CN104120132A - Fbn1基因突变体及其应用 - Google Patents

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CN104120132A CN201310156634.1A CN201310156634A CN104120132A CN 104120132 A CN104120132 A CN 104120132A CN 201310156634 A CN201310156634 A CN 201310156634A CN 104120132 A CN104120132 A CN 104120132A
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Abstract

本发明公开了FBN1基因突变体及其应用,具体涉及分离的编码FBN1突变体的核酸,分离的多肽,筛选易患马凡氏综合征的生物样品的方法,筛选易患马凡氏综合征的生物样品的系统,以及用于筛选易患马凡氏综合征的生物样品的试剂盒。其中,该分离的编码FBN1突变体的核酸,与SEQ ID NO:1相比,具有c.C2671T突变。通过检测该新突变体在生物样品中是否存在,可以有效地检测生物样品是否易患马凡氏综合征。

Description

FBN1基因突变体及其应用
技术领域
本发明涉及FBN1基因突变体及其应用。具体地,本发明涉及分离编码FBN1突变体的核酸,分离的多肽,筛选易患马凡氏综合征的生物样品的方法,筛选遗憾马凡氏综合征的生物样品的系统,用于筛选易患马凡氏综合征的生物样品的试剂盒,构建体以及重组细胞。
背景技术
马凡氏综合征(Marfan′s Syndrome,MFS)是一种常染色体显性遗传性结缔组织疾病。发病率为1/5000~1/10000。其中,25%~30%为散发病例。MFS为不完全外显性遗传病,患者临床表现多样化,在不同家系之间甚至在同一家系的不同患者之间,都存在较大的表型差异。典型的MFS临床表现主要涉及骨骼、眼和心血管系统。目前,马凡氏综合征致病基因比较明确,已证实FBN1基因的突变与MFS的发病相关,但仍存在着相当一部分未知致病基因位点。
因而,目前对马凡氏综合征的研究仍有待深入。
发明内容
本发明旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此,本发明的一个目的在于提出一种能够有效筛选易患马凡氏综合征的生物样品的方法。
本发明是基于发明人的下列工作完成的:发明人通过目标区域捕获测序联合候选基因突变验证的方法确定了马凡氏综合征的新的致病突变——FBN1基因22号外显子上的c.C2671T突变)。
根据本发明的第一方面,本发明提出了一种分离的编码FBN1突变体的核酸。根据本发明的实施例,所述核酸与SEQ ID NO:1相比,具有c.C2671T突变,即相对于野生型FBN1基因,本发明的FBN1基因突变体的第2671位碱基从C突变为T。根据本发明的实施例,发明人确定了FBN1基因的新突变体,该突变体与马凡氏综合征的发病密切相关,从而通过检测该新突变体在生物样品中是否存在,可以有效地检测生物样品是否易患马凡氏综合征。
根据本发明的第二方面,本发明提出了一种分离的多肽。根据本发明的实施例,与SEQID NO:2相比,所述分离的多肽具有p.Gln891X突变,即该突变是由于c.C2671T的无义突变而引起的,具体地,该突变表示:该分离的多肽,由于野生型FBN1的第891位Gln的密码子突变为终止密码子,翻译提前终止。通过检测生物样品中是否表达该多肽,可以有效地检测生物样品是否易患马凡氏综合征。
根据本发明的第三方面,本发明提出了一种筛选易患马凡氏综合征的生物样品的方法。根据本发明的实施例,该方法包括以下步骤:从所述生物样品提取核酸样本;确定所述核酸样本的核酸序列;所述核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO:1相比,具有c.C2671T突变是所述生物样品易患马凡氏综合征的指示。通过根据本发明实施例的筛选易患马凡氏综合征的生物样品的方法,可以有效地筛选易患马凡氏综合征的生物样品。
根据本发明的第四方面,本发明提出了一种筛选易患马凡氏综合征的生物样品的系统。根据本发明的实施例,该系统包括:核酸提取装置,所述核酸提取装置用于从所述生物样品提取核酸样本;核酸序列确定装置,所述核酸序列确定装置与所述核酸提取装置相连,用于对所述核酸样本进行分析,以便确定所述核酸样本的核酸序列;判断装置,所述判断装置与所述核酸序列确定装置相连,以便基于所述核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO:1相比,是否具有c.C2671T突变,判断所述生物样品是否易患马凡氏综合征。利用该系统,能够有效地实施前述筛选易患马凡氏综合征的生物样品的方法,从而可以有效地筛选易患马凡氏综合征的生物样品。
根据本发明的第五方面,本发明提出了一种用于筛选易患马凡氏综合征的生物样品的试剂盒。根据本发明的实施例,该试剂盒含有:适于检测FBN1基因突变体的试剂,其中与SEQ ID NO:1相比,该FBN1基因突变体具有c.C2671T突变。利用根据本发明的实施例的试剂盒,能够有效地筛选易患马凡氏综合征的生物样品。
根据本发明的第六方面,本发明还提出了一种构建体。根据本发明的实施例,该构建体包含前面所述的分离的编码FBN1突变体的核酸。由此,利用本发明的构建体转化受体细胞获得的重组细胞,能够有效地用于筛选治疗马凡氏综合征的药物。
根据本发明的第七方面,本发明还提出了一种重组细胞。根据本发明的实施例,该重组细胞是通过前面所述的构建体转化受体细胞而获得的。根据本发明的一些实施例,利用本发明的重组细胞,能够有效地筛选治疗马凡氏综合征的药物。
本发明的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出,部分将从下面的描述中变得明显,或通过本发明的实践了解到。
附图说明
本发明的上述和/或附加的方面和优点从结合下面附图对实施例的描述中将变得明显和容易理解,其中:
图1显示了根据本发明实施例的筛选易患马凡氏综合征的生物样品的系统及其组成部分的示意图,其中,
图1A为根据本发明实施例的筛选易患马凡氏综合征的生物样品的系统的示意图,
图1B为根据本发明实施例的核酸提取装置的示意图,
图1C为根据本发明实施例的核酸序列确定装置的示意图;
图2显示了根据本发明一个实施例的马凡氏综合征患者家系的家系图;
图3显示了根据本发明的一个实施例,马凡氏综合征患者家系中患者及家系内正常人的FBN1基因c.C2671T突变位点的Sanger测序验证峰图。
具体实施方式
下面详细描述本发明的实施例,所述实施例的示例在附图中示出,其中自始至终相同或类似的标号表示相同或类似的元件或具有相同或类似功能的元件。下面通过参考附图描述的实施例是示例性的,仅用于解释本发明,而不能理解为对本发明的限制。
FBN1基因突变体
根据本发明的第一方面,本发明提出了一种分离的编码FBN1突变体的核酸。根据本发明的实施例,所述核酸与SEQ ID NO:1相比,具有c.C2671T突变。在本文中所使用的表达方式“编码FBN1突变体的核酸”,是指与编码FBN1突变体的基因相对应的核酸物质,即核酸的类型不受特别限制,可以是任何包含与FBN1突变体的编码基因相对应的脱氧核糖核苷酸和/或核糖核苷酸的聚合物,包括但不限于DNA、RNA或cDNA。根据本发明的一个具体示例,前面所述的编码FBN1突变体的核酸为DNA。根据本发明的实施例,发明人确定了FBN1基因的新突变体,这些新突变体与马凡氏综合征的发病密切相关,从而通过检测该新突变体在生物样品中是否存在,可以有效地检测生物样品是否易患马凡氏综合征,也可以通过检测这些突变体在生物体中是否存在,可以有效地预测生物体是否易患马凡氏综合征。
对于本发明说明书和权利要求书中,提及核酸,本领域技术人员应当理解,实际包括互补双链的任意一条,或者两条。为了方便,在本说明书和权利要求书中,虽然多数情况下只给出了一条链,但实际上也公开了与之互补的另一条链。例如,提及SEQ ID NO:1,实际包括其互补序列。本领域技术人员还可以理解,利用一条链可以检测另一条链,反之亦然。
该编码FBN1突变体的核酸,是本申请的发明人通过目标区域捕获测序联合候选基因突变验证的方法确定的马凡氏综合征的致病基因FBN1上的新突变。该突变位点在现有技术中并未被提到。
其中,野生型FBN1基因的cDNA具有如下所示的核苷酸序列:
1    ATGCGTCGAG GGCGTCTGCT GGAGATCGCC CTGGGATTTA CCGTGCTTTT AGCGTCCTAC
61   ACGAGCCATG GGGCGGACGC CAATTTGGAG GCTGGGAACG TGAAGGAAAC CAGAGCCAGT
121  CGGGCCAAGA GAAGAGGCGG TGGAGGACAC GACGCGCTTA AAGGACCCAA TGTCTGTGGA
181  TCACGTTATA ATGCTTACTG TTGCCCTGGA TGGAAAACCT TACCTGGCGG AAATCAGTGT
241  ATTGTCCCCA TTTGCCGGCA TTCCTGTGGG GATGGATTTT GTTCGAGGCC AAATATGTGC
301  ACTTGCCCAT CTGGTCAGAT AGCTCCTTCC TGTGGCTCCA GATCCATACA ACACTGCAAT
361  ATTCGCTGTA TGAATGGAGG TAGCTGCAGT GACGATCACT GTCTATGCCA GAAAGGATAC
421  ATAGGGACTC ACTGTGGACA ACCTGTTTGT GAAAGTGGCT GTCTCAATGG AGGAAGGTGT
481  GTGGCCCCAA ATCGATGTGC ATGCACTTAC GGATTTACTG GACCCCAGTG TGAAAGAGAT
541  TACAGGACAG GCCCATGTTT TACTGTGATC AGCAACCAGA TGTGCCAGGG ACAACTCAGC
601  GGGATTGTCT GCACAAAACA GCTCTGCTGT GCCACAGTCG GCCGAGCCTG GGGCCACCCC
661  TGTGAGATGT GTCCTGCCCA GCCTCACCCC TGCCGCCGTG GCTTCATTCC AAATATCCGC
721  ACGGGAGCTT GTCAAGATGT GGATGAATGC CAGGCCATCC CCGGGCTCTG TCAGGGAGGA
781  AATTGCATTA ATACTGTTGG GTCTTTTGAG TGCAAATGCC CTGCTGGACA CAAACTTAAT
841  GAAGTGTCAC AAAAATGTGA AGATATTGAT GAATGCAGCA CCATTCCTGG AATCTGTGAA
901  GGGGGTGAAT GTACAAACAC AGTCAGCAGT TACTTTTGCA AATGTCCCCC TGGTTTTTAC
961  ACCTCTCCAG ATGGTACCAG ATGCATAGAT GTTCGCCCAG GATACTGTTA CACAGCTCTG
1021 ACAAACGGGCGCTGCTCTAA CCAGCTGCCA CAGTCCATAA CCAAAATGCA GTGCTGCTGT
1081 GATGCCGGCC GATGCTGGTC TCCAGGGGTC ACTGTCGCCC CTGAGATGTG TCCCATCAGA
1141 GCAACCGAGG ATTTCAACAA GCTGTGCTCT GTTCCTATGG TAATTCCTGG GAGACCAGAA
1201 TATCCTCCCC CACCCCTTGG CCCCATTCCT CCAGTTCTCC CTGTTCCTCC TGGCTTTCCT
1261 CCTGGACCTC AAATTCCGGT CCCTCGACCA CCAGTGGAAT ATCTGTATCC ATCTCGGGAG
1321 CCACCAAGGG TGCTGCCAGT AAACGTTACT GATTACTGCC AGTTGGTCCG CTATCTCTGT
1381 CAAAATGGAC GCTGCATTCC AACTCCTGGG AGTTACCGGT GTGAGTGCAA CAAAGGGTTC
1441 CAGCTGGACC TCCGTGGGGA GTGTATTGAT GTTGATGAAT GTGAGAAAAA CCCCTGTGCT
1501 GGTGGTGAGT GTATTAACAA CCAGGGTTCG TACACCTGTC AGTGCCGAGC TGGATATCAG
1561 AGCACACTCA CGCGGACAGA ATGCCGAGAC ATTGATGAGT GTTTACAGAA TGGCCGGATC
1621 TGCAATAATG GACGCTGCAT CAACACAGAT GGCAGTTTTC ATTGCGTGTG TAATGCGGGC
1681 TTTCATGTTA CACGAGATGG GAAGAACTGT GAAGATATGG ATGAATGCAG CATAAGGAAC
1741 ATGTGCCTTA ATGGAATGTG TATCAATGAA GATGGCAGTT TTAAATGTAT TTGCAAACCT
1801 GGATTCCAGC TGGCATCAGA TGGACGTTAT TGCAAAGACA TTAACGAGTG TGAAACCCCT
1861 GGGATCTGCA TGAATGGGCG TTGCGTCAAC ACTGATGGCT CCTACAGATG TGAATGCTTC
1921 CCTGGACTGG CTGTGGGTCT GGATGGCCGT GTGTGTGTTG ACACACACAT GCGGAGCACA
1981 TGCTATGGTG GATACAAGAG AGGCCAGTGT ATCAAACCTT TGTTTGGTGC TGTCACTAAA
2041 TCTGAATGCT GTTGCGCCAG CACTGAGTAT GCATTTGGGG AACCTTGCCA GCCGTGTCCT
2101 GCACAGAATT CAGCGGAATA TCAGGCACTC TGCAGCAGTG GGCCAGGAAT GACGTCAGCA
2161 GGCAGTGATA TAAATGAATG TGCACTAGAT CCTGATATTT GCCCAAATGG AATCTGTGAA
2221 AACCTTCGTG GGACCTATAA ATGTATATGC AATTCAGGAT ATGAAGTGGA TTCAACTGGG
2281 AAAAACTGCG TTGATATTAA TGAATGTGTA CTGAACAGTC TCCTTTGTGA CAATGGACAA
2341 TGTAGAAATA CTCCTGGAAG TTTTGTCTGT ACCTGCCCCA AGGGATTTAT CTACAAACCT
2401 GATCTAAAAA CATGTGAAGA CATTGATGAA TGCGAATCAA GTCCTTGCAT TAATGGAGTC
2461 TGCAAGAACA GCCCAGGCTC TTTTATTTGT GAATGTTCTT CTGAAAGTAC TTTGGATCCA
2521 ACAAAAACCA TCTGCATAGA AACCATCAAG GGCACTTGCT GGCAGACTGT CATTGATGGG
2581 CGATGTGAGA TCAACATCAA TGGAGCCACC TTAAAGTCCC AGTGCTGCTC CTCCCTCGGT
2641 GCTGCGTGGG GAAGCCCGTG CACCCTATGCAAGTTGATC CCATATGTGG TAAAGGGTAC
2701 TCAAGAATTA AAGGAACACA ATGTGAAGAT ATAGATGAAT GTGAAGTGTT CCCAGGAGTG
2761 TGTAAAAATG GCCTGTGTGT TAACACTAGG GGGTCATTCA AGTGTCAGTG TCCCAGTGGA
2821 ATGACTTTGG ATGCCACAGG AAGGATCTGT CTTGATATCC GCCTGGAAAC CTGCTTCCTG
2881 AGGTACGAGG ACGAGGAGTG CACCCTGCCT ATTGCTGGCC GCCACCGCAT GGACGCCTGC
2941 TGCTGCTCCG TCGGGGCAGC CTGGGGTACT GAGGAATGCG AGGAGTGTCC CATGAGAAAT
3001 ACTCCTGAGT ACGAGGAGCT GTGTCCGAGA GGACCCGGAT TTGCCACAAA AGAAATTACA
3061 AATGGAAAGC CTTTCTTCAA AGATATCAAT GAGTGCAAGA TGATACCCAG CCTCTGCACC
3121 CACGGCAAGT GCAGAAACAC CATTGGCAGC TTTAAGTGCA GGTGTGACAG CGGCTTTGCT
3181 CTTGATTCTG AAGAAAGGAA CTGCACAGAC ATTGACGAAT GCCGCATATC TCCTGACCTC
3241 TGTGGCAGAG GCCAGTGTGT GAACACCCCT GGGGACTTTG AATGCAAGTG TGACGAAGGC
3301 TATGAAAGTG GATTCATGAT GATGAAGAAC TGCATGGATA TTGATGAGTG TCAGAGAGAT
3361 CCTCTCCTAT GCCGAGGTGG TGTTTGCCAT AACACAGAGG GAAGTTACCG CTGTGAATGC
3421 CCGCCTGGCC ATCAGCTGTC CCCCAACATC TCCGCGTGTA TCGACATCAA TGAATGTGAG
3481 CTGAGTGCAC ACCTGTGCCC CAATGGCCGT TGCGTGAACC TCATAGGGAA GTATCAGTGT
3541 GCCTGCAACC CTGGCTACCA TTCAACTCCC GATAGGCTAT TTTGTGTTGA CATTGATGAA
3601 TGCAGCATAA TGAATGGTGG TTGTGAAACC TTCTGCACAA ACTCTGAAGG CAGCTATGAA
3661 TGTAGCTGTC AGCCGGGATT TGCACTAATG CCTGACCAGA GATCATGCAC CGACATCGAT
3721 GAGTGTGAAG ATAATCCCAA TATCTGTGAT GGTGGTCAGT GCACAAATAT CCCTGGAGAG
3781 TACAGGTGCT TGTGTTATGA TGGATTCATG GCATCTGAAG ACATGAAGAC TTGTGTAGAT
3841 GTCAATGAGT GTGACCTGAA TCCAAATATC TGCCTAAGTG GGACCTGTGA AAACACGAAA
3901 GGCTCATTTA TCTGCCACTG TGATATGGGC TACTCCGGCA AAAAAGGAAA AACTGGCTGT
3961 ACAGACATCA ATGAATGTGA AATTGGAGCA CACAACTGTG GCAAACATGC TGTATGTACC
4021 AATACAGCAG GAAGCTTCAA ATGTAGCTGC AGTCCCGGGT GGATTGGAGA TGGCATTAAG
4081 TGCACTGATC TGGACGAATG TTCCAATGGA ACCCATATGT GCAGCCAGCA TGCAGACTGC
4141 AAGAATACCA TGGGATCTTA CCGCTGTCTG TGCAAGGAAG GATACACAGG TGATGGCTTC
4201 ACTTGTACAG ACCTTGATGA GTGCTCTGAG AACCTGAATC TCTGTGGCAA TGGCCAGTGC
4261 CTCAATGCAC CAGGAGGATA CCGCTGTGAA TGCGACATGG GCTTCGTGCC CAGTGCTGAC
4321 GGGAAAGCCT GTGAAGATAT TGATGAGTGC TCCCTTCCGA ACATCTGTGT CTTTGGAACT
4381 TGCCACAACC TCCCTGGCCT GTTCCGCTGT GAGTGTGAGA TAGGCTACGA ACTGGACAGA
4441 AGCGGCGGGA ACTGCACAGA TGTGAATGAA TGCCTGGATC CAACCACGTG CATCAGTGGG
4501 AACTGTGTCA ACACTCCAGG CAGCTATATC TGTGACTGCC CACCTGATTT TGAACTGAAC
4561 CCAACTCGAG TTGGCTGTGT TGATACCCGC TCTGGAAATT GCTATTTGGA TATTCGACCT
4621 CGAGGAGACA ATGGAGATAC AGCCTGCAGC AATGAAATTG GAGTTGGTGT TTCCAAAGCT
4681 TCCTGCTGCT GTTCTCTGGG TAAAGCCTGG GGTACTCCTT GTGAGATGTG TCCTGCTGTG
4741 AACACATCCG AGTACAAAAT TCTTTGTCCT GGAGGGGAAG GTTTCCGACC AAATCCTATC
4801 ACCGTTATAT TGGAAGATAT TGATGAGTGC CAGGAGCTAC CAGGGCTGTG CCAAGGAGGA
4861 AAATGTATCA ACACCTTTGG GAGTTTCCAG TGCCGCTGTC CAACCGGCTA CTACCTGAAT
4921 GAAGATACAC GAGTGTGTGA TGATGTGAAT GAATGTGAGA CTCCTGGAAT CTGTGGTCCA
4981 GGGACATGTT ACAACACCGT TGGCAACTAC ACCTGTATCT GTCCTCCAGA CTACATGCAA
5041 GTGAATGGGG GAAATAATTG CATGGATATG AGAAGAAGTT TGTGCTACAG AAACTACTAT
5101 GCTGACAACC AGACCTGTGA TGGAGAATTG TTATTCAACA TGACCAAGAA GATGTGCTGC
5161 TGTTCCTACA ACATTGGCCG GGCGTGGAAC AAGCCCTGTG AACAGTGTCC CATCCCAAGT
5221 ACAGATGAGT TTGCTACACT CTGTGGAAGT CAAAGGCCAG GCTTTGTCAT CGACATTTAT
5281 ACCGGTTTAC CCGTTGATAT TGATGAGTGC CGGGAGATCC CAGGGGTCTG TGAAAATGGA
5341 GTGTGTATCA ACATGGTTGG CAGCTTCCGA TGTGAATGTC CAGTGGGATT CTTCTATAAT
5401 GACAAGTTGT TGGTTTGTGA AGATATTGAC GAGTGTCAGA ACGGCCCAGT GTGCCAGCGC
5461 AACGCCGAAT GCATCAACAC TGCAGGCAGC TACCGCTGTG ACTGTAAGCC CGGCTACCGC
5521 TTCACCTCCA CAGGACAGTG CAATGATCGT AATGAATGTC AAGAAATCCC CAATATATGC
5581 AGTCATGGGC AGTGCATTGA CACAGTTGGA AGCTTTTATT GCCTTTGCCA CACTGGTTTT
5641 AAAACAAATG ATGACCAAAC CATGTGCTTG GACATAAATG AATGTGAAAG AGATGCCTGT
5701 GGGAATGGAA CTTGCCGGAA CACAATTGGT TCCTTCAACT GCCGCTGCAA TCATGGTTTC
5761 ATCCTTTCTC ACAACAATGA CTGTATAGAT GTTGATGAAT GTGCAAGTGG AAATGGGAAT
5821 CTTTGCAGAA ATGGCCAATG CATTAATACA GTGGGGTCTT TCCAGTGCCA GTGCAATGAA
5881 GGCTATGAGG TGGCTCCAGA TGGGAGGACC TGTGTGGATA TCAATGAATG TCTTCTAGAA
5941 CCCAGAAAAT GTGCACCAGG TACCTGTCAA AACTTGGATG GGTCCTACAG ATGCATTTGC
6001 CCACCTGGAT ACAGTCTTCA AAATGAGAAG TGTGAAGATA TTGATGAGTG TGTCGAAGAG
6061 CCAGAAATTT GTGCCCTGGG CACATGCAGT AACACTGAAG GCAGCTTCAA ATGTCTGTGT
6121 CCAGAAGGGT TTTCCTTGTC CTCCAGTGGA AGAAGGTGCC AAGATTTGCG AATGAGCTAC
6181 TGTTATGCGA AGTTTGAAGG AGGAAAGTGT TCATCACCCA AATCCAGAAA TCACTCCAAG
6241 CAGGAATGCT GCTGTGCCTT GAAGGGAGAA GGCTGGGGAG ACCCCTGCGA GCTCTGCCCC
6301 ACGGAACCTG ATGAGGCCTT CCGCCAGATA TGTCCTTATG GAAGTGGGAT CATCGTGGGA
6361 CCTGATGATT CAGCAGTTGA TATGGACGAA TGCAAAGAAC CCGATGTCTG TAAACATGGA
6421 CAGTGCATCA ATACAGATGG TTCCTATCGC TGCGAGTGTC CCTTTGGTTA TACTCTAGCA
6481 GGGAATGAAT GTGTAGATAC TGATGAATGT TCTGTTGGCA ATCCTTGTGG AAATGGAACC
6541 TGCAAGAATG TGATTGGAGG TTTTGAATGC ACCTGCGAGG AGGGATTTGA GCCCGGTCCA
6601 ATGATGACAT GTGAAGATAT AAATGAATGT GCCCAGAATC CTCTGCTCTG TGCCTTCCGA
6661 TGTGTGAACA CTTATGGGTC ATATGAATGC AAATGTCCCG TGGGATATGT GCTCAGAGAA
6721 GACCGTAGGA TGTGCAAAGA TGAGGATGAG TGTGAAGAGG GAAAACATGA CTGTACTGAA
6781 AAACAAATGG AATGCAAGAA CCTCATTGGC ACATATATGT GCATCTGTGG ACCCGGGTAT
6841 CAGCGGAGAC CTGATGGAGA AGGCTGTGTA GATGAGAATG AATGTCAGAC GAAGCCAGGG
6901 ATCTGTGAGA ATGGGCGCTG CCTCAACACC CGTGGGAGCT ACACCTGTGA GTGTAATGAT
6961 GGGTTTACCG CCAGCCCCAA CCAGGACGAG TGCCTTGACA ATCGGGAAGG GTACTGCTTC
7021 ACAGAGGTGC TACAAAACAT GTGTCAGATC GGCTCCAGCA ACAGGAACCC CGTCACCAAA
7081 TCGGAATGCT GCTGTGACGG AGGGAGAGGC TGGGGTCCCC ACTGTGAGAT CTGCCCTTTC
7141 CAGGGGACTG TGGCTTTCAA GAAACTCTGT CCCCATGGCC GAGGATTCAT GACCAATGGA
7201 GCAGATATCG ATGAATGCAA GGTTATTCAC GATGTTTGCC GAAATGGGGA ATGTGTCAAT
7261 GACAGAGGAT CATATCATTG CATTTGTAAA ACTGGGTACA CTCCAGATAT AACTGGGACT
7321 TCCTGTGTAG ATCTGAACGA GTGCAACCAG GCTCCCAAAC CCTGCAATTT TATCTGCAAA
7381 AACACAGAAG GGAGTTACCA GTGTTCATGC CCGAAAGGCT ACATTCTGCA AGAGGATGGA
7441 AGGAGCTGCA AAGATCTTGA TGAGTGTGCA ACCAAGCAAC ACAACTGCCA GTTCCTATGT
7501 GTTAACACCA TTGGCGGCTT CACATGCAAA TGTCCTCCCG GATTTACCCA ACACCATACG
7561 TCCTGCATTG ATAACAATGA ATGCACCTCT GACATCAATC TGTGCGGGTC TAAGGGCATT
7621 TGCCAGAACA CTCCTGGAAG CTTCACCTGT GAATGCCAGC GGGGATTCTC ACTTGATCAG
7681 ACCGGCTCCA GCTGTGAAGA CGTGGACGAG TGTGAGGGTA ACCACCGCTG CCAGCATGGC
7741 TGCCAGAACA TCATTGGGGG CTACAGGTGC AGCTGCCCCC AGGGCTACCT CCAGCACTAC
7801 CAGTGGAACC AGTGTGTTGA TGAAAACGAA TGCCTCAGCG CTCACATCTG CGGAGGAGCC
7861 TCCTGTCACA ACACCCTGGG GAGCTACAAG TGCATGTGTC CCGCCGGCTT CCAGTATGAA
7921 CAGTTCAGTG GAGGATGCCA AGACATCAAT GAATGTGGCT CTGCGCAGGC CCCCTGCAGC
7981 TATGGCTGTT CCAATACCGA GGGCGGTTAC CTGTGTGGCT GTCCACCTGG TTACTTCCGC
8041 ATAGGCCAAG GGCACTGTGT TTCTGGAATG GGCATGGGCC GAGGAAACCC AGAGCCACCT
8101 GTCAGTGGTG AAATGGATGA CAATTCACTC TCCCCAGAGG CTTGTTACGA GTGTAAGATC
8161 AATGGCTACC CCAAACGGGG CAGGAAACGG AGAAGCACAA ACGAAACTGA TGCCTCCAAT
8221 ATCGAGGATC AGTCTGAGAC AGAAGCCAAT GTGAGTCTTG CAAGTTGGGA TGTTGAGAAG
8281 ACAGCCATCT TTGCTTTCAA TATTTCCCAC GTCAGTAACA AGGTTCGAAT CCTAGAACTC
8341 CTTCCAGCTC TTACAACTCT GACGAATCAC AACAGATACT TGATCGAATC TGGAAATGAA
8401 GATGGCTTCT TTAAAATCAA CCAAAAGGAA GGGATCAGCT ACCTCCACTT CACAAAGAAG
8461 AAGCCAGTGG CTGGAACCTA TTCATTACAA ATCAGTAGTA CTCCACTTTA TAAAAAGAAA
8521 GAACTTAACC AACTAGAAGA CAAATATGAC AAAGACTACC TCAGTGGTGA ACTGGGTGAT
8581 AATCTGAAGA TGAAAATCCA GGTTTTGCTT CATTAA(SEQ ID NO:1),
其编码的蛋白质具有如下所示的氨基酸序列:
1    MRRGRLLEIA LGFTVLLASY TSHGADANLE AGNVKETRAS RAKRRGGGGH DALKGPNVCG
61   SRYNAYCCPG WKTLPGGNQCIVPICRHSCG DGFCSRPNMC TCPSGQIAPS CGSRSIQHCN
121  IRCMNGGSCS DDHCLCQKGY IGTHCGQPVC ESGCLNGGRC VAPNRCACTY GFTGPQCERD
181  YRTGPCFTVISNQMCQGQLS GIVCTKQLCC ATVGRAWGHP CEMCPAQPHP CRRGFIPNIR
241  TGACQDVDEC QAIPGLCQGG NCINTVGSFE CKCPAGHKLN EVSQKCEDID ECSTIPGICE
301  GGECTNTVSS YFCKCPPGFY TSPDGTRCID VRPGYCYTAL TNGRCSNQLP QSITKMQCCC
361  DAGRCWSPGV TVAPEMCPIR ATEDFNKLCS VPMVIPGRPE YPPPPLGPIP PVLPVPPGFP
421  PGPQIPVPRP PVEYLYPSRE PPRVLPVNVT DYCQLVRYLC QNGRCIPTPG SYRCECNKGF
481  QLDLRGECID VDECEKNPCA GGECINNQGS YTCQCRAGYQ STLTRTECRDIDECLQNGRI
541  CNNGRCINTD GSFHCVCNAG FHVTRDGKNC EDMDECSIRN MCLNGMCINE DGSFKCICKP
601  GFQLASDGRY CKDINECETP GICMNGRCVN TDGSYRCECF PGLAVGLDGR VCVDTHMRST
661  CYGGYKRGQCIKPLFGAVTK SECCCASTEY AFGEPCQPCP AQNSAEYQAL CSSGPGMTSA
721  GSDINECALD PDICPNGICE NLRGTYKCIC NSGYEVDSTG KNCVDINECV LNSLLCDNGQ
781  CRNTPGSFVC TCPKGFIYKP DLKTCEDIDE CESSPCINGV CKNSPGSFIC ECSSESTLDP
841  TKTICIETIK GTCWQTVIDG RCEININGAT LKSQCCSSLG AAWGSPCTLC QVDPICGKGY
901  SRIKGTQCED IDECEVFPGV CKNGLCVNTR GSFKCQCPSG MTLDATGRIC LDIRLETCFL
961  RYEDEECTLP IAGRHRMDAC CCSVGAAWGT EECEECPMRN TPEYEELCPR GPGFATKEIT
1021 NGKPFFKDIN ECKMIPSLCT HGKCRNTIGS FKCRCDSGFA LDSEERNCTDIDECRISPDL
1081 CGRGQCVNTP GDFECKCDEG YESGFMMMKN CMDIDECQRD PLLCRGGVCH NTEGSYRCEC
1141 PPGHQLSPNI SACIDINECE LSAHLCPNGR CVNLIGKYQC ACNPGYHSTP DRLFCVDIDE
1201 CSIMNGGCET FCTNSEGSYE CSCQPGFALM PDQRSCTDID ECEDNPNICD GGQCTNIPGE
1261 YRCLCYDGFM ASEDMKTCVD VNECDLNPNICLSGTCENTK GSFICHCDMG YSGKKGKTGC
1321 TDINECEIGA HNCGKHAVCT NTAGSFKCSC SPGWIGDGIK CTDLDECSNG THMCSQHADC
1381 KNTMGSYRCL CKEGYTGDGF TCTDLDECSE NLNLCGNGQC LNAPGGYRCE CDMGFVPSAD
1441 GKACEDIDEC SLPNICVFGT CHNLPGLFRC ECEIGYELDR SGGNCTDVNE CLDPTTCISG
1501 NCVNTPGSYICDCPPDFELN PTRVGCVDTR SGNCYLDIRP RGDNGDTACS NEIGVGVSKA
1561 SCCCSLGKAW GTPCEMCPAV NTSEYKILCP GGEGFRPNPI TVILEDIDEC QELPGLCQGG
1621 KCINTFGSFQ CRCPTGYYLN EDTRVCDDVN ECETPGICGP GTCYNTVGNY TCICPPDYMQ
1681 VNGGNNCMDM RRSLCYRNYY ADNQTCDGEL LFNMTKKMCC CSYNIGRAWN KPCEQCPIPS
1741 TDEFATLCGS QRPGFVIDIY TGLPVDIDEC REIPGVCENG VCINMVGSFR CECPVGFFYN
1801 DKLLVCEDID ECQNGPVCQR NAECINTAGS YRCDCKPGYR FTSTGQCNDR NECQEIPNIC
1861 SHGQCIDTVG SFYCLCHTGF KTNDDQTMCL DINECERDAC GNGTCRNTIG SFNCRCNHGF
1921 ILSHNNDCID VDECASGNGN LCRNGQCINT VGSFQCQCNE GYEVAPDGRT CVDINECLLE
1981 PRKCAPGTCQ NLDGSYRCIC PPGYSLQNEK CEDIDECVEE PEICALGTCS NTEGSFKCLC
2041 PEGFSLSSSG RRCQDLRMSY CYAKFEGGKC SSPKSRNHSK QECCCALKGE GWGDPCELCP
2101 TEPDEAFRQI CPYGSGIIVG PDDSAVDMDE CKEPDVCKHG QCINTDGSYR CECPFGYTLA
2161 GNECVDTDEC SVGNPCGNGT CKNVIGGFEC TCEEGFEPGP MMTCEDINEC AQNPLLCAFR
2221 CVNTYGSYEC KCPVGYVLRE DRRMCKDEDE CEEGKHDCTE KQMECKNLIG TYMCICGPGY
2281 QRRPDGEGCV DENECQTKPG ICENGRCLNT RGSYTCECND GFTASPNQDE CLDNREGYCF
2341 TEVLQNMCQI GSSNRNPVTK SECCCDGGRG WGPHCEICPF QGTVAFKKLC PHGRGFMTNG
2401 ADIDECKVIH DVCRNGECVN DRGSYHCICK TGYTPDITGT SCVDLNECNQ APKPCNFICK
2461 NTEGSYQCSC PKGYILQEDG RSCKDLDECA TKQHNCQFLC VNTIGGFTCK CPPGFTQHHT
2521 SCIDNNECTS DINLCGSKGI CQNTPGSFTC ECQRGFSLDQ TGSSCEDVDE CEGNHRCQHG
2581 CQNIIGGYRC SCPQGYLQHY QWNQCVDENE CLSAHICGGA SCHNTLGSYK CMCPAGFQYE
2641 QFSGGCQDIN ECGSAQAPCS YGCSNTEGGY LCGCPPGYFR IGQGHCVSGM GMGRGNPEPP
2701 VSGEMDDNSL SPEACYECKI NGYPKRGRKR RSTNETDASN IEDQSETEAN VSLASWDVEK
2761 TAIFAFNISH VSNKVRILEL LPALTTLTNH NRYLIESGNE DGFFKINQKE GISYLHFTKK
2821 KPVAGTYsLQ IssTPLYKKK ELNQLEDKYD KDYLsGELGD NLKMKIQVLL H*(SEQ ID NO:2)。本发明的FBNI基因突变体的cDNA序列如下所示:
1    ATGCGTCGAG GGCGTCTGCT GGAGATCGCC CTGGGATTTA CCGTGCTTTT AGCGTCCTAC
61   ACGAGCCATG GGGCGGACGC CAATTTGGAG GCTGGGAACG TGAAGGAAAC CAGAGCCAGT
121  CGGGCCAAGA GAAGAGGCGG TGGAGGACAC GACGCGCTTA AAGGACCCAA TGTCTGTGGA
181  TCACGTTATA ATGCTTACTG TTGCCCTGGA TGGAAAACCT TACCTGGCGG AAATCAGTGT
241  ATTGTCCCCA TTTGCCGGCA TTCCTGTGGG GATGGATTTT GTTCGAGGCC AAATATGTGC
301  ACTTGCCCAT CTGGTCAGAT AGCTCCTTCC TGTGGCTCCA GATCCATACA ACACTGCAAT
361  ATTCGCTGTA TGAATGGAGG TAGCTGCAGT GACGATCACT GTCTATGCCA GAAAGGATAC
421  ATAGGGACTC ACTGTGGACA ACCTGTTTGT GAAAGTGGCT GTCTCAATGG AGGAAGGTGT
481  GTGGCCCCAA ATCGATGTGC ATGCACTTAC GGATTTACTG GACCCCAGTG TGAAAGAGAT
541  TACAGGACAG GCCCATGTTT TACTGTGATC AGCAACCAGA TGTGCCAGGG ACAACTCAGC
601  GGGATTGTCT GCACAAAACA GCTCTGCTGT GCCACAGTCG GCCGAGCCTG GGGCCACCCC
661  TGTGAGATGT GTCCTGCCCA GCCTCACCCC TGCCGCCGTG GCTTCATTCC AAATATCCGC
721  ACGGGAGCTT GTCAAGATGT GGATGAATGC CAGGCCATCC CCGGGCTCTG TCAGGGAGGA
781  AATTGCATTA ATACTGTTGG GTCTTTTGAG TGCAAATGCC CTGCTGGACA CAAACTTAAT
841  GAAGTGTCAC AAAAATGTGA AGATATTGAT GAATGCAGCA CCATTCCTGG AATCTGTGAA
901  GGGGGTGAAT GTACAAACAC AGTCAGCAGT TACTTTTGCA AATGTCCCCC TGGTTTTTAC
961  ACCTCTCCAG ATGGTACCAG ATGCATAGAT GTTCGCCCAG GATACTGTTA CACAGCTCTG
1021 ACAAACGGGC GCTGCTCTAA CCAGCTGCCA CAGTCCATAA CCAAAATGCA GTGCTGCTGT
1081 GATGCCGGCC GATGCTGGTC TCCAGGGGTC ACTGTCGCCC CTGAGATGTG TCCCATCAGA
1141 GCAACCGAGG ATTTCAACAA GCTGTGCTCT GTTCCTATGG TAATTCCTGG GAGACCAGAA
1201 TATCCTCCCC CACCCCTTGG CCCCATTCCT CCAGTTCTCC CTGTTCCTCC TGGCTTTCCT
1261 CCTGGACCTC AAATTCCGGT CCCTCGACCA CCAGTGGAAT ATCTGTATCC ATCTCGGGAG
1321 CCACCAAGGG TGCTGCCAGT AAACGTTACT GATTACTGCC AGTTGGTCCG CTATCTCTGT
1381 CAAAATGGAC GCTGCATTCC AACTCCTGGG AGTTACCGGT GTGAGTGCAA CAAAGGGTTC
1441 CAGCTGGACC TCCGTGGGGA GTGTATTGAT GTTGATGAAT GTGAGAAAAA CCCCTGTGCT
1501 GGTGGTGAGT GTATTAACAA CCAGGGTTCG TACACCTGTC AGTGCCGAGC TGGATATCAG
1561 AGCACACTCA CGCGGACAGA ATGCCGAGAC ATTGATGAGT GTTTACAGAA TGGCCGGATC
1621 TGCAATAATG GACGCTGCAT CAACACAGAT GGCAGTTTTC ATTGCGTGTG TAATGCGGGC
1681 TTTCATGTTA CACGAGATGG GAAGAACTGT GAAGATATGG ATGAATGCAG CATAAGGAAC
1741 ATGTGCCTTA ATGGAATGTG TATCAATGAA GATGGCAGTT TTAAATGTAT TTGCAAACCT
1801 GGATTCCAGC TGGCATCAGA TGGACGTTAT TGCAAAGACA TTAACGAGTG TGAAACCCCT
1861 GGGATCTGCA TGAATGGGCG TTGCGTCAAC ACTGATGGCT CCTACAGATG TGAATGCTTC
1921 CCTGGACTGG CTGTGGGTCT GGATGGCCGT GTGTGTGTTG ACACACACAT GCGGAGCACA
1981 TGCTATGGTG GATACAAGAG AGGCCAGTGT ATCAAACCTT TGTTTGGTGC TGTCACTAAA
2041 TCTGAATGCT GTTGCGCCAG CACTGAGTAT GCATTTGGGG AACCTTGCCA GCCGTGTCCT
2101 GCACAGAATT CAGCGGAATA TCAGGCACTC TGCAGCAGTG GGCCAGGAAT GACGTCAGCA
2161 GGCAGTGATA TAAATGAATG TGCACTAGAT CCTGATATTT GCCCAAATGG AATCTGTGAA
2221 AACCTTCGTG GGACCTATAA ATGTATATGC AATTCAGGAT ATGAAGTGGA TTCAACTGGG
2281 AAAAACTGCG TTGATATTAA TGAATGTGTA CTGAACAGTC TCCTTTGTGA CAATGGACAA
2341 TGTAGAAATA CTCCTGGAAG TTTTGTCTGT ACCTGCCCCA AGGGATTTAT CTACAAACCT
2401 GATCTAAAAA CATGTGAAGA CATTGATGAA TGCGAATCAA GTCCTTGCAT TAATGGAGTC
2461 TGCAAGAACA GCCCAGGCTC TTTTATTTGT GAATGTTCTT CTGAAAGTAC TTTGGATCCA
2521 ACAAAAACCA TCTGCATAGA AACCATCAAG GGCACTTGCT GGCAGACTGT CATTGATGGG
2581 CGATGTGAGA TCAACATCAA TGGAGCCACC TTAAAGTCCC AGTGCTGCTC CTCCCTCGGT
2641 GCTGCGTGGG GAAGCCCGTG CACCCTATGC AAGTTGATC CCATATGTGG TAAAGGGTAC
2701 TCAAGAATTA AAGGAACACA ATGTGAAGAT ATAGATGAAT GTGAAGTGTT CCCAGGAGTG
2761 TGTAAAAATG GCCTGTGTGT TAACACTAGG GGGTCATTCA AGTGTCAGTG TCCCAGTGGA
2821 ATGACTTTGG ATGCCACAGG AAGGATCTGT CTTGATATCC GCCTGGAAAC CTGCTTCCTG
2881 AGGTACGAGG ACGAGGAGTG CACCCTGCCT ATTGCTGGCC GCCACCGCAT GGACGCCTGC
2941 TGCTGCTCCG TCGGGGCAGC CTGGGGTACT GAGGAATGCG AGGAGTGTCC CATGAGAAAT
3001 ACTCCTGAGT ACGAGGAGCT GTGTCCGAGA GGACCCGGAT TTGCCACAAA AGAAATTACA
3061 AATGGAAAGC CTTTCTTCAA AGATATCAAT GAGTGCAAGA TGATACCCAG CCTCTGCACC
3121 CACGGCAAGT GCAGAAACAC CATTGGCAGC TTTAAGTGCA GGTGTGACAG CGGCTTTGCT
3181 CTTGATTCTG AAGAAAGGAA CTGCACAGAC ATTGACGAAT GCCGCATATC TCCTGACCTC
3241 TGTGGCAGAG GCCAGTGTGT GAACACCCCT GGGGACTTTG AATGCAAGTG TGACGAAGGC
3301 TATGAAAGTG GATTCATGAT GATGAAGAAC TGCATGGATA TTGATGAGTG TCAGAGAGAT
3361 CCTCTCCTAT GCCGAGGTGG TGTTTGCCAT AACACAGAGG GAAGTTACCG CTGTGAATGC
3421 CCGCCTGGCC ATCAGCTGTC CCCCAACATC TCCGCGTGTA TCGACATCAA TGAATGTGAG
3481 CTGAGTGCAC ACCTGTGCCC CAATGGCCGT TGCGTGAACC TCATAGGGAA GTATCAGTGT
3541 GCCTGCAACC CTGGCTACCA TTCAACTCCC GATAGGCTAT TTTGTGTTGA CATTGATGAA
3601 TGCAGCATAA TGAATGGTGG TTGTGAAACC TTCTGCACAA ACTCTGAAGG CAGCTATGAA
3661 TGTAGCTGTC AGCCGGGATT TGCACTAATG CCTGACCAGA GATCATGCAC CGACATCGAT
3721 GAGTGTGAAG ATAATCCCAA TATCTGTGAT GGTGGTCAGT GCACAAATAT CCCTGGAGAG
3781 TACAGGTGCT TGTGTTATGA TGGATTCATG GCATCTGAAG ACATGAAGAC TTGTGTAGAT
3841 GTCAATGAGT GTGACCTGAA TCCAAATATC TGCCTAAGTG GGACCTGTGA AAACACGAAA
3901 GGCTCATTTA TCTGCCACTG TGATATGGGC TACTCCGGCA AAAAAGGAAA AACTGGCTGT
3961 ACAGACATCA ATGAATGTGA AATTGGAGCA CACAACTGTG GCAAACATGC TGTATGTACC
4021 AATACAGCAG GAAGCTTCAA ATGTAGCTGC AGTCCCGGGT GGATTGGAGA TGGCATTAAG
4081 TGCACTGATC TGGACGAATG TTCCAATGGA ACCCATATGT GCAGCCAGCA TGCAGACTGC
4141 AAGAATACCA TGGGATCTTA CCGCTGTCTG TGCAAGGAAG GATACACAGG TGATGGCTTC
4201 ACTTGTACAG ACCTTGATGA GTGCTCTGAG AACCTGAATC TCTGTGGCAA TGGCCAGTGC
4261 CTCAATGCAC CAGGAGGATA CCGCTGTGAA TGCGACATGG GCTTCGTGCC CAGTGCTGAC
4321 GGGAAAGCCT GTGAAGATAT TGATGAGTGC TCCCTTCCGA ACATCTGTGT CTTTGGAACT
4381 TGCCACAACC TCCCTGGCCT GTTCCGCTGT GAGTGTGAGA TAGGCTACGA ACTGGACAGA
4441 AGCGGCGGGA ACTGCACAGA TGTGAATGAA TGCCTGGATC CAACCACGTG CATCAGTGGG
4501 AACTGTGTCA ACACTCCAGG CAGCTATATC TGTGACTGCC CACCTGATTT TGAACTGAAC
4561 CCAACTCGAG TTGGCTGTGT TGATACCCGC TCTGGAAATT GCTATTTGGA TATTCGACCT
4621 CGAGGAGACA ATGGAGATAC AGCCTGCAGC AATGAAATTG GAGTTGGTGT TTCCAAAGCT
4681 TCCTGCTGCT GTTCTCTGGG TAAAGCCTGG GGTACTCCTT GTGAGATGTG TCCTGCTGTG
4741 AACACATCCG AGTACAAAAT TCTTTGTCCT GGAGGGGAAG GTTTCCGACC AAATCCTATC
4801 ACCGTTATAT TGGAAGATAT TGATGAGTGC CAGGAGCTAC CAGGGCTGTG CCAAGGAGGA
4861 AAATGTATCA ACACCTTTGG GAGTTTCCAG TGCCGCTGTC CAACCGGCTA CTACCTGAAT
4921 GAAGATACAC GAGTGTGTGA TGATGTGAAT GAATGTGAGA CTCCTGGAAT CTGTGGTCCA
4981 GGGACATGTT ACAACACCGT TGGCAACTAC ACCTGTATCT GTCCTCCAGA CTACATGCAA
5041 GTGAATGGGG GAAATAATTG CATGGATATG AGAAGAAGTT TGTGCTACAG AAACTACTAT
5101 GCTGACAACC AGACCTGTGA TGGAGAATTG TTATTCAACA TGACCAAGAA GATGTGCTGC
5161 TGTTCCTACA ACATTGGCCG GGCGTGGAAC AAGCCCTGTG AACAGTGTCC CATCCCAAGT
5221 ACAGATGAGT TTGCTACACT CTGTGGAAGT CAAAGGCCAG GCTTTGTCAT CGACATTTAT
5281 ACCGGTTTAC CCGTTGATAT TGATGAGTGC CGGGAGATCC CAGGGGTCTG TGAAAATGGA
5341 GTGTGTATCA ACATGGTTGG CAGCTTCCGA TGTGAATGTC CAGTGGGATT CTTCTATAAT
5401 GACAAGTTGT TGGTTTGTGA AGATATTGAC GAGTGTCAGA ACGGCCCAGT GTGCCAGCGC
5461 AACGCCGAAT GCATCAACAC TGCAGGCAGC TACCGCTGTG ACTGTAAGCC CGGCTACCGC
5521 TTCACCTCCA CAGGACAGTG CAATGATCGT AATGAATGTC AAGAAATCCC CAATATATGC
5581 AGTCATGGGC AGTGCATTGA CACAGTTGGA AGCTTTTATT GCCTTTGCCA CACTGGTTTT
5641 AAAACAAATG ATGACCAAAC CATGTGCTTG GACATAAATG AATGTGAAAG AGATGCCTGT
5701 GGGAATGGAA CTTGCCGGAA CACAATTGGT TCCTTCAACT GCCGCTGCAA TCATGGTTTC
5761 ATCCTTTCTC ACAACAATGA CTGTATAGAT GTTGATGAAT GTGCAAGTGG AAATGGGAAT
5821 CTTTGCAGAA ATGGCCAATG CATTAATACA GTGGGGTCTT TCCAGTGCCA GTGCAATGAA
5881 GGCTATGAGG TGGCTCCAGA TGGGAGGACC TGTGTGGATA TCAATGAATG TCTTCTAGAA
5941 CCCAGAAAAT GTGCACCAGG TACCTGTCAA AACTTGGATG GGTCCTACAG ATGCATTTGC
6001 CCACCTGGAT ACAGTCTTCA AAATGAGAAG TGTGAAGATA TTGATGAGTG TGTCGAAGAG
6061 CCAGAAATTT GTGCCCTGGG CACATGCAGT AACACTGAAG GCAGCTTCAA ATGTCTGTGT
6121 CCAGAAGGGT TTTCCTTGTC CTCCAGTGGA AGAAGGTGCC AAGATTTGCG AATGAGCTAC
6181 TGTTATGCGA AGTTTGAAGG AGGAAAGTGT TCATCACCCA AATCCAGAAA TCACTCCAAG
6241 CAGGAATGCT GCTGTGCCTT GAAGGGAGAA GGCTGGGGAG ACCCCTGCGA GCTCTGCCCC
6301 ACGGAACCTG ATGAGGCCTT CCGCCAGATA TGTCCTTATG GAAGTGGGAT CATCGTGGGA
6361 CCTGATGATT CAGCAGTTGA TATGGACGAA TGCAAAGAAC CCGATGTCTG TAAACATGGA
6421 CAGTGCATCA ATACAGATGG TTCCTATCGC TGCGAGTGTC CCTTTGGTTA TACTCTAGCA
6481 GGGAATGAAT GTGTAGATAC TGATGAATGT TCTGTTGGCA ATCCTTGTGG AAATGGAACC
6541 TGCAAGAATG TGATTGGAGG TTTTGAATGC ACCTGCGAGG AGGGATTTGA GCCCGGTCCA
6601 ATGATGACAT GTGAAGATAT AAATGAATGT GCCCAGAATC CTCTGCTCTG TGCCTTCCGA
6661 TGTGTGAACA CTTATGGGTC ATATGAATGC AAATGTCCCG TGGGATATGT GCTCAGAGAA
6721 GACCGTAGGA TGTGCAAAGA TGAGGATGAG TGTGAAGAGG GAAAACATGA CTGTACTGAA
6781 AAACAAATGG AATGCAAGAA CCTCATTGGC ACATATATGT GCATCTGTGG ACCCGGGTAT
6841 CAGCGGAGAC CTGATGGAGA AGGCTGTGTA GATGAGAATG AATGTCAGAC GAAGCCAGGG
6901 ATCTGTGAGA ATGGGCGCTG CCTCAACACC CGTGGGAGCT ACACCTGTGA GTGTAATGAT
6961 GGGTTTACCG CCAGCCCCAA CCAGGACGAG TGCCTTGACA ATCGGGAAGG GTACTGCTTC
7021 ACAGAGGTGC TACAAAACAT GTGTCAGATC GGCTCCAGCA ACAGGAACCC CGTCACCAAA
7081 TCGGAATGCT GCTGTGACGG AGGGAGAGGC TGGGGTCCCC ACTGTGAGAT CTGCCCTTTC
7141 CAGGGGACTG TGGCTTTCAA GAAACTCTGT CCCCATGGCC GAGGATTCAT GACCAATGGA
7201 GCAGATATCG ATGAATGCAA GGTTATTCAC GATGTTTGCC GAAATGGGGA ATGTGTCAAT
7261 GACAGAGGAT CATATCATTG CATTTGTAAA ACTGGGTACA CTCCAGATAT AACTGGGACT
7321 TCCTGTGTAG ATCTGAACGA GTGCAACCAG GCTCCCAAAC CCTGCAATTT TATCTGCAAA
7381 AACACAGAAG GGAGTTACCA GTGTTCATGC CCGAAAGGCT ACATTCTGCA AGAGGATGGA
7441 AGGAGCTGCA AAGATCTTGA TGAGTGTGCA ACCAAGCAAC ACAACTGCCA GTTCCTATGT
7501 GTTAACACCA TTGGCGGCTT CACATGCAAA TGTCCTCCCG GATTTACCCA ACACCATACG
7561 TCCTGCATTG ATAACAATGA ATGCACCTCT GACATCAATC TGTGCGGGTC TAAGGGCATT
7621 TGCCAGAACA CTCCTGGAAG CTTCACCTGT GAATGCCAGC GGGGATTCTC ACTTGATCAG
7681 ACCGGCTCCA GCTGTGAAGA CGTGGACGAG TGTGAGGGTA ACCACCGCTG CCAGCATGGC
7741 TGCCAGAACA TCATTGGGGG CTACAGGTGC AGCTGCCCCC AGGGCTACCT CCAGCACTAC
7801 CAGTGGAACC AGTGTGTTGA TGAAAACGAA TGCCTCAGCG CTCACATCTG CGGAGGAGCC
7861 TCCTGTCACA ACACCCTGGG GAGCTACAAG TGCATGTGTC CCGCCGGCTT CCAGTATGAA
7921 CAGTTCAGTG GAGGATGCCA AGACATCAAT GAATGTGGCT CTGCGCAGGC CCCCTGCAGC
7981 TATGGCTGTT CCAATACCGA GGGCGGTTAC CTGTGTGGCT GTCCACCTGG TTACTTCCGC
8041 ATAGGCCAAG GGCACTGTGT TTCTGGAATG GGCATGGGCC GAGGAAACCC AGAGCCACCT
8101 GTCAGTGGTG AAATGGATGA CAATTCACTC TCCCCAGAGG CTTGTTACGA GTGTAAGATC
8161 AATGGCTACC CCAAACGGGG CAGGAAACGG AGAAGCACAA ACGAAACTGA TGCCTCCAAT
8221 ATCGAGGATC AGTCTGAGAC AGAAGCCAAT GTGAGTCTTG CAAGTTGGGA TGTTGAGAAG
8281 ACAGCCATCT TTGCTTTCAA TATTTCCCAC GTCAGTAACA AGGTTCGAAT CCTAGAACTC
8341 CTTCCAGCTC TTACAACTCT GACGAATCAC AACAGATACT TGATCGAATC TGGAAATGAA
8401 GATGGCTTCT TTAAAATCAA CCAAAAGGAA GGGATCAGCT ACCTCCACTT CACAAAGAAG
8461 AAGCCAGTGG CTGGAACCTA TTCATTACAA ATCAGTAGTA CTCCACTTTA TAAAAAGAAA
8521 GAACTTAACC AACTAGAAGA CAAATATGAC AAAGACTACC TCAGTGGTGA ACTGGGTGAT
8581 AATCTGAAGA TGAAAATCCA GGTTTTGCTT CATTAA(SEQ ID NO:3),
其编码的蛋白质具有如下所示的氨基酸序列:
1    MRRGRLLEIA LGFTVLLASY TSHGADANLE AGNVKETRAS RAKRRGGGGH DALKGPNVCG
61   SRYNAYCCPG WKTLPGGNQC I VPICRHSCG DGRCSRPNMC TCPSGQIAPS CGSRSIQHCN
121  IRCMNGGSCS DDHCLCQKGY IGTHCGQPVC ESGCLNGGRC VAPNRCACTY GFTGPQCERD
181  YRTGPCFTVI SNQMCQGQLS GIVCTKQLCC ATVGRAWGHP CEMCPAQPHP CRRGFIPNIR
241  TGACQDVDEC QAIPGLCQGG NCINTVGSFE CKCPAGHKLN EVSQKCEDID ECSTIPGICE
301  GGECTNTVSS YFCKCPPGFY TSPDGTRCID VRPGYCYTAL TNGRCSNQLP QSITKMQCCC
361  DAGRCWSPGV TVAPEMCPIR ATEDFNKLCS VPMVIPGRPE YPPPPLGPIP PVLPVPPGFP
421  PGPQIPVPRP PVEYLYPSRE PPRVLPVNVT DYCQLVRYLC QNGRCIPTPG SYRCECNKGF
481  QLDLRGECID VDECEKNPCA GGECINNQGS YTCQCRAGYQ STLTRTECRDIDECLQNGRI
541  CNNGRCINTD GSFHCVCNAG FHVTRDGKNC EDMDECSIRN MCLNGMCINE DGSFKCICKP
601  GFQLASDGRY CKDINECETP GICMNGRCVN TDGSYRCECF PGLAVGLDGR VCVDTHMRST
661  CYGGYKRGQCIKPLFGAVTK SECCCASTEY AFGEPCQPCP AQNSAEYQAL CSSGPGMTSA
721  GSDINECALD PDICPNGICE NLRGTYKCIC NSGYEVDSTG KNCVDINECV LNSLLCDNGQ
781  CRNTPGSFVC TCPKGFIYKP DLKTCEDIDE CESSPCINGV CKNSPGSFIC ECSSESTLDP
841  TKTICIETIK GTCWQTVIDG RCEININGAT LKsQCCssLG AAWGsPCTLC*(SEQ ID NO:4)。
发明人发现的新的新突变体与SEQ ID NO:1相比,具有c.C2671T突变,即相对于野生型FBN1基因,本发明的FBN1基因突变体的第2671位碱基从C突变为T。由此,其所编码的产物与野生型的FBN1相比,具有p.Gln891X突变,即该突变是由于c.C2671T的无义突变而引起的,具体地,该突变表示:野生型FBN1的第891位Gln氨基酸突变为终止密码子,翻译提前终止。
FBN1基因全长237,483bp,由66个外显子构成,定位于15q21.1。其mRNA包含9663个核苷酸,由5’端非翻译区、开放读码框和3’非翻译区组成,长度分别为134、8613和916个核苷酸。由FBN1基因编码的FBN1是一种350ku的糖蛋白,为10~12nm结缔组织微纤维的主要组成部分,广泛分布于弹性和非弹性组织中。该蛋白由47个与表皮生长因子(EGF)表现同源的半胱氨酸富含基序组成,其中43个由于存在钙结合序列而被认为在稳定钙依赖蛋白中发挥作用。这些钙结合EGF样基序长链结构中还穿插其他功能区域,包括7个与转化生长因子1结合蛋白同源的结构及富含半胱氨酸,由EGF样结构和TGF-1样结构融合而成的杂交区域。钙结合区域的突变及半胱氨酸的置换可引起FBN1功能障碍。目前发现FBN1的突变会引起马凡氏综合征。但是,本发明的FBN1基因突变位点c.C2671T并未见报道。
根据本发明的第二方面,本发明提出了一种分离的多肽。根据本发明的实施例,与野生型FBN1相比,该分离的多肽具有D.Gln891X突变,即该突变是由于c.C2671T的无义突变而引起的,具体地,该突变表示:该分离的多肽野生型FBN1的第891位Gln氨基酸突变为终止密码子,翻译提前终止。根据本发明的一些具体示例,该多肽是由前述分离的编码FBN1突变体的核酸编码的。通过检测生物样品中是否表达该多肽,可以有效地检测生物样品是否易患马凡氏综合征,也可以通过检测这些多肽在生物体中是否存在,可以有效地预测生物体是否易患马凡氏综合征。
根据本发明的第三方面,本发明提出了一种筛选易患马凡氏综合征的生物样品的方法。根据本发明的实施例,该方法包括以下步骤:
从所述生物样品提取核酸样本。根据本发明的实施例,生物样品的类型并不受特别限制,只要从该生物样品中能够提取到反映生物样品FBN1是否存在突变的核酸样本即可。根据本发明的实施例,生物样品可以为选自人体血液、皮肤、皮下组织的至少一种,优选外周血。由此,可以方便地进行取样和检测,从而能够进一步提高筛选易患马凡氏综合征的生物样品的效率。根据本发明的实施例,这里所使用的术语“核酸样本”应做广义理解,其可以是任何能够反映生物样品中FBN1是否存在突变的样本,例如可以是从生物样品中直接提取的全基因组DNA,也可以是该全基因组中包含FBN1编码序列的一部分,可以是从生物样品中提取的总RNA,也可以是从生物样品中提取的mRNA。根据本发明的一个实施例,所述核酸样本为全基因组DNA。由此,可以扩大生物样品的来源范围,并且可以同时对生物样品的多种信息进行确定,从而能够提高筛选易患马凡氏综合征的生物样品的效率。另外,根据本发明的实施例,针对采用RNA作为核酸样本,从生物样品提取核酸样本可以进一步包括:从生物样品提取RNA样本,优选RNA样本为mRNA;以及基于所得到的RNA样本,通过反转录反应,获得cDNA样本,所得到的cDNA样本构成核酸样本。由此,可以进一步提高利用RNA作为核酸样本筛选易患马凡氏综合征的生物样品的效率。
接下来,在得到核酸样本之后,可以对核酸样本进行分析,从而能够确定所得到核酸样本的核酸序列。根据本发明的实施例,确定所得到核酸样本的核酸序列的方法和设备并不受特别限制。根据本发明的具体实施例,可以通过测序方法,确定核酸样本的核酸序列。根据本发明的实施例,可以用于进行测序的方法和设备并不受特别限制。根据本发明的实施例,可以采用第二代测序技术,也可以采用第三代以及第四代或者更先进的测序技术。根据本发明的具体示例,可以利用选自Hiseq2000、SOLiD、454和单分子测序装置的至少一种对核酸序列进行测序。由此,结合最新的测序技术,针对单个位点可以达到较高的测序深度,检测灵敏度和准确性大大提高,因而能够利用这些测序装置的高通量、深度测序的特点,进一步提高对核酸样本进行检测分析的效率。从而,能够提高后续对测序数据进行分析时的精确性和准确度。由此,根据本发明的实施例,确定核酸样本的核酸序列可以进一步包括:首先,针对所得到的核酸样本,构建核酸测序文库;以及对所得到的核酸测序文库进行测序,以便获得由多个测序数据构成的测序结果。根据本发明的一些实施例,可以采用选自Hiseq2000、SOLiD、454和单分子测序装置的至少一种对所得到的核酸测序文库进行测序。另外,根据本发明的实施例,可以对核酸样本进行筛选,富集FBN1外显子,该筛选富集可以在构建测序文库之前,构建测序文库过程中,或者构建测序文库之后进行。根据本发明的一个实施例,针对核酸样本,构建核酸测序文库进一步包括:利用FBN1外显子特异性引物,对核酸样本进行PCR扩增;以及针对所得到的扩增产物,构建核酸测序文库。由此,可以通过PCR扩增,富集FBN1外显子(尤其是第22号外显子),从而能够进一步提高筛选易患马凡氏综合征的生物样品的效率。根据本发明的实施例,FBN1外显子特异性引物的序列不受特别限制,根据本发明的优选实施例,这些FBN1外显子特异性引物(针对FBN1的22号外显子)具有SEQ IDNO:5和6所示的核苷酸序列:
GTTGTTATACTTAATGTCAGCTTTT (SEQ ID NO:5)
TTTTTGAAAGATAATCTGTACCTAT (SEQ ID NO:6)
发明人惊奇地发现,通过采用这些引物,可以在PCR反应体系中通过显著有效地完成对FBN1外显子的扩增。需要说明的是,这些SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6所示的核苷酸序列是本发明的发明人在付出了艰苦的劳动后,意外获得的。
关于针对核酸样本,构建测序文库的方法和流程,本领域技术人员可以根据不同的测序技术进行适当选择,关于流程的细节,可以参见测序仪器的厂商例如Illumina公司所提供的规程,例如参见Illumina公司Multiplexing Sample Preparation Guide(Part#1005361;Feb2010)或Paired-End SamplePrep Guide(Part#1005063;Feb2010),通过参照将其并入本文。根据本发明的实施例,从生物样品提取核酸样本的方法和设备,也不受特别限制,可以采用商品化的核酸提取试剂盒进行。
需要说明的是,在这里所使用的术语“核酸序列”应作广义理解,其可以是在对核酸样本进行测序得到的测序数据进行组装后,得到的完整的核酸序列信息,也可以是直接采用通过对核酸样本进行测序所得到的测序数据(reads)作为核酸序列,只要这些核酸序列中含有对应FBN1的编码序列即可。
最后,在确定核酸样本的核酸序列之后,将所得到的核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO:1的序列相比对。如果在所得到的核酸序列中具有c.C2671T突变,则指示生物样品易患马凡氏综合征。由此,通过根据本发明实施例的筛选易患马凡氏综合征的生物样品的方法,可以有效地筛选易患马凡氏综合征的生物样品。根据本发明的实施例,对核酸序列与SEQ ID NO:1进行比对的方法和设备并不受特别限制,可以采用任意常规的软件进行操作,根据本发明的具体实例,可以采用SOAP软件进行比对。
需要说明的是,根据本发明实施例的“筛选易患马凡氏综合征的生物样品的方法”的用途不受特别限制,例如可以用作非诊断目的的筛选方法。
筛选易患马凡氏综合征的生物样品的系统和试剂盒
根据本发明的第四方面,本发明提出了一种能够有效实施上述筛选易患马凡氏综合征的生物样品的方法的系统。
参考图1,根据本发明的实施例,该筛选易患马凡氏综合征的生物样品的系统1000包括核酸提取装置100、核酸序列确定装置200以及判断装置300。
根据本发明的实施例,核酸提取装置100用于从生物样品提取核酸样本。如前所述,根据本发明的实施例,核酸样本的类型并不受特别限制,对于采用RNA作为核酸样本,则核酸提取装置进一步包括RNA提取单元101和反转录单元102,其中,提取单元101用于从生物样品提取RNA样本,反转录单元102与RNA提取单元101相连,用于对RNA样本进行反转录反应,以便获得cDNA样本,所得到的cDNA样本构成核酸样本。
根据本发明的实施例,核酸序列确定装置200与核酸提取装置100相连,用于对核酸样本进行分析,以便确定核酸样本的核酸序列。如前所示,可以采用测序的方法确定核酸样本的核酸序列。由此,根据本发明的一个实施例,所述核酸序列确定装置200可以进一步包括:文库构建单元201以及测序单元202。文库构建单元201用于针对核酸样本,构建核酸测序文库;测序单元202与文库构建单元201相连,用于对核酸测序文库进行测序,以便获得由多个测序数据构成的测序结果。如前所述,可以通过PCR扩增,富集FBN1外显子,进一步提高筛选易患马凡氏综合征的生物样品的效率。由此,文库构建单元201可以进一步包括PCR扩增模块(图中未示出),在该PCR扩增模块中设置有FBN1外显子特异性引物,以便利用FBN1外显子特异性引物,对所述核酸样本进行PCR扩增,根据本发明的具体实施例,FBN1外显子特异性引物(针对FBN1的22号外显子)具有如SEQ ID NO:3和4所示的核苷酸序列。根据本发明的实施例,测序单元202可以包括选自HISEQ2000、SOLiD、454和单分子测序装置的至少一种。由此,结合最新的测序技术,针对单个位点可以达到较高的测序深度,检测灵敏度和准确性大大提高,因而能够利用这些测序装置的高通量、深度测序的特点,进一步提高对核酸样本进行检测分析的效率。从而,提高后续对测序数据进行分析时的精确性和准确度。
根据本发明的实施例,判断装置300与核酸序列确定装置200相连,适于将核酸样本的核酸序列进行比对,以便基于核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO:1的区别判断生物样品是否易患马凡氏综合征。具体地,基于核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO:1相比,是否具有c.C2671T突变,判断生物样品是否易患马凡氏综合征。如前所述,根据本发明的一个实施例,核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO:1相比,具有c.C2671T突变,是生物样品易患马凡氏综合征的指示。如前所述,根据本发明的实施例,对核酸序列与SEQ IDNO:1进行比对的设备并不受特别限制,可以采用任意常规的软件进行操作,根据本发明的具体实例,可以采用SOAP软件进行比对。
由此,利用该系统,能够有效地实施前述筛选易患马凡氏综合征的生物样品的方法,从而可以有效地筛选易患马凡氏综合征的生物样品。
根据本发明的第五方面,本发明提出了一种用于筛选易患马凡氏综合征的生物样品的试剂盒。根据本发明的实施例,该用于筛选易患马凡氏综合征的生物样品的试剂盒包括:适于检测FBN1基因突变体的试剂,其中与SEQ ID NO:1相比,该FBN1基因突变体具有c.C2671T突变。利用根据本发明的实施例的试剂盒,能够有效地筛选易患马凡氏综合征的生物样品。在本文中,所使用的术语“适于检测FBN1基因突变体的试剂”应做广义理解,即可以是检测FBN1编码基因的试剂,也可以是检测FBN1突变体多肽的试剂,例如可以采用识别特异性位点的抗体。根据本发明的一个实施例,所述试剂为核酸探针或引物,优选地,所述核酸探针或引物具有如SEQ IDNO:5-6所示的核苷酸序列。由此,可以高效地筛选易患马凡氏综合征的生物样品。
需要说明的是,在本文前面筛选易患马凡氏综合征的生物样品的方法部分中所描述的特征和优点,同样适用于筛选易患马凡氏综合征的生物样品的系统或者试剂盒,在此不再赘述。
构建体及重组细胞
根据本发明的第六方面,本发明还提出了一种构建体。根据本发明的实施例,该构建体包含前面所述的分离的编码FBN1突变体的核酸,即本发明的FBN1基因突变体。由此,利用本发明的构建体转化受体细胞获得的重组细胞,能够有效地用于筛选治疗马凡氏综合征的药物。其中,所述受体细胞的种类不受特别限制,例如可以为大肠杆菌细胞、哺乳动物细胞,优选该受体细胞来源于哺乳动物。
在本发明中所使用的术语“构建体”是指这样的一种遗传载体,其包含特定核酸序列,并且能够将目的核酸序列转入宿主细胞中,以获得重组细胞。根据本发明的实施例,构建体的形式不受特别限制。根据本发明的实施例,其可以为质粒、噬菌体、人工染色体、粘粒(Cosmid)、病毒的至少一种,优选质粒。质粒作为遗传载体,具有操作简单,可以携带较大片段的性质,便于操作和处理。质粒的形式也不受特别限制,既可以是环形质粒,也可以是线性质粒,即可以是单链的,也可以是双链的。本领域技术人员可以根据需要进行选择。在本发明中所使用的术语“核酸”可以是任何包含脱氧核糖核苷酸或者核糖核苷酸的聚合物,包括但不限于经过修饰的或者未经修饰的DNA、RNA,其长度不受任何特别限制。对于用于构建重组细胞的构建体,优选所述核酸为DNA,因为DNA相对于RNA而言,其更稳定,并且易于操作。根据本发明的第七方面,本发明还提出了一种重组细胞。根据本发明的实施例,该重组细胞是通过前面所述的构建体转化受体细胞而获得的。从而,本发明的重组细胞能够表达构建体所携带的FBN1基因突变体。根据本发明的一些实施例,利用本发明的重组细胞,能够有效地筛选治疗马凡氏综合征的药物。根据本发明的实施例,受体细胞的种类不受特别限制,例如可以为大肠杆菌细胞、哺乳动物细胞,优选所述受体细胞来源于非人哺乳动物。
下面参考具体实施例,对本发明进行说明,需要说明的是,这些实施例仅仅是说明性的,而不能理解为对本发明的限制。
若未特别指明,实施例中所采用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段,可以参照《分子克隆实验指南》第三版或者相关产品进行,所采用的试剂和产品也均为可商业获得的。未详细描述的各种过程和方法是本领域中公知的常规方法,所用试剂的来源、商品名以及有必要列出其组成成分者,均在首次出现时标明,其后所用相同试剂如无特殊说明,均以首次标明的内容相同。
实施例1 确定MFS致病突变
1、样本收集
发明人收集到一个马凡氏综合征(在本文中有时也简称为MFS)患者家系,其家系图见图2。如图2所示,其中,□表示正常男性,○表示正常女性,●表示女性患者,表示无法确定是否患病的已逝男性,表示无法确定是否患病的已逝女性,箭头所指为先证者。由图2可知,该家系目前共有9个成员,其中MFS患者3名,正常成员6名。具体地,先证者(II:4),46岁,医院就医时被确诊患有MFS。先证者的母亲(I:2)去世,父亲(I:1)健在且为正常人;先证者的哥哥(II:1)去世,但育有一女(III:1),其为MFS患者;先证者的姐姐(II:2)健在,为正常人。先证者与丈夫(II:5)育有3个孩子:两个女儿(III:2,为MFS患者;III:3,为正常人),1个儿子(III:4,为正常人)。
2、全外显子组测序
文献报道马凡氏综合征为显性遗传,且其有明确的致病基因FBN1。因而,发明人结合Illumina Hiseq2000的高通量测序技术,对图2所示的MFS患者家系中的三名患者(II:4、III:1和III:2)的FBN1基因的66个外显子区域序列进行了测序。
具体如下:
2.1 DNA提取
采集图2所示MFS患者家系中的三名患者(II:4、III:1和III:2)的外周血,利用白细胞裂解法从该外周血样品中提取各患者的基因组DNA,并利用分光光度计测量DNA的浓度及纯度,所得各基因组DNA的OD260/OD280均应位于1.7-2.0之间,浓度不少于200ng/微升,总量不少于3微克。
2.2 外显子捕获与测序
利用超声波仪(CovarisS2,Massachusetts,USA)将各基因组DNA样本随机打断成200-300bp左右的片段,随后按照制造商提供的操作说明书,在片段两端分别连接上接头制备文库(可参见:http://www.illumina.com/提供的Illumina/Solexa标准建库说明书,通过参照将其全文并入本文)。文库经纯化后经过Ligation-mediated PCR(LM-PCR)的线性扩增与捕获试剂Biotinylated DNA Library进行杂交富集,再经过LM-PCR的线性扩增,文库检测合格后即可上机测序,以便获得原始测序数据。其中,测序平台为Illumina Hiseq2000,读取长度为90bp,各样本的平均测序深度最少为150×。
3、变异检测、注释及数据库比较
利用Illumina basecalling Software1.7对上述获得的原始测序数据进行处理,经过过滤去污染后,使用SOAPaligner/SOAP2(可参见:Li R,Li Y,Kristiansen K,et al,SOAP:shortoligonucleotide alignment program.Bioinformatics2008,24(5):713-714;Li R,Yu C,Li Y,ea al,SOAP2:an improved ultrafast tool for short read alignment.Bioinformatics2009,25(15):1966-1967,通过参照将其全文并入本文)比对到UCSC人类参考基因组(hg19,build37.1,http://genome.ucsc.edu/),以便获得比对到基因组上的唯一比对序列。然后利用SOAPsnp(可参见:Li R,Li Y,Fang X,Yang H,et al,SNP detection for massively parallelwhole-genome resequencing.Genome Res2009,19(6):1124-1132,通过参照将其全文并入本文)确定靶区域的基因型。
结果,在这些样本中,发明人发现:对于FBN1基因来讲,在患者II:4中发现有29个单核苷酸多态性(SNPs)和12处的插入/缺失,在患者III:2中发现有30个SNP和13处的Indels。随后通过dbSNP数据库
(http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/snp135.txt.gz.)、HapMap数据库
(ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/hapmap)、千人基因组数据库
(ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp)、炎黄数据库(http://yh.genomics.org.cn/)等公共数据库的过滤,去掉所有已知的且在数据库中等位基因频率大于0.005的变异。
结果,发明人发现,在上述三个患者中只有新无义突变c.2671C>T为发生在FBN1基因编码区中的非同义突变,其余均为内含子或同义突变。进一步,综合三个患者高度一致的表型,以及患者II:4和III:2为母女关系,首先可以判断三个患者的致病位点应该是相同的。接着,通过显性性遗传模式结合家系分析,可以推断:三个患者应该均携带上述突变(c.2671C>T),且都为杂合突变类型,家系内正常人在此位置均未发生突变。
随后在图2所示的上述MFS患者家系中对FBN1基因进行突变排查,即针对FBN1基因中的无义突变c.2671C>T进行Sanger测序验证,结果确认在此家系中三名患者(II:4、III:1和III:2)均携带FBN1基因中的新生无义突变c.2671C>T(p.Gln891X),而家系中所有未受累的家族成员均未携带该突变,在家系内证明基因型与表型存在共分离。由此,初步判定FBN1基因中的新生无义突变c.2671C>T(p.Gln891X)为该马凡氏综合征家系中患者的致病原因,FBN1基因的c.2671C>T突变为马凡氏综合征的致病突变。
实施例2 Sanger法测序验证
分别对实施例1中所述的马凡氏综合征患者家系中的3名患者(II:4、III:2和III:1)和2名家系内正常人(II:5和III:4)的FBN1基因进行检测:针对FBN1基因的22号外显子上的c.C2671T突变设计引物,然后通过PCR扩增、产物纯化和测序的方法获得FBN1有关序列,根据确定序列测定结果属于突变型还是野生型,验证FBN1基因的c.C2671T突变与马凡氏综合征之间的相关性。
具体方法步骤如下:
1、DNA提取
按照实施例1中所述的提取DNA的方法,分别提取制备受试者外周静脉血中的基因组DNA,备用。
2、引物设计及PCR反应
首先,参考人类基因组序列数据库GRCh37/hg19,设计得到具有SEQ ID NO:5-6所示的核苷酸序列的FBN1基因外显子特异性引物,具体序列见下表:
接着,分别按照以下配比配制各基因组DNA样本的PCR反应体系以及进行PCR反应:
反应体系:20μL
PCR反应条件:
由此,获得上述马凡氏综合征患者家系中的3名患者和2名家系内正常人的PCR扩增产物。
3、测序
将步骤2中获得的上述马凡氏综合征患者家系中的3名患者和2名家系内正常人的PCR扩增产物直接进行DNA测序。其中,测序采用ABI3730型测序仪进行。
图3显示了上述马凡氏综合征患者家系中3名患者及2名家系内正常人的FBN1基因c.C2671T突变位点的Sanger测序验证峰图。由图3可知,该马凡氏综合征患者家系中患者II:4、III:2和III:1都携带有FBN1基因22号外显子的c.C2671T突变,而家系内正常人II:5和III:4都未携带该突变。其中图中所示的p.Gln891Ter与前述p.Gln891X含义相同,都表示野生型FBN1蛋白的第891位氨基酸由正常的Gln蛋白突变为终止密码子。
由此,进一步证明FBN1基因22号外显子的c.C2671T突变是马凡氏综合征的致病突变。
实施例3 针对家系外正常人的突变验证
发明人参照实施例2的方法,对100例同种族无关正常人(即家系外正常人)进行FBN1基因的c.C2671T突变位点检测,结果均未能检测到该突变。
综合上述结果,并基于FBN1基因的c.C2671T突变导致其编码蛋白提前终止(p.Gln891X),而FBN1基因为马凡氏综合征的已知致病基因,从而再次证明了FBN1基因的c.C2671T(p.Gln891X)突变即为马凡氏综合征的致病突变。
实施例4 检测试剂盒
制备一检测试剂盒,其包含能够检测FBN1基因的c.C2671T突变(位于22号外显子)的引物,用于筛选易患马凡氏综合征的生物样品,其中这些引物为FBN1基因外显子特异性引物,其序列如实施例1中所述SEQ ID NO:5-6所示。
利用上述试剂盒筛选易患马凡氏综合征的生物样品的具体步骤为:按照实施例2的步骤1所述的方法提取待测者DNA,以所提取的DNA为模板与上述FBN1基因的外显子特异性引物进行PCR反应,并按照本领域常规方法对PCR产物纯化,将纯化的产物进行测序,然后通过观察测序所得到的序列是否具有c.C2671T突变,能够有效地检测本发明的FBN1基因突变体在待测者DNA中是否存在,从而能够有效地检测待测者是否易患马凡氏综合征,进一步,能够从待测者中筛选出易患马凡氏综合征的生物样品。
在本说明书的描述中,参考术语“一个实施例”、“一些实施例”、“示例”、“具体示例”、或“一些示例”等的描述意指结合该实施例或示例描述的具体特征、结构、材料或者特点包含于本发明的至少一个实施例或示例中。在本说明书中,对上述术语的示意性表述不一定指的是相同的实施例或示例。而且,描述的具体特征、结构、材料或者特点可以在任何的一个或多个实施例或示例中以合适的方式结合。
尽管已经示出和描述了本发明的实施例,本领域的普通技术人员可以理解:在不脱离本发明的原理和宗旨的情况下可以对这些实施例进行多种变化、修改、替换和变型,本发明的范围由权利要求及其等同物限定。

Claims (10)

1.一种分离的编码FBN1突变体的核酸,其特征在于,所述核酸与SEQ ID NO:1相比,具有c.C2671T突变。
2.一种分离的多肽,其特征在于,与SEQ ID NO:2相比,所述分离的多肽具有p.Gln891X突变。
3.一种筛选易患马凡氏综合征的生物样品的方法,其特征在于,包括以下步骤:
从所述生物样品提取核酸样本;
确定所述核酸样本的核酸序列;
所述核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO:1相比,具有c.C2671T突变是所述生物样品易患马凡氏综合征的指示,
任选地,所述生物样本为选自人体血液、皮肤、皮下组织的至少一种,
任选地,所述核酸样本为全基因组DNA。
4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,从所述生物样品提取核酸样本进一步包括:
从所述生物样品提取RNA样本,优选所述RNA样本为mRNA;以及
基于所述RNA样本,通过反转录反应,获得cDNA样本,所述cDNA样本构成所述核酸样本。
5.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,确定所述核酸样本的核酸序列进一步包括:
针对所述核酸样本,构建核酸测序文库;以及
对所述核酸测序文库进行测序,以便获得由多个测序数据构成的测序结果,任选地,采用选自Hiseq2000、SOLiD、454和单分子测序装置的至少一种对所述核酸测序文库进行测序,
任选地,针对所述核酸样本,构建核酸测序文库进一步包括:
利用FBN1基因外显子特异性引物,对所述核酸样本进行PCR扩增;以及
针对所得到的扩增产物,构建所述核酸测序文库,
任选地,所述特异性引物具有如SEQ ID NO:5-6所示的核苷酸序列。
6.一种筛选易患马凡氏综合征的生物样品的系统,其特征在于,包括:
核酸提取装置,所述核酸提取装置用于从所述生物样品提取核酸样本;
核酸序列确定装置,所述核酸序列确定装置与所述核酸提取装置相连,用于对所述核酸样本进行分析,以便确定所述核酸样本的核酸序列;
判断装置,所述判断装置与所述核酸序列确定装置相连,以便基于所述核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO:1相比,是否具有c.C2671T突变,判断所述生物样品是否易患马凡氏综合征,
任选地,所述核酸提取装置进一步包括:
RNA提取单元,所述RNA提取单元用于从所述生物样品提取RNA样本;以及
反转录单元,所述反转录单元与所述RNA提取单元相连,用于对所述RNA样本进行反转录反应,以便获得cDNA样本,所述cDNA样本构成所述核酸样本。
7.根据权利要求6所述的系统,其特征在于,所述核酸序列确定装置进一步包括:
文库构建单元,所述文库构建单元用于针对所述核酸样本,构建核酸测序文库;以及
测序单元,所述测序单元与所述文库构建单元相连,用于对所述核酸测序文库进行测序,以便获得由多个测序数据构成的测序结果,
任选地,所述文库构建单元进一步包括:
PCR扩增模块,所述PCR扩增模块中设置有FBN1基因外显子特异性引物,以便利用所述特异性引物,对所述核酸样本进行PCR扩增,
任选地,所述特异性引物具有如SEQ ID NO:5-6所示的核苷酸序列,
任选地,所述测序单元包括选自HISEQ2000、SOLiD、454和单分子测序装置的至少一种。
8.一种用于筛选易患马凡氏综合征的生物样品的试剂盒,其特征在于,含有:
适于检测FBN1基因突变体的试剂,其中与SEQ ID NO:1相比,所述FBN1基因突变体具有c.C2671T突变,
任选地,所述试剂为核酸探针或引物,
任选地,所述核酸探针或引物具有如SEQ ID NO:5-6所示的核苷酸序列。
9.一种构建体,其特征在于,包含权利要求1所述的分离的编码FBN1突变体的核酸。
10.一种重组细胞,其特征在于,所述重组细胞是通过权利要求9所述的构建体转化受体细胞而获得的。
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