KR20230095709A - 배추의 종자순도 검정을 위한 kasp 마커 세트와 효율적인 마커 개발을 위한 방법 - Google Patents
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Abstract
본 발명은 배추의 계통을 구분하기 위한 SNP 마커, 조성물, 키트, 이를 이용하여 배추의 계통을 구분하는 방법, 및 배추의 계통 구분을 위한 정보의 제공 방법에 관한 것이다.
Description
배추의 계통을 구분하기 위한 SNP 마커, 조성물, 키트, 이를 이용하여 배추의 계통을 구분하는 방법, 및 배추의 계통 구분을 위한 정보의 제공 방법에 관한 것이다.
배추는 밭에서 재배하는 두해살이 잎줄기 채소로서, 전세계적으로 음식의 주재료 및 부재료로서 널리 사용되고 있다. 배추는 재배 기간에 따라서 크게 조생종, 중생종, 만생종으로 나뉘며, 결구형태에 따라서는 결구종, 반결구종, 불결구종으로 구분된다. 이렇듯 배추 내에서도 다양한 종류의 계통 및 품종이 존재하므로, 양질의 배추를 생산하기 위해서는 우수한 품질을 갖는 배추를 선별적으로 재배할 필요가 있다.
생물의 종 및 계통의 식별에 있어서, 종래에 형태적, 이화학적 방법도 사용되어 왔으나, 배추과 작물은 염색체 구성이 복잡하여 분석지표가 확립되기 어렵기 때문에 주관적으로 계통 및 종 판별이 이루어지며, 일부 방법의 경우에는 환경에 의해 영향을 받아 일관되지 않은 단점이 있었다. 최근 분자생물학이 발달하면서 특정 DNA 염기서열의 다형성을 탐색하고 이를 마커로 활용하는 기술은 환경의 영향을 받지 않고 연차간 변이가 거의 없기 때문에 유전자 지도 작성 등 다양한 분야에 활용되고 있으며, 관련하여 양배추 등 다양한 식물에 대해서도 이러한 기술을 활용하여 순도검정 등에 적용된 바 있으나(한국등록특허 제10-1690067호), 배추의 계통 구분에 이용된 것은 보고된 바 없다.
이러한 배경 하에서, 본 발명자들은 배추 내에서도 재배 기간 및 시간 단축을 도모하기 위하여 환경에 영향 받지 않고 배추의 엘리트 라인을 선별함과 동시에, 배추 종자 순도의 대량 검증 방법을 개발하고자 예의 노력한 결과, 배추의 엘리트 라인의 유전체 변이 분석을 통한 계통 특이적 SNP 마커를 발굴하고, 상기 SNP 마커로 배추의 계통을 명확하게 구별할 수 있음을 확인함으로써 본 발명을 완성하였다.
본 발명의 하나의 목적은 배추의 계통 구분용 SNP 마커를 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 하나의 목적은 상기 마커를 검출할 수 있는 제제를 포함하는 배추의 계통 구분용 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 하나의 목적은 상기 조성물을 포함하는 배추의 계통 구분용 키트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 하나의 목적은 배추의 계통을 구분하는 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 하나의 목적은 배추의 계통 구분을 위한 정보의 제공 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 하나의 목적은 배추 계통 특이적 마커 선정 방법을 제공하는 것이다.
이를 구체적으로 설명하면 다음과 같다. 한편, 본 발명에서 개시된 각각의 설명 및 실시형태는 각각의 다른 설명 및 실시 형태에도 적용될 수 있다. 즉, 본 발명에서 개시된 다양한 요소들의 모든 조합이 본 발명의 범주에 속한다. 또한, 하기 기술된 구체적인 서술에 의하여 본 발명의 범주가 제한된다고 볼 수 없다.
상술한 목적을 달성하기 위한 본 발명의 일 양태는 배추의 계통 구분용 SNP 마커를 제공한다. 구체적으로, 서열번호 1 내지 100에서 선택된 어느 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에서, SNP 위치인 각 서열의 251번째 염기를 포함하고, 5 내지 501개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 배추의 계통 구분용 SNP 마커를 제공한다.
본 발명에서 용어 "배추"는 배추 속 순무의 재배종으로서 일반적으로 밭에서 재배하는 두해살이 잎줄기 채소를 의미하며, 학명은 Brassica rapa ssp. pekinensis이다. 배추의 분류 카테고리를 기원지 및 동아시아 내에서의 전파 과정을 고려하여 한국 육종자원, 한국 재래종, 중국 북방계, 중국 남방계, 일본 육종자원으로 분류될 수 있으며, 재배 기간에 따라서 크게 조생종, 중생종, 만생종으로 나뉘고, 결구형태에 따라서는 결구종, 반결구종, 불결구종으로 구분되므로, 배추 내에서도 표현형, 특성, 유전형질 등에 따라 계통이 달라질 수 있다.
본 발명에서 용어 "계통"은 동식물에서 유전형질이 같은 개체군에서 유전형질을 개선하거나 변경시켜 얻은 각각의 결과물을 의미한다. 본 발명에서는 자가수분 및 반수체 배가를 통하여 순계화된 개체(계통)들을 활용하였으며, 상기 계통은 자원명, 계통명, 또는 품종명으로 표현될 수 있고, 상기 자원명은 본 발명의 목적상 Accession ID와 혼용될 수 있다. 본 발명의 목적상 상기 계통은 자원명(Accession ID) 10068, 10069, 10071, 10073, 26015, 28052, 28053, 28057, CNU_11377, CNU_11378, CNU_11379, CNU_11381, CNU_11383, CNU_11384, CNU_11386, CNU_11387, CNU_11388, CNU_11389, CNU_11390, CNU_11393, CNU_11395, CNU_11396, CNU_11397, CNU_11400, CNU_11402, CNU_11403, CNU_11405, CNU_11406, CNU_11407, CNU_11416, CNU_11419, CNU_11420, CNU_11471, CNU_11472, CNU_11474, CNU_11475, CNU_11476, CNU_11477, CNU_11478, CNU_11716, CNU_11717, CNU_11721, CNU_11722, CNU_11723, CNU_11729, CNU_11731, CNU_28026, CNU_28028, CNU_28066, 또는 CNV를 갖는 계통일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
구체적으로, 상기 10068, 10069, 10071, 10073, 26015, 28052, 28053, 28057, CNU_11377, CNU_11378, CNU_11379, CNU_11381, CNU_11383, CNU_11384, CNU_11386, CNU_11387, CNU_11388, CNU_11389, CNU_11390, CNU_11393, CNU_11395, CNU_11396, CNU_11397, CNU_11400, CNU_11402, CNU_11403, CNU_11405, CNU_11406, CNU_11407, CNU_11416, CNU_11419, CNU_11420, CNU_11471, CNU_11472, CNU_11474, CNU_11475, CNU_11476, CNU_11477, CNU_11478, CNU_11716, CNU_11717, CNU_11721, CNU_11722, CNU_11723, CNU_11729, CNU_11731, CNU_28026, CNU_28028, CNU_28066, 및 CNV 계통은 하기 표 1과 같은 특성을 갖는 것일 수 있다.
| Accession ID | Accession Info | 설명 |
| 10068 | 09-FK15(AVRDCACC) | World Vegetable Center(구 AVRDC)의 수집계통 |
| 10069 | 09-FK16(춘파야기) | 20세기 초 일본에서 육성된 계통, 봄배추, 만추대성 |
| 10071 | 09-FK21(노백3호) | 중국 계통의 내혼계 |
| 10073 | 09-FK31(개성배추) | 20세기 초 국내에서 육성된 재래종 |
| 26015 | B1 | 중국 계통의 내혼계 |
| 28052 | 직예 | 20세기 초 국내 도입된 중국 재래종 |
| 28053 | 50일 | 극조생형 배추 |
| 28057 | 핵배추 | 종간 교잡을 통해 내병성 형질을 획득한 엽수형 계통 (1968년) |
| CNU_11377 | CR702 | 가을배추, 황색 내엽, 조기추대, 중조생형 |
| CNU_11378 | BA1호 | 가을배추, 황색 내엽, 조기추대, 중만생형 |
| CNU_11379 | CR-GJ | 가을배추, 황색 내엽, 조기추대, 중만생형 |
| CNU_11381 | GWGP | 가을배추, 내한성강, 황색, 조기추대, 만생형 |
| CNU_11383 | DP | 가을배추, 황색 내엽, 조기추대, 만생형 |
| CNU_11384 | MP | 가을배추, 내한성강, 황색 내엽, 중만추대, 만생형 |
| CNU_11386 | CG2 | 봄배추, 황색 내엽, 극조생형 |
| CNU_11387 | OHCR | 봄배추, 황색 내엽, 중조생형 |
| CNU_11388 | GNJ*NRB | 봄배추, 황색 내엽, 조생형 |
| CNU_11389 | CR-NRIB | 봄배추, 황색 내엽, 조생형 |
| CNU_11390 | CRWDD | 봄배추, 황색 내엽, 극조생형 |
| CNU_11393 | GRYR1 | 여름배추, 내서성강, 황색, 조, 극조생형 |
| CNU_11395 | GRYR2 | 여름배추, 내서성강, 황색, 조, 극조생형 |
| CNU_11396 | CR-SRN | 여름배추, 황색 내엽, 조, 중조생형 |
| CNU_11397 | WWH2 | 가을배추, 오렌지색 내엽, 조, 중만생형 |
| CNU_11400 | C-16 | 국내계통 분리계, 가을배추, 황색 내엽, 만추대성, 무사마귀병 내병성 |
| CNU_11402 | C-21 | 국내계통 분리계, 가을배추, 무사마귀병 감수성 |
| CNU_11403 | C-22 | 국내계통 분리계, 가을배추, 무사마귀병 감수성 |
| CNU_11405 | C-25 | 국내계통 분리계, 가을배추, 무사마귀병 감수성 |
| CNU_11406 | C-26 | 국내계통 분리계, 가을배추, 연함, 무사마귀병 감수성 |
| CNU_11407 | C-27 | 국내계통 분리계, 가을배추, 무사마귀병 감수성 |
| CNU_11416 | HKC-003 | 국내 계통 분리계, 봄배추, 만추대성, 조생, 노균병 이병성 |
| CNU_11419 | HKC-006 | 일본 계통 분리계, 겨울배추, 내한성 강함, 만생 |
| CNU_11420 | HKC-007 | 일본 계통 분리계, 가을배추, 오렌지색 내엽 |
| CNU_11471 | 11수-1 | 병저항성 계통 X 불암 3호, 황색 내엽 |
| CNU_11472 | 11수-2 | 병저항성 계통 X 불암 3호, 백색 내엽 |
| CNU_11474 | 11수-4 | 바이러스, 무사마귀병 내병성, 무름병 감수성 |
| CNU_11475 | 11수-5 | 바이러스, 무사마귀병 내병성, 무름병 감수성 |
| CNU_11476 | 11수-6 | 미국 코넬 대학 무름병 내병성 집단으로부터 도입된 계통 |
| CNU_11477 | 11수-7 | 바이러스, 무사마귀병 내병성 |
| CNU_11478 | 11수-8 | 무름병 계통 X 불암 3호 |
| CNU_11716 | CHW-1 | 국내 계통 분리계, 봄배추, 백색 내엽 |
| CNU_11717 | S55 | 일본 계통 분리계, 봄배추, 황색 내엽, 만추대성 |
| CNU_11721 | Tro-St-A | 중국 계통 분리계, 여름배추, 내서성 강함, 조기추대, 조생형 |
| CNU_11722 | Tro-Jb | 중국 계통 분리계, 여름배추, 내서성 강함, 조기추대, 조생형 |
| CNU_11723 | TR-3 | 일본 계통 분리계, 봄배추, 무사마귀병 감수성 |
| CNU_11729 | 11-3B 91 | 황색 내엽, 배추 뿌리혹병 race4에 저항성 |
| CNU_11731 | 11-3B 93 | 연한 황색 내엽, 액아형성, 배추 뿌리혹병 race4에 저항성 |
| CNU_28026 | 北京菊紅心/F7-8 | 중국 계통의 내혼계 |
| CNU_28028 | 改良菁雜3호/F7-8 내혼계,평평한 형 | 중국 계통의 내혼계 |
| CNU_28066 | Z062280 | 중국 계통의 내혼계 |
구체적으로, 상기 계통은 정밀육종을 위한 것일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
본 발명에서 용어 "정밀육종(precision breeding)"은 개별적인 육종 목적을 달성하기 위해 유전자의 특정한 부분을 타겟으로 하는 육종 방식으로서, 임의로 작물을 육종하는 것과 반대의 개념이다. 정밀육종에는 SNP 마커, 유전체교정, 유전자 가위 등의 다양한 기술이 사용될 수 있으며, 본 발명에서는 대표적으로 SNP 마커를 이용하였으나, 이에 제한되지 않는다.
본 발명에서 용어 "SNP 마커"는 DNA 서열상의 단일 염기 다형성(Single nucleotide polymorphism; SNP) 대립인자 염기쌍을 의미한다. 상기 SNP는 하나의 유전자 좌위(locus)에 두 가지 이상의 대립유전자가 존재하는 다형성 부위(polymorphic site)에서 단일 염기만이 다른 경우를 의미하며, 구체적인 다형성 마커는 선택된 집단에서 1% 이상, 보다 구체적으로 5% 이상, 더욱 구체적으로 10% 이상의 발생 빈도를 나타내는 두 가지 이상의 대립 유전자를 갖는다. 상기 SNP는 비교적 그 빈도가 높고 안정하며 유전체 전체에 분포되어 있어, 개체의 유전적 다양성을 발생시킨다. 또한, SNP는 일반적으로 단일 염기 다형성에 수반되는 표현형의 변화를 포함할 수도 있으며, 본 발명의 SNP 마커는 배추 속 순무종의 배추(pekinensis) 내에서 계통을 구분하는 용도로 사용될 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
본 발명의 목적상, 상기 SNP 마커는 서열번호 1 내지 100에서 선택된 어느 하나 이상의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 상기 SNP 마커는 서열번호 1 내지 100의 폴리뉴클레오티드가 계통 자원명(Accession ID) 10068, 10069, 10071, 10073, 26015, 28052, 28053, 28057, CNU_11377, CNU_11378, CNU_11379, CNU_11381, CNU_11383, CNU_11384, CNU_11386, CNU_11387, CNU_11388, CNU_11389, CNU_11390, CNU_11393, CNU_11395, CNU_11396, CNU_11397, CNU_11400, CNU_11402, CNU_11403, CNU_11405, CNU_11406, CNU_11407, CNU_11416, CNU_11419, CNU_11420, CNU_11471, CNU_11472, CNU_11474, CNU_11475, CNU_11476, CNU_11477, CNU_11478, CNU_11716, CNU_11717, CNU_11721, CNU_11722, CNU_11723, CNU_11729, CNU_11731, CNU_28026, CNU_28028, CNU_28066, 또는 CNV 중에서 각각 하나의 계통을 결정하는 마커일 수 있고, 상기 SNP 위치는 서열번호 1 내지 100의 폴리뉴클레오티드 각각에서 251번째 염기서열일 수 있다.
본 발명자들은 핵심 집단의 기원에 대한 육종 관련 정보 확보한 후, 핵심 집단의 유전체 재분석 및 유전체 구조 분석을 진행하였으며, 이후 대표적인 50개의 계통에 특이적인 각각의 계통마다 2개의 마커로서 서열번호 1 내지 100을 개발하였다.
일 예로, 상기 배추의 계통 구분용 SNP 마커는 서열번호 1 내지 100에서 선택된 어느 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에서, SNP 위치인 각 서열의 251번째 염기를 포함하고, 5 내지 501개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 배추의 계통 구분용 SNP 마커일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 본 발명의 일 실시예에서는 서열번호 1 내지 100에서 선택된 어느 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에서 SNP 위치인 각 서열의 251번째 염기가 배추의 계통을 특이적으로 구분할 수 있는 SNP 마커가 될 수 있음을 확인하였다(실시예 3 및 4).
본 발명에서 염기서열 또는 폴리뉴클레오티드는, 생물학적으로 균등 활성을 갖는 변이를 고려한다면, 서열목록에 기재된 서열과 실질적인 동일성(substantial identity)을 나타내는 서열도 포함하는 것으로 해석된다. 상기 용어, '실질적인 동일성'은 본 발명의 서열과 임의의 다른 서열을 최대한 대응되도록 정렬(align)하고, 당업계에서 통상적으로 사용되는 알고리즘을 이용하여 정렬된 서열을 분석한 경우에, 최소 60%의 상동성, 보다 구체적으로 70% 상동성, 더욱 구체적으로 80%, 특히 구체적으로 90%의 상동성을 나타내는 서열을 의미한다.
따라서, 상기 서열번호 1 내지 100으로 이루어진 각각의 염기서열에서 251번째 염기서열인 SNP 위치의 서열이 동일한 이상, 이외의 영역은 서열번호 1 내지 100으로 표시되는 염기서열과 높은 상동성을 갖는 염기서열, 예를 들면 그 상동성이 70% 이상, 보다 구체적으로 80% 이상, 더욱 구체적으로 90%이상의 높은 상동성을 갖는 염기서열도 본 발명의 범위에 포함되는 것으로 해석되어야 한다.
일 예로, 상기 서열번호 1 내지 100에서 선택된 어느 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는, 서열번호 1, 25, 30, 32, 33, 35, 39, 41, 43, 47, 53, 55, 56, 65, 74, 77, 97, 98, 및 99로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, G 또는 A인 251번째 염기를 포함; 서열번호 11, 24, 46, 61, 81, 96, 및 100으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, A 또는 G인 251번째 염기를 포함; 서열번호 2, 3, 5, 13, 16, 17, 21, 23, 34, 52, 54, 57, 63, 66, 69, 70, 71, 73, 80, 및 85로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, C 또는 T인 251번째 염기를 포함; 서열번호 15, 19, 22, 36, 40, 45, 51, 64, 67, 82, 83, 84, 및 86으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, T 또는 C인 251번째 염기를 포함; 서열번호 4, 18, 26, 27, 89, 및 95로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, G 또는 C인 251번째 염기를 포함; 서열번호 60으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, C 또는 G인 251번째 염기를 포함; 서열번호 6, 8, 9, 12, 42, 44, 48, 59, 68, 78, 79, 90, 91, 및 93으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, G 또는 T인 251번째 염기를 포함; 서열번호 31, 38, 및 62로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, T 또는 G인 251번째 염기를 포함; 서열번호 7, 20, 29, 49, 76, 88, 및 94로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, C 또는 A인 251번째 염기를 포함; 서열번호 14 및 28로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, A 또는 C인 251번째 염기를 포함; 서열번호 10, 37, 50, 72, 75, 및 87로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, A 또는 T인 251번째 염기를 포함; 및 서열번호 58 및 92 로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, T 또는 A인 251번째 염기를 포함하는 5 내지 501개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드인 것일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 본 발명의 일 실시예에서는 상기 서열번호 1 내지 100의 폴리뉴클레오티드는 251번째 염기를 SNP로 포함하여 특정한 배추의 계통을 구분할 수 있음을 확인하였다(실시예 3 및 4).
일 예로, 상기 서열번호 1 또는 서열번호 2로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID 10068 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 3 또는 서열번호 4로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID 10069 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 5 또는 서열번호 6로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID 10071 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 7 또는 서열번호 8로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID 10073 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 9 또는 서열번호 10로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID 26015 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 11 또는 서열번호 12로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID 28052 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 13 또는 서열번호 14로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID 28053 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 15 또는 서열번호 16로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID 28057 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 17 또는 서열번호 18로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11377 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 19 또는 서열번호 20로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11378 계통을 구분하기 위한 마커인, 배추의 계통 구분용 SNP 마커; 상기 서열번호 21 또는 서열번호 22로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11379 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 23 또는 서열번호 24로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11381 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 25 또는 서열번호 26으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11383 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 27 또는 서열번호 28로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11384 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 29 또는 서열번호 30으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11386 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 31 또는 서열번호 32로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11387 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 33 또는 서열번호 34로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11388 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 35 또는 서열번호 36으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11389 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 37 또는 서열번호 38로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11390 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 39 또는 서열번호 40으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11393 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 41 또는 서열번호 42로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11395 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 43 또는 서열번호 44로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11396 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 45 또는 서열번호 46으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11397 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 47 또는 서열번호 48로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11400 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 49 또는 서열번호 50으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11402 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 51 또는 서열번호 52로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11403 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 53 또는 서열번호 54로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11405 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 55 또는 서열번호 56으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11406 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 57 또는 서열번호 58로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11407 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 59 또는 서열번호 60으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11416 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 61 또는 서열번호 62로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11419 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 63 또는 서열번호 64로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11420 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 65 또는 서열번호 66으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11471 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 67 또는 서열번호 68로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11472 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 69 또는 서열번호 70으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11474 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 71 또는 서열번호 72로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11475 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 73 또는 서열번호 74로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11476 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 75 또는 서열번호 76으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11477 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 77 또는 서열번호 78로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11478 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 79 또는 서열번호 80으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11716 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 81 또는 서열번호 82로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11717 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 83 또는 서열번호 84로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11721 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 85 또는 서열번호 86으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11722 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 87 또는 서열번호 88로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11723 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 89 또는 서열번호 90으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11729 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 91 또는 서열번호 92로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11731 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 93 또는 서열번호 94으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_28026 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 95 또는 서열번호 96으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_28028 계통을 구분하기 위한 마커; 상기 서열번호 97 또는 서열번호 98으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_28066 계통을 구분하기 위한 마커; 및/또는 상기 서열번호 99 또는 서열번호 100으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNV 계통을 구분하기 위한 마커일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
본 발명의 일 실시예에서는 상기 서열번호 1 내지 100의 폴리뉴클레오티드는 251번째 염기를 SNP로 포함하여 특정한 배추의 계통인 자원명(Accession ID) 10068, 10069, 10071, 10073, 26015, 28052, 28053, 28057, CNU_11377, CNU_11378, CNU_11379, CNU_11381, CNU_11383, CNU_11384, CNU_11386, CNU_11387, CNU_11388, CNU_11389, CNU_11390, CNU_11393, CNU_11395, CNU_11396, CNU_11397, CNU_11400, CNU_11402, CNU_11403, CNU_11405, CNU_11406, CNU_11407, CNU_11416, CNU_11419, CNU_11420, CNU_11471, CNU_11472, CNU_11474, CNU_11475, CNU_11476, CNU_11477, CNU_11478, CNU_11716, CNU_11717, CNU_11721, CNU_11722, CNU_11723, CNU_11729, CNU_11731, CNU_28026, CNU_28028, CNU_28066, 및/또는 CNV 계통을 구분할 수 있음을 확인하였다(실시예 3 및 4)
본 발명의 다른 하나의 양태는 배추의 계통 구분용 조성물을 제공한다.
본 발명의 목적상 상기 조성물은 상기 배추 계통 구분용 SNP 마커를 검출할 수 있는 프로브, 프라이머, 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 배추의 계통 구분용 조성물일 수 있다.
본 발명에서 용어 "검출할 수 있는 제제"는 당업계에서 일반적으로 유전자를 검출하는 데 이용되는 임의의 제제를 모두 포함하며, 마커의 존재를 확인할 수 있는 제제라면 제한되지 않는다. 본 발명에서, 상기 검출할 수 있는 제제는 이에 제한되는 것은 아니나, 본 발명의 마커를 증폭하고 검출할 수 있는 제제를 의미할 수 있고, 구체적으로는 프로브, 프라이머 쌍, 항체, 앱타머, 및 올리고뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나인 것일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 본 발명의 목적상 상기 검출할 수 있는 제제는 프로브, 프라이머 또는 증폭할 수 있는 제제일 수 있다.
본 발명에서 용어, "프로브"는 공지의 방법으로 특정 유전자 서열로부터 조제될 수 있는 프로브, 예를 들면, 상기 염기 서열의 전체 또는 일부에 대한 상보 서열과 엄격한 조건 하에 하이브리드화될 수 있는 것이라면 본 발명의 범주에 제한없이 포함될 수 있다. 상기 "엄격한 조건(stringent condition)"이란 폴리뉴클레오티드 간의 특이적 혼성화를 가능하게 하는 조건을 의미한다. 이러한 조건은 문헌(예컨대, J Sambrook et al, 상동)에 구체적으로 기재되어 있다. 예를 들어, 상동성(homology) 또는 동일성(identity)이 높은 유전자끼리, 80% 이상, 85% 이상, 구체적으로는 90% 이상, 보다 구체적으로는 95% 이상, 더욱 구체적으로는 97% 이상, 특히 구체적으로는 99% 이상의 상동성 또는 동일성을 갖는 유전자끼리 하이브리드화하고, 그보다 상동성 또는 동일성이 낮은 유전자끼리 하이브리드화하지 않는 조건, 또는 통상의 써던 하이브리드화(southern hybridization)의 세척 조건인 60℃ 1XSSC, 0.1% SDS, 구체적으로는 60℃ 0.1XSSC, 0.1% SDS, 보다 구체적으로는 68℃ 0.1 X SSC, 0.1% SDS에 상당하는 염 농도 및 온도에서, 1회, 구체적으로는 2회 내지 3회 세정하는 조건을 열거할 수 있다.
혼성화는 비록 혼성화의 엄격도에 따라 염기 간의 미스매치 (mismatch)가 가
능할지라도, 두 개의 핵산이 상보적 서열을 가질 것을 요구한다. 용어, "상보적"은 서로 혼성화가 가능한 뉴클레오티드 염기 간의 관계를 기술하는데 사용된다. 예를 들면, DNA에 관하여, 아데노신은 티민에 상보적이며 시토신은 구아닌에 상보적이다. 따라서, 본 발명은 또한 실질적으로 유사한 핵산 서열뿐만 아니라 전체 서열에 상보적인 단리된 핵산 단편을 포함할 수 있다.
구체적으로, 상동성 또는 동일성을 가지는 폴리뉴클레오티드는 55℃의 Tm 값에서 혼성화 단계를 포함하는 혼성화 조건을 사용하고 상술한 조건을 사용하여 탐지할 수 있다. 또한, 상기 Tm 값은 60℃, 63℃, 또는 65℃일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니고 그 목적에 따라 당업자에 의해 적절히 조절될 수 있다.
폴리뉴클레오티드를 혼성화하는 적절한 엄격도는 폴리뉴클레오티드의 길이 및 상보성 정도에 의존하고 변수는 해당기술분야에 잘 알려져 있다(Sambrook et al, supra, 950-951, 117-118 참조)
본 발명에서 용어, "프라이머"는 검출하려는 핵산 가닥에 상보적인 단일 가닥 올리고뉴클레오티드 서열을 의미하며, 프라이머 연장 산물의 합성을 위한 개시점으로 작용할 수 있다. 본 발명에서 프라이머는 PCR 반응을 통한 마커에 검출되기 위해 제작될 수 있으며, 프라이머의 구체적인 길이 및 서열은 요구되는 DNA 또는 RNA 표적 복합도(complexity) 뿐만 아니라 온도 및 이온 강도와 같은 이용 조건에 따라 당업계에 알려진 방법으로 합성될 수 있다.
구체적으로, 상기 프라이머 쌍은 KASP(kompetitive allele specific PCR)용 프라이머 세트일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
본 발명에서 용어 "KASP(kompetitive allele specific PCR)용 프라이머 세트"는 KASP를 위하여 사용되는 프라이머 세트를 의미한다.
본 발명에서 용어 "KASP(kompetitive allele specific PCR)"은 형광시료를 이용한 PCR 기반의 유전형 분석 방법의 일종으로서, 상동의(homogenous) 형광(fluorescence) 기반 유전형 분석 기술이다. KASP는 대립유전자(allele)-특이적인 올리고 연장(extension) 및 신호생성을 위한 형광공명에너지전이(fluorescence resonance energy transfer)를 기반으로 하는 기술이다. KASP를 통해, SNP와 같은 염기서열의 차이를 포함한 두 가지의 정방향 프라이머와 공통된 염기서열의 역방향 프라이머를 이용하여 두 개의 DNA 단편을 증폭시키고, 이 때 SNP 차이에 따른 각기 다른 형광시료가 반응하는 현상으로 유전자를 구분할 수 있다. KASP는 형광물질의 차이를 통해 유전형을 분석할 수 있어 정확하고 경제적으로 유전자형을 분석할 수 있다.
본 발명의 목적상, 상기 KASP용 프라이머 세트는 본 발명의 SNP 위치 서열의 차이를 포함한 두 가지의 정방향 프라이머와 공통된 염기서열의 역방향 프라이머를 포함하는 프라이머세트일 수 있으며, 상기 두 가지의 정방향 프라이머는 SNP의 존부를 확인하기 위해 서로 다른 색을 발하는 형광물질과 결합된 것일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
구체적으로, 상기 KASP 프라이머 세트는 a1) 서열번호 101 및 서열번호 102의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 101 및 서열번호 103의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; b1) 서열번호 104 및 서열번호 105의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 104 및 서열번호 106의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; c1) 서열번호 107 및 서열번호 108의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 107 및 서열번호 109의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; d1) 서열번호 110 및 서열번호 111의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 110 및 서열번호 112의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; e1) 서열번호 113 및 서열번호 114의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 113 및 서열번호 115의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; f1) 서열번호 116 및 서열번호 117의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 116 및 서열번호 118의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; g1) 서열번호 119 및 서열번호 120의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 119 및 서열번호 121의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; h1) 서열번호 122 및 서열번호 123의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 122 및 서열번호 124의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; i1) 서열번호 125 및 서열번호 126의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 125 및 서열번호 127의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; j1) 서열번호 128 및 서열번호 129의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 128 및 서열번호 130의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; k1) 서열번호 131 및 서열번호 132의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 131 및 서열번호 133의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; l1) 서열번호 134 및 서열번호 135의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 134 및 서열번호 136의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; m1) 서열번호 137 및 서열번호 138의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 137 및 서열번호 139의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; n1) 서열번호 140 및 서열번호 141의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 140 및 서열번호 142의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; o1) 서열번호 143 및 서열번호 144의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 143 및 서열번호 145의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; p1) 서열번호 146 및 서열번호 147의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 146 및 서열번호 148의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; q1) 서열번호 149 및 서열번호 150의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 149 및 서열번호 151의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; r1) 서열번호 152 및 서열번호 153의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 152 및 서열번호 154의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; s1) 서열번호 155 및 서열번호 156의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 155 및 서열번호 157의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; t1) 서열번호 158 및 서열번호 159의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 158 및 서열번호 160의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; u) 서열번호 161 및 서열번호 162의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 161 및 서열번호 163의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; v) 서열번호 164 및 서열번호 165의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 164 및 서열번호 166의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; w) 서열번호 167 및 서열번호 168의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 167 및 서열번호 169의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; x) 서열번호 170 및 서열번호 171의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 170 및 서열번호 172의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; y) 서열번호 173 및 서열번호 174의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 173 및 서열번호 175의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; z) 서열번호 176 및 서열번호 177의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 176 및 서열번호 178의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; a2) 서열번호 179 및 서열번호 180의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 179 및 서열번호 181의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; b2) 서열번호 182 및 서열번호 183의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 182 및 서열번호 184의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; c2) 서열번호 185 및 서열번호 186의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 185 및 서열번호 187의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; d2) 서열번호 188 및 서열번호 189의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 188 및 서열번호 190의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; e2) 서열번호 191 및 서열번호 192의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 191 및 서열번호 193의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; f2) 서열번호 194 및 서열번호 195의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 194 및 서열번호 196의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; g2) 서열번호 197 및 서열번호 198의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 197 및 서열번호 199의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; h2) 서열번호 200 및 서열번호 201의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 200 및 서열번호 202의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; i2) 서열번호 203 및 서열번호 204의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 203 및 서열번호 205의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; j2) 서열번호 206 및 서열번호 207의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 206 및 서열번호 208의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; k2) 서열번호 209 및 서열번호 210의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 209 및 서열번호 211의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; l2) 서열번호 212 및 서열번호 213의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 212 및 서열번호 214의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; m2) 서열번호 215 및 서열번호 216의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 215 및 서열번호 217의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; n2) 서열번호 218 및 서열번호 219의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 218 및 서열번호 220의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; o2) 서열번호 221 및 서열번호 222의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 221 및 서열번호 223의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; p2) 서열번호 224 및 서열번호 225의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 224 및 서열번호 226의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; q2) 서열번호 227 및 서열번호 228의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 227 및 서열번호 229의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; r2) 서열번호 230 및 서열번호 231의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 230 및 서열번호 232의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; s2) 서열번호 233 및 서열번호 234의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 233 및 서열번호 235의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; t2) 서열번호 236 및 서열번호 237의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 236 및 서열번호 238의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; u2) 서열번호 239 및 서열번호 240의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 239 및 서열번호 241의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; v2) 서열번호 242 및 서열번호 243의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 242 및 서열번호 244의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; w2) 서열번호 245 및 서열번호 246의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 245 및 서열번호 247의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; x2) 서열번호 248 및 서열번호 249의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 248 및 서열번호 250의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; y2) 서열번호 251 및 서열번호 252의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 251 및 서열번호 253의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; z2) 서열번호 254 및 서열번호 255의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 254 및 서열번호 256의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; a3) 서열번호 257 및 서열번호 258의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 257 및 서열번호 259의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; b3) 서열번호 260 및 서열번호 261의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 260 및 서열번호 262의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; c3) 서열번호 263 및 서열번호 264의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 263 및 서열번호 265의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; d3) 서열번호 266 및 서열번호 267의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 266 및 서열번호 268의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; e3) 서열번호 269 및 서열번호 270의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 269 및 서열번호 271의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; f3) 서열번호 272 및 서열번호 273의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 272 및 서열번호 274의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; g3) 서열번호 275 및 서열번호 276의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 275 및 서열번호 277의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; h3) 서열번호 278 및 서열번호 279의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 278 및 서열번호 280의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; i3) 서열번호 281 및 서열번호 282의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 281 및 서열번호 283의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; j3) 서열번호 284 및 서열번호 285의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 284 및 서열번호 286의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; k3) 서열번호 287 및 서열번호 288의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 287 및 서열번호 289의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; l3) 서열번호 290 및 서열번호 291의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 290 및 서열번호 292의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; m3) 서열번호 293 및 서열번호 294의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 293 및 서열번호 295의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; n3) 서열번호 296 및 서열번호 297의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 296 및 서열번호 298의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; o3) 서열번호 299 및 서열번호 300의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 299 및 서열번호 301의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; p3) 서열번호 302 및 서열번호 303의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 302 및 서열번호 304의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; q3) 서열번호 305 및 서열번호 306의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 305 및 서열번호 307의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; r3) 서열번호 308 및 서열번호 309의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 308 및 서열번호 310의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; s3) 서열번호 311 및 서열번호 312의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 311 및 서열번호 313의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; t3) 서열번호 314 및 서열번호 315의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 314 및 서열번호 316의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; u3) 서열번호 317 및 서열번호 318의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 317 및 서열번호 319의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; v3) 서열번호 320 및 서열번호 321의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 320 및 서열번호 322의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; w3) 서열번호 323 및 서열번호 324의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 323 및 서열번호 325의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; x3) 서열번호 326 및 서열번호 327의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 326 및 서열번호 328의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; y3) 서열번호 329 및 서열번호 330의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 329 및 서열번호 331의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; z3) 서열번호 332 및 서열번호 333의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 332 및 서열번호 334의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; a4) 서열번호 335 및 서열번호 336의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 335 및 서열번호 337의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; b4) 서열번호 338 및 서열번호 339의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 338 및 서열번호 340의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; c4) 서열번호 341 및 서열번호 342의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 341 및 서열번호 343의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; d4) 서열번호 344 및 서열번호 345의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 344 및 서열번호 346의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; e4) 서열번호 347 및 서열번호 348의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 347 및 서열번호 349의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; f4) 서열번호 350 및 서열번호 351의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 350 및 서열번호 352의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; g4) 서열번호 353 및 서열번호 354의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 353 및 서열번호 355의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; h4) 서열번호 356 및 서열번호 357의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 356 및 서열번호 358의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; i4) 서열번호 359 및 서열번호 360의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 359 및 서열번호 361의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; j4) 서열번호 362 및 서열번호 363의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 362 및 서열번호 364의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; k4) 서열번호 365 및 서열번호 366의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 365 및 서열번호 367의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; l4) 서열번호 368 및 서열번호 369의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 368 및 서열번호 370의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; m4) 서열번호 371 및 서열번호 372의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 371 및 서열번호 373의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; n4) 서열번호 374 및 서열번호 375의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 374 및 서열번호 376의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; o4) 서열번호 377 및 서열번호 378의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 377 및 서열번호 379의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; p4) 서열번호 380 및 서열번호 381의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 380 및 서열번호 382의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; q4) 서열번호 383 및 서열번호 384의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 383 및 서열번호 385의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; r4) 서열번호 386 및 서열번호 387의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 386 및 서열번호 388의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; s4) 서열번호 389 및 서열번호 390의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 389 및 서열번호 391의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; t4) 서열번호 392 및 서열번호 393의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 392 및 서열번호 394의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; u4) 서열번호 395 및 서열번호 396의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 395 및 서열번호 397의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; 및/또는 v4) 서열번호 398 및 서열번호 399의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 398 및 서열번호 400의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
일 예로, 상기 KASP 프라이머 세트 중, 상기 c1) 및 d1)는 Accession ID 10069 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 e1) 및 f1)는 Accession ID 10071 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 g1) 및 h1)는 Accession ID 10073 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 i1) 및 j1)는 Accession ID 26015 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 k1) 및 l1)은 Accession ID 28052 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 m1) 및 n1)은 Accession ID 28053 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 o1) 및 p1)는 Accession ID 28057 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 q1) 및 r1)은 Accession ID CNU_11377 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 s1) 및 t1)는 Accession ID CNU_11378 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 u1) 및 v1)은 Accession ID CNU_11379 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 w1) 및 x1)은 Accession ID CNU_11381 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 y1) 및 z1)은 Accession ID CNU_11383 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 a2) 및 b2)은 Accession ID CNU_11384 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 c2) 및 d2)은 Accession ID CNU_11386 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 e2) 및 f2)은 Accession ID CNU_11387 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 g2) 및 h2)은 Accession ID CNU_11388 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 i2) 및 j2)은 Accession ID CNU_11389 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 k2) 및 l2)은 Accession ID CNU_11390 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 m2) 및 n2)은 Accession ID CNU_11393 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 o2) 및 p2)은 Accession ID CNU_11395 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 q2) 및 r2)은 Accession ID CNU_11396 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 s2) 및 t2)은 Accession ID CNU_11397 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 u2) 및 v2)은 Accession ID CNU_11400 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 w2) 및 x2)은 Accession ID CNU_11402 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 y2) 및 z2)은 Accession ID CNU_11403 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 a3) 및 b3)은 Accession ID CNU_11405 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 c3) 및 d3)은 Accession ID CNU_11406 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 e3) 및 f3)은 Accession ID CNU_11407 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 g3) 및 h3)은 Accession ID CNU_11416 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 i3) 및 j3)은 Accession ID CNU_11419 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 k3) 및 l3)은 Accession ID CNU_11420 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 m3) 및 n3)은 Accession ID CNU_11471 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 o3) 및 p3)은 Accession ID CNU_11472 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 q3) 및 r3)은 Accession ID CNU_11474 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 s3) 및 t3)은 Accession ID CNU_11475 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 u3) 및 v3)은 Accession ID CNU_11476 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 w3) 및 x3)은 Accession ID CNU_11477 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 y3) 및 z3)은 Accession ID CNU_11478 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 a4) 및 b4)은 Accession ID CNU_11716 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 c4) 및 d4)은 Accession ID CNU_11717 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 e4) 및 f4)은 Accession ID CNU_11721 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 g4) 및 h4)은 Accession ID CNU_11722 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 i4) 및 j4)은 Accession ID CNU_11723 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 k4) 및 l4)은 Accession ID CNU_11729 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 m4) 및 n4)은 Accession ID CNU_11731 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 o4) 및 p4)은 Accession ID CNU_28026 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 q4) 및 r4)은 Accession ID CNU_28028 계통을 구분하기 위한 프라이머; 상기 s4) 및 t4)은 Accession ID CNU_28066 계통을 구분하기 위한 프라이머; 및/또는 상기 u4) 및 v4)은 Accession ID CNV 계통을 구분하기 위한 프라이머세트일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
본 발명의 또 다른 하나의 양태는 상기 조성물을 포함하는 배추 계통 구분용 키트를 제공한다. 상기 키트는 배추의 계통을 구분하기 위한 조성물을 포함하여 배추의 계통을 구분하고 특정한 계통이 존재하는지 여부를 확인하기 위해 이용될 수 있다.
구체적으로, 상기 키트는 RT-PCR 키트, 면역 스트립, DNA 칩 키트, 단백질 칩 키트, 래피드(rapid) 키트 또는 MRM(Multiple reaction monitoring) 키트, 및 ELISA 진단 키트로 이루어진 군으로부터 선택되는 것일 수 있으나, 배추의 계통을 구분할 수 있다면 그 작동 원리나 형태에 제한되지 않는다.
또한, 본 발명의 키트는 배추 계통 구분을 위해 적합한 한 종류 또는 그 이상의 다른 구성성분 조성물, 용액 또는 장치를 포함할 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 상기 다른 구성 성분의 일 예로, 적합한 담체, 검출 가능한 신호를 생성할 수 있는 표지 물질, 발색단(chromophores), 용해제, 세정제, 완충제, 안정화제 등이 포함되나 이에 제한되지 않는다. 표지물질이 효소인 경우에는 효소 활성을 측정할 수 있는 기질 및 반응 정지제를 포함할 수 있다. 담체는 가용성 담체, 불용성 담체가 있고, 가용성 담체의 일 예로 당 분야에서 공지된 생리학적으로 허용되는 완충액, 예를 들어 PBS가 있고, 불용성 담체의 일 예로 폴리스틸렌, 폴리에틸렌, 폴리프로필렌, 폴리에스테르, 폴리아크릴로니트릴, 불소 수지, 가교 덱스트란, 폴리사카라이드, 라텍스에 금속을 도금한 자성 미립자와 같은 고분자, 기타 종이, 유리, 금속, 아가로오스 및 이들의 조합일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
또한, 본 발명의 키트는 마커의 검출을 위한 프라이머 쌍, 및 검출 반응을 수행하기 위한 시약을 포함할 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 또한, 본 발명의 키트는 마커 검출을 위해 수행되는 증폭 반응에 필요한 시약을 추가로 포함할 수 있고, 상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs 및 버퍼 등을 포함할 수 있고, 또한, 실시간 PCR 반응 수행 및 분석을 위해 필요한 시약을 추가로 포함할 수 있다.
또한, 본 발명의 키트는 최적의 반응 수행 조건을 기재한 사용자 안내서를 추가로 포함할 수 있다. 안내서는 키트 사용법, 예를 들면, PCR 버퍼 제조 방법, 제시되는 반응 조건 등을 설명하는 인쇄물이다. 안내서는 팜플렛 또는 전단지 형태의 안내 책자, 키트에 부착된 라벨 및 키트를 포함하는 패키지의 표면상에 설명을 포함한다. 또한, 안내서는 인터넷과 같이 전기 매체를 통해 공개되거나 제공되는 정보를 포함한다.
본 발명의 또 다른 하나의 양태는 배추의 계통을 구분하는 방법을 제공한다.
일 예로, 상기 배추의 계통을 구분하는 방법은 (a) 배추로부터 게놈 DNA를 분리하는 단계; 및 (b) 상기 (a) 단계의 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명의 마커를 검출하기 위한 제제를 이용하여 마커를 검출하는 단계를 포함하는, 배추의 계통을 구분하는 방법일 수 있다.
본 발명에서, 상기 게놈 DNA는 배추의 계통을 구분할 수 있는 한, 채취 방법 및 위치 등과 관계없이 제한없이 이용될 수 있으며, 상기 게놈 DNA를 분리하는 방법은 당업계에 공지된 방법을 이용할 수 있다. 또한, 상기 검출은 중합효소연쇄반응(PCR), 역전사효소 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사효소 중합효소반응(competitive RT-PCR), 실시간 중합효소반응(real time RT-PCR), 실시간 역전사효소 중합효소반응(real time quantitative RT-PCR), RNase 보호 분석법(RNase protection method), 노던 블랏팅(Northern blotting), 유전자 칩, 및 이들의 조합으로 이루어진 군에서 선택된 방법으로 수행될 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
일 예로, 상기 배추의 계통을 구분하는 방법은 (a) 배추로부터 게놈 DNA를 분리하는 단계; (b) 상기 (a) 단계의 게놈 DNA를 주형으로 하고, 상기 a1) 내지 v4)의 프라이머 세트를 이용하여 KASP를 수행하는 단계; 및 (c) 상기 KASP의 증폭 산물을 분석하는 단계를 포함하는, 배추의 계통을 구분하는 방법일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 상기 (c)단계에서 KASP의 증폭 결과, 본 발명의 SNP를 포함한 폴리뉴클레오티드에 상보적으로 결합한 정방향 프라이머에 부착하였던 형광시료가 검출되는 정도에 따라 배추의 계통을 구분할 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
본 발명의 또 다른 하나의 양태는 배추의 계통 구분을 위한 정보의 제공 방법을 제공한다.
일 예로, 상기 배추의 계통 구분을 위한 정보의 제공 방법은 (a) 분리된 시료의 DNA로부터 제1항의 SNP 마커의 다형성 부위를 증폭하거나 프로브와 혼성화하는 단계; 및 (b) 상기 (a) 단계의 증폭된 또는 혼성화된 다형성 부위의 염기를 결정하는 단계를 포함하는, 배추의 계통 구분을 위한 정보의 제공 방법일 수 있다.
본 발명에서 표적 DNA를 증폭하는 방법은 중합효소연쇄반응(PCR), 리가아제 연쇄반응(ligase chain reaction), 실시간 PCR(Real-time PCR), 핵산 서열 기재 증폭 (nucleic acid sequence based amplification), 전사 기재 증폭 시스템 (transcription-based amplification system), 가닥 치환 증폭 (strand displacement amplification) 또는 Qβ 복제효소 (replicase)를 통한 증폭 또는 당업계에 알려진 핵산 분자를 증폭하기 위한 임의의 기타 적당한 방법이 있다. 이 중에서, PCR이란 중합효소를 이용하여 표적 핵산에 특이적으로 결합하는 프라이머 쌍으로부터 표적 핵산을 증폭하는 방법이다. 이러한 PCR 방법은 당업계에 잘 알려져 있으며, 상업적으로 이용가능한 키트를 이용할 수도 있다.
또한, 상기 증폭된 표적 서열은 검출 가능한 표지 물질로 표지될 수 있다. 상기 표지 물질은 구체적으로는 형광을 발하는 물질일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
일 예로, 상기 (b)단계에서 결정된 염기서열 중, 서열번호 1 및/또는 서열번호 2로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID 10068 계통; 서열번호 3 및/또는 서열번호 4로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID 10069 계통; 서열번호 5 및/또는 서열번호 6으로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID 10071 계통; 서열번호 7 및/또는 서열번호 8로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID 10073 계통; 서열번호 9 및/또는 서열번호 10으로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID 26015 계통; 서열번호 11 및/또는 서열번호 12로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID 28052 계통; 서열번호 13 및/또는 서열번호 14로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID 28053 계통; 서열번호 15 및/또는 서열번호 16으로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID 28057 계통; 서열번호 17 및/또는 서열번호 18로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11377 계통; 서열번호 19 및/또는 서열번호 20으로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11378 계통;서열번호 21 및/또는 서열번호 22로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11379 계통; 서열번호 23 및/또는 서열번호 24로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11381 계통; 서열번호 25 및/또는 서열번호 26으로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11383 계통; 서열번호 27 및/또는 서열번호 28로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11384 계통; 서열번호 29 및/또는 서열번호 30으로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11386 계통; 서열번호 31 및/또는 서열번호 32로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11387 계통; 서열번호 33 및/또는 서열번호 34로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11388 계통; 서열번호 35 및/또는 서열번호 36으로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11389 계통; 서열번호 37 및/또는 서열번호 38로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11390 계통; 서열번호 39 및/또는 서열번호 40으로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11393 계통; 서열번호 41 및/또는 서열번호 42로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11395 계통; 서열번호 43 및/또는 서열번호 44로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11396 계통; 서열번호 45 및/또는 서열번호 46으로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11397 계통; 서열번호 47 및/또는 서열번호 48로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11400 계통; 서열번호 49 및/또는 서열번호 50으로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11402 계통; 서열번호 51 및/또는 서열번호 52로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11403 계통; 서열번호 53 및/또는 서열번호 54로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11405 계통; 서열번호 55 및/또는 서열번호 56으로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11406 계통; 서열번호 57 및/또는 서열번호 58로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11407 계통; 서열번호 59 및/또는 서열번호 60으로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11416 계통; 서열번호 61 및/또는 서열번호 62로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11419 계통; 서열번호 63 및/또는 서열번호 64로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11420 계통; 서열번호 65 및/또는 서열번호 66으로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11471 계통; 서열번호 67 및/또는 서열번호 68로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11472 계통; 서열번호 69 및/또는 서열번호 70으로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11474 계통; 서열번호 71 및/또는 서열번호 72로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11475 계통; 서열번호 73 및/또는 서열번호 74로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11476 계통; 서열번호 75 및/또는 서열번호 76으로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11477 계통; 서열번호 77 및/또는 서열번호 78로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11478 계통; 서열번호 79 및/또는 서열번호 80으로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11716 계통; 서열번호 81 및/또는 서열번호 82로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11717 계통; 서열번호 83 및/또는 서열번호 84로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11721 계통; 서열번호 85 및/또는 서열번호 86으로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11722 계통; 서열번호 87 및/또는 서열번호 88로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11723 계통; 서열번호 89 및/또는 서열번호 90으로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11729 계통; 서열번호 91 및/또는 서열번호 92로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_11731 계통; 서열번호 93 및/또는 서열번호 94로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_28026 계통; 서열번호 95 및/또는 서열번호 96으로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_28028 계통; 서열번호 97 및/또는 서열번호 98로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNU_28066 계통; 및/또는 서열번호 99 또는 서열번호 100으로 기재되는 폴리뉴클레오티드는 Accession ID CNV 계통으로 구분하기 위한 것일 수 있다.
보다 구체적으로, 서열번호 1로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 2로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID 10068 계통; 상기 서열번호 3으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 4로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우, Accession ID 10069 계통; 상기 서열번호 5로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 6으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID 10071 계통; 상기 서열번호 7로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 8로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID 10073 계통; 상기 서열번호 9로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 10으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID 26015 계통; 상기 서열번호 11로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 G인 경우 또는 서열번호 12로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID 28052 계통; 상기 서열번호 13으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 14로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우, Accession ID 28053 계통; 상기 서열번호 15로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우 또는 서열번호 16으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID 28057 계통; 상기 서열번호 17로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 18로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우, Accession ID CNU_11377 계통; 상기 서열번호 19로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우 또는 서열번호 20으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우, Accession ID CNU_11378 계통; 상기 서열번호 21로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 22로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우, Accession ID CNU_11379 계통; 상기 서열번호 23으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 24로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 G인 경우, Accession ID CNU_11381 계통; 상기 서열번호 25로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 26으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우, Accession ID CNU_11383 계통; 상기 서열번호 27로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우 또는 서열번호 28로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우, Accession ID CNU_11384 계통; 상기 서열번호 29로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 30으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우, Accession ID CNU_11386 계통; 상기 서열번호 31로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 G인 경우 또는 서열번호 32로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우, Accession ID CNU_11387 계통; 상기 서열번호 33으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 34로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11388 계통; 상기 서열번호 35로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 36으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우, Accession ID CNU_11389 계통; 상기 서열번호 37로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 38로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 G인 경우, Accession ID CNU_11390 계통; 상기 서열번호 39로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 40으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우, Accession ID CNU_11393 계통; 상기 서열번호 41로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 42로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11395 계통; 상기 서열번호 43으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 44로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11396 계통; 상기 서열번호 45로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우 또는 서열번호 46, Accession ID CNU_11397 계통; 상기 서열번호 47로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 48로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11400 계통; 상기 서열번호 49로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 50으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11402 계통; 상기 서열번호 51로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우 또는 서열번호 52로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11403 계통; 상기 서열번호 53으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 54로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11405 계통; 상기 서열번호 55로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 56으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우, Accession ID CNU_11406 계통; 상기 서열번호 57로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 58로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우, Accession ID CNU_11407 계통; 상기 서열번호 59로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 60, Accession ID CNU_11416 계통; 상기 서열번호 61로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 G인 경우 또는 서열번호 62로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 G인 경우, Accession ID CNU_11419 계통; 상기 서열번호 63으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 64로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우, Accession ID CNU_11420 계통; 상기 서열번호 65로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 66으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11471 계통; 상기 서열번호 67로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우 또는 서열번호 68로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11472 계통; 상기 서열번호 69로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 70으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11474 계통; 상기 서열번호 71로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 72로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11475 계통; 상기 서열번호 73으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 74로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우, Accession ID CNU_11476 계통; 상기 서열번호 75로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 76으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우, Accession ID CNU_11477 계통; 상기 서열번호 77로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 78로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11478 계통; 상기 서열번호 79로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 80으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11716 계통; 상기 서열번호 81로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 G인 경우 또는 서열번호 82로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우, Accession ID CNU_11717 계통; 상기 서열번호 83으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우 또는 서열번호 84로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우, Accession ID CNU_11721 계통; 상기 서열번호 85로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 86으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우, Accession ID CNU_11722 계통; 상기 서열번호 87로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 88로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우, Accession ID CNU_11723 계통; 상기 서열번호 89로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우 또는 서열번호 90으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11729 계통; 상기 서열번호 91로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 92로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우, Accession ID CNU_11731 계통; 상기 서열번호 93으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 94로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우, Accession ID CNU_28026 계통; 상기 서열번호 95로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우 또는 서열번호 96, Accession ID CNU_28028 계통; 상기 서열번호 97로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 98로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우, Accession ID CNU_28066 계통; 및/또는 상기 서열번호 99로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 100, Accession ID CNV 계통으로 구분하는 것일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
본 발명의 또 다른 하나의 양태는 계통 특이적 SNP를 포함하는 10bp 내지 1000bp 중 어느 하나의 영역을 추출하는 단계; 상기 10bp 내지 1000bp 중 어느 하나의 영역에 상응하는 영역으로서 둘 이상의 계통에 포함되는 영역의 서열을 정렬(align)하는 단계; 상기 10bp 내지 1000bp 중 어느 하나의 영역에서 계통 간에 5% 내지 100%의 변이가 나타나는 위치는 A, T, C, 및 G 이외의 문자로 대체하여 출력하는 단계; 및 상기 10bp 내지 1000bp 중 어느 하나의 영역 내에서 상기 A, T, C, 및 G가 아닌 문자로 대체되는 비율이 0% 내지 20%인 경우에 상기 영역에 대한 프라이머 마커를 구성하는 단계를 포함하는, 배추 계통 특이적 마커 선정 방법을 제공한다.
일 구현 예로, 상기 배추 계통 특이적 마커 선정 방법은 계통 특이적 SNP를 포함하는 400bp 내지 600bp 중 어느 하나의 영역을 추출하는 단계; 상기 400bp 내지 600bp 중 어느 하나의 영역에 상응하는 영역으로서 둘 이상의 계통에 포함되는 영역의 서열을 정렬(align)하는 단계; 상기 400bp 내지 600bp 중 어느 하나의 영역에서 게통 간에 20% 내지 100%의 변이가 나타나는 위치는 N으로 대체하여 출력하는 단계; 및 상기 400bp 내지 600bp 중 어느 하나의 영역에서 상기 N으로 대체되는 비율이 0% 내지 10%인 경우에 상기 영역에 대한 프라이머 마커를 구성하는 단계를 포함하는 것인, 배추 계통 특이적 마커 선정 방법일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
일반적인 마커 선정은 계통 간의 변이를 반영하지 못하여 이에 대한 프라이머 마커를 제작할 수 없는 단점이 있다. 이에, 본 발명의 배추 계통 특이적 마커 선정 방법은 계통 간에 5% 내지 100%의 변이가 나타나는 위치는 A, T, C, 및 G 이외의 문자로 대체함으로써, 기존의 단점을 극복하였다.
일 구현 예로, 상기 배추 계통 특이적 마커 선정 방법은 배추 계통간의 프라이머 부착 영역 변이를 반영하는 것인, 방법일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
본 발명의 배추의 계통 구분용 마커를 이용하여 환경에 영향받지 않고 배추의 엘리트 라인을 선별함과 동시에 배추 종자 순도의 대량 검증이 가능하게 되어, 우수한 품질을 갖는 배추를 선별적으로 재배할 뿐만 아니라, 배추 재배 비용 및 기간을 단축을 기대할 수 있다.
도 1은 배추 핵심 집단의 유전체 재분석을 위하여 구축한 파이프라인을 나타낸 도이다.
도 2는 배추의 핵심 집단 내에서 식별된 SNP를 대상으로 계통 특이적인 SNP를 식별하고 최종적으로 계통 구분용 KASP 마커 디자인의 수행을 위해 구성한 작업 체계를 나타낸 도이다.
도 3은 계통 특이적 SNP를 식별한 과정 및 결과를 나타낸 도이다.
도 4는 파이프라인의 개선을 나타낸 도이다.
도 5 내지 도 11은 배추 계통을 구분하기 위한 마커검증 결과를 나타낸 도이다.
도 12 및 도 13은 상기 겸증 결과를 표로 나누어 나타낸 도이다.
도 2는 배추의 핵심 집단 내에서 식별된 SNP를 대상으로 계통 특이적인 SNP를 식별하고 최종적으로 계통 구분용 KASP 마커 디자인의 수행을 위해 구성한 작업 체계를 나타낸 도이다.
도 3은 계통 특이적 SNP를 식별한 과정 및 결과를 나타낸 도이다.
도 4는 파이프라인의 개선을 나타낸 도이다.
도 5 내지 도 11은 배추 계통을 구분하기 위한 마커검증 결과를 나타낸 도이다.
도 12 및 도 13은 상기 겸증 결과를 표로 나누어 나타낸 도이다.
이하 본 발명을 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나 이들 실시예는 본 발명을 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 국한되는 것은 아니다.
실시예 1: 핵심 집단의 기원지 및 작형 분류
실시예 1-1: 핵심 집단의 기원지 조사
동아시아 지역에서 수집된 현대 배추 육종에서 활용되는 계통 및 유전자원 156점을 활용하여 배추의 핵심 집단을 구성하였다. 종래에 핵심 집단의 계통에 대한 고찰이 이루어진 바 없어 SNP 식별을 위하여 핵심 집단 내 계통의 기원지 정보를 조사하였다. 이에 따라, 핵심 집단은 크게 국내(76개 계통), 중국계(58개 계통), 비 배추형(16개 계통), 및 일본계(6개 계통) 순으로 이루어지며, 국내 및 중국계 유전자원이 핵심 집단 내에서 큰 비중을 차지하고 있음을 확인하였다.
상기 국내 계통(76개 계통)은 국내 재래종(5개 계통) 및 국내 육종 회사 공여 계통(71개 계통)으로 구분되며, 상기 국내 육종 회사 공여 계통(71개 계통)에 대한 정보를 구체화하고 개별적 설문을 진행한 결과, 부모본으로 활용된 계통 정보, 기원지, 도입 시기, 및 개발시기, 배추의 작형, 뿌리 혹병 병저항성 유무와 같은 농업적 특성을 확인하였다. 이에 따라, 현재 보유한 국내 육성 계통은 봄과 가을작형이 많은 것으로 나타났다.
상기 중국계 계통(58개 계통)은 한국에서 육성되고 있는 배추의 기원으로서, 계통명, 사진 자료, 및 표현형 조사 결과로 분류를 수행한 결과, 중국계 계통은 북방계(10개 계통), 산동계(1개 계통), 및 남방계(5개 계통)로 분류됨을 확인하였다.
실시예 1-2: 핵심 집단의 기원에 대한 육종 관련 정보 확보
핵심 집단은 배추의 상업적인 육종이 시작된 19세기 말 이후 육성된 계통, 동아시아 전역의 지역 재래종, 및 현행 국내 육종자원을 통합한 유전자원이다. 중국의 지역 재래종들은 한국 및 일본으로 유입되었고, 1920년에 결구형질이 고정된 계통군이 일본에서 나타났다. 수량 및 수송성이 우수한 일본 계통은 1950년 이후 F1 하이브리드(hybrid)를 활용한 식량 증산에 초점이 맞춰진 한국의 육종 프로그램에서 부모본으로서 적극적으로 활용되었다. 이후, 봄여름 작기에서의 추대 억제, 여름 작기에서의 생산을 위한 내서성, 배추 생산을 위한 저해요인으로 알려진 뿌리혹병 저항성 도입등과 같이 재배가능 환경의 확대와 수량 증대를 위해 시기별로 새로운 해외 유전자원을 도입하거나 분리계를 선발하여 현재의 국내 배추 계통군이 구성됨을 확인하였다.
실시예 2: 핵심 집단의 유전체 재분석을 위한 파이프라인 구축
유전체 재분석을 위하여, (1)원시 데이터인 NGS 데이터 생성(Preparing NGS data), (2)데이터 전처리 및 표준 유준체 상에 리드 정렬(Read preprocessing and alignment), (3)정렬 결과 편집(Bam file modification), 및 (4)유전변이 추출(Variant calling)의 네 단계로 구분하여 진행하였다(도 1).
(1) 원시 데이터인 NGS(Next-Generation Sequencing) 데이터 생성(Preparing NGS data)
Illumina NovaSeq 및 HiSeq platform으로 paired-end sequencing이 수행된 156개 NGS 데이터를 분석 대상으로 하였으며, 이 과정에서 생성된 FASTQ 형식으로 저장된 파일을 원시 데이터로 하였다. 계통별 변이 탐색에 활용하기 위한 배추의 표준 유전체로 Brassica rapa spp. pekinensis (ver 3.0)을 이용하였다.
(2) 데이터 전처리 및 표준 유전체 상에 리드 정렬(Read preprocessing and alignment)
데이터 전처리 과정은 원시데이터의 정확도를 증가시키는 과정이다. 구체적으로, 생성된 FASTQ 파일은 해독한 염기의 정확도(quality score 또는 error rate)를 포함하므로, Fast QC(v.0.11.8)를 통해 계통별 리드(read) 서열의 정확도 및 어댑터(adaptor) 서열의 존재 유무를 확인하였으며, Trimmomatic(v.0.36)를 통해 오류 확률이 높은 영역 및 어댑터 서열이 나타난 리드들을 제거함으로써 염기서열의 정확도를 관리하였다.
리드 정렬 단계는 유전 변이를 포함하는 리드들을 표준 유전체의 염기 서열과 비교하여 리드의 염기서열과 일치하는 위치를 표준 유전체 염기 서열에서 찾는 과정이다. 이를 위하여, BWA(v.0.7.17-r1188)을 활용하여 리드의 표준 유전체 상에서 정렬(alignment)을 수행하였다. 리드들의 정렬 결과는 SAM(sequence alignment map) 형식으로 저장하였다.
(3) 정렬 결과 편집(Bam file modification)
본 과정은 정렬 후속 과정으로서 변이를 추출하기에 앞서 정렬된 결과를 염색체별로 분류하고 PCR 과정에서 발생하는 인공적 결함(artifact)을 제거하기 위한 단계이다. 이를 위하여, samtools(v.1.9)를 이용하여 정렬 결과인 SAM 파일을 BAM 포맷으로 전환하고, 정확한 정렬의 가능성을 의미하는 MAPQ가 30 이하(-q30)인 리드 서열을 제거하였다. 또한, picard-tools의 MarkDuplicates 옵션을 이용하여 정렬된 리드들 중 PCR duplicate를 제거하였다.
이후, 상기 정렬 후속 과정의 일종으로 Indel(Insertion or Deletion) 영역에 정렬된 리드의 재정렬을 수행하였다. 구체적으로, GATK package (v.3.7)의 RealignerTargetCreator 옵션으로 유전체 어셈블리(genome assembly)상에 리드가 정렬된 영역 상에서 indel 위치를 식별하고 IndelRealigner 해당 위치의 리드에 대한 정렬을 재 수행하였다.
한편, picard-tools의 AddOrReplaceReadGroups 기능으로 각 계통별 파일에 계통 ID 정보를 BAM 파일의 리드군에 부여하였다.
(4) 유전변이 추출(Variant calling)
1) 각 계통의 BAM 파일로부터 변이 정보 생성
유전변이 추출 단계는 정렬, 정렬 후속 과정 및 염기 정확도 재 보정 등을 수행한 후, 리드들의 BAM/SAM 파일을 통합하여 SNP/Indel 영역을 찾는 과정이다. 이를 위하여 본 발명자들은 bcftools(v.1.9)의 mpileup 및 call 기능을 파이프로 연결한 명령어를 통해 계통별 BAM 파일로부터 변이 정보를 VCF 포맷으로 구성하였다. bcftools(v.1.9)의 filter 옵션으로 상기 VCF 파일을 계통의 깊이(depth)에 따라 30X 이상 및 30X 미만으로 구분하여 필터링하였다. 깊이는 유전체에서 각 염기가 리드에 의해 평균적으로 시퀀싱되어 규명된 정도를 의미한다.
2) 계통 개별적 변이 정보의 통합 및 집단 SNP의 필터링
본 발명자들은 변이 정보를 통합하기 위해, 계통별로 구성한 VCF 파일들을 In-house perl script로 취합하여 배추 156개 계통이 이루는 집단에서 나타날 수 있는 모든 SNP 위치를 식별하고 이를 텍스트 파일로 저장하였다. 이후, bcftools(v.1.9)의 mpileup 및 call 기능을 파이프로 연결한 명령어에 156개 계통의 bam 파일과 집단 SNP 위치 정보를 입력하여 집단에 대한 공동 변이 추출(joint variant calling)을 수행하였다.
한편, 변이 추출을 통해 얻은 SNP/Indel은 모듀 유의한 유전변이로 간주하기 어려우므로, 필터링을 통해 거짓 양성에 해당하는 SNP/Indel을 제거하고 유의한 SNP/Indel을 도출하는 과정을 수행하였다. 구체적으로, vcftools(v.0.1.13)을 통해 집단 내에서 다-대립형질의(multi-allelic) SNP가 나타나는 위치를 필터링하고 깊이가 3 이하인 유전형은 결측값(missing value)으로 변환하였다. plink(v.1.90b6.9)의 기능으로 maf(minium allele frequency) 0.05 미만, 결측률(missing rate) 10% 이상의 SNP 위치를 필터링하였다. Tassel 5.0 GUI software를 통해 heterozygous allele 비율이 10% 이상인 SNP를 필터링하였으며, plink(v.1.90b6.9)를 활용하여 LD pruning을 수행하였다(Sliding window 50 SNPs, Step:5 R2 ≥0.3).
그 결과, 핵심 집단을 구성하는 NGS 데이터의 배추 genome assembly ver 3.0와 대비하여 발굴을 통해 348,130개의 SNP 변이 위치를 식별하였다. 해당 결과는 핵심 집단의 유전체 구조 추정, 계통 특이적 SNP 식별, SNP 검증, 및 유전형 분석(genotyping)을 위한 프라이머 디자인에 활용되었다.
실시예 3: 계통 특이적 마커 개발
핵심 집단 내에서 식별된 SNP를 대상으로 계통 특이적인 SNP를 식별하고 최종적으로 계통 구분용 KASP 마커 디자인의 수행을 위한 작업 체계를 구성하였다(도 2)
계통 특이적 SNP 마커를 식별하기 위해, 실시예 2에 의해 배추 핵심 집단 내의 SNP를 식별 및 이에 대한 계통별 유전형을 확인한 이후, 동일한 SNP 변이 위치에 대한 계통간의 비교를 수행하였다. 전체 집단 내에서 특정 계통만이 보유한 자체적인 SNP들의 스크리닝을 위한 알고리즘을 In-house perl script로 구현하였다.
In-house perl script는 VCF 파일의 유전형 정보를 활용하며, VCF 파일 내에 기재된 각 SNP 위치에 대해 집단 내의 오직 한 계통에서만 동형접합 유전자(alternative homozygous allele)가 나타나는 SNP를 확인하였다. 집단 내 SNP 위치의 유전형들 중 이형접합 대립유전자(heterozygous allele)가 하나 이상 나타난 경우 해당 SNP를 제외하였다.
개발한 스크립트로 시퀀싱 깊이 30X 이상(98개 계통) 및 이하(58개 계통) 그룹에서 각각 71,513개 및 26,395개의 계통 특이적 SNP를 식별하였다. 그룹 간 공통 SNP인 4,197개를 제외하여 156개 계통 전체에 대한 89,478개의 계통 특이적 SNP를 최종 식별하였다(도 3).
한편, Genome assembly 상의 위치정보를 활용하여 계통 특이적 SNP를 염색체 별로 집계하여 이를 시각화하였다. 이러한 시각화를 통해 계통 별로 육종에 기피되거나 반영도가 낮은 유전적 영역의 추정도 기대할 수 있다.
이후, 핵심 집단 내의 계통에 나타난 모든 계통 특이적 SNP의 실질적인 마커 전환 가능성 평가를 수행하였다. 평가는 계통 특이적인 SNP 자체 및 SNP 인접 서열의 특성을 고려하여 진행하였으며 작업에서 고려한 요인 및 수행방법은 다음과 같다.
구체적으로, BLASTN을 통해 SNP 인접서열(SNP 좌우 250bp)의 배추 표준 유전체 상에서의 중복된 빈도 및 수준 확인을 고려하였다. samtools의 faidx 옵션으로 SNP 위치의 좌우 250 bp에 해당하는 영역을 추출 및 fasta 파일로 저장하고, 계통 특이적 SNP를 포함한 501bp 서열을 BLASTN으로 배추 genome assembly 상에 맵핑(mapping) 후 이를 집계하였다. 배추 genome assembly ver 3.0에서 제공한 transposon element(TE) 관련 gff 상에 기재된 총 201,261개의 반복 식별 영역 상에 계통 특이적 SNP의 존재 유무 및 SNP 인접서열이 중첩되는 수준의 평가하였다. tabix(v.0.2.5)로 계통 특이적 SNP만을 포함하는 vcf 파일을 indexing 하고, tabix(v.0.2.5)로 모든 TE 영역 범위 내에 나타난 계통 특이적 SNP 및 이를 보유한 계통명을 확인하며, In-house script로 SNP 인접서열 (501bp)의 추출영역과 TE 식별 영역의 overlapped length를 계산하였다. In-house script로 배추 핵심 집단 SNP의 vcf 파일에서 계통별 genotype을 기재한 정보 중 계통 특이적 SNP 그룹만의 genotype depth 정보만을 추출 후 정리하였다. 이후, snpEFF(v.4.3t)를 활용하여 계통 특이적 SNP들의 annotation을 수행하여 SNP의 유전자 구조상의 발생 위치 및 효과를 판별하였다.
NGS 분석을 통한 표준 유전체 기반 전장유전체 재분석을 수행하여, 139개 계통에서 계통 특이적 SNP 16,962개를 산출하였다. 그 결과는 하기 표 2와 같다.
| 통계(Statistics) |
시퀀싱 플랫폼
(Sequencing platform) |
전체(Total) | ||
| HiSeq | NovaSeq | |||
| 계통 수(Number of accessions) | 60 | 96 | 156 | |
| 시퀀싱 사이즈(Sequencing size) (Tbp) | 0.31 | 2.82 | 3.13 | |
| 깊이(Depth)(X) | 평균(Mean) | 10.34 | 58.73 | 40.12 |
| 중간(Median) | 7.06 | 57.88 | 50.98 | |
| 최대(Max) | 78.03 | 94.62 | 94.62 | |
| 최소(Min) | 2.65 | 36.61 | 2.65 | |
실시예 4: KASP 마커 개발을 위한 파이프라인의 개선
KASP 프라이머의 경우 단일 집단을 이루는 개체들의 유전자형 분류에 주로 활용되나, 기존 방법에서는 실제 프라이머 부착 영역의 계통간의 변이가 반영되지 않았던 것을 확인하였다. 이에, 각 계통에서 모든 계통의 변이가 반영된 공통 서열(consensus sequence)을 계통 특이적 SNP를 포함하는 501bp 길이의 영역을 추출한 이후, 이를 multiple sequence alignment(MSA) 처리하여 집단 내에서 일정 비율의 계통이 변이를 보이는 영역을 계산하는 과정을 추가하였다.
다중 정렬(Multiple alignment) 결과로부터 집단에 대한 공통 서열(consensus sequence)을 추출하는 과정에서, 집단 내에서 10% 이상의 변이가 나타나는 위치는 N으로 대체되어 출력되도록 하였다.
최종적으로 LGC에서 제공하는 KASP 프라이머 작성을 위한 인풋 서열(input sequence)의 양식에 맞게 게통 특이적 SNP가 위치하는 251번째 염기는 표준 유전체에서의 염기와 발생한 SNP 염기를 [REF/ALT] 형식으로 표기하여 최종 서열을 구성하였다. 본 파이프라인의 개선은 도 4에 모식도로 나타내었다.
실시예 5: 계통 특이적 변이 검증
상기 실시예 2 내지 4에 의해 식별된 계통 특이적 변이의 검증을 위한 계통 선발을 실시하였다. 개선된 파이프라인을 활용하여 국내육종계통 및 국내 배추 육종사에서 초기에 도입된 계통을 중심으로 한 50개 계통에 대하여 KASP 마커 개발에 활용될 공통 서열(consensus sequence)를 도출하였다. 선별된 10개의 계통은 하기 표 2에 나타내었다.
| # | Geographic origin | Accession ID | Description |
| 1 | Chinese | 10073 | 09-FK31(개성배추) |
| 2 | 28052 | 직예 | |
| 3 | Early accessions | 10068 | 09-FK15(AVRDCACC) |
| 4 | 10069 | 09-FK16(춘파야기) | |
| 5 | 10071 | 09-FK21(노백3호) | |
| 6 | 26015 | B1 | |
| 7 | 28053 | 50일 | |
| 8 | 28057 | 핵배추 | |
| 9 | CNU_11381 | GWGP | |
| 10 | CNU_11384 | MP | |
| 11 | CNU_11395 | GRYR | |
| 12 | CNU_11397 | WWH2 | |
| 13 | CNU_11419 | HKC-006 | |
| 14 | CNU_11716 | CHW-1 | |
| 15 | CNU_11721 | Tro-St-A | |
| 16 | CNU_11729 | 11-3B 91, 원교20034호 | |
| 17 | CNU_11731 | 11-3B 93, 원교20036호 | |
| 18 | CNU_28026 | 北京菊心/F7-8 내혼계 | |
| 19 | CNU_28028 | 改良?*3/F7-8 | |
| 20 | CNU_28066 | Z062280 / 내혼계 | |
| 21 | Korean breeding lines | CNU_11377 | CR702 (Server ID: M7) |
| 22 | CNU_11378 | BA1호 | |
| 23 | CNU_11379 | CR-GJ | |
| 24 | CNU_11383 | DP | |
| 25 | CNU_11386 | CG2 | |
| 26 | CNU_11387 | OHCR | |
| 27 | CNU_11388 | GNJ*NRB | |
| 28 | CNU_11389 | CR-NRIB | |
| 29 | CNU_11390 | CRWDD | |
| 30 | CNU_11393 | GRYR | |
| 31 | CNU_11396 | CR-SRN | |
| 32 | CNU_11400 | C-16 | |
| 33 | CNU_11402 | C-21 | |
| 34 | CNU_11403 | C-22 | |
| 35 | Korean breeding lines |
CNU_11405 | C-25 |
| 36 | CNU_11406 | C-26 | |
| 37 | CNU_11407 | C-27 | |
| 38 | CNU_11416 | HKC-003 | |
| 39 | CNU_11420 | HKC-007 | |
| 40 | CNU_11471 | 11수-1, 3M불M-258-1 | |
| 41 | CNU_11472 | 11수-2, 3M불M-528-1 | |
| 42 | CNU_11474 | 11수-4, 3M-188-1 | |
| 43 | CNU_11475 | 11수-5, 3M-17-1 | |
| 44 | CNU_11476 | 11수-6, SR-5-1 | |
| 45 | CNU_11477 | 11수-7, VC1-1 | |
| 46 | CNU_11478 | 11수-8, SR6불68-1M-2 | |
| 47 | CNU_11717 | S55 | |
| 48 | CNU_11722 | Tro-Jb | |
| 49 | CNU_11723 | TR-3 | |
| 50 | CNV | 94SK |
Sanger sequencing을 통한 계통 특이적 변이 검증을 위한 변이 선발 및 프라이머 세트를 디자인한 후, SNP 평가 결과를 반영하여 계통 각각에 대하여 2개의 SNP에 대한 검증용 프라이머를 선발하였으며, 선발된 10개 계통 특이적 SNP에 대한 평가 결과에서 SNP 인접 서열이 배추 genome assembly 상에 복제(duplication)가 없는 SNP를 선택하였고, 계통 특이적 SNP가 genome assembly 상에 반복 영역 내에 위치하거나, SNP 인접서열이 반복 영역과 중첩이 나타나는 SNP의 경우 프라이머 구성 대상에서 제외하였다.
인접 염기 서열을 SNP 위치 전후 250bp씩, 총 501bp 중 251번째에 위치하는 SNP를 타겟으로 하여 이를 검증하기 위한 프라이머를 제작하였다. SNP들의 인접서열(501bp)로 primer3을 활용하여 각 인접서열에서 프라이머를 구성하였으며, 조건은 i) 프라이머는 인접염기서열상의 251bp에 위치하는 SNP를 타겟으로 함; ii) SNP 기준 좌우 50bp 영역에서 프라이머 서열이 제작되지 않도록 마스킹(masking); 및 iii) 프라이머의 product 사이즈는 300~350bp로 설정하였다. 상기 기준으로 구성한 프라이머 세트를 이용하여 엑손, 인트론, 5'UTR 순으로하여, SNP 발생 위치가 같은 경우 SNP를 지지하는 리드의 깊이가 높은 것을 선택함으로써 프라이머 세트를 선발하여 검증하였다.
관련하여, Primer3의 SEQUENCE_FORCE_LEFT_END 옵션을 활용하여 변이 위치를 forward primer sequence의 3' 말단에 고정하여 50개 계통별로 서로 다른 특이적 SNP를 targeting하는 KASP 마커를 구성하였다. 목표로 하는 변이 위치에 대하여 경쟁적으로 증폭 반응이 이루어지는 KASP 마커의 특성에 따라 계통 특이적 SNP의 reference allele과 alternative allele에 대한 각각에 대한 primer와 common primer를 구성하였다.
또한, 상기 표 2의 50개 계통에서 특이적으로 확인된 SNP(각2개)를 Exon 영역에서 선발하여 배추 표준유전체 상의 총 100개 SNP 위치를 대상으로 공통 서열(consensus sequence)을 구성하고 계통 특이적 SNP 5’ 방향 혹은 3‘ 방향 중에서 적어도 한쪽의 20bp 내에 N이 없는 서열을 선별하여 KASP 마커의 제작 가능 여부를 확인하였다.
KASP 프라이머의 합성이 불가능한 계통 특이적 SNP에 해당하는 계통의 다른 후보 SNP를 대상으로 추가적인 공통 서열(consensus sequence)을 구성하여 KASP 프라이머의 합성 가능 여부를 재검토하였다.
그 결과, 전반적으로 핵심집단에 대한 계통 특이적 SNP를 포함하는 consensus sequence에 N으로 masking된 변이가 심한 영역의 비율이 0%에 근접한 경우 KASP 프라이머의 구성이 가능하였다. 비록 N이 차지하는 비율이 상대적으로 높더라도 프라이머의 개발이 가능한 위치 주변에 N이 나타나지 않는 경우 KASP 프라이머의 구성이 가능하였다. 또한, 핵심집단으로부터 얻은 consensus sequence 상에 N이 계통특이적 SNP의 인접 영역에 매우 가깝게 위치하거나, common 프라이머가 구성되어야 할 영역 상에 고르게 분포하는 경우, consensus sequence로부터 KASP 프라이머의 구성이 불가능하였다.
이와 같은 결과에 따라, 표 2의 50 계통에 대한 SNP 및 KASP 마커 서열을 확인하였다.
상기 KASP 마커 세트로 본 발명의 SNP를 검증한 결과, 계통 특이적인 마커로서의 효과가 확인되었으며, 각 계통을 판별하기 위한 SNP를 포함하는 서열은 표 4 및 서열번호 1 내지 100에 나타내었다.
| 서열 번호 |
Accession ID | 염색체 | 위치 | 참조서열 | 변이서열(SNP) | N 비율 (Proportion of maksed sequence) |
| 1 | 10068 | A03 | 31602084 | G | A | 1.58 |
| 2 | 10068 | A05 | 26008963 | C | T | 1.19 |
| 3 | 10069 | A03 | 2749049 | C | T | 0.4 |
| 4 | 10069 | A05 | 4038976 | G | C | 0.99 |
| 5 | 10071 | A05 | 1431680 | C | T | 0.59 |
| 6 | 10071 | A05 | 16986953 | G | T | 0.59 |
| 7 | 10073 | A02 | 15835843 | C | A | 0.4 |
| 8 | 10073 | A07 | 28472804 | G | T | 0.99 |
| 9 | 26015 | A06 | 247236 | G | T | 0.4 |
| 10 | 26015 | A10 | 16000622 | A | T | 0 |
| 11 | 28052 | A04 | 6304633 | A | G | 0.99 |
| 12 | 28052 | A05 | 5353523 | G | T | 0.99 |
| 13 | 28053 | A01 | 3232453 | C | T | 0 |
| 14 | 28053 | A08 | 11057296 | A | C | 2.57 |
| 15 | 28057 | A05 | 26036923 | T | C | 2.57 |
| 16 | 28057 | A06 | 246527 | C | T | 1.19 |
| 17 | CNU_11377 | A06 | 20416979 | C | T | 1.19 |
| 18 | CNU_11377 | A07 | 27815519 | G | C | 0.79 |
| 19 | CNU_11378 | A02 | 30120610 | T | C | 0 |
| 20 | CNU_11378 | A06 | 23619289 | C | A | 0.99 |
| 21 | CNU_11379 | A03 | 15694374 | C | T | 1.98 |
| 22 | CNU_11379 | A06 | 18323436 | T | C | 1.39 |
| 23 | CNU_11381 | A01 | 14908732 | C | T | 4.55 |
| 24 | CNU_11381 | A01 | 17612012 | A | G | 0.2 |
| 25 | CNU_11383 | A05 | 15472735 | G | A | 0 |
| 26 | CNU_11383 | A08 | 2334823 | G | C | 2.97 |
| 27 | CNU_11384 | A04 | 8255441 | G | C | 2.18 |
| 28 | CNU_11384 | A06 | 22239277 | A | C | 1.98 |
| 29 | CNU_11386 | A06 | 11226932 | C | A | 0.79 |
| 30 | CNU_11386 | A06 | 17925877 | G | A | 0.99 |
| 31 | CNU_11387 | A02 | 13906384 | T | G | 0 |
| 32 | CNU_11387 | A08 | 1565662 | G | A | 2.18 |
| 33 | CNU_11388 | A04 | 19029387 | G | A | 0.99 |
| 34 | CNU_11388 | A05 | 763454 | C | T | 2.18 |
| 35 | CNU_11389 | A01 | 6252495 | G | A | 0 |
| 36 | CNU_11389 | A01 | 9739191 | T | C | 0.2 |
| 37 | CNU_11390 | A02 | 18358924 | A | T | 0.59 |
| 38 | CNU_11390 | A03 | 33509930 | T | G | 0 |
| 39 | CNU_11393 | A03 | 15589782 | G | A | 0.99 |
| 40 | CNU_11393 | A06 | 10596329 | T | C | 3.17 |
| 41 | CNU_11395 | A01 | 1402383 | G | A | 3.76 |
| 42 | CNU_11395 | A04 | 15470374 | G | T | 0.2 |
| 43 | CNU_11396 | A02 | 1518268 | G | A | 0.99 |
| 44 | CNU_11396 | A06 | 1669867 | G | T | 0.2 |
| 45 | CNU_11397 | A03 | 14753296 | T | C | 11.09 |
| 46 | CNU_11397 | A07 | 22876263 | A | G | 4.37 |
| 47 | CNU_11400 | A05 | 12945933 | G | A | 0.59 |
| 48 | CNU_11400 | A05 | 20709296 | G | T | 1.19 |
| 49 | CNU_11402 | A06 | 28145619 | C | A | 2.97 |
| 50 | CNU_11402 | A09 | 18253675 | A | T | 0.2 |
| 51 | CNU_11403 | A01 | 23320077 | T | C | 0.4 |
| 52 | CNU_11403 | A10 | 20676481 | C | T | 0 |
| 53 | CNU_11405 | A02 | 27401105 | G | A | 2.57 |
| 54 | CNU_11405 | A10 | 298594 | C | T | 0 |
| 55 | CNU_11406 | A02 | 18137458 | G | A | 2.57 |
| 56 | CNU_11406 | A02 | 23925969 | G | A | 0 |
| 57 | CNU_11407 | A04 | 15470622 | C | T | 0.2 |
| 58 | CNU_11407 | A06 | 21293592 | T | A | 1.98 |
| 59 | CNU_11416 | A01 | 7153147 | G | T | 0 |
| 60 | CNU_11416 | A08 | 10824978 | C | G | 1.58 |
| 61 | CNU_11419 | A01 | 9438779 | A | G | 0.4 |
| 62 | CNU_11419 | A03 | 16231493 | T | G | 1.98 |
| 63 | CNU_11420 | A06 | 5292010 | C | T | 0.99 |
| 64 | CNU_11420 | A07 | 24053208 | T | C | 2.97 |
| 65 | CNU_11471 | A08 | 18876484 | G | A | 1.98 |
| 66 | CNU_11471 | A10 | 624214 | C | T | 0 |
| 67 | CNU_11472 | A06 | 17779964 | T | C | 0.59 |
| 68 | CNU_11472 | A06 | 8498897 | G | T | 0.99 |
| 69 | CNU_11474 | A03 | 15263925 | C | T | 0.79 |
| 70 | CNU_11474 | A05 | 14912857 | C | T | 5.74 |
| 71 | CNU_11475 | A02 | 7755981 | C | T | 0.59 |
| 72 | CNU_11475 | A03 | 12497418 | A | T | 2.77 |
| 73 | CNU_11476 | A02 | 15749847 | C | T | 0.4 |
| 74 | CNU_11476 | A03 | 21094882 | G | A | 1.19 |
| 75 | CNU_11477 | A05 | 208826 | A | T | 0.79 |
| 76 | CNU_11477 | A09 | 29809329 | C | A | 2.38 |
| 77 | CNU_11478 | A01 | 16406718 | G | A | 2.77 |
| 78 | CNU_11478 | A01 | 4823683 | G | T | 1.98 |
| 79 | CNU_11716 | A04 | 2921654 | G | T | 0.79 |
| 80 | CNU_11716 | A09 | 7042531 | C | T | 0.99 |
| 81 | CNU_11717 | A01 | 18902405 | A | G | 0.99 |
| 82 | CNU_11717 | A01 | 2802074 | T | C | 0.79 |
| 83 | CNU_11721 | A03 | 13053387 | T | C | 1.39 |
| 84 | CNU_11721 | A06 | 18921454 | T | C | 1.58 |
| 85 | CNU_11722 | A01 | 23594940 | C | T | 0.99 |
| 86 | CNU_11722 | A05 | 20610636 | T | C | 2.97 |
| 87 | CNU_11723 | A07 | 25206960 | A | T | 3.96 |
| 88 | CNU_11723 | A09 | 41429319 | C | A | 1.58 |
| 89 | CNU_11729 | A02 | 14410264 | G | C | 0.59 |
| 90 | CNU_11729 | A08 | 14363387 | G | T | 1.19 |
| 91 | CNU_11731 | A01 | 26243172 | G | T | 3.37 |
| 92 | CNU_11731 | A02 | 25013974 | T | A | 1.19 |
| 93 | CNU_28026 | A01 | 6397442 | G | T | 7.72 |
| 94 | CNU_28026 | A06 | 7998998 | C | A | 1.19 |
| 95 | CNU_28028 | A01 | 24619804 | G | C | 1.98 |
| 96 | CNU_28028 | A06 | 1183555 | A | G | 0 |
| 97 | CNU_28066 | A02 | 16787455 | G | A | 1.19 |
| 98 | CNU_28066 | A04 | 15515501 | G | A | 0.4 |
| 99 | CNV | A06 | 19681665 | G | A | 1.58 |
| 100 | CNV | A07 | 129048 | A | G | 0.2 |
또한, 서열번호 21 내지 80의 염기서열로 표현되는 본 발명의 KASP 마커들은 배추 계통에 특이적인 SNP를 반영하고 있는 마커들이므로, 본 발명의 SNP 마커와 마찬가지로 배추 계통을 구분할 수 있다.
실시예 6: 배추 계통 구분을 위한 SNP 마커 20종 최종 검증
실제로 본 발명의 마커들이 배추 계통을 구분할 수 있는지 여부를 확인하기 위해, 검증을 수행하였다. 구체적으로, NGS 분석을 통해 식별된 본 발명의 계통 특이적 SNP 및 이에 대한 KASP 마커 검증을 위하여 상기 SNP를 포함하는 배추 표준 유전체상 영역을 기반으로 개발한 KASP 마커 세트를 검정한 결과 실제 각 계통에서 계통 특이적 SNP가 나타나는지 확인하였다. 검증 결과는 도 5 내지 13에 나타내었다.
상기 결과로부터 본 발명의 서열번호 1 내지 내지 100은 계통 특이적 SNP 마커로서 계통을 특이적으로 구분할 수 있고, 서열번호 101 내지 400도 계통 특이적 KASP 마커로서 계통을 특이적으로 구분할 수 있음을 확인하였다.
이상의 설명으로부터, 본 발명이 속하는 기술분야의 당업자는 본 발명이 그 기술적 사상이나 필수적 특징을 변경하지 않고서 다른 구체적인 형태로 실시될 수 있다는 것을 이해할 수 있을 것이다. 이와 관련하여, 이상에서 기술한 실시예들은 모든 면에서 예시적인 것이며 한정적인 것이 아닌 것으로 이해해야만 한다. 본 발명의 범위는 상기 상세한 설명보다는 후술하는 특허 청구범위의 의미 및 범위 그리고 그 등가 개념으로부터 도출되는 모든 변경 또는 변형된 형태가 본 발명의 범위에 포함되는 것으로 해석되어야 한다.
<110> KOREA RESEARCH INSTITUTE OF BIOSCIENCE AND BIOTECHNOLOGY
The Industry & Academic Cooperation in Chungnam National University (IAC)
<120> Kompetitive Allele Specific PCR (KASP) marker set for seed purity
check of Chinese cabbage (Brassica rapa spp. pekinensis) and
methods for efficient marker development
<130> KPA211390-KR
<160> 400
<170> KoPatentIn 3.0
<210> 1
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 1
tatncgtcga ctctaaggtg gttttgggag gttatggcgc ngttgtctca gaggaggtca 60
tcattttccg atcgaggttc cgctgataca catattctcc ggcgaggcgt cttgtcatan 120
ggtgagcacg gggagaaaac cagtgtgtcg aaggggggtg tgagtggtgg accagcggat 180
atatcttcaa gggagaacaa tttgaatcta aagcaggcct gtgtcggaga tctgataccc 240
gaaaaggaaa gtccactata gcaacttact aaaaaccagc ggttaaagac caacatcgaa 300
gatggtgcct gggagaaacn tattataaag ttaagatgta gaagaaaaga aaattcagtg 360
tntttatatt ttaaaaaant attaaaaaat gtcagtaaga ccaatttttg ggtttacttg 420
gatattcatt ttacttttgt tttcgcaaat cattaatttt taagattgtt nagagaaggg 480
accgcttagc aatgnttgaa g 501
<210> 2
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<400> 2
caaagggtga ctatttggtg aanaacatag agttcttagg tccatgcaag ggtcccgtca 60
ctttcgaaat gagtggcaat atgaaagctc cngctacggt cgctgccgtt aagccnaact 120
ctggatgggt tgattttact aatcttgctg atttcacttt gaacggaaac ggagccattt 180
tcgacggtca aggctcactc gcctggaagg ccaatgactg cgccaaaact ggaaagtgca 240
actctctccc cattgtaaga acattcactt acattagcta gctataattt taatgataac 300
tactagcaat tnaatgagta tatatgcctt ttggtaacag aacatacgat tcacgggtnt 360
nacaaactcg aaaatcatcg gcataacatc aacgaacagc aaacttttcc acatgaacgt 420
tctcaactgc aagaacgtaa ctcttgagaa tattggtatt gatgcacctc cggagagtct 480
caacaccgat ggcatccaca t 501
<210> 3
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<212> DNA
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<400> 3
aaaaaaacta cttattgctt tagatgctga aattccctgg tgacaaactc aacaatggag 60
gaagcattcg aaatgttctt gatgttggct gcggggtagc tagcttcgga gcttatcttc 120
tctcacanga catcatagcc atgtctcttg ctcctaatga tgtccaccag aaccagatcc 180
agtttgctct agaacgaggg atcccatcaa cacttggtgt tcttgggact aagcggcttc 240
catacccaag cagatcnttt gaacttgctc actgctctag atgtcggata gattggcttc 300
aaagagatgg gatcttgttg ctggaacttg ataggctgct cagacctggc ggttactttg 360
tatactcgtc ccctgaagct tacgcacacg acccagaaaa cagaaagatt gggactgcga 420
tgcatgatct cttcaggaga atgtgttgga gggttgtggc caaacgagac caatctgtta 480
tatggggaaa accgatatcc a 501
<210> 4
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<400> 4
aaacgcnaaa attcctggcg tttataccgg tggaccgtgg cagaacgcac acgccacctt 60
ctacgggggc agtgacgctt ccggcaccat gggtattatt nacttttttt tcaataatat 120
tattcaaacc ttantaaacc caccattatc attttcgtta aatatgtaca taaaccataa 180
aaatgatttc naactttnat ttttctgttc tctgtttttg tgtttggcgt ggtgttataa 240
aaggcggtgc gtgtgggtac gggaacttat acagccaagg atacggtgtg aacacggcgg 300
ctctgagcac tgccctgttc aacaacggtt tcagctgtgg cgcttgcttc gagcttaagt 360
gtactgacga cccgagatgg tgtgtccccg ggaatccctc gattctcgtg acggcgacga 420
acttttgtcc accgaatttc gctcagccta gtgacgacgg aggatggtgc aatccgccgc 480
gagagcactt cgatctcgcc a 501
<210> 5
<211> 501
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<400> 5
cacacatata tgaaaatctt tatgaataat atacacataa ggagtatacc cataaccgga 60
ccaacagcaa actctatgaa tttgtacgtt gttattgtgg agatcaaaga tatcatggaa 120
aggacaccna aagccaaaga gatctcgtca acgtatctac tgaacggata ccagcgatgg 180
catcggcagc tgaatgcctt aactaatagg tacatcagga aagttacgcc gtagatcctc 240
agtcgtatca ccgaccgttg tgccggatgg cggagctgcc gcgactccat nattatcgtt 300
tctgttagcc gtcgtatcca tgaacacgaa caccatcagg aagacattga tgatcaatgt 360
gtgtagagcg gctgagagca actcgtattt gcgagcaatc gaaacgacga tgagaatatt 420
atataaaaaa aaaacnaaaa agctccaaag gggagttcaa ttacctcgac actacaagtg 480
gatacggcgg caaaggagga g 501
<210> 6
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<400> 6
caacaaggtc tctcccggag agaggatctt ttgtaggctc aaacccttgg tgaagtatct 60
taacagcaga acctagcttt gagacctgtt cattatcata gtgttcatcc tcatttggag 120
ctctcatcag tgtccaaacc aaatccncct cgttgccaac tncaatctta ngtcctacga 180
gactctgaag cgcggaagtg actctgctgc attgacgact acagaaccag cctctgtatg 240
aaacaagaca gggatcttgc tttaaacact tgagatggaa ccttctttgg cactgctcac 300
aagtcatcaa cttgttgttt cctgatgtct ctattgatcc acatacattg cagcagcaac 360
aaggatagaa acatagcttt tccttgggaa gactcaataa tccgaggcaa gtatagtgaa 420
atgctgatgg acaaccgtcg catagaaaca actcccatca ccgtgacaga agcaacacac 480
atcatagttc atctccggac c 501
<210> 7
<211> 501
<212> DNA
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<400> 7
gtcatggtga gagagacggg gaccatgact tctttaagat aagggttggc gtcgagcagt 60
tgctgaacat gaggagtgag ntcgtcagag gcttctttag ccttgttagc agtttcatga 120
aagacgtcct tggccttgtg aacccagtcg gtgccatcag gttgcgagct gaaagcgcgt 180
gccagtaaag ggaaaggctt agcattcaaa ttggacgagg aagagacaat ccaagacccg 240
tatccgtagc caatggccct agcatgagtg aaagaagaca ccggagatga tgaccgcaca 300
atagcagctt cttcagcaag tctgcgacaa gaagacgaag acgaggagga gattcttgtt 360
gaggatctgt aaagtgactt gagaagcgat aacctaactc ctcctcctcc tcccattgat 420
ctgnacaaca agtcaacaac attgtaatct cttctctaac taagtccgcc atgaacagtc 480
caagatcaaa tcgaaaaagt c 501
<210> 8
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<212> DNA
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aagtcatacn taacagtcaa ctaacggaag gatactcaac gccgtcaacg gacggttctc 60
acttctcagg gagggaagac aaagtacgat tccgatcgtt gaactcccaa agctnntata 120
taacaacact ggtccatcta ctcagatcgc cagctcgtat caatggcgaa ccgatcagag 180
gaaacagagc acgacgccgt ttcgaggcga agtaaccaag gaggaatgat cttagatcta 240
atgttgaaaa gacctatacg gtggctaaga atgctcgtcg aagagcttca ctggagcttc 300
ttcttcggcg tgatcgtcgt ctacggcgtn agccaagggc tnggcaaagg tctcagcaaa 360
gtcagcacgc agtactactt caaagacgag cagatgatac agccttctga agctcaggtc 420
tacgttggtt tgattcaggt tccttggatc attaaaccgg tttggggtct gttgaccgat 480
gttgtaccgg ttcttggtta c 501
<210> 9
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ctgatgtact aaaagaactt ggtctaacat acaagcaaat aatttggcag atggctttgt 60
ctagtgagac caaggaagat gagaaaaaga gtgttgatgg aggacctgat aattcaattt 120
tagcctcatc tagtactgtt gaaagagaga gtgaagagna ctcaagaaat gcttcagcag 180
ttagatacac aaaccntgta tccattagaa gaagtacctc tcaatctatt tggcgtggtg 240
gtcgtgatct gtctgttatg cgttccatcg agagtatgca tggtcgtaca cgacaagcga 300
tttcccgaac gaggggtggg agaactcgtc gacacctgga ggcttttaat tttgattctg 360
aaattccacc tgatttacca ggtacatcat cttcccatga gctgaaaaag aaaagcactg 420
aagtcctgac tgttgaaatt ttagacaagt tgaattgtac tctgcgtctt tttttcactg 480
cccttgtgaa aggaggattc a 501
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tatgatctct ttactgtaat caaaacaaaa gatgttgaat ttgagttcct tttttttttg 60
tgttttgtgc gtaaggtttt ggttgtgagg aatgatctta aaatgggtaa aggcaagatt 120
gctgcacaat gcaggtggct gaaactaata atactctctg tttctctttt aagtgctttt 180
ttttataatt tcagttcata tctggtttgt tcttttgcag tcatgcaact ctaggtttat 240
acaaaaagct agttcgtcga gctccaaaag cgttggactg gtatctctcc atgtcattac 300
caaccccatt tatttactta agtatggatt ggatttgaat gcattggttt cgattgcagc 360
tgggaggagt gtgcacaacc taaagttgtt gtgaaaatcg agaccgagga tgagatgcta 420
gaattgcaag tgagttttac taacaaaagt tactgtaaag ttttggattt gtttaattga 480
gagatttatg ttggatctac a 501
<210> 11
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ccccctcgcg acccacaggc tgtcatcaat accacccaaa cagctagtat tggtgttaca 60
aaggaggttg ngcctcaagc gagtattagt tcgataccca cagttacagt tggttctact 120
gctgtcaatn ctcctccnaa agaattggac ttaccatcgt gcgactcctn ggagaagaac 180
ggtgtttcta aactaagcag ttctattaca aattcatccg ggagtgaccc agtaccagat 240
atggcgaaag acttaggcat ttcggatcat ggngacaagg ctgtaacaga aagacaacag 300
gaacagctac gacaatctcc acctttagtt caaaggacgc cacagttatc agaacaattg 360
cttgttcaaa atcaaaaaca tattccttct gaacagcaga agcagcagcc ttatcttaag 420
acgctggaat tagaagcaat ccatgaaaag tcaactcaca ggcctcctga caccaaggtg 480
gaatgagaga tgaacctaga a 501
<210> 12
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<400> 12
catgaatggt tgaattatcc tattcgaaat ccgtaaatta agaagattat ctcntggaaa 60
gagccgatga attctctgtc atcgtctggt cttgttaagc tttttgactn gatcctgctg 120
tttcgatatt tgcagtacat gagagaatgc atcctcgcga atttcaagag aagatttntc 180
actgcactac aaactgataa tgatcttcaa cggccttctg tgttggagtc tcttataagg 240
cggcatatga gcatagtcca tttggcagag cagcacgtta gcatggacct aacccaaggc 300
atccgagaaa ttttactcac agaagcgttt tcagggcctg tttcntcttt gcatacgttc 360
gaaaaacctg ctgaacaaca gcaaaacact ggatccgccg tngaagttgt gtgcaactgg 420
tacatggaca atatcatcaa agacgtgtct ggcgcaggaa tcctctttgc tccgaggcac 480
aaatacttca aaagcgctag a 501
<210> 13
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<400> 13
tgaaaccctg acgcagactt aacaccaagc ctaaacttcc tgctccttat ccagctcgaa 60
ttgtcggtga aagaaagttc tcctagagtt cctacgcctt ccttaagtac cacatgaatg 120
tgaccagtca atatgggact ttttccttgg cgctctttca caacaaagct ctcaaaacgt 180
tctctcgtcc aatcttcatc gttgaagtct ccatctaaca cgacaacgtt cagctttgcc 240
gttgaatctt ctcccgtttg aacaacgttt cctgtgtttg catctgtaag gaccacgtga 300
acggctgagc cctgctctcc ttcgactttc cctcctgtga ataaatgagg aggcatgcgt 360
gttctgaagc gaatttgcaa gtttcttcca ttaaggcctt gaatcttctt tggttcttga 420
gagctgaaaa ctcaaatagc tgtaaagatc atggaaccag tccaaggaag gagatacgag 480
atagtaacat aactagagaa a 501
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agatcctaag tgaaaangaa gcattacang gagaaatcaa tgttctggaa atgaanntag 60
ctgagactga cgaaaggatc aaaaccgctg ctcaggagaa agtacgcgta gagcttctag 120
angaacagct agagaagctt cgtcaagana tggtttctcc tcctccngag agcgatggtt 180
acgttctagc tctcagcann gagatagaaa cgttgangat agagaatntg tctttgagaa 240
acgatataga aacgctcaag tcgaagcttg agagcgttga gaatacagat gaacgtgtgg 300
tcgtgttgga aaaggaatgc tccggtttgg agtcttctgt gaaagatttg gagagtaagc 360
tgttggtttc tcaggaagat gtttccaagc tttcctctct caaaaccgaa tgtagtgatc 420
tttggacaaa ggtggagagt ctgcagatgc tnttagatag agctacnaaa caagcggagc 480
aagcggtttt agtgttgcaa c 501
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gtcctgctac tgaagacgcg aatcctgggt tcgtttaaag tttccatctt tatccctttt 60
tngctcgaat taattaagtc tagggtttat ccttcccgag taaacatttc tctataatcc 120
aattcaattg tgttaattgc catgtttgac taactgaagc ggagttctan nttgtgggtt 180
cttcaatttc atacgtcttt atcctaaagt gttgattttt ggctgtttca gaaaanctaa 240
aaggaaaaag ttatcctctg gtactgagaa tgcaccaggg ccttcgattt cgatnggtag 300
gtgnatnaat taatgtanaa tcaagctaat gtttccaaaa gttggtacct tttttatata 360
ttttgtggaa aagttnttat gttatatgtc cattggaatg caatatgtag gaggtgaagc 420
tgggaatgag aggaagcctg gnctttactg ttgnaactac tgcgataaag atctctcngg 480
tttggttcgt ctcaantgtg c 501
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tcttatctgc gagctcttac tggtgataca cctagtgctt tgtcaagtgg gcttgatgaa 60
ctcctaagac accaatcttc gttgngcact tatggagttg atatgttcat tgaaatcctg 120
aactccatgt tgattattgg atctgggatg gaggcctcca cttctgtgtc agcagatgtg 180
cctactgatg ctgctaccgc tcctatggaa nttgacgctg atgagaagag cttggccatt 240
tcggatgagg cggaaccatc ttctgctgct tctccagcaa anacagagtt gtttcttcca 300
gattgtgtgt gtaatgttnc tcgtctcttt gaaatagttc ttcagaatgc agaagtatgt 360
tctctatttg ttgagaagaa aggaattgat gntgtcttgc agctactctc tttacccgtt 420
atgcctctnt caacctcctt tggtcaaaac ttttctgtcg cttttaagaa cttctcccct 480
cagcattcgg ctagtctatc t 501
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ccaaattgag aatcaaggta aggtctaatg ttaaaaaaga gtaagaaact actgacgtta 60
gctcgaaaac gctgccgtcg gttgtacaca caggatcctc gaacggcaga aacgtaagcc 120
tgagattgaa tccaaacttg ataagganga aactcacaaa cgntaattca tataaaggaa 180
nttacatacg cgcagcagta gaaaggaagg ctcttgaaag gagtgcgatt ctctttggat 240
ttagcgcctc cccattccgt tgcccactcc gtcttcgtta tgaacattcg atccttgcta 300
tgctgcttct tccccatcgt tcnacttctt cttcgacacg agctgatgat gataggttta 360
aagttcgatt gaaaccctga cgttccgatt tgggatctga nacgactccc tttcgccacc 420
gcgtttttat catagaaaca gccgccgccg ttgagcccga ttcggcccaa atagcatcta 480
taaatggncc ttattttaat a 501
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agctacntca aacaggcatg ggaagtacat gttcgttgtc cacgaggacc acaaggacga 60
gatgtgcgat gttatgcttg tcaaaagctc agacaagggt tgttctaaaa tctctaaggg 120
gcgtgaacag tcgcgtgtga tcttgaacca ntacaacggc attgcgtcgc agattaggca 180
tgctaacaac atgggnttcg agaaagatgt ttctgatgtg ttttgctctg agctcatcaa 240
gaagtatcag gttgatgaag atgagattta agatctttga tcagtgtcat tatgatctgt 300
tgttttcgat ttggtttaat gagtttggtt atggaagaaa tatatttgta cttctttaat 360
atttatttgt cntagatgat gatgatgtct ccagtgatcg gaactatgtt tgtgtaagct 420
tcttttattg atatatgttc acacttgcct gcttgggaag tgtctttaat atttgatttc 480
ttcggttctt ctaatcaagg t 501
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tggcttcgtt tcaggagaaa caattgttag aagagaacgt ccggttacat caaaaggtaa 60
ttcatctctc tttccgattc atatatatat atatagccca tttcaaaaac aaaagtgaga 120
ttttttcacc tagttttgct tacaatttat tcaaatgtag aaaattatat atgatgctat 180
ctttgtgtgg ttgactccaa tgcaatctat gttatgaaca gactgtttta gaaccatgga 240
gagggtcgac tgatcaacaa gagaaattca gagtcataga tcttaatttg gaagtagaaa 300
ctgatttagt catcggtttg ccagagaagc actgcaaata acattatctt atatgttctt 360
taaccaaaac aatataatat tttatgtttg tattttcatc atcaaatctg taaaattctt 420
caataaattg cgagttaatg atttgtaata ttatcttatg attttaatcc ttatacaact 480
aataagagaa taccatctta t 501
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ctgaaaaatt agntaacaac tctaatntta caatatttac atctcactct tgaatatttc 60
aattgattat aattttttca ctcaaaactc cccaaatgaa atgcagatct acagagaatg 120
cgaggatgca tggaggctaa ctttaaacgg agacctgaac attccggtgg cgagggcgga 180
ngagttctgc gagggaccat gcttctccga aacacatttg gctttgaatt gcattgatga 240
nattgttcac cacttcagat tcttcaacag agccaccgtt tacaacatcc gtgaaacnct 300
caagtccggc tgcagctacg gacctgaacg aggttttgat tccagagacc atttcttgat 360
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gcattttcaa cgttctagag cacatcgaag atgaagaaga aaatggaaat gagagaatga 480
aggcaaggtc tggaccgttg c 501
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accctttgga natatctnac tgtattcacg tccaacgcaa aagctttagc caaaagcctt 60
gtatcaatca aagggcggga cccgaaaagn gttttaccaa tcggaaccac accaggattt 120
tgactcccga ctncaccaat cgcaaccgca ttcgtcttgc caatattagc atgaaactga 180
accaaaccga cggnaaaagc aaatacatct ccgggataaa gaaccttgga gaagagcgtg 240
gagttgtagt cgttggagga cacaaacccg accaagagcg ttccctcgag gactaagatc 300
anttgggagg cacgtgggtg tatgtgcggt gggatttgtc ctccaggggc gaaatcaaag 360
cgggaaangg caactccgag agtgttgaga ccagngattc ttctgacatc tacattggtg 420
acngatgagc caagacggtt gttggtgttt ccaggggtgt ttaggccgga aaaatagaaa 480
tcattggacg ttnctagttt t 501
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aacaaatgaa aacggatcta aaatgtaaaa aaaaataacn tcaataagat tcaacagagt 60
ttcacaatan taataaccag cctcagccnt tgactaacta agtcaacgct ttatttcatg 120
attcagaagt agttgttata cctnccccct caatactgaa actacaagca gtagagaggg 180
gtagtaaact acaaaaactn cacttttatt cgatgcttac agcaaaacta agtgctctct 240
ttngctcatt taagtagatg gaggaagctc ccaaccttgt ggaatcggac cgtagtcata 300
gatgacctct ctgtggcatg accacaccan ctttattgcc tctggtgttc ctatccctgc 360
tcctcttgga tctccagcag gtccaaacct gtgtgttata atatgagcat ttaggttttc 420
ttctcaaaga aaaaaagaga gatgttagtt tgaggggatt tttaataatc tcaccaatga 480
ttctgaggag ctccagttgt t 501
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aggtttttcg gagataatcg atcacgtaag gnaaccngag ctttaaactc tgtggaaaaa 60
tagtcgttca actcgagctg caaccctagg cagaggatag tagagaaaga gttgaagacg 120
aanactggtg ggctccagna atatattana agaccattta tatntctntc gaagcccaaa 180
taagaaagta gtgtagatgc aacatacngt agtgaaacga tnagttttgt aagttgggac 240
aggtgtcatg ctcacagngc ttgactttct gagctggctg ctgaggtggn gcgtcntgga 300
gagagatanc tctactttat aaatcaaaat agacctacag cncattcnga attaaaccaa 360
aaganccaaa attaagcncc gtaaaaanna catcaaaaac caagttcaat caaaacagaa 420
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tctgatgcat cgatnttcgg a 501
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<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 24
aatcgtgttt aggcttgtca ccctttatct gtgcatgtcg tcgctggaaa aagccactag 60
atgtgtgcag caggtgacct cactcttgcc ttccttttta tctgccgatg atgaacaaag 120
caagagcaga ttgcatctct ttattggctg tttactttat gtaagatctc aatatggaaa 180
gctagatgat ggtgctcgtt ttcatgtaat atcgcacctg atacgtgaaa ctgtaagttg 240
tggaaagtcc atcctggcca ccagtggtat gagtaaggat gacagttctg aatctggtgg 300
aatcttcaaa gaagtgggtt ctatccagaa tcttatccac aaagaccgtg tgcttgctgc 360
agtcactgat gaaacgacat acatgaaaac attactatct gatcgtactc gtnaagtgaa 420
agccctcggt gaaaggaata atgaagcatc atctttggaa tccaacagca agaaaccttt 480
tgatgatgag ctgcaaagcg g 501
<210> 25
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 25
ggttttgagg tcaacttgtg ggcaaggtgg ggagcaagaa tggtccgaag aataacatca 60
agaagttgaa gatatatgtt cctcattttg ataactctgc taatgaaatg gttagtgtcg 120
tgtttttctc tgctactagg tgggaacttg ggctcggctt tcttggacaa gttatagtcc 180
tactagccct acaactggtc cctttaaacc agttacaaag ggcaggattg gagctggata 240
aggtcttcat gttgttcatt atggggaaga ggtctgagga gcgagtatgg tcaagagtat 300
actcagcagt gaggggacat atattggcgt ttgtttatga aataggtatc agtgcaggtg 360
ttggaaacgc aaaagacttg gctggaaatc gtatagacat gtgatttttt tcatattcgg 420
tgattggtgt aatggtttaa aggtggactg gggaatcaat ttatgtaatt ttcatgtcta 480
tgtgtacgta cataacttaa t 501
<210> 26
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 26
ccncatcttt tttttttgtt gcntgatgnt ttgtnttgtt tgtctcctca gggtgaagga 60
gcagatgcnt ccccttgtct acggccgctg agtttggatg acttcattca atctaaagct 120
aaggtattat tctagttgca tcgatctgta tcttgagtta gcgttttgtn ngncnttagc 180
gttagcaaag atgtgattgt gacaccatat gtatggatga tgtgtggttg tgtaggtgag 240
cccgtcggtg gcatacgatg cgacgacnat gaatgagctg agaaaatgga acgagcaata 300
tggtgaagga ggaagcagga ctaagtctcc ttttggcttc tgaagaaaac tttcagcntt 360
gttagtttaa ttttttttaa gtgtttacac anccagtgac tttctttcct tatttttctt 420
tgttagatca tatngtagta nctcantgtt gtatcttttt tcaagtattc catgttttca 480
tctttatgtc cctatagaat a 501
<210> 27
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 27
acaagaagga cttgacgtaa actccagtct tngccaacgt tttgccagcg agaagcgcca 60
tcgctgcacc catagagtgt cccgttatcc atagattcga agctccaaca gaagtagcca 120
tgctcccaac ggcttgcata gcgatgtcga aacgtgatgt acggtgaang ccgttgcgga 180
taatgtggat gtctaactcg aggtcacgag aaatggagcc aggtttagtc aacgtccctc 240
taaaggctat gacatancgn ggagntttag attcnacggt ggtaatggtg gtgtcttctt 300
gttgtggtgg aggtttgant tngtaaatgg cgccgaagat ggagaagtca gcgtcgtcta 360
taaggcgacg gatgagtttg aagtggaagg agtcccacca tggagangca agagcttgag 420
agccttcacg ttgaagctga cggtcncgct caacaatgta gatcccttga accaaacaag 480
ctgctacaca acgttggtgn t 501
<210> 28
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 28
aggaatgctt ganctcattc ttgtgctacg tctcaactta aaacttggct taccagacta 60
tctcttcata gtggtcgang aggtagtgtc tcagatgata ggacgcntga aatggatgcc 120
gctnctcgtg ctcacttcaa agctntgtcc tcacggnatt gaagggacnt tctttgcgtt 180
gctnatgtct atcgacaatg caggcttcat gacctcgtct tggctcggag gagtgttgct 240
gcacgtcctt aatgtgactc ggacagagtt tggtaacctc tggcttgcgg ttttgatnag 300
gaatgtgttg agagtttcgc cgctctttgt tctgtttctt gtgccnaagg gagatcagaa 360
cacgttcaag ctcccgggtg agatcattgg ggaagattct gattctgatg aagagaaaga 420
agaagctcgg aacttggagt tggcgtctct tgttcattcc gctgatagaa gatagctcac 480
agtgttctct tgttatagac a 501
<210> 29
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 29
antcatnaag tagttccgaa ggtgagagct taaacggtta tacattcttt tggggaggtc 60
tcgtcaggat tgacatcttg aaggtaaaca atattaccgg aatgctaaat tatgtatgtg 120
agtgtgggta ttaatnaata tgtgaaaccg tgacatactt tgagctnttt caggctctac 180
cagaaacacg tttcacattc tatggaccaa aggctcttga gattcatgta gtaccaacca 240
aaacagcaac cgagttttac caggtaaagt ttctttacac catcagtatc aactccattg 300
ctaattcgag aacaagtttt accatttact tgggtgttct gcagaaagaa gtgggcgtgc 360
ttctgacacc tccatcaggg aaagatcaga tacaggagtg gaaaggatta cagtctcacc 420
gtttactccg aatcgaattt aacgatccaa aaaggtgaaa taatcattat catctattcc 480
tatctgagtg ctcttcacct a 501
<210> 30
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 30
tatacctgga gcgtttatgt tgatcacact attatatggt tcatgtncag gggntgataa 60
caatcatgaa tatgatatnc ctggagctgg gcctgttnna ttaaaacctt tgaaaaattt 120
gtccaaaata gtctcagcta cctcctctgg atggcttctt cttgagatac agaaggatca 180
acagcctctg acaatgtcat ccatgttgaa tttgtgtatg gtgcattatc aaaaagccac 240
gcaatgctta gcttccaagc ttaggaatgg gcaagaccaa agctgacaat tgctcattct 300
taggatttta tctactctta cgctcaaata aattgactag gattacgttt tgttcttgaa 360
tcatgtcatt gttggtcttt tatcttcaca ttttttaata aataacacct cttgactttt 420
cttacggggt ttccaagtta attcgagact ttttcaaaaa caaaaggagc ttaacatgac 480
tccgtatcta cggaagttta g 501
<210> 31
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 31
cttttccttt tccttcttct tgcgcttagc ctcctcagct tgcctctcaa gctcttcctg 60
cctaagacgc tcctcttcct cctttctcaa tttctcctcc tcttccttct tctttctctc 120
ttcagcttct tgccttcgtg caagagcctc ttgcatctct ctaacatgtt tcggaagttt 180
cttctcagct gctttaccct ttgcatcctt cttcttcccc tgcagtggct cagctactga 240
ttcttcttgc ttgtcctcct tagcctccac agaagaggtt gcagctgctg ctttcttttc 300
cttctctttc tccttcttct ttctcctttt cttcgctgca gcactctctt cttcttcttc 360
cttctcacca gcattctcta caggtgcaac tggctgagcc tgagcttgaa atttatcttc 420
ttcgggctgg gatgaagcag gttttccaga agctgggcct tctccaagtt ctgcaagaag 480
tttgtccaaa tcatcttctt c 501
<210> 32
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 32
aattttataa aacnaaatta natatatata gctaaattgt attaananat tagtattctt 60
tttgnttgag aaccnctcta aggttctatg caataaggtt gctctaatat ctatacttta 120
tgtaaaaata tatgtttgta tacgactgac ttacgcnatt ccntgagcaa gagttgtggc 180
natgttcaac ctcatgttcc agtccaagct cctaccacct ctaggcacat gatgcagcca 240
cctatcaagc gggccattgg ctataaactc ataaacaatg aacctctctc catgatcata 300
gcaacaacct ttaatagcaa ccacattcgt gtgatgaagc ttagcagctc gtttaatctc 360
agagtagaac tctttcttcc tctgaaaact cgaccgcttc agtctcttaa ccgccacttt 420
ggtcccgtct gctaaaccgc cggtataggt tcctccggtt ttcgcatccc cngcgagncg 480
gtttgcttcg ctgaagttct t 501
<210> 33
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 33
gattgttggt gagccttctg ttgttagctc agggtactta tctagtatct ctcgggataa 60
caccgtgtag cgggtcttca cagttgtggt tttgcctacg acacaaaata ttagtgnaag 120
agagaatatt taaatgangg cagagacgaa actaatacaa gagagtgaga ggctttacac 180
aagtgttcta gcttctcttt gataaagggg tcatcacatt tggtgtcacg tagaaanccc 240
tccactagat gctcctgagg aaccacttgg cttgggaagg ccttgccaag agcaagcact 300
gttgcctttc ctggatttgc nacacgcctt gtgctgattt gcttcttaac accattcatn 360
ccagagctag acatctctct ctctctttca ggtaataaaa tcagttgatt gttgagatta 420
aaggtggtgg atgcagaata ttcaactaaa aggaaatggt tataaaggca gggatgaaag 480
ctttgttgga gagagtttgg t 501
<210> 34
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 34
ctctaaatat cccgtcaaaa tactccgtct ctgttttcta ttcgcaattc tcagaccatg 60
actttaatct ctatattctc taatccgagt aantatcctt catcgntagg aatatatata 120
tccttctaaa agngagagag ttctttgaaa cagagttntt tgtttcgatg gggaggattc 180
tatggctact tggngngggg atcgttctgt tcttggttag gatcgtgtta ttcaaaaccg 240
gtttgattca catggttaag aaatggagga ggacgatcgt cgatctcttt cacgtttacc 300
agcactacaa ngtcccngaa ttcaacgaag ttcaagagaa tcatctctac aggaaagtgt 360
acacntatct gaactcgtta agctccatcg aggattccga tttcacnaac ctcttcaccg 420
ggaaaaagtc aaacganatc gtcctccgct tggatcgaaa ccaggtcgtt ggagacgagt 480
tcctcggcgc tagagtttgt t 501
<210> 35
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 35
aagagtagtt ataaaggtta taggcgattc ttccatgatt ctcaaaaaaa tacccaaaag 60
acaaaaacaa aacaaaaata gagaaaaaaa taaagaaata atttatcaga attataaatt 120
atggtgtttc cgaccaaaac tcaatctgaa accacagttc cttaaacaaa gtttagattg 180
atttagaact tacagtaatt ctgggactcg acgaagagaa gtctttgtta aaaacaggag 240
tgaaactttc gacatcgatc gtcacaaatc catctggatt aacagggggt tgatatcctg 300
acccggtttc ctgaaccgga attgctctag cggtttccat cgatctttga taacaaaaca 360
agagagaaac agaaaaagag agacgatcat catgttaatc aagaaacata ggtcaacaac 420
tcttggtcgt ttttttttgg taaaacttgg tcgttttgag attttaatcg taaccaaaga 480
ggaaataggt ataaaagaag a 501
<210> 36
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 36
aatcatcgcc agaactcggc ctcctatctt caaaaactcc gacctcgatt ggacccgtcc 60
tgacggccgt ggattccacc aatgtcgacc tgcctgtaaa accctaactc cctttttctc 120
ttcttatatc tttgagcggt tcaagggttg agactagtta gacttcaaag tttacgtctt 180
tagtgaaaaa aattgttttt tttttttggg ttcagtactt caaacgggtg ctgtgagctc 240
tgcttctggt tctgcttatg ctgagtttgg gaacaccaaa gtcattgttt ctgtgtaagt 300
atgttcagaa tttgtctttc ttttgctgtt tagctgatta tgttctgttt gttttggctt 360
attctgttag atttgggcca agggagagta agaaagcaat tacttatagt gatgttggta 420
gattgaactg caatgttagc tacacaacct ttgcttcccc gactcttggt agtcaggtat 480
ntgagtttta tttatacctc t 501
<210> 37
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 37
cttgagaccg ttctttctgc actcagccca gagatgtttg ttagctacga gctttagaag 60
ggcatcagaa atggcttgtt gatcatgtgg gtcgactagg agaccattgt ttagtgcctg 120
gtcacataca ttatgttaaa tttagctttc cgaatcagtg aggtttgttt ttataataaa 180
gagatttgat taccttgacg atatcaacag gcccgccatt tttggtggca acaatgggca 240
gaccataagc agctgcctgt catacataaa tgataaatgg tgggagcatn aagagaggta 300
aagaaacata acctaggaat gaatctggtt acctcaatga gcgtgagacc aaacggntct 360
accagagctg gattaatgaa aactcccttc aagagaaaaa aaggccacca taagagaagg 420
aggcaacagc aagaatcata tagtattata ngattttcct gtgaagtacc tttgttttgg 480
ctgctaaacg ataaatatct g 501
<210> 38
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 38
cgaccaaggc ctgcaaagtt caatagggtt ggttcaacag aaagttaagg caaatacata 60
atattgtcca caagcatcgg ataaagggag tgcacggagg agaaagtaaa gtgtgtaagc 120
gaaactcacg tgttctttgg atcgcttcct gtgattatac gccaatcatc atactccaac 180
gcagggtaac aaatcttaag aggcatattg ccaataatgt cgtcccattt agcttcaatt 240
aagttcaata tagcttcatt ctgcttcggt gtactcaagg aggaaacaac agaccagaag 300
ttcccaaggg tgaagaatct gaaatccatg tgggcgggct gtaggttccc gaggagatac 360
ccgccctgct cgggaatcca gtccatgagc catggaggaa tttgctcagg atagatgttg 420
aacttgttag tagcatcagt tgaatactct tctgtcttgt aacggtatat ctcattgatc 480
ttctttatgt caacccagta g 501
<210> 39
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 39
ttggtggcat tagctgttca ttgacccggt aatcattagt accatgatcc tgcatcaaag 60
gtagtatatn aaacacacac aaagtaagaa gatatcacat gtttttatga aaaagtccta 120
agagcaaatg atgataagta ataattttag cagattactt gctgagacta ccgtggatcc 180
ataagaagct tgacctttcg aantcctcgg atcatggttg ttgttgtctt tactagtaaa 240
ctctgttcct gatgacattt ccctaatcct atcctgctat tttaaaaaat tcgtcataac 300
aagttcacaa taaacccatc aagagatgtc taattagtac aaaggagaga tgcaacaaca 360
atacacttac attgcaagtt ttaatcttcc attgcagctg atcatgcaag tgctacanag 420
aataaaaact acacattaag attgttttag tgtatgaatc tnaagataag tgtagtgaaa 480
gaagctacct ttatgccngt g 501
<210> 40
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 40
ctgccgccgc ctgaaagttn aacatcatag aaaatggtct ctccttttgt gggagggcac 60
tgggaggaac naaagtctcc ggtttttgta aanggtcaga ttcngcagaa gctaaaccat 120
tnccnccacn gtttaagtcc ggtacangtg tagcagnagg tctgctgagt gtatctgcna 180
tacaagcttt cccttgtaga gacggctcat ttgcaacaga acnagaaana tctgagcgac 240
taatggtatc tttgatcgtt ttcagccctg gtatctttgg cttcgaggcc ctctgatang 300
ttcggtactt ttcagctctg gtatttgact caaaggcctt ctgatctgca tcagcaactg 360
aaacaccacc aacaacctcg atcttngact tctctgagtt cttctgcaac tnaaaggtct 420
tctgctcagt attagccact naaacacccc caataacctc catctttgac ctctctgagt 480
tcttgtgcga ctcagagatc t 501
<210> 41
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 41
tgtttcacca cttccaccaa ncccttgttg atccatgttg cctttagtca ccgccgcttc 60
ttgagcggca gcaancaaca agncagccgc agcgacngct ttttgncggg ttnnntnatc 120
cnnntcacta agnctcagtg cgggaagggc gagaacgatt tcgcgcatct ccccttcttc 180
ttcttcatcg ctccagaggt aatcactttc atcagaattt tcattanttt tttcctcagt 240
gntcactttt gttttctcgg gatcactcat gattttgact ttgttgagag taataagttt 300
tnctgagacc gaaatgntgt ttatatagtt tctttgatca catgacggtt atgaccgtta 360
cctcttcctg tgtctaatgt ctatatctct ctattggtct ctcccgcctt ttcatttgaa 420
ggttgcgtcc gttggatcca attaaaaacc gaaaattata tgnaatggta agccatatat 480
aanttggttt cttcagtcga a 501
<210> 42
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 42
acaccaaaac aaaggtaaaa acaattcaag caatacacat atattttagt acatagttgt 60
tcaaaataaa gacaaagcat aatcaagaat catggacaca attatcaagt taagcaagac 120
ctcatcgtta attcgtagaa agcttgatct cttccttgaa cttggccatc gcatccctag 180
gaagcgttac cagcactcta acaccaccgc tcatccctgg gtccgccttt gacgccggca 240
ataaaacaca gagatcaatt gtcatcggaa ccaaaggtat aatgttcact aaacctcccc 300
aaccattgta ctgtagaccg atttgccgcc aatccgtgac ggtcaaaacc cctttgccga 360
tgcctatcgt agatgacata tctttcagcc ttctctcaat ctcgcaaagn ttcccaaaga 420
cgtaccgctt gtctagcgcc gctctcttca tgtcttttat gagcctcacg acacgagaca 480
acgaagattt agtcagctcg t 501
<210> 43
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 43
tcggcgctct tcgtgcatcc naagtgttca catctcttcc ctccaccgtg tgttttgcag 60
aaagtggttt tactactctc tgtgcctttg ttgcagcctg gcttttggca tctctctcct 120
cctcctccat ggctgatgca gagccctgaa gatcctctag ctcccttcat acatcccaag 180
aaattgcact tcttggggtt gtaactcctc tgttgtacag agaaggatga ctctagactc 240
acttgtgaat gatccaacag aagtgatggc atgtaaccac ctgatctctt tgcagaagan 300
gaaccttcat caacaggagg aaccacacat tgtctgctag tatatgtaga cgatgaggga 360
tcaagtccgc tgagagtgtc tggangacca agttgcagaa gtgaaccacc tcgtgatgcg 420
agttcttgag taccatanca gtatgaagct gatgttggac ctaatccaag gaccaagcng 480
cagctatcat cagtgcagtt a 501
<210> 44
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 44
agcaacacca cttccttctc cacgatcacc agcaccagag accgccgaga gcctccggtt 60
tagttcggta ccagtcagct ccgagctcgt acttctcgag cttcggagaa tccatcgaag 120
agttcttgga tcgaccgaca agccccgaga cggagaggat cttgtctggc ttcttgcaga 180
ccaccgacac gagcaacaac gtcgacagct tcctccacca caccttctcc gagacggaga 240
ataagcctcc ggaggtgaag acagaggagg agacggtggt tgatgatatt ccggcgatgg 300
aggtcggtga gatggctcct cctgtttcga ctgggtatgc ttcggtggtg aggagtttag 360
gtcagaacaa gagaccaaga gatgaccgga ctccggcgag taatctcgct cggcataaca 420
gctcaccggc ggggttattc tcatccatag acgtggagac aggttcgtgt gnaaactttc 480
cttttttaat ctttttaaag t 501
<210> 45
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 45
agaactcggt tgaattgnaa tgcagaagaa tacctgagtt ggtagtttac aagtattgat 60
gcatacnccc acacatttgc tctcttcnag atactgacat ttctccacaa aaacctacnn 120
tggnttccaa cttctntttg tnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnaaaa 180
catgagtagg atcatttnat taccccactc tcccaagatt ctccattagg aagntcaatg 240
gtgtttactt tgcaaggtcc catgagccat tgacaagtaa nnacagtaac tctngcttca 300
atatgngcaa aataaaaaag aacatttagc tcgctggacg caaaaggtct tnactgaaga 360
ntgaaacaga gaactcacca accatcaaag cagcnatctt nccttgtgct aaaggagcaa 420
tgagaagctt gtaaagctct aanatgagcg gaggaaacaa ngacttnagt atccncacct 480
gtacccacca aaaaagaaca t 501
<210> 46
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 46
ttggatgtgt tnttatctgt gcttgcttct gaccaaactc atgttgctaa gggaatcgna 60
cggctnctga tgccatccta ttttccatcg agaaagagag ctgaggaggc ctgcacncgn 120
tgnaggacac tcatnaacag aaacccantn gctggtgcaa ggttntgcga gtttttagta 180
tctttaggag caacccttca atctgcacgn cagctggtng gattcttntt ggattcnatc 240
ttgtcagatg atgataagct agaggataac cagattgaag gcttgcttct tgctgcgtac 300
catctctgta aagatctggt tgctgctgat tntgggtgta tggccncnct taaagagttg 360
ttacctggag aaaaactgaa aagcttgcta gcttttgcac ccactgcnca ggctcagtca 420
gctgtctttg atattcttgc tatggtctcc cctganaccg tcnntgangt actagaggat 480
tgcatgantt tggttgttaa n 501
<210> 47
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 47
gtatgtggta gtttccaaga taaatatgat gtcttcgttg acagacataa catcttgagc 60
gattccanca atttccttcc taaaaaatcc agcacngtaa atataacttt cttnttttca 120
atgcgaagca ttaatttttt gggaaaccta tcttccttca tcacatattc aaagctgggt 180
agctcaaacc caaaggtgtt tatcgagtca aggatgatgc ggatagcgag atggtcagga 240
aggcttgtaa gagaggtgat ggagatgtta gaagagtaca agaagctaga aaagatatgg 300
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catgaacgct caacacatca gcaagatcct cccttctcat atgctcaagc ggattggtgg 420
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<210> 48
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<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 48
atctttggtt tgtgttccgt tgttcaatat gtggttgatt ctgtaaggag cgggtgaaag 60
cttttgngga tcgcaagcgg aacattgttg aatacaggag atttttggaa tcttgcaatt 120
tcattaaggt gattatccct cttcatttct tatctcccac actatcttgt gctaattcat 180
tccgactctc tntttttttn ttcagcctaa tagccaatgg cgcaaagttc aggaccgttt 240
agaagtggat gaaagatgtt cacgtcttga gaaaattgat cagctagaaa tatttcaggt 300
cagttnattc ttaattgatc aggaactatc tgtcaaatcc acactcagct aattcaaagt 360
gctgtacagg agtatctgcg cgatctggag agagaagaag angagagaaa gaagatacaa 420
aaggtacttg gatactagaa atctttcgta tttgacatct ctttgtttgt tttatcgaca 480
ntacctcatt atatcggcca t 501
<210> 49
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 49
gttgagatca aaaccgctna ttcttgagct gttgttagaa gaacaatcaa tcccagtgta 60
gttaaacacc actgaatctg agccattgat tccacaaaga aangacatat agtcttcaaa 120
acctacaaat aatacatttt gatgaattgn taaaagaaaa agtttagttg tgtaatccaa 180
tttttaaata taaacttact agtatcaaat attaaaccag ggtctaaagc tgccgtggcg 240
ttcacgaaac cgcttcccat atcaaacggn gttgcnttaa tnaggctttg atcagnattg 300
gcataagtac gctgagccat tatgggacct cctttgttat cattaagaag agcggttgtt 360
gaaagtgcag atgcnattgc ngaaggacta aagttcgggt aggtttgttt gattagtgca 420
gccacaccag ctacatgagg agcagccatg cttgtaccgg acatcattgc aaatttctca 480
cctnaaanan antaaanana a 501
<210> 50
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 50
tcgacattgg gcataacgga gaacctacat aatgcaatat atggatgggt tctctttcaa 60
caggtatgcc tttacgtcaa ttggtttact tattgtttag tcatctgcct ttacatatat 120
ggatgggttc tttttgctgt ttgattctcg ctgccgttgc atgaaatgaa tgttgcattt 180
ataatttata ccagacgaga gtttaaggga gccacaacat ttactccatt tctgtgaagt 240
ttgtgagcac aggtgaacct tctcttctag gaagcgcaat tcaggagtta cagaaagtta 300
ctgaagaggg caacccgaag gaagatcttt atttaagtcg tctggtatgt tcgaggcaaa 360
ccattggagc tgacatacac ttnagtgtct ccaaggcaat tttcacttca gctagtgctt 420
ggtgtgatga caaacttcag gactaccatc tacactttgg taaggtcagt tctcgatctg 480
ttataacgtc tgaatatgta c 501
<210> 51
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 51
ggctatttgt gctgatacca caaacaacaa tgatgttagg tttgggttag ccaggatgga 60
ggctgtaaag ctagggtggt tctcaaacca gagagcagtc aagatggaac cagctccgaa 120
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ttccttgatg ccagatgttg ggaatttcct accaagtaac ttgctctatc aatctgcttt 360
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tacaacagct gctgttttga a 501
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<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 52
tctctttccg aacaaatcag ctggtgatat ccatgtcatg acgaagttga cttcgcatcc 60
agaatctccg acaaactcat tggccttcct ttgaaacttg tcagacaagt tatctccact 120
gaacatctcg ataagtgcta ggatcttttt gtttacagta gtgatgttcg ggttaggaga 180
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atgatccatg agcaacgcaa aactaagttg gaaacaagaa gatataaaag aaaaacttta 480
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<210> 53
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<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 53
gtgttttcca aatantagtt agatatgagg aagctntcaa ncccttgctt gttggagata 60
gaaaccactt aacgaaaata taatgaaaac tttccaatct agtcatgggg gcaaagactt 120
acacagaaat cagagaaact ggaacagaaa gcttcntcaa atccttgaac cattttctct 180
acatacgttg gnctagtaga gcaaacttct gaagttgctt ctaatatcat tggatgtgga 240
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ttcaatgcca attcccactt cactgttttg gcactattgn ctgngatgat tgatgttaaa 420
gtcgtcaata tcttctcgna ttcagatctc gatacaggag aanagccgcc ccggaacata 480
cccatagcca gcaaaccctt a 501
<210> 54
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<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 54
catcggtgga gctgacaagg gatgagcaga tgattacagt gtcagagaaa gaggtgaaaa 60
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agttacaatc atctgaagtg gaattcaaag ggaacaattt gaacggaaat gaagaatctg 180
gtgggggcat tcaggtggaa gaaccagtac ttgaagataa ggaaggtgta acagatatga 240
ttcattccaa cacagagcaa gaagtgaaag atcagctggc cgctgattcc gatgatctga 300
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atcacggacc tggtcctttc c 501
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<212> DNA
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antggagggc nttaatgggg aaactgagna agcattcggt ggagatggag acactcctgc 60
tccattggag ttgggggttt cggtaacaga aatgnaaaac gagagcagca gcaaggtcgc 120
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<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 56
taggaagcga ttcaaaggcc aagaaagata tagtacacca aagttattgg taaggctatt 60
agcattccaa aaataaccct gcatccattt caccaccaca acatgtgtta ttttgggtcc 120
tctatatgta acatatttga ccaaaaatta atataaatga ataggttttg gaacttacgc 180
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<212> DNA
<213> Brassica rapa
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cagagatcaa ttgtcatcgg aaccaaaggt ataatgttca ctaaacctcc ccaaccattg 60
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gctattgttt tcttgagttt c 501
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<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 58
ataagatata ataaagcatc atcnttccaa atatctctaa tanntaaaga agaagaagna 60
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ctcgcgtacg tcaagagctg cttaacactc tcaggcaact ctacatcaaa tcggtgctgc 300
aaatcttgcg ttggaatctt gaggatactg tgaacaatng ncagcacgaa aacaaatcct 360
aaatcaatca nttaaaagat gcaatcgcca gtataaacaa acctaggaga gatcatatgg 420
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gagagctgng ggataggttt c 501
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<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 59
acatgtctac tgatccaaag aaatcatgag tacaaatagg aaactcaata aatcaaccag 60
taagcagttc atcttgtacc ttctataacc gaatctacag gcaggagagt ggcgaccggt 120
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attagctcct gtaacaattg acagaaagcg cctccaagca aactaatgca tacgattgtt 240
gagcttggga gattgttaaa gaattcttca gcaaagtgta caagatcttg agtacgctcc 300
ggagcaagcc tacagtggca aggaagaaag aaaatagagt aagccaacag aaaagtatac 360
agcatgtcta gttgcttaag gtaactcatc tcatacctgg gtaagtccaa cgccccagga 420
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agcaacacgc acttctaaat a 501
<210> 60
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 60
tgttcaagtc gaagaaacct aaatcaagaa gagatctcaa gaaagaaaac aaagacaaaa 60
gaggaagaga actattacaa aagtcagctc caganttatc aacaacaaga aagaaccaaa 120
cgtcgtcnac ttcgttaant ctcccaacac caagatctct gccgtctcca acaagtataa 180
gagacttgta cacagaaagg cagcaaaatc gaaacctgag ggttttctct tacaaggaac 240
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gcaaaaagat agagttcgat ctttgatagt atngatcctc tgtttgtaat gaaaggggca 480
caagcaatgg cttgctgagg t 501
<210> 61
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 61
cattgtgcag aaaggggagc tcagggacca caagtcaatt gtggctttta aaaccttggt 60
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<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 62
tctcagtagt tttatggaca aacattcact gaaacaacaa ttgcaaaaaa ttacagcaca 60
ttacagctta aagaacttaa cagccaaagg caagcaatca aagaatatga acttacagtt 120
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atatcctgca tattatttta aaanggttct ttacctgaga aangactcng aggcaaagat 360
atttcacaag ataaaaaaga naggagaaag tgatnatctg cagctaacct caggcattgc 420
tgcaggatgg cgtggntgtg cacctctcat cggcccttcc attcttgtgt taccgtagga 480
gtcattncca ggtctagctt g 501
<210> 63
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 63
ttcctctttg attgttttca gaatctgacc cccaaaatcg cataaagttt cgtactttgg 60
aagggggctt tgctggagaa tttagggatc tctctctaag gttcgtgatt ctttgttgtt 120
acctagattg tgaagttagt aaatgagatt tgttattntt ctaggtattg agttatgtgg 180
aaacagatca taagtaagct tcctaagaag tcatctaaga accattcttc atctaatgca 240
actgcatcta cttccaagag tagtagtagt agtgacaatg ttaccggaaa gtctcacgcc 300
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tttaagcagg gaaacgggat ctatgaagcc ttgccgagtt tcaaagacgt tncnaacgct 420
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gatccctcca agaacgttaa g 501
<210> 64
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 64
actgccagnt actgcaaaca caagcctagc ncgactgaag gtttgtcncg tgaaagatcc 60
ttggattgta agangtgcag ttccatggga gattctctgt ttagctcttc cgttgtnggc 120
nggaggaagc gtaatcgaat tgtnagttgc tgnccccaca agcctagcnt nactgatggt 180
ttctcntgtg aaaagccctt ggactgtgag aacggcaagt tcatgggaga ctccgtgttc 240
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tcaatacaag ctgcangttt t 501
<210> 65
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 65
taaaaattac acaaantata tatatntgaa tcatatgacg ccaatnacat aattttgata 60
gccaaaatcc aacatatttt ttatatcaaa attatattta tggtgttacc aatataacat 120
atattagttt gtcatgtgat actntatttg gtttnttaat acattatttt actaaatgtg 180
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atatattact gaggacccat tgtagctatt gtgactggtt gaaaaatggt ttaaagttgt 300
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atgcttttgt attccttcan accattcttt tgttttttcc cactacatta atgtctctaa 420
ataattgaat gttncttgcg tttgtgtata atggtgggtc accttttgat tttgcntaca 480
tctttatttc ctttctgtta a 501
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<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 66
ccagttgtca accgtatgga aaccgtagca ttaaaaatta aatcagaaaa agactaataa 60
aaattatttt tattatatcc aaactctacc tttcttcttc ccataaaggc atacactata 120
tataatactg acctctcctc ttgttctttc ataatcaaaa tctcctgatc tcattctgta 180
ctaatacatt ttatttttaa aggtttttcg tttgaaaaat aaaagaacat ggttttacct 240
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ccggttattg atttctctac acatgaccgg tcaaaactat cggagaagat tgttaaagca 360
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<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 67
tcagccatct cattatacac atcccaaaac aaatcaagac gattcctctt caaaaacgca 60
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<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 68
gtatcataat ccatgcagcc cgatanttag gactaaaatc gattgtaccg gcatatttgg 60
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<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 69
cgaagttacg gttcatgagt tgcacgagct tggaatggtc cttttcgagt aangcagttc 60
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ccggtcctga agaccagcga c 501
<210> 70
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 70
agcttnnttc attggtgaag ggtttngacg atggaggaaa actgcatggt nttaagtggt 60
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cgtatggttg anatttacga nggnattggg tgcaaggagc ttgnggggaa tgttctgcgt 180
gagtttaaac tcgatgaggn gcgntacngt gtgnctttaa gntactggcc accnacaagc 240
ttcgaacttg cgaccgggat taggacccca ccggttntga taactaacca tggtgcggtg 300
aagtatttct gcgancatca gaaagtnaaa ggggggatga atctgtttgc aaagtttgaa 360
ctggaaaaca gatagcgtgg acantgaggt tgtggacgnc tcaggaatgg cttttgtgtc 420
accagaagcg gcgngntttg tggagaagag gnattttnga tctgcttcct cnaagaaggg 480
ttatntctca tcngctgngt c 501
<210> 71
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 71
ttggagagca attgtaatgg ctgctcctcc catgaaccca accacagccg catgtgacag 60
aaagtctatc aggaatccca accggagaaa accaagggca gcttcgaaaa cgccagcaaa 120
gaaagtggcg gtgaaggcaa ggcggagata ttcctcggga tgctcattcg ggtcgaccac 180
ggcctggcaa agagtgccaa gtagaagaga caccaccgcc actggtccga tcgcaatatc 240
tctagaactc cccatgcccg catacaccag tggtggcacg aagctngaat ctgtacacaa 300
aaccatgcat tcactatttt ttatacatgg taaatgtttt ttttttgtgg ancagctata 360
ggtattatca actacactat ttctgagaat nttttttcct taggttaaat atatcaagac 420
ttacaaagtc catattttgg atccaaattc gcgagctttg catatccaat atcctaacat 480
ccatgaaaca tacatatgat g 501
<210> 72
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<213> Brassica rapa
<400> 72
ccacttgaaa tcaaaatatt aatatacctt accaaggcat gngatacagg nantagcata 60
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<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 73
atatgagggt ctttttgaga ggattgtaaa cgggttgtcc ntatcttgta aatcaagccc 60
acttcctgta gattccttca cgttcatctt cccggtttgt ttcttatcat ttctgttgac 120
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actggagcga attttactgt catcaaagcg gacaacactt cacgatgatg tgcttcgcat 240
tctgtacatg catctagatc caatgctgcc acttccaaga ctccggatga tatcagttta 300
gtgacttgag ccctatctgt ttttacactg ttatagcttt tattgaatat ttaattgttc 360
tcatatcttt tcatgtctga tcaatattnt caggttctat atcatgtgct aggtgttgtt 420
cctgcgtatc aagcatcaat tgggcctgca ctgaatgaat tatgtcttgg attgcaagca 480
gatgatgtcg caaatgtatt t 501
<210> 74
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 74
ccttccgaaa atttnggtgt gcttcaagac gagtgagtca aaagtgatca gaaatcacta 60
ttgccttgtt tcttcttttt ttcaccaatc actcatgttt attcagtaat ttgtaaaata 120
agtacgagtt ccccttactg ttgtattgat tagattcaaa acaagaagaa tatgtattca 180
caaatgtttt gggtttgaga aacagagaga gaagaaggaa tgcaaactga ccagtatgga 240
gggtatccag gaagagggta cggaggatac cccggtggtg gatatggggg aaaccgnggt 300
ggnggatatg gnggaaaccg cggtggtgga tacggtggta ggggcggata cggaggncgt 360
ggaagaggat actgtcgcta tggttgttgc tacagaggct actacggtgg ctgctctagg 420
tgctgtgctt atgctggtga ggctgttcaa actcagccgg agagtactga tccagntcac 480
tagaaaatca tgcatattgg a 501
<210> 75
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<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 75
aaaatataaa cacttgtatc gaattcttat ttcatcacac acacacactt gcagncttat 60
tgnaaagtgg acttgacgat gaatcaacaa caaaggtcat tggaacggct atcaatatta 120
tggctagtat gaagggagat tggacgcagg tgtgactcaa ntcctctttt aatttatagt 180
taccttcatt actacatgtt ctttgtcttt atttttctgg cttgcagacc tgccggaaac 240
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tatctgatta tttgttataa gattaataga gcagcagtga tgatgtttcg attttgatgt 360
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atactgaagc tgcatgttta actgtgagtt atttcatttt gcagnatatg ttacataccg 480
tttcctagtt gtaagagcta t 501
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<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 76
accatccaac aagagcgcct catcgattgg tccacttgca aacttgagct ccttctacca 60
ggctcctgaa gcnatgaagg caacggtgaa gccgtctcag aaatgggang tgtactcatt 120
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ggagatggag atagtgaagt ggatacagat gtgtatcgat gagaagaaag agatgtcaga 240
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gttaaaaaag tgtgagtata tgttngaggt aaatntcttg tttntnattg tttttgttct 480
tcatgtnnta tcaaantctt g 501
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<212> DNA
<213> Brassica rapa
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tntcttcttc gcgctctcta gcantctctt ccatggtctt ggcttgttga tagtcggcca 60
agcttgtcca caactttgtg agtttgccaa aataggtttc aataggcgtc tcttgttgtc 120
gacaagtagc cagctctgtt ttaagtcttt gaacntgttg tccattcttc attgcaaaac 180
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cttcatagtc ctcanaatct tcaganggtt tgagtatata tccatccaca aaaccaaacg 360
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<213> Brassica rapa
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caacactaac ttttcacaca aacatcagat ctttatttat tcattcatat atataacata 60
aataaaaccc taattcacca taacattcnn tccctcacaa gtttctctct caacactctc 120
aagggcaact ctcttttctg aaaaggaccc catactaata ttcgggactc ccttctnttc 180
tctctttctc tgttcattcc ttcaacancg ccaactgctc tgttgttgtt gacgcttagc 240
atcaaaagca gcaccatcat taagcatatc attagcatca ntctccattc caagcttgga 300
aagcgctaaa gcctgcatgt aaaacgcagt aggccactcc ggtatgcaaa cttgagcctg 360
cattgcgtct ctcagcgcaa gctctacttg ttccgtcatc aagtaggaga atgaccgtct 420
cgcaaacaca gtcgcagatg gaactgtcgt catcataacc accaactagn aacaaanann 480
naacagtttt agataaaatg t 501
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<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 79
ccctcacagg tccaaacctc tcaaagggaa cacgaagctc ttctggtcta caaaaaaaaa 60
tcaaaaatca agaaagtctc tcaaanacat aanttaatat gaaagaagaa caaacctgca 120
atcgagagga atgttgcgaa ccaagagact tccatggcta gatcccttac gtccnccacc 180
accgtatcca cgtcgggaag gaggaggagg aggagggctt ctnccgcgac caccgtatcc 240
tcgcctcgga ggactgtaat aaggcgggct gtatctccta ctcatcacta caacaaatcg 300
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cgccttggcc ttgtactgta t 501
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gcctgtaaga aacttgagtg ggtgttcagg gtgagaagtn ngatattctt ctagagagat 60
cttggtanat ttcacatgga agaacaactc gcactgatgg cactcgtaat attgcttgaa 120
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gatgacttgc ttttggaagc tgctgggaga acaaacgcag ctcctccttc taggtcccgt 60
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gggatgactg agtttcagag ngagatgatt ctcgccgaac gcgctgacaa gaaaggtgac 360
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tctgctgaca gagcngctgc a 501
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<212> DNA
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agcatacaga cactctcaac cccctgacac ttggaaaaca aatcctcaaa cttatcaacc 60
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aactcaaagt ttgttaagta agaactcaaa tctcacaaac ctatgtttgg taataaaaag 420
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attggcaaga tgatacaaaa gagtgtgaag gagtaaaagg gcaagatgag cttcctnang 60
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<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 84
ccctcttcct ttttcgtttg agtttcactt ttttctctct ctctctctct ctcannaacg 60
aggaacatgg cagattgggg accagttctg atagccgtga tcctattcgt agtgctaaca 120
ccggggcttc ttttccagat tccggcggga ggccgagttg tcgaattcgg gaatatgcag 180
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accatcgcca tcaacgtaca catctattcc ggttaactnt gttagctgag cttattactn 300
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ttggttcctt tatcgaatgc c 501
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ctcatttgct aaagctgtct caacattgtg aatctccatg ttaagntctg atataatctt 60
ctcttttgca gttaaggaat tctccagcat actatttgaa tctacattat cactgcagcg 120
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ctccacttca tccatcaata gactaagttc agattgcttt gtngcttttt cttcgtctga 480
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<213> Brassica rapa
<400> 86
ttagtangat agcttgacca acttacatac agtgccagtg tgcggtaaaa atgtctctgc 60
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aatttttttt gtaaattttc a 501
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<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 89
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cacctggnac tttcatctgc tcctctaact tcactgtctt ccctgtatct gcattgccag 60
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<400> 92
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<400> 93
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agaaacatgg cattttggag a 501
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<213> Brassica rapa
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cttttaagcc tagagatact gtcaaaacat cnttatccag caatgcagct acaaaactng 60
actctgagca tccaatgtcc aacactatac gaacattctt cccccattca atgtctggta 120
ccatctatta aaacaccaat catgttttca aaaggttctc ttacacagag ctttgagatt 180
aacaaatgat antcacctct tggatgaatt caaggtactg aagaacattt ccactgaagg 240
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ttatatatgc agccaacttc ggatgcgcca cgttcttata caatatctga tgtgaataaa 360
gaaaaaaaag catgagatga aaactaactt aaaatcaaag taaagaagat caacantctt 420
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ttaagttgat tagtagccgt aaagttttct tgtcaaacaa gttatantct agtntcacct 360
gtgctagngc atanggtaag gcagagtaca ttttagcagc tctctctcta tagaacacag 420
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ccgcagcata catcgctcca a 501
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<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 96
gtctaggaaa tgctctaatg caagcaacgg agaacataaa caggatattc gacagtttcg 60
acattagacc atctcaacta atgggtcaag tgaagcagca agacgactgt tacaagctga 120
ggtacgaggt tccagggcta accaaagatg acgtgaagat cacggtagat aatggaatcc 180
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actggtcttc aaggagttat ggttactaca acacgagctt gtctctgcct gatgatgcta 300
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gagtgagctg gttatagctg canattgtag aggaagtaag aggagaatct gatgaagaag 180
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<400> 98
cagcgcgttt tcgcttcgat cttttgcttc ttctttggcc aacgtcaggc aanggcttgc 60
ttgtgctcga agctaacgct ccttcacgaa cctcttcttc ctgttccatc atacttactc 120
aataagttct ttaacgtaat catgtaatta tttacttgat cgagttgtag tttacgagta 180
ttacctcatc atcggaccct tcttctgatt cagactgaga ttctagcaat tcaactgtat 240
ctttcgcaac ggccttgttc ttcttgctgc gcttctcttg ctcttttaac tgtctaaatc 300
tgttgtagta gttcaatata acatccnacg cttgtaagaa taaaatgtta gaagtcaaag 360
attataaaga gattccctca cctttcgcca gcatcatcag gctgtgcaat agatctcttc 420
gcccgtcccg cggttattat tccgcttgcg ttttcattga ctgcaggcgc tgccccgcct 480
agtttacgca gccaaacttg t 501
<210> 99
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 99
taaaatattc ttattagttt ttttgaagag tactcntgta cttttgttct ccagatatgc 60
tttggaattg ctacggttcc gggaagctgg agtagaagtt gtagtgaagg tgataatngc 120
aaggcttatc ttgacncccc atatatgatc ttattgcata gctttataat nnnattcaat 180
caaataaaac tcttgtagga cctgagnaag agatgggaca gacaatcaca agcattctac 240
aatgtattta gacaagctga tagagttgaa aagctagctg taatcatcca acgacttgta 300
agacactaaa cagatccacc cgccacaana cttcaagcta catgaattgt taagagttta 360
caatgtttta tttatatatg cctatttcct caggagcaag gtgatttgaa gcttagagtc 420
cgagcattgg agtctgagag ggcgtttcaa cgtgtagcag ctgttcaaaa aacagtagga 480
agtgtaagta aaacttttgc a 501
<210> 100
<211> 501
<212> DNA
<213> Brassica rapa
<400> 100
caggaaccaa catagatcat ccccaaagaa agtgaagcaa atgcaatcac atctagaggt 60
gctttttcgc atcattcagt atcagcgaca acttgcttct tatctataga aacaatgagc 120
aagttaatgt ttcgtgaaca cgcaaaacat tcaacaagta atataagaaa gataagaaaa 180
tgacagtgac ctggtcattt tgggaacctg cgtatgcaat tccaagaccc atgatagcac 240
caattctgac agacgaatcc tctttgtcta natagtctcc aagaagtgcc aatgcctgag 300
aaataaagct gagtaagatg aaagaatagc tggaaatatt agtgatttcc gtaaaatcaa 360
acaggacatc atcaactcac agggtcacaa tcgcttttaa tgccacagtt tacaatccta 420
actcccagaa gtgctccaga aaggatagga ttatcattac tatgaaagta tttgtcaagt 480
tgggcaagtc cgccttccac a 501
<210> 101
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.10068
<400> 101
cgatgttggt ctttaaccgc tggtt 25
<210> 102
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_10068
<400> 102
gagatctgat acccgaaaag gaaag 25
<210> 103
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.10068
<400> 103
ggagatctga tacccgaaaa ggaaaa 26
<210> 104
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.10068
<400> 104
actgcgccaa aactggaaag tgcaa 25
<210> 105
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.10068
<400> 105
agctaatgta agtgaatgtt cttacaatg 29
<210> 106
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.10068
<400> 106
ctagctaatg taagtgaatg ttcttacaat a 31
<210> 107
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.10069
<400> 107
cgacatctag agcagtgagc aagtt 25
<210> 108
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.10069
<400> 108
aagcggcttc catacccaag c 21
<210> 109
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.10069
<400> 109
ctaagcggct tccataccca agt 23
<210> 110
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.10069
<400> 110
gtatccttgg ctgtataagt tcccgta 27
<210> 111
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.10069
<400> 111
gtggtgttat aaaaggcggt gcg 23
<210> 112
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.10069
<400> 112
gtggtgttat aaaaggcggt gcc 23
<210> 113
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.10071
<400> 113
ttacgccgta gatcctcagt cgtat 25
<210> 114
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.10071
<400> 114
catccggcac aacggtcgg 19
<210> 115
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.10071
<400> 115
ccatccggca caacggtcga 20
<210> 116
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.10071
<400> 116
ggttccatct caagtgttta aagcaagat 29
<210> 117
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.10071
<400> 117
cagcctctgt atgaaacaag acag 24
<210> 118
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.10071
<400> 118
ccagcctctg tatgaaacaa gacat 25
<210> 119
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.10073
<400> 119
cttctttcac tcatgctagg gccat 25
<210> 120
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.10073
<400> 120
ccaagacccg tatccgtagc c 21
<210> 121
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.10073
<400> 121
ccaagacccg tatccgtagc a 21
<210> 122
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.10073
<400> 122
gtaaccaagg aggaatgatc ttagatcta 29
<210> 123
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.10073
<400> 123
cattcttagc caccgtatag gtc 23
<210> 124
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.10073
<400> 124
agcattctta gccaccgtat aggta 25
<210> 125
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.26015
<400> 125
atctatttgg cgtggtggtc gtgat 25
<210> 126
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.26015
<400> 126
ctcgatggaa cgcataacag ac 22
<210> 127
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.26015
<400> 127
actctcgatg gaacgcataa cagaa 25
<210> 128
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.26015
<400> 128
gcagtcatgc aactctaggt ttatacaaa 29
<210> 129
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.26015
<400> 129
cgcttttgga gctcgacgaa ct 22
<210> 130
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.26015
<400> 130
cgcttttgga gctcgacgaa ca 22
<210> 131
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.28052
<400> 131
ttcctgttgt ctttctgtta cagcctt 27
<210> 132
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.28052
<400> 132
ccagtaccag atatggcgaa aga 23
<210> 133
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.28052
<400> 133
ccagtaccag atatggcgaa agg 23
<210> 134
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.28052
<400> 134
gtgctgctct gccaaatgga ctat 24
<210> 135
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.28052
<400> 135
agtctcttat aaggcggcat atgag 25
<210> 136
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.28052
<400> 136
gagtctctta taaggcggca tatgat 26
<210> 137
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.28053
<400> 137
agatgcaaac acaggaaacg ttgttcaaa 29
<210> 138
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.28053
<400> 138
gttcagcttt gccgttgaat cttc 24
<210> 139
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.28053
<400> 139
cgttcagctt tgccgttgaa tcttt 25
<210> 140
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.28053
<400> 140
gatggttacg ttctagctct cagca 25
<210> 141
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.28053
<400> 141
ctcaagcttc gacttgagcg tt 22
<210> 142
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.28053
<400> 142
ctcaagcttc gacttgagcg tg 22
<210> 143
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.28057
<400> 143
ctaaagtgtt gatttttggc tgtttcagaa 30
<210> 144
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.28057
<400> 144
gtgcattctc agtaccagag gataa 25
<210> 145
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.28057
<400> 145
gcattctcag taccagagga tag 23
<210> 146
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.28057
<400> 146
tgagaagagc ttggccattt cggat 25
<210> 147
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.28057
<400> 147
gaagcagcag aagatggttc cg 22
<210> 148
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.28057
<400> 148
agaagcagca gaagatggtt cca 23
<210> 149
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11377
<400> 149
gaagacggag tgggcaacgg aa 22
<210> 150
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11377
<400> 150
attctctttg gatttagcgc ctcc 24
<210> 151
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No.CNU_11377
<400> 151
ctctttggat ttagcgcctc t 21
<210> 152
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No.CNU_11377
<400> 152
tgttttgctc tgagctcatc aagaagtat 29
<210> 153
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No.CNU_11377
<400> 153
caaagatctt aaatctcatc ttcatcaac 29
<210> 154
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No.CNU_11377
<400> 154
caaagatctt aaatctcatc ttcatcaag 29
<210> 155
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No.CNU_11378
<400> 155
gatctatgac tctgaatttc tcttgttgat 30
<210> 156
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No.CNU_11378
<400> 156
agaaccatgg agagggtcga ct 22
<210> 157
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No.CNU_11378
<400> 157
gaaccatgga gagggtcgac c 21
<210> 158
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No.CNU_11378
<400> 158
ccgaaacaca tttggctttg aattgcatt 29
<210> 159
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No.CNU_11378
<400> 159
ggctctgttg aagaatctga agtg 24
<210> 160
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No.CNU_11378
<400> 160
gtggctctgt tgaagaatct gaagtt 26
<210> 161
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No.CNU_11379
<400> 161
cttggagaag agcgtggagt tgta 24
<210> 162
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No.CNU_11379
<400> 162
cgggtttgtg tcctccaacg 20
<210> 163
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No.CNU_11379
<400> 163
gtcgggtttg tgtcctccaa ca 22
<210> 164
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No.CNU_11379
<400> 164
tgcttacagc aaaactaagt gctctcttt 29
<210> 165
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No.CNU_11379
<400> 165
tgggagcttc ctccatctac tta 23
<210> 166
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No.CNU_11379
<400> 166
gggagcttcc tccatctact tg 22
<210> 167
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11381
<400> 167
tcagcagcca gctcagaaag tcaa 24
<210> 168
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11381
<400> 168
gtaagttggg acaggtgtca tgc 23
<210> 169
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11381
<400> 169
gtaagttggg acaggtgtca tgt 23
<210> 170
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11381
<400> 170
ctgatacgtg aaactgtaag ttgtggaaa 29
<210> 171
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11381
<400> 171
cataccactg gtggccagga t 21
<210> 172
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11381
<400> 172
cataccactg gtggccagga c 21
<210> 173
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11383
<400> 173
cctcagacct cttccccata atgaa 25
<210> 174
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11383
<400> 174
attggagctg gataaggtct tcatg 25
<210> 175
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11383
<400> 175
ggagctggat aaggtcttca ta 22
<210> 176
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11383
<400> 176
tattgctcgt tccattttct cagctcatt 29
<210> 177
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11383
<400> 177
aggtgagccc gtcggtgg 18
<210> 178
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11383
<400> 178
aggtgagccc gtcggtgc 18
<210> 179
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11384
<400> 179
caccacaaca agaagacacc accat 25
<210> 180
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11384
<400> 180
caacgtccct ctaaaggcta tg 22
<210> 181
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11384
<400> 181
caacgtccct ctaaaggcta tc 22
<210> 182
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11384
<400> 182
gttaccaaac tctgtccgag tcacat 26
<210> 183
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11384
<400> 183
ggagtgttgc tgcacgtcct ta 22
<210> 184
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11384
<400> 184
gagtgttgct gcacgtcctt c 21
<210> 185
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11386
<400> 185
ctgatggtgt aaagaaactt tacctggta 29
<210> 186
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11386
<400> 186
gtagtaccaa ccaaaacagc aacc 24
<210> 187
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11386
<400> 187
atgtagtacc aaccaaaaca gcaaca 26
<210> 188
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11386
<400> 188
tgcattatca aaaagccacg caatgctta 29
<210> 189
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11386
<400> 189
gcccattcct aagcttggaa gc 22
<210> 190
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11386
<400> 190
gcccattcct aagcttggaa gt 22
<210> 191
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11387
<400> 191
cagtggctca gctactgatt cttctt 26
<210> 192
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11387
<400> 192
gtggaggcta aggaggacaa 20
<210> 193
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11387
<400> 193
gtggaggcta aggaggacac 20
<210> 194
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11387
<400> 194
gcacatgatg cagccaccta tcaa 24
<210> 195
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11387
<400> 195
gtttatgagt ttatagccaa tggccc 26
<210> 196
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11387
<400> 196
gtttatgagt ttatagccaa tggcct 26
<210> 197
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11388
<400> 197
gggtcatcac atttggtgtc acgta 25
<210> 198
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11388
<400> 198
gccaagtggt tcctcaggag c 21
<210> 199
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11388
<400> 199
agccaagtgg ttcctcagga gt 22
<210> 200
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11388
<400> 200
ggatcgtgtt attcaaaacc ggtttgatt 29
<210> 201
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11388
<400> 201
gtcctcctcc atttcttaac catg 24
<210> 202
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11388
<400> 202
cgtcctcctc catttcttaa ccata 25
<210> 203
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11389
<400> 203
ggactcgacg aagagaagtc tttgtt 26
<210> 204
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11389
<400> 204
agatggattt gtgacgatcg atgtc 25
<210> 205
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11389
<400> 205
cagatggatt tgtgacgatc gatgtt 26
<210> 206
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11389
<400> 206
gactttggtg ttcccaaact cagcat 26
<210> 207
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11389
<400> 207
gtgagctctg cttctggtt 19
<210> 208
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11389
<400> 208
ctgtgagctc tgcttctggt c 21
<210> 209
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11390
<400> 209
gtggcaacaa tgggcagacc ataa 24
<210> 210
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11390
<400> 210
catttatcat ttatgtatga caggcagct 29
<210> 211
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11390
<400> 211
catttatcat ttatgtatga caggcagca 29
<210> 212
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11390
<400> 212
gtcgtcccat ttagcttcaa ttaagttcaa 30
<210> 213
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11390
<400> 213
agtacaccga agcagaatga agcta 25
<210> 214
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11390
<400> 214
acaccgaagc agaatgaagc tc 22
<210> 215
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11393
<400> 215
atagcaggat aggattaggg aaatgtcat 29
<210> 216
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11393
<400> 216
gtctttacta gtaaactctg ttcctg 26
<210> 217
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11393
<400> 217
gttgtcttta ctagtaaact ctgttccta 29
<210> 218
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11393
<400> 218
gtagagacgg ctcatttgca acagaa 26
<210> 219
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11393
<400> 219
gataccaggg ctgaaaacga tcaaa 25
<210> 220
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11393
<400> 220
ataccagggc tgaaaacgat caag 24
<210> 221
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11395
<400> 221
ctccagaggt aatcactttc atcagaatt 29
<210> 222
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11395
<400> 222
aaaatcatga gtgatcccga gaaaac 26
<210> 223
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11395
<400> 223
caaaatcatg agtgatcccg agaaaat 27
<210> 224
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11395
<400> 224
gaacattata cctttggttc cgatgacaa 29
<210> 225
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11395
<400> 225
ttgacgccgg caataaaaca cag 23
<210> 226
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11395
<400> 226
ctttgacgcc ggcaataaaa cacat 25
<210> 227
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11396
<400> 227
aaggatgact ctagactcac ttgtgaat 28
<210> 228
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11396
<400> 228
acatgccatc acttctgttg gatc 24
<210> 229
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11396
<400> 229
acatgccatc acttctgttg gatt 24
<210> 230
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11396
<400> 230
acaccttctc cgagacggag aataa 25
<210> 231
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11396
<400> 231
cctcctctgt cttcacctcc 20
<210> 232
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11396
<400> 232
ctcctcctct gtcttcacct ca 22
<210> 233
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11397
<400> 233
cccactctcc caagattctc catta 25
<210> 234
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11397
<400> 234
caatggctca tgggaccttg ca 22
<210> 235
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11397
<400> 235
aatggctcat gggaccttgc g 21
<210> 236
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11397
<400> 236
ttttagtatc tttaggagca acccttcaat 30
<210> 237
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11397
<400> 237
caatctggtt atcctctagc ttatcat 27
<210> 238
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11397
<400> 238
aatctggtta tcctctagct tatcac 26
<210> 239
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11400
<400> 239
cgagatggtc aggaaggctt gtaa 24
<210> 240
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11400
<400> 240
cttctaacat ctccatcacc tctc 24
<210> 241
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11400
<400> 241
ctcttctaac atctccatca cctctt 26
<210> 242
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11400
<400> 242
gctgatcaat tttctcaaga cgtgaacat 29
<210> 243
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11400
<400> 243
tcaggaccgt ttagaagtgg atg 23
<210> 244
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11400
<400> 244
gttcaggacc gtttagaagt ggatt 25
<210> 245
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11402
<400> 245
gtcccataat ggctcagcgt actta 25
<210> 246
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11402
<400> 246
gccgtggcgt tcacgaaacc 20
<210> 247
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11402
<400> 247
gccgtggcgt tcacgaaaca 20
<210> 248
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11402
<400> 248
agccacaaca tttactccat ttctgtgaa 29
<210> 249
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11402
<400> 249
tcctagaaga gaaggttcac ct 22
<210> 250
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11402
<400> 250
cttcctagaa gagaaggttc acca 24
<210> 251
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11403
<400> 251
ccttccgtac aatggggcat catta 25
<210> 252
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11403
<400> 252
ccttaatgta atcagatttc aaggcaga 28
<210> 253
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11403
<400> 253
cttaatgtaa tcagatttca aggcagg 27
<210> 254
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11403
<400> 254
tcagaggtaa gtgtggcagt ggaat 25
<210> 255
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11403
<400> 255
ggaggtgaag atagagatca agag 24
<210> 256
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11403
<400> 256
cggaggtgaa gatagagatc aagaa 25
<210> 257
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11405
<400> 257
aaaaggctat gagctacatg ggtatagtt 29
<210> 258
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11405
<400> 258
atcattggat gtggaagaga acaatg 26
<210> 259
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11405
<400> 259
aatatcattg gatgtggaag agaacaata 29
<210> 260
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11405
<400> 260
ggaaggtgta acagatatga ttcattccaa 30
<210> 261
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11405
<400> 261
gatctttcac ttcttgctct gtg 23
<210> 262
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11405
<400> 262
gctgatcttt cacttcttgc tctgta 26
<210> 263
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11406
<400> 263
gcagtcagcc gatttttgag gtcaa 25
<210> 264
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11406
<400> 264
ctctaccggt atttcaatct ctgc 24
<210> 265
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11406
<400> 265
aatctctacc ggtatttcaa tctctgt 27
<210> 266
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11406
<400> 266
ccctaaatca tggtgatgat gttgagtat 29
<210> 267
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11406
<400> 267
aacggaacta ttccttgagg taacg 25
<210> 268
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11406
<400> 268
aaacggaact attccttgag gtaaca 26
<210> 269
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11407
<400> 269
cggctctgta gcaatgacag caaa 24
<210> 270
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11407
<400> 270
gagacaacga agatttagtc agctc 25
<210> 271
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11407
<400> 271
cgagacaacg aagatttagt cagctt 26
<210> 272
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11407
<400> 272
tgcctgagag tgttaagcag ctctt 25
<210> 273
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11407
<400> 273
cgagaaagtt cctcgcgtac gt 22
<210> 274
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11407
<400> 274
cgagaaagtt cctcgcgtac ga 22
<210> 275
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11416
<400> 275
gcaaactaat gcatacgatt gttgagctt 29
<210> 276
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11416
<400> 276
acactttgct gaagaattct ttaacaatc 29
<210> 277
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11416
<400> 277
gtacactttg ctgaagaatt ctttaacaat a 31
<210> 278
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11416
<400> 278
ggttttctct tacaaggaac tcagtgaa 28
<210> 279
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11416
<400> 279
aaactttctg tcaaacccac acgtg 25
<210> 280
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11416
<400> 280
aaactttctg tcaaacccac acgtc 25
<210> 281
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11419
<400> 281
cagcaatatc cagtcccaaa ctgacaa 27
<210> 282
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11419
<400> 282
aattggcaag cccaaatttg agtaaga 27
<210> 283
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11419
<400> 283
ggcaagccca aatttgagta agg 23
<210> 284
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11419
<400> 284
ctgcacatgc tgatccggcc at 22
<210> 285
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11419
<400> 285
ccgtatggtc catgccctgt 20
<210> 286
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11419
<400> 286
ccgtatggtc catgccctgg 20
<210> 287
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11420
<400> 287
ccattcttca tctaatgcaa ctgcatcta 29
<210> 288
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11420
<400> 288
gtcactacta ctactactct tggaag 26
<210> 289
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11420
<400> 289
gtcactacta ctactactct tggaaa 26
<210> 290
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11420
<400> 290
cccaaagctg atcatcatct tgacatta 28
<210> 291
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11420
<400> 291
ccgtgttcgg ctcctcggt 19
<210> 292
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11420
<400> 292
cgtgttcggc tcctcggc 18
<210> 293
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11471
<400> 293
atgtaattgt gtattgtata tgtaggcaat 30
<210> 294
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11471
<400> 294
cacaatagct acaatgggtc ctc 23
<210> 295
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11471
<400> 295
gtcacaatag ctacaatggg tcctt 25
<210> 296
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11471
<400> 296
ttgccttctt tccagtgggt ggaaa 25
<210> 297
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11471
<400> 297
aacatggttt taccttcttc aacacc 26
<210> 298
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11471
<400> 298
gaacatggtt ttaccttctt caacact 27
<210> 299
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11472
<400> 299
gtagtttagg gcaagctcgt agtgtt 26
<210> 300
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11472
<400> 300
caaaacctca gatacaggcc actt 24
<210> 301
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11472
<400> 301
aaaacctcag atacaggcca ctc 23
<210> 302
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession NO.CNU_11472
<400> 302
ctttgctctc gctatgtatt gttcgaaat 29
<210> 303
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession NO.CNU_11472
<400> 303
aaccagagag taaggtcaat gttgg 25
<210> 304
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession NO.CNU_11472
<400> 304
ataaccagag agtaaggtca atgttgt 27
<210> 305
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_11474
<400> 305
gcctgagttg tagtcatttg agaagaata 29
<210> 306
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_11474
<400> 306
gagaatccta gcgactccgg 20
<210> 307
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_11474
<400> 307
ctgagaatcc tagcgactcc ga 22
<210> 308
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_11474
<400> 308
gaatgttctg cgtgagttta aactcgat 28
<210> 309
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_11474
<400> 309
ggggtcctaa tcccggtcg 19
<210> 310
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_11474
<400> 310
gtggggtcct aatcccggtc a 21
<210> 311
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_11475
<400> 311
caccactggt gtatgcgggc at 22
<210> 312
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_11475
<400> 312
cgatcgcaat atctctagaa ctcc 24
<210> 313
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_11475
<400> 313
ccgatcgcaa tatctctaga actct 25
<210> 314
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_11475
<400> 314
gtgtgttgtt ggaactgatg gtagctt 27
<210> 315
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_11475
<400> 315
acttacacat ggacctcgac ca 22
<210> 316
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_11475
<400> 316
acttacacat ggacctcgac ct 22
<210> 317
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_11476
<400> 317
ggaagtggca gcattggatc tagat 25
<210> 318
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_11476
<400> 318
atgtgcttcg cattctgtac atgc 24
<210> 319
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_11476
<400> 319
gatgtgcttc gcattctgta catgt 25
<210> 320
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_11476
<400> 320
gcaaactgac cagtatggag ggtat 25
<210> 321
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_11476
<400> 321
ggtatcctcc gtaccctctt c 21
<210> 322
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_11476
<400> 322
gggtatcctc cgtaccctct tt 22
<210> 323
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_11477
<400> 323
gacctgccgg aaactaagcg gaa 23
<210> 324
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_11477
<400> 324
cagctatgta aattgctgca ccacat 26
<210> 325
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_11477
<400> 325
cagctatgta aattgctgca ccacaa 26
<210> 326
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_11477
<400> 326
caatctctgt gtcttcaggc accaa 25
<210> 327
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_11477
<400> 327
agaaagagat gtcagacatt ttggatc 27
<210> 328
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_11477
<400> 328
gaagaaagag atgtcagaca ttttggata 29
<210> 329
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_11478
<400> 329
cttgtggtgt catggataaa agttaccat 29
<210> 330
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_11478
<400> 330
gcgatgaaca aagagactcg tcg 23
<210> 331
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_11478
<400> 331
agcgatgaac aaagagactc gtca 24
<210> 332
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_11478
<400> 332
tctgttgttg ttgacgctta gcatcaaa 28
<210> 333
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_11478
<400> 333
aatgatatgc ttaatgatgg tgc 23
<210> 334
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_11478
<400> 334
gatgctaatg atatgcttaa tgatggtga 29
<210> 335
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_11716
<400> 335
gtaggagata cagcccgcct tatta 25
<210> 336
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_11716
<400> 336
ccgtatcctc gcctcggag 19
<210> 337
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_11716
<400> 337
caccgtatcc tcgcctcgga t 21
<210> 338
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_11716
<400> 338
gttttcgaga gtaaggggtg gtgat 25
<210> 339
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_11716
<400> 339
ggatttgggt tgtgcgtgga g 21
<210> 340
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_11716
<400> 340
ggatttgggt tgtgcgtgga a 21
<210> 341
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_11717
<400> 341
tgcctgtcct cctcgttctt gtaaa 25
<210> 342
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_11717
<400> 342
cagcgacgac gaggactctg a 21
<210> 343
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_11717
<400> 343
gcgacgacga ggactctgg 19
<210> 344
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_11717
<400> 344
ggggctagca ccggttgcta aa 22
<210> 345
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_11717
<400> 345
gatcattgaa ggtggctccg aga 23
<210> 346
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_11717
<400> 346
atcattgaag gtggctccga gg 22
<210> 347
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_11721
<400> 347
ctgaatcgta tgaagcttac agaaagcaa 29
<210> 348
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_11721
<400> 348
cataggtcct gaatgccatc ggt 23
<210> 349
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_11721
<400> 349
ataggtcctg aatgccatcg gc 22
<210> 350
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_11721
<400> 350
ttctttggtc tcatcactat cttcaccat 29
<210> 351
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_11721
<400> 351
taaccggaat agatgtgtac gttga 25
<210> 352
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_11721
<400> 352
aaccggaata gatgtgtacg ttgg 24
<210> 353
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_11722
<400> 353
ccacctattc ttgttctcag tatcttcat 29
<210> 354
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_11722
<400> 354
atctacgatc tcagctgcaa acag 24
<210> 355
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_11722
<400> 355
catctacgat ctcagctgca aacaa 25
<210> 356
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_11722
<400> 356
ttcacaggac cgcataagct tccta 25
<210> 357
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_11722
<400> 357
agactccgga ctaactagta tctga 25
<210> 358
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_11722
<400> 358
actccggact aactagtatc tgg 23
<210> 359
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_11723
<400> 359
ttgtatacca ctgcttcaaa tggagagt 28
<210> 360
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_11723
<400> 360
atgatgatcc tttagctttc tcgcat 26
<210> 361
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_11723
<400> 361
atgatgatcc tttagctttc tcgcaa 26
<210> 362
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_11723
<400> 362
tcgtcgaaag agccgaaagc tgaaa 25
<210> 363
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_11723
<400> 363
cggggaatat ctttagtcac cttc 24
<210> 364
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_11723
<400> 364
ccggggaata tctttagtca cctta 25
<210> 365
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_11729
<400> 365
gagttgggct caacaatggt caagtt 26
<210> 366
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_11729
<400> 366
agtcttggtt acacagtccc aaatg 25
<210> 367
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_11729
<400> 367
agtcttggtt acacagtccc aaatc 25
<210> 368
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_11729
<400> 368
gatccggtct tgacatgcgt agaat 25
<210> 369
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_11729
<400> 369
ccgaatttca tgttcccaat ggc 23
<210> 370
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_11729
<400> 370
agccgaattt catgttccca atgga 25
<210> 371
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_11731
<400> 371
gtccccccta agaatgaaga acgta 25
<210> 372
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_11731
<400> 372
gcttggctgc aagccagtg 19
<210> 373
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_11731
<400> 373
ctgcttggct gcaagccagt t 21
<210> 374
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_11731
<400> 374
gggacatcaa tggcttcacc tcat 24
<210> 375
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_11731
<400> 375
ataagcgcag cgactccagc ta 22
<210> 376
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_11731
<400> 376
ataagcgcag cgactccagc tt 22
<210> 377
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_28026
<400> 377
cttcttacat cttcccaagc aaagaaaat 29
<210> 378
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_28026
<400> 378
gatgtgagtt ttgttgagta cctgag 26
<210> 379
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_28026
<400> 379
agatgtgagt tttgttgagt acctgat 27
<210> 380
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_28026
<400> 380
ggtgaatgag tccggtgaat accta 25
<210> 381
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_28026
<400> 381
atttccactg aaggcagtct tgttc 25
<210> 382
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_28026
<400> 382
catttccact gaaggcagtc ttgtta 26
<210> 383
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_28028
<400> 383
gtctgtgaag tgccgtatgt actgtt 26
<210> 384
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_28028
<400> 384
gtatacaatc aacgtataat acgtagtttg 30
<210> 385
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_28028
<400> 385
gtatacaatc aacgtataat acgtagtttc 30
<210> 386
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_28028
<400> 386
ctgaagaaga cgagcactgg tctt 24
<210> 387
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_28028
<400> 387
cgtgttgtag taaccataac tcctt 25
<210> 388
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_28028
<400> 388
cgtgttgtag taaccataac tcctc 25
<210> 389
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_28066
<400> 389
aggaagtaag aggagaatct gatgaagaa 29
<210> 390
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_28066
<400> 390
gggttttgac aaatggagat aagatc 26
<210> 391
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_28066
<400> 391
attgggtttt gacaaatgga gataagatt 29
<210> 392
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNU_28066
<400> 392
caagagaagc gcagcaagaa gaacaa 26
<210> 393
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNU_28066
<400> 393
gcaattcaac tgtatctttc gcaacg 26
<210> 394
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNU_28066
<400> 394
agcaattcaa ctgtatcttt cgcaaca 27
<210> 395
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNV
<400> 395
tacagctagc ttttcaactc tatcagctt 29
<210> 396
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNV
<400> 396
acaatcacaa gcattctaca atgtatttag 30
<210> 397
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNV
<400> 397
gacaatcaca agcattctac aatgtattta a 31
<210> 398
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq common_Accession No,CNV
<400> 398
ggcattggca cttcttggag actat 25
<210> 399
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele X_Accession No,CNV
<400> 399
acccatgata gcaccaattc tgaca 25
<210> 400
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer Seq Allele Y_Accession No,CNV
<400> 400
ccatgatagc accaattctg acg 23
Claims (16)
- 서열번호 1 내지 100에서 선택된 어느 하나 이상의 폴리뉴클레오티드에서, SNP 위치인 각 서열의 251번째 염기를 포함하고, 5 내지 501개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 배추의 계통 구분용 SNP 마커.
- 제1항에 있어서, 상기 SNP 마커는 자원명(Accession ID) 10068, 10069, 10071, 10073, 26015, 28052, 28053, 28057, CNU_11377, CNU_11378, CNU_11379, CNU_11381, CNU_11383, CNU_11384, CNU_11386, CNU_11387, CNU_11388, CNU_11389, CNU_11390, CNU_11393, CNU_11395, CNU_11396, CNU_11397, CNU_11400, CNU_11402, CNU_11403, CNU_11405, CNU_11406, CNU_11407, CNU_11416, CNU_11419, CNU_11420, CNU_11471, CNU_11472, CNU_11474, CNU_11475, CNU_11476, CNU_11477, CNU_11478, CNU_11716, CNU_11717, CNU_11721, CNU_11722, CNU_11723, CNU_11729, CNU_11731, CNU_28026, CNU_28028, CNU_28066, 및 CNV을 동시에 구분하는 것인, 배추의 계통 구분용 SNP 마커.
- 제1항에 있어서, 상기 계통은 정밀 육종(precision breeding)을 위한 것인, 마커.
- 제1항에 있어서, 상기 서열번호 1 내지 100에서 선택된 어느 하나 이상의 폴리뉴클레오티드는
서열번호 1, 25, 30, 32, 33, 35, 39, 41, 43, 47, 53, 55, 56, 65, 74, 77, 97, 98, 및 99로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, G 또는 A인 251번째 염기를 포함;
서열번호 11, 24, 46, 61, 81, 96, 및 100으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, A 또는 G인 251번째 염기를 포함;
서열번호 2, 3, 5, 13, 16, 17, 21, 23, 34, 52, 54, 57, 63, 66, 69, 70, 71, 73, 80, 및 85로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, C 또는 T인 251번째 염기를 포함;
서열번호 15, 19, 22, 36, 40, 45, 51, 64, 67, 82, 83, 84, 및 86으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, T 또는 C인 251번째 염기를 포함;
서열번호 4, 18, 26, 27, 89, 및 95로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, G 또는 C인 251번째 염기를 포함;
서열번호 60으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, C 또는 G인 251번째 염기를 포함;
서열번호 6, 8, 9, 12, 42, 44, 48, 59, 68, 78, 79, 90, 91, 및 93으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, G 또는 T인 251번째 염기를 포함;
서열번호 31, 38, 및 62로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, T 또는 G인 251번째 염기를 포함;
서열번호 7, 20, 29, 49, 76, 88, 및 94로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, C 또는 A인 251번째 염기를 포함;
서열번호 14 및 28로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, A 또는 C인 251번째 염기를 포함;
서열번호 10, 37, 50, 72, 75, 및 87로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, A 또는 T인 251번째 염기를 포함; 및
서열번호 58 및 92 로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, T 또는 A인 251번째 염기를 포함하는 5 내지 501개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드로부터 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드인 것인, 배추의 계통 구분용 SNP 마커.
- 제1항에 있어서, 상기 서열번호 1 또는 서열번호 2로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID 10068 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 3 또는 서열번호 4로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID 10069 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 5 또는 서열번호 6로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID 10071 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 7 또는 서열번호 8로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID 10073 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 9 또는 서열번호 10로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID 26015 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 11 또는 서열번호 12로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID 28052 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 13 또는 서열번호 14로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID 28053 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 15 또는 서열번호 16로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID 28057 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 17 또는 서열번호 18로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11377 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 19 또는 서열번호 20로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11378 계통을 구분하기 위한 마커인, 배추의 계통 구분용 SNP 마커;
상기 서열번호 21 또는 서열번호 22로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11379 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 23 또는 서열번호 24로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11381 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 25 또는 서열번호 26으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11383 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 27 또는 서열번호 28로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11384 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 29 또는 서열번호 30으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11386 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 31 또는 서열번호 32로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11387 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 33 또는 서열번호 34로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11388 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 35 또는 서열번호 36으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11389 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 37 또는 서열번호 38로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11390 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 39 또는 서열번호 40으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11393 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 41 또는 서열번호 42로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11395 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 43 또는 서열번호 44로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11396 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 45 또는 서열번호 46으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11397 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 47 또는 서열번호 48로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11400 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 49 또는 서열번호 50으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11402 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 51 또는 서열번호 52로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11403 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 53 또는 서열번호 54로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11405 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 55 또는 서열번호 56으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11406 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 57 또는 서열번호 58로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11407 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 59 또는 서열번호 60으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11416 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 61 또는 서열번호 62로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11419 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 63 또는 서열번호 64로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11420 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 65 또는 서열번호 66으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11471 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 67 또는 서열번호 68로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11472 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 69 또는 서열번호 70으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11474 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 71 또는 서열번호 72로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11475 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 73 또는 서열번호 74로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11476 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 75 또는 서열번호 76으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11477 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 77 또는 서열번호 78로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11478 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 79 또는 서열번호 80으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11716 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 81 또는 서열번호 82로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11717 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 83 또는 서열번호 84로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11721 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 85 또는 서열번호 86으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11722 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 87 또는 서열번호 88로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11723 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 89 또는 서열번호 90으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11729 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 91 또는 서열번호 92로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_11731 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 93 또는 서열번호 94으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_28026 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 95 또는 서열번호 96으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_28028 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 97 또는 서열번호 98으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNU_28066 계통을 구분하기 위한 마커;
상기 서열번호 99 또는 서열번호 100으로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커는, Accession ID CNV 계통을 구분하기 위한 마커.
- 제1항 내지 제5항 중 어느 하나의 배추의 계통 구분용 SNP 마커를 검출할 수 있는 프로브, 프라이머, 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 배추의 계통 구분용 조성물.
- 제6항에 있어서, 상기 프라이머는 하기의 a) 내지 t)의 KASP(kompetitive allele specific PCR)용 프라이머 세트에서 선택된 하나 이상을 포함하는 것인, 조성물:
a1) 서열번호 101 및 서열번호 102의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 101 및 서열번호 103의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
b1) 서열번호 104 및 서열번호 105의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 104 및 서열번호 106의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
c1) 서열번호 107 및 서열번호 108의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 107 및 서열번호 109의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
d1) 서열번호 110 및 서열번호 111의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 110 및 서열번호 112의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
e1) 서열번호 113 및 서열번호 114의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 113 및 서열번호 115의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
f1) 서열번호 116 및 서열번호 117의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 116 및 서열번호 118의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
g1) 서열번호 119 및 서열번호 120의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 119 및 서열번호 121의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
h1) 서열번호 122 및 서열번호 123의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 122 및 서열번호 124의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
i1) 서열번호 125 및 서열번호 126의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 125 및 서열번호 127의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
j1) 서열번호 128 및 서열번호 129의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 128 및 서열번호 130의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
k1) 서열번호 131 및 서열번호 132의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 131 및 서열번호 133의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
l1) 서열번호 134 및 서열번호 135의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 134 및 서열번호 136의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
m1) 서열번호 137 및 서열번호 138의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 137 및 서열번호 139의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
n1) 서열번호 140 및 서열번호 141의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 140 및 서열번호 142의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
o1) 서열번호 143 및 서열번호 144의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 143 및 서열번호 145의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
p1) 서열번호 146 및 서열번호 147의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 146 및 서열번호 148의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
q1) 서열번호 149 및 서열번호 150의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 149 및 서열번호 151의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
r1) 서열번호 152 및 서열번호 153의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 152 및 서열번호 154의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
s1) 서열번호 155 및 서열번호 156의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 155 및 서열번호 157의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
t1) 서열번호 158 및 서열번호 159의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 158 및 서열번호 160의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
u) 서열번호 161 및 서열번호 162의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 161 및 서열번호 163의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
v) 서열번호 164 및 서열번호 165의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 164 및 서열번호 166의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
w) 서열번호 167 및 서열번호 168의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 167 및 서열번호 169의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
x) 서열번호 170 및 서열번호 171의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 170 및 서열번호 172의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
y) 서열번호 173 및 서열번호 174의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 173 및 서열번호 175의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
z) 서열번호 176 및 서열번호 177의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 176 및 서열번호 178의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
a2) 서열번호 179 및 서열번호 180의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 179 및 서열번호 181의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
b2) 서열번호 182 및 서열번호 183의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 182 및 서열번호 184의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
c2) 서열번호 185 및 서열번호 186의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 185 및 서열번호 187의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
d2) 서열번호 188 및 서열번호 189의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 188 및 서열번호 190의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
e2) 서열번호 191 및 서열번호 192의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 191 및 서열번호 193의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
f2) 서열번호 194 및 서열번호 195의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 194 및 서열번호 196의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
g2) 서열번호 197 및 서열번호 198의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 197 및 서열번호 199의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
h2) 서열번호 200 및 서열번호 201의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 200 및 서열번호 202의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
i2) 서열번호 203 및 서열번호 204의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 203 및 서열번호 205의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
j2) 서열번호 206 및 서열번호 207의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 206 및 서열번호 208의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
k2) 서열번호 209 및 서열번호 210의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 209 및 서열번호 211의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
l2) 서열번호 212 및 서열번호 213의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 212 및 서열번호 214의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
m2) 서열번호 215 및 서열번호 216의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 215 및 서열번호 217의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
n2) 서열번호 218 및 서열번호 219의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 218 및 서열번호 220의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
o2) 서열번호 221 및 서열번호 222의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 221 및 서열번호 223의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
p2) 서열번호 224 및 서열번호 225의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 224 및 서열번호 226의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
q2) 서열번호 227 및 서열번호 228의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 227 및 서열번호 229의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
r2) 서열번호 230 및 서열번호 231의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 230 및 서열번호 232의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
s2) 서열번호 233 및 서열번호 234의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 233 및 서열번호 235의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
t2) 서열번호 236 및 서열번호 237의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 236 및 서열번호 238의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
u2) 서열번호 239 및 서열번호 240의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 239 및 서열번호 241의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
v2) 서열번호 242 및 서열번호 243의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 242 및 서열번호 244의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
w2) 서열번호 245 및 서열번호 246의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 245 및 서열번호 247의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
x2) 서열번호 248 및 서열번호 249의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 248 및 서열번호 250의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
y2) 서열번호 251 및 서열번호 252의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 251 및 서열번호 253의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
z2) 서열번호 254 및 서열번호 255의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 254 및 서열번호 256의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
a3) 서열번호 257 및 서열번호 258의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 257 및 서열번호 259의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
b3) 서열번호 260 및 서열번호 261의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 260 및 서열번호 262의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
c3) 서열번호 263 및 서열번호 264의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 263 및 서열번호 265의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
d3) 서열번호 266 및 서열번호 267의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 266 및 서열번호 268의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
e3) 서열번호 269 및 서열번호 270의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 269 및 서열번호 271의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
f3) 서열번호 272 및 서열번호 273의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 272 및 서열번호 274의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
g3) 서열번호 275 및 서열번호 276의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 275 및 서열번호 277의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
h3) 서열번호 278 및 서열번호 279의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 278 및 서열번호 280의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
i3) 서열번호 281 및 서열번호 282의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 281 및 서열번호 283의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
j3) 서열번호 284 및 서열번호 285의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 284 및 서열번호 286의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
k3) 서열번호 287 및 서열번호 288의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 287 및 서열번호 289의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
l3) 서열번호 290 및 서열번호 291의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 290 및 서열번호 292의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
m3) 서열번호 293 및 서열번호 294의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 293 및 서열번호 295의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
n3) 서열번호 296 및 서열번호 297의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 296 및 서열번호 298의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
o3) 서열번호 299 및 서열번호 300의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 299 및 서열번호 301의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
p3) 서열번호 302 및 서열번호 303의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 302 및 서열번호 304의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
q3) 서열번호 305 및 서열번호 306의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 305 및 서열번호 307의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
r3) 서열번호 308 및 서열번호 309의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 308 및 서열번호 310의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
s3) 서열번호 311 및 서열번호 312의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 311 및 서열번호 313의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
t3) 서열번호 314 및 서열번호 315의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 314 및 서열번호 316의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
u3) 서열번호 317 및 서열번호 318의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 317 및 서열번호 319의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
v3) 서열번호 320 및 서열번호 321의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 320 및 서열번호 322의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
w3) 서열번호 323 및 서열번호 324의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 323 및 서열번호 325의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
x3) 서열번호 326 및 서열번호 327의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 326 및 서열번호 328의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
y3) 서열번호 329 및 서열번호 330의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 329 및 서열번호 331의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
z3) 서열번호 332 및 서열번호 333의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 332 및 서열번호 334의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
a4) 서열번호 335 및 서열번호 336의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 335 및 서열번호 337의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
b4) 서열번호 338 및 서열번호 339의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 338 및 서열번호 340의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
c4) 서열번호 341 및 서열번호 342의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 341 및 서열번호 343의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
d4) 서열번호 344 및 서열번호 345의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 344 및 서열번호 346의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
e4) 서열번호 347 및 서열번호 348의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 347 및 서열번호 349의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
f4) 서열번호 350 및 서열번호 351의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 350 및 서열번호 352의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
g4) 서열번호 353 및 서열번호 354의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 353 및 서열번호 355의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
h4) 서열번호 356 및 서열번호 357의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 356 및 서열번호 358의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
i4) 서열번호 359 및 서열번호 360의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 359 및 서열번호 361의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
j4) 서열번호 362 및 서열번호 363의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 362 및 서열번호 364의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
k4) 서열번호 365 및 서열번호 366의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 365 및 서열번호 367의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
l4) 서열번호 368 및 서열번호 369의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 368 및 서열번호 370의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
m4) 서열번호 371 및 서열번호 372의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 371 및 서열번호 373의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
n4) 서열번호 374 및 서열번호 375의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 374 및 서열번호 376의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
o4) 서열번호 377 및 서열번호 378의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 377 및 서열번호 379의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
p4) 서열번호 380 및 서열번호 381의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 380 및 서열번호 382의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
q4) 서열번호 383 및 서열번호 384의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 383 및 서열번호 385의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
r4) 서열번호 386 및 서열번호 387의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 386 및 서열번호 388의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
s4) 서열번호 389 및 서열번호 390의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 389 및 서열번호 391의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
t4) 서열번호 392 및 서열번호 393의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 392 및 서열번호 394의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트;
u4) 서열번호 395 및 서열번호 396의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 395 및 서열번호 397의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트; 및
v4) 서열번호 398 및 서열번호 399의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트 및 서열번호 398 및 서열번호 400의 염기서열로 이루어지는 프라이머 세트.
- 제7항에 있어서, 상기 a1) 및 b1)는 Accession ID 10068 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 c1) 및 d1)는 Accession ID 10069 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 e1) 및 f1)는 Accession ID 10071 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 g1) 및 h1)는 Accession ID 10073 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 i1) 및 j1)는 Accession ID 26015 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 k1) 및 l1)은 Accession ID 28052 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 m1) 및 n1)은 Accession ID 28053 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 o1) 및 p1)는 Accession ID 28057 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 q1) 및 r1)은 Accession ID CNU_11377 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 s1) 및 t1)는 Accession ID CNU_11378 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 u1) 및 v1)은 Accession ID CNU_11379 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 w1) 및 x1)은 Accession ID CNU_11381 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 y1) 및 z1)은 Accession ID CNU_11383 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 a2) 및 b2)은 Accession ID CNU_11384 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 c2) 및 d2)은 Accession ID CNU_11386 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 e2) 및 f2)은 Accession ID CNU_11387 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 g2) 및 h2)은 Accession ID CNU_11388 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 i2) 및 j2)은 Accession ID CNU_11389 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 k2) 및 l2)은 Accession ID CNU_11390 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 m2) 및 n2)은 Accession ID CNU_11393 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 o2) 및 p2)은 Accession ID CNU_11395 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 q2) 및 r2)은 Accession ID CNU_11396 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 s2) 및 t2)은 Accession ID CNU_11397 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 u2) 및 v2)은 Accession ID CNU_11400 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 w2) 및 x2)은 Accession ID CNU_11402 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 y2) 및 z2)은 Accession ID CNU_11403 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 a3) 및 b3)은 Accession ID CNU_11405 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 c3) 및 d3)은 Accession ID CNU_11406 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 e3) 및 f3)은 Accession ID CNU_11407 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 g3) 및 h3)은 Accession ID CNU_11416 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 i3) 및 j3)은 Accession ID CNU_11419 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 k3) 및 l3)은 Accession ID CNU_11420 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 m3) 및 n3)은 Accession ID CNU_11471 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 o3) 및 p3)은 Accession ID CNU_11472 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 q3) 및 r3)은 Accession ID CNU_11474 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 s3) 및 t3)은 Accession ID CNU_11475 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 u3) 및 v3)은 Accession ID CNU_11476 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 w3) 및 x3)은 Accession ID CNU_11477 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 y3) 및 z3)은 Accession ID CNU_11478 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 a4) 및 b4)은 Accession ID CNU_11716 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 c4) 및 d4)은 Accession ID CNU_11717 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 e4) 및 f4)은 Accession ID CNU_11721 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 g4) 및 h4)은 Accession ID CNU_11722 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 i4) 및 j4)은 Accession ID CNU_11723 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 k4) 및 l4)은 Accession ID CNU_11729 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 m4) 및 n4)은 Accession ID CNU_11731 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 o4) 및 p4)은 Accession ID CNU_28026 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 q4) 및 r4)은 Accession ID CNU_28028 계통을 구분하기 위한 프라이머;
상기 s4) 및 t4)은 Accession ID CNU_28066 계통을 구분하기 위한 프라이머; 및
상기 u4) 및 v4)은 Accession ID CNV 계통을 구분하기 위한 프라이머인, 배추의 계통 구분용 조성물.
- 제6항 내지 제78의 조성물을 포함하는 배추 계통 구분용 키트.
- (a) 배추로부터 게놈 DNA를 분리하는 단계; 및
(b) 상기 (a) 단계의 게놈 DNA를 주형으로 하고, 제1항의 마커를 검출하기 위한 제제를 이용하여 마커를 검출하는 단계를 포함하는, 배추의 계통을 구분하는 방법.
- (a) 배추로부터 게놈 DNA를 분리하는 단계;
(b) 상기 (a) 단계의 게놈 DNA를 주형으로 하고, 제7항의 상기 a1) 내지 v4)의 프라이머 세트를 이용하여 KASP를 수행하는 단계; 및
(c) 상기 KASP의 증폭 산물을 분석하는 단계를 포함하는, 배추의 계통을 구분하는 방법.
- (a) 분리된 시료의 DNA로부터 제1항의 SNP 마커의 다형성 부위를 증폭하거나 프로브와 혼성화하는 단계; 및
(b) 상기 (a) 단계의 증폭된 또는 혼성화된 다형성 부위의 염기를 결정하는 단계를 포함하는, 배추의 계통 구분을 위한 정보의 제공 방법.
- 제12항에 있어서, 상기 (b)단계에서 결정된 염기서열 중,
서열번호 1로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 2로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID 10068 계통;
상기 서열번호 3으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 4로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우, Accession ID 10069 계통;
상기 서열번호 5로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 6으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID 10071 계통;
상기 서열번호 7로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 8로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID 10073 계통;
상기 서열번호 9로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 10으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID 26015 계통;
상기 서열번호 11로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 G인 경우 또는 서열번호 12로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID 28052 계통;
상기 서열번호 13으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 14로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우, Accession ID 28053 계통;
상기 서열번호 15로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우 또는 서열번호 16으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID 28057 계통;
상기 서열번호 17로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 18로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우, Accession ID CNU_11377 계통;
상기 서열번호 19로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우 또는 서열번호 20으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우, Accession ID CNU_11378 계통;
상기 서열번호 21로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 22로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우, Accession ID CNU_11379 계통;
상기 서열번호 23으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 24로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 G인 경우, Accession ID CNU_11381 계통;
상기 서열번호 25로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 26으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우, Accession ID CNU_11383 계통;
상기 서열번호 27로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우 또는 서열번호 28로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우, Accession ID CNU_11384 계통;
상기 서열번호 29로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 30으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우, Accession ID CNU_11386 계통;
상기 서열번호 31로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 G인 경우 또는 서열번호 32로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우, Accession ID CNU_11387 계통;
상기 서열번호 33으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 34로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11388 계통;
상기 서열번호 35로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 36으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우, Accession ID CNU_11389 계통;
상기 서열번호 37로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 38로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 G인 경우, Accession ID CNU_11390 계통;
상기 서열번호 39로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 40으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우, Accession ID CNU_11393 계통;
상기 서열번호 41로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 42로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11395 계통;
상기 서열번호 43으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 44로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11396 계통;
상기 서열번호 45로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우 또는 서열번호 46으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 G인 경우, Accession ID CNU_11397 계통;
상기 서열번호 47로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 48로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11400 계통;
상기 서열번호 49로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 50으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11402 계통;
상기 서열번호 51로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우 또는 서열번호 52로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11403 계통;
상기 서열번호 53으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 54로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11405 계통;
상기 서열번호 55로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 56으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우, Accession ID CNU_11406 계통;
상기 서열번호 57로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 58로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우, Accession ID CNU_11407 계통;
상기 서열번호 59로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 60으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 G인 경우, Accession ID CNU_11416 계통;
상기 서열번호 61로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 G인 경우 또는 서열번호 62로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 G인 경우, Accession ID CNU_11419 계통;
상기 서열번호 63으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 64로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우, Accession ID CNU_11420 계통;
상기 서열번호 65로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 66으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11471 계통;
상기 서열번호 67로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우 또는 서열번호 68로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11472 계통;
상기 서열번호 69로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 70으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11474 계통;
상기 서열번호 71로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 72로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11475 계통;
상기 서열번호 73으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 74로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우, Accession ID CNU_11476 계통;
상기 서열번호 75로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 76으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우, Accession ID CNU_11477 계통;
상기 서열번호 77로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 78로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11478 계통;
상기 서열번호 79로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 80으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11716 계통;
상기 서열번호 81로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 G인 경우 또는 서열번호 82로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우, Accession ID CNU_11717 계통;
상기 서열번호 83으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우 또는 서열번호 84로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우, Accession ID CNU_11721 계통;
상기 서열번호 85로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 86으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우, Accession ID CNU_11722 계통;
상기 서열번호 87로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 88로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우, Accession ID CNU_11723 계통;
상기 서열번호 89로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우 또는 서열번호 90으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우, Accession ID CNU_11729 계통;
상기 서열번호 91로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 92로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우, Accession ID CNU_11731 계통;
상기 서열번호 93으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 T인 경우 또는 서열번호 94로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우, Accession ID CNU_28026 계통;
상기 서열번호 95로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 C인 경우 또는 서열번호 96으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 G인 경우, Accession ID CNU_28028 계통;
상기 서열번호 97로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 98로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우, Accession ID CNU_28066 계통; 및
상기 서열번호 99로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 A인 경우 또는 서열번호 100으로 기재되는 폴리뉴클레오티드에 있어서, 251번째 서열이 G인 경우, Accession ID CNV 계통으로 구분하는 것인, 배추의 계통 구분을 위한 정보의 제공 방법.
- 계통 특이적 SNP를 포함하는 10bp 내지 1000bp 중 어느 하나의 영역을 추출하는 단계;
상기 10bp 내지 1000bp 중 어느 하나의 영역에 상응하는 영역으로서 둘 이상의 계통에 포함되는 영역의 서열을 정렬(align)하는 단계;
상기 10bp 내지 1000bp 중 어느 하나의 영역에서 계통 간에 5% 내지 100%의 변이가 나타나는 위치는 A, T, C, 및 G 이외의 문자로 대체하여 출력하는 단계; 및
상기 10bp 내지 1000bp 중 어느 하나의 영역 내에서 상기 A, T, C, 및 G가 아닌 문자로 대체되는 비율이 0% 내지 20%인 경우에 상기 영역에 대한 프라이머 마커를 구성하는 단계를 포함하는, 배추 계통 특이적 마커 선정 방법,
- 제14항에 있어서, 상기 배추 계통 특이적 마커 선정 방법은
계통 특이적 SNP를 포함하는 400bp 내지 600bp 중 어느 하나의 영역을 추출하는 단계;
상기 400bp 내지 600bp 중 어느 하나의 영역에 상응하는 영역으로서 둘 이상의 계통에 포함되는 영역의 서열을 정렬(align)하는 단계;
상기 400bp 내지 600bp 중 어느 하나의 영역에서 게통 간에 20% 내지 100%의 변이가 나타나는 위치는 N으로 대체하여 출력하는 단계;
상기 400bp 내지 600bp 중 어느 하나의 영역에서 상기 N으로 대체되는 비율이 0% 내지 10%인 경우에 상기 영역에 대한 프라이머 마커를 구성하는 단계를 포함하는 것인, 배추 계통 특이적 마커 선정 방법.
- 제14항에 있어서, 상기 방법은 배추 계통간의 프라이머 부착 영역 변이를 반영하는 것인, 배추 계통 특이적 마커 선정 방법.
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| KR1020210185453A KR20230095709A (ko) | 2021-12-22 | 2021-12-22 | 배추의 종자순도 검정을 위한 kasp 마커 세트와 효율적인 마커 개발을 위한 방법 |
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| KR1020210185453A KR20230095709A (ko) | 2021-12-22 | 2021-12-22 | 배추의 종자순도 검정을 위한 kasp 마커 세트와 효율적인 마커 개발을 위한 방법 |
Publications (1)
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| KR20230095709A true KR20230095709A (ko) | 2023-06-29 |
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ID=86946465
Family Applications (1)
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| KR1020210185453A KR20230095709A (ko) | 2021-12-22 | 2021-12-22 | 배추의 종자순도 검정을 위한 kasp 마커 세트와 효율적인 마커 개발을 위한 방법 |
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| KR (1) | KR20230095709A (ko) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN117551810A (zh) * | 2023-12-29 | 2024-02-13 | 浙江省农业科学院 | 一种与花椰菜坐球高度性状紧密连锁的kasp标记引物组及其应用 |
-
2021
- 2021-12-22 KR KR1020210185453A patent/KR20230095709A/ko not_active Application Discontinuation
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| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN117551810A (zh) * | 2023-12-29 | 2024-02-13 | 浙江省农业科学院 | 一种与花椰菜坐球高度性状紧密连锁的kasp标记引物组及其应用 |
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