CN107354152B

CN107354152B - 与陆地棉棉铃重相关的snp分子标记及其应用

Info

Publication number: CN107354152B
Application number: CN201710601224.1A
Authority: CN
Inventors: 马峙英; 王省芬; 杜雄明; 杨君; 张桂寅; 何守朴; 吴立强; 孙君灵; 李志坤; 张艳; 吴金华; 贾银华; 潘兆娥; 王国宁; 柯会锋
Original assignee: Hebei Agricultural University; Institute of Cotton Research of Chinese Academy of Agricultural Sciences
Current assignee: Hebei Agricultural University; Institute of Cotton Research of Chinese Academy of Agricultural Sciences
Priority date: 2017-07-21
Filing date: 2017-07-21
Publication date: 2020-11-20
Anticipated expiration: 2037-07-21
Also published as: CN107354152A

Abstract

本发明提供与陆地棉棉铃重相关的SNP分子标记及其应用，属于植物分子生物学领域。本发明的与陆地棉棉铃重相关的SNP分子标记共119个，这些标记位点具有SEQ ID NO.1‑119所示的DNA序列，这些SNP分子标记单独或任两个或多个组合应用均可用于棉花棉铃重的早期预测和高产棉花品种资源的鉴定，还可用于棉花遗传背景分析和筛选，以及高产棉花品种的选育，具有广阔的应用前景。

Description

与陆地棉棉铃重相关的SNP分子标记及其应用

技术领域

本发明涉及植物分子生物学，生物信息学和植物分子育种领域，具体地，涉及与陆地棉棉铃重相关的SNP分子标记及其应用。

背景技术

棉花不仅是最重要的纤维作物，还是重要的经济作物，其生产对全球经济有着巨大的影响。全球约1亿个家庭从事与棉花相关的产业，每年产值逾千亿美元。中国是全球最大的皮棉生产国与消费国。铃重是棉花产量的主要构成因素之一。铃重高低受多种因素影响，但自身遗传因素是主要的决定因素。在当前人工成本居高不下的情况下，采摘同等重量的棉花，铃重高的棉田采收费用自然低，一定程度上提高了棉花的种植效益。高铃重的棉花品种深受农民欢迎，也是棉花育种工作者改良的重要目标性状之一。

全基因组关联分析(Genome-wide association study，GWAS)是一种对全基因组范围内的常见遗传变异(单核苷酸多态性和拷贝数)基因总体关联分析的方法，该方法以自然群体为研究对象，以长期重组后保留下来的基因(位点)间连锁不平衡(linkagedisequilibrium,LD)为基础，将目标性状表型的多样性与基因(或标记位点)的多态性结合起来分析，可直接鉴定出与表型变异密切相关且具有特定功能的基因位点或标记位点。在全基因组范围内进行整体研究，能够一次性对优良性状进行轮廓性概览，适用于挖掘优良性状等的研究。

分子标记技术(Molecular marker technologies)是分子育种中的重要工具。近年来，随着棉花二倍体、四倍体全基因组测序的完成和高通量DNA测序技术的突飞猛进，申请人已成功完成了419份棉花核心种质资源的重测序。通过生物信息学进行数据分析比对，获得大量高质量的SNPs，这些SNPs可用于单体型图谱、遗传图谱、关联性图谱、指纹图谱的构建，为分子育种、系统进化、种质资源鉴定提供重要保障。本发明利用全基因组关联分析定位了与陆地棉棉铃重关联的一批(SNP)分子标记，为分子标记辅助选择及聚合育种改良棉花品质奠定基础。

发明内容

本发明的目的在于提供与陆地棉棉铃重相关的SNP分子标记及其在分子育种中的应用。

本发明提供的与陆地棉棉铃重相关的SNP分子标记，其核苷酸序列如SEQ IDNO.1-119任一个所示。

上述SNP分子标记其SNP位点位于SEQ ID NO.1-119任一个核苷酸序列的第50位碱基。本发明119个SNP分子标记的信息见表1。

表1与陆地棉棉铃重关联的SNP标记

含有上述SNP分子标记的基因芯片属于本发明的保护范围。

本发明提供了上述SNP分子标记或含有该SNP分子标记的基因芯片在棉花棉铃重的早期预测中的应用。

本发明提供了上述SNP分子标记或含有该SNP分子标记的基因芯片在高产棉花早期预测中的应用。

本发明提供了上述SNP分子标记或含有该SNP分子标记的基因芯片在棉花种质资源改良中的应用。

本发明还提供了与陆地棉棉铃重相关的SNP分子标记组合，其为含有核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1-119任二个或多个所示的SNP分子标记，其SNP位点均位于SEQ IDNO.1-119任一个核苷酸序列的第50位碱基。

本发明提供了含有上述SNP分子标记组合的基因芯片。

本发明提供了上述SNP分子标记组合或含有该SNP分子标记组合的基因芯片在鉴定高产棉花品种中的应用。

本发明提供了上述SNP分子标记组合或含有该SNP分子标记组合的基因芯片在高产棉花分子标记辅助育种中的应用。

本发明提供了上述SNP分子标记组合或含有该SNP分子标记组合的基因芯片在棉花种质资源改良中的应用。

本发明提供了上述SNP分子标记组合或含有该SNP分子标记组合的基因芯片在棉花棉铃重早期预测中的应用。

用于检测本发明所述的SNP分子标记的特异性引物对也属于本发明的保护范围。

本发明具有以下优点和效果：本发明提供的与棉花棉铃重相关的SNP分子标记，直接以DNA的形式表现，在棉花的各个组织和发育阶段均可检测，不受环境和季节限制，不存在表达与否等问题影响，不用分析片段的长度，只需+/-的分析，适于快速、规模化、自动化筛查。本发明不仅可用于棉花棉铃重的早期预测和筛选，还可用于高产和低产棉花品种的选育。

具体实施方式

以下实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。在不背离本发明精神和实质的情况下，对本发明方法、步骤或条件所作的修改或替换，均属于本发明的范围。若未特别指明，实施例中所用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段。

实施例1与陆地棉棉铃重相关的SNP分子标记的筛选

1、棉铃重调查：419份棉花核心种质资源田间试验于2014年和2015年连续两年分别在河北沧州、河南安阳、湖北荆州、江苏盐城、甘肃敦煌和新疆阿拉尔共6个试验点进行。小区面积6m²，每小区1行，行距0.8m、株距0.3m，观察道0.8m，隔离道1.2m，每重复20株。试验采取完全随机区组设计，3次重复，正常的大田栽培管理。在棉花吐絮盛期，收摘小区内每个正常棉株中部内围第一、二果节上正常吐絮棉铃1～2个，合计20个，晒干后称的重量为20铃子棉重，除以20即为该品种的单铃重(Boll Weight,BW)。通过SPSS软件进行统计分析。

2、SNP的检测：取棉株嫩叶，利用植物基因组提取试剂盒提取5ug高质量的棉花基因组DNA。上述提取的基因组DNA送到北京诺禾致源生物技术有限公司，用于基因组重测序。测序获得高质量的clean data数据量为6454Gb，平均每个样品15.4G，测序深度6.55倍以上。利用Base Calling分析及低质量碱基过滤，获得有效原始DNA序列数据。有效的高质量测序数据通过BWA软件比对到棉花参考基因组，比对结果经SAMTOOLS去除重复获得样品有效高质量序列。采用GATK软件进行群体SNP的检测。利用贝叶斯模型检测群体中的多态性位点，对GATK(26,740,963个SNP位点)结果SNPs进行过滤，获得高质量的SNPs。利用ANNOVAR软件对SNP检测结果进行注释。

3、陆地棉棉铃重性状全基因组关联分析：陆地棉棉铃重性状全基因组扫描(GWAS)定位，对步骤1所得的陆地棉棉铃重性状结果和步骤2所得的基因型数据，采用genome-wideefficient mixed-model association(GEMMA)统计分析软件的混合线性模型进行统计分析，具体可参考(http://www.xzlab.org/software.html)。统计模型为：

y＝Xα+Zβ+Wμ+e

y为表型性状，X为固定效应的指示矩阵，α为固定效应的估计参数；Z为SNP的指示矩阵，β为SNP的效应；W为随机效应的只是矩阵，μ为预测的随机个体，e是随机残差，服从e～(0，δ_e ²)。该模型中，通过在μ中加入亲缘关系矩阵来校正群体分析。分析发现有共计119个SNP与陆地棉棉铃重性状显著相关，见表1。其中，参照系的“效应值”值为“0”，定义与参照系相比，SNP位点突变后棉花棉铃重数值较参照系变大为负效应，反之为正效应。“观测数值”是指在419份核心种质资源中具有该SNP位点的资源数目。

对419份棉花材料进行了2年、6个地点、12个自然环境的种植，并调查分析了这些品种的棉铃重。通过IlluminaHiseq测序平台对这419份棉花品种进行基因组重测序，获得高质量的clean data数据量为6454Gb，平均每个样品为15.4G，测序深度达6.55倍以上。通过GWAS分析累计21个计算值(2年6个试验点共计12个环境；每个试验点的年间均值共计6个；6个试验点每年的育种值共计2个；所有12个环境的育种值记为1个，上述总计为21个计算值)获得至少在一个及以上环境中稳定出现的与陆地棉棉铃重关联的SNP分子标记119个(表1)。利用419份棉花核心种质资源2年6点共计12个环境下的棉铃重总平均值作为表型值对上述SNP的效应进行了验证，结果显示74.79％的SNP表现出对棉铃重变异具有显著的影响，如下表1所示。

4、结论：本发明的棉花棉铃重相关的SNP分子标记，直接以DNA的形式表现，在棉花的各个组织和发育阶段均可检测，不受环境和季节限制，不存在表达与否等问题影响，不用分析片段的长度，只需+/-的分析，适于快速、规模化、自动化筛查。本发明不仅可用于棉花棉铃重的早期预测和筛选，还可用于高产和低产棉花品种的选育。

虽然，上文中已经用一般性说明及具体实施方案对本发明作了详尽的描述，但在本发明基础上，可以对之作一些修改或改进，这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此，在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进，均属于本发明要求保护的范围。

SEQUENCE LISTING

<110> 河北农业大学中国农业科学院棉花研究所

<120> 与陆地棉棉铃重相关的SNP分子标记及其应用

<130> KHP171110577.0

<160> 119

<170> PatentIn version 3.3

<210> 1

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 1

ttatgtgtct agtctagctt tgaataagtt cttttgctga tgactgaggg tttagagttg 60

aattttattt ataaactaat aaaaagcttg ataccctttc a 101

<210> 2

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 2

cttgagcagc tgtcgacaag gggattagta gtgattttcc tttatttaaa tcatacactt 60

gatgaagatg tgaatcctta gcctttcctt gggtaaaaag a 101

<210> 3

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 3

cttgccacat caacaatata catccgaaaa aaaggttcag tgttttcttc tttttttttc 60

cctcaaaatc agtcaacttg agccccattt ccagtgttgt t 101

<210> 4

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 4

agcaatataa ctactagagg gatgtaacac ccctaacccg taaccgtcgt cgaaatagtt 60

taagaggtat taccggactt gtaactcaat tcagaacaat c 101

<210> 5

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 5

ggtaactggg aggaatattt gccgttggtt gaatttgcat ataataacag ctttcaatca 60

agcataaaga tggctccgta tgaagcattg tatggttgca a 101

<210> 6

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 6

ctcaaaagta cagtctaaat catctattat cctctcagta gcctccatcc agtactcagc 60

cacattaggg gcgactctag tgacaccctt aaaaagttca a 101

<210> 7

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 7

cctccacacc ccaaatggta caatgaaaac attcaatgtg agtatcatgc agggatcaca 60

gggtattcga tagaaaactg cactaccttt aataagttag t 101

<210> 8

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 8

acggtaatta cggagactta ttttacttgc tcgatgttca aatagatgaa cacttgtttc 60

gagccctcgc tcagttttag aatccagcgt acaattgctt t 101

<210> 9

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 9

taaagagaag ggcgagtgca agtgcatttc atgggatgct ttgaaggatt tgattttgac 60

acaccctgat gaagcaaaaa gggtagatgt ttttgcctta a 101

<210> 10

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 10

aactcaaagt gagttcacat atagaggagc cgattacaag aaaagggtca gtgagatctc 60

tagcgcttgg aacaagacgt gccgattgaa atgagtagct a 101

<210> 11

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 11

gttgatccat tgttttcagg atagtttgat aggagcggca gccagatggc acaatcagtt 60

gagccgggct agaataagtt catggaggga tcttgcacaa g 101

<210> 12

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 12

agaattttag gcaatatgca cagaggtgga aagaggtagc aatgcaggtc caaccaccac 60

tgttggagaa agagaccact atgttattta ttaatactct a 101

<210> 13

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 13

aagcaagttt gtgtgctgga aaatgaacag caacgaaccg gtagaccaat gatcattatc 60

tccctgccag ggaataatga aatggggaca ccagcaacgc c 101

<210> 14

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 14

agaccaagga tcattatctc cctgccaggg aataatgaaa tggggacact agcaacgccc 60

aaggttatta tccatacacc tactcctttc ccttacaagg a 101

<210> 15

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 15

aggatcatta tctccctgcc agggaataat gaaatgggga caccagcaat gcccaaggtt 60

attatccata cacctactcc tttcccttac aaggatagca a 101

<210> 16

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 16

gcccaaggtt attatccata cacctactcc tttcccttac aaggatagcg aaaaagtata 60

tggagttatg actgtagcgt gacggtgccg ggagaaggaa g 101

<210> 17

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 17

aggatagcaa aaaagtatat ggagttatga ctgtagcgtg acggtgccga gagaaggaag 60

catagccagt gcatctaagg atgtacgaga tgaaggtttc c 101

<210> 18

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 18

agggtcaact aagactttgc acatcgccac tcgttgcaaa ggatacacgt ttccaagtgt 60

actcgttgat aatgggtccg ctttgaacgt ccttccatta t 101

<210> 19

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 19

gtactgacat tgtagtacat cgtcttccga taagacaaaa atgtagatca gtccaacaga 60

agttgcaaag aatgcggcca gacattgtcc tgaaaataaa a 101

<210> 20

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 20

atgtagatcg gtccaacaga agttgcaaag aatgcggcca gacattgtct tgaaaataaa 60

agatgaggtt aagaagcagt ttgatgcagg atttatgcaa g 101

<210> 21

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 21

atttatgcaa gaagtgaagt actttgaatg ggtagctaat attgtaccat cccctaagaa 60

agatgggaaa gtacgaatgt gcgttgatta cagagatcta a 101

<210> 22

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 22

aaaagggaat tgaagttgac tcagacaagg tcagagccat acaggagtta cctccaccac 60

gtactcaaaa agaagttcga ggattcctag gaaggttgaa t 101

<210> 23

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 23

ctccaagcgg ccatagaaag aggcataaaa accctagaag tatatggagg ttctgcgtta 60

gtaatctatc agctaagagg tgaatgagag acaagagacc c 101

<210> 24

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 24

gccaataaga acattaagaa aatagtggga aagatgactg agacttatat ggattggcat 60

gaaaagctac cgtttgcact cttggcttat cgaacgtctg t 101

<210> 25

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 25

atagtgggaa agatgactga gacttatagg gattggcatg aaaagctact gtttgcactc 60

ttggcttatc gaacgtctgt tagaacttct attggggcaa c 101

<210> 26

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 26

gggaaagatg actgagactt atagggattg gcatgaaaag ctaccgtttt cactcttggc 60

ttatcgaacg tctgttagaa cttctattgg ggcaactccg t 101

<210> 27

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 27

aggaactcga gggatttctt tcttccagtt caaaaagaaa tggatgacgt aattcttaca 60

gacatcttca gtagatcata gcattggagg aaggcctaca a 101

<210> 28

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 28

acatcttcag tagatcatag cattggagga aggcctacaa gctgagtaat aataaagttt 60

tgagaaagag aaatgaagga atgaataatg acacctgaga t 101

<210> 29

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 29

attgcacagc tcccttatgt tattaatcac ccccaacgca gttgaagctc tcagagaaga 60

attgatacat gttacaacat gggcacaatc agtctcaaaa a 101

<210> 30

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 30

gcttaaccca ttcaatatct ggtgcttgct agtgagcagt taaacccgac ctgttagcac 60

aaacatacgt atattggtct gcattcaaaa catgtgtgga c 101

<210> 31

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 31

tcataaaaca taataaaata gggtgaattt taatttacga gatttgggga aaaagtgtaa 60

atatgtaaaa gtttaggggc aaaattgtaa tttttccaat a 101

<210> 32

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 32

tgagattatg gatctatgcc tatgaagcat aattatgtgt tctttccata atggatgaaa 60

tgatattgta tggatttagt gaataatagt tgtgattgag t 101

<210> 33

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 33

ctaacagcat ctttatcaaa cacccaagtt gataaatccg ttgtttcttg gctaaccttc 60

acaaatgcta attctgattg cttcggatta gaaatattac c 101

<210> 34

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 34

tacctagtat ttctaaaagt gaaaaaaatt atggtcgtgg tcgcgatcga ggtcgtaacc 60

gtattatgga tgtggcaaaa aaatgtaata gctattgtta t 101

<210> 35

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 35

ttttaagaaa gttaactacg gtcttagcat tatcattgcg agtagccctt gcctctatcc 60

atttagagac ataatcaata gctaagagta tataaaaatt a 101

<210> 36

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 36

agcgtcccac ttcgaacatc tatttttgcg cttgcggtac ttaagaacgg ccttccaaga 60

aaaatgtcag acgaattagt tgaattatca tctttcatat t 101

<210> 37

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 37

tattaacctc attttggtag tacacaattc cttgagaaat ttttcataat gagggacttg 60

tttgatagcg tcgagtaaag ggatatttac ctccacattc c 101

<210> 38

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 38

cacgacgaat tgcctttgca cgaattactt cgctcaactt ttcaacgtca gattctagga 60

tcccttgtcc tagctcaact ccttctttac ttgcatgttt a 101

<210> 39

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 39

cacgggtttt tccgtctttg acccgatcct cgaaattagg tgaactccta ttttccaata 60

agctagttat agctaccaag gacgcctcag acaccaacta t 101

<210> 40

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 40

catccaaatg gtacaaccaa ttaagccgta caaagatcaa ctcatggaat gacctagctt 60

aaactttcat gaaacagtat agtcacgtga cggatatgac t 101

<210> 41

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 41

ccagtgagaa tgttggggaa tttaaacatt aacgatatat ccgaagagaa aacccgggaa 60

tagaattttc taagcttcta tcattacata cttgggggtg t 101

<210> 42

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 42

aatcgtgatt cattctctcc aagcttcgat tgagtcaaga attggatgat gcagaaggat 60

gtagtgaatt taattgaaga aaagaggttg aaagttaccc g 101

<210> 43

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 43

ttactttatt catttcaaga tacgctccca ataaatttcc ttcttattgt atttgctttc 60

tttaattaac ttatttgttt cgagctatgc tcccaattat t 101

<210> 44

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 44

atcttcccga ggtagcaggg aagcagatat aggccaccag tcttatctct ttgaagtagc 60

aaagaagtag gctgaagata gcagatctta tctccctgaa g 101

<210> 45

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 45

agaaacacga aagaaatcaa gactcggtaa gaccgggcaa aattggccca tttaaagtct 60

ttgcttcgtt cccgttacac gacaacgagc aaagaggggc a 101

<210> 46

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 46

atcgatctga tagcaaattg cacaagttct tgaagaagtt cagcatcagt atgatcaaca 60

ccctaagtac acataggatg gaatattttt aagaaggaat a 101

<210> 47

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 47

gtcactcctc cccctgaaag ttcactttcc cccaagtcct tcacaagttc cggataagga 60

ggttaaggat actgctttgg tagagataga gaaaaaaaat a 101

<210> 48

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 48

ttttttattt tatacagaac gatagcagag agagttgatg gagtagcgga gagcaaaacc 60

ccctttatat aggcaatcga ggggaaattt gaaaaaaaaa a 101

<210> 49

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 49

atttgaaaaa aaaaatgtgt gagcccaatc tgaaaattat cttgggattc ttgcgttctg 60

tgaatttttc acgagttagg gttaaggttg aaaaagagag g 101

<210> 50

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 50

aatttttcac gagttagggt taaggttgaa aaagagaggg aaaaaaagcg ccctacaaaa 60

cgcgttttta gctgaggtgg cagaatgcta tctgaaagcg c 101

<210> 51

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 51

cagaaccata accctaaccc taaatcaaag attcttgggc caaagaatcc cgaataaaat 60

tcagacatca cattcaaatt ttttttaaaa aactcttaga a 101

<210> 52

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 52

ggccaaagaa tctcgaataa aattcagaca tcacattcaa attttttttt aaaaactctt 60

agaagacatg ttttctaaaa actactcaga attgtcatgt c 101

<210> 53

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 53

aatattttga agttatgttt gatatctagg ggtagtattt gctataaaac gagccactat 60

tctgttggag aacttccata ctggaatttc gaatagattg t 101

<210> 54

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 54

atgttcttaa agtttttcta agagaagaaa tagtacatac tttgactgcc atcataagca 60

ttaacataga tagttttaat ataacaagtt actctgaatt g 101

<210> 55

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 55

tgtttgcagc ctattcaggt agtcaaattc agctttcgta ttttttggta cagaaatttg 60

ttgcttccat ctaaggtgat gtaaaatatc acacagcttt g 101

<210> 56

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 56

tagcggctgc atcaatcatc tgctgagtca aaggattcag gccattatgt aacgtttgaa 60

cctgtagcca aagcgataac ccatagtgag ggcaccttct c 101

<210> 57

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 57

tctatgtctc ctttttttct cctcctctaa ggtgtattta taggctttat aatgcctaag 60

aaccctgaaa attggccttt tccaaattgg actaagcttg g 101

<210> 58

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 58

atgtataaat tacggtttat caatagtgaa gggagatagg aagaaattaa ggttaatggg 60

gaaataaaaa tggggccaca gtcgtgtaag ccccgttttg a 101

<210> 59

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 59

ggagatagga agaaattagg gttaatgggg aaataaaaat ggggccacaa tcgtgtaagc 60

cccgttttga gccacacggt ggtatgctcc cagcccgtgt t 101

<210> 60

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 60

ttggattggg ttcggtattg ctaggtaagc tctctggtgg tctctctgat atcatcttag 60

ccagctgtcc tatttgattc tcaagttttg aattgatgct t 101

<210> 61

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 61

acagacttat gacaaagaag gttcgtccaa aagaatttta taaaggaaac ttttgtgctg 60

aaagagatca ttttcatgca aaaggatgcc gaattgggaa g 101

<210> 62

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 62

aaatatgaac ttatcaactc ttaccaatac atcttcaatc tttccctcta gatgtgctat 60

cgatctgtat gctaacagaa gcgttaccat tatcgatctt g 101

<210> 63

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 63

cctaactcat ggagaagtcg gggagttaat tgaatagtaa tggaaagtta agggtatcag 60

tgagaaattt agaaaattaa gtagctggtt agaaaaaagt t 101

<210> 64

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 64

cccctatcag tccttaccct tttatggctg caatcaccca cttacaccca tgtatcctta 60

tcatcaatgg gctttagagc actctccata atggcgtcca c 101

<210> 65

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 65

atggtcttta tcgagtgtgt attccactag cactaggccc aaccctatca cccttattat 60

taccaccaca acttttctta ctatcattat tgtggtgcta a 101

<210> 66

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 66

cgtctagtgc tgatcggcct cttggagcat ctcgaccgtc gcacgttttt ggcgtttctc 60

atccttcggg tctttctgct tcacaaaggg aatctagtga t 101

<210> 67

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 67

aaatcaaaga agaaatagaa gccaaatcaa gagaaaaaaa tgggacttaa aatcacctct 60

tggaaactat ttttgaattc atttctctat tcaaactttt t 101

<210> 68

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 68

atatctttcg ggatttcaag gcttcttagg acttatcttt taatttctta ctgtcaattt 60

ttttctttta aattctgctt gtgtcgattt tatttaatca c 101

<210> 69

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 69

gagcaatttg atggaacaag agaggtccaa cgtgagtttt ctttgttatt ctaaatcttc 60

cgaccggatt tatcatcttg tatttgtctt acataataaa t 101

<210> 70

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 70

actcagtatt cgaacataca aataataatg atcacataaa aattgaaatg ctactatgtt 60

attactattt actaacccat aaaacagaaa ccatgtcatc t 101

<210> 71

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 71

atgtcaacac catcatcatc ataaacattc atacaacaag caaaaaaaaa gggggggagc 60

ctgtacaaga tatatagaga taaagcaaag ggagagagca c 101

<210> 72

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 72

ttgttaacta ccaaaagctc ataagcatct tgccactaag ttaagaggtt gttagcttat 60

cctcgttttc cccattgatg ttaacgtgct aaagtcggga t 101

<210> 73

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 73

tcattgggtg aggagaaaac aattgttgct tcaaaaataa ctgtgttcca ccgtgttgaa 60

ggtattgtaa tcattatact ttgctcctaa tacttgaatt a 101

<210> 74

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 74

gtcatacact tgatgaagat gtgaatcctt agcctttcct tgggtaaaac gaattatcat 60

aagatggctg agaagccatt tttgtagtgt tatcattgtg c 101

<210> 75

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 75

ggatgtgatg cctttgggat aaaaactcca gtgcctttgc tttctcttct gcagatttgt 60

tcttggagat atggagattg tgttattgga taatttgctg c 101

<210> 76

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 76

aattaattgt gttctgattc tttgacattg agcatttcat tgtcatcttc gtttgaactt 60

taacacataa tttatctcta atcccaacat aaaatagaaa c 101

<210> 77

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 77

aatttgagga taatgcggcc gttcgtgcat ggtcgaagag gctgcaatcg gagagaaggg 60

atagcttggc agaagggtat gtatcggagc tgcaagattt c 101

<210> 78

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 78

aatggcttct ttcacctgtt aagaatttca tgattaatgt catccaatta tgtcattcat 60

caagatagta cacttgccgt tagacatagc ttggatggac a 101

<210> 79

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 79

atggcttctt tcacctgtta agaatttcat gattaatgtc atccaattgc gtcattcatc 60

aagatagtac acttgccgtt agacatagct tggatggaca t 101

<210> 80

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 80

aattcacaat gcctagaact acttatagtc tcttcccaat ccataaatag gaggataatg 60

cacttcagca cactcaaacc aacatactcc tgcattgaca a 101

<210> 81

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 81

ttcgatgatt ccccaaagac tgttcgtggt ggcttcctcc aatttctttg attgctcatt 60

tgcaaattgt taaactaaac cttattggat aatatgtttt g 101

<210> 82

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 82

aaggatcttt tcaatactag gcctccctca tggaattctc tgggacgaac ctgtttgtta 60

taggctcaca tcattcgttt ctggtacatc tgaccctgat g 101

<210> 83

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 83

agtacaaccc aaaaattata agtctcatac taaatcccat aacttggtcc cacatttgct 60

tccccactgg gtttgggaac acaacgacat aaccaggtat a 101

<210> 84

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 84

tcgttagttc ccatcaaact ctctttgtac ataagtacaa acatgggctg tttcaacaag 60

aaagtttttt gaatctcctt ttctctcgca tagaaatccc a 101

<210> 85

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 85

atataagggt tgaacgccac actcgttgga gtgataagtt cgaaagaaac agattgatgc 60

cactagcaag ctagataagt caatttgagt cacaaagaac t 101

<210> 86

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 86

tcacgagact accaatttga acagagttta cttttccttt agtttgttat tgtgatttaa 60

tcatgtttgc aatgtgtttt atgatctttt cattaacaat g 101

<210> 87

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 87

tcactatgtc ggcataccat ggcaaaacac taaacacact ataaagtcgc tcatcgggaa 60

ataaatcact cagctcatcc ctcaaaattc cagtctctat c 101

<210> 88

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 88

cgaatctctg gcccacgaac aactcctcag gatcagaatc tacggccatc cgatgagcag 60

attgtatttc agggtactct gggaactcgg ctacatgtgc c 101

<210> 89

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 89

gtcaatataa aagaaaatca cagcccaagg atttctgtag tatgcgaccg caattatgta 60

gtacacattc aagactagat taaaaaaaag ccccattcaa a 101

<210> 90

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 90

gttggccgat ggagttttag tgagcacaag cattgtcatc tgtccatcat aacttgtgaa 60

gacaacaaag atactcataa aatagatctg caaactgaaa a 101

<210> 91

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 91

gatttgggtt gttgttgata gactgactaa gtcggctcac tttatccccg tagtacggat 60

ttttcattgg ataaactagc tgaattgtat gtttctcaga t 101

<210> 92

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 92

tctgttaaca cctcgtgttc gactccggcg acggtctcgg gtacggggca ttacatttgg 60

tggtatcaga gcaggtttag tcggttctcg gactaaccta g 101

<210> 93

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 93

agcccggacg ggtgatccta tcctgatata gccctcccga agaatatgta taaaatggat 60

ttagcccgga cgggtaatcc gaattagggt ctgaatttag c 101

<210> 94

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 94

gctattctga ctaggcccaa aatcaggata ttacaactct cccccctttt gggattttcg 60

tccccgaaaa tcttaccaga aaagtggtct tcacttttaa t 101

<210> 95

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 95

attcctatga ttatgtgaca tcggatcagt gtgagaggtt atgtgaaatt atacgatata 60

tctatgtcac atgagctcac ttttatgtga aagtttatct g 101

<210> 96

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 96

gaaagtaaaa agtggttggc aagtgggttt aaagttgaat gggataattg caattttggt 60

ccctaatttt taggccattg caagttagtc cctgaacctc a 101

<210> 97

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 97

gtttaaataa gtcttgagat ctcgttcacg ctctcgaaga ttacaacatc gagagattca 60

taaattattc acaaaatctt ttcatgaatg gttagggcag a 101

<210> 98

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 98

agacagtcac aaactattca ctgtaattac catacttgga catttcataa tccgtacatt 60

attcctttaa ctatttctgc catcccaaat tccataatat t 101

<210> 99

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 99

aagacatgtt aattttttct taagacaaac tcatctaggt cttgagattg gtggcttttg 60

tctaaagaca agggcacatt aaacctaaat aatttttacc t 101

<210> 100

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 100

gcatccaacc cattctaaaa tacctatagt cacatccact tcagaaatct gtggtgtaag 60

catttttgaa tcaatatttt gaaaagttcc catgccttat a 101

<210> 101

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 101

ttgtattctt ttggagctaa ggaatctcga tttttcaact taaataattt cggttttaaa 60

aaagggatcc tatttttaaa tcctttcaaa tttttgacat t 101

<210> 102

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 102

tgggtacacg agtcacttca gtcgccagtg ttggaaatga acgttgagat agaacagagt 60

gccagtattg tggtaaatgg cattcgggga gttgtagatt c 101

<210> 103

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 103

tctcatattt cgttgaggac ttcgttggct tatctaggaa gcctagtggt gtcaaccctg 60

ttcttcacta tcccgaactt atcactatca aatagtgtgg c 101

<210> 104

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 104

nnnaaattaa ccagagataa ttaggagtca taccatatat gtatagattt ctctctgagt 60

ctagtttcca tagaaacaaa cggcatcagt attgaagctc t 101

<210> 105

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 105

agtgcatgat ttctgtgccc tcgatatttt tgggcttaat gggccaaaac tggaatgatg 60

ggccaacggg cccaattcgg taagaaccct cggtagtgat t 101

<210> 106

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 106

cctgtcaacc acagtcattg gtgagttccc ttgtataaac ttactaccat tcatccattt 60

cctttaattc ttttgggccc gtttgtcaca tatcattctt c 101

<210> 107

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 107

tcctatagca aagaaagtct tagtcagcag ggatgtaaaa tttgatgaag aaaaggtgtg 60

gaattggaat ggtgctgaag ctaacatgtt tgaaatggac c 101

<210> 108

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 108

gccacttgtt atctaatgaa gtataggggt gcaaatgaga catccgtact cgcaagctat 60

tcgaatttgg ctcaaaaaat tttgaaattg attcggtaat t 101

<210> 109

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 109

gtaaaaagcc tctacaagaa atagttggtg aatggacaac cgttcacaaa aaacccaata 60

aagggaaagc agaatcaaac tccaaaaaag gatttgtaac t 101

<210> 110

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 110

aaaatcgagt tatcaagcat cactttagaa ggtccgggga aactgttagt agggcatttc 60

atagtgtttt aaatgctgtc atacgcttac aagatatgtt a 101

<210> 111

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 111

ttcatcttca accttgccta tgttgatcgt atgaaagcgt ctttcatcga aaaggtattg 60

aagttgaaag ttatctttcg gtatttcggg aacctgaaaa g 101

<210> 112

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 112

tggttaattt ataatgaatt tccaaagtag gaacaggaaa tccagaaact gttctggccc 60

tgtctcacga gaacctgaat atctcttaac atactgtcca t 101

<210> 113

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 113

ggaccttagt gcccttcaag aagaaaacta tcaactgaag attgaagttt aggttgaaag 60

gtccaggact gaaaaagtac aaagagaagc cgagattgtg a 101

<210> 114

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 114

gagataagat ctgtaatctt caatctattc cactgctgcc cagggagatg gaattactgg 60

cttcaatgta ctccactgta acctaaggga ggtaaaatct a 101

<210> 115

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 115

tgaagtgctt agagtttttt cttaaatgga aaactatgat cgaaaaccag actggcaaga 60

aaatcaggcg gcttaggacg gacaatggag gggaatataa a 101

<210> 116

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 116

tattttcaca cttgtagcca aagctatctg gtacgcatag tagcctgcat ttagtactac 60

acatgcgacc aattatccgg tacacgtagt agcctgcact t 101

<210> 117

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 117

caattgaaga tacattagaa ataagagctg acgaaaatga gagaggactt gtaaaagaat 60

tgcccttcaa gatgagatct tctaactttg tgttgttttc t 101

<210> 118

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 118

tccgtaccag ttctgagtcg actgttcgtc gcccggggaa ggcccccgaa ggagccgttc 60

tcagtccatc ccccagccgg cacgcggcga cccgctctga c 101

<210> 119

<211> 101

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 119

attggcacgt ttaagggcag accttctcaa tgctgtgact tggtgatagg acttgaccat 60

ggctcacagt cggtatgttc tttcgagcct tacactgcaa a 101

Claims

1.与陆地棉棉铃重相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记核苷酸序列如SEQ ID NO.1-89所示，其中在每个序列的第50位碱基发生突变，导致陆地棉棉铃重多态性；所述SNP分子标记的突变形式如下表所述：

。

2.含有权利要求1所述SNP分子标记的基因芯片。

3.权利要求1所述的SNP分子标记或权利要求2所述的基因芯片在棉花棉铃重的早期预测中的应用。

4.权利要求1所述的SNP分子标记或权利要求2所述的基因芯片在棉花种质资源改良中的应用。

5.权利要求1所述的SNP分子标记或权利要求2所述的基因芯片在高产棉花分子标记辅助育种中的应用。

6.用于检测权利要求1所述的SNP分子标记的特异性引物对在棉花棉铃重的早期预测或在高产棉花分子标记辅助育种中的应用。