CN105349537A - 陆地棉snp标记及其应用 - Google Patents

陆地棉snp标记及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN105349537A
CN105349537A CN201510869797.3A CN201510869797A CN105349537A CN 105349537 A CN105349537 A CN 105349537A CN 201510869797 A CN201510869797 A CN 201510869797A CN 105349537 A CN105349537 A CN 105349537A
Authority
CN
China
Prior art keywords
upland cotton
snp marker
snp
analysis
cotton
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201510869797.3A
Other languages
English (en)
Inventor
赵云雷
王红梅
陈伟
赵佩
龚海燕
桑晓慧
崔艳利
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Institute of Cotton Research of Chinese Academy of Agricultural Sciences
Original Assignee
Institute of Cotton Research of Chinese Academy of Agricultural Sciences
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Institute of Cotton Research of Chinese Academy of Agricultural Sciences filed Critical Institute of Cotton Research of Chinese Academy of Agricultural Sciences
Priority to CN201510869797.3A priority Critical patent/CN105349537A/zh
Publication of CN105349537A publication Critical patent/CN105349537A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Landscapes

  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了陆地棉SNP标记及其应用，属于陆地棉SNP标记的开发领域。本发明通过利用芯片杂交和同源序列比对的方法开发出陆地棉基因组单拷贝SNP标记，进一步通过连锁不平衡分析剔除掉位于连锁不平衡衰退距离内的SNP标记，从而获得本发明陆地棉SNP标记。本发明所述SNP标记能够应用于陆地棉的遗传多样性分析或群体结构分析，或者应用于陆地棉的种质鉴定。本发明陆地棉SNP标记为单拷贝并且标记间不存在显著的连锁不平衡，因此，应用本发明陆地棉SNP标记在进行遗传多样性分析、群体结构分析或指纹鉴定时的检测效率大大提高，工作效率更高。

Description

陆地棉SNP标记及其应用
技术领域
本发明涉及SNP标记，尤其涉及陆地棉SNP标记，本发明还涉及所述陆地棉SNP标记在陆地棉遗传多样性分析和种质资源鉴定中的应用，属于陆地棉SNP标记的开发领域。
背景技术
单核苷酸多态性(简称SNPs)标记在基因组中具有数量多、分布密度高的特点，而且在基因分型过程中不需要根据片段大小判断，可以大规模的自动化的完成。与微卫星标记等重复序列多态(SSR)标记相比，SNPs具有很高的遗传稳定性，尤其是处在编码区中的SNPs，工作效率更高，更适合进行大样本量检测分析，因此现在的生物学家认为SNP标记是很有应用前景的分子标记技术(王建康，盖钧锰.利用杂种F2世代鉴定数量性状主基因一多基因混合遗传模型并估计其遗传效应.遗传学报，1997,24(5):432-440.)。
随着棉花基因组研究的深入，二倍体雷蒙徳氏棉、亚洲棉和四倍体陆地棉基因组测序相继完成(Wang,K.,Z.Wang,F.Li,W.Ye,J.Wangetal.,2012ThedraftgenomeofadiploidcottonGossypiumraimondii.Nat.Genet.44:1098–110310.1038/ng.2371；Li,F.G.,G.Y.Fan,K.B.Wang,F.M.Sun,Y.L.Yuanetal.,2014GenomesequenceofthecultivatedcottonGossypiumarboreum.Nat.Genet.46:567–57210.1038/Ng.2987；Li,F.G.,G.Y.Fan,C.R.Lu,G.H.Xiao,C.S.Zhouetal.,2015GenomesequenceofcultivatedUplandcotton(GossypiumhirsutumTM-1)providesinsightsintogenomeevolution.NATUREBIOTECHNOLOGY.doi:10.1038/nbt.3208)，研究者在此基础上开发了大量的SNP标记，进一步利用这些SNP标记合成了一个63K的棉花SNP芯片(Hulse-KempA.M.,LemmJ,PlieskeJ,etal.Developmentofa63KSNPArrayforCottonandHigh-DensityMappingofIntraspecificandInterspecificPopulationsofGossypiumspp.G3(Bethesda)5:1187-1209)。
然而，上述SNP标记在开发的过程中仅仅根据几个棉花种间的序列差异进行标记开发，并没有考虑棉花基因组的异源多倍性。因此，目前已有的棉花SNP标记及其棉花SNP芯片并没有对标记的拷贝数进行分析，导致大部分标记在陆地棉基因组中存在多个拷贝，在进行遗传多样性分析、品种鉴定、群体遗传结构分析及关联分析时的效率比较低。例如，本发明对目前的63K棉花SNP芯片上的63,058个SNP进行分析，发现只有21171个标记在陆地棉中具有多态性，筛选效率仅为33.57％。在水稻中，目前已经开发出了用于水稻品种鉴定的SNP芯片(中国专利CN104328507A)，然而该发明在开发过程中，尽管考虑了SNP标记间的连锁不平衡(LD)，但是并没有分析具体的连锁不平衡衰退距离。因为处于LD衰退距离之内的SNP标记往往表现出共分离，这些SNP标记在进行遗传多样性分析、指纹图谱鉴定时很容易给出错误的信息。
因此，开发陆地棉基因组单拷贝SNP标记，并进一步对这些单拷贝SNP标记进行连锁不平衡分析，获得适于陆地棉遗传多样性分析的SNP标记，对于陆地棉种质资源遗传分析和发掘优异基因资源具有重要意义。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是提供陆地棉SNP标记，能够用于陆地棉遗传多样性分析、群体结构分析或种质鉴定等，且分析效率高。
为解决上述技术问题，本发明所采取的技术方案是：
本发明通过利用芯片杂交和同源序列比对的方法开发出陆地棉基因组单拷贝SNP标记，进一步通过连锁不平衡分析剔除掉位于连锁不平衡衰退距离内的SNP标记，从而获得本发明陆地棉SNP标记。
本发明所述陆地棉SNP标记所在染色体、SNP位点的物理位置以及核苷酸类型的具体信息见说明书表2。本发明所述SNP标记的位点的物理位置是基于陆地棉(TM-1)基因组测序序列确定的；其中，所述陆地棉(TM-1)基因组测序序列的版本号为：Gossypium_hirsutumv1.0。
利用本发明的SNP标记对120份陆地棉材料进行遗传多样性分析时，全部的4074个SNP标记在120份材料间均检测到多态性，检测效率达到100％，平均每个SNP标记可以检测到2个等位基因，检测到的等位基因频率围在0.5～0.95，平均为0.75；检测到的基因多样性范围在0.1～0.5，平均为0.34；检测到的PIC值范围为0.09～0.38，平均为0.27。聚类分析可以明显地将这120份材料按照遗传距离的远近分成不同类群，群体结构分析表明这120份材料存在明显的群体结构。
利用本发明的SNP标记对不同种质材料进行指纹图谱鉴定时，通过筛选针对不同种质材料鉴定的特征SNP基因型标记，可以实现利用1个SNP标记对特定种质材料进行鉴定的目的。具体的，所述SNP标记为i00326Gh、i03099Gh、i02807Gh、i03003Gh、i00827Gh、i03528Gh、i04354Gh、i03143Gh、i00950Gh、i00546Gh、i01389Gh、i01439Gh、i01985Gh或i03302Gh中的任意一种或多种。
本发明进一步公开了用于检测所述陆地棉SNP标记的引物对。根据本发明所述陆地棉SNP位点对应序列即可设计正向引物和反向引物。引物设计原则为本领域技术人员所熟知。
本发明所述的陆地棉SNP标记能够应用于陆地棉的遗传多样性分析或群体结构分析中，包括以下步骤：(1)提取待测陆地棉的基因组DNA；(2)利用检测所述陆地棉SNP标记的引物对，以步骤(1)提取的基因组DNA为模板，进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；(3)对所述PCR扩增产物进行测序，获得测序结果；(4)根据测序结果，确定待测陆地棉在所述SNP标记的位点的基因型；然后利用相关软件进行陆地棉的遗传多样性分析或群体结构分析。
本发明所述的陆地棉SNP标记能够应用于陆地棉的种质鉴定中，包括以下步骤：(1)提取待测陆地棉的基因组DNA；(2)利用检测所述陆地棉SNP标记的引物对，以步骤(1)提取的基因组DNA为模板，进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；(3)对所述PCR扩增产物进行测序，获得测序结果；(4)根据测序结果，确定待测陆地棉在所述SNP标记的基因型；(5)如果待测陆地棉在所述SNP标记的基因型与本发明所述陆地棉SNP标记的基因型相同，则鉴定为同一陆地棉品种；反之，则鉴定为不同陆地棉品种。
本发明还公开了一种陆地棉SNP芯片，包括：本发明所述的陆地棉SNP标记。本发明所述的陆地棉SNP芯片能够应用于陆地棉的遗传多样性分析、群体结构分析或种质鉴定中。
本发明技术方案与现有技术相比，具有以下有益效果：
本发明开发出了陆地棉基因组单拷贝SNP标记，进一步通过连锁不平衡分析剔除掉位于连锁不平衡衰退距离内的SNP标记，从而获得适于陆地棉遗传多样性分析、指纹鉴定或群体结构分析的SNP标记。本发明的SNP位点为单拷贝并且标记间不存在显著的连锁不平衡，因此在进行杂交检测、测序及PCR荧光扩增检测时不会存在同源序列的干扰，同时在进行遗传多样性分析、指纹鉴定和群体结构分析时的检测效率大大提高，工作效率更高。
附图说明
图1为部分染色体上SNP标记的连锁不平衡分布图；其中，(A)、(B)、(C)、(D)分别表示染色体LG13、LG16、LG22、LG25；图中红色部分为高度连锁不平衡区域；
图2为是利用本发明的标记进行种质材料聚类分析的NJTREE；
图3为是利用本发明的标记进行群体结构分析的deltak的变化图；
图4为是利用本发明的标记获得的种质群体的群体结构。
具体实施方式
下面结合具体实施例来进一步描述本发明，本发明的优点和特点将会随着描述而更为清楚。但是应理解所述实施例仅是范例性的，不对本发明的范围构成任何限制。本领域技术人员应该理解的是，在不偏离本发明的精神和范围下可以对本发明技术方案的细节和形式进行修改或替换，但这些修改或替换均落入本发明的保护范围。
实施例1陆地棉SNP标记的开发与应用
1、实验方法
1.1供试材料
选自120份陆地棉优异种质材料(表1)的嫩绿叶片，提取其总DNA。
表1从嫩绿叶片提取其总DNA进行分析的棉花品系和材料
1.2总DNA提取方法
利用DNA提取试剂盒(TaKaRaMiniBESTPlantGenomicDNAExtractionKit，CodeNo.9768)提取各材料幼苗的DNA，DNA质量要求为：DNA浓度大于50ng/ul；DNA样品体积大于20ul，DNA总量大于1ug，DNA的吸光度260/280比值在1.7-2.0之间。
1.3芯片实验
使用illumina棉花全基因组SNP芯片(商业途径获得)对样品进行SNP位点的检测，具体流程参考Infinium芯片实验流程，芯片杂交实验委托北京怡美通德科技发展有限公司进行操作，使用illuminaGenomestudio(v2011),Gentrain2.0算法，自动聚类对样本进行分型。根据分型结果，筛选MAF>0.05，CallFreq〉0.9，并且不全为杂合的SNP位点，共计21171个。
1.4陆地棉基因组序列数据库
以陆地棉(TM-1)基因组测序获得的序列数据(序列版本号：Gossypium_hirsutumv1.0)作为输入序列，利用BLAST+程序的makeblastdb命令构建本地基因组序列数据库，利用blastn命令将上述21171个SNP位点的原始序列与构建的基因组序列数据库进行同源比对，筛选比对结果中E值小于-18，并且只有一个比对结果的单拷贝SNP位点。
1.5SNP基因型统计
根据芯片杂交分型结果，进一步筛选1.4中的单拷贝SNP位点，根据这些SNP位点的芯片杂交分型结果对120份材料进行基因型分析。可选择地，SNP基因型分析除了利用芯片杂交结果之外，还可以通过对样本材料DNA中SNP位点对应序列进行测序(因本发明的SNP位点为单拷贝，不会存在同源序列的干扰，故测序成功率会大大提高)，具体测序方法如下：根据SNP位点对应序列设计正向引物和反向引物，以样本材料DNA为模板，在PE9600上进行PCR扩增，扩增产物进行2％琼脂糖凝胶电泳，用乙醇沉淀法对PCR产物进行纯化，纯化后溶于适量TE缓冲液中备用。PCR产物用DNA测序试剂盒((BigDyeTerminatorCycleSequencingReadyReactionKit，PE公司)进行双向测序反应，使用ABI310DNA测序仪进行序列测定。
1.6连锁不平衡分析
根据1.5中120份材料的基因型结果，利用TASSEL软件分别对26条染色体上的单拷贝SNP位点进行连锁不平衡分析，获得不同染色体的连锁不平衡分布情况(图1)，进一步根据连锁不平衡分析结果，首先剔除掉处于完全连锁不平衡状态(R2＝1)的SNP位点，然后利用SPSS软件的非线性回归模型绘制标记间的连锁不平衡曲线，确定棉花26条染色体上的连锁不平衡衰退距离，进一步剔除掉位于连锁不平衡衰退距离内的SNP标记，从而获得本发明的SNP标记(表2)。
本发明开发的陆地棉基因组SNP标记及其核苷酸类型和染色体定位见表2。
表2本发明开发的陆地棉基因组SNP标记及其序列和染色体定位
1.7遗传多样性分析和群体结构分析
利用表2中的SNP标记对表1的120份材料进行基因型分析，方法同步骤1.5。利用PowerMarke3.25软件(LiuKJ,MuseSV(2005)PowerMarker:anintegratedanalysisenvironmentforgeneticmarkeranalysis.Bioinformatics21:2128–2129.)对材料进行遗传多样性分析，利用软件的“summarystatistics”程序计算每个SNP位点的等位基因数目、等位基因频率、基因多样性和多态性信息含量，利用“phylogeny”程序进行NJTREE聚类分析(图2)。
利用STRUCTURE2.2软件(PritchardJK,StephensM,DonnellyP(2000)Inferenceofpopulationstructureusingmulti-locusgenotypedata.Genetics155:945–959.)对样本进行结构分析，利用软件的‘admixturemodel’进行程序运行，选择lengthofburninperiod为1000，NumberofMCMCRepsafterburnin为1000，其他为默认，群体参数k值选择1-15，每个k独立重复5次。根据每个K值的可能性((Ln(k))绘制deltak(deltak＝m(Ln”(k))/S(Ln(k)))的变化图(图3)，选择K＝2时的barplot图为理想的群体结构(图4)。
利用本发明的标记对120份陆地棉材料进行遗传多样性分析时，全部的4074个SNP标记在120份材料间均检测到多态性，检测效率达到100％，平均每个SNP标记可以检测到2个等位基因，检测到的等位基因频率围在0.5～0.95，平均为0.75；检测到的基因多样性范围在0.1～0.5，平均为0.34；检测到的PIC值范围为0.09～0.38，平均为0.27。聚类分析可以明显地将这120份材料按照遗传距离的远近分成不同类群，群体结构分析表明这120份材料存在明显的群体结构。
1.8利用SNP标记进行种质鉴定
根据对表1的120份材料进行基因型分析的结果，分析不同材料所具有的特征SNP标记，利用特征SNP标记对不同材料进行SNP基因型检测，即可获得该材料的特征SNP基因型，从而将该材料与其它材料区分开。
具体地，特征SNP标记的获取方法如下：首先利用表2的SNP标记对120份材料进行遗传多样性分析，选择SNP位点的等位基因频率大于0.9的SNP标记，分析这些SNP标记在120份材料中的SNP基因型，如果只利用某一个SNP标记即可以将某一种质材料与其它种质材料区分开，则该SNP标记即为该种质材料的特征SNP标记(表3)。
在具体实施时，利用表4中的特征SNP标记对特定种质材料进行SNP基因型检测，可以快速筛选出具有特征SNP标记基因型的种质材料(表4)。
表3不同种质材料的特征SNP标记
材料编号 164 138 139 145 174 179 151
特征SNP标记 i00326Gh i03099Gh i02807Gh i03003Gh i00827Gh i03528Gh i04354Gh
材料编号 228 113 88 124 26 262
特征SNP标记 i03143Gh i00950Gh i00546Gh i01389Gh i01439Gh i01985Gh
表4不同种质材料的特征SNP标记基因型
SNP ID 164 138 139 145 174 179 151 228 113 88 124 26 262
i00326Gh AG GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG
i00546Gh AA AA AA AA AA AA AA AA AA CC AA AA AA
i00827Gh CC CC CC CC AA CC CC CC CC CC CC CC CC
i00950Gh AA AA AA AA AA AA AA AA CC AA AA AA AA
i01389Gh GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG AA GG GG
i01439Gh CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC AA CC
i01985Gh CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC AC
i02807Gh GG GG AG GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG
i03003Gh AA AA AA GG AA AA AA AA AA AA AA AA AA
i03099Gh GG AA GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG GG
i03143Gh AA AA AA AA AA AA AA CC AA AA AA AA AA
i03302Gh AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA AA
i03528Gh GG GG GG GG GG AG GG GG GG AA GG GG GG
i04354Gh GG GG GG GG GG GG AG GG GG GG GG GG GG
利用本发明的SNP标记对不同种质材料进行指纹图谱鉴定时，通过筛选针对不同种质材料鉴定的特征SNP标记，可以实现利用1个SNP标记对特定种质材料进行鉴定的目的。

Claims (10)

1.陆地棉SNP标记，其特征在于，所述SNP标记包括：
2.按照权利要求1所述的陆地棉SNP标记，其特征在于：所述SNP标记为i00326Gh、i03099Gh、i02807Gh、i03003Gh、i00827Gh、i03528Gh、i04354Gh、i03143Gh、i00950Gh、i00546Gh、i01389Gh、i01439Gh、i01985Gh或i03302Gh中的任意一种或多种。
3.按照权利要求1或2所述的陆地棉SNP标记，其特征在于：所述SNP标记的位点的物理位置是基于陆地棉TM-1基因组测序序列确定的；其中，所述陆地棉TM-1基因组测序序列的版本号为：Gossypium_hirsutumv1.0。
4.用于检测权利要求1或2所述陆地棉SNP标记的引物对。
5.权利要求1或2所述的陆地棉SNP标记在陆地棉的遗传多样性分析或群体结构分析中的应用。
6.按照权利要求5所述的应用，其特征在于，包括以下步骤：
(1)提取待测陆地棉的基因组DNA；
(2)利用权利要求4所述的引物对，以步骤(1)提取的基因组DNA为模板，进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；
(3)对所述PCR扩增产物进行测序，获得测序结果；
(4)根据测序结果，确定待测陆地棉在所述SNP标记的位点的基因型；然后进行陆地棉的遗传多样性分析或群体结构分析。
7.权利要求1或2所述的陆地棉SNP标记在陆地棉的种质鉴定中的应用。
8.按照权利要求7所述的应用，其特征在于，包括以下步骤：
(1)提取待测陆地棉的基因组DNA；
(2)利用权利要求4所述的引物对，以步骤(1)提取的基因组DNA为模板，进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；
(3)对所述PCR扩增产物进行测序，获得测序结果；
(4)根据测序结果，确定待测陆地棉在所述SNP标记的基因型；
(5)如果待测陆地棉在所述SNP标记的基因型与权利要求1或2所述陆地棉SNP标记的基因型相同，则鉴定为同一陆地棉品种；反之，则鉴定为不同陆地棉品种。
9.一种陆地棉SNP芯片，其特征在于，包括：权利要求1或2所述的陆地棉SNP标记。
10.权利要求9所述的陆地棉SNP芯片在陆地棉的遗传多样性分析、群体结构分析或种质鉴定中的应用。
CN201510869797.3A 2015-12-02 2015-12-02 陆地棉snp标记及其应用 Pending CN105349537A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201510869797.3A CN105349537A (zh) 2015-12-02 2015-12-02 陆地棉snp标记及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201510869797.3A CN105349537A (zh) 2015-12-02 2015-12-02 陆地棉snp标记及其应用

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN105349537A true CN105349537A (zh) 2016-02-24

Family

ID=55325599

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201510869797.3A Pending CN105349537A (zh) 2015-12-02 2015-12-02 陆地棉snp标记及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN105349537A (zh)

Cited By (18)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107338298A (zh) * 2017-07-21 2017-11-10 河北农业大学 与陆地棉衣指相关的snp分子标记及其应用
CN107338302A (zh) * 2017-07-21 2017-11-10 河北农业大学 与陆地棉纤维长度关联的snp分子标记及其应用
CN107338303A (zh) * 2017-07-21 2017-11-10 河北农业大学 与陆地棉子指相关的snp分子标记及其应用
CN107338307A (zh) * 2017-07-21 2017-11-10 河北农业大学 与陆地棉纤维成熟度相关的snp分子标记及其应用
CN107338301A (zh) * 2017-07-21 2017-11-10 河北农业大学 与陆地棉纺纱均匀性指数关联的snp分子标记及其应用
CN107338247A (zh) * 2017-07-21 2017-11-10 河北农业大学 与陆地棉纤维强度关联的snp分子标记及其应用
CN107338299A (zh) * 2017-07-21 2017-11-10 河北农业大学 与陆地棉纤维伸长率相关的snp分子标记及其应用
CN107338304A (zh) * 2017-07-21 2017-11-10 河北农业大学 与陆地棉单铃皮棉重相关的snp分子标记及其应用
CN107338300A (zh) * 2017-07-21 2017-11-10 河北农业大学 与陆地棉开花期相关的snp分子标记及其应用
CN107338297A (zh) * 2017-07-21 2017-11-10 河北农业大学 与陆地棉纤维整齐度相关的snp分子标记及其应用
CN107354152A (zh) * 2017-07-21 2017-11-17 河北农业大学 与陆地棉棉铃重相关的snp分子标记及其应用
CN107354153A (zh) * 2017-07-21 2017-11-17 河北农业大学 与陆地棉衣分相关的snp分子标记及其应用
WO2018085971A1 (zh) * 2016-11-08 2018-05-17 南京农业大学 棉花全基因组snp芯片及其应用
CN110211639A (zh) * 2018-02-13 2019-09-06 中国科学院北京基因组研究所 一种群体区分和鉴定的遗传标记参照系的构建方法及遗传标记参照系
CN110517725A (zh) * 2019-08-26 2019-11-29 中国农业科学院棉花研究所 棉花多目标性状相关单体型筛选方法及应用
CN111793715A (zh) * 2020-08-31 2020-10-20 中国农业科学院棉花研究所 一种与陆地棉纤维长度关联的单体型分子标记及其应用
CN112474431A (zh) * 2020-11-29 2021-03-12 龚海燕 一种具有色选剔除机构的输送设备及其实施方法
CN113308562A (zh) * 2021-05-24 2021-08-27 浙江大学 棉花全基因组40k单核苷酸位点及其在棉花基因分型中的应用

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102337345A (zh) * 2011-11-04 2012-02-01 四川大学 基于20个三等位基因snp遗传标记的法医学复合检测试剂盒
CN104328507A (zh) * 2014-10-11 2015-02-04 中国水稻研究所 一种用于水稻品种鉴定的snp芯片、制备方法及用途

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102337345A (zh) * 2011-11-04 2012-02-01 四川大学 基于20个三等位基因snp遗传标记的法医学复合检测试剂盒
CN104328507A (zh) * 2014-10-11 2015-02-04 中国水稻研究所 一种用于水稻品种鉴定的snp芯片、制备方法及用途

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
AMANDA M. HULSE‐KEMP ET AL.: "Development of a 63K SNP Array for Cotton and High‐density Mapping of Intra- and Inter‐specific Populations of Gossypium spp.", 《G3: GENES|GENOMES|GENETICS》 *
FUGUANG LI ET AL.: "Genome sequence of cultivated Upland cotton (Gossypium hirsutum TM-1) provides insights into genome evolution", 《NATURE BIOTECHNOLOGY》 *

Cited By (32)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2018085971A1 (zh) * 2016-11-08 2018-05-17 南京农业大学 棉花全基因组snp芯片及其应用
CN107338304B (zh) * 2017-07-21 2020-10-16 河北农业大学 与陆地棉单铃皮棉重相关的snp分子标记及其应用
CN107354152B (zh) * 2017-07-21 2020-11-20 河北农业大学 与陆地棉棉铃重相关的snp分子标记及其应用
CN107338299B (zh) * 2017-07-21 2020-10-16 河北农业大学 与陆地棉纤维伸长率相关的snp分子标记及其应用
CN107338301A (zh) * 2017-07-21 2017-11-10 河北农业大学 与陆地棉纺纱均匀性指数关联的snp分子标记及其应用
CN107338247A (zh) * 2017-07-21 2017-11-10 河北农业大学 与陆地棉纤维强度关联的snp分子标记及其应用
CN107338299A (zh) * 2017-07-21 2017-11-10 河北农业大学 与陆地棉纤维伸长率相关的snp分子标记及其应用
CN107338304A (zh) * 2017-07-21 2017-11-10 河北农业大学 与陆地棉单铃皮棉重相关的snp分子标记及其应用
CN107338300A (zh) * 2017-07-21 2017-11-10 河北农业大学 与陆地棉开花期相关的snp分子标记及其应用
CN107338297A (zh) * 2017-07-21 2017-11-10 河北农业大学 与陆地棉纤维整齐度相关的snp分子标记及其应用
CN107354152A (zh) * 2017-07-21 2017-11-17 河北农业大学 与陆地棉棉铃重相关的snp分子标记及其应用
CN107354153A (zh) * 2017-07-21 2017-11-17 河北农业大学 与陆地棉衣分相关的snp分子标记及其应用
CN107338302A (zh) * 2017-07-21 2017-11-10 河北农业大学 与陆地棉纤维长度关联的snp分子标记及其应用
CN107338298A (zh) * 2017-07-21 2017-11-10 河北农业大学 与陆地棉衣指相关的snp分子标记及其应用
CN107338303B (zh) * 2017-07-21 2020-11-20 河北农业大学 与陆地棉子指相关的snp分子标记及其应用
CN107338307A (zh) * 2017-07-21 2017-11-10 河北农业大学 与陆地棉纤维成熟度相关的snp分子标记及其应用
CN107354153B (zh) * 2017-07-21 2020-11-20 河北农业大学 与陆地棉衣分相关的snp分子标记及其应用
CN107338303A (zh) * 2017-07-21 2017-11-10 河北农业大学 与陆地棉子指相关的snp分子标记及其应用
CN107338298B (zh) * 2017-07-21 2020-10-16 河北农业大学 与陆地棉衣指相关的snp分子标记及其应用
CN107338300B (zh) * 2017-07-21 2020-10-16 河北农业大学 与陆地棉开花期相关的snp分子标记及其应用
CN107338297B (zh) * 2017-07-21 2020-10-16 河北农业大学 与陆地棉纤维整齐度相关的snp分子标记及其应用
CN107338301B (zh) * 2017-07-21 2020-10-30 河北农业大学 与陆地棉纺纱均匀性指数关联的snp分子标记及其应用
CN107338307B (zh) * 2017-07-21 2020-11-20 河北农业大学 与陆地棉纤维成熟度相关的snp分子标记及其应用
CN110211639B (zh) * 2018-02-13 2023-07-04 中国科学院北京基因组研究所 一种群体区分和鉴定的遗传标记参照系的构建方法及遗传标记参照系
CN110211639A (zh) * 2018-02-13 2019-09-06 中国科学院北京基因组研究所 一种群体区分和鉴定的遗传标记参照系的构建方法及遗传标记参照系
CN110517725A (zh) * 2019-08-26 2019-11-29 中国农业科学院棉花研究所 棉花多目标性状相关单体型筛选方法及应用
CN110517725B (zh) * 2019-08-26 2022-11-15 中国农业科学院棉花研究所 棉花多目标性状相关单体型筛选方法及应用
CN111793715A (zh) * 2020-08-31 2020-10-20 中国农业科学院棉花研究所 一种与陆地棉纤维长度关联的单体型分子标记及其应用
CN111793715B (zh) * 2020-08-31 2021-12-03 中国农业科学院棉花研究所 一种与陆地棉纤维长度关联的单体型分子标记及其应用
CN112474431A (zh) * 2020-11-29 2021-03-12 龚海燕 一种具有色选剔除机构的输送设备及其实施方法
CN113308562A (zh) * 2021-05-24 2021-08-27 浙江大学 棉花全基因组40k单核苷酸位点及其在棉花基因分型中的应用
CN113308562B (zh) * 2021-05-24 2022-08-23 浙江大学 棉花全基因组40k单核苷酸位点及其在棉花基因分型中的应用

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN105349537A (zh) 陆地棉snp标记及其应用
CN103146695B (zh) 一种水稻抗稻瘟病基因Pi9的功能分子标记及其应用
Bodénès et al. Comparative mapping in the Fagaceae and beyond with EST-SSRs
CN106868131A (zh) 陆地棉6号染色体与纤维强度相关的snp分子标记
CN102154470B (zh) 水稻抗稻瘟病基因Pi-hk1(t)的分子标记方法
CN108779459A (zh) 棉花全基因组snp芯片及其应用
KR101331740B1 (ko) 작약에서 유래된 ｓｓｒ 프라이머 및 이의 용도
CN107090494B (zh) 与谷子码粒数性状相关的分子标记及其检测引物和应用
Roychowdhury et al. Molecular marker-assisted technologies for crop improvement
CN105274094B (zh) Snp标记及其应用
CN105316329A (zh) 金针菇ssr分子标记及其对应引物与应用
CN106755561A (zh) 一种与大豆根干重相关的qtl、snp分子标记及应用
CN104313146A (zh) 一种开发基因组ssr分子标记的方法
CN108531638A (zh) 与小麦条锈病抗性新基因YrQz紧密连锁的分子标记及其应用
Zarouri et al. Whole-genome genotyping of grape using a panel of microsatellite multiplex PCRs
Li et al. Characterization of microsatellites in the coding regions of the Populus genome
US20130040826A1 (en) Methods for trait mapping in plants
WO2017088144A1 (zh) 用于白菜种质资源多样性分析及分子育种的snp组合及其应用
CN112961936A (zh) 一种绿豆InDel分子标记检测引物组及其应用
CN105296472A (zh) 砂梨品种清香果皮全褐性状基因位点的分子标记及其筛选方法
CN108624710B (zh) 一种与黄瓜果实长度性状相关的ssr标记及其应用
Lu et al. Molecular mapping of stripe rust resistance gene YrH9017 in wheat-Psathyrostachys huashanica introgression line H9017-14-16-5-3
Wang et al. Evaluation of genetic diversity and linkage disequilibrium in Korean-bred rice varieties using SSR markers
CN110592260B (zh) 硬粒小麦成株抗叶锈病位点的竞争性等位基因特异聚合酶链式反应标记及其应用
KR20150056407A (ko) 포도 대목 품종 판별 연관 snp 분자마커 및 이의 용도

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
RJ01 Rejection of invention patent application after publication
RJ01 Rejection of invention patent application after publication

Application publication date: 20160224