CN101663044A - 三唑大环系统 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了新的拟肽大环化合物及其制备方法和用途，以及氨基酸类似物和形成大环的连接体及用于其制备的试剂盒。

Description

三唑大环系统
交叉参考
本申请要求2007年2月23日提交的美国临时申请第60/903,073号的优先权，本文引入该申请作为参考。
发明背景
肽在药物应用中变得日益重要。未修饰的肽由于构象的柔性，经常具有较差的代谢稳定性、较差的细胞渗透性和发生混杂的结合。为了改善这些性质，研究人员已通过包括二硫键形成、酰胺键形成和碳-碳键形成的多种方法产生了环肽和拟肽(peptidomimetic)(Jackson等人(1991)，J.Am.Chem.Soc.113：9391-9392；Phelan等人(1997)，J.Am.Chem.Soc.119：455-460；Taylor(2002)，Biopolymers 66：49-75；Brunel等人(2005)，Chem.Commun.(20)：2552-2554；Hiroshige等人(1995)，J.Am.Chem.Soc.117：11590-11591；Blackwell等人(1998)，Angew.Chem.Int.Ed.37：3281-3284；Schafmeister等人(2000)，J.Am.Chem.Soc.122：5891-5892)。这些方法的局限性包括较差的代谢稳定性(二硫键和酰胺键)、较差的细胞渗透性(二硫键和酰胺键)和潜在毒性金属的使用(对于碳-碳键的形成)。因此，非常需要改进方法以产生具有增强的构象刚性、代谢稳定性和细胞渗透性的肽和拟肽。本发明满足了本领域中的这些和其它的需要。
发明概述
本文提供了式(I)的拟肽大环化合物：
Figure G2008800095108D00021
(式I)
其中：
A、C、D和E各自独立地是天然或非天然的氨基酸；
B是天然或非天然的氨基酸、氨基酸类似物、-[NH-L3-CO-]、[-NH-L3-SO2-]或[-NH-L3-]；
R1和R2独立地是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素取代的；
R3是氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选被R5取代；
L是式的形成大环的连接体(macrocycle-forminglinker)；
L1、L2和L3独立地是亚烷基、亚烯基(alkenylene)、亚炔基(alkynylene)、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚环芳基(cycloarylene)、亚杂环芳基(heterocycloarylene)或[-R4-K-R4-]n，各任选被R5取代；
各个R4是亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基(arylene)或亚杂芳基(heteroarylene)；
各个K是O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
各个R5独立地是卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
各个R6独立地是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
R7是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选被R5取代，或作为与D残基所形成的环状结构的一部分；
R8是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选被R5取代，或作为与E残基所形成的环状结构的一部分；
v是1-1000的整数；
w是1-1000的整数；
x是0-10的整数；
y是0-10的整数；
z是0-10的整数；且
n是1-5的整数。
在某些实施方式中，L是
Figure G2008800095108D00031
或
Figure G2008800095108D00032
在其它的实施方式中，L是
Figure G2008800095108D00033
或
Figure G2008800095108D00034
在进一步的实施方式中，R1和R2中的至少一个是烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素取代的。在相关的实施方式中，R1和R2独立地是烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素取代的。例如，R1和R2中的至少一个是未取代的或被卤素取代的烷基。在某些实施方式中，R1和R2都独立地是未取代或被卤素取代的烷基。在其它的实施方式中，R1和R2中的至少一个是甲基。在再其它的实施方式中，R1和R2两个都是甲基。
在某些实施方式中，D和E中的至少一个是被高分子量的脂质或烃取代的天然或非天然的氨基酸。在其它的实施方式中，D和E中的至少一个连接于另外的形成大环的连接体上。在再其它的实施方式中，拟肽大环化合物的二级结构比相应的非大环多肽的相应的二级结构更稳定。在某些实施方式中，拟肽大环化合物包含α-螺旋。例如，α-螺旋包含1-5圈(turn)。在其它的实施方式中，该α-螺旋比相应的非大环多肽的α-螺旋更稳定。例如，形成大环的连接体可以跨越α-螺旋的1-5圈，如α-螺旋的大约1、2、3、4或5圈。例如，形成大环的连接体的长度可以是α-螺旋的每圈大约5
Figure G2008800095108D00041
-大约9
Figure G2008800095108D00042
在某些实施方式中，形成大环的连接体跨越α-螺旋的大约1圈。在这样的实施方式中，形成大环的连接体的长度近似等于大约6个-大约14个碳-碳键的长度，或可以等于大约8个-大约12个碳-碳键的长度。在相关的实施方式中，大环化合物可以包含大约18-26个原子的环。
在其它的实施方式中，形成大环的连接体跨越大约α-螺旋的2圈。在某些实施方式中，形成大环的连接体的长度可以近似等于大约8个-大约16个碳-碳键的长度，或大约10个-大约13个碳-碳键的长度。在相关的实施方式中，大环化合物可以包含大约29-大约37个原子的环。
在某些实施方式中，可用于本发明的拟肽大环化合物的合成的氨基酸是式IIa或式IIb的化合物：
Figure G2008800095108D00043
其中，
R1和R2独立地是烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素取代的；
Q和T各独立地选自亚烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基、亚杂芳基、和[-R4-K-R4-]n，其各是未取代的或被R5取代；
K是O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
R3是氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选被R5取代；
R4是亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
各R5独立地是卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
各个R6独立地是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
R7和R8独立地是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂烷基烷基或杂环烷基；
R10和R11独立地是-H或任何适于肽合成的保护基；
g和h各独立地是0-5的整数，其中，g+h大于1；且
n是1-5的整数。
在某些实施方式中，化合物是式IIa的化合物，且R1是未取代的或被卤素取代的烷基。在其它的实施方式中，化合物是式IIb的化合物，且R2是未取代的或被卤素取代的烷基。在更其它的实施方式中，化合物是式IIa的化合物，且R1是未取代的烷基。例如，R1可以是甲基。在更加其它的实施方式中，化合物是式IIb的化合物，且R2是未取代的烷基。例如，R2可以是甲基。在本发明的化合物的某些实施方式中，R9和R10中的至少一个是适于肽合成的保护基。另一方面，本发明进一步提供了包含本发明的化合物或本文所述的用于制备本发明的拟肽大环化合物的其它氨基酸类似物以及大环化试剂的试剂盒。
在某些实施方式中，本发明提供了一种试剂盒，该试剂盒包含：
a)至少一种选自式IIa的化合物和式IIb的化合物的化合物：
Figure G2008800095108D00061
其中，
R1和R2独立地是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素取代的；
Q和T各独立地选自亚烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基、亚杂芳基和[-R4-K-R4-]n，其各是未取代的或被R5取代；
K是O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
R3是氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选被R5取代；
R4是亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
各R5独立地是卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
各个R6独立地是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
R7和R8独立地是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂烷基烷基或杂环烷基；
R10和R11独立地是-H或任何适于肽合成的保护基；
g和h各独立地是0-5的整数；
n是1-5的整数；和
b)大环化试剂。
在某些实施方式中，试剂盒包括式IIa的化合物，且R1是未取代的或被卤素取代的烷基。在相关的实施方式中，R1是未取代的烷基。例如，R1可以是甲基。在其它的实施方式中，试剂盒包括式IIb的化合物，且R2是未取代的或被卤素取代的烷基。在相关的实施方式中，R2是未取代的烷基。例如，R2可以是甲基。
在某些实施方式中，试剂盒包括至少一种式IIa的化合物和至少一种式IIb的化合物。本发明的试剂盒也可以包括式IIa或式IIb的化合物，其中，R9和R10中的至少一个是适于肽合成的保护基。在本发明的试剂盒的特定的实施方式中，大环化试剂是Cu试剂。在本发明的试剂盒的更其它的实施方式中，大环化试剂是Ru试剂。
本发明也提供了一种合成拟肽大环化合物的方法，该方法包括将式III或式IV的拟肽前体与大环化试剂接触的步骤：
Figure G2008800095108D00071
(式III)
Figure G2008800095108D00072
(式IV)
其中，v、w、x、y、z、A、B、C、D、E、R1、R2、R7、R8、L1和L2如上文所定义；当大环化试剂是Cu试剂时，R12是-H，或当大环化试剂是Ru试剂时，R12是-H或烷基；而且，进一步，其中所述接触步骤导致在式III或式IV中的炔部分和叠氮(azide)部分之间形成共价连接。例如，当大环化试剂是Ru试剂时，R12可以是甲基。
在本发明的的方法的某些实施方式中，R1和R2中的至少一个是烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素取代的。在相关的实施方式中，R1和R2独立地是烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素取代的。
例如，R1和R2中的至少一个可以是未取代的或被卤素取代的烷基。在另一种实施例中，R1和R2两个独立地是未取代的或被卤素取代的烷基。在某些实施方式中，R1和R2中的至少一个是甲基。在其它的实施方式中，R1和R2是甲基。大环化试剂可以是Cu试剂。或者，大环化试剂可以是Ru试剂。
在某些实施方式中，在接触步骤之前纯化拟肽前体。在其它的实施方式中，在接触步骤之后纯化拟肽大环化合物。在更其它的实施方式中，拟肽大环化合物在接触步骤之后再折叠。本方法可以在溶液中进行，或者，本方法可以在固体载体上进行。
本文也预想，在结合拟肽前体或拟肽大环化合物的目标大分子的存在下，在有利于所述结合的条件下进行本发明的方法。在某些实施方式中，在优先结合拟肽前体或拟肽大环化合物的目标大分子的存在下，在有利于所述结合的条件下进行本发明的方法。本方法也可以应用于合成拟肽大环化合物的文库。
本发明的方法产生的拟肽大环化合物可以在水性溶液中包含α-螺旋。例如，拟肽大环化合物在水溶液中比相应的非大环多肽显示增加的α-螺旋结构。在某些实施方式中，相比于相应的非大环多肽，拟肽大环化合物显示提高的热稳定性。在其它的实施方式中，相比于相应的非大环多肽，拟肽大环化合物显示提高的生物学活性。在更加其它的实施方式中，相比于相应的非大环多肽，拟肽大环化合物显示增强的对蛋白水解降解作用的抗性。在更其它的实施方式中，相比于相应的非大环多肽，拟肽大环化合物显示提高的渗透活细胞的能力。
在某些实施方式中，式III或式IV的拟肽前体的炔部分是选自以下的氨基酸的侧链：L-炔丙基甘氨酸(propargylglycine)、D-炔丙基甘氨酸、(S)-2-氨基-2-甲基-4-戊炔酸(pentynoic acid)、(R)-2-氨基-2-甲基-4-戊炔酸、(S)-2-氨基-2-甲基-5-己炔酸(hexynoic acid)、(R)-2-氨基-2-甲基-5-己炔酸、(S)-2-氨基-2-甲基-6-庚炔酸(heptynoic acid)、(R)-2-氨基-2-甲基-6-庚炔酸、(S)-2-氨基-2-甲基-7-辛炔酸(octynoicacid)、(R)-2-氨基-2-甲基-7-辛炔酸、(S)-2-氨基-2-甲基-8-壬炔酸(nonynoic acid)、(R)-2-氨基-2-甲基-8-壬炔酸，且式III或式IV的拟肽前体的叠氮部分是选自以下的氨基酸的侧链：ε-叠氮基-L-赖氨酸、ε-叠氮基-D-赖氨酸、ε-叠氮基-α-甲基-L-赖氨酸、ε-叠氮基-α-甲基-D-赖氨酸、δ-叠氮基-α-甲基-L-鸟氨酸和δ-叠氮基-α-甲基-D-鸟氨酸。
在某些实施方式中，x+y+z为3，且A、B和C独立地是天然或非天然的氨基酸。在其它的实施方式中，x+y+z为6，且A、B和C独立地是天然或非天然的氨基酸。
在某些实施方式中，大环化试剂是Cu试剂，且接触步骤在选自质子溶剂、水性溶剂、有机溶剂及其混合物的溶剂中进行。例如，溶剂可以选自H2O、THF/H2O、tBuOH/H2O、DMF、DIPEA、CH3CN、CH2Cl2、ClCH2CH2Cl或其混合物。在其它的实施方式中，大环化试剂是Ru试剂，且接触步骤在有机溶剂中进行。例如，溶剂可以是DMF、THF、CH3CN、CH2Cl2或ClCH2CH2Cl。溶剂可以是有利于螺旋形成的溶剂。
在某些实施方式中，本发明的方法产生的拟肽大环化合物具有式(I)：
Figure G2008800095108D00091
(式I)
其中，v、w、x、y、z、A、B、C、D、E、R1、R2、R7、R8和L如上文所定义。
参考文献的引入
本文引入本说明书提及的所有出版物、专利和专利申请作为参考，仿佛本文分别且单独地引入每一个完整的文献作为参考。
发明详述
定义
如本文所用，术语“大环化合物”指具有包含由至少9个共价键合的原子形成的环(ring或cycle)的化学结构的分子。
如本文所用，术语“拟肽大环化合物”指包含通过多个肽键连接的多个氨基酸残基和至少一个形成大环的连接体的化合物，所述连接体在一个天然存在的氨基酸残基或非天然存在的氨基酸残基或氨基酸类似物残基的α碳与另一个天然存在的氨基酸残基或非天然存在的氨基酸残基或氨基酸类似物残基的α碳之间形成大环。拟肽大环化合物任选地包括在一个或多个氨基酸残基和/或氨基酸类似物残基之间的一个或多个非肽键，且除了形成大环化合物的任意残基外，还任选地包括一个或多个非天然存在的氨基酸残基或氨基酸类似物残基。
如本文所用，术语“稳定性”指通过圆二色光谱、NMR或另一种生物物理测量法测定的本发明的拟肽大环化合物在溶液中特定二级结构的维持，或对体外或体内蛋白水解降解作用的抗性。本发明所设想的二级结构的非限制性的例子是α-螺旋、β-转角和β-折叠片(pleated sheets)。
如本文所用，术语“螺旋稳定性”指通过圆二色光谱测定的本发明的拟肽大环化合物对α-螺旋结构的维持。例如，在某些实施方式中，本发明的拟肽大环化合物相比于相应的非大环多肽，如通过圆二色光谱测定的在α-螺旋度方面显示至少1.25、1.5、1.75或2倍的增加。
术语“α-氨基酸”或简称为“氨基酸”指含有结合到被称为α-碳的碳上的氨基和羧基的分子。合适的氨基酸包括但不限于天然存在的氨基酸的D-和L-异构体以及通过有机合成或其它代谢途径制备的非天然存在的氨基酸。除非上下文特别地指出，本文所用的术语氨基酸包括氨基酸类似物。
术语“天然存在的氨基酸”指自然界合成的肽中通常发现的20种氨基酸中的任一种，已知单字母缩写为A、R、N、C、D、Q、E、G、H、I、L、K、M、F、P、S、T、W、Y和V。
术语“氨基酸类似物”指其结构上类似于氨基酸，且在拟肽大环化合物的形成中可代替氨基酸的分子。除了在氨基和羧基之间包括一个或多个额外的亚甲基(例如，α-氨基β-羧酸)或氨基或羧基被类似的反应基团取代(例如，用仲胺或叔胺取代伯胺，或用酯取代羧基)以外，氨基酸类似物包括，但不限于在结构上与如本文所定义的氨基酸相同的化合物。
“非必需”氨基酸残基是可从多肽的野生型序列(例如，BH3结构域或p53MDM2结合结构域)发生改变而不消除或实质上改变其基本的生物学活性或生物化学活性(例如，受体结合或活化)的残基。“必需”氨基酸残基是，当从多肽的野生型序列发生改变时导致消除或实质上消除多肽的基本的生物学活性或生物化学活性的残基。
“保守氨基酸取代”是其中氨基酸残基被具有类似侧链的氨基酸残基替换的取代。现有技术已定义了具有类似侧链的氨基酸残基的族。这些族包括具有碱性侧链的氨基酸(例如，K、R、H)、具有酸性侧链的氨基酸(例如，D、E)、具有不带电的极性侧链的氨基酸(例如，G、N、Q、S、T、Y、C)、具有非极性侧链的氨基酸(例如，A、V、L、I、P、F、M、W)、具有β分支的侧链的氨基酸(例如，T、V、I)和具有芳香族侧链的氨基酸(例如，Y、F、W、H)。因此，例如，BH3多肽中的预测的非必需氨基酸残基优选被来自同一侧链族的另一种氨基酸残基所取代。
如本文中与大环化合物或形成大环的连接体结合使用的术语“元”是指形成或可以形成大环的原子，并排除取代基或侧链原子。以此类推，环癸烷、1，2-二氟-癸烷和1，3-二甲基-环癸烷都被认为是十元大环化合物，因为氢或氟取代基或甲基侧链没有参与形成大环。
当用作分子结构的部分时，符号
Figure G2008800095108D00121
指单键或者反式或顺式双键。
术语“氨基酸侧链”指连接到氨基酸中的α-碳上的部分。例如，丙氨酸的氨基酸侧链是甲基，苯丙氨酸的氨基酸侧链是苯甲基，半胱氨酸的氨基酸侧链是硫甲基，天冬氨酸的氨基酸侧链是羧甲基，酪氨酸的氨基酸侧链是4-羟基苯甲基，等等。也包括其它非天然存在的氨基酸侧链，例如，那些自然发生的(例如，氨基酸代谢物)或合成制备的(例如，α，α二取代的氨基酸)的氨基酸侧链。
术语“多肽”包括通过共价键(例如，酰胺键)连接的两个或多个天然或非天然存在的氨基酸。本文所述的多肽包括全长蛋白质(例如，完全加工的蛋白质)以及较短的氨基酸序列(例如，天然存在的蛋白质的片段或合成的多肽片段)。
如本文所用，术语“大环化试剂”指任何通过介导炔和叠氮化物之间的反应用于制备本发明的拟肽大环化合物的试剂。这样的试剂包括，但不限于Cu试剂，如提供反应性的Cu(I)物质的试剂，如CuBr、CuI或CuOTf；以及Cu(II)盐，如Cu(CO2CH3)2、CuSO4和CuCl2，其可以通过加入如抗坏血酸、抗坏血酸钠的还原剂原位转化为活性Cu(I)试剂。大环化试剂另外包括，例如，本领域内已知的Ru试剂，如Cp*RuCl(PPh3)2、[Cp*RuCl]4或可以提供反应性的Ru(II)物质的其它Ru试剂。
术语“卤代”或“卤素”指氟、氯、溴或碘或其基团。
术语“烷基”指含有指定数目的碳原子的直链或支链烃链。例如，C1-C10表示该基团中具有1-10(包括端值)个碳原子。在没有指定任何数值时，“烷基”是其中具有1-20(包括端值)个碳原子的链(直链或支链)。
术语“亚烷基”指二价烷基(即，-R-)。
术语“烯基”指作为具有一个或多个碳-碳双键的直链或支链的烃链。烯基部分含有指定数目的碳原子。例如，C2-C10表示该基团中具有2-10(包括端值)个碳原子。术语“低级烯基”指C2-C6烯基链。在没有指定任何数值时，“烯基”是其中具有2-20(包括端值)个碳原子的链(直链或支链)。
术语“炔基”指作为具有一个或多个碳-碳叁键的直链或支链的烃链。炔基部分含有指定数目的碳原子。例如，C2-C10表示该基团中具有2-10(包括端值)个碳原子。术语“低级炔基”指C2-C6炔基链。在没有指定任何数值时，“炔基”是其中具有2-20(包括端值)个碳原子的链(直链或支链)。
术语“芳基”指6个碳的单环或10个碳的双环芳香环系统，其中，各个环的0、1、2、3或4个原子被取代基取代。芳基的例子包括苯基、萘基等。术语“芳基烷基”或术语“芳烷基”指被芳基取代的烷基。术语“芳基烷氧基”指被芳基取代的烷氧基。
“芳基烷基”指如上定义的芳基，其中，如上定义的，芳基中的一个氢原子已被C1-C5烷基取代。芳基烷基的典型例子包括，但不限于2-甲基苯基、3-甲基苯基、4-甲基苯基、2-乙基苯基、3-乙基苯基、4-乙基苯基、2-丙基苯基、3-丙基苯基、4-丙基苯基、2-丁基苯基、3-丁基苯基、4-丁基苯基、2-戊基苯基、3-戊基苯基、4-戊基苯基、2-异丙基苯基、3-异丙基苯基、4-异丙基苯基、2-异丁基苯基、3-异丁基苯基、4-异丁基苯基、2-仲丁基苯基、3-仲丁基苯基、4-仲丁基苯基、2-叔丁基苯基、3-叔丁基苯基和4-叔丁基苯基。
“芳基酰氨基”指如上定义的芳基，其中，芳基中的一个氢原子已被一个或多个-C(O)NH2基团取代。芳基酰氨基的典型例子包括2-C(O)NH2-苯基、3-C(O)NH2-苯基、4-C(O)NH2-苯基、2-C(O)NH2-吡啶基、3-C(O)NH2-吡啶基和4-C(O)NH2-吡啶基，
“烷基杂环”指如上定义的C1-C5烷基，其中，C1-C5烷基中的一个氢原子已被杂环取代。烷基杂环的典型例子包括，但不限于-CH2CH2-吗啉、-CH2CH2-哌啶、-CH2CH2CH2-吗啉和-CH2CH2CH2-咪唑。
“烷基酰氨基”指如上定义的C1-C5烷基，其中，C1-C5烷基中的一个氢原子已被-C(O)NH2基团取代。烷基酰氨基的典型例子包括，但不限于-CH2-C(O)NH2、-CH2CH2-C(O)NH2、-CH2CH2CH2C(O)NH2、-CH2CH2CH2CH2C(O)NH2、-CH2CH2CH2CH2CH2C(O)NH2、-CH2CH(C(O)NH2)CH3、-CH2CH(C(O)NH2)CH2CH3、-CH(C(O)NH2)CH2CH3和-C(CH3)2CH2C(O)NH2。
“链烷醇(alkanol)”指如上定义的C1-C5烷基，其中，C1-C5烷基中的一个氢原子已被羟基取代。链烷醇基团的典型例子包括，但不限于-CH2OH、-CH2CH2OH、-CH2CH2CH2OH、-CH2CH2CH2CH2OH、-CH2CH2CH2CH2CH2OH、-CH2CH(OH)CH3、-CH2CH(OH)CH2CH3、-CH(OH)CH3和-C(CH3)2CH2OH。
“烷基羧基”指如上定义的C1-C5烷基，其中，C1-C5烷基中的一个氢原子已被-COOH基团取代。烷基羧基的典型例子包括，但不限于-CH2COOH、-CH2CH2COOH、-CH2CH2CH2COOH、-CH2CH2CH2CH2COOH、-CH2CH(COOH)CH3、-CH2CH2CH2CH2CH2COOH、-CH2CH(COOH)CH2CH3、-CH(COOH)CH2CH3和-C(CH3)2CH2COOH。
本文所用的术语“环烷基”包括具有3-12个碳、优选3-8个碳、更优选3-6个碳的饱和和部分不饱和的环烃基，其中，环烷基另外任选地被取代。一些环烷基包括，但不限于环丙基、环丁基、环戊基、环戊烯基、环己基、环己烯基、环庚基和环辛基。
术语“杂芳基”指芳香族的5-8元单环、8-12元双环或11-14元三环系统，其如果是单环，具有1-3个杂原子；如果是双环，具有1-6个杂原子；或如果是三环，具有1-9个杂原子，所述杂原子选自O、N或S(例如，如果是单环、双环或三环，分别有碳原子和1-3、1-6或1-9个O、N或S杂原子)，其中，各个环的0、1、2、3或4个原子被取代基取代。杂芳基的例子包括吡啶基、呋喃基(furyl或furanyl)、咪唑基、苯并咪唑基、嘧啶基、苯硫基或噻吩基、喹啉基(quinolinyl)、吲哚基、噻唑基等。
术语“杂芳基烷基”或术语“杂芳烷基”指被杂芳基取代的烷基。术语“杂芳基烷氧基”指被杂芳基取代的烷氧基。
术语“杂芳基烷基”或术语“杂芳烷基”指被杂芳基取代的烷基。术语“杂芳基烷氧基”指被杂芳基取代的烷氧基。
术语“杂环基”指非芳香族的5-8元单环、8-12元双环或11-14元三环系统，其如果是单环，具有1-3个杂原子；如果是双环，具有1-6个杂原子；或如果是三环，具有1-9个杂原子，所述杂原子选自O、N或S(例如，如果是单环、双环或三环，分别有碳原子和1-3、1-6或1-9个O、N或S杂原子)，其中，各个环的0、1、2或3个原子被取代基取代。杂环基的例子包括哌嗪基(piperazinyl)、吡咯烷基、二噁烷基(dioxanyl)、吗啉基(morpholinyl)、四氢呋喃基等。
术语“取代基”指在烷基、环烷基、芳基、杂环基或杂芳基上的任一个原子处“取代”的基团。合适的取代基包括，但不限于卤素、羟基、巯基、氧代、硝基、卤代烷基、烷基、烷芳基、芳基、芳烷基、烷氧基、硫代烷氧基、芳氧基、氨基、烷氧羰基、酰胺基、羧基、链烷磺酰基、烷基羰基和氰基。
在某些实施方式中，本发明的化合物包含一个或多个不对称中心，因而作为外消旋体或外消旋混合物、单一的对映异构体、单独的非对映异构体和非对映体混合物存在。除非另外清楚地指出，本发明包括这些化合物的所有这样的异构形式。在某些实施方式中，本发明的化合物也显示为多种互变异构形式，在这样的例子中，本发明包括本文所述化合物的所有互变异构形式(例如，如果环系统的烷基化导致多个位置烷基化，那么本发明包括所有这样的反应产物)。除非另外清楚地指出，本发明包括这样的化合物的所有这样的异构形式。除非另外清楚地指出，本发明包括本文所述化合物的所有晶体形式。
如本文所用，术语“增加”或“减少”意味着分别导致统计上显著的(即，p＜0.1)至少5％的增加或减少。
如本文所用，提及的变量数值范围意味着表示，可以用等于该范围内的任何值的变量实施本发明。因此，对于本身离散的变量，变量等于该数值范围内的任何整数值，包括范围的端点。类似地，对于本身连续的变量，变量等于该数值范围内的任何实值，包括范围的端点。举例来说，但不是限制，如果变量本身是离散的，描述为具有0-2之间的值的变量取0、1或2；而且如果变量本身是连续的，则取0.0、0.1、0.01、0.001的值或其它任何≥0且≤2的实值。
如本文所用，除非特别地指出，单词“或”的使用是“和/或”的包含性的含义，而非“任一/或”的排它性的含义。
在下面的附图和描述中阐明了本发明的一种或多种特定实施方式的细节。从说明书、附图和权利要求书可以显而易见地看出本发明的其它特征、目标和优势。
本发明的拟肽大环化合物
本发明提供了式(I)的拟肽大环化合物：
Figure G2008800095108D00161
(式I)
其中：
A、C、D和E各自独立地是天然或非天然的氨基酸；
B是天然或非天然的氨基酸、氨基酸类似物、
Figure G2008800095108D00162
-[NH-L3-CO-]、[-NH-L3-SO2-]或[-NH-L3-]；
R1和R2独立地是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素取代的；
R3是氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选被R5取代；
L是式
Figure G2008800095108D00171
的形成大环的连接体；
L1、L2和L3独立地是亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚环芳基、亚杂环芳基或[-R4-K-R4-]n，各任选被R5取代；
各R4是亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
各个K是O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
各R5独立地是卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
各个R6独立地是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
R7是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选被R5取代，或作为与D残基所形成的环状结构的一部分；
R8是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选被R5取代，或作为与E残基所形成的环状结构的一部分；
v是1-1000的整数；
w是1-1000的整数；
x是0-10的整数；
y是0-10的整数；
z是0-10的整数；且
n是1-5的整数。
在本发明的某些实施方式中，x+y+z至少是3。在本发明的其它实施方式中，x+y+z是1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。独立地选择各A、B、C、D或E在本发明的大环化合物或大环化合物前体中的存在。例如，由x是3的式[A]x代表的序列包括其中氨基酸不相同的实施方式，例如，Gln-Asp-Ala，以及其中氨基酸相同的实施方式，例如，Gln-Gln-Gln。这适用于指定范围内的x、y或z的任意值。
在某些实施方式中，本发明的拟肽大环化合物包含其是α-螺旋的二级结构，且R8是-H，从而允许螺旋内的氢键键合。
在其它实施方式中，选择按照从第一Cα到第二Cα测量的形成大环的连接体L的长度以稳定希望的二级肽结构，如由拟肽大环化合物的残基(包括但不是必定限于位于第一Cα和第二Cα之间的残基)形成的α-螺旋。
在某些实施方式中，拟肽大环化合物包含至少一个α-螺旋基序。例如，式I的化合物中的A、B和/或C包括一个或多个α-螺旋。一般地说，α-螺旋包括3-4个氨基酸残基/圈。在某些实施方式中，拟肽大环化合物的α-螺旋包括1-5圈，因而包括3-20个氨基酸残基。在特定实施方式中，α-螺旋包括1圈、2圈、3圈、4圈或5圈。在某些实施方式中，形成大环的连接体使包括在拟肽大环化合物内的α-螺旋基序稳定。因此，在某些实施方式中，选择从第一Cα到第二Cα的形成大环的连接体L的长度以提高α-螺旋的稳定性。在某些实施方式中，形成大环的连接体跨越α-螺旋的1-5圈。在某些实施方式中，形成大环的连接体跨越α-螺旋的大约1圈、2圈、3圈、4圈或5圈。在某些实施方式中，形成大环的连接体的长度是α-螺旋的每圈大约5
Figure G2008800095108D00181
-9
Figure G2008800095108D00182
或α-螺旋的每圈大约6
Figure G2008800095108D00183
-8
Figure G2008800095108D00184
在形成大环的连接体跨越α-螺旋的大约1圈时，长度等于大约5个-13个碳-碳键、大约7个-11个碳-碳键或大约9个碳-碳键。在形成大环的连接体跨越α-螺旋的大约2圈时，长度等于大约8个-16个碳-碳键、大约10个-14个碳-碳键或大约12个碳-碳键。在形成大环的连接体跨越α-螺旋的大约3圈时，长度等于大约14个-22个碳-碳键、大约16个-20个碳-碳键或大约18个碳-碳键。在形成大环的连接体跨越α-螺旋的大约4圈时，长度等于大约20个-28个碳-碳键、大约22个-26个碳-碳键或大约24个碳-碳键。在形成大环的连接体跨越α-螺旋的大约5圈时，长度等于大约26个-34个碳-碳键、大约28个-32个碳-碳键或大约30个碳-碳键。在形成大环的连接体跨越α-螺旋的大约1圈时，连接包含大约4个-12个原子、大约6个-10个原子或大约8个原子。在形成大环的连接体跨越α-螺旋的大约2圈时，连接包含大约7个-15个原子、大约9个-13个原子或大约11个原子。在形成大环的连接体跨越α-螺旋的大约3圈时，连接包含大约13个-21个原子、大约15个-19个原子或大约17个原子。在形成大环的连接体跨越α-螺旋的大约4圈时，连接包含大约19个-27个原子、大约21个-25个原子或大约23个原子。在形成大环的连接体跨越α-螺旋的大约5圈时，连接包含大约25个-33个原子、大约27个-31个原子或大约29个原子。在形成大环的连接体跨越α-螺旋的大约1圈时，产生的大环形成包含大约17元-25元、大约19元-23元或大约21元的环。在形成大环的连接体跨越α-螺旋的大约2圈时，产生的大环形成包含大约29元-37元、大约31元-35元或大约33元的环。在形成大环的连接体跨越α-螺旋的大约3圈时，产生的大环形成包含大约44元-52元、大约46元-50元或大约48元的环。在大环形成连接体跨越α-螺旋的大约4圈时，产生的大环形成包含大约59元-67元、大约61元-65元或大约63元的环。在大环形成连接体跨越α-螺旋的大约5圈时，产生的大环形成包含大约74元-82元、大约76元-80元或大约78元的环。
形成大环的连接体L的示例性的实施方式如下所示：
在其它实施方式中，为了促进细胞摄取，进一步修饰D和/或E。在某些实施方式中，脂质化(lipidating)或PEG化(PEGylating)拟肽大环化合物促进细胞摄取、提高生物利用度、增加血液循环、改变药物代谢动力学、降低免疫原性和/或降低需要的给药频率。
在一种实施方式中，当与相应的非大环多肽比较时，拟肽大环化合物显示改善的生物学性质，如提高的结构稳定性、提高的对靶标的亲和力、提高的对蛋白水解降解作用的抗性和/或提高的细胞渗透性。在另一种实施方式中，当与相应的非大环多肽比较时，拟肽大环化合物在水溶液中包含一个或多个α-螺旋，和/或显示提高的α-螺旋度。在某些实施方式中，形成大环的连接体提高了拟肽大环化合物的细胞渗透性。不希望受限于理论，假设相对于相应的非大环多肽，形成大环的连接体可以提高拟肽大环化合物的总体疏水性。
具有已知的一级氨基酸序列的任何蛋白质或多肽(其包含据信赋予生物活性的二级结构)是本发明的主题。例如，可以分析该多肽的序列，并且可以在适当的位置取代本发明的包含叠氮和包含炔的氨基酸类似物。通过查明生物活性需要二级结构的哪一个(哪些)分子表面，以及因此本发明的形成大环的连接体可以跨过另外的哪一个(哪些)表面形成大环化合物而不会在空间上阻碍生物活性所需的表面，来确定所述适当的位置。使用如下方法进行这样的确定：如二级结构和天然的结合配体之间的复合物的X-射线结晶学分析，以显现对于活性关键的残基(和表面)；通过二级结构中的残基的顺序诱变，以在功能上确认对于活性关键的残基(和表面)；或通过其它方法。通过这样的确定，用本发明的氨基酸类似物和形成大环的连接体取代合适的氨基酸。例如，对于α-螺旋的二级结构，生物学活性可能需要螺旋的一个表面(例如，沿螺旋的轴纵向地和围绕螺旋的轴大约45-135°径向地延伸的分子表面)在体内或体外与另一个生物分子接触。在这种情况下，形成大环的连接体设计为连接螺旋的2个α-碳，同时在活性不直接需要的该表面的一部分中沿螺旋表面纵向地延伸。
在本发明的某些实施方式中，肽序列源自蛋白质的BCL-2家族。BCL-2家族被定义为存在最多4个被命名为BH1、BH2、BH3和BH4的保守的BCL-2同源性(BH)结构域，所有这些结构域均包括α-螺旋片段(Chittenden等人(1995)，EMBO 14：5589；Wang等人(1996)，Genes Dev.10：2859)。抗凋亡蛋白质(如BCL-2和BCL-XL)在所有BH结构域中表现出序列保守性。促凋亡蛋白质被分为“多结构域”家族成员(例如，BAK、BAX)，其在BH1、BH2和BH3结构域中具有同源性；和“仅BH3结构域”家族成员(例如，BID、BAD、BIM、BIK、NOXA、PUMA)，其只在BH3两亲性α-螺旋片段中包含序列同源性。BCL-2家族成员具有形成同型二聚体和杂二聚体的能力，表明促凋亡蛋白质与抗凋亡蛋白质水平之间的竞争性结合和比率决定了对于死亡刺激的易感性。抗凋亡蛋白质的功能是保护细胞免于促凋亡过量，即，过度的程序性细胞死亡。另外的“安全”措施包括调节促凋亡蛋白质的转录和保持它们作为无活性的构象异构体，这需要蛋白水解活化、脱磷酸化作用或配体诱导的构象变化以激活促死亡功能。在某些细胞类型中，在质膜处接收到的死亡信号经线粒体途径引发细胞凋亡。线粒体通过螯合细胞色素c(活化胱天蛋白酶(caspase)9的胞质复合物的关键成分)起到细胞死亡的控制者(gatekeeper)的作用，从而导致致死性的下游蛋白溶解事件。多结构域蛋白(如BCL-2/BCL-XL和BAK/BAX)在线粒体膜处发挥护卫者和执行者(guardian and executioner)的对抗性作用，其活性进一步受上游的BCL-2家族的仅BH3成员的调节。例如，BID是促凋亡蛋白质的仅BH3结构域家族中的成员，并将在质膜处接收到的死亡信号传递给线粒体膜处的效应促凋亡蛋白质。BID具有与促凋亡蛋白质和抗凋亡蛋白质相互作用的能力，并且在由胱天蛋白酶8活化时，引发细胞色素c释放和线粒体凋亡。缺失和诱变研究确定，促凋亡家族成员的两亲性α-螺旋BH3片段可以作为死亡域发挥功能，并因此可以代表与多结构域凋亡蛋白质相互作用的关键结构基序。结构研究已证明BH3螺旋可以通过插入由BH1、2和3结构域的界面形成的疏水性沟而与抗凋亡蛋白质相互作用。活化的BID可以被抗凋亡蛋白质(例如，BCL-2和BCL-XL)结合并螯合，并可以引发促凋亡蛋白质BAX和BAK的活化，导致细胞色素c释放和线粒体凋亡程序。BAD也是仅BH3结构域促凋亡家族成员，其表达触发BAX/BAK的活化。但是，与BID相反，BAD显示优先结合抗凋亡家族成员BCL-2和BCL-XL。BAD BH3结构域显示与BCL-2结合的高亲和力，而BAD BH3肽不能在体外激活细胞色素c从线粒体的释放，表明BAD不是BAX/BAK的直接活化剂。过度表达BCL-2的线粒体对BID诱导的细胞色素c释放有抗性，但与BAD共同处理可以恢复BID敏感性。BAD对线粒体凋亡的诱导似乎是由于：(1)BAX/BAK活化剂，如BID和BID样蛋白质，从BCL-2/BCL-XL结合袋(binding pocket)中移除；或者(2)BAD选择性占据了BCL-2/BCL-XL结合袋，从而阻止了BID样蛋白质被抗凋亡蛋白质螯合。因此，已经出现两种类型的仅BH3结构域蛋白质：直接活化线粒体凋亡的BID样蛋白质，和具有通过占据多结构域抗凋亡蛋白质的结合袋而使线粒体对BID样促凋亡剂敏感的能力的BAD样蛋白质。已经公开了适合本文公开的方法的BCL-2家族成员蛋白质的各种α-螺旋结构域(Walensky等人(2004)，Science 305：1466；和Walensky等人，美国专利公开第2005/0250680号，本文引入其完整内容作为参考)。
在其它实施方式中，肽序列源自结合癌基因蛋白MDM2的肿瘤抑制性p53蛋白。MDM2结合位点位于形成α-螺旋的p53肿瘤抑制剂区域内。在美国专利7,083,983中(本文引入其完整内容作为参考)，Lane等人公开了负责结合MDM2的p53区域大致由成熟人p53蛋白的氨基酸13-31(PLSQETFSDLWKLLPENNV)代表。由Lane公开的其它修饰的序列也包括在本发明中。而且，Shair等人(1997)，Chem.&Biol.4：791已经讨论了p53和MDM2的相互作用，本文引入其完整内容作为参考；而且在报道的全部癌症病例中，实际上有一半已确认了p53基因中的突变。当对细胞施加应激时，据信p53协调导致细胞周期停止和DNA修复的反应或程序性细胞死亡的反应。像直接改变p53蛋白的功能的p53基因中的突变一样，可以通过MDM2中的变化改变p53。已经表明MDM2蛋白结合p53，并通过与p53的反式激活域结合破坏转录激活。例如，源自p53的反式激活域的11氨基酸肽形成插入MDM2裂隙内的2.5圈的两亲性α-螺旋。因此，在某些实施方式中，由本发明的方法产生的新的α-螺旋结构经人工改造，产生紧密结合螺旋受体并破坏天然的蛋白质-蛋白质相互作用的结构。然后使用高通量技术筛选这些结构，以鉴定最佳的小分子肽。破坏MDM2相互作用的新结构可用于许多应用，包括但不限于，软组织肉瘤(其在野生型p53的存在下过度表达MDM2)的控制。在某些实施方式中，这些癌症然后被截断MDM2的小分子阻止，因而防止了p53的抑制。此外，在某些实施方式中，MDM2-p53相互作用的小分子干扰剂作为治疗辅剂用来帮助控制和调节常规化疗中p53依赖性细胞凋亡反应的程度。
下面给出了用于本发明的合适的肽序列的非限制性的示例性列表：
表1
Figure G2008800095108D00251
Figure G2008800095108D00261
表1列出了人类序列，其靶向于BH3结合位点，并与癌症、自身免疫疾病、代谢疾病和其它人类疾病有关。
表2
Figure G2008800095108D00262
表2列出了人类序列，其靶向于BH3结合位点，并与癌症、自身免疫疾病、代谢疾病和其它人类疾病有关。
表3
Figure G2008800095108D00263
Figure G2008800095108D00271
表3列出了人类序列，其靶向于MDM2/X的p53结合位点，并与癌症有关。
表4
Figure G2008800095108D00272
表4列出了序列，其靶向于人类G蛋白偶联受体，并与多种人类疾病有关(Tyndall等人(2005)，Chem.Rev.105：793-826)。
本发明的拟肽大环化合物的制备方法
本文公开了合成本发明的拟肽大环化合物的方法。在某些实施方式中，这些拟肽大环化合物的合成包括多步骤的过程，其特征在于：合成含有叠氮部分和炔部分的拟肽前体；接着将拟肽前体与大环化试剂接触以产生三唑连接的拟肽大环化合物。例如，大环化合物或大环化合物前体可以通过溶液相或固相方法合成，且可以包含天然存在的和非天然存在的氨基酸。参见，例如，Hunt，Chemistry and Biochemistry of the Amino Acids中的″The Non-Protein Amino Acids″，由G.C.Barrett编著，Chapman and Hall，1985。
在某些实施方式中，叠氮连接残基的α-碳，且炔连接在另一个残基的α-碳上。在某些实施方式中，叠氮部分是氨基酸L-赖氨酸、D-赖氨酸、α-甲基-L-赖氨酸、α-甲基-D-赖氨酸、L-鸟氨酸、D-鸟氨酸、α-甲基-L-鸟氨酸或α-甲基-D-鸟氨酸的叠氮基类似物。在另一种实施方式中，炔部分是L-炔丙基甘氨酸。在更其它的实施方式中，炔部分是选自以下的氨基酸：L-炔丙基甘氨酸、D-炔丙基甘氨酸、(S)-2-氨基-2-甲基-4-戊炔酸、(R)-2-氨基-2-甲基-4-戊炔酸、(S)-2-氨基-2-甲基-5-己炔酸、(R)-2-氨基-2-甲基-5-己炔酸、(S)-2-氨基-2-甲基-6-庚炔酸、(R)-2-氨基-2-甲基-6-庚炔酸、(S)-2-氨基-2-甲基-7-辛炔酸、(R)-2-氨基-2-甲基-7-辛炔酸、(S)-2-氨基-2-甲基-8-壬炔酸和(R)-2-氨基-2-甲基-8-壬炔酸。
在某些实施方式中，本发明提供了一种合成拟肽大环化合物的方法，该方法包括将式III或式IV的拟肽前体与大环化试剂接触的步骤：
(式III)
Figure G2008800095108D00291
(式IV)
其中，v、w、x、y、z、A、B、C、D、E、R1、R2、R7、R8、L1和L2如上文所定义；当大环化试剂是Cu试剂时，R12是-H，或当大环化试剂是Ru试剂时，R12是-H或烷基；而且进一步，其中，所述接触步骤导致在式III或式IV中的炔部分和叠氮部分之间形成共价连接。例如，当大环化试剂是Ru试剂时，R12可以是甲基。
在本发明的的方法的某些实施方式中，R1和R2中的至少一个是烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素取代的。在相关的实施方式中，R1和R2独立地是烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素取代的。
例如，R1和R2中的至少一个可以是未取代的或被卤素取代的烷基。在另一种实施例中，R1和R2两个独立地是未取代的或被卤素取代的烷基。在某些实施方式中，R1和R2中的至少一个是甲基。在其它的实施方式中，R1和R2是甲基。大环化试剂可以是Cu试剂或Ru试剂。
在某些实施方式中，在接触步骤之前纯化拟肽前体。在其它的实施方式中，在接触步骤之后纯化拟肽大环化合物。在更其它的实施方式中，拟肽大环化合物在接触步骤之后再折叠。本方法可以在溶液中进行，或者，可选择地，本方法可以在固体载体上进行。
本文也预想，在结合拟肽前体或拟肽大环化合物的目标大分子的存在下，在有利于所述结合的条件下进行本发明的方法。在某些实施方式中，在优先结合拟肽前体或拟肽大环化合物的目标大分子的存在下，在有利于所述结合的条件下进行本发明的方法。本方法也应用于合成拟肽大环化合物的文库。
本发明的方法产生的拟肽大环化合物在水溶液中可以包含α-螺旋。例如，拟肽大环化合物在水溶液中比相应的非大环多肽显示增加的α-螺旋结构。在某些实施方式中，相比于相应的非大环多肽，拟肽大环化合物显示提高的热稳定性。在其它的实施方式中，相比于相应的非大环多肽，拟肽大环化合物显示提高的生物学活性。在更加其它的实施方式中，相比于相应的非大环多肽，拟肽大环化合物显示增强的对蛋白水解降解作用的抗性。在更其它的实施方式中，相比于相应的非大环多肽，拟肽大环化合物显示提高的渗透活细胞的能力。
在某些实施方式中，式III或式IV的拟肽前体的炔部分是选自以下的氨基酸的侧链：L-炔丙基甘氨酸、D-炔丙基甘氨酸、(S)-2-氨基-2-甲基-4-戊炔酸、(R)-2-氨基-2-甲基-4-戊炔酸、(S)-2-氨基-2-甲基-5-己炔酸、(R)-2-氨基-2-甲基-5-己炔酸、(S)-2-氨基-2-甲基-6-庚炔酸、(R)-2-氨基-2-甲基-6-庚炔酸、(S)-2-氨基-2-甲基-7-辛炔酸、(R)-2-氨基-2-甲基-7-辛炔酸、(S)-2-氨基-2-甲基-8-壬炔酸和(R)-2-氨基-2-甲基-8-壬炔酸。在其它的实施方式中，式III或式IV的拟肽前体的叠氮部分是选自以下的氨基酸的侧链：ε-叠氮基-L-赖氨酸、ε-叠氮基-D-赖氨酸、ε-叠氮基-α-甲基-L-赖氨酸、ε-叠氮基-α-甲基-D-赖氨酸、δ-叠氮基-α-甲基-L-鸟氨酸和δ-叠氮基-α-甲基-D-鸟氨酸。
在某些实施方式中，x+y+z为3，且A、B和C独立地是天然或非天然的氨基酸。在其它的实施方式中，x+y+z为6，且A、B和C独立地是天然或非天然的氨基酸。
在某些实施方式中，接触步骤在选自质子溶剂、水性溶剂、有机溶剂及其混合物的溶剂中进行。例如，溶剂可以选自H2O、THF/H2O、tBuOH/H2O、DMF、DIPEA、CH3CN或CH2Cl2、ClCH2CH2Cl或其混合物。溶剂可以是有利于螺旋形成的溶剂。
在某些实施方式中，通过进行本发明的方法产生的拟肽大环化合物具有式(I)：
Figure G2008800095108D00311
(式I)
其中，v、w、x、y、z、A、B、C、D、E、R1、R2、R7、R8和L如上文所定义。
可以替换可替代的但等效的保护基团、离去基团或试剂，且特定的合成步骤可以按照可替代的顺序或次序进行以产生需要的化合物。在合成本文所述的化合物中有用的合成化学转化和保护基团方法(保护和去保护)包括，例如，那些例如在Larock，Comprehensive Organic Transformations，VCH Publishers(1989)；Greene和Wuts，Protective Groups in Organic Synthesis，第2版，John Wiley and Sons(1991)；Fieser和Fieser，Fieser and Fieser′s Reagents for Organic Synthesis，John Wiley and Sons(1994)；和Paquette编著，Encyclopedia of Reagents for Organic Synthesis，John Wiley and Sons(1995)及其后续的版本中所述的方法。
例如，通过如Fields等人，Synthetic Peptides：A User′s Guide中的第3章，Grant，W.H.编著，Freeman&Co.，New York，N.Y.，1992，第77页中所述的化学合成方法制备本发明的拟肽大环化合物。因此，例如，使用自动化Merrifield固相合成技术，使用侧链保护的氨基酸通过tBoc或Fmoc化学基团保护胺，在例如自动肽合成仪(例如，Applied Biosystems(Foster City，CA)，430A、431或433型)上合成肽。
一种产生本文所述的拟肽前体和拟肽大环化合物的方法使用固相肽合成(SPPS)。C-末端氨基酸经与连接体分子的酸不稳定键连接在交联的聚苯乙烯树脂上。这种树脂不溶于用于合成的溶剂，使得洗去过量试剂和副产物相对简单和快速。用在酸中稳定、但可用碱去除的Fmoc基团保护N-末端。如必需的话，用碱稳定的、酸不稳定的基团保护侧链官能团。
例如，使用天然的化学连接，通过连结单个的合成肽产生较长的拟肽前体。或者，通过众所周知的重组DNA和蛋白质表达技术生物合成较长的合成肽。众所周知的标准手册中提供了这些技术的详细方案。为了构建编码本发明的拟肽前体的基因，逆向翻译氨基酸序列以获得编码氨基酸序列的核酸序列，优选使用对于在其中表达该基因的有机体是最佳的密码子。接下来，如果必须的话，典型地通过合成编码肽的寡核苷酸和任何调节元件制备合成基因。将合成基因插入合适的克隆载体，并转染到宿主细胞中。然后在适于选择的表达系统和宿主的合适条件下表达该肽。通过标准方法纯化并鉴定该肽。
例如，以高通量组合方式，例如使用高通量多通道组合合成仪(例如，来自AAPPTEC，Inc.，Louisville，KY的Apex 396型多通道肽合成仪)，制备拟肽前体。
单独提供了下面的合成方案以说明本发明，但并非意在限制本文所述的本发明的范围。为了简化图形，示例性的方案显示了叠氮基氨基酸类似物ε-叠氮基-α-甲基-L-赖氨酸和ε-叠氮基-α-甲基-D-赖氨酸，及炔氨基酸类似物L-炔丙基甘氨酸、(S)-2-氨基-2-甲基-4-戊炔酸和(S)-2-氨基-2-甲基-6-庚炔酸。因此，在下面的合成方案中，各个R1、R2、R7和R8是-H；各个L1是-(CH2)4-；且各个L2是-(CH2)-。但是，如以上整个发明详述部分所指出的，可以采用许多其它氨基酸类似物，其中，R1、R2、R7、R8、L1和L2可以独立地选自本文公开的各种结构。
合成方案1：
Figure G2008800095108D00331
合成方案1描述了本发明的几种化合物的制备。如Belokon等人(1998)，Tetrahedron Asymm.9：4249-4252所述制备由手性辅剂(S)-2-[N-(N’-苄基脯氨酰基)氨基]苯甲酮(BPB)得来的席夫碱(Schiffbases)和氨基酸(如甘氨酸或丙氨酸)的Ni(II)复合物。产生的复合物随后与包含叠氮部分或炔部分的烷基化试剂反应以产生本发明的光学异构性富集的(enantiomerically enriched)化合物。如需要，可以保护产生的化合物用于肽合成。
合成方案2：
Figure G2008800095108D00341
在如合成方案2所示的用于合成拟肽大环化合物的通用方法中，拟肽前体包含叠氮部分和炔部分，且通过使用可商购的氨基酸N-α-Fmoc-L-炔丙基甘氨酸及氨基酸(S)-2-氨基-2-甲基-4-戊炔酸、(S)-2-氨基-6-庚炔酸、(S)-2-氨基-2-甲基-6-庚炔酸、N-甲基-ε-叠氮基-L-赖氨酸和N-甲基-ε-叠氮基-D-赖氨酸的N-α-Fmoc保护的形式的溶液相或固相肽合成法(SPPS)来合成。然后通过标准条件(例如，如95％TFA的强酸)将拟肽前体去保护并从固相树脂上切下。拟肽前体作为粗制混合物进行反应，或者在有机溶液或水性溶液中在与大环化试剂(如Cu(I))反应前进行纯化(Rostovtsev等人(2002)，Angew.Chem.Int.Ed.41：2596-2599；Tornoe等人(2002)，J.Org.Chem.67：3057-3064；Deiters等人(2003)，J.Am.Chem.Soc.125：11782-11783；Punna等人(2005)，Angew.Chem.Int.Ed.44：2215-2220)。在一种实施方式中，在有利于α-螺旋形成的条件下进行三唑形成反应。在一种实施方式中，在选自H2O、THF、CH3CN、DMF、DIPEA、tBuOH或其混合物的溶剂中进行大环化步骤。在另一种实施方式中，在DMF中进行大环化步骤。在某些实施方式中，在缓冲的水性溶剂或部分水性溶剂中进行大环化步骤。
合成方案3：
Figure G2008800095108D00351
在如合成方案3所示的用于合成拟肽大环化合物的通用方法中，拟肽前体包含叠氮部分和炔部分，且使用可商购的氨基酸N-α-Fmoc-L-炔丙基甘氨酸及氨基酸(S)-2-氨基-2-甲基-4-戊炔酸、(S)-2-氨基-6-庚炔酸、(S)-2-氨基-2-甲基-6-庚炔酸、N-甲基-ε-叠氮基-L-赖氨酸和N-甲基-ε-叠氮基-D-赖氨酸的N-α-Fmoc保护的形式通过固相肽合成法(SPPS)来合成。拟肽前体作为粗制混合物与树脂上的大环化试剂(如Cu(I))反应(Rostovtsev等人(2002)，Angew.Chem.Int.Ed.41：2596-2599；Tornoe等人(2002)，J.Org.Chem.67：3057-3064；Deiters等人(2003)，J.Am.Chem.Soc.125：11782-11783；Punna等人(2005)，Angew.Chem.Int.Ed.44：2215-2220)。然后通过标准条件(例如，如95％TFA的强酸)将合成的含三唑的拟肽大环化合物去保护并从固相树脂上切下。在某些实施方式中，在选自CH2Cl2、ClCH2CH2Cl、DMF、THF、NMP、DIPEA、2，6-二甲基吡啶、吡啶、DMSO、H2O或其混合物的溶剂中进行大环化步骤。在某些实施方式中，在缓冲的水性溶剂或部分水性溶剂中进行大环化步骤。
合成方案4：
Figure G2008800095108D00371
在如合成方案4所示的用于合成拟肽大环化合物的通用方法中，拟肽前体包含叠氮部分和炔部分，且使用可商购的氨基酸N-α-Fmoc-L-炔丙基甘氨酸及氨基酸(S)-2-氨基-2-甲基-4-戊炔酸、(S)-2-氨基-6-庚炔酸、(S)-2-氨基-2-甲基-6-庚炔酸、N-甲基-ε-叠氮基-L-赖氨酸和N-甲基-ε-叠氮基-D-赖氨酸的N-α-Fmoc保护的形式通过溶液相或固相肽合成法(SPPS)来合成。然后通过标准条件(例如，如95％TFA的强酸)将拟肽前体去保护并从固相树脂上切下。拟肽前体作为粗制混合物进行反应，或者在与大环化试剂如Cu(II)(例如Cp*RuCl(PPh3)2或[Cp*RuCl]4)反应前进行纯化(Rasmussen等人(2007)，Org.Lett.9：5337-5339；Zhang等人(2005)，J.Am.Chem.Soc.127：15998-15999)。在某些实施方式中，在选自DMF、CH3CN和THF的溶剂中进行大环化步骤。
合成方案5：
Figure G2008800095108D00381
在如合成方案5所示的用于合成拟肽大环化合物的通用方法中，拟肽前体包含叠氮部分和炔部分，且使用可商购的氨基酸N-α-Fmoc-L-炔丙基甘氨酸及氨基酸(S)-2-氨基-2-甲基-4-戊炔酸、(S)-2-氨基-6-庚炔酸、(S)-2-氨基-2-甲基-6-庚炔酸、N-甲基-ε-叠氮基-L-赖氨酸和N-甲基-ε-叠氮基-D-赖氨酸的N-α-Fmoc保护的形式通过固相肽合成法(SPPS)来合成。拟肽前体作为粗制混合物与在树脂上的大环化试剂(如Cu(II)试剂)反应。例如，该试剂可以是Cp*RuCl(PPh3)2或[Cp*RuCl]4(Rasmussen等人(2007)，Org.Lett.9：5337-5339；Zhang等人(2005)，J.Am.Chem.Soc.127：15998-15999)。在某些实施方式中，在选自CH2Cl2、ClCH2CH2Cl、CH3CN、DMF和THF的溶剂中进行大环化步骤。
表5显示几种示例性的拟肽大环化合物。对于这些大环化合物，对应的非大环多肽是BID BH3多肽序列片段DIIRNIARHLAQVGDSMDRSI。“Nle”代表正亮氨酸并取代甲硫氨酸残基。可以想到根据表1-表4所公开的多肽序列使用类似的连接体合成拟肽大环化合物。
表5
Figure G2008800095108D00391
表5显示本发明的示例性的拟肽大环化合物。“Nle”代表正亮氨酸。
氨基酸类似物
本发明包括非天然存在的氨基酸和氨基酸类似物在合成本文所述的拟肽大环化合物中的应用。任何适合于用来合成稳定的含三唑拟肽大环化合物的合成方法的氨基酸或氨基酸类似物都可以用于本发明中。例如，预计L-炔丙基甘氨酸是本发明中有用的氨基酸。但是，其它含有不同氨基酸侧链的含炔的氨基酸也可用于本发明。例如，L-炔丙基甘氨酸在氨基酸的α-碳和氨基酸侧链的炔之间含有一个亚甲基单元。本发明也包括使用在α-碳和炔之间具有多个亚甲基单元的氨基酸。同样，本发明也包括作为本发明的有用氨基酸的氨基酸L-赖氨酸、D-赖氨酸、α-甲基-L-赖氨酸和α-甲基-D-赖氨酸的叠氮类似物。但是，其它含有不同的氨基酸侧链的末端叠氮基氨基酸也可以用于本发明。例如，L-赖氨酸的叠氮类似物在氨基酸的α-碳和氨基酸侧链的末端叠氮基之间含有4个亚甲基单元。本发明也包括使用在氨基酸的α-碳和末端叠氮基之间具有少于或多于4个亚甲基单元的氨基酸。表6显示一些可用于制备本发明的拟肽大环化合物的氨基酸。
表6
Figure G2008800095108D00411
表6显示用于制备本发明的拟肽大环化合物的示例性的氨基酸。
在某些实施方式中，氨基酸和氨基酸类似物是D-构型。在其它的实施方式中，它们是L-构型。在某些实施方式中，拟肽中包含的某些氨基酸和氨基酸类似物是D-构型，而某些氨基酸和氨基酸类似物是L-构型。在某些实施方式中，氨基酸类似物是α，α-二取代的，如α-甲基-L-炔丙基甘氨酸、α-甲基-D-炔丙基甘氨酸、ε-叠氮基-α-甲基-L-赖氨酸和ε-叠氮基-α-甲基-D-赖氨酸。在某些实施方式中，氨基酸类似物是N-烷基化的，例如，N-甲基-L-炔丙基甘氨酸、N-甲基-D-炔丙基甘氨酸、N-甲基-ε-叠氮基-L-赖氨酸和N-甲基-ε-叠氮基-D-赖氨酸。
在某些实施方式中，使用保护基团(包括但不限于-Fmoc和-Boc)保护氨基酸的-NH部分。在其它实施方式中，在合成拟肽大环化合物之前不保护氨基酸。
在某些实施方式中，用于本发明的拟肽大环化合物的合成的氨基酸是式IIa或式IIb的化合物：
Figure G2008800095108D00421
其中，
R1和R2独立地是烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素取代的；
Q和T各独立地选自亚烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基、亚杂芳基和[-R4-K-R4-]n，其各是未取代的或被R5取代；
K是O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
R3是氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选被R5取代；
R4是亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
各R5独立地是卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
各R6独立地是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
R7和R8独立地是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂烷基烷基或杂环烷基；
R10和R11独立地是-H或任何适于肽合成的保护基；
g和h各独立地是0-5的整数，其中，g+h大于1；且
n是1-5的整数。
在某些实施方式中，化合物是式IIa的化合物，且R1是未取代的或被卤素取代的烷基。在其它的实施方式中，化合物是式IIb的化合物，且R2是未取代的或被卤素取代的烷基。在更其它的实施方式中，化合物是式IIa的化合物，且R1是未取代的烷基。例如，R1可以是甲基。在更加其它的实施方式中，化合物是式IIb的化合物，且R2是未取代的烷基。例如，R2可以是甲基。
在本发明的化合物的某些实施方式中，R9和R10中的至少一个是适于肽合成的保护基。
试剂盒
另一方面，本发明进一步提供了包含本发明的化合物或用于制备本发明的拟肽大环化合物的其它氨基酸类似物及本文所述的大环化试剂的试剂盒。
在某些实施方式中，本发明提供了一种试剂盒，该试剂盒包含：
a)至少一种选自式IIa的化合物和式IIb的化合物的化合物：
其中，
R1和R2独立地是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素取代的；
Q和T各独立地选自亚烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基、亚杂芳基和[-R4-K-R4-]n，其各是未取代的或被R5取代；
K是O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
R3是氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选被R5取代；
R4是亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
各R5独立地是卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
各R6独立地是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
R7和R8独立地是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂烷基烷基或杂环烷基；
R10和R11独立地是-H或任何适于肽合成的保护基；
g和h各独立地是0-5的整数；
n是1-5的整数；和
b)大环化试剂。
在某些实施方式中，试剂盒包括式IIa的化合物，且R1是未取代的或被卤素取代的烷基。在相关的实施方式中，R1是未取代的烷基。例如，R1可以是甲基。在其它的实施方式中，试剂盒包括式IIb的化合物，且R2是未取代的或被卤素取代的烷基。在相关的实施方式中，R2是未取代的烷基。例如，R2可以是甲基。
在某些实施方式中，试剂盒包括至少一种式IIa的化合物和至少一种式IIb的化合物。本发明的试剂盒也可以包括式IIa或式IIb的化合物，其中，R9和R10中的至少一个是适于肽合成的保护基。在本发明的试剂盒的特定的实施方式中，大环化试剂是Cu试剂或Ru试剂。在某些实施方式中，试剂盒包含多个式IIa和/或IIb的化合物。在某些实施方式中，试剂盒包含一个或多个容纳一种或多种如本文所述的氨基酸类似物的容器。在其它实施方式中，试剂盒包含一个或多个容纳一种或多种如本文所述的大环化试剂的容器。在更其它的实施方式中，试剂盒包含一个或多个容纳一种或多种如本文所述的氨基酸类似物的容器，以及一个或多个容纳一种或多种如本文所述的大环化试剂的容器。
例如，在某些实施方式中，试剂盒包含容纳至少两种如上所述的氨基酸类似物的容器，至少一种氨基酸类似物具有侧链炔和至少一种氨基酸类似物具有侧链末端叠氮部分，该氨基酸类似物任选地受到保护并适于本文所述的合成。在某些实施方式中，氨基酸类似物选自L-炔丙基甘氨酸、D-炔丙基甘氨酸、(S)-2-氨基-2-甲基-4-戊炔酸、(R)-2-氨基-2-甲基-4-戊炔酸、(S)-2-氨基-2-甲基-5-己炔酸、(R)-2-氨基-2-甲基-5-己炔酸、(S)-2-氨基-2-甲基-6-庚炔酸、(R)-2-氨基-2-甲基-6-庚炔酸、(S)-2-氨基-2-甲基-7-辛炔酸、(R)-2-氨基-2-甲基-7-辛炔酸、(S)-2-氨基-2-甲基-8-壬炔酸、(R)-2-氨基-2-甲基-8-壬炔酸、ε-叠氮基-L-赖氨酸、ε-叠氮基-D-赖氨酸、ε-叠氮基-α-甲基-L-赖氨酸和ε-叠氮基-α-甲基-D-赖氨酸、δ-叠氮基-α-甲基-L-鸟氨酸和δ-叠氮基-α-甲基-D-鸟氨酸及用于液相或固相肽合成的所有适当保护的形式。
在某些实施方式中，试剂盒包括容纳结合到与本文所述的拟肽大环化合物合成相容的固体载体上的至少一种非天然存在的氨基酸或氨基酸类似物的容器。在某些实施方式中，试剂盒包含一个容纳本发明的含有末端炔部分的氨基酸类似物的容器，结合容纳本发明的含有末端叠氮部分的氨基酸类似物的容器，结合本发明的大环化试剂。
分析
例如，本发明的拟肽大环化合物的性质通过使用下面所述的方法进行分析。在某些实施方式中，相对于相应的非大环多肽，本发明的大环化合物具有增强的性质。相应的非大环多肽是，例如，拟肽大环化合物的前体，如转化为所述大环化合物的式III或IV的化合物。或者，相应的非大环多肽是具有与本发明的大环化合物重叠的实质序列的多肽序列，如天然多肽序列。相应于大环多肽的天然多肽的许多例子如表1、2、3和4所示。
一般地，相应的非大环多肽也可以是标记的天然多肽或拟肽前体。例如，如果必需的话，在下面所述的一些分析试验中使用这样的标记，例如荧光标记或放射性标记。在这样的分析试验中，典型地通过类似的或功能上相当的方法标记大环化合物和相应的非大环多肽。
测定α-螺旋度的分析
在溶液中，具有α-螺旋结构域的多肽二级结构在随机卷曲结构和α-螺旋结构之间达到动态平衡，这经常称为“百分螺旋度”。因此，例如，未修饰的促凋亡BH3结构域在溶液中主要是随机卷曲，具有通常低于25％的α-螺旋含量。另一方面，具有优化连接体的拟肽大环化合物具有例如高于相应的非大环多肽至少2倍的α-螺旋度。在某些实施方式中，本发明的大环化合物具有高于50％的α-螺旋度。为了测定本发明的拟肽大环化合物(例如基于BH3结构域的大环化合物)的螺旋度，将化合物溶于水性溶液(例如，pH 7的50mM磷酸钾溶液或蒸馏水，达到25-50μM的浓度)中。使用标准测量参数(例如，温度，20℃；波长，190-260nm；步距分辨率(step resolution)，0.5nm；速度，20nm/秒；累积，10；响应，1秒；带宽，1nm；路径长度，0.1cm)在旋光分光计(例如，Jasco J-710)上获得圆二色性(CD)光谱。通过将平均残基椭圆率(例如，[Φ]222obs)除以模型螺旋十肽的报道值来计算各个肽的α-螺旋含量(Yang等人(1986)，Methods Enzymol.130：208)。
测定熔解温度(Tm)的分析
含有二级结构(如α-螺旋)的本发明的拟肽大环化合物显示例如比相应的非大环多肽更高的熔解温度。典型地，本发明的拟肽大环化合物显示＞60℃的Tm，表明在水溶液中非常稳定的结构。为了分析大环形成对熔解温度的效应，将拟肽大环化合物或未修饰的肽溶于蒸馏水中(例如，到50μM的终浓度)，并且通过使用标准参数(例如，波长，222nm；步距分辨率，0.5nm；速度，20nm/秒；累积，10；响应，1秒；带宽，1nm；温度上升速度，1℃/分钟；路径长度，0.1cm)在旋光分光计(例如，Jasco J-710)上测量椭圆率在一定温度范围(例如，4-95℃)内的变化来测定Tm。
蛋白酶抗性分析
肽骨架的酰胺键对于蛋白酶的水解是敏感的，因而致使肽化合物在体内易于快速降解。但是，肽螺旋的形成一般掩蔽酰胺骨架，从而可以保护其免于蛋白水解裂解。本发明的拟肽大环化合物可以进行体外胰蛋白酶的蛋白水解以评价与相应的非大环多肽相比其降解速度的任何变化。例如，拟肽大环化合物和相应的非大环多肽与胰蛋白酶琼脂糖一起温育，并在各个时间点通过离心终止反应，随后注入HPLC以根据280nm处的紫外吸收定量残留的底物。简单地说，拟肽大环化合物和拟肽前体(5mcg)与胰蛋白酶琼脂糖(Pierce)(S/E～125)温育0、10、20、90和180分钟。通过台式离心机高速离心终止反应；通过基于HPLC的在280nm处的峰检测对分离出的上清液中残余的底物进行定量。蛋白水解反应显示出一级动力学，且速率常数k由ln[S]相对于时间的曲线图确定(k＝-1X斜率)。
体外稳定性分析
具有优化连接体的拟肽大环化合物具有(例如)高于相应的非大环多肽至少2倍的体外半衰期，且具有12小时或更长的体外半衰期。对于体外血清稳定性研究，可以使用多种分析。例如，将拟肽大环化合物和相应的非大环多肽(在特定实例中，相应的天然多肽)(2mcg)与新鲜的小鼠、大鼠和/或人血清(2mL)在37℃下温育0、1、2、4、8和24小时。为了测定完整化合物的水平，可以使用下面的步骤：通过将100μl的血清转移到2ml离心管中，接着加入10μL的50％甲酸和500μL乙腈，并在4±2℃下以14,000RPM离心10分钟来提取样品。然后将上清液转移到新的2ml管中，并在N2＜10psi、37℃下在Turbovap上蒸发。在100μL的50∶50乙腈∶水中重构样品，并进行LC-MS/MS分析。
体外结合分析
为了评价拟肽大环化合物和拟肽前体与接受体蛋白质的结合和亲和力，使用例如荧光偏振分析(FPA)。FPA技术使用偏振光和荧光示踪剂测量分子取向和分子流动性。当用偏振光激发时，由于附着在具有高表观分子量的分子(例如，与大蛋白质结合的FITC标记的肽)上的荧光示踪剂(例如，FITC)相比于附着在较小分子上(例如，在溶液中游离的FITC标记的肽)的荧光示踪剂具有较慢的旋转速度，附着在具有高表观分子量的分子上的荧光示踪剂发射较高水平的偏振荧光。
例如，在室温下，荧光标记的(fluoresceinated)拟肽大环化合物(25nM)与接受体蛋白质(25-1000nM)在结合缓冲液(140mMNaCl、50mM Tris-HCL，pH 7.4)中温育30分钟。例如，用发光分光光度计(例如，Perkin-Elmer LS50B)通过荧光偏振测定结合活性。可以使用例如Graphpad Prism软件(GraphPad Software，Inc.，San Diego，CA)通过非线性回归分析确定Kd值。在某些情况下，本发明的拟肽大环化合物显示出与相应的非大环多肽类似的或更低的Kd。
在该分析试验中可以使用BH3-肽接受体蛋白质(如BCL-2、BCL-XL、BAX或MCL1)。在该分析试验中也可以使用p53肽的接受体蛋白质(如MDM2或MDMX)。
鉴定肽-蛋白质相互作用的拮抗剂的体外置换分析
为了评价拮抗肽(例如，BH3肽或p53肽)和接受体蛋白质之间的相互作用的化合物的结合和亲和力，例如，使用了利用来源于拟肽前体序列的荧光标记拟肽大环化合物的荧光偏振分析(FPA)。FPA技术使用偏振光和荧光示踪剂测量分子取向和分子流动性。当用偏振光激发时，由于附着在具有高表观分子量的分子(例如，与大蛋白质结合的FITC标记的肽)上的荧光示踪剂(例如，FITC)相比于附着在较小分子(例如，在溶液中游离的FITC标记的肽)上的荧光示踪剂具有较慢的旋转速度，附着在具有高表观分子量的分子上的荧光示踪剂发射较高水平的偏振荧光。拮抗荧光标记的拟肽大环化合物与接受体蛋白质之间的相互作用的化合物在竞争性结合FPA实验中检测到。
例如，在室温下，假定的拮抗剂化合物(1nM-1mM)和荧光标记的拟肽大环化合物(25nM)与接受体蛋白质(50nM)一起在结合缓冲液(140mM NaCl、50mM Tris-HCL，pH 7.4)中温育30分钟。例如，用发光分光光度计(例如，Perkin-Elmer LS50B)通过偏振荧光测定拮抗剂的结合活性。使用例如Graphpad Prism软件(GraphPad Software，Inc.，San Diego，CA)通过非线性回归分析确定Kd值。
可以在该分析试验中作为假定的拮抗剂检验任一类型的分子，如有机小分子、肽、寡核苷酸或蛋白质。在该分析试验中可以使用BH3-肽的接受体蛋白质(如BCL-2、BCL-XL、BAX或MCL1)。在该分析试验中可以使用p53肽的接受体蛋白质(如MDM2或MDMX)。
完整细胞中的结合分析
可以在完整细胞中通过免疫沉淀实验测定肽或拟肽大环化合物与其天然接受体的结合。例如，完整的细胞与荧光标记的(FITC-标记的)化合物在不含血清的情况下温育4小时，接着置换血清，并进一步温育4-18小时。然后使细胞沉淀，并在4℃下、在裂解缓冲液(50mM Tris[pH 7.6]、150mM NaCl、1％CHAPS和蛋白酶抑制剂混合物)中温育10分钟。以14,000rpm离心提取物15分钟，收集上清液，与10μl山羊抗-FITC抗体温育2小时，在4℃旋转接着进一步与蛋白A/G Sepharose(50μl的50％珠浆(bead slurry))在4℃温育2小时。快速离心之后，在含有增加的盐浓度(例如，150、300、500mM)的裂解缓冲液中洗涤沉淀物。随后在加入含有SDS的样品缓冲液和煮沸之前，以150mM NaCl再平衡小珠。离心后，任选地使用4％-12％梯度Bis-Tris凝胶对上清液进行电泳，接着转移到Immobilon-P膜上。封闭之后，任选地将印迹与检测FITC的抗体一起温育，也与一种或多种检测与拟肽大环化合物结合的蛋白质的抗体一起温育，所述蛋白质包括BCL2、MCL1、BCL-XL、A1、BAX、BAK、MDM2或MDMX。
细胞渗透性分析
相比于相应的非大环多肽，拟肽大环化合物例如具有更好的细胞渗透性。在某些实施方式中，拟肽大环化合物比相应的非大环多肽具有更好的细胞渗透性。具有优化连接体的拟肽大环化合物具有例如高于相应的非大环多肽至少2倍的细胞渗透性，并且，观察到通常20％或更多的应用的肽在4小时后已渗透入细胞。为了测定拟肽大环化合物和相应的非大环多肽的细胞渗透性，在37℃下在不含血清的培养基中将完整的细胞与荧光标记的拟肽大环化合物或相应的非大环多肽(10μM)温育4小时，用培养基洗涤2次，并在37℃下与胰蛋白酶(0.25％)温育10分钟。再次洗涤细胞并将其再悬浮于PBS中。例如，通过使用FACSCalibur流式细胞仪或Cellomics’KineticScanHCS读数仪分析细胞荧光。
细胞效力分析
例如，在基于细胞的杀伤试验中，使用多种致瘤和非致瘤的细胞系及源自人类或小鼠细胞群体的初级细胞测定特定拟肽大环化合物的效力。例如，在与拟肽大环化合物(0.5-50μM)一起温育的24-96小时期间监测细胞的存活力，以鉴定那些以EC50＜10μM杀死细胞的化合物。测定细胞存活力的几种标准分析是可通过商业途径得到的，并任选地用来评价拟肽大环化合物的效力。另外，测定膜联蛋白V(Annexin V)和胱天蛋白酶(caspase)活化的分析任选地用来评价拟肽大环化合物能否通过激活凋亡机制杀死细胞。
体内稳定性分析
为了研究拟肽大环化合物的体内稳定性，例如，向小鼠和/或大鼠通过IV、IP、PO或吸入途径以0.1-50mg/kg的浓度施用化合物，并在注射后0′、5′、15′、30′、1小时、4小时、8小时和24小时抽取血样。然后如上所述通过LC-MS/MS测定25μL新鲜血清中的完整化合物的水平。
动物模型中的体内效力
为了确定本发明的拟肽大环化合物在体内的抗癌活性，例如，化合物单独施用(IP、IV、PO、通过吸入或鼻途径)或与亚最佳剂量的相关化疗药物(例如，环磷酰胺、阿霉素、依托泊苷)联合施用。在一个实施例中，在NOD-SCID小鼠遭受全身辐射3小时后，通过尾静脉注入稳定表达萤光素酶的5×106RS4；11细胞(从急性淋巴母细胞性白血病患者的骨髓建立)。如果不予处理，这种形式的白血病在这一模型中在3周内是致命的。例如，通过对小鼠注射D-萤光素(60mg/kg)并对麻醉的动物成像(例如，Xenogen In VivoImaging System，Caliper Life Sciences，Hopkinton，MA)，容易地监测白血病。通过Living Image Software(Caliper Life Sciences，Hopkinton，MA)，经光子通量(photonic flux)(光子/秒)的积分(integration)定量全身生物发光。例如，单独的或与亚最佳剂量的相关化疗药物联合的拟肽大环化合物通过尾静脉或IP途径以0.1mg/kg-50mg/kg的剂量在7-21天的时间内向白血病小鼠施用(注射之后10天/实验的第1天，14-16的生物发光)。任选地，在整个实验过程中，每隔一天对小鼠成像，并在实验期间每天监测其存活。在实验结束时任选地对死亡的小鼠进行尸体检查。另一种动物模型是将源自人类滤泡性淋巴瘤的细胞系稳定表达萤光素酶的DoHH2植入到NOD-SCID小鼠中。这些体内试验任选地产生初步的药代动力学、药效学和毒理学数据。
临床试验
为了确定本发明的拟肽大环化合物对于治疗人类的适用性，进行了临床试验。例如，选择出诊断为癌症并需要治疗的患者并将他们分成治疗组和一个或多个对照组，其中，对治疗组施用本发明的拟肽大环化合物，而对照组接受安慰剂或已知的抗癌药。这样，可以通过对患者组就如生存率和生活质量的因素进行比较，评价本发明的拟肽大环化合物的治疗安全性和有效性。在这个实例中，相比于用安慰剂治疗的患者对照组，用拟肽大环化合物治疗的患者组显示提高的长期生存率。
药物组合物和给药途径
本发明的拟肽大环化合物也包括其药学上可接受的衍生物或前药。“药学上可接受的衍生物”指本发明的化合物的任何药学上可接受的盐、酯、酯的盐、前药或其它衍生物，其在向接受者施用后能够提供(直接或间接地)本发明的化合物。尤其有利的药学上可接受的衍生物是那些当向哺乳动物施用时提高本发明的化合物的生物利用度的衍生物(例如，通过提高口服化合物进入血液的吸收)，或相对于母体化合物增加活性化合物向生物区室(例如，脑或淋巴系统)的递送的衍生物。一些药学上可接受的衍生物包括增加水溶性或跨过胃肠粘膜的主动转运的化学基团。
在某些实施方式中，通过共价或非共价地连接合适的官能团修饰本发明的拟肽大环化合物，以提高选择性的生物学性质。这样的修饰包括那些提高进入特定生物区室(例如，血液、淋巴系统、中枢神经系统)的生物学渗透性、提高口服利用度、增加溶解性以允许注射施用、改变代谢以及改变排泄率的修饰。
本发明的化合物的药学上可接受的盐包括那些由药学上可接受的无机酸和无机碱以及无机碱和有机碱衍生的盐。合适的酸式盐的例子包括乙酸盐、己二酸盐、苯甲酸盐、苯磺酸盐、丁酸盐、柠檬酸盐、二葡糖酸盐、十二烷基硫酸盐、甲酸盐、延胡索酸盐、乙醇酸盐、半硫酸盐、庚酸盐、己酸盐、盐酸盐、氢溴酸盐、氢碘酸盐、乳酸盐、马来酸盐、丙二酸盐、甲磺酸盐、2-萘磺酸盐、烟酸盐、硝酸盐、棕榈酸盐(palmoate)、磷酸盐、苦味酸盐、新戊酸盐、丙酸盐、水杨酸盐、琥珀酸盐、硫酸盐、酒石酸盐、甲苯磺酸盐和十一酸盐(undecanoate)。由合适的碱衍生的盐包括碱金属盐(例如，钠盐)、碱土金属盐(例如，镁盐)、铵盐和N-(烷基)4 +盐。
为了由本发明的化合物制备药物组合物，药学上可接受的载体包括固体或液体载体。固态制剂包括粉剂、片剂、丸剂、胶囊、扁囊剂、栓剂和分散颗粒剂。固体载体可以是一种或多种物质，其也可以作为稀释剂、调味剂、粘合剂、防腐剂、片剂崩解剂或包封材料发挥作用。在科学文献和专利文献中详细描述了配制和给药的技术，参见，例如，最新版本的Remington′s Pharmaceutical Sciences，Maack Publishing Co，Easton PA。
在粉剂中，载体是细碎的固体，其与细碎的活性成分混合。在片剂中，活性成分与具有必要粘合性质的载体按照适当的比例混合，并压制成需要的形状和大小。
合适的固体赋形剂是碳水化合物或蛋白质填料，包括但不限于：糖，包括乳糖、蔗糖、甘露醇或山梨醇；来自玉米、小麦、大米、马铃薯或其它植物的淀粉；纤维素，如甲基纤维素、羟丙基甲基纤维素或羧甲基纤维素钠；和树胶，包括阿拉伯树胶和黄蓍胶；以及蛋白质，如明胶和胶原蛋白。如果需要的话，加入崩解剂或增溶剂，如交联聚乙烯吡咯烷酮、琼脂、海藻酸或其盐，如海藻酸钠。
液态制剂包括溶液、悬浮液和乳状液，例如，水或水/丙二醇溶液。对于肠胃外注射，液体制剂可以在水性聚乙二醇溶液中配制。
药物制剂优选为单位剂型。在这样的形式中，制剂再分为含有适量活性成分的单位剂量。单位剂型可以是包装制剂，该包装含有离散量的制剂，如包装片剂、胶囊和小瓶或安瓿中的粉末。另外，单位剂型可以是胶囊、片剂、扁囊剂或锭剂本身，或者可以是适当数目的这些包装形式中的任一种。
当本发明的组合物包含拟肽大环化合物和一种或多种另外的治疗剂或预防剂的组合时，该化合物和另外的药物应该以通常在单一治疗方案中施用的剂量的大约1-100％的剂量水平存在，更优选大约5-95％的剂量水平。在某些实施方式中，另外的药物作为多剂量方案的一部分与本发明的化合物分开施用。或者，这些药物是单一剂型的部分，在单一组合物中与本发明的化合物混合。
使用方法
一方面，本发明提供了新的拟肽大环化合物，其可在竞争性结合试验中用于确认可结合拟肽大环化合物模拟的蛋白质或肽的天然配体的物质。例如，在p53MDM2系统中，基于p53的标记的稳定拟肽大环化合物与竞争结合MDM2的小分子一起在MDM2结合试验中使用。竞争性结合研究允许快速体外评价并确定对于p53/MDM2系统特异性的药物候选物。同样地，在BH3/BCL-XL抗凋亡系统中，基于BH3的标记的拟肽大环化合物可以与竞争结合BCL-XL的小分子一起在BCL-XL结合试验中使用。竞争结合研究允许快速体外评价并确定对于BH3/BCL-XL系统特异性的药物候选物。本发明进一步提供了产生针对拟肽大环化合物的抗体的方法。在某些实施方式中，这些抗体特异性地结合拟肽大环化合物和衍生出拟肽大环化合物的p53或BH3拟肽前体。例如，这样的抗体分别破坏p53/MDM2或BH3/BCL-XL系统。
在其它方面，本发明提供了处理处于患与异常(例如，不足或过量)BCL-2家族成员的表达或活性(例如，外来或内在的凋亡途径异常)有关的疾病的危险(或对所述疾病敏感)中或患有所述疾病的受试者的预防方法和治疗方法。据信，某些BCL-2型疾病至少部分上由一种或多种BCL-2家族成员的异常水平(例如，过度表达或不足表达)引起，或由一种或多种显示异常活性的BCL-2家族成员的存在引起。这样，例如，BCL-2家族成员的水平和/或活性的降低，或BCL-2家族成员的水平和/或活性的提高，用来改善或减少疾病的不利症状。
另一方面，本发明提供了通过干扰肿瘤细胞中p53和MDM2之间的相互作用或结合来治疗或预防过度增生性疾病的方法。这些方法包括向温血动物(包括人类)或向含有野生型p53的肿瘤细胞施用有效量的本发明的化合物。在某些实施方式中，本发明的化合物的施用诱导细胞生长停止或凋亡。在其它或进一步的实施方式中，本发明用来治疗疾病和/或包含升高的MDM2水平的肿瘤细胞。本文所用的升高的MDM2水平是指，通过ELISA和类似的试验测定(Picksley等人(1994)，Oncogene 9，2523-2529)，MDM2水平高于在含有超过正常拷贝数(2)的mdm2的细胞中发现的水平的MDM2水平，或高于每个细胞大约10,000个MDM2分子的水平。
如本文所用，术语“治疗”定义为向患者应用或施用治疗剂，或者向从患者分离的组织或细胞系应用或施用治疗剂，所述患者患有疾病、疾病症状或具有患病倾向，目的是治愈、恢复、减轻、解除、改变、矫正、缓解、改善或影响疾病、疾病症状或患病倾向。
在某些实施方式中，本发明的拟肽大环化合物用来治疗、预防和/或诊断癌症和肿瘤疾病。如本文所用，术语“癌”、“过度增生性”和“肿瘤的”指具有自主生长能力的细胞，即，以快速增殖的细胞生长为特征的异常状态或疾病。过度增生性和肿瘤疾病状态可以分类为病理的，即，表现或构成疾病状态；或者可以分类为非病理的，即，偏离正常但与疾病状态无关。该术语意味着包括所有类型的癌性生长或致癌过程、转移性的组织或恶性转化的细胞、组织或器官，不管组织病理类型或侵入的阶段如何。转移性肿瘤可以源自许多原发性肿瘤类型，包括但不限于：乳腺、肺、肝、结肠和卵巢原发的肿瘤。“病理性过度增生性”细胞出现于以恶性肿瘤生长为特征的疾病状态中。非病理性过度增生性细胞的例子包括与创伤修复有关的细胞的增殖。细胞增生性和/或分化性疾病的例子包括癌症，例如，癌、肉瘤或转移性疾病。在某些实施方式中，拟肽大环化合物是用于控制乳腺癌、卵巢癌、结肠癌、肺癌、这些癌症的转移等的新的治疗剂。
癌症或肿瘤状态的例子包括但不限于：纤维肉瘤、肌肉瘤、脂肪肉瘤、软骨肉瘤、成骨性肉瘤、脊索瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤、滑膜瘤、间皮瘤、尤因氏瘤、平滑肌肉瘤、横纹肌肉瘤、胃癌、食道癌、直肠癌、胰癌、卵巢癌、前列腺癌、子宫癌、头颈癌、皮肤癌、脑癌、鳞状细胞癌、皮脂腺癌、乳头状癌、乳头状腺癌、囊腺癌、髓样癌、支气管原癌、肾细胞癌、肝细胞瘤、胆管癌、绒毛膜癌、精原细胞瘤、胚胎性癌、维尔姆斯肿瘤、子宫颈癌、睾丸癌、小细胞肺癌、非小细胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神经胶质瘤、星形细胞瘤、髓母细胞瘤、颅咽管瘤、室管膜瘤、松果体瘤、血管母细胞瘤、听神经瘤、少突神经胶质瘤、脑膜瘤、黑素瘤、神经母细胞瘤、视网膜母细胞瘤、白血病、淋巴瘤或卡波西肉瘤。
增生性疾病的例子包括造血肿瘤性疾病。如本文所用，术语“造血肿瘤性疾病”包括涉及造血起源的(例如，源自骨髓、淋巴或红细胞谱系的)增生性/肿瘤细胞或其前体细胞的疾病。优选地，疾病起因于分化不良的急性白血病，例如，成红细胞白血病和急性巨核母细胞性白血病。其它示例性的骨髓疾病包括但不限于：急性前髓性(promyeloid)白血病(APML)、急性髓性白血病(AML)和慢性髓性白血病(CML)(综述见于Vaickus(1991)，Crit Rev.Oncol./Hemotol.11：267-97)；淋巴恶性肿瘤包括但不限于急性淋巴母细胞性白血病(ALL)，包括B-谱系ALL和T-谱系ALL、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、幼淋巴细胞性白血病(PLL)、毛细胞白血病(HLL)和瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症(WM)。其它形式的恶性淋巴瘤包括但不限于：非何杰金氏淋巴瘤及其变体、外周T细胞淋巴瘤、成人T细胞性白血病/淋巴瘤(ATL)、皮肤T细胞性淋巴瘤(CTCL)、大颗粒状淋巴细胞性白血病(LGF)、何杰金氏病和里德-斯特恩伯格病。
乳房的细胞增生性和/或分化性疾病的例子包括但不限于：增生性乳房疾病，包括，例如，上皮细胞增生、硬化性腺病和小导管乳头状瘤；肿瘤，例如，如纤维腺瘤、叶状肿瘤和肉瘤的基质肿瘤，和如大导管乳头状瘤的上皮肿瘤；乳腺癌，包括原位(非侵袭性)癌(包括原位导管癌(包括佩吉特病)和小叶原位癌)和侵袭性(浸润性)癌(包括但不限于，浸润性导管癌、浸润性小叶癌、髓样癌、胶样(粘液)癌、小管癌和浸润性乳头状癌)；和混杂性的恶性肿瘤。男性乳房疾病包括但不限于男性乳房发育症和癌。
肺的细胞增生性和/或分化性疾病的例子包括但不限于：支气管原癌，包括类肿瘤综合征、细支气管肺泡癌、神经内分泌肿瘤，例如，支气管类癌、混杂性的肿瘤和转移的肿瘤；胸膜病状包括炎性胸腔积液、非炎性胸腔积液、气胸和胸膜肿瘤(包括孤立性纤维性肿瘤(胸膜纤维瘤)和恶性间皮瘤)。
结肠的细胞增生性和/或分化性疾病的例子包括但不限于：非肿瘤息肉、腺瘤、家族性综合征(familial syndromes)、结肠直肠癌形成、结肠直肠癌和类癌肿瘤。
肝的细胞增生性和/或分化性疾病的例子包括但不限于：结节性增生、腺瘤和恶性肿瘤，包括肝的原发癌和转移性的肿瘤。
卵巢的细胞增生性和/或分化性疾病的例子包括但不限于：卵巢肿瘤，例如，体腔上皮瘤、浆液瘤、粘液瘤、子宫内膜样瘤、透明细胞腺癌、囊腺纤维瘤、布伦纳瘤、表面上皮性肿瘤；生殖细胞瘤，例如，成熟(良性)畸胎瘤、单胚层畸胎瘤、不成熟的恶性畸胎瘤、无性细胞瘤、内胚窦瘤、绒膜癌；生殖索-间质肿瘤(sex cord-stomaltumors)，例如，粒层-卵泡膜细胞瘤、泡膜细胞瘤(thecoma)、纤维瘤(fibromas)、男性母细胞瘤(androblastomas)、希尔细胞瘤(hillcell tumors)和性腺母细胞瘤；和如克鲁肯贝格瘤的转移瘤。
在其它或进一步的实施方式中，本文所述的拟肽大环化合物用来治疗、预防或诊断特征在于过度活跃的细胞死亡或由于生理损伤造成的细胞死亡等为特征的状态。以成熟前或不希望的细胞死亡或者不希望的或过度的细胞增殖为特征的状态的一些例子包括但不限于细胞减少性/细胞减生性、无细胞性/发育不全性、或细胞过多性/增生性状态。一些例子包括血液系统疾病，包括但不限于：范科尼贫血、再生障碍性贫血、地中海贫血(thalaessemia)、先天性中性白细胞减少、脊髓发育不良。
在其它或进一步的实施方式中，发挥减少凋亡作用的本发明的拟肽大环化合物用来治疗与不希望的细胞死亡水平相关的疾病。因此，在某些实施方式中，本发明的抗凋亡拟肽大环化合物用来治疗如导致与病毒感染相关的细胞死亡的疾病的疾病，例如，与人免疫缺陷病毒(HIV)感染有关的感染。许多神经系统疾病的特征为特定神经元组的逐渐损失，因而在某些实施方式中，本发明的抗凋亡拟肽大环化合物用于治疗这些疾病。这样的疾病包括阿尔茨海默病、帕金森病、肌萎缩性脊髓侧索硬化(ALS)、色素性视网膜炎、脊髓性肌萎缩和各种形式的小脑变性。这些疾病中的细胞损失不诱导炎症反应，而且凋亡似乎是细胞死亡的机制。另外，许多血液系统疾病与血细胞的产生减少相关。这些疾病包括与慢性病相关的贫血、再生障碍性贫血、慢性中性白细胞减少和骨髓发育异常综合征。血细胞产生障碍(如骨髓发育异常综合征和某些形式的再生障碍性贫血)与骨髓内的凋亡性细胞死亡增加相关。这些疾病可能起因于促进凋亡的基因的激活、基质细胞或造血成活因子的获得性缺陷或者毒素和免疫应答介质的直接效应。两种与细胞死亡相关的常见疾病是心肌梗塞和中风。在这两种疾病中，在血流急性损失的情况下产生的中心缺血区内的细胞似乎由于坏死而快速死亡。但是，在中心缺血区之外，细胞死亡的时间延长，从形态学上看似乎通过凋亡死亡。在其它或进一步的实施方式中，本发明的抗凋亡拟肽大环化合物用来治疗所有这样的与不希望的细胞死亡相关的疾病。
用本文所述的拟肽大环化合物治疗的免疫障碍的一些例子包括但不限于：器官移植排斥、关节炎、狼疮、IBD、局限性回肠炎、哮喘、多发性硬化、糖尿病等。
用本文所述的拟肽大环化合物治疗的神经系统疾病的一些例子包括但不限于：阿尔茨海默病、唐氏综合征、荷兰型遗传性脑出血淀粉样变性病、反应性淀粉样变性病、伴有荨麻疹和耳聋的家族性淀粉样蛋白肾病、默-韦综合征、特发性骨髓瘤；巨球蛋白血症相关的骨髓瘤、家族性淀粉样多发性神经病、家族性淀粉样心肌病、孤立性心脏淀粉样变性(Isolated Cardiac Amyloid)、全身性老年淀粉样变性病、成年人发作的糖尿病、胰岛素瘤、孤立性心房淀粉样变性(Isolated Atrial Amyloid)、甲状腺髓样癌、家族性淀粉样变性病、伴有淀粉样变性的遗传性脑出血、家族性淀粉样多发性神经病变、痒病、克罗伊茨费尔特-雅各布病、格-施-沙综合征、牛海绵状脑炎、朊病毒介导的疾病和亨廷顿舞蹈病。
用本文所述的拟肽大环化合物治疗的内分泌疾病的一些例子包括但不限于：糖尿病、甲状腺机能减退、垂体机能减退、甲状旁腺机能减退、性腺机能减退等。
用本文所述的拟肽大环化合物治疗或预防的心血管疾病(例如炎性疾病)的例子包括但不限于：动脉粥样硬化、心肌梗塞、中风、血栓形成、动脉瘤、心力衰竭、缺血性心脏病、心绞痛、心源性猝死、高血压性心脏病；非冠状血管疾病，例如，小动脉硬化、小血管病、肾病、高甘油三酯血症、高胆固醇血症、高脂血症、黄瘤病、哮喘、高血压、肺气肿和慢性肺病；或者与介入操作(“手术性血管创伤”)相关的心血管状态，例如，血管成形术后再狭窄、设置旁路(shunt)、支架、合成或天然的切除移植物、留置导管、瓣膜或其它可植入装置。优选的心血管疾病包括动脉粥样硬化、心肌梗塞、动脉瘤和中风。
实施例
下面的部分提供了本发明的说明性的实施例。
实施例1.α，α二取代的氨基酸的制备
化合物1
根据Yao等人(2004)J.Org.Chem，69：1720-1722，通过两步程序制备化合物1。向溶于二甲基甲酰胺(10ml)的1-碘-4-氯-丁烷(1ml，8.2mmol)中加入叠氮化钠(0.53g，8.2mmol)，并在室温下整夜搅拌进行反应。然后用乙酸乙酯和水稀释反应物。用水(3次)洗涤有机层，经硫酸镁干燥，并真空浓缩以80％的产率产生1-叠氮基-4-氯-丁烷。用丙酮(38ml)稀释叠氮化物，加入碘化钠(1.98g，13.00mmol)，并整夜回流加热以进行反应。之后，用水稀释反应物，并用乙醚(3次)萃取产物。用碳酸氢钠和盐水洗涤合并的有机提取物。有机提取物经硫酸镁干燥，并真空浓缩。通过将其经过中性氧化铝的柱塞(plug)纯化产物1。产率是89％。
化合物2
Figure G2008800095108D00602
S-Ala-Ni-BPB
根据Belokon等人(1998)，Tetrahedron Asymm.9：4249-4252，通过三步程序制备化合物2。在40C下搅拌制备S-脯氨酸(100g，0.869mol)和KOH(172g，2.61mol)的异丙醇(600ml)溶液。溶液一变得澄清，就在同样的温度下加入苄基氯(156ml，1.34mol)。加入完成(3.5小时)后，在40C下整夜搅拌反应物。用浓HCl(110ml)中和反应物直至pH 5，然后向反应混合物加入氯仿(400ml)，并整夜搅拌混合物。接着过滤混合物，并用CHCl洗涤沉淀物。合并CHCL3溶液并蒸发，用丙酮处理残留物，过滤粗制产物的沉淀，并另外用丙酮洗涤。以75％的产率分离苯甲基脯氨酸产物。
在-20C到-30C下，在10分钟的时间里，伴随搅拌向苯甲基脯氨酸(41g，0.2mol)的二氯甲烷(200ml)溶液加入亚硫酰氯(18.34ml，0.25mol)。在-10C下持续搅拌，直至反应混合物变得几乎透明。然后，在-30C下，伴随搅拌向反应混合物加入2-氨基二苯甲酮(25g，0.125mol)的二氯甲烷(100ml)溶液。室温下再持续搅拌10小时，并在0C下，伴随搅拌向反应混合物加入碳酸钠(40g)的水(150ml)溶液。分离有机层，用二氯甲烷萃取水层几遍，并合并有机溶液和蒸发。产物(苯甲基脯氨酸-氨基二苯甲酮加合物)从乙醇中结晶，并以85％的产率分离。
在氮气中、40-50C下，将KOH(23.1g，0.35mol)的甲醇(75ml)溶液倒入搅拌的苯甲基脯氨酸-氨基二苯甲酮加合物(19.5g，0.05mol)和硝酸镍六水合物(29.1g，0.1mol)、L-Ala(8.9g，0.1mol)在甲醇(175)中的混合物中。在55C-65C下，搅拌反应混合物2小时，然后用乙酸(20ml)中和。用水(500ml)稀释反应体积。6小时后，过滤分离的结晶固体，并用水(2x)洗涤，产生纯的化合物2(红色固体，22g)。M+H obs.512.4，M+H calc.512.1。
化合物3
Figure G2008800095108D00611
向化合物2(5.122g，10.0mmol)加入经过冻融循环脱气的二甲基甲酰胺(45mL)。用冰浴冷却溶液至4C，并且一次(in one batch)加入粉末KOH(6.361g，100mmol)。除去冷浴，经注射器加入溶于二甲基甲酰胺(4.0mL)的化合物1(3.375g，15mmol)。室温下搅拌反应物40分钟。然后通过将其缓慢加到冷的5％乙酸水溶液(200mL)中终止反应。通过过滤收集粗制产物，并用冷水洗涤3次。使用Biotage硅胶柱和作为洗脱剂的己烷-乙酸乙酯，通过快速色谱纯化产物。获得红色固体化合物3(51％产率)，M+H calc.609.2，M+H obs.609.37。通过UV 254nm测定纯度为98％。
化合物4
Figure G2008800095108D00621
向5-氯戊炔(5g，47.8mmol)的丙酮(80mL)溶液加入碘化钠(14.321g，95.54mmol)。整夜回流加热进行反应。之后，用水稀释反应物，并用乙醚(3次)萃取产物。用碳酸氢钠和盐水洗涤合并的有机提取物。有机提取物经硫酸镁干燥，并真空浓缩。通过将其经过中性氧化铝的柱塞纯化产物4。产率是92％。
化合物5
Figure G2008800095108D00622
向化合物2(2.561g，5.0mmol)加入经过冻融循环脱气的二甲基甲酰胺(23mL)。用冰浴冷却溶液至4C，并且一次加入粉末KOH(3.181g，50mmol)。除去冷浴，经注射器加入溶于二甲基甲酰胺(2.0mL)的化合物4(1.94g，10mmol)。室温下搅拌反应40分钟。然后通过将其缓慢加到冷的5％乙酸水溶液(100mL)中终止反应。通过过滤收集粗制产物，并用冷水洗涤3次。使用Biotage硅胶柱和作为洗脱剂的己烷-乙酸乙酯，通过快速色谱纯化产物。化合物5是红色固体，1.4g，48％的产率。M+H calc.578.19，M+H obs.578.69。通过UV 254nm测定纯度为97％。
化合物6
在70C下，向1/1的3N HCl/MeOH溶液(12ml)逐滴加入化合物3(1g，1.65mmol)的甲醇(3ml)溶液。起始材料在5-10分钟内消失。然后真空浓缩反应混合物，并用高真空泵除去残留的溶剂。用以冰浴冷却至0C的10％的Na2CO3水溶液(16ml)稀释粗制的残留物。加入溶于二噁烷(16ml)的Fmoc-OSu(0.84g，2.5mmol)，并伴随搅拌使得反应加热到室温过夜。之后，用乙酸乙酯和1N HCl稀释反应物。用1NHCl(3次)洗涤有机层。然后经硫酸镁干燥有机层，并真空浓缩。在使用Biotage硅胶柱和作为洗脱剂的乙酸乙酯/己烷和二氯甲烷/甲醇通过快速色谱纯化之后，分离纯的产物，产生对于两个步骤的总产率为36％的粘性油。M+Na obs 431.89，M+H calc(409.18)。通过UV 254nm测定纯度为98％。
化合物7
Figure G2008800095108D00632
在70C下，向1/1的3N HCl/MeOH的溶液(18ml)逐滴加入化合物5(1.4g，2.4mmol)的甲醇(4ml)溶液。起始材料在5-10分钟内消失。然后真空浓缩反应混合物，并用高真空泵除去残留的溶剂。用以冰浴冷却至0C的10％的Na2CO3水溶液(24ml)稀释粗制的残留物。加入溶于二噁烷(24ml)的Fmoc-OSu(0.98g，2.9mmol)，并伴随搅拌使得反应物加热到室温过夜。之后，用乙酸乙酯和1N HCl稀释反应物。用1N HCl(3次)洗涤有机层。然后经硫酸镁干燥有机层，并真空浓缩。在使用Biotage硅胶柱和乙酸乙酯/己烷和二氯甲烷/甲醇作为洗脱剂，通过快速色谱纯化之后，分离纯的产物(对于两个步骤产率为30％)。获得粘性油产物，其在静置时固化。M+H calc.378.16，M+Na obs 400.85。
已经描述了本发明的许多实施方式。尽管如此，应当理解，可以在不背离本发明的精神和范围的情况下进行各种修改。因此，其它实施方式在下面的权利要求书的范围之内。

Claims (77)

1.式(I)的拟肽大环化合物：
Figure A2008800095100002C1
其中：
A、C、D和E各自独立地是天然或非天然的氨基酸；
B是天然或非天然的氨基酸、氨基酸类似物、-[NH-L3-CO-]、[-NH-L3-SO2-]或[-NH-L3-]；
R1和R2独立地是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素取代的；
R3是氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选被R5取代；
L是式的形成大环的连接体；
L1、L2和L3独立地是亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚环芳基、亚杂环芳基或[-R4-K-R4-]n，各基团任选被R5取代；
各个R4是亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
各个K是O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
各个R5独立地是卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
各个R6独立地是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
R7是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选被R5取代，或作为与D残基所形成的环状结构的一部分；
R8是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选被R5取代，或作为与E残基所形成的环状结构的一部分；
v是1-1000的整数；
w是1-1000的整数；
x是0-10的整数；
y是0-10的整数；
z是0-10的整数；且
n是1-5的整数。
2.如权利要求1所述的拟肽大环化合物，其中，所述L是
Figure A2008800095100003C1
3.如权利要求1所述的拟肽大环化合物，其中，所述L是
Figure A2008800095100003C2
4.如权利要求1所述的拟肽大环化合物，其中，所述R1和R2中的至少一个是烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素取代的。
5.如权利要求1所述的拟肽大环化合物，其中，所述R1和R2独立地是烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素取代的。
6.如权利要求1所述的拟肽大环化合物，其中，所述R1和R2中的至少一个是未取代的或被卤素取代的烷基。
7.如权利要求1所述的拟肽大环化合物，其中，所述R1和R2独立地是未取代的或被卤素取代的烷基。
8.如权利要求1所述的拟肽大环化合物，其中，所述R1和R2中的至少一个是甲基。
9.如权利要求1所述的拟肽大环化合物，其中，所述R1和R2是甲基。
10.如权利要求1所述的拟肽大环化合物，其中，所述D和E中的至少一个是被高分子量的脂质或烃取代的天然或非天然的氨基酸。
11.如权利要求1所述的拟肽大环化合物，其中，所述D和E中的至少一个连接于另外的形成大环的连接体上。
12.如权利要求1所述的拟肽大环化合物，其中，所述拟肽大环化合物的二级结构比相应的非大环多肽的相应二级结构更稳定。
13.如权利要求1所述的拟肽大环化合物，其中，所述拟肽大环化合物包含α-螺旋。
14.如权利要求13所述的拟肽大环化合物，其中，所述α-螺旋包含1-5圈。
15.如权利要求13所述的拟肽大环化合物，其中，所述α-螺旋比相应的非大环多肽的α-螺旋更稳定。
16.如权利要求13所述的拟肽大环化合物，其中，所述形成大环的连接体跨越α-螺旋的1-5圈。
17.如权利要求13所述的拟肽大环化合物，其中，所述形成大环的连接体跨越α-螺旋的大约1、2、3、4或5圈。
18.如权利要求13所述的拟肽大环化合物，其中，所述形成大环的连接体的长度是α-螺旋的每圈大约
Figure A2008800095100004C1
-大约
Figure A2008800095100004C2
19.如权利要求13所述的拟肽大环化合物，其中，所述形成大环的连接体跨越α-螺旋的大约1圈。
20.如权利要求19所述的拟肽大环化合物，其中，所述形成大环的连接体的长度近似等于大约6个-大约14个碳-碳键的长度。
21.如权利要求19所述的拟肽大环化合物，其中，所述形成大环的连接体的长度近似等于大约8个-大约12个碳-碳键的长度。
22.如权利要求19所述的拟肽大环化合物，其中，所述大环化合物包含大约18-26个原子的环。
23.如权利要求13所述的拟肽大环化合物，其中，所述α-螺旋包含大约2圈。
24.如权利要求23所述的拟肽大环化合物，其中，所述形成大环的连接体的长度近似等于大约8个-大约16个碳-碳键的长度。
25.如权利要求23所述的拟肽大环化合物，其中，所述形成大环的连接体的长度近似等于大约10个-大约13个碳-碳键的长度。
26.如权利要求23所述的拟肽大环化合物，其中，所述大环化合物包含大约29-大约37个原子的环。
27.式IIa或式IIb的化合物：
Figure A2008800095100005C1
其中，
R1和R2独立地是烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素取代的；
Q和T各独立地选自亚烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基、亚杂芳基、和[-R4-K-R4-]n，其各是未取代的或被R5取代；
K是O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
R3是氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选被R5取代；
R4是亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
各R5独立地是卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
各个R6独立地是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
R7和R8独立地是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂烷基烷基或杂环烷基；
R10和R11独立地是-H或任何适于肽合成的保护基；
g和h各自独立地是0-5的整数，其中，g+h大于1；且
n是1-5的整数。
28.如权利要求27所述的化合物，其中，所述化合物是式IIa的化合物，且R1是未取代的或被卤素取代的烷基。
29.如权利要求27所述的化合物，其中，所述化合物是式IIb的化合物，且R2是未取代的或被卤素取代的烷基。
30.如权利要求27所述的化合物，其中，所述化合物是式IIa的化合物，且R1是未取代的烷基。
31.如权利要求27所述的化合物，其中，所述化合物是式IIb的化合物，且R2是未取代的烷基。
32.如权利要求27所述的化合物，其中，所述化合物是式IIa的化合物，且R1甲基。
33.如权利要求27所述的化合物，其中，所述化合物是式IIb的化合物，且R2是甲基。
34.如权利要求27所述的化合物，其中，所述R9和R10中的至少一个是适于肽合成的保护基。
35.一种试剂盒，包含：
a)至少一种选自式IIa的化合物和式IIb的化合物的化合物：
Figure A2008800095100007C1
其中，
R1和R2独立地是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素取代的；
Q和T各自独立地选自亚烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基、亚杂芳基、和[-R4-K-R4-]n，其各自是未取代的或被R5取代；
K是O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
R3是氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选被R5取代；
R4是亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
各R5独立地是卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
各个R6独立地是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
R7和R8独立地是-H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂烷基烷基或杂环烷基；
R10和R11独立地是-H或任何适于肽合成的保护基；
g和h独立地是0-5的整数；
n是1-5的整数；和
b)大环化试剂。
36.如权利要求35所述的试剂盒，其中，所述试剂盒包括式IIa的化合物，且R1是未取代的或被卤素取代的烷基。
37.如权利要求35所述的试剂盒，其中，所述试剂盒包括式IIb的化合物，且R2是未取代的或被卤素取代的烷基。
38.如权利要求35所述的试剂盒，其中，所述试剂盒包括式IIa的化合物，且R1是未取代的烷基。
39.如权利要求35所述的试剂盒，其中，所述试剂盒包括式IIb的化合物，且R2是未取代的烷基。
40.如权利要求35所述的试剂盒，其中，所述试剂盒包括式IIa的化合物，且R1是甲基。
41.如权利要求35所述的试剂盒，其中，所述试剂盒包括式IIb的化合物，且R2是甲基。
42.如权利要求35所述的试剂盒，其中，所述R9和R10中的至少一个是适于肽合成的保护基。
43.如权利要求35所述的试剂盒，其中，所述试剂盒包括至少一种式IIa的化合物和至少一种式IIb的化合物。
44.如权利要求35所述的试剂盒，其中，所述大环化试剂是Cu试剂。
45.如权利要求35所述的试剂盒，其中，所述大环化试剂是Ru试剂。
46.一种合成拟肽大环化合物的方法，该方法包括将式III或式IV的拟肽前体与大环化试剂接触的步骤：
Figure A2008800095100008C1
Figure A2008800095100009C1
其中，v、w、x、y、z、A、B、C、D、E、R1、R2、R7、R8、L1和L2如权利要求1所定义；
当大环化试剂是Cu试剂时，R12是-H，和当大环化试剂是Ru试剂时，R12是-H或烷基；且
所述接触步骤导致在式III或式IV中的炔部分和叠氮部分之间形成共价连接。
47.如权利要求46所述的方法，其中，所述R1和R2中的至少一个是烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素取代的。
48.如权利要求46所述的方法，其中，所述R1和R2独立地是烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们是未取代的或被卤素取代的。
49.如权利要求46所述的方法，其中，所述R1和R2中的至少一个是未取代的或被卤素取代的烷基。
50.如权利要求46所述的方法，其中，所述R1和R2独立地是未取代的或被卤素取代的烷基。
51.如权利要求46所述的方法，其中，所述R1和R2中的至少一个是甲基。
52.如权利要求46所述的方法，其中，所述R1和R2是甲基。
53.如权利要求46所述的方法，其中，所述大环化试剂是Cu试剂。
54.如权利要求46所述的方法，其中，所述大环化试剂是Ru试剂。
55.如权利要求46所述的方法，其中，所述拟肽前体在接触步骤之前纯化。
56.如权利要求46所述的方法，其中，所述拟肽大环化合物在接触步骤之后纯化。
57.如权利要求46所述的方法，其中，所述拟肽大环化合物在接触步骤之后再折叠。
58.如权利要求46所述的方法，其中，所述方法在溶液中进行。
59.如权利要求46所述的方法，其中，所述方法在固体载体上进行。
60.如权利要求46所述的方法，其中，所述方法在结合拟肽前体或拟肽大环化合物的目标大分子的存在下，在有利于所述结合的条件下进行。
61.如权利要求46所述的方法，其中，所述方法在优先与拟肽前体或拟肽大环化合物结合的目标大分子的存在下，在有利于所述结合的条件下进行。
62.如权利要求46所述的方法，其中，所述方法应用于合成拟肽大环化合物的文库。
63.如权利要求46所述的方法，其中，所述拟肽大环化合物在水溶液中包含α-螺旋。
64.如权利要求63所述的方法，其中，所述拟肽大环化合物与相应的非大环多肽相比在水溶液中显示增加的α-螺旋结构。
65.如权利要求46所述的方法，其中，相比于相应的非大环多肽，所述拟肽大环化合物显示提高的热稳定性。
66.如权利要求46所述的方法，其中，相比于相应的非大环多肽，所述拟肽大环化合物显示提高的生物学活性。
67.如权利要求46所述的方法，其中，相比于相应的非大环多肽，所述拟肽大环化合物显示增强的对蛋白水解降解作用的抗性。
68.如权利要求46所述的方法，其中，相比于相应的非大环多肽，所述拟肽大环化合物显示提高的渗透活细胞的能力。
69.如权利要求46所述的方法，其中，所述式III或式IV的拟肽前体的炔部分是选自以下氨基酸的侧链：L-炔丙基甘氨酸、D-炔丙基甘氨酸、(S)-2-氨基-2-甲基-4-戊炔酸、(R)-2-氨基-2-甲基-4-戊炔酸、(S)-2-氨基-2-甲基-5-己炔酸、(R)-2-氨基-2-甲基-5-己炔酸、(S)-2-氨基-2-甲基-6-庚炔酸、(R)-2-氨基-2-甲基-6-庚炔酸、(S)-2-氨基-2-甲基-7-辛炔酸、(R)-2-氨基-2-甲基-7-辛炔酸、(S)-2-氨基-2-甲基-8-壬炔酸、(R)-2-氨基-2-甲基-8-壬炔酸，且式III或式IV的拟肽前体的叠氮部分是选自以下氨基酸的侧链：ε-叠氮基-L-赖氨酸、ε-叠氮基-D-赖氨酸、ε-叠氮基-α-甲基-L-赖氨酸、ε-叠氮基-α-甲基-D-赖氨酸、δ-叠氮基-α-甲基-L-鸟氨酸和δ-叠氮基-α-甲基-D-鸟氨酸。
70.如权利要求46所述的方法，其中，x+y+z为3，且A、B和C独立地是天然或非天然的氨基酸。
71.如权利要求46所述的方法，其中，x+y+z为6，且A、B和C独立地是天然或非天然的氨基酸。
72.如权利要求46所述的方法，其中，所述大环化试剂是Cu试剂，且接触步骤在选自质子溶剂、水性溶剂、有机溶剂及其混合物的溶剂中进行。
73.如权利要求72所述的方法，其中，所述溶剂是H2O、THF/H2O、tBuOH/H2O、DMF、DIPEA、CH3CN、CH2Cl2或ClCH2CH2Cl。
74.如权利要求46所述的方法，其中，所述大环化试剂是Ru试剂，且接触步骤在有机溶剂中进行。
75.如权利要求74所述的方法，其中，所述溶剂是DMF、THF、CH3CN、CH2Cl2或ClCH2CH2Cl。
76.如权利要求72所述的方法，其中，所述溶剂是有利于螺旋形成的溶剂。
77.如权利要求46所述的方法，其中，所述拟肽大环化合物具有式(I)：
Figure A2008800095100012C1
其中，v、w、x、y、z、A、B、C、D、E、R1、R2、R7、R8和L如权利要求1所定义。
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IL (2) IL200532A (zh)
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Cited By (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107108694A (zh) * 2014-09-11 2017-08-29 西雅图基因公司 含叔胺药物物质的靶向递送
CN109790202A (zh) * 2016-09-30 2019-05-21 富士胶片株式会社 环肽、亲和层析载体、标记抗体、抗体药物复合体及药物制剂
CN112245565A (zh) * 2014-09-24 2021-01-22 艾瑞朗医疗公司 拟肽大环化合物及其用途
CN112500466A (zh) * 2012-02-15 2021-03-16 艾瑞朗医疗公司 拟肽大环化合物
US11229708B2 (en) 2015-12-04 2022-01-25 Seagen Inc. Conjugates of quaternized tubulysin compounds
US11389543B2 (en) 2017-09-08 2022-07-19 Seagen Inc. Process for the preparation of tubulysins and intermediates thereof
US11793880B2 (en) 2015-12-04 2023-10-24 Seagen Inc. Conjugates of quaternized tubulysin compounds

Families Citing this family (66)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7192713B1 (en) 1999-05-18 2007-03-20 President And Fellows Of Harvard College Stabilized compounds having secondary structure motifs
PT2332968T (pt) * 2003-11-05 2016-08-17 Harvard College Péptidos alfa-helicoidais adequados para a activação ou inibição da morte celular
US7202332B2 (en) 2004-05-27 2007-04-10 New York University Methods for preparing internally constrained peptides and peptidomimetics
CA2669696A1 (en) 2006-11-15 2008-05-22 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Stabilized maml peptides and uses thereof
CN105061577A (zh) * 2006-12-14 2015-11-18 爱勒让治疗公司 双巯基大环化系统
US7981998B2 (en) * 2006-12-14 2011-07-19 Aileron Therapeutics, Inc. Bis-sulfhydryl macrocyclization systems
JP5649825B2 (ja) 2007-01-31 2015-01-07 デイナ ファーバー キャンサー インスティチュート，インコーポレイテッド 安定化させたｐ５３ペプチドおよびその使用法
BRPI0807578A2 (pt) 2007-02-23 2021-06-15 Aileron Therapeutics, Inc. macrociclo peptidomimético, composto, kit e métodos para sintetizar um macrociclo peptidomimético
KR101525754B1 (ko) 2007-03-28 2015-06-09 프레지던트 앤드 펠로우즈 오브 하바드 칼리지 스티칭된 폴리펩티드
US10716828B2 (en) * 2007-05-02 2020-07-21 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Methods of modulating cellular homeostatic pathways and cellular survival
WO2009110952A2 (en) * 2007-12-31 2009-09-11 New York University Control of viral-host membrane fusion with hydrogen bond surrogate-based artificial helices
AU2014201269B2 (en) * 2008-02-08 2016-09-15 Aileron Therapeutics, Inc. Therapeutic peptidomimetic macrocycles
CA2714251C (en) * 2008-02-08 2017-08-15 Aileron Therapeutics, Inc. Therapeutic peptidomimetic macrocycles
US20110144303A1 (en) * 2008-04-08 2011-06-16 Aileron Therapeutics, Inc. Biologically Active Peptidomimetic Macrocycles
EP2310407A4 (en) * 2008-04-08 2011-09-14 Aileron Therapeutics Inc BIOLOGIC EFFECTIVE PEPTIDOMIMETIC MACROCYCLES
US20110250685A1 (en) * 2008-06-03 2011-10-13 Nash Huw M Compositions and methods for enhancing cellular transport of biomolecules
WO2010011313A2 (en) 2008-07-23 2010-01-28 President And Fellows Of Harvard College Ligation of stapled polypeptides
US8586707B2 (en) 2008-09-16 2013-11-19 The Research Foundation Of State University Of New York Stapled peptides and method of synthesis
EP2342222B1 (en) * 2008-09-22 2018-03-21 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles
WO2010034032A2 (en) 2008-09-22 2010-03-25 Aileron Therapeutic, Inc. Methods for preparing purified polypeptide compositions
CA2737920A1 (en) * 2008-09-22 2010-03-25 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles
EP2342214A1 (en) * 2008-09-22 2011-07-13 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles
CA2737918A1 (en) * 2008-09-22 2010-03-25 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles
CA2737914A1 (en) * 2008-09-22 2010-03-25 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles
JP2012509902A (ja) * 2008-11-24 2012-04-26 エルロン・セラピューティクス・インコーポレイテッド 改善された特性を有するペプチド模倣大環状分子
JP2012515172A (ja) * 2009-01-14 2012-07-05 エルロン・セラピューティクス・インコーポレイテッド ペプチド模倣大環状分子
BRPI1007320B1 (pt) * 2009-01-23 2020-01-21 Pacific Scient Energetic Materials Co método para preparar um composto adequado para uso como explosivo primário
CN102333537B (zh) * 2009-02-27 2014-08-13 米梅托根药物公司 用于治疗色素性视网膜炎的模拟肽环状化合物
JP2012532929A (ja) 2009-07-13 2012-12-20 プレジデント アンド フェロウズ オブ ハーバード カレッジ 二機能性のステープリングされたポリペプチドおよびそれらの使用
US20130072439A1 (en) 2009-09-22 2013-03-21 Huw M. Nash Peptidomimetic macrocycles
AU2010306718A1 (en) * 2009-10-14 2012-05-24 Aileron Therapeutics, Inc. Improved peptidomimetic macrocycles
CA2780142C (en) 2009-11-16 2018-07-17 Centre National De La Recherche Scientifique - Cnrs Compounds and methods for purifying peptides produced by solid phase peptide synthesis
US9227995B2 (en) * 2010-04-23 2016-01-05 Øyvind Jacobsen Peptides
CN108570097A (zh) 2010-08-13 2018-09-25 爱勒让治疗公司 拟肽大环化合物
WO2012040459A2 (en) 2010-09-22 2012-03-29 President And Fellows Of Harvard College Beta-catenin targeting peptides and uses thereof
WO2012051405A1 (en) 2010-10-13 2012-04-19 Bristol-Myers Squibb Company Methods for preparing macrocycles and macrocycle stabilized peptides
FR2967072B1 (fr) 2010-11-05 2013-03-29 Univ Dundee Procede pour ameliorer la production de virus et semences vaccinales influenza
WO2012065181A2 (en) 2010-11-12 2012-05-18 Dana Farber Cancer Institute, Inc. Cancer therapies and diagnostics
WO2012083078A2 (en) 2010-12-15 2012-06-21 The Research Foundation Of State University Of New York Croos-linked peptides and proteins, methods of making same, and uses thereof
WO2012173846A2 (en) * 2011-06-06 2012-12-20 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles
US9487562B2 (en) 2011-06-17 2016-11-08 President And Fellows Of Harvard College Stabilized polypeptides as regulators of RAB GTPase function
MX358886B (es) 2011-10-18 2018-08-31 Aileron Therapeutics Inc Macrociclos peptidomimeticos.
WO2013062923A1 (en) * 2011-10-28 2013-05-02 Merck Sharp & Dohme Corp. MACROCYCLES THAT INCREASE p53 ACTIVITY AND THE USES THEREOF
WO2013071039A1 (en) * 2011-11-09 2013-05-16 Ensemble Therapeutics Macrocyclic compounds for inhibition of inhibitors of apoptosis
WO2013116682A1 (en) 2012-02-02 2013-08-08 Ensemble Therapeutics Corporation Macrocyclic compounds for modulating il-17
US8987414B2 (en) * 2012-02-15 2015-03-24 Aileron Therapeutics, Inc. Triazole-crosslinked and thioether-crosslinked peptidomimetic macrocycles
US9278984B2 (en) 2012-08-08 2016-03-08 Pacific Scientific Energetic Materials Company Method for preparation of a lead-free primary explosive
WO2014052647A2 (en) 2012-09-26 2014-04-03 President And Fellows Of Harvard College Proline-locked stapled peptides and uses thereof
EP2914256B1 (en) 2012-11-01 2019-07-31 Aileron Therapeutics, Inc. Disubstituted amino acids and methods of preparation and use thereof
CA2895504A1 (en) 2012-12-20 2014-06-26 Merck Sharp & Dohme Corp. Substituted imidazopyridines as hdm2 inhibitors
WO2014138429A2 (en) 2013-03-06 2014-09-12 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles and use thereof in regulating hif1alpha
CN110105434A (zh) 2013-03-13 2019-08-09 哈佛大学的校长及成员们 钉合且缝合的多肽及其用途
WO2014201370A1 (en) 2013-06-14 2014-12-18 President And Fellows Of Harvard College Stabilized polypeptide insulin receptor modulators
ES2927607T3 (es) 2013-09-13 2022-11-08 Scripps Research Inst Agentes terapéuticos modificados y composiciones de los mismos
SG11201603376UA (en) * 2013-10-28 2016-05-30 Naurex Inc Nmda receptor modulators and prodrugs, salts, and uses thereof
US10039809B2 (en) 2013-12-18 2018-08-07 The California Institute For Biomedical Research Modified therapeutic agents, stapled peptide lipid conjugates, and compositions thereof
JP6759109B2 (ja) 2014-05-21 2020-09-23 プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ Ｒａｓ抑制性ペプチドおよびその使用
CN112972378A (zh) 2014-09-24 2021-06-18 艾瑞朗医疗公司 拟肽大环化合物及其制剂
EP3294318A4 (en) 2015-03-20 2019-04-03 Aileron Therapeutics, Inc. PEPTIDOMIMETIC MACROCYCLES AND USES THEREOF
US10059741B2 (en) 2015-07-01 2018-08-28 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles
US10023613B2 (en) 2015-09-10 2018-07-17 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles as modulators of MCL-1
US20170360881A1 (en) * 2016-06-17 2017-12-21 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles and uses thereof
US11198715B2 (en) 2016-07-22 2021-12-14 Massachusetts Institute Of Technology Selective Bfl-1 peptides
US20200354413A1 (en) 2017-12-15 2020-11-12 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Stabilized peptide-mediated targeted protein degradation
US11091522B2 (en) 2018-07-23 2021-08-17 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles and uses thereof
WO2020060975A1 (en) * 2018-09-17 2020-03-26 Massachusetts Institute Of Technology Peptides selective for bcl-2 family proteins

Family Cites Families (112)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4000259A (en) * 1975-06-16 1976-12-28 American Home Products Corporation Cyclic dodecapeptide analogs of somatostatin and intermediates
US4438270A (en) 1977-07-11 1984-03-20 Merrell Toraude Et Compagnie α-Halomethyl derivatives of α-amino acids
US4191754A (en) * 1979-02-28 1980-03-04 Merck & Co., Inc. Bicyclic somatostatin analogs
AU3439589A (en) 1988-03-24 1989-10-16 Terrapin Diagnostics, Inc. Molecular sticks for controlling protein conformation
US5650133A (en) * 1990-01-19 1997-07-22 Nycomed Salutar Macrocyclic polyaza dichelates linked through ring nitrogens via an amide or ester functionality
CA2047042A1 (en) 1990-07-19 1992-01-20 John Hannah Cyclic hiv principal neutralizing determinant peptides
US5364851A (en) * 1991-06-14 1994-11-15 International Synthecon, Llc Conformationally restricted biologically active peptides, methods for their production and uses thereof
GB9114949D0 (en) 1991-07-11 1991-08-28 Smithkline Beecham Plc Novel compounds
US5411860A (en) * 1992-04-07 1995-05-02 The Johns Hopkins University Amplification of human MDM2 gene in human tumors
CA2161108A1 (en) 1993-04-23 1994-11-10 Herbert J. Evans Polypeptides that include conformation-constraining groups which flank a protein-protein interaction site
US5446128A (en) 1993-06-18 1995-08-29 The Board Of Trustees Of The University Of Illinois Alpha-helix mimetics and methods relating thereto
US5622852A (en) * 1994-10-31 1997-04-22 Washington University Bcl-x/Bcl-2 associated cell death regulator
US6287787B1 (en) * 1993-11-24 2001-09-11 Torrey Pines Institute For Molecular Studies Dimeric oligopeptide mixture sets
US5824483A (en) 1994-05-18 1998-10-20 Pence Inc. Conformationally-restricted combinatiorial library composition and method
US5770377A (en) * 1994-07-20 1998-06-23 University Of Dundee Interruption of binding of MDM2 and P53 protein and therapeutic application thereof
US6169073B1 (en) * 1995-02-16 2001-01-02 Bayer Corporation Peptides and peptidomimetics with structural similarity to human p53 that activate p53 function
US5675001A (en) 1995-03-14 1997-10-07 Hoffman/Barrett, L.L.C. Heteroatom-functionalized porphyrazines and multimetallic complexes and polymers derived therefrom
MX9708500A (es) 1995-05-04 1998-02-28 Scripps Research Inst Sintesis de proteinas mediante ligacion quimica nativa.
US5811515A (en) * 1995-06-12 1998-09-22 California Institute Of Technology Synthesis of conformationally restricted amino acids, peptides, and peptidomimetics by catalytic ring closing metathesis
US5840833A (en) * 1995-10-27 1998-11-24 Molecumetics, Ltd Alpha-helix mimetics and methods relating thereto
US5849954A (en) * 1996-01-18 1998-12-15 Research Corporation Technologies, Inc. Method of peptide synthesis
US5849691A (en) 1996-02-20 1998-12-15 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Peptidomimetic inhibitors of cathepsin D and plasmepsins I and II
US5817752A (en) * 1996-06-06 1998-10-06 La Jolla Pharmaceutical Company Cyclic polypeptides comprising a thioether linkage and methods for their preparation
US5663316A (en) * 1996-06-18 1997-09-02 Clontech Laboratories, Inc. BBC6 gene for regulation of cell death
US7083983B2 (en) 1996-07-05 2006-08-01 Cancer Research Campaign Technology Limited Inhibitors of the interaction between P53 and MDM2
US5955593A (en) * 1996-09-09 1999-09-21 Washington University BH3 interacting domain death agonist
US5965703A (en) * 1996-09-20 1999-10-12 Idun Pharmaceuticals Human bad polypeptides, encoding nucleic acids and methods of use
US5856445A (en) * 1996-10-18 1999-01-05 Washington University Serine substituted mutants of BCL-XL /BCL-2 associated cell death regulator
US6271198B1 (en) * 1996-11-06 2001-08-07 Genentech, Inc. Constrained helical peptides and methods of making same
WO1998046631A1 (en) 1997-04-11 1998-10-22 Eli Lilly And Company Combinatorial libraries of peptidomimetic macrocycles and processes therefor
EP1015578A4 (en) * 1997-09-17 2004-12-01 Walker And Eliza Hall Inst Of THERAPEUTIC MOLECULES
US6326354B1 (en) * 1998-08-19 2001-12-04 Washington University Modulation of apoptosis with bid
WO2000052210A2 (en) 1999-03-01 2000-09-08 Variagenics, Inc. Methods for targeting rna molecules
IL145406A0 (en) * 1999-03-29 2002-06-30 Procter & Gamble Melanocortin receptor ligands
US6713280B1 (en) * 1999-04-07 2004-03-30 Thomas Jefferson University Enhancement of peptide cellular uptake
US7192713B1 (en) 1999-05-18 2007-03-20 President And Fellows Of Harvard College Stabilized compounds having secondary structure motifs
DE10009341A1 (de) * 2000-02-22 2001-09-06 Florian Kern Verfahren zur antigen-spezifischen Stimulation von T-Lymphozyten
US6703382B2 (en) * 2000-08-16 2004-03-09 Georgetown University Medical Center Small molecule inhibitors targeted at Bcl-2
AU2002252246A1 (en) 2001-03-09 2002-09-24 University Of Louisville Helicomimetics and stabilized lxxll peptidomimetics
US20040106548A1 (en) * 2001-09-07 2004-06-03 Schmidt Michelle A Conformationally constrained labeled peptides for imaging and therapy
EP1469871A4 (en) * 2001-12-31 2006-08-23 Dana Farber Cancer Inst Inc METHOD FOR TREATING APOPTOSIS AND COMPOSITIONS THEREFOR
WO2003059933A2 (en) 2002-01-03 2003-07-24 Yissum Research Development Company Of The Hebrew University Of Jerusalem Conformationally constrained c-backbone cyclic peptides
US7432242B2 (en) 2002-02-15 2008-10-07 The Regents Of The University Of Michigan Inhibitors of RGS proteins
US20030166138A1 (en) * 2002-02-21 2003-09-04 Todd Kinsella Cyclic peptides and analogs useful to treat allergies
ATE469135T1 (de) * 2002-05-30 2010-06-15 Scripps Research Inst Kupferkatalysierte ligierung von aziden und acetylenen
AU2003261774A1 (en) 2002-09-06 2004-03-29 Kaneka Corporation PROCESS FOR PRODUCING L-Alpha-METHYLCYSTEINE DERIVATIVE
WO2004022580A2 (en) * 2002-09-09 2004-03-18 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Bh3 peptides and method of use thereof
AU2003291337B2 (en) * 2002-11-07 2010-09-09 Kosan Biosciences Incorporated Trans-9,10-dehydroepothilone C and D, analogs thereof and methos of making the same
US20070032417A1 (en) 2002-12-24 2007-02-08 Walter And Eliza Hall Institute Of Medical Research Peptides and therapeutic uses thereof
EP1452868A2 (en) 2003-02-27 2004-09-01 Pepscan Systems B.V. Method for selecting a candidate drug compound
AU2003902743A0 (en) * 2003-06-02 2003-06-19 Promics Pty Limited Process for the preparation of cyclic peptides
WO2005007675A2 (en) * 2003-07-09 2005-01-27 The Scripps Research Institute TRIAZOLE ϵ-AMINO ACIDS
GB0317815D0 (en) 2003-07-30 2003-09-03 Amersham Health As Imaging agents
AU2004277981B2 (en) * 2003-10-03 2009-10-01 Merck & Co., Inc. Benzylether and benzylamino beta-secretase inhibitors for the treatment of Alzheimer's disease
JP2007537989A (ja) 2003-10-16 2007-12-27 アプラーゲン ゲゼルシャフト ミット ベシュレンクテル ハフツング 安定化ペプチド
PT2332968T (pt) * 2003-11-05 2016-08-17 Harvard College Péptidos alfa-helicoidais adequados para a activação ou inibição da morte celular
WO2005090388A1 (en) 2004-03-19 2005-09-29 The University Of Queensland Alpha helical mimics, their uses and methods for their production
US7202332B2 (en) * 2004-05-27 2007-04-10 New York University Methods for preparing internally constrained peptides and peptidomimetics
CN100335467C (zh) 2004-06-04 2007-09-05 中国科学院上海有机化学研究所 一锅法区域选择性合成5－碘代－1，4－二取代－1，2，3－三氮唑化合物
EP1602663A1 (en) * 2004-06-04 2005-12-07 Chiralix B.V. Triazole-linked glycoamino acids and glycopeptides
ES2326750T3 (es) * 2004-10-29 2009-10-19 Schering Corporation 5-carboxiamido pirazoles y (1,2,4) triazoles como agentes antivirales.
SI1844337T1 (sl) 2005-01-24 2013-11-29 Pepscan Systems B.V. Povezovalne spojine, imunogene spojine in peptidomimetiki
US20070020620A1 (en) * 2005-07-14 2007-01-25 Finn M G Compositions and methods for coupling a plurality of compounds to a scaffold
US20080213175A1 (en) * 2006-09-15 2008-09-04 Kolb Hartmuth C Click chemistry-derived cyclic peptidomimetics as integrin markers
CA2669696A1 (en) 2006-11-15 2008-05-22 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Stabilized maml peptides and uses thereof
CN105061577A (zh) * 2006-12-14 2015-11-18 爱勒让治疗公司 双巯基大环化系统
US7981998B2 (en) * 2006-12-14 2011-07-19 Aileron Therapeutics, Inc. Bis-sulfhydryl macrocyclization systems
JP5649825B2 (ja) 2007-01-31 2015-01-07 デイナ ファーバー キャンサー インスティチュート，インコーポレイテッド 安定化させたｐ５３ペプチドおよびその使用法
BRPI0807578A2 (pt) 2007-02-23 2021-06-15 Aileron Therapeutics, Inc. macrociclo peptidomimético, composto, kit e métodos para sintetizar um macrociclo peptidomimético
KR101525754B1 (ko) 2007-03-28 2015-06-09 프레지던트 앤드 펠로우즈 오브 하바드 칼리지 스티칭된 폴리펩티드
US10716828B2 (en) * 2007-05-02 2020-07-21 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Methods of modulating cellular homeostatic pathways and cellular survival
WO2009110952A2 (en) 2007-12-31 2009-09-11 New York University Control of viral-host membrane fusion with hydrogen bond surrogate-based artificial helices
PT2235064E (pt) 2008-01-07 2016-03-01 Amgen Inc Método de preparação de moléculas heterodiméricas de fc de anticorpos utilizando efeitos de indução eletrostática
CA2714251C (en) * 2008-02-08 2017-08-15 Aileron Therapeutics, Inc. Therapeutic peptidomimetic macrocycles
EP2310407A4 (en) 2008-04-08 2011-09-14 Aileron Therapeutics Inc BIOLOGIC EFFECTIVE PEPTIDOMIMETIC MACROCYCLES
US20110144303A1 (en) 2008-04-08 2011-06-16 Aileron Therapeutics, Inc. Biologically Active Peptidomimetic Macrocycles
US20110250685A1 (en) 2008-06-03 2011-10-13 Nash Huw M Compositions and methods for enhancing cellular transport of biomolecules
WO2010011313A2 (en) 2008-07-23 2010-01-28 President And Fellows Of Harvard College Ligation of stapled polypeptides
WO2010033879A2 (en) 2008-09-18 2010-03-25 New York University Inhibiting interaction between hif-1a and p300/cbp with hydrogen bond surrogate-based helices
EP2342214A1 (en) 2008-09-22 2011-07-13 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles
EP2342222B1 (en) 2008-09-22 2018-03-21 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles
CA2737918A1 (en) 2008-09-22 2010-03-25 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles
CA2737920A1 (en) 2008-09-22 2010-03-25 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles
WO2010034032A2 (en) 2008-09-22 2010-03-25 Aileron Therapeutic, Inc. Methods for preparing purified polypeptide compositions
CA2737914A1 (en) 2008-09-22 2010-03-25 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles
JP2012509902A (ja) 2008-11-24 2012-04-26 エルロン・セラピューティクス・インコーポレイテッド 改善された特性を有するペプチド模倣大環状分子
JP2012515172A (ja) 2009-01-14 2012-07-05 エルロン・セラピューティクス・インコーポレイテッド ペプチド模倣大環状分子
JP2012532929A (ja) 2009-07-13 2012-12-20 プレジデント アンド フェロウズ オブ ハーバード カレッジ 二機能性のステープリングされたポリペプチドおよびそれらの使用
US20130072439A1 (en) 2009-09-22 2013-03-21 Huw M. Nash Peptidomimetic macrocycles
AU2010306718A1 (en) 2009-10-14 2012-05-24 Aileron Therapeutics, Inc. Improved peptidomimetic macrocycles
CN108570097A (zh) 2010-08-13 2018-09-25 爱勒让治疗公司 拟肽大环化合物
US8987412B2 (en) 2011-03-04 2015-03-24 New York University Hydrogen bond surrogate macrocycles as modulators of Ras
WO2012173846A2 (en) 2011-06-06 2012-12-20 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles
WO2013033645A1 (en) 2011-08-31 2013-03-07 New York University Thioether-,ether-, and alkylamine-linked hydrogen bond surrogate pertidomimentics
MX358886B (es) 2011-10-18 2018-08-31 Aileron Therapeutics Inc Macrociclos peptidomimeticos.
WO2013059530A2 (en) 2011-10-18 2013-04-25 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles
US8987414B2 (en) 2012-02-15 2015-03-24 Aileron Therapeutics, Inc. Triazole-crosslinked and thioether-crosslinked peptidomimetic macrocycles
SG11201404648PA (en) 2012-02-15 2014-09-26 Aileron Therapeutics Inc Peptidomimetic macrocycles
EP2914256B1 (en) 2012-11-01 2019-07-31 Aileron Therapeutics, Inc. Disubstituted amino acids and methods of preparation and use thereof
WO2014138429A2 (en) 2013-03-06 2014-09-12 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles and use thereof in regulating hif1alpha
US20170037086A1 (en) 2014-04-09 2017-02-09 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles with pth activity
CN112972378A (zh) 2014-09-24 2021-06-18 艾瑞朗医疗公司 拟肽大环化合物及其制剂
JP2017533889A (ja) 2014-09-24 2017-11-16 エルロン・セラピューティクス・インコーポレイテッドＡｉｌｅｒｏｎ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，Ｉｎｃ． ペプチド模倣大環状分子およびその使用
EP3294318A4 (en) 2015-03-20 2019-04-03 Aileron Therapeutics, Inc. PEPTIDOMIMETIC MACROCYCLES AND USES THEREOF
US10059741B2 (en) 2015-07-01 2018-08-28 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles
KR20180022971A (ko) 2015-07-02 2018-03-06 다나-파버 캔서 인스티튜트 인크. 안정화된 항미생물성 펩티드
US20170037105A1 (en) 2015-08-03 2017-02-09 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles
JP6971970B2 (ja) 2015-09-03 2021-11-24 エルロン・セラピューティクス・インコーポレイテッドAileron Therapeutics, Inc. ペプチド模倣大環状分子およびその使用
US10023613B2 (en) 2015-09-10 2018-07-17 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles as modulators of MCL-1
KR20180128022A (ko) 2016-03-21 2018-11-30 에일러론 테라퓨틱스 인코포레이티드 펩티드 모방 거대고리에 대한 동반 진단 도구
WO2017205786A1 (en) 2016-05-27 2017-11-30 Aileron Therapeutics, Inc. Cell permeable peptidomimetic macrocycles
US20170360881A1 (en) 2016-06-17 2017-12-21 Aileron Therapeutics, Inc. Peptidomimetic macrocycles and uses thereof

Cited By (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112500466A (zh) * 2012-02-15 2021-03-16 艾瑞朗医疗公司 拟肽大环化合物
CN112500466B (zh) * 2012-02-15 2022-05-03 艾瑞朗医疗公司 拟肽大环化合物
CN107108694A (zh) * 2014-09-11 2017-08-29 西雅图基因公司 含叔胺药物物质的靶向递送
CN107108694B (zh) * 2014-09-11 2022-05-03 西雅图基因公司 含叔胺药物物质的靶向递送
CN114732916A (zh) * 2014-09-11 2022-07-12 西雅图基因公司 含叔胺药物物质的靶向递送
CN114732916B (zh) * 2014-09-11 2023-12-19 西雅图基因公司 含叔胺药物物质的靶向递送
CN112245565A (zh) * 2014-09-24 2021-01-22 艾瑞朗医疗公司 拟肽大环化合物及其用途
US11229708B2 (en) 2015-12-04 2022-01-25 Seagen Inc. Conjugates of quaternized tubulysin compounds
US11793880B2 (en) 2015-12-04 2023-10-24 Seagen Inc. Conjugates of quaternized tubulysin compounds
CN109790202A (zh) * 2016-09-30 2019-05-21 富士胶片株式会社 环肽、亲和层析载体、标记抗体、抗体药物复合体及药物制剂
CN109790202B (zh) * 2016-09-30 2022-09-13 富士胶片株式会社 环肽、亲和层析载体、标记抗体、抗体药物复合体及药物制剂
US11389543B2 (en) 2017-09-08 2022-07-19 Seagen Inc. Process for the preparation of tubulysins and intermediates thereof

Also Published As

Publication number Publication date
EP2564863A3 (en) 2013-07-03
US20160289274A1 (en) 2016-10-06
CA2678941A1 (en) 2008-08-28
US20110263815A1 (en) 2011-10-27
WO2008104000A3 (en) 2008-11-27
JP6046686B2 (ja) 2016-12-21
IL200532A (en) 2015-10-29
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IL200532A0 (en) 2010-04-29
WO2008104000A2 (en) 2008-08-28
US20160304564A1 (en) 2016-10-20
ES2648687T3 (es) 2018-01-05
US20160031936A1 (en) 2016-02-04
CN101663044B (zh) 2014-07-23
BRPI0807578A2 (pt) 2021-06-15
JP2012144555A (ja) 2012-08-02
US9023988B2 (en) 2015-05-05
EP2114428B1 (en) 2012-10-31
JP5657594B2 (ja) 2015-01-21
US8637686B2 (en) 2014-01-28
AU2008218116B2 (en) 2012-04-05
EP2114428A2 (en) 2009-11-11
EP2564862A3 (en) 2013-07-10
EP2564862B1 (en) 2017-08-02
JP4997293B2 (ja) 2012-08-08
EP2114428A4 (en) 2010-03-31
EP2564863B1 (en) 2017-08-23
AU2008218116A1 (en) 2008-08-28
EP2564862A2 (en) 2013-03-06
EP2564863A2 (en) 2013-03-06
JP2015107966A (ja) 2015-06-11
IL241729A0 (en) 2015-11-30
ES2398310T3 (es) 2013-03-15
US9957296B2 (en) 2018-05-01
US20080262200A1 (en) 2008-10-23
IL241729A (en) 2017-09-28
US20120190818A1 (en) 2012-07-26
US10030049B2 (en) 2018-07-24
CN104086641A (zh) 2014-10-08
ES2649941T3 (es) 2018-01-16
US9493509B2 (en) 2016-11-15
US7981999B2 (en) 2011-07-19
CN109627287A (zh) 2019-04-16
CA2678941C (en) 2018-11-27
JP2010519318A (ja) 2010-06-03

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