JP6527746B2 - トマト植物の葉かび病抵抗性マーカー、葉かび病抵抗性トマト植物、葉かび病抵抗性トマト植物の製造方法、および葉かび病抵抗性トマト植物のスクリーニング方法 - Google Patents

トマト植物の葉かび病抵抗性マーカー、葉かび病抵抗性トマト植物、葉かび病抵抗性トマト植物の製造方法、および葉かび病抵抗性トマト植物のスクリーニング方法 Download PDF

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Description

本発明は、トマト植物の葉かび病抵抗性マーカー、葉かび病抵抗性トマト植物、葉かび病抵抗性トマト植物の製造方法、および葉かび病抵抗性トマト植物のスクリーニング方法に関する。
トマト栽培において、葉かび病菌による病害は、世界的に深刻な問題となっている。葉かび病菌に感染した植物体は、ほとんどの成葉が枯れ、その果実を収穫できないことが報告されている（非特許文献１）。このため、農薬による防除が行われるが、多大な労力と費用が必要である。
葉かび病に対する抵抗性遺伝子を利用して、葉かび病菌に抵抗性を示す品種の育成が試みられている。しかしながら、これらの抵抗性遺伝子を含むトマト植物に対して感染可能な葉かび病菌が出現し、問題となっている（非特許文献２および３）。
"LEAF MOLD OF GREENHOUSE TOMATOES", University of Illinois report on PLANT DISEASE, Integrated Pest Management at the University of Illinois, August 1989 Junichiro Enya et.al., "The first occurrence of leaf mold of tomato caused by race 4.9 and 4.9.11 of Passallora fulva (syn. Fulvia fulva) in Japan", J.Gen.Plant.Pathol., Springer, 2009, vol.75, pp.76-79 「トマト葉かび病レース2.9、4.9、2.5.9、4.5.9の発生について」、平成２６年度病害虫発生予察特殊報第１号、栃木県農業環境指導センター、2014.7.24
そこで、本発明は、新たな優性の葉かび病抵抗性を示すトマト植物の葉かび病抵抗性マーカー、優性の葉かび病抵抗性遺伝子座を含む葉かび病抵抗性トマト植物、それを用いた葉かび病抵抗性トマト植物の製造方法、および葉かび病抵抗性トマト植物のスクリーニング方法の提供を目的とする。
前記目的を達成するために、本発明のトマト植物の葉かび病抵抗性マーカーは、第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座および第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座の少なくとも一方の葉かび病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定され、
前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、およびＳＧ＿７０’からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーで特定されることを特徴とする。
本発明の葉かび病抵抗性トマト植物は、第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座および第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座の少なくとも一方の葉かび病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定され、
前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、およびＳＧ＿７０’からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーで特定されることを特徴とする。
本発明の葉かび病抵抗性トマト植物の製造方法は、下記（ａ）および（ｂ）工程を含むことを特徴とする。
（ａ）前記本発明の葉かび病抵抗性トマト植物と、他のトマト植物とを交雑する工程
（ｂ）前記（ａ）工程より得られたトマト植物またはその後代系統から、葉かび病抵抗性トマト植物を選抜する工程
本発明の葉かび病抵抗性トマト植物のスクリーニング方法は、交雑により葉かび病抵抗性トマト植物を生産するための親として、被検トマト植物から、トマト植物の葉かび病抵抗性マーカーとして第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座および第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座の少なくとも一方を含む葉かび病抵抗性トマト植物を選抜する工程を含み、
前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定され、
前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、およびＳＧ＿７０’からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーで特定されることを特徴とする。
本発明者らは、鋭意研究の結果、トマト植物について、優性の葉かび病抵抗性を示す葉かび病抵抗性マーカーとして、２つの葉かび病抵抗性遺伝子座を見出した。そして、第１の新たな葉かび病抵抗性遺伝子座（以下、「第１の抵抗性遺伝子座」ともいう。）は、第１染色体上に座乗し、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定（以下、「規定」ともいう。）されることを見出した。また、第２の新たな葉かび病抵抗性遺伝子座（以下、「第２の抵抗性遺伝子座」ともいう。）は、第６染色体上に座乗し、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、およびＳＧ＿７０’からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーで特定されることを見出した。さらに、前記葉かび病抵抗性マーカーを含むトマト植物は、優性の葉かび病抵抗性を示す。このため、本発明のトマト植物の葉かび病抵抗性マーカーによれば、例えば、葉かび病抵抗性トマト植物を簡便にスクリーニングできる。また、本発明の葉かび病抵抗性トマト植物は、例えば、前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座の少なくとも一方を含むため、例えば、葉かび病抵抗性を示すことが可能である。また、本発明の葉かび病抵抗性トマト植物は、例えば、優性の抵抗性遺伝子座を含むことから、他のトマト植物との交雑によっても、優性の葉かび病抵抗性を示す後代を得ることができる。さらに、前記葉かび病抵抗性マーカーを含むトマト植物は、例えば、前記先行技術文献の葉かび病抵抗性遺伝子を含むトマト植物に対して感染可能な葉かび病菌に対しても抵抗性を示す。このため、本発明の葉かび病抵抗性トマト植物は、従来のような農薬による防除が不要であるため、例えば、前記農薬散布の労力および費用の問題も回避できる。
図１は、第１染色体におけるＳＮＰ（single nucleotide polymorphism）マーカーの相対的な座乗位置を示す模式図である。 図２は、第６染色体におけるＳＮＰマーカーの相対的な座乗位置を示す模式図である。
１．トマト植物の葉かび病抵抗性マーカー
本発明のトマト植物の葉かび病抵抗性マーカー（以下、「抵抗性マーカー」ともいう。）は、前述のように、第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座および第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座の少なくとも一方の葉かび病抵抗性遺伝子座を含み、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定され、前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、およびＳＧ＿７０’からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーで特定されることを特徴とする。本発明の抵抗性マーカーは、第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座および第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座の少なくとも一方の葉かび病抵抗性遺伝子座を含み、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定され、前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、およびＳＧ＿７０’からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーで特定されることが特徴であり、その他の構成および条件は、特に制限されない。
本発明において、「トマト植物」は、ナス属ＳｏｌａｎｕｍのＳｕｂｇｅｎｕｓ Ｓｏｌｍｕｍ ｓｅｎｓｕ ｓｔｒｉｃｏにおけるＳｅｃｔｉｏｎ Ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｏｎに分類される植物であり、具体例として、Ｓ．ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ、Ｓ．ｐｅｒｕｖｉａｎｕｍ、Ｓ．ａｒｃａｎｕｍ Ｐｅｒａｌｔａ、Ｓ．ｃｈｉｌｅｎｓｅ、Ｓ．ｃｏｒｎｅｌｉｏｍｕｌｌｅｒｉ、Ｓ．ｈｕａｙｌａｓｅｎｓｅ Ｐｅｒａｌｔａ、Ｓ．ｃｈｅｅｓｍａｎｉａｅ（Ｌ．Ｒｉｌｅｙ）Ｆｏｓｂｅｒｇ、Ｓ．ｃｈｍｉｅｌｅｗｓｋｉｉ、Ｓ．ｇａｌａｐａｇｅｎｓｅ Ｓ．Ｃ．Ｄａｒｗｉｎ ＆ Ｐｅｒａｌｔａ、Ｓ．ｈａｂｒｏｃｈａｉｔｅｓ、Ｓ．ｎｅｏｒｉｃｋｉｉ、Ｓ．ｐｅｎｎｅｌｌｉ、Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ等があげられ、好ましくは、交雑が容易なＳ．ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍである。
本発明において、前記葉かび病菌は、例えば、糸状菌等があげられる。前記糸状菌は、例えば、フルビア・フルバ（Fulvia fulva）等があげられる。前記フルビア・フルバは、例えば、パサロラ・フルバ（Passalora fulva）、クラドスポリウム・フルバム（Cladosporium fulvum）ともいう。
本発明において、「葉かび病抵抗性」は、例えば、「葉かび病耐性」ともいう。前記抵抗性は、例えば、葉かび病の病原菌の感染による病害の発生および進行に対する阻害能または抑制能を意味し、具体的に、例えば、病害の未発生、発生した病害の進行の停止、および、発生した病害の進行の抑制（「阻害」ともいう。）等のいずれでもよい。
本発明の葉かび病抵抗性マーカーは、前述のように、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座および前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座の少なくとも一方を含む。前記葉かび病抵抗性マーカーを含むトマト植物が第１の抵抗性遺伝子座を含む場合、前記葉かび病抵抗性を有するトマト植物は、例えば、第１染色体に代えて、第１染色体以外のどの染色体上に、前記第１の抵抗性遺伝子座を含んでもよい。つまり、前記第１の抵抗性遺伝子座を含むトマト植物は、第２染色体、第３染色体、第４染色体、第５染色体、第６染色体、第７染色体、第８染色体、第９染色体、第１０染色体、第１１染色体、第１２染色体のいずれかの染色体上に、前記第１の抵抗性遺伝子座を含んでもよい。また、前記葉かび病抵抗性マーカーを含むトマト植物が第２の抵抗性遺伝子座を含む場合、前記葉かび病抵抗性を有するトマト植物は、例えば、第６染色体に代えて、第６染色体以外のどの染色体上に、前記第２の抵抗性遺伝子座を含んでもよい。つまり、前記第２の抵抗性遺伝子座を含むトマト植物は、第１染色体、第２染色体、第３染色体、第４染色体、第５染色体、第７染色体、第８染色体、第９染色体、第１０染色体、第１１染色体、第１２染色体のいずれかの染色体上に、前記第２の抵抗性遺伝子座を含んでもよい。前記葉かび病抵抗性を有するトマト植物が前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座を含む場合、前記葉かび病抵抗性遺伝子座を含むトマト植物は、同じ染色体上に前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座を含んでもよいし、異なる染色体上に前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座を含んでもよい。
葉かび病抵抗性遺伝子座とは、葉かび病抵抗性を供与する量的形質遺伝子座または遺伝子領域を意味する。前記量的形質遺伝子座（Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ Ｔｒａｉｔｓ Ｌｏｃｉ；ＱＴＬ）は、一般に、量的形質の発現に関与する染色体領域を意味する。ＱＴＬは、染色体上の特定の座を示す分子マーカーを使用して規定できる。前記分子マーカーを使用してＱＴＬを規定する技術は、当該技術分野において周知である。
本発明において、前記葉かび病抵抗性遺伝子座の規定に使用する分子マーカーは、特に制限されない。前記分子マーカーは、例えば、ＳＮＰマーカー、ＡＦＬＰ（分子増幅断片長多型、amplified fragment length polymorphism）マーカー、ＲＦＬＰ（restriction fragment length polymorphism）マーカー、マイクロサテライトマーカー、ＳＣＡＲ（sequence−characterized amplified region）マーカーおよびＣＡＰＳ（cleaved amplified plymorphic sequence）マーカー等があげられる。
本発明において、前記ＳＮＰマーカーは、例えば、１個のＳＮＰを前記ＳＮＰマーカーとしてもよいし、２個以上のＳＮＰの組合せを前記ＳＮＰマーカーとしてもよい。
本発明の抵抗性マーカーは、前記第１の抵抗性遺伝子座のみを含んでもよいし、前記第２の抵抗性遺伝子座のみを含んでもよい。前記抵抗性マーカーを含むトマト植物は、例えば、前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座の両者を含むことにより、葉かび病抵抗性がより向上する。具体的には、前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座のそれぞれが抵抗性および罹病性のヘテロ接合型であるトマト植物は、例えば、前記第１の抵抗性遺伝子座が抵抗性のホモ接合型であるトマト植物より高い葉かび病抵抗性を示し、また、前記第２の抵抗性遺伝子座が抵抗性のホモ接合型であるトマト植物と同等の葉かび病抵抗性を示す。また、これにより、例えば、前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座を含むトマト植物を他の抵抗性を有するトマト植物と交雑することにより、高い葉かび病抵抗性と他の抵抗性とを有するトマト植物を容易に製造することができる。したがって、本発明の抵抗性マーカーは、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝座および前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座を含むことが好ましい。以下、それぞれの抵抗性遺伝子座について説明する。
（１）第１の抵抗性遺伝子座
本発明において、前記第１の抵抗性遺伝子座は、前述のように、（１−１）前記ＳＮＰマーカーによって特定される。前記第１の抵抗性遺伝子座は、さらに、（１−２）前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列によって規定されてもよいし、（１−３）２つの前記ＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列によって規定されてもよいし、これらの組合せにより規定されてもよい。前記組合せによって規定する場合、前記組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。また、前記第１の抵抗性遺伝子座は、前記（１−１）により特定されているが、前記第１の抵抗性遺伝子座は、これに限定されず、例えば、前記（１−１）に代えて、前記（１−２）または前記（１−３）で特定されてもよいし、前記（１−２）および前記（１−３）の組合せで特定されてもよい。
前記（１−１）および前記（１−２）の組合せ
前記（１−１）および前記（１−３）の組合せ
前記（１−１）、前記（１−２）および前記（１−３）の組合せ
（１−１）ＳＮＰマーカーによる特定
前記第１の抵抗性遺伝子座は、前記（１−１）に示すように、前記ＳＮＰマーカーによって規定される。前記ＳＮＰマーカーは、特に制限されず、例えば、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’等があげられる。なお、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’を除く、「ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿番号」で表されるＳＮＰマーカーの表記は、当該技術分野における当業者であれば、本願の出願時の技術常識から理解可能であり、ナス科植物ゲノム研究国際コンソーシアムのwebサイト（http://solgenomics.net/）で閲覧できる。なお、これらのＳＮＰ解析は、例えば、下記参考文献１〜３を参照できる（以下、同様）。また、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’は、本発明者らが新たに同定したＳＮＰマーカーであり、当該技術分野における当業者であれば、後述するこれらのＳＮＰマーカーを含む塩基配列に基づき、前記ＳＮＰマーカーの座乗位置を特定できる。
参考文献１：Hamilton JP, Sim SC, Stoffel K, Van Deynze A, Buell CR, et al. （2012） “Single Nucleotide Polymorphism Discovery in Cultivated Tomato via Sequencing by Synthesis.”, The Plant Genome 5.
参考文献２：Sim S-C, Durstewitz G, Plieske J, Wieseke R, Ganal MW, et al., （2012） “Development of a Large SNP Genotyping Array and Generation of High-Density.”, Genetic Maps in Tomato. PLoS ONE 7（7）
参考文献３：Blanca J, Can izares J, Cordero L, Pascual L, Diez MJ, et al., （2012） “Variation Revealed by SNP Genotyping and Morphology Provides Insight into the Origin of the Tomato.”, PLoS ONE 7（10）
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０（以下、「ＳＮＰ（ａ）」ともいう。）は、例えば、配列番号１におけるかっこで囲んだ下線部の塩基が、Ｔである多型を示す。つまり、例えば、前記下線部の塩基がＴの場合、トマト植物は、葉かび病抵抗性であり、Ｔ以外の塩基（例えば、Ｃ）の場合、葉かび病罹病性であることを示す。また、前記配列番号１の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号１
5’-TGATGGAGGAAACATTACATTCTAATATTTTCGCAGCAAACATCTACAC[T]GTTTGATGCTTTTAATGTATCAGCCTGTTATTCAGAA-3’
前記ＳＮＰ（ａ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号６の塩基配列は、例えば、前記ＳＮＰ（ａ）を除き、ハインツ（品種名、Heinz 1706）の塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記ＳＮＰ（ａ）に対応する多型である。つまり、例えば、前記下線部の塩基がＴの場合、葉かび病抵抗性であり、Ｔ以外の塩基（例えば、Ｃ）の場合、葉かび病罹病性であることを示す。このように、前記ＳＮＰ（ａ）は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号６
5’-GTGATGGAGGAAACATTACATTCTAATATTTTCGCAGCAAACATCTACAC[T]GTTTGATGCTTTTAATGTATCAGCCTGTTATTCAGAAGCTGTCTTCGTTT-3’
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８（以下、「ＳＮＰ（ｂ）」ともいう。）は、例えば、配列番号２におけるかっこで囲んだ下線部の塩基が、Ｔである多型を示す。つまり、例えば、前記下線部の塩基がＴの場合、トマト植物は、葉かび病抵抗性であり、Ｔ以外の塩基（例えば、Ｃ）の場合、葉かび病罹病性であることを示す。また、前記配列番号２の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物から得ることができる。
前記ＳＮＰ（ｂ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号７の塩基配列は、例えば、前記ＳＮＰ（ｂ）および後述するｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記ＳＮＰ（ｂ）に対応する多型である。つまり、例えば、前記下線部の塩基がＴの場合、トマト植物は、葉かび病抵抗性であり、Ｔ以外の塩基（例えば、Ｃ）の場合、葉かび病罹病性であることを示す。このように、前記ＳＮＰ（ｂ）は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’（以下、「ＳＮＰ（ｂ’）」ともいう。）は、例えば、前記配列番号２における四角で囲んだ塩基が、Ｃである多型を示す。つまり、例えば、前記四角で囲んだ塩基がＣの場合、トマト植物は、葉かび病抵抗性であり、Ｃ以外の塩基（例えば、Ｔ）の場合、葉かび病罹病性であることを示す。
前記ＳＮＰ（ｂ’）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。前記配列番号７の塩基配列は、例えば、前記ＳＮＰ（ｂ）およびＳＮＰ（ｂ’）を除き、ハインツの塩基配列であり、四角で囲んだ塩基が、前記ＳＮＰ（ｂ’）に対応する多型である。つまり、例えば、前記四角で囲んだ塩基がＣの場合、トマト植物は、葉かび病抵抗性であり、Ｃ以外の塩基（例えば、Ｔ）の場合、葉かび病罹病性であることを示す。このように、前記ＳＮＰ（ｂ’）は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
前記染色体における前記ＳＮＰマーカーの座乗位置は、特に制限されない。前記ＳＮＰマーカーは、図１に示すように、例えば、トマト植物の第１染色体上において、上流側（ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０側）から下流側（ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９側）にかけて、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９が、この順序で座乗している。なお、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９は、トマト植物の第１染色体における前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８の座乗位置を示すのに使用している。ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９については、後述する。
前記第１の抵抗性遺伝子座が含む前記ＳＮＰマーカーの個数は、特に制限されず、例えば、前記ＳＮＰマーカーのうち、いずれか１個、２個、または３個であってもよい。なお、これら３種類の多型（ＳＮＰマーカー）と葉かび病抵抗性との関連性は、これまでに報告されておらず、本発明者らにより初めて見出された、葉かび病抵抗性に関与する新規の多型である。
前記ＳＮＰマーカーの組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
２個の組合せ
ＳＮＰ（ａ）およびＳＮＰ（ｂ）の組合せ
ＳＮＰ（ａ）およびＳＮＰ（ｂ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｂ）およびＳＮＰ（ｂ’）の組合せ
３個の組合せ
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、およびＳＮＰ（ｂ’）の組合せ
前記組合せのうち、葉かび病抵抗性との相関性がより高いことから、好ましくは、例えば、以下の組合せである。
ＳＮＰ（ａ）およびＳＮＰ（ｂ）の組合せ
ＳＮＰ（ｂ）およびＳＮＰ（ｂ’）の組合せ
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、およびＳＮＰ（ｂ’）の組合せ
（１−２）ＳＮＰマーカーを含む塩基配列による特定
前記第１の抵抗性遺伝子座は、前記（１−２）に示すように、例えば、前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列によって規定されてもよい。前記第１の抵抗性遺伝子座は、例えば、前記塩基配列からなるものでもよいし、前記塩基配列を含むものでもよい。
前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列は、特に制限されず、例えば、下記（ａ）および（ｂ）のポリヌクレオチド等があげられる。前記（ａ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ａ）のＳＮＰマーカーを含む塩基配列、前記（ｂ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｂ）および前記ＳＮＰ（ｂ’）のＳＮＰマーカーの少なくとも一方を含む塩基配列に相当する。
前記（ａ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ａ）、すなわち、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０を含む塩基配列であり、例えば、下記（ａ１）、（ａ２）、または（ａ３）のポリヌクレオチドである。前記（ａ２）および前記（ａ３）は、それぞれ、前記第１の抵抗性遺伝子座において、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ａ１）と同等の機能を有するポリヌクレオチドである。
（ａ１）配列番号１の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ａ２）前記（ａ１）の５０番目の塩基（Ｔ）以外の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ａ３）前記（ａ１）の５０番目の塩基（Ｔ）以外の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
前記（ａ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号１におけるかっこで囲んだ下線部の５０番目の塩基（Ｔ）が、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０の多型に対応する塩基である。また、前記（ａ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物から得ることができる。
前記（ａ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記「１もしくは数個」は、例えば、１〜１８個、１〜１３個、１〜１０個、１〜９個、１個、２個、３個、または４個である。本発明において、塩基数等の個数の数値範囲は、例えば、その範囲に属する正の整数を全て開示するものである。つまり、例えば、「１〜５個」との記載は、「１、２、３、４、５個」の全ての開示を意味する（以下、同様）。
前記（ａ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記「同一性」は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。前記「同一性」は、２つの塩基配列をアライメントすることによって求めることができる（以下、同様）。
前記（ｂ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｂ）および前記ＳＮＰ（ｂ’）の少なくとも一方、すなわち、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’の少なくとも一方を含む塩基配列である。前記（ｂ）のポリヌクレオチドが、前記ＳＮＰマーカーとして前記ＳＮＰ（ｂ）を含む塩基配列である場合、前記（ｂ）のポリヌクレオチドは、例えば、下記（ｂ１）、（ｂ２）、または（ｂ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｂ２）および前記（ｂ３）は、それぞれ、前記第１の抵抗性遺伝子座において、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｂ１）と同等の機能を有するポリヌクレオチドである。
（ｂ１）配列番号２の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｂ２）前記（ｂ１）の４０番目の塩基（Ｔ）以外の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｂ３）前記（ｂ１）の４０番目の塩基（Ｔ）以外の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
前記（ｂ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号２におけるかっこで囲んだ下線部の４０番目の塩基（Ｔ）が、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８の多型に対応する塩基である。また、前記（ｂ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物から得ることができる。
前記（ｂ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記「１もしくは数個」は、例えば、１〜１５個、１〜１２個、１〜９個、１〜８個、１個、２個、３個または４個である。
前記（ｂ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記「同一性」は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。
前記（ｂ）のポリヌクレオチドが、前記ＳＮＰマーカーとして前記ＳＮＰ（ｂ’）を含む塩基配列である場合、前記（ｂ）のポリヌクレオチドは、例えば、下記（ｂ１’）、（ｂ２’）、または（ｂ３’）のポリヌクレオチドである。前記（ｂ２’）および前記（ｂ３’）は、それぞれ、前記第１の抵抗性遺伝子座において、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｂ１’）と同等の機能を有するポリヌクレオチドである。
（ｂ１’）配列番号２の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｂ２’）前記（ｂ１’）の２２番目の塩基（Ｃ）以外の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｂ３’）前記（ｂ１’）の２２番目の塩基（Ｃ）以外の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
前記（ｂ１’）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号２における四角で囲んだ２２番目の塩基（Ｃ）が、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’の多型に対応する塩基である。また、前記（ｂ１’）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物から得ることができる。
前記（ｂ２’）のポリヌクレオチドにおいて、前記「１もしくは数個」は、例えば、（ｂ２）のポリヌクレオチドの「１もしくは数個」の説明を援用できる。
前記（ｂ３’）のポリヌクレオチドにおいて、前記「同一性」は、例えば、（ｂ３）のポリヌクレオチドの「同一性」の説明を援用できる。
前記（ｂ）のポリヌクレオチドが、前記ＳＮＰマーカーとして前記ＳＮＰ（ｂ）およびＳＮＰ（ｂ’）を含む塩基配列である場合、前記（ｂ）のポリヌクレオチドは、例えば、下記（ｂ１’’）、（ｂ２’’）、または（ｂ３’’）のポリヌクレオチドである。前記（ｂ２’’）および前記（ｂ３’’）は、それぞれ、前記第１の抵抗性遺伝子座において、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｂ１’’）と同等の機能を有するポリヌクレオチドである。
（ｂ１’’）配列番号２の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｂ２’’）前記（ｂ１’’）の２２番目の塩基（Ｃ）および４０番目の塩基（Ｔ）以外の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｂ３’’）前記（ｂ１’’）の２２番目の塩基（Ｃ）および４０番目の塩基（Ｔ）以外の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
前記（ｂ１’’）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号２におけるかっこで囲んだ下線部の４０番目の塩基（Ｔ）および四角で囲んだ２２番目の塩基（Ｃ）が、それぞれ、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８および前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’の多型に対応する塩基である。また、前記（ｂ１’’）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物から得ることができる。
前記（ｂ２’’）のポリヌクレオチドにおいて、前記「１もしくは数個」は、例えば、（ｂ２）のポリヌクレオチドの「１もしくは数個」の説明を援用できる。
前記（ｂ３’’）のポリヌクレオチドにおいて、前記「同一性」は、例えば、（ｂ３）のポリヌクレオチドの「同一性」の説明を援用できる。
前記第１の抵抗性遺伝子座が含む前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列の個数は、特に制限されず、例えば、前記（ａ）および（ｂ）のポリヌクレオチドのうち、いずれか１個、または２個であってもよい。
前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列の組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
前記（ａ）のポリヌクレオチドおよび前記（ｂ）のポリヌクレオチドの組合せ
（１−３）２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列による特定
前記第１の抵抗性遺伝子座は、前記（１−３）に示すように、例えば、前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列によって規定されてもよい。前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列は、特に制限されず、例えば、前記染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列等があげられる。
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０は、例えば、配列番号１１におけるかっこで囲んだ下線部の塩基の多型を示す。後述する受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物において、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０は、Ｇである多型を示すが、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０は、例えば、Ｇ以外の塩基、すなわち、Ａ、Ｔ、またはＣでもよい。また、前記配列番号１１の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号１１
5’-GATGAACTATGGAGAAATACTGTAGTGAGTAAATATTTGAGAATAAGCA[G]ATAGATGTAAGATAAAATGAATACATGACAAGA-3’
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号１２の塩基配列は、例えば、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０に対応する多型である。このように、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号１２
5’-GATGAACTATGGAGAAATACTGTAGTGAGTAAATATTTGAGAATAAGCA[G]ATAGATGTAAGATAAAATGAATACATGACAAGA-3’
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９は、例えば、配列番号１３におけるかっこで囲んだ下線部の塩基の多型を示す。後述する受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物において、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９は、Ｃである多型を示すが、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９は、例えば、Ｃ以外の塩基、すなわち、Ａ、Ｔ、またはＧでもよい。また、前記配列番号１３の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号１３
5’-TTTCGTGTTTCGTATTTAGAACTTCTTAATGAAAAT[C]CTGGCTCAGCAGCTGGTAGTTAGTAGAGTGATTTGTGGGTGTATAT-3’
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号１４の塩基配列は、例えば、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９に対応する多型である。このように、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号１４
5’-TTTCGTGTTTCGTATTTAGAACTTCTTAATGAAAAT[C]CTGGCTCCGCCGCTGGTAGTTAGTAGAGTGATTTGTGGGTGTATAT-3’
前記領域は、前述のように、例えば、前記２つのＳＮＰマーカーの部位によって、上流側端部と下流側端部とを特定できる。前記領域は、例えば、前記２つのＳＮＰマーカーの部位間であればよく、例えば、前記２つのＳＮＰマーカーの部位の両方または一方を含んでもよいし、含まなくてもよい。また、前記領域が、前記ＳＮＰマーカーの部位を含む場合、前記領域の前記上流側端部と前記下流側端部とは、前記ＳＮＰマーカーの部位となるが、前記上流側端部と前記下流側端部との塩基は、例えば、前述した塩基配列における下線部の塩基でもよいし、それ以外の塩基でもよい。
前記領域を規定する前記２つのＳＮＰマーカーは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９の組合せ
前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列によって、前記第１の抵抗性遺伝子座を規定する場合、前記第１の抵抗性遺伝子座は、さらに、前記領域の塩基配列において、前記領域に座乗する前記ＳＮＰマーカーを含むことが好ましい。具体的には、前記第１の抵抗性遺伝子座は、前記領域の塩基配列において、例えば、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを含むことが好ましい。
前記領域に座乗する前記ＳＮＰマーカーは、例えば、前記染色体上において、前記領域を規定する前記２つのＳＮＰマーカーの部位のうち一方または両方の部位でもよいし、前記領域を規定する２つのＳＮＰマーカーの部位間に座乗するＳＮＰマーカーでもよい。前者を、前記領域の末端のＳＮＰマーカーともいい、後者を、前記領域の内部のＳＮＰマーカーともいう。前記領域に座乗するＳＮＰマーカーは、例えば、前記領域の末端のＳＮＰマーカーおよび前記領域の内部のＳＮＰマーカーの両方であってもよい。
前記領域の内部のＳＮＰマーカーは、例えば、前記領域を規定する上流側の前記ＳＮＰマーカーの部位と下流側の前記ＳＮＰマーカーの部位との間に座乗しているＳＮＰマーカーがあげられ、例えば、図１に示す前記ＳＮＰマーカーの座乗位置に基づき、適宜決定できる。前記２つのＳＮＰマーカーの部位間における前記ＳＮＰマーカーの個数は、例えば、１個以上であればよく、具体例としては、前記領域を規定するＳＮＰマーカーの部位間に座乗する全てのＳＮＰマーカーである。
前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列と前記領域の塩基配列における前記ＳＮＰマーカーとの組合せは、特に制限されず、例えば、下記条件（ｉ）があげられる。
条件（ｉ）
前記染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを含む
前記条件（ｉ）において、前記領域の内部におけるＳＮＰマーカーの数は、特に制限されず、例えば、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’のうち、いずれか１個、または２個以上、すなわち、２個、３個でもよい。前記ＳＮＰマーカーが２個以上の場合、その組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せがあげられる。
２個の組合せ
ＳＮＰ（ａ）およびＳＮＰ（ｂ）の組合せ
ＳＮＰ（ａ）およびＳＮＰ（ｂ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｂ）およびＳＮＰ（ｂ’）の組合せ
３個の組合せ
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、およびＳＮＰ（ｂ’）の組合せ
（２）第２の抵抗性遺伝子座
本発明において、前記第２の抵抗性遺伝子座は、前述のように、（２−１）前記ＳＮＰマーカーによって規定される。前記第２の抵抗性遺伝子座は、さらに、（２−２）前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列によって規定されてもよいし、（２−３）２つの前記ＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列によって規定されてもよいし、これらの組合せにより規定されてもよい。前記組合せによって規定する場合、前記組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。また、前記第２の抵抗性遺伝子座は、前記（２−１）により特定されているが、前記第２の抵抗性遺伝子座は、これに限定されず、例えば、前記（２−１）に代えて、前記（２−２）または（２−３）で特定されてもよいし、これらの組合せで特定されてもよい。
前記（２−１）および前記（２−２）の組合せ
前記（２−１）および前記（２−３）の組合せ
前記（２−１）、前記（２−２）および前記（２−３）の組合せ
（２−１）ＳＮＰマーカーによる特定
前記第２の抵抗性遺伝子座は、前記（２−１）に示すように、例えば、前記ＳＮＰマーカーによって規定されてもよい。前記ＳＮＰマーカーは、特に制限されず、例えば、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、ＳＧ＿７０’等があげられる。なお、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’を除く、「ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿番号」で表されるＳＮＰマーカーは、前述のwebサイトで閲覧できる。また、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ＳＧ＿７０、およびＳＧ＿７０’は、本発明者らが新たに同定したＳＮＰマーカーであり、当該技術分野における当業者であれば、後述するこれらのＳＮＰマーカーを含む塩基配列に基づき、前記ＳＮＰマーカーの座乗位置を特定できる。
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２（以下、「ＳＮＰ（ｃ）」ともいう。）は、例えば、配列番号３におけるかっこで囲んだ下線部の塩基が、Ｇである多型を示す。つまり、例えば、前記下線部の塩基がＧの場合、トマト植物は、葉かび病抵抗性であり、Ｇ以外の塩基（例えば、Ａ）の場合、葉かび病罹病性であることを示す。また、前記配列番号３の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物から得ることができる。
前記ＳＮＰ（ｃ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号８の塩基配列は、例えば、前記ＳＮＰ（ｃ）および後述するｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記ＳＮＰ（ｃ）に対応する多型である。つまり、例えば、前記下線部の塩基がＧの場合、トマト植物は、葉かび病抵抗性であり、Ｇ以外の塩基（例えば、Ａ）の場合、葉かび病罹病性であることを示す。このように、前記ＳＮＰ（ｃ）は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’（以下、「ＳＮＰ（ｃ’）」ともいう。）は、例えば、前記配列番号３における四角で囲んだ塩基が、Ｔである多型を示す。つまり、例えば、前記四角で囲んだ塩基がＴの場合、トマト植物は、葉かび病抵抗性であり、Ｔ以外の塩基（例えば、Ｃ）の場合、葉かび病罹病性であることを示す。
前記ＳＮＰ（ｃ’）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。前記配列番号８の塩基配列は、例えば、前記ＳＮＰ（ｃ）および前記ＳＮＰ（ｃ’）を除き、ハインツの塩基配列であり、四角で囲んだ塩基が、前記ＳＮＰ（ｃ’）に対応する多型である。つまり、例えば、前記四角で囲んだ塩基がＴの場合、トマト植物は、葉かび病抵抗性であり、Ｔ以外の塩基（例えば、Ｃ）の場合、葉かび病罹病性であることを示す。このように、前記ＳＮＰ（ｃ’）は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１（以下、「ＳＮＰ（ｄ）」ともいう。）は、例えば、配列番号４におけるかっこで囲んだ下線部の塩基が、Ａである多型を示す。つまり、例えば、前記下線部の塩基がＡの場合、トマト植物は、葉かび病抵抗性であり、Ａ以外の塩基（例えば、Ｇ）の場合、葉かび病罹病性であることを示す。また、前記配列番号４の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号４
5’-TCTAATACCATCTGCAAGTTTCTGAGCCTC[A]TCTGACTTCAGCGGACATCTACTTAAG-3’
前記ＳＮＰ（ｄ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号９の塩基配列は、例えば、前記ＳＮＰ（ｄ）を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記ＳＮＰ（ｄ）に対応する多型である。つまり、例えば、前記下線部の塩基がＡの場合、トマト植物は、葉かび病抵抗性であり、Ａ以外の塩基（例えば、Ｇ）の場合、葉かび病罹病性であることを示す。このように、前記ＳＮＰ（ｄ）は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号９
5’-CTCGAAATTGATAAGTTTTCTCTAATACCATCTGCAAGTTTCTGAGCCTC[A]TCTGACTTCAGCGGACATCTACTTAAGGTCTGTAAAACAATCAACTTTAT-3’
前記ＳＧ＿７０（以下、「ＳＮＰ（ｅ）」ともいう。）は、例えば、配列番号５におけるかっこで囲んだ下線部の塩基が、Ａである多型を示す。つまり、例えば、前記下線部の塩基がＡの場合、トマト植物は、葉かび病抵抗性であり、Ａ以外の塩基（例えば、Ｇ）の場合、葉かび病罹病性であることを示す。また、前記配列番号５の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物から得ることができる。
前記ＳＮＰ（ｅ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号１０の塩基配列は、例えば、前記ＳＮＰ（ｅ）および後述するＳＧ＿７０’を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記ＳＮＰ（ｅ）に対応する多型である。つまり、例えば、前記下線部の塩基がＡの場合、トマト植物は、葉かび病抵抗性であり、Ａ以外の塩基（例えば、Ｇ）の場合、葉かび病罹病性であることを示す。このように、前記ＳＮＰ（ｅ）は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
前記ＳＧ＿７０’（以下、「ＳＮＰ（ｅ’）」ともいう。）は、例えば、配列番号５における四角で囲んだ塩基が、Ｇである多型を示す。つまり、例えば、前記四角で囲んだ塩基がＧの場合、トマト植物は、葉かび病抵抗性であり、Ｇ以外の塩基（例えば、Ａ）の場合、葉かび病罹病性であることを示す
前記ＳＮＰ（ｅ’）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。前記配列番号１０の塩基配列は、例えば、前記ＳＮＰ（ｅ）および前記ＳＮＰ（ｅ’）を除き、ハインツの塩基配列であり、四角で囲んだ塩基が、前記ＳＮＰ（ｅ’）に対応する多型である。つまり、例えば、前記四角で囲んだ塩基がＧの場合、トマト植物は、葉かび病抵抗性であり、Ｇ以外の塩基（例えば、Ａ）の場合、葉かび病罹病性であることを示す。このように、前記ＳＮＰ（ｅ’）は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
前記染色体における前記ＳＮＰマーカーの座乗位置は、特に制限されない。前記ＳＮＰマーカーは、図２に示すように、例えば、トマト植物の第６染色体上において、上流側（ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５側）から下流側（ＳＬ１０４０１＿８２３側）にかけて、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、ＳＧ＿７０’、およびＳＬ１０４０１＿８２３が、この順序で座乗している。なお、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５およびＳＬ１０４０１＿８２３は、トマト植物の第６染色体におけるｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、およびＳＧ＿７０’の座乗位置を示すのに使用している。ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５およびＳＬ１０４０１＿８２３については、後述する。
前記第２の抵抗性遺伝子座が含む前記ＳＮＰマーカーの個数は、特に制限されず、例えば、前記ＳＮＰマーカーのうち、いずれか１個、または２個以上、すなわち、２個、３個、４個、または５個全てであってもよい。なお、これら５種類の多型（ＳＮＰマーカー）と葉かび病抵抗性との関連性は、これまでに報告されておらず、本発明者らにより初めて見出された、葉かび病抵抗性に関与する新規の多型である。
前記ＳＮＰマーカーの組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
２個の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）およびＳＮＰ（ｃ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）およびＳＮＰ（ｄ）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ’）およびＳＮＰ（ｄ）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ’）およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ’）およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｄ）およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ
ＳＮＰ（ｄ）およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｅ）およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
３個の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｃ’）、およびＳＮＰ（ｄ）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｃ’）、およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｃ’）、およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ’）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ’）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ’）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
４個の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｃ’）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｃ’）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｃ’）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ’）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
５個の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｃ’）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
前記組合せのうち、葉かび病抵抗性との相関性がより高いことから、好ましくは、例えば、以下の組合せである。
ＳＮＰ（ｃ）およびＳＮＰ（ｃ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｅ）およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｃ’）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
（２−２）ＳＮＰマーカーを含む塩基配列による特定
前記第２の抵抗性遺伝子座は、前記（２−２）に示すように、例えば、前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列によって規定されてもよい。前記第２の抵抗性遺伝子座は、例えば、前記塩基配列からなるものでもよいし、前記塩基配列を含むものでもよい。
前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列は、特に制限されず、例えば、下記（ｃ）、（ｄ）および（ｅ）のポリヌクレオチド等があげられる。前記（ｃ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｃ）および前記ＳＮＰ（ｃ’）のＳＮＰマーカーの少なくとも一方を含む塩基配列、前記（ｄ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｄ）のＳＮＰマーカーを含む塩基配列、前記（ｅ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｅ）および前記ＳＮＰ（ｅ’）のＳＮＰマーカーの少なくとも一方を含む塩基配列に相当する。
前記（ｃ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｃ）および前記ＳＮＰ（ｃ’）の少なくとも一方、すなわち、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’の少なくとも一方を含む塩基配列である。前記（ｃ）のポリヌクレオチドが、前記ＳＮＰマーカーとして前記ＳＮＰ（ｃ）を含む塩基配列である場合、前記（ｃ）のポリヌクレオチドは、例えば、下記（ｃ１）、（ｃ２）、または（ｃ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｃ２）および前記（ｃ３）は、それぞれ、前記第２の抵抗性遺伝子座において、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｃ１）と同等の機能を有するポリヌクレオチドである。
（ｃ１）配列番号３の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｃ２）前記（ｃ１）の３４番目の塩基（Ｇ）以外の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｃ３）前記（ｃ１）の３４番目の塩基（Ｇ）以外の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
前記（ｃ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号３におけるかっこで囲んだ下線部の３４番目の塩基（Ｇ）が、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２の多型に対応する塩基である。また、前記（ｃ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物から得ることができる。
前記（ｃ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記「１もしくは数個」は、例えば、１〜１４個、１〜１１個、１〜８個、１〜４個、１個、２個、または３個である。
前記（ｃ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記「同一性」は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。
前記（ｃ）のポリヌクレオチドが、前記ＳＮＰマーカーとして前記ＳＮＰ（ｃ’）を含む塩基配列である場合、前記（ｃ）のポリヌクレオチドは、例えば、下記（ｃ１’）、（ｃ２’）、または（ｃ３’）のポリヌクレオチドである。前記（ｃ２’）および前記（ｃ３’）は、それぞれ、前記第２の抵抗性遺伝子座において、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｃ１’）と同等の機能を有するポリヌクレオチドである。
（ｃ１’）配列番号３の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｃ２’）前記（ｃ１’）の４６番目の塩基（Ｔ）以外の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｃ３’）前記（ｃ１’）の４６番目の塩基（Ｔ）以外の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
前記（ｃ１’）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号３における四角で囲んだ４６番目の塩基（Ｔ）が、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’の多型に対応する塩基である。また、前記（ｃ１’）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物から得ることができる。
前記（ｃ２’）のポリヌクレオチドにおいて、前記「１もしくは数個」は、例えば、（ｃ２）のポリヌクレオチドの「１もしくは数個」の説明を援用できる。
前記（ｃ３’）のポリヌクレオチドにおいて、前記「同一性」は、例えば、（ｃ３）のポリヌクレオチドの「同一性」の説明を援用できる。
前記（ｃ）のポリヌクレオチドが、前記ＳＮＰマーカーとして前記ＳＮＰ（ｃ）およびＳＮＰ（ｃ’）を含む塩基配列である場合、前記（ｃ）のポリヌクレオチドは、例えば、下記（ｃ１’’）、（ｃ２’’）、または（ｃ３’’）のポリヌクレオチドである。
（ｃ１’’）配列番号３の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｃ２’’）前記（ｃ１’’）の３４番目の塩基（Ｇ）および４６番目の塩基（Ｔ）以外の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｃ３’’）前記（ｃ１’’）の３４番目の塩基（Ｇ）および４６番目の塩基（Ｔ）以外の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
前記（ｃ１’’）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号３におけるかっこで囲んだ下線部の３４番目の塩基（Ｇ）および四角で囲んだ４６番目の塩基（Ｔ）が、それぞれ、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２および前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’の多型に対応する塩基である。また、前記（ｃ１’’）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物から得ることができる。
前記（ｃ２’’）のポリヌクレオチドにおいて、前記「１もしくは数個」は、例えば、（ｃ２）のポリヌクレオチドの「１もしくは数個」の説明を援用できる。
前記（ｃ３’’）のポリヌクレオチドにおいて、前記「同一性」は、例えば、（ｃ３）のポリヌクレオチドの「同一性」の説明を援用できる。
前記（ｄ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｄ）、すなわち、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１を含む塩基配列であり、例えば、下記（ｄ１）、（ｄ２）、または（ｄ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｄ２）および前記（ｄ３）は、それぞれ、前記第２の抵抗性遺伝子座において、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｄ１）と同等の機能を有するポリヌクレオチドである。
（ｄ１）配列番号４の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｄ２）前記（ｄ１）の３１番目の塩基（Ａ）以外の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｄ３）前記（ｄ１）の３１番目の塩基（Ａ）以外の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
前記（ｄ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号４におけるかっこで囲んだ下線部の３１番目の塩基（Ａ）が、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１の多型に対応する塩基である。また、前記（ｄ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物から得ることができる。
前記（ｄ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記「１もしくは数個」は、例えば、１〜１２個、１〜９個、１〜８個、１〜４個、１個、２個、または３個である。
前記（ｄ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記「同一性」は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。
前記（ｅ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｅ）および前記ＳＮＰ（ｅ’）の少なくとも一方、すなわち、ＳＧ＿７０およびＳＧ＿７０’の少なくとも一方を含む塩基配列である。前記（ｅ）のポリヌクレオチドが、前記ＳＮＰマーカーとして前記ＳＮＰ（ｅ）を含む塩基配列である場合、前記（ｅ）のポリヌクレオチドは、例えば、下記（ｅ１）、（ｅ２）、または（ｅ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｅ２）および前記（ｅ３）は、それぞれ、前記第２の抵抗性遺伝子座において、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｅ１）と同等の機能を有するポリヌクレオチドである。
（ｅ１）配列番号５の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｅ２）前記（ｅ１）の４０番目の塩基（Ａ）以外の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｅ３）前記（ｅ１）の４０番目の塩基（Ａ）以外の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
前記（ｅ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号５におけるかっこで囲んだ下線部の４０番目の塩基（Ａ）が、前記ＳＧ＿７０の多型に対応する塩基である。また、前記（ｅ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物から得ることができる。
前記（ｅ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記「１もしくは数個」は、例えば、１〜１６個、１〜１２個、１〜９個、１〜８個、１個、２個、３個、または４個である。
前記（ｅ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記「同一性」は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。
前記（ｅ）のポリヌクレオチドが、前記ＳＮＰマーカーとして前記ＳＮＰ（ｅ’）を含む塩基配列である場合、前記（ｅ）のポリヌクレオチドは、例えば、下記（ｅ１’）、（ｅ２’）、または（ｅ３’）のポリヌクレオチドである。前記（ｅ２’）および前記（ｅ３’）は、それぞれ、前記第２の抵抗性遺伝子座において、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｅ１’）と同等の機能を有するポリヌクレオチドである。
（ｅ１’）配列番号５の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｅ２’）前記（ｅ１’）の７５番目の塩基（Ｇ）以外の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｅ３’）前記（ｅ１’）の７５番目の塩基（Ｇ）以外の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
前記（ｅ１’）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号５における四角で囲んだ７５番目の塩基（Ｇ）が、前記ＳＧ＿７０’の多型に対応する塩基である。また、前記（ｅ１’）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物から得ることができる。
前記（ｅ２’）のポリヌクレオチドにおいて、前記「１もしくは数個」は、例えば、（ｅ２）のポリヌクレオチドの「１もしくは数個」の説明を援用できる。
前記（ｅ３’）のポリヌクレオチドにおいて、前記「同一性」は、例えば、（ｅ３）のポリヌクレオチドの「同一性」の説明を援用できる。
前記（ｅ）のポリヌクレオチドが、前記ＳＮＰマーカーとして前記ＳＮＰ（ｅ）およびＳＮＰ（ｅ’）を含む塩基配列である場合、前記（ｅ）のポリヌクレオチドは、例えば、下記（ｅ１’’）、（ｅ２’’）、または（ｅ３’’）のポリヌクレオチドである。前記（ｅ２’’）および前記（ｅ３’’）は、それぞれ、前記第２の抵抗性遺伝子座において、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｅ１’’）と同等の機能を有するポリヌクレオチドである。
（ｅ１’’）配列番号５の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｅ２’’）前記（ｅ１’’）の４０番目の塩基（Ａ）および７５番目の塩基（Ｇ）以外の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｅ３’’）前記（ｅ１’’）の４０番目の塩基（Ａ）および７５番目の塩基（Ｇ）以外の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
前記（ｅ１’’）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号５におけるかっこで囲んだ下線部の４０番目の塩基（Ａ）および四角で囲んだ７５番目の塩基（Ｇ）が、それぞれ、前記ＳＧ＿７０および前記ＳＧ＿７０’の多型に対応する塩基である。また、前記（ｅ１’’）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物から得ることができる。
前記（ｅ２’’）のポリヌクレオチドにおいて、前記「１もしくは数個」は、例えば、（ｅ２）のポリヌクレオチドの「１もしくは数個」の説明を援用できる。
前記（ｅ３’’）のポリヌクレオチドにおいて、前記「同一性」は、例えば、（ｅ３）のポリヌクレオチドの「同一性」の説明を援用できる。
前記第２の抵抗性遺伝子座が含む前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列の個数は、特に制限されず、例えば、前記（ｃ）、（ｄ）および（ｅ）のポリヌクレオチドのうち、いずれか１個、または２個以上、すなわち、２個、または３個全てであってもよい。
前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列の組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
２個の組合せ
（ｃ）のポリヌクレオチドおよび（ｄ）のポリヌクレオチドの組合せ
（ｃ）のポリヌクレオチドおよび（ｅ）のポリヌクレオチドの組合せ
（ｄ）のポリヌクレオチドおよび（ｅ）のポリヌクレオチドの組合せ
３個の組合せ
（ｃ）のポリヌクレオチド、（ｄ）のポリヌクレオチド、および（ｅ）のポリヌクレオチドの組合せ
（２−３）２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列による特定
前記第２の抵抗性遺伝子座は、前記（２−３）に示すように、例えば、前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列によって規定されてもよい。前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列は、特に制限されず、例えば、前記染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、ＳＧ＿７０’、およびＳＬ１０４０１＿８２３からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、およびＳＬ１０４０１＿８２３からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列等があげられる。
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５は、例えば、配列番号１５におけるかっこで囲んだ下線部の塩基の多型を示す。後述する受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物において、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５は、Ｇである多型を示すが、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５は、例えば、Ｇ以外の塩基、すなわち、Ａ、Ｔ、またはＣでもよい。また、前記配列番号１５の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号１５
5’-TCACGAGCAGCAAGAAAGCTATTATCGCTAGTATCCAATA[G]TACGAAAGAGAACACTCCATCCAACATGT-3’
前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号１６の塩基配列は、例えば、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５に対応する多型である。このように、前記ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号１６
5’-TCCAATGGCATCACGAGCAGCAAGAAAGCTATTATCGCGAGTATCCAATA[G]TACGAAAGAGAACACTCCATCCAACATGTCAACAAAATTTTCTCCATACT-3’
前記ＳＬ１０４０１＿８２３は、例えば、配列番号１７におけるかっこで囲んだ下線部の塩基の多型を示す。後述する受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物において、前記ＳＬ１０４０１＿８２３は、Ｔである多型を示すが、前記ＳＬ１０４０１＿８２３は、例えば、Ｔ以外の塩基、すなわち、Ａ、Ｇ、またはＣでもよい。また、前記配列番号１７の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物から得ることができる。
配列番号１７
5’-TACATTCTGTTTTATTTGTTCCTTACTTGTCT[T]AGTTGGGCTCATATCTCATTTTGAATGTAAATTACAGGTGCAAGACAA-3’
前記ＳＬ１０４０１＿８２３は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。配列番号１８の塩基配列は、例えば、前記ＳＬ１０４０１＿８２３を除き、ハインツの塩基配列であり、かっこで囲んだ下線部の塩基が、前記ＳＬ１０４０１＿８２３に対応する多型である。このように、前記ＳＬ１０４０１＿８２３は、例えば、公知のハインツの塩基配列の情報から、その位置を特定できる。
配列番号１８
5’-TACATTCTGTTTTATTTGTTCCTTACTTGTCT[T]AGTTGGGCTCATATCTCATTTTGAATGTAAATTACAGGTGCAAGACAA-3’
前記領域は、前述のように、例えば、前記２つのＳＮＰマーカーの部位によって、上流側端部と下流側端部とを特定できる。前記領域は、例えば、前記２つのＳＮＰマーカーの部位間であればよく、例えば、前記２つのＳＮＰマーカーの部位の両方または一方を含んでもよいし、含まなくてもよい。また、前記領域が、前記ＳＮＰマーカーの部位を含む場合、前記領域の前記上流側端部と前記下流側端部とは、前記ＳＮＰマーカーの部位となるが、前記上流側端部と前記下流側端部との塩基は、例えば、前述した塩基配列における下線部の塩基でもよいし、それ以外の塩基でもよい。
前記領域を規定する前記２つのＳＮＰマーカーは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５およびＳＧ＿７０の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５およびＳＧ＿７０’の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５およびＳＬ１０４０１＿８２３の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２およびＳＧ＿７０の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２およびＳＧ＿７０’の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２およびＳＬ１０４０１＿８２３の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’およびＳＧ＿７０の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’およびＳＧ＿７０’の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’およびＳＬ１０４０１＿８２３の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１およびＳＧ＿７０の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１およびＳＧ＿７０’の組合せ
ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１およびＳＬ１０４０１＿８２３の組合せ
ＳＧ＿７０およびＳＧ＿７０’の組合せ
ＳＧ＿７０およびＳＬ１０４０１＿８２３の組合せ
ＳＧ＿７０’およびＳＬ１０４０１＿８２３の組合せ
前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列によって、前記第２の抵抗性遺伝子座を規定する場合、前記第２の抵抗性遺伝子座は、さらに、前記領域の塩基配列において、前記領域に座乗する前記ＳＮＰマーカーを含むことが好ましい。具体的には、前記第２の抵抗性遺伝子座は、前記領域の塩基配列において、例えば、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、およびＳＧ＿７０’からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーを含むことが好ましい。
前記領域に座乗する前記ＳＮＰマーカーは、例えば、前記染色体上において、前記領域を規定する前記２つのＳＮＰマーカーの部位のうち一方または両方の部位でもよいし、前記領域を規定する２つのＳＮＰマーカーの部位間に座乗するＳＮＰマーカーでもよい。前者を、前記領域の末端のＳＮＰマーカーともいい、後者を、前記領域の内部のＳＮＰマーカーともいう。前記領域に座乗するＳＮＰマーカーは、例えば、前記領域の末端のＳＮＰマーカーおよび前記領域の内部のＳＮＰマーカーの両方であってもよい。
前記領域の内部のＳＮＰマーカーは、例えば、前記領域を規定する上流側の前記ＳＮＰマーカーの部位と下流側の前記ＳＮＰマーカーの部位との間に座乗しているＳＮＰマーカーがあげられ、例えば、図２に示す前記ＳＮＰマーカーの座乗位置に基づき、適宜決定できる。前記２つのＳＮＰマーカーの部位間における前記ＳＮＰマーカーの個数は、例えば、１個以上であればよく、具体例としては、前記領域を規定するＳＮＰマーカーの部位間に座乗する全てのＳＮＰマーカーである。
前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列と前記領域の塩基配列における前記ＳＮＰマーカーとの組合せは、特に制限されず、例えば、下記条件（ii）があげられる。
条件（ii）
前記染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５およびＳＬ１０４０１＿８２３の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、およびＳＧ＿７０’からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーを含む
前記条件（ii）において、前記領域の内部におけるＳＮＰマーカーの数は、特に制限されず、例えば、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、およびＳＧ＿７０’のうち、いずれか１個、または２個以上、すなわち、２個、３個、４個、５個でもよい。前記ＳＮＰマーカーが２個以上の場合、その組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せがあげられる。
２個の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）およびＳＮＰ（ｃ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）およびＳＮＰ（ｄ）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ’）およびＳＮＰ（ｄ）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ’）およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ’）およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｄ）およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ
ＳＮＰ（ｄ）およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｅ）およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
３個の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｃ’）、およびＳＮＰ（ｄ）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｃ’）、およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｃ’）、およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ’）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ’）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ’）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
４個の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｃ’）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｃ’）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｃ’）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
ＳＮＰ（ｃ’）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
５個の組合せ
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｃ’）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｅ’）の組合せ
本発明の抵抗性マーカーによれば、例えば、トマト植物に対して、葉かび病抵抗性を付与することができる。本発明において、トマト植物の前記葉かび病抵抗性の程度は、例えば、下記参考情報４に記載の方法を参照し、発病指数により表わすことができる。この方法による前記発病指数の算出は、後述する実施例１の説明を援用でき、例えば、発病指数１以下を耐病性、発病指数２以上を罹病性と設定できる。
参考情報４：南信試病害虫土壌肥料部、 “トマトのトマト葉かび病防除にエコショットが有効である” 、 [online]、長野県、［平成２７年３月３日検索］、インターネット〈URL: http://www.pref.nagano.lg.jp/nogi/sangyo/nogyo/gijutsu/fukyugijutsu/200802/200802fukyu.html〉
本発明の抵抗性マーカーは、例えば、さらに、他の抵抗性マーカーを含んでもよい。前記他の抵抗性は、例えば、ネコブセンチュウ抵抗性、うどんこ病抵抗性等があげられる。
２．葉かび病抵抗性トマト植物
本発明の葉かび病抵抗性トマト植物は、前述のように、第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座および第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座の少なくとも一方の葉かび病抵抗性遺伝子座を含み、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定され、前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、およびＳＧ＿７０’からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーで特定されることを特徴とする。本発明の葉かび病抵抗性トマト植物は、第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座および第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座の少なくとも一方の葉かび病抵抗性遺伝子座を含み、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定され、前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、およびＳＧ＿７０’からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーで特定されることを特徴とし、その他の構成および条件は、特に制限されない。本発明の葉かび病抵抗性トマト植物は、前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座の少なくとも一方を含む前記本発明の抵抗性マーカーを含むことから、例えば、前記本発明の抵抗性マーカーの説明を援用できる。本発明において、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座および前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座は、例えば、それぞれ、本発明の抵抗性マーカーにおける第１の抵抗性遺伝子座および第２の抵抗性遺伝子座と読み替え可能である。本発明の葉かび病抵抗性トマト植物は、例えば、前記本発明の抵抗性マーカー等の説明を援用できる。
本発明の葉かび病抵抗性トマト植物は、葉かび病に抵抗性を示す。
本発明の葉かび病抵抗性トマト植物において、前記葉かび病抵抗性は、前記第１染色体上の第１の抵抗性遺伝子座および前記第６染色体上の第２の抵抗性遺伝子座の少なくとも一方によってもたらされる。本発明の葉かび病抵抗性トマト植物は、前記第１の抵抗性遺伝子座および第２の抵抗性遺伝子座の少なくとも一方を含み、前記第１の抵抗性遺伝子座を第１染色体上に、前記第２の抵抗性遺伝子座を第６染色体上に含む。しかしながら、本発明の葉かび病抵抗性トマト植物が第１の抵抗性遺伝子座を含む場合、本発明の葉かび病抵抗性トマト植物は、例えば、第１染色体に代えて、第１染色体以外のどの染色体上に、前記第１の抵抗性遺伝子座を含んでもよい。つまり、本発明の葉かび病抵抗性トマト植物は、例えば、第２染色体、第３染色体、第４染色体、第５染色体、第６染色体、第７染色体、第８染色体、第９染色体、第１０染色体、第１１染色体、第１２染色体のいずれかの染色体上に前記第１の抵抗性遺伝子座を含んでもよい。また、本発明の葉かび病抵抗性トマト植物が第２の抵抗性遺伝子座を含む場合、本発明の葉かび病抵抗性トマト植物は、例えば、第６染色体に代えて、第６染色体以外のどの染色体上に、前記第２の葉かび病抵抗性遺伝子座を含んでもよい。つまり、本発明の葉かび病抵抗性トマト植物は、例えば、第１染色体、第２染色体、第３染色体、第４染色体、第５染色体、第７染色体、第８染色体、第９染色体、第１０染色体、第１１染色体、第１２染色体のいずれかの染色体上に前記第２の抵抗性遺伝子座を含んでもよい。また、本発明の葉かび病抵抗性トマト植物が前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座を含む場合、本発明のトマト植物は、同じ染色体上に前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座を含んでもよいし、異なる染色体上に前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座を含んでもよい。
本発明の葉かび病抵抗性トマト植物において、前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座は、それぞれ、例えば、前記本発明の抵抗性マーカーにおける前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座の説明を援用できる。
本発明の葉かび病抵抗性トマト植物は、前記第１の抵抗性遺伝子座のみを含んでもよいし、前記第２の抵抗性遺伝子座のみを含んでもよい。前述のように、前記抵抗性マーカーを含むトマト植物は、例えば、前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座の両者を含むことにより、葉かび病抵抗性がより向上する。具体的には、前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座のそれぞれが抵抗性および罹病性のヘテロ接合型であるトマト植物は、例えば、前記第１の抵抗性遺伝子座が抵抗性のホモ接合型であるトマト植物より高い葉かび病抵抗性を示し、また、前記第２の抵抗性遺伝子座が抵抗性のホモ接合型であるトマト植物と同等の葉かび病抵抗性を示す。また、これにより、例えば、前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座を含むトマト植物を他の抵抗性を有するトマト植物と交雑することにより、高い葉かび病抵抗性と他の抵抗性とを有するトマト植物を容易に取得することができる。したがって、本発明の葉かび病抵抗性トマト植物は、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝座および前記第６の葉かび病抵抗性遺伝子座を含むことが好ましい。以下、それぞれの抵抗性遺伝子座について説明する。
本発明の葉かび病抵抗性トマト植物は、一例として、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物（Ｓ．ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ）またはその後代系統があげられる。前記寄託トマト植物は、例えば、前記第１染色体上に前記第１の抵抗性遺伝子座を、前記第６染色体上に、前記第２の抵抗性遺伝子座を含む。寄託の情報を以下に示す。
寄託の種類：国際寄託
寄託機関名：独立行政法人製品評価技術基盤機構 特許生物寄託センター
あて名：日本国 〒２９２−０８１８ 千葉県木更津市かずさ鎌足２−５−８ １２０号室
受託番号：ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２
識別のための表示：Ｔａｋｉｉ７
受領日：２０１５年１月２８日
本発明の葉かび病抵抗性トマト植物は、例えば、トマト植物に、前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座の少なくとも一方を導入することによっても製造できる。前記トマト植物への前記葉かび病抵抗性遺伝子座の導入方法は、特に制限されず、例えば、従来公知の遺伝子工学的手法があげられる。導入する前記葉かび病抵抗性遺伝子座は、前述の葉かび病抵抗性遺伝子座が例示できる。
本発明の葉かび病抵抗性トマト植物について、葉かび病抵抗性以外の特徴、例えば、形質的、生態的特徴等は、特に限定されない。
本発明の葉かび病抵抗性トマト植物は、さらに、他の抵抗性を有してもよい。前記他の抵抗性は、例えば、ネコブセンチュウ抵抗性、うどんこ病抵抗性等があげられる。
本発明において、「植物体」は、植物全体を示す植物個体および前記植物個体の部分のいずれの意味であってもよい。前記植物個体の部分は、例えば、器官、組織、細胞または栄養繁殖体等があげられ、いずれでもよい。前記器官は、例えば、花弁、花冠、花、葉、種子、果実、茎、根等があげられる。前記組織は、例えば、前記器官の部分である。前記植物体の部分は、例えば、一種類の器官、組織および／または細胞でもよいし、二種類以上の器官、組織および／または細胞でもよい。
３．葉かび病抵抗性トマト植物の製造方法
つぎに、本発明の葉かび病抵抗性トマト植物の製造方法（以下、「製造方法」ともいう。）について説明する。なお、以下の方法は、例示であって、本発明は、これらの方法に制限されない。本発明において、製造方法は、例えば、育成方法ということもできる。また、本発明において、前記葉かび病抵抗性遺伝子座は、前記本発明の抵抗性マーカーと言い換えることができる。
本発明の葉かび病抵抗性トマト植物の製造方法は、前述のように、下記（ａ）および（ｂ）工程を含むことを特徴とする。
（ａ）本発明の葉かび病抵抗性トマト植物と、他のトマト植物とを交雑する工程
（ｂ）前記（ａ）工程より得られたトマト植物またはその後代系統から、葉かび病抵抗性を備えるトマト植物を選抜する工程
本発明の製造方法は、前記本発明の葉かび病トマト植物を親として使用することが特徴であって、その他の工程および条件は、何ら制限されない。本発明の製造方法は、例えば、前記本発明の抵抗性マーカー等の説明を援用できる。
前記（ａ）工程において、第一の親として使用する葉かび病抵抗性トマト植物は、前記本発明の葉かび病抵抗性トマト植物であればよい。前記葉かび病抵抗性トマト植物は、例えば、前述のような受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託されたトマト植物またはその後代系統が好ましい。前記（ａ）工程において、第一の親として使用する葉かび病抵抗性トマト植物は、例えば、後述する本発明のスクリーニング方法により得ることもできる。このため、前記葉かび病抵抗性トマト植物は、例えば、前記（ａ）工程に先立って、例えば、被検トマト植物（「候補トマト植物」ともいう。）から、下記（ｘ）工程により選抜して準備してもよい。
（ｘ）被検トマト植物から、前記本発明の葉かび病抵抗性トマト植物を選抜する工程
前記（ｘ）工程において、前記葉かび病抵抗性トマト植物の選抜は、前記葉かび病抵抗性遺伝子座を含むトマト植物の選抜ということができる。このため、前記（ｘ）工程は、例えば、下記（ｘ１）工程および（ｘ２）工程により行うことができる。
（ｘ１）前記被検トマト植物の染色体上における、前記葉かび病抵抗性遺伝子座の有無を検出する検出工程
（ｘ２）前記葉かび病抵抗性遺伝子座の存在により、前記被検トマト植物を、葉かび病抵抗性トマト植物として選抜する選抜工程
前記（ｘ）工程における前記選抜は、前述のように、例えば、前記葉かび病抵抗性遺伝子座を含むトマト植物の選抜であり、具体的には、前記被検トマト植物について、前記葉かび病抵抗性遺伝子座を検出することによって、前記葉かび病抵抗性トマト植物を選抜できる。前記葉かび病抵抗性遺伝子座の検出は、例えば、前記本発明の抵抗性マーカーにおいて説明したように、前記第１の抵抗性遺伝子座を規定する、（１−１）前記ＳＮＰマーカー、（１−２）前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列、（１−３）前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列、およびこれらの組合せ、ならびに前記第２の抵抗性遺伝子座を規定する、（２−１）前記ＳＮＰマーカー、（２−２）前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列、（２−３）前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列、およびこれらの組合せを用いて検出できる。
前記（ｘ）工程における前記選抜について、以下の具体例をあげるが、本発明は、これらには限定されない。また、前記葉かび病抵抗性遺伝子座に関しては、前記本発明の抵抗性マーカーにおける説明を援用できる。
前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座および前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座の少なくとも一方を含む葉かび病抵抗性トマト植物の選抜であり、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定され、前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、およびＳＧ＿７０’からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーで特定される。
前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座のみを含む葉かび病抵抗性トマト植物選抜でもよいし、前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座のみを含む葉かび病抵抗性トマト植物の選抜であってもよい。前述のように、前記抵抗性マーカーを含むトマト植物は、例えば、前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座の両者を含むことにより、葉かび病抵抗性がより向上する。具体的には、前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座のそれぞれが抵抗性および罹病性のヘテロ接合型であるトマト植物は、例えば、前記第１の抵抗性遺伝子座が抵抗性のホモ接合型であるトマト植物より高い葉かび病抵抗性を示し、また、前記第２の抵抗性遺伝子座が抵抗性のホモ接合型であるトマト植物と同等の葉かび病抵抗性を示す。また、これにより、例えば、前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座を含むトマト植物を他の抵抗性を有するトマト植物と交雑することにより、高い葉かび病抵抗性と他の抵抗性とを有するトマト植物を容易に取得することができる。したがって、前記（ｘ）工程における前記選抜は、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子および前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子を含む葉かび病抵抗性トマト植物の選抜であることが好ましい。
（１）第１の抵抗性遺伝子座
前記（ｘ）工程における選抜が、前記第１の抵抗性遺伝子座の選抜である場合、前記第１の抵抗性遺伝子座は、前述のように、（１−１）前記ＳＮＰマーカーによって選抜される。前記第１の抵抗性遺伝子座は、さらに、（１−２）前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列によって選抜されてもよいし、（１−３）２つの前記ＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列によって選抜されてもよいし、これらの組合せにより選抜されてもよい。前記組合せによって選抜する場合、前記組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。また、前記第１の抵抗性遺伝子座は、前記（１−１）により選抜されているが、前記第１の抵抗性遺伝子座は、これに限定されず、例えば、前記（１−１）に代えて、前記（１−２）または（１−３）で選抜されてもよいし、前記（１−２）および前記（１−３）の組合せで選抜されてもよい。
前記（１−１）および前記（１−２）の組合せ
前記（１−１）および前記（１−３）の組合せ
前記（１−１）、前記（１−２）および前記（１−３）の組合せ
（１−１）ＳＮＰマーカーによる選抜
前記第１の抵抗性遺伝子座において、前記選択されるＳＮＰマーカーは、特に制限されず、例えば、前記本発明の抵抗性マーカーにおける「（１−１）ＳＮＰマーカーによる特定」の説明を援用できる。
具体例として、前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８で特定される第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座を含むトマト植物、好ましくは、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’で特定される第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座を含むトマト植物の選抜があげられる。
（１−２）ＳＮＰマーカーを含む塩基配列による選抜
前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座を含む葉かび病抵抗性トマト植物の選抜であり、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子が、前記（ａ）および（ｂ）の少なくとも一方のポリヌクレオチドで特定される。前記（ａ）および（ｂ）のポリヌクレオチドは、例えば、前記本発明の抵抗性マーカーにおける「（１−２）ＳＮＰマーカーを含む塩基配列による特定」の説明を援用でききる。
具体例として、前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記（ａ）および（ｂ）のポリヌクレオチドで特定される第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座を含むトマト植物の選抜があげられる。
（１−３）２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列による選抜
前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座を含む葉かび病抵抗性トマト植物の選抜であり、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、前記染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列を含む。前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、前記本発明の抵抗性マーカーにおける「（１−３）２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列による特定」の説明を援用できる。
具体例として、前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、さらに、前記領域の塩基配列において、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーを含む第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座を有するトマト植物の選抜があげられる。
また、前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記条件（ｉ）を満たす第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座を含むトマト植物の選抜でもよい。
前記第１の抵抗性遺伝子座の有無を検出する染色体は、好ましくは、第１染色体である。
（２）第２の抵抗性遺伝子座
前記選抜が、前記第２の抵抗性遺伝子座の選抜である場合、前記第２の抵抗性遺伝子座は、前述のように、（２−１）前記ＳＮＰマーカーによって選抜される。前記第２の抵抗性遺伝子座は、さらに、（２−２）前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列によって選抜されてもよいし、（２−３）２つの前記ＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列によって選抜されてもよいし、これらの組合せにより選抜されてもよい。前記組合せによって選抜する場合、前記組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。また、前記第２の抵抗性遺伝子座は、前記（２−１）により選抜されているが、前記第２の抵抗性遺伝子座は、これに限定されず、例えば、前記（２−１）に代えて、前記（２−２）または（２−３）で選抜されてもよいし、これらの組合せで選抜されてもよい。
前記（２−１）および前記（２−２）の組合せ
前記（２−１）および前記（２−３）の組合せ
前記（２−１）、前記（２−２）および前記（２−３）の組合せ
（２−１）ＳＮＰマーカーによる選抜
前記第２の抵抗性遺伝子座において、前記選択されるＳＮＰマーカーは、特に制限されず、例えば、前記本発明の抵抗性マーカーにおける「（２−１）ＳＮＰマーカーによる特定」の説明を援用できる。
具体例として、前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、およびＳＧ＿７０で特定される第２の抵抗性遺伝子座を含むトマト植物、好ましくは、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、およびＳＧ＿７０’で特定される第２の抵抗性遺伝子座を含むトマト植物の選抜があげられる。
（２−２）ＳＮＰマーカーを含む塩基配列による選抜
前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座を含む葉かび病抵抗性トマト植物の選抜であり、前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、前記（ｃ）、（ｄ）および（ｅ）からなる群から選択された少なくとも１つで特定される。前記（ｃ）、（ｄ）および（ｅ）のポリヌクレオチドは、例えば、前記本発明の抵抗性マーカーにおける「（２−２）ＳＮＰマーカーを含む塩基配列による特定」の説明を援用でききる。
具体例として、前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記（ｃ）、（ｄ）および（ｅ）のポリヌクレオチドで特定される前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座を含むトマト植物の選抜があげられる。
（２−３）２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列による選抜
前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座を含む葉かび病抵抗性トマト植物の選抜であり、前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子が、前記染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、ＳＧ＿７０’、およびＳＬ１０４０１＿８２３からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列を含む。前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、前記本発明の抵抗性マーカーにおける「（２−３）２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列による特定」の説明を援用できる。
具体例として、前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、さらに、前記領域の塩基配列において、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、およびＳＧ＿７０’からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーを含む前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座を含むトマト植物の選抜があげられる。
また、前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記条件（ii）を満たす前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座を含むトマト植物の選抜でもよい。
前記第２の抵抗性遺伝子座の有無を検出する染色体は、好ましくは、第６染色体である。
また、前記（ａ）工程において、他方の親として使用するトマト植物は、特に制限されず、例えば、既知の葉かび病抵抗性遺伝子を含むトマト植物でもよいし、他の抵抗性を有するトマト植物でもよいし、前記本発明の葉かび病抵抗性トマト植物でもよい。前記他の抵抗性を有するトマト植物は、例えば、ネコブセンチュウ抵抗性トマト植物、うどんこ病抵抗性トマト植物等があげられる。
前記（ａ）工程において、前記葉かび病抵抗性トマト植物と前記他のトマト植物との交雑方法は、特に制限されず、公知の方法が採用できる。
前記（ｂ）工程において、葉かび病抵抗性トマト植物を選抜する対象は、例えば、前記（ａ）工程より得られたトマト植物でもよいし、さらに、そのトマト植物から得られた後代系統でもよい。具体的に、前記対象は、例えば、前記（ａ）工程の交雑によって得られたＦ１のトマト植物でもよいし、その後代系統でもよい。前記後代系統は、例えば、前記（ａ）工程の交雑によって得られたＦ１のトマト植物の自殖交雑後代または戻し交雑後代でもよいし、前記Ｆ１のトマト植物と他のトマト植物とを交雑することによって得られたトマト植物であってもよい。
前記（ｂ）工程において、葉かび病抵抗性トマト植物の選抜は、例えば、葉かび病抵抗性を、直接的または間接的に確認することにより行うことができる。
前記（ｂ）工程において、前記直接的な確認は、得られた前記Ｆ１のトマト植物またはその後代系統について、例えば、葉かび病抵抗性を、前述のような発病指数によって評価することで行える。具体的には、例えば、前記Ｆ１のトマト植物またはその後代系統に対して、例えば、葉かび病菌を接種して、葉かび病抵抗性を、前記発病指数によって評価することで確認できる。この場合、例えば、１以下の発病度を示す前記Ｆ１のトマト植物またはその後代系統を、葉かび病抵抗性トマト植物として選抜できる。
また、前記（ｂ）工程において、前記間接的な確認による選抜は、例えば、下記（ｂ１）および（ｂ２）工程によって行うことができる。
（ｂ１）前記（ａ）工程より得られたトマト植物またはその後代系統について、染色体上における、葉かび病抵抗性遺伝子座の有無を検出する検出工程
（ｂ２）前記葉かび病抵抗性遺伝子座の存在により、前記（ａ）工程により得られたトマト植物またはその後代系統を、葉かび病抵抗性トマト植物として選抜する選抜工程
前記（ｂ）工程における葉かび病抵抗性トマト植物の選抜は、例えば、前記（ｘ）工程において説明した方法と同様であり、前記葉かび病抵抗性遺伝子座の有無の検出によって、より具体的には、前記分子マーカーを使用した前記葉かび病抵抗性遺伝子座の有無の検出によって、行うことができる。
本発明の製造方法は、前記（ｂ）工程において選抜された葉かび病抵抗性トマト植物を、さらに育成することが好ましい。
このように、前記葉かび病抵抗性が確認された前記トマト植物またはその後代系統を、葉かび病抵抗性トマト植物として選抜できる。
本発明の製造方法は、さらに、交雑により得られた前記後代系統から、種子を採取する採種工程を含んでもよい。
４．葉かび病抵抗性トマト植物のスクリーニング方法
本発明の葉かび病抵抗性トマト植物のスクリーニング方法（以下、「スクリーニング方法」ともいう。）は、交雑により葉かび病抵抗性トマト植物を生産するための親として、被検トマト植物から、トマト植物の葉かび病抵抗性マーカーとして第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座および第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座の少なくとも一方を含む葉かび病抵抗性トマト植物を選抜する工程を含み、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定され、前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、およびＳＧ＿７０’からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーで特定されることを特徴とする。
本発明のスクリーニング方法は、被検トマト植物から、葉かび病抵抗性マーカーとして第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座および第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座の少なくとも一方を含む葉かび病抵抗性トマト植物を選抜する工程を含み、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定され、前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、およびＳＧ＿７０’からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーで特定されることを特徴とし、その他の工程および条件は、特に制限されない。本発明のスクリーニング方法によれば、前記本発明の抵抗性マーカーによって、葉かび病抵抗性の親を得ることができる。本発明のスクリーニング方法は、例えば、前記本発明の抵抗性マーカー等の説明を援用できる。
前記親の選抜は、例えば、前記本発明の葉かび病抵抗性トマト植物の製造方法における前記（ｘ）工程の説明を援用できる。
以下、実施例を用いて本発明を詳細に説明するが、本発明は実施例に記載された態様に限定されるものではない。
［実施例１］
新規な葉かび病抵抗性トマト植物について、葉かび病抵抗性遺伝子座の遺伝様式の解析、前記葉かび病抵抗性遺伝子座の特定、および前記葉かび病抵抗性遺伝子座と葉かび病抵抗性との相関を確認することで、前記葉かび病抵抗性遺伝子座が、トマト植物の葉かび病抵抗性マーカーとなること、前記抵抗性遺伝子座を含むトマト植物が、葉かび病抵抗性トマト植物であること、ならびに前記トマト植物の葉かび病抵抗性マーカーを使用し、葉かび病抵抗性トマト植物をスクリーニングできることを確認した。
（１）寄託系統
葉かび病抵抗性を示す新規トマト植物を開発するために、タキイ種苗株式会社農場で継代育種により採取された大量のトマト系統の種子について、育種を行い、葉かび病抵抗性の試験を行った。その結果、葉かび病抵抗性を示す、新規の葉かび病抵抗性トマト系統（Ｓ．ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ）を製造（以下、「生産」ともいう。）した。この新規葉かび病抵抗性トマト植物は、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で寄託した。以下、この葉かび病抵抗性トマト植物を寄託系統という。
（２）葉かび病抵抗性
前記寄託系統のトマト植物（受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２）と、葉かび病罹病性トマト植物「桃太郎（タキイ種苗株式会社、Ｓ．ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ）」（以下、「罹病性トマト植物」ともいう。）とを交雑することによって、１１４個体のＦ２分離集団（以下、「１１４系統」ともいう。）を生産した。さらに、前記１１４系統をそれぞれ自殖させることによって、自殖後代Ｆ３を生産した。各系統のＦ３をそれぞれ９〜１５個体使用し、以下に示すように、葉かび病菌の接種試験を行った。なお、前記寄託系統は、後述するように、第１染色体上のｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’を抵抗性のホモ接合型で含み、且つ第６染色体上のｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、およびＳＧ＿７０’を抵抗性のホモ接合型で含む。また、前記罹病性トマト植物は、後述するように、第１染色体上のｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’を罹病性のホモ接合型で含み、且つ第６染色体上のｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、およびＳＧ＿７０’を罹病性のホモ接合型で含む。
葉かび病菌の接種試験は、下記参考文献５に記載の方法を参照し、以下のように行った。
参考文献５：黒柳悟ら、「トマト葉かび病抵抗性遺伝子（Ｃｆ−９）に連鎖したＤＮＡマーカーの開発」、愛知農総試研報、２０１０年、４２巻、１５−２２頁
前記葉かび病菌は、Wageningen大学から分与された系統（葉かび病菌系統１）を使用した。まず、Ｖ８（登録商標）野菜ジュース（キャンベルスープカンパニー社製）を含むＶ８寒天培地に、前記葉かび病菌系統１を植菌した。前記植菌後、２０℃で、２週間培養した。つぎに、滅菌水を用いて、培養後の培地から前記葉かび病菌系統１の分生胞子を回収した。さらに、前記分生胞子が、１×１０５個／ｍＬとなるように滅菌水で希釈し、分生胞子懸濁液を調製し、接種源として使用した。前記接種試験には、本葉２枚が展開したトマト植物を使用した。前記トマト植物１個体当たり１ｍＬの前記分生胞子懸濁液を噴霧することにより、前記葉かび病菌系統１を前記トマト植物に接種した。前記接種後２０℃、１２時間日長の条件下で、接種後のトマト植物を２週間生育した。そして、生育したトマト植物について、以下のように発病調査を行った。なお、前記葉かび病菌系統１は、葉かび病抵抗性遺伝子であるＣｆ（resistance gene to Cladosporium fulvum）２、４、５、９、および１１を含むトマト植物に対しても感染可能な葉かび病菌であることが知られている。
発病調査は、前記参考情報４の方法を参照し、発病指数を、以下の基準にしたがって評価した。
発病指数０：胞子形成が認められない（高い抵抗性）
発病指数１：胞子形成が認められるが、病斑面積が葉面積の５０％未満である（抵抗性）
発病指数２：胞子形成が認められ、病斑面積が葉面積の５０％以上である（罹病性）
そして、Ｆ３の各個体について発病指数を求め、下記式より、それぞれ対応するＦ２の１１４系統の各個体の発病指数とした。
発病指数＝［（０×ｎ０）＋（１×ｎ１）＋（２×ｎ２）］／調査個体数
前記式において、「０、１、２」は、それぞれ発病指数を示し、「ｎ０、ｎ１、ｎ２」は、それぞれ、発病指数０、発病指数１、発病指数２の個体数を示す。
その結果、Ｆ２の発病指数と、各発病指数に該当する個体の出現頻度の関係は、以下の通りであった。
発病指数＝０ ： ２５個体
０＜発病指数≦０．１ ： １個体
０．１＜発病指数≦０．５ ： ２２個体
０．５＜発病指数≦１．０ ： ３２個体
１．０＜発病指数≦１．５ ： １１個体
１．５＜発病指数＜２．０ ： ９個体
発病指数＝２ ： １４個体
合計 １１４個体
これらの結果から、前記受託系統（受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２）の葉かび病抵抗性は、少数の抵抗性遺伝子座によって支配されていると推察された。
（３）新規な葉かび病抵抗性遺伝子座
つぎに、前記１１４系統から、常法により、それぞれの系統のＤＮＡを抽出した。そして、前記ＤＮＡについて、ＳＯＬＣＡＰのＳＮＰアッセイ（前記参考文献１〜３参照）でジェノタイピングを行い、ソフトウェア（Ｊｏｉｎ Ｍａｐ）を用いた連鎖地図の作成、およびソフトウェア（Ｗｉｎ ＱＴＬ ｃａｒｔｏｇｒａｐｈｅｒ）を用いた連鎖解析をおこなった。
また、ナス科植物ゲノム研究国際コンソーシアムのwebサイト（http://solgenomics.net/）で公開されているトマトゲノムシーケンスを利用し、葉かび病抵抗性トマト植物（寄託系統）と葉かび病罹病性トマト植物（桃太郎）の両親間で多型検索を行い、それぞれに特異的に存在する多型を同定した。さらに、前記Ｆ２分離集団で、前記多型をホモ接合で含む個体および前記多型をヘテロ接合で含む個体が現れた多型をＳＮＰマーカーとして同定した。そして、同定した前記ＳＮＰマーカーを用いて、同様に連鎖解析を行った。
その結果、第１染色体および第６染色体において、前記発病指数と相関性の高い領域が、それぞれ１箇所特定された。前記第１染色体上の領域は、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０で特定されるＳＮＰを含む領域であった。また、前記第６染色体上の領域は、ＳＧ＿７０で特定されるＳＮＰを含む領域であった。この結果から、新規な葉かび病抵抗性遺伝子座は、第１染色体および第６染色体に座乗することが明らかとなった。
（４）新規な葉かび病抵抗性遺伝子座と葉かび病抵抗性
前記１１４系統から、前記第１染色体上のｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０を抵抗性のホモ接合型、ヘテロ接合型、または罹病性のホモ接合型で含み、且つ前記第６染色体上のＳＧ＿７０を抵抗性のホモ接合型、ヘテロ接合型、または罹病性のホモ接合型で含む個体を、それぞれ５個体ずつ選抜した。そして、前記１１４系統に代えて前記選抜したトマト植物を用い、葉かび病菌系統１に代えて、葉かび病菌系統１〜４を用いた以外は、前記（２）と同様にして、発病指数を求めた。また、前記選抜したトマト植物に代えて、前記寄託系統または前記罹病性トマト植物を用いた以外は、同様にして発病指数を求めた。なお、葉かび病菌系統２は、岩手県のトマト栽培圃場において、葉かび病を自然発症したトマト植物から採取した葉かび病菌である。また、前記葉かび病菌系統２は、Ｃｆ−２、４、５、９、および１１を、それぞれ含むトマト植物に対して、前記（２）と同様の接種試験を行うことにより、Ｃｆ−２および９を含むトマト植物に対して、感染可能であることを確認している。なお、前記葉かび病菌系統２と同様の感染性を示す葉かび病菌は、例えば、熊本県病害虫防除所から入手できる。前記葉かび病菌系統３は、福島県のトマト栽培圃場において、葉かび病を自然発症したトマト植物から採取した葉かび病菌である。また、前記葉かび病菌系統３は、Ｃｆ−２、４、５、９、および１１を、それぞれ含むトマト植物に対して、前記（２）と同様の接種試験を行うことにより、Ｃｆ−４および９を含むトマト植物に対して、感染可能であることを確認している。前記葉かび病菌系統３と同様の感染性を示す葉かび病菌は、例えば、野菜茶業研究所から入手できる。前記葉かび病菌系統４は、Wageningen大学から入手した葉かび病菌であり、また、Ｃｆ−２、４および５を含むトマト植物に対して、感染可能な葉かび病菌であることが知られている。
前記寄託系統および前記罹病性トマト植物の結果を表１に示す。表１において、Ａは、前記ＳＮＰマーカーを抵抗性のホモ接合型で含むことを示し、Ｂは、前記ＳＮＰマーカーを罹病性のホモ接合型で含むことを示す（以下、同様）。前記表１に示すように、前記罹病性トマト植物は、前記第１染色体上のｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０を罹病性のホモ接合型で含み、且つ前記第６染色体上のＳＧ＿７０を罹病性のホモ接合型で含んでいた。そして、前記罹病性トマト植物は、いずれの葉かび病菌系統に対しても、発病指数が２であり、葉かび病に対し罹病性であった。これに対して、前記寄託系統は、前記第１染色体上のｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０を抵抗性のホモ接合型で含み、且つ前記第６染色体上のＳＧ＿７０を抵抗性のホモ接合型で含んでいた。また、前記寄託系統は、いずれの葉かび病菌系統に対しても、発病指数が０であり、葉かび病に対し高い抵抗性を示した。これらの結果から、前記第１染色体上のｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０により特定される抵抗性遺伝子座、および前記第６染色体上のＳＧ＿７０により特定される抵抗性遺伝子座が、葉かび病抵抗性を担っていることが確認できた。また、前記第１染色体上のｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０により特定される抵抗性遺伝子座、および前記第６染色体上のＳＧ＿７０により特定される抵抗性遺伝子座が、葉かび病抵抗性を担っていることから、これらの抵抗性遺伝子座が、トマト植物の葉かび病抵抗性マーカーとなること、ならびに前記トマト植物の葉かび病抵抗性マーカーを使用し、葉かび病抵抗性トマト植物をスクリーニングできることがわかった。さらに、前記葉かび病菌系統１〜４は、いずれも既知の葉かび病抵抗性遺伝子を含むトマト植物に対して感染可能な葉かび病菌であることから、前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座は、既知の葉かび病抵抗性遺伝子を含むトマト植物に対して感染可能な葉かび病菌に対しても有効であることがわかった。
つぎに、異なる遺伝子型のトマト植物に前記葉かび病菌系統１を接種した結果を表２に示す。表２において、Ｈは、前記ＳＮＰマーカーをヘテロ接合型で含むことを示す（以下、同様）。表２に示すように、前記葉かび病菌系統１に対して、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０を抵抗性のホモ接合型、ヘテロ接合型、または罹病性のホモ接合型で含み、且つＳＧ＿７０を罹病性のホモ接合型で含むトマト植物において、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０を罹病性のホモ接合型で含むトマト植物は、葉に多数の灰白色の斑および一部の枯れが観察されたのに対し、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０を抵抗性のホモ接合型およびヘテロ接合型で含むトマト植物では、葉に若干の灰白色の斑が観察されるにとどまった。そして、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０を抵抗性のホモ接合型、ヘテロ接合型、または罹病性のホモ接合型で含み、且つＳＧ＿７０を罹病性のホモ接合型で含むトマト植物では、発病指数が、それぞれ１、１、２であった。また、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０を罹病性のホモ接合型で含み、且つＳＧ＿７０を抵抗性のホモ接合型、ヘテロ接合型、または罹病性のホモ接合型で含むトマト植物において、ＳＧ＿７０を罹病性のホモ接合型では、葉に多数の灰白色の斑、および一部の枯れが観察されたのに対し、ＳＧ＿７０をヘテロ接合型で含むトマト植物では、葉に若干の灰白色の斑が観察されるにとどまり、さらに、ＳＧ＿７０を抵抗性のホモ接合型で含むトマト植物では、葉に灰白色の斑が観察されなかった。また、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０を罹病性のホモ接合型で含み、且つＳＧ＿７０を抵抗性のホモ接合型、ヘテロ接合型、または罹病性のホモ接合型で含むトマト植物では、発病指数が、それぞれ０、１、２であった。そして、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０を抵抗性のホモ接合型またはヘテロ接合型で含み、且つＳＧ＿７０を抵抗性のホモ接合型またはヘテロ接合型で含むトマト植物は、発病指数が０であり、葉かび病に対して高い抵抗性を示した。さらに、表３〜５に示すように、前記異なる遺伝子型のトマト植物に前記葉かび病菌系統２〜４を接種した場合においても、同様の結果が得られた。これらの結果から、前記第１の抵抗性遺伝子座は、葉かび病に対して抵抗性を担い、且つ優性遺伝することがわかった。また、前記第２の抵抗性遺伝子座は、葉かび病に対して高い抵抗性を担い、且つ不完全優性遺伝することがわかった。また、前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座を組み合わせることにより、葉かび病に対してより高い抵抗性がえられ、例えば、前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座をヘテロ接合型で含むトマト植物においても、葉かび病に対して高い抵抗性がえられることがわかった。このため、前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座を含むトマト植物と他の抵抗性を有するトマト植物とを交雑することにより、例えば、高い葉かび病抵抗性と他の抵抗性とを有するトマト植物を容易に生産できることがわかった。
（５）第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座
前記１１４系統から、前記第１染色体上のｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０をヘテロ接合型で含み、且つ前記第６染色体上のＳＧ＿７０を罹病性のホモ接合型で含む個体を選抜した（第１のＦ２選抜系統）。つぎに、前記第１のＦ２選抜系統をそれぞれ自殖させることによって、第１の自殖後代Ｆ３を生産した。そして、前記第１の自殖後代Ｆ３について、前記（３）と同様の方法により、ＳＮＰアッセイを行い、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ならびにｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０近傍のＳＮＰマーカーであるｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０３０３、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００４３に対応する多型の塩基を特定した。これらの個体について、前記（２）と同様にして、葉かび病菌の接種試験を行った。また、前記寄託系統および前記罹病性トマト植物についても、同様にＳＮＰアッセイおよび接種試験を行った。得られた結果の内、前記第１の自殖後代Ｆ３において、特定した前記ＳＮＰマーカーの遺伝子型が互いに異なる６個体（植物体Ｘ１−１〜６）、前記寄託系統、および前記罹病性トマト植物の結果を表６に示す。表６において、ＡおよびＨは、網掛けで示している。表６に示すように、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’が、抵抗性のホモ接合型（Ａ）またはヘテロ接合型（Ｈ）である個体においては、いずれの個体も、発病指数が１以下であった。これらの結果から、前記第１の抵抗性遺伝子座において、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’が葉かび病抵抗性と高い相関性を示すＳＮＰマーカーであることが確認できた。また、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’と高い相関性を示すことから、前記第１染色体上において、前記ＳＮＰマーカーを含む領域であるｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９の部位間の領域が、葉かび病抵抗性と高い相関性を示すことがわかった。これらの結果から、ＳＮＰマーカーであるｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８’で特定される抵抗性遺伝子座、ならびにｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９の部位間の領域で特定される抵抗性遺伝子座が、トマト植物の葉かび病抵抗性マーカーとなること、ならびに前記トマト植物の葉かび病抵抗性マーカーを使用し、葉かび病抵抗性トマト植物をスクリーニングできることがわかった。
（６）第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座
前記１１４系統から、前記第１染色体上のｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０を罹病性のホモ接合型で含み、且つ前記第６染色体上のＳＧ＿７０をヘテロ接合型で含む個体を選抜した（第２のＦ２選抜系統）。つぎに、前記第２のＦ２選抜系統をそれぞれ自殖させることによって、第２の自殖後代Ｆ３を生産した。そして、前記第２の自殖後代Ｆ３について、前記（３）と同様の方法により、ＳＮＰアッセイを行い、ＳＧ＿７０、ならびにＳＧ＿７０近傍のＳＮＰマーカーであるｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０’およびＳＬ１０４０１＿８２３に対応する多型の塩基を特定した。これらの個体について、前記（２）と同様にして、葉かび病菌の接種試験を行った。また、前記寄託系統および前記罹病性トマト植物についても、同様にＳＮＰアッセイおよび接種試験を行った。得られた結果の内、前記第２の自殖後代Ｆ３において、特定した前記ＳＮＰマーカーの遺伝子型が互いに異なる７個体（植物体Ｘ６−１〜７）、前記寄託系統、および前記罹病性トマト植物の結果を表７に示す。また、前記表７において、ＡおよびＨは、網掛けで示している。前記表７に示すように、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、およびＳＧ＿７０’が、抵抗性のホモ接合型（Ａ）またはヘテロ接合型（Ｈ）である個体においては、いずれの個体も、発病指数が１以下であった。これらの結果から、前記第２の抵抗性遺伝子座において、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、およびＳＧ＿７０’が葉かび病抵抗性と高い相関性を示すＳＮＰマーカーであることが確認できた。また、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、およびＳＧ＿７０’と高い相関性を示すことから、前記第６染色体上において、前記ＳＮＰマーカーを含む領域であるｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５およびＳＬ１０４０１＿８２３の部位間の領域が、葉かび病抵抗性と高い相関性を示すことがわかった。これらの結果から、ＳＮＰマーカーであるｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２’、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１、ＳＧ＿７０、およびＳＧ＿７０’で特定される抵抗性遺伝子座、ならびにｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５およびＳＬ１０４０１＿８２３の部位間の領域で特定される抵抗性遺伝子座が、トマト植物の葉かび病抵抗性マーカーとなること、ならびに前記トマト植物の葉かび病抵抗性マーカーを使用し、葉かび病抵抗性トマト植物をスクリーニングできることがわかった。
［実施例２］
新規な葉かび病抵抗性遺伝子座が、既知の葉かび病抵抗性遺伝子であるＣｆ−２、４、５、９、および１１と異なることを確認した。
前記１１４系統に代えて、前記寄託系統、前記罹病性トマト植物、および下記表８に示すＣｆ遺伝子をホモ接合型で含むトマト植物を用い、前記葉かび病菌系統１に代えて、葉かび病菌系統１〜６を用いた以外は、前記実施例１（２）と同様にして、発病指数を求めた。なお、前記表８に示すように、Vetomoldは、Ｃｆ−２を、Purdue 135は、Ｃｆ−４を、Ontario7717は、Ｃｆ−５を、Ontario7719は、Ｃｆ−９を、Ontario7716は、Ｃｆ−４および１１を、それぞれ葉かび病抵抗性遺伝子として含む。また、前記表８に示すように、既知の葉かび病抵抗性遺伝子を含む各トマト植物は、Plant Gene Resources of Canada（ＰＧＲＣ）から入手した。また、葉かび病菌系統５は、岐阜県のトマト栽培圃場において、葉かび病を自然発症したトマト植物から採取した葉かび病菌である。また、前記葉かび病菌系統５は、Ｃｆ−２、４、５、９、および１１を、それぞれ含むトマト植物に対して、前記実施例１（２）と同様の接種試験を行うことにより、Ｃｆ遺伝子を含むトマト植物に対して、感染できないことを確認している。なお、前記葉かび病菌系統５と同様の感染性を示す葉かび病菌としては、例えば、農業生物資源ジーンバンクにおいて、ＭＡＦＦ番号７１２００２等で登録されている葉かび病菌が利用できる。前記葉かび病菌系統６は、滋賀県トマト栽培圃場において、葉かび病を自然発症したトマト植物から採取した葉かび病菌である。また、前記葉かび病菌系統６は、Ｃｆ−２、４、５、９、および１１を、それぞれ含むトマト植物に対して、前記実施例１（２）と同様の接種試験を行うことにより、Ｃｆ−２および４を含むトマト植物に対して、感染可能であることを確認している。なお、前記葉かび病菌系統６と同様の感染性を示す葉かび病菌としては、例えば、農業生物資源ジーンバンクにおいて、ＭＡＦＦ番号７２６５３０等で登録されている葉かび病菌が利用できる。
これらの結果を表８に示す。前記表８に示すように、前記罹病性トマト植物は、葉かび病菌系統１〜６に対して、発病指数が２であり、葉かび病に対し罹病性であった。これに対し、前記寄託系統は、葉かび病菌系統１〜６に対して、発病指数が０であり、葉かび病に対し抵抗性であった。Vetomoldは、葉かび病菌系統３および５に対し抵抗性であるが、葉かび病菌系統１、２、４、および６に対し罹病性であった。Purdue 135は、葉かび病菌系統２および５に対し抵抗性であるが、葉かび病菌系統１、３、４、および６に対し罹病性であった。Ontario7717は、葉かび病菌系統２、３、５および６に対し抵抗性であるが、葉かび病菌系統１および４に対し罹病性であった。Ontario7719は、葉かび病菌系統４〜６に対し抵抗性であるが、葉かび病菌系統１〜３に対し罹病性であった。Ontario7716は、葉かび病菌系統２〜６に対し抵抗性であるが、葉かび病菌系統１に対し罹病性であった。したがって、前記寄託系統が含む、前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座は、葉かび病抵抗性遺伝子であるＣｆ−２、４、５、９、および１１と異なるものであることがわかった。
［実施例３］
前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座を含む本発明のトマト植物と他の抵抗性を有するトマト植物とを交雑することにより、高い葉かび病抵抗性と他の抵抗性とを有するトマト植物を容易に生産できることを確認した。
うどんこ病およびネコブセンチュウ抵抗性遺伝子であるＯｌ−４を含むＬＡ２１７２（Tomato Genetics Resource Center（ＴＧＲＣ）から入手）を、桃太郎と交雑し、Ｆ１を生産した。さらに、前記Ｆ１を桃太郎と交雑することで生産した戻し交配第１代ＢＣ１について、下記参考文献６に記載のＤＮＡマーカーでＯｌ−４をヘテロ接合型で含むトマト植物を選抜した（選抜ＢＣ１系統）。前記選抜ＢＣ１系統を桃太郎と交雑することで生産した戻し交配第２代ＢＣ２について、前記ＤＮＡマーカーでＯｌ−４をヘテロ接合型で含むトマト植物を選抜した（選抜ＢＣ２系統）。そして、同様の交雑および選抜を、さらに３回行いＯｌ−４をヘテロ接合型で含むトマト植物を選抜した（選抜ＢＣ５系統）。そして、前記選抜ＢＣ５系統に対し、自殖採種を２回行った。そして、生産した系統について、前記ＤＮＡマーカーでＯｌ−４を抵抗性のホモ接合型で含むトマト植物を選抜し、これをＢ系統とした。

参考文献６：Alireza Seifi et.al., “Linked, if Not the Same, Mi-1 Homologues Confer Resistance to Tomato Powdery Mildew and Root-Knot Nematodes”, MPMI, 2011, Vol.24, No.4, pp.441-450
そして、前記寄託系統を、前記Ｂ系統と交雑し、Ｆ１を生産した。生産したＦ１について、前記実施例１（２）と同様にして、発病指数を求めた。また、生産したＦ１について、前記実施例１（３）と同様にして、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１に対応する多型の塩基を特定した。さらに、生産したＦ１について、下記のネコブセンチュウの接種試験により発病度である根こぶ程度を、また、うどんこ病菌の接種試験により、うどんこ病の発病度を求めた。
ネコブセンチュウの接種試験は、下記参考文献７に記載の方法に準じて、以下のように行った。
参考文献７：線虫学実験法（日本線虫学会）２００４年３月２５日発行
前記ネコブセンチュウは、山梨県内のトマト栽培ハウスから採取したサツマイモネコブセンチュウの単一卵塊に由来するものを使用した。まず、栽培用カップに殺菌土壌を入れ、３０℃±１℃に設定した恒温器内で、無ネコブセンチュウのトマト幼苗２個体を３０日間生育させた。生育したトマト３０日苗の株の周りの土壌に、ガラス棒で、直径１０ｍｍ、深さ２０ｍｍの接種用穴を３箇所空けた。そして、前記ネコブセンチュウを、２００頭／ｍＬになるように清澄水に懸濁し、駒込ピペットで、前記ネコブセンチュウの前記懸濁液１ｍＬを吸い取り、前記接種用穴に、穴当たり前記懸濁液１ｍＬを注いで接種し、さらに同条件で生育を行った。接種から４０日後、生育した個体から根を採取し、水洗し、以下のように発病調査を行った。
発病調査は、下記参考文献８の方法に準じて行い、発病指数として根こぶの程度を、以下の基準にしたがって評価した。
根こぶ程度０：根こぶなし
根こぶ程度１：根こぶがわずかに認められる
根こぶ程度２：一見して根こぶが認められる

参考文献８：G.B.Cap et al., “Inheritance of heat-stable resistance to Meloidogyne incognita in Lycopersicon peruvianum and its relationship to the Mi gene”, Theoretical and Applied Genetics, Splinger, 1993, volume 85, pp. 777-783
また、うどんこ病菌の接種試験は、前記参考文献６に記載の方法に準じて、以下のように行った。
前記うどんこ病菌は、滋賀県内のトマト栽培ハウスで、うどんこ病を自然発病したトマト植物から採取した。そして、採取したうどんこ病菌について、分生胞子濃度が、２．５×１０４個／ｍＬとなるように希釈し、分生胞子懸濁液を調製し、接種源として使用した。そして、前記ネコブセンチュウを接種したトマト幼苗に、前記トマト植物１個体当たり１ｍＬの前記分生胞子懸濁液をハンドスプレーで均一に噴霧した。接種から２０日後、以下のように発病調査を行った。
発病調査は、発病指数としてうどんこ病の発病度を、以下の基準に従って評価した。
発病度０：症状なし
発病度１：接種した葉にわずかにうどんこ病菌の胞子形成が見られる
発病度２：接種した葉に多くのうどんこ病菌の胞子形成が見られる
ネコブセンチュウおよびうどんこ病菌を接種した各個体について、それぞれ前の基準に従って根こぶ程度およびうどんこ病の発病度を調査し、下記式より、各個体の根こぶ程度およびうどんこ病の発病度を求めた。
発病度＝［（０×ｎ０）＋（１×ｎ１）＋（２×ｎ２）］／調査個体数
ネコブセンチュウの接種試験における発病度の場合、前記式において、「０、１、２」は、それぞれ根こぶ程度を示し、「ｎ０、ｎ１、ｎ２」は、それぞれ、根こぶ程度０、根こぶ程度１、根こぶ程度２の個体数を示す。また、うどんこ病の発病度の場合、前記式において、「０、１、２」は、それぞれうどんこ病の発病度を示し、「ｎ０、ｎ１、ｎ２」は、それぞれ、発病度０、発病度１、発病度２の個体数を示す。
また、前記Ｆ１に代えて、前記寄託系統および前記Ｂ系統を用いた以外は、同様にして、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１に対応する多型の塩基を特定し、また、発病指数、根こぶ程度、およびうどんこ病の発病度を求めた。
これらの結果を表９に示す。前記表９に示すように、葉かび病抵抗性を有する寄託系統と、ネコブセンチュウおよびうどんこ病抵抗性を有するＢ系統とを交雑することにより生産したＦ１は、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿３５２２１が、共にヘテロ接合型であった。また、前記Ｆ１は、葉かび病、ネコブセンチュウおよびうどんこ病に対して高い抵抗性を有していた。これらの結果から、前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座を含むトマト植物を他の抵抗性を有するトマト植物と交雑することにより、高い葉かび病抵抗性と他の抵抗性とを有するトマト植物を容易に生産できることがわかった。
以上、実施形態および実施例を参照して本発明を説明したが、本発明は、上記実施形態および実施例に限定されるものではない。本発明の構成や詳細には、本発明のスコープ内で当業者が理解し得る様々な変更をすることができる。
以上のように、本発明のトマト植物の葉かび病抵抗性マーカーによれば、例えば、葉かび病抵抗性トマト植物を簡便にスクリーニングできる。また、本発明の葉かび病抵抗性トマト植物は、例えば、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座および前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座の少なくとも一方を含むため、例えば、葉かび病抵抗性を示すことが可能である。また、本発明の葉かび病抵抗性トマト植物は、例えば、優性の抵抗性遺伝子座を含むことから、他のトマト植物との交雑によっても、優性の葉かび病抵抗性を示す後代を得ることができる。さらに、本発明の葉かび病抵抗性トマト植物は、例えば、前記先行技術文献の葉かび病抵抗性遺伝子を含むトマト植物に対して感染可能な葉かび病菌に対しても抵抗性を示す。このため、本発明の葉かび病抵抗性トマト植物は、従来のような農薬による防除が不要であるため、例えば、前記農薬散布の労力および費用の問題も回避できる。

Claims (22)

  1. 受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で特定されるトマト植物の第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座および受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で特定されるトマト植物の第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座の少なくとも一方の葉かび病抵抗性遺伝子座を含み、
    前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、下記（ａ）および（ｂ’’）のポリヌクレオチドで特定され、
    前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、下記（ｃ’’）、（ｄ）および（ｅ’’）のポリヌクレオチドで特定されることを特徴とする、葉かび病抵抗性トマト植物：
    （ａ） 下記（ａ１）または（ａ３）のポリヌクレオチド
    （ａ１）配列番号１の塩基配列からなるポリヌクレオチド
    （ａ３）前記（ａ１）の５０番目の塩基（Ｔ）以外の塩基配列に対して、９５％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ａ１）と同等の機能を有するポリヌクレオチド；
    （ｂ’’） 下記（ｂ１’’）または（ｂ３’’）のポリヌクレオチド
    （ｂ１’’）配列番号２の塩基配列からなるポリヌクレオチド
    （ｂ３’’）前記（ｂ１’’）の２２番目の塩基（Ｃ）および４０番目の塩基（Ｔ）以外の塩基配列に対して、９５％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｂ１’’）と同等の機能を有するポリヌクレオチド；
    （ｃ’’） 下記（ｃ１’’）または（ｃ３’’）のポリヌクレオチド
    （ｃ１’’）配列番号３の塩基配列からなるポリヌクレオチド
    （ｃ３’’）前記（ｃ１’’）の３４番目の塩基（Ｇ）および４６番目の塩基（Ｔ）以外の塩基配列に対して、９５％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｃ１’’）と同等の機能を有するポリヌクレオチド；
    （ｄ） 下記（ｄ１）または（ｄ３）のポリヌクレオチド
    （ｄ１）配列番号４の塩基配列からなるポリヌクレオチド
    （ｄ３）前記（ｄ１）の３１番目の塩基（Ａ）以外の塩基配列に対して、９５％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｄ１）と同等の機能を有するポリヌクレオチド；
    （ｅ’’） 下記（ｅ１’’）または（ｅ３’’）のポリヌクレオチド
    （ｅ１’’）配列番号５の塩基配列からなるポリヌクレオチド
    （ｅ３’’）前記（ｅ１’’）の４０番目の塩基（Ａ）および７５番目の塩基（Ｇ）以外の塩基配列に対して、９５％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｅ１’’）と同等の機能を有するポリヌクレオチド。
  2. 前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で特定されるトマト植物の第１染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、またはｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９の部位間の領域の塩基配列を含む、請求項１記載の葉かび病抵抗性トマト植物。
  3. 前記葉かび病抵抗性トマト植物が、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座および前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座を含む、請求項１または２記載の葉かび病抵抗性トマト植物。
  4. 前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で特定されるトマト植物の第６染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２およびＳＧ＿７０’、またはｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５およびＳＬ１０４０１＿８２３の部位間の領域の塩基配列を含む、請求項１から３のいずれか一項に記載の葉かび病抵抗性トマト植物。
  5. 前記葉かび病抵抗性トマト植物が、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で特定されるトマト植物またはその後代系統である、請求項１から４のいずれか一項に記載の葉かび病抵抗性トマト植物。
  6. 前記葉かび病抵抗性トマト植物が、植物体またはその部分である、請求項１から５のいずれか一項に記載の葉かび病抵抗性トマト植物。
  7. 前記葉かび病抵抗性トマト植物が、種子である、請求項１から６のいずれか一項に記載の葉かび病抵抗性トマト植物。
  8. 下記（ａ）および（ｂ）工程を含むことを特徴とする、葉かび病抵抗性トマト植物の製造方法。
    （ａ）請求項１から７のいずれか一項に記載の葉かび病抵抗性トマト植物と、他のトマト植物とを交雑する工程
    （ｂ）前記（ａ）工程より得られたトマト植物またはその後代系統から、葉かび病抵抗性トマト植物を選抜する工程
  9. 前記（ａ）工程に先立って、下記（ｘ）工程を含む、請求項８記載の葉かび病抵抗性トマト植物の製造方法。
    （ｘ）被検トマト植物から、請求項１から７のいずれか一項に記載の葉かび病抵抗性トマト植物を選抜する工程
  10. 前記（ｘ）工程における前記選抜が、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座および前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座の少なくとも一方を含む葉かび病抵抗性トマト植物の選抜であり、
    前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、下記（ａ）および（ｂ’’）のポリヌクレオチドで特定され、
    前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、下記（ｃ’’）、（ｄ）および（ｅ’’）のポリヌクレオチドで特定される、請求項９記載の葉かび病抵抗性トマト植物の製造方法：
    （ａ） 下記（ａ１）または（ａ３）のポリヌクレオチド
    （ａ１）配列番号１の塩基配列からなるポリヌクレオチド
    （ａ３）前記（ａ１）の５０番目の塩基（Ｔ）以外の塩基配列に対して、９５％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ａ１）と同等の機能を有するポリヌクレオチド；
    （ｂ’’） 下記（ｂ１’’）または（ｂ３’’）のポリヌクレオチド
    （ｂ１’’）配列番号２の塩基配列からなるポリヌクレオチド
    （ｂ３’’）前記（ｂ１’’）の２２番目の塩基（Ｃ）および４０番目の塩基（Ｔ）以外の塩基配列に対して、９５％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｂ１’’）と同等の機能を有するポリヌクレオチド；
    （ｃ’’） 下記（ｃ１’’）または（ｃ３’’）のポリヌクレオチド
    （ｃ１’’）配列番号３の塩基配列からなるポリヌクレオチド
    （ｃ３’’）前記（ｃ１’’）の３４番目の塩基（Ｇ）および４６番目の塩基（Ｔ）以外の塩基配列に対して、９５％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｃ１’’）と同等の機能を有するポリヌクレオチド；
    （ｄ） 下記（ｄ１）または（ｄ３）のポリヌクレオチド
    （ｄ１）配列番号４の塩基配列からなるポリヌクレオチド
    （ｄ３）前記（ｄ１）の３１番目の塩基（Ａ）以外の塩基配列に対して、９５％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｄ１）と同等の機能を有するポリヌクレオチド；
    （ｅ’’） 下記（ｅ１’’）または（ｅ３’’）のポリヌクレオチド
    （ｅ１’’）配列番号５の塩基配列からなるポリヌクレオチド
    （ｅ３’’）前記（ｅ１’’）の４０番目の塩基（Ａ）および７５番目の塩基（Ｇ）以外の塩基配列に対して、９５％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｅ１’’）と同等の機能を有するポリヌクレオチド。
  11. 前記（ｘ）工程における前記選抜が、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座を含む葉かび病抵抗性トマト植物の選抜であり、
    前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で特定されるトマト植物の第１染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、またはｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９の部位間の領域の塩基配列を含む、請求項１０記載の葉かび病抵抗性トマト植物の製造方法。
  12. 前記（ｘ）工程における前記選抜が、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座および前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座を含む前記葉かび病抵抗性トマト植物の選抜である、請求項１０または１１のいずれか一項に記載の葉かび病抵抗性トマト植物の製造方法。
  13. 前記（ｘ）工程における前記選抜が、前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座を含む葉かび病抵抗性トマト植物の選抜であり、
    前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で特定されるトマト植物の第６染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２およびＳＧ＿７０’、またはｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５およびＳＬ１０４０１＿８２３の部位間の領域の塩基配列を含む、請求項１０から１２のいずれか一項に記載の葉かび病抵抗性トマト植物の製造方法。
  14. 前記（ｂ）工程における前記選抜が、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座および前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座の少なくとも一方を含む葉かび病抵抗性トマト植物の選抜であり、
    前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、下記（ａ）および（ｂ’’）のポリヌクレオチドで特定され、
    前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、下記（ｃ’’）、（ｄ）および（ｅ’’）のポリヌクレオチドで特定される、請求項８から１３のいずれか一項に記載の葉かび病抵抗性トマト植物の製造方法：
    （ａ） 下記（ａ１）または（ａ３）のポリヌクレオチド
    （ａ１）配列番号１の塩基配列からなるポリヌクレオチド
    （ａ３）前記（ａ１）の５０番目の塩基（Ｔ）以外の塩基配列に対して、９５％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ａ１）と同等の機能を有するポリヌクレオチド；
    （ｂ’’） 下記（ｂ１’’）または（ｂ３’’）のポリヌクレオチド
    （ｂ１’’）配列番号２の塩基配列からなるポリヌクレオチド
    （ｂ３’’）前記（ｂ１’’）の２２番目の塩基（Ｃ）および４０番目の塩基（Ｔ）以外の塩基配列に対して、９５％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｂ１’’）と同等の機能を有するポリヌクレオチド；
    （ｃ’’） 下記（ｃ１’’）または（ｃ３’’）のポリヌクレオチド
    （ｃ１’’）配列番号３の塩基配列からなるポリヌクレオチド
    （ｃ３’’）前記（ｃ１’’）の３４番目の塩基（Ｇ）および４６番目の塩基（Ｔ）以外の塩基配列に対して、９５％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｃ１’’）と同等の機能を有するポリヌクレオチド；
    （ｄ） 下記（ｄ１）または（ｄ３）のポリヌクレオチド
    （ｄ１）配列番号４の塩基配列からなるポリヌクレオチド
    （ｄ３）前記（ｄ１）の３１番目の塩基（Ａ）以外の塩基配列に対して、９５％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｄ１）と同等の機能を有するポリヌクレオチド；
    （ｅ’’） 下記（ｅ１’’）または（ｅ３’’）のポリヌクレオチド
    （ｅ１’’）配列番号５の塩基配列からなるポリヌクレオチド
    （ｅ３’’）前記（ｅ１’’）の４０番目の塩基（Ａ）および７５番目の塩基（Ｇ）以外の塩基配列に対して、９５％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｅ１’’）と同等の機能を有するポリヌクレオチド。
  15. 前記（ｂ）工程における前記選抜が、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座を含む葉かび病抵抗性トマト植物の選抜であり、
    前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で特定されるトマト植物の第１染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、またはｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９の部位間の領域の塩基配列を含む、請求項１４記載の葉かび病抵抗性トマト植物の製造方法。
  16. 前記（ｂ）工程における前記選抜が、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座および前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座を含む前記葉かび病抵抗性トマト植物の選抜である、請求項１４または１５記載の葉かび病抵抗性トマト植物の製造方法。
  17. 前記（ｂ）工程における前記選抜が、前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座を含む葉かび病抵抗性トマト植物の選抜であり、
    前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で特定されるトマト植物の第６染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２およびＳＧ＿７０’、またはｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５およびＳＬ１０４０１＿８２３の部位間の領域の塩基配列を含む、請求項１４から１６のいずれか一項に記載の葉かび病抵抗性トマト植物の製造方法。
  18. 交雑により葉かび病抵抗性トマト植物を生産するための親として、被検トマト植物から、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で特定されるトマト植物の第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座および受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で特定されるトマト植物の第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座の少なくとも一方を含む葉かび病抵抗性トマト植物を選抜する工程を含み、
    前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、下記（ａ）および（ｂ’’）のポリヌクレオチドで特定され、
    前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、下記（ｃ’’）、（ｄ）および（ｅ’’）のポリヌクレオチドで特定されることを特徴とする、葉かび病抵抗性トマト植物のスクリーニング方法：
    （ａ） 下記（ａ１）または（ａ３）のポリヌクレオチド
    （ａ１）配列番号１の塩基配列からなるポリヌクレオチド
    （ａ３）前記（ａ１）の５０番目の塩基（Ｔ）以外の塩基配列に対して、９５％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ａ１）と同等の機能を有するポリヌクレオチド；
    （ｂ’’） 下記（ｂ１’’）または（ｂ３’’）のポリヌクレオチド
    （ｂ１’’）配列番号２の塩基配列からなるポリヌクレオチド
    （ｂ３’’）前記（ｂ１’’）の２２番目の塩基（Ｃ）および４０番目の塩基（Ｔ）以外の塩基配列に対して、９５％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｂ１’’）と同等の機能を有するポリヌクレオチド；
    （ｃ’’） 下記（ｃ１’’）または（ｃ３’’）のポリヌクレオチド
    （ｃ１’’）配列番号３の塩基配列からなるポリヌクレオチド
    （ｃ３’’）前記（ｃ１’’）の３４番目の塩基（Ｇ）および４６番目の塩基（Ｔ）以外の塩基配列に対して、９５％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｃ１’’）と同等の機能を有するポリヌクレオチド；
    （ｄ） 下記（ｄ１）または（ｄ３）のポリヌクレオチド
    （ｄ１）配列番号４の塩基配列からなるポリヌクレオチド
    （ｄ３）前記（ｄ１）の３１番目の塩基（Ａ）以外の塩基配列に対して、９５％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｄ１）と同等の機能を有するポリヌクレオチド；
    （ｅ’’） 下記（ｅ１’’）または（ｅ３’’）のポリヌクレオチド
    （ｅ１’’）配列番号５の塩基配列からなるポリヌクレオチド
    （ｅ３’’）前記（ｅ１’’）の４０番目の塩基（Ａ）および７５番目の塩基（Ｇ）以外の塩基配列に対して、９５％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記葉かび病抵抗性に関して前記（ｅ１’’）と同等の機能を有するポリヌクレオチド。
  19. 前記選抜が、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座を含む葉かび病抵抗性トマト植物の選抜であり、
    前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で特定されるトマト植物の第１染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０１６０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿８６５８、またはｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６０２５０およびｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿６００８９の部位間の領域の塩基配列を含む、請求項１８記載のスクリーニング方法。
  20. 前記選抜が、前記第１染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座および前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座を含む前記葉かび病抵抗性トマト植物の選抜である、請求項１８または１９記載のスクリーニング方法。
  21. 前記選抜が、前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座を含む葉かび病抵抗性トマト植物の選抜であり、
    前記第６染色体上の葉かび病抵抗性遺伝子座が、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で特定されるトマト植物の第６染色体における、ｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５２５２およびＳＧ＿７０’、またはｓｏｌｃａｐ＿ｓｎｐ＿ｓｌ＿２５３２５およびＳＬ１０４０１＿８２３の部位間の領域の塩基配列を含む、請求項１８から２０のいずれか一項に記載のスクリーニング方法。
  22. 前記被検植物は、受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−２２２８２で特定されるトマト植物またはその後代系統である、請求項１８から２１のいずれか一項に記載のスクリーニング方法。
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