JP2023049045A - ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物 - Google Patents
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Abstract
【課題】ホモプシス根腐病抵抗性を示すカボチャ植物を提供する。【解決手段】ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物であって、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含む、カボチャ植物。前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定されてよい。【選択図】図1
Description
本発明は、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物に関する。
糸状菌(Phomopsis
sclerotioides)は、ウリ科植物のホモプシス根腐病の病原菌である。前記ホモプシス根腐病では、前記糸状菌がウリ科植物の根に感染して根腐れ症状を引き起こす。ついで、前記ホモプシス根腐病では、収穫期においてウリ科植物の地上部に激しい萎凋症状が生じ、最終的に感染したウリ科植物は、枯死する。このため、前記ホモプシス根腐病が流行すると、果実を取得できなくなる。
ウリ科植物は、一般的に、台木に対して、ウリ科植物由来の穂木を接ぎ木した接木体として生育される。前記台木の植物としては、日本種カボチャ植物(以下、「ニホンカボチャ植物」ともいう、Cucurbita
moschata)が広く用いられているが、ニホンカボチャ植物には、ホモプシス根腐病抵抗性の品種はない。このため、キュウリ植物の生産者は、クロルピクリンによる土壌消毒を対策として行っているが(非特許文献1)、防除効果は限定的である。また、クロルピクリンによる土壌消毒は費用が高額という問題がある。
宍戸邦明、「露地キュウリ栽培におけるキュウリホモプシス根腐病の生物検定法」、2014年、植物防疫、第68巻、第9号、535-538頁
ウリ科植物の台木に用いる植物において、クロダネカボチャ植物(Cucurbita
ficifolia)は、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことがしられている。しかしながら、クロダネカボチャ植物の台木に対して、キュウリ植物の穂木を用いて接ぎ木植物を生産すると、得られるキュウリ植物の果実においてブルーム(果実表面の白い粉)が生じるという問題がある。
他方、他のウリ科植物の台木として用いられる日本種カボチャ植物(Cucurbita
moschata)には、前記ブルームが生じるブルーム系統と、前記ブルームが生じないブルームレス系統が存在する。前記ブルームレス系統を台木として用いた場合、前記台木とキュウリ植物の穂木とを用いて生産した接ぎ木植物では、得られるキュウリ植物の果実においてブルームは生じない。また、セイヨウカボチャ植物(Cucurbita
maxima)およびペポカボチャ植物(Cucurbita
pepo)も、ブルームが生じにくい系統が存在する。そして、前記ブルームが生じにくい系統は、前記ウリ科植物の台木として使用しうる。このため、クロダネカボチャ植物は、ニホンカボチャ植物等の他の台木に用いられる植物との交雑および胚培養により、ホモプシス根腐病抵抗性のカボチャ植物を育種することが考えられる。しかしながら、前記日本種カボチャ植物、セイヨウカボチャ植物、またはペポカボチャ植物と、前記クロダネカボチャ植物との交雑および胚培養では、自殖可能な後代系統が育種できないため、クロダネカボチャ植物を用いて、ホモプシス根腐病抵抗性を示すカボチャ植物を育種すること困難である。
このため、ウリ科植物の台木として用いるために、新たなホモプシス根腐病抵抗性のカボチャ植物が求められている。
そこで、本発明は、ホモプシス根腐病抵抗性を示すカボチャ植物の提供を目的とする。
前記目的を達成するため、本発明のカボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物であって、
第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含む。
第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含む。
本発明の植物の部分は、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の部分である。
本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法(以下、「製造方法」という)は、下記(a)および(b)工程を含むことを特徴とする:
(a)前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物と、他のカボチャ植物とを交雑する工程;
(b)前記(a)工程より得られたカボチャ植物またはその後代系統から、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を選抜する工程。
(a)前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物と、他のカボチャ植物とを交雑する工程;
(b)前記(a)工程より得られたカボチャ植物またはその後代系統から、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を選抜する工程。
本発明のカボチャ植物へのホモプシス根腐病抵抗性の付与方法(以下、「付与方法」という)は、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を、カボチャ植物に導入する導入工程を含むことを特徴とする。
本発明の検出方法は、カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性の検出方法であって、被検カボチャ植物について、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する検出工程を含む。
本発明のスクリーニング方法は、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物のスクリーニング方法であって、
被検カボチャ植物から、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する選抜工程を含む。
被検カボチャ植物から、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する選抜工程を含む。
本発明によれば、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示すカボチャ植物を提供できる。
<定義>
本明細書において、「カボチャ植物」は、ウリ科(Cucurbitaceae)のカボチャ属(Cucurbita)に分類される植物を意味する。
本明細書において、「カボチャ植物」は、ウリ科(Cucurbitaceae)のカボチャ属(Cucurbita)に分類される植物を意味する。
本明細書において、「日本種カボチャ植物」または「ニホンカボチャ植物」は、ウリ科(Cucurbitaceae)のカボチャ属(Cucurbita)のニホンカボチャ種(Cucurbita
moschata)に分類される植物を意味する。
本明細書において、「セイヨウカボチャ植物」は、ウリ科(Cucurbitaceae)のカボチャ属(Cucurbita)のセイヨウカボチャ種(Cucurbita
maxima)に分類される植物を意味する。
本明細書において、「ペポカボチャ植物」は、ウリ科(Cucurbitaceae)のカボチャ属(Cucurbita)のペポカボチャ種(Cucurbita
pepo)に分類される植物を意味する。
本明細書において、「ウリ科植物」は、ウリ科(Cucurbitaceae)に分類される植物を意味する。
本明細書において、「ホモプシス根腐病」は、糸状菌(Phomopsis sp.)、特に、糸状菌(ホモプシス・スクレロティデス:Phomopsis
sclerotioides)により引き起こされる土壌伝染性病害を意味する。前記ホモプシス根腐病では、感染した植物体の根腐れ症状、地上部の萎凋症状、および枯死が引き起こされることが知られている。
本明細書において、「ホモプシス根腐病の病原菌」または「病原菌」(以下、「ホモプシス根腐病菌」ともいう)は、バルサ科(Valsaceae)のホモプシス属(Phomopsis)に分類される真菌を意味し、特に、スクレロティデス種(sclerotioides)に分類される真菌を意味する。
本明細書において、「ホモプシス根腐病抵抗性」は、ホモプシス根腐病菌の感染による病害の発生および/または発生した病害の進行に対する、阻害能または抑制能を意味する。具体例として、前記「ホモプシス根腐病抵抗性」は、例えば、ホモプシス根腐病菌の感染による病害の未発生、および/または、発生した病害の進行の停止、阻害、抑止、低減、もしくは遅延を意味する。前記ホモプシス根腐病抵抗性は、ホモプシス根腐病耐性またはホモプシス根腐病耐病性ということもできる。
本明細書において、「ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座」(以下、「抵抗性遺伝子座」という)は、ホモプシス根腐病抵抗性を供与する量的形質遺伝子座(Quantitative Traits Loci:QTL)または遺伝子領域を意味する。前記量的形質遺伝子座は、一般に、量的形質の発現に関与する染色体領域を意味する。
本明細書において、「植物体」または「植物」は、植物全体を示す植物個体を意味する。
本明細書において、「植物体の部分」または「植物の部分」は、植物個体の部分を意味する。
本明細書において、「接ぎ木植物」(以下、「接ぎ木」という)は、同一の植物個体または異なる植物個体の組織どうしを接着癒合させ、成長可能とした植物体を意味する。
本明細書において、「台木」は、接ぎ木植物における台となる植物個体の組織を意味する。一般的に、前記台木は、植物個体の地下部(例えば、根)と、地上部(例えば、茎、葉等)の一部とを有する。
本明細書において、「穂木」は、接ぎ木植物の台に接着癒合させる植物個体の組織を意味する。一般的に、前記穂木は、地上部(例えば、茎、葉等)を有する。
以下、本発明について例をあげて説明するが、本発明は以下の例等に限定されるものではなく、任意に変更して実施できる。また、本発明における各説明は、特に言及がない限り、互いに援用可能である。なお、本明細書において、「~」という表現を用いた場合、その前後の数値または物理値を含む意味で用いる。また、本明細書において、「Aおよび/またはB」という表現には、「Aのみ」、「Bのみ」、「AおよびBの双方」が含まれる。
<カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性マーカー>
ある態様において、本発明は、カボチャ植物におけるホモプシス根腐病抵抗性の指標として使用可能なマーカーを提供する。本発明のマーカーは、カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性マーカーであって、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むこと、すなわち、第11染色体上のホモプシス根腐病遺伝子座を指標とすることを特徴とする。本発明のマーカーによれば、ホモプシス根腐病抵抗性の有無を検出できる。
ある態様において、本発明は、カボチャ植物におけるホモプシス根腐病抵抗性の指標として使用可能なマーカーを提供する。本発明のマーカーは、カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性マーカーであって、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むこと、すなわち、第11染色体上のホモプシス根腐病遺伝子座を指標とすることを特徴とする。本発明のマーカーによれば、ホモプシス根腐病抵抗性の有無を検出できる。
前記カボチャ植物は、例えば、ニホンカボチャ植物、セイヨウカボチャ植物、ペポカボチャ植物等があげられる。前記カボチャ植物は、各植物種の純型のカボチャ植物でもよいし、対象のカボチャ植物と、前記対象のカボチャ植物の近縁種との交雑種でもよい。前記近縁種は、例えば、前記カボチャ属植物における各植物種があげられる。
前記ニホンカボチャ植物は、近縁種との交雑種でもよい。前記近縁種は、例えば、ペポカボチャ植物(Cucurbita
pepo)、セイヨウカボチャ植物(Cucurbita
maxima)等があげられる。前記近縁種は、例えば、クロダネカボチャ植物(Cucurbita
ficifolia)を含まない。
前記セイヨウカボチャ植物は、近縁種との交雑種でもよい。前記近縁種は、例えば、ペポカボチャ植物(Cucurbita
pepo)、ニホンカボチャ植物(Cucurbita
moschata)等があげられる。前記近縁種は、例えば、クロダネカボチャ植物(Cucurbita
ficifolia)を含まない。
前記ペポカボチャ植物は、近縁種との交雑種でもよい。前記近縁種は、例えば、ニホンカボチャ植物(Cucurbita
moschata)、セイヨウカボチャ植物(Cucurbita
maxima)等があげられる。前記近縁種は、例えば、クロダネカボチャ植物(Cucurbita
ficifolia)を含まない。
前記カボチャ植物は、第1~第20染色体を有する。前記カボチャ植物における各染色体は、リファレンスのゲノムの塩基配列情報を用いて決定できる。
前記ニホンカボチャ植物は、第1~第20染色体を有する。前記ニホンカボチャ植物における各染色体は、例えば、Cucurbita
moschata (品種名:Rifu)のゲノムの塩基配列情報に基づき、対象のカボチャ植物のゲノムの塩基配列情報と、Rifuのゲノムの塩基配列情報とを比較することにより、決定できる。前記比較は、例えば、BLAST、FASTA等の解析ソフトウェアを用いて、デフォルトのパラメータで実施できる。Rifuのゲノムの塩基配列情報は、例えば、ウリ科ゲノムデータベース(Cucurbit Genomics Database)のwebサイト(http://www.icugi.org/、http://cucurbitgenomics.org/、http://cucurbitgenomics.org/organism/9)から入手可能である。
前記セイヨウカボチャ植物は、第1~20染色体を有する。前記セイヨウカボチャ植物における各染色体は、例えば、Cucurbita
maxima (品種名:Rimu)のゲノムの塩基配列情報に基づき、対象のセイヨウカボチャ植物のゲノムの塩基配列情報と、Rimuのゲノムの塩基配列情報とを比較することにより、決定できる。前記比較は、例えば、BLAST、FASTA等の解析ソフトウェアを用いて、デフォルトのパラメータで実施できる。Rimuのゲノムの塩基配列情報は、例えば、ウリ科ゲノムデータベース(Cucurbit Genomics Database)のwebサイト(http://www.icugi.org/、http://cucurbitgenomics.org/、http://cucurbitgenomics.org/organism/8)から入手可能である。
前記ペポカボチャ植物は、第1~20染色体を有する。前記ペポカボチャ植物における各染色体は、例えば、Cucurbita
pepo (品種名:Zucchini)のゲノムの塩基配列情報に基づき、対象のセイヨウカボチャ植物のゲノムの塩基配列情報と、Zucchiniのゲノムの塩基配列情報とを比較することにより、決定できる。前記比較は、例えば、BLAST、FASTA等の解析ソフトウェアを用いて、デフォルトのパラメータで実施できる。Zucchiniのゲノムの塩基配列情報は、例えば、ウリ科ゲノムデータベース(Cucurbit Genomics Database)のwebサイト(http://www.icugi.org/、http://cucurbitgenomics.org/、http://cucurbitgenomics.org/organism/14)から入手可能である。
本発明のマーカーは、前記第11染色体上の抵抗性遺伝子座を指標とする。しかしながら、前記抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物は、例えば、第11染色体に代えて、第11染色体以外のどの染色体上に、前記第11染色体上の前記抵抗性遺伝子座を有してもよい。つまり、前記抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物は、第1染色体、第2染色体、第3染色体、第4染色体、第5染色体、第6染色体、第7染色体、第8染色体、第9染色体、第10染色体、第12染色体、第13染色体、第14染色体、第15染色体、第16染色体、第17染色体、第18染色体、第19染色体、および第20染色体のいずれかの染色体上に、前記第11染色体上の前記抵抗性遺伝子座を有してもよい。
前記抵抗性遺伝子座は、優性の遺伝子座である。このため、本発明のマーカーは、例えば、前記第11染色体上の抵抗性遺伝子座をヘテロ接合型で含んでもよいし、ホモ接合型で含んでもよい。後者の場合、前記抵抗性カボチャ植物は、少なくとも一方の抵抗性マーカーを第11染色体以外の染色体上に含んでもよく、例えば、1つの抵抗性遺伝子座を第11染色体以外の染色体上に含んでもよいし、2つの抵抗性遺伝子座を第11染色体以外の染色体上に含んでもよい。2つの抵抗性遺伝子座を第11染色体以外の染色体上に含む場合、前記抵抗性カボチャ植物は、例えば、前記2つの抵抗性遺伝子座を同じ染色体上に含んでもよいし、異なる染色体上に含んでもよい。
前記抵抗性遺伝子座は、染色体上の座、すなわち、位置を示す分子マーカーを利用して規定できる、すなわち、目的とする遺伝子座と連鎖する分子マーカーを用いて特定できる。前記分子マーカーを用いてQTL等の遺伝子座を規定する技術は、本願技術分野において周知の技術を利用できる。
前記抵抗性遺伝子座の規定に使用する分子マーカーは、特に制限されない。前記分子マーカーは、例えば、SNPマーカー、AFLP(分子増幅断片長多型、amplified fragment length polymorphism)マーカー、RFLP(restriction fragment length polymorphism)マーカー、マイクロサテライトマーカー、SCAR(sequence-characterized amplified region)マーカー、またはCAPS(cleaved amplified polymorphic sequence)マーカー等があげられる。本発明において、前記分子マーカーは、1種類を用いてもよいし、2種類以上を併用してもよい。前記分子マーカーとしてSNPマーカーを用いる場合、前記SNPマーカーは、例えば、1個のSNPを前記SNPマーカーとしてもよいし、2個以上のSNPの組合せを前記SNPマーカー、すなわち、SNPマーカーセットとしてもよい。
前記抵抗性遺伝子座は、後述するSNPマーカーと連鎖している。このため、本発明は、例えば、前記SNPマーカーを用いることにより、前記抵抗性遺伝子座を規定できる。具体例として、前記抵抗性遺伝子座は、例えば、(1)前記SNPマーカーによって規定(以下、「特定」ともいう)されてもよいし、(2)前記SNPマーカーを含む塩基配列によって規定されてもよいし、(3)2つの前記SNPマーカーの部位間の領域の塩基配列によって規定されてもよいし、これらの組合せにより規定されてもよい。前記組合せによって規定する場合、前記組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
前記(1)および前記(2)の組合せ;
前記(1)および前記(3)の組合せ;
前記(2)および前記(3)の組合せ;
前記(1)、前記(2)および前記(3)の組合せ。
前記(1)および前記(2)の組合せ;
前記(1)および前記(3)の組合せ;
前記(2)および前記(3)の組合せ;
前記(1)、前記(2)および前記(3)の組合せ。
(1)SNPマーカーによる特定
前記抵抗性遺伝子座は、前記(1)に示すように、例えば、前記SNPマーカーによって規定されてもよい。前記SNPマーカーは、特に制限されず、例えば、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014等があげられる。なお、これらのSNP解析は、例えば、下記参考文献1を参照できる。また、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014は、本発明者らが新たに同定したSNPマーカーであり、当該技術分野における当業者であれば、後述するこれらのSNPマーカーを含む塩基配列に基づき、前記SNPマーカーの座乗位置を特定できる。
参考文献1:Guoyu Zhang et.al. (2012) “A high-density genetic map for anchoring genome sequences and identifying QTLs associated with dwarf vine in pumpkin (Cucurbita maxima Duch.)”, 2005, BMC Genomics, 16:1101
前記抵抗性遺伝子座は、前記(1)に示すように、例えば、前記SNPマーカーによって規定されてもよい。前記SNPマーカーは、特に制限されず、例えば、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014等があげられる。なお、これらのSNP解析は、例えば、下記参考文献1を参照できる。また、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014は、本発明者らが新たに同定したSNPマーカーであり、当該技術分野における当業者であれば、後述するこれらのSNPマーカーを含む塩基配列に基づき、前記SNPマーカーの座乗位置を特定できる。
参考文献1:Guoyu Zhang et.al. (2012) “A high-density genetic map for anchoring genome sequences and identifying QTLs associated with dwarf vine in pumpkin (Cucurbita maxima Duch.)”, 2005, BMC Genomics, 16:1101
後述の図1に示すように、前記抵抗性遺伝子座は、例えば、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する2つの抵抗性遺伝子の座乗領域を含む、すなわち、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座(以下、「第1の抵抗性遺伝子座」ともいう)と、第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座(以下、「第2の抵抗性遺伝子座」ともいう)とを含む。前記第1の抵抗性遺伝子座および前記第2の抵抗性遺伝子座は、例えば、それぞれが、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与し、両抵抗性遺伝子座を組合せることにより、ホモプシス根腐病抵抗性をより向上できる。前記第1の抵抗性遺伝子座は、例えば、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、および/またはSSP_895667(以下、「第1のSNPマーカーセット」ともいう)により規定できる。また、前記第2の抵抗性遺伝子座は、例えば、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、および/またはSSP_1256150(以下、「第2のSNPマーカーセット」ともいう)により規定できる。
前記SSP_550674(以下、「SNP(a)」ともいう)は、配列番号1の塩基配列におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号1の8番目の塩基)が、Cである多型を示す。すなわち、前記SNP(a)が、Cの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、C以外の塩基の場合(例えば、Tの場合)、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号1の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記SNP(a)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号1:5'-CAGTCAT[C]TTCGGC-3'
配列番号1:5'-CAGTCAT[C]TTCGGC-3'
前記SSP_603174(以下、「SNP(b)」ともいう)は、下記配列番号2の塩基配列における、かっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号2の8番目の塩基)が、Cである多型を示す。すなわち、前記SNP(b)が、Cの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、C以外の塩基の場合(例えば、Tの場合)、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号2の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記SNP(b)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号2:5'-TCAAAAG[C]TTAACTTTC-3'
配列番号2:5'-TCAAAAG[C]TTAACTTTC-3'
前記SSP_747974(以下、「SNP(c)」ともいう)は、下記配列番号3の塩基配列における、かっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号3の6番目の塩基)が、Gである多型を示す。すなわち、前記SNP(c)が、Gの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、G以外の塩基の場合(例えば、Aの場合)、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号3の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記SNP(c)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号3:5'-ATTTC[G]TCGAACAGATAGCG-3'
配列番号3:5'-ATTTC[G]TCGAACAGATAGCG-3'
前記SSP_820829(以下、「SNP(d)」ともいう)は、下記配列番号4の塩基配列における、かっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号4の8番目の塩基)が、Aである多型を示す。すなわち、前記SNP(d)が、Aの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、A以外の塩基の場合(例えば、Tの場合)、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号4の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記SNP(d)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号4:5'-GAATTTC[A]TCGTCTG-3'
配列番号4:5'-GAATTTC[A]TCGTCTG-3'
前記SSP_974782(以下、「SNP(e)」ともいう)は、下記配列番号5の塩基配列における、かっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号5の9番目の塩基)が、Aである多型を示す。すなわち、例えば、前記SNP(e)が、Aの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、A以外の塩基の場合(例えば、Gの場合)、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号5の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記SNP(e)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号5:5'-GGAATCTG[A]GAACCC-3'
配列番号5:5'-GGAATCTG[A]GAACCC-3'
前記SSP_1172180(以下、「SNP(f)」ともいう)は、下記配列番号6の塩基配列における、かっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号6の8番目の塩基)が、Tである多型を示す。つまり、例えば、前記SNP(f)が、Tの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、T以外の塩基の場合(例えば、Aの場合)、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号6の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記SNP(f)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号6:5'-AGTCCAT[T]CAGCTGAGTAAG-3'
配列番号6:5'-AGTCCAT[T]CAGCTGAGTAAG-3'
前記SSP_1363502(以下、「SNP(g)」ともいう)は、下記配列番号7の塩基配列における、かっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号7の9番目の塩基)が、Tである多型を示す。つまり、例えば、前記SNP(g)が、Tの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、T以外の塩基の場合(例えば、Cの場合)、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号7の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記SNP(g)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号7:5'-GCTTCTCC[T]AAGGCG-3'
配列番号7:5'-GCTTCTCC[T]AAGGCG-3'
前記SSP_1973014(以下、「SNP(h)」ともいう)は、例えば、配列番号8におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号8の8番目の塩基)が、Aである多型を示す。すなわち、前記SNP(h)が、Aの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、A以外の塩基の場合(例えば、Tの場合)、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号8の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記SNP(h)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号8:5'-TTCAACC[A]ATTTGTGG-3'
配列番号8:5'-TTCAACC[A]ATTTGTGG-3'
前記SSP_895667(以下、「SNP(p)」ともいう)は、例えば、配列番号16におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号16の9番目の塩基)が、Gである多型を示す。すなわち、前記SNP(p)が、Gの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、G以外の塩基の場合(例えば、Aの場合)、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号16の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記SNP(p)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号16:5'-ATACAACC[G]CAACAGTA-3'
配列番号16:5'-ATACAACC[G]CAACAGTA-3'
前記SSP_948693(以下、「SNP(q)」ともいう)は、例えば、配列番号17におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号17の11番目の塩基)が、Gである多型を示す。すなわち、前記SNP(q)が、Gの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、G以外の塩基の場合(例えば、Aの場合)、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号17の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記SNP(q)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号17:5'-CAGAATGAAC[G]GATTGTTATC-3'
配列番号17:5'-CAGAATGAAC[G]GATTGTTATC-3'
前記SSP_1025236(以下、「SNP(r)」ともいう)は、例えば、配列番号18におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号18の15番目の塩基)が、Cである多型を示す。すなわち、前記SNP(r)が、Cの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、C以外の塩基の場合(例えば、Gの場合)、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号18の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記SNP(r)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号18:5'-GGTTTGCTCAACTT[C]AGAA-3'
配列番号18:5'-GGTTTGCTCAACTT[C]AGAA-3'
前記SSP_1213299(以下、「SNP(s)」ともいう)は、例えば、配列番号19におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号19の16番目の塩基)が、Cである多型を示す。すなわち、前記SNP(s)が、Cの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、C以外の塩基の場合(例えば、Tの場合)、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号19の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記SNP(s)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号19:5'-TCTCCACCTGTCCTC[C]TTTT-3'
配列番号19:5'-TCTCCACCTGTCCTC[C]TTTT-3'
前記SSP_1256150(以下、「TNP(t)」ともいう)は、例えば、配列番号20におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号20の14番目の塩基)が、Aである多型を示す。すなわち、前記TNP(t)が、Aの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、A以外の塩基の場合(例えば、Gの場合)、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号20の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記TNP(t)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号20:5'-CACATTCCTTATAG[A]AATTCAAAAC-3'
配列番号20:5'-CACATTCCTTATAG[A]AATTCAAAAC-3'
前記染色体における前記SNPマーカーの座乗位置は、特に制限されない。前記SNPマーカーは、図1に示すように、例えば、カボチャ植物の第11染色体上において、上流側(SSP_2408098側)から下流側(SSP_97301側)にかけて、SSP_2283860、SSP_2200119、SSP_2151711、SSP_1973014、SSP_1363502、SSP_1256150、SSP_1213299、SSP_1172180、SSP_1025236、SSP_974782、SSP_948693、SSP_895667、SSP_820829、SSP_747974、SSP_603174、SSP_550674、SSP_494573、およびSSP_399374が、この順序で座乗している。なお、図1において、SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098は、カボチャ植物の第11染色体におけるSSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014の座乗位置を示すのに使用しているが、いずれか一つまたは両者をSNPマーカーとして使用してもよい。この場合、後述する、SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098の説明において、受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物の多型である場合、カボチャ植物は、例えば、ホモプシス根腐病抵抗性であり、受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物の多型以外の塩基の場合、カボチャ植物は、例えば、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098のいずれか1つ以上をSNPマーカーとして使用する場合、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_974782、SSP_1172180、SSP_1363502、およびSSP_1973014からなる群からなる群から選択された少なくとも一つと組合せて用いてもよい。
前記抵抗性遺伝子座が有する前記SNPマーカーの個数は、特に制限されず、例えば、前記SNPマーカーのうち、いずれか1個、または2個以上、すなわち、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、または13個全てであってもよい。なお、これら13種類の多型(SNPマーカー)とホモプシス根腐病抵抗性との関連性は、これまでに報告されておらず、本発明者らにより初めて見出された、ホモプシス根腐病抵抗性に関与する新規の多型である。
前記SNPマーカーの組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
SNP(a)およびSNP(b)の組合せ;
SNP(a)およびSNP(c)の組合せ;
SNP(a)およびSNP(d)の組合せ;
SNP(a)およびSNP(e)の組合せ;
SNP(a)およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(c)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(d)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(e)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(f)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)およびSNP(d)の組合せ;
SNP(c)およびSNP(e)の組合せ;
SNP(c)およびSNP(f)の組合せ;
SNP(c)およびSNP(g)の組合せ;
SNP(c)およびSNP(h)の組合せ;
SNP(d)およびSNP(e)の組合せ;
SNP(d)およびSNP(f)の組合せ;
SNP(d)およびSNP(g)の組合せ;
SNP(d)およびSNP(h)の組合せ;
SNP(e)およびSNP(f)の組合せ;
SNP(e)およびSNP(g)の組合せ;
SNP(e)およびSNP(h)の組合せ;
SNP(f)およびSNP(g)の組合せ;
SNP(f)およびSNP(h)の組合せ;
SNP(g)およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、およびSNP(c)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、およびSNP(d)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、およびSNP(e)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、およびSNP(d)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、およびSNP(e)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、およびSNP(e)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(d)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(e)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、およびSNP(e)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(b)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(e)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(c)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(c)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(d)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(e)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(d)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(e)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、およびSNP(e)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(e)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(e)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(e)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(e)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(c)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(e)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(d)、SNP(e)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(d)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(e)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(e)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(e)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(e)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
前記組合せのうち、ホモプシス根腐病抵抗性との相関性がより高いことから、好ましくは、例えば、以下の組合せである。
SNP(b)およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(d)の組合せ。
SNP(a)およびSNP(b)の組合せ;
SNP(a)およびSNP(c)の組合せ;
SNP(a)およびSNP(d)の組合せ;
SNP(a)およびSNP(e)の組合せ;
SNP(a)およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(c)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(d)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(e)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(f)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)およびSNP(d)の組合せ;
SNP(c)およびSNP(e)の組合せ;
SNP(c)およびSNP(f)の組合せ;
SNP(c)およびSNP(g)の組合せ;
SNP(c)およびSNP(h)の組合せ;
SNP(d)およびSNP(e)の組合せ;
SNP(d)およびSNP(f)の組合せ;
SNP(d)およびSNP(g)の組合せ;
SNP(d)およびSNP(h)の組合せ;
SNP(e)およびSNP(f)の組合せ;
SNP(e)およびSNP(g)の組合せ;
SNP(e)およびSNP(h)の組合せ;
SNP(f)およびSNP(g)の組合せ;
SNP(f)およびSNP(h)の組合せ;
SNP(g)およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、およびSNP(c)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、およびSNP(d)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、およびSNP(e)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、およびSNP(d)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、およびSNP(e)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、およびSNP(e)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(d)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(e)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、およびSNP(e)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(b)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(e)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(c)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(c)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(d)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(e)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(d)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(e)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、およびSNP(e)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(e)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(e)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(e)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(e)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(c)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(e)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(d)、SNP(e)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(d)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(e)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(e)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(e)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(e)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
前記組合せのうち、ホモプシス根腐病抵抗性との相関性がより高いことから、好ましくは、例えば、以下の組合せである。
SNP(b)およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(d)の組合せ。
前記第1の抵抗性遺伝子座が有する前記SNPマーカーの個数は、特に制限されず、例えば、前記第1のSNPマーカーセットのうち、いずれか1個、または2個以上、すなわち、2個、3個、4個、または5個全てであってもよい。
前記SNPマーカーの組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
SNP(a)およびSNP(b)の組合せ;
SNP(a)およびSNP(c)の組合せ;
SNP(a)およびSNP(d)の組合せ;
SNP(a)およびSNP(p)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(c)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(d)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(p)の組合せ;
SNP(c)およびSNP(d)の組合せ;
SNP(c)およびSNP(p)の組合せ;
SNP(d)およびSNP(p)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、およびSNP(c)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、およびSNP(d)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、およびSNP(p)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、およびSNP(d)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、およびSNP(p)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、およびSNP(p)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(d)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(p)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、およびSNP(p)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(p)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(d)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(p)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、およびSNP(p)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(p)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(p)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(p)の組合せ。
SNP(a)およびSNP(b)の組合せ;
SNP(a)およびSNP(c)の組合せ;
SNP(a)およびSNP(d)の組合せ;
SNP(a)およびSNP(p)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(c)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(d)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(p)の組合せ;
SNP(c)およびSNP(d)の組合せ;
SNP(c)およびSNP(p)の組合せ;
SNP(d)およびSNP(p)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、およびSNP(c)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、およびSNP(d)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、およびSNP(p)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、およびSNP(d)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、およびSNP(p)の組合せ;
SNP(a)、SNP(d)、およびSNP(p)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(d)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(p)の組合せ;
SNP(b)、SNP(d)、およびSNP(p)の組合せ;
SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(p)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(d)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(p)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(d)、およびSNP(p)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(p)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(p)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(p)の組合せ。
前記第2の抵抗性遺伝子座が有する前記SNPマーカーの個数は、特に制限されず、例えば、前記第2のSNPマーカーセットのうち、いずれか1個、または2個以上、すなわち、2個、3個、4個、5個、または6個全てであってもよい。
前記SNPマーカーの組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
SNP(q)およびSNP(e)の組合せ;
SNP(q)およびSNP(r)の組合せ;
SNP(q)およびSNP(f)の組合せ;
SNP(q)およびSNP(s)の組合せ;
SNP(q)およびSNP(t)の組合せ;
SNP(e)およびSNP(r)の組合せ;
SNP(e)およびSNP(f)の組合せ;
SNP(e)およびSNP(s)の組合せ;
SNP(e)およびSNP(t)の組合せ;
SNP(r)およびSNP(f)の組合せ;
SNP(r)およびSNP(s)の組合せ;
SNP(r)およびSNP(t)の組合せ;
SNP(f)およびSNP(s)の組合せ;
SNP(f)およびSNP(t)の組合せ;
SNP(s)およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、およびSNP(r)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、およびSNP(s)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(r)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(q)、SNP(r)、およびSNP(s)の組合せ;
SNP(q)、SNP(r)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(f)、およびSNP(s)の組合せ;
SNP(q)、SNP(f)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(e)、SNP(r)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(e)、SNP(r)、およびSNP(s)の組合せ;
SNP(e)、SNP(r)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(s)の組合せ;
SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(e)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(r)、SNP(f)、およびSNP(s)の組合せ;
SNP(r)、SNP(f)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(r)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(f)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、SNP(r)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、SNP(r)、およびSNP(s)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、SNP(r)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(s)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(r)、SNP(f)、およびSNP(s)の組合せ;
SNP(q)、SNP(r)、SNP(f)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(r)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(f)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(e)、SNP(r)、SNP(f)、およびSNP(s)の組合せ;
SNP(e)、SNP(r)、SNP(f)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(e)、SNP(r)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(e)、SNP(f)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(r)、SNP(f)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、SNP(r)、SNP(f)、およびSNP(s)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、SNP(r)、SNP(f)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、SNP(r)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(r)、SNP(f)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(e)、SNP(r)、SNP(f)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、SNP(r)、SNP(f)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ。
SNP(q)およびSNP(e)の組合せ;
SNP(q)およびSNP(r)の組合せ;
SNP(q)およびSNP(f)の組合せ;
SNP(q)およびSNP(s)の組合せ;
SNP(q)およびSNP(t)の組合せ;
SNP(e)およびSNP(r)の組合せ;
SNP(e)およびSNP(f)の組合せ;
SNP(e)およびSNP(s)の組合せ;
SNP(e)およびSNP(t)の組合せ;
SNP(r)およびSNP(f)の組合せ;
SNP(r)およびSNP(s)の組合せ;
SNP(r)およびSNP(t)の組合せ;
SNP(f)およびSNP(s)の組合せ;
SNP(f)およびSNP(t)の組合せ;
SNP(s)およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、およびSNP(r)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、およびSNP(s)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(r)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(q)、SNP(r)、およびSNP(s)の組合せ;
SNP(q)、SNP(r)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(f)、およびSNP(s)の組合せ;
SNP(q)、SNP(f)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(e)、SNP(r)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(e)、SNP(r)、およびSNP(s)の組合せ;
SNP(e)、SNP(r)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(s)の組合せ;
SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(e)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(r)、SNP(f)、およびSNP(s)の組合せ;
SNP(r)、SNP(f)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(r)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(f)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、SNP(r)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、SNP(r)、およびSNP(s)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、SNP(r)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(s)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(r)、SNP(f)、およびSNP(s)の組合せ;
SNP(q)、SNP(r)、SNP(f)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(r)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(f)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(e)、SNP(r)、SNP(f)、およびSNP(s)の組合せ;
SNP(e)、SNP(r)、SNP(f)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(e)、SNP(r)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(e)、SNP(f)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(r)、SNP(f)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、SNP(r)、SNP(f)、およびSNP(s)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、SNP(r)、SNP(f)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、SNP(r)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(r)、SNP(f)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(e)、SNP(r)、SNP(f)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ;
SNP(q)、SNP(e)、SNP(r)、SNP(f)、SNP(s)、およびSNP(t)の組合せ。
(2)SNPマーカーを含む塩基配列による特定
前記抵抗性遺伝子座は、前記(2)に示すように、例えば、前記SNPマーカーを含む塩基配列によって規定されてもよい。前記抵抗性遺伝子座は、例えば、前記塩基配列からなるものでもよいし、前記塩基配列を含むものでもよい。
前記抵抗性遺伝子座は、前記(2)に示すように、例えば、前記SNPマーカーを含む塩基配列によって規定されてもよい。前記抵抗性遺伝子座は、例えば、前記塩基配列からなるものでもよいし、前記塩基配列を含むものでもよい。
前記SNPマーカーを含む塩基配列は、特に制限されず、例えば、後述する(a)、(b)(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(p)、(q)、(r)、(s)、および(t)のポリヌクレオチド等があげられる。前記(a)、(b)(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(p)、(q)、(r)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(p)、SNP(q)、SNP(r)、SNP(s)、およびSNP(t)のSNPマーカーを含む塩基配列に相当する。
前記図1に示すように、前記抵抗性遺伝子座は、例えば、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する2つの抵抗性遺伝子の座乗領域を含む、すなわち、第1の抵抗性遺伝子座と、第2の抵抗性遺伝子座とを含む。前記第1の抵抗性遺伝子座および前記第2の抵抗性遺伝子座は、例えば、それぞれが、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与し、両抵抗性遺伝子座を組合せることにより、ホモプシス根腐病抵抗性をより向上できる。前記第1の抵抗性遺伝子座は、例えば、(a)、(b)、(c)、(d)、および/または、(p)のポリヌクレオチド(以下、「第1のヌクレオチドマーカーセット」ともいう)により規定できる。また、前記第2の抵抗性遺伝子座は、例えば、(q)、(e)、(r)、(f)、(s)、および/または、(t)のポリヌクレオチド(以下、「第2のヌクレオチドマーカーセット」ともいう)により規定できる。
前記(a)のポリヌクレオチドは、前記SNP(a)、すなわち、SSP_550674を含む塩基配列であり、例えば、下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチドである。前記(a2)および(a3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(a2)または(a3)のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(a2)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(a3)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(a2)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(a3)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
前記(a1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号1におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(C)が、前記SNP(a)の多型に対応する塩基である。また、前記(a1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。
前記(a2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1~18個、1~12個、1~8個、1~4個、1~3個、1個または2個である。本発明において、塩基数等の個数の数値範囲は、例えば、その範囲に属する正の整数を全て開示するものである。つまり、例えば、「1~5個」との記載は、「1、2、3、4、5個」の全ての開示を意味する(以下、同様)。
前記(a3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。前記同一性は、2つの塩基配列をアライメントすることによって求めることができる(以下、同様)。具体的には、前記同一性は、例えば、BLAST、FASTA等の解析ソフトウェアを用いて、デフォルトのパラメータにより算出できる(以下、同様)。
前記(b)のポリヌクレオチドは、前記SNP(b)、すなわち、SSP_603174を含む塩基配列であり、例えば、下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチドである。前記(b2)および(b3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(b2)または(b3)のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。
(b) 下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(b2)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(b3)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
(b) 下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(b2)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(b3)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
前記(b1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号2におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(C)が、前記SNP(b)の多型に対応する塩基である。また、前記(b1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。
前記(b2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1~18個、1~12個、1~8個、1~4個、1~3個、1個または2個である。
前記(b3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。
前記(c)のポリヌクレオチドは、前記SNP(c)、すなわち、SSP_747974を含む塩基配列であり、例えば、下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチドである。前記(c2)および(c3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(c2)または(c3)のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。
(c) 下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(c2)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(c3)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(c2)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(c3)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
前記(c1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号3におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(G)が、前記SNP(c)の多型に対応する塩基である。また、前記(c1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。
前記(c2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1~17個、1~13個、1~8個、1~4個、1~3個、1個または2個である。
前記(c3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。
前記(d)のポリヌクレオチドは、前記SNP(d)、すなわち、SSP_820829を含む塩基配列であり、例えば、下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチドである。前記(d2)および(d3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(d2)または(d3)のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。
(d) 下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(d2)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(d3)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(d2)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(d3)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
前記(d1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号4におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(A)が、前記SNP(d)の多型に対応する塩基である。また、前記(d1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。
前記(d2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1~13個、1~6個、1~3個、1個または2個である。
前記(d3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。
前記(e)のポリヌクレオチドは、前記SNP(e)、すなわち、SSP_974782を含む塩基配列であり、例えば、下記(e1)、(e2)、または(e3)のポリヌクレオチドである。前記(e2)および(e3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(e2)または(e3)のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。
(e) 下記(e1)、(e2)、または(e3)のポリヌクレオチド
(e1)配列番号5の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(e2)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(e3)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列に対して80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
(e1)配列番号5の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(e2)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(e3)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列に対して80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
前記(e1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号5におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(A)が、前記SNP(e)の多型に対応する塩基である。また、前記(e1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。
前記(e2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1~13個、1~6個、1~3個、1個または2個である。
前記(e3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。
前記(f)のポリヌクレオチドは、前記SNP(f)、すなわち、SSP_1172180を含む塩基配列であり、例えば、下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチドである。前記(f2)および(f3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(f2)または(f3)のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。
(f) 下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド
(f1)配列番号6の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(f2)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(f3)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
(f1)配列番号6の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(f2)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(f3)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
前記(f1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号6におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(T)が、前記SNP(f)の多型に対応する塩基である。また、前記(f1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。
前記(f2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1~13個、1~6個、1~3個、1個または2個である。
前記(f3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。
前記(g)のポリヌクレオチドは、前記SNP(g)、すなわち、SSP_1363502を含む塩基配列であり、例えば、下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチドである。前記(g2)および(g3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(g2)または(g3)のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。
(g) 下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド
(g1)配列番号7の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(g2)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(g3)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
(g1)配列番号7の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(g2)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(g3)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
前記(g1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号7におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(T)が、前記SNP(g)の多型に対応する塩基である。また、前記(g1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。
前記(g2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1~13個、1~6個、1~3個、1個または2個である。
前記(g3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。
前記(h)のポリヌクレオチドは、前記SNP(h)、すなわち、SSP_1973014を含む塩基配列であり、例えば、下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチドである。前記(h2)および(h3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(h2)または(h3)のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド
(h1)配列番号8の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(h2)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(h3)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
(h1)配列番号8の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(h2)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(h3)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
前記(h1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号8におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(A)が、前記SNP(h)の多型に対応する塩基である。また、前記(h1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。
前記(h2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1~13個、1~6個、1~3個、1個または2個である。
前記(h3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。
前記(p)のポリヌクレオチドは、前記SNP(p)、すなわち、SSP_895667を含む塩基配列であり、例えば、下記(p1)、(p2)、または(p3)のポリヌクレオチドである。前記(p2)および(p3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(p2)または(p3)のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。
(p)下記(p1)、(p2)、または(p3)のポリヌクレオチド
(p1)配列番号16の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(p2)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(p3)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
(p1)配列番号16の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(p2)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(p3)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
前記(p1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号16におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(G)が、前記SNP(p)の多型に対応する塩基である。また、前記(p1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。
前記(p2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1~13個、1~6個、1~3個、1個または2個である。
前記(p3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。
前記(q)のポリヌクレオチドは、前記SNP(q)、すなわち、SSP_948693を含む塩基配列であり、例えば、下記(q1)、(q2)、または(q3)のポリヌクレオチドである。前記(q2)および(q3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(q2)または(q3)のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。
(q)下記(q1)、(q2)、または(q3)のポリヌクレオチド
(q1)配列番号17の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(q2)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(q3)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
(q1)配列番号17の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(q2)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(q3)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
前記(q1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号17におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(G)が、前記SNP(q)の多型に対応する塩基である。また、前記(q1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FEQM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。
前記(q2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1~13個、1~6個、1~4個、1~3個、1個または2個である。
前記(q3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。
前記(r)のポリヌクレオチドは、前記SNP(r)、すなわち、SSP_1025236を含む塩基配列であり、例えば、下記(r1)、(r2)、または(r3)のポリヌクレオチドである。前記(r2)および(r3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(r2)または(r3)のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。
(r)下記(r1)、(r2)、または(r3)のポリヌクレオチド
(r1)配列番号18の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(r2)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(r3)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
(r1)配列番号18の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(r2)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(r3)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
前記(r1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号18におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(C)が、前記SNP(r)の多型に対応する塩基である。また、前記(r1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FEQM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。
前記(r2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1~13個、1~6個、1~4個、1~3個、1個または2個である。
前記(r3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。
前記(s)のポリヌクレオチドは、前記SNP(s)、すなわち、SSP_1213299を含む塩基配列であり、例えば、下記(s1)、(s2)、または(s3)のポリヌクレオチドである。前記(s2)および(s3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(s2)または(s3)のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。
(s)下記(s1)、(s2)、または(s3)のポリヌクレオチド
(s1)配列番号19の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(s2)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(s3)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
(s1)配列番号19の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(s2)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(s3)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
前記(s1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号19におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(C)が、前記SNP(s)の多型に対応する塩基である。また、前記(s1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FEQM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。
前記(s2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1~13個、1~6個、1~4個、1~3個、1個または2個である。
前記(s3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。
前記(t)のポリヌクレオチドは、前記TNP(t)、すなわち、SSP_1256150を含む塩基配列であり、例えば、下記(t1)、(t2)、または(t3)のポリヌクレオチドである。前記(t2)および(t3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(t2)または(t3)のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。
(t)下記(t1)、(t2)、または(t3)のポリヌクレオチド
(t1)配列番号20の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(t2)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(t3)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
(t1)配列番号20の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(t2)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(t3)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
前記(t1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号20におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(A)が、前記SNP(t)の多型に対応する塩基である。また、前記(t1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FEQM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。
前記(t2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1~13個、1~6個、1~4個、1~3個、1個または2個である。
前記(t3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。
前記抵抗性遺伝子座が有する、前記SNPマーカーを含む塩基配列の個数、すなわち、前記抵抗性遺伝子座と連鎖するSNPマーカーを含む塩基配列の個数は、特に制限されず、例えば、前記(a)、(b)(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(p)、(q)、(r)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドのうち、いずれか1個、または2個以上、すなわち、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、または13個全てであってもよい。
前記SNPマーカーを含む塩基配列の組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
(a)および(b)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)および(c)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(c)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、および(c)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(d)、および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(d)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(d)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(d)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(e)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(e)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(e)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)、(e)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(d)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(d)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(d)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(e)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(e)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、(e)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(e)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、(e)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
前記組合せのうち、ホモプシス根腐病抵抗性との相関性がより高いことから、好ましくは、例えば、以下の組合せである。
(b)および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、および(d)のポリヌクレオチドの組合せ。
(a)および(b)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)および(c)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(c)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、および(c)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(d)、および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(d)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(d)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(d)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(e)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(e)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(e)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)、(e)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(d)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(d)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(d)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(e)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(e)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、(e)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、(e)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(e)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、(e)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
前記組合せのうち、ホモプシス根腐病抵抗性との相関性がより高いことから、好ましくは、例えば、以下の組合せである。
(b)および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、および(d)のポリヌクレオチドの組合せ。
前記第1の抵抗性遺伝子座が有する前記SNPマーカーを含む塩基配列の個数、すなわち、前記第1の抵抗性遺伝子座と連鎖するSNPマーカーを含む塩基配列の個数は、特に制限されず、例えば、前記第1のヌクレオチドマーカーセットのうち、いずれか1個、または2個以上、すなわち、2個、3個、4個、または5個全てであってもよい。
前記SNPマーカーを含む塩基配列の組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
(a)および(b)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)および(c)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(c)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、および(c)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドの組合せ。
(a)および(b)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)および(c)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(c)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(d)および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、および(c)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドの組合せ。
前記第2の抵抗性遺伝子座が有する前記SNPマーカーを含む塩基配列の個数、すなわち、前記第2の抵抗性遺伝子座と連鎖するSNPマーカーを含む塩基配列の個数は、特に制限されず、例えば、前記第2のヌクレオチドマーカーセットのうち、いずれか1個、または2個以上、すなわち、2個、3個、4個、5個、または6個全てであってもよい。
前記SNPマーカーを含む塩基配列の組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
(q)および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)および(r)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)および(r)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(r)および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(r)および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(r)および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(s)および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、および(r)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(r)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(r)、および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(r)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(f)、および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(f)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(r)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(r)、および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(r)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(f)、および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(f)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(r)、(f)、および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(r)、(f)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(r)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、(r)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、(r)、および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、(r)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、(f)、および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、(f)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(r)、(f)、および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(r)、(f)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(r)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(r)、(f)、および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(r)、(f)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(r)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、(r)、(f)、および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、(r)、(f)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、(r)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ。
(q)および(e)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)および(r)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)および(r)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(r)および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(r)および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(r)および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(s)および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、および(r)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(r)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(r)、および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(r)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(f)、および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(f)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(r)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(r)、および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(r)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(f)、および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(f)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(r)、(f)、および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(r)、(f)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(r)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、(r)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、(r)、および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、(r)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、(f)、および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、(f)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(r)、(f)、および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(r)、(f)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(r)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(r)、(f)、および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(r)、(f)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(r)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、(r)、(f)、および(s)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、(r)、(f)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、(r)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(e)、(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ;
(q)、(e)、(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドの組合せ。
前記SNPマーカーを含む塩基配列としては、例えば、SSP_97301を含む塩基配列(配列番号9の塩基配列からなるポリヌクレオチド)、SSP_399374を含む塩基配列(配列番号10の塩基配列からなるポリヌクレオチド)、SSP_494573を含む塩基配列(配列番号11の塩基配列からなるポリヌクレオチド)、SSP_2151711を含む塩基配列(配列番号12の塩基配列からなるポリヌクレオチド)、SSP_2200119を含む塩基配列(配列番号13の塩基配列からなるポリヌクレオチド)、SSP_2283860を含む塩基配列(配列番号14の塩基配列からなるポリヌクレオチド)、および/またはSSP_2408098を含む塩基配列(配列番号15の塩基配列からなるポリヌクレオチド)、を用いてもよい。この場合、各ポリヌクレオチドは、例えば、各ポリヌクレオチドの多型または下線で示す塩基が保存され、前記各ポリヌクレオチドの塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド、または、前記各ポリヌクレオチドの多型または下線で示す塩基が保存され、前記各ポリヌクレオチドの塩基配列に対して80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチドであってもよい。前記1もしくは数個および同一性は、例えば、前記(a2)および(a3)の説明を援用できる。前記各ポリヌクレオチドは、例えば、前記(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(p)、(q)、(r)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも一つと組合せて用いてもよい。
(3)2つのSNPマーカーの部位間の領域による特定
前記抵抗性遺伝子座は、前述のように、SNPマーカーと連鎖する。このため、前記抵抗性遺伝子座は、前記(3)に示すように、例えば、前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列、または前記2つのSNPマーカーにより規定される領域(座乗位置またはマッピング領域ともいう)によって規定されてもよい。前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列は、特に制限されず、例えば、前記染色体における、SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列等があげられる。前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物(以下、「寄託系統」ともいう)における対応する2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列を参照できる。前記寄託系統の塩基配列を参照する場合、前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、前記寄託系統の塩基配列と完全または部分的に一致する。後者の場合、前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列で特定される抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示せばよい。前記部分的な一致は、例えば、前記寄託系統の塩基配列に対する同一性により規定できる。前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。前記抵抗性遺伝子座が前記(3)で特定される場合、前記抵抗性遺伝子座は、例えば、前記2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗しているということもできる。前記抵抗性遺伝子座を座乗している領域により特定する場合、前記抵抗性遺伝子座は、さらに、前記SNPマーカーまたは前記SNPマーカーを含む塩基配列と組合わせて特定してもよい。以下の説明において、「領域の塩基配列を含む」は、「領域に座乗している」ということもできる。
前記抵抗性遺伝子座は、前述のように、SNPマーカーと連鎖する。このため、前記抵抗性遺伝子座は、前記(3)に示すように、例えば、前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列、または前記2つのSNPマーカーにより規定される領域(座乗位置またはマッピング領域ともいう)によって規定されてもよい。前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列は、特に制限されず、例えば、前記染色体における、SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列等があげられる。前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物(以下、「寄託系統」ともいう)における対応する2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列を参照できる。前記寄託系統の塩基配列を参照する場合、前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、前記寄託系統の塩基配列と完全または部分的に一致する。後者の場合、前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列で特定される抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示せばよい。前記部分的な一致は、例えば、前記寄託系統の塩基配列に対する同一性により規定できる。前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。前記抵抗性遺伝子座が前記(3)で特定される場合、前記抵抗性遺伝子座は、例えば、前記2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗しているということもできる。前記抵抗性遺伝子座を座乗している領域により特定する場合、前記抵抗性遺伝子座は、さらに、前記SNPマーカーまたは前記SNPマーカーを含む塩基配列と組合わせて特定してもよい。以下の説明において、「領域の塩基配列を含む」は、「領域に座乗している」ということもできる。
前記SSP_97301(以下、「SNP(i)」ともいう)は、例えば、配列番号9におけるかっこで囲んだ下線部の塩基の多型を示す。後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物において、前記SNP(i)は、Gである多型を示すが、前記SNP(i)は、例えば、G以外の塩基、すなわち、A、T、またはCでもよい。また、前記配列番号9の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記SNP(i)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号9:5'-CCGCCAT[G]TGACCCAA-3'
配列番号9:5'-CCGCCAT[G]TGACCCAA-3'
前記SSP_399374(以下、「SNP(j)」ともいう)は、例えば、配列番号10におけるかっこで囲んだ下線部の塩基の多型を示す。後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物において、前記SNP(j)は、Tである多型を示すが、前記SNP(j)は、例えば、T以外の塩基、すなわち、A、G、またはCでもよい。また、前記配列番号10の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記SNP(j)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号10:5'-ACACTTC[T]ACGAGCAT-3'
配列番号10:5'-ACACTTC[T]ACGAGCAT-3'
前記SSP_494573(以下、「SNP(k)」ともいう)は、例えば、配列番号11におけるかっこで囲んだ下線部の塩基の多型を示す。後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物において、前記SNP(k)は、Gである多型を示すが、前記SNP(k)は、例えば、G以外の塩基、すなわち、A、T、またはCでもよい。また、前記配列番号11の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記SNP(k)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号11:5'-CAGGGAT[G]TAGGTA-3'
配列番号11:5'-CAGGGAT[G]TAGGTA-3'
前記SSP_2151711(以下、「SNP(l)」ともいう)は、例えば、配列番号12におけるかっこで囲んだ下線部の塩基の多型を示す。後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物において、前記SNP(l)は、Cである多型を示すが、前記SNP(l)は、例えば、C以外の塩基、すなわち、A、T、またはGでもよい。また、前記配列番号12の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記SNP(l)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号12:5'-ATTTAT[C]GGTGGAGGC-3'
配列番号12:5'-ATTTAT[C]GGTGGAGGC-3'
前記SSP_2200119(以下、「SNP(m)」ともいう)は、例えば、配列番号13におけるかっこで囲んだ下線部の塩基の多型を示す。後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物において、前記SNP(m)は、Tである多型を示すが、前記SNP(m)は、例えば、T以外の塩基、すなわち、A、G、またはCでもよい。また、前記配列番号13の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記SNP(m)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号13:5'-GACATTCACCAT[T]AACTC-3'
配列番号13:5'-GACATTCACCAT[T]AACTC-3'
前記SSP_2283860(以下、「SNP(n)」ともいう)は、例えば、配列番号14におけるかっこで囲んだ下線部の塩基の多型を示す。後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物において、前記SNP(n)は、Gである多型を示すが、前記SNP(n)は、例えば、G以外の塩基、すなわち、A、T、またはCでもよい。また、前記配列番号14の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記SNP(n)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号14:5'-AACGCCGTC[G]TTTCTGG-3'
配列番号14:5'-AACGCCGTC[G]TTTCTGG-3'
前記SSP_2408098(以下、「SNP(o)」ともいう)は、例えば、配列番号15におけるかっこで囲んだ下線部の塩基の多型を示す。後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物において、前記SNP(o)は、Tである多型を示すが、前記SNP(o)は、例えば、T以外の塩基、すなわち、A、G、またはCでもよい。また、前記配列番号15の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記SNP(o)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号15:5'-CGGTGT[T]CGCGAAG-3'
配列番号15:5'-CGGTGT[T]CGCGAAG-3'
前記領域は、前述のように、例えば、前記2つのSNPマーカーの部位によって、上流側端部と下流側端部とを特定できる。前記領域は、例えば、前記2つのSNPマーカーの部位間であればよく、例えば、前記2つのSNPマーカーの部位の両方または一方を含んでもよいし、含まなくてもよい。また、前記領域が、前記SNPマーカーの部位を含む場合、前記領域の前記上流側端部と前記下流側端部とは、前記SNPマーカーの部位となるが、前記上流側端部と前記下流側端部との塩基は、例えば、前述した塩基配列における下線部の塩基でもよいし、それ以外の塩基でもよい。
前記領域を規定する前記2つのSNPマーカーは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
(1)上流側端部のSNPが、SNP(g)、SNP(h)、SNP(l)、SNP(m)、SNP(n)、またはSNP(o)であり、下流側端部のSNPが、SNP(b)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
(2)上流側端部のSNPが、SNP(h)、SNP(l)、SNP(m)、SNP(n)、またはSNP(o)であり、下流側端部のSNPが、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
(3)上流側端部のSNPが、SNP(m)であり、下流側端部のSNPが、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
(4)上流側端部のSNPが、SNP(h)であり、下流側端部のSNPが、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
(5)上流側端部のSNPが、SNP(l)であり、下流側端部のSNPが、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
(6)上流側端部のSNPが、SNP(m)であり、下流側端部のSNPが、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
(7)上流側端部のSNPが、SNP(n)であり、下流側端部のSNPが、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
(8)上流側端部のSNPが、SNP(o)であり、下流側端部のSNPが、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
(9)上流側端部のSNPが、SNP(h)、SNP(l)、SNP(m)、SNP(n)、またはSNP(o)であり、下流側端部のSNPが、SNP(g)またはSNP(i)である;
(10)上流側端部のSNPが、SNP(h)、SNP(l)、SNP(m)、SNP(n)、またはSNP(o)であり、下流側端部のSNPが、SNP(j)である;
(11)上流側端部のSNPが、SNP(h)、SNP(l)、SNP(m)、SNP(n)、またはSNP(o)であり、下流側端部のSNPが、SNP(k)である;
(12)上流側端部のSNPが、SNP(h)、SNP(l)、SNP(m)、SNP(n)、またはSNP(o)であり、下流側端部のSNPが、SNP(j)である;
(13)上流側端部のSNPが、SNP(g)、SNP(h)、またはSNP(l)であり、下流側端部のSNPが、SNP(b)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
(14)上流側端部のSNPが、SNP(g)であり、下流側端部のSNPが、SNP(b)である;
(15)上流側端部のSNPが、SNP(h)であり、下流側端部のSNPが、SNP(a)である;
(16)上流側端部のSNPが、SNP(l)であり、下流側端部のSNPが、SNP(k)である;
(17)上流側端部のSNPが、SNP(g)、SNP(h)、またはSNP(l)であり、下流側端部のSNPが、SNP(b)である;
(18)上流側端部のSNPが、SNP(g)、SNP(h)、またはSNP(l)であり、下流側端部のSNPが、SNP(k)である;
(19)上流側端部のSNPが、SNP(g)、SNP(h)、またはSNP(l)であり、下流側端部のSNPが、SNP(a)である;
(20)上流側端部のSNPが、SNP(g)であり、下流側端部のSNPが、SNP(b)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
(21)上流側端部のSNPが、SNP(h)であり、下流側端部のSNPが、SNP(b)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
(22)上流側端部のSNPが、SNP(l)であり、下流側端部のSNPが、SNP(b)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
前記組合せのうち、ホモプシス根腐病抵抗性との相関性がより高いことから、好ましくは、例えば、以下の組合せである。
前記(2)~(12)の組合せ;
前記組合せのうち、ホモプシス根腐病抵抗性との相関性がさらに高いことから、より好ましくは、例えば、以下の組合せである。
上流側端部のSNPが、SNP(g)であり、下流側端部のSNPが、SNP(b)である;
上流側端部のSNPが、SNP(l)であり、下流側端部のSNPが、SNP(k)である;
上流側端部のSNPが、SNP(h)であり、下流側端部のSNPが、SNP(a)である。
(1)上流側端部のSNPが、SNP(g)、SNP(h)、SNP(l)、SNP(m)、SNP(n)、またはSNP(o)であり、下流側端部のSNPが、SNP(b)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
(2)上流側端部のSNPが、SNP(h)、SNP(l)、SNP(m)、SNP(n)、またはSNP(o)であり、下流側端部のSNPが、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
(3)上流側端部のSNPが、SNP(m)であり、下流側端部のSNPが、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
(4)上流側端部のSNPが、SNP(h)であり、下流側端部のSNPが、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
(5)上流側端部のSNPが、SNP(l)であり、下流側端部のSNPが、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
(6)上流側端部のSNPが、SNP(m)であり、下流側端部のSNPが、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
(7)上流側端部のSNPが、SNP(n)であり、下流側端部のSNPが、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
(8)上流側端部のSNPが、SNP(o)であり、下流側端部のSNPが、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
(9)上流側端部のSNPが、SNP(h)、SNP(l)、SNP(m)、SNP(n)、またはSNP(o)であり、下流側端部のSNPが、SNP(g)またはSNP(i)である;
(10)上流側端部のSNPが、SNP(h)、SNP(l)、SNP(m)、SNP(n)、またはSNP(o)であり、下流側端部のSNPが、SNP(j)である;
(11)上流側端部のSNPが、SNP(h)、SNP(l)、SNP(m)、SNP(n)、またはSNP(o)であり、下流側端部のSNPが、SNP(k)である;
(12)上流側端部のSNPが、SNP(h)、SNP(l)、SNP(m)、SNP(n)、またはSNP(o)であり、下流側端部のSNPが、SNP(j)である;
(13)上流側端部のSNPが、SNP(g)、SNP(h)、またはSNP(l)であり、下流側端部のSNPが、SNP(b)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
(14)上流側端部のSNPが、SNP(g)であり、下流側端部のSNPが、SNP(b)である;
(15)上流側端部のSNPが、SNP(h)であり、下流側端部のSNPが、SNP(a)である;
(16)上流側端部のSNPが、SNP(l)であり、下流側端部のSNPが、SNP(k)である;
(17)上流側端部のSNPが、SNP(g)、SNP(h)、またはSNP(l)であり、下流側端部のSNPが、SNP(b)である;
(18)上流側端部のSNPが、SNP(g)、SNP(h)、またはSNP(l)であり、下流側端部のSNPが、SNP(k)である;
(19)上流側端部のSNPが、SNP(g)、SNP(h)、またはSNP(l)であり、下流側端部のSNPが、SNP(a)である;
(20)上流側端部のSNPが、SNP(g)であり、下流側端部のSNPが、SNP(b)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
(21)上流側端部のSNPが、SNP(h)であり、下流側端部のSNPが、SNP(b)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
(22)上流側端部のSNPが、SNP(l)であり、下流側端部のSNPが、SNP(b)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
前記組合せのうち、ホモプシス根腐病抵抗性との相関性がより高いことから、好ましくは、例えば、以下の組合せである。
前記(2)~(12)の組合せ;
前記組合せのうち、ホモプシス根腐病抵抗性との相関性がさらに高いことから、より好ましくは、例えば、以下の組合せである。
上流側端部のSNPが、SNP(g)であり、下流側端部のSNPが、SNP(b)である;
上流側端部のSNPが、SNP(l)であり、下流側端部のSNPが、SNP(k)である;
上流側端部のSNPが、SNP(h)であり、下流側端部のSNPが、SNP(a)である。
前記抵抗性遺伝子座が前記第1の抵抗性遺伝子座である場合、前記領域を規定する前記2つのSNPマーカーは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
(23)上流側端部のSNPが、SNP(d)、SNP(p)、またはSNP(q)であり、下流側端部のSNPが、SNP(b)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
(24)上流側端部のSNPが、SNP(d)、またはSNP(p)であり、下流側端部のSNPが、SNP(b)、SNP(k)、またはSNP(a)である。
前記組合せのうち、ホモプシス根腐病抵抗性との相関性がより高いことから、好ましくは、例えば、以下の組合せである。
上流側端部のSNPが、SNP(q)であり、下流側端部のSNPが、SNP(k)である;
上流側端部のSNPが、SNP(p)であり、下流側端部のSNPが、SNP(a)である;
上流側端部のSNPが、SNP(d)であり、下流側端部のSNPが、SNP(b)である。
(23)上流側端部のSNPが、SNP(d)、SNP(p)、またはSNP(q)であり、下流側端部のSNPが、SNP(b)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、またはSNP(a)である;
(24)上流側端部のSNPが、SNP(d)、またはSNP(p)であり、下流側端部のSNPが、SNP(b)、SNP(k)、またはSNP(a)である。
前記組合せのうち、ホモプシス根腐病抵抗性との相関性がより高いことから、好ましくは、例えば、以下の組合せである。
上流側端部のSNPが、SNP(q)であり、下流側端部のSNPが、SNP(k)である;
上流側端部のSNPが、SNP(p)であり、下流側端部のSNPが、SNP(a)である;
上流側端部のSNPが、SNP(d)であり、下流側端部のSNPが、SNP(b)である。
前記抵抗性遺伝子座が前記第2の抵抗性遺伝子座である場合、前記領域を規定する前記2つのSNPマーカーは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
(25)上流側端部のSNPが、SNP(s)、SNP(t)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(l)、SNP(m)、SNP(n)、またはSNP(o)であり、下流側端部のSNPが、SNP(e)、SNP(q)、またはSNP(p)である;
(26)上流側端部のSNPが、SNP(s)、SNP(t)、またはSNP(g)であり、下流側端部のSNPが、SNP(e)、SNP(q)、またはSNP(p)である。
前記組合せのうち、ホモプシス根腐病抵抗性との相関性がより高いことから、好ましくは、例えば、以下の組合せである。
上流側端部のSNPが、SNP(g)であり、下流側端部のSNPが、SNP(p)である;
上流側端部のSNPが、SNP(t)であり、下流側端部のSNPが、SNP(q)である;
上流側端部のSNPが、SNP(s)であり、下流側端部のSNPが、SNP(e)である。
(25)上流側端部のSNPが、SNP(s)、SNP(t)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(l)、SNP(m)、SNP(n)、またはSNP(o)であり、下流側端部のSNPが、SNP(e)、SNP(q)、またはSNP(p)である;
(26)上流側端部のSNPが、SNP(s)、SNP(t)、またはSNP(g)であり、下流側端部のSNPが、SNP(e)、SNP(q)、またはSNP(p)である。
前記組合せのうち、ホモプシス根腐病抵抗性との相関性がより高いことから、好ましくは、例えば、以下の組合せである。
上流側端部のSNPが、SNP(g)であり、下流側端部のSNPが、SNP(p)である;
上流側端部のSNPが、SNP(t)であり、下流側端部のSNPが、SNP(q)である;
上流側端部のSNPが、SNP(s)であり、下流側端部のSNPが、SNP(e)である。
前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列によって、前記抵抗性遺伝子座を規定する場合、前記抵抗性遺伝子座は、さらに、前記領域の塩基配列において、前記領域に座乗する前記SNPマーカーを有することが好ましい。具体的には、前記抵抗性遺伝子座は、前記領域の塩基配列において、例えば、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーを有することが好ましい。
前記領域に座乗する前記SNPマーカーは、例えば、前記染色体上において、前記領域を規定する前記2つのSNPマーカーの部位のうち一方または両方の部位でもよいし、前記領域を規定する前記2つのSNPマーカーの部位間に座乗するSNPマーカーでもよい。前者を、前記領域の末端のSNPマーカーともいい、後者を、前記領域の内部のSNPマーカーともいう。前記領域に座乗する前記SNPマーカーは、例えば、前記領域の末端のSNPマーカーおよび前記領域の内部のSNPマーカーの両方であってもよい。
前記領域の内部のSNPマーカーは、例えば、前記領域を規定する上流側の前記SNPマーカーの部位と下流側の前記SNPマーカーの部位との間に座乗しているSNPマーカーがあげられ、例えば、図1に示す前記SNPマーカーの座乗位置に基づき、適宜決定できる。前記2つのSNPマーカーの部位間における前記SNPマーカーの個数は、例えば、1個以上であればよく、具体例としては、前記領域を規定するSNPマーカーの部位間に座乗する全てのSNPマーカーである。
前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列と前記領域の塩基配列における前記SNPマーカーとの組合せは、特に制限されず、例えば、下記条件(i)、(ii)、(iii)、または(iv)があげられる。
条件(i):
前記染色体における、SNP(b)およびSNP(g)の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有し、好ましくは、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する;
条件(ii):
前記染色体における、SNP(k)およびSNP(l)の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有し、好ましくは、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有し、より好ましくは、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する;
条件(iii):
前記染色体における、SNP(a)およびSNP(h)の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有し、好ましくは、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有し、より好ましくは、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する;
条件(iv)
前記染色体における、SNP(h)、SNP(l)、SNP(m)、SNP(n)、またはSNP(o)と、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、またはSNP(a)との部位間、好ましくは、前記(2)~(12)の組合せのSNP部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、SNP(a)SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有し、好ましくは、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有し、より好ましくは、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する。
条件(i):
前記染色体における、SNP(b)およびSNP(g)の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有し、好ましくは、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する;
条件(ii):
前記染色体における、SNP(k)およびSNP(l)の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有し、好ましくは、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有し、より好ましくは、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する;
条件(iii):
前記染色体における、SNP(a)およびSNP(h)の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有し、好ましくは、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有し、より好ましくは、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する;
条件(iv)
前記染色体における、SNP(h)、SNP(l)、SNP(m)、SNP(n)、またはSNP(o)と、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、またはSNP(a)との部位間、好ましくは、前記(2)~(12)の組合せのSNP部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、SNP(a)SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有し、好ましくは、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(e)、SNP(f)、およびSNP(g)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有し、より好ましくは、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する。
前記抵抗性遺伝子座が前記第1の抵抗遺伝子座である場合、前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列と前記領域の塩基配列における前記SNPマーカーとの組合せは、特に制限されず、例えば、下記条件(v)または(vi)があげられる。
条件(v)
前記染色体における、SNP(a)およびSNP(p)の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(p)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有し、好ましくは、SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(d)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する。
条件(vi)
前記染色体における、SNP(b)およびSNP(d)の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、SNP(b)、SNP(c)、SNP、および(d)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する。
条件(v)
前記染色体における、SNP(a)およびSNP(p)の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、およびSNP(p)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有し、好ましくは、SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(d)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する。
条件(vi)
前記染色体における、SNP(b)およびSNP(d)の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、SNP(b)、SNP(c)、SNP、および(d)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する。
前記抵抗性遺伝子座が前記第2の抵抗遺伝子座である場合、前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列と前記領域の塩基配列における前記SNPマーカーとの組合せは、特に制限されず、例えば、下記条件(vii)または(viii)があげられる。
条件(vii)
前記染色体における、SNP(q)およびSNP(t)の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、SNP(q)、SNP(e)、SNP(r)、SNP(f)、SNP(s)、およびSNP(t)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有し、好ましくは、SNP(e)、SNP(r)、SNP(f)、およびSNP(s)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する。
条件(viii)
前記染色体における、SNP(e)およびSNP(s)の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、SNP(e)、SNP(r)、SNP(f)、およびSNP(s)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する。
条件(vii)
前記染色体における、SNP(q)およびSNP(t)の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、SNP(q)、SNP(e)、SNP(r)、SNP(f)、SNP(s)、およびSNP(t)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有し、好ましくは、SNP(e)、SNP(r)、SNP(f)、およびSNP(s)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する。
条件(viii)
前記染色体における、SNP(e)およびSNP(s)の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、SNP(e)、SNP(r)、SNP(f)、およびSNP(s)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する。
前記抵抗性遺伝子座は、例えば、後述する受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物の第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座である。
本発明のホモプシス根腐病抵抗性マーカーによれば、例えば、カボチャ植物に対して、ホモプシス根腐病抵抗性を付与することができる。本発明において、カボチャ植物の前記ホモプシス根腐病抵抗性の程度は、後述する実施例1の方法に準じて、カボチャ植物の発病指数を評価し、前記発病指数から算出する発病度により表わすことができる。この方法による前記発病度の算出は、後述する実施例1の説明を援用でき、例えば、発病度2未満を耐病性、発病度2以上を罹病性と設定できる。前記発病度により前記ホモプシス根腐病抵抗性を判断する場合、前記発病度は、複数のカボチャ植物の平均の発病度である。前記ホモプシス根腐病抵抗性の判断に使用するカボチャ植物の数は、例えば、ホモプシス根腐病罹病性カボチャ植物との統計学的な検定が可能な数であり、具体例として、40~50株である。
前記ホモプシス根腐病抵抗性は、前記発病度に基づき、3段階以上で評価してもよい。具体例として、前記ホモプシス根腐病抵抗性は、例えば、高度な耐病性、中程度の耐病性、および罹病性の3段階の抵抗性で評価してもよい。この場合、カボチャ植物の前記ホモプシス根腐病抵抗性の程度は、後述の実施例1の方法に準じて、カボチャ植物の発病指数を評価し、前記発病指数から算出する発病度により表わすことができる。この方法による前記発病度の算出は、後述する実施例1の説明を援用でき、例えば、発病度2以下を高度な耐病性、発病度2を超え、3以下を中程度の耐病性、発病度3を超えると罹病性と設定できる。前記発病度により前記ホモプシス根腐病抵抗性を判断する場合、前記発病度は、複数のカボチャ植物の平均の発病度である。前記ホモプシス根腐病抵抗性の判断に使用するカボチャ植物の数は、例えば、ホモプシス根腐病罹病性カボチャ植物との統計学的な検定が可能な数であり、具体例として、40~50株である。
<ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物>
別の態様において、本発明は、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示すカボチャ植物を提供する。本発明のカボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物であって、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含む。本発明のカボチャ植物は、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むことから、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示すことができる。本発明のカボチャ植物の説明において、前記第11染色体上の前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、例えば、本発明のホモプシス根腐病抵抗性マーカーと読み替え可能である。
別の態様において、本発明は、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示すカボチャ植物を提供する。本発明のカボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物であって、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含む。本発明のカボチャ植物は、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むことから、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示すことができる。本発明のカボチャ植物の説明において、前記第11染色体上の前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、例えば、本発明のホモプシス根腐病抵抗性マーカーと読み替え可能である。
本発明のカボチャ植物において、前記ホモプシス根腐病抵抗性は、前述のように、前記第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座によってもたらされる。本発明のカボチャ植物は、前記抵抗性遺伝子座を第11染色体上に有するが、例えば、第11染色体に代えて、第11染色体以外のどの染色体上に、前記第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有してもよい。すなわち、前記抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物は、第1染色体、第2染色体、第3染色体、第4染色体、第5染色体、第6染色体、第7染色体、第8染色体、第9染色体、第10染色体、第12染色体、第13染色体、第14染色体、第15染色体、第16染色体、第17染色体、第18染色体、第19染色体、および第20染色体のいずれかの染色体上に、前記第11染色体上の前記抵抗性遺伝子座を有してもよい。
本発明のカボチャ植物は、例えば、前記抵抗性遺伝子座を1つ含んでもよいし、2つ以上含んでもよく、具体例として、1対の染色体において、一方の染色体が前記抵抗性遺伝子座を含んでもよく(ヘテロ接合型)、両方の染色体が前記抵抗性遺伝子座を含んでもよい(ホモ接合型)。
本発明のカボチャ植物において、前記抵抗性遺伝子座は、例えば、前記本発明のカボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性マーカーにおけるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の説明を援用できる。
本発明のカボチャ植物において、前記抵抗性遺伝子座について前記「(3)2つのSNPマーカーの部位間の領域による特定」を行なう場合、前記抵抗性遺伝子座は、例えば、2つのSNPマーカー間に座乗する抵抗性遺伝子座ということもできる。すなわち、本発明のカボチャ植物は、例えば、前記抵抗性遺伝子座として、SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間に座乗する抵抗性遺伝子座を含むということもできる。前記2つのSNPマーカーの組合せは、前記本発明のマーカーにおける「(3)2つのSNPマーカーの部位間の領域による特定」の説明を援用できる。この場合、前記抵抗性遺伝子座は、例えば、さらに、前記本発明のマーカーにおける「(1)SNPマーカーによる特定」および/または「(2)SNPマーカーを含む塩基配列による特定」と組合せて特定されてもよい。この場合、前記抵抗性遺伝子座の特定に用いるSNPマーカーおよびSNPマーカーを含む塩基配列は、前記本発明のマーカーにおける「(1)SNPマーカーによる特定」および「(2)SNPマーカーを含む塩基配列による特定」の説明を援用できる。
本発明のカボチャ植物は、一例として、受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物(Cucurbita
moschata)またはその後代系統があげられる。前記後代系統は、例えば、前記抵抗性遺伝子座を有する。寄託の情報を以下に示す。
寄託の種類:国際寄託
寄託機関名:独立行政法人製品評価技術基盤機構 特許生物寄託センター
あて名:日本国 〒292-0818 千葉県木更津市かずさ鎌足2-5-8 120号室
受託番号FERM P-22425
識別のための表示:Takii 20
受領日:2021年7月29日
寄託の種類:国際寄託
寄託機関名:独立行政法人製品評価技術基盤機構 特許生物寄託センター
あて名:日本国 〒292-0818 千葉県木更津市かずさ鎌足2-5-8 120号室
受託番号FERM P-22425
識別のための表示:Takii 20
受領日:2021年7月29日
本発明のカボチャ植物は、前記領番号FERM ABP-22425で寄託されたニホンカボチャ植物の第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含んでもよい。
本発明のカボチャ植物は、例えば、カボチャ植物に、前記抵抗性遺伝子座を導入することによっても製造できる。前記カボチャ植物への前記抵抗性遺伝子座の導入方法は、特に制限されず、例えば、本発明のカボチャ植物との交雑もしくは胚培養、または従来公知の遺伝子工学的手法があげられる。前記遺伝子工学的手法としては、例えば、遺伝子組み換え技術、ゲノム編集技術を用いた方法等があげられる。導入する前記抵抗性遺伝子座は、前述の抵抗性遺伝子座が例示できる。本発明のカボチャ植物との交雑により導入する場合、交雑に用いる本発明のカボチャ植物は、例えば、前記抵抗性遺伝子座をホモ接合型で含むことが好ましい。
本発明のカボチャ植物について、ホモプシス根腐病抵抗性以外の特徴、例えば、形質的、生態的特徴等は、特に限定されない。
本発明のカボチャ植物は、さらに、他の抵抗性を有してもよい。
<ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の部分>
別の態様において、本発明は、ホモプシス根腐病に抵抗性を示すカボチャ植物の部分を提供する。本発明は、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の部分である。本発明のカボチャ植物は、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含む。本発明のカボチャ植物の部分は、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むことから、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示すことができる。本発明のカボチャ植物の説明において、前記第11染色体上の前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、例えば、本発明のホモプシス根腐病抵抗性マーカーと読み替え可能である。
別の態様において、本発明は、ホモプシス根腐病に抵抗性を示すカボチャ植物の部分を提供する。本発明は、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の部分である。本発明のカボチャ植物は、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含む。本発明のカボチャ植物の部分は、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むことから、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示すことができる。本発明のカボチャ植物の説明において、前記第11染色体上の前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、例えば、本発明のホモプシス根腐病抵抗性マーカーと読み替え可能である。
前記植物の部分は、例えば、植物細胞、植物プロトプラスト、植物体を再生可能な植物細胞培養物または組織培養物、植物カルス、植物塊(plant clumps)、植物または植物の部分から単離した植物細胞、分裂組織細胞(meristematic cell)、花、花弁、花芽、雌しべ、花冠、花粉、葉、葉柄、葉髄、子葉、子房(ovary)、胚、胚珠、胚軸、胚嚢、卵細胞、小胞子(microspore)、葯、雌しべ、花、子房(ovary)、挿し木、穂木(接ぎ穂)、台木、根、根の先端(根端)、種子、果実、幹、茎、苗等があげられる。前記植物の部分は、例えば、器官、組織、細胞または栄養繁殖体等があげられ、いずれでもよい。前記器官は、例えば、花弁、花冠、花、葉、種子、果実、茎、根等があげられる。前記組織は、例えば、前記器官の部分である。前記花粉は、成熟した花粉でも、未成熟の花粉でもよい。
前記植物の部分が、根を含む場合、本発明の植物の部分は、後述のウリ科植物との接ぎ木用台木に用いるためのカボチャ植物として好適に使用できる。
本発明の植物の部分は、例えば、本発明のカボチャ植物において、目的の部位を取得することにより製造できる。
<ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の台木>
別の態様において、本発明は、ウリ科植物との接ぎ木により、ホモプシス根腐病抵抗性を付与できる台木を提供する。本発明のカボチャ植物の台木(以下、「台木」という)は、ウリ科植物との接ぎ木の台木に用いるためのカボチャ植物の台木であって、前記カボチャ植物は、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物である。前記ホモプシス根腐病菌は、一般的に、ウリ科植物の根に侵入することで、感染を確立する。このため、本発明の台木は、前記本発明のカボチャ植物を台木として用いることにより、得られた接ぎ木植物は、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことができる。このため、本発明の台木によれば、ウリ科植物との接ぎ木により、ホモプシス根腐病抵抗性を付与できる。
別の態様において、本発明は、ウリ科植物との接ぎ木により、ホモプシス根腐病抵抗性を付与できる台木を提供する。本発明のカボチャ植物の台木(以下、「台木」という)は、ウリ科植物との接ぎ木の台木に用いるためのカボチャ植物の台木であって、前記カボチャ植物は、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物である。前記ホモプシス根腐病菌は、一般的に、ウリ科植物の根に侵入することで、感染を確立する。このため、本発明の台木は、前記本発明のカボチャ植物を台木として用いることにより、得られた接ぎ木植物は、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことができる。このため、本発明の台木によれば、ウリ科植物との接ぎ木により、ホモプシス根腐病抵抗性を付与できる。
前記ウリ科植物は、例えば、キュウリ植物(Cucumis
sativus)、スイカ植物(Citrullus
lanatus)、メロン植物(Cucumis
melo)等があげられる。前記ウリ科植物は、前記接ぎ木植物において、前記台木に接ぐ穂木(接ぎ穂)として使用する。
前記台木は、前記本発明のカボチャ植物の根を含み、好ましくは、前記本発明のカボチャ植物の根および茎(根茎)を含む。
前記穂木は、前記ウリ科植物の茎を含み、好ましくは、前記ウリ科植物の茎および葉(茎葉)を含む。前記穂木は、ホモプシス根腐病抵抗性でもよいし、ホモプシス根腐病罹病性でもよいが、ホモプシス根腐病抵抗性が好ましい。
前記接ぎ木植物において、前記台木と前記穂木とは、同じ植物個体に由来してもよいし、異なる植物個体に由来してもよいが、好ましくは、異なる植物個体に由来する。また、前記台木と前記穂木とは、同じ品種の植物個体に由来してもよいし、異なる品種の植物個体に由来してもよいが、好ましくは、異なる品種に由来する。さらに、前記台木と前記穂木とは、前記ウリ科植物において、同じ属および/または種に属する植物個体に由来してもよいし、異なる属および/または種に属する植物個体に由来してもよいが、好ましくは、異なる属および/または種に属する植物個体に由来する。
<ホモプシス根腐病抵抗性接ぎ木植物>
別の態様において、本発明は、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示す、接ぎ木植物を提供する。本発明の接ぎ木植物は、ホモプシス根腐病抵抗性の接ぎ木植物であって、前記接ぎ木植物は、穂木と台木とを含み、前記穂木は、ウリ科植物であり、前記台木は、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物である。前述のように、前記ホモプシス根腐病菌は、一般的に、ウリ科植物の根に侵入することで、感染を確立する。本発明の接ぎ木植物は、前記本発明のカボチャ植物を台木として用いるため、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことができる。
別の態様において、本発明は、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示す、接ぎ木植物を提供する。本発明の接ぎ木植物は、ホモプシス根腐病抵抗性の接ぎ木植物であって、前記接ぎ木植物は、穂木と台木とを含み、前記穂木は、ウリ科植物であり、前記台木は、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物である。前述のように、前記ホモプシス根腐病菌は、一般的に、ウリ科植物の根に侵入することで、感染を確立する。本発明の接ぎ木植物は、前記本発明のカボチャ植物を台木として用いるため、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことができる。
<ホモプシス根腐病抵抗性接ぎ木植物の製造方法>
別の態様において、本発明は、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示す接ぎ木植物の製造方法を提供する。本発明の製造方法(以下、「接ぎ木植物の製造方法」ともいう)は、ホモプシス根腐病抵抗性の接ぎ木植物の製造方法であって、ウリ科植物の穂木を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の台木に接ぎ木する接木工程を含み、前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物は、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物である。前述のように、前記ホモプシス根腐病菌は、一般的に、ウリ科植物の根に侵入することで、感染を確立する。本発明の接ぎ木植物の製造方法は、前記本発明のカボチャ植物を台木として用いるため、ホモプシス根腐病抵抗性を示す接ぎ木植物を製造できる。
別の態様において、本発明は、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示す接ぎ木植物の製造方法を提供する。本発明の製造方法(以下、「接ぎ木植物の製造方法」ともいう)は、ホモプシス根腐病抵抗性の接ぎ木植物の製造方法であって、ウリ科植物の穂木を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の台木に接ぎ木する接木工程を含み、前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物は、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物である。前述のように、前記ホモプシス根腐病菌は、一般的に、ウリ科植物の根に侵入することで、感染を確立する。本発明の接ぎ木植物の製造方法は、前記本発明のカボチャ植物を台木として用いるため、ホモプシス根腐病抵抗性を示す接ぎ木植物を製造できる。
本発明の接ぎ木植物の製造方法は、ウリ科植物の穂木を台木に接ぐ。このため、本発明の接ぎ木植物の製造方法は、前記接木工程に先立ち、ウリ科植物から穂木を調製する調製工程を含んでもよい。前記調製工程において、前記穂木の調製方法は、公知の接ぎ穂の調製方法を利用でき、前記ウリ科植物の種類に応じて適宜設定できる。前記穂木は、前述のように、茎葉を含むことが好ましい。
つぎに、前記接木工程では、前記ウリ科植物の穂木を、前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の台木に接ぎ木する。前記台木と前記穂木との接木方法は、特に制限されず、例えば、カボチャ植物を台木とする公知の接木方法が利用でき、具体例として、呼び接ぎ、挿し接ぎ、ピン接ぎ等により実施できる。前記呼び接ぎは、下向きに切り込みが設けられた台木と、上向きに切り込みが設けられた穂木とについて、切り込み部分を密着(接着)させ、クリップ、ピン等の固定具を用いて、密着面(接着面)を固定(維持)することにより、接ぎ木する方法である。前記挿し接ぎは、台木の茎の切断面または側面に穴を開け、前記穴に、先端をクサビ型に形成した穂木の茎を挿入して接ぎ木する方法である。前記ピン接ぎは、台木と穂木とをピンを介して接ぐ方法である。前記ピンは、セラミック製のピン等があげられる。具体的に、前記ピン接ぎは、例えば、台木に用いるウリ科植物の穂木を切除し、穂木に用いるウリ科植物の台木を切除する。そして、前記ピン接ぎは、前記ピンの一端を、得られた台木の切断面の略中心に挿し込み、前記ピンの他端を、得られた穂木の切断面の略中心に挿し込み、両切断面を密着(接触)させることにより接ぎ木する方法である。前記ピンの大きさは、得られた台木と穂木と密着させた際に、両者が安定的に密着(接触)可能な大きさに設定でき、例えば、前記ピンの径が、約0.5mmであり、前記ピンの長さが、約15mmである。前記接木工程において、前記台木は、例えば、断根を行なってもよいし、行なわなくてもよい。
本発明は、ホモプシス根腐病抵抗性の接ぎ木植物の製造のための、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の使用ということもできる。
<ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法>
別の態様において、本発明は、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示す、カボチャ植物の製造方法を提供する。本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法(以下、「製造方法」ともいう)は、下記(a)および(b)工程を含むことを特徴とする。
別の態様において、本発明は、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示す、カボチャ植物の製造方法を提供する。本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法(以下、「製造方法」ともいう)は、下記(a)および(b)工程を含むことを特徴とする。
(a)前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物と、他のカボチャ植物とを交雑(交配)する工程;
(b)前記(a)工程より得られたカボチャ植物またはその後代系統から、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を選抜する工程。
(b)前記(a)工程より得られたカボチャ植物またはその後代系統から、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を選抜する工程。
本発明の製造方法によれば、前記本発明のカボチャ植物を他のカボチャ植物と交雑することにより、得られた後代系統から、ホモプシス根腐病に抵抗性を示すカボチャ植物を得ることができる。本発明の製造方法によれば、任意のカボチャ植物を用いて、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示すカボチャ植物の品種を育種できる。このため、本発明の製造方法は、例えば、育種方法または育成方法ということもできる。
本発明の製造方法において、前記抵抗性遺伝子座は、前記本発明のマーカーにおける抵抗性遺伝子座の説明を援用できる。また、本発明において、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記本発明の抵抗性マーカーと言いかえることができ、その説明を援用できる。
前記(a)工程において、第一の親として使用するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物は、前記本発明の抵抗性カボチャ植物であればよい。前記抵抗性カボチャ植物は、例えば、前述のような受託番号FERM P-22425で寄託されたニホンカボチャ植物またはその後代系統が好ましい。前記(a)工程において、第一の親として使用するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物は、例えば、後述する本発明のスクリーニング方法により得ることもできる。このため、前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物は、例えば、前記(a)工程に先立って、例えば、被検カボチャ植物から、下記(x)工程により選抜して準備してもよい。
(x)被検カボチャ植物から、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を選抜する工程。
前記(x)工程において、前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜は、例えば、被検カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性を直接および/または間接的に評価し、前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を選抜することにより実施できる。前記直接的な評価は、前述のホモプシス根腐病抵抗性の発病度を用いた評価方法の説明を援用できる。
前記間接的評価により実施する場合、前記(x)工程において、前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜は、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物の選抜ということができる。このため、前記(x)工程は、例えば、下記(x1)工程および(x2)工程により行うことができる。
(x1)前記被検カボチャ植物の染色体上における、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の有無を検出する検出工程
(x2)前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の存在により、前記被検カボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する選抜工程
(x2)前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の存在により、前記被検カボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する選抜工程
前記(x)工程における前記選抜は、前述のように、例えば、前記抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物の選抜であり、具体的には、前記被検カボチャ植物について、前記抵抗性遺伝子座を検出することによって、前記抵抗性カボチャ植物を選抜できる。前記(x2)工程において、例えば、一対の染色体における一方の染色体において前記抵抗性遺伝子座が存在する場合に、前記被検カボチャ植物を、前記抵抗性カボチャ植物として選抜してもよいし、一対の染色体における両方の染色体において前記抵抗性遺伝子座が存在する場合、前記被検カボチャ植物を、前記抵抗性カボチャ植物として選抜してもよいが、後者が好ましい。前記(x1)工程における前記抵抗性遺伝子座の検出は、例えば、前記本発明のマーカーにおいて説明したように、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を規定する、(1)前記SNPマーカー、(2)前記SNPマーカーを含む塩基配列、(3)前記2つのSNPマーカーの部位間の領域、およびこれらの組合せを用いて検出できる。具体的には、前記(x1)工程では、例えば、前記被検カボチャ植物の染色体上における、前記抵抗性遺伝子座と関連するSNP等の分子マーカーを検出し、得られた検出結果から前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の有無を検出する。
前記(x)工程では、前記抵抗性遺伝子座として、前記第1の抵抗性遺伝子座を検出してもよいし、前記第2の抵抗性遺伝子座を検出してもよいし、両者を検出してもよい。
前記(x)工程における前記選抜について、以下の具体例をあげるが、本発明は、これらには限定されない。また、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座に関しては、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性マーカーにおける説明を援用できる。
(1)SNPマーカーによる特定
前記(x)工程における前記選抜は、例えば、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物の選抜である。前記選択されるSNPマーカーは、特に制限されず、例えば、前記本発明のマーカーにおける「(1)SNPマーカーによる特定」の説明を援用できる。
前記(x)工程における前記選抜は、例えば、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物の選抜である。前記選択されるSNPマーカーは、特に制限されず、例えば、前記本発明のマーカーにおける「(1)SNPマーカーによる特定」の説明を援用できる。
前記抵抗性遺伝子座が前記第1の抵抗性遺伝子座である場合、前記(x)工程における前記選抜は、例えば、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、およびSSP_895667からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である。また、前記抵抗性遺伝子座が前記第2の抵抗性遺伝子座である場合、前記(x)工程における前記選抜は、例えば、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、およびSSP_1256150からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である。
(2)SNPマーカーを含む塩基配列による特定
前記(x)工程における前記選抜は、例えば、前記(a)、(b)(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(p)、(q)、(r)、(s)、および(t)からなる群から選択された少なくとも一つのポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物の選抜である。前記(a)、(b)(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(p)、(q)、(r)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドは、例えば、前記本発明のマーカーにおける「(2)SNPマーカーを含む塩基配列による特定」の説明を援用できる。
前記(x)工程における前記選抜は、例えば、前記(a)、(b)(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(p)、(q)、(r)、(s)、および(t)からなる群から選択された少なくとも一つのポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物の選抜である。前記(a)、(b)(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(p)、(q)、(r)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドは、例えば、前記本発明のマーカーにおける「(2)SNPマーカーを含む塩基配列による特定」の説明を援用できる。
前記抵抗性遺伝子座が前記第1の抵抗性遺伝子座である場合、前記(x)工程における前記選抜は、例えば、前記(a)、(b)、(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも一つのポリヌクレオチドで特定される第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である。また、前記抵抗性遺伝子座が前記第2の抵抗性遺伝子座である場合、前記(x)工程における前記選抜は、例えば、前記(q)、(e)、(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも一つのポリヌクレオチドで特定される第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である。
(3)2つのSNPマーカーの部位間の領域による特定
前記(x)工程における前記選抜は、例えば、前記染色体における、SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列を含むホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物の選抜である。前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性マーカーにおける「(3)2つのSNPマーカーの部位間の領域による特定」の説明を援用できる。
前記(x)工程における前記選抜は、例えば、前記染色体における、SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列を含むホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物の選抜である。前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性マーカーにおける「(3)2つのSNPマーカーの部位間の領域による特定」の説明を援用できる。
前記抵抗性遺伝子座が前記第1の抵抗性遺伝子座である場合、前記(x)工程における前記選抜は、例えば、前記染色体における、SSP_550674またはSSP_603174と、SSP_820829またはSSP_895667とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗する第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である。また、前記抵抗性遺伝子座が前記第2の抵抗性遺伝子座である場合、前記(x)工程における前記選抜は、例えば、前記染色体における、SSP_948693またはSSP_974782と、SSP_1213299またはSSP_1256150とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗する第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である。
具体例として、前記(x)工程における前記選抜は、例えば、前記領域の塩基配列において、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有するホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物の選抜があげられる。
また、前記(x)工程における前記選抜は、例えば、前記条件(i)、(ii)、(iii)、(iv)、(v)、(vi)、(vii)、または(viii)を満たすホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物の選抜でもよい。
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の有無を検出する染色体は、好ましくは、第11染色体である。
また、前記(a)工程において、他方の親として使用するカボチャ植物は、特に制限されず、例えば、既知のホモプシス根腐病抵抗性を有するまたは有さないカボチャ植物でもよいし、他の抵抗性を有するまたは有さないカボチャ植物でもよいし、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物でもよい。
前記(a)工程において、前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物と前記他のカボチャ植物との交雑方法は、特に制限されず、公知の方法が採用できる。
前記(b)工程において、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を選抜する対象は、例えば、前記(a)工程より得られたカボチャ植物でもよいし、さらに、そのカボチャ植物から得られた後代系統でもよい。具体的に、前記対象は、例えば、前記(a)工程の交雑によって得られたF1のカボチャ植物でもよいし、その後代系統でもよい。前記後代系統は、例えば、前記(a)工程の交雑によって得られたF1のカボチャ植物の自殖交雑後代または戻し交雑後代でもよいし、前記F1のカボチャ植物と他のカボチャ植物とを交雑することによって得られたカボチャ植物であってもよい。
前記(b)工程において、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜は、例えば、ホモプシス根腐病抵抗性を、直接的または間接的に確認することにより行うことができる。
前記(b)工程において、前記直接的な確認は、得られた前記F1のカボチャ植物またはその後代系統について、例えば、ホモプシス根腐病抵抗性を、前述の発病度によって評価することで行える。具体的には、例えば、前記F1のカボチャ植物またはその後代系統に対して、例えば、ホモプシス根腐病菌を接種して、ホモプシス根腐病抵抗性を、前記発病度によって評価することで確認できる。この場合、例えば、2未満の発病度を示す前記F1のカボチャ植物またはその後代系統を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜できる。
また、前記(b)工程において、前記間接的な確認による選抜は、例えば、下記(b1)および(b2)工程によって行うことができる。
(b1)前記(a)工程より得られたカボチャ植物またはその後代系統について、染色体上における、ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の有無を検出する検出工程
(b2)前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の存在により、前記(a)工程により得られたカボチャ植物またはその後代系統を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する選抜工程
(b1)前記(a)工程より得られたカボチャ植物またはその後代系統について、染色体上における、ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の有無を検出する検出工程
(b2)前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の存在により、前記(a)工程により得られたカボチャ植物またはその後代系統を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する選抜工程
前記(b)工程におけるホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の間接的な確認による選抜は、例えば、前記(x)工程において説明した方法と同様であり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の有無の検出によって、より具体的には、前記分子マーカーを使用した前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の有無の検出によって、行うことができる。
本発明の製造方法は、前記(b)工程において選抜されたホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を、さらに育成することが好ましい。
このように、前記ホモプシス根腐病抵抗性が確認された前記カボチャ植物またはその後代系統を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜できる。
本発明の製造方法は、さらに、交雑により得られた前記後代系統から、種子を採取する採種工程を含んでもよい。
本発明の製造方法は、前記(a)工程および前記(b)工程を含むが、本発明はこれに限定されず、前記(a)工程のみを含んでもよい。この場合、前記(a)工程で用いる本発明のカボチャ植物は、前記抵抗性遺伝子座をホモ接合型で含むことが好ましい。
<ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物のスクリーニング方法>
別の態様において、本発明は、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示す、カボチャ植物をスクリーニングする方法を提供する。本発明のスクリーニング方法は、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物のスクリーニング方法であって、被検カボチャ植物から、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する選抜工程を含む。本発明のスクリーニング方法によれば、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示す可能性があるカボチャ植物をスクリーニングできる。また、本発明のスクリーニング方法によれば、交雑によりホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を生産するための親をスクリーニングすることができる。
別の態様において、本発明は、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示す、カボチャ植物をスクリーニングする方法を提供する。本発明のスクリーニング方法は、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物のスクリーニング方法であって、被検カボチャ植物から、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する選抜工程を含む。本発明のスクリーニング方法によれば、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示す可能性があるカボチャ植物をスクリーニングできる。また、本発明のスクリーニング方法によれば、交雑によりホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を生産するための親をスクリーニングすることができる。
前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜は、例えば、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法における前記(x)工程の説明を援用できる。
<カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性の検出方法>
別の態様において、カボチャ植物におけるホモプシス根腐病に対する抵抗性を検出またはスクリーニングする方法を提供する。本発明の検出方法は、カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性の検出方法であって、被検カボチャ植物の第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する検出工程を含む。本発明の検出方法によれば、対象のカボチャ植物がホモプシス根腐病に対して抵抗性を示すかを検出できる。本発明のカボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性の検出方法は、例えば、カボチャ植物におけるホモプシス根腐病抵抗性のスクリーニング方法ということもできる。
別の態様において、カボチャ植物におけるホモプシス根腐病に対する抵抗性を検出またはスクリーニングする方法を提供する。本発明の検出方法は、カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性の検出方法であって、被検カボチャ植物の第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する検出工程を含む。本発明の検出方法によれば、対象のカボチャ植物がホモプシス根腐病に対して抵抗性を示すかを検出できる。本発明のカボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性の検出方法は、例えば、カボチャ植物におけるホモプシス根腐病抵抗性のスクリーニング方法ということもできる。
前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の検出は、例えば、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法における前記(x)工程の間接的な選抜、すなわち、前記(x1)工程の説明を援用できる。具体例として、前記検出工程では、例えば、前記被検カボチャ植物の染色体上における、前記抵抗性遺伝子座と関連するSNP等の分子マーカーを検出し、得られた検出結果から前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の有無を検出する。検出を行なう染色体は、好ましくは、第11染色体である。
<カボチャ植物へのホモプシス根腐病抵抗性の付与方法>
別の態様において、本発明は、カボチャ植物に、ホモプシス根腐病の抵抗性を付与する方法を提供する。本発明のカボチャ植物へのホモプシス根腐病抵抗性の付与方法は、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を、カボチャ植物に導入する導入工程を含むことを特徴とする。本発明の付与方法によれば、前記第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、すなわち、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性マーカーを導入することにより、カボチャ植物にホモプシス根腐病抵抗性を付与できる。
別の態様において、本発明は、カボチャ植物に、ホモプシス根腐病の抵抗性を付与する方法を提供する。本発明のカボチャ植物へのホモプシス根腐病抵抗性の付与方法は、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を、カボチャ植物に導入する導入工程を含むことを特徴とする。本発明の付与方法によれば、前記第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、すなわち、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性マーカーを導入することにより、カボチャ植物にホモプシス根腐病抵抗性を付与できる。
前記導入工程において、前記第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の導入方法は、特に制限されない。前記導入方法は、例えば、前記抵抗性カボチャ植物と交雑または胚培養、従来公知の遺伝子工学的手法があげられる。導入する前記抵抗性遺伝子座は、前述の抵抗性遺伝子座が例示できる。前記抵抗性カボチャ植物との交雑により導入する場合、前記抵抗性カボチャ植物は、例えば、前記抵抗性遺伝子座をホモ接合型で含むことが好ましい。
以下、実施例を用いて本発明を詳細に説明するが、本発明は実施例に記載された態様に限定されるものではない。なお、特に示さない限り、市販の試薬およびキット等は、そのプロトコルに従い使用した。
[実施例1]
新規なホモプシス根腐病抵抗性ニホンカボチャ植物について、ホモプシス根腐病菌に対し抵抗性を示すことを確認し、また、新規なホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の特定を行なった。
新規なホモプシス根腐病抵抗性ニホンカボチャ植物について、ホモプシス根腐病菌に対し抵抗性を示すことを確認し、また、新規なホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の特定を行なった。
ホモプシス根腐病抵抗性を示す新規ニホンカボチャ植物を開発するために、タキイ種苗株式会社農場で継代育種により採取された大量のニホンカボチャ系統の種子について、育種を行い、ホモプシス根腐病抵抗性の試験を行った。その結果、ホモプシス根腐病抵抗性を示す、新規のホモプシス根腐病抵抗性ニホンカボチャ系統(Cucurbita
moschata)を得た。以下、このホモプシス根腐病抵抗性ニホンカボチャ植物を親系統という。また、前記親系統は、受託番号FERM P-22425で寄託した。以下、親系統を、寄託系統ともいう。
(1)抵抗性遺伝子座の特定
ホモプシス根腐病抵抗性系統と、ホモプシス根腐病罹病性ニホンカボチャ植物の固定系統(以下、「第1の罹病系統」ともいう)とを交雑後、自殖することにより得られた184個体のF2集団(以下、「184系統」という)を作製し、そのDNAを抽出した。そして、前記DNAについて、事前に作成したゲノムワイドマーカー(SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_974782、SSP_1172180、SSP_1363502、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098を含むSNPマーカー群)の遺伝子型(多型)を決定しソフトウェア(MSTmap)を用いた連鎖地図の作製、およびソフトウェア(R/qtl)を用いた連鎖解析をおこなった。この結果を図2に示す。
ホモプシス根腐病抵抗性系統と、ホモプシス根腐病罹病性ニホンカボチャ植物の固定系統(以下、「第1の罹病系統」ともいう)とを交雑後、自殖することにより得られた184個体のF2集団(以下、「184系統」という)を作製し、そのDNAを抽出した。そして、前記DNAについて、事前に作成したゲノムワイドマーカー(SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_974782、SSP_1172180、SSP_1363502、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098を含むSNPマーカー群)の遺伝子型(多型)を決定しソフトウェア(MSTmap)を用いた連鎖地図の作製、およびソフトウェア(R/qtl)を用いた連鎖解析をおこなった。この結果を図2に示す。
図2は、第11染色体上におけるLOD値を示すグラフである。図2において、横軸は、第11染色体上の位置およびSNPマーカーを示し、縦軸は、LOD値を示す。図2に示すように、第11染色体上に、CIM(composite interval mapping)で算出されるLOD値のピーク値が3.97を示すQTLを1つ検出した。なお、LOD値が最も高かったSNPマーカーは、SSP_820829であり、ついで、SSP_747974およびSSP_603174の順であった。また、遺伝子座の両端に当たるSSP_1973014とSSP_550674との距離は、3.5cMであることがわかった。
(2)抵抗性の検定
前記寄託系統、前記第1の罹病系統および前記184系統に対し、前記非特許文献1に準じて、ホモプシス根腐病菌を用いて接種試験を行なった。具体的には、ホモプシス根腐病菌の接種試験は、以下のように行った。
前記寄託系統、前記第1の罹病系統および前記184系統に対し、前記非特許文献1に準じて、ホモプシス根腐病菌を用いて接種試験を行なった。具体的には、ホモプシス根腐病菌の接種試験は、以下のように行った。
ホモプシス根腐病菌(Phomopsis
sclerotioides)は、福島県農業総合センターのカボチャ圃場において、自然発病したホモプシス根腐病罹病ニホンカボチャ植物に由来するものを使用した。前記ホモプシス根腐病菌は、下記の接種試験により、前記罹病性ニホンカボチャ植物に感染可能な病原菌であることを確認した。
液状のPSA(Potato Sucrose Agar)培地 200mlにホモプシス根腐病菌片を添加後、20~25℃の条件下、500mlフラスコ内で3日間培養した。前記培養後、100mlの培養液を1lのふすま培土(滅菌済)に添加し、28日間ふすま培土内で静置した。前記静置後、使用する土壌(果菜培土)に、5倍希釈となるよう菌培養したふすま培土を添加し、攪拌することにより、汚染土を調製した。そして、2.5寸ポットに、約100gの汚染を充填し、検定対象の各品種について、双葉が完全展開した苗を移植し、21日間生育した。そして、移植後21日目において発病調査を行なった。
発病調査は、発病指数を、以下の基準にしたがって評価することにより実施した。また、発病指数の評価基準として発病指数0~4の個体の代表例を図3の写真に示す。
発病指数0:病徴無し
発病指数1:双葉の黄化、萎れ、もしくは軽微な生育抑制
発病指数2:第一本葉の黄化、萎れ、および軽微な生育抑制
発病指数3:第二本葉の黄化、萎れ、および顕著な生育抑制
発病指数4:枯死
発病指数0:病徴無し
発病指数1:双葉の黄化、萎れ、もしくは軽微な生育抑制
発病指数2:第一本葉の黄化、萎れ、および軽微な生育抑制
発病指数3:第二本葉の黄化、萎れ、および顕著な生育抑制
発病指数4:枯死
そして、各個体について、それぞれ、前記基準に従って発病指数を調査し、下記式より、各系統の発病度を求めた。
発病度(N)=[(0×n0)+(1×n1)+(2×n2)+(3×n3)+(4×n4)]/調査個体数
前記式において、「0、1、2、3、4」は、それぞれ発病指数を示し、「n0、n1、n2、n3、n4」は、それぞれ、発病指数0、発病指数1、発病指数2、発病指数3、および発病指数4の個体数を示す。
発病度(N)=[(0×n0)+(1×n1)+(2×n2)+(3×n3)+(4×n4)]/調査個体数
前記式において、「0、1、2、3、4」は、それぞれ発病指数を示し、「n0、n1、n2、n3、n4」は、それぞれ、発病指数0、発病指数1、発病指数2、発病指数3、および発病指数4の個体数を示す。
また、前記寄託系統、前記第1の罹病系統および前記184系統について、そのゲノムDNAを抽出し、SSP_747974の多型を解析した。なお、系統間の発病度に関する多重検定は、チューキー・クレーマー検定により実施した。これらの結果を、図4に示す。
図4は、発病度を示すグラフである。図4において、横軸は、植物の種類を示し、縦軸は、発病度を示す。図4において、parent1は、前記寄託系統を示し、parent2は、前記第1の罹病系統を示し、F2-1Homoは、前記184系統において、SSP_747974の多型が抵抗性のホモ接合型の個体を示し、F2-2Homoは、前記184系統において、SSP_747974の多型が罹病性のホモ接合型の個体を示す。図中において異なるアルファベットを付記したサンプル間では、前記統計検定において有意差が検出された(以下、同様)。図4に示すように、前記184系統において、SSP_747974を抵抗性のホモ接合型で有する植物は、罹病性系統およびSSP_747974を罹病性のホモ接合型で有する植物と比較して、有意に発病度が低かった。また、SSP_747974を抵抗性のホモ接合型で有する植物は、寄託系統と同程度の発病度を示した。これらの結果から、新たに特定された、ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、ホモプシス根腐病菌に対して有効であること、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の特定に、LOD値が有意に高い、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_974782、SSP_1172180、およびSSP_1363502のSNPマーカーが利用できることがわかった。
[実施例2]
寄託系統のホモプシス根腐病抵抗性の程度を検討した。
寄託系統のホモプシス根腐病抵抗性の程度を検討した。
前記寄託系統について、ホモプシス根腐病耐病性であるクロダネカボチャ系統(Cucurbita
ficifolia、黒タネ南瓜、タキイ種苗株式会社製)およびホモプシス根腐病罹病性であるカボチャ系統(きらめき、タキイ種苗株式会社製)と、ホモプシス根腐病の抵抗性を比較した。
前記寄託系統、前記クロダネカボチャ系統、およびきらめきの各16個体について、前記実施例1(2)と同様にして接種試験を実施し、発病指数を評価した。そして、各系統について、下記式(i)(https://www.apsnet.org/edcenter/disimpactmngmnt/topc/EcologyAndEpidemiologyInR/DiseaseProgress/Pages/AUDPC.aspx参照)により、AUDPC(病勢進展曲線下部面積)を算出し、これを耐病性の表現型値とした。これらの結果を図5に示す。
図5は、AUDPCを示すグラフである。図5において、横軸は、系統を示し、縦軸は、AUDPCを示す。図5に示すように、寄託系統およびクロダネカボチャ系統とは、ホモプシス根腐病罹病性である、きらめきと比較して、有意にAUDPCが低下していた、すなわち、発病指数が低下していた。また、寄託系統およびクロダネカボチャ系統とのAUDPCは同程度であり、ホモプシス根腐病に対する耐病性も同程度であることがわかった。
[実施例3]
SNPマーカーを用いて、ホモプシス根腐病抵抗性のニホンカボチャ植物を選抜できることを確認した。
SNPマーカーを用いて、ホモプシス根腐病抵抗性のニホンカボチャ植物を選抜できることを確認した。
前記寄託系統と、タキイ種苗株式会社が保有する別のホモプシス根腐病罹病性のニホンカボチャ植物(第2の罹病系統)とを交雑後、自殖することにより、F2系統を得た。得られたF2系統について自殖させ、95個体のF3系統を得た(95系統)。得られた各F3系統について、7個体ずつ、前記実施例1(2)と同様にして接種試験を実施し、発病度を算出した。
つぎに、前記F3系統の親個体(F2系統の個体)について、そのゲノムDNAを抽出し、SSP_747974の多型を解析した。そして、F2系統の各個体について、SSP_747974の多型の遺伝子型(抵抗性のホモ接合型、ヘテロ接合型、または罹病性のホモ接合型)により分類した。この結果、抵抗性のホモ接合型、ヘテロ接合型、および罹病性のホモ接合型であるF2系統は、それぞれ、21個体、57個体、および17個体であった。そして、遺伝子型毎に、当該遺伝子型を有するF2系統に由来するF3系統の発病度を用いて、発病度の平均値を算出した。また、前記寄託系統および前記第2の罹病系統についても、同様にして接種試験を実施し、発病度を算出した。なお、遺伝子型間の発病度に関する多重検定は、チューキー・クレーマー検定により実施した。これらの結果を、図6に示す。
図6は、発病度の平均値を示すグラフである。図6において、横軸は、F2系統の遺伝子型または品種を示し、縦軸は、発病度の平均値を示す。図6において、parent1は、前記寄託系統を示し、parent2は、前記第1の罹病系統を示し、F2-1Homoは、前記184系統において、SSP_747974の多型が抵抗性のホモ接合型の個体を示し、F2-2Homoは、前記184系統において、SSP_747974の多型が罹病性のホモ接合型の個体を示し、F2-2Heteroは、SSP_747974の多型が罹病性のヘテロ接合型の個体を示す。図6に示すように、親系統が抵抗性遺伝子座を含む場合、前記第2の罹病系統と比較して、発病度の平均値が低下した。また、F2系統がヘテロ接合型の場合も、F3系統において、前記第2の罹病系統と比較して、発病度の平均値が低下していることから、前記抵抗性遺伝子座は、優性遺伝すると推定された。これらのことから、異なる遺伝的バックグラウンドを有するニホンカボチャ植物に対しても、ホモプシス根腐病抵抗性を付与できること、および前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の特定に、LOD値が有意に高い、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_974782、SSP_1172180、およびSSP_1363502のSNPマーカーが利用できることがわかった。また、これらのSNPと連鎖する領域に、前記抵抗性遺伝子座が存在していることから、前記抵抗性遺伝子座は、SSP_1973014またはSSP_2151711と、SSP_494573またはSSP_550674との間の領域座乗していることがわかった。
[実施例4]
新規なホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座から、2つのホモプシス根腐病抵抗性遺伝子が座乗する染色体領域を、それぞれ特定した。
新規なホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座から、2つのホモプシス根腐病抵抗性遺伝子が座乗する染色体領域を、それぞれ特定した。
まず、前記実施例1(1)で特定したホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座内に、前記実施例1(1)と同様にして、新たに5つSNPマーカー(SSP_895667、SSP_948693、SSP_1025236、SSP_1213299、SSP_1256150)を設計し、前記抵抗性遺伝子座の特定に利用できることを確認した。
つぎに、前記寄託系統と前記第1の罹病系統とを交雑後、得られたF1系統同士を交雑し、500個体のF2系統を取得した。前記F2系統について、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014の多型を検出した。そして、前記F2系統について、SSP_550674およびSSP_1973014の間で組み換えが起きている個体を選抜し、これを自殖させ、F3系統を得た。得られたF3系統のうち5系統について、各系統120個体の接種を行い、前記実施例1(2)と同様にして、発病度(抵抗性スコア)を求めた。
各F3系統について、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014の多型を検出した。
前記寄託系統、前記第1の罹病系統およびクロダネカボチャについても同様にして、発病度を取得し、多型を検出した。これらの結果を図7に示す。なお、系統間の発病度に関する多重検定は、チューキー・クレーマー検定により実施した(*:有意差有り)。
図7は、F3系統の抵抗性と各SNPの多型を示す図である。図7において、Aは、抵抗性の多型を示し、Bは、罹病性の多型を示す。図7に示すように、SSP_603174、SSP_747974、およびSSP_820829により特定される染色体領域を有する中程度の抵抗性(IR)が付与された。また、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299により特定される染色体領域を有する中程度の抵抗性(IR)が付与された。これらの結果から、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、2つのホモプシス根腐病抵抗性遺伝子を含む抵抗性遺伝子座であること、および各ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子を含む抵抗性遺伝子座を含むことにより、中程度の抵抗性を付与できることがわかった。また、SSP_603174、SSP_747974、およびSSP_820829により特定される第1の抵抗性遺伝子座は、両端間の距離が、約200kbpであり、いずれのSNPも、ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子との連鎖が切れない距離に座乗しているといえる。このため、第1の抵抗性遺伝子座は、SSP_603174、SSP_747974、およびSSP_820829のいずれかのSNPマーカーを検出することにより特定できるといえる。さらに、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299により特定される第2の抵抗性遺伝子座は、両端間の距離が、約240kbpであり、いずれのSNPも、ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子との連鎖が切れない距離に座乗しているといえる。このため、第2の抵抗性遺伝子座は、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299のいずれかのSNPマーカーを検出することにより特定できるといえる。
つぎに、遺伝学的距離を計算可能なソフトウェア(MSTmap:http://www.mstmap.org/)を用いて、前記F2系統の各SNPの解析結果を用いて、SSP_550674およびSSP_895667間と、SSP_948693およびSSP_1256150間との遺伝学的距離を算出した。この結果、SSP_550674およびSSP_895667間の遺伝学的距離は、0.729cM(センチモルガン)であった。また、SSP_948693およびSSP_1256150間との遺伝学的距離は、0.625cMであった。本願分野において、一般的に、遺伝学的距離が、1cM未満となると、2つのSNP間での染色体の乗換えがほとんど生じず、当該領域に座乗している遺伝子座とSNPとは連鎖していると考えられている。このため、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、およびSSP_895667のうちいずれか1つ以上のSNPを用いれば、SSP_550674およびSSP_895667間に座乗し、かつホモプシス根腐病抵抗性を付与する遺伝子座(第1の遺伝子座)を特定できるといえる。また、同様に、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、およびSSP_1256150のうちいずれか1つ以上のSNPを用いれば、SSP_948693およびSSP_1256150間に座乗し、かつホモプシス根腐病抵抗性を付与する遺伝子座(第2の遺伝子座)を特定できるといえる。
以上、実施形態および実施例を参照して本発明を説明したが、本発明は、上記実施形態および実施例に限定されるものではない。本発明の構成や詳細には、本発明のスコープ内で当業者が理解し得る様々な変更をすることができる。
この出願は、2021年9月28日に出願された日本出願特願2021-158509を基礎とする優先権を主張し、その開示の全てをここに取り込む。
<付記>
上記の実施形態および実施例の一部または全部は、以下の付記のように記載されうるが、以下には限られない。
<ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物>
(付記1)
ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物であって、
第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含む、カボチャ植物。
(付記2)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定される、付記1に記載のカボチャ植物。
(付記3)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、およびSSP_895667からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定され、
前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、およびSSP_1256150からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定される、付記1または2に記載のカボチャ植物。
(付記4)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記3に記載のカボチャ植物。
(付記5)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、下記(a)~(h)および(p)~(t)からなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される、付記1から4のいずれかに記載のカボチャ植物:
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド:
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(a2)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(a3)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d)下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド:
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(d2)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d3)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e)下記(e1)、(e2)、または(e3)のポリヌクレオチド:
(e1)配列番号5の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(e2)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e3)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号6の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号7の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号8の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(p)下記(p1)、(p2)、または(p3)のポリヌクレオチド:
(p1)配列番号16の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(p2)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(p3)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(q)下記(q1)、(q2)、または(q3)のポリヌクレオチド:
(q1)配列番号17の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(q2)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(q3)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(r)下記(r1)、(r2)、または(r3)のポリヌクレオチド:
(r1)配列番号18の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(r2)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(r3)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(s)下記(s1)、(s2)、または(s3)のポリヌクレオチド:
(s1)配列番号19の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(s2)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(s3)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(t)下記(t1)、(t2)、または(t3)のポリヌクレオチド:
(t1)配列番号20の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(t2)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(t3)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
(付記6)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記(a)、(b)、(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定され、
前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記(q)、(e)、(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される、付記5に記載のカボチャ植物。
(付記7)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記6に記載のカボチャ植物。
(付記8)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗している、付記1から3のいずれかに記載のカボチャ植物。
(付記9)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、SSP_550674またはSSP_603174と、SSP_820829またはSSP_895667とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、
前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、SSP_948693またはSSP_974782と、SSP_1213299またはSSP_1256150とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗している、付記1から8のいずれかに記載のカボチャ植物。
(付記10)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記9に記載のカボチャ植物。
(付記11)
前記カボチャ植物は、日本種カボチャ(Cucurbita moschata)である、付記1から10のいずれかに記載のカボチャ植物。
(付記12)
前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物は、受託番号FERM P-22425で特定されるニホンカボチャ植物またはその後代系統である、付記11に記載のカボチャ植物。
(付記13)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、受託番号FERM P-22425で特定されるニホンカボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座に由来する、および/または、存在する、付記1から12のいずれかに記載のカボチャ植物。
<ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の部分>
(付記14)
付記1から13のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の部分。
(付記15)
前記植物の部分が、種子である、付記14に記載の植物の部分。
<接ぎ木用台木>
(付記16)
ウリ科植物との接ぎ木の台木に用いるためのカボチャ植物の台木であって、
前記カボチャ植物は、付記1から13のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物である、カボチャ植物の台木。
<接ぎ木植物>
(付記17)
ホモプシス根腐病抵抗性の接ぎ木植物であって、
前記接ぎ木植物は、穂木と台木とを含み、
前記穂木は、ウリ科植物であり、
前記台木は、付記1から13のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物である、接ぎ木植物。
(付記18)
前記穂木と前記台木とは、異なる植物体に由来する、付記17に記載の接ぎ木植物。
(付記19)
前記ウリ科植物は、キュウリ属植物またはスイカ属植物である、付記17または18に記載の接ぎ木植物。
(付記20)
前記穂木は、ホモプシス根腐病罹病性である、付記17から19のいずれかに記載の接ぎ木植物。
<製造方法>
(付記21)
下記(a)および(b)工程を含むことを特徴とする、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法:
(a)付記1から13のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物と、他のカボチャ植物とを交雑する工程;
(b)前記(a)工程より得られたカボチャ植物またはその後代系統から、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を選抜する工程。
(付記22)
前記(a)工程に先立って、下記(x)工程を含む、付記21に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(x)被検カボチャ植物から、付記1から13のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を選抜する工程
(付記23)
前記(x)工程における前記選抜が、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記22に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記24)
前記(x)工程における前記選抜が、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記23に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記25)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記(x)工程における前記選抜が、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、およびSSP_895667からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定される第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および/または、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、およびSSP_1256150からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定される第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記23または24に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記26)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記25記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記27)
前記(x)工程における前記選抜が、下記(a)~(h)および(p)~(t)からなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記23から26のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法:
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド:
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(a2)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(a3)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d)下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド:
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(d2)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d3)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e)下記(e1)、(e2)、または(e3)のポリヌクレオチド:
(e1)配列番号5の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(e2)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e3)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号6の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号7の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号8の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(p)下記(p1)、(p2)、または(p3)のポリヌクレオチド:
(p1)配列番号16の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(p2)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(p3)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(q)下記(q1)、(q2)、または(q3)のポリヌクレオチド:
(q1)配列番号17の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(q2)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(q3)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(r)下記(r1)、(r2)、または(r3)のポリヌクレオチド:
(r1)配列番号18の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(r2)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(r3)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(s)下記(s1)、(s2)、または(s3)のポリヌクレオチド:
(s1)配列番号19の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(s2)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(s3)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(t)下記(t1)、(t2)、または(t3)のポリヌクレオチド:
(t1)配列番号20の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(t2)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(t3)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
(付記28)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記(x)工程における前記選抜が、前記(a)、(b)、(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および/または、前記(q)、(e)、(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記27に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記29)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記28に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記30)
前記(x)工程における前記選抜が、前記染色体における、SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗しているホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記23から29のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記31)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記(x)工程における前記選抜が、前記染色体における、SSP_550674またはSSP_603174と、SSP_820829またはSSP_895667とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗する第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および/または、前記染色体における、SSP_948693またはSSP_974782と、SSP_1213299またはSSP_1256150とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗する第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記30に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記32)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記31に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記33)
前記(b)工程における前記選抜が、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記21から32のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記34)
前記(b)工程における前記選抜が、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記21から33のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記35)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記(b)工程における前記選抜が、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、およびSSP_895667からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および/または、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、およびSSP_1256150からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記34に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記36)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記35に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記37)
前記(b)工程における前記選抜が、下記(a)~(h)および(p)~(t)からなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記21から36のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法:
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド:
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(a2)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(a3)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d)下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド:
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(d2)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d3)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e)下記(e1)、(e2)、または(e3)のポリヌクレオチド:
(e1)配列番号5の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(e2)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e3)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号6の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号7の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号8の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(p)下記(p1)、(p2)、または(p3)のポリヌクレオチド:
(p1)配列番号16の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(p2)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(p3)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(q)下記(q1)、(q2)、または(q3)のポリヌクレオチド:
(q1)配列番号17の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(q2)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(q3)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(r)下記(r1)、(r2)、または(r3)のポリヌクレオチド:
(r1)配列番号18の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(r2)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(r3)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(s)下記(s1)、(s2)、または(s3)のポリヌクレオチド:
(s1)配列番号19の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(s2)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(s3)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(t)下記(t1)、(t2)、または(t3)のポリヌクレオチド:
(t1)配列番号20の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(t2)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(t3)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
(付記38)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記(b)工程における前記選抜が、前記(a)、(b)、(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および/または、前記(q)、(e)、(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記37に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記39)
前記(b)工程における前記選抜が、前記染色体における、SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗しているホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記21から38のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記40)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記(b)工程における前記選抜が、前記染色体における、SSP_550674またはSSP_603174と、SSP_820829またはSSP_895667とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗する第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および/または、前記染色体における、SSP_948693またはSSP_974782と、SSP_1213299またはSSP_1256150とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗する第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記39に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記41)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記40に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
<付与方法>
(付記42)
第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を、カボチャ植物に導入する導入工程を含むことを特徴とする、カボチャ植物へのホモプシス根腐病抵抗性の付与方法。
(付記43)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーで特定される、付記42に付与方法。
(付記44)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、およびSSP_895667からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定され、
前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、およびSSP_1256150からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定される、付記42または43に記載の付与方法。
(付記45)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記44に記載の付与方法。
(付記46)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、下記(a)~(h)および(p)~(t)からなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される、付記42から45のいずれかに付与方法:
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド:
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(a2)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(a3)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d)下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド:
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(d2)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d3)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e)下記(e1)、(e2)、または(e3)のポリヌクレオチド:
(e1)配列番号5の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(e2)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e3)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号6の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号7の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号8の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(p)下記(p1)、(p2)、または(p3)のポリヌクレオチド:
(p1)配列番号16の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(p2)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(p3)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(q)下記(q1)、(q2)、または(q3)のポリヌクレオチド:
(q1)配列番号17の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(q2)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(q3)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(r)下記(r1)、(r2)、または(r3)のポリヌクレオチド:
(r1)配列番号18の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(r2)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(r3)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(s)下記(s1)、(s2)、または(s3)のポリヌクレオチド:
(s1)配列番号19の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(s2)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(s3)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(t)下記(t1)、(t2)、または(t3)のポリヌクレオチド:
(t1)配列番号20の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(t2)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(t3)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
(付記47)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記(a)、(b)、(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定され、
前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記(q)、(e)、(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される、付記5に記載の付与方法。
(付記48)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記47に記載の付与方法。
(付記49)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗している、付記42から48のいずれかに記載の付与方法。
(付記50)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、およびSSP_895667からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定され、
前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、およびSSP_1256150からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定される、付記42から49のいずれかに記載の付与方法。
(付記51)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記50に記載の付与方法。
(付記52)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、受託番号FERM P-22425で特定されるニホンカボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座に由来する、付記42から51のいずれかに記載の付与方法。
(付記53)
付記1から13のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物と交雑することにより、前記第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を導入する、付記42から52のいずれかに記載の付与方法。
(付記54)
前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物は、受託番号FERM P-22425で特定されるニホンカボチャ植物またはその後代系統である、付記53に記載の付与方法。
(付記55)
前記カボチャ植物は、日本種カボチャ(Cucurbita moschata)である、付記42から54のいずれかに記載の付与方法。
<カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性マーカー>
(付記56)
カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性マーカーであって、
第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むことを特徴とする、マーカー。
(付記57)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーで特定される、付記56に記載のマーカー。
(付記58)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、およびSSP_895667からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定され、
前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、およびSSP_1256150からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定される、付記56または57に記載のマーカー。
(付記59)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、下記(a)~(h)および(p)~(t)からなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される、付記56から58のいずれかに記載のマーカー:
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド:
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(a2)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(a3)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d)下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド:
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(d2)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d3)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e)下記(e1)、(e2)、または(e3)のポリヌクレオチド:
(e1)配列番号5の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(e2)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e3)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号6の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号7の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号8の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(p)下記(p1)、(p2)、または(p3)のポリヌクレオチド:
(p1)配列番号16の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(p2)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(p3)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(q)下記(q1)、(q2)、または(q3)のポリヌクレオチド:
(q1)配列番号17の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(q2)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(q3)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(r)下記(r1)、(r2)、または(r3)のポリヌクレオチド:
(r1)配列番号18の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(r2)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(r3)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(s)下記(s1)、(s2)、または(s3)のポリヌクレオチド:
(s1)配列番号19の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(s2)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(s3)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(t)下記(t1)、(t2)、または(t3)のポリヌクレオチド:
(t1)配列番号20の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(t2)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(t3)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
(付記60)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記(a)、(b)、(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定され、
前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記(q)、(e)、(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される、付記59に記載のマーカー。
(付記61)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗している、付記56から60のいずれかに記載のマーカー。
(付記62)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、SSP_550674またはSSP_603174と、SSP_820829またはSSP_895667とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、
前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、SSP_948693またはSSP_974782と、SSP_1213299またはSSP_1256150とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗している、付記56から61のいずれかに記載のマーカー。
<カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性の検出方法>
(付記63)
カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性の検出方法であって、
被検カボチャ植物について、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する検出工程を含む、方法。
(付記64)
前記検出工程において、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_974782、SSP_1172180、およびSSP_1363502からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーを検出することにより、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、付記63に記載の検出方法。
(付記65)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記検出工程において、
SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、およびSSP_895667からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーを検出することにより、前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、および/または、
SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、およびSSP_1256150からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーを検出することにより、前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、付記63または64に記載の検出方法。
(付記66)
前記検出工程において、下記(a)~(h)および(p)~(t)からなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドを検出することにより、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、付記63から65のいずれかに記載の検出方法:
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド:
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(a2)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(a3)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d)下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド:
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(d2)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d3)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e)下記(e1)、(e2)、または(e3)のポリヌクレオチド:
(e1)配列番号5の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(e2)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e3)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号6の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号7の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号8の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(p)下記(p1)、(p2)、または(p3)のポリヌクレオチド:
(p1)配列番号16の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(p2)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(p3)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(q)下記(q1)、(q2)、または(q3)のポリヌクレオチド:
(q1)配列番号17の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(q2)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(q3)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(r)下記(r1)、(r2)、または(r3)のポリヌクレオチド:
(r1)配列番号18の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(r2)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(r3)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(s)下記(s1)、(s2)、または(s3)のポリヌクレオチド:
(s1)配列番号19の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(s2)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(s3)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(t)下記(t1)、(t2)、または(t3)のポリヌクレオチド:
(t1)配列番号20の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(t2)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(t3)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
(付記67)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記検出工程において、
前記(a)、(b)、(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドを検出することにより、前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、および/または、
前記(q)、(e)、(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドを検出することにより、前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、付記66に記載の検出方法。
(付記68)
前記検出工程において、前記染色体における、SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗しているホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、付記63から67のいずれかに記載の検出方法。
(付記69)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記検出工程において、
前記染色体における、SSP_550674またはSSP_603174と、SSP_820829またはSSP_895667とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗する前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、および/または
前記染色体における、SSP_948693またはSSP_974782と、SSP_1213299またはSSP_1256150とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗している前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、付記63から68のいずれかに記載の検出方法。
<カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性のスクリーニング方法>
(付記70)
ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物のスクリーニング方法であって、
被検カボチャ植物から、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する選抜工程を含む、スクリーニング方法。
(付記71)
前記選抜工程において、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する、付記70に記載のスクリーニング方法。
(付記72)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記選抜工程において、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、およびSSP_895667からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定される第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および/または、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、およびSSP_1256150からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定される第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する、付記70または71に記載のスクリーニング方法。
(付記73)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記72に記載のスクリーニング方法。
(付記74)
前記選抜工程において、下記(a)~(h)および(p)~(t)からなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する、付記70から72のいずれかに記載のスクリーニング方法:
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド:
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(a2)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(a3)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d)下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド:
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(d2)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d3)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e)下記(e1)、(e2)、または(e3)のポリヌクレオチド:
(e1)配列番号5の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(e2)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e3)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号6の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号7の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号8の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(p)下記(p1)、(p2)、または(p3)のポリヌクレオチド:
(p1)配列番号16の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(p2)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(p3)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(q)下記(q1)、(q2)、または(q3)のポリヌクレオチド:
(q1)配列番号17の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(q2)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(q3)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(r)下記(r1)、(r2)、または(r3)のポリヌクレオチド:
(r1)配列番号18の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(r2)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(r3)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(s)下記(s1)、(s2)、または(s3)のポリヌクレオチド:
(s1)配列番号19の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(s2)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(s3)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(t)下記(t1)、(t2)、または(t3)のポリヌクレオチド:
(t1)配列番号20の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(t2)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(t3)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
(付記75)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記選抜工程において、前記(a)、(b)、(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および/または、前記(q)、(e)、(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する、付記74に記載のスクリーニング方法。
(付記76)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記75に記載のスクリーニング方法。
(付記77)
前記選抜工程において、前記染色体における、SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗しているホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する、付記70から76のいずれかに記載のスクリーニング方法。
(付記78)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記選抜工程において、前記染色体における、SSP_550674またはSSP_603174と、SSP_820829またはSSP_895667とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗する第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および/または、前記染色体における、SSP_948693またはSSP_974782と、SSP_1213299またはSSP_1256150とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗する第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する、付記77のいずれかに記載のスクリーニング方法。
(付記79)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記78に記載のスクリーニング方法。
<接ぎ木植物の製造方法>
(付記80)
ホモプシス根腐病抵抗性の接ぎ木植物の製造方法であって、
ウリ科植物から穂木を調製する調製工程と、
前記穂木を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の台木に接ぎ木する接木工程とを含み、
前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物は、付記1から13のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物である、製造方法。
(付記81)
前記穂木と前記台木とは、異なる植物体に由来する、付記80に記載の製造方法。
(付記82)
前記ウリ科植物は、キュウリ属植物またはスイカ属植物である、付記80または81に記載の製造方法。
(付記83)
前記穂木は、ホモプシス根腐病罹病性である、付記80から82のいずれかに記載の製造方法。
<ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の使用>
(付記84)
ホモプシス根腐病抵抗性の接ぎ木植物の製造のための、付記1から13のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の使用。
上記の実施形態および実施例の一部または全部は、以下の付記のように記載されうるが、以下には限られない。
<ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物>
(付記1)
ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物であって、
第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含む、カボチャ植物。
(付記2)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定される、付記1に記載のカボチャ植物。
(付記3)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、およびSSP_895667からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定され、
前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、およびSSP_1256150からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定される、付記1または2に記載のカボチャ植物。
(付記4)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記3に記載のカボチャ植物。
(付記5)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、下記(a)~(h)および(p)~(t)からなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される、付記1から4のいずれかに記載のカボチャ植物:
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド:
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(a2)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(a3)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d)下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド:
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(d2)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d3)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e)下記(e1)、(e2)、または(e3)のポリヌクレオチド:
(e1)配列番号5の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(e2)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e3)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号6の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号7の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号8の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(p)下記(p1)、(p2)、または(p3)のポリヌクレオチド:
(p1)配列番号16の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(p2)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(p3)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(q)下記(q1)、(q2)、または(q3)のポリヌクレオチド:
(q1)配列番号17の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(q2)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(q3)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(r)下記(r1)、(r2)、または(r3)のポリヌクレオチド:
(r1)配列番号18の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(r2)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(r3)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(s)下記(s1)、(s2)、または(s3)のポリヌクレオチド:
(s1)配列番号19の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(s2)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(s3)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(t)下記(t1)、(t2)、または(t3)のポリヌクレオチド:
(t1)配列番号20の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(t2)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(t3)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
(付記6)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記(a)、(b)、(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定され、
前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記(q)、(e)、(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される、付記5に記載のカボチャ植物。
(付記7)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記6に記載のカボチャ植物。
(付記8)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗している、付記1から3のいずれかに記載のカボチャ植物。
(付記9)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、SSP_550674またはSSP_603174と、SSP_820829またはSSP_895667とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、
前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、SSP_948693またはSSP_974782と、SSP_1213299またはSSP_1256150とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗している、付記1から8のいずれかに記載のカボチャ植物。
(付記10)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記9に記載のカボチャ植物。
(付記11)
前記カボチャ植物は、日本種カボチャ(Cucurbita moschata)である、付記1から10のいずれかに記載のカボチャ植物。
(付記12)
前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物は、受託番号FERM P-22425で特定されるニホンカボチャ植物またはその後代系統である、付記11に記載のカボチャ植物。
(付記13)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、受託番号FERM P-22425で特定されるニホンカボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座に由来する、および/または、存在する、付記1から12のいずれかに記載のカボチャ植物。
<ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の部分>
(付記14)
付記1から13のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の部分。
(付記15)
前記植物の部分が、種子である、付記14に記載の植物の部分。
<接ぎ木用台木>
(付記16)
ウリ科植物との接ぎ木の台木に用いるためのカボチャ植物の台木であって、
前記カボチャ植物は、付記1から13のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物である、カボチャ植物の台木。
<接ぎ木植物>
(付記17)
ホモプシス根腐病抵抗性の接ぎ木植物であって、
前記接ぎ木植物は、穂木と台木とを含み、
前記穂木は、ウリ科植物であり、
前記台木は、付記1から13のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物である、接ぎ木植物。
(付記18)
前記穂木と前記台木とは、異なる植物体に由来する、付記17に記載の接ぎ木植物。
(付記19)
前記ウリ科植物は、キュウリ属植物またはスイカ属植物である、付記17または18に記載の接ぎ木植物。
(付記20)
前記穂木は、ホモプシス根腐病罹病性である、付記17から19のいずれかに記載の接ぎ木植物。
<製造方法>
(付記21)
下記(a)および(b)工程を含むことを特徴とする、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法:
(a)付記1から13のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物と、他のカボチャ植物とを交雑する工程;
(b)前記(a)工程より得られたカボチャ植物またはその後代系統から、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を選抜する工程。
(付記22)
前記(a)工程に先立って、下記(x)工程を含む、付記21に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(x)被検カボチャ植物から、付記1から13のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を選抜する工程
(付記23)
前記(x)工程における前記選抜が、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記22に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記24)
前記(x)工程における前記選抜が、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記23に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記25)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記(x)工程における前記選抜が、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、およびSSP_895667からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定される第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および/または、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、およびSSP_1256150からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定される第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記23または24に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記26)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記25記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記27)
前記(x)工程における前記選抜が、下記(a)~(h)および(p)~(t)からなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記23から26のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法:
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド:
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(a2)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(a3)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d)下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド:
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(d2)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d3)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e)下記(e1)、(e2)、または(e3)のポリヌクレオチド:
(e1)配列番号5の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(e2)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e3)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号6の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号7の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号8の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(p)下記(p1)、(p2)、または(p3)のポリヌクレオチド:
(p1)配列番号16の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(p2)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(p3)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(q)下記(q1)、(q2)、または(q3)のポリヌクレオチド:
(q1)配列番号17の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(q2)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(q3)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(r)下記(r1)、(r2)、または(r3)のポリヌクレオチド:
(r1)配列番号18の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(r2)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(r3)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(s)下記(s1)、(s2)、または(s3)のポリヌクレオチド:
(s1)配列番号19の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(s2)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(s3)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(t)下記(t1)、(t2)、または(t3)のポリヌクレオチド:
(t1)配列番号20の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(t2)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(t3)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
(付記28)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記(x)工程における前記選抜が、前記(a)、(b)、(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および/または、前記(q)、(e)、(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記27に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記29)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記28に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記30)
前記(x)工程における前記選抜が、前記染色体における、SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗しているホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記23から29のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記31)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記(x)工程における前記選抜が、前記染色体における、SSP_550674またはSSP_603174と、SSP_820829またはSSP_895667とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗する第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および/または、前記染色体における、SSP_948693またはSSP_974782と、SSP_1213299またはSSP_1256150とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗する第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記30に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記32)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記31に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記33)
前記(b)工程における前記選抜が、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記21から32のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記34)
前記(b)工程における前記選抜が、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記21から33のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記35)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記(b)工程における前記選抜が、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、およびSSP_895667からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および/または、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、およびSSP_1256150からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記34に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記36)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記35に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記37)
前記(b)工程における前記選抜が、下記(a)~(h)および(p)~(t)からなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記21から36のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法:
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド:
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(a2)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(a3)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d)下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド:
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(d2)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d3)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e)下記(e1)、(e2)、または(e3)のポリヌクレオチド:
(e1)配列番号5の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(e2)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e3)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号6の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号7の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号8の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(p)下記(p1)、(p2)、または(p3)のポリヌクレオチド:
(p1)配列番号16の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(p2)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(p3)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(q)下記(q1)、(q2)、または(q3)のポリヌクレオチド:
(q1)配列番号17の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(q2)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(q3)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(r)下記(r1)、(r2)、または(r3)のポリヌクレオチド:
(r1)配列番号18の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(r2)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(r3)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(s)下記(s1)、(s2)、または(s3)のポリヌクレオチド:
(s1)配列番号19の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(s2)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(s3)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(t)下記(t1)、(t2)、または(t3)のポリヌクレオチド:
(t1)配列番号20の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(t2)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(t3)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
(付記38)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記(b)工程における前記選抜が、前記(a)、(b)、(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および/または、前記(q)、(e)、(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記37に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記39)
前記(b)工程における前記選抜が、前記染色体における、SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗しているホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記21から38のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記40)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記(b)工程における前記選抜が、前記染色体における、SSP_550674またはSSP_603174と、SSP_820829またはSSP_895667とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗する第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および/または、前記染色体における、SSP_948693またはSSP_974782と、SSP_1213299またはSSP_1256150とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗する第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記39に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
(付記41)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記40に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
<付与方法>
(付記42)
第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を、カボチャ植物に導入する導入工程を含むことを特徴とする、カボチャ植物へのホモプシス根腐病抵抗性の付与方法。
(付記43)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーで特定される、付記42に付与方法。
(付記44)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、およびSSP_895667からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定され、
前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、およびSSP_1256150からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定される、付記42または43に記載の付与方法。
(付記45)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記44に記載の付与方法。
(付記46)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、下記(a)~(h)および(p)~(t)からなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される、付記42から45のいずれかに付与方法:
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド:
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(a2)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(a3)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d)下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド:
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(d2)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d3)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e)下記(e1)、(e2)、または(e3)のポリヌクレオチド:
(e1)配列番号5の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(e2)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e3)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号6の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号7の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号8の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(p)下記(p1)、(p2)、または(p3)のポリヌクレオチド:
(p1)配列番号16の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(p2)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(p3)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(q)下記(q1)、(q2)、または(q3)のポリヌクレオチド:
(q1)配列番号17の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(q2)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(q3)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(r)下記(r1)、(r2)、または(r3)のポリヌクレオチド:
(r1)配列番号18の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(r2)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(r3)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(s)下記(s1)、(s2)、または(s3)のポリヌクレオチド:
(s1)配列番号19の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(s2)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(s3)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(t)下記(t1)、(t2)、または(t3)のポリヌクレオチド:
(t1)配列番号20の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(t2)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(t3)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
(付記47)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記(a)、(b)、(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定され、
前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記(q)、(e)、(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される、付記5に記載の付与方法。
(付記48)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記47に記載の付与方法。
(付記49)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗している、付記42から48のいずれかに記載の付与方法。
(付記50)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、およびSSP_895667からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定され、
前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、およびSSP_1256150からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定される、付記42から49のいずれかに記載の付与方法。
(付記51)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記50に記載の付与方法。
(付記52)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、受託番号FERM P-22425で特定されるニホンカボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座に由来する、付記42から51のいずれかに記載の付与方法。
(付記53)
付記1から13のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物と交雑することにより、前記第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を導入する、付記42から52のいずれかに記載の付与方法。
(付記54)
前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物は、受託番号FERM P-22425で特定されるニホンカボチャ植物またはその後代系統である、付記53に記載の付与方法。
(付記55)
前記カボチャ植物は、日本種カボチャ(Cucurbita moschata)である、付記42から54のいずれかに記載の付与方法。
<カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性マーカー>
(付記56)
カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性マーカーであって、
第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むことを特徴とする、マーカー。
(付記57)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーで特定される、付記56に記載のマーカー。
(付記58)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、およびSSP_895667からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定され、
前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、およびSSP_1256150からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定される、付記56または57に記載のマーカー。
(付記59)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、下記(a)~(h)および(p)~(t)からなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される、付記56から58のいずれかに記載のマーカー:
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド:
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(a2)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(a3)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d)下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド:
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(d2)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d3)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e)下記(e1)、(e2)、または(e3)のポリヌクレオチド:
(e1)配列番号5の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(e2)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e3)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号6の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号7の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号8の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(p)下記(p1)、(p2)、または(p3)のポリヌクレオチド:
(p1)配列番号16の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(p2)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(p3)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(q)下記(q1)、(q2)、または(q3)のポリヌクレオチド:
(q1)配列番号17の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(q2)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(q3)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(r)下記(r1)、(r2)、または(r3)のポリヌクレオチド:
(r1)配列番号18の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(r2)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(r3)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(s)下記(s1)、(s2)、または(s3)のポリヌクレオチド:
(s1)配列番号19の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(s2)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(s3)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(t)下記(t1)、(t2)、または(t3)のポリヌクレオチド:
(t1)配列番号20の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(t2)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(t3)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
(付記60)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記(a)、(b)、(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定され、
前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記(q)、(e)、(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される、付記59に記載のマーカー。
(付記61)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗している、付記56から60のいずれかに記載のマーカー。
(付記62)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、SSP_550674またはSSP_603174と、SSP_820829またはSSP_895667とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、
前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、SSP_948693またはSSP_974782と、SSP_1213299またはSSP_1256150とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗している、付記56から61のいずれかに記載のマーカー。
<カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性の検出方法>
(付記63)
カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性の検出方法であって、
被検カボチャ植物について、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する検出工程を含む、方法。
(付記64)
前記検出工程において、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_974782、SSP_1172180、およびSSP_1363502からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーを検出することにより、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、付記63に記載の検出方法。
(付記65)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記検出工程において、
SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、およびSSP_895667からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーを検出することにより、前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、および/または、
SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、およびSSP_1256150からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーを検出することにより、前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、付記63または64に記載の検出方法。
(付記66)
前記検出工程において、下記(a)~(h)および(p)~(t)からなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドを検出することにより、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、付記63から65のいずれかに記載の検出方法:
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド:
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(a2)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(a3)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d)下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド:
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(d2)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d3)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e)下記(e1)、(e2)、または(e3)のポリヌクレオチド:
(e1)配列番号5の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(e2)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e3)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号6の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号7の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号8の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(p)下記(p1)、(p2)、または(p3)のポリヌクレオチド:
(p1)配列番号16の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(p2)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(p3)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(q)下記(q1)、(q2)、または(q3)のポリヌクレオチド:
(q1)配列番号17の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(q2)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(q3)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(r)下記(r1)、(r2)、または(r3)のポリヌクレオチド:
(r1)配列番号18の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(r2)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(r3)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(s)下記(s1)、(s2)、または(s3)のポリヌクレオチド:
(s1)配列番号19の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(s2)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(s3)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(t)下記(t1)、(t2)、または(t3)のポリヌクレオチド:
(t1)配列番号20の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(t2)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(t3)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
(付記67)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記検出工程において、
前記(a)、(b)、(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドを検出することにより、前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、および/または、
前記(q)、(e)、(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドを検出することにより、前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、付記66に記載の検出方法。
(付記68)
前記検出工程において、前記染色体における、SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗しているホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、付記63から67のいずれかに記載の検出方法。
(付記69)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記検出工程において、
前記染色体における、SSP_550674またはSSP_603174と、SSP_820829またはSSP_895667とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗する前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、および/または
前記染色体における、SSP_948693またはSSP_974782と、SSP_1213299またはSSP_1256150とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗している前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、付記63から68のいずれかに記載の検出方法。
<カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性のスクリーニング方法>
(付記70)
ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物のスクリーニング方法であって、
被検カボチャ植物から、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する選抜工程を含む、スクリーニング方法。
(付記71)
前記選抜工程において、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する、付記70に記載のスクリーニング方法。
(付記72)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記選抜工程において、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、およびSSP_895667からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定される第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および/または、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、およびSSP_1256150からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定される第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する、付記70または71に記載のスクリーニング方法。
(付記73)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記72に記載のスクリーニング方法。
(付記74)
前記選抜工程において、下記(a)~(h)および(p)~(t)からなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する、付記70から72のいずれかに記載のスクリーニング方法:
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド:
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(a2)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(a3)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d)下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド:
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(d2)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d3)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e)下記(e1)、(e2)、または(e3)のポリヌクレオチド:
(e1)配列番号5の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(e2)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e3)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号6の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号7の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号8の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(p)下記(p1)、(p2)、または(p3)のポリヌクレオチド:
(p1)配列番号16の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(p2)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(p3)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(q)下記(q1)、(q2)、または(q3)のポリヌクレオチド:
(q1)配列番号17の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(q2)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(q3)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(r)下記(r1)、(r2)、または(r3)のポリヌクレオチド:
(r1)配列番号18の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(r2)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(r3)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(s)下記(s1)、(s2)、または(s3)のポリヌクレオチド:
(s1)配列番号19の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(s2)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(s3)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(t)下記(t1)、(t2)、または(t3)のポリヌクレオチド:
(t1)配列番号20の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(t2)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(t3)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
(付記75)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記選抜工程において、前記(a)、(b)、(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および/または、前記(q)、(e)、(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する、付記74に記載のスクリーニング方法。
(付記76)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記75に記載のスクリーニング方法。
(付記77)
前記選抜工程において、前記染色体における、SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗しているホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する、付記70から76のいずれかに記載のスクリーニング方法。
(付記78)
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記選抜工程において、前記染色体における、SSP_550674またはSSP_603174と、SSP_820829またはSSP_895667とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗する第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および/または、前記染色体における、SSP_948693またはSSP_974782と、SSP_1213299またはSSP_1256150とのSNPマーカーの部位間の領域に座乗する第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する、付記77のいずれかに記載のスクリーニング方法。
(付記79)
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記78に記載のスクリーニング方法。
<接ぎ木植物の製造方法>
(付記80)
ホモプシス根腐病抵抗性の接ぎ木植物の製造方法であって、
ウリ科植物から穂木を調製する調製工程と、
前記穂木を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の台木に接ぎ木する接木工程とを含み、
前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物は、付記1から13のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物である、製造方法。
(付記81)
前記穂木と前記台木とは、異なる植物体に由来する、付記80に記載の製造方法。
(付記82)
前記ウリ科植物は、キュウリ属植物またはスイカ属植物である、付記80または81に記載の製造方法。
(付記83)
前記穂木は、ホモプシス根腐病罹病性である、付記80から82のいずれかに記載の製造方法。
<ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の使用>
(付記84)
ホモプシス根腐病抵抗性の接ぎ木植物の製造のための、付記1から13のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の使用。
以上のように、本発明によれば、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示すカボチャ植物を提供できる。このため、本発明によれば、ホモプシス根腐病による病害により影響を受けるウリ科植物の栽培において、ホモプシス根腐病に対する抵抗性を付与できる。このため、本発明は、例えば、農業分野、育種分野等において極めて有用である。
Claims (23)
- ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物であって、
第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含む、カボチャ植物。 - 前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定される、請求項1に記載のカボチャ植物。
- 前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、およびSSP_895667からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定され、
前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、およびSSP_1256150からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定される、請求項2に記載のカボチャ植物。 - 前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、下記(a)~(h)および(p)~(t)からなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される、請求項1または2に記載のカボチャ植物:
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド:
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(a2)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(a3)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d)下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド:
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(d2)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d3)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e)下記(e1)、(e2)、または(e3)のポリヌクレオチド:
(e1)配列番号5の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(e2)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e3)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号6の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号7の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号8の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(p)下記(p1)、(p2)、または(p3)のポリヌクレオチド:
(p1)配列番号16の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(p2)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(p3)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(q)下記(q1)、(q2)、または(q3)のポリヌクレオチド:
(q1)配列番号17の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(q2)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(q3)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(r)下記(r1)、(r2)、または(r3)のポリヌクレオチド:
(r1)配列番号18の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(r2)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(r3)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(s)下記(s1)、(s2)、または(s3)のポリヌクレオチド:
(s1)配列番号19の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(s2)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(s3)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(t)下記(t1)、(t2)、または(t3)のポリヌクレオチド:
(t1)配列番号20の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(t2)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(t3)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。 - 前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記(a)、(b)、(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定され、
前記第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記(q)、(e)、(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される、請求項4に記載のカボチャ植物。 - 前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗している、請求項1または2に記載のカボチャ植物。
- 前記カボチャ植物は、日本種カボチャ(Cucurbita moschata)である、請求項1または2に記載のカボチャ植物。
- 前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物は、受託番号FERM P-22425で特定されるニホンカボチャ植物またはその後代系統である、請求項7に記載のカボチャ植物。
- 前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、受託番号FERM P-22425で特定されるニホンカボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座に由来する、請求項1または2に記載のカボチャ植物。
- 請求項1または2に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の部分。
- 前記植物の部分が、種子である、請求項10に記載の植物の部分。
- 下記(a)および(b)工程を含むことを特徴とする、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法:
(a)請求項1または2に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物と、他のカボチャ植物とを交雑する工程;
(b)前記(a)工程より得られたカボチャ植物またはその後代系統から、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を選抜する工程。 - 前記(a)工程に先立って、下記(x)工程を含む、請求項12に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法:
(x)被検カボチャ植物から、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を選抜する工程であり、
前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物は、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むカボチャ植物である。 - 前記(x)工程における前記選抜が、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、請求項13に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
- 前記(x)工程における前記選抜が、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、およびSSP_1973014からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、請求項14に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
- 前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記(x)工程における前記選抜が、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、およびSSP_895667からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定される第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および/または、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、およびSSP_1256150からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーで特定される第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、請求項15に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。 - 前記(x)工程における前記選抜が、下記(a)~(h)および(p)~(t)からなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、請求項14または15に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法:
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド:
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(a2)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(a3)前記(a1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の8番目の塩基(C)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の6番目の塩基(G)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d)下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド:
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(d2)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d3)前記(d1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e)下記(e1)、(e2)、または(e3)のポリヌクレオチド:
(e1)配列番号5の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(e2)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(e3)前記(e1)の9番目の塩基(A)が保存され、前記(e1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(e1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号6の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の8番目の塩基(T)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号7の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の9番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号8の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の8番目の塩基(A)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(p)下記(p1)、(p2)、または(p3)のポリヌクレオチド:
(p1)配列番号16の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(p2)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(p3)前記(p1)の9番目の塩基(G)が保存され、前記(p1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(p1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(q)下記(q1)、(q2)、または(q3)のポリヌクレオチド:
(q1)配列番号17の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(q2)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(q3)前記(q1)の11番目の塩基(G)が保存され、前記(q1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(q1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(r)下記(r1)、(r2)、または(r3)のポリヌクレオチド:
(r1)配列番号18の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(r2)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(r3)前記(r1)の15番目の塩基(C)が保存され、前記(r1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(r1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(s)下記(s1)、(s2)、または(s3)のポリヌクレオチド:
(s1)配列番号19の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(s2)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(s3)前記(s1)の16番目の塩基(C)が保存され、前記(s1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(s1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド:
(t)下記(t1)、(t2)、または(t3)のポリヌクレオチド:
(t1)配列番号20の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(t2)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列において、1または2個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(t3)前記(t1)の14番目の塩基(A)が保存され、前記(t1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記(t1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。 - 前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および/または第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記(x)工程における前記選抜が、前記(a)、(b)、(c)、(d)、および(p)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される第1のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および/または、前記(q)、(e)、(r)、(f)、(s)、および(t)のポリヌクレオチドからなる群から少なくとも1つの選択されたポリヌクレオチドで特定される第2のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、請求項17に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。 - 前記(x)工程における前記選抜が、前記染色体における、SSP_97301、SSP_399374、SSP_494573、SSP_550674、SSP_603174、SSP_747974、SSP_820829、SSP_895667、SSP_948693、SSP_974782、SSP_1025236、SSP_1172180、SSP_1213299、SSP_1256150、SSP_1363502、SSP_1973014、SSP_2151711、SSP_2200119、SSP_2283860、およびSSP_2408098からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗しているホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、請求項14または15に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
- 第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を、カボチャ植物に導入する導入工程を含むことを特徴とする、カボチャ植物へのホモプシス根腐病抵抗性の付与方法。
- 請求項1または2に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物と交雑することにより、前記第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を導入する、請求項20に記載の付与方法。
- カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性の検出方法であって、
被検カボチャ植物について、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する検出工程を含む、方法。 - ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物のスクリーニング方法であって、
被検カボチャ植物から、第11染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する選抜工程を含む、スクリーニング方法。
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