CN108004344A - 一种玉米全基因组snp芯片及其应用 - Google Patents

Abstract

本发明涉及分子生物学和基因组育种领域，具体公开了一种玉米全基因组SNP芯片及其应用。本发明收集了覆盖基因表达区域的SNP位点及全基因组均匀分布的SNP位点，筛选后制备了高通量Illumina的Infinium SNP芯片，包括检测表1所示的500个SNP标记的探针。本发明所选择的SNP位点基于大规模测序结果，获得了频率分布合理、缺失率低、假阳性低的特异信号；其中2/3的SNP位点在玉米温带和热带材料中均有分布，可以有效用于热带材料的选择和利用；其中426个SNP位点为功能标记，与籽粒物质积累基因表达显著关联；Illumina的Infinium平台具有SNP分型检出率高、重复率高、检测简便、准确性好的特点。可用于玉米种质资源分子标记指纹分析，玉米连锁图谱构建和QTL定位以及玉米育种材料背景选择等。

Description

一种玉米全基因组SNP芯片及其应用

技术领域

本发明涉及分子生物学和基因组育种领域，具体地说，涉及一种玉米全基因组SNP芯片。

背景技术

DNA分子标记是利用DNA水平上的遗传多态性标识生物个体间遗传变异的技术。传统DNA分子标记技术，如RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism，限制性长度片段多态性)和SSR(Simple Sequence Repeat，简单重复序列)在过去的几十年中得到了广泛的应用。特别是SSR标记，以其多态性高、检测方便等优点，在过去相当长的时期都是我国农作物分子鉴定的主流技术。但由于SSR标记不稳定且分布密度较低，难以实现规模化自动化检测的特点，限制了其在作物分子育种中的大规模应用。SNP(Single NucleotidePolymorphism，单核苷酸多态性)是近年发展起来的新一代分子标记技术，SNP在基因组中分布及其丰富，具有二态性，易于自动化检测，单个SNP位点突变率低，由于受到选择压，编码区的SNP更加稳定。现今，SNP的高通量检测技术主要有四大类：1)基于高通量PCR的分子标记技术；2)基于质谱技术的分子标记技术；2)基于第二代测序的分子标记技术；3)基于DNA芯片技术的分子标记技术。前两类方法主要用于少量SNP位点在大量样品材料中的分型。利用测序技术对样品材料进行DNA重测序可以获得高密度的SNP图谱，但测序的高成本难以满足大规模育种需求；而简化基因组测序，例如GBS(Genotyping by sequencing，基因分型测序)，SNP分型结果中含有大量的缺失值，限制了该类技术的应用范围。DNA芯片技术用于SNP分型，具有价格低、准确度高、缺失率低等特点，是最适合大规模育种应用的SNP分型技术。

在玉米遗传育种相关研究和应用中，DNA分子标记有四个方面的重要用途：1)玉米质量和数量性状基因的定位；2)玉米品种和亲本自交系的鉴定；3)玉米农艺性状的关联分析和进化选择分析；4)玉米标记辅助育种。

Illumina公司的Infinium SNP芯片技术是目前比较成熟和应用广泛的全基因组SNP检测平台。它应用激光共聚焦光纤微珠芯片技术和独特的微珠阵列BeadArray技术生产的芯片，可以承载巨大的微珠——SNP数目。目前该公司生产的人类SNP芯片最多可容纳110万个SNP标记(http：//www.illumina.com)。在芯片制作时，每个包含50个脱氧核苷酸的SNP探针序列与特定的微珠耦联，微珠种类根据承载的SNP数目决定，从几千至百万以上，每类微珠由其特定的地址序列和SNP探针序列进行编码和检测。每种类型的微珠在每张芯片上平均重复30次，从而保证每个SNP被检测的成功率和可重复性。

为了更好地促进玉米遗传研究和育种应用，亟需开发一种覆盖全基因组、通量高、重复性好、适用性广的玉米全基因组SNP芯片。

发明内容

本发明旨在提供一种中等密度的SNP集合，该集合包含500个缺失率低、假阳性低的频率分布合理的特异性SNP位点，适合与玉米分子育种功能基因定位及DNA指纹图谱鉴定。

该500个SNP序列如表1所示，SNP标记是指序列中方括号([])中的核苷酸，在第51bp位点上表现为核苷酸的多态性。

本发明为了提供一种均匀分布、不同来源玉米品种分型的SNP位点集合，选择了368份来源广泛的玉米自交系，进行RNA测序(一种简化基因组测序)，这368份材料包括150热带系，126个温带系，92个混合。具体所选材料的名称如表2所示，通过测序分析，本发明从不同玉米材料中获得了大量的玉米自交系间的SNP变异，共获得102万个SNP标记，其中最小等位基因频率大于5％的SNP位点共55万个。从这些位点中进一步挑选出500个SNP位点用于制备SNP芯片，具体所选位点及其在染色体上的位置如表1所示。其中426个SNP位点与籽粒积累时期的基因表达显著关联。

表2 368份玉米自交系名称：

具体SNP位点挑选流程如下：

(一)6k芯片中所有位点的产生过程

1、本发明首先从含有55万SNP标记文件中提取368玉米自交系的标记信息。计算每个SNP位点的最小等位基因频率(Minor Allele Frequence，MAF)、缺失率和杂合率。

2、提取55万个SNP标记的侧翼序列。根据SNP在B73参考基因组上的位置，提取SNP位点上下游各200bp。把侧翼序列中的SNP多态位点替换成为杂合位点表示形式(M/R/W/S/Y/K)，对应的SNP位点替换为[X/Y]表示形式，X和Y分别代表两种等位基因型。将55万条包含多态信息的序列生成iSelect芯片设计所需要的格式，随后上传至Illunima的Infinium系统进行iSelect芯片设计评分，并按照附图1进行设置。

3、对55万个SNP标记在温带和热带材料(Tropical and Subtropical，TST)中进行分布检验。提取TST材料，计算两种等位基因的数量，利用卡方拟合优度检验法对SNP位点热带材料等位基因型分布进行检验，分析SNP位点的两种等位基因型在热带材料中的分布与所有材料相比是否有显著差异，同时卡方检验需要满足最小等位基因型至少在5份自交系中出现。

4、Infinium HD分析微珠型的选择。Infinium HD分析可以设计两种类型微珠型(BeadType)，Infinium I型和II型，这里选择Infinium II型，即检测一个位点仅需要一个探针，这种探针设计符合几乎所有物种的大多数探针。Infinium I型用于在生物体中不常见的A/T和C/G SNP位点，每个位点检测需要2个探针，由于我们设计的是中等密度的育种芯片，强调的是尽量均匀覆盖全基因组，分子标记代表染色体片段的变异和与其紧密连锁的分子标记。因此，不考虑A/T和C/G位点，可以在固定芯片探针数量下设计出更多的位点。

5、SNP标记的筛选。本发明首先以6000个SNP标记为目标，将玉米基因组按照物理距离平均划分为6000个区域，并对落于这些区域内的标记进行分组。所有55万个SNP位点在这些区域中能够覆盖其中5926个区域，在每个区间内通过以下步骤和条件进一步筛选合适的SNP位点。

a)当SNP位点为基因表达的Lead SNP(通过基因表达的全基因组关联分析获得的与某个基因关联最显著的SNP位点)，MAF≥0.2，等位基因型在热带材料中的分布与所有材料的分布没有检测出显著差异(P值≥0.1)，SNP评分≥0.6，选择了1229个SNP。

b)当SNP位点为基因表达的Lead SNP，MAF≥0.2，SNP评分≥0.6，增加了987个SNP。

c)当SNP为中性标记，MAF≥0.2，等位基因型在热带材料中的分布与所有材料的分布没有检测出显著差异(P值≥0.1)，SNP评分≥0.6，增加了2786个SNP。

d)当SNP为中性标记，MAF≥0.2，SNP评分≥0.6，增加了598个SNP。

e)当SNP为中性标记，MAF≥0.1，等位基因型在热带材料中的分布与所有材料的分布没有检测出显著差异(P值≥0.1)，SNP评分≥0.6，增加了141个SNP。

f)当SNP为中性标记，MAF≥0.1，SNP评分≥0.6，增加了127个SNP。

以上6种条件对55万个SNP标记进行筛选，在符合条件的SNP标记中，每个区域中选择MAF最高的SNP标记作为该区域的代表标记，共选出5868个标记来代表5868个区域。

6、剩余SNP位点的填补。其中用功能标记填补20个SNP位点，这些位点都符合上述SNP标记筛选条件。在高密度基因区域(HDGR)加设SNP标记。筛选方法为每个染色体选择前3的HDGR，每个HDGR包含3个区域，每个区域中选择MAF≥0.2，SNP评分≥0.6，等位基因型在热带材料中的分布与所有材料的分布没有检测出显著差异(P值≥0.1)，同时在符合条件的SNP中对Lead SNP优先选择，最终获得112个填补SNP位点。

7、6000个SNP位点，提取其左右侧翼50bp的B73基因组序列分别与B73基因组进行Blast确定该位点设计引物片段的唯一性。Blast结果显示，在6000个位点中有161个位点(3％)的侧翼序列在B73参考基因组上存在两个或两个以上的拷贝。iSelect芯片设计评分系统并未考虑到这些位点的多拷贝情况，本发明对此提出的改进方法如下：对这161个位点所在的区域进行分析，其中有11个位点所在的区域可选位点只有一个，无法再选择其他位点进行替换，故对剩余的150个位点所在区域重新选择代表位点；按照MAF≥0.1，SNP评分≥0.6的标准对150个位点所在区域的所有位点进行筛选，同样选择MAF最高的位点(已去掉上述多拷贝位点)作为新的代表位点。同样，对新产生的150个位点再次利用Blast验证在参考基因组上的唯一性；在新的150个位点中有17个位点存在多拷贝的情况，故决定在5868个位点中(填补位点只有一个位点存在多拷贝数)这17个位点保持原来位点不变，其余133个位点使用新获得位点替换5868个位点对应区域位置上的SNP位点，最终获得筛选完成的6000个标记位点及其相关信息。

(二)500个特异性SNP的开发流程

1、以MaizeSNP50 BeadChip以及欧洲600KMaize Genotyping Array中的所有位点为参照，从所获得的6K标记中去除与上述标记集合中一致的标记，最终过滤获得991个在本发明中具有唯一性的标记。

2、将上述所获得991个unique标记以染色体为单位，按照不同type标准进行排序，标准如下所示：

上述标准为本发明独创，其中Type编号越小的marker其质量越高，代表性越好，且大部分为功能标记。

3、根据排序结果，从每个染色体上挑选top 50特异的SNP标记组成一个包含500个缺失率低、假阳性低并且频率分布合理的的特异性标记集合。

进一步地，本发明还提供了用于检测前述SNP标记组合(集合)的探针组合(集合)，以及由探针组合制备的玉米全基因组SNP芯片。

本发明具体选择了Illumina公司的Infinium技术平台进行SNP芯片合成。

Illumina Infinium基因分型的探针设计及检测原理为：(I)对A/T和C/G两种多态性需要设计两个探针，终止在SNP位点处，差别仅在于最后一个核苷酸，对应SNP的两种可能性，通过检测这两个探针是否能够延伸来区分SNP的两种等位可能性；(II)对A/G、A/C、T/G和T/C四种SNP多态性，只需要设计一个探针终止在SNP位点的相邻位点，检测过程中完成一个双脱氧核糖核苷酸(ddNTP)的延伸，碱基A和T染色为一种颜色，而碱基C和G染色为另一种颜色，由此可以区分SNP的两种等位性。这里发明人选择Infinium II型，即检测一个位点仅需要一个探针。

根据上述探针设计的原则，经过实验验证，我们获得了用于Illumina Infinium平台的最优探针，检测每个SNP位点的探针序列为紧邻SNP位点的上游50bp的核苷酸序列。

本发明将通过上述平台所开发的检测表1所示的500个SNP标记获得特异性DNA芯片。

通过本发明获得的SNP位点集合，其具体实施方式通过以下步骤进行：

1)探针制备。在Illumina、Affymerix、Sequenom或其他可以进行寡聚核苷酸合成的基因分型公司定制含有检测500个SNP标记的寡聚核苷酸探针的芯片或试剂盒，本发明针对Illumina芯片技术平台所开发的寡聚核苷酸探针为表1所示核苷酸序列的第1位至第50位的核苷酸，即紧挨每个SNP多态性位点的上游50bp为本发明所提供的针对Illumina芯片技术平台的探针序列。

2)样本DNA提取。按照所设计的玉米育种或者其他生物学研究相关实验收集所需要的样本，根据所定制的基因分型芯片或试剂盒的要求，提取并获得特定浓度的样本基因组DNA，并以适当条件保存。3)SNP标记位点的基因分型。按照定制的芯片或试剂盒的要求，在相应的基因分型系统中通过样本基因组DNA和SNP标记的寡聚核苷酸探针的杂交等反应得到SNP标记位点的基因型。

4)基因分型数据分析。对基因分型的初步结果进行质量控制，选择可靠性高的位点，然后将SNP标记位点的基因型和关于玉米育种或者其他生物学研究相关的实验设计相结合，选择相应的数据分析方法，得到相应的结果。实验设计以及数据分析方法参见具体的实施方式。

本发明还提供了一种该芯片在检测玉米DNA样品中的应用，包括下列步骤：

1)玉米基因组DNA提取。根据检测需要从玉米种子、叶片等组织、抽提基因组DNA。其中玉米叶片DNA抽提推荐采用Tiangen植物基因组抽提试剂盒按照标准流程抽提。

2)DNA样品质量检测。用质量分数为1％的境脂糖凝胶电泳检测，用凝胶成像系统判断电泳结果，保证基因组DNA完整性好，且该基因组DNA片段长度大于10kb，用紫外分光光度计测量基因组DNA中蛋白质和有机物质污染水平，基因组DNA A260/280比值应在1.8-2.0之间，A260/230比值应在1.8-2.2之间。将DNA浓度稀释到工作浓度50ng/μL。

3)基因芯片检测。技照Illumina Infinium基因芯片检测标准流程操作(InfiniumHD Assay Protocol Guide，http：//www.illumina.com/)，芯片扫描使用Illumina iScan芯片扫描仪。

4)数据分析。Illumina iScan扫描结果用GenomeStudio软件分析基因型。

本发明涉及到的操作如无特殊说明均为本领域常规操作。

本发明的有益效果在于：

1、不同于以往通过基因组测序得到SNP，本发明通过对来源广泛的368份玉米自交系进行RNA-seq测序，获得基因区间的有效SNP位点。

2、玉米起源于热带地区，但是玉米研究在温带地区大面积的展开，所以本发明筛选的500个SNP位点中有2/3个SNP位点在温带和热带材料分布无显著差异，便于在热带材料中有效应用。

3、本发明筛选的500个SNP位点中有426个SNP位点与基因表达的lead关联，是调控功能基因表达的重要候选基因。

4、本发明的标记筛选流程定义为逐级筛选流程，通过独创的标记筛选标准，尽可能选择缺失率低、假阳性低的SNP标记。

5、本发明对Iselect打分系统的结果进行再次检验，设计了一个新的标记审判标准。

综上所述，本发明收集了覆盖基因表达区域的SNP位点，经过筛选制备了高通量Illumina的Infinium SNP芯片，将广泛用于分子设计育种及其相关研究，并为玉米DNA指纹鉴定提供了技术手段。；Illumina的Infinium平台具有SNP分型检出率高、重复率高、检测简便、准确性好的特点。

进一步地，所述有益效果还具体表现为：

1)通量高。芯片上包含特异性高的500个SNP位点，按照Illumina Infinium检测标准流程3天就可以得到一个样本的分布于全基因组的约500个位点的基因型，1张芯片可以同时检测24个样品，一个流程可以做8张芯片，即3天可以得到192个样品，共9.6万个较高质量数据点(500×24×8)。

2)重复性好。不同批次检测统一份样品技术重复达到99.9％以上，平均call rate达到97％以上，其重复性和准确性高。

3)适用性广。对368份来源广泛的玉米自交系进行RNA测序，获得了102万个SNP标记，选择其中500个代表性的SNP，广泛适用于各类玉米的育种和杂交。

4)位点与基因功能关联。通过基因表达的全基因组关联分析获得与基因表达显著关联的SNP位点，优先选取关联最显著的SNP位点，共选取显著关联的SNP位点426个。

附图说明

图1为Illumina Infinium系统iSelect芯片设计评分页面。

图中File Type选择Sequence List(序列列表)，Species选择Zea mays(玉米)，Number of Loci将实际用于iSelect评分的序列数填于此表，Lowercase Weighting由于上传的序列列表文件中碱基全为大写字母，不进行勾选。

图2为热带玉米和温带玉米以及热带玉米和SS系及NSS系之间的聚类分析射线状图。图2a中红色表示热带材料，绿色表示温带材料，黑色表示混合材料；图2b中红色表示热带材料，蓝色表示NSS系，绿色表示SS系，黑色表示混合材料。

图3为SNP芯片对SS系和MIXED系杂交得到的F2群体构建连锁图谱和QTL定位的结果示意图。黄早四(HZS)和1462杂交获得F2群体，检测该群体株高表型，呈现高矮不同的正态分布(3a)。利用F2群体构建连锁图谱，进行株高表型的QTL定位(3b)。黑色表示HZS起正向作用，红色表示1462起正向作用。3c和3d为F2群体中极矮株和极高株的基因型，AA为1462纯合基因型，BB为HZS纯合基因型，AB为杂合基因型。

图4为野生型和突变体barren stalk构建的BC₃F₁群体SNP芯片的基因分型结果。黄色区域表示BC₃F₁群体中野生型材料的基因分型结果，灰色区域表示BC₃F₁群体中突变体材料基因分型结果为杂合基因型。

图5为通过该玉米SNP芯片基因分型结果对候选基因的初定位结果。红色表示SSR分子标记的定位区间，黑色表示芯片SNP标记的定位区间。

图6为一种回交育种定向改良材料的背景分析示意图。该图显示高油亲本供体基因导入骨干自交系Chang7-2回交BC₁F₁的两个家系基因型。由于油份含量在该群体中的遗传率高，进行早代选择省时省力且高效。红色表示高油位点纯合基因型，蓝色表示杂合基因型，骨干自交系Chang7-2纯合基因型在每条染色体白色区域内。

具体实施方式

下面将结合实施例对本发明的优选实施方式进行详细说明。需要理解的是以下实施例的给出仅是为了起到说明的目的，并不是用于对本发明的范围进行限制。本领域的技术人员在不背离本发明的宗旨和精神的情况下，可以对本发明进行各种修改和替换。

下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。

下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。

实施例1 玉米SNP芯片在玉米种质资源分子标记指纹分析中的应用

利用该玉米SNP芯片，本发明对368份来源广泛的玉米自交系进行分子标记指纹分析。芯片检测368份玉米自交系，通过计算各SNP标记的缺失率和MAF，删除缺失率大于5％，MAF小于20％的位点，剩余3987高质量位点，占总位点数的66.5％(3987/6000)。根据基因分型结果对这368份玉米自交系进行聚类分析，结果发现全部150份热带材料聚为一类，其余126份温带材料聚为一类(图2a)。将温带材料继续聚类，结果发现全部32份材料聚为SS(Stiff Stalk)系，剩余94份材料聚为NSS(Non Stiff Stalk)系(图2b)。

该结果表明，玉米SNP芯片中特异性高的500个SNP标记可优先适用于检测温带、热带玉米自交系之间杂交群体的基因分型，也可用于温带自交系NSS和SS两个玉米杂种优势群的基因分型，具有广泛的适应性。

实施例2 玉米SNP芯片在连锁图谱构建和QTL定位中的应用

本研究以自交系黄早四(HZS)和1462为亲本构建F2群体，利用玉米SNP芯片对F2群体及其亲本基因分型。经过分析，亲本黄早四(HZS)和1462之间有差异且纯合的SNP有1248个，F2群体中偏分离SNP有220个，最后用于连锁图谱构建和QTL定位的SNP有1028个，占有效位点数19.8％(1028/5179)。构建的连锁图谱总长度1596.94cM，共计包括655个bin(bin即重组单位)，平均每个bin的长度为2.4cM。由于第8条染色体上出现严重的偏分离，所以第8条染色体的绝大部分区段为空白。结果表明，通过该玉米SNP芯片能够有效对该群体进行SNP分型。

两亲本HZS和1462具有明显的表型差异。从群体类型划分上看，HZS属于NSS类，1462属于MIXED类(Yang et al.2012.Mol Breeding，DOI 10.1007/s11032-010-9500-7)。从果穗上看，HZS属于粗短型，穗行数多，行粒数少，1462属于细长型，穗行数少，行粒数多。此外，HZS株高较矮，开花期偏早，中早熟，1462明显高于HZS，开花期和成熟期都比较晚。

通过QTL分析，共计发现了4个控制株高的QTL，其中位于第1和6染色体的QTL，来自HZS的位点起正向作用，位于第3和7的QTL，来自1462的位点起正向作用(图3b)。我们选取1415-83(株高为211cm)和1415-159(株高为307cm)来证明QTL定位结果的准确性，在1415-83(图3c)中，4个QTL位点是由来自两个亲本的negative allele组合而成，解释了1415-83的极矮表型。在1415-159(图3d)中，4个QTL位点是由来自两个亲本的正向等位基因型组合而成，解释了1415-83的极高表型。

该结果表明，该玉米SNP芯片对NSS和MIXED两个玉米杂种优势群体具有很好的基因分型能力，并且对重要功能等位基因型具有很好的检测能力。

实施例3玉米SNP芯片在混池定位中的应用

本研究对象是一个玉米雌雄穗退化发育突变体barren stalk，突变体表现为雌雄穗均退化且不分化成小穗或小花。突变体材料来源于一个自交系的自然突变，在自交后代中表型呈现3∶1分离，将突变体材料分别与玉米自交系B73、Mo17以及Zheng58构建回交群体，得到BC3F1群体，将该群体中突变体和野生型分别以每10个单株进行混池，重复5次，全基因组DNA经提纯、定量后进行芯片基因分型。根据“表型和基因型分型一致性原则”分析，理论上突变体中与目标基因紧密连锁的标记应该是纯合突变位点，而对应的位点在野生型中既可以为纯合非突变位点也可以为杂合位点(如图4黄色标示)；摒弃突变体中杂合位点(如图4灰色框)。将突变体Barren Stalk粗略定位在1号染色体Bin1.05-1.06的160.2-190.8 Mb之间(如图5)，同时利用SSR标记进行初定位，定位区间为umc2230-umc1811，这两种分子标记初定位的定位区间一致。

该结果表明，该玉米芯片可以成功的进行突变体和野生型混池的SNP基因分型，并进行单基因隐性质量性状的初定位。

实施例4 玉米SNP芯片在玉米育种材料背景选择中的应用

为了检验该玉米SNP芯片在育种中的应用效果，本发明对回交育种初期材料进行了遗传背景分析。将供体亲本B(高油自交系BY807)高油基因导入受体亲本A(骨干自交系Chang7-2)以提高A亲本籽粒油份含量。经过第1轮回交得到BC₁F₁，检测BC₁F₁两个家系的基因型和籽粒油份含量，进行遗传背景和高油表型选择，选择更偏向Chang7-2遗传背景的高油BC₁F₁材料19份，具有代表性的两个家系基因型结果如图所示(图6)。经过基因分型，BY807和Chang7-2之间有差异且纯合的SNP有4740个，占总SNP标记数量的79％(4740/6000)。图6a所示的家系包含骨干自交系Chang7-2的遗传背景82.7％，图6b所示的家系包含骨干自交系昌7-2的遗传背景69.6％，图6b所示家系在1-8号染色体上多为杂合基因型，图6a所示家系在4，6，7号染色体上多为纯合的骨干亲本的基因型，为了尽量保持A亲本的优良特性，优先选择遗传背景更倾向与昌7-2的家系进行后续育种工作。

该结果表明，芯片中特异性高的500个SNP可以成功的分析高油和骨干自交系之间回交育种群体的遗传背景，并指导育种。由于油份含量性状是由多位点基因控制的，传统的SSR等分子标记分析遗传背景费事费力。芯片中特异性高的500个SNP能够覆盖整个基因组，可以准确、快速、高效地进行全基因组遗传背景选择。

虽然，上文中已经用一般性说明及具体实施方案对本发明作了详尽的描述，但在本发明基础上，可以对之作一些修改或改进，这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此，在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进，均属于本发明要求保护的范围。

Claims (7)

1.一种玉米SNP标记组合，其特征在于，由表1所示的500个SNP标记组成，所述SNP标记是指表1序列中方括号([])中的核苷酸。

2.用于检测权利要求1所述SNP标记组合的探针组合。

3.一种玉米全基因组SNP芯片，其特征在于，所述SNP芯片包括权利要求2所述的探针。

4.权利要求2所述的探针组合或权利要求3所述的SNP芯片在玉米种质资源分子标记指纹分析中的应用。

5.权利要求2所述的探针组合或权利要求3所述的SNP芯片在连锁图谱构建和QTL定位中的应用。

6.权利要求2所述的探针组合或权利要求3所述的SNP芯片在玉米育种材料背景选择中的应用。

7.权利要求2所述的探针组合或权利要求3所述的SNP芯片在检测玉米DNA样品中的应用。