CN101532055A - 辅助鉴定五指山小型猪近交系的方法及其专用试剂盒 - Google Patents

辅助鉴定五指山小型猪近交系的方法及其专用试剂盒 Download PDF

Info

Publication number
CN101532055A
CN101532055A CN200910077929A CN200910077929A CN101532055A CN 101532055 A CN101532055 A CN 101532055A CN 200910077929 A CN200910077929 A CN 200910077929A CN 200910077929 A CN200910077929 A CN 200910077929A CN 101532055 A CN101532055 A CN 101532055A
Authority
CN
China
Prior art keywords
sequence
inbred lines
wzsp
nucleotide sequence
pig
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN200910077929A
Other languages
English (en)
Inventor
冯书堂
李凯
牟玉莲
杨述林
李奎
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Institute of Animal Science of CAAS
Original Assignee
Institute of Animal Science of CAAS
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Institute of Animal Science of CAAS filed Critical Institute of Animal Science of CAAS
Priority to CN200910077929A priority Critical patent/CN101532055A/zh
Publication of CN101532055A publication Critical patent/CN101532055A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Landscapes

  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一种辅助鉴定五指山小型猪近交系的方法及其专用试剂盒。本发明的方法，是以待测猪的基因组DNA为模板，利用由序列表中序列1的核苷酸序列和序列表中序列2的核苷酸序列组成的引物对进行PCR扩增，检测扩增产物；扩增产物中只有151bp的片段的待测猪为候选的五指山小型猪近交系；扩增产物中没有151bp的片段，或扩增产物中除151bp的片段外还有其它片段的待测猪为非五指山小型猪近交系。本发明的方法可应用于五指山小型猪近交系的育种，还可应用于检测市购的五指山小型猪近交系是否为假冒的。

Description

辅助鉴定五指山小型猪近交系的方法及其专用试剂盒
技术领域
本发明涉及一种辅助鉴定五指山小型猪近交系的方法及其专用试剂盒。
背景技术
我国改革开放初期，1983-1984年研究者在西德学习时，有幸参观西德哥廷根小型猪(Gottengen Minieture Pig)育种中心，了解到西方国家已将小型猪大量应用于人类疾病动物模型，同时又是猪胚胎工程极好的研究对象，哥廷根小型猪已销售到多个国家和地区，于是产生了引回中国开发应用的念头。西德哥廷根小型猪育种专家之一施密特教授对中国梅山猪感兴趣，建议西德农业部列为双边合作研究专项支持，研究者回国后也得到农业部的资助。但由于种种原因未能实现，关键是西德不轻易通过合作研究的方式把资源送给中国。在此期间，国内经历了大规模的家畜品种资源调查，发现了众多特异性畜禽品种，五指山小型猪(Wuzhishan mini-pig)就是其中一例，但已濒临灭绝(见1987年7月原中国农业科学院畜牧研究所冯维奇研究员、原广东省畜牧研究所王正研究员等十七人参加的考察报告)。从资料上分析，WZSP的小型化特征、遗传稳定性要远远好于西德哥廷根小型猪，将会具有较好的应用前景。
中国农业科学院畜牧研究所自1987年至今，历经20年的努力，在农业部、科技部、国家自然科学基金委等先后资助下，累计先后投资1500万元，从我国体型小、濒临灭绝的珍稀品种五指山小型猪(WZSP)中，分离、培育出世界上首批近交系猪。将五指山小型猪进行全同胞、亲仔或祖孙三世代内近交繁育10代以上得到的近交小型猪种群，试验证明基因高度纯合、遗传非常稳定，被命名为五指山小型猪近交系(ZL02149030.9)。培育的该近交系较之原始种猪群具有性情温顺、遗传背景清楚、基因高度纯合、体色为黑白花、体型和毛色一致性好，较之国内外品种更具有体型小、遗传稳定等优势。在人类比较医学，如烧伤植皮、心血管模型、口腔牙齿疾病、异种器官移植等深层次、多方位研究和开发利用结果亦表明：它不仅是肉猪育种、高档肉食加工的优良素材，更是实验动物模型研究的最佳选择。WZSP近交系在人类比较医学研究、异种器官移植研究中将发挥特殊的作用和不可估量的贡献。
发明内容
本发明的目的是提供一种辅助鉴定五指山小型猪近交系的方法及其专用试剂盒。
本发明提供了一种辅助鉴定五指山小型猪近交系和/或非五指山小型猪近交系的方法，是以待测猪的基因组DNA为模板，利用由序列表中序列1所示的核苷酸序列和序列表中序列2所示的核苷酸序列组成的引物对进行PCR扩增，检测扩增产物，然后通过如下a)的方法判断五指山小型猪近交系或通过如下b)的方法判断非五指山小型猪近交系：
a)扩增产物中只有151bp的片段的待测猪为候选的五指山小型猪近交系；
b)扩增产物中没有151bp的片段，或扩增产物中除151bp的片段外还有其它片段的待测猪为非五指山小型猪近交系。
所述方法中，具体可采用ABI3130XL遗传分析仪检测扩增产物。
所述五指山小型猪近交系具体可为第F13至F18代。
本发明还保护由序列表中序列1所示的核苷酸序列和序列表中序列2所示的核苷酸序列组成的引物对在制备辅助鉴定五指山小型猪近交系的试剂盒中的应用。
本发明还保护由序列表中序列1所示的核苷酸序列和序列表中序列2所示的核苷酸序列组成的引物对在制备辅助鉴定非五指山小型猪近交系的试剂盒中的应用。
本发明还提供了一种辅助鉴定五指山小型猪近交系的试剂盒，包括由序列表中序列1所示的核苷酸序列和序列表中序列2所示的核苷酸序列组成的引物对。
本发明还提供了一种辅助鉴定非五指山小型猪近交系的试剂盒，包括由具有序列表中序列1的核苷酸序列和具有序列表中序列2的核苷酸序列组成的引物对。
本发明发现五指山小型猪近交系的基因组DNA中，在Sw510微卫星座位上是纯合的。
本发明的方法和试剂盒均可应用于五指山小型猪的育种。
本发明发现五指山小型猪近交系在Sw510微卫星座位上是纯合的，所以该Sw510微卫星座位可以用来对待测猪进行筛选。以待测猪的基因组DNA为模板，利用由序列表中序列1的核苷酸序列和序列表中序列2的核苷酸序列组成的引物对进行PCR扩增，然后用ABI3130XL遗传分析仪检测扩增产物。如果扩增产物中只有151bp的片段，那它可作为候选的五指山小型猪近交系，如果扩增产物中没有151bp的片段，或扩增产物中除151bp的片段外还有其它片段，那它肯定不是五指山小型猪近交系。本发明的方法可应用于五指山小型猪近交系的育种。可对待测猪群中的所有猪先进行初步筛选，淘汰非五指山小型猪近交系，找出候选的五指山小型猪近交系，结合其它方法进行进一步确认。本发明还可应用于检测市购的五指山小型猪近交系是否为假冒的。
附图说明
图1为14个样本的微卫星位点sw510的PCR产物琼脂糖凝胶电泳图。
图2为一个样本的SW510基因座在ABI3130XL上的测定结果。
具体实施方式
以下的实施例便于更好地理解本发明，但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为自常规生化试剂商店购买得到的。
实施例1、分子标记的发现
本研究所用的75份耳皮肤组织样本均采自中国农业科学院北京畜牧兽医研究所的五指山小型猪近交系，其中F13世代15头，F14世代13头，F15世代11头，F16世代14头，F17世代14头，F18世代8头，全部样品用75％酒精处理后，于-20℃冰箱保存，备提DNA。
10×PCR Buffer、dNTP和TaKaRa Taq DNA聚合酶均购自宝生物工程大连有限公司；ABI3130XL遗传分析仪上样缓冲液去离子甲酰胺(Hi-Di)和分子量内标GeneScan-500LIZ购自ABI公司。
1、DNA的提取和检测
提取样本的基因组DNA(萨姆布鲁克J，拉塞尔DW著(黄培堂等译)。分子克隆实验指南(第三版)[M].北京：科学出版社，2002.)，将提取到的DNA溶于TE中，—20℃保存。用琼脂糖胶电泳和DU640 Nucleic Acid and Protein Analyzer双重检测DNA的纯度和浓度，然后稀释到50ng/μL备用。
2、微卫星标记选择和引物设计
选择的微卫星座位和引物序列见表1。
表1 微卫星座位的片段大小和位置
Figure A200910077929D00051
扩增微卫星座位Sw510的引物由上海博亚生物技术有限公司合成。采用6-Fam(兰色)在正向引物5’末端进行标记。
3、PCR扩增
以提取的基因组DNA为模板，在上述引物对的引导下，进行PCR扩增。
PCR体系(15μL)：正向引物0.2μL，反向引物0.2μL，dNTP 0.3μL，Taq酶0.1uL，Mg2+ 0.9μL，ddH20 9.8μL，模板DNA 2μL，10×PCR Buffer 1.5μL。
PCR扩增条件：95℃变性5min；94℃解链30s、58.5℃退火30s、72℃复性40s，40个循环；最后72℃延伸10min。
将PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳检测。75个样本的PCR产物显示完全相同的带型。其中14个样本的PCR产物琼脂糖凝胶电泳结果见图1，图1中，1-3：F13世代的样本；2-6：F14世代的样本；7、8：F15世代的样本；9、10：F16世代的样本；11、12：F17世代的样本；13、14：F18世代的样本；M：marker。
根据条带的强弱程度确定加入量，一般为0.3～1.0μL，上样缓冲液为去离子甲酰胺(Hi-Di)7.75uL，分子量内标GeneScan-500 LIZ 0.25μL。具体步骤为：①根据样本量计算出所需上样缓冲液去离子甲酰胺(Hi-Di)和分子量内标GeneScan-500LIZ的总体积，用微量加样器量取后充分混合，根据每孔8μL的量分别添加到ABI测序仪专用96孔板的加样孔中；②根据已计算好的PCR产物的量，将PCR产物加到对应的孔中；③3000r/min离心瞬时，取出后95℃变性5min，立即冰浴5min；④上样于ABI3130XL遗传分析仪，运行Data Collection程序，开始电泳、收集荧光信号、形成胶图。
结果见表2。结果显示，75个样本的信号完全一致，其中一个样本的信号见图2。
表2 不同世代的五指山小型猪近交系的Sw510微卫星座位检测结果
 
品种 数量 Sw510微卫星座位
F13 15 都只有一条151bp的条带
F14 13 都只有一条151bp的条带
F15 11 都只有一条151bp的条带
F16 14 都只有一条151bp的条带
F17 14 都只有一条151bp的条带
F18 8 都只有一条151bp的条带
序列表
<110>中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
<120>辅助鉴定五指山小型猪近交系的方法及其专用试剂盒
<130>CGGNARY92065
<160>2
<210>1
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>
<400>1
Figure A200910077929D00071
<210>2
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>
<400>2
Figure A200910077929D00072

Claims (8)

1、一种辅助鉴定五指山小型猪近交系和/或非五指山小型猪近交系的方法，是以待测猪的基因组DNA为模板，利用由序列表中序列1的核苷酸序列和序列表中序列2的核苷酸序列组成的引物对进行PCR扩增，检测扩增产物；扩增产物中只有151bp的片段的待测猪为候选的五指山小型猪近交系；扩增产物中没有151bp的片段，或扩增产物中除151bp的片段外还有其它片段的待测猪为非五指山小型猪近交系。
2、如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述方法中，采用ABI 3130XL遗传分析仪检测扩增产物。
3、由序列表中序列1的核苷酸序列和序列表中序列2的核苷酸序列组成的引物对在制备辅助鉴定五指山小型猪近交系的试剂盒中的应用。
4、由序列表中序列1的核苷酸序列和序列表中序列2的核苷酸序列组成的引物对在制备辅助鉴定非五指山小型猪近交系的试剂盒中的应用。
5、辅助鉴定五指山小型猪近交系的试剂盒，包括由序列表中序列1的核苷酸序列和序列表中序列2的核苷酸序列组成的引物对。
6、辅助鉴定非五指山小型猪近交系的试剂盒，包括由序列表中序列1的核苷酸序列和序列表中序列2的核苷酸序列组成的引物对。
7、权利要求1或2所述方法在猪的育种中的应用。
8、权利要求5或6所述试剂盒在猪的育种中的应用。
CN200910077929A 2009-02-04 2009-02-04 辅助鉴定五指山小型猪近交系的方法及其专用试剂盒 Pending CN101532055A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN200910077929A CN101532055A (zh) 2009-02-04 2009-02-04 辅助鉴定五指山小型猪近交系的方法及其专用试剂盒

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN200910077929A CN101532055A (zh) 2009-02-04 2009-02-04 辅助鉴定五指山小型猪近交系的方法及其专用试剂盒

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN101532055A true CN101532055A (zh) 2009-09-16

Family

ID=41102916

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN200910077929A Pending CN101532055A (zh) 2009-02-04 2009-02-04 辅助鉴定五指山小型猪近交系的方法及其专用试剂盒

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN101532055A (zh)

Cited By (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2011106904A1 (zh) * 2010-03-01 2011-09-09 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 辅助鉴定五指山小型猪近交系的方法及其专用引物
CN104293963A (zh) * 2014-10-21 2015-01-21 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 一种应用145个snp鉴定五指山小型猪近交系的方法
CN110033449A (zh) * 2019-04-15 2019-07-19 苏州金唯智生物科技有限公司 电泳图的识别方法、装置、设备及存储介质
CN111363830A (zh) * 2020-04-10 2020-07-03 上海市农业科学院 用于鉴定实验用小型猪品种的特异性微卫星引物组合物及鉴定实验用小型猪品种的方法
CN111926081A (zh) * 2020-07-10 2020-11-13 中国农业科学院兰州兽医研究所 单一毛色近交系合作小型猪培育方法及遗传辅助鉴定方法

Cited By (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2011106904A1 (zh) * 2010-03-01 2011-09-09 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 辅助鉴定五指山小型猪近交系的方法及其专用引物
US9029090B2 (en) 2010-03-01 2015-05-12 Institute of Animal Science Chinese Academy of Agricultural Sciences Method for auxiliary identification of inbred line of wuzhishan miniature pig and its special primer
CN104293963A (zh) * 2014-10-21 2015-01-21 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 一种应用145个snp鉴定五指山小型猪近交系的方法
CN104293963B (zh) * 2014-10-21 2016-07-20 北京盖兰德生物科技有限公司 一种应用145个snp鉴定五指山小型猪近交系的方法
CN110033449A (zh) * 2019-04-15 2019-07-19 苏州金唯智生物科技有限公司 电泳图的识别方法、装置、设备及存储介质
CN110033449B (zh) * 2019-04-15 2023-06-27 苏州金唯智生物科技有限公司 电泳图的识别方法、装置、设备及存储介质
CN111363830A (zh) * 2020-04-10 2020-07-03 上海市农业科学院 用于鉴定实验用小型猪品种的特异性微卫星引物组合物及鉴定实验用小型猪品种的方法
CN111363830B (zh) * 2020-04-10 2022-06-21 上海市农业科学院 用于鉴定实验用小型猪品种的特异性微卫星引物组合物及鉴定实验用小型猪品种的方法
CN111926081A (zh) * 2020-07-10 2020-11-13 中国农业科学院兰州兽医研究所 单一毛色近交系合作小型猪培育方法及遗传辅助鉴定方法

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN106939348A (zh) 一种用于达氏鲟家系鉴定的微卫星标记引物及其鉴定方法
CN107400720B (zh) 一种klf3基因cnv标记辅助检测黄牛生长性状的方法及其专用试剂盒
CN110157811B (zh) 一种与猪背膘厚关联的ghr基因内sine转座子多态分子标记、检测方法及应用
CN101532055A (zh) 辅助鉴定五指山小型猪近交系的方法及其专用试剂盒
Liu et al. Genetic variability of mtDNA sequences in Chinese native chicken breeds
CN108220408A (zh) 一种节粮型青胫隐性白羽肉鸡新品系的选育方法
WO2023070857A1 (zh) 一种鉴别贵州黑山羊和乐至黑山羊的分子标记、检测方法及应用
CN108384859A (zh) 与脂尾型绵羊的尾型性状相关的snp标记及应用
CN116287318B (zh) 一种高繁慢羽优质肉鸡新品系的制种方法
CN106754911B (zh) 用于鉴定牛支原体、牛病毒性腹泻病毒和牛传染性鼻气管炎病毒的引物组及其应用
CN103243167A (zh) 与绵羊羊毛纤维直径相关的分子标记及其应用
CN103333887B (zh) 一种利用DNA熔解温度分析水稻Pita基因的功能标记
CN109234423A (zh) 大豆分子标记及其多态性在鉴定大豆分枝数性状中的应用
CN107828902B (zh) 一种与绵羊尾长相关的snp分子标记及其应用
CN103215289B (zh) 导致西瓜两性花发育的基因a序列及其获得方法
CN107779517A (zh) 一种影响杜洛克种猪瘦肉率性状的分子标记及其应用
CN105695454B (zh) 一种鉴定芝麻细胞核雄性不育系的分子标记及其鉴定方法
CN106566872B (zh) 基于测序基因分型技术的猪snp标记位点的分析方法
CN105002168B (zh) 与母猪发情征状相关的分子遗传snp标记及其检测方法和应用
CN101392296A (zh) 苹果s基因型快速鉴定方法及其专用试剂盒
CN109055587A (zh) 检测大肠杆菌含量的试剂盒、特异性引物和探针及应用
CN110106275A (zh) 一种茶叶紫芽紧密连锁的InDel分子标记及其应用
WO2011106904A1 (zh) 辅助鉴定五指山小型猪近交系的方法及其专用引物
CN101608237A (zh) 一种辅助鉴定五指山小型猪近交系的方法
CN104846080B (zh) 一种与猪产仔数相关的cnv标记及其应用

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C12 Rejection of a patent application after its publication
RJ01 Rejection of invention patent application after publication

Application publication date: 20090916