CN109777871A - 一种用于检测与耳聋相关易感基因的snp的引物组和试剂盒 - Google Patents
一种用于检测与耳聋相关易感基因的snp的引物组和试剂盒 Download PDFInfo
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Abstract
本发明提供了一种用于检测与耳聋相关易感基因的SNP的引物组和试剂盒，属于基因工程技术领域，所述引物组包括特异性引物和单碱基延伸引物；所述特异性引物包括具有SEQ ID No.1～36所示的核苷酸序列；所述单碱基延伸引物包括具有SEQ ID No.37～54所示的核苷酸序列。采用本发明提供的引物组能够对耳聋相关易感基因的SNP进行分型，正确率100％。
Description
技术领域
本发明涉及基因工程技术领域，具体涉及一种用于检测与耳聋相关易感基因的SNP的引物组和试剂盒。
背景技术
我国听力残疾人群有2780万，耳聋形成的原因有很多，主要包括遗传因素、新生儿产伤、耳朵感染、使用药物不当、免疫性疾病、生理机能退化、某些化学物质中毒等。研究表明，约有60％的耳聋与遗传有关，目前已发现的耳聋相关基因近300个。在正常人群中约有5％～6％的人至少携带一种耳聋相关易感基因。这意味着，不仅聋人会生出聋儿，即使听力正常的夫妇，由于携带了耳聋突变基因，也面临生育聋儿的风险。
通过基因筛查能提早发现携带有已知耳聋相关易感基因的下一代，并进行医学干预，避免下一代听力残疾。遗传性耳聋相关易感基因检测，就是通过对个体的DNA检测，发现其是否携带耳聋突变基因，从而对耳聋做到“早发现”、“早预防”和“早干预”。另外，耳聋相关易感基因筛查还具有指导正常人/聋人生育听力健康的后代，预防药物性耳聋，预防与跑跳、摔倒和头部外伤等相关的遗传性耳聋的意义。可应用于以下几类人群：新生儿群体：特别是听力筛查未通过的新生儿；儿童：聋病病因诊断、人工耳蜗效果评价、致聋基因查找、药物致聋预防；育龄人群：特别是夫妻双方或一方是聋人，或有耳聋家族遗传史的；符合耳聋相关易感基因产前诊断适应症的孕妇；耳聋患者及其家属；已生育聋儿的夫妻。对于耳聋患者及有耳聋家族遗传史的患者来说，常见耳聋相关易感基因检测对国人常见的几大耳聋相关易感基因的高发突变位点进行全面检测，明确耳聋的原因，从而有效避免药物、头部碰撞等因素致聋，以及科学遗传咨询，避免或减少下一代再出现遗传性耳聋。
但是现有技术中，还未报道检测与耳聋相关易感基因的SNP的引物组。
发明内容
本发明的目的在于提供一种用于检测与耳聋相关易感基因的SNP的引物组和试剂盒，采用本发明提供的引物组能够对耳聋相关易感基因的SNP进行分型，正确率100％。
本发明提供了一种用于检测与耳聋相关易感基因的SNP的引物组，所述引物组包括特异性引物和单碱基延伸引物；
所述特异性引物包括具有SEQ ID No.1～36所示的核苷酸序列；
所述单碱基延伸引物包括具有SEQ ID No.37～54所示的核苷酸序列。
优选的，所述耳聋相关易感基因包括SLC26A4、GJB2、GJB3和12SrRNA。
优选的，所述SLC26A4的SNP包括rs111033305、rs200455203、rs111033380、rs760429554、rs121908362、rs111033313、rs111033318、rs201562855和rs121908363；
所述SEQ ID No.1～2和SEQ ID No.37对rs111033305进行分型；
所述SEQ ID No.3～4和SEQ ID No.38对rs200455203进行分型；
所述SEQ ID No.7～8和SEQ ID No.40对rs111033380进行分型；
所述SEQ ID No.17～18和SEQ ID No.45对rs760429554进行分型；
所述SEQ ID No.19～20和SEQ ID No.46对rs121908362进行分型；
所述SEQ ID No.21～22和SEQ ID No.47对rs111033313进行分型；
所述SEQ ID No.23～24和SEQ ID No.48对rs111033318进行分型；
所述SEQ ID No.25～26和SEQ ID No.49对rs201562855进行分型；
所述SEQ ID No.33～34和SEQ ID No.53对rs121908363进行分型。
优选的，所述GJB2的SNP包括rs80338943、rs80338939、rs80338942、rs750188782和rs111033204；
所述SEQ ID No.5～6和SEQ ID No.39对rs80338943进行分型；
所述SEQ ID No.9～10和SEQ ID No.41对rs80338939进行分型；
所述SEQ ID No.11～12和SEQ ID No.42对rs80338942进行分型；
所述SEQ ID No.31～32和SEQ ID No.52对rs750188782进行分型；
所述SEQ ID No.35～36和SEQ ID No.54对rs111033204进行分型。
优选的，所述GJB3的SNP包括rs74315319和rs74315318；
所述SEQ ID No.15～16和SEQ ID No.44对rs74315319进行分型；
所述SEQ ID No.27～28和SEQ ID No.50对rs74315318进行分型。
优选的，所述12S rRNA的SNP包括rs267606617和rs267606619；
所述SEQ ID No.13～14和SEQ ID No.43对rs267606617进行分型；
所述SEQ ID No.29～30和SEQ ID No.51对rs267606619进行分型。
本发明还提供了一种检测与耳聋相关易感基因的SNP的试剂盒，包括MgCl2、PCREnzyme、dNTP Mix和上述技术方案所述的引物组。
本发明提供了一种用于检测与耳聋相关易感基因的SNP的引物组和试剂盒，所述引物组包括特异性引物和单碱基延伸引物；所述特异性引物包括具有SEQ ID No.1～36所示的核苷酸序列；所述单碱基延伸引物包括具有SEQID No.37～54所示的核苷酸序列。采用本发明提供的引物组能够对耳聋相关易感基因的SNP进行分型，正确率100％。
具体实施方式
本发明提供了一种用于检测与耳聋相关易感基因的SNP的引物组，其特征在于，所述引物组包括特异性引物和单碱基延伸引物；
所述特异性引物包括具有SEQ ID No.1～36所示的核苷酸序列；
所述单碱基延伸引物包括具有SEQ ID No.37～54所示的核苷酸序列。
在本发明中，所述耳聋相关易感基因优选包括SLC26A4、GJB2、GJB3和12S rRNA。
在本发明中，所述SLC26A4的SNP优选包括rs111033305、rs200455203、rs111033380、rs760429554、rs121908362、rs111033313、rs111033318、rs201562855和rs121908363。
在本发明中，所述SEQ ID No.1～2和SEQ ID No.37优选对rs111033305进行分型。
在本发明中，所述SEQ ID No.1的序列如下所示：
ACGTTGGATGTCTCTTGTTTTGTGGCCACC；
所述SEQ ID No.2的序列如下所示：
ACGTTGGATGAAGGCTGTTGTTCCTACCTG；
所述SEQ ID No.37的序列如下所示：
CCACTGCTCTTTCCC。
在本发明中，所述SEQ ID No.3～4和SEQ ID No.38优选对rs200455203进行分型。
在本发明中，所述SEQ ID No.3的序列如下所示：
ACGTTGGATGAGTGAACGTTCCCAAAGTGC；
所述SEQ ID No.4的序列如下所示：
ACGTTGGATGGTGATCTCACTCCAACAACG；
所述所述SEQ ID No.38的序列如下所示：
CTCCACAGTCAAGCA。
在本发明中，所述SEQ ID No.7～8和SEQ ID No.40优选对rs111033380进行分型。
在本发明中，所述SEQ ID No.7的序列如下所示：
ACGTTGGATGGACACTGCAGCTAGAGATAC；
所述SEQ ID No.8的序列如下所示：
CGTTGGATGCTTGTAAGTTCATTACCTG；
所述SEQ ID No.40的序列如下所示：
CCTGACTCTGCTGGTT。
在本发明中，所述SEQ ID No.17～18和SEQ ID No.45优选对rs760429554进行分型。
在本发明中，所述SEQ ID No.17的序列如下所示：
ACGTTGGATGTAGGTGCCAGGCATTTTAAG；
所述SEQ ID No.18的序列如下所示：
ACGTTGGATGCAGCGCTTTCAGCCTCTTAT；
所述SEQ ID No.45的序列如下所示：
GACATTTATTTCCAAAGGTTG。
在本发明中，所述SEQ ID No.19～20和SEQ ID No.46优选对rs121908362进行分型。
在本发明中，所述SEQ ID No.19的序列如下所示：
ACGTTGGATGGAGCAATGCGGGTTCTTTGA；
所述SEQ ID No.20的序列如下所示：
ACGTTGGATGCCCTCTTGAGATTTCACTTG；
所述SEQ ID No.46的序列如下所示：
CTGTAGATAGAGTATAGCATCA。
在本发明中，所述SEQ ID No.21～22和SEQ ID No.47优选对rs111033313进行分型。
在本发明中，所述SEQ ID No.21的序列如下所示：
ACGTTGGATGGTTCAGCATTATTTGGTTGAC；
所述SEQ ID No.22的序列如下所示：
ACGTTGGATGCCATATGAAATGGCAGTAGC；
所述SEQ ID No.47的序列如下所示：
GTTTTTAACATCTTTTGTTTTATTTC。
在本发明中，SEQ ID No.23～24和SEQ ID No.48优选对rs111033318进行分型。
在本发明中，所述SEQ ID No.23的序列如下所示：
ACGTTGGATGTCCATAGCCTTGTGCTTGAC；
所述SEQ ID No.24的序列如下所示：
ACGTTGGATGCAGAAAACCAGAACCTTACC；
所述SEQ ID No.48的序列如下所示：
AACCTTACCACCCGC。
在本发明中，所述SEQ ID No.25～26和SEQ ID No.49优选对rs201562855进行分型。
在本发明中，所述SEQ ID No.25的序列如下所示：
ACGTTGGATGGTAGGATCGTTGTCATCCAG；
所述SEQ ID No.26的序列如下所示：
ACGTTGGATGTGGTGGCCACAAAACAAGAG；
所述SEQ ID No.49的序列如下所示：
GCCTTTGGGATCAGC。
在本发明中，所述SEQ ID No.33～34和SEQ ID No.53优选对rs121908363进行分型。
在本发明中，所述SEQ ID No.33的序列如下所示：
ACGTTGGATGGAGCAATGCGGGTTCTTTGA；
所述SEQ ID No.34的序列如下所示：
ACGTTGGATGCCCTCTTGAGATTTCACTTG；
所述SEQ ID No.53的序列如下所示：
AAGGACACATTCTTTTTGA。
在本发明中，所述GJB2的SNP优选包括rs80338943、rs80338939、rs80338942、rs750188782和rs111033204。
在本发明中，所述SEQ ID No.5～6和SEQ ID No.39优选对rs80338943进行分型。
在本发明中，所述SEQ ID No.5的序列如下所示：
ACGTTGGATGTCTTCTCATGTCTCCGGTAG；
所述SEQ ID No.6的序列如下所示：
ACGTTGGATGGTGCTACGATCACTACTTCC；
所述SEQ ID No.39的序列如下所示：
AAGATCAGCTGCAGG。
在本发明中，所述SEQ ID No.9～10和SEQ ID No.41优选对rs80338939进行分型。
在本发明中，所述SEQ ID No.9的序列如下所示：
ACGTTGGATGTCTTTCCAATGCTGGTGGAG；
所述SEQ ID No.10的序列如下所示：
ACGTTGGATGAGAAGATGGATTGGGGCACG；
所述SEQ ID No.41的序列如下所示：
CAGACGATCCTGGGGG。
在本发明中，所述SEQ ID No.11～12和SEQ ID No.42优选对rs80338942进行分型。
在本发明中，所述SEQ ID No.11的序列如下所示：
ACGTTGGATGGATCGTAGCACACGTTCTTG；
所述SEQ ID No.12的序列如下所示：
ACGTTGGATGAGATGAGCAGGCCGACTTTG；
所述SEQ ID No.42的序列如下所示：
ccTTGTCTGCAACACCC。
在本发明中，所述SEQ ID No.31～32和SEQ ID No.52优选对rs750188782进行分型。
在本发明中，所述SEQ ID No.31的序列如下所示：
ACGTTGGATGATAGCCGGATGTGGGAGATG；
所述SEQ ID No.32的序列如下所示：
ACGTTGGATGAGGCCGACTTTGTCTGCAAC；
所述SEQ ID No.52的序列如下所示：
GGAAGTAGTGATCGTAGC。
在本发明中，所述SEQ ID No.35～36和SEQ ID No.54优选对rs111033204进行分型。
在本发明中，所述SEQ ID No.35的序列如下所示：
ACGTTGGATGTCTCCCCCTTGATGAACTTC；
所述SEQ ID No.36的序列如下所示：
ACGTTGGATGATCTCCCACATCCGGCTATG；
所述SEQ ID No.54的序列如下所示：
ATGAACTTCCTCTTCTTCTC。
在本发明中，所述GJB3的SNP优选包括rs74315319和rs74315318。
在本发明中，所述SEQ ID No.15～16和SEQ ID No.44优选对rs74315319进行分型。
在本发明中，所述SEQ ID No.15的序列如下所示：
ACGTTGGATGTCTGGCATGGCTTCAATATG；
所述SEQ ID No.16的序列如下所示：
ACGTTGGATGGGTGAAGATTTTCTTCTCGG；
所述SEQ ID No.44的序列如下所示：
acTTTCTTCTCGGTAGGTC。
在本发明中，所述SEQ ID No.27～28和SEQ ID No.50优选对rs74315318进行分型。
在本发明中，所述SEQ ID No.27的序列如下所示：
ACGTTGGATGTGCCCCAACATCGTGGACTG；
所述SEQ ID No.28的序列如下所示：
ACGTTGGATGGAGCTCACAGATGGTGAGTA；
所述SEQ ID No.50的序列如下所示：
gATTGCCCGACCTACC。
在本发明中，所述12S rRNA的SNP优选包括rs267606617和rs267606619。
在本发明中，所述SEQ ID No.13～14和SEQ ID No.43优选对rs267606617进行分型。
在本发明中，所述SEQ ID No.13的序列如下所示：
ACGTTGGATGACCCTCCTCAAGTATACTTC；
所述SEQ ID No.14的序列如下所示：
ACGTTGGATGCACTTTCCAGTACACTTACC；
所述SEQ ID No.43的序列如下所示：
CTTACCATGTTACGACTTG。
在本发明中，所述SEQ ID No.29～30和SEQ ID No.51优选对rs267606619进行分型。
在本发明中，所述SEQ ID No.29的序列如下所示：
ACGTTGGATGAGTTGAACAGGGCCCTGAAG；
所述SEQ ID No.30的序列如下所示：
ACGTTGGATGCCATGTTACGACTTGTCTCC；
所述SEQ ID No.51的序列如下所示：
cccCACACCGCCCGTCAC。
本发明还提供了一种检测与耳聋相关易感基因的SNP的试剂盒，包括MgCl2、PCREnzyme、dNTP Mix和上述技术方案所述的引物组。
本发明对所述试剂盒中各组分的放置量没有特殊限定，采用常规试剂盒中的放置量即可。
下面结合具体实施例对本发明所述的一种用于检测与耳聋相关易感基因的SNP的引物组和试剂盒做进一步详细的介绍，本发明的技术方案包括但不限于以下实施例。
实施例1
1.唾液DNA提取：取四例口腔拭子样本(包括3例待测样本和1例阳性样本，该样本18个位点均无突变)，利用康为世纪口腔拭子基因组DNA提取试剂盒进行唾液DNA提取。在GW1和GW2试剂中加入一定量的无水乙醇。从采样管中取500μL唾液样本，加入300μLGR、20μLProteinase K和300μLGL，震荡混匀，56℃震荡孵育15min，加入300μL无水乙醇，震荡混匀；将750μL该溶液加入到收集管的吸附柱中，12000rpm离心1min，弃液；向吸附柱中加入400μLGW1，12000rpm离心1min，弃液；向吸附柱中加入400μLGW2，12000rpm离心1min，弃液；12000rpm离心2min，静置晾干；将吸附柱置于新的1.5mL离心管中，悬空加入40μLGE，静置5min，12000rpm离心1min，收集DNA溶液，质检，4℃保存。
2.PCR:
2.1配制0.5μM(每个引物)PCR引物混合物，里面包含多重反应里每个SNP位点的F(正向)和R(反向)引物。DNA样本(体积：1μL；浓度：10ng/μL)已预载于384孔板的左半板并且处理成干粉。使用前请先离心。在1配制的PCR混液到每一个孔里，然后混好。
PCR体系如表1所示：
表1 PCR体系
2.2完成后，用膜把板封好，涡旋震荡1min和离心1分钟，条件为3000rpm。
2.3将384孔板放上PCR仪进行以下热循环：
1)95℃2分钟；
2)45个循环：
95℃30秒
56℃30秒
72℃60秒；
3)72℃5分钟；
4)4℃保温。
3.SAP Reaction SAP反应
3.1每一个孔加入2μL SAP混液。如果有器材和适当方法，这一步可以使用液体处理器。完成后，用膜把板封好，涡旋震荡和离心。
3.2将384孔板放上PCR仪，根据以下规则配制7/14μM iPLEX延伸引物混合物。
3.3将延伸引物分成2组：低分子量和高分子量。
3.4将低分子量组在iPLEX延伸引物混合物的浓度定为7μM并计算所需体积。
3.5将高分子量组在iPLEX延伸引物混合物的浓度定为14μM并计算所需体积。
3.6计算达到工作体积所需的水的体积。配制iPLEX延伸混液。
3.7每一个孔加入2μLiPLEX延伸混液并混好。如果有器材和适当方法，这一步可以使用液体处理器。完成后，用膜把板封好，涡旋震荡和离心。
3.8进行热循环。
热循环条件：
37℃40分钟
85℃5分钟
4℃∞
4脱盐处理
4.1把洁净树脂铺平在384/6mg dimpleplate上，风干最少10分钟。
3.2在样本板的每一个有样本的孔里加入16ul水。如果有器材和方法，这一步可以使用液体处理器。完成后，用膜把板封好，涡旋震荡和离心。
4.3加入6mg洁净树脂：轻轻将样本板凌空反转，放在已放树脂的dimpleplate上，然后将dimpleplate连样本板一起反转(过程中两快板不可水平移动)，让树脂掉到孔里。用膜把板封好，放在旋转器上颠倒摇匀15分钟。以3200g(标准板离心机的2000rpm)将板离心5分钟。
5.点样
5.1用点样仪进行体积测试以找出合适的点样速度。不过，点3点标准品的点样速度最少要达到90mm/sec。
5.2以板上的真正样本进行volume check，然后用MassARRAYTMNanodispenserRS1000/Fusio(RS1000/Fusio点样仪)或自备点样仪将样本点到SpectroCHIP(芯片)上。
6MALDI-TOF MS基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱
将芯片放到MassARRAY Typer Workstation MA4或Compact里打质谱，FlexControl和SpectroAcquire的参数要设定为iPLEXGold(iPLEX.par)。
备注：使用Typer4Plate Editor编板时样本档要以纵向导入。而且在编板前将元数据应用在样本上。完成实验后，导出.xml档。
SNP位点的PCR扩增引物和单碱基延伸引物序列如表2所示：
表2 SNP位点的PCR扩增引物和单碱基延伸引物序列
对4例样本的18个SNP位点基因检测结果进行分析，结合耳聋相关易感基因SNP位点分型意义解读，对受检样本的耳聋发病风险进行分析。其中耳聋相关易感基因与SNP对应关系如表3所示：
表3耳聋相关易感基因与SNP对应关系
耳聋相关易感基因SNP分型结果见表4：
表4耳聋相关易感基因SNP分型结果
由表4可见，18个位点的基因型均能正确检出，检出率100％，基因型分布符合中国汉族人基因型分布频率。
其中阳性样本未见突变，神经性耳聋发病风险较低。样本1在GJB2基因1个位点突变，神经性耳聋发病存在一定风险。样本2存在GJB2基因2个位点突变，神经性耳聋发病风险较高，需加强防范，注意早期干预。样本3发现12S rRNA基因有1个位点突变，药物性耳聋发病存在一定风险。
由以上实施例可以得出，采用本发明提供的引物组能够对耳聋相关易感基因的SNP进行分型，正确率100％。
本发明实施例中以基因组为样本，引物经多重PCR扩增后采用核酸质谱方法检测样本SNP位点分型，该方法灵敏度高，仅需10ng DNA即可实现，广泛适用于血卡、口腔试子等微量DNA样本；检测效率高，一次实验可检测384个样本，全部实验流程5小时内完成；通量高，通过agena核酸质谱分析仪，仅需一次可实现18个位点的检测。
以上所述仅是本发明的优选实施方式，应当指出，对于本技术领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明原理的前提下，还可以做出若干改进和润饰，这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。
序列表
<110> 北京北基医学检验实验室有限公司
<120> 一种用于检测与耳聋相关易感基因的SNP的引物组和试剂盒
<160> 54
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
acgttggatg tctcttgttt tgtggccacc 30
<210> 2
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
acgttggatg aaggctgttg ttcctacctg 30
<210> 3
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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acgttggatg agtgaacgtt cccaaagtgc 30
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<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
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<211> 30
<212> DNA
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<211> 30
<212> DNA
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<400> 6
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<211> 30
<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<400> 14
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
acgttggatg ggtgaagatt ttcttctcgg 30
<210> 17
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
acgttggatg taggtgccag gcattttaag 30
<210> 18
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
acgttggatg cagcgctttc agcctcttat 30
<210> 19
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 19
acgttggatg gagcaatgcg ggttctttga 30
<210> 20
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 20
acgttggatg ccctcttgag atttcacttg 30
<210> 21
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 21
acgttggatg gttcagcatt atttggttga c 31
<210> 22
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 22
acgttggatg ccatatgaaa tggcagtagc 30
<210> 23
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 23
acgttggatg tccatagcct tgtgcttgac 30
<210> 24
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 24
acgttggatg cagaaaacca gaaccttacc 30
<210> 25
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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acgttggatg gtaggatcgt tgtcatccag 30
<210> 26
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 26
acgttggatg tggtggccac aaaacaagag 30
<210> 27
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 27
acgttggatg tgccccaaca tcgtggactg 30
<210> 28
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 28
acgttggatg gagctcacag atggtgagta 30
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<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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acgttggatg agttgaacag ggccctgaag 30
<210> 30
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 30
acgttggatg ccatgttacg acttgtctcc 30
<210> 31
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 31
acgttggatg atagccggat gtgggagatg 30
<210> 32
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 32
acgttggatg aggccgactt tgtctgcaac 30
<210> 33
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 33
acgttggatg gagcaatgcg ggttctttga 30
<210> 34
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 34
acgttggatg ccctcttgag atttcacttg 30
<210> 35
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 35
acgttggatg tctccccctt gatgaacttc 30
<210> 36
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 36
acgttggatg atctcccaca tccggctatg 30
<210> 37
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 37
ccactgctct ttccc 15
<210> 38
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 38
ctccacagtc aagca 15
<210> 39
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 39
aagatcagct gcagg 15
<210> 40
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 40
cctgactctg ctggtt 16
<210> 41
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 41
cagacgatcc tggggg 16
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 42
ccttgtctgc aacaccc 17
<210> 43
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 43
cttaccatgt tacgacttg 19
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 44
actttcttct cggtaggtc 19
<210> 45
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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gacatttatt tccaaaggtt g 21
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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ctgtagatag agtatagcat ca 22
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<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 47
gtttttaaca tcttttgttt tatttc 26
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 48
aaccttacca cccgc 15
<210> 49
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 49
gcctttggga tcagc 15
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<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 50
gattgcccga cctacc 16
<210> 51
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 51
ccccacaccg cccgtcac 18
<210> 52
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 52
ggaagtagtg atcgtagc 18
<210> 53
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 53
aaggacacat tctttttga 19
<210> 54
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 54
atgaacttcc tcttcttctc 20
Claims (7)
1.一种用于检测与耳聋相关易感基因的SNP的引物组，其特征在于，所述引物组包括特异性引物和单碱基延伸引物；
所述特异性引物包括具有SEQ ID No.1～36所示的核苷酸序列；
所述单碱基延伸引物包括具有SEQ ID No.37～54所示的核苷酸序列。
2.根据权利要求1所述的引物组，其特征在于，所述耳聋相关易感基因包括SLC26A4、GJB2、GJB3和12S rRNA。
3.根据权利要求1或2所述的引物组，其特征在于，所述SLC26A4的SNP包括rs111033305、rs200455203、rs111033380、rs760429554、rs121908362、rs111033313、rs111033318、rs201562855和rs121908363；
所述SEQ ID No.1～2和SEQ ID No.37对rs111033305进行分型；
所述SEQ ID No.3～4和SEQ ID No.38对rs200455203进行分型；
所述SEQ ID No.7～8和SEQ ID No.40对rs111033380进行分型；
所述SEQ ID No.17～18和SEQ ID No.45对rs760429554进行分型；
所述SEQ ID No.19～20和SEQ ID No.46对rs121908362进行分型；
所述SEQ ID No.21～22和SEQ ID No.47对rs111033313进行分型；
所述SEQ ID No.23～24和SEQ ID No.48对rs111033318进行分型；
所述SEQ ID No.25～26和SEQ ID No.49对rs201562855进行分型；
所述SEQ ID No.33～34和SEQ ID No.53对rs121908363进行分型。
4.根据权利要求1或2所述的引物组，其特征在于，所述GJB2的SNP包括rs80338943、rs80338939、rs80338942、rs750188782和rs111033204；
所述SEQ ID No.5～6和SEQ ID No.39对rs80338943进行分型；
所述SEQ ID No.9～10和SEQ ID No.41对rs80338939进行分型；
所述SEQ ID No.11～12和SEQ ID No.42对rs80338942进行分型；
所述SEQ ID No.31～32和SEQ ID No.52对rs750188782进行分型；
所述SEQ ID No.35～36和SEQ ID No.54对rs111033204进行分型。
5.根据权利要求1或2所述的引物组，其特征在于，所述GJB3的SNP包括rs74315319和rs74315318；
所述SEQ ID No.15～16和SEQ ID No.44对rs74315319进行分型；
所述SEQ ID No.27～28和SEQ ID No.50对rs74315318进行分型。
6.根据权利要求1或2所述的引物组，其特征在于，所述12S rRNA的SNP包括rs267606617和rs267606619；
所述SEQ ID No.13～14和SEQ ID No.43对rs267606617进行分型；
所述SEQ ID No.29～30和SEQ ID No.51对rs267606619进行分型。
7.一种检测与耳聋相关易感基因的SNP的试剂盒，包括MgCl2、PCR Enzyme、dNTPMix和权利要求1～6任一项所述的引物组。
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