CN108315439A - 一种与瓦氏黄颡鱼生长相关的snp分子标记及其应用 - Google Patents

一种与瓦氏黄颡鱼生长相关的snp分子标记及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种与瓦氏黄颡鱼生长相关的SNP分子标记及其应用，所述的SNP分子标记来源基因的转录组序列如SEQ ID NO:1所示，自5’端，在该序列的7104位和7170位存在SNPg.7104G>C和SNPg.7170C>A两个SNP位点。本发明公开的SNP位点可以进行分子标记辅助育种，不受瓦氏黄颡鱼的年龄、性别等限制，可用于瓦氏黄颡鱼的早期选育，显著促进瓦氏黄颡鱼的育种进程，且方法准确可靠，操作简便。

Description

一种与瓦氏黄颡鱼生长相关的SNP分子标记及其应用
技术领域
本发明涉及一种与瓦氏黄颡鱼生长相关的SNP分子标记及其应用，属于黄颡鱼遗传育种领域。
背景技术
瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)又名江黄颡鱼，俗称江颡，属鲶形目(Siluriformes)，鲿科(Bagridae)，黄颡鱼属(Pelteobagrus)，是该属中个体最大的种类，也是长江流域一种重要的经济鱼类。因其味道鲜美、肉质细嫩、无肌间刺，深受消费者和养殖户喜爱，是我国重要的淡水名优经济鱼类，具有良好的养殖前景。但是在生产的过程中苗种出现生长速度慢、抗病能力弱、病害增加等种质退化现象。良种问题已成为制约瓦氏黄颡鱼养殖业稳定发展的主要因素之一。因此，培育出具有生长快、产量高等优良生长性状的新品系是保障瓦氏黄颡鱼养殖业可持续发展的必要条件。
分子育种，即分子标记辅助选择育种，是指利用DNA分子标记对育种材料进行选择，综合改良选育物种的重要经济性状，是传统遗传育种与现代分子生物学有机结合的育种方法。随着分子生物技术的发展，分子标记辅助育种在鱼类育种工作中越来越重要，为鱼类育种开辟了一条新的途径，并表现出其独特的优越性。单核苷酸多态性(Singlenucleotide polymorphisms,SNPs)标记作为第三代分子标记具有多态性高、遗传稳定和检测方便等优点,已广泛应用于动植物分子育种研究领域。但目前尚未见到有关瓦氏黄颡鱼与生长相关IGF-2R基因的SNPs研究报道。
发明内容
发明目的：针对上述技术问题，本发明的第一个目的是提供一种与瓦氏黄颡鱼生长相关的SNP分子标记，即利用瓦氏黄颡鱼IGF-2R基因编码区上与生长性状显著相关的两个SNP位点进行分子标记辅助育种。
本发明第二个目的是提供用于检测上述SNP分子标记的一对引物。
本发明的第三个目的是提供上述SNP分子标记的应用。
技术方案：本发明公开了一种与瓦氏黄颡鱼生长相关的SNP分子标记，所述的SNP分子标记来源基因(IGF-2R基因)的转录组序列如SEQ ID NO:1所示，自5’端，在该序列的7104位和7170位存在SNPg.7104G>C和SNPg.7170C>A两个SNP位点，即所述SNP位点位于SEQID NO:1上第7104位，碱基为G或C，以及SEQ ID NO:1上第7170位，碱基为C或A。
所述SNPg.7104G>C位点的GG基因型个体的体重、体长、全长、眼间距4个生长性状显著高于GC基因型个体；SNPg.7170C>A位点的CC基因型个体的体重、体长、全长、眼间距4个生长性状显著高于CA基因型个体。
用于检测所述的SNP分子标记的引物对，其上游引物序列为5’-CGGACGAGGACGGCTG-3’(SEQ ID NO:2)；下游引物序列为5-’TCAGACTTTAAGGAGGTCCTCGTCG-3’(SEQ ID NO:3)。
用于检测所述SNP分子标记的试剂盒，其包含所述的引物对。
所述的SNP分子标记、所述的引物对或所述的试剂盒在瓦氏黄颡鱼选育中的用途。
一种检测瓦氏黄颡鱼生长性状的方法，包括通过对待测瓦氏黄颡鱼进行所述的SNP分子标记的检测，确定所述待测瓦氏黄颡鱼的生长性状，包括体重、体长、全长和眼间距。
所述检测瓦氏黄颡鱼生长性状的方法，具体包括以下步骤：
a)瓦氏黄颡鱼群体的获得；
b)瓦氏黄颡鱼尾鳍DNA提取；
c)基于权利要求3所述的引物对，对瓦氏黄颡鱼的基因组DNA进行PCR扩增，以获得PCR扩增产物；
d)对PCR扩增产物进行测序，基于测序结果，确定SNP分子标记的基因型；
e)SNPg.7104G>C位点和SNPg.7170C>A位点基因型与瓦氏黄颡鱼生长性状的相关性分析。
通过对瓦氏黄颡鱼基因组DNA提取、PCR扩增、扩增产物测序以及测序结果分析，上述两个SNP位点存在连锁遗传现象，所述SNPg.7104G>C位点的GG基因型个体的体重、体长、全长、眼间距4个生长性状显著高于GC基因型个体；SNPg.7170C>A位点的CC基因型个体的体重、体长、全长、眼间距4个生长性状显著高于CA基因型个体。
本发明以瓦氏黄颡鱼IGF-2R基因的单核苷酸多态位点为研究目标，发现位于IGF-2R基因外显子区域的2个SNP位点(SNPg.7104G>C和SNPg.7170C>A)与瓦氏黄颡鱼生长显著相关，其中SNPg.7104G>C位点的GG基因型个体的全长、体长、眼间距、体重四个生长性状显著高于GC基因型(P<0.05)个体；SNPg.7170C>A位点的CC基因型个体的全长、体长、眼间距、体重四个生长性状显著高于CA基因型(P<0.05)个体。在以生长性状为选育指标的瓦氏黄颡鱼遗传育种研究过程中，可以优先选择SNPg.7104G>C位点基因型为GG且SNPg.7170C>A位点基因型为CC的个为育种亲本，这对于瓦氏黄颡鱼优良生长性状新品系的选育具有重要的指导意义。
技术效果：相对于现有技术，本发明具有以下优势：
1)本发明公开的SNP位点可以进行分子标记辅助育种，不受瓦氏黄颡鱼的年龄、性别等限制，可用于瓦氏黄颡鱼的早期选育，显著促进瓦氏黄颡鱼的育种进程。
2)通过SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示的一对引物，检测如SEQ ID NO:1所示核苷酸序列自5’端第7104位和7170位SNP位点的方法，准确可靠，操作方便。
附图说明
图1为自5’端第7104位点测序峰图：其中A为GG基因型，B为GC基因型；
图2为自5’端第7170位点测序峰图：其中A为CC基因型，B为CA基因型。
具体实施方式
下面通过具体实施例对本发明所述的技术方案给予进一步详细的说明，但有必要指出以下实施例只用于对发明内容的描述，并不构成对本发明保护范围的限制。
本发明基于SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示的一对引物，通过对瓦氏黄颡鱼基因组DNA提取、PCR扩增、扩增产物测序以及测序结果分析。得到了两个与瓦氏黄颡鱼生长相关的SNP位点(SNPg.7104G>C和SNPg.7170C>A)，可应用于瓦氏黄颡鱼分子标记辅助育种。
下面将通过具体实施例进一步说明
a)瓦氏黄颡鱼群体的获得；
b)瓦氏黄颡鱼尾鳍DNA提取；
c)基于所述SNP引物，对瓦氏黄颡鱼的基因组DNA进行PCR扩增；
d)对PCR扩增产物进行测序，基于测序结果，确定SNP的基因型；
e)SNP位点基因型与瓦氏黄颡鱼生长性状的相关性分析；
f)SNP位点应用于瓦氏黄颡鱼分子标记辅助育种。
具体操作如下：
a)瓦氏黄颡鱼群体的获得：
本发明实验所用鱼取自南京市水产科学研究所禄口实验基地，选取自出膜养殖三个月左右的黄颡鱼392尾。用游标卡尺和电子天平测量其体长、全长、头长、尾柄长、体高、尾柄高、体宽、吻长、眼径、眼间距、体重这11项生长性状。剪取鱼体尾鳍于95％乙醇-20℃保存，用于基因组DNA提取。
b)瓦氏黄颡鱼DNA的提取：
(1)取15mg尾鳍，加入400uL ACL Solution，剪碎，再加10uL的Proteinase K，震荡混匀1分钟，置于55℃裂解约2h，至裂解液澄清。
(2)然后依次加入300uLExt solution和300uLAB solution，用力摇匀，在12,000rpm离心5分钟。
(3)将枪头穿过上层溶液深入到下层溶液中，将溶液仔细吸出到GenClean Column中，尽量避免吸到上层溶液及中间层的层淀。
(4)8000rpm离心1分钟，取下GenClean Column，倒掉收集管中废液。
(5)将GenClean Column放回收集管中，加入500uLWash Solution，8,000rpm室温离心1分钟。
(6)重复步骤(5)一次。
(7)取下GenClean柱，弃去收集管中的废液。将柱放回收集管中，12,000rpm室温离心1分钟，以除去残留Wash Solution。
(8)将柱放入新的洁净1.5mL离心管中，在柱中央加入60μl Elution Buffer，室温放置2分钟。然后12,000rpm室温离心1分钟。离心管中的液体即为所提取的DNA，-20℃保存。
1％琼脂糖凝胶电泳检测DNA样品，紫外分光光度计检测浓度及纯度。
c)基于所述SNP引物，对瓦氏黄颡鱼的基因组DNA进行PCR扩增
PCR产物扩增长度为368bp，PCR引物为：
上游引物：5’-CGGACGAGGACGGCTG-3’
下游引物：5’-TCAGACTTTAAGGAGGTCCTCGTCG-3’
PCR反应体系为50μL:2×Taq Master Max 25μL，正反向引物各2μL，DNA模板1μl，灭菌水20μl。
PCR反应共计35个循环，循环前95℃预变性5min，每个循环包括94℃变性30s，60℃退火28s，72℃延伸30s；循环结束后于72℃延伸5min。
扩增产物用2％的琼脂糖凝胶进行电泳检测，检测合格后的PCR产物于-20℃保存用于后续的测序反应。
d)对PCR扩增产物进行测序，基于测序结果，确定SNP的基因型
基于Hiseq2000高通量测序平台，对上述的瓦氏黄颡鱼392尾个体的PCR扩增产物于ABI3730测序仪上进行双向测序。基于测序结果，将瓦氏黄颡鱼SNP位点基因分型。
e)SNP位点基因型与瓦氏黄颡鱼生长性状的相关性分析
瓦氏黄颡鱼392尾个体的SNP位点基因型与生长性状如表1所示：(见末尾表1)
根据表1的数据，利用SPSS(19.0)GLM程序，根据性状及试验群体的特点，构建线性分析模型从而进行基因多态性与性状间的关联分析：yij＝u+Gi+eij式中，yij为性状表型值，u为群体均值，Gi为标记为基因型效应(i＝1，2，1，4)，eij为随机残差效应。统计数据用平均值±标准误表示。SNP位点基因型与生长性状相关性如表2所示，只列出与SNP位点显著相关的生长性状。
表2瓦氏黄颡鱼IGF-2R基因SNP位点与生长性状的相关性
注：表中体重、体长、全长、眼间距的表达方式为均值±标准误。SNPg.7104G>C不同基因型的体重、体长、全长、眼间距具有显著差异(P<0.05)；SNPg.7170C>A不同基因型的体重、体长、全长、眼间距具有显著差异(P<0.05)。
结果显示：SNPg.7104G>C等位基因G频率显著高于等位基因C的频率，所以等位基因G为优势基因，GG型个体的体重、体长、全长、眼间距显著高于GC型个体(P<0.05)，表明SNPg.7104G>C是一个与生长显著相关的SNP位点；SNPg.7170C>A的等位基因C频率显著高于等位基因A频率，所以等位基因C为优势基因，CC型个体的体重、体长、全长、眼间距显著高于CA型个体(P<0.05)，表明SNPg.7170C>A是一个与生长显著相关的SNP位点。
f)SNP位点应用于瓦氏黄颡鱼分子标记辅助育种
如上文所述瓦氏黄颡鱼IGF-2R基因上，SNPg.7104G>C位点的GG基因型个体的体重、体长、全长、眼间距四个生长性状显著高于GC基因型个体；SNPg.7170C>A位点的CC基因型个体的体重、体长、全长、眼间距四个生长性状显著高于CA基因型个体。因此可以优先选择SNPg.7104G>C位点基因型为GG且SNPg.7170C>A位点基因型为CC的个体作为育种亲本。
本发明选取392尾瓦氏黄颡鱼的样本，通过对每个个体IGF-2R基因的单核苷酸多态位点分析，发现SNPg.7104G>C与SNPg.7170C>A与瓦氏黄颡鱼的体重、体长、全长、眼间距重要生长性状存在显著的相关性，并且能够有效地支持此次试验结果。因此，在高产瓦氏黄颡鱼的选择育种过程中，可以优先选择SNPg.7104G>C位点基因型为GG且SNPg.7170C>A位点基因型为CC的个体作为育种亲本，能够有效辅助早期实现短时间、低成本、高准确性地选育瓦氏黄颡鱼优良品种。
表1瓦氏黄颡鱼392尾个体SNP位点基因型与11个生长性状
注：体长、全长、头长、尾柄长、体高、尾柄高、体宽、吻长、眼径、眼间距的单位为(cm)，体重单位为(g)；SNP1代表SNPg.7104G>C突变位点，SNP2代表SNPg.7170C>A突变位点。
以上所述具体实施案例对本发明进一步的详细说明。所应理解的是，以上所述仅为本发明的具体实施方案而已，并不用于限制本发明，凡在本发明精神和原则之内，所做的任何修改、等同替换、改进等，均应包在本发明的保护范围之内。
序列表
<110> 南京师范大学
<120> 一种与瓦氏黄颡鱼生长相关的SNP分子标记及其应用
<160> 3
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 7368
<212> DNA
<213> IGF-2R(IGF-2R)
<400> 1
atgagtgctg gaggtcacca gagcctcctg ctgctgcttc tctccacact gcagtggggt 60
ttgtttggga cacagagctc cagctcctgg taccaggatc tgtgcagcta taactgggag 120
actgtggacc aggacagcaa tgtaaaatac accctgaagc tttgttcttc ttctccggag 180
acggcctgcg gcccgaacgc tgctgtttgt gcccagaatc taaccagcag caagagccag 240
tcagtgggcg atatctcctt gctgacgtcc tccagctccg tgctcacctt taacagcact 300
cagacatgcc gaggcgagag cagcaaagtg caaagcagca tcagtttcca gtgtgggaaa 360
acaatgggga cgccggagtt cgtcactgtg tcacagtgca ttcatcactt tgaatggaga 420
acttatgcag cctgcaaaaa agagatgttc agaccactga aggaggttcc ctgctacgtg 480
tttgattcgg acgggaaaaa acacgacctc aatcctctca tcaaagacaa agacggctac 540
ctggttgacg actcggacga tagcgtcgac ttttatataa acgtttgcag aaatttggac 600
cgagcaaata gtccctgtcc taaagacact gctgcctgtt ggactataga cggcaaatca 660
gtaagcctgg ggaaaccgga caagcctctg gagctcatct cgaatgacag gttgaggctg 720
cgctacgagt ccgagagtaa gtcgtgtaat gggcacaagc ctgcagtcac catcaccttc 780
atctgcccct ctacaagaca gcagggaagc gaccccaagc tgaccgccga ggagaactgt 840
cgctacgagg tggagtggat gactgagtac gcctgccaca gagactacct ggagagtcac 900
aactgcacgc tgaccagccg acagcacgac atctccatcg acctcacaca cctcacacac 960
ggctctggag acgatcccta cgctgttcag gctcagatcg ggaaggacac ctacatgttc 1020
tatcttaacg tgtgtggaga gaccagagcc ggtcagtgta acgataaaga cgataaaggt 1080
ttcatctcga cttgccaggt gaaggaaggt ggaagtgtgg ccaaagtcgc tggaaggttc 1140
cagaatcaaa cactcaggta ctctgatgga gatctgactc tcatctatcc aggaggaaac 1200
gaatgcagct caggcttccg gcgtatgacc atcattaact ttgagtgcaa cgaacatgca 1260
ggaaaaggcc tccccgagtt cacaggagag gtcgactgca cgtataactt taactggcag 1320
acgtcctacg catgtgtaca gaaaaccaaa gacctgctgt gcagagtcac agatggcaaa 1380
atgcattacg acctgtctcg tctcactcgc tacgcaggag cagataagca acaaaactgg 1440
gaagcggtgg atgctaacgt tccagaaaca gacaaaaaac tctactacat taacgtgtgt 1500
gataaaatca tcaagcagga agagactggc ttgtgtcctg aagatgcagc tgtgtgtgct 1560
gtggggaaag gaaagtttac cagcctgggt aaatttctct cctcaccgca gaaagtcctg 1620
actgggaaag acctgaggct tatatacaca gacggagatg agtgccggaa aaacacaaag 1680
attaaaagca tcatcactct gaagtgtaaa ccgggtgaca tggacagccc ccccgccatg 1740
aggagcgtgt ccagcgacgg ctgcgtttac gagttcgagt ggcagactgc cgccgcctgt 1800
gtgctcacca gagcgaatgg ggacgactgt aaagtggaaa actccacctc aggaatttat 1860
tttgacctga ccccactgag gaaggctgat ggaggttact acaacatctc cagggacaaa 1920
tacgactact ttattaacgt gtgtgggaat gttaaggctg caaattgccc tgagaaatca 1980
ggagcctgtc aggttgacag aagtactaaa actaattcgt ggaacctggg tgagtttaac 2040
tccagtttgt catattacga tggaatgatc gagctggact acatgaacgg ctctcggtac 2100
aacaacaagg aacacacaca gcgctccaca cacatctcct tcctctgtga ccgagaggct 2160
gggccgggga aacctgagtt tcaggctgag gatgaatata cgtacaactt caggtggtac 2220
acgtcttacg cctgtccaga aaggccacag gagtgtgtgg ctactgaccc cgtgacctta 2280
cagcagtttg acttgtctag tttgtccaag ttgcccggat ccactaactg ggaggctcct 2340
gacatcagta gacagagggt gtactacatt aacgtgtgcc ggccgctcgt acctgtgtca 2400
ggctgtgacc gactcgcctc agtgtgccag ataaaaactg gaacgccatc tgcaaaagtg 2460
accatcagta acatgggctt ggctaaaaaa ggccctacgt tcgaagaaga caatcagctg 2520
atgctggagt acacggacgg ctcggtgtgt gaggcggacg ggaagatgag cacctacacc 2580
acccgcattc acttcatctg ctccaaaggg ccagcgtcat ctggtccacg tttcttatca 2640
gatcaggact gcgtagtgga tttcgtgtgg gacactgagg tagcctgcgc catttcaact 2700
gctgtagacg ccaatcagac ttgttctttg aagcatccca ataccggctt tgagttcaac 2760
ctgctccctc tggcttccgg aaacggatac aagacaactg caaacggaaa agagtttctc 2820
gtgaacatct gctcggccgc ccagcagtgc ggatcagaaa agcaggatgt agcgggttgt 2880
gtggtggagg atggcaagcc tcacagtttt gtaggactgg agagatccct gcagttgtct 2940
actgatggcc tgctcactct cacatacaga ggagagctgg ataaaaatct gggtaccaga 3000
gccacgttca ccattaattt tgtgtgtgat caaagcgcca gtaacggctc cctgaatctc 3060
atccgtgagg agctgggaac gtcctcacac gtgcagcatg acgttctttt tgagttctct 3120
acagctcttg cttgcgagcc tgcaccggta gattgccgtg tcactgacgc tcaaggaaat 3180
gagtacgacc tgagtgacct cagtctgaat gaaaaagcct acatcccctt agacacttca 3240
gaccaggcca agtctcagaa gttcttcctc agtgtgtgta aacctctgcc atttgtaaag 3300
ggctgcccag ttggagtaat cggagcgtgt ggtcagttaa atggccgagc tgtgaacctg 3360
ggctatgtgc agtccagtct gcaggccggc tcagacggct ccatcagcat cgtctatcag 3420
aatggagata agtgtggctc agcaggccgc tactccacac gcgtgatctt ccagtgtgac 3480
gacagccctg gctcaccatt gtttgaccgt aaggacggct gtgaatacgt ctttgtctgg 3540
aggacctctg aggcttgcgc agttaagaaa gcacaaggta caaactgtaa ggtaaaggat 3600
cccaggagtg gctatgagtt tgacctgacg ccactgtctg agaaggatta tgcggtgaag 3660
ggttcgtcgt atgaatatca ctttgccgta tgcggccctg tttcgtcgtc agtgtgtcca 3720
cacggagatg accagatggt ctcgtcctgc caaatagagg gttcaaatca caggattgct 3780
ggactggcta atcaaaactt aacgtttgac gatggagtta taatgatcaa ctacacgcac 3840
ggggaaacct gccacaagat ttatgagcga tcaacagcaa ttatattttc ctgcgaccac 3900
agcatgaatc cggggaagcc ggtgtttatc agagagacaa catcctgctc ctacttgttt 3960
gaatggcaca ctgcattggc ttgtcctcct tttaagacca tcagctgctc ctacaatgac 4020
ggcaatgggc actcgtacga tctgtcctca ttggctctgc acagcagtaa ctgggtggtt 4080
ctgcctcaga ctgggaacaa agaccagcgt tactacatca acgtgtgcaa gtctctcgta 4140
cctcagagcg gttcatggga ctgcccgagc agcgctgcag cgtgtcagaa gaatggtgag 4200
aagtacgtga gtttgggaga aacgcagtct gagccacagt gggaggaaaa catgttagtg 4260
ctgaagtaca cggatggaca aacctgccct ggaggagacc gcaaacgatc cactatcatc 4320
cgctttaaat gtgatcggaa caaagtggac tcaaagccca ccctgaccac cgcgctagag 4380
gactgtgtgt acagctttgt gtggtttaca tcagcagcgt gtccccttga taccatagaa 4440
cacggagact gtaaagtcaa taatccagcc acagggcatc tgtttgacct gaactcactc 4500
actcaggaag ctggatatat cgtgtaccac agcgttgacg tgaggaagat gtatcgcctc 4560
aatgtctgtg gccctgttaa gaacacaggc tgtgcttcag acgcaggagt gtgcatcaaa 4620
gacacttcct ccgctgtgaa cggaggaatg tctagcaaga agctggtcta taaggaccat 4680
gtggtggagc tgacctacga gggtggtgac gtctgcgagg ccaatccgac gctgaaacac 4740
aagagcatca tcagcttcgt ctgcaagtct gacgaaggag gagaaggaag cagcaagccc 4800
gtgctggtcg actcggacaa ggacacgtgc actcactttt tctcctggca cacaccgctg 4860
gtctgcgaac aacagacgag ctgctcagtt tggaacaaaa ccagcctgat agatctgagt 4920
cctctaattc acctcagcgg ctactacaca gccacggatg aggacacgga catgaccgaa 4980
gacaggagca aggacgcgtc ccgtgtcttc tacattaaca tctgccagcc tctgaaccct 5040
attccagggg tcaagtgtcc tcctggagcc gcagtgtgta tggaccctcc taaaggagac 5100
cccattgaca tcggacgtgt cacttcctct cctaagtata actctgctac tgatgaggtg 5160
gtgatcgatt tcagcagtac aaccccgtgt gcggcggatc cctctgtcaa ctacacgtcc 5220
agaatcatct tcacctgcca gaaagccaca gacttgggat ctccggagat gatgcatcag 5280
ctggactgca tgtacgtgtt cgagtggccg acgcctctgg tgtgtccgga gacggtcagc 5340
gcgcagggct gcaagctcca agtctcccaa ctgcagtaca cctttgacct ctcggttctg 5400
tccagagatg ttcaggttcc tgctccttct ggaacatata agctgaacgt ttgtgggtct 5460
gtgaaggata aggagtgtaa gaagagcgtg gtgtgtttgg tctccaagtc ttcggcgtcc 5520
tcgttcggcc tcggcgtagc cgtgagtctg aactacagtc gagaggatca gaccgtcatc 5580
atgaagtacg gaggtggaga cccgtgtcct tcagtgacct cggagggaga cgtgtgtatg 5640
tttcctttta cgttcttggg caaaacctat tatgagtgca cacaagaggg cagggctgat 5700
ggcaggatgt ggtgctccac tacagctagc tatgacaaag acaagaagtg gggcttctgt 5760
tcaagtgtga ccgctaagag gcagtcgacg atcttgttca cgtgtgaccg cacagtgggc 5820
cagggcaaac cccagctgct cagcgagacg caggcttgtt ccagcacttt ccagtggcgc 5880
accgacgtcg tctgtcctcc gaaaaagatg gagtgcaagc tggtgagcca tcaccaaacc 5940
tacgacctgc gcccgctttc ctctctcacc gagccgtgga agttcaccca taagagcgac 6000
gcttactaca tgaacctgtg ccaggaaatt cacggaggtc tgatcggttg tccagaagga 6060
gccgctgtgt gtcgcaggcg ctccggtgga aagacggaga ctctgggacg agtgattact 6120
cagagcatgg gcttaactga tgaaaagatc caggtgaatt acagcagagg ggatgctgtg 6180
tgtgggaatt caaaaccagc caaaaccatc atgcagctgg tgtgcgccag tactgtgggt 6240
cgccccaaac tcctgaagga ggacacagtg gcctgtgagt tctgggtgga gtgggagact 6300
cgtgcagcct gtgcagtgaa gcagcaagga gagcaggtgg agatggtgaa cggcaccatc 6360
agacttcccc agacgggagc catgttcagc ttgggagagc tttactacag cctccacaaa 6420
gcaacaggag acatcagatc caatggtgac atctacattt atcacatcca gctatcgggc 6480
atcacagacc actccttatc tcagtgcatg ggtgctaata tctgccagga gaagaaggac 6540
ggcgcatact gcaggaagat cggctcgtct aacaaggcca agtactacat cagaggggac 6600
agtctggatg tcctggtgcc gtcagagtca gagtgcggtc gtgacaagtc caagaccatg 6660
tcgtcggcca tcttgttcca ctgcaagccc gaggctggag tgggcatccc agagttcctg 6720
ctggaggcgg acgggtgtca gtacctgttt gtctggcaca ccgacaaagt ctgtgaactt 6780
ttcaccatga atcagcaggt gaaggacaac gagggagttg gtttatcagg gcggagtcag 6840
gctgtggggg tggtgctaag tctgctgatg gtggtcatga ctatctgtct tattgtccta 6900
ctactacaca aacaagagag aagggggctt tttctacaga aactcaccag ttgctgtaaa 6960
cggagaaatc cagtgtctta taaatactcc aaggtgagca cggacgagga cggctgtgag 7020
gacgagatgg agtggctgat ggaggaggtg gatactccgg tgcagatgcc tcacgagaat 7080
ggccacatca ccaccaaacc ggtgagtgct gacgcgctgc gctccttctc cctcgacgag 7140
caggacagcg aggaagaagt tctcaccgtc cccggagttc gtgtccactc aggacgagcc 7200
tccacctccg caacctcctc ttgtttcctg atgaacgaga gcgatgagga tctggtgggg 7260
ctgctagatg acacggggag aaagaacgca tccaaaccga gctccagaca tctgaggaaa 7320
gcacacggag acccagacga cagcgacgag gacctcctta aagtctga 7368
<210> 2
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
cggacgagga cggctg 16
<210> 3
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
tcagacttta aggaggtcct cgtcg 25

Claims (8)

1.一种与瓦氏黄颡鱼生长相关的SNP分子标记，其特征在于，所述的SNP分子标记来源基因的转录组序列如SEQ ID NO:1所示，自5’端，在该序列的7104位和7170位存在SNPg.7104G>C和SNPg.7170C>A两个SNP位点。
2.根据权利要求1所述的一种与瓦氏黄颡鱼生长相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNPg.7104G>C位点的GG基因型个体的体重、体长、全长、眼间距4个生长性状显著高于GC基因型个体；SNPg.7170C>A位点的CC基因型个体的体重、体长、全长、眼间距4个生长性状显著高于CA基因型个体。
3.一种用于检测权利要求1或2所述的SNP分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3所示。
4.一种用于检测权利要求1或2所述的SNP分子标记的试剂盒，其特征在于，包含：权利要求3所述的引物对。
5.权利要求1或2所述的SNP分子标记、权利要求3所述的引物对或权利要求4所述的试剂盒在瓦氏黄颡鱼选育中的用途。
6.一种检测瓦氏黄颡鱼生长性状的方法，其特征在于，通过对待测瓦氏黄颡鱼进行权利要求1或2所述的SNP分子标记的检测，确定所述待测瓦氏黄颡鱼的生长性状，包括体重、体长、全长和眼间距。
7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，包括以下步骤：
a)瓦氏黄颡鱼群体的获得；
b)瓦氏黄颡鱼尾鳍DNA提取；
c)基于权利要求3所述的引物对，对瓦氏黄颡鱼的基因组DNA进行PCR扩增，以获得PCR扩增产物；
d)对PCR扩增产物进行测序，基于测序结果，确定SNP分子标记的基因型；
e)SNPg.7104G>C位点和SNPg.7170C>A位点基因型与瓦氏黄颡鱼生长性状的相关性分析。
8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述SNPg.7104G>C位点的GG基因型个体的体重、体长、全长、眼间距4个生长性状显著高于GC基因型个体；SNPg.7170C>A位点的CC基因型个体的体重、体长、全长、眼间距4个生长性状显著高于CA基因型个体。
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Cited By (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109182557A (zh) * 2018-11-01 2019-01-11 南京师范大学 一种鉴定瓦氏黄颡鱼低溶氧耐受性和肥满度的snp分子标记及其应用
CN109182556A (zh) * 2018-11-01 2019-01-11 菏泽学院 一种与瓦氏黄颡鱼生长性状相关的snp分子标记及应用
CN109825603A (zh) * 2019-04-02 2019-05-31 南京师范大学 一种与杂交黄颡鱼“黄优1号”生长性状相关的snp分子标记及其应用
CN111187843A (zh) * 2020-01-14 2020-05-22 南京师范大学 一种与杂交黄颡鱼“黄优1号”耐低氧性状相关的snp分子标记及其应用
CN111662987A (zh) * 2020-05-21 2020-09-15 华中农业大学 一种黄颡鱼抗红头病性状相关的snp标记、筛选方法及应用
CN113981104A (zh) * 2021-09-24 2022-01-28 华南农业大学 苏氏圆腹鲶生长性状相关的snp分子标记及其应用
CN114395634A (zh) * 2022-03-03 2022-04-26 佛山市南海百容水产良种有限公司 一种江黄颡鱼性别相关snp分子标记及其应用
CN115679004A (zh) * 2022-11-16 2023-02-03 华中农业大学 鉴定瓦氏黄颡鱼、长吻鮠和杂交种的引物、方法和试剂盒
CN116064759A (zh) * 2022-11-24 2023-05-05 华中农业大学 鉴别瓦氏黄颡鱼性别的分子标记、引物组、试剂盒、方法及应用

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102311996A (zh) * 2011-06-17 2012-01-11 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心 建鲤类胰岛素生长因子1启动子SNPs的PCR-RFLP检测方法
CN104789676A (zh) * 2015-04-20 2015-07-22 南京师范大学 一种鉴别黄颡鱼、瓦氏黄颡鱼及杂交黄颡鱼的试剂盒及其使用方法
CN106167826A (zh) * 2016-07-27 2016-11-30 华南农业大学 一种黄颡鱼生长特性相关的snp位点及其检测和应用

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102311996A (zh) * 2011-06-17 2012-01-11 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心 建鲤类胰岛素生长因子1启动子SNPs的PCR-RFLP检测方法
CN104789676A (zh) * 2015-04-20 2015-07-22 南京师范大学 一种鉴别黄颡鱼、瓦氏黄颡鱼及杂交黄颡鱼的试剂盒及其使用方法
CN106167826A (zh) * 2016-07-27 2016-11-30 华南农业大学 一种黄颡鱼生长特性相关的snp位点及其检测和应用

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
MOHAMMED ABU EL-MAGD等: ""Effects of a novel SNP of IGF2R gene on growth traits and expression rate of IGF2R and IGF2 genes in gluteus medius muscle of Egyptian buffalo"", 《GENE》 *
曹磊: ""黄颡鱼神经肽Y和生长抑素基因克隆、表达及与生长性状相关性研究"", 《万方学位论文》 *

Cited By (14)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109182556B (zh) * 2018-11-01 2021-11-23 菏泽学院 一种与瓦氏黄颡鱼生长性状相关的snp分子标记及应用
CN109182556A (zh) * 2018-11-01 2019-01-11 菏泽学院 一种与瓦氏黄颡鱼生长性状相关的snp分子标记及应用
CN109182557A (zh) * 2018-11-01 2019-01-11 南京师范大学 一种鉴定瓦氏黄颡鱼低溶氧耐受性和肥满度的snp分子标记及其应用
CN109182557B (zh) * 2018-11-01 2021-11-19 南京师范大学 一种鉴定瓦氏黄颡鱼低溶氧耐受性和肥满度的snp分子标记及其应用
CN109825603A (zh) * 2019-04-02 2019-05-31 南京师范大学 一种与杂交黄颡鱼“黄优1号”生长性状相关的snp分子标记及其应用
CN109825603B (zh) * 2019-04-02 2022-03-08 南京师范大学 一种与杂交黄颡鱼“黄优1号”生长性状相关的snp分子标记及其应用
CN111187843A (zh) * 2020-01-14 2020-05-22 南京师范大学 一种与杂交黄颡鱼“黄优1号”耐低氧性状相关的snp分子标记及其应用
CN111662987A (zh) * 2020-05-21 2020-09-15 华中农业大学 一种黄颡鱼抗红头病性状相关的snp标记、筛选方法及应用
CN113981104A (zh) * 2021-09-24 2022-01-28 华南农业大学 苏氏圆腹鲶生长性状相关的snp分子标记及其应用
CN114395634A (zh) * 2022-03-03 2022-04-26 佛山市南海百容水产良种有限公司 一种江黄颡鱼性别相关snp分子标记及其应用
CN115679004A (zh) * 2022-11-16 2023-02-03 华中农业大学 鉴定瓦氏黄颡鱼、长吻鮠和杂交种的引物、方法和试剂盒
CN115679004B (zh) * 2022-11-16 2023-04-11 华中农业大学 鉴定瓦氏黄颡鱼、长吻鮠和杂交种的引物、方法和试剂盒
CN116064759A (zh) * 2022-11-24 2023-05-05 华中农业大学 鉴别瓦氏黄颡鱼性别的分子标记、引物组、试剂盒、方法及应用
CN116064759B (zh) * 2022-11-24 2023-12-19 华中农业大学 鉴别瓦氏黄颡鱼性别的分子标记、引物组、试剂盒、方法及应用

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