WO2018225945A1 - 미생물 메타게놈 분석을 통한 아토피피부염 진단방법 - Google Patents

미생물 메타게놈 분석을 통한 아토피피부염 진단방법 Download PDF

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WO2018225945A1
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bacteria
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김윤근
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    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
    • YGENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02ATECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A50/00TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
    • Y02A50/30Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Definitions

  • the present invention relates to a method for diagnosing atopic dermatitis through microbial metagenome analysis, and more specifically, microbial metagenome analysis of bacteria, archaea and the like using a sample derived from a normal person and a subject, to determine specific bacterial and archaea-derived extracellular vesicles. It relates to a method for diagnosing atopic dermatitis by analyzing the increase and decrease of the content.
  • Atopy means atopic dermatitis, which is innately sensitive to allergic properties, and is called atopic dermatitis throughout chronic skin diseases with 'inflammatory', and is often referred to as 'atopic dermatitis' for further reduction of atopic dermatitis.
  • Call. Usually children, and often improves as an adult, but also appears to progress to adults.
  • a cohort study surveyed in the United Kingdom found that from 5.1% in 1946 to 7.3% in 1958, 12.2% in 1970, from 7.05% in 1979 to 18.28% in 1991, and 15% in 1985 to 22.9 in 1997 in Osaka, Japan. Increased by%. In Korea, the prevalence of atopic dermatitis in the 2000s was 24.9% for elementary school students and 12.8% for middle school students.
  • Atopic dermatitis is a chronic inflammatory disease caused by multiple factors, and skin barrier function plays an important role in pathophysiology.
  • foods such as milk are important before age 1, and inhalation allergens such as house dust mite allergens are known to be important, and recently, symbiotic bacteria, especially Staphylococcus aureus, act as important causative factors. lost. Stress also worsens atopic dermatitis.
  • the symbiosis of the human body reaches 100 trillion times 10 times more than human cells, the number of genes of the microorganism is known to be more than 100 times the number of human genes.
  • a microbiota is a microbial community, including bacteria, archaea, and eukarya that exist in a given settlement.
  • the intestinal microbiota plays an important role in human physiology.
  • it is known to have a great effect on human health and disease through interaction with human cells.
  • the symbiotic bacteria secrete nanometer-sized vesicles to exchange information about genes and proteins in other cells.
  • the mucous membrane forms a physical protective film that particles larger than 200 nanometers (nm) in size can't pass through, so that the symbiotic bacteria cannot pass through the mucosa, but bacterial-derived vesicles are usually less than 100 nanometers in size. It passes freely through the mucous membrane and is absorbed by our body.
  • Metagenomics also called environmental genomics, can be said to be an analysis of metagenomic data obtained from samples taken from the environment (Korean Patent Publication No. 2011-0073049). Recently, it has become possible to list the bacterial composition of the human microflora by a method based on 16s ribosomal RNA (16s rRNA) sequencing. Next generation sequencing of 16s rDNA sequencing gene of 16s ribosomal RNA is performed. , NGS) platform.
  • NGS Next generation sequencing of 16s rDNA sequencing gene of 16s ribosomal RNA
  • the present inventors In order to diagnose atopic dermatitis, the present inventors separated extracellular vesicles using blood and urine, samples derived from normal and subjects, extracted genes from vesicles, and performed a metagenome analysis on them. Identified bacteria and archaea-derived extracellular vesicles that can act as a bar, to complete the present invention.
  • an object of the present invention is to provide a method for providing information for diagnosing atopic dermatitis, a method for diagnosing atopic dermatitis, and a method for predicting the risk of developing atopic dermatitis through metagenomic analysis of bacteria and archaea-derived extracellular vesicles.
  • the present invention provides a method for providing information for diagnosing atopic dermatitis, comprising the following steps:
  • the present invention provides a method for diagnosing atopic dermatitis, comprising the following steps:
  • the present invention also provides a method for predicting the risk of developing atopic dermatitis, comprising the following steps:
  • the normal and subject sample may be blood or urine.
  • step (c) Cyanobacteria,
  • Volkswagen bacteria Fucobacteria, Verrucomicrobia, Euryarchaeota, Firmicutes, Bacteroidetes
  • step (c) Cyanobacteria,
  • Verrucomicrobia Fucobacteria
  • Verrucomicrobia Verrucomicrobia
  • Euryarchaeota Firmicutes
  • Bacteroidetes And increase or decrease in the content of one or more phylum bacterial-derived extracellular vesicles selected from the group consisting of Tenericutes.
  • Chlorolast Chloroplast
  • Saprospirae Saprospirae
  • Flavobacteria Flavobacteria
  • Alphaproteobacteria Alphaproteobacteria
  • Fuzobacteria Fuzobacteria
  • Bacillus Verrucomicrobiae
  • Methanobacteria Methanobacteria
  • Betaproteobacteria Coriobacteriia
  • Clostridia Bacteroidia
  • Erysi The increase or decrease in the content of one or more class bacterial-derived extracellular vesicles selected from the group consisting of Erysipelotrichi, Mollicutes, and Pedospererae can be compared.
  • Stramenopiles (Stramenopiles), Pseudomonadales (Pseudomonadales), Neisseriales (Neisseriales), Streptophyta (Repzophyta), Rizobiales (Rhizobiales) , Saprospirales, Sphingomonadales, Flavobacteriales, Caulobacterales, Gemelales, Pasteurellales, Peugeotbacteriales, Rhodobacterales, Basillales, Oceananospirillales, Enterobacteriales, Bifidobacteriales, Berukuomyc Verrucomicrobiales, Methanobacteriales, Desulfovibrionales, MLE1-12, Bulkholderiales, Coriobacteriales, Clio Selected from the group consisting of Clostridiales, Bacteroidales, Erysipelotrichales, Turicibacterales, RF39, and Pedosphaerales.
  • step (c) Exiguobacteraceae (Exiguobacteraceae), Moraxellaceae (Moraxellaceae), Bradyrhizobiaceae (Rradyrhizobiaceae), Rhizobiaceae, Flavo Flavobacteriaceae, Campylobacteraceae, Neisseriaceae, Pseudomonadaceae, Sphingomonadaceae, Chitinopagaceae, Carnobacteriaceae, Cablobacteraceae, Weeksellaceae, Methylobacteriaceae, Gemelaceae, Dermabacteraceae, Propionibacteriaceae, Pasteurellaaceae, Leptotrichiaceae, Oxalobacteraceae, Fuzobacteriaceae, Irococcus ( Aerococcace ae), Rhodobacteraceae, Intrasporangiaceae, Paraprevotellaceae, Porphyromonadacea
  • Exiguobacterium Exiguobacterium
  • Acinetobacter Acinetobacter
  • Capnocytophaga Capnocytophaga
  • Proteus Neisseria, Neisseria, Sphingomonas, Pseudomonas, Aggregatibacter, Leptotrichia, Granulicatella, Prevotella, Chryseobacterium, Chryseobacterium Pyphymonas, Haemophilus, Brachybacterium, Propionibacterium, Eubacterium, Fuzobacterium, Fusobacterium, Enhydrobacter, Enhydrobacter Paracoccus, Parabacteroides, Staphylococcus, Corynebacterium, Rothia, Actinomyces, Dialer, Pecalibacterium (Faecalibacterium), Dorea, Ruminococcus, Halomonas, Suterella, Bacteroides, Veillonella, Rhodococcus, Butti
  • Exiguobacteraceae Moraxellaceae, Bradyrhizobiaceae, Rhizobiaceae, Flavobacteriaceae isolated from normal and subject blood samples, Campylobacteraceae, Neisseriaceae, Pseudomonadaceae, Sphingomonadaceae, Chitinophagaceae, Carnobacteriaceae , Caulobacteraceae, Wicksellaceae, Methylobacteriaceae, Gemelaceae, Dermabacteraceae, Propionibacteriaceae ), Pasteurureaceae, Leptotrichiaceae, Oxalobacteraceae, Fuzobacteriaceae, Aerococcaceae, Roe Rhodobacteraceae, Intrasporangiaceae, Paraprevotellaceae, Porphyromonadaceae, Staphylococcaceae, Corynebacteria (Corynebacteriaceae), Tissierellaceae,
  • Exiguobacterium Acinetobacter, Capnocytophaga, Proteus, Neisseria, Sphinomonas, Pseudomonas Isolated from Normal and Subject Blood Samples (Pseudomonas), Aggregatibacter, Leptotrichia, Granulicatella, Prevotella, Chryseobacterium, Porphyromonas, Hemophilamonas, Hemophilus (Haemophilus), Brachybacterium (Brachybacterium), Propionibacterium (Propionibacterium), Eubacterium, Fuzobacterium, Enhydrobacter, Paraoccus, Parabacteroides (Parabacteroides), Staphylococcus, Corynebacterium, Rothia, Actinomyces, Dialister and Pecalibacterium bacterium, Dorea, Luminococcus, Halomonas, Suterella, Bacteroides, Veillonella, Rhodococcus, Butyrici Butyricimon
  • step (c) in the step (c), compared to the sample derived from normal,
  • Verrucomicrobia Euryarchaeota isolated from the blood sample of the subject, Firmicutes, Bacteroidetes, Verrucomicrobia, Euryarchaeota, isolated from the urine sample And at least one phylum bacteria-derived extracellular vesicles selected from the group consisting of Tenericutes,
  • Lactobacillales Oceanospirillales, Enterobacteriales, Bifidobacteriales, Verrucomicrobiales, Metanobacteria Isolated from Subject Blood Samples Methanobacteriales, Desulfovibrionales, Bifidobacteriales, Coriobacteriales, Clostridiales, Bacteroides Isolated from Urine Samples of Subjects (Bacteroidales), Erysipelotrichales, Turicibacterales, Desulfovibrionales, Verrucomicrobiales, Methanobacteriales, RF39, And one or more order bacterial-derived extracellular vesicles selected from the group consisting of Pedosphaerales,
  • step (c) in the step (c), compared to the sample derived from normal,
  • One or more phylum bacteria-derived extracellular vesicles selected from the group consisting of Cyanobacteria isolated from the subject's blood sample, Fuzobacteria, and Cyanobacteria isolated from the subject's urine sample,
  • Chloroplast Chloroplast, Saprospirae, Flavoacteriia, Alphaproteobacteria, Fuzobacteria, and Chloroplasm from Urine Samples from Human Blood Samples (Cloroplast), and at least one class bacteria-derived extracellular vesicles selected from the group consisting of Betaproteobacteria,
  • Exiguobacterium Acinetobacter, Capnocytophaga, Proteus, Neisseria, Spingomonas, Pseudomonas isolated from blood samples of subjects ), Aggregatibacter, Leptotrichia, Granulicatella, Prevotella, Chryseobacterium, Porphyromonas, Haemophilus ), Brachibacterium (Brachybacterium), Propionibacterium (Propionibacterium), Eubacterium, Fuzobacterium, Enhydrobacter, Parahydrocuster, Parabacteroides (Parabacteroides) ), Staphylococcus, Corynebacterium, Rothia, Actinomyces, Dialister, Peacalibacterium, Dorea, Achromobacter, Agrobacterium, Roseateles, Pseudomonas, Corynebacterium, and Sphingomonas isolated from urine samples from subjects
  • Atopic dermatitis can be diagnosed when the content of one or more genus bacteria
  • the blood may be whole blood, serum, plasma, or blood monocytes.
  • Extracellular vesicles secreted by the microorganisms present in the environment can be absorbed into the body and directly affect immune function control and inflammation development.
  • Atopic dermatitis is difficult to diagnose early because symptoms are difficult to treat effectively. Therefore, by predicting the risk of developing atopic dermatitis in advance by metagenomic analysis of bacterial-derived extracellular parcel vesicles using a human-derived sample according to the present invention, the risk group of atopic dermatitis can be diagnosed and predicted early, and also through appropriate management. You can slow it down or prevent it.
  • Figure 1a is a photograph of the distribution of bacteria and vesicles by time after the oral administration of enteric bacteria and bacteria-derived vesicles (EV) to the mouse
  • Figure 1b is 12 hours after oral administration, blood And several organs were extracted to evaluate the distribution of bacteria and vesicles in the body.
  • Figure 2 is a result of showing the distribution of bacteria-derived vesicles (EVs) with significant diagnostic performance at the phylum level by separating bacteria-derived vesicles in atopic dermatitis patients and normal blood, and performing a metagenome analysis.
  • EVs bacteria-derived vesicles
  • FIG. 3 is a result showing the distribution of bacteria-derived vesicles (EVs) with significant diagnostic performance at the class level by separating bacteria-derived vesicles from atopic dermatitis patients and normal blood, and performing a metagenome analysis.
  • EVs bacteria-derived vesicles
  • 4A and 4B show the distribution of bacterial derived vesicles (EVs) with significant diagnostic performance at the order level after separation of bacteria-derived vesicles from atopic dermatitis patients and normal blood and performing a metagenome analysis. .
  • EVs bacterial derived vesicles
  • 5A and 5B show the distribution of bacteria-derived vesicles (EVs) with significant diagnostic performance at the family level after separation of bacteria-derived vesicles from atopic dermatitis patients and normal blood, and then performing metagenomic analysis. .
  • EVs bacteria-derived vesicles
  • 6A and 6B show the distribution of bacterial-derived vesicles (EVs) with significant diagnostic performance at the genus level after isolation of bacterial-derived vesicles from atopic dermatitis patients and normal blood, and then performing metagenomic analysis. .
  • EVs bacterial-derived vesicles
  • EVs bacteria-derived vesicles
  • FIG. 8 shows the distribution of bacteria-derived vesicles (EVs) with significant diagnostic performance at a class level after separation of bacteria-derived vesicles from atopic dermatitis patients and normal urine.
  • EVs bacteria-derived vesicles
  • FIG. 9 is a result showing the distribution of bacteria-derived vesicles (EVs) with significant diagnostic performance at the order level by separating the bacteria-derived vesicles in atopic dermatitis patients and normal urine, and performing a metagenome analysis.
  • EVs bacteria-derived vesicles
  • 10A and 10B show the distribution of bacteria-derived vesicles (EVs) with significant diagnostic performance at the family level after the isolation of bacteria-derived vesicles from atopic dermatitis patients and normal urine, and then performing a metagenome analysis. .
  • EVs bacteria-derived vesicles
  • 11A and 11B show the distribution of bacteria-derived vesicles (EVs) with significant diagnostic performance at the genus level after isolation of bacteria-derived vesicles from atopic dermatitis patients and normal urine. .
  • EVs bacteria-derived vesicles
  • the present invention relates to a method for diagnosing atopic dermatitis through microbial metagenome analysis, and the present inventors isolate extracellular vesicles using samples derived from normal people and subjects, and then extract genes from the vesicles and perform metagenomic analysis. And, extracellular vesicles derived from bacteria that can act as a causative agent of atopic dermatitis were identified.
  • the present invention comprises the steps of (a) extracting DNA from extracellular vesicles isolated from normal and subject samples;
  • (C) provides an information providing method for diagnosing atopic dermatitis, comprising the step of comparing the increase and decrease of the content of bacteria and archaea-derived extracellular vesicles and the normal-derived sample through the sequencing of the PCR product.
  • the term "diagnosis of atopic dermatitis" refers to determining whether atopic dermatitis is likely to develop, whether or not atopic dermatitis is relatively high, or whether atopic dermatitis has already occurred.
  • the method of the present invention can be used to prevent or delay the onset of the disease through special and appropriate management as a patient at high risk of developing atopic dermatitis for any particular patient.
  • the methods of the present invention can be used clinically to determine treatment by early diagnosis of atopic dermatitis and selecting the most appropriate treatment regimen.
  • metagenome used in the present invention, also referred to as “metagenome”, refers to the total of the genome including all viruses, bacteria, fungi, etc. in an isolated area such as soil, animal intestine, It is mainly used as a concept of genome explaining the identification of many microorganisms at once using sequencer to analyze microorganisms which are not cultured.
  • metagenome does not refer to one species of genome or genome, but refers to a kind of mixed dielectric as the genome of all species of one environmental unit. This is a term from the point of view of defining a species in the course of the evolution of biology in terms of functional species as well as various species that interact with each other to create a complete species.
  • metagenome analysis was preferably performed using bacteria-derived extracellular vesicles isolated from blood and urine.
  • bacterial vesicle is a concept including not only bacteria but also extracellular vesicles secreted by archaea, but is not limited thereto.
  • the normal and subject sample may be blood or urine, and the blood may preferably be whole blood, serum, plasma, or blood monocytes, but is not limited thereto.
  • the metagenome analysis of the extracellular vesicles derived from bacteria and archaea was performed, and at the level of phylum, class, order, family, and genus, Each analysis was performed to identify bacterial-derived vesicles that could actually act as a cause of atopic dermatitis.
  • the content of extracellular vesicles derived from Cyanobacteria, Fusobacteria, Verrucomicrobia, and Euryarchaeota door bacteria There was a significant difference between dermatitis patients and normal subjects (see Example 4).
  • the bacterial metagenome was analyzed at the neck level for vesicles present in a blood sample derived from a subject, Stramenopiles, Pseudomonadales, Neisseriales, Streptophyta, Rhizobiales, Saprospirales, Sphingomonadales, Flavobacteriales, Caulobacterales, Gemellales, Pasteurellales, Fusobacteriales, Rhodobacterales, Bacillales, Lactobacillales, Oceanospirillales, Enterobacteriales, Bifidobacteriales, Verrucomicrobiales, Methanobacteriales, and Desulfovibrionales Contents of neck bacterial-derived extracellular vesicles were significantly different between atopic dermatitis patients and normal individuals (4). Reference).
  • the bacterial metagenome of the vesicles present in the blood samples from the subject at the level of analysis Exiguobacteraceae, Moraxellaceae, Bradyrhizobiaceae, Rhizobiaceae, Flavobacteriaceae, Campylobacteraceae, Neisseriaceae, Pseudomonadaceae, Sphingomonadaceae Chitinophagaceae, Carnobacteriaceae, Caulobacteraceae, Weeksellaceae, Methylobacteriaceae, Gemellaceae, Dermabacteraceae, Propionibacteriaceae, Pasteurellaceae, Leptotrichiaceae, Oxalobacteraceae, Fusobacteriaceae, Aerococcaceae, Rhodobacteraceae, Intrasporangiaceae, Paraprevotellaceae, Porphyromonadaceae, Staphylococcaceae, Cory
  • Exiguobacterium as a result of analyzing the bacterial metagenome at the level of the vesicles present in the blood samples from the subject, Exiguobacterium, Acinetobacter, Capnocytophaga, Proteus, Neisseria, Sphingomonas, Pseudomonas, Aggregatibacter, Leptotrichia Granulicatella, Prevotella, Chryseobacterium, Porphyromonas, Haemophilus, Brachybacterium, Propionibacterium, Eubacterium, Fusobacterium, Enhydrobacter, Paracoccus, Parabacteroides, Staphylococcus, Corynebacterium, Rothia, Actinomyces, Dialister, Faecaliella locinosucosacocc Butyricimonas, Akkermansia, Bifidobacterium, Atopobium, Citrobacter, Klebsiella, Enterobacter, Chromo
  • the bacterial metagenome at the gate level of the vesicles present in the urine sample derived from the subject Cyanobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes, Verrucomicrobia, Euryarchaeota, and Tenericutes gate bacteria-derived extracellular vesicles was significantly different between atopic dermatitis patients and normal subjects (see Example 5).
  • the present invention as a result of analyzing the bacterial metagenome at the level of the vesicles present in the urine sample from the subject, Chloroplast, Betaproteobacteria, Coriobacteriia, Clostridia, Bacteroidia, Erysipelotrichi, Verrucomicrobiae, Methanobacteria, Mollicutes And the content of extracellular vesicles derived from Pedosphaerae strong bacteria was significantly different between atopic dermatitis patients and normal individuals (see Example 5).
  • the bacterial metagenome was analyzed at the neck level for vesicles present in a urine sample derived from a subject, and MLE1-12, Burkholderiales, Streptophyta, Pseudomonadales, Sphingomonadales, Bifidobacteriales, Coriobacteriales, Clostridiales, The contents of extracellular vesicles derived from Bacteroidales, Erysipelotrichales, Turicibacterales, Desulfovibrionales, Verrucomicrobiales, Methanobacteriales, RF39, and Pedosphaerales neck bacteria were significantly different between atopic dermatitis patients and normal subjects (see Example 5).
  • the bacterial metagenome of the vesicles present in the subject-derived urine sample at an excessive level Alcaligenaceae, Rhizobiaceae, mitochondria, Pseudomonadaceae, Corynebacteriaceae, Comamonadaceae, Rhodobacteraceae, Sphingomonadaceae, Veillonellaceae, Bifidobacteriaceae, Coriobacteriaceae, Planococcaceae, Paraprevotellaceae, Clostridiaceae, Erysipelotrichaceae, Turicibacteraceae, Lachnospiraceae, Prevotellaceae, Rikenellaceae, Bacteroidaceae, Enterococcaceae, Ruminococcaceae, Desulfovibrionaceae, Verrucomicrobiaceae, Koribacteraceae, Koribacteraceae There was a significant difference between dermatitis patients and normal
  • Achromobacter Achromobacter, Agrobacterium, Roseateles, Pseudomonas, Corynebacterium, Sphingomonas, Citrobacter, Faecalibacterium, Clostridium, Coprococcus, Dialister, Bifidobacterium, Turicibacter, Dorea, Sutterella, Ruminococcus, Prevotella, Roseburia, Bacteroides, Klebsiella, Lachnospira, Blautia, Cupriavidus, Oscillospira, Enterococcus, Ruminococcus, SMB53, Akkermanic bacterium Pseci The contents of extracellular vesicles derived from bacteria of Paraprevotella, Methanobrevibacter, Adlercreutzia, Slackia, Desulfovibrio, and Ther
  • the present invention through the results of the above embodiment, by identifying the bacteria-derived extracellular vesicles isolated from blood and urine by metagenomic analysis of bacteria-derived vesicles with significantly changed content in atopic dermatitis patients compared to normal people Meta-genomic analysis confirmed that atopic dermatitis can be diagnosed by analyzing the increase and decrease of the content of bacterial-derived vesicles at each level.
  • the fluorescently labeled 50 ⁇ g of bacteria and bacteria-derived vesicles were administered in the same manner as above 12 hours.
  • Blood, Heart, Lung, Liver, Kidney, Spleen, Adipose tissue, and Muscle were extracted from mice.
  • the intestinal bacteria (Bacteria) were not absorbed into each organ, whereas the intestinal bacteria-derived extracellular vesicles (EV) were detected in the tissues, as shown in FIG. It was confirmed that it is distributed in various organs such as liver, kidney, spleen, adipose tissue, and muscle.
  • PCR was performed using the 16S rDNA primer shown in Table 1 to amplify the gene and perform sequencing (Illumina MiSeq sequencer). Output the result as a Standard Flowgram Format (SFF) file, convert the SFF file into a sequence file (.fasta) and a nucleotide quality score file using GS FLX software (v2.9), check the credit rating of the lead, and window (20 bps) The part with the average base call accuracy of less than 99% (Phred score ⁇ 20) was removed.
  • SFF Standard Flowgram Format
  • the Operational Taxonomy Unit performed UCLUST and USEARCH for clustering according to sequence similarity. Specifically, the clustering is based on 94% genus, 90% family, 85% order, 80% class, and 75% sequence similarity. OTU's door, river, neck, family and genus level classifications were performed, and bacteria with greater than 97% sequence similarity were analyzed using BLASTN and GreenGenes' 16S DNA sequence database (108,453 sequences) (QIIME).
  • Example 3 By the method of Example 3, vesicles were isolated from blood of 25 atopic dermatitis patients and 113 normal-matched age and sex, followed by metagenome sequencing. In the development of the diagnostic model, the strains whose p-value between the two groups is 0.05 or less and more than two times different between the two groups are selected in the t-test. under curve), accuracy, sensitivity, and specificity.
  • vesicle-derived vesicles in the blood at a class level showed that diagnostic models for atopic dermatitis were developed when developing a diagnostic model with Chloroplast, Saprospirae, Flavobacteriia, Alphaproteobacteria, Fusobacteriia, Bacilli, Verrucomicrobiae, and Methanobacteria strong bacterial biomarkers. Performance was significant (see Table 3 and FIG. 3).
  • Bacterial-derived vesicles in the blood were analyzed at the order level.
  • diagnostic models were developed with Bifidobacteriales, Verrucomicrobiales, Methanobacteriales, and Desulfovibrionales neck bacterial biomarkers, the diagnostic performance for atopic dermatitis was significant (see Table 4, FIGS. 4A and 4B).
  • Example 3 By the method of Example 3, the vesicles were isolated from the urine of 59 patients with atopic dermatitis and 98 normal age and sex matched with the metagenome sequencing. In the development of the diagnostic model, the strains whose p-value between the two groups is 0.05 or less and more than two times different between the two groups are selected in the t-test. under curve), sensitivity, and specificity.
  • vesicle-derived vesicles in urine at a class level revealed that atopic dermatitis was developed with the development of Chloroplast, Betaproteobacteria, Coriobacteriia, Clostridia, Bacteroidia, Erysipelotrichi, Verrucomicrobiae, Methanobacteria, Mollicutes, and Pedosphaerae strong bacterial biomarkers.
  • the diagnostic performance was significant for (see Table 8 and FIG. 8).
  • Method for providing information on the diagnosis of atopic dermatitis through the bacterial metagenomic analysis by performing a bacterial metagenomic analysis using a sample derived from normal people and subjects by analyzing the increase or decrease in the content of specific bacteria-derived extracellular vesicles It can be used to predict the risk of onset and to diagnose atopic dermatitis.

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Abstract

본 발명은 미생물 메타게놈 분석을 통해 아토피피부염을 진단하는 방법에 관한 것으로서, 보다 구체적으로는 정상인 및 피검자 유래 샘플을 이용해 메타게놈 분석을 수행하여 특정 세균 혹은 고세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 분석함으로써 아토피피부염을 진단하는 방법에 관한 것이다. 환경에 존재하는 미생물에서 분비되는 세포밖 소포는 체내에 흡수되어 면역기능을 조절할 뿐만 아니라 염증발생 발생에 직접적인 영향을 미칠 수 있으며, 아토피피부염은 증상이 나타나기 전 조기진단이 어려워 효율적인 치료가 어려운 실정이다. 이에, 본 발명에 따른 인체 유래 샘플을 이용한 메타게놈 분석을 통해 아토피피부염 발병의 위험도를 미리 예측함으로써 아토피피부염의 위험군을 조기에 진단 및 예측하여 적절한 관리를 통해 발병 시기를 늦추거나 발병을 예방할 수 있으며, 발병 후에도 조기진단 할 수 있어 아토피피부염의 발병률을 낮추고 치료효과를 높일 수 있다.

Description

미생물 메타게놈 분석을 통한 아토피피부염 진단방법
본 발명은 미생물 메타게놈 분석을 통해 아토피피부염을 진단하는 방법에 관한 것으로서, 보다 구체적으로는 정상인 및 피검자 유래 샘플을 이용해 세균, 고세균 등의 미생물 메타게놈 분석을 수행하여 특정 세균 및 고세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 분석함으로써 아토피피부염을 진단하는 방법 등에 관한 것이다.
아토피(atopy)란 말은 선천적으로 과민한 알레르기 성질을 갖고 있다는 뜻이고, 여기에 '염증'이 더해진 만성 피부질환을 통틀어 아토피피부염이라 부르고, 흔히 '아토피피부염'을 더 줄여서는 그냥 '아토피'라고도 부른다. 주로 어린이에게서 많고 어른이 되면서 호전되는 경우가 많지만, 어른까지 진행하는 경우도 나타난다. 영국에서 조사된 코호트 연구에 의하면 1946년 5.1%에서 1958년 7.3%, 1970년 12.2%, 스웨덴에서는 1979년 7.05%에서 1991년 18.28%로 증가했고, 일본 오사카의 경우 1985년 15%에서 1997년 22.9%로 증가했다. 국내의 경우, 2000년대의 아토피피부염 유병률은 초등학생 24.9%, 중학생 12.8%의 유병률을 나타냈다.
아토피피부염은 복합적인 여러 요소로 발생하는 만성염증질환으로, 피부 장벽 기능이 병태생리에 중요한 역할을 한다. 원인인자로서 1세 이전에는 우유와 같은 식품이 중요하고, 이후에는 집먼지진드기 알레르겐 등과 같은 흡입 알레르겐이 중요하다고 알려졌고, 최근 피부에 공생하는 세균, 특히, 황색포도상구균이 중요한 원인인자로 작용함이 밝혀졌다. 또한, 스트레스에 의해서도 아토피피부염이 악화된다.
한편, 인체에 공생하는 미생물은 100조에 이르러 인간 세포보다 10배 많으며, 미생물의 유전자수는 인간 유전자수의 100배가 넘는 것으로 알려지고 있다. 미생물총(microbiota)은 주어진 거주지에 존재하는 세균(bacteria), 고세균(archaea), 진핵생물(eukarya)을 포함한 미생물 군집(microbial community)을 말하고, 장내 미생물총은 사람의 생리현상에 중요한 역할을 하며, 인체 세포와 상호작용을 통해 인간의 건강과 질병에 큰 영향을 미치는 것으로 알려져 있다. 우리 몸에 공생하는 세균은 다른 세포로의 유전자, 단백질 등의 정보를 교환하기 위하여 나노미터 크기의 소포(vesicle)를 분비한다. 점막은 200 나노미터(nm) 크기 이상의 입자는 통과할 수 없는 물리적인 방어막을 형성하여 점막에 공생하는 세균인 경우에는 점막을 통과하지 못하지만, 세균 유래 소포는 크기가 대개 100 나노미터 크기 이하라서 비교적 자유롭게 점막을 통과하여 우리 몸에 흡수된다.
환경 유전체학이라고도 불리는 메타게놈학은 환경에서 채취한 샘플에서 얻은 메타게놈 자료에 대한 분석학이라고 할 수 있다(국내공개특허 제2011-0073049호). 최근 16s 리보솜 RNA(16s rRNA) 염기서열을 기반으로 한 방법으로 인간의 미생물총의 세균 구성을 목록화하는 것이 가능해졌으며, 16s 리보솜 RNA의 유전자인 16s rDNA 염기서열을 차세대 염기서열분석 (next generation sequencing, NGS) 플랫폼을 이용하여 분석한다. 그러나 아토피피부염 발병에 있어서, 혈액 또는 소변 등의 인체 유래물에서 미생물 유래 소포에 존재하는 메타게놈 분석을 통해 아토피피부염의 원인인자를 동정하고 아토피피부염을 예측하는 방법에 대해서는 보고된 바가 없다.
본 발명자들은 아토피피부염을 진단하기 위하여, 정상인 및 피검자 유래 샘플인 혈액 및 소변을 이용해 세포밖 소포를 분리하여, 소포로부터 유전자를 추출하고 이에 대하여 메타게놈 분석을 수행하였으며, 그 결과 아토피피부염의 원인인자로 작용할 수 있는 세균 및 고세균 유래 세포밖 소포를 동정하였는바, 이에 기초하여 본 발명을 완성하였다.
이에, 본 발명은 세균 및 고세균 유래 세포밖 소포에 대한 메타게놈 분석을 통해 아토피피부염을 진단하기 위한 정보제공방법, 아토피피부염 진단방법, 및 아토피피부염 발병 위험도 예측방법 등을 제공하는 것을 목적으로 한다.
그러나 본 발명이 이루고자 하는 기술적 과제는 이상에서 언급한 과제에 제한되지 않으며, 언급되지 않은 또 다른 과제들은 아래의 기재로부터 당업자에게 명확하게 이해될 수 있을 것이다.
상기와 같은 본 발명의 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 하기의 단계를 포함하는, 아토피피부염 진단을 위한 정보제공방법을 제공한다:
(a) 정상인 및 피검자 샘플에서 분리한 세포밖 소포로부터 DNA를 추출하는 단계;
(b) 상기 추출한 DNA에 대하여 서열번호 1 및 서열번호 2의 프라이머 쌍을 이용하여 PCR(polymerase chain reaction)을 수행하는 단계; 및
(c) 상기 PCR 산물의 서열분석을 통하여 정상인 유래 샘플과 세균 및 고세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교하는 단계.
그리고, 본 발명은 하기의 단계를 포함하는, 아토피피부염 진단방법을 제공한다:
(a) 정상인 및 피검자 샘플에서 분리한 세포밖 소포로부터 DNA를 추출하는 단계;
(b) 상기 추출한 DNA에 대하여 서열번호 1 및 서열번호 2의 프라이머 쌍을 이용하여 PCR을 수행하는 단계; 및
(c) 상기 PCR 산물의 서열분석을 통하여 정상인 유래 샘플과 세균 및 고세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교하는 단계.
또한, 본 발명은 하기의 단계를 포함하는, 아토피피부염의 발병 위험도 예측방법을 제공한다:
(a) 정상인 및 피검자 샘플에서 분리한 세포밖 소포로부터 DNA를 추출하는 단계;
(b) 상기 추출한 DNA에 대하여 서열번호 1 및 서열번호 2의 프라이머 쌍을 이용하여 PCR을 수행하는 단계; 및
(c) 상기 PCR 산물의 서열분석을 통하여 정상인 유래 샘플과 세균 및 고세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교하는 단계.
본 발명의 일구현예로, 상기 정상인 및 피검자 샘플은 혈액 또는 소변일 수 있다.
본 발명의 다른 구현예로, 상기 (c) 단계에서 남세균문(Cyanobacteria), 푸조박테리아(Fusobacteria), 우미균문(Verrucomicrobia), 유리고세균(Euryarchaeota), 피르미쿠테스(Firmicutes), 의간균문(Bacteroidetes), 및 테네리쿠테스(Tenericutes)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 문(phylum) 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교할 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현예로, 상기 (c) 단계에서 클로로플라스트(Chloroplast), 사프로스피레(Saprospirae), 플라보박테리아(Flavobacteriia), 알파프로테오박테리아(Alphaproteobacteria), 푸조박테리아(Fusobacteriia), 간균강(Bacilli), 우미균강(Verrucomicrobiae), 메타노박테리아(Methanobacteria), 베타프로테오박테리아(Betaproteobacteria), 코리오박테리아(Coriobacteriia), 클로스트리디아(Clostridia), 박테로이디아(Bacteroidia), 에리시펠로트리치(Erysipelotrichi), 몰리쿠테스(Mollicutes), 및 페도스페레(Pedosphaerae)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 강(class) 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교할 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현예로, 상기 (c) 단계에서 스트라메노필레스(Stramenopiles), 슈도모나달레스(Pseudomonadales), 나이세리아레스(Neisseriales), 스트렙토피타(Streptophyta), 리조비움목(Rhizobiales), 사프로스피랄레스(Saprospirales), 스핑고모나달레스(Sphingomonadales), 플라보박테리아레스(Flavobacteriales), 카울로박테라레스(Caulobacterales), 게멜라레스(Gemellales), 파스테우렐라레스(Pasteurellales), 푸조박테리알레스(Fusobacteriales), 로도박테랄레스(Rhodobacterales), 바실라레스(Bacillales), 오세아노스피릴랄레스(Oceanospirillales), 엔테로박테리아레스(Enterobacteriales), 비피도박테리움목(Bifidobacteriales), 베루코미크로비알레스(Verrucomicrobiales), 메타노박테리알레스(Methanobacteriales), 데설포비브리오날레스(Desulfovibrionales), MLE1-12, 벌크홀데리알레스(Burkholderiales), 코리오박테리움목(Coriobacteriales), 클로스트리디알레스(Clostridiales), 박테로이데스목(Bacteroidales), 에리시펠로트리찰레스(Erysipelotrichales), 터리시박테랄레스(Turicibacterales), RF39, 및 페도파에랄레스(Pedosphaerales)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 목(order) 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교할 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현예로, 상기 (c) 단계에서 엑시구오박테라시에(Exiguobacteraceae), 모락셀라시에(Moraxellaceae), 브라디리조비아시에(Bradyrhizobiaceae), 리조비움과(Rhizobiaceae), 플라보박테리아시에(Flavobacteriaceae), 캄필로박테라시에(Campylobacteraceae), 네이세리아시에(Neisseriaceae), 슈도모나다시에(Pseudomonadaceae), 스핑고모나다시에(Sphingomonadaceae), 키티노파자시에(Chitinophagaceae), 카르노박테리아시에(Carnobacteriaceae), 카우로박테라시에(Caulobacteraceae), 위크셀라시에(Weeksellaceae), 메틸로박테리아시에(Methylobacteriaceae), 게멜라시에(Gemellaceae), 데르마박테라시에(Dermabacteraceae), 프로피오니박테리아시에(Propionibacteriaceae), 파스테우렐라시에(Pasteurellaceae), 렙토트리치아시에(Leptotrichiaceae), 옥살로박테라시에(Oxalobacteraceae), 푸조박테리아시에(Fusobacteriaceae), 아이로콕쿠스과(Aerococcaceae), 로도박테라시에(Rhodobacteraceae), 인트라스포란지아시에(Intrasporangiaceae), 파라프레보텔라시에(Paraprevotellaceae), 포르피로모나다시에(Porphyromonadaceae), 스타필로코카시에(Staphylococcaceae), 코리네박테리아시에(Corynebacteriaceae), 티시에렐라시에(Tissierellaceae), 마이크로코카시에(Micrococcaceae), 액티노마이세타시에(Actinomycetaceae), 플라노코카시에(Planococcaceae), 알칼리제나시에(Alcaligenaceae), 미토콘드리아(mitochondria), 코마모나다시에(Comamonadaceae), 베일로넬라시에(Veillonellaceae), 비피도박테리움과(Bifidobacteriaceae), 코리오박테리움과(Coriobacteriaceae), 클로스트리디움과(Clostridiaceae), 에리시펠로트리차시에(Erysipelotrichaceae), 터리시박테라시에(Turicibacteraceae), 라크노스피라시에(Lachnospiraceae), 프레보텔라과(Prevotellaceae), 리케넬라시에(Rikenellaceae), 박테로이다시에(Bacteroidaceae), 엔테로코카시에(Enterococcaceae), 루미노코카시에(Ruminococcaceae), 데설포비브리오나시에(Desulfovibrionaceae), 베루코미크로비아시에(Verrucomicrobiaceae), 오도리박테라시에(Odoribacteraceae), 크리스텐세넬라시에(Christensenellaceae), 메타노박테리아시에(Methanobacteriaceae), 코리박테라시에(Koribacteraceae), 및 스트렙토마이세타시에(Streptomycetaceae)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 과(family) 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교할 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현예로, 상기 (c) 단계에서 엑시구오박데리움(Exiguobacterium), 아시네토박터(Acinetobacter), 카프노시토파가(Capnocytophaga), 프로테우스(Proteus), 네이세리아(Neisseria), 스핑고모나스(Sphingomonas), 슈도모나스(Pseudomonas), 아그레가티박터(Aggregatibacter), 렙토트리키아(Leptotrichia), 그라눌리카텔라(Granulicatella), 프레보텔라(Prevotella), 크리세오박테리움(Chryseobacterium), 포르피로모나스(Porphyromonas), 헤모필루스(Haemophilus), 브라키박테리움(Brachybacterium), 프로피오니박테리움(Propionibacterium), 에우박테리움(Eubacterium), 푸조박테리움(Fusobacterium), 엔하이드로박터(Enhydrobacter), 파라코커스(Paracoccus), 파라박테로이데스(Parabacteroides), 스타필로코커스(Staphylococcus), 코리네박테리움(Corynebacterium), 로티아(Rothia), 엑티노마이세스(Actinomyces), 디알리스터(Dialister), 페칼리박테리움(Faecalibacterium), 도레아(Dorea), 루미노코커스(Ruminococcus), 할로모나스(Halomonas), 수테렐라(Sutterella), 박테로이데스(Bacteroides), 베일로넬라(Veillonella), 로도코커스(Rhodococcus), 부티리시모나스(Butyricimonas), 아케르만시아(Akkermansia), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 아토포비움(Atopobium), 시트로박터(Citrobacter), 클렙시엘라(Klebsiella), 엔테로박터(Enterobacter), 크로모할로박터(Chromohalobacter), 쿠프리아비두스(Cupriavidus), 메타노브레비박터(Methanobrevibacter), 파스코락토박테리움(Phascolarctobacterium), 오도리박터(Odoribacter), 피라미도박터(Pyramidobacter), 빌로필라(Bilophila), 데설포비브리오(Desulfovibrio), 아시다미노코커스(Acidaminococcus), 아크로모박터(Achromobacter), 아그로박테리움(Agrobacterium), 로시텔레스(Roseateles), 클로스트리디움(Clostridium), 코프로코커스(Coprococcus), 터리시박터(Turicibacter), 로즈뷰리아(Roseburia), 라크노스피라(Lachnospira), 블라우티아(Blautia), 오스실로스피라(Oscillospira), 엔테로코커스(Enterococcus), SMB53, 카테니박테리움(Catenibacterium), 파라프레보텔라(Paraprevotella), 아들러크레우치아(Adlercreutzia), 슬라키아(Slackia), 및 데르모아나데로박테리움(Thermoanaerobacterium)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 속(genus) 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교할 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현예로, 상기 (c) 단계에서, 정상인 및 피검자 혈액 샘플에서 분리한 남세균문(Cyanobacteria), 푸조박테리아(Fusobacteria), 우미균문(Verrucomicrobia), 유리고세균(Euryarchaeota), 정상인 및 피검자 소변 샘플에서 분리한 남세균문(Cyanobacteria), 피르미쿠테스(Firmicutes), 의간균문(Bacteroidetes), 우미균문(Verrucomicrobia), 유리고세균(Euryarchaeota), 및 테네리쿠테스(Tenericutes)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 문(phylum) 세균 유래 세포밖 소포,
정상인 및 피검자 혈액 샘플에서 분리한 클로로플라스트(Chloroplast), 사프로스피레(Saprospirae), 플라보박테리아(Flavobacteriia), 알파프로테오박테리아(Alphaproteobacteria), 푸조박테리아(Fusobacteriia), 간균강(Bacilli), 우미균강(Verrucomicrobiae), 메타노박테리아(Methanobacteria), 정상인 및 피검자 소변 샘플에서 분리한 클로로플라스트(Chloroplast), 베타프로테오박테리아(Betaproteobacteria), 코리오박테리아(Coriobacteriia), 클로스트리디아(Clostridia), 박테로이디아(Bacteroidia), 에리시펠로트리치(Erysipelotrichi), 우미균강(Verrucomicrobiae), 메타노박테리아(Methanobacteria), 몰리쿠테스(Mollicutes), 및 페도스페레(Pedosphaerae)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 강(class) 세균 유래 세포밖 소포,
정상인 및 피검자 혈액 샘플에서 분리한 스트라메노필레스(Stramenopiles), 슈도모나달레스(Pseudomonadales), 나이세리아레스(Neisseriales), 스트렙토피타(Streptophyta), 리조비움목(Rhizobiales), 사프로스피랄레스(Saprospirales), 스핑고모나달레스(Sphingomonadales), 플라보박테리아레스(Flavobacteriales), 카울로박테라레스(Caulobacterales), 게멜라레스(Gemellales), 파스테우렐라레스(Pasteurellales), 푸조박테리알레스(Fusobacteriales), 로도박테랄레스(Rhodobacterales), 바실라레스(Bacillales), 락토바실라레스(Lactobacillales), 오세아노스피릴랄레스(Oceanospirillales), 엔테로박테리아레스(Enterobacteriales), 비피도박테리움목(Bifidobacteriales), 베루코미크로비알레스(Verrucomicrobiales), 메타노박테리알레스(Methanobacteriales), 데설포비브리오날레스(Desulfovibrionales), 정상인 및 피검자 소변 샘플에서 분리한 MLE1-12, 벌크홀데리알레스(Burkholderiales), 스트렙토피타(Streptophyta), 슈도모나달레스(Pseudomonadales), 스핑고모나달레스(Sphingomonadales), 비피도박테리움목(Bifidobacteriales), 코리오박테리움목(Coriobacteriales), 클로스트리디알레스(Clostridiales), 박테로이데스목(Bacteroidales), 에리시펠로트리찰레스(Erysipelotrichales), 터리시박테랄레스(Turicibacterales), 데설포비브리오날레스(Desulfovibrionales), 베루코미크로비알레스(Verrucomicrobiales), 메타노박테리아레스(Methanobacteriales), RF39, 및 페도파에랄레스(Pedosphaerales)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 목(order) 세균 유래 세포밖 소포,
정상인 및 피검자 혈액 샘플에서 분리한 엑시구오박테라시에(Exiguobacteraceae), 모락셀라시에(Moraxellaceae), 브라디리조비아시에(Bradyrhizobiaceae), 리조비움과(Rhizobiaceae), 플라보박테리아시에(Flavobacteriaceae), 캄필로박테라시에(Campylobacteraceae), 네이세리아시에(Neisseriaceae), 슈도모나다시에(Pseudomonadaceae), 스핑고모나다시에(Sphingomonadaceae), 키티노파자시에(Chitinophagaceae), 카르노박테리아시에(Carnobacteriaceae), 카우로박테라시에(Caulobacteraceae), 위크셀라시에(Weeksellaceae), 메틸로박테리아시에(Methylobacteriaceae), 게멜라시에(Gemellaceae), 데르마박테라시에(Dermabacteraceae), 프로피오니박테리아시에(Propionibacteriaceae), 파스테우렐라시에(Pasteurellaceae), 렙토트리치아시에(Leptotrichiaceae), 옥살로박테라시에(Oxalobacteraceae), 푸조박테리아시에(Fusobacteriaceae), 아이로콕쿠스과(Aerococcaceae), 로도박테라시에(Rhodobacteraceae), 인트라스포란지아시에(Intrasporangiaceae), 파라프레보텔라시에(Paraprevotellaceae), 포르피로모나다시에(Porphyromonadaceae), 스타필로코카시에(Staphylococcaceae), 코리네박테리아시에(Corynebacteriaceae), 티시에렐라시에(Tissierellaceae), 마이크로코카시에(Micrococcaceae), 액티노마이세타시에(Actinomycetaceae), 플라노코카시에(Planococcaceae), 코마모나다시에(Comamonadaceae), 할로모나다시에(Halomonadaceae), 클로스트리디움과(Clostridiaceae), 알칼리제나시에(Alcaligenaceae), 엔테로박테리아시에(Enterobacteriaceae), 박테로이다시에(Bacteroidaceae), 펩토스트렙토코카시에(Peptostreptococcaceae), 노카르디아시에(Nocardiaceae), 비피도박테리움과(Bifidobacteriaceae), 베루코미크로비아시에(Verrucomicrobiaceae), 세와넬라시에(Shewanellaceae), 바르네시엘라시에(Barnesiellaceae), 오도리박테라시에(Odoribacteraceae), 메타노박테리아시에(Methanobacteriaceae), 리케넬라시에(Rikenellaceae), 데설포비브리오나시에(Desulfovibrionaceae), 데시오설포비브리오나시에(Dethiosulfovibrionaceae), 정상인 및 피검자 소변 샘플에서 분리한 알칼리제나시에(Alcaligenaceae), 리조비아시에(Rhizobiaceae), 미토콘드리아(mitochondria), 슈도모나다시에(Pseudomonadaceae), 코리네박테리아시에(Corynebacteriaceae), 코마모나다시에(Comamonadaceae), 로도박테라시에(Rhodobacteraceae), 스핑고모나다시에(Sphingomonadaceae), 베일로넬라시에(Veillonellaceae), 비피도박테리움과(Bifidobacteriaceae), 코리오박테리움과(Coriobacteriaceae), 플라노코카시에(Planococcaceae), 파라프레보텔라시에(Paraprevotellaceae), 클로스트리디움과(Clostridiaceae), 에리시펠로트리차시에(Erysipelotrichaceae), 터리시박테라시에(Turicibacteraceae), 라크노스피라시에(Lachnospiraceae), 프레보텔라과(Prevotellaceae), 리케넬라시에(Rikenellaceae), 박테로이다시에(Bacteroidaceae), 엔테로코카시에(Enterococcaceae), 루미노코카시에(Ruminococcaceae), 데설포비브리오나시에(Desulfovibrionaceae), 베루코미크로비아시에(Verrucomicrobiaceae), 오도리박테라시에(Odoribacteraceae), 크리스텐세넬라시에(Christensenellaceae), 메타노박테리아시에(Methanobacteriaceae), 코리박테라시에(Koribacteraceae), 및 스트렙토마이세타시에(Streptomycetaceae)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 과(family) 세균 유래 세포밖 소포, 또는
정상인 및 피검자 혈액 샘플에서 분리한 엑시구오박데리움(Exiguobacterium), 아시네토박터(Acinetobacter), 카프노시토파가(Capnocytophaga), 프로테우스(Proteus), 네이세리아(Neisseria), 스핑고모나스(Sphingomonas), 슈도모나스(Pseudomonas), 아그레가티박터(Aggregatibacter), 렙토트리키아(Leptotrichia), 그라눌리카텔라(Granulicatella), 프레보텔라(Prevotella), 크리세오박테리움(Chryseobacterium), 포르피로모나스(Porphyromonas), 헤모필루스(Haemophilus), 브라키박테리움(Brachybacterium), 프로피오니박테리움(Propionibacterium), 에우박테리움(Eubacterium), 푸조박테리움(Fusobacterium), 엔하이드로박터(Enhydrobacter), 파라코커스(Paracoccus), 파라박테로이데스(Parabacteroides), 스타필로코커스(Staphylococcus), 코리네박테리움(Corynebacterium), 로티아(Rothia), 엑티노마이세스(Actinomyces), 디알리스터(Dialister), 페칼리박테리움(Faecalibacterium), 도레아(Dorea), 루미노코커스(Ruminococcus), 할로모나스(Halomonas), 수테렐라(Sutterella), 박테로이데스(Bacteroides), 베일로넬라(Veillonella), 로도코커스(Rhodococcus), 부티리시모나스(Butyricimonas), 아케르만시아(Akkermansia), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 아토포비움(Atopobium), 시트로박터(Citrobacter), 클렙시엘라(Klebsiella), 엔테로박터(Enterobacter), 크로모할로박터(Chromohalobacter), 쿠프리아비두스(Cupriavidus), 메타노브레비박터(Methanobrevibacter), 파스코락토박테리움(Phascolarctobacterium), 오도리박터(Odoribacter), 피라미도박터(Pyramidobacter), 빌로필라(Bilophila), 데설포비브리오(Desulfovibrio), 아시다미노코커스(Acidaminococcus), 정상인 및 피검자 소변 샘플에서 분리한 아크로모박터(Achromobacter), 아그로박테리움(Agrobacterium), 로시텔레스(Roseateles), 슈도모나스(Pseudomonas), 코리네박테리움(Corynebacterium), 스핑고모나스(Sphingomonas), 시트로박터(Citrobacter), 페칼리박테리움(Faecalibacterium), 클로스트리디움(Clostridium), 코프로코커스(Coprococcus), 디알리스터(Dialister), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 터리시박터(Turicibacter), 도레아(Dorea), 슈테렐라(Sutterella), 루미노코커스(Ruminococcus), 프레보텔라(Prevotella), 로즈뷰리아(Roseburia), 박테로이데스(Bacteroides), 클렙시엘라(Klebsiella), 라크노스피라(Lachnospira), 블라우티아(Blautia), 쿠프리아비두스(Cupriavidus), 오스실로스피라(Oscillospira), 엔테로코커스(Enterococcus), SMB53, 아케르만시아(Akkermansia), 파라박테로이데스(Parabacteroides), 파스코락토박테리움(Phascolarctobacterium), 카테니박테리움(Catenibacterium), 부티리시모나스(Butyricimonas), 에우박테리움(Eubacterium), 할로모나스(Halomonas), 파라프레보텔라(Paraprevotella), 메타노브레비박터(Methanobrevibacter), 아들러크레우치아(Adlercreutzia), 슬라키아(Slackia), 데설포비브리오(Desulfovibrio), 및 데르모아나데로박테리움(Thermoanaerobacterium)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 속(genus) 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교할 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현예로, 상기 (c) 단계에서, 정상인 유래 샘플과 비교하여,
피검자 혈액 샘플에서 분리한 우미균문(Verrucomicrobia), 유리고세균(Euryarchaeota), 피검자 소변 샘플에서 분리한 피르미쿠테스(Firmicutes), 의간균문(Bacteroidetes), 우미균문(Verrucomicrobia), 유리고세균(Euryarchaeota), 및 테네리쿠테스(Tenericutes)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 문(phylum) 세균 유래 세포밖 소포,
피검자 혈액 샘플에서 분리한 간균강(Bacilli), 우미균강(Verrucomicrobiae), 메타노박테리아(Methanobacteria), 피검자 소변 샘플에서 분리한 코리오박테리아(Coriobacteriia), 클로스트리디아(Clostridia), 박테로이디아(Bacteroidia), 에리시펠로트리치(Erysipelotrichi), 우미균강(Verrucomicrobiae), 메타노박테리아(Methanobacteria), 몰리쿠테스(Mollicutes), 및 페도스페레(Pedosphaerae)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 강(class) 세균 유래 세포밖 소포,
피검자 혈액 샘플에서 분리한 락토바실라레스(Lactobacillales), 오세아노스피릴랄레스(Oceanospirillales), 엔테로박테리아레스(Enterobacteriales), 비피도박테리움목(Bifidobacteriales), 베루코미크로비알레스(Verrucomicrobiales), 메타노박테리알레스(Methanobacteriales), 데설포비브리오날레스(Desulfovibrionales), 피검자 소변 샘플에서 분리한 비피도박테리움목(Bifidobacteriales), 코리오박테리움목(Coriobacteriales), 클로스트리디알레스(Clostridiales), 박테로이데스목(Bacteroidales), 에리시펠로트리찰레스(Erysipelotrichales), 터리시박테랄레스(Turicibacterales), 데설포비브리오날레스(Desulfovibrionales), 베루코미크로비알레스(Verrucomicrobiales), 메타노박테리아레스(Methanobacteriales), RF39, 및 페도파에랄레스(Pedosphaerales)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 목(order) 세균 유래 세포밖 소포,
피검자 혈액 샘플에서 분리한 코마모나다시에(Comamonadaceae), 할로모나다시에(Halomonadaceae), 클로스트리디움과(Clostridiaceae), 알칼리제나시에(Alcaligenaceae), 엔테로박테리아시에(Enterobacteriaceae), 박테로이다시에(Bacteroidaceae), 펩토스트렙토코카시에(Peptostreptococcaceae), 노카르디아시에(Nocardiaceae), 비피도박테리움과(Bifidobacteriaceae), 베루코미크로비아시에(Verrucomicrobiaceae), 세와넬라시에(Shewanellaceae), 바르네시엘라시에(Barnesiellaceae), 오도리박테라시에(Odoribacteraceae), 메타노박테리아시에(Methanobacteriaceae), 리케넬라시에(Rikenellaceae), 데설포비브리오나시에(Desulfovibrionaceae), 데시오설포비브리오나시에(Dethiosulfovibrionaceae), 피검자 소변 샘플에서 분리한 베일로넬라시에(Veillonellaceae), 비피도박테리움과(Bifidobacteriaceae), 코리오박테리움과(Coriobacteriaceae), 플라노코카시에(Planococcaceae), 파라프레보텔라시에(Paraprevotellaceae), 클로스트리디움과(Clostridiaceae), 에리시펠로트리차시에(Erysipelotrichaceae), 터리시박테라시에(Turicibacteraceae), 라크노스피라시에(Lachnospiraceae), 프레보텔라과(Prevotellaceae), 리케넬라시에(Rikenellaceae), 박테로이다시에(Bacteroidaceae), 엔테로코카시에(Enterococcaceae), 루미노코카시에(Ruminococcaceae), 데설포비브리오나시에(Desulfovibrionaceae), 베루코미크로비아시에(Verrucomicrobiaceae), 오도리박테라시에(Odoribacteraceae), 크리스텐세넬라시에(Christensenellaceae), 메타노박테리아시에(Methanobacteriaceae), 코리박테라시에(Koribacteraceae), 및 스트렙토마이세타시에(Streptomycetaceae)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 과(family) 세균 유래 세포밖 소포, 또는
피검자 혈액 샘플에서 분리한 루미노코커스(Ruminococcus), 할로모나스(Halomonas), 수테렐라(Sutterella), 박테로이데스(Bacteroides), 베일로넬라(Veillonella), 로도코커스(Rhodococcus), 부티리시모나스(Butyricimonas), 아케르만시아(Akkermansia), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 아토포비움(Atopobium), 시트로박터(Citrobacter), 클렙시엘라(Klebsiella), 엔테로박터(Enterobacter), 크로모할로박터(Chromohalobacter), 쿠프리아비두스(Cupriavidus), 메타노브레비박터(Methanobrevibacter), 파스코락토박테리움(Phascolarctobacterium), 오도리박터(Odoribacter), 피라미도박터(Pyramidobacter), 빌로필라(Bilophila), 데설포비브리오(Desulfovibrio), 아시다미노코커스(Acidaminococcus), 피검자 소변 샘플에서 분리한 시트로박터(Citrobacter), 페칼리박테리움(Faecalibacterium), 클로스트리디움(Clostridium), 코프로코커스(Coprococcus), 디알리스터(Dialister), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 터리시박터(Turicibacter), 도레아(Dorea), 슈테렐라(Sutterella), 루미노코커스(Ruminococcus), 프레보텔라(Prevotella), 로즈뷰리아(Roseburia), 박테로이데스(Bacteroides), 클렙시엘라(Klebsiella), 라크노스피라(Lachnospira), 블라우티아(Blautia), 쿠프리아비두스(Cupriavidus), 오스실로스피라(Oscillospira), 엔테로코커스(Enterococcus), 루미노코커스(Ruminococcus), SMB53, 아케르만시아(Akkermansia), 파라박테로이데스(Parabacteroides), 파스코락토박테리움(Phascolarctobacterium), 카테니박테리움(Catenibacterium), 부티리시모나스(Butyricimonas), 에우박테리움(Eubacterium), 할로모나스(Halomonas), 파라프레보텔라(Paraprevotella), 메타노브레비박터(Methanobrevibacter), 아들러크레우치아(Adlercreutzia), 슬라키아(Slackia), 데설포비브리오(Desulfovibrio), 및 데르모아나데로박테리움(Thermoanaerobacterium)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 속(genus) 세균 유래 세포밖 소포의 함량이 증가되어 있는 경우 아토피피부염으로 진단할 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현예로, 상기 (c) 단계에서, 정상인 유래 샘플과 비교하여,
피검자 혈액 샘플에서 분리한 남세균문(Cyanobacteria), 푸조박테리아(Fusobacteria), 피검자 소변 샘플에서 분리한 남세균문(Cyanobacteria)으로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 문(phylum) 세균 유래 세포밖 소포,
피검자 혈액 샘플에서 분리한 클로로플라스트(Chloroplast), 사프로스피레(Saprospirae), 플라보박테리아(Flavobacteriia), 알파프로테오박테리아(Alphaproteobacteria), 푸조박테리아(Fusobacteriia), 피검자 소변 샘플에서 분리한 클로로플라스트(Chloroplast), 및 베타프로테오박테리아(Betaproteobacteria)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 강(class) 세균 유래 세포밖 소포,
피검자 혈액 샘플에서 분리한 스트라메노필레스(Stramenopiles), 슈도모나달레스(Pseudomonadales), 나이세리아레스(Neisseriales), 스트렙토피타(Streptophyta), 리조비움목(Rhizobiales), 사프로스피랄레스(Saprospirales), 스핑고모나달레스(Sphingomonadales), 플라보박테리아레스(Flavobacteriales), 카울로박테라레스(Caulobacterales), 게멜라레스(Gemellales), 파스테우렐라레스(Pasteurellales), 푸조박테리알레스(Fusobacteriales), 로도박테랄레스(Rhodobacterales), 바실라레스(Bacillales), 피검자 소변 샘플에서 분리한 MLE1-12, 벌크홀데리알레스(Burkholderiales), 스트렙토피타(Streptophyta), 슈도모나달레스(Pseudomonadales), 및 스핑고모나달레스(Sphingomonadales)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 목(order) 세균 유래 세포밖 소포,
피검자 혈액 샘플에서 분리한 엑시구오박테라시에(Exiguobacteraceae), 모락셀라시에(Moraxellaceae), 브라디리조비아시에(Bradyrhizobiaceae), 리조비움과(Rhizobiaceae), 플라보박테리아시에(Flavobacteriaceae), 캄필로박테라시에(Campylobacteraceae), 네이세리아시에(Neisseriaceae), 슈도모나다시에(Pseudomonadaceae), 스핑고모나다시에(Sphingomonadaceae), 키티노파자시에(Chitinophagaceae), 카르노박테리아시에(Carnobacteriaceae), 카우로박테라시에(Caulobacteraceae), 위크셀라시에(Weeksellaceae), 메틸로박테리아시에(Methylobacteriaceae), 게멜라시에(Gemellaceae), 데르마박테라시에(Dermabacteraceae), 프로피오니박테리아시에(Propionibacteriaceae), 파스테우렐라시에(Pasteurellaceae), 렙토트리치아시에(Leptotrichiaceae), 옥살로박테라시에(Oxalobacteraceae), 푸조박테리아시에(Fusobacteriaceae), 아이로콕쿠스과(Aerococcaceae), 로도박테라시에(Rhodobacteraceae), 인트라스포란지아시에(Intrasporangiaceae), 파라프레보텔라시에(Paraprevotellaceae), 포르피로모나다시에(Porphyromonadaceae), 스타필로코카시에(Staphylococcaceae), 코리네박테리아시에(Corynebacteriaceae), 티시에렐라시에(Tissierellaceae), 마이크로코카시에(Micrococcaceae), 액티노마이세타시에(Actinomycetaceae), 플라노코카시에(Planococcaceae), 피검자 소변 샘플에서 분리한 알칼리제나시에(Alcaligenaceae), 리조비아시에(Rhizobiaceae), 미토콘드리아(mitochondria), 슈도모나다시에(Pseudomonadaceae), 코리네박테리아시에(Corynebacteriaceae), 코마모나다시에(Comamonadaceae), 로도박테라시에(Rhodobacteraceae), 및 스핑고모나다시에(Sphingomonadaceae)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 과(family) 세균 유래 세포밖 소포, 또는
피검자 혈액 샘플에서 분리한 엑시구오박데리움(Exiguobacterium), 아시네토박터(Acinetobacter), 카프노시토파가(Capnocytophaga), 프로테우스(Proteus), 네이세리아(Neisseria), 스핑고모나스(Sphingomonas), 슈도모나스(Pseudomonas), 아그레가티박터(Aggregatibacter), 렙토트리키아(Leptotrichia), 그라눌리카텔라(Granulicatella), 프레보텔라(Prevotella), 크리세오박테리움(Chryseobacterium), 포르피로모나스(Porphyromonas), 헤모필루스(Haemophilus), 브라키박테리움(Brachybacterium), 프로피오니박테리움(Propionibacterium), 에우박테리움(Eubacterium), 푸조박테리움(Fusobacterium), 엔하이드로박터(Enhydrobacter), 파라코커스(Paracoccus), 파라박테로이데스(Parabacteroides), 스타필로코커스(Staphylococcus), 코리네박테리움(Corynebacterium), 로티아(Rothia), 엑티노마이세스(Actinomyces), 디알리스터(Dialister), 페칼리박테리움(Faecalibacterium), 도레아(Dorea), 피검자 소변 샘플에서 분리한 아크로모박터(Achromobacter), 아그로박테리움(Agrobacterium), 로시텔레스(Roseateles), 슈도모나스(Pseudomonas), 코리네박테리움(Corynebacterium), 및 스핑고모나스(Sphingomonas)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 속(genus) 세균 유래 세포밖 소포의 함량이 감소되어 있는 경우 아토피피부염으로 진단할 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현예로, 상기 혈액은 전혈, 혈청, 혈장, 또는 혈액 단핵구일 수 있다.
환경에 존재하는 미생물에서 분비되는 세포밖 소포는 체내에 흡수되어 면역기능 조절 및 염증 발생에 직접적인 영향을 미칠 수 있으며, 아토피피부염은 증상이 나타나기 전 조기진단이 어려워 효율적인 치료가 어려운 실정이다. 이에, 본 발명에 따른 인체 유래 샘플을 이용한 세균 유래 세포밖 소포의 메타게놈 분석을 통해 아토피피부염 발병의 위험도를 미리 예측함으로써 아토피피부염의 위험군을 조기에 진단 및 예측 가능하며, 또한 적절한 관리를 통해 발병 시기를 늦추거나 발병을 예방할 수 있다. 이에 더하여, 발병 후에도 조기진단 할 수 있어 아토피피부염의 발병률을 낮추고 치료효과를 높일 수 있을 뿐 아니라, 아토피피부염으로 진단받은 환자에서 메타게놈 분석을 통해 원인인자 노출을 피함으로써 질병의 경과를 좋게 하거나, 재발을 막을 수 있는 장점이 있다.
도 1a는, 마우스에 장내 세균과 세균유래 소포 (EV)를 구강으로 투여한 후, 시간별로 세균과 소포의 분포양상을 촬영한 사진이고, 도 1b는 구강으로 투여한 후 12시간째에, 혈액 및 여러 장기를 적출하여, 세균과 소포의 체내 분포양상을 평가한 그림이다.
도 2는 아토피피부염환자 및 정상인 혈액에서 세균 유래 소포를 분리한 후, 메타게놈 분석을 수행하여 문(phylum) 수준에서 진단적 성능이 유의한 세균 유래 소포(EVs)의 분포를 나타낸 결과이다.
도 3은 아토피피부염환자 및 정상인 혈액에서 세균 유래 소포를 분리한 후, 메타게놈 분석을 수행하여 강(class) 수준에서 진단적 성능이 유의한 세균 유래 소포(EVs)의 분포를 나타낸 결과이다.
도 4a 및 4b는 아토피피부염환자 및 정상인 혈액에서 세균 유래 소포를 분리한 후, 메타게놈 분석을 수행하여 목(order) 수준에서 진단적 성능이 유의한 세균 유래 소포(EVs)의 분포를 나타낸 결과이다.
도 5a 및 5b는 아토피피부염환자 및 정상인 혈액에서 세균 유래 소포를 분리한 후, 메타게놈 분석을 수행하여 과(family) 수준에서 진단적 성능이 유의한 세균 유래 소포(EVs)의 분포를 나타낸 결과이다.
도 6a 및 6b는 아토피피부염환자 및 정상인 혈액에서 세균 유래 소포를 분리한 후, 메타게놈 분석을 수행하여 속(genus) 수준에서 진단적 성능이 유의한 세균 유래 소포(EVs)의 분포를 나타낸 결과이다.
도 7은 아토피피부염환자 및 정상인 소변에서 세균 유래 소포를 분리한 후, 메타게놈 분석을 수행하여 문(phylum) 수준에서 진단적 성능이 유의한 세균 유래 소포(EVs)의 분포를 나타낸 결과이다.
도 8은 아토피피부염환자 및 정상인 소변에서 세균 유래 소포를 분리한 후, 메타게놈 분석을 수행하여 강(class) 수준에서 진단적 성능이 유의한 세균 유래 소포(EVs)의 분포를 나타낸 결과이다.
도 9는 아토피피부염환자 및 정상인 소변에서 세균 유래 소포를 분리한 후, 메타게놈 분석을 수행하여 목(order) 수준에서 진단적 성능이 유의한 세균 유래 소포(EVs)의 분포를 나타낸 결과이다.
도 10a 및 10b는 아토피피부염환자 및 정상인 소변에서 세균 유래 소포를 분리한 후, 메타게놈 분석을 수행하여 과(family) 수준에서 진단적 성능이 유의한 세균 유래 소포(EVs)의 분포를 나타낸 결과이다.
도 11a 및 11b는 아토피피부염환자 및 정상인 소변에서 세균 유래 소포를 분리한 후, 메타게놈 분석을 수행하여 속(genus) 수준에서 진단적 성능이 유의한 세균 유래 소포(EVs)의 분포를 나타낸 결과이다.
본 발명은 미생물 메타게놈 분석을 통해 아토피피부염을 진단하는 방법에 관한 것으로서, 본 발명자들은 정상인 및 피검자 유래 샘플을 이용해 세포밖 소포를 분리한 후, 소포로부터 유전자를 추출하고 이에 대하여 메타게놈 분석을 수행하였으며, 아토피피부염의 원인인자로 작용할 수 있는 세균 유래 세포밖 소포를 동정하였다.
이에, 본 발명은 (a) 정상인 및 피검자 샘플에서 분리한 세포밖 소포로부터 DNA를 추출하는 단계;
(b) 상기 추출한 DNA에 대하여 서열번호 1 및 서열번호 2의 프라이머 쌍을 이용하여 PCR을 수행하는 단계; 및
(c) 상기 PCR 산물의 서열분석을 통하여 정상인 유래 샘플과 세균 및 고세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교하는 단계를 포함하는 아토피피부염을 진단하기 위한 정보제공방법을 제공한다.
본 발명에서 사용되는 용어, "아토피피부염 진단" 이란 환자에 대하여 아토피피부염이 발병할 가능성이 있는지, 아토피피부염이 발병할 가능성이 상대적으로 높은지, 또는 아토피피부염이 이미 발병하였는지 여부를 판별하는 것을 의미한다. 본 발명의 방법은 임의의 특정 환자에 대한 아토피피부염 발병 위험도가 높은 환자로써 특별하고 적절한 관리를 통하여 발병 시기를 늦추거나 발병하지 않도록 하는데 사용할 수 있다. 또한, 본 발명의 방법은 아토피피부염을 조기에 진단하여 가장 적절한 치료방식을 선택함으로써 치료를 결정하기 위해 임상적으로 사용될 수 있다.
본 발명에서 사용되는 용어, "메타게놈(metagenome)"이란 "군유전체"라고도 하며, 흙, 동물의 장 등 고립된 지역 내의 모든 바이러스, 세균, 곰팡이 등을 포함하는 유전체의 총합을 의미하는 것으로, 주로 배양이 되지 않는 미생물을 분석하기 위해서 서열분석기를 사용하여 한꺼번에 많은 미생물을 동정하는 것을 설명하는 유전체의 개념으로 쓰인다. 특히, 메타게놈은 한 종의 게놈 또는 유전체를 말하는 것이 아니라, 한 환경단위의 모든 종의 유전체로서 일종의 혼합유전체를 말한다. 이는 오믹스적으로 생물학이 발전하는 과정에서 한 종을 정의할 때 기능적으로 기존의 한 종뿐만 아니라, 다양한 종이 서로 상호작용하여 완전한 종을 만든다는 관점에서 나온 용어이다. 기술적으로는 빠른 서열분석법을 이용해서, 종에 관계없이 모든 DNA, RNA를 분석하여, 한 환경 내에서의 모든 종을 동정하고, 상호작용, 대사작용을 규명하는 기법의 대상이다. 본 발명에서는 바람직하게 혈액 및 소변에서 분리한 세균 유래 세포밖 소포를 이용하여 메타게놈 분석을 실시하였다.
본 발명에서 사용되는 용어, "세균 유래 소포"란 세균뿐만 아니라 고세균에서 분비되는 세포밖 소포를 포함하는 개념이며, 이것으로 제한되는 것은 아니다.
본 발명에 있어서, 상기 정상인 및 피검자 샘플은 혈액 또는 소변일 수 있고, 상기 혈액은 바람직하게 전혈, 혈청, 혈장, 또는 혈액 단핵구일 수 있으나, 이것으로 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 실시예에서는 상기 세균 및 고세균 유래 세포밖 소포에 대한 메타게놈 분석을 실시하였으며, 문(phylum), 강(class), 목(order), 과(family), 및 속(genus) 수준에서 각각 분석하여 실제로 아토피피부염 발생의 원인으로 작용할 수 있는 세균 유래 소포를 동정하였다.
보다 구체적으로 본 발명의 일실시예에서는, 피검자 유래 혈액 샘플에 존재하는 소포에 대하여 세균 메타게놈을 문 수준에서 분석한 결과, Cyanobacteria, Fusobacteria, Verrucomicrobia, 및 Euryarchaeota 문 세균 유래 세포밖 소포의 함량이 아토피피부염환자와 정상인에 사이에 유의한 차이가 있었다(실시예 4 참조).
보다 구체적으로 본 발명의 일실시예에서는, 피검자 유래 혈액 샘플에 존재하는 소포에 대하여 세균 메타게놈을 강 수준에서 분석한 결과, Chloroplast, Saprospirae, Flavobacteriia, Alphaproteobacteria, Fusobacteriia, Bacilli, Verrucomicrobiae, 및 Methanobacteria 강 세균 유래 세포밖 소포의 함량이 아토피피부염환자와 정상인에 사이에 유의한 차이가 있었다(실시예 4 참조).
보다 구체적으로 본 발명의 일실시예에서는, 피검자 유래 혈액 샘플에 존재하는 소포에 대하여 세균 메타게놈을 목 수준에서 분석한 결과, Stramenopiles, Pseudomonadales, Neisseriales, Streptophyta, Rhizobiales, Saprospirales, Sphingomonadales, Flavobacteriales, Caulobacterales, Gemellales, Pasteurellales, Fusobacteriales, Rhodobacterales, Bacillales, Lactobacillales, Oceanospirillales, Enterobacteriales, Bifidobacteriales, Verrucomicrobiales, Methanobacteriales, 및 Desulfovibrionales 목 세균 유래 세포밖 소포의 함량이 아토피피부염환자와 정상인에 사이에 유의한 차이가 있었다(실시예 4 참조).
보다 구체적으로 본 발명의 일실시예에서는, 피검자 유래 혈액 샘플에 존재하는 소포에 대하여 세균 메타게놈을 과 수준에서 분석한 결과, Exiguobacteraceae, Moraxellaceae, Bradyrhizobiaceae, Rhizobiaceae, Flavobacteriaceae, Campylobacteraceae, Neisseriaceae, Pseudomonadaceae, Sphingomonadaceae, Chitinophagaceae, Carnobacteriaceae, Caulobacteraceae, Weeksellaceae, Methylobacteriaceae, Gemellaceae, Dermabacteraceae, Propionibacteriaceae, Pasteurellaceae, Leptotrichiaceae, Oxalobacteraceae, Fusobacteriaceae, Aerococcaceae, Rhodobacteraceae, Intrasporangiaceae, Paraprevotellaceae, Porphyromonadaceae, Staphylococcaceae, Corynebacteriaceae, Tissierellaceae, Micrococcaceae, Actinomycetaceae, 및 Planococcaceae, Comamonadaceae, Halomonadaceae, Clostridiaceae, Alcaligenaceae, Enterobacteriaceae, Bacteroidaceae, Peptostreptococcaceae, Nocardiaceae, Bifidobacteriaceae, Verrucomicrobiaceae, Shewanellaceae, Barnesiellaceae, Odoribacteraceae, Methanobacteriaceae, Rikenellaceae, Desulfovibrionaceae, 및 Dethiosulfovibrionaceae 과 세균 유래 세포밖 소포의 함량이 아토피피부염환자와 정상인에 사이에 유의한 차이가 있었다(실시예 4 참조).
보다 구체적으로 본 발명의 일실시예에서는, 피검자 유래 혈액 샘플에 존재하는 소포에 대하여 세균 메타게놈을 속 수준에서 분석한 결과, Exiguobacterium, Acinetobacter, Capnocytophaga, Proteus, Neisseria, Sphingomonas, Pseudomonas, Aggregatibacter, Leptotrichia, Granulicatella, Prevotella, Chryseobacterium, Porphyromonas, Haemophilus, Brachybacterium, Propionibacterium, Eubacterium, Fusobacterium, Enhydrobacter, Paracoccus, Parabacteroides, Staphylococcus, Corynebacterium, Rothia, Actinomyces, Dialister, Faecalibacterium, Dorea, Ruminococcus, Halomonas, Sutterella, Bacteroides, Veillonella, Rhodococcus, Butyricimonas, Akkermansia, Bifidobacterium, Atopobium, Citrobacter, Klebsiella, Enterobacter, Chromohalobacter, Cupriavidus, Methanobrevibacter, Phascolarctobacterium, Odoribacter, Pyramidobacter, Bilophila, Desulfovibrio, 및 Acidaminococcus 속 세균 유래 세포밖 소포의 함량이 아토피피부염환자와 정상인에 사이에 유의한 차이가 있었다(실시예 4 참조).
보다 구체적으로 본 발명의 일실시예에서는, 피검자 유래 소변 샘플에 존재하는 소포에 대하여 세균 메타게놈을 문 수준에서 분석한 결과, Cyanobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes, Verrucomicrobia, Euryarchaeota, 및 Tenericutes 문 세균 유래 세포밖 소포의 함량이 아토피피부염환자와 정상인에 사이에 유의한 차이가 있었다(실시예 5 참조).
보다 구체적으로 본 발명의 일실시예에서는, 피검자 유래 소변 샘플에 존재하는 소포에 대하여 세균 메타게놈을 강 수준에서 분석한 결과, Chloroplast, Betaproteobacteria, Coriobacteriia, Clostridia, Bacteroidia, Erysipelotrichi, Verrucomicrobiae, Methanobacteria, Mollicutes, 및 Pedosphaerae 강 세균 유래 세포밖 소포의 함량이 아토피피부염환자와 정상인에 사이에 유의한 차이가 있었다(실시예 5 참조).
보다 구체적으로 본 발명의 일실시예에서는, 피검자 유래 소변 샘플에 존재하는 소포에 대하여 세균 메타게놈을 목 수준에서 분석한 결과, MLE1-12, Burkholderiales, Streptophyta, Pseudomonadales, Sphingomonadales, Bifidobacteriales, Coriobacteriales, Clostridiales, Bacteroidales, Erysipelotrichales, Turicibacterales, Desulfovibrionales, Verrucomicrobiales, Methanobacteriales, RF39, 및 Pedosphaerales 목 세균 유래 세포밖 소포의 함량이 아토피피부염환자와 정상인에 사이에 유의한 차이가 있었다(실시예 5 참조).
보다 구체적으로 본 발명의 일실시예에서는, 피검자 유래 소변 샘플에 존재하는 소포에 대하여 세균 메타게놈을 과 수준에서 분석한 결과, Alcaligenaceae, Rhizobiaceae, mitochondria, Pseudomonadaceae, Corynebacteriaceae, Comamonadaceae, Rhodobacteraceae, Sphingomonadaceae, Veillonellaceae, Bifidobacteriaceae, Coriobacteriaceae, Planococcaceae, Paraprevotellaceae, Clostridiaceae, Erysipelotrichaceae, Turicibacteraceae, Lachnospiraceae, Prevotellaceae, Rikenellaceae, Bacteroidaceae, Enterococcaceae, Ruminococcaceae, Desulfovibrionaceae, Verrucomicrobiaceae, Odoribacteraceae, Christensenellaceae, Methanobacteriaceae, Koribacteraceae, 및 Streptomycetaceae 과 세균 유래 세포밖 소포의 함량이 아토피피부염환자와 정상인에 사이에 유의한 차이가 있었다(실시예 5 참조).
보다 구체적으로 본 발명의 일실시예에서는, 피검자 유래 소변 샘플에 존재하는 소포에 대하여 세균 메타게놈을 속 수준에서 분석한 결과, Achromobacter, Agrobacterium, Roseateles, Pseudomonas, Corynebacterium, Sphingomonas, Citrobacter, Faecalibacterium, Clostridium, Coprococcus, Dialister, Bifidobacterium, Turicibacter, Dorea, Sutterella, Ruminococcus, Prevotella, Roseburia, Bacteroides, Klebsiella, Lachnospira, Blautia, Cupriavidus, Oscillospira, Enterococcus, Ruminococcus, SMB53, Akkermansia, Parabacteroides, Phascolarctobacterium, Catenibacterium, Butyricimonas, Eubacterium, Halomonas, Paraprevotella, Methanobrevibacter, Adlercreutzia, Slackia, Desulfovibrio, 및 Thermoanaerobacterium 속 세균 유래 세포밖 소포의 함량이 아토피피부염환자와 정상인에 사이에 유의한 차이가 있었다(실시예 5 참조).
본 발명은 상기와 같은 실시예 결과를 통해, 혈액 및 소변으로부터 분리한 세균 유래 세포밖 소포에 대하여 메타게놈 분석을 실시함으로써 정상인과 비교하여 아토피피부염환자에서 함량이 유의하게 변화한 세균 유래 소포들을 동정하였으며, 메타게놈 분석을 통해 상기 각 수준에서 세균 유래 소포들의 함량 증감을 분석함으로써 아토피피부염을 진단할 수 있음을 확인하였다.
이하, 본 발명의 이해를 돕기 위하여 바람직한 실시예를 제시한다. 그러나 하기의 실시예는 본 발명을 보다 쉽게 이해하기 위하여 제공되는 것일 뿐, 하기 실시예에 의해 본 발명의 내용이 한정되는 것은 아니다.
[실시예]
실시예 1. 장내 세균 및 세균 유래 소포의 체내 흡수, 분포, 및 배설 양상 분석
장내 세균과 세균 유래 소포가 위장관을 통해 전신적으로 흡수되는 지를 평가하기 위하여 다음과 같은 방법으로 실험을 수행하였다. 마우스의 위장에 형광으로 표지한 장내세균과 장내 세균 유래 소포를 각각 50 μg의 용량으로 위장관으로 투여하고 0분, 5분, 3시간, 6시간, 12시간 후에 형광을 측정하였다. 마우스 전체 이미지를 관찰한 결과, 도 1a에 나타낸 바와 같이, 상기 세균(Bacteria)인 경우에는 전신적으로 흡수되지 않았지만, 세균 유래 소포(EV)인 경우에는, 투여 후 5분에 전신적으로 흡수되었고, 투여 3시간 후에는 방광에 형광이 진하게 관찰되어, 소포가 비뇨기계로 배설됨을 알 수 있었다. 또한, 소포는 투여 12시간까지 체내에 존재함을 알 수 있었다.
장내세균과 장내 세균유래 소포가 전신적으로 흡수된 후, 여러 장기로 침윤된 양상을 평가하기 위하여, 형광으로 표지한 50 μg의 세균과 세균유래 소포를 상기의 방법과 같이 투여한 다음 12시간째에 마우스로부터 혈액(Blood), 심장(Heart), 폐(Lung), 간(Liver), 신장(Kidney), 비장(Spleen), 지방조직(Adipose tissue), 및 근육(Muscle)을 적출하였다. 상기 적출한 조직들에서 형광을 관찰한 결과, 도1b에 나타낸 바와 같이, 상기 장내 세균(Bacteria)은 각 장기에 흡수되지 않은 반면, 상기 장내 세균 유래 세포밖 소포(EV)는 혈액, 심장, 폐, 간, 신장, 비장, 지방조직, 및 근육 등과 같이 여러 장기에 분포하는 것을 확인하였다.
실시예 2. 혈액 및 소변으로부터 소포 분리 및 DNA 추출
혈액 및 소변으로부터 소포를 분리하고 DNA를 추출하기 위해, 먼저 10 ㎖ 튜브에 혈액 또는 소변을 넣고 원심분리(3,500 x g, 10min, 4℃)를 실시하여 부유물을 가라앉혀 상등액만을 회수한 후 새로운 10 ㎖ 튜브에 옮겼다. 0.22 ㎛ 필터를 사용하여 상기 회수한 상등액으로부터 세균 및 이물질을 제거한 후, 센트리프랩튜브(centripreigugal filters 50 kD)에 옮기고 1500 x g, 4℃에서 15분간 원심분리하여 50 kD 보다 작은 물질은 버리고 10 ㎖까지 농축 시켰다. 다시 한 번 0.22 ㎛ 필터를 사용하여 박테리아 및 이물질을 제거한 후, Type 90ti 로터로 150,000 x g, 4℃에서 3시간 동안 초고속원심분리방법을 사용하여 상등액을 버리고 덩어리진 pellet을 생리식염수(PBS)로 녹여 소포를 수득하였다.
상기 방법에 따라 혈액 및 소변으로부터 분리한 소포 100 ㎕를 100℃에서 끓여서 내부의 DNA를 지질 밖으로 나오게 한 후 얼음에 5분 동안 식혔다. 다음으로 남은 부유물을 제거하기 위하여 10,000 x g, 4℃에서 30분간 원심분리하고 상등액 만을 모은 후 Nanodrop을 이용하여 DNA 양을 정량하였다. 이후 상기 추출된 DNA에 세균 유래 DNA가 존재하는지 확인하기 위하여 하기 표 1에 나타낸 16s rDNA primer로 PCR을 수행하여 상기 추출된 유전자에 세균 유래 유전자가 존재하는 것을 확인하였다.
primer 서열 서열번호
16S rDNA 16S_V3_F 5'-TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGCCTACGGGNGGCWGCAG-3' 1
16S_V4_R 5'-GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGGACTACHVGGGTATCTAATCC-3 2
실시예 3. 혈액 및 소변에서 추출한 DNA를 이용한 메타게놈 분석
상기 실시예 2의 방법으로 유전자를 추출한 후, 상기 표1에 나타낸 16S rDNA 프라이머를 사용하여 PCR을 실시하여 유전자를 증폭시키고 시퀀싱(Illumina MiSeq sequencer)을 수행하였다. 결과를 Standard Flowgram Format(SFF) 파일로 출력하고 GS FLX software(v2.9)를 이용하여 SFF 파일을 sequence 파일(.fasta)과 nucleotide quality score 파일로 변환한 다음 리드의 신용도 평가를 확인하고, window(20 bps) 평균 base call accuracy가 99% 미만(Phred score <20)인 부분을 제거하였다. 질이 낮은 부분을 제거한 후, 리드의 길이가 300 bps 이상인 것만 이용하였으며(Sickle version 1.33), 결과 분석을 위해 Operational Taxonomy Unit(OTU)은 UCLUST와 USEARCH를 이용하여 시퀀스 유사도에 따라 클러스터링을 수행하였다. 구체적으로 속(genus)은 94%, 과(family)는 90%, 목(order)은 85%, 강(class)은 80%, 문(phylum)은 75% 시퀀스 유사도를 기준으로 클러스터링을 하고 각 OTU의 문, 강, 목, 과, 속 레벨의 분류를 수행하고, BLASTN와 GreenGenes의 16S DNA 시퀀스 데이터베이스(108,453 시퀀스)를 이용하여 97% 이상의 시퀀스 유사도 갖는 박테리아를 분석하였다(QIIME).
실시예 4. 혈액에서 분리한 세균유래 소포 메타게놈 분석 기반 아토피피부염 진단모형
상기 실시예 3의 방법으로, 아토피피부염환자 25명과 나이와 성별을 매칭한 정상인 113명의 혈액에서 소포를 분리한 후 메타게놈 시퀀싱을 수행하였다. 진단모형 개발은 먼저 t-test에서 두 군 사이의 p값이 0.05 이하이고, 두 군 사이에 2배 이상 차이가 나는 균주를 선정하고 난 후, logistic regression analysis 방법으로 진단적 성능 지표인 AUC(area under curve), 정확도, 민감도, 및 특이도를 산출하였다.
혈액 내 세균유래 소포를 문(phylum) 수준에서 분석한 결과, Cyanobacteria, Fusobacteria, Verrucomicrobia, 및 Euryarchaeota 문 세균 바이오마커로 진단모형을 개발하였을 때, 아토피피부염에 대한 진단적 성능이 유의하게 나타났다 (표 2 및 도 2 참조).
대조군 아토피피부염 t-test
Taxon Mean SD Mean SD p-value Ratio AUC 정확도 민감도 특이도
p__Cyanobacteria 0.0160 0.0424 0.0008 0.0007 0.0002 0.05 0.82 0.88 1.00 0.32
p__Fusobacteria 0.0029 0.0066 0.0005 0.0005 0.0002 0.19 0.73 0.87 1.00 0.28
p__Verrucomicrobia 0.0028 0.0059 0.0269 0.0226 0.0000 9.54 0.88 0.90 0.96 0.60
p__Euryarchaeota 0.0001 0.0006 0.0010 0.0013 0.0016 14.98 0.84 0.88 0.99 0.40
혈액 내 세균유래 소포를 강(class) 수준에서 분석한 결과, Chloroplast, Saprospirae, Flavobacteriia, Alphaproteobacteria, Fusobacteriia, Bacilli, Verrucomicrobiae, 및 Methanobacteria 강 세균 바이오마커로 진단모형을 개발하였을 때, 아토피피부염에 대한 진단적 성능이 유의하게 나타났다 (표 3 및 도 3 참조).
대조군 아토피피부염 t-test
Taxon Mean SD Mean SD p-value Ratio AUC 정확도 민감도 특이도
c__Chloroplast 0.0155 0.0424 0.0007 0.0007 0.0003 0.04 0.82 0.88 1.00 0.32
c__Saprospirae 0.0008 0.0027 0.0000 0.0002 0.0051 0.06 0.73 0.87 1.00 0.28
c__Flavobacteriia 0.0049 0.0105 0.0004 0.0005 0.0000 0.07 0.77 0.87 1.00 0.28
c__Alphaproteobacteria 0.0504 0.0525 0.0042 0.0028 0.0000 0.08 0.97 0.91 0.95 0.76
c__Fusobacteriia 0.0029 0.0066 0.0005 0.0005 0.0002 0.19 0.73 0.87 1.00 0.28
c__Bacilli 0.0759 0.0468 0.2156 0.2036 0.0022 2.84 0.78 0.89 1.00 0.40
c__Verrucomicrobiae 0.0026 0.0058 0.0268 0.0226 0.0000 10.32 0.89 0.90 0.96 0.60
c__Methanobacteria 0.0000 0.0001 0.0009 0.0013 0.0017 110.65 0.88 0.93 0.99 0.64
혈액 내 세균유래 소포를 목(order) 수준에서 분석한 결과, Stramenopiles, Pseudomonadales, Neisseriales, Streptophyta, Rhizobiales, Saprospirales, Sphingomonadales, Flavobacteriales, Caulobacterales, Gemellales, Pasteurellales, Fusobacteriales, Rhodobacterales, Bacillales, Lactobacillales, Oceanospirillales, Enterobacteriales, Bifidobacteriales, Verrucomicrobiales, Methanobacteriales, 및 Desulfovibrionales 목 세균 바이오마커로 진단모형을 개발하였을 때, 아토피피부염에 대한 진단적 성능이 유의하게 나타났다 (표 4, 도 4a 및 4b 참조).
대조군 아토피피부염 t-test
Taxon Mean SD Mean SD p-value Ratio AUC 정확도 민감도 특이도
o__Stramenopiles 0.0019 0.0061 0.0000 0.0000 0.0014 0.00 0.75 0.86 1.00 0.24
o__Pseudomonadales 0.4721 0.1724 0.0131 0.0087 0.0000 0.03 1.00 1.00 1.00 1.00
o__Neisseriales 0.0059 0.0142 0.0003 0.0003 0.0001 0.05 0.78 0.87 1.00 0.28
o__Streptophyta 0.0136 0.0422 0.0007 0.0007 0.0015 0.05 0.77 0.88 1.00 0.32
o__Rhizobiales 0.0224 0.0273 0.0012 0.0009 0.0000 0.06 0.98 0.94 0.96 0.88
o__Saprospirales 0.0008 0.0027 0.0000 0.0002 0.0051 0.06 0.73 0.87 1.00 0.28
o__Sphingomonadales 0.0170 0.0270 0.0011 0.0009 0.0000 0.06 0.88 0.88 0.96 0.48
o__Flavobacteriales 0.0049 0.0105 0.0004 0.0005 0.0000 0.07 0.77 0.87 1.00 0.28
o__Caulobacterales 0.0035 0.0103 0.0003 0.0004 0.0014 0.09 0.75 0.86 1.00 0.24
o__Gemellales 0.0013 0.0039 0.0002 0.0003 0.0033 0.13 0.73 0.87 1.00 0.28
o__Pasteurellales 0.0048 0.0142 0.0008 0.0009 0.0032 0.17 0.72 0.86 1.00 0.24
o__Fusobacteriales 0.0029 0.0066 0.0005 0.0005 0.0002 0.19 0.73 0.87 1.00 0.28
o__Rhodobacterales 0.0041 0.0086 0.0008 0.0008 0.0001 0.21 0.75 0.87 1.00 0.28
o__Bacillales 0.0166 0.0156 0.0045 0.0030 0.0000 0.27 0.82 0.88 1.00 0.36
o__Lactobacillales 0.0578 0.0464 0.2105 0.2021 0.0009 3.64 0.81 0.88 0.99 0.40
o__Oceanospirillales 0.0005 0.0018 0.0018 0.0020 0.0021 3.78 0.74 0.86 0.98 0.32
o__Enterobacteriales 0.0629 0.0616 0.3214 0.2882 0.0002 5.11 0.89 0.93 0.97 0.72
o__Bifidobacteriales 0.0049 0.0074 0.0379 0.0421 0.0006 7.80 0.93 0.87 0.96 0.48
o__Verrucomicrobiales 0.0026 0.0058 0.0268 0.0226 0.0000 10.32 0.89 0.90 0.96 0.60
o__Methanobacteriales 0.0000 0.0001 0.0009 0.0013 0.0017 110.65 0.88 0.93 0.99 0.64
o__Desulfovibrionales 0.0000 0.0000 0.0012 0.0020 0.0052 744.81 0.92 0.95 0.99 0.76
혈액 내 세균유래 소포를 과(family) 수준에서 분석한 결과, Exiguobacteraceae, Moraxellaceae, Bradyrhizobiaceae, Rhizobiaceae, Flavobacteriaceae, Campylobacteraceae, Neisseriaceae, Pseudomonadaceae, Sphingomonadaceae, Chitinophagaceae, Carnobacteriaceae, Caulobacteraceae, Weeksellaceae, Methylobacteriaceae, Gemellaceae, Dermabacteraceae, Propionibacteriaceae, Pasteurellaceae, Leptotrichiaceae, Oxalobacteraceae, Fusobacteriaceae, Aerococcaceae, Rhodobacteraceae, Intrasporangiaceae, Paraprevotellaceae, Porphyromonadaceae, Staphylococcaceae, Corynebacteriaceae, Tissierellaceae, Micrococcaceae, Actinomycetaceae, Planococcaceae, Comamonadaceae, Halomonadaceae, Clostridiaceae, Alcaligenaceae, Enterobacteriaceae, Bacteroidaceae, Peptostreptococcaceae, Nocardiaceae, Bifidobacteriaceae, Verrucomicrobiaceae, Shewanellaceae, Barnesiellaceae, Odoribacteraceae, Methanobacteriaceae, Rikenellaceae, Desulfovibrionaceae, 및 Dethiosulfovibrionaceae 과 세균 바이오마커로 진단모형을 개발하였을 때, 아토피피부염에 대한 진단적 성능이 유의하게 나타났다 (표 5, 도 5a 및 5b 참조).
대조군 아토피피부염 t-test
Taxon Mean SD Mean SD p-value Ratio AUC 정확도 민감도 특이도
f__Exiguobacteraceae 0.0020 0.0077 0.0000 0.0001 0.0068 0.01 0.73 0.86 1.00 0.24
f__Moraxellaceae 0.3067 0.1632 0.0044 0.0040 0.0000 0.01 1.00 0.99 0.99 1.00
f__Bradyrhizobiaceae 0.0023 0.0086 0.0001 0.0001 0.0056 0.03 0.77 0.89 1.00 0.40
f__Rhizobiaceae 0.0128 0.0166 0.0004 0.0005 0.0000 0.03 0.92 0.84 0.89 0.60
f__Flavobacteriaceae 0.0017 0.0036 0.0001 0.0001 0.0000 0.03 0.75 0.87 1.00 0.28
f__Campylobacteraceae 0.0007 0.0025 0.0000 0.0001 0.0082 0.04 0.71 0.87 1.00 0.28
f__Neisseriaceae 0.0059 0.0142 0.0003 0.0003 0.0001 0.05 0.78 0.87 1.00 0.28
f__Pseudomonadaceae 0.1652 0.1085 0.0085 0.0063 0.0000 0.05 1.00 0.99 0.99 0.96
f__Sphingomonadaceae 0.0169 0.0270 0.0010 0.0009 0.0000 0.06 0.88 0.88 0.97 0.48
f__Chitinophagaceae 0.0007 0.0027 0.0000 0.0002 0.0073 0.06 0.72 0.87 1.00 0.28
f__Carnobacteriaceae 0.0021 0.0056 0.0001 0.0002 0.0003 0.07 0.72 0.87 1.00 0.28
f__Caulobacteraceae 0.0035 0.0103 0.0003 0.0004 0.0014 0.09 0.75 0.86 1.00 0.24
f__Weeksellaceae 0.0033 0.0097 0.0003 0.0004 0.0016 0.10 0.73 0.87 1.00 0.28
f__Methylobacteriaceae 0.0060 0.0113 0.0007 0.0008 0.0000 0.11 0.79 0.88 1.00 0.32
f__Gemellaceae 0.0013 0.0039 0.0002 0.0003 0.0031 0.12 0.73 0.87 1.00 0.28
f__Dermabacteraceae 0.0009 0.0028 0.0001 0.0003 0.0031 0.14 0.72 0.87 1.00 0.28
f__Propionibacteriaceae 0.0085 0.0162 0.0012 0.0010 0.0000 0.14 0.86 0.87 0.97 0.40
f__Pasteurellaceae 0.0048 0.0142 0.0008 0.0009 0.0032 0.17 0.72 0.86 1.00 0.24
f__Leptotrichiaceae 0.0009 0.0026 0.0001 0.0002 0.0038 0.17 0.71 0.87 1.00 0.28
f__Oxalobacteraceae 0.0056 0.0116 0.0010 0.0012 0.0001 0.17 0.76 0.88 1.00 0.36
f__Fusobacteriaceae 0.0021 0.0053 0.0004 0.0005 0.0014 0.20 0.71 0.87 1.00 0.28
f__Aerococcaceae 0.0024 0.0048 0.0005 0.0006 0.0001 0.20 0.74 0.86 1.00 0.24
f__Rhodobacteraceae 0.0041 0.0086 0.0008 0.0008 0.0002 0.21 0.75 0.87 1.00 0.28
f__Intrasporangiaceae 0.0017 0.0042 0.0004 0.0004 0.0010 0.21 0.73 0.86 1.00 0.24
f__Paraprevotellaceae 0.0036 0.0099 0.0008 0.0007 0.0038 0.22 0.71 0.86 1.00 0.24
f__Porphyromonadaceae 0.0208 0.0266 0.0048 0.0038 0.0000 0.23 0.79 0.88 1.00 0.32
f__Staphylococcaceae 0.0116 0.0134 0.0029 0.0027 0.0000 0.25 0.79 0.88 1.00 0.32
f__Corynebacteriaceae 0.0103 0.0111 0.0027 0.0024 0.0000 0.26 0.80 0.87 1.00 0.28
f__Tissierellaceae 0.0017 0.0039 0.0005 0.0006 0.0019 0.28 0.72 0.86 1.00 0.24
f__Micrococcaceae 0.0062 0.0082 0.0019 0.0016 0.0000 0.31 0.76 0.87 1.00 0.28
f__Actinomycetaceae 0.0043 0.0097 0.0013 0.0015 0.0028 0.31 0.71 0.86 1.00 0.24
f__Planococcaceae 0.0007 0.0013 0.0003 0.0003 0.0073 0.44 0.71 0.87 1.00 0.28
f__Comamonadaceae 0.0029 0.0070 0.0079 0.0091 0.0030 2.68 0.75 0.87 0.99 0.32
f__Halomonadaceae 0.0005 0.0018 0.0016 0.0020 0.0044 3.57 0.72 0.85 0.98 0.24
f__Clostridiaceae 0.0016 0.0035 0.0069 0.0092 0.0094 4.36 0.76 0.87 0.97 0.40
f__Alcaligenaceae 0.0003 0.0015 0.0014 0.0015 0.0020 4.36 0.77 0.87 0.99 0.32
f__Enterobacteriaceae 0.0629 0.0616 0.3214 0.2882 0.0002 5.11 0.89 0.93 0.97 0.72
f__Bacteroidaceae 0.0122 0.0226 0.0629 0.0460 0.0000 5.15 0.87 0.91 0.98 0.56
f__Peptostreptococcaceae 0.0004 0.0017 0.0028 0.0028 0.0003 6.33 0.79 0.88 0.98 0.44
f__Nocardiaceae 0.0048 0.0112 0.0323 0.0408 0.0026 6.78 0.79 0.88 0.98 0.40
f__Bifidobacteriaceae 0.0049 0.0074 0.0379 0.0421 0.0006 7.80 0.93 0.87 0.96 0.48
f__Verrucomicrobiaceae 0.0026 0.0058 0.0268 0.0226 0.0000 10.32 0.89 0.90 0.96 0.60
f__Shewanellaceae 0.0001 0.0007 0.0022 0.0041 0.0207 18.17 0.78 0.88 0.97 0.48
f__Barnesiellaceae 0.0000 0.0003 0.0006 0.0006 0.0004 21.84 0.87 0.90 0.99 0.48
f__Odoribacteraceae 0.0000 0.0003 0.0010 0.0014 0.0021 22.59 0.84 0.88 0.97 0.48
f__Methanobacteriaceae 0.0000 0.0001 0.0009 0.0013 0.0017 110.65 0.88 0.93 0.99 0.64
f__Rikenellaceae 0.0000 0.0001 0.0020 0.0020 0.0000 122.32 0.94 0.93 0.98 0.72
f__Desulfovibrionaceae 0.0000 0.0000 0.0012 0.0020 0.0052 744.81 0.92 0.95 0.99 0.76
f__Dethiosulfovibrionaceae 0.0000 0.0000 0.0007 0.0017 0.0000 0.93 0.96 1.00 0.80
혈액 내 세균유래 소포를 속(genus) 수준에서 분석한 결과, Exiguobacterium, Acinetobacter, Capnocytophaga, Proteus, Neisseria, Sphingomonas, Pseudomonas, Aggregatibacter, Leptotrichia, Granulicatella, Prevotella, Chryseobacterium, Porphyromonas, Haemophilus, Brachybacterium, Propionibacterium, Eubacterium, Fusobacterium, Enhydrobacter, Paracoccus, Parabacteroides, Staphylococcus, Corynebacterium, Rothia, Actinomyces, Dialister, Faecalibacterium, Dorea, Ruminococcus, Halomonas, Sutterella, Bacteroides, Veillonella, Rhodococcus, Butyricimonas, Akkermansia, Bifidobacterium, Atopobium, Citrobacter, Klebsiella, Enterobacter, Chromohalobacter, Cupriavidus, Methanobrevibacter, Phascolarctobacterium, Odoribacter, Pyramidobacter, Bilophila, Desulfovibrio, 및 Acidaminococcus 속 세균 바이오마커로 진단모형을 개발하였을 때, 아토피피부염에 대한 진단적 성능이 유의하게 나타났다 (표 6, 도 6a 및 6b 참조).
대조군 아토피피부염 t-test
Taxon Mean SD Mean SD p-value Ratio AUC 정확도 민감도 특이도
g__Exiguobacterium 0.0020 0.0077 0.0000 0.0000 0.0067 0.01 0.73 0.86 1.00 0.24
g__Acinetobacter 0.2996 0.1634 0.0030 0.0030 0.0000 0.01 1.00 0.99 0.99 1.00
g__Capnocytophaga 0.0007 0.0027 0.0000 0.0000 0.0066 0.01 0.72 0.87 1.00 0.28
g__Proteus 0.0209 0.0264 0.0006 0.0006 0.0000 0.03 0.91 0.88 0.96 0.48
g__Neisseria 0.0045 0.0132 0.0001 0.0002 0.0006 0.03 0.76 0.87 1.00 0.28
g__Sphingomonas 0.0138 0.0265 0.0006 0.0006 0.0000 0.05 0.86 0.87 0.96 0.44
g__Pseudomonas 0.1616 0.1075 0.0075 0.0055 0.0000 0.05 1.00 0.99 0.99 0.96
g__Aggregatibacter 0.0006 0.0018 0.0000 0.0001 0.0010 0.05 0.73 0.86 1.00 0.24
g__Leptotrichia 0.0007 0.0022 0.0000 0.0001 0.0021 0.06 0.72 0.87 1.00 0.28
g__Granulicatella 0.0020 0.0056 0.0001 0.0002 0.0006 0.07 0.72 0.87 1.00 0.28
g__Prevotella 0.0033 0.0098 0.0002 0.0003 0.0013 0.07 0.72 0.87 1.00 0.28
g__Chryseobacterium 0.0019 0.0067 0.0002 0.0003 0.0074 0.10 0.72 0.87 1.00 0.28
g__Porphyromonas 0.0025 0.0070 0.0003 0.0006 0.0011 0.11 0.75 0.87 1.00 0.28
g__Haemophilus 0.0041 0.0132 0.0005 0.0006 0.0045 0.13 0.72 0.86 1.00 0.24
g__Brachybacterium 0.0009 0.0028 0.0001 0.0003 0.0031 0.14 0.72 0.87 1.00 0.28
g__Propionibacterium 0.0085 0.0162 0.0012 0.0010 0.0000 0.14 0.86 0.87 0.97 0.40
g__Eubacterium 0.0026 0.0038 0.0005 0.0006 0.0000 0.18 0.79 0.88 1.00 0.32
g__Fusobacterium 0.0021 0.0053 0.0004 0.0005 0.0013 0.19 0.71 0.87 1.00 0.28
g__Enhydrobacter 0.0062 0.0189 0.0013 0.0012 0.0071 0.20 0.74 0.86 1.00 0.24
g__Paracoccus 0.0030 0.0070 0.0007 0.0008 0.0012 0.24 0.73 0.87 1.00 0.28
g__Parabacteroides 0.0179 0.0260 0.0045 0.0038 0.0000 0.25 0.76 0.86 1.00 0.24
g__Staphylococcus 0.0110 0.0134 0.0028 0.0025 0.0000 0.25 0.77 0.88 1.00 0.32
g__Corynebacterium 0.0103 0.0111 0.0027 0.0024 0.0000 0.26 0.80 0.87 1.00 0.28
g__Rothia 0.0022 0.0053 0.0006 0.0008 0.0022 0.27 0.72 0.86 1.00 0.24
g__Actinomyces 0.0041 0.0094 0.0013 0.0015 0.0031 0.32 0.71 0.86 1.00 0.24
g__Dialister 0.0126 0.0141 0.0052 0.0052 0.0000 0.42 0.76 0.87 1.00 0.28
g__Faecalibacterium 0.0273 0.0270 0.0121 0.0089 0.0000 0.44 0.74 0.87 1.00 0.28
g__Dorea 0.0021 0.0038 0.0010 0.0007 0.0065 0.48 0.71 0.86 1.00 0.24
g__Ruminococcus 0.0011 0.0025 0.0043 0.0039 0.0005 3.79 0.78 0.88 0.99 0.40
g__Halomonas 0.0002 0.0010 0.0008 0.0011 0.0032 4.42 0.71 0.87 0.99 0.32
g__Sutterella 0.0003 0.0015 0.0012 0.0016 0.0038 4.68 0.77 0.86 0.99 0.28
g__Bacteroides 0.0122 0.0226 0.0629 0.0460 0.0000 5.15 0.87 0.91 0.98 0.56
g__Veillonella 0.0064 0.0123 0.0406 0.0576 0.0068 6.33 0.79 0.88 0.98 0.40
g__Rhodococcus 0.0048 0.0112 0.0323 0.0408 0.0026 6.78 0.79 0.88 0.98 0.40
g__Butyricimonas 0.0000 0.0003 0.0005 0.0006 0.0024 10.26 0.78 0.86 0.97 0.36
g__Akkermansia 0.0026 0.0058 0.0267 0.0225 0.0000 10.28 0.89 0.90 0.96 0.60
g__Bifidobacterium 0.0028 0.0052 0.0354 0.0434 0.0010 12.44 0.89 0.89 0.96 0.56
g__Atopobium 0.0001 0.0005 0.0009 0.0012 0.0022 14.44 0.85 0.88 0.99 0.40
g__Citrobacter 0.0002 0.0010 0.0059 0.0055 0.0000 25.46 0.84 0.91 0.99 0.56
g__Klebsiella 0.0002 0.0009 0.0067 0.0069 0.0001 44.31 0.86 0.93 0.99 0.68
g__Enterobacter 0.0002 0.0013 0.0083 0.0109 0.0011 46.60 0.87 0.91 0.98 0.60
g__Chromohalobacter 0.0000 0.0001 0.0006 0.0009 0.0038 52.80 0.85 0.90 0.99 0.48
g__Cupriavidus 0.0000 0.0000 0.0007 0.0012 0.0060 73.97 0.87 0.94 0.99 0.72
g__Methanobrevibacter 0.0000 0.0001 0.0009 0.0013 0.0017 109.16 0.88 0.93 0.99 0.64
g__Phascolarctobacterium 0.0000 0.0000 0.0043 0.0047 0.0001 6370.88 0.97 0.99 1.00 0.92
g__Odoribacter 0.0000 0.0000 0.0006 0.0010 0.0000 0.95 0.97 1.00 0.84
g__Pyramidobacter 0.0000 0.0000 0.0007 0.0017 0.0000 0.94 0.96 1.00 0.76
g__Bilophila 0.0000 0.0000 0.0005 0.0007 0.0000 0.91 0.96 1.00 0.76
g__Desulfovibrio 0.0000 0.0000 0.0007 0.0020 0.0003 0.87 0.93 1.00 0.64
g__Acidaminococcus 0.0000 0.0000 0.0006 0.0015 0.0001 0.85 0.91 1.00 0.52
실시예 5. 소변에서 분리한 세균유래 소포 메타게놈 분석 기반 아토피피부염 진단모형
상기 실시예 3의 방법으로, 아토피피부염환자 59명과 나이와 성별을 매칭한 정상인 98명의 소변에서 소포를 분리한 후 메타게놈 시퀀싱을 수행하였다. 진단모형 개발은 먼저 t-test에서 두 군 사이의 p값이 0.05 이하이고, 두 군 사이에 2배 이상 차이가 나는 균주를 선정하고 난 후, logistic regression analysis 방법으로 진단적 성능 지표인 AUC(area under curve), 민감도, 및 특이도를 산출하였다.
소변 내 세균유래 소포를 문(phylum) 수준에서 분석한 결과, Cyanobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes, Verrucomicrobia, Euryarchaeota, 및 Tenericutes 문 세균 바이오마커로 진단모형을 개발하였을 때, 아토피피부염에 대한 진단적 성능이 유의하게 나타났다 (표 7 및 도 7 참조).
  대조군 아토피 피부염 t-test
Taxon Mean SD Mean SD p-value Ratio AUC 정확도 민감도 특이도
p__Cyanobacteria 0.0522 0.0460 0.0166 0.0316 0.0000 0.32 0.75 0.73 0.44 0.91
p__Firmicutes 0.1003 0.0870 0.3015 0.1767 0.0000 3.00 0.81 0.72 0.73 0.71
p__Bacteroidetes 0.0240 0.0408 0.1115 0.0847 0.0000 4.65 0.80 0.75 0.81 0.70
p__Verrucomicrobia 0.0002 0.0016 0.0447 0.0500 0.0000 209.30 0.84 0.77 0.98 0.64
p__Euryarchaeota 0.0000 0.0000 0.0016 0.0027 0.0000 0.77 0.68 1.00 0.49
p__Tenericutes 0.0000 0.0000 0.0010 0.0016 0.0000 0.76 0.71 1.00 0.53
소변 내 세균유래 소포를 강(class) 수준에서 분석한 결과, Chloroplast, Betaproteobacteria, Coriobacteriia, Clostridia, Bacteroidia, Erysipelotrichi, Verrucomicrobiae, Methanobacteria, Mollicutes, 및 Pedosphaerae 강 세균 바이오마커로 진단모형을 개발하였을 때, 아토피피부염에 대한 진단적 성능이 유의하게 나타났다 (표 8 및 도 8 참조).
  대조군 아토피 피부염 t-test
Taxon Mean SD Mean SD p-value Ratio AUC 정확도 민감도 특이도
c__Chloroplast 0.0457 0.0427 0.0137 0.0252 0.0000 0.30 0.75 0.73 0.44 0.90
c__Betaproteobacteria 0.1406 0.0881 0.0457 0.0439 0.0000 0.32 0.86 0.78 0.61 0.88
c__Coriobacteriia 0.0025 0.0127 0.0117 0.0113 0.0000 4.62 0.79 0.74 0.88 0.65
c__Clostridia 0.0165 0.0398 0.2010 0.1599 0.0000 12.19 0.85 0.73 0.90 0.63
c__Bacteroidia 0.0082 0.0295 0.1031 0.0886 0.0000 12.62 0.85 0.76 0.90 0.67
c__Erysipelotrichi 0.0004 0.0027 0.0049 0.0050 0.0000 13.63 0.81 0.75 0.98 0.61
c__Verrucomicrobiae 0.0000 0.0000 0.0430 0.0482 0.0000 0.83 0.78 1.00 0.64
c__Methanobacteria 0.0000 0.0000 0.0016 0.0027 0.0000 0.77 0.68 1.00 0.49
c__Mollicutes 0.0000 0.0000 0.0010 0.0015 0.0000 0.76 0.71 1.00 0.53
c__Pedosphaerae 0.0000 0.0000 0.0008 0.0014 0.0001 0.70 0.62 0.31 0.82
소변 내 세균유래 소포를 목(order) 수준에서 분석한 결과, MLE1-12, Burkholderiales, Streptophyta, Pseudomonadales, Sphingomonadales, Bifidobacteriales, Coriobacteriales, Clostridiales, Bacteroidales, Erysipelotrichales, Turicibacterales, Desulfovibrionales, Verrucomicrobiales, Methanobacteriales, RF39, 및 Pedosphaerales 목 세균 바이오마커로 진단모형을 개발하였을 때, 아토피피부염에 대한 진단적 성능이 유의하게 나타났다 (표 9 및 도 9 참조).
  대조군 아토피 피부염 t-test
Taxon Mean SD Mean SD p-value Ratio AUC 정확도 민감도 특이도
o__MLE1-12 0.0043 0.0096 0.0007 0.0036 0.0088 0.17 0.66 0.69 0.20 0.98
o__Burkholderiales 0.1360 0.0874 0.0406 0.0419 0.0000 0.30 0.87 0.76 0.63 0.85
o__Streptophyta 0.0454 0.0425 0.0137 0.0252 0.0000 0.30 0.75 0.73 0.44 0.90
o__Pseudomonadales 0.1787 0.1129 0.0819 0.0746 0.0000 0.46 0.77 0.68 0.46 0.82
o__Sphingomonadales 0.1219 0.0569 0.0607 0.0811 0.0000 0.50 0.74 0.63 0.42 0.76
o__Bifidobacteriales 0.0043 0.0091 0.0172 0.0136 0.0000 4.02 0.75 0.71 0.76 0.68
o__Coriobacteriales 0.0025 0.0127 0.0117 0.0113 0.0000 4.62 0.79 0.74 0.88 0.65
o__Clostridiales 0.0163 0.0397 0.2006 0.1599 0.0000 12.28 0.85 0.73 0.88 0.63
o__Bacteroidales 0.0082 0.0295 0.1031 0.0886 0.0000 12.62 0.85 0.76 0.90 0.67
o__Erysipelotrichales 0.0004 0.0027 0.0049 0.0050 0.0000 13.63 0.81 0.75 0.98 0.61
o__Turicibacterales 0.0001 0.0009 0.0023 0.0029 0.0000 16.28 0.79 0.72 0.97 0.57
o__Desulfovibrionales 0.0000 0.0000 0.0007 0.0015 0.0000 503.89 0.78 0.68 0.98 0.49
o__Verrucomicrobiales 0.0000 0.0000 0.0430 0.0482 0.0000 0.83 0.78 1.00 0.64
o__Methanobacteriales 0.0000 0.0000 0.0016 0.0027 0.0000 0.77 0.68 1.00 0.49
o__RF39 0.0000 0.0000 0.0009 0.0014 0.0000 0.76 0.71 1.00 0.53
o__Pedosphaerales 0.0000 0.0000 0.0008 0.0014 0.0001 0.70 0.62 0.31 0.82
소변 내 세균유래 소포를 과(family) 수준에서 분석한 결과, Alcaligenaceae, Rhizobiaceae, mitochondria, Pseudomonadaceae, Corynebacteriaceae, Comamonadaceae, Rhodobacteraceae, Sphingomonadaceae, Veillonellaceae, Bifidobacteriaceae, Coriobacteriaceae, Planococcaceae, Paraprevotellaceae, Clostridiaceae, Erysipelotrichaceae, Turicibacteraceae, Lachnospiraceae, Prevotellaceae, Rikenellaceae, Bacteroidaceae, Enterococcaceae, Ruminococcaceae, Desulfovibrionaceae, Verrucomicrobiaceae, Odoribacteraceae, Christensenellaceae, Methanobacteriaceae, Koribacteraceae, 및 Streptomycetaceae 과 세균 바이오마커로 진단모형을 개발하였을 때, 아토피피부염에 대한 진단적 성능이 유의하게 나타났다 (표 10, 도 10a 및 10b 참조).
  대조군 아토피 피부염 t-test
Taxon Mean SD Mean SD p-value Ratio AUC 정확도 민감도 특이도
f__Alcaligenaceae 0.0658 0.0694 0.0117 0.0216 0.0000 0.18 0.80 0.76 0.58 0.87
f__Rhizobiaceae 0.0921 0.0717 0.0190 0.0353 0.0000 0.21 0.87 0.80 0.64 0.89
f__mitochondria 0.0086 0.0145 0.0030 0.0080 0.0085 0.35 0.65 0.63 0.19 0.90
f__Pseudomonadaceae 0.1388 0.0923 0.0570 0.0574 0.0000 0.41 0.80 0.67 0.42 0.82
f__Corynebacteriaceae 0.0302 0.0234 0.0134 0.0164 0.0000 0.44 0.75 0.71 0.42 0.88
f__Comamonadaceae 0.0476 0.0405 0.0215 0.0275 0.0000 0.45 0.75 0.66 0.31 0.87
f__Rhodobacteraceae 0.0139 0.0188 0.0065 0.0123 0.0095 0.47 0.63 0.64 0.20 0.90
f__Sphingomonadaceae 0.1198 0.0571 0.0596 0.0799 0.0000 0.50 0.74 0.63 0.42 0.76
f__Veillonellaceae 0.0041 0.0107 0.0114 0.0105 0.0000 2.77 0.74 0.69 0.56 0.78
f__Bifidobacteriaceae 0.0043 0.0091 0.0172 0.0136 0.0000 4.02 0.75 0.71 0.76 0.68
f__Coriobacteriaceae 0.0025 0.0127 0.0117 0.0113 0.0000 4.62 0.79 0.74 0.88 0.65
f__Planococcaceae 0.0007 0.0021 0.0037 0.0074 0.0004 4.99 0.74 0.62 0.02 0.99
f__Paraprevotellaceae 0.0005 0.0039 0.0027 0.0044 0.0019 5.31 0.79 0.64 0.15 0.93
f__Clostridiaceae 0.0020 0.0103 0.0218 0.0207 0.0000 11.17 0.81 0.76 0.93 0.65
f__Erysipelotrichaceae 0.0004 0.0027 0.0049 0.0050 0.0000 13.63 0.81 0.75 0.98 0.61
f__Turicibacteraceae 0.0001 0.0009 0.0023 0.0029 0.0000 16.28 0.79 0.72 0.97 0.57
f__Lachnospiraceae 0.0020 0.0120 0.0351 0.0367 0.0000 17.25 0.83 0.76 0.95 0.64
f__Prevotellaceae 0.0021 0.0079 0.0404 0.0389 0.0000 19.14 0.84 0.75 0.90 0.66
f__Rikenellaceae 0.0002 0.0012 0.0030 0.0034 0.0000 19.40 0.80 0.75 0.98 0.61
f__Bacteroidaceae 0.0022 0.0163 0.0451 0.0591 0.0000 20.95 0.83 0.77 0.98 0.64
f__Enterococcaceae 0.0005 0.0020 0.0133 0.0418 0.0032 29.00 0.83 0.76 0.93 0.65
f__Ruminococcaceae 0.0020 0.0145 0.0951 0.0831 0.0000 48.08 0.83 0.76 0.98 0.62
f__Desulfovibrionaceae 0.0000 0.0000 0.0007 0.0015 0.0000 502.19 0.78 0.68 0.98 0.49
f__Verrucomicrobiaceae 0.0000 0.0000 0.0430 0.0482 0.0000 0.83 0.78 1.00 0.64
f__Odoribacteraceae 0.0000 0.0000 0.0014 0.0019 0.0000 0.80 0.71 1.00 0.54
f__Christensenellaceae 0.0000 0.0000 0.0009 0.0014 0.0000 0.80 0.74 1.00 0.58
f__Methanobacteriaceae 0.0000 0.0000 0.0016 0.0027 0.0000 0.77 0.68 1.00 0.49
f__Koribacteraceae 0.0000 0.0000 0.0011 0.0020 0.0001 0.71 0.69 0.49 0.81
f__Streptomycetaceae 0.0000 0.0000 0.0007 0.0012 0.0001 0.70 0.61 0.24 0.84
소변 내 세균유래 소포를 속(genus) 수준에서 분석한 결과, Achromobacter, Agrobacterium, Roseateles, Pseudomonas, Corynebacterium, Sphingomonas, Citrobacter, Faecalibacterium, Clostridium, Coprococcus, Dialister, Bifidobacterium, Turicibacter, Dorea, Sutterella, Ruminococcus, Prevotella, Roseburia, Bacteroides, Klebsiella, Lachnospira, Blautia, Cupriavidus, Oscillospira, Enterococcus, Ruminococcus, SMB53, Akkermansia, Parabacteroides, Phascolarctobacterium, Catenibacterium, Butyricimonas, Eubacterium, Halomonas, Paraprevotella, Methanobrevibacter, Adlercreutzia, Slackia, Desulfovibrio, 및 Thermoanaerobacterium 속 세균 바이오마커로 진단모형을 개발하였을 때, 아토피피부염에 대한 진단적 성능이 유의하게 나타났다 (표 11, 도 11a 및 11b 참조).
  대조군 아토피 피부염 t-test
Taxon Mean SD Mean SD p-value Ratio AUC 정확도 민감도 특이도
g__Achromobacter 0.0646 0.0684 0.0105 0.0217 0.0000 0.16 0.85 0.76 0.58 0.87
g__Agrobacterium 0.0837 0.0660 0.0162 0.0329 0.0000 0.19 0.88 0.79 0.63 0.89
g__Roseateles 0.0260 0.0312 0.0087 0.0169 0.0002 0.33 0.78 0.65 0.27 0.88
g__Pseudomonas 0.1304 0.0896 0.0535 0.0545 0.0000 0.41 0.79 0.68 0.46 0.82
g__Corynebacterium 0.0302 0.0234 0.0134 0.0164 0.0000 0.44 0.75 0.71 0.42 0.88
g__Sphingomonas 0.0882 0.0470 0.0400 0.0565 0.0000 0.45 0.76 0.69 0.47 0.82
g__Citrobacter 0.0011 0.0051 0.0061 0.0090 0.0000 5.57 0.77 0.60 0.05 0.93
g__Faecalibacterium 0.0014 0.0108 0.0093 0.0086 0.0000 6.51 0.82 0.76 0.98 0.62
g__Clostridium 0.0004 0.0021 0.0032 0.0040 0.0000 7.54 0.76 0.73 0.90 0.62
g__Coprococcus 0.0004 0.0030 0.0049 0.0064 0.0000 12.56 0.80 0.75 0.98 0.60
g__Dialister 0.0003 0.0018 0.0045 0.0053 0.0000 13.57 0.79 0.73 0.97 0.58
g__Bifidobacterium 0.0010 0.0049 0.0157 0.0136 0.0000 15.13 0.82 0.75 0.93 0.64
g__Turicibacter 0.0001 0.0009 0.0023 0.0029 0.0000 16.28 0.79 0.72 0.97 0.57
g__Dorea 0.0001 0.0004 0.0009 0.0011 0.0000 16.88 0.76 0.70 0.97 0.54
g__Sutterella 0.0000 0.0003 0.0008 0.0011 0.0000 18.18 0.77 0.69 0.69 0.69
g__Ruminococcus 0.0001 0.0009 0.0023 0.0024 0.0000 18.45 0.79 0.74 0.98 0.59
g__Prevotella 0.0021 0.0079 0.0404 0.0389 0.0000 19.14 0.84 0.75 0.90 0.66
g__Roseburia 0.0001 0.0005 0.0013 0.0015 0.0000 20.71 0.77 0.72 0.98 0.56
g__Bacteroides 0.0022 0.0163 0.0451 0.0591 0.0000 20.94 0.83 0.77 0.98 0.64
g__Klebsiella 0.0001 0.0004 0.0017 0.0019 0.0000 21.92 0.79 0.72 0.97 0.57
g__Lachnospira 0.0000 0.0003 0.0008 0.0010 0.0000 23.08 0.74 0.75 0.95 0.62
g__Blautia 0.0002 0.0017 0.0061 0.0090 0.0000 24.63 0.80 0.73 0.97 0.59
g__Cupriavidus 0.0001 0.0004 0.0026 0.0032 0.0000 50.03 0.79 0.75 0.98 0.60
g__Oscillospira 0.0000 0.0002 0.0018 0.0022 0.0000 65.19 0.81 0.73 0.98 0.57
g__Enterococcus 0.0002 0.0012 0.0128 0.0409 0.0032 69.57 0.85 0.78 0.98 0.65
g__Ruminococcus 0.0001 0.0009 0.0113 0.0123 0.0000 96.23 0.83 0.76 0.98 0.63
g__SMB53 0.0000 0.0000 0.0109 0.0127 0.0000 6958.76 0.82 0.76 0.98 0.63
g__Akkermansia 0.0000 0.0000 0.0428 0.0479 0.0000 0.83 0.78 1.00 0.64
g__Parabacteroides 0.0000 0.0000 0.0036 0.0043 0.0000 0.82 0.75 1.00 0.60
g__Phascolarctobacterium 0.0000 0.0000 0.0021 0.0026 0.0000 0.81 0.75 1.00 0.60
g__Catenibacterium 0.0000 0.0000 0.0027 0.0035 0.0000 0.79 0.74 1.00 0.58
g__Butyricimonas 0.0000 0.0000 0.0009 0.0015 0.0000 0.78 0.70 1.00 0.52
g__Eubacterium 0.0000 0.0000 0.0010 0.0012 0.0000 0.78 0.73 1.00 0.56
g__Halomonas 0.0000 0.0000 0.0007 0.0015 0.0008 0.77 0.66 0.58 0.71
g__Paraprevotella 0.0000 0.0000 0.0007 0.0014 0.0001 0.77 0.71 1.00 0.53
g__Methanobrevibacter 0.0000 0.0000 0.0016 0.0027 0.0000 0.77 0.68 1.00 0.49
g__Adlercreutzia 0.0000 0.0000 0.0011 0.0017 0.0000 0.75 0.71 1.00 0.53
g__Slackia 0.0000 0.0000 0.0005 0.0009 0.0000 0.75 0.66 1.00 0.46
g__Desulfovibrio 0.0000 0.0000 0.0006 0.0015 0.0033 0.72 0.73 0.95 0.59
g__Thermoanaerobacterium 0.0000 0.0000 0.0013 0.0022 0.0000 0.72 0.68 0.54 0.77
상기 진술한 본 발명의 설명은 예시를 위한 것이며, 본 발명이 속하는 기술분야의 통상의 지식을 가진 자는 본 발명의 기술적 사상이나 필수적인 특징을 변경하지 않고서 다른 구체적인 형태로 쉽게 변형이 가능하다는 것을 이해할 수 있을 것이다. 그러므로 이상에서 기술한 실시예들은 모든 면에서 예시적인 것이며 한정적이 아닌 것으로 이해해야만 한다.
본 발명에 따른 세균 메타게놈 분석을 통해 아토피피부염 진단에 대한 정보를 제공하는 방법은 정상인 및 피검자 유래 샘플을 이용해 세균 메타게놈 분석을 수행하여 특정 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 분석함으로써 아토피피부염의 발병 위험도를 예측하고 아토피피부염을 진단하는데 이용할 수 있다.

Claims (22)

  1. 하기의 단계를 포함하는, 아토피피부염 진단을 위한 정보제공방법:
    (a) 정상인 및 피검자 샘플에서 분리한 세포밖 소포로부터 DNA를 추출하는 단계;
    (b) 상기 추출한 DNA에 대하여 서열번호 1 및 서열번호 2의 프라이머 쌍을 이용하여 PCR(polymerase chain reaction)을 수행하는 단계; 및
    (c) 상기 PCR 산물의 서열분석을 통하여 정상인 유래 샘플과 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교하는 단계.
  2. 제1항에 있어서,
    상기 (c) 단계에서 남세균문(Cyanobacteria), 푸조박테리아(Fusobacteria), 우미균문(Verrucomicrobia), 유리고세균(Euryarchaeota), 피르미쿠테스(Firmicutes), 의간균문(Bacteroidetes), 및 테네리쿠테스(Tenericutes)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 문(phylum) 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교하는 것을 특징으로 하는, 정보제공방법.
  3. 제1항에 있어서,
    상기 (c) 단계에서 클로로플라스트(Chloroplast), 사프로스피레(Saprospirae), 플라보박테리아(Flavobacteriia), 알파프로테오박테리아(Alphaproteobacteria), 푸조박테리아(Fusobacteriia), 간균강(Bacilli), 우미균강(Verrucomicrobiae), 메타노박테리아(Methanobacteria), 베타프로테오박테리아(Betaproteobacteria), 코리오박테리아(Coriobacteriia), 클로스트리디아(Clostridia), 박테로이디아(Bacteroidia), 에리시펠로트리치(Erysipelotrichi), 몰리쿠테스(Mollicutes), 및 페도스페레(Pedosphaerae)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 강(class) 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교하는 것을 특징으로 하는, 정보제공방법.
  4. 제1항에 있어서,
    상기 (c) 단계에서 스트라메노필레스(Stramenopiles), 슈도모나달레스(Pseudomonadales), 나이세리아레스(Neisseriales), 스트렙토피타(Streptophyta), 리조비움목(Rhizobiales), 사프로스피랄레스(Saprospirales), 스핑고모나달레스(Sphingomonadales), 플라보박테리아레스(Flavobacteriales), 카울로박테라레스(Caulobacterales), 게멜라레스(Gemellales), 파스테우렐라레스(Pasteurellales), 푸조박테리알레스(Fusobacteriales), 로도박테랄레스(Rhodobacterales), 바실라레스(Bacillales), 오세아노스피릴랄레스(Oceanospirillales), 엔테로박테리아레스(Enterobacteriales), 비피도박테리움목(Bifidobacteriales), 베루코미크로비알레스(Verrucomicrobiales), 메타노박테리알레스(Methanobacteriales), 데설포비브리오날레스(Desulfovibrionales), MLE1-12, 벌크홀데리알레스(Burkholderiales), 코리오박테리움목(Coriobacteriales), 클로스트리디알레스(Clostridiales), 박테로이데스목(Bacteroidales), 에리시펠로트리찰레스(Erysipelotrichales), 터리시박테랄레스(Turicibacterales), RF39, 및 페도파에랄레스(Pedosphaerales)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 목(order) 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교하는 것을 특징으로 하는, 정보제공방법.
  5. 제1항에 있어서,
    상기 (c) 단계에서 엑시구오박테라시에(Exiguobacteraceae), 모락셀라시에(Moraxellaceae), 브라디리조비아시에(Bradyrhizobiaceae), 리조비움과(Rhizobiaceae), 플라보박테리아시에(Flavobacteriaceae), 캄필로박테라시에(Campylobacteraceae), 네이세리아시에(Neisseriaceae), 슈도모나다시에(Pseudomonadaceae), 스핑고모나다시에(Sphingomonadaceae), 키티노파자시에(Chitinophagaceae), 카르노박테리아시에(Carnobacteriaceae), 카우로박테라시에(Caulobacteraceae), 위크셀라시에(Weeksellaceae), 메틸로박테리아시에(Methylobacteriaceae), 게멜라시에(Gemellaceae), 데르마박테라시에(Dermabacteraceae), 프로피오니박테리아시에(Propionibacteriaceae), 파스테우렐라시에(Pasteurellaceae), 렙토트리치아시에(Leptotrichiaceae), 옥살로박테라시에(Oxalobacteraceae), 푸조박테리아시에(Fusobacteriaceae), 아이로콕쿠스과(Aerococcaceae), 로도박테라시에(Rhodobacteraceae), 인트라스포란지아시에(Intrasporangiaceae), 파라프레보텔라시에(Paraprevotellaceae), 포르피로모나다시에(Porphyromonadaceae), 스타필로코카시에(Staphylococcaceae), 코리네박테리아시에(Corynebacteriaceae), 티시에렐라시에(Tissierellaceae), 마이크로코카시에(Micrococcaceae), 액티노마이세타시에(Actinomycetaceae), 플라노코카시에(Planococcaceae), 알칼리제나시에(Alcaligenaceae), 미토콘드리아(mitochondria), 코마모나다시에(Comamonadaceae), 베일로넬라시에(Veillonellaceae), 비피도박테리움과(Bifidobacteriaceae), 코리오박테리움과(Coriobacteriaceae), 클로스트리디움과(Clostridiaceae), 에리시펠로트리차시에(Erysipelotrichaceae), 터리시박테라시에(Turicibacteraceae), 라크노스피라시에(Lachnospiraceae), 프레보텔라과(Prevotellaceae), 리케넬라시에(Rikenellaceae), 박테로이다시에(Bacteroidaceae), 엔테로코카시에(Enterococcaceae), 루미노코카시에(Ruminococcaceae), 데설포비브리오나시에(Desulfovibrionaceae), 베루코미크로비아시에(Verrucomicrobiaceae), 오도리박테라시에(Odoribacteraceae), 크리스텐세넬라시에(Christensenellaceae), 메타노박테리아시에(Methanobacteriaceae), 코리박테라시에(Koribacteraceae), 및 스트렙토마이세타시에(Streptomycetaceae)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 과(family) 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교하는 것을 특징으로 하는, 정보제공방법.
  6. 제1항에 있어서,
    상기 (c) 단계에서 엑시구오박데리움(Exiguobacterium), 아시네토박터(Acinetobacter), 카프노시토파가(Capnocytophaga), 프로테우스(Proteus), 네이세리아(Neisseria), 스핑고모나스(Sphingomonas), 슈도모나스(Pseudomonas), 아그레가티박터(Aggregatibacter), 렙토트리키아(Leptotrichia), 그라눌리카텔라(Granulicatella), 프레보텔라(Prevotella), 크리세오박테리움(Chryseobacterium), 포르피로모나스(Porphyromonas), 헤모필루스(Haemophilus), 브라키박테리움(Brachybacterium), 프로피오니박테리움(Propionibacterium), 에우박테리움(Eubacterium), 푸조박테리움(Fusobacterium), 엔하이드로박터(Enhydrobacter), 파라코커스(Paracoccus), 파라박테로이데스(Parabacteroides), 스타필로코커스(Staphylococcus), 코리네박테리움(Corynebacterium), 로티아(Rothia), 엑티노마이세스(Actinomyces), 디알리스터(Dialister), 페칼리박테리움(Faecalibacterium), 도레아(Dorea), 루미노코커스(Ruminococcus), 할로모나스(Halomonas), 수테렐라(Sutterella), 박테로이데스(Bacteroides), 베일로넬라(Veillonella), 로도코커스(Rhodococcus), 부티리시모나스(Butyricimonas), 아케르만시아(Akkermansia), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 아토포비움(Atopobium), 시트로박터(Citrobacter), 클렙시엘라(Klebsiella), 엔테로박터(Enterobacter), 크로모할로박터(Chromohalobacter), 쿠프리아비두스(Cupriavidus), 메타노브레비박터(Methanobrevibacter), 파스코락토박테리움(Phascolarctobacterium), 오도리박터(Odoribacter), 피라미도박터(Pyramidobacter), 빌로필라(Bilophila), 데설포비브리오(Desulfovibrio), 아시다미노코커스(Acidaminococcus), 아크로모박터(Achromobacter), 아그로박테리움(Agrobacterium), 로시텔레스(Roseateles), 클로스트리디움(Clostridium), 코프로코커스(Coprococcus), 터리시박터(Turicibacter), 로즈뷰리아(Roseburia), 라크노스피라(Lachnospira), 블라우티아(Blautia), 오스실로스피라(Oscillospira), 엔테로코커스(Enterococcus), SMB53, 카테니박테리움(Catenibacterium), 파라프레보텔라(Paraprevotella), 아들러크레우치아(Adlercreutzia), 슬라키아(Slackia), 및 데르모아나데로박테리움(Thermoanaerobacterium)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 속(genus) 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교하는 것을 특징으로 하는, 정보제공방법.
  7. 제1항에 있어서,
    상기 정상인 및 피검자 샘플은 혈액 또는 소변인 것을 특징으로 하는, 정보제공방법.
  8. 제7항에 있어서,
    상기 혈액은 전혈, 혈청, 혈장, 또는 혈액 단핵구인 것을 특징으로 하는, 정보제공방법.
  9. 제1항에 있어서,
    상기 (c) 단계에서, 정상인 및 피검자 혈액 샘플에서 분리한 남세균문(Cyanobacteria), 푸조박테리아(Fusobacteria), 우미균문(Verrucomicrobia), 유리고세균(Euryarchaeota), 정상인 및 피검자 소변 샘플에서 분리한 남세균문(Cyanobacteria), 피르미쿠테스(Firmicutes), 의간균문(Bacteroidetes), 우미균문(Verrucomicrobia), 유리고세균(Euryarchaeota), 및 테네리쿠테스(Tenericutes)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 문(phylum) 세균 유래 세포밖 소포,
    정상인 및 피검자 혈액 샘플에서 분리한 클로로플라스트(Chloroplast), 사프로스피레(Saprospirae), 플라보박테리아(Flavobacteriia), 알파프로테오박테리아(Alphaproteobacteria), 푸조박테리아(Fusobacteriia), 간균강(Bacilli), 우미균강(Verrucomicrobiae), 메타노박테리아(Methanobacteria), 정상인 및 피검자 소변 샘플에서 분리한 클로로플라스트(Chloroplast), 베타프로테오박테리아(Betaproteobacteria), 코리오박테리아(Coriobacteriia), 클로스트리디아(Clostridia), 박테로이디아(Bacteroidia), 에리시펠로트리치(Erysipelotrichi), 우미균강(Verrucomicrobiae), 메타노박테리아(Methanobacteria), 몰리쿠테스(Mollicutes), 및 페도스페레(Pedosphaerae)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 강(class) 세균 유래 세포밖 소포,
    정상인 및 피검자 혈액 샘플에서 분리한 스트라메노필레스(Stramenopiles), 슈도모나달레스(Pseudomonadales), 나이세리아레스(Neisseriales), 스트렙토피타(Streptophyta), 리조비움목(Rhizobiales), 사프로스피랄레스(Saprospirales), 스핑고모나달레스(Sphingomonadales), 플라보박테리아레스(Flavobacteriales), 카울로박테라레스(Caulobacterales), 게멜라레스(Gemellales), 파스테우렐라레스(Pasteurellales), 푸조박테리알레스(Fusobacteriales), 로도박테랄레스(Rhodobacterales), 바실라레스(Bacillales), 락토바실라레스(Lactobacillales), 오세아노스피릴랄레스(Oceanospirillales), 엔테로박테리아레스(Enterobacteriales), 비피도박테리움목(Bifidobacteriales), 베루코미크로비알레스(Verrucomicrobiales), 메타노박테리알레스(Methanobacteriales), 데설포비브리오날레스(Desulfovibrionales), 정상인 및 피검자 소변 샘플에서 분리한 MLE1-12, 벌크홀데리알레스(Burkholderiales), 스트렙토피타(Streptophyta), 슈도모나달레스(Pseudomonadales), 스핑고모나달레스(Sphingomonadales), 비피도박테리움목(Bifidobacteriales), 코리오박테리움목(Coriobacteriales), 클로스트리디알레스(Clostridiales), 박테로이데스목(Bacteroidales), 에리시펠로트리찰레스(Erysipelotrichales), 터리시박테랄레스(Turicibacterales), 데설포비브리오날레스(Desulfovibrionales), 베루코미크로비알레스(Verrucomicrobiales), 메타노박테리아레스(Methanobacteriales), RF39, 및 페도파에랄레스(Pedosphaerales)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 목(order) 세균 유래 세포밖 소포,
    정상인 및 피검자 혈액 샘플에서 분리한 엑시구오박테라시에(Exiguobacteraceae), 모락셀라시에(Moraxellaceae), 브라디리조비아시에(Bradyrhizobiaceae), 리조비움과(Rhizobiaceae), 플라보박테리아시에(Flavobacteriaceae), 캄필로박테라시에(Campylobacteraceae), 네이세리아시에(Neisseriaceae), 슈도모나다시에(Pseudomonadaceae), 스핑고모나다시에(Sphingomonadaceae), 키티노파자시에(Chitinophagaceae), 카르노박테리아시에(Carnobacteriaceae), 카우로박테라시에(Caulobacteraceae), 위크셀라시에(Weeksellaceae), 메틸로박테리아시에(Methylobacteriaceae), 게멜라시에(Gemellaceae), 데르마박테라시에(Dermabacteraceae), 프로피오니박테리아시에(Propionibacteriaceae), 파스테우렐라시에(Pasteurellaceae), 렙토트리치아시에(Leptotrichiaceae), 옥살로박테라시에(Oxalobacteraceae), 푸조박테리아시에(Fusobacteriaceae), 아이로콕쿠스과(Aerococcaceae), 로도박테라시에(Rhodobacteraceae), 인트라스포란지아시에(Intrasporangiaceae), 파라프레보텔라시에(Paraprevotellaceae), 포르피로모나다시에(Porphyromonadaceae), 스타필로코카시에(Staphylococcaceae), 코리네박테리아시에(Corynebacteriaceae), 티시에렐라시에(Tissierellaceae), 마이크로코카시에(Micrococcaceae), 액티노마이세타시에(Actinomycetaceae), 플라노코카시에(Planococcaceae), 코마모나다시에(Comamonadaceae), 할로모나다시에(Halomonadaceae), 클로스트리디움과(Clostridiaceae), 알칼리제나시에(Alcaligenaceae), 엔테로박테리아시에(Enterobacteriaceae), 박테로이다시에(Bacteroidaceae), 펩토스트렙토코카시에(Peptostreptococcaceae), 노카르디아시에(Nocardiaceae), 비피도박테리움과(Bifidobacteriaceae), 베루코미크로비아시에(Verrucomicrobiaceae), 세와넬라시에(Shewanellaceae), 바르네시엘라시에(Barnesiellaceae), 오도리박테라시에(Odoribacteraceae), 메타노박테리아시에(Methanobacteriaceae), 리케넬라시에(Rikenellaceae), 데설포비브리오나시에(Desulfovibrionaceae), 데시오설포비브리오나시에(Dethiosulfovibrionaceae), 정상인 및 피검자 소변 샘플에서 분리한 알칼리제나시에(Alcaligenaceae), 리조비아시에(Rhizobiaceae), 미토콘드리아(mitochondria), 슈도모나다시에(Pseudomonadaceae), 코리네박테리아시에(Corynebacteriaceae), 코마모나다시에(Comamonadaceae), 로도박테라시에(Rhodobacteraceae), 스핑고모나다시에(Sphingomonadaceae), 베일로넬라시에(Veillonellaceae), 비피도박테리움과(Bifidobacteriaceae), 코리오박테리움과(Coriobacteriaceae), 플라노코카시에(Planococcaceae), 파라프레보텔라시에(Paraprevotellaceae), 클로스트리디움과(Clostridiaceae), 에리시펠로트리차시에(Erysipelotrichaceae), 터리시박테라시에(Turicibacteraceae), 라크노스피라시에(Lachnospiraceae), 프레보텔라과(Prevotellaceae), 리케넬라시에(Rikenellaceae), 박테로이다시에(Bacteroidaceae), 엔테로코카시에(Enterococcaceae), 루미노코카시에(Ruminococcaceae), 데설포비브리오나시에(Desulfovibrionaceae), 베루코미크로비아시에(Verrucomicrobiaceae), 오도리박테라시에(Odoribacteraceae), 크리스텐세넬라시에(Christensenellaceae), 메타노박테리아시에(Methanobacteriaceae), 코리박테라시에(Koribacteraceae), 및 스트렙토마이세타시에(Streptomycetaceae)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 과(family) 세균 유래 세포밖 소포, 또는
    정상인 및 피검자 혈액 샘플에서 분리한 엑시구오박데리움(Exiguobacterium), 아시네토박터(Acinetobacter), 카프노시토파가(Capnocytophaga), 프로테우스(Proteus), 네이세리아(Neisseria), 스핑고모나스(Sphingomonas), 슈도모나스(Pseudomonas), 아그레가티박터(Aggregatibacter), 렙토트리키아(Leptotrichia), 그라눌리카텔라(Granulicatella), 프레보텔라(Prevotella), 크리세오박테리움(Chryseobacterium), 포르피로모나스(Porphyromonas), 헤모필루스(Haemophilus), 브라키박테리움(Brachybacterium), 프로피오니박테리움(Propionibacterium), 에우박테리움(Eubacterium), 푸조박테리움(Fusobacterium), 엔하이드로박터(Enhydrobacter), 파라코커스(Paracoccus), 파라박테로이데스(Parabacteroides), 스타필로코커스(Staphylococcus), 코리네박테리움(Corynebacterium), 로티아(Rothia), 엑티노마이세스(Actinomyces), 디알리스터(Dialister), 페칼리박테리움(Faecalibacterium), 도레아(Dorea), 루미노코커스(Ruminococcus), 할로모나스(Halomonas), 수테렐라(Sutterella), 박테로이데스(Bacteroides), 베일로넬라(Veillonella), 로도코커스(Rhodococcus), 부티리시모나스(Butyricimonas), 아케르만시아(Akkermansia), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 아토포비움(Atopobium), 시트로박터(Citrobacter), 클렙시엘라(Klebsiella), 엔테로박터(Enterobacter), 크로모할로박터(Chromohalobacter), 쿠프리아비두스(Cupriavidus), 메타노브레비박터(Methanobrevibacter), 파스코락토박테리움(Phascolarctobacterium), 오도리박터(Odoribacter), 피라미도박터(Pyramidobacter), 빌로필라(Bilophila), 데설포비브리오(Desulfovibrio), 아시다미노코커스(Acidaminococcus), 정상인 및 피검자 소변 샘플에서 분리한 아크로모박터(Achromobacter), 아그로박테리움(Agrobacterium), 로시텔레스(Roseateles), 슈도모나스(Pseudomonas), 코리네박테리움(Corynebacterium), 스핑고모나스(Sphingomonas), 시트로박터(Citrobacter), 페칼리박테리움(Faecalibacterium), 클로스트리디움(Clostridium), 코프로코커스(Coprococcus), 디알리스터(Dialister), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 터리시박터(Turicibacter), 도레아(Dorea), 슈테렐라(Sutterella), 루미노코커스(Ruminococcus), 프레보텔라(Prevotella), 로즈뷰리아(Roseburia), 박테로이데스(Bacteroides), 클렙시엘라(Klebsiella), 라크노스피라(Lachnospira), 블라우티아(Blautia), 쿠프리아비두스(Cupriavidus), 오스실로스피라(Oscillospira), 엔테로코커스(Enterococcus), SMB53, 아케르만시아(Akkermansia), 파라박테로이데스(Parabacteroides), 파스코락토박테리움(Phascolarctobacterium), 카테니박테리움(Catenibacterium), 부티리시모나스(Butyricimonas), 에우박테리움(Eubacterium), 할로모나스(Halomonas), 파라프레보텔라(Paraprevotella), 메타노브레비박터(Methanobrevibacter), 아들러크레우치아(Adlercreutzia), 슬라키아(Slackia), 데설포비브리오(Desulfovibrio), 및 데르모아나데로박테리움(Thermoanaerobacterium)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 속(genus) 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교하는 것을 특징으로 하는, 정보제공방법.
  10. 제9항에 있어서,
    상기 (c) 단계에서, 정상인 유래 샘플과 비교하여,
    피검자 혈액 샘플에서 분리한 우미균문(Verrucomicrobia), 유리고세균(Euryarchaeota), 피검자 소변 샘플에서 분리한 피르미쿠테스(Firmicutes), 의간균문(Bacteroidetes), 우미균문(Verrucomicrobia), 유리고세균(Euryarchaeota), 및 테네리쿠테스(Tenericutes)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 문(phylum) 세균 유래 세포밖 소포,
    피검자 혈액 샘플에서 분리한 간균강(Bacilli), 우미균강(Verrucomicrobiae), 메타노박테리아(Methanobacteria), 피검자 소변 샘플에서 분리한 코리오박테리아(Coriobacteriia), 클로스트리디아(Clostridia), 박테로이디아(Bacteroidia), 에리시펠로트리치(Erysipelotrichi), 우미균강(Verrucomicrobiae), 메타노박테리아(Methanobacteria), 몰리쿠테스(Mollicutes), 및 페도스페레(Pedosphaerae)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 강(class) 세균 유래 세포밖 소포,
    피검자 혈액 샘플에서 분리한 락토바실라레스(Lactobacillales), 오세아노스피릴랄레스(Oceanospirillales), 엔테로박테리아레스(Enterobacteriales), 비피도박테리움목(Bifidobacteriales), 베루코미크로비알레스(Verrucomicrobiales), 메타노박테리알레스(Methanobacteriales), 데설포비브리오날레스(Desulfovibrionales), 피검자 소변 샘플에서 분리한 비피도박테리움목(Bifidobacteriales), 코리오박테리움목(Coriobacteriales), 클로스트리디알레스(Clostridiales), 박테로이데스목(Bacteroidales), 에리시펠로트리찰레스(Erysipelotrichales), 터리시박테랄레스(Turicibacterales), 데설포비브리오날레스(Desulfovibrionales), 베루코미크로비알레스(Verrucomicrobiales), 메타노박테리아레스(Methanobacteriales), RF39, 및 페도파에랄레스(Pedosphaerales)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 목(order) 세균 유래 세포밖 소포,
    피검자 혈액 샘플에서 분리한 코마모나다시에(Comamonadaceae), 할로모나다시에(Halomonadaceae), 클로스트리디움과(Clostridiaceae), 알칼리제나시에(Alcaligenaceae), 엔테로박테리아시에(Enterobacteriaceae), 박테로이다시에(Bacteroidaceae), 펩토스트렙토코카시에(Peptostreptococcaceae), 노카르디아시에(Nocardiaceae), 비피도박테리움과(Bifidobacteriaceae), 베루코미크로비아시에(Verrucomicrobiaceae), 세와넬라시에(Shewanellaceae), 바르네시엘라시에(Barnesiellaceae), 오도리박테라시에(Odoribacteraceae), 메타노박테리아시에(Methanobacteriaceae), 리케넬라시에(Rikenellaceae), 데설포비브리오나시에(Desulfovibrionaceae), 데시오설포비브리오나시에(Dethiosulfovibrionaceae), 피검자 소변 샘플에서 분리한 베일로넬라시에(Veillonellaceae), 비피도박테리움과(Bifidobacteriaceae), 코리오박테리움과(Coriobacteriaceae), 플라노코카시에(Planococcaceae), 파라프레보텔라시에(Paraprevotellaceae), 클로스트리디움과(Clostridiaceae), 에리시펠로트리차시에(Erysipelotrichaceae), 터리시박테라시에(Turicibacteraceae), 라크노스피라시에(Lachnospiraceae), 프레보텔라과(Prevotellaceae), 리케넬라시에(Rikenellaceae), 박테로이다시에(Bacteroidaceae), 엔테로코카시에(Enterococcaceae), 루미노코카시에(Ruminococcaceae), 데설포비브리오나시에(Desulfovibrionaceae), 베루코미크로비아시에(Verrucomicrobiaceae), 오도리박테라시에(Odoribacteraceae), 크리스텐세넬라시에(Christensenellaceae), 메타노박테리아시에(Methanobacteriaceae), 코리박테라시에(Koribacteraceae), 및 스트렙토마이세타시에(Streptomycetaceae)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 과(family) 세균 유래 세포밖 소포, 또는
    피검자 혈액 샘플에서 분리한 루미노코커스(Ruminococcus), 할로모나스(Halomonas), 수테렐라(Sutterella), 박테로이데스(Bacteroides), 베일로넬라(Veillonella), 로도코커스(Rhodococcus), 부티리시모나스(Butyricimonas), 아케르만시아(Akkermansia), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 아토포비움(Atopobium), 시트로박터(Citrobacter), 클렙시엘라(Klebsiella), 엔테로박터(Enterobacter), 크로모할로박터(Chromohalobacter), 쿠프리아비두스(Cupriavidus), 메타노브레비박터(Methanobrevibacter), 파스코락토박테리움(Phascolarctobacterium), 오도리박터(Odoribacter), 피라미도박터(Pyramidobacter), 빌로필라(Bilophila), 데설포비브리오(Desulfovibrio), 아시다미노코커스(Acidaminococcus), 피검자 소변 샘플에서 분리한 시트로박터(Citrobacter), 페칼리박테리움(Faecalibacterium), 클로스트리디움(Clostridium), 코프로코커스(Coprococcus), 디알리스터(Dialister), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 터리시박터(Turicibacter), 도레아(Dorea), 슈테렐라(Sutterella), 루미노코커스(Ruminococcus), 프레보텔라(Prevotella), 로즈뷰리아(Roseburia), 박테로이데스(Bacteroides), 클렙시엘라(Klebsiella), 라크노스피라(Lachnospira), 블라우티아(Blautia), 쿠프리아비두스(Cupriavidus), 오스실로스피라(Oscillospira), 엔테로코커스(Enterococcus), 루미노코커스(Ruminococcus), SMB53, 아케르만시아(Akkermansia), 파라박테로이데스(Parabacteroides), 파스코락토박테리움(Phascolarctobacterium), 카테니박테리움(Catenibacterium), 부티리시모나스(Butyricimonas), 에우박테리움(Eubacterium), 할로모나스(Halomonas), 파라프레보텔라(Paraprevotella), 메타노브레비박터(Methanobrevibacter), 아들러크레우치아(Adlercreutzia), 슬라키아(Slackia), 데설포비브리오(Desulfovibrio), 및 데르모아나데로박테리움(Thermoanaerobacterium)으로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 속(genus) 세균 유래 세포밖 소포의 함량이 증가되어 있는 경우 아토피피부염으로 진단하는 것을 특징으로 하는, 정보제공방법.
  11. 제9항에 있어서,
    상기 (c) 단계에서, 정상인 유래 샘플과 비교하여,
    피검자 혈액 샘플에서 분리한 남세균문(Cyanobacteria), 푸조박테리아(Fusobacteria), 피검자 소변 샘플에서 분리한 남세균문(Cyanobacteria)으로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 문(phylum) 세균 유래 세포밖 소포,
    피검자 혈액 샘플에서 분리한 클로로플라스트(Chloroplast), 사프로스피레(Saprospirae), 플라보박테리아(Flavobacteriia), 알파프로테오박테리아(Alphaproteobacteria), 푸조박테리아(Fusobacteriia), 피검자 소변 샘플에서 분리한 클로로플라스트(Chloroplast), 및 베타프로테오박테리아(Betaproteobacteria)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 강(class) 세균 유래 세포밖 소포,
    피검자 혈액 샘플에서 분리한 스트라메노필레스(Stramenopiles), 슈도모나달레스(Pseudomonadales), 나이세리아레스(Neisseriales), 스트렙토피타(Streptophyta), 리조비움목(Rhizobiales), 사프로스피랄레스(Saprospirales), 스핑고모나달레스(Sphingomonadales), 플라보박테리아레스(Flavobacteriales), 카울로박테라레스(Caulobacterales), 게멜라레스(Gemellales), 파스테우렐라레스(Pasteurellales), 푸조박테리알레스(Fusobacteriales), 로도박테랄레스(Rhodobacterales), 바실라레스(Bacillales), 피검자 소변 샘플에서 분리한 MLE1-12, 벌크홀데리알레스(Burkholderiales), 스트렙토피타(Streptophyta), 슈도모나달레스(Pseudomonadales), 및 스핑고모나달레스(Sphingomonadales)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 목(order) 세균 유래 세포밖 소포,
    피검자 혈액 샘플에서 분리한 엑시구오박테라시에(Exiguobacteraceae), 모락셀라시에(Moraxellaceae), 브라디리조비아시에(Bradyrhizobiaceae), 리조비움과(Rhizobiaceae), 플라보박테리아시에(Flavobacteriaceae), 캄필로박테라시에(Campylobacteraceae), 네이세리아시에(Neisseriaceae), 슈도모나다시에(Pseudomonadaceae), 스핑고모나다시에(Sphingomonadaceae), 키티노파자시에(Chitinophagaceae), 카르노박테리아시에(Carnobacteriaceae), 카우로박테라시에(Caulobacteraceae), 위크셀라시에(Weeksellaceae), 메틸로박테리아시에(Methylobacteriaceae), 게멜라시에(Gemellaceae), 데르마박테라시에(Dermabacteraceae), 프로피오니박테리아시에(Propionibacteriaceae), 파스테우렐라시에(Pasteurellaceae), 렙토트리치아시에(Leptotrichiaceae), 옥살로박테라시에(Oxalobacteraceae), 푸조박테리아시에(Fusobacteriaceae), 아이로콕쿠스과(Aerococcaceae), 로도박테라시에(Rhodobacteraceae), 인트라스포란지아시에(Intrasporangiaceae), 파라프레보텔라시에(Paraprevotellaceae), 포르피로모나다시에(Porphyromonadaceae), 스타필로코카시에(Staphylococcaceae), 코리네박테리아시에(Corynebacteriaceae), 티시에렐라시에(Tissierellaceae), 마이크로코카시에(Micrococcaceae), 액티노마이세타시에(Actinomycetaceae), 플라노코카시에(Planococcaceae), 피검자 소변 샘플에서 분리한 알칼리제나시에(Alcaligenaceae), 리조비아시에(Rhizobiaceae), 미토콘드리아(mitochondria), 슈도모나다시에(Pseudomonadaceae), 코리네박테리아시에(Corynebacteriaceae), 코마모나다시에(Comamonadaceae), 로도박테라시에(Rhodobacteraceae), 및 스핑고모나다시에(Sphingomonadaceae)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 과(family) 세균 유래 세포밖 소포, 또는
    피검자 혈액 샘플에서 분리한 엑시구오박데리움(Exiguobacterium), 아시네토박터(Acinetobacter), 카프노시토파가(Capnocytophaga), 프로테우스(Proteus), 네이세리아(Neisseria), 스핑고모나스(Sphingomonas), 슈도모나스(Pseudomonas), 아그레가티박터(Aggregatibacter), 렙토트리키아(Leptotrichia), 그라눌리카텔라(Granulicatella), 프레보텔라(Prevotella), 크리세오박테리움(Chryseobacterium), 포르피로모나스(Porphyromonas), 헤모필루스(Haemophilus), 브라키박테리움(Brachybacterium), 프로피오니박테리움(Propionibacterium), 에우박테리움(Eubacterium), 푸조박테리움(Fusobacterium), 엔하이드로박터(Enhydrobacter), 파라코커스(Paracoccus), 파라박테로이데스(Parabacteroides), 스타필로코커스(Staphylococcus), 코리네박테리움(Corynebacterium), 로티아(Rothia), 엑티노마이세스(Actinomyces), 디알리스터(Dialister), 페칼리박테리움(Faecalibacterium), 도레아(Dorea), 피검자 소변 샘플에서 분리한 아크로모박터(Achromobacter), 아그로박테리움(Agrobacterium), 로시텔레스(Roseateles), 슈도모나스(Pseudomonas), 코리네박테리움(Corynebacterium), 및 스핑고모나스(Sphingomonas)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 속(genus) 세균 유래 세포밖 소포의 함량이 감소되어 있는 경우 아토피피부염으로 진단하는 것을 특징으로 하는, 정보제공방법.
  12. 하기의 단계를 포함하는, 아토피피부염 진단방법:
    (a) 정상인 및 피검자 샘플에서 분리한 세포밖 소포로부터 DNA를 추출하는 단계;
    (b) 상기 추출한 DNA에 대하여 서열번호 1 및 서열번호 2의 프라이머 쌍을 이용하여 PCR(polymerase chain reaction)을 수행하는 단계; 및
    (c) 상기 PCR 산물의 서열분석을 통하여 정상인 유래 샘플과 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교하는 단계.
  13. 제12항에 있어서,
    상기 (c) 단계에서 남세균문(Cyanobacteria), 푸조박테리아(Fusobacteria), 우미균문(Verrucomicrobia), 유리고세균(Euryarchaeota), 피르미쿠테스(Firmicutes), 의간균문(Bacteroidetes), 및 테네리쿠테스(Tenericutes)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 문(phylum) 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교하는 것을 특징으로 하는, 진단방법.
  14. 제12항에 있어서,
    상기 (c) 단계에서 클로로플라스트(Chloroplast), 사프로스피레(Saprospirae), 플라보박테리아(Flavobacteriia), 알파프로테오박테리아(Alphaproteobacteria), 푸조박테리아(Fusobacteriia), 간균강(Bacilli), 우미균강(Verrucomicrobiae), 메타노박테리아(Methanobacteria), 베타프로테오박테리아(Betaproteobacteria), 코리오박테리아(Coriobacteriia), 클로스트리디아(Clostridia), 박테로이디아(Bacteroidia), 에리시펠로트리치(Erysipelotrichi), 몰리쿠테스(Mollicutes), 및 페도스페레(Pedosphaerae)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 강(class) 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교하는 것을 특징으로 하는, 진단방법.
  15. 제12항에 있어서,
    상기 (c) 단계에서 스트라메노필레스(Stramenopiles), 슈도모나달레스(Pseudomonadales), 나이세리아레스(Neisseriales), 스트렙토피타(Streptophyta), 리조비움목(Rhizobiales), 사프로스피랄레스(Saprospirales), 스핑고모나달레스(Sphingomonadales), 플라보박테리아레스(Flavobacteriales), 카울로박테라레스(Caulobacterales), 게멜라레스(Gemellales), 파스테우렐라레스(Pasteurellales), 푸조박테리알레스(Fusobacteriales), 로도박테랄레스(Rhodobacterales), 바실라레스(Bacillales), 오세아노스피릴랄레스(Oceanospirillales), 엔테로박테리아레스(Enterobacteriales), 비피도박테리움목(Bifidobacteriales), 베루코미크로비알레스(Verrucomicrobiales), 메타노박테리알레스(Methanobacteriales), 데설포비브리오날레스(Desulfovibrionales), MLE1-12, 벌크홀데리알레스(Burkholderiales), 코리오박테리움목(Coriobacteriales), 클로스트리디알레스(Clostridiales), 박테로이데스목(Bacteroidales), 에리시펠로트리찰레스(Erysipelotrichales), 터리시박테랄레스(Turicibacterales), RF39, 및 페도파에랄레스(Pedosphaerales)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 목(order) 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교하는 것을 특징으로 하는, 진단방법.
  16. 제12항에 있어서,
    상기 (c) 단계에서 엑시구오박테라시에(Exiguobacteraceae), 모락셀라시에(Moraxellaceae), 브라디리조비아시에(Bradyrhizobiaceae), 리조비움과(Rhizobiaceae), 플라보박테리아시에(Flavobacteriaceae), 캄필로박테라시에(Campylobacteraceae), 네이세리아시에(Neisseriaceae), 슈도모나다시에(Pseudomonadaceae), 스핑고모나다시에(Sphingomonadaceae), 키티노파자시에(Chitinophagaceae), 카르노박테리아시에(Carnobacteriaceae), 카우로박테라시에(Caulobacteraceae), 위크셀라시에(Weeksellaceae), 메틸로박테리아시에(Methylobacteriaceae), 게멜라시에(Gemellaceae), 데르마박테라시에(Dermabacteraceae), 프로피오니박테리아시에(Propionibacteriaceae), 파스테우렐라시에(Pasteurellaceae), 렙토트리치아시에(Leptotrichiaceae), 옥살로박테라시에(Oxalobacteraceae), 푸조박테리아시에(Fusobacteriaceae), 아이로콕쿠스과(Aerococcaceae), 로도박테라시에(Rhodobacteraceae), 인트라스포란지아시에(Intrasporangiaceae), 파라프레보텔라시에(Paraprevotellaceae), 포르피로모나다시에(Porphyromonadaceae), 스타필로코카시에(Staphylococcaceae), 코리네박테리아시에(Corynebacteriaceae), 티시에렐라시에(Tissierellaceae), 마이크로코카시에(Micrococcaceae), 액티노마이세타시에(Actinomycetaceae), 플라노코카시에(Planococcaceae), 알칼리제나시에(Alcaligenaceae), 미토콘드리아(mitochondria), 코마모나다시에(Comamonadaceae), 베일로넬라시에(Veillonellaceae), 비피도박테리움과(Bifidobacteriaceae), 코리오박테리움과(Coriobacteriaceae), 클로스트리디움과(Clostridiaceae), 에리시펠로트리차시에(Erysipelotrichaceae), 터리시박테라시에(Turicibacteraceae), 라크노스피라시에(Lachnospiraceae), 프레보텔라과(Prevotellaceae), 리케넬라시에(Rikenellaceae), 박테로이다시에(Bacteroidaceae), 엔테로코카시에(Enterococcaceae), 루미노코카시에(Ruminococcaceae), 데설포비브리오나시에(Desulfovibrionaceae), 베루코미크로비아시에(Verrucomicrobiaceae), 오도리박테라시에(Odoribacteraceae), 크리스텐세넬라시에(Christensenellaceae), 메타노박테리아시에(Methanobacteriaceae), 코리박테라시에(Koribacteraceae), 및 스트렙토마이세타시에(Streptomycetaceae)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 과(family) 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교하는 것을 특징으로 하는, 진단방법.
  17. 제12항에 있어서,
    상기 (c) 단계에서 엑시구오박데리움(Exiguobacterium), 아시네토박터(Acinetobacter), 카프노시토파가(Capnocytophaga), 프로테우스(Proteus), 네이세리아(Neisseria), 스핑고모나스(Sphingomonas), 슈도모나스(Pseudomonas), 아그레가티박터(Aggregatibacter), 렙토트리키아(Leptotrichia), 그라눌리카텔라(Granulicatella), 프레보텔라(Prevotella), 크리세오박테리움(Chryseobacterium), 포르피로모나스(Porphyromonas), 헤모필루스(Haemophilus), 브라키박테리움(Brachybacterium), 프로피오니박테리움(Propionibacterium), 에우박테리움(Eubacterium), 푸조박테리움(Fusobacterium), 엔하이드로박터(Enhydrobacter), 파라코커스(Paracoccus), 파라박테로이데스(Parabacteroides), 스타필로코커스(Staphylococcus), 코리네박테리움(Corynebacterium), 로티아(Rothia), 엑티노마이세스(Actinomyces), 디알리스터(Dialister), 페칼리박테리움(Faecalibacterium), 도레아(Dorea), 루미노코커스(Ruminococcus), 할로모나스(Halomonas), 수테렐라(Sutterella), 박테로이데스(Bacteroides), 베일로넬라(Veillonella), 로도코커스(Rhodococcus), 부티리시모나스(Butyricimonas), 아케르만시아(Akkermansia), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 아토포비움(Atopobium), 시트로박터(Citrobacter), 클렙시엘라(Klebsiella), 엔테로박터(Enterobacter), 크로모할로박터(Chromohalobacter), 쿠프리아비두스(Cupriavidus), 메타노브레비박터(Methanobrevibacter), 파스코락토박테리움(Phascolarctobacterium), 오도리박터(Odoribacter), 피라미도박터(Pyramidobacter), 빌로필라(Bilophila), 데설포비브리오(Desulfovibrio), 아시다미노코커스(Acidaminococcus), 아크로모박터(Achromobacter), 아그로박테리움(Agrobacterium), 로시텔레스(Roseateles), 클로스트리디움(Clostridium), 코프로코커스(Coprococcus), 터리시박터(Turicibacter), 로즈뷰리아(Roseburia), 라크노스피라(Lachnospira), 블라우티아(Blautia), 오스실로스피라(Oscillospira), 엔테로코커스(Enterococcus), SMB53, 카테니박테리움(Catenibacterium), 파라프레보텔라(Paraprevotella), 아들러크레우치아(Adlercreutzia), 슬라키아(Slackia), 및 데르모아나데로박테리움(Thermoanaerobacterium)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 속(genus) 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교하는 것을 특징으로 하는, 진단방법.
  18. 제12항에 있어서,
    상기 정상인 및 피검자 샘플은 혈액 또는 소변인 것을 특징으로 하는, 진단방법.
  19. 제18항에 있어서,
    상기 혈액은 전혈, 혈청, 혈장, 또는 혈액 단핵구인 것을 특징으로 하는, 진단방법.
  20. 제12항에 있어서,
    상기 (c) 단계에서, 정상인 및 피검자 혈액 샘플에서 분리한 남세균문(Cyanobacteria), 푸조박테리아(Fusobacteria), 우미균문(Verrucomicrobia), 유리고세균(Euryarchaeota), 정상인 및 피검자 소변 샘플에서 분리한 남세균문(Cyanobacteria), 피르미쿠테스(Firmicutes), 의간균문(Bacteroidetes), 우미균문(Verrucomicrobia), 유리고세균(Euryarchaeota), 및 테네리쿠테스(Tenericutes)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 문(phylum) 세균 유래 세포밖 소포,
    정상인 및 피검자 혈액 샘플에서 분리한 클로로플라스트(Chloroplast), 사프로스피레(Saprospirae), 플라보박테리아(Flavobacteriia), 알파프로테오박테리아(Alphaproteobacteria), 푸조박테리아(Fusobacteriia), 간균강(Bacilli), 우미균강(Verrucomicrobiae), 메타노박테리아(Methanobacteria), 정상인 및 피검자 소변 샘플에서 분리한 클로로플라스트(Chloroplast), 베타프로테오박테리아(Betaproteobacteria), 코리오박테리아(Coriobacteriia), 클로스트리디아(Clostridia), 박테로이디아(Bacteroidia), 에리시펠로트리치(Erysipelotrichi), 우미균강(Verrucomicrobiae), 메타노박테리아(Methanobacteria), 몰리쿠테스(Mollicutes), 및 페도스페레(Pedosphaerae)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 강(class) 세균 유래 세포밖 소포,
    정상인 및 피검자 혈액 샘플에서 분리한 스트라메노필레스(Stramenopiles), 슈도모나달레스(Pseudomonadales), 나이세리아레스(Neisseriales), 스트렙토피타(Streptophyta), 리조비움목(Rhizobiales), 사프로스피랄레스(Saprospirales), 스핑고모나달레스(Sphingomonadales), 플라보박테리아레스(Flavobacteriales), 카울로박테라레스(Caulobacterales), 게멜라레스(Gemellales), 파스테우렐라레스(Pasteurellales), 푸조박테리알레스(Fusobacteriales), 로도박테랄레스(Rhodobacterales), 바실라레스(Bacillales), 락토바실라레스(Lactobacillales), 오세아노스피릴랄레스(Oceanospirillales), 엔테로박테리아레스(Enterobacteriales), 비피도박테리움목(Bifidobacteriales), 베루코미크로비알레스(Verrucomicrobiales), 메타노박테리알레스(Methanobacteriales), 데설포비브리오날레스(Desulfovibrionales), 정상인 및 피검자 소변 샘플에서 분리한 MLE1-12, 벌크홀데리알레스(Burkholderiales), 스트렙토피타(Streptophyta), 슈도모나달레스(Pseudomonadales), 스핑고모나달레스(Sphingomonadales), 비피도박테리움목(Bifidobacteriales), 코리오박테리움목(Coriobacteriales), 클로스트리디알레스(Clostridiales), 박테로이데스목(Bacteroidales), 에리시펠로트리찰레스(Erysipelotrichales), 터리시박테랄레스(Turicibacterales), 데설포비브리오날레스(Desulfovibrionales), 베루코미크로비알레스(Verrucomicrobiales), 메타노박테리아레스(Methanobacteriales), RF39, 및 페도파에랄레스(Pedosphaerales)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 목(order) 세균 유래 세포밖 소포,
    정상인 및 피검자 혈액 샘플에서 분리한 엑시구오박테라시에(Exiguobacteraceae), 모락셀라시에(Moraxellaceae), 브라디리조비아시에(Bradyrhizobiaceae), 리조비움과(Rhizobiaceae), 플라보박테리아시에(Flavobacteriaceae), 캄필로박테라시에(Campylobacteraceae), 네이세리아시에(Neisseriaceae), 슈도모나다시에(Pseudomonadaceae), 스핑고모나다시에(Sphingomonadaceae), 키티노파자시에(Chitinophagaceae), 카르노박테리아시에(Carnobacteriaceae), 카우로박테라시에(Caulobacteraceae), 위크셀라시에(Weeksellaceae), 메틸로박테리아시에(Methylobacteriaceae), 게멜라시에(Gemellaceae), 데르마박테라시에(Dermabacteraceae), 프로피오니박테리아시에(Propionibacteriaceae), 파스테우렐라시에(Pasteurellaceae), 렙토트리치아시에(Leptotrichiaceae), 옥살로박테라시에(Oxalobacteraceae), 푸조박테리아시에(Fusobacteriaceae), 아이로콕쿠스과(Aerococcaceae), 로도박테라시에(Rhodobacteraceae), 인트라스포란지아시에(Intrasporangiaceae), 파라프레보텔라시에(Paraprevotellaceae), 포르피로모나다시에(Porphyromonadaceae), 스타필로코카시에(Staphylococcaceae), 코리네박테리아시에(Corynebacteriaceae), 티시에렐라시에(Tissierellaceae), 마이크로코카시에(Micrococcaceae), 액티노마이세타시에(Actinomycetaceae), 플라노코카시에(Planococcaceae), 코마모나다시에(Comamonadaceae), 할로모나다시에(Halomonadaceae), 클로스트리디움과(Clostridiaceae), 알칼리제나시에(Alcaligenaceae), 엔테로박테리아시에(Enterobacteriaceae), 박테로이다시에(Bacteroidaceae), 펩토스트렙토코카시에(Peptostreptococcaceae), 노카르디아시에(Nocardiaceae), 비피도박테리움과(Bifidobacteriaceae), 베루코미크로비아시에(Verrucomicrobiaceae), 세와넬라시에(Shewanellaceae), 바르네시엘라시에(Barnesiellaceae), 오도리박테라시에(Odoribacteraceae), 메타노박테리아시에(Methanobacteriaceae), 리케넬라시에(Rikenellaceae), 데설포비브리오나시에(Desulfovibrionaceae), 데시오설포비브리오나시에(Dethiosulfovibrionaceae), 정상인 및 피검자 소변 샘플에서 분리한 알칼리제나시에(Alcaligenaceae), 리조비아시에(Rhizobiaceae), 미토콘드리아(mitochondria), 슈도모나다시에(Pseudomonadaceae), 코리네박테리아시에(Corynebacteriaceae), 코마모나다시에(Comamonadaceae), 로도박테라시에(Rhodobacteraceae), 스핑고모나다시에(Sphingomonadaceae), 베일로넬라시에(Veillonellaceae), 비피도박테리움과(Bifidobacteriaceae), 코리오박테리움과(Coriobacteriaceae), 플라노코카시에(Planococcaceae), 파라프레보텔라시에(Paraprevotellaceae), 클로스트리디움과(Clostridiaceae), 에리시펠로트리차시에(Erysipelotrichaceae), 터리시박테라시에(Turicibacteraceae), 라크노스피라시에(Lachnospiraceae), 프레보텔라과(Prevotellaceae), 리케넬라시에(Rikenellaceae), 박테로이다시에(Bacteroidaceae), 엔테로코카시에(Enterococcaceae), 루미노코카시에(Ruminococcaceae), 데설포비브리오나시에(Desulfovibrionaceae), 베루코미크로비아시에(Verrucomicrobiaceae), 오도리박테라시에(Odoribacteraceae), 크리스텐세넬라시에(Christensenellaceae), 메타노박테리아시에(Methanobacteriaceae), 코리박테라시에(Koribacteraceae), 및 스트렙토마이세타시에(Streptomycetaceae)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 과(family) 세균 유래 세포밖 소포, 또는
    정상인 및 피검자 혈액 샘플에서 분리한 엑시구오박데리움(Exiguobacterium), 아시네토박터(Acinetobacter), 카프노시토파가(Capnocytophaga), 프로테우스(Proteus), 네이세리아(Neisseria), 스핑고모나스(Sphingomonas), 슈도모나스(Pseudomonas), 아그레가티박터(Aggregatibacter), 렙토트리키아(Leptotrichia), 그라눌리카텔라(Granulicatella), 프레보텔라(Prevotella), 크리세오박테리움(Chryseobacterium), 포르피로모나스(Porphyromonas), 헤모필루스(Haemophilus), 브라키박테리움(Brachybacterium), 프로피오니박테리움(Propionibacterium), 에우박테리움(Eubacterium), 푸조박테리움(Fusobacterium), 엔하이드로박터(Enhydrobacter), 파라코커스(Paracoccus), 파라박테로이데스(Parabacteroides), 스타필로코커스(Staphylococcus), 코리네박테리움(Corynebacterium), 로티아(Rothia), 엑티노마이세스(Actinomyces), 디알리스터(Dialister), 페칼리박테리움(Faecalibacterium), 도레아(Dorea), 루미노코커스(Ruminococcus), 할로모나스(Halomonas), 수테렐라(Sutterella), 박테로이데스(Bacteroides), 베일로넬라(Veillonella), 로도코커스(Rhodococcus), 부티리시모나스(Butyricimonas), 아케르만시아(Akkermansia), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 아토포비움(Atopobium), 시트로박터(Citrobacter), 클렙시엘라(Klebsiella), 엔테로박터(Enterobacter), 크로모할로박터(Chromohalobacter), 쿠프리아비두스(Cupriavidus), 메타노브레비박터(Methanobrevibacter), 파스코락토박테리움(Phascolarctobacterium), 오도리박터(Odoribacter), 피라미도박터(Pyramidobacter), 빌로필라(Bilophila), 데설포비브리오(Desulfovibrio), 아시다미노코커스(Acidaminococcus), 정상인 및 피검자 소변 샘플에서 분리한 아크로모박터(Achromobacter), 아그로박테리움(Agrobacterium), 로시텔레스(Roseateles), 슈도모나스(Pseudomonas), 코리네박테리움(Corynebacterium), 스핑고모나스(Sphingomonas), 시트로박터(Citrobacter), 페칼리박테리움(Faecalibacterium), 클로스트리디움(Clostridium), 코프로코커스(Coprococcus), 디알리스터(Dialister), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 터리시박터(Turicibacter), 도레아(Dorea), 슈테렐라(Sutterella), 루미노코커스(Ruminococcus), 프레보텔라(Prevotella), 로즈뷰리아(Roseburia), 박테로이데스(Bacteroides), 클렙시엘라(Klebsiella), 라크노스피라(Lachnospira), 블라우티아(Blautia), 쿠프리아비두스(Cupriavidus), 오스실로스피라(Oscillospira), 엔테로코커스(Enterococcus), SMB53, 아케르만시아(Akkermansia), 파라박테로이데스(Parabacteroides), 파스코락토박테리움(Phascolarctobacterium), 카테니박테리움(Catenibacterium), 부티리시모나스(Butyricimonas), 에우박테리움(Eubacterium), 할로모나스(Halomonas), 파라프레보텔라(Paraprevotella), 메타노브레비박터(Methanobrevibacter), 아들러크레우치아(Adlercreutzia), 슬라키아(Slackia), 데설포비브리오(Desulfovibrio), 및 데르모아나데로박테리움(Thermoanaerobacterium)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 속(genus) 세균 유래 세포밖 소포의 함량 증감을 비교하는 것을 특징으로 하는, 진단방법.
  21. 제20항에 있어서,
    상기 (c) 단계에서, 정상인 유래 샘플과 비교하여,
    피검자 혈액 샘플에서 분리한 우미균문(Verrucomicrobia), 유리고세균(Euryarchaeota), 피검자 소변 샘플에서 분리한 피르미쿠테스(Firmicutes), 의간균문(Bacteroidetes), 우미균문(Verrucomicrobia), 유리고세균(Euryarchaeota), 및 테네리쿠테스(Tenericutes)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 문(phylum) 세균 유래 세포밖 소포,
    피검자 혈액 샘플에서 분리한 간균강(Bacilli), 우미균강(Verrucomicrobiae), 메타노박테리아(Methanobacteria), 피검자 소변 샘플에서 분리한 코리오박테리아(Coriobacteriia), 클로스트리디아(Clostridia), 박테로이디아(Bacteroidia), 에리시펠로트리치(Erysipelotrichi), 우미균강(Verrucomicrobiae), 메타노박테리아(Methanobacteria), 몰리쿠테스(Mollicutes), 및 페도스페레(Pedosphaerae)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 강(class) 세균 유래 세포밖 소포,
    피검자 혈액 샘플에서 분리한 락토바실라레스(Lactobacillales), 오세아노스피릴랄레스(Oceanospirillales), 엔테로박테리아레스(Enterobacteriales), 비피도박테리움목(Bifidobacteriales), 베루코미크로비알레스(Verrucomicrobiales), 메타노박테리알레스(Methanobacteriales), 데설포비브리오날레스(Desulfovibrionales), 피검자 소변 샘플에서 분리한 비피도박테리움목(Bifidobacteriales), 코리오박테리움목(Coriobacteriales), 클로스트리디알레스(Clostridiales), 박테로이데스목(Bacteroidales), 에리시펠로트리찰레스(Erysipelotrichales), 터리시박테랄레스(Turicibacterales), 데설포비브리오날레스(Desulfovibrionales), 베루코미크로비알레스(Verrucomicrobiales), 메타노박테리아레스(Methanobacteriales), RF39, 및 페도파에랄레스(Pedosphaerales)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 목(order) 세균 유래 세포밖 소포,
    피검자 혈액 샘플에서 분리한 코마모나다시에(Comamonadaceae), 할로모나다시에(Halomonadaceae), 클로스트리디움과(Clostridiaceae), 알칼리제나시에(Alcaligenaceae), 엔테로박테리아시에(Enterobacteriaceae), 박테로이다시에(Bacteroidaceae), 펩토스트렙토코카시에(Peptostreptococcaceae), 노카르디아시에(Nocardiaceae), 비피도박테리움과(Bifidobacteriaceae), 베루코미크로비아시에(Verrucomicrobiaceae), 세와넬라시에(Shewanellaceae), 바르네시엘라시에(Barnesiellaceae), 오도리박테라시에(Odoribacteraceae), 메타노박테리아시에(Methanobacteriaceae), 리케넬라시에(Rikenellaceae), 데설포비브리오나시에(Desulfovibrionaceae), 데시오설포비브리오나시에(Dethiosulfovibrionaceae), 피검자 소변 샘플에서 분리한 베일로넬라시에(Veillonellaceae), 비피도박테리움과(Bifidobacteriaceae), 코리오박테리움과(Coriobacteriaceae), 플라노코카시에(Planococcaceae), 파라프레보텔라시에(Paraprevotellaceae), 클로스트리디움과(Clostridiaceae), 에리시펠로트리차시에(Erysipelotrichaceae), 터리시박테라시에(Turicibacteraceae), 라크노스피라시에(Lachnospiraceae), 프레보텔라과(Prevotellaceae), 리케넬라시에(Rikenellaceae), 박테로이다시에(Bacteroidaceae), 엔테로코카시에(Enterococcaceae), 루미노코카시에(Ruminococcaceae), 데설포비브리오나시에(Desulfovibrionaceae), 베루코미크로비아시에(Verrucomicrobiaceae), 오도리박테라시에(Odoribacteraceae), 크리스텐세넬라시에(Christensenellaceae), 메타노박테리아시에(Methanobacteriaceae), 코리박테라시에(Koribacteraceae), 및 스트렙토마이세타시에(Streptomycetaceae)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 과(family) 세균 유래 세포밖 소포, 또는
    피검자 혈액 샘플에서 분리한 루미노코커스(Ruminococcus), 할로모나스(Halomonas), 수테렐라(Sutterella), 박테로이데스(Bacteroides), 베일로넬라(Veillonella), 로도코커스(Rhodococcus), 부티리시모나스(Butyricimonas), 아케르만시아(Akkermansia), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 아토포비움(Atopobium), 시트로박터(Citrobacter), 클렙시엘라(Klebsiella), 엔테로박터(Enterobacter), 크로모할로박터(Chromohalobacter), 쿠프리아비두스(Cupriavidus), 메타노브레비박터(Methanobrevibacter), 파스코락토박테리움(Phascolarctobacterium), 오도리박터(Odoribacter), 피라미도박터(Pyramidobacter), 빌로필라(Bilophila), 데설포비브리오(Desulfovibrio), 아시다미노코커스(Acidaminococcus), 피검자 소변 샘플에서 분리한 시트로박터(Citrobacter), 페칼리박테리움(Faecalibacterium), 클로스트리디움(Clostridium), 코프로코커스(Coprococcus), 디알리스터(Dialister), 비피도박테리움(Bifidobacterium), 터리시박터(Turicibacter), 도레아(Dorea), 슈테렐라(Sutterella), 루미노코커스(Ruminococcus), 프레보텔라(Prevotella), 로즈뷰리아(Roseburia), 박테로이데스(Bacteroides), 클렙시엘라(Klebsiella), 라크노스피라(Lachnospira), 블라우티아(Blautia), 쿠프리아비두스(Cupriavidus), 오스실로스피라(Oscillospira), 엔테로코커스(Enterococcus), 루미노코커스(Ruminococcus), SMB53, 아케르만시아(Akkermansia), 파라박테로이데스(Parabacteroides), 파스코락토박테리움(Phascolarctobacterium), 카테니박테리움(Catenibacterium), 부티리시모나스(Butyricimonas), 에우박테리움(Eubacterium), 할로모나스(Halomonas), 파라프레보텔라(Paraprevotella), 메타노브레비박터(Methanobrevibacter), 아들러크레우치아(Adlercreutzia), 슬라키아(Slackia), 데설포비브리오(Desulfovibrio), 및 데르모아나데로박테리움(Thermoanaerobacterium)으로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 속(genus) 세균 유래 세포밖 소포의 함량이 증가되어 있는 경우 아토피피부염으로 진단하는 것을 특징으로 하는, 진단방법.
  22. 제20항에 있어서,
    상기 (c) 단계에서, 정상인 유래 샘플과 비교하여,
    피검자 혈액 샘플에서 분리한 남세균문(Cyanobacteria), 푸조박테리아(Fusobacteria), 피검자 소변 샘플에서 분리한 남세균문(Cyanobacteria)으로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 문(phylum) 세균 유래 세포밖 소포,
    피검자 혈액 샘플에서 분리한 클로로플라스트(Chloroplast), 사프로스피레(Saprospirae), 플라보박테리아(Flavobacteriia), 알파프로테오박테리아(Alphaproteobacteria), 푸조박테리아(Fusobacteriia), 피검자 소변 샘플에서 분리한 클로로플라스트(Chloroplast), 및 베타프로테오박테리아(Betaproteobacteria)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 강(class) 세균 유래 세포밖 소포,
    피검자 혈액 샘플에서 분리한 스트라메노필레스(Stramenopiles), 슈도모나달레스(Pseudomonadales), 나이세리아레스(Neisseriales), 스트렙토피타(Streptophyta), 리조비움목(Rhizobiales), 사프로스피랄레스(Saprospirales), 스핑고모나달레스(Sphingomonadales), 플라보박테리아레스(Flavobacteriales), 카울로박테라레스(Caulobacterales), 게멜라레스(Gemellales), 파스테우렐라레스(Pasteurellales), 푸조박테리알레스(Fusobacteriales), 로도박테랄레스(Rhodobacterales), 바실라레스(Bacillales), 피검자 소변 샘플에서 분리한 MLE1-12, 벌크홀데리알레스(Burkholderiales), 스트렙토피타(Streptophyta), 슈도모나달레스(Pseudomonadales), 및 스핑고모나달레스(Sphingomonadales)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 목(order) 세균 유래 세포밖 소포,
    피검자 혈액 샘플에서 분리한 엑시구오박테라시에(Exiguobacteraceae), 모락셀라시에(Moraxellaceae), 브라디리조비아시에(Bradyrhizobiaceae), 리조비움과(Rhizobiaceae), 플라보박테리아시에(Flavobacteriaceae), 캄필로박테라시에(Campylobacteraceae), 네이세리아시에(Neisseriaceae), 슈도모나다시에(Pseudomonadaceae), 스핑고모나다시에(Sphingomonadaceae), 키티노파자시에(Chitinophagaceae), 카르노박테리아시에(Carnobacteriaceae), 카우로박테라시에(Caulobacteraceae), 위크셀라시에(Weeksellaceae), 메틸로박테리아시에(Methylobacteriaceae), 게멜라시에(Gemellaceae), 데르마박테라시에(Dermabacteraceae), 프로피오니박테리아시에(Propionibacteriaceae), 파스테우렐라시에(Pasteurellaceae), 렙토트리치아시에(Leptotrichiaceae), 옥살로박테라시에(Oxalobacteraceae), 푸조박테리아시에(Fusobacteriaceae), 아이로콕쿠스과(Aerococcaceae), 로도박테라시에(Rhodobacteraceae), 인트라스포란지아시에(Intrasporangiaceae), 파라프레보텔라시에(Paraprevotellaceae), 포르피로모나다시에(Porphyromonadaceae), 스타필로코카시에(Staphylococcaceae), 코리네박테리아시에(Corynebacteriaceae), 티시에렐라시에(Tissierellaceae), 마이크로코카시에(Micrococcaceae), 액티노마이세타시에(Actinomycetaceae), 플라노코카시에(Planococcaceae), 피검자 소변 샘플에서 분리한 알칼리제나시에(Alcaligenaceae), 리조비아시에(Rhizobiaceae), 미토콘드리아(mitochondria), 슈도모나다시에(Pseudomonadaceae), 코리네박테리아시에(Corynebacteriaceae), 코마모나다시에(Comamonadaceae), 로도박테라시에(Rhodobacteraceae), 및 스핑고모나다시에(Sphingomonadaceae)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 과(family) 세균 유래 세포밖 소포, 또는
    피검자 혈액 샘플에서 분리한 엑시구오박데리움(Exiguobacterium), 아시네토박터(Acinetobacter), 카프노시토파가(Capnocytophaga), 프로테우스(Proteus), 네이세리아(Neisseria), 스핑고모나스(Sphingomonas), 슈도모나스(Pseudomonas), 아그레가티박터(Aggregatibacter), 렙토트리키아(Leptotrichia), 그라눌리카텔라(Granulicatella), 프레보텔라(Prevotella), 크리세오박테리움(Chryseobacterium), 포르피로모나스(Porphyromonas), 헤모필루스(Haemophilus), 브라키박테리움(Brachybacterium), 프로피오니박테리움(Propionibacterium), 에우박테리움(Eubacterium), 푸조박테리움(Fusobacterium), 엔하이드로박터(Enhydrobacter), 파라코커스(Paracoccus), 파라박테로이데스(Parabacteroides), 스타필로코커스(Staphylococcus), 코리네박테리움(Corynebacterium), 로티아(Rothia), 엑티노마이세스(Actinomyces), 디알리스터(Dialister), 페칼리박테리움(Faecalibacterium), 도레아(Dorea), 피검자 소변 샘플에서 분리한 아크로모박터(Achromobacter), 아그로박테리움(Agrobacterium), 로시텔레스(Roseateles), 슈도모나스(Pseudomonas), 코리네박테리움(Corynebacterium), 및 스핑고모나스(Sphingomonas)로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 속(genus) 세균 유래 세포밖 소포의 함량이 감소되어 있는 경우 아토피피부염으로 진단하는 것을 특징으로 하는, 진단방법.
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