CN101490274A - 通过检测转变区的甲基化来诊断癌症的方法 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及一种通过测量转变区的甲基化来诊断癌症和预测转移或预后的方法，以及一种用于检测甲基化的引物。根据本发明，理解了新的转变区，提供了一种用于检测该区域的甲基化的引物，这表明本发明通过同时测量转变区的甲基化和染色体丢失而有助于提高癌症预测的准确性和可靠性。

Description

通过检测转变区的甲基化来诊断癌症的方法
技术领域
本发明涉及一种通过检测转变区(transitional zone)的甲基化来诊断癌症、确认转移和预后的方法以及一种用于检测甲基化的引物。
背景技术
癌症已经被认为是由于基因突变而引起的遗传性障碍。通过DNA的核苷酸序列来确定蛋白质的氨基酸序列和功能。然而，蛋白质的表达受到DNA甲基化的影响。即，特定基因的功能和表达取决于核苷酸序列和DNA甲基化。在肿瘤组织中，通常观察到这些遗传变化和表观变化。因此，通过检测肿瘤组织中的这种遗传变化和表观变化，可以解释特定癌症的起因，对癌症的预防和治疗的研究提供有利信息。
肿瘤组织中DNA甲基化的方面如下：
1)在肿瘤组织中观察到DNA甲基化和去甲基化两者，
2)在CpG岛相邻基因中观察到DNA甲基化，同时在重复序列中观察到DNA去甲基化，
3)在癌症的发生和发展过程中，DNA甲基化和去甲基化起到独立的作用。
目前还没有清楚地理解在癌症发生和发展过程中DNA甲基化所涉及的细节。然而，已经发现了在细胞生长、分化和老化过程中所涉及的DNA甲基化的各个方面，使DNA甲基化成为理解由遗传不稳定性引起的各种恶性表型的研究的主要目标。
人体基因组在早期发育过程中通过表遗传重编程分化为各个组织。表遗传结构主要在胚胎发生的早期过程中建立，表遗传结构主要分为两部分，一部分在整个生命中都被保持，另一部分是可以根据细胞分化和RNA重复序列而改变的转变区。占人体基因组的40％以上的反转录因子是源于内源性反转录病毒类遗传因子的重复序列。反转录因子诱导自身的甲基化，同时引起相邻DNA的甲基化，这表明在整个基因组中反转录因子在DNA甲基化的过程中起到关键作用。
可以通过简单重复序列标记来检测染色体丢失，染色体丢失反映基因组的剂量减低。剂量减低引起剂量补偿机制，以保持每个个体中的基因组的剂量。因此，染色体丢失诱导核酸去甲基化，从而补偿剂量减低，这种去甲基化过程显示出与内因性程序相似的基因表达模式，即，怀孕早期阶段为了诱导胎盘形成激活表观基因，以使细胞侵犯和转移，并且伴随分娩而丢失。。
因此，本发明人研究了与肿瘤组织中的染色体丢失有关的DNA甲基化，并且基于发明人的发现(与CpG岛相比，在CpG岛和与其相邻的反转录因子之间的转变区中更积极地诱导DNA甲基化)进一步确认DNA甲基化在诊断癌症的过程中会起到重要作用。
1.Balmain A，Gray J，Ponder B.The genetics and genomics of cancer(癌症的遗传学和基因组学).Nat Genet 2003；33 S：238-24
2.Hong SJ，Choi SW，Lee KH，Lee S，Min KO，Rhyu MG.Preoperativegenetic diagnosis of gastric carcinoma based on chromosomal loss andmicrosatellite instability(基于染色体丢失和微随体不稳定性的胃癌的外科术前遗传诊断).Int J Cancer.2005 Jan 10；113(2)：249-58.
3.Kim KM，Kwon MS，Hong SJ，Min KO，Seo EJ，Lee KY et al.Geneticclassification of intestinal-type and diffuse-type gastric cancers based onchromosomal loss and microsatellite instability(基于染色体丢失和微随体不稳定性的肠型和弥漫型胃癌的遗传分类).Virchows Arch 2003；443(4)：491-50
4.Choi SW，Lee KJ，Bae YA，Min KO，Kwon MS，Kim KM et al.Geneticclassification of colorectal cancer based on chromosomal loss and microsatelliteinstability predicts survival(基于染色体丢失和微随体不稳定性的结肠直肠癌症的遗传分类预测存活).Clin Cancer Res 2002；8(7)：2311-2322.
发明内容
技术问题
本发明的目的是提供一种在外科手术前通过用内镜检查肿瘤组织从而能够预测癌症转移和预后的准确等级的诊断癌症的方法。
技术方案
为了实现以上目的，本发明提供了一种通过研究转变区的DNA甲基化来诊断癌症以及预测转移和预后的方法。
本发明还提供了一种用于研究转变区的DNA甲基化的引物。
本发明还提供了一种能够测定杂合性丢失(LOH)和染色体不稳定性的简单重复序列标记组。
在下文中详细描述本发明。
本发明提供了一种通过测量转变区的甲基化来诊断癌症和预测转移或预后的方法。
新发现的转变区是形成在CpG岛和位于基因上游的转录调控区的与其相邻的反转录因子之间的可变区域，其中的甲基化取决于重复序列的转录密度。除了依赖于转录密度的甲基化之外，这个区域表现出不同等级的变异性以及在正常组织和肿瘤组织之间在模式方面的很大区别，这表明这个区域可以用于诊断癌症。
为了筛选在癌症发展过程中相关的基因，要考虑以下标准：1)基因和反转录因子之间的距离；2)相邻反转录因子的类型；3)反转录因子密度；4)基因之间的距离；5)CpG岛和反转录因子之间的关系；6)核内部的反转录因子的密度。考虑到以上标准，已经确定40个表观基因(epigene)与癌症的诊断有关，根据CpG岛的核苷酸序列的数量将这40个表观基因分为两组：一组包括例如在富核苷酸序列的CpG岛中制备的RABGEF1、STAG和CHGB之类的标记，另一组包括在缺乏核苷酸序列的CpG岛中制备的TNFRSF14、SERPINB5、ANGPTL7、TFF2、BGLAP、MSLN、DDX53和MAGEA2。上述40个表观基因也可以根据CpG岛的核苷酸和与其相邻的反转录因子之间的距离分组，这些表观基因是在包括近端和远端的两个或更多个区域中制备的VDR、ST14、CDKN2A、MYBPC2、RUNX3、RUNX2、MLH1、PTEN等。
如果在上游中L1或LTR与Alu相比较多，并且在基因的起点处缺乏CpG岛核苷酸序列，则甲基化转变区将成为诊断癌症和预测癌症发展的更有效目标。如果在基因的起点处富含CpG岛核苷酸序列，则在反转录因子和CpG岛之间制备的标记对于预测将非常有效。
可以通过在第2004-001575号韩国专利公布、第2006-0026595号韩国专利公布和第2003-0069752号韩国专利公布中描述的传统方法来测定甲基化。
本发明还提供了一种用于检测转变区甲基化的引物。
所述引物可以有效地用于测定转变区的甲基化等级，所述引物可以为从由表1中列出的那些序列组成的组中选择的一组正向引物和反向引物。该引物组可以应用于电泳和微阵列芯片。
[表1]
 
CpG核苷酸序列 正向(5`到3`) 反向(5`到3`) 扩增产物大小(bp) Tm(℃)
RABGEF1，-0.2kb U AAGTTGGAAGTAGGGATTGAGT CAAAATAAAATACCACCCTAACA 131 58
M GTCGGAAGTAGGGATTGAGC GAAATAAAATACCGCCCTAACG 128 58
STAG1，-0.4kb U TTTTTAGGTTTTAGGGTTGGT ACCCTCAAATTTCCACAAAACA 96 58
M TTTTTTAGGTTTTAGGGTCGGC CTCGAATTTCCGCAAAACG 94 58
CHGB，-0.3kb U GGGAGTAGGTTGAGGTATTTGAAGT CAAACCAAAAAATAAACAACCA 92 58
M GGAGTAGGTTGAGGTATTCGAAGC CGAACCAAAAAATAAACGACCG 92 58
VDR，-0.7kb U TGGTAGTGATTGTGGTTGATTAT CCTCACACCAATACCACAAAACA 130 58
M GGTAGCGATCGCGGTTGATTAC CTCACGCCGATACCACGAAACG 128 58
+1.0kb U GGTATTTTAGATGTTTTGATTTTG AAAACAACTTATCCACCCACCAA 102 58
M GGTATTTTAGACGTTTCGATTTCG GAAACAACTTATCCACCCGCCGA 102 58
ST14，-0.3kb U GAAGGGGAGAGATTGGAGGT TCACCATCACCACAACAACA 136 58
M GAAGGGGAGAGATCGGAGGC TCACCATCACCACGACGACG 136 58
-0.8kb U GGAGATGTTTTTAGGTGATT ACAACACATCTCATCTTACA 106 58
M GGAGACGTTTTTAGGCGATC ACAACACGTCTCATCTTACG 106 58
CDKN2A，-0.1kb U TGTTTATTTTTGTTTTGTAGGTG AAAACTCAAAACCATTCCAA 129 56
M TGTTTATTTTCGTTTCGTAGGC AAAACTCAAAACCGTTCCGA 129 58
-1.5kb U TTGGGATTAGGTTTAGTTTTGG CTATAAAACCCTATCAACTCACACT 130 58
M TCGGGATTAGG AAACCCTATC 125 60
 
TTTAGTTTCG GACTCACGCT
+0.8kb U GTATTTTAGGAAGTTGTTGTTTGT TTTTCTCCCCAACCTCCCAACA 101 58
M GTATTTTAGGAAGTCGTTGTTTGC TTTTTCTCCCCAACCTCCCGACG 102 60
PPARG，-0.2kb U GGTTAGGTTTTGTGTTTTGATGT CCTAACTACACACTCCATCCA 111 58
M GGTTAGGTTTTGTGTTTTGACGC CCTAACTACGCGCTCCATCCG 111 58
MYBPC2，-1.2kb U TTTTTAATTTAGTGGGGTTTGT AAAAACATCCAACCAATCCA 96 58
M TTTAATTTAGCGGGGTTCGC AAAAACGTCCAACCAATCCG 94 60
-0.7kb U TGTTTGTTTTGGGAAGAGTTGT AACTCCAAAATTTCACACCCCA 125 58
M TGTTCGTTTCGGGAAGAGTCGC AACTCCGAAATTTCGCGCCCCG 125 60
RB1，-0.4kb U TGTAAAATGGATTGGGTG AAAACTCTCAAACCCCAC 116 58
M TTGTAAAACGGATTGGGC AAAACTCTCGAACCCCGC 116 58
RUNX3，-0.5kb U GATGTGTTGTATAGTTAATTGGT TCCCCATTAAACAACCTCCA 97 56
M CGCGTCGTATAGTTAATCGGC TCCCCGTTAAACGACCTCCG 95 58
-1.7kb U TGGGGTTAGATTTTTGTTGTTTTT ATAAAATCTTACAACCACCATCA 107 56
M CGGGGTTAGATTTTCGTTGTTTTC ATAAAATCTTACGACCACCGTCG 107 58
+1.0kb U GTTGTTTTAATGGGAGTAGGGAT CAAAATAAAACAAAAACACCTCA 147 59
M GTCGTTTTAATGGGAGTAGGGAC GAAATAAAACGAAAACGCCTCG 147 59
PAX5，-1.0kb U GTAGGAGGATTTTTGGTTTGTT CCTAAATTACAACCCAACCTCA 115 59
M AGGAGGATTTTTGGTTCGTC TAAATTACGACCCAACCTCG 111 59
MLH1，-0.6kb U TTTTGATGTAGATGTTTTATTAGGGTTGT ACCACCTCATCATAACTACCCACA 121 58
M ACGTAGACGTTTTATTAGGGTCGC CCTCATCGTAACTACCCGCG 115 58
-1.0kb U GATTTTAGGATTGTTGATATGAGT AAACTACCTCCTAATCTTTATCCA 126 58
M GATTTTAGGATT AACTACCTCCTA 125 58
 
GTCGATATGAGC ATCTTTATCCG
CDH1，0kb U GGTGAATTTTTAGTTAATTAGTGGTAT TCACAAATACTTTACAATTCCAACA 108 56
M TGAATTTTTAGTTAATTAGCGGTAC ACAAATACTTTACAATTCCGACG 104 58
PTEN，-1.4kb U TTTTGTGTTTTGTAAGAATTGGT AACCTCCCAAAAAAACACTATCA 124 58
M TTTCGCGTTTTGTAAGAATCGGC ACCTCCCGAAAAAACGCTATCG 123 60
-0.9kb U TATTTTGTTGGGTTTTTATGGT AACTCCAAATCAATTCACAACATCA 96 58
M TATTTTGTCGGGTTTTTACGGC AAATCGATTCGCGACGTCG 90 58
KIAA1752，+0.4kb U TAATGGTTTTTGAGGATTGAGATTG CACAAACTATTATCAACCAATCACA 103 58
M TAATGGTTTTTGAGGATTGAGATC CACAAACTATTATCAACCGATCACG 103 62
FLJ43855，-1.1kb U TGGTTGTTATTTGGGGTGGTTG CTAAACCACACTAAAAACAAACA 88 56
M TGGTTGTTATTTGGGGCGGTC CTAAACCACACTAAAAACGAACG 88 58
RUNX2，-0.7kb U GGTTTTGGAAATTGTATATGGTGT AAACAACAAATCTCAAACCTACA 96 58
M TTTCGGAAATTGTATACGGCGC AACAACGAATCTCGAACCTACG 93 58
-3.0kb U TGTTTGAGTGTATATGAGTGGAT TCTCTCAAATCCCACAAACAACCA 123 59
M TGTTCGAGTGTATATGAGTGGAC TCTCTCGAATCCCACAAACGACCG 123 -59
-3.8kb U AGGTTTAGTTAGTTTTAGTTG CCACTAAATACCCTAACAACA 113 59
M AGGTTTAGTTAGTTTTAGTCG CCACTAAATACCCTAACAACG 113 59
+1.6kb U GTTTGAGGGTGGGTGGTAGTTGT ACTACCCCAAAAAATCTAAATCA 127 59
M GTTTGAGGGCGGGTGGTAGTCGC ACTACCCCGAAAAATCTAAATCG 127 59
MUC8，2.0kb U GGTAGGAGTTATTAGGAGAGTATT AATACAAACACTCACCACCTAACCA 140 55
M GGTAGGAGTTATTAGGAGAGTATC AATACAAACGCTCACCGCCTAACCG 140 60
ESR2，0.9kb U TTTTTTTTAAGGATTTTGTGTGT ACTAAAAATACACATTCCACCA 111 56
M TTTTTTTAAGG CCAACTAAAAAT 113 58
 
ATTTCGCGCGC ACACGTTCCACCG
E2F4，0kb U GTGGTTAGGAATGGAAGTG AACCCAACCTCCACCATCA 106 58
M GGCGGTTAGGAACGGAAGC AACCCGACCTCCGCCATCG 106 58
TNFRSF14，-0.6kb U GAATTTTGTGATTTATGTGATGATG CTCTAAACAAACACAAACAATACA 115 58
M GAATTTCGTGATTTACGTGACGAC CTCTAAACAAACACAAACGATACG 115 58
SERPINB5，-0.3kb U GAATATTTTATTTTTTGGTTTTGTG AAAAAACCTCCAACATATTCA 111 56
M TTATTTTTCGGTTTTGCG AAAAAACCTCCAACATATTCG 104 54
ANGPTL7，+0.5kb U GTAATAGTAAGTGTATGGAGTTGT CCTACAAAAATCTAAATAACCA 120 58
M GTAATAGTAAGCGTATGGAGTCGC CCTACGAAAATCTAAATAACCG 120 58
TFF2，0.2kb U GGTAGTTGTGTTTTGTGTAGGT CACATAACCAATTTTCCACA 130 56
M GGTAGTTGTGTTTTGTGTAGGC CACGTAACCGATTTTCCACG 130 62
BGLAP，0.5kb U AGGGTAGGGTTTGAGTTGTT AATACCTCACAATACCCCCA 86 58
M AGGGTAGGGTTTGAGTCGTC AATACCTCGCAATACCCCCG 86 58
MSLN，0.8kb U GGAGAGATTAGAGATGATTGTTGT CATAAACTCTTATCCCCAATACA 103 55
M GGAGAGATTAGAGATGATCGTCGC CGTAAACTCTTATCCCCAATACG 103 60
DDX53，0kb U TGGTTTTTGGGGTAATTTTTGT CAAATCTACAACCTATTTCCCA 105 57
M TTTTATACGATTCGGAATTCGAC CAAATCTACGACCTATTTCCCG 136 58
MAGEA2，-0.1kb U GTTAGGTTGTTGTTTAGGGT CCAAAAAAATCACAAACCCA 92 59
M GCGTTTGTTTTTTTTCGTCGAC AAATCACGAACCCGAATATAACG 108 61
本发明还提供了一种用于癌症的诊断套组，该诊断套组包含可以用于检测转变区的甲基化的引物。
所述诊断套组中包含的引物可以为能够通过互补结合到RABGEF1、STAG、CHGB、TNFRSF14、SERPINB5、ANGPTL7、TFF2、BGLAP、MSLN、DDX53、MAGEA2、VDR、ST14、CDKN2A、MYBPC2、RUNX3、RUNX2、MLH1或PTEN基因的转变区序列而扩增的每个序列。并且，从由表1中列出的那些序列组成的组中选择的成对的正向引物和反向引物是更加优选的。这种引物的构成可以通过本领域技术人员已知的传统方法来实现，通过本领域技术人员通常使用的RCR仪可以确认利用本发明的诊断套组中的引物扩增的PCR产物。
本发明还提供了一种用于测量杂合性丢失(LOH)和染色体不稳定性的简单重复标记组。
本发明提供了用于利用频繁丢失来选择与癌症有关的染色体的40个简单重复序列标记，并且已经确认这些标记对于根据杂合性丢失(LOH)的等级将那些染色体变异分为四组非常有用，这四组为：基本、LOH-L(低)、LOH-H(高)染色体丢失和微随体不稳定性(MSI)。所述遗传变异可以分为高风险基因型(LOH-H和LOH-B)和低风险基因型(LOH-L和MIS)，遗传变异是预测二期和三期胃癌病人存活率的关键因素(图4、图5和图6)。
通过检测重复序列不稳定性和染色体丢失，将基因型分类，从而预测转移和复发，其中，重复序列不稳定性和染色体丢失是胃癌的两个最特别的病理特性。
以上标记组是从由表2中列出的那些序列组成的组中选择的成对的正向引物和反向引物。
[表2]
 
chr 标记 正向 反向 Tm 扩增产物大小 杂化度(％)
3 D3S1597 AATACACACAAATGTCTCTCCC CCTTTTTTTCAGTGGTATGC 56 80-100 80
3 D3S1552 ATTCCATACTGTAGGGAGTGT GCAAATGCCATGCTGTA 56 140-160 62
3 D3S1312 CTTCTCACTGCATATGACTC GGCTCCCCAGGGTAAG 56 148～158 60
3 D3S1478 GATGAAACTGTGATAGCACC CTGCCAGTAATGTAAATCTCC 62 109-140 79
3 D3S1619 GTCCTGCAAGACTCATTG TTGCTAGGATGGTTGTTTTC 59 161-171 60
4 D4S1609 TCTGAAAATGCCCTTGACC CATCATTACTGCTGGGATGC 59 163-177 67
4 D4S2946 GTCAAGAGG ACCTGTCTGA 59 104-126 72
 
GCTGATTCTG ACTTGCGTG
4 D4S174 GCAGTTCAAAGATGAAAGTG CATTCCTAGATGGGTAAAGC 54 114～134 77
4 D4S391 CACATAACTTCCCTTGCTGG ACTGTTGTCAAATCAGGCTC 59 164-185 86
4 D4S230 GGTAAATAGGGAAAATGACA TTAGGATGCTGACTTCACCA 56 170-196 0
5 D5S519 CTACTACCAGCAGCATTCTC ATCTGCAGTGTGAGGCAATG 59 114-128 83
5 D5S346 ACTCACTCTAGTGATAAATCGGG  AGCAGATAAGACAGTATTACTAGTT 56 96-135 83
5 D5S409 GGGATGAAGTGTGGATAAAC TAGGATGGCAGTGCTCTTAG 59 138-154 69
5 D5S349 ATTTGGTTTCCATAGAATCTGAGA TTACACCCACCAGATTAAGCG  62 140-158 72
5 D5S422 TTAATTGATCTGGGCTGGAGAACC CAGAGCAAGGTCCTGTCTGAAAAT 59 113-134 85
8 D8S261 TGCCACTGTCTTGAAAATCC TATGGCCCAGCAATGTGTAT 59 128-144 41
8 D8S262 AGCTCAAAAGCGAAGGTGAT GGCAACAAAGTGAGATCCTG 59 114-128 0
8 D8S503 CGTTTGGAAATTGTCATTACC  TCGCTCAGAAACAAACCAA  56 107-120 45
8 D8S552 AGGATTGTAATTTCCTTGC  GGGACTTTTTGAAGGTTTG  56 168-182 79
8 D8S277 GATTTGTCCTCATGCAGTGT ACATGTTATGTTTGAGAGGTCTG  56 120-140 74
9 D9S157 AGCAAGGCAAGCCACATTTC TGGGGATGCCCAGATAACTATATC 59 113-149 76
9 D9S200 GCATTTCACAGGAAATAATCTAAGG CCTCTCTGCATGCCCCAG 59 107-127 68
9 D9S270 AGGTGTAGTCCTTCTGGAATTT GATGTGACTGCTGTTAAAACTAGAG  59 87-101 71
9 D9S199 ACACATTCATACCATAGCAGAGG GGGGAAAGCATTCAGACTTT 56 144-164 77
9 D9S288 AGCAACCTCAACAGGG AATCATCCAGAAAGGCCA 62 124-140 72
13 D13S267 GGCCTGAAAGGTATCCTC TCCCACCATAAGCACAAG 56 148-162 69
13 D13S263 CCTGGCCTGTTAGTTTTTATTGTTA CCCAGTCTTGGGTATGTTTTTA 56 145-165 0
13 D13S135 CCCTGTCTTCTACTTCCTGTATGC CGGTTCTCAACCAGGAGAAA 59 168-174 75
13 D13S286 TGATTGTATG TAGAGTGCAG 56 80-90 0
 
CATGCCTGTG TGTCCAAACG
13 D13S118 TATAACTTGTGTGAGCACAG CCACAGACATCAGAGTCCTT 56 160-174 0
17 TP53 AGGGATACTATTCAGCCCGAGGTG ACTGCCACTCCTTGCCCCATTC 62 103-135 90
17 D17S122 CAGAACCACAAAATGTCTTGCATTC GGCCAGACAGACCAGGCTCTGC 62 153-165 0
17 D17S796 CAATGGAACCAAATGTGGTC AGTCCGATAATGCCAGGATG 62 144-174 82
17 D17S1358 CCTAATTACACAATACTTTTGGGG TAATATAAGACTAACAAACAAATG 52 148-160 0
17 D17S1566 TTACTGAGCTGTAATTCCATGAT CTCTTACCTTGCTGGTGAGATTG  56 170-200 77
18 D18S67 AAGGAGTAACTTGGGTTCCATC CCTGCACTTGATGAGATAGGC  56 113-129 82
18 D18S57 TTCAGGGTCTTTTGAAGAGG AGAAGGCATTAAATTTTGCA 56 88-110 87
18 D18S474 TGGGGTGTTTACCAGCATC TGGCTTTCAATGTCAGAAGG 59 119-139 82
18 D18S70 AAGGCTGANCTCTACCG GGAATGTCAAGAAGTACCTACCATA 0 111-126 0
18 D18S58 GCTCCCGGCTGGTTTT GCAGGAAATCGCAGGAACTT 59 144-160 0
本发明还提供了一种包含简单重复序列标记组的用于癌症的诊断套组。
所述诊断套组中包含的引物是从由表2中列出的那些序列组成的组中选择的成对的正向引物和反向引物。这些引物的构成可以通过本领域技术人员已知的传统方法来实现，通过本领域技术人员通常使用的RCR仪可以确认利用本发明的诊断套组中的引物扩增的PCR产物。
本发明人确定的是甲基化随着染色体丢失的增加而增加，随着染色体丢失的减少而减少。因此，对同一病灶，研究甲基化并且测量LOH等级，使得由染色体丢失的不连续性导致的不准确机会减少。本发明提供的遗传学方法的结果在于，该方法比CT更准确地预测淋巴结转移。外科手术之前的遗传学诊断能够提供关于胃癌病程的信息。因此，本发明的用于遗传学诊断的方法对于计划手术和治疗非常有用。
附图说明
参照附图最好地理解本发明优选实施例的应用，其中：
图1是示出了位于CpG岛和与转录起点相邻的反转录因子之间的转变区根据细胞或组织中的重复序列的转录密度分别诱导的甲基化的示意图，这表明组织特定甲基化存在变异。通过检测该可变区中的表遗传标记可以预测癌症发展。
图2是示出了将具有LOH的染色体定量并且测量病灶的大小的框图。基于此，在肠型中，染色体丢失被分为LOH-H(高，4～8个丢失)和LOH-L(低，0～3个丢失)；在弥漫型中，染色体丢失被分为LOH-H(高，4～8个丢失)、LOH-L(低，2～3个丢失)和LOH-B(基本的，0～1个丢失)。这种分类有助于在从内镜组织得到的基因和从手术组织得到的基因之间进行基因型比较。基于基因型比较的结果和测量癌症病灶的大小，通过利用LOH在外科手术之前诊断癌症。
图3是示出了通过利用可变区表遗传标记对表现出染色体不稳定性的每个低风险组(病例10)和高风险组(病例25)的正常组织和肿瘤组织进行检测的PCR和电泳结果的照片。
病例10：低风险组(具有染色体不稳定性)
病例25：高风险组(没有染色体不稳定性但是具有LOH-H)
U：利用去甲基化标记的PCR结果
M：利用甲基化标记的PCR结果
％：甲基化程度
图4是示出通过利用位于4p、5q、9p、13q、17p和18q处的40个简单重复序列标记对正常组织和肿瘤组织进行PCR和电泳结果的照片。*表示通过将与正常组织进行比较而确认的具有染色体丢失的区域，病例25显示出LOH-H。
图5是示出由在二期和三期中进行了手术的130个胃癌病人得出的存活曲线的一组曲线图。当按照基因型对病人分类时，低风险组(LOH-L，染色体不稳定)显示出高存活率，而高风险组(LOH-H，LOH-B)显示出低存活率。
图6是示出染色体丢失和转变区甲基化可以作为诊断癌症的指标的一组曲线图，通过图6，清晰地分开了高风险组(LOH-H、LOH-B)和低风险组(LOH-L、MSI)。
具体实施方式
下面的示例中示例性地示出了本发明的实践的和当前的优选实施例。
然而，考虑到本公开，本领域技术人员将理解的是，可以在本发明的精神和范围内进行修改和改进。
示例1：利用测量转变区甲基化的PCR标记进行癌症诊断
<1-1>显微解剖和DNA提取
将固定在石蜡块中的肿瘤组织样品切成5μm厚，用二甲苯去除蜡，接着在乙醇中水合。该样品用苏木精-曙红染色，接着被固定在载片上。在显微镜下观察，用针将载片上的肿瘤组织和正常组织分离。从正常区域和肿瘤区域得到的组织均放入到裂解缓冲液中，在37℃下保持3小时，然后在50℃下保持3小时。在PCR之前将样品加热使蛋白酶K失去活性。
<1-2>为了得到用于分析甲基化模式的样品，进行亚硫酸氢盐修饰和甲基 化特定PCR
将NaOH加入在示例<1-1>中得到的DNA中，在37℃保持10分钟。将对苯二酚和亚硫酸氢钠(pH 5.0)加入其中，然后搅拌。对混合物加载矿物油，然后在50℃反应16小时。利用优质的(wizard)DNA纯化树脂(Promega，USA)执行纯化，然后洗提。按0.3M的等级将NaOH加入到反应混合物中，接着在室温下反应5分钟，从而完成修饰。通过在存在糖原和乙酸钠的情况下加入乙醇来执行乙醇沉淀，在-20℃下搅拌并且放置过夜。对沉淀物进行30分钟的离心分离，接着用70％的乙醇清洗。制备的样品直接使用或者在-20℃下储存待以后使用。
PCR反应混合物中含1×PCR缓冲液、dNTPs、p32-dTTP、引物和亚硫酸氢盐修饰过的DNA或者未修饰的DNA。在95℃下执行热启动5分钟，为了扩增，向其中加入Taq聚合酶。最后在72℃下执行延伸10分钟。将PCR产物加载到聚丙烯酰胺凝胶上，接着进行电泳。利用无线电发光绘图扫描仪(BAS2500，Fuji Photo Film，日本)进行观察。通过利用标准校正曲线来计算甲基化等级(％)并用百分比表示。在图3中，U表示利用去甲基化标记扩增的结果，M表示利用甲基化标记扩增的结果，％表示甲基化程度(等级)。
图3示出了通过利用可变区表遗传标记和由CpG岛周围的核苷酸序列制备的标记对表现出染色体不稳定性的每个低风险组(病例10)和高风险组(病例25)的正常组织和肿瘤组织进行检测的PCR和电泳结果。当使用由CpG岛周围的核苷酸序列制备的标记时，正常组织和肿瘤组织的甲基化模式没有明显区别。然而，当使用由CpG岛序列区之外的转变区制备的标记时，低风险组(病例10)显示出甲基化，而高风险组(病例25)显示出去甲基化。上述结果表示CpG岛序列区的标记根据正常组织或肿瘤组织没有明显不同，而转变区的标记对甲基化更加灵敏，使得转变区标记成为癌症诊断更好的选择。在高风险组(病例25)中，CpG岛的那些标记(例如P15或RASSF1A)的甲基化模式在正常组织和肿瘤组织之间类似，而转变区的那些标记(例如MLH1或MAGEA2)的甲基化模式在正常组织和肿瘤组织之间明显不同。在高风险组(病例25)中，对于MLH1(-0.6kb)，CpG岛序列区的甲基化和染色体丢失在正常组织和肿瘤组织之间没有明显不同，这表示MLH1对于癌症诊断来说是不优选的标记。然而，本发明的转变区的甲基化在正常组织和肿瘤组织之间明显不同。
示例2：通过简单重复序列标记测量LOH(杂合性丢失)
通过利用位于4p、5q、9p、13q、17p和18q的40个简单重复序列标记对正常组织和肿瘤组织(胃癌)进行PCR和电泳。结果，在病例10中，至少40％(一共15个)的纯合标记显示出高的染色体不稳定性，而在病例25中检测到LOH-H染色体丢失。
示例3：内镜病灶和手术病灶之间的染色体丢失的比较
只要内镜病灶可以表示总基因型，内镜病灶的杂合性丢失(LOH)就可以在外科手术之前用于遗传学诊断。比较了91对内镜病灶和手术病灶，结果，96％显示出类似的基因型，表明在手术之前可以在胃癌病人上进行内镜病灶的遗传学诊断。
示例4：通过LOH等级和病灶大小的结合化验来确认手术组织的预测准 确性
通过对130位胃癌病人的多病灶研究，确定在高风险基因型中频繁发生淋巴结转移，而与病灶的大小无关。在低风险组中的至少5cm病灶中，淋巴结转移为83％。与较小病灶(<5cm)相比，在较大病灶(>5cm)中频繁发生肠内侵犯。考虑到内镜病灶的基因型以及病灶的大小，可以准确地预测手术组织，对于淋巴结转移和肠内侵犯来说精确的接受者操作特性区域(Roc区域)分别为0.815和0.685。
示例5：通过LOH等级和病灶大小的结合化验进行手术组织的预测以及 计算机x线体层照相结果之间的准确性比较
表3示出了将计算机x线体层照相结果与LOH和病灶大小的结合化验的准确性进行比较的示例。结果，LOH与病灶大小的结合化验的预测比计算机x线体层照相结果更加准确(肠内侵犯；ROC区域＝0.691 vs 0.548)或者(淋巴结转移；ROC区域＝0.691 vs 0.642)。
[表3]
Figure A200680055233D00171
1ROC曲线下面的区域
2在微随体基因型和计算的x线体层照相之间的ROC区域的比较
示例6：存活率与根据LOH和染色体不稳定性分类的基因型之间的关系
图5是示出由在二期和三期中进行了手术的130个胃癌病人得出的存活曲线的一组曲线图。当按照基因型对病人分类时，低风险组(LOH-L，染色体不稳定)显示出高存活率，而高风险组(LOH-H，LOH-B)显示出低存活率。
示例7：通过测量LOH等级和可变区的甲基化等级来增加遗传学诊断的 准确性
图6是示出通过测量甲基化来更清楚地确认将LOH分为高、低、基本和染色体不稳定性的一组曲线图。图6A和图6B是示出甲基化随着染色体丢失的减少而减少的曲线图，图6C和图6D是示出甲基化随着染色体丢失的增加而减少的曲线图。在染色体丢失的高等级和基本等级中，甲基化减少，而在染色体丢失的低等级和染色体不稳定性中，甲基化增加。利用根据染色体丢失等级的这种甲基化差异，提高了癌症诊断预测的可靠性。即，甲基化与LOH等级密切相关，从而测量甲基化能够减少由LOH不连续性引起的不准确性，表明同时测量LOH等级和甲基化两者增加了遗传学诊断预测的准确性和可能性。
产业上的可利用性
本发明提供了一种用于提高癌症诊断和预测的准确性的方法，该方法通过1)通过测量转变区的甲基化来提供可用于癌症诊断的标记组，2)提供与LOH有关的简单重复序列标记组，3)同时测量转变区的甲基化和LOH等级，从而提高癌症诊断和预测的准确性。因此，本发明提供了一种在外科手术之前进行遗传学诊断的方法，该方法能够以一小部分的病灶和内镜组织来预测转移和预后，这将有效地用于对癌症的外科手术和治疗进行计划。
[序列表文本]
用SEQ.ID.NO：1～NO：160表示的序列为癌症诊断中包括的转变区的40个表遗传标记的正向引物和反向引物。用SEQ.ID.NO：1～NO：4表示的序列为RABGEF1，-0.2kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：5～NO：8表示的序列为STAG1，-0.4kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：9～NO：12表示的序列为CHGB，-0.3kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：13～NO：16表示的序列为VDR，-0.7kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：17～NO：20表示的序列为VDR，+1.0kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：21～NO：24表示的序列为ST14，-0.3kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：25～NO：28表示的序列为ST14，-0.8kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：29～NO：32表示的序列为CDKN2A，-0.1kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：33～NO：36表示的序列为CDKN2A，-1.5kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：37～NO：40表示的序列为CDKN2A，+0.8kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：41～NO：44表示的序列为PPARG，-0.2kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：45～NO：48表示的序列为MYBPC2，-1.2kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：49～NO：52表示的序列为MYBPC2，-0.7kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：53～NO：56表示的序列为RB1，-0.4kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：57～NO：60表示的序列为RUNX3，-0.5kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：61～NO：64表示的序列为RUNX3，-1.7kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：65～NO：68表示的序列为RUNX3，+1.0kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：69～NO：72表示的序列为PAX5，-1.0kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：73～NO：76表示的序列为MLH1，-0.6kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：77～NO：80表示的序列为MLH1，-1.0kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：81～NO：84表示的序列为CDH1，0kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：85～NO：88表示的序列为PTEN，-1.4kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：89～NO：92表示的序列为-0.9kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：93～NO：96表示的序列为KIAA1752，+0.4kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：97～NO：100表示的序列为FLJ43855，-1.1kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：101～NO：104表示的序列为RUNX2，-0.7kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：105～NO：108表示的序列为RUNX2，-3.0kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：109～NO：112表示的序列为RUNX2，-3.8kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：113～NO：116表示的序列为RUNX2，+1.6kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：117～NO：120表示的序列为MUC8，+2.0kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：121～NO：124表示的序列为ESR2，-0.9kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：125～NO：128表示的序列为E2F4，0kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：129～NO：132表示的序列为TNFRSF14，-0.6kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：133～NO：136表示的序列为SERPINB5，-0.3kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：137～NO：140表示的序列为ANGPTL7，+0.5kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：141～NO：144表示的序列为TFF2，-0.2kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：145～NO：148表示的序列为BGLAP，-0.5kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：149～NO：152表示的序列为MSLN，-0.8kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：153～NO：156表示的序列为DDX53，0kb的正向引物和反向引物；用SEQ.ID.NO：157～NO：160表示的序列为MAGEA2，-0.1kb的正向引物和反向引物。
用SEQ.ID.NO：161～NO：240表示的序列为可以用于测量LOH和染色体不稳定性的简单重复序列标记。SEQ.ID.NO：161是D3S1597的正向引物，SEQ.ID.NO：162是D3S1597的反向引物；SEQ.ID.NO：163是D3S1552的正向引物，SEQ.ID.NO：164是D3S1552的反向引物；SEQ.ID.NO：165是D3S1312的正向引物，SEQ.ID.NO：166是D3S1312的反向引物；SEQ.ID.NO：167是D3S1478的正向引物，SEQ.ID.NO：168是D3S1478的反向引物；SEQ.ID.NO：169是D3S1619的正向引物，SEQ.ID.NO：170是D3S1619的反向引物；SEQ.ID.NO：171是D4S1609的正向引物，SEQ.ID.NO：172是D4S1609的反向引物；SEQ.ID.NO：173是D4S2946的正向引物，SEQ.ID.NO：174是D4S2946的反向引物；SEQ.ID.NO：175是D4S174的正向引物，SEQ.ID.NO：176是D4S174的反向引物；SEQ.ID.NO：177是D4S391的正向引物，SEQ.ID.NO：178是D4S391的反向引物；SEQ.ID.NO：179是D4S230的正向引物，SEQ.ID.NO：180是D4S230的反向引物；SEQ.ID.NO：181是D5S519的正向引物，SEQ.ID.NO：182是D5S519的反向引物；SEQ.ID.NO：183是D5S346的正向引物，SEQ.ID.NO：184是D5S346的反向引物；SEQ.ID.NO：185是D5S409的正向引物，SEQ.ID.NO：186是D5S409的反向引物；SEQ.ID.NO：187是D5S349的正向引物，SEQ.ID.NO：188是D5S349的反向引物；SEQ.ID.NO：189是D5S422的正向引物，SEQ.ID.NO：190是D5S422的反向引物；SEQ.ID.NO：191是D8S261的正向引物，SEQ.ID.NO：192是D8S261的反向引物；SEQ.ID.NO：193是D8S262的正向引物，SEQ.ID.NO：194是D8S262的反向引物；SEQ.ID.NO：195是D8S503的正向引物，SEQ.ID.NO：196是D8S503的反向引物；SEQ.ID.NO：197是D8S552的正向引物，SEQ.ID.NO：198是D8S552的反向引物；SEQ.ID.NO：199是D8S277的正向引物，SEQ.ID.NO：200是D8S277的反向引物；SEQ.ID.NO：201是D9S157的正向引物，SEQ.ID.NO：202是D9S157的反向引物；SEQ.ID.NO：203是D9S200的正向引物，SEQ.ID.NO：204是D9S200的反向引物；SEQ.ID.NO：205是D9S270的正向引物，SEQ.ID.NO：206是D9S270的反向引物；SEQ.ID.NO：207是D9S199的正向引物，SEQ.ID.NO：208是D9S199的反向引物；SEQ.ID.NO：209是D9S288的正向引物，SEQ.ID.NO：210是D9S288的反向引物；SEQ.ID.NO：211是D13S267的正向引物，SEQ.ID.NO：212是D13S267的反向引物；SEQ.ID.NO：213是D13S263的正向引物，SEQ.ID.NO：214是D13S263的反向引物；SEQ.ID.NO：215是D13S135的正向引物，SEQ.ID.NO：216是D13S135的反向引物；SEQ.ID.NO：217是D13S286的正向引物，SEQ.ID.NO：218是D13S286的反向引物；SEQ.ID.NO：219是D13S118的正向引物，SEQ.ID.NO：220是D13S118的反向引物；SEQ.ID.NO：221是TP53的正向引物，SEQ.ID.NO：222是TP53的反向引物；SEQ.ID.NO：223是D17S122的正向引物，SEQ.ID.NO：224是D17S122的反向引物；SEQ.ID.NO：225是D17S796的正向引物，SEQ.ID.NO：226是D17S796的反向引物；SEQ.ID.NO：227是D17S1358的正向引物，SEQ.ID.NO：228是D17S1358的反向引物；SEQ.ID.NO：229是D17S1566的正向引物，SEQ.ID.NO：230是D17S1566的反向引物；SEQ.ID.NO：231是D18S67的正向引物，SEQ.ID.NO：232是D18S67的反向引物；SEQ.ID.NO：233是D18S57的正向引物，SEQ.ID.NO：234是D18S57的反向引物；SEQ.ID.NO：235是D18S474的正向引物，SEQ.ID.NO：236是D18S474的反向引物；SEQ.ID.NO：237是D18S70的正向引物，SEQ.ID.NO：238是D18S70的反向引物；SEQ.ID.NO：239是D18S58的正向引物，SEQ.ID.NO：240是D18S58的反向引物。
本领域技术人员将理解的是，在以上描述中公开的构思和具体实施例可以作为改进或设计其它实施例的基础而被容易地利用，从而达到与本发明相同的目的。本领域技术人员还将理解的是这种等价的实施例没有脱离在权利要求中提到的本发明的精神和范围。
序列表
<110>生物杰诺米克斯公司
     韩国加图立大学产学协力团
<120>通过检测转变区的甲基化来诊断癌症的方法
<130>6fpo-07-29
<160>240
<170>KopatentIn 1.71
<210>1
<211>22
<212>DNA
<213>RABGEF1
<400>1
Figure A200680055233D00221
<210>2
<211>23
<212>DNA
<213>RABGEF1
<400>2
Figure A200680055233D00222
<210>3
<211>20
<212>DNA
<213>RABGEF1
<400>3
Figure A200680055233D00231
<210>4
<211>22
<212>DNA
<213>RABGEF1
<400>4
Figure A200680055233D00232
<210>5
<211>21
<212>DNA
<213>STAG，
<400>5
Figure A200680055233D00233
<210>6
<211>22
<212>DNA
<213>stag1
<400>6
Figure A200680055233D00234
<210>7
<211>22
<212>DNA
<213>stag，
<400>7
Figure A200680055233D00241
<210>8
<211>19
<212>DNA
<213>stag1
<400>8
Figure A200680055233D00242
<210>9
<211>25
<212>DNA
<213>chgb，
<400>9
<210>10
<211>22
<212>DNA
<213>chgb，
<400>10
Figure A200680055233D00244
<210>11
<211>24
<212>DNA
<213>chgb，
<400>11
Figure A200680055233D00251
<210>12
<211>22
<212>DNA
<213>chgb，
<400>12
Figure A200680055233D00252
<210>13
<211>23
<212>DNA
<213>vdr，-0.7kb
<400>13
<210>14
<211>23
<212>DNA
<213>vdr，-0.7kb
<400>14
<210>15
<211>22
<212>DNA
<213>vdr，-0.7kb
<400>15
Figure A200680055233D00261
<210>16
<211>22
<212>DNA
<213>vdr，-0.7kb
<400>16
<210>17
<211>24
<212>DNA
<213>vdr，+1.0kb
<400>17
<210>18
<211>23
<212>DNA
<213>vdr，+1.0kb
<400>18
Figure A200680055233D00264
<210>19
<211>24
<212>DNA
<213>vdr，+1.0kb
<400>19
<210>20
<211>23
<212>DNA
<213>vdr，+1.0kb
<400>20
Figure A200680055233D00272
<210>21
<211>20
<212>DNA
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<400>21
<210>22
<211>20
<212>DNA
<213>st14，-0.3kb
<400>22
Figure A200680055233D00274
<210>23
<211>20
<212>DNA
<213>st14，-0.3kb
<400>23
Figure A200680055233D00281
<210>24
<211>20
<212>DNA
<213>st14，-0.3kb
<400>24
Figure A200680055233D00282
<210>25
<211>20
<212>DNA
<213>st14，-0.8kb
<400>25
Figure A200680055233D00283
<210>26
<211>20
<212>DNA
<213>st14，-0.8kb
<400>26
Figure A200680055233D00284
<210>27
<211>20
<212>DNA
<213>st14，-0.8kb
<400>27
Figure A200680055233D00291
<210>28
<211>20
<212>DNA
<213>st14，-0.8kb
<400>28
Figure A200680055233D00292
<210>29
<211>23
<212>DNA
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<400>29
Figure A200680055233D00293
<210>30
<211>20
<212>DNA
<213>cdkn2a，-0.1kb
<400>30
<210>31
<211>22
<212>DNA
<213>cdkn2a，-0.1kb
<400>31
Figure A200680055233D00301
<210>32
<211>20
<212>DNA
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<400>32
<210>33
<211>22
<212>DNA
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<400>33
Figure A200680055233D00303
<210>34
<211>25
<212>DNA
<213>cdkn2a，-1.5kb
<400>34
Figure A200680055233D00304
<210>35
<211>21
<212>DNA
<213>cdkn2a，-1.5kb
<400>35
Figure A200680055233D00311
<210>36
<211>20
<212>DNA
<213>cdkn2a，-1.5kb
<400>36
Figure A200680055233D00312
<210>37
<211>24
<212>DNA
<213>cdkn2a，+0.8kb
<400>37
Figure A200680055233D00313
<210>38
<211>22
<212>DNA
<213>cdkn2a，+0.8kb
<400>38
Figure A200680055233D00314
<210>39
<211>24
<212>DNA
<213>cdkn2a，+0.8kb
<400>39
Figure A200680055233D00321
<210>40
<211>23
<212>DNA
<213>cdkn2a，+0.8kb
<400>40
Figure A200680055233D00322
<210>41
<211>23
<212>DNA
<213>pparg，-0.2kb
<400>41
Figure A200680055233D00323
<210>42
<211>21
<212>DNA
<213>pparg，-0.2kb
<400>42
Figure A200680055233D00324
<210>43
<211>23
<212>DNA
<213>pparg，-0.2kb
<400>43
<210>44
<211>21
<212>DNA
<213>pparg，-0.2kb
<400>44
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<211>22
<212>DNA
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<400>45
<210>46
<211>20
<212>DNA
<213>mybpc2，-1.2kb
<400>46
Figure A200680055233D00334
<210>47
<211>20
<212>DNA
<213>mybpc2，-1.2kb
<400>47
Figure A200680055233D00341
<210>48
<211>20
<212>DNA
<213>mybpc2，-1.2kb
<400>48
Figure A200680055233D00342
<210>49
<211>22
<212>DNA
<213>mybpc2，-0.7kb
<400>49
Figure A200680055233D00343
<210>50
<211>22
<212>DNA
<213>mybpc2，-0.7kb
<400>50
Figure A200680055233D00344
<210>51
<211>22
<212>DNA
<213>mybpc2，-0.7kb
<400>51
Figure A200680055233D00351
<210>52
<211>22
<212>DNA
<213>mybpc2，-0.7kb
<400>52
<210>53
<211>18
<212>DNA
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<400>53
<210>54
<211>18
<212>DNA
<213>rb1，-0.4kb
<400>54
Figure A200680055233D00354
<210>55
<211>18
<212>DNA
<213>rb1，-0.4kb
<400>55
Figure A200680055233D00361
<210>56
<211>18
<212>DNA
<213>rb1，-0.4kb
<400>56
Figure A200680055233D00362
<210>57
<211>23
<212>DNA
<213>runx3，-0.5kb
<400>57
Figure A200680055233D00363
<210>58
<211>20
<212>DNA
<213>runx3，-0.5kb
<400>58
<210>59
<211>21
<212>DNA
<213>runx3，-0.5kb
<400>59
Figure A200680055233D00371
<210>60
<211>20
<212>DNA
<213>runx3，-0.5kb
<400>60
<210>61
<211>24
<212>DNA
<213>runx3 -1.7kb
<400>61
Figure A200680055233D00373
<210>62
<211>23
<212>DNA
<213>runx3 -1.7kb
<400>62
Figure A200680055233D00374
<210>63
<211>24
<212>DNA
<213>runx3 -1.7kb
<400>63
Figure A200680055233D00381
<210>64
<211>23
<212>DNA
<213>runx3 -1.7kb
<400>64
Figure A200680055233D00382
<210>65
<211>23
<212>DNA
<213>runx3 +1.0kb
<400>65
Figure A200680055233D00383
<210>66
<211>23
<212>DNA
<213>runx3 +1.0kb
<400>66
Figure A200680055233D00384
<210>67
<211>23
<212>DNA
<213>runx3 +1.0kb
<400>67
Figure A200680055233D00391
<210>68
<211>22
<212>DNA
<213>runx3 +1.0kb
<400>68
Figure A200680055233D00392
<210>69
<211>22
<212>DNA
<213>pax5，-1.0kb
<400>69
<210>70
<211>22
<212>DNA
<213>pax5，-1.0kb
<400>70
Figure A200680055233D00394
<210>71
<211>20
<212>DNA
<213>pax5，-1.0kb
<400>71
Figure A200680055233D00401
<210>72
<211>20
<212>DNA
<213>pax5，-1.0kb
<400>72
<210>73
<211>29
<212>DNA
<213>mlh1，-0.6kb
<400>73
<210>74
<211>24
<212>DNA
<213>mlh1，-0.6kb
<400>74
Figure A200680055233D00404
<210>75
<211>24
<212>DNA
<213>mlh1，-0.6kb
<400>75
Figure A200680055233D00411
<210>76
<211>20
<212>DNA
<213>mlh1，-0.6kb
<400>76
Figure A200680055233D00412
<210>77
<211>24
<212>DNA
<213>mlh1，-1.0kb
<400>77
Figure A200680055233D00413
<210>78
<211>24
<212>DNA
<213>mlh1，-1.0kb
<400>78
Figure A200680055233D00414
<210>79
<211>24
<212>DNA
<213>mlh1，-1.0kb
<400>79
<210>80
<211>23
<212>DNA
<213>mlh1，-1.0kb
<400>80
Figure A200680055233D00422
<210>81
<211>27
<212>DNA
<213>cdh1，0kb
<400>81
Figure A200680055233D00423
<210>82
<211>25
<212>DNA
<213>cdh1，0kb
<400>82
Figure A200680055233D00424
<210>83
<211>25
<212>DNA
<213>cdh1，0kb
<400>83
Figure A200680055233D00431
<210>84
<211>23
<212>DNA
<213>cdh1，0kb
<400>84
Figure A200680055233D00432
<210>85
<211>23
<212>DNA
<213>pten，-1.4kb
<400>85
Figure A200680055233D00433
<210>86
<211>23
<212>DNA
<213>pten，-1.4kb
<400>86
Figure A200680055233D00434
<210>87
<211>23
<212>DNA
<213>pten，-1.4kb
<400>87
Figure A200680055233D00441
<210>88
<211>22
<212>DNA
<213>pten，-1.4kb
<400>88
Figure A200680055233D00442
<210>89
<211>22
<212>DNA
<213>pten，-0.9kb
<400>89
<210>90
<211>25
<212>DNA
<213>pten，-0.9kb
<400>90
Figure A200680055233D00444
<210>91
<211>22
<212>DNA
<213>pten，-0.9kb
<400>91
Figure A200680055233D00451
<210>92
<211>19
<212>DNA
<213>pten，-0.9kb
<400>92
Figure A200680055233D00452
<210>93
<211>25
<212>DNA
<213>kiaa1752，+0.4kb
<400>93
<210>94
<211>25
<212>DNA
<213>kiaa1752，+0.4kb
<400>94
<210>95
<211>24
<212>DNA
<213>kiaa1752，+0.4kb
<400>95
Figure A200680055233D00461
<210>96
<211>25
<212>DNA
<213>kiaa1752，+0.4kb
<400>96
Figure A200680055233D00462
<210>97
<211>22
<212>DNA
<213>flj43855，-1.1kb
<400>97
Figure A200680055233D00463
<210>98
<211>23
<212>DNA
<213>flj43855，-1.1kb
<400>98
Figure A200680055233D00464
<210>99
<211>21
<212>DNA
<213>flj43855，-1.1kb
<400>99
Figure A200680055233D00471
<210>100
<211>23
<212>DNA
<213>flj43855，-1.1kb
<400>100
<210>101
<211>24
<212>DNA
<213>runx2，-0.7kb
<400>101
Figure A200680055233D00473
<210>102
<211>23
<212>DNA
<213>runx2，-0.7kb
<400>102
<210>103
<211>22
<212>DNA
<213>runx2，-0.7kb
<400>103
Figure A200680055233D00481
<210>104
<211>22
<212>DNA
<213>runx2，-0.7kb
<400>104
Figure A200680055233D00482
<210>105
<211>23
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>RUNX2_U(-3.0kb)的正向引物
<400>105
Figure A200680055233D00483
<210>106
<211>24
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>RUNX2_U(-3.0kb)的反向引物
<400>106
Figure A200680055233D00491
<210>107
<211>23
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>RUNX2_M(-3.0kb)的正向引物
<400>107
Figure A200680055233D00492
<210>108
<211>24
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>RUNX2_M(-3.0kb)的反向引物
<400>108
Figure A200680055233D00493
<210>109
<211>21
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>RUNX2_U(-3.8kb)的正向引物
<400>109
Figure A200680055233D00501
<210>110
<211>21
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>RUNX2_U(-3.8kb)的反向引物
<400>110
Figure A200680055233D00502
<210>111
<211>21
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>RUNX2_M(-3.8kb)的正向引物
<400>111
Figure A200680055233D00503
<210>112
<211>21
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>RUNX2_M(-3.8kb)的反向引物
<400>112
<210>113
<211>23
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>RUNX2_U(+1.6kb)的正向引物
<400>113
Figure A200680055233D00512
<210>114
<211>23
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>RUNX2_U(+1.6kb)的反向引物
<400>114
Figure A200680055233D00513
<210>115
<211>23
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>RUNX2_M(+1.6kb)的正向引物
<400>115
Figure A200680055233D00521
<210>116
<211>23
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>RUNX2_M(+1.6kb)的反向引物
<400>116
Figure A200680055233D00522
<210>117
<211>24
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>MUC8_U(+2.0kb)的正向引物
<400>117
Figure A200680055233D00523
<210>118
<211>25
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>MUC8_U(+2.0kb)的反向引物
<400>118
Figure A200680055233D00531
<210>119
<211>24
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>MUC8_M(+2.0kb)的正向引物
<400>119
Figure A200680055233D00532
<210>120
<211>25
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>MUC8_M(+2.0kb)的反向引物
<400>120
Figure A200680055233D00541
<210>121
<211>23
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>ESR2_U(-0.9kb)的正向引物
<400>121
<210>122
<211>22
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>ESR2_U(-0.9kb)的反向引物
<400>122
<210>123
<211>22
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>ESR2_M(-0.9kb)的正向引物
<400>123
Figure A200680055233D00551
<210>124
<211>25
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>ESR2_M(-0.9kb)的反向引物
<400>124
Figure A200680055233D00552
<210>125
<211>19
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>E2F4_U(0kb)的正向引物
<400>125
Figure A200680055233D00553
<210>126
<211>19
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>E2F4_U(0kb)的反向引物
<400>126
Figure A200680055233D00561
<210>127
<211>19
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>E2F4_M(0kb)的正向引物
<400>127
<210>128
<211>19
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>E2F4_M(0kb)的反向引物
<400>128
Figure A200680055233D00563
<210>129
<211>25
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>TNFRSF14_U(-0.6kb)的正向引物
<400>129
Figure A200680055233D00571
<210>130
<211>24
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>TNFRSF14_U(-0.6kb)的反向引物
<400>130
Figure A200680055233D00572
<210>131
<211>24
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>TNFRSF14_M(-0.6kb)的正向引物
<400>131
Figure A200680055233D00581
<210>132
<211>24
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>TNFRSF14_M(-0.6kb)的反向引物
<400>132
Figure A200680055233D00582
<210>133
<211>25
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>SERPINB5_U(-0.3kb)的正向引物
<400>133
Figure A200680055233D00583
<210>134
<211>21
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>SERPINB5_U(-0.3kb)的反向引物
<400>134
Figure A200680055233D00591
<210>135
<211>18
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>SERPINB5_M(-0.3kb)的正向引物
<400>135
Figure A200680055233D00592
<210>136
<211>21
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>SERPINB5_M(-0.3kb)的反向引物
<400>136
Figure A200680055233D00593
<210>137
<211>24
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>ANGPTL7_U(+0.5kb)的正向引物
<400>137
Figure A200680055233D00601
<210>138
<211>22
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>ANGPTL7_U(+0.5kb)的反向引物
<400>138
Figure A200680055233D00602
<210>139
<211>24
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>ANGPTL7_M(+0.5kb)的正向引物
<400>139
Figure A200680055233D00603
<210>140
<211>22
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>ANGPTL7_M(+0.5kb)的反向引物
<400>140
<210>141
<211>22
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>TFF2_U(-0.2kb)的正向引物
<400>141
Figure A200680055233D00612
<210>142
<211>20
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>TFF2_U(-0.2kb)的反向引物
<400>142
Figure A200680055233D00621
<210>143
<211>22
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>TFF2_M(-0.2kb)的正向引物
<400>143
Figure A200680055233D00622
<210>144
<211>20
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>TFF2_M(-0.2kb)的反向引物
<400>144
Figure A200680055233D00623
<210>145
<211>20
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>BGLAP_U(-0.5kb)的正向引物
<400>145
Figure A200680055233D00631
<210>146
<211>20
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>BGLAP_U(-0.5kb)的反向引物
<400>146
Figure A200680055233D00632
<210>147
<211>20
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>BGLAP_M(-0.5kb)的正向引物
<400>147
Figure A200680055233D00633
<210>148
<211>20
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>BGLAP_M(-0.5kb)的反向引物
<400>148
Figure A200680055233D00641
<210>149
<211>24
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>MSLN_U(-0.8kb)的正向引物
<400>149
Figure A200680055233D00642
<210>150
<211>23
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>MSLN_U(-0.8kb)的反向引物
<400>150
<210>151
<211>24
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>MSLN_M(-0.8kb)的正向引物
<400>151
Figure A200680055233D00651
<210>152
<211>23
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>MSLN_M(-0.8kb)的反向引物
<400>152
Figure A200680055233D00652
<210>153
<211>22
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>DDX53_U(0kb)的正向引物
<400>153
Figure A200680055233D00653
<210>154
<211>22
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>DDX53_U(0kb)的反向引物
<400>154
Figure A200680055233D00661
<210>155
<211>23
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>DDX53_M(0kb)的正向引物
<400>155
Figure A200680055233D00662
<210>156
<211>22
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>DDX53_M(0kb)的反向引物
<400>156
Figure A200680055233D00671
<210>157
<211>20
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>MAGEA2_U(-0.1kb)的正向引物
<400>157
Figure A200680055233D00672
<210>158
<211>20
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>MAGEA_2(-0.1kb)的反向引物
<400>158
<210>159
<211>22
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>MAGEA2_M(-0.1kb)的正向引物
<400>159
Figure A200680055233D00681
<210>160
<211>23
<212>DNA
<213>人造序列
<220>
<223>MAGEA2_M(-0.1kb)的反向引物
<400>160
<210>161
<211>22
<212>DNA
<213>D3S1597正向
<400>161
Figure A200680055233D00683
<210>162
<211>20
<212>DNA
<213>D3S1597反向
<400>162
<210>163
<211>21
<212>DNA
<213>D3S1552正向
<400>163
Figure A200680055233D00692
<210>164
<211>17
<212>DNA
<213>D3S1552反向
<400>164
Figure A200680055233D00693
<210>165
<211>20
<212>DNA
<213>D3S1312正向
<400>165
Figure A200680055233D00694
<210>166
<211>16
<212>DNA
<213>D3S1312反向
<400>166
Figure A200680055233D00701
<210>167
<211>20
<212>DNA
<213>D3S1478正向
<400>167
Figure A200680055233D00702
<210>168
<211>21
<212>DNA
<213>D3S1478反向
<400>168
Figure A200680055233D00703
<210>169
<211>18
<212>DNA
<213>D3S1619正向
<400>169
<210>170
<211>20
<212>DNA
<213>D3S1619反向
<400>170
<210>171
<211>19
<212>DNA
<213>D4S1609正向
<400>171
Figure A200680055233D00712
<210>172
<211>20
<212>DNA
<213>D4S1609反向
<400>172
Figure A200680055233D00713
<210>173
<211>19
<212>DNA
<213>D4S2946正向
<400>173
Figure A200680055233D00714
<210>174
<211>19
<212>DNA
<213>D4S2946反向
<400>174
Figure A200680055233D00721
<210>175
<211>20
<212>DNA
<213>D4S174正向
<400>175
Figure A200680055233D00722
<210>176
<211>20
<212>DNA
<213>D4S174反向
<400>176
Figure A200680055233D00723
<210>177
<211>20
<212>DNA
<213>D4S391正向
<400>177
Figure A200680055233D00724
<210>178
<211>20
<212>DNA
<213>D4S391反向
<400>178
Figure A200680055233D00731
<210>179
<211>20
<212>DNA
<213>D4S230正向
<400>179
Figure A200680055233D00732
<210>180
<211>20
<212>DNA
<213>D4S230反向
<400>180
Figure A200680055233D00733
<210>181
<211>20
<212>DNA
<213>D5S519正向
<400>181
Figure A200680055233D00734
<210>182
<211>20
<212>DNA
<213>D5S519反向
<400>182
<210>183
<211>23
<212>DNA
<213>D5S346正向
<400>183
Figure A200680055233D00742
<210>184
<211>25
<212>DNA
<213>D5S346反向
<400>184
<210>185
<211>20
<212>DNA
<213>D5S409正向
<400>185
Figure A200680055233D00744
<210>186
<211>20
<212>DNA
<213>D5S409反向
<400>186
Figure A200680055233D00751
<210>187
<211>24
<212>DNA
<213>D5S349正向
<400>187
Figure A200680055233D00752
<210>188
<211>21
<212>DNA
<213>D5S349反向
<400>188
Figure A200680055233D00753
<210>189
<211>24
<212>DNA
<213>D5S422正向
<400>189
Figure A200680055233D00754
<210>190
<211>24
<212>DNA
<213>D5S422反向
<400>190
Figure A200680055233D00761
<210>191
<211>20
<212>DNA
<213>D8S261正向
<400>191
<210>192
<211>20
<212>DNA
<213>D8S261反向
<400>192
Figure A200680055233D00763
<210>193
<211>20
<212>DNA
<213>D8S262正向
<400>193
Figure A200680055233D00764
<210>194
<211>20
<212>DNA
<213>D8S262反向
<400>194
Figure A200680055233D00771
<210>195
<211>21
<212>DNA
<213>D8S503正向
<400>195
Figure A200680055233D00772
<210>196
<211>19
<212>DNA
<213>D8S503反向
<400>196
<210>197
<211>19
<212>DNA
<213>D8S552正向
<400>197
Figure A200680055233D00774
<210>198
<211>19
<212>DNA
<213>D8S552反向
<400>198
Figure A200680055233D00781
<210>199
<211>20
<212>DNA
<213>D8S277正向
<400>199
Figure A200680055233D00782
<210>200
<211>23
<212>DNA
<213>D8S277反向
<400>200
Figure A200680055233D00783
<210>201
<211>20
<212>DNA
<213>D9S157正向
<400>201
Figure A200680055233D00784
<210>202
<211>24
<212>DNA
<213>D9S157反向
<400>202
Figure A200680055233D00791
<210>203
<211>25
<212>DNA
<213>D9S200正向
<400>203
Figure A200680055233D00792
<210>204
<211>18
<212>DNA
<213>D9S200反向
<400>204
Figure A200680055233D00793
<210>205
<211>22
<212>DNA
<213>D9S270正向
<400>205
Figure A200680055233D00794
<210>206
<211>25
<212>DNA
<213>D9S270反向
<400>206
Figure A200680055233D00801
<210>207
<211>23
<212>DNA
<213>D9S199正向
<400>207
Figure A200680055233D00802
<210>208
<211>20
<212>DNA
<213>D9S199反向
<400>208
Figure A200680055233D00803
<210>209
<211>16
<212>DNA
<213>D9S288正向
<400>209
<210>210
<211>18
<212>DNA
<213>D9S288反向
<400>210
<210>211
<211>18
<212>DNA
<213>D13S267正向
<400>211
Figure A200680055233D00812
<210>212
<211>18
<212>DNA
<213>D13S267反向
<400>212
Figure A200680055233D00813
<210>213
<211>25
<212>DNA
<213>D13S263正向
<400>213
Figure A200680055233D00814
<210>214
<211>22
<212>DNA
<213>D13S263反向
<400>214
Figure A200680055233D00821
<210>215
<211>24
<212>DNA
<213>D13S135正向
<400>215
Figure A200680055233D00822
<210>216
<211>20
<212>DNA
<213>D13S135反向
<400>216
Figure A200680055233D00823
<210>217
<211>20
<212>DNA
<213>D13S286正向
<400>217
<210>218
<211>20
<212>DNA
<213>D13S286反向
<400>218
Figure A200680055233D00831
<210>219
<211>20
<212>DNA
<213>D13S118正向
<400>219
<210>220
<211>20
<212>DNA
<213>D13S118反向
<400>220
Figure A200680055233D00833
<210>221
<211>24
<212>DNA
<213>TP53正向
<400>221
<210>222
<211>22
<212>DNA
<213>TP53反向
<400>222
Figure A200680055233D00841
<210>223
<211>25
<212>DNA
<213>D17S122正向
<400>223
Figure A200680055233D00842
<210>224
<211>22
<212>DNA
<213>D17S122反向
<400>224
Figure A200680055233D00843
<210>225
<211>20
<212>DNA
<213>D17S796正向
<400>225
Figure A200680055233D00844
<210>226
<211>20
<212>DNA
<213>D17S796反向
<400>226
Figure A200680055233D00851
<210>227
<211>24
<212>DNA
<213>D17S1358正向
<400>227
<210>228
<211>24
<212>DNA
<213>D17S1358反向
<400>228
Figure A200680055233D00853
<210>229
<211>23
<212>DNA
<213>D17S1566正向
<400>229
Figure A200680055233D00854
<210>230
<211>23
<212>DNA
<213>D17S1566反向
<400>230
Figure A200680055233D00861
<210>231
<211>22
<212>DNA
<213>D18S67正向
<400>231
Figure A200680055233D00862
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<211>21
<212>DNA
<213>D18S67反向
<400>232
Figure A200680055233D00863
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<211>20
<212>DNA
<213>D18S57正向
<400>233
Figure A200680055233D00864
<210>234
<211>20
<212>DNA
<213>D18S57反向
<400>234
Figure A200680055233D00871
<210>235
<211>19
<212>DNA
<213>D18S474正向
<400>235
Figure A200680055233D00872
<210>236
<211>20
<212>DNA
<213>D18S474反向
<400>236
Figure A200680055233D00873
<210>237
<211>17
<212>DNA
<213>D18S70正向
<400>237
Figure A200680055233D00874
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<211>25
<212>DNA
<213>D18S70反向
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Figure A200680055233D00881
<210>239
<211>16
<212>DNA
<213>D18S58正向
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Figure A200680055233D00882
<210>240
<211>20
<212>DNA
<213>D18S58反向
<400>240
Figure A200680055233D00883

Claims (11)

1、一种用于癌症诊断的遗传标记，所述遗传标记包括从由RABGEF1、STAG、CHGB、TNFRSF14、SERPINB5、ANGPTL7、TFF2、BGLAP、MSLN、DDX53、MAGEA2、VDR、ST14、CDKN2A、MYBPC2、RUNX3、RUNX2、MLH1和PTEN组成的组中选择的一个或多个转变区，其中，RABGEF1是RAB鸟嘌呤核苷酸交换因子1；STAG是间质抗原；CHGB是嗜铬粒蛋白B；TNFRSF14是肿瘤坏死因子受体超家族14；SERPINB5是丝氨酸蛋白酶抑制因子，进化枝B，成员5；ANGPTL7是血管生成素样7；TFF2是三叶因子2；BGLAP是骨γ羧基谷氨酸蛋白；MSLN是间皮素；DDX53是DEAD盒多肽53；MAGEA2是黑色素瘤抗原家族A；VDR是维生素D受体，其中，维生素D是1，25-二羟基维生素D3；ST14是致肿瘤性抑制14；CDKN2A是周期蛋白依赖性激酶抑制剂2A；MYBPC2是肌球蛋白结合蛋白C，快型；RUNX3是矮小相关转录因子3；RUNX2是矮小相关转录因子2；MLH1是MutL DNA错配修复蛋白；PTEN是10号染色体缺失的磷酸酶及张力蛋白同源物。
2、一种用于诊断癌症和预测转移或预后的方法，所述方法包含测量转变区甲基化的步骤。
3、根据权利要求2所述的方法，其中，转变区是从由RABGEF1、STAG、CHGB、TNFRSF14、SERPINB5、ANGPTL7、TFF2、BGLAP、MSLN、DDX53、MAGEA2、VDR、ST14、CDKN2A、MYBPC2、RUNX3、RUNX2、MLH1和PTEN组成的组中选择的一个区或多个区。
4、一种用于检测转变区甲基化的引物。
5、根据权利要求4所述的引物，其中，所述引物是从由SEQ.ID.NO：1～NO：160表示的序列组成的组中选择的成对的正向引物和反向引物。
6、一种用于癌症的诊断套组，所述诊断套组包含如权利要求4所述的引物。
7、一种简单重复序列标记组，所述标记组适用于测量杂合性丢失和染色体不稳定性的等级。
8、根据权利要求7所述的标记组，其中，所述标记组是从由SEQ.ID.NO：161～NO：240表示的序列组成的组中选择的成对的正向引物和反向引物。
9、一种用于癌症的诊断套组，所述诊断套组包含如权利要求7所述的标记组。
10、根据权利要求2所述的方法，其中，所述方法另外包括测量杂合性丢失等级的步骤。
11、根据权利要求6所述的用于癌症的诊断套组，其中，所述诊断套组另外包括如权利要求7所述的标记组。
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WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication

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