CN107354152B - 与陆地棉棉铃重相关的snp分子标记及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明提供与陆地棉棉铃重相关的SNP分子标记及其应用,属于植物分子生物学领域。本发明的与陆地棉棉铃重相关的SNP分子标记共119个,这些标记位点具有SEQ ID NO.1‑119所示的DNA序列,这些SNP分子标记单独或任两个或多个组合应用均可用于棉花棉铃重的早期预测和高产棉花品种资源的鉴定,还可用于棉花遗传背景分析和筛选,以及高产棉花品种的选育,具有广阔的应用前景。
Description
技术领域
本发明涉及植物分子生物学,生物信息学和植物分子育种领域,具体地,涉及与陆地棉棉铃重相关的SNP分子标记及其应用。
背景技术
棉花不仅是最重要的纤维作物,还是重要的经济作物,其生产对全球经济有着巨大的影响。全球约1亿个家庭从事与棉花相关的产业,每年产值逾千亿美元。中国是全球最大的皮棉生产国与消费国。铃重是棉花产量的主要构成因素之一。铃重高低受多种因素影响,但自身遗传因素是主要的决定因素。在当前人工成本居高不下的情况下,采摘同等重量的棉花,铃重高的棉田采收费用自然低,一定程度上提高了棉花的种植效益。高铃重的棉花品种深受农民欢迎,也是棉花育种工作者改良的重要目标性状之一。
全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)是一种对全基因组范围内的常见遗传变异(单核苷酸多态性和拷贝数)基因总体关联分析的方法,该方法以自然群体为研究对象,以长期重组后保留下来的基因(位点)间连锁不平衡(linkagedisequilibrium,LD)为基础,将目标性状表型的多样性与基因(或标记位点)的多态性结合起来分析,可直接鉴定出与表型变异密切相关且具有特定功能的基因位点或标记位点。在全基因组范围内进行整体研究,能够一次性对优良性状进行轮廓性概览,适用于挖掘优良性状等的研究。
分子标记技术(Molecular marker technologies)是分子育种中的重要工具。近年来,随着棉花二倍体、四倍体全基因组测序的完成和高通量DNA测序技术的突飞猛进,申请人已成功完成了419份棉花核心种质资源的重测序。通过生物信息学进行数据分析比对,获得大量高质量的SNPs,这些SNPs可用于单体型图谱、遗传图谱、关联性图谱、指纹图谱的构建,为分子育种、系统进化、种质资源鉴定提供重要保障。本发明利用全基因组关联分析定位了与陆地棉棉铃重关联的一批(SNP)分子标记,为分子标记辅助选择及聚合育种改良棉花品质奠定基础。
发明内容
本发明的目的在于提供与陆地棉棉铃重相关的SNP分子标记及其在分子育种中的应用。
本发明提供的与陆地棉棉铃重相关的SNP分子标记,其核苷酸序列如SEQ IDNO.1-119任一个所示。
上述SNP分子标记其SNP位点位于SEQ ID NO.1-119任一个核苷酸序列的第50位碱基。本发明119个SNP分子标记的信息见表1。
表1与陆地棉棉铃重关联的SNP标记
含有上述SNP分子标记的基因芯片属于本发明的保护范围。
本发明提供了上述SNP分子标记或含有该SNP分子标记的基因芯片在棉花棉铃重的早期预测中的应用。
本发明提供了上述SNP分子标记或含有该SNP分子标记的基因芯片在高产棉花早期预测中的应用。
本发明提供了上述SNP分子标记或含有该SNP分子标记的基因芯片在棉花种质资源改良中的应用。
本发明还提供了与陆地棉棉铃重相关的SNP分子标记组合,其为含有核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1-119任二个或多个所示的SNP分子标记,其SNP位点均位于SEQ IDNO.1-119任一个核苷酸序列的第50位碱基。
本发明提供了含有上述SNP分子标记组合的基因芯片。
本发明提供了上述SNP分子标记组合或含有该SNP分子标记组合的基因芯片在鉴定高产棉花品种中的应用。
本发明提供了上述SNP分子标记组合或含有该SNP分子标记组合的基因芯片在高产棉花分子标记辅助育种中的应用。
本发明提供了上述SNP分子标记组合或含有该SNP分子标记组合的基因芯片在棉花种质资源改良中的应用。
本发明提供了上述SNP分子标记组合或含有该SNP分子标记组合的基因芯片在棉花棉铃重早期预测中的应用。
用于检测本发明所述的SNP分子标记的特异性引物对也属于本发明的保护范围。
本发明具有以下优点和效果:本发明提供的与棉花棉铃重相关的SNP分子标记,直接以DNA的形式表现,在棉花的各个组织和发育阶段均可检测,不受环境和季节限制,不存在表达与否等问题影响,不用分析片段的长度,只需+/-的分析,适于快速、规模化、自动化筛查。本发明不仅可用于棉花棉铃重的早期预测和筛选,还可用于高产和低产棉花品种的选育。
具体实施方式
以下实施例用于说明本发明,但不用来限制本发明的范围。在不背离本发明精神和实质的情况下,对本发明方法、步骤或条件所作的修改或替换,均属于本发明的范围。若未特别指明,实施例中所用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段。
实施例1与陆地棉棉铃重相关的SNP分子标记的筛选
1、棉铃重调查:419份棉花核心种质资源田间试验于2014年和2015年连续两年分别在河北沧州、河南安阳、湖北荆州、江苏盐城、甘肃敦煌和新疆阿拉尔共6个试验点进行。小区面积6m2,每小区1行,行距0.8m、株距0.3m,观察道0.8m,隔离道1.2m,每重复20株。试验采取完全随机区组设计,3次重复,正常的大田栽培管理。在棉花吐絮盛期,收摘小区内每个正常棉株中部内围第一、二果节上正常吐絮棉铃1~2个,合计20个,晒干后称的重量为20铃子棉重,除以20即为该品种的单铃重(Boll Weight,BW)。通过SPSS软件进行统计分析。
2、SNP的检测:取棉株嫩叶,利用植物基因组提取试剂盒提取5ug高质量的棉花基因组DNA。上述提取的基因组DNA送到北京诺禾致源生物技术有限公司,用于基因组重测序。测序获得高质量的clean data数据量为6454Gb,平均每个样品15.4G,测序深度6.55倍以上。利用Base Calling分析及低质量碱基过滤,获得有效原始DNA序列数据。有效的高质量测序数据通过BWA软件比对到棉花参考基因组,比对结果经SAMTOOLS去除重复获得样品有效高质量序列。采用GATK软件进行群体SNP的检测。利用贝叶斯模型检测群体中的多态性位点,对GATK(26,740,963个SNP位点)结果SNPs进行过滤,获得高质量的SNPs。利用ANNOVAR软件对SNP检测结果进行注释。
3、陆地棉棉铃重性状全基因组关联分析:陆地棉棉铃重性状全基因组扫描(GWAS)定位,对步骤1所得的陆地棉棉铃重性状结果和步骤2所得的基因型数据,采用genome-wideefficient mixed-model association(GEMMA)统计分析软件的混合线性模型进行统计分析,具体可参考(http://www.xzlab.org/software.html)。统计模型为:
y=Xα+Zβ+Wμ+e
y为表型性状,X为固定效应的指示矩阵,α为固定效应的估计参数;Z为SNP的指示矩阵,β为SNP的效应;W为随机效应的只是矩阵,μ为预测的随机个体,e是随机残差,服从e~(0,δe 2)。该模型中,通过在μ中加入亲缘关系矩阵来校正群体分析。分析发现有共计119个SNP与陆地棉棉铃重性状显著相关,见表1。其中,参照系的“效应值”值为“0”,定义与参照系相比,SNP位点突变后棉花棉铃重数值较参照系变大为负效应,反之为正效应。“观测数值”是指在419份核心种质资源中具有该SNP位点的资源数目。
对419份棉花材料进行了2年、6个地点、12个自然环境的种植,并调查分析了这些品种的棉铃重。通过IlluminaHiseq测序平台对这419份棉花品种进行基因组重测序,获得高质量的clean data数据量为6454Gb,平均每个样品为15.4G,测序深度达6.55倍以上。通过GWAS分析累计21个计算值(2年6个试验点共计12个环境;每个试验点的年间均值共计6个;6个试验点每年的育种值共计2个;所有12个环境的育种值记为1个,上述总计为21个计算值)获得至少在一个及以上环境中稳定出现的与陆地棉棉铃重关联的SNP分子标记119个(表1)。利用419份棉花核心种质资源2年6点共计12个环境下的棉铃重总平均值作为表型值对上述SNP的效应进行了验证,结果显示74.79%的SNP表现出对棉铃重变异具有显著的影响,如下表1所示。
4、结论:本发明的棉花棉铃重相关的SNP分子标记,直接以DNA的形式表现,在棉花的各个组织和发育阶段均可检测,不受环境和季节限制,不存在表达与否等问题影响,不用分析片段的长度,只需+/-的分析,适于快速、规模化、自动化筛查。本发明不仅可用于棉花棉铃重的早期预测和筛选,还可用于高产和低产棉花品种的选育。
虽然,上文中已经用一般性说明及具体实施方案对本发明作了详尽的描述,但在本发明基础上,可以对之作一些修改或改进,这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此,在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进,均属于本发明要求保护的范围。
SEQUENCE LISTING
<110> 河北农业大学 中国农业科学院棉花研究所
<120> 与陆地棉棉铃重相关的SNP分子标记及其应用
<130> KHP171110577.0
<160> 119
<170> PatentIn version 3.3
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atagtgggaa agatgactga gacttatagg gattggcatg aaaagctact gtttgcactc 60
ttggcttatc gaacgtctgt tagaacttct attggggcaa c 101
<210> 26
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 26
gggaaagatg actgagactt atagggattg gcatgaaaag ctaccgtttt cactcttggc 60
ttatcgaacg tctgttagaa cttctattgg ggcaactccg t 101
<210> 27
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 27
aggaactcga gggatttctt tcttccagtt caaaaagaaa tggatgacgt aattcttaca 60
gacatcttca gtagatcata gcattggagg aaggcctaca a 101
<210> 28
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 28
acatcttcag tagatcatag cattggagga aggcctacaa gctgagtaat aataaagttt 60
tgagaaagag aaatgaagga atgaataatg acacctgaga t 101
<210> 29
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 29
attgcacagc tcccttatgt tattaatcac ccccaacgca gttgaagctc tcagagaaga 60
attgatacat gttacaacat gggcacaatc agtctcaaaa a 101
<210> 30
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 30
gcttaaccca ttcaatatct ggtgcttgct agtgagcagt taaacccgac ctgttagcac 60
aaacatacgt atattggtct gcattcaaaa catgtgtgga c 101
<210> 31
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 31
tcataaaaca taataaaata gggtgaattt taatttacga gatttgggga aaaagtgtaa 60
atatgtaaaa gtttaggggc aaaattgtaa tttttccaat a 101
<210> 32
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 32
tgagattatg gatctatgcc tatgaagcat aattatgtgt tctttccata atggatgaaa 60
tgatattgta tggatttagt gaataatagt tgtgattgag t 101
<210> 33
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 33
ctaacagcat ctttatcaaa cacccaagtt gataaatccg ttgtttcttg gctaaccttc 60
acaaatgcta attctgattg cttcggatta gaaatattac c 101
<210> 34
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 34
tacctagtat ttctaaaagt gaaaaaaatt atggtcgtgg tcgcgatcga ggtcgtaacc 60
gtattatgga tgtggcaaaa aaatgtaata gctattgtta t 101
<210> 35
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 35
ttttaagaaa gttaactacg gtcttagcat tatcattgcg agtagccctt gcctctatcc 60
atttagagac ataatcaata gctaagagta tataaaaatt a 101
<210> 36
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 36
agcgtcccac ttcgaacatc tatttttgcg cttgcggtac ttaagaacgg ccttccaaga 60
aaaatgtcag acgaattagt tgaattatca tctttcatat t 101
<210> 37
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 37
tattaacctc attttggtag tacacaattc cttgagaaat ttttcataat gagggacttg 60
tttgatagcg tcgagtaaag ggatatttac ctccacattc c 101
<210> 38
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 38
cacgacgaat tgcctttgca cgaattactt cgctcaactt ttcaacgtca gattctagga 60
tcccttgtcc tagctcaact ccttctttac ttgcatgttt a 101
<210> 39
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 39
cacgggtttt tccgtctttg acccgatcct cgaaattagg tgaactccta ttttccaata 60
agctagttat agctaccaag gacgcctcag acaccaacta t 101
<210> 40
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 40
catccaaatg gtacaaccaa ttaagccgta caaagatcaa ctcatggaat gacctagctt 60
aaactttcat gaaacagtat agtcacgtga cggatatgac t 101
<210> 41
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 41
ccagtgagaa tgttggggaa tttaaacatt aacgatatat ccgaagagaa aacccgggaa 60
tagaattttc taagcttcta tcattacata cttgggggtg t 101
<210> 42
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 42
aatcgtgatt cattctctcc aagcttcgat tgagtcaaga attggatgat gcagaaggat 60
gtagtgaatt taattgaaga aaagaggttg aaagttaccc g 101
<210> 43
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 43
ttactttatt catttcaaga tacgctccca ataaatttcc ttcttattgt atttgctttc 60
tttaattaac ttatttgttt cgagctatgc tcccaattat t 101
<210> 44
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 44
atcttcccga ggtagcaggg aagcagatat aggccaccag tcttatctct ttgaagtagc 60
aaagaagtag gctgaagata gcagatctta tctccctgaa g 101
<210> 45
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 45
agaaacacga aagaaatcaa gactcggtaa gaccgggcaa aattggccca tttaaagtct 60
ttgcttcgtt cccgttacac gacaacgagc aaagaggggc a 101
<210> 46
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 46
atcgatctga tagcaaattg cacaagttct tgaagaagtt cagcatcagt atgatcaaca 60
ccctaagtac acataggatg gaatattttt aagaaggaat a 101
<210> 47
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 47
gtcactcctc cccctgaaag ttcactttcc cccaagtcct tcacaagttc cggataagga 60
ggttaaggat actgctttgg tagagataga gaaaaaaaat a 101
<210> 48
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 48
ttttttattt tatacagaac gatagcagag agagttgatg gagtagcgga gagcaaaacc 60
ccctttatat aggcaatcga ggggaaattt gaaaaaaaaa a 101
<210> 49
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 49
atttgaaaaa aaaaatgtgt gagcccaatc tgaaaattat cttgggattc ttgcgttctg 60
tgaatttttc acgagttagg gttaaggttg aaaaagagag g 101
<210> 50
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 50
aatttttcac gagttagggt taaggttgaa aaagagaggg aaaaaaagcg ccctacaaaa 60
cgcgttttta gctgaggtgg cagaatgcta tctgaaagcg c 101
<210> 51
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 51
cagaaccata accctaaccc taaatcaaag attcttgggc caaagaatcc cgaataaaat 60
tcagacatca cattcaaatt ttttttaaaa aactcttaga a 101
<210> 52
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 52
ggccaaagaa tctcgaataa aattcagaca tcacattcaa attttttttt aaaaactctt 60
agaagacatg ttttctaaaa actactcaga attgtcatgt c 101
<210> 53
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 53
aatattttga agttatgttt gatatctagg ggtagtattt gctataaaac gagccactat 60
tctgttggag aacttccata ctggaatttc gaatagattg t 101
<210> 54
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 54
atgttcttaa agtttttcta agagaagaaa tagtacatac tttgactgcc atcataagca 60
ttaacataga tagttttaat ataacaagtt actctgaatt g 101
<210> 55
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 55
tgtttgcagc ctattcaggt agtcaaattc agctttcgta ttttttggta cagaaatttg 60
ttgcttccat ctaaggtgat gtaaaatatc acacagcttt g 101
<210> 56
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 56
tagcggctgc atcaatcatc tgctgagtca aaggattcag gccattatgt aacgtttgaa 60
cctgtagcca aagcgataac ccatagtgag ggcaccttct c 101
<210> 57
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 57
tctatgtctc ctttttttct cctcctctaa ggtgtattta taggctttat aatgcctaag 60
aaccctgaaa attggccttt tccaaattgg actaagcttg g 101
<210> 58
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 58
atgtataaat tacggtttat caatagtgaa gggagatagg aagaaattaa ggttaatggg 60
gaaataaaaa tggggccaca gtcgtgtaag ccccgttttg a 101
<210> 59
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 59
ggagatagga agaaattagg gttaatgggg aaataaaaat ggggccacaa tcgtgtaagc 60
cccgttttga gccacacggt ggtatgctcc cagcccgtgt t 101
<210> 60
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 60
ttggattggg ttcggtattg ctaggtaagc tctctggtgg tctctctgat atcatcttag 60
ccagctgtcc tatttgattc tcaagttttg aattgatgct t 101
<210> 61
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 61
acagacttat gacaaagaag gttcgtccaa aagaatttta taaaggaaac ttttgtgctg 60
aaagagatca ttttcatgca aaaggatgcc gaattgggaa g 101
<210> 62
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 62
aaatatgaac ttatcaactc ttaccaatac atcttcaatc tttccctcta gatgtgctat 60
cgatctgtat gctaacagaa gcgttaccat tatcgatctt g 101
<210> 63
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 63
cctaactcat ggagaagtcg gggagttaat tgaatagtaa tggaaagtta agggtatcag 60
tgagaaattt agaaaattaa gtagctggtt agaaaaaagt t 101
<210> 64
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 64
cccctatcag tccttaccct tttatggctg caatcaccca cttacaccca tgtatcctta 60
tcatcaatgg gctttagagc actctccata atggcgtcca c 101
<210> 65
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 65
atggtcttta tcgagtgtgt attccactag cactaggccc aaccctatca cccttattat 60
taccaccaca acttttctta ctatcattat tgtggtgcta a 101
<210> 66
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 66
cgtctagtgc tgatcggcct cttggagcat ctcgaccgtc gcacgttttt ggcgtttctc 60
atccttcggg tctttctgct tcacaaaggg aatctagtga t 101
<210> 67
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 67
aaatcaaaga agaaatagaa gccaaatcaa gagaaaaaaa tgggacttaa aatcacctct 60
tggaaactat ttttgaattc atttctctat tcaaactttt t 101
<210> 68
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 68
atatctttcg ggatttcaag gcttcttagg acttatcttt taatttctta ctgtcaattt 60
ttttctttta aattctgctt gtgtcgattt tatttaatca c 101
<210> 69
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 69
gagcaatttg atggaacaag agaggtccaa cgtgagtttt ctttgttatt ctaaatcttc 60
cgaccggatt tatcatcttg tatttgtctt acataataaa t 101
<210> 70
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 70
actcagtatt cgaacataca aataataatg atcacataaa aattgaaatg ctactatgtt 60
attactattt actaacccat aaaacagaaa ccatgtcatc t 101
<210> 71
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 71
atgtcaacac catcatcatc ataaacattc atacaacaag caaaaaaaaa gggggggagc 60
ctgtacaaga tatatagaga taaagcaaag ggagagagca c 101
<210> 72
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 72
ttgttaacta ccaaaagctc ataagcatct tgccactaag ttaagaggtt gttagcttat 60
cctcgttttc cccattgatg ttaacgtgct aaagtcggga t 101
<210> 73
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 73
tcattgggtg aggagaaaac aattgttgct tcaaaaataa ctgtgttcca ccgtgttgaa 60
ggtattgtaa tcattatact ttgctcctaa tacttgaatt a 101
<210> 74
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 74
gtcatacact tgatgaagat gtgaatcctt agcctttcct tgggtaaaac gaattatcat 60
aagatggctg agaagccatt tttgtagtgt tatcattgtg c 101
<210> 75
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 75
ggatgtgatg cctttgggat aaaaactcca gtgcctttgc tttctcttct gcagatttgt 60
tcttggagat atggagattg tgttattgga taatttgctg c 101
<210> 76
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 76
aattaattgt gttctgattc tttgacattg agcatttcat tgtcatcttc gtttgaactt 60
taacacataa tttatctcta atcccaacat aaaatagaaa c 101
<210> 77
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 77
aatttgagga taatgcggcc gttcgtgcat ggtcgaagag gctgcaatcg gagagaaggg 60
atagcttggc agaagggtat gtatcggagc tgcaagattt c 101
<210> 78
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 78
aatggcttct ttcacctgtt aagaatttca tgattaatgt catccaatta tgtcattcat 60
caagatagta cacttgccgt tagacatagc ttggatggac a 101
<210> 79
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 79
atggcttctt tcacctgtta agaatttcat gattaatgtc atccaattgc gtcattcatc 60
aagatagtac acttgccgtt agacatagct tggatggaca t 101
<210> 80
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 80
aattcacaat gcctagaact acttatagtc tcttcccaat ccataaatag gaggataatg 60
cacttcagca cactcaaacc aacatactcc tgcattgaca a 101
<210> 81
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 81
ttcgatgatt ccccaaagac tgttcgtggt ggcttcctcc aatttctttg attgctcatt 60
tgcaaattgt taaactaaac cttattggat aatatgtttt g 101
<210> 82
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 82
aaggatcttt tcaatactag gcctccctca tggaattctc tgggacgaac ctgtttgtta 60
taggctcaca tcattcgttt ctggtacatc tgaccctgat g 101
<210> 83
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 83
agtacaaccc aaaaattata agtctcatac taaatcccat aacttggtcc cacatttgct 60
tccccactgg gtttgggaac acaacgacat aaccaggtat a 101
<210> 84
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 84
tcgttagttc ccatcaaact ctctttgtac ataagtacaa acatgggctg tttcaacaag 60
aaagtttttt gaatctcctt ttctctcgca tagaaatccc a 101
<210> 85
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 85
atataagggt tgaacgccac actcgttgga gtgataagtt cgaaagaaac agattgatgc 60
cactagcaag ctagataagt caatttgagt cacaaagaac t 101
<210> 86
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 86
tcacgagact accaatttga acagagttta cttttccttt agtttgttat tgtgatttaa 60
tcatgtttgc aatgtgtttt atgatctttt cattaacaat g 101
<210> 87
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 87
tcactatgtc ggcataccat ggcaaaacac taaacacact ataaagtcgc tcatcgggaa 60
ataaatcact cagctcatcc ctcaaaattc cagtctctat c 101
<210> 88
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 88
cgaatctctg gcccacgaac aactcctcag gatcagaatc tacggccatc cgatgagcag 60
attgtatttc agggtactct gggaactcgg ctacatgtgc c 101
<210> 89
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 89
gtcaatataa aagaaaatca cagcccaagg atttctgtag tatgcgaccg caattatgta 60
gtacacattc aagactagat taaaaaaaag ccccattcaa a 101
<210> 90
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 90
gttggccgat ggagttttag tgagcacaag cattgtcatc tgtccatcat aacttgtgaa 60
gacaacaaag atactcataa aatagatctg caaactgaaa a 101
<210> 91
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 91
gatttgggtt gttgttgata gactgactaa gtcggctcac tttatccccg tagtacggat 60
ttttcattgg ataaactagc tgaattgtat gtttctcaga t 101
<210> 92
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 92
tctgttaaca cctcgtgttc gactccggcg acggtctcgg gtacggggca ttacatttgg 60
tggtatcaga gcaggtttag tcggttctcg gactaaccta g 101
<210> 93
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 93
agcccggacg ggtgatccta tcctgatata gccctcccga agaatatgta taaaatggat 60
ttagcccgga cgggtaatcc gaattagggt ctgaatttag c 101
<210> 94
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 94
gctattctga ctaggcccaa aatcaggata ttacaactct cccccctttt gggattttcg 60
tccccgaaaa tcttaccaga aaagtggtct tcacttttaa t 101
<210> 95
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 95
attcctatga ttatgtgaca tcggatcagt gtgagaggtt atgtgaaatt atacgatata 60
tctatgtcac atgagctcac ttttatgtga aagtttatct g 101
<210> 96
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 96
gaaagtaaaa agtggttggc aagtgggttt aaagttgaat gggataattg caattttggt 60
ccctaatttt taggccattg caagttagtc cctgaacctc a 101
<210> 97
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 97
gtttaaataa gtcttgagat ctcgttcacg ctctcgaaga ttacaacatc gagagattca 60
taaattattc acaaaatctt ttcatgaatg gttagggcag a 101
<210> 98
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 98
agacagtcac aaactattca ctgtaattac catacttgga catttcataa tccgtacatt 60
attcctttaa ctatttctgc catcccaaat tccataatat t 101
<210> 99
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 99
aagacatgtt aattttttct taagacaaac tcatctaggt cttgagattg gtggcttttg 60
tctaaagaca agggcacatt aaacctaaat aatttttacc t 101
<210> 100
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 100
gcatccaacc cattctaaaa tacctatagt cacatccact tcagaaatct gtggtgtaag 60
catttttgaa tcaatatttt gaaaagttcc catgccttat a 101
<210> 101
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 101
ttgtattctt ttggagctaa ggaatctcga tttttcaact taaataattt cggttttaaa 60
aaagggatcc tatttttaaa tcctttcaaa tttttgacat t 101
<210> 102
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 102
tgggtacacg agtcacttca gtcgccagtg ttggaaatga acgttgagat agaacagagt 60
gccagtattg tggtaaatgg cattcgggga gttgtagatt c 101
<210> 103
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 103
tctcatattt cgttgaggac ttcgttggct tatctaggaa gcctagtggt gtcaaccctg 60
ttcttcacta tcccgaactt atcactatca aatagtgtgg c 101
<210> 104
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 104
nnnaaattaa ccagagataa ttaggagtca taccatatat gtatagattt ctctctgagt 60
ctagtttcca tagaaacaaa cggcatcagt attgaagctc t 101
<210> 105
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 105
agtgcatgat ttctgtgccc tcgatatttt tgggcttaat gggccaaaac tggaatgatg 60
ggccaacggg cccaattcgg taagaaccct cggtagtgat t 101
<210> 106
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 106
cctgtcaacc acagtcattg gtgagttccc ttgtataaac ttactaccat tcatccattt 60
cctttaattc ttttgggccc gtttgtcaca tatcattctt c 101
<210> 107
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 107
tcctatagca aagaaagtct tagtcagcag ggatgtaaaa tttgatgaag aaaaggtgtg 60
gaattggaat ggtgctgaag ctaacatgtt tgaaatggac c 101
<210> 108
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 108
gccacttgtt atctaatgaa gtataggggt gcaaatgaga catccgtact cgcaagctat 60
tcgaatttgg ctcaaaaaat tttgaaattg attcggtaat t 101
<210> 109
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 109
gtaaaaagcc tctacaagaa atagttggtg aatggacaac cgttcacaaa aaacccaata 60
aagggaaagc agaatcaaac tccaaaaaag gatttgtaac t 101
<210> 110
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 110
aaaatcgagt tatcaagcat cactttagaa ggtccgggga aactgttagt agggcatttc 60
atagtgtttt aaatgctgtc atacgcttac aagatatgtt a 101
<210> 111
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 111
ttcatcttca accttgccta tgttgatcgt atgaaagcgt ctttcatcga aaaggtattg 60
aagttgaaag ttatctttcg gtatttcggg aacctgaaaa g 101
<210> 112
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 112
tggttaattt ataatgaatt tccaaagtag gaacaggaaa tccagaaact gttctggccc 60
tgtctcacga gaacctgaat atctcttaac atactgtcca t 101
<210> 113
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 113
ggaccttagt gcccttcaag aagaaaacta tcaactgaag attgaagttt aggttgaaag 60
gtccaggact gaaaaagtac aaagagaagc cgagattgtg a 101
<210> 114
<211> 101
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 114
gagataagat ctgtaatctt caatctattc cactgctgcc cagggagatg gaattactgg 60
cttcaatgta ctccactgta acctaaggga ggtaaaatct a 101
<210> 115
<211> 101
<212> DNA
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<400> 115
tgaagtgctt agagtttttt cttaaatgga aaactatgat cgaaaaccag actggcaaga 60
aaatcaggcg gcttaggacg gacaatggag gggaatataa a 101
<210> 116
<211> 101
<212> DNA
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<400> 116
tattttcaca cttgtagcca aagctatctg gtacgcatag tagcctgcat ttagtactac 60
acatgcgacc aattatccgg tacacgtagt agcctgcact t 101
<210> 117
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 117
caattgaaga tacattagaa ataagagctg acgaaaatga gagaggactt gtaaaagaat 60
tgcccttcaa gatgagatct tctaactttg tgttgttttc t 101
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tccgtaccag ttctgagtcg actgttcgtc gcccggggaa ggcccccgaa ggagccgttc 60
tcagtccatc ccccagccgg cacgcggcga cccgctctga c 101
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<211> 101
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<213> 人工序列
<400> 119
attggcacgt ttaagggcag accttctcaa tgctgtgact tggtgatagg acttgaccat 60
ggctcacagt cggtatgttc tttcgagcct tacactgcaa a 101
Claims (6)
2.含有权利要求1所述SNP分子标记的基因芯片。
3.权利要求1所述的SNP分子标记或权利要求2所述的基因芯片在棉花棉铃重的早期预测中的应用。
4.权利要求1所述的SNP分子标记或权利要求2所述的基因芯片在棉花种质资源改良中的应用。
5.权利要求1所述的SNP分子标记或权利要求2所述的基因芯片在高产棉花分子标记辅助育种中的应用。
6.用于检测权利要求1所述的SNP分子标记的特异性引物对在棉花棉铃重的早期预测或在高产棉花分子标记辅助育种中的应用。
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Applications Claiming Priority (1)
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Family Applications (1)
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Title |
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EcoTILLING技术体系的建立及其在棉花优异复等位基因发掘中的初探;邓康胜;《中国优秀硕士学位论文全文数据库 农业科技辑》;20140115(第1期);D047-182 * |
Genome-Wide SNP Linkage Mapping and QTL Analysis for Fiber Quality and Yield Traits in the Upland Cotton Recombinant Inbred Lines Population;Li C等;《Frontiers in Plant Science》;20160908;第7卷;1-16 * |
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