BR112019019795A2

BR112019019795A2 - métodos para tratar tumor

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Publication number: BR112019019795A2
Application number: BR112019019795A
Authority: BR
Inventors: Seshaiyer BHAGAVATHEESWARAN Prabhu; Allan John Botwood Nicholas; Chang Han; Fu Yali; J. GEESE William; A. Green George Iv; HEALEY Diane; Maier Sabine; E. NATHAN Faith; Oukessou Abderrahim; SELVAGGI Giovanni; Daniel Szustakowski Joseph
Original assignee: Bristol-Myers Squibb Company
Priority date: 2017-03-31
Filing date: 2018-03-30
Publication date: 2020-04-22
Also published as: MX2019010958A; SG11201908396PA; AU2018243754A1; US20230295737A1; CA3058175A1; WO2018183928A1; MA50056A; IL269026A; KR20190133213A; JP7458188B2; CN110494450A; US20210101980A1; EP3601355A1; SG10202110594UA; JP2020512982A

Abstract

a descrição fornece um método para o tratamento de um indivíduo afetado com um tumor, por exemplo, câncer de pulmão, tendo um estado de carga de mutação de tumor (tmb) alta compreendendo administrar ao indivíduo uma imunoterapia, por exemplo, um anticorpo anti-pd-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo. a presente descrição ainda fornece um método para identificar um indivíduo adequado para uma imunoterapia, por exemplo, um tratamento com um anticorpo anti-pd-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo, compreendendo a medição de um estado da tmb de uma amostra biológica do indivíduo. um estado da tmb alta identifica o paciente como adequado para o tratamento com um anticorpo anti-pd-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo. o estado de tmb pode ser determinado por sequenciamento de ácidos nucleicos no tumor e identificação de uma alteração genômica, por exemplo, uma mutação não sinônima somática, nos ácidos nucleicos sequenciados.

Description

Relatório Descritivo da Patente de Invenção para MÉTODOS PARA TRATAR TUMOR

CAMPO DA DESCRIÇÃO [001] A presente descrição fornece um método para o tratamento de um indivíduo afetado por um tumor tendo um estado de carga de mutação de tumor alta (TMB), compreendendo a administração ao indivíduo de uma imunoterapia. Em algumas modalidades, a imunoterapia compreende um anticorpo ou um fragmento de ligação de antígeno do mesmo. Em certas modalidades, a imunoterapia compreende um anticorpo anti-PD-1 ou uma porção de ligação de antígeno ou um anticorpo anti-PD-L1 ou uma porção de ligação de antígeno.

REFERÊNCIA À LISTAGEM DE SEQUÊNCIA ENVIADA ELETRONICAMENTE [002] O conteúdo da listagem de sequência enviada eletronicamente no arquivo de texto ASCII (Nome: 3338066PC02_sequence_ST25.txt; Tamanho: 38.235 bytes; e Data de Criação: 30 de março de 2018) é incorporado aqui por referência em sua totalidade.

ANTECEDENTES DA DESCRIÇÃO [003] O câncer humano abriga inúmeras alterações genéticas e epigenéticas, gerando neoantígenos potencialmente reconhecíveis pelo sistema imune (Sjoblom et al., Science (2006) 314 (5797):268274). O sistema imune adaptativo, composto por linfócitos T e B, possui um poderoso potencial anticâncer, com ampla capacidade e especificidade requintada para responder a diversos antígenos de tumor. Além disso, o sistema imune demonstra considerável plasticidade e um componente de memória. O aproveitamento bemsucedido de todos estes atributos do sistema imune adaptativo tornaria

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2/212 a imunoterapia única entre todas as modalidades de tratamento do câncer.

[004] Até recentemente, a imunoterapia contra o câncer concentrou esforços substanciais em abordagens que realçam as respostas imunes antitumor por transferência adotiva de células efetoras ativadas, imunização contra antígenos relevantes ou fornecimento de agentes imunoestimuladores não específicos, tais como citocinas. Na última década, no entanto, esforços intensos para desenvolver inibidores específicos da via do ponto de checagem imune começaram a fornecer novas abordagens imunoterapêuticas para o tratamento do câncer, incluindo o desenvolvimento de anticorpos tais como o nivolumabe e o pembrolizumabe (anteriormente lambrolizumabe; USAN Council Statement, 2013) que se ligam especificamente ao receptor de Morte Programada -1 (PD-1) e bloqueia a via do PD-1/ligante de PD-1 inibidora (Topalian et al., 2012a, b; Topalian et al., 2014; Hamid et al., 2013; Hamid and Carvajal, 2013; McDermott and Atkins, 2013).

[005] PD-1 é urn receptor chave do ponto de checagem imune expresso por células T e B ativadas e media a imunossupressão. PD-1 é um membro da família CD28 de receptores, que inclui CD28, CTLA4, ICOS, PD-1 e BTLA. Dois ligantes de glicoproteína de superfície celular para PD-1 foram identificados, Ligante-1 de Morte Programada (PD-L1) e Ligante-2 de Morte Programada (PD-L2), que são expressos em células de apresentação de antígeno, bem como em muitos cânceres humanos e foi mostrado para subregular a ativação das células Tea secreção de citocinas após a ligação ao PD-1. A inibição da interação de PD-1/PD-L1 media a atividade antitumoral potente em modelos pré-clínicos (Patente U.S. N^QS. 8.008.449 e 7.943.743), e o uso de inibidores de anticorpos da interação PD-1/PD-L1 para o tratamento de câncer tem entrado em ensaios clínicos (Brahmeret al.,

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2010; Topalian et al., 2012a; Topalian et al., 2014; Hamid et al., 2013; Brahmer et al., 2012; Flies et al., 2011; Pardoll, 2012; Hamid and Carvajal, 2013).

[006] O nivolumabe (anteriormente designado 5C4, BMS-936558, MDX-1106 ou ONO-4538) é um anticorpo inibidor de ponto de checagem imune de PD-1 à lgG4 (S228P) totalmente humano que impede seletivamente a interação com ligantes de PD-1 (PD-L1 e PDL2), bloqueando assim a subregulação das funções das células T antitumor (Patente U.S. N^Q. 8.008.449; Wang et al., 2014). O nivolumabe mostrou atividade em uma variedade de tumores sólidos avançados, incluindo carcinoma de células renais (adenocarcinoma renal ou hipernefroma), melanoma e câncer de pulmão de células não pequenas (NSCLC) (Topalian et al., 2012a; Topalian et al., 2014; Drake etal., 2013; WO 2013/173223).

[007] O sistema imune e a resposta à imunoterapia são complexos. Além disso, os agentes anticâncer podem variar em sua eficácia com base nas características únicas do paciente. Consequentemente, são necessárias estratégias terapêuticas direcionadas que identifiquem pacientes com maior probabilidade de responder a um agente anticâncer específico e, assim, melhorem o resultado clínico dos pacientes diagnosticados com câncer.

SUMÁRIO DA DESCRIÇÃO [008] A presente descrição fornece um método para o tratamento de um indivíduo afetado por um tumor, compreendendo a administração ao indivíduo de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um anticorpo anti-PD-1 ou uma porção de ligação de antígeno do mesmo, em que o tumor tem uma carga de mutação de tumor (TMB) que é uma TMB alta. Em algumas modalidades, o método compreende ainda medir o estado da TMB de uma amostra biológica obtida do indivíduo.

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4/212 [009] A presente descrição também fornece um método para identificar um indivíduo adequado para uma terapia de um anticorpo anti-PD-1 ou uma porção de ligação de antígeno do mesmo, compreendendo medir um estado da TMB de uma amostra biológica do indivíduo, em que o estado da TMB é uma TMB alta, assim, o indivíduo é identificado como sendo adequado para a terapia de um anticorpo anti-PD-1 ou uma porção de ligação de antígeno do mesmo. Em uma modalidade, o método compreende ainda administrar ao indivíduo o anticorpo anti-PD-1 ou uma porção de ligação de antígeno do mesmo.

[0010] Em algumas modalidades, o estado da TMB é determinado sequenciando ácidos nucleicos no tumor e identificando uma alteração genômica nos ácidos nucleicos sequenciados. Em algumas modalidades, a alteração genômica compreende uma ou mais mutações somáticas. Em algumas modalidades, a alteração genômica compreende uma ou mais mutações não sinônimas. Em uma modalidade específica, a alteração genômica compreende uma ou mais mutações de sentido incorreto. Em outras modalidades particulares, a alteração genômica compreende uma ou mais alterações selecionadas a partir do grupo que consiste em uma substituição de pares de bases, uma inserção de pares de bases, uma exclusão de pares de bases, uma alteração de número de cópias (CNA), um rearranjo genético e qualquer combinação destes.

[0011] Em modalidades particulares, o estado da TMB é determinado por sequenciamento de genoma, sequenciamento de exoma e/ou perfil genômico. Em uma modalidade, o perfil genômico compreende pelo menos 300 genes, pelo menos 305 genes, pelo menos 310 genes, pelo menos 315 genes, pelo menos 320 genes, pelo menos 325 genes, pelo menos 330 genes, pelo menos 335 genes, pelo menos 340 genes, pelo menos 345 genes, pelo menos

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350 genes, pelo menos 355 genes, pelo menos 360 genes, pelo menos 365 genes, pelo menos 370 genes, pelo menos 375 genes, pelo menos 380 genes, pelo menos 385 genes, pelo menos 390 genes, pelo menos 395 genes ou pelo menos 400 genes. Em uma modalidade específica, o perfil genômico compreende pelo menos 325 genes.

[0012] Em uma modalidade, o perfil genômico compreende um ou mais genes selecionados a partir do grupo que consiste em ABL1, BRAF, CHEK1, FANCC, GATA3, JAK2, MITF, PDCD1LG2, RBM10, STAT4, ABL2, BRCA1, CHEK2, FANCD2, GATA4, JAK3, MLH1, PDGFRA, RET, STK11, ACVR1B, BRCA2, CIC, FANCE, GATA6, JUN, MPL, PDGFRB, RICTOR, SUFU, AKT1, BRD4, CREBBP, FANCF, GID4 (C17orf39), KAT6A (MY11ST3), PDK1, RNF43, SYK, AKT2, BRIP1, CRKL, FANCG, GLU, KDM5A, MSH2, PIK3C2B, ROS1, TAF1, AKT3, BTG1, CRLF2, FANCL, GNA11, KDM5C, MSH6, PIK3CA, RK, CSF1R, FAS, GNA13, KDM6A, MTOR, PIK3CB, RUNX1, TERC, AMER1 (FAM123B), C11orf30 (EMSY), CTCF, FAT1, GNAQ, KDR, MUTYH, PIK3CG, RUNX1T1, APT (apenas promotor), CTNNA1, FBXW7, GNAS, KEAP1, MYC, PIK3R1, SDHA, TET2, AR, CBFB, CTNNB1, FGF10, GPR124, KEL, MYCL (MYCL1), PIK3R2, SDHB, TGFBR2, ARAF, CBL, CUL3, FGF14, KIT, MYCN, PLCG2, SDHC, TNFAIP3, ARFRP1, CCND1, CYLD, FGF19, GRM3, KLHL6, MYD88, PMS2, SDHD, TNFRSF14, ARID1A, CCND2, DAXX, FGF23, GSK3B, KMT2A (MLL), NF1, POLD1, SETD2, TOP1, ARID1B, CCND3, DDR2, FGF3, H3F3A, KMT2C (MLL3), NF2, POLE, SF3B1, TOP2A, ARID2, CCNE1, DICER1, FGF4, HGF2, HGF2 MLL2), NFE2L2, PPP2R1A, SLIT2, TP53, ASXL1, CD274, DNMT3A, FGF6, HNF1A, KRAS, NFKBIA, PRDM1, SMAD2, TSC1, ATM, CD79A, DOT1L, FGFR1, HRAS, LMO1, NK, TSC2, ATR, CD79B, EGFR, FGFR2, HSD3B1, LRP1B, NOTCH1, PRKAR1A, SMAD4, TSHR, ATRX, CDC73, EP300,

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FGFR3, HSP90AA1, LYN, NOTCH2, PRKCI, SMARCA4, EP2AF1, U2AF1, CDA, IDH1, LZTR1, NOTCH3, PRKDC, SMARCB1, VEGFA, AURKB, CDK12, EPHA5, FH, IDH2, MAGI2, NPM1, PRSS8, SMO, VHL, AXIN1, CDK4, EPHA7, FLCN, IGF1R, MAP2K1, NRAS, WISP3, AXL, CDK6, EPHB1, FLT1, IGF2, MAP2K2, NSD1, PTEN, SOCS1, WT1, BAP1, CDK8, ERBB2, FLT3, IKBKE, MAP2K4, NTRK1, PTPN11, SOX10, XPO1, BARD1, CDK, IKZF1, MAP3K1, NTRK2, QKI, SOX2, ZBTB2, BCL2, CDKN1B, ERBB4, FOXL2, IL7R, MCL1, NTRK3, RAC1, S0X9, ZNF217, BCL2L1, CDKN2A, ERG, FOXP1, ZNF703, BCL2L2, CDKN2B, ERRFI1, FRS2, INPP4B, MDM4, PAK3, RAD51, SPOP, BCL6, CDKN2C, ESR1, FUBP1, IRF2, MED12, PALB2, RAF1, SPTA1, BCOR, CEBPA, EZH2, FBP PARK2, RANBP2, SRC, BCORL1, CHD2, FAM46C, GATA1, IRS2, MEN1, PAX5, RARA, STAG2, BLM, CHD4, FANCA, GATA2, JAK1, MET, PBRM1, RB1, STAT3 e qualquer combinação dos mesmos.

[0013] Em algumas modalidades, os métodos compreendem ainda identificar uma alteração genômica em um ou mais dentre ETV4, TMPRSS2, ETV5, BCR, ETV1, ETV6 e MYB.

[0014] Em algumas modalidades, a TMB alta tem um escore de pelo menos 210, pelo menos 215, pelo menos 220, pelo menos225, pelo menos 230, pelo menos 235, pelo menos 235, pelo menos240, pelo menos 245, pelo menos 250, pelo menos 255, pelo menos260, pelo menos 265, pelo menos 270, pelo menos 275, pelo menos280, pelo menos 285, pelo menos 290, pelo menos 295, pelo menos300, pelo menos 300, pelo menos 305, pelo menos 310, pelo menos315, pelo menos 320, pelo menos 325, pelo menos 330, pelo menos335, pelo menos 340, pelo menos 345, pelo menos 350, pelo menos355, pelo menos 360, pelo menos 365, pelo menos 365, pelo menos370, pelo menos 375, pelo menos 380, pelo menos 385, pelo menos390, pelo menos 395, pelo menos 400, pelo menos 405, pelo menos410,

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7/212 pelo menos 415, pelo menos 420, pelo menos 420, pelo menos425, pelo menos 430, pelo menos 435, pelo menos 440, pelo menos445, pelo menos 450, pelo menos 455, pelo menos 460, pelo menos465, pelo menos 470, pelo menos 475, pelo menos 480, pelo menos480, pelo menos 485, pelo menos 490, pelo menos 495 ou pelo menos 500.

Em outras modalidades, a TMB alta tem um escore de pelo menos 215, pelo menos 220, pelo menos 221, pelo menos 222, pelo menos

223, pelo menos 224, pelo menos 225, pelo menos 226, pelo menos

227, pelo menos 228, pelo menos 229, pelo menos 230, pelo menos

231, pelo menos 233, pelo menos 233, pelo menos 236, pelo menos

236, pelo menos 237, pelo menos 239, pelo menos 239, pelo menos

239, pelo menos 239, pelo menos 238, pelo menos 238, pelo menos

238 pelo menos 241, pelo menos 242, pelo menos 243, pelo menos

244, pelo menos 245, pelo menos 246, pelo menos 247, pelo menos

248, pelo menos 249, ou pelo menos 250. Em uma modalidade particular, a TMB alta tem um escore de pelo menos 243.

[0015] Em algumas modalidades, os métodos compreendem ainda a comparação do estado da TMB do indivíduo a um valor de TMB de referência. Em uma modalidade, o estado da TMB do indivíduo está dentro do mais alto fratil do valor de TMB de referência. Em outra modalidade, o estado da TMB do indivíduo está dentro do tercil superior do valor de TMB de referência.

[0016] Em algumas modalidades, a amostra biológica é uma biópsia de tecido de tumor, por exemplo, um tecido de tumor fixado em formol, embebido em parafina ou um tecido de tumor fresco congelado. Em outras modalidades, a amostra biológica é uma biópsia líquida. Em algumas modalidades, a amostra biológica compreende um ou mais dentre sangue, soro, plasma, exoRNA, células de tumor circulantes, ctDNA e cfDNA.

[0017] Em algumas modalidades, o indivíduo tem um tumor com

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8/212 uma alta carga de neoantígeno. Em outras modalidades, o indivíduo tem um repertório de células T aumentado.

[0018] Em algumas modalidades, o tumor é câncer de pulmão. Em uma modalidade, o câncer de pulmão é câncer de pulmão de células não pequenas (NSCLC). O NSCLC pode ter uma histologia escamosa ou uma histologia não escamosa.

[0019] Em outras modalidades, o tumor é selecionado dentre carcinoma de células renais, câncer ovariano, câncer colorretal, câncer gastrointestinal, câncer esofágico, câncer de bexiga, câncer de pulmão e melanoma.

[0020] Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo compete cruzado com nivolumabe pela ligação a PD-1 humana. Em outras modalidades, o anticorpo antiPD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo liga-se ao mesmo epítopo como o nivolumabe. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 é um anticorpo quimérico, um anticorpo humanizado, um anticorpo monoclonal humano ou uma porção de ligação de antígeno do mesmo. Em outras modalidades, o anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo compreende uma região constante da cadeia pesada de um isótipo de lgG1 humano ou um isótipo de lgG4 humano. Em modalidades particulares, o anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo é nivolumabe ou pembrolizumabe.

[0021] Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo é administrado em uma dose variando de 0,1 mg/kg a 10,0 mg/kg de peso corporal a cada 2, 3 ou 4 semanas. Em uma modalidade, o anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo é administrado em uma dose de 5 mg/kg ou 10 mg/kg de peso corporal uma vez a cada 3 semanas. Em outra modalidade, o anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de

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9/212 antígeno do mesmo administrado em uma dose de 5 mg/kg de peso corporal uma vez a cada 3 semanas. Ainda em outra modalidade, o anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo é administrado em uma dose de 3 mg/kg de peso corporal uma vez a cada duas semanas.

[0022] Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo é administrado como uma dose fixa. Em uma modalidade, o anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo é administrado como uma dose fixa de pelo menos cerca de 200 mg, pelo menos cerca de 220 mg, pelo menos cerca de 240 mg, pelo menos cerca de 260 mg cerca de 280 mg, pelo menos cerca de 300 mg, pelo menos cerca de 320 mg, pelo menos cerca de 340 mg, pelo menos cerca de 360 mg, pelo menos cerca de 380 mg, pelo menos cerca de 400 mg, pelo menos cerca de 420 mg, pelo menos cerca de 440 mg, pelo menos cerca de 460 mg, pelo menos cerca de 480 mg, pelo menos cerca de 500 mg, ou pelo menos cerca de 550 mg. Em outra modalidade, o anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo administrado como uma dose fixa cerca de uma vez a cada 1,2, 3 ou 4 semanas.

[0023] Em algumas modalidades, o indivíduo exibe sobrevida livre de progresso de pelo menos um mês, pelo menos cerca de 2 meses, pelo menos cerca de 3 meses, pelo menos cerca de 4 meses, pelo menos cerca de 5 meses, pelo menos cerca de 6 meses, pelo menos cerca de 7 meses, pelo menos cerca de 8 meses, pelo menos cerca de 9 meses, pelo menos cerca de 10 meses, pelo menos cerca de 11 meses, pelo menos cerca de um ano, pelo menos cerca de dezoito meses, pelo menos dois anos, pelo menos cerca de três anos, pelo menos cerca de quatro anos, ou pelo menos cerca de cinco anos após a administração.

[0024] Em outras modalidades, o indivíduo exibe uma sobrevida

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10/212 global de pelo menos cerca de um mês, pelo menos cerca de 2 meses, pelo menos cerca de 3 meses, pelo menos cerca de 4 meses, pelo menos cerca de 5 meses, pelo menos cerca de 6 meses pelo menos cerca de 7 meses, pelo menos cerca de 8 meses, pelo menos cerca de 9 meses, pelo menos cerca de 10 meses, pelo menos cerca de 11 meses, pelo menos cerca de um ano, pelo menos cerca de dezoito meses, pelo menos dois anos, pelo menos cerca de três anos, pelo menos cerca de quatro anos, ou pelo menos cerca de cinco anos após a administração.

[0025] Em ainda outras modalidades, o indivíduo exibe uma taxa de resposta objetiva de pelo menos cerca de 30%, cerca de 35%, cerca de 40%, cerca de 45%, cerca de 50%, cerca de 55%, cerca de 60%, cerca de 65%, cerca de 70%, cerca de 75%, cerca de 80%, cerca de 85%, cerca de 90%, cerca de 95% ou cerca de 100%.

[0026] Em algumas modalidades, o tumor tem pelo menos cerca de 1%, cerca de 5%, cerca de 10%, cerca de 15%, cerca de 20%, cerca de 25%, cerca de 30%, cerca de 30%, cerca de 35%, cerca de 40%, cerca de 45% ou cerca de 50% de expressão de PD-L1.

[0027] Outras características e vantagens da presente descrição ficarão evidentes a partir da seguinte descrição detalhada e exemplos que não devem ser interpretados como limitativos. Os conteúdos de todas as referências citadas, incluindo artigos científicos, relatórios de jornais, entradas do GenBank, patentes e pedidos de patentes citados ao longo deste pedido, são expressamente incorporados aqui por referência.

Modalidade [0028] Modalidade 1. Um método para o tratamento de um indivíduo afetado por um tumor compreendendo administrar ao indivíduo uma quantidade terapeuticamente eficaz de um anticorpo ou porção de ligação de antígeno do mesmo que se liga especificamente

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11/212 a um receptor de Morte Programada 1 (PD-1) e inibe a atividade de PD-1 (um anticorpo anti-PD-1 ou uma porção de ligação de antígeno do mesmo), em que o tumor tem um estado de carga de mutação de tumor (TMB) que é uma TMB alta.

[0029] Modalidade 2. O método da Modalidade 1, também compreendendo medir o estado da TMB de uma amostra biológica obtida do indivíduo.

[0030] Modalidade 3· Método de identificar um indivíduo adequado para uma terapia de um anticorpo anti-PD-1 ou uma porção de ligação de antígeno do mesmo, também compreendendo medir o estado da TMB de uma amostra biológica do indivíduo, em que o estado da TMB é uma TMB alta e em que o indivíduo é identificado como sendo adequado para a terapia de um anticorpo anti-PD-1 ou uma porção de ligação de antígeno do mesmo.

[0031] Modalidade 4· O método da Modalidade 3, também compreendendo administrar ao indivíduo o anticorpo anti-PD-1 ou uma porção de ligação de antígeno do mesmo.

[0032] Modalidade 5· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 4, em que o estado da TMB é determinado sequenciando ácidos nucléicos no tumor e identificando uma alteração genômica nos ácidos nucléicos sequenciados.

[0033] Modalidade 6· O método da Modalidade 5, em que a alteração genômica compreende uma ou mais mutações somáticas.

[0034] Modalidade 7. O método da Modalidade 5 ou 6, em que a alteração genômica compreende uma ou mais mutações não sinônimas.

[0035] Modalidade 8· O método de qualquer uma das Modalidades 5 a 7, em que a alteração genômica compreende uma ou mais mutações de sentido incorreto.

[0036] Modalidade 9· O método de qualquer uma das

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Modalidades 5 a 8, em que a alteração genômica compreende uma ou mais alterações selecionadas a partir do grupo que consiste em uma substituição de pares de bases, uma inserção de pares de bases, uma exclusão de pares de bases, uma alteração no número de cópia (CNAs), um rearranjo genético e qualquer combinação dos mesmos.

[0037] Modalidade 10· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 9, em que a TMB alta tem um escore de pelo menos 210, pelo menos 215, pelo menos 220, pelo menos 220, pelo menos

225, pelo menos 230, pelo menos 235, pelo menos pelo menos 240, pelo menos 245, pelo menos 250, pelo menos 255, pelo menos 260, pelo menos 265, pelo menos 270, pelo menos 275, pelo menos 280, pelo menos 285, pelo menos 290, pelo menos 290, pelo menos 295, pelo menos 300, pelo menos 305, pelo menos 310, pelo menos 315, pelo menos 320, pelo menos 325, pelo menos 330, pelo menos 335, pelo menos 340, pelo menos 345, pelo menos 350, pelo menos 350, pelo menos 355, pelo menos 360, em pelo menos 365, pelo menos

370, pelo menos 375, pelo menos 380, pelo menos 385, pelo menos

390, pelo menos 395, pelo menos 400, pelo menos 405, pelo menos

410, pelo menos 410, pelo menos 415, pelo menos 420, pelo menos

425, pelo menos 430, pelo menos 435, pelo menos 440, pelo menos

445, pelo menos 450, pelo menos 455, pelo menos 460, pelo menos

465, pelo menos 470, pelo menos 475, pelo menos 480, pelo menos

485, pelo menos pelo menos 490, pelo menos 495 ou pelo menos 500. [0038] Modalidade 11. O método de qualquer uma das

Modalidades 1 a 9, em que a TMB alta tem um escore de pelo menos

215, pelo menos 220, pelo menos 221, pelo menos 222, pelo menos

222, pelo menos 223, pelo menos 224, pelo menos pelo menos225, pelo menos 226, pelo menos 227, pelo menos 228, pelo menos229, pelo menos 230, pelo menos 231, pelo menos 232, pelo menos233,

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13/212 pelo menos 234, pelo pelo menos 238, pelo pelo menos 242, pelo pelo menos 246, pelo ou pelo menos 250.

[0039] Modalidade menos 235, pelo menos menos 239, pelo menos menos 243, pelo menos menos 247, pelo menos

12· O método de

236, pelo menos 237,

240, pelo menos 241, 244, pelo menos 245, 248, pelo menos 249, qualquer uma das

Modalidades 1 a 11, em que a TMB alta tem um escore de pelo menos 243.

[0040] Modalidade 13· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 12, também compreendendo comparar o estado da TMB do indivíduo a um valor de TMB de referência.

[0041] Modalidade 14· O método da Modalidade 13, em que o estado da TMB do indivíduo está dentro do maior fratil do valor da TMB de referência.

[0042] Modalidade 15· O método da Modalidade 13, em que o estado da TMB do indivíduo está dentro do tercil superior do valor de TMB de referência.

[0043] Modalidade 16· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 15, em que a amostra biológica é uma biópsia de tecido de tumor.

[0044] Modalidade 17· O método da Modalidade 16, em que o tecido de tumor é um tecido de tumor fixado em formalina, embebido em parafina ou um tecido de tumor congelado fresco.

[0045] Modalidade 18· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 15, em que a amostra biológica é uma biópsia líquida.

[0046] Modalidade 19· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 15, em que a amostra biológica compreende um ou mais dentre sangue, soro, plasma, exoRNA, células de tumor circulantes, ctDNA e cfDNA.

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14/212 [0047] Modalidade 20· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 19, em que o estado da TMB é determinado pelo sequenciamento do genoma.

[0048] Modalidade 21. O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 19, em que o estado da TMB é determinado por sequenciamento de exoma.

[0049] Modalidade 22· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 19, em que o estado da TMB é determinado por perfil genômico.

[0050] Modalidade 23· O método da Modalidade 22, em que o perfil genômico compreende pelo menos 300 genes, pelo menos 305 genes, pelo menos 310 genes, pelo menos 315 genes, pelo menos 320 genes, pelo menos 325 genes, pelo menos 330 genes, pelo menos 335 genes, pelo menos 340 genes, pelo menos 345 genes, pelo menos 350 genes, pelo menos 355 genes, pelo menos 360 genes, pelo menos 365 genes, pelo menos 370 genes, pelo menos 375 genes, pelo menos 380 genes, pelo menos 385 genes, pelo menos 390 genes, pelo menos 395 genes ou pelo menos 400 genes.

[0051] Modalidade 24· O método da Modalidade 22, em que o perfil genômico compreende pelo menos 325 genes.

[0052] Modalidade 25· O método de qualquer uma das Modalidades 22 a 24, em que o perfil genômico compreende um ou mais genes selecionados a partir do grupo que consiste em ABL1, BRAF, CHEK1, FANCC, GATA3, JAK2, MITF, PDCD1LG2, RBM10, STAT4, ABL2, BRCA1, CHEK2, FANCD2, GATA4, JAK3, MLH1, PDGFRA, RET, STK11, ACVR1B, BRCA2, CIC, FANCE, GATA6, JUN, MPL, PDGFRB, RICTOR, SUFU, AKT1, BRD4, CREGBF GID4 (C17orf39), KAT6A (MYST3), MRE 11 A, PDK1, RNF43, SYK, AKT2, BRIP1, CRKL, FANCG, GLI1, KDM5A, MSH2, PIK3C2B, ROS1, TAF1, AKT3, BTG1, CRLF2, KRL6 MSH6, PIK3CA, RPTOR, TBX3, ALK,

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15/212

BTK, CSF1R, FAS, GNA13, KDM6A, MTOR, PIK3CB, RUNX1, TERC, AMER1 (FAM123B), C11orf30 (EMSY), CTCF, FAT1, GNAQ, KDR, MUTY RUNX1T1, TERT (apenas promotor), APC, CARD11, CTNNA1, FBXW7, GNAS, KEAP1, MYC, PIK3R1, SDHA, TET2, AR, CBFB, CTNNB1, FGF10, GPR124, KEL, MYCL (MYCL1), PIK3R2, SDHB, ARAF, CBL, CUL3, FGF14, GRIN2A, KIT, MYCN, PLCG2, SDHC, TNFAIP3, ARFRP1, CCND1, CYLD, FGF19, GRM3, KLHL6, MYD88, PMS2, SDHD, TNFRSF14, ARID1A, CCND2, DAXX, FGF23, GSK3B, KMT2A (MLL), NF1, POLD1, SETD2, TOP1, ARID1B, CCND3, DDR2, FGF3, H3F3A, KMT2C (MLL3), NF2, PO3, TOP2A, ARID2, CCNE1, DICER1, FGF4, HGF, KMT2D (MLL2), NFE2L2, PPP2R1A, SLIT2, TP53, ASXL1, CD274, DNMT3A, FGF6, HNF1A, KRAS, NFKBIA, CDDM1, SMAD, TSD1 DOT1L, FGFR1, HRAS, LMO1, NKX2-1, PREX2, SMAD3, TSC2, ATR, CD79B, EGFR, FGFR2, HSD3B1, LRP1B, NOTCH1, PRKAR1A, SMAD4, TSHR, ATRX, CDC73, EP300, FGFR3, ATF NOTCH2, PRKCI, SMARCA4, U2AF1, AURKA, CDH1, EPHA3, FGFR4, IDH1, LZTR1, NOTCH3, PRKDC, SMARCB1, VEGFA, AURKB, CDK12, EPHA5, FH, IDH2, MAGI2, NPM1, PRSS8, SMO CDK4, EPHA7, FLCN, IGF1R, MAP2K1, NRAS, PTCH1, SNCAIP, WISP3, AXL, CDK6, EPHB1, FLT1, IGF2, MAP2K2, NSD1, PTEN, SOCS1, WT1, BAP1, CDK8, ERBB2, FLT3, 12 NTRK1, PTPN11, SOX10, XPO1, BARD1, CDKN1A, ERBB3, FLT4, IKZF1, MAP3K1, NTRK2, QKI, SOX2, ZBTB2, BCL2, CDKN1B, ERBB4, FOXL2, IL7R, MCL1, NTRK, Z1, Z1 C DKN2A, ERG, FOXP1, INHBA, MDM2, NUP93, RAD50, SPEN, ZNF703, BCL2L2, CDKN2B, ERRFI1, FRS2, INPP4B, MDM4, PAK3, RAD51, SPOP, BCL6, CDKN2C, ESR1, FR1, FR1, FR1 RAF1, SPTA1, BCOR, CEBPA, EZH2, GABRA6, IRF4, MEF2B, PARK2, RANBP2, SRC, BCORL1, CHD2, FAM46C, GATA1, IRS2, MEN1, PAX5, RARA, STAG2, BLM, CHD4, FANCA, GATA2 MET, PBRM1, RB1, STAT3e qualquer combinação dos mesmos.

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16/212 [0053] Modalidade 26· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 25, também compreendendo identificar uma alteração genômica em um ou mais dentre ETV4, TMPRSS2, ETV5, BCR, ETV1, ETV6 e MYB.

[0054] Modalidade 27· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 26, em que o indivíduo tem um tumor com uma carga de neoantígeno alta.

[0055] Modalidade 28· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 27, em que o indivíduo tem um repertório aumentado de células T.

[0056] Modalidade 29· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 28, em que o tumor é câncer de pulmão.

[0057] Modalidade 30· O método da Modalidade 29, em que o câncer de pulmão é um câncer de pulmão de células não pequenas (NSCLC).

[0058] Modalidade 31· O método da Modalidade 30, em que o NSCLC tem uma histologia escamosa.

[0059] Modalidade 32· O método da Modalidade 30, em que o NSCLC tem uma histologia não escamosa.

[0060] Modalidade 33· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 28, em que o tumor é selecionado a partir de carcinoma de células renais, câncer ovariano, câncer colorretal, câncer gastrointestinal, câncer esofágico, câncer de bexiga, câncer de pulmão e melanoma.

[0061] Modalidade 34· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 33, em que o anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo compete cruzado com o nivolumabe para ligação a PD-1 humana.

[0062] Modalidade 35· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 34, em que o anticorpo anti-PD-1 ou porção de

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17/212 ligação de antígeno do mesmo se liga ao mesmo epítopo que o nivolumabe.

[0063] Modalidade 36· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 35, em que o anticorpo anti-PD-1 é um anticorpo quimérico, um anticorpo humanizado, um anticorpo monoclonal humano ou uma porção de ligação de antígeno do mesmo.

[0064] Modalidade 37· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 36, em que o anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo compreende uma região constante da cadeia pesada de um isótipo de lgG1 humano ou um isótipo de lgG4 humano.

[0065] Modalidade 38· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 37, em que o anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo é o nivolumabe.

[0066] Modalidade 39· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 37, em que o anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo é o pembrolizumabe.

[0067] Modalidade 40· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 39, em que o anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo é administrado em uma dose que varia de 0,1 mg/kg a 10,0 mg/kg de peso corporal uma vez a cada 2, 3 ou 4 semanas.

[0068] Modalidade 41. O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 40, em que o anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo é administrado na dose de 5 mg/kg ou 10 mg/kg de peso corporal uma vez a cada 3 semanas.

[0069] Modalidade 42· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 41, em que o anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo é administrado na dose de 5 mg/kg de peso corporal a cada 3 semanas.

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18/212 [0070] Modalidade 43· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 40, em que o anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo é administrado na dose de 3 mg/kg de peso corporal uma vez a cada duas semanas.

[0071] Modalidade 44. O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 39, em que o anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo é administrado como uma dose fixa.

[0072] Modalidade 45· O método da Modalidade 44, em que o anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo é administrado como uma dose fixa de pelo menos cerca de 200 mg, pelo menos cerca de 220 mg, pelo menos cerca de 240 mg, pelo menos cerca de 260 mg, pelo menos cerca de 280 mg, pelo menos cerca de 300 mg, pelo menos cerca de 320 mg, pelo menos cerca de 340 mg, pelo menos cerca de 360 mg, pelo menos cerca de 380 mg, pelo menos cerca de 400 mg, pelo menos cerca de 420 mg, pelo menos cerca de 440 mg, pelo menos cerca de 460 mg, pelo menos cerca de 480 mg, pelo menos cerca de 500 mg ou pelo menos cerca de 550 mg.

[0073] Modalidade 46· O método da Modalidade 44 ou 45, em que o anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo é administrado como uma dose fixa aproximadamente uma vez a cada 1,2, 3 ou 4 semanas.

[0074] Modalidade 47· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 46, em que o indivíduo exibe sobrevida livre de progressão de pelo menos cerca de um mês, pelo menos cerca de 2 meses, pelo menos cerca de 3 meses, pelo menos cerca de 4 meses, pelo menos cerca de 5 meses, pelo menos cerca de 6 meses, pelo menos cerca de 7 meses, pelo menos cerca de 8 meses, pelo menos cerca de 9 meses, pelo menos cerca de 10 meses, pelo menos cerca de 11 meses, pelo menos cerca de um ano, pelo menos cerca de

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19/212 dezoito meses, pelo menos cerca de dois anos, pelo menos cerca de três anos, pelo menos cerca de quatro anos ou pelo menos cerca de cinco anos após a administração.

[0075] Modalidade 48· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 47, em que o indivíduo exibe uma sobrevida global de pelo menos um mês, pelo menos cerca de 2 meses, pelo menos cerca de 3 meses, pelo menos cerca de 4 meses, pelo menos cerca de 5 meses, pelo menos cerca de 6 meses, pelo menos cerca de 7 meses, pelo menos cerca de 8 meses, pelo menos cerca de 9 meses, pelo menos cerca de 10 meses, pelo menos cerca de 11 meses, pelo menos cerca de um ano, pelo menos cerca de dezoito meses, pelo menos cerca de dois anos, pelo menos cerca de três anos, pelo menos cerca de quatro anos ou pelo menos cerca de cinco anos após a administração.

[0076] Modalidade 49· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 48, em que o indivíduo exibe uma taxa de resposta objetiva de pelo menos cerca de 30%, cerca de 35%, cerca de 40%, cerca de 45%, cerca de 50%, cerca de 55%, cerca de 60%, cerca de 65%, cerca de 70%, cerca de 75%, cerca de 80%, cerca de 85%, cerca de 90%, cerca de 95% ou cerca de 100%.

[0077] Modalidade 50· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 49, em que o tumor tem pelo menos cerca de 1%, cerca de 5%, cerca de 10%, cerca de 15%, cerca de 15%, cerca de 20%, cerca de 25%, cerca de 30%, cerca de 35%, cerca de 40%, cerca de 45% ou cerca de 50% de expressão de PD-L1.

[0078] Modalidade 51. Método de identificar um indivíduo adequado para uma terapia de câncer compreendendo medir o estado da TMB de uma amostra de tumor do indivíduo usando uma plataforma, em que o estado da TMB é determinado pelo sequenciamento de genes relacionados ao câncer e seleção de introns.

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20/212 [0079] Modalidade 52· O método da Modalidade 51, em que a terapia contra o câncer compreende administrar ao indivíduo uma quantidade terapeuticamente eficaz de um anticorpo ou porção de ligação de antígeno do mesmo que se liga especificamente a um receptor de Morte Programada 1 (PD-1) e inibe a atividade de PD-1 (um anticorpo anti-PD-1 ou uma porção de ligação de antígeno do mesmo).

[0080] Modalidade 53· O método da Modalidade 51 ou 52, em que o tumor é selecionado a partir de carcinoma de células renais, câncer ovariano, câncer colorretal, câncer gastrointestinal, câncer esofágico, câncer de bexiga, câncer de pulmão e melanoma.

[0081] Modalidade 54· O método de qualquer uma das Modalidades 1 a 53, em que o estado da TMB é medido usando um ensaio FOUNDATIONONE®.

BREVE DESCRIÇÃO DOS DESENHOS [0082] Figura 1 fornece um padrão consolidado de diagrama de ensaios de relatórios (CONSORT) da disposição do paciente.

[0083] Figura 2 mostra o projeto do estudo.

[0084] Figura 3 mostra sobrevida livre de progressão (PFS) em pacientes com expressão de PD-L1 > 5%.

[0085] Figura 4 mostra sobrevida livre de progressão (PFS) em todos os pacientes randomizados.

[0086] Figura 5 mostra sobrevida global (OS) em pacientes com expressão de PD-L1 > 5%.

[0087] Figura 6 mostra sobrevida global (OS) em todos os pacientes randomizados.

[0088] Figura 7 mostra sobrevida livre de progressão (PFS) em todos os pacientes randomizados por subgrupo. ECOG PS denota o estado de desempenho do Eastern Cooperative Oncology Group.

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21/212 [0089] Figura 8 mostra sobrevida global (OS) em todos os pacientes randomizados por subgrupo. ECOG PS indica o estado de desempenho do Eastern Cooperative Oncology Group.

[0090] Figura 9 mostra sobrevida livre de progressão (PFS) em pacientes avaliáveis com carga de mutação de tumor alta (TMB).

[0091] Figura 10 mostra sobrevida livre de progressão (PFS) em pacientes avaliáveis com carga de mutação de tumor baixa ou média (TMB).

[0092] Figura 11 mostra sobrevida global (OS) em pacientes avaliáveis com carga de mutação de tumor alta (TMB).

[0093] Figura 12 mostra sobrevida global (OS) em pacientes avaliáveis com carga de mutação de tumor baixa ou média (TMB).

[0094] Figura 13 mostra a análise de carga de tumor usando mutações no exoma total e um painel genético.

[0095] Figura 14 mostra sobrevida livre de progressão (PFS) em pacientes avaliados quanto à carga de mutação de tumor (TMB).

[0096] Figura 15 mostra sobrevida global (OS) em pacientes avaliados quanto à carga de mutação de tumor (TMB).

[0097] Figura 16 mostra sobrevida livre de progressão (PFS) pelo tercil da carga de mutação de tumor (TMB) na subdivisão do nivolumabe.

[0098] Figura 17 mostra sobrevida livre de progressão (PFS) pelo tercil da carga de mutação de tumor (TMB) na subdivisão da quimioterapia.

[0099] Figura 18 mostra a análise da associação entre a carga de mutação de tumor (TMB) e expressão de PD-L1 em pacientes avaliáveis.

[00100] Figura 19 mostra a taxa de resposta global (ORR) pela carga de mutação de tumor (TMB) e expressão de PD-L1.

[00101] Figura 20 mostra a resposta parcial (PR) e resposta

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22/212 completa (CR) pelo tercil de carga de mutação de tumor (TMB) em pacientes avaliáveis.

[00102] Figura 21 mostra o projeto experimental da análise de carga de mutação de tumor (TMB) de amostras de 44 pacientes. WES: sequenciamento de exoma completo; F1: Sequenciamento FOUNDATIONONE®.

[00103] Figura 22 mostra a alta correlação entre a carga de mutação de tumor (TMB) pelo sequenciamento FOUNDATIONONE® (F1) e pelo sequenciamento de exoma completo (WES). A área sombreada representa os limites de intervalo de confiança de 95%, quando calculados usando o método bootstrap (quantil). A linha tracejada horizontal mostra o nível de F1 TMB equivalente (7,64 mutações somáticas por megabase). A linha tracejada vertical mostra o valor de WES TMB arbitrário definido como mediano (148 mutações de sentido incorreto).

[00104] Figura 23 é uma representação esquemática de um protocolo de teste clínico direcionado ao tratamento de SCLC usando um anticorpo anti-PD-1, por exemplo, nivolumabe, monoterapia ou uma terapia de combinação compreendendo um anticorpo anti-PD-1, por exemplo, nivolumabe e um anticorpo anti-CTLA-4, por exemplo, ipilimumabe.

[00105] Figura 24 é uma representação esquemática que ilustra os métodos e o fluxo de amostra para análise de TMB exploratória.

[00106] Figuras 25A-25D são representações gráficas da sobrevida livre de progressão (PFS; Figuras 25A e 25C) e sobrevida global (OS; Figuras 25B e 25D) para indivíduos tratados com um anticorpo antiPD-1, por exemplo, nivolumabe, monoterapia (Figuras 25A e 25B) ou uma terapia de combinação compreendendo um anticorpo anti-PD-1, por exemplo, nivolumabe e um anticorpo anti-CTLA-4, por exemplo, ipilimumabe (Figuras 25C e 25D). PFS e OS para pacientes ITT e

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23/212 pacientes avaliados por TMB são sobrepostos como indicado (Figuras 25A-25D).

[00107] Figuras 26A-26C são representações gráficas da distribuição de TMB para indivíduos no teste clínico com SCLC, descrito aqui (Figura 26A), os indivíduos do estudo com SCLC reunidos (Figura 26B) e os indivíduos reunidos de um teste clínico anterior direcionado ao tratamento de câncer de pulmão de células não pequenas (Figura 26C).

[00108] Figura 27 é um gráfico de barras que mostra a taxa de resposta global (ORR) para todos os indivíduos avaliados por TMB tratados com um anticorpo anti-PD-1, por exemplo, nivolumabe ou um anticorpo anti-PD-1, por exemplo, nivolumabe e um anticorpo antiCTLA-4, por exemplo, ipilimumabe para os mesmos indivíduos estratificados pelo estado da TMB (baixa, média ou alta).

[00109] Figuras 28A-28B são representações gráficas da distribuição de TMB para indivíduos tratados com um anticorpo antiPD-1, por exemplo, monoterapia com nivolumabe (Figura 28A) ou uma terapia de combinação compreendendo um anticorpo anti-PD-1, por exemplo, nivolumabe e um anticorpo anti-CTLA-4, por exemplo, ipilimumabe (Figura 28B), em que os indivíduos são estratificados pela melhor resposta geral. CR = resposta completa; PR = resposta parcial; SD = doença estável; PD = doença progressiva; NE = não avaliado.

[00110] Figuras 29A-29B mostram a sobrevida livre de progressão (PFS) em indivíduos tratados com um anticorpo anti-PD-1, por exemplo, nivolumabe, monoterapia (Figura 29A) ou uma terapia de combinação compreendendo um anticorpo anti-PD-1, por exemplo, nivolumabe, e um anticorpo anti-CTLA-4, por exemplo, ipilimumabe (Figura 29B) estratificado pelo estado da TMB (baixa, média ou alta), como indicado. A PFS de um ano é marcada para cada população da amostra.

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24/212 [00111] Figuras 30A-30B mostram a sobrevida global (OS) para indivíduos tratados com um anticorpo anti-PD-1, por exemplo, monoterapia com nivolumabe (Figura 30A) ou uma terapia de combinação compreendendo um anticorpo anti-PD-1, por exemplo, nivolumabe e um anticorpo anti-CTLA-4, por exemplo, ipilimumabe (Figura 30B) estratificado pelo estado da TMB (baixa, média ou alta), conforme indicado. A OS de um ano é marcado para cada população da amostra.

[00112] Figura 31 mostra o projeto do estudo para o tratamento de NSCLC. Os indivíduos foram divididos pelo estado da expressão de PD-L1, isto é, >1% da expressão de PD-L1 v. < expressão de PD-L1. Os indivíduos de cada grupo foram, então, divididos em três grupos (1:1:1) recebendo (i) um anticorpo anti-PD-1 (por exemplo, nivolumabe) em uma dose de 3 mg/kg de q2Q e um anticorpo antiCTLA-4, por exemplo, ipilimumabe, em uma dose de 'mg/kg de q6W (n = 396 ou n = 187); (ii) quimioterapia baseada na histologia (n = 397 ou n = 186) e (iii) um anticorpo anti-PD-1, por exemplo, nivolumabe, sozinho em uma dose fixa de 240 mg de q2W (n = 396 ou n = 177). Os indivíduos que estavam recebendo quimioterapia baseada na histologia foram estratificados ainda mais por seu estado, isto é, NSCLC escamoso (SQ) ou NSCLC não escamoso (NSQ). Os indivíduos com NSQ NSCLC que receberam uma quimioterapia, receberam pemetrexede (500 mg/m²) + cisplatina (75 mg/m²) ou carboplatina (AUC 5 ou 6), Q3W por < 4 ciclos, com manutenção de pemetrexede opcional (500 mg/m2) após quimioterapia ou manutenção de nivolumabe (360 mg de Q3W) + pemetrexede (500 mg/m2) após nivolumabe + quimioterapia. Os indivíduos com SQ NSCLC que receberam quimioterapia, receberam gencitabina (1000 ou 1250 mg/m2) + cisplatina (75 mg/m2) ou gencitabina (1000 mg/m2) + carboplatina (AUC 5), Q3W por < 4 ciclos. A análise

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25/212 coprimária de TBM foi conduzida no subconjunto de pacientes randomizados para nivolumabe + ipilimumabe ou quimioterapia que tiveram TMB avaliável > 10 mutações/Mb.

[00113] Figura 32 mostra um gráfico de dispersão da expressão de TMB e PD-L1 em todos os Pacientes avaliáveis por TMB. O eixo y mostra o número de mutações por megabase, e o eixo x mostra a expressão de PD-L1. Os símbolos (pontos) no gráfico de dispersão podem representar vários pontos de dados, especialmente para pacientes com expressão <1 % de PD-L1.

[00114] Figura 33A mostra sobrevida livre de progressão com um anticorpo anti-PD-1 (por exemplo, nivolumabe) mais um anticorpo antiCTLA-4 (por exemplo, Ipilimumabe) vs. quimioterapia em todos os pacientes randomizados. Cl mostra o intervalo de confiança; HR mostra a relação de risco. Figura 33B mostra sobrevivência livre de progressão com um anticorpo anti-PD-1 (por exemplo, nivolumabe) mais um anticorpo anti-CTLA-4 (por exemplo, Ipilimumabe) vs. quimioterapia em pacientes avaliáveis por TMB.

[00115] Figura 34A mostra sobrevida livre de progressão de um anticorpo anti-PD-1 (por exemplo, nivolumabe) mais um anticorpo antiCTLA-4 (por exemplo, Ipilimumabe) (Nivo + Ipi) vs. quimioterapia (Chemo) em pacientes com mutações de TMB > 10 mutações/Mb. 1-y PFS = sobrevida livre de progressão em um ano; *95% de IC, 0,43 a 0,77. Figura 34B mostra a duração da resposta de um anticorpo antiPD-1 (por exemplo, nivolumabe) mais um anticorpo anti-CTLA-4 (por exemplo, Ipilimumabe) (Nivo + Ipi) vs. quimioterapia (Chemo) em pacientes com mutações na TMB > 10 mutações/Mb. DOR: duração da resposta; Mediana, DOR, mo: mês mediano de duração da resposta; 1-y DOR: duração da resposta em um ano.

[00116] Figura 35 mostra Sobrevida sem Progressão com um anticorpo anti-PD-1 (por exemplo, nivolumabe) mais um anticorpo anti

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CTLA-4 (por exemplo, Ipilimumabe) vs. quimioterapia em pacientes Com TMB <10 mutações/Mb.

[00117] Figura 36A mostra análises de subgrupos de sobrevida livre de progressão em pacientes com TMB >10 mutações/Mb pela expressão de PD-L1 > 1%. PFS (%): porcentagem de sobrevida livre de progressão. Figura 36B mostra análises de subgrupo de sobrevida livre de progressão em pacientes com TMB >10 mutações/Mb pela expressão de PD-L1 < 1%. Figura 36C mostra análises de subgrupos de sobrevida livre de progressão em pacientes com mutações na TMB >10/Mb em pacientes com histologia de tumores de células escamosas. Figura 36D mostra análises de subgrupo de sobrevida livre de progressão em pacientes com mutações na TMB >10/Mb em pacientes com histologia de tumor de células não escamosas. Figura 36E mostra as características dos subgrupos selecionados.

[00118] Figura 37 mostra Sobrevida livre de progressão com uma monoterapia com anticorpo anti-PD-1 (por exemplo, nivolumabe) em vs. quimioterapia em pacientes com TMB >13 mutações/Mb e >1% de expressão de PD-L1 no tumor. Cl de 95% é 0,95 (0,64, 1,4).

[00119] Figura 38 mostra sobrevida livre de progressão com um anticorpo anti-PD-1 (por exemplo, nivolumabe) mais um anticorpo antiCTLA-4 (por exemplo, ipilimumabe) vs. um anticorpo anti-PD-1 (por exemplo, nivolumabe) em monoterapia e quimioterapia em pacientes com TMB >10 mutações/Mb e > 1% de expressão de PD-L1 do tumor. 95% de IC é de 0,62 (0,44, 0,88) para nivolumabe + ipilimumabe vs. quimioterapia.

DESCRIÇÃO DETALHADA DA DESCRIÇÃO [00120] A presente descrição se refere a métodos para o tratamento de um paciente com câncer com um tumor tendo um estado de TMB alta compreendendo a administração ao paciente de uma imunoterapia. Em algumas modalidades, a imunoterapia

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27/212 compreende um anticorpo ou um fragmento de ligação de antígeno do mesmo. Em certas modalidades, a imunoterapia compreende um anticorpo anti-PD-1 ou uma porção de ligação de antígeno ou um anticorpo anti-PD-L1 ou uma porção de ligação de antígeno do mesmo. A presente descrição também se refere a um método para identificar um paciente com câncer adequado para tratamento com imunoterapia, por exemplo, tratamento com um anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo, compreendendo medir um estado da TMB de uma amostra biológica do paciente.

Termos [00121] Para que a presente descrição possa ser mais facilmente entendida, certos termos são definidos primeiro. Conforme usado neste pedido, exceto se de outra maneira expressamente fornecido aqui, cada um dos termos a seguir terá o significado estabelecido abaixo. Definições adicionais são mencionadas em todo o pedido.

[00122] Administração refere-se à introdução física de uma composição compreendendo um agente terapêutico a um indivíduo, utilizando qualquer um dos vários métodos e sistemas de administração conhecidos dos especialistas na técnica. As rotinas de administração preferidas para a imunoterapia, por exemplo, o anticorpo anti-PD-1 ou o anticorpo anti-PD-L1, incluem rotinas intravenosa, intramuscular, subcutânea, intraperitoneal, espinhal ou outras parentéricas de administração, por exemplo, por injeção ou infusão. A frase administração parenteral, conforme aqui utilizada, significa modos de administração diferentes da administração enteral e tópica, geralmente por injeção, e inclui, sem limitação, injeção intravenosa, intramuscular, intra-arterial, intratecal, intralinfática, intralesional, intracapsular, intraorbital, intracardíaca, intradérmica, intraperitoneal, transtraqueal, subcutânea, subcuticular, intra-articular, subcapsular, subaracnoidea, intraespinal, epidural e intraesternal e

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28/212 infusão, bem como eletroporação in vivo. Outras rotinas não parentéricas incluem uma rotina de administração oral, tópica, epidérmica ou mucosal, por exemplo, intranasal, vaginal, retal, sublingual ou tópica. A administração também pode ser realizada, por exemplo, uma vez, várias vezes e/ou durante um ou mais períodos prolongados.

[00123] Um evento adverso (AE), conforme aqui utilizado, é qualquer sinal desfavorável e geralmente não intencional ou indesejável (incluindo uma descoberta laboratorial anormal), sintoma ou doença associada ao uso de um tratamento médico. Por exemplo, um evento adverso pode ser associado à ativação do sistema imune ou à expansão de células do sistema imune (por exemplo, células T) em resposta a um tratamento. Um tratamento médico pode ter um ou mais AEs associados e cada AE pode ter o mesmo ou diferente nível de gravidade. A referência a métodos capazes de alterar eventos adversos significa um regime de tratamento que diminui a incidência e/ou gravidade de um ou mais AEs associados ao uso de um regime de tratamento diferente.

[00124] Um anticorpo (Ab) deve incluir, sem limitação, uma imunoglobulina de glicoproteína que se liga especificamente a um antígeno e compreende pelo menos duas cadeias pesadas (H) e duas cadeias leves (L) interconectadas por ligações de dissulfeto ou uma porção de ligação de antígeno do mesmo. Cada cadeia H compreende uma região variável de cadeia pesada (aqui abreviada como V«) e uma região constante da cadeia pesada. A região constante da cadeia pesada compreende três domínios constantes, Chi, Ch2 e Ch3. Cada cadeia leve compreende uma região variável de cadeia leve (aqui abreviada como Vl) e uma região constante da cadeia leve. A região constante da cadeia leve compreende um domínio constante, Cl. As regiões V« e Vl podem ser também subdivididas em regiões de

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29/212 hipervariabilidade, denominadas regiões de determinação de complementaridade (CDRs), intercaladas com regiões que são mais conservadas, denominadas regiões de estrutura (FRs). Cada V« e Vl compreende três CDRs e quatro FRs, dispostas do terminal amino ao terminal carbóxi na seguinte ordem: FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3 e FR4. As regiões variáveis das cadeias pesada e leve contêm um domínio de ligação que interage com um antígeno. As regiões constantes dos anticorpos podem mediar a ligação da imunoglobulina a tecidos ou fatores hospedeiros, incluindo várias células do sistema imune (por exemplo, células efetoras) e o primeiro componente (C1q) do sistema de complemento clássico.

[00125] Uma imunoglobulina pode derivar de qualquer um dos isótipos comumente conhecidos, incluindo, porém, não se limitando a IgA, IgA, IgG e IgM secretoras. As subclasses de IgG também são bem conhecidas por especialistas na técnica e incluem, porém, não estão limitadas a, lgG1, lgG2, lgG3 e lgG4 humanas. Isótipo referese à classe ou subclasse de anticorpos (por exemplo, IgM ou lgG1) que é codificada pelos genes da região constante de cadeia pesada. O termo anticorpo inclui, a título de exemplo, igualmente anticorpos de ocorrência natural e não natural; anticorpos monoclonais e policlonais; anticorpos quiméricos e humanizados; anticorpos humanos ou não humanos; anticorpos totalmente sintéticos; e anticorpos de cadeia única. Um anticorpo não humano pode ser humanizado por métodos recombinantes para reduzir sua imunogenicidade no homem. Onde não indicado expressamente, e a menos que o contexto indique de outra maneira, o termo anticorpo também inclui um fragmento de ligação de antígeno ou uma porção de ligação de antígeno de qualquer uma das imunoglobulinas acima mencionadas, e inclui um fragmento ou porção monovalente e um divalente, e um anticorpo de cadeia única.

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30/212 [00126] Um anticorpo isolado refere-se a um anticorpo que está substancialmente livre de outros anticorpos com especificidades antigênicas diferentes (por exemplo, um anticorpo isolado que se liga especificamente ao PD-1 está substancialmente livre de anticorpos que se ligam especificamente a antígenos que não sejam PD-1). Um anticorpo isolado que se liga especificamente a PD-1 pode, no entanto, ter reatividade de forma cruzada com outros antígenos, tais como moléculas de PD-1 de espécies diferentes. Além disso, um anticorpo isolado pode estar substancialmente livre de outro material celular e/ou produtos químicos.

[00127] O termo anticorpo monoclonal (mAb) refere-se a uma preparação de ocorrência não natural de moléculas de anticorpo de composição molecular única, isto é, moléculas de anticorpo cujas sequências primárias são essencialmente idênticas e que exibem uma única especificidade e afinidade de ligação para um epítopo particular. Um anticorpo monoclonal é um exemplo de um anticorpo isolado. Os anticorpos monoclonais podem ser produzidos por hibridoma, técnicas recombinantes, transgênicas ou outras conhecidas pelos especialistas na técnica.

[00128] Um anticorpo humano (HuMAb) refere-se a um anticorpo tendo regiões variáveis nas quais igualmente a estrutura e as regiões CDR são derivadas de sequências de imunoglobulina da linha germinativa humana. Além disso, se o anticorpo contiver uma região constante, a região constante também será derivada de sequências de imunoglobulina da linha germinativa humanas. Os anticorpos humanos da descrição podem incluir resíduos de aminoácidos não codificados por sequências de imunoglobulina da linha germinativa humanas (por exemplo, mutações introduzidas por mutagênese randomizada ou específica de sítio in vitro ou por mutação somática in vivo). No entanto, o termo anticorpo humano, quando aqui utilizado, não se

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31/212 destina a incluir anticorpos nos quais as sequências de CDR derivadas da linha germinativa de outras espécies de mamíferos, tal como um camundongo, foram enxertadas nas sequências de estrutura humanas. Os termos anticorpo humano e anticorpo totalmente humano e são usados como sinônimos.

[00129] Um anticorpo humanizado refere-se a um anticorpo no qual alguns, a maioria ou todos os aminoácidos fora das CDRs de um anticorpo não humano são substituídos pelos aminoácidos correspondentes derivados de imunoglobulinas humanas. Em uma modalidade de uma forma humanizada de um anticorpo, alguns, a maioria ou todos os aminoácidos fora das CDRs foram substituídos por aminoácidos de imunoglobulinas humanas, enquanto alguns, a maioria ou todos os aminoácidos dentro de uma ou mais CDRs são inalterados. Pequenas adições, deleções, inserções, substituições ou modificações de aminoácidos são permitidas, desde que não revogem a capacidade do anticorpo de se ligar a um antígeno específico. Um anticorpo humanizado mantém uma especificidade antigênica similar à do anticorpo original.

[00130] Um anticorpo quimérico refere-se a um anticorpo no qual as regiões variáveis são derivadas de uma espécie e as regiões constantes são derivadas de outra espécie, tal como um anticorpo no qual as regiões variáveis são derivadas de um anticorpo de camundongo e as regiões constantes são derivadas de um anticorpo humano.

[00131] Um anticorpo antiantígeno refere-se a um anticorpo que se liga especificamente ao antígeno. Por exemplo, um anticorpo antiPD-1 liga-se especificamente ao PD-1.

[00132] Uma porção de ligação de antígeno de um anticorpo (também chamada de fragmento de ligação de antígeno) refere-se a um ou mais fragmentos de um anticorpo que mantêm a capacidade de se ligar especificamente ao antígeno ligado por todo o anticorpo.

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32/212 [00133] Um câncer refere-se a um amplo grupo de várias doenças caracterizadas pelo crescimento descontrolado de células anormais no corpo. A divisão celular desregulada e crescimento dividem e crescem os resultados na formação de tumores malignos que invadem os tecidos vizinhos e também podem sofrer metástases para partes distantes do corpo através do sistema linfático ou da corrente sanguínea.

[00134] O termo imunoterapia refere-se ao tratamento de um indivíduo afetado ou com risco de contrair ou sofrer uma recorrência de uma doença por um método que compreende induzir, realçar, suprimir ou modificar de outra forma uma resposta imune. Tratamento ou terapia de um indivíduo refere-se a qualquer tipo de intervenção ou processo realizado ou a administração de um agente ativo ao indivíduo com o objetivo de reverter, aliviar, melhorar, inibir, reduzir ou impedir o início, progressão, desenvolvimento, gravidade ou recorrência de um sintoma, complicação ou condição ou indícios bioquímicos associados a uma doença.

[00135] Morte Programada-1 (PD-1) refere-se a um receptor imunoinibitório pertencente à família CD28. PD-1 é expresso predominantemente em células T previamente ativadas in vivo e se liga a dois ligantes, PD-L1 e PD-L2. O termo PD-1, conforme aqui utilizado, inclui PD-1 humano (hPD-1), variantes, isoformas e homólogos de espécies de hPD-1 e análogos tendo pelo menos um epítopo comum com hPD-1. A sequência completa do hPD-1 pode ser encontrada no GenBank Accession N^Q. U64863.

[00136] Ligante-1 de Morte Programada (PD-L1) é um dos dois ligantes de glicoproteína de superfície celular para PD-1 (o outro é PDL2) que subregula a ativação de célula Tea secreção de citocina após a ligação ao PD-1. O termo PD-L1, conforme aqui utilizado, inclui PDL1 humano (hPD-L1), variantes, isoformas e homólogos de espécies

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33/212 de hPD-L1 e análogos com pelo menos um epítopo comum com hPDL1. A sequência completa do hPD-L1 pode ser encontrada no GenBank Accession N^Q. Q9NZQ7.

[00137] Um indivíduo inclui qualquer animal humano ou não humano. O termo animal não humano inclui, porém, não está limitado a, vertebrados, tais como primatas não humanos, ovelhas, cães e roedores, tais como camundongos, ratos e porquinhos da índia. Em modalidades preferidas, o indivíduo é um humano. Os termos indivíduo e paciente são usados aqui alternadamente.

[00138] O uso do termo dose fixa em relação aos métodos e dosagens da descrição significa uma dose que é administrada a um paciente sem levar em consideração o peso ou a área de superfície corporal (BSA) do paciente. A dose fixa, portanto, não é fornecida como uma dose de mg/kg, porém, sim como uma quantidade absoluta do agente (por exemplo, o anticorpo anti-PD-1). Por exemplo, uma pessoa de 60 kg e uma pessoa de 100 kg recebería a mesma dose de um anticorpo (por exemplo, 240 mg de um anticorpo anti-PD-1).

[00139] O uso do termo dose fixa em relação a um método da descrição significa que dois ou mais anticorpos diferentes em uma única composição (por exemplo, anticorpo anti-PD-1 e anticorpo antiCTLA-4) estão presentes na composição, em particular, relações (fixas) entre si. Em algumas modalidades, a dose fixa é baseada no peso (por exemplo, mg) dos anticorpos. Em certas modalidades, a dose fixa é baseada na concentração (por exemplo, mg/ml) dos anticorpos. Em algumas modalidades, a relação é de pelo menos cerca de 1:1, cerca de 1:2, cerca de 1:3, cerca de 1:4, cerca de 1:5, cerca de 1:6, cerca de 1:7, cerca de 1:7, cerca de 1:8, cerca de 1:9, cerca de 1:10, cerca de 1:15, cerca de 1:20, cerca de 1:30, cerca de 1:40, cerca de 1:50, cerca de 1:60, cerca de 1:70, cerca de 1:80, cerca de 1:90, cerca de 1:100, cerca de 1:120, cerca de 1:140, cerca de

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1:160, cerca de 1:180, cerca de 1:200, cerca de 200:1, cerca de 180:1, cerca de 160:1, cerca de 140:1, cerca de 120:1, cerca de 100:1, cerca de 90:1, cerca de 80:1, cerca de 70:1, cerca de 60:1, cerca de 50:1, cerca de 40:1, cerca de 30:1, cerca de 20:1, cerca de 15:1, cerca de 10:1, cerca de 9:1, cerca de 8:1, cerca de 7:1, cerca de 6:1, cerca de 5:1, cerca de 4:1, cerca de 3:1 ou cerca de 2:1 mg de primeiro anticorpo (por exemplo, anticorpo anti-PD-1) por mg de segundo anticorpo (por exemplo, anticorpo anti-CTLA-4). Por exemplo, a relação de 3:1 de um anticorpo anti-PD-1 e um anticorpo anti-CTLA-4 pode significar que um frasconete pode conter cerca de 240 mg do anticorpo anti-PD-1 e 80 mg do anticorpo anti-CTLA-4 ou cerca de 3 mg/ml do anticorpo anti-PD-1 e 1 mg/ml do anticorpo anti-CTLA-4.

[00140] O termo dose baseada em peso, conforme referido aqui significa que uma dose que é administrada a um paciente é calculada com base no peso do paciente. Por exemplo, quando um paciente com 60 kg de peso corporal requer 3 mg/kg de um anticorpo anti-PD-1, pode-se calcular e usar a quantidade apropriada do anticorpo anti-PD1 (isto é, 180 mg) para administração.

[00141] Uma quantidade terapeuticamente eficaz ou dosagem terapeuticamente eficaz de um fármaco ou agente terapêutico é qualquer quantidade do fármaco que, quando usado sozinho ou em combinação com outro agente terapêutico, protege um indivíduo contra o aparecimento de uma doença ou promove a regressão da doença evidenciada por uma diminuição na gravidade dos sintomas da doença, um aumento na frequência e duração dos períodos livres de sintomas da doença, ou uma prevenção de comprometimento ou incapacidade devido à aflição da doença. A capacidade de um agente terapêutico promover a regressão da doença pode ser avaliada usando uma variedade de métodos conhecidos pelo profissional especializado, tal como em seres humanos durante testes clínicos, em

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35/212 sistemas de modelo animal preditivos de eficácia em humanos ou analisando a atividade da agente em ensaios in vitro.

[00142] A título de exemplo, um agente anticâncer promove a regressão do câncer em um indivíduo. Em modalidades preferidas, uma quantidade terapeuticamente eficaz do fármaco promove a regressão do câncer ao ponto de eliminar o câncer. Promover a regressão do câncer significa que a administração de uma quantidade eficaz do fármaco, isoladamente ou em combinação com um agente antineoplásico, resulta em uma redução no crescimento ou tamanho do tumor, necrose do tumor, uma diminuição na gravidade de pelo menos um sintoma de doença, um aumento na frequência e duração dos períodos livres de sintomas da doença ou prevenção de comprometimento ou incapacidade devido à aflição da doença. Além disso, os termos eficaz e eficácia em relação a um tratamento incluem tanto a eficácia farmacológica quanto a segurança fisiológica. A eficácia farmacológica refere-se à capacidade do fármaco de promover a regressão do câncer no paciente. Segurança fisiológica refere-se ao nível de toxicidade ou outros efeitos fisiológicos adversos no nível celular, de órgão e/ou organismo (efeitos adversos) resultantes da administração do fármaco.

[00143] A título de exemplo para o tratamento de tumores, uma quantidade terapeuticamente eficaz de um agente anticâncer inibe preferivelmente o crescimento celular ou crescimento tumoral em pelo menos cerca de 20%, mais preferivelmente em pelo menos cerca de 40%, ainda mais preferivelmente em pelo menos cerca de 60%, e ainda mais preferivelmente em pelo menos cerca de 80% em relação a indivíduos não tratados. Em outras modalidades preferidas da descrição, a regressão tumoral pode ser observada e continuar por um período de pelo menos cerca de 20 dias, mais preferivelmente pelo menos cerca de 40 dias ou ainda mais preferivelmente pelo

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36/212 menos cerca de 60 dias. Não obstante, estas medidas finais da eficácia terapêutica, a avaliação de fármacos imunoterapêuticos também deve levar em consideração os padrões de resposta imunorrelacionados.

[00144] Uma resposta imune é como entendida na técnica, e geralmente refere-se a uma resposta biológica dentro de um vertebrado contra agentes estranhos ou anormais, por exemplo, células cancerígenas, cuja resposta protege o organismo contra estes agentes e doenças causados por eles. Uma resposta imune é mediada pela ação de uma ou mais células do sistema imune (por exemplo, um linfócito T, linfócito B, célula exterminadora natural (NK), macrófago, eosinófilo, mastócito, célula dendrítica ou neutrófilo) e macromoléculas solúveis produzidas por qualquer uma dessas células ou pelo fígado (incluindo anticorpos, citocinas e complemento) que resulta no direcionamento seletivo, ligação a, danos a, destruição de, e/ou eliminação do corpo do vertebrado de patógenos invasores, células ou tecidos infectados pelos patógenos, células cancerígenas ou outras células anormais ou, nos casos de autoimunidade ou inflamação patológica, células ou tecidos humanos normais. Uma reação imune inclui, por exemplo, ativação ou inibição de uma célula T, por exemplo, uma célula T efetora, uma célula Th, uma célula CD4⁺, uma célula T CD8+ ou uma célula Treg, ou ativação ou inibição de qualquer outra célula do sistema imune, por exemplo, célula NK.

[00145] Um padrão de resposta imunorrelacionado refere-se a um padrão de resposta clínica frequentemente observado em pacientes com câncer tratados com agentes imunoterapêuticos que produzem efeitos antitumor induzindo respostas imunes específicas ao câncer ou modificando processos imunes nativos. Este padrão de resposta é caracterizado por um efeito terapêutico benéfico que segue um aumento inicial na carga de tumor ou o aparecimento de novas lesões,

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37/212 que na avaliação dos agentes quimioterapêuticos tradicionais seriam classificadas como progressão da doença e seriam sinônimas de falência de fármaco. Consequentemente, a avaliação adequada dos agentes imunoterapêuticos pode exigir o monitoramento a longo prazo dos efeitos destes agentes na doença alvo.

[00146] Um imunomodulador ou imunorregulador refere-se a um agente, por exemplo, um agente direcionado a um componente de uma via de sinalização que pode estar envolvida na modulação, regulação ou modificação de uma resposta imune. Modulação, regulação ou modificação de uma resposta imune refere-se a qualquer alteração em uma célula do sistema imune ou na atividade de tal célula (por exemplo, uma célula T efetora, como uma célula Th1). Tal modulação inclui estimulação ou supressão do sistema imune que pode ser manifestada por um aumento ou diminuição no número de vários tipos de células, um aumento ou diminuição na atividade destas células, ou quaisquer outras alterações que possam ocorrer dentro do sistema imune. Ambos imunomoduladores inibitórios e estimuladores foram identificados, alguns dos quais podem ter função realçada em um microambiente de tumor. Em algumas modalidades, o imunomodulador direciona a uma molécula na superfície de uma célula T. Um alvo imunomodulador ou alvo imunorregulador é uma molécula, por exemplo, uma molécula de superfície celular, que é direcionada para a ligação por, e cuja atividade é alterada pela ligação de uma substância, um agente, fração, composto ou molécula. Os alvos imunomoduladores incluem, por exemplo, receptores na superfície de uma célula (receptores imunomoduladores) e ligantes de receptores (ligantes imunomoduladores).

[00147] Imunoterapia refere-se ao tratamento de um indivíduo afetado ou com risco de contrair ou sofrer uma recorrência de uma

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38/212 doença por um método compreendendo induzir, realçar, suprimir ou de outra maneira modificar o sistema imune ou uma resposta imune. Em certas modalidades, a imunoterapia compreende a administração de um anticorpo a um indivíduo. Em outras modalidades, a imunoterapia compreende a administração de uma molécula pequena a um indivíduo. Em outras modalidades, a imunoterapia compreende a administração de uma citocina ou um análogo, variante ou fragmento do mesmo.

[00148] Terapia imunoestimulante ou terapia imunoestimuladora refere-se a uma terapia que resulta em aumentar (induzir ou realçar) uma resposta imune em um indivíduo para, por exemplo, o tratamento do câncer.

[00149] Potencializar uma resposta imune endógena significa aumentar a eficácia ou potência de uma resposta imune existente em um indivíduo. Este aumento na eficácia e potência pode ser alcançado, por exemplo, superando mecanismos que suprimem a resposta imune do hospedeiro endógena ou estimulando mecanismos que realçam a resposta imune do hospedeiro endógena.

[00150] Uma quantidade terapeuticamente eficaz de um fármaco inclui uma quantidade profilaticamente eficaz, que é qualquer quantidade de fármaco que, quando administrado sozinho ou em combinação com um agente antineoplásico a um indivíduo em risco de desenvolver um câncer (por exemplo, um indivíduo tendo uma condição pré-maligna) ou que sofra uma recorrência de câncer, inibe o desenvolvimento ou recorrência do câncer. Em modalidades preferidas, a quantidade profilaticamente eficaz impede completamente o desenvolvimento ou a recorrência do câncer. Inibir o desenvolvimento ou a recorrência de um câncer significa diminuir a probabilidade de desenvolvimento ou recorrência do câncer ou impedir totalmente o desenvolvimento ou a recorrência do câncer.

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39/212 [00151] O termo carga de mutação de tumor (TMB), conforme aqui utilizado, refere-se ao número de mutações somáticas no genoma de um tumor e/ou ao número de mutações somáticas por área do genoma do tumor. As variantes da linha germinativa (herdadas) são excluídas ao determinar a TMB, porque o sistema imune tem uma maior probabilidade de reconhecê-las como as mesmas. A carga de mutação de tumor (TMB) também pode ser usada alternadamente com carga de mutação de tumor, carga(burden) mutacional de tumor ou carga(load) mutacional de tumor.

[00152] TMB é uma análise genética do genoma de um tumor e, portanto, pode ser medida aplicando métodos de sequenciamento bem conhecidos pelos especialistas na técnica. O DNA do tumor pode ser comparado com o DNA do tecido normal não pareado do paciente para eliminar mutações na linha germinativa ou polimorfismos.

[00153] Em algumas modalidades, a TMB é determinada pelo sequenciamento do DNA do tumor usando uma técnica de sequência de alto rendimento, por exemplo, sequenciamento de nova geração (NGS) ou um método baseado em NGS. Em algumas modalidades, o método baseado em NGS é selecionado a partir do sequenciamento de genoma inteiro (WGS), sequenciamento de exoma inteiro (WES) ou perfil genômico compreensivo (CGP) de painéis gênicos de câncer, tais como os testes clínicos FOUNDATIONONE® CDX™ e MSKIMPACT. Em algumas modalidades, TMB, quando aqui utilizada, refere-se ao número de mutações somáticas por megabase (Mb) de DNA sequenciado. Em uma modalidade, a TMB é medida usando o número total de mutações não sinônimas, por exemplo, mutação de sentido incorreto (isto é, alterando um aminoácido particular na proteína) e/ou de sentido incorreto (causando terminação prematura e, portanto, truncamento da sequência de proteína), identificada normalizando o tumor pareado com amostras da linha germinativa

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40/212 para excluir quaisquer alterações genéticas da linha germinativa herdadas. Em outra modalidade, a TMB é medida usando o número total de mutações de sentido incorreto em um tumor. Para medir a TMB, é necessária uma quantidade suficiente de amostra. Em uma modalidade, a amostra de tecido (por exemplo, um mínimo de 10 lâminas) é usada para avaliação. Em algumas modalidades, a TMB é expressa como NsMs por megabase (NsM/Mb). 1 megabase representa 1 milhão de bases.

[00154] O estado da TMB pode ser um valor numérico ou um valor relativo, por exemplo, alto, médio ou baixo; dentro do fratil mais alto, ou dentro do tercil superior, de um conjunto de referência.

[00155] O termo TMB alta, conforme aqui utilizado, refere-se a um número de mutações somáticas no genoma de um tumor que está acima de um número de mutações somáticas que são normais ou médias. Em algumas modalidades, uma TMB tem um escore de pelo menos 210, pelo menos 215, pelo menos 220, pelo menos 225, pelo menos 230, pelo menos 235, pelo menos 240, pelo menos 245, pelo menos 250, pelo menos 255, pelo menos 260, pelo menos 265, pelo menos 270, pelo menos 275, pelo menos 280, pelo menos 285, pelo menos 290, pelo menos 295, pelo menos 300, pelo menos 305, pelo menos 310, pelo menos 315, pelo menos 320, pelo menos 325, pelo menos 330, pelo menos 335, pelo menos 340, pelo menos 345, pelo menos 350, pelo menos 355, pelo menos 360, pelo menos 365, pelo menos 370, pelo menos 370, pelo menos 375, pelo menos 380, pelo menos 385, pelo menos 390, pelo menos 395, pelo menos 400, pelo menos 405, pelo menos 410, pelo menos 415, pelo menos 420, pelo menos 425, pelo menos 425, pelo menos 430, pelo menos 435, pelo menos 440, pelo menos 445, pelo menos 450, pelo menos 455, pelo menos 460, pelo menos 465, pelo menos 470, pelo menos 475, pelo menos 480, pelo menos 485, pelo menos 490, pelo menos 495 ou pelo

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41/212 menos 500; em outras modalidades, uma TMB alta tem um escore de pelo menos 221, pelo menos 222, pelo menos 223, pelo menos224, pelo menos 225, pelo menos 226, pelo menos 227, pelo menos228, pelo menos 229, pelo menos 230, pelo menos 231, pelo menos232, pelo menos 233, pelo menos 234, pelo menos 235, pelo menos236, pelo menos 237, pelo menos 238, pelo menos 239, pelo menos240, pelo menos 241, pelo menos 242, pelo menos 243, pelo menos244, pelo menos 245, pelo menos 246, pelo menos 247, pelo menos248, pelo menos 249 ou pelo menos 250; e, em uma modalidade específica, uma TMB alta tem um escore de pelo menos 243. Em outras modalidades, uma TMB alta refere-se a uma TMB dentro do fratil mais alto do valor de TMB de referência. Por exemplo, todos os indivíduos com dados de TMB avaliáveis são agrupados de acordo com a distribuição fratil da TMB, isto é, os indivíduos são ordenados por posição do maior para o menor número de alterações genéticas e divididos em um número definido de grupos. Em uma modalidade, todos os indivíduos com dados de TMB avaliáveis são ordenados por posição e divididos em terços e uma TMB alta está dentro do tercil superior do valor de TMB de referência. Em uma modalidade específica, os limites dos tereis são 0 <100 alterações genéticas; 100 a 243 alterações genéticas; e > 243 alterações genéticas. Deve-se entender que, uma vez ordenados por posição, os indivíduos com dados de TMB avaliáveis podem ser divididos em qualquer número de grupos, por exemplo, quartis, quintis, etc. Em algumas modalidades, uma TMB alta refere-se a uma TMB de pelo menos cerca de 20 mutações/tumor, pelo menos cerca de 25 mutações/tumor, pelo menos cerca de 30 mutações/tumor, pelo menos cerca de 35 mutações/tumor, pelo menos cerca de 40 mutações/tumor, pelo menos cerca de 45 mutações/tumor, pelo menos cerca de 45 mutações/tumor, pelo menos cerca de 50 mutações/tumor, pelo menos

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42/212 cerca de 55 mutações/tumor, pelo menos cerca de 60 mutações/tumor, pelo menos cerca de 65 mutações/tumor, pelo menos cerca de 70 mutações/tumor, pelo menos cerca de 75 mutações/tumor, pelo menos cerca de 75 mutações/tumor, pelo menos cerca de 80 mutações/tumor, pelo menos cerca de 85 mutações/tumor, pelo menos cerca de 90 mutações/tumor, pelo menos cerca de 95 mutações/tumor ou pelo menos cerca de 100 mutações/tumor. Em algumas modalidades, uma TMB alta refere-se a uma TMB de pelo menos cerca de 105 mutações/tumor, pelo menos cerca de 110 mutações/tumor, pelo menos cerca de 115 mutações/tumor, pelo menos cerca de 120 mutações/tumor, pelo menos cerca de 125 mutações/tumor, pelo menos cerca de 130 mutações/tumor, pelo menos cerca de 135 mutações/tumor, pelo menos cerca de 140 mutações/tumor, pelo menos cerca de 145 mutações/tumor, pelo menos cerca de 150 mutações/tumor, pelo menos cerca de 150 mutações/tumor, pelo menos cerca de 175 mutações/tumor ou pelo menos cerca de 200 mutações/tumor. Em certas modalidades, um tumor com uma TMB alta tem pelo menos cerca de 100 mutações/tumor.

[00156] A TMB alta também pode ser referida como o número de mutações por megabase do genoma sequenciado, por exemplo, conforme medido por um ensaio de mutação, por exemplo, ensaio FOUNDATIONONE® CDX™. Em uma modalidade, a TMB alta referese a pelo menos cerca de 9, pelo menos cerca de 10, pelo menos cerca de 11, pelo menos 12, pelo menos cerca de 13, pelo menos cerca de 14, pelo menos cerca de 15, pelo menos cerca de 16, pelo menos cerca de 16, pelo menos cerca de 17, pelo menos cerca de 18, pelo menos cerca de 19 ou pelo menos cerca de 20 mutações por megabase de genoma, conforme medido por um ensaio FOUNDATIONONE® CDX™. Em uma modalidade particular, a TMB

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43/212 alta refere-se a pelo menos 10 mutações por megabase de genoma sequenciadas por um ensaio FOUNDATIONONE® CDX™.

[00157] Quando aqui utilizado, o termo TMB média refere-se a um número de mutações somáticas no genoma de um tumor que é igual ou próximo a um número de mutações somáticas que são normais ou médias e o termo TMB baixa refere-se a um número de mutações somáticas no genoma de um tumor que está abaixo de um número de mutações somáticas que é normal ou médio. Em uma modalidade particular, uma TMB alta tem um escore de pelo menos 243, uma TMB média tem um escore dentre 100 e 242 e uma TMB baixa tem um escore inferior a 100 (ou entre 0 e 100). A TMB média ou baixa refere-se a menos de 9 mutações por megabase de genoma sequenciado, por exemplo, conforme medido por um ensaio FOUNDATIONONE® CDX™.

[00158] O termo valor da TMB de referência, conforme referido aqui, pode ser o valor da TMB mostrado na Tabela 9.

[00159] Em algumas modalidades, o estado da TMB pode se correlacionar com o tabagismo. Em particular, indivíduos que atualmente ou anteriormente fumam(fumaram) geralmente têm mais alterações genéticas, por exemplo, mutações de sentido incorreto, do que indivíduos que nunca fumam(fumaram).

[00160] Um tumor com TMB alta também pode ter uma carga neoantígena alta. Quando aqui utilizado, o termo neoantígeno referese a um antígeno recém-formado que não foi previamente reconhecido pelo sistema imune. Um neoantígeno pode ser uma proteína ou peptídeo que é reconhecido como estranho (ou non-self) pelo sistema imune. A transcrição de um gene no genoma do tumor que abriga uma mutação somática resulta em mRNA mutado que, quando transladado, dá origem a uma proteína mutada, que é então processada e transportada para o lúmen do ER e se liga ao complexo de classe I

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MHC, facilitando o reconhecimento da célula T do neoantígeno. Ο reconhecimento de neoantígeno pode promover a ativação de células T, expansão clonal e diferenciação em células T efetoras e de memória. A carga neoantígena pode se correlacionar com a TMB. Em algumas modalidades, a TMB é avaliada como um substituto para medir a carga de neoantígenos de tumor. O estado da TMB de um tumor pode ser usado como um fator, isoladamente ou em combinação com outros fatores, para determinar se é provável que um paciente se beneficie de um agente anticâncer particular ou tipo de tratamento ou terapia, por exemplo, agentes imuno-oncológicos, por exemplo, um anticorpo anti-PD-1 ou uma porção de ligação de antígeno do mesmo ou um anticorpo anti-PD-L1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo. Em uma modalidade, um estado de TMB alta (ou uma TMB alta) indica uma probabilidade realçada de benefício da imuno-oncologia e, portanto, pode ser usado para identificar pacientes com maior probabilidade de se beneficiar da terapia de um anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo. Similarmente, tumores com carga neoantígena de tumor alta e TMB alta têm maior probabilidade de serem imunogênicos do que tumores com carga neoantígena baixa e TMB baixa. Além disso, os tumores com neoantígeno alto/TMB alta são mais propensos a serem reconhecidos como non-self pelo sistema imune, desencadeando assim uma resposta antitumor imunomediada. Em uma modalidade, um estado de TMB alta e uma carga de neoantígeno alta indicam uma maior probabilidade de benefício da imuno-oncologia, por exemplo, com uma imunoterapia. Quando aqui utilizado, o termo benefício da terapia refere-se a uma melhoria em uma ou mais dentre sobrevida global, sobrevida livre de progressão, resposta parcial, resposta completa e taxa de resposta global e também pode incluir uma redução no crescimento ou tamanho do tumor, uma diminuição na severidade dos

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45/212 sintomas da doença, um aumento na frequência e duração dos períodos livres de sintomas da doença ou uma prevenção de comprometimento ou incapacidade devido à aflição da doença.

[00161] Outros fatores, por exemplo, fatores ambientais, podem se associar ao estado da TMB. Por exemplo, o tabagismo de pacientes com NSCLC foi correlacionado com a distribuição da TMB, em que fumantes atuais e ex-fumantes apresentaram TMB mediana mais alta em comparação com aqueles pacientes que nunca fumaram. Veja, Peters et al., AACR, April 1-5, 2017, Washington, D.C. A presença de uma mutação condutora em tumores de NSCLC foi associada à idade mais jovem, sexo feminino e estado de não fumante. Veja, Singal et al., ASCO, June 1-5, 2017; Chicago, IL. Observou-se uma tendência associando a presença de mutações condutoras, tal como EGFR, ALK ou KRAS, com TMB menor (P = 0,06). Davis et al., AACR, April 1-5, 2017, Washington, D.C.

[00162] O termo mutação somática, conforme aqui utilizado, refere-se a uma alteração adquirida no DNA que ocorre após a concepção. Mutações somáticas podem ocorrer em qualquer uma das células do corpo, exceto as células germinativas (esperma e óvulo) e, portanto, não são passadas às crianças. Estas alterações podem, porém, as nem sempre, causar câncer ou outras doenças. O termo mutação da linha germinativa refere-se a uma alteração gênica na célula reprodutiva de um corpo (óvulo ou esperma) que se incorpora ao DNA de cada célula do corpo da prole. Mutações na linha germinativa são passadas dos pais para os filhos. Também chamada de mutação hereditária. Na análise da TMB, as mutações na linha germinativa são consideradas uma linha de base e são subtraídas do número de mutações encontradas na biópsia do tumor para determinar a TMB dentro do tumor. Como mutações na linha germinativa são encontradas em todas as células do corpo, sua presença pode ser

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46/212 determinada por coleções de amostras menos invasivas do que as biópsias de tumor, tal como sangue ou saliva. Mutações na linha germinativa podem aumentar o risco de desenvolver certos tipos de câncer e podem desempenhar um papel na resposta à quimioterapia.

[00163] O termo medir ou medido ou medição quando se refere ao estado da TMB significa determinar uma quantidade mensurável de mutações somáticas em uma amostra biológica do indivíduo. Será apreciado que a medição pode ser realizada sequenciando ácidos nucleicos, por exemplo, cDNA, mRNA, exoRNA, ctDNA e cfDNA na amostra. A medição é realizada na amostra de um indivíduo e/ou uma amostra ou amostras de referência e pode, por exemplo, ser detectada de novo ou corresponder a uma determinação anterior. A medição pode ser realizada, por exemplo, usando métodos de PCR, métodos de qPCR, métodos de sequenciamento Sanger, métodos de perfil genômico (incluindo painéis gênicos compreensivos), métodos de sequenciamento de exoma, métodos de sequenciamento de genoma e/ou qualquer outro método aqui descrito, como é conhecido por uma pessoa versada na técnica. Em algumas modalidades, a medição identifica uma alteração genômica nos ácidos nucleicos sequenciados. Os métodos de perfil genômico (ou gênico) podem envolver painéis de um conjunto predeterminado de genes, por exemplo, 150-500 genes e, em alguns casos, as alterações genômicas avaliadas no painel de genes estão correlacionadas com o total de mutações somáticas avaliadas.

[00164] O termo alteração genômica, conforme aqui utilizado, refere-se a uma alteração (ou mutação) na sequência nucleotídica do genoma de um tumor, cuja alteração não está presente na sequência nucleotídica da linha germinativa e que, em algumas modalidades é uma mutação não sinônima incluindo, porém, não se limitando a, uma substituição de pares de bases, uma inserção de pares de bases, uma

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47/212 deleção de pares de bases, uma alteração no número de cópias (CNA), um rearranjo gênico, e qualquer combinação dos mesmos. Em uma modalidade particular, as alterações genômicas medidas na amostra biológica são mutações de sentido incorreto.

[00165] O termo sequenciamento de genoma completo ou WGS, quando aqui utilizado, refere-se a um método de sequenciar todo o genoma. O termo sequenciamento de exoma completo ou WES, quando aqui utilizado, refere-se a um método de sequenciamento de todas as regiões de codificação de proteína (éxons) do genoma.

[00166] Um painel gênico do câncer, painel do câncer hereditário, painel de câncer compreensivo ou painel de câncer multigênico, quando aqui utilizado, refere-se a um método de sequenciamento de um subconjunto de genes de câncer direcionados. Em algumas modalidades, o CGP compreende o sequenciamento de pelo menos cerca de 15, pelo menos cerca de 20, pelo menos cerca de 25, pelo menos cerca de 30, pelo menos cerca de 35, pelo menos cerca de 40, pelo menos cerca de 45 ou pelo menos cerca de 50 genes de câncer direcionados.

[00167] O termo ensaio de perfil genômico, perfil genômico compreensivo ou CGP refere-se a um ensaio que analisa um painel de genes e seleciona introns para diagnóstico in vitro. O CGP é uma combinação de NGS e análise bioinformática direcionada para rastrear mutações em genes de câncer clinicamente relevantes conhecidos. Este método pode ser usado para capturar mutações perdidas ao testar pontos de acesso (por exemplo, mutações BRCA1/BRCA2 ou marcadores de microssatélite). Em uma modalidade, os genes no painel são genes relacionados ao câncer. Em outra modalidade, um ensaio de perfil genômico é um ensaio FOUNDATIONONE®.

[00168] O termo harmonização refere-se a um estudo conduzido para determinar a comparabilidade entre duas ou mais medidas e/ou

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48/212 testes diagnósticos. Os estudos de harmonização fornecem uma abordagem sistemática para abordar questões de como os testes diagnósticos se comparam entre si, bem como sua permutabilidade quando usados para determinar o estado do biomarcador do tumor de um paciente. Em geral, pelo menos uma medida bem caracterizada e/ou teste de diagnóstico é(são) usado(s) como um padrão para comparação com outros. A avaliação da concordância é frequentemente utilizada em estudos de harmonização.

[00169] O termo concordância, quando aqui utilizado, refere-se a um grau de acordo entre duas medições e/ou testes diagnósticos. A concordância pode ser estabelecida usando ambos métodos qualitativos e quantitativos. Os métodos quantitativos para avaliar a concordância diferem com base no tipo de medida. Uma medida específica pode ser expressa como 1) uma variável categórica/dicotomizada ou 2) uma variável contínua. Uma variável categórica/dicotomizada (por exemplo, acima ou abaixo do corte da TMB) pode usar acordos percentuais, tal como acordo percentual global (OPA), acordo percentual positivo (PPA) ou acordo percentual negativo (NPA), para avaliar a concordância. Uma variável contínua (por exemplo, TMB por WES) usa a correlação de classificação de Spearman ou coeficiente de correlação de Pearson (r), que assume os valores -1 < r < +1, para avaliar a concordância através de um espectro de valores (Nota r = +1 ou -1 significa que cada uma das variáveis está perfeitamente correlacionada). O termo concordância analítica referese ao grau de concordância no desempenho (por exemplo, identificação de biomarcadores, tipos de alteração genômica e assinaturas genômicas e avaliação da reprodutibilidade do teste) de dois ensaios ou testes diagnósticos para apoiar o uso clínico. O termo concordância clínica refere-se ao grau de concordância em como os dois ensaios ou testes diagnósticos se correlacionam com o resultado clínico.

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49/212 [00170] O termo instabilidade de microssatélites ou MSI referese a uma alteração que ocorre no DNA de certas células (tais como células de tumor) em que o número de repetições de microssatélites (sequências curtas, repetidas de DNA) é diferente do número de repetições que estavam no DNA quando ele foi herdado. MSI pode ser instabilidade de microssatélite alta (MSI-H) ou instabilidade de microssatélite baixa (MSI-L). Microssatélites são sequências de repetição de DNA tandem curtas de 1-6 bases. Estes são propensos a erros de replicação de DNA, que são reparados pelo reparo de pareamento incorreto (MMR). Portanto, os microssatélites são bons indicadores de instabilidade do genoma, especialmente o reparo de pareamento incorreto deficiente (dMMR). O MSI é geralmente diagnosticado por meio do rastreamento de 5 marcadores de microssatélite (BAT-25, BAT -26, NR21, NR24 e NR27). MSI-H representa a presença de pelo menos 2 marcadores instáveis entre os 5 marcadores de microssatélites analisados (ou >30% dos marcadores, se um painel maior for utilizado). MSI-L significa instabilidade de 1 marcador de MSI (ou 10% - 30% dos marcadores em painéis maiores). MSS significa a ausência de um marcador de microssatélites instável.

[00171] O termo amostra biológica, conforme aqui utilizado, refere-se ao material biológico isolado de um indivíduo. A amostra biológica pode conter qualquer material biológico adequado para determinar a TMB, por exemplo, sequenciando ácidos nucleicos no tumor (ou células de tumor circulantes) e identificando uma alteração genômica nos ácidos nucleicos sequenciados. A amostra biológica pode ser qualquer tecido ou fluido biológico adequado tal como, por exemplo, tecido de tumor, sangue, plasma sanguíneo e soro. Em uma modalidade, a amostra é uma biópsia de tecido de tumor, por exemplo, um tecido de tumor fixado em formalina, embebido em parafina (FFPE)

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50/212 ou um tecido de tumor congelado fresco ou similar. Em outra modalidade, a amostra biológica é uma biópsia líquida que, em algumas modalidades, compreende um ou mais dentre sangue, soro, plasma, células de tumor circulantes, exoRNA, ctDNA e cfDNA.

[00172] Os termos uma vez a cada semana, uma vez a cada duas semanas ou quaisquer outros termos de intervalo de dosagem similares quando aqui utilizados significam números aproximados. Uma vez a cada semana pode incluir a cada sete dias ± um dia, isto é, a cada seis dias a cada oito dias. Uma vez a cada duas semanas pode incluir a cada quatorze dias ± três dias, isto é, a cada onze dias a cada dezessete dias. Aproximações similares se aplicam, por exemplo, a uma vez a cada três semanas, uma vez a cada quatro semanas, uma vez a cada cinco semanas, uma vez a cada seis semanas e a uma vez cada doze semanas. Em algumas modalidades, um intervalo de dosagem de uma vez a cada seis semanas ou uma vez a cada doze semanas significa que a primeira dose pode ser administrada em qualquer dia da primeira semana e, em seguida, a próxima dose pode ser administrada em qualquer dia da sexta ou décima segunda semana, respectivamente. Em outras modalidades, um intervalo de dosagem de uma vez a cada seis semanas ou uma vez a cada doze semanas significa que a primeira dose é administrada em um determinado dia da primeira semana (por exemplo, Segunda-Feira) e, em seguida, a próxima dose é administrada no mesmo dia da sexta ou décima segunda semana (Segunda-Feira), respectivamente.

[00173] O uso da alternativa (por exemplo, ou) deve ser entendido como significando uma, ambas ou qualquer combinação das alternativas. Quando aqui utilizado, os artigos indefinidos um ou uma devem ser entendidos para referir-se a um ou mais dentre qualquer componente recitado ou enumerado.

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51/212 [00174] Os termos cerca de ou compreendendo essencialmente de se referem a um valor ou composição que está dentro de uma faixa de erro aceitável para o valor ou composição particular, conforme determinado por alguém de experiência na técnica, o que dependerá em parte de como o valor ou composição é medido ou determinado, isto é, as limitações do sistema de medição. Por exemplo, cerca de ou compreendendo essencialmente de pode significar dentro de 1 ou mais de 1 desvio padrão por prática na técnica. Alternativamente, cerca de ou compreendendo essencialmente de pode significar uma faixa de até 10%. Além disso, particularmente no que diz respeito a sistemas ou processos biológicos, os termos podem significar até uma ordem de grandeza ou até 5 vezes um valor. Quando valores ou composições particulares são fornecidas no pedido e nas reivindicações, a menos que indicado de outra forma, o significado de cerca de ou compreendendo essencialmente de deve ser assumido como estando dentro de uma faixa de erro aceitável para este valor ou composição particular.

[00175] Como descrito aqui, qualquer faixa de concentração, faixa percentual, faixa de relação ou faixa de números inteiros deve ser entendida como incluindo o valor de qualquer número inteiro dentro da faixa recitada e, quando apropriado, frações do mesmo (como um décimo e um centésimo de um inteiro), a menos que de outra maneira indicado.

[00176] Uma lista de abreviações é apresentada na tabela 1.

Tabela 1: Lista de Abreviações

Termo	Definição
Ab	anticoroo
AE	evento adverso
ALK	quinase de linfoma anaolásico
AUC	área sob a curva de concentracão-temoo
BICR	revisão central independente ceaa

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BMS	Bristol-Myers Sguibb
BSA	área de superfície corporal
cfDNA	DNA sem células
Cl	intervalo de confianca
CNS	sistema nervoso central
CONSORT	padrões consolidados de testes de relatórios
CR	resposta completa
ctDNA	DNA de tumor circulante
CTLA-4	proteína associada a linfócitos T citotóxica 4
ECOG	Grupo de Oncolooia Cooperativa Oriental
e.a.	exempli gratia (por exemplo)
EGFR	receptor do fator de crescimento epidérmico
ELISA	ensaio imunossorvente ligado à enzima
exoRNA	RNA exossômico
HuMab	anticorpo humano; anticorpo monoclonal humano
i.e.	id est (isto é)
IV	Intravenoso
Kg	Quilograma
mAb	anticorpo monoclonal
MB	Meoabase
mg	Miligrama
MO	Mês
N	número de indivíduos ou observações
NCCN	Rede de Câncer Compreensivo Nacional
NSCLC	câncer de pulmão de células não pequenas
ORR	taxa de resposta global
OS	sobrevida global
PD-1	morte programada-1
PD-L1	ligante de morte programada 1
PD-L2	ligante de morte programada 2
PFS	sobrevida livre de progressão
PR	resposta parcial
Q2W	uma vez a cada duas semanas

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Q6W	uma vez a cada seis semanas
Q12W	uma vez a cada doze semanas
RCC	carcinoma de células renais
RECIST	critérios de avaliação de resposta em tumores
TILs	linfócitos infiltrantes de tumor
TMB	carqa de mutação de tumor
WES	seauenciamento de exoma comoleto
WGS	sequenciamento de qenoma comoleto

[00177] Vários aspectos da descrição são descritos em mais detalhes nas subseções a seguir.

Métodos de Medição da Carga de Mutação de Tumor (TMB) para Previsão e Prognóstico [00178] A presente descrição é direcionada a um método para identificar um indivíduo adequado para tratamento com imunoterapia, por exemplo, um anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo (um anticorpo anti-PD-1) ou um anticorpo anti-PD-L1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo (um anticorpo anti-PD-L1), compreendendo medir um estado de carga mutacional de tumor (TMB) de uma amostra biológica do indivíduo. A descrição é baseada no fato de que diferentes tipos de tumor exibem diferentes níveis de imunogenicidade e que a imunogenicidade do tumor está diretamente relacionada à TMB e/ou carga de neoantígeno.

[00179] À medida que o tumor cresce, ele acumula mutações somáticas não presentes no DNA da linha germinativa. A carga de mutação de tumor (TMB) refere-se ao número de mutações somáticas no genoma de um tumor e/ou o número de mutações somáticas por área do genoma do tumor (depois de levar em consideração o DNA variante da linha germinativa). A aquisição de mutações somáticas e, assim, uma TMB mais alta pode ser influenciada por mecanismos distintos, tal como exposição mutagênica exógena (por exemplo,

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54/212 tabagismo ou exposição à luz UV) e mutações no reparo não pareadas de DNA (por exemplo, MSI em cânceres colorretal e esofágico). Nos tumores sólidos, cerca de 95% das mutações são substituições de base única. (Vogelstein et al., Science (2013) 339:1546-1558.) Uma mutação não sinônima aqui refere-se a uma mutação nucleotídica que altera a sequência de aminoácido de uma proteína. Mutações de sentido incorreto e mutações sem sentido podem ser ambas mutações não sinônimas. Uma mutação de sentido incorreto aqui refere-se a uma mutação pontual não sinônima na qual uma única alteração nucleotídica resulta em um códon que codifica um aminoácido diferente. Uma mutação sem sentido aqui refere-se a uma mutação pontual não sinônima na qual um códon é alterado para um códon de interrupção prematuro que leva ao truncamento da proteína resultante. [00180] Em uma modalidade, mutações somáticas podem ser expressas no nível de RNA e/ou proteína, resultando em neoantígenos (também referidos como neoepítopos). Os neoantígenos podem influenciar uma resposta antitumor imunomediada. Por exemplo, o reconhecimento de neoantígenos pode promover a ativação de células T, expansão clonal e diferenciação em células T efetoras e de memória.

[00181] À medida que um tumor se desenvolve, mutações clonais precoces (ou mutações de tronco) podem ser transmitidas pela maioria ou por todas as células de tumor, enquanto mutações tardias (ou mutações ramificadas) podem ocorrer em apenas um subconjunto de células ou regiões de tumor. (Yap et al., SciTranl Med (2012) 4:1-5; Jamai-Hanjanief al., (2015) Clin Cancer Res 21: 12581266). Como um resultado, neoantígenos derivados de mutações clonais de tronco são muito mais difundidos no genoma de tumor que as mutações ramificadas e, portanto, podem levar a um número elevado de células T reativas contra o neoantígeno clonal.

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55/212 (McGranahan et al., (2016) 351:1463-1469). Geralmente, os tumores com uma TMB alta também podem ter uma carga neoantígena alta, o que pode levar a alta imunogenicidade de tumor e reatividade de célula T aumentada e resposta anti-tumor. Como tal, os cânceres com uma TMB alta podem responder bem ao tratamento com imunoterapias, por exemplo, um anticorpo anti-PD-1 ou anticorpo antiPD-L1.

[00182] Os avanços nas tecnologias de sequenciamento permitem a avaliação de landscape de mutação genômica de tumor. Quaisquer métodos de sequenciamento conhecidos pelos especialistas na técnica podem ser usados para sequenciar os ácidos nucleicos do genoma do tumor (por exemplo, obtido a partir de uma amostra biológica de um indivíduo afetado por um tumor). Em uma modalidade, os métodos de PCR ou qPCR, métodos de sequenciamento Sanger ou métodos de sequenciamento de nova geração (NGS) (tal como perfil genômico, sequenciamento de exoma ou sequenciamento de genoma) podem ser usados para medir a TMB. Em algumas modalidades, o estado da TMB é medido usando o perfil genômico. O perfil genômico envolve a análise de ácidos nucleicos de amostras de tumor, incluindo regiões de codificação e não codificação, e pode ser realizado usando métodos tendo seleção de ácido nucleico otimizada integrada, alinhamento de leitura e chamada de mutação. Em algumas modalidades, o perfil de gene fornece análise baseada no sequenciamento de nova geração (NGS) de tumores que pode ser otimizada com base em câncer por câncer, gene por gene e/ou sítio por sítio. O perfil de genoma pode integrar o uso de vários métodos de alinhamento ajustados individualmente ou algoritmos para otimizar o desempenho em métodos de sequenciamento, particularmente em métodos que dependem do sequenciamento massivamente paralelas de um grande número de eventos genéticos diversos em um grande

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56/212 número de genes diversos. O perfil genômico fornece uma análise compreensiva do genoma do câncer de um indivíduo, com qualidade de nível clínico, e o resultado da análise genética pode ser contextualizado com conhecimentos científicos e médicos relevantes para aumentar a qualidade e a eficiência da terapia do câncer.

[00183] O perfil genômico envolve um painel de um conjunto predefinido de genes compreendendo apenas cinco genes ou até 1000 genes, cerca de 25 genes a cerca de 750 genes, cerca de 100 genes a cerca de 800 genes, cerca de 150 genes a cerca de 500 genes, cerca de 200 genes a cerca de 400 genes, cerca de 250 genes a cerca de 350 genes. Em uma modalidade, o perfil genômico compreende pelo menos 300 genes, pelo menos 305 genes, pelo menos 310 genes, pelo menos 315 genes, pelo menos 320 genes, pelo menos 325 genes, pelo menos 330 genes, pelo menos 335 genes, pelo menos 340 genes, pelo menos 345 genes, pelo menos 350 genes, pelo menos 355 genes, pelo menos 360 genes, pelo menos 365 genes, pelo menos 370 genes, pelo menos 375 genes, pelo menos 380 genes, pelo menos 385 genes, pelo menos 390 genes, pelo menos 395 genes ou pelo menos 400 genes. Em outra modalidade, o perfil genômico compreende pelo menos 325 genes. Em uma modalidade específica, o perfil genômico compreende pelo menos 315 genes relacionados ao câncer e introns em 28 genes (FOUNDATIONONE®) ou a sequência de codificação de DNA completa de 406 genes, introns em 31 genes com rearranjos, e a sequência de RNA (cDNA) de 265 genes (FOUNDATIONONE® Heme). Em outra modalidade, o perfil genômico compreende 26 genes e 1000 mutações associadas (EXODX® Solid Tumor). Em ainda outra modalidade, o perfil genômico compreende 76 genes (Guardant360). Em ainda outra modalidade, o perfil genômico compreende 73 genes (Guardant360). Em outra modalidade, o perfil genômico compreende 354 genes e introns em 28

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57/212 genes para rearranjos (FOUNDATIONONE® CDXTM). Em certas modalidades, o perfil genômico é FOUNDATIONONE® F1CDx. Em outra modalidade, o perfil genômico compreende 468 genes (MSKIMPACT™). Um ou mais genes podem ser adicionados ao perfil do genoma à medida que mais genes são identificados como relacionados à oncologia.

Ensaio FOUNDATIONONE® [00184] O ensaio FOUNDATIONONE® é um ensaio de perfil genômico compreensivo para tumores sólidos, incluindo, porém, não limitados a tumores sólidos do pulmão, cólon e mama, melanoma e câncer ovariano. O ensaio FOUNDATIONONE® usa um teste de sequenciamento de nova geração, de captura híbrida para identificar alterações genômicas (substituições, inserções e deleções de bases, alterações no número de cópias e rearranjos) e selecionar assinaturas genômicas (por exemplo, instabilidade de TMB e microssatélite). O ensaio abrange 322 genes únicos, incluindo toda a região codificadora de 315 genes relacionados ao câncer e introns selecionados de 28 genes. A lista completa dos genes do ensaio FOUNDATIONONE® é fornecida nas Tabelas 2 e 3. Veja, FOUNDATIONONE: Technical Specifications, Foundation Medicine, Inc., disponível no FoundationMedicine.com, visitado pela última vez em 16 de Março de 2018, que é incorporado por referência aqui em sua totalidade.

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Tabela 2: Lista de genes em que sequências de codificação inteiras são analisadas no ensaio FOUNDATIONONE®.

ABL1	BRAF	CHEK1	FANCC	GATAS	JAK2	MITF	PDCD1LG 2 (PD-L2)	RBM10	STAT4
ABL2	BRCA1	CHEK2	FANCD2	GATA4	JAK3	MLH1	PDGFRA	RET	STK11
ACVR1B	BRCA2	CIC	FANCE	GATA6	JUN	MPL	PDGFRB	RICTOR	SUFU
AKT1	BRD4	CREBBP	FANCF	GID4 (C17orf39)	KAT6A (MYST 3)	MRE 11A	PDK1	RNF43	SYK
AKT2	BRIP1	CRKL	FANCG	GLI1	KDM5A	MSH2	PIK3C2B	ROS1	TAF1
AKT3	BTG1	CRLF2	FANCL	GNA11	KDM5C	MSH6	PIK3CA	RPTOR	TBX3
ALK	BTK	CSF1R	FAS	GNA13	KDM6A	MTOR	PIK3CB	RUNX1	TERC
AMER1 (FAM123B)	C11orf 30 (EMSY)	CTCF	FAT1	GNAQ	KDR	MUTYH	PIK3CG	RUNX1T1	TERT (Promoter only)
APC	CARD 11	CTNNA1	FBXW7	GNAS	KEAP1	MYC	PIK3R1	SDHA	TET2
AR	CBFB	CTNNB1	FGF10	GPR124	KEL	MYCL (MYCL1)	PIK3R2	SDHB	TGFBR2
ARAF	CBL	CUL3	FGF14	GRIN2A	KIT	MYCN	PLCG2	SDHC	TNFAIP3
ARFRP1	CCND1	CYLD	FGF19	GRM3	KLHL6	MYD88	PMS2	SDHD	TNFRSF14
ARID1A	CCND2	DAXX	FGF23	GSK3B	KMT2A (MLL)	NF1	POLD1	SETD2	TOP1
ARID1B	CCND3	DDR2	FGF3	H3F3A	KMT2C (MLL3)	NF2	POLE	SF3B1	TOP2A
ARID2	CCNE1	DICER1	FGF4	HGF	KMT2D (MLL2)	NFE2L2	PPP2R1A	SLIT2	TP53
ASXL1	CD274 (PD-L1)	DNMT3A	FGF6	HNF1A	KRAS	NFKBIA	PRDM1	SMAD2	TSC1
ATM	CD79A	DOT1L	FGFR1	HRAS	LMO1	NKX2-1	PREX2	SMAD3	TSC2
ATR	CD79B	EGFR	FGFR2	HSD3B1	LRP1B	NOTCH1	PRKAR1A	SMAD4	TSHR
ATRX	CDC73	EP300	FGFR3	HSP90AA1	LYN	NOTCH2	PRKCI	SMARCA4	U2AF1
AURKA	CDH1	EPHA3	FGFR4	IDH1	LZTR1	NOTCH3	PRKDC	SMARCB1	VEGFA
AURKB	CDK12	EPHA5	FH	IDH2	MAGI2	NPM1	PRSS8	SMO	VHL
AXIN1	CDK4	EPHA7	FLCN	IGF1R	MAP2K1 (MEK1)	NRAS	PTCH1	SNCAIP	WISPS
AXL	CDK6	EPHB1	FLT1	IGF2	MAP2K2 (MEK2)	NSD1	PTEN	SOCS1	WT1
BAP1	CDKS	ERBB2	FLT3	IKBKE	MAP2K4	NTRK1	PTPN11	SOX10	XPO1
BARD1	CDKN1A	ERBB3	FLT4	IKZF1	MAP3K1	NTRK2	OKI	SOX2	ZBTB2
BCL2	CDKN1B	ERBB4	FOXL2	IL7R	MCL1	NTRK3	RAC1	SOX9	ZNF217
BCL2L1	CDKN2A	ERG	FOXP1	INHBA	MDM2	NUP93	RAD50	SPEN	ZNF703
BCL2L2	CDKN2B	ERRFI1	FRS2	INPP4B	MDM4	PAK3	RAD51	SPOP
BCL6	CDKN2C	ESR1	FUBP1	IRF2	MED12	PALB2	RAF1	SPTA1
BCOR	CEBPA	EZH2	GABRA6	IRF4	MEF2B	PARK2	RANBP2	SRC
BCORL1	CHD2	FAM46C	GATA1	IRS2	MEN1	PAX5	RARA	STAG2
BLM	CHD4	FANCA	GATA2	JAK1	MET	PBRM1	RB1	STAT3

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Tabela 3: Lista de genes em que os introns selecionados são analisados no ensaio FOUNDATIONONE®.

ALK	BRCA1	ETV1	FGFR1	MSH2	NTRK1	RARA
BCL2	BRCA2	ETV4	FGFR2	MYB	NTRK2	RET
BCR	BRD4	ETV5	FGFR3	MYC	PDGFRA	ROS1
BRAF	EGFR	ETV6	KIT	NOTCH2	RAF1	TMPRSS2

Ensaio FOUNDATIONONE® Heme [00185] O ensaio FOUNDATIONONE® Heme é um ensaio de perfil genômico compreensivo para malignidades e sarcomas hematológicos. O ensaio FOUNDATIONONE® Heme usa um teste de sequenciamento de nova geração, de captura híbrida para identificar alterações genômicas (substituições, inserções e deleções de base, alterações no número de cópias e rearranjos). O ensaio analisa as regiões de codificação de 406 genes, introns selecionados de 31 genes e as sequências de RNA de 265 genes comumente reorganizados no câncer. A lista completa dos genes de ensaio FOUNDATIONONE® Heme é fornecida nas Tabelas 4, 5 e 6. Veja, FOUNDATIONONE® HEME: Technical Specifications, Foundation Medicine, Inc., disponível em FoundationMedicine.com, visitada pela última vez em 16 de Março de 2018, que é incorporada por referência aqui em sua totalidade.

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Tabela 4: Lista de genes em que sequências codificadoras inteiras são analisadas no ensaio FOUNDATIONONE® Heme.

ABL1	BRIP1 (BACH1)	CREBBP	FANCC	GNAS	JAK1	MET	PBRM1	ROS1	TCF3(E2A)
ACTB	BRSK1	CRKL	FANCD2	GPR124	JAK2	MIB1	PC	RPTOR	TCL1A (TCL1)
AKT1	BTG2	CRLF2	FANCE	GRIN2A	JAK3	MITF	PCBP1	RUNX1	TET2
AKT2	BTK	CSF1R	FANCF	GSK3B	JARID2	MKI67	PCLO	S1PR2	TGFBR2
AKT3	BTLA	CSF3R	FANCG	GTSE1	JUN	MLH1	PDCD1 (PD-1)	SDHA	TLL2
ALK	C11orf30 (EMSY)	CTCF	FANCL	HDAC1	KAT6A(MYST3)	MPL	PDCD11	SDHB	TMEM30A
AMER1 (FAM123B ou MX)	CAD	CTNNA1	FAS (TNFRSF6)	HDAC4	KDM2B	MRE11A	PDCD1LG2 (PD-L2)	SDHC	TMSB4XP8 (TMSL3)
APC	CALR	CTNNB1	FBX011	HDAC7	KDM4C	MSH2	PDGFRA	SDHD	TNFAIP3
APH1A	CARD11	CUX1	FBX031	HGF	KDM5A	MSH3	PDGFRB	SERP2	TNFRSF11 A
AR	CBFB	CXCR4	FBXM	HIST1H1C	KDM5C	MSH6	PDK1	SETBP1	TNFRSF14
ARAF	CBL	DAXX	FGF10	HIST1H1D	KDM6A	MTOR	PHF6	SETD2	TNFRSF17
ARFRP1	CCND1	DDR2	FGF14	HIST1H1E	KDR	MUTYH	PIK3CA	SF3B1	T0P1
ARHGAP26 (GRAF)	CCND2	DDX3X	FGF19	HIST1H2A C	KEAP1	MYC	PIK3CG	SGK1	TP53
ARID1A	CCND3	DNM2	FGF23	HIST1H2A G	KIT	MYCL (MYCL1)	PIK3R1	SMAD2	TP63
ARID2	CCNE1	DNMT3A	FGF3	HIST1H2AL	KLHL6	MYCN	PIK3R2	SMAD4	TRAF2
ASMTL	CCT6B	D0T1L	FGF4	HIST1H2A M	KMT2A(MLL)	MYD88	PIM1	SMARCA1	TRAF3
ASXL1	CD22	DTX1	FGF6	HIST1H2B C	KMT2C(MLL3)	MY018A	PLCG2	SMARCA4	TRAF5
ATM	CD274 (PD-L1)	DUSP2	FGFR1	HIST1H2BJ	KMT2D(MLL2)	NCOR2	P0T1	SMARCB1	TSC1
ATR	CD36	DUSP9	FGFR2	HIST1H2BK	KRAS	NCSTN	PPP2R1A	SMC1A	TSC2
ATRX	CD58	EBF1	FGFR3	HIST1H2B 0	LEF1	NF1	PRDM1	SMC3	TSHR
AURKA	CD70	ECT2L	FGFR4	HIST1H3B	LRP1B	NF2	PRKAR1A	SMO	TUSC3
AURKB	CD79A	EED	FHIT	HNF1A	LRRK2	NFE2L2	PRKDC	S0CS1	TYK2
AXIN1	CD79B	EGFR	FLCN	HRAS	MAF	NFKBIA	PRSS8	S0CS2	U2AF1
AXL	CDC73	ELP2	FLT1	HSP90AA1	MAFB	NKX24	PTCH1	S0CS3	U2AF2

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B2M	CDH1	EP300	FLT3	ICK	MAGED1	N0D1	PTEN	SOX10	VHL
BAP1	CDK12	EPHA3	FLT4	ID3	MALT1	N0TCH1	PTPN11	S0X2	WDR90
BARD1	CDK4	EPHA5	FLYWCH1	IDH1	MAP2K1 (MEK1)	N0TCH2	PTPN2	SPEN	WHSC1 (MMSET ou NSD2)
BCL10	CDK6	EPHA7	F0XL2	IDH2	MAP2K2 (MEK2)	NPM1	PTPN6 (SHP-1)	SPOP	WISP3
BCL11B	CDK8	EPHB1	F0X01	IGF1R	MAP2K4	NRAS	PTPRO	SRC	WT1
BCL2	CDKN1B	ERBB2	F0X03	IKBKE	MAP3K1	NT5C2	RAD21	SRSF2	XBP1
BCL2L2	CDKN2A	ERBB3	F0XP1	IKZF1	MAP3K14	NTRK1	RAD50	STAG2	XPO1
BCL6	CDKN2B	ERBB4	FRS2	IKZF2	MAP3K6	NTRK2	RAD51	STAT3	YY1AP1
BCL7A	CDKN2C	ERG	GADD45B	IKZF3	MAP3K7	NTRK3	RAF1	STAT4	ZMYM3
BCOR	CEBPA	ESR1	GATA1	IL7R	MAPK1	NUP93	RARA	STAT5A	ZNF217
BC0RL1	CHD2	ETS1	GATA2	INHBA	MCL1	NUP98	RASGEF1A	STAT5B	ZNF24 (ZSCAN3)
BIRC3	CHEK1	ETV6	GATA3	INPP4B	MDM2	P2RY8	RB1	STAT6	ZNF703
BLM	CHEK2	EX0SC6	GID4 (C17orf39)	INPP5D (SHIP)	MDM4	PAG1	RELN	STK11	ZRSR2
BRAF	CIC	EZH2	GNA11	IRF1	MED12	PAK3	RET	SUFU
BRCA1	CIITA	FAF1	GNA12	IRF4	MEF2B	PALB2	RHOA	SUZ12
BRCA2	CKS1B	FAM46C	GNA13	IRF8	MEF2C	PASK	RICTOR	TAF1
BRD4	CPS1	FANCA	GNAQ	IRS2	MEN1	PAX5	RNF43	TBL1XR1

Tabela 5: Lista de genes em que os introns selecionados são ensaiados no ensaio FOUNDATIONONE® Heme.

ALK	BRAF	EPOR	ETV6	IGK	KMT2A (MLL)	PDGFRB	ROS1
BCL2	CCND1	ETV1	EWSR1	IGL	MYC	RAF1	TMPRSS2
BCL6	CRLF2	ETV4	FGFR2	JAK1	NTRK1	RARA	TRG
BCR	EGFR	ETV5	IGH	JAK2	PDGFRA	RET

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Tabela 6: Lista de genes em que as sequências de RNA são analisadas no ensaio FOUNDATIONONE® Heme.

ABI1	BTG1	DDIT3	FGFR2	HOXD11	MAFB	NIN	PHF1	RUNX2	TFPT
ABL1	CAMTA1	DDX10	FGFR3	HOXD13	MALT1	NOTCH1	PICALM	SEC31A	TFRC
ABL2	CARS	DDX6	FLI1	HSP90AA 1	MDS2	NPM1	PIM1	SEPT5	TLX1
ACSL6	CBFA2T3	DEK	FNBP1	HSP90AB 1	MECO M	NR4A3	PLAG1	SEPT6	TIX3
AFF1	CBFB	DUSP2 2	FOXO1	IGH	MKL1	NSD1	PML	SEPT9	TMPRSS2
AFF4	CBL	EGFR	FOXO3	IGK	MLF1	NTRK1	POU2AF1	SET	TNFRSF1 1A
ALK	CCND1	EIF4A2	FOXO4	IGL	MLLT1 (ENL)	NTRK2	PPP1CB	SH3GL1	T0P1
ARHGAP2 6(GRAF)	CCND2	ELF4	FOXP1	IKZF1	MLLT10 (AF10)	NTRK3	PRDM1	SLC1A2	TP63
ARHGEF1 2	CCND3	ELL	FSTL3	IL21R	MLLT3	NUMA1	PRDM16	SNX29 (RUNDC2A)	TPM3
ARID1A	CD274 (PD-L1)	ELN	FUS	IL3	MLLT4 (AF6)	NUP214	PRRX1	SRSF3	TPM4
ARNT	CDK6	EML4	GAS7	IRF4	MLLT6	NUP98	PSIP1	SS18	TRIM24
ASXL1	CDX2	EP300	GLI1	ITK	MN1	NUTM2A	PTCH1	SSX1	TRIP11
ATF1	CHIC2	EPOR	GMPS	JAK1	MNX1	OMD	PTK7	SSX2	TTL
ATG5	CHN1	EPS15	GPHN	JAK2	MSI2	P2RY8	RABEP1	SSX4	TYK2
ATIC	CIC	ERBB2	HERPUD 1	JAK3	MSN	PAFAH1B 2	RAF1	STAT6	USP6
BCL10	CIITA	ERG	HEY1	JAZF1	MUC1	PAX3	RALGDS	STL	WHSC1 (MMSET ouNSD2)
BCL11A	CLP1	ETS1	HIP1	KAT6A (MYST3)	MYB	PAX5	RAP1GD S1	SYK	WHSC1L1
BCL11B	CLTC	ETV1	HIST1H4I	KDSR	MYC	PAX7	RARA	TAF15	YPEL5
BCL2	CLTCL1	ETV4	HLF	KIF5B	MYH11	PBX1	RBM15	TAL1	ZBTB16
BCL3	CNTRL (CEP110)	ETV5	HMGA1	KMT2A (MLL)	MYH9	PCM1	RET	TAL2	ZMYM2
BCL6	C0L1A1	ETV6	HMGA2	LASP1	NACA	PCSK7	RHOH	TBL1XR1	ZNF384
BCL7A	CREB3L1	EWSR1	HOXA11	LCP1	NBEAP 1 (BCL8)	PDCD1LG 2(PD-L2)	RNF213	TCF3 (E2A)	ZNF521
BCL9	CREB3L2	FCGR2 B	HOXA13	LMO1	NCOA2	PDE4DIP	ROS1	TCL1A (TCL1)
BCOR	CREBBP	FCRL4	HOXA3	LMO2	NDRG1	PDGFB	RPL22	TEC
BCR	CRLF2	FEV	HOXA9	LPP	NF1	PDGFRA	RPN1	TET1
BIRC3	CSF1	FGFR1	HOXC11	LYL1	NF2	PDGFRB	RUNX1	TFE3
BRAF	CTNNB1	FGFR1 OP	HOXC13	MAF	NFKB2	PER1	RUNX1T1 (ETO)	TFG

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Ensaio de Tumor Sólido de EXODX® [00186] Em uma modalidade, a TMB é medida usando o ensaio de Tumor Sólido EXODX®. O ensaio de Tumor Sólido EXODX® é um ensaio baseado em exoRNA e cfDNA, que detecta mutações acionáveis nas vias do câncer. O ensaio de Tumor Sólido de EXODX® é um ensaio baseado em plasma que não requer uma amostra de tecido. O ensaio de Tumor Sólido EXODX® abrange 26 genes e 1000 mutações. Os genes específicos abrangidos pelo ensaio de Tumor Sólido EXODX® são mostrados na Tabela 7. Veja, Plasma-Based Solid Tumor Mutation Panel Liquid Biopsy, Exosome Diagnostics, Inc., available at exosomedx.com, last accessed on March 16, 2018.

Tabela 7: Genes abrangidos pelo ensaio de Tumor Sólido EXODX®.

BRAF	MEK1	KIT	ROS1	ALK	PTEN	TP53	FGFR3	TSC2
NRAS	KRAS	PDGFRA	RET	AKT1	DH2	NOTCH1	NTRK1	CDKN2A
PIK3CA	EGFR	EML4-ALK	HER-2/NEU; ERBB2	ARv7	mTOR	Hedgehog	TSC1

Ensaio Guardant360 [00187] Em algumas modalidades, o estado da TMB é determinado usando o ensaio Guardant360. O ensaio Guardant360 mede mutações em pelo menos 73 genes (Tabela 8), 23 indels (Tabela 9), 18 CNVs (Tabela 10) e 6 genes de fusão (Tabela 11). Veja, GuardantHealth.com, acessado pela última vez em 16 de março de 2018.

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Tabela 8: Genes de ensaio Guardant360.

AKT1	CCND2	EZH2	IDH1	MLH1	PDGFRA	SMAD4
ALK	CCNE1	FBXW7	IDH2	MPL	PIK3CA	SMO
APC	CDH1	FGFR1	JAK2	MTOR	PTEN	STK11
AR	CDK4	FGFR2	JAK3	MYC	PTPN11	TERT (incluindo promotor)
ARAF	CDK6	FGFR3	KIT	NF1	RAF1	TP53
ARID1A	CDKN2A	GATA3	KRAS	NFE2L2	RB1	TSC1
ATM	CTNNB1	GNA11	MAP2K1	NOTCH1	RET	VHL
BRAF	DDR2	GNAQ	MAP2K2	NPM1	RHEB
BRCA1	EGFR	GNAS	MAPK1	NRAS	RHOA
BRCA2	ERBB2	HNF1A	MAPK3	NTRK1	RIT1
CCND1	ESR1	HRAS	MET	NTRK3	ROS1

Tabela 9: Indels de ensaio Guardant360.

APC	BRCA1	CDKN2A	GATA3	MLH1	PDGFRA	SMAD4	TSC1
ARID1A	BRCA2	EGFR	KIT	MTOR	PTEN	STK11	VHL
ATM	CDH1	ERBB2	MET	NF1	RB1	TP53

Tabela 10: Amplificações de ensaio Guardant360 (CNVs).

AR	CCND2	CDK6	FGFR1	KRAS	PDGFRA
BRAF	CCNE1	EGFR	FGFR2	MET	PIK3CA
CCND1	CDK4	ERBB2	KIT	MYC	RAF1

Tabela 11: Fusões de ensaio Guardant360.

ALK	FGFR3	RET
FGFR2	NTRK1	ROS1

Ensaio ILLUMINA® TruSight [00188] Em algumas modalidades, a TMB é determinada usando o

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65/212 ensaio TruSight Tumor 170 (ILLUMINA®). O ensaio TruSight Tumor 170 é um ensaio de sequenciamento de nova geração que abrange 170 genes associados a tumores sólidos comuns, que analisam simultaneamente DNA e RNA. O ensaio TruSight Tumor 170 avalia fusões, variantes de ligação, inserções/deleções, variantes de nucleotídeo único (SNVs) e amplificações. As listas de gene de ensaio TruSight Tumor 170 são mostradas nas Tabelas 12-14.

Tabela 12: Genes de ensaio TruSight Tumor 170 (amplificações).

AKT2	CDK4	FGF1	FGF7	LAMP1	PDGFRB
ALK	CDK6	FGF10	FGF8	MDM2	PIK3CA
AR	CHEK1	FGF14	FGF9	MDM4	PIK3CB
ATM	CHEK2	FGF19	FGFR1	MET	PTEN
BRAF	EGFR	FGF2	FGFR2	MYC	RAF1
BRCA1	ERBB2	FGF23	FGFR3	MYCL1	RET
BRCA2	ERBB3	FGF3	FGFR4	MYCN	RICTOR
CCND1	ERCC1	FGF4	JAK2	NRAS	RPS6KB1
CCND3	ERCC2	FGF5	KIT	NRG1	TFRC
CCNE1	ESR1	FGF6	KRAS	PDGFRA

Tabela 13: Genes de ensaio TruSight Tumor 170 (fusões).

ABL1	BRCA1	ERG	FGFR1	JAK2	MSH2	NTRK2	PPARG
AKT3	BRCA2	ESR1	FGFR2	KDR	MYC	NTRK3	RAF1
ALK	CDK4	ETS1	FGFR3	KIF5B	NOTCH1	PAX3	RET
AR	CSF1R	ETV1	FGFR4	KIT	NOTCH2	PAX7	ROS1
AXL	EGFR	ETV4	FLI1	KMT2A (MLL)	NOTCH3	PDGFRA	RPS6KB1
BCL2	EML4	ETV5	FLT1	MET	NRG1	PDGFRB	TMPRSS2
BRAF	ERBB2	EWSR1	FLT3	MLLT3	NTRK1	PIK3CA

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Tabela 14: Genes de ensaio TruSight Tumor 170 (variantes pequenas).

AKT1	BRCA2	CHEK1	ESR1	FGF7	HRAS	MET	NF1	PMS2	SLX4
AKT2	BRIP1	CHEK2	EZH2	FGF8	IDH1	MLH1	NOTCH1	PPP2R2A	SMAD4
AKT3	BTK	CREBBP	FAM175A	FGF9	IDH2	MLLT3	NOTCH2	PTCH1	SMARCB1
ALK	CARD11	CSF1R	FANCI	FGFR1	INPP4B	MPL	NOTCH3	PTEN	SMO
APC	CCND1	CTNNB1	FANCL	FGFR2	JAK2	MRE11A	NPM1	PTPN11	SRC
AR	CCND2	DDR2	FBXW7	FGFR3	JAK3	MSH2	NRAS	RAD51	STK11
ARID1A	CCNE1	DNMT3A	FGF1	FGFR4	KDR	MSH3	NRG1	RAD51B	TERT
ATM	CD79A	EGFR	FGF10	FLT1	KIT	MSH6	PALB2	RAD51C	TET2
ATR	CD79B	EP300	FGF14	FLT3	KMT2A (MLL)	MTOR	PDGFRA	RAD51D	TP53
BAP1	CDH1	ERBB2	FGF2	FOXL2	KRAS	MUTYH	PDGFRB	RAD54L	TSC1
BARD1	CDK12	ERBB3	FGF23	GEN1	MAP2K1	MYC	PIK3CA	RB1	TSC2
BCL2	CDK4	ERBB4	FGF3	GNA11	MAP2K2	MYCL1	PIK3CB	RET	VHL
BCL6	CDK6	ERCC1	FGF4	GNAQ	MCL1	MYCN	PIK3CD	RICTOR	XRCC2
BRAF	CDKN2A	ERCC2	FGF5	GNAS	MDM2	MYD88	PIK3CG	ROS1
BRCA1	CEBPA	ERG	FGF6	HNF1A	MDM4	NBN	PIK3R1	RPS6KB1

Ensaio FOUNDATIONONE® F1CDx [00189] FOUNDATIONONE® CDX™ (F1CDx) é um dispositivo de diagnóstico in vitro baseado no sequenciamento de nova geração para detecção de substituições, alterações de inserção e deleção (indels) e alterações de número de cópias (CNAs) em 324 genes e seleção de rearranjos de gene, bem como assinaturas genômicas, incluindo instabilidade de microssatélites (MSI) e carga de mutação de tumor (TMB) usando DNA isolado de espécies de tecido de tumor embebidas em parafina, fixadas em formalina (FFPE). O F1CDx é aprovado pela Food and Drug Administration (FDA) dos Estados Unidos para várias indicações de tumor, incluindo NSCLC, melanoma, câncer de mama, câncer colorretal e câncer ovariano.

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67/212 [00190] O ensaio F1CDx emprega um único método de extração de DNA de espécies de ressecção cirúrgica ou de biópsia de FFPE de rotina, 50-1000 ng das quais serão submetidos à construção de biblioteca shotgun de genoma completo e captura baseada em hibridização de todos os exons de codificação de 309 genes relacionados ao câncer, uma região promotora, uma não codificadora (ncRNA) e regiões intrônicas selecionadas de 34 genes geralmente reorganizados, 21 dos quais também incluem os exons de codificação. As tabelas 15 e 16 fornecem a lista completa de genes incluídos no F1CDx. No total, o ensaio detecta alterações em um total de 324 genes. Usando a plataforma ILLUMINA® HiSeq 4000, as bibliotecas selecionadas para captura híbrida são sequenciadas para uma profundidade uniforme alta (direcionando > 500X de cobertura mediana com > 99% de exons em cobertura > 100X). Os dados da sequência são, então, processados usando uma tubulação de análise personalizada projetada para detectar todas as classes de alterações genômicas, incluindo substituições de base, indels, alterações no número de cópias (amplificações e exclusões de genes homozigotos) e rearranjos genômicos selecionados (por exemplo, fusões de genes). Adicionalmente, assinaturas genômicas incluindo instabilidade de microssatélites (MSI) e carga de mutação de tumor (TMB) são relatadas.

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Tabela 15: Genes com regiões exônicas de codificação completas incluídas em FOUNDATIONONE® CDX™ para a detecção de substituições, inserções e deleções (indels) e alterações no número de cópias (CNAs).

ABL1	BRCA2	CDKN2C	ERCC4	GATA3	KDM5C	MRE11A	PARP2	RAD51	SOX9
ACVR1B	BRD4	CEBPA	ERG	GATA4	KDM6A	MSH2	PARP3	RAD51B	SPEN
AK.T1	BRIP1	CHEK1	ERRFI1	GATA6	KDR	MSH3	PAX5	RAD51C	SPOP
AKT2	BTG1	CHEK2	ESR1	GID4 (C17orí39)	KEAP1	MSH6	PBRM1	RAD51D	SRC
AK.T3	BTG2	CIC	EZH2	GNA11	KEL	MST1R	PDCD1	RAD52	STAG2
ALK	BTK	CREBBP	FAM46C	GNA13	KIT	MTAP	PDCD1LG 2	RAD54L	STAT3
ALOX12B	C11orf30	CRKL	FANCA	GNAQ	KLHL6	MTOR	PDGFRA	RAF1	STK11
AMER1	CALR	CSF1R	FANCC	GNAS	KMT2A(MLL)	MUTYH	PDGFRB	RARA	SUFU
APC	CARD11	CSF3R	FANCG	GRM3	KMT2D (MLL2)	MYC	PDK1	RB1	SYK
AR	CASP8	CTCF	FANCL	GSK3B	KRAS	MYCL	PIK3C2B	RBM10	TBX3
ARAF	CBFB	CTNNA1	FAS	H3F3A	LTK	MYCN	PIK3C2G	REL	TEK
ARFRP1	CBL	CTNNB1	FBXW7	HDAC1	LYN	MYD88	PIK3CA	RET	TET2
ARID1A	CCND1	CUL3	FGF10	HGF	MAF	NBN	PIK3CB	RICTOR	TGFBR2
ASXL1	CCND2	CUL4A	FGF12	HNF1A	MAP2K1	NF1	PIK3R1	RNF43	TIPARP
ATM	CCND3	CXCR4	FGF14	HRAS	MAP2K2	NF2	PIM1	ROS1	TNFAIP3
ATR	CCNE1	CYP17A1	FGF19	HSD3B1	MAP2K4	NFE2L2	PMS2	RPTOR	TNFRSF14
ATRX	CD22	DAXX	FGF23	ID3	MAP3K1	NFKBIA	POLD1	SDHA	TP53
AURKA	CD274	DDR1	FGF3	IDH1	MAP3K13	NKX2-1	POLE	SDHB	TSC1
AURKB	CD70	DDR2	FGF4	IDH2	MAPK1	NOTCH1	PPARG	SDHC	TSC2
AXIN1	CD79A	DIS3	FGF6	IGF1R	MCL1	NOTCH2	PPP2R1A	SDHD	TYRO3
AXL	CD79B	DNMT3A	FGFR1	IKBKE	MDM2	NOTCH3	PPP2R2A	SETD2	U2AF1
BAP1	CDC73	D0T1L	FGFR2	IKZF1	MDM4	NPM1	PRDM1	SF3B1	VEGFA
BARD1	CDH1	EED	FGFR3	INPP4B	MED12	NRAS	PRKAR1A	SGK1	VHL
BCL2	CDK12	EGFR	FGFR4	IRF2	MEF2B	NT5C2	PRKCI	SMAD2	WHSC1
BCL2L1	CDK4	EP300	FH	IRF4	MEN1	NTRK1	PTCH1	SMAD4	WHSC1L1
BCL2L2	CDK6	EPHA3	FLCN	IRS2	MERTK	NTRK2	PTEN	SMARC A4	WT1
BCL6	CDK8	EPHB1	FLT1	JAK1	MET	NTRK3	PTPN11	SMARC B1	XPO1
BCOR	CDKN1A	EPHB4	FLT3	JAK2	MTTF	P2RY8	PTPRO	SMO	XRCC2
BCORL1	CDKN1B	ERBB2	FOXL2	JAK3	MKNK1	PALB2	OKI	SNCAIP	ZNF217
BRAF	CDKN2A	ERBB3	FUBP1	JUN	MLH1	PARK2	RAC1	SOCS1	ZNF703
BRCA1	CDKN2B	ERBB4	GABRA6	KDM5A	MPL	PARP1	RAD21	SOX2

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Tabela 16: Genes com regiões intrônicas selecionadas para a detecção de rearranjos gênicos, um com 3'UTR, um gene com uma região promotora e um gene ncRNA.

ALK introns 18,19	BRCA1 introns 2, 7, 8, 12, 16, 19,20	ETV4 introns 5,6	EZR introns 9-11	KIT intron 16	MYC intron 1	NUTM1 intron 1	RET introns 7- 11	SLC34A2 intron 4
BCL2 3’UTR	BRCA2 intron 2	ETV5 introns 6,7	FGFR1 intron 1,5,17	KMT2A (MLL) introns 6-11	NOTCH2 intron 26	PDGFRA introns 7,9,11	ROS1 introns 31-35	TERC ncRNA
BCR introns 8, 13,14	CD74 introns 6-8	ETV6 introns 5,6	FGFR2 intron 1,17	MSH2intr on 5	NTRK1 introns 8-10	RAF1 introns 4- 8	RSPO2 intron 1	Promotor TERT
BRA.F introns 7-10	EGFR introns 7,15, 24- 27	EWSR 1 introns 7-13	FGFR3 intron 17	MYB intron 14	NTRK2 intron 12	RARA intron 2	SDC4 intron 2	TMPRSS 2 introns 1-3

[00191] O ensaio F1 CDx identifica várias alterações nas sequências de genes e/ou introns, incluindo substituições, inserções/deleções e CNAs. O ensaio F1CDx foi previamente identificado como tendo concordância com um ensaio de NGS validado externamente e com o ensaio FOUNDATIONONE® (F1 LDT). Veja, FOUNDATIONONE® CDX™: Technical Information, Foundation Medicine, Inc., available at FoundationMedicine.com, visitado pela última vez em 16 de Março de 2018, que é incorporado por referência aqui em sua totalidade. MSK-IMPACT™ [00192] Em algumas modalidades, o estado da TMB é avaliado usando o ensaio MSK-IMPACT™. O ensaio MSK-IMPACT™ usa o sequenciamento de nova geração para analisar o estado de mutação de 468 genes. Os genes alvo são capturados e sequenciados em um instrumento ILLUMINA® HISEQ™. O ensaio MSK-IMPACT™ é

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70/212 aprovado pela US FDA para detecção de mutações somáticas e instabilidade de microssatélites em neoplasias malignas sólidas. A lista completa de 468 genes analisados pelo ensaio MSK-IMPACT™ é mostrada na Tabela 17. Veja, Evaluation of Automatic Class III Designation for MSK-IMPACT (Integrated Mutation Profiling of Actionable Cancer Targets): Decision Summary, United States Food and Drug Administration, November 15, 2017, available at accessdata.fda.gov.

Tabela 17: Genes analisados pelo ensaio MSK-IMPACT™.

ABL1	CALR	DDR2	FGF19	HIST3H3	LYN	NKX2-1	PPARG	RPTOR	STK19
ACVR1	CARD11	DICER1	FGF3	HLA-A	MALT1	NKX3-I	PPM1D	RRAGC	STK40
AGO2	CARM1	DIS3	FGF4	HLA-B	MAP2K1	NOTCH1	PPP2 R1A	RRAS	SUFU
AKT1	CASP8	DNAJB1	FGFR1	HNFtA	Λ/ΙΑΡ2Κ2	NOTCH2	PPP4R2	RRAS2	SUZ12
AKT2	CBFB	DNMT1	FGFR2	HOXB13	MAP2K4	NOTCH}	PPP6C	RTEL1	SYK
AKTj	CEL	DNMTjA	FGFR3	HRAS	MAP3K1	NOTCH4	PRDM1	RUNX1	TAPI
ALK	CCND1	DNMT3B	FGFR4	ICOSLG	MAP3K13	NPM1	PRDM14	RXRA	TAP2
ALOX12B	CCND2	DOT1L	FH	ID3	MAP3K14	NRAS	PREX2	RYBP	TBX3
AMER1	CCND3	DROSHA	FLCN	IDH1	MAPK1	NSD1	PRKAR1A	SDHA	TCEB1
ANKRD11	CCNE1	DUSP4	FLT1	IDH2	MAPK}	NTHL1	PRKCI	SDHAF2	TCF3
APC	CD274	E2F3	FLT3	IFNGR1	MAPKAP1	NTRK1	PRKD1	SDHB	TCF7L2
AR	CD276	EED	FLT4	IGF1	MAX	NTRK2	PTCH1	SDHC	TEK
ARAF	CD79A	EGFL7	FOXA1	IGF1R	MGL1	NTRK3	PTEN	SDHD	TERT
ARID1A	CD79B	EGFR	FOXL2	IGF2	MDC1	NUF2	PTP4A1	SESN1	TET1
ARID1B	CDC42	EIFlAX	FOXOl	IKBKE	MDM2	NUP93	PTPN11	SESN2	TET2
ARID2	CDC73	EIF4A2	FOXP1	IKZF1	MDM4	PAK1	PTPRD	SESN3	TGFBR1
ARID5B	CDH1	EIF4E	FUBP1	IL10	MED12	PAK7	PTPRS	SETD2	TGFBR2
ASXL1	CDK12	ELF3	FYN	IL7R	MEF2B	PALB2	PTPRT	SETD8	TMEM127
ASXL2	CDK4	EP300	GATA1	INHA	MEN1	PARK2	RAB35	SF3B1	TMPRSS2
ATM	CDK6	EPAS1	GATA2	INHBA	MET	PARP1	RAG	SH2B3	TNFAIP3
ATR	CDK8	EPCAM	GATA3	INPP4A	MCA	PAX}	RAC2	SH2D1A	TNFRSF14
ATRX	CDKN1A	EPHA3	GLI1	INPP4B	MITF	PBRM1	RAD21	SHOC2	TOP1

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71/212

AURKA	CDKNtB	EPHA5	GNA11	INPPL1	MLH1	PDCD1	RAD50	SHQ1	TP53
AURKB	CDKN2Apl4ARF	EPHA7	GNAQ	INSR	MPL	PDCD1LG2	RAD51	SLX4	TP53BP1
AXIN1	CDKN2API6INK4A	EPHB1	GNAS	IRF4	MRE11A	PDGFRA	RAD51B	SMAD2	TP63
AXIN2	CDKN2B	ERBB2	CPS2	IRS1	MSH2	PDGFRB	RAD51C	SMAD3	TRAF2
AXL	CDKN2C	ERBB3	GREA/11	IRS2	MSH3	PDPK1	RAD51D	SMAD4	TRAF7
B2M	CEBPA	ERBB4	GRIN2A	JAK1	MSH6	PGR	RAD52	SMARCA4	TSC1
BABAM1	CENPA	ERCC2	GSK3B	JAK2	MSH	PHOX2B	RAD54L	SMARCB1	TSC2
BAP1	CHEK1	ERCC3	H3F3A	JAK3	MSI2	PIK3C2G	RAF1	SMARCD1	TSHR
BARD1	CHEK2	ERCC4	H3F3B	JUN	MSTt	PIK3C3	RARA	SMO	U2AF1
BBC3	ac	ERCC5	H3F3C	KDM5A	MSTtR	PIK3CA	RASA1	SMYD3	UPFl
BCL10	CREBBP	ERF	HGF	KDM5C	MTOR	PIK3CB	RB1	SOCS1	VEGFA
BCL2	CRKL	ERG	HIST1H1C	KDM6A	MUTYH	PIK3CD	RBM10	S0S1	VHL
BCL2L1	CRLF2	ERRFI1	HIST1H2BD	KDR	MYC	PIK3CG	RECQL	SOX17	VTCN1
BCL2L11	CSDE1	ESR1	HIST1H3A	KEAP1	MYCL1	PIK3R1	RECQL4	SOX2	WHSC1
BCL6	CSF1R	ETV1	HIST1H3B	KIT	MYCN	PIK3R2	REL	SOXg	WHSC1L1
BCOR	CSF3R	ETV6	HIST1H3C	KLF4	MYD88	PIK3R3	RET	SPEN	WT1
BIRC3	CTCF	EZH1	HIST1H3D	KMT2A	MYOD1	PIM1	RFWD2	SPOP	WWTR1
BLM	CTLA-4	EZH2	HIST1H3E	KMT2B	NBN	PLCG2	RHEB	SPRED1	XIAP
BMPR1A	CTNNB1	FAM175A	HIST1H3F	KMT2C	NCOA3	PLK2	RHOA	SRC	XPO1
BRAF	CUL3	FAM46C	HIST1H3G	KMT2D	NCOR1	PMAIP1	RICTOR	SRSF2	XRCC2
BRCA1	CXCR4	FAM58A	HIST1H3H	KNSTRN	NEGR1	PMS1	RIT1	STAG2	YAPl
BRCA2	CYLD	FANCA	HIST1H3I	KRAS	NF1	PMS2	RNF43	STAT3	YES1
BRD4	CYSLTR2	FANCC	HIST1H3J	LATS1	NF2	PNRC1	ROS1	STAT5A	ZFHX3
BRIP1	DAXX	FAT1	HIST2H3C	LATS2	NFE2L2	POLD1	RPS6KA4	STAT5B
BTK	DCUN1D1	FBXW7	HIST2H3D	LMO1	NFKBIA	POLE	RPS6KB2	STK11
ABL1	CALR	DDR2	FGF19	HIST3H3	LYN	NKX2-1	PPARG	RPTOR	STK19

Ensaios NEOGENOMICS® NEOTYPE™ [00193] Em algumas modalidades, a TMB é determinada usando um ensaio NEOGENOMICS® NEOTYOPE™. Em algumas modalidades, a TMB é determinada usando um Perfil de Descoberta NEOTYPE™. Em algumas modalidades, a TMB é determinada usando

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72/212 um Perfil de Tumor Sólido NEOTYPE™. Os ensaios NEOGENOMICS® medem o número de alterações na sequência de codificação de DNA não sinônima por megabase de DNA sequenciado.

Ensaio de Carga de Mutação de Tumor ONCOMINE™ [00194] Em algumas modalidades, a TMB é determinada usando um ensaio de Mutação de Tumor THERMOFISHER SCIENTIFIC® ONCOMINE™. Em algumas modalidades, a TMB é determinada usando um ensaio de mutação de tumor THERMOFISHER SCIENTIFIC® ION TORRENT™ ONCOMINE™. O ensaio de mutação de tumor ION TORRENT™ ONCOMINE™ é um ensaio de NGS direcionado que quantifica mutações somáticas para determinar a carga de mutação de tumor. O ensaio abrange 1,7 Mb de DNA.

Ensaio NOVOGENE™ NOVOPM™ [00195] Em algumas modalidades, a TMB é determinada usando um ensaio NOVOGENE™ NOVOPM™. Em algumas modalidades, a TMB é determinada usando um ensaio de Painel de Câncer NOVOGENE™ NOVOPM™. O ensaio de Painel de Câncer NOVOGENE™ NOVOPM™ é um painel de câncer de NGS compreensivo que analisa as regiões de codificação completas de 548 genes e os introns de 21 genes, representando cerca de 1,5 Mb de DNA, e que são relevantes para o diagnóstico e/ou tratamento de sólidos tumores de acordo com as diretrizes da National Comprehensive Cancer Network (NOON) e literatura médica. O ensaio detecta anormalidades genômicas de SNV, InDel, fusão e variação do número de cópias (CNV).

Outros Ensaios de TMB [00196] Em algumas modalidades, a TMB é determinada usando um ensaio de TMB fornecido por CARIS® Life Sciences. Em algumas modalidades, a TMB é determinada usando o ensaio PESONALIS® AGE ImmunolD. Em algumas modalidades, a TMB é determinada usando o ensaio PGDX® CANCERXOME™-R.

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73/212 [00197] Em ainda outra modalidade particular, o perfil genômico detecta todos os tipos de mutação, isto é, variantes de nucleotídeo único, inserções/deleções (indels), variações no número de cópias e rearranjos, por exemplo, translocações, expressões e marcadores epigenéticos.

[00198] Os painéis gênicos compreensivos geralmente contêm genes predeterminados selecionados com base no tipo de tumor a ser analisado. Consequentemente, o perfil genômico usado para medir o estado da TMB pode ser selecionado com base no tipo de tumor que o indivíduo tem. Em uma modalidade, o perfil genômico pode incluir um conjunto de genes particulares para um tumor sólido. Em outra modalidade, o perfil genômico pode incluir um conjunto de genes específicos para malignidades e sarcomas hematológicos.

[00199] Em uma modalidade, o perfil genômico compreende um ou mais genes selecionados a partir do grupo que consiste em ABL1, BRAF, CHEK1, FANCC, GATA3, JAK2, MITF, PDCD1LG2, RBM10, STAT4, ABL2, BRCA1, CHEK2, FANCD2, GATA4, JAK3, MLH1, PDGFRA, RET, STK11, ACVR1B, BRCA2, CIC, FANCE, GATA6, JUN, MPL, PDGFRB, RICTOR, SUFU, AKT1, BRD4, CREBBP, FANCF, GID4 (C17orf39), KAT6A (MYST3), MRE11A, PDK1, RNF43, SYK, AKT2, BRIP1, CRKL, FANCG, GLI1, KDM5A, MSH2, PIK3C2B, ROS1, TAF1, AKT3, BTG1, CRLF2, FANCL, GNA11, KDM5C, MSH6, PIK3CA, RPTOR, TBX3, ALK, BTK, CSF1R, FAS, GNA13, KDM6A, MTOR, PIK3CB, RUNX1, TERC, AMER1 (FAM123B), C11orf30 (EMSY), CTCF, FAT1, GNAQ, KDR, MUTYH, PIK3CG, RUNX1T1, TERT (apenas promotor), APC, CARD11, CTNNA1, FBXW7, GNAS, KEAP1, MYC, PIK3R1, SDHA, TET2, AR, CBFB, CTNNB1, FGF10, GPR124, KEL, MYCL (MYCL1), PIK3R2, SDHB, TGFBR2, ARAF, CBL, CUL3, FGF14, GRIN2A, KIT, MYCN, PLCG2, SDHC, TNFAIP3, ARFRP1, CCND1, CYLD, FGF19, GRM3, KLHL6, MYD88, PMS2,

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SDHD, TNFRSF14, ARID1A, CCND2, DAXX, FGF23, GSK3B, KMT2A (MLL), NF1, POLD1, SETD2, TOP1, ARID1B, CCND3, DDR2, FGF3, H3F3A, KMT2C (MLL3), NF2, POLE, SF3B1, TOP2A, ARID2, CCNE1, DICER1, FGF4, HGF, KMT2D (MLL2), NFE2L2, PPP2R1A, SLIT2, TP53, ASXL1, CD274, DNMT3A, FGF6, HNF1A, KRAS, NFKBIA, PRDM1, SMAD2, TSC1, ATM, CD79A, DOT1L, FGFR1, HRAS, LMO1, NKX2-1, PREX2, SMAD3, TSC2, ATR, CD79B, EGFR, FGFR2, HSD3B1, LRP1B, NOTCH1, PRKAR1A, SMAD4, TSHR, ATRX, CDC73, EP300, FGFR3, HSP90AA1, LYN, NOTCH2, PRKCI, SMARCA4, U2AF1, AURKA, CDH1, EPHA3, FGFR4, IDH1, LZTR1, NOTCH3, PRKDC, SMARCB1, VEGFA, AURKB, CDK12, EPHA5, FH, IDH2, MAGI2, NPM1, PRSS8, SMO, VHL, AXIN1, CDK4, EPHA7, FLCN, IGF1R, MAP2K1, NRAS, PTCH1, SNCAIP, WISP3, AXL, CDK6, EPHB1, FLT1, IGF2, MAP2K2, NSD1, PTEN, SOCS1, WT1, BAP1, CDK8, ERBB2, FLT3, IKBKE, MAP2K4, NTRK1, PTPN11, SOX10, XPO1, BARD1, CDKN1A, ERBB3, FLT4, IKZF1, MAP3K1, NTRK2, OKI, SOX2, ZBTB2, BCL2, CDKN1B, ERBB4, FOXL2, IL7R, MCL1, NTRK3, RAC1, SOX9, ZNF217, BCL2L1, CDKN2A, ERG, FOXP1, INH BA, MDM2, NUP93, RAD50, SPEN, ZNF703, BCL2L2, CDKN2B, ERRFI1, FRS2, INPP4B, MDM4, PAK3, RAD51, SPOP, BCL6, CDKN2C, ESR1, FUBP1, IRF2, MED12, PALB2, RAF1, SPTA1, BCOR, CEBPA, EZH2, GABRA6, IRF4, MEF2B, PARK2, RANBP2, SRC, BCORL1, CHD2, FAM46C, GATA1, IRS2, MEN1, PAX5, RARA, STAG2, BLM, CHD4, FANCA, GATA2, JAK1, MET, PBRM1, RB1, STAT3, e qualquer combinação dos mesmos. Em outras modalidades, a análise de TMB compreende ainda identificar uma alteração genômica em um ou mais dentre ETV4, TMPRSS2, ETV5, BCR, ETV1, ETV6 e MYB.

[00200] Em outra modalidade, o perfil genômico compreende um ou mais genes selecionados a partir do grupo que consiste em ABL1,

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12B, ABL2, ACTB, ACVR1, ACVR1B, AGO2, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, ALOX, ALOX12B, AMER1, AMER1 (FAM123B ou WTX), AMER1 (FAM123B), ANKRD11, APC, APH1A, AR, ARAF, ARFRP1, ARHGAP26 (GRAF), ARID1A, ARID1B, ARID2, ARID5B, ARv7, ASMTL, ASXL1, ASXL2, ATM, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AXIN1, AXIN2, AXL, B2M, BABAM1, BAP1, BARD1, BBC3, BCL10, BCL11B, BCL2, BCL2L1, BCL2L11, BCL2L2, BCL6, BCL7A, BCOR, BCORL1, BIRC3, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRD4, BRIP1, BRIP1 (BACH1), BRSK1, BTG1, BTG2, BTK, BTLA, C11orf 30 (EMSY), C11orf30, C11orf30 (EMSY), CAD, CALR, CARD11, CARM1, CASP8, CBFB, CBL, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CCT6B, CD22, CD274, CD274 (PD-L1), CD276, CD36, CD58, CD70, CD79A, CD79B, CDC42, CDC73, CDH1, CDK12, CDK4, CDK6, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2Ap14ARF, CDKN2Ap16INK4A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CENPA, CHD2, CHD4, CHEK1, CHEK2, CIC, CIITA, CKS1B, CPS1, CREBBP, CRKL, CRLF2, CSDE1, CSF1R, CSF3R, CTCF, CTLA-4, CTNNB1, CTNNA1, CTNNB1, CUL3, CUL4A, CUX1, CXCR4, CYLD, CYP17A1, CYSLTR2, DAXX, DCUN1D1, DDR1, DDR2, DDX3X, DH2, DICER1, DIS3, DNAJB1, DNM2, DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, DOT1L, DROSHA, DTX1, DUSP2, DUSP4, DUSP9, E2F3, EBF1, ECT2L, EED, EGFL7, EGFR, EIF1AX, EIF4A2, EIF4E, ELF3, ELP2, EML4, EML4-ALK, EP300, EPAS1, EPCAM, EPHA3, EPHA5, EPHA7, EPHB1, EPHB4, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERF, ERG, ERRFI1, ERRFI1, ESR1, ETS1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, EXOSC6, EZH1, EZH2, FAF1, FAM175A, FAM46C, FAM58A, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FAS, FAS (TNFRSF6), FAT1, FBXO11, FBXO31, FBXW7, FGF1, FGF10, FGF12, FGF14, FGF19, FGF2, FGF23, FGF3, FGF4, FGF5, FGF6, FGF7, FGF8, FGF9, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FH, FHIT,

Petição 870190094865, de 23/09/2019, pág. 102/317

76/212

FLCN, FLU, FLT1, FLT3, FLT4, FLYWCH1, FOXA1, FOXL2, FOXO1, FOXO3, FOXP1, FRS2, FUBP1, FYN, GABRA6, GADD45B, GATA1, GATA2, GAT A3, GATA4, GATA6, GEN1, GID4 (C17orf 39), GID4 (C17orf39), GLI1, GLI1, GNA11, GNA12, GNA13, GNAQ, GNAS, GPR124, GPS2, GREM1, GRIN2A, GRM3, GSK3B, GTSE1, H3F3A, H3F3B, H3F3C, HDAC1, HDAC4, HDAC7, Hedgehog, HER-2/NEU; ERBB2, HGF, HIST1H1C, HIST1H1D, HIST1H1E, HIST1H2AC, HIST1H2AG, HIST1H2AL, HIST1H2AM, HIST1H2BC, HIST1H2BD, HIST1H2BJ, HIST1H2BK, HIST1H2BO, HIST1H3A, HIST1H3B, HIST1H3C, HIST1H3D, HIST1H3E, HIST1H3F, HIST1H3G, HIST1H3H, HIST1H3I, HIST1H3J, HIST2H3C, HIST2H3D, HIST3H3, HLA-A, HLA-B, HNF1A, HOXB13, HRAS, HSD3B1, HSP90AA1, ICK, ICOSLG, ID3, IDH1, IDH2, IFNGR1, IGF1, IGF1R, IGF2, IKBKE, IKZF1, IKZF2, IKZF3, IL10, IL7R, INHA, INH BA, INPP4A, INPP4B, INPP5D (SHIP), INPPL1, INSR, IRF1, IRF2, IRF4, IRF8, IRS1, IRS2, JAK1, JAK2, JAK3, JARID2, JUN, K14, KAT6A (MYST 3), KAT6A (MYST3), KDM2B, KDM4C, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIF5B, KIT, KLF4, KLHL6, KMT2A, KMT2A (MLL), KMT2B, KMT2C, KMT2C (MLL3), KMT2D, KMT2D (MLL2), KNSTRN, KRAS, LAMP1, LATS1, LATS2, LEF1, LMO1, LRP1B, LRRK2, LTK, LYN, LZTR1, MAF, MAFB, MAGED1, MAGI2, MALT1, MAP2K1, MAP2K1 (MEK1), MAP2K2, MAP2K2 (MEK2), MAP2K4, MAP3, MAP3K1, MAP3K13, MAP3K14, MAP3K6, MAP3K7, MAPK1, MAPK3, MAPKAP1, MAX, MCL1, MDC1, MDM2, MDM4, MED12, MEF2B, MEF2C, MEK1, MEN1, MERTK, MET, MGA, MIB1, MITF, MKI67, MKNK1, MLH1, MLLT3, MPL, MRE 11 A, MRE11A, MSH2, MSH3, MSH6, MSI1, MSI2, MST1, MST1R, MTAP, MTOR, MUTYH, MYC, MYCL, MYCL (MYC L1), MYCL (MYCL1), MYCL1, MYCN, MYD88, MYO18A, MYOD1, NBN, NCOA3, NCOR1, NCOR2, NCSTN, NEGR1, NF1, NF2, NFE2L2, NFKBIA, NKX2-1, NKX3-1, NOD1, NOTCH1,

Petição 870190094865, de 23/09/2019, pág. 103/317

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NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NPM1, NRAS, NRG1, NSD1, NT5C2, NTHL1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUF2, NUP93, NUP98, P2RY8, PAG1, PAK1, PAK3, PAK7, PALB2, PARK2, PARP1, PARP2, PARP3, PASK, PAX3, PAX5, PAX7, PBRM1, PC, PCBP1, PCLO, PDCD1, PDCD1 (PD-1), PDCD11, PDCD1LG2, PDCD1LG2 (PD-L2), PDGFRA, PDGFRB, PDK1, PDPK1, PGR, PHF6, PHOX2B, PIK3C2B, PIK3C2G, PIK3C3, PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIK3R3, PIM1, PLCG2, PLK2, PMAIP1, PMS1, PMS2, PNRC1, POLD1, POLE, POT1, PPARG, PPM1D, PPP2, PPP2R1A, PPP2R2A, PPP4R2, PPP6C, PRDM1, PRDM14, PREX2, PRKAR1A, PRKCI, PRKD1, PRKDC, PRSS8, PTCH1, PTEN, PTP4A1, PTPN11, PTPN2, PTPN6 (SHP-1), PTPRD, PTPRO, PTPRS, PTPRT, OKI, R1A, RAB35, RAC1, RAC2, RAD21, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RAF1, RANBP2, RARA, RASA1, RASGEF1A, RB1, RBM10, RECQL, RECQL4, REL, RE LN, RET, RFWD2, RHEB, RHOA, RICTOR, RIT1, RNF43, ROS1, RPS6KA4, RPS6KB1, RPS6KB2, RPTOR, RRAGC, RRAS, RRAS2, RTEL1, RUNX1, RUNX1T1, RXRA, RYBP, S1PR2, SDH A, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SERP2, SESN1, SESN2, SESN3, SETBP1, SETD2, SETD8, SF3B1, SGK1, SH2B3, SH2D1A, SHOC2, SHQ1, SLIT2, SLX4, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMARCA1, SMARCA4, SMARCB1, SMARCD1, SMC1A, SMC3, SMO, SMYD3, SNCAIP, SOCS1, SOCS2, SOCS3, S0S1, SOX10, S0X17, SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SPRED1, SPTA1, SRC, SRSF2, STAG2, STAT3, STAT4, STAT5A, STAT5B, STAT6, STK11, STK19, STK40, SUFU, SUZ12, SYK, TAF1, TAP1, TAP2, TBL1XR1, TBX3, TCEB1, TCF3, TCF3 (E2A), TCF7L2, TCL1A (TCL1), TEK, TERC, TERT, Promotor TERT, TET1, TET2, TFRC, TGFBR1, TGFBR2, TIPARP, TLL2, TMEM127, TMEM30A, TMPRSS2, TMSB4XP8 (TMSL3), TNFAIP3, TNFRSF11A, TNFRSF14, TNFRSF17, TOP1, TOP2A, TP53, TP53BP1, TP63, TRAF2, TRAF3,

Petição 870190094865, de 23/09/2019, pág. 104/317

78/212

TRAF5, TRAF7, TSC1, TSC2, TSHR, TUSC3, TYK2, TYRO3, U2AF1, U2AF2, UPF1, VEGFA, VHL, VTCN1, WDR90, WHSC1, WHSC1 (MMSET ou NSD2), WHSC1L1, WISP3, WT1, WWTR1, XBP1, XIAP, XPO1, XRCC2, YAP1, YES1, YY1AP1, ZBTB2, ZFHX3, ZMYM3, ZNF217, ZNF24 (ZSCAN3), ZNF703, ZRSR2, e qualquer combinação destes.

[00201] Em outra modalidade, o ensaio de perfil genômico compreende pelo menos cerca de 20, pelo menos cerca de 30, pelo menos cerca de 40, pelo menos cerca de 50, pelo menos cerca de 60, pelo menos cerca de 70, pelo menos cerca de 80 90, pelo menos cerca de 100, pelo menos cerca de 110, pelo menos cerca de 120, pelo menos cerca de 130, pelo menos cerca de 140, pelo menos cerca de 150, pelo menos cerca de 160, pelo menos cerca de 170, pelo menos cerca de 180 190, pelo menos cerca de 200, pelo menos cerca de 210, pelo menos cerca de 220, pelo menos cerca de 230, pelo menos cerca de 240, pelo menos cerca de 250, pelo menos cerca de 260, pelo menos cerca de 270, pelo menos cerca de 280 290, ou pelo menos cerca de 300 genes selecionados a partir do grupo que consiste em ABL1, 12B, ABL2, ACTB, ACVR1, ACVR1B, AGO2, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, ALOX, ALOX12B, AMER1, AMER1 (FAM123B ou WTX), AMER1 (FAM123B), ANKRD11, APC, APH1A, AR, ARAF, ARFRP1, ARHGAP26 (GRAF), ARID1A, ARID1B, ARID2, ARID5B, ARv7, ASMTL, ASXL1, ASXL2, ATM, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AXIN1, AXIN2, AXL, B2M, BABAM1, BAP1, BARD1, BBC3, BCL10, BCL11B, BCL2, BCL2L1, BCL2L11, BCL2L2, BCL6, BCL7A, BCOR, BCORL1, BIRC3, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRD4, BRIP1, BRIP1 (BACH1), BRSK1, BTG1, BTG2, BTK, BTLA, C11orf 30 (EMSY), C11orf30, C11orf30 (EMSY), CAD, CALR, CARD11, CARM1, CASP8, CBFB, CBL, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CCT6B, CD22, CD274, CD274 (PD-L1), CD276, CD36,

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CD58, CD70, CD79A, CD79B, CDC42, CDC73, CDH1, CDK12, CDK4, CDK6, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2Ap14ARF, CDKN2Ap16INK4A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CENPA, CHD2, CHD4, CHEK1, CHEK2, CIC, CIITA, CKS1B, CPS1, CREBBP, CRKL, CRLF2, CSDE1, CSF1R, CSF3R, CTCF, CTLA-4, CTNNB1, CTNNA1, CTNNB1, CUL3, CUL4A, CUX1, CXCR4, CYLD, CYP17A1, CYSLTR2, DAXX, DCUN1D1, DDR1, DDR2, DDX3X, DH2, DICER1, DIS3, DNAJB1, DNM2, DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, DOT1L, DROSHA, DTX1, DUSP2, DUSP4, DUSP9, E2F3, EBF1, ECT2L, EED, EGFL7, EGFR, EIF1AX, EIF4A2, EIF4E, ELF3, ELP2, EML4, EML4-ALK, EP300, EPAS1, EPCAM, EPHA3, EPHA5, EPHA7, EPHB1, EPHB4, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERF, ERG, ERRFI1, ERRFI1, ESR1, ETS1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, EXOSC6, EZH1, EZH2, FAF1, FAM175A, FAM46C, FAM58A, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FAS, FAS (TNFRSF6), FAT1, FBXO11, FBXO31, FBXW7, FGF1, FGF10, FGF12, FGF14, FGF19, FGF2, FGF23, FGF3, FGF4, FGF5, FGF6, FGF7, FGF8, FGF9, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FH, FHIT, FLCN, FLI1, FLT1, FLT3, FLT4, FLYWCH1, FOXA1, FOXL2, FOXO1, FOXO3, FOXP1, FRS2, FUBP1, FYN, GABRA6, GADD45B, GATA1, GATA2, GAT A3, GATA4, GATA6, GEN1, GID4 (C17orf 39), GID4 (C17orf39), GLI1, GLI1, GNA11, GNA12, GNA13, GNAQ, GNAS, GPR124, GPS2, GREM1, GRIN2A, GRM3, GSK3B, GTSE1, H3F3A, H3F3B, H3F3C, HDAC1, HDAC4, HDAC7, Hedgehog, HER-2/NEU; ERBB2, HGF, HIST1H1C, HIST1H1D, HIST1H1E, HIST1H2AC, HIST1H2AG, HIST1H2AL, HIST1H2AM, HIST1H2BC, HIST1H2BD, HIST1H2BJ, HIST1H2BK, HIST1H2BO, HIST1H3A, HIST1H3B, HIST1H3C, HIST1H3D, HIST1H3E, HIST1H3F, HIST1H3G, HIST1H3H, HIST1H3I, HIST1H3J, HIST2H3C, HIST2H3D, HIST3H3, HLA-A, HLA-B, HNF1A, HOXB13,

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HRAS, HSD3B1, HSP90AA1, ICK, ICOSLG, ID3, IDH1, IDH2, IFNGR1, IGF1, IGF1R, IGF2, IKBKE, IKZF1, IKZF2, IKZF3, IL1O, IL7R, INHA, INHBA, INPP4A, INPP4B, INPP5D (SHIP), INPPL1, INSR, IRF1, IRF2, IRF4, IRF8, IRS1, IRS2, JAK1, JAK2, JAK3, JARID2, JUN, K14, KAT6A (MYST 3), KAT6A (MYST3), KDM2B, KDM4C, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIF5B, KIT, KLF4, KLHL6, KMT2A, KMT2A (MLL), KMT2B, KMT2C, KMT2C (MLL3), KMT2D, KMT2D (MLL2), KNSTRN, KRAS, LAMP1, LATS1, LATS2, LEF1, LMO1, LRP1B, LRRK2, LTK, LYN, LZTR1, MAF, MAFB, MAGED1, MAGI2, MALT1, MAP2K1, MAP2K1 (MEK1), MAP2K2, MAP2K2 (MEK2), MAP2K4, MAP3, MAP3K1, MAP3K13, MAP3K14, MAP3K6, MAP3K7, MAPK1, MAPK3, MAPKAP1, MAX, MCL1, MDC1, MDM2, MDM4, MED12, MEF2B, MEF2C, MEK1, MEN1, MERTK, MET, MGA, MIB1, MITF, MKI67, MKNK1, MLH1, MLLT3, MPL, MRE 11 A, MRE11A, MSH2, MSH3, MSH6, MSI1, MSI2, MST1, MST1R, MTAP, MTOR, MUTYH, MYC, MYCL, MYCL (MYC L1), MYCL (MYCL1), MYCL1, MYCN, MYD88, MYO18A, MYOD1, NBN, NCOA3, NCOR1, NCOR2, NCSTN, NEGR1, NF1, NF2, NFE2L2, NFKBIA, NKX2-1, NKX3-1, NOD1, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NPM1, NRAS, NRG1, NSD1, NT5C2, NTHL1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUF2, NUP93, NUP98, P2RY8, PAG1, PAK1, PAK3, PAK7, PALB2, PARK2, PARP1, PARP2, PARP3, PASK, PAX3, PAX5, PAX7, PBRM1, PC, PCBP1, PCLO, PDCD1, PDCD1 (PD-1), PDCD11, PDCD1LG2, PDCD1LG2 (PD-L2), PDGFRA, PDGFRB, PDK1, PDPK1, PGR, PHF6, PHOX2B, PIK3C2B, PIK3C2G, PIK3C3, PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIK3R3, PIM1, PLCG2, PLK2, PMAIP1, PMS1, PMS2, PNRC1, POLD1, POLE, POT1, PPARG, PPM1D, PPP2, PPP2R1A, PPP2R2A, PPP4R2, PPP6C, PRDM1, PRDM14, PREX2, PRKAR1A, PRKCI, PRKD1, PRKDC, PRSS8, PTCH1, PTEN, PTP4A1, PTPN11, PTPN2, PTPN6 (SHP-1),

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PTPRD, PTPRO, PTPRS, PTPRT, QKI, R1A, RAB35, RAC1, RAC2, RAD21, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RAF1, RANBP2, RARA, RASA1, RASGEF1A, RB1, RBM10, RECQL, RECQL4, REL, RELN, RET, RFWD2, RHEB, RHOA, RICTOR, RIT1, RNF43, ROS1, RPS6KA4, RPS6KB1, RPS6KB2, RPTOR, RRAGC, RRAS, RRAS2, RTEL1, RUNX1, RUNX1T1, RXRA, RYBP, S1PR2, SDH A, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SERP2, SESN1, SESN2, SESN3, SETBP1, SETD2, SETD8, SF3B1, SGK1, SH2B3, SH2D1A, SHOC2, SHQ1, SLIT2, SLX4, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMARCA1, SMARCA4, SMARCB1, SMARCD1, SMC1A, SMC3, SMO, SMYD3, SNCAIP, SOCS1, SOCS2, SOCS3, S0S1, SOX10, S0X17, SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SPRED1, SPTA1, SRC, SRSF2, STAG2, STAT3, STAT4, STAT5A, STAT5B, STAT6, STK11, STK19, STK40, SUFU, SUZ12, SYK, TAF1, TAP1, TAP2, TBL1XR1, TBX3, TCEB1, TCF3, TCF3 (E2A), TCF7L2, TCL1A (TCL1), TEK, TERC, TERT, Promotor TERT, TET1, TET2, TFRC, TGFBR1, TGFBR2, TIPARP, TLL2, TMEM127, TMEM30A, TMPRSS2, TMSB4XP8 (TMSL3), TNFAIP3, TNFRSF11A, TNFRSF14, TNFRSF17, TOP1, TOP2A, TP53, TP53BP1, TP63, TRAF2, TRAF3, TRAF5, TRAF7, TSC1, TSC2, TSHR, TUSC3, TYK2, TYRO3, U2AF1, U2AF2, UPF1, VEGFA, VHL, VTCN1, WDR90, WHSC1, WHSC1 (MMSETou NSD2), WHSC1L1, WISP3, WT1, WWTR1, XBP1, XIAP, XPO1, XRCC2, YAP1, YES1, YY1AP1, ZBTB2, ZFHX3, ZMYM3, ZNF217, ZNF24 (ZSCAN3), ZNF703, ZRSR2, e qualquer combinação dos mesmos.

[00202] Em outra modalidade, o perfil genômico compreende um ou mais genes selecionados dentre os genes listados nas Tabelas 2-17.

[00203] Em uma modalidade, o estado da TMB com base no perfil genômico está altamente correlacionado com o estado da TMB com base no sequenciamento de exoma completo ou de genoma completo.

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As evidências aqui fornecidas mostram que o uso de ensaios de perfil genômico, tal como o ensaio F1CDx, tem concordância com ensaios de sequenciamento de exoma completo e/ou de genoma completo. Esses dados suportam o uso de ensaios de perfil genômico como um meio mais eficiente de medir o estado da TMB, sem perder as qualidades prognosticas do estado da TMB.

[00204] A TMB pode ser medida usando uma amostra de biópsia de tecido ou, alternativamente, DNA de tumor em circulação (ctDNA), cfDNA (DNA sem células) e/ou uma amostra de biópsia líquida. O ctDNA pode ser usado para medir o estado da TMB de acordo com o perfil genômico ou de sequenciamento de exoma completo ou de genoma completo usando as metodologias disponíveis, por exemplo, GRAIL, Inc.

[00205] Um indivíduo é identificado como adequado para uma imunoterapia, por exemplo, com um anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo ou um anticorpo anti-PD-L1 ou uma porção de ligação de antígeno do mesmo, com base na medição do estado de TMB e identificação de uma TMB alta. Em algumas modalidades, um escore de TMB é calculado como o número total de mutações de sentido incorreto não sinônimas em um tumor, conforme medido por sequenciamento de exoma completo ou sequenciamento de genoma completo. Em uma modalidade, a TMB alta tem um escore de pelo menos 210, pelo menos 215, pelo menos 220, pelo menos

225, pelo menos

245, pelo menos

265, pelo menos

285, pelo menos

305, pelo menos pelo menos 325, pelo menos 345,

230, pelo menos

250, pelo menos

270, pelo menos

290, pelo menos

310, pelo menos pelo menos 330, pelo menos 350,

235, pelo menos

255, pelo menos

275, pelo menos

295, pelo menos

315, pelo menos pelo menos 335, pelo menos 355,

240, pelo menos 260, pelo menos 280, pelo menos 300, pelo menos pelo menos 320, pelo menos 340, pelo menos 360,

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83/212 pelo menos 365, pelo menos 365, pelo menos 370, pelo menos375, pelo menos 380, pelo menos 385, pelo menos 390, pelo menos395, pelo menos 400, pelo menos 405, pelo menos 410, pelo menos415, pelo menos 420, pelo menos 425, pelo menos 425, pelo menos430, pelo menos 435, pelo menos 440, pelo menos pelo menos 445, pelo menos 450, pelo menos 455, pelo menos 460, pelo menos 465, pelo menos 470, pelo menos 475, pelo menos 480, pelo menos 485, pelo menos 490, pelo menos 495 ou pelo menos 500. Em outra modalidade, a TMB alta tem um escore de pelo menos 215, pelo menos 220, pelo menos 221, pelo menos 222, pelo menos 223, em pelo menos 224, pelo menos 225, pelo menos 226, pelo menos 227, pelo menos 228, pelo menos 229, pelo menos 230, pelo menos231, pelo menos 232, pelo menos 233, pelo menos 234, pelo menos235, pelo menos 236, pelo menos 237, pelo menos 238, pelo menos239, pelo menos 240, pelo menos 241, pelo menos 242, pelo menos243, pelo menos 244, pelo menos 245, pelo menos 246, pelo menos247, pelo menos 248, pelo menos pelo menos 249 ou pelo menos 250. Em uma modalidade específica, a TMB alta tem um escore de pelo menos 243. Em outras modalidades, a TMB alta tem um escore de pelo menos 244. Em algumas modalidades, a TMB alta tem um escore de pelo menos 245. Em outras modalidades, a TMB alta tem um escore de pelo menos 246. Em outras modalidades, a TMB alta tem um escore de pelo menos 247. Em outras modalidades, a TMB alta tem um escore de pelo menos 248. Em outras modalidades, a TMB alta tem um escore de pelo menos 249. Em outras modalidades, a TMB alta tem um escore de pelo menos 250. Em outras modalidades, a TMB alta tem um escore de qualquer número inteiro entre 200 e 300 ou superior. Em outras modalidades, a TMB alta tem um escore de qualquer número inteiro entre 210 e 290 ou superior. Em outras modalidades, a TMB alta tem um escore de qualquer número inteiro

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84/212 entre 220 e 280 ou superior. Em outras modalidades, a TMB alta tem um escore de qualquer número inteiro entre 230 e 270 ou superior. Em outras modalidades, a TMB alta tem um escore de qualquer número inteiro entre 235 e 265 ou superior.

[00206] Alternativamente, a TMB alta pode ser um valor relativo e não um valor absoluto. Em algumas modalidades, o estado da TMB do indivíduo é comparado a um valor de TMB de referência. Em uma modalidade, o estado da TMB do indivíduo está dentro do fratil mais alto do valor de TMB de referência. Em outra modalidade, o estado da TMB do indivíduo está dentro do tercil superior do valor de TMB de referência.

[00207] Em algumas modalidades, o estado da TMB é expresso como o número de mutações por amostra, por célula, por exoma ou por comprimento de DNA (por exemplo, Mb). Em algumas modalidades, um tumor tem um estado de TMB alta se o tumor tiver pelo menos cerca de 50 mutações/tumor, pelo menos cerca de 55 mutações/tumor, pelo menos cerca de 60 mutações/tumor, pelo menos cerca de 65 mutações/tumor, pelo menos cerca de 70 mutações/tumor, pelo menos cerca de 75 mutações/tumor, pelo menos cerca de 80 mutações/tumor, pelo menos cerca de 85 mutações/tumor, pelo menos cerca de 90 mutações/tumor, pelo menos cerca de 95 mutações/tumor, pelo menos cerca de 95 mutações/tumor, pelo menos cerca de 100 mutações/tumor, pelo menos cerca de 105 mutações/tumor, pelo menos cerca de 110 mutações/tumor, pelo menos cerca de 115 mutações/tumor ou pelo menos cerca de 120 mutações/tumor. Em algumas modalidades, um tumor tem um estado de TMB alta se o tumor tiver pelo menos cerca de 125 mutações/tumor, pelo menos cerca de 150 mutações/tumor, pelo menos cerca de 175 mutações/tumor, pelo menos cerca de 200 mutações/tumor, pelo menos cerca de 225 mutações/tumor, pelo

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85/212 menos cerca de 250 mutações/tumor, pelo menos cerca de 250 mutações/tumor, pelo menos cerca de 275 mutações/tumor, pelo menos cerca de 300 mutações/tumor, pelo menos cerca de 350 mutações/tumor, pelo menos cerca de 400 mutações/tumor ou pelo menos cerca de 500 mutações/tumor. Em uma modalidade específica, um tumor tem um estado da TMB alta se o tumor tiver pelo menos cerca de 100 mutações/tumor.

[00208] Em algumas modalidades, um tumor tem um estado de TMB alta se o tumor tiver pelo menos cerca de 5 mutações por megabase de genes, por exemplo, genoma sequenciado de acordo com um ensaio de TMB, por exemplo, genoma sequenciado de acordo com um ensaio FOUNDATIONONE® CDX™, (mutações/Mb), pelo menos cerca de 6 mutações/Mb, pelo menos cerca de 7 mutações/Mb, pelo menos cerca de 8 mutações/Mb, pelo menos cerca de 9 mutações/Mb, pelo menos cerca de 10 mutações/Mb, pelo menos cerca de 10 mutações/Mb, pelo menos cerca de 11 mutações/Mb, pelo menos cerca de 12 mutações/Mb, pelo menos cerca de 13 mutações/Mb, pelo menos cerca de 14 mutações/Mb, pelo menos cerca de 15 mutações/Mb, pelo menos cerca de 20 mutações/Mb, pelo menos cerca de 20 mutações/Mb, pelo menos cerca de 25 mutações/Mb, pelo menos cerca de 30 mutações/Mb, pelo menos cerca de 35 mutações/Mb, pelo menos cerca de 40 mutações/Mb, pelo menos cerca de 45 mutações/Mb, pelo menos cerca de 50 mutações/Mb, pelo menos cerca de 50 mutações/Mb, pelo menos cerca de 75 mutações/Mb ou pelo menos cerca de 100 mutações/Mb. Em certas modalidades, um tumor tem um estado de TMB alta se o tumor tiver pelo menos cerca de 5 mutações/Mb. Em certas modalidades, um tumor tem um estado de TMB alta se o tumor tiver pelo menos cerca de 10 mutações/Mb. Em algumas modalidades, um tumor tem um estado de TMB alta se o tumor tiver pelo menos cerca

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86/212 de 11 mutações/Mb. Em algumas modalidades, um tumor tem um estado de TMB alta se o tumor tiver pelo menos cerca de 12 mutações/Mb. Em algumas modalidades, um tumor tem um estado de TMB alta se o tumor tiver pelo menos cerca de 13 mutações/Mb. Em algumas modalidades, um tumor tem um estado de TMB alta se o tumor tiver pelo menos cerca de 14 mutações/Mb. Em certas modalidades, um tumor tem um estado de TMB alta se o tumor tiver pelo menos cerca de 15 mutações/Mb.

[00209] Como o número de mutações varia de acordo com o tipo de tumor e outras formas (veja Q4 e Q5), os valores associados a TMB alta e TMB baixa podem diferir entre os tipos de tumor.

Estado de PD-L1 [00210] O estado da TMB pode ser usado sozinho ou em combinação com outros fatores como uma forma de prever a resposta de um tumor à terapia e, em particular, tratamento com um agente imuno-oncológico, como um anticorpo anti-PD-1 ou um anticorpo antiPD-L1. Em algumas modalidades, apenas o estado da TMB de um tumor é usado para identificar pacientes com um tumor com maior probabilidade de responder a uma imunoterapia, por exemplo, com um anticorpo anti-PD-1 ou um anticorpo anti-PD-L1. Em outras modalidades, o estado de PD-L1 e o estado da TMB são usados para identificar pacientes com um tumor com maior probabilidade de responder a uma imunoterapia, por exemplo, com um anticorpo antiPD-1 ou um anticorpo anti-PD-L1.

[00211] O estado de PD-L1 de um tumor em um indivíduo pode ser medido antes da administração de qualquer composição ou utilização de qualquer método descrito aqui. A expressão de PD-L1 pode ser determinada por quaisquer métodos conhecidos na técnica.

[00212] A fim de avaliar a expressão de PD-L1, em uma modalidade, uma amostra de tecido de teste pode ser obtida do

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87/212 paciente que precisa da terapia. Em outra modalidade, a avaliação da expressão de PD-L1 pode ser alcançada sem a obtenção de uma amostra de tecido de teste. Em algumas modalidades, a seleção de um paciente adequado inclui (i) fornecer opcionalmente uma amostra de tecido de teste obtida de um paciente com câncer do tecido, a amostra de tecido de teste compreendendo células de tumor e/ou células inflamatórias infiltrantes de tumor; e (ii) avaliar a proporção de células na amostra de tecido de teste que expressam PD-L1 na superfície das células com base em uma avaliação de que a proporção de células na amostra de tecido de teste que expressa PD-L1 na superfície celular é maior do que um nível limite predeterminado.

[00213] Em qualquer um dos métodos que compreende a medição da expressão de PD-L1 em uma amostra de tecido de teste, no entanto, deve-se entender que a etapa que compreende a provisão de uma amostra de tecido de teste obtida de um paciente é uma etapa opcional. Também deve ser entendido que, em certas modalidades, a etapa de medir ou avaliar para identificar ou determinar o número ou proporção de células na amostra de tecido de teste que expressam PD-L1 na superfície celular é realizada por um método transformador de ensaio para expressão de PD-L1, por exemplo, realizando um ensaio de reação em cadeia da transcriptase-polimerase reversa (RTPCR) ou um ensaio de IHC. Em certas outras modalidades, nenhuma etapa transformadora está envolvida e a expressão de PD-L1 é avaliada, por exemplo, revisando um relatório dos resultados de testes de um laboratório. Em certas modalidades, as etapas dos métodos até e incluindo a avaliação da expressão de PD-L1 fornecem um resultado intermediário que pode ser fornecido a um médico ou outro profissional de saúde para uso na seleção de um candidato adequado para a terapia com o anticorpo anti-PD-1 ou com o anticorpo anti-PD-L1. Em certas modalidades, as etapas que fornecem o resultado intermediário

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88/212 são realizadas por um médico ou alguém que atue sob a direção de um médico. Em outras modalidades, estas etapas são realizadas por um laboratório independente ou por uma pessoa independente, tal como um técnico de laboratório.

[00214] Em certas modalidades de qualquer um dos métodos presentes, a proporção de células que expressam PD-L1 é avaliada pela realização de um ensaio para determinar a presença de RNA de PD-L1. Em outras modalidades, a presença de RNA de PD-L1 é determinada por RT-PCR, hibridização in situ ou proteção de RNase. Em outras modalidades, a proporção de clulas que expressam PD-L1 é avaliada realizando um ensaio para determinar a presença de polipeptídeo de PD-L1. Em outras modalidades, a presença do polipeptídeo de PD-L1 é determinada por imuno-histoquímica (IHC), ensaio imunossorvente ligado à enzima (ELISA), imageamento in vivo ou citometria de fluxo. Em algumas modalidades, a expressão de PDL1 é avaliada por IHC. Em outras modalidades de todos estes métodos, a expressão da superfie celular de PD-L1 é ensaiada utilizando, por exemplo, IHC ou imageamento in vivo.

[00215] Técnicas de imagem forneceram ferramentas importantes na pesquisa e no tratamento do câncer. Desenvolvimentos recentes em sistemas de imageamento molecular, incluindo tomografia por emissão de positrons (PET), tomografia computadorizada por emissão fotônica única (SPECT), imageamento por refletância de fluorescência (FRI), tomografia mediada fluorescente (FMT), imageamento por bioluminescência (BLI), microscopia confocal de varredura a laser (LSCM) e microscopia multifotônica (MPM), provavelmente anunciarão um uso ainda maior dessas técnicas na pesquisa do câncer. Alguns desses sistemas de imageamento molecular permitem que os médicos não só vejam onde um tumor está localizado no corpo, mas também visualizem a expressão e atividade de moléculas específicas, células e

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89/212 processos biológicos que influenciam o comportamento do tumor e/ou responsividade a fármacos terapêuticos (Condeelis and Weissleder, In vivo imaging in cancer, Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 2(12)\aOO3848 (2010)). A especificidade do anticorpo, associada à sensibilidade e à resolução de PET, torna o imageamento immunoPET particularmente atraente para monitorar e avaliar a expressão de antígenos em amostras de tecidos (McCabe and Wu, Positive pogress in imunoPET-not just a coincidência, Cancer Biother. Radiopharm. 25(3):253-61 (2010); Olafsen et al., ImmunoPET imaging of B-cell lymphoma using 124l-anti-CD20 scFv dimers (diabodies), Protein Eng. Des. Sei. 23(4)-.243-9 (2010)). Em certas modalidades de qualquer um dos presentes métodos, a expressão de PD-L1 é ensaiada por imageamento imunoPET. Em certas modalidades de qualquer um dos presentes métodos, a proporção de células em uma amostra de tecido de teste que expressa PD-L1 é avaliada realizando um ensaio para determinar a presença de polipeptídeo de PD-L1 na superfície das células na amostra de tecido de teste. Em certas modalidades, a amostra de tecido de teste é uma amostra de tecido de FFPE. Em outras modalidades, a presença do polipeptídeo de PD-L1 é determinada por ensaio de IHC. Em outras modalidades, o ensaio de IHC é realizado utilizando um processo automatizado. Em algumas modalidades, o ensaio de IHC é realizado utilizando um anticorpo monoclonal anti-PD-L1 para se ligar ao polipeptídeo de PD-L1. Em certas modalidades, o anticorpo monoclonal anti-PD-L1 é selecionado a partir do grupo que consiste em 28-8, 28-1, 28-12, 29-8, 5H1 e qualquer combinação destes. Veja WO/2013/173223, que está aqui incorporado por referência em sua totalidade.

[00216] Em uma modalidade dos métodos presentes, um método de IHC automatizado é usado para testar a expressão de PD-L1 na superfície de células em espécies de tecido de FFPE. A presença do

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90/212 antígeno de PD-L1 humano pode ser medida em uma amostra de tecido de teste por contato da amostra de teste e uma amostra de controle negativo (por exemplo, tecido normal), com um anticorpo monoclonal que se liga especificamente ao PD-L1 humano sob condições que permitem a formação de um complexo entre o anticorpo ou porção do mesmo e o PD-L1 humano. Em certas modalidades, as amostras de tecido de teste e de controle são amostras de FFPE. A formação de um complexo é, então, detectada, em que uma diferença na formação do complexo entre a amostra de teste e a amostra de controle negativo é indicativa da presença de antígeno de PD-L1 humano na amostra. Vários métodos são usados para quantificar a expressão de PD-L1.

[00217] Em uma modalidade particular, o método de IHC automatizado compreende: (a) desparafinar e reidratar as seções de tecido montadas em um autocolorador; (b) recuperar o antígeno utilizando uma câmara de desalojamento e tampão com pH 6, aquecido a 110°C durante 10 min; (c) pôr reagentes em um autocolorador; e (d) executar o autocolorador para incluir etapas de peroxidase endógena neutralizadora na espécie de tecido; bloquear sítios de ligação de proteínas não específicos nas lâminas; incubar as lâminas com anticorpo primário; incubar com um agente de bloqueio pós-primário pós; incubar com Polímero NovoLink; adicionar um substrato cromogênico e desenvolver; e contrastar com hematoxilina.

[00218] Para avaliar a expressão de PD-L1 em amostras de tecido de tumor, um patologista examina o número de células de tumor de PD-L1⁺ da membrana em cada campo sob um microscópio e estima mentalmente a porcentagem de células que são positivas, e depois calcula a média para chegar à porcentagem final. As diferentes intensidades de coloração são definidas como 0/negativo, 1+/fraco, 2+/moderado e 3+/forte. Tipicamente, os valores de porcentagem são

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91/212 atribuídos primeiro aos baldes 0 e 3+ e, em seguida, as intensidades intermediárias 1+ e 2+ são consideradas. Para tecidos altamente heterogêneos, a espécie é dividida em zonas, e cada zona é pontuada separadamente e depois combinada em um único conjunto de valores percentuais. As porcentagens de células negativas e positivas para as diferentes intensidades de coloração são determinadas a partir de cada área e um valor médio é dado a cada zona. Um valor percentual final é dado ao tecido para cada categoria de intensidade de coloração: negativo, 1+, 2+ e 3+. A soma de todas as intensidades de coloração precisa ser 100%. Em uma modalidade, o número limite de células que precisa ser positivo para PD-L1 é pelo menos cerca de 100, pelo menos cerca de 125, pelo menos cerca de 150, pelo menos cerca de 175 ou pelo menos cerca de 200 células. Em certas modalidades, o número limite ou células que precisa ser positivo para PD-L1 é de pelo menos cerca de 100 células.

[00219] A coloração também é avaliada em células inflamatórias infiltrantes em tumores, tais como macrófagos e linfócitos. Na maioria dos casos, os macrófagos servem como um controle positivo interno, pois a coloração é observada em uma grande proporção de macrófagos. Embora não seja necessário corar com intensidade 3+, a ausência de coloração de macrófagos deve-se levar em consideração para descartar qualquer falha técnica. Os macrófagos e linfócitos são avaliados quanto à coloração da membrana plasmática e registrados apenas para todas as amostras como positivas ou negativas para cada categoria de células. A coloração também é caracterizada de acordo com uma designação de célula imune de tumor externa/interna. Interna significa que a célula imune está dentro do tecido de tumor e/ou nos limites da região de tumor sem ser intercalada fisicamente entre as células de tumor. Externa significa que não há associação física com o tumor, as células imunes sendo encontradas na periferia

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92/212 associadas ao tecido conjuntivo ou a qualquer tecido adjacente associado.

[00220] Em certas modalidades desses métodos de pontuação, as amostras são pontuadas por dois patologistas operando independentemente, e os escores são posteriormente consolidados. Em certas outras modalidades, a identificação de células positivas e negativas é pontuada usando o software apropriado.

[00221] Um histoscore é usado como uma medida mais quantitativa dos dados de IHC. O histoscore é calculado da seguinte maneira:

Histoscore = [(% de tumor x 1 (baixa intensidade)) + (% de tumor x 2 (intensidade média)) + (% de tumor x 3 (alta intensidade)] [00222] Para determinar o histoscore, o patologista estima a porcentagem de células coradas em cada categoria de intensidade dentro de uma espécie. Como a expressão da maioria dos biomarcadores é heterogênea, o histoscore é uma representação mais verdadeira da expressão geral. A faixa de histoscore final é de 0 (sem expressão) a 300 (expressão máxima).

[00223] Um meio alternativo de quantificar a expressão de PD-L1 em uma amostra de tecido de teste IHC é determinar o escore de inflamação ajustado (AIS) definido como a densidade da inflamação multiplicada pelo percentual de expressão de PD-L1 pelas células inflamatórias infiltrantes em tumor (Taube et al., Colocalization of inflammatory response with B7-h1 expression in human melanocytic lesions supports an adaptive resistance mechanism of immune escape, Sci. Transl. Med. 4(127)\\2l\a37 (2012)).

[00224] Em uma modalidade, o nível de expressão de PD-L1 de urn tumor é de pelo menos cerca de 1%, pelo menos cerca de 2%, pelo menos cerca de 3%, pelo menos cerca de 4%, pelo menos cerca de 5%, pelo menos cerca de 6%, pelo menos cerca de 7%, pelo menos cerca de 8%, pelo menos cerca de 9%, pelo menos cerca de 10%, pelo menos cerca de 11%, pelo menos cerca de 12%, pelo menos

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93/212 cerca de 13%, pelo menos cerca de 14%, pelo menos cerca de 15%, pelo menos cerca de 20%, pelo menos cerca de 25%, pelo menos cerca de 30%, pelo menos cerca de 40%, pelo menos cerca de 50%, pelo menos cerca de 60%, pelo menos cerca de 70%, em pelo menos cerca de 75%, pelo menos cerca de 80%, pelo menos cerca de 85%, pelo menos cerca de 90%, pelo menos cerca de 95% ou cerca de 100%. Em outra modalidade, o estado de PD-L1 de um tumor é de pelo menos cerca de 1%. Em outras modalidades, o estado de PD-L1 do indivíduo é de pelo menos cerca de 5%. Em uma certa modalidade, o estado de PD-L1 de um tumor é de pelo menos cerca de 10%. Em uma modalidade, o estado de PD-L1 do tumor é de pelo menos cerca de 25%. Em uma modalidade particular, o estado de PD-L1 do tumor é de pelo menos cerca de 50%.

[00225] PD-L1 positivo quando aqui utilizado pode ser alternadamente usado com expressão de PD-L1 de pelo menos cerca de 1%. Em uma modalidade, os tumores positivos para PD-L1 podem ter pelo menos cerca de 1%, pelo menos cerca de 2%, pelo menos cerca de 5%, pelo menos cerca de 10%, pelo menos cerca de 20%, pelo menos cerca de 25%, pelo menos cerca de 30%, pelo menos cerca de 40%, pelo menos cerca de 50%, pelo menos cerca de 60, pelo menos cerca de 70%, pelo menos cerca de 75%, pelo menos cerca de 80%, pelo menos cerca de 85%, pelo menos cerca de 90%, pelo menos cerca de 95% ou cerca de 100% das células de tumor expressando PD-L1, conforme medido por um IHC automatizado. Em certas modalidades, PD-L1 positivo significa que existem pelo menos 100 células que expressam PD-L1 na superfície das células.

[00226] Em uma modalidade, um tumor positivo para PD-L1 com TMB alta tem uma probabilidade maior de resposta à terapia com um anticorpo anti-PD-1 do que um tumor com apenas TMB alta, apenas expressão positiva para PD-L1, ou nenhum. Em uma modalidade, o

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94/212 tumor tem pelo menos cerca de 1%, cerca de 5%, cerca de 10%, cerca de 15%, cerca de 20%, cerca de 25%, cerca de 30%, cerca de 35%, cerca de 40%, cerca de 45% ou cerca de 50% de expressão de PDL1. Em uma modalidade específica, um tumor com > 50% de expressão de PD-L1 e um estado de TMB alta é mais provável que responda à terapia com um anticorpo anti-PD-1 do que um tumor com apenas TMB alta, apenas > 50% de expressão de PD-L1, ou nenhum. [00227] Em certas modalidades, o tumor no indivíduo adequado para a imunoterapia, por exemplo, um tratamento com anticorpo antiPD-1, nesta descrição, não expressa PD-L1 (menos de 1%, menos de 2%, menos de 3%, menos de 4%, ou menos de 5% de PD-L1 membranoso). Em algumas modalidades, os métodos da presente descrição são irrelevantes para a expressão de PD-L1.

Estado de MSI [00228] O estado da TMB pode ser usado sozinho ou em combinação com outros fatores, por exemplo, estado de MSI, como um meio de prever a resposta de um tumor à terapia e, em particular, ao tratamento com um agente imuno-oncológico, tal como um anticorpo anti-PD-1 ou um anticorpo anti-PD-L1. Em uma modalidade, o estado de MSI faz parte do estado da TMB. Em outras modalidades, o estado de MSI é medido separadamente do estado da TMB.

[00229] A instabilidade de microssatélites é a condição de hipermutabilidade genética que resulta do reparo não pareado de DNA prejudicado (MMR). A presença de MSI representa evidência fenotípica de que o MMR não está funcionando normalmente. Na maioria dos casos, a base genética para a instabilidade nos tumores de MSI é uma alteração herdada da linha germinativa em qualquer um dos cinco genes de MMR humanos: MSH2, MLH1, MSH6, PMS2 e PMS1. Em certas modalidades, o indivíduo que recebe tratamento de tumor (por exemplo, tumor de cólon) tem um alto grau de

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95/212 instabilidade de microssatélite (MSI-H) e tem pelo menos uma mutação nos genes MSH2, MLH1, MSH6, PMS2ou PMS1. Em outras modalidades, os indivíduos que recebem tratamento de tumor dentro de um grupo controle não têm instabilidade de microssatélite (MSS ou MSI estável) e não têm mutação nos genes MSH2, MLH1, MSH6, PMS2e PMS1.

[00230] Em uma modalidade, o indivíduo adequado para a imunoterapia tem um estado de TMB alta e um tumor de MSI-H. Quando aqui utilizado, os tumores de MSI-H significam tumores tendo mais de pelo menos cerca de 30% de biomarcadores de MSI instáveis. Em algumas modalidades, o tumor é derivado de um câncer colorretal. Em algumas modalidades, o tumor é um câncer colorretal com MSI-H quando uma alteração na linha germinativa é detectada em pelo menos dois, pelo menos três, pelo menos quatro ou pelo menos cinco genes de MMR. Em outras modalidades, o tumor é um câncer colorretal com MSI-H quando uma alteração na linha germinativa é detectada em pelo menos 30% de cinco ou mais genes de MMR. Em algumas modalidades, uma alternância da linha germinativa nos genes de MMR é medida por uma reação em cadeia da polimerase. Em outras modalidades, o tumor é um câncer colorretal com MSI-H quando pelo menos uma proteína codificada pelos genes de MMR de de DNA não é detectada no tumor. Em algumas modalidades, a pelo menos uma proteína codificada pelos genes de MMR de DNA é detectada por uma imuno-histoquímica.

Métodos de Tratamento da Descrição [00231] A presente descrição é direcionada a um método para o tratamento de um indivíduo afetado com um tumor tendo um estado de carga de mutação de tumor alta (TMB), compreendendo a administração ao indivíduo de uma imunoterapia. Em algumas modalidades, a imunoterapia compreende a administração ao

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96/212 indivíduo de um anticorpo ou uma porção de ligação de antígeno do mesmo. Em algumas modalidades, o método compreende o tratamento de um indivíduo afetado por um tumor tendo um estado de TMB alta, compreendendo administrar ao indivíduo um anticorpo ou um fragmento de ligação de antígeno do mesmo que se liga especificamente a uma proteína selecionada a partir do grupo que consiste em PD-1, PD-L1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, TIM3, NKG2a, 0X40, ICOS, MICA, CD137, KIR, TGFp, IL-10, IL-8, B7-H4, ligante Fas, CXCR4, mesotelina, CD27, GITR e qualquer outra combinação dos mesmos. Em certas modalidades, o método compreende o tratamento de um indivíduo afetado por um tumor com um estado de TMB alta compreendendo a administração ao indivíduo de um anticorpo ou um fragmento de ligação de antígeno do mesmo que se liga especificamente a PD-1 ou PD-L1.

[00232] Certos tipos de câncer têm uma frequência mais alta de mutações e, portanto, têm uma TMB alta. (Alexandrov et al., Nature (2013) 500: 415-421.) Exemplos não limitantes de câncer com uma TMB alta incluem melanoma, câncer de pulmão, bexiga e gastrointestinal. Em algumas modalidades, o tumor é câncer de pulmão. Em uma modalidade, o câncer de pulmão é um câncer de pulmão de células não pequenas (NSCLC). Em uma modalidade, o NSCLC tem uma histologia escamosa. Em outra modalidade, o NSCLC tem uma histologia não escamosa. Em outras modalidades, o tumor é selecionado a partir de carcinoma de células renais, câncer ovariano, câncer colorretal, câncer gastrointestinal, câncer esofágico, câncer de bexiga, câncer de pulmão e melanoma. Deve ser entendido que os métodos aqui descritos abrangem tumores sólidos, bem como cânceres de sangue.

[00233] Os métodos de tratamento aqui descritos podem fornecer uma resposta clínica melhorada e/ou benefício clínico para indivíduos

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97/212 afetados por um tumor e, em particular, indivíduos tendo um tumor com uma TMB alta. A TMB alta pode estar relacionada à carga de neoantígeno, isto é, ao número de neoantígeno e à reatividade de célula T e, assim, a uma resposta anti-tumor mediada por imunidade. Consequentemente, a TMB alta é um fator que pode ser usada, sozinha ou em combinação com outros fatores, para identificar tumores (e pacientes tendo tais tumores) com maior probabilidade de se beneficiar da terapia com um anticorpo anti-PD-1 e/ou um anticorpo anti-PD-L1, por exemplo, em comparação com o padrão atual de terapias de tratamento.

[00234] Em uma modalidade, o indivíduo exibe sobrevida livre de progressão de pelo menos cerca de um mês, pelo menos cerca de 2 meses, pelo menos cerca de 3 meses, pelo menos cerca de 4 meses, pelo menos cerca de 5 meses, pelo menos cerca de 6 meses, pelo menos cerca de 7 meses, pelo menos cerca de 8 meses, pelo menos cerca de 9 meses, pelo menos cerca de 10 meses, pelo menos cerca de 11 meses, pelo menos cerca de um ano, pelo menos cerca de dezoito meses, pelo menos cerca de dois anos, pelo menos cerca de três anos, pelo menos cerca de quatro anos ou pelo menos cerca de cinco anos após a administração. Em outra modalidade, o indivíduo exibe uma sobrevida global de pelo menos cerca de um mês, pelo menos cerca de 2 meses, pelo menos cerca de 3 meses, pelo menos cerca de 4 meses, pelo menos cerca de 5 meses, pelo menos cerca de 6 meses, pelo menos cerca de 7 meses, pelo menos cerca de 8 meses, pelo menos cerca de 9 meses, pelo menos cerca de 10 meses, pelo menos cerca de 11 meses, pelo menos cerca de um ano, pelo menos cerca de dezoito meses, pelo menos cerca de dois anos, pelo menos cerca de três anos, pelo menos cerca de quatro anos ou pelo menos cerca de cinco anos após a administração. Em ainda outra modalidade, o indivíduo exibe uma taxa de resposta objetiva de pelo

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98/212 menos cerca de 30%, cerca de 35%, cerca de 40%, cerca de 45%, cerca de 50%, cerca de 55%, cerca de 60%, cerca de 65%, cerca de 70%, cerca de 75%, cerca de 80%, cerca de 85%, cerca de 90%, cerca de 95% ou cerca de 100%.

Tratamento Anti-PD- 1/Anti-PD-L 1 [00235] Certos aspectos da presente descrição são direcionados a um método para tratar um indivíduo afetado por um tumor tendo um estado de carga de mutação de tumor alta (TMB) que compreende administrar ao indivíduo uma imunoterapia, em que a imunoterapia compreende um anticorpo anti-PD-1 ou um anticorpo anti-PD-L1. O método pode ainda compreender medir o estado da TMB de uma amostra biológica obtida do indivíduo. Além disso, a descrição contempla a administração de um anticorpo anti-PD-1 ou um anticorpo anti-PD-L1 a um indivíduo identificado como adequado para essa terapia, por exemplo, com base na medição de uma TMB alta.

[00236] Em uma modalidade, o anticorpo anti-PD-1 compete de forma cruzada com o nivolumabe pela ligação ao PD-1 humano. Em outra modalidade, o anticorpo anti-PD-1 se liga ao mesmo epítopo que o nivolumabe. Em uma modalidade específica, o anticorpo anti-PD-1 é o nivolumabe. Em outra modalidade específica, o anticorpo anti-PD-1 é o pembrolizumabe. Anticorpos anti-PD-1 adicionais são descritos em outras partes deste documento. Em outras modalidades, os anticorpos anti-PD-1 úteis para a descrição são descritos em outras partes deste documento. Em algumas modalidades, um anticorpo anti-PD-L1 pode substituir um anticorpo anti-PD-1. Anticorpos anti-PD-L1 exemplares úteis para os métodos da descrição são descritos em outra parte aqui.

[00237] Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 ou um anticorpo anti-PD-L1 é um anticorpo quimérico, um anticorpo humanizado, um anticorpo humano ou uma porção de ligação de antígeno. Em outras modalidades, o anticorpo anti-PD-1 ou um

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99/212 anticorpo anti-PD-L1 compreende uma região constante da cadeia pesada de um isótipo de IgG 1 humano ou um isótipo de lgG4 humano. Anticorpos Anti-PD-1 Úteis para a Descrição [00238] Anticorpos anti-PD-1 que são conhecidos na técnica podem ser utilizados nas composições e métodos atualmente descritos. Vários anticorpos monoclonais humanos que se ligam especificamente ao PD-1 com alta afinidade foram descritos na Patente U.S. N^Q. 8.008.449. Demonstrou-se que os anticorpos humanos anti-PD-1 descritos na Patente U.S. N^Q. 8.008.449 exibem uma ou mais das seguintes características: (a) se ligam ao PD-1 humano com uma Kd de 1 x IO⁷ M ou menos, como determinado por ressonância de plasmônio superficial usando um sistema de biossensor Biacore; (b) não se ligam substancialmente a CD28, CTLA-4 ou ICOS humano; (c) aumentam a proliferação de célula T em um ensaio de Reação de Linfócito Mista (MLR); (d) aumentam a produção de interferon-γ em um ensaio de MLR; (e) aumentam a secreção de IL-2 em um ensaio de MLR; (f) se ligam ao PD-1 humana e ao PD-1 de macaco cinomolgo; (g) inibem a ligação de PD-L1 e/ou PD-L2 a PD-1 (h) estimulam respostas de memória específicas do antígeno; (i) estimulam respostas de anticorpo; e (j) inibem o crescimento de célula de tumor in vivo. Os anticorpos anti-PD-1 utilizáveis na presente descrição incluem anticorpos monoclonais que se ligam especificamente a PD-1 humano e exibem pelo menos uma, em algumas modalidades, pelo menos cinco, das características anteriores.

[00239] Outros anticorpos monoclonais anti-PD-1 foram descritos, por exemplo, nas Patentes U.S. N^QS. 6.808.710, 7.488.802, 8.168.757 e 8.354.509, Publicação US N^Q. 2016/0272708 e Publicação PCT Nos. WO 2012/145493, WO 2008/156712, WO 2015/112900, WO

2012/145493, WO 2015/112800, WO 2014/206107, WO 2015/35606, WO 2015/085847, WO 2014/179664, WO 2017/020291, WO

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2017/020858, WO 2016/197367, WO 2017/024515, WO 2017/025051, WO 2017/123557, WO 2016/106159, WO 2014/194302, WO 2017/040790, WO 2017/133540, WO 2017/132827, WO 2017/024465, WO 2017/025016, WO 2017/106061, WO 2017/19846, WO 2017/024465, WO 2017/025016, WO 2017/132825 e WO 2017/133540, cada uma das quais está incorporada por referência em sua totalidade.

[00240] Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 é selecionado a partir do grupo que consiste em nivolumabe (também conhecido como OPDIVO®, 5C4, BMS-936558, MDX-1106 e ONO4538), pembrolizumabe (Merck; também conhecido como KEYTRUDA®, lambrolizumabe e MK-3475; veja WO2008/156712), PDR001 (Novartis; veja WO 2015/112900), MEDI-0680 (AstraZeneca; também conhecido como AMP-514; veja WO 2012/145493), cemiplimabe (Regeneron; também conhecido como REGN-2810; veja WO 2015/112800), JS001 (TAIZHOU JUNSHI PHARMA; veja Si-Yang Liu et a!., J. Hematol. Oncol. 10: 136 (2017)), BGB-A317 (Beigene; veja WO 2015/35606 e US 2015/0079109), INCSHR1210 (Jiangsu Hengrui Medicine; também conhecido como SHR-1210; veja WO 2015/085847; Si-Yang Liu et al., J. Hematol. Oncol. 10: 136 (2017)), TSR-042 (Tesaro Biopharmaceutical; também conhecido como ANB011; veja WO2014/179664), GLS-010 (Wuxi/Harbin Gloria Pharmaceuticals; também conhecido como WBP3055; veja Si-Yang Liu et a!., J. Hematol Oncol. 10: 136 (2017)), AM-0001 (Armo), STI1110 (Sorrento Therapeutics; veja WO 2014/194302), AGEN2034 (Agenus; veja WO 2017/040790), MGA012 (Macrogenics, veja WO 2017/19846) e IBI308 (Innovent; veja WO 2017/024465, WO 2017/025016, WO 2017/132825 e WO 2017/133540).

[00241] Em uma modalidade, o anticorpo anti-PD-1 é o nivolumabe. O nivolumabe é um anticorpo inibidor do ponto de checagem imune de

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PD-1 à lgG4 (S228P) totalmente humano que impede seletivamente a interação com ligantes de PD-1 (PD-L1 e PD-L2), bloqueando desse modo a subregulação das funções das células T antitumor (Patente U.S. 8.008.449; Wang etal., 2014 Cancer Immunol Res. 2(9):846-56).

[00242] Em certas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 compreende uma região variável de cadeia pesada compreendendo uma sequência de aminoácido pelo menos 80%, pelo menos 85%, pelo menos 90%, pelo menos 95%, pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98%, pelo menos 99% ou 100% idêntico aos aminoácidos tendo a sequência mencionada na SEQ ID N^Q: 11 (e ou tendo três CDRs compreendendo os aminoácidos 31 a 35 da SEQ ID N^Q: 11, aminoácidos 55 a 66 da SEQ ID N^Q: 11 e aminoácidos 99 a 102 da SEQ ID N^Q: 11) e uma região variável de cadeia leve compreendendo aminoácidos tendo a sequência mencionada em uma sequência de aminoácido pelo menos 80%, pelo menos 85%, pelo menos 90%, pelo menos 95%, pelo menos 95%, pelo menos 96%, pelo menos 97%, pelo menos 98%, pelo menos 99% ou 100% idêntica à SEQ ID N^Q: 12 (e/ou com três CDRs compreendendo os aminoácidos 24 a 34 da SEQ ID N^Q: 12, aminoácidos 50 a 56 da SEQ ID N^Q: 12 e aminoácidos 89 a 97 da SEQ ID N^Q: 12) [00243] Cadeia Pesada:

QVQLVESGGGVVQPGRSLRLDCKASGITFSNSGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWY DGSKRYYADSVKGRFTISRDNSKNTLFLQMNSLRAEDTAVYYCATNDDYWGQGT LVTVSS (SEQ ID N^s: 11). CDRs sublinhadas.

[00244] Cadeia Leve: EIVLTQSPATLSLSPGERATLSC

RASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGT DFTLTISSLEPEDFAVYYCQQSSNWPRTFGQGTKVEIK (SEQ ID N^Q: 12). CDRs sublinhadas.

[00245] Em outra modalidade, o anticorpo anti-PD-1 é pembrolizumabe. O pembrolizumabe é um anticorpo lgG4 (S228P) monoclonal humanizado direcionado contra o receptor de superfície

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102/212 celular humano PD-1 (morte programada-1 ou morte celular programada-1). O pembrolizumabe é descrito, por exemplo, na Patente U.S. N^QS. 8,354,509 e 8,900,587.

[00246] Os anticorpos anti-PD-1 utilizáveis nas composições e métodos descritos também incluem anticorpos isolados que se ligam especificamente ao PD-1 humano e competem de forma cruzada pela ligação ao PD-1 humano com qualquer anticorpo anti-PD-1 descrito aqui, por exemplo, nivolumabe (veja, por exemplo, Patente U.S. N^QS. 8.008.449 e 8.779.105; WO 2013/173223). Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 liga-se ao mesmo epítopo como qualquer um dos anticorpos anti-PD-1 aqui descritos, por exemplo, nivolumabe. A capacidade dos anticorpos competirem de forma cruzada pela ligação a um antígeno indica que estes anticorpos monoclonais se ligam à mesma região de epítopo do antígeno e impedem estericamente a ligação de outros anticorpos que competem de forma cruzada a essa região particular de epítopo. Espera-se que estes anticorpos de competição de forma cruzada tenham propriedades funcionais muito similares aos do anticorpo de referência, por exemplo, nivolumabe, em virtude da sua ligação à mesma região de epítopo de PD-1. Anticorpos de competição de forma cruzada podem ser facilmente identificados com base em sua capacidade de competir cruzado com nivolumabe em ensaios de ligação de PD-1 padrão tais como análise Biacore, ensaios ELISA ou citometria de fluxo (veja, por exemplo, WO 2013/173223).

[00247] Em certas modalidades, os anticorpos que competem de forma cruzada pela ligação a PD-1 humana com, ou se ligam à mesma região de epítopo do anticorpo de PD-1 humano, nivolumabe, são anticorpos monoclonais. Para administração a indivíduos humanos, estes anticorpos de competição de forma cruzada são anticorpos quiméricos, anticorpos manipulados ou anticorpos humanizados ou

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103/212 humanos. Tais anticorpos monoclonais quiméricos, manipulados, humanizados ou humanos podem ser preparados e isolados por métodos bem conhecidos na técnica.

[00248] Os anticorpos anti-PD-1 utilizáveis nas composições e métodos da descrição também incluem porções de ligação de antígeno dos anticorpos acima. Foi amplamente demonstrado que a função de ligação de antígeno de um anticorpo pode ser realizada por fragmentos de um anticorpo de tamanho natural.

[00249] Os anticorpos anti-PD-1 adequados para utilização nas composições e métodos descritos são anticorpos que se ligam a PD-1 com alta especificidade e afinidade, bloqueiam a ligação de PD-L1 e ou PD-L2 e inibem o efeito imunossupressor da via de sinalização de PD-1. Em quaisquer das composições ou métodos aqui descritos, um anticorpo anti-PD-1 inclui uma porção de ligação de antígeno ou fragmento que se liga ao receptor de PD-1 e exibe as propriedades funcionais similares às dos anticorpos totais na inibição de ligação ao ligante e super-regulação do sistema imune. Em certas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 ou porção de ligação de antígeno do mesmo compete de forma cruzada com nivolumabe para ligação a PD-1 humana.

[00250] Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 é administrado em uma dose variando de 0,1 mg/kg a 20,0 mg/kg de peso corporal a cada 2, 3, 4, 5, 6, 7 ou 8 semanas, por exemplo, 0,1 mg/kg a 10,0 mg/kg de peso corporal uma vez a cada 2, 3 ou 4 semanas. Em outras modalidades, o anticorpo anti-PD-1 administrado em uma dose de cerca de 2 mg/kg, cerca de 3 mg/kg, cerca de 4 mg/kg, cerca de 5 mg/kg, cerca de 6 mg/kg, cerca de 7 mg/kg, cerca de 8 mg/kg, cerca de 9 mg/kg ou 10 mg/kg de peso corporal uma vez a cada duas semanas. Em outras modalidades, o anticorpo anti-PD-1 administrado em uma dose de cerca de 2 mg/kg, cerca de 3 mg/kg,

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104/212 cerca de 4 mg/kg, cerca de 5 mg/kg, cerca de 6 mg/kg, cerca de 7 mg/kg, cerca de 8 mg/kg, cerca de 9 mg/kg ou 10 mg/kg de peso corporal uma vez a cada 3 semanas. Em uma modalidade, o anticorpo anti-PD-1 é administrado em uma dose de cerca de 5 mg/kg de peso corporal, cerca de uma vez a cada 3 semanas. Em outra modalidade, o anticorpo anti-PD-1, por exemplo, nivolumabe, é administrado em uma dose de cerca de 3 mg/kg de peso corporal, cerca de uma vez a cada duas semanas. Em outras modalidades, o anticorpo anti-PD-1, por exemplo, pembrolizumabe, é administrado em uma dose de cerca de 2 mg/kg de peso corporal, cerca de uma vez a cada 3 semanas.

[00251] O anticorpo anti-PD-1 útil para a presente descrição pode ser administrado como uma dose fixa. Em uma modalidade, o anticorpo anti-PD-1 administrado como uma dose fixa de pelo menos cerca de 200 mg, pelo menos cerca de 220 mg, pelo menos cerca de 240 mg, pelo menos cerca de 260 mg, pelo menos cerca de 280 mg cerca de 300 mg, pelo menos cerca de 320 mg, pelo menos cerca de 340 mg, pelo menos cerca de 360 mg, pelo menos cerca de 380 mg, pelo menos cerca de 400 mg, pelo menos cerca de 420 mg, pelo menos cerca de 440 mg, pelo menos cerca de 460 mg mg, pelo menos cerca de 480 mg, pelo menos cerca de 500 mg, ou pelo menos cerca de 550 mg, em um intervalo de dosagem de cerca de 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ou 10 semanas. Em outras modalidades, o anticorpo anti-PD-1 administrado como uma dose fixa de cerca de 200 mg a cerca de 800 mg, cerca de 200 mg a cerca de 700 mg, cerca de 200 mg a cerca de 600 mg, cerca de 200 mg a cerca de 500 mg, em um intervalo de dosagem de cerca de 1,2, 3 ou 4 semanas.

[00252] Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 é administrado como uma dose fixa de cerca de 200 mg aproximadamente uma vez a cada 3 semanas. Em outras modalidades, o anticorpo anti-PD-1 é administrado como uma dose

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105/212 fixa de cerca de 240 mg aproximadamente uma vez a cada duas semanas. Em certas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 é administrado como uma dose fixa de cerca de 480 mg, aproximadamente uma vez a cada 4 semanas.

Anticorpos Anti-PD-L 1 Úteis para a Descrição [00253] Os anticorpos anti-PD-L1 que são conhecidos na técnica podem ser utilizados nas composições e métodos da presente descrição. Exemplos de anticorpos anti-PD-L1 úteis nas composições e métodos da presente descrição incluem os anticorpos descritos na Patente U.S. N^Q. 9.580.507. Demonstrou-se que os anticorpos monoclonais humanos anti-PD-L1 descritos na Patente U.S. 9.580.507 exibem uma ou mais das seguintes características: (a) se ligam ao PDL1 humana com uma Kd de 1 x 10^-7 M ou menos, conforme determinado por ressonância de plasmônio superficial usando um sistema de biossensor Biacore; (b) aumentam a proliferação de células T em um ensaio de Reação de Linfócito Mista (MLR); (c) aumentam a produção de interferon-γ em um ensaio de MLR; (d) aumentam a secreção de IL-2 em um ensaio de MLR; (e) estimulam respostas de anticorpos; e (f) revertem o efeito de células reguladoras T em células efetoras de célula T e/ou células dendríticas. Os anticorpos anti-PD-L1 utilizáveis na presente descrição incluem anticorpos monoclonais que se ligam especificamente a PD-L1 humana e exibem pelo menos um, em algumas modalidades, pelo menos cinco, das características anteriores.

[00254] Em certas modalidades, o anticorpo anti-PD-L1 é selecionado a partir do grupo que consiste em BMS-936559 (também conhecido como 12A4, MDX-1105; ver, por exemplo, Patente US N^Q. 7.943.743 e WO 2013/173223), atezolizumabe (Roche; também conhecido como TECENTRIQ®; MPDL3280A, RG7446; ver US 8.217.149; ver também Herbst et al. (2013) J Clin Oncol 31

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106/212 (suppl):3000), durvalumabe (AstraZeneca; também conhecido como IMFINZI™, MEDI -4736; ver WO 2011/066389), avelumabe (Pfizer; também conhecido como BAVENCIO®, MSB-0010718C; ver WO 2013/079174), STI-1014 (Sorrento; ver WO2013/181634), CX-072 (Cytomx; ver WO2016/149201), KN035 (3D Med/Alphamab; ver Zhang et al., Cell Discov. 7: 3 (março de 2017), LY3300054 (Eli Lilly Co.; ver, por exemplo, WO 2017/034916) e CK-301 (Checkpoint Therapeutics; ver Gorelik et al., AACR: Abstract 4606 (abr 2016)).

[00255] Em certas modalidades, o anticorpo anti-PD-L1 é atezolizumabe (TECENTRIQ®). Otezolizumabe é um anticorpo monoclonal de IgG 1 anti-PD-L1 totalmente humanizado.

[00256] Em certas modalidades, o anticorpo anti-PD-L1 é durvalumabe (IMFINZI ™). Durvalumabe é um anticorpo monoclonal capa de lgG1 humano anti-PD-L1.

[00257] Em certas modalidades, o anticorpo anti-PD-L1 é avelumabe (BAVENCIO®). O avelumabe é um anticorpo monoclonal de lgG1 humano anti-PD-L1 humano.

[00258] Os anticorpos anti-PD-L1 utilizáveis nas composições e métodos descritos também incluem anticorpos isolados que se ligam especificamente ao PD-L1 humano e competem cruzadamente pela ligação ao PD-L1 humano com qualquer anticorpo anti-PD-L1 aqui descrito, por exemplo, atezolizumabe, durvalumabe e/ou avelumabe. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-L1 se liga ao mesmo epítopo que qualquer um dos anticorpos anti-PD-L1 aqui descritos, por exemplo, atezolizumabe, durvalumabe e/ou avelumabe. A capacidade dos anticorpos de competir cruzadamente pela ligação a um antígeno indica que esses anticorpos se ligam à mesma região de epítopo do antígeno e impedem estereotipicamente a ligação de outros anticorpos concorrentes cruzados à região de epítopo específica. Espera-se que esses anticorpos com competição cruzada tenham propriedades

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107/212 funcionais muito semelhantes às do anticorpo de referência, por exemplo, atezolizumabe e/ou avelumabe, em virtude de sua ligação à mesma região de epítopo de PD-L1. Os anticorpos de competição cruzada podem ser facilmente identificados com base em sua capacidade de competir de forma cruzada com atezolizumabe e/ou avelumabe em ensaios de ligação a PD-L1 padrão, como análise Biacore, ensaios ELISA ou citometria de fluxo (ver, por exemplo, WO 2013/173223).

[00259] Em certas modalidades, os anticorpos que competem cruzadamente pela ligação ao PD-L1 humano com, ou se ligam à mesma região de epítopo do anticorpo PD-L1 humano que, atezolizumabe, durvalumabe e/ou avelumabe, são anticorpos monoclonais. Para administração a indivíduos humanos, esses anticorpos concorrentes são anticorpos quiméricos, anticorpos manipulados ou anticorpos humanizados ou humanos. Tais anticorpos monoclonais quiméricos, manipulados, humanizados ou humanos podem ser preparados e isolados por métodos bem conhecidos na técnica.

[00260] Os anticorpos anti-PD-L1 utilizáveis nas composições e métodos da descrição também incluem porções de ligação ao antígeno dos anticorpos acima. Foi amplamente demonstrado que a função de ligação ao antígeno de um anticorpo pode ser realizada por fragmentos de um anticorpo de tamanho natural.

[00261] Anticorpos anti-PD-L1 adequados para uso nas composições e métodos descritos são anticorpos que se ligam a PDL1 com alta especificidade e afinidade, bloqueiam a ligação de PD-1 e inibem o efeito imunossupressor do PD-1 via de sinalização. Em qualquer uma das composições ou métodos aqui descritos, um anticorpo anti-PD-L1 inclui uma porção de ligação ao antígeno ou fragmento que se liga a PD-L1 e exibe as propriedades funcionais

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108/212 semelhantes às dos anticorpos totais na inibição da ligação ao receptor e na regulação positiva do sistema. Em certas modalidades, o anticorpo anti-PD-L1 ou sua porção de ligação ao antígeno compete em competição cruzada com atezolizumabe, durvalumabe e/ou avelumabe para ligação a PD-L1 humano.

[00262] O anticorpo anti-PD-L1 útil para a presente descrição pode ser qualquer anticorpo anti-PD-L1 que se liga especificamente a PDL1, por exemplo, anticorpos que competem com durvalumabe, avelumabe ou atezolizumabe pela ligação a humanos. PD-1, por exemplo, um anticorpo que se liga ao mesmo epítopo do durvalumabe, avelumabe ou atezolizumabe. Em uma modalidade particular, o anticorpo anti-PD-L1 é durvalumabe. Em outras modalidades, o anticorpo anti-PD-L1 é avelumabe. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-L1 é atezolizumabe.

[00263] Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-L1 é administrado em uma dose variando de cerca de 0,1 mg/kg a cerca de 20,0 mg/kg de peso corporal, cerca de 2 mg/kg, cerca de 3 mg/kg, cerca de 4 mg/kg, cerca de 5 mg/kg, cerca de 6 mg/kg, cerca de 7 mg/kg, cerca de 8 mg/kg, cerca de 9 mg/kg, cerca de 10 mg/kg, cerca de 11 mg/kg, cerca de 12 mg/kg cerca de 13 mg/kg, cerca de 14 mg/kg, cerca de 15 mg/kg, cerca de 16 mg/kg, cerca de 17 mg/kg, cerca de 18 mg/kg, cerca de 19 mg/kg, ou cerca de 20 mg/kg, cerca de uma vez a cada 2, 3, 4, 5, 6, 7 ou 8 semanas.

[00264] Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-L1 é administrado em uma dose de cerca de 15 mg/kg de peso corporal em cerca de uma vez a cada 3 semanas. Em outras modalidades, o anticorpo anti-PD-L1 é administrado a uma dose de cerca de 10 mg/kg de peso corporal, a cerca de uma vez a cada duas semanas.

[00265] Em outras modalidades, o anticorpo anti-PD-L1 útil para a presente descrição é uma dose fixa. Em algumas modalidades, o

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109/212 anticorpo anti-PD-L1 administrado como uma dose fixa de pelo menos cerca de 240 mg, pelo menos cerca de 300 mg, pelo menos cerca de 320 mg, pelo menos cerca de 400 mg, pelo menos cerca de 480 mg cerca de 500 mg, pelo menos cerca de 560 mg, pelo menos cerca de 600 mg, pelo menos cerca de 640 mg, pelo menos cerca de 700 mg, pelo menos 720 mg, pelo menos cerca de 800 mg, pelo menos cerca de 880 mg, pelo menos cerca de 900 mg pelo menos 960 mg, pelo menos cerca de 1000 mg, pelo menos cerca de 1040 mg, pelo menos cerca de 1100 mg, pelo menos cerca de 1120 mg, pelo menos cerca de 1200 mg, pelo menos cerca de 1280 mg, pelo menos cerca de 1300 mg cerca de 1360 mg, ou pelo menos cerca de 1400 mg, com um intervalo de dosagem de cerca de 1, 2, 3 ou 4 semanas. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-L1 é administrado como uma dose fixa de cerca de 1200 mg a cerca de uma vez a cada 3 semanas. Em outras modalidades, o anticorpo anti-PD-L1 administrado como uma dose fixa de cerca de 800 mg a cerca de uma vez a cada duas semanas.

Anticorpos Anti-CTLA-4 [00266] Certos aspectos da presente descrição são direcionados a um método para tratar um indivíduo acometido por um tumor com um alto estado de carga de mutação do tumor (TMB) compreendendo a administração à imunoterapia objeto, em que a imunoterapia compreende um anticorpo anti-CTLA-4. O método pode ainda compreender a medição do estado de TMB de uma amostra biológica obtida do indivíduo. Adicionalmente, a descrição considera a administração de um anticorpo anti-CTLA-4 a um indivíduo identificado como adequado para essa terapia, por exemplo, com base na medição de uma TMB elevada.

[00267] Anticorpos anti-CTLA-4 que são conhecidos na técnica podem ser usados nas composições e métodos da presente descrição.

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Os anticorpos anti-CTLA-4 da presente invenção ligam-se à CTLA-4 humana de modo a interromper a interação de CTLA-4 com um receptor B7 humano. Como a interação de CTLA-4 com B7 transduz um sinal que leva à inativação de células T portadoras do receptor CTLA-4, o rompimento da interação induz efetivamente, aumenta ou prolonga a ativação dessas células T, induzindo, aumentando ou prolongando a resposta imune.

[00268] Anticorpos monoclonais humanos que se ligam especificamente a CTLA-4 com alta afinidade foram descritos nas Patentes U.S. N^QS. 6.984.720. Outros anticorpos monoclonais antiCTLA-4 foram descritos, por exemplo, nas Patentes US N^QS. 5.977.318, 6.051.227, 6.682.736 e 7.034.121 e nas Publicações Internacionais N^QS. WO 2012/122444, WO 2007/113648, WO 2016/196237 e WO 2000/037504, cada um dos quais é aqui incorporado por referência na sua totalidade. Os anticorpos monoclonais humanos anti-CTLA-4 descritos na Patente US N° 6.984.720 demonstraram exibir uma ou mais das seguintes características: (a) liga-se especificamente à CTLA-4 humana com uma afinidade de ligação refletida por uma constante de associação de equilíbrio (Ka) de pelo menos cerca de 10⁷ M^-1, ou cerca de 10⁹ M^-1, ou cerca de 10¹° M^-1 a 10¹¹ M^-1 ou superior, como determinado por análise Biacore; (b) uma constante de associação cinética (ka) de pelo menos cerca de 10³, cerca de 10⁴ ou cerca de 10⁵ m^-1 s^-1; (c) uma constante de desassociação cinética (kd) de pelo menos cerca de 10³, cerca de 10⁴ ou cerca de 10⁵ m^-1 s^-1; e (d) inibe a ligação de CTLA-4 a D80) e B7-2 (CD86). Os anticorpos anti-CTLA-4 úteis para a presente descrição incluem anticorpos monoclonais que se ligam especificamente à CTLA-4 humana e exibem pelo menos uma, pelo menos duas ou pelo menos três das características precedentes.

[00269] Em certas modalidades, o anticorpo anti-CTLA-4 é

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111/212 selecionado do grupo que consiste em ipilimumabe (também conhecido como YERVOY®, MDX-010, 10D1; veja a Patente US N^Q. 6.984.720), MK-1308 (Merck), AGEN-1884 (Agenus Inc., ver WO 2016/196237) e tremelimumabe (AstraZeneca; também conhecido como ticilimumabe, CP-675206; ver WO 2000/037504 e Ribas, Update Cancer Then 2 (3):133-39 (2007)). Em modalidades particulares, ο anticorpo anti-CTLA-4 é ipilimumabe.

[00270] Em modalidades específicas, o anticorpo anti-CTLA-4 é o ipilimumabe para uso nas composições e métodos aqui descritos. O ipilimumabe é um anticorpo monoclonal de lgG1 completamente humano que bloqueia a ligação de CTLA-4 aos seus ligantes B7, estimulando assim a ativação de células T e melhorando a sobrevida global (OS) em pacientes com melanoma avançado.

[00271] Em modalidades específicas, o anticorpo anti-CTLA-4 é tremelimumabe.

[00272] Em modalidades específicas, o anticorpo anti-CTLA-4 é MK-1308.

[00273] Em modalidades específicas, o anticorpo anti-CTLA-4 é AGEN-1884.

[00274] Os anticorpos anti-CTLA-4 utilizáveis nas composições e métodos descritos também incluem anticorpos isolados que se ligam especificamente à CTLA-4 humana e competem de forma cruzada pela ligação à CTLA-4 humana com qualquer anticorpo anti-CTLA-4 aqui descrito, por exemplo, ipilimumabe e/ou tremelimumabe. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-CTLA-4 liga-se ao mesmo epítopo que qualquer dos anticorpos anti-CTLA-4 aqui descritos, por exemplo, ipilimumabe e/ou tremelimumabe. A capacidade dos anticorpos para competir de forma cruzada pela ligação a um antígeno indica que estes anticorpos se ligam mesma região de epítopo do antígeno e impedem estereoquimicamente a ligação de outros

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112/212 anticorpos de competição cruzada a essa região de epítopo particular. Espera-se que estes anticorpos de competição cruzada tenham propriedades funcionais muito semelhantes às do anticorpo de referência, por exemplo, ipilimumabe e/ou tremelimumabe, em virtude da sua ligação à mesma região de epítopo de CTLA-4. Anticorpos de competição cruzada podem ser facilmente identificados com base em sua capacidade de competir cruzada com ipilimumabe e/ou tremelimumabe em ensaios de ligação de CTLA-4 padrão, como análise Biacore, ensaios ELISA ou citometria de fluxo (ver, por exemplo, WO 2013/173223).

[00275] Em certas modalidades, os anticorpos que competem de forma cruzada pela ligação à CTLA-4 humana com, ou se ligam à mesma região de epítopo do anticorpo de CTLA-4 humana como ipilimumabe e/ou tremelimumabe, são anticorpos monoclonais. Para administração a indivíduos humanos, estes anticorpos de competição cruzada são anticorpos quiméricos, anticorpos manipulados ou anticorpos humanizados ou humanos. Estes anticorpos monoclonais quiméricos, manipulados, humanizados ou humanos podem ser preparados e isolados por métodos bem conhecidos na técnica.

[00276] Anticorpos anti-CTLA-4 utilizáveis nas composições e métodos da descrição também incluem porções de ligação ao antígeno dos anticorpos acima. Foi amplamente demonstrado que a função de ligação ao antígeno de um anticorpo pode ser realizada por fragmentos de um anticorpo de tamanho natural.

[00277] Anticorpos anti-CTLA-4 adequados para uso nos métodos ou composições descritos são anticorpos que se ligam à CTLA-4 com alta especificidade e afinidade, bloqueiam a atividade de CTLA-4 e interrompem a interação de CTLA-4 com um receptor B7 humano. Em qualquer uma das composições ou métodos aqui descritos, um anticorpo anti-CTLA-4 inclui uma porção de ligação ao antígeno ou

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113/212 fragmento que se liga à CTLA-4 e exibe as propriedades funcionais semelhantes às dos anticorpos totais na inibição da interação de CTLA-4 com um receptor humano B7 e super-regulação do sistema imune. Em certas modalidades, o anticorpo anti-CTLA-4 ou sua porção de ligação ao antígeno compete em competição cruzada com ipilimumabe e/ou tremelimumabe para ligação à CTLA-4 humana.

[00278] Em algumas modalidades, o anticorpo anti-CTLA-4 ou sua porção de ligação de antígeno é administrado em uma dose que varia de 0,1 mg/kg a 10,0 mg/kg de peso corporal a cada 2, 3, 4, 5, 6 7 ou 8 semanas. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-CTLA-4 ou porção de ligação ao antígeno do mesmo é administrado a uma dose de 1 mg/kg ou 3 mg/kg de peso corporal uma vez a cada 3, 4, 5 ou 6 semanas. Em uma modalidade, o anticorpo anti-CTLA-4 ou sua porção de ligação ao antígeno é administrado a uma dose de 3 mg/kg de peso corporal uma vez a cada duas semanas. Em outra modalidade, o anticorpo anti-PD-1 ou sua porção de ligação ao antígeno é administrado a uma dose de 1 mg/kg de peso corporal uma vez a cada 6 semanas.

[00279] Em algumas modalidades, o anticorpo anti-CTLA-4 ou sua porção de ligação de antígeno é administrado como uma dose fixa. Em uma modalidade, o anticorpo anti-CTLA-4 ou sua porção de ligação ao antígeno é administrado como uma dose fixa de pelo menos cerca de 200 mg, pelo menos cerca de 220 mg, pelo menos cerca de 240 mg, pelo menos cerca de 260 mg, pelo menos cerca de 280 mg, pelo menos cerca de 300 mg, pelo menos cerca de 320 mg, pelo menos cerca de 340 mg, pelo menos cerca de 360 mg, pelo menos cerca de 380 mg, pelo menos cerca de 400 mg, pelo menos cerca de 420 mg, pelo menos cerca de 440 mg, pelo menos cerca de 460 mg, pelo menos cerca de 480 mg, pelo menos cerca de 500 mg ou pelo menos cerca de 550 mg. Em outra modalidade, o anticorpo anti-CTLA-4 ou

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114/212 sua porção de ligação de antígeno é administrado como uma dose fixa aproximadamente uma vez a cada 1,2, 3, 4, 5, 6, 7 ou 8 semanas. Anticorpos Anti-LAG-3 [00280] Certos aspectos da presente descrição são direcionados a um método para o tratamento de um indivíduo afetado por um tumor com um alto estado de TMB compreendendo a administração ao indivíduo de imunoterapia, em que a imunoterapia compreende um anticorpo anti-LAG-3 ou uma porção de ligação de antígeno do mesmo. O método pode ainda compreender medir o estado de TMB de uma amostra biológica obtida do indivíduo. Além disso, a descrição considera a administração de um anticorpo anti-LAG-3 ou sua porção de ligação de antígeno a um indivíduo identificado como adequado para essa terapia, por exemplo, com base na medição de uma alta TMB.

[00281] Os anticorpos anti-LAG-3 da presente descrição se ligam ao LAG-3 humano. Os anticorpos que se ligam a LAG-3 foram descritos em Int'l Publ. N^Q. WO/2015/042246 e Publ. 2014/0093511 e 2011/0150892. Um anticorpo de LAG-3 exemplar útil na presente descrição é 25F7 (descrito na Publicação U.S. N^Q. 2011/0150892). Um anticorpo de LAG-3 exemplar adicional útil na presente descrição é BMS-986016. Em uma modalidade, um anticorpo anti-LAG-3 útil para a composição compete com 25F7 ou BMS-986016. Em outra modalidade, um anticorpo anti-LAG-3 útil para a composição se liga ao mesmo epítopo que 25F7 ou BMS-986016. Em outras modalidades, um anticorpo anti-LAG-3 compreende seis CDRs de 25F7 ou BMS986016.

Anticorpos Anti-C D137 [00282] Certos aspectos da presente descrição são direcionados a um método para o tratamento de um indivíduo afetado por um tumor com um alto estado de TMB compreendendo a administração ao

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115/212 indivíduo de imunoterapia, em que a imunoterapia compreende um anticorpo anti-CD137 ou uma porção de ligação ao antígeno do mesmo. O método pode ainda compreender medir o estado de TMB de uma amostra biológica obtida do indivíduo. Além disso, a descrição considera a administração de um anticorpo anti-CD137 ou sua porção de ligação de antígeno a um indivíduo identificado como adequado para essa terapia, por exemplo, com base na medição de uma alta TMB.

[00283] Os anticorpos anti-CD137 se ligam especificamente e ativam células imunes que expressam CD137, estimulando uma resposta imune, em particular uma resposta de células T citotóxicas, contra células de tumor. Os anticorpos que se ligam à CD137 foram descritos na Publ. U.S. 2005/0095244 e Pat. 7.288.638, 6.887.673, 7.214.493, 6.303.121, 6.569.997, 6.905.685, 6.355.476, 6.362.325, 6.974.863 e 6.210.669.

[00284] Em algumas modalidades, o anticorpo anti-CD137 é o urelumabe (BMS-663513), descrito na Patente US N^Q. 7.288.638 (20H4.9-lgG4 [10C7 ou BMS-663513]). Em algumas modalidades, o anticorpo anti-CD137 é BMS-663031 (20H4.9-lgG1), descrito na Patente US 7.288.638. Em algumas modalidades, o anticorpo antiCD137 é 4E9 ou BMS-554271, descrito na Patente US 6.887.673. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-CD137 é um anticorpo descrito na Patente U.S. 7.214.493; 6,303,121; 6.569.997; 6.905.685; ou 6.355.476. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-CD137 é 1D8 ou BMS-469492; 3H3 ou BMS-469497; ou 3E1, descrito na Patente U.S. 6.362.325. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-CD137 é um anticorpo descrito na Patente US emitida. N^Q. 6.974.863 (como 53A2). Em algumas modalidades, o anticorpo anti-CD137 é um anticorpo descrito na Patente US emitida. N^Q. 6.210.669 (como 1D8, 3B8 ou 3E1). Em algumas modalidades, o anticorpo é o PF-05082566

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116/212 da Pfizer (PF-2566). Em outras modalidades, um anticorpo anti-CD137 útil para a descrição compete com os anticorpos anti-CD137 aqui descritos. Em algumas modalidades, um anticorpo anti-CD137 se liga ao mesmo epítopo que o anticorpo anti-CD137 aqui descrito. Em outras modalidades, um anticorpo anti-CD137 útil na descrição compreende seis CDRs dos anticorpos anti-CD137 aqui descritos. Anticorpos Anti-KIR [00285] Certos aspectos da presente descrição são direcionados a um método para o tratamento de um indivíduo afetado por um tumor com um alto estado de TMB compreendendo a administração ao indivíduo de imunoterapia, em que a imunoterapia compreende um anticorpo anti-KIR ou uma porção de ligação ao antígeno do mesmo. O método pode ainda compreender medir o estado de TMB de uma amostra biológica obtida do indivíduo. Além disso, a descrição considera a administração de um anticorpo anti-KIR ou sua porção de ligação de antígeno a um indivíduo identificado como adequado para essa terapia, por exemplo, com base na medição de uma alta TMB.

[00286] Anticorpos que se ligam especificamente ao KIR bloqueiam a interação entre os receptores do tipo imunoglobulina (KIR) de células exterminadoras nas células NK com seus ligantes. O bloqueio desses receptores facilita a ativação das células NK e, potencialmente, a destruição das células de tumor por estas. Exemplos de anticorpos anti-KIR foram descritos em Int'l Publ. N^QS. WO/2014/055648, WO 2005/003168, WO 2005/009465, WO 2006/072625, WO 2006/072626, WO 2007/042573, WO 2008/084106, WO 2010/065939, WO 2012/071411 e WO/2012/160448.

[00287] Um anticorpo anti-KIR útil na presente descrição é o lirilumabe (também conhecido como BMS-986015, IPH2102 ou a variante S241P de 1-7F9), descrito pela primeira vez em Int'l Publ. WO 2008/084106. Um anticorpo anti-KIR adicional útil na presente

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117/212 descrição é 1-7F9 (também referido como IPH2101), descrito em Int'l Publ. N^Q. WO 2006/003179. Em uma modalidade, um anticorpo antiKIR para a presente composição cruzada compete pela ligação a KIR com lirilumabe ou I-7F9. Em outra modalidade, um anticorpo anti-KIR se liga ao mesmo epítopo que o lirilumabe ou I-7F9. Em outras modalidades, um anticorpo anti-KIR compreende seis CDRs de lirilumabe ou I-7F9.

Anticorpos Anti-GITR [00288] Certos aspectos da presente descrição são direcionados a um método para o tratamento de um indivíduo afetado por um tumor com um alto estado de TMB compreendendo a administração ao indivíduo de imunoterapia, em que a imunoterapia compreende um anticorpo anti-GITR ou uma porção de ligação ao antígeno do mesmo. O método pode ainda compreender medir o estado de TMB de uma amostra biológica obtida do indivíduo. Além disso, a descrição considera a administração de um anticorpo anti-GITR ou sua porção de ligação de antígeno a um indivíduo identificado como adequado para essa terapia, por exemplo, com base na medição de uma alta TMB.

[00289] Anticorpos anti-GITR podem ser qualquer anticorpo antiGITR que se ligue especificamente ao alvo humano de GITR e ative o receptor do fator de necrose tumoral induzido por glicocorticoide (GITR). O GITR é um membro da superfamília do receptor de TNF que é expressa na superfície de vários tipos de células imunes, incluindo células T reguladoras, células T efetoras, células B, células exterminadoras naturais (NK) e células dendríticas ativadas (anticorpos agonistas anti-GITR). Especificamente, a ativação do GITR aumenta a proliferação e a função das células T efetoras, bem como anula a supressão induzida pelas células T reguladoras ativadas. Além disso, a estimulação de GITR promove imunidade antitumoral, aumentando a atividade de outras células imunes, como

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118/212 células NK, células de apresentação de antígeno e células B. Exemplos de anticorpos anti-GITR foram descritos em Int'l Publ. WQ/2015/031667, WO2015/184.099, WO2015/026.684,

WO11/028683 eWG/2006/105021, Pat. 7.812.135 e 8.388.967 e Publ. 2009/0136494, 2014/0220002, 2013/0183321 e 2014/0348841.

[00290] Em uma modalidade, um anticorpo anti-GITR útil na presente descrição é TRX518 (descrito em, por exemplo, Schaer et al. Curr Opin Immunol. (2012) abr; 24 (2):217 - 224 e WG/2006/105021). Em outra modalidade, o anticorpo anti-GITR é selecionado entre MK4166, MK1248 e anticorpos descritos em WO11/028683 e US 8.709.424, e compreendendo, por exemplo, uma cadeia VH compreendendo SEQ ID N^Q: 104 e uma cadeia VL compreendendo SEQ ID N^Q: 105 (em que as SEQ ID N^QS são de WO11/028683 ou US 8.709.424). Em certas modalidades, um anticorpo anti-GITR é um anticorpo anti-GITR que é descrito no documento WQ2015/031667, por exemplo, um anticorpo compreendendo CDRs VH 1-3 compreendendo SEQ ID N^QS: 31, 71 e 63 do documento WQ2015/031667, respectivamente, e CDRs VL 1-3 compreendendo SEQ ID N^QS: 5, 14 e 30 do documento WQ2015/031667. Em certas modalidades, um anticorpo anti-GITR é um anticorpo anti-GITR que é descrito no documento WQ2015/184099, por exemplo, anticorpo Hum231 # 1 ou Hum231 # 2, ou suas CDRs ou um derivado (por exemplo, pab1967, pab1975 ou pab1979). Em certas modalidades, um anticorpo anti-GITR é um anticorpo anti-GITR que é descrito em JP2008278814, WQ09/009116, WQ2013/039954, US20140072566, US20140072565, US20140065152 ou WQ2015/026684 ou INBRX-110 (INHIBRx), LKZ -145 (Novartis) ou MEDI-1873 (Medlmmune). Em certas modalidades, um anticorpo anti-GITR é um anticorpo anti-GITR descrito em PCT/US2015/033991 (por exemplo, um anticorpo compreendendo as regiões variáveis de 28F3, 18E10 ou 19D3). Por

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119/212 exemplo, um anticorpo anti-GITR pode ser um anticorpo compreendendo as seguintes cadeias VH e VL ou suas CDRs: [00291] VH: QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKG

LEWVAVIWYEGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDT AVYYCARGGSMVRGDYYYGMDVWGQGTTVTVS (SEQ ID N^Q: 1), e [00292] VL: AIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGISSALAWYQQKPGKAPKLLI

YDASSLESGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQFNSYP YTFGQGTKLEIK (SEQ ID N^Q: 2); ou [00293] VH: QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSYGFHWVRQAPGKGL EWVAVIWYAGSNKFYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTA

VYYCARGGQLDYYYYYVMDVWGQGTTVTVSS (SEQ ID N^Q: 3), e [00294] VL: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGISSWLAWYQQKPEKAPKSL IYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYNSY

PYTFGQGTKLEIK (SEQ ID N^Q: 4); ou [00295] VH:

VQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGLE WVAVIWYAGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAV YYCARGGRIAVAFYYSMDVWGQGTTVTVSS (SEQ ID N^Q: 5), e [00296] VL:

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGISSWLAWYQQKPEKAPKSL IYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYNSY PYTFGQGTKLEIK (SEQ ID N^Q: 6).

[00297] Em certas modalidades, um anticorpo compreendendo um par das cadeias leves VH e VL acima, ou suas CDRs, compreende uma região constante da cadeia pesada de um isótipo lgG1, tipo selvagem ou mutado, por exemplo, para não ter efeito. Em uma

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120/212 modalidade, um anticorpo anti-GITR compreende as seguintes sequências de aminoácidos de cadeias pesadas e leves: [00298] cadeia pesada:

QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGL EWVAVIWYEGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTA VYYCARGGSMVRGDYYYGMDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAP CSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSS GLYSLSSVVTVPSSNFGTQTYTCNVDHKPSNTKVDKTVERKCCVEC PPCPAPPVAGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVQ FNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTFRVVSVLTVVHQDWLNGKEY KCKVSNKGLPAPIEKTISKTKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLT CLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPMLDSDGSFFLYSKLTVD KSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG (SEQ ID N²: 7), e [00299] cadeia leve:

AIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGISSALAWYQQKPGKAPKLLI YDASSLESGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQFNSYP YTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPRE AKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKH KVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (SEQ ID N²: 8), ou [00300] cadeia pesada:

qvqlvesgggvvqpgrslrlscaasgftfssygmhwvrqapgkglewvaviwyegsnkyyads vkgrftisrdnskntlylqmnslraedtavyycarggsmvrgdyyygmdvwgqgttvtvssastk gpsvfplapsskstsggtaalgclvkdyfpepvtvswnsgaltsgvhtfpavlqssglyslssvvtv pssslgtqtyicnvnhkpsntkvdkrvepkscdkthtcppcpapeaegapsvflfppkpkdtlmis rtpevtcvvvdvshedpevkfnwyvdgvevhnaktkpreeqynstyrvvsvltvlhqdwlngke ykckvsnkalpssiektiskakgqprepqvytlppsreemtknqvsltclvkgfypsdiavewesn gqpennykttppvldsdgsfflyskltvdksrwqqgnvfscsvmhealhnhytqkslslspg (SEQ ID N²: 9), e [00301] cadeia leve:

AIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGISSALAWYQQKPGKAPKLLI

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121/212

YDASSLESGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQFNSYP YTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPRE AKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKH KVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (SEQ ID N^Q: 10).

[00302] Em certas modalidades, o anticorpo anti-GITR concorre com um anticorpo anti-GITR aqui descrito, por exemplo, TRX518, MK4166 ou um anticorpo compreendendo um domínio de VH e uma sequência de aminoácidos do domínio de VL aqui descrita. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-GITR se liga ao mesmo epítopo que o de um anticorpo anti-GITR aqui descrito, por exemplo, TRX518, MK4166 ou um anticorpo compreendendo um domínio de VH e uma sequência de aminoácidos do domínio de VL aqui descrita. Em certas modalidades, o anticorpo antiGITR compreende as seis CDRs de TRX518, MK4166 ou aquelas de um anticorpo compreendendo um domínio de VH e uma sequência de aminoácidos do domínio de VL aqui descrita.

Anticorpos Adicionais [00303] Em algumas modalidades, a imunoterapia compreende um anticorpo anti-TGFp. Em certas modalidades, o anticorpo anti-TGFp é um anticorpo anti-TGFp descrito em Int'l Publ. N^Q. WQ/2009/073533.

[00304] Em algumas modalidades, a imunoterapia compreende um anticorpo anti-IL-10. Em certas modalidades, o anticorpo anti-IL-10 é um anticorpo anti-IL-10 descrito em Int'l Publ. N^Q. WQ/2009/073533.

[00305] Em algumas outras modalidades, a imunoterapia compreende um anticorpo anti-B7-H4. Em certas modalidades, o anticorpo anti-B7-H4 é um anticorpo anti-B7-H4 descrito em Int'l Publ. N^Q. WQ/2009/073533.

[00306] Em certas modalidades, a imunoterapia compreende um anticorpo anti-ligante Fas. Em certas modalidades, o anticorpo antiligante Fas é um anticorpo anti-ligante Fas descrito em Int'l Publ. N^Q. WQ/2009/073533.

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122/212 [00307] Em algumas modalidades, a imunoterapia compreende um anticorpo anti-CXCR4. Em certas modalidades, o anticorpo antiCXCR4 é um anticorpo anti-CXCR4 descrito na Publ. U.S. N^Q. 2014/0322208 (por exemplo, Ulocuplumabe (BMS-936564)).

[00308] Em algumas modalidades, a imunoterapia compreende um anticorpo antimesotelina. Em certas modalidades, o anticorpo antimesotelina é um anticorpo antimesotelina descrito na Patente U.S. 8.399.623.

[00309] Em algumas modalidades, a imunoterapia compreende um anticorpo anti-HER2. Em certas modalidades, o anticorpo anti-HER2 é Herceptina (Patente US 5.821.337), trastuzumabe ou adotrastuzumabe entansina (Kadcyla, por exemplo, WO/2001/000244).

[00310] Em modalidades, a imunoterapia compreende um anticorpo anti-CD27. Nas modalidades, o anticorpo anti-CD-27 é o varlilumabe (também conhecido como CDX-1127 e 1F5), que é um anticorpo IgG 1 humano que é um agonista do CD27 humano, conforme descrito, por exemplo, na Patente US N^Q. 9.169.325.

[00311] Em algumas modalidades, a imunoterapia compreende um anticorpo anti-CD73. Em certas modalidades, o anticorpo anti-CD73 é CD73.4.lgG2C219S.lgG1.1f.

[00312] Em algumas modalidades, a imunoterapia compreende um anticorpo anti-MICA. Quando aqui utilizado, um anticorpo anti-MICA é um anticorpo ou um fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente à sequência A relacionada ao polipeptídeo MHC classe I. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-MICA se liga a MICB além de MICA. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-MICA inibe a divagem do MICA ligado à membrana e a liberação de MICA solúvel. Em certas modalidades, o anticorpo anti-MICA é um anticorpo anti-MICA descrito na Publ. U.S. 2014/004112 A1, Publ. U.S. 2016/046716 A1, ou Publ. U.S. 2017/022275 A1.

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123/212 [00313] Em algumas modalidades, a imunoterapia compreende um anticorpo anti-TIM3. Quando aqui usado, um anticorpo anti-TIM3 é um anticorpo ou um fragmento de ligação ao antígeno que se liga especificamente à imunoglobulina de células T e ao domínio da mucina contendo 3 (TIM3), também conhecido como receptor celular 2 do vírus da hepatite A (HAVCR2). Em algumas modalidades, o anticorpo anti-TIM3 é capaz de estimular uma resposta imune, por exemplo, uma resposta de célula T específica ao antígeno. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-TIM3 se liga ao TIM3 humano ou ciano solúvel ou ligado à membrana. Em certas modalidades, o anticorpo anti-TIM3 é um anticorpo anti-TIM3 descrito na Publicação Internacional N^Q. WO/2018/013818, que é incorporado por referência aqui na sua totalidade.

[00314] Em algumas modalidades, o método compreende administrar uma terapia de combinação compreendendo dois ou mais anticorpos. Em algumas modalidades, os dois ou mais anticorpos são selecionados a partir do grupo que consiste em PD-1, PD-L1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, TIM3, NKG2a, 0X40, IGOS, MICA, CD137, KIR, TGFp, IL-10, IL-8, B7-H4, ligante Fas, CXCR4, mesotelina, CD27, GITR. Em certas modalidades, a terapia de combinação compreende administrar uma combinação de um anticorpo anti-PD-1 e um anticorpo anti-CTLA-

4. Em algumas modalidades, a terapia de combinação compreende administrar uma combinação de um anticorpo anti-PD-L1 e um anticorpo anti-CTLA-4. Em algumas modalidades, a terapia de combinação compreende a administração de uma combinação de um anticorpo anti-PD-L1 e um anticorpo anti-LAG3. Em algumas modalidades, a terapia de combinação compreende a administração de uma combinação de um anticorpo anti-PD-L1 e um anticorpo antiTIM3. Em algumas modalidades, a terapia de combinação compreende administrar uma combinação de um anticorpo anti-PD-L1

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124/212 e um anticorpo anti-GITR. Em algumas modalidades, a terapia de combinação compreende a administração de uma combinação de um anticorpo anti-PD-L1 e um anticorpo anti-MICA. Em algumas modalidades, a terapia de combinação compreende administrar uma combinação de um anticorpo anti-PD-L1 e um anticorpo anti-CD137. Em algumas modalidades, a terapia de combinação compreende a administração de uma combinação de um anticorpo anti-PD-L1 e um anticorpo anti-CD27. Em algumas modalidades, a terapia de combinação compreende a administração de uma combinação de um anticorpo anti-PD-L1 e um anticorpo anti-CXCR4.

Citocinas [00315] Em algumas modalidades, o método compreende administrar uma terapia de combinação compreendendo um anticorpo e uma citocina. A citocina pode ser qualquer citocina ou sua variante conhecida na técnica. Em algumas modalidades, a citocina é selecionada a partir do grupo que consiste em interleucina-2 (IL-2), IL1β, IL-6, TNF-α, RANTES, proteína quimioatraente de monócitos (MCP-1), proteína inflamatória de monócitos (MIP-1a e MIP-1 β), IL-8, linfotactina, subalcalina, IL-1, IL-4, IL-10, IL-11, IL-13, LIF, interferon alfa, TGF-beta e qualquer combinação dos mesmos. Em algumas modalidades, a citocina é um agonista de CD122. Em certas modalidades, a citocina compreende IL-2 ou uma sua variante.

[00316] Em algumas modalidades, a citocina compreende uma ou mais substituição, exclusão ou inserção de aminoácidos em relação à sequência de aminoácidos de citocina tipo selvagem. Em algumas modalidades, a citocina compreende uma sequência de aminoácidos com pelo menos 1, pelo menos 2, pelo menos 3, pelo menos 4, pelo menos 5, pelo menos 6, pelo menos 7, pelo menos 8, pelo menos 9 ou pelo menos pelo menos 10 aminoácidos substituídos em relação à sequência de aminoácidos da citocina tipo selvagem.

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125/212 [00317] Em algumas modalidades, a citocina é modificada, por exemplo, para aumentar a atividade e/ou meia-vida. Em certas modalidades, a citocina é modificada através da fusão de uma fração heteróloga à citocina. A fração heteróloga pode ser qualquer estrutura incluindo um polipeptídeo, um polímero, uma molécula pequena, um nucleotídeo ou um fragmento ou análogo do mesmo. Em certas modalidades, a fração heteróloga compreende um polipeptídeo. Em algumas modalidades, a fração heteróloga compreende albumina ou um fragmento do mesmo, polipeptídeo de ligação à albumina (ABP), XTEN, Fc, PAS, o peptídeo C-terminal (CTP) da subunidade β da gonadotropina coriônica humana ou qualquer combinação dos mesmos.

[00318] Em certas modalidades, a citocina é modificada através da fusão da citocina com um polímero. Em algumas modalidades, o polímero compreende polietileno glicol (PEG), polipropileno glicol (PPG), hidroxietil amido (HES) ou qualquer combinação dos mesmos. PEG ou polietileno glicol, quando aqui utilizado, pretende abranger qualquer poli (óxido de etileno) solúvel em água. A menos que indicado de outra forma, um polímero PEG ou um polietileno glicol é aquele em que substancialmente todas (de preferência todas) as subunidades monoméricas são subunidades de óxido de etileno, embora o polímero possa conter porções de tamponamento de extremidade distintas ou grupos funcionais, por exemplo, para conjugação. Os polímeros de PEG para uso na presente descrição compreenderão uma das duas estruturas a seguir: -(ChLCHhOJn-n ou -(CH2CH20)n-iCH2CH2-, dependendo se o oxigênio terminal foi ou não deslocado, por exemplo, durante uma transformação sintética.Como indicado acima, para os polímeros de PEG, a variável (n) varia de cerca de 3 a 4000, e os grupos terminais e a arquitetura do PEG geral podem variar.

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126/212 [00319] Em algumas modalidades, os métodos da presente descrição compreendem a administração a um indivíduo com um alto estado de TMB de uma imunoterapia, em que a imunoterapia compreende um anticorpo e um agonista de CD122. Em algumas modalidades, a imunoterapia compreende a administração (1) de um anticorpo anti-PD-1, um anticorpo anti-CTLA-4, um anticorpo antiCTLA-4 ou qualquer combinação dos mesmos e (2) um agonista de CD122. Em algumas modalidades, o agonista de CD122 compreende IL-2 ou uma variante do mesmo. Em algumas modalidades, o agonista de CD122 compreende uma variante de IL-2 com pelo menos 1 substituição de aminoácidos em relação à IL-2 tipo selvagem. Em algumas modalidades, o agonista de CD122 compreende uma IL-2 fundida a um PEG. Em algumas modalidades, o agonista de CD122 compreende uma variante de IL-2 tendo pelo menos 1 substituição de aminoácidos em relação à IL-2 tipo selvagem, em que a variante de IL2 é fundida a um PEG.

Terapias de Padrão de Assistência para Câncer [00320] Em algumas modalidades, os métodos aqui descritos são usados no lugar de terapias de padrão de assistência. Em certas modalidades, uma terapia de padrão de assistência é usada em combinação com qualquer método aqui descrito. As terapias de padrão de assistência para diferentes tipos de câncer são bem conhecidas por pessoas de experiência na técnica. Por exemplo, a National Comprehensive Cancer Network (NCCN), uma aliança de 21 grandes centros de câncer nos EUA, publica as Diretrizes de Prática Clínica da NCCN em Oncologia (NCCN GUIDELINES®) que fornecem informações atualizadas detalhadas sobre o padrão de tratamentos de cuidados para uma ampla variedade de cânceres (ver NCCN GUIDELINES®, 2014).

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127/212 [00321] Em algumas modalidades, a terapia de combinação trata um câncer, que é o câncer colorretal. Nas modalidades, o câncer colorretal é câncer de cólon. Em outras modalidades, o câncer colorretal é câncer retal. Em certas modalidades, o câncer colorretal tem instabilidade por microssatélites (MSI). (Ver Pawlikef al., Dis. Markers 20 (4-5):199-206 (2004)). Em outras modalidades, o câncer colorretal tem baixa instabilidade de microssatélites (MSI-L).

[00322] O câncer colorretal é o terceiro tipo mais comum de câncer em homens e mulheres nos EUA (consulte http://www.cancer.gov/types/colorectal, visitado pela última vez em 9 de dezembro de 2015). A maioria dos cânceres colorretais são adenocarcinomas. O câncer de cólon se apresenta em cinco estágios: estágio 0 (carcinoma in situ), estágio I, estágio II, estágio III e estágio IV. Seis tipos de tratamento padrão são usados para o câncer de cólon: 1) cirurgia, incluindo excisão local, ressecção do cólon com anastomose ou ressecção do cólon com colostomia; 2) ablação por radiofrequência; 3) criocirurgia; 4) quimioterapia; 5) radioterapia; e 6) terapias direcionadas, incluindo anticorpos monoclonais e inibidores da angiogênese. Em algumas modalidades, a terapia de combinação da descrição trata um câncer de cólon junto com um tratamento padrão.

[00323] O câncer retal se apresenta em cinco estágios: estágio 0 (carcinoma in situ), estágio I, estágio II, estágio III e estágio IV. Seis tipos de tratamento padrão são usados para o câncer retal: 1) Cirurgia, incluindo polipectomia, excisão local, ressecção, ablação por radiofrequência, criocirurgia e exenteração pélvica; 2) terapia de radiação; 3) quimioterapia; e 4) terapia direcionada, incluindo terapia com anticorpos monoclonais. Em algumas modalidades, os métodos da descrição tratam um câncer retal junto com uma terapia de padrão de assistência.

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Câncer de Pulmão [00324] Em algumas modalidades, a terapia de combinação da descrição trata um câncer, que é câncer de pulmão. Em certas modalidades, o câncer é NSCLC. Nas modalidades, o NSCLC tem uma histologia escamosa. Em outras modalidades, o NSCLC tem uma histologia não escamosa.

[00325] O NSCLC é a principal causa de morte por câncer nos EUA e no mundo, excedendo o câncer de mama, cólon e próstata juntos. Nos EUA, um número estimado de 228.190 novos casos de pulmão e brônquios será diagnosticado nos EUA e ocorrerão 159.480 mortes por causa da doença (Siegel et al. (2014) CA Cancer J Clin 64 (1):929) A maioria dos pacientes (aproximadamente 78%) é diagnosticada com doença avançada/recorrente ou metastática. Metástases para a glândula adrenal do câncer de pulmão são uma ocorrência comum, com cerca de 33% dos pacientes com essas metástases. As terapias com NSCLC melhoraram gradualmente a OS, mas o benefício atingiu um platô (a OS média para pacientes em estágio avançado é de apenas 1 ano). A progressão após a terapia com 1 L ocorreu em quase todos esses indivíduos e a taxa de sobrevida em 5 anos é de apenas 3,6% no cenário refratário. De 2005 a 2009, a taxa de sobrevida global em 5 anos do câncer de pulmão nos EUA foi de 15,9% (NCCN GUIDELINES®, versão 3.2014 - Non-Small Cell Lung Cancer, disponível em: www.nccn.org/professionals/physician_gls/pdf/nscl.pdf, acessado pela última vez em 14 de maio de 2014).

[00326] Há sete estágios do NSCLC: câncer de pulmão de células não pequenas ocultas, estágio 0 (carcinoma in situ), estágio I, estágio II, estágio IIIA, estágio IIIA, estágio IIIB e estágio IV. Em algumas modalidades, a terapia de combinação da descrição trata um NSCLC junto com um tratamento padrão.

[00327] Além disso, os métodos atuais também podem ser

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129/212 combinados com cirurgia, radioterapia (RT) e quimioterapia, que são as três modalidades comumente usadas no tratamento de pacientes com NSCLC. Como classe, os NSCLCs são relativamente insensíveis à quimioterapia e à RT, em comparação com o carcinoma de pequenas células. Em geral, para pacientes com doença em estágio I ou II, a ressecção cirúrgica oferece a melhor chance de cura, sendo a quimioterapia cada vez mais utilizada no pré e pós-operatório. A RT também pode ser usada como terapia adjuvante para pacientes com NSCLC ressecável, o tratamento local primário ou como terapia paliativa para pacientes com NSCLC incurável.

[00328] Em uma modalidade, o indivíduo adequado para os métodos da presente descrição é um paciente com doença em estágio IV. Pacientes com doença em estágio IV têm um bom estado de desempenho (PS) se beneficiam da quimioterapia. Muitos fármacos, incluindo agentes de platina (por exemplo, cisplatina, carboplatina), agentes de taxanos (por exemplo, paclitaxel, paclitaxel ligado à albumina e docetaxel), vinorelbina, vinblastina, etoposídeo, pemetrexede e gencitabina são úteis para o estágio IVCLC IV. Combinações usando muitos desses fármacos produzem taxas de sobrevida em um ano de 30% a 40% e são superiores aos agentes isolados. Terapias específicas direcionadas também foram desenvolvidas para o tratamento de câncer de pulmão avançado. Por exemplo, o bevacizumabe (AVASTIN®) é um anticorpo monoclonal que bloqueia o fator de crescimento vascular endotelial A (VEGF-A). O erlotinibe (TARCEVA®) é um TKI de molécula pequena do receptor do fator de crescimento epidérmico (EGFR). Crizotinibe é um TKI de molécula pequena que se direciona à ALK e MET e é usado para tratar NSCLC em pacientes portadores do gene de fusão de ALK mutado. O cetuximabe (ERBITUX®) é um anticorpo monoclonal que se direciona ao EGFR.

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130/212 [00329] Em algumas modalidades, os métodos atuais são usados para tratar um indivíduo que possui NSCLC escamoso. Em certas modalidades, os presentes métodos são utilizados em combinação com um padrão de terapia de assistência. Existe uma necessidade particular não satisfeita entre os pacientes que têm NSCLC de células escamosas (representando até 25% de todos os NSCLC), pois há poucas opções de tratamento após a terapia de primeira linha (1L). A quimioterapia com um único agente é o padrão de tratamento após a progressão da quimioterapia com dupleto baseado em platina (dubleto de Pt), resultando em OS mediana de aproximadamente 7 meses. O docetaxel continua a ser o tratamento de referência nesta linha de terapia, embora o erlotinibe possa também ser utilizado com menor frequência. O pemetrexede também demonstrou resultados de eficácia clinicamente equivalentes, mas com efeitos secundários significativamente menores em comparação com o docetaxel no tratamento de segunda linha (2L) de pacientes com NSCLC avançado (Hanna et al., 2004 J Clin Oncol 22 : 1589-97). Nenhuma terapia está atualmente aprovada para uso em câncer de pulmão além da terceira linha (3L). Pemetrexedo e bevacizumabe não são aprovados no NSCLC escamoso, e as terapias direcionadas molecularmente têm aplicação limitada. A necessidade não atendida no câncer de pulmão avançado foi agravada pela recente falha do Oncothyreon e do STIMUVAX® da Merck KgaA em melhorar a OS em um estudo de fase 3, incapacidade do inibidor de quinase c-Met de ArQule e de Daiichi Sankyo, tivantinibe, para atingir metas de sobrevivência, ALIMTA® de Eli Lilly em combinação com AVASTIN® de Roche para melhorar a OS em um estudo de estágio tardio, e a falha da Amgen e de Takeda Pharmaceutical em atingir metas clínicas com o antagonista do VEGF-R de molécula pequena, motesanibe, em testes de estágio final.

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Terapias de Combinação [00330] Certos aspectos da presente descrição são direcionados a métodos para tratar um indivíduo afligido com um tumor compreendendo a administração ao indivíduo de uma quantidade terapeuticamente eficaz de (a) um anticorpo anti-PD-1 ou um anticorpo anti-PD-L1 e (b) um anticorpo ou porção de ligação ao antígeno deste que se liga especificamente à proteína 4 citotóxica associada a linfócitos T (CTLA-4) (um anticorpo anti-CTLA-4), em que o tumor tem uma elevada carga de mutação no tumor (TMB). Em certas modalidades, o tumor é derivado de um câncer do pulmão de células não pequenas (NSCLC). Em algumas modalidades, a elevada TMB é caracterizada por pelo menos cerca de 10 mutações por megabase de genes examinados. Em modalidades particulares, o método compreende ainda a medição do estrato de TMB de uma amostra biológica obtida do indivíduo antes da administração.

[00331] Em certas modalidades, o anticorpo anti-PD-1, o anticorpo anti-PD-L1 e/ou o anticorpo anti-CTLA-4 são administrados em uma quantidade terapeuticamente eficaz. Em algumas modalidades, o método compreende a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de anticorpo anti-PD-1 e um anticorpo antiCTLA-4. Em outras modalidades, o método compreende administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz de anticorpo anti-PD-L1 e um anticorpo anti-CTLA-4. Qualquer anticorpo anti-PD-1, anti-PD-L1 ou anti-CTLA-4 aqui descrito pode ser utilizado no método. Em certas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 compreende nivolumabe. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 compreende pembrolizumabe. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-L1 compreende atezolizumabe. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-L1 compreende durvalumabe. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-L1 compreende avelumabe. Em algumas

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132/212 modalidades, o anticorpo anti-CTLA-4 compreende ipilimumabe. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-CTLA-4 compreende tremelimumabe e ipilimumabe.

[00332] Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 ou o anticorpo anti-PD-L1 e o anticorpo anti-CTLA-4 são administrados uma vez a cada duas semanas, uma vez a cada três semanas, uma vez a cada quatro semanas, uma vez a cada 5 semanas ou uma vez a cada 6 semanas. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 ou o anticorpo anti-PD-L1 é administrado uma vez a cada duas semanas, uma vez a cada 3 semanas ou uma vez a cada 4 semanas e o anticorpo anti-CTLA-4 é administrado uma vez a cada 6 semanas.

[00333] Em algumas modalidades, o anticorpo anti-CTLA-4 é administrado em uma dose que varia de cerca de 0,1 mg/kg a cerca de 20,0 mg/kg de peso corporal a cada 2, 3, 4, 5, 6, 7 ou 8 semanas. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-CTLA-4 é administrado a uma dose de cerca de 0,1 mg/kg, cerca de 0,3 mg/kg, cerca de 0,6 mg/kg, cerca de 0,9 mg/kg, cerca de 1 mg/kg, cerca de 3 mg/kg, cerca de 6 mg/kg, cerca de 9 mg/kg, cerca de 10 mg/kg, cerca de 12 mg/kg, cerca de 15 mg/kg, cerca de 18 mg/kg, ou cerca de 20 mg/kg. Em certas modalidades, o anticorpo anti-CTLA-4 é administrado em uma dose de cerca de 1 mg/kg uma vez a cada 4 semanas. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-CTLA-4 é administrado em uma dose de cerca de 1 mg/kg uma vez a cada 6 semanas.

[00334] Em algumas modalidades, o anticorpo anti-CTLA-4 é administrado a uma dose fixa. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-CTLA-4 é administrado em uma dose fixa que varia de pelo menos cerca de 40 mg a pelo menos cerca de 1600 mg. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-CTLA-4 é administrado em uma dose fixa de pelo menos cerca de 40 mg, pelo menos cerca de 50 mg, pelo menos cerca de 60 mg, pelo menos cerca de 70 mg, pelo menos cerca

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133/212 de 80 mg, pelo menos cerca de 90 mg, pelo menos cerca de 100 mg, pelo menos cerca de 110 mg, pelo menos cerca de 120 mg, peio menos cerca de 130 mg, pelo menos cerca de 140 mg, pelo menos cerca de 150 mg, pelo menos cerca de 160 mg, pelo menos cerca de 170 mg mg, pelo menos cerca de 180 mg, pelo menos cerca de 190 mg, ou pelo menos cerca de 200 mg. Em algumas modalidades, ο anticorpo de CTLA-4 é administrado a uma dose fixa de pelo menos cerca de 220 mg, pelo menos cerca de 230 mg, pelo menos cerca de 240 mg, pelo menos cerca de 250 mg, pelo menos cerca de 260 mg, pelo menos mg, pelo menos cerca de 280 mg, pelo menos cerca de 290 mg, pelo menos cerca de 300 mg, pelo menos cerca de 320 mg, pelo menos cerca de 360 mg, pelo menos cerca de 400 mg, pelo menos cerca de 440 mg, pelo menos cerca de 480 mg, pelo menos cerca de 520 mg, pelo menos cerca de 560 mg, ou pelo menos cerca de 600 mg. Em algumas modalidades, o anticorpo de CTLA-4 é administrado a uma dose fixa de pelo menos cerca de 640 mg, pelo menos cerca de 720 mg, pelo menos cerca de 800 mg, pelo menos cerca de 880 mg, pelo menos cerca de 960 mg, pelo menos mg, pelo menos cerca de 1120 mg, pelo menos cerca de 1200 mg, pelo menos cerca de 1280 mg, pelo menos cerca de 1360 mg, pelo menos cerca de 1440 mg, ou pelo menos cerca de 1600 mg. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-CTLA-4 é administrado em uma dose fixa pelo menos uma vez a cada 2, 3, 4, 5, 6, 7 ou 8 semanas.

[00335] Em certas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 é administrado em uma dose de cerca de 2 mg/kg uma vez a cada 3 semanas e o anticorpo anti-CTLA-4 é administrado em uma dose de cerca de 1 mg/kg a cada 6 semanas. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 é administrado em uma dose de cerca de 3 mg/kg uma vez a cada duas semanas e o anticorpo anti-CTLA-4 é administrado em uma dose de cerca de 1 mg/kg uma vez a cada 6

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134/212 semanas. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 é administrado em uma dose de cerca de 6 mg/kg uma vez a cada 4 semanas e o anticorpo anti-CTLA-4 é administrado em uma dose de cerca de 1 mg/kg uma vez a cada 6 semanas.

[00336] Em certas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 é administrado a uma dose fixa de cerca de 200 mg uma vez a cada 3 semanas e o anticorpo anti-CTLA-4 é administrado a uma dose de cerca de 1 mg/kg a cada 6 semanas. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 é administrado em uma dose fixa de cerca de 240 mg uma vez a cada duas semanas e o anticorpo anti-CTLA-4 é administrado em uma dose de cerca de 1 mg/kg uma vez a cada 6 semanas. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 é administrado em uma dose fixa de cerca de 480 mg uma vez a cada 4 semanas e o anticorpo anti-CTLA-4 é administrado em uma dose de cerca de 1 mg/kg uma vez a cada 6 semanas.

[00337] Em certas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 é administrado em uma dose fixa de cerca de 200 mg uma vez a cada 3 semanas e o anticorpo anti-CTLA-4 é administrado em uma dose fixa de cerca de 80 mg uma vez a cada 6 semanas. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 é administrado em uma dose fixa de cerca de 240 mg uma vez a cada duas semanas e o anticorpo antiCTLA-4 é administrado em uma dose de cerca de 80 mg uma vez a cada 6 semanas. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 é administrado em uma dose fixa de cerca de 480 mg uma vez a cada 4 semanas e o anticorpo anti-CTLA-4 é administrado em uma dose de cerca de 80 mg uma vez a cada 6 semanas.

[00338] Em certas modalidades, o anticorpo anti-PD-L1 é administrado em uma dose de cerca de 10 mg/kg uma vez a cada duas semanas e o anticorpo anti-CTLA-4 é administrado em uma dose de cerca de 1 mg/kg uma vez a cada 6 semanas. Em algumas

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135/212 modalidades, o anticorpo anti-PD-L1 é administrado a uma dose de cerca de 15 mg/kg uma vez a cada 3 semanas e o anticorpo antiCTLA-4 é administrado a uma dose de cerca de 1 mg/kg uma vez a cada 6 semanas.

[00339] Em certas modalidades, o anticorpo anti-PD-L1 é administrado em uma dose fixa de cerca de 800 mg uma vez a cada duas semanas e o anticorpo anti-CTLA-4 é administrado em uma dose de cerca de 1 mg/kg uma vez a cada 6 semanas. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-L1 é administrado a uma dose fixa de cerca de 1200 mg uma vez a cada 3 semanas e o anticorpo antiCTLA-4 é administrado a uma dose de cerca de 1 mg/kg uma vez a cada 6 semanas.

[00340] Em certas modalidades, o anticorpo anti-PD-L1 é administrado em uma dose fixa de cerca de 800 mg uma vez a cada duas semanas e o anticorpo anti-CTLA-4 é administrado em uma dose fixa de cerca de 80 mg uma vez a cada 6 semanas. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-L1 é administrado em uma dose fixa de cerca de 1200 mg uma vez a cada 3 semanas e o anticorpo antiCTLA-4 é administrado em uma dose de cerca de 80 mg uma vez a cada 6 semanas.

Melanoma [00341] Em algumas modalidades, a terapia de combinação trata um câncer, que é o melanoma. O melanoma é a forma mais letal de câncer de pele, e é o quinto diagnóstico de câncer mais comum em homens e o sétimo diagnóstico de câncer mais comum em mulheres. (Veja http://www.cancer.gov/types/skin, visitado pela última vez em 9 de dezembro de 2015). O melanoma apresenta-se em sete estágios: Estágio 0 (Melanoma in situ), Estágio I, Estágio II, Estágio III, que pode ser removido por cirurgia, Estágio III que não pode ser removido por cirurgia, Estágio IV e Melanoma Recorrente. Cinco tipos de tratamento

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136/212 padrão são usados: 1) cirurgia; 2) quimioterapia; 3) radioterapia e 4) terapia biológica, incluindo interferon, interleucina-2 (IL-2), terapia de fator de necrose tumoral (TNF) e ipilimumabe, e 5) terapia direcionada, incluindo terapia inibidora de transdução de sinal (por exemplo, vemurafenibe, dabrafenibe e trametinibe), terapia com vírus oncolíticos, terapia com anticorpos monoclonais (incluindo pembrolizumabe e nivolumabe) e inibidores da angiogênese. Em algumas modalidades, a terapia de combinação da descrição trata um melanoma juntamente com um padrão de terapia de assistência Câncer do Ovário [00342] Em certas modalidades, a terapia de combinação trata um câncer, que é o câncer do ovário, das trompas de falópio e peritoneal primário (câncer de ovário). Em certas modalidades, o câncer é câncer epitelial ovariano. Em outras modalidades, o câncer é tumor de células germinativas do ovário. Ainda em outras modalidades, o câncer é um tumor com potencial maligno de baixo volume ovariano. Em modalidades, o câncer do ovário começa no tecido que cobre os ovários, o peritoneu ou as trompas de falópio. (Consulte http://www.cancer.gov/types/ovarian/patient/ovarian-epithelialtreatment-pdq, visitado pela última vez em 9 de dezembro de 2015).

[00343] Existem quatro estágios de câncer de ovário: Estágio I, Estágio II, Estágio III e Estágio IV, que englobam câncer de ovário precoce, avançado e recorrente ou persistente. Existem quatro tipos de tratamentos padrão que são usados para pacientes com câncer de ovário, trompas de falópio e peritoneal primário: 1) cirurgia, incluindo histerectomia, salpingo-ooforectomia unilateral, salpingo-ooforectomia bilateral, omentectomia e biópsia de linfonodo; 2) radioterapia; 3) quimioterapia; e 4) terapia direcionada, incluindo terapia com anticorpos monoclonais e inibidores da poli (ADP-ribose) polimerase. Terapias biológicas também estão sendo testadas para o câncer de

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137/212 ovário. Em algumas modalidades, a terapia de combinação da descrição trata um câncer de ovário juntamente com um padrão de terapia de assistência.

[00344] Existem quatro estágios de tumores ovarianos de células germinativas: Estágio I, Estágio II, Estágio III e Estágio IV. Quatro tipos de tratamento padrão são usados: 1) cirurgia, incluindo salpingoooforectomia unilateral, histerectomia total, salpingo-ooforectomia bilateral e descamação do tumor; 2) observação; 3) quimioterapia e 4) radioterapia. Novas opções de tratamento sendo consideradas incluem quimioterapia em altas doses com transplante de medula óssea. Em algumas modalidades, a terapia de combinação da descrição trata um tumor de células germinativas do ovário juntamente com um padrão de terapia de assistência.

[00345] Existem 3 estágios de tumores ovarianos de baixo potencial maligno: 1) estágio inicial (Estágio I e II), 2) estágio tardio (Estágio III e IB) e 3) recorrentes. Dois tipos de tratamento padrão são usados: 1) cirurgia, incluindo salpingo-ooforectomia unilateral, salpingoooforectomia bilateral, histerectomia total, ooforectomia parcial e omentectomia e 2) quimioterapia. Em algumas modalidades, a terapia de combinação da descrição trata um tumor de baixo potencial maligno de ovário juntamente com um padrão de terapia de assistência.

Câncer de Cabeça e Pescoço [00346] Em algumas modalidades, a terapia de combinação trata um câncer, que é o câncer de cabeça e pescoço. Cânceres de cabeça e pescoço incluem câncer da cavidade oral, faringe, laringe, seios paranasais e cavidade nasal e glândulas salivares. Os cânceres de cabeça e pescoço geralmente começam nas células escamosas que revestem as superfícies mucosas e úmidas dentro da cabeça e do pescoço (por exemplo, dentro da boca, nariz e garganta). Estes cânceres de células escamosas são frequentemente referidos como

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138/212 carcinomas de células escamosas da cabeça e pescoço. Os cânceres de cabeça e pescoço também podem começar nas glândulas salivares, mas os cânceres de glândulas salivares são relativamente incomuns. (Veja http://www.cancer.gov/types/head-and-neck/headneck-fact-sheet, visitado pela última vez em 9 de dezembro de 2015). O plano de tratamento para um paciente individual depende de vários fatores, incluindo a localização exata do tumor, o estágio do câncer e a idade e a saúde geral da pessoa. O tratamento para câncer de cabeça e pescoço pode incluir cirurgia, radioterapia, quimioterapia, terapia direcionada ou uma combinação de tratamentos. Em algumas modalidades, a terapia de combinação da descrição trata um câncer de cabeça e pescoço juntamente com um padrão de terapia de assistência.

Imunoterapia de Câncer de Pulmão [00347] Existe uma necessidade clara de agentes eficazes para pacientes que progrediram em várias linhas de terapia direcionada, bem como para terapias que prolongam a sobrevida por períodos mais longos além dos tratamentos padrão atuais. Novas abordagens envolvendo imunoterapia, especialmente o bloqueio pontos de verificação imunes, incluindo as vias inibidoras de CTLA-4, PD-1 e PDL1, mostraram-se promissores recentemente (Creelan et al., 2014). Assim, o ipilimumabe em combinação com a quimioterapia exibiu resultados encorajadores no câncer de pulmão de células pequenas e células não pequenas. Os testes clínicos dos anticorpos monoclonais nivolumabe, pembrolizumabe, BMS-936559, MEDI4736 e MPDL3280A estão demonstrando taxas gerais de resposta radiológica duráveis na faixa de 20% a 25% no câncer de pulmão (Topalian et al, 2012a; Pardoll, 2012; WO 2013/173223 ; Creelan etal., 2014). Essa atividade excepcional inclui câncer de pulmão escamoso, uma população historicamente desprovida de avanços terapêuticos significativos.

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Composições Farmacêuticas e Dosagens [00348] Os agentes terapêuticos da presente descrição podem ser constituídos em uma composição, por exemplo, uma composição farmacêutica contendo um anticorpo e/ou uma citocina e um veículo farmaceuticamente aceitável. Quando aqui utilizado, um veículo farmaceuticamente aceitável inclui todo e qualquer solvente, meio de dispersão, revestimentos, agentes antibacterianos e antifúngicos, agentes isotônicos e retardadores de absorção, e similares que sejam fisiologicamente compatíveis. De preferência, o veículo para uma composição contendo um anticorpo é adequado para administração intravenosa, intramuscular, subcutânea, parenteral, espinhal ou epidérmica (por exemplo, por injeção ou infusão), enquanto o veículo para uma composição contendo um anticorpo e/ou citocina é adequado para administração não parenteral, por exemplo, oral. Em algumas modalidades, a injeção subcutânea é baseada na tecnologia de administração de fármacos ENHANZE® de Halozyme Therapeutics (ver Patente U.S. N^Q. 7.767.429, que é incorporada por referência aqui na sua totalidade). O ENHANZE® utiliza uma coformulação de um Ab com a enzima hialuronidase humana recombinante (rHuPH20), que remove as limitações tradicionais no volume de produtos biológicos e fármacos que podem ser administrados por via subcutânea devido à matriz extracelular (ver Patente U.S. N^Q7.767.429). Uma composição farmacêutica da descrição pode incluir um ou mais sais farmaceuticamente aceitáveis, antioxidantes, veículos aquosos e não aquosos e/ou adjuvantes, como conservantes, agentes umectantes, agentes emulsificantes e agentes dispersantes. Portanto, em algumas modalidades, a composição farmacêutica para a presente descrição pode ainda compreender a enzima hialuronidase humana recombinante, por exemplo, rHuPH20.

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140/212 [00349] Os regimes de dosagem são ajustados para fornecer a resposta desejada ideal, por exemplo, uma resposta terapêutica máxima e/ou efeitos adversos mínimos. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 ou um anticorpo anti-PD-L1 é administrado em uma dose baseada em peso. Para administração de um anticorpo anti-PD-1 ou anticorpo anti-PD-L1, especialmente em combinação com outro agente anticâncer, a dosagem pode variar de cerca de 0,01 a cerca de 20 mg/kg, de cerca de 0,1 a cerca de 10 mg/kg, de cerca de 0,01 a cerca de 5 mg/kg, de cerca de 1 a cerca de 5 mg/kg, de cerca de 2 a cerca de 5 mg/kg, de cerca de 1 a cerca de 3 mg/kg, de cerca de 7,5 a cerca de 12,5 mg/kg, ou de cerca de 0,1 a cerca de 30 mg/kg do peso corporal do indivíduo. Por exemplo, as dosagens podem ser de cerca de 0,1, cerca de 0,3, cerca de 1, cerca de 2, cerca de 3, cerca de 5 ou cerca de 10 mg/kg de peso corporal e, mais preferencialmente, 0,3, 1, 2, 3 ou 5 mg/kg peso corporal. Em certas modalidades, a dosagem do anticorpo anti-PD-1 é de 3 mg/kg de peso corporal.

[00350] Em uma modalidade, um regime de dosagem para um anticorpo anti-PD-1 ou um anticorpo anti-PD-L1 da descrição compreende cerca de 0,3-1 mg/kg de peso corporal, cerca de 5 mg/kg de peso corporal, 1- 5 mg/kg de peso corporal, ou cerca de 1 a 3 mg/kg de peso corporal por administração intravenosa, com o anticorpo sendo administrado a cada 14 a 21 dias em ciclos de até 6 ou 12 semanas até resposta completa ou doença progressiva confirmada. Em algumas modalidades, o tratamento com anticorpos, ou qualquer tratamento combinado aqui descrito, é continuado por pelo menos cerca de 1 mês, pelo menos cerca de 3 meses, pelo menos cerca de 6 meses, pelo menos cerca de 9 meses, pelo menos cerca de 1 ano, pelo menos cerca de 18 meses, pelo menos cerca de 24 meses, pelo menos cerca de 3 anos, pelo menos cerca de 5 anos ou pelo menos cerca de 10 anos.

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141/212 [00351] O esquema de dosagem é tipicamente projetado para obter exposições que resultam em ocupação sustentada do receptor (RO) com base nas propriedades farmacocinéticas típicas de um anticorpo. Um regime de tratamento exemplar envolve a administração uma vez por semana, uma vez a cada duas semanas, uma vez a cada 3 semanas, uma vez a cada 4 semanas, uma vez por mês, uma vez a cada 3-6 meses ou mais. Em certas modalidades preferidas, um anticorpo anti-PD-1 como o nivolumabe é administrado ao indivíduo uma vez a cada duas semanas. Em outras modalidades preferidas, o anticorpo é administrado uma vez a cada 3 semanas. O anticorpo antiPD-1 pode ser administrado em pelo menos duas doses, cada uma das doses em uma quantidade de cerca de 0,01 mg/kg a cerca de 5 mg/kg, por exemplo, 3 mg/kg, em um intervalo de dosagem de cada duas semanas entre as duas doses. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 é administrado em pelo menos três, quatro, cinco, seis ou sete doses (isto é, doses múltiplas), cada uma das doses é de uma quantidade de cerca de 0,01 mg/kg a cerca de 5 mg/kg, por exemplo, 3 mg/kg, em um intervalo de dosagem de cada duas semanas entre duas doses dadas adjacentes. A dosagem e o agendamento podem mudar durante o curso do tratamento. Por exemplo, um esquema de dosagem para monoterapia anti-PD-1 pode compreender administrar o anticorpo: (i) a cada duas semanas em ciclos de 6 semanas; (ii) a cada 4 semanas para seis dosagens, a cada três meses; (iii) a cada 3 semanas; ou (iv) 3-10 mg/kg uma vez seguido por 1 mg/kg a cada 2-3 semanas. Considerando que um anticorpo lgG4 tem tipicamente uma meia-vida de 2-3 semanas, um regime de dosagem preferido para um anticorpo anti-PD-1 da descrição compreende 0,3-10 mg/kg de peso corporal, preferencialmente 1-5 mg/kg de corpo peso, mais preferivelmente 1-3 mg/kg de peso corporal via administração intravenosa, sendo o

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142/212 anticorpo administrado a cada 14-21 dias em ciclos de até 6 semanas ou 12 semanas até resposta completa ou doença progressiva confirmada.

[00352] Em certas modalidades, um anticorpo anti-PD-1 ou um anticorpo anti-PD-L1 é administrado em uma dose fixa. Em modalidades, o anticorpo anti-PD-1 ou um anticorpo anti-PD-L1 é administrado a uma dose fixa como uma monoterapia. Em modalidades, o anticorpo anti-PD-1 ou um anticorpo anti-PD-L1 administrado como uma dose fixa em combinação com qualquer outra terapia aqui descrita. Em modalidades, a dose fixa do anticorpo antiPD-1 ou um anticorpo anti-PD-L1 é uma dose de pelo menos cerca de 100-600 mg, tal como, pelo menos cerca de 200-300 mg, pelo menos cerca de 400- 500 mg, ou pelo menos cerca de 240 mg ou pelo menos cerca de 480 mg, tal como pelo menos cerca de 60 mg, pelo menos cerca de 80 mg, pelo menos cerca de 100 mg, pelo menos cerca de 120 mg, pelo menos cerca de 140 mg cerca de 160 mg, pelo menos cerca de 180 mg, pelo menos cerca de 200 mg, pelo menos cerca de 220 mg, pelo menos cerca de 240 mg, pelo menos cerca de 260 mg, pelo menos cerca de 280 mg, pelo menos cerca de 320 mg mg, pelo menos cerca de 400 mg, pelo menos cerca de 440 mg, pelo menos cerca de 480 mg, pelo menos cerca de 520 mg, pelo menos cerca de 560 mg, pelo menos cerca de 600 mg, ou pelo menos cerca de 660 mg, ou pelo menos cerca de 720 mg. Em algumas modalidades, a dose fixa do anticorpo anti-PD-1 ou um anticorpo anti-PD-L1 é uma dose de pelo menos cerca de 600-1200 mg. Em algumas modalidades, a dose fixa do anticorpo anti-PD-1 ou um anticorpo antiPD-L1 é uma dose de pelo menos cerca de 600 mg, pelo menos cerca de 640 mg, pelo menos cerca de 680 mg, pelo menos cerca de 720 mg, pelo menos cerca de 760 mg, pelo menos cerca de 800 mg, pelo menos cerca de 840 mg, pelo menos cerca de 880 mg, pelo menos

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143/212 cerca de 920 mg, pelo menos cerca de 960 mg, pelo menos cerca de 1000 mg, pelo menos cerca de 1040 mg cerca de 1080 mg, pelo menos cerca de 1120 mg, pelo menos cerca de 1160 mg, ou pelo menos cerca de 1200 mg. Em algumas modalidades, o anticorpo antiPD-1 ou sua porção de ligação ao antígeno é administrado em uma dose de pelo menos cerca de 240 mg ou pelo menos cerca de 480 mg uma vez a cada 2 ou 4 semanas. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-L1 ou sua porção de ligação ao antígeno é administrado em uma dose de pelo menos cerca de 240 mg ou pelo menos cerca de 480 mg uma vez a cada 2 ou 4 semanas. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 ou o anticorpo anti-PD-L1 é administrado a uma dose de pelo menos cerca de 720 mg. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 ou o anticorpo anti-PD-L1 é administrado a uma dose de pelo menos cerca de 960 mg. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 ou o anticorpo anti-PD-L1 é administrado a uma dose de pelo menos cerca de 1200 mg.

[00353] Em outras modalidades, o anticorpo anti-PD-1 ou sua porção de ligação de antígeno é administrado em uma dose maior que, ou seja, pelo menos cerca de 240 mg. Quando utilizado em combinações com outros agentes de câncer, a dosagem de um anticorpo anti-PD-1 pode ser diminuída em comparação com a dose de monoterapia. Por exemplo, uma dose de nivolumabe que é significativamente mais baixa do que os 3 mg/kg típicos a cada 3 semanas, por exemplo 0,1 mg/kg ou menos a cada 3 ou 4 semanas, é considerada como uma dosagem subterapêutica. Os dados de ocupação do receptor de 15 indivíduos que receberam doses de 0,3 mg/kg a 10 mg/kg com nivolumabe indicam que a ocupação de PD-1 parece ser independente da dose neste intervalo de dose. Em todas as doses, a taxa de ocupação média foi de 85% (variação de 70% a 97%), com uma ocupação média do platô de 72% (variação de 59% a

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81%) (Brahmeref al., J Clin Oncol 28 : 3167-75). 2010). Assim, a dose de 0,3 mg/kg pode permitir exposição suficiente para levar a atividade biológica máxima.

[00354] Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 ou o anticorpo anti-PD-L1 é administrado em uma dose fixa com um segundo agente. Em algumas modalidades, o anticorpo anti-PD-1 é administrado em uma dose fixa com um segundo agente imunoterapêutico. Em algumas modalidades, a razão do anticorpo anti-PD-1 ou o anticorpo anti-PD-L1 para o segundo agente, por exemplo, o segundo agente imunoterapêutico, é pelo menos cerca de 1:1, cerca de 1 : 2, cerca de 1 : 3, cerca de 1 : 4, cerca de 1 : 5, cerca de 1 : 6, cerca de 1 : 7, cerca de 1 : 8, cerca de 1 : 9, cerca de 1 : 10, cerca de 1 : 15, cerca de 1 : 20, cerca de 1 : 30, cerca de 1 : 0, cerca de 1 : 50, cerca de 1 : 60, cerca de 1 : 70, cerca de 1 : 80, cerca de 1 : 90, cerca de 1 : 100, cerca de 1 : 120, cerca de 1 : 140, cerca de 1 : 160, cerca de 1 : 180, cerca de 1 : 200, cerca de 200 : 1, cerca de 180 : 1, cerca de 160 : 1, cerca de 140 : 1, cerca de 120 : 1, cerca de 100 : 1, cerca de 90 : 1, cerca de 80 : 1, cerca de 70 : 1, cerca de 60 : 1, cerca de 50 : 1, cerca de 40 : 1, cerca de 30 : 1, cerca de 20 : 1, cerca de 15 : 1, cerca de 10 : 1, cerca de 9 : 1, cerca de 8 : 1, cerca de 7 : 1, cerca de 6 : 1, cerca de 5 : 1, cerca de 4 : 1, cerca de 3 : 1 ou cerca de 2 : 1 mg.

[00355] Embora tenha sido alcançada uma monoterapia com nivolumabe mais alta que administra até 10 mg/kg a cada duas semanas sem atingir a dose máxima tolerada (MTD), as toxicidades significativas relatadas em outros ensaios com inibidores do ponto de verificação mais terapia antiangiogênica (ver, por exemplo, Johnson et al., 2013; Rini et al., 2011) apoiam a seleção de uma dose de nivolumabe menor que 10 mg/kg.

[00356] Para a combinação de nivolumabe com outros agentes

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145/212 anticâncer, esses agentes são preferencialmente administrados em suas dosagens aprovadas. O tratamento é continuado desde que seja observado benefício clínico ou até que ocorra toxicidade inaceitável ou progressão da doença. No entanto, em certas modalidades, as dosagens desses agentes anticâncer administrados são significativamente menores que a dosagem aprovada, ou seja, uma dosagem subterapêutica do agente é administrada em combinação com o anticorpo anti-PD-1 ou um anticorpo anti-PD-L1. O anticorpo anti-PD-1 ou anticorpo anti-PD-L1 pode ser administrado na dosagem que demonstrou produzir a maior eficácia como monoterapia em testes clínicos, por exemplo, cerca de 3 mg/kg de nivolumabe administrado uma vez a cada três semanas (Topalianet et al., 2012a; Topalianet et al., 2012) ou em uma dose significativamente mais baixa, isto é, em uma dose subterapêutica.

[00357] A dosagem e a frequência variam dependendo da meiavida do anticorpo no indivíduo. Em geral, os anticorpos humanos mostram a meia-vida mais longa, seguidos pelos anticorpos humanizados, anticorpos quiméricos e anticorpos não humanos. A dosagem e a frequência da administração podem variar dependendo se o tratamento é profilático ou terapêutico. Em aplicações profiláticas, uma dose relativamente baixa é tipicamente administrada em intervalos relativamente pouco frequentes durante um longo período de tempo. Alguns pacientes continuam a receber tratamento pelo resto de suas vidas. Em aplicações terapêuticas, às vezes é necessária uma dosagem relativamente alta em intervalos relativamente curtos até que a progressão da doença seja reduzida ou terminada, e preferencialmente até que o paciente mostre melhora parcial ou completa dos sintomas da doença. Depois disso, o paciente pode receber um regime profilático.

[00358] Os níveis reais de dosagem dos ingredientes ativos nas

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146/212 composições farmacêuticas da presente descrição podem ser variados para obter uma quantidade do ingrediente ativo que é eficaz para alcançar a resposta terapêutica desejada para um paciente, composição e modo de tratamento, sem ser indevidamente tóxico para o paciente. O nível de dosagem selecionado dependerá de uma variedade de fatores farmacocinéticos, incluindo a atividade das composições particulares da presente descrição empregada, a via de administração, o tempo de administração, a taxa de excreção do composto específico que está sendo empregado, a duração do tratamento, outros fármacos, compostos e/ou materiais utilizados em combinação com as composições particulares empregadas, idade, sexo, peso, condição, estado geral de saúde e antecedentes médicos anteriores do paciente sendo tratado e fatores semelhantes bem conhecidos nas técnicas médicas. Uma composição da presente descrição pode ser administrada através de uma ou mais vias de administração usando um ou mais de uma variedade de métodos bem conhecidos na técnica. Como será apreciado pelo técnico versado, a via e/ou modo de administração variará dependendo dos resultados desejados.

Kits [00359] Também dentro do escopo da presente descrição estão kits compreendendo uma imunoterapia, por exemplo, um anticorpo antiPD-1 para usos terapêuticos. Os kits geralmente incluem uma etiqueta indicando o uso pretendido do conteúdo do kit e instruções de uso. O termo etiqueta inclui qualquer material escrito ou gravado fornecido no ou com o kit, ou que de outra forma acompanha o kit. Por conseguinte, esta descrição fornece um kit para tratamento de um indivíduo afetado por um tumor, o kit compreendendo: (a) uma dosagem que varia de 0,1 a 10 mg/kg de peso corporal de um anticorpo ou uma porção de ligação de antígeno que se liga especificamente ao receptor PD-1 e

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147/212 inibe a atividade PD-1 (um anticorpo anti-PD-1); e (b) instruções para usar o anticorpo anti-PD-1 nos métodos aqui descritos. Em certas modalidades, o tumor é câncer de pulmão, por exemplo, NSCLC. Em certas modalidades preferidas para o tratamento de pacientes humanos, o kit compreende um anticorpo anti-PD-1 humano aqui descrito, por exemplo, nivolumabe ou pembrolizumabe.

[00360] Em algumas modalidades, o kit inclui ainda um ensaio de perfil genômico abrangente aqui descrito. Em algumas modalidades, o kit inclui ainda instruções para administrar a imunoterapia, por exemplo, o anticorpo anti-PD-1, o anticorpo anti-PD-L1, o anticorpo anti-CTLA-4, e ou a citocina, a um indivíduo identificado como tendo um elevado estado de TMB, de acordo com os métodos aqui descritos. [00361] Todas as referências citadas acima, bem como todas as referências aqui citadas, são aqui incorporadas por referência em suas totalidades.

[00362] Os seguintes exemplos são oferecidos a título de ilustração e não como limitação.

EXEMPLOS

Exemplo 1.

[00363] Um Estudo de Fase 3 do Nivolumabe de Primeira Linha no Estágio IV ou Câncer de Pulmão de Células Não Pequenas Recorrentes.

VISÃO GLOBAL [00364] O nivolumabe melhora a sobrevida global (OS) em comparação com o docetaxel no câncer do pulmão de não pequenas células (NSCLC) previamente tratado. Este estudo aberto de fase 3 comparou nivolumabe de primeira linha versus quimioterapia em NSCLC positivo com ligante de morte programada 1 (PD-L1).

[00365] Pacientes com NSCLC em estágio IV/recorrente e expressão tumoral de > 1% de PD-L1 foram randomizados 1 : 1 para

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148/212 nivolumabe 3 mg/kg uma vez a cada duas semanas ou quimioterapia à base de platina. A meta primária foi a sobrevida livre de progressão (PFS) por revisão central independente cega em pacientes com > 5% da expressão de PD-L1.

[00366] Em pacientes com >5% da expressão de PD-L1 (n = 423), a PFS mediana foi de 4,2 meses com nivolumabe versus 5,9 meses com quimioterapia (relação de risco [HR] 1,15; intervalo de confiança [Cl] de 95%, 0,91 a 1,45, P = 0,2511); a OS mediana foi 14,4 versus 13,2 meses (HR, 1,02; Cl de 95%, 0,80 a 1,30); 128 (60%) pacientes randomizados para quimioterapia receberam nivolumabe subsequente. Em pacientes com alta carga de mutação de tumor (TMB; tercil superior), o nivolumabe melhorou a sobrevida livre de progressão (HR, 0,62; 95% Cl, 0,38 a 1,00) e taxa de resposta objetiva (ORR; 46,8% vs. 28,3%) versus quimioterapia. Qualquer grau e eventos adversos relacionados com o tratamento de grau 3/4 ocorreram em 71% e 18% dos pacientes tratados com nivolumabe e 92% e 51% dos pacientes tratados com quimioterapia, respectivamente.

[00367] Nivolumabe não mostrou PFS superior ao tratamento quimioterápico em NSCLC de estágio IV/recorrente não tratado anteriormente com > 5% de expressão de PD-L1; OS foi semelhante entre as subdivisões. O nivolumabe apresentou um perfil de segurança favorável em relação à quimioterapia. Neste primeiro ensaio clínico de fase 3 incorporando uma análise de TMB e benefício clínico com um inibidor de PD-1/L1, os resultados sugerem que o nivolumabe melhora a ORR e a PFS versus quimioterapia em pacientes com alta TMB.

[00368] Durante as últimas duas décadas, a quimioterapia de combinação à base de platina tem sido o tratamento padrão de primeira linha para pacientes com câncer avançado de pulmão nãopequenas células (NSCLC) sem mutações direcionáveis.¹² No entanto, a quimioterapia proporcionou apenas um benefício modesto,

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149/212 com tolerabilidade limitada. Nos testes clínicos de fase 3, a sobrevida livre de progressão mediana (PFS) com quimioterapia à base de platina foi de 4 a 6 meses e a sobrevida global mediana (OS) foi de 10 a 13 meses.^3-8 [00369] Em dois estudos de fase 3, o nivolumabe, um anticorpo inibidor do ponto de verificação imune de morte programada 1 (PD-1), melhorou significativamente a OS em comparação ao docetaxel em pacientes com NSCLC metastático que apresentaram progressão da doença durante ou após a quimioterapia à base de platina. ^9-11 O benefício foi observado independentemente da expressão do ligante 1 do PD-1 (PD-L1), mas foi potencializado em NSCLC não escamoso com aumento da expressão de PD-L1.⁹¹⁰ [00370] Em um estudo de fase 1 de múltiplos coortes em pacientes previamente não tratados com NSCLC (CheckMate 012), ¹² dados preliminares da coorte de nivolumabe em monoterapia (n = 20) mostraram respostas duráveis e um perfil de segurança favorável. Entre 10 pacientes com expressão >5% de PD-L1, a taxa de resposta objetiva (TRR) foi de 50%, a taxa de PFS às 24 semanas foi de 70% e a PFS mediana foi de 10,6 meses.¹³ Embora o aumento da expressão de PD-L1 estivesse associado ao maior benefício na coorte expandida, a atividade clínica também foi observada em pacientes com baixa ou nenhuma expressão de PD-L1.¹² Devido à complexidade do sistema imune, biomarcadores para resposta a agentes imuno-oncológicos além dos níveis de expressão de PD-L1 estão sendo explorados. Os dados iniciais suportam a hipótese de que a alta carga de mutação do tumor (TMB) pode aumentar a probabilidade de benefício da imunoterapia, pois a alta TMB pode aumentar a imunogenicidade aumentando o número de neoantígenos, que são reconhecidos por células T como não-próprios, levando a uma resposta imune antitumoral.¹⁴

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150/212 [00371] Um estudo randomizado, de rótulo aberto, internacional, de fase 3, que comparou a eficácia e a segurança do nivolumabe e a escolha da quimioterapia baseada em platina como terapia de primeira linha em pacientes com estágio IV ou NSCLC recorrente com >1% ou > 5% de expressão de PD-L1 foi realizada. Além disso, uma análise exploratória foi realizada para avaliar os efeitos da TMB nos resultados do tratamento.

MÉTODOS

Pacientes [00372] Pacientes adultos elegíveis tinham confirmado histologicamente NSCLC de estágio escamoso ou não escamoso/recorrente, PS do ECOG 0-1 e doença mensurável por RECIST 1.1,¹⁵ e não haviam recebido nenhuma terapia anticâncer sistêmica prévia como terapia primária para doença avançada ou metastática. Pacientes com metástases no sistema nervoso central eram elegíveis se adequadamente tratados e retornaram neurologicamente à linha de base >2 semanas antes da randomização. Os pacientes elegíveis tiveram que usar corticosteroides ou tomar uma dose estável ou decrescente de <10 mg de prednisona por dia (ou equivalente). Radioterapia paliativa prévia, se concluída >2 semanas antes da randomização, e quimioterapia adjuvante ou neoadjuvante prévia >6 meses antes da inscrição foram permitidas. Foram excluídos pacientes com doença autoimune ou mutações de EGFR ou translocações ALK conhecidas sensíveis à terapia direcionada disponível. Apenas pacientes com expressão de PD-L1 >1% foram randomizados.

Análise PD-L1 para seleção de pacientes [00373] Amostra de biópsia de tumor fresca ou arquivada coletada dentro de 6 meses antes da inscrição foi testada para PD-L1 por um laboratório centralizado usando o anticorpo 28-8.9,10

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Projeto de estudo e tratamento [00374] Os pacientes elegíveis foram randomizados (1:1) para receber nivolumabe 3 mg/kg a cada duas semanas ou a escolha do investigador de quimioterapia com dubleto de platina a cada 3 semanas por 4 a 6 ciclos (Figura 2). A quimioterapia continuou até a progressão da doença, toxicidade inaceitável ou conclusão dos ciclos permitidos. A manutenção do pemetrexede foi permitida em pacientes com NSCLC não escamoso que apresentavam doença ou resposta estável após o ciclo 4. O tratamento com nivolumabe além da progressão era permitido se os critérios definidos pelo protocolo fossem atendidos. O tratamento sistêmico concomitante com corticosteroides (cursos <3 semanas) foi permitido para condições não autoimunes, incluindo, entre outros, eventos adversos relacionados ao tratamento (AEs) com uma possível causa imunológica.

[00375] A randomização foi estratificada pela expressão de PD-L1 (<5% vs. >5%) e histologia do tumor (escamoso vs. não escamoso). Pacientes randomizados para quimioterapia com progressão de acordo com o RECIST 1.1, avaliados pelo investigador e confirmados por um radiologista independente, poderíam cruzar para o nivolumabe, desde que os critérios de elegibilidade fossem atendidos. Para quimioterapia, foram permitidos retardos na dose e reduções de dose <2 para toxicidade. Para o nivolumabe, retardos na dose para toxicidade foram permitidos, mas reduções de dose não foram permitidas.

Metas e avaliações [00376] A meta primária foi a PFS com base na avaliação realizada pela revisão central independente cega (BICR) em pacientes com expressão de PD-L1 >5%. As metas secundárias incluíram PFS por BICR entre todos os pacientes randomizados (>1% de expressão de PD-L1), OS entre pacientes com >5% de expressão de PD-L1 e entre

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152/212 todos os pacientes randomizados, e ORR por BICR entre pacientes com >5% PD-L1 expressão.

[00377] A resposta tumoral foi avaliada a cada 6 semanas até a semana 48 e a cada 12 semanas posteriormente. As avaliações de segurança incluíram o registro de AEs, classificados de acordo com os National Cancer Institute Common Terminology Criteria for Adverse Events, versão 4.0.

Análise exploratória de biomarcadores de TMB [00378] A TMB, o número total de mutações de sentido incorreto somáticas, foi determinada em pacientes com amostras de tumor e sangue suficientes para o sequenciamento completo do exoma.

[00379] DNA e RNA foram coisolados do tecido tumoral de arquivo usando o kit Allprep DNA/RNA FFPE (Qiagen, Hilden, Germany). O DNA do sangue total (DNA da linha germinativa) foi isolado usando o Kit QIAamp DNA Blood Midi (Qiagen, Hilden, Germany), seguindo as instruções do fabricante.

[00380] DNA e RNA isolados foram submetidos à captura e sequenciamento de exoma completo. O DNA genômico (150 ng) foi usado para a preparação da biblioteca usando o kit de reagentes Agilent SureSelectXT (Agilent Technologies, Santa Clara, USA) com as modificações nas contas de Fisher et al, 2011. (Fisher S, Barry A, Abreu J, et al. A scalable, fully automated process for construction of sequence-ready human exome targeted capture libraries. Genome Biol. 2011 ;12(1 ):R1). Um total de 500 ng de biblioteca enriquecida foi usado na hibridação e capturado com a isca SureSelect All Exon v5 (Agilent Technologies, Santa Clara, USA). Após a hibridação, as bibliotecas capturadas foram purificadas de acordo com as recomendações do fabricante e amplificadas por reação em cadeia da polimerase (11 ciclos). As bibliotecas normalizadas foram reunidas e sequenciadas no Illumina HiSeq 2500 usando 2 x 100-bp em

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153/212 leituras na extremidade emparelhada; 45 milhões de leituras (100 vezes a cobertura-alvo média aproximada) foram sequenciadas por amostra.

[00381] A determinação da carga de mutação de tumor foi realizada como se segue. Dados de sequenciamento total do exoma foram usados para gerar carga de mutação de tumor (número total de mutações de sentido incorreto) para cada paciente. As mutações de sentido incorreto foram identificadas a partir de dados de sequenciamento de exoma inteiro da linha germinativa do tumor emparelhados usando dois chamadores de mutação. (Weber JA et al. (2016) Sentieon DNA pipeline for variant detection - Software-only solution, over 20χ faster than GATK 3.3 with identical results. PeerJPrePrints4:e1672v2; Saunders CT et al., Strelka: accurate somatic small-variant calling from sequenced tumor-normal sample pairs. Bioinformatics (2012) 28:1811-7.) A união dos dois chamadores foi usada para calcular a carga de mutação do tumor.

[00382] Para análises de eficácia, os pacientes foram agrupados de acordo com a distribuição tercil da TMB. Os limites de tração foram de 0 a <100, 100 a 24 e >243 mutações para TMB baixa, média e alta, respectivamente.

Supervisão do estudo [00383] O estudo foi elaborado e os dados foram analisados em conjunto pelo patrocinador (Bristol-Myers Squibb) e um comitê diretor (D.P.C., M.A.S., L.P.A. e M.R.), com a participação de autores individuais. Todos os investigadores coletaram dados. O protocolo do estudo foi aprovado pelo comitê de revisão institucional ou pelo comitê de ética independente de cada centro. O estudo foi conduzido de acordo com a International Conference on Harmonisation Guidelines on Good Clinical Practice and the Declaration of Helsinki. Um comitê independente de monitoramento de dados e segurança forneceu

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154/212 supervisão de segurança e eficácia. Este relatório é baseado na análise final de dados (2 de agosto de 2016).

Considerações Estatísticas [00384] A estimativa do tamanho da amostra para a população de análise de eficácia primária (pacientes com > 5% de expressão de PDL1) foi baseada em uma PFS mediana esperada de 7 meses no grupo de quimioterapia e uma HR geral de 0,71 favorecendo nivolumabe. Estima-se que um tamanho de amostra de ~ 415 pacientes forneça 80% de poder para detectar uma diferença no efeito do tratamento na meta primária usando um teste de log-rank com um nível de significância bilateral de 5% após um acompanhamento mínimo de ~ 18 meses em pacientes sem progressão da doença ou morte.

[00385] A comparação de PFS e OS entre grupos de tratamento foi realizada por testes de log-rank bilateral estratificados por nível de expressão de PD-L1 (>5% vs. <5%; para metas em todos os pacientes randomizados) e histologia tumoral. Um modelo estratificado de riscos proporcionais de Cox, incluindo a subdivisão de tratamento randomizado como uma covariável única, foi usado para estimar as HRs e seus 95% de Cl associados. O método de Kaplan-Meier foi utilizado para estimar as curvas de sobrevida. ORRs foram comparadas entre as subdivisões de tratamento com um teste de Cochran-Mantel-Haenszel estratificado de dois lados. O método de Clopper-Pearson foi usado para estimar as ORRs e seus CIs exatos de 95%.

RESULTADOS

Pacientes e Tratamento [00386] Dos 1325 pacientes incluídos no estudo, 541 (40,8%) foram randomizados, 271 para receber nivolumabe e 270 para receber quimioterapia; 784 (59%) pacientes não foram randomizados devido a amostras PD-L1 não avaliáveis (6%), PD-L1 <1% (23%), ou falha em

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155/212 atender a outros critérios do estudo (30%). Durante a triagem, 746 de 1047 (71,3%) pacientes com resultados de PD-L1 avaliáveis apresentaram expressão de PD-L1 >1%. No total, 530 pacientes (98,0% de todos os pacientes randomizados) receberam tratamento (Figura 1 e Tabela 18). A população de análise de eficácia primária (pacientes com > 5% de expressão de PD-L1) constituiu 78,2% de todos os pacientes randomizados. O tempo mediano do diagnóstico até a randomização de todos os pacientes foi de 1,9 meses (variação de 0,3 a 214,9) e 2,0 meses (variando de 0,5 a 107,3) nas subdivisões de nivolumabe e quimioterapia, respectivamente, com 75,6% e 71,9% dos pacientes atribuídos aos grupos de tratamento correspondentes < 3 meses após o diagnóstico. No geral, 38,6% dos pacientes tiveram radioterapia prévia.

Tabela 18: Sumário do Fim do Tratamento (Todos os pacientes tratados).

	Nivolumabe n = 267	Quimioterapia n = 263
Pacientes que continuam no período de tratamento, n (%)	43 (16,1)	12 (4,6)
Pacientes que não continuam no período de tratamento, n (%)	224 (83,9)	251 (95,4)
Razão para não continuar no período de tratamento, n (%)
Progressão da doença	168 (62,9)	142 (54,0)
Estudar a toxicidade de fármacos	27(10,1)	30 (11,4)
Morte	1 (0,4)	0
Evento adverso não relacionado ao estudo do fármaco	20 (7,5)	21 (8,0)
Pedido do paciente para interromper o tratamento do estudo	5(1,9)	9 (3,4)
O paciente retirou o consentimento	2 (0,7)	1 (0,4)
Benefício clínico máximo	0	18(6,8)
Falta de conformidade	1 (0,4)	0
Outros	0	1 (0,4)
Ciclos de tratamento necessários concluídos	0	29 (11,0)

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156/212 [00387] As características da linha de base foram geralmente equilibradas entre os grupos de tratamento, exceto que o grupo de quimioterapia teve proporções mais altas de pacientes do sexo feminino (45,2% vs. 32,1%) e pacientes com >50% de expressão de PD-L1 (46,7% vs. 32,5%); enquanto a subdivisão de nivolumabe apresentou uma proporção maior de pacientes com metástases hepáticas (19,9% vs. 13,3%) e maior carga tumoral (com base na soma mediana dos diâmetros das lesões alvo; Tabela 19).

Tabela 19: Características de linha de base de todos os pacientes randomizados.

Característica	Nivolumabe (n = 271)	Quimioterapia (n = 270)	Total (N = 541)
Idade - ano
Mediana	63	65	64
Alcance	32-89	29-87	29-89
Categoria de idade - N°. (%)
<65 anos	148 (54,6)	133 (49,3)	281 (51,9)
>65 a <75 anos	93 (34,3)	105 (38,9)	198 (36,6)
>75 anos	30(11,1)	32(11,9)	62(11,5)
Sexo - N°. (%)
Masculino	184 (67,9)	148 (54,8)	332 (61,4)
Feminino	87 (32,1)	122 (45,2)	209 (38,6)

Raça - N°. (%)

Branco	228 (84,1)	242 (89,6)	470 (86,9)
Preto	6 (2,2)	10 (3,7)	16(3,0)
Ásia	30(11,1)	17 (6,3)	47 (8,7)
índio Americano ou nativo do Alaska	1 (0,4)	0	1 (0,2)
Outros	6 (2,2)	1 (0,4)	7(1,3)
Estágio da doença - N°. (%)
Estágio IV	255 (94,1)	244 (90,4)	499 (92,2)

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Característica	Nivolumabe (n = 271)	Quimioterapia (n = 270)	Total (N = 541)
Recorrente	16 (5,9)	25(9,3)	41 (7,6)
Não relatado	0	1 (0,4)	1 (0,2)
Escore de desempenho-estado de ECOG - N°. (%)
0	85 (31,4)	93 (34,4)	178 (32,9)
1	183 (67,5)	174 (64,4)	357 (66,0)
>2	2 (0,7)	3(1,1)	5(0,9)
Não relatado	1 (0,4)	0	1 (0,2)
Estado de tabagismo - N°. (%)
Nunca fumante	30(11,1)	29(10,7)	59(10,9)
Ex-fumante	186 (68,6)	182 (67,4)	368 (68,0)
Fumante atual	52 (19,2)	55 (20,4)	107(19,8)
Desconhecido	3(1,1)	4(1,5)	7(1,3)
Terapia sistêmica prévia - N°. (%)
Adjuvante	22 (8,1)	25(9,3)	47 (8,7)
Neoadjuvante	5(1,8)	4(1,5)	9(1,7)
Radioterapia prévia - N°. (%)	102 (37,6)	107 (39,6)	209 (38,6)
Histologia tumoral - N°. (%)
Carcinoma de células escamosas	66 (24,4)	64 (23,7)	130 (24,0)
Carcinoma de células não escamosas	205 (75,6)	206 (76,3)	411 (76,0)
Sítios selecionados de lesões metastáticas - N°. (%)
Cérebro	33(12,2)	36 (13,3)	69(12,8)
Fígado	54(19,9)	36 (13,3)	90(16,6)
Soma mediana dos diâmetros da lesão alvo, mm (variação)	82,5(14-218)	68,0 (15-272)	76,0 (14-272)
Nível de expressão de PD-L1 - N°. (%)
>5%	208 (76,8)	210 (77,8)	418 (77,3)
>25%	132 (48,7)	164 (60,7)	296 (54,7)
>50%	88 (32,5)	126 (46,7)	214(39,6)
>75%	56 (20,7)	74 (27,4)	130 (24,0)

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ECOG denota o Eastern Cooperative Oncology Group.

[00388] O acompanhamento mínimo para o sistema operacional foi de 13,7 meses. A duração mediana da terapia foi de 3,7 meses (variação de 0,0 a 26,9+) para nivolumabe e 3,4 meses (variação de 0,0 a 20,9+) para quimioterapia (esquemas mostrados na Tabela 20); 38,0% dos pacientes tratados receberam manutenção com pemetrexede. Um total de 77 (28,8%) pacientes randomizados tratados com nivolumabe recebeu nivolumabe além da progressão RECIST 1.1 avaliada pelo investigador; 26 receberam > 6 doses de nivolumabe além da progressão.

Tabela 20: Tratamentos do estudo de quimioterapia (todos os pacientes tratados).

Tratamentos em estudo, n (%)	Quimioterapia n = 263
Pemetrexede/carboplatina	115 (43,7)
Pemetrexede/cisplati na	86 (32,7)
Gencitabina/carboplatina	33 (12,5)
Gencitabina/cisplatina	13 (4,9)
Paclitaxel/carboplatina	16 (6,1)
Pemetrexede em manutenção, n (%)	100 (38,0)

[00389] Entre os pacientes com >5% de expressão de PD-L1 na subdivisão de nivolumabe, 43,6% receberam terapia de câncer sistêmico subsequente e 18,7% dos pacientes tratados permaneceram em nivolumabe no momento do bloqueio do banco de dados. Na subdivisão de quimioterapia, 64,2% dos pacientes receberam terapia sistêmica subsequente, incluindo 60,4% que receberam nivolumabe como tratamento cruzado dentro do estudo (57,5%) e/ou na prática clínica após o estudo (3,3%) (Tabela 21).

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Tabela 21: Terapia Sistêmica Subsequente em Pacientes com >5% de Expressão de PD-L1.

	Nivolumabe n = 211	Quimioterapia n = 212
Terapia sistêmica subsequente, n (%)	92 (43,6)	136 (64,2)
Imunoterapia, n (%) Nivolumabe cruzado Nivolumabe pós-estudo Ipilimumabe	3(1,4) 0 2 (0,9) 1 (0,5)	128 (60,4) 122 (57,5) 7 (3,3) 0
Inibidores de ALK/EGFR tirosina quinase, n (%)	12(5,7)	6 (2,8)
Terapia experimental, n (%)	2 (0,9)	2 (0,9)
Quimioterapia e outros agentes anticâncer sistêmicos, n (%)	88 (41,7)	30 (14,2)

Eficácia [00390] População de análise de eficácia primária e todos os pacientes randomizados [00391] Na população de análise de eficácia primária (>5% da expressão de PD-L1), não houve diferença significativa na PFS entre as subdivisões de tratamento (Figura 3). PFS mediana foi de 4,2 meses (95% de Cl, 3,0-5,6) com nivolumabe e 5,9 meses (95% de Cl, 5,4-6,9) com quimioterapia (HR, 1,15, 9% de Cl, 0,91-1,45, P = 0,2511). Resultados semelhantes foram obtidos para todos os pacientes randomizados (Figura 4).

[00392] A OS mediana na população de análise de eficácia primária foi de 14,4 meses (95% IC, 11,7 a 17,4) com nivolumabe e 13,2 meses (95% de Cl, 10,7 a 17,1) com quimioterapia (HR, 1,02; 95% de Cl, 0,80 a 1,30) (Figura 5). Resultados semelhantes foram obtidos para todos os pacientes randomizados (Figura 6).

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160/212 [00393] A ORR entre os pacientes com >5% de expressão de PDL1 foi de 26,1% com nivolumabe e 33,5% com quimioterapia; a diferença não foi estatisticamente significativa (Tabela 22). Em comparação com a subdivisão de nivolumabe, a subdivisão de quimioterapia teve uma menor proporção de pacientes com uma melhor resposta de doença progressiva (9,9% vs. 27,5%). O tempo médio de resposta foi semelhante nas duas subdivisões de tratamento, enquanto que a duração mediana da resposta foi mais de duas vezes mais longa com nivolumabe do que com quimioterapia (12,1 vs. 5,7 meses; Tabela 22).

Tabela 22: Resposta do tumor com nivolumabe versus quimioterapia em pacientes com expressão >5% da PD-L1 *

Variável	Nivolumabe (n = 211)	Quimioterapia (n = 212)
Resposta objetiva φ
No. de pacientes	55	71
% de pacientes (95% de Cl)	26,1 (20,3-32,5)	33,5 (27,2-40,3)
Relação de chances estimada (95% de Cl)	0,70 (0,46-1,06)
Valor de p	0,0957
Melhor resposta geral - N^e. (%)
Resposta completa	4(1,9)	1 (0,5)
Resposta parcial	51 (24,2)	70 (33,0)
Doença estável	81 (38,4)	100 (47,2)
Doença progressiva	58 (27,5)	21 (9,9)
Não foi possível determinar	______17(8,1)_____	20 (9,4)
Tempo para resposta - mo φ §
Mediana	2,8	2,6
Alcance	1,2-13,2	1,2-9,8
Duração da resposta - mo φ U
Mediana	12,1	5,7
Alcance	1,7-19,4+	1,4-21,0+

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161/212 [00394] Os dados são baseados em um bloqueio de banco de dados em 2 de agosto de 2016. PD-L1 indica ligante de morte programada 1.

[00395] t A resposta objetiva foi avaliada de acordo com os Response Evaluation Criteria in Solid Tumors, versão 1.1 por revisão central independente. O intervalo de confiança de 95% (Cl) é baseado no método de Clopper - Pearson. A análise foi estratificada por histologia do tumor. A relação de chances ajustada por estratos e o valor de P bilateral foram calculados com o uso do método de Cochran - Mantel - Haenszel.

[00396] í A análise foi realizada com dados de todos os pacientes que tiveram uma resposta (55 pacientes no grupo de nivolumabe e 71 no grupo de quimioterapia de escolha do investigador).

[00397] § O tempo para resposta foi definido como o tempo desde a randomização até a data da primeira resposta completa ou parcial documentada.

[00398] Os resultados foram calculados com o uso do método de Kaplan - Meier. A duração da resposta foi definida como o tempo entre a data da primeira resposta e a data do primeiro evento documentado de progressão, morte ou última avaliação do tumor que foi avaliada antes da terapia subsequente (data de censura dos dados).

Subgrupos Selecionados [00399] Na maioria dos subgrupos predefinidos, PFS e OS foram consistentes com os resultados gerais do estudo (Figuras 7-8). O único subgrupo estratificado predefinido foi a histologia; pacientes com histologia escamosa melhoraram numericamente a PFS e OS com nivolumabe versus quimioterapia (Figuras 7-8). Na análise exploratória de subgrupos de pacientes com expressão de PD-L1 >50%, as HRs para PFS e OS foram 1,07 (95% de Cl, 0,77 a 1,49) e 0,90 (95% de Cl, 0,63 a 1,29), respectivamente. A ORR foi de 34,1% (95% de Cl,

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24,3% a 45,0%) para nivolumabe e 38,9% (95% de Cl, 30,3% a 48,0%) para quimioterapia. Como esse subgrupo não foi estratificado, a subdivisão do nivolumabe teve menos pacientes que a subdivisão da quimioterapia (88 vs. 126), e o desequilíbrio no sexo observado na população geral foi ainda mais pronunciado nesse subgrupo (25,0% vs. 43,7% do sexo feminino).

[00400] Uma análise exploratória foi realizada em 312 pacientes (57,7% dos pacientes randomizados para avaliar o impacto da TMB nos resultados (Tabelas 23-25; Figuras 9-17)). A porcentagem de pacientes com TMB alta (tercil superior, 33%) foi desequilibrada entre as subdivisões de tratamento (nivolumabe: 29,7% vs. quimioterapia: 39,0%, Tabela 25). As características da linha de base, PFS e OS (Tabelas 24-25 e Figuras 14-15) foram geralmente consistentes com todos os pacientes randomizados.

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Tabela 23: Atrito da Amostra Durante a Determinação da Carga de Mutação Tumoral.

Pacientes, n (%)	DNA do Tumor	DNA^a da Linha Germinativa
Randomizado	541 (100)	541 (100)
Amostras disponíveis para extração de DNA^b	485 (90)	452 (84)
DNA disponível para sequenciamento	408 (75)	452 (84)
Preparação bem-sucedida da biblioteca de sequenciamento de próxima geração	402 (74)	452 (84)
Controle interno de qualidade aprovado⁰	320 (59)	432 (80)
Sequências correspondentes de exoma de linha germinativa de tumor para análise de TMB^d	312 (58)

^aDNA correspondente da linha germinativa do sangue total foi usado para distinguir polimorfismos de nucleotídeo único da linha germinativa das mutações somáticas do tipo de sentido incorreto no DNA do tumor ^bAs amostras não estavam disponíveis por vários motivos, incluindo, entre outros, a falta de consentimento farmacogenético do paciente, amostras esgotadas para o teste de PD-L1 ou pouca amostra de tecido

Ό controle interno da qualidade incluiu a avaliação de fatores, incluindo, entre outros, discordância entre o tumor e o DNA da linha germinativa, poucas leituras de sequência e muitas leituras repetitivas de sequência de artefatos ^dOito pacientes com sequências de DNA de tumor disponíveis não apresentaram sequências de DNA de linha germinativa correspondentes

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Tabela 24: Características de linha de base de todos os pacientes randomizados e pacientes com dados de mutação de tumor avaliáveis.

Todos os pacientes Pacientes com dados

Características	randomizados (n = 541)	TMB avaliáveis (n = 312)
Idade, ano
Mediana	64	65
Alcance	29-89	32-89
Sexo, n (%)
Masculino	332 (61,4)	187 (59,9)
Feminino	209 (38,6)	125(40,1)
Estágio da doença, n (%)
Estágio IV	499 (92,2)	291 (93,3)
Recorrente	41 (7,6)	20 (6,4)
Não relatado	0	1 (0,3)
Escore de desempenho-estado de ECOG, n (%)
0	178 (32,9)	100 (32,1)
1	357 (66,0)	208 (66,7)
>2	5 (0,9)	3(1,0)
Não relatado	1 (0,2)	1 (0,3)
Estado de tabagismo, n (%)
Nunca fumante	59 (10,9)	29 (9,3)
Ex-fumante	368 (68,0)	223 (71,5)
Fumante atual	107 (19,8)	56 (17,9)
Desconhecido	7(1,3)	4(1,3)
Histologia tumoral, n (%)
Carcinoma de células escamosas	130 (24,0)	71 (22,8)
Carcinoma de células não escamosas	411 (76,0)	241 (77,2)
Nível de expressão de PD-L1, n (%)
>5%	418(77,3)	252 (80,8)
>25%	296 (54,7)	185(59,3)
>50%	214(39,6)	130(41,7)
Carga de mutação de tumor, n (%)
ECOG = Eastern Cooperative Oncology Group.

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Tabela 25: Características de linha de base dos pacientes com dados de mutação de tumor avaliáveis por subdivisão de tratamento.

Características	Nivolumabe (n = 158)	Quimioterapia (n = 154)
Idade, ano
Mediana	65	64
Alcance	32-89	34-87
Categoria de idade, n (%)
<65 anos	76 (48,1)	78 (50,6)
>65 a <75 anos	59 (37,3)	57 (37,0)
>75 anos	23(14,6)	19 (12,3)
Sexo, n (%)
Masculino	105 (66,5)	82 (53,2)
Feminino	53 (33,5)	72 (46,8)

Raça, n (%)

Branco	126 (79,7)	135 (87,7)
Preto	4(2,5)	6 (3,9)
Asiáticos	22 (13,9)	12(7,8)
índio americano ou nativo do Alasca	1 (0,6)	0
Outros	5 (3,2)	1 (0,6)
Estágio da doença, n (%)
Estágio IV	150 (94,9)	141 (91,6)
Recorrente	8(5,1)	12(7,8)
Não relatado	0	1 (0,6)
Escore de desempenho-estado de ECOG, n (%)
0	46 (29,1)	54(35,1)
1	110(69,6)	98 (63,6)
>2	1 (0,6)	2(1,3)

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Não relatado	1 (0,6)	0
Estado de tabagismo, n (%)
Nunca fumante	16(10,1)	13(8,4)
Ex-fumante	116(73,4)	107 (69,5)
Fumante atual	24(15,2)	32 (20,8)
Desconhecido	2(1,3)	2(1,3)
Terapia sistêmica prévia, n (%)
Adjuvante	13(8,2)	12(7,8)
Neoadjuvante	2(1,3)	2(1,3)
Radioterapia prévia, n (%)	51 (32,3)	60 (39,0)
Histologia tumoral, n (%)
Carcinoma de células escamosas	36 (22,8)	35 (22,7)
Carcinoma de células não escamosas	122 (77,2)	119(77,3)

Sítios selecionados de lesões metastáticas, n (%)

Cérebro	18(11,4)	21 (13,6)
Fígado	34 (21,5)	31 (20,1)
Soma mediana dos diâmetros da lesão alvo, mm (variação)	79,5 (14-218)	70 (15-272)
Nível de expressão de PD-L1, n (%)
>5%	125 (79,1)	127 (82,5)
>25%	86 (54,4)	99 (64,3)
>50%	57 (36,1)	73 (47,4)
Carga de mutação de tumor, n (%)
Baixo (<33 percent! I)	62 (39,2)	41 (26,6)
Médio (percentil 33 a 66)	49(31,0)	53 (34,4)
Alto (> 66 percentil)	47 (29,7)	60 (39,0)

ECOG = Eastern Cooperative Oncology Group.

[00401] Em pacientes com alta TMB, a ORR foi maior na subdivisão

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167/212 do nivolumabe (46,8%) do que na subdivisão de quimioterapia (28,3%) (Tabela 26). PFS foi melhorada com nivolumabe versus quimioterapia (mediana, 9,7 vs 5,8 meses) em pacientes com TMB alta (HR, 0,62, 95% de Cl, 0,38 a 1,00; Figura 9). OS era semelhante entre as subdivisões, independentemente da TMB (Figs. 11-12); no entanto, 65% dos pacientes com alta TMB na subdivisão de quimioterapia receberam nivolumabe após o cruzamento. Não houve associação significativa entre a expressão de TMB e PD-L1 (coeficiente de correlação de Pearson = 0,059; Figura 18).

Tabela 26: Resposta por carga de mutação de tumor em pacientes avaliados.

	Carga de mutação de tumor
	Baixa	Média	Baixa/média (agrupada)*	Alta
Nivolumabe	n = 62	n = 49	n = 111	n = 47
Resposta completa ou parcial, n (%)	11 (17,7)	14 (28,6)	25 (22,5)	22 (46,8)
Doença estável, n (%)	25 (40,3)	20 (40,8)	45 (40,5)	15 (31,9)
Doença progressiva, n (%)	21 (33,9)	11 (22,4)	32 (28,9)	7(14,9)
Não foi possível determinar, n (%)	5(8,1)	4 (8,2)	9(8,1)	3 (6,4)
Quimioterapia	n = 41	n = 53	n = 104	n = 60
Resposta completa ou parcial, n (%)	16(39,0)	15 (28,3)	31 (29,8)	17 (28,3)
Doença estável, n (%)	19 (46,3)	30 (56,6)	49 (47,1)	32 (53,3)
Doença progressiva, n (%)	1 (2,4)	3 (5,7)	4 (3,8)	7(11,7)
Não foi possível determinar, n (%)	5(12,2)	5 (9,4)	10 (9,6)	4 (6,7)

[00402] Os dados para pacientes com baixa e média carga de mutação no tumor foram agrupados, porque a PFS mediana foi semelhante para a carga de mutação de tumor baixa e média em qualquer subdivisão do tratamento.

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Segurança [00403] AEs relacionados ao tratamento de qualquer grau ocorreram em 71,2% e 92,4% dos pacientes tratados com nivolumabe e quimioterapia, respectivamente; a proporção de pacientes com AEs de grau 3/4 relacionados ao tratamento foi menor com nivolumabe (17,6%) do que a quimioterapia (50,6%) (Tabelas 11-12). As taxas de AEs graves relacionados com o tratamento foram semelhantes com nivolumabe e quimioterapia; no entanto, os AEs relacionados com o tratamento que levaram à descontinuação do fármaco em estudo foram menos frequentes com o nivolumabe do que a quimioterapia (9,7% vs. 13,3%; Tabela 27 e Tabelas 29-31).

Tabela 27: Eventos Adversos Relacionados ao Tratamento Relatados em pelo menos 10% dos Pacientes Tratados com Nivolumabe ou Quimioterapia.*

Nivolumabe Quimioterapia

Evento (n = 267)(n = 263)

Qualquer Grau Grau 3 ou 4 Qualquer Grau 3 ou Grau 4 número de pacientes com um evento (porcento)

Qualquer evento	190 (71,2)	47 (17,6)	243 (92,4)	133 (50,6)
Qualquer evento sério	46 (17,2)	35(13,1)	48(18,3)	41 (15,6)
Qualquer evento que leve à descontinuação	26 (9,7)	21 (7,9)	35(13,3)	17 (6,5)
Fadiga	56 (21,0)	3(1,1)	93 (35,4)	14(5,3)
Diarréia	37 (13,9)	3(1,1)	34(12,9)	5(1,9)
Diminuição do apetite	32 (12,0)	1 (0,4)	73 (27,8)	4(1,5)
Náusea	31 (11,6)	1 (0,4)	127 (48,3)	5(1,9)
Erupção cutânea	26 (9,7)	2 (0,7)	15(5,7)	1 (0,4)
Vômito	15(5,6)	0	60 (22,8)	5(1,9)
Prisão de ventre	9 (3,4)	0	29(11,0)	0
Anemia	9 (3,4)	1 (0,4)	113(43,0)	46 (17,5)
Astenia	8 (3,0)	0	28(10,6)	4(1,5)
Trombocitopenia	2 (0,7)	1 (0,4)	38(14,4)	22 (8,4)
Contagem de plaquetas diminuída	2 (0,7)	0	33(12,5)	9(3,4)
Contagem de neutrófilos diminuída	1 (0,4)	1 (0,4)	36(13,7)	20 (7,6)
Neutropenia	0	0	48(18,3)	29(11,0)

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Os dados são baseados em um bloqueio de banco de dados de 2 de agosto de 2016. As análises de segurança incluíram todos os pacientes que receberam pelo menos uma dose do fármaco do estudo. Estão incluídos os eventos relatados desde o momento da primeira dose do fármaco do estudo até 30 dias após a última dose ou até o momento da primeira dose do cruzamento do nivolumabe, o que ocorrer primeiro.

Tabela 28: Eventos Adversos Relacionados com o Tratamento em > 5% dos Pacientes Tratados com Nivolumabe ou Quimioterapia.

Evento, n (%)	Nivolumabe n = 267	Quimioterapia n = 263
Qualquer Grau	Grau 3 - 4	Qualquer Grau	Grau 3 - 4
Qualquer evento	190 (71,2)	47(17,6)	243 (92,4)	133 (50,6)
Fadiga	56 (21,0)	3(1,1)	93 (35,4)	14 (5,3)
Diarréia	37 (13,9)	3(1,1)	34(12,9)	5(1,9)
Diminuição do apetite	32 (12,0)	1 (0,4)	73 (27,8)	4(1,5)
Náusea	31 (11,6)	1 (0,4)	127 (48,3)	5(1,9)
Erupção cutânea	26 (9,7)	2 (0,7)	15 (5,7)	1 (0,4)
Aspartato aminotransferase aumentada	23 (8,6)	7 (2,6)	12 (4,6)	1 (0,4)
Prurido	22 (8,2)	0	7 (2,7)	1 (0,4)
Alanina aminotransferase aumentada	19(7,1)	7 (2,6)	14 (5,3)	2 (0,8)
Hipotireoidismo	17(6,4)	0	1 (0,4)	0
Vômito	15 (5,6)	0	60 (22,8)	5(1,9)

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Pirexia	14(5,2)	0	13 (4,9)	1 (0,4)
Erupção maculopapular	14(5,2)	1 (0,4)	4(1,5)	0
Prisão de ventre	9 (3,4)	0	29 (11,0)	0
Anemia	9 (3,4)	1 (0,4)	113 (43,0)	46 (17,5)
Astenia	8 (3,0)	0	28 (10,6)	4(1,5)
Disgeusia	7 (2,6)	0	21 (8,0)	0
Edema periférico	6 (2,2)	0	22 (8,4)	0
Creatinina no sangue aumentada	5(1,9)	1 (0,4)	16 (6,1)	0
Estomatite	5(1,9)	0	15 (5,7)	1 (0,4)
Hipomagnesemia	4(1,5)	0	25 (9,1)	2 (0,8)
Inflamação da mucosa	4(1,5)	0	20 (7,6)	0
Alopecia	3(1,1)	0	23 (8,7)	0
Trombocitopenia	2 (0,7)	1 (0,4)	38 (14,4)	22 (8,4)
Contagem de plaquetas diminuída	2 (0,7)	0	33 (12,5)	9 (3,4)
Contagem de glóbulos brancos diminuída	2 (0,7)	0	26 (9,9)	9 (3,4)
Contagem de neutrófilos diminuída	1 (0,4)	1 (0,4)	36 (13,7)	20 (7,6)
Neuropatia sensorial periférica	1 (0,4)	0	15 (5,7)	0
Neutropenia	0	0	48 (18,3)	29 (11,0)
Leucopenia	0	0	16 (6,1)	9 (3,4)

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Tabela 29: Eventos Adversos Graves Relacionados ao Tratamento em >2% dos Pacientes Tratados com Nivolumabe ou Quimioterapia.

Evento, n (%)	Nivolumabe n = 267	Quimioterapia n = 263
Qualquer Grau	Grau 3 - 4	Qualquer Grau	Grau 3 - 4
Qualquer evento	46 (17,2)	35(13,1)	48 (18,3)	41 (15,6)
Pneumonia	7 (2,6)	4(1,5)	0	0
Aspartato aminotransferase aumentada	6 (2,2)	6 (2,2)	0	0
Anemia	0	0	13 (4,9)	10 (3,8)
Neutropenia febril	0	0	6 (2,3)	6 (2,3)
Trombocitopenia	0	0	6 (2,3)	6 (2,3)

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Tabela 30: Eventos Adversos Relacionados ao Tratamento que levam à Descontinuação do Nivolumabe.

Evento, n (%)	Nivolumabe n = 267
Qualquer Grau	Grau 3 - 4
Qualquer evento	26 (9,7)	21 (7,9)
Aspartato aminotransferase aumentada	5(1,9)	5(1,9)
Alanina aminotransferase aumentada	5(1,9)	5(1,9)
Pneumonia	3(1,1)	3(1,1)
Colite	2 (0,7)	2 (0,7)
Transaminases aumentadas	1 (0,4)	1 (0,4)
Doença pulmonar intersticial	1 (0,4)	1 (0,4)
Colite autoimune	1 (0,4)	0
Diarréia	1 (0,4)	0
Gastrite	1 (0,4)	0
Náusea	1 (0,4)	1 (0,4)
Erupção cutânea	1 (0,4)	1 (0,4)
Erupção maculopapular	1 (0,4)	1 (0,4)
Erupção papular	1 (0,4)	1 (0,4)
Síndrome de Stevens-Johnson	1 (0,4)	1 (0,4)
Mal-estar	1 (0,4)	0
Disfunção de múltiplos órgãos	1 (0,4)	1 (0,4)
Insuficiência adrenal	1 (0,4)	1 (0,4)
Colestase	1 (0,4)	1 (0,4)
Hipersensibilidade	1 (0,4)	1 (0,4)
Artrite	1 (0,4)	0
Derrame pericárdico maligno	1 (0,4)	1 (0,4)
Afasia	1 (0,4)	1 (0,4)
Estado confuso	1 (0,4)	1 (0,4)

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Tabela 31: Eventos Adversos Relacionados ao Tratamento que levam à Descontinuação da Quimioterapia

Evento, n (%)	Quimioterapia n = 263
Qualquer Grau	Grau 3 - 4
Qualquer evento	35 (13,3)	17(6,5)
Anemia	5(1,9)	3(1,1)
Creatinina no sangue aumentada	5(1,9)	0
Neutropenia febril	4(1,5)	4(1,5)
Neutropenia	3(1,1)	1 (0,4)
Fadiga	3(1,1)	2 (0,8)
Deterioração geral da saúde física	2 (0,8)	2 (0,8)
Diminuição do apetite	2 (0,8)	1 (0,4)
Astenia	2 (0,8)	0
Doença renal crônica	2 (0,8)	0
Infarto renal	1 (0,4)	1 (0,4)
Insuficiência renal	1 (0,4)	0
Teste de função renal anormal	1 (0,4)	0
Trombocitopenia	1 (0,4)	1 (0,4)
Infarto do miocárdio	1 (0,4)	1 (0,4)
Pneumonia	1 (0,4)	1 (0,4)
Erisipela	1 (0,4)	1 (0,4)
Sepse	1 (0,4)	1 (0,4)
Broncoespasmo	1 (0,4)	1 (0,4)
Pneumonia	1 (0,4)	0
Hemorragia gastrointestinal	1 (0,4)	1 (0,4)
Náusea	1 (0,4)	0
Vômito	1 (0,4)	0
Neurotoxicidade	1 (0,4)	0
Neuropatia sensorial periférica	1 (0,4)	0
Zumbido	1 (0,4)	0
Edema periférico	1 (0,4)	0

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174/212 [00404] Os AEs selecionados mais comuns relacionados ao tratamento (aqueles com potencial causa imunológica) foram eventos relacionados à pele na subdivisão do nivolumabe e eventos gastrointestinais na subdivisão de quimioterapia (Tabela 32).

Tabela 32: Eventos Adversos Selecionados Relacionados ao

Tratamento³ em Pacientes Tratados com Nivolumabe ou Quimioterapia.

Categoria de evento adverso selecionado, n (%)	Nivolumabe n = 267	Quimioterapia n = 263
Qualquer Grau	Grau 3 4	Qualquer Grau	Grau 3 4
Pele	63 (23,6)	5(1,9)	25 (9,5)	1 (0,4)
Gastrointestinal	39 (14,6)	6 (2,2)	34 (12,9)	5(1,9)
Hepático	33 (12,4)	9 (3,4)	26 (9,9)	2 (0,8)
Pulmonar	14 (5,2)	6 (2,2)	1 (0,4)	0
Reação de hipersensibilidade/infusão	11 (4,1)	1 (0,4)	3(1,1)	1 (0,4)
Renal	5(1,9)	1 (0,4)	18 (6,8)	0

³ Eventos adversos selecionados são aqueles com etiologia imunológica potencial que requerem monitoramento/intervenção frequente; inclui eventos relatados desde o momento da primeira dose do fármaco do estudo até 30 dias após a última dose ou até o momento da primeira dose do cruzamento do nivolumabe, o que ocorrer primeiro.

[00405] Cinco mortes foram atribuídas ao tratamento do estudo, incluindo duas mortes na subdivisão do nivolumabe (uma de cada falha de múltiplos órgãos e pneumonite) e três mortes na subdivisão de quimioterapia (uma de sepse e duas de neutropenia febril).

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DISCUSSÃO [00406] Este estudo não atingiu o objetivo primário de PFS superior para monoterapia de primeira linha com nivolumabe versus quimioterapia em pacientes com NSCLC de estágio IV/recorrente e expressão >5% de PD-L1. OS foi semelhante nas duas subdivisões de tratamento, comparando-se favoravelmente com controles históricos de quimioterapia de primeira linha baseada em platina.^3-8 Dado que a terapia com nivolumabe prolonga a sobrevida de pacientes previamente tratados com NSCLC avançado, ⁹¹⁰ a alta frequência de tratamento subsequente com nivolumabe pode ter contribuído para a OS favorável na subdivisão de quimioterapia. Desequilíbrios nas características de linha de base podem ter favorecido a subdivisão de quimioterapia, incluindo características prognosticas melhores da doença (ou seja, menos metástases hepáticas, menor carga tumoral e maior proporção de mulheres).³’⁴’¹⁶ [00407] Análises comparando a eficácia do tratamento em pacientes com expressão >50% de PD-L1 não foram pré-especificadas neste estudo, e as duas subdivisões tiveram um grande desequilíbrio no número de pacientes (88 vs. 126), limitando conclusões que podem ser desenhados neste subgrupo. Por outro lado, o estudo KEYNOTE024 avaliou a atividade do pembrolizumabe versus quimioterapia apenas em pacientes com NSCLC avançado, não tratado com quimioterapia de expressão >50% de PD-L1.¹⁷ Outras diferenças entre os estudos foram descritas em um artigo de revisão recente, ¹⁸ mas exemplos incluem os diferentes ensaios para avaliar a expressão do tumor de PD-L1, critérios relacionados à radioterapia prévia e ao uso de corticosteroides no estudo e desequilíbrios nas características dos pacientes entre as subdivisões do tratamento (por exemplo, sexo no estudo e menor percentual de não fumantes na imunoterapia subdivisão de KEYNOTE-024 [3,2%] vs. quimioterapia).¹⁷’¹⁸

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176/212 [00408] KEYNOTE-024 estabeleceu um papel para o pembrolizumabe como tratamento de primeira linha em pacientes com NSCLC com expressão >50% de PD-L1 (PFS mediana, 10,3 meses; ORR, 45%); no entanto, uma necessidade não atendida permanece para a maioria dos pacientes nesse cenário, e os biomarcadores, além da PD-L1, continuam a ser examinados devido à complexidade das interações imunes ao tumor para melhor prognosticar os resultados com a terapia imuno-oncológica.

[00409] Em uma análise exploratória, entre pacientes avaliáveis para TMB, o nivolumabe melhorou a ORR e a PFS versus quimioterapia no subgrupo com alta TMB (ORV de nivolumabe, 46,8%; PFS mediana, 9,7 meses). Não houve diferença de OS entre as subdivisões de tratamento no subgrupo com alta TMB, o que pode ser explicado em parte pelo alto cruzamento (65%) do nivolumabe na subdivisão de quimioterapia. No entanto, o subgrupo de alta TMB apresentou o sistema operacional notável (> 18 meses de OS mediana). O nível de TMB e a expressão de PD-L1 no tumor não parecem estar associados e pacientes com expressão alta de TMB e >50% de PD-L1 podem ter maior probabilidade de resposta ao nivolumabe do que aqueles com apenas um ou nenhum desses fatores. Em conjunto, os achados desta análise exploratória sustentam a hipótese de que a imunoterapia aumentou a atividade em pacientes com alta TMB14 e garante a confirmação prospectiva.

[00410] Na população de expressão de PD-L1 ampla neste estudo, a monoterapia com nivolumabe foi comparável à quimioterapia baseada em platina e fornece uma base encorajadora para futuras estratégias de combinação de primeira linha, que podem melhorar os resultados em longo prazo e expandir a população de pacientes para se beneficiar da terapia anti-PD-1. A combinação do nivolumabe com o ipilimumabe, que depleta as células T reguladoras envolvidas na

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177/212 supressão da resposta imune do hospedeiro, ¹⁹²⁰ pode melhorar a atividade antitumoral.²¹ Os achados do CheckMate 012 sugerem que essa combinação pode melhorar a atividade clínica no cenário de primeira linha do NSCLC. Em pacientes com expressão >1% de PDL1, a ORR foi dobrada nas coortes de nivolumabe mais ipilimumabe em comparação com a coorte de nivolumabe em monoterapia (57% vs. 28%), e a taxa de OS de um ano foi 87%.¹²²²²³ Um estudo de fase 3 (CheckMate 227; NCT02477826) está avaliando a eficácia e a segurança de nivolumabe associado a ipilimumabe ou quimioterapia em pacientes sem quimioterapia na fase IV/NSCLC recorrente. Além disso, vários estudos de fase 3 em andamento estão avaliando o bloqueio do inibidor de ponto de verificação duplo ou inibidores de PD1 mais quimioterapia em NSCLC (por exemplo, NCT02453282, NCT02367781 e NCT02578680).

[00411] Em conclusão, a monoterapia com nivolumabe não melhorou a PFS em comparação com a quimioterapia baseada em platina como tratamento de primeira linha para NSCLC em estágio IV/recorrente em uma ampla população de pacientes com expressão >5% de PD-L1. A OS com nivolumabe de agente único foi robusto e comparável à quimioterapia de dupleto de platina. Além disso, este é o primeiro ensaio clínico de fase 3 com um objetivo final exploratório para avaliar se o tratamento com inibidores de PD-1 aumenta o benefício melhorando as metas em pacientes com alta TMB. O nivolumabe apresentou um perfil de segurança melhorado em comparação com a quimioterapia e não foram observados novos sinais de segurança.

Exemplo 2 [00412] Exame de um Painel de Gene Alvo (FOUNDATIONONE®) versus Sequenciamento Completo do Exoma para Avaliar a Concordância usando amostras de um Estudo de Fase 3 do

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Nivolumabe de Primeira Linha no Estágio IV ou Câncer de Pulmão de Células Não Pequenas Recorrentes.

[00413] A TMB é definida como o número de mutações somáticas por megabase do genoma do tumor examinado. Hipotetizou-se que se pode calcular a TMB sequenciando menos genes em comparação com o sequenciamento total do exoma. O sequenciamento usando FOUNDATIONONE® foi previamente validado usando 249 espécimes de câncer. Ver, por exemplo, Frampton GM etal. Nat Biotechnol. 2013; 31 : 1023-1031.

[00414] Para avaliar se os valores de TMB são equivalentes e se existe concordância entre os dados do ensaio derivado de sequenciamento de exoma completo (WES) e do ensaio FOUNDATIONONE®, os dados de TMB dos pacientes incluídos no estudo (do Exemplo 1) foram gerados usando as duas plataformas de sequenciamento: WES e FOUNDATIONONE®.

Métodos [00415] A TMB foi avaliada no DNA de amostras de tumor embebidas em parafina, fixadas em formalina (FFPE) usando dois métodos de captura por hibridização/NGS. Para WES, as regiões codificadoras de 21.522 genes foram analisadas. Resumidamente, os dados do exoma do tumor e os dados do exoma da linha germinativa (sangue) foram coletados e comparados para identificar mutações de sentido incorreto somáticas (Figura 21). A TMB foi então definida como o número total de mutações de sentido incorreto no exoma tumoral.

[00416] Para FOUNDATIONONE®, foi analisado um painel de gene direcionado de 315 genes relacionados ao câncer. A TMB foi definida como o número de mutações somáticas por megabase do genoma do tumor examinadas. A sensibilidade e exatidão desta análise foram previamente validadas usando 249 amostras de câncer, e este método tem sido usado para avaliar a TMB em muitos tipos de tumores (veja,

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Frampton et al., Nat. Biotechnol. 31: 1023 (2013)), incluindo urn recente estudo de 102.292 tumores (ver Chalmers et al., Genome Med. 9 : 34 (2017)). A Figura 21 ilustra o desenho experimental. Resultados [00417] A TMB determinada pelo sequenciamento total do exoma (WES) foi plotada linearmente contra a TMB determinada pelo sequenciamento FOUNDATIONONE® (F1). Como mostrado na Figura 22, a TMB é altamente correlacionada entre as duas técnicas, e muitas mutações de sentido incorreto identificadas via sequenciamento de exoma completo e muitas mutações somáticas identificadas via sequenciamento FOUNDATIONONE® estão dentro dos limites de confiança de 0,95, que foi calculado usando o método de bootstrap (quantile) (r de Spearman = 0,9).

[00418] Para determinar a concordância da TMB entre o FOUNDATIONONE® e o sequenciamento total do exoma, foi estabelecido um valor de TMB de 148 mutações de sentido incorreto como a mediana (Figura 22, linha tracejada vertical). No mesmo ponto de dados, calculou-se que havia 7,64 mutações somáticas por megabase nas 44 amostras usando o sequenciamento FOUNDATIONONE® (Figura 22, linha tracejada horizontal). Como mostrado na Tabela 33, a correlação entre as duas abordagens de sequenciamento é ligada em ponte. Assim, o sequenciamento FOUNDATIONONE® pode ser usado para identificar a carga de mutação do tumor em pacientes com estágio IV ou câncer de pulmão de células não pequenas recorrentes que foram incluídos em um estudo de Fase 3 do Nivolumabe de primeira linha.

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Tabela 33: Conexão da TMB por sequenciamento FOUNDATIONONE® e sequenciamento completo do exoma.

	FoundationOne® linha acima	FoundationOne® linha abaixo
Sequenciação total do exoma acima da mediana	19	3
Sequenciação total do exoma abaixo da mediana	3	19

[00419] As curvas de calibração foram usadas para projetar dados de TMB derivados de todo o sequenciamento de exoma para aqueles baseados em seqüenciamento FOUNDATIONONE®. No geral, houve concordância de 86% (73-94; intervalo de confiança de 95% de Wilson) entre o sequenciamento total do exoma e o sequenciamento FOUNDATIONONE®. Em relação às correlações positivas, também houve 86% de concordância (67-95; intervalo de confiança de 95% de Wilson) entre o sequenciamento total do exoma e o sequenciamento FOUNDATIONONE®. E em relação às correlações negativas, também houve 86% de concordância (67-95; intervalo de confiança de 95% de Wilson) entre o sequenciamento total do exoma e o sequenciamento FOUNDATIONONE®. Estes dados demonstram que a ligação do sequenciamento completo do exoma e do sequenciamento FOUNDATIONONE® facilita a transição de dados do biomarcador derivado do sequenciamento total do exoma para o sequenciamento FOUNDATIONONE®.

[00420] Este estudo apoia, em última instância, a hipótese de que os dados TMB nas plataformas de testes podem ser harmonizados. Como a TMB é um biomarcador emergente para terapia de imunooncologia de precisão, a capacidade de harmonizar dados em plataformas de teste ajudará a fornecer opções de teste alternativas.

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Exemplo 3 [00421] Pacientes com câncer de pulmão de pequenas células recorrentes (SCLC) têm opções de tratamento limitadas e sobrevida ruim. Os resultados iniciais de um ensaio clínico de pacientes com SCLC mostraram respostas duradouras e encorajaram a sobrevivência com nivolumabe sozinho ou em combinação com ipilimumabe. Vinte e seis porcento dos pacientes que receberam uma combinação de nivolumabe e ipilimumabe apresentaram taxas de sobrevivência global superiores a 2 anos, em comparação com 14% dos pacientes que receberam monoterapia com nivolumabe. Estes dados apoiaram a inclusão do nivolumabe com ou sem ipilimumabe nas diretrizes do NCCN para o tratamento do SCLC.

[00422] A expressão de PD-L1 tumoral é incomum no SCLC, e as respostas foram observadas independentemente do estado de PD-L1. Biomarcadores melhorados são necessários para imunoterapia em SCLC. Anteriormente, observou-se que os indivíduos com alta TMB tinham taxas mais altas de sobrevida livre de progressão (PFS) após o tratamento com nivolumabe em monoterapia em comparação com os indivíduos com TMB baixa ou média. O SCLC é quase exclusivamente encontrado em pacientes com história de tabagismo e é caracterizado por alta TMB. Uma associação entre a TMB e a eficácia foi observada com o nivolumabe em câncer de pulmão de células não pequenas e câncer de bexiga e com o ipilimumabe no melanoma. A alta TMB pode estar associada ao benefício aprimorado do nivolumabe ± ipilimumabe no SCLC. O presente estudo explora o uso de carga de mutação do tumor (TMB) como um biomarcador preditivo para nivolumabe com ou sem ipilimumabe em SCLC.

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Projeto de Estudo [00423] Os indivíduos foram selecionados que haviam sido previamente diagnosticados com SCLC, e que haviam recebido anteriormente pelo menos um regime anterior contendo platina (Figura 23). Os pacientes não aleatorizados e aleatorizados (3 : 2) receberam (1) uma monoterapia de nivolumabe compreendendo 3 mg/kg de nivolumabe administrado por via intravenosa a cada duas semanas até progressão da doença ou toxicidade inaceitável; ou (2) terapia de combinação de nivolumabe/ipilimumabe contendo 1 mg/kg de nivolumabe e 3 mg/kg de ipilimumabe administrada por via intravenosa a cada três semanas durante quatro ciclos, seguida por nivolumabe em monoterapia de 3 mg/kg de nivolumabe administrada por via IV a cada duas semanas até progressão da doença ou toxicidade inaceitável.

[00424] O objetivo principal era medir a taxa de resposta global (ORR) por RECIST v1.1. Objetivos secundários incluíram monitoramento de segurança, sobrevida global (OS), sobrevida livre de progressão (PFS) e duração da resposta (DOR). Os objetivos exploratórios pré-especificados incluíram análise de biomarcadores e estado de saúde usando o instrumento EQ-5D.

[00425] A TMB foi determinada pelo sequenciamento total do exoma, usando um Illumina HiSeq 2500 usando leituras de extremidade pareada 2 χ 100 pb e calculada como o número total de mutações de sentido incorreto não sinônimas no tumor. Para análises exploratórias, os pacientes foram divididos em 3 subgrupos baseados no tercil de TMB.

Linha de Base [00426] Um total de 245 indivíduos foram incluídos (ITT) para monoterapia com nivolumabe, dos quais 133 foram avaliados na TMB (Tabela 34 e Figura 24). Um total de 156 indivíduos foram incluídos

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183/212 (ITT) para a terapia de combinação de nivolumabe/ipilimumabe, dos quais 78 foram avaliados na TMB (Tabela 34 e Figura 24).

Tabela 34: Características da Linha de Base

	Nivolumabe	Nivolumabe + ipilimumabe
	ITT	avaliável por TMB	ITT	avaliável por TMB
	(n = 245)	(n = 133)	(n = 156)	(n = 78)
Idade, mediana (faixa), anos	63 (29 - 83)	63 (29 - 83)	65(37 -91)	65 (37 - 80)
Masculino, n (%)	60	59	61	67
Estado de fumantes, %	94	95	94	94
Fumante atual/ ex-fumante	5	5	5	6
Nunca fumante
PS do ECOG, %
0	30	32	31	30
1	70	68	68	69
Expressão de PD-L1 de Tumor, %	10	13	12	10
>1%	61	67	58	65
<1%	29	20	30	24
Desconhecida
Coorte do estudo, %	40	38	39	32
Não randomizado	60	62	61	68
Randomizado

Resultados [00427] Sobrevida livre de progressão (PFS; Figuras 25A e 25C) e sobrevida geral (OS; FIGs 25B e 25D) foram comparáveis entre os pacientes com ITT e o subconjunto que foi avaliado pela TMB para nivolumabe em monoterapia (Figuras 25A e 25B ) e terapia de combinação de nivolumabe/ipilimumabe (Figura 25C e 25D). ORR em pacientes avaliáveis por ITT e TMB, respectivamente, foi de 11,4% e 11,3% com nivolumabe em monoterapia e 21,8% e 28,2% com terapia

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184/212 de combinação de nivolumabe/ipilimumabe. A distribuição de TMB para pacientes que recebem nivolumabe em monoterapia ou terapia de combinação com nivolumabe/ipilimumabe é mostrada na Figura 26A. Quando agrupada (Figura 26B), a distribuição das mutações de sentido incorreto totais na coorte de SCLC foi comparável à distribuição de mutações de sentido incorreto totais em um estudo recente de câncer do pulmão de células não pequenas (NSCLC) (Figura 26C).

[00428] A taxa de resposta global (ORR) foi maior em indivíduos que receberam TMB que administraram a terapia de combinação com nivolumabe/ipilimumabe (28,2%) do que em indivíduos que receberam monoterapia com nivolumabe (11,3%) (Figura 27). Quando estratificado por TMB, o maior efeito foi observado em indivíduos com alta TMB. Indivíduos com baixa TMB tratados com nivolumabe em monoterapia ou ipilimumabe em monoterapia apresentaram ORRs de cerca de 4,8% e 22,2%, respectivamente. Indivíduos com uma TMB média tratada com monoterapia com nivolumabe ou monoterapia com ipilimumabe apresentaram ORRs de cerca de 6,8% e 16,0%, respectivamente. Indivíduos com uma TMB elevada tratados com monoterapia com nivolumabe ou monoterapia com ipilimumabe apresentaram ORRs de cerca de 21,3% e 46,2%, respectivamente.

[00429] Em geral, os indivíduos que experimentaram uma resposta melhor tiveram um número maior de mutações no tumor de sentido incorreto. Os indivíduos que receberam nivolumabe em monoterapia com resposta completa (CR) ou parcial (PR) tiveram uma média de 325 mutações de sentido incorreto, aqueles que experimentaram doença estável tiveram uma média de 211,5 mutações de sentido incorreto, e aqueles que experimentaram doença estável tiveram uma média de 185,5 mutações de sentido incorreto (Figura 28A). Os indivíduos que receberam nivolumabe/ipilimumabe em combinação

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185/212 com resposta completa (CR) ou resposta parcial (PR) tiveram uma média de 266 mutações de sentido incorreto, aqueles que experimentaram doença estável tiveram uma média de 202 mutações de sentido incorreto, e aqueles que experimentaram doença estável tiveram uma média de 156 mutações de sentido incorreto (Figura 28B).

[00430] Além disso, indivíduos com uma TMB elevada apresentaram aumento da PFS após tratamento com monoterapia com nivolumabe (Figura 29A) ou terapia de combinação com nivolumabe/ipilimumabe (Figura 29B) em comparação com indivíduos com TMB baixa ou média. Para nivolumabe em monoterapia, a PFS média foi de cerca de 1,3% para indivíduos com TMB baixa e TMB média e cerca de 1,4% para indivíduos com TMB elevada, e a PFS em 1 ano foi de 21,2% para indivíduos com TMB elevada, em comparação com apenas 3,15 para TMB média (Figura 29A). Para a terapia de combinação com nivolumabe/ipilimumabe, a PFS média foi de cerca de 1,5% para indivíduos com baixa TMB, 1,3% para indivíduos com TMB média e cerca de 7,8% para indivíduos com TMB elevada, e a PFS em 1 ano foi de cerca de 30% para indivíduos com TMB elevada para cerca de 8,0% e 6,2% para indivíduos com TMB média e baixa, respectivamente (Figura 29B).

[00431] Da mesma forma, indivíduos com uma alta TMB apresentaram aumento da OS após tratamento com nivolumabe em monoterapia (Figura 30A) ou terapia de combinação com nivolumabe/ipilimumabe (Figura 30B) em comparação com indivíduos com TMB baixa ou média. Para a nivolumabe em monoterapia, a OS mediana foi de cerca de 3,1% para indivíduos com TMB baixa, cerca de 3,9% para indivíduos com TMB média e cerca de 5,4% para indivíduos com TMB elevada, e a OS em 1 ano foi de 35,2% para indivíduos com TMB elevada em comparação com cerca de 26,0%

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186/212 para TMB média e 22,1% para indivíduos com TMB baixa (Figura 30A). Para a terapia de combinação de nivolumabe/ipilimumabe, a OS mediana foi de cerca de 3,4% para indivíduos com TMB baixa, 3,6% para indivíduos com TMB média e cerca de 22% para indivíduos com TMB elevada, e a OS em 1 ano foi de cerca de 62,4% para indivíduos com TMB elevada em comparação a cerca de 19,6% e 23,4% para indivíduos com TMB média e baixa, respectivamente (Figura 30B).

Exemplo 4 [00432] O nivolumabe, um inibidor da morte programada (PD)-1, demonstrou eficácia em um estudo de fase II com subdivisão única em pacientes (pts) com carcinoma uretelial (UC) metastático ou cirurgicamente irressecável (CheckMate 275; Sharma et al. 2017). A análise atual explora a associação potencial entre carga de mutação do tumor pré-tratamento (TMB) e resposta ao nivolumabe.

Métodos [00433] O DNA do tumor do tecido de tumor de arquivo de prétratamento e amostras de sangue total emparelhado foram perfiladas por sequenciamento completo do exoma. A TMB foi definida como o número total de mutações somáticas de sentido incorreto por tumor, e foi avaliada como uma variável contínua e por tereis (contagem de sentido incorreto: alta 167, média 85 - 166, baixa <85). Os modelos de Cox foram utilizados para explorar a associação entre TMB e sobrevida livre de progressão (PFS) e sobrevida global (OS); e regressão logística para taxa de resposta objetiva (ORR). A expressão do ligante 1 de PD do tumor (PD-L1) foi avaliada pelo ensaio imunohistoquímico Dako PD-L1 28-8 e foi classificada como <1%.

Resultados [00434] 139 (51%) de 270 os pacientes apresentavam TMB avaliável. As características de linha de base, ORR, PFS e OS foram similares entre todos os pacientes tratados e o subgrupo de TMB.

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ORR, PFS e OS em todos os pacientes e subgrupos de TMB/PD-L1 são mostrados na Tabela 35. A TMB mostrou uma associação positiva estatisticamente significativa com ORR (P = 0,002) e PFS (P = 0,005), e uma forte associação com OS (P = 0,067), mesmo quando ajustado para a expressão de PD-L1 na linha de base do tumor, estado de metástase hepática e hemoglobina sérica. A TMB alta teve o maior impacto na sobrevida em pacientes com <1% de expressão de PD-L1 (Tabela 35).

[00435] Esses achados exploratórios sugerem que a TMB pode enriquecer a resposta ao nivolumabe e pode fornecer informações prognósticas/preditivas complementares além da PD-L1. Análises adicionais em estudos randomizados são necessárias para definir o valor prognóstico/preditivo da TMB no contexto de outros biomarcadores em pacientes com UC tratados com imunoterapia.

Tabela 35: ORR, PFS e OS: Todos os pacientes e subgrupos de TMB/PD-L1.

	Todos os Pts N % 270	Subgrupo de TMB N 7₄139	TMB Alta N 74 47	TMB Média N 74 46	TMB Baixa N 74 46
ORR,%	20,0		20,1		31,9		17,4		10,9
PFS, mediana do mês	2,00		2,00		3,02		1,87		1,91
(95% de Cl)	(1,87 - 2,63)		(1,87 3,02)		(1,87 NR)		(1,68 - 3,65)		(1,84 - 3,15)
OS, mediana dos meses	8,57		7,23		11,63		9,66		5,72
(95% de Cl)	(6,05 11,27)		(5,72 11,63)		(5,82 NR)		(4,76 NR)		(4,21 11,30)
	PD-L1	PD-L1	PD-L1	PD-L1	PD-L1	PD-L1	PD-L1	PD-L1	PD-L1	PD-L1
	<1%	1%	<1%	1%	<1%	1%	<1%	1%	<1%	1%
	N % 146	N % 124	N 7.69	N 74 70	N 74 23	N 74 24	N 74 21	N 74 25	N 74 25	N 74 23,8
ORR,%	15,8	25,0	17,4	22,9	30,4	33,3	23,8	12,0	0	23,8
PFS, mediana do mês	1,87	3,53	1,87	2,30	3,02	3,52	1,77	1,94	1,77	3,12
(95% de Cl)	(1,77 2,04)	(1,94 - 3,71)	(1,71 3,02)	(1,87 - 3,71)	(1,81 NR)	(1,87 NR)	(1,54 - 5,78)	(1,68 - 3,71)	(1,68 - 2,10)	(1,87 - 7,23)
OS, mediana dos meses	5,95	11,63	5,68	10,28	NR	10,60	4,53	11,30	4,96	8,57
(95% de Cl)	(4,37 8,08)	(9,10 NR)	(4,40 NR)	(6,05 NR)	(4,70 NR)	(5,82 NR)	(2,23 NR)	(5,85 NR)	(2,92 NR)	(4,21 - NR)

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Exemplo 5: Nivolumabe mais Ipilimumabe em Cargas Mundiais de Tumor Altas em Câncer de Pulmão de Células Não Pequenas [00436] O nivolumabe + ipilimumabe demonstrou eficácia promissora em um estudo de NSCLC de fase 1, e a carga mutacional do tumor (TMB) surgiu como um potencial biomarcador de benefício. Este ensaio é um estudo de fase 3, de múltiplas partes, de rótulo aberto, de combinações com base em nivolumabe e nivolumabe de primeira linha em populações de NSCLC selecionadas por biomarcadores. Nós relatamos os resultados da parte 1 na meta coprimária de sobrevida livre de progressão (PFS) com nivolumabe + ipilimumabe versus quimioterapia em pacientes com alta TMB (>10 mutações/Mb). O estudo continua para a meta coprimária de sobrevida global em pacientes selecionados por PD-L1.

[00437] Os pacientes tinham NSCLC que não recebeu quimioterapia, de estágio IV ou recorrente. Aqueles com expressão de PD-L1 > 1% do tumor foram randomizados de 1 : 1 : 1 para nivolumabe + ipilimumabe, nivolumabe ou quimioterapia; aqueles com <1% de expressão de tumor PD-L1 foram randomizados 1:1:1 para nivolumabe + ipilimumabe, nivolumabe + quimioterapia ou quimioterapia. A TMB foi determinada usando o FOUNDATIONONE® CDX™.

[00438] PFS em pacientes com alta TMB (>10 mutações/Mb) foi significativamente maior com nivolumabe + ipilimumabe versus quimioterapia (HR, 0,58; 97,5% de Cl, 0,41-0,81; P = 0,0002); taxas de PFS de 1 ano foram 43% e 13%, e PFS mediana (95% de Cl) foi de 7,2 (5,5-13,2) e 5,5 (4,4-5,8) meses, respectivamente. As taxas de resposta objetiva foram de 45,3% e 26,9%, respectivamente. O benefício de nivolumabe + ipilimumabe versus quimioterapia foi amplamente consistente dentro dos subgrupos, incluindo aqueles com expressão >1% e <1% de PD-L1. As taxas de eventos adversos

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189/212 relacionados ao tratamento de grau 3-4 foram de 31% e 36%, respectivamente.

[00439] A PFS melhorou significativamente com nivolumabe + ipilimumabe de primeira linha versus quimioterapia em NSCLC com TMB >10 mutações/Mb, independentemente da expressão de PD-L1. Os resultados validam o benefício do nivolumabe + ipilimumabe no NSCLC e o papel da TMB como biomarcador para seleção de pacientes.

Seleção de Pacientes [00440] Amostras de biópsia de tumor frescas ou arquivadas obtidas até 6 meses antes da inclusão (e sem o paciente receber qualquer tratamento anticâncer sistêmico interventor) foram testadas para PD-L1 por um laboratório centralizado com o uso do anticorpo anti-PD-L1 (anticorpo 28-8). Hanna, N. etaL. J Oncol Pract 13 : 832-7 (2017).

[00441] Pacientes adultos com NSCLC em estágio IV/recorrente escamoso ou não escamoso confirmados histologicamente por PD-L1 e Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG) (Oken MM, et al., Am J Clin Oncol 5 : 649-55 (1982)) de 0 ou 1 que não receberam terapia anticâncer sistêmica prévia como terapia primária para doença avançada ou metastática foram elegíveis para o estudo. Veja a Figura

31. Todos os pacientes foram submetidos a exames de imagem para rastreamento de metástases cerebrais. Pacientes com mutações conhecidas de EGFR ou translocações de ALK sensíveis à terapia direcionada, uma doença autoimune ou metástases não tratadas do sistema nervoso central foram excluídas. Os pacientes com metástases do sistema nervoso central eram elegíveis se fossem tratados adequadamente e tivessem retornados neurologicamente à linha de base por >2 semanas antes da randomização.

[00442] Como critérios adicionais de inclusão e exclusão, quimioterapia adjuvante prévia ou neoadjuvante ou quimiorradiação

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190/212 definitiva prévia para doença localmente avançada foi permitida até 6 meses antes da inclusão. A radioterapia paliativa prévia para lesões do sistema nervoso central não deve ter sido concluída >2 semanas antes da randomização. Os pacientes tinham que estar livres de glicocorticoides ou em doses estáveis ou decrescentes de <10 mg por dia prednisona (ou equivalente) por >2 semanas antes da randomização.

Projeto e Tratamento do Estudo [00443] O presente estudo foi um estudo de fase 3 em várias partes, projetado para avaliar diferentes regimes baseados em nivolumabe vs. quimioterapia em populações distintas de pacientes. Por um período de 16 meses, pacientes com expressão de PD-L1 de tumor >1% e <1% foram inscritos contemporaneamente nos mesmos centros (Figura 31) Pacientes com > 1% de expressão de PD-L1 foram randomizados (1:1:1), estratificada por histologia tumoral (NSCLC escamosa versus não-escamosa), para (i) nivolumabe 3 mg/kg a cada duas semanas mais ipilimumabe 1 mg/kg a cada 6 semanas, (ii) quimioterapia de dubleto de platina baseada em histologia a cada 3 semanas a 4 ciclos, ou (iii) nivolumabe 240 mg a cada duas semanas. Pacientes com expressão <1% de PD-L1 foram randomizados (1:1: 1), estratificados por histologia do tumor, para (i) nivolumabe 3 mg/kg a cada duas semanas mais ipilimumabe 1 mg/kg a cada 6 semanas, (ii) quimioterapia com dubleto de platina baseada em histologia a cada 3 semanas por até 4 ciclos, ou (iii) nivolumabe 360 mg mais quimioterapia com dubleto de platina baseada em histologia a cada 3 semanas por até 4 ciclos. Pacientes com NSCLC não escamoso com doença estável ou resposta após 4 ciclos de quimioterapia ou quimioterapia com nivolumabe podem continuar com manutenção com pemetrexede ou pemetrexede mais nivolumabe. Todos os tratamentos continuaram até a progressão da doença, toxicidade inaceitável ou conclusão por protocolo (até 2 anos para imunoterapia). Cruzamento

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191/212 entre as subdivisões de tratamento dentro do estudo não foi permitido. [00444] Dos 2877 pacientes inscritos na parte 1 do estudo, 1739 foram submetidos à randomização. Dos 1138 pacientes que não foram randomizados, 909 pacientes não preenchiam mais os critérios do estudo (razões comuns incluíam mutações no EGFR/ALK identificadas, declínio no PS do ECOG, metástases cerebrais não tratadas e expressão não-avaliada da PD-L1), 88 pacientes retiraram o consentimento, 40 pacientes morreram, 33 pacientes tiveram eventos adversos (não relacionados ao fármaco do estudo), 6 pacientes foram perdidos no seguimento e 62 pacientes foram excluídos por outras razões.

[00445] Como mostrado nas Tabelas 36 e 37, as características de linha de base em todos os pacientes randomizados e que avaliaram a TMB foram semelhantes e equilibradas entre as subdivisões de tratamento.

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192/212

Tabela 36: Características de Linha de Base de Todos os Pacientes

Randomizados

	Todos os pacientes randomizados
	Nivolumabe + Ipilimumabe (n = 583)	Nivoluma be (n = 396)	Quimiotera pia (n = 583)	Total (N = 1739)
Idade mediana, anos	64	64	64	64
Sexo feminino, %	33	31	34	32
PS do ECOG, %
0	35	36	33	34
1	65	64	66	65
>2	>1	0	1	<1
Não relatado	0	<1	<1	<1
Estado de fumante, %
Fumante atual/ex-fumante	85	86	86	85
Nunca fumante	14	13	13	13
Desconhecido	1	1	1	1
Histologia, % Escamoso	28	30	28	28
Não escamoso	72	70	72	72
expressão de PD-L1, % <1%	32	0	32	32
>1%	68	100	68	68

PS do ECOG = Estado de desempenho do Eastern Cooperative

Oncology Group; PD-L1 = ligante 1 de morte programada.

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Tabela 37: Características iniciais de todos os pacientes avaliados pela TMB.

	pacientes avaliáveis por TMB
	Nivolumabe +		Quimioter
	Ipilimumabe	Nivolumabe	apia	Total
	(n = 330)	(n = 228)	(n = 349)	(N = 1004)
Idade mediana, anos	64	64	64	64
Sexo feminino, %	34	31	36	33
PS do ECOG, %
0	33	32	34	33
1	67	67	65	67
>2	<1	0	1	<1
Não relatado	0	<1	<1	<1
Estado de fumante,
%	86		87	87
Fumante atual/ex-	12	86	11	12
fumante	2	12	1	1
Nunca fumante		1
Desconhecido
Histologia, %
Escamoso	28	29	32	29
Não escamoso	72	71	68	71
expressão de PD-L1, % <1% > 1%	27 73	0 100	31 69	29 71

PS do ECOG = Estado de desempenho do Eastern Cooperative

Oncology Group

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Análise da carga de mutação de tumor [00446] A TMB foi avaliada em amostras de tumor arquivadas ou fixadas em formalina e embebidas em parafina usando o ensaio validado FOUNDATIONONE® CDX™, que emprega sequenciamento de próxima geração para detectar substituições, inserções e deleção (indels) e alterações no número de cópias em 324 genes e rearranjos de genes selecionados. Ettinger, D.S. et al. J Natl Compr Canc Netw, 15 : 504-35 (2017). Relatórios independentes demonstraram concordância entre a TMB estimada a partir do sequenciamento total do exoma (WES) e a TMB estimada a partir do sequenciamento direcionado da próxima geração (NGS). Veja Szustakowski J., et al. Evaluation of tumor mutation burden as a biomarker for immune checkpoint inhibitor efficacy: A calibration study of whole exome sequencing with FoundationOne®. Presented at the American Association for Cancer Research 2018 Annual Meeting; 2018; Chicago, Illinois; Zehir A, et al. Nat Med 2017;23:703-713; Rizvi H., et al., J ClinOncol 2018;36:633-41. A TMB foi calculada de acordo com métodos previamente definidos. Reck, M., et al, N Engl J Med, 375 : 1823-33 (2016). Resumidamente, a TMB foi definida como o número de somáticos, codificação, substituição de bases e indels curtos por megabase do genoma examinado. Todas as substituições de base e indels na região codificadora de genes alvo, incluindo mutações sinônimas, foram filtradas tanto para eventos condutores oncogênicos de acordo com COSMIC e estado germinal de acordo com bancos de dados dbSNP e ExAC, além de um banco de dados privado de eventos germinativos raros compilados no coorte clínico de Foundation Medicine. A filtragem adicional com base em uma avaliação computacional do estado da linha germinativa usando a ferramenta SGZ (somogy-germline-zygosity) também foi realizada. Aguiar, P.N., et al., ESMO Open, 2 : e000200 (2017).

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195/212 [00447] Como mostrado na Tabela 38, de todos os pacientes randomizados (N = 1739), 1649 (95%) tinham amostras de tumor para avaliação de TMB e 1004 (58%) tinham dados válidos de TMB para análises de eficácia baseadas em TMB.

Tabela 38: Tamanho da amostra durante toda a determinação da TMB

Pacientes, n (%)
Randomizados³	1739 (100)
Amostras disponíveis	1649 (95)
amostras⁰ avaliáveis por TMB	(58)

^a Os pacientes aleatorizados incluem os de todas as subdivisões de tratamento da Parte 1 (nivolumabe + ipilimumabe, nivolumabe, quimioterapia e nivolumabe + quimioterapia) [00448] ^b Uma verificação de controle de qualidade pré-analítica foi realizada em todas as amostras para sinalizar imprecisões compreendidas, mas não limitadas a requisições incorretas, recebimento de amostra insuficiente e amostras duplicadas. O ensaio FOUNDATIONONE® CDXTM emprega critérios abrangentes de controle de qualidade, incluindo as seguintes características críticas: pureza do tumor, tamanho da amostra de DNA, tamanho da amostra de tecido, tamanho da construção da biblioteca e rendimentos de captura híbrida.

[00449] De todos os pacientes avaliados pela TMB em todos as subdivisões de tratamento, 444 (44%) tinham TMB >10 mutações/Mb, incluindo 139 pacientes randomizados para nivolumabe associado a ipilimumabe e 160 pacientes randomizados para quimioterapia. Como mostrado na Tabela 39, as características iniciais entre os dois grupos de tratamento foram bem equilibradas, incluindo a distribuição da expressão de PD-L1. Na população avaliada pela TMB, não houve correlação entre a expressão de TMB e PD-L1. Figuras 36A e 36B.

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Tabela 39: Características iniciais de pacientes com TMB >10 mutações/Mb.

Características	Nivolumabe mais Ipilimumabe (n = 139)	Quimioterapia (n = 160)
Anos de idade
Mediana	64	64
Alcance	41-87	29-80
Categoria de idade, n (%)
<65 anos	73 (53)	83 (52)
>65 a <75 anos	53 (38)	63 (39)
>75 anos	13(9)	14(9)
Sexo, n (%)
Masculino	98 (71)	106 (66)
Feminino	41 (29)	54 (34)
Região, n (%)
América do Norte	14(10)	16(10)
Europa	77 (55)	87 (54)
Asiáticos	21 (15)	32 (20)
Resto do mundo	27 (19)	25(16)
Pontuação do estado de desempenho do ECOG, n (%)
0	56 (40)	49 (31)
1	82 (59)	110(69)
>2	1(1)	1(1)
Estado do fumante, n (%)
Fumante atual/Ex-fumante	130 (94)	146 (91)
Nunca fumante	7(5)	11(7)
Desconhecido	2(1)	3(2)
Histologia do tumor, n (%)
Carcinoma de células escamosas	45 (32)	55 (34)
Carcinoma de células não escamosas	94 (68)	105 (66)
Nível de expressão de PD-L1, n (%)
<1%	38 (27)	48 (30)
> 1%	101 (73)	112(70)

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197/212 [00450] No seguimento mínimo de 11,2 meses, 17,7% e 5,6% dos pacientes tratados com nivolumabe associado a ipilimumabe e quimioterapia, respectivamente, permaneceram em tratamento. Veja a Tabela 40.

Tabela 40: Sumário do final do tratamento.

	Todos os Pacientes Tratados	TMB >10 mutações/Mb
	Nivolumabe + Ipilimumabe n = 576	Quimioterapia n = 570	Nivolumabe + Ipilimumabe n = 135	Quimioterapia n = 159
Pacientes que continuam no período de tratamento, n (%)	102(17,7)	32 (5,6)	33 (24,2)	5(3,1)
Pacientes que não continuam no período de tratamento, n (%)	474 (82,3)	538 (94,4)	102 (75,6)	154 (96,9)
Razão para não continuar no período de tratamento, n (%)
Progressão da doença	285 (49,5)	279 (48,9)	51 (37,8)	75(47,2)
Estudo da toxicidade de fármacos	108(18,8)	51 (8,9)	35 (25,9)	14(8,8)
Completado o tratamento necessário	2 (0,3)	126 (22,1)	0	42 (26,4)
Morte	6(1,0)	2 (0,4)	1 (07)	0
Evento adverso não relacionado ao fármaco do estudo	39 (6,8)	35 (6,1)	7 (5,2)	9(5,7)
Pedido do paciente para descontinuar	9(1,6)	19 (3,3)	3 (2,2)	8(5,0)
Paciente retirou o consentimento	8(1,4)	6(1,1)	1 (0,7)	1 (0,6)
Perdido para acompanhamento	1 (0,2)	1 (0,2)	0	0
Benefício clínico máximo	3(0,5)	0	1 (0,7)	0
Falta de conformidade	1 (0,2)	2 (0,4)	0	1 (0,6)
Paciente não atende mais aos critérios do estudo	1 (0,2)	1 (0,2)	0	0
Outros	11 (1,9)	10(1,8)	3 (2,2)	2(1,3)
Não relatado	0	6(1,1)	0	2(1,3)

[00451] Dos pacientes designados para quimioterapia, 28,1% receberam imunoterapia subsequente. Veja a Tabela 41.

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Tabela 41: Terapias sistêmicas subsequentes em Pacientes com TMB >10 mutações/Mb.^a

Pacientes, n (%)	Nivolumabe + Ipilimumabe n = 139	Quimioterapia n = 160
Qualquer terapia sistêmica subsequente	23 (16,5)	69 (43,1)
Imunoterapia	3 (2,2)	45 (28,1)
Anti-PD-1 Nivolumabe Pembrolizumabe	3 (2,2) 3 (2,2) 0	42 (26,3) 36 (22,5) 6 (3,8)
Anti-PD-L1 (atezolizumabe)	0	1 (0,6)
Anti-CTLA-4 (ipilimumabe)	0	5 (3,1)^b
Outra imunoterapia	0	2(1,3)
Terapia direcionada	2(1,4)	3(1,9)
Quimioterapia	22 (15,8)	33 (20,6)

^a No momento do bloqueio do banco de dados, 24% dos pacientes tratados com nivolumabe + ipilimumabe e 3% daqueles tratados com quimioterapia ainda estavam em tratamento.

^b Todos os 5 pacientes receberam ipilimumabe em combinação com nivolumabe.

[00452] A duração mediana da terapia foi de 4,2 meses (variação de 0,03 a 24,0+) com nivolumabe mais ipilimumabe e 2,6 meses (variação de 0,03 a 22,1+) com quimioterapia. O número mediano de doses de nivolumabe (a cada duas semanas) e ipilimumabe (a cada 6 semanas) recebidas como terapia de combinação foi de 9 (variação de 1 a 53) e 3 (variação de 1 a 18), respetivamente.

[00453] Entre os pacientes com alta TMB (>10 mutações/Mb), 24,2 % tratados com nivolumabe associado a ipilimumabe e 3,1% tratados com quimioterapia continuaram o tratamento no momento do bloqueio

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199/212 do banco de dados; o motivo mais comum para interromper ο tratamento foi a progressão da doença (37,8% e 47,2%, respectivamente), toxicidade do fármaco em estudo (25,9% e 8,8%, respectivamente) e conclusão do tratamento necessário entre os pacientes do grupo quimioterápico (26,4% vs. 0% para pacientes tratados com nivolumabe e ipilimumabe) Metas e Avaliações:

[00454] A parte 1 deste estudo teve duas metas coprimárias. Uma meta coprimária foi sobrevida livre de progressão (PFS), que foi avaliada por revisão central independente cega, com nivolumabe mais ipilimumabe vs. quimioterapia em uma população de pacientes selecionados com TMB. Com base em descobertas anteriores (Ramalingam SS, et al. Carga de mutação de tumor (TMB) como biomarcador para benefício clínico do bloqueio do ponto de verificação de imunidade dupla com nivolumabe (nivo) + ipilimumabe (ipi) no câncer de pulmão de células não pequenas de primeira linha (1L) (NSCLC): identificação do ponto de corte de TMB do CheckMate 568. Apresentado na American Association for Cancer Research 2018 Annual Meeting; 2018; Chicago, Illinois.), um ponto de corte de TMB predefinido de >10 mutações/Mb foi selecionado para análise préplanejada da meta coprimária. A segunda meta coprimária foi a sobrevida global (OS) com nivolumabe mais ipilimumabe vs. quimioterapia em uma população de pacientes selecionados com PDL1.

[00455] Como mostrado na Tabela 42, as metas secundárias nas populações de pacientes selecionados por TMB incluíram PFS com nivolumabe vs. quimioterapia em pacientes com TMB >13 mutações/Mb e > 1% da expressão de PD-L1 e OS com nivolumabe mais ipilimumabe vs. quimioterapia de dubleto de platina em pacientes com TMB >10 mutações/Mb.

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200/212

Tabela 42: Teste de Hipóteses Hierárquicas em Pacientes

Selecionados com TMB.

Hierarquia	Meta	População	Comparação
1	Meta primária: PFS Alpha = 0,25	TMB >10 mutações/Mb	Nivolumabe + Ipilimumab vs Quimioterapia
2	Meta secundária: PFS	TMB >13 mutações/Mb e >1% de expressão de PDL1 de tumor	Nivolumabe vs Quimioterapia
3	Meta secundária: OS	TMB >10 mutações/Mb	Nivolumabe + Ipilimumab vs Quimioterapia
4	Meta secundária: OS	TMB >13 mutações/Mb e >1% de expressão de PD-L1 de tumor	Nivolumabe vs Quimioterapia
	Metas exploratórias: ORR, PFS para todas as subdivisões, segurança

PFS = sobrevida livre de progressão; ORR = taxa de resposta objetiva; OS = sobrevivência global [00456] O corte de TMB de >13 mutações/Mb para o objetivo secundário de PFS com nivolumabe versus quimioterapia foi baseado em análises de estudos anteriores, incluindo um estudo de ponte que converte dados de sequenciamento total de exoma em dados FOUNDATIONONE® CDX™. Veja Carbone et al. N Engl J Med 2017; 376 : 2415-26; Szustakowski et al.. Evaluation of tumor mutation burden as a biomarker for immune checkpoint inhibitor efficacy: A calibration study of whole exome sequencing with FoundationOne®. In: American Association for Cancer Research 2018 Annual Meeting. Chicago, Illinois; 2018. As taxas de resposta global (ORR), a duração da resposta e a segurança foram metas exploratórios. Os eventos adversos foram classificados de acordo com os National Cancer Institute Common Terminology Criteria for Adverse Events, versão 4.0. A PD-L1 foi determinada como descrito anteriormente. Veja

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201/212

Rotulagem: PD-L1 IHC 28-8 pharmDx. Dako North America, 2016. (Acessado em 20 de outubro de 2016 em accessdata.fda.gov/cdrh_docs/pdf15/P150027c.pdf.) [00457] A TMB, definida como o número de substituições somáticas, codificadoras, básicas e inserções e deleções curtas (indels) por megabase do genoma examinado, foi determinado usando o ensaio FOUNDATIONONE® CDX™. Ver, por exemplo, FOUNDATIONONE® CDX™. Foundation Medicine, 2018. (Acessado em 8 de fevereiro de 2018, em foundationmedicine.com/genomictesting/foundation-one-cdx.); Chalmers et al., Analysis of 100,000 human cancer genomes reveals the landscape of tumor mutational burden. Genome Med 2017;9:34; e Sun JX, He Y, Sanford E, et al. A contagem de mutação após a aplicação de vários filtros foi dividida pela região contada (0,8 Mb) para produzir mutações/Mb.

[00458] Para a meta coprimária de PFS com nivolumabe mais ipilimumabe versus quimioterapia em pacientes com na TMB >10 mutações/Mb, estimou-se que um tamanho de amostra de pelo menos 265 pacientes com aproximadamente 221 eventos de morte ou progressão da doença fornece 80% de poder para detectar uma razão de risco de 0,66 favorecendo nivolumabe mais ipilimumabe vs. quimioterapia, com um erro bilateral de tipo 1 de 0,025, por meio de um teste de log-rank bilateral. Razões de risco de PFS com intervalos de confiança bilateral foram estimados usando um modelo de risco proporcional de Cox não estratificado, com o grupo de tratamento como uma única covariável. Uma análise multivariada foi préespecificada em pacientes com TMB >10 mutações/Mb para avaliar a influência de fatores de referência prognósticos conhecidos na PFS. As estimativas das relações de risco com o Cl de 97% bilateral correspondente de dois lados foram computadas para comparações primárias e secundárias especificadas no teste de hipóteses

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202/212 hierárquicas em pacientes selecionados com TMB (ver Tabela 42, acima); para todas as outras estimativas, foram computados 95% de Cl de dois lados que não devem ser usados para inferir diferenças nos efeitos do tratamento. Curvas de sobrevida foram estimadas pela metodologia de Kaplan-Meier.

[00459] Em conclusão, este estudo atingiu seu objetivo final coprimário, e os resultados podem estabelecer dois novos padrões de tratamento em NSCLC avançado. Primeiro, todos os pacientes com NSCLC sem tratamento prévio devem ser testados para TMB, pois os resultados validam o papel da TMB como um biomarcador importante e independente. Segundo, este estudo introduz o nivolumabe e o ipilimumabe como uma nova opção de tratamento de primeira linha para pacientes com alta mutação de TMB >10/Mb. Esses resultados proporcionam uma abordagem mais personalizada para o tratamento do câncer de pulmão, oferecendo imunoterapia de primeira linha eficaz em combinação com tratamento de quimioterapia para pacientes com maior probabilidade de receber benefícios duráveis, preservando opções efetivas de segunda linha. O uso de TMB como um biomarcador preditivo para pacientes com NSCLC fornece um exemplo de medicina de precisão, adaptando o tratamento àqueles pacientes que provavelmente se beneficiarão da imunoterapia de combinação.

Todos os pacientes randomizados [00460] Em todos os pacientes randomizados (independentemente da expressão de PD-L1), a PFS melhorou com nivolumabe associado a ipilimumabe vs. quimioterapia (taxa de risco [HR], 0,83; 95%, 0,72 a 0,96), com taxas de PFS de 1 ano de 31% versus 17%. A PFS mediana foi de 4,9 meses (95% de Cl, 4,1 a 5,6) com nivolumabe mais ipilimumabe e 5,5 meses (95% de Cl, 4,6 a 5,6) com quimioterapia. Benefício semelhante com nivolumabe associado a ipilimumabe

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203/212 versus quimioterapia foi observado entre pacientes com avaliação TMB (HR, 0,82; 95% de Cl, 0,68 a 0,99), com taxas de PFS de 1 ano de 32% versus 15%; a PFS mediana foi de 4,9 meses (95% de Cl, 3,7 a 5,7) e 5,5 meses (95% de Cl, 4,6 a 5,6), respectivamente. Veja as Figuras 34A e 34B.

Pacientes com TMB alta (>10 mutações/Mb) v. Baixa TMB [00461] A análise da meta coprimária em pacientes com alta TMB (>10 mutações/Mb) mostrou melhora significativa da PFS com nivolumabe mais ipilimumabe versus quimioterapia (HR, 0,58; Cl de 97,5%, 0,41 a 0,81; P = 0,0002) com as taxas de PFS de 1 ano de 43% versus 13% com quimioterapia, e a PFS mediana foi de 7,2 meses (95% de Cl, 5,5 a 13,2) e 5,5 meses (95% de Cl, 4,4 a 5,8), respectivamente. Figura 34A. Em uma análise multivariada préespecificada de PFS em pacientes com TMB >10 mutações/Mb, o efeito do tratamento com nivolumabe mais ipilimumabe versus quimioterapia ajustada para o nível de expressão de PD-L1 inicial (> 1%, <1 %), sexo, histologia do tumor (escamosa, não escamosa) e PS do ECOG (0, >1) foi consistente com a análise primária do PFS (HR, 0,57; 95% de Cl, 0,40 a 0,80, modelo Cox multivariado P = 0,0002). Em pacientes com TMB <10 mutações/Mb, nenhuma melhora da PFS foi observada com nivolumabe mais ipilimumabe versus quimioterapia (HR, 1,07; 95% IC, 0,84 a 1,35); PFS mediana foi de 3,2 meses (95% de Cl, 2,7 a 4,3) com nivolumabe mais ipilimumabe e 5,5 meses (95% de Cl, 4,3-5,6) com quimioterapia. Veja a Figura 35 [00462] A taxa de resposta objetiva foi de 45,3% com nivolumabe mais ipilimumabe e 26,9% com quimioterapia (Tabela 43) Eisenhauer, E.A., et al. Eur J Cancer, 45: 228-47 (2009). A percentagem de respondedores em curso que ainda estavam em resposta após 1 ano foi de 68% para nivolumabe mais ipilimumabe e 25% para quimioterapia (Figura 34B).

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204/212

Tabela 43: Resposta do tumor em pacientes com TMB >10 mutações/Mb.

	Nivolumabe mais	Quimioterapia
Variável	Ipilimumabe (n = 139)	(n = 160)
Resposta objetiva f
No. de pacientes	63	43
% de pacientes (95% de Cl)	45,3 (36,9-54,0)	26,9 (20,2-34,4)
Diferença (95% de Cl)	18,4 (7,6-28,8)
Melhor resposta geral - N^s. (%)
Resposta completa	5 (3,6)	1 (0,6)
Resposta parcial	58 (41,7)	42 (26,3)
Doença estável	37 (26,6)	88 (55,0)
Doença progressiva	22 (15,8)	19 (11,9)
Não pode ser determinado	17(12,2)	10 (6,3)
Tempo para resposta objetiva - mo φ §
Mediana	2,7	1,5
Alcance	1,2-9,5	1,2-6,9
Duração da resposta objetiva - mo φ
Mediana	NR	5,4
Alcance	2,1-20,5+	2,6-18,1 +
Taxa de resposta de 1 ano, %
Estimativa	68	25
Intervalo de confiança de 95%	54-78	12-40

[00463] Os dados são baseados em um bloqueio de banco de dados de 24 de janeiro de 2018.

[00464] t A resposta objetiva foi avaliada de acordo com os Response Evaluation Criteria in Solid Tumors, versão 1.1,27 por revisão central independente cega. O intervalo de confiança de 95% (Cl) é baseado no método de Clopper-Pearson. A diferença não

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205/212 ponderada nas taxas de resposta objetiva entre os grupos de tratamento foi determinada pelo método de Newcombe.

[00465] í A análise foi realizada com dados de todos os pacientes que tiveram uma resposta (63 pacientes no grupo nivolumabe e 43 no grupo de quimioterapia).

[00466] § O tempo para resposta foi definido como o tempo da randomização até a data da primeira resposta completa ou parcial documentada.

[00467] ψ Os resultados foram calculados com o uso do método de Kaplan-Meier. A duração da resposta foi definida como o tempo entre a data da primeira resposta e a data do primeiro evento documentado de progressão, morte ou última avaliação do tumor que foi avaliada antes da terapia subsequente (dados censurados).

[00468] NR denota não alcançado.

[00469] Subgrupos selecionados em pacientes com alta TMB (>10 mutações/Mb) [00470] A análise de subgrupo pelo estado de PD-L1 mostrou que a PFS foi melhorada com nivolumabe associado a ipilimumabe versus quimioterapia em pacientes com expressão > 1% de PD-L1 e aqueles com <1% de expressão de PD-L1. Figuras 36A e 36B, a PFS melhorada com nivolumabe mais ipilimumabe vs. quimioterapia foi observada em pacientes com histologia de tumores escamosos e não escamosos. Figuras 36C e 36D, na maioria dos outros subgrupos de pacientes com TMB >10 mutações/Mb, a PFS foi melhorada com nivolumabe mais ipilimumabe vs. quimioterapia. Figura 36E.

[00471] Monoterapia com nivolumabe [00472] Uma meta secundária do estudo foi a eficácia do nivolumabe (n = 79) versus quimioterapia (n = 71) entre pacientes com TMB >13 mutações/Mb e > 1% da expressão de PD-L1 (pacientes com PD <1% Expressão -L1 não foram elegíveis para receber nivolumabe);

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Não houve melhora na PFS com nivolumabe neste grupo de pacientes (HR, 0,95; 97,5% de Cl, 0,61, 1,48; P = 0,7776). A PFS mediana foi de 4,2 meses (95% de Cl, 2,7 a 8,3) com nivolumabe e 5,6 meses (95% de Cl, 4,5 a 7,0) com quimioterapia. Figura 37 [00473] Entre os pacientes com TMB > 10 mutações/Mb e > 1% da expressão de PD-L1, a PFS mediana foi de 7,1 meses (95% IC, 5,5 a 13,5) com nivolumabe mais ipilimumabe versus 4,2 meses (95% de Cl 2,6 a 8,3) com monoterapia com nivolumabe (HR, 0,75; 95% de Cl, 0,53 a 1,07). Figura 38 [00474] Os resultados deste estudo demonstram que, em pacientes com NSCLC avançado e TMB >10 mutações/Mb, o tratamento de primeira linha com nivolumabe associado a ipilimumabe está associado à melhora da PFS em comparação à quimioterapia. O benefício da imunoterapia de combinação foi durável, com 43% dos pacientes sendo livres de progressão em 1 ano (vs. 13% com quimioterapia) e 68% dos respondedores com respostas contínuas em 1 ano (vs. 25% com quimioterapia). O benefício de nivolumabe mais ipilimumabe foi observado em pacientes com expressão de PD-L1 > 1% e <1%, histologia escamosa e não escamosa, e foi consistente na maioria dos outros subgrupos. Embora a PFS melhorada tenha sido observada com nivolumabe associado a ipilimumabe versus quimioterapia em todos os pacientes randomizados, a TMB >10 mutações/Mb foi um biomarcador eficaz. Benefício com nivolumabe mais ipilimumabe foi particularmente reforçada naqueles com alta TMB, enquanto nenhum benefício em relação à quimioterapia foi visto naqueles com baixa TMB (<10 mutações/Mb). Além disso, o nivolumabe associado ao ipilimumabe melhorou a eficácia em comparação com a monoterapia com nivolumabe em pacientes com na TMB >10 mutações/Mb, destacando a importância do duplo bloqueio do ponto de verificação imune no NSCLC com TMB >10

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207/212 mutações/Mb. O estudo continua para a meta coprimária de OS em pacientes selecionados com PD-L1.

[00475] Este estudo mostra que as expressões TMB e PD-L1 foram biomarcadores independentes. Entre os pacientes com alta TMB, o benefício de nivolumabe mais ipilimumabe em comparação com a quimioterapia foi semelhante em pacientes com expressão de PD-L1 de tumor >1% e <1%. Assim, o nivolumabe associado ao ipilimumabe representa um novo regime terapêutico eficaz para pacientes com TMB >10 mutações/Mb, independentemente da expressão de PD-L1. [00476] A segurança do nivolumabe associado ao ipilimumabe foi consistente com os dados previamente relatados no NSCLC de primeira linha, em um estudo anterior, vários regimes posológicos de nivolumabe e ipilimumabe foram avaliados em 8 coortes, e o nivolumabe 3 mg/kg a cada duas semanas mais ipilimumabe 1 mg/kg a cada 6 semanas foi bem tolerado e eficaz. Hellmann, M.D., et al. Lancet Oncol, 18 : 31-41 (2017). Esses achados foram confirmados em nosso grande estudo internacional, sem novos sinais de segurança observados com a combinação. As taxas de eventos adversos selecionados relacionados ao tratamento e descontinuações relacionadas ao tratamento foram apenas modestamente maiores do que aquelas com nivolumabe em monoterapia, que também foi bem tolerada, com baixas taxas de eventos adversos selecionados.

[00477] Embora as taxas de eventos adversos relacionados ao tratamento que levaram à descontinuação tenham sido maiores com nivolumabe mais ipilimumabe do que a quimioterapia, isso pode estar relacionado, em parte, a durações mais longas do tratamento e à PFS mais longa com nivolumabe mais ipilimumabe.

[00478] Questões importantes permanecem sobre o papel das combinações imunoterapia/imunoterapia versus combinações de quimioterapia/quimioterapia, o sequenciamento ideal de terapias, se a

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TMB pode identificar pacientes que podem obter benefícios de combinações de quimioterapia/quimioterapia e se um ponto de corte ideal de TMB pode ser identificado para monoterapia com PD-1/L1. Dado que os resultados do nosso estudo validam a utilidade clínica da TMB como um biomarcador importante e independente, será necessário um esforço multidisciplinar combinado para garantir a disponibilidade de tecido de tumor suficiente para testes e tempo de resposta aceitável. A taxa de 58% de resultados de TMB relatados neste estudo foi principalmente devido à disponibilidade limitada de amostras de tumor de quantidade ou qualidade suficiente, um resultado de tecido limitado solicitado para análise de biomarcadores como parte do estudo. Na prática clínica, quando a intenção de testar a TMB é conhecida antecipadamente e quantidade suficiente e qualidade das amostras de tumor podem ser coletadas e submetidas, a determinação bem-sucedida da TMB pode ser esperada para 80% a 95% dos pacientes submetidos a testes.24 CheckMate 817 (NCT02869789), que avaliará prospectivamente a viabilidade do teste de TMB para nivolumabe de primeira linha mais ipilimumabe em pacientes com NSCLC avançado e na TMB >10 mutações/Mb, pode ajudar a identificar lacunas e oportunidades na educação para otimizar a viabilidade dos testes de TMB. Além disso, a TMB é um biomarcador confiável e reproduzível que fornece simultaneamente perfis genômicos abrangentes através do sequenciamento de próxima geração de múltiplos genes cancerígenos potencialmente terapêuticos. Portanto, o teste de TMB aproveita a tecnologia já rotineira para fornecer informações clinicamente importantes amplamente aplicáveis em um único teste para orientar o gerenciamento no NSCLC de primeira linha.

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Tratamento além da progressão e acompanhamento de sobrevida global [00479] A continuação do tratamento com nivolumabe ou nivolumabe mais ipilimumabe além da progressão foi permitida se o paciente tivesse benefício clínico avaliado pelo investigador e continuasse a tolerar o tratamento. Os pacientes foram seguidos para a sobrevida global a cada 3 meses, por contato pessoal ou por telefone, após a descontinuação do tratamento medicamentoso do estudo.

[00480] Este pedido reivindica o benefício dos Pedidos Provisórios U.S. N^QS. 62/479.817, depositados em 31 de março de 2017, e 62/582.146, apresentados em 6 de novembro de 2017, que são aqui incorporados por referência em sua totalidade.

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11. Barlesi F, Steins M, Horn L, et al. Long-term outcomes with nivolumabe (Nivo) vs docetaxel (Doc) in patients (Pts) with advanced (Adv) NSCLC: CheckMate 017 and CheckMate 057 2-y update. Ann Oncol 2016;27 : abstract 1215PD.

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Claims

REIVINDICAÇÕES

1. Anticorpo ou porção de ligação de antígeno do mesmo, caracterizado pelo fato de que se liga especificamente a um receptor de Morte Programada-1 (PD-1) e inibe a atividade de PD-1 (um anticorpo anti-PD-1) para tratamento de um indivíduo afetado por um tumor em que o tumor é identificado como tendo um estado de carga de mutação de tumor (TMB) que é uma TMB alta.
2. Anticorpo anti-PD-1 para uso de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o estado da TMB do indivíduo é medido antes do tratamento.
3. Anticorpo anti-PD-1 para uso de acordo com a reivindicação 1 ou 2, caracterizado pelo fato de que o estado da TMB é determinado por sequenciamento de ácidos nucleicos no tumor e identificação de uma alteração genômica nos ácidos nucleicos sequenciados.
4. Anticorpo anti-PD-1 para uso de acordo com a reivindicação 3, caracterizado pelo fato de que o tumor tem uma ou mais alterações genômicas compreendendo:

(a) uma mutação somática;

(b) uma mutação não sinônima;

(c) uma mutação de sentido incorreto;

(d) uma substituição de par de base;

(e) uma inserção de par de base;

(f) uma deleção de par de base;

(g) uma alteração do número de cópias (CNA);

(h) um rearranjo genético e (i) qualquer combinação de (a) - (h).
5. Anticorpo anti-PD-1 para uso de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 4, caracterizado pelo fato de que o estado da TMB é determinado por um ensaio de sequenciamento de genoma,

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2/10 um ensaio de sequenciamento de exoma, um ensaio de perfil genômico ou qualquer combinação destes.
6. Anticorpo anti-PD-1 para uso de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 5, caracterizado pelo fato de que o estado da TMB é medido por um ensaio de perfil genômico selecionado a partir do grupo consistindo em FOUNDATIONONE®, FOUNDATIONONE® HEME, FOUNDATIONONE® CDX™, EXODX®, Guardant360, MSK-IMPACT™, ILLUMINA® TruSight e qualquer combinação dos mesmos.
7. Anticorpo anti-PD-1 para uso de acordo com a reivindicação 5 ou 6, caracterizado pelo fato de que o ensaio de perfil genômico compreende um ou mais genes selecionados a partir do grupo que consiste em ABL1, 12B, ABL2, ACTB, ACVR1, ACVR1B, AGO2, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, ALOX, ALOX12B, AMER1, AMER1 (FAM123B ou WTX), AMER1 (FAM123B), ANKRD11, APC, APH1A, AR, ARAF, ARFRP1, ARHGAP26 (GRAF), ARID1A, ARID1B, ARID2, ARID5B, ARv7, ASMTL, ASXL1, ASXL2, ATM, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AXIN1, AXIN2, AXL, B2M, BABAM1, BAP1, BARD1, BBC3, BCL10, BCL11B, BCL2, BCL2L1, BCL2L11, BCL2L2, BCL6, BCL7A, BCOR, BCORL1, BIRC3, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRD4, BRIP1, BRIP1 (BACH1), BRSK1, BTG1, BTG2, BTK, BTLA, C11orf 30 (EMSY), C11orf30, C11orf 30 (EMSY), CAD, CALR, CARD11, CARM1, CASP8, CBFB, CBL, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CCT6B, CD22, CD274, CD274 (PD-L1), CD276, CD36, CD58, CD70, CD79A, CD79B, CDC42, CDC73, CDH1, CDK12, CDK4, CDK6, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2Ap14ARF, CDKN2Ap16INK4A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CENPA, CHD2, CHD4, CHEK1, CHEK2, CIC, CIITA, CKS1B, CPS1, CREBBP, CRKL, CRLF2, CSDE1, CSF1R, CSF3R, CTCF,CTLA-4, CTNN B1, CTNNA1, CTNNB1, CUL3, CUL4A, CUX1, CXCR4, CYLD, CYP17A1, CYSLTR2,

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DAXX, DCUN1D1, DDR1, DDR2, DDX3X, DH2, DICER 1, DI S3, DNAJB1, DNM2, DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, DOT1L, DROSHA, DTX1, DUSP2, DUSP4, DUSP9, E2F3, EBF1, ECT2L, EED, EGFL7, EGFR, EIF1AX, EIF4A2, EIF4E, ELF3, ELP2, EML4, EML4-ALK, EP300, EPAS1, EPCAM, EPHA3, EPHA5, EPHA7, EPHB1, EPHB4, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERF, ERG, ERRFI1, ERRFI1, ESR1, ETS1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, EXOSC6, EZH1, EZH2, FAF1, FAM175A, FAM46C, FAM58A, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FAS, FAS (TNFRSF6), FAT1, FBXO11, FBXO31, FBXW7, FGF1, FGF10, FGF12, FGF14, FGF19, FGF2, FGF23, FGF3, FGF4, FGF5, FGF6, FGF7, FGF8, FGF9, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FH, FHIT, FLCN, FLI1, FLT1, FLT3, FLT4, FLYWCH1, FOXA1, FOXL2, FOXO1, FOXO3, FOXP1, FRS2, FUBP1, FYN, GABRA6, GADD45B, GATA1, GATA2, GATA3, GATA4, GATA6, GEN1, GID4 (C17orf 39), GID4 (C17orf39), GLI1, GLI1, GNA11, GNA12, GNA13, GNAQ, GNAS, GPR124, GPS2, GREM1, GRIN2A, GRM3, GSK3B, GTSE1,H3F3A, H3F3B, H3F3C, HDAC1, HDAC4, HDAC7, Hedgehog, HER-2/NEU; ERBB2, HGF, HIST1H1C, HIST1H1D, HIST1H1E, HIST1H2AC, HIST1H2AG, HIST1H2AL, HIST1H2AM, HIST1H2BC, HIST1H2BD, HIST1H2BJ, HIST1H2BK, HIST1H2BO, HIST1H3A, HIST1H3B, HIST1H3C, HIST1H3D, HIST1H3E, HIST1H3F, HIST1H3G, HIST1H3H, HIST1H3I, HIST1H3J, HIST2H3C, HIST2H3D, HIST3H3, HLA-A, HLA-B, HNF1A, HOXB13, HRAS, HSD3B1, HSP90AA1, ICK, ICOSLG, ID3, IDH1, IDH2, IFNGR1, IGF1, IGF1R, IGF2, IKBKE, IKZF1, IKZF2, IKZF3, IL10, IL7R, INHA, INH BA, INPP4A, INPP4B, INPP5D (SHIP), INPPL1, INSR, IRF1, IRF2, IRF4, IRF8, IRS1, IRS2, JAK1, JAK2, JAK3, JARID2, JUN, K14, KAT6A (MYST 3), KAT6A (MYST3), KDM2B, KDM4C, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIF5B, KIT, KLF4, KLHL6,

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KMT2A, KMT2A (MLL), KMT2B, KMT2C, KMT2C (MLL3), KMT2D, KMT2D (MLL2), KNSTRN, KRAS, LAMP1, LATS1, LATS2, LEF1, LMO1, LRP1B, LRRK2, LTK, LYN, LZTR1, MAF, MAFB, MAGED1, MAGI2, MALT1, MAP2K1, MAP2K1 (MEK1), MAP2K2, MAP2K2 (MEK2), MAP2K4, MAP3, MAP3K1, MAP3K13, MAP3K14, MAP3K6, MAP3K7, MAPK1, MAPK3, MAPKAP1, MAX, MCL1, MDC1, MDM2, MDM4, MED12, MEF2B, MEF2C, MEK1, MEN1, MERTK, MET, MGA, MIB1, MITF, MKI67, MKNK1, MLH1, MLLT3, MPL, MRE 11 A, MRE11A, MSH2, MSH3, MSH6, MSI1, MSI2, MST1, MST1R, MTAP, MTOR, MUTYH, MYC, MYCL, MYCL (MYC L1), MYCL (MYCL1), MYCL1, MYCN, MYD88, MYO18A, MYOD1, NBN, NCOA3, NCOR1, NCOR2, NCSTN, NEGR1, NF1, NF2, NFE2L2, NFKBIA, NKX2-1, NKX3-1, NOD1, NOTCH 1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NPM1, NRAS, NRG1, NSD1, NT5C2, NTHL1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUF2, NUP93, NUP98, P2RY8, PAG1, PAK1, PAK3, PAK7, PALB2, PARK2, PARP1, PARP2, PARP3, PASK, PAX3, PAX5, PAX7, PBRM1, PC, PCBP1, PCLO, PDCD1, PDCD1 (PD-1), PDCD11, PDCD1LG2, PDCD1LG2 (PD-L2), PDGFRA, PDGFRB, PDK1, PDPK1, PGR, PHF6, PHOX2B, PIK3C2B, PIK3C2G, PIK3C3, PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIK3R3, PIM1, PLCG2, PLK2, PMAIP1, PMS1, PMS2, PNRC1, POLD1, POLE, POT1, PPARG, PPM1D, PPP2, PPP2R1A, PPP2R2A, PPP4R2, PPP6C, PRDM1, PRDM14, PREX2, PRKAR1A, PRKCI, PRKD1, PRKDC, PRSS8, PTCH1, PTEN, PTP4A1, PTPN11, PTPN2, PTPN6 (SHP-1), PTPRD, PTPRO, PTPRS, PTPRT, OKI, R1A, RAB35, RAC1, RAC2, RAD21, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RAF1, RANBP2, RARA, RASA1, RASGEF1A, RB1, RBM10, RECQL, RECQL4, REL, RELN, RET, RFWD2, RHEB, RHOA, RICTOR, RIT1, RNF43, ROS1, RPS6KA4, RPS6KB1, RPS6KB2, RPTOR, RRAGC, RRAS, RRAS2, RTEL1, RUNX1, RUNX1T1, RXRA, RYBP,

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S1PR2, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SERP2, SESN1, SESN2, SESN3, SETBP1, SETD2, SETD8, SF3B1, SGK1, SH2B3, SH2D1A, SHOC2, SHQ1, SLIT2, SLX4, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMARCA1, SMARCA4, SMARCB1, SMARCD1, SMC1A, SMC3, SMO, SMYD3, SNCAIP, SOCS1, SOCS2, SOCS3, SOS1, SOX10, SOX17, SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SPRED1, SPTA1, SRC, SRSF2, STAG2, STAT3, STAT4, STAT5A, STAT5B, STAT6, STK11, STK19, STK40, SUFU, SUZ12, SYK, TAF1, TAP1, TAP2, TBL1XR1, TBX3, TCEB1, TCF3, TCF3 (E2A), TCF7L2, TCL1A (TCL1), TEK, TERC, TERT, Promotor TERT, TET1, TET2, TFRC, TGFBR1, TGFBR2, TIPARP, TLL2, TMEM127, TMEM30A, TMPRSS2, TMSB4XP8 (TMSL3), TNFAIP3, TNFRSF11A, TNFRSF14, TNFRSF17, TOP1, TOP2A, TP53, TP53BP1, TP63, TRAF2, TRAF3, TRAF5, TRAF7, TSC1, TSC2, TSHR, TUSC3, TYK2, TYRO3, U2AF1, U2AF2, UPF1, VEG FA, VHL, VTCN1, WDR90, WHSC1, WHSC1 (MMSET ou NSD2), WHSC1L1, WISP3, WT1, WWTR1, XBP1, XIAP, XPO1, XRCC2, YAP1, YES1, YY1AP1, ZBTB2, ZFHX3, ZMYM3, ZNF217, ZNF24 (ZSCAN3), ZNF703, ZRSR2, e qualquer combinação destes.
8. Anticorpo anti-PD-1 para uso de acordo com qualquer uma das reivindicações 5 a 7, caracterizado pelo fato de que o ensaio de perfil genômico compreende pelo menos cerca de 20, pelo menos cerca de 30, pelo menos cerca de 40, pelo menos cerca de 50, pelo menos cerca de 60, pelo menos cerca de 70, pelo menos cerca de 80, pelo menos cerca de 90, pelo menos cerca de 100, pelo menos cerca de 110, pelo menos cerca de 120, pelo menos cerca de 130, pelo menos cerca de 140, pelo menos cerca de 150, pelo menos cerca de 160, pelo menos cerca de 170, pelo menos cerca de 180, pelo menos cerca de 190, pelo menos cerca de 200, pelo menos cerca de 210, pelo menos cerca de 220, pelo menos cerca de 230, pelo menos cerca de 240, pelo menos cerca de 250, pelo menos cerca de 260, pelo

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6/10 menos cerca de 270, pelo menos cerca de 280, pelo menos cerca de 290, ou pelo menos cerca de 300 genes selecionados a partir do grupo consistindo em ABL1, 12B, ABL2, ACTB, ACVR1, ACVR1B, AGO2, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, ALOX, ALOX12B, AMER1, AMER1 (FAM123B ou WTX), AMER1 (FAM123B), ANKRD11, APC, APH1A, AR, ARAF, ARFRP1, ARHGAP26 (GRAF), ARID1A, ARID1B, ARID2, ARID5B, ARv7, ASMTL, ASXL1, ASXL2, ATM, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AXIN1, AXIN2, AXL, B2M, BABAM1, BAP1, BARD1, BBC3, BCL10, BCL11B, BCL2, BCL2L1, BCL2L11, BCL2L2, BCL6, BCL7A, BCOR, BCORL1, BIRC3, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRD4, BRIP1, BRIP1 (BACH1), BRSK1, BTG1, BTG2, BTK, BTLA, C11orf 30 (EMSY),C11orf30, C11orf30 (EMSY), CAD, CALR, CARD11, CARM1, CASP8, CBFB, CBL, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CCT6B, CD22, CD274, CD274 (PD-L1), CD276, CD36, CD58, CD70, CD79A, CD79B, CDC42, CDC73, CDH1, CDK12, CDK4, CDK6, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2Ap14ARF, CDKN2Ap16INK4A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CENPA, CHD2, CHD4, CHEK1, CHEK2, CIC, CIITA, CKS1B, CPS1, CREBBP, CRKL, CRLF2, CSDE1, CSF1R, CSF3R, C7OF,CTLA-4, CTNN B1, CTNNA1, CTNNB1, CUL3, CUL4A, CUX1, CXCR4, CYLD, CYP17A1, CYSLTR2, DAXX, DCUN1D1, DDR1, DDR2, DDX3X, DH2, DICER1, DIS3, DNAJB1, DNM2, DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, DOT1L, DROSHA, DTX1, DUSP2, DUSP4, DUSP9, E2F3, EBF1, ECT2L, EED, EGFL7, EGFR, EIF1AX, EIF4A2, EIF4E, ELF3, ELP2, EML4, EML4-ALK, EP300, EPAS1, EPCAM, EPHA3, EPHA5, EPHA7, EPHB1, EPHB4, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERF, ERG, ERRFI1, ERRFI1, ESR1, ETS1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, EXOSC6, EZH1, EZH2, FAF1, FAM175A, FAM46C, FAM58A, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FAS, FAS (TNFRSF6), FAT1, FBXO11, FBXO31,

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FBXW7, FGF1, FGF10, FGF12, FGF14, FGF19, FGF2, FGF23, FGF3, FGF4, FGF5, FGF6, FGF7, FGF8, FGF9, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FH, FHIT, FLCN, FLI1, FLT1, FLT3, FLT4, FLYWCH1, FOXA1, FOXL2, FOXO1, FOXO3, FOXP1, FRS2, FUBP1, FYN, GABRA6, GADD45B, GATA1, GATA2, GATA3, GATA4, GATA6, GEN1, GID4 (C17orf 39), GID4 (C17orf39), GLI1, GLI1, GNA11, GNA12, GNA13, GNAQ, GNAS, GPR124, GPS2, GREM1, GRIN2A, GRM3, GSK3B, GTSE1, H3F3A, H3F3B, H3F3C, HDAC1, HDAC4, HDAC7, Hedgehog, HER-2/NEU; ERBB2, HGF, HIST1H1C, HIST1H1D, HIST1H1E, HIST1H2AC, HIST1H2AG, HIST1H2AL, HIST1H2AM, HIST1H2BC, HIST1H2BD, HIST1H2BJ, HIST1H2BK, HIST1H2BO, HIST1H3A, HIST1H3B, HIST1H3C, HIST1H3D, HIST1H3E, HIST1H3F, HIST1H3G, HIST1H3H, HIST1H3I, HIST1H3J, HIST2H3C, HIST2H3D, HIST3H3, HLA-A, HLA-B, HNF1A, HOXB13, HRAS, HSD3B1, HSP90AA1, ICK, ICOSLG, ID3, IDH1, IDH2, IFNGR1, IGF1, IGF1R, IGF2, IKBKE, IKZF1, IKZF2, IKZF3, IL10, IL7R, INHA, INH BA, INPP4A, INPP4B, INPP5D (SHIP), INPPL1, INSR, IRF1, IRF2, IRF4, IRF8, IRS1, IRS2, JAK1, JAK2, JAK3, JARID2, JUN, K14, KAT6A (MYST 3), KAT6A (MYST3), KDM2B, KDM4C, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIF5B, KIT, KLF4, KLHL6, KMT2A, KMT2A (MLL), KMT2B, KMT2C, KMT2C (MLL3), KMT2D, KMT2D (MLL2), KNSTRN, KRAS, LAMP1, LATS1, LATS2, LEF1, LMO1, LRP1B, LRRK2, LTK, LYN, LZTR1, MAF, MAFB, MAGED1, MAGI2, MALT1, MAP2K1, MAP2K1 (MEK1), MAP2K2, MAP2K2 (MEK2), MAP2K4, MAP3, MAP3K1, MAP3K13, MAP3K14, MAP3K6, MAP3K7, MAPK1, MAPK3, MAPKAP1, MAX, MCL1, MDC1, MDM2, MDM4, MED12, MEF2B, MEF2C, MEK1, MEN1, MERTK, MET, MGA, MIB1, MITF, MKI67, MKNK1, MLH1, MLLT3, MPL, MRE 11 A, MRE11A, MSH2, MSH3, MSH6, MSI1, MSI2, MST1, MST1R, MTAP, MTOR, MUTYH, MYC, MYCL, MYCL (MYC L1), MYCL (MYCL1),

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MYCL1, MYCN, MYD88, MYO18A, MYOD1, NBN, NCOA3, NCOR1, NCOR2, NCSTN, NEGR1, NF1, NF2, NFE2L2, NFKBIA, NKX2-1, NKX3-1, NOD1, NOTCH 1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NPM1, NRAS, NRG1, NSD1, NT5C2, NTHL1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUF2, NUP93, NUP98, P2RY8, PAG1, PAK1, PAK3, PAK7, PALB2, PARK2, PARP1, PARP2, PARP3, PASK, PAX3, PAX5, PAX7, PBRM1, PC, PCBP1, PCLO, PDCD1, PDCD1 (PD-1), PDCD11, PDCD1LG2, PDCD1LG2 (PD-L2), PDGFRA, PDGFRB, PDK1, PDPK1, PGR, PHF6, PHOX2B, PIK3C2B, PIK3C2G, PIK3C3, PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIK3R3, PIM1, PLCG2, PLK2, PMAIP1, PMS1, PMS2, PNRC1, POLD1, POLE, POT1, PPARG, PPM1D, PPP2, PPP2R1A, PPP2R2A, PPP4R2, PPP6C, PRDM1, PRDM14, PREX2, PRKAR1A, PRKCI, PRKD1, PRKDC, PRSS8, PTCH1, PTEN, PTP4A1, PTPN11, PTPN2, PTPN6 (SHP-1), PTPRD, PTPRO, PTPRS, PTPRT, OKI, R1A, RAB35, RAC1, RAC2, RAD21, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RAF1, RANBP2, RARA, RASA1, RASGEF1A, RB1, RBM10, RECQL, RECQL4, REL, RELN, RET, RFWD2, RHEB, RHOA, RICTOR, RIT1, RNF43, ROS1, RPS6KA4, RPS6KB1, RPS6KB2, RPTOR, RRAGC, RRAS, RRAS2, RTEL1, RUNX1, RUNX1T1, RXRA, RYBP, S1PR2, SDH A, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SERP2, SESN1, SESN2, SESN3, SETBP 1, SETD2, SETD8, SF3B1, SGK1, SH2B3, SH2D1A, SHOC2, SHQ1, SLIT2, SLX4, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMARCA1, SMARCA4, SMARCB1, SMARCD1, SMC1A, SMC3, SMO, SMYD3, SNCAIP, SOCS1, SOCS2, SOCS3, SOS1, SOX10, SOX17, SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SPRED1, SPTA1, SRC, SRSF2, STAG2, STAT3, STAT4, STAT5A, STAT5B, STAT6, STK11, STK19, STK40, SUFU, SUZ12, SYK, TAF1, TAP1, TAP2, TBL1XR1, TBX3, TCEB1, TCF3, TCF3 (E2A), TCF7L2, TCL1A (TCL1), TEK, TERC, TERT, Promotor TERT, TET1, TET2, TFRC, TGFBR1,

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TGFBR2, TIPARP, TLL2, TMEM127, TMEM30A, TMPRSS2, TMSB4XP8 (TMSL3), TNFAIP3, TNFRSF11AJNFRSF14, TNFRSF17, TOP1, TOP2A, TP53, TP53BP1, TP63, TRAF2, TRAF3, TRAF5, TRAF7, TSC1, TSC2, TSHR, TUSC3, TYK2, TYRO3, U2AF1, U2AF2, UPF1, VEGFA, VHL, VTCN1, WDR90, WHSC1, WHSC1 (MMSET ou NSD2), WHSC1L1, WISP3, WT1, WWTR1, XBP1, XIAP, XPO1, XRCC2, YAP1, YES1, YY1AP1, ZBTB2, ZFHX3, ZMYM3, ZNF217, ZNF24 (ZSCAN3), ZNF703, ZRSR2, e qualquer combinação destes.

9. Anticorpo anti-PD-1 para uso de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8, caracterizado pelo fato de que o estado da TMB é de pelo menos cerca de 50, pelo menos cerca de 60, pelo menos cerca de 70, pelo menos cerca de 80, pelo menos cerca de 90, pelo menos cerca de 100, pelo menos cerca de 110, pelo menos cerca de 120, pelo menos cerca de 130, pelo menos cerca de 140, pelo menos cerca de 150, pelo menos 160, pelo menos 170, pelo menos cerca de 180, pelo menos 190, pelo menos cerca de 200, pelo menos cerca de 210, pelo menos cerca de 220, pelo menos cerca de 230, ou pelo menos cerca de 240 mutações por tumor.
10. Anticorpo anti-PD-1 para uso de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 9, caracterizado pelo fato de que o estado da TMB é pelo menos cerca de 10 mutações por megabase do genoma examinado, pelo menos cerca de 11 mutações por megabase de genoma examinado, pelo menos cerca de 12 mutações por megabase do genoma examinado, ou pelo menos cerca de 13 mutações por megabase do genoma examinado, conforme medido por um ensaio FOUNDATIONONE® CDX™.
11. Anticorpo anti-PD-1 para uso de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 10, caracterizado pelo fato de que o tumor é selecionado dentre câncer de pulmão, carcinoma de células renais, câncer ovariano, câncer colorretal, câncer gastrointestinal, câncer

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10/10 esofágico, câncer de bexiga, câncer de pulmão e melanoma.
12. Anticorpo anti-PD-1 para uso de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 11, caracterizado pelo fato de que o anticorpo anti-PD-1 é nivolumabe ou pembrolizumabe.
13. Anticorpo anti-PD-1 para uso de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 12, caracterizado pelo fato de que a quantidade terapeuticamente eficaz do anticorpo anti-PD-1 é de cerca de 0,1 mg/kg a cerca de 10,0 mg/kg de peso corporal ou cerca de 200 mg a cerca de 1200 mg uma vez a cada 2, 3 ou 4 semanas.
14. Anticorpo anti-PD-1 para uso de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 13, caracterizado pelo fato de que a quantidade terapeuticamente eficaz do anticorpo anti-PD-1 é de cerca de 200 mg, cerca de 240 mg ou 480 mg.
15. Anticorpo anti-PD-1 para uso de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 14, caracterizado pelo fato de que o indivíduo é ainda tratado com um anticorpo ou porção de ligação de antígeno do mesmo que se liga especificamente à proteína 4 citotóxica associada a linfócitos T (CTLA- 4) (um anticorpo anti-CTLA-4).
16. Método de identificação de um indivíduo adequado para uma imunoterapia, por exemplo, um anticorpo anti-PD-1 ou um anticorpo anti-PD-L1, caracterizado pelo fato de que compreende a medição de um estado da TMB de uma amostra biológica de um indivíduo que é afligido com um tumor, em que o estado da TMB é medido por um ensaio FOLJNDATIONONE® CDX™ e mostra pelo menos 10 mutações por megabase do genoma sequenciado, e em que o indivíduo é identificado como sendo adequado para a imunoterapia.