CN106916898A - 一种乳液中进行环介导等温扩增的数字miRNA分析方法 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了一种乳液中进行环介导等温扩增的数字miRNA分析方法。本发明的技术方案是以引物标记的磁珠为载体,在稳定的乳液液滴中发生环介导等温扩增反应,磁珠在反应后生成大量的扩增产物并捕捉与之互补的荧光标记引物,破乳后收集反应磁珠,通过显微镜和流式细胞仪对目标DNA/mRNA实现数字核酸分析的目的。本发明所述的数字miRNA分析方法的建立为基因诊断和基因治疗等研究提供了一种工艺简单、信号稳定、具有较高的灵敏度与准确性的数字miRNA分析手段。
Description
技术领域
本发明属于分子生物学技术领域,尤其是涉及一种乳液中进行环介导等温扩增的数字miRNA分析方法。
背景技术
乳液PCR的原理简单来说是通过单链DNA模板与捕获磁珠结合后,PCR反应试剂与油相混合形成乳液,得到一系列皮升大小的小液滴-小而独立的反应室。在这个微小的反应室中进行扩增反应,扩增后的产物富集在磁珠上,通过离心和磁分离收集磁珠,洗脱后对磁珠上的PCR产物进行测序。该技术可将样品稀释到单分子水平,并平均分配到几十至几万个单元中进行反应,最后通过直接计数或泊松分布公式计算得到样品的原始浓度或含量。
然而,目前数字PCR技术的由于PCR反应在乳液中的扩增效率不高,导致磁珠捕获扩增产物进行荧光标记后信号放大效果有限,通常需要对信号进行二次放大等步骤,需要使用更为精密的仪器以及较昂贵的控温设备,这在一定程度上制约了其在核酸数字定量上的发展。
发明内容
针对现有技术存在的不足,本发明旨在提出一种乳液中进行环介导等温扩增的数字miRNA分析方法,该方法较于乳液PCR有更高的核酸扩增效率和信号放大效果,而且本发明待测的miRNA样本无需预先进行PCR扩增,在扩增反应后直接破乳即可上样分析。
为达到上述目的,本发明的技术方案是这样实现的:
一种用于环介导等温扩增的数字miRNA分析方法的乳液,包括水相和油相:
所述水相由生物素标记的引物与亲和素标记的磁珠复合物、目标miRNA介导的连接DNA模板、荧光标记的引物、反应缓冲溶液、Bst聚合酶按体积比(3~6):(0.5~2):(2~6):(8~13):(3~8)混合均匀;
所述油相由DC5225C、DC749、Ar20按质量比(3~5):(2~4):(2~4)混合均匀;
将所述水相和油相按体积比1:2~1:3加入反应管中研磨,得到稳定乳液。
进一步的,乳液在环介导等温扩增的数字miRNA分析方法中的应用。
进一步的,所述的乳液进行环介导等温扩增的数字miRNA分析方法包括如下步骤:
(1)制备引物标记的磁珠;
(2)以目标miRNA为模板设计两条DNA发夹探针H1和H2;
(3)在目标存在的情况下,目标miRNA与H1和H2退火杂交,用连接酶将H1和H2连接形成双哑铃DNA结构;
(4)配制乳液;
(5)将反应管放入恒温水浴槽中,在55℃~65℃下反应4~6小时,得到磁性颗粒-环介导等温扩增产物-荧光标记引物的复合物;
(6)在反应管中加入1毫升异丙醇,破乳洗涤两次,离心后弃去上清收集磁珠;
(7)将步骤(4)得到的磁珠进行显微镜检测,对产生荧光信号的磁珠进行计数;
(8)将步骤(4)得到的磁珠进行流式检测,对产生荧光信号的磁珠进行计数。
进一步的,步骤(1)所述制备引物标记的磁珠是通过如下步骤制备的:
在离心管中用TES缓冲液洗涤链霉亲和素包被的直径为0.5~2μm的磁珠,洗涤两次后,向磁珠中加入7~15μM生物素标记的引物,室温下孵育15~30分钟,得到制备生物素标记的引物与亲和素标记的磁珠复合物;
进一步的,所述水相由生物素标记的引物与亲和素标记的磁珠复合物、目标miRNA介导的连接DNA模板、荧光标记的引物、反应缓冲溶液、Bst聚合酶按体积比3:1:4:10:6混合均匀。
相对于现有技术,本发明所述的一种乳液中进行环介导等温扩增的数字miRNA分析方法具有以下优势:
(1)本发明所述的一种乳液中进行环介导等温扩增的数字miRNA分析方法,该方法较于乳液PCR有更高的miRNA扩增效率和信号放大效果,而且miRNA样本无需预先进行PCR扩增,并在扩增反应后直接破乳即可上样分析。
(2)本发明所述的一种乳液中进行环介导等温扩增的数字miRNA分析方法,此方法对目标序列没有依赖性,只要进行配套的引物设计即可开展目标miRNA的数字分析
(3)本发明所述的一种乳液中进行环介导等温扩增的数字miRNA分析方法,该方法不需要复杂的芯片、温控设备等成本较高的设备即可完成对miRNA的数字分析,简化了实验步骤,利用环介导等温扩增的优势缩短了时间、提高了效率,为基因诊断和基因治疗等研究提供了一种工艺简单、信号稳定、具有较高的灵敏度与准确性的数字miRNA分析手段。
附图说明
构成本发明的一部分的附图用来提供对本发明的进一步理解,本发明的示意性实施例及其说明用于解释本发明,并不构成对本发明的不当限定。在附图中:
图1中为整个分析方法的流程图;
图2为磁珠在乳液中的反应原理图;
图3为乳液的显微镜成像图,白色箭头标记为引物标记的磁珠;
图4为破乳收收集磁珠的显微镜成像图;
图5为流式细胞计数图;
具体实施方式
下面结合实施例及附图来详细说明本发明。
实施例1基于环介导等温扩增的数字分析方法检测miRNA
(1)引物设计:针对miRNA设计环介导等温扩增引物。序列如下:
(2)制备引物标记的磁珠:
在1.5毫升微量离心管中,用100μL TES缓冲液(20mMTris-HCl,pH值7.5;1MNaCl)洗涤100μL(7-12×108)链霉亲和素包被的直径1μm磁珠。每次洗涤后,将管放在磁铁上1分钟以浓缩珠子然后用吸管除去上清液,洗涤2次后重新悬浮在100μLTES缓冲液中。取10μM生物素标记的引物加入磁珠中,室温下孵育15~30分钟。反应后的磁珠用100μL TES缓冲液洗涤三次,备用。
(2)以目标miRNA为模板设计两条DNA发夹探针H1和H2;
(3)在目标存在的情况下,目标miRNA与H1和H2退火杂交,用连接酶将H1和H2连接形成双哑铃DNA结构;
(4)制备乳液:a、水相制备:将生物素标记的引物(FIP)-链霉亲和素磁珠复合物3μL,目标miRNA介导的连接DNA模版(5μM)、BP(5μM)各4μL,荧光标记的引物BIP(40μM)4μL,Thermopol(10X)缓冲溶液10μL,目标miRNA1μL、MgSO4(10mM)4μL,dNTP(10mM)14μL,BSA(1mg/mL)1μL,Bst2.0Warmstart聚合酶6μL,混合均匀,加灭菌超纯水至100μL。b、油相制备:将DC5225C、DC749、Ar20以质量比为40%、30%、30%混合均匀。c、形成乳液:将一个直径3毫米钢珠加入2毫升的反应管中,加入100μ水相反应液和200μL油相,调整组织研磨器的频率28HZ,研磨时间1min,使其形成水相液滴直径约为3-10μm的稳定乳液,图3中白色箭头标记为引物标记的磁珠。
(5)LAMP反应:将反应管放入恒温水浴中,在63℃下反应1小时,
图4中黑色点为阴性磁珠,说明该磁珠所在的液滴未发生环介导等温扩增
反应,不存在目标miRNA。白色点为阳性磁珠,说明该磁珠所在的液滴
发生了环介导等温扩增反应,存在目标miRNA。
(6)破乳收集磁珠:在反应管中加入1毫升异丙醇,破乳洗涤两次,离心后弃去上清收集磁珠。用100μL TES缓冲液(20mMTris-HCl,pH值7.5;100mMNaCl)洗涤磁珠三次,待测;
(7)显微镜检测:调整荧光显微镜参数,在与荧光标记的内引物匹配的640荧光通道下可以拍摄到产生Cy5荧光信号的磁珠,即为阳性磁珠,得到阳性磁珠的数量与目标miRNA的加入量成正比;
(8)流式检测:调整流式细胞仪参数,对产生Cy5荧光信号的磁珠进行计数,得到阳性磁珠的数量与目标miRNA的加入量成正比,图5中,左峰为阴性磁珠计数,右峰为阳性磁珠计数。
以上所述仅为本发明的较佳实施例而已,并不用以限制本发明,凡在本发明的精神和原则之内,所作的任何修改、等同替换、改进等,均应包含在本发明的保护范围之内。
Claims (5)
1.一种用于环介导等温扩增的数字miRNA分析方法的乳液,其特征在于:包括水相和油相:
所述水相由生物素标记的引物与亲和素标记的磁珠复合物、目标miRNA介导的连接DNA模板、荧光标记的引物、反应缓冲溶液、Bst聚合酶按体积比(3~6):(0.5~2):(2~6):(8~13):(3~8)混合均匀;
所述油相由DC5225C、DC749、Ar20按质量比(3~5):(2~4):(2~4)混合均匀;
将所述水相和油相按体积比1:2~1:3加入反应管中研磨,得到稳定乳液。
2.如权利要求1所述的乳液在环介导等温扩增的数字miRNA分析方法中的应用。
3.一种利用如权利要求1所述的乳液进行环介导等温扩增的数字miRNA分析方法,其特征在于:包括如下步骤:
(1)制备引物标记的磁珠;
(2)以目标miRNA为模板设计两条DNA发夹探针H1和H2;
(3)在目标存在的情况下,目标miRNA与H1和H2退火杂交,用连接酶将H1和H2连接形成双哑铃DNA结构;
(4)配制乳液;
(5)将反应管放入恒温水浴槽中,在55℃~65℃下反应4~6小时,得到磁性颗粒-环介导等温扩增产物-荧光标记引物的复合物;
(6)在反应管中加入1毫升异丙醇,破乳洗涤两次,离心后弃去上清收集磁珠;
(7)将步骤(4)得到的磁珠进行显微镜检测,对产生荧光信号的磁珠进行计数;
(8)将步骤(4)得到的磁珠进行流式检测,对产生荧光信号的磁珠进行计数。
4.根据权利要求3所述的一种乳液中进行环介导等温扩增的数字miRNA分析方法,其特征在于:步骤(1)所述制备引物标记的磁珠是通过如下步骤制备的:
在离心管中用TES缓冲液洗涤链霉亲和素包被的直径为0.5~2μm的磁珠,洗涤两次后,向磁珠中加入7~15μM生物素标记的引物,室温下孵育15~30分钟,得到制备生物素标记的引物与亲和素标记的磁珠复合物;
5.根据权利要求1所述的一种用于环介导等温扩增的数字miRNA分析方法的乳液,其特征在于:所述水相由生物素标记的引物与亲和素标记的磁珠复合物、目标miRNA介导的连接DNA模板、荧光标记的引物、反应缓冲溶液、Bst聚合酶按体积比3:1:4:10:6混合均匀。
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---|---|
CN (1) | CN106916898A (zh) |
Cited By (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN107130031A (zh) * | 2017-05-22 | 2017-09-05 | 湖南融健基因生物科技有限公司 | 一种乳液中进行环介导等温扩增的数字核酸分析方法 |
CN107447031A (zh) * | 2017-09-18 | 2017-12-08 | 湖南融健基因生物科技有限公司 | 一种乳液中进行环介导等温扩增的突变核酸数字分析方法 |
CN109321637A (zh) * | 2018-10-31 | 2019-02-12 | 武汉利恩达医疗科技有限公司 | 一种病原体核酸捕获扩增检测方法 |
CN113322354A (zh) * | 2021-07-19 | 2021-08-31 | 中国科学院大学宁波生命与健康产业研究院 | 一种检测2019-nCoV的CDA引物组、试剂盒及其应用 |
CN113337583A (zh) * | 2021-06-09 | 2021-09-03 | 湖南大学 | 一种多重目标核酸的微滴式数字检测方法 |
Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN102329790A (zh) * | 2011-09-28 | 2012-01-25 | 河南省农业科学院 | 双标记核酸恒温扩增方法及检测试纸条 |
CN105671031A (zh) * | 2016-03-15 | 2016-06-15 | 北京百迈客生物科技有限公司 | 基于乳液pcr的大片段单分子簇扩增技术 |
CN105821138A (zh) * | 2016-05-12 | 2016-08-03 | 陕西师范大学 | 一种基于连接反应构建双茎环结构dna模板检测核酸的方法 |
CN106148549A (zh) * | 2016-08-31 | 2016-11-23 | 湖南大学 | 一种基于连接的环介导等温扩增技术用于基因突变检测方法 |
-
2017
- 2017-05-04 CN CN201710306681.8A patent/CN106916898A/zh active Pending
Patent Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN102329790A (zh) * | 2011-09-28 | 2012-01-25 | 河南省农业科学院 | 双标记核酸恒温扩增方法及检测试纸条 |
CN105671031A (zh) * | 2016-03-15 | 2016-06-15 | 北京百迈客生物科技有限公司 | 基于乳液pcr的大片段单分子簇扩增技术 |
CN105821138A (zh) * | 2016-05-12 | 2016-08-03 | 陕西师范大学 | 一种基于连接反应构建双茎环结构dna模板检测核酸的方法 |
CN106148549A (zh) * | 2016-08-31 | 2016-11-23 | 湖南大学 | 一种基于连接的环介导等温扩增技术用于基因突变检测方法 |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
DEVIN DRESSMAN等: "Transforming single DNA molecules into fluorescent magnetic particles for detection and enumeration of genetic variations", 《PROC NATL ACAD SCI U S A.》 * |
HUI TIAN等: "Precise Quantitation of MicroRNA in a Single Cell with Droplet Digital", 《ANAL. CHEM.》 * |
Cited By (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN107130031A (zh) * | 2017-05-22 | 2017-09-05 | 湖南融健基因生物科技有限公司 | 一种乳液中进行环介导等温扩增的数字核酸分析方法 |
CN107447031A (zh) * | 2017-09-18 | 2017-12-08 | 湖南融健基因生物科技有限公司 | 一种乳液中进行环介导等温扩增的突变核酸数字分析方法 |
CN109321637A (zh) * | 2018-10-31 | 2019-02-12 | 武汉利恩达医疗科技有限公司 | 一种病原体核酸捕获扩增检测方法 |
CN113337583A (zh) * | 2021-06-09 | 2021-09-03 | 湖南大学 | 一种多重目标核酸的微滴式数字检测方法 |
CN113322354A (zh) * | 2021-07-19 | 2021-08-31 | 中国科学院大学宁波生命与健康产业研究院 | 一种检测2019-nCoV的CDA引物组、试剂盒及其应用 |
CN113322354B (zh) * | 2021-07-19 | 2022-03-22 | 国科宁波生命与健康产业研究院 | 一种检测2019-nCoV的CDA引物组、试剂盒及其应用 |
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