发明内容
本发明的目的是为了克服现有技术费时费力成本高的缺陷,提供一种操作简单,快速灵敏,检测通量大,检测结果可视化,成本低廉的玉米转基因检测试剂盒。
本发明的目的是通过以下技术方案实现的:
本发明的玉米转基因检测试剂盒由引物组合和膜芯片组成,其特征在于引物组合为7重PCR引物组合,各对引物的碱基序列5’-3’如下:
Pat:正向引物: TGATATGGCCGCGGTTTGTGAT
反向引物: GGCCCAGCGTAAGCAATACC
Bar:正向引物: GGGGATCTACCATGAGCCCA
反向引物:GGCTCGGTACGGAAGTTGAC
Cry1Ab:正向引物:CGACATCTCCTTGTCCTTGAC
反向引物:CTCAATTTGCACCAGGAATGC
Cry105:正向引物: ACTCGATCAGGTACAATGCCA
反向引物:GCATCTGTTAGGCTCTCCAC
EPSPS:正向引物: GCGCGATCATACGGAAAAGAT
反向引物:TCGATGACTTGGCCGGTGAG
P35S:正向引物:AAGACGTTCCAACCACGTCTTCAA
反向引物:GAGGAAGGGTCTTGCGAAGG
Zein:正向引物: ACTAGTGCGACCCATATTCCAG
反向引物:AAGCGGTAAGGCCAACAGTT;
膜芯片为顺序固定在支持膜表面的7组探针序列和一组阳性对照(Positive)探针序列,7组探针序列和阳性对照探针序列的碱基序列5’-3’如下:
Pat探针: GCAAGATAGATACCCTTGGTTGGTTGCTGAGGTTGAGGGTGTT
GTGGCTGGTATTGCTT
Bar探针: ACCGAGGCGGACATGCCGGCGGTCTGCACCATCGTCAACCAC
TACATCGAGACAAGCAC
Cry1Ab探针: GCTGGGTTCGTTCTCGGACTAGTTGACATCATCTGGGGTATCT
TTGGTCCATCTCAATG
Cry105探针: GACCGTGAATGTCCCAGGTACTGGTTCCCTCTGGCCACTTTC
TGCCCAATCTCCCATTG
EPSPS探针: ACCTTACCGTCGAGACGGATGCGGACGGCGTGCGCACCATCC
GCCTGGAAGGCCGCGGC
P35S探针: CAAAGCAAGTGGATTGATGTGATATCTCCACTGACGTAAGGGAT
GACGCACAATCCCAC
Zein探针: ACTGCATGATGCAACAGGGGCTTGCCAGCTTGATGGCGTGTC
CGTCCCTGATGCTGCAG
Positive探针:GCATCCAGATCAGAAGCAATAATGAGCAGTGCGAGAAGAAC
GAGTGTCCAAAGTACCAG。
上述方案中,所述引物组合中有非对称PCR扩增引物,为5’端带生物素标志(biotin)的Tag引物,其碱基顺序如下所示:
Tag引物:biotin-5’-AGACGCCACCGCCAGCGTATTATCCGAGC C-3’。
上述方案中,所述玉米转基因检测试剂盒由引物组合、膜芯片和辅料组成,辅料为脱氧核糖核苷三磷酸(dNTP)、EX-Taq聚合酶(Polymerase)和5’端带生物素标志的阳性寡核苷酸单链DNA,5’端带生物素标志的阳性寡核苷酸单链DNA的碱基顺序为biotin-5'-CTGGTACTTTGGACACTCGTTCTTCTCGCACTGCTCATTATTGCTTC
TGATCTGGATGC-3’。
上述方案中,所述玉米转基因检测试剂盒由引物组合、膜芯片、辅料和配液组成,配液为10×PCR缓冲液、预杂交液、杂交液、洗液、封闭液、链酶亲和素标记辣根过氧化物酶和四甲基联苯胺(TMB)显色液。
上述方案中,所述预杂交液为5×SSC,0.1%重量百分比十二烷基磺酸钠(SDS)和10×Denhardt’s液,其中,SSC为0.75M 氯化钠,0.075M 柠檬酸钠,Denhardt’s液为1% Ficoll聚蔗糖,1%聚乙烯吡咯烷酮,l% 牛血清白蛋白(BSA);杂交液为5×SSC,0.1% 重量百分比十二烷基磺酸钠(SDS),5×Denhardt’s液,50%重量百分比去离子甲酰胺和100ug/ml 酵母tRNA;洗液分别为洗液1、洗液2、洗液3和洗液4,其中,洗液1为2×SSC和0.1% 重量百分比十二烷基磺酸钠(SDS),洗液2为0.5×SSC和0.1%重量百分比十二烷基磺酸钠(SDS),洗液3为100 mM(毫摩尔/升)Tris-HCl,PH7.5,150 mMNaCl,洗液4为100 mMTris-HCl,PH9.5,100 mMNaCl和100 mM MgCl2;封闭液为3%重量百分比牛血清白蛋白(BSA),100 mMTris-HCl,PH7.5,150 mMNaCl;四甲基联苯胺显色液由四甲基联苯胺显色液A液和四甲基联苯胺显色液B液使用前等量混合配成,其中,四甲基联苯胺显色液A液为200mM柠檬酸钠,PH5.4,0.2mg/ml四甲基联苯胺,四甲基联苯胺显色液B液为 3%重量百分比的H2O2用800体积的双蒸水稀释液。
上述方案中,所述支持膜为硝酸纤维素膜或尼龙膜。
本发明的玉米转基因检测试剂盒采用多重PCR扩增的方法扩增目标序列。多重PCR扩增技术原理是将多对引物放到同一个反应管中进行PCR扩增,达到同时扩增2种或两种以上目标DNA序列的目的。试剂盒采用了7重PCR扩增体系扩增目标序列,包括五种常见转基因序列Pat、Bar、Cry1Ab、Cry105、EPSPS,一个外源启动子序列P35S和玉米内源基因序列Zein。
本发明采用非对称PCR扩增技术(asymmetric PCR)用以提高检测灵敏度。非对称PCR扩增技术原理是在PCR扩增过程中采用不等量的正向引物和反向引物(或是扩增延伸条件不同的正向引物和反向引物),PCR扩增后产生大量的单链DNA,该单链DNA可以有效的和固定在支持膜上的探针杂交,从而提高检测灵敏度。
本发明在多重PCR扩增同时进行非对称PCR扩增,采用的技术方案是在多重PCR反向引物的5’端添加5’端带生物素标志的Tag序列,同时在PCR反应体系中添加过量的5’端带生物素标志的Tag引物,Tag引物的碱基顺序与上述Tag序列的碱基顺序相同,该Tag引物Tm值(解链温度)比多重PCR正向引物Tm值高10~15℃,用于非对称PCR阶段扩增单链DNA。在整个PCR扩增过程中,首先采用低退火温度(55~60℃)进行多重PCR反应,其扩增产物主要是双链DNA,之后提高退火温度(65~68℃),使正向引物不能结合到模板上,只有Tag引物和反向引物可以结合到模板上并延伸扩增,从而产生大量5’端带生物素标志的单链DNA,该单链DNA用于接下来的膜芯片杂交检测。
本发明采用基于反向斑点杂交的可视化膜芯片技术进行转基因的分子杂交检测,其工作原理是首先将针对各个转基因序列的单链探针按顺序排列固定于支持膜表面的特定区域,再将待测的多重PCR产物与其杂交,这样PCR产物中的转基因序列单链DNA就会和支持膜上的探针杂交,经洗涤去除未结合的DNA样品,由于待测PCR产物的DNA上带有生物素标志,结合了待测DNA的探针点就偶联上了生物素标志物,再经过相应的显色反应就能读取对应的杂交信号,这样一张膜芯片上就可以同时检测多个转基因目标序列。本发明的玉米转基因检测试剂盒的检测探针为59碱基的寡核苷酸探针,其顺序排列于支持膜表面的特殊区域,形成低密度探针阵列。膜芯片同待测样本杂交后经底物显色可形成肉眼可视化的检测结果。
本发明提供一种多指标检测玉米转基因的可视化膜芯片试剂盒,其中待检测的目标序列包括常见的玉米转基因序列Pat、Bar、Cry1Ab、Cry105、EPSPS、外源启动子序列P35S和玉米内源基因Zein。通过该试剂盒的检测,可以快速准确的判断待检玉米产品中是否含有上述转基因序列,适合于转基因玉米产品的大规模筛查。
本发明的有益效果是:1)操作简单,经过一次样本前处理,单管PCR扩增,单芯片杂交就可以同步检测样本中多种转基因序列,具有平行分析和多重判断的特点;2)检验对象完备,包含了当前常见的转基因序列,并且可以很方便的加入新的检测序列;3)系统在多重PCR扩增过程同时进行了非对称PCR扩增,提高了系统的灵敏度和准确性;4)试剂盒采用了可视化膜芯片的检测方式,提高了系统的检测通量,并且检测结果可以直接用肉眼判断,方便,快捷;5)试剂盒操作简单,经济,无需特殊的昂贵仪器,适用于转基因玉米的大规模检测。
因此,本发明克服了现有技术费时费力成本高的缺陷,提供的玉米转基因检测试剂盒操作简单,快速灵敏,检测通量大,检测结果可视化,成本低廉。
具体实施例
下面结合附图及实施例进一步详述本发明,但本发明不仅限于所述实施例。
实施例一
本例的玉米转基因检测试剂盒由引物组合和膜芯片组成,引物组合为7重PCR引物组合,各对引物的碱基序列5’-3’如下:
Pat:正向引物: TGATATGGCCGCGGTTTGTGAT
反向引物: GGCCCAGCGTAAGCAATACC
Bar:正向引物: GGGGATCTACCATGAGCCCA
反向引物:GGCTCGGTACGGAAGTTGAC
Cry1Ab:正向引物:CGACATCTCCTTGTCCTTGAC
反向引物:CTCAATTTGCACCAGGAATGC
Cry105:正向引物: ACTCGATCAGGTACAATGCCA
反向引物:GCATCTGTTAGGCTCTCCAC
EPSPS:正向引物: GCGCGATCATACGGAAAAGAT
反向引物:TCGATGACTTGGCCGGTGAG
P35S:正向引物:AAGACGTTCCAACCACGTCTTCAA
反向引物:GAGGAAGGGTCTTGCGAAGG
Zein:正向引物: ACTAGTGCGACCCATATTCCAG
反向引物:AAGCGGTAAGGCCAACAGTT;
膜芯片为顺序固定在支持膜表面的7组探针序列和一组阳性对照(Positive)探针序列,7组探针序列和阳性对照探针序列的碱基序列5’-3’如下:
Pat探针: GCAAGATAGATACCCTTGGTTGGTTGCTGAGGTTGAGGGTGTT
GTGGCTGGTATTGCTT
Bar探针: ACCGAGGCGGACATGCCGGCGGTCTGCACCATCGTCAACCAC
TACATCGAGACAAGCAC
Cry1Ab探针: GCTGGGTTCGTTCTCGGACTAGTTGACATCATCTGGGGTATCT
TTGGTCCATCTCAATG
Cry105探针: GACCGTGAATGTCCCAGGTACTGGTTCCCTCTGGCCACTTTC
TGCCCAATCTCCCATTG
EPSPS探针: ACCTTACCGTCGAGACGGATGCGGACGGCGTGCGCACCATCC
GCCTGGAAGGCCGCGGC
P35S探针: CAAAGCAAGTGGATTGATGTGATATCTCCACTGACGTAAGGGAT
GACGCACAATCCCAC
Zein探针: ACTGCATGATGCAACAGGGGCTTGCCAGCTTGATGGCGTGTC
CGTCCCTGATGCTGCAG
Positive探针:GCATCCAGATCAGAAGCAATAATGAGCAGTGCGAGAAGAAC
GAGTGTCCAAAGTACCAG。
支持膜为硝酸纤维素膜。
通过相应的多重PCR引物设计,采用固相亚磷酰胺三酯法合成得到上述7重PCR组合引物。根据多重PCR扩增产物设计检测探针,采用固相亚磷酰胺三酯法合成探针,探针合成时同时合成阳性探针(positive probe)和对应的5’端带生物素标志的阳性寡核苷酸(positive oligo)单链DNA,5’端带生物素标志的阳性寡核苷酸单链DNA的碱基顺序为biotin-5'-CTGGTACTTTGGACACTCGTTCTTCTCGCAC
TGCTCATTATTGCTTCTGATCTGGATGC-3’。
将支持膜裁成1.2cm×1.8cm的膜条,裁好的膜于双蒸水中浸泡15min,再用15×SSC浸泡15min,取出,置于滤纸上,60℃烘1.5 hour,膜条降温到室温后,将探针(5uM)顺序点在膜上,每个探针重复点样两次,以验证检测结果的可重复性,点样样式见图1A,膜条晾干后80℃烘2小时以固定探针,处理好的膜芯片室温保存。
按照北京康为世纪生物科技有限公司新型植物基因组DNA提取试剂盒(NuCleanPlantGen DNA Kit,CW0531)的说明提取转基因玉米品系BT11的玉米基因组DNA,每30mg初始样本经抽提后用50ul ddH2O(双蒸水)溶解基因组DNA,并用紫外分光光度计将DNA溶液稀释至同一质量浓度(50ng/ul)。
PCR扩增的反应体系如下所示:
ddH2O: 50ul
10×PCR Buffer: 5ul
dNTP (2.5mM each): 5ul
PCR引物(20μM): 0.5ul each
EX-Taq Polymerase (Takara, 5U/ul): 0.5ul
提取的玉米基因组DNA (约50ng/ul): 2ul
对上述反应体系进行PCR循环扩增,PCR循环条件如下所示,反应过程由预变性、多重PCR循环组成,条件分别为:
预变性:温度95℃,时间10分钟。
多重PCR循环:30个循环组成:
变性:温度95℃,时间45秒。
退火:温度55℃,时间30秒。
延伸:温度72℃,时间30秒。
最后延伸:温度72℃,时间10分钟。
然后进行膜芯片斑点杂交检测,膜条于42℃预杂交液(5×SSC,0.1% SDS,10×Denhardt’s)中预杂交1小时,之后将膜条放于2ml杂交液(5×SSC,0.1% SDS,5×Denhardt’s,50%去离子甲酰胺,100ug/ml 酵母tRNA)中42℃,1小时。取40ul多重PCR产物加入1ul阳性寡核苷酸单链DNA(10uM),100℃水浴变性5分钟后置于冰上,之后加入2ml杂交液中,42℃杂交16小时。洗液1(2×SSC,0.1% SDS)、洗液2(0.5×SSC,0.1% SDS)42℃各洗膜条两次,每次10分钟。将膜条置于封闭液(3%BSA,100 mMTris-HCl,PH7.5,150 mMNaCl)中37℃封闭30分钟,之后将膜条放到酶联液(用封闭液1:5000稀释链酶亲和素标记辣根过氧化物酶)中37℃,30分钟。用洗液3(100 mM Tris-HCl,PH7.5,150 mMNaCl)、洗液4(100 mM Tris-HCl,PH9.5,100 mMNaCl,100 mMMgCl2)各漂洗膜条3次,每次5分钟,之后将膜条放入 TMB显色液(100mM柠檬酸钠PH5.4,0.1mg/ml四甲基联苯胺TMB,1:1600体积比的H2O2(3%))中,避光显色10~15分钟,依照杂交点的显色情况判定结果。
本例中所用辅料和配液为外购或自配,百分比为重量百分比。
实施例二
本例的玉米转基因检测试剂盒由引物组合和膜芯片组成,引物组合中有非对称PCR扩增引物,为5’端带生物素标志(biotin)的Tag引物,其碱基顺序如下所示:
Tag引物:biotin-5’-AGACGCCACCGCCAGCGTATTATCCGAGC C-3’。
支持膜为尼龙膜。
PCR扩增的反应体系如下所示:
ddH2O: 50ul
10×PCR Buffer: 5ul
dNTP (2.5mM each): 5ul
PCR引物(20μM): 0.5ul each
Tag primer (20μM): 3.5ul
EX-Taq Polymerase (Takara, 5U/ul): 0.5ul
提取的玉米基因组DNA (约50ng/ul): 2ul
对上述反应体系进行PCR循环扩增,PCR循环条件如下所示,反应过程由预变性、多重PCR循环1和非对称PCR循环2组成,条件分别为:
预变性:温度95℃,时间10分钟。
多重PCR循环1:30个循环组成:
变性:温度95℃,时间45秒。
退火:温度55℃,时间30秒。
延伸:温度72℃,时间30秒。
非对称PCR循环2:25个循环组成:
变性:温度95℃,时间45秒。
退火:温度65℃,时间30秒。
延伸:温度72℃,时间30秒。
最后延伸:温度72℃,时间10分钟。
检测结果如图1B所示。
其余同实施例一。
实施例三
本例的玉米转基因检测试剂盒由引物组合、膜芯片和辅料组成,辅料为脱氧核糖核苷三磷酸(dNTP)、EX-Taq聚合酶(Polymerase)和5’端带生物素标志的阳性寡核苷酸单链DNA,5’端带生物素标志的阳性寡核苷酸单链DNA的碱基顺序为biotin-5'-CTGGTACTTTGGA
CACTCGTTCTTCTCGCACTGCTCATTATTGCTTCTGATCTGGATGC-3’。
提取的玉米基因组DNA为转基因玉米品系BT176,检测结果如图2B所示。
其余同实施例二。
实施例四
本例的玉米转基因检测试剂盒由引物组合、膜芯片、辅料和配液组成,配液为10×PCR缓冲液、预杂交液、杂交液、洗液、封闭液、链酶亲和素标记辣根过氧化物酶和四甲基联苯胺(TMB)显色液。
提取的玉米基因组DNA为转基因玉米品系MON88017,检测结果如图3B所示。
其余同实施例二。
实施例五
本例的玉米转基因检测试剂盒由引物组合、膜芯片、辅料和配液组成,配液为10×PCR缓冲液、预杂交液、杂交液、洗液、封闭液、链酶亲和素标记辣根过氧化物酶和四甲基联苯胺(TMB)显色液,其中,预杂交液为5×SSC,0.1% SDS和10×Denhardt’s;杂交液为5×SSC,0.1% SDS,5×Denhardt’s,50%去离子甲酰胺和100ug/ml 酵母tRNA;洗液分别为洗液1:2×SSC和0.1% SDS,洗液2:0.5×SSC和0.1% SDS,洗液3:100 mM Tris-HCl,PH7.5,150 mM NaCl,洗液4:100 mM Tris-HCl,PH9.5,100 mM NaCl和100 mM MgCl2;封闭液为3% BSA,100 mM Tris-HCl,PH7.5,150 mM NaCl;四甲基联苯胺显色液分别为四甲基联苯胺显色液A液:200mM柠檬酸钠PH5.4,0.2mg/ml四甲基联苯胺,四甲基联苯胺显色液B液: 3% H2O2用800体积的双蒸水稀释液,使用前A液B液等量混合配成四甲基联苯胺显色液。
支持膜为硝酸纤维素膜。
提取的玉米基因组DNA为转基因玉米品系MON89034,检测结果如图4B所示。
其余同实施例二。
实施例六
本例的玉米转基因检测试剂盒由引物组合、膜芯片、辅料和配液组成,其中,多重PCR扩增试剂一管600ul,每48ul试剂可检测一个DNA样本,每48ul扩增体系构成如下:10×PCR Buffer(Takara) 5ul,dNTP (2.5mM each) 5ul,7对多重PCR引物(20μM) 0.5ul each, Tag primer(20μM) 3.5ul, EX-Taq Polymerase(Takara, 5U/ul) 0.5ul,ddH2O加至48ul。每一样本检测需要吸取48ul扩增试剂,加入2ul待检测基因组DNA (约50ng/ul)。
阳性寡核苷酸单链DNA(10uM)一管15ul。
预杂交液(5×SSC,0.1% SDS,10×Denhardt’s)一瓶30ml。杂交液(5×SSC,0.1% SDS,5×Denhardt’s,50%去离子甲酰胺,100ug/ml 酵母tRNA)一瓶30ml。
洗液1(2×SSC,0.1% SDS)10倍浓缩液一瓶12ml,使用前加108ml ddH2O。洗液2(0.5×SSC,0.1% SDS)10倍浓缩液一瓶12ml,使用前加108ml ddH2O。
封闭液/酶联液(3%BSA,100 mM Tris-HCl,PH7.5,150 mMNaCl)一瓶60ml。链酶亲和素标记辣根过氧化物酶(1mg/ml)一管5ul,使用前用封闭液1:5000稀释成酶联液。
洗液3(100 mM Tris-HCl,PH7.5,150 mMNaCl)10倍浓缩液一瓶18ml,使用前加162ml ddH2O。洗液4(100 mM Tris-HCl,PH9.5,100 mMNaCl,100 mM MgCl2)10倍浓缩液一瓶18ml,使用前加162ml ddH2O。
TMB显色液A液(200mM柠檬酸钠PH5.4,0.2mg/ml四甲基联苯胺TMB)一瓶15ml。TMB显色液B液(1:800体积比的H2O2(3%))一瓶15ml。使用前A液B液等量混合配成TMB显色液。
提取的玉米基因组DNA为非转基因玉米品系郑单958,检测结果如图5B所示。
其余同实施例五。
IIndividual Applicant
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Street : 雁江区晨风路6号周祠坝49栋703号
City : 资阳市
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