BR112016029581B1

BR112016029581B1 - Propionibacterium acnes geneticamente modificada, composição e seus usos

Info

Publication number: BR112016029581B1
Application number: BR112016029581-1A
Authority: BR
Inventors: Thomas Hitchcock; Mun Su Rhee
Original assignee: Crown Laboratories, Inc
Priority date: 2014-06-17
Filing date: 2015-06-17
Publication date: 2022-05-03
Also published as: JP6913216B2; JP2021169490A; JP2021006528A; EP3158054A1; US20200115717A1; CN106661543A; WO2015195845A1; US20150361436A1; EP3158054A4; US10584344B2; CA2950945A1; JP2017521059A; BR112016029581A2

Abstract

PROPIONIBACTERIUM ACNES GENETICAMENTE MODIFICADA, COMPOSIÇÃO E SEUS USOS. A presente invenção refere-se aos micróbios que podem ser geneticamente modificados para expressar biomoléculas que são benéficas para os mamíferos e/ou para reduzir, ou eliminar, a expressão de fatores de virulência prejudiciais. O crescimento e a viabilidade de tais micróbios geneticamente modificados podem ser opcionalmente controlados por promotores induzíveis que regulam a expressão de proteínas que são essenciais para o seu crescimento e sobrevivência. Composições compreendendo tais micróbios geneticamente modificados bem como métodos para produzir e utilizar as mesmas são divulgadas aqui.

Description

Pedidos de depósito correlatos

[001] Este aplicativo reivindica a prioridade para o pedido de patente provisório dos EUA n° 62/013.159 depositado em 17 de junho, 2014. Todo o conteúdo do pedido supracitado é aqui incorporado por referência, incluindo todo o texto, tabelas, listagem de sequência e desenhos.

Listagem de sequências

[002] O presente pedido é depositado com uma listagem de sequência. A listagem de sequência é apresentada por via eletrônica em formato ASCII através de EFS-Web na forma de um arquivo de texto. A referida cópia ASCII, criada em 16 de junho de 2015, é nomeada XycrobeSeqListing0439565.1.txt e tem 806 kb de tamanho, cujo conteúdo é aqui incorporado por referência em sua totalidade.

Introdução

[003] A presente revelação diz respeito a uma composição compreendendo micróbios geneticamente modificados, métodos de produção de micróbios geneticamente modificados e uso dos mesmos. Em alguns aspectos o assunto descrito aqui refere-se ao campo da dermatologia e composições para fins dermatológicos tópicos.

Sumário

[004] A invenção fornece micróbios geneticamente modificados. Em modalidades específicas, um micróbio é uma bactéria do gênero Propionibacterium. Em vários aspectos, uma bactéria geneticamente modificada do gênero Propionibacterium compreende um ácido nucleico que codifica um fator de crescimento de mamíferos ou uma citocina de mamíferos. Em alguns aspectos o fator de crescimento é um hormônio. Em certos aspectos o fator de crescimento é um hormônio humano ou bovino. Em certas modalidades o fator de crescimento é uma somatotrofina. Em algumas modalidades, o fator de crescimento compreende SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48 ou SEQ ID NO: 49. Em certas modalidades o fator de crescimento é secretado pela bactéria. Em certos aspectos o fator de crescimento é um hormônio de crescimento humano. Em certas modalidades o fator de crescimento é o fator de crescimento transformador beta (TGF-?), fator de crescimento endotelial vascular (VEGF), fator de crescimento de hepatócitos (HGF), fator de crescimento de fibroblastos (FGF), fator de crescimento semelhante à insulina-1 (IGF1), fator de crescimento derivado de plaquetas (PDGF), fator estimulador de colônia de granulócito e monócito (GMCSF), fator de crescimento epidérmico (EGF) e/ou hormônio de crescimento humano (HGH). O fator de crescimento pode ser um fator de crescimento transformante compreendendo qualquer uma das SEQ ID NO: 63 a SEQ ID NO: 69. Em certas modalidades o fator de crescimento é um hormônio de crescimento de hepatócitos compreendendo a SEQ ID NO: 70. Em algumas modalidades o fator de crescimento é um fator de crescimento endotelial vascular (VEGF) compreendendo qualquer uma das SEQ ID NO: 71 a SEQ ID NO: 91. Em algumas modalidades o fator de crescimento é um fator de crescimento derivado de plaquetas (PDGF) compreendendo qualquer uma das SEQ ID NO: 93 a SEQ ID NO: 102. Em algumas modalidades o fator de crescimento é um fator de crescimento epidérmico (EGF) compreendendo qualquer uma das SEQ ID NO: 103 a SEQ ID NO: 106. Em algumas modalidades o fator de crescimento de fibroblasto (FGF) compreende qualquer uma das SEQ ID NO: 107 a SEQ ID NO: 144. Em algumas modalidades uma ou mais das bactérias secretam o fator de crescimento de mamíferos ou citocina de mamíferos. Em algumas modalidades a citocina de mamíferos é uma citocina imunossupressora. Em algumas modalidades a citocina de mamíferos é uma citocina humana. Em certas modalidades a citocina é selecionada do grupo consistindo em interleucina-10 (IL-10), interleucina-6 (IL-6), interleucina-7 (IL-7) e interleucina-8 (IL-8). Em algumas modalidades, a citocina é selecionada do grupo compreendendo SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27 e SEQ ID NO: 28. Em algumas modalidades a citocina de mamíferos compreende IL-10. Em algumas modalidades, a IL-10 compreende a SEQ ID NO: 25.

[005] Em algumas modalidades o gênero Propionibacterium compreende uma espécie selecionada do grupo consistindo em Propionibacterium acidifaciens, Propionibacterium acidipropionici, Propionibacterium acnes, Propionibacterium australiense, Propionibacterium avidum, Propionibacterium cyclohexanicum, Propionibacterium freudenreichii, Propionibacterium freudenreichii, Propionibacterium granulosum, Propionibacterium jensenii, Propionibacterium microaerophilum, Propionibacterium propionicum e Propionibacterium thoeniiand. Em algumas modalidades a cepa de P. acnes compreende um arranjo CRISPR (repetição palindrômica curta agrupada regularmente espaçada). Em algumas modalidades a cepa de P. acnes é P. acnes, tipo II, ribotipo 6 (R6 tipo II P. acnes).

[006] Em algumas modalidades o ácido nucleico compreende um promotor induzível configurado para regular a expressão do fator de crescimento de mamíferos ou da citocina de mamíferos. Em algumas modalidades o ácido nucleico compreende um promotor endógeno configurado para direcionar a expressão do fator de crescimento de mamíferos ou da citocina de mamíferos. Em algumas modalidades a expressão de uma proteína patogênica endógena é substancialmente reduzida ou eliminada em uma ou mais bactérias geneticamente modificadas. Em algumas modalidades a proteína endógena patogênica compreende uma proteína gliceraldeído 3-fosfato desidrogenase (GAPDH) ou uma proteína CAMP2. Em algumas modalidades uma ou mais das bactérias geneticamente modificadas compreendem um promotor induzível que regula a expressão de uma proteína essencial. Em certas modalidades uma proteína essencial é um gene construtivo adequado. Em certas modalidades uma proteína essencial é uma proteína iniciadora de replicação cromossômica. Em alguns modalidades uma proteína essencial é selecionada a partir do grupo que consiste de uma proteína iniciadora de replicação cromossômica DnaA, FtsA, FtsI, FtsL, FtsK, FtsN, FtsQ, FtsW, FtsZ (por exemplo, crescimento sensível à temperatura filamentoso, em alguns genes de modalidades com FTS são deste operon que codifica para o anel de constrição que permite a septação), proteína de divisão celular (por exemplo, gene ZipA), chiquimato desidrogenase 5 (por exemplo, AROE, gene aroE), uma ATP sintase (por exemplo, ATP sintase, complexo F1, subunidade ?, por exemplo, um gene atpD), guanilato quinase (por exemplo, gmk), GMP sintase (por exemplo, guaA), proteína de ligação GTP (por exemplo, lepA), proteína A recombinase (por exemplo, recA), superóxido dismutase (por exemplo, gene sodA). Em algumas modalidades, um promotor induzível é induzível por um açúcar, como a lactose ou arabinose. Em algumas modalidades, um promotor induzível é induzível por um aminoácido, como um aminoácido sintético. Em algumas modalidades a composição é configurada para administração tópica ou de mucosa a um mamífero.

[007] Em certas modalidades um micróbio geneticamente modificado, como uma bactéria da espécie Propionibacterium acnes, compreende várias modificações genéticas. Em um aspecto particular, um micróbio modificado 1) manifesta um fator de crescimento de mamíferos, onde o fator de crescimento de mamíferos é secretado; 2) inclui um promotor induzível direcionando a expressão de uma proteína essencial, por exemplo, uma proteína iniciadora de replicação cromossômica DnaA, FtsA, FtsI, FtsL, FtsK, FtsN, FtsQ, FtsW, FtsZ, ZipA, aroE, atpD, gmk, guaA, lepA, recA ou sodA; e 3) é modificado de tal forma que a expressão de um CAMP2 endógeno e/ou proteína GAPDH endógena é substancialmente reduzida ou eliminada. Em outro aspecto particular, um micróbio geneticamente modificado, como a bactéria da espécie Propionibacterium acnes, compreende 1) uma citocina humana, como IL10, em que a citocina (por exemplo, IL10) é secretada; 2) inclui um promotor induzível direcionando a expressão de uma proteína essencial (por exemplo, uma proteína essencial e/ou um gene que codifica uma proteína essencial), por exemplo, uma proteína iniciadora de replicação cromossômica DnaA, FtsA, FtsI, FtsL, FtsK, FtsN, FtsQ, FtsW, FtsZ, ZipA, aroE, atpD, gmk, guaA, lepA, recA ou sodA; e 3) é modificado de tal forma que a expressão de um CAMP2 endógeno e/ou proteína GAPDH endógena é substancialmente reduzida ou eliminada.

[008] Em certas modalidades uma composição compreende um ou mais micróbios geneticamente modificados, como uma bactéria da espécie Propionibacterium acnes. Em aspectos particulares, uma composição inclui 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ou mais, cada um dos quais são geneticamente modificados, como uma bactéria da espécie Propionibacterium acnes, em diferentes maneiras. Por exemplo, um primeiro micróbio geneticamente modificado da composição pode expressar uma citocina, como IL-10, IL-6, IL-7 e IL-8; e um segundo micróbio geneticamente modificado da composição pode expressar um fator de crescimento como TGF-β, VEGF, HGF, FGF, IGF1, PDGF, GMCSF, EGF ou HGH. Tais combinações podem incluir um ou mais micróbios geneticamente modificados em que a expressão de uma proteína patogênica endógena é substancialmente reduzida ou eliminada em uma ou mais bactérias geneticamente modificadas, por exemplo, proteína gliceraldeído 3-fosfato desidrogenase (GAPDH) ou uma proteína CAMP2. Tais combinações podem incluir também um ou mais micróbios geneticamente modificados que incluem um promotor induzível que regula a expressão de uma proteína essencial, como a proteína selecionada a partir de uma proteína iniciadora de replicação do cromossomo DnaA, FtsA, FtsI, FtsL, FtsK, FtsN, FtsQ, FtsW, FtsZ, ZipA, aroE, atpD, gmk, guaA, lepA, recA e sodA. Tais combinações também incluem um micróbio geneticamente modificado, como uma bactéria da espécie Propionibacterium acnes, com várias modificações genéticas.

[009] Em certas modalidades, um micróbio geneticamente modificado, como uma bactéria da espécie Propionibacterium acnes, compreende um promotor induzível que regula a expressão de uma proteína essencial. Em certos aspectos, a expressão da proteína é induzida ou estimulada pela presença do açúcar ou análogo do açúcar, ou seja, o promotor é induzido pelo açúcar ou análogo do açúcar.

BREVE DESCRIÇÃO DAS FIGURAS

[0010] Os desenhos ilustram modalidades de tecnologia e não são limitantes. Para maior clareza e facilidade de ilustração, os desenhos não são feitos em escala e, em alguns casos, vários aspectos podem ser mostrados com exagero ou ampliados para facilitar a compreensão das modalidades específicas.

[0011] A Fig. 1 mostra um mapa de plasmídeo de dnaA-Bs-Cm: um DNA auto ligado para a construção da parada do crescimento da cepa de Bacillus subtilis.

[0012] A Fig. 2 mostra um mapa de plasmídeo de 18-araRE-ftsOp- erm: um plasmídeo para construção da parada do crescimento de cepas de P. acnes I, operon fts induzível por arabinose.

[0013] A Fig. 3 mostra um mapa de plasmídeo de 18-bgalpro-dnaA- erm-cm: um plasmídeo para construção da parada do crescimento de cepas de P. acnes II, dnaA induzível por lactose.

[0014] A Fig. 4A mostra um mapa de plasmídeo do vetor de expressão de proteína pET15-IL10: um vetor de expressão de IL-10.

[0015] A Fig. 4B mostra um mapa de plasmídeo do vetor de expressão de proteína pET15-EGF: um vetor de expressão para EGF.

[0016] A Fig. 4C mostra um mapa de plasmídeo do vetor de expressão de proteína pET15-GH: um vetor de expressão para GH.

[0017] A Fig. 5 mostra um mapa de plasmídeo de 18-CAMPII-erm- cm: um plasmídeo para construção de cepa mutante CAMPII de P. acnes.

[0018] A Fig. 6 mostra um mapa de plasmídeo de beta-gal pro-IL10: um plasmídeo para construção de cepa de secreção de IL10 induzível pela lactose de P. acnes.

[0019] A Fig. 7 mostra um mapa de plasmídeo de 19-CAMPII-sig- IL10: um plasmídeo para construção de cepa mutante CAMPII e expressão IL-10 de P. acnes.

[0020] A Fig. 8 mostra um mapa de plasmídeo de 19-sig-IL10- gapdh: um plasmídeo para construção de cepa mutante GAPDH e expressão IL-10 de P. acnes.

[0021] A Fig. 9 mostra um esquema para a construção de uma construção mutante sem marcador.

[0022] A Fig. 10 mostra um alinhamento do gene RecA a partir de uma cepa do tipo II de P. acnes (RecA ATCC 11828, SEQ ID NO: 274) e o gene RecA a partir de cepas do tipo I de P. acnes (RecA NCTC737, SEQ ID NO: 275). As áreas sombreadas indicam identidade de base do nucleotídeo na mesma posição de base. A numeração mostrada é relativa à posição da sequência dentro do gene de comprimento total.

[0023] A Fig. 11 mostra um alinhamento de genes RecA sequenciados de clones RT6 putativos (RecA NCTC737, SEQ ID NO: 277; NC_017_41_RecA, SEQ ID NO: 278; NC_001_4_RecA, SEQ ID NO: 279; NC_003_18_RecA, SEQ ID NO: 280; NC_005_31_RecA, SEQ ID NO: 281; NC_007_33_RecA, SEQ ID NO: 282; NC_009_34_RecA, SEQ ID NO: 283; NC_011_35_RecA, SEQ ID NO: 284; NC_015_39_RecA, SEQ ID NO: 285; NC_019_43_RecA, SEQ ID NO: 286; NC_021_44_RecA, SEQ ID NO: 287; NC_023_45_RecA, SEQ ID NO: 288; NC_025_46_RecA, SEQ ID NO: 289) com a região 720-1191 do gene RecA da cepa ATTCC11828 (RecA 11828, SEQ ID NO: 276). As áreas sombreadas indicam identidade de base do nucleotídeo na mesma posição de base.

[0024] A Fig. 12 mostra um alinhamento de uma sequência SNP de RNA16S da cepa ATCC11828 de P. acnes (SEQ ID NO: 290) com sequências de SNP isoladas de cepas de P. acnes isoladas no Exemplo 1 (PA_001_4_16S, SEQ ID NO: 291; PA_002_18_16S, SEQ ID NO: 292; PA_003_20_16S, SEQ ID NO: 293; PA_005_31_16S, SEQ ID NO: 294; PA_007_33_16S, SEQ ID NO: 295; PA_008_34_16S, SEQ ID NO: 296; PA_009_35_16S, SEQ ID NO: 297; PA_011_39_16S, SEQ ID NO: 298; PA_013_43_16S, SEQ ID NO: 299; PA_014_44_16S, SEQ ID NO: 300; PA_015_45_16S, SEQ ID NO: 301; PA_017_48_16S, SEQ ID NO: 302). As áreas sombreadas indicam identidade de base do nucleotídeo na mesma posição de base.

[0025] A Fig. 13 mostra uma expressão de proteína de IL-10 humana (linha 1, IL-10), hormônio de crescimento humano (linha 2, GH) e fator de crescimento epidérmico humano (linha 3, EGF) em meios de crescimento de cepas individuais de P. acnes geneticamente modificadas. As proteínas indicadas foram expressadas sob a direção de promotores LacZ induzíveis.

[0026] A Fig. 14 mostra um esquema para a construção de uma cepa mutante de P. acnes de parada de crescimento. A região do DNA do promotor e regulador induzível de arabinose foi amplificada de B. subtilis e o fragmento operon fts foi ligado a jusante do promotor induzível de arabinose. Este plasmídeo foi introduzido em P. acnes para recombinação de intersecção única para construir cepa de parada do crescimento regulada da arabinose.

[0027] A Fig. 15 mostra a comparação do crescimento de P. acnes do tipo selvagem cepa mutante de parada do crescimento. A cepa do tipo selvagem de P. acnes e cepa mutante de parada do crescimento foram riscadas no meio de clostridium modificado reforçado com glicose de (1%) e arabinose (1,5%) e incubada a 37 °C sob condição anaeróbica. Os tamanhos da colônia dessas cepas foram verificados sobre no 6°, 10° e 15° dias.

[0028] A Fig. 16 mostra a expressão de IL-10 (linha 2) no meio de crescimento de uma cepa geneticamente modificada de P. acnes induzida com 0,1 mM IPTG (isopropil-beta-D-tiogalactopiranosídeo) por 1,5 horas. O meio de crescimento pré-induzido é apresentado na linha 1.

Descrição Detalhada

[0029] Salvo indicação em contrário na presente invenção, os materiais descritos nesta seção não são a técnica anterior para as reivindicações deste pedido e não são admitidos para ser técnica anterior pela inclusão nesta seção.

[0030] Divulgados aqui são os micróbios geneticamente modificados e composições compreendendo os micróbios geneticamente modificados. Os micróbios, tais como as bactérias, podem ser geneticamente modificados para expressar e/ou secretar biomoléculas que são benéficas para os mamíferos. Em certas modalidades as bactérias geneticamente modificadas são modificadas para reduzir substancialmente, ou eliminar, expressão de fatores de virulência prejudiciais (por exemplo, toxinas ou antígenos). Em algumas modalidades o crescimento e viabilidade de tais micróbios geneticamente modificados podem ser controlados/modulados pela introdução de ácidos nucleicos compreendendo promotores induzíveis que regulam a expressão de proteínas que são essenciais para o crescimento e/ou sobrevivência dos micróbios modificados. Em certas modalidades, composições compreendendo tais micróbios geneticamente modificados são formuladas para entrega tópica na pele de um mamífero.

[0031] Micróbios, ou microrganismos, como utilizados neste documento, podem se referir a organismos microscópicos, organismos de célula única ou organismos multicelulares. Exemplos de micróbios podem incluir, mas não estão limitados a bactérias, arqueas, protozoários e fungos. Em certas modalidades um micróbio é uma bactéria.

[0032] Um "organismo geneticamente modificado", como utilizado aqui, pode se referir a um organismo em que o material genético do organismo tem sido alterado por meio de técnicas de engenharia genética. O termo geneticamente modificado também se refere a várias modificações genéticas, por exemplo 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 ou mais modificações genéticas, por exemplo, um micróbio que tem um gene exógeno introduzido para a expressão de uma proteína e uma modificação, como um gene inativo, que diminui a expressão de um gene endógeno (micróbio) que codifica uma molécula patogênica (por exemplo, um peptídeo ou proteína patogênico).

[0033] Os micróbios como bactérias, eubactérias, leveduras, fungos, podem ser geneticamente modificados a fim de produzir uma ou mais proteínas, produzir um produto bioterapêutico, alterar o metabolismo, evitar o supercrescimento, e/ou evitar a expressão de uma biomolécula. Em algumas modalidades um organismo geneticamente modificado é um micróbio geneticamente modificado. Em algumas modalidades um organismo geneticamente modificado é uma bactéria geneticamente modificada. Em certas modalidades, uma bactéria P. acnes é geneticamente modificada. Os versados na técnica compreenderão que existem várias formas de produzir um organismo geneticamente modificado como produzindo um gene inativo, introduzindo ácidos nucleicos heterólogos e/ou através da geração de mutações.

[0034] Em algumas modalidades um ácido nucleico (por exemplo, um gene ou parte dele) é introduzido em um micróbio usando uma técnica adequada. Em algumas modalidades um micróbio é transformado com um ácido nucleico por uma técnica adequada. Exemplos não limitantes de técnicas adequadas para a introdução de um ácido nucleico em um micróbio incluem a eletroporação, transdução (por exemplo, a injeção de um ácido nucleico por um bacteriófago), microinjeção, através da indução de competência (por exemplo, pela adição de cátions alcalinos, césio, lítio, polietileno glicol ou por choque osmótico), ou suas combinações. Um ácido nucleico pode ser introduzido em um micróbio sob a forma de um plasmídeo circular ou linear, por exemplo. Em algumas modalidades os micróbios transformados são selecionados para integração de um ácido nucleico no genoma do micróbio utilizando um método de seleção adequados (por exemplo, um marcador de seleção).

[0035] Um gene codifica uma proteína específica que depois da expressão através de transcrição e tradução cumpre uma função bioquímica específica dentro de um micróbio vivo. Um gene às vezes inclui segmentos de DNA envolvidos na produção de uma cadeia de polipeptídeo e às vezes inclui regiões antes e depois da região de codificação (por exemplo, um quadro de leitura aberto) envolvida na transcrição/tradução de um produto do gene e a regulação da transcrição/tradução. Um gene essencial é um gene endógeno (por exemplo, endógeno para um micróbio) que produz um polipeptídeo (por exemplo, uma proteína essencial) que é necessário para o crescimento e/ou viabilidade de um micróbio. Exemplos não limitantes de proteínas essenciais de uma bactéria incluem DnaA, FtsA, FtsI, FtsL, FtsK, FtsN, FtsQ, FtsW, FtsZ, ZipA, aroE, atpD, gmk, guaA, lepA, recA e sodA.

[0036] Um "gene inativado" como utilizado aqui, refere-se a uma combinação de técnicas genéticas que podem tornar um gene específico inoperante ou inativo. Em algumas modalidades um gene inativo reduz ou elimina a expressão de um polipeptídeo do gene. Em certas modalidades a expressão do gene é substancialmente reduzida ou eliminada. Substancialmente reduzida significa que a expressão de um gene é reduzida em pelo menos 80%, pelo menos 90%, pelo menos 95%, ou pelo menos 98% quando comparada a um nível endógeno de expressão de um gene. A expressão de um gene pode ser determinada por uma técnica adequada (por exemplo, medindo a transcrição ou níveis expressão da proteína). Qualquer técnica adequada pode ser usada para gerar um gene inativo em um micróbio (por exemplo, uma bactéria). Gene inativo em micróbios pode ser feito por mutagênese de transposon, engenharia genética in vitro para modificar os genes contidos nos plasmídeos ou cromossomos artificiais bacterianos (BACs) e movendo a construção modificada para o organismo de interesse, recombinação homóloga in vivo e outras técnicas que são conhecidas para aqueles versados na técnica. Em certas modalidades um gene é inativado pela substituição de um promotor endógeno, operon ou elemento regulador que é essencial para a transcrição ou tradução de um gene. Em algumas modalidades um gene é inativado pela introdução de uma ou mais mutações que desabilite a função de uma proteína expressada de um gene. Em certas modalidades um gene é parcialmente ou completamente removido do genoma de um micróbio. Em algumas modalidades um gene endógeno é inativado pela substituição do gene com um gene diferente (por exemplo, um gene heterólogo, ou gene não funcional).

[0037] Em algumas modalidades, os micróbios são geneticamente modificados para evitar a secreção de uma molécula patogênica (por exemplo, um peptídeo patogênico ou proteína). Em algumas modalidades uma molécula patogênica é uma molécula tóxica (por exemplo, uma toxina). Em certas modalidades um gene que codifica uma molécula patogênica e/ou uma molécula tóxica é inativado. Em certas modalidades uma bactéria é geneticamente modificada para reduzir substancialmente ou eliminar a expressão de uma molécula patogênica ou uma molécula tóxica. Exemplos não limitantes de moléculas tóxicas incluem endotoxinas bacterianas, exotoxinas bactérias e antígenos bacterianos. Um antígeno bacteriano é qualquer molécula derivada de bactéria (por exemplo, composto ou proteína) que induz uma resposta imune em um mamífero. Em algumas modalidades uma molécula patogênica é um fator Christie-Atkins-Munch-Petersen (CAMP) (por exemplo, um fator CAMP de P. acnes). Em certas modalidades um ou mais fatores CAMP (por exemplo, CAMP1, CAMP2, CAMP3, CAMP4 e/ou CAMP5) de P. acnes são inativados. Em certas modalidades uma bactéria P. acnes é geneticamente modificada para reduzir substancialmente ou eliminar a expressão de um ou mais fatores CAMP. Em algumas modalidades uma molécula patogênica é um gliceraldeído 3-fosfato desidrogenase (GAPDH) bacteriano (por exemplo, um GAPDH de P. acnes). Em certas modalidades um ou mais genes GAPDH da P. acnes são inativados. Em certas modalidades uma bactéria P. acnes é geneticamente modificada para reduzir substancialmente ou eliminar a expressão de GAPDH.

[0038] Em algumas modalidades, os micróbios são geneticamente modificados para criar auxótrofos nutricionais. Em algumas modalidades, os micróbios são geneticamente modificados para evitar a aceitação de material genético. Em algumas modalidades, os micróbios naturalmente ou são geneticamente modificados para evitar a doação de material genético. Em algumas modalidades, o gene para a proteína Competence Protein ComEA é modificado para evitar a doação de material genético. Em algumas modalidades, o gene para a proteína Competence Protein ComEA é modificado para evitar a aceitação de material genético. Em algumas modalidades, o gene para a proteína Competence Protein ComFA é modificado para evitar a doação de material genético. Em algumas modalidades, o gene para a proteína Competence Protein ComFA é modificado para evitar a aceitação de material genético. Em algumas modalidades, o gene para a proteína Competence Protein ComA é modificado para evitar a doação de material genético. Em algumas modalidades, o gene para a proteína Competence Protein ComA é modificado para evitar a aceitação de material genético. Em algumas modalidades, o gene para a proteína Competence Protein ComK é modificado para evitar a doação de material genético. Em algumas modalidades, o gene para a proteína Competence Protein ComK é modificado para evitar a aceitação de material genético. Em certas modalidades um micróbio compreende um arranjo CRISPR ou um arranjo CRISPR é introduzida em um micróbio (por exemplo, bactérias) para prevenir ou reduzir a aceitação do material genético estranho de outros micróbios.

[0039] A modificação genética de micróbios pode também ser realizada para introduzir alterações não funcionais e não prejudiciais ao genoma, em que não há nenhum fenótipo prejudicial ao micróbio. Um "marcador genético" como descrito aqui, se refere a uma sequência não funcional introduzida em um genoma a fim de detectar a presença de um organismo geneticamente modificado ou micróbio. Qualquer marcador genético adequado pode ser incorporado em um micróbio geneticamente modificado usando uma técnica adequada. A modificação genética pode ser realizada no fim de catalogar e distinguir os micróbios geneticamente modificados dos micróbios do tipo selvagem e a fim de determinar a presença de um micróbio geneticamente modificado em um ambiente. O micróbio geneticamente modificado pode ser determinado em um ambiente esfregando a fonte contendo o micróbio suspeito geneticamente modificado, cultivando o micróbio em um meio de cultura mínimo, obtendo o material genético, usando qPCR com iniciadores específicos para a sequência de interesse, e sequenciando o DNA do micróbio geneticamente modificado. O uso da modificação genética para introduzir uma etiqueta genética específica pode permitir que se catalogue e determine a presença de micróbios geneticamente modificados em um sujeito com necessidade. Além disso, as técnicas podem permitir que se determine que o micróbio geneticamente modificado está ausente do ambiente quando o micróbio não é mais necessário. Em algumas modalidades, os micróbios são geneticamente modificados para carregar um marcador para determinar a presença ou ausência de um micróbio geneticamente modificado em um hospedeiro. Os marcadores para determinar a propagação de bactérias geneticamente modificadas também podem ser usados para analisar a microflora do sujeito para garantir que as bactérias são equilibradas durante o tratamento.

[0040] Os micróbios geneticamente modificados podem ser usados para secretarem biomoléculas (por exemplo, proteínas) para tratar distúrbios em um sujeito em necessidade. Os micróbios geneticamente modificados podem ser usados para tratar sujeitos com necessidade que sofrem de uma doença de pele. Os micróbios geneticamente modificados transportando ácido nucleico para a expressão controlada de peptídeos podem ser vantajosos uma vez que eles podem se mover sobre a pele e se propagar em profundidade nos poros e folículos pilosos permitindo a absorção de biomoléculas secretadas. Os micróbios podem ser formulados e utilizados para cosmética em geral, por exemplo.

[0041] Em várias modalidades descritas aqui, os micróbios geneticamente modificados podem ser usados para tratar sujeitos que sofrem de um distúrbio genético. Em várias modalidades descritas aqui, os micróbios geneticamente modificados podem ser usados para tratar sujeitos que sofrem de doenças gástricas. Em várias modalidades descritas aqui, os micróbios geneticamente modificados podem ser usados para tratar sujeitos que sofrem de doenças autoimunes. Em várias modalidades, os micróbios geneticamente modificados podem ser usados para tratar sujeitos tratados com anticoagulantes. Em várias modalidades, os micróbios geneticamente modificados podem ser usados para tratar sujeitos que sofrem de hemofilia. Os micróbios geneticamente modificados incluindo ácidos nucleicos para peptídeos para tratamento podem ser usados em conjunto a fim de satisfazer as necessidades de um sujeito em necessidade. Em algumas modalidades, um segundo micróbio geneticamente modificado pode ser usado para tratar um sujeito em necessidade. Em algumas modalidades, um terceiro micróbio geneticamente modificado pode ser usado para tratar um sujeito em necessidade. Em algumas modalidades, mais do que três micróbios geneticamente modificados podem ser usados para tratar um sujeito em necessidade.

[0042] Em certas modalidades um micróbio geneticamente modificado compreende um ácido nucleico (por exemplo, um gene) onde a expressão do gene é regulada por um promotor. Um promotor é muitas vezes introduzido em um local adequado em relação a um gene de interesse. Por exemplo, um promotor (por exemplo, um promotor induzível) é frequentemente colocados 5' de um sítio de partida de transcrição de um gene de interesse. Em certas modalidades um ácido nucleico inclui um promotor e/ou elementos reguladores necessários para conduzir a expressão do gene (por exemplo, um gene heterólogo ou um gene endógeno). Um promotor pode ser um promotor endógeno, um promotor heterólogo ou uma combinação dos mesmos. Em algumas modalidades um promotor é um promotor constitutivo (por exemplo, um T7, SP6, T3, ou qualquer promotor constitutivo adequado). Em algumas modalidades um micróbio é geneticamente alterado para incluir um gene (por exemplo, um gene de interesse, um gene essencial) sob o controle de um promotor induzível. Um promotor induzível é muitas vezes uma sequência de ácido nucleico que direciona a expressão condicional de um gene. Um promotor induzível pode ser um promotor endógeno, um promotor heterólogo ou uma combinação dos mesmos. Um promotor induzível pode incluir um sistema operon. Um promotor induzível é geralmente configurado para regular a expressão de um gene (por exemplo, um gene de interesse, um gene essencial). Em certas modalidades um promotor induzível compreende um ou mais genes, elementos de regulação e/ou produtos de genes (por exemplo, um sistema indutível). Em algumas modalidades um promotor induzível exige a presença de certo composto, nutriente, aminoácido, açúcar, peptídeo, proteína ou condição (por exemplo, luz, oxigênio, calor, frio) para induzir a atividade do gene (por exemplo, transcrição). Em certas modalidades um promotor induzível é composto de um ou mais elementos repressores. Em algumas modalidades um promotor induzível (por exemplo, um promotor compreendendo um elemento repressor) requer a ausência de determinado composto, nutriente, aminoácido, açúcar, peptídeo, proteína ou condição para induzir a atividade do gene (por exemplo, transcrição). Qualquer promotor induzível, sistema ou operon pode ser utilizado para regular a expressão de um gene (por exemplo, um gene essencial). Exemplos não limitantes de promotores induzíveis incluem sistemas de regulamentação de lactose (por exemplo, sistemas operon de lactose), sistemas de regulamentação açúcar, sistemas de regulamentação de metal, sistemas de regulamentação de esteroides, sistemas de regulamentação de álcool, sistemas de IPTG induzível, sistemas de regulamentação de arabinose (por exemplo, sistemas operon de arabinose, por exemplo, um promotor operon ARA, pBAD, pARA, PARAE ARAE ARAR-ParaE, partes dos mesmos, combinações dos mesmos e similares), sistemas de regulamentação de aminoácidos sintéticos (por exemplo, ver Rovner AJ, et al., (2015) Nature 518(7537):89-93), repressores de frutose, um promotor/operador tac (pTac), promotores de triptofano, promotores de PhoA, promotores de recA, promotores de proU, promotores de cst-1, promotores de tetA, promotores de cadA, promotores de nar, promotores de PL, promotores de cspA, ou suas combinações. Em certas modalidades um promotor compreende um promotor Lac-Z (LacZ), ou porções do mesmo. Em algumas modalidades um promotor compreende um operon Lac, ou porções do mesmo. Em algumas modalidades um promotor induzível compreende um promotor operon ASRA, ou porções do mesmo. Em algumas modalidades um promotor induzível compreende um promotor de arabinose, ou porções do mesmo. Um promotor de arabinose pode ser obtido a partir de qualquer bactéria adequada. Em certas modalidades um promotor induzível compreende um operon de arabinose de E. coli ou B. subtilis. Em certas modalidades um promotor induzível é ativado pela presença de um açúcar ou análogo do mesmo. Exemplos não limitantes de açúcares e análogos de açúcares incluem lactose, arabinose (por exemplo, L-arabinose), glicose, sacarose, frutose, IPTG e similares.

[0043] O uso de micróbios para a produção de biomoléculas também pode ser controlado por uma medida de segurança. Em algumas modalidades um micróbio geneticamente modificado é concebido como um auxótrofo nutricional onde o crescimento e/ou a sobrevivência do micróbio depende da presença de um nutriente essencial. Em algumas modalidades uma composição aqui compreende um nutriente essencial. Os auxótrofos nutricionais podem ser controlados pelo esgotamento dos nutrientes fornecidos a fim de evitar que o supercrescimento do micróbio ou para remover o micróbio do ambiente. Por exemplo, para auxótrofos Trp, o fornecimento de triptofano pode ser removido ou esgotado a fim de retardar o crescimento de micróbios ou para remover o micróbio do ambiente completamente. No caso de auxótrofos Lys, por exemplo, a lisina fornecida pode ser removida do ambiente de reduzir o crescimento do auxótrofo Lys ou para removê-lo completamente do ambiente. Em certas modalidades uma composição compreende um aminoácido como lisina (Lys) ou triptofano (Trp). Em algumas modalidades, o nutriente fornecido pode ser aplicado como um composto em uma composição tópica revitalizante a fim de manter o micróbio no ambiente conforme necessário.

[0044] São divulgados aqui métodos para produzir um ácido nucleico para expressão controlada de um peptídeo para tratamento. As transcrições do gene para o peptídeo para tratamento podem ser sintetizadas através de técnicas de clonagem molecular conhecidas pelos versados na técnica e podem ser usadas para transformar os micróbios para realizar a transcrição de genes codificados de interesse. Em certas modalidades um promotor induzível compreende um operon. Em algumas modalidades, um ácido nucleico inclui uma sequência de operon. Um operon pode ser usado para controlar a expressão da transcrição do gene ou a expressão de um peptídeo para tratamento no nível de DNA. Em algumas modalidades, o operon é um operon lac. Em algumas modalidades, o operon é um operon Trp. Em algumas modalidades, o operon é um operon repressor. Os operons repressores como descritos aqui referem-se a operons que são controlados por uma proteína repressora ou uma proteína de ligação de DNA ou RNA, que pode inibir a expressão de um ou mais genes ao ligar o operador ou operon. Em um operon lac, o gene é desligado se houver um nível de lactose que pode se ligar ao operador e inibir o RNA polimerase de ligação, diminuindo assim a transcrição do gene de interesse. O operon trp também é um também um operon repressor que funciona através de um mecanismo de feedback negativo repressor. O repressor para o operon trp é o triptofano, que pode se ligar ao operador e evitar a transcrição do gene. Ao controlar a produção do gene de interesse por um operon, pode-se controlar o nível de produção do peptídeo de tratamento através do fornecimento de micróbios com a molécula repressora para controlar o nível de biomoléculas secretadas que estão sendo produzidas. Em algumas modalidades, a expressão do peptídeo para o tratamento pode ser reprimida pela adição de uma molécula repressora. Em algumas modalidades, a molécula repressora é o triptofano. Em algumas modalidades, a molécula repressora é a lactose.

[0045] As biomoléculas como descrito aqui, se referem a qualquer tipo de molécula que é produzida por um organismo vivo. A biomoléculas podem incluir, mas não estão limitadas as, macromoléculas, proteínas, açúcares, polissacarídeos, lipídeos, ácidos nucleicos, peptídeos, metabólitos, glicolipídeos, esterois, fatores de crescimento, hormônios, glicerolipídeos, vitaminas, neurotransmissores, metabólitos, enzimas, monômeros, oligômeros e polímeros. As biomoléculas podem ser produzidas por micróbios. Em certas modalidades um gene de interesse codifica uma biomolécula. Em várias modalidades descritas aqui, os métodos são descritos em que os micróbios geneticamente modificados secretam uma biomolécula. Em várias modalidades, os métodos são descritos em que os micróbios geneticamente modificados carregam uma enzima que catalisa a produção de uma biomolécula. Em várias modalidades, os métodos são descritos em que os micróbios geneticamente modificados carregam uma enzima que catalisa a produção de um ácido hialurônico. Em várias modalidades, os métodos são descritos em que os micróbios geneticamente modificados carregam uma enzima que catalisa a produção de uma melanina. Diferentes tipos de biomoléculas podem ser usados para o tratamento de sujeitos em necessidade. Em algumas modalidades, o sujeito sofre de doenças de pele, distúrbios genéticos, doenças, doença autoimune, doença gástrica, danos de envelhecimento e hemofilia. Em algumas modalidades um sujeito ou um sujeito em necessidade sofre de acne.

[0046] Em certas modalidades um micróbio é geneticamente modificado para expressar e/ou secretar um fator de crescimento. Um fator de crescimento pode ser um fator de crescimento de mamíferos (por exemplo, um fator de crescimento humano).

[0047] Os fatores de crescimento são biomoléculas de ocorrência natural que são capazes de iniciar e estimular o crescimento celular, causando a sinalização celular, proliferação, cicatrização e diferenciação de células. Os fatores de crescimento podem ser uma proteína ou um peptídeo. Em algumas modalidades um fator de crescimento é um hormônio (por exemplo, um hormônio de mamíferos). Em certas modalidades uma bactéria á geneticamente modificada pela introdução de um ácido nucleico que codifica um ou mais fatores de crescimento (por exemplo, fatores de crescimento de mamíferos). Um ácido nucleico que codifica um fator de crescimento pode incluir um promotor adequado e/ou elementos reguladores que dirigem a transcrição e/ou tradução (por exemplo, expressão) do fator de crescimento, um quadro de leitura aberto que codifica o fator de crescimento e, em algumas modalidades, ácidos nucleicos e/ou elementos de peptídeo adequados que direcionam a secreção microbiana do fator de crescimento. Em certas modalidades uma bactéria á geneticamente modificada pela introdução de dois ou mais ácido nucleicos que envolvem dois ou mais fatores de crescimento (por exemplo, fatores de crescimento de mamíferos). Em certas modalidades uma bactéria á geneticamente modificada pela introdução de um ácido nucleico que direciona a expressão de um ou mais fatores de crescimento (por exemplo, fatores de crescimento de mamíferos). Em certas modalidades uma bactéria é geneticamente modificada para expressar e/ou secretar um fator de crescimento (por exemplo, um fator de crescimento de mamíferos).

[0048] Vários exemplos de fatores de crescimento incluem, mas não se limitam a, fator de crescimento endotelial vascular (VEGF), o fator de crescimento derivado de plaquetas (PDGF), adrenomedulina (AM), angiopoietina (Ang), fator de motilidade autócrino, proteínas morfogenéticas do osso (BMPs), fator neurotrófico derivado do cérebro (BDNF), fator de crescimento epidérmico (EGF), eritropoetina (EPO), fator de crescimento de fibroblastos (FGF), fator neurotrófico derivado da linhagem de células gliais (GDNF), fator estimulador de colônia de granulócito (G-CSF), fator estimulador de colônia de granulócito macrófago (GM-CSF), fator de diferenciação do crescimento 9 (GDF9), fator de cicatrização, fator de crescimento dos hepatócitos (HGF), fator de crescimento derivado de hepatoma (HDGF), fator de crescimento semelhante à insulina (IGF), fator estimulante de migração, miostatina (GDF-8), fator de crescimento nervoso (NGF) e outras neurotrofinas, fator de crescimento derivado de plaquetas (PDGF), trombopoietina (TPO), fator de crescimento de transformação alfa (TGF-?), fator de crescimento transformador beta (TGF-?), fator de necrose tumoral alfa (TNF-?), fator de crescimento endotelial vascular (VEGF), via de sinalização Wnt, fator de crescimento placentário (PGF), somatotrofina bovina fetal (FBS), co-fator IL-1 para IL-3 e IL-6, fator de crescimento de células T IL-2, IL-3, IL-4, IL-5, IL-6 e IL-7. Em algumas modalidades, o micróbio geneticamente modificado (por exemplo, bactérias) secreta um fator de crescimento.

[0049] O fator de crescimento transformador beta é um hormônio que controla a proliferação, diferenciação e outras funções em muitos tipos de células. Muitas células sintetizam TGFB1 e têm receptores específicos para tal. Elas regulam de forma positiva e negativa muitos outros fatores de crescimento. Elas desempenham um papel importante na remodelação óssea como é um potente estimulador da formação óssea osteoblástica, causando a quimiotaxia, proliferação e diferenciação em osteoblastos comprometidos. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui a transformação do fator de crescimento beta. TGFB pode ser usado para cosmética em geral, danos de envelhecimento, envelhecimento generalizado de tecido para tornar a pele mais jovem ao atrair fibroblastos, e fazendo com que elas produzem matriz extracelular, e levando a uma pele mais jovem e mais espessa. Em algumas modalidades, o fator de crescimento transformador beta inclui SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68 ou SEQ ID NO: 69.

[0050] O fator de crescimento dos hepatócitos/fator de dispersão (HGF/SF) é um hormônio para o crescimento celular, motilidade e fator morfogênico da parácrina. É secretado pelas células mesenquimais e alvos e podem agir principalmente em células epiteliais e endoteliais, mas também atua sobre as células progenitoras hematopoéticas. Tem sido demonstrado como tendo um papel importante no desenvolvimento de órgãos embrionários, especificamente na miogênese, na regeneração de órgãos adultos e na cicatrização de feridas.

[0051] Por exemplo, receptor da proteína tirosina quinase (MET) pode fazer a transdução de sinais a partir da matriz extracelular no citoplasma pela ligação ao ligante do fator de crescimento dos hepatócitos/HGF. Este processo pode regular muitos processos fisiológicos incluindo proliferação, dispersão, morfogênese e sobrevivência. A ligação do ligante na superfície celular induz a autofosforilação do MET, sobre o seu domínio intracelular que fornece sítios de acoplamento para moléculas de sinalização a jusante. Após a ativação pelo ligante, existem interações com a subunidade PI3 da quinase PIK3R1, PLCG1, SRC, GRB2, STAT3 ou o adaptador GAB1. O recrutamento destes efetores a jusante por MET leva à ativação de várias cascatas de sinalização incluindo as cascadas RAS-ERK, PI3- quinase AKT ou PLC gama-PKC. A ativação RAS-ERK está associada com os efeitos morfogenéticos enquanto PI3K/AKT coordenada efeitos de pró-sobrevivência. Durante o desenvolvimento embrionário, a sinalização de MET desempenha um papel na gastrulação, no desenvolvimento e na migração dos músculos e precursores neuronais, angiogênese e formação do rim. Em adultos, a cascata participa na cicatrização de feridas, bem como na regeneração de órgão e remodelamento tecidual.

[0052] O fator de crescimento de hepatócitos pode ser usado para cosmética em geral, para tornar a pele mais jovem ao atrair fibroblastos, e fazendo com que elas produzem matriz extracelular, e levando a uma pele mais jovem e mais espessa. O processo também pode promover a diferenciação e proliferação das células hematopoiéticas. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o fator de crescimento de hepatócitos. Em algumas modalidades, o fator de crescimento de hepatócitos inclui a SEQ ID NO: 70.

[0053] O fator de crescimento endotelial vascular (VEGF) é uma proteína sinal que é produzida por células para estimular a vasculogênese e angiogênese. É parte do sistema que restaura o suprimento de oxigênio aos tecidos quando a circulação sanguínea é inadequada. A função normal do VEGF é criar novos vasos sanguíneos durante o desenvolvimento embrionário, novos vasos sanguíneos após a lesão muscular após o exercício, e novos vasos para contornar os vasos bloqueados. O VEGF pode ser usado para cosmética em geral, para tornar a pele mais jovem ao atrair fibroblastos, e fazendo com que elas produzem matriz extracelular, e levando a uma pele mais jovem e mais espessa.

[0054] O VEGF-A é um fator de crescimento ativo na angiogênese, vasculogênese e crescimento de células endoteliais. O VEGF-A induz a proliferação de células endoteliais, promove a migração celular, inibe a apoptose e induz a permeabilização de vasos sanguíneos. O VEGF-A se liga aos receptores FLT1/VEGFR1 e KDR/VEGFR2, sulfato de heparina e heparina. NRP1/Neuropilina-1 liga as isoformas VEGF-165 e VEGF-145. A isoforma VEGF165B se liga ao KDR mas não ativa as vias de sinalização a jusante, não ativa a angiogênese e inibe o crescimento tumoral. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o VEGF-A. Em algumas modalidades, o VEGF-A inclui a SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86 ou SEQ ID NO: 87.

[0055] O VEGF-B é um fator de crescimento para células endoteliais. VEGF-B167 liga a heparina e neuropilina-1 enquanto a ligação a neuropilina-1 de VEGF-B186 é regulada por proteólise. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o VEGF-B. Em algumas modalidades, o VEGF-B inclui a SEQ ID NO: 88 ou SEQ ID NO: 89.

[0056] O VEGF-C é um fator de crescimento ativo na angiogênese e crescimento da célula endotelial, estimulando sua proliferação e migração e também tem efeitos sobre a permeabilidade dos vasos sanguíneos. O VEGF-C pode funcionar na angiogênese dos sistemas vascular venoso e linfático durante a embriogênese e também na manutenção do endotélio linfático diferenciado em adultos. O VEGF-C pode se ligar e ativar os receptores VEGFR-2 (KDR/FLK1) e VEGFR-3 (FLT4). Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o VEGF-C. Em algumas modalidades, o VEGF-C inclui a SEQ ID NO: 90.

[0057] O VEGF-D (fator de crescimento induzido por c-Fos) é um fator de crescimento ativo na angiogênese, linfangiogênese e crescimento da célula endotelial, estimulando sua proliferação e migração e também tem efeitos sobre a permeabilidade dos vasos sanguíneos. O VEGF-D pode funcionar na formação dos sistemas vascular venoso e linfático durante a embriogênese e também na manutenção do endotélio linfático diferenciado em adultos. O VEGF-D pode se ligar e ativar os receptores VEGFR-2 (KDR/FLK1) e VEGFR-3 (FLT4). Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o VEGF-D. Em algumas modalidades, o VEGF-D inclui a SEQ ID NO: 91.

[0058] O fator de crescimento placentário (PGF) é um membro da família do VEGF e pode desempenhar um papel na angiogênese e vasculogênese, durante a embriogênese. O PGF está ativo na angiogênese e no crescimento da célula endotelial, estimulando a proliferação e migração. Ele se liga ao receptor FLT1/VEGFR-1. A isoforma PlGF-2 se liga a NRP1/neuropilina-1 e NRP2/neuropilina-2 em uma forma dependente de heparina. O PFG também pode promover o crescimento das células tumorais. O PGF pode ser usado para cosmética em geral, para tornar a pele mais jovem ao atrair fibroblastos, e fazendo com que elas produzem matriz extracelular, e levando a uma pele mais jovem e mais espessa. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o PGF. Em algumas modalidades, o PGF inclui a SEQ ID NO: 92.

[0059] O fator de crescimento derivado de plaquetas subunidade A (PDGFA) desempenha um papel essencial na regulação do desenvolvimento embrionário, proliferação celular, migração de células, sobrevivência e quimiotaxia. O PDGFA é um mitógeno potente para as células de origem mesenquimal. O PDGFA é necessário para a formação do septo alveolar pulmonar normal durante a embriogênese, desenvolvimento normal do trato gastrointestinal, desenvolvimento normal das células de Leydig e espermatogênese. O PDGFA é necessário para o desenvolvimento normal de oligondendrócitos e mielinização normal na medula espinhal e cerebelo. O PDGFA desempenha um papel importante na cicatrização de feridas. A sinalização também pode ser modulada pela formação de heterodímeros com PDGFB. O PDGFA pode ser usado para cosmética em geral, para tornar a pele mais jovem ao atrair fibroblastos, e fazendo com que elas produzem matriz extracelular, e levando a uma pele mais jovem e mais espessa. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o PDGFA. Em algumas modalidades, o PDGFA inclui a SEQ ID NO: 93 ou SEQ ID NO: 94.

[0060] O fator de crescimento derivado de plaquetas subunidade B (PDGFB) desempenha um papel essencial na regulação do desenvolvimento embrionário, proliferação celular, migração de células, sobrevivência e quimiotaxia. O PDGFB é um mitógeno potente para as células de origem mesenquimal. O PDGFB é necessário para a proliferação normal e o recrutamento de pericitos e células musculares lisas vasculares no sistema nervoso central, pele, pulmão, coração e placenta. O PDGFB é necessário para o desenvolvimento normal do vaso sanguíneo e para o desenvolvimento normal dos glomérulos renais. O PDGFB desempenha um papel importante na cicatrização de feridas. A sinalização também pode ser modulada pela formação de heterodímeros de PDGFB com PDGFA. O PDGFA pode ser usado para cosmética em geral, para tornar a pele mais jovem ao atrair fibroblastos, e fazendo com que elas produzem matriz extracelular, e levando a uma pele mais jovem e mais espessa. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o PDGFB. Em algumas modalidades, o PDGFB inclui a SEQ ID NO: 95 ou SEQ ID NO: 96.

[0061] O fator de crescimento derivado de plaquetas C (PDGFC) desempenha um papel essencial na regulação do desenvolvimento embrionário, proliferação celular, migração de células, sobrevivência e quimiotaxia. O PDGFC é um mitógeno potente e quimio-atraente para as células de origem mesenquimal. O PDGFC é necessário para a formação do esqueleto normal durante o desenvolvimento embrionário, especialmente para o desenvolvimento normal do esqueleto craniofacial e para o desenvolvimento normal do palato. O PDGFC é necessário para a morfogênese da pele normal durante o desenvolvimento embrionário. O PDGFC desempenha um importante papel na cicatrização de feridas, onde ele parece estar envolvido em três fases: inflamação, proliferação e remodelação. O PDGFC desempenha um importante papel na angiogênese e no desenvolvimento de vasos sanguíneos e está envolvido em processos fibróticos, no qual a transformação de fibroblastos intersticiais em miofibroblastos mais deposição de colágeno ocorre. O domínio CUB do PDGFC tem uma atividade mitogênica nas células do músculo liso da artéria coronária, sugerindo um papel para além da manutenção da latência do domínio do PDGF. No núcleo, o PDGFC parece ter função adicional. O PDGFC pode ser usado para cosmética em geral, para tornar a pele mais jovem ao atrair fibroblastos, e fazendo com que elas produzem matriz extracelular, e levando a uma pele mais jovem e mais espessa. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o PDGFC. Em algumas modalidades, o PDGFC inclui a SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99 ou SEQ ID NO: 100.

[0062] O fator de crescimento derivado de plaquetas D (PDGFD) desempenha um papel essencial na regulação do desenvolvimento embrionário, proliferação celular, migração de células, sobrevivência e quimiotaxia. O PDGFD é um mitógeno potente para as células de origem mesenquimal. O PDGFD desempenha um papel importante na cicatrização de feridas. O PDGFD induz o recrutamento de macrófagos, aumento da pressão intersticial e maturação dos vasos sanguíneos durante a angiogênese. O PDGFD pode iniciar eventos que levam a uma glomerulonefrite proliferativa mesangial, incluindo afluxo de monócitos e macrófagos e produção de matriz extracelular. O PDGFD pode ser usado para cosmética em geral, para tornar a pele mais jovem ao atrair fibroblastos, e fazendo com que elas produzem matriz extracelular, e levando a uma pele mais jovem e mais espessa. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o PDGFD. Em algumas modalidades, o PDGFD inclui a SEQ ID NO: 101 ou SEQ ID NO: 102.

[0063] O gene para o fator de crescimento epidérmico (EGF) codifica um membro da superfamília do fator de crescimento epidérmico. A proteína codificada é sintetizada como uma grande molécula precursora que é proteoliticamente clivada para gerar o peptídeo do fator de crescimento epidérmico de 53 aminoácidos. Essa proteína atua como um potente fator mitogênico que desempenha um papel importante no crescimento, na proliferação e na diferenciação de vários tipos de células. Esta proteína age pela ligação a receptores de superfície celular de alta afinidade, receptor do fator de crescimento epidérmico. Defeitos neste gene são a causa de hipomagnesemia tipo 4. A desregulação desse gene tem sido associada com o crescimento e a evolução de certos tipos de câncer. O splicing alternativo resulta em várias variantes e isoformas de transcrição. O pro-EGF pode ser usado para cosmética em geral, para tornar a pele mais jovem ao atrair fibroblastos, e fazendo com que elas produzem matriz extracelular, e levando a uma pele mais jovem e mais espessa. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o Pró-EGF. O Pró-EGF pode ter isoformas devido ao splicing alternativo. Em algumas modalidades, o Pro-EGF inclui a SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105 ou SEQ ID NO: 106.

[0064] O fator de crescimento de fibroblastos (FGF) desempenha um papel importante na regulação da sobrevivência celular, divisão celular, angiogênese, diferenciação celular e migração celular. O FGF pode funcionar como potente mitógeno in vitro. O FGF pode ser usado para cosmética em geral, para tornar a pele mais jovem ao atrair fibroblastos, e fazendo com que elas produzem matriz extracelular, e levando a uma pele mais jovem e mais espessa. Existem 22 diferentes isoformas de FGF.

[0065] Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o FGF1. Em algumas modalidades, o FGF1 inclui a SEQ ID NO: 107 ou SEQ ID NO: 108.

[0066] O FGF2 tem 4 isoformas produzidas pela iniciação alternativa. O FGF2 desempenha um papel importante na regulação da sobrevivência celular, divisão celular, angiogênese, diferenciação celular e migração celular. O FGF2 funcionar como potente mitógeno in vitro. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o FGF2. Em algumas modalidades, o FGF2 inclui a SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111 ou SEQ ID NO: 112.

[0067] O FGF3 tem 1 isoforma e desempenha um importante papel na regulação do desenvolvimento embrionário, proliferação celular e diferenciação celular. O FGF3 é necessário para o desenvolvimento normal do ouvido. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o FGF3. Em algumas modalidades, o FGF3 inclui a SEQ ID NO: 113.

[0068] O FGF4 pode ter duas isoformas devido ao splicing alternativo. O FGF4 desempenha um papel importante na regulação da sobrevivência celular, divisão celular, angiogênese, diferenciação celular e migração celular. O FGF4 pode funcionar como potente mitógeno in vitro. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o FGF4. Em algumas modalidades, o FGF4 inclui a SEQ ID NO: 114 ou SEQ ID NO: 115.

[0069] O FGF5 pode ter duas isoformas devido ao splicing alternativo. O FGF5 pode desempenhar um importante papel na regulação da proliferação celular e diferenciação celular. O FGF5 é necessário para a regulação normal do ciclo de crescimento dos pêlos. O FGF5 pode funcionar como um inibidor de alongamento de pelos através da promoção da progressão de anágenos, a fase de crescimento do folículo piloso, em catágenos e a fase de regressão induzida por apoptose. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o FGF5. Em algumas modalidades, o FGF5 inclui a SEQ ID NO: 116 ou SEQ ID NO: 117.

[0070] A isoforma FGF6 desempenha um importante papel na regulação da proliferação celular, diferenciação celular, angiogênese e miogênese, e é necessária para a regeneração normal do músculo. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o FGF6. Em algumas modalidades, o FGF6 inclui a SEQ ID NO: 118.

[0071] O FGF7 (fator de crescimento do queratinócito, KGF) tem uma isoforma e desempenha um importante papel na regulação do desenvolvimento embrionário, proliferação celular e diferenciação celular. O FGF7 é necessário para a morfogênese ramificada normal. O fator de crescimento é particularmente ativo sobre os queratinócitos. O FGF7 é um possível grande efetor parácrino da proliferação de células epiteliais normais. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o FGF7. Em algumas modalidades, o FGF7 inclui a SEQ ID NO: 119.

[0072] O FGF8 tem quatro isoformas, devido ao splicing alternativo, e desempenha um importante papel na regulação do desenvolvimento embrionário, proliferação celular, diferenciação celular e migração celular. O FGF8 é necessário para o desenvolvimento normal do cérebro, olhos, ouvidos e membros durante a embriogênese. O FGF8 é necessário para o desenvolvimento normal do sistema neuronal do hormônio liberador de gonadotrofinas (GnRH). Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o FGF8. Em algumas modalidades, o FGF8 inclui a SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122 ou SEQ ID NO: 123.

[0073] O FGF9 tem uma isoforma e desempenha um importante papel na regulação do desenvolvimento embrionário, proliferação celular, diferenciação celular e migração celular. O FGF9 pode ter um papel no crescimento e diferenciação de células gliais durante o desenvolvimento, gliose durante a reparação e regeneração do tecido cerebral após danos, diferenciação e a sobrevivência de células neuronais e estímulo do crescimento de tumores gliais. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o FGF9. Em algumas modalidades, o FGF9 inclui a SEQ ID NO: 124.

[0074] O FGF10 (KGF2) tem uma isoforma e desempenha um importante papel na regulação do desenvolvimento embrionário, proliferação celular e diferenciação celular. O FGF10 é necessário para a morfogênese ramificada normal. O FGF10 pode desempenhar um papel na cicatrização de feridas. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o FGF10. Em algumas modalidades, o FGF10 inclui a SEQ ID NO: 125.

[0075] O FGF11 tem uma isoforma e está envolvido no desenvolvimento e na função do sistema nervoso. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o FGF11. Em algumas modalidades, o FGF11 inclui a SEQ ID NO: 126.

[0076] O FGF12 tem duas isoformas devido ao splicing alternativo e está envolvido no desenvolvimento e na função do sistema nervoso. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o FGF12. Em algumas modalidades, o FGF12 inclui a SEQ ID NO: 127 ou SEQ ID NO: 128.

[0077] O FGF13 tem 5 isoformas produzidas pelo splicing alternativo. O FGF13 é uma proteína de ligação microtubular que liga diretamente a tubulina e está envolvido em ambos a polimerização e a estabilização dos microtúbulos. Através da sua ação nos microtúbulos, o FGF13 pode participar no refinamento dos axônios pela regulação negativa axonal e ramificação de processos líderes. O FGF13 desempenha um papel crucial na polarização e migração de neurônios no córtex cerebral e hipocampo. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o FGF13. Em algumas modalidades, o FGF13 inclui a SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: 132 ou SEQ ID NO: 133.

[0078] O FGF14 tem duas isoformas produzidas pelo splicing alternativo e está envolvido no desenvolvimento e na função do sistema nervoso. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o FGF14. Em algumas modalidades, o FGF14 inclui a SEQ ID NO: 134 ou SEQ ID NO: 135.

[0079] O FGF16 tem uma isoforma e desempenha um importante papel na regulação do desenvolvimento embrionário, proliferação celular e a diferenciação celular, e é necessário para a proliferação normal dos cardiomiócitos e desenvolvimento do coração. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o FGF16. Em algumas modalidades, o FGF16 inclui a SEQ ID NO: 136.

[0080] O FGF17 tem duas isoformas devido ao splicing alternativo e desempenha um importante papel na regulação do desenvolvimento embrionário, e como molécula de sinalização na introdução e padronização do cérebro embrionário. O FGF17 é necessário para o desenvolvimento normal do cérebro. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o FGF17. Em algumas modalidades, o FGF17 inclui a SEQ ID NO: 137 ou SEQ ID NO: 138.

[0081] O FGF18 tem uma isoforma e desempenha um importante papel na regulação da proliferação celular, diferenciação celular e migração celular. O FGF18 é necessário para a ossificação normal e desenvolvimento do osso. O FGF18 estimula a proliferação intestinal e hepática. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o FGF18. Em algumas modalidades, o FGF18 inclui a SEQ ID NO: 139.

[0082] O FGF19 tem uma isoforma e está envolvido na supressão de biossíntese de ácido biliares através de regulação negativa da expressão de CYP7A1, após regulação positiva das cascadas de JNK e ERK1/2. O FGF19 estimula a absorção de glicose em adipócitos. A atividade de FGF19 requer a presença do KLB e FGFR4. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o FGF19. Em algumas modalidades, o FGF19 inclui a SEQ ID NO: 140.

[0083] O FGF20 tem uma isoforma e desempenha como papel um fator neurotrófico que regula o desenvolvimento e a função do sistema nervoso central. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o FGF20. Em algumas modalidades, o FGF20 inclui a SEQ ID NO: 141.

[0084] O FGF21 tem uma isoforma e estimula a absorção de glicose em adipócitos diferenciados através da indução da expressão do transportador de glicose SLC2A1/GLUT1 (mas não a expressão de SLC2A4/ GLUT4). A atividade de FGF21 requer a presença do KLB. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o FGF21. Em algumas modalidades, o FGF21 inclui a SEQ ID NO: 142.

[0085] O FGF22 tem uma isoforma e desempenha um papel na resposta de jejum, homeostase da glicose, lipólise e lipogênese. O FGF22 pode estimular a proliferação celular in vitro e pode estar envolvido no desenvolvimento de cabelo. Em algumas modalidades, uma célula secretora de FGF22 pode ser usada para o tratamento de alopecia. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o FGF22. Em algumas modalidades, o FGF22 inclui a SEQ ID NO: 143.

[0086] O FGF23 tem uma isoforma e é um regulador da homeostase de fosfato. O FGF23 inibe o transporte de fosfato tubular renal através da redução dos níveis de SLC34A1 e pode regular positivamente a expressão de EGR1 na presença de KL. O FGF23 age diretamente sobre a paratireoide para diminuir a secreção de PTH. O FGF23 também é um regulador do metabolismo da vitamina D e pode regular negativamente a diferenciação osteoblástica e a matriz de mineralização. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o FGF23. Em algumas modalidades, o FGF23 inclui a SEQ ID NO: 144.

[0087] Os hormônios são uma classe de substâncias bioquímicas regulatórias que são produzidos em todos os organismos por glândulas e transportados pelo sistema circulatório para órgãos alvo distantes para coordenar sua fisiologia, função e comportamento. Os hormônios podem servir como uma importante forma de comunicação entre os diferentes órgãos e tecidos. Os hormônios regulam uma variedade de atividades fisiológicas e comportamentais, incluindo digestão, metabolismo, respiração, função tecidual, percepção sensorial, sono, percepção, estresse, crescimento e desenvolvimento, movimento e reprodução. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui um hormônio. Os hormônios podem ser utilizados pelos sujeitos que sofrem de doença que contribuiu por baixa produção hormonal em um sujeito. Em certas modalidades uma bactéria á geneticamente modificada pela introdução de um ácido nucleico que codifica um hormônio. Em certas modalidades uma bactéria é geneticamente modificada para expressar e/ou secretar um hormônio.

[0088] Em certas modalidades um hormônio é uma somatotrofina. Em certas modalidades um hormônio é uma somatotrofina de mamíferos. Em certas modalidades um hormônio é uma somatotrofina humana ou de bovinos. Em certas modalidades a somatotrofina é um hormônio do crescimento (GH).

[0089] A somatotrofina é um hormônio que desempenha um papel importante no controle do crescimento. O seu papel importante para estimular o crescimento corporal é estimular o fígado e outros tecidos para secretar o IGF-1. Ele estimula tanto a diferenciação como a proliferação de mioblastos. Também estimula a absorção de aminoácidos e síntese proteica no músculo e outros tecidos. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui a somatrofina. Em algumas modalidades, a somatrofina inclui a SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48 ou SEQ ID NO: 49. A somatotrofina pode ser utilizada por sujeitos que sofrem de baixa produção de hormônio de crescimento humano (HGH) ou sujeitos que sofrem de baixa produção de testosterona. Em algumas modalidades, uma célula incluindo um ácido nucleico para expressão de um peptídeo inclui uma sequência de aminoácidos de somatotrofina. Como os micróbios podem ter a vantagem de ter a capacidade de ficar sob a camada córnea da derme e nos poros, a pele teria uma melhor e maior oportunidade de absorver estas medicações tópicas do que se as próprias moléculas fossem aplicadas topicamente por uma loção ou um creme. Uma vantagem de fornecer um hormônio produzido por micróbio para um sujeito em necessidade é que um tal método reduz o risco de exposição do hormônio a outros sujeitos. Como, em algumas modalidades, um micróbio geneticamente modificado é muitas vezes projetado para depender de nutrientes essenciais fornecido apenas a um sujeito em necessidade. Por conseguinte, a entrega de um hormônio produzido por micróbio para um sujeito em necessidade pode ser mais segura do que outros métodos de fornecimento de hormônios tópicos que muitas vezes pode resultar em transferência indesejada para outros sujeitos.

[0090] Anti-inflamatórios são substâncias ou tratamentos que reduzem a inflamação. As interleucinas (IL) são um grupo de citocinas que podem funcionar como moléculas de sinalização e agem como um anti-inflamatório. Os anti-inflamatórios podem ser utilizados pelos sujeitos necessitados que sofrem de uma desordem inflamatória, tais como acne. Os micróbios secretando anti-inflamatórios têm uma vantagem sobre os cremes contendo anti-inflamatórios, como os micróbios têm a vantagem de ter a capacidade de ficar sob a camada córnea da derme e nos poros, aumentando a oportunidade para absorver estes anti-inflamatórios.

[0091] Em certas modalidades um micróbio é geneticamente modificado para expressar e/ou secretar um anti-inflamatório. Em certas modalidades um anti-inflamatório é uma citocina. Em algumas modalidades, o micróbio geneticamente modificado secreta uma citocina. Exemplos não limitantes de citocinas incluem IL-4, IL-6, IL-7, IL-8, IL-10 e IL-13. Em certas modalidades uma bactéria á geneticamente modificada pela introdução de um ácido nucleico que codifica uma ou mais citocinas (por exemplo, citocinas de mamíferos). Um ácido nucleico que codifica uma citocina pode incluir um promotor adequado e/ou elementos reguladores que dirigem a transcrição e/ou tradução (por exemplo, expressão) da citocina, um quadro de leitura aberto que codifica a citocina e, em algumas modalidades, ácidos nucleicos e/ou elementos de peptídeo adequados que direcionam a secreção microbiana da citocina. Em certas modalidades uma bactéria á geneticamente modificada pela introdução de dois ou mais ácido nucleico que codificam uma ou mais citocinas (por exemplo, citocinas de mamíferos). Em certas modalidades uma bactéria á geneticamente modificada pela introdução de um ácido nucleico que direciona a expressão de uma ou mais citocinas (por exemplo, citocinas de mamíferos). Em certas modalidades uma bactéria é geneticamente modificada para expressar e/ou secretar uma citocina (por exemplo, citocina de mamíferos).

[0092] A interleucina 4 (IL-4) pode participar em pelo menos vários processos de ativação de células B bem como de outros tipos de células. É um coestimulador da síntese de DNA. Ele induz a expressão de moléculas de MHC de classe II em células B de repouso. Aumenta a secreção e a expressão da superfície celular de IgE e IgG1. Ela também regula a expressão do receptor Fc de baixa afinidade para IgE (CD23) em ambos os linfócitos e os monócitos. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui a interleucina 4 ou uma porção da mesma. Em algumas modalidades, a interleucina 4 inclui a SEQ ID NO: 24.

[0093] A interleucina 10 (IL-10) pode inibir a síntese de uma série de citocinas, incluindo IFN-gama, IL-2, IL-3, TNF e GM-CSF produzidas por macrófagos ativados e por células auxiliares T. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui a interleucina 10 ou uma porção da mesma. Em algumas modalidades, a interleucina 10 inclui a SEQ ID NO: 25.

[0094] A interleucina 13 (IL-13) é uma citocina que inibe a produção de citocinas inflamatórias. A interleucina 13 se sinergiza com a interleucina 2 (IL2) na regulação da síntese de interferon-gama. A interleucina 13 pode ser crítica na regulação de respostas inflamatórias e imunológicas. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui a interleucina 13 ou uma porção da mesma. Em algumas modalidades, a interleucina 13 inclui a SEQ ID NO: 26.

[0095] O receptor da interleucina-1 tipo 2 (IL1R2) não é um receptor de sinalização para IL1A, IL1B e IL1RN. O IL1R2 reduz as atividades de IL1B. Em certas modalidades uma bactéria é geneticamente modificada para expressar e/ou secretar um IL1R2. O IL1R2 pode servir como um receptor chamariz para se ligar de forma competitiva a IL1B e impedir a sua ligação a IL1R1. O IL1R2 também pode modular a resposta celular através da associação de não sinalização com IL1RAP após a ligação a IL1B. O IL1R2 (formas de membrana e secretada) se liga preferencialmente a IL1B e fracamente a IL1a e a IL1RN. O IL1R2 secretado recruta IL1RAP secretado com alta afinidade; esta formação complexa pode ser o mecanismo dominante para a neutralização de IL1B pelos receptores secretados/solúveis. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o IL1R2 ou uma porção do mesmo. Em algumas modalidades, a interleucina 13 inclui a SEQ ID NO: 27 ou SEQ ID NO: 28.

[0096] O ácido hialurônico ou HA/hialuronano é uma biomolécula que é sintetizada por uma classe de proteínas de membrana integral chamada hialuronano sintases, cujos vertebrados têm três tipos: HAS1, HAS2 e HAS3. É um glicosaminoglicano aniônico, amplamente distribuído por todo tecido conjuntivo, epitelial e neural. O ácido hialurônico é não sulfatado e se forma na membrana plasmática em vez de Golgi, e pode ser muito grande, com um peso molecular muitas vezes atingindo os milhões (em KDa). Um dos principais componentes da matriz extracelular, o hialuronano contribui significativamente para a proliferação e migração celular e pode também estar envolvido na progressão de alguns tumores malignos.

[0097] O HAS1 catalisa a adição de monossacarídeos GlcNAc ou GlcUA a um polímero hialuronano nascente. É essencial na síntese de hialuronano, uma vez que o ácido hialurônico é um componente importante da maioria das matrizes extracelulares que tem um papel estrutural nas arquiteturas dos tecidos e regula a adesão celular, migração e diferenciação. O HAS1 é uma das isoenzimas que catalisa a reação de adição de monossacarídeos GlcNAc ou GlcUA para os polímeros hialuronanos. O HAS1 também é capaz de catalisar a síntese de chito-oligossacarídeo dependendo do substrato. O HAS2 catalisa a adição de monossacarídeos GlcNAc ou GlcUA a um polímero hialuronano nascente. O HAS2 é uma das isoenzimas que catalisa essa reação e é especialmente responsável pela síntese de hialuronano de alta massa molecular. O HAS2 é necessário para a transição das células do coxim endocárdico em células mesenquimais, um processo crucial para o desenvolvimento do coração. O HAS2 também pode desempenhar um papel na vasculogênese. O hialuronano de alta massa molecular pode também desempenhar um papel importante na inibição do contato precoce, um processo que para o crescimento celular quando as células estão em contato umas com as outras ou com a matriz extracelular. O HAS3 catalisa a adição de monossacarídeos GlcNAc ou GlcUA ao polímero hialuronano nascente.

[0098] Como um tratamento, a pele seca e escamosa também conhecida como xerose como a causada por dermatite atópica ou eczema pode ser tratada com loção para a pele prescrita contendo hialuronato de sódio como seu princípio ativo. Em várias modalidades descritas aqui, um ácido nucleico codificando o hialuronano sintases ou porção dele é fornecido. Em várias modalidades, uma célula pode transportar um ácido nucleico codificando o hialuronano sintases ou porção dele. Em algumas modalidades, o hialuronano sintase inclui HAS1 (SEQ ID NO: 1; HAS2 (SEQ ID NO: 2; HAS3 isoforma 1 (SEQ ID NO: 3; HAS3 isoforma 2 (SEQ ID NO: 4). O ácido hialurônico pode ser usado para aplicações gerais cosméticas, preenchendo a pele para reduzir as rugas. Em várias modalidades, uma célula transportando um ácido nucleico codificando o hialuronano sintases ou porção dele pode levar à produção do ácido hialurônico. Em várias modalidades, o peptídeo de tratamento pode ser usado para aplicações gerais cosméticas. Como a célula pode se propagar e se localizar nos poros e folículos, a absorção de ácido hialurônico é aumentada em relação às loções aplicadas topicamente que contenham ácido hialurônico. Em algumas modalidades, um sujeito com necessidade que sofre de xerose é administrado com uma formulação de uso tópico incluindo uma célula com um ácido nucleico codificando o hialuronano sintases ou parte dele.

[0099] A elastina é uma proteína estrutural importante de tecidos como a aorta e o ligamento da nuca, que deve se expandir rapidamente e se recuperar completamente. A elastina é um determinante molecular de morfogênese arterial tardia, ela também pode estabilizar a estrutura arterial através da regulação da proliferação e organização do músculo liso vascular. A elastina pode ser utilizada para contribuir para a elasticidade da pele uma vez que ela pode ser facilmente absorvida através da pele. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui a elastina ou uma porção da mesma. Como os micróbios podem ter a vantagem de ter a capacidade de ficar sob a camada córnea da derme e nos poros, a pele teria uma melhor e maior oportunidade de absorver a elastina da bactéria do que se a própria elastina fosse aplicada topicamente por uma loção ou um creme.

[00100] Em algumas modalidades, a elastina, ou porção da mesma, inclui a SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16 ou SEQ ID NO: 17.

[00101] O colágeno é uma proteína estrutural principal dos diferentes tecidos conjuntivos em animais. O colágeno, sob a forma de fibrilas alongadas, pode ser encontrado em tecidos fibrosos, tendões, ligamentos, pele e também é abundante em córneas, cartilagem, ossos, vasos sanguíneos, intestino e discos intervertebrais. O colágeno é criado principalmente de fibroblastos. O colágeno é composto de uma tripla hélice, consistindo em duas cadeias idênticas a1 e uma cadeia adicional que pode diferir em termos de composição química. A composição de aminoácidos de colágeno pode ter alto teor de hidroxiprolina. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o colágeno ou uma porção do mesmo. O colágeno pode ser absorvido pela pele para adicionar à matriz extracelular e espessura da derme. Como os micróbios podem ter a vantagem de ter a capacidade de ficar sob a camada córnea da derme e nos poros, a pele teria uma melhor e maior oportunidade de absorver o colágeno do que se as próprias moléculas fossem aplicadas topicamente por uma loção ou um creme. Em algumas modalidades, o peptídeo para tratamento incluindo o colágeno ou porção do mesmo inclui a SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22 ou SEQ ID NO: 23.

[00102] Os fatores de coagulação como descritos aqui, referem-se a constituintes químicos e celulares que podem fazer o sangue de coagular ou formar coágulo. Os fatores de coagulação do sangue podem ser usados externamente por um sujeito em necessidade que sofre de hemofilia, ou por um sujeito sob tratamento de um diluente de sangue. Os diluentes de sangue podem incluir óleo de peixe, aspirina, drogas anti-plaquetas e outros tipos de anticoagulantes. Os anticoagulantes podem incluir, mas não estão limitados a antitrombóticos, fibrinolíticos e trombolíticos.

[00103] Fator de coagulação VIII é um membro da família multi-cobre oxidase. O Fator de coagulação VIII é um cofator para o fator IXa que, na presença de Ca+2 e fosfolipídeos, converte o fator X para uma forma ativada, Xa. O Fator de coagulação VIII é um cofator de coagulação que circula ligado ao fator de von Willebrand e faz parte da via intrínseca da coagulação. É um complexo macromolecular composto por duas entidades distintas, uma das quais, quando deficiente, resultada na hemofilia A, e a outra, quando deficiente, resulta na doença de von Willebrand. A hemofilia tipo A é um distúrbio de coagulação do sangue caracterizado por uma tendência permanente à hemorragia. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui o fator de coagulação VIII. Em algumas modalidades, o fator de coagulação VIII inclui a SEQ ID NO: 29 ou SEQ ID NO: 30. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui a cadeia pesada do fator de coagulação VIII em uma isoforma de 200 kDa. Em algumas modalidades, a cadeia pesada do fator de coagulação VIII em um 200 kDa inclui a SEQ ID NO: 31. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui a cadeia pesada do fator de coagulação VIII em uma isoforma de 92 kDa. Em algumas modalidades, a cadeia pesada do fator de coagulação VIII em um 92 kDa inclui a SEQ ID NO: 32. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui a cadeia do fator de coagulação VIII B. Em algumas modalidades, a cadeia do fator de coagulação VIII B inclui a SEQ ID NO: 33. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui a cadeia leve do fator de coagulação VIIIa. Em algumas modalidades, a cadeia leve do fator de coagulação VIIIa inclui a SEQ ID NO: 34.

[00104] O fator IX é uma proteína plasmática dependente de vitamina K que participa na via intrínseca da coagulação do sangue através da conversão de fator X para sua forma ativa na presença de íons Ca2+, fosfolipídeos e fator VIIIa. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento é o fator IX. Em algumas modalidades, o fator IV inclui a SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38 ou SEQ ID NO: 39.

[00105] A melanina na pele é produzida por melanócitos, encontrados na camada basal da epiderme. Embora, em geral, os seres humanos possuem uma concentração similar de melanócitos na pele, os melanócitos em alguns indivíduos e grupos étnicos com mais frequência ou menos frequência expressam a genes produtores de melanina, conferindo assim uma maior ou menor concentração de melanina na pele.

[00106] A tirosinase é uma oxidase, a enzima de limitação de taxa para controlar a produção de melanina. A tirosinase é envolvida na hidroxilação de um monofenol e a conversão de um o-difenol ao correspondente o-quinona. O-Quinona sofre várias reações para formar finalmente a melanina. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento é produzido pela tirosinase, ou seu fragmento. Em algumas modalidades, a tirosinase inclui a SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43 ou SEQ ID NO: 44. Em algumas modalidades, as células podem incluir, por exemplo, um ácido nucleico que codifica a tirosinase ou seu fragmento. Em algumas modalidades, os micróbios produzem tirosinase para a produção enzimática de melanina. Como os micróbios podem ter a vantagem de ter a capacidade de ficar sob a camada córnea da derme e nos poros, a pele teria uma melhor e maior oportunidade de absorver estas medicações tópicas do que se as próprias moléculas fossem aplicadas topicamente por uma loção ou um creme. A produção de melanina pode ser usada para bronzeamento "sem sol" a fim de aumentar a melanina em um sujeito.

[00107] As quimiocinas são uma família de pequenas citocinas que são secretadas por células como moléculas de sinalização. As proteínas classificadas como quimiocinas são pequenas no tamanho (8-10 KDa de tamanho), e têm quatro resíduos de cisteína conservados em locais conservados, formando uma forma tridimensional conservada entre as quimiocinas. As quimiocinas podem ser consideradas pró-inflamatórias e podem ser induzidas durante uma resposta imune para o recrutamento de células do sistema imune a um sítio de infecção, enquanto outras são consideradas homeostáticas e estão envolvidas no controle da migração de células durante os processos normais de manutenção ou desenvolvimento de tecidos. As quimiocinas são encontradas em todos os vertebrados, alguns vírus e bactérias, mas nenhuma tem sido descrita para outros invertebrados. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui uma quimiocina.

[00108] Proteína básica de plaquetas (LA-PF4) pertence à família de quimiocina. A LA-PF4 estimula a síntese de DNA, mitose, glicólise, acúmulo de cAMP intracelular, secreção de prostaglandina E2 e síntese de ácido hialurônico e glicosaminoglicanas sulfatadas. Também estimula a formação e secreção de ativador do plasminogênio pelas células sinoviais humanas. NAP-2 é um ligante para CXCR1 e CXCR2 e NAP-2, NAP-2(73), NAP-2(74), NAP-2(1-66), e NAP-2(1-63) mais potente são quimio-atrativos e ativadores de neutrófilos. TC-1 e TC-2 são proteínas antibacterianas liberadas in vitro a partir de plaquetas alfa- grânulos ativadas. O CTAP-III (1-81) é mais potente que o CTAP-III para dessensibilizar a ativação de neutrófilos induzidos por quimiocina. O LA- PF4 pode ser usado para cosmética em geral, para tornar a pele mais jovem ao atrair fibroblastos, e fazendo com que elas produzem matriz extracelular, e levando a uma pele mais jovem e mais espessa. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui a proteína básica de plaquetas. Em algumas modalidades, a proteína básica de plaquetas inclui a SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61 ou SEQ ID NO: 62.

[00109] As enzimas de reparo de DNA são usadas para o reparo do DNA danificado por espécies reativas de oxigênio, erros de replicação, danos exógenos causados por agentes externos como os raios ultravioleta, toxinas, produtos químicos mutagênicos, agentes de intercalação de DNA e vírus. Existem vários tipos de danos que podem ser oxicatina de bases, alquilação de bases, deaminação, depurinação, incompatibilidade de bases, danos no monoduto e danos no diaduto. As enzimas de reparo de DNA podem ser usadas para anti-envelhecimento e inversão de danos no DNA através do dano solar/radiação.

[00110] O reparo de excisão da base (BER) é um mecanismo que repara o DNA danificado durante o ciclo celular, removendo pequenas lesões da base de distorção não hélice do genoma. O BER é muito importante na medida em que elimina as bases danificadas que podem levar a mutações por não pareamento ou leva a quebras no DNA durante a replicação. O processo é iniciado por DNA glicosilases, que podem reconhecer e remover bases danificadas ou inadequadas formando sítios AP. Os sítios AP são então clivados por uma endonuclease AP resultando em uma quebra de fita simples que pode então ser processada por um processo de reparação de remendo curto ou um longo.

[00111] Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui enzimas para o reparo de excisão de base (BER). Em algumas modalidades, a enzima BER inclui a SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 147, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 149, SEQ ID NO: 150, SEQ ID NO: 151, SEQ ID NO: 152, SEQ ID NO: 153, SEQ ID NO: 154 ou SEQ ID NO: 155.

[00112] Inversão direta de danos no DNA é outro mecanismo de reparo para restaurar o DNA danificado. A formação de dímeros de pirimidina é o principal tipo de dano que é causado pela luz UV. O dano distorce a dupla hélice do DNA e bloqueia a replicação ou transcrição passado o sítio danificado. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui enzimas de inversão direta de danos no DNA. Em algumas modalidades, as enzimas para a inversão direta de danos no DNA incluem a SEQ ID NO: 156, SEQ ID NO: 157 ou SEQ ID NO: 158.

[00113] As proteínas de reparo de incompatibilidade de DNA estão envolvidas no reconhecimento e na reparação de ácido nucleico que tenham inserções erradas, exclusões e má incorporação de bases que podem resultar de processos de replicação e recombinação do DNA e de danos no DNA. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui enzimas para o reparo não pareado de DNA. Em algumas modalidades, a enzima para o reparo não pareado do DNA inclui a SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167 ou SEQ ID NO: 168.

[00114] Reparo por excisão de nucleotídeos (NER) é um mecanismo de reparo do DNA que remove os danos do DNA que são causados pela luz ultravioleta. Os danos de luz ultravioleta podem levar a adutos de DNA que podem consistir de dímeros de timina e 6,4-fotoprodutos. As proteínas NER reconhecem os danos que levam à eliminação de segmentos de DNA curtos de fita simples que contêm a lesão. O complemento não danificado é então usado como um modelo pelo DNA polimerase para sintetizar uma sequência curta complementar que é posteriormente ligada por um DNA ligase. Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui enzimas para o reparo de excisão nucleotídico. Em algumas modalidades, a enzima para o reparo de excisão nucleotídico inclui a SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 170, SEQ ID NO: 171, SEQ ID NO: 172, SEQ ID NO: 173, SEQ ID NO: 174, SEQ ID NO: 175, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 181, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 186, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 189, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 193, SEQ ID NO: 194, SEQ ID NO: 195, SEQ ID NO: 196 ou SEQ ID NO: 197.

[00115] Edição e processamento de DNA envolvem a utilização de vários tipos de nucleases e estão envolvidos na replicação e reparação do DNA. Por exemplo, a DNase IV pode extrair as abas pendentes 5' no reparo do DNA e processar as extremidades 5' de fragmentos de Okazaki na síntese de DNA de fita lenta. A interação física direta entre essa proteína e AP endonuclease de 1 durante o reparo da excisão de base de remendo longo fornece o carregamento coordenado de proteínas no substrato, passando assim o substrato de uma enzima para outra. A proteína é um membro da família da endonuclease XPG/RAD2 e é uma das dez proteínas essenciais para a replicação do DNA livre de células.

[00116] MTMR15, também conhecida como proteína relacionada a miotubularina é uma endo- e exonuclease do DNA envolvida no reparo de danos no DNA causados por agentes de reticulação. FAN1 é recrutado para sítios de danos de ligação cruzada interfitas interagindo com o complexo de proteínas FANCI-FANCD2. Juntas as proteínas promovem reparo reticulado interfitas em um modo estritamente dependente da sua capacidade de acumular em ou perto de sítios de danos do DNA e que depende da monoubiquitilação do complexo FANCI -FANCD2.

[00117] DNase III ou TREX1 é uma importante exonuclease nuclear 3' 5' específica de DNA que é amplamente distribuída em ambos os tecidos de proliferação e não proliferação de mamíferos. DNase III faz a translocação ao núcleo na fase S depois de danos no DNA pela irradiação gama ou hidroxiureia. DNase III tem uma preferência por DNA de fita simples em reparo.

[00118] TREX2 codifica uma 3' exonuclase. A proteína codificada pode participar no reparo de quebra de DNA de fita dupla e pode interagir com o DNA polimerase delta. TREX2 pode remover nucleotídeos não pareados modificados, fragmentados e normais a fim de gerar a terminação 3' para as etapas subsequentes na via metabólica do DNA.

[00119] EXO1/HEX1 é uma proteína humana de 803 aminoácidos que funciona na replicação, reparação e recombinação do DNA. EXO1/HEX1 pode participar na excisão provocada pelo não pareamento direcionado por quebras de fita localizadas no 5 prime ou 3 prime do não pareamento.

[00120] Aprataxina (APTX) é outra proteína envolvida na edição e processamento de DNA. APTX desempenha um papel no reparo do DNA de fita simples removendo AMP das extremidades do DNA seguido de tentativas de ligação do DNA ligase IV durante a ligação das extremidades não homólogas.

[00121] SPO11 é uma endonuclease de edição e processamento de nucleases que funciona durante a recombinação meiótica. SPO11 produz quebras de fita dupla (DSB) em DNA, uma etapa importante durante a recombinação meiótica. Na ausência de SPO11, há uma falha para iniciar a produção de DSB que pode levar a cromossomos segregando anormalmente que podem resultar em aneuploidia de gametas.

[00122] A endonuclease V (ENDOV) é uma nuclease de edição e processamento de nucleases e é uma endoribonuclease que cliva especificamente inosina contendo RNA, na segunda ligação fosfodiester 3' para inosina. ENDOV tem uma forte preferência por RNAs de fita simples (ssRNAs) em relação aos RNAs de fita dupla (dsRNAs). ENDOV cliva o mRNAs e tRNAs contendo inosina. ENDOV também é capaz de clivar substratos de dsRNA específicos de estrutura contendo os sítios específicos 5'-IIUI-3' e 5'-UIUU-3". A inosina está presente em um número de RNAs depois de edição; a função de endoribonuclease específicas de inosina ainda é incerta. A inosina pode desempenhar um papel regulador nos RNAs editados ou pode estar envolvida na resposta antiviral ao remover o genoma de dsRNA viral longo hipereditado que sofreu a edição de A-para-I.

[00123] Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento inclui a edição e o processamento de nucleases. Em algumas modalidades, a enzima para edição e o processamento inclui a SEQ ID NO: 198, SEQ ID NO: 199, SEQ ID NO: 200, SEQ ID NO: 201, SEQ ID NO: 202, SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 204 ou SEQ ID NO: 205.

[00124] Os telômeros são regiões nas pontas dos cromossomos que ficam mais curtos durante o envelhecimento e durante a divisão celular ou mitose. A fim de reparar as pontas dos cromossomos, uma enzima, telomerase, repara as pontas que podem ter potencial para reparar os danos relacionados a idade ou a doença. A telomerase é uma ribonucleoproteína que adiciona repetições de sequência de DNA na extremidade 3' do DNA em regiões teloméricas (as extremidades dos cromossomos eucariotas). Em algumas modalidades, o peptídeo para o tratamento compreende a telomerase ou seu fragmento. Em algumas modalidades, a telomerase, ou porção da mesma, inclui a SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 207, SEQ ID NO: 208 ou SEQ ID NO: 209.

[00125] A proteção da proteína 1 telomérica é codificada por POT1, um membro da família da telombina e está envolvido na manutenção do telômero. POT1 funciona através de ligação para a repetição dos telômeros na extremidade dos cromossomos eucariotas, regulando o comprimento do telômero e protegendo as extremidades do cromossomo de recombinação irregular, instabilidade e instabilidade cromossômica anormal. Em várias modalidades, o peptídeo para o tratamento compreende a proteção da proteína telomerase 1 ou seu fragmento. Em algumas modalidades, a proteção da proteína telomerase 1, ou porção da mesma, inclui a SEQ ID NO: 210 ou SEQ ID NO: 211.

[00126] Em algumas modalidades, os métodos são descritos em que o peptídeo para o tratamento compreende uma proteína de fusão. Em algumas modalidades, a proteína de fusão pode incluir uma primeira sequência proteica composta por uma sequência de aminoácidos da elastina, colágeno anti-inflamatórios, fator de coagulação, hormônio, proteína básica de plaquetas, fator de crescimento de transformação, fator de crescimento dos hepatócitos, fator de crescimento endotelial vascular, fator de crescimento placentário, fator de crescimento derivado de plaquetas, fator de crescimento epidérmico, fator de crescimento de fibroblastos, uma enzima de reparo de DNA, uma telomerase ou uma proteção da proteína telomerase 1. Em algumas modalidades, a proteína de fusão é fundida uma segunda proteína compreendendo uma sequência de aminoácidos da elastina, colágeno anti-inflamatórios, fator de coagulação, hormônio, proteína básica de plaquetas, fator de crescimento de transformação, fator de crescimento dos hepatócitos, fator de crescimento endotelial vascular, fator de crescimento placentário, fator de crescimento derivado de plaquetas, fator de crescimento epidérmico, fator de crescimento de fibroblastos, uma enzima de reparo de DNA, uma telomerase ou uma proteção da proteína telomerase 1, em que a sequência de aminoácidos da segunda proteína não é uma sequência de aminoácidos da primeira proteína. As proteínas de fusão podem ter a vantagem adicional de introduzir uma segunda porção para o peptídeo de tratamento para tratar de um sujeito em necessidade.

[00127] Em várias modalidades descritas aqui, as populações de bactérias geneticamente modificadas são criadas e/ou derivadas de membros de bactérias de um grupo constituído por gênero Propionibacterium, Cornybacterium Staphyloccous, Streptococcus, Lactobacillus e Lactococcus. Em algumas modalidades, as bactérias geneticamente modificadas são derivadas a partir do gênero Propionibacterium. Exemplos não limitadores de espécies de Propionibacterium compreendem Propionibacterium acidifaciens, Propionibacterium acidipropionici, Propionibacterium acnes, Propionibacterium australiense, Propionibacterium avidum, Propionibacterium cyclohexanicum, Propionibacterium freudenreichii, Propionibacterium freudenreichii, Propionibacterium granulosum, Propionibacterium jensenii, Propionibacterium microaerophilum, Propionibacterium propionicum e Propionibacterium thoeniiand.

[00128] Em algumas modalidades, uma bactéria geneticamente modificada é derivada a partir de espécies de Propionibacterium acnes (P. acnes). Uma bactéria geneticamente modificada pode ser derivada de uma cepa patogênica ou não patogênica de P. acnes. Estudos recentes têm sugerido que existem certas cepas de P. acnes que estão associadas com a patogenicidade e outras que estão associadas com pele saudável (Fitz-Gibbon, S., et al., (2013) Invest. Dermatol., 133(9):2152-60; Lomholt HB and Kilian M. (2010) PLoS One, 5(8): e12277; McDowell A, et al., (2011) Microbiology 157(Pt 7):1990-2003). Dos tipos acreditados estarem associados com pele saudável, a cepa do tipo II, ribotipo 6, parece ter a menor associação com acne. A P. acnes do tipo II contêm um arranjo CRISPR que confere imunidade para fagos específicos de P. acnes e elementos genéticos móveis (Brüggemann H, et al., (2012) PLoS ONE 7(3): e 34171). Isso parece explicar por que a bactéria pode ser comensal na natureza, uma vez que não é possível adquirir características patogênicas de outras bactérias.

[00129] Uma bactéria geneticamente modificada pode ser derivada de qualquer microbioma adequada de P. acnes, exemplos não limitantes dos quais incluem microbiomas do tipo I e tipo II, tipo III, tipo IV e tipo V. Em certas modalidades uma bactéria geneticamente modificada é derivada de uma cepa de P. acnes de um fenótipo de tipo I (por exemplo, clados IA ou tipo IB), tipo II ou do tipo III. Uma bactéria geneticamente modificada pode ser derivada de qualquer ribotipo adequado de P. acnes, exemplos não limitantes do qual incluem ribotipos RT1 até RT30. Em certas modalidades bactérias geneticamente modificadas é derivada de uma P. acnes de ribotipo RT1, RT2, RT3, RT4, RT5, RT6, RT7, RT8, RT9 ou RT10. Em certas modalidades uma bactéria geneticamente modificada é derivada de uma P. acnes de ribotipo RT2 ou RT6. Em certas modalidades uma bactéria geneticamente modificada é derivada de uma P. acnes de cepa tipo II ribotipo RT2 ou RT6.

[00130] Em algumas modalidades, uma bactéria geneticamente modificada é derivada de uma bactéria compreendendo um lócus CRISPR (repetição palindrômica curta agrupada regularmente espaçada), por vezes referido como um arranjo CRISPR (ver, por exemplo, Horvath e Barrangou (2010) Science 327:167-70; Makarova et al., (2011) Nat Rev Microbiol 9:467-77; e Brüggemann H, et al., (2012) PLoS ONE 7(3): e34171). Sem estar limitado a teoria, arranjos CRISPR em bactérias como P. acnes foram mostradas para conferir "imunidade" protética contra os elementos genéticos invasivos (por exemplo, vírus, fago e plasmídeos). Sem estar limitado a teoria, a presença de um arranjo CRISPR pode preservar a integridade do genoma de bactérias geneticamente modificadas e evitar a introdução de elementos genéticos estrangeiros de outras cepas patogênicas de bactérias. Apesar de um arranjo CRISPR ser pensada para proteger as bactérias da introdução de elementos genéticos externos de outras bactérias, fagos e/ou vírus, as bactérias contendo um arranjo CRISPR são passíveis de transformação, integração estável de DNA transformado e a integração de ácido nucleico por recombinação homóloga. Em algumas modalidades uma bactéria geneticamente modificada compreende um arranjo CRISPR endógena. Por exemplo, em algumas modalidades uma bactéria geneticamente modificada é derivada de um ribotipo RT2 ou RT6 de P. acnes, cada um dos quais inclui um arranjo de CRISPR endógena. Em algumas modalidades uma bactéria geneticamente modificada compreende um arranjo CRISPR exógena introduzida através da manipulação genética.

[00131] Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Propionibacterium acnes, ou uma cepa da mesma. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium striatum. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Staphylococcus epidermis. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Streptococcus thermophilus. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Lactobacillus acidophilus. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Lactococcus lactis. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Enterrococci. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Micrococci. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Demodex. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Malassezia. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Eschechia coli não patogênica. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Acidovorax. As populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Acidovorax temperans. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Acinetobacter. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Acinetobacter haemolyticus. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Acinetobacter johnsonii. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Acinetobacter junii. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Acinetobacter ursingii. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Actinomyces. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Actinomyces naeslundii. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Actinomyces neuii. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Anaerococcus. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Anaerococcus prevotii. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Atopobium. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Atopobium vaginae. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Brevibacterium. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Brevibacterium paucivorans. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Brevundimonas aurantiaca. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Brevundimonas aurantiaca. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Brevundimonas vesicularis. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Candidatus Nostocoida. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Candidatus Nostocoida limicola. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Corynebacterium. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium accolens. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium afermentans. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium amycolatum. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium appendicis. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium aurimucosum. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium coyleae. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium durum. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium glaucum. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium glucuronolyticum. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium imitans. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium jeikeium. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium kroppenstedtii. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium lipophiloflavum. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium matruchotii. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium minutissimum. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium mucifaciens. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium pseudodiphthericum. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium nigricans. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium pseudodiphthericum. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium simulans. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium singulare. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium sundsvallense. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium tuberculostearicum. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Diaphorobacter. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Diaphorobacter nitroreducens. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Enhydrobacter. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Enhydrobacter aerosaccus. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Enterobacter. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Enterobacter asburiae. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Enterococcus. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Enterococcus faecalis. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Eremococcus. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Eremococcus coleocola. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Facklamia. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Facklamia hominis. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Facklamia languida. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Gardnerella. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Gardnerella vaginalis. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Gemella. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Gemella haemolysans. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Gemella morbillorum. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Gemella sanguinis. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Gordonia. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Gordonia Bronchialis. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Gordonia. sputi. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Gordonia terrae. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Granulicatella. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Granulicatella elegans. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Hyphomicrobium. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Hyphomicrobium facile. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Janibacter. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Janibacter melonis. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Kocuria. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Kocuria marina. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Kocuria palustris. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Kocuria rhizophila. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Lactobacillus. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Lactobacillus crispatus. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Lactobacillus jensenii. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Leuconostoc. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Leuconostoc argentinum. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Methylobacterium. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Methylobacterium extorquens. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Methylobacterium mesophilicum. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Micrococcus. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Micrococcus luteus. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Microlunatus. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Microlunatus phosphovorus. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Mobiluncus curtisii. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Mobiluncus curtisii subsp. holmesii. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Mycobacterium. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Mycobacterium chlorophenolicum. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Mycobacterium obuense. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Nakamurella. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Nakamurella multipartita. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Pedomicrobium. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Pedomicrobium australicum. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Peptoniphilus. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Peptoniphilus harei. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Peptostreptococcus. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Peptostreptococcus anaerobius. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Prevotella. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Prevotella bivia. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Prevotella corporis. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Prevotella disiens. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Prevotella melaninogenica. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Propionibacterium. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Propionibacterium acnes. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Propionibacterium granulosum. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Pseudomonas. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Pseudomonas aeruginosa. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Pseudomonas saccharophila. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Pseudomonas stutzeri. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Pseudomonas tremae. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Rhodococcus. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Rhodococcus corynebacterioides. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Rhodococcus erythropolis. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Rothia. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Rothia aeria. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Rothia dentocariosa. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Rothia mucilaginosa. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Rothia nasimurium. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Serratia. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Serratia liquefaciens. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Serratia marcescens subsp. Sakuensis. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Sphingobium. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Sphingobium amiens. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Staphylococcus. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Staphylococcus capitis. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Staphylococcus caprae. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Staphylococcus cohnii. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Staphylococcus epidermidis. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Staphylococcus haemolyticus. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Staphylococcus hominis. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Staphylococcus saccharolyticus. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Staphylococcus warneri. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Stenotrophomonas. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Stenotrophomonas maltophilia. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Streptococcus. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Streptococcus agalactiae. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Streptococcus cristatus. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Streptococcus gordonii. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Streptococcus infantis. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Streptococcus intermedius. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Streptococcus mitis. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Streptococcus parasanguinis. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Streptococcus parasanguinis. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Streptococcus salivarius. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Streptococcus sanguinis. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Tetrasphaera. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Tetrasphaera elongata. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Tsukamurella. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Tsukamurella tyrosinosolvens. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Tsukamurella. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir do gênero Veillonella. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Veillonella parvula. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Veillonella parvula. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Bradyrhizobiaceae U8776. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Carnobacterium AJ427446. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium AY581888. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium AF543288. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium X81872. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Corynebacterium X84253. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Dermacoccus AF409025. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Finegoldia AB109769. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Haemophilus AF224309. Em algumas modalidades, as populações de bactérias modificadas são criadas a partir de Methylobacterium AY741717. Neisseria DQ409137.

[00132] Cepas bacterianas podem ser modificadas para evitar reações indesejadas, inflamação, para métodos remover facilmente as bactérias, atenuar as bactérias e para impedir a liberação de biomoléculas bacterianas indesejadas que pode ser prejudicial para o hospedeiro.

[00133] Em algumas bactérias existem proteínas tóxicas que podem estar envolvidas com a lise e inflamação. As bactérias, por exemplo, podem secretar toxinas como endotoxinas e exotoxinas. As endotoxinas são células associadas às substâncias que são componentes estruturais das bactérias e são liberadas a partir de bactérias ou de células bacterianas que são resultado da lise dos mecanismos de defesa do hospedeiro. As exotoxinas são secretadas por bactérias e podem ser pequenas biomoléculas, proteínas, e também podem ser peptídeos mínimo que agem enzimaticamente. Vários exemplos de toxinas bacterianas incluem, mas não se limitam a, hemolisina (E. coli), toxina alfa (S. aureus), leucocidina (S. aureus), fator CAMP (Priopionibacterium), hialuronidase (Priopionibacterium), neuraminidase (Priopionibacterium), enterotoxina B (S. aureus), verotoxina (E. coli). Por exemplo, a Propionibacterium acnes naturalmente faz o fator CAMP biomolecular, que tem uma atividade co-hemolítica com esfingomielina que pode conferir a citotoxicidade os queratinócitos e macrófagos. O fator CAMP junto com a esfingomielina ácida a partir de células hospedeiras pode levar a lise e inflamação no hospedeiro. Em outro exemplo, a hemólise é um mecanismo que é empregada por muitos patógenos bacterianos que trabalham para degradar, invadir células hospedeiras para resistir ao sistema imunológico dos hospedeiros. A P. acnes transporta dentro de seu genoma 5 diferentes homólogos CAMP (CAMP1, CAMP2, CAMP3, CAMP4 e CAMP5). Muitos outros tipos de bactérias podem também secretam citotoxinas. A Staphylococcus aureus, por exemplo, pode produzir uma grande variedade de fatores de virulência que incluem, mas não se limitam as, enzimas, toxinas, superantígenos, toxinas esfoliativas, toxina alfa, toxina beta, toxina delta, e vários tipos de toxinas de biocomponentes.

[00134] Em algumas bactérias, a lipase pode ser usada para um efeito benéfico. Em alguns micróbios, os genes para as lipases não são inativados como as lipases podem ser usadas para quebrar óleos em sujeitos que sofrem de odor axilar ou odor plantar. Em algumas modalidades, a Propionibacterium é projetada para liberar as lipases para reduzir secreções sebáceas.

[00135] A fim de evitar efeitos negativos a partir de fatores de virulência, as modificações podem ser realizadas para inativar genes específicos de interesse que estão envolvidos na secreção de elementos tóxicos das bactérias para criar mutantes condicionais. Mutantes condicionais podem ser descritos como tendo um fenótipo de tipo selvagem sob certas condições ambientais de permissão e um fenótipo mutante sob outras condições restritivas. Em algumas modalidades, os genes que codificam proteínas tóxicas podem estar mutados ou inativados para evitar infecções nosocomiais ou sintomas da doença em um hospedeiro. Em algumas modalidades, os genes que codificam as enzimas que causam inflamação em um hospedeiro podem estar mutados ou inativados para evitar a manifestação da doença em um hospedeiro. Em algumas modalidades os genes que codificam proteínas envolvidas na síntese de fatores virais hospedeiros podem ser mutantes ou inativados em bactérias. Em algumas modalidades, os genes são para o fator CAMP. Em algumas modalidades, os genes são para lipases. Entretanto, em alguns micróbios, os genes para as lipases não são inativados uma vez que as lipases podem ser usadas para quebrar óleos em sujeitos que sofrem de odor axilar ou odor plantar. Em algumas modalidades, a Propionibacterium é projetada para liberar as lipases para reduzir secreções sebáceas. Em algumas modalidades, os genes são para a toxina alfa. Em algumas modalidades, os genes são para a toxina beta. Em algumas modalidades, os genes são para a toxina delta. Em algumas modalidades, os genes são para os tipos de toxinas bicomponente. Em algumas modalidades, os genes são para hemolisinas.

[00136] Vários micróbios não exigem quaisquer fatores de crescimento e podem sintetizar purinas essenciais, pirimidinas, aminoácidos e vitaminas, em que eles podem começar com uma fonte de carbono como parte de seu próprio metabolismo. No entanto, alguns tipos de micróbios exigirão purinas, pirimidinas, aminoácidos e vitaminas para crescer, e devem ser adicionados em meios de cultura para crescer esses micróbios. Por modificação genética de micróbios de modo que eles requerem um fator de crescimento não necessário para um tipo selvagem, um versado na técnica pode produzir "auxótrofos" geneticamente modificados ou um organismo mutante que tem uma exigência nutricional não compartilhada pelo organismo original.

[00137] Os micróbios geneticamente modificados podem ser modificados de forma que eles são auxótrofos nutricionais. A fim de criar uma dependência no seu entorno para a sobrevivência, pode-se controlar a quantidade de micróbios que são em um microambiente, ou pode-se eliminar uma população de micróbios pela depleção do ambiente de um nutriente necessário. Em várias modalidades, o micróbio compreende um genoma com uma mutação ou inativo em um gene que codifica para a glutamina sintetase. Em várias modalidades, o micróbio compreende um genoma com uma mutação ou inativo em um gene que codifica para a asparagina sintetase. Em várias modalidades, o micróbio compreende um genoma com uma mutação ou inativo em um gene que codifica para a aspartoquinase. Em várias modalidades, o micróbio compreende um genoma com uma mutação ou inativo em um gene que codifica para o aspartato semialdeído desidrogenase.

[00138] As toxinas também são secretadas por muitos fungos, que permitem a sua bem-sucedida colonização e infecção de hospedeiros sob condições predisponentes. Proteínas secretadas podem estar envolvidas na virulência de várias espécies de fungos. Por exemplo, a produção de enzimas hidrolíticas, que desempenha igualmente um papel na patogenicidade de bactérias e leveduras são comumente associadas com virulência. Várias toxinas por fungos incluem, mas não se limitam a, asparil proteinases (SAP) (C. albicans), enzimas fosfolipase B (C. albicans), lipases (C. Albicans)) secretadas. A fim de prevenir a infecção por fungos, genes específicos podem estar mutados ou inativados para evitar fatores virulentos para causar doença em um hospedeiro.

[00139] Células fúngicas podem ser geneticamente modificadas para secretam biomoléculas. Em várias modalidades descritas aqui, populações de células fúngicas transformadas são criadas a partir de membros de um grupo composto do gênero. Em várias modalidades descritas aqui, populações de bactérias transformadas são criadas a partir de membros bacterianos de um grupo composto do gênero Candida. Em várias modalidades descritas aqui, populações de bactérias transformadas são criadas a partir de membros bacterianos de um grupo composto de Candida albicans, Candida glabrata, Candida tropicalis, Candida parapsilosis e Candida krusei.

[00140] Em certas modalidades, uma composição é composta de um ou mais micróbios geneticamente modificados. Em algumas modalidades uma composição compreende pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3, pelo menos 4, pelo menos 5, pelo menos 6, pelo menos 7, pelo menos 8, pelo menos 9 ou pelo menos 10 micróbios geneticamente modificados. Em certas modalidades, uma composição compreende 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ou 10 ou mais micróbios geneticamente modificados. Em certas modalidades um micróbio geneticamente modificado em uma composição é configurado para expressar um ou mais genes de interesse. Em certas modalidades uma composição compreende um micróbio que está geneticamente modificado de forma a que a expressão de uma molécula patogênica (por exemplo, uma proteína patogênica endógena ao micróbio) é substancialmente reduzida ou eliminada. Em algumas modalidades uma composição compreende um micróbio geneticamente modificado onde um ou mais genes (por exemplo, genes essenciais endógenos) do micróbio são inativados. Em algumas modalidades uma composição compreende um micróbio geneticamente modificado configurado para expressar um ou mais genes essenciais sob a direção de um promotor induzível.

[00141] Em certas modalidades uma composição compreende um excipiente ou carreador farmacêutico aceitável. O excipiente ou carreador farmacêutico aceitável contemplado para utilização aqui não é muitas vezes tóxico para um micróbio geneticamente modificado. As composições farmacêuticas para uso de acordo com a invenção podem assim ser formuladas de forma adequada através de um ou mais carreadores fisiologicamente aceitáveis compreendendo excipientes e auxiliares, que podem ser usados farmacologicamente. Formulação adequada pode depender da via de administração escolhida. Em particular, uma formulação, um ingrediente, um excipiente adequado, similares ou suas combinações como listado em "Remington's Pharmaceutical Sciences," Mack Publishing Co., Easton, PA, 18th edition, 1990." podem ser utilizados com uma composição descrita aqui. As composições aqui podem ser incorporadas ou usadas com um material apropriado descrito em Remington.

[00142] Conforme usado aqui o termo "farmacologicamente aceitável" e "fisiologicamente aceitável" significam uma formulação biologicamente aceitável, gasosa, líquida ou sólida, ou suas misturas, o que é adequado para uma ou mais vias de administração, aplicação in vivo ou contato. Essas formulações incluem solventes (aquosos ou não aquosos), soluções (aquosas (ou não aquosas), emulsões (por exemplo, óleo em água ou água em óleo), suspensões, xaropes, elixires, meio de dispersão e suspensão, revestimentos, promotores isotônicos e de absorção ou agentes retardadores, compatíveis com administração farmacêutica ou contato in vivo ou aplicação. Solventes aquosos e não aquosos, soluções e suspensões podem incluir agentes de suspensão e agentes de espessamento. Tais carreadores farmacologicamente aceitáveis incluem comprimidos (revestidos ou não revestidos), cápsulas (dura ou macia), microesferas, pó, grânulos e cristais. Os compostos ativos complementares (por exemplo, conservantes, antibacterianos, agentes antivirais e antifúngicos) também pode ser incorporados nas composições.

[00143] Os micróbios geneticamente modificados podem ser colocados dentro de excipientes que são ideais para a sobrevivência das bactérias ou dos fungos. Em várias modalidades descritas aqui, as composições são descritas as quais compreendem os veículos ou excipientes que ajudam a manter a integridade e a viabilidade das bactérias. Os veículos como descritos aqui podem se referir a uma substância de nenhum valor terapêutico que é utilizada para transportar um medicamento ativo para a administração. Veículo farmacêutico como descrito aqui pode se referir a um carreador ou meio inerte utilizado como um solvente no qual o agente ativo é formulado e/ou administrado. Os veículos podem incluir micelas poliméricas, lipossomas, carreadores à base de lipoproteína, carreadores de nanopartículas, dendrímeros, e outros veículos para bactérias que são conhecidos por versado na técnica. Um veículo ideal pode ser não tóxico, biocompatível e não imunogênico, biodegradável e pode evitar o reconhecimento pelos mecanismos de defesa do hospedeiro. Em várias modalidades descritas aqui, as composições são descritas as quais compreendem os veículos ou excipientes que ajudam a manter a integridade dos fungos. Em algumas modalidades, os veículos são veículos farmacêuticos. Em algumas modalidades, os veículos farmacêuticos incluem composições farmacêuticas. Em algumas modalidades, os veículos são micelas poliméricas. Em algumas modalidades, os veículos são lipossomas. Em algumas modalidades, os veículos são carreadores à base de lipoproteína. Em algumas modalidades, os veículos são carreadores de nanopartículas. Em algumas modalidades, os veículos são dendrímeros.

[00144] As composições farmacêuticas podem ser formuladas para ser compatível com uma determinada via de administração. Assim, composições farmacêutica incluem carreadores, diluentes ou excipientes adequados para administração por várias vias.

[00145] Em algumas modalidades, uma composição é formulada, por exemplo, como uma formulação tópica (por exemplo, dérmica). Em algumas modalidades a composição é formulada, por exemplo, para administração tópica a um mamífero. Uma formulação tópica pode incluir, por exemplo, uma formulação como uma formulação de gel, uma formulação em creme, uma formulação de loção, uma formulação de pasta, uma formulação de pomada, uma formulação de óleo e uma formulação de espuma. A composição pode ainda incluir, por exemplo, um emoliente de absorção.

[00146] Exemplos adicionais de uma composição podem opcionalmente ser formulados para ser aplicada na mucosa, ou por inalação, respiração, intranasal, oral, bucal ou sublingual.

[00147] Sais podem ser adicionados. Exemplos não limitantes de sais incluem acetato, benzoato, bitartato, brometo, carbonato, cloreto, citrato, edetato, edisilato, estolato, fumarato, gluceptato, gluconato, bromidrato, cloridrato, iodeto, lactato, lactobionato, malato, maleato, mandelato, mesilato, brometo de metila, sulfato de metila, mucato, napsilato, nitrato, pamoato, embonato, fosfato, difosfato, salicilato e disalicilato, estearato, succinato, sulfato, tartrato, tosilato, trietiodide, valerato, alumínio, benzatina, cálcio, etileno diamina, lisina, magnésio, megluminia, potássio, procaína, sódio, trometiamina ou zinco.

[00148] Agentes quelantes podem ser adicionados. Exemplos não limitantes de agentes quelantes incluem etilenodiamina, etileno glicol, ácido tetra-acético, ácido 1,2-bis(o-aminofenoxi)etano-N,N,N',N' tetracético, penicilamina, deferasirox, deferiprone, deferoxamina, 2,3- disulfanilpropan-1-ol, dexrazoxano, ferro(II,III), hexacianoferrato II,III), ácido (R)-5-(1,2-ditiolan-3-il)pentanoico, ácido 2,3-dimercapto-1- propanossulfônico, ácido dimercaptosuccínico ou ácido dietileno triamino pentacético.

[00149] Agentes tampão podem ser adicionados. Exemplos não limitantes de agentes tampão incluem fosfato, citrato, acetato, borato, TAPS, bicina, tris, tricina, TAPSO, HEPES, TES, MOPS, PIPES, cacodilato, SSC, MES ou ácido succínico.

[00150] Cossolventes podem ser adicionados. Exemplos não limitantes de cossolventes contêm grupos hidroxil ou outros grupos polares, por exemplo, alcoóis, como álcool isopropílico; glicois, como propileno glicol, polietilenoglicol, polipropilenoglicol, éter glicol; glicerol; alcoóis polioxietileno e ésteres de ácidos graxos de polioxietileno. Exemplos não limitantes de cossolventes contêm grupos hidroxil ou outros grupos polares, por exemplo, alcoóis, como álcool isopropílico; glicois, como propileno glicol, polietilenoglicol, polipropilenoglicol, éter glicol; glicerol; alcoóis polioxietileno e ésteres de ácidos graxos de polioxietileno.

[00151] Compostos complementares (por exemplo, conservantes, antioxidantes, agentes antimicrobianos incluindo biocidas e biostatos como agentes antibacterianos, antivirais e antifúngicos) também podem ser adicionados. Composições farmacêutica podem incluir, portanto, conservantes, antioxidantes e agentes antimicrobianos.

[00152] Conservantes que podem ser utilizados para inibir o crescimento de microrganismos indesejáveis ou aumentar a estabilidade dos ingredientes prolongando assim a vida útil. Conservantes adequados são conhecidas na técnica e incluem, por exemplo, EDTA, EGTA, cloreto de benzalcônio ou ácido benzoico ou benzoatos, como benzoato de sódio. Os antioxidantes incluem, por exemplo, ácido ascórbico, vitamina A, vitamina E e tocoferóis, vitaminas ou provitaminas semelhantes.

[00153] Em várias modalidades aqui, os métodos são descritos para preservar as bactérias geneticamente modificadas criogenicamente para uso futuro. Em várias modalidades aqui, os métodos são descritos para preservar as bactérias por secagem por congelamento de bactérias geneticamente modificadas para uso futuro. Em várias modalidades aqui, os métodos são descritos para preservar os fungos geneticamente modificados criogenicamente para uso futuro. Em várias modalidades aqui, os métodos são descritos para preservar os fungos geneticamente modificados por secagem por congelamento para uso futuro.

[00154] As classes não limitantes específicas de antivirais incluem inibidores da transcriptase reversa; inibidores de proteases; inibidores da timidina quinase; inibidores da síntese de açúcar ou de glicoproteína; inibidores da síntese de proteínas estruturais; análogos de nucleosídeos e inibidores de maturação viral. Exemplos específicos não limitantes de antivirais incluem nevirapina, delavirdina, efavirenz, saquinavir e ritonavir, indinavir, nelfinavir, amprenavir, zidovudina (AZT), estavudina (d4T), larnivudina (3TC), didanosina (DDI), zalcitabina (ddC), abacavir, aciclovir, penciclovir, ribavirina, valaciclovir, ganciclovir, 1-D- ribofuranosil-1,2,4-triazol-3 carboxamida, 9->2-hidroxi-etoxi metilguanina, adamantanamina, 5-iodo-2'-deoxiuridina, trifluorotimidina, interferon e adenina arabinosídeo.

[00155] Formulações farmacêuticas e sistemas de entrega apropriados para as composições e métodos da invenção são conhecidos na ténica (ver, por exemplo, Remington: The Science and Practice of Pharmacy (2003) 20th ed., Mack Publishing Co., Easton, PA; Remington's Pharmaceutical Sciences (1990) 18th ed., Mack Publishing Co., Easton, PA; The Merck Index (1996) 12th ed., Merck Publishing Group, Whitehouse, NJ; Pharmaceutical Principles of Solid Dosage Forms (1993), Technonic Publishing Co., Inc., Lancaster, Pa.; Ansel ad Soklosa, Pharmaceutical Calculations (2001) 11th ed., Lippincott Williams & Wilkins, Baltimore, MD; e Poznansky et al., Drug Delivery Systems (1980), R. L. Juliano, ed., Oxford, N.Y., pp. 253-315).

[00156] Em certas modalidades uma composição compreende uma molécula configurada para engatar, direta ou indiretamente, um promotor induzível. Em algumas modalidades uma molécula configurada para engatar um promotor induzível é configurada para ativar o promotor induzível (por exemplo, ativar a transcrição/tradução do gene). Em algumas modalidades uma molécula configurada para engatar um promotor induzível é configurada para reprimir a ativação da expressão do gene pelo promotor induzível. Em algumas modalidades uma molécula configurada para engatar um promotor induzível compreende um composto, álcool, nutriente, metal, aminoácido (por exemplo, um aminoácido como um aminoácido sintético), açúcar ou análogo de açúcar (por exemplo, lactose, arabinose, IPTG), peptídeo ou proteína. Em certas modalidades uma composição é compreende lactose, arabinose, IPTG, triptofano ou tetraciclina.

[00157] Em certas modalidades aqui, métodos para fazer um ácido nucleico para transformação ou integração em um genoma de micróbio são descritos. Métodos podem incluir o fornecimento de uma sequência de ácido nucleico que codifica um peptídeo e ligando a dita sequência de ácido nucleico a uma sequência de ácido nucleico codificando um elemento regulador ou um ácido nucleico codificando um peptídeo secretor. Em algumas modalidades, um ácido nucleico compreende uma sequência que codifica um peptídeo onde o peptídeo compreende uma sequência de aminoácidos de um peptídeo secretor. Em algumas modalidades, um ácido nucleico compreende sequência sinal para secreção. Em algumas modalidades, um ácido nucleico compreende uma sequência ou codifica uma sequência de polipeptídeo que é reconhecida por via secretora de células. Em algumas modalidades, um ácido nucleico codifica uma proteína não secretada (por exemplo, uma enzima) para a produção de uma biomolécula de interesse. Em algumas modalidades, uma sequência sinal para secreção compreende a sequência da SEQ ID NO: 212, SEQ ID NO: 213, SEQ ID NO: 214, SEQ ID NO: 215 ou SEQ ID NO: 216.

[00158] Os versados na técnica compreenderão que os níveis de expressão gênica são dependentes de muitos fatores como sequências promotoras e elementos de regulamentação. Outro fator para a máxima seleção de proteínas á a adaptação de códons da transcrição do gene para o uso típico de um códon de um hospedeiro. Como observado para a maioria das bactérias, um pequeno subconjunto dos códons é reconhecido por espécies tRNA levando a seleção translacional e é importante nas limitações da expressão da proteína. Neste aspecto, muitos genes sintéticos podem ser projetados para aumentar seu nível de expressão proteico. O processo de design de otimização do códon pode ser de alterar códons raros para códons conhecidos para a eficiência de expressão de proteínas. Em algumas modalidades, a seleção do códon é descrita, onde a seleção do códon pode ser realizada com o uso de algoritmos que são conhecidos para aqueles versados na técnica para criar transcrições genéticas sintéticas otimizadas para alta produtividade de proteína. Os programas contendo algoritmos para otimização de códon são conhecidos por aqueles versados na técnica. Os programas podem incluir, por exemplo, OptimumGeneTM, GeneGPS® algoritmos, etc. Além disso, sequências otimizadas de códon sintético podem ser obtidas comercialmente, por exemplo, de Integrated DNA Technologies e outros serviços de sequenciamento de DNA comercialmente disponível. Em algumas modalidades, os peptídeos para secreção são descritos onde os genes para os peptídeos para secreção são otimizados pelo códon para expressão em humanos. Em algumas modalidades, os peptídeos para secreção são descritos, onde os genes para a transcrição completa do gene são otimizados pelo códon para expressão de bactérias que podem incluir transcrições de gene de um peptídeo secretor e outros peptídeos que são conhecidos para aumentar o nível de expressão. Em algumas modalidades, os peptídeos são descritos onde os genes para o peptídeo para secreção são otimizados para ter códons especificamente selecionados para a expressão da proteína em células bacterianas e fúngicas.

[00159] O termo "sujeito" inclui, mas não se limita a, um sujeito com ou em risco de ter um distúrbio que beneficiaria do contato com a administração de um micróbio geneticamente modificado tal como definido aqui. Os sujeitos incluem animais de mamíferos (mamíferos), tais como humanos, primatas não humanos (símios, gibões, gorilas, chimpanzés, orangotangos, macacos), animal doméstico ou de companhia (cães e gatos), animal de fazenda (aves como frangos e patos, cavalos, bovinos, caprinos, ovinos e suínos), e animais experimentais (camundongo, rato, coelho, cobaia). Os sujeitos incluem animais veterinários, bem como modelos de doenças animais, por exemplo, modelos de camundongo e outros animais de uma doença de pele.

[00160] Micróbios geneticamente modificados e composições compreendendo os micróbios geneticamente modificados podem ser empregados em diversos métodos e usos e medicamentos. Tais métodos e usos e medicamentos incluem, por exemplo, administração ex vivo e in vivo. Em várias modalidades, métodos e usos e os medicamentos fornecidos incluem métodos e usos e medicamentos para o tratamento de doenças de pele.

[00161] Doenças de pele podem surgir a partir de predisposição genética para doenças de pele, bem como a perturbação da flora natural ou bactérias naturais que podem residir na pele. Vários tipos de doença de pele existem, por exemplo, mas não se limitando a, acne, ceratose actínica, alopecia areata, pé de atleta, oncomicose, dermatite atópica, osmidrosis, eczema, infecção fúngica das unhas, psoríase, rosácea, lenta cicatrização da ferida, foliculite, queratose pilar, dermatite perioral, angiofibromas, inflamação cutânea, cosmese, danos de envelhecimento, discromias, cabelo grisalho prematuro e seborreia. Em várias modalidades descritas aqui, métodos para tratar doenças de pele são descritos. Em várias modalidades, métodos para tratar rosácea são descritos. Em várias modalidades, métodos para tratar alopécia são descritos. Em várias modalidades, métodos para tratar oncomicose são descritos. Em várias modalidades, métodos para tratar osmidrose são descritos. Em várias modalidades, métodos para tratar lenta cicatrização da ferida são descritos. Em várias modalidades, métodos para tratar cabelo grisalho prematuro são descritos. Em várias modalidades, métodos para tratar inflamação cutânea são descritos. Em várias modalidades, métodos para tratar discromia são descritos.

[00162] Acne ou acne vulgar, é uma doença de pele comum que pode afetar a face, o pescoço, o tórax e as costas. É caracterizada por regiões sobre a pele que tem seborreia. Regiões da pele que têm acne, também podem ter comedões, pápulas, nódulos, cistos, furúnculo, acne cística e espinhas. A acne pode ser causada por hormônios, como a testosterona, e pode ser afetada pelas glândulas sebáceas associadas. As causas para acne podem ser de efeitos hormonais, genéticos e infecciosos. Gestão para acne pode ser de uso de medicações tópicas como o peróxido de benzoíla, ácido salicílico e hormônios. Mais comum pode ser o uso de antibióticos para tratamento da acne, porém, com a capacidade de desenvolver resistência bacteriana, muitos tipos de antibióticos estão se tornando menos eficaz.

[00163] Propionibacterium acnes (P. acnes) é uma espécie bacteriana anaeróbica que é amplamente conhecida por causar acne. Staphylococcus aureus, uma bactéria da floral natural da pele, também é conhecida por ser uma bactéria oportunista para infectar a pele embora seja observada em ambos as peles sadias e infectadas. No entanto, tem sido demonstrado em estudos que P. acnes bem como S. aureus desenvolveram resistência aos antibióticos, aumentando assim a necessidade de desenvolver um novo tratamento para doenças de pele que são normalmente tratadas com antibióticos. Em várias modalidades descritas aqui, as bactérias geneticamente modificadas que secretam biomolécula(s) são utilizadas para tratamento da acne. Em várias modalidades descritas aqui, os fungos geneticamente modificados que secretam biomolécula(s) são utilizados para tratamento da acne.

[00164] Rosácea como descrita aqui se refere a uma condição crônica caracterizada por eritema facial e às vezes espinhas. Rosácea tem quatro subtipos, três que afetam a pele e o quarto que afeta os olhos (tipo ocular). O tratamento precoce foi o uso de corticoides tópicos, porém, o tratamento sob a forma de esteroides tópicos podem agravar o estado com uso de longa data. Por conseguinte, novos métodos de tratamento têm sido pesquisados recentemente. Rosácea afeta ambos os sexos, mas é quase três vezes mais comum em mulheres.

[00165] A rosácea começa como vermelhidão centro facial sobre bochechas, nariz ou testa, mas também pode afetar menos comumente o pescoço, tórax, orelhas e couro cabeludo. Em alguns casos, os sintomas adicionais, tais como vermelhidão semipermanente, telangiectasias (dilatação de vasos sanguíneos superficiais na face), pápulas abauladas vermelhas (pequenos caroços) e pústulas, olhos vermelhos arenosos, sensações de queimação e picada, e em alguns casos avançados, uma rinofima, nariz vermelho lobulado, pode se desenvolver. Os gatilhos que causa episódios de vermelhidão e rubor desempenham um papel no desenvolvimento da rosácea. A exposição a temperaturas extremas pode fazer com que o rosto se torne vermelho bem como exercício vigoroso, o calor do sol, graves queimaduras solares, estresse, ansiedade, vento frio e movendo-se para um ambiente morno ou quente a partir de um frio como lojas e escritórios aquecidos durante o inverno. Existem também alguns alimentos e bebidas que podem desencadear a vermelhidão, incluindo o álcool, alimentos e bebidas que contêm cafeína (especialmente, chá quente e café), alimentos com elevado teor de histaminas e comida picante.

[00166] Certos medicamentos e irritantes tópicos podem rapidamente desencadear rosácea. Alguns tratamentos de acne e rugas que têm sido relatados para provocar rosácea incluem microdermabrasão e cascas químicas, bem como altas doses de isotretinoína, peróxido de benzoíla e tretinoína. Rosácea induzida por esteroides é o termo dado a rosácea causada pelo uso de corticoide tópico ou nasal. Estes esteroides são frequentemente prescritos para dermatite seborreica. As doses devem ser lentamente diminuídas e não imediatamente interrompidas para evitar reincidência. A flora intestinal pode desempenhar um papel na origem da doença.

[00167] Antibióticos tetraciclina oral (tetraciclina, doxiciclina, minociclina) e antibióticos tópicos como metronidazol são geralmente a primeira linha de defesa prescrita pelo médico para aliviar as pápulas, pústulas, inflamação e alguma vermelhidão.

[00168] Os antibióticos orais podem ajudar a aliviar os sintomas da rosácea ocular. Se pápulas e pústulas persistirem, por vezes a isotretinoína pode ser prescrita. A isotretinoína tem muitos efeitos colaterais e é normalmente usada para o tratamento de acne grave mas em baixas doses é comprovadamente eficaz contra rosácea papulopustular e phymatous. Alguns indivíduos respondem bem à aplicação tópica de óleo de sândalo sobre a área afetada, especialmente na redução da prevalência de pústulas e eritema. Os antibióticos orais podem ser uma primeira linha de defesa contra bactérias na pele que pode desencadear a rosácea, no entanto, devido ao aumento da resistência aos antibióticos, novos desenvolvimentos têm sido procurados para tratar tanto enfermidades bacterianas da pele bem como rosácea. Em várias modalidades descritas aqui, os micróbios geneticamente modificados são usados para tratamento de rosácea.

[00169] A alopecia areata como descrito aqui se refere a um estado em que o cabelo é perdido de algumas ou todas as áreas do corpo, normalmente do couro cabeludo. Porque provoca manchas carecas no couro cabeludo, especialmente na primeira fase, é às vezes chamado de calvície local. Em 1 a 2% dos casos, a condição pode se alastrar para todo o couro cabeludo (alopecia total) ou para toda a epiderme (alopecia universal). Condições similares a AA, e tendo uma causa semelhante, ocorrerem também em outras espécies.

[00170] A condição é considerada ser uma doença autoimune sistêmica em que o corpo ataca os seus próprios antígenos de folículos pilosos e suprime ou para o crescimento do cabelo. Os linfócitos de células T se agrupam em torno de folículos afetados, ocasionando inflamação e a subsequente perda de cabelo. Alguns casos de bebês que nascem com AA congênita têm sido relatados, mas esses não são casos de doença autoimune, porque um bebê nasce sem um sistema imune definitivo desenvolvido. O defeito metabólico de retinoides endógenos é uma peça chave da patogênese da AA. Além disso, algumas evidências indicam que AA afeta a parte do folículo piloso associado com a cor do cabelo. Cabelo que virou grisalho não pode ser afetado. Em algumas modalidades, os micróbios geneticamente modificados são usados para o tratamento de um distúrbio imunológico.

[00171] Oncomicose se refere a uma infecção fúngica da unha. A infecção pode ser causada por patógenos de oncomicose incluem os dermatófitos, Candida, e moldes não dermatófitos. Os dermatófitos são os fungos mais comumente responsáveis para oncomicose em países ocidentais temperados; enquanto Candida e moldes não dermatófitos são mais frequentemente envolvidos em regiões tropicais e subtropicais com um clima quente e úmido. Os patógenos podem incluir Candida e moldes não dermatófitos, em especial os membros da geração de Scytalidium (Neoscytalidium), Scopulariopsis e Aspergillus. Candida spp. causa principalmente oncomicose nas unhas em pessoas cujas mãos são frequentemente submersas em água. Scytalidium afeta principalmente as pessoas nos trópicos, embora ela persista se mais tarde elas se mudarem para áreas de clima temperado. Os tratamentos incluem principalmente medicações tópicas ou antifúngicas como a terbinafina, itraconazol e fluconazol.

[00172] Osmidrose se refere a ordem corporal, em que glândulas sebáceas e apócrinas podem desempenhar um papel. Condições médicas podem ser referidas como bromidrose, bromidrose apócrina, osmidrose, ozocrotia, suor fétido e transpiração malcheirosa. Osmidrose ou bromidrose é definida por um odor fétido devido a um ambiente rico em água que apoia o crescimento bacteriano que também é provocado por um aumento anormal na transpiração. Em algumas modalidades, métodos são utilizados para o tratamento da osmidrose.

[00173] "Má cicatrização de feridas" pode ser causada por um mau sistema imune, diabetes mellitus, hormônio de crescimento humano baixo, artrite reumatoide, má circulação de doenças vasculares ou arteriais, deficiência de zinco, deficiência de vitaminas, lúpus, etc. Em vários casos, a má cicatrização pode levar a infecções oportunistas pela flora normal. Em várias modalidades, o tratamento para cicatrização de feridas utilizando micróbios geneticamente modificados é descrito.

[00174] "Inflamação cutânea" e "inflamação cutânea crônica" pode ser caracterizada pela infiltração de macrófagos da área cutânea. Durante uma infecção, a resposta do macrófago é para mediar uma inflamação crônica, que é vista em várias dermatoses inflamatórias que inclui, mas não se limita a, psoríase, dermatite atópica e dermatite de contato crônica. A fim de diminuir a resposta inflamatória, os tratamentos têm sido descritos em que a eliminação do macrófago no local da inflamação é pedida. Uma maneira é bloquear a atividade das moléculas efetoras ou citocinas produzidas pelos macrófagos. Outra forma é direcionar o macrófago para a eliminação apoptótica localmente durante a inflamação por engenharia de uma imunotoxina. O tratamento pode ser para outras doenças de pele causadas por inflamação cutânea ou inflamação cutânea crônica cutânea como doença enxerto-versus- hospedeiro, liquenoides, esclerodermatoso, granuloma anular, sarcoide, dermatite de contato crônica, psoríase, lesões cutâneas por UV, dermatite atópica e linfoma cutâneo de células T. No entanto, a maioria das formas de eliminar a resposta local é demorada. A este respeito, tendo uma população de micróbio modificada para eliminar o macrófago localmente no local da inflamação cutânea crônica pode fornecer um tratamento rápido para inflamação cutânea ou inflamação cutânea crônica.

[00175] A invenção fornece kits incluindo micróbios geneticamente modificados, como uma bactéria do gênero Propionibacterium, composições e formulações farmacêuticas dos mesmos, embalados em material de embalagem adequado. Os kits podem ser usados em diversos métodos in vitro, in vivo e ex vivo e usam, por exemplo, um método de tratamento ou uso como divulgado aqui.

[00176] Um kit geralmente inclui uma etiqueta ou uma bula incluindo uma descrição dos componentes ou instruções para utilização in vitro, in vivo, ou ex vivo, dos componentes nele. Um kit pode conter uma coleção desses componentes, por exemplo, um micróbio geneticamente modificado, como uma bactéria do gênero Propionibacterium, sozinho ou em combinação com outra composição terapeuticamente útil (por exemplo, um medicamento anti-inflamatório).

[00177] O termo "material de embalagem" se refere a uma estrutura física abrigando os componentes do kit. O material da embalagem pode manter os componentes esterilizados e pode ser feito de material comumente utilizado para tais fins (por exemplo, papel, fibra ondulada, vidro, plástico, folha de alumínio, ampolas, frascos, tubos, etc).

[00178] Os kits da invenção podem incluir etiquetas ou inserções. As etiquetas ou inserções incluem "impressos", por exemplo, papel ou papelão, ou separados ou afixados em um componente, um kit ou material de embalagem (por exemplo, uma caixa), ou anexado a uma ampola, um tubo ou frasco contendo um componente do kit. Etiquetas ou inserções podem além disso incluir um meio de leitura para o computador, tais como um disco (por exemplo, disco rígido), disco óptico como CD ou DVD-ROM/RAM, DVD, MP3, fitas magnéticas, ou uma mídia de armazenamento elétrico como a RAM e ROM ou híbridos destes como mídia de armazenamento óptico/ magnético, mídia flash, ou cartões do tipo de memória.

[00179] Etiquetas ou inserções podem incluir informações de identificação de um ou mais componentes nelas, quantidade de dose, farmacologia clínica do ingrediente ativo(s), incluindo mecanismo de ação, farmacocinética e farmacodinâmica. Etiquetas ou inserções podem incluir informações para identificar informações do fabricante, números de lote, local e data do fabricante.

[00180] Etiquetas ou inserções podem incluir informações sobre uma condição, distúrbio, doença ou sintoma para que um componente do kit possa ser usado. Etiquetas ou inserções podem incluir instruções para o médico ou para um sujeito para o uso de um ou mais dos componentes do kit em um método, uso, protocolo de tratamento ou esquema terapêutico. Instruções podem incluir quantidades de dosagem, frequência ou duração e instruções para a prática de qualquer dos métodos e usos, protocolos de tratamento ou regimes terapêuticos estabelecidos aqui.

[00181] A menos que definidos de outra forma, todos os termos técnicos e científicos utilizados aqui terão o mesmo significado que normalmente entendido pelo versado na técnica a que a presente invenção pertence. Embora quaisquer métodos e materiais semelhantes ou equivalentes aos descritos neste documento possam ser utilizados na prática ou teste da presente invenção, os métodos e os materiais adequados são descritos a seguir.

[00182] Todos os pedidos, publicações, patentes e outras referências, citações do GenBank e citações do ATCC citados aqui são incorporados por referência em sua totalidade. Em caso de conflito, a especificação, incluindo definições, dominarão.

[00183] Com respeito à utilização de substancialmente qualquer termo no plural e/ou singular aqui estabelecidos, os versados na técnica podem traduzir do plural para o singular e/ou do singular para plural como é adequado ao contexto e/ou pedido. Assim, as formas singulares "a", "um" e "o" incluem referências no plural a menos que o contexto claramente diga o contrário. As diversas permutações singular/plural podem ser expressamente aqui estabelecidas por uma questão de clareza. Consequentemente, a referência a uma "proteína" ou um "gene", por exemplo, inclui uma pluralidade de proteínas ou genes.

[00184] Será entendido por aqueles versados na técnica que, em geral, os termos usados aqui, e especialmente no anexo das reivindicações (por exemplo, corpo da reivindicação anexada) são geralmente intencionados como termos "abertos" (por exemplo, o termo "incluindo" deve ser interpretado como "incluindo, mas não limitado a", o termo "tendo" deve ser interpretado como "tendo pelo menos", o termo "inclui" deve ser interpretado como "inclui, mas não se limita a", etc). Será também entendido pelos versados na técnica que, se for pretendido um número específico de uma recitação de reivindicação introduzida, tal intenção será explicitamente mencionada na reivindicação e, na ausência de tal recitação, tal intenção não está presente. Por exemplo, como um auxílio à compreensão, as seguintes reivindicações anexadas podem conter uso de frases introdutórias de "pelo menos um" e "um ou mais" para introduzir as recitações das reivindicações. No entanto, o uso de tais frases não deve ser interpretado no sentido de implicar que a introdução de uma recitação da reivindicação por artigos indefinidos "a" ou "um" limita qualquer modalidade específica que contenha tal recitação da reivindicação introduzida de modalidades contendo apenas uma tal recitação, mesmo quando a mesma reivindicação inclui as frases introdutórias "um ou mais" ou "pelo menos um" e artigos indefinidos como "um" ou "uma" (por exemplo, "um" e/ou "uma" deve ser interpretado no sentido de "pelo menos um" ou "um ou mais"); o mesmo é válido para a utilização de artigos definidos utilizados para apresentar a recitações da reivindicação. Além disso, mesmo se um número específico de uma recitação da reivindicação introduzida for explicitamente recitado, aqueles versados na técnica vão reconhecer que essa oração deve ser interpretada para significar pelo menos o número recitado (por exemplo, a recitação exposta de "duas recitações", sem outros modificadores, significa pelo menos duas recitações, ou duas ou mais recitações). Além disso, nesses casos em que um análogo da convenção para "pelo menos um de A, B e C, etc" é usado, em geral tal construção é destinada no sentido de que uma pessoa versada na técnica compreenderia a convenção (por exemplo, "um sistema tendo pelo menos um de A, B e C" inclui, mas não se limita a, sistemas que têm A apenas, B apenas, C apenas, A e B juntos, A e C juntos, B e C juntos, e/ou A, B e C juntos, etc). Nesses casos em que um análogo da convenção para "pelo menos um de A, B ou C, etc" é usado, em geral tal construção é destinada no sentido de que uma pessoa versada na técnica compreenderia a convenção (por exemplo, "um sistema tendo pelo menos um de A, B ou C" inclui, mas não se limita a, sistemas que têm A apenas, B apenas, C apenas, A e B juntos, A e C juntos, B e C juntos, e/ou A, B e C juntos, etc). Será ainda compreendido por aqueles dentro da técnica que praticamente qualquer palavra disjuntiva e/ou frase apresentando dois ou mais termos alternativos, quer na descrição, reivindicações ou desenhos, deve ser entendido no sentido de contemplar as possibilidades de incluir um dos termos, qualquer um dos termos ou ambos os termos. Por exemplo, a frase "A ou B" será entendida para incluir as possibilidades de "A" ou "B" ou "A e B".

[00185] Além disso, onde funcionalidades ou aspectos da divulgação são descritos em termos de grupos Markush, aqueles versados na técnica reconhecerão que a divulgação também é assim descrita em termos de qualquer membro individual ou subgrupo de membros do grupo Markush.

[00186] Conforme usado aqui, os valores numéricos são sempre apresentados em um formato de faixas em todo este documento. A utilização de um formato de faixas é apenas para conveniência e concisão e não deve ser interpretada como uma limitação inflexíveis sobre o âmbito da invenção. Consequentemente, a utilização de uma faixa inclui expressamente todas as possíveis subfaixas, todos os valores numéricos individuais dentro dessa faixa, e todos os valores numéricos ou faixas numéricas incluem números inteiros dentro de tais faixas e frações de valores ou valores inteiros dentro das faixas a menos que o contexto indique claramente o contrário. Esta construção se aplica independentemente da amplitude da faixa e em todos os contextos em todo este documento de patente. Assim, todas as faixas divulgadas neste documento também abrangem toda e qualquer possível subfaixa e combinações de subfaixas. Qualquer faixa listada pode ser facilmente reconhecida como suficientemente descrevendo e permitindo que a mesma faixa seja discriminada em pelo menos metades iguais, terços, quartos, quintos, décimos, etc. Como um exemplo não limitante, cada intervalo discutido aqui pode ser facilmente discriminável em um terço inferior, terço médio e terço superior, etc como irá ser entendido também por um versado na técnica em todas as línguas como "até", "pelo menos", "superior a", "inferior a" e inclui o número recitado e refere a faixas que podem ser posteriormente divididas em subfaixas conforme discutido acima. Por último, como será entendido por um versado na técnica, uma faixa inclui cada membro individual. Assim, por exemplo, um grupo tendo 1-3 artigos se refere a grupos com 1, 2 ou 3 artigos. De modo similar, um grupo tendo 1-5 artigos se refere a grupos com 1, 2, 3, 4 ou 5 artigos e assim por diante.

[00187] Enquanto vários aspectos e modalidades foram divulgados aqui, outros aspectos e modalidades serão aparentes para aqueles versados na técnica. Os diferentes aspectos e modalidades divulgados aqui são para fins de ilustração e não são destinados a ser limitante, com o verdadeiro escopo e espírito sendo indicado pelas seguintes reivindicações.

[00188] Um versado na técnica entenderá que, para este e outros processos e métodos divulgados aqui, as funções realizadas nos processos e métodos podem ser aplicadas em diferentes ordens. Além disso, as etapas descritas e operações são fornecidas apenas como exemplos e algumas das etapas e operações podem ser opcionais, combinadas em menos etapas e operações, ou expandidas em etapas adicionais e operações sem desvirtuar da essência das modalidades divulgadas.

[00189] Um versado na técnica entenderá que, para este e outros processos e métodos divulgados aqui, as funções realizadas nos processos e métodos podem ser aplicadas em diferentes ordens. Além disso, as etapas descritas e operações são fornecidas apenas como exemplos e algumas das etapas e operações podem ser opcionais, combinadas em menos etapas e operações, ou expandidas em etapas adicionais e operações sem desvirtuar da essência das modalidades divulgadas.

[00190] Os exemplos mostrados abaixo ilustram algumas modalidades e não limitam a tecnologia.

Exemplos Exemplo 1. Isolamento da cepa RT6 de P. acnes

[00191] E-swabs (Fisher) foram usados para a coleta de bactérias da pele humana como: sujeitos voluntários foram convidados para lavar o rosto com água e sabão e limpá-lo com lenços de etanol antes que eles aplicassem o e-swab sobre suas bochechas e testa. O aplicador foi transferido depois para um tubo com o meio de transferência. O tubo foi submetido a vórtice para liberar a bactérias para o meio. Uma diluição de 100 vezes do meio de transferência foi plaqueada em placas RIC. Depois de uma semana de crescimento anaeróbio, as colônias foram observadas em cada placa. As colônias foram cultivadas em meio BHI até atingirem a densidade adequada para o isolamento de DNA. O DNA genômico foi preparado usando um kit comercial (Epicentro) e foi amplificado via PCR utilizando iniciadores rDNA 16S específicos de P. acnes Pas9/Pas11 (Tabela 1). Os fragmentos de PCR foram purificados por gel e sequenciados usando o iniciador 16SFseq. As sequências foram alinhadas para o gene de rDNA 16S (NF_017550, SEQ ID NO: 290) do ATTCC 11828 (tipo II) e ATCC 6919 (tipo I). As colônias que mostraram uma conversão de C para T no nucleotídeo 1315 foram atribuídas como RT6 tipo II. As colônias foram também testadas para o gene RecA para confirmar que pertencia a uma cepa do tipo II. Após a amplificação da PCR com iniciadores RecAF/RecAR, os fragmentos foram purificados e sequenciados com iniciadores RecAFseq e RecARseq. Uma combinação de sequências obtidas com ambos os iniciadores abrangeu mais de 90% do gene RecA. Os fragmentos de RecA sequenciados foram alinhados para o gene RecA proveniente das cepas ATCC 11828 e ATCC 6919 para uma sequência de referência. Tabela 1. Iniciadores utilizados para isolamento da cepa RT6 de P. acnes

Exemplo 2. Clonagem molecular.

[00192] A amplificação da PCR foi realizada usando DNA polimerase Q5 de alta fidelidade (New England Biolab) e máquina de PCR (Eppendorf) seguindo recomendações do fabricante. Para as reações de montagem do gene, o método de montagem de Gibson (Kit de montagem do conjunto NEBuilder HiFi DNA, New England Biolab) e método de montagem Golden Gate (Kit de montagem do Golden Gate NEB, New England Biolab) foram utilizados de acordo com as recomendações do fabricante.

Exemplo 3. Isolamento de DNA genômico.

[00193] O DNA genômico total foi isolado a partir de cepas bacterianas pela extração do fenol-clorofórmio de acordo com o procedimento descrito por Rhee (2011) com pequenas alterações. As cepas de P. acnes foram cultivadas em caldo de infusão de cérebro- coração (BHI) a 37 °C até o final da fase logarítmica. Após a colheita das células, o pélete celular foi ressuspenso com 10 mM Tris-Cl pH 8,0, 10 mM Na2EDTA e lisozima (concentração final = 1 mg/mL) foram adicionados. Após a incubação a 37 °C por 20 min, 10 % de SDS foi adicionado (concentração final = 1,4 %) e incubado em gelo por 10 min. O lisado foi extraído 3 vezes com volume igual de mistura fenol- clorofórmio (25:24:1 de fenol, clorofórmio e álcool isoamílico), e em seguida o DNA foi precipitado com etanol e secado.

Exemplo 4. Eletroporação da P. acnes.

[00194] A P. acnes foi transformada de acordo com o procedimento descrito por Cheong (2008) e Rhee et al. (2007). As células foram cultivadas em 9 ml de caldo BHI com Oxyrase para caldo (Oxyrase) em tubo com tampa de rosca de 13 x 100 até que o OD 600 nm atingisse cerca de 0,5. As células foram coletadas por centrifugação (4 °C; 4300 g; 10 min) e lavadas com meio SG gelado (glicerol, 10%; sacarose, 0,5 M) três vezes. As células foram ressuspensas em meio SG (cerca de 5X 109-1010 UFC/mL). Estas células eletro-competentes foram utilizadas imediatamente. Setenta e cinco microlitros da suspensão celular foram misturados com DNA e transferidos para a cuvete de eletroporação gelada (1 mm de vão). As condições de eletroporação utilizando um eletroporador Bio-Rad foram de 1,5 KV, 25 μF e 600 Q. A constante de tempo foi definida entre 8,5 e 10 ms. Após a eletroporação, as células foram transferidas para 2 ml de BHI pré-aquecido (37 °C) com Oxyrase para o caldo. Estas células foram incubadas a 37 °C para 10 hrs. As células foram coletadas por centrifugação (2000 x g, 10 min) na temperatura ambiente e espalhadas sobre a placa de ágar clostridial reforçada com antibióticos. As placas foram incubadas a 37 °C em condição anaeróbica.

Exemplo 5. Construção da parada do crescimento da cepa de Bacillus subtilis

[00195] O gene dnaA truncado de B. subtilis foi amplificado por PCR com o DNA genoma de B. subtilis cepa168 como um modelo e os iniciadores (d-B_F:aggaaggaTCCATGGAAAATATATTAGACCTG (SEQ ID NO: 224), d-B_R:ctatgaccatgattacgCGCATGAATAACGGTCGTATG (SEQ ID NO: 225)). A região de DNA com gene cloranfenicol e promotor induzível IPTG foi amplificado por PCR com iniciadores (125_F:gcctgcaggtcgactTTAAGTTATTGGTATGACTGGTTTTAAG (SEQ ID NO: 226), 125_R:tccatggaTCCTTCCTCCTTTAATTGG (SEQ ID NO: 227)). Estes produtos de PCR foram montados pelo Kit de clonagem de montagem do DNA HiFi NEBuilder®. O produto foi digerido pelo HindIII e o fragmento 3,257 pb foi auto-ligado. O DNA auto-ligado foi transformado em cepa de B. subtilis e selecionado os transformantes em LB com Cm (5 μg/mL) e os diferentes tipos de concentração de IPTG (0, 0,05, 0,1 e 0,25 mM).

Exemplo 6. Construção da parada do crescimento da cepa de P. acnes.

[00196] Operon fts induzível por arabinose. O promotor e regulador induzível por arabinose de B. subtilis foi truncado e foi amplificado por PCR com o genoma DNA da cepa de B. subtilis168 como um modelo e os iniciadores (araRE F: TGCAGTTCTAGACGACACAGGCTGACGAAATTA (SEQ ID NO: 228), araRE R: CGTAGCGAATTCCATTTCCCTGCCCTCCCGAA (SEQ ID NO: 229)). O 1468 pb do produto de PCR foi ligado na pUC18 hidrolizado por XbaI e EcoRI. O operon fts truncado de P. acnes foi amplificado por PCR com o genoma DNA de P. acnes cepa ATCC 11828 como um modelo e os iniciadores (ftzope F: CTGACTGAATTCGCTTCCCAACGGGGCCGTTT (SEQ ID NO: 230), ftzope R: GACTGCGAATTCCTGAAGAGCCGTCACCGACA (SEQ ID NO: 231)). O 1332 pb do produto hidrolizado de PCR por EcoRI foi ligado no pUC18 com promotor de arabinose também hidrolizado por EcoRI. Após a inserção do 1236 pb do DNA com o gene eritromicina, este plasmídeo foi introduzido em cepas de P. acnes e transformantes foram selecionados no meio para clostridiuim reforçado modificado com L-arabinose (1,5 % p/v). Exemplo 7. Gene dnaA induzível por lactose.

[00197] A região do promotor de β-galactose o gene de dnaA truncado de P. acnes foram amplificados por PCR com o genoma DNA de P. acnes cepa ATCC 11828 como um modelo e os iniciadores (04101 F: GGCTTCTGGTCTCGAGTGTTGTGGAACGACAACA (SEQ ID NO: 232), 0410-1 R : GGCTTCTGGTCTCGATGGCACCAACCTTAGAGAG (SEQ ID NO: 233), 0410-2 F : GGCTTCTGGTCTCGCCATGTCCGACACACCGTTC (SEQ ID NO: 234), 0410-2 R : GGCTTCTGGTCTCGGGTAGAGACTGGGTAGAGACG (SEQ ID NO: 235)). Estes produtos de PCR e fragmento de DNA com genes antibióticos, genes eritromicina e cloranfenicol foram ligados em pUC18 pelo método de montagem Golden Gate (NEB Golden Gate assembly Kit, New England Biolab). Este plasmídeo foi introduzido em cepas de P. acnes e transformantes foram selecionados no meio para clostridium reforçado modificado com lactose (1,0 % p/v). Tabela 2. Lista de iniciadores

Exemplo 8. Construção de cepa mutante CAMPII de P. acnes.

[00198] Desde o início o códon do gene CAMPII de P. acnes, 400 pb de ORF truncado foi amplificado por PCR com genoma DNA de P. acnes cepa ATCC 11828 como modelos e os iniciadores (0422NB-1 F: AGTAAACTTGGTCTGACATGAAGAAGACCCATCTTG (SEQ ID NO: 242), 0422NB-1 R : TATATATATTTATTATCCGATGGACCTTGTTTTGGAGAG (SEQ ID NO: 243)). O 438 pb do produto de PCR e fragmento de DNA com genes de resistência a eritromicina e cloranfenicol foram ligados com pUC18 pelo Kit de clonagem de montagem de DNA HiFi NEBuilder e transformantes deste produto de ligação foram selecionados em LB com placa amp (100μg/mL) e cm (20mg/mL). Após a transformação em E. coli cepas dcm- dam-, o plasmídeo foi introduzido em P. acnes e selecionado anaerobicamente sobre o meio para clostridium reinforçado com placas erm (5μg/mL) ou cm (5μg/mL). As colônias mutantes CAMPII foram verificadas por PCR.

Exemplo 9. Construção de cepa mutante sem marcador de P. acnes (Fig. 9).

[00199] As regiões a montante e a jusante do gene alvo foram amplificadas por PCR. Essas regiões devem ser maiores do que 500 pb. Esses fragmentos de DNA foram ligados com o plasmídeo que tinha marcador antibiótico e não têm origem de replicação para P. acnes. Este vetor de suicídio foi introduzido em P. acnes e os transformantes foram selecionados por antibióticos. Após a confirmação desses, as células foram cultivadas em meio para clostridium reforçado sem antibióticos para permitir a segunda recombinação homóloga. Após riscar na placa, as colônias mutantes sem marcador foram triadas por PCR.

Exemplo 10. Construção de cepa de P. acnes de secreção de IL10 induzível pela lactose.

[00200] O 1037 pb da região do promotor de β-galactose de P. acnes foi amplificado por PCR com o genoma DNA de P. acnes cepa ATCC 11828 como um modelo e os iniciadores (0505-1 F: TAAACTTGGTCTGACAGTGCGCACCGATGAGCGGCAGA (SEQ ID NO: 244), 0505-1_R : TTGCAAACATGGCACCAACCTTAGAGAGTCATG (SEQ ID NO: 245)). Para secreção de IL10, o 188 pb da região do peptídeo sinal foi por PCR com o genoma DNA de B. subtilis cepa 168 como um modelo e os iniciadores (0505-2_F: GGTTGGTGCCATGTTTGCAAAACGATTCAAAAC (SEQ ID NO: 246), 0505-2_R : AGGAGTGCATATGATAAATAGACATGGTTCCG (SEQ ID NO: 247)). O 568 pb da IL10 humana ORF foi amplificado por PCR (0505- 3_F: CTATTTATCATATGCACTCCTCCGCTCTG (SEQ ID NO: 248), 0505-3_R : TTATCCGATTCATGAGACTGTCAGTTGCGGATCTTCATGG (SEQ ID NO: 249)). Esses produtos de PCR e fragmento de DNA com genes de resistência a eritromicina e cloranfenicol foram ligados com pUC18 pelo Kit de clonagem de montagem de DNA HiFi NEBuilder e transformantes deste produto de ligação foram selecionados em LB com placa amp (100μg/mL) e cm (20mg/mL). Após a transformação em E. coli cepas dcm- dam-, o plasmídeo foi introduzido em P. acnes e selecionado anaerobicamente sobre o meio para clostridium reinforçado com placas erm (5μg/mL) ou cm (5 μg/m). Depois de verificar os transformantes por PCR, indução por lactose e secreção de IL10 foram analisadas por ELISA.

Exemplo 11. Cultura celular MC/9

[00201] As células MC/9 de murino foram obtidas a partir da ATCC (CRL-8306) e foram propagadas em meio DMEM suplementado com SFB a 10% (Gibco), Rat T-STIM a 10% (BD), 2mM glutamato, 0,05 mM 2-mercaptoetanol e pen/strep. As células foram mantidas a uma densidade de 2x105 células/mL em incubadora de CO2 a 5% a 37 °C. Exemplo 12. Ensaios funcionais para IL-10.

[00202] A IL-10 humana recombinante purificada foi quantificada usando um ELISA comercial para IL-10 (Biolegend humana). A atividade biológica da IL-10 expressada foi testada utilizando uma coestimulação dose-dependente (com IL-4 humana) da proliferação celular de MC/9. Brevemente, as células foram centrifugadas e lavadas duas vezes com meio RPMI1640 (Gibco) para remover todos os vestígios de rat-T-STIM no meio de crescimento. Em seguida, as células foram ressuspensas em meio DMEM suplementado com SFB a 10%, 2 mM glutamato, pen/strep, 2-meracaptoethanal e 200 pg/mL IL-4 humana (Peprotech) e foram plaqueadas a uma densidade de 20.000 células por poço em uma placa de 96 poços. Uma IL-10 humana recombinante comercial (Peprotech) foi utilizada para gerar uma curva padrão. As células foram cultivadas por 82 horas e a proliferação celular foi determinada utilizando um ensaio XTT (Biotium).

Exemplo 13. Isolamento da R6 tipo II de P. acnes

[00203] As cepas de P. acnes isoladas foram verificadas para determinar qual ribotipos elas eram, com o objetivo de isolar um RT6 tipo II de P. acnes. A partir de um alinhamento do gene RecA a partir de cepas tipo II e tipo I (Fig. 10), podemos ver 10 nucleotídeo diferentes. Estas variações são usadas para identificar sub-tipos de P. acnes. A cepa de ATCC 11828 foi utilizada como controle positivo para um tipo II de P. acnes.

[00204] O gene RecA sequenciado a partir dos clones putativos RT6 se alinha com a região 720-1191 do gene RecA da cepa ATTCC11828 (Fig. 11). O alinhamento com a cepa do tipo I, NCTC 737, mostra 5 as variações de pb indicando que as colônias são cepas do tipo II.

[00205] Adicionalmente, o gene RecA sequenciado a partir dos clones putativos RT6 se alinha com a região 64-325 do gene RecA da cepa ATTCC11828 (SEQ ID NO: 276). O alinhamento com a cepa do tipo I, NCTC 737 (SEQ ID NO: 277), mostra 3 as variações de pb indicando que as colônias são cepas do tipo II.

[00206] As sequências para ATCC11828 alinhadas com a sequência de RT6 SNP da literatura e 9 isolados (C^T em 1315)(Fig. 12). Nove das cepas isoladas a partir dos estudos correspondem a sequência RT6 SNP conforme publicado (por exemplo, Fitz-Gibbon, S., et al., (2013) Invest. Dermatol., 133(9):2152-60).

Exemplo 14. Knock-In dos genes IL-10, EGF e HGH humanos em cepas RT6 de P. acnes.

[00207] Os genes para IL-10 humano, EGF humano e GH humanos foram clonados em diferentes cepas de P. acnes sob promotores LacZ induzíveis. Após a incubação das células com 0,1 mM IPTG começou a ver a expressão dos respectivos genes e secreção no meio de crescimento (Fig. 13).

Exemplo 15. Parada do crescimento de P. acnes pela introdução de promotores induzíveis de genes de constitutivos.

[00208] O crescimento de P. acnes só foi possível após a indução com IPTG (Tabela 3). As mesmas construções estão sendo feitas com um promotor induzível de arabinose para que a secreção do gene humano e a parada do crescimento possa ser controlada em separados nutrientes.

Exemplo 16. Construção de cepa mui ante CAMPII e expressão IL-10 de P. acnes.

[00209] A região a montante de 1100 pb de CAMPII ORF de P. acnes (iniciadores Up-C F e Up-C R), e 400 pb de CAMPII ORF truncado (iniciadores CAMPII F e CAMPII R) foi amplificada por PCR com genoma DNA da cepa ATCC 11828 de P. acnes. Para secreção de IL10, o 168 pb da região do peptídeo sinal foi por PCR com o genoma DNA de B. subtilis cepa 168 como um modelo (Iniciadores Sig-C F e Sig-C R). O 568 pb da IL10 ORF humana foi amplificado por PCR (Iniciadores I10-C F e I10-C R). Esses produtos de PCR e fragmento de DNA com genes de resistência a eritromicina foram ligados com pUC19 pelo Kit de clonagem de montagem de DNA HiFi NEBuilder e transformantes deste produto de ligação foram selecionados em LB com placa amp (100μg/mL). Após a transformação em E. coli cepas dcm- dam-, o plasmídeo foi introduzido em P. acnes e selecionado anaerobicamente sobre o meio para clostridium reinforçado (RCM) com placas erm (5μg/mL). O transformante tendo o gene IL-10 com o promotor CAMPII e o peptídeo sinal foi verificado por PCR. Para construção de cepa mutante CAMPII, este transformantes foi cultivado em RCM sem eritromicina para permitir a segunda recombinação homóloga. Após riscar na placa, as colônias mutantes de CAMPII foram triadas por PCR. Tabela 4. Lista de iniciadores

Exemplo 17. Construção de cepa mutante GAPDH e expressão IL-10 de P. acnes.

[00210] A região a montante de 1000 pb de GAPDH ORF de P. acnes (iniciadores Up-G F e Up-G R) e 400 pb de GAPDH ORF truncado (iniciadores Gapdh F e gapdh R) foi amplificada por PCR com genoma DNA da cepa ATCC 11828 de P. acnes. Para secreção de IL10, o 168 pb da região do peptídeo sinal foi por PCR com o genoma DNA de B. subtilis cepa 168 como um modelo (Iniciadores Sig-G F e Sig-G R). O 568 pb da IL10 ORF humana foi amplificado por PCR (Iniciadores I10- G F e I10-G R). Esses produtos de PCR e fragmento de DNA com genes de resistência a eritromicina foram ligados com pUC19 pelo Kit de clonagem de montagem de DNA HiFi NEBuilder e transformantes deste produto de ligação foram selecionados em LB com placa amp (100μg/mL). Após a transformação em E. coli cepas dcm- dam-, o plasmídeo foi introduzido em P. acnes e selecionado anaerobicamente sobre o meio para clostridium reinforçado (RCM) com placas erm (5μg/mL). O transformante tendo o gene IL-10 com o promotor GAPDH e o peptídeo sinal foi verificado por PCR. Para a construção de cepa mutante GAPDH, este transformantes foi cultivado em RCM modificado (m-RCM) com lactato e sem eritromicina para permitir a segunda recombinação homóloga. Após riscar em placas m-RCM com lactato e RCM, as colônias que cresceram apenas em m-RCM com lactato foram colhidas e esses mutantes foram verificados por PCR. Tabela 5. Lista de iniciadores

Exemplo 18. Referências

[00211] Sorensen M, M. T. (2010). Mutagenesis of Propionibacterium acnes and analysis of two CAMP factor knock-out mutants. J Microbiol Methods, 211-216.

[00212] Rhee MS, Moritz BE, Xie G, Glavina Del Rio T, Dalin E, Tice H, Bruce D, Goodwin L, Chertkov O, Brettin T, Han C, Detter C, Pitluck S, Land ML, Patel M, Ou M, Harbrucker R, Ingram LO, Shanmugam KT. (2011). Complete Genome Sequence of a thermotolerant sporogenic lactic acid bacterium, Bacillus coagulans strain. Standards in Genomic Sciences 5,331-340.

[00213] Rhee MS, Kim JW, Qian YL, Ingram LO, Shanmugam KT. (2007). Development of plasmid vector and electroporation condition for gene transfer in sporogenic lactic acid bacterium, Bacillus coagulans. 44(58):13-22.

[00214] Cheong DE, Lee HI, So JS. (2008). Optimization of electrotransformation conditions for Propionibacterium acnes. J Microbiol Methods. 72(1):38-41.

[00215] Rhee MS, Wei L, Sawhney N, Rice JD., St. John F, Hurlbert, JC, Preston, JF. (2014). Engineering the xylan utilization system in Bacillus subtilis for production of acidic xylooligosaccharides. Appl. Environ. Microbiol. 80(3): 917-927.

Exemplo 19. Modalidades representativas não limitantes.

[00216] A1. Um método para produzir um ácido nucleico para expressão controlada de um peptídeo para tratamento compreendendo o fornecimento de uma primeira sequência de ácido nucleico que codifica para uma sequência de operon para expressão controlada;

[00217] aderindo à primeira sequência de ácido nucleico a uma segunda sequência de ácido nucleico que codifica um primeiro peptídeo; e otimizando o ácido nucleico para expressão controlada de um peptídeo para tratamento para a expressão da proteína.

[00218] A2. O método operon procariótico.

[00219] A3. O método operon lac.

[00220] A4. O método operon Trp.

[00221] A5. O método em que o operon é um em que o operon é um em que o operon é um em que o operon é um operon eucariótico.

[00222] A6. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A1- A5, em que o primeiro peptídeo compreende um hialuronano sintase ou uma porção do mesmo.

[00223] A7. O método da modalidade A6, em que o hialuronano sintase ou sua porção compreende uma sequência da SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3 ou SEQ ID NO: 4.

[00224] A8. O método de qualquer uma das modalidades A1-A5, em que o primeiro peptídeo compreende uma elastina ou uma porção da mesma.

[00225] A9. O método da modalidade A8, em que a elastina ou sua porção compreende uma sequência da SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16 ou SEQ ID NO: 17.

[00226] A10. O método de qualquer uma das modalidades A1-A5, em que o primeiro peptídeo compreende um colágeno ou uma porção do mesmo.

[00227] A11. O método da modalidade A10, em que o colágeno ou sua porção compreende uma sequência da SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22 ou SEQ ID NO: 23.

[00228] A12. O método de qualquer uma das modalidades A1-A5, em que o primeiro peptídeo compreende um anti-inflamatório ou uma porção do mesmo.

[00229] A13. O método da modalidade A12, em que o anti- inflamatório é uma interleucina ou uma porção da mesma.

[00230] A14. O método da modalidade A12 ou A13, em que o anti- inflamatório ou sua porção compreende uma sequência da SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27 ou SEQ ID NO: 28.

[00231] A15. O método de qualquer uma das modalidades A1-A5, em que o primeiro peptídeo compreende um fator de coagulação ou uma porção do mesmo.

[00232] A16. O método da modalidade A15, em que o fator de coagulação ou sua porção compreende uma sequência da SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38 ou SEQ ID NO: 39.

[00233] A17. O método de qualquer uma das modalidades A1-A5, em que o primeiro peptídeo compreende uma enzima para a síntese de melanina ou uma porção do mesmo.

[00234] A18. O método da modalidade A17, em que a enzima para a síntese de melanina ou sua porção compreende uma sequência da SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43 ou SEQ ID NO: 44.

[00235] A19. O método de qualquer uma das modalidades A1-A5, em que o primeiro peptídeo compreende um hormônio ou uma porção do mesmo.

[00236] A20. O método da modalidade A19, em que o hormônio ou sua porção compreende uma sequência da SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48 ou SEQ ID NO: 49.

[00237] A21. O método de qualquer uma das modalidades A1-A5, em que o primeiro peptídeo compreende uma proteína básica de plaquetas ou uma porção do mesmo.

[00238] A22. O método da modalidade A21, em que a proteína básica de plaquetas ou sua porção compreende a sequência da SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61 ou SEQ ID NO: 62.

[00239] A23. O método de qualquer uma das modalidades A1-A5, em que o primeiro peptídeo compreende um fator de crescimento de transformação ou uma porção do mesmo.

[00240] A24. O método da modalidade A23, em que o fator de crescimento de transformação ou sua porção compreende a sequência da SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68 ou SEQ ID NO: 69.

[00241] A25. O método de qualquer uma das modalidades A1-A5, em que o primeiro peptídeo compreende um fator de crescimento de hepatócito ou uma porção do mesmo.

[00242] A26. O método da modalidade A25, em que o fator de crescimento de hepatócito ou sua porção compreende a sequência da SEQ ID NO: 70.

[00243] A27. O método de qualquer uma das modalidades A1-A5, em que o primeiro peptídeo compreende um fator de crescimento endotelial vascular ou uma porção do mesmo.

[00244] A28. O método da modalidade A27, em que o fator de crescimento endotelial vascular ou sua porção compreende a sequência da SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90 ou SEQ ID NO: 91.

[00245] A29. O método de qualquer uma das modalidades A1-A5, em que o primeiro peptídeo compreende um fator de crescimento placentário ou uma porção do mesmo.

[00246] A30. O método da modalidade A29, em que o fator de crescimento placentário ou sua porção compreende a sequência da SEQ ID NO: 92.

[00247] A31. O método de qualquer uma das modalidades A1-A5, em que o primeiro peptídeo compreende um fator de crescimento derivado de plaqueta ou uma porção do mesmo.

[00248] A32. O método da modalidade A31, em que o fator de crescimento derivado de plaqueta ou sua porção compreende a sequência da SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101 ou SEQ ID NO: 102.

[00249] A33. O método de qualquer uma das modalidades A1-A5, em que o primeiro peptídeo compreende um fator de crescimento epidérmico ou uma porção do mesmo.

[00250] A34. O método da modalidade A33, em que o fator de crescimento epidérmico ou sua porção compreende a sequência da SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105 ou SEQ ID NO: 106.

[00251] A35. O método de qualquer uma das modalidades A1-A5, em que o primeiro peptídeo compreende um fator de crescimento de fibroblasto ou uma porção do mesmo.

[00252] A36. O método da modalidade A35, em que o fator de crescimento de fibroblasto ou sua porção compreende a sequência da SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: 132, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 134, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 136, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 138, SEQ ID NO: 139, SEQ ID NO: 140, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 142, SEQ ID NO: 143 ou SEQ ID NO: 144.

[00253] A37. O método de qualquer uma das modalidades A1-A5, em que o primeiro peptídeo compreende uma enzima de reparo do DNA ou uma porção do mesmo.

[00254] A38. O método da modalidade A37, em que a enzima de reparo do DNA ou parte da mesma é derivada de uma enzima de reparo de excisão de base.

[00255] A39. O método de qualquer uma das modalidades A37 ou A38, em que a enzima de reparo do DNA ou uma porção da mesma compreende uma sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 147, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 149, SEQ ID NO: 150, SEQ ID NO: 151, SEQ ID NO: 152, SEQ ID NO: 153, SEQ ID NO: 154 ou SEQ ID NO: 155.

[00256] A40. O método da modalidade A37, em que a enzima de reparo do DNA ou parte da mesma é derivada de uma enzima para inversão direta de danos.

[00257] A41. O método da modalidade A37 ou A40, em que a enzima para inversão direta de danos compreende uma sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 156, SEQ ID NO: 157 ou SEQ ID NO: 158.

[00258] A42. O método da modalidade A37, em que a enzima de reparo do DNA ou parte da mesma é derivada de uma enzima de reparo de excisão não pareada.

[00259] A43. O método da modalidade A37 ou A42, em que a enzima de reparo de excisão não pareada compreende a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167 ou SEQ ID NO: 168.

[00260] A44. O método da modalidade A37, em que a enzima de reparo do DNA ou porção da mesma é derivada de uma enzima de reparo de excisão de nucleotídeo.

[00261] A45. O método da modalidade A37 ou A44, em que a enzima de reparo de excisão do nucleotídeo compreende uma sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 170, SEQ ID NO: 171, SEQ ID NO: 172, SEQ ID NO: 173, SEQ ID NO: 174, SEQ ID NO: 175, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 181, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 186, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 189, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 193, SEQ ID NO: 194, SEQ ID NO: 195, SEQ ID NO: 196 ou SEQ ID NO: 197.

[00262] A46. O método da modalidade A37, em que a enzima de reparo do DNA ou porção da mesma é derivada de uma nuclease de edição ou processamento.

[00263] A47. O método da modalidade A37 ou A46, em que a nuclease de edição ou processamento compreende uma sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 198, SEQ ID NO: 199, SEQ ID NO: 200, SEQ ID NO: 201, SEQ ID NO: 202, SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 204 ou SEQ ID NO: 205.

[00264] A48. O método de qualquer uma das modalidades A1-A5, em que o primeiro peptídeo compreende uma telomerase ou uma porção da mesma.

[00265] A49. O método da modalidade A48, em que a telomerase ou sua porção compreende uma sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 207, SEQ ID NO: 208 ou SEQ ID NO: 209.

[00266] A50. O método de qualquer uma das modalidades A1-A5, em que o primeiro peptídeo compreende uma proteção da proteína telomerase 1 ou uma porção da mesma.

[00267] A51. O método da modalidade A50, em que a proteção da proteína telomerase 1 ou sua porção compreende uma sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 210 ou SEQ ID NO: 211.

[00268] A52. O método de qualquer uma das modalidades A1-A5, A8-A16 ou A19-A51, compreendendo ainda o fornecimento de uma terceira sequência de ácido nucleico codificando um segundo peptídeo e aderindo a terceira sequência de ácido nucleico à segunda sequência de ácido nucleico codificando o primeiro peptídeo em uma extremidade, em que a terceira sequência de ácido nucleico reside entre a primeira sequência de ácido nucleico codificando a sequência operon e a segunda sequência de ácido nucleico codificando o primeiro peptídeo.

[00269] A53. O método de qualquer uma das modalidades A1-A5, A8-A16 ou A19-A51, compreendendo ainda o fornecimento de uma terceira sequência de ácido nucleico codificando um segundo peptídeo e aderindo a terceira sequência de ácido nucleico à segunda sequência de ácido nucleico codificando o primeiro peptídeo em uma extremidade, em que a terceira sequência de ácido nucleico está na extremidade oposta da segunda sequência de ácido nucleico a partir da primeira sequência de ácidos nucleicos codificando a primeira sequência de operon.

[00270] A54. O método da modalidade A52 ou A53, em que o segundo peptídeo compreende a SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 210 ou SEQ ID NO: 211 e em que o segundo peptídeo não inclui a sequência de aminoácidos do primeiro peptídeo.

[00271] A55. O método de qualquer uma das modalidades A1-A5, A8-A16 ou A19-A51, compreendendo ainda o fornecimento de uma sequência de ácido nucleico codificando um peptídeo secretor e juntando a referida sequência de ácido nucleico codificando o peptídeo secretor à sequência de ácido nucleico codificando o operon em uma extremidade, em que o ácido nucleico codificando o peptídeo secretor reside entre a sequência de operon e a segunda sequência de ácido nucleico codificando o primeiro peptídeo.

[00272] A56. O método de qualquer uma das modalidades A1-A5, A8-A16 ou A19-A51, compreendendo ainda o fornecimento de uma sequência de ácido nucleico codificando um peptídeo secretor e juntando a referida sequência de ácido nucleico à sequência de ácido nucleico codificando a segunda sequência de ácido nucleico codificando o primeiro peptídeo em uma extremidade em que a sequência de ácido nucleico codificando o peptídeo secretor reside está em uma extremidade oposta da sequência de ácido nucleico codificando o operon.

[00273] A57. O método de qualquer uma das modalidades A52-A54, compreendendo ainda o fornecimento de uma sequência de ácido nucleico codificando um peptídeo secretor e juntando a sequência de ácido nucleico codificando o peptídeo secretor à sequência de ácido nucleico codificando o operon em uma extremidade, em que o ácido nucleico codificando o peptídeo secretor reside entre a sequência de operon e a segunda sequência de ácido nucleico codificando o primeiro peptídeo ou a terceira sequência de ácido nucleico codificando o segundo peptídeo.

[00274] A58. O método de qualquer uma das modalidades A52-A54, compreendendo ainda o fornecimento de uma sequência de ácido nucleico codificando um peptídeo secretor e juntando a sequência de ácido nucleico codificando o peptídeo secretor à sequência de ácido nucleico codificando a segunda sequência de ácido nucleico codificando o primeiro peptídeo à sequência de ácido nucleico codificando a terceira sequência de ácido nucleico codificando o segundo peptídeo em uma extremidade, em que a sequência de ácido nucleico codificando o peptídeo secretor está em uma extremidade oposto da sequência de operon.

[00275] A59. O método, de acordo com qualquer uma das modalidades A55-A58, em que o peptídeo secretor compreende uma sequência SEQ ID NO: 212, SEQ ID NO: 213, SEQ ID NO: 214, SEQ ID NO: 215 ou SEQ ID NO: 216.

[00276] A60. O método de qualquer uma das modalidades A1-A59, em que a otimização é realizada por métodos computacionais.

[00277] A61. Um ácido nucleico para expressão controlada de um peptídeo para tratamento compreendendo uma primeira sequência de ácido nucleico que codifica uma sequência de operon para expressão controlada; uma segunda sequência de ácido nucleico que codifica um primeiro peptídeo; e em que o ácido nucleico para expressão controlada de um peptídeo para o tratamento é otimizado para a expressão da proteína.

[00278] A62. O ácido nucleico da modalidade A61, em que o operon é um operon procariótico.

[00279] A63. O ácido nucleico da modalidade A61 ou A62, em que o operon é um operon lac.

[00280] A64. O ácido nucleico da modalidade A61 ou A62, em que o operon é um operon Trp.

[00281] A65. O ácido nucleico da modalidade A61, em que o operon é um operon eucariótico.

[00282] A66. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A61-A65, em que o primeiro peptídeo compreende o hialuronano sintase ou uma porção do mesmo.

[00283] A67. O ácido nucleico da modalidade A66, em que o primeiro peptídeo compreende uma sequência da SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3 ou SEQ ID NO: 4.

[00284] A68. O ácido nucleico das modalidades A61-A65, em que o primeiro peptídeo compreende uma elastina ou uma porção da mesma.

[00285] A69. O ácido nucleico da modalidade A68, em que o primeiro peptídeo compreende uma sequência da SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16 ou SEQ ID NO: 17.

[00286] A70. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A61-A65, em que o primeiro peptídeo compreende o colágeno ou uma porção do mesmo.

[00287] A71. O ácido nucleico da modalidade A70, em que o primeiro peptídeo compreende uma sequência da SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22 ou SEQ ID NO: 23.

[00288] A72. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A61-A65, em que o primeiro peptídeo compreende um anti-inflamatório ou uma porção do mesmo.

[00289] A73. O ácido nucleico da modalidade A72, em que o anti- inflamatório é uma interleucina ou uma porção da mesma.

[00290] A74. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A72 ou A73, em que o primeiro peptídeo compreende uma sequência da SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27 ou SEQ ID NO: 28.

[00291] A75. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A61-A65, em que o primeiro peptídeo compreende um fator de coagulação ou uma porção do mesmo.

[00292] A76. O ácido nucleico da modalidade A75, em que o primeiro peptídeo compreende uma sequência da SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38 ou SEQ ID NO: 39.

[00293] A77. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A61-A65, em que o primeiro peptídeo compreende uma enzima para a síntese de melanina ou uma porção do mesmo.

[00294] A78. O ácido nucleico da modalidade A77, em que o primeiro peptídeo compreende uma sequência da SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43 ou SEQ ID NO: 44.

[00295] A79. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A61-A65, em que o primeiro peptídeo compreende um hormônio ou uma porção do mesmo.

[00296] A80. O ácido nucleico da modalidade A79, em que o primeiro peptídeo para o tratamento compreende uma sequência da SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48 ou SEQ ID NO: 49.

[00297] A81. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A61-A65, em que o primeiro peptídeo compreende uma proteína básica de plaquetas ou uma porção do mesmo.

[00298] A82. O ácido nucleico da modalidade A81, em que o primeiro peptídeo compreende uma sequência da SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61 ou SEQ ID NO: 62.

[00299] A83. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A61-A65, em que o primeiro peptídeo compreende um fator de crescimento de transformação ou uma porção do mesmo.

[00300] A84. O ácido nucleico da modalidade A83, em que o primeiro peptídeo compreende uma sequência da SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68 ou SEQ ID NO: 69.

[00301] A85. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A61-A65, em que o primeiro peptídeo compreende um fator de crescimento de hepatócito ou uma porção do mesmo.

[00302] A86. O ácido nucleico da modalidade A85, em que o primeiro peptídeo compreende uma sequência da SEQ ID NO: 70.

[00303] A87. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A61-A65, em que o primeiro peptídeo compreende um fator de crescimento de endotélio vascular ou uma porção do mesmo.

[00304] A88. O ácido nucleico da modalidade A87, em que o primeiro peptídeo compreende uma sequência da SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90 ou SEQ ID NO: 91.

[00305] A89. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A61-A65, em que o primeiro peptídeo compreende um fator de crescimento placentário ou uma porção do mesmo.

[00306] A90. O ácido nucleico da modalidade A89, em que o primeiro peptídeo compreende uma sequência da SEQ ID NO: 92.

[00307] A91. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A61-A65, em que o primeiro peptídeo compreende um fator de crescimento derivado de plaquetas ou uma porção do mesmo.

[00308] A92. O ácido nucleico da modalidade A91, em que o primeiro peptídeo compreende uma sequência da SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101 ou SEQ ID NO: 102.

[00309] A93. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A61-A65, em que o primeiro peptídeo compreende um fator de crescimento epidérmico ou uma porção do mesmo.

[00310] A94. O ácido nucleico da modalidade A93, em que o primeiro peptídeo compreende uma sequência da SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105 ou SEQ ID NO: 106.

[00311] A95. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A61-A65, em que o primeiro peptídeo compreende um fator de crescimento de fibroblasto ou uma porção do mesmo.

[00312] A96. O ácido nucleico da modalidade A96, em que o primeiro peptídeo compreende uma sequência da SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: 132, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 134, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 136, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 138, SEQ ID NO: 139, SEQ ID NO: 140, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 142 ou SEQ ID NO: 144.

[00313] A97. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A61-A65, em que o primeiro peptídeo compreende uma enzima de reparo do DNA ou uma porção do mesmo.

[00314] A98. O ácido nucleico da modalidade A97, em que a enzima de reparo do DNA ou parte da mesma é derivada de uma enzima de reparo de excisão de base.

[00315] A99. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A97 ou A98, em que a enzima de reparo do DNA compreende uma sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 147, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 149, SEQ ID NO: 150, SEQ ID NO: 151, SEQ ID NO: 152, SEQ ID NO: 153, SEQ ID NO: 154 ou SEQ ID NO: 155.

[00316] A100. O ácido nucleico da modalidade A97, em que a enzima de reparo do DNA ou porção da mesma é derivada de uma enzima para inversão direta de danos.

[00317] A101. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A97 ou A100, em que a enzima de reparo do DNA compreende a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 156, SEQ ID NO: 157 ou SEQ ID NO: 158.

[00318] A102. O ácido nucleico da modalidade A97, em que a enzima de reparo do DNA ou porção da mesma é derivada de uma enzima de reparo de excisão não pareada.

[00319] A103. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A97 ou A103, em que a enzima de reparo do DNA compreende a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167 ou SEQ ID NO: 168.

[00320] A104. O ácido nucleico da modalidade A97, em que a enzima de reparo do DNA ou porção da mesma é derivada de uma enzima de reparo de excisão do nucleotídeo.

[00321] A105. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A97 ou A104, em que a enzima de reparo do DNA compreende a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 170, SEQ ID NO: 171, SEQ ID NO: 172, SEQ ID NO: 173, SEQ ID NO: 174, SEQ ID NO: 175, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 181, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 186, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 189, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 193, SEQ ID NO: 194, SEQ ID NO: 195, SEQ ID NO: 196 ou SEQ ID NO: 197.

[00322] A106. O ácido nucleico da modalidade A97, em que a enzima de reparo do DNA ou porção da mesma é derivada de uma nuclease de edição ou processamento.

[00323] A107. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A97 ou A106, em que a enzima de reparo do DNA compreende a sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 198, SEQ ID NO: 199, SEQ ID NO: 200, SEQ ID NO: 201, SEQ ID NO: 202, SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 204 ou SEQ ID NO: 205.

[00324] A108. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A61-A65, em que o primeiro peptídeo compreende uma telomerase ou uma porção do mesmo.

[00325] A109. O ácido nucleico da modalidade A108, em que a telomerase compreende uma sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 207, SEQ ID NO: 208 ou SEQ ID NO: 209.

[00326] A110. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A61-A65, em que o primeiro peptídeo compreende uma proteção da proteína telomerase 1 ou uma porção do mesmo.

[00327] A111. O ácido nucleico da modalidade A110, em que a proteção da proteína telomerase 1 compreende uma sequência de aminoácidos da SEQ ID NO: 210 ou SEQ ID NO: 211.

[00328] A112. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A61-A65, A68-A76 ou A79-A111, compreendendo ainda uma terceira sequência de ácido nucleico codificando um segundo peptídeo e em que a terceira sequência de ácido nucleico está entre a primeira sequência de ácido nucleico codificando a sequência de operon e a segunda sequência de ácido nucleico codificando o primeiro peptídeo.

[00329] A113. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A61-A65, A68-A76 ou A79-A111, compreendendo ainda uma terceira sequência de ácido nucleico codificando um segundo peptídeo e em que a terceira sequência de ácido nucleico está ligada à segunda sequência de ácido nucleico codificando o primeiro peptídeo na extremidade oposta da primeira sequência de ácido nucleico codificando a sequência de operon.

[00330] A114. O ácido nucleico da modalidade A112 ou A113, em que o segundo peptídeo compreende a SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 83, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: 132, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 134, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 136, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 138, SEQ ID NO: 139, SEQ ID NO: 140, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 142, SEQ ID NO: 143, SEQ ID NO: 144, SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 147, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 149, SEQ ID NO: 150, SEQ ID NO: 151, SEQ ID NO: 152, SEQ ID NO: 153, SEQ ID NO: 154, SEQ ID NO: 155, SEQ ID NO: 156, SEQ ID NO: 157, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 170, SEQ ID NO: 171, SEQ ID NO: 172, SEQ ID NO: 173, SEQ ID NO: 174, SEQ ID NO: 175, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 181, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 189, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 193, SEQ ID NO: 194, SEQ ID NO: 195, SEQ ID NO: 196, SEQ ID NO: 197, SEQ ID NO: 198, SEQ ID NO: 199, SEQ ID NO: 200, SEQ ID NO: 201, SEQ ID NO: 202, SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 204, SEQ ID NO: 205, SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 207, SEQ ID NO: 208, SEQ ID NO: 209, SEQ ID NO: 210 ou SEQ ID NO: 211 e em que o segundo peptídeo não inclui a sequência de aminoácidos do primeiro peptídeo.

[00331] A115. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A61-A65, A68-A76 ou A79-A111, compreendendo ainda uma sequência de ácido nucleico codificando um peptídeo secretor e em que a sequência de ácido nucleico codificando o peptídeo secretor está entre a sequência de operon e a segunda sequência de ácido nucleico codificando o primeiro peptídeo.

[00332] A116. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A61-A65, A68-A76 ou A79-A111, compreendendo ainda uma sequência de ácido nucleico codificando um peptídeo secretor e em que a sequência de ácido nucleico codificando o peptídeo secretor está ligada à segunda sequência de ácido nucleico codificando o primeiro peptídeo em uma extremidade e está na extremidade oposta da sequência de operon.

[00333] A117. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A112-A114, compreendendo ainda uma sequência de ácido nucleico codificando um peptídeo secretor e em que a sequência de ácido nucleico codificando o peptídeo secretor está ligado à segunda sequência de ácido nucleico codificando o primeiro peptídeo ou a terceira sequência de ácido nucleico codificando o segundo peptídeo, e em que a sequência de ácido nucleico codificando o peptídeo secretor reside entre a sequência de ácido nucleico codificando o operon e a segunda sequência de ácido nucleico codificando o primeiro peptídeo ou a terceira sequência de ácido nucleico codificando o segundo peptídeo

[00334] A118. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A112-A114, compreendendo ainda uma sequência de ácido nucleico codificando um peptídeo secretor e em que a sequência de ácido nucleico codificando o peptídeo secretor está ligada à segunda sequência de ácido nucleico codificando o primeiro peptídeo ou a terceira sequência de ácido nucleico codificando o segundo peptídeo, e em que a sequência de ácido nucleico codificando o peptídeo secretor está na extremidade oposta do ácido nucleico codificando o operon.

[00335] A119. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A115-A118, em que a sequência sinal para secreção compreende a sequência SEQ ID NO: 212, SEQ ID NO: 213, SEQ ID NO: 214, SEQ ID NO: 215 ou SEQ ID NO: 216.

[00336] A120. O ácido nucleico de qualquer uma das modalidades A57-A119, em que o ácido nucleico é otimizado para a expressão da proteína por métodos computacionais.

[00337] A121. Uma célula compreendendo qualquer um dos ácidos nucleicos estabelecidos em qualquer modalidade ou de modalidades A57-A120.

[00338] A122. A célula da modalidade A121, em que a célula compreende um genoma com uma mutação ou gene inativo.

[00339] A123. A célula da modalidade A121 ou A122, em que a célula é uma célula bacteriana.

[00340] A124. A célula da modalidade A121 ou A122, em que a célula é uma célula fúngica.

[00341] A125. A célula de qualquer uma das modalidades A121- A122, em que a célula é do gênero Propionibacterium.

[00342] A126. A célula da modalidade A121-A122 ou A125, em que a célula é Propionibacterium acnes.

[00343] A127. A célula de qualquer uma das modalidades A121- A122, em que a célula é do gênero Corynebacterium.

[00344] A128. A célula da modalidade A121-A122 ou A127, em que a célula é Corynebacterium striatum.

[00345] A129. A célula de qualquer uma das modalidades A121- A122, em que a célula é do gênero Staphylococcus.

[00346] A130. A célula da modalidade A121-A122 ou A129, em que a célula é Staphylococcus epidermidis.

[00347] A131. A célula de qualquer uma das modalidades A121- A122, em que a célula é do gênero Streptococcus.

[00348] A132. A célula da modalidade A121-A122 ou A131, em que a célula é Streptococcus thermophiles.

[00349] A133. A célula de qualquer uma das modalidades A121- A122, em que a célula é do gênero Lactobacillus.

[00350] A134. A célula da modalidade A121-A122 ou A133, em que a célula é Lactobacillus acidophilus.

[00351] A135. A célula de qualquer uma das modalidades A121- A122, em que a célula é do gênero Lactococcus.

[00352] A136. A célula da modalidade A121-A122 ou A135, em que a célula é Lactococcus lactis.

[00353] A137. A célula de qualquer uma das modalidades A121- A122, em que a célula é do gênero Actinobacteria.

[00354] A138. A célula de qualquer uma das modalidades A121- A122, em que a célula é do gênero Micrococci.

[00355] A139. A célula de qualquer uma das modalidades A121- A122, em que a célula é do gênero Demodex.

[00356] A140. A célula de qualquer uma das modalidades A121- A122, em que a célula é do gênero Malassezia.

[00357] A141. A célula de qualquer uma das modalidades A121- A122, em que a célula é do gênero Escherichia.

[00358] A142. A célula da modalidade A121-A122 ou A142, em que a célula é Escherichia coli.

[00359] A143. A célula da modalidade A121-A142, em que a célula é não patogênica.

[00360] A144. A célula da modalidade A121 ou A124 ou A142, em que a célula é do gênero Candida.

[00361] A145. A célula de uma das modalidades A121, A122, A124 ou A144, em que a célula é Candida albicans.

[00362] A146. A célula de uma das modalidades A121, A122, A124 ou A144, em que a célula é Candida glabrata.

[00363] A147. A célula de uma das modalidades A121, A122, A124 ou A144, em que a célula é Candida tropicalis.

[00364] A148. A célula de uma das modalidades A121, A122, A124 ou A144, em que a célula é Candida parapsilosis.

[00365] A149. A célula de uma das modalidades A121, A122, A124 ou A144, em que a célula é Candida krusei.

[00366] A150. A célula de qualquer uma das modalidades A121- A149, em que a mutação ou inativo é no gene lipase.

[00367] A151. A célula de qualquer uma das modalidades A121- A149, em que a mutação ou inativo é em um gene codificando para a síntese de nutrientes.

[00368] A152. A célula de qualquer uma das modalidades A121- A149, em que a mutação ou inativo é em um gene codificando para uma biomolécula patogênica.

[00369] A153. A célula de qualquer uma das modalidades A121- A123, A125-A126 ou A152, em que a célula compreende um genoma com uma mutação ou inativo em um gene que codifica a glutamina sintetase.

[00370] A154. A célula de qualquer uma das modalidades A121- A123, A125-A126 ou A152, em que a célula compreende um genoma com uma mutação ou inativo em um gene que codifica a asparagina.

[00371] A155. A célula de qualquer uma das modalidades A121- A123, A125-A126 ou A152, em que a célula compreende um genoma com uma mutação ou inativo em um gene que codifica a aspartoquinase.

[00372] A156. A célula de qualquer uma das modalidades A121- A123, A125-A126 ou A152, em que a célula compreende um genoma com uma mutação ou inativo em um gene que codifica a aspartato semialdeído desidrogenase.

[00373] A157. A célula de qualquer uma das modalidades A121- A123, A125-A126 ou A152, em que a célula compreende um genoma com uma mutação ou inativo em um gene que codifica a metionina sintetase.

[00374] A158. Uma formulação de uso tópico compreendendo a célula de qualquer uma das modalidades A121-A157; e um veículo para a célula.

[00375] A159. Um método para tratar, inibir ou atenuar uma desordem em um sujeito fornecendo expressão controlada de um peptídeo compreendendo a administração ao sujeito a formulação de uso tópico na modalidade A158 para entrega controlada de um peptídeo.

[00376] A160. O método de acordo com a modalidade A159, em que a doença é acne, rosácea, alopecia, oncomicose, osmidrosis, cabelos grisalhos, inflamação cutânea, discromia, danos de envelhecimento, feridas cutâneas crônicas, inflamação cutânea, fungo na unha, uma doença autoimune ou hemofilia.

[00377] A161. O método da modalidade A159 ou A160, em que a administração compreende colocar a composição na epiderme.

[00378] A162. O método de qualquer uma das modalidades A159- A161 compreendendo ainda controlar a expressão do peptídeo em que o controle é realizado com a administração de um segundo composto.

[00379] A163. O método da modalidade A162, em que o segundo composto é a lactose.

[00380] A164. O método da modalidade A162, em que o segundo composto é o triptofano.

[00381] A165. O método de qualquer uma das modalidades A159- A164 compreendendo ainda controlar a proliferação da célula, em que o controle da proliferação é realizado com a administração de um terceiro composto.

[00382] A166. O método da modalidade A165, em que o terceiro composto é um nutriente.

[00383] A167. O método da modalidade A165 ou A166, em que o terceiro composto é um aminoácido.

[00384] A168. O método da modalidade A165-A67, em que o terceiro composto é a glutamina.

[00385] A169. O método de qualquer uma das modalidades A165- A67, em que o terceiro composto é a asparagina.

[00386] A170. O método de qualquer uma das modalidades A165- A67, em que o terceiro composto é o aspartato.

[00387] A171. O método de qualquer uma das modalidades A165- A67, em que o terceiro composto é a metionina.

[00388] B1. Uso de uma composição compreendendo uma bactéria geneticamente modificada do gênero Propionibacterium, conforme divulgado aqui, onde as bactérias compreendem uma codificação de ácido nucleico, um ou mais fatores de crescimento de mamíferos e/ou uma ou mais citocinas de mamíferos, para o tratamento de uma doença de pele ou unha de um mamífero.

[00389] B2. O uso das bactérias da modalidade B1, em que o mamífero é um ser humano, cão ou gato.

[00390] B3. O uso das bactérias da modalidade B1ou B2, em que a doença de pele ou unha compreende acne, ceratose actínica, alopecia areata, pé de atleta, oncomicose, dermatite atópica, osmidrosis, eczema, infecção fúngica das unhas, psoríase, rosácea, lenta cicatrização da ferida, foliculite, queratose pilar, dermatite perioral, angiofibromas, inflamação cutânea, danos de envelhecimento, discromias, cabelo grisalho prematuro ou seborreia.

Claims

1. Composição farmacêutica formulada para administração a um mamífero, caracterizada pelo fato de que compreende uma cepa de Propionibacterium acnes (P. acnes) geneticamente modificada compreendendo elemento regulatório operavelmente ligado a um ácido nucleico, que codifica um fator de crescimento de mamíferos ou uma citocina de mamíferos, em que a cepa expressa o fator de crescimento ou citocina de mamíferos, a P. acnes compreende um arranjo CRISPR, e o elemento regulatório e o ácido nucleico estão integrados no genomada cepa de P. acnes.

2. Composição, de acordo com a reivindicação 1, caracterizada pelo fato de que o fator de crescimento é: (a) um hormônio; (b) um hormônio humano ou bovino; (c) uma somatotrofina, em que preferencialmente a somatotrofina compreende SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48 ou SEQ ID NO: 49; (d) secretado por P. acnes; (e) um fator de crescimento humano; (f) selecionado a partir do grupo consistindo em fator transformador de crescimento beta (TGF-β), fator de crescimento vascular endotelial (VEGF) fator de crescimento de hepatócito (HGF), fator de crescimento de fibroblasto (FGF), fator de crescimento semelhante à insulina 1 (IGF1), fator de crescimento derivado de plaqueta (PDGF), fator estimulador de colônia de granulócito e monócito (GMCSF) e fator de crescimento epidermal (EGF); (g) um fator transformador de crescimento compreendendo qualquer uma de SEQ ID NO: 63 a SEQ ID NO: 69, ou um fator de crescimento de hepatócito compreendendo SEQ ID NO: 70; (h) fator de crescimento vascular endotelial (VEGF) compreendendo qualquer uma de SEQ ID NO: 71 a SEQ ID NO: 91; (i) um fator de crescimento derivado de plaqueta (PDGF) compreendendo qualquer uma de SEQ ID NO: 93 a SEQ ID NO: 102; (j) um fator de crescimento epidermal (EGF) compreendendo qualquer uma de SEQ ID NO: 103 a SEQ ID NO: 106; ou (k) um fator de crescimento de fibroblasto (FGF) compreendendo qualquer uma de SEQ ID NO: 107 a SEQ ID NO: 144.

3. Composição, de acordo com a reivindicação 1, caracterizada pelo fato de que: (a) a P. acnes secreta a citocina de mamífero; (b) a citocina de mamífero é uma citocina imunossupressiva; (c) a citocina de mamífero é uma citocina humana; (d) a citocina é selecionada a partir do grupo consistindo em interleucina 10 (IL-10), interleucina 6 (IL-6), interleucina 7 (IL-7) e interleucina 8 (IL-8), em que preferencialmente a citocina é selecionada a partir do grupo consistindo em SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27 e SEQ ID NO: 28; ou (e) a citocina de mamífero compreende IL-10, em que preferencialmente a IL-10 compreende SEQ ID NO: 25.

4. Composição, de acordo com a reivindicação 1, caracterizada pelo fato de que a P. acnes é uma cepa de P. acnes do tipo II, ribotipo 6.

5. Composição, de acordo com a reivindicação 1, caracterizada pelo fato de que o elemento regulatório compreende um promotor induzível configurado para regular a expressão do fator de crescimento de mamíferos ou da citocina de mamíferos.

6. Composição, de acordo com a reivindicação 1, caracterizada pelo fato de que o ácido nucleico: (a) está sob o controle de um promotor endógeno que direciona a expressão do fator de crescimento de mamíferos ou da citocina de mamíferos; ou (b) compreende um promotor endógeno configurado para direcionar a expressão do fator de crescimento de mamíferos ou da citocina de mamíferos; em que preferencialmente o promotor induzível ou promotor endógeno compreende um promotor LacZ ou operon LacZ, ou um promotor operon ara.

7. Composição, de acordo com a reivindicação 1, caracterizada pelo fato de que o ácido nucleico que codifica um fator de crescimento de mamíferos ou uma citocina de mamíferos é inserido no todo ou em uma parte de um gene endógeno que codifica uma proteína patogênica.

8. Composição, de acordo com a reivindicação 1, caracterizada pelo fato de que a expressão de uma proteína endógena é substancialmente reduzida ou eliminada.

9. Composição, de acordo com a reivindicação 1, caracterizada pelo fato de que a expressão de uma proteína patogênica é substancialmente reduzida ou eliminada, em que preferencialmente a proteína patogênica compreende uma endotoxina e/ou uma exotoxina, ou a proteína patogênica endógena compreende uma proteína gliceraldeído 3-fosfato desidrogenase (GAPDH) ou uma proteína CAMP.

10. Composição, de acordo com a reivindicação 1, caracterizada pelo fato de que compreende um promotor induzível que regula a expressão de uma proteína essencial, em que preferencialmente (a) a proteína essencial é selecionada a partir do grupo consistindo em uma proteína iniciadora de replicação de cromossomo DnaA, FtsA, FtsI, FtsL, FtsK, FtsN, FtsQ, FtsW, FtsZ, ZipA, aroE, atpD, gmk, guaA, lepA, recA e sodA; (b) o promotor induzível é induzível por um açúcar, preferencialmente lactose ou arabinose; (c) o promotor induzível é induzível por um aminoácido; ou (d) o promotor induzível é induzível por um aminoácido sintético.

11. Composição, de acordo com a reivindicação 1, caracterizada pelo fato de que a P. acnes apresenta múltiplas modificações genéticas, em que a P. acnes apresenta uma modificação na qual: (1) a expressão de uma proteína endógena é substancialmente reduzida ou eliminada; e (2) um promotor induzível que regula a expressão de uma proteína essencial.

12. Composição, caracterizada pelo fato de que compreende uma pluralidade de P. acnes geneticamente modificadas, como definidas na reivindicação 1, sendo que a P. acnes apresenta múltiplas modificações genéticas, e em que a Propionibacterium acnes apresenta uma modificação na qual: (1) a expressão de uma proteína endógena é substancialmente reduzida ou eliminada; e (2) um promotor induzível que regula a expressão de uma proteína essencial.

13. Bactéria geneticamente modificada da espécie Propioni- bacterium acnes (P. acnes), caracterizada pelo fato de que compreende: (a) um fator de crescimento de mamíferos, em que o dito fator de crescimento de mamíferos é secretado; e (b) um promotor induzível direcionando a expressão de uma proteína essencial selecionada a partir do grupo consistindo em uma proteína iniciadora de replicação de cromossomo DnaA, FtsA, FtsI, FtsL, FtsK, FtsN, FtsQ, FtsW, FtsZ, ZipA, aroE, atpD, gmk, guaA, lepA, recA e sodA; em que a expressão de uma proteína CAMP2 endógena e/ou GAPDH endógeno é substancialmente reduzida ou eliminada na bactéria geneticamente modificada P. acnes.

14. Bactéria geneticamente modificada da espécie Propioni- bacterium acnes (P. acnes), caracterizada pelo fato de que compreende: (a) uma IL10 humana, em que a dita IL10 é secretada; e (b) um promotor induzível direcionando a expressão de uma proteína essencial selecionada a partir do grupo consistindo em uma proteína iniciadora de replicação de cromossomo DnaA, FtsA, FtsI, FtsL, FtsK, FtsN, FtsQ, FtsW, FtsZ, ZipA, aroE, atpD, gmk, guaA, lepA, recA e sodA; em que a expressão de uma proteína CAMP2 endógena e/ou GAPDH endógeno é substancialmente reduzida ou eliminada na bactéria geneticamente modificada P. acnes.

15. Composição, caracterizada pelo fato de que compreende P. acnes geneticamente modificada, como definida na reivindicação 13 ou 14, em que preferencialmente a composição é: (a) é configurada para administração tópica ou de mucosa a um mamífero; ou (b) compreende um açúcar ou aminoácido, em que o promotor induzível é induzido ou estimulado pela presença do açúcar ou do aminoácido.

16. P. acnes geneticamente modificada, ou composição, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 15, caracterizada pelo fato de que é para uso em um método para tratamento de uma doença de pelo ou unha.

17. Uso de P. acnes geneticamente modificada ou composição, como definida em qualquer uma das reivindicações 1 a 15, caracterizado pelo fato de que é para preparação de um medicamento para tratamento de uma doença de pele ou unha.

18. Invenção, caracterizada por quaisquer de suas concretizações ou categorias de reivindicação englobadas pela matéria inicialmente revelada no pedido de patente ou em seus exemplos aqui apresentados.