CN1065094A - 人血红蛋白(珠蛋白)α1,基因和α2基因的检测技术 - Google Patents
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Abstract
一种遗传检测方法,利用DNA聚合酶链反应
(PCR)技术,对人血红蛋白(珠蛋白)α1基因和α2基
因缺失进行基因分型检测。本发明设计了三对排列
顺序明确的扩增引物αp1和αp3,αp1和αp2,βp1和
βp2,它们分别扩增Hbα1基因278bp、Hbα2基因片段
603bp、Hbβ基因片段400bp;用扩增反应配套的实
验技术即扩增反应的试剂体系及其反应程序进行扩
增反应,产物用电泳方法检测,可以准确判断受检的
人血红蛋白(珠蛋白)α1基因和α2基因缺失α基因的
个数。
Description
本发明属遗传检测领域,是用DNA聚合酶链反应(PCR)方法对人血红蛋白(珠蛋白)α1基因和α2基因检测的技术。
编码血红蛋白(珠蛋白)的α1基因或α2基因的缺失会引起α-地中海贫血症(简称地贫)。它在我国是一种常见病,发病率为2.64%,广西的一些地区竟高达14.95%以上,目前尚无有效的根治方法,重症患者需常年输血,不仅本人十分痛苦,对家庭和社会也带来沉重的负担。
α-地贫除少数是由α-基因的点突变引起外,多数是由α-基因的缺失所引起的。α-基因族有2个序列极为相似的α1和α2基因,二者之间只有7个核苷酸序列上的差异,它们在功能上是相同的,都编码α-珠蛋白分子,这二个基因的缺失或部分缺失,都会减少α-珠蛋白的合成。在正常人基因组中存在2个α1等位基因和2个α2等位基因。一般缺失一个α基因的患者表现为α-地贫2,贫血症状很轻或看不出症状;缺失2个α基因的患者表现为α-地贫1,贫血症状较重;缺失3个α基因的患者表现为HbH病,贫血症状严重,需常年输血;缺4个α基因的胎儿表现为Bart′s水肿,不能成活。
目前应用红细胞形态观察、血红蛋白电泳分析对人血红蛋白(珠蛋白)α1基因和α2基因的缺失进行分型检测,也可用限制性内切酶和α基因探针杂交等方法对α基因缺失情况进行研究,这些方法或则操作技术复杂,或则难于掌握客观标准。1987年以来,普遍采用设计在α基因族ψα1(α1假基因)基因内的一对引物对人血红蛋白(珠蛋白)α1基因或α2基因的缺失进行PCR(多聚酶链式反应Polymerase chain Reaction)扩增,如果α基因族包括α1和α2基因在内的大片段缺失时,可获得正确的检测结果;如果缺失仅为α1和α2基因或者是α1或α2基因而不包括ψα1时,则获得假阴性结果;如果缺失的仅为ψα1基因而α1和α2基因或者α1或α2基因并不缺失,则获得假阳性结果。所以这种PCR检测方法具有很大的局限性,况且中国的α-地贫患者多为α1和α2基因或者是α1或α2基因缺失,应用此法易于导致检测错误。
本发明的目的是建立一种操作简单、方法简便、检测标准明确无误的人血红蛋白(珠蛋白)α1基因和α2基因的PCR基因分型检测技术。
本发明用PCR扩增技术,主要有引物合成、基因扩增、显示检测主要步骤。发明设计了五种核苷酸引物,它们是:
αp1:5′d(CGG CTC TGC CCA GGT TAA GG)
αp2:5′d(CCT TGG TCT GAG ACA GGT AAA CA)
αp3:5′d(AGT GGG GCC GAG GGC CCA G)
βp1:5′d(AAG GAG ACC AAT AGA AAC TGG GC)
βp2:5′d(TCT CCC CTT CCT ATG ACA TGA AC)
其中αp1和αp2引物扩增Hbα1基因片断278bP,αp1和αp2扩增Hbα2基因片段603bp,βp1和βp2扩增Hbβ基因片段400bP。五种引物分别形成三对,扩增的片段具有明显的特征。
引物αp1、αp2、αp1、βp1、βp2按上述的核苷酸排列顺序,可以用化学方法合成。278bp、603bp、400bp的DNA片段可以用电泳法检测。如用普通的琼脂糖凝胶电泳分离DNA片段后用溴乙锭染色,在紫外光照射下的红色荧光来检测。
基因扩增的试剂体系是可以在30-100μl的反应体系中有10-50mM/L的Tris-HCl(PH=8.1-8.5),50mM/L的KCl,0.5-3.0mM/L的MgCl2,10-25mM/L的(NH4)2SO4,明胶200ug/ml,4-8%的甲酰胺,dNTP(A·G·C·T)各200-300μM/L,1-1.5U的耐热DNA聚合酶,0.25-0.5μM/L的αp1,0.125-0.25μM/L,的αp2,0.125-0.25μM/L的αp1,0.125-0.25μM/L的βp1,0.125-0.25μM/L的βp2。
将上述试剂,除了耐热DNA聚合酶以外,浓缩10倍,将引物按所需浓度配好,组成试剂盒,则使用更方便。
采用上述PCR反应试剂体系,则PCR扩增产物的电泳带清晰明亮,没有杂带,易于鉴别。
扩增反应时,先将反应体系混合打匀,可以高速离心30秒钟,然后在90-93℃温度下变性3-10分钟,加酶,打匀,再离心;按90-93℃ 0.5-1分钟、50-60℃ 0.5-1分钟、68-72℃ 1-2分钟作30-35个循环;再在68-72℃温度下保温数分钟,取反应产物在琼脂糖凝胶板上电泳,紫外光照射下观察电泳带。使用Hybaid或FR-300PCR扩增仪或恒温水浴扩增,采用的温度和保温时间在上述范围内适当调整。
在该扩增程序下扩增产物在电泳显示检测时泳带清晰,灵敏度高,以正常人的血红蛋白(珠蛋白)α1基因和α2基因进行PCR扩增的产物中,278bp、603bp、400bp三个基因片段的电泳带之间的距离相等,很易识别。配上本发明的扩增试剂体系和扩增程序,这三条电泳带清晰明亮,而且条带的亮度相近。
参照βp1、βp2基因片段400bp的标准,如果受检的人血红蛋白(珠蛋白)α基因为α1基因或α2基因缺失的杂合子,则它们α1基因或α2基因片段的扩增产物电泳带的亮度仅为β基因扩增产物400bp带亮度的一半以下。
如受检的人血红蛋白(珠蛋白)α基因为α1基因和α2基因缺失的纯合子,则仅有β基因扩增的产物400bp带,而没有αp1和αp3、αp1和αp2扩增的278bp、603bp电泳带。α基因族的两个序列相似的α1基因和α2基因中若缺失1个α1基因或α2基因,则为杂合子,缺两个等位α基因的为纯合子。
若受检的人血红蛋白(珠蛋白)α基因缺失3个α基因,则α1基因或α2基因片断扩增产物电泳带只有一条带,其亮度为β带亮度的一半以下;
若受检的人血红蛋白(珠蛋白)α基因缺失4个α基因,那么没有α1基因和α2基因片段扩增产物电泳带。
图1是显示检测的电泳图,1是αp1和αp2扩增的Hbα1基因片段278bp,2是αp1和αp2扩增的Hbα2基因片段603bp,3是βp1和βp2扩增的Hbβ基因片段400bp。图中黑度表示电泳带的亮度,行4是φX174(RF)-HaeⅢ的电泳带,行5是血红蛋白(珠蛋白)α基因无缺失的电泳带,即正常人血红蛋白(珠蛋白)α基因检测的结果,行6是缺失一个α2基因的人血红蛋白(珠蛋白)α基因扩增后的电泳带,是α地贫2患者的检测结果,行7是缺失两个α基因(α1和α2)的DNA基因组扩增后的电泳带,这是α地贫1患者的检测结果,行8是缺失3个α基因的DNA基因组扩增后的电泳带,这是HbH病人的检测结果,行9是4个α基因都缺失的DNA基因组扩增后的电泳带,这是Bart′s水肿患者的检测结果。
本发明的引物顺序明确,可用DNA合成仪自动合成,在本研究领域中常规易行,引物扩增的基因明确,配上本发明的扩增试剂体系、扩增程序和电泳检测,使得显示结果清晰无疑。
本发明不仅可以分别检测α1基因和α2基因是否缺失,还可以对照比较正常人的内参照标准,准确地判断受检的人血红蛋白(珠蛋白)α基因缺失是属于α1基因和α2基因还是α1基因或α2基因缺失的纯合子或杂合子。可靠地对人血红蛋白(珠蛋白)α基因缺失进行分型检测,不会发生假阳性或假阴性的失误检测。
本发明技术配上用本技术制成的检测试剂盒,操作方便,检测结果明确,无论是科学研究还是α基因缺失分型检测都方便可靠。
图1是人血红蛋白(珠蛋白)α1基因和α2基因的PCR分型检测电泳图。
图2是HbH病先征者家系的PCR基因分型检测图。
实施例:在50ul体系中,含有10mM/L Tris-HCl(PH=8.5),50mM/L KCl,2mM/L MgCl2,10mM(NH4)2SO4,明胶200μg/ml,甲酰胺8%,dNTP各200μM/L,0.25μM/L的αp1,0.125μM/L的αp2,0.125μM/L的αp1,0.125μM/L的βp1,0.125μM/L的βp2,人染色体DNA约0.5μg,用30μl液蜡复盖液面。将反应体系混合打匀,高速离心30秒,恒温水浴93℃1分钟,加入DNA聚合酶1U,打匀,离心,然后恒温水浴93℃1分钟、55℃1分钟、68℃2分钟,依次进行35个循环,循环结束后再72℃保温5分钟,取20μl反应产物在1.5%琼脂糖凝胶(含0.5μg/ml EB)板上电泳,紫外光下观察电泳带。
该受检者为HbH病先征者家系的PCR基因分型检测例,观察到的电泳带结果如图2。该图中第6行(先征者的父亲)中第2条电泳带即αp1和αp2扩增Hbα2基因片断603bp带的亮度仅为第3条β带的亮度的一半以下,可以断定父亲是α2基因缺失的杂合子,父亲患的是α地2症。第7行是先征者母亲的受检结果,可以看到第1和第2电泳带的亮度都为第3条β带的亮度的一半以下,可以断定母亲缺失α1和α2两个α基因(α1和α2均为杂合子),因而患α地1症。先征者本人的电泳条带见第8行,其α2(603bp)电泳带全无,α1(278bp)电泳带的亮度仅为β(400bp)电泳带亮度的一半以下,可断定其缺失三个α基因,患HbH症。
Claims (4)
1、一种用DNA聚合酶链式反应对人血红蛋白(珠蛋白)α基因的扩增技术,它的内容由引物合成、基因扩增、显示检测三部分组成,其特征在于:
(1)基因扩增的核苷酸引物及其顺序为:
αP1:5′d(CGG CTC TGC CCA GGT TAA GG)
αP2:5′d(CCT TGG TCT GAG ACA GGT AAA CA)
αP1:5′d(AGT GGG GCC GAG GGC CCA G)
βP1:5′d(AAG GAG ACC AAT AGA AAC TGG GC)
βP2:5′d(TCT CCC CTT CCT ATG ACA TGA AC)
(2)引物αP1和αP2扩增Hbα1基因278bP,αP1和αP2扩增Hbα2基因片段603bP,βP1和βP2扩增Hbβ基因片段400bP。
2、根据权利要求1所述的用DNA聚合酶链式反应对人血红蛋白(珠蛋白)α基因的扩增技术,其特征在于基因扩增试剂体系是在30-100μl反应体系中含有:
Tris-Hcl:10-50mM/L(PH=8.1-8.5);
KCl:50mM/L;
Mgcl2:0.5-3.0mM/L;
(NH4)2SO4:10-25mM/L;
明胶:200ug/ml;
甲酰胺:4-8%;
dNTP(A·G·C·T):各200-300mM/L;
耐热DNA聚合酶:1-1.5U;
αp1:0.25-0.50mM/L;
αp2:0.125-0.25mM/L;
αp1:0.125-0.25mM/L;
βp1:0.125-0.25mM/L;
βp1:0.125-0.25mM/L。
3、根据权利要求1所述的用DNA聚合酶链式反应对人血红蛋白(珠蛋白)α基因的扩增技术,其特征在于扩增反应的程序是:
(1)90-93℃变性3-10分钟,加酶打匀,离心;
(2)按90-93℃ 0.5-1分钟,50-60℃ 0.5-1分钟,68-72℃ 1-2分钟,作30-35个循环;
(3)68-72℃保温数分钟后,取反应产物在含有EB的琼脂糖凝胶板上电泳,紫外光下观察电泳带。
4、根据权利要求1所述的用DNA聚合酶链式反应对人血红蛋白(珠蛋白)α基因的扩增技术、其特征在于:
(1)若受检的人血红蛋白(珠蛋白)α基因为α1基因或α2基因缺失的杂合子,则其α1基因或α2基因片段的扩增产物电泳带的亮度仅为血红蛋白β基因电泳带的亮度一半以下;
(2)若受检的人血红蛋白(珠蛋白)α基因为α1基因或α2基因缺失的纯合子,则扩增产物电泳时仅有β基因带,没有α1基因带或α2基因带;
(3)若受检的人血红蛋白(珠蛋白)α基因中缺失3个α基因、则α1基因或α2基因片断扩增产物电泳带只有一条,而且其亮度只有β电泳带亮度的一半以下;
(4)若受检的人血红蛋白(珠蛋白)α基因中缺失4个α基因,则没有α1基因或α2基因片断扩增产物的电泳带。
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