WO2023199678A1 - 分離対象物質の純度が高められた精製液を製造する方法及び分離対象物質を精製するための精製キット - Google Patents

分離対象物質の純度が高められた精製液を製造する方法及び分離対象物質を精製するための精製キット Download PDF

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WO2023199678A1
WO2023199678A1 PCT/JP2023/009693 JP2023009693W WO2023199678A1 WO 2023199678 A1 WO2023199678 A1 WO 2023199678A1 JP 2023009693 W JP2023009693 W JP 2023009693W WO 2023199678 A1 WO2023199678 A1 WO 2023199678A1
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carrier
liquid
container
chamber
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PCT/JP2023/009693
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敦 久野
隆 佐藤
直樹 渡▲邊▼
善宏 瀬戸口
裕孝 武藤
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国立研究開発法人産業技術総合研究所
株式会社バルカー
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    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K1/00General methods for the preparation of peptides, i.e. processes for the organic chemical preparation of peptides or proteins of any length
    • C07K1/14Extraction; Separation; Purification
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12MAPPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY; APPARATUS FOR CULTURING MICROORGANISMS FOR PRODUCING BIOMASS, FOR GROWING CELLS OR FOR OBTAINING FERMENTATION OR METABOLIC PRODUCTS, i.e. BIOREACTORS OR FERMENTERS
    • C12M1/00Apparatus for enzymology or microbiology
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12MAPPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY; APPARATUS FOR CULTURING MICROORGANISMS FOR PRODUCING BIOMASS, FOR GROWING CELLS OR FOR OBTAINING FERMENTATION OR METABOLIC PRODUCTS, i.e. BIOREACTORS OR FERMENTERS
    • C12M3/00Tissue, human, animal or plant cell, or virus culture apparatus
    • C12M3/06Tissue, human, animal or plant cell, or virus culture apparatus with filtration, ultrafiltration, inverse osmosis or dialysis means
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
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    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
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    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
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    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N1/00Sampling; Preparing specimens for investigation
    • G01N1/28Preparing specimens for investigation including physical details of (bio-)chemical methods covered elsewhere, e.g. G01N33/50, C12Q
    • G01N1/34Purifying; Cleaning
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers

Definitions

  • Chromatography which separates and purifies a target substance from a sample solution containing multiple substances, can be classified into two types: continuous chromatography using a packed column (hereinafter referred to as column chromatography) and batch chromatography. Can be done.
  • Column chromatography is a method in which a sample solution is brought into contact with a carrier packed in a column online, a target substance is captured on the carrier, and then released.
  • An example of using column chromatography to simultaneously separate and purify a target substance from a large number of sample solutions including proteins, nucleic acids, lipids, sugars, viruses, exosomes, etc. Examples include spin columns that use carriers with similar characteristics.
  • Batch chromatography is a method in which a carrier and a sample liquid are mixed in a container, and then the carrier that has captured the target substance and the sample liquid are separated.
  • the carrier can be separated from the sample solution by centrifuging a mixture of the sample solution and the carrier and separating the carrier as a precipitate, or by placing the mixture of the sample solution and carrier on a filter cartridge, centrifuging it, and filtering it.
  • nucleic acid amplification techniques such as the polymerase chain reaction method (PCR method) have made it possible to detect encapsulated nucleic acids even from sample solutions containing minute amounts of viruses and exosomes.
  • PCR method polymerase chain reaction method
  • the accuracy of detecting the nucleic acid by PCR method is not high, and false positives or false negatives are likely to occur. Therefore, in order to solve these problems, a method of increasing the purity of the target substance in the sample liquid is required.
  • spin columns are useful in that they can quickly purify the target substance from a small amount of sample solution and generate less infectious waste, but the process of using it centrifugation is essential. Centrifugation requires an expensive centrifuge, and there is also the risk that sample liquid may leak or scatter due to tube breakage or loosening of the lid during centrifugation, spreading contamination.
  • the sample solution is added to the top of the spin column, and the sample solution passes through the carrier and moves to the bottom of the container by centrifugation, but the target substance in the sample solution comes into contact with the carrier only once.
  • the carrier cannot sufficiently capture the target substance, and as a result, the purified target substance cannot be fully captured. In some cases, the amount and purity were not sufficient.
  • Patent Document 1 The apparatus and method described in Patent Document 1 are useful in that they can extract nucleic acids even from viscous sample liquids, but it is essential to pressurize and depressurize the inside of the container. Therefore, the risk of pathogenic substances leaking out due to pressurization increases.
  • the device not only needs to be equipped with pressure control means, but also the equipment used must be able to withstand pressure control, and the opening must be covered during use.
  • the device and method described in Patent Document 1 are not sufficiently easy to operate, and cannot be used with equipment that does not have a pressurization/depressurization means, so they are not sufficient in terms of compatibility with automated devices.
  • One aspect of the present invention provides a method and a purification kit for producing a purified liquid with increased purity of a substance to be separated from a sample liquid containing a substance to be separated or a substance containing the substance to be separated by a simple operation.
  • a method for producing a purified liquid with increased purity of substance ⁇ from a sample liquid containing a substance to be separated (substance ⁇ ) or a substance containing substance ⁇ (substance ⁇ ), comprising: Using a container (i) having a first chamber having an opening at the top, and a second chamber partitioned from the first chamber by a filter and having an opening at the top, (1) includes the following step 1 and step 2-1, or (2) includes the following step 1 and step 2-2 (provided that the substance ⁇ in the substance ⁇ is a protein, a nucleic acid, a lipid, or a saccharide), Method for producing purified liquid.
  • Step 1 Step of obtaining a container (ii) having a carrier in the first chamber to which the substance ⁇ or substance ⁇ in the sample liquid is adsorbed.
  • Step 2-1 In the container (ii), the substance ⁇ or the substance ⁇ is adsorbed.
  • Step 2-2 The substance ⁇ can be released from the carrier.
  • step 2-1 or step 2-2 is performed by pipetting.
  • step 3 The method for producing a purified liquid according to [1] or [2], wherein the container (ii) is obtained in any of the following steps a to d.
  • Step a After placing a carrier capable of adsorbing substance ⁇ or substance ⁇ into the first chamber, A step of adsorbing the substance ⁇ or the substance ⁇ onto the carrier by introducing the sample liquid into the second chamber and diffusing the substance ⁇ and substance ⁇ in the sample liquid (however, the filter does not absorb the substance ⁇ and substance ⁇ can pass through)
  • Step b After putting a carrier capable of adsorbing substance ⁇ or substance ⁇ into the first chamber, A step of adsorbing the substance ⁇ or the substance ⁇ onto the carrier by introducing the sample liquid into the first chamber and diffusing the substance ⁇ and substance ⁇ in the sample liquid.
  • Step c Putting the sample liquid into the upper part.
  • Step d By mixing the sample liquid and a carrier capable of adsorbing substance ⁇ or substance ⁇ and diffusing substance ⁇ and substance ⁇ in the sample liquid, the substance containing substance ⁇ or substance ⁇ is adsorbed.
  • Step [4] After obtaining the carrier with the substance ⁇ or the substance ⁇ adsorbed into the first chamber, the method of diffusing the substance ⁇ and the substance ⁇ in the sample liquid is to The method for producing a purified liquid according to [3], which is a method of raising and lowering the surface. [5] The method for producing a purified liquid according to [3] or [4], wherein the method of diffusing the substance ⁇ and substance ⁇ in the sample liquid is performed by pipetting operation.
  • [8] A method of diffusing the substance ⁇ and substance ⁇ in the sample liquid, removing the liquid present in the container (ii) after any of the steps a to d, and The method for producing a purified liquid according to [6] or [7], wherein either the step 2-1 or the step 2-2 is performed by a pipetting operation.
  • a method and a purification kit for producing a purified liquid with increased purity of a substance to be separated from a sample liquid containing a substance to be separated or a substance containing the substance to be separated by a simple operation. can do.
  • FIG. 1 shows an amplification curve in quantitative PCR targeting the M gene of influenza A virus in Example 2.
  • FIG. 2 shows an amplification curve in quantitative PCR targeting miR181a in Example 3.
  • FIG. 3 shows an amplification curve in quantitative PCR targeting the M gene of influenza A virus in Example 4.
  • FIG. 4 shows an amplification curve in quantitative PCR targeting the M gene of influenza A virus in Example 5.
  • FIG. 5 shows an amplification curve in quantitative PCR targeting miR181a in Example 6.
  • FIG. 6 shows an amplification curve in quantitative PCR targeting miR181a in Example 7.
  • FIG. 7 shows an amplification curve in quantitative PCR targeting miR181a in Example 8.
  • FIG. 8 relates to Example 9.
  • FIG. 8(a) is a diagram showing an outline of the experiment of Example 9.
  • FIG. 8(b) is a diagram showing the results of detecting CD9 by Western blotting in Example 9.
  • a to B regarding a numerical range means a range of A to B, unless otherwise specified.
  • % means mass %.
  • One aspect of the present invention is to determine the purity of substance ⁇ from a sample solution containing a substance to be separated (hereinafter also referred to as “substance ⁇ ”) or a substance containing the substance to be separated (hereinafter also referred to as “substance ⁇ ”).
  • a method for producing an enriched purified liquid using a container (i) having a first chamber having an opening at the top, and a second chamber partitioned from the first chamber by a filter and having an opening at the top. , a method for producing a purified liquid, including the following steps 1 and 2-1.
  • Step 1 Step of obtaining a container (ii) having a carrier on which substance ⁇ or substance ⁇ in the sample liquid is adsorbed in the first chamber
  • Step 2-2 A liquid capable of releasing substance ⁇ from the carrier
  • This manufacturing method is also referred to as "manufacturing method (X)-2" hereinafter.
  • Manufacturing method (X)-1 and “manufacturing method (X)-2” are collectively referred to as “manufacturing method (X)" hereinafter.
  • the substance ⁇ is a substance produced by the production method (X) and whose purity is increased in the purified liquid.
  • the substance ⁇ and the substance ⁇ contained in the sample liquid may be one type or two or more types.
  • the number of substances ⁇ contained in the purified liquid may be one or two or more.
  • the substance ⁇ is not particularly limited, and includes, for example, proteins, nucleic acids, lipids, sugars, and extracellular substances such as viruses; exosomes, microvesicles, and apoptotic vesicles. Vesicles; examples include DDS (Drug Delivery System) preparations such as liposomes and lipid nano particles (LNPs), which may be labeled with fluorescent dyes, biotin, reporter enzymes, radioactive isotopes, and the like.
  • the substance ⁇ is preferably a nucleic acid, a protein, or an exosome.
  • the protein is not particularly limited, and includes, for example, simple proteins such as albumin, globulin, keratin, collagen, and fibroin; and complex proteins such as glycoprotein, phosphoprotein, chromoprotein, and nuclear protein. Among these, simple proteins are preferred.
  • the protein may be an antibody, a contractile protein, an enzyme, a hormonal protein, a structural protein, a storage protein, a transport protein, preferably an antibody, a transport protein.
  • the lipids are not particularly limited, and include, for example, simple lipids such as glycerides, sterol esters, waxes, and ceramides; complex lipids such as phospholipids and glycolipids; and derived lipids such as fatty acids, terpenoids, steroids, and carotenoids.
  • the sugars are not particularly limited, and include, for example, monosaccharides such as glucose and fructose; disaccharides such as maltose, sucrose, and lactose; polysaccharides such as starch, cellulose, and glycogen; Examples include sugar chains that exist as constituent components of the complex.
  • the virus has a nucleic acid housed inside an encapsulating substance (eg, capsid, envelope) composed of at least one selected from proteins, lipids, and sugars.
  • an encapsulating substance eg, capsid, envelope
  • the viruses include Flaviviridae, which includes dengue virus, hepatitis C virus, and Japanese encephalitis virus; Orthomyxoviridae, which includes influenza virus; and Coronaviridae, which includes SARS coronavirus, SARS coronavirus 2, and MERS coronavirus.
  • the extracellular vesicle contains at least one selected from nucleic acids, proteins, lipids, and sugars inside an encapsulating substance made from at least one selected from proteins, lipids, and sugars.
  • Examples of the extracellular vesicles include exosomes, microvesicles, and apoptotic vesicles, and among these, exosomes are preferred.
  • the liposome contains at least one selected from nucleic acids, proteins, lipids, and sugars inside an encapsulating substance (for example, a lipid bilayer membrane) composed of lipids.
  • the LNP contains nucleic acids, proteins, lipids, and sugars inside an encapsulating substance composed of lipids (e.g., a lipid monolayer membrane or a lipid bilayer membrane composed of ionized lipids, helper lipids, PEG lipids, etc.). At least one selected item is stored.
  • sample liquid is not particularly limited as long as it is a liquid that may contain substance ⁇ or substance ⁇ .
  • sample liquid include biological samples, foods, environmental samples, microorganisms, or cell samples, and liquids obtained by diluting these samples with diluents.
  • the microorganism or cell sample may be, for example, a naturally-derived microorganism or cell, a transformant into which a recombinant vector has been introduced to express a target protein, or a hybridoma in which a plurality of cells are fused. good.
  • the microorganisms or cells also include disrupted liquids and culture supernatants. Examples of the microorganisms or cells include cultured cells such as E. coli, yeast, plant cells, insect cells, and animal cells, and preferably E. coli and animal cells.
  • the amount of the sample liquid used in the manufacturing method (X) is not particularly limited, and may be determined depending on the concentration of the substance ⁇ or substance ⁇ expected to be contained in the sample liquid, the capacity of the container, etc.
  • the amount of sample solution when using a container with a capacity of about 15 mL, is preferably 0.5 mL to 14 mL, more preferably 1 mL to 12 mL, and when using a container with a capacity of about 2 mL, the amount of sample solution is , preferably 100 ⁇ L to 1.5 mL, more preferably 500 ⁇ L to 1.2 mL.
  • the amount of the sample liquid used in "Production method (X)-2" is, for example, when using a container with a capacity of about 50 mL (e.g., a cell culture flask with a culture area of 25 cm 2 ), the amount of the sample liquid is:
  • the volume of the sample solution is preferably 10 mL to 50 mL, more preferably 20 mL to 40 mL, and when using a container with a capacity of about 150 mL (e.g., a cell culture flask with a culture area of 75 cm 2 ), the amount of the sample solution is preferably 30 mL to 150 mL, More preferably 60 mL to 120 mL.
  • the protein concentration of the sample liquid is preferably 0.1 to 10000 ⁇ g/mL, more preferably 1 to 1000 ⁇ g/mL.
  • the virus concentration (titer) of the sample solution is a concentration at which viral nucleic acid can be detected by PCR etc. after concentration, preferably 200 TCID 50 /mL or more, more preferably 2000 TCID 50 /mL. It is mL.
  • the sample solution may contain protein (eg, BSA), preferably 0.1 to 100,000 ⁇ g/mL, more preferably 1 to 10,000 ⁇ g/mL.
  • the exosome concentration of the sample liquid is preferably 0.1 to 10.0 ⁇ g/mL, more preferably 1.0 to 10.0 ⁇ g/mL.
  • the sample solution used in "Production method (X)-2" is a cell culture supernatant
  • the cell culture obtained after culturing cells for 12 hours to 7 days A supernatant is preferred, and a cell culture supernatant obtained after culturing for 24 hours to 5 days is more preferred.
  • the cell culture supernatant may be used after being diluted, for example, 2 to 5 times with the medium used for cell culture.
  • the purified liquid manufactured by the manufacturing method (X) has a reduced amount of impurities and an increased purity of the substance ⁇ compared to the sample liquid, and therefore can be used for various purposes. For example, if the purified liquid is used in a method for detecting trace substances such as PCR, it becomes easier to detect trace substances with higher accuracy.
  • the production method (X) is suitable for increasing the purity of an expensive substance ⁇ having activity such as an antibody
  • the purified liquid can be used in the production of biopharmaceuticals such as antibody drugs, vaccines, and protein preparations. Can be used.
  • the purified liquid produced by production method (X) is a purified liquid in which the purity of substance ⁇ is increased from a sample liquid containing substance ⁇ or substance ⁇ .
  • the increased purity of the substance ⁇ means that the ratio of the substance ⁇ to substances other than the substance ⁇ is increased.
  • a purified liquid can be obtained that has a purity of preferably 400% or more, more preferably 500% or more.
  • the container preferably has an opening at the top for introducing the sample solution or the carrier, and the opening at the top is preferably closable to prevent contamination.
  • the material constituting the container may be selected as appropriate depending on the type of sample liquid, and there are no particular restrictions as long as it has non-adsorption properties for substance ⁇ or substance ⁇ and does not have reactivity for sample liquid.
  • examples include synthetic resins such as polystyrene, polycarbonate, polyethylene, polypropylene, polyethylene terephthalate, polyetherimide, polyimide, ABS resin, polyvinyl chloride, polyvinylidene chloride, fluorine resin; glass; metals such as stainless steel; . These may be used alone or in combination of two or more.
  • the container is preferably a transparent or translucent container. Furthermore, it is preferable that the filter be more transparent than the filter described below.
  • the container is transparent or semi-transparent, it is easy to visually check the position of the pipette tip, how the sample liquid is sucked and discharged, how the sample liquid and carrier are stirred, etc. from the outside of the container. Therefore, it becomes easier to handle the situation with automated equipment.
  • the container having a first chamber having an opening at the top and a second chamber partitioned from the first chamber by a filter and having an opening at the top is also referred to as a "container (i)."
  • a container having a carrier on which the substance ⁇ or ⁇ in the sample liquid is adsorbed in the first chamber is also referred to as “container (ii)”.
  • a container having an opening at the top is also referred to as a "container (iii).”
  • the container (i) has a carrier to which the substance ⁇ or ⁇ in the sample liquid is adsorbed in the first chamber, it becomes the container (ii).
  • the container (iii) has a carrier capable of adsorbing the substance ⁇ or the substance ⁇ therein, and has a first chamber having an opening at the top, and a first chamber partitioned from the first chamber by a filter and having an opening at the top.
  • a second chamber having a second chamber is provided, the container (ii) is obtained.
  • the first chamber is a space in the container (i) that has an opening at the top and has a carrier to which the substance ⁇ or ⁇ in the sample liquid is adsorbed.
  • the shape of the first chamber is not particularly limited as long as it has an opening at the top, but it is preferably a shape that allows the removal process and/or cleaning process described below to be performed.
  • the opening may be at least a part of the upper part of the first chamber, but preferably the entire upper part of the first chamber is open.
  • the shape and size of the opening are not particularly limited either, but it is preferable that the opening has a shape and size that allow insertion of a pipette tip. It is preferable that the opening is located above the maximum height of the liquid level of the sample liquid, and it is preferable that the carrier and the sample liquid do not leak out from such an opening.
  • the volume of the first chamber is not particularly limited as long as it can accommodate therein a carrier to which the substance ⁇ or substance ⁇ in the sample liquid is adsorbed, but it is a volume that allows the removal process and/or washing process described below to be performed. It is preferable that there be.
  • the storage capacity of the carrier is not particularly limited, the volume of the carrier relative to the volume of the first chamber is preferably 1/10 to 500, more preferably 1/50 to 400, and even more preferably 100 to 200. It is 1/1. If it is within the above range, a sufficient space in which the carrier can be dispersed is ensured in the first chamber, so that the substance ⁇ or ⁇ is likely to be adsorbed onto the carrier.
  • the method of storing the carrier on which the substance ⁇ or ⁇ in the sample liquid is adsorbed inside the first chamber is not particularly limited as long as the carrier is stored so as to be immersed in the sample liquid.
  • the second chamber is a space inside the container (i) that is partitioned from the first chamber by a filter that does not allow the carrier to pass through, and has an opening at the top.
  • the filter will be described later.
  • the shape and volume of the second chamber are not particularly limited as long as it has an opening at the top, but it is preferably a shape and volume that allows the removal process and/or cleaning process described below to be performed.
  • the opening may be at least a part of the upper part of the second chamber, but preferably the entire upper part of the second chamber is open.
  • the shape and size of the opening are not particularly limited either, but it is preferable that the opening has a shape and size that allow insertion of a pipette. It is preferable that the opening is located above the maximum height of the liquid level of the sample liquid, and it is preferable that the sample liquid does not leak out from such an opening.
  • the partition between the first chamber and the second chamber only needs to have at least a part of the region made of the filter, a part of the region made of the filter, and the remaining region made of a material other than the filter. However, it is preferable that all regions be composed of the filter.
  • the position of the area constituted by the filter is not particularly limited as long as it is immersed in the sample liquid, and is, for example, the side or lower part of the first chamber.
  • the material other than the filter is not particularly limited as long as it has non-adsorption properties for the substance ⁇ or substance ⁇ and does not have reactivity to the sample liquid, and examples thereof include polystyrene, polycarbonate, polyethylene, polypropylene, and polyethylene.
  • examples include synthetic resins such as terephthalate, polyetherimide, polyimide, ABS resin, polyvinyl chloride, polyvinylidene chloride, and fluorine resin; glass; metals such as stainless steel; These may be used alone or in combination of two or more.
  • the material constituting the spacer is not particularly limited as long as it has non-adsorptive properties for the substance ⁇ or substance ⁇ and does not have reactivity to the sample liquid, but examples thereof include polystyrene, polycarbonate, polyethylene, polypropylene, Examples include synthetic resins such as polyethylene terephthalate, polyetherimide, polyimide, ABS resin, polyvinyl chloride, polyvinylidene chloride, and fluorine resin; glass; and metals such as stainless steel. These may be used alone or in combination of two or more.
  • the manufacturing method (X) can also be applied to an automated device that is equipped with only a pipetting means for suctioning and discharging a solution and a means for moving the pipetting means up and down and back and forth.
  • the number of processes performed by humans is reduced and the number of processes performed by machines is increased, increasing the safety of work.
  • sufficient space can be secured at the pipette tip insertion position by inserting the spacer. , can be compatible with automated equipment.
  • the filter is a partition for separating the first chamber and the second chamber, and is a filter that does not allow the carrier to pass through. Specifically, it is a filter that has holes large enough to not allow the carrier to pass through.
  • the pore size of the filter is not particularly limited as long as it does not allow the carrier to pass through, that is, the pore diameter is smaller than the size of the carrier.
  • the pore diameter of the filter can be appropriately selected in the range of 100 nm or more and less than 2 mm depending on the size of the carrier used, but is preferably 100 nm to 20 ⁇ m.
  • the diameter of the virus is generally about 100 to 200 nm
  • the diameter of the exosome is about 20 to 200 nm
  • the average particle diameter of the carrier is preferably 0.5 ⁇ m to 2 mm. Therefore, the pore diameter of the filter A can be appropriately selected in the range of about 200 nm to 2 mm depending on these diameters, but is preferably 250 nm to 20 ⁇ m.
  • the diameter of the protein is generally about 1 to 100 nm
  • the average particle diameter of the carrier is preferably 0.5 ⁇ m to 2 mm.
  • the filter A further removes impurities in the sample liquid. It is preferable to use a filter that does not allow it to pass through.
  • impurities remain in the second chamber,
  • a removal step is performed to remove the liquid present in the container (ii) after step a or step c, especially in the second chamber, contaminants in the sample liquid are removed during this removal step. Since most of the substances can be removed and the impurities can be sufficiently separated from the carrier on which substance ⁇ or substance ⁇ is adsorbed, a purified liquid with higher purity of substance ⁇ can be easily produced. be able to.
  • steps b and d there are no particular limitations as long as a filter that does not allow the carrier to pass through is used, but the substance ⁇ (e.g., nucleic acid) is removed from the substance ⁇ (e.g., an encapsulating substance containing nucleic acid) adsorbed on the carrier.
  • a filter hereinafter also referred to as "filter B"
  • the filter B is not limited in its pore size, etc., as long as it does not allow the substance ⁇ to pass through and the carrier and the substance ⁇ to pass through.
  • the diameter of the virus is generally about 100 to 200 nm
  • the diameter of the exosome is about 20 to 200 nm
  • the average particle diameter of the carrier is preferably 0.5 ⁇ m to 2 mm. Therefore, the pore diameter of filter B can be appropriately selected in the range of about 1 nm to 2 mm depending on these diameters, but is preferably 1 nm to 200 nm.
  • the material constituting the filter is not particularly limited, but a material to which substance ⁇ and substance ⁇ are difficult to adsorb is preferable.
  • the filter is preferably a hydrophilic filter since the substance ⁇ and substance ⁇ are difficult to adsorb.
  • Examples of such a filter having hydrophilicity include a filter made of a material having hydrophilicity, and a filter made of a material that is not sufficiently hydrophilic and subjected to a hydrophilic treatment.
  • FKM FKM, FFKM
  • pulp, hemp natural materials such as cellulose, kenaf, chitin, chitosan, and cotton
  • inorganic materials such as glass, silica, and metals.
  • fluororesins and fluoroelastomers are more preferable as materials constituting the filter. Further preferred is a filter composed of FKM).
  • the fluororesin is not particularly limited and includes, for example, polytetrafluoroethylene (PTFE), tetrafluoroethylene-perfluoroalkyl vinyl ether copolymer (PFA), tetrafluoroethylene-hexafluoropropylene copolymer (FEP), and ethylene.
  • PTFE polytetrafluoroethylene
  • PFA tetrafluoroethylene-perfluoroalkyl vinyl ether copolymer
  • FEP tetrafluoroethylene-hexafluoropropylene copolymer
  • ethylene ethylene
  • ETFE tetrafluoroethylene copolymer
  • EPE tetrafluoroethylene-hexafluoropropylene-perfluoroalkyl vinyl ether copolymer
  • FFEVE fluoroethylene-vinyl ether copolymer
  • PCTFE poly(chlorotrifluoroethylene)
  • ECTFE ethylene-chlorotrifluoroethylene-copolymer
  • PVDF polyvinylidene fluoride
  • PVDF polyvinyl fluoride
  • PVDF-HFP copolymer vinylidene fluoride-hexafluoropropylene copolymer
  • fluoride Examples include vinylidene chloride-hexafluoropropylene-tetrafluoroethylene copolymer (VDF-HFP-TFE copolymer).
  • PTFE and PVDF are preferable because they exhibit the effects of the present invention more effectively and have excellent chemical resistance.
  • the fluoroelastomer is not particularly limited and includes, for example, perfluoro(alkyl vinyl ether), perfluoro(alkoxyalkyl vinyl ether), vinylidene fluoride-hexafluoropropylene polymer, and vinylidene fluoride-hexafluoropropylene-tetrafluoroethylene polymer.
  • Polymer tetrafluoroethylene-propylene polymer, vinylidene fluoride-propylene-tetrafluoroethylene polymer, ethylene-tetrafluoroethylene-perfluoromethyl vinyl ether polymer, vinylidene fluoride-tetrafluoroethylene-perfluoromethyl
  • vinyl ether polymers and vinylidene fluoride-perfluoromethyl vinyl ether polymers.
  • ternary FKM is preferred, and vinylidene fluoride-hexafluoropropylene-tetrafluoroethylene polymer is more preferred, from the standpoint of excellent heat resistance, chemical resistance, etc.
  • the hydrophilic treatment preferably includes a step of coating the filter with a compound having a hydrophilic group (hereinafter also referred to as "hydrophilic compound"), and more preferably includes immersing the filter in a solution of the hydrophilic compound. , comprising coating the filter with a hydrophilic compound and then crosslinking the hydrophilic compound. Specific examples of such steps include steps described in International Publication No. 2014/021167 and Japanese Patent Publication No. 4-075051. In “manufacturing method (X)-2", the hydrophilic treatment may be repeated multiple times.
  • the filter is immersed in a solution of a hydrophilic compound, the filter is coated with a hydrophilic compound, the hydrophilic compound is then crosslinked, and then the filter is further immersed in a solution of a hydrophilic compound that is the same as or different from the hydrophilic compound already used.
  • the filter may be coated with the hydrophilic compound.
  • the hydroxyl group-containing compound is not particularly limited, but includes, for example, polyvinyl alcohol (PVA) and modified products thereof (e.g., ethylene oxide group-modified PVA, carboxyl group-modified PVA, sulfonic acid group-modified PVA, quaternary ammonium-modified PVA); agarose , dextran, chitosan, cellulose, heparin and other polysaccharides and their derivatives; collagen; gelatin; copolymers of vinyl alcohol and vinyl group-containing monomers (e.g.
  • PVA polyvinyl alcohol
  • modified products thereof e.g., ethylene oxide group-modified PVA, carboxyl group-modified PVA, sulfonic acid group-modified PVA, quaternary ammonium-modified PVA
  • agarose dextran, chitosan, cellulose, heparin and other polysaccharides and their derivatives
  • collagen gelatin
  • vinyl alcohol-vinyl acetate copolymers ethylene-vinyl alcohol copolymers
  • vinyl alcohol-polyvinylpyrrolidone copolymer vinyl alcohol-polyvinylpyrrolidone copolymer
  • (meth)acrylic polyol, fluorine-containing polyol, polyoxyalkylene e.g. polyethylene glycol, copolymer of polyethylene glycol and polypropylene glycol [e.g.
  • the carboxylic acid group-containing compound is not particularly limited, but includes, for example, olefin monomers such as ethylene, propylene, and butylene, diene monomers such as butadiene, aromatic group-containing monomers such as styrene, and (meth)acrylic acid ester monomers.
  • olefin monomers such as ethylene, propylene, and butylene
  • diene monomers such as butadiene
  • aromatic group-containing monomers such as styrene
  • (meth)acrylic acid ester monomers ethyrene
  • a copolymer of one or more of these monomers and a monomer having a carboxylic acid group [-COOH] such as (meth)acrylic acid; having a carboxylic acid group such as (meth)acrylic acid examples include homopolymers of monomers; amino acids;
  • the sulfonic acid group-containing compound is not particularly limited, but includes, for example, a copolymer of styrene and acrylamide-2-methylpropanesulfonic acid (salt); styrene, n-butyl acrylate, and acrylamide-2-methylpropanesulfonic acid (salt); and a terpolymer of styrene, 2-ethylhexyl acrylate, and acrylamide-2-methylpropanesulfonic acid (salt).
  • the ether group-containing compound is not particularly limited, but includes, for example, polyethylene glycol and derivatives thereof, fluororesins having an ether group, polyurethane resins having an ether group, and polyphenylene resins having an ether group.
  • the epoxy group-containing compound is not particularly limited, but includes, for example, epoxy resins, modified epoxy resins, (meth)acrylic (co)polymers having epoxy groups, polybutadiene resins having epoxy groups, polyurethane resins having epoxy groups, Examples include adducts or condensates of these resins.
  • the amide group-containing compound is not particularly limited, but includes, for example, poly(N-isopropyl(meth)acrylamide) and poly(N-vinyl-2-pyrrolidone).
  • the weight average molecular weight of the hydrophilic compound is not particularly limited, but is preferably 100 to 1,000,000.
  • the time period for which the filter is immersed in the hydrophilic compound solution is not particularly limited as long as the filter can be coated with the hydrophilic compound, and it depends on the concentration of the hydrophilic compound in the hydrophilic compound solution used, but is preferably is 1 second to 60 minutes, more preferably 10 seconds to 30 minutes.
  • the immersion temperature and atmosphere are not particularly limited and may be appropriately selected depending on the type of hydrophilic compound and the like.
  • the hydrophilic compound when using an aqueous solution as the solution of the hydrophilic compound, even if an untreated filter is immersed in the aqueous solution of the hydrophilic compound, the hydrophilic compound may not be able to penetrate into the inside of the filter. Therefore, before immersing the filter in a solution of a hydrophilic compound, it is preferable to immerse the filter in a water-compatible solvent such as isopropyl alcohol (to impregnate the filter with a water-compatible solvent). .
  • a water-compatible solvent such as isopropyl alcohol
  • the filter may be easily impregnated with the hydrophilic compound by pressing and rubbing, or by applying reduced or increased pressure using a vacuum pressure impregnation device.
  • the water-compatible solvent is not particularly limited, but it is preferable to use a solvent that easily permeates the filter and evaporates easily.
  • a solvent that easily permeates the filter and evaporates easily Specifically, methyl alcohol, ethyl alcohol, n-propyl alcohol, isopropyl alcohol, n-butyl Alcohols such as alcohol, sec-butyl alcohol, tert-butyl alcohol and isobutyl alcohol; Esters such as methyl acetate, ethyl acetate and butyl acetate; Ketones such as acetone and methyl ethyl ketone; Ethers such as tetrahydrofuran and dioxane; dimethyl sulfoxide , N,N-dimethylformamide, and other aprotic polar solvents.
  • the time for immersing the filter in a water-compatible solvent is not particularly limited, but is, for example, 1 minute to 24 hours. Note that the immersion temperature and atmosphere are not particularly limited.
  • the crosslinking agent used in the chemical crosslinking is not particularly limited and may be appropriately selected depending on the type of hydrophilic compound used, but examples include aldehyde compounds such as formaldehyde, glutaraldehyde, and terephthalaldehyde; diacetyl, and chloropentanedione.
  • aldehyde compounds such as formaldehyde, glutaraldehyde, and terephthalaldehyde
  • diacetyl diacetyl, and chloropentanedione.
  • Ketone compounds such as; compounds with reactive halogens such as bis(2-chloroethylurea)-2-hydroxy-4,6-dichloro-1,3,5-triazine; compounds with reactive olefins such as divinylsulfone Compounds; N-methylol compounds; isocyanates; aziridine compounds; carbodiimide compounds; epoxy compounds; halogencarboxaldehydes such as mucochloric acid; dioxane derivatives such as dihydroxydioxane; chromium alum, zirconium sulfate, boric acid, borate, Examples include inorganic crosslinking agents such as phosphates; diazo compounds such as 1,1-bis(diazoacetyl)-2-phenylethane; compounds containing disuccinimidyl ester; and difunctional maleic acid imides. These crosslinking agents may be used alone or in combination of two or more.
  • the crosslinking agent is preferably used in an amount that is in large excess with respect to the amount of the hydrophilic compound in the solution of the hydrophilic compound used.
  • the hydrophilized filter be washed with water or the like for the purpose of removing unreacted hydrophilic compounds. This step may be performed under heating if necessary.
  • the filter is preferably a filter that is transparent or translucent when wetted with the sample liquid.
  • Being transparent or translucent when wetted with a sample solution means, for example, the average transmittance at a wavelength of 400 to 700 nm of the filter immersed in water at 25° C. for 1 minute (hereinafter also referred to as "water immersion average transmittance"). ) is 20% or more. If the filter is transparent or translucent when wetted with sample liquid, it is possible to visually check the position of the pipette tip, how the sample liquid is sucked and discharged, how the sample liquid and carrier are stirred, etc. from outside the container. It's easy to do. Therefore, it becomes easier to handle the situation with automated equipment.
  • filters that are transparent or translucent when wetted with a sample solution include filters made of nonwoven fabric made of ultrafine PTFE fibers and subjected to hydrophilic treatment. This filter is preferable because it not only has excellent transparency but also excellent liquid permeability, so that the sample liquid and the carrier can be easily diffused and mixed in the container.
  • the water immersion average transmittance is measured by the following method.
  • a test piece made of the filter was placed on the inner wall of a 10 mm square measurement cell made of quartz glass, and the cell was filled with pure water.
  • the transmittance (transmittance of light incident perpendicularly to the wall surface of the test piece) was measured at every 10 nm wavelength using an ultraviolet-visible spectrophotometer (UV-2600, manufactured by Shimadzu Corporation).
  • UV-2600 ultraviolet-visible spectrophotometer
  • the average transmittance of the three test pieces at a wavelength of 400 to 700 nm is calculated.
  • Step 1 is a step of obtaining a container (ii) having a carrier in the first chamber to which the substance ⁇ or ⁇ in the sample liquid is adsorbed.
  • the container (i) has a carrier to which the substance ⁇ or ⁇ in the sample liquid is adsorbed in the first chamber, it becomes the container (ii).
  • the carrier is a substance for adsorbing the substance ⁇ or ⁇ in the sample liquid.
  • the carrier has adsorption properties for the substance ⁇ and preferably also non-adsorption properties for impurities.
  • the carrier when producing a purified solution with increased protein purity from a sample solution containing protein, the carrier has adsorption properties for the protein.
  • “adsorptive” means a property that allows adsorption under specific adsorption conditions
  • non-adsorptive means non-adsorptive under specific conditions.
  • carriers having adsorption properties for proteins include clay, agarose, dextran, hydroxyapatite, silica gel, polystyrene, phenol resin, acrylic resin, polyolefin (e.g. polyethylene, polypropylene), polyvinyl chloride, and derivatives thereof.
  • agarose derivatives include Sepharose
  • dextran derivatives include Sephadex
  • hydroxyapatite derivatives include carbonated hydroxyapatite.
  • hydroxyapatite, sepharose, and agarose are preferred, and hydroxyapatite is more preferred.
  • Examples of carriers that have adsorption properties for nucleic acids include hydroxyapatite, silica, magnetic silica beads, cellulose, and agarose or beads immobilized with complementary strands or substances that have structural affinity for nucleic acids.
  • Examples of carriers having adsorption properties for lipids include agarose or beads on which Tim4, which binds to phosphatidylserine, is immobilized.
  • Examples of carriers having adsorption properties for sugars include ion exchange resins, activated carbon, agarose or beads immobilized with lectins and sugar chain-recognizing antibodies, boronic acids and derivatives thereof.
  • the carrier having adsorption properties for exosomes is, for example, agarose or beads immobilized with a substance that has an affinity for molecules expressed on the surface of exosomes, more specifically, Agarose or beads immobilized with a lipid-binding protein such as Tim4 that binds to phosphatidylserine, a lipid-recognizing antibody or a lipid-recognizing aptamer; an antibody or aptamer that recognizes an exosome-specific protein such as a protein belonging to the tetraspanin family such as CD9
  • agarose or beads on which lectin-recognizing molecules are immobilized agarose or beads on which lectin-recognizing molecules are immobilized.
  • the carrier having adsorption properties for viruses is, for example, agarose or beads immobilized with a substance that has an affinity for molecules expressed on the surface of the virus (e.g., the spike protein of the virus).
  • adsorption may be performed using a combination of substances that have specific affinities. That is, the carrier may have one of a combination of substances having specific affinity immobilized thereon via a chemical modification group.
  • Combinations of substances with specific affinity include, for example, antibodies and antigens, antibodies and antibody-binding proteins, GST (glutathione-S-transferase) tags and glutathione, His tags and divalent cations, biotin and avidin. can be mentioned.
  • the carrier When producing a purified liquid with increased purity of the substance ⁇ from a sample solution containing the substance ⁇ , the carrier has adsorption properties for the substance ⁇ , preferably an encapsulated substance, and has adsorption properties for the substance ⁇ . It may have adsorption properties or it may have non-adsorption properties.
  • the carrier when producing a purified solution with increased nucleic acid purity from a sample solution containing a nucleic acid-containing substance, the carrier is preferably a carrier that has adsorption properties to the nucleic acid-containing substance, preferably an encapsulating substance;
  • the carrier may have non-adsorptive properties for nucleic acids, or may have adsorbing properties for nucleic acids.
  • the carrier and substance ⁇ may be By adjusting the conditions for contacting the carrier, the adsorption of the carrier and substance ⁇ can be made higher than that of the carrier and substance ⁇ , or the carrier and substance ⁇ are adsorbed, and the carrier and substance ⁇ are adsorbed. You may choose not to do so.
  • An example of a carrier that has adsorption properties to a substance containing a nucleic acid, preferably an encapsulating substance, more preferably a protein, and has an adsorption property to a nucleic acid is hydroxyapatite.
  • the carrier When producing a purified solution in which the purity of substance ⁇ , which is at least one selected from proteins, lipids, and sugars, is increased from a sample solution containing extracellular vesicles, the carrier is a protein containing proteins constituting the encapsulated substance. It is preferable to have an adsorption property for at least one selected from , lipids, and sugars, and it is more preferable to have an adsorption property for proteins.
  • the carrier may be a carrier that does not adsorb the substance ⁇ , or may have an adsorption property for the substance ⁇ .
  • the carrier when producing a purified solution with increased purity of the virus, extracellular vesicles, or DDS preparation from a sample solution containing the virus, extracellular vesicles, or DDS preparation , the carrier preferably has adsorption properties for at least one selected from proteins, lipids, and sugars constituting the encapsulating substance of the virus, extracellular vesicles, or DDS preparation, and has adsorption properties for lipids. It is more preferable to have adsorption to phospholipids, and it is particularly preferable to have adsorption to phosphatidylserine.
  • agarose or beads immobilized with a substance that has an affinity for phosphatidylserine e.g., a lipid-binding protein such as Tim4 that binds to phosphatidylserine
  • a lipid-binding protein such as Tim4 that binds to phosphatidylserine
  • agarose or beads immobilized with lipid-recognizing antibodies, or lipid-recognizing aptamers can be used as a carrier.
  • agarose or beads immobilized with an antibody or aptamer that recognizes an exosome-specific protein such as a protein belonging to the tetraspanin family such as CD9 can be used as a carrier that has adsorption properties for proteins that constitute the encapsulating substance of exosomes.
  • carriers that have adsorption properties for sugars constituting the encapsulating substance of exosomes include agarose or beads on which lectin-recognizing molecules are immobilized.
  • the carrier When producing a purified solution with increased purity of substance ⁇ , which is at least one selected from nucleic acids, proteins, lipids, and sugars, from a sample solution containing liposomes, the carrier is It is preferable that the material has adsorption properties and non-adsorption properties for the substance ⁇ .
  • Examples of carriers that have non-adsorbing properties for nucleic acids and adsorbing properties for proteins include agarose or beads on which protein-recognizing antibodies are immobilized.
  • Examples of carriers that do not adsorb nucleic acids and adsorb lipids include agarose or beads on which lipid-binding proteins such as Tim4 or lipid-recognizing antibodies are immobilized.
  • Examples of carriers that are non-adsorbent to nucleic acids and adsorbable to sugars include agarose or beads on which lectins and sugar chain-recognizing antibodies are immobilized.
  • Examples of carriers that do not adsorb lipids and adsorb nucleic acids include silica and hydroxyapatite.
  • Examples of carriers that have non-adsorbing properties for lipids and adsorbing properties for proteins include agarose or beads on which antibodies are immobilized, and hydroxyapatite.
  • Examples of carriers that do not adsorb lipids and adsorb sugars include agarose or beads on which lectins and sugar chain-recognizing antibodies are immobilized.
  • Examples of carriers that do not adsorb sugars and adsorb nucleic acids include silica and hydroxyapatite.
  • Examples of carriers that do not adsorb sugars and adsorb proteins include agarose or beads on which antibodies are immobilized, and hydroxyapatite.
  • Examples of carriers that do not adsorb sugars and adsorb lipids include agarose or beads on which lipid-binding proteins such as Tim4 or lipid-recognizing antibodies are immobilized.
  • the above carriers may be used alone or in combination of two or more.
  • the shape of the carrier is not particularly limited, and examples include spherical, particulate, fibrous, rod-like, and plate-like shapes, but spherical and particulate shapes are preferred from the viewpoint of ease of solid-liquid separation and washing.
  • the size of the carrier is not particularly limited as long as it is larger than the pores of the filter, and varies depending on the type of substance ⁇ , but when the carrier is spherical or particulate, the average particle diameter is preferably 0.
  • the diameter is 5 ⁇ m to 2 mm, more preferably 1 ⁇ m to 1.5 mm, even more preferably 1 ⁇ m to 1 mm.
  • the average particle diameter of the carrier is within this range, the carrier and the sample liquid can be easily separated. Note that the average particle diameter can be measured by a light scattering method.
  • the amount of the carrier used in the production method (X) is not particularly limited, and may be appropriately selected depending on the type of carrier, the type of sample liquid, the amount of substance ⁇ and substance ⁇ in the sample liquid, etc. good.
  • Step c After putting the sample liquid into a container (iii) having an opening at the top, the first chamber having a carrier capable of adsorbing substance ⁇ or substance ⁇ and the second chamber are placed in the container (iii). a step in which a substance containing the substance ⁇ or the substance ⁇ is adsorbed onto the carrier by dispersing the substance ⁇ and the substance ⁇ in the sample solution (however, the filter does not contain the substance ⁇ and the substance ⁇ ; is passable)
  • Step d By mixing the sample liquid and a carrier capable of adsorbing substance ⁇ or substance ⁇ and diffusing substance ⁇ and substance ⁇ in the sample liquid, the substance containing substance ⁇ or substance ⁇ is adsorbed. a step of placing the carrier on which the substance ⁇ or substance ⁇ has been adsorbed into the first chamber after obtaining the carrier.
  • Step a the substance ⁇ or the substance ⁇ in the sample liquid placed in the second chamber diffuses in the sample liquid, passes through the filter A, reaches the first chamber, and enters the first chamber. Adsorbs to the carrier in the room. This series of flows is repeated not once but multiple times, so the substance ⁇ or ⁇ is Easy to adsorb onto carriers. Therefore, it is possible to easily produce a purified liquid containing the substance ⁇ with higher purity.
  • step c the sample solution is put into a container (iii) having an opening at the top, and then a carrier capable of adsorbing substance ⁇ or substance ⁇ is provided in the container (iii) and an opening is opened at the top. and a second chamber partitioned from the first chamber by a filter and having an opening at the top.
  • the method of providing the first chamber and the second chamber in the container (iii) is not particularly limited, but for example, the container (iii) may be simply partitioned with one or more of the filters.
  • one chamber in the partitioned container (iii) is designated as the first chamber, and the other part in the container (iii) is designated as the second chamber, and at least one room in the container (iii) is A bag-shaped, cylindrical, etc. member having an opening at the top, the wall of which is composed of the filter, is placed therein, the space inside the bag-shaped, cylindrical, etc. member is defined as a first chamber, and the container (iii)
  • a method (II) in which a space other than the bag-shaped, cylindrical, etc. member inside is used as the second chamber can be mentioned.
  • the method (II) is preferable because the desired first and second chambers can be easily provided.
  • the carrier is placed in the first chamber.
  • a bag-shaped, cylindrical member containing the carrier may be placed in the container (iii), or a bag-shaped, cylindrical member containing the carrier may be placed in the container (iii). After placing a member such as a shape, the carrier may be placed inside the member.
  • step c the substance ⁇ or substance ⁇ in the sample liquid placed in the container (iii) diffuses in the sample liquid and is adsorbed on the carrier in the first chamber.
  • This series of flows is repeated not once but multiple times, so the substance ⁇ or ⁇ is more likely to be adsorbed to the carrier than in conventional methods such as filtration or centrifugation, which have only one opportunity to adsorb to the carrier.
  • Cheap Therefore, it is possible to easily produce a purified liquid containing the substance ⁇ with higher purity.
  • step d the sample solution and the carrier are mixed first, and the substance ⁇ or substance ⁇ can be sufficiently adsorbed to the carrier, so that the substance ⁇ or ⁇ can be adsorbed only once to the carrier, such as filtration or centrifugation.
  • the substance ⁇ or substance ⁇ is more easily adsorbed onto the carrier than in the conventional method according to the method. Therefore, it is possible to easily produce a purified liquid containing the substance ⁇ with higher purity.
  • the substance ⁇ When the substance ⁇ is adsorbed on the carrier, the substance ⁇ can be released from the carrier by changing the adsorption property of the carrier to the substance ⁇ .
  • the liquid that can release the protein from hydroxyapatite is a metal chelating agent such as EDTA with a concentration of 100mM or more, a surfactant such as SDS, Triton Examples include aqueous solutions such as. These may be used alone or in combination of two or more.
  • the sample solution containing the virus, extracellular vesicles, or DDS preparation is separated from the sample solution containing the virus, extracellular vesicles, or DDS preparation in an intact state, and containing the virus, extracellular vesicles, or DDS preparation. , extracellular vesicles, or a purified solution with increased purity of the DDS preparation can be produced.
  • the amount of the cleaning liquid is not particularly limited. Although it may be determined as appropriate depending on the type and amount of impurities, the volume of the cleaning liquid is preferably 20 times or more, more preferably 100 times or more, and still more preferably 200 times or more the volume of the carrier. be.
  • the purification kit (Y) may include the above-mentioned free liquid in addition to a container, a carrier capable of adsorbing substance ⁇ or substance ⁇ , and a filter that does not allow the carrier to pass through.
  • the purification kit (Y) may include the washing liquid in addition to a container, a carrier capable of adsorbing substance ⁇ or substance ⁇ , and a filter that does not allow the carrier to pass through.
  • the purification kit (Y) may also include other reagents or laboratory equipment for sample collection, storage, etc.
  • Another aspect of the present invention is a sample solution containing a substance to be separated (substance ⁇ ) or a substance containing substance ⁇ (substance ⁇ ), which includes any of the following steps a to c. This is a method of adsorbing on a carrier.
  • the first chamber and the second chamber having a carrier capable of adsorbing the substance ⁇ or substance ⁇ are provided in the container (iii), and the sample liquid is placed in the container (iii).
  • Another aspect of the present invention is an object to be separated, which includes any of the following steps a to d and the step of removing the liquid present in the container (ii) after any of the steps a to d.
  • This is a method for separating a substance ⁇ or a substance ⁇ from a sample liquid containing a substance (substance ⁇ ) or a substance containing the substance ⁇ (substance ⁇ ).
  • the PTFE filter bag taken out from the PVA aqueous solution was added to 500 mL of a 5% by mass glutaraldehyde solution (a solution prepared by diluting a 25% glutaraldehyde solution manufactured by Fujifilm Wako Pure Chemical Industries, Ltd. with pure water to a concentration of 5% by mass). and 5 mL of a 36% aqueous hydrochloric acid solution (manufactured by Fujifilm Wako Pure Chemical Industries, Ltd.) for 30 minutes at room temperature. Next, the PTFE filter bag taken out from the mixed solution was placed in pure water to dissolve unreacted IPA, PVA, and glutaraldehyde.
  • a 5% by mass glutaraldehyde solution a solution prepared by diluting a 25% glutaraldehyde solution manufactured by Fujifilm Wako Pure Chemical Industries, Ltd. with pure water to a concentration of 5% by mass.
  • a 36% aqueous hydrochloric acid solution manufactured by Fujifilm Wako Pure
  • HT carrier particles Bio-Gel HT Hydroxyapatite manufactured by Bio-Rad, model number: 130-0150
  • PVA hydrophilic
  • Lysis buffer-1 250 mM EDTA aqueous solution, pH 8.0, manufactured by Nippon Gene Co., Ltd., model number: 311-90075 diluted with water
  • the liquid that came out was again added to the inside of the hydrophilic (PVA) treated PTFE filter bag.
  • This operation was repeated five times to release bovine serum albumin labeled with the Cy3 fluorescent dye adsorbed onto the HT carrier particles from the HT carrier particles. Thereafter, the liquid present in the tube was collected from the outside of the hydrophilized (PVA) treated PTFE filter bag, and the resulting solution was designated as Elute-1.
  • bovine serum albumin solution (sample solution containing substance ⁇ ).
  • Example 2 A hydrophilized PVDF porous membrane (manufactured by Merck, Durapore SVLP09050, pore diameter 5 ⁇ m) was molded into a cylinder with an inner diameter of 11 mm and a height of 95 mm (cylindrical shape with a bottom and an opening at the top) using a heat sealer (As One Co., Ltd.).
  • a PVDF filter bag 1 was produced by molding using a PVDF filter bag 1 manufactured by A.
  • a spiral-shaped spacer made of stainless steel (manufactured by DyDo Hunt, number: 30) was inserted inside the PVDF filter bag 1 in order to maintain its shape.
  • the PVDF filter bag 1 containing a spacer was placed inside a tube with a capacity of 14 mL (manufactured by FALCON, model number: 352059), and the upper part of the PVDF filter bag 1 was fixed to the upper part of the tube with a clip. At this time, the PVDF filter bag 1 was fixed so as to have an opening at the top.
  • a first chamber PVDF filter bag 1 with a spacer and an opening at the top
  • a second chamber PVDF filter bag 1 having an opening at the top and having an opening at the top
  • a container having an opening at the top, inside the tube, and outside the PVDF filter bag 1 was obtained.
  • 50 ⁇ L of HT carrier particles Bio-Gel HT Hydroxyapatite manufactured by Bio-Rad, model number: 130-0150 was added into the PVDF filter bag 1 using a micropipette.
  • the cultured influenza A virus (10 9.0 TCID 50 /mL) was diluted 500,000 times with PBS (manufactured by FUJIFILM, model number: 045-29795) to prepare an influenza A virus solution (2000 TCID 50 /mL).
  • this container (tube) and automatic pipetter imitates an automated device that is equipped with only a pipetting means for aspirating and discharging the solution and a means for moving the pipetting means up and down and back and forth. It is.
  • 6.5 mL of the solution was aspirated once at speed 2 and then waited for 2 seconds, then 2 mL of the solution was aspirated once at speed 2 and then waited for 2 seconds.
  • 8.5 mL of the solution was discharged once at speed 3, and then waited for 5 seconds.
  • Lysis buffer (5M guanidine thiocyanate, 100mM EDTA (pH 8.0), 100mM Tris-HCl (pH 6.8), 3% (w/v) Triton X-100, 1% (v/v) 2-mercaptoethanol
  • the results are shown in FIG. 1.
  • the vertical axis of the graph shows ⁇ Rn (intensity of fluorescent signal generated under predetermined PCR conditions), and the horizontal axis shows the number of cycles in quantitative PCR.
  • ⁇ Rn intensity of fluorescent signal generated under predetermined PCR conditions
  • the horizontal axis shows the number of cycles in quantitative PCR.
  • ideal values at the time of concentration are shown.
  • the ideal concentration value is obtained by preparing an influenza A virus solution 10 times more concentrated than Input (i.e., 20,000 TCID 50 /mL), and extracting the nucleic acid containing viral RNA from the solution in the same manner as described above. The calculated solution was used as a sample for PCR.
  • Example 3 Using a heat sealer (As One A PVDF filter bag 2 was produced by molding using PVDF filter bag 2 (manufactured by AS-200).
  • a handmade stainless steel spiral-shaped spacer manufactured by DyDo Hunt, size: 30, diameter: 5 mm, length: 4 cm
  • the PVDF filter bag 2 containing a spacer was placed inside a 2 mL tube (manufactured by Eppendorf, model number: 022431102), and the upper part of the PVDF filter bag 2 was fixed to the upper part of the tube with a clip. At this time, the PVDF filter bag 2 was fixed so as to have an opening at the top.
  • this container (tube) and automatic pipetter imitates an automated device that is equipped with only a pipetting means for aspirating and discharging the solution and a means for moving the pipetting means up and down and back and forth. It is. Human serum-derived exosomes were adsorbed onto the HT carrier particles by suctioning and discharging 0.7 mL of the solution at speed 1 for 1 hour using the programs mode of the automatic pipettor. The subsequent steps of adding and collecting the liquid were performed using a micropipette. After suctioning and discharging the solution for 1 hour, the liquid present in the tube was collected from the outside of the PVDF filter bag 2, and the obtained solution was designated as Through.
  • QIAzol Lysis included in miRNeasy kit 500 ⁇ L of Reagent was added to the inside of PVDF filter bag 2 to release nucleic acids from the HT carrier particles. After that, the liquid present in the tube was collected from the outside of the PVDF filter bag 2, and the process of adding QIAzol Lysis Reagent to the inside of the PVDF filter bag 2 was repeated 5 times to sufficiently release the nucleic acid from the HT carrier particles. I let it happen. Thereafter, the liquid present in the tube was collected from the outside of the PVDF filter bag 2, and a microRNA fraction was obtained according to the miRNeasy kit protocol. The obtained solution was designated as Elute.
  • Example 4 (Preparation of hydrophilic (hydroxyacrylate) treated PTFE filter bag) A nonwoven fabric made of PTFE ultrafine fibers (fabric weight: 16 g/m 2 , 300 mm x 20 mm, average pore diameter 1 ⁇ m) was heated at room temperature (25°C) with a 99.7% isopropyl alcohol (IPA) solution (manufactured by Fujifilm Wako Pure Chemical Industries, Ltd.). ) for 1 minute.
  • IPA isopropyl alcohol
  • hydroxypropyl methacrylate a mixture of 2-hydroxypropyl ester and 2-hydroxy-1-methylethyl ester
  • HPA hydroxypropyl methacrylate
  • the PTFE nonwoven fabric taken out from the aqueous solution was placed in pure water and boiled at 85° C. for 6 hours to dissolve unreacted IPA, HPA, TEGDA, and AmPS. After boiling, the PTFE nonwoven fabric taken out from the liquid was naturally dried, and the nonwoven fabric was wrapped in a cylindrical shape (with a bottom and an opening at the top) with an inner diameter of 6 mm and a height of 90 mm using double-sided tape (manufactured by Nichiban, Nicetack).
  • a hydrophilic (hydroxy acrylate) treated PTFE filter bag was produced by molding using a strong type (#NW-K10).
  • the PTFE nonwoven fabric sheet taken out from the IPA solution was treated with polyvinyl alcohol (PVA) (manufactured by Fuji Film Wako Pure Chemical Industries, Ltd., 160-11485, degree of polymerization: 1500, degree of saponification: 98) adjusted to a concentration of 0.1% by mass. %) aqueous solution for 30 minutes at room temperature.
  • PVA polyvinyl alcohol
  • the PTFE filter taken out from the PVA aqueous solution was added to 500 mL of a 5% by mass glutaraldehyde solution (a solution prepared by diluting a 25% solution of glutaraldehyde manufactured by Fujifilm Wako Pure Chemical Industries, Ltd. with pure water and adjusting the concentration to 5% by mass). and 5 mL of a 36% aqueous hydrochloric acid solution (manufactured by Fujifilm Wako Pure Chemical Industries, Ltd.) for 30 minutes at room temperature.
  • the PTFE nonwoven fabric taken out from the mixed solution was placed in pure water to dissolve unreacted IPA, PVA, and glutaraldehyde. Thereafter, the PTFE nonwoven fabric taken out from the liquid was naturally dried to obtain a hydrophilic (PVA) treated PTFE filter.
  • a 5% by mass glutaraldehyde solution a solution prepared by diluting a 25% solution of glutaraldehyde manufactured by Fujifilm Wako Pure Chemical Industries, Ltd
  • hydrophilic (PVA) treated PTFE filter was immersed in an ethanol solution of 2-methacryloyloxyethylphosphorylcholine (MPC) polymer (manufactured by Intelligent Surface Co., Ltd., MP011 L1) for 30 minutes at room temperature (25°C). I let it happen. Thereafter, the filter taken out from the ethanol solution was air-dried, then washed with pure water and air-dried again.
  • a PTFE filter bag treated with hydrophilicity (PVA-MPC) was prepared by molding it into a cylindrical shape with an opening using double-sided tape (manufactured by Nichiban, Nicetack strong type, #NW-K10).
  • Lysis buffer (5M guanidine thiocyanate, 100mM EDTA (pH 8.0), 100mM Tris-HCl (pH 6.8), 3% (w/v) Triton X-100, 1% (v/v) 2-mercaptoethanol 1 mL was added to the inside of the filter bag, and then the liquid present in the tube was collected from the outside of the filter bag and added to the inside of the filter bag again. This operation was repeated for 5 minutes to absorb the liquid into the HT carrier particles. Influenza A virus was destroyed and nucleic acids containing viral RNA were released from the HT carrier particles.
  • FIG. 3 hydrophilic (hydroxyacrylate) treated PTFE filter bag
  • FIG. 4 hydrophilic (PVA-MPC) treated PTFE filter bag
  • the vertical axis of the graph shows ⁇ Rn (intensity of fluorescent signal generated under predetermined PCR conditions), and the horizontal axis shows the number of cycles in quantitative PCR.
  • ⁇ Rn intensity of fluorescent signal generated under predetermined PCR conditions
  • the horizontal axis shows the number of cycles in quantitative PCR.
  • ideal values at the time of concentration are shown.
  • the ideal concentration value was obtained by preparing an influenza A virus solution 10 times more concentrated than Input (i.e., 20,000 TCID50/mL), and extracting the nucleic acid containing viral RNA from the solution in the same manner as described above. Calculations were made using the solution as a sample for PCR.
  • Example 6 A PTFE nonwoven fabric treated with hydrophilicity (hydroxyacrylate) in the same manner as in Example 4 was wrapped in a cylindrical shape (with a bottom and an opening at the top) with an inner diameter of 16 mm and a height of 40 mm using double-sided tape (manufactured by Nichiban Co., Ltd.).
  • a hydrophilic (hydroxy acrylate) treated PTFE filter bag was produced by molding using Nystack (strong type, #NW-K10). An exosome concentration experiment was conducted using this hydrophilized (hydroxyacrylate) treated PTFE filter bag.
  • a handmade stainless steel spiral-shaped spacer (manufactured by DyDo Hunt, size: 30, diameter: 5 mm, length: 40 mm) was inserted inside the filter bag to maintain its shape.
  • a filter bag containing a spacer was placed inside a 2 mL tube (manufactured by Eppendorf, model number: 022431102), and the top of the filter bag was fixed to the top of the tube with a clip. At this time, the filter bag was fixed so as to have an opening at the top.
  • the first chamber has an opening at the top (a hydrophilic (hydroxyacrylate) treated PTFE filter bag with a spacer and an opening at the top), and the first chamber is partitioned by a hydrophilic (hydroxyacrylate) treated PTFE filter bag.
  • a container (tube) having a second chamber having an opening at the top (a part inside the tube having an opening at the top and outside the hydrophilic (hydroxyacrylate) treated PTFE filter bag) was obtained. . Thereafter, 100 ⁇ L of exosome capture resin (PS Capture Exosome Isolation Resin Kit manufactured by FUJIFILM, #290-80301, average particle diameter of about 34 ⁇ m) was added into the filter bag using a micropipette.
  • exosome capture resin PS Capture Exosome Isolation Resin Kit manufactured by FUJIFILM, #290-80301, average particle diameter of about 34 ⁇ m
  • Freeze-dried exosomes derived from human urine from a healthy individual were dissolved in water to prepare a 1 ⁇ g/ ⁇ L exosome solution.
  • This exosomine solution is 0.1 % (V / v) catfisher albumin (BSA) / PBS solution, Binding Encer (FUJIFILM PS Capture EXOSOME ISOLATION RESIN KIT, # 290 -The diluted with 80301) and 5 ⁇ g / ml (4)
  • An exosome solution of .7 ⁇ 10 9 cells/mL) was prepared. Since this exosome solution contains bovine serum albumin as a contaminant protein, it imitates biological samples (eg, blood, urine, etc.) that contain not only exosomes but also contaminant proteins.
  • the results are shown in FIG.
  • the vertical axis of the graph indicates ⁇ Rn (intensity of fluorescent signal generated under predetermined PCR conditions) and the number of cycles in quantitative PCR.
  • ⁇ Rn intensity of fluorescent signal generated under predetermined PCR conditions
  • ideal values at the time of concentration are shown.
  • the ideal concentration value is to prepare an exosome solution that is 10 times more concentrated than Input (i.e., 50 ⁇ g/mL), extract the microRNA fraction from the solution in the same manner as described above, and use the resulting solution as a sample for PCR. It was calculated using
  • Example 7, 8 The same concentration experiment as in Example 6 was conducted using the same hydrophilic (PVA-MPC) treated PTFE filter bag as in Example 5, except that the amount of Binding Enhancer added was increased by 1 and 10 times.
  • Example 7 is a case in which the amount of Binding Enhancer is increased by 1 times
  • Example 8 is a case in which the amount of Binding Enhancer is increased by 10 times.
  • the results are shown in FIG. 6 (Example 7) and FIG. 7 (Example 8).
  • the amount of Binding Enhancer added As the amount of Binding Enhancer added increased, the amount of concentrated exosomes increased, and quantitative PCR showed an amplification curve closer to the ideal value.
  • Example 9 Using Capan2, a pancreatic cancer-derived cultured cell, as an exosome-supplying cell, an experiment was conducted to concentrate exosomes from cell culture supernatant. It has long been known that the culture supernatant of adipocytes contains exosomes, and adipocytes are widely used as exosome-supplying cells, but this time we investigated cultured cells derived from pancreatic cancer. A certain Capan2 was used as an exosome source cell. An outline of the experiment is shown in FIG. 8(a).
  • Fetal Bovine Serum used for normal cell culture contains bovine-derived exosomes.
  • Capan2 cells were incubated with serum-free medium (D-MEM medium (manufactured by FUJIFILM, #044-29765), 1% Penicillin-Streptomycin ( The cells were cultured using Thermo Fisher Scientific (manufactured by Gibco, #15140122)).
  • the culture supernatant was removed from a flask of Capan2 cells grown to confluence in a serum-containing medium, followed by a cell washing operation (after adding 10 mL of serum-free medium to the flask and washing the cells, immediately The operation of removing the medium) was performed 5 times. Subsequently, 10 mL of serum-free medium was added to the flask and cultured at 37° C. and 5% CO 2 concentration for 48 hours.
  • the prepared spiral-shaped spacer was inserted.
  • a micropipette add 60 ⁇ L of exosome capture resin (PS Capture Exosome Isolation Resin Kit, #290-80301, manufactured by FUJIFILM) into a hydrophilic (PVA-MPC) treated PTFE filter bag with a spacer, and insert it into the bottom end of the filter bag. It was fixed in the flask with a clip so that 1 cm was submerged in the medium.
  • exosome capture resin PS Capture Exosome Isolation Resin Kit, #290-80301, manufactured by FUJIFILM
  • the filter bag was taken out from the flask and placed inside a 14 mL tube (manufactured by FALCON, model number: 352059), and the top of the filter bag was fixed to the top of the tube with a clip. At this time, the filter bag was fixed so as to have an opening at the top.
  • the subsequent steps of adding and collecting the liquid were performed using a 1 mL measuring pipette (manufactured by FALCON, model number: 4485).
  • Exosomes concentrated from the culture supernatant of Capan2 cells were confirmed by Western blotting of CD9, which is an exosome marker.
  • 15 ⁇ L of the eluate was mixed with a sample buffer containing no reducing agent (manufactured by FUJIFILM, #198-13282), treated at 100° C. for 5 minutes, and developed on SDS-PAGE.
  • 15 ⁇ L of an unconcentrated Input sample was subjected to the same treatment.
  • SuperSep (TM) Ace, 10-20% (manufactured by FUJIFILM, #191-15031) was used as the gel for SDS-PAGE.
  • the developed sample was transferred from the gel to a PVDF membrane (Trans-Blot Turbo Mini 0.2 ⁇ m PVDF Transfer Packs, manufactured by Bio-Rad, #1704156), and PVDF Blocking Reagent for PVDF was applied to the PVDF membrane.
  • Can Get Blocking was performed at room temperature for 1 hour using Signal (manufactured by TOYOBO, #NYPBR01).
  • the detection antibodies were anti-Human CD9 (COSMO BIO, #SHI-EXO-M01) as the primary antibody, anti-Mouse IgG-HRP (GE, #NA931) as the secondary antibody, and Can Get Signal Solution (manufactured by TOYOBO).

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Abstract

本発明の一態様は、分離対象物質の純度が高められた精製液を製造する方法又は分離対象物質を精製するための精製キットに関し、該精製液の製造方法は、分離対象物質(物質α)又は物質αを含む物質(物質β)を含む試料液から、物質αの純度が高められた精製液を製造する方法であって、 上部に開口を有する第1室と、該第1室とフィルターで仕切られ、上部に開口を有する第2室とを有する容器(i)を用い、 (1)下記工程1及び工程2-1を含む、又は (2)下記工程1及び工程2-2を含む(ただし、物質βにおける物質αは、タンパク質、核酸、脂質、又は糖類である)。 工程1:前記第1室中に、前記試料液中の物質α又は物質βが吸着された担体を有する、容器(ii)を得る工程 工程2-1:前記容器(ii)内で、物質αを前記担体から遊離可能な液を接触させて、物質αを該担体から遊離させることで、物質αの純度が高められた精製液を得る工程 工程2-2:物質αを前記担体から遊離可能な液を接触させて、物質αを該担体から遊離させることで、物質αの純度が高められた精製液を得る工程 (ただし、前記フィルターは前記担体を通過させない)

Description

分離対象物質の純度が高められた精製液を製造する方法及び分離対象物質を精製するための精製キット
 本発明の一態様は、分離対象物質の純度が高められた精製液を製造する方法又は分離対象物質を精製するための精製キットに関する。
 複数の物質を含む試料液から、目的とする物質を分離、精製するクロマトグラフィーは、充填カラムを用いた連続クロマトグラフィー(以後カラムクロマトグラフィーとする)と、バッチクロマトグラフィーの2種類に分類することができる。
 カラムクロマトグラフィーは、カラムに充填した担体にオンラインで試料液を接触させて、担体に目的とする物質を捕捉した後、遊離させる方法である。カラムクロマトグラフィーを利用して、タンパク質、核酸、脂質、糖類、ウイルス、エクソソーム等を含む多数の試料液から、目的とする物質を同時に分離、精製する例としては、例えば、目的とする物質に応じた特性を有する担体を用いたスピンカラムが挙げられる。
 例えば、タンパク質を精製するには、タンパク質に対する吸着性を有する担体を用いたスピンカラムを使う方法が汎用されている。また、ウイルスを含む試料液から核酸を精製するには、核酸に対する吸着性を有する担体を用いたスピンカラムが汎用されている。エクソソーム等の細胞外小胞を精製するには、従来の超遠心による方法に加えて、エクソソームマーカーに対する抗体を固相化したスピンカラムを用いる方法が一般的である。
 カラムクロマトグラフィーを利用し、核酸を含有する試料液から核酸を抽出する方法として、特許文献1には、試料溶液の核酸を捕捉する捕捉手段と、上記捕捉手段を介して互いに連通する第1の容器部及び第2の容器部を有する核酸抽出器具と、上記核酸抽出器具に、溶液を搬入、搬出する手段と、上記核酸抽出手段の第1の容器部内及び第2の容器部内のいずれか一方を加圧すると共に、他方を減圧する加減圧手段と、を備えることを特徴とする核酸抽出装置及び方法が開示されている。
 バッチクロマトグラフィーは、容器中で、担体と試料液とを混合し、その後、目的とする物質を捕捉した担体と試料液とを分離する方法である。担体を試料液から分離する手段としては、試料液と担体との混合物を遠心し、沈殿として担体を分離する方法、試料液と担体との混合物をフィルターカートリッジにのせた後遠心分離して、フィルター上の残渣として担体を分離する方法、担体として磁気ビーズを用い、磁石を用いて担体を分離する方法等がある。
特開2007-306867
 近年では、Polymerase chain reaction法(PCR法)等の核酸増幅技術により、極微量のウイルスやエクソソームを含む試料液からであっても、内包された核酸を検出できる。しかし、ウイルスやエクソソームが極微量の場合、PCR法での該核酸検出は精度が高くなく、偽陽性又は偽陰性が生じやすい。そこで、これらの問題を解決するため、試料液中の目的とする物質の純度を高める手法が求められている。
 タンパク質、核酸、脂質、糖類、ウイルス、エクソソーム等を含む試料液は病原性を有する物質を含む場合が多いため、このような試料液から目的とする物質を精製する場合、安全上の観点から、極力人が行う工程は減らし、機械が行える工程を増やすことが求められている。近年、全自動核酸抽出増幅検査システム等の自動化装置が普及しつつあるが、自動化装置は、溶液を吸引吐出するためのピペッティング手段と、ピペッティング手段を上下及び前後に移動させるための手段のみしか備えていない場合がある。そのため、物質の純度を高める手法を、多くの自動化装置に対応させるためには、遠心や加減圧等の複雑な操作が必須ではないことが重要である。
 カラムクロマトグラフィーは、一般に、試料液が順次担体に接触するため、接触時には試料液に対して、担体が過剰に存在することとなり、目的とする物質を捕捉しやすいが、試料液、洗浄液、遊離液等の溶液の量が多い場合には、操作に長い時間を要する。また、担体が充填されたカラムの下流にチューブ等を接続して、流路を構成する必要がある。さらに、担体が充填されたカラムを溶液が通過することを補助するために、送液ポンプ又は遠心機等を用いて、溶液を加圧して送液する必要があることが多い。
 病原性を有する物質を含む試料液から、カラムクロマトグラフィーにより、目的とする物質を精製する場合、流路全体が病原性を有する物質により汚染されるため、流路全体が感染性廃棄物となる。また、送液時に加圧すると、病原性を有する物質が漏れ出すリスクが高くなる。
 試料液が病原性を有する物質を含む場合、スピンカラムは、少量の試料液から、迅速に目的とする物質を精製できる点、生じる感染性廃棄物が少ない点で有用であるが、その使用工程において遠心操作が必須である。遠心操作には、高額な遠心分離機が必要であり、また、遠心操作中にチューブ破損又はフタのゆるみ等によって、試料液が漏洩、飛散し、汚染を広げるリスクがある。また、試料液はスピンカラムの上部に添加され、試料液は、遠心操作によって担体を通過して容器下部に移動するが、試料液中の目的とする物質と担体とが接触する機会は一度のみであること、また、試料液中の夾雑物によって、担体が目詰まりしてしまうこと等の理由から、担体が目的とする物質を充分に捕捉できず、結果として精製された目的とする物質の量や純度が充分ではない場合があった。
 特許文献1に記載の装置及び方法は、粘性を有する試料液からも核酸を抽出することができる点で有用であるが、容器内を加減圧することが必須である。そのため、加減圧により、病原性を有する物質が漏れ出すリスクが高くなる。また、装置は加減圧手段を備える必要があるだけでなく、用いる器具は加減圧に耐えられ、さらに使用時には開口部に蓋をする必要もある。つまり、特許文献1に記載の装置及び方法は、操作が充分に簡便ではなく、また、加減圧手段を備えていない機器には対応できないため、自動化装置への対応の点でも充分ではない。
 バッチクロマトグラフィーは、一般に、試料液が大量であっても一度に分離を行えるため、迅速に行えるというメリットがある。一方で、試料液全量が一度に担体と接触するため、担体に対して試料液が過剰に存在することとなり、目的とする物質と担体との結合性があまり強くない場合、目的とする物質を充分に捕捉できない場合がある。また、遠心操作又は磁気ビーズの使用が必須であるが、遠心操作には上述したようなリスクがあり、磁気ビーズは高額であること、また、試料液中の目的とする物質の濃度が薄い場合等には磁気ビーズの回収が困難であるという問題があった。
 本発明の一態様は、簡便な操作により、分離対象物質又は分離対象物質を含む物質を含む試料液から、分離対象物質の純度が高められた精製液を製造する方法及び精製キットを提供する。
 本発明者らは前記課題を解決すべく鋭意検討した。その結果、以下の構成を有することにより前記課題を解決できることを見出し、本発明を完成するに至った。
 本発明の態様は、例えば以下の〔1〕~〔12〕に関する。
〔1〕 分離対象物質(物質α)又は物質αを含む物質(物質β)を含む試料液から、物質αの純度が高められた精製液を製造する方法であって、
 上部に開口を有する第1室と、該第1室とフィルターで仕切られ、上部に開口を有する第2室とを有する容器(i)を用い、
 (1)下記工程1及び工程2-1を含む、又は
 (2)下記工程1及び工程2-2を含む(ただし、物質βにおける物質αは、タンパク質、核酸、脂質、又は糖類である)、精製液の製造方法。
 工程1:前記第1室中に、前記試料液中の物質α又は物質βが吸着された担体を有する、容器(ii)を得る工程
 工程2-1:前記容器(ii)内で、物質αを前記担体から遊離可能な液を接触させて、物質αを該担体から遊離させることで、物質αの純度が高められた精製液を得る工程
 工程2-2:物質αを前記担体から遊離可能な液を接触させて、物質αを該担体から遊離させることで、物質αの純度が高められた精製液を得る工程
 (ただし、前記フィルターは前記担体を通過させない)
〔2〕 前記工程2-1又は工程2-2を、ピペッティング操作により行う、〔1〕に記載の精製液の製造方法。
〔3〕 前記容器(ii)を下記工程a~dのいずれかで得る、〔1〕又は〔2〕に記載の精製液の製造方法。
 工程a:物質α又は物質βを吸着可能な担体を前記第1室に入れた後、
 前記第2室に前記試料液を入れ、該試料液中の物質α及び物質βを拡散させることで、該物質α又は該物質βを前記担体に吸着させる工程(ただし、前記フィルターは前記物質α及び物質βが通過可能である)
 工程b:物質α又は物質βを吸着可能な担体を前記第1室に入れた後、
 前記第1室に前記試料液を入れ、該試料液中の物質α及び物質βを拡散させることで、該物質α又は該物質βを前記担体に吸着させる工程
 工程c:前記試料液を、上部に開口を有する容器(iii)に入れた後、前記容器(iii)内に、物質α又は物質βを吸着可能な担体を有する前記第1室と前記第2室とを設け、前記試料液中の物質α及び物質βを拡散させることで、該物質α又は該物質βを含む物質を前記担体に吸着させる工程(ただし、前記フィルターは前記物質α及び物質βが通過可能である)
 工程d:前記試料液と、物質α又は物質βを吸着可能な担体とを混合して、前記試料液中の物質α及び物質βを拡散させることで、物質α又は物質βを含む物質が吸着された担体を得た後、前記第1室に前記物質α又は物質βが吸着された担体を入れる工程〔4〕 前記試料液中の物質α及び物質βを拡散させる方法が、試料液の液面を上下させる方法である、〔3〕に記載の精製液の製造方法。
〔5〕 前記試料液中の物質α及び物質βを拡散させる方法を、ピペッティング操作により行う、〔3〕又は〔4〕に記載の精製液の製造方法。
〔6〕 前記工程a~dのいずれかの工程の後、かつ、前記物質αを前記担体から遊離可能な液を接触させる前に、前記工程a~dのいずれかの工程後の容器(ii)内に存在する液体を除去する工程を含む、〔3〕~〔5〕のいずれかに記載の精製液の製造方法。
〔7〕 前記工程a~dのいずれかの工程後の容器(ii)内に存在する液体を除去する工程を、ピペッティング操作により行う、〔6〕に記載の精製液の製造方法。
〔8〕 前記試料液中の物質α及び物質βを拡散させる方法、
 前記工程a~dのいずれかの工程後の容器(ii)内に存在する液体を除去する工程、及び、
 前記工程2-1又は工程2-2のいずれもピペッティング操作により行う、〔6〕又は〔7〕に記載の精製液の製造方法。
〔9〕 前記物質αが、核酸又はタンパク質である、〔1〕~〔8〕のいずれかに記載の精製液の製造方法。
〔10〕 前記物質βが、ウイルス又はエクソソームである、〔1〕~〔9〕のいずれかに記載の精製液の製造方法。
〔11〕 前記物質αが、エクソソームである、〔1〕~〔9〕のいずれかに記載の精製液の製造方法。
〔12〕 分離対象物質(物質α)又は物質αを含む物質(物質β)を含む試料液から、物質αを精製するための精製キットであって、
 容器と、物質α又は物質βを吸着可能な担体と、該担体を通過させないフィルターとを含み、
 前記フィルターが前記容器を、それぞれ上部に開口を有する第1室と第2室とに仕切り、かつ、前記第1室が前記担体を有するように用いる、精製キット。
 本発明の一態様によれば、簡便な操作により、分離対象物質又は分離対象物質を含む物質を含む試料液から、分離対象物質の純度が高められた精製液を製造する方法及び精製キットを提供することができる。
図1は、実施例2におけるA型インフルエンザウイルスのM遺伝子を対象とした定量PCRでの増幅曲線を示す。 図2は、実施例3におけるmiR181aを対象とした定量PCRでの増幅曲線を示す。 図3は、実施例4におけるA型インフルエンザウイルスのM遺伝子を対象とした定量PCRでの増幅曲線を示す。 図4は、実施例5におけるA型インフルエンザウイルスのM遺伝子を対象とした定量PCRでの増幅曲線を示す。 図5は、実施例6におけるmiR181aを対象とした定量PCRでの増幅曲線を示す。 図6は、実施例7におけるmiR181aを対象とした定量PCRでの増幅曲線を示す。 図7は、実施例8におけるmiR181aを対象とした定量PCRでの増幅曲線を示す。 図8は、実施例9に関する。図8(a)は、実施例9の実験の概要を示す図である。図8(b)は、実施例9において、ウエスタンブロットによりCD9を検出した結果を示す図である。
 次に本発明について具体的に説明する。
 数値範囲に関する「A~B」との記載は、特に断りがなければ、A以上B以下であることを意味する。また、%とは質量%を意味する。
≪精製液を製造する方法≫
 本発明の一態様は、分離対象物質(以下、「物質α」ともいう。)又は分離対象物質を含む物質(以下、「物質β」ともいう。)を含む試料液から、物質αの純度が高められた精製液を製造する方法であって、上部に開口を有する第1室と、該第1室とフィルターで仕切られ、上部に開口を有する第2室とを有する容器(i)を用い、下記工程1及び工程2-1を含む、精製液の製造方法である。
 工程1:前記第1室中に、前記試料液中の物質α又は物質βが吸着された担体を有する、容器(ii)を得る工程
 工程2-1:前記容器(ii)内で、物質αを前記担体から遊離可能な液を接触させて、物質αを該担体から遊離させることで、物質αの純度が高められた精製液を得る工程
 (ただし、前記フィルターは前記担体を通過させない)
 この製造方法を、以下「製造方法(X)-1」ともいう。
 本発明の一態様は、分離対象物質(以下、「物質α」ともいう。)又は分離対象物質を含む物質(以下、「物質β」ともいう。ただし、物質βにおける物質αは、タンパク質、核酸、脂質、又は糖類である)を含む試料液から、物質αの純度が高められた精製液を製造する方法であって、上部に開口を有する第1室と、該第1室とフィルターで仕切られ、上部に開口を有する第2室とを有する容器(i)を用い、下記工程1及び工程2-2を含む、精製液の製造方法である。
 工程1:前記第1室中に、前記試料液中の物質α又は物質βが吸着された担体を有する、容器(ii)を得る工程
 工程2-2:物質αを前記担体から遊離可能な液を接触させて、物質αを該担体から遊離させることで、物質αの純度が高められた精製液を得る工程
 (ただし、前記フィルターは前記担体を通過させない)
 この製造方法を、以下「製造方法(X)-2」ともいう。
 「製造方法(X)-1」及び「製造方法(X)-2」を総称して、以下、「製造方法(X)」ともいう。
[物質α及び物質β]
 物質αとは、製造方法(X)により製造される、精製液中において純度が高められた物質である。
 試料液に含まれる物質α及び物質βは、1種でも、2種以上でもよい。また、精製液に含まれる物質αは、1種でも、2種以上でもよい。
 「製造方法(X)-1」においては、前記物質αは、特に制限されず、例えば、タンパク質、核酸、脂質、糖類が挙げられ、これらは蛍光色素、ビオチン、レポーター酵素、放射性同位体等で標識されていてもよい。「製造方法(X)-1」においては、前記物質αは、好ましくは核酸又はタンパク質である。
 「製造方法(X)-2」においては、前記物質αは、特に制限されず、例えば、タンパク質、核酸、脂質、糖類の他に、ウイルス;エクソソーム、微小小胞体、アポトーシス小胞等の細胞外小胞;リポソーム、lipid Nano Particle(LNP)等のDDS(Drug Delivery System)製剤が挙げられ、これらは蛍光色素、ビオチン、レポーター酵素、放射性同位体等で標識されていてもよい。「製造方法(X)-2」においては、前記物質αは、好ましくは核酸、タンパク質、又はエクソソームである。
 前記タンパク質は、特に制限されず、例えば、アルブミン、グロブリン、ケラチン、コラーゲン、フィブロイン等の単純タンパク質;糖タンパク質、リンタンパク質、色素タンパク質、核タンパク質等の複合タンパク質が挙げられる。これらの中でも、好ましくは単純タンパク質である。
 前記タンパク質は、抗体、収縮性タンパク質、酵素、ホルモン性タンパク質、構造性タンパク質、貯蔵タンパク質、輸送タンパク質であってもよく、好ましくは、抗体、輸送タンパク質である。
 前記核酸は、特に制限されず、例えば、DNA、RNA、マイクロRNA、mRNAが挙げられる。
 前記脂質は、特に制限されず、例えば、グリセリド、ステロールエステル、ロウ、セラミド等の単純脂質;リン脂質、糖脂質等の複合脂質;脂肪酸、テルペノイド、ステロイド、カロテノイド等の誘導脂質;が挙げられる。
 前記糖類は、特に制限されず、例えば、ブドウ糖、果糖等の単糖類;麦芽糖、ショ糖、乳糖等の二糖類;デンプン、セルロース、グリコーゲン等の多糖類;真核生物においてタンパク質や脂質に付加され複合体の構成成分として存在する糖鎖が挙げられる。
 前記物質βとは、物質αを含めば、その形態は特に制限されず、好ましくは、物質αが被包物質の内部に収納された物質である。
 前記被包物質は、例えば、物質αの少なくとも一部を被包するカプセル状の物質である。
 「製造方法(X)-2」においては、物質αが、タンパク質、核酸、脂質、又は糖類である場合に限り、物質βが存在する。すなわち、「製造方法(X)-2」においては、物質βにおける物質αは、タンパク質、核酸、脂質、又は糖類である。
 前記物質αが被包物質の内部に収納された物質としては、例えば、ウイルス;エクソソーム、微小小胞体、アポトーシス小胞等の細胞外小胞;リポソーム、lipid Nano Particle(LNP)等のDDS(Drug Delivery System)製剤;が挙げられる。前記物質βは、好ましくは、ウイルス又はエクソソームである。
 前記ウイルスは、タンパク質、脂質、及び糖から選ばれる少なくとも1つから構成される被包物質(例えば、カプシッド、エンベロープ)の内部に核酸が収納されている。
 前記ウイルスとしては、例えば、デングウイルス、C型肝炎ウイルス及び日本脳炎ウイルスが属するフラビウイルス科、インフルエンザウイルスが属するオルトミクソウイルス科、SARSコロナウイルス、SARSコロナウイルス2、及びMERSコロナウイルスが属するコロナウイルス科、風疹ウイルスが属するトガウイルス科、麻疹ウイルス及びムンプスウイルスが属するパラミクソウイルス科、B型肝炎ウイルスが属するヘパドナウイルス科のウイルス等のエンベロープを有するウイルス;ノロウイルスが属するカリシウイルス科、パピローマウイルスが属するパピローマウイルス科、レオウイルス及びロタウイルスが属するレオウイルス科、A型肝炎ウイルスが属するピコルナウイルス科のウイルス等のエンベロープを有さないウイルス;が挙げられる。
 これらの中でも、エンベロープを有するウイルスが好ましく、オルトミクソウイルス科のウイルスがより好ましく、インフルエンザウイルスがさらに好ましい。
 前記細胞外小胞は、タンパク質、脂質、及び糖から選ばれる少なくとも1つから構成される被包物質の内部に核酸、タンパク質、脂質、及び糖から選ばれる少なくとも1つが収納されている。
 前記細胞外小胞としては、例えば、エクソソーム、微小小胞体、アポトーシス小胞が挙げられるが、これらの中でもエクソソームが好ましい。
 前記リポソームは、脂質から構成される被包物質(例えば、脂質二重膜)の内部に核酸、タンパク質、脂質、及び糖から選ばれる少なくとも1つが収納されている。
 前記LNPは、脂質から構成される被包物質(例えば、イオン化脂質、ヘルパー脂質、PEG脂質等から構成される脂質単層膜又は脂質二重膜)の内部に核酸、タンパク質、脂質、及び糖から選ばれる少なくとも1つが収納されている。
[試料液]
 前記試料液は、物質α又は物質βを含む可能性のある液体であれば特に限定されない。前記試料液としては、例えば、生体試料、食品、環境試料、微生物又は細胞試料、及びこれらを希釈液で希釈した液体が挙げられる。
 前記生体試料としては、例えば、動植物組織、体液、排泄物、及びこれらの拭い液、洗浄液、培養物が挙げられる。より具体的には、血液、血漿、血清、血液培養液、尿、唾液、羊水、膿、髄液、胸水、咽頭拭い液、鼻腔拭い液、鼻咽頭拭い液、鼻汁、喀痰、直腸拭い液、組織切片、皮膚、吐瀉物、糞便、鼓膜切開液、肺胞洗浄液、胃洗浄液、腸洗浄液、子宮頸管拭い液、尿道擦過物、臓器抽出液、組織抽出液、細胞破砕液、分離培養コロニー等が挙げられる。
 本発明の一態様によれば、夾雑物を多く含む生体試料を対象とする場合であっても、物質αの純度を高めることが可能であることから、前記生体試料としては、血液、尿、唾液、咽頭拭い液、鼻腔拭い液、鼻咽頭拭い液、鼻汁、喀痰が好ましく、これらの中でも哺乳動物由来、特にヒト由来の試料がより好ましい。
 前記食品としては、例えば、水、アルコール飲料、清涼飲料水、加工食品、野菜、畜産物、海産物、卵、乳製品、生肉、生魚、惣菜等が挙げられる。また、食品を試料とする場合、その食品の一部あるいは全部を使用できるだけでなく、食品表面を拭き取ったものも使用できる。さらに、調理器具等の食品接触部又は人接触部を拭き取ったものあるいはそれらを洗浄した洗浄液も試料として用いることができる。液体成分が多い試料については、必要に応じて、乾燥、限外ろ過、蒸留等を行い、液体成分の一部あるいは全部を除去した試料を用いてもよい。
 前記環境試料としては、例えば、水、氷、土壌が挙げられる。ここでいう水とは、例えば、水道水、海水、川、滝、湖、池等から採取した水等が挙げられる。また、ドアノブ等の人接触部、施設の壁面、床面、設備や備品、便器等を拭き取ったものあるいはそれらを洗浄した洗浄液も試料として用いることができる。液体成分が多い試料については、必要に応じて、乾燥、限外ろ過、蒸留等を行い、液体成分の一部あるいは全部を除去した試料を用いてもよい。
 前記微生物又は細胞試料は、例えば、天然に由来する微生物又は細胞の他、目的のタンパク質を発現させるための組み換えベクターを導入された形質転換体、又は複数の細胞が融合したハイブリドーマ等であってもよい。また、微生物又は細胞そのものの他、微生物又は細胞の破砕液及び培養上清も含む。
 前記微生物又は細胞としては、例えば、大腸菌、酵母、植物細胞、昆虫細胞、動物細胞等の培養細胞が挙げられるが、好ましくは大腸菌、動物細胞である。
 「製造方法(X)-2」においては、前記微生物又は細胞試料としては、動物細胞が好ましく、動物細胞の培養上清がより好ましい。該動物細胞の由来は、いずれの動物であってもよいが、哺乳動物が好ましく、ヒト、ウシ、イヌ、ネコ、ブタ、ミニブタ、ウサギ、ハムスター、ラット、又はマウスの細胞がより好ましく、ヒトの細胞がさらに好ましい。該動物細胞は、初代細胞でも株化細胞であってもよいし、iPS細胞、ES細胞等に由来する細胞であってもよい。
 前記希釈液は、特に制限されず、例えば、水、緩衝液が挙げられる。前記緩衝液としては、生化学的試験に通常使用される緩衝液等を使用することができ、トリス緩衝液、リン酸緩衝液等が挙げられる。前記希釈液には、例えば、塩化ナトリウム等の塩;SDS等の界面活性剤;EDTA等の金属キレート剤;アジ化ナトリウム等の防腐剤;を適宜加えることができる。
 「製造方法(X)-2」においては、前記希釈液は、例えば、微生物又は細胞培養用の培地であってもよい。「製造方法(X)-2」においては、前記希釈液は、好ましくは細胞培養用の培地であり、より好ましくは動物由来の血清を含まない培地である。
 前記試料液の採取方法は、特に制限されず、試料液の種類、目的に応じて公知の方法を用いることができる。例えば、綿棒、スワブ、白金耳、スポイト、へら、さじ、注射器などの採取具を用いた採取方法が挙げられる。
 製造方法(X)に用いられる前記試料液の量は特に制限されず、試料液に含まれると予想される物質α又は物質βの濃度、及び容器の容量等に応じて決定すればよい。
 例えば、15mL程度の容量の容器を用いる場合、試料液の量は、好ましくは0.5mL~14mL、より好ましくは1mL~12mLであり、2mL程度の容量の容器を用いる場合、試料液の量は、好ましくは100μL~1.5mL、より好ましくは500μL~1.2mLである。
 「製造方法(X)-2」に用いられる前記試料液の量は、例えば、容量が50mL程度の容器(例:培養面積が25cm2の細胞培養フラスコ)を用いる場合、試料液の量は、好ましくは10mL~50mL、より好ましくは20mL~40mLであり、容量が150mL程度の容器(例:培養面積が75cm2の細胞培養フラスコ)を用いる場合、試料液の量は、好ましくは30mL~150mL、より好ましくは60mL~120mLである。
 前記試料液がタンパク質懸濁液である場合、試料液のタンパク質濃度は、好ましくは0.1~10000μg/mL、より好ましくは1~1000μg/mLである。
 前記試料液がウイルス懸濁液である場合、試料液のウイルス濃度(力価)は、濃縮後にPCR等でウイルス核酸が検出できる濃度で、好ましくは200TCID50/mL以上、より好ましくは2000TCID50/mLである。また、ウイルスの保存安定性を向上させるため、前記試料液は、好ましくは0.1~100000μg/mL、より好ましくは1~10000μg/mLのタンパク質(例:BSA)を含んでもよい。
 前記試料液がエクソソーム懸濁液である場合、試料液のエクソソーム濃度は、好ましくは0.1~10.0μg/mL、より好ましくは1.0~10.0μg/mLである。
 「製造方法(X)-2」に用いられる前記試料液が細胞培養上清である場合、死細胞由来の成分が少ない傾向にあるため、細胞を12時間~7日間培養した後に得られる細胞培養上清が好ましく、24時間~5日間培養した後に得られる細胞培養上清がより好ましい。該細胞培養上清は、細胞培養に用いた培地で、例えば2~5倍に希釈してから用いてもよい。
[精製液]
 製造方法(X)により製造された精製液は、試料液に比べて、夾雑物の量が減り、物質αの純度が高められているので、様々な用途に用いることができる。例えば、前記精製液をPCR法等の微量物質を検出する方法に用いると、より高い精度で微量物質を検出しやすくなる。また、製造方法(X)は、抗体等の活性を有する高価な物質αの純度を高めるためにも好適であるため、前記精製液は、抗体医薬、ワクチン、タンパク質製剤等のバイオ医薬品の製造に用いることができる。
 製造方法(X)により製造された精製液は、物質α又は物質βを含む試料液から、物質αの純度が高められた精製液である。物質αの純度が高められたとは、物質α以外の物質に対する、物質αの比率が増加するとの意味である。製造方法(X)により、例えば、前記試料液中の物質αの純度を100%とすると、好ましくは400%以上、より好ましくは500%以上の純度である精製液を得ることができる。
[容器]
 「製造方法(X)-1」において、前記容器は、物質α又は物質βを含む試料液から、物質αの純度が高められた精製液を製造するまでの一連の工程を行うための入れ物であり、内部に、少なくとも第1室及び第2室が形成される入れ物である。
 「製造方法(X)-2」において、前記容器は、物質α又は物質βを含む試料液から、物質αの純度が高められた精製液を製造するために用いる入れ物であり、内部に、少なくとも第1室及び第2室が形成される入れ物である。
 なお、前記容器内には、必要により、第1室及び第2室以外の第3室等を形成してもよい。
 前記容器の形状は特に制限されないが、ピペッティング操作を行いやすいことから、試験管、マイクロチューブ、ビーカー、フラスコ、皿(例:シャーレ)等の有底の管状容器が好ましい。前記容器は、試料液又は担体を投入するため、好ましくは、上部に開口を有し、コンタミネーション防止のため、上部の開口は閉鎖可能であることが好ましい。
 「製造方法(X)-1」において、前記容器の大きさは特に制限されず、試料液の種類及び量に応じて適宜選択すればよい。ピペッティング操作を行いやすいことから、前記容器の容量は、好ましくは0.2mL~100mL、より好ましくは1mL~60ml、さらに好ましくは5mL~50mLである。
 「製造方法(X)-2」において、前記容器の大きさは、特に制限されず、試料液の種類及び量に応じて適宜選択すればよい。ピペッティング操作を行いやすいことから、前記容器の容量は、好ましくは0.2mL~500mL、より好ましくは1mL~200mL、さらに好ましくは5mL~50mLである。
 前記容器を構成する材料は、試料液の種類に応じて適宜選択すればよく、物質α又は物質βに対する非吸着性を有し、試料液に対する反応性を有さないものであれば、特に制限されないが、例えば、ポリスチレン、ポリカーボネート、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエチレンテレフタレート、ポリエーテルイミド、ポリイミド、ABS樹脂、ポリ塩化ビニル、ポリ塩化ビニリデン、フッ素樹脂等の合成樹脂;ガラス;ステンレス等の金属;が挙げられる。これらは1種単独で用いてもよく、2種以上を用いてもよい。
 前記容器は、透明又は半透明である容器が好ましい。さらに、後述するフィルターより透明であることが好ましい。前記容器が透明又は半透明であると、ピペットチップの位置、試料液等が吸引吐出される様子、試料液と担体が攪拌される様子等を容器の外側から視認しやすい。そのため、自動化装置により対応させやすくなる。
 上部に開口を有する第1室と、該第1室とフィルターで仕切られ、上部に開口を有する第2室とを有する前記容器を「容器(i)」ともいう。
 前記第1室中に、前記試料液中の物質α又は物質βが吸着された担体を有する容器を「容器(ii)」ともいう。
 上部に開口を有する容器を「容器(iii)」ともいう。
 容器(i)は、前記第1室中に、前記試料液中の物質α又は物質βが吸着された担体を有すると、容器(ii)となる。
 容器(iii)は、容器(iii)内に、物質α又は物質βを吸着可能な担体を有し、上部に開口を有する第1室と、該第1室とフィルターで仕切られ、上部に開口を有する第2室とを設けると、容器(ii)となる。
[第1室]
 第1室は、試料液中の物質α又は物質βが吸着された担体を有するための、上部に開口を有する、前記容器(i)内の空間である。
 前記第1室の形状は、上部に開口を有すれば、特に制限されないが、後述する除去工程及び/又は洗浄工程を行うことができる形状であることが好ましい。
 前記開口は、前記第1室の上部の少なくとも一部であればよいが、好ましくは、前記第1室の上部の全体が開口している。前記開口の形状及び大きさも特に制限されないが、ピペットチップを挿入可能な形状及び大きさであることが好ましい。
 前記開口は、試料液の液面の最大高さよりも上方に位置することが好ましく、このような開口からは、前記担体及び前記試料液が漏れ出ないため好ましい。
 前記第1室の容積は、その内部に試料液中の物質α又は物質βが吸着された担体を収納できれば、特に制限されないが、後述する除去工程及び/又は洗浄工程を行うことができる容積であることが好ましい。
 前記担体の収納量は、特に制限されないが、前記第1室の容積に対する前記担体の体積は、好ましくは10~500分の1、より好ましくは50~400分の1、さらに好ましくは100~200分の1である。前記範囲内であると、前記第1室内において前記担体が分散可能な空間が充分に確保されるため、物質α又は物質βが前記担体に吸着されやすい。
 試料液中の物質α又は物質βが吸着された担体の、前記第1室内部への収納方法は、前記担体が試料液に浸るように収納されれば、特に制限されない。
[第2室]
 第2室は、前記第1室と、前記担体を通過させないフィルターで仕切られており、上部に開口を有する、前記容器(i)内の空間である。フィルターについては後述する。
 前記第2室の形状及び容積は、上部に開口を有すれば、特に制限されないが、後述する除去工程及び/又は洗浄工程を行うことができる形状及び容積であることが好ましい。
 前記開口は、第2室の上部の少なくとも一部であればよいが、好ましくは、前記第2室の上部の全体が開口している。前記開口の形状及び大きさも特に制限されないが、ピペットを挿入可能な形状及び大きさであることが好ましい。
 前記開口は、試料液の液面の最大高さよりも上方に位置することが好ましく、このような開口からは、前記試料液が漏れ出ないため好ましい。
 前記第1室と第2室との仕切りは、少なくとも一部の領域が前記フィルターから構成されていればよく、一部の領域が前記フィルターから構成され、残りの領域は前記フィルター以外の材料から構成されていてもよいが、全ての領域が前記フィルターから構成されていることが好ましい。前記フィルターから構成される領域の位置は、試料液中に浸る位置であれば特に制限されないが、例えば、第1室の側部又は下部である。
 前記フィルター以外の材料は、物質α又は物質βに対する非吸着性を有し、試料液に対する反応性を有さないものであれば、特に制限されず、例えば、ポリスチレン、ポリカーボネート、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエチレンテレフタレート、ポリエーテルイミド、ポリイミド、ABS樹脂、ポリ塩化ビニル、ポリ塩化ビニリデン、フッ素樹脂等の合成樹脂;ガラス;ステンレス等の金属;が挙げられる。これらは1種単独で用いてもよく、2種以上を用いてもよい。
 第1室及び/又は第2室を形成する際には、各室内でのピペッティング操作、特にピペットチップ先端の挿入を容易にする等の処理を容易に行うことができることを目的として、第1室及び/又は第2室の中に、スペーサーを挿入してもよい。
 前記スペーサーの形状及び大きさは、第1室及び第2室に挿入できれば、特に制限されないが、例えば、らせん形状のスペーサーを好ましく用いることができる。
 前記スペーサーを構成する材料は、物質α又は物質βに対する非吸着性を有し、試料液に対する反応性を有さないものであれば、特に制限されないが、例えば、ポリスチレン、ポリカーボネート、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエチレンテレフタレート、ポリエーテルイミド、ポリイミド、ABS樹脂、ポリ塩化ビニル、ポリ塩化ビニリデン、フッ素樹脂等の合成樹脂;ガラス;ステンレス等の金属;が挙げられる。これらは1種単独で用いてもよく、2種以上を用いてもよい。
 前記第1室及び第2室は、それぞれ上部に開口を有するので、製造方法(X)の全ての工程をピペッティング操作で行うことができる。したがって、製造方法(X)は、溶液を吸引吐出するためのピペッティング手段と、ピペッティング手段を上下及び前後に移動させるための手段のみしか備えていない自動化装置にも対応することができる。そして、人が行う工程を減らし、機械で行える工程が増えるため、作業の安全性を高めることができる。
 さらに、前記第1室及び第2室の仕切りの全ての領域が前記フィルターで構成される場合であってもスペーサー挿入によりピペットチップ挿入位置に充分なスペースを確保できるため、製造方法(X)は、自動化装置に対応することができる。
[フィルター]
 前記フィルターは、前記第1室と前記第2室とを分離するための仕切りであり、前記担体を通過させないフィルター、具体的には、前記担体を通過させない大きさの孔を有するフィルターである。
 前記フィルターの孔径は、前記担体を通過させない、すなわち、前記担体の大きさよりも小さい孔径であれば特に制限されない。前記フィルターの孔径は、使用する担体の大きさに対応して、100nm以上2mm未満程度の範囲で適宜選択することができるが、好ましくは100nm~20μmである。
 一般的なバッチクロマトグラフィーは、目的とする物質を充分に捕捉できない一因として、試料液と担体とが接触している間、担体と試料液の量比が常に一定であることが考えられる。一方、製造方法(X)は、バッチクロマトグラフィーの一種ではあるが、前記担体はフィルターを通過できないので、前記第1室内にとどまるが、前記試料液の溶媒は前記フィルターを通過して前記第1室及び前記第2室を行き来し、また、前記試料液中の物質α及び物質βは前記フィルターの孔径に応じて前記フィルターを通過して前記第1室及び前記第2室を行き来し得るため、前記試料液と前記担体とが接触している間、前記担体と前記試料液の量比が変化する。そのため、物質α又は物質βを前記担体に充分に吸着させることができる。
 後述する工程a及び工程cでは、前記担体を通過させず、かつ、前記物質α及び物質βが通過可能であるフィルター(以下「フィルターA」ともいう。)を用いる。該フィルターAは、前記担体を通過させず、かつ、前記物質α及び物質βが通過可能であれば、その孔径等は制限されない。
 例えば、ウイルス又はエクソソームを含む試料液を用いる場合、一般に、ウイルスの直径は100~200nm程度、エクソソームの直径は20~200nm程度であり、前記担体の平均粒子径は、好ましくは0.5μm~2mmであることから、フィルターAの孔径は、これらの直径に対応して、200nm~2mm程度の範囲で適宜選択することができるが、好ましくは250nm~20μmである。
 また、例えば、タンパク質を含む試料液を用いる場合、一般に、タンパク質の直径は1~100nm程度であり、前記担体の平均粒子径は、好ましくは0.5μm~2mmであることから、フィルターAの孔径は、これらの直径に対応して、100nm~2mm程度の範囲で適宜選択することができるが、好ましくは250nm~20μmである。
 下記工程a、又は方法(II)で前記容器(iii)内に前記第1室と前記第2室とを設ける場合の工程cにおいては、前記フィルターAとして、さらに、試料液中の夾雑物を通過させないフィルターを用いることが好ましい。このようなフィルターを用いた工程a及び方法(II)で前記容器(iii)内に、前記第1室と前記第2室とを設ける場合の工程cは、第2室に夾雑物がとどまり、該工程a又は工程c後の容器(ii)内に存在する液体を除去する除去工程を行う、特に第2室においてこの除去工程を行うと、この除去工程の際に、前記試料液中の夾雑物のほとんどを除去することができ、物質α又は物質βが吸着した担体と前記夾雑物との分離を、充分に行うことができるため、より物質αの純度の高い精製液を容易に製造することができる。
 後述する工程b及び工程dでは、前記担体を通過させないフィルターを用いれば特に制限されないが、担体に吸着した物質β(例:核酸を内包する被包物質)から物質α(例:核酸)を液中に放出させる場合には、物質αを通過させ、前記担体及び前記物質βを通過させないフィルター(以下「フィルターB」ともいう。)であってもよい。該フィルターBは、物質αを通過させ、前記担体及び前記物質βを通過させなければ、その孔径等は制限されない。
 例えば、ウイルス又はエクソソームを含む試料液を用いる場合、一般に、ウイルスの直径は100~200nm程度、エクソソームの直径は20~200nm程度であり、前記担体の平均粒子径は、好ましくは0.5μm~2mmであることから、フィルターBの孔径は、これらの直径に対応して、1nm~2mm程度の範囲で適宜選択することができるが、好ましくは1nm~200nmである。
 前記フィルターの形態としては、特に制限されず、連通孔構造を有する多孔質膜、繊維又は極細繊維で構成される織布又は不織布等が挙げられるが、好ましくは多孔質膜、不織布であり、より好ましくは不織布である。極細繊維とは、直径が5μm以下の繊維であり、好ましくは直径が1μm程度の繊維である。
 前記フィルターを構成する材料は、特に制限されないが、物質α及び物質βが吸着しにくい材料が好ましい。
 前記フィルターは、物質α及び物質βが吸着しにくい等の点から、親水性を有するフィルターであることが好ましい。このような親水性を有するフィルターとしては、例えば、親水性を有する材料で構成されたフィルターや、親水性が充分ではない材料で構成されたフィルターを親水化処理したフィルターが挙げられる。
 前記フィルターの材料としては、例えば、ポリオレフィン(例:ポリエチレン、ポリプロピレン)、ポリスチレン、ABS樹脂、AS樹脂、EVA樹脂、ポリメチルペンテン、ポリ塩化ビニル、ポリ塩化ビニリデン、ポリ(メタ)アクリル酸エステル、ポリ酢酸ビニル、ポリアミド、ポリイミド、ポリカーボネート、ポリエチレンテレフタレート、ポリブチレンテレフタレート、ポリアセタール、ポリアリレート、ポリスルホン、フッ素樹脂等の熱可塑性樹脂;ポリ乳酸、ポリヒドロキシブチレート、修飾でんぷん樹脂、ポリカプロラクトン、ポリブチレンサクシネート、ポリブチレンアジペートテレフタレート、ポリブチレンサクシネートテレフタレート、ポリエチレンサクシネート等の生分解性樹脂;フェノール樹脂、ユリア樹脂、メラミン樹脂、不飽和ポリエステル樹脂、ジアリルフタレート樹脂、エポキシ樹脂、エポキシ(メタ)アクリレート樹脂、ケイ素樹脂、(メタ)アクリルウレタン樹脂、ウレタン樹脂等の熱硬化性樹脂;シリコーン樹脂、ポリスチレンエラストマー、ポリエチレンエラストマー、ポリプロピレンエラストマー、ポリウレタンエラストマー、フルオロエラストマー(例:FKM、FFKM)等のエラストマー;パルプ、麻、セルロース、ケナフ、キチン、キトサン、綿等の天然材料;ガラス、シリカ、金属等の無機材料;が挙げられる。これらの材料は、1種単独で用いてもよく、2種以上を用いてもよい。
 前記フィルターを構成する材料としては、これらの中でも生体適合性や純粋性の観点から、フッ素樹脂、フルオロエラストマーがより好ましく、親水化処理したフッ素樹脂又は親水化処理したフルオロエラストマー(特に親水化処理したFKM)から構成されるフィルターがさらに好ましい。
 前記フッ素樹脂としては特に制限されず、例えば、ポリテトラフルオロエチレン(PTFE)、テトラフルオロエチレン-パーフルオロアルキルビニルエーテル共重合体(PFA)、テトラフルオロエチレン-ヘキサフルオロプロピレン共重合体(FEP)、エチレン-テトラフルオロエチレン共重合体(ETFE)、テトラフルオロエチレン-ヘキサフルオロプロピレン-パーフルオロアルキルビニルエーテル共重合体(EPE)、フルオロエチレン-ビニルエーテル共重合体(FEVE)、ポリ(クロロトリフルオロエチレン)(PCTFE)、エチレン-クロロトリフルオロエチレン-共重合体(ECTFE)、ポリフッ化ビニリデン(PVDF)、ポリビニルフルオライド(PVF)、フッ化ビニリデン-ヘキサフルオロプロピレン共重合体(VDF-HFP共重合体)、フッ化ビニリデン-ヘキサフルオロプロピレン-テトラフルオロエチレン共重合体(VDF-HFP-TFE共重合体)が挙げられる。これらの中でも、本発明の効果がより発揮され、さらに、耐薬品性等に優れるなどの点から、PTFE、PVDFが好ましい。
 前記フルオロエラストマーとしては特に制限されず、例えば、パーフルオロ(アルキルビニルエーテル)、パーフルオロ(アルコキシアルキルビニルエーテル)、フッ化ビニリデン-ヘキサフルオロプロピレン系重合体、フッ化ビニリデン-ヘキサフルオロプロピレン-テトラフルオロエチレン系重合体、テトラフルオロエチレン-プロピレン系重合体、フッ化ビニリデン-プロピレン-テトラフルオロエチレン系重合体、エチレン-テトラフルオロエチレン-パーフルオロメチルビニルエーテル系重合体、フッ化ビニリデン-テトラフルオロエチレン-パーフルオロメチルビニルエーテル系重合体、フッ化ビニリデン-パーフルオロメチルビニルエーテル系重合体が挙げられる。これらの中でも、耐熱性、耐薬品性等に優れる等の点から、三元系FKMであることが好ましく、フッ化ビニリデン-ヘキサフルオロプロピレン-テトラフルオロエチレン系重合体がより好ましい。
 前記親水化処理は、好ましくは、親水性基を有する化合物(以下「親水性化合物」ともいう。)でフィルターを被覆処理する工程を含み、より好ましくは、フィルターを親水性化合物の溶液に浸漬し、フィルターを親水性化合物で被覆し、次いで、該親水性化合物を架橋する工程を含む。このような工程の具体例としては、国際公開第2014/021167号、特公平4-075051号公報に記載の工程が挙げられる。
 「製造方法(X)-2」において、前記親水化処理は、複数回繰り返して行ってもよい。フィルターを親水性化合物の溶液に浸漬し、フィルターを親水性化合物で被覆し、次いで、該親水性化合物を架橋した後、さらに、既に行った親水性化合物と同一又は異なる親水性化合物の溶液に浸漬し、フィルターを該親水性化合物で被覆してもよい。
 前記親水性化合物としては、本発明の効果を損なわなければ特に制限されず、直鎖状、分岐鎖状、デンドリマー状等のいずれの形状の化合物を用いることができる。
 前記親水性化合物としては、例えば、水酸基含有化合物、カルボン酸基含有化合物、スルホン酸基含有化合物、エーテル基含有化合物、エポキシ基含有化合物、アミノ基含有化合物、アミド基含有化合物、ホスホリルコリン基含有化合物が挙げられる。
 親水性化合物は、1種単独で用いてもよく、2種以上を用いてもよい。
 前記水酸基含有化合物としては特に制限されないが、例えば、ポリビニルアルコール(PVA)及びその変性体(例:エチレンオキサイド基変性PVA、カルボキシル基変性PVA、スルホン酸基変性PVA、4級アンモニウム変性PVA);アガロース、デキストラン、キトサン、セルロース、ヘパリン等の多糖及びその誘導体;コラーゲン;ゼラチン;ビニルアルコールとビニル基含有モノマーとの共重合体(例:ビニルアルコール-酢酸ビニル共重合体、エチレン-ビニルアルコール共重合体、ビニルアルコール-ポリビニルピロリドン共重合体);(メタ)アクリルポリオール、フッ素含有ポリオール、ポリオキシアルキレン(例:ポリエチレングリコール、ポリエチレングリコールとポリプロピレングリコールとの共重合体[例:Pluronic F108、Pluronic F127(いずれもSigma-Aldrich社製)])、ポリエステルポリオール、ジエチレングリコール等のポリオール類;ポリ(2-ヒドロキシエチル(メタ)アクリレート)、1-ヒドロキシプロパン-2-イル=(メタ)アクリレート、2-ヒドロキシプロパン-1-イル=(メタ)アクリレート(別名:2-ヒドロキシプロピル(メタ)アクリレート)、2-ヒドロキシ-1-メチルエチル(メタ)アクリレート、ヒドロキシプロピル(メタ)アクリレート、2,3-ジヒドロキシプロピル(メタ)アクリレート、ヒドロキシエチル(メタ)アクリレート等の水酸基含有(メタ)アクリル化合物;が挙げられる。
 前記カルボン酸基含有化合物としては特に制限されないが、例えば、エチレン、プロピレン、ブチレン等のオレフィン系モノマー、ブタジエン等のジエン系モノマー、スチレン等の芳香族基含有モノマー、(メタ)アクリル酸エステル系モノマーのうち、いずれか1種又は2種以上のモノマーと、(メタ)アクリル酸等のカルボン酸基〔-COOH〕を有するモノマーとの共重合体;(メタ)アクリル酸等のカルボン酸基を有するモノマーのホモポリマー;アミノ酸;が挙げられる。
 前記スルホン酸基含有化合物としては特に制限されないが、例えば、スチレンとアクリルアミド-2-メチルプロパンスルホン酸(塩)との共重合体;スチレンとn-ブチルアクリレートとアクリルアミド-2-メチルプロパンスルホン酸(塩)との三元系共重合体;スチレンと2-エチルヘキシルアクリレートとアクリルアミド-2-メチルプロパンスルホン酸(塩)との三元系共重合体;が挙げられる。
 前記エーテル基含有化合物としては特に制限されないが、例えば、ポリエチレングリコール及びその誘導体、エーテル基を有するフッ素樹脂、エーテル基を有するポリウレタン樹脂、エーテル基を有するポリフェニレン樹脂が挙げられる。
 前記エポキシ基含有化合物としては特に制限されないが、例えば、エポキシ樹脂、変性エポキシ樹脂、エポキシ基を有する(メタ)アクリル系(共)重合体、エポキシ基を有するポリブタジエン樹脂、エポキシ基を有するポリウレタン樹脂、これらの樹脂の付加物又は縮合物が挙げられる。
 前記アミノ基含有化合物としては特に制限されないが、例えば、ポリエチレンイミン、ポリビニルアミン、ポリアミドポリアミン、ポリアミジン、ポリジメチルアミノエチルメタクリレート、ポリジメチルアミノエチルアクリレートが挙げられる。
 前記アミド基含有化合物としては特に制限されないが、例えば、ポリ(N-イソプロピル(メタ)アクリルアミド)、ポリ(N-ビニル-2-ピロリドン)が挙げられる。
 前記ホスホリルコリン基含有化合物としては特に制限されないが、例えば、2-メタクリロイルオキシエチルホスホリルコリンの単重合体であるポリ((メタ)アクリロイルオキシエチルホスホリルコリン)、(メタ)アクリロイルオキシエチルホスホリルコリンと(メタ)アクリルモノマーとの共重合体が挙げられる。
 前記親水性化合物の重量平均分子量は特に制限されないが、好ましくは100~1,000,000である。
 フィルターを親水性化合物の溶液に浸漬する時間は、フィルターを親水性化合物で被覆できる時間であれば特に制限されず、用いる親水性化合物の溶液中の親水性化合物の濃度等にもよるが、好ましくは1秒~60分、より好ましくは10秒~30分である。
 なお、浸漬温度や雰囲気は特に制限されず、親水性化合物の種類等に応じて適宜選択すればよい。
 なお、前記親水性化合物の溶液として水溶液を用いる場合、何ら処理をしていないフィルターを親水性化合物の水溶液に浸漬しても、親水性化合物を該フィルターの内部まで浸透させることができない場合があるため、フィルターを親水性化合物の溶液に浸漬する前に、例えば、イソプロピルアルコールなどの水に相溶性のある溶媒にフィルターを浸漬する(水に相溶性のある溶媒をフィルターに含浸させる)ことが好ましい。
 水に相溶性のある溶媒にフィルターを浸漬する場合、水に相溶性のある溶媒に浸漬したフィルターを該溶媒から取り出し、次いで、親水性化合物の溶液に浸漬して、水に相溶性のある溶媒と親水性化合物とを置換させることが好ましく、この場合、フィルターに機械的強度をかけて親水性化合物を、フィルター内に押し込むようにしてもよい。具体的には押圧して擦り込んだり、真空加圧含浸装置を使用して、減圧若しくは加圧することで、フィルターに親水性化合物を含浸させやすくしてもよい。
 前記水に相溶性のある溶媒としては特に制限されないが、フィルターに浸透し易く、揮発し易い溶媒が好ましく、具体的には、メチルアルコール、エチルアルコール、n-プロピルアルコール、イソプロピルアルコール、n-ブチルアルコール、sec-ブチルアルコール、tert-ブチルアルコール、イソブチルアルコール等のアルコール類;酢酸メチル、酢酸エチル、酢酸ブチル等のエステル類;アセトン、メチルエチルケトン等のケトン類;テトラヒドロフラン、ジオキサン等のエーテル類;ジメチルスルホキシド、N,N-ジメチルホルムアミド等の非プロトン系極性溶媒などが挙げられる。これらの中でも、フィルターに浸透し易い等の点から、メチルアルコール、エチルアルコール、またはイソプロピルアルコールが好ましい。
 また、前記水に相溶性のある溶媒としては、前記アルコール類、エステル類、ケトン類、エーテル類、及び、非プロトン系極性溶媒から選ばれる少なくとも1種と、水とを混合した液体であってもよい。
 これらの水に相溶性のある溶媒は、1種単独で用いてもよく、2種以上を用いてもよい。
 水に対し相溶性のある溶媒にフィルターを浸漬する時間は特に制限されないが、例えば、1分~24時間である。
 なお、浸漬温度や雰囲気は特に制限されない。
 前記親水性化合物を架橋する方法としては、例えば、電子線などの電離性放射線による照射架橋、熱架橋、架橋剤を用いた化学架橋が挙げられる。これらの架橋方法のうち、水溶液中でも架橋が可能であり、架橋の確実性等の点から、架橋剤を用いた化学架橋が好ましい。
 前記化学架橋で用いる架橋剤としては特に制限されず、用いる親水性化合物の種類に応じて適宜選択すればよいが、例えば、ホルムアルデヒド、グルタルアルデヒド、テレフタルアルデヒド等のアルデヒド系化合物;ジアセチル、クロロペンタンジオン等のケトン化合物;ビス(2-クロロエチル尿素)-2-ヒドロキシ-4,6-ジクロロ-1,3,5-トリアジン等の反応性のハロゲンを有する化合物;ジビニルスルホン等の反応性のオレフィンを有する化合物;N-メチロール化合物;イソシアナート類;アジリジン化合物類;カルボジイミド系化合物類;エポキシ化合物;ムコクロル酸等のハロゲンカルボキシアルデヒド類;ジヒドロキシジオキサン等のジオキサン誘導体;クロムミョウバン、硫酸ジルコニウム、ほう酸、ほう酸塩、リン酸塩等の無機架橋剤;1,1-ビス(ジアゾアセチル)-2-フェニルエタン等のジアゾ化合物;ジスクシンイミジルエステルを含む化合物;二官能性マレイン酸イミド類が挙げられる。
 これらの架橋剤は、1種単独で用いてもよく、2種以上を用いてもよい。
 前記架橋剤は、用いた親水性化合物の溶液中の親水性化合物の量に対し、大過剰となる量で用いることが好ましい。
 耐薬品性に優れるフィルターを容易に得ることができる等の点から、前記架橋の際の温度は、好ましくは10~95℃、より好ましくは20~60℃である。
 前記架橋の際の架橋時間は、得られるフィルターの耐久性及び生産性等の点から、好ましくは1~60分である。
 親水化処理したフィルターは、未反応の親水性化合物を除去する等の目的で、水などを用いて洗浄することが好ましい。この工程は、必要により、加熱下で行ってもよい。
 前記フィルターは、試料液で濡れた際に、透明又は半透明であるフィルターが好ましい。試料液で濡れた際に透明又は半透明であるとは、例えば、25℃の水中に1分間浸漬した前記フィルターの波長400~700nmにおける平均透過率(以下、「水浸漬平均透過率」ともいう。)が20%以上であることをいう。前記フィルターが、試料液で濡れた際に透明又は半透明であると、ピペットチップの位置、試料液等が吸引吐出される様子、試料液と担体が攪拌される様子等を容器の外側から視認しやすい。そのため、自動化装置により対応させやすくなる。
 試料液で濡れた際に、透明又は半透明であるフィルターとしては、例えば、PTFEの極細繊維からなり、親水性処理を施した不織布から構成されるフィルターが挙げられる。該フィルターは透明性に優れるだけでなく、通液性にも優れるため、試料液と担体とを容器内で容易に拡散混合することができるため好ましい。
 前記水浸漬平均透過率は、以下の方法により測定される。
 前記フィルターからなる試験片を、10mm角の石英ガラス製の測定セルの内壁に設置し、該セルの中に純水を満たす。純水を満たしてから1分後の透過率(試験片壁面に垂直に入射する光の透過率)を、波長10nm毎に紫外可視分光光度計(UV-2600、株式会社島津製作所製)を用いて測定し、波長400~700nmにおける3つの試験片の平均透過率(水浸漬平均透過率)を算出する。
[工程1]
 工程1は、前記第1室中に、前記試料液中の物質α又は物質βが吸着された担体を有する、容器(ii)を得る工程である。容器(i)は、前記第1室中に、前記試料液中の物質α又は物質βが吸着された担体を有すると、容器(ii)となる。
[担体]
 前記担体は、前記試料液中の物質α又は物質βを吸着させるための物質である。
 物質αを含む試料液から、物質αの純度が高められた精製液を製造する場合、前記担体は、物質αに対する吸着性を有し、好ましくは、さらに、夾雑物に対する非吸着性を有する。例えば、タンパク質を含む試料液から該タンパク質の純度が高められた精製液を製造する場合、前記担体は、該タンパク質に対する吸着性を有する。
 ここで、「吸着性」とは、特定の吸着条件で吸着しうる特性を意味し、「非吸着性」とは、特定の条件で非吸着性であることを意味する。
 タンパク質に対する吸着性を有する担体としては、例えば、粘土、アガロース、デキストラン、ヒドロキシアパタイト、シリカゲル、ポリスチレン、フェノール樹脂、アクリル樹脂、ポリオレフィン(例:ポリエチレン、ポリプロピレン)、ポリ塩化ビニル、及びこれらの誘導体等が挙げられる。例えば、アガロースの誘導体としては、セファロース等、デキストランの誘導体としてセファデックス等、ヒドロキシアパタイトの誘導体として、炭酸ヒドロキシアパタイト等が挙げられる。これらの中でも、ヒドロキシアパタイト、セファロース、アガロースが好ましく、ヒドロキシアパタイトがより好ましい。
 核酸に対する吸着性を有する担体としては、例えば、ヒドロキシアパタイト、シリカ、磁性シリカビーズ、セルロース、および相補鎖又は核酸の構造上親和性を有する物質を固相化したアガロース又はビーズが挙げられる。
 脂質に対する吸着性を有する担体としては、例えば、ホスファチジルセリンに結合するTim4を固相化したアガロース又はビーズが挙げられる。
 糖類に対する吸着性を有する担体としては、例えば、イオン交換樹脂、活性炭、レクチンや糖鎖認識抗体を固相化したアガロース又はビーズ、ボロン酸及びその誘導体が挙げられる。
 「製造方法(X)-2」において、エクソソームに対する吸着性を有する担体としては、例えば、エクソソーム表面に発現する分子と親和性を有する物質を固相化したアガロース又はビーズ、より具体的には、ホスファチジルセリンに結合するTim4等の脂質結合タンパク質、脂質認識抗体又は脂質認識アプタマーを固相化したアガロース又はビーズ;CD9等のテトラスパニンファミリーに属するタンパク質等のエクソソーム特異的タンパク質を認識する抗体又はアプタマーを固相化したアガロース又はビーズ;レクチンを認識する分子を固相化したアガロース又はビーズ等が挙げられる。
 「製造方法(X)-2」において、ウイルスに対する吸着性を有する担体としては、例えば、ウイルス表面に発現する分子と親和性を有する物質を固相化したアガロース又はビーズ(例:ウイルスのスパイクタンパク質を認識する、抗体又はアプタマーを固相化したアガロース又はビーズ)が挙げられる。
 タンパク質を前記担体に吸着させる場合、特異的な親和性を有する物質の組み合わせを利用して吸着させてもよい。すなわち、前記担体は、特異的な親和性を有する物質の組み合わせのうちの一方を、化学修飾基を介して固定されたものであってもよい。前記特異的な親和性を有する物質の組み合わせとしては、例えば、抗体と抗原、抗体と抗体結合タンパク質、GST(グルタチオン-S-トランスフェラーゼ)タグとグルタチオン、Hisタグと2価の陽イオン、ビオチンとアビジンが挙げられる。
 物質βを含む試料液から、物質αの純度が高められた精製液を製造する場合、前記担体は、該物質β、好ましくは被包物質に対する吸着性を有し、該物質αに対しては吸着性を有しても、非吸着性を有してもよい。例えば、核酸を含む物質を含む試料液から核酸の純度が高められた精製液を製造する場合、担体は、核酸を含む物質、好ましくは被包物質に対する吸着性を有する担体が好ましく、該担体は核酸に対する非吸着性を有する担体であってもよいし、核酸に対する吸着性を有する担体であってもよい。
 また、物質βを含む試料液から、物質αの純度が高められた精製液を製造する場合において、前記担体として、物質α及び物質βに対する吸着性を有する担体を用いる場合、担体と物質βとを接触させる際の条件を調整することで、担体と物質βとの吸着性を、担体と物質αとの吸着性より高めたり、担体と物質βとは吸着し、担体と物質αとは吸着しないようにしてもよい。
 核酸を含む物質、好ましくは被包物質、より好ましくはタンパク質に対する吸着性を有し、核酸に対する吸着性を有する担体としては、例えば、ヒドロキシアパタイトが挙げられる。
 ウイルスを含む試料液から、核酸の純度が高められた精製液を製造する場合、前記担体は、被包物質を構成する、タンパク質、脂質、及び糖から選ばれる少なくとも1つに対する吸着性を有することが好ましく、タンパク質に対する吸着性を有することがより好ましい。この場合、該担体は核酸に対する非吸着性を有する担体であってもよいし、核酸に対する吸着性を有する担体であってもよい。
 細胞外小胞を含む試料液から、タンパク質、脂質、及び糖から選ばれる少なくとも1つである物質αの純度が高められた精製液を製造する場合、前記担体は、被包物質を構成するタンパク質、脂質、及び糖から選ばれる少なくとも1つに対する吸着性を有することが好ましく、タンパク質に対する吸着性を有することがより好ましい。この場合、該担体は、該物質αに対する非吸着性を有する担体であってもよいし、該物質αに対する吸着性を有する担体であってもよい。
 「製造方法(X)-2」において、ウイルス、細胞外小胞、又はDDS製剤を含む試料液から、該ウイルス、細胞外小胞、又はDDS製剤の純度が高められた精製液を製造する場合、前記担体は、該ウイルス、細胞外小胞、又はDDS製剤の被包物質を構成するタンパク質、脂質、及び糖から選ばれる少なくとも1つに対する吸着性を有することが好ましく、脂質に対する吸着性を有することがより好ましく、リン脂質に対する吸着性を有することがさらに好ましく、ホスファチジルセリンに対する吸着性を有することが特に好ましい。
 エクソソームの被包物質を構成するホスファチジルセリンに対する吸着性を有する担体として、例えば、ホスファチジルセリンと親和性を有する物質を固相化したアガロース又はビーズ(例:ホスファチジルセリンに結合するTim4等の脂質結合タンパク質、脂質認識抗体、又は脂質認識アプタマーを固相化したアガロース又はビーズ)が挙げられる。
 エクソソームの被包物質を構成するタンパク質に対する吸着性を有する担体として、例えば、CD9等のテトラスパニンファミリーに属するタンパク質等のエクソソーム特異的タンパク質を認識する抗体又はアプタマーを固相化したアガロース又はビーズが挙げられる。
 エクソソームの被包物質を構成する糖に対する吸着性を有する担体として、例えば、レクチンを認識する分子を固相化したアガロース又はビーズが挙げられる。
 リポソームを含む試料液から、核酸、タンパク質、脂質、及び糖から選ばれる少なくとも1つである物質αの純度が高められた精製液を製造する場合、前記担体は、被包物質を構成する脂質に対する吸着性を有し、該物質αに対する非吸着性を有することが好ましい。
 核酸に対して非吸着性を有し、タンパク質に対して吸着性を有する担体としては、例えば、タンパク質認識抗体を固相化したアガロース又はビーズが挙げられる。
 核酸に対して非吸着性を有し、脂質に対して吸着性を有する担体としては、例えば、Tim4等の脂質結合タンパク質又は脂質認識抗体を固相化したアガロース又はビーズが挙げられる。
 核酸に対して非吸着性を有し、糖類に対して吸着性を有する担体としては、例えば、レクチン、糖鎖認識抗体を固相化したアガロース又はビーズが挙げられる。
 タンパク質に対して非吸着性を有し、脂質に対して吸着性を有する担体としては、例えば、Tim4等の脂質結合タンパク質又は脂質認識抗体を固相化したアガロース又はビーズが挙げられる。
 タンパク質に対して非吸着性を有し、糖類に対して吸着性を有する担体としては、例えば、レクチン、糖鎖認識抗体を固相化したアガロース又はビーズが挙げられる。
 脂質に対して非吸着性を有し、核酸に対して吸着性を有する担体としては、例えば、シリカ、ヒドロキシアパタイトが挙げられる。
 脂質に対して非吸着性を有し、タンパク質に対して吸着性を有する担体としては、例えば、抗体を固相化したアガロース又はビーズ、ヒドロキシアパタイトが挙げられる。
 脂質に対して非吸着性を有し、糖類に対して吸着性を有する担体としては、例えば、レクチン、糖鎖認識抗体を固相化したアガロース又はビーズが挙げられる。
 糖類に対して非吸着性を有し、核酸に対して吸着性を有する担体としては、例えば、シリカ、ヒドロキシアパタイトが挙げられる。
 糖類に対して非吸着性を有し、タンパク質に対して吸着性を有する担体としては、例えば、抗体を固相化したアガロース又はビーズ、ヒドロキシアパタイトが挙げられる。
 糖類に対して非吸着性を有し、脂質に対して吸着性を有する担体としては、例えば、Tim4等の脂質結合タンパク質又は脂質認識抗体を固相化したアガロース又はビーズが挙げられる。
 ウイルス又は細胞外小胞を前記担体に吸着させる場合、ウイルス又は細胞外小胞の表面に存在する抗原タンパク質を利用して前記担体に吸着させてもよい。例えば、エクソソーム表面に存在する抗原タンパク質としては、例えば、CD9、CD63、CD81等のテトラスパニン類;MHCI、MHCII等の抗原提示関連タンパク質;インテグリン、ICAM-1、EpCAMなどの接着分子;EGFRvIII、TGF-βなどのサイトカイン/サイトカイン受容体、酵素類が挙げられる。
 前記担体は、1種単独で用いてもよく、2種以上を用いてもよい。
 前記担体の形状は特に制限されず、例えば、球状、粒子状、繊維状、棒状、板状が挙げられるが、固液分離や洗浄の容易性の観点から、球状、粒子状が好ましい。
 前記担体の大きさは、フィルターの孔よりも大きければ特に制限されず、物質αの種類によっても異なるが、前記担体が球状、又は粒子状である場合、その平均粒子径は、好ましくは0.5μm~2mm、より好ましくは1μm~1.5mm、さらに好ましくは1μm~1mmである。前記担体の平均粒子径が該範囲にあると、前記担体と試料液とを容易に分離しやすい。なお、平均粒子径の測定方法は、光散乱法で測定することができる。
 製造方法(X)に用いられる前記担体の量は、特に制限されず、前記担体の種類、前記試料液の種類及び前記試料液中の物質α及び物質βの量等に応じて適宜選択すればよい。
[容器(ii)を得る方法]
 前記工程1において、前記容器(ii)を得る方法は、特に制限されないが、下記工程a~dのいずれかで得ることが好ましい。
 工程a:物質α又は物質βを吸着可能な担体を前記第1室に入れた後、
 前記第2室に前記試料液を入れ、該試料液中の物質α及び物質βを拡散させることで、該物質α又は該物質βを前記担体に吸着させる工程(ただし、前記フィルターは前記物質α及び物質βが通過可能である)
 工程b:物質α又は物質βを吸着可能な担体を前記第1室に入れた後、
 前記第1室に前記試料液を入れ、該試料液中の物質α及び物質βを拡散させることで、該物質α又は該物質βを前記担体に吸着させる工程
 工程c:前記試料液を、上部に開口を有する容器(iii)に入れた後、前記容器(iii)内に、物質α又は物質βを吸着可能な担体を有する前記第1室と前記第2室とを設け、前記試料液中の物質α及び物質βを拡散させることで、該物質α又は該物質βを含む物質を前記担体に吸着させる工程(ただし、前記フィルターは前記物質α及び物質βが通過可能である)
 工程d:前記試料液と、物質α又は物質βを吸着可能な担体とを混合して、前記試料液中の物質α及び物質βを拡散させることで、物質α又は物質βを含む物質が吸着された担体を得た後、前記第1室に前記物質α又は物質βが吸着された担体を入れる工程
[工程a]
 工程aでは、前記第2室に入れられた前記試料液中の物質α又は物質βは、試料液中を拡散し、前記フィルターAを通過して、前記第1室内に到達し、前記第1室内の担体に吸着する。この一連の流れは、一度ではなく、複数回繰り返されるため、担体へ吸着する機会が一度のみである、カラムクロマトグラフィー、濾過や遠心分離による従来の方法に比べて、物質α又は物質βがより担体に吸着しやすい。このため、より物質αの純度の高い精製液を容易に製造することができる。
 一方で、前記第2室に入れられた前記試料液中の夾雑物のうち、前記フィルターAの孔径よりも大きい夾雑物は、前記フィルターAを通過できずに前記第2室内にとどまり、また、前記フィルターAの孔径よりも小さい夾雑物は、前記フィルターAを通過して前記第1室内に到達するが、前記担体として、物質α又は物質βに特異的に吸着する担体を用いることで、該担体には吸着せず、試料液中に残る。このため、該工程a後の容器(ii)内に存在する液体を除去する除去工程を行うと、この除去工程の際に、物質α又は物質βが吸着した担体と分離して前記夾雑物を除去できるため、その後に、該担体に前記遊離液を接触させて、物質αを前記担体から遊離させると、物質αの純度が高められた精製液を得ることができる。
[工程b]
 工程bでは、前記第1室に入れられた前記試料液中の物質α又は物質βは、試料液中を拡散し、前記第1室内の担体に吸着する。この一連の流れは、一度ではなく、複数回繰り返されるため、担体へ吸着する機会が一度のみである、カラムクロマトグラフィー、濾過や遠心分離による従来の方法に比べて、物質α又は物質βがより担体に吸着しやすい。このため、より物質αの純度の高い精製液を容易に製造することができる。
 一方で、前記第1室に入れられた前記試料液中の夾雑物のうち、前記フィルターの孔径よりも大きい夾雑物は、前記フィルターを通過できずに前記第1室内にとどまるが、前記担体として、物質α又は物質βに特異的に吸着する担体を用いることで、該担体には吸着せず、試料液中に残り、また、前記フィルターの孔径よりも小さい夾雑物は、前記フィルターを通過して前記第2室内に到達する。このため、該工程b後の容器(ii)内に存在する液体を除去する除去工程を行うと、この除去工程の際に、物質α又は物質βが吸着した担体と分離して前記夾雑物を除去できるため、その後に、該担体に前記遊離液を接触させて、物質αを前記担体から遊離させると、物質αの純度が高められた精製液を得ることができる。
[工程c]
 工程cでは、前記試料液を、上部に開口を有する容器(iii)内に入れた後、前記容器(iii)内に、物質α又は物質βを吸着可能な担体を有し、上部に開口を有する第1室と、該第1室とフィルターで仕切られ、上部に開口を有する第2室とを設ける。
 前記容器(iii)内に、前記第1室と前記第2室とを設ける方法は特に制限されないが、例えば、前記容器(iii)を、単に、1枚又は2枚以上の前記フィルターで仕切ることにより、仕切られた容器(iii)内の一室を第1室とし、前記容器(iii)内の他の部分を第2室とする方法(I)、前記容器(iii)内に、少なくとも一部の壁が前記フィルターで構成された、上部に開口を有する袋状、筒状等の部材を入れ、該袋状、筒状等の部材内の空間を第1室とし、前記容器(iii)内の該袋状、筒状等の部材以外の空間を第2室とする方法(II)が挙げられる。これらの中でも、容易に所望の第1室及び第2室を設けることができる等の点から、前記方法(II)が好ましい。
 なお、方法(I)の場合には、通常、第1室及び第2室を設けた後、該第1室に、前記担体を入れる。方法(II)の場合には、前記担体を入れた袋状、筒状等の部材を前記容器(iii)に入れてもよいし、前記容器(iii)に前記担体を入れた袋状、筒状等の部材を入れた後、該部材の内部に、前記担体を入れてもよい。
 工程cでは、前記容器(iii)に入れられた前記試料液中の物質α又は物質βは、試料液中を拡散し、前記第1室内の担体に吸着する。この一連の流れは、一度ではなく、複数回繰り返されるため、担体へ吸着する機会が一度のみである、濾過や遠心分離による従来の方法に比べて、物質α又は物質βがより担体に吸着しやすい。このため、より物質αの純度の高い精製液を容易に製造することができる。
 一方で、例えば、前記方法(II)の場合、前記容器(iii)に入れられた前記試料液中の夾雑物のうち、前記フィルターAの孔径よりも大きい夾雑物は、前記フィルターAを通過できずに前記第2室内にとどまり、また、前記フィルターAの孔径よりも小さい夾雑物は、前記フィルターAを通過して前記第1室内に到達するが、前記担体として、物質α又は物質βに特異的に吸着する担体を用いることで、該担体には吸着せず、試料液中に残る。このため、該工程c後の容器(iii)内に存在する液体を除去する除去工程を行うと、この除去工程の際に、物質α又は物質βが吸着した担体と分離して前記夾雑物を除去できるため、その後に、該担体に前記遊離液を接触させて、物質αを前記担体から遊離させると、物質αの純度が高められた精製液を得ることができる。
[工程d]
 工程dでは、前記試料液と前記担体を先に混合して、物質α又は物質βを前記担体に充分に吸着させることができるため、担体へ吸着する機会が一度のみである、濾過や遠心分離による従来の方法に比べて、物質α又は物質βがより担体に吸着しやすい。このため、より物質αの純度の高い精製液を容易に製造することができる。
 なお、前記第1室には、前記物質α又は物質βが吸着された担体だけでなく、前記試料液と、物質α又は物質βを吸着可能な担体とを混合して、前記試料液中の物質α及び物質βを拡散させることで、物質α又は物質βが吸着された担体を得た後に残った残存液も共に入れてもよい。さらに、前記物質α又は物質βが吸着された担体を、前記残存液から分離した後、洗浄してから、前記第1室に入れてもよいし、前記物質α又は物質βが吸着された担体を、前記残存液から分離した後、必要により洗浄してから、該担体を分散させる分散媒と共に前記第1室に入れてもよい。
[物質α及び物質βを拡散させる方法]
 工程a~dにおける、前記試料液中の物質α及び物質βを拡散させる方法は、特に制限されず、分子の熱運動による拡散(分子拡散)、及び対流による分散(乱流拡散)のいずれを利用してもよいが、攪拌、加熱、超音波等の対流を促進する方法が好ましく、攪拌がより好ましい。攪拌する方法としては、例えば、試料液中で攪拌子を回転させる方法;試料液中に空気等を送りこむ方法;ボルテックスミキサー等を用いる操作又はピペッティング操作等により試料液の液面を上下させる方法;が挙げられる。
 物質α及び物質βを効率よく担体に吸着させることができ、また、自動化装置を利用できることから、工程a~dにおける、前記試料液中の物質α及び物質βを拡散させる方法は、試料液の液面を上下させる方法が好ましく、ピペッティング操作により行うことがより好ましい。
 前記工程a~cの場合、前記ピペッティング操作は、前記第1室及び前記第2室のいずれにおいて行ってもよく、どちらで行うかは、考えられる夾雑物の種類及び大きさ等に応じて適宜決定すればよい。前記担体を吸引吐出することを避けられることから、前記第2室において行うことが好ましい。
 前記ピペッティング操作の条件は特に制限されないが、吸引吐出する体積は、好ましくは前記試料液の50%以上、より好ましくは60%以上、さらに好ましくは70%以上である。
 前記ピペッティング操作は、好ましくは1回/分以上、より好ましくは1.5回/分以上、さらに好ましくは2回/分以上の頻度で、好ましくは10分~24時間、より好ましくは15分~12時間、さらに好ましくは30分~1時間行う。
 該条件で行うと、物質α及び物質βを効率よく前記担体に吸着させることができる。
 前記ピペッティング操作を行う器具又は機器は特に制限されず、例えば、マイクロピペット、マクロピペット、メスピペット、駒込ピペット等のピペットを用いることができるが、安全上及びコンタミネーション防止の観点から、使い捨てチップを用いる、マイクロピペット又はマクロピペットが好ましい。
 前記ピペッティング操作を行う器具又は機器は、手動であっても電動であってもよいが、ピペッティング操作を正確に行えることから、電動ピペットが好ましい。
[工程2-1]
 工程2-1は、前記容器(ii)内で、物質αを前記担体から遊離可能な液(後述する遊離液)を接触させて、物質αを該担体から遊離させることで、物質αの純度が高められた精製液を得る工程である。
 工程2-1を行う方法は特に制限されないが、例えば、前記遊離液を前記担体上に滴下する。操作が簡便であり、また、自動化装置にも対応させられることから、好ましくはピペッティング操作により行う。
[工程2-2]
 工程2-2は、後述する遊離液を接触させて、物質αを該担体から遊離させることで、物質αの純度が高められた精製液を得る工程である。
 工程2-2を行う方法は特に制限されないが、例えば、前記遊離液を前記担体上に滴下する。操作が簡便であり、また、自動化装置にも対応させられることから、好ましくはピペッティング操作により行う。
 工程2-2は、前記容器(ii)内で行ってもよく、前記容器(ii)以外の入れ物(以下、入れ物Aという)内で行ってもよい。
 試料液に分散又は溶解していない夾雑物が前記容器(ii)内に存在する(例:付着性細胞等が容器内壁に付着している)とき、又は、前記容器(ii)が遊離液の量に対して過剰に大きいとき等、前記容器(ii)内において前記物質αを前記担体から遊離することが好ましくない場合は、工程2-2は、入れ物A内で行うことが好ましい。試料液に分散又は溶解していない夾雑物が前記容器(ii)内に存在する場合に、前記容器(ii)内において前記物質αを前記担体から遊離すると、該夾雑物が精製液に分散又は溶解して精製液に混入するおそれがある。工程2-2を入れ物A内で行うと、試料液には分散していない夾雑物が前記容器(ii)内に存在する場合であっても、該夾雑物が精製液に混入することを防ぐことができる。また、遊離液が少量であっても精製液を効率よく回収することができる。
 工程2-2を、入れ物A内で行う場合、通常、工程1の後であって、工程2-2の前に、物質α又は物質βが吸着した担体、前記フィルター及び前記第1室を構成する部材の少なくとも一部を、該物質α又は物質βが吸着した担体が該第1室に収納された状態のまま、前記容器(ii)から、入れ物A内に移設する。
 入れ物A内でのピペッティング操作、特にピペットチップ先端の挿入を容易にする等の処理を容易に行うことができることから、前記第1室の中にスペーサーが挿入されている場合は、該スペーサーも、入れ物A内に移設することが好ましい。
 該移設は、例えば、前記容器(ii)を工程cによって得る場合、工程cにおいて、前記容器(iii)内に、少なくとも一部の壁が前記フィルターで構成された、上部に開口を有する袋状、筒状等の部材を入れ、該袋状、筒状等の部材内の空間を第1室とし、前記容器(iii)内の該袋状、筒状等の部材以外の空間を第2室とする方法(II)により、前記容器(iii)内に前記第1室と前記第2室とを設けるとき、該袋状、筒状等の部材を、物質α又は物質βが吸着した担体が該部材内に収納された状態のまま、入れ物Aに移設することにより行うことができる。
 「製造方法(X)-2」において、工程2-2を入れ物A内で行う場合、容器(ii)は、細胞等の培養に用いた後の容器であってもよい。
 入れ物Aは、容器(ii)とは別の入れ物であれば特に制限されず、遊離液の量に応じて適宜選択することができる。
 入れ物Aの形状は特に制限されないが、ピペッティング操作を行いやすいことから、試験管、マイクロチューブ等の有底の管状容器が好ましい。入れ物Aは、物質α又は物質βが吸着した担体、前記フィルター及び前記第1室を構成する部材の少なくとも一部を、該物質α又は物質βが吸着した担体が該第1室に収納された状態のまま入れ物A内に移設し、また、遊離液を投入するため、好ましくは、上部に開口を有し、コンタミネーション防止のため、上部の開口は閉鎖可能であることが好ましい。
 入れ物Aの大きさは特に制限されず、遊離液の種類及び量に応じて適宜選択すればよい。ピペッティング操作を行いやすいことから、前記容器の容量は、好ましくは0.2mL~50mL、より好ましく0.5mL~30ml、さらに好ましくは1mL~20mLである。
 入れ物Aを構成する材料は、遊離液の種類に応じて適宜選択すればよく、物質αに対する非吸着性を有し、遊離液に対する反応性を有さないものであれば、特に制限されないが、例えば、ポリスチレン、ポリカーボネート、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエチレンテレフタレート、ポリエーテルイミド、ポリイミド、ABS樹脂、ポリ塩化ビニル、ポリ塩化ビニリデン、フッ素樹脂等の合成樹脂;ガラス;ステンレス等の金属;が挙げられる。これらは1種単独で用いてもよく、2種以上を用いてもよい。
 入れ物Aは、透明又は半透明である容器が好ましい。入れ物Aが透明又は半透明であると、ピペットチップの位置、遊離液等が吸引吐出される様子等を入れ物Aの外側から視認しやすい。そのため、自動化装置により対応させやすくなる。
 前記ピペッティング操作を行う器具又は機器については、「物質α及び物質βを拡散させる方法」の欄に記載の器具又は機器と同様である。
[物質αを担体から遊離可能な液]
 前記物質αを前記担体から遊離可能な液を、以下「遊離液」ともいう。
 前記遊離液は、物質αを担体から遊離させられれば、その組成及び性質等は制限されない。
 物質αを担体から遊離させるとは、例えば、物質βとして、物質αが被包物質の内部に収容された物質を用いる場合、担体に吸着した被包物質は、担体から遊離させてもさせなくてもよく、担体から被包物質も遊離する場合には、物質αと被包物質との分離操作が必要となる場合があるため、このような分離操作の省略のため、担体から遊離させないことが好ましい。具体的には、担体に吸着した物質β(例:核酸を内包する被包物質)から物質α(例:核酸)を液中に放出させることが可能な液(例:核酸抽出液)を接触させて、物質αを遊離させることが好ましい。
 物質αが担体に吸着している場合、物質αに対する担体の吸着性を変化させることにより、担体から物質αを遊離させることができる。
 例えば、タンパク質がヒドロキシアパタイトに吸着している場合、タンパク質をヒドロキシアパタイトから遊離可能な液は、100mM以上のEDTA等の金属キレート剤、SDS、TritonX-100等の界面活性剤、100mM以上のリン酸等の水溶液等が挙げられる。これらは1種単独で用いてもよく、2種以上を用いてもよい。
 物質βが、物質αが被包物質の内部に収納された物質である場合、被包物質を変性又は破壊することにより、担体に吸着した物質βから物質αを液中に放出させることができる。例えば、核酸がタンパク質の内部に収納されたウイルス又はエクソソームが担体に吸着している場合、タンパク質変性剤を含む前記遊離液により、担体に吸着したウイルス又はエクソソームから核酸を遊離させることができる。
 前記タンパク質変性剤としては、例えば、SDS、TritonX-100等の界面活性剤;グアニジンチオシアン酸塩、グアニジン塩酸塩、尿素、NaI等のカオトロピック剤;Proteinase K等のタンパク質分解酵素;フェノール等の有機溶媒;が挙げられる。これらは1種単独で用いてもよく、2種以上を用いてもよい。前記タンパク質変性剤には、EDTA等の核酸分解酵素阻害剤;2-メルカプトエタノール、DTT等の還元剤等を組み合わせて用いてもよい。また、前記タンパク質変性剤としては、核酸抽出試薬として市販されているTRIzol Reagent、QIAzol Lysis Reagent、ISOGEN等を用いてもよい。
 「製造方法(X)-2」において、例えば、ウイルス、細胞外小胞、又はDDS製剤の表面に発現する分子と親和性を有する物質を固相化したアガロース又はビーズ(担体)に、ウイルス、細胞外小胞、又はDDS製剤が吸着している場合、ウイルス、細胞外小胞、又はDDS製剤の表面に発現する分子と、該親和性を有する物質との結合状態を変化させることにより、該担体から該ウイルス、細胞外小胞、又はDDS製剤を遊離させることができる。
 例えば、エクソソーム表面に発現するホスファチジルセリンに結合するTim4等の脂質結合タンパク質、脂質認識抗体又は脂質認識アプタマーを固相化したアガロース又はビーズ(担体)にエクソソームが吸着している場合、ホスファチジルセリンと、Tim4等の脂質結合タンパク質、脂質認識抗体又は脂質認識アプタマーとの結合状態を変化させることにより、該担体からエクソソームを遊離させることができる。エクソソームを該担体から遊離可能な液としては、例えば、0.5mM以上のEDTA等の金属キレート剤が挙げられる。
 このように物質αを担体から遊離させると、ウイルス、細胞外小胞、又はDDS製剤を含む試料液から、インタクトな状態の該ウイルス、細胞外小胞、又はDDS製剤を含み、かつ、該ウイルス、細胞外小胞、又はDDS製剤の純度が高められた精製液を製造することができる。
 前記遊離液の使用量は、物質αを十分に担体から遊離できるような量であれば特に制限されない。担体に吸着した物質α又は物質βの量等に応じて適宜決定すればよい。
 前記遊離液は、異なる複数の遊離液を順次前記担体に接触させてもよい。これにより、精製液に含まれる物質αの純度をより高めることができる。
 また、前記担体に接触させた後の遊離液は、再度担体に接触させてもよい。これにより、精製液に含まれる物質αの純度をより高めることができる。
[除去工程]
 製造方法(X)は、好ましくは、前記工程a~dのいずれかの工程の後、かつ、前記物質αを前記担体から遊離可能な液を接触させる前に、前記工程a~dのいずれかの工程後の容器(ii)内に存在する液体を除去する工程を含む。この工程を、以下「除去工程」ともいう。
 前記工程a~dのいずれかの工程後の容器(ii)内に存在する液体には、前記担体に吸着しなかった夾雑物が多く含まれるので、該液体を除去することにより、容器(ii)内の夾雑物を減らすことができる。
 前記除去工程を行う方法は、特に制限されず、例えば、アスピレーション操作、ピペッティング操作が挙げられる。自動化装置を利用でき、また前記液体を穏やかに除去できることから、除去工程は、ピペッティング操作により行うことが好ましい。
 前記除去工程は、前記第1室及び前記第2室のいずれにおいて行ってもよいが、前記担体を除去することを避けられることから、前記第2室において行うことが好ましい。
 前記ピペッティング操作を行う器具又は機器については、「物質αを担体から遊離させる方法」の欄に記載の器具又は機器と同様である。
 製造方法(X)は、自動化装置を利用できることから、好ましくは、前記試料液中の物質α及び物質βを拡散させる方法、前記工程a~dのいずれかの工程後の容器(ii)内に存在する液体を除去する工程、及び、前記物質αを前記担体から遊離可能な液を接触させて、物質αを該担体から遊離させることで、物質αの純度が高められた精製液を得る方法のいずれもピペッティング操作により行う。
[洗浄工程]
 製造方法(X)は、除去工程の後、かつ、前記物質αを前記担体から遊離可能な液を接触させる前に、洗浄液を前記容器(ii)に入れて洗浄する工程を含んでもよい。この工程を、以下「洗浄工程」ともいう。
 前記担体に吸着しなかった夾雑物の大部分は、前記除去工程により、容器(ii)内から除去することができるが、夾雑物の一部は容器(ii)内の壁、フィルター及び担体等に付着して残存しやすい。特に、フィルターの孔径よりも大きい夾雑物は、フィルターの外側に付着し、孔の目詰まりを起こしやすい。洗浄工程により、より効率よく夾雑物を除去することができるため、夾雑物が多い場合には、製造方法(X)は、洗浄工程を含むことが好ましい。
 前記洗浄工程を行う方法は、特に制限されないが、操作が簡便であり、また、自動化装置にも対応させられることから、好ましくはピペッティング操作により行う。
 前記ピペッティング操作を行う器具又は機器については、「物質α及び物質βを拡散させる方法」と同様である。
 前記洗浄工程は、前記第1室及び前記第2室のいずれにおいて行ってもよい。
 工程a又は工程cの方法(II)で得られた容器(ii)の場合、前記試料液中の夾雑物のうち、前記フィルターの孔径よりも大きい夾雑物は、前記フィルターを通過できずに前記第2室内にとどまり、フィルターの前記第2室側の面に付着しやすい。そのため、前記フィルターの孔径よりも大きい夾雑物が前記試料液中に多く含まれる場合、フィルターを逆洗でき、孔の目詰まりを解消しやすいため、前記洗浄工程は前記第1室において行うことが好ましい。前記フィルターの孔径よりも大きい夾雑物が前記試料液中に含まれない場合または含まれていても少量である場合は、前記担体を吸引吐出することなく、洗浄工程と容器(ii)内に存在する液体を除去する工程を一連で行えるため、前記洗浄工程は前記第2室において行うことが好ましい。
 工程b又は工程dで得られた容器(ii)の場合、反対に夾雑物が前記第1室内にとどまり、フィルターの前記第1室側の面に付着しやすい。そのため、前記洗浄工程は前記第2室において行うことが好ましい。
 前記洗浄液は、前記物質αを前記担体から遊離させにくいものであれば、特に制限されず、例えば、水、緩衝液が挙げられる。前記緩衝液としては、生化学的試験に通常使用される緩衝液等を使用することができ、トリス緩衝液、リン酸緩衝液等が挙げられる。前記洗浄液には、夾雑物の種類及び量に応じて、塩化ナトリウム等の塩;SDS等の界面活性剤;EDTA等の金属キレート剤;アジ化ナトリウム等の防腐剤を適宜加えることができる。例えば、ウイルスを含む試料液から、好ましくはヒドロキシアパタイトを担体として用いて、核酸の純度が高められた精製液を製造する場合、EDTAを含む洗浄液を用いて洗浄工程を行うことにより、ウイルス以外の物質に由来するフリーの核酸を除去することができる。
 前記洗浄液の量は特に制限されない。夾雑物の種類及び量に応じて適宜決定すればよいが、前記洗浄液の体積は、前記担体の体積に対して、好ましくは20倍以上、より好ましくは100倍以上、さらに好ましくは200倍以上である。
 前記洗浄液は、異なる複数の洗浄液を順次容器(ii)に入れてもよい。これにより、効率的に夾雑物を除去し、精製液に含まれる物質αの純度をより高めることができる。
 製造方法(X)が洗浄工程を含む場合、前記洗浄工程の後、容器(ii)に入れた洗浄液をピペッティング操作により吸引吐出する、又は容器(ii)をタッピングする等して洗浄液を攪拌してもよい。これにより、効率的に夾雑物を除去し、精製液に含まれる物質αの純度をより高めることができる。
 製造方法(X)が洗浄工程を含む場合、好ましくは、前記洗浄工程の後、かつ、前記物質αを前記担体から遊離可能な液を接触させる前に、前記洗浄工程の後の容器(ii)内に存在する液体を除去する工程を含む。これにより、効率的に夾雑物を除去し、精製液に含まれる物質αの純度をより高めることができる。
[回収工程]
 製造方法(X)は、前記工程2-1又は工程2-2の後に、前記工程2-1又は工程2-2で得られた前記精製液を回収する工程を含んでもよい。この工程を、以下「回収工程」ともいう。前記回収工程を行うと、前記精製液を製造方法(X)に用いた容器(ii)以外の別の入れ物に移し替えることができる。
 前記回収工程を行う方法は、特に制限されないが、自動化装置を利用でき、また前記精製液を穏やかに回収できることから、回収工程は、ピペッティング操作により行うことが好ましい。
 前記回収工程は、前記第1室及び前記第2室のいずれにおいて行ってもよいが、前記担体を回収することを避けられることから、前記第2室において行うことが好ましい。
 前記ピペッティング操作を行う器具又は機器については、「物質αを担体から遊離させる方法」の欄に記載の器具又は機器と同様である。
 「製造方法(X)-2」において、工程2-2を入れ物A内で行う場合、前記回収工程を行わなくても、前記精製液は、製造方法(X)に用いた容器(ii)以外の別の入れ物(すなわち、入れ物A)に移し替えられている。
≪精製キット≫
 本発明の別の態様は、分離対象物質(物質α)又は分離対象物質を含む物質(物質β)を含む試料液から、物質αを精製するための精製キットであって、容器と、物質α又は物質βを吸着可能な担体と、該担体を通過させないフィルターとを含み、前記フィルターが前記容器を、それぞれ上部に開口を有する第1室と第2室とに仕切り、かつ、前記第1室が前記担体を有するように用いる、精製キットである。この精製キットを、以下「精製キット(Y)」ともいう。
 精製キット(Y)を使用する際に、前記フィルターが前記容器を、それぞれ上部に開口を有する第1室と第2室とに仕切り、かつ、該第1室が前記担体を有する限り、精製キット(Y)の使用方法は制限されない。例えば、上部に開口を有する容器内に前記フィルターを入れて、前記容器内を第1室と第2室とに仕切ってから該第1室内に前記担体を入れることができる。また、壁の少なくとも一部が前記フィルターで構成された、上部に開口を有する袋状、筒状等の部材を前記容器内に入れ、該袋状、筒状等の部材内を第1室とし、前記容器内の該袋状、筒状等の部材以外の空間を第2室としてもよい。この場合には、前記担体を入れた袋状、筒状等の部材を前記容器内に入れてもよいし、前記容器に前記担体を入れた袋状、筒状等の部材を入れた後、該部材の内部に、前記担体を入れてもよい。
 精製キット(Y)は、容器と、物質α又は物質βを吸着可能な担体と、該担体を通過させないフィルターとに加えて、前記遊離液を含んでもよい。
 精製キット(Y)は、容器と、物質α又は物質βを吸着可能な担体と、該担体を通過させないフィルターとに加えて、前記洗浄液を含んでもよい。
 精製キット(Y)は、試料採取、保存等のためのその他の試薬又は実験器具等を含んでもよい。
[その他の態様]
 本発明の別の一態様は、下記工程a~cのいずれかを含む、分離対象物質(物質α)又は物質αを含む物質(物質β)を含む試料液中の、該物質α又は物質βを担体に吸着させる方法である。
 工程a:物質α又は物質βを吸着可能な担体を前記第1室に入れた後、
 前記第2室に前記試料液を入れ、該試料液中の物質α及び物質βを拡散させることで、該物質α又は該物質βを前記担体に吸着させる工程(ただし、前記フィルターは前記物質α及び物質βが通過可能である)
 工程b:物質α又は物質βを吸着可能な担体を前記第1室に入れた後、
 前記第1室に前記試料液を入れ、該試料液中の物質α及び物質βを拡散させることで、該物質α又は該物質βを前記担体に吸着させる工程
 工程c:前記試料液を、上部に開口を有する容器(iii)に入れた後、前記容器(iii)内に、物質α又は物質βを吸着可能な担体を有する前記第1室と前記第2室とを設け、前記試料液中の物質α及び物質βを拡散させることで、該物質α又は該物質βを含む物質を前記担体に吸着させる工程(ただし、前記フィルターは前記物質α及び物質βが通過可能である)
 本発明の別の一態様は、下記工程a~dのいずれか、及び、前記工程a~dのいずれかの工程後の容器(ii)内に存在する液体を除去する工程を含む、分離対象物質(物質α)又は物質αを含む物質(物質β)を含む試料液から、該物質α又は物質βを分離する方法である。
 工程a:物質α又は物質βを吸着可能な担体を前記第1室に入れた後、
 前記第2室に前記試料液を入れ、該試料液中の物質α及び物質βを拡散させることで、該物質α又は該物質βを前記担体に吸着させる工程(ただし、前記フィルターは前記物質α及び物質βが通過可能である)
 工程b:物質α又は物質βを吸着可能な担体を前記第1室に入れた後、
 前記第1室に前記試料液を入れ、該試料液中の物質α及び物質βを拡散させることで、該物質α又は該物質βを前記担体に吸着させる工程
 工程c:前記試料液を、上部に開口を有する容器(iii)に入れた後、前記容器(iii)内に、物質α又は物質βを吸着可能な担体を有する前記第1室と前記第2室とを設け、前記試料液中の物質α及び物質βを拡散させることで、該物質α又は該物質βを含む物質を前記担体に吸着させる工程(ただし、前記フィルターは前記物質α及び物質βが通過可能である)
 工程d:前記試料液と、物質α又は物質βを吸着可能な担体とを混合して、前記試料液中の物質α及び物質βを拡散させることで、物質α又は物質βを含む物質が吸着された担体を得た後、前記第1室に前記物質α又は物質βが吸着された担体を入れる工程
 次に本発明について実施例を示してさらに詳細に説明するが、本発明はこれらによって限定されるものではない。
[実施例1]
 PTFE極細繊維からなる不織布(目付け:16g/m2、300mm×20mm、平均孔径1μm)を、内径6mm、高さ45mm、筒の深さ40mmの袋状(2枚の不織布を重ねて3辺を両面テープ(ニチバン製、ナイスタック強力タイプ、#NW-K10)を用いて封止し、残りの1辺を開放部とした袋状)に成形し、PTFEフィルターバックを作製した。このPTFEフィルターバックを、室温(25℃)下で、99.7%イソプロピルアルコール(IPA)溶液(富士フイルム和光純薬株式会社製)に30分間浸漬した。
 次いで、IPA溶液から取り出したPTFEフィルターバックを、濃度0.1質量%に調整したポリビニルアルコール(PVA)(富士フイルム和光純薬株式会社製、160-11485、重合度:1500、鹸化度:98%)水溶液500mLに、室温で30分間浸漬した。
 その後、PVA水溶液から取り出したPTFEフィルターバックを、グルタルアルデヒド5質量%溶液(富士フイルム和光純薬株式会社製のグルタルアルデヒド25%溶液を純水で希釈し、濃度5質量%に調整した溶液)500mLと、36%塩酸水溶液(富士フイルム和光純薬株式会社製)5mLとを混合した混合液に、室温で30分間浸漬した。
 次いで、前記混合液から取り出したPTFEフィルターバックを、純水中に入れ、未反応のIPA、PVA及びグルタルアルデヒドを溶解させた。
 液中から取り出したPTFEフィルターバックを自然乾燥させ、親水化(PVA)処理PTFEフィルターバックとした。
 乾燥した親水化(PVA)処理PTFEフィルターバックは不透明で中身が見えないが、水中では、透明性が高かった。
 親水化(PVA)処理PTFEフィルターバックの内側に、形状を保持するために、ステンレス(ダイドーハント社製、番手:30)で作製したスパイラル形状をしたスペーサー(直径:5mm、長さ:9.5cm)を挿入した。スペーサー入りの親水化(PVA)処理PTFEフィルターバックを、容量14mLのチューブ(FALCON社製、型番:352059)の内側に入れ、親水化(PVA)処理PTFEフィルターバックの上部をチューブの上部にクリップで固定した。なお、この際には、親水化(PVA)処理PTFEフィルターバックの開放部がチューブの開口方向に向くように(上部に開口を有するように)固定した。つまり、上部に開口を有する第1室(上部に開口を有するスペーサー入りの親水化(PVA)処理PTFEフィルターバック)と、該第1室と、親水化(PVA)処理PTFEフィルターバックで仕切られた、上部に開口を有する第2室(上部に開口を有する、チューブ内であり、且つ、親水化(PVA)処理PTFEフィルターバックの外側の部分)とを有する容器(チューブ)を得た。
 その後、親水化(PVA)処理PTFEフィルターバックの中に、HT担体粒子(バイオラッド社製Bio―Gel HT Hydroxyapatite、型番:130-0150)をマイクロピペットで50μL添加した。
 ウシ血清アルブミン溶液(SIGMA-ALDRICH社製、100μg/10μL、溶媒:H2O)に、Cy3蛍光色素(Amersham社製、型番:Q13108)を加え、室温、遮光下で1時間反応させた。その後、反応を停止させるためにTBSを加え、室温、遮光下で1時間静置した。次に、余剰なCy3蛍光色素を除くためにゲル濾過(Thermo SCIENTIFIC社製、型番:89883)を行った。PBS(TaKaRa Bio社製、型番:T900)で希釈し、Cy3蛍光色素で標識したウシ血清アルブミン溶液(25μg/mL)を調製した。
 チューブ内であって、親水化(PVA)処理PTFEフィルターバックの外側に、Cy3蛍光色素で標識したウシ血清アルブミン溶液4mLをマイクロピペットで添加した。この溶液をInputとした。
 自動ピペッター(GILSON社製、型番:P5000M、5000μL用)のピペットチップを、チューブ内であって、親水化(PVA)処理PTFEフィルターバックの外側に、液面に対して垂直に入れ、溶液を吸引吐出できるように自動ピペッターを配置した。なお、この容器(チューブ)及び自動ピペッターの配置は、溶液を吸引吐出するためのピペッティング手段と、ピペッティング手段を上下及び前後に移動させるための手段のみしか備えていない自動化装置を模したものである。
 自動ピペッターのカスタムモードにより、2800μLの溶液をスピード1の速さで1時間吸引吐出させることで、HT担体粒子に、Cy3蛍光色素で標識したウシ血清アルブミンを吸着させた。
 親水化(PVA)処理PTFEフィルターバックは、水中では透明性が高いので、ピペットチップの位置、及び溶液を吸引吐出する様子を容器外側から視認することができた。
 これ以降の液体を添加、回収する工程は、マイクロピペットで行った。
 溶液を1時間吸引吐出した後に、チューブ内に存在する液体を親水化(PVA)処理PTFEフィルターバックの外側から回収し、得られた溶液をThroughとした。
 Wash bufferとしてPBS(TaKaRa社製、型番:T900)4mLを親水化(PVA)処理PTFEフィルターバックの外側に添加し、自動ピペッターのカスタムモードにより、2800μLの溶液をスピード1の速さで5分間吸引吐出させることでHT担体粒子を洗浄した。その後、チューブ内に存在する液体を親水化(PVA)処理PTFEフィルターバックの外側から回収し、この溶液をWashとした。
 Lysis buffer-1(250mM EDTA水溶液、pH8.0、ニッポンジーン社製、型番:311-90075を水で希釈したもの)0.4mLを親水化(PVA)処理PTFEフィルターバックの内側に添加し、外側に出てきた液を再度、親水化(PVA)処理PTFEフィルターバックの内側に添加した。この操作を5回繰り返し、HT担体粒子に吸着したCy3蛍光色素で標識したウシ血清アルブミンをHT担体粒子から遊離させた。その後、チューブ内に存在する液体を親水化(PVA)処理PTFEフィルターバックの外側から回収し、得られた溶液をElute-1とした。その後、さらに、Lysis buffer-2(0.1%(w/v)SDS水溶液)0.4mLを親水化(PVA)処理PTFEフィルターバックの内側に添加し、外側に出てきた液を再度、親水化(PVA)処理PTFEフィルターバックの内側に添加した。この操作を5回繰り返し、HT担体粒子に吸着したCy3蛍光色素で標識したウシ血清アルブミンをHT担体粒子から遊離させ、その後、チューブ内に存在する液体を親水化(PVA)処理PTFEフィルターバックの外側から回収し、得られた溶液をElute-2とした。
 Input、Through、Wash、Elute-1、及びElute-2の各液体をそれぞれ200μL用いて、Qubit4フルオロメーター(Thermo Fisher Scientific社製)により、励起光470nm、蛍光510-580nmの条件での各液体中の蛍光値を測定した。
 結果を表1に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000001
 担体への結合率及び遊離率をそれぞれ以下の式(1)及び式(2)から算出し、表2に示す。
 担体への結合率(%)=100―(Throughの蛍光値/Inputの蛍光値×100)
                           ・・・式(1)
 遊離率(%)=Eluteの蛍光値×Lysis bufferの液量/{(Inputの蛍光値―Throughの蛍光値)×Inputの液量}×100
                           ・・・式(2)
 Elute-1だけを用いて算出した遊離率を遊離率(1)、Elute-1及びElute-2の両方を用いて算出した遊離率を遊離率(1+2)とした。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000002
 以上の結果から、ウシ血清アルブミン溶液(物質αを含む試料液)から、物質αであるウシ血清アルブミンの純度が高められた精製液(Elute-1、Elute-2及びこれらの混合液)を製造することができた。
[実施例2]
 親水化されたPVDF多孔質膜(メルク社製、デュラポアSVLP09050、孔径5μm)を内径11mm、高さ95mmの筒状(底面を有し、上部に開口を有する筒状)に、熱シーラー(アズワン社製、AS―200)を用いて成形し、PVDFフィルターバック1を作製した。
 PVDFフィルターバック1の内側に、形状を保持するために、ステンレス(ダイドーハント社製、番手:30)で作製したスパイラル形状をしたスペーサーを挿入した。スペーサー入りのPVDFフィルターバック1を、容量14mLのチューブ(FALCON社製、型番:352059)の内側に入れ、PVDFフィルターバック1の上部をチューブの上部にクリップで固定した。なお、この際には、PVDFフィルターバック1が上部に開口を有するように固定した。つまり、上部に開口を有する第1室(上部に開口を有するスペーサー入りのPVDFフィルターバック1)と、該第1室と、PVDFフィルターバック1で仕切られた、上部に開口を有する第2室(上部に開口を有する、チューブ内であり、且つ、PVDFフィルターバック1の外側の部分)とを有する容器(チューブ)を得た。
 その後、PVDFフィルターバック1の中に、HT担体粒子(バイオラッド社製Bio―Gel HT Hydroxyapatite、型番:130-0150)をマイクロピペットで50μL添加した。
 培養したA型インフルエンザウイルス(109.0TCID50/mL)をPBS(FUJIFILM社製、型番:045-29795)で50万倍希釈し、A型インフルエンザウイルス溶液(2000TCID50/mL)を調製した。
 このウイルス溶液10mLを、チューブ内であって、PVDFフィルターバック1の外側に10mLメスピペット(FALCON社製、型番:357551)で添加した。このウイルス溶液をInputとした。
 自動ピペッター(GILSON社製、型番:P10mLM、10mL用)のピペットチップを、チューブ内であってPVDFフィルターバック1の外側に、液面に対して垂直に入れ、溶液を吸引吐出できるように自動ピペッターを配置した。なお、この容器(チューブ)及び自動ピペッターの配置は、溶液を吸引吐出するためのピペッティング手段と、ピペッティング手段を上下及び前後に移動させるための手段のみしか備えていない自動化装置を模したものである。
 自動ピペッターのカスタムモードにより、6.5mLの溶液をスピード2の速さで1回吸引後2秒間待機し、その後2mLの溶液をスピード2の速さで1回吸引後2秒間待機した。次に8.5mLの溶液をスピード3の速さで1回吐出後5秒間待機した。この動きを繰り返し、1時間吸引吐出させることで、HT担体粒子に、A型インフルエンザウイルスを吸着させた。
 溶液を1時間吸引吐出した後にチューブ内に存在する液体をPVDFフィルターバック1の外側から回収し、得られた溶液をThroughとした。
 これ以降の液体を添加、回収する工程は、1mLメスピペット(FALCON社製、型番:4485)で行った。
 Lysis buffer(5Mグアニジンチオシアン酸塩、100mM EDTA(pH8.0)、100mM Tris-HCl(pH6.8)、3%(w/v)Triton X-100、1%(v/v)2-メルカプトエタノール1mLをPVDFフィルターバック1の内側に添加することで、HT担体粒子に吸着したA型インフルエンザウイルスを破壊し、HT担体粒子からウイルスRNAを含む核酸を遊離させた。その後、チューブ内に存在する液体をPVDFフィルターバック1の外側から回収した。この回収液100μLを自動核酸抽出装置(プレシジョン・システム・サイエンス社製、magLEAD 12gC)に供し、核酸抽出試薬(プレシジョン・システム・サイエンス社製、MagDEA Dx SV)を用いて、ウイルスRNAを含む核酸を抽出し、得られた溶液をEluteとした。
 Input、Through及びEluteをPCR用試料として、それぞれ、A型インフルエンザウイルス固有の遺伝子の一例である、A型インフルエンザウイルスのM遺伝子を対象とする定量PCRを行った。定量PCRは、Nakauchiら(Journal of Virological Methods, 2011, One-step real-time reverse transcription-PCR assays for detecting and subtyping pandemic influenza A/H1N1 2009, seasonal influenza A/H1N1, and seasonal influenza A/H3N2 viruses)が示すA型インフルエンザウイルスのM遺伝子検出用プライマー及びプローブ(MP-39-67For、MP-183-153Rev及びMP-96-75ProbeAs)と市販の定量PCRキット(東洋紡株式会社製、THUNDERBIRD Probe One-step qRT-PCR Kit)、並びに定量PCR装置(Applied Biosystems社製 7500 Fast Real-Time PCR System)を用いて行った。実験はn=2で行った。
 結果(定量PCRでの増幅曲線)を図1に示す。グラフの縦軸はΔRn(所定のPCR条件で生じた蛍光シグナルの強度)、横軸は定量PCRでのサイクル数を示す。
 Input、Through及びEluteをPCR用試料とした場合のΔRnに加えて、濃縮時理想値を示した。濃縮時理想値は、Inputの10倍濃いA型インフルエンザウイルス溶液(すなわち、20000TCID50/mL)を調製し、その溶液から、上述の方法と同様にしてウイルスRNAを含む核酸を抽出し、得られた溶液をPCR用試料に用いて算出した。
 Eluteでは、Inputよりも少ないサイクル数でΔRnが増加しており、M遺伝子が多く含まれることが明らかになった。つまり、ウイルス溶液(物質βを含む試料液)から、物質αであるウイルスRNAの純度が高められた精製液(Elute)を製造することができた。例えば、ΔRn=0.4では、Eluteのサイクル数はInputに比べて約3小さくなっていることから、ウイルスRNAの純度は約10倍高められていることが明らかになった。また、Eluteでは、増幅曲線が濃縮時理想値に近づいていた。
[実施例3]
 親水化されたPVDF多孔質膜(メルク社製、デュラポアSVLP09050、孔径5μm)を内径6.4mm、高さ40mmの筒状(底面を有し、上部に開口を有する筒状)に熱シーラー(アズワン社製、AS―200)を用いて成形し、PVDFフィルターバック2を作製した。
 PVDFフィルターバック2の内側に、形状を保持するために、手製のステンレス製のスパイラル形状をしたスペーサー(ダイドーハント社製、番手:30、直径:5mm、長さ:4cm)を挿入した。スペーサー入りのPVDFフィルターバック2を、容量2mLのチューブ(eppendorf社製、型番:022431102)の内側に入れ、PVDFフィルターバック2の上部をチューブの上部にクリップで固定した。なお、この際には、PVDFフィルターバック2が上部に開口を有するように固定した。つまり、上部に開口を有する第1室(上部に開口を有するスペーサー入りのPVDFフィルターバック2)と、該第1室と、PVDFフィルターバック2で仕切られた、上部に開口を有する第2室(上部に開口を有する、チューブ内であり、且つ、PVDFフィルターバック2の外側の部分)とを有する容器(チューブ)を得た。
 その後、PVDFフィルターバック2の中に、HT担体粒子(バイオラッド社製Bio―Gel HT Hydroxyapatite、型番:130-0150)をマイクロピペットで50μL添加した。
 凍結乾燥したヒト血清由来エクソソーム(HansaBioMed Life Science社製、HBM-PES-30)を水で溶解し、1μg/μLのエクソソーム溶液を調製した。このエクソソーム溶液を1%(v/v)EV-Save(FUJIFILM社製、型番:058-09261)/PBS溶液で希釈し、5μg/mL(1.67×105個/mL)のエクソソーム溶液を調製した。
 このエクソソーム溶液1mLを、チューブ内であって、PVDFフィルターバック2の外側にマイクロピペットで添加した。このエクソソーム溶液をInputとした。
 自動ピペッター(Thermo SCIENTIFIC社製、型番:E1-CLIP TIP、1mL用)のピペットチップを、チューブ内であってPVDFフィルターバック2の外側に、液面に対して垂直に入れ、溶液を吸引吐出できるように自動ピペッターを配置した。なお、この容器(チューブ)及び自動ピペッターの配置は、溶液を吸引吐出するためのピペッティング手段と、ピペッティング手段を上下及び前後に移動させるための手段のみしか備えていない自動化装置を模したものである。
 自動ピペッターのprogramsモードにより、0.7mLの溶液をスピード1の速さで1時間吸引吐出させることで、HT担体粒子に、ヒト血清由来エクソソームを吸着させた。
 これ以降の液体を添加、回収する工程は、マイクロピペットで行った。
 溶液を1時間吸引吐出した後にチューブ内に存在する液体をPVDFフィルターバック2の外側から回収し、得られた溶液をThroughとした。
 miRNeasy kit(QIAGEN社製)に含まれるQIAzol Lysis
 Reagent 500μLをPVDFフィルターバック2の内側に添加し、HT担体粒子から核酸を遊離させた。その後、チューブ内に存在する液体をPVDFフィルターバック2の外側から回収し、再度、PVDFフィルターバック2の内側にQIAzol Lysis Reagentを添加する工程を5回繰り返して、HT担体粒子から核酸を充分に遊離させた。その後、チューブ内に存在する液体をPVDFフィルターバック2の外側から回収し、miRNeasy kitのプロトコルに従い、マイクロRNA画分を得た。得られた溶液をEluteとした。
 Input、Through及びEluteをPCR用試料として、それぞれ、TaqMan MicroRNA Reverse Transcription Kit(Invitrogen社製)とTaqMan microRNA Assay(has-mir-181a)(Invitrogen社製)を用い、製品のプロトコルに従って、定量PCR装置(Applied Biosystems社製、7500 Fast Real-Time PCR System)に供して、マイクロRNAの1種であるmiR181aを対象とする定量PCRを行った。実験はn=2で行った。
 結果(定量PCRでの増幅曲線)を図2に示す。グラフの縦軸はΔRn(所定のPCR条件で生じた蛍光シグナルの強度)、定量PCRでのサイクル数を示す。
 Input、Through及びEluteをPCR用試料とした場合のΔRnに加えて、濃縮時理想値を示した。濃縮時理想値は、Inputの10倍濃いエクソソーム溶液(すなわち、50μg/mL)を調製し、その溶液から上述の方法と同様にしてマイクロRNA画分を抽出し、得られた溶液をPCR用試料に用いて算出した。
 Eluteでは、Inputよりも少ないサイクル数でΔRnが増加しており、miR181aが多く含まれていることが明らかになった。つまり、エクソソーム溶液(物質βを含む試料液)から、物質αであるマイクロRNAの純度が高められた精製液(Elute)を製造することができた。例えば、ΔRn=1.5では、Eluteのサイクル数はInputに比べて約3小さくなっていることから、マイクロRNAの純度は約10倍高められていることが明らかになった。また、Eluteでは、増幅曲線が濃縮時理想値に近づいていた。
[実施例4、5]
(親水化(ヒドロキシアクリレート)処理PTFEフィルターバックの作製)
 PTFE極細繊維からなる不織布(目付け:16g/m2、300mm×20mm、平均孔径1μm)を室温(25℃)下で、99.7%イソプロピルアルコール(IPA)溶液(富士フイルム和光純薬株式会社製)に1分間浸漬した。
 次いで、IPA溶液から取り出した後のPTFE不織布を、純水100gに対して、メタクリル酸ヒドロキシプロピル(2-ヒドロキシプロピルエステルと2-ヒドロキシ-1-メチルエチルエステルとの混合物)(HPA)(東京化成工業株式会社製、製品コード:M0512)7g、テトラエチレングリコールジアクリレート(TEGDA)(東京化成工業株式会社製、製品コード:T1569)0.7gおよび過硫酸アンモニウム(AmPS)(東京化成工業株式会社製、製品コード:A2098)1.3gを溶解した水溶液中に、65℃で1時間浸漬した。
 その後、前記水溶液から取り出した後のPTFE不織布を、純水中に入れ、85℃にて6時間煮沸し、未反応のIPA、HPA、TEGDAおよびAmPSを溶解した。
 煮沸後、液中から取り出したPTFE不織布を自然乾燥し、該不織布を内径6mm、高さ90mmの筒状(底面を有し、上部に開口を有する筒状)に両面テープ(ニチバン製、ナイスタック強力タイプ、#NW-K10)を用いて成形し、親水化(ヒドロキシアクリレート)処理PTFEフィルターバックを作製した。
(親水化(PVA-MPC)処理PTFEフィルターバックの作製)
 PTFE極細繊維からなる不織布(目付け:16g/m2、300mm×20mm、平均孔径1μm)を、室温(25℃)下で、99.7%イソプロピルアルコール(IPA)溶液(富士フイルム和光純薬株式会社製)に1分間浸漬させた。
 次いで、IPA溶液から取り出したPTFE不織布シートを、濃度0.1質量%に調整したポリビニルアルコール(PVA)(富士フイルム和光純薬(株)製、160-11485、重合度:1500、鹸化度:98%)水溶液500mLに、室温で30分間浸漬した。
 その後、PVA水溶液から取り出したPTFEフィルターを、グルタルアルデヒド5質量%溶液(富士フイルム和光純薬株式会社製のグルタルアルデヒド25%溶液を純水で希釈し、濃度を5質量%に調整した溶液)500mLと、36%塩酸水溶液(富士フイルム和光純薬株式会社製)5mLとを混合した混合液に、室温で30分間浸漬した。
 次いで、前記混合液から取り出したPTFE不織布を、純水中に入れ、未反応のIPA、PVAおよびグルタルアルデヒドを溶解させた。
 その後、液中から取り出したPTFE不織布を自然乾燥させることで、親水化(PVA)処理PTFEフィルターを得た。
 さらに、得られた親水化(PVA)処理PTFEフィルターを、2-メタクリロイルオキシエチルホスホリルコリン(MPC)ポリマーのエタノール溶液(インテリジェント・サーフェス株式会社製、MP011 L1)に、室温(25℃)で30分間浸漬させた。
 その後、該エタノール溶液から取り出した後のフィルターを、自然乾燥させ、次いで、純水で洗浄し、再度自然乾燥させた該不織布を内径6mm、高さ90mmの筒状(底面を有し、上部に開口を有する筒状)に両面テープ(ニチバン製、ナイスタック強力タイプ、#NW-K10)を用いて成形し、親水化(PVA-MPC)処理PTFEフィルターバックを作製した。
 親水化(ヒドロキシアクリレート)処理PTFEフィルターバック(実施例4)、及び親水化(PVA-MPC)処理PTFEフィルターバック(実施例5)の内側に、形状を保持するために、ステンレス(ダイドーハント社製、番手:30)で作製したスパイラル形状をしたスペーサーをそれぞれ挿入した。スペーサー入りの親水化(ヒドロキシアクリレート)処理PTFEフィルターバック及び親水化(PVA-MPC)処理PTFEフィルターバックを、それぞれ、容量14mLのチューブ(FALCON社製、型番:352059)の内側に入れ、フィルターバックの上部をチューブの上部にクリップで固定した。なお、この際には、フィルターバックが上部に開口を有するように固定した。その後、それぞれのフィルターバックの中に、50%水溶液(vol/vol)のHT担体粒子(バイオラッド社製Bio―Gel HT Hydroxyapatite、型番:130-0150)をマイクロピペットで100μL添加した。
 培養したA型インフルエンザウイルス(109.0TCID50/mL)をD-PBS(-)(FUJIFILM社製、型番:045-29795)で50万倍希釈し、A型インフルエンザウイルス溶液(2000TCID50/mL)を調製した。
 このウイルス溶液10mLを、チューブ内であって、フィルターバックの外側に10mLメスピペット(FALCON社製、型番:357551)で添加した。このウイルス溶液をInputとした。
 自動ピペッター(GILSON社製、型番:P10mLM、10mL用)のピペットチップを、チューブ内であってフィルターバックの外側に、液面に対して垂直に入れ、溶液を吸引吐出できるように自動ピペッターを配置した。自動ピペッターのカスタムモードにより、6.5mLの溶液をスピード2の速さで1回吸引後2秒間待機し、その後2mLの溶液をスピード2の速さで1回吸引後2秒間待機した。次に8.5mLの溶液をスピード3の速さで1回吐出後5秒間待機した。この動きを繰り返し、1時間吸引吐出させることで、HT担体粒子に、A型インフルエンザウイルスを吸着させた。
 溶液を1時間吸引吐出した後にチューブ内に存在する液体をフィルターバックの外側から回収し、得られた溶液をThroughとした。
これ以降の液体を添加、回収する工程は、1mLメスピペット(FALCON社製、型番:4485)で行った。
 Lysis buffer(5Mグアニジンチオシアン酸塩、100mM EDTA(pH8.0)、100mM Tris-HCl(pH6.8)、3%(w/v)Triton X-100、1%(v/v)2-メルカプトエタノール1mLをフィルターバックの内側に添加し、その後、チューブ内に存在する液体をフィルターバックの外側から回収し、再度、フィルターバックの内側に添加した。この操作を5分間繰り返し、HT担体粒子に吸着したA型インフルエンザウイルスを破壊し、HT担体粒子からウイルスRNAを含む核酸を遊離させた。この回収液100μLを自動核酸抽出装置(プレシジョン・システム・サイエンス社製、magLEAD 12gC)に供し、核酸抽出試薬(プレシジョン・システム・サイエンス社製、MagDEA Dx SV)を用いて、ウイルスRNAを含む核酸を抽出し、得られた溶液をEluteとした。
 Input、Through及びEluteをPCR用試料として、それぞれ、A型インフルエンザウイルス固有の遺伝子の一例である、A型インフルエンザウイルスのM遺伝子を対象とする定量PCRを行った。定量PCRは、Nakauchiらが示すA型インフルエンザウイルスのM遺伝子検出用プライマー及びプローブ(MP-39-67For、MP-183-153Rev及びMP-96-75ProbeAs)と市販の定量PCRキット(東洋紡株式会社製、THUNDERBIRD Probe One-step qRT-PCR Kit)、並びに定量PCR装置(Applied Biosystems社製 7500 Fast Real-Time PCR System)を用いて行った。実験はn=2で行った。
 結果(定量PCRでの増幅曲線)を図3(親水化(ヒドロキシアクリレート)処理PTFEフィルターバック)と図4(親水化(PVA-MPC)処理PTFEフィルターバック)に示す。グラフの縦軸はΔRn(所定のPCR条件で生じた蛍光シグナルの強度)、横軸は定量PCRでのサイクル数を示す。
 Input、Through及びEluteをPCR用試料とした場合のΔRnに加えて、濃縮時理想値を示した。濃縮時理想値は、Inputの10倍濃いA型インフルエンザウイルス溶液(すなわち、20000TCID50/mL)を調製し、その溶液から、上述の方法と同様にしてウイルスRNAを含む核酸を抽出し、得られた溶液をPCR用試料に用いて算出した。
 Eluteでは、Inputよりも少ないサイクル数でΔRnが増加しており、M遺伝子が多く含まれることが明らかになった。つまり、ウイルス溶液(物質βを含む試料液)から、物質αであるウイルスRNAの純度が高められた精製液(Elute)を製造することができた。例えば、ΔRn=0.4では、Eluteのサイクル数はInputに比べて約3小さくなっていることから、ウイルスRNAの純度は約10倍高められていることが明らかになった。また、Eluteでは、増幅曲線が濃縮時理想値に近づいていた。
[実施例6]
 実施例4と同様にして親水化(ヒドロキシアクリレート)処理をしたPTFE不織布を、内径16mm、高さ40mmの筒状(底面を有し、上部に開口を有する筒状)に両面テープ(ニチバン製、ナイスタック強力タイプ、#NW-K10)を用いて成形し、親水化(ヒドロキシアクリレート)処理PTFEフィルターバックを作製した。この親水化(ヒドロキシアクリレート)処理PTFEフィルターバックを用いてエクソソームの濃縮実験を行なった。
 フィルターバックの内側に、形状を保持するために、手製のステンレス製のスパイラル形状をしたスペーサー(ダイドーハント社製、番手:30、直径:5mm、長さ:40mm)を挿入した。スペーサー入りのフィルターバックを、容量2mLのチューブ(eppendorf社製、型番:022431102)の内側に入れ、フィルターバックの上部をチューブの上部にクリップで固定した。なお、この際には、フィルターバックが上部に開口を有するように固定した。つまり、上部に開口を有する第1室(上部に開口を有するスペーサー入りの親水化(ヒドロキシアクリレート)処理PTFEフィルターバック)と、該第1室と、親水化(ヒドロキシアクリレート)処理PTFEフィルターバックで仕切られた、上部に開口を有する第2室(上部に開口を有する、チューブ内であり、且つ、親水化(ヒドロキシアクリレート)処理PTFEフィルターバックの外側の部分)とを有する容器(チューブ)を得た。
 その後、フィルターバックの中に、エクソソームキャプチャーレジン(FUJIFILM社製 PS Capture Exosome Isolation Resin Kit、#290―80301、平均粒子径約34μm)をマイクロピペットで100μL添加した。
 凍結乾燥した健常人由来のヒト尿由来エクソソーム(HansaBioMed Life Science社製、HBM-PEU-100/2)を水で溶解し、1μg/μLのエクソソーム溶液を調製した。このエクソソーム溶液を0.1%(v/v)ウシ血清アルブミン(BSA)/PBS溶液、Binding Enhancer(FUJIFILM社製 PS Capture Exosome Isolation Resin Kit、#290―80301)で希釈し、5μg/mL(4.7×109個/mL)のエクソソーム溶液を調製した。このエクソソーム溶液は、夾雑タンパク質としてウシ血清アルブミンを含むので、エクソソームだけでなく夾雑タンパク質を含む生体試料(例:血液、尿など)等を模したものである。
 このエクソソーム溶液1mLを、チューブ内であって、フィルターバックの外側にマイクロピペットで添加した。このエクソソーム溶液をInputとした。
 自動ピペッター(Thermo SCIENTIFIC社製、型番:E1-CLIP TIP、1mL用)のピペットチップを、チューブ内であってフィルターバックの外側に、液面に対して垂直に入れ、溶液を吸引吐出できるように自動ピペッターを配置した。なお、この容器(チューブ)及び自動ピペッターの配置は、溶液を吸引吐出するためのピペッティング手段と、ピペッティング手段を上下及び前後に移動させるための手段のみしか備えていない自動化装置を模したものである。
 自動ピペッターのprogramsモードにより、0.7mLの溶液をスピード1の速さで1時間吸引吐出させることで、エクソソームキャプチャーレジンに、ヒト尿由来エクソソームを吸着させた。
 これ以降の液体を添加、回収する工程は、マイクロピペットで行った。
 溶液を1時間吸引吐出した後にチューブ内に存在する液体をフィルターバックの外側から回収し、得られた溶液をThroughとした。
 miRNeasy kit(QIAGEN社製)に含まれるQIAzol Lysis Reagent 500μLをフィルターバックの内側に添加し、エクソソームキャプチャーレジンから核酸を遊離させた。その後、チューブ内に存在する液体をフィルターバックの外側から回収し、再度、フィルターバックの内側に添加する工程を5分間繰り返して、エクソソームキャプチャーレジンから核酸を充分に遊離させた。その後、チューブ内に存在する液体をフィルターバックの外側から回収し、miRNeasy kitのプロトコルに従い、マイクロRNA画分を得た。得られた溶液をEluteとした。
 Input、Through及びEluteをPCR用試料として、それぞれ、TaqMan MicroRNA Reverse Transcription Kit(Invitrogen社製)とTaqMan microRNA Assay(has-mir-181a)(Invitrogen社製)を用い、製品のプロトコルに従って、定量PCR装置(Applied Biosystems社製、7500 Fast Real-Time PCR System)に供して、マイクロRNAの1種であるmiR181aを対象とする定量PCRを行った。実験はn=2で行った。
 結果(定量PCRでの増幅曲線)を図5に示す。グラフの縦軸はΔRn(所定のPCR条件で生じた蛍光シグナルの強度)、定量PCRでのサイクル数を示す。
 Input、Through及びEluteをPCR用試料とした場合のΔRnに加えて、濃縮時理想値を示した。濃縮時理想値は、Inputの10倍濃いエクソソーム溶液(すなわち、50μg/mL)を調製し、その溶液から上述の方法と同様にしてマイクロRNA画分を抽出し、得られた溶液をPCR用試料に用いて算出した。
 Eluteでは、Inputよりも少ないサイクル数でΔRnが増加しており、miR181aが多く含まれていることが明らかになった。つまり、エクソソーム溶液(物質βを含む試料液)から、物質αであるマイクロRNAの純度が高められた精製液(Elute)を製造することができた。例えば、ΔRn=1.5では、Eluteのサイクル数はInputに比べてそれぞれ約1.7小さくなったことから、マイクロRNAの純度は約3.25倍高められていることが明らかになった。
[実施例7、8]
 実施例5と同様の親水化(PVA-MPC)処理PTFEフィルターバックを用い、添加するBinding Enhancerの量を1倍と10倍にした以外は、実施例6と同様の濃縮実験を行った。Binding Enhancerの量を1倍にしたときを実施例7、Binding Enhancerの量を10倍にしたときを実施例8とした。
 結果を図6(実施例7)および図7(実施例8)に記す。添加するBinding Enhancerの量が増加すると、濃縮されるエクソソームの量は増加し、定量PCRでより理想値に近い増幅曲線を示した。
[実施例9]
 膵臓がん由来培養細胞であるCapan2をエクソソーム供給元細胞として用い、細胞培養上清からのエクソソームの濃縮実験を行なった。従来より、脂肪細胞などの培養上清にはエクソソームが含まれることが知られており、エクソソームの供給元細胞としては脂肪細胞などが広く用いられているが、今回は膵臓がん由来培養細胞であるCapan2をエクソソーム供給元細胞として用いた。
 実験の概要を図8(a)に示す。
 Capan2細胞の培養には、グライナー社製CELLSTARフラスコ、25cm2(690170)と、有血清培地(D-MEM培地(FUJIFILM社製、#044-29765)、10% Fetal Bovine Serum(Thermo Fisher Scientific(Gibco)社製、#10270106)、1% Penicillin-Streptomycin(Thermo Fisher Scientific(Gibco)社製、#15140122))を用いた。
 通常の細胞培養に用いるFetal Bovine Serumには、ウシ由来のエクソソームが含まれる。細胞培養上清へのウシ由来のエクソソームの混入を防ぐため、Capan2細胞は、培養期間の途中から無血清培地(D-MEM培地(FUJIFILM社製、#044-29765)、1% Penicillin-Streptomycin(Thermo Fisher Scientific(Gibco)社製、#15140122))で培養した。具体的には、有血清培地でコンフルエントの状態まで生育したCapan2細胞のフラスコから培養上清を取り除き、続いて、細胞洗浄操作(フラスコに10mLの無血清培地を加えて細胞を洗浄後、すぐに培地を取り除く操作)を5回行った。続いて、無血清培地10mLをフラスコに添加し、37℃、5%CO2濃度で48時間培養した。
 48時間の培養後、フラスコを立てて、20mLの―無血清培地を加えて、全量を30mLとした。これを濃縮前のInputとした(図8(b))。
 実施例5と同様にPVA及びMPCで親水化処理したPTFE極細繊維からなる不織布を内径20mm、高さ90mmの筒状(底面を有し、上部に開口を有する筒状)に両面テープ(ニチバン製、ナイスタック強力タイプ、#NW-K10)を用いて成形し、親水化(PVA-MPC)処理PTFEフィルターバックを作製し、形状を保持するためにステンレス(ダイドーハント社製、番手:30)で作製したスパイラル形状をしたスペーサーを挿入した。スペーサー入りの親水化(PVA-MPC)処理PTFEフィルターバックの中に、エクソソームキャプチャーレジン(FUJIFILM社製 PS Capture Exosome Isolation Resin Kit、#290-80301)をマイクロピペットで60μL添加し、フィルターバックの下端1cmが培地中に浸るようにフラスコの中にクリップで固定した。
 自動ピペッター(GILSON社製、型番:P10mLM、10mL用)のピペットチップを、フラスコ内であってフィルターバックの外側に、液面に対して垂直に入れ、溶液を吸引吐出できるように自動ピペッターを配置した。自動ピペッターのカスタムモードにより、8mLの溶液をスピード3の速さで1回吸引後、8mLの溶液をスピード3の速さで1回吐出し、その後10秒間待機した。この動きを繰り返し、1時間吸引吐出させることで、エクソソームキャプチャーレジンに、培養上清中のエクソソームを吸着させた。
 吸着操作の後、フィルターバックをフラスコから取り出し、容量14mLのチューブ(FALCON社製、型番:352059)の内側に入れ、フィルターバックの上部をチューブの上部にクリップで固定した。なお、この際には、フィルターバックが上部に開口を有するように固定した。これ以降の液体を添加、回収する工程は、1mLメスピペット(FALCON社製、型番:4485)で行った。1mLの洗浄液(FUJIFILM社製 PS Capture Exosome Isolation Resin Kit、#290-80301)をフィルターバックの中に添加し、フィルターバックの外から回収する操作を3回行い、エクソソームキャプチャーレジンに非特異的に結合する物質を洗浄した。続いて、100μLの溶出液(FUJIFILM社製 PS Capture Exosome Isolation Resin Kit、#290-80301)をフィルターバックの中に添加し、10分間室温で静置した後、フィルターバックの外から溶出液を回収した。これをEluteとした。
 Capan2細胞の培養上清から濃縮したエクソソームの確認は、エクソソームのマーカーであるCD9のウエスタンブロットにより行った。15μLの溶出液を還元剤を含まないサンプルバッファー(FUJIFILM社製、#198-13282)と混合し、100℃、5min処理後、SDS-PAGEで展開した。
 比較対照として、濃縮していないInput試料15μLに同様の処理を行った。
 SDS-PAGEのゲルはSuperSep(TM)Ace、10-20%(FUJIFILM社製、#191-15031)を用いた。電気泳動後、展開した試料はゲルからPVDF膜(Trans-Blot Turbo Mini 0.2μm PVDF Transfer Packs、Bio-Rad社製、#1704156)へ転写され、PVDF膜に対して、PVDF Blocking Reagent for Can Get Signal(TOYOBO社製、#NYPBR01)を用いて室温で1時間ブロッキングを行った。検出抗体は、一次抗体としてanti-Human CD9(COSMO BIO、#SHI-EXO-M01)を、二次抗体としてanti-Mouse IgG-HRP(GE、#NA931)を、Can Get Signal Solution(TOYOBO社製、#NKB―101)でそれぞれ1000倍と5000倍に希釈して使用した。反応はそれぞれ室温で1時間ずつ行った。検出試薬はImmobilon Forte(Millipore社製、#WBLUF0100)を用い、シグナルはLuminoGraph1(ATTO社製)で検出した。
 ウエスタンブロットの結果を図8(b)に示す。InputではAnti-CD9抗体に反応するバンドは検出できなかったのに対し、親水化(PVA-MPC)処理PTFEフィルターバックとエクソソームキャプチャーレジンを用いて濃縮した試料(Elute)では、25kDa付近にCD9のバンドが確認された。この結果より、細胞培養上清からのエクソソームの濃縮が可能であることが確認された。
 以上の結果から、エクソソームを含む細胞培養上清(物質αを含む試料液)から、物質αであるエクソソームの純度が高められた精製液(Elute)を製造することができた。
 近年、細胞が放出するエクソソームを細胞培養上清等から精製し、精製したエクソソームを体内へ投与するという、医療への応用の可能性が検討されている。本発明の一態様である精製液の製造方法は、このような分野への応用も期待される。

Claims (12)

  1.  分離対象物質(物質α)又は物質αを含む物質(物質β)を含む試料液から、物質αの純度が高められた精製液を製造する方法であって、
     上部に開口を有する第1室と、該第1室とフィルターで仕切られ、上部に開口を有する第2室とを有する容器(i)を用い、
     (1)下記工程1及び工程2-1を含む、又は
     (2)下記工程1及び工程2-2を含む(ただし、物質βにおける物質αは、タンパク質、核酸、脂質、又は糖類である)、精製液の製造方法。
     工程1:前記第1室中に、前記試料液中の物質α又は物質βが吸着された担体を有する、容器(ii)を得る工程
     工程2-1:前記容器(ii)内で、物質αを前記担体から遊離可能な液を接触させて、物質αを該担体から遊離させることで、物質αの純度が高められた精製液を得る工程
     工程2-2:物質αを前記担体から遊離可能な液を接触させて、物質αを該担体から遊離させることで、物質αの純度が高められた精製液を得る工程 (ただし、前記フィルターは前記担体を通過させない)
  2.  前記工程2-1又は工程2-2を、ピペッティング操作により行う、請求項1に記載の精製液の製造方法。
  3.  前記容器(ii)を下記工程a~dのいずれかで得る、請求項1又は2に記載の精製液の製造方法。
     工程a:物質α又は物質βを吸着可能な担体を前記第1室に入れた後、
     前記第2室に前記試料液を入れ、該試料液中の物質α及び物質βを拡散させることで、該物質α又は該物質βを前記担体に吸着させる工程(ただし、前記フィルターは前記物質α及び物質βが通過可能である)
     工程b:物質α又は物質βを吸着可能な担体を前記第1室に入れた後、
     前記第1室に前記試料液を入れ、該試料液中の物質α及び物質βを拡散させることで、該物質α又は該物質βを前記担体に吸着させる工程
     工程c:前記試料液を、上部に開口を有する容器(iii)に入れた後、前記容器(iii)内に、物質α又は物質βを吸着可能な担体を有する前記第1室と前記第2室とを設け、前記試料液中の物質α及び物質βを拡散させることで、該物質α又は該物質βを含む物質を前記担体に吸着させる工程(ただし、前記フィルターは前記物質α及び物質βが通過可能である)
     工程d:前記試料液と、物質α又は物質βを吸着可能な担体とを混合して、前記試料液中の物質α及び物質βを拡散させることで、物質α又は物質βを含む物質が吸着された担体を得た後、前記第1室に前記物質α又は物質βが吸着された担体を入れる工程
  4.  前記試料液中の物質α及び物質βを拡散させる方法が、試料液の液面を上下させる方法である、請求項3に記載の精製液の製造方法。
  5.  前記試料液中の物質α及び物質βを拡散させる方法を、ピペッティング操作により行う、請求項3に記載の精製液の製造方法。
  6.  前記工程a~dのいずれかの工程の後、かつ、前記物質αを前記担体から遊離可能な液を接触させる前に、前記工程a~dのいずれかの工程後の容器(ii)内に存在する液体を除去する工程を含む、請求項3に記載の精製液の製造方法。
  7.  前記工程a~dのいずれかの工程後の容器(ii)内に存在する液体を除去する工程を、ピペッティング操作により行う、請求項6に記載の精製液の製造方法。
  8.  前記試料液中の物質α及び物質βを拡散させる方法、
     前記工程a~dのいずれかの工程後の容器(ii)内に存在する液体を除去する工程、及び、
     前記工程2-1又は工程2-2のいずれもピペッティング操作により行う、請求項6に記載の精製液の製造方法。
  9.  前記物質αが、核酸又はタンパク質である、請求項1又は2に記載の精製液の製造方法。
  10.  前記物質βが、ウイルス又はエクソソームである、請求項9に記載の精製液の製造方法。
  11.  前記物質αが、エクソソームである、請求項1又は2に記載の精製液の製造方法。
  12.  分離対象物質(物質α)又は物質αを含む物質(物質β)を含む試料液から、物質αを精製するための精製キットであって、
     容器と、物質α又は物質βを吸着可能な担体と、該担体を通過させないフィルターとを含み、
     前記フィルターが前記容器を、それぞれ上部に開口を有する第1室と第2室とに仕切り、かつ、前記第1室が前記担体を有するように用いる、精製キット。
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