分子的靶标序列,具体序列如下:
(1)科丰6号转化体特异性序列Kefeng6
Gcttggatcagattgtcgtttcccgccttcagtttaaactatcagcgacaaaagatcaggatttgggaagggcgattgctggcgaggcacatatagctccatatagcttgtttgcctcagcttgcttcttgatcagaccaatcagtttatctgac
(2)SPS基因
TTGCGCCTGAACGGATATCTTTCAGTTTGTAACCACCGGATGACGCACGGACGGCTCGGATCATCCCGAAAAGATCAACCG
(3)PLD基因
TGGTGAGCGTTTTGCAGTCTATGTTGTGCTGCCAATGTGGCCTGAAGGACCTCCTGCTAGTGGATCAG
将上述科丰6号转化体特异性序列Kefeng6(序列1第1-155位)和水稻内标基因PLD(序列1第178-258位)、SPS(序列1第259-326位)的靶标序列拼接到一起,构建外源特异性序列,如序列表中的序列1所示,长326bp。采用基因合成技术,人工合成所述外源特异性序列,并将所述外源特异性序列克隆到pUC57质粒上,pUC57质粒用平端酶EcoRV酶切,通过平端连接克隆,构建重组载体,即为pUC57-KF6标准质粒分子,如图1所示。
将构建的pUC57-KF6标准质粒分子转化到大肠杆菌中,筛选阳性克隆,并提取质粒后测序,结果表明,所得测序结果与预期序列吻合,证明构建的标准质粒分子中含有预期的外源特异性序列。
二、标准质粒分子pUC57-KF6的制备
标准质粒分子pUC57-KF6的制备包括质粒DNA的提取、酶切线性化和纯化。具体包括:首先筛选并收集阳性菌种,筛选标记为氨苄青霉素抗性基因;采用QIAfilter PlasmidMidi Kits试剂盒进行质粒分子的大量提取和纯化;根据质粒的核苷酸序列,选取单酶切位点BamHI(NEB BamHI-HF,货号R3136V)对环状质粒DNA进行酶切线性化;采用QIAquick GelExtraction Kit对酶切后的产物进行切胶回收,最终获得纯化的线性质粒DNA。
上述方法均采用常规实验步骤,因此步骤的详细过程不再赘述,其中,对环状质粒DNA进行酶切线性化的酶切体系如下所示:
取1μL酶切纯化后的线性质粒DNA分子样品,用1%的琼脂糖凝胶进行电泳检测,所得电泳图见图2;采用紫外分光光度法测定所得线性质粒DNA的浓度与纯度,同时使用Picogreen荧光法测定所得线性质粒DNA的浓度,所得结果见表1,其中纯度符合要求的DNA的A260/A280值应在1.8到2.0之间,A260/A230值应大于2.0。
表1 pUC57-KF6质粒分子的浓度和纯度测定结果
pUC57-KF6 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 平均值 | SD |
OD260/OD230 | 2.11 | 2.12 | 2.15 | 2.13 | 2.12 | 2.15 | 2.13 | 0.02 |
OD260/OD280 | 1.86 | 1.84 | 1.86 | 1.85 | 1.84 | 1.84 | 1.85 | 0.01 |
紫外法浓度(ng/μL) | 81.2 | 81.2 | 81.4 | 81.0 | 80.9 | 81.4 | 81.2 | 0.2 |
Picogreen荧光法浓度(ng/μL) | 82.7 | 83.2 | 82.6 | 83.0 | 82.8 | 82.8 | 82.9 | 0.2 |
由表1可得,通过紫外分光光度法测定的pUC57-KF6质粒DNA分子的浓度为81.2±0.2ng/μL,A260/A280值为1.85±0.01,介于1.8至2.0之间,其纯度符合要求。由此说明利用QIAfilter Plasmid Midi Kits试剂盒提取的质粒DNA浓度和纯度高,能够满足大批量制备质粒标准物质。
如图2所示,电泳图中的pUC57-KF6标准质粒DNA的条带单一,清晰明亮,无杂带和RNA条带,说明提取的质粒DNA质量很好,符合要求。
实施例2标准质粒分子pUC57-KF6对转基因水稻科丰6号品系的PCR检测
利用实时荧光PCR反应对转基因水稻科丰6号品系进行灵敏度检测,检测方法和结果判定标准参见标准SN/T 1204-2016,所得结果具体件表2。其中,可供选择的Kefeng6、SPS以及PLD序列如下:
1、KF6品系基因:
1.1 Kefeng6(序列1第1-155位)
Gcttggatcagattgtcgtttcccgccttcagtttaaactatcagcgacaaaagatcaggatttgggaagggcgattgctggcgaggcacatatagctccatatagcttgtttgcctcagcttgcttcttgatcagaccaatcagtttatctgac
1.2 Kefeng6-2
TGGTATCCTACCTCTCCCAGCGGCTACGTAGTACGTACCGCCGTGTGCCCGTGTCCCCGCGCGTGTACTGAGAACCATGCTGCGA
2、SPS内源基因选择
2.1 SPS(序列1第178-258位)
TTGCGCCTGAACGGATATCTTTCAGTTTGTAACCACCGGATGACGCACGGACGGCTCGGATCATCCCGAAAAGATCAACCG
2.2 SPS-2
cggcgcgagcacgagaccaccgtgggccccatggcccaccgacttacacaatctctcccactgccatgcgggcccacacccgcaacagtccagtccagagagccccgaactcctccaaacccgggggggccacaccctgccacgtgtcacccgccggcctccctctcatcctctctctcctcgtccagtgcttctc
3、PLD内源基因
3.1 PLD(序列1第259-326位)
TGGTGAGCGTTTTGCAGTCTATGTTGTGCTGCCAATGTGGCCTGAAGGACCTCCTGCTAGTGGATCAG
针对上述1.1-3.1所示的序列进行了PCR扩增验证,其中,固定序列3.1,序列1.2与可替换序列1.1,序列2.2与可替换序列2.1,所得结果如表2所示:
表2不同序列分子PCR扩增的Ct值
由表2可知,选择序列1.1、2.1和3.1的标准质粒分子pUC57-KF6可以检出科丰6号转基因品系,Ct值在28.18,符合检测标准要求;当采用Kefeng6基因和SPS基因的其他序列时,PCR扩增的Ct值无法满足检测标准的要求。
实施例3标准质粒分子pUC57-KF6的均匀性检测
采用荧光定量PCR方法进行均匀性检测:从分装的500管pUC57-KF6标准质粒分子候选样品中随机抽取15管,每管样品设置3个子样,共45个子样,以质粒标准样品为模板,检测Kefeng6、水稻SPS、水稻PLD的有无,同时为了考察特性量值的均匀性,将标准样品进行梯度稀释,分别绘制各元件的标准曲线,定量标准样品的拷贝数浓度。
在荧光PCR仪上进行外源元件的扩增,其中,25μL PCR反应体系主要包括:2×TaqMan Universal Master Mix 12.5μL,正反向引物各1.0μL(10μmol/L),荧光标记探针溶液0.5μL(10μmol/L),DNA模板2.0μL。PCR反应程序如下:50℃预消化2min;95℃变性、UNG酶失活10min;50个循环(95℃变性15s,60℃退火延伸1min)。
其中,3个元件的引物/探针及检测靶标信息见表3;标准样品中外源元件均匀性定性测定结果见表4;瓶间均匀性检验3个外源元件靶标的标准曲线见表5;瓶间均匀性检验各靶标拷贝数见表6;瓶间均匀性检验结果见表7。
表3各元件的引物/探针及检测靶标信息
表4标准样品中外源元件均匀性定性测定结果
表5瓶间均匀性检验外源元件靶标的标准曲线
序号 | 靶标 | 斜率 | 截距 | 决定系数 |
1 | KF6 | -3.450 | 39.024 | 0.997 |
2 | SPS | -3.551 | 40.054 | 0.999 |
3 | PLD | -3.555 | 38.825 | 0.998 |
表6瓶间均匀性检验各靶标拷贝数
表7瓶间均匀性检验结果
由表4可知,经荧光定量PCR分析测定,45个子样中的3个元件均产生典型扩增曲线,Ct值在20左右,结果为阳性。表5为绘制标准曲线的回归方程,由表5可知,标准曲线的各项技术参数都在可接受的范围内,标准曲线的斜率在-3.1~-3.6之间,扩增效率在90%到110%之间,表明采用pUC57-KF6标准质粒分子绘制标准曲线,可用于转基因产品成分的定量检测。表6为依据表5绘制的标准曲线,定量质粒标准样品中各个元件的拷贝数浓度,其中取拷贝数浓度的平均值作为质粒标准样品的拷贝数浓度。表7为采用方差分析法(F检验法)进行均匀性检验结果,统计分析结果表明F<F0.05(14,30)。由表6和表7的结果可知,本发明所提供的pUC57-KF6标准质粒分子的拷贝数浓度量值在管间具有良好的均匀性。
实施例4标准质粒分子pUC57-KF6的稳定性检测
一、长期稳定性测试
长期稳定性测试的方法如下:将各样品分别存储在4℃和-20℃,分别在第0月、第1月、第2月、第4月、第6月、第12月后取样并储存于-70℃,每次每个贮存温度随机选取3管,每管重复取样3次(N=3,n=3)。采用实时荧光PCR法,对不同时间点/不同温度抽取的标准样品进行定性测试,测试结果见表8。
表8 4℃、-20℃条件下长期稳定性定性测试
如表8所示,在4℃和-20℃条件下,所有子样的外源元件都有典型扩增曲线,Ct值在20左右,检测结果为阳性,由此表明,所制得的pUC57-KF6质粒标准分子可以稳定的用作3个外源元件检测的阳性对照。
为了考察标准样品拷贝数浓度的长期稳定性,采用荧光定量PCR方法分别定量3个元件的拷贝数浓度,考察其平均值的长期稳定性。以梯度稀释的质粒DNA作为标准品,进行实时荧光定量PCR扩增,绘制各外源元件的标准曲线,不同外源元件绘制的标准曲线如表9所示。根据绘制的标准曲线,定量不同时间点/不同温度抽取的标准样品的拷贝数浓度,如表10和表11所示。对各靶标的平均值数据进行T检验,通过检测标准样品拷贝数浓度随时间变化情况,考察其长期稳定性,如表12和表13所示。
表9稳定性检验靶标的标准曲线
序号 | 靶标 | 斜率 | 截距 | 决定系数 |
1 | KF6 | -3.483 | 37.890 | 0.998 |
2 | SPS | -3.438 | 39.291 | 0.999 |
3 | PLD | -3.325 | 37.469 | 1.000 |
表10长期稳定性检验4℃下各靶标的拷贝数
表11长期稳定性检验-20℃下各靶标的拷贝数
表12长期稳定性检验质粒DNA的拷贝数
表13长期稳定性检验结果
目前长期稳定性考察时间为12个月,稳定性评估基本模型为Y=β0+β1X。通过数据分析显示在4℃和-20℃下,|β1|<t0.95,n-2s(β1),则表明斜率不显著,没有观察到不稳定性。因此可判定标准质粒分子pUC57-KF6在12个月内均处于稳定状态。
二、短期稳定性测试
短期稳定性检验旨在考察标准样品的运输稳定性。本批质粒标准样品是质粒DNA溶液,在运输过程中通常采用冷链运输。经长期稳定性检验,标准样品在4℃条件下具有良好的稳定性,因此在冷链运输条件下,可以保证标准样品的量值稳定性。
实施例5标准质粒分子pUC57-KF6定值和不确定度
采用数字PCR方法进行定值。在质粒标准样品混匀过程中,每隔一段时间从上中下3个不同部位取样,每个部位取3个子样,共取9个子样,用微滴数字PCR进行拷贝数浓度测定。根据数字PCR对质粒拷贝数浓度测量结果,当混匀时间超过24小时后,质粒DNA完全混匀。取24h和32h测量结果的平均值作为质粒DNA的浓度值,所得结果见表14。
表14质粒标准样品的浓度测定结果
由表14可知,所得pUC57-KF6标准质粒DNA分子的浓度为5.810E+06,SD值为4.378E+04,RSD值为0.0076。
标准样品定值的不确定度由三个部分组成,第一部分是标准物质定值过程带来的不确定度uc;第二部分是物质不均匀性所引起的标准不确定度ubb;第三部分是物质在有效期内的不稳定性所引起的标准不确定度us。
pUC57-KF6标准质粒DNA分子标准物质拷贝数浓度值的相对扩展不确定度为:Urel=2×0.03=0.06(k=2,置信概率95%);
扩展不确定度为:U=0.06×5.81E+06=3.46×105。
因此本标准样品的量值及不确定度为(5.81±0.35)×106copies/μL。
实施例6标准质粒分子pUC57-KF6的协作定值以及试用评价
协作定值采用多个实验室合作的方式进行,每个实验室采用统一权威方法进行定值。测量时,要求操作者独立地进行操作,并尽可能使用不同的实验装置。本标准样品的定值采用《SN/T 1204-2016植物及其加工产品中转基因成分实时荧光PCR定性检验方法》中规定的实时荧光PCR方法的引物探针组合,选取8家具有标准样品定值数字PCR法检测必备条件,且有一定技术权威性的实验室合作定值,具体的协同定值结果见表15。
表15转基因水稻科丰6号外源基因质粒标准样品8家单位协同定值结果
序号 | 验证单位 | 定值结果 |
1 | 农业农村部农作物生态环境安全监督检验测试中心(太原) | 4.75×10<sup>6</sup> |
2 | 上海海关(原上海出入境检验检疫局)动植物与食品检验检疫技术中心 | 4.73×10<sup>6</sup> |
3 | 农业部农产品质量监督检验测试中心(北京) | 4.80×10<sup>6</sup> |
4 | 深圳出入境检验检疫局食品检验检疫技术中心 | 4.77×10<sup>6</sup> |
5 | 原伊犁出入境检验检疫局综合技术服务中心 | 4.67×10<sup>6</sup> |
6 | 北京出入境检验检疫局检验检疫技术中心 | 4.71×10<sup>6</sup> |
7 | 农业农村部植物及植物用微生物生态环境安全监督检验测试中心(北京) | 4.71×10<sup>6</sup> |
8 | 中国水产科学研究院长江水产研究所 | 4.65×10<sup>6</sup> |
本发明所提供的pUC57-KF6标准质粒分子样品经八家权威实验室进行协同定值验证,pUC57-KF6标准质粒分子样品相关基因扩增均为阳性,质粒拷贝数均在4×106copies/μL以上,与上述检测结果相一致,并且均给出了“该标准质粒样品中可以检测出靶标片段,并且通过数字PCR拷贝数鉴定”的结论,表明该标准分子可用于转基因水稻科丰6号日常检测中的质量控制、检测试剂的验证和评价。
以上所述仅为本申请的实施例而已,并不用于限制本申请。对于本领域技术人员来说,本申请可以有各种更改和变化。凡在本申请的精神和原理之内所作的任何修改、等同替换、改进等,均应包含在本申请的权利要求范围之内。
序列表
<110> 中国检验检疫科学研究院
<120> 检测转基因水稻科丰6号的DNA标准品及其应用
<130> JH-CNP190134
<141> 2019-06-12
<160> 10
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 326
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 1
gcttggatca gattgtcgtt tcccgccttc agtttaaact atcagcgaca aaagatcagg 60
atttgggaag ggcgattgct ggcgaggcac atatagctcc atatagcttg tttgcctcag 120
cttgcttctt gatcagacca atcagtttat ctgactgatt cacactactc cgagtacttg 180
cgcctgaacg gatatctttc agtttgtaac caccggatga cgcacggacg gctcggatca 240
tcccgaaaag atcaaccgtg gtgagcgttt tgcagtctat gttgtgctgc caatgtggcc 300
tgaaggacct cctgctagtg gatcag 326
<210> 2
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 2
gcttggatca gattgtcgtt t 21
<210> 3
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 3
gtcagataaa ctgattggtc tgat 24
<210> 4
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 4
cgacaaaaga tcaggatttg gg 22
<210> 5
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 5
ttgcgcctga acggatat 18
<210> 6
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 6
cggttgatct tttcgggatg 20
<210> 7
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 7
tccgagccgt ccgtgcgtc 19
<210> 8
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 8
tggtgagcgt tttgcagtct 20
<210> 9
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 9
ctgatccact agcaggaggt cc 22
<210> 10
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 10
tgttgtgctg ccaatgtggc ctg 23
Claims (17)
1.一种检测转基因成分的DNA标准品,所述DNA标准品包括科丰6号转化体特异性序列Kefeng6的基因片段、水稻内源基因SPS的基因片段和水稻内源基因PLD的基因片段,其特征在于,
所述DNA标准品包含SEQ ID No.1所示的序列,所述Kefeng6的基因片段的序列如SEQID No.1第1-155位所示,所述SPS的基因片段的序列如SEQ ID No.1第178-258位所示,所述PLD的基因片段的序列如SEQ ID No.1第259-326位所示。
2.包含权利要求1所述DNA标准品的重组载体。
3.根据权利要求2所述的重组载体,其特征在于,所述重组载体的骨架载体选自pUC18、pUC19、pUC57中的一种或多种。
4.根据权利要求2所述的重组载体,其特征在于,所述重组载体的骨架载体是pUC57。
5.根据权利要求4所述的重组载体,其特征在于,将所述DNA标准品连接于pUC57平端酶EcoRV的酶切位点处。
6.权利要求1所述的DNA标准品或权利要求2-5任一所述的重组载体在检测转基因成分中的应用。
7.根据权利要求6所述的应用,其特征在于,所述转基因成分来源于转基因植物和/或其加工品。
8.根据权利要求7所述的应用,其特征在于,所述转基因植物为转基因水稻。
9.根据权利要求8所述的应用,其特征在于,所述转基因水稻为转基因水稻科丰6号。
10.一种检测转基因成分的PCR试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括权利要求1所述的DNA标准品或权利要求2-5任一所述的重组载体。
11.根据权利要求10所述的PCR试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括引物对,所述引物对包括SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示的引物对、SEQ ID No.5和SEQ ID No.6所示的引物对、SEQ ID No.8和SEQ ID No.9所示的引物对。
12.根据权利要求10所述的PCR试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括探针,所述探针包含SEQ ID No.4所示的探针、SEQ ID No.7所示的探针和SEQ ID No.10所示的探针。
13.权利要求10-12任一所述的试剂盒在在检测转基因成分中的应用。
14.根据权利要求13所述的应用,其特征在于,所述转基因成分来源于转基因植物和/或其加工品。
15.根据权利要求14所述的应用,其特征在于,所述转基因植物为转基因水稻。
16.根据权利要求15所述的应用,其特征在于,所述转基因水稻为转基因水稻科丰6号。
17.一种检测转基因成分的PCR方法,其特征在于,所述方法包括利用权利要求1所述的DNA标准品或权利要求2-5任一所述的重组载体为阳性对照进行PCR的步骤。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201910506918.6A CN110257542B (zh) | 2019-06-12 | 2019-06-12 | 检测转基因水稻科丰6号的dna标准品及其应用 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201910506918.6A CN110257542B (zh) | 2019-06-12 | 2019-06-12 | 检测转基因水稻科丰6号的dna标准品及其应用 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN110257542A CN110257542A (zh) | 2019-09-20 |
CN110257542B true CN110257542B (zh) | 2021-01-15 |
Family
ID=67917750
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201910506918.6A Active CN110257542B (zh) | 2019-06-12 | 2019-06-12 | 检测转基因水稻科丰6号的dna标准品及其应用 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN110257542B (zh) |
Families Citing this family (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN110724704B (zh) * | 2019-10-16 | 2020-12-22 | 安徽省农业科学院水稻研究所 | 用于转基因水稻转化体鉴定的阳性质粒及其构建方法和应用 |
Family Cites Families (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN102586303B (zh) * | 2012-01-12 | 2013-11-13 | 中国计量学院 | 转Bt基因水稻标准质粒及其应用 |
CN103146824A (zh) * | 2013-03-01 | 2013-06-12 | 浙江省农业科学院 | 一种用于转基因水稻pcr检测的重组标准质粒及试剂盒 |
CN103160533B (zh) * | 2013-03-19 | 2015-01-07 | 中国检验检疫科学研究院 | 特异性检测转基因水稻品系科丰6号的标准分子及其应用 |
CN106868137B (zh) * | 2017-03-01 | 2021-01-26 | 浙江省农业科学院 | 转基因水稻多重数字pcr定量检测方法 |
-
2019
- 2019-06-12 CN CN201910506918.6A patent/CN110257542B/zh active Active
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN110257542A (zh) | 2019-09-20 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN114574557B (zh) | Nk细胞治疗产品通用型临床前生物分布检测试剂盒 | |
KR20140135576A (ko) | 유전자 변형체의 검정을 위한 표준 플라스미드, 이를 이용한 분석 방법 및 검정용 키트 | |
CN114507749B (zh) | 一种准确检测玉米转基因成分的引物组、试剂盒及方法 | |
CN110257542B (zh) | 检测转基因水稻科丰6号的dna标准品及其应用 | |
CN110373488A (zh) | 一种检测转基因成分的dna标准样品及其应用 | |
CN110408612B (zh) | 一种低浓度dna标准物质的保护剂、保存方法及应用 | |
KR100624667B1 (ko) | 유전자 재조합체의 정량법 및 그것에 이용하는 표준 분자 | |
CN107326088B (zh) | 检测抗虫耐除草剂玉米gh5112e-117c的方法 | |
He et al. | An efficient and accurate droplet digital PCR method for rapid transgene copy number detection and homozygous identification in cotton (Gossypium hirsutum) | |
CN111996274A (zh) | 一种高通量测序用于植物病原真菌的大规模定量检测方法 | |
CN109628632A (zh) | 一种用于转基因玉米mon87419品系特异性检测的引物组合、探针、试剂盒及方法 | |
CN114657275B (zh) | 一种检测转基因苜蓿的引物对组合、试剂盒及检测方法 | |
CN116103326B (zh) | 用于转基因大豆品系特异性检测的质粒标准分子及其应用 | |
CN104531904A (zh) | 一种苹果褪绿叶斑病毒实时荧光定量pcr检测方法 | |
CN114369678B (zh) | 一种检测甜菜转基因成分和转基因品系的引物组合、试剂盒、检测方法及应用 | |
CN114657276B (zh) | 检测水稻转基因品系的引物对组合、试剂盒及检测方法 | |
KR101820048B1 (ko) | 유전자 변형체의 검정을 위한 표준 플라스미드, 이를 이용한 분석 방법 및 검정용 키트 | |
CN114369676B (zh) | 一种检测烟草转基因成分的引物组合、试剂盒、检测方法及应用 | |
CN102199599B (zh) | 一种转基因番茄特异性检测靶序列、质粒标准分子及其检测试剂盒 | |
CN114807407B (zh) | 一种检测大豆转基因品系的引物对组合、试剂盒及检测方法 | |
CN114196782B (zh) | 一种检测番茄转基因成分和转基因品系的引物组合、试剂盒、检测方法及应用 | |
CN118147341B (zh) | 一种向日葵黑茎病菌特异性检测靶标及快速检测应用 | |
CN114369611A (zh) | 一种银鲳鱼物种鉴定用标准质粒分子及其应用 | |
CN106916890A (zh) | 一种用于转基因玉米核酸含量分析的质粒参考物及核酸含量分析方法 | |
CN116515970A (zh) | 一种基于Cas14a的DNA条形码方法及其对转基因成分鉴定的应用 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant |