CN108546785A - 检测生殖道病原微生物dna的方法 - Google Patents

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Abstract

本发明提出了检测生殖道病原微生物DNA的方法。所述方法包括:对待测样本的DNA进行扩增及测序,以同时确定所述待测样本是否存在HPV病毒DNA和性传播病原微生物DNA,所述性传播病原微生物选自下列至少之一:沙眼衣原体、生殖支原体、淋病奈瑟菌和梅毒螺旋体。本发明的方法采用测序技术,以实现同时检测性传播病原微生物DNA和HPV病毒DNA目的,并且准确性高、特异性强、灵敏度好、通量大、效率高,适于规模化应用。

Description

检测生殖道病原微生物DNA的方法
技术领域
本发明涉及分子生物学领域。具体地,本发明涉及检测生殖道病原微生物DNA的方法。更具体地,本发明涉及检测生殖道病原微生物DNA的方法、引物及试剂盒。
背景技术
性传播疾病作为世界上发病最广泛的传染病,是一类主要通过已感染者与未感染者之间的性接触而传播的疾病,可引起女性泌尿生殖道感染,造成不孕不育甚至癌变。近年来,性传播疾病的发病率呈上升趋势,由1980年48例急剧增加至2000年859040例,且在我国持续蔓延,对人群健康构成严重威胁。但是,大约有50%的性传播疾病患者无症状,若因诊断延误导致治疗不及时不仅会进一步加速疾病的传播,还会导致一系列并发症和后遗症的发生,造成严重危害。目前性传播疾病的涵盖范围已扩展至包括最少50种致病微生物感染所致的疾病,涵盖病毒、细菌、真菌、支原体、衣原体、螺旋体、原虫和寄生虫等,其中淋病奈瑟菌、梅毒螺旋体、沙眼衣原体、生殖支原体是泌尿生殖道系统性传播疾病的最主要病原体,且容易产生混合感染。如何快速准确检测性传播疾病病原体是积极干预和治疗的重要前提。
宫颈癌作为世界上女性癌症的第二号杀手,目前已知170HPV株,其中12株作为人类一级致癌物,包括16,18,31,33,35,39,45,51,52,56,58,59。其中16和18在70%宫颈癌中发现,与10年内的癌症高风险相关。此外,66、68两株作为可能的致癌物,称为高风险HPV株。其他的低风险株,虽然与宫颈癌无关,但是可以引起生殖器疣。因此,对HPV感染的及早发现和正确分型对宫颈癌和其他生殖道疾病的防治至关重要。
当前对于淋病奈瑟菌、梅毒螺旋体、沙眼衣原体、生殖支原体的检测主要包括培养法和非培养法。培养法灵敏、特异,是金标准,但其耗时过长,对标本的采集与运送要求高,从而使得在临床和疾病控制上存在限制。非培养法如革兰氏染色和ELISA法,简便但其敏感性较低,容易受到干扰。当前HPV的检测主要包括细胞学检查、免疫组化方法、实时荧光定量PCR法、杂交捕获法等。但这些方法存在通量较低、无法应对多重感染、准确分型等局限。因此,开发新的适合的检测方法,是亟待解决的问题。
发明内容
本发明旨在至少在一定程度上解决现有技术中存在的技术问题至少之一。
为此,在本发明的一个方面,本发明提出了一种检测生殖道病原微生物DNA的方法。根据本发明的实施例,所述方法包括:对待测样本的DNA进行扩增及测序,以同时确定所述待测样本是否存在HPV病毒DNA和性传播病原微生物DNA,所述性传播病原微生物选自下列至少之一:沙眼衣原体、生殖支原体、淋病奈瑟菌和梅毒螺旋体。
现有技术中,大多采用PCR扩增技术分别检测HPV病毒及性传播病原微生物(沙眼衣原体、生殖支原体、淋病奈瑟菌和梅毒螺旋体),即不在一个反应体系中,因此存在检测效率低、准确性差、工作量大等问题。进而,发明人采用测序技术,在同一扩增体系对目标序列进行扩增,并在同一测序体系中对扩增产物进行测序,以实现同时检测待测样本是否存在HPV病毒DNA和性传播病原微生物DNA。另外,还可以进一步确定HPV病毒的分型。由此,本发明的方法准确性高、特异性强、灵敏度好、通量大、效率高,适于规模化应用。
根据本发明的实施例,所述扩增所采用的引物选自具有SEQ ID NO:1~4所示的核苷酸序列。其中,SEQ ID NO:1和2所示核苷酸序列是针对HPV L1基因而设计的引物,SEQ IDNO:3和4所示核苷酸序列是针对细菌16S V4区设计的引物。上述引物是发明人经过大量序列设计和大量试验筛选组合,确定下来的能够分别特异性的识别HPV病毒和性传播病原微生物的引物。并且,这两对引物能够在同一反应体系下互不干扰的特异性结合到各自的目标模板上,在同一反应体系中可同时特异性扩增出HPV和性传播病原微生物的目标基因片段。
表1引物序列
根据本发明的实施例,所述扩增的体系如下(表2)所示,由此,以实现在同一反应体系中同时特异性扩增出HPV和性传播病原微生物的目标基因片段。
表2扩增的体系
根据本发明的实施例,所述扩增的程序为:98℃30s;98℃15s,50℃30s(25-27个循环);72℃30s;72℃5min。由此,以实现在同一反应体系中同时特异性扩增出HPV和性传播病原微生物的目标基因片段。
根据本发明的实施例,所述待测样本来源于阴道分泌物。可以通过确定阴道分泌物中是否存在性传播病毒或者性传播病原微生物,以确定是否感染性病。具体地,可使用无菌水预湿润后的拭子采集阴道分泌物样本,再将拭子放置于裂解和稳定缓冲液中,以减少在环境温度下运输DNA降解。
需要说明的是,本发明对于由阴道分泌物中提取DNA的方法不作严格限定,可以根据实际情况进行选择,例如采用商业试剂盒提取。在一些优选实施例中,可使用自动化的DNA提取仪和DNA提取试剂盒进行DNA提取,例如美国Thermo Scientific Kingfisher Flex全自动磁珠提取纯化系统。
根据本发明的实施例,所述HPV病毒包括:HPV6病毒、HPV11病毒、HPV16病毒、HPV18病毒、HPV31病毒、HPV33病毒、HPV35病毒、HPV39病毒、HPV42病毒、HPV43病毒、HPV44病毒、HPV45病毒、HPV51病毒、HPV52病毒、HPV56病毒、HPV58病毒和HPV59病毒的至少之一。由此,利用本发明的方法不仅能够准确地检测出待测样本是否存在上述病毒,还可以实现准确分型。
具体地,利用SEQ ID NO:1和2的引物对上述17种HPV病毒的L1基因进行扩增,得到的序列如表3所示。将扩增序列在2.0%琼脂糖凝胶上进行电泳检测,结果表明利用该引物均能够特异性扩增17种不同分型的HPV病毒L1基因(图1中仅显示部分序列的电泳效果)。
表3HPV病毒目的序列
根据本发明的实施例,所述测序是采用高通量测序方式进行的。本发明采用高通量测序技术,一次运行能对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,具有通量高、速度快、灵敏度高等优点,通过对HPV病毒和性传播病原微生物进行检测,采用生物信息分析和挖掘算法,可以快速做出相应的感染情况的判断。
根据本发明的实施例,所述测序的深度不少于20000×。由此,以提高检测结果的准确性和灵敏度。
在本发明的另一方面,本发明提出了一种引物组。根据本发明的实施例,所述引物组包括具有SEQ ID NO:1~4所示核苷酸序列的2对引物,所述引物组可同时检测HPV病毒DNA和性传播病原微生物DNA。发明人经过大量序列设计和大量试验筛选组合,获得能够分别特异性的识别HPV病毒和性传播病原微生物的引物。并且,这两对引物能够在同一反应体系下互不干扰的特异性结合到各自的目标模板上,在同一反应体系中同时特异性扩增出HPV和性传播病原微生物。并且,利用上述引物组检测的准确性高、特异性强、灵敏度好、效率高,适于规模化应用。具体地,所述性传播病原微生物选自下列至少之一:沙眼衣原体、生殖支原体、淋病奈瑟菌和梅毒螺旋体。
在本发明的又一方面,本发明提出了一种试剂盒。根据本发明的实施例,所述试剂盒包括前面所述引物组。由此,利用本发明的试剂盒能够同时特异性扩增出HPV和性传播病原微生物,并且,检测的准确性高、灵敏度高、效率高,适于规模化应用。
本领域技术人员能够理解的是,前面针对引物组所描述的特征和优点,同样适用于该试剂盒,在此不再赘述。
本发明的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出,部分将从下面的描述中变得明显,或通过本发明的实践了解到。
附图说明
本发明的上述和/或附加的方面和优点从结合下面附图对实施例的描述中将变得明显和容易理解,其中:
图1显示了根据本发明一个实施例的电泳图。
具体实施方式
下面将结合实施例对本发明的方案进行解释。本领域技术人员将会理解,下面的实施例仅用于说明本发明,而不应视为限定本发明的范围。实施例中未注明具体技术或条件的,按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者,均为可以通过市购获得的常规产品。
实施例1
1、样品提取
根据说明书,使用KingFisher自动提取仪(美国ThermoScientific KingfisherFlex全自动磁珠提取纯化系统)从60份已知结果的生殖道分泌物样本中提取DNA,获得100μL左右的洗脱产物(提取的DNA),用作下一步PCR扩增中的模板。
2、PCR扩增
对每个DNA样本分别使用两对引物进行扩增,其中,HPV的引物:针对HPV L1基因,HPV_RSMY09-LvJJ_F:5’-CGTCCTAAAGGGAATTGATC-3’,HPV_PGMY11-CvJJ_R:5’-CACAAGGCCATAATAATGG-3’;细菌16S V4区引物:F:5’-GCACCTAAYTGGGYDTAAA GNG-3’,R:5’-TACNVGGGTATCTAATCC-3’。
PCR反应体系:
成分 体积
Q5高保真DNA聚合酶 0.25μL
5X反应缓冲液 5μL
5X GC缓冲液 5μL
dNTP(10mM) 0.5μL
正向引物(10uM) 1μL
反向引物(10uM) 1μL
11.25μL
PCR程序:
98℃30s→98℃15s,50℃30s(25-27个循环)→72℃30s→72℃5min→4℃∞
PCR反应在Bio-Rad公司的PTC-2000PCR仪上运行。
上述引物能够特异性扩增HPV L1基因和细菌16S V4区,并且相互之间不会发生干扰和抑制。扩增产物在2.0%琼脂糖凝胶上进行电泳检测(图1),并进行纯化混合。
3、文库的构建及测序
利用Illumina公司的TruSeq Nano DNA LT Library Prep Kit进行建库。
第一步,利用试剂盒中的End Repair Mix2进行末端修复,即将DNA 5’端突出的碱基切除,3’端缺失的碱基补齐,同时在5’端加上一个磷酸基团,具体步骤如下:
(1)取30ng混好的DNA片段补水至60μL,加入40μL End Repair Mix2;
(2)用枪吹打混匀,并置于PCR仪上30℃孵育30min;
(3)利用BECKMAN AMPure XP beads纯化末端修复体系,最终用17.5μLResuspension buffer洗脱。
第二步,在DNA的3’端加A,即DNA的3’端会单独加上一个A碱基,以防止DNA片段的自连,同时保证DNA与3’端有一个突出T碱基的测序接头相连,具体步骤如下:
(1)向末端修复后的DNA中加入12.5μL A-Tailing Mix;
(2)用枪吹打混匀,并置于PCR仪上孵育,程序如下:37℃,30min;70℃,5min;4℃,5min;4℃,∞。
第三步,加一个有特异性标签的接头,即为了让DNA最终杂交到Flow Cell上,具体步骤如下:
(1)在已加A的体系中,加入2.5μL Resuspension buffer、2.5μL Ligation Mix和2.5μL DNA adapter Index;
(2)用枪吹打混匀,置于PCR仪上,30℃孵育10min;
(3)加入5μL Stop Ligation buffer;
(4)利用BECKMAN AMPure XP beads纯化已加接头的体系。
第四步,通过PCR扩增已经加上接头的DNA片段,然后利用BECKMAN AMPure XPbeads纯化PCR体系。
第五步,通过2%琼脂糖凝胶电泳来对文库做最终的片段选择与纯化。
取1μL文库,在Agilent Bioanalyzer机器上用Agilent High Sensitivity DNAKit对文库做2100质检,合格的文库应该有单一的峰,无接头。
利用Quant-iT PicoGreen dsDNA Assay Kit在Promega QuantiFluor上对文库进行定量,合格的文库计算后浓度应在2nM以上。
对合格的文库,在MiSeq机器上利用MiSeq Reagent Kit V3(600cycles)进行2×300bp的双端测序。首先将需要上机的文库(Index不可重复)梯度稀释到2nM,然后按所需数据量比例混样。混好的文库经0.1N NaOH变性成单链进行上机测序。所上文库量的多少可根据实际情况控制在15-18pM之间。
4、结果分析
(1)使用Illumina的BCL2FASTQ算法进行原始数据的过滤,例如版本2.1.2Swarm算法。每簇最丰富的序列被认为是代表性生物序列,并被分配簇中所有读段的计数。每个分类单元的数据库都是通过选择成功测序产生的,扩增单元被多义分类群注释,最大限度地提高了鉴定每个分类单元中扩增子的灵敏度、特异性、精确度和阴性预测值。
(2)将对16S V4区扩增获得的序列与细菌数据库—Ribosomal Database Project中的序列进行对比,从而对样品进行细菌病原菌精确分型。细菌病原菌精确分型包括4种性传播病原微生物(沙眼衣原体、生殖支原体、淋病奈瑟菌和梅毒螺旋体)。由此,确定待测样本中是否存在沙眼衣原体、生殖支原体、淋病奈瑟菌和梅毒螺旋体。实验表明,本发明的检测结果与已知的完全一致,表明本发明方法可以用于精确检测样品中的淋病奈瑟菌、梅毒螺旋体、沙眼衣原体、生殖支原体。
(3)将对HPV L1基因扩增获得的序列与HPV数据库中的序列进行对比,从而对样品进行精确分型,包括12株高危型HPV(HPV16、HPV18、HPV31、HPV33、HPV35、HPV39、HPV45、HPV51、HPV52、HPV56、HPV58和HPV59)和5株低危型HPV(HPV6、HPV11、HPV42、HPV43、HPV44)。实验表明,本发明的检测结果与已知的完全一致,表明本发明方法可以用于精确检测样品中是否含有HPV病毒,并可以进一步对其进行准确分型。
在本说明书的描述中,参考术语“一个实施例”、“一些实施例”、“示例”、“具体示例”、或“一些示例”等的描述意指结合该实施例或示例描述的具体特征、结构、材料或者特点包含于本发明的至少一个实施例或示例中。在本说明书中,对上述术语的示意性表述不必须针对的是相同的实施例或示例。而且,描述的具体特征、结构、材料或者特点可以在任一个或多个实施例或示例中以合适的方式结合。此外,在不相互矛盾的情况下,本领域的技术人员可以将本说明书中描述的不同实施例或示例以及不同实施例或示例的特征进行结合和组合。
尽管上面已经示出和描述了本发明的实施例,可以理解的是,上述实施例是示例性的,不能理解为对本发明的限制,本领域的普通技术人员在本发明的范围内可以对上述实施例进行变化、修改、替换和变型。
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<110> 深圳市金锐生物科技有限公司
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<211> 602
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> HPV31
<400> 9
tactttccta cacctagcgg ctccatggtt acttcagatg cacaaatttt taataaacca 60
tattggatgc aacgtgctca gggacacaat aatggtattt gttggggcaa tcagttattt 120
gttactgtgg tagataccac acgtagtacc aatatgtctg tttgtgctgc aattgcaaac 180
agtgatacta catttaaaag tagtaatttt aaagagtatt taagacatgg tgaggaattt 240
gatttacaat ttatatttca gttatgcaaa ataacattat ctgcagacat aatgacatat 300
attcacagta tgaatcctgc tattttggaa gattggaatt ttggattgac cacacctccc 360
tcaggttctt tggaggatac ctataggttt gtcacctcac aggccattac atgtcaaaaa 420
actgcccccc aaaagcccaa ggaagatcca tttaaagatt atgtattttg ggaggttaat 480
ttaaaagaaa agttttctgc agatttagat cagtttccac tgggtcgcaa atttttatta 540
caggcaggat atagggcacg tcctaaattt aaagcaggta aacgtagtgc accctcagca 600
tc 602
<210> 10
<211> 599
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> HPV33
<400> 10
ttttttccca ctcctagtgg atcaatggtt acttccgaat ctcagttatt taataagcca 60
tattggctac aacgtgcaca aggtcataat aatggtattt gttggggcaa tcaggtattt 120
gttactgtgg tagataccac tcgcagtact aatatgactt tatgcacaca agtaactagt 180
gacagtacat ataaaaatga aaattttaaa gaatatataa gacatgttga agaatatgat 240
ctacagtttg tttttcaact atgcaaagtt accttaactg cagaagttat gacatatatt 300
catgctatga atccagatat tttagaagat tggcaatttg gtttaacacc tcctccatct 360
gctagtttac aggataccta taggtttgtt acctctcagg ctattacgtg tcaaaaaaca 420
gtacctccaa aggaaaagga agacccctta ggtaaatata cattttggga agtggattta 480
aaggaaaaat tttcagcaga tttagatcag tttcctttgg gacgcaagtt tttattacag 540
gcaggtctta aagcaaaacc taaacttaaa cgtgcagccc ccacatccac ccgcacatc 599
<210> 11
<211> 600
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> HPV35
<400> 11
tattttccta ctcctagtgg ctctatggta acctccgatg cacaaatatt taataaacca 60
tattggttgc aacgtgcaca aggccataat aatggtattt gttggagtaa ccaattgttt 120
gttactgtag ttgatacaac ccgtagtaca aatatgtctg tgtgttctgc tgtgtcttct 180
agtgacagta catataaaaa tgacaatttt aaggaatatt taaggcatgg tgaagaatat 240
gatttacagt ttatttttca gttatgtaaa ataacactaa cagcagatgt tatgacatat 300
attcatagta tgaacccgtc cattttagag gattggaatt ttggccttac accaccgcct 360
tctggtacct tagaggacac atatcgctat gtaacatcac aggctgtaac ttgtcaaaaa 420
cccagtgcac caaaacctaa agatgatcca ttaaaaaatt atactttttg ggaggttgat 480
ttaaaggaaa agttttctgc agacttagat caatttccgt tgggccgtaa atttttgtta 540
caagcaggac taaaggccag gcctaatttt agattaggca agcgtgcagc tccagcatct 600
<210> 12
<211> 605
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> HPV39
<400> 12
tactgcccct ctcccagcgg ttccatggta acctctgatt cccagttatt taataagcct 60
tattggctac ataaggccca gggccacaac aatggtatat gttggcataa tcaattattt 120
cttactgttg tggacactac ccgtagtacc aactttacat tatctacctc tatagagtct 180
tccatacctt ctacatatga tccttctaag tttaaggaat ataccaggca cgtggaggag 240
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tatattcaca ctatgaattc ctctatattg gacaattgga attttgctgt agctcctcca 360
ccatctgcca gtttggtaga cacttacaga tacctacagt ctgcagccat tacatgtcaa 420
aaggatgctc cagcacctga aaagaaagat ccatatgacg gtctaaagtt ttggaatgtt 480
gacttaaggg aaaagtttag tttggaactt gatcaattcc ctttgggacg taaatttttg 540
ttgcaggcca gggtccgcag gcgccctact ataggtcccc gaaagcggcc tgctgcatcc 600
acttc 605
<210> 13
<211> 599
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> HPV42
<400> 13
tattatccta cccctagtgg ttctatggta acatctgatg cacaactatt taataaacca 60
tattggttac aacaagcaca aggacacaat aatggtatat gttggggaaa tcagctattt 120
ttaactgtgg ttgatactac ccgtagtact aacatgactt tgtgtgccac tgcaacatct 180
ggtgatacat atacagctgc taattttaag gaatatttaa gacatgctga agaatatgat 240
gtgcaattta tatttcaatt gtgtaaaata acattaactg ttgaagttat gtcatatata 300
cacaatatga atcctaacat attagaggag tggaatgttg gtgttgcacc accaccttca 360
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gtaacaacgc cagaaaaaaa ggatccttat tcagactttt ggttttggga ggtaaattta 480
tctgaaaagt tttctactga tttagatcaa tttcctttag gtagaaagtt tttactgcag 540
gccgggttgc gtgcaaggcc taaactgtct gtaggtaaac gaaaggcgtc tacagctaa 599
<210> 14
<211> 605
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> HPV43
<400> 14
tatttttcta cacccagtgg gtctttggtt acttctgatt ctcaattgtt taacaaaccc 60
ttatggatac aaaaggccca gggacataat aatggcattt gttttgggaa tcagttgttt 120
gttacagtgg tagataccac tcgtagtaca aacttaacgt tatgtgcctc tactgaccct 180
actgtgccca gtacatatga caatgcaaag tttaaggaat acctgcggca tgtggaagaa 240
tatgatctgc agtttatatt tcaattatgc ataataacgc taaacccaga ggttatgaca 300
tatattcata ctatggatcc cacattatta gaggactgga attttggtgt gtccccacct 360
gcctctgctt ctttggaaga tacttatcgc tttttgtcta acaaggccat tgcatgtcaa 420
aaaaatgctc ccccaaaaga acgggaggat ccctataaaa agtatacatt ttgggatata 480
aatcttacag aaaagttttc tgcacaactt acccagtttc ccttagggcg caaatttgtt 540
atgcaggcgg gtttgcgtcc caaacctaaa ttaaaaactg taaagcgttc tgcaccatcc 600
tcctc 605
<210> 15
<211> 605
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> HPV44
<400> 15
tactttaata cacccagtgg ttctcttgta tcttctgaaa cccaattatt taataagcct 60
ttttggttgc aaaaggcgca gggccacaat aatggtattt gttggggaaa tcagttattt 120
gttactgttg tagatactac ccgtagtaca aacatgacaa tatgtgctgc cactacacag 180
tcccctccgt ctacatatac tagtgaacaa tataagcaat acatgcgaca tgttgaggag 240
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ccaaatggta ccttagagga caaatacaga tatgtgcagt cccaggccat tacatgtcaa 420
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gatcttagag aaaagttttc tagtgagttg gatcaatatc cccttggtag aaaattttta 540
ttacaaacgg gtgtgcaggc ccgttcctct gttcgtgtgg gtaggaaacg tcctgcgtct 600
gcagc 605
<210> 16
<211> 605
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> HPV45
<400> 16
tattcccctt ctcccagtgg ctctattatt acttctgatt ctcaattatt taataagcca 60
tattggttac ataaggccca gggccataac aatggtattt gttggcataa tcagttgttt 120
gttactgtag tggacactac ccgcagtact aatttaacat tatgtgcctc tacacaaaat 180
cctgtgccaa gtacatatga ccctactaag tttaagcagt atagtagaca tgtggaggaa 240
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tatatccata gtatgaatag tagtatatta gaaaattgga attttggtgt ccctccacca 360
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aaggatacta cacctccaga aaagcaggat ccatatgata aattaaagtt ttggactgtt 480
gacctaaagg aaaaattttc ctccgatttg gatcaatatc cccttggtcg aaagttttta 540
gttcaggctg ggttacgtcg taggcctacc ataggacctc gtaagcgtcc tgctgcttcc 600
acgtc 605
<210> 17
<211> 603
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> HPV51
<400> 17
tactctgcta ctcccagtgg gtctatgata acatctgatt ctcaaatttt taataagcct 60
tattggctcc accgtgcgca gggtcacaat aatggcattt gctggaacaa tcagcttttt 120
attacctgtg ttgatactac cagaagtaca aatttaacta ttagcactgc cactgctgcg 180
gtttccccaa catttactcc aagtaacttt aagcaatata ttaggcatgg ggaagagtat 240
gaattgcaat ttatttttca attatgtaaa attactttaa ctacagaggt aatggcttat 300
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tctgctagtt tggaggatgc atataggttt gttagaaatg cagctactag ctgtcaaaag 420
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caggttggcg tacaacgcaa gcccagacca ggccttaaac gcccggcctc atcggcatcc 600
tct 603
<210> 18
<211> 599
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> HPV52
<400> 18
ttttttccta ctcctagtgg ttctatggta acctcagaat cccaattatt taataaaccg 60
tactggttac aacgtgcgca gggccacaat aatggcatat gttggggcaa tcagttgttt 120
gtcacagttg tggataccac tcgtagcact aacatgactt tatgtgctga ggttaaaaag 180
gaaagcacat ataaaaatga aaattttaag gaataccttc gtcatggcga ggaatttgat 240
ttacaattta tttttcaatt gtgcaaaatt acattaacag ctgatgttat gacatacatt 300
cataagatgg atgccactat tttagaggac tggcaatttg gccttacccc accaccgtct 360
gcatctttgg aggacacata cagatttgtc acttctactg ctataacttg tcaaaaaaac 420
acaccaccta aaggaaagga agatccttta aaggactata tgttttggga ggtggattta 480
aaagaaaagt tttctgcaga tttagatcag tttcctttag gtaggaagtt tttgttacag 540
gcagggctac aggctaggcc caaactaaaa cgccctgcat catcggcccc acgtacctc 599
<210> 19
<211> 598
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> HPV56
<400> 19
atgttgctac gcctagtggg tctatgatta cgtctgaggc acagttattt aataaacctt 60
attggttgca acgtgcccaa ggccataata atggcatttg ctggggtaat caattatttg 120
ttactgtagt agatactact agaagtacta acatgactat tagtactgct acagaacagt 180
taagtaaata tgatgcacga aaaattaatc agtaccttag acatgtggag gaatatgaat 240
tacaatttgt ttttcaatta tgcaaaatta ctttgtctgc agaggttatg gcatatttac 300
ataatatgaa tgctaaccta ctggaggact ggaatattgg gttatccccg ccagtggcca 360
ccagcctaga agataaatat agatatgtta gaagcacagc tataacatgt caacgggaac 420
agccaccaac agaaaaacag gacccattag ctaaatataa attttgggat gttaacttac 480
aggacagttt ttctacagac ctggatcaat ttccactggg tagaaaattt ttaatgcaac 540
tgggcactag gtcaaagcct gctgtagcta cctctaaaaa gcgatctgct cctacctc 598
<210> 20
<211> 599
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> HPV58
<400> 20
ttttttccaa ctcctagtgg ctctatagtt acctcagaat cacaattatt taataagcct 60
tattggctac agcgtgcaca aggtcataac aatggcattt gctggggcaa tcagttattt 120
gttaccgtgg ttgataccac tcgtagcact aatatgacat tatgcactga agtaactaag 180
gaaggtacat ataaaaatga taattttaag gaatatgtac gtcatgttga agaatatgac 240
ttacagtttg tttttcagct ttgcaaaatt acactaactg cagagataat gacatatata 300
catactatgg attccaatat tttggaggac tggcaatttg gtttaacacc tcctccgtct 360
gccagtttac aggacacata tagatttgtt acctcccagg ctattacttg ccaaaaaaca 420
gcacccccta aagaaaagga agatccatta aataaatata ctttttggga ggttaactta 480
aaggaaaagt tttctgcaga tctagatcag tttcctttgg gacgaaagtt tttattacaa 540
tcaggcctta aagcaaagcc cagactaaaa cgttcggccc ctactacccg tgcaccatc 599
<210> 21
<211> 605
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> HPV59
<400> 21
tattcccctt ccccaagtgg gtctgtggtt acttctgatt cacaattatt taataaacca 60
tattggctgc acaaggctca gggtttaaac aatggtatat gttggcacaa tcaattgttt 120
ttaacagttg tagatactac tcgcagcacc aatctttctg tgtgtgcttc tactacttct 180
tctattccta atgtatacac acctaccagt tttaaagaat atgccagaca tgtggaggaa 240
tttgatttgc agtttatatt tcaactgtgt aaaataacat taactacaga ggtaatgtca 300
tacattcata atatgaatac cactattttg gaggattgga attttggtgt tacaccacct 360
cctactgcta gtttagttga cacataccgt tttgttcaat ctgctgctgt aacttgtcaa 420
aaggacaccg caccgccagt taaacaggac ccttatgaca aactaaagtt ttggcctgta 480
gatcttaagg aaaggttttc tgcagatctt gatcagtttc ctttgggacg taaattttta 540
ttgcaattag gagctagacc taagcccact ataggcccac gcaaacgtgc agcgcctgcc 600
cctac 605

Claims (10)

1.一种检测生殖道病原微生物DNA的方法,其特征在于,包括:
对待测样本的DNA进行扩增及测序,以同时确定所述待测样本是否存在HPV病毒DNA和性传播病原微生物DNA,
所述性传播病原微生物选自下列至少之一:沙眼衣原体、生殖支原体、淋病奈瑟菌和梅毒螺旋体。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述扩增所采用的引物选自具有SEQ IDNO:1~4所示的核苷酸序列。
3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述扩增的体系如下:
4.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述扩增的程序为:
98℃30s;98℃15s,50℃30s(25-27个循环);72℃30s;72℃5min。
5.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述待测样本来源于阴道分泌物。
6.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述HPV病毒包括:HPV6病毒、HPV11病毒、HPV16病毒、HPV18病毒、HPV31病毒、HPV33病毒、HPV35病毒、HPV39病毒、HPV42病毒、HPV43病毒、HPV44病毒、HPV45病毒、HPV51病毒、HPV52病毒、HPV56病毒、HPV58病毒和HPV59病毒的至少之一。
7.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述测序是采用高通量测序方式进行的。
8.根据权利要求7所述的方法,其特征在于,所述测序的深度不少于20000×。
9.一种引物组,其特征在于,包括具有SEQ ID NO:1~4所示核苷酸序列的2对引物,所述引物组可同时检测HPV病毒DNA和性传播病原微生物DNA。
10.一种试剂盒,其特征在于,包括权利要求9所述的引物组。
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