CN109837352B - 鉴别绵羊FecB基因SNP基因型的引物及方法 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了一种基于PCR‑RFLP鉴别绵羊FecB基因SNP基因型的引物及方法，(1)利用CTAB法提取待鉴别的绵羊基因组DNA；(2)利用SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示的引物对步骤(1)提取的DNA进行PCR扩增；(3)对PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳，回收目的条带；(4)利用AvaII限制性内切酶对所回收的条带进行酶切；(5)对酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳分析即可区分不同基因型。通过鉴定亲本的FecB基因的SNP选择具有高繁潜能的绵羊，提高整体种群的繁育率。

Description

鉴别绵羊FecB基因SNP基因型的引物及方法
技术领域
本发明属于分子生物学领域，具体涉及基于PCR-RFLP鉴别绵羊FecB基因SNP基因型的引物及方法。
背景技术
FecB基因是控制Booroola绵羊高繁殖性能的主效基因。在FecB的激酶区域内存在1个突变点，一个A－G突变点可导致受体胞内激酶区第249位氨基酸由谷氨酰胺突变为精氨酸，造成受体部分失活，影响与之识别的配体GDF－5和BMP－4对类固醇生成作用的反应，使携带FecB基因的母羊颗粒细胞加快分化，进而使卵泡成熟速度加快，排卵数增加。排卵数增加使得绵羊具有高繁殖性能。在遗传育种中，对于鉴别亲本绵羊的FecB基因的SNP至关重要。通过鉴定亲本的FecB基因的SNP选择具有高繁潜能的绵羊，提高整体种群的繁育率。
发明内容
本发明所要解决的技术问题为：如何提供一种基于PCR-RFLP鉴别绵羊FecB基因SNP基因型的引物及方法。
本发明的技术方案为：基于PCR-RFLP鉴别绵羊FecB基因SNP基因型的引物，所述引物如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示。
本发明还提供了一种基于PCR-RFLP鉴别绵羊FecB基因SNP基因型的方法，步骤如下：
(1)利用CTAB法提取待鉴别的绵羊基因组DNA；
(2)利用SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示的引物对步骤(1)提取的DNA进行PCR扩增；
(3)对PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳，回收目的条带；
(4)利用AvaII限制性内切酶对所回收的条带进行酶切；
(5)对酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳分析：若得到220bp的酶切条带，则待鉴别的绵羊FecB基因SNP基因型为SNP-A，若得到170bp的酶切条带，则待鉴别的绵羊FecB基因SNP基因型为SNP-G，若同时得到220bp和170bp的酶切条带，则待鉴别的绵羊FecB基因SNP基因型为SNP-A/G。
进一步地，步骤(4)中，酶切温度37℃，时间4.5h。
进一步地，步骤(2)中，PCR反应体系为：PCR SuperMix 10μL，SEQ ID No.1和SEQID No.2的引物各1μL，DNA 1μL，灭菌的去离子水7μL；PCR扩增参数：预变性94℃，5min，1循环；变性94℃，30s，退火61℃，30s，延伸72℃，60s，40循环；72℃，10min，1循环。
与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：
本发明通过设计筛选出一个可以高效鉴别绵羊FecB基因SNP的引物及方法。通过酶切条带的大小分辨绵羊FecB基因SNP基因型。通过鉴定亲本的FecB基因的SNP选择具有高繁潜能的绵羊，提高整体种群的繁育率。
附图说明
图1利用测序法筛选出4个SNP-A样品，4个SNP-G样品，4个SNP-A/G样品；
图2基于PCR-RFLP鉴别绵羊FecB基因的SNP，SNP-A样品的酶切条带为220bp；
SNP-G样品的酶切条带为170bp；SNP-A/G样品的酶切条带为220bp和170bp。以上结果说明可以通过酶切条带的大小分辨绵羊FecB基因SNP。
具体实施方式
实施例
(1)提取苏尼特羊、乌珠穆沁羊、察哈尔羊、湖羊和小尾寒羊血液DNA；
(2)利用引物5'-TTTAACAGGTCCAGAGGACAATAGCAAAGCAAA-3'(SEQ ID No.1)和5'-AATACAGACTTATACTCACCCAAGATGTTTTCATGCCTCATCAACAGGTC-3'(SEQ ID No.2)扩增提取的DNA，通过测序分析筛选出4个SNP-A样品，4个SNP-G样品，4个SNP-A/G样品；如图1所示。
表1 PCR反应体系
成分 体积(微升)
SuperMix 10
引物1 1
引物2 1
DNA 1
灭菌的去离子水 7
总体积 20
表2 PCR扩增参数
Figure BDA0002030515220000021
Figure BDA0002030515220000031
(3)对PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳，回收目的条带；利用AvaII限制性内切酶对所回收的条带进行酶切，37℃，4.5h；对酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳分析。如图2所示，SNP-A样品的酶切条带为220bp；SNP-G样品的酶切条带为170bp；SNP-A/G样品的酶切条带为220bp和170bp。以上结果说明可以通过酶切条带的大小分辨绵羊FecB基因SNP。
序列表
<110> 锡林郭勒职业学院
<120> 鉴别绵羊FecB基因SNP基因型的引物及方法
<160> 2
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
tttaacaggt ccagaggaca atagcaaagc aaa 33
<210> 2
<211> 50
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
aatacagact tatactcacc caagatgttt tcatgcctca tcaacaggtc 50

Claims (1)

1.基于PCR-RFLP鉴别绵羊FecB基因SNP基因型的方法，其特征在于，步骤如下：
（1）利用CTAB法提取待鉴别的绵羊基因组DNA；
（2）利用SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示的引物对步骤（1）提取的DNA进行PCR扩增；
（3）对PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳，回收目的条带；
（4）利用AvaII 限制性内切酶对所回收的条带进行酶切；
（5）对酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳分析：若得到220bp的酶切条带，则待鉴别的绵羊FecB基因SNP基因型为SNP-A，若得到170bp的酶切条带，则待鉴别的绵羊FecB基因SNP基因型为SNP-G，若同时得到220bp和170bp的酶切条带，则待鉴别的绵羊FecB基因SNP基因型为SNP-A/G；
步骤（2）中，PCR反应体系为：PCR SuperMix 10 μL，SEQ ID No.1和SEQ ID No.2的引物各1 μL，DNA 1μL，灭菌的去离子水7μL；PCR扩增参数：预变性94℃，5 min，1循环；变性94℃，30 s，退火61℃，30s，延伸72℃，60 s，40循环；72℃，10 min，1循环；步骤（4）中，酶切温度37℃，时间4.5 h。
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