AR126924A1 - Modificación de genes de peptidasa de unión a ubiquitina en plantas para mejorar rasgos de rendimiento - Google Patents

Modificación de genes de peptidasa de unión a ubiquitina en plantas para mejorar rasgos de rendimiento

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Abstract

La invención está relacionada con composiciones y métodos para modificar genes de Peptidasa de Unión a Ubiquitina (DA1) en plantas, opcionalmente para mejorar rasgos de rendimiento. La invención además está relacionada con plantas con rasgos de rendimiento mejorados aumentados producidas con el uso de los métodos y las composiciones de la invención. Reivindicación 1: Una planta o una parte de esa planta que comprende al menos una mutación en un gen endógeno de Peptidasa de Unión a Ubiquitina (DA1) que codifica un polipéptido de peptidasa de unión a ubiquitina (DA1). Reivindicación 35: Una célula vegetal que comprende al menos una mutación dentro de un gen endógeno de Peptidasa de Unión a Ubiquitina (DA1), donde la al menos una mutación es una sustitución, inserción o deleción que se introduce usando un sistema de edición que comprende un dominio de unión a ácido nucleico que se une a un sitio diana en el gen endógeno DA1. Reivindicación 69: Un método para producir una planta, que comprende: a) contactar una población de células vegetales que comprende un gen endógeno de Peptidasa de Unión a Ubiquitina (DA1) con una nucleasa enlazada con un dominio de unión a ácido nucleico (por ejemplo, sistema de edición) que se une a una secuencia i) que tiene al menos 80% de identidad de secuencia con una secuencia de nucleótidos de cualquiera de SEQ ID Nº 69, 70, 109, o 110, ii) que comprende una región que tiene al menos 90% de identidad con cualquiera de SEQ ID Nº 72 - 101 o 112 - 139; iii) que codifica una secuencia de aminoácidos que tiene al menos 80% de identidad de secuencia con SEQ ID Nº 71 o SEQ ID Nº 111, y/o iv) que codifica una región que tiene al menos 90% de identidad de secuencia con cualquiera de SEQ ID Nº 102 - 108 o 140 - 146, y/o; b) seleccionar una célula vegetal de la población de células vegetales en las cuales se ha mutado un gen endógeno DA1, con lo cual se produce una célula vegetal que comprende una mutación en el gen endógeno DA1; y c) desarrollar la célula vegetal seleccionada en una planta. Reivindicación 90: Un ácido nucleico guía que se une a un sitio diana en un gen de Peptidasa de Unión a Ubiquitina (DA1), donde el sitio diana está en una región del gen DA1 que tiene al menos 90% de identidad de secuencia con cualquiera de SEQ ID Nº 72 - 101 o 112 - 139, opcionalmente una región del gen DA1 que tiene al menos 90% de identidad de secuencia con cualquiera de SEQ ID Nº 74 - 76, 78 - 80, 82 - 85, 89 - 96, 99 - 101, 114 - 116, 119, 120, 123 - 126, 128 - 131, 133 - 135, 138, o 139, opcionalmente al menos 90% de identidad de secuencia con cualquiera de SEQ ID Nº 82 - 85, 99 - 101, 123 - 126, 138, o 139. Reivindicación 91: El ácido nucleico guía de la reivindicación 90, donde el ácido nucleico guía comprende un espaciador que comprende una secuencia de nucleótidos de cualquiera de SEQ ID Nº 147 - 153. Reivindicación 93: El sistema de la reivindicación 92 [sic] que además comprende un ácido nucleico tracr que se asocia con el ácido nucleico guía y una proteína efectora CRISPR-Cas, opcionalmente donde el ácido nucleico tracr y el ácido nucleico guía están covalentemente enlazados. Reivindicación 94: Un sistema de edición génica que comprende una proteína efectora CRISPR-Cas en asociación con un ácido nucleico guía, donde el ácido nucleico guía comprende una secuencia espaciadora que se une a un gen endógeno de Peptidasa de Unión a Ubiquitina (DA1). Reivindicación 95: El sistema de edición génica de la reivindicación 94, donde el gen DA1: a) comprende una secuencia que tiene al menos 80% de identidad de secuencia con una secuencia de nucleótidos de cualquiera de SEQ ID Nº 69, 70, 109 o 110; b) comprende una región que tiene al menos 90% de identidad con cualquiera de SEQ ID Nº 72 - 101 o SEQ ID Nº 112 - 139; c) codifica una secuencia de aminoácidos que tiene al menos 80% de identidad de secuencia con SEQ ID Nº 71 o SEQ ID Nº 111; y/o d) codifica una secuencia de aminoácidos que comprende una región que tiene al menos 90% de identidad con cualquiera de SEQ ID Nº 102 - 108 o 140 - 146. Reivindicación 96: El sistema de edición génica de la reivindicación 94 o la reivindicación 95, donde el ácido nucleico guía comprende una secuencia espaciadora que comprende una secuencia de nucleótidos de cualquiera de SEQ ID Nº 147 - 153. Reivindicación 97: El sistema de edición génica de cualquiera de las reivindicaciones 94 - 96, que además comprende un ácido nucleico tracr que se asocia con el ácido nucleico guía y una proteína efectora CRISPR-Cas, opcionalmente donde el ácido nucleico tracr y el ácido nucleico guía están covalentemente enlazados. Reivindicación 98: Un complejo que comprende un ácido nucleico guía y una proteína efectora CRISPR-Cas que comprende un dominio de escisión, donde el ácido nucleico guía se une a un sitio diana en un gen endógeno de Peptidasa de Unión a Ubiquitina (DA1), donde el gen endógeno DA1: a) comprende una secuencia que tiene al menos 80% de identidad de secuencia con una secuencia de nucleótidos de cualquiera de SEQ ID Nº 69, 70, 109 o 110; b) comprende una región que tiene al menos 90% de identidad con cualquiera de SEQ ID Nº 72 - 101 o 112 - 139; c) codifica una secuencia de aminoácidos que tiene al menos 80% de identidad de secuencia con SEQ ID Nº 71 o SEQ ID Nº 111; y/o d) codifica una secuencia de aminoácidos que comprende una región que tiene al menos 90% de identidad con cualquiera de SEQ ID Nº 102 - 108 o 140 - 146, y el dominio de escisión escinde una hebra diana en el gen DA1.
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