CN111386353A - 通过微生物宏基因组分析来诊断特应性皮炎的方法 - Google Patents

Abstract

本发明涉及通过微生物宏基因组学分析诊断特应性皮炎的方法，更具体地，本发明涉及通过使用正常的个体和受试者来源的样本进行宏基因组分析来分析特定细菌或古细菌来源的细胞外囊泡含量的增加或减少来诊断特应性皮炎的方法。由于环境中存在的微生物分泌的细胞外囊泡可被人体吸收以调节免疫功能并直接影响炎症的发生。难以在症状出现之前及早诊断出特应性皮炎，因此难以有效治疗特应性皮炎。因此，由于本发明可以通过使用来源于人体的样品进行宏基因组分析来预测发生特应性皮炎的风险，从而可以早期诊断和预测特应性皮炎的风险组。通过适当的管理可以延迟发病时间或预防特应性皮炎的发作。另外，本发明即使在发病后也能够进行早期诊断，从而降低了特应性皮炎的发生率并改善了治疗效果。

Description

通过微生物宏基因组分析来诊断特应性皮炎的方法

技术领域

本公开涉及用于通过微生物宏基因组分析来诊断特应性皮炎的方法，更具体地，涉及通过使用正常的个体和受试者来源的样品对细菌和古细菌的微生物宏基因组学分析来分析特定细菌和古细菌来源的细胞外囊泡的含量的增加或减少以诊断特异性皮炎的方法。

背景技术

特应性是指具有先天性的过敏特性，除特应性外，具有“发炎”的慢性皮肤疾病称为特应性皮炎。有时，“特应性皮炎”简称为“特应性”。特应性通常在儿童中见到，并随着儿童的成年而改善，但有时也会发展至成年。根据一项队列研究，特应性在英国从1946年的5.1％上升到1958年的7.3％，并且上升到1970年的12.2％，在瑞典，从1979年的7.05％上升到1991年的18.28％，而在日本大阪从1985年的15％上升到1997年的22.9％。在韩国，小学生特应性皮炎的发病率在2000年代为24.9％，中学生为12.8％。

特应性皮炎是由多种因素共同产生的慢性炎症性疾病，皮肤屏障功能在病理生理学中起着关键作用。作为致病因素，牛奶等食物在1岁之前是重要的，并且在1岁以后，吸入过敏原(例如屋尘螨过敏原)是重要的，最近，皮肤上的共生细菌，尤其是，金黄色葡萄球菌是众所周知的重要因素。另外，由于压力，特应性皮炎也发生严重的转变。

同时，众所周知，在人体内共生的微生物数量为100万亿，是人类细胞数的10倍，微生物的基因数超过人类基因数的100倍。微生物群(microbiota)或微生物组是一种微生物群落，其包括在给定栖息地中存在的细菌、古细菌和真核生物。已知肠道微生物群在人类的生理现象中起着至关重要的作用，并通过与人类细胞的相互作用对人体健康和疾病产生重大影响。共生地生活在人体内的细菌分泌纳米级的囊泡，以便与其他细胞交换关于基因、蛋白质等的信息。粘膜形成不允许尺寸为200nm或以上的粒子通过的物理阻隔膜，因此共生在粘膜中的细菌不能通过，但来源于细菌的细胞外囊泡具有大约为100nm或以下的尺寸，因此相对自由地通过粘膜并被吸收到人体内。

宏基因组学(也称为环境基因组学)可以是针对从自环境中收集的样品获得的宏基因组数据的分析学(韩国专利公开No.2011-073049)。最近，使用基于16s核糖体RNA(16srRNA)碱基序列的方法列出了人类微生物群的细菌组成，并且使用下一代测序(NGS)平台分析了16s rDNA碱基序列，其是16s核糖体RNA的基因。然而，在特应性皮炎的发作中，从未报道过，通过从人类来源的物质(例如血液或尿等)中分离的来源于微生物的囊泡的宏基因组分析来鉴定特应性皮炎的致病因子，以及预测特应性皮炎的方法。

发明内容

[技术问题]

本发明人从来源于正常的个体和受试者的样品(例如血液和尿)中分离出细胞外囊泡，从囊泡中提取基因，并对其进行了宏基因组分析以诊断特应性皮炎。结果，鉴定了可用作特应性皮炎的致病因素的来源于细菌和古细菌的细胞外囊泡，并在此基础上完成了本发明。

因此，本发明旨在提供一种通过对来源于细菌和古细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析来提供信息以诊断特应性皮炎的方法，诊断特应性皮炎的方法以及预测特应性皮炎发作风险的方法。

然而，本公开的技术目标不限于上述目标，本领域普通技术人员根据下面的描述将清楚地了解其它未提及的技术目标。

[技术方案]

为了实现本发明的上述目的，提供了一种为特应性皮炎诊断提供信息的方法，该方法包括下述过程：

(a)从分离自正常个体和受试者样品的细胞外囊泡中提取DNA；

(b)使用包含SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2的成对的引物对所提取的所述DNA进行聚合酶链式反应(PCR)；以及

(c)通过对所述PCR的产物进行测序，与来源于正常个体的样品的来源于细菌和古生菌的细胞外囊泡的含量比较并确定所述受试者样品的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

本发明还提供了一种诊断特应性皮炎的方法，该方法包括下述过程：

(a)从分离自正常个体和受试者样品的细胞外囊泡中提取DNA；

(b)使用包含SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2的成对的引物对所提取的所述DNA进行聚合酶链式反应(PCR)；以及

(c)通过对所述PCR的产物进行测序，与来源于正常个体的样品的来源于细菌和古生菌的细胞外囊泡的含量比较并确定所述受试者样品的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

本发明还提供了一种预测特应性皮炎的风险的方法，该方法包括下述过程：

(a)从分离自正常个体和受试者样品的细胞外囊泡中提取DNA；

(b)使用包含SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2的成对的引物对所提取的所述DNA进行聚合酶链式反应(PCR)；以及

(c)通过对所述PCR的产物进行测序，与来源于正常个体的样品的来源于细菌和古生菌的细胞外囊泡的含量比较并确定所述受试者样品的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

在本发明的一实施方案中，正常个体或者受试者样品可以是血液或尿。

在本发明的另一示例性实施方案中，在步骤(c)中，可以比较并确定：来源于选自由蓝细菌门(Cyanobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、广古菌门(Euryarchaeota)、厚壁菌(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和柔膜菌门(Tenericutes)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

在本发明的另一示例性实施方案中，在步骤(c)中，可以比较并确定：来源于选自由叶绿体纲(Chloroplast)、腐螺旋菌纲(Saprospirae)、黄小杆菌纲(Flavobacteriia)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、梭杆菌纲(Fusobacteriia)、芽孢杆菌纲(Bacilli)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)、甲烷杆菌纲(Methanobacteria)、β-变形菌纲(Betaproteobacteria)、红蝽菌纲(Coriobacteriia)、梭菌纲(Clostridia)、拟杆菌纲(Bacteroidia)、产芽胞菌纲(Erysipelotrichi)、柔膜细菌纲(Mollicutes)和土圈菌纲(Pedosphaerae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

在本发明的另一示例性实施方案中，在步骤(c)中，可以比较并确定：来源于选自由不等鞭毛菌目(Stramenopiles)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、奈氏球菌目(Neisseriales)、木霉菌目(Streptophyta)、根瘤菌目(Rhizobiales)、腐螺旋菌目(Saprospirales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)、黄杆菌目(Flavobacteriales)、柄杆菌目(Caulobacterales)、孪生菌目(Gemellales)、巴氏杆菌目(Pasteurellales)、梭杆菌目(Fusobacteriales)、红细菌目(Rhodobacterales)、芽孢杆菌目(Bacillales)、海洋螺菌目(Oceanospirillales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、甲烷杆菌目(Methanobacteriales)、脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)、MLE1-12目、伯克氏菌目(Burkholderiales)、红蝽菌目(Coriobacteriales)、梭菌目(Clostridiales)、拟杆菌目(Bacteroidales)、产芽胞菌目(Erysipelotrichales)、苏黎世杆菌目(Turicibacterales)、RF39目和土圈菌目(Pedosphaerales)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

在本发明的另一示例性实施方案中，在步骤(c)中，可以比较并确定：来源于选自由渺小杆菌科(Exiguobacteraceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、黄杆菌科(Flavobacteriaceae)、弯曲菌科(Campylobacteraceae)、奈瑟菌科(Neisseriaceae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、噬几丁质菌科(Chitinophagaceae)、肉杆菌科(Carnobacteriaceae)、柄杆菌科(Caulobacteraceae)、周蝶菌科(Weeksellaceae)、甲基杆菌科(Methylobacteriaceae)、孪生菌科(Gemellaceae)、皮杆菌科(Dermabacteraceae)、丙酸杆菌科(Propionibacteriaceae)、巴氏杆菌科(Pasteurellaceae)、纤毛菌科(Leptotrichiaceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)、气球菌科(Aerococcaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、间孢囊菌科(Intrasporangiaceae)、帕拉普氏菌科(Paraprevotellaceae)、紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)、棒状杆菌科(Corynebacteriaceae)、组织菌科(Tissierellaceae)、微球菌科(Micrococcaceae)、放线菌科(Actinomycetaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、产碱杆菌科(Alcaligenaceae)、线粒体科(Mitochondria)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、红蝽杆菌科(Coriobacteriaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、产芽胞菌科(Erysipelotrichaceae)、苏黎世杆菌科(Turicibacteraceae)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、肠球菌科(Enterococcaceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)、脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、臭杆菌科(Odoribacteraceae)、克里斯滕森菌科(Christensenellaceae)、甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)、科里氏菌科(Koribacteraceae)和链霉菌科(Streptomycetaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

在本发明的另一示例性实施方案中，在步骤(c)中，可以比较并确定：来源于选自由渺小杆菌属(Exiguobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)、碳酸噬胞菌属(Capnocytophaga)、变形杆菌属(Proteus)、奈瑟菌属(Neisseria)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、聚生杆菌属(Aggregatibacter)、纤毛菌属(Leptotrichia)、颗粒链菌属(Granulicatella)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、嗜血杆菌属(Haemophilus)、短状杆菌属(Brachybacterium)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)、真杆菌属(Eubacterium)、梭杆菌属(Fusobacterium)、水栖菌属(Enhydrobacter)、副球菌属(Paracoccus)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、罗氏菌属(Rothia)、放线菌属(Actinomyces)、小杆菌属(Dialister)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、多尔氏菌属(Dorea)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、盐单胞菌属(Halomonas)、萨特氏菌属(Sutterella)、拟杆菌属(Bacteroides)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、红球菌属(Rhodococcus)、丁酸单胞菌属(Butyricimonas)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、奇异菌属(Atopobium)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、肠杆菌属(Enterobacter)、色盐杆菌属(Chromohalobacter)、贪铜菌属(Cupriavidus)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、气味(臭)杆菌属(Odoribacter)、锥形杆菌属(Pyramidobacter)、嗜胆菌属(Bilophila)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和氨基酸球菌属(Acidaminococcus)无色杆菌属(Achromobacter)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、玫瑰色半光合菌属(Roseateles)、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、粪球菌属(Coprococcus)、苏黎世杆菌属(Turicibacter)、罗斯氏菌属(Roseburia)、毛螺旋菌属(Lachnospira)、布劳特氏菌属(Blautia)、颤螺旋菌属(Oscillospira)、肠球菌属(Enterococcus)、SMB53属、链型杆菌属(Catenibacterium)、帕拉普氏菌属(Paraprevotella)、安德克氏菌属(Adlercreutzia)、史雷克氏菌属(Slackia)和嗜热厌氧杆菌属(Thermoanaerobacterium)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

在本发明的另一示例性实施方案中，在步骤(c)中，可以比较并确定：来源于选自由分离自正常个体和受试者血液样品的蓝细菌门(Cyanobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)和广古菌门(Euryarchaeota)以及分离自正常个体和受试者尿样品的蓝细菌门(Cyanobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、广古菌门(Euryarchaeota)和柔膜菌门(Tenericutes)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；

来源于选自由分离自正常个体和受试者血液样品的叶绿体纲(Chloroplast)、腐螺旋菌纲(Saprospirae)、黄小杆菌纲(Flavobacteriia)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、梭杆菌纲(Fusobacteriia)、芽孢杆菌纲(Bacilli)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)和甲烷杆菌纲(Methanobacteria)以及分离自正常个体和受试者尿样品的叶绿体纲(Chloroplast)、β变形菌纲(Betaproteobacteria)、红蝽菌纲(Coriobacteriia)、梭菌纲(Clostridia)、拟杆菌纲(Bacteroidia)、产芽胞菌纲(Erysipelotrichi)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)、甲烷杆菌纲(Methanobacteria)、柔膜细菌纲(Mollicutes)和土圈菌纲(Pedosphaerae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；

来源于选自由分离自正常个体和受试者血液样品的不等鞭毛菌目(Stramenopiles)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、奈氏球菌目(Neisseriales)、木霉菌目(Streptophyta)、根瘤菌目(Rhizobiales)、腐螺旋菌目(Saprospirales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)、黄杆菌目(Flavobacteriales)、柄杆菌目(Caulobacterales)、孪生菌目(Gemellales)、巴氏杆菌目(Pasteurellales)、梭杆菌目(Fusobacteriales)、红细菌目(Rhodobacterales)、芽孢杆菌目(Bacillales)、乳杆菌目(Lactobacillales)、海洋螺菌目(Oceanospirillales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、甲烷杆菌目(Methanobacteriales)和脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)以及分离自正常个体和受试者尿样品的MLE1-12目、伯克氏菌目(Burkholderiales)、木霉菌目(Streptophyta)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、红蝽菌目(Coriobacteriales)、梭菌目(Clostridiales)、拟杆菌目(Bacteroidales)、产芽胞菌目(Erysipelotrichales)、苏黎世杆菌目(Turicibacterales)、脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、甲烷杆菌目(Methanobacteriales)、RF39目和土圈菌目(Pedosphaerales)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；

来源于选自由分离自正常个体和受试者血液样品的渺小杆菌科(Exiguobacteraceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、黄杆菌科(Flavobacteriaceae)、弯曲菌科(Campylobacteraceae)、奈瑟菌科(Neisseriaceae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、噬几丁质菌科(Chitinophagaceae)、肉杆菌科(Carnobacteriaceae)、柄杆菌科(Caulobacteraceae)、周蝶菌科(Weeksellaceae)、甲基杆菌科(Methylobacteriaceae)、孪生菌科(Gemellaceae)、皮杆菌科(Dermabacteraceae)、丙酸杆菌科(Propionibacteriaceae)、巴氏杆菌科(Pasteurellaceae)、纤毛菌科(Leptotrichiaceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)、气球菌科(Aerococcaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、间孢囊菌科(Intrasporangiaceae)、帕拉普氏菌科(Paraprevotellaceae)、紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)、棒状杆菌科(Corynebacteriaceae)、组织菌科(Tissierellaceae)、微球菌科(Micrococcaceae)、放线菌科(Actinomycetaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、盐单胞菌科(Halomonadaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、产碱杆菌科(Alcaligenaceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)、诺卡氏菌科(Nocardiaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、希瓦氏菌科(Shewanellaceae)、巴氏杆菌科(Barnesiellaceae)、臭杆菌科(Odoribacteraceae)、甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)和脱硫代弧菌科(Dethiosulfovibrionaceae)以及分离自正常个体和受试者尿样品的产碱杆菌科(Alcaligenaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、线粒体科(Mitochondria)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、棒状杆菌科(Corynebacteriaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、红蝽杆菌科(Coriobacteriaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、帕拉普氏菌科(Paraprevotellaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、产芽胞菌科(Erysipelotrichaceae)、苏黎世杆菌科(Turicibacteraceae)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、肠球菌科(Enterococcaceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)、脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、臭杆菌科(Odoribacteraceae)、克里斯滕森菌科(Christensenellaceae)、甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)、科里氏菌科(Koribacteraceae)和链霉菌科(Streptomycetaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；或

来源于选自由分离自正常个体和受试者血液样品的渺小杆菌属(Exiguobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)、碳酸噬胞菌属(Capnocytophaga)、变形杆菌属(Proteus)、奈瑟菌属(Neisseria)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、聚生杆菌属(Aggregatibacter)、纤毛菌属(Leptotrichia)、颗粒链菌属(Granulicatella)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、嗜血杆菌属(Haemophilus)、短状杆菌属(Brachybacterium)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)、真杆菌属(Eubacterium)、梭杆菌属(Fusobacterium)、水栖菌属(Enhydrobacter)、副球菌属(Paracoccus)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、罗氏菌属(Rothia)、放线菌属(Actinomyces)、小杆菌属(Dialister)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、多尔氏菌属(Dorea)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、盐单胞菌属(Halomonas)、萨特氏菌属(Sutterella)、拟杆菌属(Bacteroides)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、红球菌属(Rhodococcus)、丁酸单胞菌属(Butyricimonas)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、奇异菌属(Atopobium)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、肠杆菌属(Enterobacter)、色盐杆菌属(Chromohalobacter)、贪铜菌属(Cupriavidus)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、气味(臭)杆菌属(Odoribacter)、锥形杆菌属(Pyramidobacter)、嗜胆菌属(Bilophila)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和氨基酸球菌属(Acidaminococcus)以及分离自正常个体和受试者尿样品的无色杆菌属(Achromobacter)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、玫瑰色半光合菌属(Roseateles)、假单胞菌属(Pseudomonas)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、粪球菌属(Coprococcus)、小杆菌属(Dialister)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、苏黎世杆菌属(Turicibacter)、多尔氏菌属(Dorea)、萨特氏菌属(Sutterella)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、罗斯氏菌属(Roseburia)、拟杆菌属(Bacteroides)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、毛螺旋菌属(Lachnospira)、布劳特氏菌属(Blautia)、贪铜菌属(Cupriavidus)、颤螺旋菌属(Oscillospira)、肠球菌属(Enterococcus)、SMB53属、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、链型杆菌属(Catenibacterium)、丁酸单胞菌属(Butyricimonas)、真杆菌属(Eubacterium)、盐单胞菌属(Halomonas)、帕拉普氏菌属(Paraprevotella)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、安德克氏菌属(Adlercreutzia)、史雷克氏菌属(Slackia)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和嗜热厌氧杆菌属(Thermoanaerobacterium)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

在本发明的另一示例性实施方案中，在步骤(c)中，与来源于正常个体的样品相比较，可以将以下项的含量增加诊断为特应性皮炎：

来源于选自由分离自受试者血液样品的疣微菌门(Verrucomicrobia)和广古菌门(Euryarchaeota)以及分离自受试者尿样品的厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、广古菌门(Euryarchaeota)和柔膜菌门(Tenericutes)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；

来源于选自由分离自受试者血液样品的芽孢杆菌纲(Bacilli)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)和甲烷杆菌纲(Methanobacteria)以及分离自受试者尿样品的红蝽菌纲(Coriobacteriia)、梭菌纲(Clostridia)、拟杆菌纲(Bacteroidia)、产芽胞菌纲(Erysipelotrichi)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)、甲烷杆菌纲(Methanobacteria)、柔膜细菌纲(Mollicutes)和土圈菌纲(Pedosphaerae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；

来源于选自由分离自受试者血液样品的乳杆菌目(Lactobacillales)、海洋螺菌目(Oceanospirillales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、甲烷杆菌目(Methanobacteriales)和脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)以及分离自受试者尿样品的双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、红蝽菌目(Coriobacteriales)、梭菌目(Clostridiales)、拟杆菌目(Bacteroidales)、产芽胞菌目(Erysipelotrichales)、苏黎世杆菌目(Turicibacterales)、脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、甲烷杆菌目(Methanobacteriales)、RF39目和土圈菌目(Pedosphaerales)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；

来源于选自由分离自受试者血液样品的丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、盐单胞菌科(Halomonadaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、产碱杆菌科(Alcaligenaceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)、诺卡氏菌科(Nocardiaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、希瓦氏菌科(Shewanellaceae)、巴氏杆菌科(Barnesiellaceae)、臭杆菌科(Odoribacteraceae)、甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)和脱硫代弧菌科(Dethiosulfovibrionaceae)以及分离自受试者尿样品的韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、红蝽杆菌科(Coriobacteriaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、帕拉普氏菌科(Paraprevotellaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、产芽胞菌科(Erysipelotrichaceae)、苏黎世杆菌科(Turicibacteraceae)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、肠球菌科(Enterococcaceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)、脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、臭杆菌科(Odoribacteraceae)、克里斯滕森菌科(Christensenellaceae)、甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)、科里氏菌科(Koribacteraceae)和链霉菌科(Streptomycetaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；或

来源于选自由分离自受试者血液样品的瘤胃球菌属(Ruminococcus)、盐单胞菌属(Halomonas)、萨特氏菌属(Sutterella)、拟杆菌属(Bacteroides)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、红球菌属(Rhodococcus)、丁酸单胞菌属(Butyricimonas)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、奇异菌属(Atopobium)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、肠杆菌属(Enterobacter)、色盐杆菌属(Chromohalobacter)、贪铜菌属(Cupriavidus)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、气味(臭)杆菌属(Odoribacter)、锥形杆菌属(Pyramidobacter)、嗜胆菌属(Bilophila)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和氨基酸球菌属(Acidaminococcus)以及分离自受试者尿样品的柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、粪球菌属(Coprococcus)、小杆菌属(Dialister)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、苏黎世杆菌属(Turicibacter)、多尔氏菌属(Dorea)、萨特氏菌属(Sutterella)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、罗斯氏菌属(Roseburia)、拟杆菌属(Bacteroides)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、毛螺旋菌属(Lachnospira)、布劳特氏菌属(Blautia)、贪铜菌属(Cupriavidus)、颤螺旋菌属(Oscillospira)、肠球菌属(Enterococcus)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、SMB53属、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、链型杆菌属(Catenibacterium)、丁酸单胞菌属(Butyricimonas)、真杆菌属(Eubacterium)、盐单胞菌属(Halomonas)、帕拉普氏菌属(Paraprevotella)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、安德克氏菌属(Adlercreutzia)、史雷克氏菌属(Slackia)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和嗜热厌氧杆菌属(Thermoanaerobacterium)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡。

在本发明的又一示例性实施方案中，在步骤(c)中，与来源于正常个体的样品相比较，可以将以下项的含量减少诊断为特应性皮炎：

来源于选自由分离自受试者血液样品的蓝细菌门(Cyanobacteria)和梭杆菌门(Fusobacteria)以及分离自受试者尿样品的蓝细菌门(Cyanobacteria)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；

来源于选自由分离自受试者血液样品的叶绿体纲(Chloroplast)、腐螺旋菌纲(Saprospirae)、黄小杆菌纲(Flavobacteriia)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、梭杆菌纲(Fusobacteriia)以及分离自受试者尿样品的叶绿体纲(Chloroplast)、β变形菌纲(Betaproteobacteria)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；

来源于选自由分离自受试者血液样品的不等鞭毛菌目(Stramenopiles)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、奈氏球菌目(Neisseriales)、木霉菌目(Streptophyta)、根瘤菌目(Rhizobiales)、腐螺旋菌目(Saprospirales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)、黄杆菌目(Flavobacteriales)、柄杆菌目(Caulobacterales)、孪生菌目(Gemellales)、巴氏杆菌目(Pasteurellales)、梭杆菌目(Fusobacteriales)、红细菌目(Rhodobacterales)和芽孢杆菌目(Bacillales)以及分离自受试者尿样品的MLE1-12目、伯克氏菌目(Burkholderiales)、木霉菌目(Streptophyta)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；

来源于选自由分离自受试者血液样品的渺小杆菌科(Exiguobacteraceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、黄杆菌科(Flavobacteriaceae)、弯曲菌科(Campylobacteraceae)、奈瑟菌科(Neisseriaceae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、噬几丁质菌科(Chitinophagaceae)、肉杆菌科(Carnobacteriaceae)、柄杆菌科(Caulobacteraceae)、周蝶菌科(Weeksellaceae)、甲基杆菌科(Methylobacteriaceae)、孪生菌科(Gemellaceae)、皮杆菌科(Dermabacteraceae)、丙酸杆菌科(Propionibacteriaceae)、巴氏杆菌科(Pasteurellaceae)、纤毛菌科(Leptotrichiaceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)、气球菌科(Aerococcaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、间孢囊菌科(Intrasporangiaceae)、帕拉普氏菌科(Paraprevotellaceae)、紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)、棒状杆菌科(Corynebacteriaceae)、组织菌科(Tissierellaceae)、微球菌科(Micrococcaceae)、放线菌科(Actinomycetaceae)和动球菌科(Planococcaceae)以及分离自受试者尿样品的产碱杆菌科(Alcaligenaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、线粒体科(Mitochondria)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、棒状杆菌科(Corynebacteriaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)和鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；或

来源于选自由分离自受试者血液样品的渺小杆菌属(Exiguobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)、碳酸噬胞菌属(Capnocytophaga)、变形杆菌属(Proteus)、奈瑟菌属(Neisseria)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、聚生杆菌属(Aggregatibacter)、纤毛菌属(Leptotrichia)、颗粒链菌属(Granulicatella)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、嗜血杆菌属(Haemophilus)、短状杆菌属(Brachybacterium)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)、真杆菌属(Eubacterium)、梭杆菌属(Fusobacterium)、水栖菌属(Enhydrobacter)、副球菌属(Paracoccus)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、罗氏菌属(Rothia)、放线菌属(Actinomyces)、小杆菌属(Dialister)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)和多尔氏菌属(Dorea)以及分离自受试者尿样品的无色杆菌属(Achromobacter)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、玫瑰色半光合菌属(Roseateles)、假单胞菌属(Pseudomonas)、棒状杆菌属(Corynebacterium)和鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡。

在本发明的另一示例性实施方案中，血液可以是全血、血清、血浆或血液单核细胞。

[有利效果]

环境中微生物分泌的细胞外囊泡可被吸收到体内并直接影响免疫功能调节和炎症，特应性皮炎难以有效治疗，因为在出现症状之前很难及早诊断。因此，根据本发明经由通过使用来源于人体的样品对来源于细菌的细胞外囊泡的宏基因组学分析来预先预测特应性皮炎风险，可以及早诊断和预测特应性皮炎风险组，并且通过适当的管理来延迟发病时间或预防特应性皮炎的发作。另外，即使在发病后，由于可以及早诊断出特应性皮炎，因此具有的优点在于可以降低特应性皮炎的发生率并提高治疗效果，并且可以在诊断为特应性皮炎的患者中经由通过宏基因组分析避免暴露于致病因素来改善疾病的进展或或者防止复发。

附图说明

图1A示出了在小鼠口服肠道细菌和来源于细菌的细胞外囊泡(EV)后经过一段时间，细菌和细胞外囊泡(EV)的分布模式的图像，并且图1B示出了在小鼠口服给药之后细菌和EV的分布模式的图像，并且在12小时，提取血液和各种器官。

图2显示了来源于细菌的囊泡(细胞外囊泡；EV)的分布，其通过从患有特应性皮炎的患者和正常个体的血液中分离来源于细菌的囊泡，然后进行宏基因组分析，在门级上的诊断性能方面是显著的。

图3显示了来源于细菌的囊泡(细胞外囊泡；EV)的分布，其通过从患有特应性皮炎的患者和正常个体的血液中分离来源于细菌的囊泡，然后进行宏基因组分析，在纲级上的诊断性能方面是显著的。

图4A和4B显示了来源于细菌的囊泡(细胞外囊泡；EV)的分布，其通过从患有特应性皮炎的患者和正常个体的血液中分离来源于细菌的囊泡，然后进行宏基因组分析，在目级上的诊断性能方面是显著的。

图5A和5B显示了来源于细菌的囊泡(细胞外囊泡；EV)的分布，其通过从患有特应性皮炎的患者和正常个体的血液中分离来源于细菌的囊泡，然后进行宏基因组分析，在科级上的诊断性能方面是显著的。

图6A和6B显示了来源于细菌的囊泡(细胞外囊泡；EV)的分布，其通过从患有特应性皮炎的患者和正常个体的血液中分离来源于细菌的囊泡，然后进行宏基因组分析，在属级上的诊断性能方面是显著的。

图7显示了来源于细菌的囊泡(细胞外囊泡；EV)的分布，其通过从患有特应性皮炎的患者和正常个体的尿中分离来源于细菌的囊泡，然后进行宏基因组分析，在门级上的诊断性能方面是显著的。

图8显示了来源于细菌的囊泡(细胞外囊泡；EV)的分布，其通过从患有特应性皮炎的患者和正常个体的尿中分离来源于细菌的囊泡，然后进行宏基因组分析，在纲级上的诊断性能方面是显著的。

图9显示了来源于细菌的囊泡(细胞外囊泡；EV)的分布，其通过从患有特应性皮炎的患者和正常个体的尿中分离来源于细菌的囊泡，然后进行宏基因组分析，在目级上的诊断性能方面是显著的。

图10A和10B显示了来源于细菌的囊泡(细胞外囊泡；EV)的分布，其通过从患有特应性皮炎的患者和正常个体的尿中分离来源于细菌的囊泡，然后进行宏基因组分析，在科级上的诊断性能方面是显著的。

图11A和11B显示了来源于细菌的囊泡(细胞外囊泡；EV)的分布，其通过从患有特应性皮炎的患者和正常个体的尿中分离来源于细菌的囊泡，然后进行宏基因组分析，在属级上的诊断性能方面是显著的。

具体实施方式

本发明涉及通过微生物宏基因组分析来诊断特应性皮炎的方法。本发明的发明人使用来源于正常个体和受试者的样品中从细胞外囊泡中提取基因，对其进行宏基因组分析，并鉴定能够充当特应性皮炎的致病因子的来源于细菌的细胞外囊泡。

因此,本发明提供了一种为诊断特应性皮炎提供信息的方法，该方法包括：

(a)从分离自正常个体和受试者样品的细胞外囊泡中提取DNA；

(b)使用包含SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2的成对的引物对所提取的所述DNA进行聚合酶链式反应(PCR)；以及

(c)通过对所述PCR的产物进行测序，与来源于正常个体的样品的来源于细菌的细胞外囊泡的含量比较并确定所述受试者样品的来源于细菌和古生菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

本文所用的术语“特应性皮炎诊断”是指确定患者是否有患特应性皮炎的风险，患特应性皮炎的风险是否相对较高，或者是否已经出现特应性皮炎。本发明的方法可以用于通过对特定患者的特殊和适当的护理来延迟特应性皮炎发作(所述特定患者是具有特应性皮炎的高风险的患者)或预防特应性皮炎发作。此外，该方法可以临床上用于通过早期诊断特应性皮炎经由选择最合适的治疗方法来确定治疗。

本文所用的术语“宏基因组”("metagenome")涉及包括在诸如土壤、动物肠等分离的区域中的所有病毒、细菌、真菌等的全部基因组，并且主要用作基因组的概念，其解释了使用测序仪一次鉴定许多微生物以分析非培养的微生物。特别地，宏基因组不是指一种物种的基因组，而是指基因组的混合物，包括环境单位的所有物种的基因组。这个术语源于这样一种观点：当在生物学发展到组学(omics)的过程中定义一个物种时，各种物种以及现有的一个物种在功能上相互作用以形成完整的物种。在技术上，它是使用快速测序以识别一个环境中的所有物种并验证相互作用和代谢来分析所有DNA和RNA的技术的主题，无论物种如何都如此。在本发明中，使用从例如血液和尿分离的来源于细菌的细胞外囊泡进行细菌宏基因组分析。

本文使用的术语“细菌来源的囊泡”是从古细菌以及细菌分泌的细胞外囊泡统称，但是本发明不受限于此。

在本发明中，正常个体和受试者样品可以血液和尿，并且血液优选为全血、血清、血浆和血液单核细胞，但本发明不限于此。

在本发明的一实施方式中，对在来源于细菌和古细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析，并且实际上通过在门级、纲级、目级、科级和属级的分析，鉴定能够充当特应性皮炎发作的原因的来源于细菌的细胞外囊泡。

更具体地说，在本发明的一实施方式中，通过在门级对存在于来源于受试者的血液样品中的细胞外囊泡进行细菌宏基因组分析得出：来源于属于蓝细菌门(Cyanobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)和广古菌门(Euryarchaeota)的细菌的细胞外囊泡的含量在特应性皮炎患者和正常个体之间显著不同(参见实施例4)。

更具体地说，在本发明的一实施方式中，通过在纲级对存在于来源于受试者的血液样品中的细胞外囊泡进行细菌宏基因组分析得出：来源于属于叶绿体纲(Chloroplast)、腐螺旋菌纲(Saprospirae)、黄小杆菌纲(Flavobacteriia)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、梭杆菌纲(Fusobacteriia)、芽孢杆菌纲(Bacilli)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)和甲烷杆菌纲(Methanobacteria)的细菌的细胞外囊泡的含量在特应性皮炎患者和正常个体之间显著不同(参见实施例4)。

更具体地说，在本发明的一实施方式中，通过在目级对存在于来源于受试者的血液样品中的细胞外囊泡进行细菌宏基因组分析得出：来源于属于不等鞭毛菌目(Stramenopiles)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、奈氏球菌目(Neisseriales)、木霉菌目(Streptophyta)、根瘤菌目(Rhizobiales)、腐螺旋菌目(Saprospirales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)、黄杆菌目(Flavobacteriales)、柄杆菌目(Caulobacterales)、孪生菌目(Gemellales)、巴氏杆菌目(Pasteurellales)、梭杆菌目(Fusobacteriales)、红细菌目(Rhodobacterales)、芽孢杆菌目(Bacillales)、乳杆菌目(Lactobacillales)、海洋螺菌目(Oceanospirillales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、甲烷杆菌目(Methanobacteriales)和脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)的细菌的细胞外囊泡的含量在特应性皮炎患者和正常个体之间显著不同(参见实施例4)

更具体地说，在本发明的一实施方式中，通过在科级对存在于来源于受试者的血液样品中的细胞外囊泡进行细菌宏基因组分析得出：来源于属于渺小杆菌科(Exiguobacteraceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、黄杆菌科(Flavobacteriaceae)、弯曲菌科(Campylobacteraceae)、奈瑟菌科(Neisseriaceae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、噬几丁质菌科(Chitinophagaceae)、肉杆菌科(Carnobacteriaceae)、柄杆菌科(Caulobacteraceae)、周蝶菌科(Weeksellaceae)、甲基杆菌科(Methylobacteriaceae)、孪生菌科(Gemellaceae)、皮杆菌科(Dermabacteraceae)、丙酸杆菌科(Propionibacteriaceae)、巴氏杆菌科(Pasteurellaceae)、纤毛菌科(Leptotrichiaceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)、气球菌科(Aerococcaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、间孢囊菌科(Intrasporangiaceae)、帕拉普氏菌科(Paraprevotellaceae)、紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)、棒状杆菌科(Corynebacteriaceae)、组织菌科(Tissierellaceae)、微球菌科(Micrococcaceae)、放线菌科(Actinomycetaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、盐单胞菌科(Halomonadaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、产碱杆菌科(Alcaligenaceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)、诺卡氏菌科(Nocardiaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、希瓦氏菌科(Shewanellaceae)、巴氏杆菌科(Barnesiellaceae)、臭杆菌科(Odoribacteraceae)、甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)和脱硫代弧菌科(Dethiosulfovibrionaceae)的细菌的细胞外囊泡的含量在特应性皮炎患者和正常个体之间显著不同(参见实施例4)。

更具体地说，在本发明的一实施方式中，通过在属级对存在于来源于受试者的血液样品中的细胞外囊泡进行细菌宏基因组分析得出：来源于属于渺小杆菌属(Exiguobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)、碳酸噬胞菌属(Capnocytophaga)、变形杆菌属(Proteus)、奈瑟菌属(Neisseria)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、聚生杆菌属(Aggregatibacter)、纤毛菌属(Leptotrichia)、颗粒链菌属(Granulicatella)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、嗜血杆菌属(Haemophilus)、短状杆菌属(Brachybacterium)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)、真杆菌属(Eubacterium)、梭杆菌属(Fusobacterium)、水栖菌属(Enhydrobacter)、副球菌属(Paracoccus)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、罗氏菌属(Rothia)、放线菌属(Actinomyces)、小杆菌属(Dialister)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、多尔氏菌属(Dorea)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、盐单胞菌属(Halomonas)、萨特氏菌属(Sutterella)、拟杆菌属(Bacteroides)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、红球菌属(Rhodococcus)、丁酸单胞菌属(Butyricimonas)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、奇异菌属(Atopobium)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、肠杆菌属(Enterobacter)、色盐杆菌属(Chromohalobacter)、贪铜菌属(Cupriavidus)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、气味(臭)杆菌属(Odoribacter)、锥形杆菌属(Pyramidobacter)、嗜胆菌属(Bilophila)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和氨基酸球菌属(Acidaminococcus)的细菌的细胞外囊泡的含量在特应性皮炎患者和正常个体之间显著不同(参见实施例4)。

更具体地说，在本发明的一实施方式中，通过在门级对存在于来源于受试者的尿样品中的细胞外囊泡进行细菌宏基因组分析得出：来源于属于蓝细菌门(Cyanobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、广古菌门(Euryarchaeota)和柔膜菌门(Tenericutes)的细菌的细胞外囊泡的含量在特应性皮炎患者和正常个体之间显著不同(参见实施例5)。

更具体地说，在本发明的一实施方式中，通过在纲级对存在于来源于受试者的尿样品中的细胞外囊泡进行细菌宏基因组分析得出：来源于属于叶绿体纲(Chloroplast)、β变形菌纲(Betaproteobacteria)、红蝽菌纲(Coriobacteriia)、梭菌纲(Clostridia)、拟杆菌纲(Bacteroidia)、产芽胞菌纲(Erysipelotrichi)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)、甲烷杆菌纲(Methanobacteria)、柔膜细菌纲(Mollicutes)和土圈菌纲(Pedosphaerae)的细菌的细胞外囊泡的含量在特应性皮炎患者和正常个体之间显著不同(参见实施例5)。

更具体地说，在本发明的一实施方式中，通过在目级对存在于来源于受试者的尿样品中的细胞外囊泡进行细菌宏基因组分析得出：来源于属于MLE1-12目、伯克氏菌目(Burkholderiales)、木霉菌目(Streptophyta)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、红蝽菌目(Coriobacteriales)、梭菌目(Clostridiales)、拟杆菌目(Bacteroidales)、产芽胞菌目(Erysipelotrichales)、苏黎世杆菌目(Turicibacterales)、脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、甲烷杆菌目(Methanobacteriales)、RF39目和土圈菌目(Pedosphaerales)的细菌的细胞外囊泡的含量在特应性皮炎患者和正常个体之间显著不同(参见实施例5)。

更具体地说，在本发明的一实施方式中，通过在科级对存在于来源于受试者的尿样品中的细胞外囊泡进行细菌宏基因组分析得出：来源于属于产碱杆菌科(Alcaligenaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、线粒体科(Mitochondria)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、棒状杆菌科(Corynebacteriaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、红蝽杆菌科(Coriobacteriaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、帕拉普氏菌科(Paraprevotellaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、产芽胞菌科(Erysipelotrichaceae)、苏黎世杆菌科(Turicibacteraceae)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、肠球菌科(Enterococcaceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)、脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、臭杆菌科(Odoribacteraceae)、克里斯滕森菌科(Christensenellaceae)、甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)、科里氏菌科(Koribacteraceae)和链霉菌科(Streptomycetaceae)的细菌的细胞外囊泡的含量在特应性皮炎患者和正常个体之间显著不同(参见实施例5)。

更具体地说，在本发明的一实施方式中，通过在属级对存在于来源于受试者的尿样品中的细胞外囊泡进行细菌宏基因组分析得出：来源于属于无色杆菌属(Achromobacter)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、玫瑰色半光合菌属(Roseateles)、假单胞菌属(Pseudomonas)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、粪球菌属(Coprococcus)、小杆菌属(Dialister)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、苏黎世杆菌属(Turicibacter)、多尔氏菌属(Dorea)、萨特氏菌属(Sutterella)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、罗斯氏菌属(Roseburia)、拟杆菌属(Bacteroides)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、毛螺旋菌属(Lachnospira)、布劳特氏菌属(Blautia)、贪铜菌属(Cupriavidus)、颤螺旋菌属(Oscillospira)、肠球菌属(Enterococcus)、SMB53属、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、链型杆菌属(Catenibacterium)、丁酸单胞菌属(Butyricimonas)、真杆菌属(Eubacterium)、盐单胞菌属(Halomonas)、帕拉普氏菌属(Paraprevotella)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、安德克氏菌属(Adlercreutzia)、史雷克氏菌属(Slackia)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和嗜热厌氧杆菌属(Thermoanaerobacterium)的细菌的细胞外囊泡的含量在特应性皮炎患者和正常个体之间显著不同(参见实施例5)。

根据上述本发明示例性实施方案的结果，通过宏基因组分析将与血液和尿液分离的来源于细菌的细胞外囊泡与正常个体样品的来源于细菌的细胞外囊泡进行比较，从而鉴定在特异性皮炎患者中来源于细菌的囊泡的含量显著变化，并且通过宏基因组分析上述级上的来源于细菌的囊泡含量的增加或减少，从而证实可以诊断出特异性皮炎。

[本发明的模式]

在下文中，将参照示例性实施例来描述本发明以帮助理解本发明。然而，这些实施例仅为了说明的目的而提供，且并不意图限制本发明的范围。

[实施例]

实施例1.肠细菌和来源于细菌的细胞外囊泡的体内吸收、分布和排泄模式的分析

为了评估肠细菌和来源于细菌的细胞外囊泡是否通过胃肠道系统地吸收，使用以下方法进行实验。更具体地，将由荧光标记的肠细菌和来源于该细菌的细胞外囊泡(EV)各50μg口服给药至小鼠的胃肠道，并在0小时，以及在5分钟、3小时、6小时和12小时后测量荧光。作为观察小鼠整体图像的结果，如图1A所示，细菌在施用时不被系统吸收，而在给药后5分钟，来源于细菌的EV被系统吸收，并且在给药后3小时，在膀胱中观察到强的荧光，从中确认EV经由泌尿系统排出，并且在给药后12小时存在于身体中。

在肠细菌和来源于肠细菌的细胞外囊泡被系统吸收后，为了评价肠细菌和来源于细菌的EV在被系统吸收后在侵入人体内的各种器官的模式，将用荧光标记的细菌和来源于细菌的EV各50μg使用与上述相同的方法给药，然后在给药后12小时，从每只小鼠中提取血液、心脏、肺、肝、肾、脾、脂肪组织和肌肉。作为在提取的组织中观察荧光的结果，如图1B所示，证实肠细菌未被吸收到各器官中，而来源于细菌的EV分布在血液、心脏、肺、肝、肾、脾、脂肪组织和肌肉中。

实施例2.从血液和尿中进行囊泡分离和DNA提取

为了从血液和尿分离细胞外囊泡并且提取DNA，首先将血液和尿加入到10ml管中，以3500×g和在4℃下离心10分钟，沉淀出悬浮液，且仅收集上清液，将上清液置于新的10ml管中。用0.22μm过滤器过滤所收集的上清液以除去细菌和杂质，然后置于中心离心过滤器(50kD)中，并以1500×g和在4℃下离心15分钟以丢弃尺寸小于50kD的材料，然后浓缩至10ml。再次使用0.22μm的过滤器除去细菌和杂质，然后通过使用90ti型转子将所得浓缩物以150,000×g和在4℃下进行超高速离心3小时，以除去上清液，并将聚集的沉淀物用磷酸盐缓冲液(PBS)溶解，由此获得囊泡。

将根据上述方法从血液和尿分离的100μl细胞外泡囊在100℃下煮沸，使内部DNA能从脂质中脱出，然后在冰上冷却。接下来，将所得的囊泡以10,000×g和在4℃下离心30分钟以除去剩余的悬浮液，仅收集上清液，然后使用NanoDrop分光光度计定量所提取的DNA的量。此外，为了验证所提取的DNA中是否存在来源于细菌的DNA，使用下表1所示的16s rDNA引物进行PCR。

[表1]

实施例3.使用从血液和尿中提取的DNA进行宏基因组分析

使用与实施例2中所用的方法相同的方法提取DNA，然后使用如表1中所示的16SrDNA引物对其进行PCR以扩增DNA，随后测序(Illumina MiSeq测序仪)。将结果作为标准流程图(SFF)文件输出，并将SFF文件使用GS FLX软件(v2.9)转换为序列文件(.fasta)和核苷酸质量得分文件，然后确定用于阅读的信用评级，并且除去具有小于99％(Phred评分<20)的窗口(20bps)平均碱基响应(base call)准确度的部分。在删除低质量部分之后，仅使用长度为300bps或更大的阅读(Sickle版本1.33)，并且为了进行操作分类单元(OTU)分析，使用UCLUST和USEARCH根据序列相似性进行聚类。特别地，基于对于属的94％的序列相似性，对于科的90％的序列相似性，对于目的85％的序列相似性，对于纲的80％的序列相似性，以及对于门的75％的序列相似性进行聚类，并且对每个OUT的门级、纲级、目级、科级和属级进行分类，并使用BLASTN和GreenGenes的16S DNA序列数据库(108,453个序列)分析具有97％或更多的序列相似性的细菌(QIIME)。

实施例4.基于对从血液中分离的来源于细菌的EV的宏基因组分析的特应性皮炎 诊断模型

从25例特应性皮炎患者和113例正常个体的血液样品中分离EV，两组在年龄和性别上匹配，然后使用实施例3的方法对其进行宏基因组测序。为了开发诊断模型，首先，选择在t检验中显示两组间p值小于0.05，两组之间的差显示为两倍或更多的菌株，然后通过逻辑回归分析计算属于诊断性能指标的曲线下面积(AUC)、精确度、灵敏度和特异性。

通过在门级分析血液中来源于细菌的EV得出：使用属于蓝细菌门(Cyanobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)和广古菌门(Euryarchaeota)的细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于特应性皮炎表现出显著的诊断性能(参见表2和图2)。

[表2]

通过在纲级分析血液中来源于细菌的EV得出：使用属于叶绿体纲(Chloroplast)、腐螺旋菌纲(Saprospirae)、黄小杆菌纲(Flavobacteriia)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、梭杆菌纲(Fusobacteriia)、芽孢杆菌纲(Bacilli)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)和甲烷杆菌纲(Methanobacteria)的细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于特应性皮炎表现出显著的诊断性能(参见表3和图3)。

[表3]

通过在目级分析血液中来源于细菌的EV得出：使用属于不等鞭毛菌目(Stramenopiles)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、奈氏球菌目(Neisseriales)、木霉菌目(Streptophyta)、根瘤菌目(Rhizobiales)、腐螺旋菌目(Saprospirales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)、黄杆菌目(Flavobacteriales)、柄杆菌目(Caulobacterales)、孪生菌目(Gemellales)、巴氏杆菌目(Pasteurellales)、梭杆菌目(Fusobacteriales)、红细菌目(Rhodobacterales)、芽孢杆菌目(Bacillales)、乳杆菌目(Lactobacillales)、海洋螺菌目(Oceanospirillales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、甲烷杆菌目(Methanobacteriales)和脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)的细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于特应性皮炎表现出显著的诊断性能(参见表4和图4A和4B)。

[表4]

通过在科级分析血液中来源于细菌的EV得出：使用属于渺小杆菌科(Exiguobacteraceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、黄杆菌科(Flavobacteriaceae)、弯曲菌科(Campylobacteraceae)、奈瑟菌科(Neisseriaceae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、噬几丁质菌科(Chitinophagaceae)、肉杆菌科(Carnobacteriaceae)、柄杆菌科(Caulobacteraceae)、周蝶菌科(Weeksellaceae)、甲基杆菌科(Methylobacteriaceae)、孪生菌科(Gemellaceae)、皮杆菌科(Dermabacteraceae)、丙酸杆菌科(Propionibacteriaceae)、巴氏杆菌科(Pasteurellaceae)、纤毛菌科(Leptotrichiaceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)、气球菌科(Aerococcaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、间孢囊菌科(Intrasporangiaceae)、帕拉普氏菌科(Paraprevotellaceae)、紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)、棒状杆菌科(Corynebacteriaceae)、组织菌科(Tissierellaceae)、微球菌科(Micrococcaceae)、放线菌科(Actinomycetaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、盐单胞菌科(Halomonadaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、产碱杆菌科(Alcaligenaceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)、诺卡氏菌科(Nocardiaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、希瓦氏菌科(Shewanellaceae)、巴氏杆菌科(Barnesiellaceae)、臭杆菌科(Odoribacteraceae)、甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)和脱硫代弧菌科(Dethiosulfovibrionaceae)的细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于特应性皮炎表现出显著的诊断性能(参见表5和图5A和5B)。

[表5]

通过在属级分析血液中来源于细菌的EV得出：使用属于渺小杆菌属(Exiguobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)、碳酸噬胞菌属(Capnocytophaga)、变形杆菌属(Proteus)、奈瑟菌属(Neisseria)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、聚生杆菌属(Aggregatibacter)、纤毛菌属(Leptotrichia)、颗粒链菌属(Granulicatella)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、嗜血杆菌属(Haemophilus)、短状杆菌属(Brachybacterium)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)、真杆菌属(Eubacterium)、梭杆菌属(Fusobacterium)、水栖菌属(Enhydrobacter)、副球菌属(Paracoccus)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、罗氏菌属(Rothia)、放线菌属(Actinomyces)、小杆菌属(Dialister)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、多尔氏菌属(Dorea)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、盐单胞菌属(Halomonas)、萨特氏菌属(Sutterella)、拟杆菌属(Bacteroides)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、红球菌属(Rhodococcus)、丁酸单胞菌属(Butyricimonas)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、奇异菌属(Atopobium)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、肠杆菌属(Enterobacter)、色盐杆菌属(Chromohalobacter)、贪铜菌属(Cupriavidus)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、气味(臭)杆菌属(Odoribacter)、锥形杆菌属(Pyramidobacter)、嗜胆菌属(Bilophila)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和氨基酸球菌属(Acidaminococcus)的细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于特应性皮炎表现出显著的诊断性能(参见表6和图6A和6B)。

[表6]

实施例5.基于对从尿中分离的来源于细菌的EV的宏基因组分析的特应性皮炎诊 断模型

从59例特应性皮炎患者和98例正常个体的尿样品中分离EV，两组在年龄和性别上匹配，然后使用实施例3的方法对其进行宏基因组测序。为了开发诊断模型，首先，选择在t检验中显示两组间p值小于0.05，两组之间的差显示为两倍或更多的菌株，然后通过逻辑回归分析计算属于诊断性能指标的曲线下面积(AUC)、灵敏度和特异性。

通过在门级分析尿中来源于细菌的EV得出：使用属于蓝细菌门(Cyanobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、广古菌门(Euryarchaeota)和柔膜菌门(Tenericutes)的细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于特应性皮炎表现出显著的诊断性能(参见表7和图7)。

[表7]

通过在纲级分析尿中来源于细菌的EV得出：使用属于叶绿体纲(Chloroplast)、β变形菌纲(Betaproteobacteria)、红蝽菌纲(Coriobacteriia)、梭菌纲(Clostridia)、拟杆菌纲(Bacteroidia)、产芽胞菌纲(Erysipelotrichi)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)、甲烷杆菌纲(Methanobacteria)、柔膜细菌纲(Mollicutes)和土圈菌纲(Pedosphaerae)的细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于特应性皮炎表现出显著的诊断性能(参见表8和图8)。

[表8]

通过在目级分析尿中来源于细菌的EV得出：使用属于MLE1-12目、伯克氏菌目(Burkholderiales)、木霉菌目(Streptophyta)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、红蝽菌目(Coriobacteriales)、梭菌目(Clostridiales)、拟杆菌目(Bacteroidales)、产芽胞菌目(Erysipelotrichales)、苏黎世杆菌目(Turicibacterales)、脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、甲烷杆菌目(Methanobacteriales)、RF39目和土圈菌目(Pedosphaerales)的细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于特应性皮炎表现出显著的诊断性能(参见表9和图9)。

[表9]

通过在科级分析尿中来源于细菌的EV得出：使用属于产碱杆菌科(Alcaligenaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、线粒体科(Mitochondria)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、棒状杆菌科(Corynebacteriaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、红蝽杆菌科(Coriobacteriaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、帕拉普氏菌科(Paraprevotellaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、产芽胞菌科(Erysipelotrichaceae)、苏黎世杆菌科(Turicibacteraceae)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、肠球菌科(Enterococcaceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)、脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、臭杆菌科(Odoribacteraceae)、克里斯滕森菌科(Christensenellaceae)、甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)、科里氏菌科(Koribacteraceae)和链霉菌科(Streptomycetaceae)的细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于特应性皮炎表现出显著的诊断性能(参见表10和图10A和10B)。

[表10]

通过在属级分析尿中来源于细菌的EV得出：使用属于无色杆菌属(Achromobacter)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、玫瑰色半光合菌属(Roseateles)、假单胞菌属(Pseudomonas)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、粪球菌属(Coprococcus)、小杆菌属(Dialister)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、苏黎世杆菌属(Turicibacter)、多尔氏菌属(Dorea)、萨特氏菌属(Sutterella)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、罗斯氏菌属(Roseburia)、拟杆菌属(Bacteroides)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、毛螺旋菌属(Lachnospira)、布劳特氏菌属(Blautia)、贪铜菌属(Cupriavidus)、颤螺旋菌属(Oscillospira)、肠球菌属(Enterococcus)、SMB53属、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、链型杆菌属(Catenibacterium)、丁酸单胞菌属(Butyricimonas)、真杆菌属(Eubacterium)、盐单胞菌属(Halomonas)、帕拉普氏菌属(Paraprevotella)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、安德克氏菌属(Adlercreutzia)、史雷克氏菌属(Slackia)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和嗜热厌氧杆菌属(Thermoanaerobacterium)的细菌作为生物标志物开发的诊断模型对于特应性皮炎表现出显著的诊断性能(参见表11和图11A和11B)。

[表11]

提供本发明的前述描述仅用于说明性目的，并且本发明所属技术领域的普通技术人员应理解，本发明可以以各种修改形式实施，而不脱离本发明的精神或必要的特点。因此，本文描述的实施方案应仅在说明性意义上被考虑，而不是用于限制的目的。

[工业实用性]

根据本发明的通过细菌宏基因组学分析提供关于特应性皮炎的诊断信息的方法可用于预测特应性皮炎的发病风险，并通过使用正常的来源于个体和受试者的样品分析特定细菌来源的细胞外囊泡的含量的增加或减少来诊断特应性皮炎。

序列表

<110> MD保健株式会社

<120> 通过微生物宏基因组分析来诊断特应性皮炎的方法

<130> MPCT18-007

<150> KR 10-2017-0070879

<151> 2017-06-07

<150> KR 10-2018-0048161

<151> 2018-04-25

<160> 2

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 50

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<220>

Claims (22)

1.一种为诊断特应性皮炎提供信息的方法，该方法包括：

(a)从分离自正常个体和受试者样品的细胞外囊泡中提取DNA；

(b)使用包含SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2的成对的引物对所提取的所述DNA进行聚合酶链式反应(PCR)；以及

(c)通过对所述PCR的产物进行测序，与来源于正常个体的样品的来源于细菌的细胞外囊泡的含量比较并确定所述受试者样品的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

2.根据权利要求1所述的方法，其中过程(c)包括比较并确定：来源于选自由蓝细菌门(Cyanobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、广古菌门(Euryarchaeota)、厚壁菌(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和柔膜菌门(Tenericutes)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

3.根据权利要求1所述的方法，其中过程(c)包括比较并确定：来源于选自由叶绿体纲(Chloroplast)、腐螺旋菌纲(Saprospirae)、黄小杆菌纲(Flavobacteriia)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、梭杆菌纲(Fusobacteriia)、芽孢杆菌纲(Bacilli)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)、甲烷杆菌纲(Methanobacteria)、β-变形菌纲(Betaproteobacteria)、红蝽菌纲(Coriobacteriia)、梭菌纲(Clostridia)、拟杆菌纲(Bacteroidia)、产芽胞菌纲(Erysipelotrichi)、柔膜细菌纲(Mollicutes)和土圈菌纲(Pedosphaerae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

4.根据权利要求1所述的方法，其中过程(c)包括比较并确定：来源于选自由不等鞭毛菌目(Stramenopiles)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、奈氏球菌目(Neisseriales)、木霉菌目(Streptophyta)、根瘤菌目(Rhizobiales)、腐螺旋菌目(Saprospirales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)、黄杆菌目(Flavobacteriales)、柄杆菌目(Caulobacterales)、孪生菌目(Gemellales)、巴氏杆菌目(Pasteurellales)、梭杆菌目(Fusobacteriales)、红细菌目(Rhodobacterales)、芽孢杆菌目(Bacillales)、海洋螺菌目(Oceanospirillales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、甲烷杆菌目(Methanobacteriales)、脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)、MLE1-12目、伯克氏菌目(Burkholderiales)、红蝽菌目(Coriobacteriales)、梭菌目(Clostridiales)、拟杆菌目(Bacteroidales)、产芽胞菌目(Erysipelotrichales)、苏黎世杆菌目(Turicibacterales)、RF39目和土圈菌目(Pedosphaerales)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

5.根据权利要求1所述的方法，其中过程(c)包括比较并确定：来源于选自由渺小杆菌科(Exiguobacteraceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、黄杆菌科(Flavobacteriaceae)、弯曲菌科(Campylobacteraceae)、奈瑟菌科(Neisseriaceae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、噬几丁质菌科(Chitinophagaceae)、肉杆菌科(Carnobacteriaceae)、柄杆菌科(Caulobacteraceae)、周蝶菌科(Weeksellaceae)、甲基杆菌科(Methylobacteriaceae)、孪生菌科(Gemellaceae)、皮杆菌科(Dermabacteraceae)、丙酸杆菌科(Propionibacteriaceae)、巴氏杆菌科(Pasteurellaceae)、纤毛菌科(Leptotrichiaceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)、气球菌科(Aerococcaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、间孢囊菌科(Intrasporangiaceae)、帕拉普氏菌科(Paraprevotellaceae)、紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)、棒状杆菌科(Corynebacteriaceae)、组织菌科(Tissierellaceae)、微球菌科(Micrococcaceae)、放线菌科(Actinomycetaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、产碱杆菌科(Alcaligenaceae)、线粒体科(Mitochondria)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、红蝽杆菌科(Coriobacteriaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、产芽胞菌科(Erysipelotrichaceae)、苏黎世杆菌科(Turicibacteraceae)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、肠球菌科(Enterococcaceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)、脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、臭杆菌科(Odoribacteraceae)、克里斯滕森菌科(Christensenellaceae)、甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)、科里氏菌科(Koribacteraceae)和链霉菌科(Streptomycetaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

6.根据权利要求1所述的方法，其中过程(c)包括比较并确定：来源于选自由渺小杆菌属(Exiguobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)、碳酸噬胞菌属(Capnocytophaga)、变形杆菌属(Proteus)、奈瑟菌属(Neisseria)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、聚生杆菌属(Aggregatibacter)、纤毛菌属(Leptotrichia)、颗粒链菌属(Granulicatella)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、嗜血杆菌属(Haemophilus)、短状杆菌属(Brachybacterium)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)、真杆菌属(Eubacterium)、梭杆菌属(Fusobacterium)、水栖菌属(Enhydrobacter)、副球菌属(Paracoccus)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、罗氏菌属(Rothia)、放线菌属(Actinomyces)、小杆菌属(Dialister)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、多尔氏菌属(Dorea)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、盐单胞菌属(Halomonas)、萨特氏菌属(Sutterella)、拟杆菌属(Bacteroides)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、红球菌属(Rhodococcus)、丁酸单胞菌属(Butyricimonas)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、奇异菌属(Atopobium)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、肠杆菌属(Enterobacter)、色盐杆菌属(Chromohalobacter)、贪铜菌属(Cupriavidus)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、气味(臭)杆菌属(Odoribacter)、锥形杆菌属(Pyramidobacter)、嗜胆菌属(Bilophila)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和氨基酸球菌属(Acidaminococcus)无色杆菌属(Achromobacter)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、玫瑰色半光合菌属(Roseateles)、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、粪球菌属(Coprococcus)、苏黎世杆菌属(Turicibacter)、罗斯氏菌属(Roseburia)、毛螺旋菌属(Lachnospira)、布劳特氏菌属(Blautia)、颤螺旋菌属(Oscillospira)、肠球菌属(Enterococcus)、SMB53属、链型杆菌属(Catenibacterium)、帕拉普氏菌属(Paraprevotella)、安德克氏菌属(Adlercreutzia)、史雷克氏菌属(Slackia)和嗜热厌氧杆菌属(Thermoanaerobacterium)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

7.根据权利要求1所述的方法，其中所述正常个体和受试者样品是血液或尿。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述血液是全血、血清、血浆或血液单核细胞。

9.根据权利要求1所述的方法，其中过程(c)包括比较并确定：来源于选自由分离自正常个体和受试者血液样品的蓝细菌门(Cyanobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)和广古菌门(Euryarchaeota)以及分离自正常个体和受试者尿样品的蓝细菌门(Cyanobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、广古菌门(Euryarchaeota)和柔膜菌门(Tenericutes)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；

来源于选自由分离自正常个体和受试者血液样品的叶绿体纲(Chloroplast)、腐螺旋菌纲(Saprospirae)、黄小杆菌纲(Flavobacteriia)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、梭杆菌纲(Fusobacteriia)、芽孢杆菌纲(Bacilli)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)和甲烷杆菌纲(Methanobacteria)以及分离自正常个体和受试者尿样品的叶绿体纲(Chloroplast)、β变形菌纲(Betaproteobacteria)、红蝽菌纲(Coriobacteriia)、梭菌纲(Clostridia)、拟杆菌纲(Bacteroidia)、产芽胞菌纲(Erysipelotrichi)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)、甲烷杆菌纲(Methanobacteria)、柔膜细菌纲(Mollicutes)和土圈菌纲(Pedosphaerae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；

来源于选自由分离自正常个体和受试者血液样品的不等鞭毛菌目(Stramenopiles)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、奈氏球菌目(Neisseriales)、木霉菌目(Streptophyta)、根瘤菌目(Rhizobiales)、腐螺旋菌目(Saprospirales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)、黄杆菌目(Flavobacteriales)、柄杆菌目(Caulobacterales)、孪生菌目(Gemellales)、巴氏杆菌目(Pasteurellales)、梭杆菌目(Fusobacteriales)、红细菌目(Rhodobacterales)、芽孢杆菌目(Bacillales)、乳杆菌目(Lactobacillales)、海洋螺菌目(Oceanospirillales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、甲烷杆菌目(Methanobacteriales)和脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)以及分离自正常个体和受试者尿样品的MLE1-12目、伯克氏菌目(Burkholderiales)、木霉菌目(Streptophyta)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、红蝽菌目(Coriobacteriales)、梭菌目(Clostridiales)、拟杆菌目(Bacteroidales)、产芽胞菌目(Erysipelotrichales)、苏黎世杆菌目(Turicibacterales)、脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、甲烷杆菌目(Methanobacteriales)、RF39目和土圈菌目(Pedosphaerales)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；

来源于选自由分离自正常个体和受试者血液样品的渺小杆菌科(Exiguobacteraceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、黄杆菌科(Flavobacteriaceae)、弯曲菌科(Campylobacteraceae)、奈瑟菌科(Neisseriaceae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、噬几丁质菌科(Chitinophagaceae)、肉杆菌科(Carnobacteriaceae)、柄杆菌科(Caulobacteraceae)、周蝶菌科(Weeksellaceae)、甲基杆菌科(Methylobacteriaceae)、孪生菌科(Gemellaceae)、皮杆菌科(Dermabacteraceae)、丙酸杆菌科(Propionibacteriaceae)、巴氏杆菌科(Pasteurellaceae)、纤毛菌科(Leptotrichiaceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)、气球菌科(Aerococcaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、间孢囊菌科(Intrasporangiaceae)、帕拉普氏菌科(Paraprevotellaceae)、紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)、棒状杆菌科(Corynebacteriaceae)、组织菌科(Tissierellaceae)、微球菌科(Micrococcaceae)、放线菌科(Actinomycetaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、盐单胞菌科(Halomonadaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、产碱杆菌科(Alcaligenaceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)、诺卡氏菌科(Nocardiaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、希瓦氏菌科(Shewanellaceae)、巴氏杆菌科(Barnesiellaceae)、臭杆菌科(Odoribacteraceae)、甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)和脱硫代弧菌科(Dethiosulfovibrionaceae)以及分离自正常个体和受试者尿样品的产碱杆菌科(Alcaligenaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、线粒体科(Mitochondria)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、棒状杆菌科(Corynebacteriaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、红蝽杆菌科(Coriobacteriaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、帕拉普氏菌科(Paraprevotellaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、产芽胞菌科(Erysipelotrichaceae)、苏黎世杆菌科(Turicibacteraceae)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、肠球菌科(Enterococcaceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)、脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、臭杆菌科(Odoribacteraceae)、克里斯滕森菌科(Christensenellaceae)、甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)、科里氏菌科(Koribacteraceae)和链霉菌科(Streptomycetaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；或

来源于选自由分离自正常个体和受试者血液样品的渺小杆菌属(Exiguobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)、碳酸噬胞菌属(Capnocytophaga)、变形杆菌属(Proteus)、奈瑟菌属(Neisseria)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、聚生杆菌属(Aggregatibacter)、纤毛菌属(Leptotrichia)、颗粒链菌属(Granulicatella)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、嗜血杆菌属(Haemophilus)、短状杆菌属(Brachybacterium)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)、真杆菌属(Eubacterium)、梭杆菌属(Fusobacterium)、水栖菌属(Enhydrobacter)、副球菌属(Paracoccus)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、罗氏菌属(Rothia)、放线菌属(Actinomyces)、小杆菌属(Dialister)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、多尔氏菌属(Dorea)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、盐单胞菌属(Halomonas)、萨特氏菌属(Sutterella)、拟杆菌属(Bacteroides)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、红球菌属(Rhodococcus)、丁酸单胞菌属(Butyricimonas)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、奇异菌属(Atopobium)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、肠杆菌属(Enterobacter)、色盐杆菌属(Chromohalobacter)、贪铜菌属(Cupriavidus)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、气味(臭)杆菌属(Odoribacter)、锥形杆菌属(Pyramidobacter)、嗜胆菌属(Bilophila)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和氨基酸球菌属(Acidaminococcus)以及分离自正常个体和受试者尿样品的无色杆菌属(Achromobacter)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、玫瑰色半光合菌属(Roseateles)、假单胞菌属(Pseudomonas)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、粪球菌属(Coprococcus)、小杆菌属(Dialister)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、苏黎世杆菌属(Turicibacter)、多尔氏菌属(Dorea)、萨特氏菌属(Sutterella)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、罗斯氏菌属(Roseburia)、拟杆菌属(Bacteroides)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、毛螺旋菌属(Lachnospira)、布劳特氏菌属(Blautia)、贪铜菌属(Cupriavidus)、颤螺旋菌属(Oscillospira)、肠球菌属(Enterococcus)、SMB53属、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、链型杆菌属(Catenibacterium)、丁酸单胞菌属(Butyricimonas)、真杆菌属(Eubacterium)、盐单胞菌属(Halomonas)、帕拉普氏菌属(Paraprevotella)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、安德克氏菌属(Adlercreutzia)、史雷克氏菌属(Slackia)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和嗜热厌氧杆菌属(Thermoanaerobacterium)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

10.根据权利要求9所述的方法，其中过程(c)，与来源于正常个体的样品相比较，以下项的含量增加被诊断为特应性皮炎：

来源于选自由分离自受试者血液样品的疣微菌门(Verrucomicrobia)和广古菌门(Euryarchaeota)以及分离自受试者尿样品的厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、广古菌门(Euryarchaeota)和柔膜菌门(Tenericutes)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；

来源于选自由分离自受试者血液样品的芽孢杆菌纲(Bacilli)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)和甲烷杆菌纲(Methanobacteria)以及分离自受试者尿样品的红蝽菌纲(Coriobacteriia)、梭菌纲(Clostridia)、拟杆菌纲(Bacteroidia)、产芽胞菌纲(Erysipelotrichi)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)、甲烷杆菌纲(Methanobacteria)、柔膜细菌纲(Mollicutes)和土圈菌纲(Pedosphaerae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；

来源于选自由分离自受试者血液样品的乳杆菌目(Lactobacillales)、海洋螺菌目(Oceanospirillales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、甲烷杆菌目(Methanobacteriales)和脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)以及分离自受试者尿样品的双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、红蝽菌目(Coriobacteriales)、梭菌目(Clostridiales)、拟杆菌目(Bacteroidales)、产芽胞菌目(Erysipelotrichales)、苏黎世杆菌目(Turicibacterales)、脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、甲烷杆菌目(Methanobacteriales)、RF39目和土圈菌目(Pedosphaerales)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；

来源于选自由分离自受试者血液样品的丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、盐单胞菌科(Halomonadaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、产碱杆菌科(Alcaligenaceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)、诺卡氏菌科(Nocardiaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、希瓦氏菌科(Shewanellaceae)、巴氏杆菌科(Barnesiellaceae)、臭杆菌科(Odoribacteraceae)、甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)和脱硫代弧菌科(Dethiosulfovibrionaceae)以及分离自受试者尿样品的韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、红蝽杆菌科(Coriobacteriaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、帕拉普氏菌科(Paraprevotellaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、产芽胞菌科(Erysipelotrichaceae)、苏黎世杆菌科(Turicibacteraceae)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、肠球菌科(Enterococcaceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)、脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、臭杆菌科(Odoribacteraceae)、克里斯滕森菌科(Christensenellaceae)、甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)、科里氏菌科(Koribacteraceae)和链霉菌科(Streptomycetaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；或

来源于选自由分离自受试者血液样品的瘤胃球菌属(Ruminococcus)、盐单胞菌属(Halomonas)、萨特氏菌属(Sutterella)、拟杆菌属(Bacteroides)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、红球菌属(Rhodococcus)、丁酸单胞菌属(Butyricimonas)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、奇异菌属(Atopobium)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、肠杆菌属(Enterobacter)、色盐杆菌属(Chromohalobacter)、贪铜菌属(Cupriavidus)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、气味(臭)杆菌属(Odoribacter)、锥形杆菌属(Pyramidobacter)、嗜胆菌属(Bilophila)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和氨基酸球菌属(Acidaminococcus)以及分离自受试者尿样品的柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、粪球菌属(Coprococcus)、小杆菌属(Dialister)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、苏黎世杆菌属(Turicibacter)、多尔氏菌属(Dorea)、萨特氏菌属(Sutterella)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、罗斯氏菌属(Roseburia)、拟杆菌属(Bacteroides)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、毛螺旋菌属(Lachnospira)、布劳特氏菌属(Blautia)、贪铜菌属(Cupriavidus)、颤螺旋菌属(Oscillospira)、肠球菌属(Enterococcus)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、SMB53属、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、链型杆菌属(Catenibacterium)、丁酸单胞菌属(Butyricimonas)、真杆菌属(Eubacterium)、盐单胞菌属(Halomonas)、帕拉普氏菌属(Paraprevotella)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、安德克氏菌属(Adlercreutzia)、史雷克氏菌属(Slackia)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和嗜热厌氧杆菌属(Thermoanaerobacterium)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡。

11.根据权利要求9所述的方法，其中过程(c)，与来源于正常个体的样品相比较，以下项的含量减少被诊断为特应性皮炎：

来源于选自由分离自受试者血液样品的蓝细菌门(Cyanobacteria)和梭杆菌门(Fusobacteria)以及分离自受试者尿样品的蓝细菌门(Cyanobacteria)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；

来源于选自由分离自受试者血液样品的叶绿体纲(Chloroplast)、腐螺旋菌纲(Saprospirae)、黄小杆菌纲(Flavobacteriia)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、梭杆菌纲(Fusobacteriia)以及分离自受试者尿样品的叶绿体纲(Chloroplast)、β变形菌纲(Betaproteobacteria)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；

来源于选自由分离自受试者血液样品的不等鞭毛菌目(Stramenopiles)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、奈氏球菌目(Neisseriales)、木霉菌目(Streptophyta)、根瘤菌目(Rhizobiales)、腐螺旋菌目(Saprospirales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)、黄杆菌目(Flavobacteriales)、柄杆菌目(Caulobacterales)、孪生菌目(Gemellales)、巴氏杆菌目(Pasteurellales)、梭杆菌目(Fusobacteriales)、红细菌目(Rhodobacterales)和芽孢杆菌目(Bacillales)以及分离自受试者尿样品的MLE1-12目、伯克氏菌目(Burkholderiales)、木霉菌目(Streptophyta)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；

来源于选自由分离自受试者血液样品的渺小杆菌科(Exiguobacteraceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、黄杆菌科(Flavobacteriaceae)、弯曲菌科(Campylobacteraceae)、奈瑟菌科(Neisseriaceae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、噬几丁质菌科(Chitinophagaceae)、肉杆菌科(Carnobacteriaceae)、柄杆菌科(Caulobacteraceae)、周蝶菌科(Weeksellaceae)、甲基杆菌科(Methylobacteriaceae)、孪生菌科(Gemellaceae)、皮杆菌科(Dermabacteraceae)、丙酸杆菌科(Propionibacteriaceae)、巴氏杆菌科(Pasteurellaceae)、纤毛菌科(Leptotrichiaceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)、气球菌科(Aerococcaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、间孢囊菌科(Intrasporangiaceae)、帕拉普氏菌科(Paraprevotellaceae)、紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)、棒状杆菌科(Corynebacteriaceae)、组织菌科(Tissierellaceae)、微球菌科(Micrococcaceae)、放线菌科(Actinomycetaceae)和动球菌科(Planococcaceae)以及分离自受试者尿样品的产碱杆菌科(Alcaligenaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、线粒体科(Mitochondria)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、棒状杆菌科(Corynebacteriaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)和鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；或

来源于选自由分离自受试者血液样品的渺小杆菌属(Exiguobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)、碳酸噬胞菌属(Capnocytophaga)、变形杆菌属(Proteus)、奈瑟菌属(Neisseria)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、聚生杆菌属(Aggregatibacter)、纤毛菌属(Leptotrichia)、颗粒链菌属(Granulicatella)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、嗜血杆菌属(Haemophilus)、短状杆菌属(Brachybacterium)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)、真杆菌属(Eubacterium)、梭杆菌属(Fusobacterium)、水栖菌属(Enhydrobacter)、副球菌属(Paracoccus)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、罗氏菌属(Rothia)、放线菌属(Actinomyces)、小杆菌属(Dialister)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)和多尔氏菌属(Dorea)以及分离自受试者尿样品的无色杆菌属(Achromobacter)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、玫瑰色半光合菌属(Roseateles)、假单胞菌属(Pseudomonas)、棒状杆菌属(Corynebacterium)和鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡。

12.一种诊断特应性皮炎的方法，该方法包括：

(a)从分离自正常个体和受试者样品的细胞外囊泡中提取DNA；

(b)使用包含SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2的成对的引物对所提取的所述DNA进行聚合酶链式反应(PCR)；以及

(c)通过对所述PCR的产物进行测序，与来源于正常个体的样品的来源于细菌的细胞外囊泡的含量比较并确定所述受试者样品的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

13.根据权利要求12所述的方法，其中过程(c)包括比较并确定：来源于选自由蓝细菌门(Cyanobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、广古菌门(Euryarchaeota)、厚壁菌(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和柔膜菌门(Tenericutes)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

14.根据权利要求12所述的方法，其中过程(c)包括比较并确定：来源于选自由叶绿体纲(Chloroplast)、腐螺旋菌纲(Saprospirae)、黄小杆菌纲(Flavobacteriia)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、梭杆菌纲(Fusobacteriia)、芽孢杆菌纲(Bacilli)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)、甲烷杆菌纲(Methanobacteria)、β-变形菌纲(Betaproteobacteria)、红蝽菌纲(Coriobacteriia)、梭菌纲(Clostridia)、拟杆菌纲(Bacteroidia)、产芽胞菌纲(Erysipelotrichi)、柔膜细菌纲(Mollicutes)和土圈菌纲(Pedosphaerae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

15.根据权利要求12所述的方法，其中过程(c)包括比较并确定：来源于选自由不等鞭毛菌目(Stramenopiles)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、奈氏球菌目(Neisseriales)、木霉菌目(Streptophyta)、根瘤菌目(Rhizobiales)、腐螺旋菌目(Saprospirales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)、黄杆菌目(Flavobacteriales)、柄杆菌目(Caulobacterales)、孪生菌目(Gemellales)、巴氏杆菌目(Pasteurellales)、梭杆菌目(Fusobacteriales)、红细菌目(Rhodobacterales)、芽孢杆菌目(Bacillales)、海洋螺菌目(Oceanospirillales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、甲烷杆菌目(Methanobacteriales)、脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)、MLE1-12目、伯克氏菌目(Burkholderiales)、红蝽菌目(Coriobacteriales)、梭菌目(Clostridiales)、拟杆菌目(Bacteroidales)、产芽胞菌目(Erysipelotrichales)、苏黎世杆菌目(Turicibacterales)、RF39目和土圈菌目(Pedosphaerales)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

16.根据权利要求12所述的方法，其中过程(c)包括比较并确定：来源于选自由渺小杆菌科(Exiguobacteraceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、黄杆菌科(Flavobacteriaceae)、弯曲菌科(Campylobacteraceae)、奈瑟菌科(Neisseriaceae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、噬几丁质菌科(Chitinophagaceae)、肉杆菌科(Carnobacteriaceae)、柄杆菌科(Caulobacteraceae)、周蝶菌科(Weeksellaceae)、甲基杆菌科(Methylobacteriaceae)、孪生菌科(Gemellaceae)、皮杆菌科(Dermabacteraceae)、丙酸杆菌科(Propionibacteriaceae)、巴氏杆菌科(Pasteurellaceae)、纤毛菌科(Leptotrichiaceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)、气球菌科(Aerococcaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、间孢囊菌科(Intrasporangiaceae)、帕拉普氏菌科(Paraprevotellaceae)、紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)、棒状杆菌科(Corynebacteriaceae)、组织菌科(Tissierellaceae)、微球菌科(Micrococcaceae)、放线菌科(Actinomycetaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、产碱杆菌科(Alcaligenaceae)、线粒体科(Mitochondria)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、红蝽杆菌科(Coriobacteriaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、产芽胞菌科(Erysipelotrichaceae)、苏黎世杆菌科(Turicibacteraceae)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、肠球菌科(Enterococcaceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)、脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、臭杆菌科(Odoribacteraceae)、克里斯滕森菌科(Christensenellaceae)、甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)、科里氏菌科(Koribacteraceae)和链霉菌科(Streptomycetaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

17.根据权利要求12所述的方法，其中过程(c)包括比较并确定：来源于选自由渺小杆菌属(Exiguobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)、碳酸噬胞菌属(Capnocytophaga)、变形杆菌属(Proteus)、奈瑟菌属(Neisseria)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、聚生杆菌属(Aggregatibacter)、纤毛菌属(Leptotrichia)、颗粒链菌属(Granulicatella)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、嗜血杆菌属(Haemophilus)、短状杆菌属(Brachybacterium)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)、真杆菌属(Eubacterium)、梭杆菌属(Fusobacterium)、水栖菌属(Enhydrobacter)、副球菌属(Paracoccus)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、罗氏菌属(Rothia)、放线菌属(Actinomyces)、小杆菌属(Dialister)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、多尔氏菌属(Dorea)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、盐单胞菌属(Halomonas)、萨特氏菌属(Sutterella)、拟杆菌属(Bacteroides)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、红球菌属(Rhodococcus)、丁酸单胞菌属(Butyricimonas)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、奇异菌属(Atopobium)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、肠杆菌属(Enterobacter)、色盐杆菌属(Chromohalobacter)、贪铜菌属(Cupriavidus)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、气味(臭)杆菌属(Odoribacter)、锥形杆菌属(Pyramidobacter)、嗜胆菌属(Bilophila)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和氨基酸球菌属(Acidaminococcus)无色杆菌属(Achromobacter)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、玫瑰色半光合菌属(Roseateles)、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、粪球菌属(Coprococcus)、苏黎世杆菌属(Turicibacter)、罗斯氏菌属(Roseburia)、毛螺旋菌属(Lachnospira)、布劳特氏菌属(Blautia)、颤螺旋菌属(Oscillospira)、肠球菌属(Enterococcus)、SMB53属、链型杆菌属(Catenibacterium)、帕拉普氏菌属(Paraprevotella)、安德克氏菌属(Adlercreutzia)、史雷克氏菌属(Slackia)和嗜热厌氧杆菌属(Thermoanaerobacterium)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

18.根据权利要求12所述的方法，其中所述正常个体和受试者样品是血液或尿。

19.根据权利要求18所述的方法，其中所述血液是全血、血清、血浆或血液单核细胞。

20.根据权利要求12所述的方法，其中过程(c)包括比较并确定：来源于选自由分离自正常个体和受试者血液样品的蓝细菌门(Cyanobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)和广古菌门(Euryarchaeota)以及分离自正常个体和受试者尿样品的蓝细菌门(Cyanobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、广古菌门(Euryarchaeota)和柔膜菌门(Tenericutes)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；

来源于选自由分离自正常个体和受试者血液样品的叶绿体纲(Chloroplast)、腐螺旋菌纲(Saprospirae)、黄小杆菌纲(Flavobacteriia)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、梭杆菌纲(Fusobacteriia)、芽孢杆菌纲(Bacilli)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)和甲烷杆菌纲(Methanobacteria)以及分离自正常个体和受试者尿样品的叶绿体纲(Chloroplast)、β变形菌纲(Betaproteobacteria)、红蝽菌纲(Coriobacteriia)、梭菌纲(Clostridia)、拟杆菌纲(Bacteroidia)、产芽胞菌纲(Erysipelotrichi)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)、甲烷杆菌纲(Methanobacteria)、柔膜细菌纲(Mollicutes)和土圈菌纲(Pedosphaerae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；

来源于选自由分离自正常个体和受试者血液样品的不等鞭毛菌目(Stramenopiles)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、奈氏球菌目(Neisseriales)、木霉菌目(Streptophyta)、根瘤菌目(Rhizobiales)、腐螺旋菌目(Saprospirales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)、黄杆菌目(Flavobacteriales)、柄杆菌目(Caulobacterales)、孪生菌目(Gemellales)、巴氏杆菌目(Pasteurellales)、梭杆菌目(Fusobacteriales)、红细菌目(Rhodobacterales)、芽孢杆菌目(Bacillales)、乳杆菌目(Lactobacillales)、海洋螺菌目(Oceanospirillales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、甲烷杆菌目(Methanobacteriales)和脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)以及分离自正常个体和受试者尿样品的MLE1-12目、伯克氏菌目(Burkholderiales)、木霉菌目(Streptophyta)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、红蝽菌目(Coriobacteriales)、梭菌目(Clostridiales)、拟杆菌目(Bacteroidales)、产芽胞菌目(Erysipelotrichales)、苏黎世杆菌目(Turicibacterales)、脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、甲烷杆菌目(Methanobacteriales)、RF39目和土圈菌目(Pedosphaerales)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；

来源于选自由分离自正常个体和受试者血液样品的渺小杆菌科(Exiguobacteraceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、黄杆菌科(Flavobacteriaceae)、弯曲菌科(Campylobacteraceae)、奈瑟菌科(Neisseriaceae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、噬几丁质菌科(Chitinophagaceae)、肉杆菌科(Carnobacteriaceae)、柄杆菌科(Caulobacteraceae)、周蝶菌科(Weeksellaceae)、甲基杆菌科(Methylobacteriaceae)、孪生菌科(Gemellaceae)、皮杆菌科(Dermabacteraceae)、丙酸杆菌科(Propionibacteriaceae)、巴氏杆菌科(Pasteurellaceae)、纤毛菌科(Leptotrichiaceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)、气球菌科(Aerococcaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、间孢囊菌科(Intrasporangiaceae)、帕拉普氏菌科(Paraprevotellaceae)、紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)、棒状杆菌科(Corynebacteriaceae)、组织菌科(Tissierellaceae)、微球菌科(Micrococcaceae)、放线菌科(Actinomycetaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、盐单胞菌科(Halomonadaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、产碱杆菌科(Alcaligenaceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)、诺卡氏菌科(Nocardiaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、希瓦氏菌科(Shewanellaceae)、巴氏杆菌科(Barnesiellaceae)、臭杆菌科(Odoribacteraceae)、甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)和脱硫代弧菌科(Dethiosulfovibrionaceae)以及分离自正常个体和受试者尿样品的产碱杆菌科(Alcaligenaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、线粒体科(Mitochondria)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、棒状杆菌科(Corynebacteriaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、红蝽杆菌科(Coriobacteriaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、帕拉普氏菌科(Paraprevotellaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、产芽胞菌科(Erysipelotrichaceae)、苏黎世杆菌科(Turicibacteraceae)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、肠球菌科(Enterococcaceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)、脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、臭杆菌科(Odoribacteraceae)、克里斯滕森菌科(Christensenellaceae)、甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)、科里氏菌科(Koribacteraceae)和链霉菌科(Streptomycetaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；或

来源于选自由分离自正常个体和受试者血液样品的渺小杆菌属(Exiguobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)、碳酸噬胞菌属(Capnocytophaga)、变形杆菌属(Proteus)、奈瑟菌属(Neisseria)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、聚生杆菌属(Aggregatibacter)、纤毛菌属(Leptotrichia)、颗粒链菌属(Granulicatella)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、嗜血杆菌属(Haemophilus)、短状杆菌属(Brachybacterium)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)、真杆菌属(Eubacterium)、梭杆菌属(Fusobacterium)、水栖菌属(Enhydrobacter)、副球菌属(Paracoccus)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、罗氏菌属(Rothia)、放线菌属(Actinomyces)、小杆菌属(Dialister)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、多尔氏菌属(Dorea)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、盐单胞菌属(Halomonas)、萨特氏菌属(Sutterella)、拟杆菌属(Bacteroides)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、红球菌属(Rhodococcus)、丁酸单胞菌属(Butyricimonas)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、奇异菌属(Atopobium)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、肠杆菌属(Enterobacter)、色盐杆菌属(Chromohalobacter)、贪铜菌属(Cupriavidus)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、气味(臭)杆菌属(Odoribacter)、锥形杆菌属(Pyramidobacter)、嗜胆菌属(Bilophila)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和氨基酸球菌属(Acidaminococcus)以及分离自正常个体和受试者尿样品的无色杆菌属(Achromobacter)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、玫瑰色半光合菌属(Roseateles)、假单胞菌属(Pseudomonas)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、粪球菌属(Coprococcus)、小杆菌属(Dialister)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、苏黎世杆菌属(Turicibacter)、多尔氏菌属(Dorea)、萨特氏菌属(Sutterella)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、罗斯氏菌属(Roseburia)、拟杆菌属(Bacteroides)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、毛螺旋菌属(Lachnospira)、布劳特氏菌属(Blautia)、贪铜菌属(Cupriavidus)、颤螺旋菌属(Oscillospira)、肠球菌属(Enterococcus)、SMB53属、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、链型杆菌属(Catenibacterium)、丁酸单胞菌属(Butyricimonas)、真杆菌属(Eubacterium)、盐单胞菌属(Halomonas)、帕拉普氏菌属(Paraprevotella)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、安德克氏菌属(Adlercreutzia)、史雷克氏菌属(Slackia)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和嗜热厌氧杆菌属(Thermoanaerobacterium)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

21.根据权利要求20所述的方法，其中过程(c)，与来源于正常个体的样品相比较，以下项的含量增加被诊断为特应性皮炎：

来源于选自由分离自受试者血液样品的疣微菌门(Verrucomicrobia)和广古菌门(Euryarchaeota)以及分离自受试者尿样品的厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、广古菌门(Euryarchaeota)和柔膜菌门(Tenericutes)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；

来源于选自由分离自受试者血液样品的芽孢杆菌纲(Bacilli)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)和甲烷杆菌纲(Methanobacteria)以及分离自受试者尿样品的红蝽菌纲(Coriobacteriia)、梭菌纲(Clostridia)、拟杆菌纲(Bacteroidia)、产芽胞菌纲(Erysipelotrichi)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)、甲烷杆菌纲(Methanobacteria)、柔膜细菌纲(Mollicutes)和土圈菌纲(Pedosphaerae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；

来源于选自由分离自受试者血液样品的乳杆菌目(Lactobacillales)、海洋螺菌目(Oceanospirillales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、甲烷杆菌目(Methanobacteriales)和脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)以及分离自受试者尿样品的双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、红蝽菌目(Coriobacteriales)、梭菌目(Clostridiales)、拟杆菌目(Bacteroidales)、产芽胞菌目(Erysipelotrichales)、苏黎世杆菌目(Turicibacterales)、脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、甲烷杆菌目(Methanobacteriales)、RF39目和土圈菌目(Pedosphaerales)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；

来源于选自由分离自受试者血液样品的丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、盐单胞菌科(Halomonadaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、产碱杆菌科(Alcaligenaceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)、诺卡氏菌科(Nocardiaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、希瓦氏菌科(Shewanellaceae)、巴氏杆菌科(Barnesiellaceae)、臭杆菌科(Odoribacteraceae)、甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)和脱硫代弧菌科(Dethiosulfovibrionaceae)以及分离自受试者尿样品的韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、红蝽杆菌科(Coriobacteriaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、帕拉普氏菌科(Paraprevotellaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、产芽胞菌科(Erysipelotrichaceae)、苏黎世杆菌科(Turicibacteraceae)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、肠球菌科(Enterococcaceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)、脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、臭杆菌科(Odoribacteraceae)、克里斯滕森菌科(Christensenellaceae)、甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)、科里氏菌科(Koribacteraceae)和链霉菌科(Streptomycetaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；或

来源于选自由分离自受试者血液样品的瘤胃球菌属(Ruminococcus)、盐单胞菌属(Halomonas)、萨特氏菌属(Sutterella)、拟杆菌属(Bacteroides)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、红球菌属(Rhodococcus)、丁酸单胞菌属(Butyricimonas)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、奇异菌属(Atopobium)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、肠杆菌属(Enterobacter)、色盐杆菌属(Chromohalobacter)、贪铜菌属(Cupriavidus)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、气味(臭)杆菌属(Odoribacter)、锥形杆菌属(Pyramidobacter)、嗜胆菌属(Bilophila)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和氨基酸球菌属(Acidaminococcus)以及分离自受试者尿样品的柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、粪球菌属(Coprococcus)、小杆菌属(Dialister)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、苏黎世杆菌属(Turicibacter)、多尔氏菌属(Dorea)、萨特氏菌属(Sutterella)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、罗斯氏菌属(Roseburia)、拟杆菌属(Bacteroides)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、毛螺旋菌属(Lachnospira)、布劳特氏菌属(Blautia)、贪铜菌属(Cupriavidus)、颤螺旋菌属(Oscillospira)、肠球菌属(Enterococcus)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、SMB53属、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、链型杆菌属(Catenibacterium)、丁酸单胞菌属(Butyricimonas)、真杆菌属(Eubacterium)、盐单胞菌属(Halomonas)、帕拉普氏菌属(Paraprevotella)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、安德克氏菌属(Adlercreutzia)、史雷克氏菌属(Slackia)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和嗜热厌氧杆菌属(Thermoanaerobacterium)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡。

22.根据权利要求20所述的方法，其中过程(c)，与来源于正常个体的样品相比较，以下项的含量减少被诊断为特应性皮炎：

来源于选自由分离自受试者血液样品的蓝细菌门(Cyanobacteria)和梭杆菌门(Fusobacteria)以及分离自受试者尿样品的蓝细菌门(Cyanobacteria)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；

来源于选自由分离自受试者血液样品的叶绿体纲(Chloroplast)、腐螺旋菌纲(Saprospirae)、黄小杆菌纲(Flavobacteriia)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、梭杆菌纲(Fusobacteriia)以及分离自受试者尿样品的叶绿体纲(Chloroplast)、β变形菌纲(Betaproteobacteria)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；

来源于选自由分离自受试者血液样品的不等鞭毛菌目(Stramenopiles)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、奈氏球菌目(Neisseriales)、木霉菌目(Streptophyta)、根瘤菌目(Rhizobiales)、腐螺旋菌目(Saprospirales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)、黄杆菌目(Flavobacteriales)、柄杆菌目(Caulobacterales)、孪生菌目(Gemellales)、巴氏杆菌目(Pasteurellales)、梭杆菌目(Fusobacteriales)、红细菌目(Rhodobacterales)和芽孢杆菌目(Bacillales)以及分离自受试者尿样品的MLE1-12目、伯克氏菌目(Burkholderiales)、木霉菌目(Streptophyta)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；

来源于选自由分离自受试者血液样品的渺小杆菌科(Exiguobacteraceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、黄杆菌科(Flavobacteriaceae)、弯曲菌科(Campylobacteraceae)、奈瑟菌科(Neisseriaceae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、噬几丁质菌科(Chitinophagaceae)、肉杆菌科(Carnobacteriaceae)、柄杆菌科(Caulobacteraceae)、周蝶菌科(Weeksellaceae)、甲基杆菌科(Methylobacteriaceae)、孪生菌科(Gemellaceae)、皮杆菌科(Dermabacteraceae)、丙酸杆菌科(Propionibacteriaceae)、巴氏杆菌科(Pasteurellaceae)、纤毛菌科(Leptotrichiaceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)、气球菌科(Aerococcaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、间孢囊菌科(Intrasporangiaceae)、帕拉普氏菌科(Paraprevotellaceae)、紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)、棒状杆菌科(Corynebacteriaceae)、组织菌科(Tissierellaceae)、微球菌科(Micrococcaceae)、放线菌科(Actinomycetaceae)和动球菌科(Planococcaceae)以及分离自受试者尿样品的产碱杆菌科(Alcaligenaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、线粒体科(Mitochondria)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、棒状杆菌科(Corynebacteriaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)和鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；或

来源于选自由分离自受试者血液样品的渺小杆菌属(Exiguobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)、碳酸噬胞菌属(Capnocytophaga)、变形杆菌属(Proteus)、奈瑟菌属(Neisseria)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、聚生杆菌属(Aggregatibacter)、纤毛菌属(Leptotrichia)、颗粒链菌属(Granulicatella)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、嗜血杆菌属(Haemophilus)、短状杆菌属(Brachybacterium)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)、真杆菌属(Eubacterium)、梭杆菌属(Fusobacterium)、水栖菌属(Enhydrobacter)、副球菌属(Paracoccus)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、罗氏菌属(Rothia)、放线菌属(Actinomyces)、小杆菌属(Dialister)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)和多尔氏菌属(Dorea)以及分离自受试者尿样品的无色杆菌属(Achromobacter)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、玫瑰色半光合菌属(Roseateles)、假单胞菌属(Pseudomonas)、棒状杆菌属(Corynebacterium)和鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡。

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