CN111719012A - 鉴定玉米籽粒脱水速率基因型的dCAPS分子标记引物对及应用 - Google Patents

鉴定玉米籽粒脱水速率基因型的dCAPS分子标记引物对及应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种鉴定玉米籽粒脱水速率基因型的dCAPS分子标记引物对及应用,所述引物对有两组,分别命名为386引物对和262引物对,386引物对的序列如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示,262引物对的序列如SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示。利用该引物对可以检测玉米籽粒脱水速率基因型并判断出玉米籽粒脱水速率快慢,从而应用到玉米的遗传育种中。

Description

鉴定玉米籽粒脱水速率基因型的dCAPS分子标记引物对及 应用
技术领域
本发明属于分子遗传育种领域,具体涉及一种玉米籽粒脱水速率鉴定的dCAPS分子标记开发及应用。
背景技术
玉米是全世界也是中国的第一大粮食作物,为降低生产成本和提高生产效率,实施全程机械化已成为世界农业不可逆转的趋势,而机收特别是机械粒收是我国玉米生产全程机械化发展的瓶颈。由于机械粒收的首要条件是收获时籽粒含水量低,因此加快选育生理成熟时含水量低且生理成熟后脱水速率快的品种迫在眉睫。
玉米籽粒含水量是影响玉米品质的重要因素,也是玉米机械化收获以及干燥、贮藏、运输的决定性因素。玉米产量与授粉后40~60天的籽粒含水量显著相关,而基于授粉后某一特定时期含水量较低的果穗来选择会得到收获期籽粒水分含量较低的自交系或杂交种。玉米籽粒脱水速率是由多基因控制的复杂数量性状,籽粒生理成熟前的脱水为生长发育控制下的内在过程,环境因素对此过程的脱水无显著影响,基因型差异导致了脱水速率的差异,而生理成熟后的脱水为籽粒干燥过程,易受环境条件影响。因此,在玉米籽粒生理成熟前开展玉米籽粒脱水速率的QTL定位、GWAS分析及候选基因挖掘尤为重要。前人研究表明,授粉后某时期的籽粒含水量相关QTL与收获期籽粒含水量的相关QTL均已有很多报道,并且得到了一些与玉米籽粒脱水相关的候选区段或基因,但尚未有功能标记开发的相关报道。
衍生型酶切扩增多态性序列(derived cleavedamplified polymorphic quence,dCAPS),是PCR反应和酶切相结合产生的一种分子标记方法。它是在酶切扩增多态性序列(CAPS)标记基础上进一步改进而来的,CAPS技术的基本原理是先用已知位点的DNA设计一套特异性的PCR引物,然后去扩增,接着用一种专一性的限制性内切酶酶切所得的扩增产物并进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析。dCAPS技术是通过在扩增引物中引入错配碱基,产生可以结合单核苷酸多态性(SNP)位点引入新的限制性内切酶作用位点,经过核酸内切酶酶切,产生和CAPS标记类似的多态性。dCAPS分子标记技术主要应用于植物基因的定位、图位克隆、分型和品种品系鉴定等方面的研究。dCAPS标记技术具有共显性、位点特异性、适用性广、通量高、使用方便、操作简单、成本低等优点,广泛应用于植物基因的定位、图位克隆、分型和品种品系鉴定等方面的研究。
本发明以脱水速率差异较大的两份自交系及衍生的120份DH系为试材,采用遗传分析与关联分析定位玉米籽粒脱水速率相关QTL,挖掘相关候选基因,研究结果对玉米田间籽粒脱水特性的候选基因挖掘与标记辅助育种具有重要的理论意义和应用价值。
发明内容
本发明所要解决的技术问题为:
(1)如何快速鉴定玉米籽粒脱水速率快慢的方法。
(2)如何鉴定玉米籽粒快速脱水优异等位基因的方法。
本发明的技术方案为:
鉴定玉米籽粒脱水速率基因型的dCAPS分子标记引物对,所述引物对有两组,分别命名为386引物对和262引物对,386引物对的序列如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示,262引物对的序列如SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示。
检测玉米籽粒脱水速率基因型的方法,分为两种方法:
方法一:以待检测的玉米的基因组DNA为模板,以SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示的序列为引物进行PCR扩增,对扩增产物进行TaqI酶切,如果得到364bp的片段,则待检测玉米第7条染色体175515332位置基因型为T纯合型,如果得到386bp的片段,则待检测玉米第7条染色体175515332位置基因型为A纯合型;
方法二:以待检测的玉米的基因组DNA为模板,以SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示的序列为引物进行PCR扩增,对扩增产物进行DpnI酶切,如果得到237bp的片段,则待检测玉米第7条染色体175515351位置基因型为A纯合型,如果得到262bp的片段,则待检测玉米第7条染色体175515351位置基因型为G纯合型。
通过基因分型和表型检测统计可知,在175515332位点,T纯合型玉米比A纯合型玉米自交系具有较高的脱水速率,育种时可作为供体亲本;在175515351位点,A纯合型玉米自交系比G纯合型玉米自交系具有较高的脱水速率,育种时可作为供体亲本;在175515332位点及175515351位点,如果同时存在T型及A型突变,这类自交系具有较高的脱水速率,育种时可作为供体亲本。
检测玉米籽粒脱水速率快慢的方法,分为两种方法:
方法一:以待检测的玉米的基因组DNA为模板,以SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示的序列为引物进行PCR扩增,对扩增产物进行TaqI酶切,如果得到364bp的片段,则待检测玉米具有较高的籽粒脱水速率,如果得到386bp的片段,则待检测玉米具有较低的籽粒脱水速率;
方法二:以待检测的玉米的基因组DNA为模板,以SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示的序列为引物进行PCR扩增,对扩增产物进行DpnI酶切,如果得到237bp的片段,则待检测玉米具有较高的籽粒脱水速率,如果得到262bp的片段,则待检测玉米具有较低的籽粒脱水速率。
鉴定玉米籽粒脱水速率基因型的试剂盒,含有SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示的引物对或SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示的引物对。
本发明的dCAPS分子标记引物对在玉米育种上的应用。
与现有技术相比,本发明具有以下有益效果:
本发明方法可用于选择玉米籽粒脱水速率快的品种,将其用于快速脱水玉米品种选育。本发明方法可以在玉米开花授粉前进行筛选,受体可以是已知的常用玉米育种亲本,也可以是未知的材料,如自交系、杂交种、地方品种、开放授粉品种及群体等种质资源,获得含有目标基因型的个体,对培育籽粒脱水速率快的玉米品种具有重要指导作用,是针对基因的选择,加快育种速度,降低育种成本,并且具有操作简单,成本低廉,周期短的优点,适于推广应用,为玉米种质的鉴定提供了一种快捷的选择方法。
附图说明
图1为2014、2015和2016期间KWC和KDR的回归分析图;
图2为105份玉米自交系脱水速率统计图,hap1(T):突变体;hap2(A):非突变体;
图3为105份玉米自交系脱水速率统计图,hap1(A):突变体;hap2(G):非突变体;
图4为105份玉米自交系脱水速率统计图,hap1(T/A):双位点突变体;hap2(T/G):
单位点突变体;hap3(A/A),单位点突变体:突变体;hap4(A/G):双位点非突变体;
图5为TaqI酶切的聚丙烯酰胺凝胶电泳图;
图6为DpnI酶切的聚丙烯酰胺凝胶电泳图。
具体实施方式
下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料,如无特殊说明,均为从吉林省农业科学院作物资源研究所获得。
实施例1玉米籽粒脱水速率表型性状分析及候选基因关联分析
一、试验材料
实施例1中所用的试验材料为132份自交系,此自交系为自然群体,均来源于吉林省农业科学院作物资源研究所,具体材料清单见表1。
表1 132份玉米自交系清单
Figure BDA0002559136760000031
Figure BDA0002559136760000041
二、试验设计及调查方法
试验于2014、2015及2016三年在吉林省农业科学院公主岭试验基地进行。采用随机区组设计,5行区,行长5m,行距0.65m,株距0.20m,设3次重复。为避免边际效应,每小区两个边行和中间3行的行头及行尾各2株不用于性状测定。
自授粉后开始第10d上午9时,选取挂牌标记的5个固定植株,参考Reid等(2010)的方法,采用SK-300探针式水分测定仪(哈尔滨宇达电子技术有限公司生产)穿透果穗中部苞叶并刺入籽粒中,记录含水量,每5d测定1次。调查授粉后第10天(KWC10)、15天(KWC15)、20天(KWC20)、25天(KWC25)、30天(KWC30)、35天(KWC35)、40天(KWC40)的籽粒含水量,并依据相邻两次的籽粒含水量计算籽粒脱水速率。籽粒脱水速率(KDR,kernel dehydrationrate)=(前一次籽粒含水量-后一次籽粒含水量)/间隔天数。授粉后10-15天、15-20天、20-25天、25-30天、30-35天、35-40天6个时期的籽粒脱水速率依次表示为KDR15、KDR20、KDR25、KDR30、KDR35、KDR40。
三、132份自交系表型性状分析
表2 籽粒含水量及脱水速率方差分析
Table 2 Analysis of variance for GFR and GDR
Figure BDA0002559136760000051
表3 132份自交系2014年、2015年及2016年三年的表型性状统计分析
Table 3 Statistic summary of phenotypic diversity in 132inbred linesfor traits scored in2014、2015and 2016
Figure BDA0002559136760000052
Figure BDA0002559136760000061
由图1可见,KWC和KDR两个性状在2014年、2015年和2016年的变化趋势相同,KWC随着时间的增加逐渐降低;KDR随着时间的增加逐渐升高。玉米籽粒含水量(KWC)和籽粒脱水速率(KDR)方差分析结果如表2所示。由表2可知,KWC和KDR两个性状在品种间、不同时期、品种间×不同时期、年际间×不同时期均达到极显著差异水平,KWC在年际间呈极显著差异水平,KDR在年际间呈显著差异水平,其它不显著。由表3可知不同表型性状表现出不同程度的变异,KWC的变异系数较小,授粉后15天GWC的变异系数最小,分别为1.34%、1.48%和1.44%,随着天数的增加变异系数逐渐增加,授粉后40天的变异系数为12.68%、13.56%和13.71%。而KDR的变异系数较大,授粉后40天KDR的变异系数最大为42.09%、39.4%和37.06%。结果可能说明鉴定玉米籽粒脱水速率的鉴定最佳时期为授粉后35-40天以后。籽粒含水量的遗传力为68.54%-76.42%,籽粒脱水速率的遗传力为61.75%-74.16%,两个性状的最高遗传力均出现在授粉后40天。
四、候选基因关联分析
结合132份自交系2014、2015及2016年三年的表型数据,并根据Pritchard等2000的方法获得了132份材料的群体结构数据,根据Yu等2005年在《Narure Genetics》上发表的分别利用群体结构(Q)与成对家系指数(K)数据结合多环境(e)条件下的一般线性模型(GLM)与复合线性模型(MLM)模型计算性状与标记之间的关联性。使用TASSEL2.0软件(美国康奈尔大学开发)进行基于候选基因赤霉素相关基因Zm00001d022326的关联分析发现,在玉米第7条染色体上9个多态性SNPs位点与籽粒脱水性状相关联。在这些显著关联位点中,其中2个位点与籽粒脱水性状高度相关。具体分析结果见表4。
表4 赤霉素基因Zm00001d022326与籽粒脱水速率的关联性分析结果
Figure BDA0002559136760000062
表4可知,在玉米的第7条染色体上存在赤霉素基因Zm00001d022326d,该基因与玉米籽粒的脱水速率关联性强,该基因的2个突变位点的单位点可解释的表型变异高达18.11%,其中突变的等位基因型是优异等位基因型,具有很高的标记开发与利用价值。
五、分子标记的发现和特异引物对设计
1、通过对自然群体中132份玉米自交系的赤霉素检测,在玉米第7条染色体上存在一个与植物赤霉素相关的基因Zm00001d022326,该基因与玉米籽粒的脱水速率有关,该基因存在两个不同的突变位点,7:175515332位置存在T/A碱基突变,根据基因序列信息设置特异引物对,PCR扩增后的产物为386bp,此序列被TaqI酶切后可得到364bp及22bp的序列;7:175515351位置存在G/A碱基突变,根据基因序列信息设置特异引物对,PCR扩增后的产物为262bp,此序列被DpnI酶切后可得到237bp和25bp的序列。
2、根据玉米基因组的序列,设计了特异引物对:
386bp扩增产物所用的引物对如下:
引物F-gttctggccgtcgccggagt(SEQ ID No.1);
引物R-cgccagcgaggtggacggggatcg(SEQ ID No.2)。
262bp扩增产物所用的引物对如下:
引物F-gcctccgcgggtctccccgacagg(SEQ ID No.3);
引物R-tccagtccgagccacgcacg(SEQ ID No.4)。
以玉米基因组DNA为模板,用SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示引物序列进行PCR扩增,扩增后得到的DNA片断为386bp,对该片断内的突变位点进行TaqI酶切,酶切后如果能够得到大小为364bp的片断,则具有该序列的玉米基因型为T纯合型玉米,如果得到386bp的片段,则具有该序列的玉米基因型为A纯合型玉米;用SEQ ID No.3及SEQ ID No.4所示引物序列进行PCR扩增,扩增后得到的DNA片断为262bp,对该片断内的突变位点进行DpnI酶切,如果酶切后能够得到大小为237bp的DNA片断,具有该序列的玉米基因型为A纯合型玉米,如果得到262bp的片段,则具有该序列的玉米基因型为G纯合型玉米。因此,该检测的标记可以区分不同的基因型。
具有364bp序列的纯合型玉米(T)纯合型玉米具有以下所示的核苷酸序列:GTTCTGGCCGTCGCCGGAGTCGTCCGCGGCCCCGCTCCCAGTCGTGGTATACTTCCACGGCGGCGCCTTCACGCTGCTCTCTGCGGCCTCGTACGTCTACGACGCCATGTGCCGCCGGTTCTGCCGCGAGCTGGGCGCCGTCGTCGTGTCCGTCAACTACCGCCTCGCACCCGAGCACCGCTGGCCCGCCGCGTACGAGGACGGCGTCGCCATGCTTCGATACCTCGCCTCCGCGGGTCTCCCCGACAGCGTCGACGTCCCCGTGGACCTCTCCCGCTGCTTCCTCGCCGGGGACAGCGCCGGCGCCAACATCGCCCACCACGTGGCGCAGCGCTGGACGACGGCCTCCTCCCCGCCGCGGTCC(SEQ ID No.5)。
具有386bp序列的纯合型玉米(A)纯合型玉米具有以下所示的核苷酸序列:
GTTCTGGCCGTCGCCGGAGTCGTCCGCGGCCCCGCTCCCAGTCGTGGTATACTTCCACGGCGGCGCCTTCACGCTGCTCTCTGCGGCCTCGTACGTCTACGACGCCATGTGCCGCCGGTTCTGCCGCGAGCTGGGCGCCGTCGTCGTGTCCGTCAACTACCGCCTCGCACCCGAGCACCGCTGGCCCGCCGCGTACGAGGACGGCGTCGCCATGCTTCGATACCTCGCCTCCGCGGGTCTCCCCGACAGCGTCGACGTCCCCGTGGACCTCTCCCGCTGCTTCCTCGCCGGGGACAGCGCCGGCGCCAACATCGCCCACCACGTGGCGCAGCGCTGGACGACGGCCTCCTCCCCGCCGCGGTCCATCCCCGTCCACCTCGCTGGCG(SEQ ID No.6)。
具有237bp序列的纯合型玉米(A)纯合型玉米具有以下所示的核苷酸序列:
TCGACGTCCCCGTGGACCTCTCCCGCTGCTTCCTCGCCGGGGACAGCGCCGGCGCCAACATCGCCCACCACGTGGCGCAGCGCTGGACGACGGCCTCCTCCCCGCCGCGGTCCATCCCCGTCCACCTCGCTGGCGCCATCCTGGTGCAGCCGTACTTTGGCGGCGAGGAGCGGACGGAAGCTGAGGTCAGGCTGGATGGGAACGTGCCGGTGGTGACCGTGCGTGGCTCGGACTGGA(SEQ ID No.7)
具有262bp序列的纯合型玉米(G)纯合型玉米具有以下所示的核苷酸序列:
GCCTCCGCGGGTCTCCCCGACAGCGTCGACGTCCCCGTGGACCTCTCCCGCTGCTTCCTCGCCGGGGACAGCGCCGGCGCCAACATCGCCCACCACGTGGCGCAGCGCTGGACGACGGCCTCCTCCCCGCCGCGGTCCATCCCCGTCCACCTCGCTGGCGCCATCCTGGTGCAGCCGTACTTTGGCGGCGAGGAGCGGACGGAAGCTGAGGTCAGGCTGGATGGGAACGTGCCGGTGGTGACCGTGCGTGGCTCGGACTGGA(SEQ ID No.8)
实施例2105份玉米自交系基因分型
应用本发明设计的特异引物对105份玉米自交系进行基因分型,具体步骤如下:
1、提取基因组DNA
取试样的幼苗或叶片(约200mg~300mg),液氮下迅速磨成粉末。将粉末转入2.0mL离心管中,加入700μL 65℃预热的CTAB提取液,并使其混匀。65℃水浴加热45min,不断地轻轻倒转摇动。水浴后,取出离心管,冷却至室温。通风橱下加入700μL的氯仿:异戊醇(24:1),轻轻倒转摇动5min~10min。12000rpm(室温)离心10min,用去头枪尖将上清转至一新2.0mL离心管中。加入10μL RNA酶溶液(10mg/mL),37℃下温浴30min。再次于通风橱下加入700μL的氯仿:异戊醇(24:1),轻轻倒转摇动5min~10min。12000rpm(室温)离心10min,用去头枪尖将上清转至一新2.0mL离心管中。加入-20℃预冷的异丙醇(1倍体积)或无水乙醇(2倍体积)于2.0mL离心管中,轻轻混匀。-20℃冰箱静置一段时间后,至DNA凝集,室温下钩出DNA。70%乙醇洗涤两次(其中一次可过夜)。洗涤完毕后,将DNA晾干。加入适量的1×TE(pH=8.0)溶解于试管中,4℃下保存备用。检测DNA质量后,-20℃下保存备用。
2、以玉米基因组DNA为模板,以上面设计的特异引物对(SEQ ID No.1和SEQ IDNo.2或SEQ ID No.3和SEQ ID No.4)为引物进行PCR扩增
3、PCR扩增反应实验步骤
(1)PCR扩增反应体系
Figure BDA0002559136760000091
(2)PCR扩增反应程序
预变性:94℃5min;
扩增:94℃变性30s,55℃退火30s,72℃延伸1min,进行35次循环;
终延伸:72℃10min。(扩增产物于4℃保存)
(3)TaqI及DpnI酶切反应体系
反应组分 推荐反应体积(20uL)
PCR产物 10.0
Nuclease-free water 7.0
10×SpeedyOne Buffer 2.0
SpeedyCutTaqI/SpeedyCutDpnI 1.0-2.0
(4)聚丙烯酰胺凝胶电泳
取10uL PCR样品加入5uL 3×Loading Buffer,混匀后,在95℃变性5min,立即置于冰上。使用北京六一电泳系统,在4.5%聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)上电泳,PAGE银染方法参照ABC Laboratory Protocols进行。具体操作步骤如下:
电泳程序:在4.5%聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)上电泳检测扩增产物(制备方法见表2-5),银染观察结果。电泳过程根据试验条件做出一定的改动。具体过程如下:①清洗玻璃板:用自来水沾取洗涤剂将玻璃板反复擦洗,再分别用蒸馏水和95%酒精各擦洗两遍,自然干燥。在玻璃板上涂0.5mL Binding Silane(0.5%),主板上涂0.5mL Repel Silane(2%)。操作过程中防止两块玻璃板相互污染。②待玻璃板干燥后组装电泳槽,水平仪检测。③凝胶制备应符合表2-5的规定。
(4)电泳显示一条364bp条带的为T纯合型样本,电泳显示一条386bp条带的为A纯合型样本;电泳显示一条237bp条带的为A纯合型样本,电泳显示一条262bp条带的为G纯合型样本,最终分型结果见表5。
表5 105份玉米自交系基因分型结果
Figure BDA0002559136760000101
Figure BDA0002559136760000111
Figure BDA0002559136760000121
由表5及图2可知,在175515332位点,105份玉米自交系中有24份自交系存在T型变,且T纯合型玉米比A纯合型玉米自交系具有较高的脱水速率,育种时可作为供体亲本;由表5及图3可知,在175515351位点,105份玉米自交系中有31份自交系存在A型突变,且A纯合型玉米自交系比G纯合型玉米自交系具有较高的脱水速率,育种时可作为供体亲本;由表5及图4可知,在175515332位点及175515351位点,有10份玉米自交系同时存在T型及A型突变,这类自交系具有较高的脱水速率,育种时可作为供体亲本;有35份自交系只存在一个突变位点,即T型或A型突变,这类自交系,育种时也可作为供体亲本;有60份玉米自交系不存在突变型,这类自交系则具有较低的脱水速率,育种时可作为受体亲本。对于供体亲本,可通过回交改良法及系谱法等,通过杂交及回交的方法,含赤霉素相关基因Zm00001d022326的优异等位基因进行育种材料选育。
实施例3特异引物对在育种中应用
1、以脱水速率快的玉米自交系吉A512(吉林省农业科学院自选系)作供体,脱水速率慢的玉米自交系四287(吉林省农业科学院自育杂交种吉单27的母本)作受体,杂交后获得F1,以F1作为被诱导材料,“吉诱101号”为诱导系,诱导后经秋水仙素加倍并经籽粒鉴定、田间鉴定后筛选得到120份单倍体(DH)系。
2、选取田间表现好的24份DH系提取基因组DNA。
3、以24份DH系的基因组DNA为模板,用SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示引物序列进行PCR扩增,通过电泳检测PCR扩增产物,扩增后的产物经TaqI酶切后有16份DH系获得了364bp的DNA片断,具有该基因型的玉米为T纯合型玉米,脱水速率较快,可作为供体亲本;另8份DH系获得了386bp的DNA片断,具有该基因型的玉米DH系为A纯合型玉米,脱水速率较慢,可作为受体亲本,结果如图5所示。
4、以24份DH系的基因组DNA为模板,用SEQ ID No.3及SEQ ID No.4所示引物序列进行PCR扩增,通过电泳检测PCR扩增产物,扩增后的产物经DpnI酶切后有15份DH系获得了237bp的DNA片断,具有该基因型的玉米为A纯合型玉米,脱水速率较快,可作为供体亲本;另9份DH系获得了262bp的DNA片断,具有该基因型的玉米DH系为G纯合型玉米,脱水速率较慢,可作为受体亲本,结果如图6所示。
序列表
<110> 吉林省农业科学院
<120> 鉴定玉米籽粒脱水速率基因型的dCAPS分子标记引物对及应用
<160> 8
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
gttctggccg tcgccggagt 20
<210> 2
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
cgccagcgag gtggacgggg atcg 24
<210> 3
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
gcctccgcgg gtctccccga cagg 24
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
tccagtccga gccacgcacg 20
<210> 5
<211> 364
<212> DNA
<213> Zea mays
<400> 5
gttctggccg tcgccggagt cgtccgcggc cccgctccca gtcgtggtat acttccacgg 60
cggcgccttc acgctgctct ctgcggcctc gtacgtctac gacgccatgt gccgccggtt 120
ctgccgcgag ctgggcgccg tcgtcgtgtc cgtcaactac cgcctcgcac ccgagcaccg 180
ctggcccgcc gcgtacgagg acggcgtcgc catgcttcga tacctcgcct ccgcgggtct 240
ccccgacagc gtcgacgtcc ccgtggacct ctcccgctgc ttcctcgccg gggacagcgc 300
cggcgccaac atcgcccacc acgtggcgca gcgctggacg acggcctcct ccccgccgcg 360
gtcc 364
<210> 6
<211> 386
<212> DNA
<213> Zea mays
<400> 6
gttctggccg tcgccggagt cgtccgcggc cccgctccca gtcgtggtat acttccacgg 60
cggcgccttc acgctgctct ctgcggcctc gtacgtctac gacgccatgt gccgccggtt 120
ctgccgcgag ctgggcgccg tcgtcgtgtc cgtcaactac cgcctcgcac ccgagcaccg 180
ctggcccgcc gcgtacgagg acggcgtcgc catgcttcga tacctcgcct ccgcgggtct 240
ccccgacagc gtcgacgtcc ccgtggacct ctcccgctgc ttcctcgccg gggacagcgc 300
cggcgccaac atcgcccacc acgtggcgca gcgctggacg acggcctcct ccccgccgcg 360
gtccatcccc gtccacctcg ctggcg 386
<210> 7
<211> 237
<212> DNA
<213> Zea mays
<400> 7
tcgacgtccc cgtggacctc tcccgctgct tcctcgccgg ggacagcgcc ggcgccaaca 60
tcgcccacca cgtggcgcag cgctggacga cggcctcctc cccgccgcgg tccatccccg 120
tccacctcgc tggcgccatc ctggtgcagc cgtactttgg cggcgaggag cggacggaag 180
ctgaggtcag gctggatggg aacgtgccgg tggtgaccgt gcgtggctcg gactgga 237
<210> 8
<211> 262
<212> DNA
<213> Zea mays
<400> 8
gcctccgcgg gtctccccga cagcgtcgac gtccccgtgg acctctcccg ctgcttcctc 60
gccggggaca gcgccggcgc caacatcgcc caccacgtgg cgcagcgctg gacgacggcc 120
tcctccccgc cgcggtccat ccccgtccac ctcgctggcg ccatcctggt gcagccgtac 180
tttggcggcg aggagcggac ggaagctgag gtcaggctgg atgggaacgt gccggtggtg 240
accgtgcgtg gctcggactg ga 262

Claims (5)

1.鉴定玉米籽粒脱水速率基因型的dCAPS分子标记引物对,所述引物对有两组,分别命名为386引物对和262引物对,386引物对的序列如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示,262引物对的序列如SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示。
2.检测玉米籽粒脱水速率基因型的方法,其特征在于,分为两种方法:
方法一:以待检测的玉米的基因组DNA为模板,以SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示的序列为引物进行PCR扩增,对扩增产物进行TaqI酶切,如果得到364bp的片段,则待检测玉米第7条染色体175515332位置基因型为T纯合型,如果得到386bp的片段,则待检测玉米第7条染色体175515332位置基因型为A纯合型;
方法二:以待检测的玉米的基因组DNA为模板,以SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示的序列为引物进行PCR扩增,对扩增产物进行DpnI酶切,如果得到237bp的片段,则待检测玉米第7条染色体175515351位置基因型为A纯合型,如果得到262bp的片段,则待检测玉米第7条染色体175515351位置基因型为G纯合型。
3.检测玉米籽粒脱水速率快慢的方法,其特征在于,分为两种方法:
方法一:以待检测的玉米的基因组DNA为模板,以SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示的序列为引物进行PCR扩增,对扩增产物进行TaqI酶切,如果得到364bp的片段,则待检测玉米具有较高的籽粒脱水速率,如果得到386bp的片段,则待检测玉米具有较低的籽粒脱水速率;
方法二:以待检测的玉米的基因组DNA为模板,以SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示的序列为引物进行PCR扩增,对扩增产物进行DpnI酶切,如果得到237bp的片段,则待检测玉米具有较高的籽粒脱水速率,如果得到262bp的片段,则待检测玉米具有较低的籽粒脱水速率。
4.鉴定玉米籽粒脱水速率基因型的试剂盒,含有SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示的引物对或SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示的引物对。
5.权利要求1所述的dCAPS分子标记引物对在玉米育种上的应用。
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