CN106661543A - 经遗传修饰的细菌和用于细菌的遗传修饰的方法 - Google Patents

Abstract

微生物可以被遗传修饰以表达对哺乳动物有益的生物分子和/或以显著减少或消除有害的毒力因子的表达。可以通过引入诱导型启动子来任选地调节这样的经遗传修饰的微生物的生长和存活力，所述诱导型启动子调节对这些微生物的生长和存活是必需的蛋白质的表达。在本发明中公开了包含此类经遗传修饰的微生物的组合物以及制备和使用这些组合物的方法。

Description

经遗传修饰的细菌和用于细菌的遗传修饰的方法

相关申请

本申请要求于2014年6月17日提交的美国临时专利申请No.62/013,159的优先权。上述申请的全部内容通过引用并入本文，包括所有文本、表格、序列表和附图。

序列表

本申请随同序列表提交。序列表以ASCII格式通过EFS-Web以文本文件的形式以电子形式提交。所述ASCII拷贝在2015年6月16日创建，命名为XycrobeSeqListing0439565.1.txt，大小为806kb，其全部内容通过引用并入本文。

介绍

本公开涉及包含经遗传修饰的微生物的组合物，制备经遗传修饰的微生物的方法及其用途。在一些方面，本文所述的主题涉及皮肤病学领域和用于局部皮肤病用途的组合物。

发明内容

本发明提供了经遗传修饰的微生物。在具体实施方案中，微生物是丙酸杆菌属的细菌。在各个方面，丙酸杆菌属的经遗传修饰的细菌包含编码哺乳动物生长因子或哺乳动物细胞因子的核酸。在一些方面，生长因子是激素。在某些方面，生长因子是人激素或牛激素。在某些实施方案中，生长因子是促生长素。在一些实施方案中，生长因子包括SEQ IDNO:45，SEQ ID NO:46，SEQ ID NO:47，SEQ ID NO:48或SEQ ID NO:49。在某些实施方案中，生长因子是由细菌分泌的。在一些实施方案中，生长因子是人生长因子。在某些实施方案中，生长因子是转化生长因子β(TGF-β)、血管内皮生长因子(VEGF)、肝细胞生长因子(HGF)、成纤维细胞生长因子(FGF)、胰岛素样生长因子-1(IGF1)、血小板衍生生长因子(PDGF)、粒细胞单核细胞集落刺激因子(GMCSF)、表皮生长因子(EGF)和/或人生长激素(HGH)。生长因子可以是包含SEQ ID NO:63至SEQ ID NO:69中的任一种的转化生长因子。在一些实施方案中，生长因子是包含SEQ ID NO:70的肝细胞生长因子。在一些实施方案中，生长因子是包含SEQ ID NO:71至SEQ ID NO:91中的任一种的血管内皮生长因子(VEGF)。在一些实施方案中，生长因子是包含SEQ ID NO:93至SEQ ID NO:102中的任一种的血小板衍生生长因子(PDGF)。在某些实施方案中，生长因子是包含SEQ ID NO:103至SEQ ID NO:106中的任一种的表皮生长因子(EGF)。在一些实施方案中，成纤维细胞生长因子(FGF)包含SEQ ID NO:107至SEQ ID NO:144中的任一种。在一些实施方案中，一种或多种细菌分泌哺乳动物生长因子或哺乳动物细胞因子。在一些实施方案中，哺乳动物细胞因子是免疫抑制性细胞因子。在一些实施方案中，哺乳动物细胞因子是人细胞因子。在某些实施方案中，细胞因子选自白介素-10(IL-10)、白介素-6(IL-6)、白介素-7(IL-7)和白介素-8(IL-8)。在一些实施方案中，细胞因子选自SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27和SEQ ID NO:28。在一些实施方案中，哺乳动物细胞因子包括IL-10。在一些实施方案中，IL-10包含SEQID NO:25。

在一些实施方案中，丙酸杆菌属包括选自由产酸丙酸杆菌(Propionibacteriumacidifaciens)、产丙酸丙酸杆菌(Propionibacterium acidipropionici)、痤疮丙酸杆菌(Propionibacterium acnes)、澳大利亚丙酸杆菌(Propionibacterium australiense)、贪婪丙酸杆菌(Propionibacterium avidum)、环己酸丙酸杆菌(Propionibacteriumcyclohexanicum)、费氏丙酸杆菌(Propionibacterium freudenreichii)、费氏丙酸杆菌(Propionibacterium freudenreichii)、颗粒丙酸杆菌(Propionibacteriumgranulosum)、詹氏丙酸杆菌(Propionibacterium jensenii)、微嗜氧丙酸杆菌(Propionibacterium microaerophilum)、丙酸丙酸杆菌(Propionibacteriumpropionicum)和特氏丙酸杆菌(Propionibacterium thoeniiand)组成的群组中的物种。在一些实施方案中，痤疮丙酸杆菌的菌株包含CRISPR(成簇的规律间隔的短回文重复)阵列。在一些实施方案中，痤疮丙酸杆菌的菌株是痤疮丙酸杆菌，II型，核糖体型6(R6Type IIP.acnes)。

在一些实施方案中，核酸包含配置为调节哺乳动物生长因子或哺乳动物细胞因子的表达的诱导型启动子。在一些实施方案中，核酸包含配置为指导哺乳动物生长因子或哺乳动物细胞因子的表达的内源启动子。在一些实施方案中，在一种或多种经遗传修饰的细菌中显著减少或消除了内源性致病性蛋白的表达。在一些实施方案中，内源性致病性蛋白包含甘油醛3-磷酸脱氢酶(GADPH)蛋白或CAMP2蛋白。在一些实施方案中，一种或多种经遗传修饰的细菌包含调节必需蛋白的表达的诱导型启动子。在某些实施方案中，必需蛋白是合适的管家基因。在某些实施方案中，必需蛋白是合适的染色体复制起始蛋白。在一些实施方案中，必需蛋白选自：染色体复制起始蛋白DnaA、FtsA、FtsI、FtsL、FtsK、FtsN、FtsQ、FtsW、FtsZ(例如丝状温度敏感性生长，在一些实施方案中，具有FTS的基因是编码允许分裂的缩窄环的操纵子)，细胞分裂蛋白(例如ZipA基因)，莽草酸5-脱氢酶(例如AROE，aroE基因)，ATP合酶(例如ATP合酶，F1复合物，β亚基，例如atpD基因)，鸟苷酸激酶(例如gmk)，GMP合酶(例如guaA)，GTP结合蛋白(例如lepA)，重组酶A蛋白(例如recA)，超氧化物歧化酶(例如sodA基因)。在一些实施方案中，诱导型启动子可由糖诱导，例如由乳糖或阿拉伯糖诱导。在一些实施方案中，诱导型启动子可被氨基酸诱导，例如被合成氨基酸诱导。在一些实施方案中，组合物被配置用于局部或粘膜施用于哺乳动物。

在某些实施方案中，经遗传修饰的微生物，例如痤疮丙酸杆菌种的细菌，包含多重遗传修饰。在一特定方面，经修饰的微生物1)表达哺乳动物生长因子，其中分泌哺乳动物生长因子；2)包括指导必需蛋白的表达的诱导启动子，必需蛋白如染色体复制起始蛋白DnaA、FtsA、FtsI、FtsL、FtsK、FtsN、FtsQ、FtsW、FtsZ、ZipA、aroE、atpD、gmk、guaA、lepA、recA、或sodA)；和3)被修饰，使得内源性CAMP2和/或内源性GADPH蛋白的表达被显著减少或消除。在另一个特定方面，经遗传修饰的微生物，例如痤疮丙酸杆菌种的细菌，包含1)人细胞因子，例如IL10，其中分泌细胞因子(例如IL10)；2)包括指导必需蛋白(例如，必需蛋白和/或编码必需蛋白的基因)的表达的诱导型启动子，例如染色体复制起始蛋白DnaA、FtsA、FtsI、FtsL、FtsK、FtsN、FtsQ、FtsW、FtsZ、ZipA、aroE、atpD、gmk、guaA、lepA、recA、orsodA；和3)被修饰，使得内源性CAMP2和/或内源性GADPH蛋白的表达被显著减少或消除。

在某些实施方案中，一种组合物包含一种或多种遗传修饰的微生物，例如包含痤疮丙酸杆菌种的细菌。在具体方面，一种组合物包括2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多种的例如痤疮丙酸杆菌种的细菌，其中的每一种以不同方式经遗传修饰。例如，组合物的第一经遗传修饰的微生物可以表达细胞因子，例如表达IL-10，IL-6，IL-7或IL-8；并且组合物的第二经遗传修饰的微生物可以表达生长因子，例如表达TGF-β、VEGF、HGF、FGF、IGF1、PDGF、GMCSF、EGF或HGH。这样的组合可以包括一种或多种经遗传修饰的微生物，其中在一种或多种遗传修饰的细菌中显著减少或消除了内源性致病性蛋白的表达，例如甘油醛3-磷酸脱氢酶(GADPH)蛋白或CAMP2蛋白的表达。这样的组合还可以包括一种或多种经遗传修饰的微生物，这样的微生物包括调节必需蛋白的表达的诱导型启动子，例如蛋白选自染色体复制起始蛋白DnaA、FtsA、FtsI、FtsL、FtsK、FtsN、FtsQ、FtsW、FtsZ、ZipA、aroE、atpD、gmk、guaA、lepA、recA和sodA。这样的组合还包括经遗传修饰的微生物，该微生物如痤疮丙酸杆菌种的具有多重遗传修饰的细菌。

在一些实施方案中，经遗传修饰的微生物，例如痤疮丙酸杆菌种的细菌，包含调节必需蛋白表达的诱导型启动子。在某些方面，蛋白质表达通过所存在的糖或糖类似物诱导或刺激，即启动子由糖或糖类似物诱导。

附图说明

附图示出了本技术的一些实施方案，并且不是限制性的。为了清楚和易于说明，附图不是按比例绘制的，在一些情况下，示出了夸大或放大的各个方面，以便于理解特定的实施方案。

图1显示了dnaA-Bs-Cm的质粒图谱：用于构建枯草芽孢杆菌的生长停滞菌株的自连接DNA。

图2显示了18-araRE-ftsOp-erm的质粒图谱：用于构建痤疮丙酸杆菌I的生长停滞菌株的质粒，阿拉伯糖诱导型fts操纵子。

图3显示了18-bgalpro-dnaA-erm-cm的质粒图：用于构建痤疮丙酸杆菌II的生长停滞菌株的质粒，乳糖诱导型dnaA。

图4A显示了蛋白质表达载体pET15-IL10的质粒图谱：用于IL-10的表达载体。

图4B显示了蛋白质表达载体pET15-EGF的质粒图谱：用于EGF的表达载体。

图4C显示了蛋白质表达载体pET15-GH的质粒图谱：用于GH的表达载体。

图5显示了18-CAMPII-erm-cm的质粒图谱：用于构建CAMPII突变痤疮丙酸杆菌菌株的质粒。

图6显示了β-gal pro-IL10的质粒图谱：用于构建乳糖诱导型IL10分泌痤疮丙酸杆菌菌株的质粒。

图7显示了19-CAMPII-sig-IL10的质粒图谱：用于构建痤疮丙酸杆菌的CAMPII突变体和IL-10表达菌株的质粒。

图8显示了19-sig-IL10-gapdh的质粒图谱：用于构建痤疮丙酸杆菌的GAPDH突变体和IL-10表达菌株的质粒。

图9显示了用于构建无标记突变构建体的方案。

图10显示了来自痤疮丙酸杆菌的II型菌株(RecA ATCC 11828，SEQ ID NO:274)的RecA基因和来自痤疮丙酸杆菌的I型菌株(RecA NCTC737，SEQ ID NO:275)的RecA基因的比对。阴影区域指示在相同的碱基位置的核苷酸碱基同一性。所示的编号相对于全长基因中序列的位置。

图11显示了从推定的RT6克隆测序的RecA基因(RecA NCTC737,SEQ ID NO:277；NC_017_41_RecA,SEQ ID NO:278；NC_001_4_RecA,SEQ ID NO:279；NC_003_18_RecA,SEQID NO:280；NC_005_31_RecA,SEQ ID NO:281；NC_007_33_RecA,SEQ ID NO:282；NC_009_34_RecA,SEQ ID NO:283；NC_011_35_RecA,SEQ ID NO:284；NC_015_39_RecA,SEQ ID NO:285；NC_019_43_RecA,SEQ ID NO:286；NC_021_44_RecA,SEQ ID NO:287；NC_023_45_RecA,SEQ ID NO:288；NC_025_46_RecA,SEQ ID NO:289)与来自ATTCC11828菌株的RecA基因(RecA 11828，SEQ ID NO:276)的区域720-1191的比对。阴影区域表示在相同的碱基位置的核苷酸碱基同一性。

图12显示痤疮丙酸杆菌的菌株ATCC11828的16S RNA的SNP序列(SEQ ID NO:290)与从在实施例1中的分离的痤疮丙酸杆菌菌株分离的SNP序列(PA_001_4_16S,SEQ ID NO:291；PA_002_18_16S,SEQ ID NO:292；PA_003_20_16S,SEQ ID NO:293；PA_005_31_16S,SEQID NO:294；PA_007_33_16S,SEQ ID NO:295；PA_008_34_16S,SEQ ID NO:296；PA_009_35_16S,SEQ ID NO:297；PA_011_39_16S,SEQ ID NO:298；PA_013_43_16S,SEQ ID NO:299；PA_014_44_16S,SEQ ID NO:300；PA_015_45_16S,SEQ ID NO:301；PA_017_48_16S,SEQ ID NO:302)的比对。阴影区域表示在相同的碱基位置的核苷酸碱基同一性。

图13显示了在生长培养基中个体的经遗传修饰的痤疮丙酸杆菌的人IL-10(泳道1，IL-10)、人生长激素(泳道2，GH)和人表皮生长因子菌株(泳道3，EGF)的表达。所指示的蛋白质在诱导型LacZ启动子的指导下表达。

图14显示了用于构建生长停滞痤疮丙酸杆菌突变菌株的方案。从枯草芽孢杆菌扩增阿拉伯糖诱导型启动子和调节子的DNA区，并将fts操纵子的片段连接到阿拉伯糖诱导型启动子的下游。将该质粒引入痤疮丙酸杆菌中用于单交换重组以构建阿拉伯糖调节的生长停滞菌株。

图15显示了痤疮丙酸杆菌野生型和生长停滞突变菌株的生长比较。痤疮丙酸杆菌野生型菌株和生长停滞突变菌株划线到含有葡萄糖(1％)和阿拉伯糖(1.5％)的经修饰的增强梭菌培养基上，并在37℃下在厌氧条件下孵育。在第6、10和15天检查这些菌株的菌落大小。

图16显示了经0.1m M IPTG(异丙基-β-D-硫代吡喃半乳糖苷)诱导1.5小时在经遗传修饰的痤疮丙酸杆菌菌株的生长培养基中IL-10(泳道2)的表达。诱导前的生长培养基显示在泳道1中。

具体实施方式

除非本文另有说明，否则本部分中描述的材料对于本申请中的权利要求不是现有技术，并且不因被包括在本部分中而被承认为现有技术。

本文公开了经遗传修饰的微生物和包含经遗传修饰的微生物的组合物。微生物(例如细菌)可以被遗传修饰以表达和/或分泌有益于哺乳动物的生物分子。在某些实施方案中，经遗传修饰的细菌进一步被修饰以显著减少或消除有害的毒力因子(例如毒素或抗原)的表达。在一些实施方案中，可以通过引入包含诱导型启动子的核酸来控制/调节这样的经遗传修饰的微生物的生长和存活力，所述诱导型启动子调节对经修饰的微生物的生长和/或存活是必需的蛋白质的表达。在某些实施方案中，包含这种经遗传修饰的微生物的组合物被配制用于局部递送至哺乳动物的皮肤。

本文所用的微生物或微小生物可以指微观生物体、单细胞生物体或多细胞生物体。微生物的实例可包括但不限于细菌、古细菌、原生动物和真菌。在某些实施方案中，微生物是细菌。

如本文所用的“经遗传修饰的生物体”可以指其中生物体的遗传物质已使用遗传工程技术改变的生物体。术语经遗传修饰还指多重遗传修饰，例如。例如2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个遗传修饰，例如一种微生物，其具有为表达蛋白质而引入的外源基因以及修饰(例如基因敲除)，从而减少编码致病性分子(例如致病性肽或蛋白质)的内源(微生物)基因的表达。

微生物(例如细菌、真细菌、酵母、真菌)可以被遗传修饰以产生一种或多种蛋白质，产生生物治疗，改变代谢，防止过度生长，和/或阻止生物分子的表达。在一些实施方案中，经遗传修饰的生物体是经遗传修饰的微生物。在一些实施方案中，经遗传修饰的生物体是经遗传修饰的细菌。在某些实施方案中，痤疮丙酸杆菌细菌是被遗传修饰的。本领域技术人员应理解，存在多种方式来产生经遗传修饰的生物体，例如通过产生基因敲除、通过引入异源核酸和/或通过产生突变来产生。

在一些实施方案中，使用合适的技术将核酸(例如，基因或其部分)引入微生物中。在一些实施方案中，通过合适的技术用核酸转化微生物。用于将核酸引入微生物的合适技术的非限制性实例包括电穿孔、转导(例如通过噬菌体注射核酸)、显微注射、借助诱导能力(例如借助加入碱性阳离子、铯、锂、聚乙二醇或通过渗透压休克)等或其组合。核酸可以以例如线性或环状质粒的形式引入微生物中。在一些实施方案中，通过使用合适的选择方法(例如选择标记物)选择转化的微生物以将核酸整合到微生物的基因组中。

基因编码特异性蛋白质，其在通过转录和翻译表达后在活微生物中实现特异性生物化学功能。基因有时包括参与产生多肽链的DNA区段，并且有时包括参与基因产物的转录/翻译以及转录/翻译的调节的编码区之前和之后的区域(例如开放阅读框)。必需基因是产生微生物生长和/或存活所必需的多肽(例如，必需蛋白)的内源基因(例如，对于微生物是内源性的)。细菌的必需蛋白质的非限制性实例包括DnaA、FtsA、FtsI、FtsL、FtsK、FtsN、FtsQ、FtsW、FtsZ、ZipA、aroE、atpD、gmk、guaA、lepA、recA和sodA。

本文使用的“基因敲除”是指可以使特异性基因不可操作或无活性的一些遗传技术的组合。在一些实施方案中，基因敲除减少或消除来自基因的多肽的表达。在某些实施方案中，基因的表达被显著减少或消除。显著减少是指当与基因的内源表达水平相比时，基因的表达减少至少80％、至少90％、至少95％或至少98％。可以通过合适的技术(例如，通过测量转录物或所表达的蛋白质水平)确定基因的表达。任何合适的技术可用于在微生物(例如细菌)中产生基因敲除。微生物中的基因敲除可以通过以下技术进行：转座子诱变，体外遗传工程以修饰包含在质粒或细菌人工染色体(BAC)上的基因并将经修饰的构建体移至所研究的生物体，体内同源重组和其它对本领域技术人员而言已知的技术。在某些实施方案中，通过使基因的转录或翻译所必需的内源启动子、操纵子或调节元件失活来敲除基因。在一些实施方案中，通过引入一个或多个使从基因表达的蛋白质的功能不能实现的突变来敲除基因。在某些实施方案中，基因从微生物的基因组中部分或完全去除。在一些实施方案中，通过将基因用不同的基因(例如，异源基因或非功能基因)替换来敲除内源基因。

在一些实施方案中，微生物被遗传修饰以防止致病性分子(例如致病性肽或蛋白质)的分泌。在一些实施方案中，致病分子是毒性分子(例如毒素)。在某些实施方案中，敲除编码致病性分子和/或毒性分子的基因。在某些实施方案中，细菌被遗传修饰以显著减少或消除致病性分子或毒性分子的表达。毒性分子的非限制性实例包括细菌内毒素、细菌外毒素和细菌抗原。细菌抗原是在哺乳动物中诱导免疫应答的任何源自细菌的分子(例如化合物或蛋白质)。在一些实施方案中，致病性分子是Christie-Atkins-Munch-Petersen(CAMP)因子(例如痤疮丙酸杆菌的CAMP因子)。在某些实施方案中，痤疮丙酸杆菌的一种或多种CAMP因子(例如，CAMP1、CAMP2、CAMP3、CAMP4和/或CAMP5)被敲除。在某些实施方案中，痤疮丙酸杆菌细菌被遗传修饰以显著减少或消除一种或多种CAMP因子的表达。在一些实施方案中，致病性分子是细菌甘油醛3-磷酸脱氢酶(GAPDH)(例如痤疮丙酸杆菌的GAPDH)。在某些实施方案中，痤疮丙酸杆菌的一个或多个GAPDH基因被敲除。在某些实施方案中，痤疮丙酸杆菌细菌被遗传修饰以显著减少或消除GAPDH的表达。

在一些实施方案中，微生物被遗传修饰以产生营养缺陷型。在一些实施方案中，微生物被遗传修饰以防止遗传物质的接受。在一些实施方案中，微生物被天然修饰或被遗传修饰以防止遗传物质的捐赠。在一些实施方案中，修饰用于感受态蛋白ComEA的基因以防止遗传物质的捐赠。在一些实施方案中，修饰用于感受态蛋白ComEA的基因以防止遗传物质的接受。在一些实施方案中，修饰用于感受态蛋白ComFA的基因以防止遗传物质的捐赠。在一些实施方案中，修饰用于感受态蛋白ComFA的基因以防止遗传物质的接受。在一些实施方案中，修饰用于感受态蛋白ComA的基因以防止遗传物质的捐赠。在一些实施方案中，修饰用于感受态蛋白ComA的基因以防止遗传物质的接受。在一些实施方案中，修饰用于感受态蛋白质ComK的基因以防止遗传物质的捐赠。在一些实施方案中，修饰用于感受态蛋白质ComK的基因以防止遗传物质的接受。在某些实施方案中，微生物包含CRISPR阵列，或者将CRISPR阵列引入微生物(例如细菌)中以防止或减少从其它微生物接受外来遗传物质。

也可以进行微生物的遗传修饰以向基因组引入非功能性和非有害的改变，其中对微生物没有有害的表型。如本文所述的“遗传标记”是指在基因组中的引入的非功能性序列，以检测经遗传修饰的生物体或微生物的存在。可以使用合适的技术将任何合适的遗传标记掺入经遗传修饰的微生物中。可以进行遗传修饰以便将经遗传修饰的微生物与野生型微生物编目和区分开，并且以便确定环境中经遗传修饰的微生物的存在。经遗传修饰的微生物在环境中可以通过以下方式确定：擦拭含有可疑的经遗传修饰的微生物源，使微生物在最小培养基培养物中生长，获得遗传物质，使用qPCR与特异性引物至目标序列，以及对经遗传修饰的微生物的DNA测序。使用遗传修饰来引入特异性遗传标签可以使得人们能够在有需要的受试者上编目和确定存在的经遗传修饰的微生物。此外，当不再需要微生物时，所述技术可以使得人们能够确定经遗传修饰的微生物不存在于环境中。在一些实施方案中，微生物被遗传修饰以携带用于确定宿主上存在或不存在经遗传修饰的微生物的标记。用于确定经遗传修饰的细菌的繁殖的标记还可以用于分析受试者的微生物群落以确保细菌在治疗期间平衡。

经遗传修饰的微生物可用于分泌生物分子(例如蛋白质)以治疗有需要的受试者的病症。经遗传修饰的微生物可用于治疗有需要的患有皮肤病的受试者。携带用于肽的受控表达的核酸的经遗传修饰的微生物会是有利的，因为它们可以在皮肤上移动并深入到毛孔和毛囊中，从而允许吸收分泌的生物分子。微生物可以配制用于例如一般美容品以及用于一般美容品。

在本文所述的若干实施方案中，经遗传修饰的微生物可用于治疗患有遗传疾病的受试者。在本文的若干实施方案中，经遗传修饰的微生物可用于治疗患有胃疾病的受试者。在本文的若干实施方案中，经遗传修饰的微生物可用于治疗患有自身免疫性疾病的受试者。在若干实施方案中，经遗传修饰的微生物可用于治疗用抗凝血剂治疗的受试者。在若干实施方案中，经遗传修饰的微生物可用于治疗患有血友病的受试者。用于治疗的包括用于肽的核酸的经遗传修饰的微生物可以联合使用以满足有需要的受试者的需求。在一些实施方案中，第二种经遗传修饰的微生物可用于治疗有需要的受试者。在一些实施方案中，第三种经遗传修饰的微生物可用于治疗有需要的受试者。在一些实施方案中，多于三种的经遗传修饰的微生物可用于治疗有需要的受试者。

在某些实施方案中，经遗传修饰的微生物包含核酸(例如基因)，其中基因的表达受启动子调节。通常在相对于目标基因的合适位置处引入启动子。例如，启动子(例如诱导型启动子)通常位于目标基因的转录起始位点5'。在某些实施方案中，核酸包括启动基因(例如异源基因或内源基因)表达所必需的启动子和/或调节元件。启动子可以是内源启动子、异源启动子或其组合。在一些实施方案中，启动子是组成型启动子(例如，T7、SP6、T3或任何合适的组成型启动子)。在一些实施方案中，微生物被遗传改变以包括在诱导型启动子的控制下的基因(例如，目标基因，必需基因)。诱导型启动子通常是指导基因的条件表达的核酸序列。诱导型启动子可以是内源启动子、异源启动子或其组合。诱导型启动子可以包含操纵子系统。诱导型启动子通常被配置成调节基因(例如，目标基因，必需基因)的表达。在某些实施方案中，诱导型启动子包含一个或多个基因、调节元件和/或基因产物(例如诱导型系统)。在一些实施方案中，诱导型启动子需要存在某些化合物、营养物、氨基酸、糖、肽、蛋白质或条件(例如光、氧、热、冷)以诱导基因活性(例如转录)。在某些实施方案中，诱导型启动子包含一个或多个阻遏物元件。在一些实施方案中，诱导型启动子(例如，包含阻遏物元件的启动子)要求某些化合物、营养物、氨基酸、糖、肽、蛋白质或条件不存在以诱导基因活性(例如转录)。任何合适的诱导型启动子、系统或操纵子可用于调节基因(例如，必需基因)的表达。诱导型启动子的非限制性实例包括乳糖调节系统(例如乳糖操纵子系统)、糖调节系统、金属调节系统、类固醇调节系统、醇调节系统、IPTG诱导系统、阿拉伯糖调节系统(例如阿拉伯糖操纵子系统，例如，ARA操纵子启动子、pBAD、pARA、P_ARAE、_ARAE、_ARAR-P_araE、其部分、其组合等)，合成的氨基酸调节系统(例如参见Rovner AJ,et al.,(2015)Nature518(7537):89-93)、果糖阻遏物、tac启动子/操纵子(pTac)、色氨酸启动子、PhoA启动子、recA启动子、proU启动子、cst-1启动子、tetA启动子、cadA启动子、nar启动子、P_L启动子、cspA启动子、类似物或其组合。在某些实施方案中，启动子包含Lac-Z(LacZ)启动子或其部分。在一些实施方案中，启动子包含Lac操纵子或其部分。在一些实施方案中，诱导型启动子包含阿拉伯糖(ARA)操纵子启动子或其部分。在某些实施方案中，诱导型启动子包含阿拉伯糖启动子或其部分。阿拉伯糖启动子可以从任何合适的细菌获得。在某些实施方案中，诱导型启动子包含大肠杆菌或枯草芽孢杆菌的阿拉伯糖操纵子。在某些实施方案中，诱导型启动子通过存在的糖或其类似物而被激活。糖和糖类似物的非限制性实例包括乳糖、阿拉伯糖(例如L-阿拉伯糖)、葡萄糖、蔗糖、果糖、IPTG等。

为了测量安全性，也可以对用于生产生物分子的微生物的使用进行控制。在一些实施方案中，经遗传修饰的微生物被工程化为营养缺陷型，其中微生物的生长和/或存活取决于存在的必需营养素。在一些实施方案中，本文的组合物包含这种必需营养素。营养缺陷型可以通过所提供的营养物质的消耗来控制，以防止微生物过度生长，或从环境中除去微生物。例如，对于Trp营养缺陷型，供应的色氨酸可以被去除或耗尽以便减缓微生物生长或从环境中完全去除微生物。在Lys营养缺陷型的情况下，例如，可以从环境中除去所提供的赖氨酸以减缓Lys营养缺陷型的生长或将其从环境中完全除去。在某些实施方案中，组合物包含氨基酸，例如赖氨酸(Lys)或色氨酸(Trp)。在一些实施方案中，所提供的营养物可以作为化合物施用于活化的局部组合物中，以便根据需要将微生物保持在环境中。

本文公开了制备用于受控表达用于治疗的肽的核酸的方法。用于治疗的肽的基因转录物可以通过本领域技术人员已知的标准分子克隆技术合成，并且可以用于转化微生物以携带经编码的目标基因转录物。在某些实施方案中，诱导型启动子包含操纵子。在一些实施方案中，核酸包括操纵子序列。操纵子可用于控制基因转录物的表达或用于在DNA水平的治疗的肽的表达。在一些实施方案中，操纵子是lac操纵子。在一些实施方案中，操纵子是Trp操纵子。在一些实施方案中，操纵子是阻遏物操纵子。如本文所述的阻遏物操纵子是指由阻遏物控制的操纵子或可以通过结合操纵子或操纵子来抑制一个或多个基因的表达的DNA或RNA结合蛋白。在lac操纵子中，如果存在可结合操纵子并抑制RNA聚合酶结合的乳糖水平，则基因被关闭，从而减少目标基因的转录。trp操纵子也是通过可负抑制反馈机制来工作的阻遏物操纵子。trp操纵子的阻遏物是色氨酸，其可以结合操纵子并防止基因的转录。通过由操纵子控制目标基因的产生，可以通过向微生物提供阻遏物分子来控制所产生的分泌的生物分子的水平来控制用于治疗的肽的产生水平。在一些实施方案中，用于治疗的肽的表达可以通过添加阻遏物分子来抑制。在一些实施方案中，阻遏物分子是色氨酸。在一些实施方案中，阻遏物分子是乳糖。

本文所述的生物分子是指由活生物体产生的任何类型的分子。生物分子可包括但不限于大分子、蛋白质、糖、多糖、脂质、核酸、肽、代谢物、糖脂、甾醇、生长因子、激素、甘油脂、维生素、神经递质、代谢物、酶、单体、低聚物、以及聚合物。生物分子可以由微生物产生。在某些实施方案中，目标基因编码生物分子。在本文所述的若干实施方案中，描述了一些方法，其中经遗传修饰的微生物分泌生物分子。在若干实施方案中，描述了一些方法，其中经遗传修饰的微生物携带催化生物分子的产生的酶。在若干实施方案中，描述了一些方法，其中经遗传修饰的微生物携带催化生产透明质酸的酶。在若干实施方案中，描述了一些方法，其中经遗传修饰的微生物携带催化黑色素的产生的酶。不同类型的生物分子可用于治疗有需要的受试者。在一些实施方案中，受试者患有皮肤病、遗传性疾病、疾病、自身免疫疾病、胃病、老化损伤和血友病。在一些实施方案中，受试者或有需要的受试者患有痤疮。

在某些实施方案中，微生物被遗传修饰以表达和/或分泌生长因子。生长因子可以是哺乳动物生长因子(例如，人生长因子)。

生长因子是天然存在的生物分子，其能够起始和刺激细胞生长，引起细胞传导信号、增殖、愈合和细胞分化。生长因子可以是蛋白质或肽。在一些实施方案中，生长因子是激素(例如哺乳动物激素)。在某些实施方案中，通过引入编码一种或多种生长因子(例如哺乳动物生长因子)的核酸来对细菌进行遗传修饰。编码生长因子的核酸可以包括：驱动生长因子的转录和/或翻译(例如表达)的合适的启动子和/或调节元件，编码生长因子的开放阅读框，以及在一些实施方案中，指导生长因子的微生物分泌的合适的核酸和/或肽元件。在某些实施方案中，通过引入两种或更多种编码一种或多种生长因子(例如，哺乳动物生长因子)的核酸来对细菌进行遗传修饰。在某些实施方案中，通过引入指导一种或多种生长因子(例如，哺乳动物生长因子)的表达的核酸来对细菌进行遗传修饰。在某些实施方案中，细菌被遗传修饰以表达和/或分泌生长因子(例如哺乳动物生长因子)。

生长因子的几个实例包括但不限于血管内皮生长因子(VEGF)、血小板衍生生长因子(PDGF)、肾上腺髓质素(AM)、血管生成素(Ang)、自分泌运动因子、骨形态发生蛋白(BMP)、脑源性神经营养因子(BDNF)、表皮生长因子(EGF)、促红细胞生成素(EPO)、成纤维细胞生长因子(FGF)、神经胶质细胞系衍生的神经营养因子(GDNF)、粒细胞集落刺激因子(G-CSF)、粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)、生长分化因子-9(GDF9)、愈合因子、肝细胞生长因子(HGF)、肝癌衍生生长因子(HDGF)、胰岛素样生长因子(IGF)、迁移刺激因子、肌肉生长抑制素(GDF-8)、神经生长因子(NGF)以及其他神经营养因子、血小板衍生生长因子(PDGF)、血小板生成素(TPO)、转化生长因子(TGF-α)、转化生长因子β(TGF-β)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、血管内皮生长因子(VEGF)、Wnt信号传导通路、胎盘生长因子(PGF)、胎牛生长因子(FBS)、IL-3和IL-6的IL-1-辅因子、IL-2-T细胞生长因子、IL-3、IL-4、IL-5、IL-6和IL-7。在一些实施方案中，经遗传修饰的微生物(例如细菌)分泌生长因子。

转化生长因子β是在许多细胞类型中控制增殖、分化和其他功能的激素。许多细胞合成TGFB1并具有针对它的特异性受体。它积极和消极地调节许多其他生长因子。它在骨重建中起重要作用，因为它是成骨细胞骨形成的有效刺激物，引起定型成骨细胞中的趋化性、增殖和分化。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括转化生长因子β。TGFB可用于一般美容、老化损伤、组织的一般老化，以通过吸引成纤维细胞，并使它们产生细胞外基质而引起更年轻的皮肤，且导致更厚、更年轻的皮肤。在一些实施方案中，转化生长因子β包括SEQ ID NO:63,SEQ ID NO:64,SEQ ID NO:65,SEQ ID NO:66,SEQ ID NO:67,SEQ ID NO:68或SEQ IDNO:69。

肝细胞生长因子/分散因子(HGF/SF)是用于旁分泌细胞生长、运动和形态发生因子的激素。它由间充质细胞和靶分泌，并且可主要作用于上皮和内皮细胞，但也作用于造血祖细胞。已经显示其在胚胎器官发育中，特别是在肌细胞生成中，在成年器官再生和伤口愈合中具有主要作用。

例如，受体酪氨酸-蛋白激酶(MET)可以通过结合肝细胞生长因子/HGF配体将信号从细胞外基质转导到细胞质中。这个过程可以调节许多生理过程，包括增殖、散射、形态发生和存活。在细胞表面的配体结合诱导MET的自磷酸化，在其细胞内结构域上为下游传导信号的分子提供停泊位点。在被配体激活后，存在与PI3-激酶亚基PIK3R1、PLCG1、SRC、GRB2、STAT3或衔接子GAB1的相互作用。通过MET募集这些下游效应物导致几种信号传导级联反应的激活，该级联反应包括RAS-ERK、PI3激酶-KKT或PLCγ-PKC级联反应。RAS-ERK激活与形态发生效应相关，而PI3K/AKT协调促生存效应。在胚胎发育期间，MET信号传导在原肠胚形成、肌肉和神经元前体的发育和迁移、血管生成和肾形成中起作用。在成人中，级联反应参与伤口愈合、以及器官再生和组织重塑。

肝细胞生长因子可用于一般美容，以通过吸引成纤维细胞，并使它们产生细胞外基质而引起更年轻的皮肤，且导致更厚、更年轻的皮肤。该过程还可以促进造血细胞的分化和增殖。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括肝细胞生长因子。在一些实施方案中，肝细胞生长因子包括SEQ ID NO:70。

血管内皮生长因子(VEGF)是由细胞产生的刺激血管形成(vasculogenesis)和血管生成(angiogenesis)的信号蛋白。它是系统的一部分，该部分在血液循环不足时恢复对组织的氧供应。VEGF的正常功能是创建在胚胎发育期间的新血管、损伤后的新血管、运动后的肌肉和绕过阻塞血管的新血管。VEGF可用于一般美容，以通过吸引成纤维细胞并使它们产生细胞外基质而引起更年轻的皮肤，并导致更厚、更年轻的皮肤。

VEGF-A是在血管生成、血管形成和内皮细胞生长中有活性的生长因子。VEGF-A诱导内皮细胞增殖、促进细胞迁移、抑制凋亡和诱导血管的透化。VEGF-A结合FLT1/VEGFR1和KDR/VEGFR2受体、硫酸肝素和肝素。NRP1/神经毡蛋白-1结合同种型VEGF-165和VEGF-145。同种型VEGF165B结合KDR，但不激活下游信号传导通路，不激活血管生成，并抑制肿瘤生长。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括VEGF-A。在一些实施方案中，VEGF-A包括SEQ ID NO:71,SEQ ID NO:72,SEQ ID NO:73,SEQ ID NO:74,SEQ ID NO:75,SEQ ID NO:76,SEQ IDNO:77,SEQ ID NO:78,SEQ ID NO:79,SEQ ID NO:80,SEQ ID NO:81,SEQ ID NO:82,SEQ IDNO:83,SEQ ID NO:84,SEQ ID NO:85,SEQ ID NO:86,或SEQ ID NO:87。

VEGF-B是内皮细胞的生长因子。VEGF-B167结合肝素和神经毡蛋白-1，而与VEGF-B186的神经毡蛋白-1的结合受蛋白水解调节。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括VEGF-B。在一些实施方案中，VEGF-B包括SEQ ID NO:88或SEQ ID NO:89。

VEGF-C是在血管生成和内皮细胞生长中具有活性的生长因子，刺激它们的增殖和迁移，并且还对血管的通透性具有影响。VEGF-C可以在胚胎发生期间的静脉和淋巴血管系统的血管生成中起作用，并且还在维持成年人中分化的淋巴内皮中起作用。VEGF-C可以结合并激活VEGFR-2(KDR/FLK1)和VEGFR-3(FLT4)受体。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括VEGF-C。在一些实施方案中，VEGF-C包括SEQ ID NO:90。

VEGF-D(c-Fos诱导的生长因子或FIGF)是在血管生成、淋巴管生成和内皮细胞生长中具有活性的生长因子，刺激它们的增殖和迁移，并且还对血管的通透性具有影响。VEGF-D可以在胚胎发生期间的静脉和淋巴血管系统的形成中起作用，并且还在维持成年人中分化的淋巴内皮中起作用。VEGF-D可以结合并激活VEGFR-2(KDR/FLK1)和VEGFR-3(FLT4)受体。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括VEGF-D。在一些实施方案中，VEGF-D包括SEQID NO:91。

胎盘生长因子(PGF)是VEGF家族的成员，并且可以在胚胎发生期间在血管生成和血管形成中起作用。PGF在血管生成和内皮细胞生长中具有活性，刺激它们的增殖和迁移。它结合受体FLT1/VEGFR-1。同种型PlGF-2以肝素依赖性方式结合NRP1/神经毡蛋白-1和NRP2/神经毡蛋白-2。PFG还可以促进细胞肿瘤生长。PGF可用于一般美容，以通过吸引成纤维细胞并使它们产生细胞外基质而引起更年轻的皮肤，并导致更厚、更年轻的皮肤。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括PGF。在一些实施方案中，PGF包括SEQ ID NO:92。

血小板衍生生长因子亚基A(PDGFA)在胚胎发育、细胞增殖、细胞迁移、存活和趋化性的调节中起重要作用。PDGFA是间充质起源的细胞的有效促分裂原。PDGFA是在胚胎发生、胃肠道正常发育、Leydig细胞正常发育和精子发生过程中正常肺泡间隔形成所需的。PDGFA是在脊髓和小脑中的正常少突胶质细胞发育和正常髓鞘形成所需的。PDGFA在伤口愈合中起重要作用。传导信号也可以通过与PDGFB形成异二聚体来调节。

PDGFA可用于一般美容，以通过吸引成纤维细胞并使它们产生细胞外基质而引起更年轻的皮肤，并导致更厚、更年轻的皮肤。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括PDGFA。在一些实施方案中，PDGFA包括SEQ ID NO:93或SEQ ID NO:94。

血小板衍生生长因子亚基B(PDGFB)在胚胎发育、细胞增殖、细胞迁移、存活和趋化性的调节中起重要作用。PDGFB是间充质起源的细胞的有效促分裂原。PDGFB是在中枢神经系统、皮肤、肺、心脏和胎盘中的周细胞和血管平滑肌细胞的正常增殖和募集所需的。PDGFB是正常血管发育和肾小球正常发育所需的。PDGFB在伤口愈合中起重要作用。传导信号也可以通过PDGFB与PDGFA形成异二聚体来调节。PDGFB可用于一般美容，以通过吸引成纤维细胞并使它们产生细胞外基质而引起更年轻的皮肤，并导致更厚、更年轻的皮肤。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括PDGFB。在一些实施方案中，PDGFB包括SEQ ID NO:95或SEQ ID NO:96。

血小板衍生生长因子C(PDGFC)在胚胎发育、细胞增殖、细胞迁移、存活和趋化性的调节中起重要作用。PDGFC是间充质起源的细胞的有效促分裂原和化学引诱剂。PDGFC是在胚胎发育期间正常骨骼形成所需的，特别是颅面骨骼的正常发育和腭的正常发育所需的。PDGFC是胚胎发育期间正常皮肤形态发生所需的。PDGFC在伤口愈合中起重要作用，其中其似乎涉及三个阶段：发炎、增殖和重塑。PDGFC在血管生成和血管发育中起重要作用，并且参与纤维化过程，其中发生间质成纤维细胞转化成肌成纤维细胞加上胶原沉积。PDGFC的CUB结构域在冠状动脉平滑肌细胞中具有促有丝分裂活性，这表明超过维持PDGF结构域的潜伏期的作用。在核中，PDGFC似乎具有额外的功能。PDGFC可用于一般美容，以通过吸引成纤维细胞并使它们产生细胞外基质而引起更年轻的皮肤，并导致更厚、更年轻的皮肤。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括PDGFC。在一些实施方案中，PDGFC包括或SEQ ID NO:97，SEQID NO:98，SEQ ID NO:99或SEQ ID NO:100。

血小板衍生生长因子D(PDGFD)在胚胎发育、细胞增殖、细胞迁移、存活和趋化性的调节中起重要作用。PDGFD是间充质来源的细胞的有效促分裂原。PDGFD在伤口愈合中起重要作用。PDGFD在血管生成期间诱导巨噬细胞募集、增加的间质压力和血管成熟。PDGFD可以引发导致肾小球膜增生性肾小球肾炎的事件，包括单核细胞和巨噬细胞的流入和细胞外基质的产生。PDGFD可用于一般美容，以通过吸引成纤维细胞并使它们产生细胞外基质而引起更年轻的皮肤，并导致更厚、更年轻的皮肤。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括PDGFD。在一些实施方案中，PDGFB包括SEQ ID NO:101或SEQ ID NO:102。

用于表皮生长因子(EGF)的基因编码表皮生长因子超家族的成员。所编码的蛋白质合成成为大前体分子，其被蛋白水解切割以产生53个氨基酸的表皮生长因子肽。这种蛋白质作为有效的促有丝分裂因子，在许多细胞类型的生长、增殖和分化中发挥重要作用。这种蛋白质通过结合高亲和力细胞表面受体—表皮生长因子受体而发挥作用。该基因的缺陷是4型低镁血症的原因。该基因的失调与某些癌症的生长和进展有关。选择性剪接导致多个转录物变体和同种型。Pro-EGF可用于一般美容，以通过吸引成纤维细胞并使它们产生细胞外基质而引起更年轻的皮肤，并导致更厚、更年轻的皮肤。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括Pro-EGF。Pro-EGF可以由于可变剪接而具有同种型。在一些实施方案中，Pro-EGF包括SEQ ID NO:103，SEQ ID NO:104，SEQ ID NO:105或SEQ ID NO:106。

成纤维细胞生长因子(FGF)在细胞存活、细胞分裂、血管生成、细胞分化和细胞迁移的调节中起重要作用。FGF可以作为体外的有效的有丝分裂原。FGF可用于一般美容，以通过吸引成纤维细胞并使它们产生细胞外基质而引起更年轻的皮肤，并导致更厚、更年轻的皮肤。有FGF的22种不同的同种型。

在一些实施方案中，用于治疗的肽包括FGF1。在一些实施方案中，FGF1包括SEQ IDNO:107或SEQ ID NO:108。

FGF2具有通过替代起始产生的4种同种型。FGF2在细胞存活、细胞分裂、血管生成、细胞分化和细胞迁移的调节中起重要作用。FGF2作为体外的有效的促分裂原。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括FGF2。在一些实施方案中，FGF2包括SEQ ID NO:109，SEQ ID NO:110，SEQ ID NO:111或SEQ ID NO:112。

FGF3具有1种同种型，并且在胚胎发育、细胞增殖和细胞分化的调节中起重要作用。FGF3是正常耳朵发育所需的。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括FGF3。在一些实施方案中，FGF3包括SEQ ID NO:113。

FGF4可以由于选择性剪接而具有两种同种型。FGF4在细胞存活、细胞分裂、血管生成、细胞分化和细胞迁移的调节中起重要作用。FGF4可以作为体外的有效的促分裂原。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括FGF4。在一些实施方案中，FGF4包括SEQ ID NO:114或SEQID NO:115。

FGF5可以由于选择性剪接而具有两种同种型。FGF5可以在细胞增殖和细胞分化的调节中起重要作用。FGF5是正常调节毛发生长周期所需的。FGF5可以通过促进从毛囊的生长期(生长阶段)进入退化期(凋亡诱导的退化期)而起到毛发伸长的抑制剂的作用。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括FGF5。在一些实施方案中，FGF5包括SEQ ID NO:116或SEQID NO:117。

FGF6同种型在细胞增殖、细胞分化、血管发生和肌发生的调节中起重要作用，并且是正常肌肉再生所需的。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括FGF6。在一些实施方案中，FGF6包括SEQ ID NO:118。

FGF7(角质形成细胞生长因子，KGF)具有一种同种型，并在胚胎发育、细胞增殖和细胞分化的调节中起重要作用。FGF7是正常分支形态发生所需的。该生长因子对角质形成细胞特别有活性。FGF7是正常上皮细胞增殖的可能的主要旁分泌效应子。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括FGF7。在一些实施方案中，FGF7包括SEQ ID NO:119。

FGF8由于选择性剪接而具有四种同种型，并在胚胎发育、细胞增殖、细胞分化和细胞迁移的调节中起重要作用。FGF8是在胚胎发生过程中正常的脑、眼、耳和肢体发育所需的。FGF8是促性腺激素释放激素(GnRH)神经元系统正常发育所需的。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括FGF8。在一些实施方案中，FGF8包括SEQ ID NO:120，SEQ ID NO:121，SEQID NO:122或SEQ ID NO:123。

FGF9具有一种同种型，并在胚胎发育、细胞增殖、细胞分化和细胞迁移的调节中起重要作用。FGF9在发育期间的神经胶质细胞生长和分化，在脑组织的损伤之后的修复和再生期间的神经胶质增生症，神经元细胞的分化和存活，以及神经胶质瘤的生长刺激中会具有作用。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括FGF9。在一些实施方案中，FGF9包括SEQ IDNO:124。

FGF10(KGF2)具有一种同种型，并且在胚胎发育、细胞增殖和细胞分化的调节中起重要作用。FGF10是正常分支形态发生所需的。FGF10可以在伤口愈合中起作用。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括FGF10。在一些实施方案中，FGF10包括SEQ ID NO:125。

FGF11具有一种同种型并参与神经系统发育和功能。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括FGF11。在一些实施方案中，FGF11包括SEQ ID NO:126。

FGF12由于选择性剪接而具有两种同种型，并且参与神经系统的发育和功能。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括FGF12。在一些实施方案中，FGF12包括SEQ ID NO:127或SEQ ID NO:128。

FGF13具有通过选择性剪接产生的5种同种型。FGF13是直接结合微管蛋白并且参与微管的聚合和稳定的微管结合蛋白。通过其对微管的作用，FGF13可以通过负调节轴突和主导过程分支参与轴突的细化。FGF13在大脑皮层和海马中的神经元极化和迁移中起关键作用。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括FGF13。在一些实施方案中，FGF13包括或SEQID NO:129，SEQ ID NO:130，SEQ ID NO:131，SEQ ID NO:132或SEQ ID NO:133。

FGF14具有通过选择性剪接产生的两种同种型，并且参与神经系统的发育和功能。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括FGF14。在一些实施方案中，FGF14包括SEQ ID NO:134或SEQ ID NO:135。

FGF16具有一种同种型，并在胚胎发育、细胞增殖和细胞分化的调节中起重要作用，并且是正常心肌细胞增殖和心脏发育所需的。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括FGF16。在一些实施方案中，FGF16包括SEQ ID NO:136。

FGF17由于选择性剪接而具有两种同种型，并且在胚胎发育的调节中起重要作用且在胚胎脑的诱导和图案化中作为传导信号的分子。FGF17是正常脑发育所需的。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括FGF17。在一些实施方案中，FGF17包括SEQ ID NO:137或SEQID NO:138。

FGF18具有一种同种型，并在细胞增殖、细胞分化和细胞迁移的调节中起重要作用。FGF18是正常骨化和骨发育所需的。FGF18刺激肝和肠的增殖。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括FGF18。在一些实施方案中，FGF18包括SEQ ID NO:139。

FGF19具有一种同种型，并且通过在正调节JNK和ERK1/2级联后下调CYP7A1的表达来参与胆汁酸生物合成的抑制。FGF19刺激脂肪细胞中的葡萄糖摄取。FGF19的活性要求存在KLB和FGFR4。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括FGF19。在一些实施方案中，FGF19包括SEQ ID NO:140。

FGF20具有一种同种型并且作为调节中枢神经发育和功能的神经营养因子起作用。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括FGF20。在一些实施方案中，FGF20包括SEQ IDNO:141。

FGF21具有一种同种型并且通过诱导葡萄糖转运蛋白SLC2A1/GLUT1表达(但不是SLC2A4/GLUT4表达)刺激分化的脂肪细胞中的葡萄糖摄取。FGF21的活性要求存在KLB。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括FGF21。在一些实施方案中，FGF21包括SEQ ID NO:142。

FGF22具有一种同种型，并在空腹反应、葡萄糖体内平衡、脂肪分解和脂肪生成中起作用。FGF22可以在体外刺激细胞增殖，并且可以参与毛发发育。在一些实施方案中，分泌FGF22的细胞可用于治疗秃发。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括FGF22。在一些实施方案中，FGF22包括SEQ ID NO:143。

FGF23具有一种同种型并且是磷酸盐稳态的调节剂。FGF23通过降低SLC34A1水平来抑制肾小管磷酸盐转运，并且可以在KL存在时上调EGR1表达。FGF23直接作用于甲状旁腺以减少PTH分泌。FGF23也是维生素D代谢的调节剂，并且可以负调节成骨细胞分化和基质矿化。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括FGF23。在一些实施方案中，FGF23包括SEQ IDNO:144。

激素是一类在所有生物体中由腺体产生并通过循环系统转运至远处的靶器官以协调其生理学、功能和行为的调节生物化学物质。激素可以充当不同器官和组织之间的主要的通信形式。激素调节各种生理和行为活动，包括消化、新陈代谢、呼吸、组织功能、感觉知觉、睡眠、知觉、压力、生长和发育、运动和繁殖。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括激素。激素可以由患有由受试者中的低激素产生而促成的疾病的受试者使用。在某些实施方案中，通过引入编码激素(例如，哺乳动物激素)的核酸来对细菌进行遗传修饰。在某些实施方案中，细菌被遗传修饰以表达和/或分泌激素(例如，哺乳动物激素)。在某些实施方案中，激素是促生长素。在某些实施方案中，激素是哺乳动物促生长素。在某些实施方案中，激素是牛促生长素或人促生长素。在某些实施方案中，促生长素是生长激素(GH)。

促生长素是在生长控制中起重要作用的激素。它在刺激身体生长中的主要作用是刺激肝脏和其他组织分泌IGF-1。它刺激成肌细胞的分化和增殖。它还刺激肌肉和其他组织中的氨基酸摄取和蛋白质合成。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括促生长素。在一些实施方案中，促生长素包括SEQ ID NO:45，SEQ ID NO:46，SEQ ID NO:47，SEQ ID NO:48或SEQID NO:49。促生长素可以由患有低人促生长素(HGH)产生的受试者或患有低睾酮产生的受试者使用。在一些实施方案中，包含用于表达肽的核酸的细胞包括用于促生长素的氨基酸序列。由于微生物可以具有能够进入真皮的角质层下并进入毛孔的能力的益处，所以，皮肤将具有更好的和增加的机会来吸收这些局部施加物，这是与分子本身通过洗剂或乳膏局部施用的情况相比而言的。向有需要的受试者递送微生物产生的激素的一个益处是，这种方法降低了激素暴露于其他受试者的风险。因为在一些实施方案中，经遗传修饰的微生物经常根据仅提供给有需要的受试者的必需营养物而被工程化。因此，向有需要的受试者递送微生物产生的激素会比提供局部激素的其它方法更安全，其他方法通常可导致不希望有的转移该局部激素到其他受试者。

抗炎剂是减轻炎症的物质或治疗剂。白介素(IL)是一组可以作为传导信号的分子并作为抗炎剂的细胞因子。抗炎剂可以用于有需要的患有炎性病症(例如痤疮)的受试者。分泌抗炎剂的微生物相对于含有抗炎剂的乳膏具有优势，因为微生物具有能够进入真皮的角质层下并进入孔中的能力，从而增大吸收这些抗炎剂的机会。

在一些实施方案中，微生物被遗传修饰以表达和/或分泌抗炎剂。在某些实施方案中，抗炎剂是细胞因子。在一些实施方案中，经遗传修饰的微生物分泌细胞因子。细胞因子的非限制性实例包括IL-4、IL-6、IL-7、IL-8、IL-10和IL-13。在某些实施方案中，通过引入编码一种或多种细胞因子(例如，哺乳动物细胞因子)的核酸来对细菌进行遗传修饰。编码细胞因子的核酸可以包括：驱动细胞因子的转录和/或翻译(例如表达)的合适的启动子和/或调节元件，编码细胞因子的开放阅读框，以及在一些实施方案中，指导细胞因子的微生物分泌的合适的核酸酸和/或肽元件。在某些实施方案中，通过引入编码两种或更多种细胞因子(例如，哺乳动物细胞因子)的两种或更多种核酸来对细菌进行遗传修饰。在某些实施方案中，通过引入指导一种或多种细胞因子(例如，哺乳动物细胞因子)的表达的核酸来对细菌进行遗传修饰。在某些实施方案中，细菌被遗传修饰以表达和/或分泌细胞因子(例如，哺乳动物细胞因子)。

白介素4(IL-4)可参与至少几种B细胞活化过程以及其它细胞类型的活化过程。它是DNA合成的共刺激剂。它诱导II型MHC分子在静息B细胞上的表达。它增强IgE和IgG1的分泌和细胞表面表达。它还调节淋巴细胞和单核细胞上IgE(CD23)的低亲和力Fc受体的表达。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括白介素4或其一部分。在一些实施方案中，白介素4包括SEQ ID NO:24。

白介素10(IL-10)可以抑制许多细胞因子的合成，这些细胞因子包括由活化的巨噬细胞以及由辅助T细胞产生的IFN-γ、IL-2、IL-3、TNF和GM-CSF。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括白介素10或其一部分。在一些实施方案中，白介素10包括SEQ ID NO:25。

白介素13(IL-13)是抑制炎性细胞因子产生的细胞因子。白介素13与白介素2(IL2)协同调节干扰素-γ合成。白介素13在调节炎症和免疫反应中是关键的。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括白介素13或其一部分。在一些实施方案中，白介素13包括SEQ IDNO:26。

白介素-1受体2型(IL1R2)是用于IL1A、IL1B和IL1RN的非传导信号受体。IL1R2降低IL1B活性。在某些实施方案中，细菌被遗传修饰以表达和/或分泌IL1R2。IL1R2可通过与IL1B的竞争性结合并防止其与IL1R1的结合而充当诱饵受体。IL1R2还可以在结合IL1B后通过与IL1RAP的非传导信号缔合来调节细胞反应。IL1R2(膜和分泌形式)优先结合IL1B以及不良地结合IL1A和IL1RN。分泌的IL1R2以高亲和力募集分泌的IL1RAP；这种复合物形成可以是通过分泌/可溶性受体中和IL1B的主要机制。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括IL1R2或其一部分。在一些实施方案中，白介素13包括SEQ ID NO:27或SEQ ID NO:28。

透明质酸或HA/透明质酸是由称为透明质酸合酶的一类内在膜蛋白合成的生物分子，其中脊椎动物有三种类型：HAS1，HAS2和HAS3。它是广泛分布在整个结缔组织、上皮组织和神经组织的阴离子型的糖胺聚糖。透明质酸是非硫酸化的，并在质膜而不是高尔基体(Golgi)中形成，并且可以非常大，分子量通常达到数百万(以KDa计)。细胞外基质的主要成分之一，透明质酸显著促进细胞增殖和迁移，并且还可以参与一些恶性肿瘤的进展。

HAS1催化GlcNAc或GlcUA单糖朝新生透明质酸聚合物的添加。它在透明质酸合成中是基本的，因为透明质酸是大多数细胞外基质的主要组分，其在组织结构中具有结构作用并调节细胞粘附、迁移和分化。

HAS1是催化将GlcNAc或GlcUA单糖添加到透明质酸聚合物的反应的同功酶之一。HAS1还能够基于底物催化壳寡糖的合成。HAS2催化GlcNAc或GlcUA单糖朝新生透明质酸聚合物的添加。HAS2是催化该反应的同功酶之一，并且它特别负责高分子量透明质酸的合成。HAS2是心内膜垫细胞转化为间质细胞所必需的，该转化是心脏发育的关键过程。HAS2也可以在血管形成中发挥作用。高分子量透明质酸也可以在早期接触抑制中起作用，该早期接触抑制是当细胞彼此接触或与细胞外基质接触时停止细胞生长的过程。HAS3催化GlcNAc或GlcUA单糖朝新生透明质酸聚合物的添加。

作为疗法，可以用含有透明质酸钠作为活性成分的处方皮肤洗剂来治疗干燥、鳞状皮肤，其也称为干燥病，例如由特应性皮炎或湿疹引起的干燥病。在本文所述的若干实施方案中，提供了编码乙酰透明质酸合酶或其部分的核酸。在若干实施方案中，细胞可以携带编码乙酰透明质酸合酶或其部分的核酸。在一些实施方案中，透明质酸合酶包括HAS1(SEQID NO:1)、HAS2(SEQ ID NO:2)、HAS3同种型1(SEQ ID NO:3)或HAS3同种型2(SEQ ID NO:4)。透明质酸可用于一般美容，使皮肤丰满以减少皱纹。在一些实施方案中，携带编码乙酰透明质酸合酶或其部分的核酸的细胞会导致透明质酸的产生。在若干实施方案中，用于治疗的肽可用于一般美容。由于细胞可以在孔和毛囊中增殖和定位，因此与局部施用的含有透明质酸的洗剂相比，透明质酸的吸收增加。在一些实施方案中，对有需要的患有干燥病的受试者施用包含具有编码透明质酸合酶或其部分的核酸的细胞的局部制剂。

弹性蛋白是例如主动脉和颈韧带等组织的主要结构蛋白，其必须快速扩张并完全恢复。弹性蛋白是晚期动脉形态发生的分子决定因素，它还可以通过调节血管平滑肌的增殖和组织来稳定动脉结构。弹性蛋白可用于促进皮肤弹性，因为它可以容易地被皮肤吸收。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括弹性蛋白或其部分。由于微生物可以具有具备进入真皮的角质层下并进入孔中的能力的益处，因此皮肤将具有从细菌吸收弹性蛋白的更好的和增加的机会，这是与通过洗剂或乳膏局部施用弹性蛋白相比而言的。

在一些实施方案中，弹性蛋白或其部分包括SEQ ID NO:5,SEQ ID NO:6,SEQ IDNO:7,SEQ ID NO:8,SEQ ID NO:9,SEQ ID NO:10,SEQ ID NO:11,SEQ ID NO:12,SEQ IDNO:13,SEQ ID NO:14,SEQ ID NO:15,SEQ ID NO:16,或SEQ ID NO:17。

胶原是动物中各种结缔组织的主要结构蛋白。胶原以细长原纤维的形式存在于纤维组织、肌腱、韧带、皮肤中，并且在角膜、软骨、骨、血管、肠和椎间盘中也是丰富的。胶原主要由成纤维细胞产生。胶原由三螺旋组成，该三螺旋由两个相同的a1链和在化学组成上可以不同的额外的链组成。胶原的氨基酸组成可具有高羟脯氨酸含量。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括胶原或其部分。胶原蛋白可以被皮肤吸收以添加到细胞外基质并增加真皮厚度。由于微生物可以具有具备进入真皮的角质层下并进入孔中的能力的益处，因此皮肤将具有从细菌吸收胶原的更好的和增加的机会，这是与通过洗剂或乳膏局部施用这些分子本身相比而言的。在一些实施方案中，包括胶原或其部分的用于治疗的肽包括SEQ ID NO:18，SEQ ID NO:19，SEQ ID NO:20，SEQ ID NO:21，SEQ ID NO:22或SEQ ID NO:23。

如本文所述的凝血因子是指可以导致血液凝固或凝结的化学和细胞成分。凝血因子可以通过有需要的患有血友病的受试者外部使用，或者由在血液稀释剂治疗下的受试者使用。血液稀释剂可以包括鱼油、阿司匹林、抗血小板药物和其他类型的抗凝剂。抗凝剂可以包括但不限于抗血栓剂、纤维蛋白溶解剂和溶栓剂。

凝血因子VIII是多铜氧化酶家族的成员。凝血因子VIII是因子IXa的辅因子，其在Ca⁺²和磷脂存在下将因子X转化为活化形式Xa。凝血因子VIII是凝血辅因子，其循环结合于血管性血友病(von Willebrand)因子并且是内在凝血途径的一部分。它是由两个独立实体组成的大分子复合物，其中一个在缺乏时导致血友病A，另一个在缺乏时导致vonWillebrand氏病。血友病A是血液凝固的病症，其特征在于出现永久性出血倾向。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括凝血因子VIII。在一些实施方案中，凝血因子VIII包括SEQ IDNO:29或SEQ ID NO:30。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括200kDa的同种型中的凝血因子VIII重链。在一些实施方案中，200kDa的凝血因子VIII重链包括SEQ ID NO:31。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括92kDa的同种型中的凝血因子VIII重链。在一些实施方案中，92kDa的凝血因子VIII重链包括SEQ ID NO:32。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括凝血因子VIII B链。在一些实施方案中，凝血因子VIII B链包括SEQ ID NO:33。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括凝血因子VIIIa轻链。在一些实施方案中，凝血因子VIIIa轻链包括SEQ ID NO:34。

因子IX是维生素K依赖性血浆蛋白，其通过在Ca²⁺离子、磷脂和因子VIIIa的存在下将因子X转化为其活性形式而参与血液凝固的内在途径。在一些实施方案中，用于治疗的肽是因子IX。在一些实施方案中，因子IV包括SEQ ID NO:35，SEQ ID NO:36，SEQ ID NO:37，SEQ ID NO:38或SEQ ID NO:39。

在皮肤中的黑色素由黑素细胞产生，黑素细胞存在于表皮的基底层。尽管通常人类在其皮肤中具有相似浓度的黑素细胞，但是一些个体和种族群体中的黑素细胞更频繁或更不频繁地表达产生黑色素的基因，从而赋予更大或更小浓度的皮肤黑色素。

酪氨酸酶是一种氧化酶，是控制黑色素产生的限速酶。酪氨酸酶参与单酚的羟基化和邻二酚转化成相应的邻醌。邻醌经历若干次反应，最终形成黑色素。在一些实施方案中，用于治疗的肽通过酪氨酸酶或其片段产生。在一些实施方案中，所述酪氨酸酶包括SEQID NO:40，SEQ ID NO:41，SEQ ID NO:42，SEQ ID NO:43或SEQ ID NO:44。在一些实施方案中，细胞可以包含例如编码酪氨酸酶或其片段的核酸。在一些实施方案中，微生物产生用于酶促产生黑色素的酪氨酸酶。由于微生物可以具有具备进入真皮的角质层下并进入孔中的能力的益处，因此皮肤将具有吸收这些局部用药(topicals)的更好的和增加的机会，这是与通过洗剂或乳膏局部施用这些分子本身相比而言的。黑色素的产生可用于“无阳光”鞣制，以增加受试者的黑色素。

趋化因子是由细胞分泌的作为传导信号分子的小细胞因子家族。归类为趋化因子的蛋白质尺寸小(尺寸为8-10KDa)，并且在保守位置具有四个保守的半胱氨酸残基，它们在趋化因子中形成保守的三维形状。趋化因子可以被认为是促炎性的，并且可以在免疫应答期间被诱导以将免疫系统的细胞募集到感染部位，而其他被认为是内稳态的，并且参与控制在组织维持或发育的正常过程期间的细胞迁移。趋化因子存在于所有脊椎动物、一些病毒和一些细菌中，但对于其他无脊椎动物没有描述过。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括趋化因子。

血小板碱性蛋白(LA-PF4)属于趋化因子家族。LA-PF4刺激DNA合成、有丝分裂、糖酵解、细胞内cAMP积聚、前列腺素E2分泌、以及透明质酸和硫酸化糖胺聚糖的合成。它还刺激人滑膜细胞形成和分泌纤溶酶原激活物。NAP-2是CXCR1和CXCR2的配体，并且NAP-2、NAP-2(73)、NAP-2(74)、NAP-2(1-66)和最有效的NAP-2(1-63)是中性粒细胞的化学引诱剂和活化剂。TC-1和TC-2是抗菌蛋白，在体外从活化的血小板α粒释放。CTAP-III(1-81)比CTAP-III更有效地减弱趋化因子诱导的嗜中性粒细胞活化。LA-PF4可用于一般美容，以通过吸引成纤维细胞，并使它们产生细胞外基质而引起更年轻的皮肤，且导致更厚、更年轻的皮肤。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括血小板碱性蛋白。在一些实施方案中，血小板碱性蛋白包括SEQ ID NO:50,SEQ ID NO:51,SEQ ID NO:52,SEQ ID NO:53,SEQ ID NO:54,SEQ IDNO:55,SEQ ID NO:56,SEQ ID NO:57,SEQ ID NO:58,SEQ ID NO:59,SEQ ID NO:60,SEQ IDNO:61或SEQ ID NO:62。

DNA修复酶用于修复被活性氧物质损坏的DNA，复制错误，由诸如紫外线、毒素、诱变化学品、DNA插入剂和病毒等外部因素引起的外源损伤。有几种类型的损伤，这些损伤可能是碱的氧化、碱的烷基化、脱氨、脱嘌呤、碱错配、单加合物损伤和二加合物损伤。DNA修复酶可用于抗衰老，以及通过太阳损伤/辐射逆转DNA损伤。

碱基切除修复(BER)是在细胞周期中修复受损DNA的机制，从基因组中去除小的非螺旋扭曲的碱基损伤。BER是非常重要的，因为其移除在复制期间可能通过错配导致突变或导致DNA中断的受损的碱基。该过程由DNA糖基化酶启动，DNA糖基化酶可以识别和去除受损或不适当的碱基，形成AP位点。然后AP位点被AP内切核酸酶切割，导致单链断裂，然后可以通过短或长的修补过程进行处理。

在一些实施方案中，用于治疗的肽包括碱基切除修复(BER)酶。在一些实施方案中，BER酶包括SEQ ID NO:145,SEQ ID NO:146,SEQ ID NO:147,SEQ ID NO:148,SEQ IDNO:149,SEQ ID NO:150,SEQ ID NO:151,SEQ ID NO:152,SEQ ID NO:153,SEQ ID NO:154或SEQ ID NO:155。

DNA损伤的直接逆转是恢复受损DNA的另一种修复机制。嘧啶二聚体的形成是由UV光引起的主要类型的损伤。损伤扭曲DNA双螺旋并阻断转录或复制通过受损部位。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括用于直接逆转DNA损伤的酶。在一些实施方案中，用于直接逆转DNA损伤的酶包括SEQ ID NO:156，SEQ ID NO:157或SEQ ID NO:158。

DNA错配修复蛋白涉及具有可能源自DNA复制和重组过程以及源自DNA损伤的错误插入、缺失和错误掺入碱基的核酸的识别和修复。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括用于DNA错配修复的酶。在一些实施方案中，用于DNA错配修复的酶包括SEQ ID NO:159,SEQID NO:160,SEQ ID NO:161,SEQ ID NO:162,SEQ ID NO:163,SEQ ID NO:164,SEQ ID NO:165,SEQ ID NO:166,SEQ ID NO:167或SEQ ID NO:168。

核苷酸切除修复(NER)是去除由紫外光引起的DNA损伤的DNA修复机制。紫外线的损伤可导致DNA加合物，其可由胸腺嘧啶二聚体和6,4-光产物组成。NER蛋白识别导致包含损伤的短单链DNA片段的去除的损伤。然后通过DNA聚合酶将未损伤的互补序列用作模板，以合成短的互补序列，其随后通过DNA连接酶连接。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括用于核苷酸切除修复的酶。在一些实施方案中，用于核苷酸切除修复的酶包括或SEQ IDNO:169,SEQ ID NO:170,SEQ ID NO:171,SEQ ID NO:172,SEQ ID NO:173,SEQ ID NO:174,SEQ ID NO:175,SEQ ID NO:176,SEQ ID NO:177,SEQ ID NO:178,SEQ ID NO:179,SEQ IDNO:180,SEQ ID NO:181,SEQ ID NO:182,SEQ ID NO:183,SEQ ID NO:184,SEQ ID NO:185,SEQ ID NO:186,SEQ ID NO:187,SEQ ID NO:188,SEQ ID NO:189,SEQ ID NO:190,SEQ IDNO:191,SEQ ID NO:192,SEQ ID NO:193,SEQ ID NO:194,SEQ ID NO:195,SEQ ID NO:196,或SEQ ID NO:197。

DNA编辑和加工涉及使用几种类型的核酸酶并参与DNA复制和修复。例如，DNase(DNA酶)IV可以去除DNA修复中的5'端突出的襟翼，并在滞后链DNA合成中处理Okazaki片段的5'端。在长斑块碱基切除修复期间，该蛋白质与AP内切核酸酶1之间的直接物理相互作用使蛋白质协调加载到底物上，因此将底物从一种酶传递到另一种酶。该蛋白是XPG/RAD2核酸内切酶家族的成员，并且是无细胞DNA复制所必需的十种蛋白质之一。

MTMR15，也称为肌管蛋白相关蛋白，是涉及修复由交联剂引起的DNA损伤的DNA内切核酸酶和外切核酸酶。FAN1通过与蛋白质复合物FANCI-FANCD2复合物相互作用而募集到链间交联连接损伤的位点。这些蛋白质一起以严格依赖于其在DNA损伤位点或其附近积聚的能力并且依赖于FANCI-FANCD2复合物的单泛素化的方式促进链间交联修复。

DNase III或TREX1是广泛分布在增殖和非增殖哺乳动物组织中的主要核DNA特异性3'-5'外切核酸酶。DNase III在DNA损伤后通过γ-照射或羟基脲在S期转位到核。DNaseIII在修复中优选单链DNA。

TREX2编码3'核酸酶。所编码的蛋白质可以参与双链DNA断裂修复，并且可以与DNA聚合酶δ相互作用。TREX2可以去除错配的、修饰的、片段化的和正常的核苷酸，以便为DNA代谢途径中的后续步骤产生3'末端。

EXO1/HEX1是一种803个氨基酸的人类蛋白，其在DNA复制、修复和重组中起作用。EXO1/HEX1可以参与错配引发的切除，该切除由位于错配对的5'端或3'端的链断裂引导。

Aprataxin(APTX)是涉及DNA的编辑和加工的另一种蛋白质。APTX在单链DNA修复中通过在非同源末端连接期间连接DNA连接酶IV之后除去AMP形式的DNA末端而起作用。

SPO11是编辑和加工核酸酶的核酸内切酶，其在减数分裂重组期间起作用。SPO11在DNA中产生双链断裂(DSB)，这是减数分裂重组过程中的重要步骤。在不存在SPO11的情况下，不能启动DSB的产生，这可导致染色体异常分离，进而可导致非整倍体配子。

核酸内切酶V(ENDOV)是编辑和加工核酸酶的核酸酶，并且是在第二个磷酸二酯键3'到肌苷特异性切割含肌苷的RNA的内切核糖核酸酶。ENDOV对单链RNA(ssRNA)向双链RNA(dsRNA)具有强烈偏好。ENDOV切割含有肌苷的mRNA和tRNA。ENDOV还能够切割含有特异位点5'-IIUI-3'和5'-UIUU-3'的结构特异性dsRNA底物。肌苷在编辑后存在于许多RNA中；肌苷特异性内切核糖核酸酶的功能仍不清楚。肌苷可以在经编辑的RNA中发挥调节作用，或者其可以通过去除已经历A至I编辑的过度编辑的长病毒dsRNA基因组而参与抗病毒反应。

在一些实施方案中，用于治疗的肽包括编辑和加工核酸酶。在一些实施方案中，用于编辑和加工的酶包括SEQ ID NO:198,SEQ ID NO:199,SEQ ID NO:200,SEQ ID NO:201,SEQ ID NO:202,SEQ ID NO:203,SEQ ID NO:204,或SEQ ID NO:205。

端粒是在老化和在细胞分裂或有丝分裂期间变短的染色体末端的区域。为了修复染色体的末端，一种酶，端粒酶，修复可能具有修复年龄或疾病相关损伤的潜力的末端。端粒酶是一种核糖核蛋白，其将DNA序列重复序列添加到端粒区域(真核染色体的末端)中的DNA的3'端。在一些实施方案中，用于治疗的肽包括端粒酶或其部分。在一些实施方案中，端粒酶或其部分包含SEQ ID NO:206，SEQ ID NO:207，SEQ ID NO:208或SEQ ID NO:209。

端粒蛋白1的保护由POT1编码，POT1是凝血酶(telombin)家族的成员并且参与端粒的维持。POT1通过结合真核染色体末端的端粒重复序列，调节端粒长度并保护染色体末端不受不规则重组、不稳定性和异常染色体不稳定性的影响而起作用。在若干实施方案中，用于治疗的肽包括端粒蛋白1或其部分的保护。在一些实施方案中，端粒蛋白1或其部分的保护包含SEQ ID NO:210或SEQ ID NO:211。

在一些实施方案中，描述了其中待治疗的肽包含融合蛋白的方法。在一些实施方案中，融合蛋白可以包含第一蛋白序列，其包含弹性蛋白、胶原、抗炎剂、凝血因子、激素、血小板碱性蛋白、转化生长因子、肝细胞生长因子、血管内皮生长因子、胎盘生长因子、血小板衍生生长因子、表皮生长因子、成纤维细胞生长因子、DNA修复酶、端粒酶或端粒酶蛋白1的保护物的氨基酸序列。在一些实施方案中，融合蛋白与第二蛋白融合，第二蛋白包含弹性蛋白、胶原、抗炎剂、凝血因子、激素、血小板碱性蛋白、转化生长因子、肝细胞生长因子、血管内皮生长因子、胎盘生长因子、血小板衍生生长因子、表皮生长因子、成纤维细胞生长因子、DNA修复酶、端粒酶或端粒酶蛋白1的保护物的氨基酸序列，其中第二蛋白的氨基酸序列不是第一蛋白的氨基酸序列。融合蛋白可以具有将第二部分引入治疗肽以治疗有需要的受试者的附加益处。

在本文所述的若干实施方案中，经遗传修饰的细菌的群体由来自丙酸杆菌属(Propionibacterium)、棒状杆菌葡萄球菌属(Cornybacterium Staphyloccous)、链球菌属(Streptococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)和乳球菌属(Lactococcus)中的细菌成员产生和/或衍生的。在一些实施方案中，经遗传修饰的细菌源自丙酸杆菌属(Propionibacterium)。丙酸杆菌属的物种的非限制性实例包括产酸丙酸杆菌(Propionibacterium acidifaciens)、产丙酸丙酸杆菌(Propionibacteriumacidipropionici)、痤疮丙酸杆菌(Propionibacterium acnes)、澳大利亚丙酸杆菌(Propionibacterium australiense)、贪婪丙酸杆菌(Propionibacterium avidum)、环己酸丙酸杆菌(Propionibacterium cyclohexanicum)、费氏丙酸杆菌(Propionibacteriumfreudenreichii)、费氏丙酸杆菌(Propionibacterium freudenreichii)、颗粒丙酸杆菌(Propionibacterium granulosum)、詹氏丙酸杆菌(Propionibacterium jensenii)、微嗜氧丙酸杆菌(Propionibacterium microaerophilum)、丙酸丙酸杆菌(Propionibacteriumpropionicum)和特氏丙酸杆菌(Propionibacterium thoeniiand)。

在一些实施方案中，经遗传修饰的细菌源自痤疮丙酸杆菌(P.acnes)物种。经遗传修饰的细菌可以源自P.acnes的致病性或非致病性菌株。最近的研究表明，存在P.acnes的与致病性相关的某些菌株和与健康皮肤相关的其它菌株(Fitz-Gibbon,S.,et al.,(2013)Invest.Dermatol.,133(9):2152-60；Lomholt HB and Kilian M.(2010)PLoS One,5(8):e12277；McDowell A,et al.,(2011)Microbiology157(Pt 7):1990-2003)。在被认为与健康皮肤相关的类型中，II型，核糖型6菌株似乎与痤疮具有最低的相关性。II型P.acnes包含CRISPR阵列，其赋予免疫性给P.acnes特异性噬菌体和可移动遗传元件(Bru¨ggemann H,etal.,(2012)PLoS ONE7(3):e34171)。这似乎解释了为什么这些细菌在自然界可以是共生的，因为它不能从其他细菌获得致病性状。

经遗传修饰的细菌可衍生自P.acnes的任何合适的微生物组，其非限制性实例包括I型微生物组、II型微生物组、III型微生物组、IV型微生物组和V型微生物组。在某些实施方案中，经遗传修饰的细菌衍生自I型(例如，IA或IB型)表型的P.acnes菌株、II型表型的P.acnes菌株或III型表型的P.acnes菌株。经遗传修饰的细菌可以源自P.acnes的任何合适的核糖型，其非限制性实例包括核糖体RT1至RT30。在某些实施方案中，经遗传修饰的细菌衍生自核糖体型RT1、RT2、RT3、RT4、RT5、RT6、RT7、RT8、RT9或RT10的P.acnes。在某些实施方案中，经遗传修饰的细菌衍生自核糖体型RT2或RT6的P.acnes。在某些实施方案中，遗传修饰的细菌衍生自II型菌株和核糖体RT2或RT6的P.acnes。

在一些实施方案中，经遗传修饰的细菌源自包含CRISPR(clustered regularlyinterspaced short palindromic repeat：成簇的规律间隔的短回文重复序列)基因座的细菌，CRISPR基因座有时称为CRISPR阵列(例如，参见Horvath and Barrangou(2010)Science327:167–70；Makarova et al.,(2011)Nat Rev Microbiol9:467–77；以及Bru¨ggemann H,et al.,(2012)PLoS ONE 7(3):e34171)。不受限于理论，如P.acnes等细菌中的CRISPR阵列已经显示赋予对抗入侵遗传元件(例如病毒、噬菌体和质粒)的保护性“免疫”。不受限于理论，CRISPR阵列的存在可以保持经遗传修饰的细菌的基因组的完整性并防止从其它致病性细菌菌株引入外来遗传元件。虽然认为CRISPR阵列保护细菌免于从其它细菌、噬菌体和/或病毒引入外来遗传元件，但含有CRISPR阵列的细菌易于通过同源重组转化、稳定整合经转化的DNA并整合核酸。在一些实施方案中，经遗传修饰的细菌包含内源性CRISPR阵列。例如，在一些实施方案中，经遗传修饰的细菌衍生自P.acnes的RT2或RT6核糖型，其各自包含内源性CRISPR阵列。在一些实施方案中，经遗传修饰的细菌包括通过遗传操作引入的外源性CRISPR阵列。

在一些实施方案中，经修饰的细菌群体由痤疮丙酸杆菌或其菌株产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由纹带棒状杆菌(Corynebacterium striatum)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermis)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由肠球菌(Enterrococci)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由微球菌(Micrococci)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由蠕形螨菌(Demodex)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由马拉色霉菌(Malassezia)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由非致病性大肠杆菌(Eschericia coli)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由食酸菌(Acidovorax)属产生。转化细菌群体由温和食酸菌属(Acidovorax temperans)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由不动杆菌(Acinetobacter)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由溶血性不动杆菌(Acinetobacter haemolyticus)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由约氏不动杆菌(Acinetobacter johnsonii)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由琼氏不动杆菌(Acinetobacter junii)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由乌尔新不动杆菌(Acinetobacter ursingii)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由放线菌(Actinomyces)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由内氏放线菌(Actinomyces naeslundii)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由纽氏放线菌(Actinomyces neuii)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由厌氧球菌(Anaerococcus)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由普氏厌氧球菌(Anaerococcus prevotii)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由奇异菌(Atopobium)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由阴道奇异菌(Atopobium vaginae)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由短杆菌(Brevibacterium)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由包氏短杆菌(Brevibacterium paucivorans)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由短波单胞菌(Brevundimonas aurantiaca)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由短波单胞菌(Brevundimonas aurantiaca)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由泡囊短波单胞菌(Brevundimonas vesicularis)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由假丝酵母丝状菌(Candidatus Nostocoida)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由假丝酵母丝状细菌(Candidatus Nostocoida limicola)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由棒状杆菌(Corynebacterium)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由拥挤棒状杆菌(Corynebacterium accolens)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由非发酵棒状杆菌(Corynebacterium afermentans)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由无枝菌酸棒状杆菌(Corynebacterium amycolatum)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由阑尾炎棒状杆菌(Corynebacterium appendicis)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由粘金色棒状杆菌(Corynebacterium aurimucosum)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由科伊尔棒状杆菌(Corynebacterium coyleae)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由硬粒小麦棒状杆菌(Corynebacterium durum)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由玻璃状棒状杆菌(Corynebacterium glaucum)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由葡萄糖棒状杆菌(Corynebacterium glucuronolyticum)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由模仿棒状杆菌(Corynebacterium imitans)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由杰氏棒状杆菌(Corynebacterium jeikeium)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由克氏棒状杆菌(Corynebacterium kroppenstedtii)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由脂肪酸芽孢棒状杆菌(Corynebacterium lipophiloflavum)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由马丝氏棒状杆菌(Corynebacterium matruchotii)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由微小棒状杆菌(Corynebacterium minutissimum)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体是从产粘棒状杆菌(Corynebacterium mucifaciens)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由假棒状杆菌(Corynebacterium pseudodiphthericum)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由黑色棒状杆菌(Corynebacterium nigricans)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由假棒状杆菌(Corynebacterium pseudodiphthericum)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由模拟棒状杆菌(Corynebacterium simulans)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由单棒状杆菌(Corynebacterium singulare)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由桑氏棒状杆菌(Corynebacterium sundsvallense)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由结核硬脂酸棒状杆菌(Corynebacterium tuberculostearicum)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由絮凝剂产生菌(Diaphorobacter)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由硝化絮凝剂产生菌(Diaphorobacter nitroreducens)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由水栖菌(Enhydrobacter)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由气囊水栖菌(Enhydrobacter aerosaccus)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由肠杆菌(Enterobacter)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由阿氏肠杆菌(Enterobacter asburiae)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由肠球菌(Enterococcus)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由粪肠球菌(Enterococcusfaecalis)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由埃里木氏菌(Eremococcus)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由油菜埃里木氏菌(Eremococcus coleocola)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由费克蓝姆菌(Facklamia)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由人费克蓝姆菌(Facklamia hominis)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由不活跃费克蓝姆(Facklamia languida)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由加德纳菌(Gardnerella)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由阴道加德纳菌(Gardnerellavaginalis)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由孪生菌(Gemella)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由溶血性孪生菌(Gemella haemolysans)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体是由麻疹孪生菌(Gemella morbillorum)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由血孪生菌(Gemella sanguinis)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由戈登氏菌(Gordonia)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由支气管戈登氏菌(Gordonia.Bronchialis)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由痰唾戈登氏菌(Gordonia.sputi.)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由土地戈登氏菌(Gordonia.terrae)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由颗粒链菌(Granulicatella)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由苛养颗粒链菌(Granulicatella elegans)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由生丝微菌(Hyphomicrobium)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由简易生丝微菌(Hyphomicrobium facile)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由两面神菌(Janibacter)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由柠檬两面神菌(Janibacter melonis)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由考克氏菌(Kocuria)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由海考克氏菌(Kocuria marina)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由沼泽考克氏菌(Kocuria palustris)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由嗜根考克氏菌(Kocuria rhizophila)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由乳杆菌(Lactobacillus)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由卷曲乳杆菌(Lactobacillus crispatus)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由詹氏乳杆菌(Lactobacillus jensenii)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由明串珠菌(Leuconostoc)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由阿根廷明串珠菌(Leuconostocargentinum)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由甲基杆菌(Methylobacterium)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由扭脱甲基杆菌(Methylobacterium extorquens)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由嗜温甲基杆菌(Methylobacterium mesophilicum)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由微球菌(Micrococcus)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由藤黄微球菌(Micrococcus luteus)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由小月菌(Microlunatus)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由聚磷小月菌(Microlunatus phosphovorus)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由柯氏动弯杆菌(Mobiluncus curtisii)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体柯氏动弯杆菌霍氏亚种(Mobiluncus curtisii subsp.holmesii)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由分枝杆菌(Mycobacterium)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由氯霉分枝杆菌(Mycobacterium chlorophenolicum)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由奥氏分枝杆菌(Mycobacterium obuense)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由中草菌(Nakamurella)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由多瓣中草菌(Nakamurellamultipartita)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由土微菌(Pedomicrobium)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由澳大利亚土微菌(Pedomicrobium australicum)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由嗜胨菌(Peptoniphilus)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体从哈雷嗜胨菌(Peptoniphilus harei)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由消化链球菌(Peptostreptococcus)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由厌氧消化链球菌(Peptostreptococcus anaerobius)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由普雷沃氏菌(Prevotella)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由二路普雷沃氏菌(Prevotella bivia)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由人体普雷沃氏菌(Prevotella corporis)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由解糖胨普雷沃氏菌(Prevotella disiens)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由黑色素普雷沃氏菌(Prevotella melaninogenica)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由丙酸杆菌(Propionibacterium)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由痤疮丙酸杆菌(Propionibacterium acnes)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由颗粒丙酸杆菌(Propionibacterium granulosum)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由假单胞菌(Pseudomonas)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由铜绿假单胞菌(Pseudomonasaeruginosa)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由嗜糖假单胞菌(Pseudomonassaccharophila)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由施氏假单胞菌(Pseudomonasstutzeri)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由山黄麻假单胞菌(Pseudomonastremae)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由红球菌(Rhodococcus)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由类棒菌状红球菌(Rhodococcus corynebacterioides)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由红平红球菌(Rhodococcus erythropolis)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由罗伊氏菌(Rothia)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由空间罗伊氏菌(Rothia aeria)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由龋齿罗伊氏菌(Rothia dentocariosa)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由粘滑罗伊氏菌(Rothiamucilaginosa)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由鼠鼻罗伊氏菌(Rothianasimurium)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由沙雷氏菌(Serratia)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由脂肪酶产生菌(Serratia liquefaciens)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由粘质沙雷氏菌萨库氏亚种(Serratia marcescenssubsp.Sakuensis)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由鞘脂菌(Sphingobium)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由鞘脂单胞菌(Sphingobium amiens)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由葡萄球菌(Staphylococcus)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由头孢葡萄球菌(Staphylococcus capitis)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由山羊葡萄球菌(Staphylococcus caprae)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由孔氏葡萄球菌(Staphylococcus cohnii)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由溶血葡萄球菌(Staphylococcus haemolyticus)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由人葡萄球菌(Staphylococcus hominis)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由解糖葡萄球菌(Staphylococcus saccharolyticus)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由沃氏葡萄球菌(Staphylococcus warneri)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由寡养单胞菌(Stenotrophomonas)属生成。在一些实施方案中，转化细菌群体由嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由链球菌(Streptococcus)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由无乳链球菌(Streptococcusagalactiae)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由嵴链球菌(Streptococcuscristatus)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由格氏葡萄球菌(Streptococcusgordonii)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由婴儿链球菌(Streptococcusinfantis)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由中间链球菌(Streptococcusintermedius)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由缓症链球菌(Streptococcusmitis)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由副溶血链球菌(Streptococcusparasanguinis)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由副溶血链球菌(Streptococcusparasanguinis)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由唾液链球菌(Streptococcussalivarius)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由血链球菌(Streptococcussanguinis)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由四角球菌(Tetrasphaera)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由长四角球菌(Tetrasphaera elongata)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由束村氏菌(Tsukamurella)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由耐酪酸束村氏菌(Tsukamurella tyrosinosolvens)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由束村氏菌(Tsukamurella)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由韦荣氏球菌(Veillonella)属产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由极小韦荣氏球菌(Veillonella parvula)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由极小韦荣氏球菌(Veillonella parvula)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由慢生根瘤菌科U8776(Bradyrhizobiaceae U8776)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由肉食杆菌AJ427446(Carnobacterium AJ427446)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由棒状杆菌AY581888(Corynebacterium AY581888)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由棒状杆菌AF543288(Corynebacterium AF543288)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由棒状杆菌X81872(Corynebacterium X81872)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由棒状杆菌X84253(Corynebacterium X84253)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由皮肤球菌AF409025(Dermacoccus AF409025)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由芬戈尔德菌AB109769(Finegoldia AB109769)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由嗜血杆菌AF224309(Haemophilus AF224309)产生。在一些实施方案中，转化细菌群体由甲基杆菌AY741717奈瑟菌DQ409137(Methylobacterium AY741717.Neisseria DQ409137)产生。

细菌菌株经修饰以避免发生反应，炎症，用于容易地去除细菌、减弱细菌的方法，并防止可能对宿主有害的有害细菌生物分子的释放。

在一些细菌中，存在会参与裂解和发炎的毒性蛋白质。细菌例如可以分泌毒素，例如内毒素和外毒素。内毒素是细胞相关物质，其是细菌的结构组分并且从细菌或从根据宿主防御机制裂解所导致的细菌细胞释放的。外毒素由细菌分泌，并且可以是小生物分子，蛋白质，并且也可以是能起酶促作用的最小肽。细菌毒素的几个实例包括但不限于溶血素(E.coli)、α毒素(金黄色葡萄球菌(S.aureus))、杀白细胞素(S.aureus)、CAMP因子(丙酸杆菌(Priopionibacterium))、透明质酸酶(Priopionibacterium)、神经氨酸酶(Priopionibacterium)、肠毒素B(S.aureus)、vero毒素(E.coli)。例如痤疮丙酸杆菌天然产生生物分子CAMP因子，其与鞘磷脂酶具有共溶血活性，其可赋予细胞毒性给角质形成细胞和巨噬细胞。CAMP因子与来自宿主细胞的酸性鞘磷脂酶一起可导致宿主中的裂解和炎症。在另一个实例中，溶血是由许多细菌病原体使用的机制，细菌病原体起作用以降解、侵入宿主细胞并抵抗宿主的免疫系统。痤疮丙酸杆菌在其基因组内携带5种不同的CAMP同源物(CAMP1、CAMP2、CAMP3、CAMP4和CAMP5)。许多其他类型的细菌也可分泌细胞毒素。例如，金黄色葡萄球菌可以产生多种毒力因子，包括但不限于酶、毒素、超抗原、剥脱性毒素、α毒素、β毒素、δ毒素和若干种类型的双组分毒素。

在一些细菌中，可使用脂肪酶以得到有益效果。在一些微生物中，用于脂肪酶的基因不被敲除，因为脂肪酶可用于分解患有腋窝气味或脚底气味的受试者的油。在一些实施方案中，丙酸杆菌被工程化以释放脂肪酶，从而减少皮脂分泌。

为了防止毒力因子的有害影响，可以进行修饰以敲除参与细菌毒性因子分泌的有关特异性基因以产生条件突变体。条件突变体可以描述为在某些允许的环境条件下具有野生型表型，在其他限制性条件下具有突变表型。在一些实施方案中，编码毒性蛋白的基因会突变或被敲除以防止宿主中的医院感染或疾病症状。在一些实施方案中，编码引起宿主炎症的酶的基因会突变或被敲除以防止宿主中疾病的表现。在一些实施方案中，编码参与宿主病毒因子合成的蛋白质的基因会在细菌中突变或被敲除。在一些实施方案中，所述基因用于CAMP因子。在一些实施方案中，所述基因用于脂肪酶。然而，在一些微生物中，用于脂肪酶的基因不被敲除，因为脂肪酶可用于分解患有腋窝气味或脚底气味的受试者的油。在一些实施方案中，丙酸杆菌被工程化以释放脂肪酶，从而减少皮脂分泌。在一些实施方案中，所述基因用于α毒素。在一些实施方案中，所述基因用于β毒素。在一些实施方案中，所述基因用于δ毒素。在一些实施方案中，所述基因用于双组分毒素的类型。在一些实施方案中，所述基因用于溶血素。

几种微生物不需要任何生长因子，并且可以合成必需的嘌呤，嘧啶、氨基酸和维生素，其中它们可以从作为其自身代谢的一部分的碳源开始。然而，一些类型的微生物将需要嘌呤、嘧啶、氨基酸和维生素以便生长，并且必须在培养基中添加以使这些微生物生长。通过遗传修饰微生物使得它们需要野生型不需要的生长因子，本领域技术人员可以产生经遗传修饰的“营养缺陷型”或具有不为亲本生物体所共有的营养需求的突变生物体。

经遗传修饰的微生物可以被修饰，使得它们是营养缺陷型。为了产生对其周围环境的依赖性以便存活，可以控制在微环境中的微生物的量，或者可以通过耗尽环境中的必需营养物来消除微生物群。在若干实施方案中，微生物包含具有突变的基因组或敲除编码谷氨酰胺合成酶的基因。在若干实施方案中，微生物包含具有突变的基因组或敲除编码天冬酰胺合成酶的基因。在若干实施方案中，微生物包含具有突变的基因组或敲除编码天冬氨酸激酶的基因。在若干实施方案中，微生物包含具有突变的基因组或敲除编码天冬氨酸半醛脱氢酶的基因。

毒素也由许多真菌分泌，从而使得它们在诱导条件下能成功地定居和感染宿主。分泌的蛋白会涉及几种真菌物种的毒力。例如，水解酶产生(其在细菌和酵母的致病性中也起作用)通常与毒力相关。真菌的几种毒素包括但不限于分泌的阿斯匹林蛋白酶(Sap)(白色念珠菌(C.albicans))，磷脂酶B酶(C.albicans)，脂肪酶(C.albicans)。为了防止被真菌感染，可以使特异性基因突变或将其敲除以防止毒性因子在宿主中引起疾病。

真菌细胞可以被遗传工程化以分泌生物分子。在本文所述的若干实施方案中，转化真菌细胞群体由来自由属组成的组的成员产生。在本文所述的若干实施方案中，转化细菌群体由来自由假丝酵母(Candida)属组成的组的细菌成员产生。在本文所述的若干实施方案中，转化细菌群体由来自白色假丝酵菌(Candida albicans)，光滑假丝酵母(Candidaglabrata)，热带假丝酵母(Candida tropicalis)，近平滑假丝酵母(Candidaparapsilosis)和克劳斯假丝酵母(Candida krusei)中的细菌成员产生。

在某些实施方案中，组合物包含一种或多种经遗传修饰的微生物。在一些实施方案中，组合物包含至少1种、至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种或至少10种经遗传修饰的微生物。在一些实施方案中，组合物包含2种、3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种或10种或更多种经遗传修饰的微生物。在某些实施方案中，组合物中的经遗传修饰的微生物被配置成表达一种或多种目标基因。在某些实施方案中，组合物包含经遗传修饰的微生物，从而显著减少或消除致病性分子(例如，对微生物是内源性的致病性蛋白)的表达。在一些实施方案中，组合物包含经遗传修饰的微生物，其中微生物的一种或多种基因(例如，内源性必需基因)被敲除。在一些实施方案中，组合物包含经遗传修饰的微生物，其被配置为在诱导型启动子的指导下表达一种或多种必需基因。

在某些实施方案中，组合物包含药学上可接受的赋形剂或载体。考虑用于本文的药学上可接受的赋形剂或载体通常对经遗传修饰的微生物无毒。因此，根据本发明使用的药物组合物可以使用一种或多种生理学上可接受的载体以合适的方式配制，所述载体包括可以药学上使用的赋形剂和助剂。适当的制剂可以根据所选择的给药途径而定。特别地，可以与本文所述的组合物一起使用如在“Remington’s Pharmaceutical Sciences,”MackPublishing Co.,Easton,PA,18th edition,1990中列出的合适的制剂、成分、赋形剂等或其组合。本文的组合物可以并入在Remington's中描述的适当材料中或与在Remington's中描述的适当材料一起使用。

如本文所用，术语“药学上可接受的”和“生理学上可接受的”是指适于一种或多种给药途径(体内递送或接触)的生物学上可接受的制剂，其是气态的、液态的或固态的或它们的混合状态。这样的制剂包括溶剂(水性或非水性)、溶液(水性或非水性)、乳液(例如水包油或油包水)、悬浮液、糖浆剂、酏剂、分散体和悬浮介质、涂敷剂、与药物施用或体内接触或递送相容的等渗的且吸收促进的或延迟的试剂。水性和非水性的溶剂、溶液和悬浮液可以包括悬浮剂和增稠剂。这种药学上可接受的载体包括片剂(包衣或未包衣)、胶囊(硬或软)、微珠、粉末、颗粒和晶体。补充的活性化合物(例如防腐剂、抗菌剂、抗病毒剂和抗真菌剂)也可以掺入组合物中。

经遗传工程改造的微生物可以放置在对于细菌或真菌的存活最佳的赋形剂中。在本文所述的若干实施方案中，描述了包含帮助维持细菌的完整性和存活力的载体或赋形剂的组合物。本文所述的载体可以指用于输送供施用的活性药物的没有治疗价值的物质。本文所述的药物载体可以指用作溶剂的载体或惰性介质，在该溶剂中配制药物活性剂和/或施用在该溶剂中的药物活性剂。载体可以包括本领域技术人员已知的聚合物胶束、脂质体、基于脂蛋白的载体、纳米颗粒载体、树枝状聚合物和其他细菌载体。理想的载体可以是无毒的、生物相容的、非免疫原性的、可生物降解的，并且可以避免被宿主的防御机制识别。在本文所述的若干实施方案中，描述了包含帮助维持真菌完整性的载体或赋形剂的组合物。在一些实施方案中，载体是药物载体。在一些实施方案中，药物载体包括药物组合物。在一些实施方案中，载体是聚合胶束。在一些实施方案中，载体是脂质体。在一些实施方案中，载体是基于脂蛋白的载体。在一些实施方案中，载体是纳米颗粒载体。在一些实施方案中，载体是树枝状聚合物。

药物组合物可以配制成与特定的给药途径相容。因此，药物组合物包括适于通过各种途径给药的载体、稀释剂或赋形剂。

在一些实施方案中，组合物配制为例如局部(例如，皮肤)制剂。在一些实施方案中，将组合物配制成例如用于向哺乳动物局部给药。局部制剂可包括例凝胶制剂、乳膏制剂、洗剂制剂、糊剂制剂、软膏制剂、油制剂和泡沫制剂等制剂。组合物还可以包括例如吸收软化剂。

组合物的其它实例可以任选地配制成递送到粘膜，或通过吸入、呼吸、鼻内、口服、口腔或舌下递送。

可以加入盐。盐的非限制性实例包括乙酸盐、苯甲酸盐、苯磺酸盐、重酒石酸盐、溴化物、碳酸盐、氯化物、柠檬酸盐、乙二胺四乙酸盐、乙二磺酸盐、依托酸盐、富马酸盐、葡庚糖酸盐、葡萄糖酸盐、氢溴酸盐、盐酸盐、碘化物、乳酸盐、乳糖酸盐、苹果酸盐、马来酸盐、扁桃酸盐、甲磺酸盐、甲基溴、甲基硫酸盐、粘酸盐、萘磺酸盐、硝酸盐、巴莫酸盐(双羟萘酸盐)、磷酸盐、二磷酸盐、水杨酸盐和二水杨酸盐、硬脂酸盐、琥珀酸盐、硫酸盐、酒石酸盐、甲苯磺酸盐、三乙基碘、戊酸盐、铝、苄星、钙、乙二胺、赖氨酸、镁、甲葡胺(megluminie)、钾、普鲁卡因(procaine)、钠、氨基丁三醇(tromethyamine)或锌。

可以加入螯合剂。螯合剂的非限制性实例包括乙二胺、乙二醇四乙酸、1,2-双(邻氨基苯氧基)乙烷-N,N,N',N'-四乙酸、青霉胺、地拉罗司(Deferasirox)、去铁酮(Deferiprone)、去铁胺(Deferoxamine)、2,3-二硫烷基丙-1-醇、右丙亚胺(Dexrazoxane)、六氰合亚铁酸(II,III)铁(II,III)、(R)-5-(1,2-二硫戊环-3-基)戊酸、2,3-二巯基-1-丙磺酸、二巯基琥珀酸或二亚乙基三胺五乙酸。

可以加入缓冲剂。缓冲剂的非限制性实例包括磷酸盐、柠檬酸盐、乙酸盐、硼酸盐、TAPS、N-二(羟乙基)甘氨酸、三羟甲基氨基甲烷(tris)、N-三(羟甲基)甲基甘氨酸(tricine)、TAPSO、HEPES、TES、MOPS、PIPES、二甲砷酸盐、SSC、MES或琥珀酸。

可以加入助溶剂。助溶剂的非限制性实例包含羟基或其它极性基团，例如醇，例如异丙醇；二醇，例如丙二醇，聚乙二醇，聚丙二醇，二醇醚；甘油；聚氧乙烯醇和聚氧乙烯脂肪酸酯。助溶剂的非限制性实例包含羟基或其它极性基团，例如醇，例如异丙醇；二醇，例如丙二醇，聚乙二醇，聚丙二醇，二醇醚；甘油；聚氧乙烯醇和聚氧乙烯脂肪酸酯。

也可以加入补充化合物(例如防腐剂，抗氧化剂，抗微生物剂，包括杀菌剂和生物稳定剂，例如抗菌剂，抗病毒剂和抗真菌剂)。因此，药物组合物可包括防腐剂、抗氧化剂和抗微生物剂。

防腐剂可用于抑制不希望有的微生物生长或增加成分的稳定性，从而延长保质期。合适的防腐剂是本技术领域已知的，包括例如EDTA，EGTA，苯扎氯铵或苯甲酸或苯甲酸盐，例如苯甲酸钠。抗氧化剂包括例如抗坏血酸、维生素A、维生素E、生育酚和类似的维生素或前维生素。

在本文的若干实施方案中，描述了低温保存遗传工程细菌以供将来使用的方法。在本文的若干实施方案中，描述了通过冷冻干燥遗传工程细菌来保存细菌以供将来使用的方法。在本文的若干实施方案中，描述了低温保存遗传工程真菌以供将来使用的方法。在本文的若干实施方案中，描述了通过冷冻干燥细菌以供将来使用来保护遗传工程真菌的方法。

特定的非限制性类型的抗病毒剂包括逆转录酶抑制剂；蛋白酶抑制剂；胸苷激酶抑制剂；糖或糖蛋白合成抑制剂；结构蛋白合成抑制剂；核苷类似物；和病毒成熟抑制剂。抗病毒剂的具体的非限制性实例包括奈韦拉平(nevirapine)，地拉韦定(delavirdine)，依非韦仑(efavirenz)，沙奎那韦(saquinavir)，利托那韦(ritonavir)，茚地那韦(indinavir)，奈非那韦(nelfinavir)，安泼那韦(amprenavir)，齐多夫定(AZT)，司他夫定(d4T)，拉米夫定(3TC)，去羟肌苷(DDI)，扎西他滨(ddC)，阿巴卡韦(abacavir)，阿昔洛韦(acyclovir)，喷昔洛韦(penciclovir)，利巴韦林(ribavirin)，伐昔洛韦(valacyclovir)，更昔洛韦(ganciclovir)，1-D-呋喃核糖基-1,2,4-三唑-3-甲酰胺，9->2-羟基-乙氧基甲基鸟嘌呤，金刚烷胺(adamantanamine)，5-碘-2'-脱氧尿苷，三氟胸苷，干扰素和腺嘌呤阿糖胞苷。

适用于本发明的组合物和方法的药物制剂和递送系统在现有技术(参见例如Remington:The Science and Practice of Pharmacy(2003)20^th ed.,Mack PublishingCo.,Easton,PA；Remington’s Pharmaceutical Sciences(1990)18^th ed.,MackPublishing Co.,Easton,PA；The Merck Index(1996)12^th ed.,Merck Publishing Group,Whitehouse,NJ；Pharmaceutical Principles of Solid Dosage Forms(1993),TechnonicPublishing Co.,Inc.,Lancaster,Pa.；Ansel ad Soklosa,Pharmaceutical Calculations(2001)11^th ed.,Lippincott Williams&Wilkins,Baltimore,MD；以及Poznansky et al.,Drug Delivery Systems(1980),R.L.Juliano,ed.,Oxford,N.Y.,pp.253-315)中是已知的。

在某些实施方案中，组合物包含被配置为直接或间接接合诱导型启动子的分子。在一些实施方案中，配置成与诱导型启动子接合的分子被配置成激活诱导型启动子(例如激活基因转录/翻译)。在一些实施方案中，配置成与诱导型启动子接合的分子被配置为抑制诱导型启动子对基因表达的激活。在一些实施方案中，配置成与诱导型启动子接合的分子包含化合物，醇、营养物、金属、氨基酸(例如，诸如合成氨基酸之类的氨基酸)、糖或糖类似物(例如乳糖、阿拉伯糖、IPTG)、肽或蛋白质。在某些实施方案中，组合物包含乳糖、阿拉伯糖、IPTG、色氨酸或四环素。

在本文的某些实施方案中，描述了制备用于转化或整合到微生物基因组内的核酸的方法。方法可包括提供编码肽的核酸序列，并将所述核酸序列与编码调节元件的核酸序列或编码分泌肽的核酸连接。在一些实施方案中，核酸包含编码肽的序列，其中所述肽包含分泌肽的氨基酸序列。在一些实施方案中，核酸包含用于分泌的信号序列。在一些实施方案中，核酸包含序列，或编码被细胞分泌途径识别的多肽序列。在一些实施方案中，核酸编码用于生产目标生物分子的非分泌蛋白(例如，酶)。在一些实施方案中，用于分泌的信号序列包含序列SEQ ID NO:212，SEQ ID NO:213，SEQ ID NO:214，SEQ ID NO:215或SEQ ID NO:216。

本领域技术人员应理解，基因表达水平依赖于许多因子，例如启动子序列和调节元件。用于最大蛋白质选择的另一个因素是转录物基因的密码子与宿主的典型密码子使用的匹配。如对大多数细菌所指出的，小的密码子子集被tRNA物质识别而导致翻译选择，并且在蛋白质表达的限制中是重要的。在这方面，可以设计许多合成基因以提高它们的蛋白质表达水平。密码子优化的设计过程可以将稀有密码子改变为已知用于蛋白质表达效率的密码子。在一些实施方案中，描述了密码子选择，其中可以通过使用本领域技术人员已知的算法来进行密码子选择，以产生针对高蛋白质产量优化的合成遗传转录物。包含用于密码子优化的算法的程序是本领域技术人员已知的。程序可以包括例如OptimumGene^TM，算法等。此外，合成的密码子优化的序列可以例如从Integrated DNATechnologies和其他商业上可获得的DNA测序服务机构商购获得。在一些实施方案中，描述了用于分泌的肽，其中用于用于分泌的肽的基因是被优化用于在人中的表达的密码子。在一些实施方案中，描述了用于分泌的肽，其中完整基因转录物的基因是被优化用于表达细菌的密码子，其可以包括分泌肽和已知提高表达水平的其它肽的基因转录物。在一些实施方案中，描述了肽，其中优化用于分泌肽的基因以选择特异性用于细菌和真菌细胞中蛋白质表达的密码子。

术语“受试者”包括但不限于患有将从受益于接触或施用本文所述的经遗传修饰的微生物的疾病或具有该疾病的风险的受试者。受试者包括哺乳类动物(哺乳动物)，例如人，非人灵长类动物(猿，长臂猿，大猩猩，黑猩猩，猩猩，猕猴)，家养或伴侣动物(狗和猫)，农场动物(例如鸡和鸭之类的禽类，马，牛，山羊，绵羊，猪)，以及实验动物(小鼠，大鼠，兔，豚鼠)。受试者包括兽医动物，以及动物疾病模型，例如，患有皮肤病的小鼠和其他动物模型。

本发明的经遗传修饰的微生物和包含经遗传修饰的微生物的组合物可用于各种方法和用途以及药物中。这样的方法和用途以及药物包括，例如，离体和体内施用。在各种实施方案中，所提供的方法和用途以及药物包括用于治疗皮肤病的方法和用途以及药物。

皮肤病可以由对皮肤病症的遗传倾向性以及可以驻留在皮肤上的天然菌丛或天然细菌的扰乱引起。存在几种类型的皮肤病症，例如但不限于痤疮、光化性角化病、斑秃、运动员脚、甲真菌病(onchomychosis)、特应性皮炎、腋臭、湿疹、指甲真菌感染、牛皮癣、玫瑰痤疮、慢性伤口愈合、毛囊炎、毛发角化病、口周皮炎、血管纤维瘤、皮肤炎症、美容术(cosmesis)、老化损伤、皮肤变色、过早变白毛发或皮脂溢。在本文所述的若干实施方案中，描述了治疗皮肤病症的方法。在若干实施方案中，描述了治疗玫瑰痤疮的方法。在若干实施方案中，描述了治疗脱发的方法。在若干实施方案中，描述了甲真菌病的方法。在若干实施方案中，描述了治疗腋臭的方法。在若干实施方案中，描述了治疗慢性伤口愈合的方法。在若干实施方案中，描述了治疗过早变白头发的方法。在若干实施方案中，描述了治疗皮肤炎症的方法。在若干实施方案中，描述了治疗皮肤变色的方法。

痤疮或寻常痤疮是常见的皮肤疾病，可以影响面部、颈部、胸部和背部。其特征在于皮肤上具有皮脂溢的区域。具有痤疮的皮肤区域也可能具有粉刺、丘疹、结节、囊肿，疖、囊性痤疮和丘疹。痤疮可以由激素(例如睾酮)引起，并且可以被相关的皮脂腺影响。造成痤疮的原因可能来自激素性影响、遗传性影响和感染性影响。痤疮的治疗可以是使用局部药物，例如过氧化苯甲酰，水杨酸和激素。更常见的可以是使用抗生素治疗痤疮，然而，在能发展细菌耐药性的情况下，许多类型的抗生素变得不太有效。

痤疮丙酸杆菌(P.acnes)是广泛推断导致痤疮的厌氧细菌物种。金黄色葡萄球菌，一种天然的植物性皮肤细菌，也被认为是感染皮肤的条件致病菌，即使它在健康和感染的皮肤中都可见。然而，在研究中已经表明，痤疮丙酸杆菌以及金黄色葡萄球菌已经正在形成抗生素抗性，由此针对通常用抗生素治疗的皮肤病症增加了开发新的疗法的需要。在本文所述的若干实施方案中，分泌生物分子的经遗传修饰的细菌用于治疗痤疮。在本文所述的若干实施方案中，分泌生物分子的经遗传修饰的真菌用于治疗痤疮。

本文所述的玫瑰痤疮是指以面部红斑以及有时粉刺为特征的慢性病症。玫瑰痤疮有四种亚型，三种影响皮肤，第四种影响眼睛(眼肌型)。早期治疗是使用局部类固醇，然而，以局部类固醇形式的治疗会因长期使用而加重病症。因此，目前已经研究了新的治疗方法。玫瑰痤疮对两种性别都有影响，但在女性中几乎是常见的三倍。

玫瑰痤疮在中央面部的脸颊、鼻子或前额上开始发红，但也可能不太常见地感染颈部、胸部、耳朵和头皮。在某些情况下，其他症状，如半永久性红肿，毛细血管扩张(面部表层血管扩张)，红色圆顶丘疹(小突起)和脓疱，红色粗糙的眼睛，灼热和刺痛感觉，以及在一些晚期的病例中，红色的鳞状鼻，鼻赘(thinophyma)，可能形成。引起潮红和发红的触发因素在玫瑰痤疮的形成中起作用。暴露于极端温度可能导致面部变得潮红，剧烈的运动，来自阳光的热量，严重的晒伤，压力，焦虑，冷风，以及在冬天从冷的环境移动到例如加热的商店和办公室等温暖或热的环境也是这样。还有一些可以触发潮红的食物和饮料，包括酒精、食物和含有咖啡因(特别是热茶和咖啡)的饮料、组胺含量高的食物和辛辣食物。

某些药物和局部刺激物可以快速引发玫瑰痤疮。已报道导致玫瑰痤疮的一些痤疮和皱纹治疗包括微晶磨皮和化学换肤，以及高剂量的异维A酸、过氧化苯甲酰和维甲酸。类固醇诱发的玫瑰痤疮(Steroid induced rosacea)是给予由使用局部或鼻部类固醇引起的玫瑰痤疮的术语。这些类固醇通常被开处方以用于脂溢性皮炎。剂量应缓慢减少，不应立即停止，以避免发作。肠道菌群在引起该疾病中会起作用。

口服四环素抗生素(四环素、多西环素、米诺环素)和局部抗生素(如甲硝唑)通常是医生开出以减轻丘疹、脓疱、炎症和一些发红的第一道防线。

口服抗生素可以帮助缓解眼部玫瑰痤疮的症状。如果丘疹和脓疱持续，则有时处方可以开出异维A酸。异维甲酸具有许多副作用，通常用于治疗严重的痤疮，但是以低剂量被证明对于丘疹脓疱性和增生肉芽肿玫瑰痤疮是有效的。一些个体对在受感染区域的局部施用檀香油反应良好，特别是在减少脓疱和红斑的流行方面。口服抗生素可以是对抗皮肤上可触发玫瑰痤疮的细菌的第一道防线，然而由于抗生素抗性的上升，已经寻求新的发展以治疗皮肤的细菌性疾病以及玫瑰痤疮。在本文所述的若干实施方案中，经遗传修饰的微生物用于治疗玫瑰痤疮。

本文所述的斑秃(Alopecia areata：AA)是指其中毛发从身体的一些或所有区域(通常来自头皮)损失的病症。因为它导致头皮上的秃斑，特别是在第一阶段，所以它有时被称为斑状秃。在1-2％的病例中，该病症会蔓延到整个头皮(全秃)或整个表皮(普秃)。类似AA并且具有相似的病因的条件，也发生在其他物种中。

该病症被认为是系统性自身免疫性疾病，其中身体攻击其自身的抗原毛囊并抑制或阻止毛发生长。T细胞淋巴细胞群集在受感染的毛囊周围，引起炎症和随后的脱发。已经报道了一些婴儿出生时患有先天性AA的情况，但这些不是自身免疫疾病的病例，因为婴儿出生时没有已明确发育的免疫系统。内源性类视黄醇代谢缺陷是AA发病机理的关键部分。此外，一些证据表明AA影响与毛发颜色相关的毛囊部分。变灰的头发不会受到影响。在一些实施方案中，经遗传修饰的微生物用于治疗免疫疾病。

甲真菌病是指指甲的真菌感染。该感染可以由甲真菌病的病原体引起，其包括皮肤真菌、假丝酵母(Candida)和非皮肤真菌霉菌。皮肤真菌是在温带西方国家中最常引起甲真菌病的真菌；而假丝酵母和非皮肤真菌霉菌更经常地出现在具有热和潮湿的气候的热带和亚热带地区。病原体可以包括假丝酵母和非皮肤真菌霉菌，特别是霉菌生成的柱顶孢霉(新柱顶孢霉)(Scytalidium(Neoscytalidium))，帚霉属(Scopulariopsis)和曲霉属(Aspergillus)的成员。假丝酵母菌属主要在手经常淹没在水中的人中引起指甲甲真菌病。柱顶孢霉主要感染在热带地区的人们，虽然如果他们后来迁移到温带气候地区，它仍然存在。治疗主要包括局部或抗真菌药物，例如特比萘芬、伊曲康唑和氟康唑。

腋臭是指身体臭味，其中皮脂腺和顶分泌腺会发挥作用。医学病症可以称为臭汗症、顶分泌性臭汗症、腋臭、皮臭症、臭汗和恶臭出汗。由于富含水的环境支持细菌生长，而细菌生长也是由汗水异常增加引起的，所以腋臭或臭汗症由恶臭定义。在一些实施方案中，使用治疗腋臭的方法。

“较差的伤口愈合”可由免疫系统差、糖尿病、低人促生长素、类风湿性关节炎、血管或动脉疾病的循环不良、锌缺乏、维生素缺乏、狼疮等引起。在几种情况下，较差的伤口愈合会导致由正常菌群引起的条件性感染。在若干实施方案中，描述了使用经遗传修饰的微生物的用于伤口愈合的疗法。

“皮肤炎症”和“慢性皮肤炎症”可以通过真皮区域的巨噬细胞浸润来标记。在感染期间，巨噬细胞反应将介导慢性炎症，其在几种炎性皮肤病中可见，炎性皮肤病包括但不限于牛皮癣、特应性皮炎和慢性接触性皮炎。为了减少炎症反应，已经描述了寻求在炎症部位消除巨噬细胞的疗法。一种方式是阻断巨噬细胞产生的效应分子或细胞因子的活性。另一种方式是通过工程化免疫毒素在发炎过程中靶向巨噬细胞以局部地凋亡消除。疗法可以是由皮肤炎症或慢性皮肤炎症引起的其它皮肤病症，皮肤炎症如皮肤移植物抗宿主病、苔癣样、施莱皮肤病(schlerodermatous)、环状肉芽肿、慢性接触性皮炎、牛皮癣、UV皮肤损伤、特应性皮炎和皮肤T-淋巴瘤。然而，消除局部响应的大多数方式是耗时的。在这方面，让遗传工程微生物群体来局部消除在慢性皮肤炎症的部位的巨噬细胞可以为皮肤炎症或慢性皮肤炎症提供快速治疗。

本发明提供了包括包装在合适的包装材料中的经遗传修饰的微生物(例如丙酸杆菌属细菌)、其组合物和药物制剂的试剂盒。试剂盒可以用于各种体外、离体和体内的方法和用途，例如本文公开的治疗方法或用途。

试剂盒通常包括标签或包装插页，其包括对其中组分的说明或者其中的组分的体外，体内或离体使用的描述。试剂盒可以包含这样的组分的集合，这样的组分如经遗传修饰的微生物，例如单独的丙酸杆菌属细菌，或与另一种治疗上有用的组合物(例如抗炎剂)组合。

术语“包装材料”是指容纳试剂盒的组分的物理结构。包装材料可以无菌地保持组分，并且可以由通常用于这种目的的材料(例如，纸、波纹纤维、玻璃、塑料、箔、安瓿、小瓶、管等)制成。

本发明的试剂盒可以包括标签或插页。标签或插页包括“印刷品”，例如纸或纸板，其与组分、试剂盒或包装材料(例如盒子)分离或固定，或附接到包含试剂盒组分的安瓿、管或小瓶。标签或插页可另外包括计算机可读介质，诸如盘(例如，硬盘)，诸如CD或DVD-ROM/RAM之类的光盘，DVD，MP3，磁带或诸如RAM和ROM之类的电存储介质或这些的混合物，例如磁/光存储介质，FLASH介质或存储器类型的卡。

标签或插页可包括其中一种或多种组分的识别信息，剂量，活性成分的临床药理学，包括作用机制、药代动力学和药效动力学。标签或插页可以包括标识制造商信息、批号、制造商位置和日期的信息。

标签或插页可以包括关于可以使用试剂盒组分的病况、病症、疾病或症状的信息。标签或插页可以包括临床医生或受试者在方法、用途、治疗方案或诊疗方案中使用一种或多种试剂盒组分的说明书。说明书可以包括剂量的量、频率或持续时间，以及用于实施本文所述的任何方法和用途，治疗方案或诊疗方案的说明。

除非另有定义，否则本文使用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域的普通技术人员通常理解的含义相同的含义。虽然与本文所述的方法和材料类似或等同的方法和材料可用于本发明的实践或测试中，但是本文描述了合适的方法和材料。

本文引用的所有申请、出版物、专利和其他参考文献、GenBank引文和ATCC引文以其整体通过引用并入。在冲突的情况下，将以说明书(包括定义)为准。

关于本文中使用的基本上任何复数和/或单数术语，本领域技术人员可以根据上下文和/或应用从复数转换为单数和/或从单数转换为复数。因此，除非上下文另有明确说明，否则单数形式“一”，“一个”和“该”包括复数指代物。为了清楚起见，本文中可以明确地阐述各种单数/复数置换。因此，提及“蛋白质”或“基因”例如包括多个蛋白质或多个基因。

本领域技术人员应理解，一般来说，本文中，特别是所附权利要求(例如，所附权利要求的主体)中使用的术语通常意指作为“开放式”术语(例如，术语“包括“应当被解释为“包括但不限于”，术语“具有”应当被解释为“至少具有”，术语“包含”应解释为“包含但不限于”，等等)。本领域技术人员应当进一步理解，如果所引入的权利要求陈述的特定数量是有益的，则这样的意图将在权利要求被明确地陈述，并且在不存在这样的陈述的情况下，就不存在这样的意图。例如，为了帮助理解，下面的所附权利要求可包含引导性短语“至少一个”和“一个或多个”的用法，以引入权利要求陈述。然而，使用这样的短语不应被理解为意味着通过不定冠词“一”或“一个”引入的权利要求陈述限定含有这样引入的权利要求陈述的任何特定权利要求为仅包含一个这种陈述的权利要求，即使当相同的权利要求包括引导短语“一个或多个”或“至少一个”和不定冠词例如“一”或“一个”时也如此(例如，“一”和/或“一个”通常应被解释为是指“至少一个“或”一个或多个”)；这同样适用于被用来引入权利要求陈述的定冠词。此外，即使所引入的权利要求陈述的特定数量被明确记载，但是本领域技术人员应当认识到，这样的陈述应通常被解释为意指至少所列举的数量(例如，没有其它修饰语的无修饰的陈述“两个陈述”意指至少两个陈述或两个或更多个陈述)。此外，在类似于“A、B和C中的至少一个等”的惯用语被使用的情况下，通常这样的结构意指本领域的技术人员将理解该惯用语(例如，“具有A、B和C中的至少一个的系统”将包括但不局限于具有单独的A，单独的B，单独的C，A和B一起，A和C一起，B和C一起，和/或A，B和C一起等的系统)。在类似于“A、B或C中的至少一个等”的惯用语被使用的那些情况下，通常这样的结构意指本领域的技术人员将理解该惯用语(例如，“具有A、B或C中的至少一个的系统”将包括但不局限于具有单独的A，单独的B，单独的C，A和B一起，A和C一起，B和C一起，和/或A、B和C一起等的系统。本领域的技术人员应进一步理解，无论在说明书、权利要求书或附图中的通常表示两个或多个可选术语的转折词和/或短语应该被理解为设想包括术语中的一个、术语中任意一个或术语两者的可能性。例如，短语“A或B”应被理解为包括“A”或“B”或“A和B”的可能性。

此外，在按照马库什组描述本公开的特征或方面的情况下，本领域技术人员应认识到，因此也根据马库什组的任何单独成员或成员的子组来描述本公开。

如本文所使用的，数字值通常在整个本文档中以范围格式呈现。但范围格式的使用仅仅是为了方便和简洁，并且不应被解释为对本发明的范围的固定的限制。因此，范围的使用明确地包括所有可能的子范围，在该范围内的所有单独的数值，并且所有数值或数值范围包括在这样的范围内的整数和这样的范围内的值或整数的分数，除非上下文另有明确指示。不管该范围的宽度如何，在本专利文件中的所有上下文中都适用这种结构。因此，本文公开的所有范围还包括任何和所有可能的子范围及其子范围的组合。任何列出的范围可以容易地被认为是充分地描述以及使得相同的范围能被分解为至少相等的一半、三分之一、四分之一、五分之一、十分之一等。举非限制性示例而言，本文讨论的每个范围可以容易地分解成下三分之一、中三分之一和上三分之一等。本领域技术人员应理解，所有的语言，例如“多至”，“至少”，“大于”，“少于”等包括所列举的数字，并且是指可以随后分解成如上所述的子范围的范围。最后，如本领域技术人员将理解的，范围包括每个单独的成员。因此，例如，具有1-3个物品的组是指具有1个、2个或3个物品的组。类似地，具有1-5个物品的组是指具有1个、2个、3个、4个或5个物品的组，等等。

虽然本文已公开了多种方面和实施方式，但是其他方面和实施方式对于本领域技术人员而言将是显而易见的。本文公开的各个方面和实施方式是为了说明的目的，而不意指是限制性的，真正的范围和精神由所附权利要求指明。

本领域技术人员应理解，对于本文公开的这个和其他过程和方法，可以以不同的顺序实现在过程和方法中执行的功能。此外，所概述的步骤和操作仅作为示例提供，并且一些步骤和操作可以是任选的，组合成更少的步骤和操作，或者扩展到附加的步骤和操作中，而不偏离所公开的实施方式的本质。

本领域技术人员应理解，对于本文公开的这个和其他过程和方法，可以以不同的顺序实现在过程和方法中执行的功能。此外，所概述的步骤和操作仅作为示例提供，并且一些步骤和操作可以是任选的，组合成更少的步骤和操作，或者扩展到附加的步骤和操作中，而不偏离所公开的实施方式的本质。

以下阐述的示例说明了某些实施方式，并且不限制本技术。

实施例

实施例1：RT6P.acnes菌株的分离

使用E-swab(Fisher)如下所述从人皮肤收集细菌：要求志愿受试者用肥皂和水清洗他们的脸，并且在它们的脸颊和前额上应用E-swab之前用乙醇擦拭物清洁脸。接下来将施加器转移到具有转移培养基的管中。将管涡旋以将细菌释放到培养基中。将100倍稀释的转移培养基涂布在RIC平板上。在厌氧生长一周后，在每个平板上观察到菌落。这些菌落在BHI培养基中生长，直到它们达到用于DNA分离的合适密度。基因组DNA使用商业试剂盒(Epicentre)制备，并使用P.acnes特异性16S rDNA引物Pas9/Pas11(表1)进行PCR扩增。凝胶纯化PCR片段并使用引物16SFseq进行测序。将序列与来自ATCC 11828(II型)和ATCC6919(I型)的16S rDNA基因(NC_017550，

SEQ ID NO:290)进行比对。在核苷酸1315处显示C转换至T的菌落被归类为II型RT6。还测试了RecA基因的菌落以确认它们属于II型菌株。用引物RecAF/RecAR进行PCR扩增后，将片段凝胶纯化并用引物RecAFseq和RecARseq测序。用两种引物获得的序列的组合覆盖超过90％的RecA基因。将测序的RecA片段与来自ATCC11828和ATCC6919菌株的RecA基因进行参考序列比对。

表1.用于分离RT6P.acnes菌株的引物

实施例2.分子克隆

使用Q5高保真DNA聚合酶(New England Biolab)和PCR机(Eppendorf)根据制造商的建议进行PCR扩增。对于基因装配反应，根据制造商的建议使用Gibson装配方法(NEBuilder HiFi DNA装配克隆试剂盒，New England Biolab)和Golden Gate装配方法(NEB Golden Gate装配试剂盒，New England Biolab)。

实施例3.基因组DNA的分离。

对Rhee(2011)所描述的程序进行微小的改变，通过酚-氯仿提取，从细菌菌株中分离总基因组DNA。P.acnes菌株在脑心浸液肉汤(BHI)中在37℃下培养直至晚对数期。收获细胞后，将细胞沉淀用10mM Tris-Cl pH8.0,10mM Na 2EDTA再悬浮，并加入溶菌酶(最终浓度＝1mg/mL)。在37℃下孵育20分钟后，加入10％的SDS(最终浓度＝1.4％)，并在冰上孵育10分钟。裂解物用等体积的苯酚-氯仿混合物(25:24:1的苯酚、氯仿和异戊醇)提取3次，然后用乙醇沉淀DNA并干燥。

实施例4.P.acnes的电穿孔。

根据Cheong(2008)和Rhee等(2007)所述的方法转化P.acnes。使细胞在13×100螺旋盖管中，在含有用于液体培养基(broth)的Oxyrase(Oxyrase)的9mL的BHI中生长，直到OD600nm达到约0.5。通过离心(4℃；4300g；10分钟)收集细胞，并用冰冷的SG培养基(甘油，10％；蔗糖，0.5M)洗涤三次。使细胞重悬于SG培养基(约5×109-1010CFU/ml)中。立即使用这些电感受态细胞。将75微升细胞悬浮液与DNA混合并转移至冷冻电穿孔杯(1mm间隙)。使用Bio-Rad电穿孔仪的电穿孔条件为1.5KV，25μF和600Ω。时间常数设定在8.5ms和10ms之间。电穿孔后，将细胞转移到2ml预热的(37℃)含有用于液体培养基的Oxyrase的BHI中。将这些细胞在37℃下孵育10小时。在室温下通过离心(2000×g，10分钟)收集细胞，并铺在具有抗生素的加强的梭菌琼脂平板上。将平板在37℃下在厌氧条件下孵育。

实施例5.枯草芽孢杆菌生长抑制菌株的构建

将枯草芽孢杆菌菌株168的基因组DNA作为模板，使用引物(d-B_F:aggaaggaTCCATGGAAAATATATTAGACCTG(SEQ ID NO:224),d-B_R:ctatgaccatgattacgCGCATGAATAACGGTCGTATG(SEQ ID NO:225))，通过PCR扩增枯草芽孢杆菌的截短的dnaA基因。用引物(125_F:gcctgcaggtcgactTTAAGTTATTGGTATGACTGGTTTTAAG(SEQ ID NO:226),125_R:tccatggaTCCTTCCTCCTTTAATTGG(SEQ ID NO:227))通过PCR扩增具有氯霉素基因和IPTG诱导型启动子的DNA区。这些PCR产物由 HiFi DNA装配克隆试剂盒装配。产物用HindIII消化，并且3,257bp片段是自身连接的。自身连接的DNA被转化到枯草芽孢杆菌菌株中，并在具有Cm(5μg/mL)和不同浓度(0,0.05,0.1和0.25mM)的IPTG的LB上选择转化体。

实施例6.P.acnes的生长抑制菌株的构建。

阿拉伯糖诱导型fts操纵子。使用枯草芽孢杆菌菌株168的基因组DNA作为模板，使用引物(araRE F:TGCAGTTCTAGACGACACAGGCTGACGAAATTA(SEQ ID NO:228),araRER:CGTAGCGAATTCCATTTCCCTGCCCTCCCGAA(SEQ ID NO:229))通过PCR扩增枯草芽孢杆菌的阿拉伯糖诱导型启动子和调节子。将1468bp的PCR产物连接到通过XbaI和EcoRI水解的pUC18中。痤疮丙酸杆菌的截短fts操纵子通过PCR用痤疮丙酸杆菌菌株ATCC11828的基因组DNA作为模板，使用引物(ftzope F:CTGACTGAATTCGCTTCCCAACGGGGCCGTTT(SEQ ID NO:230),ftzopeR:GACTGCGAATTCCTGAAGAGCCGTCACCGACA(SEQ ID NO:231))扩增。将EcoRI水解的1332bp的PCR产物连接到也通过EcoRI水解的具有阿拉伯糖启动子的pUC18中。在插入具有红霉素基因的1236bp的DNA后，将该质粒导入痤疮丙酸杆菌菌株中，并且在具有L-阿拉伯糖(1.5％w/v)的经修饰的增强的梭菌培养基上选择转化体。

实施例7.乳糖诱导型dnaA基因。

通过PCR使用痤疮丙酸杆菌菌株ATCC11828的基因组DNA作为模板，使用引物(0410-1F:GGCTTCTGGTCTCGAGTGTTGTGGAACGACAACA(SEQ ID NO:232),0410-1R:GGCTTCTGGTCTCGATGGCACCAACCTTAGAGAG(SEQ ID NO:233),0410-2F:GGCTTCTGGTCTCGCCATGTCCGACACACCGTTC(SEQ ID NO:234),0410-2R:GGCTTCTGGTCTCGGGTAGAGACTGGGTAGAGACG(SEQ ID NO:235))扩增痤疮丙酸杆菌的β-半乳糖启动子区和截短的dnaA基因。将这些PCR产物和具有抗生素基因、红霉素和氯霉素基因的DNA片段通过Golden Gate装配法(NEB Golden Gate装配试剂盒，New England Biolab)连接到pUC18中。将该质粒导入痤疮丙酸杆菌菌株中，并在具有乳糖(1.0％w/v)的经修饰的增强的梭菌培养基上选择转化体。

表2.引物列表

实施例8.CAMPII突变痤疮丙酸杆菌菌株的构建。

从痤疮丙酸杆菌的CAMPII基因的起始密码子，通过PCR用痤疮丙酸杆菌ATCC11828菌株的基因组DNA作为模板，使用引物(0422NB-1F:AGTAAACTTGGTCTGACATGAAGAAGACCCATCTTG(SEQ ID NO:242),0422NB-1R:TATATATATTTATTATCCGATGGACCTTGTTTTGGAGAG(SEQ ID NO:243))扩增400bp的截短的ORF。将438bp的PCR产物和具有红霉素和氯霉素抗性基因的DNA片段通过NEBuilder HiFi DNA装配克隆试剂盒与pUC18连接，并且在具有amp(100μg/mL)和cm(20mg/mL)的LB平板上选择该连接产物的转化体。在转化到大肠杆菌dcm-dam-菌株后，将质粒导入痤疮丙酸杆菌中，并在具有erm(5μg/mL)或cm(5μg/mL)的增强的梭菌培养基平板上厌氧选择。通过PCR检查CAMPII突变菌落。

实施例9.无标记突变痤疮丙酸杆菌菌株的构建(图9)。

通过PCR扩增靶基因的上游和下游区域。这些区域应大于500bp。将这些DNA片段与具有抗生素标记并且不具有痤疮丙酸杆菌的复制起点的质粒连接。将该自杀载体引入痤疮丙酸杆菌中，并且通过抗生素选择转化体。在确认这些之后，将细胞在不含抗生素的增强的梭菌培养基中培养以允许第二同源重组。在平板上划线后，通过PCR筛选无标记突变菌落。

实施例10.乳糖诱导型IL10分泌痤疮丙酸杆菌菌株的构建。

通过PCR，用痤疮丙酸杆菌菌株ATCC11828的基因组DNA作为模板，使用引物(0505-1F:TAAACTTGGTCTGACAGTGCGCACCGATGAGCGGCAGA(SEQ ID NO:244),0505-1_R:TTGCAAACATGGCACCAACCTTAGAGAGTCATG(SEQ ID NO:245))扩增痤疮丙酸杆菌的1037bp的β-半乳糖启动子区。对于IL10的分泌，通过PCR使用枯草芽孢杆菌菌株168的基因组DNA作为模板，使用引物(0505-2_F:GGTTGGTGCCATGTTTGCAAAACGATTCAAAAC(SEQ ID NO:246),0505-2_R:AGGAGTGCATATGATAAATAGACATGGTTCCG(SEQ ID NO:247))扩增188bp的信号肽区。通过PCR(0505-3_F:CTATTTATCATATGCACTCCTCCGCTCTG(SEQ ID NO:248),0505-3_R:TTATCCGATTCATGAGACTGTCAGTTGCGGATCTTCATGG(SEQ ID NO:249))扩增568bp的人IL10ORF。这些PCR产物和具有红霉素和氯霉素抗性基因的DNA片段通过NEBuilder HiFi DNA装配克隆试剂盒与pUC18连接，并且在具有amp(100μg/mL)和cm(20mg/mL)的LB平板上选择该连接产物的转化体。在转化到大肠杆菌dcm-dam-菌株后，质粒被导入痤疮丙酸杆菌中，并在具有erm(5μg/mL)或cm(5μg/mL)的增强的梭菌培养基平板上被厌氧选择。通过PCR检查转化体后，通过ELISA分析乳糖的诱导和IL10的分泌。

实施例11.MC/9细胞培养。

鼠MC/9细胞从ATCC(CRL-8306)获得，并在补充有10％FBS(Gibco)、10％大鼠T-STIM(BD)、2mM谷氨酸、0.05mM 2-巯基乙醇和青霉素/链霉素(pen/strep)的DMEM中繁殖。将细胞在5％CO₂培养箱中在37℃下以2×10⁵个细胞/ml的密度保持。

实施例12.IL-10的功能测定。

使用用于人IL-10的商业ELISA(Biolegend)对纯化的重组人IL-10进行定量。通过使用MC/9细胞增殖的剂量依赖性共刺激(用人IL-4)测试表达的IL-10的生物活性。简言之，将细胞离心并用RPMI1640(Gibco)洗涤两次以除去生长培养基中所有痕量的Rat-T-STIM。接下来，将细胞重悬于补充有10％的FBS、2mM的谷氨酸、青霉素/链霉素、2-巯基乙醇和200pg/ml人IL-4(Peprotech)的DMEM中，并以20,000细胞/孔的密度涂布在96孔板中。使用商业重组人IL-10(Peprotech)产生标准曲线。细胞生长82小时，并使用XTT试验(Biotium)测定细胞增殖。

实施例13.R6II型P.acnes的分离。

检查分离的痤疮丙酸杆菌菌株以确定它们是什么核糖型，目的是分离II型的RT6痤疮丙酸杆菌。从来自II型和I型菌株的RecA基因的比对(图10)，我们可以看到10个核苷酸差异。这些变异用于鉴定痤疮丙酸杆菌的亚型。ATCC菌株11828用作II型痤疮丙酸杆菌的阳性对照。

从推定的RT6克隆测序的RecA基因与来自ATTCC11828菌株的RecA基因的区域720-1191比对(图11)。与I型菌株NCTC 737的比对显示5bp的变异，从而表明菌落是II型菌株。

另外，从推定的RT6克隆测序的RecA基因与来自ATTCC11828菌株(SEQ ID NO:276)的RecA基因的区域64-325进行比对。与I型菌株NCTC 737(SEQ ID NO:277)的比对显示3bp的变异，从而表明菌落是II型菌株。

ATCC11828的SNP序列与来自文献的RT6SNP序列和9个分离株(1315处的C→T)比对(图12)。来自我们研究的9个分离的菌株与公开的RT6SNP序列匹配(例如,Fitz-Gibbon,S.,et al.,(2013)Invest.Dermatol.,133(9):2152-60)。

实施例14.将人IL-10、EGF和HGH基因敲入RT6痤疮丙酸杆菌菌株。

人IL-10、人EGF和人GH的基因都在诱导型LacZ启动子下克隆到单独的痤疮丙酸杆菌菌株中。当用0.1mM IPTG孵育细胞时，我们开始看到在生长培养基中的相应基因的表达和分泌(图13)。

实施例15.通过将诱导型启动子引入管家基因使痤疮丙酸杆菌生长停滞。

痤疮丙酸杆菌的生长仅在通过IPTG诱导时可实现(表3)。用阿拉伯糖诱导型启动子制备相同的构建体，使得可以通过单独的营养物控制人基因分泌和生长停滞。

表3.

实施例16.痤疮丙酸杆菌的CAMPII突变体和IL-10表达菌株的构建。

通过PCR用痤疮ATCC 11828菌株的基因组DNA扩增来自痤疮丙酸杆菌的CAMPIIORF的上游的1100bp的区域(引物Up-C F和Up-C R)和400bp的截短的CAMPII ORF(引物CAMPII F和CAMPII R)。对于IL10的分泌，通过PCR用枯草芽孢杆菌菌株168的基因组DNA作为模板(引物Sig-C F和Sig-C R)产生168bp的信号肽区。通过PCR(引物I10-C F和I10-C R)扩增568bp的人IL10ORF。这些PCR产物和具有红霉素抗性基因的DNA片段通过NEBuilderHiFi DNA装配克隆试剂盒与pUC19连接，并且在具有amp(100μg/mL)的LB平板上选择该连接产物的转化体。在转化到大肠杆菌dcm-dam-菌株后，质粒被导入痤疮丙酸杆菌中，并在具有erm(5μg/mL)的增强的梭菌培养基(RCM)平板上被厌氧选择。通过PCR检查具有CAMPII启动子和信号肽的IL-10基因的转化体。对于CAMPII突变菌株的构建，将该转化体在无红霉素的RCM中培养，以允许第二次同源重组。在平板上划线后，通过PCR筛选CAMPII突变体菌落。

表4.引物列表

实施例17.痤疮丙酸杆菌的GAPDH突变体和IL-10表达菌株的构建。

通过PCR利用痤疮ATCC 11828菌株的基因组DNA扩增痤疮丙酸杆菌的GAPDH ORF(引物Up-G F和Up-G R)的1000bp的上游区域和400bp的截短的GAPDH ORF(引物Gapdh F和gapdh R)。对于IL10的分泌，使用枯草芽孢杆菌菌株168的基因组DNA作为模板(引物Sig-GF和Sig-G R)通过PCR产生168bp的信号肽区。通过PCR扩增568bp的人IL10ORF(引物I10-G F和I10-G R)。这些PCR产物和具有红霉素抗性基因的DNA片段通过NEBuilder HiFi DNA装配克隆试剂盒与pUC19连接，并且在具有amp(100μg/mL)的LB平板上选择该连接产物的转化体。在转化到大肠杆菌dcm-dam-菌株后，质粒被导入痤疮丙酸杆菌中，并在具有erm(5μg/mL)的增强的梭菌培养基(RCM)平板上被厌氧选择。通过PCR检查具有带有GAPDH启动子和信号肽的IL-10基因的转化体。为了构建GAPDH突变菌株，将该转化体在含有乳酸盐和无红霉素的经修饰的RCM(m-RCM)中培养，以允许第二同源重组。在含乳酸盐的m-RCM和RCM平板上划线后，挑选仅在含乳酸盐的m-RCM上生长的菌落，并通过PCR检查这些突变体。

表5.引物列表

实施例18.参考文献

M,M.T.(2010).Mutagenesis of Propionibacterium acnes and analysisof two CAMP factor knock-out mutants.J Microbiol Methods,211-216.

Rhee MS,Moritz BE,Xie G,Glavina Del Rio T,Dalin E,Tice H,Bruce D,GoodwinL,Chertkov O,Brettin T,Han C,Detter C,Pitluck S,Land ML,Patel M,Ou M,Harbrucker R,Ingram LO,Shanmugam KT.(2011).Complete Genome Sequence of athermotolerant sporogenic lactic acid bacterium,Bacillus coagulansstrain.Standards in Genomic Sciences 5,331-340.

Rhee MS,Kim JW,Qian YL,Ingram LO,Shanmugam KT.(2007).Development ofplasmid vector and electroporation condition for gene transfer in sporogeniclactic acid bacterium,Bacillus coagulans.Plasmid 58:13-22.

Cheong DE,Lee HI,So JS.(2008).Optimization of electrotransformationconditions for Propionibacterium acnes.J Microbiol Methods.72(1):38-41.

Rhee MS,Wei L,Sawhney N,Rice JD.,St.John F,Hurlbert,JC,Preston,JF.(2014).Engineering the xylan utilization system in Bacillus subtilis for productionof acidic xylooligosaccharides.Appl.Environ.Microbiol.80(3)917-927.

实施例19.代表性的非限制性实施方案。

A1.一种制备用于治疗的肽的受控表达的核酸的方法，其包括提供编码用于受控表达的操纵子序列的第一核酸序列；

将所述第一核酸序列与编码第一肽的第二核酸序列连接；以及

优化用于治疗的肽的受控表达的核酸以用于蛋白质表达。

A2.根据实施方案A1所述的方法，其中所述操纵子是原核生物操纵子。

A3.根据实施方案A2所述的方法，其中所述操纵子是lac操纵子。

A4.根据实施方案A2所述的方法，其中所述操纵子是Trp操纵子。

A5.根据实施方案A1所述的方法，其中所述操纵子是真核生物操纵子。

A6.根据实施方案A1-A5中任一项所述的方法，其中所述第一肽包含透明质酸合酶或其部分。

A7.根据实施方案A6所述的方法，其中所述透明质酸合酶或其部分包含序列SEQID NO:1，SEQ ID NO:2，SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:4。

A8.根据实施方案A1-A5中任一项所述的方法，其中所述第一肽包含弹性蛋白或其部分。

A9.根据实施方案A8所述的方法，其中所述弹性蛋白或其部分包含序列SEQ IDNO:5,SEQ ID NO:6,SEQ ID NO:7,SEQ ID NO:8,SEQ ID NO:9,SEQ ID NO:10,SEQ ID NO:11,SEQ ID NO:12,SEQ ID NO:13,SEQ ID NO:14,SEQ ID NO:15,SEQ ID NO:16,或SEQ IDNO:17。

A10.根据实施方案A1-A5中任一项所述的方法，其中所述第一肽包含胶原或其部分。

A11.根据实施方案A10所述的方法，其中所述胶原或其部分包含序列SEQ ID NO:18,SEQ ID NO:19,SEQ ID NO:20,SEQ ID NO:21,SEQ ID NO:22,或SEQ ID NO:23。

A12.根据实施方案A1-A5中任一项所述的方法，其中所述第一肽包含抗炎剂或其部分。

A13.根据实施方案A12所述的方法，其中所述抗炎剂是白介素或其一部分。

A14.根据实施方案A12或A13所述的方法，其中所述抗炎剂或其部分包含序列SEQID NO:24,SEQ ID NO:25,SEQ ID NO:26,SEQ ID NO:27,或SEQ ID NO:28。

A15.根据实施方案A1-A5中任一项所述的方法，其中所述第一肽包含凝血因子或其部分。

A16.根据实施方案A15所述的方法，其中所述凝血因子或其部分包含序列SEQ IDNO:29,SEQ ID NO:30,SEQ ID NO:31,SEQ ID NO:32,SEQ ID NO:33,SEQ ID NO:34,SEQ IDNO:35,SEQ ID NO:36,SEQ ID NO:37,SEQ ID NO:38,或SEQ ID NO:39。

A17.根据实施方案A1-A5中任一项所述的方法，其中所述第一肽包含用于黑色素合成的酶或其部分。

A18.根据实施方案A17所述的方法，其中所述用于黑色素合成的酶或其部分包含序列SEQ ID NO:40,SEQ ID NO:41,SEQ ID NO:42,SEQ ID NO:43,或SEQ ID NO:44。

A19.根据实施方案A1-A5中任一项所述的方法，其中所述第一肽包含激素或其部分。

A20.根据实施方案A19所述的方法，其中所述激素或其部分包含序列SEQ ID NO:45,SEQ ID NO:46,SEQ ID NO:47,SEQ ID NO:48,或SEQ ID NO:49。

A21.根据实施方案A1-A5中任一项所述的方法，其中所述第一肽包含血小板碱性蛋白或其部分。

A22.根据实施方案A21所述的方法，其中所述血小板碱性蛋白或其部分包含序列SEQ ID NO:50,SEQ ID NO:51,SEQ ID NO:52,SEQ ID NO:53,SEQ ID NO:54,SEQ ID NO:55,SEQ ID NO:56,SEQ ID NO:57,SEQ ID NO:58,SEQ ID NO:59,SEQ ID NO:60,SEQ IDNO:61,或SEQ ID NO:62。

A23.根据实施方案A1-A5中任一项所述的方法，其中所述第一肽包含转化生长因子或其部分。

A24.根据实施方案A23所述的方法，其中所述转化生长因子或其部分包含序列SEQID NO:63,SEQ ID NO:64,SEQ ID NO:65,SEQ ID NO:66,SEQ ID NO:67,SEQ ID NO:68,或SEQ ID NO:69。

A25.根据实施方案A1-A5中任一项所述的方法，其中所述第一肽包含肝细胞生长因子或其部分。

A26.根据实施方案A25所述的方法，其中所述肝细胞生长因子或其部分包含序列SEQ ID NO:70。

A27.根据实施方案A1-A5中任一项所述的方法，其中所述第一肽包含血管内皮生长因子或其部分。

A28.根据实施方案A27所述的方法，其中所述血管内皮生长因子或其部分包含序列SEQ ID NO:71,SEQ ID NO:72,SEQ ID NO:73,SEQ ID NO:74,SEQ ID NO:75,SEQ ID NO:76,SEQ ID NO:77,SEQ ID NO:78,SEQ ID NO:79,SEQ ID NO:80,SEQ ID NO:81,SEQ IDNO:82,SEQ ID NO:83,SEQ ID NO:84,SEQ ID NO:85,SEQ ID NO:86,SEQ ID NO:87,SEQ IDNO:88,SEQ ID NO:89,SEQ ID NO:90,或SEQ ID NO:91。

A29.根据实施方案A1-A5中任一项所述的方法，其中所述第一肽包含胎盘生长因子或其部分。

A30.根据实施方案A29所述的方法，其中所述胎盘生长因子或其部分包含序列SEQID NO:92。

A31.根据实施方案A1-A5中任一项所述的方法，其中所述第一肽包含血小板衍生生长因子或其部分。

A32.根据实施方案A31所述的方法，其中所述血小板衍生生长因子或其部分包含序列SEQ ID NO:93,SEQ ID NO:94,SEQ ID NO:95,SEQ ID NO:96,SEQ ID NO:97,SEQ IDNO:98,SEQ ID NO:99,SEQ ID NO:100,SEQ ID NO:101,或SEQ ID NO:102。

A33.根据实施方案A1-A5中任一项所述的方法，其中所述第一肽包含表皮生长因子或其部分。

A34.根据实施方案A33所述的方法，其中所述表皮生长因子或其部分包含序列SEQID NO:103，SEQ ID NO:104，SEQ ID NO:105或SEQ ID NO:106。

A35.根据实施方案A1-A5中任一项所述的方法，其中所述第一肽包含成纤维细胞生长因子或其部分。

A36.根据实施方案A35所述的方法，其中所述成纤维细胞生长因子或其部分包含序列SEQ ID NO:107,SEQ ID NO:108,SEQ ID NO:109,SEQ ID NO:110,SEQ ID NO:111,SEQID NO:112,SEQ ID NO:113,SEQ ID NO:114,SEQ ID NO:115,SEQ ID NO:116,SEQ ID NO:117,SEQ ID NO:118,SEQ ID NO:119,SEQ ID NO:120,SEQ ID NO:121,SEQ ID NO:122,SEQID NO:123,SEQ ID NO:124,SEQ ID NO:125,SEQ ID NO:126,SEQ ID NO:127,SEQ ID NO:128,SEQ ID NO:129,SEQ ID NO:130,SEQ ID NO:131,SEQ ID NO:132,SEQ ID NO:133,SEQID NO:134,SEQ ID NO:135,SEQ ID NO:136,SEQ ID NO:137,SEQ ID NO:138,SEQ ID NO:139,SEQ ID NO:140,SEQ ID NO:141,SEQ ID NO:142,SEQ ID NO:143,或SEQ ID NO:144。

A37.根据实施方案A1-A5中任一项所述的方法，其中所述第一肽包含DNA修复酶或其部分。

A38.根据实施方案A37所述的方法，其中所述DNA修复酶或其部分衍生自碱基切除修复酶。

A39.根据实施方案A37或A38中任一项所述的方法，其中所述DNA修复酶或其部分包含氨基酸序列SEQ ID NO:145,SEQ ID NO:146,SEQ ID NO:147,SEQ ID NO:148,SEQ IDNO:149,SEQ ID NO:150,SEQ ID NO:151,SEQ ID NO:152,SEQ ID NO:153,SEQ ID NO:154,或SEQ ID NO:155。

A40.根据实施方案A37所述的方法，其中所述DNA修复酶或其部分衍生自用于直接逆转损伤的酶。

A41.根据实施方案A37或A40所述的方法，其中所述用于直接逆转损伤的酶包含氨基酸序列SEQ ID NO:156，SEQ ID NO:157或SEQ ID NO:158。

A42.根据实施方案A37所述的方法，其中所述DNA修复酶或其部分衍生自错配切除修复酶。

A43.根据实施方案A37或A42所述的方法，其中所述错配切除修复酶包含氨基酸序列EQ ID NO:159,SEQ ID NO:160SEQ ID NO:161,SEQ ID NO:162,SEQ ID NO:163,SEQ IDNO:164,SEQ ID NO:165,SEQ ID NO:166,SEQ ID NO:167或SEQ ID NO:168。

A44.根据实施方案A37所述的方法，其中所述DNA修复酶或其部分衍生自核苷酸切除修复酶。

A45.根据实施方案A37或A44所述的方法，其中所述核苷酸切除修复酶包含氨基酸序列SEQ ID NO:169,SEQ ID NO:170SEQ ID NO:171,SEQ ID NO:172,SEQ ID NO:173,SEQID NO:174,SEQ ID NO:175,SEQ ID NO:176,SEQ ID NO:177,SEQ ID NO:178,SEQ ID NO:179,SEQ ID NO:180SEQ ID NO:181,SEQ ID NO:182,SEQ ID NO:183,SEQ ID NO:184,SEQID NO:185,SEQ ID NO:186,SEQ ID NO:187,SEQ ID NO:188,SEQ ID NO:189,SEQ ID NO:190SEQ ID NO:191,SEQ ID NO:192,SEQ ID NO:193,SEQ ID NO:194,SEQ ID NO:195,SEQID NO:196,或SEQ ID NO:197。

A46.根据实施方案A37所述的方法，其中所述DNA修复酶或其部分衍生自编辑或加工核酸酶。

A47.根据实施方案A37或A46所述的方法，其中所述编辑或加工核酸酶包含氨基酸序列SEQ ID NO:198，SEQ ID NO:199，SEQ ID NO:200，SEQ ID NO:201，SEQ ID NO:202，SEQID NO:203，SEQ ID NO:204或SEQ ID NO:205。

A48.根据实施方案A1-A5中任一项所述的方法，其中所述第一肽包含端粒酶或其部分。

A49.根据实施方案A48所述的方法，其中所述端粒酶或其部分包含氨基酸序列SEQID NO:206，SEQ ID NO:207，SEQ ID NO:208或SEQ ID NO:209。

A50.根据实施方案A1-A5中任一项所述的方法，其中所述第一肽包含端粒酶蛋白1的保护物或其部分。

A51.根据实施方案A50所述的方法，其中所述端粒酶蛋白1的保护物或其部分包含氨基酸序列SEQ ID NO:210或SEQ ID NO:211。

A52.根据实施方案A1-A5、A8-A16或A19-A51中任一项所述的方法，其还包括提供编码第二肽的第三核酸序列，并在一端将所述第三核酸序列连接至编码所述第一肽的所述第二核酸序列，其中所述第三核酸序列位于编码所述操纵子序列的所述第一核酸序列和编码所述第一肽的所述第二核酸序列之间。

A53.根据实施方案A1-A5、A8-A16或A19-A51中任一项所述所述的方法，还包括提供编码第二肽的第三核酸序列，并将所述第三核酸序列在一端连接至编码所述第一肽的所述第二核酸序列端，其中所述第三核酸序列位于所述第二核酸序列的与编码所述操纵子序列的第一核酸序列相对的末端。

A54.根据实施方案A52或A53所述的方法，其中所述第二肽包含SEQ ID NO:5,SEQID NO:6,SEQ ID NO:7SEQ ID NO:8,SEQ ID NO:9,SEQ ID NO:10,SEQ ID NO:11,SEQ IDNO:12,SEQ ID NO:13,SEQ ID NO:14,SEQ ID NO:15,SEQ ID NO:16,SEQ ID NO:17SEQ IDNO:18,SEQ ID NO:19,SEQ ID NO:20,SEQ ID NO:21,SEQ ID NO:22,SEQ ID NO:23,SEQ IDNO:24,SEQ ID NO:25,SEQ ID NO:26,SEQ ID NO:27SEQ ID NO:28,SEQ ID NO:29,SEQ IDNO:30,SEQ ID NO:31,SEQ ID NO:32,SEQ ID NO:33,SEQ ID NO:34,SEQ ID NO:35,SEQ IDNO:36,SEQ ID NO:37 SEQ ID NO:38,SEQ ID NO:39,SEQ ID NO:45,SEQ ID NO:46,SEQ IDNO:47 SEQ ID NO:48,SEQ ID NO:49,SEQ ID NO:50,SEQ ID NO:51,SEQ ID NO:52,SEQ IDNO:53,SEQ ID NO:54,SEQ ID NO:55,SEQ ID NO:56,SEQ ID NO:57 SEQ ID NO:58,SEQ IDNO:59,SEQ ID NO:60,SEQ ID NO:61,SEQ ID NO:62,SEQ ID NO:63,SEQ ID NO:64,SEQ IDNO:65,SEQ ID NO:66,SEQ ID NO:67 SEQ ID NO:68,SEQ ID NO:69,SEQ ID NO:70,SEQ IDNO:71,SEQ ID NO:72,SEQ ID NO:73,SEQ ID NO:74,SEQ ID NO:75,SEQ ID NO:76,SEQ IDNO:77 SEQ ID NO:78,SEQ ID NO:79,SEQ ID NO:80,SEQ ID NO:81,SEQ ID NO:82,SEQ IDNO:83,SEQ ID NO:84,SEQ ID NO:85,SEQ ID NO:86,SEQ ID NO:87 SEQ ID NO:88,SEQ IDNO:89,SEQ ID NO:90,SEQ ID NO:91,SEQ ID NO:92,SEQ ID NO:93,SEQ ID NO:94,SEQ IDNO:95,SEQ ID NO:96,SEQ ID NO:97 SEQ ID NO:98,SEQ ID NO:99,SEQ ID NO:100,SEQID NO:101,SEQ ID NO:102,SEQ ID NO:103,SEQ ID NO:104,SEQ ID NO:105,SEQ ID NO:106,SEQ ID NO:107 SEQ ID NO:108,SEQ ID NO:109,SEQ ID NO:110,SEQ ID NO:111,SEQID NO:112,SEQ ID NO:113,SEQ ID NO:114,SEQ ID NO:115,SEQ ID NO:116,SEQ ID NO:117 SEQ ID NO:118,SEQ ID NO:119,SEQ ID NO:120,SEQ ID NO:121,SEQ ID NO:122,SEQID NO:123,SEQ ID NO:124,SEQ ID NO:125,SEQ ID NO:126,SEQ ID NO:127 SEQ ID NO:128,SEQ ID NO:129,SEQ ID NO:130,SEQ ID NO:131,SEQ ID NO:132,SEQ ID NO:133,SEQID NO:134,SEQ ID NO:135,SEQ ID NO:136,SEQ ID NO:137 SEQ ID NO:138,SEQ ID NO:139,SEQ ID NO:140,SEQ ID NO:141,SEQ ID NO:142,SEQ ID NO:143,SEQ ID NO:144,SEQID NO:145,SEQ ID NO:146,SEQ ID NO:147 SEQ ID NO:148,SEQ ID NO:149,SEQ ID NO:150,SEQ ID NO:151,SEQ ID NO:152,SEQ ID NO:153,SEQ ID NO:154,SEQ ID NO:155,SEQID NO:156,SEQ ID NO:157 SEQ ID NO:158,SEQ ID NO:159,SEQ ID NO:160,SEQ ID NO:161,SEQ ID NO:162,SEQ ID NO:163,SEQ ID NO:164,SEQ ID NO:165,SEQ ID NO:166,SEQID NO:167SEQ ID NO:168,SEQ ID NO:169,SEQ ID NO:170,SEQ ID NO:171,SEQ ID NO:172,SEQ ID NO:173,SEQ ID NO:174,SEQ ID NO:175,SEQ ID NO:176,SEQ ID NO:177SEQID NO:178,SEQ ID NO:179,SEQ ID NO:180,SEQ ID NO:181,SEQ ID NO:182,SEQ ID NO:183,SEQ ID NO:184,SEQ ID NO:185,SEQ ID NO:106,SEQ ID NO:187SEQ ID NO:188,SEQID NO:189,SEQ ID NO:190,SEQ ID NO:191,SEQ ID NO:192,SEQ ID NO:193,SEQ ID NO:194,SEQ ID NO:195,SEQ ID NO:196,SEQ ID NO:197SEQ ID NO:198,SEQ ID NO:199,SEQID NO:200,SEQ ID NO:201,SEQ ID NO:202,SEQ ID NO:203,SEQ ID NO:204,SEQ ID NO:205,SEQ ID NO:206,SEQ ID NO:207SEQ ID NO:208,SEQ ID NO:209,SEQ ID NO:210,或SEQ ID NO:211，并且其中所述第二肽不包含所述第一肽的所述氨基酸序列。

A55.根据实施方案A1-A5、A8-A16或A19-A51中任一项所述所述的方法，还包括提供编码分泌肽的核酸序列，并将编码所述分泌肽的所述核酸序列在一端连接到编码所述操纵子的所述核酸序列，其中所述编码分泌肽的所述核酸位于操纵子序列和编码第一肽的第二核酸序列之间。

A56.根据实施方案A1-A5、A8-A16或A19-A51中任一项所述的方法，其还包括提供编码分泌肽的核酸序列，并将所述核酸序列与编码所述编码第一肽的第二核酸序列的所述核酸序列在一端连接，其中所述编码分泌肽的核酸序列位于编码所述操纵子的所述核酸序列的相对端。

A57.根据实施方案A52-A54中任一项所述的方法，其还包括提供编码分泌肽的核酸序列，并将所述编码分泌肽的核酸序列在一端连接到所述编码操纵子的核酸序列，其中所述编码分泌肽的核酸位于操纵子序列和编码所述第一肽的第二核酸序列或编码所述第二肽的第三核酸序列之间。

A58.根据实施方案A52-A54中任一项所述的方法，其还包括提供编码分泌肽的核酸序列，并在一端将所述编码分泌肽的核酸序列连接至编码所述编码第一肽的第二核酸序列的核酸序列，或将所述编码分泌肽的核酸序列连接至编码所述编码第二肽的第三核酸序列的核酸序列，其中所述编码分泌肽的核酸序列位于操纵子序列的相对端。

A59.根据实施方案A55-A58中任一项所述的方法，其中所述分泌肽包含序列SEQID NO:212，SEQ ID NO:213，SEQ ID NO:214，SEQ ID NO:215或SEQ ID NO:216。

A60.根据实施方案A1-A59中任一项所述的方法，其中所述优化通过计算方法进行。

A61.一种用于用于治疗的肽的受控表达的核酸核酸，其包含编码用于受控表达的操纵子序列的第一核酸序列；编码第一肽的第二核酸序列；并且其中所述用于用于治疗的肽的受控表达的核酸核酸针对蛋白质表达进行优化。

A62.根据实施方案A61的核酸，其中所述操纵子是原核生物操纵子。

A63.根据实施方案A61或A62所述的核酸，其中所述操纵子是lac操纵子。

A64.根据实施方案A61或A62所述的核酸，其中所述操纵子是Trp操纵子。

A65.根据实施方案A61所述的核酸，其中所述操纵子是真核生物操纵子。

A66.根据实施方案A61-A65中任一项所述的核酸，其中所述第一肽包含透明质酸合酶或其部分。

A67.根据实施方案A66所述的核酸，其中所述第一肽包含序列SEQ ID NO:1，SEQID NO:2，SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:4。

A68.根据实施方案A61-A65中任一项所述的核酸，其中所述第一肽包含弹性蛋白或其部分。

A69.根据实施方案A68所述的核酸，其中第一肽包含序列SEQ ID NO:5,SEQ IDNO:6,SEQ ID NO:7,SEQ ID NO:8,SEQ ID NO:9,SEQ ID NO:10,SEQ ID NO:11,SEQ ID NO:12,SEQ ID NO:13,SEQ ID NO:14,SEQ ID NO:15,SEQ ID NO:16,或SEQ ID NO:17。

A70.根据实施方案A61-A65中任一项所述的核酸，其中所述第一肽包含胶原或其部分。

A71.根据实施方案A70所述的核酸，其中所述第一肽包含序列SEQ ID NO:18，SEQID NO:19，SEQ ID NO:20，SEQ ID NO:21，SEQ ID NO:22，或SEQ ID NO:23。

A72.根据实施方案A61-A65中任一项所述的核酸，其中所述第一肽包含抗炎剂或其部分。

A73.根据实施方案A72所述的核酸，其中所述抗炎剂是白介素或其一部分。

A74.根据实施方案A72或A73中任一项所述的核酸，其中所述第一肽包含序列SEQID NO:24，SEQ ID NO:25，SEQ ID NO:26，SEQ ID NO:27或SEQ ID NO:28。

A75.根据实施方案A61-A65中任一项所述的核酸，其中所述第一肽包含凝血因子或其部分。

A76.根据实施方案A75所述的核酸，其中第一肽包含序列SEQ ID NO:29，SEQ IDNO:30，SEQ ID NO:31，SEQ ID NO:32，SEQ IDNO:33，SEQ ID NO:34，SEQ ID NO:35，SEQ IDNO:36，SEQ ID NO:37，SEQ ID NO:38，或SEQ ID NO:39。

A77.根据实施方案A61-A65中任一项所述的核酸，其中所述第一肽包含用于黑色素合成的酶或其部分。

A78.根据实施方案A77所述的核酸，其中所述第一肽包含序列SEQ ID NO:40，SEQID NO:41，SEQ ID NO:42，SEQ ID NO:43或SEQ ID NO:44。

A79.根据实施方案A61-A65中任一项所述的核酸，其中所述第一肽包含激素或其部分。

A80.根据实施方案A79所述的核酸，其中用于治疗的第一肽包含序列SEQ ID NO:45，SEQ ID NO:46，SEQ ID NO:47，SEQ ID NO:48，或SEQ ID NO:49。

A81.根据实施方案A61-A65中任一项所述的核酸，其中所述第一肽包含血小板碱性蛋白或其部分。

A82.根据实施方案A81所述的核酸，其中所述第一肽包含序列SEQ ID NO:50,SEQID NO:51,SEQ ID NO:52,SEQ ID NO:53,SEQ ID NO:54,SEQ ID NO:55,SEQ ID NO:56,SEQID NO:57,SEQ ID NO:58,SEQ ID NO:59,SEQ ID NO:60,SEQ ID NO:61,或SEQ ID NO:62。

A83.根据实施方案A61-A65中任一项所述的核酸，其中所述第一肽包含转化生长因子或其部分。

A84.根据实施方案A83所述的核酸，其中所述第一肽包含序列SEQ ID NO:63,SEQID NO:64,SEQ ID NO:65,SEQ ID NO:66,SEQ ID NO:67,SEQ ID NO:68,或SEQ ID NO:69。

A85.根据实施方案A61-A65中任一项所述的核酸，其中所述第一肽包含肝细胞生长因子或其部分。

A86.根据实施方案A85所述的核酸，其中所述第一肽包含序列SEQ ID NO:70。

A87.根据实施方案A61-A65中任一项所述的核酸，其中所述第一肽包含血管内皮生长因子或其部分。

A88.根据实施方案A87所述的核酸，其中所述第一肽包含序列SEQ ID NO:71,SEQID NO:72,SEQ ID NO:73,SEQ ID NO:74,SEQ ID NO:75,SEQ ID NO:76,SEQ ID NO:77,SEQID NO:78,SEQ ID NO:79,SEQ ID NO:80,SEQ ID NO:81,SEQ ID NO:82,SEQ ID NO:83,SEQID NO:84,SEQ ID NO:85,SEQ ID NO:86,SEQ ID NO:87,SEQ ID NO:88,SEQ ID NO:89,SEQID NO:90,或SEQ ID NO:91。

A89.根据实施方案A61-A65中任一项所述的核酸，其中所述第一肽包含胎盘生长因子或其部分。

A90.根据实施方案A89所述的核酸，其中所述第一肽包含序列SEQ ID NO:92。

A91.根据实施方案A61-A65中任一项所述的核酸，其中所述第一肽包含血小板衍生生长因子或其部分。

A92.根据实施方案A91所述的核酸，其中所述第一肽包含序列SEQ ID NO:93，SEQID NO:94，SEQ ID NO:95，SEQ ID NO:96，SEQ ID NO:97，SEQ ID NO:98，SEQ ID NO:99，SEQID NO:100，SEQ ID NO:101或SEQ ID NO:102。

A93.根据实施方案A61-A65中任一项所述的核酸，其中所述第一肽包含表皮生长因子或其部分。

A94.根据实施方案A93所述的核酸，其中所述第一肽包含序列SEQ ID NO:103，SEQID NO:104，SEQ ID NO:105，或SEQ ID NO:106。

A95.根据实施方案A61-A65中任一项所述的核酸，其中所述第一肽包含成纤维细胞生长因子或其部分。

A96.根据实施方案A96所述的核酸，其中第一肽包含序列SEQ ID NO:107,SEQ IDNO:108,SEQ ID NO:109,SEQ ID NO:110,SEQ ID NO:111,SEQ ID NO:112,SEQ ID NO:113,SEQ ID NO:114,SEQ ID NO:115,SEQ ID NO:116,SEQ ID NO:117,SEQ ID NO:118,SEQ IDNO:119,SEQ ID NO:120,SEQ ID NO:121,SEQ ID NO:122,SEQ ID NO:123,SEQ ID NO:124,SEQ ID NO:125,SEQ ID NO:126,SEQ ID NO:127,SEQ ID NO:128,SEQ ID NO:129,SEQ IDNO:130,SEQ ID NO:131,SEQ ID NO:132,SEQ ID NO:133,SEQ ID NO:134,SEQ ID NO:135,SEQ ID NO:136,SEQ ID NO:137,SEQ ID NO:138,SEQ ID NO:139,SEQ ID NO:140,SEQ IDNO:141,SEQ ID NO:142,或SEQ ID NO:144。

A97.根据实施方案A61-A65中任一项所述的核酸，其中所述第一肽包含DNA修复酶或其部分。

A98.根据实施方案A97所述的核酸，其中所述DNA修复酶或其部分衍生自碱基切除修复酶。

A99.根据实施方案A97或A98中任一项所述的核酸，其中所述DNA修复酶包含氨基酸序列SEQ ID NO:145,SEQ ID NO:146,SEQ ID NO:147,SEQ ID NO:148,SEQ ID NO:149,SEQ ID NO:150,SEQ ID NO:151,SEQ ID NO:152,SEQ ID NO:153,SEQ ID NO:154,或SEQID NO:155。

A100.根据实施方案A97所述的核酸，其中所述DNA修复酶或其部分衍生自用于直接逆转损伤的酶。

A101.根据实施方案A97或A100所述的核酸，其中所述DNA修复酶包含氨基酸序列SEQ ID NO:156，SEQ ID NO:157，或SEQ ID NO:158。

A102.根据实施方案A97所述的核酸，其中所述DNA修复酶或其部分衍生自错配切除修复酶。

A103.根据实施方案A97或A103所述的核酸，其中所述DNA修复酶包含氨基酸序列SEQ ID NO:159,SEQ ID NO:160,SEQ ID NO:161,SEQ ID NO:162,SEQ ID NO:163,SEQ IDNO:164,SEQ ID NO:165,SEQ ID NO:166,SEQ ID NO:167,或SEQ ID NO:168。

A104.根据实施方案A97所述的核酸，其中所述DNA修复酶或其部分衍生自核苷酸切除修复酶。

A105.根据实施方案A97或A104所述的核酸，其中所述DNA修复酶包含氨基酸序列SEQ ID NO:169,SEQ ID NO:170SEQ ID NO:171,SEQ ID NO:172,SEQ ID NO:173,SEQ IDNO:174,SEQ ID NO:175,SEQ ID NO:176,SEQ ID NO:177,SEQ ID NO:178,SEQ ID NO:179,SEQ ID NO:180SEQ ID NO:181,SEQ ID NO:182,SEQ ID NO:183,SEQ ID NO:184,SEQ IDNO:185,SEQ ID NO:186,SEQ ID NO:187,SEQ ID NO:188,SEQ ID NO:189,SEQ ID NO:190SEQ ID NO:191,SEQ ID NO:192,SEQ ID NO:193,SEQ ID NO:194,SEQ ID NO:195,SEQID NO:196,或SEQ ID NO:197。

A106.根据实施方案A97所述的核酸，其中所述DNA修复酶或其部分衍生自编辑或加工核酸酶。

A107.根据实施方案A97或A106所述的核酸，其中所述DNA修复酶包含氨基酸序列SEQ NO:198,SEQ ID NO:199,SEQ ID NO:200,SEQ ID NO:201,SEQ ID NO:202,SEQ ID NO:203,SEQ ID NO:204,或SEQ IDNO:205。

A108.根据实施方案A61-A65中任一项所述的核酸，其中所述第一肽包含端粒酶或其部分。

A109.根据实施方案A108所述的核酸，其中所述端粒酶包含氨基酸序列SEQ IDNO:206，SEQ ID NO:207，SEQ ID NO:208，或SEQ ID NO:209。

A110.根据实施方案A61-A65中任一项所述的核酸，其中所述第一肽包含端粒酶蛋白1的保护物或其部分。

A111.根据实施方案A110所述的核酸，其中所述端粒酶蛋白1的保护物包含氨基酸序列SEQ ID NO:210或SEQ ID NO:211。

A112.根据实施方案A61-A65、A68-A76或A79-A111中任一项所述的核酸，其还包含编码第二肽的第三核酸序列，并且其中所述第三核酸序列位于所述编码操纵子序列的第一核酸序列和所述编码第一肽的第二核酸序列之间。

A113.根据实施方案A61-A65、A68-A76或A79-A111中任一项所述的核酸，其还包含编码第二肽的第三核酸序列，并且其中所述第三核酸序列在所述编码操纵子序列的第一核酸序列的相对端连接于所述编码第一肽的第二核酸序列。

A114.根据实施方案A112或A113所述的核酸，其中所述第二肽包含SEQ ID NO:5,SEQ ID NO:6,SEQ ID NO:7SEQ ID NO:8,SEQ ID NO:9,SEQ ID NO:10,SEQ ID NO:11,SEQID NO:12,SEQ ID NO:13,SEQ ID NO:14,SEQ ID NO:15,SEQ ID NO:16,SEQ ID NO:17SEQID NO:18,SEQ ID NO:19,SEQ ID NO:20,SEQ ID NO:21,SEQ ID NO:22,SEQ ID NO:23,SEQID NO:24,SEQ ID NO:25,SEQ ID NO:26,SEQ ID NO:27SEQ ID NO:28,SEQ ID NO:29,SEQID NO:30,SEQ ID NO:31,SEQ ID NO:32,SEQ ID NO:33,SEQ ID NO:34,SEQ ID NO:35,SEQID NO:36,SEQ ID NO:37SEQ ID NO:38,SEQ ID NO:39,SEQ ID NO:45,SEQ ID NO:46,SEQID NO:47SEQ ID NO:48,SEQ ID NO:49,SEQ ID NO:50,SEQ ID NO:51,SEQ ID NO:52,SEQID NO:53,SEQ ID NO:54,SEQ ID NO:55,SEQ ID NO:56,SEQ ID NO:57,SEQ ID NO:58,SEQID NO:59,SEQ ID NO:60,SEQ ID NO:61,SEQ ID NO:62,SEQ ID NO:63,SEQ ID NO:64,SEQID NO:65,SEQ ID NO:66,SEQ ID NO:67SEQ ID NO:68,SEQ ID NO:69,SEQ ID NO:70,SEQID NO:71,SEQ ID NO:72,SEQ ID NO:73,SEQ ID NO:74,SEQ ID NO:75,SEQ ID NO:76,SEQID NO:77 SEQ ID NO:78,SEQ ID NO:79,SEQ ID NO:80,SEQ ID NO:81,SEQ ID NO:82,SEQID NO:83,SEQ ID NO:84,SEQ ID NO:85,SEQ ID NO:86,SEQ ID NO:87 SEQ ID NO:88,SEQID NO:89,SEQ ID NO:90,SEQ ID NO:91,SEQ ID NO:92,SEQ ID NO:93,SEQ ID NO:94,SEQID NO:95,SEQ ID NO:96,SEQ ID NO:97 SEQ ID NO:98,SEQ ID NO:99,SEQ ID NO:100,SEQ ID NO:101,SEQ ID NO:102,SEQ ID NO:103,SEQ ID NO:104,SEQ ID NO:105,SEQ IDNO:106,SEQ ID NO:107 SEQ ID NO:108,SEQ ID NO:109,SEQ ID NO:110,SEQ ID NO:111,SEQ ID NO:112,SEQ ID NO:113,SEQ ID NO:114,SEQ ID NO:115,SEQ ID NO:116,SEQ IDNO:117 SEQ ID NO:118,SEQ ID NO:119,SEQ ID NO:120,SEQ ID NO:121,SEQ ID NO:122,SEQ ID NO:123,SEQ ID NO:124,SEQ ID NO:125,SEQ ID NO:126,SEQ ID NO:127 SEQ IDNO:128,SEQ ID NO:129,SEQ ID NO:130,SEQ ID NO:131,SEQ ID NO:132,SEQ ID NO:133,SEQ ID NO:134,SEQ ID NO:135,SEQ ID NO:136,SEQ ID NO:137 SEQ ID NO:138,SEQ IDNO:139,SEQ ID NO:140,SEQ ID NO:141,SEQ ID NO:142,SEQ ID NO:143,SEQ ID NO:144,SEQ ID NO:145,SEQ ID NO:146,SEQ ID NO:147 SEQ ID NO:148,SEQ ID NO:149,SEQ IDNO:150,SEQ ID NO:151,SEQ ID NO:152,SEQ ID NO:153,SEQ ID NO:154,SEQ ID NO:155,SEQ ID NO:156,SEQ ID NO:157 SEQ ID NO:158,SEQ ID NO:159,SEQ ID NO:160,SEQ IDNO:161,SEQ ID NO:162,SEQ ID NO:163,SEQ ID NO:164,SEQ ID NO:165,SEQ ID NO:166,SEQ ID NO:167SEQ ID NO:168,SEQ ID NO:169,SEQ ID NO:170,SEQ ID NO:171,SEQ IDNO:172,SEQ ID NO:173,SEQ ID NO:174,SEQ ID NO:175,SEQ ID NO:176,SEQ ID NO:177SEQ ID NO:178,SEQ ID NO:179,SEQ ID NO:180,SEQ ID NO:181,SEQ ID NO:182,SEQ IDNO:183,SEQ ID NO:184,SEQ ID NO:185,SEQ ID NO:106,SEQ ID NO:187 SEQ ID NO:188,SEQ ID NO:189,SEQ ID NO:190,SEQ ID NO:191,SEQ ID NO:192,SEQ ID NO:193,SEQ IDNO:194,SEQ ID NO:195,SEQ ID NO:196,SEQ ID NO:197 SEQ ID NO:198,SEQ ID NO:199,SEQ ID NO:200,SEQ ID NO:201,SEQ ID NO:202,SEQ ID NO:203,SEQ ID NO:204,SEQ IDNO:205,SEQ ID NO:206,SEQ ID NO:207SEQ ID NO:208,SEQ ID NO:209,SEQ ID NO:210,或SEQ ID NO:211，并且其中所述第二肽不包含所述第一肽的氨基酸序列。

A115.根据实施方案A61-A65、A68-A76或A79-A111中任一项所述的核酸，其还包含编码分泌肽的核酸序列，并且其中所述编码分泌肽的核酸序列位于所述操纵子序列和所述编码第一肽的第二核酸序列之间。

A116.根据实施方案A61-A65、A68-A76或A79-A111中任一项所述的核酸，其还包含编码分泌肽的核酸序列，并且其中所述编码分泌肽的核酸序列在一端连接于所述编码第一肽的第二核酸序列并且在所述操纵子序列的相对端。

A117.根据实施方案A112-A114中任一项所述的核酸，其还包含编码分泌肽的核酸序列，并且其中所述编码分泌肽的核酸序列连接于所述编码第一肽的第二核酸序列或所述编码第二肽的第三核酸序列，并且其中所述编码分泌肽的核酸序列位于所述编码操纵子的核酸和所述编码第一肽的第二核酸序列或所述编码第二肽的第三核酸序列之间。

A118.根据实施方案A112-A114中任一项所述的核酸，其还包含编码分泌肽的核酸序列，并且其中所述编码分泌肽的核酸序列连接于所述编码第一肽的第二核酸序列或所述编码第二肽的第三核酸序列，并且其中所述编码分泌肽的核酸序列位于所述编码操纵子的核酸的相对端。

A119.根据实施方案A115-A118中任一项所述的核酸，其中所述用于分泌的信号序列包含序列SEQ ID NO:212，SEQ ID NO:213，SEQ ID NO:214，SEQ ID NO:215，或SEQ IDNO:216。

A120.根据实施方案A57-A119中任一项所述的核酸，其中通过计算方法优化所述核酸以用于蛋白质表达。

A121.一种包含在任一实施方案或实施方案A57-A120所述的核酸中的任一种的细胞。

A122.根据实施方案A121所述的细胞，其中所述细胞包含具有突变或基因敲除的基因组。

A123.根据实施方案A121或A122所述的细胞，其中所述细胞是细菌细胞。

A124.根据实施方案A121或A122所述的细胞，其中所述细胞是真菌细胞。

A125.根据实施方案A121-A122中任一项所述的细胞，其中所述细胞来自丙酸杆菌属。

A126.根据实施方案A121-A122或A125中任一项所述的细胞，其中所述细胞是痤疮丙酸杆菌。

A127.根据实施方案A121-A122中任一项所述的细胞，其中所述细胞来自棒状杆菌属。

A128.根据实施方案A121-A122或A127中任一项所述的细胞，其中所述细胞是纹带棒状杆菌。

A129.根据实施方案A121-A122中任一项所述的细胞，其中所述细胞来自葡萄球菌属。

A130.根据实施方案A121-A122或A129中任一项所述的细胞，其中所述细胞是表皮葡萄球菌。

A131.根据实施方案A121-A122中任一项所述的细胞，其中所述细胞来自链球菌属。

A132.根据实施方案A121-A122或A131中任一项所述的细胞，其中所述细胞是嗜热链球菌。

A133.根据实施方案A121-A122中任一项所述所述的细胞，其中所述细胞来自乳杆菌属。

A134.根据实施方案A121-A122或A133中任一项所述的细胞，其中所述细胞是嗜酸乳杆菌。

A135.根据实施方案A121-A122中任一项所述的细胞，其中所述细胞来自乳球菌属。

A136.根据实施方案A121-A122或A135中任一项所述的细胞，其中所述细胞是乳酸乳球菌。

A137.根据实施方案A121-A122中任一项所述的细胞，其中所述细胞来自放线菌(Actinobacteria)属。

A138.根据实施方案A121-A122中任一项所述的细胞，其中所述细胞来自微球菌属。

A139.根据实施方案A121-A122中任一项所述所述的细胞，其中所述细胞来自蠕形螨菌属。

A140.根据实施方案A121-A122中任一项所述的细胞，其中所述细胞来自马拉色霉菌属。

A141.根据实施方案A121-A122中任一项所述的细胞，其中所述细胞来自埃希氏菌属。

A142.根据实施方案A121-A122或A142中任一项所述的细胞，其中所述细胞是大肠杆菌。

A143.根据实施方案A121-A142中任一项所述的细胞，其中所述细胞是非致病性的。

A144.根据实施方案A121、A122或A124所述的细胞，其中所述细胞来自假丝酵母属。

A145.根据实施方案A121、A122、A124或A144中任一项所述的细胞，其中所述细胞是白色念珠菌。

A146.根据实施方案A121、A122、A124或A144中任一项所述的细胞，其中所述细胞是光滑念珠菌。

A147.根据实施方案A121、A122、A124或A144中任一项所述的细胞，其中所述细胞是热带假丝酵母。

A148.根据实施方案A121、A122、A124或A144中任一项所述的细胞，其中所述细胞是近平滑假丝酵母。

A149.根据实施方案A121、A122、A124或A144中任一项所述的细胞，其中所述细胞是克劳斯假丝酵母。

A150.根据实施方案A121-A149中任一项所述的细胞，其中所述突变或敲除是在脂肪酶基因中。

A151.根据实施方案A121-A149中任一项所述的细胞，其中所述突变或敲除在编码以进行营养物合成的基因中。

A152.根据实施方案A121-A149中任一项所述的细胞，其中所述突变或敲除在编码致病生物分子的基因中。

A153.根据实施方案A121-A123、A125-A126或A152中任一项所述的细胞，其中所述细胞包含具有在编码谷氨酰胺合成酶的基因中的突变或敲除的基因组。

A154.根据实施方案A121-A123、A125-A126或A152中任一项所述的细胞，其中所述细胞包含在编码天冬酰胺合成酶的基因中具有突变或敲除的基因组。

A155.根据实施方案A121-A123、A125-A126或A152中任一项所述的细胞，其中所述细胞包含在编码天冬氨酸激酶的基因中具有突变或敲除的基因组。

A156.根据实施方案A121-A123、A125-A126或A152中任一项所述的细胞，其中所述细胞包含在编码天冬氨酸半醛脱氢酶的基因中具有突变或敲除的基因组。

A157.根据实施方案A121-A123、A125-A126或A152中任一项所述的细胞，其中所述细胞包含在编码用于甲硫氨酸合成的基因中具有突变或敲除的基因组。

A158.一种包含实施方案A121-A157中任一项所述的细胞和用于所述细胞的载体的局部制剂。

A159.一种通过递送受控表达的肽来治疗、抑制或改善受试者中的病症的方法，其包括向受试者施用实施方案A158中的局部制剂以用于肽的受控递送。

A160.根据实施方案A159所述的方法，其中所述疾病是痤疮、玫瑰痤疮、脱发、甲真菌病、腋臭、变白毛发、皮肤炎症、皮肤变色、老化损伤、慢性皮肤伤口、皮肤炎症、指甲真菌、自身免疫疾病或血友病。

A161.根据实施方案A159或A160所述的方法，其中所述施用包括将所述组合物置于表皮上。

A162.根据实施方案A159-A161中任一项所述的方法，还包括控制所述肽的表达，其中控制通过施用第二化合物进行。

A163.根据实施方案A162所述的方法，其中所述第二化合物是乳糖。

A164.根据实施方案A162所述的方法，其中所述第二化合物是色氨酸。

A165.根据实施方案A159-A164中任一项所述的方法，还包括控制细胞的增殖，其中控制增殖通过施用第三化合物进行。

A166.根据实施方案A165所述的方法，其中所述第三化合物为营养物。

A167.根据实施方案A165或A166所述的方法，其中所述第三化合物是氨基酸。

A168.根据实施方案A165-A67中任一项所述的方法，其中所述第三化合物是谷氨酰胺。

A169.根据实施方案A165-A67任一项所述的方法，其中所述第三化合物是天冬酰胺。

A170.根据实施方案A165-A67任一项所述的方法，其中所述第三化合物是天冬氨酸。

A171.根据实施方案A165-A67任一项所述的方法，其中所述第三化合物是甲硫氨酸。

B1.包含本文公开的丙酸杆菌属的经遗传修饰的细菌的组合物的用于治疗哺乳动物的皮肤或指甲疾病的用途，其中所述细菌包含编码一种或多种哺乳动物生长因子和/或一种或多种哺乳动物细胞因子的核酸。

B2.根据实施方案B1所述的细菌的用途，其中所述哺乳动物是人、狗或猫。

B3.根据实施方案B1或B2所述的细菌的用途，其中所述皮肤或指甲病症包括痤疮、光化性角化病、斑秃、运动员脚、甲真菌病、特应性皮炎、腋臭、湿疹、指甲真菌感染、牛皮癣、玫瑰痤疮、慢性伤口愈合、毛囊炎、毛发角化病、口周皮炎、血管纤维瘤、皮肤炎症、老化损伤、皮肤变色、过早变白毛发或皮脂溢。

Claims (52)

1.一种丙酸杆菌属的经遗传修饰的细菌，其包含编码哺乳动物生长因子或哺乳动物细胞因子的核酸。

2.一种组合物，其包含权利要求1所述的丙酸杆菌属的经遗传修饰的细菌。

3.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其中所述生长因子是激素。

4.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其中所述生长因子是人激素或牛激素。

5.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其中所述生长因子是生长激素。

6.根据权利要求5所述的经遗传修饰的细菌，其中所述生长激素包含SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48或SEQ ID NO:49。

7.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其中所述生长因子由所述细菌分泌。

8.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其中所述生长因子是人生长因子。

9.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其中所述生长因子选自：转化生长因子β(TGF-β)、血管内皮生长因子(VEGF)、肝细胞生长因子(HGF)、成纤维细胞生长因子FGF)、胰岛素样生长因子-1(IGF1)、血小板衍生生长因子(PDGF)、粒细胞单核细胞集落刺激因子(GMCSF)和表皮生长因子(EGF)。

10.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其中所述生长因子是包含SEQ ID NO:63至SEQ ID NO:69中的任一个的转化生长因子或包含SEQ ID NO:70的肝细胞生长因子。

11.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其中所述生长因子是包含SEQ ID NO:71至SEQ ID NO:91中的任一个的血管内皮生长因子(VEGF)。

12.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其中所述生长因子是包含SEQ ID NO:93至SEQ ID NO:102中的任一个的血小板衍生生长因子(PDGF)。

13.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其中所述生长因子是包含SEQ ID NO:103至SEQ ID NO:106中的任一个的表皮生长因子(EGF)。

14.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其中所述生长因子是包含SEQ ID NO:107至SEQ ID NO:144中的任一个的成纤维细胞生长因子(FGF)。

15.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其中所述细菌分泌所述哺乳动物细胞因子。

16.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其中所述哺乳动物细胞因子是免疫抑制性细胞因子。

17.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其中所述哺乳动物细胞因子是人细胞因子。

18.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其中所述细胞因子选自白介素-10(IL-10)、白介素-6(IL-6)、白介素-7(IL-7)和白介素-8(IL-8)。

19.根据权利要求15所述的经遗传修饰的细菌，其中所述细胞因子选自SEQ ID NO:24，SEQ ID NO:25，SEQ ID NO:26，SEQ ID NO:27和SEQ ID NO:28。

20.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其中所述哺乳动物细胞因子包含IL-10。

21.根据权利要求20所述的经遗传修饰的细菌，其中所述IL-10包含SEQ ID NO:25。

22.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其中所述丙酸杆菌属包括选自产酸丙酸杆菌、产丙酸丙酸杆菌、痤疮丙酸杆菌、澳大利亚丙酸杆菌、贪婪丙酸杆菌、环己酸丙酸杆菌、费氏丙酸杆菌、费氏丙酸杆菌、颗粒丙酸杆菌、詹氏丙酸杆菌、微嗜氧丙酸杆菌、丙酸丙酸杆菌和特氏丙酸杆菌中的物种。

23.根据权利要求22所述的经遗传修饰的细菌，其中所述物种是痤疮丙酸杆菌(P.acnes)。

24.根据权利要求22所述的经遗传修饰的细菌，其中所述痤疮丙酸杆菌的菌株包含CRISPR阵列。

25.根据权利要求24所述的经遗传修饰的细菌，其中所述痤疮丙酸杆菌的菌株是痤疮丙酸杆菌，II型，核糖体型6。

26.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其中所述核酸包含被配置为调节所述哺乳动物生长因子或所述哺乳动物细胞因子的表达的诱导型启动子。

27.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其中所述核酸在指导所述哺乳动物生长因子或所述哺乳动物细胞因子的表达的内源启动子的控制下。

28.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其中所述核酸包含配置为指导所述哺乳动物生长因子或所述哺乳动物细胞因子表达的内源启动子。

29.根据权利要求27或28所述的经遗传修饰的细菌，其中所述诱导型启动子或内源启动子包含lacZ启动子或lacZ操纵子或阿拉伯糖操纵子的启动子。

30.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其中所述编码哺乳动物生长因子或哺乳动物细胞因子的核酸插入编码致病蛋白的内源基因的全部或部分中。

31.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其中内源蛋白的表达被显著减少或消除。

32.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其中致病性蛋白的表达被显著减少或消除。

33.根据权利要求32所述的经遗传修饰的细菌，其中所述致病性蛋白包含内毒素和/或外毒素。

34.根据权利要求32所述的经遗传修饰的细菌，其中所述内源性致病性蛋白包含甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GADPH)蛋白或CAMP蛋白。

35.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其包含调节必需蛋白的表达的诱导型启动子。

36.根据权利要求35所述的经遗传修饰的细菌，其中所述必需蛋白选自染色体复制起始蛋白DnaA、FtsA、FtsI、FtsL、FtsK、FtsN、FtsQ、FtsW、FtsZ、ZipA、aroE、atpD、gmk、guaA、lepA、recA和sodA。

37.根据权利要求35所述的经遗传修饰的细菌，其中所述诱导型启动子能由糖诱导。

38.根据权利要求37所述的经遗传修饰的细菌，其中所述糖是乳糖或阿拉伯糖。

39.根据权利要求35所述的经遗传修饰的细菌，其中所述诱导型启动子能由氨基酸诱导。

40.根据权利要求35所述的经遗传修饰的细菌，其中所述诱导型启动子能由合成氨基酸诱导。

41.根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌，其中所述细菌具有多重遗传修饰。

42.一种包含多种根据权利要求1所述的经遗传修饰的细菌的组合物，其中所述细菌具有多重遗传修饰。

43.根据权利要求41所述的经遗传修饰的细菌或者根据权利要求42所述的组合物，其中所述细菌具有修饰，其中1)内源蛋白的表达被显著减少或消除；和2)调节必需蛋白的表达的诱导型启动子。

44.一种痤疮丙酸杆菌种的经遗传修饰的细菌，其包含：

a)哺乳动物生长因子，其中所述哺乳动物生长因子是分泌的；以及

b)诱导型启动子，其指导必需蛋白的表达，所述必需蛋白选自染色体复制起始蛋白DnaA、FtsA、FtsI、FtsL、FtsK、FtsN、FtsQ、FtsW、FtsZ、ZipA、aroE、atpD、gmk、guaA、lepA、recA和sodA；其中在所述经遗传修饰的细菌中显著减少或消除了内源性CAMP2和/或内源性GADPH蛋白的表达。

45.一种痤疮丙酸杆菌种的经遗传修饰的细菌，其包含：

a)人IL10，其中所述IL10是分泌的；和

b)诱导型启动子，其指导必需蛋白的表达，所述必需蛋白选自染色体复制起始蛋白DnaA、FtsA、FtsI、FtsL、FtsK、FtsN、FtsQ、FtsW、FtsZ、ZipA、aroE、atpD、gmk、guaA、lepA、recA和sodA；

其中在所述经遗传修饰的细菌中显著减少或消除了内源性CAMP2和/或内源性GADPH蛋白的表达。

46.一种组合物，其包含权利要求44或45所述的经遗传修饰的细菌。

47.根据权利要求2、42或46所述的组合物，其中所述组合物被配置用于局部或粘膜施用于哺乳动物。

48.根据权利要求2、42或46所述的组合物，其中所述组合物包含糖或氨基酸，其中所述诱导型启动子通过所存在的所述糖或氨基酸诱导或刺激。

49.一种试剂盒，其包含权利要求1-48中任一项所述的经遗传修饰的细菌或组合物以及使用说明书。

50.一种治疗皮肤或指甲疾病的方法，其包括使哺乳动物的皮肤与根据权利要求1-48中任一项所述的经遗传修饰的细菌或组合物接触，从而治疗所述皮肤或指甲疾病。

51.根据权利要求50的方法，其中所述哺乳动物是人、狗或猫。

52.根据权利要求50所述的方法，其中所述皮肤或指甲病症包括痤疮、光化性角化病、斑秃、运动员脚、甲真菌病、特应性皮炎、腋臭、湿疹、指甲真菌感染、牛皮癣、玫瑰痤疮、慢性伤口愈合、毛囊炎、毛发角化病、口周皮炎、血管纤维瘤、皮肤炎症、老化损伤、皮肤变色、过早变白毛发或皮脂溢。