CN107828902B - 一种与绵羊尾长相关的snp分子标记及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了检测绵羊尾长的SNP分子标记，位于第13号染色体第49051930处，其SNP分子标记的多态性为C/G；位于第13号染色体49132297处；其SNP分子标记的多态性为A/G。上述SNP分子标记可用于鉴定绵羊尾长和选育窄尾绵羊。
Description
技术领域
本发明属于遗传生物学领域，具体涉及一种与绵羊尾长相关的SNP分子标记及其应用。
背景技术
关于动物尾巴长度的研究比较少，国内外报道也非常少，但本身尾巴对于一些动物来说非常重要，比如猴子用来爬树，袋鼠用来平衡，绵羊的尾巴用来驱赶虫子，因此对绵羊尾巴的长度进行研究，对了解所有动物的尾巴的发育具有一定科学指导意义。
在日常生产过程中，绵羊的尾巴不利于交配，过长的尾巴使得交配异常困难，因此很多农场发明了断尾技术，但断尾会造成动物的疼痛，使得绵羊生长缓慢，同时也违背了动物福利，而且人工断尾需要耗费一定的人力。所以如何使得绵羊尾巴出生就很短是未来的一个发展趋势，随着分子育种时代的到来，解决这一问题变成了可能，通过分子育种可以有效的获得短尾巴品种，并且稳定遗传，从而解决尾巴过长问题。目前未见关于绵羊尾巴长度的相关报道。
发明内容
针对缺乏关于短尾/长尾直接相关的SNP分子标记等问题，本发明提供一种检测绵羊尾长的SNP分子标记。
本发明的另一目的是提供一种检测绵羊尾长SNP分子标记的特异引物。
本发明的再一目的是提供一种SNP分子标记在绵羊尾长鉴定中的应用及鉴定方法。
本发明还有一目的是提供一种SNP分子标记在绵羊育种中的应用。
为实现上述目的，本发明采用如下技术方案。
一种检测绵羊尾长的SNP分子标记，位于第13号染色体第49051930处（Chr13-49051930）；其SNP分子标记的多态性为C/G。
一种上述检测绵羊尾长的SNP分子标记的特异性引物，正向引物的序列如SEQ No.1所示，反向引物序列如SEQ No. 2所示。
一种检测绵羊尾长的SNP分子标记，位于第13号染色体49132297处（Chr13-49132297）；其SNP分子标记的多态性为A/G。
一种上述检测绵羊尾长的SNP分子标记的特异性引物，正向引物的序列如SEQ No.3所示，反向引物序列如SEQ No. 4所示。
一种上述SNP分子标记在鉴定绵羊尾长中的应用。
一种利用上述两个SNP分子标记鉴定绵羊尾长的方法，包括以下步骤：
（1）提取待测绵羊的DNA；
（2）以待测绵羊基因组DNA为模板，利用SNP分子标记的特异性引物进行PCR扩增，获得PCR产物；
（3）对PCR产物进行测序，分析基因型；
（4）结果判断：根据基因型不同判断绵羊属于短尾、中短尾或长尾。
所述步骤（4）中判定标准为：第13号染色体49051930处基因为CC，第13号染色体49132297处基因为AA时，尾长表现为长尾；第13号染色体49051930处基因为CG，第13号染色体49132297处基因为AG时，尾长表现为中短尾；第13号染色体49051930处或第13号染色体49132297处基因为GG，尾长表现为短尾。
优选地，绵羊的DNA从血液中提取。
优选地，PCR扩增的退火温度为61℃。
一种上述两个SNP分子标记在选育短尾绵羊中的应用。
一种利用上述两个SNP分子标记选育短尾绵羊中的方法，包括以下步骤：不断选择并保留上述两个SNP分子标记为GG基因型的子代。
本发明具有以下优点：
本发明所提供的SNP分子标记，不受绵羊品种、年龄等限制，可用于尾长性状的早期选育，刚出生即可进行筛选，有效鉴定绵羊的尾长并进行分子育种，高效地获得短尾纯合子，维持短尾性状的稳定，获得短尾新品系。
附图说明
图1为实施例1中PCR产物凝胶电泳图；
图2为实施例1中基因分型图；
图3为实施例1中典型绵羊尾宽图；
图4为实施例1中SNP关联分析柱形图；
图5为为实施例2中PCR产物凝胶电泳图；
图6为实施例2中基因分型图；
图7为实施例2中SNP关联分析柱形图。
具体实施方式
下面结合实施例和附图对本发明做进一步说明，但本发明不受下述实施例的限制。
实施例1 利用SNP分子标记Chr13-49051930鉴定绵羊尾长。
试验对象为小尾寒羊与杜泊羊杂交绵羊（100只）、乌珠穆沁与澳洲美利奴杂交绵羊（100只）、鲁西黑头绵羊（100只）、小尾寒羊（100只）、滩羊绵羊（50只）、乌珠穆沁绵羊（50只）、湖羊（50只）、苏尼特羊（50只）、策勒黑羊（50只）、巴音布鲁克绵羊（50只），一月龄。
SNP分子标记的特异性引物为：
正向引物：5’-TACGACCCTTTCATTGGGGG-3’
反向引物：5’-ACAGTCACAGGTGGTGCAAT-3’
（1）采集绵羊的前腔静脉血5mL，通过酚氯仿法提取DNA；
（2）以待测绵羊基因组DNA为模板，利用SNP分子标记的特异性引物进行PCR扩增，扩增体系如表1所示，扩增程序如表2所示，获得PCR产物；各不同品种PCR产物在1%琼脂糖上进行电泳，如图1所示；
表1 扩增体系
表2 扩增程序
（3）对PCR产物进行测序，然后使用MEGA6软件对测序结果进行分析；根据测序峰图可将基因型分为三种类型：CC、CG、GG，如图2所示。
（4）结果判断：根据基因型不同判断绵羊属于短尾、中短尾或长尾。第13号染色体49051930处基因为CC，尾长表现为短尾；第13号染色体49051930处基因为CG，尾长表现为中短尾；第13号染色体49051930处基因为GG，尾长表现为长尾。
将试验对象饲养至9月龄，观察尾长，典型尾长表现性如图3所示，其SNP相关性分析如图4所示。第13号染色体49051930处基因为CC的绵羊，尾巴外观宽短，平均长度为16.26cm，尾长表现为短尾；第13号染色体49051930处基因为CG的绵羊，尾巴平均长度为19.52cm，尾长表现为中宽尾；第13号染色体49051930处基因为GG的绵羊，尾巴呈鞭形，平均长度为23.1 cm，尾长表现为长尾。根据基因型对羊羔尾长的判断，差异为极显著，与成年绵羊表现的尾长结果相符。
实施例2 利用SNP分子标记Chr13-49132297鉴定绵羊尾长。
试验对象为小尾寒羊与杜泊羊杂交绵羊（100只）、乌珠穆沁与澳洲美利奴杂交绵羊（100只）、鲁西黑头绵羊（100只）、小尾寒羊（100只）、滩羊绵羊（50只）、乌珠穆沁绵羊（50只）、湖羊（50只）、苏尼特羊（50只）、策勒黑羊（50只）、巴音布鲁克绵羊（50只），一月龄。
SNP分子标记的特异性引物为：
正向引物：5’- aatggggacacattttccaa -3’
反向引物：5’- tggctcttggtgagtggtta -3’
（1）采集绵羊的前腔静脉血5mL，通过酚氯仿法提取DNA；
（2）以待测绵羊基因组DNA为模板，利用SNP分子标记的特异性引物进行PCR扩增，扩增体系如表3所示，扩增程序如表4所示，获得PCR产物；各不同品种的PCR产物在1%琼脂糖上进行电泳，如图5所示；
表3 扩增体系
表4 扩增程序
（3）对PCR产物进行测序，然后使用MEGA6软件对测序结果进行分析；根据测序峰图可将基因型分为三种类型：CC、CG、GG，如图6所示。
（4）结果判断：根据基因型不同判断绵羊属于短尾、中短尾或长尾。第13号染色体49132297处基因为CC，尾长表现为短尾；第13号染色体49132297处基因为CG，尾长表现为中短尾；第13号染色体49132297处基因为GG，尾长表现为长尾。
将试验对象饲养至9月龄，观察尾长，其SNP相关性分析如图7所示：第13号染色体49132297处基因为CC的绵羊，尾巴外观宽短，平均长度为16.3cm，尾长表现为宽尾；第13号染色体49132297处基因为CG的绵羊，尾长表现为中宽尾，平均长度为19.5cm；第13号染色体49132297处基因为GG的绵羊，尾巴呈鞭形，平均长度为23.1 cm，尾长表现为长尾。根据基因型对羊羔尾长的判断，差异为极显著，与成年绵羊表现的尾长结果相符。
序列表
<110> 临沂大学
<120> 一种与绵羊尾长相关的SNP分子标记及其应用
<130> 20171023
<160> 4
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 1
tacgaccctt tcattggggg 20
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 2
acagtcacag gtggtgcaat 20
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 3
aatggggaca cattttccaa 20
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 4
tggctcttgg tgagtggtta 20
Claims (5)
1.一种绵羊尾长SNP分子标记鉴定绵羊尾长的方法，其特征在于，包括以下步骤：
（1）提取待测绵羊的DNA；
（2）以待测绵羊基因组DNA为模板，利用SNP分子标记的特异性引物进行PCR扩增，获得PCR产物；
（3）对PCR产物进行测序，分析基因型；
（4）结果判断：根据基因型不同判断绵羊属于短尾、中短尾或长尾：第13号染色体49051930处基因为CC时，尾长表现为短尾；第13号染色体49051930处基因为CG时，尾长表现为中短尾；第13号染色体49051930处基因为GG，尾长表现为长尾；
所述特异性引物的正向引物序列如SEQ No. 1所示，反向引物序列如SEQ No. 2所示。
2.一种绵羊尾长SNP分子标记鉴定绵羊尾长的方法，其特征在于，包括以下步骤：
（1）提取待测绵羊的DNA；
（2）以待测绵羊基因组DNA为模板，利用SNP分子标记的特异性引物进行PCR扩增，获得PCR产物；
（3）对PCR产物进行测序，分析基因型；
（4）结果判断：根据基因型不同判断绵羊属于短尾、中短尾或长尾：第13号染色体49132297处基因为AA时，尾长表现为短尾；第13号染色体49132297处基因为AG时，尾长表现为中短尾；第13号染色体49132297处基因为GG，尾长表现为长尾；
所述特异性引物的正向引物序列如SEQ No. 3所示，反向引物序列如SEQ No. 4所示。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，绵羊的DNA从血液中提取。
4.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，PCR扩增的退火温度为61℃。
5.一种利用如权利要求1-4任一所述方法选育短尾型绵羊的方法，其特征在于，包括以下步骤：不断选择并保留SNP分子标记不含G的基因型的子代。
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| "不同尾型绵羊全基因组关联分析、拷贝数变异及选择信号检测";朱才业;《中国博士学位论文全文数据库 农业科技辑》;20170731;摘要第1-2段，第4页第2-4段 * |
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