CN105969891B - 一种杏鲍菇菌种鉴别的方法及专用dna条形码片段 - Google Patents
一种杏鲍菇菌种鉴别的方法及专用dna条形码片段 Download PDFInfo
- Publication number
- CN105969891B CN105969891B CN201610555271.2A CN201610555271A CN105969891B CN 105969891 B CN105969891 B CN 105969891B CN 201610555271 A CN201610555271 A CN 201610555271A CN 105969891 B CN105969891 B CN 105969891B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- primer
- pleurotus eryngii
- sequence
- bar code
- quel strains
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Botany (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种杏鲍菇菌种鉴别的方法及专用DNA条形码片段。本发明提供了DNA片段，为如下1)或2)：1)、序列3所示的DNA片段；2)、为与1)所示片段的核苷酸序列同源性大于99％的片段。本发明提供的杏鲍菇DNA条形码片段，其可以用于鉴别杏鲍菇菌种，用该片段鉴别有利于缩短杏鲍菇菌种鉴定时间，提高鉴定准确性，用该方法最快48小时可以准确鉴定杏鲍菇菌种，避免栽培出菇以后才发现菌种错误的后果。
Description
技术领域
本发明涉及生物技术领域，尤其涉及一种杏鲍菇菌种鉴别的方法及专用DNA条形码片段。
背景技术
改革开放以来，我国食用菌产业迅速发展，已成为世界上最大的食用菌生产大国。杏鲍菇是近年来栽培成功的集食用、药用、食疗于一体的珍稀食用菌新品种。杏鲍菇营养丰富，富含蛋白质、碳水化合物、维生素及钙、镁、铜、锌等矿物质，可以提高人体免疫功能，对人体具有抗肿瘤、降血脂、润肠胃以及美容等作用。菌种在杏鲍菇产业的发展中起着重要的、不可替代的作用。近年来菌种事故多数是菌种错误造成的，不法从业者利用假冒伪劣菌种扰乱市场，谋取不当利益。因此，杏鲍菇菌种的真实性检测显得至关重要。常规检测手段主要有：肉眼感官观察、菌丝生长速度、农艺性状和商品性状检验、同工酶电泳法、ISSR法等。这些方法耗时多，具有一定的组织与发育阶段的特异性，结果不可靠。
DNA条形码技术利用一段通用的DNA序列，对物种进行快速准确鉴定。该技术鉴定样品不受其生长发育阶段影响、所需材料少，简单便捷，所需时间短，结果可靠，可以实现对杏鲍菇菌种快速准确的物种鉴定。
发明内容
本发明的一个目的是提供一种DNA片段。
本发明提供的DNA片段，为如下1)或2)或3)：
1)、序列3所示的DNA片段；
2)、序列3第21-374位核苷酸所示的DNA片段；
3)、为与1)或2)所示片段的核苷酸序列同源性大于99％的片段。
本发明的另一个目的是提供所述DNA片段的新用途。
本发明提供了所述DNA片段在鉴别或辅助鉴别杏鲍菇菌种中的应用。
本发明第3个目的是提供检测杏鲍菇菌种基因组中是否含有所述DNA片段的物质的新用途。
本发明提供了检测杏鲍菇菌种基因组中是否含有所述DNA片段的物质在鉴别杏鲍菇菌种中的应用。
上述应用中，所述检测杏鲍菇菌种基因组中是否含有所述DNA片段的物质为如下1)或2)：
1)用于扩增所述DNA条形码片段的引物对；
2)含有所述引物对的PCR试剂或试剂盒。
上述应用中，所述引物对由序列表中序列1所示的单链DNA分子和序列表中序列2所示的单链DNA分子组成。
或所述PCR试剂中，所述引物1和所述引物2的摩尔比为1:1。
或所述PCR试剂中，所述引物1和所述引物2的浓度均为10μmol/L。
本发明第4个目的是提供一种鉴别或辅助鉴别杏鲍菇菌种的方法。
本发明提供的方法，包括如下步骤：检测待测样品中是否含有所述DNA片段；如果含有，则待测样品为或候选为杏鲍菇菌种；如果不含有，则待测样品不为或候选不为杏鲍菇菌种。
上述方法中，
所述检测待测样品中是否含有所述DNA片段的方法包括如下步骤：
1)用序列表中序列1所示的单链DNA分子和序列表中序列2所示的单链DNA分子组成的引物对对待测样品进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；
2)测序所述PCR扩增产物，将所述PCR扩增产物的序列与所述DNA片段进行比对，若同源性大于99％，则待测样品中含有所述DNA片段，若同源性小于等于99％，则待测样品中不含有所述DNA片段。
上述方法中，
所述PCR扩增的模板为待测样品的基因组DNA。
本发明第5个目的是提供检测杏鲍菇菌种基因组中是否含有所述DNA片段的物质。
本发明提供的检测杏鲍菇菌种基因组中是否含有所述DNA片段的物质，其为如下1)或2)：
1)用于扩增所述DNA条形码片段的引物对；
2)含有所述引物对的PCR试剂或试剂盒。
上述物质中，所述引物对由序列表中序列1所示的单链DNA分子和序列表中序列2所示的单链DNA分子组成。
或所述PCR试剂中，所述引物1和所述引物2的摩尔比为1:1。
或所述PCR试剂中，所述引物1和所述引物2的浓度均为10μmol/L。
为克服感官检验、栽培试验、生化及传统分子标记鉴定杏鲍菇菌种的缺陷，本发明提供了一种杏鲍菇(Pleurotus eryngii)菌种DNA条形码鉴定方法，可以快速准确地鉴别杏鲍菇菌种。本发明的实验证明，本发明提供的杏鲍菇DNA条形码片段，其可以用于鉴别杏鲍菇菌种，用该片段鉴别有利于缩短杏鲍菇菌种鉴定时间，提高鉴定准确性。用该方法最快48小时可以准确鉴定杏鲍菇菌种，避免栽培出菇以后才发现菌种错误的后果。
具体实施方式
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
实施例1、杏鲍菇菌种鉴别DNA条形码片段的获得及方法的建立
1、杏鲍菇菌种的基因组DNA获得
提取杏鲍菇菌种的基因组DNA。
2、PCR扩增
以上述1得到的基因组DNA为模板，用引物728F和引物1567R进行PCR扩增。
728F：5'-CATCGAGAAGTTCGAGAAGG-3'(序列1)
1567R：5'-ACHGTRCCRATACCACCRATCTT-3’(序列2)
上述PCR扩增体系为如下表1：
表1为PCR反应体系的组成(25μL)
上述PCR扩增程序为：94℃预变性5min；94℃变性30s，65℃退火55s，每个循环降低1℃，72℃延伸90s，10个循环；94℃变性30s，55℃退火55s，72℃延伸90s，36个循环；最后72℃7min。
得到850bp左右的PCR扩增产物。
将850bp左右的PCR扩增产物送去测序，测序引物为728F和Efjr；引物序列为：Efjr:5'-TGYTCNCGRGTYTGNCCRTCYTT-3'。
该PCR产物具有序列表中序列3所示的核苷酸，其中序列3第1-20位为上游引物728F，序列3第375-397位为下游引物Efjr的反向互补序列，该序列所示的片段或序列3第21-374为杏鲍菇菌种鉴别DNA条形码片段。
杏鲍菇菌种鉴别DNA条形码片段可用于鉴别杏鲍菇菌种，具体方法如下：
检测待测样品的基因组中是否含有杏鲍菇标准鉴别DNA条形码片段或含有与其同源性在99％以上的片段，若含有，则待测样品是杏鲍菇菌种，若不含有，则待测样品不是杏鲍菇菌种。
实施例2、鉴别杏鲍菇菌种
1、本发明方法特异性检测
分别提取已知品种的杏鲍菇菌种、鲍鱼菇(Pleurotus abalonus)菌种的基因组DNA。
以各品种的基因组DNA作为模板，用上述引物728F和1567R扩增，得到各品种的PCR产物。
将各品种的PCR产物送去测序，结果如下:
已知品种的杏鲍菇菌种的PCR产物的核苷酸序列为序列3(杏鲍菇鉴别DNA条形码片段)。
已知品种的鲍鱼菇菌种的PCR产物的核苷酸序列为序列4(序列4第1-20位为上游引物728F，序列4第385-407位为下游引物Efjr的反向互补序列)；
已知品种的杏鲍菇菌种用本发明方法也鉴别为杏鲍菇菌种；
已知品种的鲍鱼菇菌种的PCR产物的序列4第21-384位核苷酸与杏鲍菇菌种鉴别DNA条形码片段序列3第21-374位核苷酸进行比对，同源性为75.4％，已知品种的鲍鱼菇菌种用本发明方法鉴别不为杏鲍菇菌种。
2、ITS鉴定与本发明方法比较
分别提取杏鲍菇菌种与鲍鱼菇菌种的基因组DNA。
以各品种的基因组DNA作为模板，用上述引物ITS1和引物ITS4扩增，得到各品种的PCR产物。
ITS1：5’-TCCGTAGGTGAACCTGCGG-3’
ITS4：5’-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3’
上述PCR扩增体系为表2：
表2PCR反应体系的组成(25μL)
上述PCR扩增程序为：94℃预变性5min；94℃变性30s，53℃退火30s，72℃延伸30s，30个循环；最后72℃10min。
得到700bp左右的PCR扩增产物。
将700bp左右的PCR扩增产物送去测序，得到鲍鱼菇ITS序列(序列5，其中1-19位为引物ITS1，670-689位为引物ITS4反向互补序列)与杏鲍菇菌种的ITS序列(序列6，其中1-19位为引物ITS1，659-678位为引物ITS4反向互补序列)。
序列5第20-669位与序列6第20-658位同源性为：80.7％，异质性为19.3％，即鲍鱼菇菌种与杏鲍菇菌种ITS序列的异质性为19.3％。而本方法得到的两者同源性为75.4％，异质性为24.6％。灵敏度高于ITS序列。
Claims (9)
1.一种专用DNA条形码在鉴别或辅助鉴别杏鲍菇菌种中的应用。
所述专用DNA条形码为序列3第21-374位核苷酸所示的DNA片段。
2.检测杏鲍菇菌种基因组中是否含有权利要求1中所述专用DNA条形码的物质在鉴别杏鲍菇菌种中的应用。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于:所述物质为如下1）或2）：
1）用于扩增所述专用DNA条形码的引物对；
2）含有所述引物对的PCR试剂或试剂盒。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于:所述引物对由引物1和引物2组成；所述引物1为序列表中序列1所示的单链DNA分子，所述引物2为序列表中序列2所示的单链DNA分子；
所述PCR试剂中，所述引物1和所述引物2的摩尔比为1:1，
所述引物1和所述引物2的浓度均为10 μmol/L。
5.一种鉴别或辅助鉴别杏鲍菇菌种的方法，包括如下步骤：检测待测样品中是否含有权利要求1中所述专用DNA条形码；如果含有，则待测样品为或候选为杏鲍菇菌种；如果不含有，则待测样品不为或候选不为杏鲍菇菌种。
6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于：
所述检测待测样品中是否含有权利要求1中所述专用DNA条形码的方法包括如下步骤：
1）用序列表中序列1所示的单链DNA分子和序列表中序列2所示的单链DNA分子组成的引物对对待测样品进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；
2）测序所述PCR扩增产物，将所述PCR扩增产物的序列与所述专用DNA条形码进行比对，若同源性大于99%，则待测样品中含有所述专用DNA条形码，若同源性小于等于99%，则待测样品中不含有所述专用DNA条形码。
7.根据权利要求5或6所述的方法，其特征在于：
所述PCR扩增的模板为待测样品的基因组DNA。
8.检测杏鲍菇菌种基因组中是否含有权利要求1中所述专用DNA条形码的物质，其为如下1）或2）：
1）用于扩增所述专用DNA条形码的引物对；
2）含有所述引物对的PCR试剂或试剂盒。
9.根据权利要求8所述的物质，其特征在于：
所述引物对由引物1和引物2组成；所述引物1为序列表中序列1所示的单链DNA分子，所述引物2为序列表中序列2所示的单链DNA分子；
所述PCR试剂中，所述引物1和所述引物2的摩尔比为1:1，
所述引物1和所述引物2的浓度均为10 μmol/L。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201610555271.2A CN105969891B (zh) | 2016-07-14 | 2016-07-14 | 一种杏鲍菇菌种鉴别的方法及专用dna条形码片段 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201610555271.2A CN105969891B (zh) | 2016-07-14 | 2016-07-14 | 一种杏鲍菇菌种鉴别的方法及专用dna条形码片段 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN105969891A CN105969891A (zh) | 2016-09-28 |
| CN105969891B true CN105969891B (zh) | 2018-02-06 |
Family
ID=56952449
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201610555271.2A Active CN105969891B (zh) | 2016-07-14 | 2016-07-14 | 一种杏鲍菇菌种鉴别的方法及专用dna条形码片段 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN105969891B (zh) |
Families Citing this family (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN113046470B (zh) * | 2021-05-07 | 2022-05-27 | 昆明理工大学 | 基因s9ap在检测杏鲍菇源性成分中的应用 |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN105063761A (zh) * | 2015-09-02 | 2015-11-18 | 云南大学 | 一种用dna条形码鉴别捕食线虫丝孢菌节丛孢属的方法 |
| CN105238794A (zh) * | 2015-09-09 | 2016-01-13 | 云南大学 | 一种鸡枞菌的dna条形码标准基因及其应用 |
-
2016
- 2016-07-14 CN CN201610555271.2A patent/CN105969891B/zh active Active
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN105063761A (zh) * | 2015-09-02 | 2015-11-18 | 云南大学 | 一种用dna条形码鉴别捕食线虫丝孢菌节丛孢属的方法 |
| CN105238794A (zh) * | 2015-09-09 | 2016-01-13 | 云南大学 | 一种鸡枞菌的dna条形码标准基因及其应用 |
Non-Patent Citations (3)
| Title |
|---|
| DNA 条形码技术及其在真菌研究中的应用;林惠娇 等;《植物检疫》;20131231;第27卷(第2期);12-14页 * |
| HG964251.1;无;《Genbank》;20140527;全文 * |
| 大型经济真菌的DNA 条形码研究—以我国剧毒鹅膏为例;蔡箐 等;《植物分类与资源学报 》;20121231;第34卷(第6期);3.2节 * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN105969891A (zh) | 2016-09-28 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN103898235B (zh) | 一种水蛭的dna条形码分子鉴定方法 | |
| CN105861642B (zh) | 一种史氏鲟性别差异性分子标记及检测史氏鲟性别的方法 | |
| CN101974649A (zh) | 一种鉴别建鲤的分子标记方法 | |
| CN104830969B (zh) | 一种三七分子身份证及鉴定方法 | |
| CN105969891B (zh) | 一种杏鲍菇菌种鉴别的方法及专用dna条形码片段 | |
| CN101348833A (zh) | 金耳与粗毛韧革菌的its区序列及用其鉴定金耳的方法 | |
| CN107345246A (zh) | 一种硅藻rbcL基因分析方法及其在法医检测中的应用 | |
| CN106811467B (zh) | 引物对及其在杨黄纤孔菌与桑黄纤孔菌鉴别中的应用 | |
| CN104611424B (zh) | 快速鉴别三叶青及其多种伪混品的pcr‑rflp方法 | |
| CN105969893B (zh) | 一种榆黄蘑菌种鉴别的方法及专用dna条形码片段 | |
| CN108950088A (zh) | 一种鉴别葡萄卷叶病毒3和葡萄茎痘病毒的双重pcr引物及方法 | |
| CN105950776B (zh) | 一种平菇菌种鉴别的方法及专用dna条形码片段 | |
| CN106755515A (zh) | 一种快速鉴定象牙参与糙海参的方法 | |
| CN103614484A (zh) | 一种蝙蝠蛾拟青霉菌粉的特异pcr鉴真方法 | |
| CN105734156A (zh) | 一种阿胶中驴、猪源性巢式荧光pcr检测引物、探针组合物、试剂盒及检测方法与应用 | |
| CN106498037A (zh) | 基于双阻滞位点特异性pcr的铁皮石斛鉴定方法 | |
| CN109609679A (zh) | 鉴别灵芝菌株gims1524的特征性核苷酸序列、核酸分子探针、试剂盒和方法 | |
| CN113151521B (zh) | 桑树赤锈病病原菌Puccinia sp.的核糖体RNA基因及其应用 | |
| CN105861711B (zh) | 罂粟种属特异性遗传标记检测体系 | |
| CN109628626B (zh) | 鉴定梯棱羊肚菌的特异性引物、试剂盒、方法及其应用 | |
| CN106701968A (zh) | 同时检测葡萄溃疡病菌和葡萄蔓枯病菌的引物及其应用 | |
| CN113430276A (zh) | 一种基于coⅰ基因鉴别绵羊毛与山羊毛的方法 | |
| CN114075564B (zh) | 马拉色菌的检测组合物、试剂盒及其检测方法 | |
| CN105567842B (zh) | 鉴定猴头菇猴杰2号的引物对及方法 | |
| CN109628625A (zh) | 鉴定六妹羊肚菌的特异性引物、试剂盒、方法及其应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| C06 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| C10 | Entry into substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| PE01 | Entry into force of the registration of the contract for pledge of patent right | ||
| PE01 | Entry into force of the registration of the contract for pledge of patent right |
Denomination of invention: Method for identifying Pleurotus eryngii strain and special DNA bar code fragment Effective date of registration: 20211216 Granted publication date: 20180206 Pledgee: Yantai financing guarantee Group Co.,Ltd. Pledgor: LUDONG University Registration number: Y2021980015152 |
|
| PC01 | Cancellation of the registration of the contract for pledge of patent right | ||
| PC01 | Cancellation of the registration of the contract for pledge of patent right |
Date of cancellation: 20220317 Granted publication date: 20180206 Pledgee: Yantai financing guarantee Group Co.,Ltd. Pledgor: LUDONG University Registration number: Y2021980015152 |