KR102087024B1 - 배추의 순도 검정 및 조기 고정 계통 선발을 위한 단일염기다형성 마커 세트 및 이의 용도 - Google Patents

Abstract

본 발명은 SNP(single nucleotide polymorphism) 위치 염기를 포함하는 서열번호 1 내지 100의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드로부터 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 배추의 계통 순도검정 및 조기 고정 계통 선발용 SNP 조성물 및 상기 SNP 폴리뉴클레오티드 증폭용 프라이머 세트에 관한 것으로, 본 발명의 SNP를 이용하면 배추 계통 순도검정 및 조기 고정 계통의 선별을 전체유전체 수준에서 검정할 수 있어 보다 정확하고 효율적인 결과를 얻어낼 수 있다.

Description

배추의 순도 검정 및 조기 고정 계통 선발을 위한 단일염기다형성 마커 세트 및 이의 용도{Single nucleotide polymorphism marker set for line purity checking and early fixed line selecting in Brassica rapa and uses thereof}

본 발명은 배추의 순도 검정 및 조기 고정 계통 선발을 위한 단일염기다형성 마커 세트 및 이의 용도에 관한 것이다.

배추과(Brassicaceae family)는 350속(genera)에 속하는 약 3,700종(species)을 포함하며, 다양한 배추과 식물들이 농업적으로 중요한 채소, 양념, 사료 및 유지 작물 등으로 이용되고 있다. 경제적으로 볼 때 배추과 식물은 세계 채소 생산량의 약 10%와 식용유 생산량의 약 12%를 담당하고 있다. 배추과는 13~19개의 족(族)으로 구분할 수 있는데, 배추족(Brassiceae tribe)은 약 240개 종을 포함한다. 작물로서 중요한 종들은 채소작물인 배추(Brassica rapa)와 양배추(B. oleracea), 유지작물인 유채(B. napus)와 갓(B. juncea), 그리고 양념작물인 흑겨자(B. nigra) 등이 있다.

전통적인 여교배 육종법(backcross breeding)에 있어서, 새로운 형질을 엘리트 육종 계통으로 전이시키기 위해서는 많은 시간과 비용이 필요하다. 최근에는 상기와 같은 단점을 극복하고자 전통적인 여교배 육종보다 시간과 비용을 절감 시킬 수 있는 마커이용여교잡(MAB, Marker-Assisted Backcross)이 새로운 식물 육종 기술로 받아들여지고 있다. 잡종강세 육종(breeding for heterosis)은 양친과 비교하여 생산량이 높으며, 생산품의 균질성이 매우 우수하다. 또한 F₁ 식물체로부터 얻어지는 종자는 농가에서 자가채종을 통해 재사용할 수 없기 때문에, 종묘회사에서는 F₁ 종자 생산을 선호하고 있다. 하지만 F₁ 종자의 채종은 양친의 순도, 채종 시 다른 꽃가루로부터의 오염, 또는 양친의 자가합성으로 인한 교배의 실패 등과 같은 위험에 노출되어 있으며, 표현형을 관찰하는 퀄리트 체크는 시간 및 노동이 필요하여 재현성 또한 떨어지는 단점과 조기 판별의 불가능이 있다. 이와 같은 문제는 종자 생산에 경제적으로 큰 피해를 일으킨다. 위와 같은 피해를 막기 위해서는 상품의 퀼리티를 제품 생산 및 출하 과정 이전에 미리 파악하는 것이 매우 중요하다. 본 발명에서는 이러한 단점을 극복하기 위하여, 계통의 순도를 판별하고 여교배 집단에서의 계통선발을 위한 배추의 분자표지 마커를 개발하고자 하였다.

한편, 한국등록특허 제1669032호에는 '양배추의 계통 순도 검정과 조기 고정 계통 선발을 위한 단일염기다형성 마커 세트 및 이의 용도'가 개시되어 있고, 한국등록특허 제1690067호에는 '양배추의 F₁ 순도검정을 위한 단일염기다형성 마커 세트 및 이의 용도'가 개시되어 있으나, 본 발명의 배추의 순도 검정 및 조기 고정 계통 선발을 위한 단일염기다형성 마커 세트 및 이의 용도는 기재된 바가 없다.

본 발명은 상기와 같은 요구에 의해 도출된 것으로서, 본 발명자들은 배추의 NGS(Next Generation Sequencing) 분석을 통해 다량의 SNP(single nucleotide polymorphism)로부터 유전체 배경을 대표할 수 있는 SNP 선발 파이프라인을 구축하고, 총 456,990개의 SNPs로부터 192개의 SNP 마커 세트를 개발하였다. 192개의 SNP 마커 세트를 두 종묘회사에서 사용 중인 배추의 내혼계(inbred line) 43점과 이들 내혼계에서 교배로 생산된 29점의 F₁, 총 72점에 적용하여 순도검정 및 여교배 집단 선발 가능성을 평가하였다. 집단에서 다형성이 높은 마커를 선발하여 최종 100개의 SNP(프로브)로 구성된 마커 세트를 선발하였고, 상기 프로브들이 배추 품종 육성 도움 마커로써 기능할 수 있음을 확인함으로써, 본 발명을 완성하였다.

상기 과제를 해결하기 위해, 본 발명은 서열번호 1 내지 100의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에 있어서, 각 SNP(single nucleotide polymorphism) 위 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 배추의 계통 순도검정 및 조기 고정 계통 선발용 SNP 조성물을 제공한다.

또한, 본 발명은 상기 SNP 위치 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 cDNA를 포함하는 배추의 계통 순도검정 및 조기 고정 계통 선발용 마이크로어레이를 제공한다.

또한, 본 발명은 배추 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계; 및 서열번호 1 내지 100의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드의 각 SNP 위치 염기인 다형성 부위의 유전자형을 결정하는 단계를 포함하는 배추의 계통 순도검정 및 조기 고정 계통 선발 방법을 제공한다.

또한, 본 발명은 서열번호 1 내지 100의 염기서열로 이루어진 SNP 폴리뉴클레오티드 증폭용 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 제공한다.

또한, 본 발명은 상기 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는, 배추의 계통 순도검정 및 조기 고정 계통 선발을 위한 키트를 제공한다.

또한, 본 발명은 배추 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계; 상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 서열번호 1 내지 100의 염기서열로 이루어진 SNP 폴리뉴클레오티드를 증폭하는 단계; 및 상기 증폭 단계의 산물을 검출하는 단계를 포함하는, 배추의 계통 순도검정 및 조기 고정 계통 선발 방법을 제공한다.

본 발명에 따른 단일염기다형성(SNP) 마커 세트는 배추의 F₁ 세대 순도 검정 및 여교배 집단에서의 조기 고정 계통 선발을 전체 유전체 수준에서 검증하여 정확하고 효율적인 결과를 얻을 수 있으므로, 배추의 종자 생산 및 품종 육종에 있어 유용한 분자마커로 사용될 수 있을 것으로 기대된다.

도 1은 순도 검정 및 여교배 집단에서의 계통 선발용 SNP 마커 개발의 모식도이다.
도 2는 배추 72점의 SNP 분석에 따른 heat map 결과이다.
도 3은 내혼계 43계통의 유전적 유사성 분석 결과이다.
도 4는 순도 검정 및 여교배 집단선발용 SNP 마커의 염색체 상의 분포를 나타낸 그림이다. 검은 글씨: 192개의 SNP마커, 붉은글씨: 조기 고정 선발 마커, *표시: F₁ 순도 검정용 마커.
도 5는 F₁ 순도 검정용 40개 SNP 마커 세트를 이용하여 분석한 결과를 scatter plot으로 보여주는 것으로, x축 또는 y축에 가까이 위치한 빨간색 또는 연두색 점은 내혼계(동형접합성)를 나타내며, 중간 부위에 위치한 파란색 점은 F₁(이형접합성) 식물체를 의미한다.
도 6은 29개의 교배 조합의 F₁ 순도 검정 결과이다. 주황색: 모부본의 다형성을 보이며 F₁이 이형접합인 경우, 회색: 모부본의 유전형을 고려하였을 때 F₁에서 나올 수 없는 유전형을 보인 경우를 의미.
도 7은 채종포 5곳의 F₁ 순도 검정 결과이다. 회색: 모본이 자가수분된 것, 붉은색: 외부 유전자가 유입된 것을 의미.

본 발명의 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 서열번호 1 내지 100의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에 있어서, 각 SNP(single nucleotide polymorphism) 위치(서열번호 1 내지 서열번호 5, 서열번호 9 내지 서열번호 16, 서열번호 18 내지 서열번호 27, 서열번호 29 내지 서열번호 33, 서열번호 35 내지 서열번호 42, 서열번호 47 내지 서열번호 50, 서열번호 56 내지 서열번호 58, 서열번호 65 내지 서열번호 78, 서열번호 86 내지 서열번호 92 및 서열번호 98 내지 서열번호 100에서 각 150번째; 및 서열번호 6 내지 서열번호 8, 서열번호 17, 서열번호 28, 서열번호 34, 서열번호 43 내지 서열번호 46, 서열번호 51 내지 서열번호 55, 서열번호 59 내지 서열번호 64, 서열번호 79 내지 서열번호 85 및 서열번호 93 내지 서열번호 97에서 각 101번째) 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 배추의 계통 순도검정 및 조기 고정 계통 선발용 SNP 조성물을 제공한다.

상기 서열번호 1 내지 100은 상기 각각의 SNP 위치의 염기서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드이다. 상기 서열번호 1 내지 100은 다형성 부위를 포함하는 다형성 서열이다. 다형성 서열(polymorphic sequence)이란 폴리뉴클레오티드 서열 중에 SNP를 나타내는 다형성 부위(polymorphic site)를 포함하는 서열을 말한다. 상기 폴리뉴클레오티드 서열은 DNA 또는 RNA가 될 수 있다.

본 발명에 따른 다형성 염기 정보는 표 3 내지 표 12의 SNP 염기서열 정보에 [/]로 표시되어 있다. 본 발명의 상기 서열번호 1 내지 100은 표 3 내지 표 12의 SNP 염기서열 정보에서 앞쪽 SNP 위치 염기를 포함하는 서열을 나타낸다.

본 발명에 따른 배추의 계통 순도검정 및 조기 고정 계통 선발용 SNP를 구성하는 각 단일 SNP의 폴리뉴클레오티드는 바람직하게는 10개 이상의 연속 염기이며, 더욱 바람직하게는 15개 이상의 연속 염기이며, 더더욱 바람직하게는 20개 이상의 연속 염기이며, 가장 바람직하게는 서열번호 1 내지 100의 각 서열이다.

본 발명은 또한, 상기 SNP 위치 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 cDNA를 포함하는 배추의 계통 순도검정 및 조기 고정 계통 선발용 마이크로어레이를 제공한다. 바람직하게는, 상기 폴리뉴클레오티드는 아미노-실란, 폴리-L-라이신 또는 알데히드의 활성기가 코팅된 기판에 고정될 수 있으나, 이에 제한되지 는 않는다. 바람직하게는, 상기 기판은 실리콘 웨이퍼, 유리, 석영, 금속 또는 플라스틱일 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다. 상기 폴리뉴클레오티드를 기판에 고정화시키는 방법으로는 피에조일렉트릭(piezoelectric) 방식을 이용한 마이크로피펫팅(micropipetting) 법, 핀(pin) 형태의 스폿터(spotter)를 이용한 방법 등을 사용할 수 있다.

본 발명에 따른 마이크로어레이는 본 발명에 따른 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 코딩되는 폴리펩티드 또는 그의 cDNA를 이용하여 본 분야의 당업자에게 알려져 있는 통상적인 방법에 의해 제조될 수 있다.

본 발명은 또한,

배추 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계; 및

서열번호 1 내지 100의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드의 각 SNP 위치 염기인 다형성 부위의 유전자형을 결정하는 단계를 포함하는 배추의 계통 순도검정 및 조기 고정 계통 선발 방법을 제공한다.

본 발명의 방법에 있어서, 배추 시료로부터 게놈 DNA를 분리하는 방법은 당업계에 알려진 통상적인 방법을 통하여 이루어질 수 있다. 예를 들면, 조직 또는 세포로부터 DNA를 직접적으로 정제하거나 PCR과 같은 증폭 방법을 사용하여 특정한 영역을 특이적으로 증폭하고 이를 분리함으로써 이루어질 수 있다. 본 발명에 있어서, DNA란 DNA 뿐만 아니라 mRNA로부터 합성되는 cDNA도 포함한다. 피검체로부터 핵산을 얻는 단계는 예를 들면, PCR 증폭법, 리가제 연쇄 반응(LCR), 전사증폭(transcription amplification), 자가유지 서열복제 및 핵산에 근거한 서열 증폭 (NASBA)이 사용될 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다.

분리된 DNA의 염기서열의 결정은 당업계에 알려진 다양한 방법에 의하여 이루어질 수 있다. 예를 들면, 디데옥시법에 의한 직접적인 핵산의 뉴클레오티드 서열의 결정을 통하여 이루어지거나, SNP 부위의 서열을 포함하는 프로브 또는 그에 상보적인 프로브를 상기 DNA와 혼성화시키고 그로부터 얻어지는 혼성화 정도를 측정함으로써 다형성 부위의 뉴클레오티드 서열을 결정하는 방법 등이 이용될 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다. 상기 혼성화의 정도는 예를 들면, 검출가능한 표지를 표적 DNA에 표지하여, 혼성화된 표적 DNA 만을 특이적으로 검출함으로써 이루어질 수 있으며, 그외 전기적 신호 검출방법 등이 사용될 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다. 본 발명에 따른 배추의 계통 순도검정 및 조기 고정 계통 선발 방법은 바람직하게는, 상기 배추 시료로부터 분리한 핵산 시료를 본 발명에 따른 SNP를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적 폴리뉴클레오티드, 또는 이와 혼성화하는 폴리뉴클레오티드와 혼성화시킨 후 혼성화 결과를 검출하는 단계를 포함할 수 있다.

본 발명은 또한, 서열번호 1 내지 100의 염기서열로 이루어진 SNP 폴리뉴클레오티드 증폭용 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 제공한다.

본 발명의 프라이머 세트는 서열번호 101 내지 300의 올리고뉴클레오티드 프라이머로 이루어진 총 100개 세트의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 프라이머 세트를 포함하며, 상기 각 프라이머 세트는 정방향 및 역방향의 2개의 프라이머가 하나의 세트를 이루며, 예를 들면, 순서대로 서열번호 101 및 102의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트는 서열번호 1의 SNP 폴리뉴클레오티드를 증폭하기 위한 프라이머 세트이며, 서열번호 103 및 104의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트는 서열번호 2의 SNP 폴리뉴클레오티드를 증폭하기 위한 프라이머 세트이다.

본 발명에 있어서, "프라이머"는 카피하려는 핵산 가닥에 상보적인 단일 가닥 올리고뉴클레오티드 서열을 말하며, 프라이머 연장 산물의 합성을 위한 개시점으로서 작용할 수 있다. 상기 프라이머의 길이 및 서열은 연장 산물의 합성을 시작하도록 허용해야 한다. 프라이머의 구체적인 길이 및 서열은 요구되는 DNA 또는 RNA 표적의 복합도(complexity) 뿐만 아니라 온도 및 이온 강도와 같은 프라이머 이용 조건에 의존할 것이다.

본 발명은 또한, 상기 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는, 배추의 계통 순도검정 및 조기 고정 계통 선발을 위한 키트를 제공한다. 본 발명의 키트에서, 상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs, 버퍼 등을 포함할 수 있다. 또한, 본 발명의 키트는 최적의 반응 수행 조건을 기재한 사용자 안내서를 추가로 포함할 수 있다. 안내서는 키트 사용법, 예를 들면, PCR 완충액 제조 방법, 제시되는 반응 조건 등을 설명하는 인쇄물이다. 안내서는 팜플렛 또는 전단지 형태의 안내 책자, 키트에 부착된 라벨, 및 키트를 포함하는 패키지의 표면상에 설명을 포함한다. 또한, 안내서는 인터넷과 같이 전기 매체를 통해 공개되거나 제공되는 정보를 포함한다.

본 발명은 또한,

배추 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계;

상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 서열번호 1 내지 100의 염기서열로 이루어진 SNP 폴리뉴클레오티드를 증폭하는 단계; 및

상기 증폭 단계의 산물을 검출하는 단계를 포함하는, 배추의 계통 순도검정 및 조기 고정 계통 선발 방법을 제공한다.

본 발명의 방법에 있어서, 배추 시료로부터 게놈 DNA를 분리하는 방법은 당업계에 알려진 통상적인 방법을 통하여 이루어질 수 있으며, 그 방법은 전술한 바와 같다. 상기 분리된 배추 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명의 일 실시예에 따른 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 프라이머로 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭할 수 있다. 표적 핵산을 증폭하는 방법은 중합효소연쇄반응(PCR), 리가아제 연쇄반응(ligase chain reaction), 핵산 서열 기재 증폭(nucleic acid sequence-based amplification), 전사 기재 증폭시스템(transcription-based amplification system), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification) 또는 Qβ 복제효소(replicase)를 통한 증폭 또는 당업계에 알려진 핵산 분자를 증폭하기 위한 임의의 기타 적당한 방법이 있다. 이 중에서, PCR이란 중합효소를 이용하여 표적 핵산에 특이적으로 결합하는 프라이머 쌍으로부터 표적 핵산을 증폭하는 방법이다. 이러한 PCR 방법은 당업계에 잘 알려져 있으며, 상업적으로 이용가능한 키트를 이용할 수도 있다.

본 발명의 방법에 있어서, 상기 증폭된 표적 서열은 검출가능한 표지 물질로 표지될 수 있다. 일 구현 예에서, 상기 표지 물질은 형광, 인광 또는 방사성을 발하는 물질일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 바람직하게는, 상기 표지 물질은 Cy-5 또는 Cy-3이다. 표적 서열의 증폭시 프라이머의 5'-말단에 Cy-5 또는 Cy-3를 표지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출가능한 형광 표지 물질로 표지될 수 있다. 또한, 방사성 물질을 이용한 표지는 PCR 수행시 ³²P 또는 ³⁵S 등과 같은 방사성 동위원소를 PCR 반응액에 첨가하면 증폭 산물이 합성되면서 방사성이 증폭 산물에 혼입되어 증폭 산물이 방사성으로 표지될 수 있다. 표적 서열을 증폭하기 위해 이용된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트는 상기에 기재된 바와 같다.

본 발명의 방법에 있어서, 배추의 계통 순도검정 및 조기 고정 계통 선발을 위한 방법은 상기 증폭 단계의 산물을 검출하는 단계를 포함하며, 상기 증폭 산물의 검출은 시퀀싱, DNA 칩, 겔 전기영동, 방사성 측정, 형광 측정 또는 인광 측정을 통해 수행될 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 증폭 단계의 산물을 검출하는 방법 중의 하나로서, 겔 전기영동을 수행할 수 있다. 겔 전기영동은 증폭 산물의 크기에 따라 아가로스 겔 전기영동 또는 아크릴아미드 겔 전기영동을 이용할 수 있다. 또한, 형광 측정 방법은 프라이머의 5'-말단에 Cy-5 또는 Cy-3를 표지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출가능한 형광 표지 물질로 표지되며, 이렇게 표지된 형광은 형광 측정기를 이용하여 측정할 수 있다. 또한, 방사성 측정 방법은 PCR 수행시 ³²P 또는 ³⁵S 등과 같은 방사성 동위원소를 PCR 반응액에 첨가하여 증폭 산물을 표지한 후, 방사성 측정기구, 예를 들면, 가이거 계수기(Geiger counter) 또는 액체 섬광계수기(liquid scintillation counter)를 이용하여 방사성을 측정할 수 있다.

이하, 본 발명을 실시예에 의해 상세히 설명한다. 단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예에 한정되는 것은 아니다.

실시예 1. SNP 마커 선별 및 유전형 분석

192개의 리시퀀싱(re-sequencing) 데이타를 통한 Fluidigm용 SNP 선발

국내외에서 수집한 배추 192 계통을 기반으로 3X에서 5X 사이의 NGS 리드를 생산하였다. 생산된 리드는 퀄리티가 낮은 서열을 트리밍(trimming)하기 위해 FastX 소프트웨어를 이용하여 낮은 복합도 및 퀄리티(low complexity and quality)를 트리밍하였다.

생산된 리드를 가지고 표준유전체 서열에 맵핑 및 SNP 콜링(calling)을 하기 위하여 아래와 같은 작업을 하였다. 트리밍된 서열을 BWA(Burrows-Wheeler Alignment tool)을 이용하여, BRAD v1.2(http://brassicadb.org/brad/index.php)에 있는 표준유전체 서열에 맵핑하였다. 위 생성물을 SAM(Sequence Alignment Map) 파일로 생성하였다. 생성된 SAM 파일을 Samtools(http://samtools.sourceforge.net/)을 이용하여 BAM(Binary Alignment Map) 파일로 변환하였다. 생성된 SAM을 이용하여 맵핑된 리드들의 SNP 콜링 정확도를 높이기 위하여 게놈 분석 툴인 Picard(https://broadinstitute.github.io/picard/), GATK(Genome Analysis Tool Kit), Samtools를 이용하여, 분류(sorted), 듀플리케이트의 제거(removed duplicates), 그룹 고정(fixed group), 및 SNP 재정렬(realigned)을 수행하였다. 위 과정의 생산물을 Bcftools, vcftools를 이용해 SNP을 예측하였으며, SNPs는 In-home Perl script를 이용하여 stringent condition과 grouped를 토대로 선발하였다.

192계통에서 만들어진 SNP을 염색체의 좌(loci)를 기반으로 병합한 후 SNP 매트릭스(matrix)를 생성하였다. SNP 매트릭스를 생성하기 위한 파라미터로 SNP 콜링값은 MAF(Minor Allele Frequency) 값이 5% 이상인 값을 선별하였고, 그 결과 1,678,054개의 SNPs를 선별하였다. 선별된 SNPs를 PIC(Polymorphism Information Content) 값이 0.3 이상인 것으로 추가 선별하였다. 그 결과, 총 573,747개의 SNPs를가 선발되었다. 선발된 573,747개의 SNPs가 분석 실수 또는 서열 오류(sequence error)로 인한 SNP가 아닌지 확인하기 위하여 HRM(High Resolution Melt) 방식으로 PCR(Polymerase Chain Reaction)하기 위한 SNP 후보 선정 후, 각 염색체에 고루 분포하게 하기위해 2Mb 간격으로 프라이머를 제작하고, 프라이머가 단일 위치좌만 증폭하는지를 평가한 후 단일 염기좌 맵핑 영역만 이용하여 프라이머를 제작 후 검정하였다. 증폭 및 SNP가 확인된 위치를 표적으로 Fluidigm (https://www.fluidigm.com/) 플랫폼에 맞게 디자인을 하였다. 이를 통하여 192개의 Fluidigm용 SNP 마커를 생산하였다.

실시예 2. 192개 마커의 효용성 검정

생산된 192개의 SNP 마커의 효용성을 평가하기 위하여 2개의 종자 기업으로부터 내혼계 43점과 내혼계로부터 유래한 F₁ 29점을 분양 받았다(표 1). 분양 받은 시료을 위에서 개발한 192개의 마커를 이용하여 SNP분석을 실시하였다(도 2). 도2a와 도2b에서 각각의 A의 경우 M(모본)에서 XY 타입의 유전형을 발견할 수 있으며 이는 M의 순도가 떨어짐을 의미한다. 반면 B의 경우 M과 F(부본)의 유전형이 모두 XX, YY로 동형접합의 유전형을 가지고 있음을 알 수 있고, 그에 따른 F₁ 또한 XY 타입으로 순도가 좋음을 알 수 있다.

72점의 배추 자원명 및 출처

자원명	계통명	자원타입	제공기업	자원명	계통명	자원타입	제공기업
cnu_61	5725_1	내혼계	코레곤종묘	cnu_12	C-316	내혼계	한국종묘
cnu_62	5725_2	내혼계	코레곤종묘	cnu_13	C-317	내혼계	한국종묘
cnu_63	5028_1	내혼계	코레곤종묘	cnu_2	C-287	내혼계	한국종묘
cnu_64	5028_2	내혼계	코레곤종묘	cnu_34	C-289	내혼계	한국종묘
cnu_65	BN226_1	내혼계	코레곤종묘	cnu_39	C-290	내혼계	한국종묘
cnu_66	BN226_2	내혼계	코레곤종묘	cnu_41	C-292	내혼계	한국종묘
cnu_67	BN227_1	내혼계	코레곤종묘	cnu_48	C-329	내혼계	한국종묘
cnu_68	BN227_2	내혼계	코레곤종묘	cnu_72	5028	F1	한국종묘
cnu_69	ND_1	내혼계	코레곤종묘	cnu_71	5725	F1	한국종묘
cnu_70	ND_2	내혼계	코레곤종묘	cnu_73	BN226	F1	한국종묘
cnu_4	2a	내혼계	한국종묘	cnu_74	BN227	F1	한국종묘
cnu_5	2b	내혼계	한국종묘	cnu_75	ND	F1	한국종묘
cnu_17	7b	내혼계	한국종묘	cnu_3	HNC-01	F1	한국종묘
cnu_20	8b	내혼계	한국종묘	cnu_6	HNC-02	F1	한국종묘
cnu_22	9a	내혼계	한국종묘	cnu_9	HNC-03	F1	한국종묘
cnu_23	9b	내혼계	한국종묘	cnu_11	HNC-04	F1	한국종묘
cnu_33	13a	내혼계	한국종묘	cnu_14	HNC-05	F1	한국종묘
cnu_37	15a	내혼계	한국종묘	cnu_16	HNC-06	F1	한국종묘
cnu_45	19b	내혼계	한국종묘	cnu_18	HNC-07	F1	한국종묘
cnu_47	20a	내혼계	한국종묘	cnu_21	HNC-08	F1	한국종묘
cnu_10	C-3	내혼계	한국종묘	cnu_24	HNC-09	F1	한국종묘
cnu_15	C-4	내혼계	한국종묘	cnu_27	HNC-10	F1	한국종묘
cnu_26	C-64	내혼계	한국종묘	cnu_30	HNC-11	F1	한국종묘
cnu_28	C-90	내혼계	한국종묘	cnu_32	HNC-12	F1	한국종묘
cnu_19	C-172	내혼계	한국종묘	cnu_35	HNC-13	F1	한국종묘
cnu_43	C-186	내혼계	한국종묘	cnu_36	HNC-14	F1	한국종묘
cnu_31	C-190	내혼계	한국종묘	cnu_38	HNC-15	F1	한국종묘
cnu_52	C-237	내혼계	한국종묘	cnu_40	HNC-16	F1	한국종묘
cnu_29	C-283	내혼계	한국종묘	cnu_42	HNC-17	F1	한국종묘
cnu_25	C-241	내혼계	한국종묘	cnu_44	HNC-18	F1	한국종묘
cnu_50	C-252	내혼계	한국종묘	cnu_46	HNC-19	F1	한국종묘
cnu_56	C-259	내혼계	한국종묘	cnu_49	HNC-20	F1	한국종묘
cnu_54	C-265	내혼계	한국종묘	cnu_51	HNC-21	F1	한국종묘
cnu_1	C-284	내혼계	한국종묘	cnu_53	HNC-22	F1	한국종묘
cnu_7	C-307	내혼계	한국종묘	cnu_55	HNC-23	F1	한국종묘
cnu_8	C-188	내혼계	한국종묘	cnu_57	HNC-24	F1	한국종묘

192개의 마커를 이용하여 두 종자회사의 내혼계 43점을 분석한 결과, 종자회사로부터 육종가들이 평가할 때 계통 고정이 되었다고 판단된 시료임에도 불구하고 동형접합의(homozygous) SNP는 82.8%에서 97.9%사이의 값을 나타내었다(표 2). 이를 통하여 본 발명의 192개의 마커는 배추의 순도 검정에 사용될 수 있음을 확인하였다.

192개의 SNP 마커를 이용한 내혼계 43점의 순도 분석

자원명	Homogenicity (%)	자원명	Homogenicity (%)
cnu_68	97.9	cnu_39	96.4
cnu_37	97.4	cnu_13	96.4
cnu_4	97.4	cnu_64	95.8
cnu_17	97.4	cnu_29	95.8
cnu_7	97.4	cnu_2	95.8
cnu_12	97.4	cnu_10	95.8
cnu_15	97.4	cnu_70	95.8
cnu_28	97.4	cnu_65	95.3
cnu_69	97.4	cnu_41	94.8
cnu_5	96.9	cnu_20	94.3
cnu_61	96.9	cnu_34	94.3
cnu_66	96.9	cnu_45	93.8
cnu_19	96.9	cnu_25	93.8
cnu_31	96.9	cnu_62	92.2
cnu_1	96.9	cnu_8	87.5
cnu_48	96.9	cnu_52	87.0
cnu_26	96.9	cnu_22	86.5
cnu_33	96.4	cnu_56	85.4
cnu_63	96.4	cnu_43	84.9
cnu_23	96.4	cnu_50	83.9
cnu_67	96.4	cnu_47	82.8
cnu_54	96.4

실시예 3. 조기 선발 마커 개발을 위한 SNP 마커 선발 및 이의 이용

대용량 마커 분석에 용이한 마커 세트를 개발을 통해 선발효과를 높이고자 하였다. 제작된 192개의 마커 중 Fluidigm 플랫폼에 적합한 96개의 SNP에 맞추기 위하여 분양받은 43개의 내혼계 계통 사이에서 다형성이 최소 6개 이상 보이는(20.7%) 마커를 선정하였으며, 이를 통해 100개의 SNPs가 산출되었다(표 3 내지 표 12).

이는 192개의 마커를 대표함으로 비용이 감소하고 각 염색체에 고루 분포되어 있어, 조기 고정 선발 마커 세트로 적합하다. 교배 육종에 있어서 유전적으로 거리가 먼 계통과의 교배는 잡종강세 현상에 의해 자식세대에서 부모세대 보다 더 우수한 형질을 나타내는데, 이는 유전적으로 거리가 멀수록 효율적이라고 알려져 있다. 이를 위해서는 계통의 유전정보가 필요하다. 본 발명에서 선발된 배추의 100개의 SNP 마커 세트는 계통간의 유전적 특징을 시퀀싱(sequencing)에 비해 저렴하고 분석이 용이하게 사용할 수 있는 장점이 있어 육종가들에게 도움을 줄 것으로 기대되었다. 도 3은 본 발명의 100개의 SNP 마커를 이용하여 내혼계 41계통의 유전적 유사성을 분석한 결과이다.

실시예 4. F ₁ 순도 검정을 위한 SNP 마커 세트 선발 및 고정 검정 결과

선발된 100개의 마커 세트 중 F₁ 순도 검정을 위한 마커를 선발하였다. 선발 기준은 두 모본과 부몬이 동형접합형이며 다형성을 보이는 마커와 F₁의 유전형이 모본과 부몬으로부터 유래한 이형접합을 선별하였다. 또한 전체 유전체의 대표성이 있는 마커로 선별하고자 각 유염색체에 균등 분포하게 선발하였다.

두 종자회사에서 받은 각각의 내혼계와 이로 유래한 F₁의 부본, 모본, F₁의 한 세트 상에서 부본, 모본의 SNP가 모두 동형접합이며, F₁이 이형접합으로 확인되는 마커를 선발하였다. 그 결과 염색체 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 및 9번은 4개의 SNP가 선발되었으며, 염색체 8번은 5개의 SNP, 염색체 10번은 3개의 SNP가 선발되어 총 40개 선발하였다(도 4, 도 5). 도 4에 도식된 것을 살펴보면 각 염색체에 마커와 마커의 표준유전체상에서의 물리적 위치가 표시되어 있으며, 전체 192개의 마커가 표시되어 있다. 표시되어 있는 마커 중 붉은 색의 마커는 조기 고정 선발 마커이며 붉은 색 표시된 마커 중 *표시는 F₁ 순도 검정용 마커를 의미한다. 도 4에 표시된 붉은색 표시 마커의 확인을 위한 프라이머 세트 정보는 하기와 같다(표 13 내지 표 15).

본 발명의 마커를 사용할 경우 F₁ 순도 검정을 위한 표현형 검정이 필요 없이 조기 선발이 가능하며, 이를 통해 비용과 시간을 절약할 수 있다. 또한 염색체 10개에 고루 분포하여 40개의 마커는 전체 유전체를 대표하는 마커로 사용할 수 있다. 이는 F₁ 종자 생산시 발생하는 여러 문제 즉, 모본의 자가합성, 외래 꽃가루부터의 오염 및 원종의 오염을 조기에 선발할 수 있다.

선발된 F₁ 순도 검정용 40개의 마커를 이용하여 두 종자 기업에서 받은 29점의 F₁ 교배집단의 순도 검정을 실시하였다. 그 결과, 도 6의 주황색은 부모본의 다형성을 보이며 F₁이 부모의 이형접합의 형태를 의미하며, 회색은 부모의 유전형을 미루어 봤을 때, F₁에서 나올 수 없는 유전형을 표시한 것이다. 이 결과로 미루어 보아 선발된 40개의 마커를 통하여 양친간의 다형성 판단과 이의 F₁에서의 이형접합을 확인할 수 있음을 증명하였고, 교배집단 중에 10번째 세트(모본 cnu_25, 부본 cnu_26, F₁ cnu_27) 및 13번째 세트(모본 cnu_33, 부본 cnu_34, F₁ cnu_35)와 같은 모본의 자가합성이된 경우도 검정할 수 있음을 알 수 있었다. 이는 양친의 부모본의 고정이 부족하거나 채종시의 꽃가루 오염 또는 모본의 자가합성과 같은 문제를 검출할 수 있음을 의미하였다.

F₁ 순도 검정을 위해 추가로 기업으로부터 교배집단을 분양 받았으며, 모본과 부본 그리고 F₁ 종자 채종을 위한 5개의 채종포로부터 F₁ 종자를 분양 받았다. 총 7개의 시료를 통해 F₁ 순도 검정 마커 40개로 검정하였다. 도 7에서 회색은 모본의 자가수분된 것을 나타내며, 붉은색은 외부 유전자가 유입된 것을 나타낸다. 상기 결과를 통하여 본 마커 40개는 배추의 F₁ 순도 검정에 적합함을 알 수 있었다.

<110> The Industry & Academic Cooperation in Chungnam National University (IAC) <120> Single nucleotide polymorphism marker set for line purity checking and early fixed line selecting in Brassica rapa and uses thereof <130> PN18391 <160> 300 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 300 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 1 aatcgcatgc actgaagtgt aagaaaataa gttatacaat caaaatagaa ataaaatagt 60 gccgacctat acaatttggt agttgtggaa taaagatttt tgtgtgagat catgtgacat 120 gtcttcaaaa ttaaggttat gcttttcata tatatttttt aatttgcaag ttgatgaata 180 ctgatggcga cgatgacctc atcaatcata aacaacaatc tctccaacaa atgtttcatg 240 tattaatatg tggaataatg caataaaaat acaaataaac cttgcctcca caccaaaagc 300 300 <210> 2 <211> 300 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 2 ttagcttatt cagagtgcat gtgatccacc attcctgtaa atatatatat aatgtaagtc 60 agaactggtt attcaaaata attaaataac taaagttatg taatgaagtg atttcccatt 120 atgtaaaagc tttccatatt tataataatc tttttcttaa cagtactgtt agaagcagta 180 ctttaatatt tggccattaa gtttgtttca atatatattt gattcccaat atattaagca 240 ttaatcaaac aaaaatgtca gaaaatatga tctttcgcga aaagagcttc aaatttcatg 300 300 <210> 3 <211> 300 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 3 acttatggtg aaaaataagt aaagtgatgt tgtcgagaga agtatgtgga acatatttat 60 ttaacgaacc cgttgtatca tcttgttatg ttcaatcttg ttaagttatt ccaacttggt 120 tctaaccaaa cacagggtaa actggaacat agagttgtgc attataaaaa atcatcataa 180 agttacctga cattagttaa tagtttttat aaacttgagt tgtttcttct ttttgttata 240 ggttatcctt ttacataacc attcctttat ttacagttgc tccctagtaa cattttatga 300 300 <210> 4 <211> 300 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 4 ggtgtagtag gtctgctaca tggaaagttc ttattccact ttttagattg ccatatcctt 60 ctcttacttt tatcatttat ttaaatagaa ttaagaatct atctgtaaat atattttcac 120 gaggagacta cgactgagaa aatgaaaatg aaaattaaaa agaaagcttc cttttatggc 180 tttcgtccag actgaatcac tcagagtttc agtctgccac acttaagagt cttaaactaa 240 aagcagaaga ataatcagat gacgaaaata cagtgatctt gcatagaacc gtacattcta 300 300 <210> 5 <211> 201 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 5 ttaaatcaga aaaagaatgg tgaaagttct ttcaaactac aagtgcaggc taaggtgata 60 ggttacttga acagagtcag cattgctttg tgacagccct acagaactcc cccgagatgc 120 ttcaacattg gagtgactag ttgtagaaga ttcatgactt actaaccctt tcttcacacg 180 tttcgaacca gctgttgtcg a 201 <210> 6 <211> 201 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 6 gaactttatt tcagattaat tcggtaaaga tttatgttaa accgaactaa ccaaataacc 60 cgaactaccc gaacccgcat gcctactagt aaagattgat acttgatttt tcctttcttt 120 accagctgaa gagacaacac caaccccaaa agttcctaaa aagagaggga ggaagaagaa 180 gaacgctgat cctggtaagc a 201 <210> 7 <211> 201 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 7 gtcgactatg ttcagattat ttccgagaaa tatccgtatt ggaacacaag cgatggtttt 60 gatcacttca tgttgtcttg ccatgactgg gtaagttgtt cttgtgttta tttgttagtg 120 tctggttaaa aatattttgg tcacaatcaa agtcgttcct tagtgtaata agcttacatt 180 caattatatt attacaggga c 201 <210> 8 <211> 201 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 8 tcgggttcgg tttatttgcc cagccctatt cacaacctga taattatcgg aaggttttct 60 ggtaaaactt ttgaactctg atgactctga cccacgagaa cgaagcatcc agtatcctca 120 tcgaaccttc tactaactat agcaatgtga tcagaaactt caccaagcgc agtcttggat 180 aagtcattgt accttatgta g 201 <210> 9 <211> 300 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 9 agttgaaaca aacagtcaaa atacactcat atcatttgtt cgtttactgg ttaataagtt 60 aaccgtataa ctttatagta tttgggtatc tacatgacaa cacctgctct ctacgtttta 120 actatgagtt aaagagaaga aaaaaaacta tgtgtttaag atagtgatta taagaaggta 180 tgttgtctgg ttgaagaaca tgagccatca aatgaataat tacatgtgtg tttggtaatt 240 aattaagttg gggcaaaata atacataaat cgaaataata gtcaatctct gattagctag 300 300 <210> 10 <211> 300 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 10 actatatatt tttgtgtata tattacatgg atgaataagt acggttaatg atatgtttgg 60 accatgtcgt cgtctttttc aataatacat tatctacatt tttcttttga taaagatcta 120 cattagttac ttatcctgaa cattgttcca ttatgtactt atactaccaa gaaatatatc 180 agattaatat gtcgaacgta cgttaagata tatatcttgt acattaaata tatgttaacc 240 tgattataat aagtttttta ctttgtgatg atcgatgata tatatgatca attatcgtaa 300 300 <210> 11 <211> 300 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 11 attgaagaga aactgtaaag gaaactatga aaatatagat ccacataaca cagagtgctt 60 gaaacatcat gacaaatatc taaaggtata cactgatcat tatagttgtg aaagatagtg 120 tattcaattt ttgttgttgt tgtttggttg cttttgcagt gtatttctag cataaatgtt 180 gttcatattc taatgccacg ttgcgatccc cccctgttcc tccaaagaag atttattctc 240 cttagaaacg tttcggctcc gttaattgca gatggatgct atgtaagcaa tccatattct 300 300 <210> 12 <211> 300 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 12 catatccggt catagatatc tcttgagtac ctatgtagtg atgaaatgtt gttttagcaa 60 cgtaaaatgt caaggaactc tataattcac acaaaagaaa atatatagac aaaaagaaac 120 agagaagccg aaaaataaaa acaagaagag ccattgttaa gttgaagtct acttaccgta 180 tctgagatcc tgacttgcta agataataca tgttgtaaag attcagggag tcagattcag 240 tgctataaga aacattttcc attggccgta attccaaagc cgatattagt ggtgtagttt 300 300 <210> 13 <211> 300 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 13 ccatcctgag gatagagtgg accgcattta actcctgatg gaaaggtttg gtcgaagcca 60 caaaaagcat gagaggataa acattcttga caagcattct cgtcgatatt caccttcacc 120 tcaaaccctt ctctaagagc actttccaaa tgtgtcatat ttaactcttt ctcttctgga 180 agaaaactcg ttggaaggtt tacggtgaaa ctctctcggc aggtgttatt atattcaggt 240 ttttcagaca gtgagatcgg acctatctca ggacatttag agctcgaagg gtaagaaaga 300 300 <210> 14 <211> 300 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 14 aaggttttct cttaccagaa ggtaagataa acctggtagc ttgtgttttt ctgcttttgg 60 agtaagggga agctaagatg tatagacact tctcaagaaa aaaaaaagga ttttgagtta 120 tagtttcact cattgagtac ccctgtaagg gttaacccac gatcttatct acagatccta 180 cacggcttcc ttctttccac acatgtgttg gggctaatga tgagatactc accccaaaat 240 ggtacaagga acatggtaat ttacattgtc acatttgatt tttattgaga aagtactatg 300 300 <210> 15 <211> 300 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 15 tagtttaatt gtcaacgctt aattcatatg taatttggtt agtaagccaa cgtcgattgc 60 atgcagtcgc cttcgatttg acttccactc cctaatgaac tattttatgc aaatcatatc 120 attgacaagt aatcttatgt caaaccgcca tttctaaata tattattgta ttaattatca 180 ttgaaactat tacatttttc ctaagagacg ccccttcgaa tgtggatgag attttattga 240 tatactattc ataatataaa accacaatct gttcctgctg atgcttcata tttgtacgta 300 300 <210> 16 <211> 300 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 16 cattcatttt cttagatata cgcatttgtt gttaagaaac attatataca acatacacat 60 gacgtcatca acgtcattga cttcaccaca tatataagcc aaatgatatg gccaaactat 120 caaacacaag aatatttcaa agcgaaacaa caaacaaaat tatttgttcc tgtgcctttt 180 ttcatattat ttagccaatt tatttctcat catagggctt cttcttcttt tttctagaag 240 ctcatctctt ttctcccaag tgtttatttt cttccttttt tttgttagta ataaatcaca 300 300 <210> 17 <211> 201 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 17 tagcataggt cagctctttg agagtctgca cgctcatcga gacatcgatc ttcgccgccg 60 tcaccatcaa cattaccgaa atccggaaca caccatttaa taactggctt atcgctgcgt 120 cacaacgtct cgcataagat gtgatgagtc gaggaatcag aaaccagaac ttggtctcgc 180 tctgaaagta tgactcgtag a 201 <210> 18 <211> 300 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 18 ttagtttggt aatggcatat tccatttaga agatccaaat tctcccagca tatttatatg 60 gacttcacca tttccaccat ctccttccac ttttttccca aataataata tatcttataa 120 atgtcatctt tacaccagtg acaatcttat tttattcccc ttgacaccaa tatatataca 180 ttttcttgta tattttttca atatttttgt tttcacctac tttattaaca tatatatata 240 tatatccata actttctatc atataataat acgtacattt aatgttatat ttgtattcac 300 300 <210> 19 <211> 300 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 19 aattagatct aagaagcaaa tgtgagatta attaggacta atgaatctaa acaaacatgc 60 aagaaccagg ttaaccaaga gcaaacacat tttaactctc agaagccatc aaacgtagac 120 atgcaaaaag gaaaatggaa tcaagaaaac gattgattaa ttaccaccta gtacttgaga 180 actcgaagag cttgccagac ttggagaaga caatgacggc aacctcagcg tcacaaagaa 240 cagagagctc atgagctttc ttgagcaaac cagcacgcct cttggagaag gtaacttgcc 300 300 <210> 20 <211> 300 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 20 ctatgttaga ccaataccag aagttatctg gcaagaaact atgggatgct aagcatgagg 60 tactctctct ttggtataat ctaaagtttg attgtctcaa aaaatattct atgaccattg 120 attttcatga atttcattgc ctaaaacatg tcagatccct tgaatcttca actctagacg 180 cagatctact ctagtgtttt gtctcaaaca aatattctgt gctacatata atgaaattga 240 ttctttattt atattttcct aaaatatgtc aaaaagataa accatgaacc ctagatgcag 300 300 <210> 21 <211> 300 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 21 cagcaattgg cacttggcaa 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<212> DNA <213> Brassica rapa <400> 26 tattataagt attataacaa aaagggatca caaatctcca ccttacatga ttgaaaccta 60 atgttgaatt tgagcttttt agaaagggga catgaactta acttttgtag tgagcaacta 120 cacgtttagg tacaactgcc atggcattgg catctcttga catatgcatg caatgtatat 180 atattgtgta tgtcatattt aacaattaac aaccatattg acttgcagaa taactattca 240 gttgctgact aattaagatt cagctaaaat tcattttctc catttcggaa aggaatgttt 300 300 <210> 27 <211> 300 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 27 ctttatggtc tatcattttt tttttgctaa attataaata tcattaactg aataatgaaa 60 gtttgattac aatagaaatt gaaatccaag attgctcaaa gagctgatct gatcctagaa 120 gccgcaaaaa aaaagtaaaa gaacctacaa catccataaa agatctaagg atattgcaac 180 aatacactta gaactaaagc ttagcaacaa gtatcaacta atttcctaac tcaagcgctt 240 cctaaactct ttgctgatcg aaacctgcag agagaggagt ttggctaaac ggggacggtt 300 300 <210> 28 <211> 201 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 28 catcagacgg ccaaggtgcg atgtctgaac gacatttgga tgaaccaggg aggtggtttt 60 atcatcacgt gggtgatttt gtcgtagaga atcaaaactc gcccgtttgg gtcaagttct 120 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Brassica rapa <400> 65 cttaaaagag aaacttgcag tgccttgtct tttaacggta tacctcctgt tatctccaca 60 ctaagacact aggtgcttga attttcactt atttctttta ctatggtaat ggtaggtaaa 120 cttacaaata tgtttatagt ttattgtagc cttagtatta taaactcaag cttagccgac 180 aaggcaacgg cataaacttc actttcattg aattaataat taattgaaca attatgaaag 240 tttcaagcaa cgaaactgat catagattca tagtgataaa aataatagta aacagaactt 300 300 <210> 66 <211> 300 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 66 tcaatagttg actgagacgg taagcaagtg aattataatg attaaagtgg ctcccacggg 60 cagttgaata taagtaagga acagaaatct aattcgaaca atttttgaat acactgcaag 120 gatcaagctc tacaaattgg aaagttcgag cagaaatact gacaaaaaac agaaatgcat 180 acttactaga tcccatatta ccattcctta gattagatat acagttaata atgagattac 240 aattaccagg ctatataaaa ccaatatgca ctcatttttg tcaacttttc acaccacggc 300 300 <210> 67 <211> 300 <212> DNA <213> Brassica rapa <400> 67 atttgttatt tatattgggt aacctagtac acattattac accacaaaca ccaacaaatt 60 attaatactt taattctttt cattgataaa agcgcagtat tattataaat attatttgag 120 tttcaagtag 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tgatcacttc atgttgtctt gcc 23 <210> 115 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 115 ctctgatgac tctgacccac ga 22 <210> 116 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 116 cacattgcta tagttagtag aaggttcg 28 <210> 117 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 117 tgacaacacc tgctctctac gttt 24 <210> 118 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 118 ggctcatgtt cttcaaccag a 21 <210> 119 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 119 acatattaat ctgatatatt tcttggtagt ataagtacat 40 <210> 120 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 120 accatgtcgt cgtctttttc aataata 27 <210> 121 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 121 gggatcgcaa cgtggcat 18 <210> 122 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 122 cactgatcat tatagttgtg aaagatagtg t 31 <210> 123 <211> 33 <212> DNA <213> 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Sequence <220> <223> primer <400> 208 gcatgggctg tgatggt 17 <210> 209 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 209 catcagacca gaagaggcag ga 22 <210> 210 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 210 tctttcacct tccgacaaag c 21 <210> 211 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 211 agttgttgtt taaactagct agtgttataa tatatggaca 40 <210> 212 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 212 tctgctttgc attcgcgt 18 <210> 213 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 213 ccccaagata ccactaaaag ttggaac 27 <210> 214 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 214 aaatatactg tgtggtgttt cgttct 26 <210> 215 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 215 aggcgtgtct acattgcgga 20 <210> 216 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 216 ttttgcttca attatacgag cagga 25 <210> 217 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 217 acgtcatctg ggcatcagct 20 <210> 218 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 218 ccatcgaagg ttctgaggc 19 <210> 219 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 219 tctccggcga cgatgaagtg 20 <210> 220 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 220 ccaaggagga tatgagattg tgtc 24 <210> 221 <211> 33 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 221 gcagtttgat tggtttctta tgtcaaatct aca 33 <210> 222 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 222 gtaagagttc gtcagaaacc tgat 24 <210> 223 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 223 tgattgctct tctcccaaag tgga 24 <210> 224 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 224 cccaacttct tcctcacagc 20 <210> 225 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 225 gggacgagga taaggtggcg 20 <210> 226 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 226 ccacttcaac ccccgc 16 <210> 227 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 227 ccgcaggttg ctgtactgg 19 <210> 228 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 228 tcggcaagta taggactagg c 21 <210> 229 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 229 atggtaggta aacttacaaa tatgtttata gtttattgta 40 <210> 230 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 230 aagtttatgc cgttgccttg t 21 <210> 231 <211> 34 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 231 ggatctagta agtatgcatt tctgtttttt gtca 34 <210> 232 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 232 tgaatacact gcaaggatca agc 23 <210> 233 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 233 aaatattatt tgagtttcaa gtagataaaa aatcagggac 40 <210> 234 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 234 aggatatatg caatgcagat gcg 23 <210> 235 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 235 tttgattttt aatatattgt gtaattatgg ttttggtgaa 40 <210> 236 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 236 gcactgataa ttcctcctga taaact 26 <210> 237 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 237 tgcaatactg atattagcta cacaaattta actataacat 40 <210> 238 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 238 cctcatatgc acctttacaa ctct 24 <210> 239 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 239 ccattcattt atttctttat ttgtttgttt tctcttttct 40 <210> 240 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 240 ttgatggttt agtttttctg ctcct 25 <210> 241 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 241 tgttgtctat ttattaagac ggaatttaag ttgacattaa 40 <210> 242 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 242 tgttcttatt ctaattctct gctttgtgt 29 <210> 243 <211> 39 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 243 gagtatttct ttctctttgt tattttttgg tcttcaaga 39 <210> 244 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 244 tccaagagat agtcatcctg gaaaa 25 <210> 245 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 245 tcctctgggt cctttaattg ttgaaga 27 <210> 246 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 246 cctccatgtc tatctttcag gtac 24 <210> 247 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 247 acaccaaacc ttcctttctg attactct 28 <210> 248 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 248 tgcaccaaaa ttttagcaaa acact 25 <210> 249 <211> 33 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 249 tctcatttct tgttcttgta gggttttaga aga 33 <210> 250 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 250 cccaacgaca cgttttatca tcata 25 <210> 251 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 251 gccgagtcct cctggttagt 20 <210> 252 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 252 ctctttggtt tgtaagtata tgtgagtct 29 <210> 253 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 253 ttcacttaaa ctttgtatat gtatactatt gtaatacaac 40 <210> 254 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 254 gcatctcaat atgcgaacaa agaaa 25 <210> 255 <211> 35 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 255 gtatgtattg catgttttat cgttaagaga caact 35 <210> 256 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 256 gtctgagaaa ttactaaaca tggtcgg 27 <210> 257 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 257 ttattaaaac gaacatggta aaataatata actctggttt 40 <210> 258 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 258 agcatgactt catcttctac tctga 25 <210> 259 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 259 gagcaagaat catgtggtag caacaa 26 <210> 260 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 260 gcaacaacac agagagtaga gtt 23 <210> 261 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 261 ggagccgaca tggaagctg 19 <210> 262 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 262 ccaaagatcc tagacgagtc ca 22 <210> 263 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 263 acctgaagcc aagtgtccct 20 <210> 264 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 264 cccaaaaatg ctgagcgcta 20 <210> 265 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 265 acatgttttg tatgaaccag cctctca 27 <210> 266 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 266 tcgaggtttt ctggaccaca 20 <210> 267 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 267 tggctctggc attcccct 18 <210> 268 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 268 ccgagaatat cggcgattga tc 22 <210> 269 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 269 agaagccatg ctggttctca ga 22 <210> 270 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 270 gatgtttcgt tacgacaaag cc 22 <210> 271 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 271 gctcaggctc atcctcaggt 20 <210> 272 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 272 ccgattcaaa agtcaccaga ga 22 <210> 273 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 273 attatttctc aagaatctgt tacctataat tttaaagaaa 40 <210> 274 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 274 tccctaatgt acttatcata cccataatgt 30 <210> 275 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 275 ctcacaggat caaacaaacc attcctt 27 <210> 276 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 276 acagtacatt atgtggaaac ctttagc 27 <210> 277 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 277 gtgaagctga aatgcgtcat cttcaa 26 <210> 278 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 278 actccaaatt tgttaaacca aacacc 26 <210> 279 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 279 gagaggagac caaggcatca ga 22 <210> 280 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 280 ctcaccttct tgctctctct ct 22 <210> 281 <211> 34 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 281 gaagttcatc aagagtgcat tctataatga acaa 34 <210> 282 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 282 ggaaaatccc tctaactttc tcgc 24 <210> 283 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 283 agccaagtga gtccccaaac t 21 <210> 284 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 284 ggtttgagca atcttgtctc tctt 24 <210> 285 <211> 32 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 285 cctctcggaa ggtatattat aatgaagacg aa 32 <210> 286 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 286 catcatcatc atcatcgtcc tcac 24 <210> 287 <211> 33 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 287 catgttgtag catcattaag acttgagatt tga 33 <210> 288 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 288 atctttggct ccttacttac ctct 24 <210> 289 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 289 cacaaggcca tctctgccc 19 <210> 290 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 290 tctccctctc agtagcattc ttaat 25 <210> 291 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 291 cagggtgaat ggttcttctt gtgt 24 <210> 292 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 292 ctctccttgt aaagagagtg gga 23 <210> 293 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 293 aggagacttt gtacggtagc agc 23 <210> 294 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 294 acgcccgttc cttcagta 18 <210> 295 <211> 37 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 295 gcttaatgaa atcagttgac taataagctt cttaaca 37 <210> 296 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 296 gtctctgtct ttctcttgtg aatgt 25 <210> 297 <211> 35 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 297 aggaaaattc agttatgaaa cttcagttct agagt 35 <210> 298 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 298 ctgctatatc agtgcagtga tcg 23 <210> 299 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 299 tggaacctta ttatagagat ctaaacgatt aactaaataa 40 <210> 300 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 300 ttcaatcgac tcctaatgta aaggtttt 28

Claims (9)

1. 서열번호 1의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP(single nucleotide polymorphism); 서열번호 4의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 5의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 8의 염기서열 중 101번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 10의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 12의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 15의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 17의 염기서열 중 101번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 18의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 22의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 26의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 28의 염기서열 중 101번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 29의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 32의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 33의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 34의 염기서열 중 101번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 35의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 41의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 42의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 46의 염기서열 중 101번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 48의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 51의 염기서열 중 101번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 53의 염기서열 중 101번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 54의 염기서열 중 101번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 56의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 57의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 60의 염기서열 중 101번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 62의 염기서열 중 101번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 70의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 72의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 80의 염기서열 중 101번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 83의 염기서열 중 101번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 84의 염기서열 중 101번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 87의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 88의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 92의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 94의 염기서열 중 101번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 98의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP; 서열번호 99의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP; 및 서열번호 100의 염기서열 중 150번째 염기에 위치한 SNP;를 포함하는 10개 이상의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 배추의 계통 순도검정 및 조기 고정 계통 선발용 SNP 조성물.
2. 제1항에 기재된 SNP(single nucleotide polymorphism) 위치 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 cDNA를 포함하는 배추의 계통 순도검정 및 조기 고정 계통 선발용 마이크로어레이.
3. 배추 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계; 및
   제1항에 기재된 서열번호 1, 4, 5, 8, 10, 12, 15, 17, 18, 22, 26, 28, 29, 32, 33, 34, 35, 41, 42, 46, 48, 51, 53, 54, 56, 57, 60, 62, 70, 72, 80, 83, 84, 87, 88, 92, 94, 98, 99 및 100의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드의 각 SNP(single nucleotide polymorphism) 위치 염기인 다형성 부위의 유전자형을 결정하는 단계를 포함하는 배추의 계통 순도검정 및 조기 고정 계통 선발 방법.
4. 제1항에 기재된 서열번호 1, 4, 5, 8, 10, 12, 15, 17, 18, 22, 26, 28, 29, 32, 33, 34, 35, 41, 42, 46, 48, 51, 53, 54, 56, 57, 60, 62, 70, 72, 80, 83, 84, 87, 88, 92, 94, 98, 99 및 100의 염기서열로 이루어진 SNP(single nucleotide polymorphism) 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 증폭하는 배추의 계통 순도검정 및 조기 고정 계통 선발용 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트.
5. 제4항에 있어서, 상기 프라이머 세트는 서열번호 101 및 102; 서열번호 107 및 108; 서열번호 109 및 110; 서열번호 115 및 116; 서열번호 119 및 120; 서열번호 123 및 124; 서열번호 129 및 130; 서열번호 133 및 134; 서열번호 135 및 136; 서열번호 143 및 144; 서열번호 151 및 152; 서열번호 155 및 156; 서열번호 157 및 158; 서열번호 163 및 164; 서열번호 165 및 166; 서열번호 167 및 168; 서열번호 169 및 170; 서열번호 181 및 182; 서열번호 183 및 184; 서열번호 191 및 192; 서열번호 195 및 196; 서열번호 201 및 202; 서열번호 205 및 206; 서열번호 207 및 208; 서열번호 211 및 212; 서열번호 213 및 214; 서열번호 219 및 220; 서열번호 223 및 224; 서열번호 239 및 240; 서열번호 243 및 244; 서열번호 259 및 260; 서열번호 265 및 266; 서열번호 267 및 268; 서열번호 273 및 274; 서열번호 275 및 276; 서열번호 283 및 284; 서열번호 287 및 288; 서열번호 295 및 296; 서열번호 297 및 298; 및 서열번호 299 및 300;의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트인 것을 특징으로 하는 배추의 계통 순도검정 및 조기 고정 계통 선발용 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트.
6. 제4항 또는 제5항의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는, 배추의 계통 순도검정 및 조기 고정 계통 선발을 위한 키트.
7. 제6항에 있어서, 상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs 및 버퍼를 포함하는 것을 특징으로 하는 키트.
8. 배추 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계;
   상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 제4항 또는 제5항의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 제1항에 기재된 서열번호 1, 4, 5, 8, 10, 12, 15, 17, 18, 22, 26, 28, 29, 32, 33, 34, 35, 41, 42, 46, 48, 51, 53, 54, 56, 57, 60, 62, 70, 72, 80, 83, 84, 87, 88, 92, 94, 98, 99 및 100의 염기서열로 이루어진 SNP(single nucleotide polymorphism) 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 증폭하는 단계; 및
   상기 증폭 단계의 산물을 검출하는 단계를 포함하는, 배추의 계통 순도검정 및 조기 고정 계통 선발 방법.
9. 제8항에 있어서, 상기 증폭 산물의 검출은 시퀀싱, DNA 칩, 겔 전기영동, 방사성 측정, 형광 측정 또는 인광 측정을 통해 수행되는 것을 특징으로 하는 배추의 계통 순도검정 및 조기 고정 계통 선발 방법.

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