CN105331712B - 一种快速鉴定腌渍绵蜇种属的方法 - Google Patents

一种快速鉴定腌渍绵蜇种属的方法 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种快速鉴定腌渍绵蜇种属的方法,包括步骤:海蜇预处理,提取DNA,采用海蜇属16S rRNA基因通用引物,进行PCR扩增,利用限制性内切酶进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析。本发明具有方法简单,效率高的特点,检测方便不费时,能快速确定市售腌渍海蜇的种属,为消费者的利益提供保障。

Description

一种快速鉴定腌渍绵蜇种属的方法
技术领域
本发明涉及一种鉴定市售腌渍海蜇种属的方法,更具体地说,涉及一种腌渍绵蜇种属的快速鉴定方法。
背景技术
绵蜇(Rhopilema esculentum Kishinouye)是我国北方重要的养殖海蜇品种,在辽东半岛附近的海蜇主要分为绵蜇、沙蜇(Stomolophus meleagris)。沙蜇属低档产品,而绵蜇是海蜇的精品。通常,两种海蜇的市售价为:沙蜇3~5角/斤,绵蜇8~10元/斤。关于绵蜇和沙海蜇的鉴别目前主要集中在形态学方面,但经过加工后,从形态学来说已不适宜于产品的鉴别,所以对消费者而言,也很难辨别品种,市场上以次充好的现象也很普遍,寻找一种有效的方法解决腌渍海蜇产品种属的鉴别问题,极为必要。
聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)是在PCR的基础上,经过酶切和琼脂糖凝胶电泳,得到特异性的酶切条带,从而达到鉴别基因型的目的。据查阅文献,采用PCR-RFLP的方法可成功对长嘴鱼肉、海参、鲤鱼、凤尾鱼及金枪鱼进行鉴别,证实了此方法的灵敏、快速、有效性。但至今为止尚未有人将此法应用于腌渍海蜇种属的鉴定研究中。
发明内容
本发明的目的在于为腌渍绵蜇产品提供一个快速有效的鉴定种属的方法,为消费者提供权利保障,其中鉴定的方法基于PCR-RFLP技术,即限制性片段长度多态性聚合酶链反应技术,本发明方法简单快速有效,可以直接用于市售腌渍海蜇产品的鉴定。
本发明所述一种快速鉴定腌渍绵蜇的方法,其特征在于,包括如下步骤:
S1、将腌渍海蜇脱盐处理,备存;
S2、采用DNA提取试剂盒提取步骤S1备存的海蜇组织的基因组DNA;
S3、将步骤S2得到的基因组DNA,采用通用引物进行PCR扩增,得到的扩增产物-20℃储存;
S4、将步骤S3得到的扩增产物采用限制性内切酶进行酶切处理,得到的酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳分离,成像检测,并将成像结果与已知绵蜇酶切产物的成像进行比对,进而实现快速鉴定腌渍绵蜇种属。
优选方式下,本发明方法的具体步骤为:
S1、将腌渍海蜇进行脱盐处理,6~18h换一次水,共换水3~8次,脱水后,将得到的海蜇贮存于终浓度为60~80v/v%乙醇溶液中,备存;
S2、取步骤S1备存的海蜇组织100~200mg,剪碎,5000~10000rpm离心5~20min,取离心沉淀用无尘纸吸尽水分后,采用DNA提取试剂盒提取海蜇基因组DNA;
S3、将步骤S2得到的基因组DNA采用16S rRNA基因通用引物进行PCR扩增,产物于-20℃储存;
S4、步骤S3得到的PCR扩增产物分别采用Hind Ⅲ、Hpa Ⅰ、Dra Ⅰ和Xho Ⅰ内切酶进行酶切处理,将得到的酶切产物用3w/v%琼脂糖凝胶电泳分离,成像检测,并将成像结果与已知绵蜇酶切产物的成像进行比对,进而实现快速鉴定腌渍绵蜇种属。
步骤S1所述腌渍海蜇脱盐处理方式优选为12h换一次水,换4次;所述乙醇溶液终浓度优选为70v/v%。
步骤S2所述海蜇组织提取量优选为150mg。
步骤S2所述DNA提取试剂盒优选为深加工食品DNA提取试剂盒;例如:天根生化科技(北京)有限公司“深加工食品DNA提取试剂盒(非离心柱型)”。该类试剂盒采用独特的缓冲液系统,使用安全快捷方便,可最大限度去除食品中的蛋白、脂肪及其他有机化合物等,获得的DNA纯度高。
步骤S3所述16S rRNA基因通用引物优选为16SF和16SR引物。
16SF和16SR引物序列为:
16SF:5′-TCGACTGTTTACCAAAAACATAGC-3′
16SR:5′-ACGGAATGAACTCAAATCATGTAAG-3′
上述通用引物序列来源于王建艳等在2013年3月发表在《应用生态学报》第24卷第3期的《基于mt-16S rDNA和mt-CO Ⅰ基因的海月水母分子生物学鉴定方法和检测技术》文献。
步骤S3所述PCR扩增反应体系中每25μl反应体系包括:
10×ExTaq Buffer 2.5μl,dNTP 2μl,ExTaq 0.125μl,16SF 0.25μl,16SR 0.25μl,模板DNA 0.5μl,灭菌水19.375μl;
反应条件为:
94℃3min起始变性,94℃30s变性,60℃30s退火,72℃30s延伸,循环30次;72℃10min进行最终延伸。
步骤S4所述酶切处理,每30μl反应体系中包含4μl步骤S3得到的PCR扩增产物,2μl10×酶切缓冲液,1μl Hind Ⅲ、Hpa Ⅰ、Dra Ⅰ或Xho Ⅰ中的一种限制性内切酶,灭菌水余量;
反应条件为:37℃反应1h。
各类限制性内切酶所对应的酶切缓冲液如下:
本发明的技术创新在于:
1、本发明扩展了PCR-RFLP技术的应用范围,可成功用于腌渍绵蜇制品种属的鉴定,从而明确产品的品质,为消费者提供有力保障。
2、本发明检测过程绿色安全,直接应用试剂盒提取DNA准确性高。同时PCR-RFLP过程不需要复杂的设备,费时少,7h内即可完成检测。
3、本发明所需样品量少,灵敏度高。采用海蜇属16S RNA基因作为检测目标分子,具有特异性强,准确性高的特点,能够对市售腌渍海蜇类产品进行快速有效的鉴定。
附图说明
图1为腌渍绵蜇16S rRNA基因扩增结果;
图2为绵蜇、沙蜇16S rRNA基因序列对比图谱;
图3为绵蜇、沙蜇16S rRNA基因序列限制性内切酶酶切位点图谱;
图4为新鲜绵蜇、沙蜇16S rRNA基因PCR-RFLP结果;
图5为实施例1腌渍绵蜇16S rRNA基因PCR-RFLP结果;
图6为市售四种腌渍海蜇产品采用Hind Ⅲ限制性内切酶酶进行16S rRNA基因的PCR-RFLP结果;
图7为市售四种腌渍海蜇产品采用Hpa Ⅰ限制性内切酶酶进行16S rRNA基因的PCR-RFLP结果;
图8为市售四种腌渍海蜇产品采用Xho Ⅰ限制性内切酶酶进行16S rRNA基因的PCR-RFLP结果;
图9为市售四种腌渍海蜇产品采用Dra Ⅰ限制性内切酶酶进行16S rRNA基因的PCR-RFLP结果。
具体实施方式
本发明采用试剂盒提取腌渍绵蜇的基因组DNA,以16S rRNA基因为检测目标,通过PCR-RELP技术,从而达到鉴别基因型的目的。限制性内切酶的选择以新鲜绵蜇和沙蜇16SrRNA基因的序列对比和酶切位点分析为基础。本发明具有方法简便,操作简单,效率高的特点,提取方法条件方便不费时,能快速检测市售腌渍绵蜇的种属,为消费者的利益提供保障,为腌渍海蜇产品的鉴别提供了一个快速有效的方法。
经检测,腌渍绵蜇16S rRNA基因扩增理论大小为651bp,检测结果如图1所示。其中,1代表脱盐后70%(v/v终浓度)乙醇贮存,2代表脱盐后0.1M Tris-HCl(pH8.0)缓冲液贮存;A代表海蜇角部组织,B代表海蜇伞部组织。
结果显示,采用乙醇溶液对脱盐的腌渍海蜇进行贮存,与Tris-HCl溶液相比,获得的16S rRNA基因表达量更高。说明腌渍绵蜇经脱盐复水后,采用乙醇溶液进行储存,在提取DNA之前,可有效进行脱水,使DNA最大限度的被提取出来,有利于16S rRNA基因的扩增。
本发明根据新鲜绵蜇和沙蜇不同的16 S rRNA基因序列(如图2所示),采用在线软件NEB cutter进行酶切位点的分析,酶切所用限制性内切酶的酶切位点示意图如图3所示。
本发明利用新鲜绵蜇和沙蜇16 S rRNA基因序列,进行酶切位点验证,检测结果如图4所示;其中,R表示绵蜇,S表示沙蜇;A表示Hind Ⅲ,B表示Hpa Ⅰ,C表示Xho Ⅰ,D表示DraⅠ。由图4可以看出,PCR-RFLP酶切结果和NEB Cutter软件预测的结果一致,片段数量、大小吻合,限制性内切酶对绵蜇和沙蜇16S rRNA基因的理论酶切产物大小如表1所示。
表1
-表示无酶切位点
实施例1
1、将腌渍绵蜇进行脱盐处理,12h换一次水,共换4次,以乙醇溶液作储备液,将脱水后绵蜇贮存于终浓度为70%乙醇(v/v)溶液中,备存;
2、将备存于乙醇溶液中的绵蜇取出150mg,剪碎,10000rpm离心5min,置于无尘纸上吸尽水分后,采用深加工类食品DNA提取试剂盒提取海蜇基因组DNA;
3、采用16S rRNA基因通用引物进行PCR扩增,产物于-20℃储存;
4、将PCR扩增的产物采用Hind Ⅲ,Hpa Ⅰ,Dra Ⅰ和Xho Ⅰ内切酶进行酶切,酶切产物用3%琼脂糖凝胶电泳分离,成像检测。
结果如图5所示,其中,A表示Hind Ⅲ,B表示Hpa Ⅰ,C表示Xho Ⅰ,D表示Dra Ⅰ。从图中可以看到清晰明亮的条带,与理论酶切产物大小(图3或表1)比对,二者一致;另外,本实验还进行了重复实验,如图5所示,两次实验结果完全一致,表明此方法可靠有效。
整个过程除去脱盐处理外仅需7小时即可获得结果,快速方便,该方法具有灵敏度高、准确率高及特异性强的特点。
实施例2
1、分别购买来自山东和辽宁共4种市售腌渍海蜇,编号1、2、3、4,分别进行脱盐处理,12h换一次水,总共换4次,以乙醇溶液作储备液,将脱水后海蜇贮存于终浓度为70%乙醇(v/v)溶液中,备存;
其中,1代表购自山东烟台的腌渍海蜇,2代表购自辽宁营口的腌渍海蜇,3、4均为购自辽宁大连的腌渍海蜇。
2、将备存于乙醇溶液中的海蜇取出150mg,剪碎,7500rpm离心10min,置于无尘纸上吸尽水分后,采用深加工类食品DNA提取试剂盒提取海蜇基因组DNA;
3、采用16S rRNA基因通用引物进行PCR扩增,产物于-20℃储存;
4、将PCR扩增的产物分别采用Hind Ⅲ、Hpa Ⅰ、Dra Ⅰ和Xho Ⅰ内切酶进行酶切,酶切产物用3%琼脂糖凝胶电泳分离,成像检测,结果如图6~9所示。
表2为市售四种腌渍海蜇种属的判定结果,根据与表1理论酶切产物或与图4新鲜绵蜇、沙蜇16S rRNA基因PCR-RFLP结果进行比对,结果如下:
表2
*实际与理论一致用√表示,实际与理论不一致用×表示
可判定1号和2号为绵蜇产品,3号为沙蜇产品,4号为未知种属的腌渍海蜇产品。
以上所述,仅为本发明较佳的具体实施方式,但本发明的保护范围并不局限于此,任何熟悉本技术领域的技术人员在本发明披露的技术范围内,根据本发明的技术方案及其发明构思加以等同替换或改变,都应涵盖在本发明的保护范围之内。
SEQUENCE LISTING
<110> 大连工业大学
<120> 一种快速鉴定腌渍绵蜇种属的方法
<130> 2015
<160> 2
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 611
<212> DNA
<213> 绵蜇(Rhopilema esculentum Kishinouye)
<400> 1
ttggttttac tgcttcatgg ttgctataat tacataaaaa caattaaata gccgcggtaa 60
ctctgaccgt gtataaagta gcataatcac tcgtcattta attggtgact ggaatgaacg 120
gttaaacgaa tctctaactg tctcgaggag agagttcaat taatttgaag aaacagtgaa 180
gatgctgtta gataattgta agacgaaaag accctttcga gctttactat aaacttatat 240
tttcggtaaa taataataat ctatttacat aattcttgta agtttgttag tttggttggg 300
gcgaccacct ctaaaatagt atcagaggaa atctaaaggt ttctatagta atatgatttg 360
ccttactgta tacaaacaag ttaatcagtt acatttatgt aggatataat gacccgttaa 420
ttaaatttta aaacttaacg accatgaaaa aagttaccgt agggataaca gggtaatatt 480
ttcgaagagt tcatatcgat gaaaatgttt gccacctcga tgttgaattg tgatatccta 540
aaggtgtagc aacttttgag ggttggtctg ttcgaccatt aaaatcttac atgatttgaa 600
aaaaattccg t 611
<210> 2
<211> 650
<212> DNA
<213> 沙蜇(Stomolophus meleagris)
<400> 2
acggaaagaa ctcaaatcaa ggaagaattt cacggtcgac cagaccgacc cttgagagct 60
gctacaccct caggatatca caattcaaca tcgaggtggc aaacatcatc atcgatatga 120
actctttgat aatattaccc tgttatccct acggtaactt ttttcatggt cgttgaattt 180
tgaaattaat tcaacgggtc attatatcct acataatagt aactgattaa cttgtttgta 240
tacagtaagg caattaatat tactattata cctttagatt tcctctgata ctgttttaga 300
ggtggtcgcc ccaaccaaac taactagctt acagtttgtt tttattatat ttttattaaa 360
gattttttct ataagcttat agtaaagctc gaaagggtct tttcgtctta caattttgtt 420
aacagcatct tcactgtttt ttcaaattaa ttgaactttc ttcttgagac agttaaagat 480
tcgtgtaacc attcattcca gtcaccaatt aaatgacgag tgattatgct actttatcac 540
ggtcagagtt accgcggcta tttaattgtt tttatgtaat tattgacaac cattgagcag 600
gtttcacctt acatatgtat agtaaggcta tgtttttggt aaacagtcca 650

Claims (6)

1.一种快速鉴定腌渍绵蜇的方法,其特征在于,具体步骤为:
S1、将腌渍海蜇进行脱盐处理,6~18h换一次水,共换水3~8次,脱水后,将得到的海蜇贮存于终浓度为60~80v/v%乙醇溶液中,备存;
S2、取步骤S1备存的海蜇组织100~200mg,剪碎,5000~10000rpm离心5~20min,取离心沉淀用无尘纸吸尽水分后,采用DNA提取试剂盒提取海蜇基因组DNA;
S3、将步骤S2得到的基因组DNA采用16S rRNA基因通用引物进行PCR扩增,产物于-20℃储存;
所述16S rRNA基因通用引物为16SF和16SR引物,所述16SF和16SR引物序列分别为:
16SF:5'-TCGACTGTTTACCAAAAACATAGC-3′,
16SR:5'-ACGGAATGAACTCAAATCATGTAAG-3′;
S4、步骤S3得到的PCR扩增产物分别采用HindⅢ、HpaⅠ、DraⅠ和XhoⅠ内切酶进行酶切处理,将得到的酶切产物用3w/v%琼脂糖凝胶电泳分离,成像检测,并将成像结果与已知绵蜇酶切产物的成像进行比对,进而实现快速鉴定腌渍绵蜇种属。
2.根据权利要求1所述快速鉴定腌渍绵蜇的方法,其特征在于,步骤S1
所述腌渍海蜇脱盐处理方式为12h换一次水,换4次;
所述乙醇溶液终浓度为70v/v%。
3.根据权利要求1所述快速鉴定腌渍绵蜇的方法,其特征在于,步骤S2所述海蜇组织提取量为150mg。
4.根据权利要求1所述快速鉴定腌渍绵蜇的方法,其特征在于,步骤S2所述DNA提取试剂盒为深加工食品DNA提取试剂盒。
5.根据权利要求1所述快速鉴定腌渍绵蜇的方法,其特征在于,步骤S3所述PCR扩增反应体系中:
每25μl反应体系,包括10×ExTaq Buffer 2.5μl,dNTP 2μl,ExTaq 0.125μl,16SF0.25μl,16SR 0.25μl,模板DNA 0.5μl,水19.375μl;
反应条件为94℃3min起始变性,94℃30s变性,60℃30s退火,72℃30s延伸,循环30次;72℃10min进行最终延伸。
6.根据权利要求1所述快速鉴定腌渍绵蜇的方法,其特征在于,步骤S4所述酶切处理,
每30μl反应体系中,包含4μl步骤S3得到的PCR扩增产物,2μl 10×酶切缓冲液,1μlHind Ⅲ、Hpa Ⅰ、Dra Ⅰ或Xho Ⅰ中的一种限制性内切酶,水余量;
反应条件为37℃反应1h。
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基于mt-16S rDNA和mtCOI基因的海月水母分子生物学鉴定方法和检测技术;王建艳 等;《应用生态学报》;20130331;第24卷(第3期);847-852

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