CN105154526B - 日本黄姑鱼线粒体全基因组序列的扩增引物及其扩增方法 - Google Patents

日本黄姑鱼线粒体全基因组序列的扩增引物及其扩增方法 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种日本黄姑鱼线粒体全基因组序列的扩增引物及其扩增方法,通过20对特异性引物对日本黄姑鱼基因组进行PCR扩增获得日本黄姑鱼线粒体全基因组序列,可为日本黄姑鱼的保护遗传学、进化遗传学及优良养殖品种的分子标记辅助选择提供物质基础。

Description

日本黄姑鱼线粒体全基因组序列的扩增引物及其扩增方法
技术领域
本发明涉及基因工程技术领域,特别涉及一种日本黄姑鱼线粒体全基因组序列的扩增引物及其扩增方法。
背景技术
日本黄姑鱼(Nibea japonic)俗称黑毛鲿,鲈形目(Perciformes),石首鱼科(Sciaenidae),黄姑鱼属(Nibea) (朱元鼎,1963;成庆泰1987),为一种大型优质食用鱼类,主要分布于中国东海、南海及日本南部沿海。
日本黄姑鱼为大型食用鱼类,最大的个体可以达到1.5米以上,能适应不良环境和抵御疾病能力强,易于养殖,饵料系数低,生长迅速,是重要的海水养殖品种,也是增殖放流的主要对象之一。由于其较高的经济价值,日本黄姑鱼承受的捕捞压力一直有增无减。近年来,由于东海区资源量下降,对日本黄姑鱼的资源增殖工作引起人们的重视。线粒体基因组是生物重要的遗传物质,其中后生动物线粒体DNA为典型的环状双链分子结构,长度大多在14-18kb之间,编码37个基因,包括13个蛋白质基因、22个tRNA以及12S rRNA和16S rRNA(Wolstenholme DR,1992,)。线粒体DNA是核外遗传物质,具有分子量小、结构简单、母系遗传等特点,成为生物多样性、群体遗传学与系统进化研究中的重要分子标记(Miya M andTakeshima H,2003;Lavou S and Miya M,2007)。目前,线粒体基因已作为种类鉴定和系统发育分析的重要分子标记,并且线粒体ND2、16SrRNA与Cyt b基因、D-loop序列已被应用于水产动物中贝类(苏天凤2007;汪桂玲2009)、甲壳类(王成辉,2008)、鱼类(李林,2011;蒋宗良,2011)物种遗传多样性及系统发育关系分析。迄今为止还没有对日本黄姑鱼的线粒体基因组序列、遗传和种质资源鉴定与保护相关的报道。
发明内容
本发明的目的在于提供一种日本黄姑鱼线粒体全基因组序列的扩增引物,通过20对特异性引物对日本黄姑鱼基因组进行PCR扩增获得日本黄姑鱼线粒体全基因组序列,可为日本黄姑鱼的保护遗传学、进化遗传学及优良养殖品种的分子标记辅助选择提供物质基础。
本发明解决其技术问题所采用的技术方案是:
一种日本黄姑鱼线粒体全基因组序列的扩增引物,包括20对引物对,具体序列信息如下所示:
(1)第1对上游引物为:SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列(5'-CTTCAAGGCTGTTATACGCACACC-3'),下游引物为:SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列(5'- GCCAGGTCTTGTTTGGAGAGTTC-3');
(2)第2对上游引物为:SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列(5'-CATTTTTCCTCCCAAGTACG-3'),下游引物为:SEQ ID NO.4所示的核苷酸序列(5'-TGGAGGCTGCAGTTGCTTGT-3');
(3)第3对上游引物为:SEQ ID NO.5所示的核苷酸序列(5'-GCGCTAGCCTACTTCTTCAG-3'),下游引物为:SEQ ID NO.6所示的核苷酸序列(5'-TCTATGGCTTGGAGGAAAGT-3');
(4)第4对上游引物为:SEQ ID NO.7所示的核苷酸序列(5'-CCTGACTAGTTCCTGCTAAG-3'),下游引物为:SEQ ID NO.8所示的核苷酸序列(5'-TTAGGAAGCGTGCGGTGAAT-3');
(5)第5对上游引物为:SEQ ID NO.9所示的核苷酸序列(5'-TCTGCCTTTATCTTCACATC-3'),下游引物为:SEQ ID NO.10所示的核苷酸序列(5'-CCGGCCCTCTTAGCTTTAAC-3');
(6)第6对上游引物为:SEQ ID NO.11所示的核苷酸序列(5'-TCGCCCTCCTTATCCAAATTTACC-3'),下游引物为:SEQ ID NO.12所示的核苷酸序列(5'- AGGGGATCAAAACCGCATTCATAA -3');
(7)第7对上游引物为:SEQ ID NO.13所示的核苷酸序列(5'-GCCTCTCTCCTTGCACAAGT-3'),下游引物为:SEQ ID NO.14所示的核苷酸序列(5'-AAAAAGAGGGTGGCGGAAAG-3');
(8)第8对上游引物为:SEQ ID NO.15所示的核苷酸序列(5'-GCCATCTCCCAATACCAAAC-3'),下游引物为:SEQ ID NO.16所示的核苷酸序列(5'-TTGTTGTGAGGATCGCTACT-3');
(9)第9对上游引物为:SEQ ID NO.17所示的核苷酸序列(5'-TAATTCTTGCTGCCGTCCTC-3'),下游引物为:SEQ ID NO.18所示的核苷酸序列(5'-AGGCTGGTTAAGTCCGATAG-3');
(10)第10对上游引物为:SEQ ID NO.19所示的核苷酸序列(5'-TCAAAACAACGAGGCCTGAC-3'),下游引物为:SEQ ID NO.20所示的核苷酸序列(5'-GGGTGCTCCCGGTTATGTAT-3');
(11)第11对上游引物为:SEQ ID NO.21所示的核苷酸序列(5'-CTCCACATTCCTAGCCGTCTG-3'),下游引物为:SEQ ID NO.22所示的核苷酸序列(5'- TTCAAGCCGTTAGTCCTGGTTAA-3');
(12)第12对上游引物为:SEQ ID NO.23所示的核苷酸序列(5'-GATCAACGAACCGAGTTACC-3'),下游引物为: SEQ ID NO.24所示的核苷酸序列(5'-TAAGGAAGGCAACGGCTAGG-3');
(13)第13对上游引物为:SEQ ID NO.25所示的核苷酸序列(5'-CACCCTTCACAGTACTTGAG-3'),下游引物为:SEQ ID NO.26所示的核苷酸序列(5'-GTCAATCATGAGAAGACTAT-3');
(14)第14对上游引物为:SEQ ID NO.27所示的核苷酸序列(5'-TGAGGTTGAGCCGCCTGTAG-3'),下游引物为: SEQ ID NO.28所示的核苷酸序列(5'-AGGGCAATGGGGGTGAAAAT-3');
(15)第15对上游引物为:SEQ ID NO.29所示的核苷酸序列(5'-GGCACACGGTTATTGAAGGT-3'),下游引物为: SEQ ID NO.30所示的核苷酸序列(5'-CAATCTGGCCAATAATAATG-3');
(16)第16对上游引物为:SEQ ID NO.31所示的核苷酸序列(5'-CCCAAGAAGTTTCATATCACCCC-3'),下游引物为:SEQ ID NO.32所示的核苷酸序列(5'- TCTATTTCCCGCTTACTGCTAAA -3');
(17)第17对上游引物为:SEQ ID NO.33所示的核苷酸序列(5'-CCCATGCTAGCCCTTACATT-3'),下游引物为: SEQ ID NO.34所示的核苷酸序列(5'-ACGTGGTCTGTCTTGGTGTC-3');
(18)第18对上游引物为:SEQ ID NO.35所示的核苷酸序列(5'-AAATTATCTGGACTGTACTC-3'),下游引物为: SEQ ID NO.36所示的核苷酸序列(5'-TGGGAATCAAGAATAAGTTT-3');
(19)第19对上游引物为:SEQ ID NO.37所示的核苷酸序列(5'-CTGATGATACGGCCGAGCAG-3'),下游引物为: SEQ ID NO.38所示的核苷酸序列(5'-GAGTAGCCGGCGGTGATAAG-3');
(20)第20对上游引物为:SEQ ID NO.39所示的核苷酸序列(5'-GGAACAAGGAGCTGGTATCA-3'),下游引物为: SEQ ID NO.40所示的核苷酸序列(5'-CCTACGAAGGCAGTCATCAT-3')。
日本黄姑鱼线粒体全基因组序列的扩增方法,以提取的日本黄姑鱼基因组DNA为模板,首先用4对扩增引物进行4个大片段产物扩增,然后通过基因组步移的方法,使用剩余的16对扩增引物进行PCR扩增,PCR产物经1.0%琼脂糖电泳检测后送生物公司测序。
作为优选,4对扩增引物为第1对,第6对,第11对和第16对。
日本黄姑鱼线粒体全基因组序列的扩增引物扩增获得的日本黄姑鱼线粒体全基因组序列,日本黄姑鱼线粒体全基因组序列见SEQ ID NO.41所示的核苷酸序列。
本发明的有益效果是:
1、本发明针对鲈形目石首鱼科的日本黄姑鱼设计了20对特异性引物可以对日本黄姑鱼
线粒体DNA进行PCR扩增,并获得线粒体全长基因。
2、本发明首次获得日本黄姑鱼线粒体基因组全长序列,经分析得出:序列全长16496 bp,包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因。
3、本发明的20对特异性引物可以对不同群体的日本黄姑鱼基因组DNA进行PCR扩增。
4、获得的日本黄姑鱼线粒体全基因组序列,可为日本黄姑鱼的保护遗传学、进化遗传学及优良养殖品种的分子标记辅助选择提供物质基础。
具体实施方式
下面通过具体实施例,对本发明的技术方案作进一步的具体说明。
本发明中,若非特指,所采用的原料和设备等均可从市场购得或是本领域常用的。下述实施例中的方法,如无特别说明,均为本领域的常规方法。
实施例:
以提取的日本黄姑鱼基因组DNA为模板,首先用4对特异引物(第1,6,11和16对)进行4个大片段产物扩增,然后基因组步移的方法,使用本发明中的(2-5,7-10,12-15,17-20)引物进行PCR扩增,PCR产物经1.0%琼脂糖电泳检测后送生物公司测序,对测序结果使用生物软件对测序结果进行拼接,具体步骤如下:
1、5×TBE Buffer配制
称量氨基丁三醇54g,Na2EDTA·2H2O 3.72g,硼酸27.5g于1L烧杯中;加入约800ml去离子水,搅拌均匀;用NaOH调pH至8.3,加去离子水定容至1L后,室温保存备用。
2、DNA提取
采用高盐法提取日本黄姑鱼DNA,步骤如下:
(1)取日本黄姑鱼(由浙江省海洋水产研究所试验场提供)背部肌肉组织50mg放入装有360μL 高盐抽提缓冲液(0.4M NaCl,10mM Tris-HCl pH8.0,2mM EDTA pH 8.0.Aljanabi SM, Martinez I (1997) Universal and rapid salt-extraction of highquality genomic DNA for PCR-based techniques. Nucleic Acids Res 25:4692–4693)的离心管中,用灭菌的眼科剪刀快速剪碎,然后分别加入40μL 20% SDS,10μl ProteinaseK(20mg/ml)溶液,温和颠倒混匀,在56℃放置1h或过夜,直至组织完全溶解。
(2)加入300μL 6M NaCl涡旋30s,在12000rpm 4℃ 高速离心30min,将上清移入新的离心管中。
(3)加入等体积的酚:氯仿:异戊醇(25:24:1),温和颠倒混匀5 min,常温下12000rpm离心10 min,将上清移入新的离心管中。
(4)加入等体积的氯仿:异戊醇(24:1),温和颠倒混匀5 min,常温下12000rpm离心10 min,将上清移入新的离心管中。
(5)加入2/3体积预冷的异丙醇,温和颠倒混匀,待出现白色线状沉淀,在12000rpm,4℃离心 15 min,弃上清。
(6)向管中加入800 μL预冷的75%乙醇,上下颠倒5 min,在12000rpm,4℃离心 15min,弃上清。
(7)重复操作步骤6。
(8)将提取的DNA白色沉淀置于通风柜中干燥20 min,加入50~100μL 灭菌水或者Tris-EDTA buffer(TE,10mM Tris,1mM EDTA,pH8.0)溶解,-20℃保存备用。
3、琼脂糖凝胶电泳检测
称量取5g琼脂糖粉加入含50 mL 1×TBE缓冲液的锥形瓶,微波炉内反复加热3次至琼脂粉溶解并无气泡,冷至70℃左右加3μL溴化乙锭(EB)核酸染料,混匀,待冷却至不烫手,轻轻倒入胶板内。30 min后,琼脂糖凝胶成形,轻轻拔掉梳子。电泳槽内加1×TBE缓冲液,在点样孔内依次加入日本黄姑鱼DNA提取样品5μL和DNA/Hind III标准分子量标记(或者DL2000 marker) 5μl,电泳电压设为5V/cm,电泳30min后在凝胶成像仪中检测。
4、引物设计
参考黄姑鱼(Nibea albiflora,GenBank: HQ890947.1)、美国红鱼(Sciaenops ocellatus,GenBank: JQ286004.1)、鮸鱼(Miichthys miiuy,GenBank: HM447240.1)线粒体基因组全序列排列顺序,用生物软件DNAMAN分析上述参考鱼类线粒体基因保守区,用生物软件Oligo 6在基因保守区内设计4对引物,引物由上海生工生物公司合成,其余16对引物为基因组步移扩增所用。
5、PCR扩增
采用大连宝生物工程有限公司Prime STAR HS DNA Polymerase(R010Q)扩增目的基因,反应体系:2μL日本黄姑鱼DNA模板,2.5μL10×Buffer(含Mg2+),4μL dNTP (2.5 mmol/L),1μL正向引物(即上游引物,10μmol/L)、1μL反向引物(即下游引物10μmol/L)、0.2μL HSTaq DNA聚合酶(5 U/μL),其余用灭菌双蒸水补齐。PCR扩增条件为:94℃预变性3 min;94℃变性30s,55~58℃退火30s,72℃延伸5min(根据扩增产物的长度),共35个循环;最72℃延伸10min。PCR产物采用琼脂糖凝胶电泳检测(同第3步)目的条带。4对引物分别获得4.5kb,5.3kb,4.9kb和3.4kb的目的片段。
第1对引物,第6对引物,第11对引物和第16对引物分别采用上述扩增反应体系进行PCR扩增,获得4个扩增片段。第1对引物扩增获得4.5kb的目的片段,第6对引物扩增获得5.3kb的目的片段,第11对引物扩增获得4.9kb的目的片段,第16对引物扩增获得3.4kb的目的片段。
6、基因组步移
采用大连宝生物工程有限公司TaKaRa Ex Taq(RR53A)扩增目的基因(即步骤5扩增获得的4.5kb,5.3kb,4.9kb和3.4kb的目的片段),分别以扩增的4个大片段作为模板,其中4.5kb产物使用第2~5对引物进行扩增;5.3kb产物使用第7~10对引物,4.9kb产物使用第12~15对引物,3.4kb产物使用第17~20对引物。反应体系:2μL DNA模板,5.0 μL10×Buffer(含Mg2+),8μL dNTP (2.5 mmol/L),2μL正向引物(10μmol/L)、2μL反向引物(10μmol/L)、0.25μL Ex Taq DNA聚合酶(5 U/μL),其余用灭菌双蒸水补齐50μL。PCR扩增条件为:95℃预变性3 min;94℃变性30s,50~54℃退火30s,72℃延伸1.5 min,共35个循环;最72℃延伸10min。PCR产物采用琼脂糖凝胶电泳检测(同第3步)目的条带。
7、PCR扩增产物测序及序列拼接和序列信息分析
将有目的条带的PCR产物直接送上海杰李生物公司测序。将送检测序结果用生物软件ContigExpress进行拼接,结果和序列碱基质量通过ContigExpress软件检查,手工去除错误拼接。序列拼接结果用软件DOGMA(http://dogma.ccbb.utexas.edu/)、tRNAscan-SE1.21和在线BLAST(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST)比对识别蛋白质编码基因、rRNA基因和tRNA基因。日本黄姑鱼线粒体全基因组序列见SEQ ID NO.41所示的核苷酸序列。该序列已登录GenBank,GenBankaccession: KT184692。
8、日本黄姑鱼线粒体基因同源性分析
在Genebank数据库中下载日本黄姑鱼近缘物种生物(日本银身[鱼或] JQ728563,厦门银身[鱼或] KM257863)线粒体基因序列,经比对,与日本银身[鱼或]和厦门银身[鱼或]有较高的同源性,但是分别存在208个和41个变异位点。
以上所述的实施例只是本发明的一种较佳的方案,并非对本发明作任何形式上的限制,在不超出权利要求所记载的技术方案的前提下还有其它的变体及改型。
序列表
<110> 浙江省海洋水产研究所
<120> 日本黄姑鱼线粒体全基因组序列的扩增引物及其扩增方法
<130> 2015.07
<160> 41
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
cttcaaggct gttatacgca cacc 24
<210> 2
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
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<211> 20
<212> DNA
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 28
agggcaatgg gggtgaaaat 20
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<212> DNA
<213> 人工序列
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ggcacacggt tattgaaggt 20
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caatctggcc aataataatg 20
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<212> DNA
<213> 日本黄姑鱼线粒体
<400> 41
gctagcgtag cttaattaaa gcataacact gaagatgtta agatgagccc tagaaagctc 60
cgcaggcaca aaagcttggt cctgacttta ctatcaactt tagctatact tacacatgca 120
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aaagagtggt tagaaggaac ccgttactaa agccgaacac cctcaaagct gttatacgca 420
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ccgaacctta acgaccccaa acaaagaggg ccctgaataa cagacccgcc aactagaaaa 1920
atactcagca atcaaatcgt tagacccaca ctggtgtgcc ttcaaggaaa gactaaaaga 1980
aaaagaagga actcggcaaa cacataaagc ctcgcctgtt taccaaaaac atcgcctctt 2040
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cctgataata gtaactatcg gacttaacca gcctcaactc gccttcctcc acatttgcac 12960
ccacgctttc tttaaagcaa tactcttcct ctgctcgggc tcaatcatcc acagtcttaa 13020
tgatgaacag gacatccgaa aaatgggggg catgcaccac ctcacaccct ttacctcctc 13080
ctgccttact attggaagcc ttgccctcac aggcaccccc ttcttagcgg gcttcttctc 13140
aaaagacgct attattgaag cactaaacac atcccatctc aacgcctgag ccctcgccct 13200
cacactcctt gccacctcct ttacagccat ctacagcctc cgagtcattt tctttgtatc 13260
catgggccac ccccgattta atacactttc ccctattaat gaaaacaact cagcagtcat 13320
taaccccatc aaacgcctag cctgaggaag cattctcgcc ggccttttaa ttacctccaa 13380
catgaccccc ctaaaaacac caatcataac catgccccca ctcctaaaac tagccgccct 13440
caccgtcacc atcctgggcc ttcttttagc actagaactt gcctccctga caaataagca 13500
atttaaaccc accccaaaac taacccctca ccacttctcc aacatgcttg gcttttttcc 13560
agccattatt caccgcacgc ttcctaaact taacctgacc ctcggccaaa caattgccag 13620
ccagatggtc gacttaacat gactagaaaa aacaggcccc aaagccctag cctccctcaa 13680
catacccctg atcacaacaa caagcaactc ccaacaaggc ataatcaaaa cgtaccttac 13740
cttctttcta ctaacactag ccctcgccac cctagtattt atcctttaaa ccgcccgaag 13800
ggccccccga cttaaacccc gggttagctc gagcaccaca aataaagtca aaagcagcac 13860
ccaagcacta attactaaca ttcccccacc ccccgcatac attaatgcaa caccccccga 13920
atccccccgt aatgtagata actccccaaa ctcatccaca ggtacccaag aagtctcata 13980
tcacccccct caaaaaagac ctgaaaccat ggctacccct acaacataag caagaatata 14040
caccacaaca ggacgactcc ctcaactctc cggataaggc tccgcagcaa gagctgccga 14100
gtacgcaaac actaccaaca ttccccccaa gtaaatcaaa aacaagatca aagataaaaa 14160
atgacccccg tgccccacca aaacaccaca ccccaggccc gccaccacaa ccaagcccaa 14220
agcagcaaaa taaggcgagg ggtttgaagc aaccgcaacc agccctaaaa ctaacccaaa 14280
taaaaataaa gacataatat aagtcataat ttctgccagg actctaacca ggactaatgg 14340
cttgaaaaac caccgttgtt attcaactac aaaaacctta atggcaagcc tacgcaaaac 14400
ccaccccctc ctaaaaatcg caaacgacgc actagtggac ctccccgccc catccaacat 14460
ctcagcctga tgaaactttg gctccctgct cggcctttgc ttagccgccc aaattctcac 14520
aggactcttc cttgctatac attatacatc cgacatctcc atggccttct catccgtcgc 14580
acacatttgc cgagatgtta actacggatg gctcatccga aacctccacg ccaacggcgc 14640
ctctttcttc tttatctgcc tttatcttca catcggccga ggcctctact atggctctta 14700
tctttataaa gagacatgaa acattggagt cgtactcttc cttttagtaa tgatgactgc 14760
cttcgtaggc tacgtcctcc cctgaggcca aatgtctttt tgaggggcca ctgtcatcac 14820
aaacctccta tccgccgtac cctatgtagg caacacatta gttcaatgaa tctggggcgg 14880
cttttcagta gacaatgcca ccctcacccg attcttcgcc ttccactttc tcctgccctt 14940
cattgtcgca gccgcaaccc ttctccacct actcttcctg cacgagacag gctcaaacaa 15000
tccgcttggc ctaaactctg acgcagacaa aatcccgttc cacccctatt tcacctacaa 15060
agacctcctg ggctttgcaa tcctaattat ctcccttacc gctctggccc tcttctcccc 15120
caatctcctg ggcgaccccg acaatttcac ccccgccaac ccgctcgtca ctcctcctca 15180
cattaaacca gagtggtatt tcctatttgc ctacgccatc ctccgctcaa tccccaacaa 15240
actgggaggg gtccttgctc ttcttgcctc catccttgtt ctaatagtag tccccatcct 15300
tcacacatca aaacaacgag gcctgacgtt ccggcccgtc acccaattcc ttttctgaac 15360
cctcattgca gacgtcctca tcctaacatg aattggcggt atacctgtag aacacccttt 15420
cattattatt ggccagattg catccctcct gtacttctcc ctattcctga ttttcctccc 15480
attagcaggt tgactagaga acaaagttct tgaatgacgc tgcactagta gctcagtttc 15540
agagcgtagc accggtcttg taaaccggat gtcgggggtt aaattccccc ctactgctat 15600
atcaaaaagg agggaattta acccccacca ctaattccca aaactagtat tctaaactaa 15660
actacttttt gtacatatat gtatatacac catacaatta tatcaaccag atcaatagta 15720
attcaataca tacatgtttt atcaacattc tctggtttat cacattcaca cggtactatt 15780
aacagttccc gtacataaac catttaatac taacattcaa cagtcatata tataatgact 15840
ggcgaaattt aagatctaac agaacaactc ataagtttag atataccacg aactcaacat 15900
tctattatcc cccaaaagct taatgtaata agaaccgacc atcagttgat ttcttaaggc 15960
acacggttat tgaaggtgag ggacaaatat cgtgggggtt tcacaatatg aattattcct 16020
ggcatttggt tcctacttca gggccatata attggtatca ctccccacac tttcatcgac 16080
gcttgcataa gttaatggtg gtaatacata accgggagca ccccccatgc cgagcgttct 16140
ttctagaggg tcactggtat tttttttctc ttttcctttt cactttgcat ttcagagtgc 16200
ccgcggaagt aaaataataa ggttgaacat ttcctctgaa tacaagtaaa atatgttaaa 16260
tgataaaagt cattacttaa gacttgcata taacaatatc aagtgcataa actgtgactt 16320
attacctgga agatatctaa gtgtgccccc tgggtttctg cgcgtaaacc cccctacccc 16380
ccagcactcc tgagatcatt aacattcctg taaacccccc cggaaacagg aaaatcccta 16440
gcagtgtatt ttttagccca aagtgtatct atttacatta ttaaaataat gcacac 16496

Claims (1)

1.一种日本黄姑鱼线粒体全基因组序列的扩增方法,其特征在于,以提取的日本黄姑鱼基因组DNA为模板,首先用4对扩增引物进行4个大片段产物扩增,然后通过基因组步移的方法,使用剩余的16对扩增引物进行PCR扩增,PCR产物经1.0%琼脂糖电泳检测后送生物公司测序;
上述的20对引物对,具体序列信息如下所示:
(1)第1对上游引物为:SEQIDNO.1所示的核苷酸序列,下游引物为:SEQIDNO.2所示的核苷酸序列;
(2)第2对上游引物为:SEQIDNO.3所示的核苷酸序列,下游引物为:SEQIDNO.4所示的核苷酸序列;
(3)第3对上游引物为:SEQIDNO.5所示的核苷酸序列,下游引物为:SEQIDNO.6所示的核苷酸序列;
(4)第4对上游引物为:SEQIDNO.7所示的核苷酸序列,下游引物为:SEQIDNO.8所示的核苷酸序列;
(5)第5对上游引物为:SEQIDNO.9所示的核苷酸序列,下游引物为:SEQIDNO.10所示的核苷酸序列;
(6)第6对上游引物为:SEQIDNO.11所示的核苷酸序列,下游引物为:SEQIDNO.12所示的核苷酸序列;
(7)第7对上游引物为:SEQIDNO.13所示的核苷酸序列,下游引物为:SEQIDNO.14所示的核苷酸序列;
(8)第8对上游引物为:SEQIDNO.15所示的核苷酸序列,下游引物为:SEQIDNO.16所示的核苷酸序列;
(9)第9对上游引物为:SEQIDNO.17所示的核苷酸序列,下游引物为:SEQIDNO.18所示的核苷酸序列;
(10)第10对上游引物为:SEQIDNO.19所示的核苷酸序列,下游引物为:SEQIDNO.20所示的核苷酸序列;
(11)第11对上游引物为:SEQIDNO.21所示的核苷酸序列,下游引物为:SEQIDNO.22所示的核苷酸序列;
(12)第12对上游引物为:SEQIDNO.23所示的核苷酸序列,下游引物为:SEQIDNO.24所示的核苷酸序列;
(13)第13对上游引物为:SEQIDNO.25所示的核苷酸序列,下游引物为:SEQIDNO.26所示的核苷酸序列;
(14)第14对上游引物为:SEQIDNO.27所示的核苷酸序列,下游引物为:SEQIDNO.28所示的核苷酸序列;
(15)第15对上游引物为:SEQIDNO.29所示的核苷酸序列,下游引物为:SEQIDNO.30所示的核苷酸序列;
(16)第16对上游引物为:SEQIDNO.31所示的核苷酸序列,下游引物为:SEQIDNO.32所示的核苷酸序列;
(17)第17对上游引物为:SEQIDNO.33所示的核苷酸序列,下游引物为:SEQIDNO.34所示的核苷酸序列;
(18)第18对上游引物为:SEQIDNO.35所示的核苷酸序列,下游引物为:SEQIDNO.36所示的核苷酸序列;
(19)第19对上游引物为:SEQIDNO.37所示的核苷酸序列,下游引物为:SEQIDNO.38所示的核苷酸序列;
(20)第20对上游引物为:SEQIDNO.39所示的核苷酸序列,下游引物为:SEQIDNO.40所示的核苷酸序列;
其中,上述的4对扩增引物为第1对,第6对,第11对和第16对。
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