CN106282401B - 鲑鳟鱼通用的snp分子标记组合及其应用 - Google Patents

鲑鳟鱼通用的snp分子标记组合及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了鲑鳟鱼通用的SNP分子标记组合，SNP分子标记组合包含96个SNP分子标记，碱基序列分别为如SEQ ID NO:1～96所示的核苷酸序列。本发明还公开了利用SNP分子标记组合进行鲑鳟鱼遗传多态性评估的方法，包括：步骤一、获取需要进行制种评估的鲑鳟鱼的基因组DNA；步骤二、获得每尾鲑鳟鱼的多个SNP分子标记位点的基因型；步骤三、利用生物信息学软件根据孟德尔遗传规律分析每尾鲑鳟鱼的多个SNP分子标记位点的基因型的结果，分析得到该鲑鳟鱼的分型信息，判断出该鲑鳟鱼之间的亲缘关系，以确定该鲑鳟鱼是否适合做为亲本进行繁育；其中，多个SNP分子标记被包含于96个SNP分子标记中。本发明还公开了SNP分子标记组合进行鲑鳟鱼类制种评估的方法。

Description

鲑鳟鱼通用的SNP分子标记组合及其应用
技术领域
本发明涉及一种鲑鳟鱼通用的SNP分子标记组合及其应用，具体涉及96个标记组合以及引物序列，特别涉及一种用于鲑鳟鱼种质遗传资源多态性评估的应用，也特别涉及一种鲑鳟鱼类制种评估的应用。
背景技术
鲑鳟鱼类是鲑鱼和鳟鱼的统称，隶属于硬骨鱼纲(Osteichthyes)、辐鳍亚纲(Actinopterygii)、鲑形目(Salmoniformes)、鲑科(Salmonidae)，在我国有7属36种，其中4属8种都有人工养殖，是重要的冷水性名优水产物种。鲑鳟鱼对生存水质要求高，只能生长在清凉、流动、无污染的水域中，其肉质鲜美、蛋白质含量高、富含不饱和脂肪酸、无肌间刺，符合消费者对于食品绿色安全、营养健康和美味口感的全方位需求。因而，鲑鳟鱼在市场上越来越受到追捧，成为高端水产品中的新贵。
然而，受制于养殖规模较小，国内鲑鳟鱼养殖目前尚未建立起系统健全的良种选育体系，因而存在着种质退化、苗种生产和引进随意性大等隐患。以世界范围内养殖量较高的大西洋鲑(Salmosalar)、虹鳟(Oncorhynchusmykiss)为例，国外水产研究人员已完成了这两个物种的全基因组测序，开发了多种通量的SNP分型芯片等遗传分析工具，并建立了基于基因组信息的育种、育苗体系。而我国鲑鳟鱼养殖业中此类遗传工具的应用尚属空白，在苗种繁育过程中仅能依据形貌特征选择亲本，发生近交衰退的风险较高。
因此，亟待开发适宜的遗传工具，用于鲑鳟鱼繁育亲本的遗传筛查，选择亲缘关系较远的亲本，避免近交衰退，以及养殖群体的遗传多态性评估，在种群遗传多态性下降时适时引入外来亲本，维持种群遗传多样性。
此外，由于各种鲑鳟鱼养殖种对生境的要求类似，我国鲑鳟鱼养殖的地域比较集中，往往同一育苗场或养殖场同时养殖多种鲑鳟鱼。如果能开发各种鲑鳟鱼通用的分子标记，即可利用同一套分子标记和检测方法，实现对多个鲑鳟鱼养殖种的遗传评估，将明显有利于降低遗传检测成本，简化技术人员培训流程，提升科学养殖管理效率。
发明内容
本发明的一个目的是解决至少上述问题和/或缺陷，并提供至少后面将说明的优点。
本发明再有一个目的是提供一种鲑鳟鱼类通用的SNP分子标记组合。
本发明另有一个目的是提供一种所述的鲑鳟鱼通用的SNP分子标记组合进行鲑鳟鱼遗传多态性评估的方法,本发明的SNP分子标记数量充足，能够通过SNP分子标记广泛深入地用于鲑鳟鱼类的遗传多态性评估。
本发明还有一个目的是提供一种利用所述的鲑鳟鱼通用的SNP分子标记组合进行鲑鳟鱼类制种评估的方法，本发明通过SNP分子标记组合的基因型分析进行鲑鳟鱼的制种评估，操作简便、效率高。
为此，本发明提供的技术方案为：
鲑鳟鱼通用的SNP分子标记组合，该SNP分子标记包含96个SNP分子标记，所述96个SNP分子标记的碱基序列分别为如SEQ ID NO:1～96所示的核苷酸序列。
一种利用所述的鲑鳟鱼通用的SNP分子标记组合进行鲑鳟鱼遗传多态性评估的方法，包括如下步骤：
步骤一、获取待评估鲑鳟鱼的基因组DNA；
步骤二、利用所述基因组DNA获得每尾鲑鳟鱼的多个SNP分子标记位点的基因型；
步骤三、利用生物信息学软件根据孟德尔遗传规律分析步骤二中得到的每尾鲑鳟鱼的多个SNP分子标记位点的基因型的结果，分析得到待评估鲑鳟鱼的多态位点信息，以判断待评估鲑鳟鱼的种质遗传资源多样性程度；
其中，所述多个SNP分子标记被包含于所述96个SNP分子标记中。
优选的是，所述的方法中，所述步骤一中，所述基因组DNA从该鲑鳟鱼的鳍条、肌肉或血液得到。
一种利用所述的鲑鳟鱼通用的SNP分子标记组合进行鲑鳟鱼类制种评估的方法，包括如下步骤：
步骤一、获取需要进行制种评估的鲑鳟鱼的基因组DNA；
步骤二、获得每尾鲑鳟鱼的多个SNP分子标记位点的基因型；
步骤三、利用生物信息学软件根据孟德尔遗传规律分析步骤二中得到的每尾鲑鳟鱼的多个SNP分子标记位点的基因型的结果，分析得到所述需要进行制种评估的鲑鳟鱼的分型信息，判断出需要进行制种评估的鲑鳟鱼之间的亲缘关系，以确定该鲑鳟鱼是否适合做为亲本进行繁育；
其中，所述多个SNP分子标记被包含于所述96个SNP分子标记。
优选的是，所述的方法中，所述步骤一中，所述基因组DNA从该鲑鳟鱼的鳍条、肌肉或血液得到。
本发明至少包括以下有益效果：
本发明开发鲑鳟鱼4属7种中共有的96个SNP位点，作为鲑鳟鱼类通用的分子标记。本发明利用该组96个SNP位点进行了鲑鳟鱼的制种评估，用于鲑鳟鱼繁育亲本的遗传筛查。本发明利用该组96个SNP位点对鲑鳟鱼的遗传多态性进行了评估，在种群遗传多态性下降时可适时引入外来亲本，维持种群遗传多样性。SNP分子标记数量大、基因组覆盖率高，分型操作简单快速，分型准确度高。基于目前SNP分型技术的特点对SNP进行的筛选，96个位点分别位于虹鳟鱼的29条染色体上。这既满足了SNP位点在全基因组范围内的覆盖(除第25号常染色体)，也有效地避免了连锁不平衡。
本发明的其它优点、目标和特征将部分通过下面的说明体现，部分还将通过对本发明的研究和实践而为本领域的技术人员所理解。
附图说明
图1为本发明其中一个实施例中54尾鲑鳟鱼样本基于Neighbor-joining算法的进化树构建情况；
图2为本发明其中一个实施例中48尾虹鳟鱼样本基于Neighbor-joining算法的进化树构建情况。
具体实施方式
下面结合附图对本发明做进一步的详细说明，以令本领域技术人员参照说明书文字能够据以实施。
应当理解，本文所使用的诸如“具有”、“包含”以及“包括”术语并不配出一个或多个其它元件或其组合的存在或添加。
发明人通过对94尾不同种属的鲑鳟鱼进行SNP分型，获得了超过5.7万个有效SNP位点，其中所有鲑鳟鱼通用的有效多态位点2245个，基于参考虹鳟鱼基因组，从其中进一步选择出位于29条不同染色体上的96个鲑鳟鱼共有SNP有效多态位点(“96SNP array”)并对这96个SNP位点在鲑鳟鱼遗传多态性评估和制种评估中的作用进行了研究。
本发明采用的一个核心技术为：“96SNP array”
使用简要介绍
首先，提取鲑鳟鱼基因组DNA(对DNA质量要求较高，适宜浓度为60-100ng/μL)，取样可以是活鱼鳍条、肌肉、血液(在不影响鱼存活的情况下)。然后用本发明设计的“96SNParray”(见表1)对基因组DNA进行SNP分型。
表1 “96SNP array”中96个SNP位点的具体信息
实施例1鲑鳟鱼通用的SNP分子标记用于种质遗传资源多态性评估的应用
如表1所示，本发明提供用于鲑鳟鱼种质遗传资源多态性评估的SNP分子标记组合，所述SNP分子标记组合为，碱基序列如SEQ ID NO:1～96。本发明提供的SNP分子标记组合用于鲑鳟鱼类，结果准确，可高效率、高通量、应用简便的检测SNP分子标记多态及亲缘关系。
一种利用所述的鲑鳟鱼通用的SNP分子标记组合进行鲑鳟鱼遗传多态性评估的方法，包括如下步骤：
步骤一、获取待评估种质鲑鳟鱼的基因组DNA。优选的是，所述的用于鲑鳟鱼多态性评估的方法中，所述步骤一中，所述基因组从该鲑鳟鱼的鳍条、肌肉、或血液得到。
步骤二、获得每尾鲑鳟鱼的多个SNP分子标记位点的基因型。
步骤三、利用生物信息学软件根据孟德尔遗传规律分析步骤二中得到的每尾鲑鳟鱼的多个SNP分子标记位点的基因型的结果，分析得到待鉴鲑鳟鱼的多态位点信息，以判断待鉴定鲑鳟鱼的种质遗传资源多样性。
步骤四、种质资源遗传多态性评估：
利用CERVUS3.0.7计算SNP分型结果的遗传多态性，例如，等位基因频率(allelefrequency)、期望杂合度(expected heterozygosity(HExp))、多态信息含量(polymorphicinformation content(PIC))、排除概率(combined non-exclusion probability(NE-P))，哈代温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium(HWE))，无效等位基因(null allele)等，见表2。PIC的平均值为0.353，最高值为0.375，最低值为0.258。PIC低于0.3的仅有两个位点AX89939691和AX89923395。虽然由于1个SNP位点包含两个等位基因会使SNP位点存在着多态信息含量较低的特性。然而本发明所包含的96个SNP位点的遗传多样性仍然较高(PIC≥0.3)，这说明该组位点能够满足鲑鳟鱼种质遗传资源多态性评估的需要。
表2 96个SNP位点的遗传多态性
a number of alleles(等位基因数)，b Number of genotypes(基因型数)，cobserved heterozygosity(实际杂合度)，d expected heterozygosity(期望杂合度)，epolymorphic information content(多态信息含量)，fnon-exclusion probability(first parent)(排他概率(第一亲本))，g non-exclusion probability(second parent)(排他概率(第二亲本))，h non-exclusion probability(parent pair)(排他概率(亲本对))，i non-exclusion probability(identity)(排他概率(同一性))，j non-exclusionprobability(sib identity)(排他概率(近亲同一性))，k Hardy-Weinberg(哈代温伯格平衡)，l null allele frequency(无效等位基因)。
步骤五、选择鲑鳟鱼4属7种共56尾鱼进行基于进化树的多态性评估。具体样本信息见表3。根据分型结果使用MEGA6软件Neighbor-joining方法进行进化树的构建。通常来说，各进化分支距离越远亲缘关系越远，节点越长进化距离越远。由此可初步评估鲑鳟鱼养殖群体间某一物种的群体遗传多态性程度，在种群遗传多态性下降时可适时引入外来亲本，维持种群遗传多样性。结果见图1。
实施例2鲑鳟鱼通用的SNP分子标记在实际群体制种评估中的应用
为了验证整套SNP分子标记在实际群体中进行推断的可行性及其在制种评估中的准确性做了验证，发明者选择了虹鳟6个来源不同的种群的48尾鱼进行种内亲缘关系鉴定。具体样本信息见表3。
一种利用所述的鲑鳟鱼通用的SNP分子标记组合进行鲑鳟鱼类制种评估的方法，以虹鳟鱼为例，包括如下步骤：
步骤一、获取待评估种质虹鳟鱼的基因组DNA。优选的是，所述的用于鲑鳟鱼制种鉴定的方法中，所述步骤一中，所述基因组从该虹鳟鱼的血液得到。
步骤二、获得每尾虹鳟鱼的多个SNP分子标记位点的基因型。
步骤三、利用生物信息学软件根据孟德尔遗传规律分析步骤二中得到的每尾虹鳟鱼的多个SNP分子标记位点的基因型的结果，分析得到待鉴虹鳟鱼的分型信息，判断出待鉴定种质虹鳟鱼之间的亲缘关系，以确定待鉴定虹鳟鱼是否适合做为亲本进行繁育。
最后根据分型结果利用软件对样本进行亲缘关系分析。亲缘关系分析使用MEGA6软件进行进化树的构建，采用该软件Neighbor-joining方法推断亲缘关系，分枝树越近亲缘关系相近的可能性越大。
利用上述的“96SNP array”进行实验，实验结果见图2。
图2中，A07～H07，A08～H08，A09～H09分别为不同采样地区的虹鳟，A10～H10，A11～H11，A12～H12分别为不同采样地区的金鳟。从图2中可看出，使用96个SNP分子标记的情况下，可以准确推断不同地区不同来源的样本，进化树聚类结果与真实样本群体来源完全一致，样本亲缘关系鉴定效率较高，准确，推断效果好。
表3实施例中94尾鲑鳟鱼的样本信息
本发明开发了鲑鳟鱼通用的96个SNP位点分子标记，对4属7个鲑鳟物种基因组DNA进行SNP基因型分型，并设计了一个可以用于遗传多态性评估和制种评估的96-SNP分子标记组合。选取的96个SNP分子标记均具有较高的遗传多态性(表2)。获得96个我国养殖群体的多态性丰富位点。
在本发明中，我们选取鲑鳟鱼4属7种共94尾作为实验样本以鉴定该96-SNP标记组合在制种评估中的可应用性，实验结果表明，该96-SNP标记组合可以用于鲑鳟鱼类的制种评估和亲本选择。本研究中探索开发的用于鲑鳟鱼制种评估的SNP标记组合可用于鲑鳟鱼繁育亲本的遗传筛查，选择亲缘关系较远的亲本，避免近交衰退，为鲑鳟鱼的繁殖与育种工作提供便利。在不同连锁群(染色体)上分别筛选用于亲权鉴定的位点，获得一组96个可用于苗种鉴定和制种评估的位点集群，并在繁育群体中进行了验证和应用。
综上，通过观测样本验证的结果表明本发明具备较大实际应用价值。
尽管本发明的实施方案已公开如上，但其并不仅仅限于说明书和实施方式中所列运用，它完全可以被适用于各种适合本发明的领域，对于熟悉本领域的人员而言，可容易地实现另外的修改，因此在不背离权利要求及等同范围所限定的一般概念下，本发明并不限于特定的细节和这里示出与描述的图例。
SEQUENCE LISTING
<110> 中国水产科学研究院
<120> 鲑鳟鱼通用的SNP分子标记组合及其应用
<130> 2016
<160> 96
<170> PatentIn version 3.5
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<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
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cgaattgatt ttttcagctg gctaatgtta taagt[A/C]cagg attgtccaga aatggttcca 60
caaacgtgac g 71
<210> 31
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 31
ctccctaagt gttctgtttt aacgttagca atgat[A/G]agat ttttaatttg aacaattacc 60
tctgtcttac t 71
<210> 32
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 32
ctgctcgttc atattccttt cattccataa aatag[C/T]attg tgttcatttc ctgtaagtat 60
cagtagatag g 71
<210> 33
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 33
gaaatgatgc atgcccgtca aatatttccc atctt[G/T]ttgt tagctaattc attcaactgt 60
gatataaacc t 71
<210> 34
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 34
gccccaagac atagacatag ttgttcctga agttg[A/G]acat gactttaaat aggctaaagt 60
tgtgatacct g 71
<210> 35
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 35
ggaaatatgc aatggttctt ttcactcatg gtgat[A/G]aact caaaaaccaa ccaatcgaag 60
aaaaaataca g 71
<210> 36
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 36
ggctgtaact caactacagg ctcaactaca actgt[A/C]tggt gagatgcttg gtggaagctt 60
tgaataggtc a 71
<210> 37
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 37
gtacgagaca cctgcacaca ggagaataat aatgt[C/T]ggtg tttgaactgc aaaaccaaat 60
caactgcatg a 71
<210> 38
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 38
gtgcgatatg tttcatcatg gctgtgacag agaac[A/G]catt ggccacatca acacgctctt 60
acagtatgaa g 71
<210> 39
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 39
taatatttat ggtcagggat atgtttaaaa attct[G/T]atga gctaacgtgg ctaattttga 60
aacatctcct t 71
<210> 40
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 40
tagagttgat gttggaacct aaaaagctta tagag[A/C]taat tttggagcct cagcagattc 60
tagagttgat g 71
<210> 41
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 41
taggttcctt taatttgaga ccacaggaag ataat[G/T]gttg aagtaaatca aaactgggtt 60
tagttcctag c 71
<210> 42
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 42
tattaagact gatcgatttt taatgcatta attat[A/C]atct aatgtctgtg atattaagga 60
ttttgctttt g 71
<210> 43
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 43
tattgaggtt gtttgtaagt ttgtaacgat ggtac[C/T]tttt ttgcactgct tctatagatg 60
ttatttgatt t 71
<210> 44
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 44
tatttaaaat ggggaaagaa ttggattcca taagta[A/C]ttt ttctttgtga tttctgcagc 60
caaaaatgcc t 71
<210> 45
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 45
tcaaatatat ttcttagagc agaatgaaat cagtc[A/C]attc aacaaggggt ggaggtatgg 60
atacaaatca g 71
<210> 46
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 46
tcagtcaggc aagctcaatg ttgtatgttg tacta[C/T]acaa aaccataaac tgtactgttc 60
tctcattatc c 71
<210> 47
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 47
tcctcaaagg atattcctat ttatagtata gaaaa[C/T]ggac tgaaaatggg aggaactacc 60
tgtatgctct t 71
<210> 48
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 48
tcgctaattc actcttggga agtttcctca attag[C/T]ctgt ccagactcca tctcttaata 60
acagttcaaa t 71
<210> 49
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 49
tcgtctctgt tccactggtt tacatttgta agcga[A/C]gcaa cgtttctgcc tgctgttaaa 60
atacaactag t 71
<210> 50
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 50
tctctgcaga gggactccta ttgagttata agtac[A/G]gcag ccttatcact ttctattcat 60
ctcctgtatt t 71
<210> 51
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 51
tctgtgtttt ctgcagaaag atgcactgaa agtat[A/G]ggga ggggggcatg tccatagggg 60
gagcaaaatg t 71
<210> 52
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 52
tcttaacatc agcaacagtc tttaaaataa cgttg[A/G]cact gtcataacct gtggtaaacc 60
tgcatagttg a 71
<210> 53
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 53
tgcagcattc gaaatgagga catcataatc atagg[C/T]tatg gatatgagct gttgaaattt 60
ccaccacgct g 71
<210> 54
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 54
tgcataaggt tgacaaagca ctatggaatt tcgca[C/T]gggt attgttctag tgttattggt 60
tgcagaaaca g 71
<210> 55
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 55
tgcccatatg tttggaatag tgggtggaaa catag[G/T]ggaa agtgtaacat gcaaatgtta 60
ctcctccata g 71
<210> 56
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 56
tgctcaaaac ctcccgtgtt cttacgctgc agcac[C/T]tagt aagagcatga ggtatagggt 60
aggctagcca a 71
<210> 57
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 57
tggagaatgt cttccttgta cagagcgttg agaat[A/G]cctg caatgacaac aagctcagtc 60
cgatgatgct g 71
<210> 58
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 58
tggcctcctt gacctgggca ttttttcaga aatta[A/C]acat agtaggctac ttctatagga 60
attgtgaaga c 71
<210> 59
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 59
ttctggtgaa aagtgaaata cttttgaaga gcatt[A/C]attt aaatattcaa tacgttgcat 60
atattatgta a 71
<210> 60
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 60
ttttcccctg ataatctgcg gctgttaaaa gttgg[C/T]ggga cttgctctgt gtgttgaggt 60
cattgcttgt t 71
<210> 61
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 61
aaatgtatat aaaacaaact agtctatgat agtgc[C/T]tgca ttattgcatt tgctcacata 60
tgtattgtgt g 71
<210> 62
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 62
aatgtgcgct tatccagcgt acttctatcc cttcc[C/T]tgca ttccactgac ctctttaccg 60
aatctatcac c 71
<210> 63
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 63
aattgcaatc aagtgtaatt gatcatgatg aatat[A/C]tact atatcaataa tgaaagaaac 60
cattcccacc a 71
<210> 64
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 64
acaggttctg acaatgttgt gtgaaaataa aattt[C/T]cgtg caagagagaa gtgaccaaca 60
aaatactgct g 71
<210> 65
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 65
actgcagaag ctcaacctat tgaaatgcct tttcc[G/T]ctct atggaatgac aaaagctact 60
tcagacggcg a 71
<210> 66
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 66
acttaagctt tgtaattgag caatacatac agtat[A/G]tttt ctacagtaaa aaagaggtga 60
cacaaaggtg t 71
<210> 67
<211> 65
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 67
atagatatcc accaggtatt tcctttcac[A/C] attccaactc tttctcatcc gtgcagacta 60
ggtaa 65
<210> 68
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 68
ataggtaaag acagtctggc cacccttcat ctatc[C/T]gaga agatccaatc tagctatcaa 60
agttttggcc c 71
<210> 69
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 69
attggctaaa ctgaaaacgt ttgaaaacgt aaaac[A/G]ttta acaataggta gaacagtgcc 60
catgaaaaga c 71
<210> 70
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 70
atttctattg atagccattt tcatttggac gcaga[A/G]gatg cattagcagt tgtgaactac 60
ggtgccttca g 71
<210> 71
<211> 48
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 71
caagttgggt gg[A/G]agcgttt ggacacagta tatatcccag atgtgcct 48
<210> 72
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 72
caattttcat ggtttgaaaa tatgaaattg ccagg[A/C]catt ttgttagagg gaaaaaaaac 60
ggtttcattt c 71
<210> 73
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 73
cacaatgtaa ttataatcca ataactgcag gtagt[C/T]acac tgaaatatta tgttatattg 60
tcacatacaa t 71
<210> 74
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 74
ccattgtgtt agcattgctc gtcatcattg aaata[A/G]ggaa ggctatatta ttatcatcaa 60
ttccaaactt t 71
<210> 75
<211> 44
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 75
ccctgcac[A/G]g gctctgtttt tattaacggc ttgttaacat atat 44
<210> 76
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 76
ctgaatataa catccccctg tctgaactga acagg[C/T]gctt ctccaaaacc aaatgataaa 60
cttttgtatt c 71
<210> 77
<211> 67
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 77
cttgagtatg ctgcaaaagt tacacttgag t[G/T]gtttatgg tttacataca tttctgagca 60
cctccca 67
<210> 78
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 78
gacgaacaca aacagtcttc tcattaagaa cgtgt[C/T]atct atgacatcaa aaaaataaac 60
cccacctgaa g 71
<210> 79
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 79
gagcagcacg cagcagctaa caacagctaa gctag[A/G]aacc gataaagttc ttcagaatgt 60
tctctcctgt t 71
<210> 80
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 80
gagctgatgt agtttcccca tccttctgtt taatg[A/G]tgtg atcaagtaaa gaaaatgtat 60
ccatatggac t 71
<210> 81
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 81
gatggacatg tgaattgtcc aatagatatg gatgg[C/T]gtca ttggtacaac tacatgttta 60
aaccgtctcc a 71
<210> 82
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 82
gcagagtaca gacttgattt tgtgcaggga aaaat[A/G]gaat gaaagcactt acaaaactga 60
acaatgtaat t 71
<210> 83
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 83
ggaaccacag ggagggcagg aggaacaaaa gtgtc[C/T]gcag cgttttcatg gaaatactca 60
gagacagaag g 71
<210> 84
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 84
ggaatatgcc atgtgagacc ccacaaaagt taatc[A/G]catg aaaatcaaca ttttttaaaa 60
tagacgattt g 71
<210> 85
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 85
ggagatgacc cctcgatatc gagtctggcc acggc[C/T]catt tgcatacatt agggagccca 60
aactccactg g 71
<210> 86
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 86
ggatgtttag aatggtacat gtcctgaccg ggttt[C/T]gtct gtgtcttttt tggatggttt 60
atttcttctc t 71
<210> 87
<211> 70
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 87
ggtgcttgtc accttggccg tgtggttgat gcta[C/T]tagtc agagattgtg tatttctccc 60
ttcccccatt 70
<210> 88
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 88
ggttctttcc accaccacca cactctgaac atggc[C/T]ttgc tgatgaacac cagttagcca 60
gactgaatca t 71
<210> 89
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 89
gtattgtttt tctctgtctg gtttgagttt tgatg[A/G]aagt gcgtctatca ttgtgtagta 60
gctcctaaat c 71
<210> 90
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 90
gtgcatgaaa agtagacaac tggccatatt agtaa[A/G]agca atagtttgtt taaccttagt 60
gtaactagca a 71
<210> 91
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 91
gtttcggtct ctgcagttcg ctgtggtccc ttctc[C/T]gttt cgtggcgtaa ttacgccaat 60
tgtccccaag g 71
<210> 92
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 92
taacactcag ctttccaaga aaacaaacag tgaga[C/T]attt gtctgtttgc atatattttg 60
gaagatgtgt a 71
<210> 93
<211> 49
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 93
tataaaaatt att[A/C]aaatcc caaattgtac taattcttct ctctctctg 49
<210> 94
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 94
tcagccgcat ggagaagata atctctggaa aactc[A/C]attt ggagctcaaa gccgtcacag 60
ccttaacctt t 71
<210> 95
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 95
tcatagagct ttcatcttgt cattcgaaag gaata[G/T]gttt ccaaagttta taactttccc 60
aattcatatg t 71
<210> 96
<211> 71
<212> DNA
<213> 虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）
<400> 96
tcccccttcc agctattggg gtaaaattca tagtg[C/T]ggtt tcaaaatata tatggcacgg 60
taagcaagcc c 71

Claims (5)

1.鲑鳟鱼通用的SNP分子标记组合，其特征在于，该SNP分子标记组合包含96个SNP分子标记，所述96个SNP分子标记的碱基序列分别为如SEQ ID NO:1～96所示的核苷酸序列。
2.一种利用权利要求1所述的鲑鳟鱼通用的SNP分子标记组合进行鲑鳟鱼遗传多态性评估的方法，其特征在于，包括如下步骤：
步骤一、获取待评估鲑鳟鱼的基因组DNA；
步骤二、利用所述基因组DNA获得每尾鲑鳟鱼的多个SNP分子标记位点的基因型；
步骤三、利用生物信息学软件根据孟德尔遗传规律分析步骤二中得到的每尾鲑鳟鱼的多个SNP分子标记位点的基因型的结果，分析得到待评估鲑鳟鱼的多态位点信息，以判断待评估鲑鳟鱼的种质遗传资源多样性程度；
其中，所述多个SNP分子标记被包含于所述96个SNP分子标记中。
3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，所述步骤一中，所述基因组DNA从该鲑鳟鱼的鳍条、肌肉或血液得到。
4.一种利用权利要求1所述的鲑鳟鱼通用的SNP分子标记组合进行鲑鳟鱼类制种评估的方法，其特征在于，包括如下步骤：
步骤一、获取需要进行制种评估的鲑鳟鱼的基因组DNA；
步骤二、获得每尾鲑鳟鱼的多个SNP分子标记位点的基因型；
步骤三、利用生物信息学软件根据孟德尔遗传规律分析步骤二中得到的每尾鲑鳟鱼的多个SNP分子标记位点的基因型的结果，分析得到所述需要进行制种评估的鲑鳟鱼的分型信息，判断出需要进行制种评估的鲑鳟鱼之间的亲缘关系，以确定该鲑鳟鱼是否适合做为亲本进行繁育；
其中，所述多个SNP分子标记被包含于所述96个SNP分子标记。
5.如权利要求4所述的方法，其特征在于，所述步骤一中，所述基因组DNA从该鲑鳟鱼的鳍条、肌肉或血液得到。
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Use of sequence data from rainbow trout and Atlantic salmon for SNP detection in Pacific salmon;CHRISTIAN T. SMITH等;《Molecular Ecology》;20051231;第14卷;4193-4203
鲑鳟通用型低通量单核苷酸多态性芯片的开发;邰如玉等;《渔业科学进展》;20190228;第40卷(第1期);54-61

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