CN108486266B - 玉米叶绿体基因组的分子标记及在品种鉴定中的应用 - Google Patents
玉米叶绿体基因组的分子标记及在品种鉴定中的应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN108486266B CN108486266B CN201810119096.1A CN201810119096A CN108486266B CN 108486266 B CN108486266 B CN 108486266B CN 201810119096 A CN201810119096 A CN 201810119096A CN 108486266 B CN108486266 B CN 108486266B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- artificial sequence
- dna
- primer
- kasp
- corn
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6858—Allele-specific amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Botany (AREA)
- Mycology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明提供玉米叶绿体基因组的分子标记及在品种鉴定中的应用。所述分子标记包括57个SNP标记和6个InDel标记，这63个分子标记以及根据各标记开发引物可在如下任一中进行应用：(1)构建玉米品种叶绿体DNA‑SNP、InDel指纹数据库；(2)进行玉米母系溯源分析；(3)进行玉米样本正反交鉴定。通过叶绿体多态引物组合的应用，在基因组水平上拓展了玉米可用标记位点的范围；为玉米品种、种质资源鉴定，亲缘关系评价，细胞质遗传特性等研究提供了新思路和技术手段。
Description
技术领域
本发明属于农作物分子生物学技术领域，具体地说，涉及玉米叶绿体基因组的分子标记及在品种鉴定中的应用。
背景技术
叶绿体是绿色植物进行光合作用的细胞器，拥有自身完整的一套基因组，称为叶绿体基因组。叶绿体基因组结构非常保守，DNA一般为双链环状分子，高等植物中叶绿体基因组大小一般为120-160kb。双链环形DNA有4个基本部分组成，分别是大单拷贝区(Largesingle copy region，LSC)，小单拷贝区(small single copy region，SSC)，两个反向重复区(Inverted Repeats,IRs)。
叶绿体基因组信息由于具有以下优势而被广泛应用于植物品种、种质资源鉴定，亲缘关系评价，系统进化，细胞质遗传特性等研究和应用中。(1)叶绿体基因组较小且相对保守，其全序列容易获得；(2)叶绿体基因是母系遗传，不同个体间基因的交换和融合很少发生，叶绿体各基因间有很好的共线性；(3)叶绿体基因组除反向重复区外均为单拷贝基因，几乎不存在旁系同源基因干扰；(4)叶绿体编码区与非编码区进化速度差异显著，存在一些高突变区，可以解决种以下分类单元问题。
在玉米品种、育成材料以及种质资源鉴定的研究和应用中，目前均采用玉米的细胞核基因组的遗传信息。如玉米品种鉴定SSR标记法采用40对SSR引物(王凤格等，2014)；适于玉米DNA指纹分析的芯片maizeSNP3072(Tian et al.,2015)；商业化玉米芯片产品maizeSNP50K(Ganal et al.,2011)；以及基于高通量测序技术的GBS、简化基因组测序方法等。
随着高通量测序技术的发展和基因组生物信息学分析技术的成熟，有效促进了对叶绿体基因组的研究。从叶绿体基因组水平上挖掘单核苷酸多态性(SNP)、插入缺失多态(InDel)以及简单重复序列(SSR)分子标记位点成为可能。
KASP(Kompetitive Allele Specific PCR)为竞争性等位基因特异性PCR技术体系，具备试验流程简单、高效、灵活、易操作等特点，适合SNP和InDel等二态性标记类型的基因分型检测。其配套仪器平台兼容96，384，1536三种格式酶标板，适于多种样本通量的检测，其中的1536孔格式不仅体现了高通量的优点而且降低了成本。
现有玉米样品分子鉴定方法均是基于玉米细胞核基因组序列信息，植物细胞中除细胞核遗传外，还具有细胞质遗传，即叶绿体和线粒体基因组信息。并且细胞质基因组信息尤其是叶绿体基因组信息具有上述优点，更加适合于玉米样品的母系溯源等鉴定中。目前，尚未见有关基于玉米叶绿体基因组开发标记位点，并建立其高通量检测技术的报道。
发明内容
本发明的目的是提供玉米叶绿体基因组的分子标记及在品种鉴定中的应用。
本发明的发明构思如下：(1)170份玉米代表性试验材料的选取，类型包括我国所有杂种优势群，甜糯、地方品种、CMS不育三种类型样品等。(2)高浓度高质量总DNA制备。(3)基于二代测序平台的高通量测序，构建文库大小为500bp、PE140、测序深度为5倍。(4)全基因组序列数据处理、叶绿体基因组拼接，使用两个软件独立拼接，基于玉米B73叶绿体基因组序列利用BLAST程序筛选属于叶绿体基因组的contig，进行组装，验证序列准确性。(5)叶绿体基因组注释、多态位点确定，利用DOGMA软件注释叶绿体基因组。(6)170份材料叶绿体基因组序列进行比对，筛选出100个SNP/InDel叶绿体基因组变异位点。(7)引物设计，利用170份测序数据进行位点多态性评估，其中MAF(Minor Allele Frequency)值大于0.01的72个位点基于KASP平台进行引物设计。(8)引物评估验证，选取188份样品基于KASP技术体系评估验证上述72对引物，188份样品包括13套玉米三联体样品(F1杂交种及其父母本)、4套正反交杂交种、3套正常和不育杂交种，以及135份不同代表类型的自交系样品。(9)适于KASP平台一套玉米叶绿体SNP和InDel多态引物组合获得，基于上述188个样本的试验数据，针对于72个标记在以下方面进行评估，引物扩增是否成功，是否反映了母系遗传特征，与测序结果是否一致，MAF值是否大于0.01。评估结果显示63对引物在KASP平台上显示了较好的扩增效果，包括57个SNP标记位点，6个InDel标记位点。所述63个SNP、InDel多态位点的物理位置是基于玉米品种B73叶绿体基因组序列比对确定的，包括57个SNP位点即CPMSNP编号的位点，6个InDel位点即CPMIDP。具体位点、引物信息见表1和表3。本发明适于KASP样本高通量检测平台的63对叶绿体SNP和InDel多态引物组合开发评估的技术路线图见图1。
为了实现本发明目的，本发明提供的基于叶绿体基因组开发的用于玉米品种鉴定的分子标记，所述分子标记选自以下57个SNP标记和6个InDel标记中的至少一个，位点信息如表1所示：
表1
其中，所述InDel标记CPMIDP01、CPMIDP02和CPMIDP04的核苷酸序列分别如SEQ IDNO:127-129所示。
所述分子标记的物理位置是基于玉米品种B73叶绿体基因组序列而确定的，所述玉米品种B73叶绿体基因组的版本号为AGPv3。
本发明还提供基于KASP技术开发的用于检测表1所述分子标记的引物。
优选地，用于检测标记CPMSNP01～CPMSNP96的KASP引物序列分别如SEQ ID NO:130-300所示，其中用于检测标记CPMSNP01的KASP引物包括上游引物1、上游引物2和下游通用引物，序列为SEQ ID NO:130-132，用于检测标记CPMSNP02的KASP引物为SEQ ID NO:133-135，以此类推。
优选地，用于检测标记CPMIDP01～CPMIDP10的KASP引物序列分别如SEQ ID NO:301-319所示，其中用于检测标记CPMIDP01的KASP引物包括上游引物1、上游引物2和下游引物1、下游引物2，序列为SEQ ID NO:301-304，用于检测标记CPMIDP02的KASP引物包括上游引物1、上游引物2和下游通用引物，序列为SEQ ID NO:305-307，用于检测标记CPMIDP04的KASP引物序列为SEQ ID NO:308-310，以此类推。
本发明还提供含有所述KASP引物的检测试剂或试剂盒。
由于本发明提供的SNP和InDel位点均为二态标记类型，因此这套位点组合可以在英国LGC公司的KASP平台上实现基因分型数据的获得。具体方案为，根据KASP技术要求针对于本发明开发的位点设计引物，引物为普通引物不含荧光集团；购置KASP技术配套的PCR扩增体系MasterMix；配置反应体系加入DNA、引物和MasterMix；运行反应程序；原位扫描荧光信号；数据分析；评估每对引物，筛选适于KASP技术平台的引物组合63对(表3)。
本发明还提供所述SNP/InDel分子标记单独或组合使用在构建玉米品种叶绿体DNA指纹图谱(指纹数据库)中的应用。
本发明还提供所述SNP/InDel分子标记单独或组合使用在玉米样本母系溯源分析中的应用。
本发明还提供所述SNP/InDel分子标记单独或组合使用在玉米样本正反交鉴定中的应用。
本发明还提供所述SNP/InDel分子标记单独或组合使用在玉米分子标记辅助育种中的应用。
本发明还提供所述SNP/InDel分子标记单独或组合使用在制备玉米基因组芯片中的应用。
本发明还提供所述SNP/InDel分子标记单独或组合使用在玉米杂交后代基因型鉴定中的应用。
本发明还提供所述SNP/InDel分子标记单独或组合使用在玉米品种鉴定中的应用。包括以下步骤：
1)提取待测玉米样品的DNA；
2)KASP反应：向步骤1)提取的DNA模板中加入KASP Primer mix和KASP ROXstandard reaction mix，进行PCR扩增；
3)采用荧光检测仪分析PCR产物。
所述KASP Primer mix为各KASP引物中上游引物5’端分别修饰不同荧光标签序列后，与下游通用引物(下游引物)形成的混合物。
优选地，所述荧光标签序列为：5’-FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-3’；
5’-HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-3’。
优选地，步骤2)中PCR反应体系为：DNA模板1.5μL，KASP ROX standard reactionmix(Kbiosciences,Herts UK)0.5μL，KASP Primer mix 0.014μL，ddH2O 0.5μL；所述KASPPrimer mix中各引物的浓度为100μM。
优选地，PCR反应程序为：94℃15min；采用降落PCR的方式，94℃20s，61-55℃1min(每个循环降低0.6℃)，10个循环；94℃20s，58℃1min，30个循环。
本发明的发明点在于：(1)从全基因组数据中分离得到叶绿体基因组数据：由于叶绿体基因组序列相对保守，并且测序质量和长度足够，因此在本发明中叶绿体基因组数据获得是通过拼接的方案，同时结合与玉米叶绿体参考基因组比对方式。玉米叶绿体基因组数据获得主要步骤为，利用Blast程序筛选叶绿体基因组的contig，使用Sequencher软件组装叶绿体基因组contig，组装好的序列与玉米叶绿体参考基因组(玉米品种B73，Version3)进行比对验证确认，为获得准确可靠的叶绿体基因组序列提供保障。(2)叶绿体变异位点挖掘，通过代表性样品选取、高质量测序数据、精确数据分析保证获得叶绿体多态位点的准确性和高效性。在本发明中选取来源广泛、表型和基因型丰富的170份材料，基于拼接的170个叶绿体基因组序列，利用DnaSp 5.0统计变异位点和序列多态，最终确定叶绿体多态位点，其中不同遗传背景材料，高质量基因序列均是获得准确可靠叶绿体多态位点的重要因素。(3)基于KASP平台的多态引物评估方法：获得适于KASP平台多态引物组合是本发明的最终目的和结果，其中引物的验证评估思路是关键。在本发明中分别从引物是否扩增成功，标记位点是否遵循母系遗传，基因型数据的可靠性，以及标记位点的多态性四个方面分别选取针对性材料进行评估验证，从而保证推荐的多态引物组合具备可靠、准确、有效的特征。
本发明通过收集来源广泛、表型和基因型丰富、代表性强的170份玉米自交系材料，对相应材料的叶绿体基因组进行测序并比较其核苷酸多态性，挖掘玉米叶绿体基因组标记位点；针对于开发的位点，基于KASP基因分型平台，设计其引物并进行评估，获得一套适于样本高通量检测平台的玉米叶绿体SNP和InDel多态引物组合。与核基因组引物相比，更适合应用于玉米叶绿体DNA指纹数据库的构建、亲本溯源、正反交鉴定鉴定中。通过叶绿体多态引物组合的应用，在基因组水平上拓展了玉米可用标记位点的范围；为玉米品种、种质资源鉴定，亲缘关系评价，细胞质遗传特性等研究提供了新思路和技术手段。
附图说明
图1为本发明适于KASP样本高通量检测平台的63对叶绿体SNP和InDel多态引物组合开发评估的技术路线图。
图2为本发明实施例4中位点CPMSNP01引物和位点CPMIDP02引物在KASP平台上的试验效果图。其中，A为CPMSNP01引物在KASP检测平台上试验效果图，玉米郑单958基因型为TT，母本郑58基因型为TT，父本昌7-2基因型为GG。B为CPMIDP02引物在KASP检测平台上试验效果图，玉米郑单958为表现为插入，母本郑58表现为插入，父本昌7-2表现为缺失。
具体实施方式
以下实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。若未特别指明，实施例均按照常规实验条件，如Sambrook等分子克隆实验手册(Sambrook J&Russell DW,Molecular Cloning:a Laboratory Manual,2001)，或按照制造厂商说明书建议的条件。
实施例1 一套适于KASP样本高通量检测平台玉米叶绿体基因组多态引物的获得
1、样品选取：选取170份具有广泛代表性的玉米自交系进行全基因组测序。这170份样品包括普通玉米、糯玉米、甜玉米、爆裂玉米等玉米类型；包括了我国所有杂种优势群，唐四平头、旅大红骨、瑞德、兰卡、改良瑞德、改良兰卡、P群以及地方品种。
2、样品制备：170份玉米样品在培养箱内发苗5天，前3天为无光照条件，后2天为光照条件(即出土之后给予充足光照)。每个样品从30株绿苗中选取叶片并混合，液氮条件下充分研磨。总DNA采用CTAB法提取，并去除RNA。用紫外分光光度计和琼脂糖电泳分别检测所提取DNA的质量。琼脂糖电泳显示DNA条带单一，没有降解；紫外分光光度计检测A260/280介于1.8-2.0之间(DNA没有蛋白污染，RNA含量低)；A260/230介于1.8-2.0之间(DNA盐离子含量低)；DNA浓度大于1000ng/μL。
3、总DNA高通量测序：对170份玉米样本DNA和PCR产物采用超声打断，切胶回收400-600bp的DNA片段，利用
的建库试剂盒构建500bp大小的文库，利用Hiseq4000PE150的测序平台进行测序，测序深度为5倍，平均每个样本获得约10GB数据。
4、高通量测序数据处理、叶绿体基因组拼接：高通量测序数据分别独立使用SPAdes(Bankevich et al.,2012)和SOAPdenovo2(Luo et al.,2012)两个软件进行拼接。对于每个软件拼接的contig利用Blast程序进行筛选出叶绿体基因组的contig(Altschulet al.,1997)；筛选出的叶绿体基因组contig使用Sequencher进行组装。然后使用Geneious 8.1(Kearse et al.,2012)把所有的reads map到拼接好的叶绿体基因组序列上，验证拼接成的contig序列是否正确。
5、叶绿体基因组注释、多态位点确定：叶绿体基因组注释用DOGMA(DualOrganellar Geno Me Annotator)(Wyman et al.,2004)进行，用BLASTX和BLASTN搜索鉴定编码基因的位置。170个玉米叶绿体基因组用MAFFT软件进行比对(Katoh and Standley,2013)，然后用Se-al软件进行手工调整比对结果。对于序列里面出现的倒位比对的原则是进行拉开，以免造成错误的数据多态性。利用DnaSp5.0统计两个叶绿体基因组中的变异位点和序列多态性(Librado and Rozas,2009)，开发获得100个SNP、InDel多态位点。
6、引物设计：上述开发的100个SNP、IDNEL位点，基于170份测序数据评估，其中MAF(Minor Allele Frequency)值大于0.01的72个位点进行下一步引物设计。SNP和InDel(小于26bp的插入缺失)位点，需设计3条引物，两条为等位基因特异的引物，一条为通用的反向引物。对于插入片段大于26bp的InDel位点，需分别针对于插入和缺失设计两对引物。
7、基于KASP平台引物评估与验证：选取188份样品，基于KASP技术体系评估验证上述72个位点。188份样品包括，13套玉米三联体样品(F1杂交种及其父母本)、4对正反交杂交种、3套正常和不育杂交种用于验证引物扩增效果，验证标记位点是否严格遵循母系遗传；同时在测序的170份样品中选取了135份样品用于评估引物扩增效果，验证两种平台基因分型结果的一致性。DNA提取采取混株提取DNA的方式，混合了30个单株的绿叶，DNA提取具体步骤按照玉米DNA分子鉴定标准执行(王凤格等，2014)。DNA质量和浓度用NanoDrop 2000(Thermo Scientific)紫外分光光度计进行测定，根据测量值调节工作液浓度。工作液浓度为20ng/μL。PCR反应体系为1μL，包括1.5μL总DNA(烘干)，0.5μL KASP ROX standardreaction mix(Kbiosciences,Herts UK)，0.014μL引物混合物，0.5μL去离子水。反应程序在水浴PCR仪(Hydrocycler HC-64)中执行，94℃ 15min；循环10次，采取降落PCR方式，61℃降落到55℃，每个循环降低0.6℃；94℃ 20sec，58℃ 1min，循环30次。采用BMG Pherastar(LGC，Middlesex，UK)对PCR产物进行荧光信号扫描，获得原始数据；利用Kraken软件进行基因型统计(LGC，Middlesex，UK)。
8、适于KASP平台一套玉米叶绿体SNP和InDel多态引物组合：基于上述188个样本的试验数据，针对于72个标记在以下四个方面进行评估。第一，引物扩增是否成功；第二，基因型数据在三联体、正反交等样本中是否反映了母系遗传特征；第三，基因型数据是否与测序结果一致；第四，标记MAF值是否大于0.01。评估结果显示63对引物在KASP平台上显示了较好的扩增效果，包括57个SNP标记位点，6个InDel标记位点。这63对引物具备遵循叶绿体标记的母系遗传特征，在测序和KASP两个平台的基因型数据一致，并且具有较好的多态性。
实施例2 利用本发明获得63对多态引物组合构建玉米品种叶绿体DNA指纹数据库
玉米品种DNA提取：每个样品采用种子发苗、给予光照、形成绿苗。DNA提取采取混株提取DNA的方式，混合了30个单株的绿叶，DNA提取具体步骤按照玉米DNA分子鉴定标准执行(王凤格等，2014)。稀释DNA形成工作液，浓度为20ng/μL。利用本发明所述表1中的的63对引物，基于KASP平台进行叶绿体DNA指纹构建(以SNP和InDel标记为主)。
PCR扩增：PCR反应体系为：DNA模板1.5μL，KASP ROX standard reaction mix(Kbiosciences,Herts UK)0.5μL，KASP Primer mix 0.014μL，ddH2O 0.5μL；所述KASPPrimer mix中各引物的浓度为100μM。PCR反应程序为：94℃15min；采用降落PCR的方式，94℃20s，61-55℃1min(每个循环降低0.6℃)，10个循环；94℃20s，58℃1min，30个循环。
指纹数据获得：将扩增产物利用BMG Pherastar(LGC，Middlesex，UK)仪器进行荧光信号扫描，获得原始数据。原始数据导入Kraken软件(LGC，Middlesex，UK)进行分析获得每个玉米品种每个数据点的指纹数据，并导入数据管理系统。
实施例3 利用玉米叶绿体基因组多态位点进行母系溯源分析
待鉴定玉米杂交种A，利用种子发苗的绿叶提取DNA，利用本发明表3中提供的63对多态引物进行PCR扩增，荧光信号扫描，获得指纹数据。具体方法同实施例1。基于A样本(京科968)DNA指纹数据与已知玉米自交系品种叶绿体SNP和InDel标记指纹数据库进行比对，确定待测样本叶绿体指纹信息与B自交系(京724)相同，推测杂交种A(京科968)的母本为B(京724)。
实施例4 利用玉米叶绿体基因组多态位点进行玉米样本正反交的鉴定
待鉴定正反交的杂交种样品C(郑单958)，利用种子发苗的绿叶提取DNA。基于已知玉米自交系品种叶绿体SNP和InDel标记指纹数据库中的郑单958父母本的DNA指纹数据，从63对多态引物中选取待测样品郑单958的父母本中具有多态的引物进行PCR扩增，荧光信号扫描，获得样品C指纹数据，具体方法同实施例1。待测样品C指纹数据与其母本(样品D，郑58)、父本(样品E，昌7-2)指纹数据进行比对。如果C样品与D样品即母本的指纹数据相同，则为正交；如果C样品与E样品即父本的指纹数据相同，则为反交。
本发明中涉及的玉米品种，63对叶绿体多态引物的指纹数据见表2和图2(A和B)。
表2玉米品种63对叶绿体多态引物的指纹数据
虽然，上文中已经用一般性说明及具体实施方案对本发明作了详尽的描述，但在本发明基础上，可以对之做一些修改或改进，这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此，在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进，均属于本发明要求保护的范围。
序列表
<110> 北京市农林科学院
<120> 玉米叶绿体基因组的分子标记及在品种鉴定中的应用
<130> KHP171117982.7
<160> 319
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
ccagccccaa cgattggatt ttcgtataac ttcatttacc aatccaaaaa tttgggaaat 60
<210> 2
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
aagttagtaa aaatgaaaaa ctcagattgc tcttttctat tttccatatg ggttgcccgg 60
<210> 3
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
aggtgttgca taatacaaac ccaggagaga agagggagtc taatccatag aactttttcc 60
<210> 4
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
ctccttttct atctaattag tttatgtttg ttctaattat aaaacaaaca agaacaaatc 60
<210> 5
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
tttttactta ctttagttct ttagttttgg gaaaataaat agggggtact tcttttcttt 60
<210> 6
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
atattggggg tcaaatggat cctgtaagaa ttcccacttc atagatacgg ggtataaagt 60
<210> 7
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
ttttacttac tttagttctt tagttttggg aaaataaata gggggtactt cttttctttc 60
<210> 8
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
tattgggggt caaatggatc ctgtaagaat tcccacttca tagatacggg gtataaagtt 60
<210> 9
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
ccttcgattc taaaatgaaa attcttctac attgaatgta tagctgcagc aataaatttt 60
<210> 10
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
atcagccttt ctaccccctg cgcctacgtt gaacaggtac ctttaggtac ccacacaata 60
<210> 11
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
agaaatcgca actcttttcc gttacacata ataaataaag ggtttcaaaa gtcaattttt 60
<210> 12
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
ttttcaatat ctttcttttt tttttcagaa ttccattttt gttcttccac ccatgcaata 60
<210> 13
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
tggttggttc ttctcgccga gttttggcgt agcagctata tttcgcttca tccttttctt 60
<210> 14
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
caaggatttc ataattggac gttgaaacca tttcatatga tgggagttgc cggagtatta 60
<210> 15
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
aatagaaaat gaaacggtcg acccagacat agacggtcga cccagacata gacggtcgac 60
<210> 16
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
caggtggata taccctataa aatataggac gtagcaagcg tagttcaatg tagcgagcgt 60
<210> 17
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
caaacggttt tgaaaggggg ataggctatg cttttctttc attttttttt tttttttttc 60
<210> 18
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
gcctgctaaa taaaaaaaaa gggttggata tagccctcta tcatatatat acaaatagaa 60
<210> 19
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 19
ttcctagtgt tcggaaacgg aaaaccctga acctggagga gttaggtatg taggatatgc 60
<210> 20
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 20
ttttattttt tgttggacag gcagtagtat aattttgata ctctgcagta taaattcgac 60
<210> 21
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 21
ggttcgaatc cgataaagta cttttctact aaattcattc atttcttttt tgaaaatgtc 60
<210> 22
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 22
ccattttttt ttttttttgc aattttatga cttagtttag tgcgagatgc ccacattttt 60
<210> 23
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 23
cccatttttt tttttttttg caattttatg acttagttta gtgcgagatg cccacatttt 60
<210> 24
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 24
ggtctgaaca ctaaacgagc acagacttaa aattacaaaa aaaaatgaaa ttggactctt 60
<210> 25
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 25
gtattctata ccctttaaac gaatttcctt aaccttaaaa agcttaaaaa gtaggggatg 60
<210> 26
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 26
tccgtgaatt aacctaacca tcaactaaaa aaaatcctat gaaagcataa cagaaaagta 60
<210> 27
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 27
ttcattgaaa gaatccaagg agggggagaa aaataatacg agaatagact agaatagatt 60
<210> 28
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 28
tagtaaaaga aaaaaagtaa aaggaaaaaa cctacgaatc tttcatgctt aaaaaaggtg 60
<210> 29
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 29
aaataatacg agaatagact agaatagatt atagtaaaag aaaaaaagta aaaggaaaaa 60
<210> 30
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 30
cctacgaatc tttcatgctt aaaaaaggtg cgagatgctt caatcgagat ccttcaaaaa 60
<210> 31
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 31
cctttttttc ttttatcttg aatctaattc tagttagttt tttagaatct ttttcaaaat 60
<210> 32
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 32
gtttctgctt ttttggatcc agtttcgctt attctcctcg atggattcta tcttaaaaca 60
<210> 33
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 33
tattattttt tgaattgcag tagtgaacga ctcttaaatc ggtattcccc cccattattt 60
<210> 34
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 34
gaatggcata ataaaataga ataagaataa atgtttccct aatctgtata tagggaaact 60
<210> 35
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 35
tttctagtgc ttataaattc ttatggcttt atcccgtttc atagaaagga gataaaacga 60
<210> 36
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 36
aaatctttgc tatccaatct ttttagaata tcataaagtt tcagtggcag aatttttttc 60
<210> 37
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 37
tagtagtgaa ttgggaacaa gaagaaaaag agggagctcg tgcttctctt gttgaggtaa 60
<210> 38
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 38
aacaaatgat ctaattcgcg atttcctaag aattgagtta gtcaagtcta ctattttgta 60
<210> 39
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 39
gagaccccgt ttacccctat ttatacgatt taagtataca taaagcaatt ttttttactt 60
<210> 40
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 40
aatttaaact atacttttga ccttagaatg ctaacaggtc tgattttcga ttttgtactt 60
<210> 41
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 41
aaactatact tttgacctta gaatgctaac aggtctgatt ttcgattttg tacttaaatt 60
<210> 42
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 42
aaattgtatt ttaataagta aaagaagtca gttaattcat taaggctatg tttataccgt 60
<210> 43
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 43
tgaatcaaaa gaattccttt tttgaagttc aatttttatc agaggacaat atgaatatta 60
<210> 44
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 44
accatgttcc attaaaacac tcaaggggtt atatgatata tcgggtgtag aagtagggca 60
<210> 45
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 45
tcaggggggc caagtcaggt tagatctata tctttaatgc ctataagaca gtcatctttt 60
<210> 46
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 46
tgtggctttc taaagaatga ttttagaatc ggattcaata gaaaatgaga aaataggcaa 60
<210> 47
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 47
ttcgtctttt attatgttag atgaagggga aaaaatggga actcaaagat atcgaagagt 60
<210> 48
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 48
aaaaaaagga tggaataaaa gagtgattgg ttgaaaagaa agagaaatag aataatgaga 60
<210> 49
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 49
ttggatttga agaaaaaata aaaggaattc tatcaatttt tattttccat ttatttagtt 60
<210> 50
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 50
gtttttctta atgaaattga aattattaac taacagagca aacacaaata aagaaacaac 60
<210> 51
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 51
ccataataca taacaaaaaa gaaaaaaagg agcgggagag ccaaatgaat cgaaagattc 60
<210> 52
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 52
tgtttggttc gggaagagat cataaaaatt gtaaacttaa tagcaagata atctactttc 60
<210> 53
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 53
tagttgtatc gacccagtcg ctcactaatt gatctttacg gtgttttctc tatcaatttc 60
<210> 54
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 54
gctttatcca tagaatagta gtataggctc tactttcttc ctattttgat tctcgtgaag 60
<210> 55
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 55
gacagaagga attgttagtt cacctcacct tccccaagcg cgggtttcct ttactaattt 60
<210> 56
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 56
gttctctcta tgcgaaccct ctctctttct cgtaagaatg agatataggt agggctaaaa 60
<210> 57
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 57
tgccaagaga ttggcatttt catttgatca ttatatacat ttttgagata ttttgttttt 60
<210> 58
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 58
tatttgttaa taatttaagg ataaatagtt cactaaggag aagatagaat catagcaaat 60
<210> 59
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 59
ccaatcaaat attgagtaat caaatccttc aattcattgt tttcgagatc ttttaatttt 60
<210> 60
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 60
aaaagtggat taatcggacg aggataaaga gagagtccca ttctacatgt caatactgac 60
<210> 61
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 61
tcaagtccct ctatccccaa accctctttt attccctaac catagttgtt atcctttttt 60
<210> 62
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 62
cttttatcaa tgggtttaag attcactagc tttctcattc tactctttca caaaggagtg 60
<210> 63
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 63
caccatatca taagattcgc gttcttgaaa atcggcactt ctccaaaccc agaaaacgga 60
<210> 64
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 64
gggattctag gattatcctt ttgggcaaag acttttatgc atacctcttc tgggttatct 60
<210> 65
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 65
agtcagagac tattaaataa aaaagaaaat acttactact aattggatta gaacctaatt 60
<210> 66
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 66
aaataggatg attaatatat attaaaatag gatgattaat atatacatcc taatgaggag 60
<210> 67
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 67
gcgtttcgat gaatgagcct atggtaatgc ttttatctct attctatggc gcaatcgacc 60
<210> 68
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 68
tcgagtctat aaacaagtac taaataagga aaagaaaact atactaaagg aaacataaga 60
<210> 69
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 69
ttcgaatcca tgaagtaaga cattgatttt gcaacaaggt caattatgtt cattgcataa 60
<210> 70
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 70
aagttccctt gaaaagcatt ggcgcacgtg taaacgagtt gctctaccga actgagctat 60
<210> 71
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 71
cccgggacgc gaagtagtag gattggttct cataattatc acataatttt caaaaaaaaa 60
<210> 72
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 72
gaatttgtcg aaattttttt tcttgttgaa taatgccaaa tcaaaaaaaa tatccaaaaa 60
<210> 73
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 73
acagagaatt ttcttagtat ttaggtattt agattcaaaa tatcaaaggg gaagaacttt 60
<210> 74
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 74
aaaattgtaa aataaagatt agggtttggg ttgcgctata tctatcaaag agtatacaat 60
<210> 75
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 75
tacagacgta tgatcattac ccttcaactg ggtattctat tccacttcta ctttttaaat 60
<210> 76
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 76
aaagggtatt ctgaaagagg tatttctttt attttcacaa tagctttctt ttgaatccaa 60
<210> 77
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 77
cactcatttc atttcctaat attaatcaaa ttagcatatt tcttttcttc ctttagaaat 60
<210> 78
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 78
gaaagaaagc ccttttcctt tttaaccaaa ttctttctat ttctacctgc tcaaggtatt 60
<210> 79
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 79
actttttctt ggttaaagga acagatgatt cgatcgattt ctgtatcgat catgatatac 60
<210> 80
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 80
taataactcg cacatctatt tcaaacgcat atcccatttt tgcgcagcag ggttatgaaa 60
<210> 81
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 81
ttgtatcgaa gtaagaatca tttttcttct tatttgtttt gtcaaagatt actatttatt 60
<210> 82
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 82
tttattcggg tctgtctttt ggacttcctt tgcttaggtt cgggcgcggt agtggacaaa 60
<210> 83
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 83
cggtagtgga caaacagagg gaaagaaggt atggcgggga cacatttctt gtgagcaaat 60
<210> 84
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 84
gaattgcttt actttttgaa ttaagttcaa ctttgaactt acagaaattt tgtaaaaaaa 60
<210> 85
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 85
tgaatccact tttgttgggg ttcaaaaaac gaataaaaat aaataaaaaa aagtaaattt 60
<210> 86
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 86
aggaatagtt ccctttttga gggggccctc gggggtcgtg gaatgctttt cttctcctct 60
<210> 87
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 87
ttttttaatt atagttattc ctatgcgaga gatagaattc ttcgtgacat gacgaaaatt 60
<210> 88
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 88
cccctttttg aattcttttt tagtatatga agcaaaaaga aagaaaagat ggataaggat 60
<210> 89
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 89
tctctatgtt ttattactta atttacgaat ttcaaaaatt ttgtattcta ttggattgga 60
<210> 90
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 90
ttgttcgaga attcgaagaa ttacaacaaa atctttagaa atcacatttt tagttaggaa 60
<210> 91
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 91
tttattactt aatttacgaa tttcaaaaat tttgtattct attggattgg atttgttcga 60
<210> 92
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 92
aattcgaaga attacaacaa aatctttaga aatcacattt ttagttagga acttctatgg 60
<210> 93
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 93
cgatcttaac ctgatgattc atcatcatga agtatttcta ttttctatag cataaaaccc 60
<210> 94
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 94
aatttaggtt tgagataaat ttacaagaaa tccacccact accaatcctt aaacatttct 60
<210> 95
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 95
aaaagcttct ttttcgaaag attacccctg tctttgttta tgcttcggat tggaacaaat 60
<210> 96
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 96
actctaattc gcccacgcct gcgaatcagt cgacattttg tacaaatttt acgaacggaa 60
<210> 97
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 97
cattccgttg ggtagggctt ccgtaactaa accttcgaaa gtgacttttg cttctctcgg 60
<210> 98
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 98
tttttttttt ctctactatt ttttttttct gtcatatatt tttctcctat ttttctattt 60
<210> 99
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 99
ggttcctcct aatttttcta taatcaacat gttttccctt ttctttaaat ttaggatttt 60
<210> 100
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 100
aagcatatac gtgagacaaa atctactaat tttttctttg atctatatct cgtctactag 60
<210> 101
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 101
attcaaaaat attatagata gatacacatc aatatataat agaaaaagtt aggttttttt 60
<210> 102
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 102
attttgactt tcttaaactt aaaaaagaaa aattaaatat atagtcaaga aagaagatct 60
<210> 103
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 103
tttgtcgttc ccacagcttc tcctttaatg gttaggtttg aatcctgcaa tggagcttcc 60
<210> 104
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 104
attttttttt ccgagtcaat tttctcagtt ttattaaccc ggctgctctt tatttattgc 60
<210> 105
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 105
agaaaactaa aaaactctgt cttatccgac attagacaaa atgaactaaa gaagaatttt 60
<210> 106
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 106
gaatttaagt atctttcagt atctttcagt atctaagtat aaatactaag aaaaaacaga 60
<210> 107
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 107
ataaaaacga ggattctatt ataaaaagta gactattctt gcaataggac ttacaacctc 60
<210> 108
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 108
acctaatctt atccaaattc ccatataaat gggtttagga ctggtacatc atattaataa 60
<210> 109
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 109
ctcccagtct cgacgattca cgataaaata actattattc ttttaagtta actattattt 60
<210> 110
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 110
aaattagccg ccatggtgaa attggtagac acgctgctct taggaagcag tgctcaagca 60
<210> 111
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 111
tggcattagt tcatgaggaa ttctgtatga atagggataa aggaaggaaa gaataaataa 60
<210> 112
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 112
gatccttttt tgtattgtat tccatatctt ttgtcctact cttctttccc cgggaggggt 60
<210> 113
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 113
ggaagataag cattcaatgt attttagagg aaaaagatcc tattttaacg aatcacacgt 60
<210> 114
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 114
gagatattgc tagtacacaa aaagttaatg gtatttcata actaatagat tgagcagccg 60
<210> 115
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 115
tatgaaatga tctactaact catctcagat gcaagtccac tttcaatata tctctgtata 60
<210> 116
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 116
agcggtaagg aaaaagtttt aataaaaaga agaatcaatg gattcatgat taaacccctc 60
<210> 117
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 117
ctctccccct ttgtataaat atttcacatt tcaaatgcaa gtttgaaaga ttgtactgct 60
<210> 118
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 118
ttttctttct ttttctgcac aaaagaaccc ctcctaattc actaatttgt aggaagatac 60
<210> 119
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 119
aaaggctttc attctatcaa tttttctaaa atacaaaatg catttcattg tagttaatga 60
<210> 120
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 120
gaacttctaa tgatgaactt ctaatgttcc taaattctat ggcttctccc agtctcgacg 60
<210> 121
<211> 61
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 121
ctttcttaat cttcaaaaag aaatgaattc cgtaatggta acacgaaaaa agaaaaaaaa 60
a 61
<210> 122
<211> 61
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 122
ggaagtgtgg aaaaaatgac aagaagatat tggaacatca atttgaaaga gatgatagaa 60
g 61
<210> 123
<211> 61
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 123
ctagagttgt aggagagaga atagactata ttatggaaga ggtaaagtat atatgcattc 60
a 61
<210> 124
<211> 61
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 124
gggggccaag tcaggttaga tctatatctt taatgcctat aagacagtca tcttttatgt 60
g 61
<210> 125
<211> 61
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 125
gattggattt gcaccaaagg aaaccataaa ttccatatac catagaaatc ttaggataga 60
g 61
<210> 126
<211> 61
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 126
ctctatccta ttcattggta ccgatcatgg atacttcaaa aattttatta tttgtttgaa 60
c 61
<210> 127
<211> 83
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 127
actgtataca cggatacaga atccgctata tccgtttgtg aaataaaggc taaatcccct 60
cccctcaact ccatatctaa ata 83
<210> 128
<211> 5
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 128
tcttt 5
<210> 129
<211> 14
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 129
atgaacttct aatg 14
<210> 130
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 130
agcaatctga gtttttcatt tttactaact ta 32
<210> 131
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 131
gcaatctgag tttttcattt ttactaactt c 31
<210> 132
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 132
cttcatttac caaatccaaa aatttgggaa 30
<210> 133
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 133
aacaaacata aactaattag atagaaaagg agt 33
<210> 134
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 134
caaacataaa ctaattagat agaaaaggag c 31
<210> 135
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 135
gaaagaaagg gagtctaatc catagaactt 30
<210> 136
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 136
aggatccatt tgacccccaa tatg 24
<210> 137
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 137
aggatccatt tgacccccaa tatc 24
<210> 138
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 138
ggaaaataaa tagggggtac ttcttttctt 30
<210> 139
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 139
aaataaatag ggggtacttc ttttctttca 30
<210> 140
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 140
aaataggggg tacttctttt ctttcg 26
<210> 141
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 141
cttacaggat ccatttgacc cccaa 25
<210> 142
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 142
gcagggggta gaaaggctga ta 22
<210> 143
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 143
cagggggtag aaaggctgat c 21
<210> 144
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 144
ctacattgaa tgtatagctg cagcaataaa 30
<210> 145
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 145
aataaataaa gggtttcaaa agtcaatttt tc 32
<210> 146
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 146
aataaataaa gggtttcaaa agtcaatttt ta 32
<210> 147
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 147
ggaattctga aaaaaaaaag aaagatattg 30
<210> 148
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 148
tcaacgtcca attatgaaat ccttgg 26
<210> 149
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 149
gttcaacgtc caattatgaa atccttga 28
<210> 150
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 150
gtagcagcta tatttcggtt catccttt 28
<210> 151
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 151
atattttata gggtatatcc acctgg 26
<210> 152
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 152
cctatatttt atagggtata tccacctgt 29
<210> 153
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 153
acatagacgg tcgacccaga cata 24
<210> 154
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 154
tttctttcat tttttttttt tttttttct 29
<210> 155
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 155
gcttttcttt catttttttt tttttttttt cc 32
<210> 156
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 156
tatccaaccc ttttttttta tttagcaggc 30
<210> 157
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 157
atgtaggata tgctttttat tttttgttgg a 31
<210> 158
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 158
gtaggatatg ctttttattt tttgttggg 29
<210> 159
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 159
ctgcagagta tcaaaattat actactgcct 30
<210> 160
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 160
aaattcattc atttcttttt tgaaaatgtc c 31
<210> 161
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 161
ctaaattcat tcatttcttt tttgaaaatg tct 33
<210> 162
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 162
ggcatctcgc actaaactaa gtcataaa 28
<210> 163
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 163
gtgctcgttt agtgttcaga cca 23
<210> 164
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 164
gtgctcgttt agtgttcaga ccc 23
<210> 165
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 165
cttagtttag tgcgagatgc ccacat 26
<210> 166
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 166
agttgatggt taggttaatt cacggat 27
<210> 167
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 167
gttgatggtt aggttaattc acggag 26
<210> 168
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 168
taaccttaaa aagcttaaaa agtaggggat 30
<210> 169
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 169
ggttttttcc ttttactttt tttcttttac tat 33
<210> 170
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 170
ggttttttcc ttttactttt tttcttttac tag 33
<210> 171
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 171
gagaaaaata atacgagaat agactagaat 30
<210> 172
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 172
ccttttttaa gcatgaaaga ttcgtaggt 29
<210> 173
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 173
cttttttaag catgaaagat tcgtaggc 28
<210> 174
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 174
cgagaataga ctagaataga ttatagtaaa 30
<210> 175
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 175
acttactttt ttagaatctt tttcaaaaaa ta 32
<210> 176
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 176
acttactttt ttagaatctt tttcaaaaaa tg 32
<210> 177
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 177
agcgaaactg gatccaaaaa agcagaaat 29
<210> 178
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 178
atttattctt attctatttt attatgccat tca 33
<210> 179
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 179
tattcttatt ctattttatt atgccattcc 30
<210> 180
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 180
tcttaaatcg gtattccccc ccattattt 29
<210> 181
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 181
atattctaaa aagattggat agcaaagatt tc 32
<210> 182
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 182
gatattctaa aaagattgga tagcaaagat tta 33
<210> 183
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 183
gctttatccc gtttcataga aaggagata 29
<210> 184
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 184
taggaaatcg cgaattagat catttgttt 29
<210> 185
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 185
ggaaatcgcg aattagatca tttgttc 27
<210> 186
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 186
gctcgtgctt ctcttgttga ggtaa 25
<210> 187
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 187
ttaagtatac ataaagcaat tttttttact tt 32
<210> 188
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 188
taagtataca taaagcaatt ttttttactt g 31
<210> 189
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 189
gttagcattc taaggtcaaa agtatagttt 30
<210> 190
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 190
actgacttct tttacttatt aaaatacaat tta 33
<210> 191
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 191
actgacttct tttacttatt aaaatacaat ttc 33
<210> 192
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 192
ctaacaggtc tgattttcga ttttgtactt 30
<210> 193
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 193
caatttttat cagaggacaa tatgaatatt ac 32
<210> 194
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 194
caatttttat cagaggacaa tatgaatatt at 32
<210> 195
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 195
tataacccct tgagtgtttt aatggaacat 30
<210> 196
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 196
attctaaaat cattctttag aaagccacac 30
<210> 197
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 197
ctaaaatcat tctttagaaa gccacat 27
<210> 198
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 198
ggccaagtca ggttagatct atatcttta 29
<210> 199
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 199
atgggaactc aaagatatcg aagagta 27
<210> 200
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 200
gggaactcaa agatatcgaa gagtc 25
<210> 201
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 201
caaccaatca ctcttttatt ccatcctttt 30
<210> 202
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 202
ctatcaattt ttattttcca tttatttagt ta 32
<210> 203
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 203
ctatcaattt ttattttcca tttatttagt tt 32
<210> 204
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 204
gtttctttat ttgtgtttgc tctgttagtt 30
<210> 205
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 205
ttatgatctc ttcccgaacc aaacat 26
<210> 206
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 206
tatgatctct tcccgaacca aacaa 25
<210> 207
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 207
cgggagagcc aaatgaatcg aaagat 26
<210> 208
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 208
gcctatacta ctattctatg gataaagct 29
<210> 209
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 209
cctatactac tattctatgg ataaagcg 28
<210> 210
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 210
tcgctcacta attgatcttt acggtgttt 29
<210> 211
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 211
aagcgcgggt ttcctttact aatttt 26
<210> 212
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 212
agcgcgggtt tcctttacta atttg 25
<210> 213
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 213
agagagaggg ttcgcataga gagaa 25
<210> 214
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 214
gaactattta tccttaaatt attaacaaat aa 32
<210> 215
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 215
gaactattta tccttaaatt attaacaaat ac 32
<210> 216
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 216
gccaagagat tggcattttc atttgatcat 30
<210> 217
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 217
atcctcgtcc gattaatcca ctttta 26
<210> 218
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 218
atcctcgtcc gattaatcca cttttt 26
<210> 219
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 219
ccttcaattc attgttttcg agatctttta 30
<210> 220
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 220
agtgaatctt aaacccattg ataaaaga 28
<210> 221
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 221
agtgaatctt aaacccattg ataaaagc 28
<210> 222
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 222
tttattccct aaccatagtt gttatccttt 30
<210> 223
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 223
ccaaaaggat aatcctagaa tcccg 25
<210> 224
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 224
cccaaaagga taatcctaga atccca 26
<210> 225
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 225
atcggcactt ctccaaaccc agaaa 25
<210> 226
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 226
cctattttaa tatatattaa tcatcctatt tt 32
<210> 227
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 227
cctattttaa tatatattaa tcatcctatt tg 32
<210> 228
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 228
acttactact aattggatta gaacctaatt 30
<210> 229
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 229
tatttagtac ttgtttatag actcgac 27
<210> 230
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 230
ccttatttag tacttgttta tagactcgat 30
<210> 231
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 231
aatgctttta tctctattct atggcgcaat 30
<210> 232
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 232
caacaaggtc aattatgttc attgcataaa 30
<210> 233
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 233
caacaaggtc aattatgttc attgcataat 30
<210> 234
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 234
gcgccaatgc ttttcaaggg aactt 25
<210> 235
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 235
attcaacaag aaaaaaaatt tcgacaaatt cc 32
<210> 236
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 236
attcaacaag aaaaaaaatt tcgacaaatt ct 32
<210> 237
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 237
gcgaagtagt aggattggtt ctcataatt 29
<210> 238
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 238
gattcaaaat atcaaagggg aagaacttta 30
<210> 239
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 239
caaaatatca aaggggaaga actttt 26
<210> 240
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 240
gcaacccaaa ccctaatctt tattttacaa 30
<210> 241
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 241
aaagaaatac ctctttcaga atacccttta 30
<210> 242
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 242
gaaatacctc tttcagaata ccctttc 27
<210> 243
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 243
caactgggta ttctattcca cttctactt 29
<210> 244
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 244
aattagcata tttcttttct tcctttagaa ata 33
<210> 245
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 245
aattagcata tttcttttct tcctttagaa atg 33
<210> 246
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 246
attttgttaa aaaggaaaag ggctttcttt 30
<210> 247
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 247
cgatttctgt atcgatcatg atatacg 27
<210> 248
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 248
atcgatttct gtatcgatca tgatataca 29
<210> 249
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 249
gatatgcgtt tgaaatagat gtgcgagtt 29
<210> 250
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 250
tatttgtttt gtcaaagatt actatttatt c 31
<210> 251
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 251
cttatttgtt ttgtcaaaga ttactattta ttt 33
<210> 252
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 252
ggaagtccaa aagacagacc cgaat 25
<210> 253
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 253
agttgaactt aattcaaaaa gtaaagcaat tct 33
<210> 254
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 254
gttgaactta attcaaaaag taaagcaatt cg 32
<210> 255
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 255
cggggacaca tttcttgtga gcaaa 25
<210> 256
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 256
cccctcaaaa agggaactat tccta 25
<210> 257
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 257
cccctcaaaa agggaactat tcctt 25
<210> 258
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 258
ccacttttgt tggggttcaa aaaacgaat 29
<210> 259
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 259
tcatatacta aaaaagaatt caaaaagggg a 31
<210> 260
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 260
catatactaa aaaagaattc aaaaaggggg 30
<210> 261
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 261
gagatagaat tcttcgtgac atgacgaaa 29
<210> 262
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 262
atttcaaaaa ttttgtattc tattggattg gat 33
<210> 263
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 263
tcaaaaattt tgtattctat tggattggac 30
<210> 264
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 264
tttgttgtaa ttcttcgaat tctcgaacaa 30
<210> 265
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 265
tgtattctat tggattggat ttgttcgat 29
<210> 266
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 266
gtattctatt ggattggatt tgttcgag 28
<210> 267
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 267
tctaaagatt ttgttgtaat tcttcgaatt 30
<210> 268
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 268
gtatttctat tttctatagc ataaaacccg 30
<210> 269
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 269
aagtatttct attttctata gcataaaacc ct 32
<210> 270
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 270
ggatttcttg taaatttatc tcaaacctaa 30
<210> 271
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 271
aggcgtgggc gaattagagt c 21
<210> 272
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 272
caggcgtggg cgaattagag tt 22
<210> 273
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 273
gtctttgttt atgcttcgga ttggaacaa 29
<210> 274
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 274
acagaaaaaa aaaatagtag agaaaaaaaa aac 33
<210> 275
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 275
acagaaaaaa aaaatagtag agaaaaaaaa aaa 33
<210> 276
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 276
actaaacctt cgaaagtgac ttttgctt 28
<210> 277
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 277
tagtagattt tgtctcacgt atatgctta 29
<210> 278
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 278
agtagatttt gtctcacgta tatgcttt 28
<210> 279
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 279
catgttttcc cttttcttta aatttaggat 30
<210> 280
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 280
ttttcttttt taagtttaag aaagtcaaaa tc 32
<210> 281
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 281
tttctttttt aagtttaaga aagtcaaaat a 31
<210> 282
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 282
cacatcaata tataatagaa aaagttaggt 30
<210> 283
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 283
ttgaatcctg caatggagct tcca 24
<210> 284
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 284
gaatcctgca atggagcttc cc 22
<210> 285
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 285
gcagccgggt taataaaact gagaaaatt 29
<210> 286
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 286
atactgaaag atactgaaag atacttaaat tct 33
<210> 287
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 287
ctgaaagata ctgaaagata cttaaattcg 30
<210> 288
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 288
ccacattaga caaaatgaac taaagaagaa 30
<210> 289
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 289
cttgcaatag gacttacaac ctcc 24
<210> 290
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 290
cttgcaatag gacttacaac ctct 24
<210> 291
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 291
cccatttata tgggaatttt ggataagatt 30
<210> 292
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 292
ccaatttcac catggcggct aattta 26
<210> 293
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 293
ccaatttcac catggcggct aatttt 26
<210> 294
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 294
cccagtctcg acgattcacg ataaa 25
<210> 295
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 295
aaaagatatg gaatacaata caaaaaagga tct 33
<210> 296
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 296
agatatggaa tacaatacaa aaaaggatcc 30
<210> 297
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 297
gaatagggat aaaggaagga aagaataaat 30
<210> 298
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 298
aaaagatcct attttaacga atcacacgta 30
<210> 299
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 299
agatcctatt ttaacgaatc acacgtg 27
<210> 300
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 300
taccattaac tttttgtgta ctagcaatat 30
<210> 301
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 301
ttttattaaa actttttcct taccgctttt a 31
<210> 302
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 302
ctttttatta aaactttttc cttaccgctt ttt 33
<210> 303
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 303
atgcaagtcc actttcaata tatctctgta 30
<210> 304
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 304
ccctcccctc aactccatat ctaaa 25
<210> 305
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 305
caagtttgaa agattgtact gctctttc 28
<210> 306
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 306
gcaagtttga aagattgtac tgctctttt 29
<210> 307
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 307
attaggaggg gttcttttgt gcagaaaaa 29
<210> 308
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 308
agaatttagg aacattagaa gttcatcatt aa 32
<210> 309
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 309
gaatttagga acattagaag ttcatcatta g 31
<210> 310
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 310
tctaaaatac aaaatgcatt tcattgtag 29
<210> 311
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 311
tcttgtcatt ttttccacac ttcct 25
<210> 312
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 312
cttgtcattt tttccacact tccc 24
<210> 313
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 313
agaaatgaat tccgtaatgg taacacgaaa 30
<210> 314
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 314
atctaacctg acttggcccc ct 22
<210> 315
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 315
ctaacctgac ttggcccccc 20
<210> 316
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 316
gagagaatag actatattat ggaagaggta 30
<210> 317
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 317
cggtaccaat gaataggata gags 24
<210> 318
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 318
atcggtacca atgaatagga tagaga 26
<210> 319
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 319
ccaaaggaaa ccataaattc catataccat 30
Claims (9)
1.基于KASP技术开发的用于玉米品种鉴定的分子标记的引物组合，其特征在于，所述分子标记包括以下57个SNP标记和6个InDel标记，它们的信息如下：
其中用于检测标记CPMIDP01的KASP引物包括上游引物1、上游引物2和下游引物1、下游引物2，序列为SEQ ID NO:301-304。
2.含有权利要求1所述引物组合的检测试剂或试剂盒。
3.权利要求1所述引物组合或权利要求2所述检测试剂或试剂盒在构建玉米品种叶绿体DNA指纹图谱中的应用。
4.权利要求1所述引物组合或权利要求2所述检测试剂或试剂盒在玉米样本母系溯源分析中的应用。
5.权利要求1所述引物组合或权利要求2所述检测试剂或试剂盒在玉米样本正反交鉴定中的应用。
6.权利要求1所述引物组合或权利要求2所述检测试剂或试剂盒在玉米分子标记辅助育种中的应用。
7.权利要求1所述引物组合或权利要求2所述检测试剂或试剂盒在玉米品种鉴定中的应用。
8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，包括以下步骤：
1)提取待测玉米样品的DNA；
2)KASP反应：向步骤1)提取的DNA模板中加入KASP Primer mix和KASP ROX standardreaction mix，进行PCR扩增；
3)采用荧光检测仪分析PCR产物；
所述KASP Primer mix为权利要求1所述的各KASP引物中上游引物5’端分别修饰不同荧光标签序列后，与下游通用引物形成的混合物；
所述荧光标签序列为：5’-FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-3’；
5’-HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-3’。
9.根据权利要求7或8所述的应用，其特征在于，步骤2)中PCR反应体系为：DNA模板1.5μL，KASP ROX standard reaction mix 0.5μL，KASP Primer mix 0.014μL，ddH2O 0.5μL；所述KASP Primer mix中各引物的浓度为100μM；
PCR反应程序为：94℃ 15min；94℃ 20s，61-55℃ 1min，每个循环降低0.6℃，10个循环；94℃ 20s，58℃ 1min，30个循环。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201810119096.1A CN108486266B (zh) | 2018-02-06 | 2018-02-06 | 玉米叶绿体基因组的分子标记及在品种鉴定中的应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201810119096.1A CN108486266B (zh) | 2018-02-06 | 2018-02-06 | 玉米叶绿体基因组的分子标记及在品种鉴定中的应用 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN108486266A CN108486266A (zh) | 2018-09-04 |
| CN108486266B true CN108486266B (zh) | 2022-06-24 |
Family
ID=63344561
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201810119096.1A Active CN108486266B (zh) | 2018-02-06 | 2018-02-06 | 玉米叶绿体基因组的分子标记及在品种鉴定中的应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN108486266B (zh) |
Families Citing this family (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN109411014B (zh) * | 2018-10-09 | 2021-11-09 | 中国科学院昆明植物研究所 | 一种基于二代测序的植物叶绿体全基因组组装成环方法 |
| CN110129470B (zh) * | 2019-04-15 | 2022-05-03 | 北京市农林科学院 | 玉米分子育种核心snp位点组合及其应用 |
| CN110760610B (zh) * | 2019-12-02 | 2020-10-30 | 南京林业大学 | 香樟叶绿体snp分子标记的多态性引物及其应用 |
| CN110964845B (zh) * | 2020-01-03 | 2022-06-07 | 江苏省农业科学院 | 一种可追溯玉米混合授粉杂交种来源的方法及InDel分子标记 |
| CN111883212B (zh) * | 2020-02-19 | 2021-11-26 | 中国热带农业科学院热带生物技术研究所 | Dna指纹图谱的构建方法、构建装置及终端设备 |
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN103088018A (zh) * | 2012-12-27 | 2013-05-08 | 河南农业大学 | 玉米c型细胞质雄性不育育性恢复基因rf4的基因内snp标记 |
Family Cites Families (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN106591470B (zh) * | 2017-01-11 | 2020-05-08 | 北京市农林科学院 | 用于玉米母系溯源的一套叶绿体snp和indel分子标记组合 |
-
2018
- 2018-02-06 CN CN201810119096.1A patent/CN108486266B/zh active Active
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN103088018A (zh) * | 2012-12-27 | 2013-05-08 | 河南农业大学 | 玉米c型细胞质雄性不育育性恢复基因rf4的基因内snp标记 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN108486266A (zh) | 2018-09-04 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN108486266B (zh) | 玉米叶绿体基因组的分子标记及在品种鉴定中的应用 | |
| CN106591470B (zh) | 用于玉米母系溯源的一套叶绿体snp和indel分子标记组合 | |
| ES2393318T3 (es) | Estrategias para la identificación y detección de alto rendimiento de polimorfismos | |
| Yang et al. | Target SSR-Seq: a novel SSR genotyping technology associate with perfect SSRs in genetic analysis of cucumber varieties | |
| ES2357549T3 (es) | Estrategias para la identificación y detección de alto rendimiento de polimorfismos. | |
| Magbanua et al. | Adventures in the enormous: a 1.8 million clone BAC library for the 21.7 Gb genome of loblolly pine | |
| CN108486265B (zh) | 基于kasp技术的玉米雄性不育胞质类型的鉴定方法 | |
| KR101095220B1 (ko) | 배추 뿌리혹병 저항성 연관 분자표지 및 이의 용도 | |
| JP2002510506A (ja) | 遺伝子配列に遺伝障害を有する植物を得る方法 | |
| CN108220473B (zh) | 利用叶绿体InDel标记鉴别玉米S型胞质不育材料 | |
| CN108642201B (zh) | 与谷子株高性状相关的snp标记及其检测引物和应用 | |
| CN113817867A (zh) | 紫花苜蓿品质性状相关的snp分子标记及其应用 | |
| CN108441572B (zh) | 基于kasp技术的玉米叶绿体胞质类型的鉴定方法 | |
| CN109234449A (zh) | 一种黑麦通用2rl染色体特异共显性kasp分子标记及其应用 | |
| CN108707685B (zh) | 与谷子分蘖数性状相关的snp标记及其检测引物和应用 | |
| Rolland et al. | Molecular identification of broomrape species from a single seed by high resolution melting analysis | |
| CN108192991B (zh) | 利用叶绿体标记鉴别玉米雄性不育s型胞质类型 | |
| CN108411020B (zh) | 适于毛细管电泳检测平台的一套玉米叶绿体InDel分子标记 | |
| KR20230095709A (ko) | 배추의 종자순도 검정을 위한 kasp 마커 세트와 효율적인 마커 개발을 위한 방법 | |
| Kumaraswamy et al. | Genome mapping tools: current research and future prospects | |
| CN108676906B (zh) | 玉米叶绿体基因组ssr位点及在品种鉴定中的应用 | |
| CN108715901B (zh) | 一种与谷子株高性状相关的snp标记及其检测引物和应用 | |
| CN108707684B (zh) | 一种与谷子旗叶长性状相关的snp标记及其检测引物和应用 | |
| CN111733278A (zh) | 水稻钠钾离子吸收qtl连锁的snp分子标记及其应用 | |
| CN108486264B (zh) | 利用叶绿体标记鉴别玉米雄性不育c型胞质类型 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| GR01 | Patent grant |