具体实施方式
说明书中的近似用语用来修饰数量,表示本发明并不限定于该具体数量,还包括与该数量接近的可接受的而不会导致相关基本功能的改变的修正的部分。相应的,用“大约”、“约”等修饰一个数值,意为本发明不限于该精确数值。在某些例子中,近似用语可能对应于测量数值的仪器的精度。
在以下的说明书和权利要求中,除非清楚地另外指出,单复数不加以限制。
本申请所提及的“可”、“可能”和“可为”表示在一定环境下发生的可能性;具有指定的性质,特征或者功能的可能性;和/或通过显示一个或者多个能力、性能而适合于另一种动作,或者与该适合的动作相关的可能性。因此,用于“可”、“可能”和“可为”表示修饰的术语显然适合、能够或者适于所表示的能力,功能,或者用途,同时考虑在一些情况下,所修饰的术语可能有时不适合、不能或者不合适。例如,在一些情况下,事件或者能力可能是所期望的,而在其它情况下,该事件或者能力不能发生。这种区别通过术语“可”、“可能”和“可为”涵盖。
在下文中,将根据附图说明本发明的实施方式,将不会详细描述众所周知的功能和结构,以避免因不必要的细节而使本发明变得令人费解。
请参图1,根据本发明的第一实施例所提供的装置1包括:石英纤维滤纸10,其包括:样品接收部12,其与含核酸的样品溶液(未图示)接触以吸着样品溶液,并在洗涤液(未图示)在远离样品接收部12的吸力作用下流过以洗涤的时候将大部分核酸保持在周围。
石英纤维滤纸10包括任何吸着样品溶液且不抑制核酸的储存或后续分析的多孔吸液材料。一些实施例中,石英纤维滤纸10由无粘结剂的纯石英纤维制成。一些实施例中,石英纤维滤纸对颗粒大小不小于2.2微米的粒子阻止通过效率为约98%,基础重量为约85g/m
2,厚度范围为约300微米到约600微米。可应用于本发明的石英纤维滤纸的示例,包括但不限于可从美国新泽西州通用电气医疗集团生物科学公司购得的
grade QM-A石英超细纤维滤纸以及可从美国马萨诸塞州比尔里卡Millipore公司购得的AQFA石英纤维滤纸。
石英纤维滤纸10可为洗涤液能在其上移动的长形条。石英纤维滤纸10可由如聚酯(
)或PET等塑料材料之类的背衬材料提供支持。
本发明的装置可为一个简单的核酸纯化设备,也可为整个核酸分析设备/仪器组件的组成部分。
样品接收部12可为样品溶液能吸着的任何形状和构造。样品接收部12可为石英纤维滤纸10本身的一部分、也可为与石英纤维滤纸10液体接触的吸液垫。
一些实施例中,石英纤维滤纸10呈长条形,包括样品接收部12,与样品接收部12间隔且供洗涤液添加于上的洗涤部14,第一尾部16,和第二尾部18。洗涤部14相对于第二尾部18更靠近第一尾部16。样品接收部12比洗涤部14更接近第二个尾部18。在这样的构造中,当洗涤液施加到洗涤部14时,大部分的洗涤液将从洗涤部14出发、流过样品接收部12,且在远离样品接收部12的吸力作用下流向第二尾部18。
一些实施例中,洗涤部14为第一尾部16。
本发明中“吸着”是指样品溶液被吸收、吸附或掺入或掺到样品接收部,使得不容易从样品接收部移除,除非遭受到有意或不慎从样品接收部移除吸着的组成的条件。
本发明中“大部分核酸”指保持在样品接收部周围的核酸的量占样品接收部吸着的样品溶液中核酸的总量的至少约15%、或者至少约50%、或至少约90%。
本发明中“分离”指的是从样品溶液以方便如核酸扩增分析等后续分析/使用的方式进行的隔离或纯化核酸的行为或行动。
本发明中“核酸”是指脱氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA)的任一个或两个。分离得到的核酸可包括单一类型的核酸或2个以上不同类型的核酸。分离得到的核酸可为单链、双链以及直链或环状。分离得到的核酸的长度也没有限制,可在几个碱基对(base pair,bp)到几百万bp的范围内。然而,为了便于操作,一般在几个bp到数百kbp范围内。本发明的核酸分离/纯化方法可以迅速回收比传统的方法范围更宽的核酸长度。本发明分离核酸的长度可在约1bp到约1500kbp范围内,或者从1kbp到约500kbp的范围,或者从约20kbp到约200kbp的范围。
本发明的分析物没有限制。分析物的示例包括人和动物的生理/病理体液(如分泌物、排泄物、渗出物和漏出物)或细胞悬浮液(如血液、淋巴液、滑液、精液、含有口腔细胞的唾液、皮屑、发根细胞等);植物的生理/病理液体或细胞悬浮液;细菌、真菌、质粒,病毒等的液态产物、提取物或悬浮液;包括蠕虫、原生动物、螺旋体等寄生物的液态产物、提取物或悬浮液;人或动物躯体组织(例如,骨,肝,肾等)的液体提取物或匀浆;来自DNA或RNA合成的媒介;用化学法或生物学法合成的DNA或RNA的混合物;以及其他任何DNA和/或RNA的可能来源。特别地,分析物包括如血液,血细胞和含抗凝剂的血液等生理或临床样品。一个从源头取得分析物的方法示例是通过静脉穿刺从人体或动物源取得含有核酸的血液样本。
样品溶液可以溶解、悬浮、混合或其他方式包含DNA和RNA中一个或两个、或含有DNA和RNA中一个或两个的细胞、细胞成分或细胞提取物。样品溶液可从分析物制备而得。
从分析物制备含有核酸的样品溶液的一个示例方法包括以下步骤:把分析物样品注入容器;把核酸溶解试剂加入容器,并混合分析物样品和核酸溶解试剂;温育混合而成的溶液;以及把水溶性有机溶剂加入经温育的混合溶液中。其中前述方法的后两个步骤为可选步骤。核酸溶解试剂溶解需要溶解的细胞膜和核膜并溶解/扩散核酸。核酸溶解试剂的示例包括含有离液盐(chaotropic salt)、表面活性剂和蛋白酶中至少一个的溶液。但核酸溶解试剂也可以干燥形态应用。在某些制备含有核酸的样品溶液的方法中,也可能仅仅涉及将分析物溶于水。
前述制备含有核酸的样品溶液的方法可以借助例如超声波处理、尖锐突出物处理、或高速搅拌或震荡处理等技术手段。
本发明可用的蛋白酶可为例如丝氨酸蛋白酶、半胱氨酸蛋白酶和金属蛋白酶等中的至少一个。关于丝氨酸蛋白酶,没有特别限定,例如,蛋白酶K就可使用。对于半胱氨酸蛋白酶也没有特别限制,例如,木瓜蛋白酶和组织蛋白酶即可使用。金属蛋白酶也没有特别限制,例如,羧肽酶可用。可用不含核酸酶的蛋白酶。包含如金属离子等稳定剂的蛋白酶,也可用。具体而言,氯化镁或类似的形式存在的镁离子为可用的稳定剂。稳定剂在整个反应体系的总体积中的浓度可为约1毫摩尔/毫升到约1000毫摩尔/毫升、或约10毫摩尔/毫升到约100毫摩尔/毫升。
蛋白酶的用量可以为添加后每毫升全部反应体系的约0.001IU到约10IU、或者约0.01IU到约1IU。
蛋白酶可与离液盐、表面活性剂或其他试剂一起应用。另外,蛋白酶也可与如离液盐和表面活性剂等其他试剂分开使用。在后一种情况下,分析物样品首先与蛋白酶混合,产生的混合物再与含有离液盐和/或表面活性剂的试剂混合。或者,分析物样品可先与含有离液盐和/或表面活性剂的试剂混合,再与蛋白酶混合。
对混合分析物样品和核酸溶解试剂的方法没有特别限定。
通过在较佳温度以较佳反应时间来温育分析物样品和核酸溶解试剂的混合物,可以提高分离和纯化得到的核酸的产量。孵化温度通常为约20℃至约70℃,而孵化时间通常是从约1分钟到约90分钟。温育方法没有特别限定,可以用浸入热浴或放入加热室的方式来进行。
核酸溶解试剂溶液的pH值可为约5到约10、或者约6至约9、或者约6.5到约8。
在核酸溶解试剂溶液中离液盐的浓度可为约0.5摩尔/升或以上,也可为约0.5摩尔/升至约10摩尔/升,还可为约5摩尔/升至约8摩尔/升。盐酸胍是优先考虑的离液盐,但也可用其他离液盐(如三氟醋酸钠,高氯酸钠,钠碘和异硫氰酸胍)。除了离液盐,也可以用脲作为离液性物质。这些离液性物质可单独使用,也可两个或两个以上结合使用。
核酸溶解试剂溶液可包含水溶性有机溶剂。醇类是优先考虑的水溶性有机溶剂,其可为伯醇,仲醇及叔醇,如甲醇、乙醇、丙醇及其同分异构体,和丁醇及其同分异构体等。这些水溶性有机溶剂可单独使用、也可两个或以上组合使用。核酸溶解试剂溶液中水溶性有机溶剂的重量浓度,可为约1%到约20%。
核酸溶解试剂溶液中表面活性剂的重量浓度可为约0.1%到约20%。核酸溶解试剂溶液中的表面活性剂的示例包括非离子表面活性剂,阳离子表面活性剂,阴离子表面活性剂和两性表面活性剂。
聚氧亚乙基烷基苯基醚类表面活性剂、聚氧亚乙基烃基醚类表面活性剂和脂肪酸烷基酰胺可作为非离子表面活性剂使用,其中聚氧亚乙基辛基苯基醚(如TritonTM X-100)和聚氧亚乙基烃基醚类表面活性剂可优先选用。聚氧亚乙基烃基醚类表面活性剂的示例包括POE癸醚、POE月桂基醚、POE十三烷基醚、POE亚烷基癸醚、POE失水山梨醇单月桂酸酯、POE脱水山梨糖醇单油酸酯、POE脱水山梨糖醇单硬脂酸酯、四油酸聚氧乙烯山梨糖醇、POE烷基胺和POE炔二醇。
阳离子表面活性剂的示例包括溴化十六烷基三甲基铵、氯化十二烷基三甲基铵、氯化十四烷基三甲基铵和氯化十六烷基吡啶。这些表面活性剂可单独应用也可两个或两个以上组合运用。
若要回收RNA以外的其他核酸,如DNA,可在核酸溶解试剂溶液中添加RNA分解酶以降低RNA可能对回收的核酸带来的干扰。RNA分解酶示例如核糖核酸酶H(RNase H)。也可加DNA分解酶抑制剂。
另一方面,在回收除DNA以外的其他核酸,如RNA,的情况下,可添加DNA分解酶至核酸溶解试剂溶液。这样,可减少DNA对回收的核酸的可能干扰。DNA分解酶的示例如DNase I。也可添加RNA分解酶抑制剂。
在一些实施例中,可在洗涤液洗涤石英纤维滤纸后添加特定降解DNA或RNA的酶到样品接收部。
含有核酸的样品溶液可包含消泡剂。消泡剂的示例包括含硅消泡剂(如硅油、二甲基聚硅氧烷、有机硅乳液,改性聚硅氧烷和有机硅化合物)、醇类消泡剂(例如乙炔二醇、庚醇、辛醇,高碳醇和聚氧化亚烷基二醇)、醚类消泡剂(例如,庚基溶纤剂和壬基溶纤剂-3-庚基山梨糖醇)、脂肪和油类消泡剂(如动物油和植物油)、脂肪酸类消泡剂(例如,硬脂酸,油酸和棕榈酸)、金属皂类消泡剂(例如,硬脂酸铝和硬脂酸钙)、脂肪酸酯类消泡剂(例如,天然蜡和磷酸三丁酯)、磷酸盐类消泡剂(例如,辛基磷酸钠)、胺类消泡剂(例如二戊基胺)、酰胺类消泡剂(例如,硬脂酸酰胺)和其他消泡剂(如硫酸铁和钒土)。含硅消泡剂和醇类消泡剂可同时使用。
醇类可作为水溶性有机溶剂添加到温育过的混合溶液。可用伯醇、仲醇及叔醇中任何一种。其中甲醇、乙醇、丙醇、丁醇及前述醇的异构体都可用。水溶性有机溶剂在含有核酸的样品溶液中的重量浓度可为从约5%至约90%。
含有核酸的样品溶液和洗涤液可用管子、移液管、自动注入装置、或任何其他适用的方法或工具添加到石英纤维滤纸上。洗涤液在没有外力仅靠吸力作用的情况下在石英纤维滤纸上流动或穿过、带走在石英纤维滤纸上吸着能力比核酸低的杂质,从而可在将大部分核酸保持在样品接收部周围的情况下洗涤样品接收部。
洗涤液可与含有核酸的样品溶液在石英纤维滤纸的同一个位置添加,即都在样品接收部添加。洗涤液也可从石英纤维滤纸上不同于样品接收部的位置添加。在前一种情况下,样品接收部和洗涤部是石英纤维滤纸的同一个位置。
洗涤液可包括能分解杂质(例如蛋白质)的酶。此外,它可根据需要包括脱氧核糖核酸酶、核糖核酸酶或类似物。包含脱氧核糖核酸酶的洗涤液的使用可有助于RNA的选择性回收。同样,包含核糖核酸酶的洗涤液可有助于选择性的回收DNA。
洗涤液可包括水溶性有机溶剂和/或水溶性盐。洗涤液洗出样品溶液中与核酸一起吸着在石英光纤滤纸上的杂质。因此,它可含有将杂质从石英纤维滤纸脱吸的同时让核酸保持吸着的成分。核酸难溶的水溶性有机溶剂,如醇类,适合从石英纤维滤纸解吸核酸以外的其他成分。与此同时,水溶性盐的纳入可增强核酸的吸附,协助对不必要的杂质的选择性解吸。
洗涤液中的水溶性有机溶剂的示例包括甲醇、乙醇、异丙醇、正丙醇、正丁醇和丙酮,其中乙醇较为合适。水溶性有机溶剂在洗涤液中的重量浓度可为约20%至100%或约40%到约100%。
另一方面,洗涤液中的水溶性盐可为卤化盐或三(羟甲基)氨基甲烷。
参照图2,根据本发明的第二个实施例的装置2包括一个石英纤维滤纸20,包括上半部分24和下半部分26的塑料壳体22,以及吸液垫28。
石英纤维滤纸20与第一实施例中的石英纤维滤纸10类似,包括样品接收部202,洗涤部204,第一尾部206,和第二尾部208。洗涤部204相较于第二尾部208更接近第一尾部206。样品接收部202比洗涤部204更接近第二尾部208。在这种构造下,当洗涤液加到洗涤部204时,更多的洗涤液就会在远离样品接收部202的吸力作用下,从洗涤部204出发流过样品接收部202、流向第二尾部208。
塑料壳体22包覆石英纤维滤纸20和吸液垫28。其上下两半部分24,26可一体成型也可分别单独成型。上半部分24包括与样品接收部202和洗涤部204分别对应的样品通孔240和洗涤通孔242。加入含有核酸的样品溶液后,样品通孔240可在含有核酸的样品溶液完全吸着前与样品接收部202一起容纳含有核酸的样品溶液。
吸液垫28中的一个与洗涤部204相邻和垂直对齐,而另一个与第二尾部208相邻和垂直对齐,以协助增强使洗涤液从样品接收部202远离的吸力。
请参考图3,根据本发明的第三实施例的装置3包括石英纤维滤纸30,包括上半部分34和下半部分36的塑料壳体32,以及吸液垫38。
石英纤维滤纸30与第一实施例中的石英纤维滤纸10类似,包括样品接收部302,第一尾部306,和第二尾部308。样品接收部302相较于第二尾部308更接近第一尾部306。
塑料壳体32包覆石英纤维滤纸30和吸液垫38。其上下两半部分34,36可一体成型也可分别单独成型。上半部分34包括与样品接收部302对应的样品通孔340。加入含有核酸的样品溶液后,样品通孔340可在含有核酸的样品溶液完全吸着前与样品接收部302一起容纳含有核酸的样品溶液。
吸液垫38与石英纤维滤纸30相邻和垂直对齐,以协助使洗涤液从样品接收部302远离。
采用这样的构造,含有核酸的样品溶液和洗涤液都从样品接收部302添加。把洗涤液添加至样品接收部302时,洗涤液将受远离样品接收部302的吸力作用流过样品接收部302、流向第二尾部308和/或吸液垫38。
吸液垫28,38由吸液材料制得,如纤维素、二氧化硅超细纤维滤纸、玻璃纤维和石英纤维滤纸。
在一些实施例中,样品接收部可位于壳体以外。
本发明涉及的方法包括:将含有核酸的样品溶液与石英纤维滤纸的样品接收部接触以使样品溶液吸着至样品接收部;使洗涤液在远离样品接收部方向的吸力作用下流过样品接收部以在将大部分核酸保持在样品接收部周围的情况下洗涤样品接收部。
本发明中石英纤维滤纸的多孔性所固有的吸力作为使洗涤液流动和基于杂质和核酸对多孔的石英纤维滤纸不同的吸着力带走样品溶液中除核酸外的杂质的动力,从而消除了对产生外部动力(如离心力和压力)的仪器和具有特定技能的人才的需求,使在偏远地区的现场分离成为可能。将洗涤液流经样品接收部以带走杂质并同时把核酸保持在样品接收部周围,核酸从样品溶液中与杂质充分分离,可用常规检测核酸检测方法(如PCR技术)被检测到。故而本发明具有纯化效果。
本发明涉及的方法可为任何分析中高成本效益和效率的简单的纯化的步骤,特别是涉及核酸扩增,如聚合酶链反应(PCR)等石英纤维滤纸的存在没有任何显著的抑制作用的分析。石英纤维滤纸在含有核酸的样品溶液和洗涤液先后添加后意外的将大部分核酸保留在样品接收部周围。在石英纤维滤纸上分离后,核酸可在石英纤维滤纸上受到进一步的分析,或如有必要,可从石英纤维滤纸洗脱或以其他方式提取核酸,并对洗脱和提取产物进行分析。
洗涤液洗涤后,样品接收部通常变回与含有核酸的样品溶液加入前相同或接近的颜色。在一些实施例中,石英纤维滤纸在洗涤后是在低于约90℃、或在37℃或40℃、或室温等温度进行干燥。例如在实验室环境中,石英纤维滤纸,或其样品接收部周围提取的一小片可用于进一步的分析。
例如,为了检测石英纤维滤纸上特定核酸的存在,可将提取的一小片石英纤维滤纸浸到PCR混合物中。PCR混合物可包括如核苷酸,聚合酶和PCR引物等放大某一表征特定生物体的特定的核酸序列的试剂。PCR混合物可进一步包括缓冲物、镁盐等。
对石英纤维滤纸上的核酸进行PCR分析获得的Ct值相当于使用传统的复杂的纯化和/或存储方法获得的核酸的PCR分析Ct值。这表明,本发明的方法和装置有效地净化核酸和去除污染物/抑制剂。
本发明中所指的核苷酸包括引物(例如,PCR引物和逆转录-PCR引物)、用于LCR、DNA或RNA探针的寡核苷酸底物、用于遗传序列分析的寡核苷酸、或靶序列稳定剂。
本发明中的“引物”是指一个寡核苷酸片段,其可与石英纤维滤纸上的互补的核酸序列退火并导向,引发DNA链(或RNA链)的合成,合成的链含有一段与另一寡核苷酸互补的序列。对于某些应用,可能需要预先设定寡核苷酸的序列和它的互补序列。在其他的应用中,该序列可为未知。许多简并引物或带有预测能与互补序列相结合的序列的引物都可使用。引物对可用于扩增一对互补序列以及在二种已知或未知大小的互补序列之间的序列。另外,引物可用于扩增模板,该模板最初是双链DNA或RNA,也可以是单链DNA或RNA。对于单链模板,与寡核苷酸之一互补的序列退火杂交到其互补序列上时,通过第一引物的延伸而合成。
用于PCR或逆转录-PCR的引物,可以像通常一样以引物对形势存在,也可只有一种引物,正如在作基因组序列分析或用于逆转录-PCR的某些方案中可能的情况那样。
实验示例
下述实验示例为本技术领域内的技术人员实施本发明提供进一步的指导。示例并不限定权利要求书中界定的本发明的范围。
在实验中不同的水的成分用离子浓度进行表征。
例1分离后的位置分析
把包括抗凝血剂(肝素钠)的2.5μL人全血样品、0.25μL蛋白酶K(20毫克/毫升)和2.5μL包含66.87%盐酸胍和4%的TritonTM X-100的溶液加入到1.5ml微离心管。
晃动微离心管约15秒,然后在室温、间歇振荡的情况下温育约10分钟以准备样品溶液。温育结束,微离心管中混合物的颜色从红色变为深褐色。
制备获得的样品溶液从微离心管通过如图2所示构造的装置的壳体的样品通孔加入以接触石英纤维滤纸的样品接收部。石英纤维滤纸是4毫米宽、6厘米长的从美国新泽西州通用电气医疗集团生物科学公司获得
grade QM-A石英微纤维滤纸。塑料壳体是从中国上海的上海杰一生物科技有限公司获得的A-10塑料壳体。洗涤部和第二尾部下面的吸液垫为美国新泽西州通用电气医疗集团生物科学公司获得的
grade 470特殊用途滤纸。
5秒钟后,观察到样品溶液吸着到石英纤维滤纸的样品接收部,样品接收部的颜色变为棕色。通过壳体的洗涤通孔把洗涤液(150μL,80%的乙醇溶液)加到洗涤部以使洗涤液从洗涤部流过样品接收部从而洗涤样品接收部。
肉眼观察样品接收部周围无可见杂质且样品接收部的颜色变成样品溶液加入前的颜色时,把设备放入37℃烤箱干燥30分钟。从样品溶液加入到样品接收部的颜色变回,只花了约5分钟时间。干燥后,从壳体取出石英纤维滤纸,并沿长度方向切成12小片,每小片宽度为4毫米、长度为5毫米。每个小片被放置到一个单独的0.8%琼脂糖凝胶样品匣以进行脉冲场凝胶电泳。
脉冲场凝胶电泳是在来自美国加州的Bio-Rad Laboratories,Inc.的CHEFXA系统进行,时间为45分钟,电压为120V。电泳后,用1×SYBRGREEN I溶液染色琼脂糖凝胶1.5小时,然后再使用来自美国新泽西州通用电气医疗集团生物科学公司的TyphoonTM TrioTM可变模式成像仪扫描以获得电泳图像。
得到的电泳图像如图4所示。图4中泳道A-L分别代表石英纤维滤纸从第一尾部到第二尾部按顺序切分的12小片的图像,如泳道A-B代表石英纤维滤纸上对应第一尾部和洗涤部的小片的图像,泳道C-D代表样品接收部的小片的图像,而泳道M代表DNA标记(DL15000,Takara)。图像显示,洗涤后,大多数核酸保持在样品接收部周围。
例2分离后的尺寸分析
使与例1中相同的石英纤维滤纸以与例1相同的方式接触与例1相同的方法制备的相同数量的样品溶液,然后用与例1同样数量同样成分的洗涤液用与例1相同的方式进行洗涤。
用和例1相同的方式干燥洗涤后的石英纤维滤纸后,将其从塑料壳体中取出,如图5所示,在样品接收部202周围、虚线211之间截取1厘米长的小片210。把小片210分为两半,置于1%琼脂糖凝胶样品样品匣以进行脉冲场凝胶电泳。
脉冲场凝胶电泳是在CHEF
XA系统进行,时间为24小时,电压为6v/cm,温度为10℃。电泳后,用1×SYBR GREEN I溶液染色琼脂糖凝胶5小时,然后再使用来自美国新泽西州通用电气医疗集团生物科学公司的TyphoonTM TrioTM可变模式成像仪扫描以获得电泳图像。得到的电泳图像如图6所示。
对比例1
参照Qiagen公司的QIAamp血液迷你试剂盒产品手册中建议的操作流程,从包括抗凝血剂(肝素钠)的2.5μL人全血中提取2.5μLDNA溶液,将该2.5μLDNA溶液与2.5μL水混合后置于1%琼脂糖凝胶样品匣以与例2相同的条件进行脉冲场凝胶电泳。
参照Qiagen公司的QIAamp血液迷你试剂盒产品手册中建议的操作流程,从包括抗凝血剂(肝素钠)的2.5μL人全血中提取2.5μLDNA溶液,将该2.5μLDNA溶液与2.5μL水混合后滴至与例1中相同的石英纤维滤纸的样品接收部上。干燥后,以如例2相同的方式截取1厘米长的小片210。把小片210分为两半,置于1%琼脂糖凝胶样品样品匣以与例2相同的条件进行脉冲场凝胶电泳。
此例中的电泳图像也示于图6。图6中泳道N表征MidRange II PFG标记,泳道O为对比例1中2.5μLDNA溶液与2.5μL水混合物的电泳图像,泳道P为对比例1中截取的小片的电泳图像,而泳道Q为例2中截取的小片的电泳图像。
从图6可以看出,对比例1中分离/纯化的DNA的尺寸范围与QIAamp血液迷你试剂盒产品手册中介绍的相符,为200bp到50kbp,且比例2中分离/纯化得到的DNA的尺寸范围窄很多。
例3分离后的数量分析
使与例1中相同的3张石英纤维滤纸以与例1相同的方法分别接触与例1相同的方法制备的相同数量的3份样品溶液,然后用与例1同样数量同样成分的3份洗涤液用与例1相同的方式分别进行洗涤。
用与例1相同的方式干燥后,在每张石英纤维滤纸的样品接收部周围用Harris Uni-coreTM 1.2mm打孔器截取直径为1.2mm的圆形片。每个圆形片放入盛有25μl master-mix的25μl PCR管进行为beta-actin的Taqman实时PCR(包含Ex Taq HS、300nM每beta-actin引物和100nM beta-actin探针的1×PCR缓冲物)。
对比例2
参照Qiagen公司的QIAamp血液迷你试剂盒产品手册中建议的操作流程,从3个包括抗凝血剂(肝素钠)的2.5μL人全血样本中各提取2.5μLDNA溶液,将该3份2.5μL的DNA溶液分别与2.5μL水混合后分别滴至与例1中相同的石英纤维滤纸的样品接收部上。
用与例1相同的方式干燥后,在每张石英纤维滤纸的样品接收部周围用与例3相同的方式截取直径为1.2mm的圆形片。每个圆形片放入盛有25μlmaster-mix的25μl PCR管进行为beta-actin的Taqman实时PCR(包含Ex TaqHS、300nM每beta-actin引物和100nM beta-actin探针的1×PCR缓冲物)。
用SmartII thermocycler(Cepheid)进行实时PCR,循环条件为95℃30秒,然后40个2步循环(95℃5秒和60℃20秒)。
用例3和对比例2中的圆形片均成功的得到了beta-actin扩增。得到的Ct值列于下表1。结果表明例3中纯化得到的DNA的数量与对比例2中得到的数量相当/更多。
表1
|
Ct值 |
对比例2中的圆形片 |
29.41,30.06,29.49 |
例3中的圆形片 |
29.23,29.39,29.23 |
例4没有塑料壳体的情况下进行的分离
把与例1相同的方法制备的相同数量的样品溶液滴加到与例1中相同的石英纤维滤纸的样品接触部。约5秒钟后,样品溶液已被样品接收部吸着,可见样品接收部的颜色变为棕色。
随即,如图7所示,把石英纤维滤纸80的第一尾部82插入盛于96-孔板的一个孔86的与例1中洗涤液相同的150μL洗涤液84中。样品接收部88及其以下的部分81是暴露在洗涤液84的液面83以外的。约5分钟后,样品接收部88的颜色变回样品溶液84添加前的颜色,从洗涤液84中抽出石英纤维滤纸80,在37℃烤箱干燥20分钟。用与例3相同的方式截取直径为1.2mm的圆形片进行扩增。
重复实验1次。两个圆形片都成功的得到了beta-actin扩增,得到的Ct值分别为27.99和28.08。
对比例3未经干燥的分离
使与例1中相同的石英纤维滤纸接触与例1相同的方法制备的相同数量的样品溶液,然后用与例1同样数量同样成分的洗涤液用与例1相同的方式进行洗涤。
没有任何干燥步骤,用与例3相同的方式截取直径为1.2mm的圆形片进行扩增。得到的圆形片未能成功的得到beta-actin扩增。
例5单一进料口的分离
使用如图3所示构造的设备。使与例1相同的方法制备的相同数量的样品溶液通过塑料壳体的样品通孔与例1中相同的石英纤维滤纸接触,然后用与例1同样数量同样成分的洗涤液进行洗涤,但与例1不同的是,洗涤液也从样品通孔通过加到石英纤维滤纸的样品接收部上。
用与例1相同的方式干燥后,用与例3相同的方式截取直径为1.2mm的圆形片进行扩增。
重复实验1次。两个圆形片都成功的得到了Beta-actin扩增,得到的Ct值分别为27.76和28.73。
例6与不洗石英纤维滤纸的对比分析
使与例1中相同的石英纤维滤纸以与例1相同的方式接触与例1相同的方法制备的相同数量的样品溶液,用与例1相同的方式干燥后,用与例3相同的方式截取直径为1.2mm的圆形片进行扩增。
使与例1中相同的石英纤维滤纸以与例1相同的方式接触与例1相同的方法制备的相同数量的样品溶液,然后用与例1同样数量同样成分的洗涤液用与例1相同的方式进行洗涤。用与例1相同的方式干燥后,用与例3相同的方式截取直径为1.2mm的圆形片进行扩增。
两个圆形片都成功的得到了Beta-actin扩增,得到的Ct值列于下表2。结果显示未经洗涤步骤的圆形片的Ct值高于经过洗涤步骤的圆形片的Ct值,也就是说,经过洗涤步骤,扩增的效率提高了。
表2
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Ct值(2个重复实验) |
未经洗涤步骤的圆形片 |
38.93,36.89 |
经过洗涤步骤的圆形片 |
29.59,28.22 |
例7与未洗涤的人全血样本的对比分析
把包括抗凝血剂(肝素钠)的2.5μL人全血样品与2.5μL水混合后滴加到与例1中相同的石英纤维滤纸的样品接收部。干燥后,用与例3相同的方式截取直径为1.2mm的圆形片进行扩增。
使与例1中相同的石英纤维滤纸以与例1相同的方式接触与例1相同的方法制备的相同数量的样品溶液,然后用与例1同样数量同样成分的洗涤液用与例1相同的方式进行洗涤。用与例1相同的方式干燥后,用与例3相同的方式截取直径为1.2mm的圆形片进行扩增。
重复上述实验各1次。四个圆形片都成功的得到了Beta-actin扩增,得到的Ct值列于下表3。结果显示未经洗涤步骤的圆形片的Ct值高于经过洗涤步骤的圆形片的Ct值,也就是说,未加核酸溶解试剂等的样品溶液(人全血溶液,或分析物溶液),也可扩增,但经过洗涤步骤,扩增的效率提高了。
表3
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Ct值(2个重复实验) |
未经洗涤步骤的圆形片 |
32.42,32.44 |
经过洗涤步骤的圆形片 |
29.36,28.48 |
例8与购得的产品的对比分析
用例1中相同的方式把包括抗凝血剂(肝素钠)的2.5μL人全血样品、0.25μL蛋白酶K(20毫克/毫升)和5μL包含66.87%盐酸胍和4%的TritonTMX-100的溶液配制成样品溶液。使与例1中相同的石英纤维滤纸以与例1相同的方式接触制备的样品溶液,然后用与例1同样成分的400μl洗涤液用与例1相同的方式洗涤石英纤维滤纸5分钟。
用例1中相同的方式把包括抗凝血剂(肝素钠)的2.5μL人全血样品和5μL来自Nanohelix Co.,Ltd.的punch-itTM NA-sample kit的溶解液(lysissolution)配制成样品溶液加到punch-itTM NA-sample kit的样品接收部。观察样品溶液吸着后,400μl的punch-itTM NA-sample kit的洗涤液(wash solution)加到punch-itTM NA-sample kit的洗涤部洗涤5分钟。
干燥后,发现punch-itTM NA-sample kit的样品接收部的颜色与样品溶液添加前不同,而石英纤维滤纸的样品接收部的颜色恢复到样品溶液添加前的颜色。
重复上述实验各1次。用与例3相同的方式分别截取直径为1.2mm的圆形片进行扩增。从punch-itTM NA-sample kit截取的两个圆形片的Ct值为31.35和32.13,高于石英纤维滤纸取得的两个圆形片的Ct值,28.20和27.78。
尽管在具体实施方式中对本发明的部分特征进行了详细的说明和描述,但在不脱离本发明精神的前提下,可以对本发明进行各种改变和替换。同样的,本领域熟练技术人员也可以根据常规实验获得本发明公开的其它改变和等同物。所有这些改变,替换和等同物都在本发明所定义的权利要求的构思和范围之内。