CN106435006A - 齐口裂腹鱼生长速度相关的snp标记及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了一种齐口裂腹鱼生长速度相关的SNP标记及其应用，所述SNP标记包括SNP1标记和SNP2标记，核苷酸序列依次如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示。当SNP1和SNP2两个位点的基因型均为纯合CC时，待测齐口裂腹鱼个体生长速度更快。选择在SNP1和SNP2位点处基因型都为CC的个体杂交，则后代个体在SNP1和SNP2位点处基因型都为纯合CC，后代个体都为快速生长类型。本发明的SNP标记与齐口裂腹鱼的生长速度紧密相关，能够在鱼苗培养早期根据育种需要选择亲本，利用本发明标记进行辅助育种，进而加快齐口裂腹鱼优良品种培养进程。
Description
技术领域
本发明涉及齐口裂腹鱼生长速度相关的SNP标记及其应用，具体涉及齐口裂腹鱼生长速度相关的SNP标记，用于检测前述SNP标记的引物对和试剂盒，以及前述SNP标记、引物对及试剂盒在齐口裂腹鱼选育中的用途，以及检测齐口裂腹鱼生长速度的方法。
背景技术
齐口裂腹鱼（Schizothorax prenanti）是我国重要的冷水鱼类之一，因其肉质细嫩、味鲜美、营养价值高，深受消费者青睐，已成为目前我国长江上游名贵经济鱼类。我国曾有丰富的齐口裂腹鱼野生资源，然而近些年由于过度捕捞、修建电站、水体污染等问题导致齐口裂腹鱼野生资源遭到严重破坏，种群数量急剧下降，自然资源将近枯竭。为有效保护齐口裂腹鱼的野生资源，研究人员先后攻克了齐口裂腹鱼的人工繁殖和人工养殖技术，目前，已在重庆、四川、云南等地进行了规模化的养殖。但由于近年来养殖规模的扩大、集约化程度的提高、养殖密度的增加、近亲繁殖程度加大等原因，齐口裂腹鱼种质退化，生长速度减慢，制约了齐口裂腹鱼产业的持续健康发展。因此，培育齐口裂腹鱼优良品种是促进该产业健康发展的关键。
分子标记辅助育种（marker-assisted selection，MAS）是依据与某一基因或性状紧密连锁的标记的出现来推断该基因或性状而进行选育，它是在DNA水平上而不是根据表型进行选择，因此选择的准确性大大提高，并可在早期鉴定出具有优良性状的个体，筛选优良亲本，从而加快育种进程，缩短育种周期。
SNP标记是继微卫星标记之后最为高效的分子辅助育种标记手段，由于是双等位型标记，SNP标记具有在全基因组多态性高、含量丰富、遗传稳定、分析简单等优点，因而广泛用于多种动物及少数鱼类的选择育种中。然而，齐口裂腹鱼生长相关（体质量、体高、全长、体长）SNP未见报道，能有效用于齐口裂腹鱼生长相关性状选育的SNP标记有待挖掘。
发明内容
针对现有技术中的上述缺陷，本发明的目的在于提供齐口裂腹鱼生长速度相关的SNP标记及其应用，通过该SNP标记能够快速检测齐口裂腹鱼的生长速度，进而加快齐口裂腹鱼优良品种培养进程。
本发明采取的技术方案如下：
1. 齐口裂腹鱼生长速度相关的SNP标记，所述SNP标记包括SNP1标记和SNP2标记，核苷酸序列依次如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示，所述SEQ ID NO.1所示序列自5’端起第678位碱基是A或C，所述SEQ ID NO.2所示序列自5’端起第452位碱基是A或C。
所述SNP1标记的CC基因型个体生长速度显著高于AA和AC基因型个体；所述SNP2标记的CC基因型个体生长速度显著高于AC基因型个体；当所述SNP1和SNP2标记的个体均为CC基因型时齐口裂腹鱼的生长速度更快。
2. 用于检测上述SNP标记的引物对，所述SNP1标记的引物对核苷酸序列为：
F1：GCAGAGGCTTTTCTCAACAG，（SEQ ID NO.3）；
R1：ACAAATCCTTACGCAGTGGC，（SEQ ID NO.4）；
所述SNP2标记的引物对核苷酸序列为：
F2：ACAGTGTTGGGTGTAGATGG，（SEQ ID NO.5）；
R2：GATGCTAGTGTACGGCATTC，（SEQ ID NO.6）。
3. 用于检测上述SNP标记的试剂盒，包含上述的引物对。
4. 一种检测齐口裂腹鱼生长速度的方法，通过对待测齐口裂腹鱼进行上述SNP标记的检测，确定所述待测齐口裂腹鱼的生长速度。
优选的，包括以下步骤：
（1）提取待测齐口裂腹鱼的基因组DNA；
（2）利用权利要求2所述的引物对，将步骤（1）获取的DNA进行PCR扩增，以获得PCR扩增产物；
（3）对步骤（2）获得的PCR扩增产物进行测序，获得测序结果后根据结果确定待测齐口裂腹鱼的SNP标记的基因型；
（4）根据步骤（3）确定的SNP标记的基因型确定待测齐口裂腹鱼的生长速度。
优选的，所述SNP1和SNP2标记的个体均为CC基因型时齐口裂腹鱼的生长速度更快。
本发明所述检测齐口裂腹鱼生长速度的方法中，基因组提取不受特别限制，可以采用传统酚氯仿法提取，也可采用试剂盒提取，本发明中的具体实施例是采用试剂盒提取，试剂盒操作简便、快速、提取的DNA质量高。另外，待测齐口裂腹鱼个体基因型检测方法不受特别限制，飞行时间质谱、测序、芯片、单链构象多态性聚合酶链式反应、限制性片段长度多态性聚合酶链式反应等技术均可用于SNP的检测。其中，飞行时间质谱准确性高、灵活性强、通量大、检测周期短，因此，本发明采用飞行时间质谱检测SNP标记。
本发明的有益效果在于：本发明经研究发现，在位点SNP1处，基因型为纯合CC时齐口裂腹鱼的体重、全长、体高、都显著高于基因型为AA和AC的个体；在位点SNP2处纯合CC基因型的齐口裂腹鱼在体重、全长、体高都显著高于AC基因型个体，因此，综合两个位点信息，当两个位点的基因型为纯合CC时，待测齐口裂腹鱼个体生长速度更快。选择在SNP1和SNP2位点处基因型都为CC的个体杂交，则后代个体在SNP1和SNP2位点处基因型都为纯合CC，后代个体都为快速生长类型。本发明的SNP标记与齐口裂腹鱼的生长速度紧密相关，能够在鱼苗培养早期根据育种需要选择亲本，利用本发明标记进行辅助育种，进而加快齐口裂腹鱼优良品种培养进程。
另外，利用本发明的两个SNP位点引物及相关试剂盒可检测齐口裂腹鱼基因型，判断该个体生长速度及不同基因型组合后代的生长速度，能够有效用于齐口裂腹鱼分子标记辅助选择育种，加快齐口裂腹鱼优良品种培育进程。
具体实施方式
下面将对本发明技术方案的实施例进行详细的描述。以下实施例仅用于更加清楚地说明本发明的技术方案，因此只作为示例，而不能以此来限制本发明的保护范围。
1.1齐口裂腹鱼群体样本来源
待测齐口裂腹鱼来自于峨眉山冷水鱼养殖场同一批次人工繁殖的13月龄的齐口裂腹鱼，随机挑选114尾齐口裂腹鱼测定其表型性状（体质量、体高、全长、体长），并剪取鳍条保存于无水乙醇中，用于基因组DNA提取。
1.2待测齐口裂腹鱼基因组DNA提取
将保存好的鳍条剪取25mg进行DNA抽提，抽提基因组DNA采用上海生工Ezup柱式动物基因组DNA抽提试剂盒，并按照使用说明进行。将抽提的DNA采用琼脂凝胶电泳和紫外分光光度计检测其浓度和体积分数，并将其稀释成40ng/μL的浓度，保存在4℃以备用。
1.3测序及SNP标记开发
随机选择108尾齐口裂腹鱼的脾脏组织平均分成18个重复，用Illumina HisSeq2500测序平台进行双末端测序，每个样品的产生不低于4 Gb数据。同时还对这108尾鱼的生长相关性状进行统计。采用SAMTools 1.19和GATK 2.8.1软件开发假定的SNPs，从857,535个SNPs中随机选择30个SNPs进行PCR扩增和测序，并利用SPSS18.0进行关联分析，获得了两个与生长性状显著相关的SNP位点，SNP1位点位于SEQ ID NO.1所示序列自5’端起第678 bp处，此位点碱基是A或C，SNP2位点位于SEQ ID NO.2所示序列自5’端起第452 bp处，此位点碱基是A或C。
1.4 PCR扩增及检测
以齐口裂腹鱼基因组DNA为模板，采用下述引物进行PCR扩增，引物序列如下：
所述SNP1标记的引物对核苷酸序列为：
F1： GCAGAGGCTTTTCTCAACAG，（SEQ ID NO.3）；
R1： ACAAATCCTTACGCAGTGGC，（SEQ ID NO.4）；
所述SNP2标记的引物对核苷酸序列为：
F2： ACAGTGTTGGGTGTAGATGG，（SEQ ID NO.5）；
R2： GATGCTAGTGTACGGCATTC，（SEQ ID NO.6）。
在经PCR扩增后的产物中加入SNP序列特异性延伸引物（EXT1和EXT2），在SNP位点上延伸一个碱基。
SNP1延伸引物序列为：
EXT1：agtcCCATTGGCAAGAGCATA，（SEQ ID NO.7）；
SNP2延伸引物序列为：
EXT2：tagggTGAAATCCGTGAACTCACAGT，（SEQ ID NO.8）。
PCR 反应条件为：94 ℃ 15分钟；94 ℃ 20秒，56 ℃ 30 秒，72 ℃ 1 分钟，45个循环；72 ℃延伸3分钟。反应体系以5μL计为：0.5 μM 引物1 μL，2.5 mM dNTP 0.1μL，10 mMMgCl2 0.3μL，0.5μL 10×PCR buffer，5 U Taq polymerase (Qiagen) 0.2 μL，和10 ng基因组DNA 1 μL，灭菌双蒸水1.9 μL。延伸产物经纯化后与表面覆盖基质的MassARRAYSpectroCHIP芯片共结晶。将该晶体放入质谱仪的真空管中即可自动分析SNP的位点信息。
114尾齐口裂腹鱼在SNP1和SNP2位点基因型及对应的生长相关性状（体重、全长、体高）如下表1所示。
表1 114尾齐口裂腹鱼在SNP1和SNP2位点基因型及对应的生长相关性状
| 个体编号 | 体重(g) | 全长(cm) | 体高(cm) | SNP1基因型 | SNP2基因型 |
| 1 | 64.3 | 17.2 | 2.9 | A A | C C |
| 2 | 94.3 | 22.5 | 4.1 | A A | C C |
| 3 | 69.9 | 20.1 | 3.6 | A A | C C |
| 4 | 55.8 | 18.6 | 3.9 | A A | A C |
| 5 | 130.7 | 25.7 | 4.3 | A C | C C |
| 6 | 77.2 | 20.9 | 3.8 | A A | C C |
| 7 | 71.9 | 20.8 | 3.8 | A A | C C |
| 8 | 86.8 | 22.6 | 3.6 | A A | C C |
| 9 | 85.3 | 22.1 | 3.9 | A C | C C |
| 10 | 121.9 | 24.5 | 4.4 | A C | C C |
| 11 | 130.3 | 25.2 | 4.5 | A A | C C |
| 12 | 102.7 | 21.4 | 4 | A C | C C |
| 13 | 170.8 | 26.9 | 5 | A C | C C |
| 14 | 68.4 | 20.4 | 3.6 | A C | C C |
| 15 | 61.7 | 19.9 | 3.6 | A A | C C |
| 16 | 49.8 | 19.1 | 3 | A C | A C |
| 17 | 55.6 | 19 | 3.2 | A A | C C |
| 18 | 33.8 | 16.3 | 2.6 | A C | C C |
| 19 | 33.8 | 17.1 | 2.5 | A C | C C |
| 20 | 80.4 | 21.3 | 3.8 | A C | C C |
| 21 | 53.2 | 19 | 3.5 | A A | C C |
| 22 | 84.2 | 21.5 | 4.1 | A C | C C |
| 23 | 99.3 | 22.2 | 4.2 | A A | C C |
| 24 | 93.5 | 23.1 | 4 | A C | C C |
| 25 | 119.9 | 24.8 | 4.3 | A C | C C |
| 26 | 114.4 | 24.4 | 4.5 | A A | C C |
| 27 | 70.3 | 20 | 3.8 | A A | A C |
| 28 | 88.3 | 22 | 3.6 | A A | C C |
| 29 | 144.8 | 24.6 | 5 | A A | C C |
| 30 | 131.8 | 24.6 | 4.8 | C C | C C |
| 31 | 66.1 | 19.8 | 3.5 | A C | C C |
| 32 | 149.1 | 23.5 | 5.5 | A C | C C |
| 33 | 131.3 | 25.2 | 4.6 | A A | C C |
| 34 | 79.9 | 21.5 | 3.4 | A A | C C |
| 35 | 87 | 21.3 | 4 | A A | C C |
| 36 | 50.5 | 18.4 | 3.1 | A A | C C |
| 37 | 102.1 | 22.5 | 4.5 | A C | C C |
| 38 | 124.3 | 25 | 4.3 | A A | C C |
| 39 | 87.5 | 22.5 | 3.8 | A A | C C |
| 40 | 67.3 | 19.3 | 3.5 | A A | C C |
| 41 | 118.8 | 23.8 | 4.2 | A A | C C |
| 42 | 57.8 | 19.2 | 3.3 | A A | C C |
| 43 | 100.7 | 22.6 | 4.1 | A A | C C |
| 44 | 60.1 | 19 | 3.5 | A C | C C |
| 45 | 69.8 | 19.4 | 3.6 | A C | C C |
| 46 | 87.9 | 22 | 3.3 | A C | A C |
| 47 | 65.1 | 20.2 | 3.1 | A C | C C |
| 48 | 76.1 | 20.8 | 3.4 | A C | C C |
| 49 | 75.6 | 20.5 | 3.7 | A A | C C |
| 50 | 80.7 | 22.5 | 3.6 | A C | C C |
| 51 | 67 | 19.5 | 3.3 | A A | A C |
| 52 | 67.9 | 20 | 3.6 | A A | C C |
| 53 | 39.1 | 16.5 | 2.9 | A A | C C |
| 54 | 95.9 | 21.7 | 3.8 | A C | C C |
| 55 | 132.7 | 25.3 | 4.4 | C C | C C |
| 56 | 89.8 | 22.9 | 3.9 | A C | C C |
| 57 | 59.4 | 19.1 | 3.4 | A C | C C |
| 58 | 53.5 | 19.1 | 3.3 | A A | C C |
| 59 | 41 | 16.7 | 3.1 | A C | A C |
| 60 | 76.1 | 21.8 | 3.4 | A C | C C |
| 61 | 34.6 | 16.2 | 2.9 | A C | A C |
| 62 | 70.1 | 20.2 | 3.8 | A C | C C |
| 63 | 75.8 | 21.2 | 3.6 | A C | C C |
| 64 | 95.8 | 22.2 | 3.7 | A A | C C |
| 65 | 106.4 | 23.3 | 3.9 | A A | C C |
| 66 | 84.2 | 21.6 | 3.8 | A A | C C |
| 67 | 101 | 22.5 | 4.1 | A C | C C |
| 68 | 138.2 | 23.6 | 5.2 | A C | C C |
| 69 | 119.8 | 22.4 | 4.3 | A A | C C |
| 70 | 120.9 | 24.1 | 4.4 | A C | C C |
| 71 | 92.2 | 21.5 | 3.6 | A C | C C |
| 72 | 124.1 | 23.6 | 4.6 | A A | C C |
| 73 | 111.6 | 23.6 | 4.1 | A A | C C |
| 74 | 104.7 | 23.8 | 3.8 | A A | C C |
| 75 | 126.4 | 24.6 | 4.2 | A C | C C |
| 76 | 140.3 | 24.8 | 4.6 | A C | C C |
| 77 | 85.4 | 23.1 | 4.1 | A A | C C |
| 78 | 89.6 | 22.3 | 3.6 | A C | C C |
| 79 | 67.9 | 19.7 | 3.8 | A A | C C |
| 80 | 72.6 | 20.7 | 3.3 | A C | C C |
| 81 | 78.9 | 21.5 | 3.6 | A C | C C |
| 82 | 79.9 | 22.2 | 3.3 | A C | C C |
| 83 | 55.3 | 19.6 | 3.2 | A C | C C |
| 84 | 94.1 | 22.2 | 4.1 | A C | C C |
| 85 | 97.5 | 22.4 | 4.3 | A C | C C |
| 86 | 165.1 | 26.5 | 5 | A C | C C |
| 87 | 122 | 23.7 | 4.2 | A A | C C |
| 88 | 85.3 | 22.3 | 3.8 | A A | C C |
| 89 | 104.5 | 25.5 | 4.7 | A C | C C |
| 90 | 100.3 | 23.4 | 3.9 | A C | C C |
| 91 | 99 | 22.1 | 4.1 | A A | C C |
| 92 | 110.3 | 24 | 4.1 | A A | C C |
| 93 | 54.6 | 19 | 3.1 | A A | A C |
| 94 | 66.9 | 19.2 | 3.4 | A A | C C |
| 95 | 123.5 | 23.9 | 4.3 | A C | C C |
| 96 | 148.4 | 25.4 | 4.5 | A A | C C |
| 97 | 121.7 | 23.5 | 4.1 | A A | C C |
| 98 | 125.5 | 24.1 | 4.3 | A A | C C |
| 99 | 138.8 | 24 | 4.5 | A C | C C |
| 100 | 82.1 | 21.6 | 3.5 | A A | A C |
| 101 | 115.1 | 24.2 | 4 | A C | C C |
| 102 | 109.1 | 23.7 | 4 | A A | C C |
| 103 | 92.9 | 21.6 | 3.8 | A A | C C |
| 104 | 199.5 | 28.3 | 5.2 | A A | C C |
| 105 | 90.5 | 22 | 3.9 | A C | C C |
| 106 | 93 | 21.5 | 4 | A A | A C |
| 107 | 72.2 | 21.1 | 3.5 | A A | C C |
| 108 | 45.5 | 17.8 | 3 | A A | C C |
| 109 | 65.1 | 19.3 | 3.4 | A A | C C |
| 110 | 45.9 | 17.2 | 3.1 | A C | C C |
| 111 | 74.4 | 20.2 | 3.8 | A C | C C |
| 112 | 52.3 | 18.5 | 3.3 | A A | C C |
| 113 | 132.8 | 24.5 | 4.4 | A A | C C |
| 114 | 64.3 | 20 | 3.6 | A C | C C |
1.5 SNP位点与生长相关性状的关联分析
基于表1的结果，采用SPSS18.0的一般线性模型中的多元方差分析和独立样本T检验检验各SNPs位点的基因型和各位点的等位基因与数量性状的相关分析，对于表达显著的SNPs位点，采用Ducan法进行多重比较分析。分析结果见表2。
表2 齐口裂腹鱼SNP位点与表型性状的相关关系
| SNP编号 | 基因型 | 数目 | 体重均值(g) | 全长均值(cm) | 体高均值(cm) |
| SNP1 | AA | 59 | 90.24±30.84a | 21.66±2.40a | 3.84±0.49a |
| AC | 53 | 90.27±32.36a | 21.75±2.51a | 3.84±0.63a | |
| CC | 2 | 132.25±0.64b | 24.95±0.50b | 4.60±0.28b | |
| SNP2 | CC | 104 | 93.63±31.37a | 21.98±2.39a | 3.90±0.56a |
| AC | 10 | 63.61±19.83b | 19.42±1.97b | 3.39±0.39b |
由表2可知，在位点SNP1处，基因型为纯合CC时齐口裂腹鱼的体重、全长、体高、都显著高于基因型为AA和AC的个体（P<0.01）；在位点SNP2处纯合CC基因型的齐口裂腹鱼在体重、全长、体高都显著高于AC基因型个体（P<0.01）；进而证明SEQ ID NO.1所示核苷酸序列（全长1160 bp）自5’段起第678位碱基A或C，SEQ ID NO.2所示核苷酸序列（全长1594 bp）自5’段起第452位碱基A或C，都与齐口裂腹鱼生长速度显著相关，为齐口裂腹鱼生长相关SNP标记，本发明的两个标记可用于齐口裂腹鱼生长相关性状选育。
最后应说明的是：以上各实施例仅用以说明本发明的技术方案，而非对其限制；尽管参照前述各实施例对本发明进行了详细的说明，本领域的普通技术人员应当理解：其依然可以对前述各实施例所记载的技术方案进行修改，或者对其中部分或者全部技术特征进行等同替换；而这些修改或者替换，并不使相应技术方案的本质脱离本发明各实施例技术方案的范围，其均应涵盖在本发明的权利要求和说明书的范围当中。
〈110〉西南大学
〈120〉齐口裂腹鱼生长速度相关的SNP标记及其应用
〈160〉8
〈210〉1
〈211〉1160
〈212〉DNA
〈213〉齐口裂腹鱼（Schizothorax prenanti）
〈220〉
〈223〉SNP1序列
〈400〉1
agcgccttaa gatcattctc atccacaaca aatcctgtca ataaagatat gtccaatata 60
gacatggtgg cgtctctgtc agcagacaga tatctggtat tgataatgag tttgtaactc 120
tcagttgctc cttgatatgt tactttatta tccctttcaa aagccaaaga aagctcaaag 180
ttcttgcaag tgcttttgct ttcttttggt tttgcatagt actccgtcac aacagttaca 240
gaggcctcgc cagaaccctt ggcactgatg gtgatctgcc tgttggatgg aatcttttct 300
gtttgtgcga gataagagtt ttctttgttg aacttccaca caatcggctg ccggctgcca 360
tccactcgta tcgtcatctc caggtctaac tgctttatgt ctttcacatg aatcctgtac 420
tcagctacgg cctgaaacac catgatggtg gcctgagtcg tgccatatcc tccactgtac 480
tgcctctggt tgttgagcca gtttacgatg ggagctgcac tctggaagtc ttgagctttt 540
acaagagcca aaagtgcata ggccgaagcc tctaaagtaa agctactgct tccagggaca 600
ggccagtgac ttccatctgc agaggctttt ctcaacagaa cttgtttgtc aagtgcattt 660
ccattggcaa gagcatamga tgccattgcc actgcgtaag gatttgtcag accatgtaac 720
tgagatctga ggtacacaat ggctttgtat atgctactgt caagacttga gatgtggccg 780
gcacaaatgc ccctcccctc ctgcagggca atgagcacaa aagctgtcat ggatgcttgt 840
gaatttcccc cacgcacgtt cccagtcatc tctccgtgaa ttacaggggc atcttctctg 900
aaaacaccat caggtaactg cttgttcagt atgagccact tgagggcaga gcagatcaca 960
ttccagtcaa tgtttacgat gttactggcc atggcaaata ctttagcaac atatgctgtc 1020
aaccaggtgc tgcttgaacg attaatccat gcggcatagg acccgtcatt tttacgatat 1080
gccagctgtt gattgtaacc tctcgtgatg tacgtaactg ctgtctgcct aagcccaacc 1140
ctcacggtgt gccactgatt 1160
〈210〉2
〈211〉1594
〈212〉DNA
〈213〉齐口裂腹鱼（Schizothorax prenanti）
〈220〉
〈223〉SNP2序列
〈400〉2
ccagtcacac aaaagtcaat cagaagcttc agtccatggg caggaccagc ttcttggtga 60
gggtatatcg aggttcaggc atctgcttgc ggcccttcaa actttttaaa ctcacttcac 120
ggtttacttt tgtcaggatg gacaagatat cctcttttct ggggcagagg ttctccaact 180
gattacagag ctcctggata tagatagacc catctttagt gtggcggtag gactggtagc 240
gctctactgt ggccattcca attagcatat cagcttctat aggaatagag ggggcttcag 300
gattataagc atcttcatca tatgggtcgt cttctgtagc gtttcccggt gcatccgctg 360
tcaatacacc attctgaccc tcatttcctt gacaggcttg aatgaagaaa agcttgggct 420
tggatgctag tgtacggcat tcagcaatag gmactgtgag ttcacggatt tcaacctctt 480
taccatctac acccaacact gtgcccttct gtccatgcga aaggacacag cagacaaaag 540
cccccatacg agtatgatcc ctgtttgcaa agtgccttat aacatccttc atatctgaag 600
ctgtcagatc tttctgaacc ttaacctcaa aatgcattct gcgaaacact ctgctaaggt 660
catctttgtc cttatccgtt cctgtccggt tggacaatga ggacctttct ttaaagttgt 720
agttgttgat gattaaacag tatccaagcg gtcgctgagt cacattataa taatcccccg 780
ttctgggttc agtgtctgaa tcggtaacaa gtgagtctct cctccatcca ttttctgcct 840
ccatttgata tcttggcata ctttcagcag gaacggaaac ttgcacatta ccagacactt 900
cccgtagagg aagtctgcct ccttgttccc gggccctgta ctcctctatc ctgcaggcca 960
gctgtttgtc acatttgtct agaatatagc aaagttcatc caggttgtct tccccaagct 1020
tctgtagctt ttccatctca atcataacat ctagaaatgt agcagacgtt cctagttttg 1080
cccgtggaag ttccacaaga aacttcactg cacgaaggtt ttcgtctgtc atatcctcag 1140
atataccaaa tagcattttt ctgtaggctg agacaccttt actagatgcg tcacgttgta 1200
gcaaatttct ttccacatta tctttggaaa tttccaggat gccaagcaag tcaaggcgtc 1260
taattgtgat cagaagctct gggacgagta acctgtcatc aagcagtgct tgctcgtcca 1320
gtcgtaggaa cagttctttg gcatcagtca ctgtctccaa acgtttcttg ggaattaggt 1380
ccatacacag aaacttcagc tgggccactt cactacttgt caggttctca tcaatcttgt 1440
gaagcttctg aagatccata ttctttgtat ttacaacatc caactgaaat aaaatgttaa 1500
acggtcgtag aaccaaaatc aagagagtct gagcgacatg ctaaagctac aagtttccat 1560
tgctttactt tcagtttcag cctcttaagc ttac 1594
〈210〉3
〈211〉20
〈212〉DNA
〈213〉人工序列
〈220〉
〈223〉克隆SNP1序列上游引物
〈400〉3
gcagaggctt ttctcaacag 20
〈210〉4
〈211〉20
〈212〉DNA
〈213〉人工序列
〈220〉
〈223〉克隆SNP1序列下游引物
〈400〉4
acaaatcctt acgcagtggc 20
〈210〉5
〈211〉20
〈212〉DNA
〈213〉人工序列
〈220〉
〈223〉克隆SNP2序列上游引物
〈400〉5
acagtgttgg gtgtagatgg 20
〈210〉6
〈211〉20
〈212〉DNA
〈213〉人工序列
〈220〉
〈223〉克隆SNP2序列下游引物
〈400〉6
gatgctagtg tacggcattc 20
〈210〉7
〈211〉21
〈212〉DNA
〈213〉人工序列
〈220〉
〈223〉EXT1序列（SNP1延伸引物序列）
〈400〉7
agtcccattg gcaagagcat a 21
〈210〉8
〈211〉26
〈212〉DNA
〈213〉人工序列
〈220〉
〈223〉EXT2序列（SNP2延伸引物序列）
〈400〉8
tagggtgaaa tccgtgaact cacagt 26
Claims (6)
1.齐口裂腹鱼生长速度相关的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记包括SNP1标记和SNP2标记，核苷酸序列依次如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示，所述SEQ ID NO.1所示序列自5’端起第678位碱基是A或C，所述SEQ ID NO.2所示序列自5’端起第452位碱基是A或C。
2.用于检测权利要求1所述的SNP标记的引物对，其特征在于，所述SNP1标记的引物对核苷酸序列为：
F1：GCAGAGGCTTTTCTCAACAG，（SEQ ID NO.3）；
R1：ACAAATCCTTACGCAGTGGC，（SEQ ID NO.4）；
所述SNP2标记的引物对核苷酸序列为：
F2：ACAGTGTTGGGTGTAGATGG，（SEQ ID NO.5）；
R2：GATGCTAGTGTACGGCATTC，（SEQ ID NO.6）。
3.用于检测权利要求1所述的SNP标记的试剂盒，其特征在于，包含权利要求2所述的引物对。
4.一种检测齐口裂腹鱼生长速度的方法，其特征在于，通过对待测齐口裂腹鱼进行权利要求1所述的SNP标记的检测，确定所述待测齐口裂腹鱼的生长速度。
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，包括以下步骤：
（1）提取待测齐口裂腹鱼的基因组DNA；
（2）利用权利要求2所述的引物对，将步骤（1）获取的DNA进行PCR扩增，以获得PCR扩增产物；
（3）对步骤（2）获得的PCR扩增产物进行测序，获得测序结果后根据结果确定待测齐口裂腹鱼的SNP标记的基因型；
（4）根据步骤（3）确定的SNP标记的基因型确定待测齐口裂腹鱼的生长速度。
6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述SNP1和SNP2标记的个体均为CC基因型时齐口裂腹鱼的生长速度更快。
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|---|---|---|---|---|
| CN106967831A (zh) * | 2017-05-19 | 2017-07-21 | 西南大学 | 齐口裂腹鱼细菌性败血症关联的snp标记及其应用 |
| CN108411007A (zh) * | 2018-05-25 | 2018-08-17 | 海南晨海水产有限公司 | Snp标记及其应用 |
Citations (1)
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|---|---|---|---|---|
| CN106086195A (zh) * | 2016-06-28 | 2016-11-09 | 深圳华大基因研究院 | 一个与石斑鱼生长速度相关的snp标记及其应用 |
-
2016
- 2016-12-21 CN CN201611187467.7A patent/CN106435006B/zh not_active Expired - Fee Related
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|---|
| HUI LUO等: "Development of SNP markers associated with immune-related genes of Schizothorax prenanti", 《CONSERVATION GENET RESOUR》 * |
| HUI LUO等: "Identification of Immune-Related Genes and Development of SSR/SNP Markers from the Spleen Transcriptome of Schizothorax prenanti", 《PLOS ONE》 * |
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| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
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| CN106967831A (zh) * | 2017-05-19 | 2017-07-21 | 西南大学 | 齐口裂腹鱼细菌性败血症关联的snp标记及其应用 |
| CN106967831B (zh) * | 2017-05-19 | 2019-06-14 | 西南大学 | 齐口裂腹鱼细菌性败血症关联的snp标记及其应用 |
| CN108411007A (zh) * | 2018-05-25 | 2018-08-17 | 海南晨海水产有限公司 | Snp标记及其应用 |
| CN108411007B (zh) * | 2018-05-25 | 2019-02-26 | 海南晨海水产有限公司 | Snp标记及其应用 |
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