CN103173557A - 一组用于人类亲子鉴定的多重pcr引物组合及检测方法 - Google Patents

一组用于人类亲子鉴定的多重pcr引物组合及检测方法 Download PDF

Info

Publication number
CN103173557A
CN103173557A CN2013101194809A CN201310119480A CN103173557A CN 103173557 A CN103173557 A CN 103173557A CN 2013101194809 A CN2013101194809 A CN 2013101194809A CN 201310119480 A CN201310119480 A CN 201310119480A CN 103173557 A CN103173557 A CN 103173557A
Authority
CN
China
Prior art keywords
seq
idno
multiple pcr
primer combination
dna
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN2013101194809A
Other languages
English (en)
Inventor
张宇清
王健
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
SHANGHAI BENEGENE BIOTECHNOLOGIES CO Ltd
Original Assignee
SHANGHAI BENEGENE BIOTECHNOLOGIES CO Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by SHANGHAI BENEGENE BIOTECHNOLOGIES CO Ltd filed Critical SHANGHAI BENEGENE BIOTECHNOLOGIES CO Ltd
Priority to CN2013101194809A priority Critical patent/CN103173557A/zh
Publication of CN103173557A publication Critical patent/CN103173557A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Landscapes

  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明涉及一组可用于人类亲子鉴定的多重PCR引物组合，通过该引物组合可以对80个SNP遗传标记进行检测。这些引物组合中上游引物的核苷酸序列依次如SEQ ID NO.1～80所示；下游引物的核苷酸序列依次如SEQ ID NO.81～160所示；单碱基延伸引物的核苷酸序列依次如SEQ ID NO.161～240所示。本发明涉及的上述多重PCR引物组合，优选利用飞行时间质谱方法来进行人类的亲子鉴定，结果准确，方法快速简便并且有很高通量，具有良好的应用前景。

Description

一组用于人类亲子鉴定的多重PCR引物组合及检测方法
技术领域
本发明涉及通过使用一组多重PCR引物组合来对80个SNP遗传标记进行检测，从而实现人类亲子鉴定的检测体系，具体涉及80条上游引物、80条下游引物以及80条单碱基延伸引物的核苷酸序列和检测方法。
背景技术
现代亲缘关系鉴定的方法是DNA分析，即利用人类染色体上的遗传标记来识别两个个体之间是否有血缘关系。有亲缘关系的个体之间，共享相同遗传标记的概率，比没有亲缘关系的个体要大。目前，用于亲子鉴定的遗传标记是第二代遗传标记——短串联重复序列(STR)，它具有分布广泛，易于检测，信息量大，有高度多态性并遵循孟德尔共显性遗传等特点。当利用STR进行亲子鉴定时，一般检测十几个STR位点，如果有3个以上的位点不同，则可排除亲子关系。但是STR不同等位基因的序列长度相似，区分和判型有一定困难，一般每个PCR反应的判型错误率可达1％～5％(Bonin et al.2004；Weller et al.2004)，判型错误会影响亲子鉴定的准确性和可重复性。
随着科学技术的发展，单核苷酸多态性(SNP)作为第三代遗传标记，越来越多地进入人们的视野。在遗传制图、连锁性分析、疾病基因定位和物种多态性研究等诸多领域中，SNP已经逐渐取代STR，成为首选的遗传标记。相对于STR，SNP在染色体中的分布更为广泛，数量更多，检测方法也更方便可靠。在亲子鉴定领域，SNP分型也可以充分发挥其优势：
1.作为遗传标记，SNP比STR更为稳定。STR序列的突变率高于人类基因的平均突变率，而且STR中存在着多个核心序列重复、核心序列的非整倍重复等现象。SNP则不存在这类问题。
2.SNP检测比STR检测对DNA样本的要求更低，适应更多的特殊环境。SNP是单碱基的变化，在PCR过程中一般只需扩增100bp左右的长度即可完成检测。9.11灾难的遇难人员身份识别，因为很多样本在极端温度与湿度的影响下，其DNA已经降解，很难收集到足够的STR数据，因此有一部分就是利用SNP完成的。
3.相对于STR，SNP的检测更加廉价，且通量更高。美国等发达国家在9.11等事件中的经验表明，利用STR鉴定技术成功识别一个遗体的平均成本可以达到上千美元。而SNP检测技术有望将识别成本减半甚至更低。
4.在鉴定父母与子女这样之间的亲缘关系方面，目前所广泛使用的，十几个位点的STR鉴定系统能够提供充分的信息。但是当鉴定的需求扩充到更远的亲缘关系，比如当一个灾难事故遇难者，只有一个表亲能够提供身份鉴别所需的样本时，这样的STR鉴定就有些力不从心。而SNP位点由于具有远超过STR位点的数量，可以提供更多的信息，理论上能够对很远的亲属关系也提供可信的判定。
综上所述，SNP标记具有稳定性高，测定准确，检测方法简便并且高通量等优点，将其应用于亲子鉴定的前景十分广阔，代表了未来的发展方向。
发明内容
本发明是利用SNP标记高通量、易检测、方便自动化的优点，建立了一组用于人类亲子鉴定的多重PCR引物组合，该组合可以对80个SNP遗传标记进行检测，从而达到亲缘关系比对和亲子鉴定的目的，并建立了简便、准确、高通量的飞行时间质谱方法，用该组多重PCR引物组合检测SNP遗传标记多态性的技术。
为达到上述目的，本发明的技术方案提供一组用于人类亲子鉴定的多重PCR引物组合，可对80个SNP遗传标记进行检测，其包含如下表1所示的80条上游引物(核苷酸序列编号依次为SEQ ID NO.1～80)、80条下游引物(核苷酸序列编号依次为SEQ ID NO.81～160)以及80条单碱基延伸引物(核苷酸序列编号依次为SEQID NO.161～240)：
表1 80个SNP标记的上游、下游及单碱基延伸引物序列
SNP标记名称 序列编号 上游引物(5’→3’)
BGPT0001 SEQ ID NO.1 ACGTTGGATGAAGGGCAGGTGGGATACCAA
BGPT0002 SEQ ID NO.2 ACGTTGGATGGGAGATGTCACTTGGCATAG
BGPT0003 SEQ ID NO.3 ACGTTGGATGTGTTCTTCAAATGCCAAGGG
BGPT0004 SEQ ID NO.4 ACGTTGGATGGTAGGATGGATCAGGGACAC
BGPT0005 SEQ ID NO.5 ACGTTGGATGCACTCTCTGCCTTATATTGG
BGPT0006 SEQ ID NO.6 ACGTTGGATGTACATGGGTGTCCCTAATCC
BGPT0007 SEQ IDNO.7 ACGTTGGATGTCTGTATCTATGGCCATGTG
BGPT0009 SEQ ID NO.8 ACGTTGGATGGCTTGAATATCTGCCATTCC
BGPT0010 SEQ ID NO.9 ACGTTGGATGAAAGGGCTGACAGGTAGCAC
BGPT0011 SEQ ID NO.10 ACGTTGGATGAAGTGGTCAGAAGTGCTCTC
BGPT0012 SEQ ID NO.11 ACGTTGGATGTCCTGTGAGAGGTTTGCATC
BGPT0013 SEQ ID NO.12 ACGTTGGATGATTGTATAGGGAGAGAGGTC
BGPT0014 SEQ ID NO.13 ACGTTGGATGCCTTTAAGATTCGGCTTAGG
BGPT0015 SEQ ID NO.14 ACGTTGGATGGTTGAGCACAAAGGTGACAG
BGPT0016 SEQ ID NO.15 ACGTTGGATGCTCTGCAGAATGAAAGTGA
BGPT0017 SEQ ID NO.16 ACGTTGGATGTGTTCCACTCTTGTAACTCC
BGPT0018 SEQ ID NO.17 ACGTTGGATGCCATCAGCATGTGGTTGAC
BGPT0019 SEQ ID NO.18 ACGTTGGATGTGTTAATCAAACAAGATGG
BGPT0021 SEQ ID NO.19 ACGTTGGATGGAAGCAACACACACATGCAC
BGPT0022 SEQ ID NO.20 ACGTTGGATGCAAGAATCAGTATTTTGAG
BGPT0023 SEQ ID NO.21 ACGTTGGATGCCTGGGTAATTCTACCTTGC
BGPT0024 SEQ ID NO.22 ACGTTGGATGACATATGGGGCTGTCATCTC
BGPT0025 SEQ ID NO.23 ACGTTGGATGTCTCCAAGAAGGAAAGTCTC
BGPT0026 SEQ ID NO.24 ACGTTGGATGCTGAACAAAGAATTAAGGTCC
BGPT0027 SEQ ID NO.25 ACGTTGGATGAAGGGCACCAGTGGAATTTG
BGPT0029 SEQ ID NO.26 ACGTTGGATGAGATACAGCAGCTACAGAGG
BGPT0030 SEQ ID NO.27 ACGTTGGATGCCTGAATTCCCTAGCTTCTG
BGPT0031 SEQ ID NO.28 ACGTTGGATGGCATTCTGGAACTGCATGCC
BGPT0032 SEQ ID NO.29 ACGTTGGATGCTGCCACTGCTGGTCTGAG
BGPT0033 SEQ ID NO.30 ACGTTGGATGCAAGAAAGGAGGGCACATTC
BGPT0034 SEQ ID NO.31 ACGTTGGATGTGAGCATTTACCACAATGCC
BGPT0035 SEQ ID NO.32 ACGTTGGATGTTACACAATCCCATTGCCTG
BGPT0036 SEQ ID NO.33 ACGTTGGATGATCTCGAGGGTCTTCTAGGT
BGPT0037 SEQ ID NO.34 ACGTTGGATGAAGCACAAAAAGTGTAGGC
BGPT0038 SEQ ID NO.35 ACGTTGGATGCCTAAGGATTACCTCTCCAA
BGPT0040 SEQ ID NO.36 ACGTTGGATGTGCCCTAAGGTTATGACCAT
BGPT0041 SEQ ID NO.37 ACGTTGGATGACACCAGACAAGCTGCATTC
BGPT0042 SEQ ID NO.38 ACGTTGGATGAAGAAAATCTGGCAAGGGCG
BGPT0045 SEQ ID NO.39 ACGTTGGATGCATCCATGTAGGAACCAGAG
BGPT0046 SEQ ID NO.40 ACGTTGGATGCCTACCACAACGTGTAGTGA
BGPT0047 SEQ ID NO.41 ACGTTGGATGTTCACCACCCAATCTCTCTC
BGPT0048 SEQ ID NO.42 ACGTTGGATGCACAAATCTAAACAGCAGCA
BGPT0050 SEQ ID NO.43 ACGTTGGATGGTTGACATTTTTATGTACTC
BGPT0051 SEQ ID NO.44 ACGTTGGATGTAAGACCCCACTACTCATC
BGPT0052 SEQ ID NO.45 ACGTTGGATGTTGCTTCACACATACAACTC
BGPT0053 SEQ ID NO.46 ACGTTGGATGCTTTCCTTTCTTTCACTGG
BGPT0054 SEQ ID NO.47 ACGTTGGATGGAATGTTCTCAACCTGCCAC
BGPT0055 SEQ ID NO.48 ACGTTGGATGTGGTAGGAAGCTACCAACTC
BGPT0057 SEQ ID NO.49 ACGTTGGATGTCATATATATTGCTGTTCC
BGPT0058 SEQ ID NO.50 ACGTTGGATGTTGGTACTGATCAAGTACTG
BGPT0059 SEQ ID NO.51 ACGTTGGATGGAACAGATAGTTGGCCACAC
BGPT0060 SEQ ID NO.52 ACGTTGGATGACAGTTTGTGGCAGATCATC
BGPT0061 SEQ ID NO.53 ACGTTGGATGTTGGTTCATGGGTGGGCCAG
BGPT0062 SEQ ID NO.54 ACGTTGGATGACAGGAGGTCCTAGCACCAA
BGPT0063 SEQ ID NO.55 ACGTTGGATGATCTCTCGCCCTGACTTATC
BGPT0064 SEQ ID NO.56 ACGTTGGATGAAATTCAGACCATCTCAGGG
BGPT0065 SEQ ID NO.57 ACGTTGGATGTCTCTTTGATAGAGGAGAGG
BGPT0066 SEQ ID NO.58 ACGTTGGATGTTAAACCACAACGCTGGCAC
BGPT0067 SEQ ID NO.59 ACGTTGGATGTGAAAAAGAGAGAGCAGTGG
BGPT0068 SEQ ID NO.60 ACGTTGGATGCTTTATGGAACGTGCCACTG
BGPT0069 SEQ ID NO.61 ACGTTGGATGCCTTGCCCAGACCCTCTAAT
BGPT0070 SEQ ID NO.62 ACGTTGGATGGTTGAAGACAACCTCCAGGC
BGPT0071 SEQ ID NO.63 ACGTTGGATGTCCCTTAGGATCCATCAAGC
BGPT0072 SEQ ID|NO.64 ACGTTGGATGGTATCTTATGTTCGTTTTCG
BGPT0073 SEQ ID NO.65 ACGTTGGATGAACGAGACCCTGGGCATGAC
BGPT0074 SEQ ID NO.66 ACGTTGGATGAGGTTTTCCTTCAGCACCTC
BGPT0075 SEQ ID NO.67 ACGTTGGATGTCGCCTAAACTAGAAACCTG
BGPT0076 SEQ ID NO.68 ACGTTGGATGAGGCTGGTTGACACCTTTAA
BGPT0078 SEQ ID NO.69 ACGTTGGATGCCACTTAGTTTTGGATTCAG
BGPT0079 SEQ ID NO.70 ACGTTGGATGTGCTAACATGATGCCCACTC
BGPT0080 SEQ ID NO.71 ACGTTGGATGCTCTTGGATAATGGAATTGAG
BGPT0081 SEQ ID NO.72 ACGTTGGATGCCAGGTAGTTGGAACAGTCA
BGPT0082 SEQ ID NO.73 ACGTTGGATGGTGCACACATGTATTTCTAC
BGPT0084 SEQ ID NO.74 ACGTTGGATGTTCTCATGACTAATAGCTG
BGPT0085 SEQ ID NO.75 ACGTTGGATGAGCATCCAAAGCCTTGAGAC
BGPT0088 SEQ ID NO.76 ACGTTGGATGTGACCTACTACCCAAAGCTG
BGPT0089 SEQ ID NO.77 ACGTTGGATGTCTAAGATAGTTTGTCCCAC
BGPT0090 SEQ ID NO.78 ACGTTGGATGGACTTCTAGAATAATAGAGC
BGPT0091 SEQ ID NO.79 ACGTTGGATGTAGTATGAGCCTCTACCTAC
BGPT0092 SEQ ID NO.80 ACGTTGGATGGGGTCACAGGGAGATTCTAA
SNP标记名称 序列编号 下游引物(5’→3’)
BGPT0001 SEQ ID NO.81 ACGTTGGATGACAGATTACGCTCCCCAGTG
BGPT0002 SEQ ID NO.82 ACGTTGGATGCCAACAGTCAATGGTACAGG
BGPT0003 SEQ ID NO.83 ACGTTGGATGAAGCTAGACAATGCCTAGAC
BGPT0004 SEQ ID NO.84 ACGTTGGATGTAGCTGCGTCATGCATTCTG
BGPT0005 SEQ ID NO.85 ACGTTGGATGTTGCCCTTTGGGTGTTCATC
BGPT0006 SEQ ID NO.86 ACGTTGGATGCTGATGGAACTTGAGAAATGG
BGPT0007 SEQ ID NO.87 ACGTTGGATGCAGAGAGCTTTTGGAGCCTA
BGPT0009 SEQ ID NO.88 ACGTTGGATGAGAGAAATGCAGGTTTTCCG
BGPT0010 SEQ ID NO.89 ACGTTGGATGCTGATGAGCTTTGCTGGAGA
BGPT0011 SEQ ID NO.90 ACGTTGGATGGTAAGATCTATGAGGAAAAC
BGPT0012 SEQ ID NO.91 ACGTTGGATGTTCAGAGCTCTCAGGGTTTG
BGPT0013 SEQ ID NO.92 ACGTTGGATGGTTGAGTTTTTCCAACTTATC
BGPT0014 SEQ ID NO.93 ACGTTGGATGCAGGAAGGAGATCACACTAC
BGPT0015 SEQ ID NO.94 ACGTTGGATGCAGGGTCAGATGTGATCTTC
BGPT0016 SEQ ID NO.95 ACGTTGGATGGGGTACTTTTTCTCTGAAGG
BGPT0017 SEQ ID NO.96 ACGTTGGATGTCCCAAGTACCATGCTGAAC
BGPT0018 SEQ ID NO.97 ACGTTGGATGAGTCCAGTATTCTATTGCCC
BGPT0019 SEQ ID NO.98 ACGTTGGATGGAACAACAAAGTCAACTAGC
BGPT0021 SEQ ID NO.99 ACGTTGGATGTGAAGTTTGTCTACATTGG
BGPT0022 SEQ ID NO.100 ACGTTGGATGCTACTCACCCATCTCCAAAG
BGPT0023 SEQ ID NO.101 ACGTTGGATGACTACCTAAACGTGCTTTGG
BGPT0024 SEQ ID NO.102 ACGTTGGATGCAGCTTCAGGCAGGTCTTTG
BGPT0025 SEQ ID NO.103 ACGTTGGATGGAAGTTCTTGCAGGTGACAG
BGPT0026 SEQ ID NO.104 ACGTTGGATGCTAGGCACCCAAGGCTTGAA
BGPT0027 SEQ ID NO.105 ACGTTGGATGTCCGGCTGAGGAAACTAACA
BGPT0029 SEQ ID NO.106 ACGTTGGATGTGGTGTCCTTGTAGGAAGGG
BGPT0030 SEQ ID NO.107 ACGTTGGATGTGGCCATGGGTGTTATTCAG
BGPT0031 SEQ ID NO.108 ACGTTGGATGCTAGAAAATGTCATCCTCCC
BGPT0032 SEQ ID NO.109 ACGTTGGATGTCCTTGTCTCCTGTGTGAAC
BGPT0033 SEQ ID NO.110 ACGTTGGATGGCAGAGGTAAACTGCTTTGG
BGPT0034 SEQ ID NO.111 ACGTTGGATGGACTTCTGACCAAGGTTAATG
BGPT0035 SEQ ID NO.112 ACGTTGGATGATCGTATGATACTTTAGGGC
BGPT0036 SEQ ID NO.113 ACGTTGGATGACAACAAGGGAATTCCCTGC
BGPT0037 SEQ ID NO.114 ACGTTGGATGATCAGGTTCATGACTTCTGC
BGPT0038 SEQ ID NO.115 ACGTTGGATGCTTTTCGGCAATGGAGAAGG
BGPT0040 SEQ ID NO.116 ACGTTGGATGTCAACAGGGATCATTAAGCC
BGPT0041 SEQ ID NO.117 ACGTTGGATGGATGTTCATAGCCTTCCCTC
BGPT0042 SEQ ID NO.118 ACGTTGGATGTTTACACCCCCTCCTGTATC
BGPT0045 SEQ ID NO.119 ACGTTGGATGAAGAGCTATCCCCGGAGAAG
BGPT0046 SEQ ID NO.120 ACGTTGGATGGCCAGGAAAATAAACTAAGAC
BGPT0047 SEQ ID NO.121 ACGTTGGATGGATTTTTGCAGTGACATCCC
BGPT0048 SEQ ID NO.122 ACGTTGGATGTGGAGAATTTCTGGAGATGC
BGPT0050 SEQ ID NO.123 ACGTTGGATGGAAGTGGGATAGGATCACTG
BGPT0051 SEQ ID NO.124 ACGTTGGATGCTTCCAGTATCTCCAAATACC
BGPT0052 SEQ ID NO.125 ACGTTGGATGAGAGATCGATCTACAACTG
BGPT0053 SEQ ID NO.126 ACGTTGGATGCCCTAGCATTGTATACAGCC
BGPT0054 SEQ ID NO.127 ACGTTGGATGAGAGCTGGGCTGGTTAAAAG
BGPT0055 SEQ ID NO.128 ACGTTGGATGGCAGTGACTAGTCTGTCTAC
BGPT0057 SEQ ID NO.129 ACGTTGGATGCAAATGGTGTTATAGGCATAG
BGPT0058 SEQ ID NO.130 ACGTTGGATGCCACACATAGGCCACTCTTC
BGPT0059 SEQ ID NO.131 ACGTTGGATGGTGAGATGAGCTTGCAGGAG
BGPT0060 SEQ ID NO.132 ACGTTGGATGAAAATCTGCCGAAAAATAA
BGPT0061 SEQ ID NO.133 ACGTTGGATGGCCTGTGGATGAGGCTATAA
BGPT0062 SEQ ID NO.134 ACGTTGGATGTGTCAAAACTTATCAAAATG
BGPT0063 SEQ ID NO.135 ACGTTGGATGTGGGTGGAAGAGGAAGTTGA
BGPT0064 SEQ ID NO.136 ACGTTGGATGGGTATTGCTAAAAGATCAC
BGPT0065 SEQ ID NO.137 ACGTTGGATGGATCAAAGGAAAGCCAGAGC
BGPT0066 SEQ ID NO.138 ACGTTGGATGGAGGATGACCGTTATTCCTG
BGPT0067 SEQ ID NO.139 ACGTTGGATGGCATGACCTTCAAGGCTTTC
BGPT0068 SEQ ID NO.140 ACGTTGGATGGTGTACCCAGAAGACAAGAG
BGPT0069 SEQ ID NO.141 ACGTTGGATGGGAAGGAATAAATGTCTAC
BGPT0070 SEQ ID NO.142 ACGTTGGATGCTGATGTGCAGTATCAAGTG
BGPT0071 SEQ ID NO.143 ACGTTGGATGAGGAAGTCCCTATCTTCTTG
BGPT0072 SEQ ID NO.144 ACGTTGGATGCAAGACTACCCAAGATGGGA
BGPT0073 SEQ ID NO.145 ACGTTGGATGCTTGAGGCTATTGCTGGAGA
BGPT0074 SEQ ID NO.146 ACGTTGGATGGAAAGGGAACATTTGCAATGG
BGPT0075 SEQ ID NO.147 ACGTTGGATGAGTCAGGAGTGAGAGAAGCG
BGPT0076 SEQ ID NO.148 ACGTTGGATGCACACGCACGTTTGCAAACA
BGPT0078 SEQ ID NO.149 ACGTTGGATGCTGAATTATCAGAAATCACAC
BGPT0079 SEQ ID NO.150 ACGTTGGATGTCCCCAAGACATATTTCCCC
BGPT0080 SEQ ID NO.151 ACGTTGGATGCATATCATTAATCTTGTCTC
BGPT0081 SEQ ID NO.152 ACGTTGGATGGGGAACTACTGTGAAGTGTC
BGPT0082 SEQ ID NO.153 ACGTTGGATGTTAGGCCTGTGCTTCAGCG
BGPT0084 SEQ ID NO.154 ACGTTGGATGGGGAATATTGTATATGCAAC
BGPT0085 SEQ ID NO.155 ACGTTGGATGTTCAGACATTTCTGAGAGGC
BGPT0088 SEQ ID NO.156 ACGTTGGATGGGACAAACTGAAGGTTGAGG
BGPT0089 SEQ ID NO.157 ACGTTGGATGCAGAAAAGAATAGGGAGCAG
BGPT0090 SEQ ID NO.158 ACGTTGGATGTCAAGCCAGTGCAAGAAAAC
BGPT0091 SEQ ID NO.159 ACGTTGGATGAGGTCTGTAGTCAAATGCAC
BGPT0092 SEQ ID NO.160 ACGTTGGATGGCTAACTTTTTTTCTCTCGC
SNP标记名称 序列编号 单碱基延伸引物(5’→3’)
BGPT0001 SEQ ID NO.161 AACCCCGCCAGAAAA
BGPT0002 SEQ ID NO.162 ATGCACTGGGCTGTT
BGPT0003 SEQ ID NO.163 GGCCCAGAGAAGAAAG
BGPT0004 SEQ ID NO.164 CCCTCCACCACTGAACA
BGPT0005 SEQ ID NO.165 TCTATGTGGCTTGTCTT
BGPT0006 SEQ ID NO.166 TCCCTAATCCTTGCTAAC
BGPT0007 SEQ IDNO.167 gTGGCCATGTGATTCCTA
BGPT0009 SEQ ID NO.168 agCTGCCATTCCCTTTTAC
BGPT0010 SEQ ID NO.169 ACAGGTAGCACTGAGGTGA
BGPT0011 SEQ ID NO.170 CTCTCCCTATGCACAATAGA
BGPT0012 SEQ ID NO.171 aggCCATCTCCATGGGATTC
BGPT0013 SEQ ID NO.172 gggaAGAGGTCCTTGCTAGA
BGPT0014 SEQ ID NO.173 gtGCTTAGGTGATACTTTCCT
BGPT0015 SEQ ID NO.174 aagGGTGACAGTGGAAATCAT
BGPT0016 SEQ ID NO.175 cCTGCTTATACTTTATCTGCTT
BGPT0017 SEQ ID NO.176 tAAAGAAACAACTCAAGAAAAC
BGPT0018 SEQ ID NO.177 cttttTTGACTGCCTTTTGATAC
BGPT0019 SEQ ID NO.178 cataAAACAAGATGGATGCTTTA
BGPT0021 SEQ ID NO.179 atagcAATGCCACAATCTTTGACT
BGPT0022 SEQ ID NO.180 ttAATCAGTATTTTGAGTATGGTA
BGPT0023 SEQ ID NO.181 cccctTAATTCTACCTTGCTTCATG
BGPT0024 SEQ ID NO.182 cttgtGCTGTCATCTCCTGTGAAAA
BGPT0025 SEQ ID NO.183 aattaTCTCTTACACTTAATACCCTT
BGPT0026 SEQ ID NO.184 ccgCAAAGAATTAAGGTCCTAATTTT
BGPT0027 SEQ ID NO.185 cccctTGGAATTTGCTTCCTCTAAATC
BGPT0029 SEQ ID NO.186 ggggaCAAGATGACAGAATAGAAAGTT
BGPT0030 SEQ ID NO.187 ccgacGAAGATACGATACACCTATTTTA
BGPT0031 SEQ ID NO.188 gatgaCAGTGACCTGTATTTTTGAAATG
BGPT0032 SEQ ID NO.189 AGCACCAACCCTCAT
BGPT0033 SEQ ID NO.190 GGTCTGAGCGTGAAA
BGPT0034 SEQ ID NO.191 CACATTCCATCCCAGA
BGPT0035 SEQ ID NO.192 CATTTTAACGCTGGCA
BGPT0036 SEQ ID NO.193 TGGAGAATTCCACAACA
BGPT0037 SEQ ID NO.194 TCTTCACCTTCATAGTCC
BGPT0038 SEQ ID NO.195 GTAGGCATTTAGCCAAAA
BGPT0040 SEQ ID NO.196 ctacAGGCTAAGCCATCCA
BGPT0041 SEQ ID NO.197 AGGTTATGACCATGTGTAA
BGPT0042 SEQ ID NO.198 tCTGCATTCTGATACGTTTT
BGPT0045 SEQ ID NO.199 gccTGTCAGACAAATTCGCTA
BGPT0046 SEQ IDNO.200 cctccCGATGCTACCCTGATTC
BGPT0047 SEQ ID NO.201 CACAACGTGTAGTGAATTTTAG
BGPT0048 SEQ ID NO.202 accaAATCTCTCTCGAACATACT
BGPT0050 SEQ ID NO.203 gGTGTGTGTTTCTATAAAGTTAC
BGPT0051 SEQ ID NO.204 aACATTTTTATGTACTCACGATAA
BGPT0052 SEQ ID NO.205 cccaaCCCACTACTCATCTTCTTTA
BGPT0053 SEQ ID NO.206 ccaccTACAACTCATAAACATTGCT
BGPT0054 SEQ ID NO.207 ccttGTTTTATTTTAAGGAAACGCA
BGPT0055 SEQ ID NO.208 ggcccCATCTGTAACTCTCAAATTCT
BGPT0057 SEQ ID NO.209 agggcGGTGTCTAGAGAACCTATACA
BGPT0058 SEQ ID NO.210 ccccCATTTGCTTTTATTGCTAAGATT
BGPT0059 SEQ ID NO.211 ggagtATCAAGTACTGTAAGGT TTTAA
BGPT0060 SEQ ID NO.212 cctccCAGATAGTTGGCCACACAATTAT
BGPT0061 SEQ ID NO.213 attgTCTTATTATGCATAAGATAACCAA
BGPT0062 SEQ ID NO.214 AGCACCAACCCTCAT
BGPT0063 SEQ ID NO.215 CTGAGCTGAGGGCAT
BGPT0064 SEQ ID NO.216 ATCTCAGGGTCCTCTT
BGPT0065 SEQ ID NO.217 GGGCAGATTCAGGAAC
BGPT0066 SEQ ID NO.218 ACGCTGGCACATTTAAC
BGPT0067 SEQ ID NO.219 GAGAGCAGTGGAAGTTA
BGPT0068 SEQ ID NO.220 CCACTGTGGTAGTCATAA
BGPT0069 SEQ ID NO.221 CAGACCCTCTAATCCTCTC
BGPT0070 SEQ ID NO.222 tctGCCATTCCTGGTCAAC
BGPT0071 SEQ ID NO.223 tGCCTTGGAACAAGTGTTA
BGPT0072 SEQ IDNO.224 ttTTCGTTTTCGTACGTTAC
BGPT0073 SEQ ID NO.225 taagGGGCATGACCACATTG
BGPT0074 SEQ ID NO.226 tctTCTTCCCCAATTTCAACT
BGPT0075 SEQ ID NO.227 actatAAACCTGAGACTCGTC
BGPT0076 SEQ ID NO.228 cccccTCAAATCCTGCTTGTCA
BGPT0078 SEQ ID NO.229 cGTTTTGGATTCAGACAATAGA
BGPT0079 SEQ ID NO.230 cccacGCCCACTCTGCGTACTAA
BGPT0080 SEQ ID NO.231 cgTGAGATTTAGGCCTAGTTTAA
BGPT0081 SEQ ID NO.232 ccccTGGAACAGTCATATCTCTAC
BGPT0082 SEQ ID NO.233 ggACACATGTATTTCTACTGTTTC
BGPT0084 SEQ ID NO.234 gacTGACTAATAGCTGATCCTATAA
BGPT0085 SEQ ID NO.235 gggcgTGAGACTAAATGAAGGGTAA
BGPT0088 SEQ ID NO.236 ccctaTGCACCAACTGCAGGATTTTTA
BGPT0089 SEQ ID NO.237 ccctcGTTTGTCCCACTTTAATTTCTCT
BGPT0090 SEQ ID NO.238 cctcaTTCTAGAATAATAGAGCCATTTT
BGPT0091 SEQ ID NO.239 gctatGGTCACTGAACAAATATTAGACT
BGPT0092 SEQ ID NO.240 aaagATTAAGAATTTGGACAGAAATAAA
上述多重PCR引物组合优选利用飞行时间质谱(MALDI-TOF)方法进行检测，检测方法包括以下步骤：(1)提取基因组DNA：包括从血液中提取DNA或从口腔粘膜上皮细胞中提取DNA或从带毛囊的毛发中提取DNA或从精液中提取DNA；(2)利用上述多重PCR引物组合进行多重PCR，利用飞行时间质谱检测SNP多态性；(3)利用软件进行亲子推断。
本发明经过飞行时间质谱检测SNP多态性及亲子推断实验验证，无论是父子关系推断还是双亲推断，亲子关系都是极为显著的(Paternity Index＞4000)，并且推断关系与实际亲缘关系完全一致。
本发明提供的一组多重PCR引物组合用于人类亲子鉴定，结果准确，优选利用飞行时间质谱方法，可快速、高通量、简便地进行人类亲子鉴定。
附图说明
图1为本发明实施例1中SNP标记BGPT0009中所有个体的判型散点图。
具体实施方式
以下结合附图和实施例，对本发明的具体实施方式进行详细描述。以下实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。
实施例：采用飞行时间质谱方法对人群进行SNP多态性分型及亲子推断。
一)提取基因组DNA
1，血液DNA提取方法
本试验的样本是加入抗凝剂(EDTA或枸橼酸钠)的全血，冷藏保存，其DNA提取的具体步骤如下：
1)取200μl全血加1ml H2O，颠倒混匀，3000rpm离心2min，弃上清，重复2-3次至红色消失。
2)加1×细胞裂解液400μl，蛋白酶K5μl，56℃水浴30min。
3)取出样本冰水浴1min，加入6mol/L NaCl150μl，剧烈振荡15～20秒。13000rpm离心10分钟。
4)吸取上清至新的离心管中，加入1.1ml无水乙醇，上下颠倒10次至絮状DNA沉淀出现，室温放置10分钟，13000rpm离心2分钟。
5)弃上清，加250μl70％乙醇室温放置1分钟后，13000rpm离心5分钟。
6)用移液器小心吸取乙醇，然后放入通风橱中通风10分钟，然后用35μl TE溶解DNA。
7)紫外分光光度计SMA3000测定溶液中DNA的浓度和A260/A280比值，测量3次取平均值，浓度应在30ng/μl左右，A260/A280比值应该在1.7-2.0之间，合格的DNA4℃取用或-20℃保存。
8)DNA可在4℃保存1-2个月，或者存放在-20℃长期保存。
2，口腔粘膜上皮细胞DNA提取方法
本试验的样本是使用刮棒或棉签采集的口腔粘膜上皮细胞，室温保存，其DNA提取的具体步骤如下：
1)将口腔粘膜上皮细胞溶于400μl1X裂解液中，加入1μl蛋白酶K，56度水浴30分钟。
2)取出样品置冰水浴1分钟，加入6mol/LNaCl150μl，剧烈振荡15-20秒，13000rpm离心10分钟。
3)吸取上清液至新的离心管中，加入1.1ml无水乙醇，上下颠倒10次至絮状DNA沉淀出现。室温放置10分钟，13000rpm离心2分钟沉淀DNA。
4)弃去上清液，再加入0.25ml70％乙醇洗涤DNA沉淀，室温放置1分钟后，13000rpm离心5分钟。
5)用移液器小心吸取乙醇，然后放入通风橱中通风10分钟，然后用35μl TE溶解DNA。
6)紫外分光光度计SMA3000测定溶液中DNA的浓度和A260/A280比值，测量3次取平均值，浓度应在30ng/μl左右，A260/A280比值应该在1.7-2.0之间，合格的DNA4℃取用或-20℃保存。
7)DNA可在4℃保存1-2个月，或者存放在-20℃长期保存。
3，从带毛囊的毛发中提取DNA的方法
本试验的样本是带毛囊的毛发，将毛根带有毛囊组织的部分置于1.5ml离心管内室温保存，其DNA提取的具体步骤如下：
1)加入60μl消化液(含10mM Tris-HCl，pH7.5，10mM EDTA，10mMNaCl，0.5％SDS)，再加入1μl蛋白酶K溶液(20mg/ml)，用涡旋混合器震荡5秒，于55℃水浴2小时。
2)加入60μl LiCl溶液(7.5M)，用涡旋混合器震荡5秒，冰浴10分钟。
3)13000rpm离心15分钟，将上清移入一个新的离心管中。
4)加入240μl无水乙醇，颠倒混匀后室温放置10分钟。
5)13000rpm离心10分钟，弃上清，用70％乙醇将沉淀洗一次。
6)13000rpm离心5分钟，弃上清，并将残留乙醇吸干净，然后放入通风橱中通风10分钟，然后用35μlTE溶解DNA。
7)紫外分光光度计SMA3000测定溶液中DNA的浓度和A260/A280比值，测量3次取平均值，浓度应在30ng/μl左右，A260/A280比值应该在1.7-2.0之间，合格的DNA4℃取用或-20℃保存。
8)DNA可在4℃保存1-2个月，或者存放在-20℃长期保存。
4，从精液中提取DNA的方法
本试验的样本是精液，室温或冷冻保存，其DNA提取的具体步骤如下：
1)精液融化后立即置4℃，3500rpm，离心5分钟。精子细胞沉淀用0.5mlSWB(10nmol Tris-HCl，10mmol EDTA，1mol NaCl，pH7.0)连续洗3次。
2)用250μl0.04M二硫苏糖醇，10μl10mg/ml蛋白酶K，250μl0.9％十二烷基硫酸钠裂解精子细胞并消化核蛋白，55℃消化2小时。
3)将消化产物加入等体积饱和酚(约0.5ml)，轻轻充分混匀后8000rpm离心10分钟，取上清液转入另一1.5ml离心管。(若离心后两相间有白色物质，重复该步)。
4)加入等体积氯仿与异戊醇混合液约0.5ml(氯仿∶异戊醇＝24∶1)，轻轻充分混匀，8000rpm离心10分钟，取上清转入另一1.5ml离心管中。
5)加入10％体积的3mol/L的NaAC(约100μl)，再加入等体积(加入NaAC后的总体积)的异丙醇(保持在室温)，轻颠倒混匀，可见白色絮状DNA沉淀物。
6)室温下放置1小时，使DNA充分沉淀。12000rpm离心5分钟，弃上清，可见DNA呈白色小斑附于管底。
7)在沉淀中加入75％乙醇约0.5ml洗涤，12000rpm离心2分钟，弃上清。
8)在沉淀中加入无水乙醇约0.5ml，5000rpm离心5分钟，弃上清。
9)空气干燥30分钟(时间不宜过长)，使乙醇充分挥发至DNA透明，然后加入20μl TE缓冲液溶解。
10)紫外分光光度计SMA3000测定溶液中DNA的浓度和A260/A280比值，测量3次取平均值，浓度应在30ng/μl左右，A260/A280比值应该在1.7-2.0之间，合格的DNA4℃取用或-20℃保存。
11)DNA可在4℃保存1-2个月，或者存放在-20℃长期保存。
二)多重PCR反应，利用飞行时间质谱检测SNP多态性
1，引物与DNA稀释以及质检
1)将多重PCR引物稀释至终浓度为500nM，根据Sequenom的稀释公式，将单碱基延伸终止引物稀释至终浓度为7～14μM之间。
2)13000转离心2.5min，用振荡器轻微震荡，每隔1h震荡一次，在常温下放至3-4小时即可。4℃取用或-20℃保存。
3)使用1.5％琼脂糖和紫外分光光度计SMA3000测定样品DNA的有无及浓度，保留合格样品，失败样品重新提取，将DNA浓度稀释至10-20ng/μl，4℃取用或-20℃保存。
2，384孔多重PCR反应
多重PCR过程与普通PCR过程完全相同，在384孔PCR板中依次加入表2中反应体系，按照表3设置PCR仪程序，配制PCR反应液混合物时额外增加38％，以防止意外损失。
表25μl PCR反应体系
Figure BSA00000875235500141
表3 多重PCR反应循环参数
Figure BSA00000875235500151
3，384孔SAP(虾碱性磷酸酶)消化反应
目的在于消化掉剩余的dNTP。将PCR反应板放入离心机中1000rpm离心数秒钟。SAP消化过程与普通PCR过程相类似，在384孔PCR板中依次加入表4中反应体系，按照表5设置PCR仪程序，配制SAP酶混合物时额外增加38％，以防止意外损失。
表4 SAP消化反应体系
表5 SAP消化反应循环参数
Figure BSA00000875235500153
4，单碱基延伸终止反应
将SAP反应板放入离心机中1000转离心数秒钟，单碱基延伸终止反应过程与普通PCR过程相类似，在384孔PCR板中依次加入表6中反应体系，按照表7设置PCR仪程序，配制单碱基延伸混合物时额外增加38％，以防止意外损失。
表6单碱基延伸终止反应体系
表7 单碱基延伸终止循环参数
Figure BSA00000875235500162
5，树脂纯化与数据收集
将反应产物(共9μl)加入25μl水进行稀释，使用树脂进行脱盐，将脱盐处理后的样品点在芯片靶点上，自然结晶，上机进行质谱检测，并收集数据。
三)利用软件进行亲子推断
利用Cervus3.0软件对飞行时间质谱产生的SNP分型数据进行分析，推算出每个SNP位点的paternity index(PI)，PI值的计算依据表8中的公式进行(Kaiser，L.and Sever，G，1983)
表8 PI计算公式表
孩子 母亲 待确认的父亲 PI
q pq q 1/q
pq p or pr q 1/q
q q q 1/q
pq p or pr or ps qr(or pq) 1/2q
q pq qr(or pq) 1/2q
q q qr 1/2q
pq pq pq 1/(p+q)
pq pq q 1/(p+q)
pq pq qr 1/(2p+2q)
q pq r 0
q q r 0
q 母亲基因型未知 q 1/q
pq 母亲基因型未知 q 1/2q
q 母亲基因型未知 qr 1/2q
pq 母亲基因型未知 pq (p+q)/4pq
pq 母亲基因型未知 qr 1/4q
q 母亲基因型未知 r 0
注：表中前三列的p，q，r代表不同的SNP allele，最后一列的p，q，r代表该
allele在人群中的出现频率
两个样本之间最终的PI值(composite PI，CPI)，由所有SNP位点的PI值相乘得到。CPI值＞1000的两个样本，可以确定真实的父子关系。CPI值＝0且PI＝0的SNP位点个数大于或等于3的，可以排除父子关系。CPI值＝0且PI＝0的SNP位点个数为1或者2的，为父子关系不能确定也不能排除的。
以上所述仅是本发明的优选实施方案，应当指出，对于本技术领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明技术原理的前提下，还可以做出若干改进，这些改进也应视为本发明的保护范围。
Figure ISA00000875235700011
Figure ISA00000875235700021
Figure ISA00000875235700031
Figure ISA00000875235700041
Figure ISA00000875235700051
Figure ISA00000875235700061
Figure ISA00000875235700071
Figure ISA00000875235700081
Figure ISA00000875235700121
Figure ISA00000875235700141
Figure ISA00000875235700151
Figure ISA00000875235700161
Figure ISA00000875235700171
Figure ISA00000875235700181
Figure ISA00000875235700191
Figure ISA00000875235700211
Figure ISA00000875235700221
Figure ISA00000875235700231
Figure ISA00000875235700241
Figure ISA00000875235700251
Figure ISA00000875235700261
Figure ISA00000875235700271
Figure ISA00000875235700301
Figure ISA00000875235700311
Figure ISA00000875235700331
Figure ISA00000875235700341
Figure ISA00000875235700351
Figure ISA00000875235700361
Figure ISA00000875235700371
Figure ISA00000875235700381
Figure ISA00000875235700391
Figure ISA00000875235700401
Figure ISA00000875235700421
Figure ISA00000875235700441
Figure ISA00000875235700451
Figure ISA00000875235700461
Figure ISA00000875235700481

Claims (3)

1.一组用于人类亲子鉴定的多重PCR引物组合，其特征在于，所述引物组为：SEQID NO.1～80所示的上游引物；SEQ ID NO.81～160所示的下游引物；SEQ ID NO.161～240所示的单碱基延伸引物。
序列编号 上游引物(5’→3’) SEQ ID NO.1 ACGTTGGATGAAGGGCAGGTGGGATACCAA SEQ ID NO.2 ACGTTGGATGGGAGATGTCACTTGGCATAG SEQ ID NO.3 ACGTTGGATGTGTTCTTCAAATGCCAAGGG SEQ IDNO.4 ACGTTGGATGGTAGGATGGATCAGGGACAC SEQ ID NO.5 ACGTTGGATGCACTCTCTGCCTTATATTGG SEQ ID NO.6 ACGTTGGATGTACATGGGTGTCCCTAATCC SEQ ID NO.7 ACGTTGGATGTCTGTATCTATGGCCATGTG SEQ ID NO.8 ACGTTGGATGGCTTGAATATCTGCCATTCC SEQ ID NO.9 ACGTTGGATGAAAGGGCTGACAGGTAGCAC SEQ ID NO.10 ACGTTGGATGAAGTGGTCAGAAGTGCTCTC SEQ ID NO.11 ACGTTGGATGTCCTGTGAGAGGTTTGCATC SEQ ID NO.12 ACGTTGGATGATTGTATAGGGAGAGAGGTC SEQ ID NO.13 ACGTTGGATGCCTTTAAGATTCGGCTTAGG SEQ ID NO.14 ACGTTGGATGGTTGAGCACAAAGGTGACAG SEQ ID NO.15 ACGTTGGATGCTCTGCAGAATGAAAGTGA SEQ ID NO.16 ACGTTGGATGTGTTCCACTCTTGTAACTCC SEQ ID NO.17 ACGTTGGATGCCATCAGCATGTGGTTGAC SEQ ID NO.18 ACGTTGGATGTGTTAATCAAACAAGATGG SEQ ID NO.19 ACGTTGGATGGAAGCAACACACACATGCAC SEQ ID NO.20 ACGTTGGATGCAAGAATCAGTATTTTGAG SEQ ID NO.21 ACGTTGGATGCCTGGGTAATTCTACCTTGC SEQ ID NO.22 ACGTTGGATGACATATGGGGCTGTCATCTC SEQ ID NO.23 ACGTTGGATGTCTCCAAGAAGGAAAGTCTC SEQ ID NO.24 ACGTTGGATGCTGAACAAAGAATTAAGGTCC
SEQ ID NO.25 ACGTTGGATGAAGGGCACCAGTGGAATTTG SEQ ID NO.26 ACGTTGGATGAGATACAGCAGCTACAGAGG SEQ ID NO.27 ACGTTGGATGCCTGAATTCCCTAGCTTCTG SEQ ID NO.28 ACGTTGGATGGCATTCTGGAACTGCATGCC SEQ ID NO.29 ACGTTGGATGCTGCCACTGCTGGTCTGAG SEQ ID NO.30 ACGTTGGATGCAAGAAAGGAGGGCACATTC SEQ ID NO.31 ACGTTGGATGTGAGCATTTACCACAATGCC SEQ ID NO.32 ACGTTGGATGTTACACAATCCCATTGCCTG SEQ ID NO.33 ACGTTGGATGATCTCGAGGGTCTTCTAGGT SEQ ID NO.34 ACGTTGGATGAAGCACAAAAAGTGTAGGC SEQ ID NO.35 ACGTTGGATGCCTAAGGATTACCTCTCCAA SEQ ID NO.36 ACGTTGGATGTGCCCTAAGGTTATGACCAT SEQ ID NO.37 ACGTTGGATGACACCAGACAAGCTGCATTC SEQ ID NO.38 ACGTTGGATGAAGAAAATCTGGCAAGGGCG SEQ ID NO.39 ACGTTGGATGCATCCATGTAGGAACCAGAG SEQ ID NO.40 ACGTTGGATGCCTACCACAACGTGTAGTGA SEQ ID NO.41 ACGTTGGATGTTCACCACCCAATCTCTCTC SEQ ID NO.42 ACGTTGGATGCACAAATCTAAACAGCAGCA SEQ ID NO.43 ACGTTGGATGGTTGACATTTTTATGTACTC SEQ ID NO.44 ACGTTGGATGTAAGACCCCACTACTCATC SEQ ID NO.45 ACGTTGGATGTTGCTTCACACATACAACTC SEQ ID NO.46 ACGTTGGATGCTTTCCTTTCTTTCACTGG SEQ ID NO.47 ACGTTGGATGGAATGTTCTCAACCTGCCAC SEQ ID NO.48 ACGTTGGATGTGGTAGGAAGCTACCAACTC SEQ ID NO.49 ACGTTGGATGTCATATATATTGCTGTTCC SEQ ID NO.50 ACGTTGGATGTTGGTACTGATCAAGTACTG SEQ ID NO.51 ACGTTGGATGGAACAGATAGTTGGCCACAC SEQ ID NO.52 ACGTTGGATGACAGTTTGTGGCAGATCATC SEQ ID NO.53 ACGTTGGATGTTGGTTCATGGGTGGGCCAG
SEQ ID NO.54 ACGTTGGATGACAGGAGGTCCTAGCACCAA SEQ ID NO.55 ACGTTGGATGATCTCTCGCCCTGACTTATC SEQ ID NO.56 ACGTTGGATGAAATTCAGACCATCTCAGGG SEQ ID NO.57 ACGTTGGATGTCTCTTTGATAGAGGAGAGG SEQ ID NO.58 ACGTTGGATGTTAAACCACAACGCTGGCAC SEQ ID NO.59 ACGTTGGATGTGAAAAAGAGAGAGCAGTGG SEQ ID NO.60 ACGTTGGATGCTTTATGGAACGTGCCACTG SEQ ID NO.61 ACGTTGGATGCCTTGCCCAGACCCTCTAAT SEQ ID NO.62 ACGTTGGATGGTTGAAGACAACCTCCAGGC SEQ ID NO.63 ACGTTGGATGTCCCTTAGGATCCATCAAGC SEQ ID NO.64 ACGTTGGATGGTATCTTATGTTCGTTTTCG SEQ ID NO.65 ACGTTGGATGAACGAGACCCTGGGCATGAC SEQ ID NO.66 ACGTTGGATGAGGTTTTCCTTCAGCACCTC SEQ ID NO.67 ACGTTGGATGTCGCCTAAACTAGAAACCTG SEQ ID NO.68 ACGTTGGATGAGGCTGGTTGACACCTTTAA SEQ ID NO.69 ACGTTGGATGCCACTTAGTTTTGGATTCAG SEQ ID NO.70 ACGTTGGATGTGCTAACATGATGCCCACTC SEQ ID NO.71 ACGTTGGATGCTCTTGGATAATGGAATTGAG SEQ ID NO.72 ACGTTGGATGCCAGGTAGTTGGAACAGTCA SEQ ID NO.73 ACGTTGGATGGTGCACACATGTATTTCTAC SEQ ID NO.74 ACGTTGGATGTTCTCATGACTAATAGCTG SEQ ID NO.75 ACGTTGGATGAGCATCCAAAGCCTTGAGAC SEQ ID NO.76 ACGTTGGATGTGACCTACTACCCAAAGCTG SEQ ID NO.77 ACGTTGGATGTCTAAGATAGTTTGTCCCAC SEQ ID NO.78 ACGTTGGATGGACTTCTAGAATAATAGAGC SEQ IDNO.79 ACGTTGGATGTAGTATGAGCCTCTACCTAC SEQ ID NO.80 ACGTTGGATGGGGTCACAGGGAGATTCTAA 序列编号 下游引物(5’→3’) SEQ ID NO.81 ACGTTGGATGACAGATTACGCTCCCCAGTG
SEQ ID NO.82 ACGTTGGATGCCAACAGTCAATGGTACAGG SEQ ID NO.83 ACGTTGGATGAAGCTAGACAATGCCTAGAC SEQ ID NO.84 ACGTTGGATGTAGCTGCGTCATGCATTCTG SEQ ID NO.85 ACGTTGGATGTTGCCCTTTGGGTGTTCATC SEQ ID NO.86 ACGTTGGATGCTGATGGAACTTGAGAAATGG SEQ ID NO.87 ACGTTGGATGCAGAGAGCTTTTGGAGCCTA SEQ ID NO.88 ACGTTGGATGAGAGAAATGCAGGTTTTCCG SEQ ID NO.89 ACGTTGGATGCTGATGAGCTTTGCTGGAGA SEQ ID NO.90 ACGTTGGATGGTAAGATCTATGAGGAAAAC SEQ ID NO.91 ACGTTGGATGTTCAGAGCTCTCAGGGTTTG SEQ IDNO.92 ACGTTGGATGGTTGAGTTTTTCCAACTTATC SEQ ID NO.93 ACGTTGGATGCAGGAAGGAGATCACACTAC SEQ ID NO.94 ACGTTGGATGCAGGGTCAGATGTGATCTTC SEQ ID NO.95 ACGTTGGATGGGGTACTTTTTCTCTGAAGG SEQ ID NO.96 ACGTTGGATGTCCCAAGTACCATGCTGAAC SEQ ID NO.97 ACGTTGGATGAGTCCAGTATTCTATTGCCC SEQ ID NO.98 ACGTTGGATGGAACAACAAAGTCAACTAGC SEQ ID NO.99 ACGTTGGATGTGAAGTTTGTCTACATTGG SEQ ID NO.100 ACGTTGGATGCTACTCACCCATCTCCAAAG SEQ ID NO.101 ACGTTGGATGACTACCTAAACGTGCTTTGG SEQ ID NO.102 ACGTTGGATGCAGCTTCAGGCAGGTCTTTG SEQ ID NO.103 ACGTTGGATGGAAGTTCTTGCAGGTGACAG SEQ ID NO.104 ACGTTGGATGCTAGGCACCCAAGGCTTGAA SEQ ID NO.105 ACGTTGGATGTCCGGCTGAGGAAACTAACA SEQ ID NO.106 ACGTTGGATGTGGTGTCCTTGTAGGAAGGG SEQ ID NO.107 ACGTTGGATGTGGCCATGGGTGTTATTCAG SEQ ID NO.108 ACGTTGGATGCTAGAAAATGTCATCCTCCC SEQ ID NO.109 ACGTTGGATGTCCTTGTCTCCTGTGTGAAC SEQ ID NO.110 ACGTTGGATGGCAGAGGTAAACTGCTTTGG
SEQ ID NO.111 ACGTTGGATGGACTTCTGACCAAGGTTAATG SEQ ID NO.112 ACGTTGGATGATCGTATGATACTTTAGGGC SEQ ID NO.113 ACGTTGGATGACAACAAGGGAATTCCCTGC SEQ ID NO.114 ACGTTGGATGATCAGGTTCATGACTTCTGC SEQ ID NO.115 ACGTTGGATGCTTTTCGGCAATGGAGAAGG SEQ ID NO.116 ACGTTGGATGTCAACAGGGATCATTAAGCC SEQ ID NO.117 ACGTTGGATGGATGTTCATAGCCTTCCCTC SEQ ID NO.118 ACGTTGGATGTTTACACCCCCTCCTGTATC SEQ ID NO.119 ACGTTGGATGAAGAGCTATCCCCGGAGAAG SEQ ID NO.120 ACGTTGGATGGCCAGGAAAATAAACTAAGAC SEQ ID NO.121 ACGTTGGATGGATTTTTGCAGTGACATCCC SEQ ID NO.122 ACGTTGGATGTGGAGAATTTCTGGAGATGC SEQ ID NO.123 ACGTTGGATGGAAGTGGGATAGGATCACTG SEQ ID NO.124 ACGTTGGATGCTTCCAGTATCTCCAAATACC SEQ ID NO.125 ACGTTGGATGAGAGATCGATCTACAACTG SEQ ID NO.126 ACGTTGGATGCCCTAGCATTGTATACAGCC SEQ ID NO.127 ACGTTGGATGAGAGCTGGGCTGGTTAAAAG SEQ ID NO.128 ACGTTGGATGGCAGTGACTAGTCTGTCTAC SEQ ID NO.129 ACGTTGGATGCAAATGGTGTTATAGGCATAG SEQ ID NO.130 ACGTTGGATGCCACACATAGGCCACTCTTC SEQ ID NO.131 ACGTTGGATGGTGAGATGAGCTTGCAGGAG SEQ ID NO.132 ACGTTGGATGAAAATCTGCCGAAAAATAA SEQ ID NO.133 ACGTTGGATGGCCTGTGGATGAGGCTATAA SEQ ID NO.134 ACGTTGGATGTGTCAAAACTTATCAAAATG SEQ ID NO.135 ACGTTGGATGTGGGTGGAAGAGGAAGTTGA SEQ ID NO.136 ACGTTGGATGGGTATTGCTAAAAGATCAC SEQ ID NO.137 ACGTTGGATGGATCAAAGGAAAGCCAGAGC SEQ ID NO.138 ACGTTGGATGGAGGATGACCGTTATTCCTG SEQ ID NO.139 ACGTTGGATGGCATGACCTTCAAGGCTTTC
SEQ ID NO.140 ACGTTGGATGGTGTACCCAGAAGACAAGAG SEQ ID NO.141 ACGTTGGATGGGAAGGAATAAATGTCTAC SEQ IDNO.142 ACGTTGGATGCTGATGTGCAGTATCAAGTG SEQ ID NO.143 ACGTTGGATGAGGAAGTCCCTATCTTCTTG SEQ ID NO.144 ACGTTGGATGCAAGACTACCCAAGATGGGA SEQ ID NO.145 ACGTTGGATGCTTGAGGCTATTGCTGGAGA SEQ ID NO.146 ACGTTGGATGGAAAGGGAACATTTGCAATGG SEQ ID NO.147 ACGTTGGATGAGTCAGGAGTGAGAGAAGCG SEQ ID NO.148 ACGTTGGATGCACACGCACGTTTGCAAACA SEQ ID NO.149 ACGTTGGATGCTGAATTATCAGAAATCACAC SEQ ID NO.150 ACGTTGGATGTCCCCAAGACATATTTCCCC SEQ ID NO.151 ACGTTGGATGCATATCATTAATCTTGTCTC SEQ ID NO.152 ACGTTGGATGGGGAACTACTGTGAAGTGTC SEQ ID NO.153 ACGTTGGATGTTAGGCCTGTGCTTCAGCG SEQ ID NO.154 ACGTTGGATGGGGAATATTGTATATGCAAC SEQ ID NO.155 ACGTTGGATGTTCAGACATTTCTGAGAGGC SEQ ID NO.156 ACGTTGGATGGGACAAACTGAAGGTTGAGG SEQ ID NO.157 ACGTTGGATGCAGAAAAGAATAGGGAGCAG SEQ ID NO.158 ACGTTGGATGTCAAGCCAGTGCAAGAAAAC SEQ ID NO.159 ACGTTGGATGAGGTCTGTAGTCAAATGCAC SEQ ID NO.160 ACGTTGGATGGCTAACTTTTTTTCTCTCGC 序列编号 单碱基延伸引物(5’→3’) SEQ ID NO.161 AACCCCGCCAGAAAA SEQ ID NO.162 ATGCACTGGGCTGTT SEQ ID NO.163 GGCCCAGAGAAGAAAG SEQ ID NO.164 CCCTCCACCACTGAACA SEQ ID NO.165 TCTATGTGGCTTGTCTT SEQ ID NO.166 TCCCTAATCCTTGCTAAC SEQ ID NO.167 gTGGCCATGTGATTCCTA
SEQ ID NO.168 agCTGCCATTCCCTTTTAC SEQ ID NO.169 ACAGGTAGCACTGAGGTGA SEQ ID NO.170 CTCTCCCTATGCACAATAGA SEQ ID NO.171 aggCCATCTCCATGGGATTC SEQ IDNO.172 gggaAGAGGTCCTTGCTAGA SEQ ID NO.173 gtGCTTAGGTGATACTTTCCT SEQ ID NO.174 aagGGTGACAGTGGAAATCAT SEQ ID NO.175 cCTGCTTATACTTTATCTGCTT SEQ ID NO.176 tAAAGAAACAACTCAAGAAAAC SEQ ID NO.177 cttttTTGACTGCCTTTTGATAC SEQ ID NO.178 cataAAACAAGATGGATGCTTTA SEQ ID NO.179 atagcAATGCCACAATCTTTGACT SEQ ID NO.180 ttAATCAGTATTTTGAGTATGGTA SEQ ID NO.181 cccctTAATTCTACCTTGCTTCATG SEQ ID NO.182 cttgtGCTGTCATCTCCTGTGAAAA SEQ ID NO.183 aattaTCTCTTACACTTAATACCCTT SEQ ID NO.184 ccgCAAAGAATTAAGGTCCTAATTTT SEQ ID NO.185 cccctTGGAATTTGCTTCCTCTAAATC SEQ ID NO.186 ggggaCAAGATGACAGAATAGAAAGTT SEQ ID NO.187 ccgacGAAGATACGATACACCTATTTTA SEQ ID NO.188 gatgaCAGTGACCTGTATTTTTGAAATG SEQ ID NO.189 AGCACCAACCCTCAT SEQ ID NO.190 GGTCTGAGCGTGAAA SEQ ID NO.191 CACATTCCATCCCAGA SEQ ID NO.192 CATTTTAACGCTGGCA SEQ IDNO.193 TGGAGAATTCCACAACA SEQ ID NO.194 TCTTCACCTTCATAGTCC SEQ ID NO.195 GTAGGCATTTAGCCAAAA SEQ ID NO.196 ctacAGGCTAAGCCATCCA
SEQ ID NO.197 AGGTTATGACCATGTGTAA SEQ ID NO.198 tCTGCATTCTGATACGTTTT SEQ ID NO.199 gccTGTCAGACAAATTCGCTA SEQ ID NO.200 cctccCGATGCTACCCTGATTC SEQ ID NO.201 CACAACGTGTAGTGAATTTTAG SEQ ID NO.202 accaAATCTCTCTCGAACATACT SEQ ID NO.203 gGTGTGTGTTTCTATAAAGTTAC SEQ ID NO.204 aACATTTTTATGTACTCACGATAA SEQ ID NO.205 cccaaCCCACTACTCATCTTCTTTA SEQ ID NO.206 ccaccTACAACTCATAAACATTGCT SEQ ID NO.207 ccttGTTTTATTTTAAGGAAACGCA SEQ ID NO.208 ggcccCATCTGTAACTCTCAAATTCT SEQ ID NO.209 agggcGGTGTCTAGAGAACCTATACA SEQ ID NO.210 ccccCATTTGCTTTTATTGCTAAGATT SEQ IDNO.211 ggagtATCAAGTACTGTAAGGTTTTAA SEQ ID NO.212 cctccCAGATAGTTGGCCACACAATTAT SEQ ID NO.213 attgTCTTATTATGCATAAGATAACCAA SEQ ID NO.214 AGCACCAACCCTCAT SEQ ID NO.215 CTGAGCTGAGGGCAT SEQ ID NO.216 ATCTCAGGGTCCTCTT SEQ ID NO.217 GGGCAGATTCAGGAAC SEQ ID NO.218 ACGCTGGCACATTTAAC SEQ ID NO.219 GAGAGCAGTGGAAGTTA SEQ ID NO.220 CCACTGTGGTAGTCATAA SEQ ID NO.221 CAGACCCTCTAATCCTCTC SEQ ID NO.222 tctGCCATTCCTGGTCAAC SEQ ID NO.223 tGCCTTGGAACAAGTGTTA SEQ ID NO.224 ttTTCGTTTTCGTACGTTAC SEQ ID NO.225 taagGGGCATGACCACATTG
SEQ ID NO.226 tctTCTTCCCCAATTTCAACT SEQ ID NO.227 actatAAACCTGAGACTCGTC SEQ ID NO.228 cccccTCAAATCCTGCTTGTCA SEQ ID NO.229 cGTTTTGGATTCAGACAATAGA SEQ ID NO.230 cccacGCCCACTCTGCGTACTAA SEQ ID NO.231 cgTGAGATTTAGGCCTAGTTTAA SEQ ID NO.232 ccccTGGAACAGTCATATCTCTAC SEQ ID NO.233 ggACACATGTATTTCTACTGTTTC SEQ ID NO.234 gacTGACTAATAGCTGATCCTATAA SEQ ID NO.235 gggcgTGAGACTAAATGAAGGGTAA SEQ ID NO.236 ccctaTGCACCAACTGCAGGATTTTTA SEQ ID NO.237 ccctcGTTTGTCCCACTTTAATTTCTCT SEQ ID NO.238 cctcaTTCTAGAATAATAGAGCCATTTT SEQ ID NO.239 gctatGGTCACTGAACAAATATTAGACT SEQ ID NO.240 aaagATTAAGAATTTGGACAGAAATAAA
2.权利要求1所述的多重PCR引物在人类亲子鉴定中的应用。
3.一种利用权利要求1所述的多重PCR引物组合进行人类亲子鉴定检测的方法，包括以下步骤：(1)提取基因组DNA：包括从血液中提取DNA或从口腔粘膜上皮细胞中提取DNA或从带毛囊的毛发中提取DNA或从精液中提取DNA；(2)利用权利要求1所述的多重PCR引物组合进行多重PCR，利用飞行时间质谱检测SNP多态性；(3)利用软件进行亲子推断。
CN2013101194809A 2013-04-08 2013-04-08 一组用于人类亲子鉴定的多重pcr引物组合及检测方法 Pending CN103173557A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN2013101194809A CN103173557A (zh) 2013-04-08 2013-04-08 一组用于人类亲子鉴定的多重pcr引物组合及检测方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN2013101194809A CN103173557A (zh) 2013-04-08 2013-04-08 一组用于人类亲子鉴定的多重pcr引物组合及检测方法

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN103173557A true CN103173557A (zh) 2013-06-26

Family

ID=48633744

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN2013101194809A Pending CN103173557A (zh) 2013-04-08 2013-04-08 一组用于人类亲子鉴定的多重pcr引物组合及检测方法

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN103173557A (zh)

Cited By (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104195135A (zh) * 2014-08-05 2014-12-10 武汉海帝客生物科技有限公司 一种引物、扩增靶核苷酸的方法及检测靶核苷酸扩增的方法
CN105296608A (zh) * 2015-09-17 2016-02-03 上海大学 一种基于snp组合的亲子鉴定方法
WO2016049993A1 (zh) * 2014-09-30 2016-04-07 深圳华大基因科技有限公司 用于鉴定多个生物样本之间身份关系的方法和系统
CN106399535A (zh) * 2016-10-19 2017-02-15 江苏苏博生物医学股份有限公司 一种高通量测序检测无创亲子鉴定的方法
CN107937571A (zh) * 2018-01-16 2018-04-20 良培基因生物科技（武汉）有限公司 一种基于信息snp集及其引物的核酸质谱亲权鉴定方法
CN108048575A (zh) * 2017-11-03 2018-05-18 湖南优品司生物科技有限公司 一种用于产前无创亲子鉴定的试剂盒及方法

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102943111A (zh) * 2012-11-16 2013-02-27 北京爱普益生物科技有限公司 高通量dna测序法用于测定人类基因组中短片段串联重复基因座的用途及方法
CN102978286A (zh) * 2012-12-08 2013-03-20 上海迪道科技有限公司 利用特定snp组合进行亲子鉴定的方法

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102943111A (zh) * 2012-11-16 2013-02-27 北京爱普益生物科技有限公司 高通量dna测序法用于测定人类基因组中短片段串联重复基因座的用途及方法
CN102978286A (zh) * 2012-12-08 2013-03-20 上海迪道科技有限公司 利用特定snp组合进行亲子鉴定的方法

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
李莉等: "31个SNP位点多重PCR扩增和芯片分型技术的建立及其法医学应用", 《法医学杂志》 *

Cited By (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104195135A (zh) * 2014-08-05 2014-12-10 武汉海帝客生物科技有限公司 一种引物、扩增靶核苷酸的方法及检测靶核苷酸扩增的方法
CN104195135B (zh) * 2014-08-05 2017-01-11 武汉百泰基因工程有限公司 一种引物、非诊断目的的扩增靶核苷酸的方法及非诊断目的的检测靶核苷酸扩增的方法
WO2016049993A1 (zh) * 2014-09-30 2016-04-07 深圳华大基因科技有限公司 用于鉴定多个生物样本之间身份关系的方法和系统
CN106715712A (zh) * 2014-09-30 2017-05-24 深圳华大基因科技有限公司 用于鉴定多个生物样本之间身份关系的方法和系统
CN105296608A (zh) * 2015-09-17 2016-02-03 上海大学 一种基于snp组合的亲子鉴定方法
CN106399535A (zh) * 2016-10-19 2017-02-15 江苏苏博生物医学股份有限公司 一种高通量测序检测无创亲子鉴定的方法
CN108048575A (zh) * 2017-11-03 2018-05-18 湖南优品司生物科技有限公司 一种用于产前无创亲子鉴定的试剂盒及方法
CN108048575B (zh) * 2017-11-03 2021-06-15 中南大学湘雅医院 一种用于产前无创亲子鉴定的试剂盒及方法
CN107937571A (zh) * 2018-01-16 2018-04-20 良培基因生物科技（武汉）有限公司 一种基于信息snp集及其引物的核酸质谱亲权鉴定方法
CN107937571B (zh) * 2018-01-16 2021-12-07 良培基因生物科技（武汉）有限公司 一种基于信息snp集及其引物的核酸质谱亲权鉴定方法

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN103710454B (zh) Tcr或bcr高通量测序的方法及利用标签序列矫正多重pcr引物偏差的方法
CN102978286A (zh) 利用特定snp组合进行亲子鉴定的方法
CN101313078B (zh) 突变群体的高通量筛选
CN103173557A (zh) 一组用于人类亲子鉴定的多重pcr引物组合及检测方法
Singh et al. Evaluation of microsatellite markers for genetic diversity analysis among sugarcane species and commercial hybrids
US11572594B2 (en) Characteristic sequence, labeled primer and identification method of Carya illinoensis variety Davis
CN109439729A (zh) 检测低频变异用的接头、接头混合物及相应方法
US10337072B2 (en) Copy number detection and methods
CN104480205B (zh) 一种基于全基因组str建立动物亲权鉴定系统的方法
CN104232760B (zh) 确定混合测序数据中读段的样本源的方法及装置
CN103352080A (zh) 一种遗传性耳聋基因检测试剂盒
CN103276065A (zh) 用于检测与遗传性耳聋相关的基因snp的引物系统及其用途
CA2989194A1 (en) Methods and compositions for cannabis characterization
CN103160937A (zh) 对高等植物复杂基因组基因进行富集建库和snp分析的方法
CN108486266B (zh) 玉米叶绿体基因组的分子标记及在品种鉴定中的应用
CN103370456A (zh) 限定母体循环血液中保守的游离浮动胎儿dna的诊断性和治疗性靶物
CN102888400B (zh) 基于SLAF-seq开发的长穗偃麦草7E染色体特异分子标记及应用
CN105296608A (zh) 一种基于snp组合的亲子鉴定方法
CN108517368B (zh) 利用上位性解析毛白杨LncRNA Pto-CRTG及其靶基因Pto-CAD5互作关系的方法及系统
CN101654709A (zh) 利用sts引物鉴定人参品种的方法
CN105525012A (zh) 一种花生杂交种的分子鉴定方法
CN102321752A (zh) 一种同时分析犬基因组dna 17个基因座的荧光标记检测试剂盒及其检测方法和应用
KR102226016B1 (ko) 감탕나무 유래 엽록체 식별용 마커 및 완도호랑가시나무 식별용 프라이머 세트
CN106367498A (zh) 美洲大蠊微卫星位点及其应用
CN109182543A (zh) 一种鉴定滩羊与非滩羊的4种snp位点组合及其应用

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C02 Deemed withdrawal of patent application after publication (patent law 2001)
WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication

Application publication date: 20130626