CN110129478B

CN110129478B - 一种快速鉴定或辅助鉴定番茄可溶性固形物的dCAPS分子标记及应用

Info

Publication number: CN110129478B
Application number: CN201910421449.8A
Authority: CN
Inventors: 杨学东; 朱为民; 张雪莲; 苏晓梅; 冯岩; 张辉; 张迎迎; 朱龙英
Original assignee: Shanghai Academy of Agricultural Sciences
Current assignee: Shanghai Academy of Agricultural Sciences
Priority date: 2019-05-21
Filing date: 2019-05-21
Publication date: 2022-06-21
Anticipated expiration: 2039-05-21
Also published as: CN110129478A

Abstract

本发明公开了一种番茄可溶性固形物相关的SNP标记,所述SNP标记位于番茄基因组第6号染色体37559435bp处的碱基C或T。本发明还公开了一种快速鉴定或辅助鉴定番茄可溶性固形物的dCAPS分子标记辅助育种方法，将所述SNP位点作为鉴定番茄可溶性固形物含量的dCAPS标记，将该标记命名为BR1‑dCAPS标记。本发明还提供一种快速鉴定或辅助鉴定番茄可溶性固形物含量的方法，通过对待测番茄进行所述的SNP标记的检测，鉴定或辅助鉴定番茄可溶性固形物含量。本发明应用于番茄可溶性固形物含量有关育种和辅助育种中，可快速筛选得到不同含量的番茄可溶性固形物材料，既避免了环境因子对表型鉴定的影响又大大缩短了育种周期，是一种快捷有效的先进育种手段。

Description

一种快速鉴定或辅助鉴定番茄可溶性固形物的dCAPS分子标记及应用

技术领域

本发明涉及基因工程及分子生物学领域，具体涉及一种快速鉴定或辅助鉴定番茄可溶性固形物的dCAPS标记及应用。

背景技术

番茄可溶性固形物主要由可溶性糖和有机酸等营养物质组成。番茄可溶性固形物是衡量番茄果实品质和产量的重要指标，可溶性固形物的高低直接影响番茄的风味品质，对于加工番茄而言，可溶性固形物每增加1％，就相当于总产量增加25％。同时可溶性固形物对于植物抗逆具有重要作用。番茄是自花授粉作物，经过长期选择驯化，番茄栽培种群的遗传背景变得越来越狭窄，利用现有的遗传育种资源和常规的育种手段很难在可溶性固形物性状研究上取得很大的进展。随着分子生物学和测序技术的飞快发展，对性状的获取已经由表型上升至基因型，利用与目标性状基因紧密连锁的分子标记对个体进行筛选，有助于快速提高对番茄可溶性固形物性状选择的育种效率，节约育种成本，提升番茄产业的经济效益。

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)是指染色体基因组含量上单个核苷酸的变异引起的DNA序列多态性，而其中最少一种等位基因在群体中的频率不小于1％其中包括单碱基的转换(包括C与T转换，在其互补链上则为G与A互换)、颠换(包括C与A、G与T、C与G，A与T 互换)，以及单碱基的插入/缺失等。邓学斌等利用20个表型性状和均匀筱盖 12条染色体的46个SNP标记，采用5种不同方法(Random，Mstrat，REMC， SFS和SBS)对3026份加工番茄不同类型种质资源中，构建了10种初始核心种质。

酶切扩增多态性序列(Cleaved Amplified Polymorphic Sequence，CAPS) 标记是利用特异引物PCR与限制性酶切相结合而产生的一种检测SNP位点的 DNA标记。其原理是SNP突变位点位于某种内切酶的识别序列上，经过特异引物PCR扩增后，用相应内切酶对PCR产物进行酶切，从而产生酶切片段的多态性，这样通过琼脂糖或聚丙烯酰胺凝胶电泳、染色即可显示。但是SNP恰好位于某种限制性酶切位点的这种情况还比较少，于是Michaels和Amasino 及Neff在CAPS标记基础上，开发了人工引入错配碱基的衍生酶切扩增多态性标记(Derived Cleaved Amplified Polymorphic Sequence，dCAPS)，从而几乎能够将所有SNP位点转换成可以电泳检测的标记。无论是CAPS还是 dCAPS，均具有共显性、位点特异性、操作简单、检测快速、成本低廉且不依赖于精密仪器设备等特点，可用于植物基因分型、定位、遗传多样性分析、品种鉴定等方面。

SNP作为新一代分子标记，具有丰度高、检测易实现自动化等特点，利用上述序列的多态性开发用于检测番茄可溶性固形物性状的标记已成为可能。通过上述标记的筛选，可提高可溶性固形物这一重要番茄品质性状选择的育种效率，节约育种成本并提升番茄产业经济效益。

发明内容

发明目的：本发明的目的是提供一种快速鉴定或辅助鉴定番茄可溶性固形物的分子标记及其应用。

技术方案：本发明的目的通过以下技术方案来实现的：

本发明提供了一种番茄可溶性固形物相关的SNP标记,所述SNP标记位于番茄基因组第6号染色体37559435bp处的碱基C或T。

本发明还提供一种用于检测番茄可溶性固形物相关的SNP标记的引物对, 所述引物对包括上游引物序列SNPJCF：5’-CCGACTTGTCATCAATACTGTG-3’(SEQ ID NO：1)和下游引物序列SNPJCR：5’-GTTCTATTTGATGCTGTATGGG-3’(SEQ ID NO：2)。

本发明还提供一种用于检测所述的SNP标记的试剂盒，所述试剂盒包含上述引物对。

本发明所述的SNP标记、检测所述SNP标记的引物对或所述SNP标记的试剂盒可在(1)～(5)任一中应用：

(1)快速鉴定或辅助鉴定番茄可溶性固形物；

(2)番茄育种；

(3)制备鉴定或辅助鉴定番茄可溶性固形物较高的单株；

(4)制备筛选或辅助筛选较高可溶性固形物番茄品种的产品；

(5)制备番茄育种的产品。

本发明还提供一种快速鉴定或辅助鉴定番茄可溶性固形物的dCAPS分子标记辅助育种方法，包括以下步骤：

1)SNP突变位点的获得：设计引物并对已知可溶性固形物含量不同的番茄育种材料进行PCR扩增后测序，比对分析发现SNP突变位点，位于番茄基因组第6号染色体37559435bp处，此处碱基为C或T,呈现C/T多态；

2)SNP突变位点特异性酶切位点分析及dCAPS引物设计：根据获得的SNP 突变位点，提取位点相关序列，通过SNP突变位点特异性酶切位点分析设计 dCAPS标记引物，对SNP位点在群体中进行基因型分析，结合基因型和表型相预测酶切扩增多态性；

3)dCAPS标记在自然群体中的应用：提取多份番茄自然群体材料基因组的DNA，用上述步骤2)中设计的dCAPS引物对多份材料进行扩增，对扩增的目的片段进行测序，对扩增获得的PCR产物进行酶切，并对酶切产物进行电泳检测；对酶切扩增多态性分析，若检测结果与步骤2)中的预期相符，则将该SNP位点作为鉴定番茄可溶性固形物含量的dCAPS标记，将该标记命名为 BR1-dCAPS标记。

上述方法中dCAPS引物对包括上游引物序列为BR1-dCAPSF：5’ -AGAAGGCTGGCCTTTCCGAT-3’(SEQ ID NO：3)和下游引物序列BR1-dCAPSR：5’ -ATGCTGTATGGGTTTCCTTG-3’(SEQ ID NO：4)。

上述方法中对步骤2)中的SNP位点在群体中进行基因型分析，具有CC、 TT和CT三种基因型，其中基因型CC代表材料的SNP位点为C，不能被酶切，条带长度为172bp；而基因型CT代表材料的SNP位点兼并C和T，属于杂合状态，只能部分酶切，具两条条带，一条长度为172bp，另一条为151bp；基因型TT代表材料的SNP位点为T，表示能被完全酶切，条带长度为151bp。

上述方法中，对SNP位点的三种基因型分别计算平均表型值，发现CC基因型的可溶性固形物平均值<CT基因型的可溶性固形物平均值<TT基因型的可溶性固形物平均值，三种基因型之间可溶性固形物含量都具有显著差异性 (P<0.01)。

本发明还提供一种快速鉴定或辅助鉴定番茄可溶性固形物含量的方法，通过对待测番茄所述的SNP标记的检测，鉴定或辅助鉴定所述待测番茄可溶性固形物含量，所述方法，进一步包括：

1)提取待测番茄的基因组DNA；

2)利用dCAPS引物对待测番茄的基因组DNA进行PCR扩增得到扩增产物，将PCR产物用内切酶酶切，酶切产物通过凝胶成像仪呈现结果，若酶切产物只包含172bp的一条主带，则待测番茄可溶性固形物含量最低，若酶切产物包含172bp和151bp两条主带，则待测番茄可溶性固形物含量较高，若酶切产物只包含151bp的一条主带，则待测番茄可溶性固形物含量最高。

有益效果

本发明建立了一种快速鉴定或辅助鉴定番茄可溶性固形物的dCAPS标记技术体系，首先分析与番茄可溶性固形物显著相关的SNP突变位点特异性酶切位点，然后将获得SNP位点的进一步转化成dCAPS标记，并在自然群体中加以验证。与目前技术相比，其优点是：

(1)选择了影响番茄可溶性固形物含量高低的显著相关的一个位点进行标记开发，结合该位点的基因型和表型统计数据首先分析得到预期的酶切情况，再和实际获得的酶切扩增多态性进行比较，提高了标记开发的准确性。

(2)对开发的标记在自然群体中得到验证，增加了标记开发的实行性。本发明开发的是与番茄可溶性固形物含量共分离的功能性标记，初步认为可以应用于与番茄可溶性固形物含量有关的育种和辅助育种中，无需田间统计耗费大量人力即可快速筛选得到不同含量的番茄可溶性固形物材料，既避免了环境因子对表型鉴定的影响又大大缩短了育种周期，是一种快捷有效的先进育种手段。

附图说明

图1为CC、TT、CT三种基因型SNP位点测序峰图。

图2为第6号染色体37559435bp位点的PCR扩增片段，Hinf I内切酶序列的“G”碱基为人工引入的错配碱基，大括号内的碱基【C/T】表示SNP 位点，箭头表示酶切位点。

图3为185个自然群体中番茄材料酶切产物电泳凝胶成像图。

具体实施方式

下面结合实施例对本发明做进一步说明，下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照本领域的公知手段。

(一)SNP突变位点的获得

参考已知文献：Petit,J.(2014).Master thesis:Identification ofintrogression region(s)related to brix content with increased fruit solublesolids.Wageningen university.按标准设计上游引物序列SNPJCF：5’ -CCGACTTGTCATCAATACTGTG-3’(SEQ ID NO：1)和下游引物序列 SNPJCR：5’-GTTCTATTTGATGCTGTATGGG-3’(SEQ ID NO：2)，对204 份已知可溶性固形物含量不同的育种材料(试验材料来自上海市农业科学院，可溶性固形物含量的获得均是取该品种株系整体平均值)进行PCR扩增后 sanger测序，通过BioEdit Sequence Alignment Editor序列比对分析，发现SL3.0 版本的番茄基因组第6号染色体37559435bp处的核苷酸有一个SNP位点，呈现C/T多态并具有显著差异性，说明该位点与番茄可溶性固形物含量紧密相关。

(二)SNP突变位点特异性酶切位点分析及dCAPS引物设计

(1)特异性酶切位点分析：根据(一)中获得的与番茄可溶性固形物含量最为显著关联的第6号染色体37559435bp位点，提取位点相关序列： AGAAGGCTGGCCTTTCCCATT【C/T】GTGGATCGAATACTGTGAGGAAAGAGAGTTGAACCAGAAGTTGGACGAACACCATTACCATTTCTA ATATCCTGCAGCAGAAACAAACCCACTGTTAAGTACATAATAATATTCCGGCACTTTCGCAGTTCA AGGAAACCCATACAGCAT(SEQ ID NO：5)。利用在线酶识别软件dCAPS Finder 2.0(http：//helix.wustl.edu/dcaps/dcaps.html)查找TSC_Br1C/T突变所引起的限制性内切酶信息，选用内切酶HinfI，该酶的酶切识别序列为GANTC，需要在TSC_Br1C/T位置处人工引入错配碱基(C/T)。对SNP位点在群体中进行基因型分析，对选择的SNP位点的基因型分别计算平均表型值，并统计分析可溶性固形物差异性，结合基因型和表型相预测酶切扩增多态性；

(2)基因型和表型分析结果：对上述步骤中的TSC_Br1C/T位点在185 个自然群体中基因型的分布，具有CC、TT和CT三种基因型，其中基因型CC 代表材料的SNP位点为C，不能被酶切，条带长度为172bp；而基因型CT代表材料的SNP位点兼并C和T，属于杂合状态，只能部分酶切，具有两条条带，一条长度为172bp，另一条为151bp；基因型TT代表材料的SNP位点为T，表示能被完全酶切，条带长度为151bp；对第6号染色体37559435bp位点的三种基因型分别计算平均表型值，发现CC基因型的可溶性固形物平均值为6.386，CT基因型的可溶性固形物平均值为7.153，TT基因型的可溶性固形物平均值为7.294，结果发现三种基因型之间可溶性固形物含量都具显著差异性 (P<0.01)，综上所述低可溶性固形物的番茄株系更不容易被酶切。

(3)引物设计：利用Primer 5.0软件设计PCR引物，引物设计标准：片段为15～30bp；GC含量为40％～60％；退火温度为55℃～65℃最佳；上下游引物的GC含量和退火温度尽量保持接近；无引物二聚体及发卡结构；根据标准设计上游引物序列为BR1-dCAPSF：5’-AGAAGGCTGGCCTTTCCGAT-3’ (SEQ ID NO：3)和下游引物序列BR1-dCAPSR:5’ -ATGCTGTATGGGTTTCCTTG-3’(SEQ ID NO：4)。引物设计详情见表1。

表1BR1-dCAPS标记引物信息。

(三)dCAPS标记在自然群体中的应用

(1)采用CTAB提取法提取了185份自然群体材料基因组的DNA，通过核酸测定仪测定其浓度和纯度后，用ddH2O稀释十倍后备用。

(2)用上述步骤(二)中设计的特异引物对185份番茄自然群体材料进行扩增，获得目的片段。扩增体系为20μL，其中包括GoTaq Flexi Buffer： 4μL；MgCl2：1.6μL；dNTPMixture：1.6μL；Primer1：1μL；Primer2： 1μL；GoTaq DNA Polymerase：0.25μL；ddH2O：11.6μL。PCR扩增程序设置：95℃预变性5min；95℃预变性30s；56℃退火30s；72℃延伸 40s，共35个循环；72℃延伸10min；4℃保存。对PCR产物采用4％的琼脂糖凝胶电泳检测，获得的条带明显无弥散，说明引物特异性好。

(3)对上一步骤扩增的目的片段进行测序，测序序列有三种基因型：

CT杂合基因型：

AGAAGGCTGGCCTTTCCGATT(C/T)GTGGATCGAATACTGTGAGGAAAG AGAGTTGAACCAGAAGTTGGACGAACACCATTACCATTTCTAATATCCT GCAGCAGAAACAAACCCACTGTTAAGTACATAATAATATTCCGGCACT TTCGCAGTTCAAGGAAACCCATACAGCAT(SEQ ID NO：6)。

CC纯合基因型：

AGAAGGCTGGCCTTTCCGATTCGTGGATCGAATACTGTGAGGAAA GAGAGTTGAACCAGAAGTTGGACGAACACCATTACCATTTCTAATATC CTGCAGCAGAAACAAACCCACTGTTAAGTACATAATAATATTCCGGCACTTTCGCAGTTCAAGGAAACCCATACAGCAT(SEQ ID NO：7)。

TT纯合基因型：

AGAAGGCTGGCCTTTCCGATTTGTGGATCGAATACTGTGAGGAAA GAGAGTTGAACCAGAAGTTGGACGAACACCATTACCATTTCTAATATC CTGCAGCAGAAACAAACCCACTGTTAAGTACATAATAATATTCCGGCACTTTCGCAGTTCAAGGAAACCCATACAGCAT(SEQ ID NO：8)。

限制性内切酶Hinf I的识别位点为GANTC，根据步骤(二)中基因型和表型分析，我们推断高可溶性固形物的番茄材料可以被酶切，有172bp，低可溶性固形物的番茄材料不能被酶切，有151bp，而较高可溶性固形物的番茄材料可以部分被酶切并且具有两条条带，分别是172bp和151bp，该步骤既能验证酶切位点和引物设计的准确性，也能推断酶切条带的大小。

(4)在对于步骤中的(2)获得的PCR产物进行37℃酶切2h。酶切的反应体系为32μL：PCR产物：10μL(0.1～0.5μg of DNA)；ddHO：18μL； 10*bufferR：2μL；Hinf I：1～2μL。并对酶切产物用4％琼脂糖凝胶进行电泳检测，溴化乙锭染色鉴定；通过BIO-RAD凝胶成像仪检测并分析酶切扩增多态性，若检测结果与(二)中的预期相符，则将该SNP位点将作为鉴定番茄可溶性固形物含量的dCAPS标记。通过对酶切产物进行凝胶成像系统，在对第6号染色体37559435pb位点进行基因型分析，共有CC、TT、CT三种基因型，CC和TT代表具C和T各一碱基，CT代表C和T兼并碱基，根据内切酶Hinf I识别序列后可知，CC此类基因型SNP位点为C不能酶切，TT 此类基因型SNP位点为T可以酶切完全，若为CT则为杂合表示只能部分酶切。该SNP突变特异性位点的三种基因型分别用Excel 2016软件计算平均表型值 (表2)，并分析可溶性固形物含量的差异显著性(表3)，显示TT基因型的番茄材料显著高于CC和CT基因型，结果得出高可溶性固形物的番茄材料的 PCR产物更有可能被酶切。

上述方法中的限制性内切酶Hinf I酶切所扩增目的片段，可溶性固形物平均值为7.29的番茄材料的扩增产物能被完全酶切，酶切产物电泳检测条带长度为151bp；可溶性固形物平均值为6.59的番茄材料的扩增产物不能被酶切，酶切产物电泳检测条带长度为172bp；可溶性固形物平均值为7.15的番茄材料的扩增产物只能部分被酶切开，酶切产物的电泳检测结果结果包含两条主带172bp和151bp。结果统计发现：185份番茄材料中有63份材料是不能被酶切的，所占总体比例是33.9％；185份番茄材料中有98份是可以被酶切的，所占总体比例是52.7％；185份番茄材料中有24份是可以部分被酶切的，所占总体比例是12.9％，符合预期酶切条带估测。

表2 CC、TT、CT三种基因型的可溶性固形物含量分析比对结果

表3 185份材料中不同基因型可溶性固形物检测结果方差分析

尽管已经示出和描述了本发明的实施例，对于本领域的普通技术人员而言，可以理解在不脱离本发明的原理和精神的情况下可以对这些实施例进行多种变化、修改、替换和变型，本发明的范围由所附权利要求及其等同物限定。

序列表

<110> 上海市农业科学院

<120> 一种快速鉴定或辅助鉴定番茄可溶性固形物的dCAPS分子标记及应用

<160> 8

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 1

ccgacttgtc atcaatactg tg 22

<210> 2

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 2

gttctatttg atgctgtatg gg 22

<210> 3

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 3

agaaggctgg cctttccgat 20

<210> 4

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 4

atgctgtatg ggtttccttg 20

<210> 5

<211> 172

<212> DNA

<213> 番茄(Lycopersicon esculentum Mill)

<220>

<221> misc_feature

<222> (22)..(22)

<223> n为c或t

<400> 5

agaaggctgg cctttcccat tngtggatcg aatactgtga ggaaagagag ttgaaccaga 60

agttggacga acaccattac catttctaat atcctgcagc agaaacaaac ccactgttaa 120

gtacataata atattccggc actttcgcag ttcaaggaaa cccatacagc at 172

<210> 6

<211> 172

<212> DNA

<213> 番茄(Lycopersicon esculentum Mill)

<220>

<221> misc_feature

<222> (22)..(22)

<223> n为c或t

<400> 6

agaaggctgg cctttccgat tngtggatcg aatactgtga ggaaagagag ttgaaccaga 60

agttggacga acaccattac catttctaat atcctgcagc agaaacaaac ccactgttaa 120

gtacataata atattccggc actttcgcag ttcaaggaaa cccatacagc at 172

<210> 7

<211> 172

<212> DNA

<213> 番茄(Lycopersicon esculentum Mill)

<400> 7

agaaggctgg cctttccgat tcgtggatcg aatactgtga ggaaagagag ttgaaccaga 60

agttggacga acaccattac catttctaat atcctgcagc agaaacaaac ccactgttaa 120

gtacataata atattccggc actttcgcag ttcaaggaaa cccatacagc at 172

<210> 8

<211> 172

<212> DNA

<213> 番茄(Lycopersicon esculentum Mill)

<400> 8

agaaggctgg cctttccgat ttgtggatcg aatactgtga ggaaagagag ttgaaccaga 60

agttggacga acaccattac catttctaat atcctgcagc agaaacaaac ccactgttaa 120

gtacataata atattccggc actttcgcag ttcaaggaaa cccatacagc at 172

Claims

1.用于检测SNP标记的引物对在(1)～(3)任一中的应用：

(1)快速鉴定或辅助鉴定番茄可溶性固形物含量；

(2)鉴定或辅助鉴定番茄可溶性固形物含量高的单株；

(3)制备筛选或辅助筛选可溶性固形物含量高的番茄品种的产品；

所述的引物对包括上游引物序列SNPJCF：5’-CCGACTTGTCATCAATACTGTG-3’和下游引物序列SNPJCR：5’-GTTCTATTTGATGCTGTATGGG-3’；

所述的引物对用于扩增包含番茄基因组SL3.0版本参考序列第6号染色体37559435bp处的SNP位点的核苷酸序列；所述SNP位点具有C/T多态性；

所述SNP位点的CC基因型的可溶性固形物含量平均值<CT基因型的可溶性固形物含量平均值<TT基因型的可溶性固形物含量平均值。

2.一种快速鉴定或辅助鉴定番茄可溶性固形物的dCAPS分子标记辅助育种方法，其特征在于，包括以下步骤：

1)SNP突变位点的获得：设计引物，并对已知可溶性固形物含量不同的番茄育种材料进行PCR扩增后测序，比对分析发现SNP突变位点位于番茄基因组SL3.0版本参考序列第6号染色体37559435bp处，此处碱基为C或T，呈现C/T多态；所述的引物包括上游引物序列SNPJCF：5’-CCGACTTGTCATCAATACTGTG-3’和下游引物序列SNPJCR：5’-GTTCTATTTGATGCTGTATGGG-3’；

2)SNP突变位点特异性酶切位点分析及dCAPS引物设计：根据获得的SNP突变位点，提取位点相关序列，通过SNP突变位点特异性酶切位点分析设计dCAPS标记引物，对SNP位点在群体中进行基因型分析，结合基因型和表型相预测酶切扩增多态性；所述dCAPS标记引物包括上游引物序列为BR1-dCAPSF：5’-AGAAGGCTGGCCTTTCCGAT-3’和下游引物序列BR1-dCAPSR：5’-ATGCTGTATGGGTTTCCTTG-3’；

3)dCAPS标记在自然群体中的应用：提取多份番茄自然群体材料基因组的DNA，用上述步骤2)中设计的dCAPS引物对多份材料进行扩增，对扩增的目的片段进行测序，对扩增获得的PCR产物进行Hinf I酶切，并对酶切产物进行电泳检测，对酶切扩增多态性分析；若酶切产物只包含172bp的一条主带，则待测番茄基因型为CC，若酶切产物包含172bp和151bp两条主带，则待测番茄基因型为CT，若酶切产物只包含151bp的一条主带，则待测番茄基因型为TT；所述CC基因型的可溶性固形物平均值<CT基因型的可溶性固形物平均值<TT基因型的可溶性固形物平均值。

3.一种快速鉴定或辅助鉴定番茄可溶性固形物含量的方法，其特征在于，通过对待测番茄进行SNP标记的检测，鉴定或辅助鉴定所述待测番茄可溶性固形物含量；所述SNP标记为番茄基因组SL3.0版本参考序列第6号染色体37559435bp处的SNP位点开发的标记，所述SNP位点具有C/T多态性；

所述方法包括以下步骤：

1)提取待测番茄的基因组DNA；

2)利用dCAPS引物对待测番茄的基因组DNA进行PCR扩增得到扩增产物，将PCR产物用内切酶Hinf I酶切，酶切产物通过凝胶成像仪呈现结果，若酶切产物只包含172bp的一条主带，则待测番茄基因型为CC，若酶切产物包含172bp和151bp两条主带，则待测番茄基因型为CT，若酶切产物只包含151bp的一条主带，则待测番茄基因型为TT；

所述dCAPS引物包括上游引物序列为BR1-dCAPSF：5’-AGAAGGCTGGCCTTTCCGAT-3’和下游引物序列BR1-dCAPSR：5’-ATGCTGTATGGGTTTCCTTG-3’；

所述CC基因型的可溶性固形物平均值<CT基因型的可溶性固形物平均值<TT基因型的可溶性固形物平均值。