CN111733275A - 棉花纤维伸长率主效QTL qFE-chr.A05区间的分子标记及应用 - Google Patents
棉花纤维伸长率主效QTL qFE-chr.A05区间的分子标记及应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN111733275A CN111733275A CN202010636549.5A CN202010636549A CN111733275A CN 111733275 A CN111733275 A CN 111733275A CN 202010636549 A CN202010636549 A CN 202010636549A CN 111733275 A CN111733275 A CN 111733275A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- artificial sequence
- dna
- molecular marker
- elongation
- seq
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Botany (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种棉花纤维伸长率主效QTL qFE‑chr.A05区间的分子标记及应用。所述分子标记如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.71之一所示，导致纤维伸长率出现多态性。本发明提供的与陆地棉纤维伸长率相关的SNP分子标记可以用于棉花纤维伸长率性状的早期预测和筛选，还可以用于棉纤维伸长率分子标记辅助育种。本方法主要通过直接检测DNA，在棉花的各个组织、各个发育阶段均可应用，不受季节、环境限制、不存在表达与否等问题。
Description
技术领域
本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及一种棉花纤维伸长率主效QTL qFE-chr.A05区间的分子标记及应用。
背景技术
棉纤维是一种优良的天然纤维，也是纺织工业的主导原料，在世界及我国国民经济中占有重要地位。纤维品质是多基因控制的复杂数量性状，组成因子包括：纤维长度、强度、细度、伸长率、整齐度、成熟度等。棉纤维品质的表型值除了受品种的遗传因素控制外,还受多种环境因素以及品种与环境交互作用的综合影响。棉花纤维伸长率也是纤维品质中的重要指标之一，棉纤维的断裂伸长率是指纤维拉伸至断裂时的伸长与原长的比值的百分率。棉纤维的伸长率越大，表示棉纤维的变形能力越好、刚性越差。棉纤维伸长率的表型变异主要来源于品种效应、环境效应以及品种与环境的互作效应。多个研究已经证明，纤维伸长率与纤维长度和强度存在显著的相关关系，因此深入研究纤维伸长率对理解棉纤维长度和强度形成的机制具有重要的参考意义。
全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)是应用基因组中众多的单核苷酸多态性(Single nucleotide ploymorphism，SNP)为遗传标记，与纤维伸长率等表型进行全基因组水平上的相关性分析，进而发现影响复杂性状的基因变异，是一种新的技术手段。
SNP(单核苷酸多态性)是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP作为一种重要的遗传学工具，具有分布广泛、数量众多、易于批量检测等优点，同时也是功能基因组学研究的重点对象。SNP适于复杂性状的遗传分析，引起群体差异的基因识别等方面的研究，对于植物高密度遗传图谱的构建、新基因的克隆及功能研究等具有十分重要的作用。棉花纤维伸长率相关的SNP分子标记，在棉花的各个组织和发育阶段均可检测，不受环境和季节限制，不存在表达与否影响，不用分析片段的长度，只需+/-的分析，适于快速、规模化、自动化筛查，可以用于棉花纤维伸长率的早期预测和筛选。
发明内容
本发明的目的在于提供一种与陆地棉纤维伸长率相关的SNP标记，以解决常规育种对纤维伸长率的改良进展较慢的问题。
为了克服传统育种中表型选择准确性差、效率低、周期长、成本高等许多缺点，以及解决纤维伸长率等品质性状育种进展缓慢的问题。本发明以1245份陆地棉品种的自然群体多年、多重复的表型数据和基因型数据做GWAS数据关联分析，发现纤维伸长率主效QTLqFE-chr.A05位于A基因组第5号染色体的A05_9958610～10006398区间。
本发明的另一目的在于一种棉花纤维伸长率主效QTL qFE-chr.A05的应用，该QTLqFE-chr.A05位于陆地棉基因组中，因而能够用于棉花纤维伸长率性状的相关研究。
本发明具体通过以下技术方案实现：
一种与陆地棉纤维伸长率相关的SNP分子标记，所述的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.71任一所示。其SNP位点位于核苷酸序列如SEQ ID NO.1～SEQID NO.71任一所示的第51位碱基。
所述的SNP分子标记发生突变的等位基因如表1所示：
表1与陆地棉纤维伸长率相关的SNP标记
在本发明的另一方面，提供了一种陆地棉纤维伸长率相关的SNP分子标记组合，所述的SNP分子标记组合为SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.71所示的核苷酸序列中的任意两个或多个。
在本发明的另一方面，提供了一种基因芯片和试剂盒，所述的基因芯片和试剂盒包含核苷酸序列为SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.71所示SNP分子标记的一个或多个。
在本发明的另一方面，提供了上述SNP分子标记或SNP分子标记组合或基因芯片或试剂盒在陆地棉纤维伸长率标记辅助育种中的应用；或在陆地棉种质资源纤维伸长率的早期鉴定中的应用；或在陆地棉种质资源改良中的应用。
本发明的有益效果为：
本发明提供陆地棉纤维伸长率相关的SNP分子标记可以用于陆地棉纤维伸长率性状的早期预测和筛选，还可以用于棉纤维伸长率分子标记辅助选择育种。其直接以DNA的形式表现，在棉花的各个组织以及各个发育阶段均可检测，不受季节、环境限制、不存在表达与否等问题，表现为中性(标记表现为不受环境影响，不受发育时期以及不受表达等的影响就成为中性标记)。
具体实施方式
下面将结合本发明具体的实施例，对本发明技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。
实施例1
1、1245份棉花核心种质资源田间试验于2016年和2017年连续两年分别在河南安阳，河北石家庄，江苏大丰，湖南浏阳、新疆库车，阿拉尔，石河子棉花所，石河子农垦科学院，共8个试验点进行。试验设置2次重复，正常的大田栽培管理。在棉花营养生长期分别对每个单株取样、提取DNA，送到诺禾致远公司进行基因组重测序。在棉花吐絮盛期，收摘每个正常棉株中部内围第一、二果节上正常吐絮棉铃1～2个，共30个，轧花后，皮棉样品利用HVI1000进行纤维品质检测，数据采集参照棉花种质资源描述规范。
2、GWAS分析：在1245份样本的关联小组中，针对不同性状，在GWAS中使用了1122352个SNP(MAF≥0.05；缺失率≤0.2，深度≥3)。关联分析是通过全基因组有效的混合模型关联(GEMMA)软件包进行的。对于混合线性模型分析，我们使用以下方程式：
y＝Xα+Sβ+Kμ+e
其中y代表表型；α和β是分别表示标记效应和非标记效应的固定效应；μ表示未知的随机效应。X，S和K分别是α，β和μ的入射矩阵，e是随机残余效应的向量。前三个PC用于建立群体结构校正的S矩阵。简单匹配系数矩阵用于构建K矩阵。通过GEMMA软件包进行分析。
3、育值估算：BLUP就是利用R(3.2.2版本)中的lme4软件包计算育值。公式如下：
Y＝μ+Line+Loc+(Line×Loc)+(Rep×Loc)+ε
其中Y，μ，Line和Loc分别表示表型，截距，变异效应和环境效应。Rep表示不同的重复，ε表示随机效应。Line×Loc用于显示品种与环境之间的相互作用，Rep×Loc用于显示重复与环境之间的相互作用。
见表1其中，“观测数值”是指在1245份核心种质资源中具有该SNP位点的资源数目。
4、结果
对1245份棉花材料进行了2年、8个地点、16个自然环境的种植，并检测分析了这些品种的纤维伸长率。通过IlluminaHiseq测序平台对这1245份棉花品种进行基因组重测序，获得高质量的cleandata数据量为41.85Tb，平均每个样品的测序深度达10倍以上。通过GWAS获得至少在三个及以上环境中稳定出现与陆地棉纤维伸长率相关的SNP分子在chr.A05上标记有71个(表1)。
尽管已经示出和描述了本发明的实施例，对于本领域的普通技术人员而言，可以理解在不脱离本发明的原理和精神的情况下可以对这些实例进行多种变化、修改、替换和变型，本发明的范围由所附权利要求及其等同物限定。
序列表
<110> 中国农业科学院棉花研究所
<120> 棉花纤维伸长率主效QTL qFE-chr.A05区间的分子标记及应用
<160> 71
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
cagttgaaga atgcactatc aagtattgtt gtcaaaagca gaaagaattg cgtgaagata 60
agattatcct aatcaaatct tcaaggtgga gattattgga a 101
<210> 2
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
gctaatgcat gccatttgtc tggttagatg gcactgccat tgtcatccgg tacataattc 60
aacgcccctt tgattattat ttttaactca tttgttcaat t 101
<210> 3
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
ctaaccaaga aatggaagaa agcacaccta aggcattcgg ccatcttgtg tggggggaat 60
taaggtatga tatcatgtga ttcttttgga atttttgtga a 101
<210> 4
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
atcctgcttg tgaataaaag tttgggatgt cacccgcagg tgcacgtgtg tttccattcc 60
tatttttaat gtcccttcac tactttgttg gtgctttggt c 101
<210> 5
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
gaaatctagt tggcaggggc tgaatcataa acatacaagt aatttcttta cgggtttgtg 60
aatactttaa tggtttgcaa tgcataaaat gggggaaggg a 101
<210> 6
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
gctactgtac gttttaaagt tgcataccaa caaaatgttg ctggaaagtg tgatcctttt 60
tgtttgaaat gattgagaac ttgacatcaa tgacatgcat a 101
<210> 7
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
atatataagg aacattaaca aggttaatgg aatggtacat aaaagatccc agcactaatc 60
gccatcagaa cttatcctca tggatatgac cagaaaatca g 101
<210> 8
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
gtgctgtatt ttgatttatg agtatacata tattgttgta tagctttgaa tttgaaggat 60
attttgctta taaatatgga tgtgtattcg accatataat a 101
<210> 9
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
gatgtacaag aaactattta taaactcttc ccatgacatc attcatgatt tttttctaat 60
tatgtattga catttcagta aattttttca tgtcattgac a 101
<210> 10
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
agttcatcat atgatttgct ggatgtcatg tttagtgttt aaccacagtt aatgctctgt 60
cattatgtgt ctgtgtttct atatttcctc tttctatctc t 101
<210> 11
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
gttcatcata tgatttgctg gatgtcatgt ttagtgttta accacagtta atgctctgtc 60
attatgtgtc tgtgtttcta tatttcctct ttctatctct t 101
<210> 12
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
aacttctcat tccaattatt caccctatta acatttcgga ctttaacgga tacacggatt 60
ccaacctaaa cacaccagta cggcacattg tgcctaaaac g 101
<210> 13
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
atttaaattt taactgttgc ttgtgtatga gtgatatgct ctgaatgatt gtttttaaac 60
tcttgaactc ctgctgtaac tctgcatgat tgaatgcttg a 101
<210> 14
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
tatattgttg tatagctttg aatttgaagg atattttgct tataaatatg gatgtgtatt 60
cgaccatata atataaatat gtatgtgatt attacccttg a 101
<210> 15
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
tggcaccgat atgtgactcc aatatatgtg tacgagtaag accctgtctg agacagtggc 60
atcgatatgt ggttacatgt aagaccacat ctgagacgtt g 101
<210> 16
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
attttctttc cacttttcca cccaaccaag cacgccctga aagttgcagt ggacttcagt 60
ttttttcttt taaccctgct tgggtagccc atgttgactt t 101
<210> 17
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
cattaattgg ggtcaatttt tttatttata aatattacct tttttaaaat caaaaaatgg 60
ttatcgtaaa ttaaataata attaattaag aataataaat t 101
<210> 18
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
gtatttggta tgaaaaatgt gttttggctt ggccattgaa agatagttag taatgtatct 60
ttatatataa aagtgttcat tcggtcatta ccatgtttat g 101
<210> 19
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 19
ttgagtaatt aggactaaat tgcaaaaata ataatttgag ggactaaaat ataaaataaa 60
tgaaaaatat gggcttgtat gagcactagg aatattcggc c 101
<210> 20
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 20
atgtcatgac ataggatttc gatatgtgat gtgcgagtaa gaccatggca ccgatatgtg 60
actccaatat atgtgtacga gtaagaccct gtctgagaca g 101
<210> 21
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 21
gaggcttcat agcgaaattg agcatttgag gttggagatt gatgagagaa ctgattgcat 60
taaagtttta aatgagaacc ttgagacttt aaaatcggaa a 101
<210> 22
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 22
taataaaatt catttcccat tttcaaaaaa taaaaataaa aaataaaatt aatttctcca 60
taattccgta attcatgcag tattttggta ataaattggc a 101
<210> 23
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 23
attaaattag aagggtatta tttacctttt ttagagatgt gaatgactca gcttcatgaa 60
ttgaaagttt ttagaattac caagttatcc aatagtcgac t 101
<210> 24
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 24
atattttttc tctttcacac gcttccgcgc aacaattggt accagagcca gattcgtact 60
tggggaatac gatcgtttac ggtactattt acgtatacgg c 101
<210> 25
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 25
aaacctccag tgataaatta attaatcatt attatcgtcg atcactaaaa cttatatata 60
ttttgattaa tcgattgttt aaataaattc acaataatat t 101
<210> 26
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 26
gtatagttag cagacacctc atttccaacc tttgtttccc ctaaagaaca gactttaact 60
acactctttt ttcctcgtca cttgcatgta cttcactagc a 101
<210> 27
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 27
gtttgaaact gaaacttgaa aaagaatttt ggagattcat cttcttcaat gatttcagtg 60
tctttaacct tcggttcagt tgccacaggt ttggtttcct t 101
<210> 28
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 28
aacagtaatt gtaatagccc gatttagacc ctaataggaa cggtggtatc tggaccacga 60
atccgagtca gaaaaatatt taaaaattat tttctatgtt t 101
<210> 29
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 29
gtaagaaatt taacacattt tttaatatta tctgagatta gaatttagaa tttattagta 60
gaagattatt aatagaatat tagttttgaa aagggtattg a 101
<210> 30
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 30
ataattaaaa ttattaatat tgtccatcaa aatttatcaa cttcgtagat tcattagact 60
atcatcatat aaagttgcat atgattaaaa aatataaaca t 101
<210> 31
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 31
aagaattgca atgttgaaga atagtttatc agacagggat catgagatcc aggatttaaa 60
gatagctgta tctgatgctg agcagaagat ttttcctgaa a 101
<210> 32
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 32
aattgtaaaa agtgtaaatg tcaggggtaa aatggcaatt tgcccattta tgtgtttttg 60
gattaaattg aatcaaaata atgtttgaat gagcttaatt t 101
<210> 33
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 33
attttaaaag gttgttgata tttatgtttt tccaaatttt gaataataat catttattta 60
aaaaaaccat catccatcaa ctaattcaag ccgcaccgcc a 101
<210> 34
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 34
tcatggctcc tcctttgttc catttgaata ttcctcacct cctacaccac ctgtaccatt 60
tggtaactga ttcatgctgg tagaattcaa aaaagaagaa t 101
<210> 35
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 35
accctggacc acttgaaggc tagaaactcc aatcccttca gcagtagctg caatgcagtg 60
ccaatgagta ccaaatggga ggcatttgag ttatcatcta c 101
<210> 36
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 36
gaatacaatg attaaattaa ataaatataa atcgtataca attgtatact atgaaactaa 60
attgatttta tgttggtgta attggatctg tcttcctaca t 101
<210> 37
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 37
tttgaatgag cttaatttga atatgtttag atcaagaacc aaagaaatca aatttggatc 60
gggaaaaaat aaaagttgtc gactagtcgt cccattccat t 101
<210> 38
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 38
tattccattc tttctttttc tcctcagttc catttatgct tacttatttt attttaattt 60
ctgatttcat aatttgtaaa ttatatatat gtttctgcag t 101
<210> 39
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 39
aagtcgctac tgtgttataa aatgattaac tataaataat tgattaagta tacttttagt 60
atgtgaacta agcttgatta gcatcattat tgatgttcgg c 101
<210> 40
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 40
tgcaaacata tttgaagtaa agtaaaaatt atatgtgaat gtgaaaaaaa gtaatcggcc 60
ttgtaaatat ttaatatgaa cattattaaa attatttttg a 101
<210> 41
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 41
ttgtgaaata aagctttgtt tagtattgtt tttacaaaac acttttggga taaaaaatat 60
ttctaaacaa aaatttttag aaaaaaattg tttttaccaa a 101
<210> 42
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 42
aaattttata catttaccat atttatatct atgctgtcag aataattcgt gtatgatttg 60
aaaagaaggt gacaatgagt ataacaaaac aaatacaaat t 101
<210> 43
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 43
gggaggtatt tgattaagct caacttcaca tctatcgcta ggtaatgtac tagactagta 60
gtttacaaca aagcctgtct gctctgctgt tgtcggattg a 101
<210> 44
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 44
gtcaccatat tcagtttcca atgcctttca actctctgaa gaaatatcct caactgcaag 60
aaggaagggt tcaactagta ccaaggccct gaactctgaa g 101
<210> 45
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 45
gagactcaga tgcaacatca acaattatag aatccaggag atccccaaaa gtaagcaatg 60
aaagctgcaa agacgatcca tccaaactaa gttggactat a 101
<210> 46
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 46
gtaccaaggc cctgaactct gaagttaaaa gcattggacc ctccactctc atcagttaca 60
tcatgtgata tgcttttttg ctaccaatat gggccgttgg a 101
<210> 47
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 47
tttttatgaa ttttttaatg atataattga accaattgaa ccggtgaatc agtcaagtga 60
tcgacaattt aacaattttt ttctttaatg ttacatattg t 101
<210> 48
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 48
atatatgtgt acgagtaaga ccctgtctga gacagtggca tcgatatgtg gttacatgta 60
agaccacatc tgagacgttg gcattgtaca atatatgtgt g 101
<210> 49
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 49
ttgtataggg acattgcaag ttgatccttg aacctcaact ataaataggc ttaaccattt 60
cttactttct tcatcccata attgccattc tctatttaag g 101
<210> 50
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 50
gtaagaccat ggcaccgata tgtgactcca atatatgtgt acgagtaaga ccctgtctga 60
gacagtggca tcgatatgtg gttacatgta agaccacatc t 101
<210> 51
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 51
aaaaaacgaa gtcaagtatc attaaatcaa aacagcccaa ataatgttgg gtagatgacg 60
acttcaagcc tcgccatatt gtcctaagaa ctctcaatga c 101
<210> 52
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 52
tataatcaag catcctcaat cttctaattg aactcaggga atagaaaaaa gtacattcca 60
taagtcttgt tcatctcctg ttaattgtga taaataaaat c 101
<210> 53
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 53
taaattggaa gttaaccaga ttttgaatat atatattttt ttatttttat gaatttttta 60
atgatataat tgaaccaatt gaaccggtga atcagtcaag t 101
<210> 54
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 54
aaagagaggt tatttttttt cttgtgaatc gagagcccct tagtgaagga ggagagaagt 60
tagaatccag tgaccagtgc atctttttac ttttgtgcgc a 101
<210> 55
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 55
gttagtagaa tgataataaa aaagattgga ttttgaaata tgggtatggt gcacaggttc 60
gtcgagttca aggtctagtg gacaccctgg accacttgaa g 101
<210> 56
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 56
gatcttagca aatcccagta cgaataaaat atgattttaa aaggttgttg atatttatgt 60
ttttccaaat tttgaataat aatcatttat ttaaaaaaac c 101
<210> 57
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 57
caatataaca caattcaatt taatccatga gcctaaacat gcaaatttaa ccatttttaa 60
tgtatatata taatttcacc attaagctgt ctacttgagt a 101
<210> 58
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 58
agttagtgac tagcatttca ttttctagtt ctgacatttt acttaaattt tcttctgcta 60
gaaactgtct gaactgaaat ttcaaatttt gtcattctgt a 101
<210> 59
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 59
gcgattgaag tgcttgatga tttggatgtg gtttgaaaga gtcggacatg atatacttat 60
agtatgaatc atgttgatgt gtcactctta gttaaaatga t 101
<210> 60
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 60
agccaaagtt ttattttatt ctcatgaccg aatatgaaaa acataaagaa aagaataagt 60
tttcaagggt tcggccatct tccaagttga ttcaaggttg g 101
<210> 61
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 61
aagtaaaagt tggcatggga taattgcaat tttggtccct aattgtatag ggacattgca 60
agttgatcct tgaacctcaa ctataaatag gcttaaccat t 101
<210> 62
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 62
attgaaggcg taagaaattg gaaagtaaaa aatgaatttt cgtttggtgt attgtcagga 60
aagatgaaaa gattgaatga aatttttatt tgttttctca t 101
<210> 63
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 63
acctgatagt aacaaagaaa agaaggggca aagtaagtaa ttaaagtagc gaaaaaacag 60
gtggaactta tcattgatcc atctggttgc tttcaaccat t 101
<210> 64
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 64
caaatatatt tacattgaag aactaacgac ttcattctac cagcttatgt tatagcatta 60
tcagttgtgc agtgaaaatc tatatttctt aattttgctt t 101
<210> 65
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 65
tatcgattca cgtacgcatc cggtatgtcg atgaatgacc atgtaaactc attcaataaa 60
attttagcag acttgctaaa tttggatgag aaatttgaag a 101
<210> 66
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 66
acaaaaattg aaggcgtaag aaattggaaa gtaaaaaatg aattttcgtt tggtgtattg 60
tcaggaaaga tgaaaagatt gaatgaaatt tttatttgtt t 101
<210> 67
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 67
attcagaaat gatctaaaag atgttcaaca ctagagtgat taacaatact acagtacctt 60
gtttctaaag tgtgtttcta aattctttga ccaatcttca c 101
<210> 68
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 68
gttactagct agacgagtaa atgtgttgtt ttttcctccc ataactctcc aactatcaaa 60
tatagctggg aaaaaacaaa gacttatacg gtactataat a 101
<210> 69
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 69
acacttaaac gaggcaagaa actgacattc caccgtacaa aaattactta cacttgaatg 60
ctgcttctag tcctaggtgt tggcttatga gtagagtcgg a 101
<210> 70
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 70
gacagcaata gtcaaagagc ttaatgaatt cacaaaagcc ctgcggaagt tgaagggttt 60
tgcaaggtct ggcttggtcg ctgaacttga tgtggaaaat a 101
<210> 71
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 71
tgtcatttgg tgcttgaaaa aattccgacc atctcaacac caattcaatt attttaataa 60
taatttacat atttaaattg agttagagtc ataaaactat g 101
Claims (7)
1.一种与陆地棉纤维伸长率相关的SNP分子标记，其特征在于，所述的SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.71任一所示。
2.一种陆地棉纤维伸长率相关的SNP分子标记组合，其特征在于，所述的分子标记组合为SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.71所示的核苷酸序列中的任意两个或多个。
3.一种基因芯片，其特征在于，所述的基因芯片包含核苷酸序列为SEQ ID NO.1～SEQID NO.71所示SNP分子标记的一个或多个。
4.一种试剂盒，其特征在于，所述的试剂盒包含核苷酸序列为SEQ ID NO.1～SEQ IDNO.71所示SNP分子标记的一个或多个。
5.权利要求1所述的SNP分子标记或权利要求2所述的SNP分子标记组合或权利要求3所述的基因芯片或权利要求4所述的试剂盒在陆地棉纤维伸长率标记辅助育种中的应用。
6.权利要求1所述的SNP分子标记或权利要求2所述的SNP分子标记组合或权利要求3所述的基因芯片或权利要求4所述的试剂盒在陆地棉种质资源纤维伸长率的早期鉴定中的应用。
7.权利要求1所述的SNP分子标记或权利要求2所述的SNP分子标记组合或权利要求3所述的基因芯片或权利要求4所述的试剂盒在陆地棉种质资源改良中的应用。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202010636549.5A CN111733275A (zh) | 2020-07-03 | 2020-07-03 | 棉花纤维伸长率主效QTL qFE-chr.A05区间的分子标记及应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202010636549.5A CN111733275A (zh) | 2020-07-03 | 2020-07-03 | 棉花纤维伸长率主效QTL qFE-chr.A05区间的分子标记及应用 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN111733275A true CN111733275A (zh) | 2020-10-02 |
Family
ID=72654064
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202010636549.5A Pending CN111733275A (zh) | 2020-07-03 | 2020-07-03 | 棉花纤维伸长率主效QTL qFE-chr.A05区间的分子标记及应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN111733275A (zh) |
Citations (6)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20140255922A1 (en) * | 2007-06-14 | 2014-09-11 | Monsanto Technology Llc | Cotton polymorphisms and methods of genotyping |
| CN107338299A (zh) * | 2017-07-21 | 2017-11-10 | 河北农业大学 | 与陆地棉纤维伸长率相关的snp分子标记及其应用 |
| CN107446997A (zh) * | 2017-07-21 | 2017-12-08 | 河北农业大学 | 与陆地棉纤维细度关联的snp分子标记及其应用 |
| CN109609682A (zh) * | 2019-01-21 | 2019-04-12 | 中国农业科学院棉花研究所 | 与陆地棉纤维强度一般配合力关联的snp分子标记 |
| CN110517725A (zh) * | 2019-08-26 | 2019-11-29 | 中国农业科学院棉花研究所 | 棉花多目标性状相关单体型筛选方法及应用 |
| CN111218524A (zh) * | 2020-03-30 | 2020-06-02 | 河南农业大学 | 棉花纤维品质相关的GhJMJ12基因SNP标记及其应用 |
-
2020
- 2020-07-03 CN CN202010636549.5A patent/CN111733275A/zh active Pending
Patent Citations (6)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20140255922A1 (en) * | 2007-06-14 | 2014-09-11 | Monsanto Technology Llc | Cotton polymorphisms and methods of genotyping |
| CN107338299A (zh) * | 2017-07-21 | 2017-11-10 | 河北农业大学 | 与陆地棉纤维伸长率相关的snp分子标记及其应用 |
| CN107446997A (zh) * | 2017-07-21 | 2017-12-08 | 河北农业大学 | 与陆地棉纤维细度关联的snp分子标记及其应用 |
| CN109609682A (zh) * | 2019-01-21 | 2019-04-12 | 中国农业科学院棉花研究所 | 与陆地棉纤维强度一般配合力关联的snp分子标记 |
| CN110517725A (zh) * | 2019-08-26 | 2019-11-29 | 中国农业科学院棉花研究所 | 棉花多目标性状相关单体型筛选方法及应用 |
| CN111218524A (zh) * | 2020-03-30 | 2020-06-02 | 河南农业大学 | 棉花纤维品质相关的GhJMJ12基因SNP标记及其应用 |
Non-Patent Citations (3)
| Title |
|---|
| HANTAO WANG等: "QTL Mapping for Fiber and Yield Traits in Upland Cotton under Multiple Environments", 《PLOS ONE》 * |
| 于军等: "《基因组学与精准医学》", 31 December 2017, 上海交通大学出版社 * |
| 张素君等: "陆地棉纤维品质性状关联分析及优异等位基因挖掘", 《植物遗传资源学报》 * |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN112094935B (zh) | 鉴定棉花纤维比强度和马克隆值的snp分子标记及应用 | |
| CN107446997B (zh) | 与陆地棉纤维细度关联的snp分子标记及其应用 | |
| CN114150070A (zh) | 与鸡生长及屠宰性状相关的snp分子标记、检测引物、试剂盒及育种方法 | |
| CN107338299B (zh) | 与陆地棉纤维伸长率相关的snp分子标记及其应用 | |
| CN110468225A (zh) | 辣椒细胞质雄性不育恢复性状相关的snp标记及其特异性引物和应用 | |
| CN107354152B (zh) | 与陆地棉棉铃重相关的snp分子标记及其应用 | |
| CN108866206A (zh) | 与绵羊多羔相关的snp分子标记及其应用 | |
| CN117106967A (zh) | 水稻抗稻瘟病基因的功能性kasp分子标记及其应用 | |
| CN109504796B (zh) | 棉花衣分分子标记及其应用 | |
| CN112538535A (zh) | 一种与长毛兔产毛量相关的分子标记及其应用 | |
| CN111733275A (zh) | 棉花纤维伸长率主效QTL qFE-chr.A05区间的分子标记及应用 | |
| CN112195263B (zh) | 一种鉴定西瓜杂交种纯度的snp位点、引物组及应用 | |
| CN112159860B (zh) | 一个棉花纤维伸长率主效QTL qFE-chr.D01区间的鉴定及应用 | |
| CN116219048A (zh) | 基于kasp技术开发的豌豆核心snp分子标记集及其应用 | |
| CN112218524B (zh) | 高粱细胞质雄性不育标记和基因座 | |
| CN111690765A (zh) | 棉花纤维伸长率主效QTL qFE-chr.D04区间的分子标记及应用 | |
| CN116926230B (zh) | 一种与棉花纤维长度相关的分子标记及其应用 | |
| CN113755631B (zh) | 一种基于mSNP技术检测西葫芦种子纯度的混样检测方法 | |
| CN116334268A (zh) | 与陆地棉纤维长度关联的snp分子标记及其应用 | |
| Sharifani et al. | Mutations in chloroplast DNA revealed relations and discriminations in genus Pyrus | |
| CN114990257A (zh) | 与棉花纤维伸长率品质性状关联的snp分子标记及应用 | |
| CN115011729A (zh) | 与棉花纤维强度品质性状关联的snp分子标记及应用 | |
| CN113652501A (zh) | 一种基于mSNP技术检测大白菜种子纯度的混样检测方法 | |
| WO2011149267A9 (ko) | ＰＭＭｏＶ 저항성 고추 품종을 선별하기 위한 프라이머 세트, 방법 및 키트 | |
| CN113832250A (zh) | 一种基于mSNP技术检测玉米种子纯度的混样检测方法 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination |