CN107841498A - 一种鸡全血简便快速dna提取方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开一种鸡全血简便快速DNA提取方法,其提取方法包括将鸡全血加入抗凝剂后,再加入裂解液中混合,于56~60℃水溶锅放置20~30min,加入分离液,于70~80℃水溶锅放置20~30min后离心,取上清液转移到另一EP管中,再加入析出液,离心,留沉淀,加入洗涤液后混匀,离心;小心弃上清,收集沉淀室温干燥,加入TB缓冲液,即得鸡DNA提取液。本发明提取的DNA纯度和DNA完整性都能达到试验要求,浓度和纯度优于现有试剂盒提取的DNA。结合在鸡分子育种方面的应用,可证明该方法是一种成本低,操作简单,环境友好型的DNA提取方法。
Description
技术领域
本发明设计生物检测技术领域,具体涉及一种鸡全血简便快速DNA提取方法。
背景技术
20 世纪 50年代 Watson 和 Crick 提出 DNA 双螺旋模型以来,分子生物学获得空前的发展,动物分子育种在生产中的应用越来越多。基因组DNA的提取在动物分子育种中是一项基础、重要的技术,直接关系到基因检测的效果。目前,有关家禽基因组DNA的提取方法较多,如试剂盒法、盐析法、蛋白酶消化法、有机溶剂提取法等都有研究,但各种方法都存在一定的优、缺点。
酚-氯仿法是提取DNA最为经典的方法,其原理是利用有机溶剂苯酚的蛋白变性,抑制DNase作用,蛋白分子溶于酚相,而 DNA 溶于水相。离心分层后取出水层,多次重复操作,合并含 DNA 的水相,再利用核酸不溶于醇的性质,用乙醇沉淀 DNA。该法在鸡DNA提取上也有应用,研究者利用该法提取迪卡系白壳蛋鸡及褐壳蛋鸡祖代鸡外周抗凝血DNA,已公开的专利:一种提取家禽基因组DNA的方法(CN101768588A)和一种提取禽类全血DNA的方法(CN101748119A),在提取过程使用到有机溶剂Tris饱和酚/氯仿。有机溶剂提取方法的优点是提取的DNA 保持天然状态。该方法提取DNA的缺点是耗时比较长,约在21h;提取过程多次使用对人体有害的氯仿,苯酚等有机试剂,影响研究操作人的工作情绪;操作过程多次加入有机溶剂,步骤繁琐,提取的DNA中可能含有有机试剂,影响进一步的试验研究工作。
盐析法提取DNA的原理是利用蛋白质和核酸在电解溶液中溶解度不同,将二者分离。研究者用不同禽类品种 (金定鸭、长乐灰鹅、象洞鸡和闽南火鸡)为试验材料,采用 4种不同方法从其全血中提取 DNA,比较不同方法的 DNA 提取效率。结果表明:由于品种之间 DNA 存在差异,DNA 的质量和产率也有显著差异,金定鸭全血 DNA用树脂法效果最佳;长乐灰鹅和闽南火鸡全血 DNA 用酚-氯仿法效果最佳;而盐析法是提取象洞鸡全血DNA的最佳方法。盐析法提取DNA优点,减少了有机溶剂的使用,减少了对环境和试验人员的伤害,缺点是提取DNA纯度差。
吸附法提取DNA是利用核酸的吸附特性来获取组织DNA的方法。该方法的步骤是首先进行细胞的裂解和核酸,蛋白分离(如去污剂SDS, TLS,蛋白酶等),混合液经过吸附材料(树脂,玻璃等材料),核酸被吸附收集,经过特定洗脱液,收集核酸保存。该方法有开发成试剂盒产品,专供提取DNA。如TIANGEN生产的血液基因组DNA提取试剂盒,采用可以特异性结合DNA的离心吸附柱和独特的缓冲液系统,提取血液中的基因组DNA。离心吸附柱中采用的硅基质材料为本公司特有新型材料,高效、专一吸附DNA,可最大限度去除杂质蛋白及细胞中其他有机化合物。提取的基因组DNA片段大,纯度高,质量稳定可靠。1 h内即可获得超纯的基因组DNA。该方法的优点,提取的速度快。缺点是成本高,每个样本提取材料成本约3.5元,常在小批量的科研试验研究中使用,大量的检测,如鸡的分子育种过程中,需要成千上万份的检测,成本较大。
加热煮沸法是利用DNA与蛋白的不同物理化学性质提取DNA,用加热法把细胞裂解,让基因组释放出来,冰浴后通过离心把细胞壁和一些蛋白离到管底,基因组会悬浮在上清中。研究者通过煮沸提取固始鸡和安卡鸡 F2 代抗凝血基因组 DNA,经核酸蛋白定量仪检测,DNA 的 OD260 /OD280达 1.77 ± 0.06,证明所提 DNA 质量较好,用于 PCR 扩增,也可以得到满意的扩增效果。但这种方法提取DNA,上清中还是存在一些蛋白的;煮沸的过程对DNA的完整性造成一定的损伤,在某些时候是会影响到PCR结果。该法对样本有选择性,鸡肉及凝集血等样本没见报道使用情况。
综上所述,急需一种实验操作简单,可重复性好、所用试剂安全、无毒,提取的速度快,提取纯度高,样本DNA提取成本低的综合有效的鸡血基因组DNA提取的方法。
发明内容
本发明的目的是解决现有技术存在的问题,提供一种鸡全血简便快速DNA提取方法。为实现本发明目的所使用的技术方案为:
一种鸡全血简便快速DNA提取方法,包括样本准备,样本裂解,样本分离DNA沉淀,DNA洗涤和制备DNA,具体制备步骤如下:
(1)样本准备:取鸡全血,加入抗凝剂,获得鸡抗凝血;
(2)样本裂解:将鸡抗凝血加入裂解液中混合,于56~60℃水溶锅放置20~30min,所述的鸡抗凝血与裂解液质量比为1:2.5,得鸡裂解血;
(3)样本分离DNA沉淀:将鸡裂解血加入分离液,于70~80℃水溶锅放置20~30min后,在4000 rpm离心机中离心分离10~15 min,取上清液转移到另一EP管中,得鸡分离血;
(4)DNA洗涤:在鸡分离血中加入析出液,于4000 rpm离心机中离心分离1~2 min,留沉淀,加入洗涤液后混匀,得鸡初级DNA提取液;
(5)制备DNA:将鸡初级DNA提取液于4000 rpm离心机中离心分离1~2 min;小心弃上清,收集沉淀室温干燥,加入TB缓冲液,即得鸡DNA提取液。
优选的,所述的抗凝剂为枸橼酸钠、Na2EDTA·2H2O或肝素钠。
优选的,所述的枸橼酸钠终浓度为0.38%,所述的Na2EDTA·2H2O浓度为1.5~2.2mg/mL,所述的肝素钠浓度为300~400单位/ml,采集血液,加入抗凝剂后,轻微晃动离心管,抗凝剂均匀接触血液;2~8 ℃备用或-20 ℃长期保存。
优选的,所述的裂解液为50mM Na2EDTA·2H2O、2% SDS、0.19M NaCl和蛋白酶 K终浓度0.4μg/μL。
优选的,其特征在于,所述的分离液为6M NaCl。
优选的,所述的析出液为90~95%乙醇。
优选的,所述的洗涤液为70% 乙醇和0.14 M NaCl。
优选的,所述的TB缓冲液由Tris、Na2EDTA·2H2O和硼酸组成,所述的Tris浓度为0.108g/ml,Na2EDTA·2H2O浓度为7.44×10-3 g/ml,硼酸浓度为5.5×10-2 g/ml。
优选的,所述的鸡DNA提取液在2~8 ℃备用或-20 ℃以下保存。
优选的,具体制备步骤如下:
(1)样本准备:取鸡全血,加入抗凝剂,获得鸡抗凝血;
(2)样本裂解:将100μL鸡抗凝血加入250μL裂解液中混匀,于56~60℃水溶锅放置20~30min,得鸡裂解血;
(3)样本分离DNA沉淀:将鸡裂解血加入600μL分离液,颠倒3~5次混匀,于70~80℃水溶锅放置20~30min后,在4000 rpm离心机中离心分离10~15 min,取200μL上清液转移到另一EP管中,得鸡分离血;
(4)DNA洗涤:在鸡分离血中加入400μL析出液,于4000 rpm离心机中离心分离1~2min,留沉淀,加入600μL洗涤液后上下颠倒3~5次混匀,得鸡初级DNA提取液;
(5)制备DNA:将鸡初级DNA提取液于4000 rpm离心机中离心分离1~2 min;弃上清,收集沉淀室温干燥,加入200μL TB缓冲液,即得鸡DNA提取液。
优选的,所述的室温干燥时间为5~10min。
分子生物学研究首要考虑的问题是核酸的提取,是非常关键的过程。提取纯化核酸可分为三步:第一步,细胞破碎、第二步,除去样本中的蛋白,与核酸结合的蛋白质及多糖脂等杂质、除去其他杂质核酸,第三步,核酸的纯化。提取DNA的纯度和产量直接影响后续的试验和研究。如PCR扩增、酶切反应和分子克隆等试验。在 DNA 的提取过程中要应注意以下几个问题:
a.防止核酸酶对核酸的降解。细胞内的核酸酶活力很高,细胞内或外来的各种核酸酶消化核酸链中的磷酸二酯键,直接破坏核酸的一级结构。其中 DNA 酶需要金属二价离子Mg2+、Ca2+的激活,因此使用 EDTA、柠檬酸盐螯合金属二价离子,基本可以抑制 DNA 酶活性。
b. 防止核酸变性或破坏。化学因素(酸、碱等)和物理因素(高温或机械剪切,包括强力高速的溶液振荡、搅拌,使溶液快速地通过狭长的孔道,以及 DNA 样本的反复冻贮等)引起核酸变性或破坏。制备 DNA 最重要的是要防止张力剪切作用,因为DNA 分子特别长,容易断裂。如长时间高温煮沸,除水沸腾带来的剪切力外,高温本身对核酸分子中的有些化学键也有破坏作用。
c.DNA纯化过程,DNA沉淀要易于观察,以便及时将丢失的 DNA 回收。
d.DNA提取过程避免使用有毒有害的有机溶剂。苯酚、氯仿和异丙醇等有机溶剂虽然在除去蛋白过程中有很大的用处,同时也对环境和实验人员有很大的伤害。
e.节约DNA提取成本,才能利于技术的应用和推广。
本发明突出的实质性进步和显著的特点是:
本发明的裂解液(50mM Na2EDTA·2H2O、2% SDS、0.19M NaCl)在裂解样本时,通过体积调整,使NaCl终浓度到0.14 M,与使用前加入蛋白酶 K,增加了裂解细胞和蛋白酶消化的作用效果。通过56~60℃水浴锅使得与DNA结合的蛋白更容易分离。本发明为了使蛋白变性,更易与DNA分离,使DNA提取纯度更纯和浓度更大,加入高浓度NaCl,并采用70~80℃水浴锅,替代常规需要使用有机溶剂进行DNA和蛋白的分离,同时避免了煮沸对DNA的损伤和降解。本发明解决了DNA提取过程需要使用中有机溶剂作为分离介质的问题,不会对试验室,操作人员和环境造成损害。本发明也简化了DNA提取的步骤和时间,提取的DNA不会有机溶剂污染的现象,提高了后续的DNA试验效果。本发明可以提取抗凝的鸡血、同样适用凝集的鸡血和已经溶血的鸡血样。
本发明没有使用氯仿,酚等有毒、有害的有机溶剂,而是通过高浓度的NaCl替代。使用SDS和温度控制技术,达到裂解细胞的目的,提取DNA的目的,同时又减少对DNA的损伤,也极大减少了提取DNA的成本。本发明提取的DNA,可以肉眼能够观察提取的效果,提高操作人员的感官享受,提高工作效率。本发明提取方法是一种对人员安全,环境友好的鸡血液基因组DNA提取方法。
本发明提取DNA需要约1 h,与现有的有关鸡血液DNA提取技术,其耗时都在6h以上,大大的减少了实验操作时间,且该方法DNA无降解,纯度和浓度方面都能满足试验要求。
本发明提取的DNA纯度和DNA完整性都能达到试验要求,浓度和纯度优于现有试剂盒提取的DNA。结合在鸡分子育种方面的应用,可证明该方法是一种成本低,操作简单,环境友好型的DNA提取方法。
附图说明
图1是本发明提取与试剂盒提取DNA琼脂糖电泳图;其中:1、2、3、4本发明方法提取,5、6、7、8试剂盒提取,M:DNA分子标准(2000bp)。
图2是以广西麻公鸡血液DNA的提取及GHR基因检测电泳图;其中,M:Marka D2000,1、2、3、4、5、6、8、9、10、12:不含 GHR基因缺失,7、11:含 GHR基因缺失。
图3是以绿壳蛋鸡全血基因组DNA的提取及SLCO1B3基因检测电泳图;其中,M.Marka D2000,1、2、4、5、8、9:含纯SLCO1B3基因,3、7、10、12:含杂SLCO1B3基因;6:不含SLCO1B3基因。
图4 是以广西黄公鸡血液基因组DNA的提取及TYR基因检测电泳图;其中,M.Marka2000,1、2、5、6、7、9、10、11、12:含TYR基因,3、4、8:不含TYR基因;“-”:阴性对照。
具体实施方式
下面结合实施例对本发明方案做进一步详细描述,下述说明仅是为了解释本发明,并不对其内容进行限定。
实施例1 本发明方法提取与试剂盒提的DNA比较
1.1 材料及试剂
广西矮脚三黄鸡母鸡与高脚公鸡杂交F1代公鸡;蛋白酶 K、无水乙醇、NaCl等购自南宁天地扬生物技术有限公司;TIANamp Blood DNA Kit试剂盒、购自天根生化科技(北京)有限公司。
1.2 基因组 DNA 提取
选取3.8%枸橼酸钠,以抗凝剂:血液为1:9,采集4只F1代公鸡抗凝的血样,用以下二种方法分别提取DNA。
1.2.1 试剂盒法 按TIANamp Blood DNA Kit试剂盒方法进行,取 20 μL 抗凝血,加入20 μL Proteinase K溶液,混匀;加200 μL缓冲液GB,充分颠倒混匀,56 ℃放置10min,其间颠倒混匀数次,溶液应变清亮;加200 μL 无水乙醇,充分颠倒混匀,此时可能会出现絮状沉淀;将上一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CB3中,12000 rpm,离心30s,倒掉收集管中的废液,将吸附柱CB3放入收集管中;向吸附柱CB3中加入500 μL已加入无水乙醇缓冲液GD, 12000 rpm,离心30 s,倒掉收集管中的废液,将吸附柱CB3放入收集管中;向吸附柱CB3中加入600 μL 已加入无水乙醇漂洗液PW,12000 rpm,离心30 s,倒掉收集管中的废液,将吸附柱CB3放入收集管中;重复操作上步骤7;12000 rpm,离心2 min,倒掉废液。将吸附柱CB3置于室温放置数分钟,以彻底晾干吸附材料中残余的漂洗液;将吸附柱CB3转入1.5 mL离心管中,向吸附膜中间位置悬空滴加100 μL 洗脱缓冲液TB,室温放置2~5min,12000 rpm,离心2 min,将溶液收集到离心管中(约1h)。
1.2.2 本发明方法提取DNA 取鸡抗凝血100μL,加入250μL裂解液(50mMNa2EDTA·2H2O、2% SDS、0.19M NaCl,使用前加入蛋白酶 K终浓度0.4μg/μL),颠倒3-5次,混匀,入56~60℃水浴锅30 min;加入600μL,6M NaCl,颠倒3~5次混匀,入70℃水浴锅30min;4000 rpm,10min,取上清200μL(含DNA)转移到另一新的1.5 mL EP管中,加入95% 乙醇400μL,颠倒3次;4000 rpm,2min,小心弃上清;加入600μL 70% 乙醇0.14 M NaCl、颠倒3~5次,4000 rpm,2min;小心弃弃上清,收集沉淀室温吹干,加入200μL TB缓冲液。
1.3 DNA样品纯度和浓度测量
紫外分光光度法:Nanno100微量分光光度仪测定, 读取260nm和280nm 的吸光度值A,计算DNA的含量,单位μg /mL,DNA 纯度以A260/A280 表示,纯度(A260/A280)应在标准的1.7~2.0之间。
1.4 DNA样品完整性测量
提取的DNA样本,经过浓度测量后,用TB液稀释成30~50ng/μL,取 6μL稀释后的DNA加入加 2μL 上样缓冲液,1%的琼脂糖电泳(含 GoldView 核酸染色剂,6μL/100mL),电压110V,30min。在美国威泰克KETA G 凝胶成像系统下观察,拍照记录条带。
2 结果
2.1不同提取方法耗时和费用
二种DNA提取的方法综合来看,试剂盒法需要7个步骤的间断操作,提取DNA耗时约1h,费用约3~5元/样;本发明提取DNA需要6个步骤的间断操作,约1 h可提取DNA,费用约0.2元/样,过程简单,一般离心机就能满足需求。提取DNA试剂盒方法费用最高,高速离心机才能满足对转速的要求。综合来看,本发明费用低,步骤、设备要求简单。
2.2核酸蛋白定量仪检测结果
优质DNA的OD260/OD280值在1.7~2.0。核酸蛋白定量仪测定结果如表1所示,二种方法提取的鸡血基因组DNA的OD260 /OD280值都在1.7~2.0。数据结果用Excel进行浓度和纯度的单因素方差分析,试剂盒与本发明浓度和纯度比较,P值分别为0.0019和0.0062,差异显著。
表1 二种方法提取样本DNA的浓度、纯度及血液需要量
注:上表数据右上角字母表示,单因素方差分析结果P<0.05,差异显著。
本发明提取的DNA的OD260 /OD280值为1.847+0.063,DNA纯度最好。本发明与试剂盒法提取的DNA纯度和浓度上存在优势。
2.3 DNA样品完整性检测结果
两种方法分别提取4份鸡血液DNA,本发明提取分别标识1、2、3、4,试剂盒分别标识5、6、7、8;标识1、5是同份血样,2、6同份血样,3、7同份血样,4、8同份血样。提取DNA后稀释相似浓度,采用1%琼脂糖凝胶电泳,紫外灯下观察DNA条带。可见该法提取DNA 电泳DNA分子量大于2000pb,带最为致密,无明显降解;与试剂盒法无差异(见图 1)。
实施例2 广西麻公鸡的DNA提取及其GHR基因检测
一、试验材料和试剂
材料:本试验采样广西麻公鸡12只。
试剂:3.8%枸橼酸钠(称3.8g枸橼酸钠,加入90mL去离子水中,溶解后,定容到100mL,高压蒸汽灭菌,2~8℃冷藏、备用) ,裂解液(50mM Na2EDTA·2H2O、2% SDS、0.19MNaCl;使用前加入蛋白酶 K终浓度0.4μg/μL),分离液,洗涤液,析出液,自配制,试剂为分析纯级别。
二、试验方法
1、模板制备
a)鸡翅膀静脉采集约900 μL全血,加入离心管(已加入3.8%枸橼酸钠抗凝剂100μL)中,盖上离心管盖,混匀,2~8℃冷藏备用。
b)打开离心管盖,取100μL采集的抗凝血,加到离心管(已加入250μL裂解液)中,盖上离心管盖,混匀;
c)盖严离心管盖子后,放入55~65℃水浴锅中,温育20~30min;
d)从水浴锅中取出离心管,打开盖子,加入600μL分离液,颠倒3~5次混匀,入80℃水浴锅30min;
e)离心管放入离心机中,4000 rpm,离心10min,打开离心管的盖子,取上层水相200μL(含DNA)转移到另一新的1.5 mL EP管中(该管中包含400μL析出液) ,盖严离心管的盖子,上下颠倒3次,离心管溶液中可发现有絮状析出物;
f)离心管放入离心机中,4000 rpm,离心1min,发现离心管的管底有白色或者淡黄色沉淀;
h)打开离心管的盖子,小心除去上清,留管底沉淀,再加入洗涤液600μL,盖严离心管盖,上下颠倒3次,轻弹离心管管底,让管底沉淀悬浮。
i)离心管放入离心机中,4000 rpm,离心1~2min ,依然可发现离心管的管底有白色或者淡黄色沉淀;
j)打开离心管的盖子,小心除去上清,留管底沉淀,室温干燥5 min后,加入200μL TB缓冲液,立即检测或~20℃保存。
2、DNA样品鉴定
紫外分光光度法:Nanno100微量分光光度仪测定, 读取260nm和280nm 的吸光度值A,计算DNA的含量,单位ng/μL,DNA 纯度以A 260 /A 280 表示,纯度(A 260/A280)应在标准的1.7~2.0之间。
3、PCR试验
PCR体系:2×taq PCR master mix 10μL,引物(10μM)各1μL,DNA 模板(100 ng /μL)2μL,最后加灭菌超纯水补足至20μL。
PCR引物:根据矮小型鸡GHR基因缺失区特性,利用Primer 5.0及Oligo6.0设计2对计引物。GHR1F:5’-TCCCAGACTACACTTCTATTCA-3’,GHR1R:5’-CGGGGACAGATCAAAGACAATAC-3’,GHR2F:5’-ACCTCCAAAGAAATCTGTCGAG-3’,GHR2R:5’-TGGCCAAATCCTGAAGTC CT-3’以上引物由上海生物工程技术有限公司合成。
PCR反应条件:95 ℃预变性 5 min,94 ℃变性 30 s,60 ℃退火 35 s,72 ℃延伸30 s,34 个循环,72 ℃延伸 10 min,最后 4 ℃保存。PCR反应在威泰克 SEDI G ThermoCycler内进行。
4、PCR产物观察
用 2 %琼脂糖凝胶,取 5μL PCR产物上样, 在美国威泰克KETA G 凝胶成像系统下观察,拍照记录条带。
三、试验结果
1、DNA样品鉴定
核酸蛋白定量仪测定结果如表2所示,本发明法提取的DNA OD260/OD280值为1.885+0.034,平均质量浓度840.354 ng/μL。说明本发明法提取鸡血基因组DNA的纯度和浓度都达到要求。
表2 本发明法提取样本数量、DNA的浓度、纯度及血液需要量
2、PCR产物
电泳图片(图2)显示获得的基因组DNA 进行PCR扩增,产物经2%琼脂糖电泳检测后见可见471,271bp两条相应的清晰、致密的条带,与DNA分子量标准相比,与预期片段大小,阳性对照一致。可见所提取的DNA均已达到分子生物学实验的要求。
实施例3 绿壳蛋鸡全血基因组DNA的提取及SLCO1B3基因检测
一、试验材料和试剂
材料:绿壳蛋公鸡12只。
试剂: Na2EDTA·2H2O(称1.5g,加入90mL去离子水中,溶解后,定容到100ml,高压蒸汽灭菌,2~8℃冷藏、备用) ,裂解液(同实施例2)
二、试验方法
1、模板制备
a)鸡翅膀静脉采集约900 μL全血,加入离心管(已加入1.5% Na2EDTA·2H2O钠抗凝剂100μL)中,盖上离心管盖,混匀,2~8℃冷藏备用。
b)以下制取DNA模板的步骤同实施例2。
2、DNA样品鉴定
紫外分光光度法:步骤同实施例2。
3、PCR试验
PCR体系:2×taq PCR master mix 10μL,引物(10μM)各1μL,DNA 模板(100 ng /μL)2μL,最后加灭菌超纯水补足至20μL。
PCR引物:根据鸡的绿壳性状是SLCO1B3基因特性确定,利用Primer 5.0及Oligo6.0设计3条引物。
SLCO1B3-F1:5’-TTTGACCAGCGTAGATAA-3’,SLCO1B3-R1:5’-ATGTTAGCAGTGTAGTTG-3’,SLCO1B3-R2:5’-TAGGTTCCGAACGCGATGT-3’以上引物由上海生物工程技术有限公司合成。
PCR反应条件:94 ℃预变性 5 min; 95 ℃ 30 s, 58 ℃退火温度,30 s,72 ℃30 s,共计36个循环; 72 ℃延伸5 min, PCR扩增产物4 ℃保存待用。PCR反应在威泰克SEDI G Thermo Cycler内进行。
4、PCR产物观察
步骤同实施例2。
三、试验结果
1、DNA样品鉴定
核酸蛋白定量仪测定结果如表3所示,本发明法提取的DNA OD260/OD280值为1.881+0.058,平均质量浓度538.195 ng/μL。说明本发明法提取鸡血基因组DNA的纯度和浓度都达到要求。
表3 本发明法提取样本数量、DNA的浓度、纯度及血液需要量
2、PCR产物
电泳图片(图3)显示获得的基因组DNA 进行PCR扩增,产物经2%琼脂糖电泳检测后见可见425bp,340bp两条相应的清晰、致密的条带,与DNA分子量标准相比,与预期片段大小,阳性对照一致。可见所提取的DNA均已达到。
实施例4广西黄公鸡血液基因组DNA的提取及TYR基因检测
一、试验材料和试剂
材料:广西黄公鸡12只。
试剂: 5mL肝素钠抗凝真空管,裂解液(同实施例2)
二、试验方法
1、模板制备
a)鸡翅膀静脉采集约2mL全血,打入肝素钠抗凝真空管,旋转混匀,2~8℃冷藏备用。
b) 打开真空管盖,取100μL采集的抗凝血,加到离心管(已加入200μL裂解液)中,盖上离心管盖,混匀;
c)以下DNA模板制备步骤同实施例2。
2、DNA样品鉴定
紫外分光光度法:同实施例2。
3、PCR
PCR体系:2×taq PCR master mix 10μL,引物(10μM)各1μL,DNA 模板(100 ng /μL)2μL,最后加灭菌超纯水补足至20μL。
PCR引物:根据鸡群隐性白基因是TYR基因特性确定,利用Primer 5.0及Oligo 6.0设计3条引物。TYR-8F:5’-CCTCTGGCTCTATTTGACTACACAGT-3’,TYR-8PR1:5’-CAAAACCATAAATAGCACTGGAAATAG-3’,TYR-8PR2:5’-TTGAGATACTGGAGGTCTTTAGAAATG-3’以上引物由上海生物工程技术有限公司合成。
PCR反应条件:95 ℃预变性 3 min; 95 ℃ 30 s,适宜退火温度 30 s,72 ℃ 1min,共计35个循环; 72 ℃延伸5 min, PCR扩增产物4 ℃保存待用。PCR反应在威泰克SEDI G Thermo Cycler内进行。
4、PCR产物观察
同实施例2。
三、试验结果
1、DNA样品鉴定
核酸蛋白定量仪测定结果如表4所示,本发明法提取的DNA OD260/OD280值为1.766+0.098,平均质量浓度208.431 ng/μL。说明本发明法提取鸡血基因组DNA的纯度和浓度都达到要求。
表4本发明法提取样本数量、DNA的浓度、纯度及血液需要量
2、PCR产物
电泳图片(图4)显示获得的基因组DNA 进行PCR扩增,产物经2%琼脂糖电泳检测后见可见481bp、325bp两条相应的清晰、致密的条带,与DNA分子量标准相比,与预期片段大小,阳性对照一致。可见所提取的DNA均已达到分子生物学实验的要求。
以上所述仅为本发明的优选实施例而已,并不用于限制本发明,对于本领域的技术人员来说,本发明可以有各种更改和变化。凡在本发明的精神和原则之内所作的任何修改、等同替换、改进等,均应包含在本发明的包含范围之内。
Claims (10)
1.一种鸡全血简便快速DNA提取方法,包括样本准备,样本裂解,样本分离DNA沉淀,DNA洗涤和制备DNA,其特征在于,具体制备步骤如下:
(1)样本准备:取鸡全血,加入抗凝剂,获得鸡抗凝血;
(2)样本裂解:将鸡抗凝血加入裂解液中混合,于56~60℃水溶锅放置20~30min,所述的鸡抗凝血与裂解液质量比为1:2.5,得鸡裂解血;
(3)样本分离DNA沉淀:将鸡裂解血加入分离液,于70~80℃水溶锅放置20~30min后,在4000 rpm离心机中离心分离10~15 min,取上清液转移到另一EP管中,得鸡分离血;
(4)DNA洗涤:在鸡分离血中加入析出液,于4000 rpm离心机中离心分离1~2 min,留沉淀,加入洗涤液后混匀,得鸡初级DNA提取液;
(5)制备DNA:将鸡初级DNA提取液于4000 rpm离心机中离心分离1~2 min;弃上清,收集沉淀室温干燥,加入TB缓冲液,即得鸡DNA提取液。
2.根据权利要求1所述鸡全血简便快速DNA提取方法,其特征在于,所述的抗凝剂为枸橼酸钠、Na2EDTA·2H2O或肝素钠;所述的枸橼酸钠终浓度为0.38%,所述的Na2EDTA·2H2O浓度为1.5~2.2 mg/mL,所述的肝素钠浓度为300~400单位/ml。
3.根据权利要求1所述鸡全血简便快速DNA提取方法,其特征在于,所述的裂解液为50mM Na2EDTA·2H2O、2% SDS、0.19M NaCl和蛋白酶 K终浓度0.4μg/μL。
4.根据权利要求1所述鸡全血简便快速DNA提取方法,其特征在于,所述的分离液为6MNaCl。
5.根据权利要求1所述鸡全血简便快速DNA提取方法,其特征在于,所述的析出液为90~95%乙醇。
6.根据权利要求1所述鸡全血简便快速DNA提取方法,其特征在于,所述的洗涤液为70%乙醇和0.14 M NaCl。
7.根据权利要求1所述鸡全血简便快速DNA提取方法,其特征在于,所述的TB缓冲液由Tris、Na2EDTA·2H2O和硼酸组成,所述的Tris浓度为0.108g/ml, Na2EDTA·2H2O浓度为7.44×10-3 g/ml,硼酸浓度为5.5×10-2 g/ml。
8.根据权利要求1所述鸡全血简便快速DNA提取方法,其特征在于,所述的鸡DNA提取液在2~8 ℃备用或-20 ℃以下保存。
9.根据权利要求1所述鸡全血简便快速DNA提取方法,其特征在于,具体制备步骤如下:
(1)样本准备:取鸡全血,加入抗凝剂,获得鸡抗凝血;
(2)样本裂解:将100μL鸡抗凝血加入250μL裂解液中混匀,于56~60℃水溶锅放置20~30min,得鸡裂解血;
(3)样本分离DNA沉淀:将鸡裂解血加入600μL分离液,颠倒3~5次混匀,于70~80℃水溶锅放置20~30min后,在4000 rpm离心机中离心分离10~15 min,取200μL上清液转移到另一EP管中,得鸡分离血;
(4)DNA洗涤:在鸡分离血中加入400μL析出液,于4000 rpm离心机中离心分离1~2min,留沉淀,加入600μL洗涤液后上下颠倒3~5次混匀,得鸡初级DNA提取液;
(5)制备DNA:将鸡初级DNA提取液于4000 rpm离心机中离心分离1~2 min;弃上清,收集沉淀室温干燥,加入200μL TB缓冲液,即得鸡DNA提取液。
10.根据权利要求1所述鸡全血简便快速DNA提取方法,其特征在于,所述的室温干燥时间为5~10min。
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