CN107022638A - 快速检测沙门氏菌的lamp引物组及其应用 - Google Patents

快速检测沙门氏菌的lamp引物组及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN107022638A
CN107022638A CN201710413462.XA CN201710413462A CN107022638A CN 107022638 A CN107022638 A CN 107022638A CN 201710413462 A CN201710413462 A CN 201710413462A CN 107022638 A CN107022638 A CN 107022638A
Authority
CN
China
Prior art keywords
primer
salmonella
lamp
final concentration
seq
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201710413462.XA
Other languages
English (en)
Inventor
温和心
龙英全
蒋荣华
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Individual
Original Assignee
Individual
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Individual filed Critical Individual
Priority to CN201710413462.XA priority Critical patent/CN107022638A/zh
Publication of CN107022638A publication Critical patent/CN107022638A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844Nucleic acid amplification reactions
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明涉及生物技术领域,具体涉及快速检测沙门氏菌的LAMP引物组、检测方法及试剂盒,内引物FIP/BIP和外引物F3/B3,检测方法包括以下步骤:首先提取待测菌的基因组DNA,再以提取的基因组DNA为模板进行LAMP扩增,然后对扩增产物进行检测,通过判断反应结果是否为阳性,确定待测样品中是否存在沙门氏菌,试剂盒包括还包括Bst DNA聚合酶缓冲液、Bst DNA聚合酶、dNTPs、MgSO4和Betaine,所述快速检测沙门氏菌的LAMP引物组特异性强、灵敏度高,操作简便、可重复性强,具有很好的实用性等优点。

Description

快速检测沙门氏菌的LAMP引物组及其应用
技术领域
本发明涉及生物技术领域,具体涉及快速检测沙门氏菌的LAMP引物组。
背景技术
沙门氏菌能致人和其它多种动物发生胃肠炎,是最常见的腹泻病病原菌之一。该致病菌分布非常广泛,从人群、动物、环境和食品都可以分离出病原菌。沙门氏菌是食品安全、疾病诊断、动物检疫常规检验项目之一。
传统的分离鉴定方法检验沙门氏菌,从增菌到分离培养再到鉴定,需要耗费4天的时间,检验效率低,工作强度大。培养过程中大量杂菌会干扰目标菌落的挑选,甚至杂菌落会把目标菌落覆盖,导致检出率偏低。细菌分离鉴定法结果的准确性严重依赖于检验人员的能力和责任心,不同人员的检测结果存在较大的偏差。环介导等温扩增(LAMP)技术优点有:一是设备简单,只需要水浴锅温育即可,不需要复杂或贵重仪器。二是快速高效,核酸扩增在l小时内即可完成。三是特异性高,要求4种特异性引物,引物不匹配不能进行核酸扩增。四是高灵敏度,荧光定量PCR的灵敏度相当,比PCR高10~100倍。五是成本低廉,特别适合现场检疫和基层单位如防疫站检疫或养殖场检疫。LAMP技术按产物检测方式可以分为传统LAMP试验、可视LAMP及其他形式的LAMP试验方法,其核心要素是引物,引物的优劣决定着各种形式LAMP试验性能,LAMP引物共有内引物对和外引物对4条,设计要求较高,要求引物组对靶DNA扩增性能好,对沙门氏菌特异性反应,还要求4条引物之间或自身不能有退火情况发生,否则容易产生假阳性。但扩增效率高、特异性强、无假阳性LAMP引物的设计成功率不高,需要从大量的引物中去测试,最后选择出符合要求的引物组成功率为1-5%范围。
现有LAMP技术中,引物设计存在引物通用性和特异性不足的缺陷,所以设计沙门氏菌LAMP引物组是经过实践检验的科研成果,对沙门氏菌检验有较高的应用价值。
发明内容
为解决上述技术问题,本发明基于GenBank数据库中的微生物基因组数据资源(截至2016年10月17日数据)进行沙门氏菌LAMP引物的设计,提供了2组恒温扩增检测沙门氏菌的引物组。其具有高灵敏度和高特异性,检测时间短,结果判定简单,操作便捷,成本低的优点。
为实现上述目的,本发明根据沙门氏菌基因组DNA序列中的保守序列,设计LAMP扩增沙门氏菌的引物组,分别为:
引物组A:
上游外引物F3_A:5’-TGAGATCCGTGTTGAACAA-3’(SEQ ID NO:1);
下游外引物B3_A:5’-AGACAGTGGTAAAGCTCATC-3’(SEQ ID NO:2);
上游内引物FIP_A:
5’-GCCAAAGGAAACAACTTCATCG-TTACGGTCTATTTTGATTTGATGC-3’(S EQ ID NO:3);
下游内引物BIP_A:
5’-CATCAGCAAGGAAGCAGTCAG-CCGCAACACATAGCCAAG-3’(SEQ ID NO:4);
引物组B:
上游外引物F3_B:5’-CCGTCAGCTTTGGTCGTAA-3’(SEQ ID NO:5);
下游外引物B3_B:5’-CGGCGAATGAGACGCTTAA-3’(SEQ ID NO:6);
上游内引物FIP_B:
5’-ACCGACCGCGTTATCATCACTG-AAAATCGCCTCCAGCTGATC-3’(SEQ ID NO:7);
下游内引物BIP_B:
5’-CTACGGTAATCGTTCCCTGGCG-ACAGGCTGACTCAGGTGC-3’(SEQ ID NO:8);
本发明还提供一种沙门氏菌LAMP检测试剂盒,包括能快速扩增沙门氏菌基因组特异碱基序列的所述LAMP引物组,还包括Bst DNA聚合酶缓冲液、Bst DNA聚合酶、dNTPs、MgSO4和Betaine。
本发明还提供了一种快速检测沙门氏菌的方法,包括以下步骤:
(1)提取待测菌的基因组DNA;
(2)以提取的基因组DNA为模板进行LAMP扩增;
(3)对扩增产物进行检测,通过判断反应结果是否为阳性,确定待测样品中是否存在沙门氏菌。
其中,所述LAMP扩增的反应程序为:
(1)90~98℃热水浴0.5~3min;
(2)50℃水浴反应0.5~3min;
(3)63℃水浴反应0.5~2h;
(4)80℃水浴终止反应1~8min。
优选的,所述LAMP扩增反应体系中MgSO4的终浓度为2.5~5mM/L,dNTPs的终浓度为1mM~4mM/L,F3和B3引物的终浓度为0.05μM/L~0.5μM/L,FIP和BIP引物的终浓度为0.5~1μM/L,Bst DNA聚合酶的终浓度为0.2~2U/μL,Betaine的终浓度为0.5~3M/L。
优选的,所述LAMP扩增反应体系中MgSO4的终浓度为3.2mM/L,dNTPs的终浓度为1.4mM/L,F3和B3引物的终浓度为0.08μM/L,FIP和BIP引物的终浓度为0.64μM/L,Bst DNA聚合酶的终浓度为0.32U/μL,Betaine的终浓度为0.8M/L。
本发明快速检测沙门氏菌的方法包括但不限于,电泳检测、浊度检测或显色检测等。所述电泳检测优选为凝胶电泳检测法,电泳检测结果中,如电泳图呈特征性梯状条带,则待测样品呈沙门氏菌阳性,含有沙门氏菌;如电泳图不呈特征性梯状条带,则待测样品呈沙门氏菌阴性。所述浊度检测,是肉眼观察或浊度仪检测浊度,检测管出现明显浑浊,则待测样品呈沙门氏菌阳性,含有沙门氏菌;如未见浑浊,则待测样品为沙门氏菌阴性。也可以经离心后肉眼观察反应管底是否有沉淀,若反应管底有沉淀,则待测样品呈沙门氏菌阳性,含有沙门氏菌;如反应管底没有沉淀,则待测样品呈沙门氏菌阴性。所述显色检测,是在反应管中加入显色剂,包括但不限定羟基萘酚兰,反应后颜色为蓝紫色,则待测样品为沙门氏菌阴性;如反应颜色为蓝绿色,则待测样品为沙门氏菌阳性。
本发明的有益效果为:
本发明为食品安全检测技术、疾病诊断、动物检疫等领域提供了一种简单快速灵敏的检测沙门氏菌的引物组,引物特异性强,根据是否扩增即可判断检测样品是否存在沙门氏菌,对常见肠道细菌无反应。同时具有灵敏度高,扩增模板仅需2cfu/反应(25uL反应体系)或更少;且快速、高效扩增,在1.5h内即可完成检测;环介导恒温扩增检测只需简单恒温设备,无需PCR仪等贵重仪器,且成本较低。操作简便、可重复性强,具有很好的实用性等优点。
附图说明
图1、LAMP扩增目的基因的琼脂糖凝胶电泳图,泳道M是DNA分子量标准、泳道1~7是沙门氏菌的浓度梯度稀释液,其浓度分别为106cfu/mL、105cfu/mL、104cfu/mL、103cfu/mL、102cfu/mL、101cfu/mL、100cfu/mL、泳道N为阴性对照。
图2、LAMP反应产物沉淀图,管1~8沙门氏菌浓度分别为106cfu/mL、105cfu/mL、104cfu/mL、103cfu/mL、102cfu/mL、101cfu/mL、100cfu/mL、管9为阴性对照。
图3、LAMP扩增产物显色图,管1~9沙门氏菌浓度分别为106cfu/mL、105cfu/mL、104cfu/mL、103cfu/mL、102cfu/mL、101cfu/mL、100cfu/mL、管9为阴性对照。
图4、引物组通用性试验结果,第1行是A引物组通用性试验结果,第2行是B引物组通用性试验结果,从左到右分别是伤寒沙门氏菌,甲型副伤寒沙门氏菌,乙型副伤寒沙门氏菌,鼠伤寒沙门氏菌,肠炎沙门氏菌。
图5、PCR扩增产物琼脂糖凝胶电泳图,泳道M是DNA分子标准、1~7沙门氏菌浓度分别为106cfu/mL、105cfu/mL、104cfu/mL、103cfu/mL、102cfu/mL、101cfu/mL、100cfu/Ml、泳道N为阴性对照。
图6、荧光定量PCR扩增曲线图。
图7、LAMP产物显色图,从左到右管中沙门氏菌浓度分别为106cfu/mL、105cfu/mL、104cfu/mL、103cfu/mL、102cfu/mL、101cfu/mL、100cfu/mL、阴性对照。
图8、本发明引物组特异性的LAMP显色图。
具体实施方式
结合以下具体实施例和附图。对本发明进一步详细说明,本发明的保护内容不局限于以下实施例。应当指出的是,对本领域普通技术人员在没有作出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例,都属于本发明保护的范围。实施本发明的过程、条件、试剂、试验方法等,除以下专门提及的内容外,均为本领域的普遍知识和公知常识,本发明没有特别限制内容。
实施例1:
本实施例用来说明本发明引物组对不同形式LAMP检测的通用性,所述不同形式LAMP检测包括电泳法LAMP、沉淀法LAMP和显色法LAMP,其步骤如下:
(1)沙门氏菌的浓度梯度稀释
用于检测的沙门细菌菌种来源于中国工业微生物菌种保藏管理中心,编号为CICC10420的鼠伤寒沙门氏菌。于液体培养基中,36℃过夜培养,将沙门氏菌纯培养物离心12000rpm离心10min,弃上清,沉淀用0.9%生理盐水洗涤离心1次,沉淀物用ddH2O重悬,用麦氏浊度法标定细菌浓度,即1MCF≈3×108cfu/mL。分别稀释成106cfu/mL、105cfu/mL、104cfu/mL、103cfu/mL、102cfu/mL、101cfu/mL、100cfu/mL细菌浓度梯度。
(2)基因组DNA的提取
取各浓度梯度沙门氏菌菌悬液12000rpm离心2min,用TE洗涤沉淀后溶解,在37℃下孵育30min,加入一定量的10%SDS和蛋白酶K,55℃水浴1h,取出置于沸水浴中高温煮沸15min,12000rpm离心2min,上清即为细菌DNA,冷冻备用。
(3)以待测沙门氏菌基因组DNA为模板,采用本发明的试剂盒,并按表1中所述条件配制反应体系,取7个反应管,向反应管中分别加入各浓度沙门氏菌DNA及试剂(Bst酶和液体石蜡除外),以ddH2O为阴性对照,混匀后将反应管置于95℃热水浴1min,立即转入50℃水浴反应1min。打开反应管,加入Bst酶,混匀,再加入150μL液体石蜡覆盖液面,盖好管盖。移至63℃水浴反应1.5h,反应完毕移至80℃水浴,2min后终止反应。
(4)通过电泳检测、浊度检测和显色检测,进行扩增结果确认。
检测结果见表2及图1~3,表明本发明的引物组及反应体系能够很好的对沙门氏菌特异性片段进行扩增并适用于多种检测方法。
表1快速检测沙门氏菌的LAMP的试剂盒及其主要成分
表2实施例1中本发明引物组对不同形式LAMP检测的通用性检测结果
注:所述电泳法LAMP是指通过琼脂糖凝胶电泳来检测扩增产物,阳性结果电泳图呈现特征性阶梯条带,阴性对照无扩增条带。所述沉淀法LAMP用目测浊度观察检测结果,阳性管反应液变混浊,离心后有沉淀,阴性对照未见沉淀。所述显色法LAMP用目测着色变化来观察检测结果,其反应体系在表1的基础上加入羟基萘酚兰,终浓度为120μM。
实施例2-5沙门氏菌反应体系和检测方法
沙门氏菌的浓度梯度稀释及基因组DNA的提取步骤如实施例1中的步骤(1)、(2),反应体系见表3,其中,实施例2和3的引物采用引物组A,实施例4和5的引物采用引物组B,并通过浊度检测进行扩增结果确认。由表3可以看出,本发明引物组、检测方法及反应体系能够很好的对沙门氏菌特异性片段进行扩增并得到检测结果。
表3实施例2~5各反应体系、反应条件及反应结果
实施例6:
本实施例用来说明本发明引物组对沙门氏菌的通用性。
按照实施例1的方法,对5种沙门氏菌(表4)分别提取DNA,并进行LAMP扩增,采用显色法LAMP进行检测。
实验组结果如图4所示,A、B引物组沙门氏菌菌株扩增反应均呈阳性,显示蓝绿色,阴性对照(NTC)反应应管呈蓝紫色,无变化。说明本发明引物组对上述5种沙门氏菌具有较好的通用性。
表4本发明引物组对沙门氏菌的通用性试验所用菌株及检测结果
注:1、CMCC:中国医学细菌菌种保藏管理中心;CICC:中国工业微生物菌种保藏管理中心。2、“+”表示阳性结果,“-”表示阴性结果。
实施例7:
本实施例用来说明本发明引物组相对于PCR和荧光定量PCR的灵敏度。
沙门氏菌的稀释方法、DNA提取方法及反应体系同实施例1,
所述PCR反应程序:94℃预变性3min,94℃变性30s,54℃退火30s,72℃延伸45s,共30个循环。
反应体系如下:1×PCR缓冲液2μL,模板2μL,浓度为20μm/L的上下游引物各1μL,MgSO4 1μL,Taq酶1μL,dNTPs 3.5μL,模板DNA 2μL,ddH2O 11.5μL。
所述上游引物序列为:5’-TCGCACCGTCAAAGGAACCGTAAAGC-3’(SEQ ID NO:9);
所述下游引物序列为:5’-GCATTATCGATCAGTACCAGCCGTCT-3’(SEQ ID NO:10);
PCR扩增序列如下:(SEQ ID NO:11)
TCGCACCGTCAAAGGAACCGTAAAGCTGGCTTTCTCTTTCCAGTACGCTTCGCCGTTCGCGCGCGGCATCCGCATCAATAATACCGGCCTTCAAATCGGCATCAATACTCATCTGTTTACCGGGCATACCATCCAGAGAAAATCGGGCCGCGACTTCCGCGACGCGTTCTGAACCTTTGGTAATAACGATAAACTGGACCACGGTGACAATAGAGAAGACAACAAAACCCACCGCCAGGCTATCGCCAATAACGAATTGCCCGAACGTGGCGATAATTTCACCGGCATCAGCTTCAATCAAGATAAGACGGCTGGTACTGTCCGATAATGC
所述荧光定量PCR反应程序为:95℃预变性30s;95℃变性5s,60℃退火、延伸34s,共40个循环。
所述反应体系如下:荧光定量PCR预混液10μL,20μm/L的上游引物P1、下游引物P2各1μL,Taq Man探针1μL,模板DNA 2μL,ddH2O 5μL。
所述上游引物p1序列为:5’-CTCACCAGGAGATTACAACATGG-3’(SEQ ID NO:12);
所述下游引物P2序列为:5’-5’-AGCTCAGACCAAAAGTGACCATC-3’(SEQ ID NO:13);
所述探针序列为:5’-FAM-CACCGACGGCGAGACCGACTTT-TAMARA-3’(SEQ ID NO:14)。
PCR检测结果如图5所示,荧光定量PCR检测结果如图6所示,PCR扩增的灵敏度是104cfu/mL(相当于20菌/反应),荧光定量PCR和显色LAMP的灵敏度都是103cfu/mL(相当于2菌/反应),显色LAMP与荧光定量PCR灵敏度相当,比PCR高10倍。
实施例8:
本实施例用来说明本发明引物组的特异性。
收集试验方法:收集肠道常见菌(沙门氏菌除外)23株(表5),将这些菌株与鼠伤寒沙门氏菌菌株分别进行培养,参照实施1方法和反应体系进行细菌浓度配制、提取细菌DNA、选用引物组A进行显色LAMP扩增。
检测结果如图8所示:图8中,第1~22管分别为金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、粪链球菌、溶血性链球菌、铜绿假单孢菌、蜡样芽孢杆菌、蕈样芽孢杆菌、单核增生李斯特菌、英诺克李斯特菌、伊氏李斯特菌、痢疾志贺氏菌、鲍氏志贺氏菌、福氏志贺氏菌、致病性大肠埃希氏菌、致泻大肠埃希氏菌、产肠毒素大肠埃希氏菌、克雷伯氏菌、阪崎克罗诺杆菌、小肠结肠炎耶、假结核耶尔森氏菌、创伤弧菌、副溶血弧菌、溶藻弧菌;第23管为伤寒沙门氏菌,NTC为阴性对照。
表5本发明引物组的特异性试验所用菌株及检测结果
注:1、CGMCC:中国普通微生物菌种保藏中心,CICC:中国工业微生物菌种保藏管理中心,CMCC:中国医学细菌菌种保藏管理中心,ATCC:美国模式培养物集存库。2、“+”为阳性结果,“-”为阴性结果。
检测结果仅有鼠伤寒沙门氏菌菌株扩增反应后的产物呈现为蓝绿色,为阳性结果。而其他非沙门氏菌菌株及阴性对照扩增反应后的产物均呈现为蓝紫色,为阴性结果。表明本发明引物组具有良好的沙门氏菌菌株特异性,即只有沙门氏菌菌株扩增阳性,其他非沙门氏菌菌株为阴性。表明本发明的快速检测沙门氏菌的LAMP引物组具有较高的特异性,与其他杂菌无交叉反应。
以上实施例仅用以说明本发明的技术方案,而非对其限制;尽管参照前述实施例对本发明进行了详细的说明,本领域的普通技术人员应当理解:其依然可以对前述各实施例所记载的技术方案进行修改,或者对其中部分技术特征进行等同替换;而这些修改或者替换,并不使相应技术方案的本质脱离本发明各实施例技术方案的精神和范围。
SEQUENCE LISTING
<110> 温和心
龙英全
蒋荣华
<120> 快速检测沙门氏菌的LAMP引物组及其应用
<130> 1
<160> 14
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
tgagatccgt gttgaacaa 19
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
agacagtggt aaagctcatc 20
<210> 3
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
gccaaaggaa acaacttcat cgttacggtc tattttgatt tgatgc 46
<210> 4
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 4
catcagcaag gaagcagtca gccgcaacac atagccaag 39
<210> 5
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 5
ccgtcagctt tggtcgtaa 19
<210> 6
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 6
cggcgaatga gacgcttaa 19
<210> 7
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 7
accgaccgcg ttatcatcac tgaaaatcgc ctccagctga tc 42
<210> 8
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 8
ctacggtaat cgttccctgg cgacaggctg actcaggtgc 40
<210> 9
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 9
tcgcaccgtc aaaggaaccg taaagc 26
<210> 10
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 10
gcattatcga tcagtaccag ccgtct 26
<210> 11
<211> 331
<212> DNA
<213> 沙门氏菌
<400> 11
tcgcaccgtc aaaggaaccg taaagctggc tttctctttc cagtacgctt cgccgttcgc 60
gcgcggcatc cgcatcaata ataccggcct tcaaatcggc atcaatactc atctgtttac 120
cgggcatacc atccagagaa aatcgggccg cgacttccgc gacgcgttct gaacctttgg 180
taataacgat aaactggacc acggtgacaa tagagaagac aacaaaaccc accgccaggc 240
tatcgccaat aacgaattgc ccgaacgtgg cgataatttc accggcatca gcttcaatca 300
agataagacg gctggtactg tccgataatg c 331
<210> 12
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 12
ctcaccagga gattacaaca tgg 23
<210> 13
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 13
agctcagacc aaaagtgacc atc 23
<210> 14
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 14
caccgacggc gagaccgact tt 22

Claims (8)

1.快速检测沙门氏菌的LAMP引物组,其特征在于,所述引物组的核苷酸序列分别如下所示:
引物组A:
上游外引物F3_A:5’-TGAGATCCGTGTTGAACAA-3’(SEQ ID NO:1);
下游外引物B3_A:5’-AGACAGTGGTAAAGCTCATC-3’(SEQ ID NO:2);
上游内引物FIP_A:5’-GCCAAAGGAAACAACTTCATCG-TTACGGTCTATTTTGATTTGATGC-3’(SEQIDNO:3);
下游内引物BIP_A:5’-CATCAGCAAGGAAGCAGTCAG-CCGCAACACATAGCCAAG-3’(SEQ IDNO:4);
引物组B:
上游外引物F3_B:5’-CCGTCAGCTTTGGTCGTAA-3’(SEQ ID NO:5);
下游外引物B3_B:5’-CGGCGAATGAGACGCTTAA-3’(SEQ ID NO:6);
上游内引物FIP_B:5’-ACCGACCGCGTTATCATCACTG-AAAATCGCCTCCAGCTGATC-3’(SEQ IDNO:7);
下游内引物BIP_B:5’-CTACGGTAATCGTTCCCTGGCG-ACAGGCTGACTCAGGTGC-3’(SEQ IDNO:8)。
2.一种沙门氏菌LAMP检测试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包含如权利要求1所述的LAMP引物组。
3.如权利要求2所述试剂盒,其特征在于,所述试剂盒中还包括BstDNA聚合酶缓冲液、Bst DNA聚合酶、dNTPs、MgSO4和Betaine。
4.一种使用权利要求1所述引物组或权利要求2-3所述试剂盒快速检测沙门氏菌的方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)提取待测菌的基因组DNA;
(2)以提取的基因组DNA为模板,进行LAMP扩增;
(3)通过判断反应结果是否为阳性,确定待测样品中是否存在沙门氏菌。
5.根据权利要求4所述的快速检测沙门氏菌的方法,其特征在于,所述步骤(2)中的LAMP扩增的反应程序为:
(1)90~98℃热水浴0.5~3min;
(2)50℃水浴反应0.5~3min;
(3)63℃水浴反应0.5~2h;
(4)80℃水浴终止反应1~8min。
6.根据权利要求4所述的快速检测沙门氏菌的方法,其特征在于,所述步骤(2)中LAMP扩增的反应程序为:
(1)95℃热水浴1min;
(2)50℃水浴反应1min;
(3)63℃水浴反应1h;
(4)80℃水浴终止反应2min。
7.根据权利要求4所述的快速检测沙门氏菌的方法,其特征在于,所述步骤(2)中LAMP扩增反应体系中MgSO4的终浓度为 2.5~5 mM/L,dNTPs的终浓度为1mM~4mM/L,F3和B3引物的终浓度为0.05μM/L ~0.5μM/L,FIP和BIP引物的终浓度为0.5~1μM/L,Bst DNA聚合酶的终浓度为0.2~2 U/μL,Betaine的终浓度为0.5~3 M/L。
8.根据权利要求4-7任一项所述的快速检测沙门氏菌的方法,其特征在于,所述步骤(2)中LAMP扩增反应体系中MgSO4的终浓度为3.2 mM/L,dNTPs的终浓度为1.4mM/L,F3和B3引物的终浓度为0.08μM/L,FIP和BIP引物的终浓度为0.64μM/L,Bst DNA聚合酶的终浓度为0.32 U/μL,Betaine的终浓度为0.8 M/L。
CN201710413462.XA 2017-06-05 2017-06-05 快速检测沙门氏菌的lamp引物组及其应用 Pending CN107022638A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201710413462.XA CN107022638A (zh) 2017-06-05 2017-06-05 快速检测沙门氏菌的lamp引物组及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201710413462.XA CN107022638A (zh) 2017-06-05 2017-06-05 快速检测沙门氏菌的lamp引物组及其应用

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN107022638A true CN107022638A (zh) 2017-08-08

Family

ID=59528657

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201710413462.XA Pending CN107022638A (zh) 2017-06-05 2017-06-05 快速检测沙门氏菌的lamp引物组及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN107022638A (zh)

Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109182467A (zh) * 2018-08-24 2019-01-11 暨南大学 基于数字lamp技术检测沙门氏菌的引物及其试剂盒与方法
CN109402271A (zh) * 2017-08-14 2019-03-01 中国科学院微生物研究所 用于检测沙门氏菌的引物系统和试剂盒以及他们的应用和检测沙门氏菌的方法
CN110029180A (zh) * 2019-04-16 2019-07-19 北京勤邦生物技术有限公司 一种沙门氏菌的lamp引物组及检测方法
CN110218806A (zh) * 2019-06-27 2019-09-10 华南农业大学 沙门菌fimW基因新型可视化LAMP快速检测引物组与试剂盒

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103571943A (zh) * 2013-08-23 2014-02-12 四川农业大学 一种鼠伤寒沙门氏菌的核酸检测方法
EP2712929A1 (de) * 2012-09-27 2014-04-02 BCD Baltic Customized Diagnostics GmbH Verfahren zum Erzeugen eines Probensatzes für ein Nachweisverfahren für Salmonella enterica ssp. enterica
CN106367493A (zh) * 2016-08-30 2017-02-01 上海生物信息技术研究中心 快速恒温检测沙门氏菌的方法、引物及应用
CN106367501A (zh) * 2016-08-30 2017-02-01 上海生物信息技术研究中心 快速恒温检测沙门氏菌的方法、引物及试剂盒
WO2017067942A1 (en) * 2015-10-19 2017-04-27 Institut Pasteur Detection of microbial pathogens related to bacterial infections through amplification especially by rt-lamp

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP2712929A1 (de) * 2012-09-27 2014-04-02 BCD Baltic Customized Diagnostics GmbH Verfahren zum Erzeugen eines Probensatzes für ein Nachweisverfahren für Salmonella enterica ssp. enterica
CN103571943A (zh) * 2013-08-23 2014-02-12 四川农业大学 一种鼠伤寒沙门氏菌的核酸检测方法
WO2017067942A1 (en) * 2015-10-19 2017-04-27 Institut Pasteur Detection of microbial pathogens related to bacterial infections through amplification especially by rt-lamp
CN106367493A (zh) * 2016-08-30 2017-02-01 上海生物信息技术研究中心 快速恒温检测沙门氏菌的方法、引物及应用
CN106367501A (zh) * 2016-08-30 2017-02-01 上海生物信息技术研究中心 快速恒温检测沙门氏菌的方法、引物及试剂盒

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
YUKIKO HARA-KUDO ET AL.: ""Loop-mediated isothermal amplification for the rapid detection of Salmonella"", 《FEMS MICROBIOLOGY LETTERS》 *
王瑾等: ""实时荧光环介导等温扩增快速检测鸡肉中沙门氏菌"", 《食品科学》 *
高琳等: ""等温扩增技术在食品中沙门氏菌检测中的应用"", 《食品安全质量检测学报》 *

Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109402271A (zh) * 2017-08-14 2019-03-01 中国科学院微生物研究所 用于检测沙门氏菌的引物系统和试剂盒以及他们的应用和检测沙门氏菌的方法
CN109182467A (zh) * 2018-08-24 2019-01-11 暨南大学 基于数字lamp技术检测沙门氏菌的引物及其试剂盒与方法
CN110029180A (zh) * 2019-04-16 2019-07-19 北京勤邦生物技术有限公司 一种沙门氏菌的lamp引物组及检测方法
CN110218806A (zh) * 2019-06-27 2019-09-10 华南农业大学 沙门菌fimW基因新型可视化LAMP快速检测引物组与试剂盒

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN110964788B (zh) 阪崎克罗诺杆菌的快速恒温检测方法、引物组及应用
Wullings et al. Detection of Ralstonia solanacearum, which causes brown rot of potato, by fluorescent in situ hybridization with 23S rRNA-targeted probes
CN102605055A (zh) 副溶血性弧菌多重定量pcr检测试剂盒及检测方法
CN107022638A (zh) 快速检测沙门氏菌的lamp引物组及其应用
CN107746879A (zh) 检测金黄色葡萄球菌的rpa引物、探针、试剂盒和检测方法
CN106434917A (zh) 一种金黄色葡萄球菌的lamp引物组及检测试剂盒与使用方法
Huang et al. Quadruplex real-time PCR assay for detection and identification of Vibrio cholerae O1 and O139 strains and determination of their toxigenic potential
CN107663545A (zh) 检测小肠结肠炎耶尔森氏菌的引物组及应用
CN107022632A (zh) 一种沙门氏菌检测用引物组、试剂盒及应用
WO2020136595A1 (en) Fast and portable microfluidic detection system as an alternative to salmonella&#39;s classical culture method
CN103484536A (zh) 一种快速检测乳中阪崎肠杆菌的试剂盒及其应用
CN112725480B (zh) 一种利用lamp技术快速检测伤寒沙门氏菌的引物组、检测方法、试剂盒
CN110938704A (zh) 液态奶中金黄色葡萄球菌和沙门氏菌的lamp同步检测方法及试剂盒
CN106434915A (zh) 一种单核细胞增生李斯特氏菌的lamp引物组及检测试剂盒与使用方法
CN110079622A (zh) 基于lamp法检测肺炎克雷伯菌的试剂盒
Suárez et al. New PCR-based assay for the identification of Pectobacterium carotovorum causing potato soft rot
CN107904320A (zh) 检测志贺氏氏菌环介导恒温扩增试验引物组及其应用
CN106434887A (zh) 快速恒温检测金黄色葡萄球菌的方法、引物及试剂盒
Kheiri et al. Multiplex PCR for detection of water-borne bacteria
RU2642313C1 (ru) НАБОР ПРАЙМЕРОВ И СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ БАКТЕРИИ ВИДА Dickeya solani
KR20150143347A (ko) 장출혈성 대장균의 시가독소 유전자형을 판별하기 위한 고감도 실시간 다중 등온증폭반응용 프라이머 세트 및 이를 이용한 장출혈성 대장균의 시가독소 유전자형의 판별 방법
Abulreesh Efficacy of two commercial systems for identification of clinical and environmental Escherichia coli
CN116970725A (zh) 一种金黄色葡萄球菌SasG基因的恒温扩增快速检测方法
CN105177133B (zh) 对霍乱弧菌o6,o4,o7和o15特异的核苷酸及其应用
Almola Molecular Study of Acinetobacter baumannii that Lacking Some Essentials Genes Responsible of Toxin-Antitoxin System

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
RJ01 Rejection of invention patent application after publication

Application publication date: 20170808

RJ01 Rejection of invention patent application after publication