CN104099415B - 一种与马氏珠母贝闭壳肌重相关联的snp标记的检测引物及其应用 - Google Patents

一种与马氏珠母贝闭壳肌重相关联的snp标记的检测引物及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN104099415B
CN104099415B CN201410289345.3A CN201410289345A CN104099415B CN 104099415 B CN104099415 B CN 104099415B CN 201410289345 A CN201410289345 A CN 201410289345A CN 104099415 B CN104099415 B CN 104099415B
Authority
CN
China
Prior art keywords
closed shell
pteria martensii
shell flesh
heavy phase
snp marker
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN201410289345.3A
Other languages
English (en)
Other versions
CN104099415A (zh
Inventor
何毛贤
李琴
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
South China Sea Institute of Oceanology of CAS
Original Assignee
South China Sea Institute of Oceanology of CAS
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by South China Sea Institute of Oceanology of CAS filed Critical South China Sea Institute of Oceanology of CAS
Priority to CN201410289345.3A priority Critical patent/CN104099415B/zh
Publication of CN104099415A publication Critical patent/CN104099415A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN104099415B publication Critical patent/CN104099415B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/124—Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一种与马氏珠母贝闭壳肌重相关联的SNP标记的检测引物及其应用。检测引物包括：ASSN815FI：TCCATCGTGGACAAACGTGTAA；ASSN815RI：GTGTCAAAGTAAACTGTATCTCGTGCC；ASSN815FO：TAGAATTGGCAAAGGAACAAGCAT；AS SN815RO：AATAATTCCTAACAGGTGCCCGTC。利用本发明的与马氏珠母贝闭壳肌重相关联的SNP标记的检测引物，能够扩增出肌肉生长抑制素基因的SNP位点，该位点显著与肌肉重量相关联，再根据PCR扩增电泳图可直观地比较个体间闭壳肌重的大小，可直接用于后续的分子标记辅助育种，如可在生长早期筛选目标性状，进而筛选特定的个体进行品种培育。

Description

一种与马氏珠母贝闭壳肌重相关联的SNP标记的检测引物及其应用
技术领域：
本发明属于水产动物遗传及分子标记辅助育种技术领域，具体涉及一种与马氏珠母贝闭壳肌重相关联的SNP标记的检测引物及其应用。
背景技术：
马氏珠母贝是我国及世界上海水珍珠养殖的主要物种。我国自1965年成功地开展了马氏珠母贝人工育苗以来，海水珍珠产业发展迅速，已成为广东、广西及海南部分沿海地区海水养殖支柱产业之一。近10多年，我国海水珍珠的质量和产量明显下降，国际竞争力减弱，养殖经济效益下滑。就其原因，除了养殖环境恶化、养殖技术落后外，还有一个重要原因是：多年来不注重种贝的选育和保留，缺乏优良品种；种苗质量参差不齐，育珠母贝性状退化，如生长慢、个体小型、育珠能力减弱等。为了我国海水珍珠养殖业的健康稳定发展，培育适合我国海区养殖的马氏珠母贝优良品种已迫在眉睫。
育种技术有杂交、选择育种，生物技术育种及分子育种等多种方法。分子育种是目前国内外研究的热点，是育种技术发展的主要方向，它具有高效、快捷的特点。分子育种离不开分子标记的开发，用在海洋贝类遗传育种研究的分子标记主要有限制片段长度多态性(RFLP)、随机扩增多态性DNA(RAPD)、扩增片段长度多态性(AFLP)、锚定简单重复序列(ISSR)、简单重复序列(SSR)、单核苷酸多态性(SNP)、表达序列标签(EST)、线粒体DNA(mtDNA)、核糖体DNA内转录间隔区标记(ITS)分子标记等。Qiu等对合浦珠母贝不同群体进行EST-SSR标记与生长及珍珠层性状的关联分析，结果表明在野生群体中基因PmartE05、PmartE35与壳高、总重显著相关，基因PmartE64与珍珠层厚度显著相关，在养殖群体中发现基因PmartE05与壳高显著的相关。Cong等利用SNP标记研究太平洋牡蛎的胰岛素相关多肽基因(oIRP)的多态性与生长性状的关联分析，发现在oIRP基因1.5kb处发现31个SNPs，其中6个与生长性状显著相关，特别是标记T1358G和标记G1437A与壳高、壳长、壳宽、总重、软体部重5个生长性状显著相关。
发明内容：
本发明的第一个目的是提供一种与马氏珠母贝闭壳肌重相关联的SNP标记的检测引物。
本发明的与马氏珠母贝闭壳肌重相关联的SNP标记的检测引物，其特征在于，包括：
ASSN815FI：TCCATCGTGGACAAACGTGTAA；
ASSN815RI：GTGTCAAAGTAAACTGTATCTCGTGCC；
ASSN815FO：TAGAATTGGCAAAGGAACAAGCAT；
ASSN815RO：AATAATTCCTAACAGGTGCCCGTC。
本发明的第二个目的是提供一种与马氏珠母贝闭壳肌重相关联的SNP标记，其特征在于，其特异性检测引物为：
ASSN815FI：TCCATCGTGGACAAACGTGTAA；
ASSN815RI：GTGTCAAAGTAAACTGTATCTCGTGCC；
ASSN815FO：TAGAATTGGCAAAGGAACAAGCAT；
ASSN815RO：AATAATTCCTAACAGGTGCCCGTC。
本发明的第三个目的是提供与马氏珠母贝闭壳肌重相关联的SNP标记在鉴定马氏珠母贝闭壳肌重大小中的应用，其特征在于，包括以下步骤：
a、提取马氏珠母贝样品基因组DNA；
b、采用上述引物ASSN815FI、ASSN815RI、ASSN815FO、ASSN815RO对马氏珠母贝样品基因组DNA进行PCR扩增；
c、根据PCR扩增产物对马氏珠母贝样品进行鉴定，当出现具有207bp和180bp大小2条带的为AG型，个体为闭壳肌重小的样品；当只出现180bp大小1条带的为GG型，个体为闭壳肌重大的个体。
优选，所述的PCR扩增，其PCR反应体系为：12.5μL PCR反应体系如下：包含马氏珠母贝样品基因组DNA40ng，1×PCR Mixture，引物ASSN815FI、ASSN815RI、ASSN815FO、ASSN815RO各0.5μM，0.125U Taq DNA酶，余量为水；反应条件为：94℃，5min；94℃35s，62℃40s；72℃40s，5个循环；94℃35s，60℃40s，72℃40s，15个循环；94℃35s，58℃40s，72℃40s，15个循环：72℃延伸10min。
本发明的第四个目的是提供与马氏珠母贝闭壳肌重相关联的SNP标记在马氏珠母贝分子标记辅助育种中的应用。
利用本发明的与马氏珠母贝闭壳肌重相关联的SNP标记的检测引物，能够扩增出肌肉生长抑制素基因的SNP位点，该位点显著与肌肉重量相关联，再根据PCR扩增电泳图可直观地比较个体间闭壳肌重的大小，可直接用于后续的分子标记辅助育种，如可在生长早期筛选目标性状，进而筛选特定的个体进行品种培育。
附图说明：
图1是与马氏珠母贝闭壳肌重相关联的SNP标记的扩增电泳图，其中泳道1-12为马氏珠母贝样品，M为marker。
具体实施方式:
以下实施例是对本发明的进一步说明，而不是对本发明的限制。
实施例1：
随机取来至于同一群体的50个马氏珠母贝个体，清洗干净后，取其闭壳肌组织用电子天平称重并一一对应记录，然后取一小块闭壳肌组织置于95％乙醇中，于-20℃保存。使用HiPureUniversal DNA Kit(广州美基生物公司)对闭壳肌的基因组DNA进行提取，相关操作参见试剂盒说明书进行。DNA提取后，于1.0％的琼脂糖凝胶电泳检测其完整性，紫外分光光度计测量DNA的浓度和纯度，于-20℃保存。
与马氏珠母贝闭壳肌重相关联的SNP标记的检测引物为：
ASSN815FI：TCCATCGTGGACAAACGTGTAA；
ASSN815RI：GTGTCAAAGTAAACTGTATCTCGTGCC；
ASSN815FO：TAGAATTGGCAAAGGAACAAGCAT；
ASSN815RO：AATAATTCCTAACAGGTGCCCGTC
用上述引物ASSN815FI、ASSN815RI、ASSN815FO、ASSN815RO对马氏珠母贝样品基因组DNA在PCR仪上进行PCR扩增。PCR反应体系如下：扩增体系12.5ul，包含马氏珠母贝样品基因组DNA0.4μL，6.25μL2×PCR Mixture,10μM引物(ASSN815FI、ASSN815RI、ASSN815FO、ASSN815RO)各0.5μL,0.125U Taq DNA酶(广州东盛生物科技有限公司)，双蒸水补足至12.5μL。反应条件为：94℃，5min；94℃35s，62℃40s；72℃40s，5个循环；94℃35s，60℃40s，72℃40s，15个循环；94℃35s，58℃40s，72℃40s，15个循环：72℃延伸10min。PCR产物用3％琼脂糖(广州康龙科技生物公司)凝胶电泳，用凝胶成像系统观察电泳图谱。分型电泳图如图1所示，出现具有207和180bp大小2条带的AG型(泳道6和8)，只出现180bp大小1条带的为GG型(泳道2-4、7、9-12)。在这50个个体中，AG型个体29个，肌肉重0.68±0.34g，GG型个体有21个，闭壳肌重1.07±0.37g。采用SPSS17.0软件中的单因素方差分析(One-way ANOVA)对SNP位点与肌肉重进行关联分析，GG型个体的闭壳肌重显著大于AG型个体(p<0.01)，即认为它们之间具有极其显著的统计学差异。

Claims (5)

1.一种与马氏珠母贝闭壳肌重相关联的SNP标记的检测引物，其特征在于，包括：
ASSN815FI：TCCATCGTGGACAAACGTGTAA；
ASSN815RI：GTGTCAAAGTAAACTGTATCTCGTGCC；
ASSN815FO：TAGAATTGGCAAAGGAACAAGCAT；
ASSN815RO：AATAATTCCTAACAGGTGCCCGTC。
2.一种与马氏珠母贝闭壳肌重相关联的SNP标记，其特征在于，其特异性检测引物为：
ASSN815FI：TCCATCGTGGACAAACGTGTAA；
ASSN815RI：GTGTCAAAGTAAACTGTATCTCGTGCC；
ASSN815FO：TAGAATTGGCAAAGGAACAAGCAT；
ASSN815RO：AATAATTCCTAACAGGTGCCCGTC。
3.检测与马氏珠母贝闭壳肌重相关联的SNP标记的引物在鉴定马氏珠母贝闭壳肌重大小中的应用，其特征在于，包括以下步骤：
a、提取马氏珠母贝样品基因组DNA；
b、采用权利要求1所述的检测引物ASSN815FI、ASSN815RI、ASSN815FO、ASSN815RO对马氏珠母贝样品基因组DNA进行PCR扩增；
c、根据PCR扩增产物对马氏珠母贝样品进行鉴定，当出现具有207bp和180bp大小2条带的为AG型，个体为闭壳肌重小的样品；当只出现180bp大小1条带的为GG型，个体为闭壳肌重大的个体。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述的PCR扩增，其PCR反应体系为：12.5μL PCR反应体系如下：包含马氏珠母贝样品基因组DNA 40ng，1×PCR Mixture，检测引物ASSN815FI、ASSN815RI、ASSN815FO、ASSN815RO各0.5μM，0.125U Taq DNA酶，余量为水；反应条件为：94℃，5min；94℃35s，62℃40s，72℃40s，5个循环；94℃35s，60℃40s，72℃40s，15个循环；94℃35s，58℃40s，72℃40s，15个循环；72℃延伸10min。
5.权利要求2所述的与马氏珠母贝闭壳肌重相关联的SNP标记在马氏珠母贝分子标记辅助育种中的应用。
CN201410289345.3A 2014-06-24 2014-06-24 一种与马氏珠母贝闭壳肌重相关联的snp标记的检测引物及其应用 Active CN104099415B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201410289345.3A CN104099415B (zh) 2014-06-24 2014-06-24 一种与马氏珠母贝闭壳肌重相关联的snp标记的检测引物及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201410289345.3A CN104099415B (zh) 2014-06-24 2014-06-24 一种与马氏珠母贝闭壳肌重相关联的snp标记的检测引物及其应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN104099415A CN104099415A (zh) 2014-10-15
CN104099415B true CN104099415B (zh) 2015-09-23

Family

ID=51667953

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201410289345.3A Active CN104099415B (zh) 2014-06-24 2014-06-24 一种与马氏珠母贝闭壳肌重相关联的snp标记的检测引物及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN104099415B (zh)

Families Citing this family (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104561305B (zh) * 2014-12-31 2017-03-22 中国科学院南海海洋研究所 一种与马氏珠母贝软体部重和闭壳肌重显著关联的snp298299标记及引物和应用
CN104711343B (zh) * 2014-12-31 2017-08-22 中国科学院南海海洋研究所 一种与马氏珠母贝壳型与重量大小相关联的snp411871标记及引物和应用
CN105087575A (zh) * 2015-09-28 2015-11-25 黑龙江省畜牧研究所 影响栉孔扇贝肌肉生长的主效snp标记及其应用
CN106086216B (zh) * 2016-08-16 2019-09-10 中国科学院南海海洋研究所 一种与马氏珠母贝生长性状关联的snp标记及引物和应用
CN110295238A (zh) * 2019-07-10 2019-10-01 广东海洋大学 一种马氏珠母贝生长性状相关的osr1基因snp分子标记及其应用
CN110218801A (zh) * 2019-07-10 2019-09-10 广东海洋大学 一种与马氏珠母贝生长性状相关的egfr基因snp分子标记及其应用
CN110218800A (zh) * 2019-07-10 2019-09-10 广东海洋大学 一种与马氏珠母贝生长性状相关的snp分子标记及其应用

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102021227A (zh) * 2009-09-15 2011-04-20 清华大学 合浦珠母贝目的基因的定位方法
CN103740729A (zh) * 2014-01-25 2014-04-23 中国海洋大学 一种虾夷扇贝生长性状相关的snp位点及其检测和应用
CN103798165A (zh) * 2014-01-23 2014-05-21 中国科学院南海海洋研究所 一种马氏珠母贝优良育珠母贝的培育方法

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102021227A (zh) * 2009-09-15 2011-04-20 清华大学 合浦珠母贝目的基因的定位方法
CN103798165A (zh) * 2014-01-23 2014-05-21 中国科学院南海海洋研究所 一种马氏珠母贝优良育珠母贝的培育方法
CN103740729A (zh) * 2014-01-25 2014-04-23 中国海洋大学 一种虾夷扇贝生长性状相关的snp位点及其检测和应用

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Identification of sixteen singl-nucleotide polymorphism markers in the pearl oyster,pinctada fucata,for population genetic structure analysis;Huang X et al.;《J Genet》;20140331;第93卷(第1期);前言，材料和方法，结果和讨论 *
海洋珍珠贝类遗传标记研究进展;史兼华等;《海洋通报》;20060630;第25卷(第3期);80-84 *
马氏珠母贝生长性状与EST-SSR标记的关联分析;邓岳文等;《农业生物技术学报》;20130110;第21卷(第1期);77-86 *

Also Published As

Publication number Publication date
CN104099415A (zh) 2014-10-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN104099415B (zh) 一种与马氏珠母贝闭壳肌重相关联的snp标记的检测引物及其应用
Luo et al. Genetic diversity of mango cultivars estimated using SCoT and ISSR markers
CN102134593B (zh) 半滑舌鳎性别特异微卫星标记及其在超雌鱼鉴定中的应用
CN109971865B (zh) 一种与凡纳滨对虾体重性状显著相关的snp标记和应用
CN106086216B (zh) 一种与马氏珠母贝生长性状关联的snp标记及引物和应用
CN104711343A (zh) 一种与马氏珠母贝壳型与重量大小相关联的snp411871标记及引物和应用
Rivera et al. Newly emerged populations of Plasmopara halstedii infecting rudbeckia exhibit unique genotypic profiles and are distinct from sunflower-infecting strains
CN111187852A (zh) 一个与小麦产量相关的snp位点及其应用
Huang et al. Construction of a genetic linkage map in Pyropia yezoensis (Bangiales, Rhodophyta) and QTL analysis of several economic traits of blades
Zhang et al. A genome screen for the development of sex-specific DNA markers in Saccharina japonica
Ma et al. Parentage assignment of the mud crab (Scylla paramamosain) based on microsatellite markers
KR102052428B1 (ko) 머루 자원 구별을 위한 ssr 분자마커 및 이의 용도
KR101660951B1 (ko) 수박 품종 판별용 snp 마커 및 이의 용도
CN102876777B (zh) 鮸鱼est微卫星标记的特异引物及筛选方法
CN111057771B (zh) 一种用于区分“中洋1号”和普通暗纹东方鲀的snp分子标记及其应用
CN103361340B (zh) 海湾扇贝耐热相关热休克蛋白70基因标记及其辅助育种方法
CN104561305B (zh) 一种与马氏珠母贝软体部重和闭壳肌重显著关联的snp298299标记及引物和应用
CN109321664B (zh) 一种多鱗鯔鰕虎魚线粒体基因组全序列引物及设计、系统进化分析全序列扩增方法
CN110358862B (zh) 与水稻广谱高抗白叶枯病基因Xa45(t)紧密连锁的分子标记Hxjy-14
Filippi et al. Genetics and genomics applied to sunflower breeding
Tian et al. Identification of species-specific microsatellite markers in three Siniperca species by RNA-Seq
CN105671053B (zh) 一种普通小麦高千粒重基因及其应用
Sadeghi et al. Confirming the presence of two brown algae Stoechospermum polypodioides and Spatoglossum crassum as new record of Dictyotaceae in the Persian Gulf based on molecular and morphological analysis
Punetha et al. Genetic diversity assessment of cucumber (Cucumis sativus L.) genotypes using molecular markers
Delamaire et al. Isolation and characterization of six microsatellite loci in the larch budmoth Zeiraphera diniana (Lepidoptera: Tortricidae)

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C14 Grant of patent or utility model
GR01 Patent grant