CN111218524A - 棉花纤维品质相关的GhJMJ12基因SNP标记及其应用 - Google Patents

Abstract

本发明涉及棉花纤维品质育种技术领域，具体而言，涉及棉花纤维品质相关的GhJMJ12基因SNP标记及其应用。棉花纤维品质相关的GhJMJ12基因SNP标记，所述SNP标记位于棉花Dt09染色体上GhJMJ12基因的第7215bp位置处，所述SNP标记为碱基A或C，所述GhJMJ12基因具有SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列。本发明运用10660个SNP标记对棉花纤维品质性状进行全基因组关联分析，挖掘出GhJMJ12基因上一个SNP位点与纤维长度、纤维比强度、纤维伸长率和纤维整齐度等纤维品质性状显著相关。

Description

棉花纤维品质相关的GhJMJ12基因SNP标记及其应用

技术领域

本发明涉及棉花纤维品质育种技术领域，具体而言，涉及棉花纤维品质相关的GhJMJ12基因SNP标记及其应用。

背景技术

棉花是一个重要的纤维作物，是纺织工业中重要的天然纤维来源。在过去的育种过程中，育种家往往只注重棉花产量，随着人们生活品质的提高，培育纤维品质优良的棉花已经成为新的育种目标。

棉花纤维品质性状主要包括纤维长度(FL)、纤维比强度(FS)、纤维伸长率(FE)、纤维整齐度(FU)和马克隆值(FM)。近些年，随着棉花全基因组数据的公布，许多SNP分子标记应运而生，关联分析也已经广泛应用于解析棉花复杂性状的遗传基础。与传统的连锁分析相比，关联分析可以利用自然群体结合基因型和表型快速定位性状的遗传位点，具有高分辨率、检测变异数目多等优点。

通过连锁分析方法共定位到近1000个纤维品质性状相关QTL位点，分布于26条染色体上。但是由于标记数目和双亲群体的限制，导致其遗传图谱分辨率低，并不能直接应用于纤维品质性状的分子标记辅助选择。

有鉴于此，特提出本发明。

发明内容

本发明运用10660个SNP标记对棉花纤维品质性状进行全基因组关联分析，挖掘出GhJMJ12基因上一个SNP位点与纤维长度、纤维比强度、纤维伸长率和纤维整齐度等纤维品质性状显著相关。

为了实现本发明的上述目的，本发明提供了以下技术方案：

棉花纤维品质相关的GhJMJ12基因SNP标记，所述SNP标记位于棉花Dt09染色体上GhJMJ12基因的第7215bp位置处，所述SNP标记为碱基A或C，所述GhJMJ12基因具有SEQ IDNO:1所示的核苷酸序列。

纤维品质是棉花重要的经济性状，改善纤维品质是棉花育种的主要目标之一。本发明运用10660个SNP标记对棉花纤维品质性状进行全基因组关联分析，挖掘出GhJMJ12基因上一个SNP位点与纤维长度、纤维比强度、纤维伸长率和纤维整齐度等纤维品质性状显著相关。该SNP位点是非同义突变，存在两种等位变异：AA和CC基因型，造成氨基酸由天冬氨酸变成丙氨酸。

与CC基因型相比，含有AA基因型的棉花材料具有较高的纤维长度、纤维比强度、纤维伸长率和纤维整齐度，可以借助AA基因型的标记位点选择纤维品质优良的棉花材料，显著提高选择效率和准确性。

进一步地，所述SNP标记的AA基因型棉花材料的纤维品质高于CC基因型棉花材料。

另外，该SNP位点的AA基因型可以作为判断棉花纤维品质性状的重要标准。

本发明还提供了用于检测所述的SNP标记的引物对或探针或芯片。

本发明提供的检测所述的SNP标记的引物对或探针或芯片可有效的将AA基因型与CC基因型分开，确定基因型，以能够有效预测棉花的纤维品质。

本发明提供的检测SNP标记的引物对、探针或芯片，根据GhJMJ12基因SNP标记按常规方法设计即可得到。

进一步地，所述引物对的上下游引物核酸序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。

本发明提供的上述检测SNP标记的引物对，能有效确认影响棉花纤维品质的AA基因型与CC基因型。

本发明还提供了含有上述的SNP标记的引物对或探针或芯片的试剂盒，为棉花纤维品质的AA基因型与CC基因型的检测提供良好的基础。

本发明还提供了上述的SNP标记在检测高纤维品质棉花或在高纤维品质棉花育种中的应用。

本发明还提供了一种高纤维品质棉花的检测方法，对待检测样品的基因组检测上述的SNP标记，若检测为AA基因型，则所述样品为高纤维品质棉花。

进一步地，所述待检测样品包括适宜于有性繁殖、无性繁殖或可再生的细胞的组织培养的材料。

这些待检测样品可以是适宜于有性繁殖的材料，如选自花粉、子房、胚珠、胚囊等；

适宜于无性繁殖的材料如可以选自插枝、根、茎、原生质体等；

适宜于可再生的细胞的组织培养的材料如可以选自叶、花粉、胚、子叶、下胚轴、分生组织细胞、根、根端、花药、花、种子和茎等。

进一步地，所述检测可以包括测序、PCR、杂交等。

本发明还提供了一种高纤维品质棉花育种方法，挑选出上述的所述SNP标记为AA基因型的棉花进行杂交繁殖。

利用本发明的SNP标记进行高纤维品质棉花辅助育种，能够早期筛选目标棉花，具有节省时间、成本低廉等优点。

本发明还提供了所述的SNP标记在研究棉花种群中的遗传多样性中的应用。

与现有技术相比，本发明的有益效果至少包括如下方面：

(1)本发明利用10660个高质量的SNP位点，对276份棉花品种的纤维品质性状进行关联分析，挖掘出GhJMJ12基因上一个SNP位点与纤维长度(FL)、纤维比强度(FS)、纤维伸长率(FE)和纤维整齐度(FU)显著相关。

(2)本发明提供的SNP位点是非同义突变，存在两种等位变异：AA基因型和CC基因型，造成氨基酸由天冬氨酸变成丙氨酸。与CC基因型相比，含有AA基因型的棉花材料具有较高的纤维长度、纤维比强度、纤维伸长率和纤维整齐度，可以借助AA基因型的标记位点选择纤维品质优良的材料，显著提高选择效率和准确性。

(3)通过选择该标记位点的有利等位变异(AA基因型)选择高纤维品质的棉花材料，可缩短高纤维品质棉花材料的培育年限。

附图说明

为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案，以下将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍。

图1为本发明实施例1中四个纤维品质性状在276份陆地棉群体中的频率分布图；

图2为本发明实施例1中Dt09染色体上SNP标记与纤维品质性状的关联分析图；

图3为本发明实施例2中Dt09染色体49.0-50.7Mb区间的连锁不平衡区块分析图；

图4为本发明实施例2中GhJMJ12基因结构及其突变位点图；

图5为本发明实施例2中GhJMJ12基因两种基因型的纤维品质性状表现情况图；

图6为本发明实施例2中GhJMJ12基因在不同组织的表达水平柱形图。

具体实施方式

下面将结合实施例对本发明的实施方案进行详细描述，但是本领域技术人员将会理解，下列实施例仅用于说明本发明，而不应视为限制本发明的范围。实施例中未注明具体条件者，按照常规条件或制造商建议的条件进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可以通过市售购买获得的常规产品。

实施例1

一、试验材料和方法

1、棉花材料和田间种植

本发明所用的276份材料来自中国农业科学院棉花研究所国家棉花种质中期库中在不同历史阶段发挥过重要作用的棉花品种和和本研究团队长期积累的育种基础材料。这些材料种植在河南省安阳市(2016年和2017年)、湖北省荆州市(2016年和2017年)、新疆阿拉尔市(2016年和2017年)、江西省九江市(2016年)、湖北省黄冈市(2017年)。采用随机区组种植，共两个重复，行长6米，行宽0.8米，每行20-25株。

2、田间表型调查和统计分析

在吐絮盛期，以每行中间长势一致的10个植株为研究对象，随机摘取它们中部共25个正常吐絮的棉铃。轧花后，每个样本的10-15克纤维送至中国农业科学院棉花研究所农业部棉花品质监督检验测试中心(河南省安阳市开发区黄河大道38号)，检测纤维长度、纤维比强度、纤维伸长率和纤维整齐度。

为了降低环境影响，利用R语言的lme4软件包计算每份材料每个性状的最佳线性无偏估计值(BLUP)，然后分析差异显著性、皮尔逊相关系数、广义遗传力和方差。

3、纤维品质性状的关联分析

借助棉花芯片CottonSNP63K被过滤的高质量SNP共10660个，利用我们先前报道的群体结构和亲缘关系矩阵，选用GAPIT软件的混合线性模型(MLM)进行276份材料的纤维品质性状关联分析。其中阈值的设定是根据公式P＝1/10660来计算，最终校正后阈值为P＝1.0×10^-3。

二、试验结果

1、纤维品质性状的表型特征

通过对性状表现的BLUP值统计分析，发现纤维长度(FL)、纤维比强度(FS)、纤维伸长率(FE)和纤维整齐度(FU)的变异范围分别是25.17-31.02mm、25.08-31.69cN/tex、6.53％-6.82％和81.55-85.41％；对应的平均值为28.85mm、28.49cN/tex、6.70％和84.35％；相应的变异系数为2.60％、3.61％、0.66％和0.61％(表1)。所调查的四个纤维品质性状都符合标准正态分布，表明这些性状是多基因控制的数量性状(图1)。

表1纤维长度、纤维比强度、纤维伸长率和纤维整齐度的表型统计

纤维品质性状的相关性分析显示纤维长度(FL)、纤维比强度(FS)、纤维伸长率(FE)和纤维整齐度(FU)之间存在强烈的正相关，相关系数范围从0.51到0.84(表2)。

表2四个纤维品质性状的相关性分析

性状	FL	FS	FE
				FS	0.84**
FE	0.79**	0.69**
				FU	0.56**	0.51**	0.68**

**：在0.01水平下差异显著

另外，方差分析显示基因型、环境型、基因与环境互作间存在显著差异，表明这些纤维品质性状受基因型和环境的影响(表3)。

表3棉花四个纤维品质性状的方差分析

G：基因型；E：环境；G×E：基因型与环境互作；***：在0.001水平下差异显著

四个品质性状的广义遗传力分别为84.54％、84.78％、73.31％和72.06％，表明这些纤维品质性状主要受遗传影响(表1)。

2、纤维品质的关联分析

经过对芯片CottonSNP63K过滤，总共筛选到10660个SNP，基于这些高质量的SNP运用混合线性模型对276份自然群体的四个纤维品质性状进行全基因组关联分析。图2结果显示，位于Dt09染色体上49.0-50.7Mb的基因组区间内存在一个多效性位点(即对应图3中的i52359Gb)。图2关联结果表明，该SNP位点与纤维长度(FL)、纤维比强度(FS)、纤维伸长率(FE)和纤维整齐度(FU)性状相关联(图2)。

实施例2

1、关键基因的鉴定

连锁不平衡区块分析显示这个区间内存在两个连锁区块，进一步分析发现关联的SNP位点并没有位于该区块内(图3)，表明该位点位于重组热点区，并没有与周围的染色体区段形成连锁。

进一步分析发现，该SNP位点位于基因GhJMJ12(基因编号为Gh_D09G2376)上。该基因具有SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列，基因结构分析表明，该基因存在7个外显子和6个内含子。该SNP位点在第7个外显子内也就是该基因的7215bp位置的一个非同义突变，由A碱基突变成C碱基，造成氨基酸由天冬氨酸变成丙氨酸(图4)。

这个SNP位点形成的两种基因型(AA型与CC型)与四个纤维品质性状的表型显著关联。其中AA基因型具有较高的纤维长度(FL)、纤维比强度(FS)、纤维伸长率(FE)和纤维整齐度(FU)，而CC基因型与其相反。显著性分析表明，这两种基因型在纤维长度和纤维比强度上差异显著(图5)。

2、实时荧光定量PCR验证

在棉花正常生长期，取陆地棉TM-1样品苗期的根、茎、叶，以及取开花后5天、10天、15天、20天和30天的棉铃，分别剥开取胚珠上的纤维，使用北京天根生物公司的Trizolreagent试剂盒分别抽提不同组织和不同时期的RNA。提取RNA后使用1.5％的琼脂糖凝胶检测其质量，使用Nanodrop2000检测其浓度。使用PrimeScript RT Reagent Kit with gDNAEraser(Takara，中国)将RNA反转录合成cDNA。设计基因的特异性引物，引物序列见表4。

表4 GhJMJ12基因和内参基因GhHis3的特异性引物序列

基因名称	正向引物(5'-3')	反向引物(5'-3')
			GhJMJ12	CGGATCAGAGACTGTTTACATGCGT	CTAGCTGCTTGTTCGGTCGGTT
GhHis3	TCAAGACTGATTTGCGTTTCCA	GCGCAAAGGTTGGTGTCTTC

使用LightCycler480 II system(Roche，德国)进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)试验，以FastStart Universal SYBR Green Master(Rox)(Roche，德国)为试剂，以GhHis3为内参基因。每个样品进行3次生物学重复。用2^-ΔCT法分析qRT-PCR数据。

取自苗期的根、茎、叶代表营养生长的组织，开花后不同时期纤维代表纤维发育的不同阶段。

对GhJMJ12基因的表达进行实时荧光定量分析，结果显示该基因在开花后5天、10天和15天纤维表达量比较高，在开花后10天纤维表达量最高(图6)。说明GhJMJ12基因在纤维发育阶段优势表达而发挥作用，该基因与纤维品质特定指标密切有关。其中，图6中，Root即根；Stem即茎；Leaf即叶；Fiber即纤维；DPA为Days post anthesis，即开花后天数。

GhJMJ12基因在拟南芥的同源基因为AtJMJ12(At3g48430)，编码一个组蛋白去甲基化酶，在细胞伸长中发挥着重要作用。而每一根棉花纤维由一个单细胞伸长而成。因此，进一步证明棉花中该基因可能是一个多效性基因，控制纤维长度、纤维比强度、纤维伸长率和纤维整齐度。

上述内容说明，通过发现GhJMJ12基因SNP标记，增加了对棉花纤维性状遗传基础的进一步认识，为纤维性状如纤维长度、纤维比强度、纤维伸长率和纤维整齐度的分子机制的探索提供有力的支持。

尽管已用具体实施例来说明和描述了本发明，然而应意识到，在不背离本发明的精神和范围的情况下可以作出许多其它的更改和修改。因此，这意味着在所附权利要求中包括属于本发明范围内的所有这些变化和修改。

序列表

<110> 河南农业大学

<120> 棉花纤维品质相关的GhJMJ12基因SNP标记及其应用

<160> 3

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 7744

<212> DNA

<213> Gossypium hirsutum

<400> 1

atggctgctt caagcctttc accagagcca agccaggaag tgtttccatg gctgaagtct 60

ttgccttttg ctccagagta taggcctact ttggtagagt ttcaagatcc aattgcttat 120

attttcaaga tcgaaaagga ggcttcccag tatggaatct gtaagatcat acctccggtg 180

ccacctgctt ctaaaaaagc tgcaatgggg aacctcaatc ggtccctttt ggaacgtgct 240

gttgctaatg ctagctccga ttcgaaaccc gcgcctacat tcactacccg ccaacaacag 300

atcgggtttt gccctcggaa gcaacggccc gttctgaaat cggtgtggca gagtggggaa 360

tactatactt tccaagaatt cgaagcgaaa gcgaagattt tcgagaggaa ttacttgaag 420

aaatacagca aaaaagcttc cctttcagct ttggaaatcg aaaccctttt ttggaaagcg 480

acggttgacc aaccttttga cattgagtat gctaacgaca tgcctggttc agcttttgct 540

gctttgggct caaagaagag tagcggtgga gggcgggaaa caggggaagg agttacggtg 600

gcggaaacgc cgtggaatat gagagcggtt tcgagggcga aagggtcgtt gttaaggttc 660

atgaaagagg agattccggg tgttacttcc cctatggtgt acattgcaat gttgttcagt 720

tggttcgctt ggcacgtaga ggatcatgat ttgcatagct tgaattattt gcatatgggt 780

gctgggaaaa catggtacgg tgttccccgg gatgctgccg tagctttcga agaggtcgtc 840

cgggttgatg gctatgctgg agagttcaat cctcttggtg agtttagtgt actattaatt 900

ttgtctcctc tgtttcttag taagctactg gaggaaattt gaagtacttt tgttgacttc 960

gcataagtag taatgtgaat gagaaatctg tgtcaataag ctatttgggt tctggttgaa 1020

aaaatggaat ctaggctggt cattgtcgag ttgagctcga gctcgagtag ctcaagctat 1080

tagtggttga ctcaattagc ataatgcttg actcagtaac ttaagcacaa atagtcaagc 1140

ttgaagtgaa gtatgagaat cgagcttaat tgagtgagct tgagtacttc gatttgttgt 1200

ctcgaatcga gctttaaaag tgaaattttc tcgagcttga gttgagcttt atgccttgag 1260

tttcatctaa ggtgagtcta ctgaactatt aatttttgtc tcctctgttt cttagttagc 1320

taatgaagtc catgtcaatt acttgcgttg actttgcata agcatttgtc tctattggat 1380

agcttggtga gattgactgg tttgagcaaa ggtcaaagga agaataaact agttgtaatt 1440

attccgaaaa aaaggggaaa aaaaaaaact aagtgccccc aatttgagtt ttctccaatg 1500

gtgttcattg agtttttaag gaatgttagc attataatta gtaagcctac attatctttg 1560

cataagtaga agccgtattg gatagcattg gtgagattga ctggtttgag tgaaggctaa 1620

agggagaata acatgaagct gtattgcata gcataagtgt agcttttgat taaaatattt 1680

tactttctag tgtaccaatg atgtttttta ccattttgga ttggtttaaa tctattccgg 1740

gaagtttcta tgccacaatg taattttttt ttttactaga aaagcaactc aatcttttat 1800

atttaagtga tgatccttat attgtacctt tttaatctat attagttaca ttttctacac 1860

ttggtgaaaa gaccacagtg atgtctccag aagtatttgt tcatgctgga attccgtgct 1920

gcaggtgatt ttagtttgct ctgctatgct ttgtagaaaa ttttccattt attactttta 1980

taatgaattt atcatcttag agtcttataa cgcgatttaa ttgacctgtt gagggatggt 2040

tattggactt gttcttacat tatcattatt ctgaaatcag gttagtgcaa aatgctgggg 2100

aatttgttgt cactttccct agagcctatc attcggggtt cagtcacggt gagaccatca 2160

aatctttatt agatactgtc agaggaggga gcttatttca tctatatgtt attgtcatta 2220

ggatttaacc ttggagaagc agctaatatt gcaactccag aatggttgag agtagcccga 2280

gatgcttcta ttcgaagagc ttcaattaat taccctccaa tggtctccca tttccagtta 2340

ctttatgatc ttgcactcga tttatgttca aggtacgact cacagttata cagtatgatt 2400

catttggata cctcagtttc ttaatttctt gatgcattct cgagtacttt gaatacgcac 2460

ttgaatatat atgacattta attgagtact ttctgcactg ctgcaaatat ggtaggtaaa 2520

tgtttagaaa aatatttaca tttgctcatt gcttttttga agttcagtat gagtagtgat 2580

ggcaatgggg tggttttttt cctgccctaa ccccaacctg atgctctacc accatgcccc 2640

gacatcgact ttaaaaaaat tttaacccgc tcagaacctg aacccaaaaa ttaatagtgt 2700

acccgactcc aatccgatca gacccgagtt caaacatttt gaattttttt tttcggaaat 2760

tgtgattaat aatttttttt tttaaacgaa aggttttggc accatttccc attagatttg 2820

ctttatgatt taccattgaa actgtcatgt gctaatatgt atacacacac gttacaatta 2880

cagcacagca aaaaaaagga gcaaaggtct ttgttcctta caaacagggg gggacttggg 2940

aaataaatta aaaagagaga gagagggaga aataaactgg agtgagagag tagtataaag 3000

actagtagta atacatttta gggatttttg acttaatcaa tattaaatat gtatagaggg 3060

gtaatttcat aaatatccca gggcggggtg gttttattct aaacccggcc tggcgaattt 3120

tttaaaatca acccacctga ccctatctgg tcaaatcggt tcggaacccg tcagtttcag 3180

ggttttttgc catccctagg tatgagtgtc ggatgtgttt ctggcactgg tatgttcaat 3240

ttttaccaag ttttcccatg tatttgtagg gtcatatccc tatattcata tccaaatatg 3300

tctcaaacat aggtgtcaaa cacgggtatt ttaagtaatg ttcttcctgt acttttaatc 3360

ctcattataa tcggacttca tacaatttaa aggacaaaaa tctttgaaat tttatcggca 3420

tgtgcgatat ttataccaaa agttgtttgt atgatgctga actaattaat tgaagagcaa 3480

taacttatat tgtgtatctt ttcctcattt ttgttaggtt tctccttgca gggtacctac 3540

gaacattggt gctaaaccaa agagttctcg cctcaaggat aagaaaaaat gtgaagggga 3600

aaccttagtt aaagaattat ttgtgcagga tctcatacag aacaatgacc tacttcatat 3660

tcttggaaaa ggatcttcag tggtactact ccccaaaagt tctaccgata tttctctttc 3720

ttctgaatca cgtatagcat cccgattaag aataaacccg aagatgtcac ttggtttatg 3780

ccgctacaag gaagcaatga aaccgtccca agtcttagct tttgatgaga taatgcaatg 3840

caagaatgaa gaaaacaagg gaataaaagg tttctattcg gtgaaaggaa aaactgtttc 3900

tacatatgaa gttgatcgag attcttcttt tacgggagct gattatttgt gtaaggtgcc 3960

atcacagatc ttaaacgtga acattgaaag agaaagttct gttcaaggtg atacattgtc 4020

ggatcagaga ctgtttacat gcgtcacgtg cggaatatta tgctttgctt gtattgctgt 4080

tcttcaaccg accgaacaag cagctagata cctcatgtca gcagattgta gcttttttaa 4140

tgattggacc tttggttctg gagtaacacg tgacaggttc accgctactc atggggatgg 4200

aatcacttcg gagcaaaatc cttctacaag taggttatat atggaatttt ttgtttatta 4260

gccaattttg tttatgtgat ttaatgccat tccttgtgct tgtggggtta tagctttgtc 4320

tttataatgc atgtagtgtt cgtataggtt aacaactaaa acagatgtgg cggtcctagg 4380

aatgatctta agcagaataa ttggaatttg gctcgaagtt gttcggttcc taggattctc 4440

atttccaaag aacaatagaa atatgataat tcgaataagc ttttgttagg gctggcaaga 4500

ctattggttg ctaacataat tgtcttgata actaggttat ccaaactcag gtgtgagtgt 4560

aggatatata tatggatgga tggatggtat cctttctact ctacaatttt ccttaaaatt 4620

cttttacttc ttttttaaca taccgggttt ttgtttttcc ttgatacagg ggggatgaat 4680

aaaactgccc caaatgcttt atacgatgta cctgttcagt ctgttgagtg caagtttcag 4740

acgaaaaatc aaagtaaaga agttccggaa gatactaaag aaaggagaaa tacttctgct 4800

cttggtctat tagcttcaac atacagaaat tcatctgatt ccgaagatga taatgctgaa 4860

ccaaaagcta ctgcctctgg tgatgagacg aattcaacaa acactatacc aggaaggaaa 4920

cttcagcata atgatttcaa ggaggacgct ccggtccatg ttatcgattg cgatcctaaa 4980

cctggatcta aaagaagccc tccaacaatc aaccaagagt tggtatcaaa tggtttgggg 5040

gataaatgta gtgatccagc catagaatct tacggtgcag agaaaatgag gtttagtaag 5100

gcctttgcac gaatggaaaa tgcagatagt ccgtttgctc caaactccga tgaagattct 5160

tctcggatgc atgtcttctg tctcgagcat gctatagaag tagaacaaca acttcgtcaa 5220

ataggaggag ttcatatatt tctcctttgt catccaggta gatttcggca tacattatac 5280

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cgaatatctg taaaacgatg cagaatatcc caggatcgaa gcggaagcta agttggtggc 5400

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tgatgaggtg aggatccggt cagctcttga tagtgaggat gccatacctg gaaacggaga 5520

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tgctagctca ccgacaaagt tgaattctta cgggcggagg tctcggaagc agaaaaaagt 5700

agtggcggga aaatggtgtg gtaaagtttg gatgtcgaat caggttcatc catttttgac 5760

acaaagggat cccaaggagc aagaacaaga aaaaagcttc catgcttggg caacttcaga 5820

tgaaaatctt gagagtaaac cagaaaatat tcggaaagca gaaacatcca aggtggttaa 5880

aatgtttact agaaagagca aaacaagggc gggggctaca ccgagcaaga aagctaaatg 5940

catcgagcca gagagtgtag tttcggatga ttcattggat ggtaattctc ttaggcagca 6000

acagagattt tttaggggca aaaaacctaa actaatcgag aaagagaagg aaatttcgta 6060

tgattcatta gaggatgatt ctcttctgca tcatagagat ctctctcgaa gaaaaggggc 6120

caaatttatc gaaagggaag cttctgaatc cgaggatgta gaggaggatt ctgatgatca 6180

acagtttctg aaaaatctcg gaggcaaaaa agggaaatat attgtagaaa atgatgtggt 6240

ttctggtgat tcacttgaca aaatttccac caagcaatat cggaggattc ctagaagctc 6300

ccgggacaaa ttcatgaaga gagaaggttc tgtatcagct gatgaacaag aggaaatttc 6360

ctatcagttt cataagcgga ttcctagagg cagacagatc aagttgtttg aaaggaggct 6420

tgctgtctca gatgactcgc gagcagacaa ttcccttaag cagtaccgaa gaaagcctaa 6480

aggcaagcga gcaaagtttt tcgagagaga agaagcaatg tcggatgatg catcagataa 6540

tgatggttct caaactcagc ataggaggat tcctagtggc aagcaaatga agtgcacgga 6600

aagagaggat gaattttctg atgattcact cgagggtaat cctcaacagc aacataggag 6660

gattgctcaa agaaaagtat ccaaattttc tgatcaagaa gacatagttt ctttcgattc 6720

actgaagggt aattctcatc gacagcatag gaggattcct agaagtcaac taacccagtt 6780

tatcgagagg gaagatgcag gttcatcgga ttctccagat gatagttctc ttcagcaact 6840

tacgaggatt ttgagaagta agcatgctaa aattcttgag aaggaagatg cagtttccga 6900

tgattcagat gatacttctc cacagcagct taggaagact ccaagaagcc ggcaagggaa 6960

atctattgaa agtgaggatg tagtttcata tgattcatcg gacgagaact atggtcaacc 7020

gagtagtagt cttagaagca gaaaaaagaa agccccaaca ccacgacaaa caaaacaaga 7080

agcccctaag aatgtgaaac aagggaaacg tcggacaaca aaacaagtaa tctctcagca 7140

aagcaaacaa gacactcctc ggaatcggac taccaaaatt gagcaaagtg ctagacagga 7200

caattcatat gatgacgatg agatagaagg tggacccagc acacgcctta ggaaaagagc 7260

tcaaaagcct tcaaaagagc cggaaacaaa acctaaagtg aagaagcaag ctctgaagaa 7320

caaagcaaag actgcttcaa atgcgaaagt aagagacgag gaagcagaat atcaatgtga 7380

catggaaggt tgcaccatga gttttggctt gaaacaagag ctggttctcc acaaaaagaa 7440

catttgtcca gtaaaagggt gcggaaagaa gttcttctca cacaaatatc tagttcagca 7500

tcgacgagtt catatggatg accgacctct taaatgtcca tggaagggct gcaagatgac 7560

gttcaaatgg gcatgggctc gaaccgaaca cattagggtt cacacaggtg ctcgtcctta 7620

cgtgtgtgct gaggaaggct gtggtcaaac atttcgtttt gtgtcggatt tcagtcgtca 7680

caaaaggaag actggtcatt cagtgaagaa aggtaagata aaacatgaat cacgaaaact 7740

gtaa 7744

<210> 2

<211> 25

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 2

cggatcagag actgtttaca tgcgt 25

<210> 3

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 3

ctagctgctt gttcggtcgg tt 22

Claims (10)

1.棉花纤维品质相关的GhJMJ12基因SNP标记，其特征在于，所述SNP标记位于棉花Dt09染色体上GhJMJ12基因的第7215bp位置处，所述SNP标记为碱基A或C，所述GhJMJ12基因具有SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列。

2.根据权利要求1所述的棉花纤维品质相关的GhJMJ12基因SNP标记，其特征在于，所述SNP标记的AA基因型棉花材料的纤维品质高于CC基因型棉花材料。

3.用于检测权利要求1所述的SNP标记的引物对或探针或芯片。

4.根据权利要求3所述的SNP标记的引物对，其特征在于，所述引物对的上下游引物核酸序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。

5.含有权利要求3所述的SNP标记的引物对或探针或芯片的试剂盒。

6.权利要求1所述的SNP标记在检测高纤维品质棉花或在高纤维品质棉花育种中的应用。

7.一种高纤维品质棉花的检测方法，其特征在于，对待检测样品的基因组检测权利要求1所述的SNP标记，若检测为AA基因型，则所述样品为高纤维品质棉花。

8.根据权利要求7所述的检测方法，其特征在于，所述待检测样品包括适宜于有性繁殖、无性繁殖或可再生的细胞的组织培养的材料。

9.一种高纤维品质棉花育种方法，其特征在于，挑选出权利要求1所述的所述SNP标记为AA基因型的棉花进行杂交繁殖。

10.权利要求1所述的SNP标记在研究棉花种群中的遗传多样性中的应用。

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