CN104968797A - 金黄色葡萄球菌表面决定簇的抗体 - Google Patents

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Abstract

披露了针对金黄色葡萄球菌(S.aureus)表面决定簇抗原的抗体和抗原结合片段以及包括这些抗体或结合片段的还结合至分泌的毒素的双特异性抗体。还提供了使用这些抗体和抗原结合片段检测、诊断和治疗金黄色葡萄球菌感染的方法。进一步披露了这些抗体的重链可变区(VH)和轻链可变区(VL)区序列。

Description

金黄色葡萄球菌表面决定簇的抗体
本披露总体上涉及结合至金黄色葡萄球菌(Staphylococcusaureus，S.aureus)表面决定簇的抗体和结合至金黄色葡萄球菌分泌的毒素的抗体。本披露还涉及结合至金黄色葡萄球菌表面决定簇的抗体与结合至金黄色葡萄球菌分泌的毒素的抗体一起的组合，包括抗体的此类组合的组合物，以及预防金黄色葡萄球菌相关疾病的方法，这些方法包括给予抗体的此类组合。
金黄色葡萄球菌是革兰氏阳性、需氧、形成簇的球菌细菌，一般定殖于健康人的鼻子和皮肤。在任何给定时间，大约20％-30％的人群被金黄色葡萄球菌定殖。金黄色葡萄球菌细菌(有时也称为“staph”、“Staph.aureus”或“S.aureus”)被认为是引起轻微感染(例如，丘疹、疖和其他软组织感染)和全身性感染(例如，肺炎、败血病、骨髓炎及心内膜炎)的机会致病菌。
通常，粘膜和表皮屏障(皮肤)保护人体免于金黄色葡萄球菌感染。由于损伤(例如，烧伤、外伤、以及外科手术)造成的这些天然屏障的破坏显著增加了感染风险。损害免疫系统的疾病(例如，糖尿病、终末期肾病、以及癌症)也增加了感染风险。机会性金黄色葡萄球菌细菌感染可以变得严重，引起多种疾病或病症，其非限制性实例包括菌血症、蜂窝织炎、眼睑感染、食物中毒、关节感染、皮肤感染、烫伤样皮肤综合征、中毒性休克综合征、肺炎、骨髓炎、心内膜炎、脑膜炎以及脓肿形成。
金黄色葡萄球菌表达多种表面决定簇抗原，包括丝氨酸-天冬氨酸重复蛋白SdrC、SdrD和SdrE，聚集因子蛋白ClfA和ClfB，铁调节表面决定簇蛋白IsdA、IsdB、IsdC、IsdE及IsdH，金黄色葡萄球菌蛋白A(SpA)以及多糖聚-N-乙酰葡萄糖胺(PNAG)。这些表面抗原在宿主组织的定殖、宿主免疫应答的规避和细菌适合度中发挥一定作用。已经显示，ClfA、SpA、IsdA、IsdB以及IsdH的突变减少金黄色葡萄球菌毒力。
蛋白(例如IsdH)在金黄色葡萄球菌规避宿主免疫应答的能力中发挥一定作用，例如中性粒细胞介导的吞噬作用，对于金黄色葡萄球菌引起致感染而言关键的过程。IsdH是以下复合物的一部分，该复合物在限铁条件下被活化，用于结合血红蛋白和触珠蛋白-血红蛋白复合物，并且然后提取并将血红素运送进细胞质中。三种N-末端NEAr转运体(NEAT)基序存在于IsdH内，NEAT1的确定结构指示此基序内的某些残基涉及配体结合。已经显示，与野生型相比，金黄色葡萄球菌的IsdH-缺陷突变体具有减少的毒力，并且在血清调理素的存在下被人类中性粒细胞更加迅速地吞食。IsdH的保护机制似乎源自血清调理素C3b的加速降解。因此，IsdH在金黄色葡萄球菌有机体的抗吞噬特性中发挥一定作用。
ClfA是结合纤维蛋白原的毒力因子。ClfA的此功能似乎进一步促成金黄色葡萄球菌的抗吞噬特性。另外，ClfA还促进金黄色葡萄球菌在血液中凝集和形成至生物材料表面的生物被膜。
金黄色葡萄球菌还表达若干种另外的毒力因子，包括荚膜多糖和蛋白质毒素。经常与金黄色葡萄球菌感染相关的一种毒力因子是α毒素(又称α-溶血素或Hla)，是由金黄色葡萄球菌的致病力最强的菌株产生的成孔且溶血的胞外蛋白。该毒素在易感细胞(例如白细胞、血小板、红细胞、外周血单核细胞、巨噬细胞、角质化细胞、成纤维细胞以及内皮细胞)的膜中形成七聚体孔。α毒素孔形成常导致细胞功能障碍或溶解。它还可以导致上皮和内皮紧密连接的破坏和免疫调节异常。
当前，金黄色葡萄球菌在美国是感染相关死亡率的主导原因，并且是医院获得性感染的主导原因。此外，金黄色葡萄球菌对抗生素的增加的抗性已经使该问题复杂化。因此，研发诊断和治疗金黄色葡萄球菌感染的有效替代方法(包括联合抗体疗法)将是令人希望的。
如先前在美国临时申请号61/440,581和在国际申请号PCT/US 2012/024201(公开为WO 2012/109205)(将各自的内容通过引用结合在此)中所披露的，已经显示，结合至金黄色葡萄球菌α-毒素的抗体在鼠科皮肤坏死模型中减少CA-MRSA疾病严重程度并且在小鼠葡萄球菌肺炎模型中促进细菌清除。因此，可以利用此类抗体治疗金黄色葡萄球菌相关疾病。
除结合至金黄色葡萄球菌α-毒素的抗体之外，本披露还提供了针对金黄色葡萄球菌表面决定簇抗原的抗体及其组合。本发明提供了包括此类抗体或此类抗体的组合的组合物，以及使用此类抗体或此类抗体的组合预防和/或治疗金黄色葡萄球菌相关疾病的方法。使用结合至金黄色葡萄球菌α-毒素的抗体预防和/或治疗金黄色葡萄球菌相关疾病的方法描述在美国临时申请号61/440,581和在国际申请号PCT/US 2012/024201(公开为WO 2012/109205))(将其内容通过引用结合在此)，以及在与题目为“治疗金黄色葡萄球菌相关疾病的方法(Methods of Treating S.AureusAssociated Diseases)”的萨尔曼(Sellman)等人的本申请一并提交的美国临时申请(将其内容通过引用结合在此)中。
本发明还提供了抗体的某些组合，例如与结合至金黄色葡萄球菌α毒素的抗体相结合的结合至金黄色葡萄球菌表面决定簇的抗体，其中此类组合一起协同工作。本发明还提供了将靶向涉及规避宿主的调理吞噬功能的金黄色葡萄球菌表面决定簇抗原的抗体与靶向涉及直接损害宿主细胞的金黄色葡萄球菌分泌的毒素的抗体组合在一起。
附图说明
图1示出了当用金黄色葡萄球菌菌株纽曼(Newman)和USA300测试时，与由对照抗体R347诱导的百分比OPK相比，由抗-IsdH抗体B11、2F4和A7诱导的调理吞噬杀灭(OPK)百分比。
图2示出了与对照抗体R347相比，抗-IsdH抗体B11、2F4、A7及1C1与金黄色葡萄球菌菌株ARC2081和USA300的结合。
图3A是与对照抗体R347与Hp之间的竞争性结合相比，抗体1C1与触珠蛋白(Hp)之间对于结合至IsdH上的亚基Neat-1的竞争性结合的曲线图。图3B是与对照抗体R347与Hp之间的竞争性结合相比，抗体2F4与Hp之间对于结合至IsdH上的亚基Neat-2的竞争性结合的曲线图。
图4A示出了在抗体1C1的存在下，在小鼠菌血症模型中测量的金黄色葡萄球菌集落形成单位(CFU)的浓度。将CFU浓度报告为log10[CFU/ml]。图4B示出了在抗体A7的存在下，在小鼠菌血症模型中测量的金黄色葡萄球菌CFU的浓度。将CFU浓度报告为log10[CFU/ml]。图4C示出了在抗体IsdH0016的存在下，在小鼠菌血症模型中测量的金黄色葡萄球菌CFU的浓度。将CFU浓度报告为log10[CFU/ml]。图4D示出了在抗体IsdH003的存在下，在小鼠菌血症模型中测量的金黄色葡萄球菌CFU的浓度。将CFU浓度报告为log10[CFU/ml]。
图5示出了在抗体2F4的存在下，在小鼠菌血症模型中测量的金黄色葡萄球菌集落形成单位(CFU)的浓度。将CFU浓度报告为log10[CFU/ml]。
图6图示了与对照抗体R347相比，在时间T0、T1hr和T4hr在金黄色葡萄球菌菌株ARC2379(USA100)、ARC2081(USA200)和BAA-1556(USA 300)中测量为最大结合百分比的2F4结合。
图7A示出了当用金黄色葡萄球菌菌株纽曼测试时，与由对照抗体R347诱导的百分比OPK相比，由抗体2F4诱导的百分比OPK。图7B示出了当用金黄色葡萄球菌菌株ARC634测试时，与由对照抗体R347诱导的百分比OPK相比，由抗体2F4诱导的百分比OPK。图7C示出了当用金黄色葡萄球菌菌株ARC2081(USA200)测试时，与由对照抗体R347诱导的百分比OPK相比，由抗体2F4诱导的百分比OPK。图7D示出了当用金黄色葡萄球菌菌株BAA-1556(USA300)测试时，与由对照抗体R347诱导的百分比OPK相比，由抗体2F4诱导的百分比OPK。
图8示出了在hulgGFc捕获试验中对2F4对IsdH和对Neat-2亚基的亲和力的评估。
图9A示出了在用单独的2F4、单独的2A3、或2F4和2A3的组合治疗后，在器官负荷模型中测量的金黄色葡萄球菌菌株USA300的肾脏CFU浓度(以2.05e8的初始浓度给予)。将CFU浓度报告为log10[CFU/器官]。图9B示出了在用单独的2F4、单独的2A3、或2F4和2A3的组合治疗后，在器官负荷模型中测量的金黄色葡萄球菌菌株USA300的肾脏CFU浓度(以2.05e8的初始浓度给予)。将CFU浓度报告为log10[CFU/器官]。
图10显示抗-ClfA抗体抑制ClfA结合至固定的纤维蛋白原。与对照R347相比，抗-ClfA抗体23D6、27H4、11H10对结合至纤维蛋白原显示出增加的抑制。
图11显示抗-ClfA抗体抑制金黄色葡萄球菌在人血浆中凝集。与对照R347相比，抗-ClfA抗体23D6、27H4、11H10抑制三种不同金黄色葡萄球菌菌株(NR S112、BAA 1556和UAMS-1)凝集的能力，未测试mAb和ClfA蛋白。抗-ClfA抗体11H10在此测定中展示出最大菌株覆盖。
图12显示与抗-ClfA抗体23D6和27H4相比，抗-ClfA抗体11H10结合至ClfA上的不同表位。
图13证明抗-ClfA抗体11H10和抗-AT抗体LC10减少心脏的细菌负荷。
图14示出了抗-ClfA抗体11H10在鼠脓毒症模型中的作用。
图15示出了抗-ClfA抗体11H10、抗-AT抗体LC10、和抗-ClfA抗体11H10与抗-AT抗体LC10的组合在用CA-MRSA USA300激发的鼠脓毒症模型(IV致死激发)中的作用。
图16示出了抗-ClfA抗体11H10与抗-At抗体LC10的组合在用HA-MRSA USA100激发的鼠脓毒症模型(IV致死激发)中的作用。
图17示出了抗-ClfA抗体11H10与抗-AT抗体LC10的组合在用HA-MRSA USA200激发的鼠脓毒症模型(IV致死激发)中的作用。
图18示出了抗-IsdH抗体2F4与抗-AT抗体LC10的组合在用HA-MRSA USA100激发的鼠脓毒症模型(IV致死激发)中的作用。
说明性实施例的说明
现在将详细地参考根据本披露的某些示例性实施例，这些实施例的某些实例展示于附图中。
在此披露了结合至金黄色葡萄球菌表面决定簇抗原的抗体，包括人类、人源化和/或嵌合形式及其片段、衍生物/共轭物和组合物，以及结合至金黄色葡萄球菌分泌的毒素的抗体。此类抗体可以有用于检测和/或可视化金黄色葡萄球菌并且因此可以用在诊断方法和测定中。在此描述的抗体还干扰金黄色葡萄球菌表面决定簇，从而干扰定殖和免疫逃避，使得这些抗体有用于治疗和预防方法。同样地，在此描述的抗体可以结合金黄色葡萄球菌分泌的毒素，从而减少金黄色葡萄球菌感染的毒力。将靶向金黄色葡萄球菌表面决定簇和分泌的毒素两者的抗体组合可以增加当单独给予时由任一抗体达到的治疗或预防效果。
金黄色葡萄球菌表达多种对于金黄色葡萄球菌定殖、免疫逃避和适合度而言重要的表面决定簇抗原。此类表面决定簇包括SdrC、SdrD、SdrE、ClfA、ClfB、IsdA、IsdB、IsdC、IsdE、IsdH、SpA、FnbA以及PNAG。在此披露的抗体可以靶向表面决定簇抗原。
金黄色葡萄球菌还产生大量的分泌蛋白和细胞相关蛋白，它们中的许多涉及发病，例如α-毒素(AT)、β-毒素、γ-毒素、δ-毒素、杀白细胞素、中毒性休克综合征毒素(TSST)、肠毒素、凝固酶、蛋白A、纤维蛋白原等。α毒素是金黄色葡萄球菌的毒力因子之一，并且是由大多数病原性金黄色葡萄球菌菌株产生的。
A.针对金黄色葡萄球菌表面决定簇和分泌的毒素的抗体
如在此使用的，术语“一种抗体”、“多种抗体”(还被称为“免疫球蛋白”)以及“抗原结合片段”包括单克隆抗体(包括全长单克隆抗体)、多克隆抗体、从至少两种不同的表位结合片段形成的多特异性抗体(例如，双特异性抗体)、人抗体、人源化抗体、骆驼科(camelid)抗体、嵌合抗体、单链Fv(scFv)、单链抗体、单域抗体、域抗体、Fab片段、F(ab')2片段、展现所希望的生物活性的抗体片段(例如抗原结合部分)、二硫键连接的Fv(dsFv)、以及抗独特型(anti-Id)抗体(包括例如针对在此提供的抗体的抗Id抗体)、细胞内抗体、以及任何上述各项的表位结合片段。具体来说，抗体包括免疫球蛋白分子和免疫球蛋白分子的免疫活性片段，即，含有至少一个抗原结合位点的分子。免疫球蛋白分子可以具有任何同种型(例如，IgG、IgE、IgM、IgD、IgA和IgY)、亚同种型(例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2)或同种异型(例如，Gm，如G1m(f、z、a或x)、G2m(n)、G3m(g、b、或c)，Am，Em，以及Km(1、2或3))。抗体可以衍生自任何哺乳动物，包括但不限于人、猴子、猪、马、兔、狗、猫、小鼠、等等，或者其他动物，例如禽类(例如，鸡)。
在某些实施例中，本发明的抗体或其免疫特异性片段包括抗原结合结构域。抗原结合结构域由从一种抗体到另一种抗体变化的抗体可变区形成。天然发生的抗体包括至少两个抗原结合结构域，即它们至少是二价的。如在此所使用，术语“抗原结合结构域”包括特异性结合抗原上的表位(例如，可溶性抗原的细胞表面)的位点。抗体的抗原结合结构域典型地包括免疫球蛋白重链可变区的至少一部分和免疫球蛋白轻链可变区的至少一部分。由这些可变区形成的结合位点决定了抗体的特异性。
如在此所使用，除非另外特别指明，否则“突变”涵盖至少一个氨基酸或核酸的添加、缺失、取代(包括保守取代)或其他改变。除非另外特别指明，否则“保守取代”是指不显著改变抗体或其抗原结合片段的化学、物理和/或功能特性的第二氨基酸对第一氨基酸的置换(例如，该抗体或其抗原结合片段保留相同的电荷、结构、极性、疏水性/亲水性，和/或保持功能，如结合α毒素并且从而减少金黄色葡萄球菌毒力的能力)。保守取代还是指编码先前描述的保守性氨基酸取代的第二核酸对第一核酸的置换。
在此提供的抗体包括全长或完整抗体、抗体片段、天然序列抗体或天然抗体的氨基酸变体，人类、人源化、翻译后修饰、嵌合或融合抗体，免疫共轭物及其功能性片段。抗体可以在Fc区中被修饰，并且某些修饰可以提供所希望的效应子功能或改变的血清半衰期。
除非另外指明，在抗体的可变域、互补决定区(CDR)以及框架区(FR)中的氨基酸的编号遵循如在Kabat(卡巴特)等人，Sequences ofProteins of Immunological Interest(具有免疫学重要性的蛋白质的序列)，Public Health Service，5th Ed.(公共卫生署第五次编写)，NationalInstitutes of Health(国立卫生研究院)，Bethesda(贝塞斯达)，Maryland(马里兰州)(1991)中提出的Kabat定义。使用这个编号系统，实际的线性氨基酸序列可以含有对应于可变结构域的FR或CDR的缩短、或插入的较少的或另外的氨基酸。可以通过抗体序列与“标准”卡巴特编号序列在同源区的比对而针对给定的抗体确定残基的卡巴特编号。框架残基的最大比对常常需要在编号系统中的有待用于Fv区的“间隔”残基插入。另外，由于种间或等位基因差异，在任何给定的卡巴特位点编号处的某些单独残基的身份可以从抗体链变化到抗体链。
在某些实施例中，提供了分离的抗体。如在此所使用，术语“分离的抗体”是指基本上不含其他抗体和通常存在于天然细胞环境中的分子的抗体。因此，在一些实施例中，提供的抗体是分离抗体，其中它们已经从具有不同抗原特异性的抗体分离。分离的抗体可以是单克隆抗体或多克隆抗体。然而，特异性结合至金黄色葡萄球菌表面抗原的表位、同种型或变体或者分泌的毒素的分离的抗体可以具有与例如来自其他种类(例如，葡萄球菌种类同系物)的其他相关抗原的交叉反应性。所提供的分离的抗体可以基本上不含一种或多种其他细胞材料。在一些实施例中，“分离的”单克隆抗体的组合被提供，并且涉及具有不同特异性并被组合在定义的组合物中的抗体。
还披露了编码披露的抗体及其抗原结合片段的氨基酸序列的分离的核酸序列。归因于核苷酸密码的简并性，可以在任何核酸位置处存在多于一种核苷酸，但是仍编码同一氨基酸。在一些实施例中，提供编码以下氨基酸序列的核酸序列，这些氨基酸序列与结合金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素的披露抗体或其抗原结合片段的氨基酸序列70％、75％、80％、85％、90％、95％、99％或100％(或之间的任何百分比)一致。在另外的实施例中，这些核酸序列编码以下氨基酸序列，这些氨基酸序列保留披露的抗体及其抗原结合片段例如结合金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素并且因而减少金黄色葡萄球菌菌落生长、调理吞噬的逃避或分泌的毒素的毒性的功能能力。
在不同实施例中，在此披露的这些抗体或片段可以特异性结合至金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素多肽，或其抗原片段。在某些实施例中，该表面抗原是SdrC、SdrD、SdrE、ClfA、ClfB、IsdA、IsdB、IsdC、IsdE、IsdH、SpA、FnbA或PNAG。在另外的实施例中，该表面抗原是IsdH。在其他实施例中，该表面抗原是ClfA。在一些实施例中，该分泌的毒素是α毒素或酚可溶性调控蛋白。在另外的实施例中，该分泌的毒素是α毒素。有用于本披露的α毒素抗体的某些氨基酸和核酸序列披露于美国临时申请号61/440,581和于国际申请号PCT/US 2012/024201(公开为WO 2012/109205)中，将各自的内容以其全部内容特此结合。
在此提供的抗体可以特异性结合至对金黄色葡萄球菌表面决定簇抗原或分泌的毒素蛋白而言特异的一个或多个表位，并且通常不特异性结合至其他多肽。如在此所使用，术语“表位”是指能够被抗体结合的肽、亚基、片段、部分、寡聚体或其任何组合。
在某些实施例中，金黄色葡萄球菌表面决定簇抗原或分泌的毒素抗体或其抗原结合片段可以结合跨种类保守的表位。在一些实施例中，抗体或其抗原结合片段结合金黄色葡萄球菌表面决定簇抗原或分泌的毒素或来自另一细菌种类的同系物或直向同源物及其抗原片段。在一些实施例中，该抗体或其抗原结合片段可以结合至表面决定簇抗原或分泌的毒素的一种或多种同种型。
在不同实施例中，表位由金黄色葡萄球菌表面决定簇抗原的至少一部分组成。这些表面决定簇抗原可以包括SdrC、SdrD、SdrE、ClfA、ClfB、IsdA、IsdB、IsdC、IsdE、IsdH、SpA、FnbA或PNAG。在一些实施例中，该抗原是IsdH。在其他实施例中，该抗原是ClfA。在其他实施例中，表位由金黄色葡萄球菌分泌的毒素的至少一部分组成。在一些实施例中，该分泌的毒素是α毒素，其涉及α毒素七聚体复合物的形成。
指定表位可以包括任何氨基酸序列，该氨基酸序列包括来自靶标抗原的氨基酸序列的至少3个连续氨基酸残基。该表位可以包括更长的氨基酸序列，多达并且包括靶标抗原的整个氨基酸序列。在一些实施例中，该表位包括来自靶标抗原的氨基酸序列的至少4个氨基酸残基、至少5个氨基酸残基、至少6个氨基酸残基、至少7个氨基酸残基、至少8个氨基酸残基、至少9个氨基酸残基、至少10个氨基酸残基、至少11个氨基酸残基、至少12个氨基酸残基、至少13个氨基酸残基、至少14个氨基酸残基、或至少15个氨基酸残基。在某些其他实施例中，该表位包括来自靶标抗原的氨基酸序列的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个连续或非连续氨基酸残基。
在某些实施例中，提供了以下组合，该组合包括特异性结合至金黄色葡萄球菌分泌的毒素的分离的抗体或其抗原结合片段和特异性结合至金黄色葡萄球菌表面决定簇抗原的分离的抗体。在另外的实施例中，结合金黄色葡萄球菌表面决定簇抗原的抗体结合选自以下各项的抗原：SdrC、SdrD、SdrE、ClfA、ClfB、IsdA、IsdB、IsdC、IsdE、IsdH、SpA、FnbA或PNAG。在仍另外的实施例中，该表面决定簇抗原是IsdH。在某些实施例中，结合金黄色葡萄球菌分泌的毒素的抗体结合选自α毒素和酚可溶性调控蛋白的毒素。在另外的实施例中，该分泌的毒素是α毒素。
在某些实施例中，该抗体或抗体组合存在于水溶液中。在其他实施例中，该抗体或抗体组合以粉状或冻干形式存在。在某些实施例中，该抗体或抗体组合处于足以用于治疗或诊断使用的浓度。在一些实施例中，该抗体或抗体组合存在于无菌器皿或容器中。
在某些实施例中，能够结合金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素的抗体或其抗原结合片段制备自亲本抗体。如在此所使用，术语“亲本抗体”是指由用于制备如在此定义的变体或衍生抗体的氨基酸序列编码的抗体。亲本多肽可以包括天然抗体序列(即，天然发生的抗体多肽，包括天然发生的等位基因变体)或天然发生的序列的具有事先存在的氨基酸序列修饰(如插入、缺失和/或取代)的抗体序列。亲本抗体可以是人源化抗体或人抗体。在特定实施例中，这些金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素抗体及其抗原结合片段是亲本抗体的变体。如在此所使用，术语“变体”是指借助在亲本抗体序列中添加、缺失和/或取代一个或多个氨基酸残基而在其氨基酸序列上不同于该“亲本”抗体或其抗原结合片段氨基酸序列的抗体或其抗原结合片段。
本发明金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素抗体及其抗原结合片段包括至少一个抗原结合结构域。抗体的抗原结合部分包含保留特异性结合至抗原能力的抗体一个或多个片段。这些保留的部分可以包括来自亲本抗体或亲本抗体的变体的重链可变区和/或轻链可变区。
B.抗-IsdH抗体
如在此所使用，术语“序列一致性百分比(％)”或“同源性”被定义为在比对序列和(如果需要的话)引入空位(以便获得最大的百分比序列一致性)并且排除保守取代之后，在候选序列中的氨基酸残基或核苷酸与在参考序列中的氨基酸残基或核苷酸一致的百分比。除了手动比对外，可以借助于本领域已知的局部同源性算法或借助于使用这些算法的计算机程序(例如，GAP、BESTFIT、FASTA、BLAST P、BLAST N以及TFASTA)来产生供比较的序列的最佳比对。
在一些实施例中，特异性结合至表面抗原IsdH的分离的抗体或其抗原结合片段包括以下重链可变区(VH)，该重链可变区与SEQ ID NO：80、82、84、86、或88的氨基酸序列具有65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、99％或100％一致性。在某些实施例中，特异性结合至IsdH的抗体或其抗原结合片段包括以下轻链可变区(VL)，该轻链可变区与SEQ ID NO：81、83、85、87、或89的氨基酸序列具有65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、99％或100％一致性。在具体实施例中，特异性结合至IsdH的抗体或其抗原结合片段包括以下VH和以下VL，该VH与SEQ ID NO：80、82、84、86、或88的氨基酸序列具有65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、99％或100％一致性，该VL包括SEQ ID NO：81、83、85、87、或89的氨基酸序列。
在具体实施例中，特异性结合至IsdH的抗体或其抗原结合片段包括以下VH和以下VL，其中该VH和VL选自下组，该组由以下各项组成：SEQ ID NO：80和81；SEQ ID NO：82和83；SEQ ID NO：84和85；SEQ IDNO：86和87；以及SEQ ID NO：88和89。在某些实施例中，特异性结合至IsdH的抗体或其抗原结合片段包括以下VH和以下VL，其中该VH和VL对应于SEQ ID NO：80和81。实例7，表12提供了如在此呈现的代表性VH和VL序列，这些序列可以按任何组合存在，以形成抗表面抗原抗体或其抗原结合片段。
在另外的实施例中，特异性结合至IsdH的抗体或其抗原结合片段包括以下VH氨基酸序列，该氨基酸序列在SEQ ID NO：80、82、84、86、或88的氨基酸序列中具有1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个突变(包括添加、缺失和取代，例如保守取代)。在不同实施例中，特异性结合至IsdH的抗体或其抗原结合片段包括以下VL氨基酸序列，该氨基酸序列在SEQ ID NO：81、83、85、87、或89的氨基酸序列中具有1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个突变(包括添加、缺失和取代，例如保守取代)。
在某些实施例中，特异性结合至表面抗原IsdH的抗体或其抗原结合片段具有以下一种或多种特征：
(a)针对金黄色葡萄球菌表面抗原的解离常数(KD)为约100nM或更小、约90nM或更小、约80nM或更小、约70nM或更小、约60nM或更小、约50nM或更小、约40nM或更小、约20nm或更小、约10nm或更小、约9、8、7、6、5、4、3、2、或1nm(或之间的任何值)；
(b)将金黄色葡萄球菌逃避免疫细胞的调理吞噬的能力减少至少50％、60％、70％、80％、90％或95％(或之间的任何百分比)，如通过调理吞噬杀灭测定测量的；
(c)将金黄色葡萄球菌集落形成单位(CFU)的浓度减少至少50％、60％、70％、80％、90％或95％(或之间的任何百分比)，如通过菌血症模型测量的；或
(d)减少免疫细胞浸润、细菌负荷和促炎性细胞因子释放。
特异性结合金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素的本发明抗体及其抗原结合片段包括至少一个抗原结合结构域，该抗原结合结构域包括至少一个互补决定区(例如，CDR1、CDR2或CDR3中的至少一个)。在一些实施例中，抗体或其抗原结合片段包括以下VH，该VH包括至少一个VH CDR(例如，VH CDR1、VH CDR2或VH CDR3)。在某些实施例中，抗体或其抗原结合片段包括以下VL，该VH包括至少一个VL CDR(例如，VL CDR1、VL CDR2或VL CDR3)。在一些实施例中，抗体或其抗原结合片段包括以下VH，该VH包括至少一个VH CDR和至少一个VL CDR。
在此披露的这些CDR区可以按多种组合进行组合，因为对于给定抗体而言，每个CDR区都可以独立地选择并与任何其他CDR区组合。在某些实施例中，VH和/或VL CDR序列可以按任何组合存在，以形成针对金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素的抗体或其抗原结合片段。
在一些实施例中，特异性结合至IsdH的分离的抗体或其抗原结合片段包括(a)VH CDR1，该VH CDR1包括与SEQ ID NO：90、96、102、108、或114一致的氨基酸序列，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；(b)VH CDR2，该VH CDR2包括与SEQ ID NO：91、97、103、109、或115一致的氨基酸序列，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；和/或(c)VH CDR3，该VH CDR3包括与SEQ ID NO：92、98、104、110、或116一致的氨基酸序列，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变。
在一些实施例中，特异性结合至IsdH的分离的抗体或其抗原结合片段包括(a)VL CDR1，该VL CDR1包括与SEQ ID NO：93、99、105、111、或117一致的氨基酸序列，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；(b)VL CDR2，该VL CDR2包括与SEQ ID NO：94、100、106、112、或118一致的氨基酸序列，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；和/或(c)VL CDR3，该VL CDR3包括与SEQ ID NO：95、101、107、113、或119一致的氨基酸序列，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变。
在一些实施例中，特异性结合至IsdH的分离的抗体或其抗原结合片段包括VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VL CDR3，其包括与以下各项一致的氨基酸序列或相对于以下各项在每个CDR中包括1、2、或3个氨基酸残基突变：(a)VH CDR1，该VH CDR1包括SEQ ID NO：90、96、102、108、或114的氨基酸序列；(b)VH CDR2，该VH CDR2包括SEQ ID NO：91、97、103、109、或115的氨基酸序列；(c)VH CDR3，该VH CDR3包括SEQ ID NO：92、98、104、110、或116的氨基酸序列；(d)VL CDR1，该VL CDR1包括SEQ ID NO：93、99、105、111、或117的氨基酸序列；(e)VL CDR2，该VL CDR2包括SEQ ID NO：94、100、106、112、或118的氨基酸序列；以及(f)VL CDR3，该VL CDR3包括SEQ ID NO：95、101、107、113、或119的氨基酸序列。
在具体实施例中，特异性结合至IsdH的分离的抗体或其抗原结合片段包括VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VL CDR3，其中该VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VL CDR3选自下组，该组由以下各项组成：SEQ ID NO：90、91、92、93、94及95；SEQ ID NO：96、97、98、99、100,及101；SEQ ID NO：102、103、104、105、106,及107；SEQ ID NO：108、109、110、111、112,及113；SEQ IDNO：114、115、116、117、118及119。在另外的实施例中，特异性结合至IsdH的分离的抗体或其抗原结合片段包括VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VL CDR3，其中该VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VLCDR1、VL CDR2以及VL CDR3对应于SEQ ID NO：90、91、92、93、94及95。
在一些实施例中，特异性结合至IsdH的分离的抗体或其抗原结合片段对应于如上所述的任何一种分离的抗体或抗原结合片段，并且具有以下一种或多种特征：
(a)针对金黄色葡萄球菌表面抗原的解离常数(KD)为约100nM或更小、约90nM或更小、约80nM或更小、约70nM或更小、约60nM或更小、约50nM或更小、或约40nM或更小、约20nm或更小、约10nm或更小、约9、8、7、6、5、4、3、2、或1nm(或之间的任何值)；
(b)将金黄色葡萄球菌逃避免疫细胞的调理吞噬的能力减少至少50％、60％、70％、80％、90％或95％(或之间的任何百分比)，如通过调理吞噬杀灭测定测量的；
(c)将金黄色葡萄球菌集落形成单位(CFU)的数目减少至少50％、60％、70％、80％、90％或95％(或之间的任何百分比)，如通过菌血症模型测量的；或
(d)减少免疫细胞浸润、细菌负荷和促炎性细胞因子释放。
在另外的实施例中，本发明提供了特异性结合至与以上描述的任何一种抗ClfA抗体或抗原结合片段相同的IsdH表位的分离的抗体或其抗原结合片段。
C.抗-ClfA抗体
在一些实施例中，特异性结合至表面抗原ClfA的分离的抗体或其抗原结合片段包括以下重链可变区(VH)，该重链可变区与SEQ ID NO：132或140的氨基酸序列具有65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、99％或100％一致性。在某些实施例中，特异性结合至ClfA的分离的抗体或其抗原结合片段包括以下轻链可变区(VL)，该轻链可变区与SEQ ID NO：136或144的氨基酸序列具有65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、99％或100％一致性。在具体实施例中，特异性结合至ClfA的抗体或其抗原结合片段包括以下VH和以下VL，该VH与SEQ ID NO：132或136的氨基酸序列具有65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、99％或100％一致性，该VL包括SEQID NO：140或144的氨基酸序列。在具体实施例中，特异性结合至ClfA的抗体或其抗原结合片段包括以下VH和以下VL，其中该VH和VL选自下组，该组由以下各项组成：SEQ ID NO：132和140；以及SEQ ID NO：136和144。实例7，表14提供了如在此呈现的代表性VH和VL序列，这些序列可以按任何组合存在，以形成抗表面抗原抗体或其抗原结合片段。
在另外的实施例中，特异性结合至ClfA的分离的抗体或其抗原结合片段包括以下VH氨基酸序列，该氨基酸序列在SEQ ID NO：132或140的氨基酸序列中具有1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个突变(包括添加、缺失和取代，例如保守取代)。在不同实施例中，特异性结合至ClfA的抗体或其抗原结合片段包括以下VL氨基酸序列，该氨基酸序列在SEQ ID NO：136或144的氨基酸序列中具有1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个突变(包括添加、缺失和取代，例如保守取代)。
在一些实施例中，特异性结合至ClfA的分离的抗体或其抗原结合片段包括(a)VH CDR1，该VH CDR1包括与SEQ ID NO：133或141一致的氨基酸序列，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；(b)VH CDR2，该VH CDR2包括与SEQ ID NO：134或142一致的氨基酸序列，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；和/或(c)VH CDR3，该VH CDR3包括与SEQ ID NO：135或143一致的氨基酸序列，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变。
在一些实施例中，特异性结合至ClfA的分离的抗体或其抗原结合片段包括(a)VL CDR1，该VL CDR1包括与SEQ ID NO：137或145一致的氨基酸序列，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；(b)VL CDR2，该VL CDR2包括与SEQ ID NO：138或146一致的氨基酸序列，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；和/或(c)VL CDR3，该VL CDR3包括与SEQ ID NO：139或147一致的氨基酸序列，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变。
在一些实施例中，特异性结合至ClfA的分离的抗体或其抗原结合片段包括VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VL CDR3，其包括与以下各项一致的氨基酸序列或相对于以下各项在每个CDR中包括1、2、或3个氨基酸残基突变：(a)VH CDR1，该VH CDR1包括SEQ ID NO：133或141的氨基酸序列；(b)VH CDR2，该VH CDR2包括SEQ ID NO：134或142的氨基酸序列；(c)VH CDR3，该VH CDR3包括SEQ ID NO：135或143的氨基酸序列；(d)VL CDR1，该VL CDR1包括SEQ ID NO：137或145的氨基酸序列；(e)VL CDR2，该VL CDR2包括SEQ ID NO：138或146的氨基酸序列；以及(f)VL CDR3，该VL CDR3包括SEQ ID NO：139或147的氨基酸序列。
在具体实施例中，特异性结合至IsdH的分离的抗体或其抗原结合片段包括VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VL CDR3，其中该VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VL CDR3选自下组，该组由以下各项组成：SEQ ID NO：133、134、135、137、138及139；以及SEQ ID NO：141、142、143、144、145、146及147。
在另外的实施例中，本发明提供了特异性结合至与以上描述的任何一种抗ClfA抗体或抗原结合片段相同的ClfA表位的分离的抗体或其抗原结合片段。
D.抗-α毒素(AT)抗体
在一些实施例中，针对分泌的毒素的抗体或其抗原结合片段包括以下VH，该VH包括SEQ ID NO：20、22、24、26、28、41、43、45、47、49、51、53、55、57、79、59、61、或62的氨基酸序列。在某些实施例中，抗分泌的毒素的抗体或其抗原结合片段包括以下VL，该VL包括SEQID NO：19、21、23、25、27、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60或63的氨基酸序列。在又另一个实施例中，抗-α毒素抗体或其抗原结合片段包括以下VH和以下VL，该VH包括SEQ ID NO：20、22、24、26、28、41、43、45、47、49、51、53、55、57、79、59、61、或62的氨基酸序列，该VL包括SEQ ID NO：19、21、23、25、27、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60或63的氨基酸序列。对于如在此呈现的VH和VL序列的代表，参见实例7，表7，这些序列可以按形成抗-α毒素抗体或其抗原结合片段的任何组合存在或按形成本发明的mAb的组合存在。在一些实施例中，该VH是SEQ ID NO：20、22、24、26、28、41、43、45、47、49、51、53、55、57、79、59、61、或62。在不同实施例中，该VL是SEQ ID NO：19、21、23、25、27、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60或63。
编码在此讨论的VH和VL氨基酸序列的某些VH和VL核苷酸序列呈现于实例7，表8中。
在一些实施例中，在此披露的这些分离的抗体或其抗原结合片段包括以下VH和以下VL，其中该VH和VL具有由以下各项表示的氨基酸序列：SEQ ID NO：20和19；SEQ ID NOs；22和21；SEQ ID NO：24和23；SEQ ID NO：26和25；SEQ ID NO：28和27；SEQ ID NO：41和42；SEQ IDNO：43和44；SEQ ID NO：45和46；SEQ ID NO：47和48；SEQ ID NO：47和48；SEQ ID NO：49和50；SEQ ID NO：51和52；SEQ ID NO：51和52；SEQ ID NO：53和54；SEQ ID NO：55和56；SEQ ID NO：57和58；SEQ ID NO：59和60；SEQ ID NO：61和58；SEQ ID NO：62和58；SEQ IDNO：62和63；SEQ ID NO：79和63。
在某些实施例中，针对金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素的抗体或片段包括以下VH和/或VL，该VH和/或VL与表7中披露的VH和/或VL序列中的任何一个具有给定百分比一致性。
在一些实施例中，抗-分泌毒素抗体或其抗原结合片段包括以下VH氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO：20、22、24、26、28、41、43、45、47、49、51、53、55、57、79、59、61、或62的氨基酸序列具有至少65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、99％或100％(或之间的任何百分比)一致性。在某些实施例中，该抗体或其抗原结合片段包括以下VH氨基酸序列，该氨基酸序列在SEQ ID NO：20、22、24、26、28、41、43、45、47、49、51、53、55、57、79、59、61、或62的氨基酸序列中具有1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个突变(包括添加、缺失和取代，例如保守取代)。如在此所使用，“保守取代”是指不显著改变抗体或其抗原结合片段的化学、物理和/或功能特性的第二氨基酸对第一氨基酸的置换(例如，该抗体或其抗原结合片段保留相同的电荷、结构、极性、疏水性/亲水性，和/或保持功能，如结合α毒素并且从而减少金黄色葡萄球菌毒力的能力)。在某些实施例中，该抗体或其抗原结合片段包括与SEQ ID NO：20、22、24、26、28、41、43、45、47、49、51、53、55、57、79、59、61、或62具有给定百分比一致性的VH氨基酸序列并且具有以下一种或多种特征：
(a)针对金黄色葡萄球菌α毒素的解离常数(KD)为约13nM或更小；
(b)将α毒素寡聚体的形成抑制至少50％、60％、70％、80％、90％或95％(或之间的任何百分比)；
(c)将α毒素细胞溶解活性减少至少50％、60％、70％、80％、90％或95％(或之间的任何百分比)(如通过细胞溶解和溶血测定所确定的)；或
(d)减少免疫细胞浸润、细菌负荷和促炎性细胞因子释放(例如，在动物肺炎模型中)。
在某些实施例中，抗-分泌毒素抗体或其抗原结合片段包括以下VL氨基酸序列，该氨基酸序列与SEQ ID NO：19、21、23、25、27、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60或63的氨基酸序列具有至少65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％(或之间的任何百分比)一致性。在不同实施例中，该抗体或其抗原结合片段包括以下VL氨基酸序列，该氨基酸序列在SEQ ID NO：19、21、23、25、27、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60或63的氨基酸序列中具有1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个突变(包括添加、缺失和取代，例如保守取代)。在某些实施例中，该抗体或其抗原结合片段包括与SEQ ID NO：19、21、23、25、27、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60或63具有给定百分比一致性的VL氨基酸序列并且具有以下一种或多种特征：
(a)针对金黄色葡萄球菌α毒素的解离常数(KD)为约13nM或更小；
(b)将α毒素至细胞表面的结合抑制至少50％、60％、70％、80％、90％或95％(或之间的任何百分比)，从而扰乱α毒素寡聚体的形成；
(c)将α毒素细胞溶解活性减少至少50％、60％、70％、80％、90％或95％(或之间的任何百分比)(如通过细胞溶解和溶血测定所确定的)；或
(d)减少免疫细胞浸润、细菌负荷和促炎性细胞因子释放(例如，在动物肺炎模型中)。
在一些实施例中，特异性结合至金黄色葡萄球菌α毒素多肽的分离的抗体或抗原结合片段包括(a)VH CDR1，该VH CDR1包括与SEQ IDNO：7、10、13或69一致的氨基酸序列，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；(b)VH CDR2，该VH CDR2包括与SEQ ID NO：8、11、14、17、70或75一致的氨基酸序列，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；和/或(c)VH CDR3，该VH CDR3包括与SEQ ID NO：9、12、15、18、16、65、66、67、71、72、76或78一致的氨基酸序列，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变。
在具体实施例中，特异性结合至金黄色葡萄球菌α毒素多肽的分离的抗体或抗原结合片段包括VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3，其包括与以下各项一致的氨基酸序列或相对于以下各项在每个CDR中包括1、2、或3个氨基酸残基突变：SEQ ID NO：7、8和9；SEQ ID NO：10、11和12；SEQ ID NO：13、14和15；SEQ ID NO：7、17和18；SEQ ID NO：7、8和16；SEQ ID NO：7、8和65；SEQ ID NO：7、8和66；SEQ ID NOs 7、8,和67；SEQ ID NO：7、8和78；SEQ ID NO：69、70和71；SEQ ID NO：7、8和72；SEQ ID NO：69、75和71；SEQ ID NO：69、75和76；或SEQ ID NO：69、70和71。
在一些实施例中，特异性结合至金黄色葡萄球菌α毒素多肽的分离的抗体或其抗原结合片段包括(a)VL CDR1，该VL CDR1包括与SEQID NO：1或4一致的氨基酸序列，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；(b)VL CDR2，该VL CDR2包括与SEQ ID NO：2、5、73或77一致的氨基酸序列，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；和/或(c)VL CDR3，该VL CDR3包括与SEQ ID NO：3、6、64、68或74一致的氨基酸序列，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变。
在具体实施例中，特异性结合至金黄色葡萄球菌α毒素多肽的分离的抗体或其抗原结合片段包括VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其包括与以下各项一致的氨基酸序列或相对于以下各项在每个CDR中包括1、2、或3个氨基酸残基突变：SEQ ID NO：1、2和3；SEQ ID NO：4、5和6；SEQ ID NO：1、2和64；SEQ ID NO：1、2和68；SEQ ID NO：1、73和74；或SEQ ID NO：1、77和74。
在一些实施例中，特异性结合至金黄色葡萄球菌α毒素多肽的分离的抗体或其抗原结合片段包括VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VL CDR3，其包括与以下各项一致的氨基酸序列或相对于以下各项在每个CDR中包括1、2、或3个氨基酸残基突变：(a)VH CDR1，该VH CDR1包括SEQ ID NO：7、10、13或69的氨基酸序列；(b)VH CDR2，该VH CDR2包括SEQ ID NO：8、11、14、17、70或75的氨基酸序列；(c)VH CDR3，该VH CDR3包括SEQ ID NO：9、12、15、18、16、65、66、67、71、72、76或78的氨基酸序列；(d)VL CDR1，该VL CDR1包括SEQ ID NO：1或4的氨基酸序列；(e)VL CDR2，该VL CDR2包括SEQ ID NO：2、5、73、或77的氨基酸序列；以及(f)VL CDR3，该VL CDR3包括SEQ ID NO：3、6、64、68或74的氨基酸序列。
在具体实施例中，特异性结合至金黄色葡萄球菌α毒素多肽的分离的抗体或抗原结合片段包括VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VL CDR3，其包括与以下各项一致的氨基酸序列或相对于以下各项在每个CDR中包括1、2、或3个氨基酸残基突变：SEQ ID NO：7、8、9、1、2及3；SEQ ID NO：10、11、12、1、2及3；SEQ ID NO：13、14、15、4、5及6；SEQ ID NO：7、17、18、1、2及3；SEQ ID NO：7、8、16、1、2及64；SEQ ID NO：7、8、65、1、2及64；SEQ ID NOs；7、8、66、1、2及64；SEQ ID NO：7、8、67、1、2及68；SEQ ID NO：7、8、67、1、2及64；SEQ ID NO：7、8、78、1、2及64；SEQ ID NO：7、8、65、1、2及68；SEQ ID NO：69、70、71、1、2及68；SEQ ID NO：7、8、72、1、73及74；SEQ ID NO：69、75、71、1、2及68；SEQ ID NO：69、75、76、1、2及68；SEQ ID NO：69、75、76、1、77及74；或SEQ ID NO：69、70、71、1、77及74。
在一些实施例中，提供了以下组合物，该组合物包括以下分离的抗体或其抗原结合片段，该分离的抗体或其抗原结合片段(i)包括以下VH链结构域和以下VL链结构域，该VH链结构域包括三个CDR，该VL链结构域包括三个CDR；并且(ii)特异性结合至金黄色葡萄球菌α毒素多肽，其中该VH链结构域的这三个CDR包括(a)VH CDR1，该VH CDR1包括SEQ ID NO：7、10、13或69的氨基酸序列；(b)VH CDR2，该VH CDR2包括SEQ ID NO：8、11、14、17、70或75的氨基酸序列；以及(c)VH CDR3，该VH CDR3包括SEQ ID NO：9、12、15、18、16、65、66、67、71、72、76或78的氨基酸序列。在具体实施例中，VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3相应于SEQ ID NO：7、8和9；SEQ ID NO：10、11和12；SEQ ID NO：13、14和15；SEQ ID NO：7、17和18；SEQ ID NO：7、8和16；SEQ ID NO：7、8和65；SEQ ID NO：7、8和66；SEQ ID NO 7、8、和67；SEQ ID NO：7、8和78；SEQ ID NO：69、70和71；SEQ ID NO：7、8和72；SEQ ID NO：69、75和71；SEQ ID NO：69、75和76；或SEQ ID NO：69、70和71。
在某些实施例中，特异性结合金黄色葡萄球菌分泌的毒素的抗体或其抗原结合片段包括(a)VH CDR1，该VH CDR1包括与以下各项一致的氨基酸序列或相对于以下各项包括1、2、或3个氨基酸残基突变：SEQID NO：7、10、13或69；(b)VH CDR2，该VH CDR2包括与以下各项一致的氨基酸序列或相对于以下各项包括1、2、或3个氨基酸残基突变：SEQ IDNO：8、11、14、17、70或75；以及(c)VH CDR3，该VH CDR3包括与以下各项一致的氨基酸序列或相对于以下各项包括1、2、或3个氨基酸残基突变：SEQ ID NO：9、12、15、18、16、65、66、67、71、72、76或78；(d)VL CDR1，该VL CDR1包括SEQ ID NO：1或4的氨基酸序列；(e)VL CDR2，该VL CDR2包括SEQ ID NO：2、5、73、或77的氨基酸序列；以及(f)VL CDR3，该VL CDR3包括SEQ ID NO：3、6、64、68或74的氨基酸序列并且具有以下一种或多种特征：
(a)针对α毒素的解离常数(KD)为约13nM或更小；
(b)结合至α毒素单体；
(c)将α毒素寡聚体的形成抑制至少50％、60％、70％、80％、90％或95％(或之间的任何百分比)；
(d)将α毒素细胞溶解活性减少至少50％、60％、70％、80％、90％或95％(或之间的任何百分比)(如通过细胞溶解和溶血测定所确定的)；或
(e)减少免疫细胞浸润、细菌负荷和促炎性细胞因子释放(例如，在动物肺炎模型中)。
在某些实施例中，特异性结合至金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素的抗体或抗体片段包括以下重链可变结构域，该结构域与SEQID NO：20、22、24、26、28、41、43、45、47、49、51、53、55、57、79、59、61、62、80、82、84、86、或88的氨基酸序列具有至少90％一致性，并且包括以下轻链可变结构域，该结构域与SEQ ID NO：19、21、23、25、27、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、63、81、83、85、87、或89的氨基酸序列具有至少90％一致性。在另外的实施例中，该抗体或其抗原结合片段将金黄色葡萄球菌逃避调理吞噬的能力减少至少50％。在另外的实施例中，该抗体或其抗原结合片段将金黄色葡萄球菌CFU的浓度减少至少50％。在其他实施例中，该抗体或其抗原结合片段抑制一个或多个α毒素单体相互结合(例如，抑制寡聚化)和/或减少金黄色葡萄球菌毒力。
在一些实施例中，特异性结合至金黄色葡萄球菌α毒素多肽的分离的抗体或抗原结合片段包括(a)VH CDR1，该VH CDR1包括与SEQ IDNO：7、10、13或69一致的氨基酸序列，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；(b)VH CDR2，该VH CDR2包括与SEQ ID NO：8、11、14、17、70或75一致的氨基酸序列，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；和/或(c)VH CDR3，该VH CDR3包括与SEQ ID NO：9、12、15、18、16、65、66、67、71、72、76或78一致的氨基酸序列，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变。
在具体实施例中，特异性结合至金黄色葡萄球菌α毒素多肽的分离的抗体或抗原结合片段包括VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3，其包括与以下各项一致的氨基酸序列或相对于以下各项在每个CDR中包括1、2、或3个氨基酸残基突变：SEQ ID NO：7、8和9；SEQ ID NO：10、11和12；SEQ ID NO：13、14和15；SEQ ID NO：7、17和18；SEQ ID NO：7、8和16；SEQ ID NO：7、8和65；SEQ ID NO：7、8和66；SEQ ID NOs 7、8,和67；SEQ ID NO：7、8和78；SEQ ID NO：69、70和71；SEQ ID NO：7、8和72；SEQ ID NO：69、75和71；SEQ ID NO：69、75和76；或SEQ ID NO：69、70和71。
在一些实施例中，特异性结合至金黄色葡萄球菌α毒素多肽的分离的抗体或其抗原结合片段包括(a)VL CDR1，该VL CDR1包括与SEQID NO：1或4一致的氨基酸序列，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；(b)VL CDR2，该VL CDR2包括与SEQ ID NO：2、5、73或77一致的氨基酸序列，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；和/或(c)VL CDR3，该VL CDR3包括与SEQ ID NO：3、6、64、68或74一致的氨基酸序列，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变。
在具体实施例中，特异性结合至金黄色葡萄球菌α毒素多肽的分离的抗体或其抗原结合片段包括VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3，其包括与以下各项一致的氨基酸序列或相对于以下各项在每个CDR中包括1、2、或3个氨基酸残基突变：SEQ ID NO：1、2和3；SEQ ID NO：4、5和6；SEQ ID NO：1、2和64；SEQ ID NO：1、2和68；SEQ ID NO：1、73和74；或SEQ ID NO：1、77和74。
在一些实施例中，特异性结合至金黄色葡萄球菌α毒素多肽的分离的抗体或其抗原结合片段包括VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VL CDR3，其包括与以下各项一致的氨基酸序列或相对于以下各项在每个CDR中包括1、2、或3个氨基酸残基突变：(a)VH CDR1，该VH CDR1包括SEQ ID NO：7、10、13或69的氨基酸序列；(b)VH CDR2，该VH CDR2包括SEQ ID NO：8、11、14、17、70或75的氨基酸序列；(c)VH CDR3，该VH CDR3包括SEQ ID NO：9、12、15、18、16、65、66、67、71、72、76或78的氨基酸序列；(d)VL CDR1，该VL CDR1包括SEQ ID NO：1或4的氨基酸序列；(e)VL CDR2，该VL CDR2包括SEQ ID NO：2、5、73、或77的氨基酸序列；以及(f)VL CDR3，该VL CDR3包括SEQ ID NO：3、6、64、68或74的氨基酸序列。
在具体实施例中，特异性结合至金黄色葡萄球菌α毒素多肽的分离的抗体或抗原结合片段包括VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VL CDR3，其包括与以下各项一致的氨基酸序列或相对于以下各项在每个CDR中包括1、2、或3个氨基酸残基突变：SEQ ID NO：7、8、9、1、2及3；SEQ ID NO：10、11、12、1、2及3；SEQ ID NO：13、14、15、4、5及6；SEQ ID NO：7、17、18、1、2及3；SEQ ID NO：7、8、16、1、2及64；SEQ ID NO：7、8、65、1、2及64；SEQ ID NOs；7、8、66、1、2及64；SEQ ID NO：7、8、67、1、2及68；SEQ ID NO：7、8、67、1、2及64；SEQ ID NO：7、8、78、1、2及64；SEQ ID NO：7、8、65、1、2及68；SEQ ID NO：69、70、71、1、2及68；SEQ ID NO：7、8、72、1、73及74；SEQ ID NO：69、75、71、1、2及68；SEQ ID NO：69、75、76、1、2及68；SEQ ID NO：69、75、76、1、77及74；或SEQ ID NO：69、70、71、1、77及74。
在一些实施例中，提供了以下组合物，该组合物包括以下分离的抗体或其抗原结合片段，该分离的抗体或其抗原结合片段(i)包括以下VH链结构域和以下VL链结构域，该VH链结构域包括三个CDR，该VL链结构域包括三个CDR；并且(ii)特异性结合至金黄色葡萄球菌α毒素多肽，其中该VH链结构域的这三个CDR包括(a)VH CDR1，该VH CDR1包括SEQ ID NO：7、10、13或69的氨基酸序列；(b)VH CDR2，该VH CDR2包括SEQ ID NO：8、11、14、17、70或75的氨基酸序列；以及(c)VH CDR3，该VH CDR3包括SEQ ID NO：9、12、15、18、16、65、66、67、71、72、76或78的氨基酸序列。在具体实施例中，VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3相应于SEQ ID NO：7、8和9；SEQ ID NO：10、11和12；SEQ ID NO：13、14和15；SEQ ID NO：7、17和18；SEQ ID NO：7、8和16；SEQ ID NO：7、8和65；SEQ ID NO：7、8和66；SEQ ID NO 7、8、和67；SEQ ID NO：7、8和78；SEQ ID NO：69、70和71；SEQ ID NO：7、8和72；SEQ ID NO：69、75和71；SEQ ID NO：69、75和76；或SEQ ID NO：69、70和71。
在某些实施例中，用于形成抗-分泌毒素抗体的存在的CDR序列的组合包括以下VH CDR1，该VH CDR1包括SEQ ID NO：7、10、13或69，以下VH CDR2，该VH CDR2包括SEQ ID NO：8、11、14、17、70或75，以及以下VH CDR3，该VH CDR3包括SEQ ID NO：SEQ ID NO：9、12、15、18、16、65、66、67、71、72、76或78，如表9中所描绘。在一些实施例中，该VL CDR1包括SEQ ID NO：1或4、该VL CDR2包括SEQ ID NO：2、5、73、或77并且该VL CDR3包括SEQ ID NO：3、6、64、68或74，如表9中所描绘。
如在此披露的抗体及其抗原结合片段可以包括一个或多个基本上与在此描述的氨基酸序列相同的氨基酸序列。基本上相同的氨基酸序列包括含有保守性氨基酸置换以及氨基酸缺失和/或插入的序列。
E.框架区
重链和轻链的可变结构域各自包括至少一个框架区(FR1、FR2、FR3、FR4，或可替代地FW1、FW2、FW3、FW4)。在此将重链的框架区指定为VH FR，同时在此将轻链的框架区指定为VL FR。在某些实施例中，这些框架区可以包含取代、插入或其他改变。在某些实施例中，这些改变导致抗体的结合亲和力得以改进或优化。可以被修饰的框架区残基的非限制性实例包括非共价直接结合抗原、与CDR的构象相互作用/影响CDR构象、和/或参与VL-VH界面的那些残基。
在某些实施例中，框架区可以包括一个或多个氨基酸变化，用于“种系化(germlining)”的目的。例如，可以将所选择的抗体重链和轻链的氨基酸序列与种系重链和轻链氨基酸序列进行比较，并且其中所选择的VL和/或VH链的某些框架残基不同于种系构型(例如，由于用来制备噬菌体文库的免疫球蛋白基因的体细胞突变)，可能希望的是使所选择抗体的改变的框架残基“回复突变”为种系构型(即，改变所选择的抗体的框架氨基酸序列，使得它们与种系框架氨基酸序列相同)。框架残基的这种“回复突变”(或“种系化”)可以通过用于引入特定突变的标准分子生物学方法完成(例如，定点诱变或PCR介导的诱变)。在一些实施例中，可变的轻链和/或重链框架残基被回复突变。在某些实施例中，当前披露的分离的抗体或抗原结合片段的可变重链被回复突变。在某些实施例中，分离的抗体或抗原结合片段的可变重链包括至少一个、至少两个、至少三个、至少四个或更多个回复突变。
在某些实施例中，抗-α毒素抗体或其抗原结合片段的VH可以包括FR1、FR2、FR3和/或FR4，其具有与SEQ ID NO：20、22、24、26、28、41、43、45、47、49、51、53、55、57、79、59、61、或62内的对应VH框架区约65％至约100％一致的氨基酸序列。在一些实施例中，抗-α毒素抗体或其抗原结合片段包括以下VH FR氨基酸序列(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该氨基酸序列与VH SEQ ID NO：20、22、24、26、28、41、43、45、47、49、51、53、55、57、79、59、61、或62的对应FR区至少65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％一致(或之间的任何百分比)。在某些实施例中，抗-α毒素抗体或其抗原结合片段包括以下VH FR氨基酸序列(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该氨基酸序列与VH SEQ ID NO：20、22、24、26、28、41、43、45、47、49、51、53、55、57、79、59、61、或62的对应FR至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％一致(或之间的任何百分比)。
在某些实施例中，抗-α毒素抗体或其抗原结合片段可以包括以下VH FR(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该VH FR包括以下氨基酸序列，该氨基酸序列与VH SEQ ID NO：20、22、24、26、28、41、43、45、47、49、51、53、55、57、79、59、61、或62的对应FR一致，或相对于它们包括1、2或3个氨基酸突变。具体而言，VH的FR1、FR2、FR3或FR4可以各自具有以下氨基酸序列，该氨基酸序列与VH SEQ ID NO：20、22、24、26、28、41、43、45、47、49、51、53、55、57、79、59、61、或62的相应FR1、FR2、FR3或FR4一致，或相对于它们包括1、2或3个氨基酸突变。
在某些实施例中，在此提供的抗-α毒素抗体或其抗原结合片段的VL可以包括FR1、FR2、FR3和/或FR4，其具有与VL SEQ ID NO：19、21、23、25、27、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60或63的FR内的对应VH框架区约65％至约100％一致的氨基酸序列。在一些实施例中，抗-α毒素抗体或其抗原结合片段包括以下VL FR氨基酸序列(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该氨基酸序列与VL SEQ ID NO：19、21、23、25、27、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60或63的对应FR至少65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％一致(或之间的任何百分比)。在某些实施例中，抗-α毒素抗体或其抗原结合片段包括以下VL FR氨基酸序列(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该氨基酸序列与VL SEQ ID NO：19、21、23、25、27、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60或63的对应FR至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％一致(或之间的任何百分比)。
在某些实施例中，抗-α毒素抗体或其抗原结合片段包括以下VL FR(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该VL FR包括以下氨基酸序列，该氨基酸序列与VL SEQ ID NO：19、21、23、25、27、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60或63的对应FR一致，或相对于它们包括1、2或3个氨基酸突变。具体而言，VL的FR1、FR2、FR3或FR4可以各自具有以下氨基酸序列，该氨基酸序列与VH SEQ ID NO：19、21、23、25、27、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60或63的相应FR1、FR2、FR3或FR4一致，或相对于它们包括1、2或3个氨基酸突变。
在某些实施例中，特异性结合至金黄色葡萄球菌分泌的毒素的分离的抗体或抗原结合片段包括以下VH FR(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该VH FR包括以下氨基酸序列，该氨基酸序列与VH SEQ ID NO：20、22、24、26、28、41、43、45、47、49、51、53、55、57、79、59、61,或62的对应FR一致或相对于它们包括1、2或3个氨基酸突变，和/或以下VL FR(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该VL FR包括以下氨基酸序列，该氨基酸序列与VL SEQ ID NO：19、21、23、25、27、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60或63的对应FR一致或相对于它们包括1、2或3个氨基酸突变。
在某些实施例中，特异性结合至金黄色葡萄球菌分泌的毒素的分离的抗体或其抗原结合片段包括以下VH FR(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该VH FR包括以下氨基酸序列，该氨基酸序列与VH SEQ ID NO：20、22、24、26、28、41、43、45、47、49、51、53、55、57、79、59、61,或62的对应FR一致或相对于它们包括1、2或3个氨基酸突变，和/或以下VL FR(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该VL FR包括以下氨基酸序列，该氨基酸序列与VL SEQ ID NO：19、21、23、25、27、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60或63的对应FR一致或相对于它们包括1、2或3个氨基酸突变，并且其中该抗体具有以下一种或多种特征：
(a)针对α毒素的亲和常数(KD)为约13nM或更小；
(b)结合至α毒素单体；
(c)将α毒素寡聚体的形成抑制至少50％、60％、70％、80％、90％或95％(或之间的任何百分比)；
(d)将α毒素细胞溶解活性减少至少50％、60％、70％、80％、90％或95％(或之间的任何百分比)(如通过细胞溶解和溶血测定所确定的)；或
(e)减少免疫细胞浸润、细菌负荷和促炎性细胞因子释放(例如，在动物肺炎模型中)。
在某些实施例中，提供了特异性结合金黄色葡萄球菌IsdH表面抗原的分离的抗体或抗原结合片段，该分离的抗体或抗原结合片段包括VH FR1、FR2、FR3和/或FR4区，这些区具有与SEQ ID NO：80、82、84、86、或88内的四个VH框架区的对应氨基酸序列约65％至约100％一致的氨基酸序列。在一些实施例中，该抗体或其抗原结合片段包括以下VH FR氨基酸序列(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该氨基酸序列与VH SEQ ID NO：80、82、84、86、或88的四个FR区的对应氨基酸序列至少65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％一致(或之间的任何百分比)。在某些实施例中，该抗体或其抗原结合片段包括以下VH FR氨基酸序列(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该氨基酸序列与VH SEQ ID NO：80、82、84、86、或88的对应FR区至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％一致(或之间的任何百分比)。
在某些实施例中，提供了特异性结合IsdH的分离的抗体或抗原结合片段，该分离的抗体或抗原结合片段包括VL FR1、FR2、FR3和/或FR4区，这些区具有与SEQ ID NO：81、83、85、87、或89内的四个VL框架区的对应氨基酸序列约65％至约100％一致的氨基酸序列。在一些实施例中，该抗体或其抗原结合片段包括以下VL FR氨基酸序列(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该氨基酸序列与VL SEQ ID NO：81、83、85、87、或89的对应FR区至少65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％一致(或之间的任何百分比)。在某些实施例中，该抗体或其抗原结合片段包括以下VL FR氨基酸序列(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该氨基酸序列与VL SEQ ID NO：81、83、85、87、或89的对应FR区至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％一致(或之间的任何百分比)。
在某些实施例中，特异性结合IsdH的分离的抗体或抗原结合片段包括以下VH FR(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该VH FR包括以下氨基酸序列，该氨基酸序列与VH SEQ ID NO：80、82、84、86、或88的对应FR一致或相对于它们包括1、2或3个氨基酸突变，和/或包括以下VL FR(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该VL FR包括以下氨基酸序列，该氨基酸序列与VL SEQ ID NO：81、83、85、87、或89的对应FR一致或相对于它们包括1、2或3个氨基酸突变。
在某些实施例中，提供了特异性结合IsdH的分离的抗体或抗原结合片段，该分离的抗体或抗原结合片段包括VH FR1、FR2、FR3和/或FR4区，这些区具有与SEQ ID NO：80、82、84、86、或88内的四个VH框架区的对应氨基酸序列约65％至约100％一致的氨基酸序列。在一些实施例中，该抗体或其抗原结合片段包括以下VH FR氨基酸序列(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该氨基酸序列与VH SEQ ID NO：80、82、84、86、或88的四个FR区的对应氨基酸序列至少65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％一致(或之间的任何百分比)。在某些实施例中，该抗体或其抗原结合片段包括以下VH FR氨基酸序列(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该氨基酸序列与VH SEQ ID NO：80、82、84、86、或88的对应FR区至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％一致(或之间的任何百分比)。
在某些实施例中，提供了特异性结合IsdH的分离的抗体或抗原结合片段，该分离的抗体或抗原结合片段包括VL FR1、FR2、FR3和/或FR4区，这些区具有与SEQ ID NO：81、83、85、87、或89内的四个VL框架区的对应氨基酸序列约65％至约100％一致的氨基酸序列。在一些实施例中，该抗体或其抗原结合片段包括以下VL FR氨基酸序列(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该氨基酸序列与VL SEQ ID NO：81、83、85、87、或89的对应FR区至少65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％一致(或之间的任何百分比)。在某些实施例中，该抗体或其抗原结合片段包括以下VL FR氨基酸序列(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该氨基酸序列与VL SEQ ID NO：81、83、85、87、或89的对应FR区至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％一致(或之间的任何百分比)。
在某些实施例中，特异性结合IsdH的分离的抗体或抗原结合片段包括以下VH FR(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该VH FR包括以下氨基酸序列，该氨基酸序列与VH SEQ ID NO：80、82、84、86、或88的对应FR一致或相对于它们包括1、2或3个氨基酸突变，和/或包括以下VL FR(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该VL FR包括以下氨基酸序列，该氨基酸序列与VL SEQ ID NO：81、83、85、87、或89的对应FR一致或相对于它们包括1、2或3个氨基酸突变。
在某些实施例中，提供了特异性结合金黄色葡萄球菌ClfA表面抗原的分离的抗体或抗原结合片段，该分离的抗体或抗原结合片段包括VH FR1、FR2、FR3和/或FR4区，这些区具有与SEQ ID NO：132或140内的四个VH框架区的对应氨基酸序列约65％至约100％一致的氨基酸序列。在一些实施例中，该抗体或其抗原结合片段包括以下VH FR氨基酸序列(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该氨基酸序列与VH SEQ ID NO：132或140的四个FR区的对应氨基酸序列至少65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％一致(或之间的任何百分比)。在某些实施例中，该抗体或其抗原结合片段包括以下VH FR氨基酸序列(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该氨基酸序列与VH SEQ ID NO：132或140的对应FR区至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％一致(或之间的任何百分比)。
在某些实施例中，提供了特异性结合ClfA的分离的抗体或抗原结合片段，该分离的抗体或抗原结合片段包括VL FR1、FR2、FR3和/或FR4区，这些区具有与SEQ ID NO：136或144内的四个VL框架区的对应氨基酸序列约65％至约100％一致的氨基酸序列。在一些实施例中，该抗体或其抗原结合片段包括以下VL FR氨基酸序列(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该氨基酸序列与VL SEQ ID NO：136或144的对应FR区至少65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％一致(或之间的任何百分比)。在某些实施例中，该抗体或其抗原结合片段包括以下VL FR氨基酸序列(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该氨基酸序列与VL SEQ ID NO：136或144的对应FR区至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％一致(或之间的任何百分比)。
在某些实施例中，特异性结合ClfA的分离的抗体或抗原结合片段包括以下VH FR(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该VH FR包括以下氨基酸序列，该氨基酸序列与VH SEQ ID NO：132或136的对应FR一致或相对于它们包括1、2或3个氨基酸突变，和/或包括以下VL FR(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该VL FR包括以下氨基酸序列，该氨基酸序列与VL SEQ ID NO：136或144的对应FR一致或相对于它们包括1、2或3个氨基酸突变。
在某些实施例中，提供了特异性结合ClfA的分离的抗体或抗原结合片段，该分离的抗体或抗原结合片段包括VH FR1、FR2、FR3和/或FR4区，这些区具有与SEQ ID NO：132或140内的四个VH框架区的对应氨基酸序列约65％至约100％一致的氨基酸序列。在一些实施例中，该抗体或其抗原结合片段包括以下VH FR氨基酸序列(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该氨基酸序列与VH SEQ ID NO：132或140的四个FR区的对应氨基酸序列至少65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％一致(或之间的任何百分比)。在某些实施例中，该抗体或其抗原结合片段包括以下VH FR氨基酸序列(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该氨基酸序列与VH SEQ ID NO：132或140的对应FR区至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％一致(或之间的任何百分比)。
在某些实施例中，提供了特异性结合IsdH的分离的抗体或抗原结合片段，该分离的抗体或抗原结合片段包括VL FR1、FR2、FR3和/或FR4区，这些区具有与SEQ ID NO：136或144内的四个VL框架区的对应氨基酸序列约65％至约100％一致的氨基酸序列。在一些实施例中，该抗体或其抗原结合片段包括以下VL FR氨基酸序列(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该氨基酸序列与VL SEQ ID NO：136或144的对应FR区至少65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％一致(或之间的任何百分比)。在某些实施例中，该抗体或其抗原结合片段包括以下VL FR氨基酸序列(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该氨基酸序列与VL SEQ ID NO：136或144的对应FR区至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％一致(或之间的任何百分比)。
在某些实施例中，特异性结合ClfA的分离的抗体或抗原结合片段包括以下VH FR(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该VH FR包括以下氨基酸序列，该氨基酸序列与VH SEQ ID NO：132或140的对应FR一致或相对于它们包括1、2或3个氨基酸突变，和/或包括以下VL FR(FR1、FR2、FR3和/或FR4)，该VL FR包括以下氨基酸序列，该氨基酸序列与VL SEQ ID NO：136或144的对应FR一致或相对于它们包括1、2或3个氨基酸突变。
F.编码抗-α毒素抗体及其抗原结合片段的核苷酸序列
除了以上所述的氨基酸序列之外，另外提供了对应于在此披露的这些氨基酸序列的核苷酸序列。在一些实施例中，核苷酸序列编码针对金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素的抗体或其抗原结合片段。核苷酸序列提供于实例7、表8中。因此，还提供了编码在此描述的这些抗体或片段的VH和VL区(包括FR区和CDR)的多核苷酸序列以及用于在细胞(例如，哺乳动物细胞)中对其有效表达的表达载体。
在此还披露了基本上与编码在此披露的氨基酸序列的那些多核苷酸一致的多核苷酸。基本上一致的序列可以是多态性序列，即在一个种群中的可替代序列或等位基因。基本上一致的序列还可以包含诱变序列，包括含有沉默突变的序列。突变可以包含一个或多个残基改变、一个或多个残基的缺失、或一个或多个另外的残基的插入。基本上一致的序列还可以包括编码在此披露的氨基酸序列中的任何给定氨基酸位置处的同一氨基酸的不同核苷酸序列，归因于核酸密码的简并性。
在此还披露了在高严谨性或较低严谨性杂交条件下与以下多核苷酸杂交的多核苷酸，这些多核苷酸编码针对金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素的抗体或其抗原结合片段。如在此使用的术语“严谨性”是指杂交实验的实验条件(例如，温度和盐浓度)，指示在两个核酸之间的同源性的程度；严谨性越高，两个核酸之间的同源性百分比越高。如在此使用的，短语“杂交”或其语法变体，是指在低、中、或高严谨性条件下，或在核酸合成条件下，将第一核酸分子结合至第二核酸分子。杂交可以包括第一核酸分子结合至第二核酸分子的情况，其中该第一和第二核酸分子是互补的。
严谨性杂交条件包括但不限于，在6X氯化钠/柠檬酸钠(SSC)中、在约45℃下杂交至过滤器结合的DNA，随后在0.2X SSC/0.1％SDS中、在约50℃-65℃下洗涤一次或多次。其他严谨性条件包括在6X SSC中、在约45℃下杂交至过滤器结合的DNA，随后在0.1X SSC/0.2％SDS中、在约65℃下洗涤一次或多次。其他具有已知严谨性的杂交条件为普通技术所熟悉并且被包括在此。
在某些实施例中，在此披露的核酸可以编码针对金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素的抗体或其抗原结合片段的氨基酸序列，或该核酸可以在严谨性条件下杂交至以下核酸，该核酸包括编码该抗体或其抗原结合片段的氨基酸序列的核苷酸序列。
在某些实施例中，多核苷酸序列可以包括以下核苷酸序列，该核苷酸序列编码以下氨基酸序列，该氨基酸序列是能够结合金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素的抗体或其抗原结合片段的氨基酸序列并且与SEQ ID NO：20、22、24、26、28、41、43、45、47、49、51、53、55、57、79、59、61、62、80、82、84、86、或88的VH氨基酸序列至少约65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％一致(或之间的任何百分比)。在某些实施例中，多核苷酸序列可以包括以下核苷酸序列，该核苷酸序列编码以下氨基酸序列，该氨基酸序列在SEQ ID NO：20、22、24、26、28、41、43、45、47、49、51、53、55、57、79、59、61、62、80、82、84、86、或88的氨基酸序列中具有1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个突变(包括添加、缺失和取代，例如保守取代)。在一些实施例中，多核苷酸序列可以包括以下核苷酸序列，该核苷酸序列编码能够结合金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素的抗体或其抗原结合片段的氨基酸序列并且与SEQ ID NO：30、32、34、36、38、120、122、124、126、或128的VH核苷酸序列至少约65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％一致(或之间的任何百分比)。
在某些实施例中，多核苷酸序列可以包括以下核苷酸序列，该核苷酸序列编码以下氨基酸序列，该氨基酸序列是能够结合金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素的抗体或其抗原结合片段的氨基酸序列并且与SEQ ID NO：19、21、23、25、27、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、63、81、83、85、87、或89的VL氨基酸序列至少约65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％一致(或之间的任何百分比)。在某些实施例中，多核苷酸序列可以包括以下核苷酸序列，该核苷酸序列编码以下氨基酸序列，该氨基酸序列在SEQ ID NO：19、21、23、25、27、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、63、81、83、85、87、或89的氨基酸序列中具有1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个突变(包括添加、缺失和取代，例如保守取代)。在一些实施例中，该多核苷酸序列可以包括以下核苷酸序列，该核苷酸序列编码能够结合金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素的抗体或其抗原结合片段的氨基酸序列并且与SEQ ID NO：29、31、33、35、37、121、123、125、127、或129的VL核苷酸序列至少约65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％一致(或之间的任何百分比)。
在具体实施例中，多核苷酸序列可以包括以下核苷酸序列，该核苷酸序列编码以下氨基酸序列，该氨基酸序列是能够结合金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素的抗体或其抗原结合片段的氨基酸序列并且与以下VH氨基酸序列至少约65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％一致(或之间的任何百分比)并且与以下VL氨基酸序列至少约65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％一致(或之间的任何百分比)，其中该VH和VL序列由以下各项表示：SEQ ID NO：20和19；SEQ ID NOs；22和21；SEQID NO：24和23；SEQ ID NO：26和25；SEQ ID NO：28和27；SEQ ID NO：41和42；SEQ ID NO：43和44；SEQ ID NO：45和46；SEQ ID NO：47和48；SEQ ID NO：47和48；SEQ ID NO：49和50；SEQ ID NO：51和52；SEQ ID NO：51和52；SEQ ID NO：53和54；SEQ ID NO：55和56；SEQ IDNO：57和58；SEQ ID NO：59和60；SEQ ID NO：61和58；SEQ ID NO：62和58；SEQ ID NO：62和63；SEQ ID NO：79和63；SEQ ID NO：80和81；SEQ ID NO：82和83；SEQ ID NO：84和85；SEQ ID NO：86和87；SEQ ID NO：88和89。
可以通过本领域已知的任何方法获得这些披露的多核苷酸以及确定的多核苷酸的核苷酸序列。例如，如果已知抗体的核苷酸序列，则可以由用化学方法合成的寡核苷酸组装编码该抗体的多核苷酸。这将涉及例如含有编码该抗体的序列的部分的重叠寡核苷酸的合成、那些寡核苷酸的退火和连接、以及然后通过PCR扩增这些连接的寡核苷酸。这些披露的多核苷酸还可以产生自任何适合的核酸源，例如抗体cDNA文库或分离自表达该抗体的任何组织或细胞(例如，分离自选择用于表达抗体的杂交瘤细胞)的cDNA文库。
G.针对金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素的抗体或片段的功能特征
在某些实施例中，针对金黄色葡萄球菌表面抗原的抗体或其抗原结合片段改变表达该表面抗原的金黄色葡萄球菌细胞的生物学特性。在不同实施例中，该抗体结合金黄色葡萄球菌表面抗原，从而增强被宿主细胞调理吞噬。在另外的实施例中，调理吞噬被增加50％、60％、70％、80％、90％、或95％(或之间的任何百分比)，如通过调理吞噬杀灭测定测量的。在一些实施例中，该抗体结合至该表面决定簇抗原，阻止该表面抗原与表面粘附素之间的相互作用，从而减少存在于宿主组织中的集落形成单位(CFU)的浓度，如在小鼠菌血症模型中所测量的。在另外的实施例中，与在阴性对照抗体的存在下或在不存在该抗体或其抗原结合片段的情况下的CFU浓度相比，CFU浓度被减少50％、60％、70％、80％、90％或95％(或之间的任何百分比)。例如，抗-IsdH抗体可以将CFU浓度减少50％、60％、70％、80％、90％或95％(或之间的任何百分比)。在一些实施例中，抗表面抗原抗体可以与触珠蛋白和/或血红蛋白竞争结合至金黄色葡萄球菌，从而抑制金黄色葡萄球菌进入血红蛋白内并利用其中的铁的能力。在某些实施例中，与在不存在抗体的情况下的金黄色葡萄球菌结合相比，针对表面抗原的抗体或片段将金黄色葡萄球菌结合触珠蛋白和/或血红蛋白的能力减少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或95％(或之间的任何百分比)。例如，抗-IsdH抗体可以将金黄色葡萄球菌结合触珠蛋白和/或血红蛋白的能力减少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或95％(或之间的任何百分比)。
如在此所使用，“调理吞噬杀灭测定”(OPK)是指在向包含已知浓度的金黄色葡萄球菌的组织样品中添加抗体后，用于在体外测量在宿主细胞中诱导的吞噬杀灭百分比的任何测定。将CFU的减少相对于在对照抗体的存在下观察到的OPK的对照水平标准化。此测定测量靶标抗体诱导补体活化以及随后的吞噬作用的能力。例如，OPK可以包括将10μl的抗体与10μl的金黄色葡萄球菌(106个细胞/ml)组合，随后添加10μl的人类早幼粒细胞白血病(HL-60)细胞(107个细胞/ml)和10μl的针对金黄色葡萄球菌预吸收的人类血清。然后，可以涂布10μl的混合物(在时间T0)，随后使用1％皂苷进行细胞溶解(在时间T60)并确定金黄色葡萄球菌CFU浓度。可以如下计算杀灭百分比：100x(1-(T60/T0))，其中T60是指在测定结束时(即，在60分钟)的CFU浓度并且T0是指在测定开始时的CFU浓度。
如在此所使用，“菌血症模型”是指用于评估抗体对金黄色葡萄球菌细菌负荷(以CFU的百分比减少表示)的影响的金黄色葡萄球菌感染的任何体内模型。例如，该菌血症模型可以包括将抗体注入小鼠体内，随后腹膜内注射108CFU的金黄色葡萄球菌，并且稍后收集血液并测量CFU浓度，如与注射对照抗体后的CFU浓度相比。
在某些实施例中，抗-α毒素抗体或其抗原结合片段改变α毒素和/或表达α毒素的细胞的生物学特性。在一些实施例中，抗-α毒素抗体或其抗原结合片段通过结合至多肽并抑制膜结合和α毒素单体组装进跨膜孔(例如，α毒素七聚体)中而中和α毒素的生物学活性。可以用本领域已知的、在一些情况下使用可商购试剂的方法来进行中和测定。通常以1×10-6M或更小、1×10-7M或更小、1×10-8M或更小、1×10-9M或更小、1×10-10M或更小以及1×10-11M或更小的IC50测量α毒素的中和。术语“抑制浓度50％”(缩写为“IC50”)表示用于抑制剂靶向的分子的给定活性(例如，形成跨膜孔七聚体复合体的α毒素寡聚化)的50％抑制所需要的抑制剂(例如，在此提供的抗-α毒素抗体或其抗原结合片段)的浓度。较低的IC50值通常相应于更有效的抑制剂。
在某些实施例中，抗-α毒素抗体或其抗原结合片段抑制α毒素的一种或多种生物学活性。如在此使用的术语“抑制”是指任何统计学显著的生物活性的降低，包括活性的完全阻断。例如，“抑制”可以是指生物学活性降低约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、或100％，或之间的任何百分比。在某些实施例中，抗-α毒素抗体或其抗原结合片段将α毒素的一种或多种生物学活性抑制至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、或100％，或之间的任何百分比。
在一些实施例中，抗-α毒素抗体或其抗原结合片段可以耗尽由病原性金黄色葡萄球菌分泌的α毒素。在一些实施例中，抗-α毒素抗体或其抗原结合片段可以实现由金黄色葡萄球菌分泌的α毒素的至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％、至少约90％、至少约95％、或约100％耗尽，或之间的任何百分比。在具体实施例中，几乎所有可检测的分泌的α毒素从金黄色葡萄球菌感染的细胞耗尽。
在某些实施例中，抗-α毒素抗体或其抗原结合片段可以抑制一种或多种可诱导基因的表达，该一种或多种可诱导基因直接或间接响应于由金黄色葡萄球菌感染和/或α毒素表达和功能所创造的环境。在特定实施例中，抗-α毒素抗体或其抗原结合片段将一种或多种可诱导基因的表达抑制至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、或至少90％，或之间的任何百分比，该一种或多种可诱导基因直接或间接响应于由金黄色葡萄球菌α毒素表达和功能所创造的环境。
H.制备针对金黄色葡萄球菌表面抗原和分泌的毒素的抗体的方法
下文描述了用于产生在此披露的抗体的示例性技术。在一些实施例中，可以使用重组体或杂交瘤方法产生在此披露的抗体或片段。在其他实施例中，可以使用本领域已知的技术从产生的抗体噬菌体文库中分离抗体或抗体片段。还可以使用本领域已知的用于制备抗体的其他技术来制备针对金黄色葡萄球菌表面抗原和分泌的毒素的抗体。
在一些实施例中，可以使用天然金黄色葡萄球菌IsdH、突变体IsdH、IsdH的变体或抗原片段来产生抗-IsdH抗体。还可以使用表达IsdH的金黄色葡萄球菌细胞来产生抗体。还可以使用标准重组DNA方法从细菌或真核细胞以分离的形式重组地产生用于在产生抗-IsdH抗体中使用的IsdH。
可以通过本领域已知的不同程序产生分泌的毒素或表面抗原(例如IsdH)的多克隆抗体。例如，可以将IsdH多肽或其免疫原片段经由皮下或腹膜内注射相关抗原而给予给不同宿主动物，以诱导包含对该抗原特异的多克隆抗体的血清的产生。宿主动物包括但不限于，兔、小鼠和大鼠。在一些实施例中，取决于宿主种类，可以使用不同的佐剂来增加免疫应答，并且这些佐剂包括但不限于弗氏佐剂(Freund's)(完全的和不完全的)、矿物胶(如，氢氧化铝)、表面活性物质(如溶血卵磷脂)、普卢兰尼克多元醇(pluronic polyol)、聚阴离子、肽、油乳剂、钥孔虫戚血蓝蛋白、二硝基苯酚、以及潜在有用的人用佐剂(如BCG(卡介苗))和短小棒状杆菌。还可以使用本领域已知的其他佐剂。
可以使用本领域已知的多种多样的技术制备分泌的毒素或表面抗原(例如IsdH)的单克隆抗体，包括使用杂交瘤、重组体及噬菌体展示技术或其组合。在此所使用的术语“单克隆抗体”是指从基本上同种或分离的抗体的群体中获得的一种抗体，例如单独的抗体，这些抗体包括除了可能天然存在的突变(可能以少量存在)之外的相同的群体。修饰词“单克隆”不应当被理解为需要通过任何特定的方法而产生抗体。单克隆抗体包括单克隆哺乳动物抗体、嵌合抗体、人源化抗体、人类抗体、结构域抗体、双抗体(diabody)、疫苗体(vaccibody)、线性抗体以及多特异性抗体。
一旦已经产生在此披露的抗体，便可以通过本领域已知的用于纯化免疫球蛋白分子的任何方法将其纯化，例如，通过色谱法(例如，离子交换、亲和力和尺寸分级柱色谱)、离心、差别溶解度，或通过用于纯化蛋白质的任何其他技术。此外，可以将本技术的抗体或其片段融合至异源多肽序列(包括表位“标签(tag)”以及其他融合蛋白，如GST融合蛋白)，以有助于抗体纯化和在随后测定中使用。
在某些实施例中，在此披露的抗体是嵌合抗体。嵌合抗体是这样的抗体：其中重链和/或轻链的一部分与源自特定物种的或属于特定抗体类别或亚类的抗体中的相应序列一致或同源，而这个或这链的另一部分与源自另一物种的或属于另一个抗体类别或亚类的抗体、以及这类抗体的片段中的相应序列一致或同源，只要它们展现出所希望的生物活性即可。在此披露的嵌合抗体包括“灵长类化”抗体，这些抗体包含源自一个非人灵长类(例如，旧世界猴，如狒狒、恒河猴或食蟹猴)的可变结构域抗原结合序列和人恒定区序列。在此披露的嵌合抗体还包括使用本领域已知的方法产生的人源化抗体。
在其他实施例中，在此披露的抗体是人类抗体并且使用本领域已知的方法产生。例如，可以通过将编码功能性人类抗体基因座的核酸引入啮齿动物或其他动物中，这样使得该啮齿动物或其他动物产生完全人类抗体来产生完全人类抗体。在另一个实例中，可以通过体外方法衍生人类抗体。适合的实例包括但不限于，噬菌体展示、核糖体展示、酵母展示以及本领域已知的其他方法。用于制备针对金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素的人类抗体或片段的方法的另外的实例包括小鼠技术(再生元制药公司(Regeneron Pharmaceuticals))。参见例如，美国专利号6,596,541(通过引用以其全部内容而结合)。
在某些实施例中，可以令人希望的是将在此披露的抗体的框架序列回复至种系序列，将CDR回复至种系，和/或去除结构倾向性(liability)。因此，在一些实施例中，在于此披露的特定的抗体在氨基酸水平上不同于其对应的种系序列的情况下，可以将抗体序列突变回种系序列。通过使用标准分子生物学技术，这种纠正突变可以在一个、二个、三个或更多个位置、或任何突变位置的组合处发生。
在某些实施例中，本披露涵盖抗体片段或包括这些片段的抗体。抗体片段包括全长抗体的一部分，通常是其抗原结合区或可变区。此类抗体片段的实例包括Fab、Fab’、F(ab’)2、Fd及Fv片段；双抗体；线性抗体、单链抗体分子；以及作为由这些抗体片段形成的抗体的多特异性抗体。
除了上述人类、人源化和/或嵌合抗体之外，在此披露的抗体还可以被进一步修饰为包括以下各项中的一个或多个：在VL结构域和/或VH结构域和/或Fc区中的至少一个氨基酸残基和/或多肽取代、添加和/或缺失，以及翻译后修饰。可以作出缺失、插入、以及置换的任何组合以获得最终的构建体，其条件是最终的构建体具有所希望的特征。
包括在这些修饰中的是其中抗体已经共价连接至一个部分的抗体结合物。适用于连接至抗体的部分包括但不限于蛋白质、肽、药物、标记物、以及细胞毒素。可以针对抗体作出这些改变，以改变或优化抗体特征(例如，生物化学、结合和/或功能特征)，适用于检测、诊断和/或治疗金黄色葡萄球菌感染以及相关疾病或障碍。用于形成共轭物、作出氨基酸和/或多肽改变以及翻译后修饰的方法在本领域是已知的。还被包括在这些修饰中的是融合蛋白，即融合至异源蛋白、多肽或肽的抗体或其片段。
在某些实施例中，将针对金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素的抗体或片段产生为包括改变的Fc区(在此也被称为“变体Fc区”)，其中已经在该Fc区作出一种或多种改变以便改变这些抗体的功能特性和/或药代动力学特性。此类改变可以导致效应子功能改变、免疫原性减少和/或血清半衰期增加。在某些实施例中，可以通过Fc区的变化而改良抗体的效应子功能，这些变化包括但不限于氨基酸置换、氨基酸添加、氨基酸缺失以及对于Fc氨基酸的翻译后修饰(例如，糖基化)的变化。
在一些实施例中，制备了相对于天然Fc抗体的已经改变了对于Fc配体(例如Fc受体，比如C1q)的结合特性的Fc变体抗体。结合特性的实例包括但不限于，结合特异性、平衡解离常数(Kd)、解离和缔合速率(分别为koff和kon)、结合亲和力和/或亲合力。
在某些实施例中，将在此披露的抗体糖基化，以便改变抗体的效应子功能或以便改变该抗体对靶标抗原的亲和力。在一些实施例中，在本发明抗体的可变区中的糖基化模式被修改。例如，可以制备去糖基化的抗体(即，该抗体缺少糖基化)。糖基化可以被改变为例如增加抗体对于靶抗原的亲和力。此类糖类修饰可以通过例如改变在抗体序列之内的一个或多个糖基化位点来完成。例如，可以进行一个或多个氨基酸突变，导致一个或多个可变区框架糖基化位点的消除，由此消除在那个位点的糖基化。
在某些实施例中，使用本领域已知的方法将在此披露的抗体共轭合或共价连接至另一物质。在一些实施例中，连接的物质是可检测标记物(在此还被称为报道分子)或固体支撑物。用于连接至抗体的适合的物质包括但不限于氨基酸、肽、蛋白质、多糖、核苷、核苷酸、寡核苷酸、核酸、半抗原、药物、激素、脂质、脂质组装体、合成聚合物、聚合微粒、生物细胞、病毒、荧光团、生色团、染料、毒素、半抗原、酶、抗体、抗体片段、放射性同位素、固体基质、半固体基质、及其组合。用于将另一种物质结合或共价连接至抗体的方法在本领域是已知的。
I.使用金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素抗体或片段的治疗方法
可以将在此披露的抗体或片段单独给予，相互组合给予，或与另外的药剂(如抗生素)组合给予，用于预防金黄色葡萄球菌感染以及相关症状和病症(例如，用于治疗由α毒素诱导的过度炎症(hyperinflammation))。可以使用这些抗体和抗体或片段组合治疗和预防广泛范围的病症/疾病，包括慢性和急性病症两者，例如但不限于菌血症、烧伤、蜂窝织炎、皮肤坏死、眼睑感染、食物中毒、关节感染、新生儿结膜炎、骨髓炎、肺炎、皮肤感染、手术伤口感染、烫伤样皮肤综合征、心内膜炎、脑膜炎、脓肿形成以及中毒性休克综合征。下面提供了关于适合金黄色葡萄球菌疗法的潜在疾病/病症的另外的细节。
在某些实施例中，可以将在此披露的至少一种抗体与至少一种另外的治疗剂(例如，抗生素)组合给予。可以组合给予的抗生素的实例包括：青霉素、苯唑西林、氟氯西林、万古霉素以及庆大霉素。在某些实施例中，与单独的抗体疗法相比，使用抗生素与在此披露的至少一种抗体或其抗原结合片段的联合疗法通过例如减少宿主组织中的金黄色葡萄球菌CFU浓度、减少金黄色葡萄球菌逃避调理吞噬的能力和/或减少金黄色葡萄球菌毒力来增强治疗疗效。
联合疗法(例如，用多于一种抗体治疗或预防)通过提供多个非重叠金黄色葡萄球菌治疗靶标而提供优于单独疗法的益处。例如，靶向分泌的毒素的抗体可以中和该毒素的有害影响，例如由α毒素诱导的过度炎症。同时，靶向表面抗原(例如，IsdH)的共给予抗体可以抑制金黄色葡萄球菌菌落生长和调理吞噬逃避，这不能被靶向分泌的毒素的抗体所改变。联合疗法还可以保证疗法对于更宽范围的金黄色葡萄球菌菌株或突变体有效，其中的一些可能缺少具体抗体的抗原靶标。
具体而言，联合疗法可以包括一种或多种特异性结合至表面决定簇(如SdrC、SdrD、SdrE、ClfA、ClfB、IsdA、IsdB、IsdC、IsdE、IsdH或PNAG)的抗体或其抗原结合片段以及一种或多种结合至分泌的毒素(如α毒素(AT))的抗体或其抗原结合片段。在具体实施例中，联合疗法可以包括特异性结合至IsdH的抗体或其抗原结合片段和特异性结合至AT的抗体或其抗原结合片段；特异性结合至ClfA的抗体或其抗原结合片段和特异性结合至AT的抗体或其抗原结合片段；特异性结合至IsdH的抗体或其抗原结合片段和特异性结合至AT的抗体或其抗原结合片段；特异性结合至ClfA的抗体或其抗原结合片段和特异性结合至IsdH的抗体或其抗原结合片段；或特异性结合至IsdH的抗体或其抗原结合片段、特异性结合至ClfA的抗体或其抗原结合片段和以及特异性结合至AT的抗体或其抗原结合片段。在具体实施例中，该联合疗法可以包括特异性结合至IsdH的抗体或其抗原结合片段和特异性结合至AT的抗体或其抗原结合片段，其中该抗-IsdH抗体或其抗原结合片段包括mAb 2F4的VH和/或VL，或VH CDR1、VHCDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VLCDR3，并且其中该抗-AT抗体或其抗原结合片段包括mAb LC10的VH和/或VL，或VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VLCDR3或包括SEQ ID NO：130和SEQ ID NO：131。
在具体实施例中，抗-AT抗体或其抗原结合片段可以包括列于表7或10中的抗体的任一种的VH和/或VL，或VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2及VLCDR3，抗-IsdH或其抗原结合片段可以包括列于表12中的抗体的任一种的VH和/或VL，或VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2及VLCDR3并且抗-ClfA抗体或其抗原结合片段可以包括列于表14中的抗体的任一种的VH和/或VL，或VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2及VLCDR3。
在不同实施例中，可以治疗上给予披露的抗体、抗体组合和/或抗体和抗生素的组合来治疗金黄色葡萄球菌感染或作为预防来预防感染。例如，可以在手术之前给予联合疗法，以预防金黄色葡萄球菌并发症，或在手术之后给予，以治疗在手术过程中获得的金黄色葡萄球菌感染。
在此还提供了用于在治疗金黄色葡萄球菌感染中使用或作为预防的药物组合物。在若干实施例中，药物组合物包括至少一种在此披露的抗体和药学上可接受的载体。术语“药学上可接受的载体”意指不干扰活性成分的有效性或生物学活性的一种或多种非毒性材料。这类制剂可以含有盐、缓冲剂、防腐剂、相容的载体、以及任选地其他治疗剂。这类药学上可接受的制剂还可以含有适合于给予人的相容的固体或液体填料、稀释剂或包封物质。术语“载体”表示天然的或合成的有机或无机成分，活性成分与该载体组合以有助于药物给予。
本技术的治疗组合物可以配制成特定的剂量。可以调整给药方案以提供最优的所希望的反应(例如，治疗反应)。例如，如由治疗情况的紧急状态所指示的，可以给予单次推注，可以随着时间的过去给予若干个分次剂量，或可以按比例地减少或增加剂量。在一些实施例中，所选剂量适于静脉内、肌内、鼻内、经口、局部或皮下递送。可以与载体材料组合以产生单一剂型的活性成分的量将取决于正在被治疗的受试者、以及特定的给药模式而变化。
在此还披露了用于在治疗金黄色葡萄球菌感染中供治疗使用或作为针对这样一种感染的预防的药物试剂盒。在一些实施例中，该试剂盒包括一个或多个填充有无菌治疗液体配制品或冻干配制品的容器，该液体配制品或冻干配制品包括至少一种在此披露的抗体或其抗原结合片段和药学上可接受的载体。在一些实施例中，填充有液体配制品的该容器是预填充注射器。在其他实施例中，填充有无菌冻干粉配制品的该容器适于重构和随后给予。在某些实施例中，这些配制品包括重组地融合或用化学方法结合至至少一个其他部分的抗体及其抗原结合片段，该至少一个其他部分包括但不限于，异源蛋白、异源多肽、异源肽、大分子、小分子、标记序列、诊断剂或可检测剂、治疗部分、药物部分、放射性金属离子、第二抗体以及固相支持物。在某些实施例中，将这些配制品作为无菌液体配制在单剂量小瓶中。在一些实施例中，将该配制品供应于预填充注射器中。
J.与金黄色葡萄球菌感染相关的疾病
可以将如在此披露的抗体及其抗原结合片段用于检测、诊断、预防和/或治疗与金黄色葡萄球菌感染相关的疾病。还可以使用这些抗体缓解和/或预防与金黄色葡萄球菌感染相关的疾病的一种或多种症状。
在此还提供了用于预防、治疗或管理受试者的肺炎的方法，该方法包括：向对其有需要的受试者给予对于预防、治疗或管理肺炎而言有效的量的组合物，该组合物包括免疫特异性结合至金黄色葡萄球菌毒素或表面决定簇的分离的抗体或其抗原结合片段或其组合。
如在此所使用，术语“治疗(treat)”、“治疗(treating)”或“治疗(treatment)”是指治疗性治疗和预防性(prophylactic或preventative)措施，其中目的是预防或减慢(减轻)不希望的生理变化或障碍，如疾病的发展。有益的或期望的临床结果包括但不限于，症状的缓解、疾病程度的减轻、疾病状态稳定(即，未恶化)、疾病进展延缓或减慢、疾病状态改善或缓和。“治疗”还可意指如与未接受治疗时的预期存活相比，延长存活。需要治疗的那些包括已患有病况或病症的那些以及易于患上病况或病症的那些或打算预防病况或病症的那些。
在一些实施例中，提供了用于预防、治疗或管理受试者的皮肤感染病症的方法，该方法包括：向对其有需要的受试者给予对于预防、治疗或管理该皮肤感染病症而言有效的量的组合物，该组合物包括根据本发明的免疫特异性结合至金黄色葡萄球菌毒素或表面决定簇的分离的抗体或其抗原结合片段或其组合。在某些实施例中，皮肤感染病症是皮肤坏死。在一些实施例中，该皮肤感染病症包括皮肤的金黄色葡萄球菌感染。在某些实施例中，该方法预防皮肤感染病症。
在一些实施例中，提供了用于预防、治疗或管理与透析治疗、高风险手术、肺炎、呼吸机相关性肺炎(VAP)、或在从先前的早先治疗或手术的医院出院之后的再感染相关的金黄色葡萄球菌感染的方法，该方法包括向对其有需要的受试者给予组合物，该组合物包括免疫特异性结合至金黄色葡萄球菌毒素或表面决定簇的分离的抗体或其抗原结合片段或其组合。
在一些实施例中，还提供了用于预防、治疗或管理与金黄色葡萄球菌感染相关的病症的方法，该方法包括向对其有需要的受试者给予有效减少细胞溶解的量的组合物，该组合物包括免疫特异性结合至金黄色葡萄球菌毒素或表面决定簇的分离的抗体或其抗原结合片段。在某些实施例中，该方法预防与金黄色葡萄球菌感染相关的病症。在一些实施例中，该细胞是来自血液或肺的红细胞。
在此提供了用于预防哺乳动物受试者的金黄色葡萄球菌相关脓毒症或降低其严重程度的方法，这些方法包括向该受试者给予有效量的免疫特异性结合至金黄色葡萄球菌毒素或表面决定簇的分离的抗体或其抗原结合片段或其组合。还提供了减少哺乳动物受试者的血流或心脏中的金黄色葡萄球菌细菌负荷的方法，这些方法包括向该受试者给予有效量的免疫特异性结合至金黄色葡萄球菌毒素或表面决定簇的分离的抗体或其抗原结合片段或其组合。还提供了减少哺乳动物受试者体内的金黄色葡萄球菌细菌凝集和/或血栓栓塞病灶形成的方法，这些方法包括向该受试者给予有效量的免疫特异性结合至金黄色葡萄球菌毒素或表面决定簇的分离的抗体或其抗原结合片段或其组合。
预防哺乳动物受试者的金黄色葡萄球菌相关脓毒症的方法适合地包括在感染事件之前，向该受试者给予有效量的免疫特异性结合至金黄色葡萄球菌毒素或表面决定簇的分离的抗体或其抗原结合片段或其组合。如在此所使用，“感染事件”是指受试者被暴露于或能被暴露于金黄色葡萄球菌感染的事件。示例性感染事件包括但不限于，身体任何部分，包括头、口腔、手、臂、腿、躯干、内脏(例如心脏、脑、肠道、肾脏、胃、肺、肝、脾、胰腺等)、骨、皮肤的手术。手术引起了能容易地感染金黄色葡萄球菌的病症，如开放式手术伤口和器官。另外的感染事件包括身体任何部分的提供开放式伤口或以其他方式使金黄色葡萄球菌感染可以进入体内而接近血流的外伤。另外的感染事件包括输血、注射药物或者不合法或合法药物、针刺、纹身针、插入和维持静脉内(IV)管、插入和维持手术引流管，以及皮肤破损，例如褥疮(褥疮溃疡)部位。
在这些方法提供对金黄色葡萄球菌相关脓毒症的预防的实施例中，免疫特异性结合至金黄色葡萄球菌毒素或表面决定簇的该分离的抗体或其抗原结合片段或其组合适合地在感染事件之前至少1小时给予。例如，在手术(感染事件)之前至少1小时。适合地，在感染事件之前至少6小时、至少12小时、至少18小时、至少24小时、至少30小时、至少36小时、至少42小时、至少48小时或更长时间给予免疫特异性结合至金黄色葡萄球菌毒素或表面决定簇的该分离的抗体或其抗原结合片段或其组合。在实施例中，适合地在感染事件之前约6小时到约36小时、约6小时到约36小时、约12小时到约36小时、约12小时到约24小时、约24小时到约36小时、约20小时到约30小时、约20小时到约28小时、约22小时到约26小时，或约12小时、约13小时、约14小时、约15小时、约16小时、约17小时、约18小时、约19小时、约20小时、约21小时、约22小时、约23小时、约24小时、约25小时、约26小时、约27小时、约28小时、约29小时、或约30小时、或约31小时、或约32小时、或约33小时、或约34小时、或约35小时、或约36小时给予免疫特异性结合至金黄色葡萄球菌毒素或表面决定簇的该分离的抗体或其抗原结合片段或其组合。
如在此所使用，金黄色葡萄球菌相关脓毒症的“预防”是指降低受试者在感染事件时患上金黄色葡萄球菌相关脓毒症的风险。适合地，与在感染事件之前未给予免疫特异性结合至金黄色葡萄球菌毒素或表面决定簇的分离的抗体或其抗原结合片段或其组合的受试者相比，受试者获得金黄色葡萄球菌相关脓毒症的风险被降低至少30％。更适合地，与在感染事件之前未给予免疫特异性结合至金黄色葡萄球菌毒素或表面决定簇的分离的抗体或其抗原结合片段或其组合的受试者相比，该风险被降低至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或该风险被完全消除。
在降低哺乳动物受试者的金黄色葡萄球菌相关脓毒症的严重程度的方法中，此类方法适合地包括向展现出金黄色葡萄球菌相关脓毒症的症状的受试者给予有效量的免疫特异性结合至金黄色葡萄球菌毒素或表面决定簇的分离的抗体或其抗原结合片段或其组合。此类症状可以包括例如发冷、意识模糊或谵妄、发热或低体温(体温过低)、因低血压而头晕、心跳加快、摇晃、皮肤皮疹及温热的皮肤。
如在此所使用，“降低严重程度”当结合脓毒症使用时是指减少已经患上金黄色葡萄球菌相关脓毒症的受试者正在展现的症状。适合地，与也已经获得金黄色葡萄球菌相关脓毒症的受试者正在展现的症状相比，但是该受试者尚未给予免疫特异性结合至金黄色葡萄球菌毒素或表面决定簇的分离的抗体或其抗原结合片段或其组合，这些症状被减少至少30％。更适合地，与在感染事件之前未给予免疫特异性结合至金黄色葡萄球菌毒素或表面决定簇的分离的抗体或其抗原结合片段或其组合的受试者相比，这些症状被减少至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或这些症状被完全消除(即，该受试者的感染和脓毒症被治愈)。
由金黄色葡萄球菌感染引起的一些常见病症的非限制性实例包括烧伤、蜂窝织炎、皮肤坏死、眼睑感染、食物中毒、关节感染、肺炎、皮肤感染、手术伤口感染、烫伤样皮肤综合征以及中毒性休克综合征。另外，它是在异物感染中常见的病原体，例如血管内的线(intravascularline)、起搏器、人工心脏瓣膜以及关节植入物。由金黄色葡萄球菌感染引起的一些病症或疾病进一步描述于下文。以下描述的一些或所有的病症和疾病可以涉及作为感染组分或病症或疾病状态的介质的分泌的毒素的直接作用，同时一些或所有的病症可以涉及分泌的毒素的间接或继发作用(例如，作为引起与病症相关的主要症状或大多数症状的原发性毒力因子，或作为通过对细胞功能和细胞溶解的破坏起着进一步推进疾病的作用的试剂)。
a)烧伤
烧伤伤口常常最初是无菌的。然而，中度和重度烧伤通常损害针对感染的物理和免疫屏障(例如，皮肤的发疱、开裂或剥离)，导致流体和电解质类的丢失，并且引起局部或全身性生理功能障碍。受损皮肤与活细菌接触可以导致在损伤部位的混合定殖。感染可以被限制到烧伤表面上的无活力的碎片(“焦痂”)，或者定殖可以进展为全皮肤感染并且侵袭焦痂下的有活力的组织。更严重的感染可以到达皮肤下，进入淋巴系统和/或血液循环，并且发展为败血症。典型地，在定殖烧伤伤口感染处的病原体中发现金黄色葡萄球菌。金黄色葡萄球菌可以破坏肉芽组织并且产生严重的败血症。
b)蜂窝织炎
蜂窝织炎是皮肤的急性感染，常常开始于可以在皮肤层下蔓延的表面感染。蜂窝织炎最常见地是由金黄色葡萄球菌结合化脓性链球菌的混合感染引起。蜂窝织炎可以导致全身感染。
c)皮肤坏死
皮肤坏死是皮肤和皮下组织的感染，容易跨越皮下组织内的筋膜面(fascial plane)蔓延。该病症引起皮肤的顶层和/或底层变得坏死，并且可以蔓延至在下面的组织和周围组织。
d)坏死性筋膜炎
坏死性筋膜炎被称为“食肉病”或“食肉细菌综合征”。坏死性筋膜炎可以由多种微生物感染引起(例如，I型，由混合细菌感染引起)或由单微生物感染引起(例如，II型，由细菌的单个病原菌株引起)。许多类型的细菌可以引起坏死性筋膜炎，这些细菌的非限制性实例包括A群链球菌(例如化脓性链球菌)、金黄色葡萄球菌、创伤弧菌、产气荚膜梭菌、以及脆弱拟杆菌。具有抑制的或受损的免疫系统的个体更可能遭受皮肤坏死(例如，坏死性筋膜炎)。
历史上，A群链球菌被诊断为II型皮肤坏死感染的大多数病例的原因。然而，自2001年以来，已经观察到耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)作为单微生物坏死性筋膜炎的原因具有增加的频率。感染局部地(有时在创伤部位)开始，可以是严重的(例如由于手术)、轻微的、或甚至不明显的。患者常常主诉剧烈的疼痛，这种疼痛相对于特定的皮肤外观可能是过度的。随着疾病的进展，组织常常在数小时内变得肿胀。腹泻和呕吐也是常见症状。
如果细菌在组织深处，炎症的体征在感染早期可能不明显。如果细菌不在深处，炎症的体征例如发红和肿胀的或皮肤灼热快速地显示出来。皮肤颜色可以进展为紫色，并且可以形成水疱，伴随皮下组织的随后的坏死(例如，死亡)。具有坏死性筋膜炎的患者典型地会发热并且看起来病得很重。如果不治疗，已经记录了高达73％的死亡率。
e)肺炎
金黄色葡萄球菌还已经被鉴定为葡萄球菌肺炎的原因。葡萄球菌肺炎引起肺部炎症和肿胀，进而引起流体聚集在肺中。聚集在肺中的液体可以阻止氧气进入血流。患有流行性感冒的那些人具有发生细菌性肺炎的风险。在已经遭受流行性感冒的那些人中，金黄色葡萄球菌是细菌性肺炎的最常见的原因。葡萄球菌肺炎的常见症状包括咳嗽、呼吸困难以及发热。另外的症状包括疲劳、黄色或带血粘液、以及随着呼吸恶化的胸痛。耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)逐渐被诊断为在葡萄球菌肺炎中鉴定的菌株。
f)手术伤口感染
手术伤口常常深深地穿入身体。因此如果伤口变得被感染，此类伤口的感染对患者造成重大风险。金黄色葡萄球菌时往往是手术伤口中的感染的致病因子。金黄色葡萄球菌非常善于侵入手术伤口，缝合伤口可以被引起正常皮肤感染少得多的金黄色葡萄球菌细胞感染。侵入手术伤口可以导致严重的金黄色葡萄球菌败血症。由金黄色葡萄球菌侵入血流的侵袭可以导致内部器官(特别是心脏瓣膜和骨)的种植(seeding)和感染，引起全身性疾病，例如心内膜炎和骨髓炎。
g)烫伤样皮肤综合征
金黄色葡萄球菌可能是“烫伤样皮肤综合征”(还被称为“葡萄球菌性烫伤样皮肤综合征”)、“中毒性表皮坏死”、“局限性大疱性脓疱病”、“里特病(Ritter's disease)”以及“莱尔病(Lyell's disease)”的主要致病因子。烫伤样皮肤综合征频繁发生于大龄儿童中，典型地发生于由产生表皮松解外毒素(例如，表皮剥脱毒素A和B，有时被称为烫伤样皮肤综合征毒素)的金黄色葡萄球菌菌株的繁盛(flowering)所导致的爆发中，这些表皮松解外毒素导致表皮层内的分离。外毒素之一是由细菌染色体编码的，并且另一种是由质粒编码的。外毒素是切割桥粒芯糖蛋白-1的蛋白酶，桥粒芯糖蛋白-1通常将皮肤的颗粒层和棘层(spinosum layer)保持在一起。
细菌可以最初仅感染一个较小的病灶，然而，毒素破坏细胞间连接，蔓延表皮层，并且允许感染渗透皮肤外层，产生象征疾病的脱屑。皮肤外层的脱落通常暴露下面的正常皮肤，但是如果不进行适当治疗，在过程中的液体丢失可以在幼儿中产生严重的损伤。
h)中毒性休克综合征
中毒性休克综合征(TSS)是由产生所谓的“中毒性休克综合征毒素”的金黄色葡萄球菌菌株引起的。该疾病可以由金黄色葡萄球菌在任何部位的感染引起，但是常常错误地被认为仅仅是使用卫生棉的女性专有的疾病。该疾病涉及毒血症和败血症，并且可以是致命的。
中毒性休克综合征的症状取决于基本病因而不同。由于细菌金黄色葡萄球菌的感染引起的TSS典型地另外表现在其他方面健康的具有高热的个体中，伴有低血压、不适以及意识错乱，可以快速进展至昏呆(stupor)、昏迷、以及多器官衰竭。常常在疾病的早期病程中见到的特征性皮疹类似于晒斑，并且可以累及身体的任何区域，包括嘴唇、嘴、眼睛、手掌以及脚底。在最初的感染猛攻(onslaught)中存活的患者中，在10-14天之后皮疹脱屑、或剥落。
如以上所指出，归因于金黄色葡萄球菌的耐多药菌株的增加，越来越多数目的常用于治疗金黄色葡萄球菌感染的抗生素不再控制或消除耐甲氧西林以及耐多药的金黄色葡萄球菌的感染。如在此描述的针对金黄色葡萄球菌表面决定簇和分泌的毒素的抗体可以帮助降低感染的严重程度，并且还可以辅助从感染的宿主中清除、防止(预防性地)或减少病原性金黄色葡萄球菌。还可以使用这些抗体检测金黄色葡萄球菌，并且当在患者样品中时，诊断金黄色葡萄球菌感染。
K.使用针对金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素的抗体或片段检测金黄色葡萄球菌的方法
在不同实施例中，可以单独或组合使用在此披露的抗体检测金黄色葡萄球菌在样品中的存在。
在某些实施例中，该方法包括使测试样品与在此披露的分离的抗体或片段之一接触。然后，该抗体或其抗原结合片段结合至金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素，以形成抗原-抗体复合物。在另外的实施例中，该方法包括使该抗原-抗体复合物与可检测标记接触，其中由该可检测标记产生的信号与该样品中的金黄色葡萄球菌的存在直接相关。例如，该可检测标记可以包括一种或多种结合该抗体-抗原复合物中的抗体或抗原的荧光标记，这样使得荧光的增加与样品中的金黄色葡萄球菌或分泌的毒素的增加的浓度相关。
在其他实施例中，该可检测标记与金黄色葡萄球菌表面抗原或分泌的毒素竞争结合至该抗体或其抗原结合片段，其中由该可检测标记产生的信号与该样品中的金黄色葡萄球菌或分泌的毒素的浓度间接相关。例如，该可检测标记可以包括一种或多种与该表面抗原或分泌的毒素竞争抗体结合的荧光标记，这样使得荧光的减少与样品中的金黄色葡萄球菌或分泌的毒素的增加的浓度相关。
在某些实施例中，将由该可检测标记在该测试样品中产生的可检测信号与来自具有已知浓度的抗原和抗体的至少一种对照样品的信号进行比较。在使用对照样品的实施例中，使用该可检测标记在该对照和测试样品中检测抗体-抗原复合物，并且这些样品之间的可检测信号的任何统计学显著的差异指示金黄色葡萄球菌和/或分泌的毒素在该测试样品中的浓度、存在或不存在。
在其他实施例中，使用抗体组合检测样品中的金黄色葡萄球菌。在不同实施例中，该方法包括使测试样品与针对金黄色葡萄球菌表面抗原的分离的抗体或其抗原结合片段和针对金黄色葡萄球菌分泌的毒素的分离的抗体或其抗原结合片段接触。然后，该抗体或片段组合结合至金黄色葡萄球菌表面抗原和分泌的毒素，以形成两种抗原-抗体复合物。在另外的实施例中，该方法包括使包含抗原-抗体复合物的测试样品与至少一种可检测标记接触，其中由这个或这些可检测标记产生的信号与该样品中的金黄色葡萄球菌的存在直接相关。例如，这个或这些可检测标记可以包括一种或多种结合这些抗体-抗原复合物的至少一种中的抗体或抗原的荧光标记，这样使得荧光的增加与样品中的金黄色葡萄球菌或分泌的毒素的增加的浓度相关。
在其他实施例中，该至少一种可检测标记与金黄色葡萄球菌表面抗原和/或分泌的毒素竞争结合至该抗体或片段组合。因此，由这个或这些可检测标记产生的信号间接地与该样品中的金黄色葡萄球菌的浓度相关。例如，这个或这些可检测标记可以包括一种或多种与该表面抗原和/或分泌的毒素竞争抗体结合的荧光标记，这样使得荧光的减少与样品中的金黄色葡萄球菌或分泌的毒素的增加的浓度相关。
在某些实施例中，将由该可检测标记在该测试样品中产生的可检测信号与来自具有已知浓度的抗原和抗体的至少一种对照样品的信号进行比较。在使用对照样品的实施例中，使用这些可检测标记在该对照和测试样品中检测抗体-抗原复合物，并且这些样品之间的可检测信号的任何统计学显著的差异指示金黄色葡萄球菌和/或分泌的毒素在该测试样品中的浓度、存在或不存在。
在某些实施例中，使用该检测方法检测金黄色葡萄球菌在患者样品中的存在，并且该方法进一步包括对具有金黄色葡萄球菌感染的患者进行诊断。在一些实施例中，该方法适于在自动化或半自动化系统中使用。
在某些实施例中，还提供了有用于不同研究和诊断目的的试剂盒，这些试剂盒包括在此披露的至少一种抗体或其抗原结合片段。例如，可以使用这些试剂盒检测样品中的金黄色葡萄球菌，或用于免疫沉淀金黄色葡萄球菌分泌的毒素。用于分离与纯化目的，该试剂盒可以包含偶联至珠粒(例如，琼脂糖珠)的抗体或其抗原结合片段。
在本申请中，单数的使用包括了复数，除非另外明确说明。还在本申请中，“或”的使用是指“和/或”，除非另外说明。此外，术语“包括(including)”以及其他形式的使用(例如，“包括(includes)”和“包括(included)”)不是限制性的。在此所述的任何范围应当被理解为包括端点以及在端点之间的所有值。
在此使用的小节标题仅是为了编排的目的并且不应该被解释为对所述主题进行限制。在本申请中所引用的所有文件或文件的部分，包括但不局限于专利、专利申请、论文、书籍、和专著，都特此出于任何目的通过引用将其全部内容清楚地结合在此。在通过引用而结合的申请和专利或专利申请与包含在本说明书中的本发明矛盾的程度下，本说明书将代替任何矛盾性材料。
实例
以下实例用于说明但决不限制本披露。
实例1-材料与方法
用于实例2至实例9的材料与方法提供于下文。
溶血性活性的中和
在96孔板中，将五十微升的各个B细胞杂交瘤培养物上清液与重组体α毒素-His(rAT-his，0.1μg/ml终浓度)混合，随后添加在PBS中的50μl的5％兔红细胞(RBC)。对照孔仅含有RBC以及具有或不具有AT的培养基。将板在37℃孵育1小时，并且将完整的细胞通过离心而沉淀。将50μl的上清液转移至新的96孔板，并且在分光光度计中测量A490。相对于用RBC和单独的rAT-his的溶解计算中和活性并计算：％抑制＝100x[100-(A490nAT+Ab)/(A490nAT无Ab)]。
还测试了使用纯化的mAb的抑制。将抗-AT mAb以在PBS中的约80μg/mL添加至96孔板中，并且将样品连续稀释(两倍)于PBS中，至50μL的终体积。非特异性IgG1(R347)被包括作为同种型对照。将二十五微升的mAb稀释物与在约0.1μg/mL的25μL nAT(天然α毒素)混合于96孔圆底板中，随后添加50μL 5％RBC。如上计算溶血性活性的抑制。
A549溶解的中和
将A549细胞维持在5％CO237℃培养箱中的补充有非必需氨基酸谷氨酰胺和10％胎牛血清的RMPI中。将细胞用汉克平衡培养基(Hank’sbalanced media)洗涤一次，并且以104/孔涂布在RPMI、5％FBS中在50μl以下，然后在37℃下用5％CO2孵育20hr。将抗-AT mAb以在RPMI中的约80μg/mL添加至96孔板中，并且将样品连续稀释(两倍)于RPMI中。无关的IgG1(R347)被包括为同种型对照。在单独的96孔板中，将30μl的稀释抗体与30μl的nAT混合(终浓度，5μg/ml)。将来自各孔的五十微升转移至含有贴壁的A549细胞的板。包括具有或不具有nAT的A549细胞的对照孔。将板在37℃下用5％CO2孵育3小时，离心，并且将50μl上清液转移至新的96孔板。遵循制造商的方案，使用Cytotox 96非放射性测定试剂盒(Promega)，将细胞溶解测量为乳酸脱氢酶(LDH)的释放。将背景LDH从各孔中减掉并计算LDH释放的抑制：％抑制＝100x[100-(A590nAT+Ab)/(A590nAT无Ab)]。
THP-1溶解的中和
将THP-1细胞维持在5％CO237℃培养箱中在补充有非必需氨基酸(英杰公司(Invitrogen))2mM谷氨酰胺(英杰公司)和10％胎牛血清(英杰公司)的RPMI培养基(英杰公司)中。将抗-AT mAb以在RPMI中的约80μg/ml添加至96孔板中，并且将样品连续稀释(两倍)于RPMI中，至50μL的终体积。无关的IgG1(R347)被包括为同种型对照。将二十五微升的mAb稀释物与25μl最终达1.5μg/ml的天然α毒素(nAT)混合，随后将50μl经RMPI洗涤的THP-1细胞(106个细胞/ml，在具有10％FBS的RPMI中)添加在96孔板中。对照孔由单独的或具有nAT的THP-1细胞组成。将板在5％CO237℃培养箱中孵育3h，离心，并且将50μl的上清液转移至新的96孔板。遵循制造商的说明书，使用Cytotox 96非放射性测定试剂盒(Promega)，将细胞溶解测量为乳酸脱氢酶(LDH)的释放。如上所述计算LDH释放的抑制。
鼠肺炎模型
在感染前二十四小时，使10只7-9周龄的C57BL/6J小鼠(Harlan)的组经由腹膜内注射(i.p.)而接受在指示浓度下的0.5ml mAb。然后，将动物用异氟烷麻醉，竖直保持，并且将在无菌PBS中的0.05ml的金黄色葡萄球菌细菌悬液(1x 108CFU至3x 108CFU)接种在左右鼻孔中。将动物以仰卧位放置在笼中以用于恢复，并且每日观察两次，持续研究的时程。监测动物存活持续6天的最大值。
可替代地，在细菌感染之后48h，使动物通过吸入CO2而安乐死。将肺和肾移至无菌PBS中，进行均质化，稀释，并且涂平板以用于细菌计数。使用对数秩检验确定死亡率研究的统计学显著性。使用方差分析和Dunnett事后检验来计算来自器官的细菌回收的显著性。
皮肤坏死的鼠模型
将五只6-8周龄的雌性BALB/c小鼠(Harlan)的组在它们背部上剃毛，并且通过腹膜内注射而给予在图表上指示的浓度的0.5ml IgG。二十四小时后，通过皮下注射50μL的细菌悬液(1×108个金黄色葡萄球菌)而感染小鼠。每日两次监测动物的感染迹象，并且每天同时测量脓肿的大小。使用公式A＝L x W来计算病灶的面积。使用方差分析和Dunnett事后检验来确定统计学显著性。
脓毒症的鼠模型
细菌激发剂量的制备：金黄色葡萄球菌SF8300(USA300)由比哈迪厄普(Binh Diep)(加州大学，旧金山)提供。在250rpm振荡下，在37℃下于50mL的胰酶大豆培养液(TSB)中培养细菌过夜。从过夜培养物中取出十mL添加至1L的新鲜TSB中并且在振荡下，使细菌在37℃下生长至在600nm下的光学密度(OD600)为0.8。通过在4℃下以8000rpm离心15分钟来回收细菌，并且在磷酸盐缓冲生理盐水(PBS)中洗涤。通过离心来收集细菌并且将其再悬浮于具有10％甘油的PBS中，达到～2x 1010cfu/mL的最终细菌储备液浓度。
小鼠激发与存活：向数组十只8-9周龄的雌性BALB/c小鼠腹膜内(IP)注射在500μL PBS中的指定浓度的LC10或R347(45mg/kg)。然后，在24h之后，用200μL的细菌悬液(在PBS(pH 7.2)中由冷冻的储备液稀释的5×107cfu)于尾静脉中经静脉内(IV)激发动物。激发后监测小鼠的存活，持续14天。用对数秩检验评估统计分析：R347(对照物)对比LC10(抗AT Ab)免疫的动物。
心脏中的细菌负荷：感染后14h，用CO2对受感染的小鼠实施安乐死。取出心脏，在溶解基质A管中于1mL冷PBS中进行均质化，并且将其涂布于TSA板上用于细菌计数。用不成对双尾学生t检验分析心脏组织中的细菌负荷以对R347与LC10mAb之间进行逐对比较。如果p<0.05，则认为数据是显著的。
血液中的细菌负荷：在感染后8、24、48、72及144h，用CO2对动物实施安乐死。通过心脏穿刺收集血液，并且立即将100μL涂布于TSB板上用于cfu计数。用不成对学生t检验分析数据。如果p<0.05，那么认为LC10与R347mAb之间的值存在统计差异。
受体结合测定
通过在接近于4℃、伴随恒定的搅拌下，将5mL的洗涤并浓缩的兔红细胞(RBC)在500mL溶解缓冲液(5mM磷酸盐，1mM EDTA，pH7.4)中孵育来制备红细胞血影。然后通过在15,000x g离心将血影移除，并且将其用溶解缓冲液洗涤3次。然后将它们在PBS中洗涤，并且重悬浮在3mL的终体积中。
为了评估nAT至细胞膜的结合，将RBC血影在PBS中稀释至大约0.2的OD600，并且将50μL涂覆在1/2-孔96孔板(Costar)上并且在4℃下孵育过夜。然后，将液体从板移除，并且在4℃下将孔用在PBS(pH 7.4)中的100μL的1％BSA封闭持续2hr，并用PBS洗涤3次。将20摩尔过量的IgG与3μg/mL的nAT混合，并且将50μL添加至封闭的板中。将板在4℃下孵育2hr并用PBS洗涤3次。将生物素标记的兔抗AT IgG以1mg/mL添加至孔，并且在4℃孵育1小时，洗涤3次，然后与链霉亲和素过氧化物酶结合物一起孵育(1:30,000，Jackson Immunoresearch(《杰克逊免疫研究》))。将孔洗涤3次，并且用Sure Blue Reserve(KPL公司)显色。使用酶标仪(分子装置公司(Molecular Devices))读取A450并计算％结合的AT。％结合的AT＝100x(A450-AT+IgG/A450-AT单独)。
动力学速率和结合常数(KD)的测量
使用在BIAcore 3000仪器(BIAcore公司)上的IgG-捕获测定型式测量抗AT IgG抗体结合至纯化的nAT的动力学速率常数(kon，koff)。简言之，根据制造商的说明书将大鼠抗小鼠IgG固定在CM5传感器芯片上。在传感器芯片上的捕获试剂的最终表面密度是大致2500个如在此所述的反应单位(RU)。还使用相同的固定方案并且省略nAT而在此传感器芯片上制备了参考流细胞表面。以20nM将抗AT IgG抗体制备在仪器缓冲液(HBS-EP缓冲液，包含0.01M HEPES，pH 7.4，0.15M NaCl，3mM EDTA和0.005％P-20)连同nAT的两倍连续稀释物中。制得在大约0.78nM至大约50nM的范围内的在仪器缓冲液中的nAT连续稀释物。
使用序贯方法用于动力学测量。首先，将每种抗-AT IgG以50μL/min的流速注射在捕获物和参考表面上。一旦捕获的IgG的结合已经被稳定，在两种表面上以50μL/min的流速注射单一浓度的nAT蛋白。使用所生成的结合反应曲线来确定缔合相数据。在注入nAT后，然后将流切换回仪器缓冲液持续10分钟从而允许收集解离相数据，随后为pH 1.5的10mM甘氨酸的1分钟脉冲以便在芯片上再生IgG捕获表面。针对所有的抗AT IgG，记录来自每个浓度的nAT的二重注射的结合反应。
另外，贯穿注射系列，散布若干缓冲液注射。使用选择缓冲液注射连同参考细胞反应(通常称为“双重参照”)以便矫正注射伪影(injection artifacts)和/或非特异性结合相互作用的原始数据集(D.G.Myszka(米什卡)，Improving biosensor analysis(改进生物传感器分析)，J.Mol.Recognit.(《分子识别杂志》)12(1999)，279-284页)。然后将完全矫正的结合数据整体性地拟合至1:1结合模型(BIAevaluation4.1软件，BIAcore公司，乌普萨拉(Uppsala)，瑞典)，该模型包含矫正质量转运限制结合的条目，该结合应该被检测到。这些分析确定了动力学速率(on，off)常数，然后据此将表观KD计算为koff/kon。
在金黄色葡萄球菌感染的肺中的细胞因子水平的测量
将七至九周龄C57BL/6J小鼠在用1.5x 108cfu USA300(BAA-1556，ATCC)经鼻感染之前24h，用2A3.1hu(全人2A3.1)或R347(45mg/kg)通过腹膜内注射进行处理。在感染后四小时和二十四小时，使小鼠安乐死，并且将肺用1ml的PBS冲洗3次。将支气管肺泡灌洗液(BAL)在-70℃储存。根据制造商的说明书，使用7个促炎II型小鼠细胞因子试剂盒(Mesoscale，盖瑟斯堡(Gaithersburg)，马里兰州(MD))将促炎细胞因子定量。细胞因子水平表示为pg/ml。
斑点印迹测定
化学合成跨越氨基酸40至293的重叠肽(新英格兰肽公司(New England Peptide))。尝试AT1-50的合成但不成功。将α毒素(AT)、AT肽和AT片段(1μg)点在硝酸纤维素上，并且用在PBS中的封闭剂酪蛋白封闭10min。然后，在室温下使用2μg/mL的单独IgG探测印迹，持续3hr。将这些印迹洗涤，并且与碱性磷酸酯酶结合的山羊抗小鼠或山羊抗兔IgG(1:1000，Caltag实验室)一起孵育1小时，并且使用BCIP/NBT膜磷酸酶底物系统(KPL公司)显色。
实例2-靶标选择与验证
基于其跨临床分离株的保守性和/或公开的疫苗潜力，选择十三种表面抗原和四种分泌的毒素作为抗体靶标用于进行验证。被包括在此组中的是α毒素和三种可溶性调控蛋白(PSM)。还包括8种葡萄球菌细胞壁-锚定抗原/粘附素。所选靶标中的五种在金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌中具有同系物。这些靶标涉及营养素获取、生物膜形成和细胞分裂。将针对α毒素的抗体靶向为用于减少或中和毒素活性(例如组织损伤和免疫调节异常)的假设方法。还靶向金黄色葡萄球菌表面决定簇(IsdH、SdrC、ClfB、ClfA以及IsdB)，它们对于金黄色葡萄球菌定殖、免疫逃避和适合度而言是重要的。考虑用于增强抗体疗法的可能途径涉及将调理素和毒素-中和性单克隆抗体组合。
在体外和体内两种测定中，针对减少的毒力和/或减少的定殖和免疫逃避对针对鉴定的靶标的抗体进行评估。还在鼠感染模型中经由主动/被动免疫验证靶标适合度。
实例3-抗-IsdH抗体的鉴定
鉴定的初级靶标是金黄色葡萄球菌铁调表面决定簇H(IsdH)。IsdH在B1b与B2β-片层之间包含7氨基酸环，并且此7氨基酸环跨铁调表面决定簇家族的(包括IsdA和IsdB中的)若干成员是保守的。在此7氨基酸环中的突变将金黄色葡萄球菌结合血红蛋白的能力减少大于100倍并且还削弱金黄色葡萄球菌逃避吞噬杀灭的能力。维塞(Visai)等人，《微生物学杂志》(J.Microbiology)，155(3)：667-679(2008)。
使用VelocImmune(再生元制药公司)和噬菌体淘选(Dyax或CAT文库)鉴定抗-IsdH单克隆抗体(mAB)。纯化59种IgG抗体(29种纯化自Dyax文库，16种纯化自CAT文库，并且14种纯化自VelocImmune小鼠)。
实例4-抗-IsdH mAB筛选级联
通过ELISA针对体外全细胞金黄色葡萄球菌结合评价鉴定的抗-IsdH mAB。还通过ELISA针对金黄色葡萄球菌触珠蛋白结合的抑制筛选抗体。然后，在调理吞噬杀灭测定(OPK)中评价抗体(下文所述)。鉴定了十一种对4种金黄色葡萄球菌分离株具有调理性的抗-IsdH IgG抗体。五种抗-IsdH抗体在小鼠感染模型中在体内传代后有效地结合金黄色葡萄球菌(下文所述)。将这靠前的五种抗-IsdH mAB(3种来自Dyax文库并且2种来自CAT文库)选择用于按比例放大产生抗体，亲和力测试和随后的体内测试。体内测试包括在菌血症模型中的研究(下文所述)。抗体2F4在菌血症模型中显著减少CFU。然后，对这五种抗体进行表征并且针对在联合疗法中的使用对其进行评价。
调理吞噬杀灭(OPK)测定涉及将10μl的金黄色葡萄球菌(106个细胞/ml)、10μl的单克隆抗体和60μl的DMEM加0.1％明胶组合。将溶液在4℃下孵育30分钟。30分钟后，添加107个细胞/ml的10μl的人类早幼粒细胞白血病(HL-60)细胞，连同10μl的针对金黄色葡萄球菌预吸收的人类血清。在时间T0，将10μl的溶液涂布并且然后在1500rpm振荡下，在37℃下孵育60分钟。在时间T60，将HL-60细胞用1％皂苷溶解，重新涂布，并确定CFU浓度。如下计算地计算OPK百分比：100x(1-(T60/T0))，其中T60是指在测定结束时(即，在60分钟)的CFU浓度并且T0是指在测定开始时的CFU浓度。
鉴定了对4种金黄色葡萄球菌分离分离株具有充分调理性的11种单克隆抗-IsdH抗体，用于进行进一步研究。图19图示到当在金黄色葡萄球菌菌株纽曼和USA300中测试时，与对照抗体R347细胞相比，抗体B11、2F4和A7具有增加的OPK百分比。
为了确定被这些抗体靶向的抗原是否由金黄色葡萄球菌在体内表达，在小鼠中在体内传代后评估抗体结合。用大约5x 108CFU的金黄色葡萄球菌腹膜内地激发小鼠。1至6小时后，将小鼠放血并且将血液收集在冰冷柠檬酸盐中。用1％NP-40溶解真核细胞。将溶解的细胞用磷酸盐缓冲生理盐水(PBS)洗涤三次并超声处理，随后将金黄色葡萄球菌细菌重悬于缓冲液中(在溶解和重悬后，回收大约0.5-10x 106CFU)。向细胞溶解产物给予抗-IsdH抗体，并且通过染色和FACs分选评价抗体结合。
十一种抗-IsdH mAB中的五种(被指定为1C1、2F4、A7、IsdH003及IsdH0016)在体内传代后结合金黄色葡萄球菌。图2图示了与对照抗体R347相比，抗体B11、2F4、A7及1C1在金黄色葡萄球菌菌株ARC2081和USA300中的结合。该图显示抗体2F4、A7和1C1在离体结合金黄色葡萄球菌。
这五种抗-IsdH mAB中的两种(1C1和2F4)还与触珠蛋白(Hp)竞争结合至IsdH，而其余三种不会。图3显示抗体1C1与Hp竞争结合至IsdH上的亚基Neat-1。与在对照抗体R347的存在下的Hp结合相比，1C1的浓度增加(以μg/ml计)与Hp结合至IsdH的减少相关。同样地，图3显示抗体2F4与Hp竞争结合至IsdH上的亚基Neat-2。与在对照抗体R347的存在下的Hp结合相比，2F4的浓度增加(以μg/ml计)与Hp结合至IsdH的减少相关。
为了评估抗体1C1、2F4、A7、IsdH003及IsdH0016当在体内给予时是否有效，利用小鼠菌血症模型。向小鼠腹膜内地注射45、15或5mg/kg的单克隆抗体，然后允许恢复过夜。第二天，用大约108CFU的金黄色葡萄球菌(纽曼菌株)腹膜内地感染小鼠。大约4小时后，收集血液并评价CFU浓度(测量为log[CFU/ml])。图4显示抗体1C1、A7、IsdH003及IsdH0016在菌血症模型中不减少CFU浓度。然而，图5显示抗体2F4在鼠菌血症模型中的确减少CFU浓度。
针对在离体情况下至不同金黄色葡萄球菌菌株的结合对抗体2F4进一步评价。该抗体在小鼠中在体内传代和提取后结合25种金黄色葡萄球菌分离株中的23种。图6图示了菌株ARC2379(USA100)、ARC2081(USA200)和BAA-1556(USA 300)中的2F4结合。下表图示了在小鼠中25种金黄色葡萄球菌菌株在体内传代后的结合实验结果。
抗体2F4在金黄色葡萄球菌菌株的体内传代后的结合
还在OPK测定中评价抗体2F4，涉及金黄色葡萄球菌临床分离株-纽曼、ARC634(USA100)、ARC2081(USA200)以及BAA-1556(USA300)。图7显示2F4对主要金黄色葡萄球菌临床分离株具有调理性。
随后，在hu lgGFc捕获测定中针对对IsdH和对Neat-2亚基的亲和力对2F4进行评价。跨三个实验取平均值的平均亲和力揭示对IsdH的KD为3.66nM并且对Neat-2的KD为2.57nM。图8。
实例5-抗-IsdH&抗-AT抗体联合疗法
α毒素和IsdH在金黄色葡萄球菌感染后在发病过程中发挥不同作用。前者是分泌的毒素，而后者是对于定殖、免疫逃避和细菌适合度而言重要的表面蛋白。这两者可以在感染过程中由金黄色葡萄球菌差别表达。将单克隆抗体与不同作用方法组合可以潜在地产生加和或协同效应，同时降低菌株将逃避疗法的风险。
针对用于与2F4(抗-IsdH抗体)组合使用对2A3(抗-α毒素抗体)进行评价。当组合给予时，抗体2A3和2F4在器官负荷模型中展现出协同效应。图9显示与单独的抗体相比或与对照抗体R347相比，金黄色葡萄球菌菌株USA300的肾脏分布在两种抗体的存在下被减少。
这些联合疗法实验的结果表明用于预防或治疗金黄色葡萄球菌的组合途径可以是有效的。
实例6—抗-ClfA mAb抑制ClfA结合
抗-ClfA mAb在体外抑制ClfA结合至固定的纤维蛋白原。已经报道，作为毒力因子的ClfA促进金黄色葡萄球菌结合至存在于血浆中的纤维蛋白原。这导致细菌在血液中凝集。
对通过B细胞杂交瘤技术产生的三种抗-ClfA mAb抑制ClfA结合至固定的纤维蛋白原的能力进行评估。将抗体R347用作阴性对照。在IC50下计算每种抗-ClfA mAb在此测定中的活性，该IC50是促进50％结合抑制所需的浓度。如图10所示，与每种抗体的IC50一起，抗-ClfA抗体抑制ClfA结合至固定的纤维蛋白原。
实例7-抗-ClfA mAb11H10抑制金黄色葡萄球菌与三种不同临床分离株在人类血浆中的凝集。
为了评估金黄色葡萄球菌在人类血浆中的凝集，将细菌与每种抗-ClfA mAb一起孵育，并且在37℃下孵育3min后可视化地检查细菌聚集。用于更精确比较，在抑制凝集所需的最低浓度下比较mAb在此测定中的活性。11H10比27H4或23D6更有效(图11)。另外，用三种不同的临床分离株进行凝集实验，并且与其他两种覆盖一种或两种菌株的抗-ClfAmAb相比，11H10展现出对这三种分离株的抑制。
实例8-11H10的表位结合
鉴于与如上讨论的23D6和27H4相比的11H10的相异特征，进一步探索其结合特征。通过Octet运行表位竞争结合，以评估11H10是否结合与23D6和27H4不同的表位。如图12所见，23D6和27H4竞争结合至ClfA，从而表明它们可能在ClfA上享有公用区用于结合。然而，11H10与23D6之间或11H10与27H4之间不存在竞争，从而证明ClfA上的11H10表位不同于23D6和27H4的表位。
实例9-用抗ClfA mAb 11H10进行被动免疫在致死性IV激发模型中展示出疗效
心脏中的细菌负荷
为了测试葡萄球菌凝集是否发生在体内，首先用USA300分离株在尾静脉中激发小鼠，并且在14h感染后，计数心脏中的细菌数目。如图13所示，腹膜内地预防性给予45mg/kg的抗-ClfA mAb 11H10导致心脏中的细菌cfu显著降低(p＝0.031)。这是剂量依赖的，因为与阴性对照R347相比，15mg/kg的11H10仅仅稍微减少心脏中的细菌负荷。
存活
确定用于IV激发的USA300激发剂量在2周后诱导20％存活。在此模型中研究抗-ClfA mAb 11H10增加动物存活的能力。图14显示11H10注射在感染后2周内导致存活率显著增加(45mg/kg下，p＝0.0114，并且15mg/kg下，p＝0.0239)。
实例10-抗-ClfA mAB 11H10和抗-AT Ab LC10组合在致死性IV激发模型中的疗效
用指定浓度的mAb(稀释于500ul PBS中)腹膜内地(IP)被动免疫六周龄BALB/c雌性小鼠，并且24h后用LD20剂量的细菌(在200ul PBS中)在尾静脉中静脉内地(IV)激发。感染后，监测存活直到14天。
用对数秩(mantel-cox)检验分析数据，并且如果≤0.05，则认为p值统计学显著。为了测试葡萄球菌凝集是否发生在体内，首先用CA-MRSA USA300、HA-MRSA-100或HA-MSSA USA200分离株在尾静脉中激发小鼠，并且在14h感染后，计数心脏和肾脏中的细菌数目。
测试抗-ClfA mAB 11H10和抗-AT Ab LC10组合在致死性IV激发模型中的疗效。如图15所示，预防性给予抗-ClfA mAb 11H10、抗-ATLC10mAb和抗-ClfA mAb和抗-AT LC10mAb两者的组合导致心脏(图15b)和肾脏(15c)中的细菌cfu显著降低。
图15还展示了抗-ClfA mAb 11H10、抗-AT LC10mAb、以及抗-ClfA mAb和抗-AT LC10mAb的组合增加动物存活率的能力，如在IV激发模型中使用USA300激发剂量所研究的。图15a显示与对照物相比和与单独的抗-ClfA mAb和抗-AT mAb相比，两者的组合在感染后2周内导致相对于存活的应答的显著增加。
图16和17进一步展示了抗-ClfA mAb 11H10和抗-At mAbLC10的组合增加动物存活率的能力，如在IV激发模型中使用HA-MRSAUSA100激发剂量(图16)和HA-MSSA USA200激发剂量(图17)所研究的。
实例11-抗-IsdH mAb 2F4和抗-AT Ab LC10组合在致死性IV激发模型中的疗效
如以上描述于实例10中的进行试验。
测试抗-IsdH mAb 2F4和抗-AT Ab LC10组合在致死性IV激发模型中的疗效。如图18所示，抗-IsdH mAb 2F4和抗-AT Ab LC10的组合增加动物存活率，如在IV激发模型中使用HA-MRSA USA100激发剂量所研究的。图18显示与R347对照物相比，该组合在感染后6天内导致相对于存活的应答显著增加。
序列表
表1：mAb 2A3.1、10A7.5、12B8.19及25E9.1的VL CDR序列
SEQ ID NO: 描述 序列
SEQ ID NO：1 VL CDR1 RASQSISSWLA
SEQ ID NO：2 VL CDR2 KASSLES
SEQ ID NO：3 VL CDR3 QQYNSYWT
表2：mAB 28F6.1的VL CDR序列
SEQ ID NO: 描述 序列
SEQ ID NO：4 mAb 28F6.1 VL CDR1 RASQGIRNDLG
SEQ ID NO：5 mAb 28F6.1 VL CDR2 DASSLQS
SEQ ID NO：6 mAb 28F6.1 VL CDR3 LQDYNYPWT
表3：mAb 2A3.1的VH CDR序列
SEQ ID NO: 描述 序列
SEQ ID NO：7 VH CDR1 SYDMH
SEQ ID NO：8 VH CDR2 GIGTAGDTYYPGSVKG
SEQ ID NO：9 VH CDR3 DNYSSTGGYYGMDV
表4：mAb 10A7.5和12B8.19的VH CDR序列
SEQ ID NO: 描述 序列
SEQ ID NO：10 VH CDR1 RYDMH
SEQ ID NO：11 VH CDR2 VIGTDGDTYYPGSVKG
SEQ ID NO：12 VH CDR3 DRYSSSNHYNGMDV
表5：mAb 28F6.1的VH CDR序列
SEQ ID NO: 描述 序列
SEQ ID NO：13 mAb 28F6.1 VH CDR1 SYAMT
SEQ ID NO：14 mAb 28F6.1 VH CDR2 VISGSGGSTYYADSVKG
SEQ ID NO：15 mAb 28F6.1 VH CDR3 DGRQVEDYYYYYGMDV
表6：mAb 25E9.1的VH CDR序列
SEQ ID NO: 描述 序列
SEQ ID NO：7 mAb 25E9.1 VH CDR1 SYDMH
SEQ ID NO：17 mAb 25E9.1 VH CDR2 VIDTAGDTYYPGSVKG
SEQ ID NO：18 mAb 25E9.1 VH CDR3 DRYSGNFHYNGMDV
表7：抗-α毒素mAb的VL和VH氨基酸序列
表8：抗-α毒素mAb的VL和VH核苷酸序列
表9：α毒素VL和VH CDR汇总表
描述 SEQ ID NO
VL CDR 1 1、4
描述 SEQ ID NO
VL CDR 2 2、5、73、77
VL CDR 3 3、6、64、68、74
VH CDR 1 7、10、13、69
VH CDR 2 8、11、14、17、70、75
VH CDR 3 9、12、15、18、16、65、66、67、71、72、76、78
表10：具有Fc变体区的抗-α毒素mAb的VL和VH氨基酸序列
表11：α毒素氨基酸序列
表12-特异性结合至金黄色葡萄球菌表面抗原IsdH的抗体的代表性氨基酸序列
表13：编码针对金黄色葡萄球菌表面抗原IsdH和ClfA的mAb的VH和VL氨基酸序列的核苷酸序列
表14-特异性结合至金黄色葡萄球菌表面抗原ClfA的抗体的代表性氨基酸序列
前述实例和表格旨在说明但决不限制本披露。考虑了在此披露的装置和方法的说明和实践后，披露的装置和方法的其他实施例对于本领域的普通技术人员而言将是显而易见的。
以下是本发明的实施例：
1.特异性结合至金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus，S.aureus)IsdH表面决定簇抗原的分离的抗体或其抗原结合片段，
其中该分离的抗体或其抗原结合片段包括重链可变区(VH)和轻链可变区(VH)，其各自包括三个互补决定区(CDR1、CDR2和CDR3)
并且其中：
a.VH CDR1与SEQ ID NO：90、96、102、108、或114的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；
b.VH CDR2与SEQ ID NO：91、97、103、109、或115的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；并且
c.VH CDR3与SEQ ID NO：92、98、104、110、或116的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；
和/或
d.VL CDR1与SEQ ID NO：93、99、105、111、或117的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；
e.VL CDR2与SEQ ID NO：94、100、106、112、或118的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；并且
f.VL CDR3与SEQ ID NO：95、101、107、113、或119的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变。
2.如实施例1所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该分离的抗体或其抗原结合片段包括：
a.与SEQ ID NO：90、96、102、108、或114的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变的VH CDR1；
b.与SEQ ID NO：91、97、103、109、或115的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变的VH CDR2；
c.与SEQ ID NO：92、98、104、110、或116的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变的VH CDR3；
d.与SEQ ID NO：93、99、105、111、或117的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变的VL CDR1；
e.与SEQ ID NO：94、100、106、112、或118的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变的VL CDR2；以及
f.与SEQ ID NO：95、101、107、113、或119的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变的VL CDR3。
3.如实施例1或2所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VHCDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VL CDR3对应于选自下组的氨基酸序列集，该组由以下各项组成：SEQ ID NO：90、91、92、93、94及95；SEQ ID NO：96、97、98、99、100及101；SEQ ID NO：102、103、104、105、106及107；SEQ ID NO：108、109、110、111、112及113；以及SEQ ID NO：114、115、116、117、118及119。
4.特异性结合至金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus，S.aureus)IsdH表面决定簇抗原的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH氨基酸序列与SEQ ID NO：80、82、84、86、或88的氨基酸序列至少80％、85％、90％、95％或100％一致。
5.如实施例4所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH氨基酸序列与SEQ ID NO：80、82、84、86、或88的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1至10个氨基酸残基突变。
6.特异性结合至金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus，S.aureus)IsdH表面决定簇抗原的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VL氨基酸序列与SEQ ID NO：81、83、85、87、或89的氨基酸序列至少80％、85％、90％、95％或100％一致。
7.如实施例6所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VL氨基酸序列与SEQ ID NO：81、83、85、87、或89的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1至10个氨基酸残基突变。
8.如实施例1-7中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH氨基酸序列与SEQ ID NO：80、82、84、86、或88的氨基酸序列至少80％、85％、90％、95％或100％一致并且该VL氨基酸序列与SEQ ID NO：81、83、85、87、或89的氨基酸序列至少80％、85％、90％、95％或100％一致。
9.如实施例8所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH氨基酸序列对应于SEQ ID NO：80、82、84、86、或88的氨基酸序列并且该VL氨基酸序列对应于SEQ ID NO：81、83、85、87、或89的氨基酸序列。
10.如实施例1-8中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH和VL选自下组，该组由以下各项组成：SEQ ID NO：80和81；SEQID NO：82和83；SEQ ID NO：84和85；SEQ ID NO：86和87；以及SEQ IDNO：88和89。
11.如实施例1-3中任一项所述的分离的抗体或片段，其中该VHCDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VL CDR3对应于选自由SEQ ID NO：90、91、92、93、94及95组成的组的氨基酸序列的集。
12.如实施例1或2所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH氨基酸序列包括四个VH框架区(FR1、FR2、FR3、FR4)，并且其中这四个VH框架区具有与SEQ ID NO：80、82、84、86、或88中的四个VH框架区的对应氨基酸序列至少约80％、85％、90％、95％或100％一致的氨基酸序列。
13.如实施例1或2所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VL氨基酸序列包括四个VL框架区(FR1、FR2、FR3、FR4)，并且其中这四个VL框架区具有与SEQ ID NO：81、83、85、87、或89中的四个VL框架区的对应氨基酸序列至少约80％、85％、90％、95％或100％一致的氨基酸序列。
14.如实施例1或2所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中这四个VH框架区具有与SEQ ID NO：80、82、84、86、或88中的四个VH框架区的对应氨基酸序列至少约80％、85％、90％、95％或100％一致的氨基酸序列，并且其中这四个VL框架区具有与SEQ ID NO：81、83、85、87、或89中的四个VL框架区的对应氨基酸序列至少约80％、85％、90％、95％或100％一致的氨基酸序列。
15.如实施例1-14中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH和VL对应于SEQ ID NO 80和81。
16.如实施例1-15中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段具有以下各项中的至少一项：
a.针对金黄色葡萄球菌表面抗原的解离常数(KD)为约70nM或更小；
b.将金黄色葡萄球菌逃避调理吞噬的能力减少至少50％的能力，如通过调理吞噬杀灭测定所测量的；或
c.将金黄色葡萄球菌集落形成单位(CFU)的数目减少至少50％的能力，如通过菌血症模型所测量的。
17.特异性结合至金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus，S.aureus)IsdH表面决定簇抗原的分离的抗体或其抗原结合片段，并且其中该抗体或其抗原结合片段具有以下各项中的至少一项：
a.针对金黄色葡萄球菌表面抗原的解离常数(KD)为约70nM或更小；
b.将金黄色葡萄球菌逃避调理吞噬的能力减少至少50％的能力，如通过调理吞噬杀灭测定所测量的；
c.将金黄色葡萄球菌集落形成单位(CFU)的数目减少至少50％的能力，如通过菌血症模型所测量的；
d.减少免疫细胞浸润、细菌负荷和促炎性细胞因子释放的能力，如在动物器官负荷模型中所测量的。
18.如实施例17所述的分离的抗体或其抗原结合片段，具有如实施例1-16中任一项所述的抗体或其抗原结合片段的氨基酸序列。
19.组合物，包括如实施例1-18中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段和药学上可接受的赋形剂。
20.编码如实施例1-15中任一项的氨基酸序列的分离的核酸。
21.特异性结合至金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus，S.aureus)ClfA表面决定簇抗原的分离的抗体或其抗原结合片段，
其中该分离的抗体或其抗原结合片段包括重链可变区(VH)和轻链可变区(VH)，其各自包括三个互补决定区(CDR1、CDR2和CDR3)
并且其中：
a.VH CDR1与SEQ ID NO：133或141的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；
b.VH CDR2与SEQ ID NO：134或142的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；并且
c.VH CDR3与SEQ ID NO：135或143的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；
和/或
d.VL CDR1与SEQ ID NO：137或145的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；
e.VL CDR2与SEQ ID NO：138或146的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；并且
f.VL CDR3与SEQ ID NO：139或147的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变。
22.如实施例21所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该分离的抗体或其抗原结合片段包括：
a.与SEQ ID NO：133或141的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变的VH CDR1
b.与SEQ ID NO：134或142的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变的VH CDR2；
c.与SEQ ID NO：135或143的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变的VH CDR3；
d.与SEQ ID NO：137或145的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变的VL CDR1；
e.与SEQ ID NO：138或146的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变的VL CDR2；以及
f.与SEQ ID NO：139或147的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变的VL CDR3。
23.如实施例21或22所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VL CDR3对应于选自下组的氨基酸序列的集，该组由以下各项组成：SEQ ID NO：133、134、135、137、138及139；以及SEQ ID NO：137、138、139、145、146及147。
24.特异性结合至金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus，S.aureus)ClfA表面决定簇抗原的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH氨基酸序列与SEQ ID NO：132或140的氨基酸序列至少80％、85％、90％、95％或100％一致。
25.如实施例24所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH氨基酸序列与SEQ ID NO：132或140的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1至10个氨基酸残基突变。
26.特异性结合至金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus，S.aureus)ClfA表面决定簇抗原的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VL氨基酸序列与SEQ ID NO：136或144的氨基酸序列至少80％、85％、90％、95％或100％一致。
27.如实施例26所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VL氨基酸序列与SEQ ID NO：136或144的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1至10个氨基酸残基突变。
28.如实施例21-27中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH氨基酸序列与SEQ ID NO：132或140的氨基酸序列至少80％、85％、90％、95％或100％一致并且该VL氨基酸序列与SEQ ID NO：136或144的氨基酸序列至少80％、85％、90％、95％或100％一致。
29.如实施例28所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH氨基酸序列对应于SEQ ID NO：132或140的氨基酸序列；并且该VL氨基酸序列对应于SEQ ID NO：136或144的氨基酸序列。
30.如实施例21-28中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH和VL选自下组，该组由以下各项组成：SEQ ID NO：132和136；以及SEQ ID NO：140和144。
31.如实施例21-23中任一项所述的分离的抗体或片段，其中该VHCDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VL CDR3对应于选自由SEQ ID NO：141、142、143、144、145、146及147组成的组的氨基酸序列的集。
32.如实施例21或22所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH氨基酸序列包括四个VH框架区(FR1、FR2、FR3、FR4)，并且其中这四个VH框架区具有与SEQ ID NO：132或140中的四个VH框架区的对应氨基酸序列至少约80％、85％、90％、95％或100％一致的氨基酸序列。
33.如实施例21或22所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VL氨基酸序列包括四个VL框架区(FR1、FR2、FR3、FR4)，并且其中这四个VL框架区具有与SEQ ID NO：136或144中的四个VL框架区的对应氨基酸序列至少约80％、85％、90％、95％或100％一致的氨基酸序列。
34.如实施例21或22所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中这四个VH框架区具有与SEQ ID NO：132或144中的四个VH框架区的对应氨基酸序列至少约80％、85％、90％、95％或100％一致的氨基酸序列，并且其中这四个VL框架区具有与SEQ ID NO：136或144中的四个VL框架区的对应氨基酸序列至少约80％、85％、90％、95％或100％一致的氨基酸序列。
35.如实施例21-34中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH和VL对应于SEQ ID NO 140和144。
36.组合物，包括如实施例21-35中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段和药学上可接受的赋形剂。
37.编码如实施例21-35中任一项的氨基酸序列的分离的核酸。
38.组合物，包括特异性结合至金黄色葡萄球菌α毒素(AT)的分离的抗体或其抗原结合片段和特异性结合至金黄色葡萄球菌表面决定簇抗原的分离的抗体或其抗原结合片段。
39.如实施例38所述的组合物，其中该金黄色葡萄球菌表面决定簇抗原选自下组，该组由以下各项组成：SdrC、SdrD、SdrE、ClfA、ClfB、IsdA、IsdB、IsdC、IsdE、IsdH、SpA、FnbA以及PNAG。
40.如实施例38或39所述的组合物，其中该表面决定簇抗原是IsdH。
41.如实施例40所述的组合物，其中特异性结合IsdH的分离的抗体或其抗原结合片段是根据实施例1-18中任一项所述的抗体或其抗原结合片段。
42.如实施例38或39所述的组合物，其中该表面决定簇抗原是ClfA。
43.如实施例42所述的组合物，其中特异性结合ClfA的分离的抗体或其抗原结合片段是根据实施例21-35中任一项所述的抗体或其抗原结合片段。
44.如实施例38-43中任一项所述的组合物，其中特异性结合AT的分离的抗体或其抗原结合片段包括：
a.VH CDR1，该VH CDR1包括与SEQ ID NO 7、10、13、或69一致的氨基酸序列或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；
b.VH CDR2，该VH CDR2包括与SEQ ID NO 8、11、14、17、70、或75一致的氨基酸序列或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；以及
c.VH CDR3，该VH CDR3包括与SEQ ID NO 9、12、15、16、18、65、66、67、71、72、76、或78一致的氨基酸序列或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；
和/或
d.VL CDR1，该VL CDR1包括SEQ ID NO：1或4的氨基酸序列；
e.VL CDR2，该VL CDR2包括SEQ ID NO：2、5、73或77的氨基酸序列；以及
f.VL CDR3，该VL CDR3包括SEQ ID NO：3、6、64、68或74的氨基酸序列。
45.如实施例38-43中任一项所述的组合物，其中特异性结合AT的分离的抗体或其抗原结合片段包括：
a.VH CDR1，该VH CDR1包括SEQ ID NO：7、10、13或69的氨基酸序列；
b.VH CDR2，该VH CDR2包括SEQ ID NO：8、11、14、17、70或75的氨基酸序列；
c.VH CDR3，该VH CDR3包括SEQ ID NO：9、12、15、18、16、65、66、67、71、72、76或78的氨基酸序列；
d.VL CDR1，该VL CDR1包括SEQ ID NO：1或4的氨基酸序列；
e.VL CDR2，该VL CDR2包括SEQ ID NO：2、5、73或77的氨基酸序列；以及
f.VL CDR3，该VL CDR3包括SEQ ID NO：3、6、64、68或74的氨基酸序列。
46.如实施例38-45中任一项所述的组合物，其中特异性结合AT的分离的抗体或其抗原结合片段的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VL CDR3对应于SEQ ID NO：7、8、9、1、2及3；SEQ ID NO：10、11、12、1、2及3；SEQ ID NO：13、14、15、4、5及6；SEQ ID NO：7、17、18、1、2及3；SEQ ID NO：7、8、16、1、2及64；SEQ ID NO：7、8、65、1、2及64；SEQ ID NOs；7、8、66、1、2及64；SEQ ID NO：7、8、67、1、2及68；SEQ ID NO：7、8、67、1、2及64；SEQ ID NO：7、8、78、1、2及64；SEQ ID NO：7、8、65、1、2及68；SEQ ID NO：69、70、71、1、2及68；SEQ ID NO：7、8、72、1、73及74；SEQ ID NO：69、75、71、1、2及68；SEQ ID NO：69、75、76、1、2及68；SEQ ID NO：69、75、76、1、77及74；SEQ ID NO：69、70、71、1、77及74的氨基酸序列。
47.如实施例38-43中任一项所述的组合物，其中特异性结合AT的分离的抗体或其抗原结合片段包括以下重链可变结构域，该结构域与SEQID NO：20、22、24、26、28、41、43、45、47、49、51、53、55、57、79、59、61、或62的氨基酸序列具有至少90％一致性和/或(iii)包括以下轻链可变结构域，该结构域与SEQ ID NO：19、21、23、25、27、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60或63的氨基酸序列具有至少90％一致性。
48.如实施例38-43中任一项所述的组合物，其中特异性结合AT的分离的抗体或其抗原结合片段包括以下重链可变结构域，该结构域具有SEQID NO：20、22、24、26、28、41、43、45、47、49、51、53、55、57、79、59、61、或62的氨基酸序列并且(iii)包括以下轻链可变结构域，该结构域具有SEQ ID NO：19、21、23、25、27、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60或63的氨基酸序列。
49.如实施例38-48中任一项所述的组合物，其中特异性结合AT的分离的抗体或其抗原结合片段的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VL CDR3对应于SEQ ID NO：69、70、71、1、2及68的氨基酸序列。
50.如实施例38-49中任一项所述的组合物，其中特异性结合AT的分离的抗体或其抗原结合片段包括以下重链可变结构域，该结构域具有SEQID NO：57的氨基酸序列并且包括以下轻链可变结构域，该结构域具有SEQID NO：58的氨基酸序列。
51.如实施例38-50中任一项所述的组合物，其中特异性结合AT的分离的抗体或其抗原结合片段进一步包括Fc变体区。
52.如实施例51所述的组合物，其中特异性结合AT的分离的抗体或其抗原结合片段包括SEQ ID NO：130和SEQ ID NO：131。
53.如实施例30或40-41中任一项所述的组合物，进一步包括特异性结合至ClfA的分离的抗体或其抗原结合片段。
54.如实施例53所述的组合物，其中特异性结合ClfA的分离的抗体或其抗原结合片段是根据实施例21-35中任一项所述的抗体或其抗原结合片段。
55.确定金黄色葡萄球菌在测试样品中的存在的方法，该方法包括使该测试样品与如实施例1-15或21-34中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段和可检测标记接触。
56.如实施例55所述的方法，包括：
a.使该测试样品与该抗体或其抗原结合片段接触，其中该抗体或其抗原结合片段结合至金黄色葡萄球菌表面决定簇抗原，以便形成第一复合物；
b.使该复合物与该可检测标记接触，其中该可检测标记结合至该抗体或其抗原结合片段，或结合至该抗原，以便形成第二复合物；并且
c.基于该可检测标记在该第二复合物中产生的信号检测金黄色葡萄球菌在该测试样品中的存在，其中金黄色葡萄球菌的存在与由该检测标记产生的信号直接相关。
57.如实施例55所述的方法，包括：
a.使该测试样品与该抗体或其抗原结合片段接触，其中该抗体或其抗原结合片段结合至金黄色葡萄球菌表面决定簇抗原，以便形成第一复合物；
b.使该复合物与该可检测标记接触，其中该可检测标记与该抗原竞争结合至该抗体或其抗原结合片段，以便形成第二复合物；并且
c.基于该可检测标记在该第二复合物中产生的信号检测金黄色葡萄球菌在该测试样品中的存在，其中金黄色葡萄球菌的存在与由该可检测标记产生的信号间接相关。
58.如实施例55-57中任一项所述的方法，其中该样品是患者样品并且该方法进一步包括对具有金黄色葡萄球菌感染的患者进行诊断。
59.如实施例55-58中任一项所述的方法，其中该方法适于在自动化系统或半自动化系统中使用。
60.确定金黄色葡萄球菌在测试样品中的存在的方法，该方法包括使该测试样品与如实施例19或36所述的组合物和至少一种可检测标记接触。
61.如实施例60所述的方法，包括：
a.使该测试样品与如实施例13所述的组合物接触，其中该组合物结合至金黄色葡萄球菌表面决定簇抗原和金黄色葡萄球菌分泌的毒素多肽；
b.使该测试样品与该至少一种可检测标记接触，其中该至少一种可检测标记结合至该表面决定簇抗原、该分泌的毒素或被结合至该表面决定簇抗原或该分泌的毒素的抗体或其抗原结合片段；并且
c.基于由该至少一种可检测标记产生的信号检测金黄色葡萄球菌在该测试样品中的存在，其中金黄色葡萄球菌的存在与由该至少一种可检测标记产生的信号直接相关。
62.如实施例60所述的方法，包括：
a.使该测试样品与如实施例13所述的组合物接触，其中该组合物结合至金黄色葡萄球菌表面决定簇抗原和金黄色葡萄球菌分泌的毒素多肽；
b.使该测试样品与该至少一种可检测标记接触，其中该至少一种可检测标记与该表面决定簇抗原或该分泌的毒素竞争结合至如实施例13所述的组合物中的抗体；并且
c.基于由该至少一种可检测标记产生的信号检测金黄色葡萄球菌在该测试样品中的存在，其中金黄色葡萄球菌的存在与由该至少一种可检测标记产生的信号间接相关。
63.如实施例60-62中任一项所述的方法，其中该样品是患者样品并且该方法进一步包括对具有金黄色葡萄球菌感染的患者进行诊断。
64.如实施例60-63中任一项所述的方法，其中该方法适于在自动化系统或半自动化系统中使用。
65.治疗患者的金黄色葡萄球菌感染的方法，该方法包括向患者给予如实施例1-18或21-35中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，或如实施例19、36或38-54中任一项所述的组合物。
66.用于预防患者的金黄色葡萄球菌相关脓毒症或降低其严重程度的方法，该方法包括向患者给予如实施例1-18或21-35中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，或如实施例19、36或38-54中任一项所述的组合物。
67.延迟患者的与金黄色葡萄球菌感染相关的脓毒症的发作的方法，该方法包括向患者给予如实施例1-18或21-35中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，或如实施例19、36或38-54中任一项所述的组合物。
68.预防患者的与金黄色葡萄球菌感染相关的脓毒症的发作的方法，该方法包括向患者给予如实施例1-18或21-35中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，或如实施例19、36或38-54中任一项所述的组合物。
69.减少患者的血流或心脏中的金黄色葡萄球菌细菌负荷的方法，该方法包括向所述患者给予有效量的如实施例1-18中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段。
70.减少患者的金黄色葡萄球菌细菌凝集和/或血栓栓塞病灶形成的方法，该方法包括向所述患者给予有效量的如实施例1-18中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段。
71.如实施例65-70中任一项所述的方法，进一步包括向该患者给予抗生素。
72.如实施例69所述的方法，其中该抗生素是青霉素、苯唑西林、氟氯西林、或万古霉素。

Claims (72)

1.特异性结合至金黄色葡萄球菌(S.aureus)IsdH表面决定簇抗原的分离的抗体或其抗原结合片段，
其中该分离的抗体或其抗原结合片段包括重链可变区(VH)和轻链可变区(VH)，其各自包括三个互补决定区(CDR1、CDR2和CDR3)
并且其中：
a.VH CDR1与SEQ ID NO：90、96、102、108、或114的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；
b.VH CDR2与SEQ ID NO：91、97、103、109、或115的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；并且
c.VH CDR3与SEQ ID NO：92、98、104、110、或116的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；
和/或
d.VL CDR1与SEQ ID NO：93、99、105、111、或117的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；
e.VL CDR2与SEQ ID NO：94、100、106、112、或118的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；并且
f.VL CDR3与SEQ ID NO：95、101、107、113、或119的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变。
2.如权利要求1所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该分离的抗体或其抗原结合片段包括：
a.与SEQ ID NO：90、96、102、108、或114的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变的VH CDR1；
b.与SEQ ID NO：91、97、103、109、或115的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变的VH CDR2；
c.与SEQ ID NO：92、98、104、110、或116的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变的VH CDR3；
d.与SEQ ID NO：93、99、105、111、或117的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变的VL CDR1；
e.与SEQ ID NO：94、100、106、112、或118的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变的VL CDR2；以及
f.与SEQ ID NO：95、101、107、113、或119的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变的VL CDR3。
3.如权利要求1或2所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VHCDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VL CDR3对应于选自下组的氨基酸序列的集，该组由以下各项组成：SEQ ID NO：90、91、92、93、94及95；SEQ ID NO：96、97、98、99、100及101；SEQ ID NO：102、103、104、105、106及107；SEQ ID NO：108、109、110、111、112及113；以及SEQ ID NO：114、115、116、117、118及119。
4.特异性结合至金黄色葡萄球菌(S.aureus)IsdH表面决定簇抗原的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH氨基酸序列与SEQ ID NO：80、82、84、86、或88的氨基酸序列至少80％、85％、90％、95％或100％一致。
5.如权利要求4所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH氨基酸序列与SEQ ID NO：80、82、84、86、或88的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1至10个氨基酸残基突变。
6.特异性结合至金黄色葡萄球菌(S.aureus)IsdH表面决定簇抗原的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VL氨基酸序列与SEQ ID NO：81、83、85、87、或89的氨基酸序列至少80％、85％、90％、95％或100％一致。
7.如权利要求6所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VL氨基酸序列与SEQ ID NO：81、83、85、87、或89的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1至10个氨基酸残基突变。
8.如权利要求1-7中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH氨基酸序列与SEQ ID NO：80、82、84、86、或88的氨基酸序列至少80％、85％、90％、95％或100％一致并且该VL氨基酸序列与SEQ ID NO：81、83、85、87、或89的氨基酸序列至少80％、85％、90％、95％或100％一致。
9.如权利要求8所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH氨基酸序列对应于SEQ ID NO：80、82、84、86、或88的氨基酸序列并且该VL氨基酸序列对应于SEQ ID NO：81、83、85、87、或89的氨基酸序列。
10.如权利要求1-8中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH和VL选自下组，该组由以下各项组成：SEQ ID NO：80和81；SEQ ID NO：82和83；SEQ ID NO：84和85；SEQ ID NO：86和87；以及SEQ ID NO：88和89。
11.如权利要求1-3中任一项所述的分离的抗体或片段，其中该VHCDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VL CDR3对应于选自由SEQ ID NO：90、91、92、93、94及95组成的组的氨基酸序列的集。
12.如权利要求1或2所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH氨基酸序列包括四个VH框架区(FR1、FR2、FR3、FR4)，并且其中这四个VH框架区具有与SEQ ID NO：80、82、84、86、或88中的四个VH框架区的对应氨基酸序列至少约80％、85％、90％、95％或100％一致的氨基酸序列。
13.如权利要求1或2所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VL氨基酸序列包括四个VL框架区(FR1、FR2、FR3、FR4)，并且其中这四个VL框架区具有与SEQ ID NO：81、83、85、87、或89中的四个VL框架区的对应氨基酸序列至少约80％、85％、90％、95％或100％一致的氨基酸序列。
14.如权利要求1或2所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中这四个VH框架区具有与SEQ ID NO：80、82、84、86、或88中的四个VH框架区的对应氨基酸序列至少约80％、85％、90％、95％或100％一致的氨基酸序列，并且其中这四个VL框架区具有与SEQ ID NO：81、83、85、87、或89中的四个VL框架区的对应氨基酸序列至少约80％、85％、90％、95％或100％一致的氨基酸序列。
15.如权利要求1-14中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH和VL对应于SEQ ID NO 80和81。
16.如权利要求1-15中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段具有以下各项中的至少一项：
a.针对金黄色葡萄球菌表面抗原的解离常数(KD)为约70nM或更小；
b.将金黄色葡萄球菌逃避调理吞噬的能力减少至少50％的能力，如通过调理吞噬杀灭测定所测量的；或
c.将金黄色葡萄球菌集落形成单位(CFU)的数目减少至少50％的能力，如通过菌血症模型所测量的。
17.特异性结合至金黄色葡萄球菌(S.aureus)IsdH表面决定簇抗原的分离的抗体或其抗原结合片段，并且其中该抗体或其抗原结合片段具有以下各项中的至少一项：
a.针对金黄色葡萄球菌表面抗原的解离常数(KD)为约70nM或更小；
b.将金黄色葡萄球菌逃避调理吞噬的能力减少至少50％的能力，如通过调理吞噬杀灭测定所测量的；
c.将金黄色葡萄球菌集落形成单位(CFU)的数目减少至少50％的能力，如通过菌血症模型所测量的；
d.减少免疫细胞浸润、细菌负荷和促炎性细胞因子释放的能力，如在动物器官负荷模型中所测量的。
18.如权利要求17所述的分离的抗体或其抗原结合片段，具有如权利要求1-16中任一项所述的抗体或其抗原结合片段的氨基酸序列。
19.组合物，包括如权利要求1-18中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段和药学上可接受的赋形剂。
20.编码如权利要求1-15中任一项所述的氨基酸序列的分离的核酸。
21.特异性结合至金黄色葡萄球菌(S.aureus)ClfA表面决定簇抗原的分离的抗体或其抗原结合片段，
其中该分离的抗体或其抗原结合片段包括重链可变区(VH)和轻链可变区(VH)，其各自包括三个互补决定区(CDR1、CDR2和CDR3)
并且其中：
a.VH CDR1与SEQ ID NO：133或141的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；
b.VH CDR2与SEQ ID NO：134或142的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；并且
c.VH CDR3与SEQ ID NO：135或143的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；
和/或
d.VL CDR1与SEQ ID NO：137或145的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；
e.VL CDR2与SEQ ID NO：138或146的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；并且
f.VL CDR3与SEQ ID NO：139或147的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变。
22.如权利要求21所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该分离的抗体或其抗原结合片段包括：
a.与SEQ ID NO：133或141的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变的VH CDR1
b.与SEQ ID NO：134或142的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变的VH CDR2；
c.与SEQ ID NO：135或143的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变的VH CDR3；
d.与SEQ ID NO：137或145的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变的VL CDR1；
e.与SEQ ID NO：138或146的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变的VL CDR2；以及
f.与SEQ ID NO：139或147的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变的VL CDR3。
23.如权利要求21或22所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VL CDR3对应于选自下组的氨基酸序列的集，该组由以下各项组成：SEQ ID NO：133、134、135、137、138及139；以及SEQ ID NO：137、138、139、145、146及147。
24.特异性结合至金黄色葡萄球菌(S.aureus)ClfA表面决定簇抗原的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH氨基酸序列与SEQ ID NO：132或140的氨基酸序列至少80％、85％、90％、95％或100％一致。
25.如权利要求24所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH氨基酸序列与SEQ ID NO：132或140的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1至10个氨基酸残基突变。
26.特异性结合至金黄色葡萄球菌(S.aureus)ClfA表面决定簇抗原的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VL氨基酸序列与SEQ ID NO：136或144的氨基酸序列至少80％、85％、90％、95％或100％一致。
27.如权利要求26所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VL氨基酸序列与SEQ ID NO：136或144的氨基酸序列一致，或相对于它们包括1至10个氨基酸残基突变。
28.如权利要求21-27中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH氨基酸序列与SEQ ID NO：132或140的氨基酸序列至少80％、85％、90％、95％或100％一致并且该VL氨基酸序列与SEQ ID NO：136或144的氨基酸序列至少80％、85％、90％、95％或100％一致。
29.如权利要求28所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH氨基酸序列对应于SEQ ID NO：132或140的氨基酸序列；并且该VL氨基酸序列对应于SEQ ID NO：136或144的氨基酸序列。
30.如权利要求21-28中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH和VL选自下组，该组由以下各项组成：SEQ ID NO：132和136；以及SEQ ID NO：140和144。
31.如权利要求21-23中任一项所述的分离的抗体或片段，其中该VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VL CDR3对应于选自由SEQ ID NO：141、142、143、144、145、146及147组成的组的氨基酸序列的集。
32.如权利要求21或22所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH氨基酸序列包括四个VH框架区(FR1、FR2、FR3、FR4)，并且其中这四个VH框架区具有与SEQ ID NO：132或140中的四个VH框架区的对应氨基酸序列至少约80％、85％、90％、95％或100％一致的氨基酸序列。
33.如权利要求21或22所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VL氨基酸序列包括四个VL框架区(FR1、FR2、FR3、FR4)，并且其中这四个VL框架区具有与SEQ ID NO：136或144中的四个VL框架区的对应氨基酸序列至少约80％、85％、90％、95％或100％一致的氨基酸序列。
34.如权利要求21或22所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中这四个VH框架区具有与SEQ ID NO：132或144中的四个VH框架区的对应氨基酸序列至少约80％、85％、90％、95％或100％一致的氨基酸序列，并且其中这四个VL框架区具有与SEQ ID NO：136或144中的四个VL框架区的对应氨基酸序列至少约80％、85％、90％、95％或100％一致的氨基酸序列。
35.如权利要求21-34中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，其中该VH和VL对应于SEQ ID NO 140和144。
36.组合物，包括如权利要求21-35中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段和药学上可接受的赋形剂。
37.编码如权利要求21-35中任一项的氨基酸序列的分离的核酸。
38.组合物，包括特异性结合至金黄色葡萄球菌α毒素(AT)的分离的抗体或其抗原结合片段和特异性结合至金黄色葡萄球菌表面决定簇抗原的分离的抗体或其抗原结合片段。
39.如权利要求38所述的组合物，其中该金黄色葡萄球菌表面决定簇抗原选自下组，该组由以下各项组成：SdrC、SdrD、SdrE、ClfA、ClfB、IsdA、IsdB、IsdC、IsdE、IsdH、SpA、FnbA以及PNAG。
40.如权利要求38或39所述的组合物，其中该表面决定簇抗原是IsdH。
41.如权利要求40所述的组合物，其中特异性结合IsdH的分离的抗体或其抗原结合片段是根据权利要求1-18中任一项所述的抗体或其抗原结合片段。
42.如权利要求38或39所述的组合物，其中该表面决定簇抗原是ClfA。
43.如权利要求42所述的组合物，其中特异性结合ClfA的分离的抗体或其抗原结合片段是根据权利要求21-35中任一项所述的抗体或其抗原结合片段。
44.如权利要求38-43中任一项所述的组合物，其中特异性结合AT的分离的抗体或其抗原结合片段包括：
a.VH CDR1，该VH CDR1包括与SEQ ID NO 7、10、13、或69一致的氨基酸序列或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；
b.VH CDR2，该VH CDR2包括与SEQ ID NO 8、11、14、17、70、或75一致的氨基酸序列或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；以及
c.VH CDR3，该VH CDR3包括与SEQ ID NO 9、12、15、16、18、65、66、67、71、72、76、或78一致的氨基酸序列或相对于它们包括1、2、或3个氨基酸残基突变；
和/或
d.VL CDR1，该VL CDR1包括SEQ ID NO：1或4的氨基酸序列；
e.VL CDR2，该VL CDR2包括SEQ ID NO：2、5、73或77的氨基酸序列；以及
f.VL CDR3，该VL CDR3包括SEQ ID NO：3、6、64、68或74的氨基酸序列。
45.如权利要求38-43中任一项所述的组合物，其中特异性结合AT的分离的抗体或其抗原结合片段包括：
a.VH CDR1，该VH CDR1包括SEQ ID NO：7、10、13或69的氨基酸序列；
b.VH CDR2，该VH CDR2包括SEQ ID NO：8、11、14、17、70或75的氨基酸序列；
c.VH CDR3，该VH CDR3包括SEQ ID NO：9、12、15、18、16、65、66、67、71、72、76或78的氨基酸序列；
d.VL CDR1，该VL CDR1包括SEQ ID NO：1或4的氨基酸序列；
e.VL CDR2，该VL CDR2包括SEQ ID NO：2、5、73或77的氨基酸序列；以及
f.VL CDR3，该VL CDR3包括SEQ ID NO：3、6、64、68或74的氨基酸序列。
46.如权利要求38-45中任一项所述的组合物，其中特异性结合AT的分离的抗体或其抗原结合片段的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VL CDR3对应于SEQ ID NO：7、8、9、1、2及3；SEQ ID NO：10、11、12、1、2及3；SEQ ID NO：13、14、15、4、5及6；SEQ ID NO：7、17、18、1、2及3；SEQ ID NO：7、8、16、1、2及64；SEQ ID NO：7、8、65、1、2及64；SEQ ID NOs；7、8、66、1、2及64；SEQ ID NO：7、8、67、1、2及68；SEQ ID NO：7、8、67、1、2及64；SEQ ID NO：7、8、78、1、2及64；SEQ ID NO：7、8、65、1、2及68；SEQ ID NO：69、70、71、1、2及68；SEQ ID NO：7、8、72、1、73及74；SEQ ID NO：69、75、71、1、2及68；SEQ ID NO：69、75、76、1、2及68；SEQ ID NO：69、75、76、1、77及74；SEQ ID NO：69、70、71、1、77及74的氨基酸序列。
47.如权利要求38-43中任一项所述的组合物，其中特异性结合AT的分离的抗体或其抗原结合片段包括以下重链可变结构域，该结构域与SEQID NO：20、22、24、26、28、41、43、45、47、49、51、53、55、57、79、59、61、或62的氨基酸序列具有至少90％一致性和/或(iii)包括以下轻链可变结构域，该结构域与SEQ ID NO：19、21、23、25、27、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60或63的氨基酸序列具有至少90％一致性。
48.如权利要求38-43中任一项所述的组合物，其中特异性结合AT的分离的抗体或其抗原结合片段包括以下重链可变结构域，该结构域具有SEQ ID NO：20、22、24、26、28、41、43、45、47、49、51、53、55、57、79、59、61、或62的氨基酸序列并且(iii)包括以下轻链可变结构域，该结构域具有SEQ ID NO：19、21、23、25、27、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60或63的氨基酸序列。
49.如权利要求38-48中任一项所述的组合物，其中特异性结合AT的分离的抗体或其抗原结合片段的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2以及VL CDR3对应于SEQ ID NO：69、70、71、1、2及68的氨基酸序列。
50.如权利要求38-49中任一项所述的组合物，其中特异性结合AT的分离的抗体或其抗原结合片段包括以下重链可变结构域，该结构域具有SEQ ID NO：57的氨基酸序列并且包括以下轻链可变结构域，该结构域具有SEQ ID NO：58的氨基酸序列。
51.如权利要求38-50中任一项所述的组合物，其中特异性结合AT的分离的抗体或其抗原结合片段进一步包括Fc变体区。
52.如权利要求51所述的组合物，其中特异性结合AT的分离的抗体或其抗原结合片段包括SEQ ID NO：130和SEQ ID NO：131。
53.如权利要求30或40-41中任一项所述的组合物，进一步包括特异性结合至ClfA的分离的抗体或其抗原结合片段。
54.如权利要求53所述的组合物，其中特异性结合ClfA的分离的抗体或其抗原结合片段是根据权利要求21-35中任一项所述的抗体或其抗原结合片段。
55.确定金黄色葡萄球菌在测试样品中的存在的方法，该方法包括使该测试样品与如权利要求1-15或21-34中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段以及可检测标记接触。
56.如权利要求55所述的方法，包括：
a.使该测试样品与该抗体或其抗原结合片段接触，其中该抗体或其抗原结合片段结合至金黄色葡萄球菌表面决定簇抗原，以便形成第一复合物；
b.使该复合物与该可检测标记接触，其中该可检测标记结合至该抗体或其抗原结合片段，或结合至该抗原，以便形成第二复合物；并且
c.基于该可检测标记在该第二复合物中产生的信号检测金黄色葡萄球菌在该测试样品中的存在，其中金黄色葡萄球菌的存在与由该检测标记产生的信号直接相关。
57.如权利要求55所述的方法，包括：
a.使该测试样品与该抗体或其抗原结合片段接触，其中该抗体或其抗原结合片段结合至金黄色葡萄球菌表面决定簇抗原，以便形成第一复合物；
b.使该复合物与该可检测标记接触，其中该可检测标记与该抗原竞争结合至该抗体或其抗原结合片段，以便形成第二复合物；并且
c.基于该可检测标记在该第二复合物中产生的信号检测金黄色葡萄球菌在该测试样品中的存在，其中金黄色葡萄球菌的存在与由该可检测标记产生的信号间接相关。
58.如权利要求55-57中任一项所述的方法，其中该样品是患者样品并且该方法进一步包括对具有金黄色葡萄球菌感染的患者进行诊断。
59.如权利要求55-58中任一项所述的方法，其中该方法适于在自动化系统或半自动化系统中使用。
60.确定金黄色葡萄球菌在测试样品中的存在的方法，该方法包括使该测试样品与如权利要求19或36所述的组合物以及至少一种可检测标记接触。
61.如权利要求60所述的方法，包括：
a.使该测试样品与如权利要求13所述的组合物接触，其中该组合物结合至金黄色葡萄球菌表面决定簇抗原和金黄色葡萄球菌分泌的毒素多肽；
b.使该测试样品与该至少一种可检测标记接触，其中该至少一种可检测标记结合至该表面决定簇抗原、该分泌的毒素或被结合至该表面决定簇抗原或该分泌的毒素的抗体或其抗原结合片段；并且
c.基于由该至少一种可检测标记产生的信号检测金黄色葡萄球菌在该测试样品中的存在，其中金黄色葡萄球菌的存在与由该至少一种可检测标记产生的信号直接相关。
62.如权利要求60所述的方法，包括：
a.使该测试样品与如权利要求13所述的组合物接触，其中该组合物结合至金黄色葡萄球菌表面决定簇抗原和金黄色葡萄球菌分泌的毒素多肽；
b.使该测试样品与该至少一种可检测标记接触，其中该至少一种可检测标记与该表面决定簇抗原或该分泌的毒素竞争结合至如权利要求13所述的组合物中的抗体；并且
c.基于由该至少一种可检测标记产生的信号检测金黄色葡萄球菌在该测试样品中的存在，其中金黄色葡萄球菌的存在与由该至少一种可检测标记产生的信号间接相关。
63.如权利要求60-62中任一项所述的方法，其中该样品是患者样品并且该方法进一步包括对具有金黄色葡萄球菌感染的患者进行诊断。
64.如权利要求60-63中任一项所述的方法，其中该方法适于在自动化系统或半自动化系统中使用。
65.治疗患者的金黄色葡萄球菌感染的方法，该方法包括向患者给予如权利要求1-18或21-35中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，或如权利要求19、36或38-54中任一项所述的组合物。
66.用于预防患者的金黄色葡萄球菌相关脓毒症或降低其严重程度的方法，该方法包括向患者给予如权利要求1-18或21-35中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，或如权利要求19、36或38-54中任一项所述的组合物。
67.延迟患者的与金黄色葡萄球菌感染相关的脓毒症的发作的方法，该方法包括向患者给予如权利要求1-18或21-35中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，或如权利要求19、36或38-54中任一项所述的组合物。
68.预防患者的与金黄色葡萄球菌感染相关的脓毒症的发作的方法，该方法包括向患者给予如权利要求1-18或21-35中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段，或如权利要求19、36或38-54中任一项所述的组合物。
69.减少患者的血流或心脏中的金黄色葡萄球菌细菌负荷的方法，该方法包括向所述患者给予有效量的如权利要求1-18中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段。
70.减少患者的金黄色葡萄球菌细菌凝集和/或血栓栓塞病灶形成的方法，该方法包括向所述患者给予有效量的如权利要求1-18中任一项所述的分离的抗体或其抗原结合片段。
71.如权利要求65-70中任一项所述的方法，进一步包括向该患者给予抗生素。
72.如权利要求69所述的方法，其中该抗生素是青霉素、苯唑西林、氟氯西林、或万古霉素。
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