CN107446997B - 与陆地棉纤维细度关联的snp分子标记及其应用 - Google Patents

与陆地棉纤维细度关联的snp分子标记及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明提供一批与陆地棉纤维细度关联的SNP分子标记，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1‑42任一所示，每条序列第50位碱基为SNP突变位点，该位点处碱基与陆地棉细纤维性状关联。本发明的SNP分子标记可以用于棉花纤维细度性状的早期预测和筛选，还可以用于细纤维型棉花品种的选育。

Description

与陆地棉纤维细度关联的SNP分子标记及其应用
技术领域
本发明涉及分子生物学领域，具体地说，涉及与陆地棉纤维细度关联的一批SNP分子标记及其应用。
背景技术
棉花纤维品质是多基因控制的数量性状，品质性状之间存在着复杂的相关关系，尤其是主要纤维品质性状与产量性状之间存在着负相关性，给棉花品质与产量的同步改良带来难度。马克隆值是棉纤维细度和成熟度的综合指标，对棉纺工艺、成纱质量及织物质量产生很大的影响，棉纤维的马克隆值可作为评价棉纤维内在品质的一个综合指标，直接影响纤维的色泽、强力、细度、天然性、弹性、吸湿、染色等。
当前我国棉花自育品种突出的缺点是纤维强度较差、细度偏粗。分子标记技术的发展为棉纤维品质改良提供了有效手段。寻找与目标性状紧密连锁/关联的分子标记，对目标性状跟踪选择，可以减少育种过程中选择的盲目性，有利于打破连锁累赘。近年来，随着棉花二倍体、四倍体全基因组测序的完成和高通量DNA测序技术的迅猛发展，本发明人前期已成功完成了419份棉花核心种质资源的重测序。通过生物信息学进行数据分析比对，获得大量高质量的SNPs，这些SNPs可用于单体型图谱、遗传图谱、关联性图谱、指纹图谱的构建，为分子育种、系统进化、种质资源鉴定提供重要保障。本发明利用全基因组关联分析定位了与陆地棉纤维细度(马克隆值)关联的一批(SNPs)分子标记，为分子标记辅助选择及聚合育种改良棉纤维品质奠定基础。
发明内容
本发明的目的是提供与陆地棉纤维细度关联的一批SNP分子标记。
本发明的另一目的是提供所述SNP分子标记在适宜马克隆值棉花品种选育中的应用。
为了实现本发明目的，本发明提供的一批与陆地棉纤维细度关联的SNP分子标记，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1-42任一所示，每条序列第50位碱基为SNP突变位点，该位点处碱基与陆地棉纤维细度性状关联。所述SNP标记的等位基因位点信息如表1所示。参考序列为棉花品种TM-1，参考基因组版本号Gossypium_hirsutum_v1.1；(http://mascotton.njau.edu.cn/html/Data/Genomefhsequence/2015/05/05/16ab0945-19e9-49f7-a09e-8e956ec866bf.html)。
表1与陆地棉纤维细度关联的SNP分子标记
Figure BDA0001357135740000021
Figure BDA0001357135740000031
上述与陆地棉纤维细度关联的SNP分子标记可通过以下方法获得：
1、纤维细度测定：419份棉花核心种质资源田间试验于2014年和2015年连续两年分别在河北沧州、河南安阳、湖北荆州、江苏盐城、甘肃敦煌和新疆阿拉尔共6个试验点进行。小区面积6m2，每小区1行，行距0.8m、株距0.3m，观察道0.8m，隔离道1.2m，每重复20株。试验设置3次重复，正常的大田栽培管理。在棉花吐絮盛期，收摘每个正常棉株中部内围第一、二果节上正常吐絮棉铃1～2个，合计20个，轧花后，皮棉样品利用HVI 1000进行纤维品质检测，数据采集参照棉花种质资源描述规范，共获得2年6个试验点累计12个环境下的表型数值。
2、SNP的检测：(1)取棉株嫩叶，利用植物基因组提取试剂盒提取5μg高质量的棉花基因组DNA。(2)DNA样品通过酶切和Covaris破碎机随机打断。采用TruSeq LibraryConstruction Kit进行建库，严格使用说明书推荐的试剂和耗材。DNA片段经末端修复、加ployA尾、加测序接头、纯化、PCR扩增等步骤完成整个文库制备。构建好的文库通过illuminaHiSeq进行测序。利用Base Calling分析及低质量碱基过滤，获得有效原始DNA序列数据。有效的高质量测序数据通过BWA软件比对到棉花参考基因组，比对结果经SAMTOOLS去除重复获得样品有效高质量序列。(3)采用GATK软件进行群体SNP的检测。利用贝叶斯模型检测群体中的多态性位点，对GATK(26,740,963个SNP位点)结果SNPs进行过滤，以获得高质量的SNPs。利用ANNOVAR软件对SNP检测结果进行注释。
3、陆地棉纤维细度性状全基因组关联分析：陆地棉纤维细度性状全基因组扫描(GWAS)定位，对步骤1所得的陆地棉纤维细度性状结果和步骤2所得的基因型数据，采用genome-wide efficient mixed-model association(GEMMA)统计分析软件的混合线性模型进行统计分析，具体可参考(http://www.xzlab.org/software.html)。统计模型为：
y＝Xα+Zβ+Wμ+e
y为表型性状，X为固定效应的指示矩阵，α为固定效应的估计参数；Z为SNP的指示矩阵，β为SNP的效应；W为随机效应的指示矩阵，μ为预测的随机个体，e是随机残差，服从e～(0，δe 2)。该模型中，通过在μ中加入亲缘关系矩阵来校正群体分析。分析发现有共计42个SNP与陆地棉纤维细度性状显著相关(表1)。
其中，参照系的“效应值”值为“0”，定义与参照系(陆地棉TM-1)相比，SNP位点突变后纤维细度表型值位于3.9-4.2之间的为负效应，反之为正效应。“观测值”是指在419份核心种质资源中具有该SNP位点的资源数目。
本发明还提供与陆地棉纤维细度关联的SNP分子标记组合，所述SNP分子标记组合为上述SNP分子标记中的任意两个或多个组合。
本发明还提供一种SNP分型芯片，所述SNP分型芯片包含上述与陆地棉纤维强度关联的SNP分子标记中的至少一个。
本发明还提供用于检测上述与陆地棉纤维细度关联的SNP分子标记的引物或试剂盒。
本发明还提供所述SNP分型芯片或所述引物或试剂盒在棉花纤维细度的早期预测和筛选中的应用。
本发明还提供所述与陆地棉纤维细度关联的SNP分子标记单独或组合使用在棉花纤维细度的早期预测和筛选中的应用。
本发明还提供所述与陆地棉纤维细度关联的SNP分子标记单独或组合使用在棉花分子标记辅助育种中的应用。
本发明进一步提供与陆地棉纤维细度关联的SNP分子标记单独或组合使用在适宜马克隆值棉花品种选育中的应用。
所述应用包括以下步骤：
1)提取待测样品的基因组DNA；
2)以上述提取的基因组DNA为模板，根据各SNP分子标记设计引物，分别进行PCR反应；
3)检测PCR扩增产物。
本发明具有以下优点：
本发明提供的与陆地棉纤维细度关联的SNP分子标记可以用于棉花纤维细度性状的早期预测和筛选，还可以用于适宜马克隆值棉花品种的选育。其直接以DNA的形式表现，在棉花的各个组织、各个发育阶段均可检测到，不受季节、环境限制、不存在表达与否等问题；表现为中性，不影响目标性状的表达；SNP适于快速、规模化筛查。基因组筛选中SNPs往往只需+/-的分析，而不用分析片段的长度，利于发展自动化技术筛选或检测SNPs。
具体实施方式
以下实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。若未特别指明，实施例均按照常规实验条件，如Sambrook等分子克隆实验手册(Sambrook J&Russell DW,Molecular Cloning:a Laboratory Manual,2001)，或按照制造厂商说明书建议的条件。
实施例1与陆地棉纤维细度关联的SNP分子标记的获取
1、纤维细度测定：(1)纤维细度测定：419份棉花核心种质资源田间试验于2014年和2015年连续两年分别在河北沧州、河南安阳、湖北荆州、江苏盐城、甘肃敦煌和新疆阿拉尔共6个试验点进行。小区面积6m2，每小区1行，行距0.8m、株距0.3m，观察道0.8m，隔离道1.2m，每重复20株。试验设置3次重复，正常的大田栽培管理。在棉花吐絮盛期，收摘每个正常棉株中部内围第一、二果节上正常吐絮棉铃1～2个，合计20个，轧花后，皮棉样品利用HVI1000进行纤维品质检测，数据采集参照棉花种质资源描述规范，共获得2年6个试验点累计12个环境下的表型数值。
2、SNP的检测：(1)取棉株嫩叶，利用植物基因组提取试剂盒提取5μg高质量的棉花基因组DNA。(2)DNA样品通过酶切和Covaris破碎机随机打断。采用TruSeq LibraryConstruction Kit进行建库，严格使用说明书推荐的试剂和耗材。DNA片段经末端修复、加ployA尾、加测序接头、纯化、PCR扩增等步骤完成整个文库制备。构建好的文库通过illuminaHiSeq进行测序。利用Base Calling分析及低质量碱基过滤，获得有效原始DNA序列数据。有效的高质量测序数据通过BWA软件比对到棉花参考基因组，比对结果经SAMTOOLS去除重复获得样品有效高质量序列。(3)采用GATK软件进行群体SNP的检测。利用贝叶斯模型检测群体中的多态性位点，对GATK(26,740,963个SNP位点)结果SNPs进行过滤，以获得高质量的SNPs。利用ANNOVAR软件对SNP检测结果进行注释。
3、陆地棉纤维细度全基因组关联分析：陆地棉纤维细度全基因组扫描(GWAS)定位，对步骤1所得的陆地棉纤维细度性状结果和步骤2所得的基因型数据，采用genome-wideefficient mixed-model association(GEMMA)统计分析软件的混合线性模型进行统计分析，具体可参考(http://www.xzlab.org/software.html)。统计模型为：
y＝Xα+Zβ+Wμ+e
y为表型性状，X为固定效应的指示矩阵，α为固定效应的估计参数；Z为SNP的指示矩阵，β为SNP的效应；W为随机效应的指示矩阵，μ为预测的随机个体，e是随机残差，服从e～(0，δe 2)。该模型中，通过在μ中加入亲缘关系矩阵来校正群体分析。分析发现有共计42个SNP与陆地棉纤维细度性状显著相关，见表1。
其中，参照系的“效应值”值为“0”，定义与参照系(陆地棉TM-1)相比，SNP位点突变后纤维细度表型值位于3.9-4.2之间的为负效应，反之为正效应。“观测值”是指在419份核心种质资源中具有该SNP位点的资源数目。
通过对419份棉花材料进行了2年、6个地点、12个自然环境的种植，并检测分析了这些品种的纤维细度。通过Illumina Hiseq测序平台对这419份棉花品种进行基因组重测序，获得高质量的clean data数据量为6454Gb，平均每个样品为15.4G，测序深度达6.55倍以上。通过GWAS分析累计21个计算值(2年6个试验点共计12个环境；每个试验点的年间均值共计6个；6个试验点每年的育种值共计2个；所有12个环境的育种值记为1个，上述总计为21个计算值)获得至少在一个及以上环境中稳定出现的与陆地棉纤维细度关联的SNP分子标记42个(表1)。利用419份棉花核心种质资源2年6点共计12个环境下的纤维细度总平均值作为表型值对上述SNP的效应进行了验证，结果显示有42个SNP表现出对纤维细度性状变异具有显著的影响。
虽然，上文中已经用一般性说明及具体实施方案对本发明作了详尽的描述，但在本发明基础上，可以对之做一些修改或改进，这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此，在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进，均属于本发明要求保护的范围。
序列表
<110> 河北农业大学 中国农业科学院棉花研究所
<120> 与陆地棉纤维细度关联的SNP分子标记及其应用
<130> KHP171110571.4
<160> 42
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
aaaaagtcca tgatctgaaa taagttgaag tccataaagc tcttagcctt gatggaccgt 60
tgtggcattc gtggtgcaga aagagtgtgg tgtggtgcaa t 101
<210> 2
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
ctcattgagt tctgtccaat acaatggaat tctacatttg cgaccacacg aagcttcata 60
tgatgacatt ttgatgctgg actgataact gttattgtat g 101
<210> 3
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
aacacataca tatcacgaac ttctattcat acctttcaaa attttgacac atcataggca 60
tatttcactc atctcaatat cattttcagc attttcaaaa a 101
<210> 4
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 4
aatgtcaaca aagttggcaa gttgattcct taatccaaat ccaaaccaac ttctaagaaa 60
tgttgctata tgtagtttgg ataccaagga tggacttata g 101
<210> 5
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 5
cgcacaagca aggacatgtt taattaatgg tcccatattt ggaaccattg catcttccca 60
ataatgagcc ttgtttccat ctcccactaa ccatatcaaa t 101
<210> 6
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 6
gatgatctat gttggtgagt gttggaagtt gacagaaagg cgcaagtggc gggtacgagt 60
tgtatttatc caaaggtcct agcagtggga gatacggaaa t 101
<210> 7
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 7
gttttgtact catcctcaag ttctgtgagt aacccacatt ttcgtatacc acctttctgc 60
ccccttgttg aactttgttc ttgcttcagg gtccttgtat t 101
<210> 8
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 8
accatcaaaa ctcatcttcc atgattgata ttttgatgat tcaccttcaa aaatgcacat 60
caaatcttca tctggaaaat tgaatctcaa cggctcatat t 101
<210> 9
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 9
accttcaaaa atgcacatca aatcttcatc tggaaaattg aatctcaacg gctcatattt 60
ttacattgtt cgacttgcca agaagtcaac tatcgcgctt c 101
<210> 10
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 10
ccagcatcat attctttctt gacttcttct tttatcttca ccagcatttt aggtctcatc 60
cttcttagct tttgttgaac aggattgcat tctggtttca g 101
<210> 11
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 11
ttttgttgaa caggattgca ttctggtttc agtgggagct tatggaccac aatatctgtg 60
ttcaacccga gcatatcctg ataagaccag gaaaatacat c 101
<210> 12
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 12
tgtactcatg aagcaaggcg atcaaatccg gcttagtgtt ttctgaaata gaagtcccaa 60
tcttcacttc ttgtttcttt tcttcacttc ccaagttcat t 101
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 13
gaagtcccaa tcttcacttc ttgtttcttt tcttcacttc ccaagttcat tatctcaaca 60
ggttcttgat ggggtagaat atgtttctct tcttgttcta c 101
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<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 14
attgattaca tcaagtgagc tatatccccg tacttttcag tgaggatgcc tctagtagct 60
aagtcccact gtttccagat cctagtcaag tcttcgagat c 101
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<211> 101
<212> DNA
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aacccgtttt tggtaactaa tctctaatca acaccttcct agtgagatgg ctataatgca 60
tgatgaaaaa taaaatgaag aaaaataacc ttggttagtg a 101
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<211> 101
<212> DNA
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<400> 16
tcgttcatgc aaaacgtgta caaccattgt ttcaacacta atcgattagc tagagacttt 60
ttcgtgtaaa aggtttccaa ccttttccat aaggtgaatg t 101
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<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 17
cgatcagtgg aaccagactg ctatcagctt ccttctctac caaaacgacc aaaaccaccc 60
cgctgagttc accaaagaac aatggggcaa gaagggagat t 101
<210> 18
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 18
gtgtattgtt gaaaaagttg ttattgctcg tttcatgttc tgttatgttg ggtgtgcctc 60
atattttagg tcgaacagac agcgacgtca cgacaagaag c 101
<210> 19
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<213> 人工序列
<400> 19
tgggtgtcga atccaccaat ataaacctac gccttagttt gcaaattatg cagtataggg 60
agtagggtcg atccctcaga gactggttta ctgtaaattg t 101
<210> 20
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 20
gaatccacca atataaacct acgccttagt ttgcaaatta tgcagtatag ggagtagggt 60
cgatccctca gagactggtt tactgtaaat tgttgctcgc t 101
<210> 21
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 21
tgtggtatat ccaacattgg cctttataga acaaccagtt acggtgaacg tttgattgta 60
tcaaaatata caactcacga tgttgagaca ataatgatct c 101
<210> 22
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 22
atttctaaat ggtacataat gatacaaacc tgcaaatgcc aaaccaaccg aaacacattt 60
ccagtcaaaa ataaaactct aatgaatcaa ttacaaaaca t 101
<210> 23
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 23
ccagtcaacc tgatcacaag ccttgctcat atcaagctta agtgcaaaag aatttttttt 60
actatatcgc tttttctgaa aggagtgaat cacttcatag t 101
<210> 24
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 24
tggcctcgac ggcctcagca ctactgccct caccacaacc ccttcattac gtaccatctt 60
attttggacg gtatcctaac tcttttattt tcacacaagc a 101
<210> 25
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 25
tcagggtgga cccactttgg attcattgtc atcttcattc tctgacccaa tgacatctgc 60
catgttggag gtcccctcgc tggtggacgc catagggagt a 101
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<211> 101
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<400> 26
tcttcattct ctgacccaat gacatctgcc atgttggagg tcccctcgct ggtggacgcc 60
atagggagta aatgatccat ttttgtgtac gtttaaaaat g 101
<210> 27
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 27
agttagtgaa gatggatgta aatgagaacc tcacacctaa actcccccac acttaacttt 60
tggcttgtcc tcaagtaaac caagtctaga cacatagcat g 101
<210> 28
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 28
agaatagagt aagtctatcg agacaataaa cacgaaacag agtacatcta tcgggatagt 60
aaacacaagt aagtccacca agacgtgaga gaaatgtaag a 101
<210> 29
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 29
cctgaaaaaa taattttgag ttgacgtttc tgagcaaata gtataaaaac gcttcaagca 60
ggatgcttta tcagaagaat ttctgaaatc gcgcccacgt a 101
<210> 30
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 30
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gcaattacca tatgtcaatt ttggggtgat catcaaacac c 101
<210> 31
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 31
atagacaccg cagttgtgga tgtgaaaacc cctttctata tagtacaccc tctaaaagga 60
tgtacctcgt gactttgtgc tatatccatg caatgtaata g 101
<210> 32
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 32
ccctccggtc acaattgtcg ttcaaaatga acgcaggcct gctgtagggc ccgtacgatc 60
tgaattaggc tatataactt gatatttgac gatctggtaa t 101
<210> 33
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 33
agctctccaa cctatgaaca ttccaacaca tgatcttatt gttgctgatc gacctacccc 60
ttggtagcta ccggtaactc attttgataa gccaatagtt g 101
<210> 34
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 34
tgaggagtag gataactcat tggcaattat ggtatatagt ggaccatttc cgatggcctc 60
tcccatacaa gtagcaaccg atgatgccgg ggctgagccg a 101
<210> 35
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 35
tgcactcaac tgggaaaagt gtcattttat ggtacaagaa gaagttgtta tagggcatcg 60
gataatgaga catgggatcg aggtagacaa agcaaaggta g 101
<210> 36
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 36
tgaatgaatg taccttaagt gtagggcttg aggtcaaatt gaatgaatgt gccttacata 60
gttacctcga aatagaatga atggtaagtt aagtaccatg t 101
<210> 37
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 37
ttccccttgt aaatatgttt taacttttta attcaggatt attgaatccg atggcaggat 60
gtttccttat accctttaat gaatcttgca ggaacgaatt t 101
<210> 38
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 38
gacgcatgga aaattcaacc atataattta atgctaaatt tctacctact gagttaaatc 60
agaaagagaa ctgatcaaac atcaccgcta tttgagttca a 101
<210> 39
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 39
tgctcgacgt ttggcacggt gctataattt gagggtttca gatgactcag gcccttctac 60
ctttcactga cacgcaacaa ctctatgtac taacgtaagt a 101
<210> 40
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 40
tgctttcttc gattaggaat ttcatgagaa gtgtttgatg gtacctcatc aggaggaata 60
ccttcattct cattactatg ttcatctgaa tcaccaaaac c 101
<210> 41
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 41
atggccctat ttgccatgat cctaaatcca aataaagaat ttggaaaggg ggaacccagt 60
taggattgac tcttaaaacc aatgagttac ccgatccata a 101
<210> 42
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 42
tgatacagtc atgcttgcta gtatccccgg tttttgagct tccagctata gctcctcgat 60
tgatgttatc aaaatcagcc tcctcatcaa aatacttgct t 101

Claims (7)

1.与陆地棉纤维细度关联的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1-42所示，每条序列第50位碱基为SNP突变位点，该位点处碱基与陆地棉纤维细度性状关联。
2.一种SNP分型芯片，其特征在于，所述SNP分型芯片包含权利要求1所述SNP分子标记。
3.用于检测权利要求1所述SNP分子标记的引物或试剂盒。
4.权利要求1所述与陆地棉纤维细度关联的SNP分子标记在棉花纤维细度的早期预测和筛选中的应用。
5.权利要求1所述与陆地棉纤维细度关联的SNP分子标记在棉花分子标记辅助育种中的应用。
6.权利要求1所述与陆地棉纤维细度关联的SNP分子标记在适宜马克隆值棉花品种选育中的应用。
7.权利要求2所述SNP分型芯片或权利要求3所述引物或试剂盒在棉花纤维细度的早期预测和筛选中的应用。
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CN110610744B (zh) * 2019-09-11 2020-10-23 华中农业大学 一种高效可并行运算且高准确性的全基因组选择方法
CN111733275A (zh) * 2020-07-03 2020-10-02 中国农业科学院棉花研究所 棉花纤维伸长率主效QTL qFE-chr.A05区间的分子标记及应用
CN112322775B (zh) * 2020-12-07 2022-06-28 河北省农林科学院粮油作物研究所 一个鉴定陆地棉衣分的snp分子标记

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1796572A (zh) * 2004-12-22 2006-07-05 中国农业科学院棉花研究所 棉花产量性状或纤维品质的分子标记
CN105018478A (zh) * 2015-07-09 2015-11-04 中国农业科学院麻类研究所 与苎麻纤维细度紧密连锁的分子标记、获得方法及用途
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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1796572A (zh) * 2004-12-22 2006-07-05 中国农业科学院棉花研究所 棉花产量性状或纤维品质的分子标记
CN105018478A (zh) * 2015-07-09 2015-11-04 中国农业科学院麻类研究所 与苎麻纤维细度紧密连锁的分子标记、获得方法及用途
CN105177175A (zh) * 2015-11-04 2015-12-23 中国农业科学院棉花研究所 来自海岛棉海1与纤维马克隆值有关的分子标记及其应用

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